Normal Chrom Pos Ref Alt Gene Transcript RNA CDS Protein Effect DIS_sample_PD9771b_depth DIS_MtAll_PD9771b DIS_MtAllPct_PD9771b DIS_sample_PD9771a_depth DIS_MtAll_PD9771a DIS_MtAllPct_PD9771a DIS_sample_PD9771c_depth DIS_MtAll_PD9771c DIS_MtAllPct_PD9771c DIS_sample_PD9771d_depth DIS_MtAll_PD9771d DIS_MtAllPct_PD9771d DIS_sample_PD9771e_depth DIS_MtAll_PD9771e DIS_MtAllPct_PD9771e VAL_sample_WGA_PD9771b_depth VAL_MtAll_WGA_PD9771b VAL_MtAllPct_WGA_PD9771b VAL_sample_WGA_PD9771a_depth VAL_MtAll_WGA_PD9771a VAL_MtAllPct_WGA_PD9771a VAL_sample_WGA_PD9771c_depth VAL_MtAll_WGA_PD9771c VAL_MtAllPct_WGA_PD9771c VAL_sample_WGA_PD9771d_depth VAL_MtAll_WGA_PD9771d VAL_MtAllPct_WGA_PD9771d VAL_sample_WGA_PD9771e_depth VAL_MtAll_WGA_PD9771e VAL_MtAllPct_WGA_PD9771e in.discovery in.validation subclonal.CN.a subclonal.CN.c subclonal.CN.d subclonal.CN.e nMaj1.a nMaj1.c nMaj1.d nMaj1.e nMin1.a nMin1.c nMin1.d nMin1.e frac1.a frac1.c frac1.d frac1.e nMaj2.a nMaj2.c nMaj2.d nMaj2.e nMin2.a nMin2.c nMin2.d nMin2.e frac2.a frac2.c frac2.d frac2.e mutation.copy.number.a subclonal.fraction.a no.chrs.bearing.mut.a mutation.copy.number.c subclonal.fraction.c no.chrs.bearing.mut.c mutation.copy.number.d subclonal.fraction.d no.chrs.bearing.mut.d mutation.copy.number.e subclonal.fraction.e no.chrs.bearing.mut.e val.mutation.copy.number.a val.subclonal.fraction.a val.no.chrs.bearing.mut.a val.mutation.copy.number.c val.subclonal.fraction.c val.no.chrs.bearing.mut.c val.mutation.copy.number.d val.subclonal.fraction.d val.no.chrs.bearing.mut.d val.mutation.copy.number.e val.subclonal.fraction.e val.no.chrs.bearing.mut.e discovery.DP.cluster validation.DP.cluster pbinom_dis_b pbinom_val_b pbinom_dis_a pbinom_val_a pbinom_dis_c pbinom_val_c pbinom_dis_d pbinom_val_d pbinom_dis_e pbinom_val_e VAL_LOCUS val_status_a val_status_c val_status_d val_status_e current.conf.status val.platform PD9771b 1 362907 G C OR4F29 CCDS41220.1 r.? - - upstream 10 0 0 19 4 21.1 7 2 28.6 20 0 0 8 0 0 1 0 0 2 0 0 2 0 0 2 0 0 0 0 NA FALSE FALSE 3 2 0.515680268 3.475019401 2 1 0 2 1 1 0 1 1 1 0.484319732 0.524980599 NA NA 1 2 NA NA 0 2 NA NA 0.515680268 0.475019401 2.22052381 2.22052381 1 3.075268817 3.075268817 1 0 NA 0 0 0 1 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.00000228 1 0.000516315 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 534984 A G AL669831.1 ENST00000503254 r.? - - intronic 13 0 0 16 4 25 5 0 0 9 1 11.1 17 1 5.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 2 0.515680268 3.475019401 2 1 0 2 1 1 0 1 1 1 0.484319732 0.524980599 NA NA 1 2 NA NA 0 2 NA NA 0.515680268 0.475019401 2.630952381 1.31547619 2 0 NA 0 1.732676407 1.732676407 1 0.38651853 0.38651853 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.00000108 1 1 1 0.044110422 1 0.081683532 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 3832980 G C - - - - - - 32 0 0 32 4 12.5 33 9 27.3 54 4 7.4 62 18 29 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 2 0.515680268 3.475019401 2 1 0 2 1 1 0 1 1 1 0.484319732 0.524980599 NA NA 1 2 NA NA 0 2 NA NA 0.515680268 0.475019401 1.31547619 1.31547619 1 2.935483871 2.935483871 1 1.155117605 1.155117605 1 1.899836845 0.949918422 2 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.0000201 1 6.76E-14 1 0.000161898 1 5.72E-27 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 5107487 G A - - - - - - 30 0 0 26 4 15.4 16 1 6.2 28 2 7.1 53 6 11.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 2 0.515680268 3.475019401 2 1 0 2 1 1 0 1 1 1 0.484319732 0.524980599 NA NA 1 2 NA NA 0 2 NA NA 0.515680268 0.475019401 1.620666667 1.620666667 1 0.666666667 0.666666667 1 1.108288513 1.108288513 1 0.740281253 0.740281253 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.00000856 1 0.077068876 1 0.008668191 1 0.000000293 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 5313312 C G - - - - - - 37 0 0 41 7 17.1 28 4 14.3 16 0 0 52 11 21.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 2 0.515680268 3.475019401 2 1 0 2 1 1 0 1 1 1 0.484319732 0.524980599 NA NA 1 2 NA NA 0 2 NA NA 0.515680268 0.475019401 1.799571429 1.799571429 1 1.537634409 1.537634409 1 0 NA 0 1.388846245 1.388846245 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1.51E-09 1 0.0000116 1 1 1 2.44E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 8153343 T G - - - - - - 35 0 0 33 3 9.1 29 6 20.7 66 3 4.5 56 6 10.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 2 0.515680268 3.475019401 2 1 0 2 1 1 0 1 1 1 0.484319732 0.524980599 NA NA 1 2 NA NA 0 2 NA NA 0.515680268 0.475019401 0.957666667 0.957666667 1 2.225806452 2.225806452 1 0.702436381 0.702436381 1 0.700974284 0.700974284 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000609557 1 6.72E-09 1 0.004522888 1 0.000000409 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 9496251 T C - - - - - - 31 0 0 38 5 13.2 21 1 4.8 53 2 3.8 58 12 20.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 2 0.515680268 3.475019401 2 1 0 2 1 1 0 1 1 1 0.484319732 0.524980599 NA NA 1 2 NA NA 0 2 NA NA 0.515680268 0.475019401 1.389142857 1.389142857 1 0.516129032 0.516129032 1 0.5931685 0.5931685 1 1.356090437 1.356090437 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.00000137 1 0.099912572 1 0.029108399 1 1.76E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 13977996 C A - - - - - - 23 0 0 33 4 12.1 27 6 22.2 69 6 8.7 60 23 38.3 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3.703345041 0.515680268 3.475019401 2 2 0 2 1 1 0 1 1 0.296654959 0.484319732 0.524980599 NA 3 1 2 NA 1 0 2 NA 0.703345041 0.515680268 0.475019401 1.273380952 1.273380952 1 2.765239373 1.022895462 2.703345041 1.35804367 1.35804367 1 2.509094867 1.254547434 2 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.0000228 1 4.23E-09 1 0.00000143 1 2.33E-37 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 15798226 C T CELA2B CCDS30605.1 r.? - - upstream 32 0 0 35 6 17.1 27 4 14.8 68 8 11.8 67 15 22.4 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3.703345041 1.574506988 4 2 2 0 3 0 1 0 1 1 0.296654959 -0.574506988 1 NA 3 1 NA NA 1 0 NA NA 0.703345041 1.574506988 NA 1.628571429 1.628571429 1 1.843492915 1.843492915 1 1.966885842 1.249207439 1.574506988 1.585055838 0.792527919 2 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 2.24E-08 1 0.00001 1 2.21E-09 1 8.27E-21 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 15991717 A G DDI2 CCDS30607.1 r.6803a>g c.? p.? 3'UTR variant 20 0 0 42 11 26.2 22 3 13.6 42 1 2.4 47 8 17 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 3.703345041 1.574506988 4 2 2 0 3 0 1 0 1 1 0.296654959 -0.574506988 1 NA 3 1 NA NA 1 0 NA NA 0.703345041 1.574506988 NA 2.495238095 1.247619048 2 1.694020517 1.694020517 1 0.400044578 NA 0 1.202944162 1.202944162 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1.81E-16 1 0.000179267 1 0.189842622 1 1.03E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 16208400 C T SPEN CCDS164.1 r.? - - intronic 32 0 0 38 6 15.8 25 3 12 58 4 6.9 58 10 17.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3.703345041 1.574506988 4 2 2 0 3 0 1 0 1 1 0.296654959 -0.574506988 1 NA 3 1 NA NA 1 0 NA NA 0.703345041 1.574506988 NA 1.504761905 1.504761905 1 1.494723986 1.494723986 1 1.150128162 1.150128162 1 1.217096447 1.217096447 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 3.76E-08 1 0.00026475 1 0.000213772 1 4.1E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 16411716 G A - - - - - - 27 0 0 47 5 10.6 28 2 7.1 34 2 5.9 65 11 16.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3.703345041 1.574506988 4 2 2 0 3 0 1 0 1 1 0.296654959 -0.574506988 1 NA 3 1 NA NA 1 0 NA NA 0.703345041 1.574506988 NA 1.00952381 1.00952381 1 0.884378358 0.884378358 1 0.983442921 0.983442921 1 1.19586802 1.19586802 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.00000402 1 0.008668191 1 0.012612579 1 3.41E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 17080008 C T - - - - - - 11 0 0 22 4 18.2 8 3 37.5 17 7 41.2 28 9 32.1 0 0 NA 0 0 NA 2 2 100 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3.703345041 1.574506988 2.25962316 2 2 0 1 0 1 0 1 1 0.296654959 -0.574506988 0.74037684 NA 3 1 2 NA 1 0 1 NA 0.703345041 1.574506988 0.25962316 1.733333333 1.733333333 1 4.671012455 1.727863955 2.703345041 6.867431922 4.361639532 1.574506988 1.712780659 1.712780659 1 NA NA 0 12.45603321 4.607637215 2.703345041 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.00000425 1 0.00000687 0.000025 1.45E-12 1 1.24E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 18101430 C T ACTL8 CCDS183.1 r.? - - intronic 30 0 0 29 4 13.8 15 2 13.3 20 0 0 55 15 27.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 3.703345041 1.574506988 2.25962316 1 2 0 1 1 1 0 1 1 0.296654959 -0.574506988 0.74037684 NA 3 1 2 NA 1 0 1 NA 0.703345041 1.574506988 0.25962316 1.314285714 1.314285714 1 1.656652417 1.656652417 1 0 NA 0 1.456663925 1.456663925 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.0000134 1 0.002513772 1 1 1 3.01E-22 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 28105384 C G STX12 CCDS310.1 r.? - - intronic 25 0 0 39 4 10.3 32 2 6.2 60 0 0 58 15 25.9 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.653602509 3.703345041 1.574506988 3.576127969 2 2 0 2 1 1 0 1 0.346397491 0.296654959 -0.574506988 0.423872031 3 3 1 3 1 1 0 1 0.653602509 0.703345041 1.574506988 0.576127969 1.151273439 1.151273439 1 0.772274059 0.772274059 1 0 NA 0 1.722937956 1.093145982 1.576127969 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.0000447 1 0.011224977 1 1 1 7.42E-22 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 28975179 C T RNU11 ENST00000387069 r.68c>u - - non-coding variant 40 0 0 46 5 10.9 25 5 20 64 4 6.2 53 8 15.1 91 1 1.1 267 89 33.3 70 0 0 239 33 13.8 222 45 20.3 TRUE FALSE 3.653602509 3.703345041 1.574506988 3.576127969 2 2 0 2 1 1 0 1 0.346397491 0.296654959 -0.574506988 0.423872031 3 3 1 3 1 1 0 1 0.653602509 0.703345041 1.574506988 0.576127969 1.218337912 1.218337912 1 2.491206643 0.921527443 2.703345041 1.033448493 1.033448493 1 1.004492785 1.004492785 1 3.722078207 1.402650998 2.653602509 0 NA 0 2.300256323 1.460937513 1.574506988 1.35041083 0.856790094 1.576127969 8 NA 1 0.366275718 0.00000361 2.22E-133 0.000000153 1 0.000312605 1.49E-36 2.83E-10 3.19E-57 YES 1_1 1_0 1_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b 1 30204929 G A - - - - - - 35 0 0 41 7 17.1 20 3 15 55 4 7.3 67 12 17.9 113 0 0 360 40 11.1 64 0 0 221 10 4.5 256 37 14.5 TRUE TRUE 3.653602509 3.703345041 1.574506988 3.576127969 2 2 0 2 1 1 0 1 0.346397491 0.296654959 -0.574506988 0.423872031 3 3 1 3 1 1 0 1 0.653602509 0.703345041 1.574506988 0.576127969 1.911337458 1.911337458 1 1.868404982 1.868404982 1 1.216802258 1.216802258 1 1.190756348 1.190756348 1 1.240692736 1.240692736 1 0 0 1 0.750083584 0.750083584 1 0.964579165 0.964579165 1 8 14 1 1 1.51E-09 4.39E-40 0.0001337 1 0.000173903 0.000000234 1.14E-15 1.5E-41 YES 1_1 1_0 1_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b 1 30783022 A T - - - - - - 24 0 0 31 4 12.9 22 4 18.2 61 7 11.5 70 15 21.4 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.653602509 3.703345041 1.574506988 3.576127969 2 2 0 2 1 1 0 1 0.346397491 0.296654959 -0.574506988 0.423872031 3 3 1 3 1 1 0 1 0.653602509 0.703345041 1.574506988 0.576127969 1.441886152 1.441886152 1 2.266998045 2.266998045 1 1.916880269 1.916880269 1 1.423585802 1.423585802 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.0000177 1 0.00000425 1 2.69E-08 1 1.7E-20 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 32916799 G A - - - - - - 42 0 0 38 6 15.8 29 6 20.7 63 0 0 61 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.653602509 3.703345041 1.574506988 3.576127969 2 2 0 2 1 1 0 1 0.346397491 0.296654959 -0.574506988 0.423872031 3 3 1 3 1 1 0 1 0.653602509 0.703345041 1.574506988 0.576127969 1.766031101 1.766031101 1 2.578398875 0.953780903 2.703345041 0 NA 0 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 3.76E-08 1 6.72E-09 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 34304494 G C CSMD2 CCDS380.1 r.? - - intronic 20 0 0 37 4 10.8 13 1 7.7 69 0 0 59 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.653602509 3.703345041 1.574506988 3.576127969 2 2 0 2 1 1 0 1 0.346397491 0.296654959 -0.574506988 0.423872031 3 3 1 3 1 1 0 1 0.653602509 0.703345041 1.574506988 0.576127969 1.2071605 1.2071605 1 0.959114557 0.959114557 1 0 NA 0 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.0000362 1 0.063085307 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 36471723 A T EIF2C3 CCDS399.1 r.? - - intronic 32 0 0 39 5 12.8 25 0 0 54 0 0 62 0 0 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.653602509 3.703345041 1.574506988 3.576127969 2 2 0 2 1 1 0 1 0.346397491 0.296654959 -0.574506988 0.423872031 3 3 1 3 1 1 0 1 0.653602509 0.703345041 1.574506988 0.576127969 1.43070874 1.43070874 1 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.00000156 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 37832821 G T - - - - - - 33 0 0 48 4 8.3 20 1 5 66 3 4.5 64 12 18.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.653602509 3.703345041 1.574506988 3.576127969 2 2 0 2 1 1 0 1 0.346397491 0.296654959 -0.574506988 0.423872031 3 3 1 3 1 1 0 1 0.653602509 0.703345041 1.574506988 0.576127969 0.927725199 0.927725199 1 0.622801661 0.622801661 1 0.750083584 0.750083584 1 1.250626779 1.250626779 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000102016 1 0.09538952 1 0.004522888 1 6.3E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 40510244 C G CAP1 CCDS41309.1 r.? - - intronic 25 0 0 44 4 9.1 21 3 14.3 51 4 7.8 58 6 10.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.653602509 3.703345041 1.574506988 3.576127969 2 2 0 2 1 1 0 1 0.346397491 0.296654959 -0.574506988 0.423872031 3 3 1 3 1 1 0 1 0.653602509 0.703345041 1.574506988 0.576127969 1.017144495 1.017144495 1 1.781212749 1.781212749 1 1.300144878 1.300144878 1 0.68518382 0.68518382 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.0000723 1 0.000155401 1 0.000129466 1 0.000000506 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 41553365 C T SCMH1 CCDS30688.1 r.? - - intronic 35 0 0 30 5 16.7 20 1 5 70 5 7.1 65 9 13.8 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.653602509 3.703345041 1.574506988 3.576127969 2 2 0 2 1 1 0 1 0.346397491 0.296654959 -0.574506988 0.423872031 3 3 1 3 1 1 0 1 0.653602509 0.703345041 1.574506988 0.576127969 1.866627809 1.866627809 1 0.622801661 0.622801661 1 1.18346521 1.18346521 1 0.918013274 0.918013274 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000000401 1 0.09538952 1 0.0000289 1 4.85E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 42324309 A G HIVEP3 CCDS44124.1 r.? - - intronic 29 0 0 30 4 13.3 18 2 11.1 68 1 1.5 60 7 11.7 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.653602509 3.703345041 1.574506988 3.576127969 2 2 0 2 1 1 0 1 0.346397491 0.296654959 -0.574506988 0.423872031 3 3 1 3 1 1 0 1 0.653602509 0.703345041 1.574506988 0.576127969 1.4865958 1.4865958 1 1.382619687 1.382619687 1 0.250027861 NA 0 0.778315602 0.778315602 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.0000154 1 0.003626632 1 0.288836448 1 2.39E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 42726039 A G FOXJ3 CCDS30689.1 r.? - - intronic 35 0 0 47 11 23.4 29 4 13.8 72 8 11.1 81 17 21 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.653602509 3.703345041 1.574506988 3.576127969 2 2 0 2 1 1 0 1 0.346397491 0.296654959 -0.574506988 0.423872031 3 3 1 3 1 1 0 1 0.653602509 0.703345041 1.574506988 0.576127969 2.615514416 0.985646647 2.653602509 1.718932583 1.718932583 1 1.850206173 1.850206173 1 1.396976721 1.396976721 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 7.21E-16 1 0.0000134 1 3.52E-09 1 7.24E-23 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 43991373 G A - - - - - - 24 0 0 44 7 15.9 13 1 7.7 33 5 15.2 54 11 20.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.653602509 3.703345041 1.574506988 3.576127969 2 2 0 2 1 1 0 1 0.346397491 0.296654959 -0.574506988 0.423872031 3 3 1 3 1 1 0 1 0.653602509 0.703345041 1.574506988 0.576127969 1.777208513 1.777208513 1 0.959114557 0.959114557 1 2.53361566 1.609148565 1.574506988 1.357063101 1.357063101 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 2.55E-09 1 0.063085307 1 0.00000066 1 3.84E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 45482098 G C ZSWIM5 CCDS41319.1 r.5792c>g c.? p.? 3'UTR variant 25 0 0 41 4 9.8 22 3 13.6 64 5 7.8 67 6 9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.653602509 3.703345041 1.574506988 3.576127969 2 2 0 2 1 1 0 1 0.346397491 0.296654959 -0.574506988 0.423872031 3 3 1 3 1 1 0 1 0.653602509 0.703345041 1.574506988 0.576127969 1.095386379 1.095386379 1 1.694020517 1.694020517 1 1.300144878 1.300144878 1 0.598704309 0.598704309 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.0000546 1 0.000179267 1 0.0000186 1 0.0000012 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 46314608 C A MAST2 CCDS41326.1 r.? - - intronic 31 0 0 45 4 8.9 25 1 4 77 5 6.5 55 9 16.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.653602509 3.703345041 1.574506988 3.576127969 2 2 0 2 1 1 0 1 0.346397491 0.296654959 -0.574506988 0.423872031 3 3 1 3 1 1 0 1 0.653602509 0.703345041 1.574506988 0.576127969 0.994789671 0.994789671 1 0.498241329 0.498241329 1 1.083454065 1.083454065 1 1.090972297 1.090972297 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.0000791 1 0.117779757 1 0.0000458 1 1.01E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 48820231 A G SPATA6 CCDS551.1 r.? - - intronic 36 0 0 47 6 12.8 26 1 3.8 65 1 1.5 70 14 20 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.653602509 3.703345041 1.574506988 3.576127969 2 2 0 2 1 1 0 1 0.346397491 0.296654959 -0.574506988 0.423872031 3 3 1 3 1 1 0 1 0.653602509 0.703345041 1.574506988 0.576127969 1.43070874 1.43070874 1 0.473329262 0.473329262 1 0.250027861 NA 0 1.33045402 1.33045402 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000000141 1 0.122190858 1 0.278061424 1 9.08E-19 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 50023695 C T AGBL4 CCDS44137.1 r.? - - intronic 42 0 0 44 6 13.6 14 3 21.4 72 2 2.8 56 6 10.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.653602509 3.703345041 1.574506988 3.576127969 2 2 0 2 1 1 0 1 0.346397491 0.296654959 -0.574506988 0.423872031 3 3 1 3 1 1 0 1 0.653602509 0.703345041 1.574506988 0.576127969 1.520128036 1.520128036 1 2.665591108 2.665591108 1 0.466718674 0.466718674 1 0.711792901 0.711792901 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 9.37E-08 1 0.0000437 1 0.050755634 1 0.000000409 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 50307887 G C AGBL4 CCDS44137.1 r.? - - intronic 25 0 0 39 4 10.3 17 2 11.8 20 3 15 84 10 11.9 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.653602509 3.703345041 1.574506988 3.576127969 2 2 0 2 1 1 0 1 0.346397491 0.296654959 -0.574506988 0.423872031 3 3 1 3 1 1 0 1 0.653602509 0.703345041 1.574506988 0.576127969 1.151273439 1.151273439 1 1.469811919 1.469811919 1 2.500278612 2.500278612 1 0.791620142 0.791620142 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.0000447 1 0.003234386 1 0.0001337 1 1.93E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 50346841 C T AGBL4 CCDS44137.1 r.? - - intronic 33 0 0 25 4 16 24 1 4.2 49 1 2 51 12 23.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.653602509 3.703345041 1.574506988 3.576127969 2 2 0 2 1 1 0 1 0.346397491 0.296654959 -0.574506988 0.423872031 3 3 1 3 1 1 0 1 0.653602509 0.703345041 1.574506988 0.576127969 1.788385925 1.788385925 1 0.523153395 0.523153395 1 0.333370482 NA 0 1.563283474 1.563283474 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.00000727 1 0.113346489 1 0.217776325 1 3.24E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 50403199 C G AGBL4 CCDS44137.1 r.? - - intronic 25 0 0 33 4 12.1 18 1 5.6 46 0 0 37 6 16.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.653602509 3.703345041 1.574506988 3.576127969 2 2 0 2 1 1 0 1 0.346397491 0.296654959 -0.574506988 0.423872031 3 3 1 3 1 1 0 1 0.653602509 0.703345041 1.574506988 0.576127969 1.352466856 1.352466856 1 0.69753786 0.69753786 1 0 NA 0 1.077667756 1.077667756 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.0000228 1 0.086275114 1 1 1 3.18E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 50431135 C T AGBL4 CCDS44137.1 r.? - - intronic 31 0 0 39 5 12.8 30 0 0 66 3 4.5 74 9 12.2 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.653602509 3.703345041 1.574506988 3.576127969 2 2 0 2 1 1 0 1 0.346397491 0.296654959 -0.574506988 0.423872031 3 3 1 3 1 1 0 1 0.653602509 0.703345041 1.574506988 0.576127969 1.43070874 1.43070874 1 0 0 1 0.750083584 0.750083584 1 0.811576952 0.811576952 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.00000156 1 1 1 0.004522888 1 1.61E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 50717552 C T - - - - - - 29 0 0 33 5 15.2 19 1 5.3 22 0 0 47 1 2.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.653602509 3.703345041 1.574506988 3.576127969 2 2 0 2 1 1 0 1 0.346397491 0.296654959 -0.574506988 0.423872031 3 3 1 3 1 1 0 1 0.653602509 0.703345041 1.574506988 0.576127969 1.698966629 1.698966629 1 0.66016976 0.66016976 1 0 NA 0 0.139697672 0.139697672 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.00000066 1 0.090843738 1 1 1 0.209895027 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 51653841 G A - - - - - - 34 0 0 40 14 35 15 2 13.3 59 5 8.5 62 23 37.1 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.653602509 3.703345041 1.574506988 3.576127969 2 2 0 2 1 1 0 1 0.346397491 0.296654959 -0.574506988 0.423872031 3 3 1 3 1 1 0 1 0.653602509 0.703345041 1.574506988 0.576127969 3.912094211 1.474257806 2.653602509 1.656652417 1.656652417 1 1.416824547 1.416824547 1 2.467992207 0.958023917 2.576127969 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 1.25E-22 1 0.002513772 1 0.0000125 1 5.9E-37 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 53424872 T A SCP2 CCDS572.1 r.? - - intronic 32 0 0 35 3 8.6 31 0 0 39 0 0 65 1 1.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.653602509 3.703345041 1.574506988 3.576127969 2 2 0 2 1 1 0 1 0.346397491 0.296654959 -0.574506988 0.423872031 3 3 1 3 1 1 0 1 0.653602509 0.703345041 1.574506988 0.576127969 0.961257435 0.961257435 1 0 0 1 0 NA 0 0.099784052 0.099784052 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000725791 1 1 1 1 1 0.278061424 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 53452317 G A SCP2 CCDS572.1 r.? - - intronic 33 0 0 49 8 16.3 27 1 3.7 75 2 2.7 53 9 17 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.653602509 3.703345041 1.574506988 3.576127969 2 2 0 2 1 1 0 1 0.346397491 0.296654959 -0.574506988 0.423872031 3 3 1 3 1 1 0 1 0.653602509 0.703345041 1.574506988 0.576127969 1.821918161 1.821918161 1 0.460873229 0.460873229 1 0.45005015 0.45005015 1 1.130885917 1.130885917 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 1.47E-10 1 0.126579904 1 0.054571821 1 7.1E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 54009746 G A GLIS1 CCDS582.1 r.? - - intronic 22 0 0 29 11 37.9 24 6 25 12 2 16.7 60 24 40 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.653602509 3.703345041 1.574506988 3.576127969 2 2 0 2 1 1 0 1 0.346397491 0.296654959 -0.574506988 0.423872031 3 3 1 3 1 1 0 1 0.653602509 0.703345041 1.574506988 0.576127969 4.23623916 1.596410595 2.653602509 3.114008303 1.151909304 2.703345041 2.783643522 2.783643522 1 2.66090804 1.032909884 2.576127969 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 1.56E-18 1 1.95E-09 1 0.001595918 1 1.81E-39 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 57103657 C A - - - - - - 27 0 0 28 6 21.4 15 2 13.3 69 3 4.3 49 7 14.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 7 2.591299246 2 2 4 1 1 1 3 1 1 1 1 0.408700754 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.591299246 2.252095238 1.126047619 2 1.563107527 1.563107527 1 0.950042735 0.950042735 1 0.810444117 0.810444117 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 5.36E-09 1 0.002513772 1 0.005121501 1 5.58E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 57284397 T A C1orf168 CCDS30729.1 r.? - - intronic 20 0 0 36 7 19.4 21 3 14.3 42 3 7.1 45 14 31.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 7 2.591299246 2 2 4 1 1 1 3 1 1 1 1 0.408700754 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.591299246 2.041619048 1.020809524 2 1.680634409 1.680634409 1 1.568675214 1.568675214 1 1.762574269 1.10763219 1.591299246 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 5.74E-10 1 0.000155401 1 0.001240292 1 8.81E-22 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 58307842 A G DAB1 CCDS607.1 r.? - - intronic 31 0 0 40 4 10 24 0 0 60 3 5 45 6 13.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 7 2.591299246 2 2 4 1 1 1 3 1 1 1 1 0.408700754 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.591299246 1.052380952 1.052380952 1 0 0 1 1.104700855 1.104700855 1 0.753769703 0.753769703 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.0000495 1 1 1 0.003458198 1 0.000000108 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 61338994 G A NFIA ENST00000371191 r.? - - intronic 44 0 0 34 6 17.6 22 7 31.8 58 5 8.6 51 15 29.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 7 2.591299246 2 2 4 1 1 1 3 1 1 1 1 0.408700754 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.591299246 1.852190476 1.852190476 1 3.737354839 1.868677419 2 1.90008547 1.90008547 1 1.666227765 1.047086379 1.591299246 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 1.86E-08 1 1.25E-11 1 0.0000115 1 8.22E-23 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 62520356 G C INADL CCDS617.2 r.? - - intronic 34 0 0 37 6 16.2 23 0 0 51 0 0 54 4 7.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 7 2.591299246 2 2 4 1 1 1 3 1 1 1 1 0.408700754 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.591299246 1.704857143 1.704857143 1 0 0 1 0 0 1 0.419390662 0.709269739 0.591299246 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 3.18E-08 1 1 1 1 1 0.000161898 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 62669282 G A L1TD1 ENST00000498273 r.? - - intronic 33 0 0 30 8 26.7 23 4 17.4 29 8 27.6 51 12 23.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 TRUE FALSE 3 3 7 2.591299246 2 2 4 1 1 1 3 1 1 1 1 0.408700754 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.591299246 2.809857143 1.404928571 2 2.044967742 2.044967742 1 6.097948718 1.524487179 4 1.331848724 1.331848724 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 0 NA 0 8 NA 1 1 2.07E-12 1 0.00000513 1 1.53E-12 1 3.24E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 63618739 C G - - - - - - 19 0 0 51 5 9.8 21 3 14.3 72 0 0 59 13 22 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 7 2.591299246 2 2 4 1 1 1 3 1 1 1 1 0.408700754 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.591299246 1.031333333 1.031333333 1 1.680634409 1.680634409 1 0 0 1 1.246837103 1.246837103 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.00000606 1 0.000155401 1 1 1 3.99E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 63938315 T G ITGB3BP CCDS30736.1 r.? - - intronic 35 0 0 28 3 10.7 18 0 0 12 0 0 59 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 7 2.591299246 2 2 4 1 1 1 3 1 1 1 1 0.408700754 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.591299246 1.126047619 1.126047619 1 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000372895 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 65526531 T C AC099680.1 ENST00000500320 r.? - - intronic 32 0 0 41 9 22 21 1 4.8 62 3 4.8 60 17 28.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 FALSE FALSE 3 3 7 2.591299246 2 2 4 1 1 1 3 1 1 1 1 0.408700754 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.591299246 2.315238095 1.157619048 2 0.564129032 NA 0 1.060512821 1.060512821 1 1.60388591 1.007909678 1.591299246 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 1 1 5.92E-13 1 0.099912572 1 0.003793816 1 2.41E-25 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 67140393 C T SGIP1 CCDS30744.1 r.? - - intronic 32 0 0 35 4 11.4 22 3 13.6 64 3 4.7 55 6 10.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 TRUE FALSE 3 3 7 2.591299246 2 2 4 1 1 1 3 1 1 1 1 0.408700754 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.591299246 1.199714286 1.199714286 1 1.598365591 1.598365591 1 1.038418803 1.038418803 1 0.61775111 0.61775111 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 0 NA 0 8 NA 1 1 0.0000289 1 0.000179267 1 0.004148608 1 0.000000367 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 68637177 A C WLS CCDS642.1 r.? - - intronic 37 0 0 43 8 18.6 24 3 12.5 69 7 10.1 58 17 29.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 7 2.591299246 2 2 4 1 1 1 3 1 1 1 1 0.408700754 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.591299246 1.957428571 0.978714286 2 1.469086022 1.469086022 1 2.231495726 1.115747863 2 1.660560324 1.043524861 1.591299246 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 4.85E-11 1 0.000233853 1 6.43E-08 1 1.24E-25 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 69935047 A G - - - - - - 33 0 0 37 5 13.5 17 2 11.8 56 3 5.4 61 12 19.7 242 0 0 376 45 12 100 2 2 474 25 5.3 326 54 16.6 TRUE FALSE 3 3 7 2.591299246 2 2 4 1 1 1 3 1 1 1 1 0.408700754 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.591299246 1.420714286 1.420714286 1 1.386817204 1.386817204 1 1.193076923 1.193076923 1 1.116485951 1.116485951 1 1.262857143 1.262857143 1 0.235053763 NA 0 1.170982906 1.170982906 1 0.940795269 0.940795269 1 8 NA 1 1 0.00000119 2.31E-46 0.003234386 0.089822309 0.00284314 9.12E-18 3.39E-16 3.12E-63 YES 1_1 1_0 1_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b 1 70725932 C T ANKRD13C CCDS648.2 r.? - - downstream 43 0 0 53 10 18.9 28 0 0 69 0 0 55 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 7 2.591299246 2 2 4 1 1 1 3 1 1 1 1 0.408700754 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.591299246 1.989 0.9945 2 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1.57E-13 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 72267963 A G NEGR1 CCDS661.1 r.? - - intronic 40 0 0 38 6 15.8 24 3 12.5 69 3 4.3 45 5 11.1 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 7 2.591299246 2 2 4 1 1 1 3 1 1 1 1 0.408700754 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.591299246 1.662761905 1.662761905 1 1.469086022 1.469086022 1 0.950042735 0.950042735 1 0.629085993 0.629085993 1 NA NA 0 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 3.76E-08 1 0.000233853 1 0.005121501 1 0.00000323 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 73027239 G C - - - - - - 30 0 0 36 8 22.2 17 1 5.9 86 0 0 53 4 7.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 7 2.591299246 2 2 4 1 1 1 3 1 1 1 1 0.408700754 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.591299246 2.336285714 1.168142857 2 0.693408602 0.693408602 1 0 0 1 0.425058103 0.718854465 0.591299246 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 1.04E-11 1 0.081683532 1 1 1 0.000150502 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 73247899 A T - - - - - - 36 0 0 34 5 14.7 24 2 8.3 60 4 6.7 47 14 29.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 7 2.591299246 2 2 4 1 1 1 3 1 1 1 1 0.408700754 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.591299246 1.547 1.547 1 0.975473118 0.975473118 1 1.480299145 1.480299145 1 1.688897531 1.061332452 1.591299246 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000000771 1 0.006413403 1 0.000243755 1 1.79E-21 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 73776163 A T - - - - - - 29 0 0 24 5 20.8 20 2 10 68 6 8.8 61 21 34.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 7 2.591299246 2 2 4 1 1 1 3 1 1 1 1 0.408700754 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.591299246 2.188952381 2.188952381 1 1.175268817 1.175268817 1 1.944273504 1.944273504 1 1.949599834 1.225162294 1.591299246 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000000123 1 0.004473894 1 0.00000131 1 4.8E-33 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 74758974 T C TNNI3K CCDS44161.1 r.? - - intronic 31 0 0 28 5 17.9 15 1 6.7 50 1 2 49 11 22.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 7 2.591299246 2 2 4 1 1 1 3 1 1 1 1 0.408700754 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.591299246 1.883761905 1.883761905 1 0.787430108 0.787430108 1 0.441880342 0.441880342 1 1.269506869 1.269506869 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000000279 1 0.072431031 1 0.221687443 1 1.19E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 75753759 C T SLC44A5 CCDS667.1 r.? - - intronic 27 0 0 44 16 36.4 22 2 9.1 71 7 9.9 52 19 36.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 7 2.591299246 2 2 4 1 1 1 3 1 1 1 1 0.408700754 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.591299246 3.830666667 1.915333333 2 1.069494624 1.069494624 1 2.187307692 1.093653846 2 2.068616103 1.299954178 1.591299246 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 5.57E-26 1 0.005403392 1 7.85E-08 1 1.24E-30 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 77986970 G A AK5 CCDS676.1 r.? - - intronic 31 0 0 40 8 20 16 2 12.5 18 0 0 47 6 12.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 7 2.591299246 2 2 4 1 1 1 3 1 1 1 1 0.408700754 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.591299246 2.104761905 1.052380952 2 1.469086022 1.469086022 1 0 0 1 0.725432496 0.725432496 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 2.61E-11 1 0.002863359 1 1 1 0.000000141 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 78626413 T C - - - - - - 38 0 0 27 8 29.6 19 4 21.1 54 3 5.6 47 14 29.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 7 2.591299246 2 2 4 1 1 1 3 1 1 1 1 0.408700754 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.591299246 3.115047619 1.55752381 2 2.479817204 2.479817204 1 1.237264957 1.237264957 1 1.688897531 1.061332452 1.591299246 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 7.97E-13 1 0.00000228 1 0.00256299 1 1.79E-21 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 78758829 G C - - - - - - 29 0 0 33 4 12.1 19 3 15.8 61 2 3.3 41 8 19.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 7 2.591299246 2 2 4 1 1 1 3 1 1 1 1 0.408700754 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.591299246 1.273380952 1.273380952 1 1.856924731 1.856924731 1 0.729102564 0.729102564 1 1.105151069 1.105151069 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.0000228 1 0.000114071 1 0.037660755 1 3.22E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 79940625 A G - - - - - - 33 0 0 32 7 21.9 23 4 17.4 72 4 5.6 49 9 18.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 7 2.591299246 2 2 4 1 1 1 3 1 1 1 1 0.408700754 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.591299246 2.304714286 1.152357143 2 2.044967742 2.044967742 1 1.237264957 1.237264957 1 1.042809214 1.042809214 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 2.36E-10 1 0.00000513 1 0.000490365 1 3.35E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 80426288 T A - - - - - - 32 0 0 37 5 13.5 19 1 5.3 74 2 2.7 61 7 11.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 7 2.591299246 2 2 4 1 1 1 3 1 1 1 1 0.408700754 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.591299246 1.420714286 1.420714286 1 0.622892473 0.622892473 1 0.596538462 0.596538462 1 0.651755758 0.651755758 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.00000119 1 0.090843738 1 0.053288733 1 2.69E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 80576724 C T - - - - - - 39 0 0 46 5 10.9 25 3 12 79 7 8.9 44 8 18.2 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 7 2.591299246 2 2 4 1 1 1 3 1 1 1 1 0.408700754 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.591299246 1.147095238 1.147095238 1 1.410322581 1.410322581 1 1.966367521 1.966367521 1 1.031474331 1.031474331 1 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.00000361 1 0.00026475 1 0.000000165 1 5.9E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 80626114 T A - - - - - - 35 0 0 33 6 18.2 19 1 5.3 78 4 5.1 54 4 7.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 7 2.591299246 2 2 4 1 1 1 3 1 1 1 1 0.408700754 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.591299246 1.915333333 1.915333333 1 0.622892473 0.622892473 1 1.126794872 1.126794872 1 0.419390662 0.709269739 0.591299246 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 1.54E-08 1 0.090843738 1 0.000663934 1 0.000161898 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 81519968 T A - - - - - - 33 0 0 36 9 25 20 1 5 70 2 2.9 46 7 15.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 7 2.591299246 2 2 4 1 1 1 3 1 1 1 1 0.408700754 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.591299246 2.630952381 1.31547619 2 0.587634409 0.587634409 1 0.640726496 0.640726496 1 0.861451089 0.861451089 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 1.63E-13 1 0.09538952 1 0.048267597 1 3.53E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 82724000 C T - - - - - - 26 0 0 40 6 15 19 2 10.5 73 3 4.1 47 7 14.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 7 2.591299246 2 2 4 1 1 1 3 1 1 1 1 0.408700754 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.591299246 1.578571429 1.578571429 1 1.234032258 1.234032258 1 0.905854701 0.905854701 1 0.844448765 0.844448765 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 5.18E-08 1 0.004039874 1 0.005990531 1 4.12E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 83074100 C G - - - - - - 22 0 0 26 5 19.2 19 0 0 49 0 0 50 7 14 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 7 2.591299246 2 2 4 1 1 1 3 1 1 1 1 0.408700754 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.591299246 2.020571429 2.020571429 1 0 0 1 0 0 1 0.793441793 0.793441793 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.000000188 1 1 1 1 1 6.46E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 83917194 C T - - - - - - 21 0 0 25 6 24 13 2 15.4 44 3 6.8 40 10 25 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 7 2.591299246 2 2 4 1 1 1 3 1 1 1 1 0.408700754 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.591299246 2.525714286 1.262857143 2 1.809913978 1.809913978 1 1.502393162 1.502393162 1 1.416860345 1.416860345 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 2.55E-09 1 0.001879825 1 0.00142027 1 7.22E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 87697296 C T - - - - - - 33 0 0 33 4 12.1 20 2 10 34 3 8.8 44 3 6.8 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 7 2.591299246 2 2 4 1 1 1 3 1 1 1 1 0.408700754 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.591299246 1.273380952 1.273380952 1 1.175268817 1.175268817 1 1.944273504 1.944273504 1 0.385386014 0.651761382 0.591299246 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.0000228 1 0.004473894 1 0.000666058 1 0.00142027 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 87912239 G T - - - - - - 32 0 0 40 7 17.5 27 1 3.7 58 4 6.9 44 9 20.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 7 2.591299246 2 2 4 1 1 1 3 1 1 1 1 0.408700754 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.591299246 1.841666667 1.841666667 1 0.434849462 0.434849462 1 1.524487179 1.524487179 1 1.161825482 1.161825482 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 1.26E-09 1 0.126579904 1 0.000213772 1 1.18E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 88460496 C T - - - - - - 28 0 0 36 8 22.2 23 6 26.1 68 4 5.9 66 15 22.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 7 2.591299246 2 2 4 1 1 1 3 1 1 1 1 0.408700754 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.591299246 2.336285714 1.168142857 2 3.067451613 1.533725806 2 1.303547009 1.303547009 1 1.286509193 1.286509193 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 1.04E-11 1 1.47E-09 1 0.000394372 1 6.45E-21 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 89476738 C T GBP3 CCDS717.2 r.1416g>a c.1211G>A p.R404H missense 29 0 0 54 5 9.3 21 2 9.5 65 0 0 51 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 7 2.591299246 2 2 4 1 1 1 3 1 1 1 1 0.408700754 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.591299246 0.978714286 0.978714286 1 1.116505376 1.116505376 1 0 0 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.00000806 1 0.004928472 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 92098984 A C - - - - - - 33 0 0 38 9 23.7 24 5 20.8 57 4 7 32 5 15.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 7 2.591299246 2 2 4 1 1 1 3 1 1 1 1 0.408700754 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.591299246 2.494142857 1.247071429 2 2.44455914 1.22227957 2 1.546581197 1.546581197 1 0.884120855 0.884120855 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 2.79E-13 1 0.000000123 1 0.000199821 1 0.000000562 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 93845353 G C - - - - - - 26 0 0 49 6 12.2 20 1 5 66 7 10.6 58 12 20.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 7 2.591299246 2 2 4 1 1 1 3 1 1 1 1 0.408700754 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.591299246 1.283904762 1.283904762 1 0.587634409 0.587634409 1 2.341965812 1.170982906 2 1.173160365 1.173160365 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000000182 1 0.09538952 1 0.000000047 1 1.76E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 94253032 T C BCAR3 CCDS745.1 r.? - - intronic 32 0 0 39 12 30.8 25 4 16 73 9 12.3 53 17 32.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 7 2.591299246 2 2 4 1 1 1 3 1 1 1 1 0.408700754 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.591299246 3.241333333 1.620666667 2 1.880430108 1.880430108 1 2.717564103 0.905854701 3 1.819248682 1.143247373 1.591299246 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 8.43E-19 1 0.00000727 1 1.42E-10 1 2.08E-26 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 94601867 T A - - - - - - 26 0 0 38 5 13.2 23 0 0 69 2 2.9 49 3 6.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 7 2.591299246 2 2 4 1 1 1 3 1 1 1 1 0.408700754 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.591299246 1.389142857 1.389142857 1 0 0 1 0.640726496 0.640726496 1 0.345713924 0.584668298 0.591299246 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.00000137 1 1 1 0.04704084 1 0.001939399 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 97154187 T C - - - - - - 28 0 0 39 4 10.3 29 2 6.9 66 0 0 44 5 11.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 7 2.591299246 2 2 4 1 1 1 3 1 1 1 1 0.408700754 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.591299246 1.083952381 1.083952381 1 0.810935484 0.810935484 1 0 0 1 0.646088317 0.646088317 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.0000447 1 0.009279585 1 1 1 0.00000288 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 97735534 A G DPYD CCDS30777.1 r.? - - intronic 33 0 0 41 5 12.2 33 3 9.1 83 12 14.5 63 5 7.9 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 7 2.591299246 2 2 4 1 1 1 3 1 1 1 1 0.408700754 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.591299246 1.283904762 1.283904762 1 1.069494624 1.069494624 1 3.203632479 1.067877493 3 0.447727869 0.75719337 0.591299246 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.00000202 1 0.000609557 1 1.7E-14 1 0.0000173 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 97845216 G A DPYD CCDS30777.1 r.? - - intronic 34 0 0 38 5 13.2 22 0 0 59 0 0 41 6 14.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 7 2.591299246 2 2 4 1 1 1 3 1 1 1 1 0.408700754 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.591299246 1.389142857 1.389142857 1 0 0 1 0 0 1 0.827446441 0.827446441 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.00000137 1 1 1 1 1 6.05E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 98653593 C G - - - - - - 35 0 0 37 7 18.9 19 3 15.8 86 0 0 65 6 9.2 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 7 2.591299246 2 2 4 1 1 1 3 1 1 1 1 0.408700754 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.591299246 1.989 0.9945 2 1.856924731 1.856924731 1 0 0 1 0.521404607 0.521404607 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 7.05E-10 1 0.000114071 1 1 1 0.000001 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 99218832 A G SNX7 CCDS755.2 r.? - - intronic 30 0 0 38 5 13.2 23 3 13 68 4 5.9 56 12 21.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 7 2.591299246 2 2 4 1 1 1 3 1 1 1 1 0.408700754 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.591299246 1.389142857 1.389142857 1 1.527849462 1.527849462 1 1.303547009 1.303547009 1 1.212832455 1.212832455 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.00000137 1 0.000205387 1 0.000394372 1 1.11E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 99369229 G A ENSG00000117598 CCDS30779.1 r.? - - intronic 39 0 0 38 7 18.4 13 0 0 70 12 17.1 57 18 31.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 7 2.591299246 2 2 4 1 1 1 3 1 1 1 1 0.408700754 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.591299246 1.936380952 1.936380952 1 0 0 1 3.778076923 0.944519231 4 1.790911475 1.125439781 1.591299246 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 8.61E-10 1 1 1 1.99E-15 1 9.84E-28 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 99615026 T C - - - - - - 36 0 0 30 4 13.3 15 0 0 65 3 4.6 45 8 17.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 7 2.591299246 2 2 4 1 1 1 3 1 1 1 1 0.408700754 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.591299246 1.399666667 1.399666667 1 0 0 1 1.016324786 1.016324786 1 1.008804565 1.008804565 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.0000154 1 1 1 0.004333293 1 7.14E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 99700579 C T - - - - - - 32 0 0 40 6 15 20 3 15 62 8 12.9 48 11 22.9 437 0 0 576 59 10.2 261 39 14.9 657 74 11.3 510 153 30 TRUE TRUE 3 3 7 2.591299246 2 2 4 1 1 1 3 1 1 1 1 0.408700754 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.591299246 1.578571429 1.578571429 1 1.762903226 1.762903226 1 2.850128205 0.950042735 3 1.297844076 1.297844076 1 1.073428571 1.073428571 1 1.751150538 0.875575269 2 2.496623932 0.832207977 3 1.700232413 1.068455489 1.591299246 8 12 1 1 5.18E-08 3.31E-56 0.0001337 2.69E-44 1.04E-09 3.95E-73 9.31E-16 1.14E-219 YES 1_1 1_1 1_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b 1 99832501 C T - - - - - - 46 0 0 41 8 19.5 26 6 23.1 70 8 11.4 50 16 32 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 7 2.591299246 2 2 4 1 1 1 3 1 1 1 1 0.408700754 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.591299246 2.052142857 1.026071429 2 2.714870968 1.357435484 2 2.518717949 0.83957265 3 1.813581241 1.139685854 1.591299246 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 3.22E-11 1 3.3E-09 1 2.8E-09 1 6.4E-25 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 101724751 C G - - - - - - 32 0 0 33 5 15.2 13 3 23.1 60 3 5 47 10 21.3 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 7 2.591299246 2 2 4 1 1 1 3 1 1 1 1 0.408700754 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.591299246 1.599619048 1.599619048 1 2.714870968 2.714870968 1 1.104700855 1.104700855 1 1.207165014 1.207165014 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.00000066 1 0.0000344 1 0.003458198 1 4.27E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 102741230 C G - - - - - - 32 0 0 51 5 9.8 23 0 0 70 4 5.7 49 5 10.2 0 0 NA 0 0 NA 2 2 100 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 7 2.591299246 2 2 4 1 1 1 3 1 1 1 1 0.408700754 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.591299246 1.031333333 1.031333333 1 0 0 1 1.259358974 1.259358974 1 0.578079021 0.578079021 1 NA NA 0 11.75268817 5.876344086 2 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.00000606 1 1 0.000025 0.000440508 1 0.00000496 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 102846869 A T - - - - - - 30 0 0 38 4 10.5 23 1 4.3 73 0 0 41 6 14.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 7 2.591299246 2 2 4 1 1 1 3 1 1 1 1 0.408700754 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.591299246 1.105 1.105 1 0.505365591 0.505365591 1 0 0 1 0.827446441 0.827446441 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.0000403 1 0.108890944 1 1 1 6.05E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 102886793 C G - - - - - - 25 0 0 36 4 11.1 24 2 8.3 84 1 1.2 52 6 11.5 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 7 2.591299246 2 2 4 1 1 1 3 1 1 1 1 0.408700754 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.591299246 1.168142857 1.168142857 1 0.975473118 0.975473118 1 0.265128205 0.265128205 1 0.651755758 0.651755758 1 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.0000324 1 0.006413403 1 0.343645023 1 0.000000261 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 103380252 T C COL11A1 CCDS779.1 r.4278+8a>g c.3960+8A>G p.? splice region 29 0 0 40 4 10 22 2 9.1 42 0 0 36 8 22.2 207 0 0 358 30 8.4 560 42 7.5 533 2 0.4 368 84 22.8 TRUE TRUE 3 3 7 2.591299246 2 2 4 1 1 1 3 1 1 1 1 0.408700754 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.591299246 1.052380952 1.052380952 1 1.069494624 1.069494624 1 0 0 1 1.258171986 1.258171986 1 0.884 0.884 1 0.881451613 0.881451613 1 0.088376068 0.088376068 1 1.292176634 0.812026171 1.591299246 8 15 1 1 0.0000495 8.49E-27 0.005403392 7.04E-35 1 0.745691988 1.04E-11 4.44E-110 YES 1_1 1_1 0_0 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b 1 105235688 T C - - - - - - 36 0 0 24 7 29.2 31 3 9.7 71 2 2.8 63 9 14.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 7 2.591299246 2 2 4 1 1 1 3 1 1 1 1 0.408700754 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.591299246 3.072952381 1.53647619 2 1.140010753 1.140010753 1 0.618632479 0.618632479 1 0.810444117 0.810444117 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 2.51E-11 1 0.000505952 1 0.04950591 1 3.62E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 105492746 G C - - - - - - 28 0 0 76 27 35.5 26 6 23.1 92 25 27.2 137 76 55.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 10 11 13 9.463171095 8 9 10 8 2 2 3 1 1 1 1 0.536828905 NA NA NA 8 NA NA NA 2 NA NA NA 0.463171095 6.220952381 1.036825397 6 4.562870968 0.912574194 5 7.64157265 0.955196581 8 6.959318841 0.994188406 7 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 1.67E-42 1 3.3E-09 1 4.74E-36 1 5.13E-136 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 106017906 G A - - - - - - 51 0 0 69 5 7.2 26 3 11.5 60 2 3.3 156 12 7.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 10 11 13 9.463171095 8 9 10 8 2 2 3 1 1 1 1 0.536828905 NA NA NA 8 NA NA NA 2 NA NA NA 0.463171095 1.261714286 1.261714286 1 2.27155914 2.27155914 1 0.927102564 0.927102564 1 0.965527119 0.965527119 1 NA NA 0 NA NA 0 0 0 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.0000269 1 0.000298167 1 0.036544784 1 3.53E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 106147446 A C - - - - - - 39 0 0 52 6 11.5 28 2 7.1 83 6 7.2 118 5 4.2 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 10 11 13 9.463171095 8 9 10 8 2 2 3 1 1 1 1 0.536828905 NA NA NA 8 NA NA NA 2 NA NA NA 0.463171095 2.015238095 2.015238095 1 1.40244086 1.40244086 1 2.022769231 2.022769231 1 0.526651156 0.526651156 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000000261 1 0.008668191 1 0.00000424 1 0.000342222 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 106664655 G A - - - - - - 32 0 0 55 14 25.5 24 6 25 30 13 43.3 87 45 51.7 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 10 11 13 9.463171095 8 9 10 8 2 2 3 1 1 1 1 0.536828905 NA NA NA 8 NA NA NA 2 NA NA NA 0.463171095 4.468571429 0.893714286 5 4.938172043 0.987634409 5 12.1647094 1.21647094 10 6.482824939 0.991738507 6.536828905 NA NA 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 2.19E-20 1 1.95E-09 1 1.35E-22 1 2.9E-79 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 106757593 G T - - - - - - 34 0 0 52 5 9.6 32 0 0 74 0 0 111 10 9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 10 11 13 9.463171095 8 9 10 8 2 2 3 1 1 1 1 0.536828905 NA NA NA 8 NA NA NA 2 NA NA NA 0.463171095 1.682285714 1.682285714 1 0 0 1 0 0 1 1.12853819 1.12853819 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.00000668 1 1 1 1 1 3.18E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 107071563 C A - - - - - - 35 0 0 50 6 12 29 0 0 90 0 0 112 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 11 13 9.463171095 3 9 10 8 2 2 3 1 1 1 1 0.536828905 NA NA NA 8 NA NA NA 2 NA NA NA 0.463171095 1.502857143 1.502857143 1 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000000206 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 107899267 G C NTNG1 CCDS44180.1 r.? - - intronic 28 0 0 42 4 9.5 21 0 0 55 0 0 46 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 5 4 3.355002252 3 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 0.644997748 NA NA NA 2 NA NA NA 2 NA NA NA 0.355002252 1.189761905 1.189761905 1 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.0000601 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 108213507 G C VAV3 CCDS785.1 r.? - - intronic 33 0 0 41 4 9.8 20 0 0 67 5 7.5 57 6 10.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 4 3.355002252 3 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 0.644997748 NA NA NA 2 NA NA NA 2 NA NA NA 0.355002252 1.227333333 1.227333333 1 0 0 1 1.432051282 1.432051282 1 0.67527016 0.67527016 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.0000546 1 1 1 0.0000233 1 0.000000456 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 110698115 A T SLC6A17 CCDS30799.1 r.? - - intronic 26 0 0 44 5 11.4 20 1 5 72 1 1.4 65 7 10.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 4 3.355002252 3 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 0.644997748 NA NA NA 2 NA NA NA 2 NA NA NA 0.355002252 1.427714286 1.427714286 1 0.687634409 0.687634409 1 0.267316239 0.267316239 1 0.694563594 0.694563594 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.00000288 1 0.09538952 1 0.302953399 1 4.22E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 111504031 C G C1orf103 CCDS30800.1 r.? - - intronic 37 0 0 40 7 17.5 18 1 5.6 78 8 10.3 54 14 25.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 4 3.355002252 3 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 0.644997748 NA NA NA 2 NA NA NA 2 NA NA NA 0.355002252 2.191666667 1.095833333 2 0.770150538 0.770150538 1 1.966683761 0.98334188 2 1.665666396 1.012564545 1.644997748 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 1.26E-09 1 0.086275114 1 6.71E-09 1 1.64E-20 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 115452556 C T SYCP1 CCDS879.1 r.? - - intronic 31 0 0 33 5 15.2 27 0 0 73 0 0 57 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 5 9 3.355002252 3 3 7 2 2 2 2 1 1 1 1 0.644997748 NA NA NA 2 NA NA NA 2 NA NA NA 0.355002252 1.903619048 1.903619048 1 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.00000066 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 116267875 G C CASQ2 CCDS884.1 r.? - - intronic 36 0 0 35 6 17.1 19 4 21.1 48 2 4.2 40 14 35 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 9 3.355002252 3 3 7 2 2 2 2 1 1 1 1 0.644997748 NA NA NA 2 NA NA NA 2 NA NA NA 0.355002252 2.141571429 1.070785714 2 2.901817204 0.967272401 3 1.011948718 1.011948718 1 2.250900535 1.125450267 2 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 2.24E-08 1 0.00000228 1 0.024220359 1 1.25E-22 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 116440322 G A - - - - - - 34 0 0 40 6 15 18 3 16.7 78 0 0 66 19 28.8 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 9 3.355002252 3 3 7 2 2 2 2 1 1 1 1 0.644997748 NA NA NA 2 NA NA NA 2 NA NA NA 0.355002252 1.878571429 1.878571429 1 2.296698925 2.296698925 1 0 0 1 1.852169583 0.926084791 2 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 5.18E-08 1 0.0000964 1 1 1 2.64E-28 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 119158039 T G - - - - - - 33 0 0 40 6 15 11 0 0 58 0 0 48 0 0 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 5 7 3.355002252 3 3 4 2 2 2 3 1 1 1 1 0.644997748 NA NA NA 2 NA NA NA 2 NA NA NA 0.355002252 1.878571429 1.878571429 1 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 5.18E-08 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 119603046 G T WARS2 CCDS30817.1 r.? - - intronic 40 0 0 49 8 16.3 23 2 8.7 84 5 6 66 16 24.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 7 3.355002252 3 3 4 2 2 2 3 1 1 1 1 0.644997748 NA NA NA 2 NA NA NA 2 NA NA NA 0.355002252 2.041380952 1.020690476 2 1.196483871 1.196483871 1 1.325641026 1.325641026 1 1.556336941 0.946102779 1.644997748 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 1.47E-10 1 0.00589844 1 0.0000695 1 1.03E-22 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 119609237 G C WARS2 CCDS30817.1 r.? - - intronic 34 0 0 46 6 13 31 2 6.5 53 4 7.5 72 18 25 0 0 NA 1 1 100 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 7 3.355002252 3 3 4 2 2 2 3 1 1 1 1 0.644997748 NA NA NA 2 NA NA NA 2 NA NA NA 0.355002252 1.628095238 1.628095238 1 0.893924731 0.893924731 1 1.657051282 1.657051282 1 1.607786096 0.977378904 1.644997748 12.52380952 12.52380952 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000000123 0.005 0.010558179 1 0.000150502 1 1.22E-25 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 119622027 G C WARS2 CCDS30817.1 r.? - - intronic 35 0 0 45 9 20 25 4 16 78 7 9 81 17 21 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 7 3.355002252 3 3 4 2 2 2 3 1 1 1 1 0.644997748 NA NA NA 2 NA NA NA 2 NA NA NA 0.355002252 2.504761905 0.834920635 3 2.200430108 2.200430108 1 1.988461538 1.988461538 1 1.350540321 1.350540321 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 1.47E-12 1 0.00000727 1 0.000000151 1 7.24E-23 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 120149107 G C - - - - - - 32 0 0 37 10 27 28 9 32.1 51 10 19.6 82 25 30.5 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 TRUE FALSE 5 5 7 3.355002252 3 3 4 2 2 2 3 1 1 1 1 0.644997748 NA NA NA 2 NA NA NA 2 NA NA NA 0.355002252 3.381428571 1.127142857 3 4.414612903 1.471537634 3 4.33042735 1.082606838 4 1.961499037 0.980749519 2 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 0 NA 0 8 NA 1 1 3.01E-15 1 1.24E-14 1 1.04E-13 1 1.71E-37 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 120322314 C T - - - - - - 25 0 0 50 6 12 31 8 25.8 80 9 11.2 81 20 24.7 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 7 3.355002252 3 3 4 2 2 2 3 1 1 1 1 0.644997748 NA NA NA 2 NA NA NA 2 NA NA NA 0.355002252 1.502857143 1.502857143 1 3.548193548 1.182731183 3 2.474529915 0.824843305 3 1.588492663 0.965650357 1.644997748 NA NA 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000000206 1 2.78E-12 1 3.29E-10 1 3.35E-28 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 120859184 T C FAM72B CCDS41374.1 r.? - - downstream 28 0 0 38 4 10.5 24 2 8.3 64 2 3.1 71 1 1.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 5 7 3.355002252 3 3 4 2 2 2 3 1 1 1 1 0.644997748 NA NA NA 2 NA NA NA 2 NA NA NA 0.355002252 1.315 1.315 1 1.141473118 1.141473118 1 0.68491453 0.68491453 1 0.090036021 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.0000403 1 0.006413403 1 0.041085601 1 0.299450652 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 121221521 T A - - - - - - 43 0 0 40 7 17.5 23 3 13 72 9 12.5 79 17 21.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 7 3.355002252 3 3 4 2 2 2 3 1 1 1 1 0.644997748 NA NA NA 2 NA NA NA 2 NA NA NA 0.355002252 2.191666667 1.095833333 2 1.787849462 1.787849462 1 2.761752137 0.920584046 3 1.382696043 1.382696043 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 1.26E-09 1 0.000205387 1 1.25E-10 1 4.55E-23 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 143523054 G A - - - - - - 68 0 0 91 15 16.5 36 3 8.3 218 52 23.9 155 29 18.7 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 2 3.355002252 3 3 2 2 2 2 0 1 1 1 1 0.644997748 NA NA NA 2 NA NA NA 2 NA NA NA 0.355002252 2.066428571 1.033214286 2 1.141473118 1.141473118 1 4.085470085 2.042735043 2 1.202624 1.202624 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 1.17E-18 1 0.000788827 1 6.41E-70 1 2.31E-36 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 145132733 G A - - - - - - 65 0 0 98 9 9.2 60 1 1.7 102 7 6.9 129 11 8.5 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 5 2 NA 3 3 2 NA 2 2 0 NA 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.152190476 1.152190476 1 0.233795699 0.233795699 1 1.179487179 1.179487179 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 2.06E-09 1 0.259739042 1 0.000000953 1 7.56E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 145145896 G A - - - - - - 33 0 0 55 6 10.9 21 3 14.3 75 7 9.3 58 18 31 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 5 2 NA 3 3 2 NA 2 2 0 NA 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.365095238 1.365095238 1 1.966634409 1.966634409 1 1.58974359 1.58974359 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.000000367 1 0.000155401 1 0.000000115 1 1.42E-27 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 145397935 C T - - - - - - 40 0 0 40 10 25 26 4 15.4 70 6 8.6 70 10 14.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 5 2 NA 3 3 2 NA 2 2 0 NA 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 3.130952381 1.043650794 3 2.117913978 2.117913978 1 1.47008547 1.47008547 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 7.22E-15 1 0.00000856 1 0.00000156 1 2.95E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 145397938 C T - - - - - - 38 0 0 38 10 26.3 27 4 14.8 75 6 8 73 10 13.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 5 2 NA 3 3 2 NA 2 2 0 NA 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 3.293761905 1.097920635 3 2.035397849 2.035397849 1 1.367521368 1.367521368 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 4.06E-15 1 0.00001 1 0.00000234 1 4.56E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 146251841 T A ENSG00000232637 ENST00000491285 r.? - - intronic 19 0 0 12 3 25 13 0 0 14 1 7.1 19 1 5.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5.461463207 6 2 4.537402221 4 5 2 3 1 1 0 1 0.538536793 1 1 0.462597779 5 NA NA 4 1 NA NA 1 0.461463207 NA NA 0.537402221 3.246318183 0.937845642 3.461463207 0 0 1 1.213675214 NA 0 0.403517851 0.403517851 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.0000266 1 1 1 0.067769881 1 0.090843738 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 146689343 T G FMO5 CCDS926.1 r.? - - intronic 43 0 0 55 24 43.6 26 9 34.6 58 6 10.3 73 38 52.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5.461463207 6 2 4.537402221 4 5 2 3 1 1 0 1 0.538536793 1 1 0.462597779 5 NA NA 4 1 NA NA 1 0.461463207 NA NA 0.537402221 5.661578911 1.268995988 4.461463207 5.104430108 1.020886022 5 1.760683761 1.760683761 1 3.966656608 1.12134735 3.537402221 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 1.28E-40 1 5.65E-15 1 0.000000506 1 2.54E-67 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 150329681 C G PRPF3 CCDS951.1 r.? - - downstream 25 0 0 41 15 36.6 21 4 19 59 10 16.9 72 42 58.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5.461463207 6 2 4.537402221 4 5 2 3 1 1 0 1 0.538536793 1 1 0.462597779 5 NA NA 4 1 NA NA 1 0.461463207 NA NA 0.537402221 4.752609819 1.0652581 4.461463207 2.803010753 0.934336918 3 2.888888889 1.444444444 2 4.438696358 1.254789837 3.537402221 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 1.71E-24 1 0.00000349 1 4.91E-13 1 3.23E-77 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 150930766 C G SETDB1 CCDS972.1 r.? - - intronic 22 0 0 40 8 20 18 3 16.7 29 6 20.7 53 20 37.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5.461463207 6 2 4.537402221 4 5 2 3 1 1 0 1 0.538536793 1 1 0.462597779 5 NA NA 4 1 NA NA 1 0.461463207 NA NA 0.537402221 2.597054546 1.055085666 2.461463207 2.463698925 2.463698925 1 3.538461538 1.769230769 2 2.870306221 0.95676874 3 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 2.61E-11 1 0.0000964 1 6.72E-09 1 1.65E-32 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 151604822 C T SNX27 CCDS1001.1 r.? - - intronic 34 0 0 37 13 35.1 36 12 33.3 59 13 22 73 31 42.5 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5.461463207 6 2 4.537402221 4 5 2 3 1 1 0 1 0.538536793 1 1 0.462597779 5 NA NA 4 1 NA NA 1 0.461463207 NA NA 0.537402221 4.557830728 1.021599981 4.461463207 4.912645161 0.982529032 5 3.760683761 1.88034188 2 3.23575635 1.07858545 3 NA NA 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 3.89E-21 1 2.73E-19 1 3.99E-18 1 1.47E-51 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 152294482 C A FLG CCDS30860.1 r.? - - intronic 40 0 0 62 7 11.3 36 0 0 55 0 0 73 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5.461463207 6 2 4.537402221 4 5 2 3 1 1 0 1 0.538536793 1 1 0.462597779 5 NA NA 4 1 NA NA 1 0.461463207 NA NA 0.537402221 1.467335819 1.467335819 1 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 3.02E-08 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 155261905 C T HCN3 CCDS1108.1 r.? - - downstream 31 0 0 35 7 20 29 3 10.3 33 0 0 54 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5.461463207 6 2 4.537402221 4 5 2 3 1 1 0 1 0.538536793 1 1 0.462597779 5 NA NA 4 1 NA NA 1 0.461463207 NA NA 0.537402221 2.597054546 1.055085666 2.461463207 1.519526882 1.519526882 1 0 NA 0 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 4.65E-10 1 0.000414371 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 155262493 C A HCN3 CCDS1108.1 r.? - - downstream 29 0 0 52 6 11.5 43 5 11.6 34 0 0 63 0 0 276 1 0.4 219 24 11 84 5 6 170 0 0 176 0 0 FALSE FALSE 5.461463207 6 2 4.537402221 4 5 2 3 1 1 0 1 0.538536793 1 1 0.462597779 5 NA NA 4 1 NA NA 1 0.461463207 NA NA 0.537402221 1.493306364 1.493306364 1 1.711311828 1.711311828 1 0 NA 0 0 NA 0 1.42838 0.977362956 1.461463207 0.88516129 0.88516129 1 0 NA 0 0 0 1 NA NA 1 0.749290791 0.000000261 1.51E-24 0.00000257 0.0000695 1 1 1 1 YES 1_1 1_1 0_0 0_0 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b 1 155298557 T A RUSC1 CCDS41410.1 r.? - - intronic 25 0 0 55 6 10.9 33 1 3 36 0 0 83 11 13.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5.461463207 6 2 4.537402221 4 5 2 3 1 1 0 1 0.538536793 1 1 0.462597779 5 NA NA 4 1 NA NA 1 0.461463207 NA NA 0.537402221 1.415394728 1.415394728 1 0.442580645 0.442580645 1 0 NA 0 1.012601399 1.012601399 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000000367 1 0.15245715 1 1 1 5.66E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 155336250 C A ASH1L CCDS1113.2 r.? - - intronic 40 0 0 51 8 15.7 36 4 11.1 67 7 10.4 62 13 21 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5.461463207 6 2 4.537402221 4 5 2 3 1 1 0 1 0.538536793 1 1 0.462597779 5 NA NA 4 1 NA NA 1 0.461463207 NA NA 0.537402221 2.038687819 1.019343909 2 1.637548387 1.637548387 1 1.777777778 1.777777778 1 1.598844314 1.039964879 1.537402221 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 2.05E-10 1 0.0000324 1 5.23E-08 1 8.08E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 156093588 C T LMNA CCDS1129.1 r.? - - intronic 33 0 0 35 5 14.3 14 0 0 16 1 6.2 60 8 13.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5.461463207 6 2 4.537402221 4 5 2 3 1 1 0 1 0.538536793 1 1 0.462597779 5 NA NA 4 1 NA NA 1 0.461463207 NA NA 0.537402221 1.856894 1.856894 1 0 0 1 1.05982906 NA 0 1.012601399 1.012601399 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000000895 1 1 1 0.077068876 1 7.93E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 156291624 T G CCT3 CCDS44244.1 r.? - - intronic 26 0 0 46 5 10.9 35 5 14.3 53 3 5.7 78 20 25.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5.461463207 6 2 4.537402221 4 5 2 3 1 1 0 1 0.538536793 1 1 0.462597779 5 NA NA 4 1 NA NA 1 0.461463207 NA NA 0.537402221 1.415394728 1.415394728 1 2.109634409 2.109634409 1 0.974358974 0.974358974 1 1.949067354 0.974533677 2 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.00000361 1 0.000000895 1 0.002429596 1 1.43E-28 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 156571566 C T GPATCH4 CCDS1146.1 r.? - - upstream 28 0 0 40 9 22.5 20 3 15 39 6 15.4 60 11 18.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5.461463207 6 2 4.537402221 4 5 2 3 1 1 0 1 0.538536793 1 1 0.462597779 5 NA NA 4 1 NA NA 1 0.461463207 NA NA 0.537402221 2.921686364 0.973895455 3 2.212903226 2.212903226 1 2.632478632 1.316239316 2 1.393278617 1.393278617 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 4.64E-13 1 0.0001337 1 4.43E-08 1 1.34E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 156792310 C T NTRK1 CCDS30890.1 r.? - - intronic 27 0 0 35 4 11.4 32 2 6.2 59 0 0 58 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5.461463207 6 2 4.537402221 4 5 2 3 1 1 0 1 0.538536793 1 1 0.462597779 5 NA NA 4 1 NA NA 1 0.461463207 NA NA 0.537402221 1.480321091 1.480321091 1 0.914666667 0.914666667 1 0 NA 0 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.0000289 1 0.011224977 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 157346128 C T - - - - - - 30 0 0 44 6 13.6 20 4 20 49 5 10.2 57 13 22.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5.461463207 6 2 4.537402221 4 5 2 3 1 1 0 1 0.538536793 1 1 0.462597779 5 NA NA 4 1 NA NA 1 0.461463207 NA NA 0.537402221 1.765997091 1.765997091 1 2.950537634 0.983512545 3 1.743589744 1.743589744 1 1.735888112 1.129104725 1.537402221 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 9.37E-08 1 0.00000284 1 0.00000496 1 2.44E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 158426090 C T - - - - - - 28 0 0 79 6 7.6 41 0 0 95 4 4.2 124 14 11.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 12 12 12 11 11 11 11 10 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.483809524 1.483809524 1 0 0 1 1.137948718 1.137948718 1 1.590604061 1.590604061 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.00000318 1 1 1 0.001385533 1 3.97E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 158584444 C G SPTA1 CCDS41423.1 r.? - - intronic 40 0 0 78 6 7.7 48 0 0 80 6 7.5 126 11 8.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 12 12 12 11 11 11 11 10 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.503333333 1.503333333 1 0 0 1 2.032051282 2.032051282 1 1.224624365 1.224624365 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.00000295 1 1 1 0.00000342 1 5.85E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 158619228 C G SPTA1 CCDS41423.1 r.? - - intronic 43 0 0 60 6 10 36 4 11.1 91 6 6.6 136 18 13.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 TRUE FALSE 12 12 12 11 11 11 11 10 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.952380952 1.952380952 1 2.303548387 2.303548387 1 1.788205128 1.788205128 1 1.858050761 0.929025381 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 0 NA 0 8 NA 1 1 0.000000621 1 0.0000324 1 0.00000724 1 2.66E-20 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 158838560 T A - - - - - - 31 0 0 68 6 8.8 31 1 3.2 81 5 6.2 117 12 10.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 12 12 12 11 11 11 11 10 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.718095238 1.718095238 1 0.664086022 0.664086022 1 1.67982906 1.67982906 1 1.44984264 1.44984264 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.00000131 1 0.143917729 1 0.0000584 1 1.15E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 159074460 G C AIM2 ENST00000411768 r.? - - intronic 26 0 0 63 4 6.3 40 1 2.5 79 0 0 117 5 4.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 12 12 12 11 11 11 11 10 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.23 1.23 1 0.518817204 0.518817204 1 0 0 1 0.605274112 0.605274112 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.000294233 1 0.181679879 1 1 1 0.000329073 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 159178083 G T CADM3 CCDS44251.1 r.? - - downstream 24 0 0 50 10 20 30 4 13.3 77 5 6.5 122 13 10.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 TRUE FALSE 12 12 12 11 11 11 11 10 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 3.904761905 0.976190476 4 2.760107527 0.920035842 3 1.761111111 1.761111111 1 1.506147208 1.506147208 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 0 NA 0 8 NA 1 1 8.36E-14 1 0.0000154 1 0.0000458 1 8.08E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 159304577 A G - - - - - - 31 0 0 85 5 5.9 37 0 0 90 0 0 128 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 12 12 12 11 11 11 11 10 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.151904762 1.151904762 1 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.0000735 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 159402114 G C OR10J1 ENST00000442100 r.121g>c c.121G>C p.A41P missense 33 0 0 63 6 9.5 39 3 7.7 98 0 0 134 15 11.2 1023 1 0.1 1576 186 11.8 509 11 2.2 1227 4 0.3 1994 131 6.6 TRUE TRUE 12 12 12 11 11 11 11 10 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.854761905 1.854761905 1 1.597956989 1.597956989 1 0 0 1 1.576527919 0.788263959 2 2.303809524 1.151904762 2 0.45655914 0.45655914 1 0.081282051 0.081282051 1 0.929025381 0.929025381 1 6 15 1 0.994070588 0.000000832 8.33E-185 0.000998458 0.0000675 1 0.861096564 4.77E-16 9.57E-98 YES 1_1 1_1 0_0 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b 1 159444562 G A - - - - - - 25 0 0 69 5 7.2 42 0 0 81 1 1.2 124 12 9.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 12 12 12 11 11 11 11 10 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.405714286 1.405714286 1 0 0 1 0.325128205 0.325128205 1 1.365385787 1.365385787 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.0000269 1 1 1 0.333700419 1 2.32E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 160425602 T G - - - - - - 27 0 0 59 4 6.8 38 2 5.3 46 3 6.5 133 13 9.8 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 12 12 12 11 11 11 11 10 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.327619048 1.327619048 1 1.099892473 1.099892473 1 1.761111111 1.761111111 1 1.379461929 1.379461929 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.00022841 1 0.015598339 1 0.001615827 1 2.5E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 161175932 C G NDUFS2 CCDS1224.1 r.? - - intronic 35 0 0 60 5 8.3 38 0 0 84 0 0 137 0 0 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 12 12 12 11 11 11 11 10 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.62047619 1.62047619 1 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.0000136 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 162935434 C T - - - - - - 38 0 0 60 5 8.3 40 1 2.5 86 5 5.8 109 16 14.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 8 8 10 7 7 7 8 6 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.28847619 1.28847619 1 0.418817204 0.418817204 1 1.455452991 1.455452991 1 1.481192893 1.481192893 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.0000136 1 0.181679879 1 0.0000777 1 5.87E-19 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 163609467 T G - - - - - - 29 0 0 51 4 7.8 27 3 11.1 70 1 1.4 74 9 12.2 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 8 8 10 7 7 7 8 6 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.210857143 1.210857143 1 1.859548387 1.859548387 1 0.351316239 0.351316239 1 1.22928934 1.22928934 1 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000129466 1 0.000334187 1 0.295930304 1 1.61E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 163650605 C A - - - - - - 31 0 0 65 6 9.2 30 0 0 84 0 0 96 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 8 8 10 7 7 7 8 6 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.428190476 1.428190476 1 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000001 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 164517739 C A - - - - - - 31 0 0 46 7 15.2 25 1 4 68 0 0 86 9 10.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 8 8 10 7 7 7 8 6 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.359619048 1.179809524 2 0.670107527 NA 0 0 0 1 1.057994924 1.057994924 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 3.53E-09 1 0.117779757 1 1 1 6.35E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 164706851 G C PBX1 CCDS1246.1 r.? - - intronic 30 0 0 49 4 8.2 35 2 5.7 39 0 0 82 15 18.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 8 8 10 7 7 7 8 6 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.272952381 1.272952381 1 0.954903226 0.954903226 1 0 0 1 1.84393401 0.921967005 2 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000110643 1 0.013332991 1 1 1 2.22E-19 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 164933775 A T - - - - - - 33 0 0 61 10 16.4 28 4 14.3 63 3 4.8 86 3 3.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 8 8 10 7 7 7 8 6 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.545904762 0.848634921 3 2.395634409 2.395634409 1 1.204512821 1.204512821 1 0.352664975 0.352664975 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 6.98E-13 1 0.0000116 1 0.003968795 1 0.009396251 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 165191806 G C LMX1A CCDS1247.1 r.? - - intronic 33 0 0 58 4 6.9 26 0 0 69 0 0 83 9 10.8 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 8 8 10 7 7 7 8 6 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.071142857 1.071142857 1 0 0 1 0 0 1 1.08822335 1.08822335 1 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.000213772 1 1 1 1 1 4.6E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 165410215 A T RXRG CCDS1248.1 r.? - - intronic 34 0 0 59 4 6.8 32 0 0 98 7 7.1 108 12 11.1 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 8 8 10 7 7 7 8 6 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.055619048 1.055619048 1 0 0 1 1.781675214 1.781675214 1 1.118451777 1.118451777 1 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.00022841 1 1 1 0.000000726 1 4.37E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 165587504 G A - - - - - - 32 0 0 55 7 12.7 31 5 16.1 67 0 0 100 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 8 8 10 7 7 7 8 6 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.97152381 1.97152381 1 2.697182796 0.899060932 3 0 0 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1.28E-08 1 0.000000476 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 165792309 T C UCK2 CCDS1252.1 r.? - - upstream 26 0 0 59 8 13.6 35 3 8.6 40 7 17.5 83 9 10.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 8 8 10 7 7 7 8 6 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.111238095 1.055619048 2 1.440731183 1.440731183 1 4.391452991 1.097863248 4 1.08822335 1.08822335 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 6.9E-10 1 0.000725791 1 1.26E-09 1 4.6E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 165983084 C T - - - - - - 21 0 0 53 5 9.4 28 1 3.6 68 3 4.4 107 15 14 1 0 0 4 0 0 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 8 8 10 7 7 7 8 6 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.459238095 1.459238095 1 0.603096774 0.603096774 1 1.104136752 1.104136752 1 1.410659898 1.410659898 1 0 0 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.00000734 1 0.130947004 1 0.004916956 1 1.49E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 166073208 C T FAM78B CCDS30931.1 r.? - - intronic 36 0 0 51 5 9.8 33 1 3 89 0 0 77 10 13 2 0 0 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 8 8 10 7 7 7 8 6 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.521333333 1.521333333 1 0.502580645 0.502580645 1 0 0 1 1.309898477 1.309898477 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.00000606 1 0.15245715 1 1 1 7.9E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 166179710 G T - - - - - - 38 0 0 44 7 15.9 29 3 10.3 69 9 13 66 16 24.2 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 8 8 10 7 7 7 8 6 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.468285714 0.822761905 3 1.725526882 1.725526882 1 3.262222222 1.087407407 3 2.438426396 0.812808799 3 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 2.55E-09 1 0.000414371 1 8.45E-11 1 1.03E-22 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 166499473 G C - - - - - - 34 0 0 66 5 7.6 34 4 11.8 59 1 1.7 103 13 12.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 8 8 10 7 7 7 8 6 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.179809524 1.179809524 1 1.976817204 1.976817204 1 0.426598291 0.426598291 1 1.269593909 1.269593909 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.0000217 1 0.0000257 1 0.256019138 1 8.6E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 170390024 G C - - - - - - 31 0 0 46 12 26.1 22 3 13.6 70 7 10 46 15 32.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 7 4 4 4 5 3 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 3.268714286 1.089571429 3 1.870365591 1.870365591 1 2.209401709 1.104700855 2 2.306822335 1.153411168 2 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 8.12E-18 1 0.000179267 1 7.11E-08 1 1.35E-23 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 171325974 G A - - - - - - 25 0 0 38 5 13.2 19 1 5.3 65 1 1.5 57 7 12.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 7 4 4 4 5 3 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.653142857 1.653142857 1 0.728892473 0.728892473 1 0.331410256 0.331410256 1 0.870365482 0.870365482 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.00000137 1 0.090843738 1 0.278061424 1 1.66E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 171352665 G T - - - - - - 33 0 0 57 14 24.6 20 2 10 72 13 18.1 65 24 36.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 7 4 4 4 5 3 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 3.080857143 1.026952381 3 1.375268817 1.375268817 1 3.999017094 0.999754274 4 2.611096447 0.870365482 3 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 3.84E-20 1 0.004473894 1 6.58E-17 1 1.94E-38 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 172075384 A T DNM3 CCDS44276.1 r.? - - intronic 21 0 0 39 4 10.3 35 4 11.4 57 9 15.8 63 8 12.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 7 4 4 4 5 3 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.289952381 1.289952381 1 1.567806452 1.567806452 1 3.490854701 0.872713675 4 0.898670051 0.898670051 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.0000447 1 0.0000289 1 1.42E-11 1 1.18E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 172292907 T G DNM3 CCDS44276.1 r.? - - intronic 19 0 0 42 15 35.7 28 10 35.7 78 14 17.9 70 30 42.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 7 4 4 4 5 3 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 4.471 1.11775 4 4.909709677 1.227427419 4 3.95482906 0.988707265 4 3.035664975 1.011888325 3 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 2.65E-24 1 1.18E-16 1 4.63E-18 1 4.25E-50 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 172376938 G A DNM3 CCDS44276.1 r.2694g>a c.2537G>A p.R846H missense 31 0 0 38 5 13.2 28 2 7.1 66 3 4.5 69 14 20.3 377 0 0 680 56 8.2 137 2 1.5 877 24 2.7 852 87 10.2 TRUE FALSE 5 5 7 4 4 4 5 3 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.653142857 1.653142857 1 0.97644086 0.97644086 1 0.994230769 0.994230769 1 1.436456853 1.436456853 1 1.026952381 1.026952381 1 0.206290323 NA 0 0.596538462 0.596538462 1 0.721766497 0.721766497 1 8 NA 1 1 0.00000137 3.68E-48 0.008668191 0.150333955 0.004522888 5.02E-11 7.3E-19 6.52E-82 YES 1_1 1_0 1_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b 1 173045359 A G - - - - - - 29 0 0 35 5 14.3 18 2 11.1 53 6 11.3 48 10 20.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 TRUE FALSE 5 5 7 4 4 4 5 3 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.790904762 1.790904762 1 1.526548387 1.526548387 1 2.496623932 0.832207977 3 1.471837563 1.471837563 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 0 NA 0 8 NA 1 1 0.000000895 1 0.003626632 1 0.000000293 1 5.37E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 173081985 G A - - - - - - 34 0 0 41 6 14.6 21 2 9.5 36 4 11.1 65 6 9.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 7 4 4 4 5 3 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.82847619 1.82847619 1 1.306505376 1.306505376 1 2.452435897 2.452435897 1 0.651005076 0.651005076 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 6.05E-08 1 0.004928472 1 0.0000324 1 0.000001 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 173588090 C A ANKRD45 CCDS1309.1 r.? - - intronic 28 0 0 38 10 26.3 26 3 11.5 61 12 19.7 85 38 44.7 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 1 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 7 4 4 4 5 3 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 3.293761905 1.097920635 3 1.58155914 1.58155914 1 4.352521368 1.088130342 4 3.163035533 1.054345178 3 NA NA 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 0 8 NA 1 1 4.06E-15 1 0.000298167 1 3.39E-16 1 6.02E-64 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 174340195 A T RABGAP1L CCDS1314.1 r.1718a>u c.1544A>T p.E515V missense 26 0 0 38 4 10.5 21 5 23.8 82 0 0 78 10 12.8 381 0 0 336 45 13.4 477 0 0 781 3 0.4 731 100 13.7 TRUE FALSE 5 5 7 4 4 4 5 3 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.315 1.315 1 3.273139785 1.091046595 3 0 0 1 0.905746193 0.905746193 1 1.678190476 0.839095238 2 0 NA 0 0.088376068 0.088376068 1 0.969431472 0.969431472 1 6 NA 1 1 0.0000403 1.26E-48 5.95E-08 1 1 0.748376597 9.02E-12 7.5E-107 YES 1_1 1_0 0_0 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b 1 174341897 G C RABGAP1L CCDS1314.1 r.? - - intronic 25 0 0 51 4 7.8 25 1 4 75 2 2.7 75 11 14.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 7 4 4 4 5 3 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.976857143 0.976857143 1 0.550107527 0.550107527 1 0.596538462 0.596538462 1 1.040192893 1.040192893 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000129466 1 0.117779757 1 0.054571821 1 1.78E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 174793954 A T RABGAP1L CCDS1314.1 r.? - - intronic 35 0 0 56 4 7.1 18 0 0 72 0 0 56 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 FALSE FALSE 5 5 7 4 4 4 5 3 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.889190476 0.889190476 1 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 1 1 0.000186538 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 175258650 T A - - - - - - 34 0 0 40 4 10 24 2 8.3 75 1 1.3 62 10 16.1 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 7 4 4 4 5 3 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.252380952 1.252380952 1 1.141473118 1.141473118 1 0.287222222 0.287222222 1 1.139258883 1.139258883 1 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.0000495 1 0.006413403 1 0.313356907 1 8.29E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 175783091 A T - - - - - - 24 0 0 41 7 17.1 31 6 19.4 38 0 0 50 5 10 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 7 4 4 4 5 3 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.141571429 1.070785714 2 2.668021505 0.889340502 3 0 0 1 0.707614213 0.707614213 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 1.51E-09 1 1.03E-08 1 1 1 0.00000549 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 176306512 A T - - - - - - 36 0 0 45 5 11.1 26 2 7.7 69 0 0 55 7 12.7 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 7 4 4 4 5 3 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.390142857 1.390142857 1 1.058956989 1.058956989 1 0 0 1 0.898670051 0.898670051 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.00000323 1 0.007502227 1 1 1 1.28E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 176362643 A C - - - - - - 33 0 0 48 5 10.4 18 1 5.6 55 3 5.5 57 10 17.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 7 4 4 4 5 3 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.30247619 1.30247619 1 0.770150538 0.770150538 1 1.21517094 1.21517094 1 1.238324873 1.238324873 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.00000447 1 0.086275114 1 0.002700822 1 3.4E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 176794273 C T PAPPA2 CCDS41438.1 r.? - - intronic 37 0 0 58 5 8.6 26 0 0 69 0 0 71 1 1.4 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 5 7 4 4 4 5 3 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.077047619 1.077047619 1 0 0 1 0 0 1 0.09906599 NA 0 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.0000115 1 1 1 1 1 0.299450652 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 176848834 T A ASTN1 CCDS1319.1 r.? - - intronic 34 0 0 45 5 11.1 28 2 7.1 66 0 0 63 11 17.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 7 4 4 4 5 3 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.390142857 1.390142857 1 0.97644086 0.97644086 1 0 0 1 1.238324873 1.238324873 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.00000323 1 0.008668191 1 1 1 2.37E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 177840879 A G - - - - - - 41 0 0 35 16 45.7 31 6 19.4 50 9 18 61 15 24.6 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 7 4 4 4 5 3 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 5.723380952 1.430845238 4 2.668021505 0.889340502 3 3.976923077 0.994230769 4 1.740730964 0.870365482 2 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 5.66E-28 1 1.03E-08 1 4.07E-12 1 1.73E-21 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 178397083 T G RASAL2 CCDS1322.1 r.? - - intronic 31 0 0 40 7 17.5 19 6 31.6 74 9 12.2 64 15 23.4 2 0 0 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 7 4 4 4 5 3 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.191666667 1.095833333 2 4.345849462 1.086462366 4 2.695470085 0.898490028 3 1.655817259 0.827908629 2 NA NA 0 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 1.26E-09 1 4.01E-10 1 1.61E-10 1 3.87E-21 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 179835697 T G TOR1AIP2 CCDS1334.1 r.? - - intronic 29 0 0 43 6 14 22 4 18.2 53 7 13.2 54 9 16.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 7 4 4 4 5 3 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.753333333 1.753333333 1 2.502989247 2.502989247 1 2.916410256 0.972136752 3 1.181715736 1.181715736 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 8.13E-08 1 0.00000425 1 9.85E-09 1 8.48E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 181426809 T A CACNA1E ENST00000367573 r.? - - intronic 28 0 0 41 6 14.6 26 3 11.5 31 0 0 64 19 29.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 7 4 4 4 5 3 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.82847619 1.82847619 1 1.58155914 1.58155914 1 0 0 1 2.101614213 1.050807107 2 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 6.05E-08 1 0.000298167 1 1 1 1.34E-28 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 181686288 C T CACNA1E ENST00000367573 r.1798c>u c.1375C>T p.R459W missense 30 0 0 39 11 28.2 40 3 7.5 56 8 14.3 58 10 17.2 255 0 0 237 38 16 45 0 0 229 34 14.8 293 41 14 TRUE TRUE 5 5 7 4 4 4 5 3 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 3.531714286 0.882928571 4 1.031451613 1.031451613 1 3.159444444 1.053148148 3 1.217096447 1.217096447 1 2.003809524 1.001904762 2 0 0 1 3.26991453 1.08997151 3 0.990659898 0.990659898 1 8 14 1 1 7.2E-17 1.99E-44 0.001075403 1 4.48E-10 9.93E-39 4.1E-13 2.91E-45 YES 1_1 1_0 1_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b 1 182939868 A G - - - - - - 36 0 0 52 7 13.5 18 0 0 25 3 12 58 8 13.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 7 4 4 4 5 3 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.690714286 1.690714286 1 0 0 1 2.651282051 2.651282051 1 0.976507614 0.976507614 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 8.58E-09 1 1 1 0.00026475 1 5.99E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 183193322 G A LAMC2 CCDS1352.1 r.? - - intronic 24 0 0 33 4 12.1 27 1 3.7 67 0 0 62 11 17.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 7 4 4 4 5 3 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.515380952 1.515380952 1 0.508849462 0.508849462 1 0 0 1 1.252477157 1.252477157 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.0000228 1 0.126579904 1 1 1 1.96E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 184302066 A G - - - - - - 38 0 0 38 6 15.8 19 0 0 65 0 0 65 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 5 7 4 4 4 5 3 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.978761905 1.978761905 1 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 3.76E-08 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 184478213 T C C1orf21 CCDS1362.1 r.? - - intronic 37 0 0 41 6 14.6 27 5 18.5 71 0 0 72 8 11.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 7 4 4 4 5 3 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.82847619 1.82847619 1 2.544247312 0.848082437 3 0 0 1 0.785451777 0.785451777 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 6.05E-08 1 0.00000023 1 1 1 3.52E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 185379585 A G - - - - - - 30 0 0 57 7 12.3 27 2 7.4 59 0 0 49 8 16.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 7 4 4 4 5 3 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.540428571 1.540428571 1 1.017698925 1.017698925 1 0 0 1 1.153411168 1.153411168 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 1.66E-08 1 0.00807567 1 1 1 1.47E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 185737343 A G HMCN1 CCDS30956.1 r.? - - intronic 38 0 0 47 8 17 33 7 21.2 75 4 5.3 65 29 44.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 7 4 4 4 5 3 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.129047619 1.06452381 2 2.915569892 0.971856631 3 1.170982906 1.170982906 1 3.155959391 1.051986464 3 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 1.03E-10 1 2.98E-10 1 0.000572493 1 3.92E-49 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 185998870 C T HMCN1 CCDS30956.1 r.? - - intronic 31 0 0 33 5 15.2 29 3 10.3 76 0 0 78 12 15.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 TRUE FALSE 5 5 7 4 4 4 5 3 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.903619048 1.903619048 1 1.416526882 1.416526882 1 0 0 1 1.089725888 1.089725888 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 0 NA 0 6 NA 1 1 0.00000066 1 0.000414371 1 1 1 7.82E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 186039330 C T HMCN1 CCDS30956.1 r.? - - intronic 32 0 0 33 7 21.2 19 5 26.3 67 20 29.9 66 29 43.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 7 4 4 4 5 3 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.655047619 0.885015873 3 3.616956989 0.904239247 4 6.606111111 1.321222222 5 3.106426396 1.035475465 3 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 2.98E-10 1 3.43E-08 1 4.42E-30 1 6.96E-49 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 186518901 A G - - - - - - 34 0 0 57 6 10.5 28 1 3.6 57 0 0 59 12 20.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 7 4 4 4 5 3 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.315 1.315 1 0.495096774 0.495096774 1 0 0 1 1.436456853 1.436456853 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.000000456 1 0.130947004 1 1 1 2.2E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 186575683 G T - - - - - - 26 0 0 41 7 17.1 26 8 30.8 67 4 6 72 7 9.7 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 7 4 4 4 5 3 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.141571429 1.070785714 2 4.235827957 1.058956989 4 1.325641026 1.325641026 1 0.686385787 0.686385787 1 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 1.51E-09 1 5.63E-13 1 0.000372648 1 8.66E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 186932302 C T PLA2G4A CCDS1372.1 r.? - - intronic 39 0 0 52 5 9.6 25 2 8 60 3 5 56 11 19.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 7 4 4 4 5 3 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.202285714 1.202285714 1 1.100215054 1.100215054 1 1.104700855 1.104700855 1 1.386923858 1.386923858 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.00000668 1 0.006948068 1 0.003458198 1 5.91E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 187111241 G T - - - - - - 35 0 0 35 4 11.4 19 1 5.3 57 1 1.8 61 29 47.5 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 7 4 4 4 5 3 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.427714286 1.427714286 1 0.728892473 0.728892473 1 0.397692308 0.397692308 1 3.361167513 1.120389171 3 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.0000289 1 0.090843738 1 0.248523156 1 3.48E-50 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 187663440 T G - - - - - - 25 0 0 40 4 10 26 2 7.7 74 7 9.5 73 7 9.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 7 4 4 4 5 3 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.252380952 1.252380952 1 1.058956989 1.058956989 1 2.098931624 1.049465812 2 0.679309645 0.679309645 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.0000495 1 0.007502227 1 0.000000105 1 9.54E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 188024702 C G - - - - - - 36 0 0 57 6 10.5 30 4 13.3 64 2 3.1 65 7 10.8 0 0 NA 2 0 0 3 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 7 4 4 4 5 3 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.315 1.315 1 1.829107527 1.829107527 1 0.68491453 0.68491453 1 0.76422335 0.76422335 1 0 NA 0 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000000456 1 0.0000154 1 0.041085601 1 4.22E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 188026571 G T - - - - - - 20 0 0 53 5 9.4 21 0 0 65 0 0 84 10 11.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 7 4 4 4 5 3 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.177238095 1.177238095 1 0 0 1 0 0 1 0.842060914 0.842060914 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.00000734 1 1 1 1 1 1.93E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 188091588 G C - - - - - - 38 0 0 48 6 12.5 26 2 7.7 74 0 0 66 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 5 7 4 4 4 5 3 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.56547619 1.56547619 1 1.058956989 1.058956989 1 0 0 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.00000016 1 0.007502227 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 188438351 A T - - - - - - 39 0 0 40 7 17.5 26 5 19.2 45 0 0 75 11 14.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 TRUE FALSE 5 5 7 4 4 4 5 3 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.191666667 1.095833333 2 2.640516129 0.880172043 3 0 0 1 1.040192893 1.040192893 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 0 NA 0 6 NA 1 1 1.26E-09 1 0.000000188 1 1 1 1.78E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 188618825 G C - - - - - - 25 0 0 40 4 10 19 0 0 55 0 0 62 17 27.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 7 4 4 4 5 3 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.252380952 1.252380952 1 0 0 1 0 0 1 1.938862944 0.969431472 2 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.0000495 1 1 1 1 1 4.56E-25 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 188675270 C G - - - - - - 25 0 0 56 4 7.1 33 4 12.1 79 3 3.8 64 11 17.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 7 4 4 4 5 3 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.889190476 0.889190476 1 1.664075269 1.664075269 1 0.83957265 0.83957265 1 1.217096447 1.217096447 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000186538 1 0.0000228 1 0.007450026 1 2.85E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 188690818 C A - - - - - - 40 0 0 54 7 13 27 4 14.8 58 2 3.4 66 20 30.3 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 7 4 4 4 5 3 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.628095238 1.628095238 1 2.035397849 2.035397849 1 0.751196581 0.751196581 1 2.144071066 1.072035533 2 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 1.13E-08 1 0.00001 1 0.034352256 1 3.11E-30 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 189721660 T A - - - - - - 37 0 0 43 5 11.6 19 2 10.5 82 0 0 72 8 11.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 7 4 4 4 5 3 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.452761905 1.452761905 1 1.444032258 1.444032258 1 0 0 1 0.785451777 0.785451777 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.00000257 1 0.004039874 1 1 1 3.52E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 189775176 T A - - - - - - 32 0 0 57 12 21.1 30 4 13.3 79 10 12.7 68 8 11.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 1 100 TRUE FALSE 5 5 7 4 4 4 5 3 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.64252381 0.88084127 3 1.829107527 1.829107527 1 2.805940171 0.93531339 3 0.834984772 0.834984772 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 7.076142132 7.076142132 1 8 NA 1 1 1.4E-16 1 0.0000154 1 1.03E-11 1 2.21E-09 0.005 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 189896408 C T - - - - - - 35 0 0 42 5 11.9 32 5 15.6 73 2 2.7 79 11 13.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 7 4 4 4 5 3 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.490333333 1.490333333 1 2.145419355 2.145419355 1 0.596538462 0.596538462 1 0.983583756 0.983583756 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.00000228 1 0.000000562 1 0.052016623 1 3.23E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 189970238 T C - - - - - - 27 0 0 52 7 13.5 25 7 28 67 0 0 63 10 15.9 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 7 4 4 4 5 3 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.690714286 1.690714286 1 3.850752688 0.962688172 4 0 0 1 1.125106599 1.125106599 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 8.58E-09 1 3.47E-11 1 1 1 9.81E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 190384688 T A FAM5C CCDS1373.1 r.? - - intronic 39 0 0 48 5 10.4 25 2 8 63 0 0 61 11 18 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 7 4 4 4 5 3 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.30247619 1.30247619 1 1.100215054 1.100215054 1 0 0 1 1.273705584 1.273705584 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.00000447 1 0.006948068 1 1 1 1.62E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 190672670 G C - - - - - - 36 0 0 39 4 10.3 29 2 6.9 61 1 1.6 65 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 5 7 4 4 4 5 3 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.289952381 1.289952381 1 0.948935484 0.948935484 1 0.353504274 0.353504274 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.0000447 1 0.009279585 1 0.263440347 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 190903371 T A - - - - - - 28 0 0 45 7 15.6 28 3 10.7 70 1 1.4 57 8 14 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 7 4 4 4 5 3 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.953714286 1.953714286 1 1.471537634 1.471537634 1 0.309316239 0.309316239 1 0.990659898 0.990659898 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000000003 1 0.000372895 1 0.295930304 1 5.19E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 192022764 C G - - - - - - 44 0 0 43 4 9.3 22 4 18.2 54 2 3.7 70 7 10 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 7 4 4 4 5 3 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.164714286 1.164714286 1 2.502989247 2.502989247 1 0.817478632 0.817478632 1 0.707614213 0.707614213 1 NA NA 0 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000066 1 0.00000425 1 0.030129377 1 7.11E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 192058533 T C - - - - - - 38 0 0 47 16 34 27 6 22.2 72 9 12.5 76 39 51.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 7 4 4 4 5 3 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 4.258095238 1.06452381 4 3.053096774 1.017698925 3 2.761752137 0.920584046 3 3.630060914 1.210020305 3 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 1.98E-25 1 4.23E-09 1 1.25E-10 1 1.02E-68 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 192072231 A T - - - - - - 28 0 0 39 8 20.5 29 3 10.3 66 6 9.1 66 8 12.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 7 4 4 4 5 3 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.567380952 0.855793651 3 1.416526882 1.416526882 1 2.010555556 2.010555556 1 0.856213198 0.856213198 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 2.09E-11 1 0.000414371 1 0.0000011 1 1.73E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 192206860 A T - - - - - - 33 0 0 51 8 15.7 26 1 3.8 91 0 0 77 13 16.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 5 7 4 4 4 5 3 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.966238095 0.983119048 2 0.522602151 NA 0 0 0 1 1.19586802 1.19586802 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 2.05E-10 1 0.122190858 1 1 1 1.67E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 192225235 C G - - - - - - 30 0 0 39 8 20.5 21 3 14.3 72 8 11.1 48 9 18.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 7 4 4 4 5 3 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.567380952 0.855793651 3 1.966634409 1.966634409 1 2.452435897 0.817478632 3 1.330314721 1.330314721 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 2.09E-11 1 0.000155401 1 3.52E-09 1 2.75E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 192503421 C A - - - - - - 33 0 0 41 5 12.2 21 5 23.8 70 0 0 75 9 12 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 7 4 4 4 5 3 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.527904762 1.527904762 1 3.273139785 1.091046595 3 0 0 1 0.849137056 0.849137056 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.00000202 1 5.95E-08 1 1 1 1.82E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 193769794 G C - - - - - - 32 0 0 38 6 15.8 29 9 31 86 9 10.5 68 6 8.8 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 7 4 4 4 5 3 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.978761905 1.978761905 1 4.263333333 1.065833333 4 2.319871795 1.159935897 2 0.622700508 0.622700508 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 3.76E-08 1 1.79E-14 1 6.35E-10 1 0.00000131 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 193924221 A G - - - - - - 31 0 0 51 12 23.5 19 3 15.8 59 0 0 69 11 15.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 7 4 4 4 5 3 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.943095238 0.981031746 3 2.172924731 2.172924731 1 0 0 1 1.125106599 1.125106599 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 3.24E-17 1 0.000114071 1 1 1 6.82E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 194420344 C T - - - - - - 40 0 0 44 11 25 27 3 11.1 72 7 9.7 59 8 13.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 7 4 4 4 5 3 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 3.130952381 1.043650794 3 1.526548387 1.526548387 1 2.143119658 1.071559829 2 0.96235533 0.96235533 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 3.22E-16 1 0.000334187 1 8.66E-08 1 6.9E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 194491124 G T - - - - - - 33 0 0 48 15 31.2 28 6 21.4 80 10 12.5 53 20 37.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 7 4 4 4 5 3 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 3.907428571 0.976857143 4 2.943075269 0.98102509 3 2.761752137 0.920584046 3 2.667705584 0.889235195 3 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 2.86E-23 1 5.36E-09 1 1.17E-11 1 1.65E-32 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 194491126 A G - - - - - - 34 0 0 47 13 27.7 26 6 23.1 79 10 12.7 56 21 37.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 7 4 4 4 5 3 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 3.469095238 0.86727381 4 3.176870968 1.058956989 3 2.805940171 0.93531339 3 2.653553299 0.884517766 3 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 1.47E-19 1 3.3E-09 1 1.03E-11 1 5.43E-34 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 194730169 G A - - - - - - 35 0 0 38 9 23.7 18 1 5.6 61 2 3.3 67 13 19.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 7 4 4 4 5 3 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.968142857 0.989380952 3 0.770150538 0.770150538 1 0.729102564 0.729102564 1 1.372771574 1.372771574 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 2.79E-13 1 0.086275114 1 0.037660755 1 2.41E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 194792172 C G - - - - - - 35 0 0 38 5 13.2 18 0 0 60 10 16.7 73 10 13.7 0 0 NA 1 0 0 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 7 4 4 4 5 3 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.653142857 1.653142857 1 0 0 1 3.689700855 0.922425214 4 0.969431472 0.969431472 1 0 NA 0 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.00000137 1 1 1 5.86E-13 1 4.56E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 195272022 T C - - - - - - 31 0 0 41 4 9.8 21 0 0 62 0 0 81 0 0 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 5 7 4 4 4 5 3 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.227333333 1.227333333 1 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 NA NA 0 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.0000546 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 195278242 C G - - - - - - 29 0 0 31 4 12.9 30 0 0 67 0 0 51 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 5 7 4 4 4 5 3 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.615571429 1.615571429 1 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.0000177 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 195304150 C T - - - - - - 38 0 0 55 5 9.1 31 0 0 69 0 0 58 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 5 7 4 4 4 5 3 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.139666667 1.139666667 1 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.00000883 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 195389102 G A - - - - - - 35 0 0 47 15 31.9 16 1 6.2 70 6 8.6 58 7 12.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 5 7 4 4 4 5 3 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 3.995095238 0.99877381 4 0.852666667 NA 0 1.90008547 1.90008547 1 0.856213198 0.856213198 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1.97E-23 1 0.077068876 1 0.00000156 1 1.88E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 195779649 G A - - - - - - 21 0 0 40 7 17.5 18 3 16.7 55 11 20 58 25 43.1 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 7 4 4 4 5 3 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.191666667 1.095833333 2 2.296698925 2.296698925 1 4.418803419 1.104700855 4 3.049817259 1.016605753 3 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 1.26E-09 1 0.0000964 1 4.77E-15 1 4.44E-42 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 195910654 A G - - - - - - 28 0 0 54 6 11.1 20 4 20 64 2 3.1 58 8 13.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 7 4 4 4 5 3 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.390142857 1.390142857 1 2.750537634 0.916845878 3 0.68491453 0.68491453 1 0.976507614 0.976507614 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000000329 1 0.00000284 1 0.041085601 1 5.99E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 196378824 C T KCNT2 CCDS1384.1 r.? - - intronic 36 0 0 24 5 20.8 19 4 21.1 60 8 13.3 60 22 36.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 7 4 4 4 5 3 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.604952381 0.86831746 3 2.901817204 0.967272401 3 2.938504274 0.979501425 3 2.596944162 0.865648054 3 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000000123 1 0.00000228 1 7.93E-10 1 2.81E-35 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 196770201 G T - - - - - - 31 0 0 38 4 10.5 9 0 0 57 1 1.8 48 5 10.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 7 4 4 4 5 3 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.315 1.315 1 0 0 1 0.397692308 0.397692308 1 0.735918782 0.735918782 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.0000403 1 1 1 0.248523156 1 0.00000447 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 196873797 C A CFHR4 CCDS41451.1 r.? - - intronic 26 0 0 48 9 18.8 23 1 4.3 83 6 7.2 72 11 15.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 7 4 4 4 5 3 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.35447619 1.177238095 2 0.591365591 0.591365591 1 1.590769231 1.590769231 1 1.082649746 1.082649746 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 2.75E-12 1 0.108890944 1 0.00000424 1 1.12E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 196906884 C A CFHR2 ENST00000367421 r.? - - intronic 48 0 0 75 7 9.3 37 1 2.7 127 3 2.4 98 6 6.1 0 0 NA 0 0 NA 3 0 0 0 0 NA 1 0 0 TRUE FALSE 5 5 7 4 4 4 5 3 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.164714286 1.164714286 1 0.371322581 0.371322581 1 0.53025641 0.53025641 1 0.43164467 0.43164467 1 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 1 0 NA 0 8 NA 1 1 0.000000115 1 0.169281299 1 0.026348203 1 0.0000111 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 199053661 A G - - - - - - 34 0 0 51 9 17.6 27 1 3.7 75 1 1.3 73 8 11 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 7 4 4 4 5 3 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.204190476 1.102095238 2 0.508849462 0.508849462 1 0.287222222 0.287222222 1 0.778375635 0.778375635 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 4.92E-12 1 0.126579904 1 0.313356907 1 3.93E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 199786673 C T - - - - - - 28 0 0 55 22 40 30 8 26.7 76 14 18.4 82 47 57.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 7 4 4 4 5 3 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 5.00952381 1.252380952 4 3.671967742 0.917991935 4 4.065299145 1.016324786 4 4.054629442 1.351543147 3 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 2.65E-36 1 2.07E-12 1 3.14E-18 1 1.06E-85 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 199864365 C A - - - - - - 35 0 0 43 13 30.2 32 8 25 67 6 9 70 20 28.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 TRUE FALSE 5 5 7 4 4 4 5 3 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 3.782190476 0.945547619 4 3.438172043 0.859543011 4 1.988461538 1.988461538 1 2.02377665 1.011888325 2 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 0 NA 0 8 NA 1 1 3.88E-20 1 3.69E-12 1 0.0000012 1 1.22E-29 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 199908155 A G - - - - - - 31 0 0 46 8 17.4 26 8 30.8 67 0 0 75 20 26.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 7 4 4 4 5 3 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.179142857 1.089571429 2 4.235827957 1.058956989 4 0 0 1 1.889329949 0.944664975 2 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 8.61E-11 1 5.63E-13 1 1 1 5.89E-29 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 199913373 T A - - - - - - 27 0 0 38 9 23.7 30 7 23.3 58 7 12.1 85 23 27.1 1 0 0 0 0 NA 2 2 100 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 7 4 4 4 5 3 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.968142857 0.989380952 3 3.204376344 1.068125448 3 2.673376068 0.891125356 3 1.917634518 0.958817259 2 NA NA 0 13.75268817 3.438172043 4 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 2.79E-13 1 1.44E-10 0.000025 1.88E-08 1 3.06E-33 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 200108232 C G NR5A2 CCDS1401.1 r.? - - intronic 28 0 0 41 6 14.6 16 1 6.2 43 0 0 75 6 8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 7 4 4 4 5 3 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.82847619 1.82847619 1 0.852666667 0.852666667 1 0 0 1 0.566091371 0.566091371 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 6.05E-08 1 0.077068876 1 1 1 0.00000234 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 201478035 C G CSRP1 CCDS1413.1 r.? - - intronic 33 0 0 46 10 21.7 27 3 11.1 80 9 11.2 52 9 17.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 7 4 4 4 5 3 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.717666667 0.905888889 3 1.526548387 1.526548387 1 2.474529915 0.824843305 3 1.224172589 1.224172589 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 3.38E-14 1 0.000334187 1 3.29E-10 1 5.92E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 201878919 C T LMOD1 ENST00000367288 r.? - - intronic 33 0 0 46 11 23.9 18 3 16.7 55 15 27.3 61 24 39.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 7 4 4 4 5 3 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.993190476 0.997730159 3 2.296698925 2.296698925 1 6.031666667 1.206333333 5 2.780923858 0.926974619 3 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 5.55E-16 1 0.0000964 1 3.01E-22 1 2.97E-39 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 202680469 C G SYT2 CCDS1427.1 r.? - - upstream 31 0 0 52 4 7.7 33 3 9.1 34 0 0 89 9 10.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 9 5 7 5 7 4 5 4 2 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.272333333 1.272333333 1 1.251494624 1.251494624 1 0 0 1 0.815690355 0.815690355 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000139698 1 0.000609557 1 1 1 8.66E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 206097080 A T - - - - - - 15 0 0 28 4 14.3 20 0 0 23 1 4.3 55 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 9 7 5 7 7 5 4 2 2 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.362904762 2.362904762 1 0 0 1 0.950042735 0.950042735 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.0000116 1 1 1 0.108890944 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 207075241 C A FAIM3 CCDS1473.1 r.? - - downstream 33 0 0 48 5 10.4 30 1 3.3 61 0 0 82 9 11 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 9 9 7 5 7 7 5 4 2 2 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.71847619 1.71847619 1 0.58583871 0.58583871 1 0 0 1 0.888375635 0.888375635 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 0.00000447 1 0.139615808 1 1 1 4.12E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 208935356 A G - - - - - - 34 0 0 39 4 10.3 17 0 0 57 0 0 81 10 12.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 9 7 5 7 7 5 4 2 2 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.701952381 1.701952381 1 0 0 1 0 NA 0 0.993365482 0.993365482 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.0000447 1 1 1 1 1 1.33E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 209004787 G A - - - - - - 31 0 0 48 5 10.4 25 3 12 69 0 0 67 8 11.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 9 7 5 7 7 5 4 2 2 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.71847619 1.71847619 1 2.130322581 2.130322581 1 0 NA 0 0.961060914 0.961060914 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.00000447 1 0.00026475 1 1 1 1.96E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 209777008 G A CAMK1G CCDS1486.1 r.? - - intronic 28 0 0 41 5 12.2 24 2 8.3 50 4 8 78 9 11.5 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 9 9 7 5 7 7 5 4 2 2 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.015904762 2.015904762 1 1.473473118 1.473473118 1 1.767521368 1.767521368 1 0.928756345 0.928756345 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.00000202 1 0.006413403 1 0.000119787 1 2.61E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 210572003 C T HHAT CCDS1495.1 r.? - - intronic 27 0 0 31 10 32.3 22 3 13.6 94 1 1.1 75 20 26.7 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 9 9 7 5 7 7 5 4 2 2 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 5.337190476 1.067438095 5 2.414365591 2.414365591 1 0.243034188 0.243034188 1 2.156329949 1.078164975 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 3.94E-16 1 0.000179267 1 0.375734132 1 5.89E-29 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 210619990 C G HHAT CCDS1495.1 r.? - - intronic 25 0 0 43 10 23.3 22 6 27.3 40 2 5 73 23 31.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 9 9 7 5 7 7 5 4 2 2 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 3.850047619 0.962511905 4 4.846483871 0.969296774 5 1.104700855 1.104700855 1 2.543984772 0.847994924 3 NA NA 1 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 1.61E-14 1 1.09E-09 1 0.017193422 1 5.33E-35 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 213922165 C T - - - - - - 42 0 0 48 6 12.5 27 2 7.4 72 1 1.4 71 9 12.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 TRUE FALSE 9 9 7 5 7 7 5 4 2 2 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.06547619 2.06547619 1 1.313698925 1.313698925 1 0.309316239 0.309316239 1 1.025670051 1.025670051 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 0 NA 0 8 NA 1 1 0.00000016 1 0.00807567 1 0.302953399 1 1.1E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 215844469 G T USH2A CCDS31025.1 r.14365c>a c.13978C>A p.P4660T missense 28 0 0 54 25 46.3 27 12 44.4 72 11 15.3 58 33 56.9 474 1 0.2 405 175 43.2 214 36 16.8 461 66 14.3 608 288 47.4 TRUE TRUE 9 9 7 5 7 7 5 4 2 2 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 7.65052381 1.092931973 7 7.882193548 1.12602765 7 3.380384615 1.126794872 3 4.595324873 1.148831218 4 7.138285714 1.019755102 7 2.982451613 0.994150538 3 3.159444444 1.053148148 3 3.828091371 0.957022843 4 8 12 1 0.907073352 4.36E-43 5.18E-285 3.96E-21 5.68E-43 1.12E-13 1.7E-72 1.8E-60 0 YES 1_1 1_1 1_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b 1 215938880 C G USH2A CCDS31025.1 r.? - - intronic 24 0 0 54 12 22.2 19 2 10.5 66 7 10.6 79 27 34.2 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 9 9 7 5 7 7 5 4 2 2 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 3.668285714 0.917071429 4 1.864032258 1.864032258 1 2.341965812 1.170982906 2 2.762040609 0.920680203 3 NA NA 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 6.9E-17 1 0.004039874 1 0.000000047 1 5.9E-42 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 215981853 G T USH2A CCDS31025.1 r.? - - intronic 33 0 0 49 4 8.2 29 1 3.4 68 2 2.9 74 7 9.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 9 9 7 5 7 7 5 4 2 2 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.354952381 1.354952381 1 0.603591398 0.603591398 1 0.640726496 0.640726496 1 0.767233503 0.767233503 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000110643 1 0.135292269 1 0.045825786 1 0.000000105 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 216301995 C T USH2A CCDS31025.1 r.? - - intronic 31 0 0 56 7 12.5 28 7 25 62 2 3.2 76 21 27.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 9 9 7 5 7 7 5 4 2 2 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.06547619 1.032738095 2 4.438172043 1.109543011 4 0.707008547 0.707008547 1 2.229015228 1.114507614 2 NA NA 1 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 1.46E-08 1 8.44E-11 1 0.038789653 1 1.07E-30 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 216434531 C T USH2A CCDS31025.1 r.? - - intronic 26 0 0 52 5 9.6 27 0 0 69 0 0 63 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 9 7 5 7 7 5 4 2 2 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.586285714 1.586285714 1 0 0 1 0 NA 0 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.00000668 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 216579822 C G USH2A CCDS31025.1 r.? - - intronic 29 0 0 41 16 39 33 14 42.4 75 0 0 75 19 25.3 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 9 9 7 5 7 7 5 4 2 2 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 6.444285714 1.074047619 6 7.527139785 1.075305684 7 0 0 1 2.043263959 1.02163198 2 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 1.4E-26 1 4.57E-24 1 1 1 4.19E-27 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 216579832 C T USH2A CCDS31025.1 r.? - - intronic 29 0 0 44 15 34.1 34 14 41.2 72 0 0 71 19 26.8 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 9 9 7 5 7 7 5 4 2 2 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 5.634619048 0.939103175 6 7.314107527 1.044872504 7 0 0 1 2.164406091 1.082203046 2 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 6.12E-24 1 7.74E-24 1 1 1 1.29E-27 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 216781084 G C ESRRG CCDS1517.1 r.? - - intronic 38 0 0 58 15 25.9 39 15 38.5 81 13 16 88 20 22.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 9 9 7 5 7 7 5 4 2 2 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 4.279666667 1.069916667 4 6.834784946 0.976397849 7 3.535042735 0.883760684 4 1.833284264 0.916642132 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 7.42E-22 1 6.85E-25 1 3.34E-16 1 2.12E-27 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 217601210 G A GPATCH2 CCDS1518.1 r.4975c>u c.? p.? 3'UTR variant 33 0 0 51 6 11.8 32 6 18.8 67 0 0 79 8 10.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 9 9 7 6 7 7 5 4 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.949809524 1.949809524 1 3.337505376 1.112501792 3 0 0 1 0.916690355 0.916690355 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 0.000000232 1 1.27E-08 1 1 1 7.43E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 217797077 C T GPATCH2 CCDS1518.1 r.? - - intronic 30 0 0 42 5 11.9 13 0 0 43 1 2.3 60 5 8.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 TRUE FALSE 9 9 7 6 7 7 5 4 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.966333333 1.966333333 1 0 0 1 0.508162393 0.508162393 1 0.753319797 0.753319797 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 0 NA 0 8 NA 1 1 0.00000228 1 1 1 0.193893409 1 0.0000136 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 218180744 C G - - - - - - 42 0 0 64 4 6.2 26 2 7.7 75 4 5.3 76 6 7.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 9 9 7 6 7 7 5 4 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.02447619 1.02447619 1 1.366956989 1.366956989 1 1.170982906 1.170982906 1 0.717015228 0.717015228 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000312605 1 0.007502227 1 0.000572493 1 0.00000253 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 218642331 C G - - - - - - 29 0 0 64 6 9.4 34 6 17.6 68 6 8.8 91 22 24.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 9 9 7 6 7 7 5 4 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.553238095 1.553238095 1 3.124473118 1.041491039 3 1.944273504 1.944273504 1 2.196426396 1.098213198 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000000914 1 1.86E-08 1 0.00000131 1 1.2E-30 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 218796960 C T - - - - - - 22 0 0 57 5 8.8 27 0 0 61 0 0 84 13 15.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 9 9 7 6 7 7 5 4 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.454095238 1.454095238 1 0 0 1 0 0 1 1.40680203 1.40680203 1 NA NA 1 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 0.0000105 1 1 1 1 1 5.49E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 219430399 G C - - - - - - 38 0 0 58 15 25.9 44 16 36.4 64 2 3.1 98 29 29.6 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 9 9 7 6 7 7 5 4 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 4.279666667 1.069916667 4 6.461978495 0.923139785 7 0.68491453 0.68491453 1 2.686538071 0.89551269 3 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 7.42E-22 1 5.57E-26 1 0.041085601 1 8.31E-43 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 220482089 T C - - - - - - 32 0 0 65 6 9.2 34 2 5.9 88 4 4.5 121 15 12.4 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 9 9 9 9 7 7 7 7 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.520190476 1.520190476 1 1.047408602 1.047408602 1 1.084230769 1.084230769 1 1.497441624 1.497441624 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000001 1 0.012612579 1 0.001043312 1 1E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 221646890 G C - - - - - - 33 0 0 65 7 10.8 32 0 0 76 5 6.6 100 11 11 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 9 9 9 9 7 7 7 7 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.784571429 1.784571429 1 0 0 1 1.590205128 1.590205128 1 1.328375635 1.328375635 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 4.22E-08 1 1 1 0.000043 1 4.6E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 221747395 C T - - - - - - 37 0 0 70 6 8.6 36 0 0 75 0 0 109 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 9 9 9 9 7 7 7 7 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.421047619 1.421047619 1 0 0 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 10 NA 1 1 0.00000156 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 222014781 C G - - - - - - 31 0 0 63 11 17.5 40 5 12.5 89 0 0 117 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 9 9 9 9 7 7 7 7 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.891666667 0.963888889 3 2.219086022 2.219086022 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 9 NA 1 1 2.37E-14 1 0.00000178 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 222648373 T C - - - - - - 26 0 0 44 10 22.7 28 4 14.3 18 2 11.1 93 15 16.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 TRUE FALSE 9 9 9 9 7 7 7 7 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 3.750904762 0.93772619 4 2.538634409 2.538634409 1 2.674435897 2.674435897 1 1.944258883 0.972129442 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 0 0 1 8 NA 1 1 2.08E-14 1 0.0000116 1 0.003626632 1 1.65E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 222782779 C T - - - - - - 19 0 0 58 5 8.6 27 4 14.8 83 7 8.4 81 14 17.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 9 9 9 9 7 7 7 7 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.421047619 1.421047619 1 2.627397849 0.875799283 3 2.023897436 1.011948718 2 2.089172589 1.044586294 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.0000115 1 0.00001 1 0.000000233 1 8.14E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 224960544 C T - - - - - - 30 0 0 66 11 16.7 29 8 27.6 96 11 11.5 124 24 19.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 13 13 9 9 11 11 7 7 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 3.42747619 1.142492063 3 6.003741935 1.000623656 6 2.770811966 0.923603989 3 2.342771574 1.171385787 2 NA NA 1 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 4.07E-14 1 1.53E-12 1 2.92E-12 1 9.58E-31 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 228122654 G A WNT9A CCDS31045.1 r.? - - intronic 35 0 0 63 7 11.1 29 3 10.3 75 0 0 87 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 10 10 3 6 8 8 2 4 2 2 1 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.945142857 1.945142857 1 1.931526882 1.931526882 1 0 NA 0 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 3.38E-08 1 0.000414371 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 230881795 G C CAPN9 CCDS31053.1 r.? - - upstream 33 0 0 53 5 9.4 33 0 0 60 0 0 108 0 0 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 10 10 3 8 8 8 2 6 2 2 1 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.647238095 1.647238095 1 0 0 1 0 NA 0 0 NA 0 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.00000734 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 231097372 A G TTC13 CCDS1588.1 r.? - - intronic 38 0 0 63 20 31.7 28 7 25 62 5 8.1 121 38 31.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 10 10 3 8 8 8 2 6 2 2 1 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 5.555047619 0.92584127 6 4.688172043 0.937634409 5 1.465615385 1.465615385 1 3.477908629 0.869477157 4 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 1.05E-30 1 8.44E-11 1 0.000016 1 9.51E-57 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 231644084 C T - - - - - - 48 0 0 65 6 9.2 34 2 5.9 63 4 6.3 88 16 18.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 10 10 3 8 8 8 2 6 2 2 1 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.612190476 1.612190476 1 1.106408602 1.106408602 1 1.139923077 1.139923077 1 2.015857868 1.007928934 2 NA NA 1 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000001 1 0.012612579 1 0.000294233 1 1.57E-20 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 231720748 T C - - - - - - 36 0 0 66 15 22.7 36 8 22.2 51 3 5.9 84 35 41.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 10 10 3 8 8 8 2 6 2 2 1 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 3.977904762 0.99447619 4 4.163096774 1.040774194 4 1.067547009 1.067547009 1 4.618751269 0.923750254 5 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 6.45E-21 1 1.04E-11 1 0.002175924 1 1.21E-57 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 231841732 C G DISC1 CCDS31056.1 r.? - - intronic 23 0 0 56 9 16.1 37 3 8.1 75 0 0 111 9 8.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA FALSE FALSE 10 10 3 8 8 8 2 6 2 2 1 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.821333333 0.940444444 3 1.518967742 1.518967742 1 0 NA 0 0.897167513 0.897167513 1 NA NA 1 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1.2E-11 1 0.000855237 1 1 1 6.24E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 232303300 C A - - - - - - 27 0 0 49 17 34.7 45 14 31.1 36 4 11.1 79 34 43 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 10 10 3 8 8 8 2 6 2 2 1 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 6.080761905 1.013460317 6 5.832086022 0.972014337 6 2.008435897 2.008435897 1 4.762741117 0.952548223 5 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 4.26E-27 1 8.81E-22 1 0.0000324 1 1.18E-56 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 232498403 T G - - - - - - 30 0 0 58 10 17.2 34 2 5.9 69 0 0 87 20 23 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 1 1 100 FALSE FALSE 10 10 3 8 8 8 2 6 2 2 1 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 3.014095238 1.004698413 3 1.106408602 1.106408602 1 0 NA 0 2.54751269 0.849170897 3 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 11.07614213 11.07614213 1 NA NA 1 1 4.1E-13 1 0.012612579 1 1 1 1.65E-27 0.005 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 233214223 C G PCNXL2 CCDS44335.1 r.? - - intronic 32 0 0 50 9 18 41 13 31.7 63 0 0 114 40 35.1 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 10 10 3 8 8 8 2 6 2 2 1 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 3.154285714 1.051428571 3 5.944602151 0.990767025 6 0 NA 0 3.887725888 0.971931472 4 NA NA 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 4.07E-12 1 1.89E-20 1 1 1 5.97E-62 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 233792480 T G KCNK1 CCDS1599.1 r.? - - intronic 39 0 0 51 19 37.3 32 6 18.8 50 5 10 108 34 31.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 10 10 3 8 8 8 2 6 2 2 1 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 6.536380952 0.933768707 7 3.525505376 0.881376344 4 1.809401709 1.809401709 1 3.488984772 0.872246193 4 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 7.94E-31 1 1.27E-08 1 0.00000549 1 5.51E-51 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 233959747 G C - - - - - - 32 0 0 70 8 11.4 43 1 2.3 71 6 8.5 105 9 8.6 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 10 10 3 8 8 8 2 6 2 2 1 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.997714286 0.998857143 2 0.431311828 0.431311828 1 1.537991453 1.537991453 1 0.952548223 0.952548223 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 2.8E-09 1 0.193893409 1 0.00000169 1 3.81E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 234520375 C T C1orf31 CCDS31059.1 r.? - - downstream 43 0 0 53 6 11.3 32 3 9.4 60 1 1.7 76 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 7 3 6 6 5 2 4 3 2 1 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.867190476 1.867190476 1 1.480752688 1.480752688 1 0.307598291 NA 0 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000000293 1 0.000556213 1 0.259739042 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 235047995 G T - - - - - - 19 0 0 50 12 24 21 3 14.3 49 1 2 59 13 22 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 7 3 6 6 5 2 4 3 2 1 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 3.965714286 0.991428571 4 2.252634409 2.252634409 1 0.361880342 NA 0 1.996751269 0.998375635 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 2.49E-17 1 0.000155401 1 0.217776325 1 3.99E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 235103864 C T - - - - - - 24 0 0 50 7 14 23 1 4.3 13 0 0 76 7 9.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 7 3 6 6 5 2 4 3 2 1 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.313333333 1.156666667 2 0.677365591 0.677365591 1 0 NA 0 0.835005076 0.835005076 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 6.46E-09 1 0.108890944 1 1 1 0.000000126 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 235591716 A C TBCE CCDS1605.1 r.? - - intronic 36 0 0 50 5 10 19 1 5.3 40 1 2.5 79 14 17.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 7 3 6 6 5 2 4 3 2 1 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.652380952 1.652380952 1 0.834892473 0.834892473 1 0.452350427 NA 0 1.606477157 0.803238579 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.00000549 1 0.090843738 1 0.181679879 1 5.6E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 236619433 G A EDARADD CCDS31065.1 r.? - - intronic 32 0 0 52 8 15.4 35 4 11.4 29 0 0 103 9 8.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 7 3 6 6 5 2 4 3 2 1 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.544666667 0.848222222 3 1.795806452 1.795806452 1 0 NA 0 0.789624365 0.789624365 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 2.42E-10 1 0.0000289 1 1 1 3.21E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 237897856 A C RYR2 ENST00000366574 r.? - - intronic 26 0 0 48 4 8.3 22 0 0 72 1 1.4 58 6 10.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 5 3 4 4 3 2 2 3 2 1 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.20547619 1.20547619 1 0 0 1 0.253316239 NA 0 0.72884264 0.72884264 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000102016 1 1 1 0.302953399 1 0.000000506 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 238744103 C T - - - - - - 44 0 0 51 16 31.4 24 4 16.7 24 3 12.5 54 14 25.9 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 5 3 4 4 3 2 2 3 2 1 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 4.56047619 1.140119048 4 2.296698925 2.296698925 1 2.261752137 2.261752137 1 1.832720812 0.916360406 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 9.28E-25 1 0.00000613 1 0.000233853 1 1.64E-20 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 240065912 C G CHRM3 CCDS1616.1 r.? - - intronic 24 0 0 69 12 17.4 31 4 12.9 135 47 34.8 98 29 29.6 153 0 0 504 99 19.6 356 214 60.1 671 220 32.8 492 161 32.7 TRUE TRUE 7 7.520920328 19 7 5 5 17 5 2 2 2 2 1 0.479079672 1 1 NA 6 NA NA NA 2 NA NA NA 0.520920328 NA NA 2.527142857 0.842380952 3 2.099295496 2.099295496 1 11.86471795 0.988726496 12 2.982538071 0.994179357 3 2.846666667 0.948888889 3 9.780438708 1.771523248 5.520920328 11.18283761 1.016621601 11 3.294898477 1.098299492 3 8 16 1 1 1.65E-15 2.59E-122 0.0000177 0 2.59E-72 0 8.31E-43 3.06E-238 YES 1_1 1_1 1_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b 1 240115420 A G - - - - - - 39 0 0 63 7 11.1 27 1 3.7 116 0 0 89 10 11.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7.520920328 19 7 5 5 17 5 2 2 2 2 1 0.479079672 1 1 NA 6 NA NA NA 2 NA NA NA 0.520920328 NA NA 1.612142857 1.612142857 1 0.602123514 0.602123514 1 0 0 1 1.128527919 1.128527919 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 3.38E-08 1 0.126579904 1 1 1 3.47E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 240381080 T A FMN2 CCDS31069.2 r.? - - intronic 30 0 0 57 4 7 19 1 5.3 92 0 0 81 1 1.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7.520920328 19 7 5 5 17 5 2 2 2 2 1 0.479079672 1 1 NA 6 NA NA NA 2 NA NA NA 0.520920328 NA NA 1.016666667 1.016666667 1 0.86250125 0.86250125 1 0 0 1 0.120913706 0.120913706 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 9 NA 1 1 0.000199821 1 0.090843738 1 1 1 0.333700419 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 240533813 A T FMN2 CCDS31069.2 r.? - - intronic 30 0 0 50 6 12 35 2 5.7 106 0 0 96 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7.520920328 19 7 5 5 17 5 2 2 2 2 1 0.479079672 1 1 NA 6 NA NA NA 2 NA NA NA 0.520920328 NA NA 1.742857143 1.742857143 1 0.927595684 0.927595684 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 9 NA 1 1 0.000000206 1 0.013332991 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 240676427 G C GREM2 CCDS31070.1 r.? - - intronic 33 0 0 42 6 14.3 33 3 9.1 70 21 30 83 11 13.3 0 0 NA 1 1 100 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7.520920328 19 3 5 5 17 2 2 2 2 1 1 0.479079672 1 1 NA 6 NA NA NA 2 NA NA NA 0.520920328 NA NA 2.076904762 2.076904762 1 1.480898373 1.480898373 1 10.22820513 1.022820513 10 0.808126904 0.808126904 1 14.52380952 2.904761905 5 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 7.02E-08 0.005 0.000609557 1 1.45E-31 1 5.66E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 240697727 C T GREM2 CCDS31070.1 r.? - - intronic 31 0 0 53 13 24.5 26 9 34.6 63 30 47.6 65 27 41.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7.520920328 19 3 5 5 17 2 2 2 2 1 1 0.479079672 1 1 NA 6 NA NA NA 2 NA NA NA 0.520920328 NA NA 3.558333333 0.889583333 4 5.630668541 1.019878608 5.520920328 16.22875214 1.014297009 16 2.521598985 1.260799492 2 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 8.53E-19 1 5.65E-15 1 6.83E-52 1 8.98E-45 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 242575831 T A PLD5 CCDS1621.1 r.? - - intronic 35 0 0 38 7 18.4 17 0 0 62 0 0 39 0 0 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 4 3 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.120380952 1.060190476 2 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 8.61E-10 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 243211121 G T - - - - - - 36 0 0 40 5 12.5 24 5 20.8 56 7 12.5 41 10 24.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 3 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.44047619 1.44047619 1 2.65255914 1.32627957 2 2.386752137 1.193376068 2 1.48257868 1.48257868 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.00000178 1 0.000000123 1 1.46E-08 1 9.51E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 243689605 C A AKT3 CCDS31077.1 r.? - - intronic 32 0 0 31 4 12.9 24 3 12.5 57 4 7 57 9 15.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 3 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.486571429 1.486571429 1 1.594086022 1.594086022 1 1.336581197 1.336581197 1 0.960030457 0.960030457 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.0000177 1 0.000233853 1 0.000199821 1 1.42E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 243915192 C T AKT3 CCDS31077.1 r.? - - intronic 37 0 0 44 5 11.4 26 0 0 82 3 3.7 58 9 15.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 3 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.313714286 1.313714286 1 0 0 1 0.706478632 0.706478632 1 0.94180203 0.94180203 1 NA NA 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.00000288 1 1 1 0.008251578 1 1.67E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 245766387 G A KIF26B CCDS44342.1 r.? - - intronic 37 0 0 52 9 17.3 21 6 28.6 65 4 6.2 42 10 23.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 3 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.993619048 0.996809524 2 3.647268817 1.823634409 2 1.18382906 1.18382906 1 1.446121827 1.446121827 1 NA NA 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 0 8 NA 1 1 5.92E-12 1 7.95E-10 1 0.000331785 1 1.24E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 246272256 G A SMYD3 CCDS31083.1 r.? - - intronic 28 0 0 37 5 13.5 14 3 21.4 70 0 0 49 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 4 3 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.555714286 1.555714286 1 2.729075269 2.729075269 1 0 0 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.00000119 1 0.0000437 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 247958018 T C - - - - - - 30 0 0 37 6 16.2 22 1 4.5 83 4 4.8 58 9 15.5 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 3 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.866857143 1.866857143 1 0.573870968 0.573870968 1 0.916512821 0.916512821 1 0.94180203 0.94180203 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 3.18E-08 1 0.104413009 1 0.000838577 1 1.67E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 248524281 T A OR2T4 CCDS31113.1 r.? - - upstream 28 0 0 25 4 16 20 4 20 46 3 6.5 57 9 15.8 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 3 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.843809524 1.843809524 1 2.550537634 2.550537634 1 1.241111111 1.241111111 1 0.960030457 0.960030457 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.00000727 1 0.00000284 1 0.001615827 1 1.42E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 248646415 C G - - - - - - 34 0 0 47 10 21.3 29 1 3.4 58 7 12.1 59 4 6.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 3 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.454571429 1.227285714 2 0.433591398 0.433591398 1 2.310376068 1.155188034 2 0.413177665 0.413177665 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 4.27E-14 1 0.135292269 1 1.88E-08 1 0.00022841 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 248728169 A G - - - - - - 24 0 0 15 3 20 12 0 0 33 0 0 36 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 4 3 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.304761905 2.304761905 1 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.0000544 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 1522933 A C ADARB2 CCDS7058.1 r.? - - intronic 35 0 0 48 4 8.3 24 0 0 57 0 0 78 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 5 3.521946242 4 4 4 2 3 1 1 0 1 1 1 -0.521946242 1 NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 1.521946242 NA 1.03947619 1.03947619 1 0 0 1 0 NA 0 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000102016 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 2216213 G A - - - - - - 25 0 0 29 5 17.2 19 8 42.1 57 12 21.1 50 20 40 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3.521946242 4 4 4 2 3 1 1 0 1 1 1 -0.521946242 1 NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 1.521946242 NA 2.154095238 2.154095238 1 5.78988172 1.44747043 4 3.927968264 1.115283424 3.521946242 2.830456853 0.943485618 3 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000000336 1 2.81E-14 1 1.4E-16 1 3.9E-33 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 2231750 A C - - - - - - 41 0 0 32 4 12.5 24 0 0 71 0 0 70 9 12.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 5 3.521946242 4 4 4 2 3 1 1 0 1 1 1 -0.521946242 1 NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 1.521946242 NA 1.56547619 1.56547619 1 0 0 1 0 NA 0 0.912822335 0.912822335 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.0000201 1 1 1 1 1 9.65E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 2268248 G A - - - - - - 26 0 0 56 6 10.7 24 5 20.8 41 1 2.4 76 13 17.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 5 3.521946242 4 4 4 2 3 1 1 0 1 1 1 -0.521946242 1 NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 1.521946242 NA 1.340047619 1.340047619 1 2.86055914 0.953519713 3 0.44678312 NA 0 1.210020305 1.210020305 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000000409 1 0.000000123 1 0.18577148 1 1.39E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 2541296 A C - - - - - - 41 0 0 47 15 31.9 26 5 19.2 88 17 19.3 68 8 11.8 2 0 0 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3.521946242 4 4 4 2 3 1 1 0 1 1 1 -0.521946242 1 NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 1.521946242 NA 3.995095238 0.99877381 4 2.640516129 0.880172043 3 3.592880924 1.020140762 3.521946242 0.834984772 0.834984772 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 1.97E-23 1 0.000000188 1 3.34E-22 1 2.21E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 2621990 G T - - - - - - 40 0 0 51 4 7.8 24 4 16.7 63 3 4.8 69 15 21.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3.521946242 4 4 4 2 3 1 1 0 1 1 1 -0.521946242 1 NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 1.521946242 NA 0.976857143 0.976857143 1 2.296698925 2.296698925 1 0.89356624 0.89356624 1 1.535522843 1.535522843 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000129466 1 0.00000613 1 0.003968795 1 1.34E-20 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 4132825 C A - - - - - - 21 0 0 33 4 12.1 28 1 3.6 29 3 10.3 63 5 7.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3.521946242 4 4 4 2 3 1 1 0 1 1 1 -0.521946242 1 NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 1.521946242 NA 1.515380952 1.515380952 1 0.495096774 0.495096774 1 1.917444224 1.917444224 1 0.559015228 0.559015228 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.0000228 1 0.130947004 1 0.000414371 1 0.0000173 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 5208241 A C AKR1CL1 ENST00000380510 r.? - - intronic 32 0 0 42 5 11.9 21 2 9.5 67 5 7.5 60 17 28.3 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 1 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 9 4 4 4 8 3 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.490333333 1.490333333 1 1.306505376 1.306505376 1 1.807051282 1.807051282 1 2.002548223 1.001274112 2 NA NA 0 0 NA 0 0 0 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.00000228 1 0.004928472 1 0.0000233 1 2.41E-25 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 5713648 C T - - - - - - 20 0 0 21 4 19 19 3 15.8 43 8 18.6 57 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA FALSE FALSE 5 5 9 4 4 4 8 3 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.37952381 2.37952381 1 2.172924731 2.172924731 1 4.481487179 0.896297436 5 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.00000349 1 0.000114071 1 4.85E-11 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 6021028 G C IL15RA CCDS7075.1 r.? - - upstream 35 0 0 57 4 7 23 0 0 76 0 0 71 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 5 9 4 4 4 8 3 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.876666667 0.876666667 1 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000199821 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 6489439 C A PRKCQ CCDS7079.1 r.? - - intronic 25 0 0 44 9 20.5 12 2 16.7 46 13 28.3 63 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 5 9 4 4 4 8 3 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.567380952 0.855793651 3 2.296698925 2.296698925 1 6.818606838 0.974086691 7 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1.18E-12 1 0.001595918 1 1.07E-19 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 8424522 G A - - - - - - 30 0 0 36 7 19.4 20 3 15 73 25 34.2 57 9 15.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 9 4 4 4 8 3 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.429619048 0.809873016 3 2.062903226 2.062903226 1 8.240153846 1.030019231 8 1.118030457 1.118030457 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 5.74E-10 1 0.0001337 1 5.49E-39 1 1.42E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 8881276 T G - - - - - - 33 0 0 30 4 13.3 18 0 0 66 4 6.1 61 12 19.7 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 9 4 4 4 8 3 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.665666667 1.665666667 1 0 0 1 1.469735043 1.469735043 1 1.394 1.394 1 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.0000154 1 1 1 0.000351793 1 3.39E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 9217905 C T - - - - - - 24 0 0 34 11 32.4 32 10 31.2 93 26 28 62 24 38.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 9 4 4 4 8 3 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 4.057714286 1.014428571 4 4.29083871 1.072709677 4 6.746324786 0.963760684 7 2.738467005 0.912822335 3 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 1.26E-17 1 5.7E-16 1 8.48E-38 1 4.81E-39 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 10668271 T A - - - - - - 28 0 0 28 3 10.7 19 1 5.3 71 3 4.2 58 4 6.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 9 4 4 4 8 3 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.340047619 1.340047619 1 0.728892473 0.728892473 1 1.011948718 1.011948718 1 0.488253807 0.488253807 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000372895 1 0.090843738 1 0.00554578 1 0.000213772 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 12018135 C G UPF2 CCDS7086.1 r.? - - intronic 33 0 0 47 7 14.9 33 2 6.1 85 3 3.5 75 13 17.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 9 4 4 4 8 3 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.866047619 1.866047619 1 0.838913978 0.838913978 1 0.843290598 0.843290598 1 1.224172589 1.224172589 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 4.12E-09 1 0.011909843 1 0.009101881 1 1.16E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 13429213 C T - - - - - - 36 0 0 40 10 25 23 5 21.7 46 4 8.7 63 25 39.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 5 5 4 2 4 3 3 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.630952381 1.31547619 2 2.984333333 0.994777778 3 1.748179487 1.748179487 1 2.809228426 0.936409475 3 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 7.22E-15 1 9.75E-08 1 0.0000862 1 6.06E-41 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 15473657 G T - - - - - - 13 0 0 29 5 17.2 19 1 5.3 58 2 3.4 54 4 7.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 5 4 2 3 3 3 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.810095238 1.810095238 1 0.675892473 0.675892473 1 0.683196581 0.683196581 1 0.523634518 0.523634518 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000000336 1 0.090843738 1 0.034352256 1 0.000161898 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 15765822 G T ITGA8 CCDS31155.1 r.? - - upstream 32 0 0 52 9 17.3 38 3 7.9 82 6 7.3 65 21 32.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 5 4 2 3 3 3 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.820619048 0.910309524 2 1.007462366 1.007462366 1 1.466863248 1.466863248 1 2.285593909 1.142796954 2 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 5.92E-12 1 0.000925091 1 0.00000395 1 2.35E-32 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 17041812 G C CUBN CCDS7113.1 r.? - - intronic 29 0 0 43 6 14 28 3 10.7 54 1 1.9 71 9 12.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 5 4 2 3 3 3 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.473333333 1.473333333 1 1.364537634 1.364537634 1 0.381786325 0.381786325 1 0.898670051 0.898670051 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 8.13E-08 1 0.000372895 1 0.237137336 1 1.1E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 19970322 A C C10orf112 ENST00000377266 r.? - - intronic 40 0 0 37 6 16.2 27 1 3.7 71 6 8.5 72 8 11.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 5 4 2 3 3 3 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.704857143 1.704857143 1 0.471849462 0.471849462 1 1.707991453 1.707991453 1 0.785451777 0.785451777 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 3.18E-08 1 0.126579904 1 0.00000169 1 3.52E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 20856414 G C - - - - - - 28 0 0 37 4 10.8 21 1 4.8 67 3 4.5 75 6 8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 3 5 5 2 2 3 3 2 1 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.244571429 1.244571429 1 0.564129032 NA 0 0.904230769 0.904230769 1 0.646091371 0.646091371 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.0000362 1 0.099912572 1 0.004717431 1 0.00000234 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 20856443 G A - - - - - - 33 0 0 42 5 11.9 23 0 0 74 2 2.7 76 8 10.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 3 5 5 2 2 3 3 2 1 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.371333333 1.371333333 1 0 NA 0 0.542538462 0.542538462 1 0.847994924 0.847994924 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.00000228 1 1 1 0.053288733 1 5.44E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 21706967 A G - - - - - - 21 0 0 40 4 10 24 2 8.3 64 0 0 87 21 24.1 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 3 5 5 2 2 3 3 2 1 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.152380952 1.152380952 1 0.975473118 0.975473118 1 0 0 1 1.946350254 0.973175127 2 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.0000495 1 0.006413403 1 1 1 2.64E-29 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 23922613 T A - - - - - - 29 0 0 42 4 9.5 35 6 17.1 71 8 11.3 86 23 26.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 3 5 5 2 2 3 3 2 1 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.094761905 1.094761905 1 2.009709677 2.009709677 1 2.270623932 1.135311966 2 2.156329949 1.078164975 2 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.0000601 1 2.24E-08 1 3.14E-09 1 4.16E-33 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 23924775 T A - - - - - - 38 0 0 39 5 12.8 31 4 12.9 71 0 0 71 5 7 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 2 0 0 TRUE FALSE 4 3 5 5 2 2 3 3 2 1 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.475047619 1.475047619 1 1.516096774 1.516096774 1 0 0 1 0.565329949 0.565329949 1 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 1 0 0 1 6 NA 1 1 0.00000156 1 0.0000177 1 1 1 0.0000309 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 25015976 G C ARHGAP21 CCDS7144.2 r.? - - upstream 30 0 0 39 5 12.8 21 4 19 37 3 8.1 80 17 21.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 3 5 5 2 2 3 3 2 1 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.475047619 1.475047619 1 2.233010753 2.233010753 1 1.627615385 1.627615385 1 1.712142132 0.856071066 2 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.00000156 1 0.00000349 1 0.000855237 1 5.75E-23 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 25429491 G A - - - - - - 16 0 0 19 4 21.1 11 0 0 45 3 6.7 54 9 16.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA FALSE FALSE 4 3 5 5 2 2 3 3 2 1 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.43152381 2.43152381 1 0 NA 0 1.346299145 1.346299145 1 1.348715736 1.348715736 1 NA NA 0 NA NA 0 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.00000228 1 1 1 0.001516071 1 8.48E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 26524207 C A GAD2 CCDS7149.1 r.? - - intronic 26 0 0 45 4 8.9 25 2 8 60 0 0 72 12 16.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 4 3 5 5 2 2 3 3 2 1 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.025619048 1.025619048 1 0.940215054 0.940215054 1 0 0 1 1.348715736 1.348715736 1 NA NA 0 NA NA 0 0 0 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.0000791 1 0.006948068 1 1 1 2.84E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 28150625 C T ARMC4 CCDS7157.1 r.? - - intronic 32 0 0 54 11 20.4 22 1 4.5 59 3 5.1 79 13 16.5 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 3 5 5 2 2 3 3 2 1 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.350857143 1.175428571 2 0.528870968 NA 0 1.024794872 1.024794872 1 1.332563452 1.332563452 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 3.84E-15 1 0.104413009 1 0.003297476 1 2.37E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 29341222 C T - - - - - - 32 0 0 29 5 17.2 26 7 26.9 74 13 17.6 71 28 39.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 3 5 5 2 2 3 3 2 1 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.982095238 1.982095238 1 3.161473118 1.580736559 2 3.536547009 1.178849003 3 3.182 1.060666667 3 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000000336 1 4.73E-11 1 9.62E-17 1 1.4E-45 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 29683916 C A - - - - - - 45 0 0 42 5 11.9 28 1 3.6 42 3 7.1 73 12 16.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 3 5 5 2 2 3 3 2 1 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.371333333 1.371333333 1 0.423096774 NA 0 1.426675214 1.426675214 1 1.32448731 1.32448731 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.00000228 1 0.130947004 1 0.001240292 1 3.39E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 30456083 A T AL160060.2 ENST00000502624 r.? - - intronic 31 0 0 28 3 10.7 30 0 0 60 2 3.3 80 1 1.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA FALSE FALSE 4 3 5 5 2 2 3 3 2 1 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.233047619 1.233047619 1 0 NA 0 0.663102564 0.663102564 1 0.096913706 0.096913706 1 NA NA 0 NA NA 0 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.000372895 1 1 1 0.036544784 1 0.33035218 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 35643834 C G CCNY CCDS7189.1 r.? - - intronic 33 0 0 34 5 14.7 35 0 0 72 1 1.4 99 6 6.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 3 5 5 2 2 3 3 2 1 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.694 1.694 1 0 NA 0 0.281316239 0.281316239 1 0.49264467 0.49264467 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.000000771 1 1 1 0.302953399 1 0.0000118 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 38003472 T C - - - - - - 35 0 0 39 4 10.3 27 1 3.7 67 2 3 87 21 24.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 3 5 5 2 2 3 3 2 1 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.186952381 1.186952381 1 0.434849462 NA 0 0.602820513 0.602820513 1 1.946350254 0.973175127 2 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.0000447 1 0.126579904 1 0.044622585 1 2.64E-29 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 38288228 C T - - - - - - 8 0 0 33 15 45.5 10 6 60 47 20 42.6 52 27 51.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 3 5 5 2 2 3 3 2 1 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 5.243333333 2.621666667 2 7.051612903 3.525806452 2 8.560051282 2.853350427 3 4.191517766 1.397172589 3 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 2.91E-26 1 3.23E-12 1 8.18E-34 1 3.15E-48 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 38700907 C T - - - - - - 19 0 0 33 5 15.2 19 4 21.1 29 5 17.2 59 21 35.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 5 2 2 3 3 1 1 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.599619048 1.599619048 1 2.479817204 2.479817204 1 3.45617094 1.15205698 3 2.875106599 0.958368866 3 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.00000066 1 0.00000228 1 0.000000336 1 2.06E-33 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 38746802 T A - - - - - - 27 0 0 29 6 20.7 14 4 28.6 52 9 17.3 47 16 34 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 5 2 2 3 3 1 1 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.178428571 1.089214286 2 3.361268817 1.680634409 2 3.476264957 1.158754986 3 2.745888325 0.915296108 3 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 6.72E-09 1 0.000000601 1 5.92E-12 1 1.98E-25 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 38969479 T G - - - - - - 51 0 0 50 6 12 31 0 0 105 0 0 90 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 5 2 2 3 3 1 1 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.262857143 1.262857143 1 0 0 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 10 NA 1 1 0.000000206 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 42440268 C A - - - - - - 23 0 0 33 5 15.2 20 2 10 68 5 7.4 63 8 12.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 5 2 2 3 3 1 1 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.599619048 1.599619048 1 1.175268817 1.175268817 1 1.486957265 1.486957265 1 1.025670051 1.025670051 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.00000066 1 0.004473894 1 0.0000251 1 1.18E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 44849785 G C - - - - - - 25 0 0 29 8 27.6 20 2 10 56 3 5.4 31 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 5 2 2 2 3 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.904571429 1.452285714 2 1.175268817 1.175268817 1 1.085076923 1.085076923 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1.53E-12 1 0.004473894 1 0.00284314 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 45440555 T G - - - - - - 26 0 0 39 6 15.4 31 3 9.7 66 0 0 45 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 5 2 2 2 3 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.620666667 1.620666667 1 1.140010753 1.140010753 1 0 0 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 4.43E-08 1 0.000505952 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 49874440 A T - - - - - - 37 0 0 42 6 14.3 26 2 7.7 60 2 3.3 54 7 13 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 2 3 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.504904762 1.504904762 1 0.904956989 0.904956989 1 0.663102564 0.663102564 1 0.659898477 0.659898477 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 7.02E-08 1 0.007502227 1 0.036544784 1 1.13E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 50735619 G A ERCC6 CCDS7229.1 r.? - - intronic 31 0 0 29 4 13.8 24 1 4.2 54 9 16.7 42 12 28.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 2 3 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.452285714 1.452285714 1 0.493612903 0.493612903 1 3.355700855 1.118566952 3 1.45177665 1.45177665 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.0000134 1 0.113346489 1 8.48E-12 1 2.35E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 50912116 A T C10orf53 CCDS31202.1 r.? - - intronic 32 0 0 41 4 9.8 19 3 15.8 63 3 4.8 54 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 5 2 2 2 3 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.031333333 1.031333333 1 1.856924731 1.856924731 1 0.964512821 0.964512821 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.0000546 1 0.000114071 1 0.003968795 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 52812910 A T PRKG1 CCDS44399.1 r.? - - intronic 28 0 0 100 4 4 52 1 1.9 119 2 1.7 183 0 0 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 7 2 2 3 5 1 1 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.420952381 0.420952381 1 0.223301075 0.223301075 1 0.341598291 0.341598291 1 0 0 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 7 NA 1 1 0.001673268 1 0.229451111 1 0.119923038 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 53101644 G C PRKG1 CCDS7244.1 r.? - - intronic 40 0 0 95 5 5.3 44 2 4.5 154 0 0 177 3 1.7 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 19 21 31 18 17 19 27 17 2 2 4 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.405761905 1.405761905 1 1.338870968 1.338870968 1 0 0 1 0.358294416 0.358294416 1 NA NA 0 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.000124602 1 0.020580492 1 1 1 0.059957325 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 53348937 G A PRKG1 CCDS7244.1 r.? - - intronic 27 0 0 84 7 8.3 41 3 7.3 131 0 0 186 9 4.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 19 21 31 18 17 19 27 17 2 2 4 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.20147619 1.100738095 2 2.171946237 2.171946237 1 0 0 1 1.011654822 1.011654822 1 NA NA 0 NA NA 1 0 0 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.000000253 1 0.001155993 1 1 1 0.000000532 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 53400537 C G PRKG1 CCDS7244.1 r.? - - intronic 25 0 0 98 6 6.1 51 2 3.9 131 2 1.5 216 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 19 21 31 18 17 19 27 17 2 2 4 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.617952381 1.617952381 1 1.160354839 1.160354839 1 0.691410256 0.691410256 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.0000111 1 0.027109304 1 0.140027743 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 55283531 C G - - - - - - 28 0 0 29 4 13.8 18 0 0 72 0 0 57 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 3 2 2 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.452285714 1.452285714 1 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.0000134 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 55526937 T A - - - - - - 27 0 0 31 4 12.9 21 2 9.5 30 0 0 47 13 27.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 2 2 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.357571429 1.357571429 1 1.116505376 1.116505376 1 0 0 1 1.406091371 1.406091371 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.0000177 1 0.004928472 1 1 1 1.47E-19 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 55743789 G A PCDH15 CCDS44404.1 r.? - - intronic 46 0 0 33 4 12.1 22 3 13.6 50 2 4 46 10 21.7 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 2 2 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.273380952 1.273380952 1 1.598365591 1.598365591 1 0.723760684 0.723760684 1 1.101522843 1.101522843 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.0000228 1 0.000179267 1 0.026131524 1 3.38E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 55793787 A T PCDH15 CCDS44404.1 r.? - - intronic 28 0 0 34 8 23.5 27 4 14.8 68 8 11.8 44 9 20.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 2 2 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.473095238 1.236547619 2 1.739397849 1.739397849 1 2.135094017 1.067547009 2 1.040609137 1.040609137 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 6.32E-12 1 0.00001 1 2.21E-09 1 1.18E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 56080525 T G PCDH15 CCDS44404.1 r.? - - intronic 37 0 0 26 6 23.1 15 3 20 73 4 5.5 33 9 27.3 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 2 2 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.431 1.2155 2 2.350537634 2.350537634 1 0.99517094 0.99517094 1 1.385786802 1.385786802 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 3.3E-09 1 0.0000544 1 0.000516741 1 6.76E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 56494890 A T PCDH15 CCDS44404.1 r.? - - intronic 45 0 0 34 5 14.7 20 4 20 73 3 4.1 38 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 3 2 2 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.547 1.547 1 2.350537634 2.350537634 1 0.741854701 0.741854701 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000000771 1 0.00000284 1 0.005990531 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 56519421 G C PCDH15 CCDS44404.1 r.? - - intronic 33 0 0 46 5 10.9 30 6 20 72 4 5.6 42 8 19 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 2 2 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.147095238 1.147095238 1 2.350537634 1.175268817 2 1.013264957 1.013264957 1 0.964467005 0.964467005 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.00000361 1 8.37E-09 1 0.000490365 1 3.96E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 56648135 T G PCDH15 ENST00000373957 r.? - - intronic 42 0 0 33 3 9.1 21 4 19 57 2 3.5 39 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 3 2 2 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.957666667 0.957666667 1 2.233010753 2.233010753 1 0.633290598 0.633290598 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000609557 1 0.00000349 1 0.03327602 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 56797645 T G PCDH15 ENST00000373957 r.? - - intronic 36 0 0 31 3 9.7 19 0 0 67 0 0 44 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 3 2 2 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.020809524 1.020809524 1 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000505952 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 57320936 G A PCDH15 ENST00000373957 r.? - - intronic 35 0 0 42 5 11.9 25 4 16 59 5 8.5 47 11 23.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 2 2 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.252333333 1.252333333 1 1.880430108 1.880430108 1 1.537991453 1.537991453 1 1.187817259 1.187817259 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.00000228 1 0.00000727 1 0.0000125 1 7.21E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 57490467 G A - - - - - - 30 0 0 28 4 14.3 17 1 5.9 54 0 0 45 0 0 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 3 2 2 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.504904762 1.504904762 1 0.693408602 0.693408602 1 0 0 1 0 NA 0 NA NA 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.0000116 1 0.081683532 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 58437882 C A - - - - - - 36 0 0 30 4 13.3 29 1 3.4 64 0 0 43 10 23.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 2 2 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.399666667 1.399666667 1 0.399591398 0.399591398 1 0 0 1 1.182741117 1.182741117 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.0000154 1 0.135292269 1 1 1 1.61E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 58633090 G C - - - - - - 34 0 0 40 5 12.5 24 3 12.5 61 0 0 43 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 3 2 2 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.31547619 1.31547619 1 1.469086022 1.469086022 1 0 0 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.00000178 1 0.000233853 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 59781709 C T - - - - - - 31 0 0 31 8 25.8 16 4 25 52 3 5.8 48 9 18.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 2 2 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.715142857 1.357571429 2 2.938172043 1.469086022 2 1.049452991 1.049452991 1 0.954314721 0.954314721 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 2.78E-12 1 0.00000108 1 0.002300591 1 2.75E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 66405432 T G - - - - - - 38 0 0 37 4 10.8 19 2 10.5 58 1 1.7 41 8 19.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 2 2 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.136571429 1.136571429 1 1.234032258 1.234032258 1 0.307598291 0.307598291 1 0.989847716 0.989847716 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.0000362 1 0.004039874 1 0.252280541 1 3.22E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 66863849 C G - - - - - - 30 0 0 39 5 12.8 17 2 11.8 76 0 0 44 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 3 2 2 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.347047619 1.347047619 1 1.386817204 1.386817204 1 0 0 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.00000156 1 0.003234386 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 67693217 A T CTNNA3 CCDS7269.1 r.? - - intronic 29 0 0 30 4 13.3 26 0 0 52 0 0 45 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 3 2 2 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.399666667 1.399666667 1 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.0000154 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 67782939 T A CTNNA3 CCDS7269.1 r.? - - intronic 34 0 0 26 5 19.2 19 2 10.5 70 6 8.6 53 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 3 2 2 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.020571429 2.020571429 1 1.234032258 1.234032258 1 1.55608547 1.55608547 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000000188 1 0.004039874 1 0.00000156 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 68161807 T G CTNNA3 CCDS7269.1 r.? - - intronic 47 0 0 40 5 12.5 29 4 13.8 63 0 0 52 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 3 2 2 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.31547619 1.31547619 1 1.621870968 1.621870968 1 0 0 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.00000178 1 0.0000134 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 69157405 T C CTNNA3 CCDS7269.1 r.? - - intronic 29 0 0 32 5 15.6 21 0 0 61 3 4.9 56 9 16.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 2 2 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.641714286 1.641714286 1 0 0 1 0.886606838 0.886606838 1 0.817258883 0.817258883 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000000562 1 1 1 0.003623631 1 1.2E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 73048181 G T UNC5B CCDS7309.1 r.? - - intronic 29 0 0 32 4 12.5 16 0 0 40 0 0 41 0 0 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 3 2 2 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.31547619 1.31547619 1 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 NA NA 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.0000201 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 74399626 G T - - - - - - 32 0 0 35 4 11.4 30 0 0 48 0 0 45 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 3 2 2 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.199714286 1.199714286 1 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.0000289 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 75761547 T C VCL CCDS7341.1 r.? - - intronic 27 0 0 32 6 18.8 21 2 9.5 71 0 0 50 0 0 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 3 2 2 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.97847619 1.97847619 1 1.116505376 1.116505376 1 0 0 1 0 NA 0 NA NA 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1.27E-08 1 0.004928472 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 82840142 A C - - - - - - 27 0 0 40 5 12.5 20 1 5 72 2 2.8 55 16 29.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 2 2 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.31547619 1.31547619 1 0.587634409 0.587634409 1 0.506632479 0.506632479 1 1.47715736 1.47715736 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.00000178 1 0.09538952 1 0.050755634 1 3.78E-24 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 83837340 G T NRG3 CCDS31233.1 r.? - - intronic 33 0 0 39 6 15.4 14 4 28.6 61 2 3.3 42 10 23.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 2 2 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.620666667 1.620666667 1 3.361268817 1.680634409 2 0.597102564 0.597102564 1 1.208121827 1.208121827 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 4.43E-08 1 0.000000601 1 0.037660755 1 1.24E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 84492114 T A NRG3 CCDS31233.1 r.? - - intronic 42 0 0 35 5 14.3 19 3 15.8 71 0 0 42 5 11.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 2 2 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.504904762 1.504904762 1 1.856924731 1.856924731 1 0 0 1 0.604060914 0.604060914 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.000000895 1 0.000114071 1 1 1 0.00000228 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 85029333 T C - - - - - - 32 0 0 37 5 13.5 25 4 16 58 5 8.6 37 8 21.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 2 2 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.420714286 1.420714286 1 1.880430108 1.880430108 1 1.55608547 1.55608547 1 1.096446701 1.096446701 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.00000119 1 0.00000727 1 0.0000115 1 1.33E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 85038470 C G - - - - - - 44 0 0 40 4 10 34 0 0 72 0 0 45 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 3 2 2 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.052380952 1.052380952 1 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.0000495 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 87239540 C T - - - - - - 33 0 0 27 4 14.8 15 1 6.7 50 2 4 52 8 15.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 2 2 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.55752381 1.55752381 1 0.787430108 0.787430108 1 0.723760684 0.723760684 1 0.781725888 0.781725888 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.00001 1 0.072431031 1 0.026131524 1 2.42E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 92128998 G A - - - - - - 31 0 0 31 5 16.1 27 3 11.1 59 2 3.4 55 10 18.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 2 2 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.694333333 1.694333333 1 1.304548387 1.304548387 1 0.615196581 0.615196581 1 0.923857868 0.923857868 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000000476 1 0.000334187 1 0.035441897 1 2.33E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 92585081 A T HTR7 CCDS7408.1 r.? - - intronic 29 0 0 25 3 12 19 0 0 50 0 0 41 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 3 2 2 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.262857143 1.262857143 1 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.00026475 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 92620806 G A HTR7 CCDS7408.1 r.? - - upstream 35 0 0 42 6 14.3 17 2 11.8 54 0 0 61 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 3 2 2 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.504904762 1.504904762 1 1.386817204 1.386817204 1 0 0 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 7.02E-08 1 0.003234386 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 94475275 C T - - - - - - 27 0 0 38 7 18.4 21 2 9.5 32 2 6.2 40 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 3 2 2 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.936380952 1.936380952 1 1.116505376 1.116505376 1 1.12182906 1.12182906 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 8.61E-10 1 0.004928472 1 0.011224977 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 95682586 C G - - - - - - 35 0 0 33 4 12.1 22 0 0 63 0 0 49 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 3 2 2 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.273380952 1.273380952 1 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.0000228 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 95817703 C G PLCE1 CCDS41552.1 r.? - - intronic 42 0 0 34 5 14.7 24 2 8.3 76 5 6.6 57 7 12.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 2 2 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.547 1.547 1 0.975473118 0.975473118 1 1.194205128 1.194205128 1 0.624365482 0.624365482 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000000771 1 0.006413403 1 0.000043 1 1.66E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 98264546 G T TLL2 CCDS7449.1 r.? - - intronic 32 0 0 33 5 15.2 19 0 0 30 2 6.7 46 5 10.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 2 2 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.599619048 1.599619048 1 0 0 1 1.212299145 1.212299145 1 0.553299492 0.553299492 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.00000066 1 1 1 0.009909649 1 0.00000361 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 100859859 A T HPSE2 CCDS7477.1 r.? - - intronic 40 0 0 41 5 12.2 23 1 4.3 71 0 0 46 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 3 2 2 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.283904762 1.283904762 1 0.505365591 0.505365591 1 0 0 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.00000202 1 0.108890944 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 101267202 T G - - - - - - 35 0 0 25 4 16 22 1 4.5 61 2 3.3 42 10 23.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 2 2 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.683809524 1.683809524 1 0.528870968 0.528870968 1 0.597102564 0.597102564 1 1.208121827 1.208121827 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.00000727 1 0.104413009 1 0.037660755 1 1.24E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 108655316 C G SORCS1 CCDS7559.1 r.? - - intronic 45 0 0 36 4 11.1 18 3 16.7 48 3 6.2 48 11 22.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 2 2 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.168142857 1.168142857 1 1.962698925 1.962698925 1 1.12182906 1.12182906 1 1.162436548 1.162436548 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.0000324 1 0.0000964 1 0.001827434 1 9.31E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 109006956 G T - - - - - - 32 0 0 43 8 18.6 31 4 12.9 78 6 7.7 43 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 3 2 2 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.957428571 0.978714286 2 1.516096774 1.516096774 1 1.393239316 1.393239316 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 4.85E-11 1 0.0000177 1 0.00000295 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 109021612 A G - - - - - - 31 0 0 33 5 15.2 12 0 0 62 0 0 48 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 3 2 2 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.599619048 1.599619048 1 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.00000066 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 110684379 G T - - - - - - 28 0 0 25 4 16 22 3 13.6 66 1 1.5 50 10 20 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 2 2 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.683809524 1.683809524 1 1.598365591 1.598365591 1 0.271410256 0.271410256 1 1.015228426 1.015228426 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.00000727 1 0.000179267 1 0.281671117 1 8.36E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 112912171 T G - - - - - - 28 0 0 46 4 8.7 27 2 7.4 55 0 0 56 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 3 2 2 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.915571429 0.915571429 1 0.869698925 0.869698925 1 0 0 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.0000862 1 0.00807567 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 113138437 C T - - - - - - 33 0 0 35 9 25.7 20 1 5 62 1 1.6 42 9 21.4 0 0 NA 0 0 NA 3 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 2 2 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.704619048 1.352309524 2 0.587634409 0.587634409 1 0.289504274 0.289504274 1 1.086294416 1.086294416 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 1.23E-13 1 0.09538952 1 0.267123145 1 7.51E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 115373179 C A NRAP CCDS7579.1 r.? - - intronic 29 0 0 43 11 25.6 23 4 17.4 71 10 14.1 62 21 33.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 2 2 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.694095238 1.347047619 2 2.044967742 2.044967742 1 2.55125641 1.275628205 2 1.720812183 1.720812183 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 2.42E-16 1 0.00000513 1 3.42E-12 1 7.22E-33 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 117948833 C T GFRA1 CCDS44481.1 r.? - - intronic 25 0 0 35 5 14.3 23 3 13 70 1 1.4 45 9 20 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 2 2 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.504904762 1.504904762 1 1.527849462 1.527849462 1 0.253316239 0.253316239 1 1.015228426 1.015228426 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000000895 1 0.000205387 1 0.295930304 1 1.47E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 120906324 C T SFXN4 CCDS7610.1 r.? - - intronic 32 0 0 43 5 11.6 31 3 9.7 30 3 10 61 9 14.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 4 2 2 2 3 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.220761905 1.220761905 1 1.140010753 1.140010753 1 1.809401709 1.809401709 1 1.047269036 1.047269036 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.00000257 1 0.000505952 1 0.000458697 1 2.68E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 121908630 C T - - - - - - 29 0 0 40 10 25 13 2 15.4 79 10 12.7 69 25 36.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 4 2 2 2 3 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.630952381 1.31547619 2 1.809913978 1.809913978 1 2.297940171 1.148970085 2 2.561563452 0.853854484 3 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 7.22E-15 1 0.001879825 1 1.03E-11 1 1E-39 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 121983869 T A - - - - - - 25 0 0 41 5 12.2 20 3 15 70 9 12.9 72 35 48.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 4 2 2 2 3 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.283904762 1.283904762 1 1.762903226 1.762903226 1 2.334128205 1.167064103 2 3.439005076 1.146335025 3 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.00000202 1 0.0001337 1 9.65E-11 1 1.05E-60 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 122392820 C T - - - - - - 38 0 0 28 4 14.3 24 0 0 78 0 0 63 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 4 2 2 2 3 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.504904762 1.504904762 1 0 0 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 10 NA 1 1 0.0000116 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 123156178 G A - - - - - - 32 0 0 42 7 16.7 37 1 2.7 48 3 6.2 71 7 9.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 4 2 2 2 3 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.75747619 1.75747619 1 0.317322581 0.317322581 1 1.12182906 1.12182906 1 0.700538071 0.700538071 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 1.81E-09 1 0.169281299 1 0.001827434 1 7.85E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 123387685 T A - - - - - - 35 0 0 45 4 8.9 25 2 8 78 3 3.8 67 10 14.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 4 2 2 2 3 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.936619048 0.936619048 1 0.940215054 0.940215054 1 0.68757265 0.68757265 1 1.054345178 1.054345178 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.0000791 1 0.006948068 1 0.007193566 1 1.87E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 125312470 C G - - - - - - 29 0 0 32 12 37.5 34 11 32.4 24 11 45.8 52 7 13.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 4 2 2 2 3 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 3.946428571 1.973214286 2 3.807870968 1.903935484 2 8.287059829 4.143529915 2 0.955279188 0.955279188 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 5.03E-20 1 1.26E-17 1 1.15E-19 1 8.58E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 127291897 G A - - - - - - 30 0 0 31 5 16.1 10 3 30 18 1 5.6 56 15 26.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 5 2 2 2 3 1 1 1 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.694333333 1.694333333 1 3.525806452 1.762903226 2 1.013264957 1.013264957 1 2.164406091 1.082203046 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000000476 1 0.0000146 1 0.086275114 1 4.09E-22 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 127806764 T G ADAM12 CCDS7653.1 r.765a>c c.455A>C p.Y152S missense 31 0 0 46 7 15.2 25 4 16 84 14 16.7 69 24 34.8 215 0 0 392 88 22.4 74 27 36.5 432 52 12 455 138 30.3 TRUE TRUE 3 3 3 5 2 2 2 3 1 1 1 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.599619048 1.599619048 1 1.880430108 1.880430108 1 3.021700855 1.510850427 2 2.810497462 0.936832487 3 2.357333333 1.178666667 2 4.289731183 2.144865591 2 2.171282051 1.085641026 2 2.447071066 0.815690355 3 8 16 1 1 3.53E-09 1.58E-114 0.00000727 6.97E-43 1.4E-17 1.92E-53 1.11E-37 4.35E-199 YES 1_1 1_1 1_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b 10 128582302 G A - - - - - - 37 0 0 49 5 10.2 33 1 3 49 1 2 86 13 15.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 5 2 2 2 3 1 1 1 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.073428571 1.073428571 1 0.352580645 0.352580645 1 0.361880342 0.361880342 1 1.219497462 1.219497462 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.00000496 1 0.15245715 1 0.217776325 1 7.57E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 131736604 C T EBF3 CCDS31314.1 r.? - - intronic 39 0 0 36 4 11.1 28 4 14.3 39 0 0 41 4 9.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 5 2 2 2 3 1 1 1 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.168142857 1.168142857 1 1.680634409 1.680634409 1 0 0 1 0.791461929 0.791461929 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.0000324 1 0.0000116 1 1 1 0.0000546 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 132162017 G A - - - - - - 44 0 0 39 5 12.8 15 1 6.7 48 3 6.2 62 12 19.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 5 2 2 2 3 1 1 1 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.347047619 1.347047619 1 0.787430108 0.787430108 1 1.12182906 1.12182906 1 1.566771574 1.566771574 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.00000156 1 0.072431031 1 0.001827434 1 4.19E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 132830656 C T - - - - - - 30 0 0 34 7 20.6 16 2 12.5 33 2 6.1 39 9 23.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 5 2 2 2 3 1 1 1 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.167904762 1.083952381 2 1.469086022 1.469086022 1 1.103735043 1.103735043 1 1.865588832 0.932794416 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 3.73E-10 1 0.002863359 1 0.011909843 1 3.62E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 133258537 C T - - - - - - 27 0 0 29 5 17.2 30 2 6.7 64 2 3.1 48 9 18.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 TRUE FALSE 3 3 3 5 2 2 2 3 1 1 1 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.810095238 1.810095238 1 0.787430108 0.787430108 1 0.56091453 0.56091453 1 1.518314721 1.518314721 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 0 0 1 8 NA 1 1 0.000000336 1 0.009909649 1 0.041085601 1 2.75E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 250264 G C PSMD13 CCDS44504.1 r.? - - intronic 38 0 0 46 5 10.9 19 0 0 64 3 4.7 60 13 21.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 2 3 2.602433734 3 2 3 2 0 0 0 0 1 1 1 0.397566266 NA NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 0.602433734 1.147095238 1.147095238 1 0 0 1 0.850418803 0.850418803 1 1.232250963 1.232250963 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.00000361 1 1 1 0.004148608 1 5.07E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 3343173 T C - - - - - - 8 0 0 12 5 41.7 2 1 50 13 0 0 12 2 16.7 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 2 3 2.602433734 3 2 3 2 0 0 0 0 1 1 1 0.397566266 NA NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 0.602433734 4.388428571 1.462809524 3 5.376344086 5.376344086 1 0 0 1 0.94832217 0.94832217 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 2.4E-09 1 0.009975 1 1 1 0.001595918 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 4353146 C G ENSG00000186232 ENST00000334468 r.? - - downstream 39 0 0 39 4 10.3 20 0 0 68 4 5.9 65 7 10.8 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 2 3 2.602433734 3 2 3 2 0 0 0 0 1 1 1 0.397566266 NA NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 0.602433734 1.083952381 1.083952381 1 0 0 1 1.067547009 1.067547009 1 0.613286193 0.613286193 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.0000447 1 1 1 0.000394372 1 4.22E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 4653085 C T - - - - - - 31 0 0 35 5 14.3 26 1 3.8 64 0 0 51 6 11.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 2 3 2.602433734 3 2 3 2 0 0 0 0 1 1 1 0.397566266 NA NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 0.602433734 1.504904762 1.504904762 1 0.408602151 0.408602151 1 0 0 1 0.670071952 0.670071952 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.000000895 1 0.122190858 1 1 1 0.000000232 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 5246934 C A HBB CCDS7753.1 r.514g>u c.338G>T p.C113F missense 32 0 0 37 5 13.5 17 0 0 62 0 0 40 6 15 729 1 0.1 576 36 6.2 278 3 1.1 889 0 0 667 67 10 TRUE FALSE 3 2 3 2.602433734 3 2 3 2 0 0 0 0 1 1 1 0.397566266 NA NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 0.602433734 1.420714286 1.420714286 1 0 0 1 0 0 1 0.85178638 0.85178638 1 0.65247619 0.65247619 1 0.11827957 NA 0 0 0 1 0.567857587 0.942605891 0.602433734 6 NA 1 0.974116329 0.00000119 2.19E-27 1 0.163721829 1 1 5.18E-08 5.12E-63 YES 1_1 0_0 0_0 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b 11 9411582 C T IPO7 CCDS31425.1 r.? - - intronic 33 0 0 32 4 12.5 28 0 0 21 3 14.3 29 3 10.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 2 3 2.602433734 3 2 3 2 0 0 0 0 1 1 1 0.397566266 NA NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 0.602433734 1.31547619 1.31547619 1 0 0 1 2.587444444 2.587444444 1 0.584893314 0.584893314 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.0000201 1 1 1 0.000155401 1 0.000414371 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 10360079 T G - - - - - - 44 0 0 55 9 16.4 18 3 16.7 76 5 6.6 45 3 6.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 2 3 2.602433734 3 2 3 2 0 0 0 0 1 1 1 0.397566266 NA NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 0.602433734 1.725904762 1.725904762 1 1.795698925 1.795698925 1 1.194205128 1.194205128 1 0.380464583 0.631545947 0.602433734 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 1.01E-11 1 0.0000964 1 0.000043 1 0.001516071 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 14697490 T G PDE3B CCDS7817.1 r.? - - intronic 39 0 0 37 6 16.2 22 4 18.2 70 6 8.6 48 7 14.6 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 2 3 2.602433734 3 2 3 2 0 0 0 0 1 1 1 0.397566266 NA NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 0.602433734 1.704857143 1.704857143 1 1.956989247 1.956989247 1 1.55608547 1.55608547 1 0.829072076 0.829072076 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 3.18E-08 1 0.00000425 1 0.00000156 1 4.81E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 15794956 G A - - - - - - 33 0 0 38 6 15.8 14 3 21.4 83 12 14.5 35 21 60 0 0 NA 2 2 100 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 2 3 2.602433734 3 2 3 2 0 0 0 0 1 1 1 0.397566266 NA NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 0.602433734 1.662761905 1.662761905 1 2.301075269 2.301075269 1 2.623632479 0.87454416 3 3.407145519 1.309215092 2.602433734 10.52380952 3.507936508 3 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 3.76E-08 0.000025 0.0000437 1 1.7E-14 1 1.03E-39 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 17334638 C G NUCB2 CCDS41623.1 r.? - - intronic 37 0 0 49 5 10.2 20 1 5 46 0 0 53 5 9.4 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 2 3 2.602433734 3 2 3 2 0 0 0 0 1 1 1 0.397566266 NA NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 0.602433734 1.073428571 1.073428571 1 0.537634409 0.537634409 1 0 0 1 0.533786131 0.533786131 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.00000496 1 0.09538952 1 1 1 0.00000734 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 19986040 T A NAV2 CCDS7851.2 r.? - - intronic 28 0 0 31 4 12.9 22 0 0 66 1 1.5 43 0 0 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 2 3 2.602433734 3 2 3 2 0 0 0 0 1 1 1 0.397566266 NA NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 0.602433734 1.357571429 1.357571429 1 0 0 1 0.271410256 0.271410256 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.0000177 1 1 1 0.281671117 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 20972848 A T NELL1 CCDS7855.1 r.? - - intronic 27 0 0 45 6 13.3 20 0 0 57 0 0 43 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA FALSE FALSE 3 2 3 2.602433734 3 2 3 2 0 0 0 0 1 1 1 0.397566266 NA NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 0.602433734 1.399666667 1.399666667 1 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.000000108 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 21208105 A T NELL1 CCDS7855.1 r.? - - intronic 29 0 0 32 4 12.5 18 0 0 63 0 0 57 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 2 3 2.602433734 3 2 3 2 0 0 0 0 1 1 1 0.397566266 NA NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 0.602433734 1.31547619 1.31547619 1 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.0000201 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 21254324 G T NELL1 CCDS7855.1 r.? - - intronic 16 0 0 27 14 51.9 22 4 18.2 57 9 15.8 39 15 38.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 2 3 2.602433734 3 2 3 2 0 0 0 0 1 1 1 0.397566266 NA NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 0.602433734 5.461857143 1.820619048 3 1.956989247 1.956989247 1 2.858854701 0.952951567 3 2.186251708 1.093125854 2 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 1.15E-25 1 0.00000425 1 1.42E-11 1 6.85E-25 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 21958642 A T - - - - - - 40 0 0 37 8 21.6 20 0 0 77 0 0 46 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 2 3 2.602433734 3 2 3 2 0 0 0 0 1 1 1 0.397566266 NA NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 0.602433734 2.273142857 1.136571429 2 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1.33E-11 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 22007180 A G - - - - - - 38 0 0 39 4 10.3 16 7 43.8 79 3 3.8 57 7 12.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 2 3 2.602433734 3 2 3 2 0 0 0 0 1 1 1 0.397566266 NA NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 0.602433734 1.083952381 1.083952381 1 4.709677419 2.35483871 2 0.68757265 0.68757265 1 0.698464831 0.698464831 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.0000447 1 8.59E-13 1 0.007450026 1 1.66E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 22572466 C G - - - - - - 35 0 0 27 4 14.8 20 0 0 63 0 0 48 3 6.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 2 3 2.602433734 3 2 3 2 0 0 0 0 1 1 1 0.397566266 NA NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 0.602433734 1.55752381 1.55752381 1 0 0 1 0 0 1 0.352071704 0.584415653 0.602433734 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.00001 1 1 1 1 1 0.001827434 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 22881996 G A AC090639.1 ENST00000499625 r.? - - intronic 29 0 0 27 4 14.8 12 0 0 29 0 0 47 0 0 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 2 3 2.602433734 3 2 3 2 0 0 0 0 1 1 1 0.397566266 NA NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 0.602433734 1.55752381 1.55752381 1 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 10 NA 1 1 0.00001 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 23389318 A T - - - - - - 29 0 0 45 9 20 14 0 0 70 6 8.6 65 8 12.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 2 3 2.602433734 3 2 3 2 0 0 0 0 1 1 1 0.397566266 NA NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 0.602433734 2.104761905 1.052380952 2 0 0 1 1.55608547 1.55608547 1 0.698464831 0.698464831 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 1.47E-12 1 1 1 0.00000156 1 1.53E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 23454429 C T - - - - - - 30 0 0 38 8 21.1 17 3 17.6 66 5 7.6 52 11 21.2 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 2 3 2.602433734 3 2 3 2 0 0 0 0 1 1 1 0.397566266 NA NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 0.602433734 2.22052381 1.110261905 2 1.892473118 1.892473118 1 1.375145299 1.375145299 1 1.203858084 1.203858084 1 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 1.67E-11 1 0.0000807 1 0.0000217 1 2.44E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 23983623 A T - - - - - - 21 0 0 36 4 11.1 13 1 7.7 7 0 0 59 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 2 3 2.602433734 3 2 3 2 0 0 0 0 1 1 1 0.397566266 NA NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 0.602433734 1.168142857 1.168142857 1 0.827956989 0.827956989 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 9 NA 1 1 0.0000324 1 0.063085307 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 24120846 A G - - - - - - 27 0 0 39 4 10.3 22 2 9.1 69 1 1.4 48 3 6.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 1 100 TRUE FALSE 3 2 3 2.602433734 3 2 3 2 0 0 0 0 1 1 1 0.397566266 NA NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 0.602433734 1.083952381 1.083952381 1 0.978494624 0.978494624 1 0.253316239 0.253316239 1 0.352071704 0.584415653 0.602433734 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 5.678575866 5.678575866 1 8 NA 1 1 0.0000447 1 0.005403392 1 0.292392265 1 0.001827434 0.005 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 24617471 G C LUZP2 CCDS31446.1 r.? - - intronic 45 0 0 46 5 10.9 28 0 0 56 3 5.4 59 8 13.6 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA FALSE FALSE 3 2 3 2.602433734 3 2 3 2 0 0 0 0 1 1 1 0.397566266 NA NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 0.602433734 1.147095238 1.147095238 1 0 NA 0 0.977076923 0.977076923 1 0.772286318 0.772286318 1 NA NA 1 NA NA 0 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.00000361 1 1 1 0.00284314 1 6.9E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 25388582 C G - - - - - - 30 0 0 42 5 11.9 23 0 0 31 2 6.5 53 16 30.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 2 3 2.602433734 3 2 3 2 0 0 0 0 1 1 1 0.397566266 NA NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 0.602433734 1.252333333 1.252333333 1 0 0 1 1.176111111 1.176111111 1 1.714929911 1.070203326 1.602433734 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.00000228 1 1 1 0.010558179 1 1.9E-24 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 25626308 A T - - - - - - 32 0 0 33 3 9.1 26 6 23.1 58 7 12.1 55 16 29.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 2 3 2.602433734 3 2 3 2 0 0 0 0 1 1 1 0.397566266 NA NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 0.602433734 0.957666667 0.957666667 1 2.483870968 1.241935484 2 2.189376068 1.094688034 2 1.652465577 1.03122241 1.602433734 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000609557 1 3.3E-09 1 1.88E-08 1 3.78E-24 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 26052179 A T - - - - - - 39 0 0 35 4 11.4 19 0 0 41 1 2.4 43 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 2 3 2.602433734 3 2 3 2 0 0 0 0 1 1 1 0.397566266 NA NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 0.602433734 1.199714286 1.199714286 1 0 0 1 0.43425641 0.43425641 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.0000289 1 1 1 0.18577148 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 26758506 G C - - - - - - 31 0 0 29 5 17.2 19 0 0 59 0 0 52 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 2 3 2.602433734 3 2 3 2 0 0 0 0 1 1 1 0.397566266 NA NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 0.602433734 1.810095238 1.810095238 1 0 0 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 10 NA 1 1 0.000000336 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 29624470 A T - - - - - - 37 0 0 41 9 22 9 3 33.3 65 10 15.4 49 23 46.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 2 3 2.602433734 3 2 3 2 0 0 0 0 1 1 1 0.397566266 NA NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 0.602433734 2.315238095 1.157619048 2 3.580645161 1.790322581 2 2.786478632 0.928826211 3 2.663252081 1.023369797 2.602433734 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 5.92E-13 1 0.0000103 1 1.36E-12 1 6.14E-40 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 29967243 C T - - - - - - 30 0 0 41 6 14.6 18 0 0 61 5 8.2 40 1 2.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 2 3 2.602433734 3 2 3 2 0 0 0 0 1 1 1 0.397566266 NA NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 0.602433734 1.53647619 1.53647619 1 0 0 1 1.483709402 1.483709402 1 0.141964397 0.141964397 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 6.05E-08 1 1 1 0.0000147 1 0.181679879 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 30215833 A T - - - - - - 19 0 0 39 6 15.4 23 0 0 77 0 0 47 0 0 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 2 3 2.602433734 3 2 3 2 0 0 0 0 1 1 1 0.397566266 NA NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 0.602433734 1.620666667 1.620666667 1 0 0 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 10 NA 1 1 4.43E-08 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 30703424 C G - - - - - - 35 0 0 37 8 21.6 26 0 0 60 0 0 45 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 2 3 2.602433734 3 2 3 2 0 0 0 0 1 1 1 0.397566266 NA NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 0.602433734 2.273142857 1.136571429 2 0 0 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 10 NA 1 1 1.33E-11 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 32526165 G A - - - - - - 34 0 0 29 5 17.2 23 7 30.4 60 10 16.7 59 30 50.8 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 2 3 2.602433734 3 2 3 2 0 0 0 0 1 1 1 0.397566266 NA NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 0.602433734 1.810095238 1.810095238 1 3.268817204 1.634408602 2 3.021700855 1.007233618 3 2.88471654 1.108468778 2.602433734 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000000336 1 1.79E-11 1 5.86E-13 1 4.78E-53 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 34261360 C G ABTB2 CCDS7890.1 r.? - - intronic 25 0 0 48 13 27.1 16 5 31.2 42 4 9.5 49 27 55.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 2 3 2.602433734 3 2 3 2 0 0 0 0 1 1 1 0.397566266 NA NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 0.602433734 2.851952381 0.950650794 3 3.35483871 1.677419355 2 1.718931624 1.718931624 1 3.128895302 1.202295859 2.602433734 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 2E-19 1 0.000000013 1 0.0000601 1 3.33E-49 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 34664871 G A EHF CCDS7894.1 r.? - - intronic 39 0 0 41 6 14.6 16 0 0 67 2 3 51 11 21.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 2 3 2.602433734 3 2 3 2 0 0 0 0 1 1 1 0.397566266 NA NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 0.602433734 1.53647619 1.53647619 1 0 0 1 0.542820513 0.542820513 1 1.226572387 1.226572387 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 6.05E-08 1 1 1 0.044622585 1 1.94E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 37408604 C G - - - - - - 39 0 0 46 4 8.7 18 0 0 70 0 0 44 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 2 3 2.602433734 3 2 3 2 0 0 0 0 1 1 1 0.397566266 NA NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 0.602433734 0.915571429 0.915571429 1 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.0000862 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 38544306 T G - - - - - - 31 0 0 36 7 19.4 17 0 0 69 3 4.3 45 8 17.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 2 3 2.602433734 3 2 3 2 0 0 0 0 1 1 1 0.397566266 NA NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 0.602433734 2.041619048 1.020809524 2 0 0 1 0.778042735 0.778042735 1 1.010786504 1.010786504 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 5.74E-10 1 1 1 0.005121501 1 7.14E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 39774608 C A - - - - - - 39 0 0 37 5 13.5 14 1 7.1 76 5 6.6 43 8 18.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 2 3 2.602433734 3 2 3 2 0 0 0 0 1 1 1 0.397566266 NA NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 0.602433734 1.420714286 1.420714286 1 0.76344086 NA 0 1.194205128 1.194205128 1 1.056215111 1.056215111 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.00000119 1 0.067769881 1 0.000043 1 4.85E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 40321245 C T - - - - - - 24 0 0 32 4 12.5 16 3 18.8 66 10 15.2 48 14 29.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 1 100 TRUE FALSE 3 2 3 2.602433734 3 2 3 2 0 0 0 0 1 1 1 0.397566266 NA NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 0.602433734 1.31547619 1.31547619 1 2.021505376 2.021505376 1 2.750290598 0.916763533 3 1.658144153 1.03476613 1.602433734 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 5.678575866 5.678575866 1 8 NA 1 1 0.0000201 1 0.0000667 1 1.6E-12 1 2.51E-21 0.005 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 40540987 C G - - - - - - 39 0 0 30 5 16.7 19 4 21.1 49 5 10.2 51 10 19.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 2 3 2.602433734 3 2 3 2 0 0 0 0 1 1 1 0.397566266 NA NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 0.602433734 1.75747619 1.75747619 1 2.268817204 2.268817204 1 1.845589744 1.845589744 1 1.11300087 1.11300087 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000000401 1 0.00000228 1 0.00000496 1 1.04E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 40936413 A C - - - - - - 37 0 0 34 4 11.8 17 1 5.9 79 0 0 38 5 13.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 2 3 2.602433734 3 2 3 2 0 0 0 0 1 1 1 0.397566266 NA NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 0.602433734 1.241809524 1.241809524 1 0.634408602 0.634408602 1 0 0 1 0.749572014 0.749572014 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.0000257 1 0.081683532 1 1 1 0.00000137 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 41070211 T A - - - - - - 41 0 0 30 5 16.7 16 0 0 58 0 0 67 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 4 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 3 2 3 2.602433734 3 2 3 2 0 0 0 0 1 1 1 0.397566266 NA NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 0.602433734 1.75747619 1.75747619 1 0 0 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 0 0 1 NA NA 1 10 NA 1 1 0.000000401 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 41149372 G T - - - - - - 40 0 0 39 6 15.4 17 2 11.8 60 5 8.3 50 12 24 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 2 3 2.602433734 3 2 3 2 0 0 0 0 1 1 1 0.397566266 NA NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 0.602433734 1.620666667 1.620666667 1 1.268817204 1.268817204 1 1.501803419 1.501803419 1 1.362858208 1.362858208 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 4.43E-08 1 0.003234386 1 0.0000136 1 2.49E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 41595054 C T - - - - - - 40 0 0 34 4 11.8 20 4 20 78 3 3.8 50 4 8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 2 3 2.602433734 3 2 3 2 0 0 0 0 1 1 1 0.397566266 NA NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 0.602433734 1.241809524 1.241809524 1 2.150537634 2.150537634 1 0.68757265 0.68757265 1 0.454286069 0.454286069 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.0000257 1 0.00000284 1 0.007193566 1 0.000119787 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 42375850 C T - - - - - - 29 0 0 36 5 13.9 21 3 14.3 71 7 9.9 56 6 10.7 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 2 3 2.602433734 3 2 3 2 0 0 0 0 1 1 1 0.397566266 NA NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 0.602433734 1.462809524 1.462809524 1 1.537634409 1.537634409 1 1.791307692 1.791307692 1 0.607607618 0.607607618 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.00000104 1 0.000155401 1 7.85E-08 1 0.000000409 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 44539378 G C - - - - - - 24 0 0 33 5 15.2 8 0 0 45 1 2.2 56 7 12.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 2 3 2.602433734 3 2 3 2 0 0 0 0 1 1 1 0.397566266 NA NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 0.602433734 1.599619048 1.599619048 1 0 0 1 0.398068376 0.398068376 1 0.709821983 0.709821983 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.00000066 1 1 1 0.201934322 1 1.46E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 44765016 T A - - - - - - 24 0 0 37 4 10.8 20 0 0 36 1 2.8 46 6 13 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 2 3 2.602433734 3 2 3 2 0 0 0 0 1 1 1 0.397566266 NA NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 0.602433734 1.136571429 1.136571429 1 0 0 1 0.506632479 0.506632479 1 0.738214863 0.738214863 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.0000362 1 1 1 0.165106833 1 0.000000123 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 45280337 G A SYT13 CCDS31470.1 r.? - - intronic 24 0 0 32 5 15.6 8 3 37.5 32 2 6.2 45 15 33.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 3 2 3 2.602433734 3 2 3 2 0 0 0 0 1 1 1 0.397566266 NA NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 0.602433734 1.641714286 1.641714286 1 4.032258065 2.016129032 2 1.12182906 1.12182906 1 1.890965763 0.945482882 2 NA NA 1 NA NA 0 0 0 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000000562 1 0.00000687 1 0.011224977 1 9.14E-24 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 45562139 C T - - - - - - 29 0 0 50 6 12 22 4 18.2 65 8 12.3 56 18 32.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 2 3 2.602433734 3 2 3 2 0 0 0 0 1 1 1 0.397566266 NA NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 0.602433734 1.262857143 1.262857143 1 1.956989247 1.956989247 1 2.225564103 1.112782051 2 1.822822853 0.911411426 2 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000000206 1 0.00000425 1 1.53E-09 1 6.76E-28 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 48398994 A T - - - - - - 50 0 0 35 14 40 20 1 5 69 7 10.1 66 34 51.5 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 2 3 2.602433734 3 2 3 2 0 0 0 0 1 1 1 0.397566266 NA NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 0.602433734 4.20952381 1.403174603 3 0.537634409 0.537634409 1 1.827495726 1.827495726 1 2.924466571 1.123742954 2.602433734 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 1.28E-23 1 0.09538952 1 6.43E-08 1 3.49E-60 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 49114521 G C - - - - - - 36 0 0 43 4 9.3 27 3 11.1 70 0 0 56 7 12.5 3 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 2 3 2.602433734 3 2 3 2 0 0 0 0 1 1 1 0.397566266 NA NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 0.602433734 0.978714286 0.978714286 1 1.193548387 1.193548387 1 0 0 1 0.709821983 0.709821983 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.000066 1 0.000334187 1 1 1 1.46E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 49808084 A G ENSG00000205035 ENST00000357667 r.? - - intronic 37 0 0 38 7 18.4 26 0 0 67 3 4.5 56 16 28.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 2 3 2.602433734 3 2 3 2 0 0 0 0 1 1 1 0.397566266 NA NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 0.602433734 1.936380952 1.936380952 1 0 0 1 0.814230769 0.814230769 1 1.624072698 1.013503812 1.602433734 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 8.61E-10 1 1 1 0.004717431 1 5.26E-24 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 50659370 T C - - - - - - 28 0 0 46 7 15.2 20 3 15 69 7 10.1 49 6 12.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 3 2.602433734 2 2 3 2 0 0 0 0 1 1 1 0.397566266 NA NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 0.602433734 1.447619048 1.447619048 1 1.612903226 1.612903226 1 1.827495726 1.827495726 1 0.692786256 0.692786256 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 3.53E-09 1 0.0001337 1 6.43E-08 1 0.000000182 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 51468822 C A - - - - - - 44 0 0 42 5 11.9 22 5 22.7 59 9 15.3 40 16 40 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 3 2 2 2 3 2 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.133333333 1.133333333 1 2.440860215 1.220430108 2 2.768384615 0.922794872 3 2.030456853 1.015228426 2 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.00000228 1 7.67E-08 1 1.96E-11 1 8.56E-27 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 55077158 A C - - - - - - 33 0 0 30 3 10 20 3 15 60 0 0 46 9 19.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 3 2 2 2 3 2 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.952380952 0.952380952 1 1.612903226 1.612903226 1 0 0 1 0.994923858 0.994923858 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.000458697 1 0.0001337 1 1 1 1.82E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 56372677 T G - - - - - - 24 0 0 36 4 11.1 14 0 0 61 0 0 48 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 3 2 2 2 3 2 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.057142857 1.057142857 1 0 0 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 10 NA 1 1 0.0000324 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 56404571 G C OR5AP2 CCDS31534.1 r.? - - downstream 20 0 0 38 5 13.2 23 2 8.7 50 0 0 54 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 3 2 2 2 3 2 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.257142857 1.257142857 1 0.935483871 0.935483871 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 9 NA 1 1 0.00000137 1 0.00589844 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 56426037 T C - - - - - - 34 0 0 52 5 9.6 18 2 11.1 78 0 0 43 8 18.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 3 2 2 2 3 2 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.914285714 0.914285714 1 1.193548387 1.193548387 1 0 0 1 0.944162437 0.944162437 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.00000668 1 0.003626632 1 1 1 4.85E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 56706860 G A - - - - - - 37 0 0 23 4 17.4 17 3 17.6 53 9 17 48 23 47.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 3 2 2 2 3 2 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.657142857 1.657142857 1 1.892473118 1.892473118 1 3.075982906 1.025327635 3 2.431472081 1.215736041 2 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.00000513 1 0.0000807 1 7.1E-12 1 3.27E-40 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 57362094 C A SERPING1 CCDS7962.1 r.? - - upstream 36 0 0 73 6 8.2 31 1 3.2 84 6 7.1 148 6 4.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 18 19 11.91984493 18 18 19 8 18 0 0 0 0 1 1 -2.919844933 1 NA NA 9 NA NA NA 0 NA NA NA 3.919844933 NA 2.092952381 2.092952381 1 0.888086022 0.888086022 1 1.917984204 1.917984204 1 0.864121827 0.864121827 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000002 1 0.143917729 1 0.00000455 1 0.000112295 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 57715243 T G - - - - - - 29 0 0 87 7 8 57 4 7 142 4 2.8 210 10 4.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 18 19 30 18 18 19 29 18 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.041904762 1.020952381 2 1.942688172 1.942688172 1 1.262632479 1.262632479 1 1.011654822 1.011654822 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000000322 1 0.000199821 1 0.005874568 1 0.000000146 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 57937736 A G OR9Q1 CCDS31543.1 r.? - - intronic 26 0 0 107 75 70.1 65 46 70.8 146 80 54.8 204 176 86.3 0 0 NA 0 0 NA 2 2 100 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 18 19 30 18 18 19 29 18 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 17.89219048 0.994010582 18 19.64890323 1.034152801 19 24.71152137 0.988460855 25 18.18871066 1.010483926 18 NA NA 0 27.75268817 1.460667799 19 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 4.25E-146 1 1.6E-90 0.000025 1.8E-142 1 0 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 58752142 G A - - - - - - 23 0 0 83 8 9.6 47 0 0 146 14 9.6 201 10 5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 18 19 30 18 18 19 29 18 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.450285714 0.816761905 3 0 0 1 4.329025641 1.08225641 4 1.053807107 1.053807107 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000000011 1 1 1 3.97E-14 1 0.000000097 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 58786222 C A - - - - - - 29 0 0 66 4 6.1 34 1 2.9 107 2 1.9 178 16 9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 18 19 30 18 18 19 29 18 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.556952381 1.556952381 1 0.804827957 0.804827957 1 0.856786325 0.856786325 1 1.896852792 0.948426396 2 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000351793 1 0.156694864 1 0.100630843 1 1.72E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 60193437 G C MS4A5 CCDS7987.1 r.? - - upstream 23 0 0 43 6 14 18 1 5.6 63 0 0 45 9 20 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 2 2 2 2 2 2 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.333333333 1.333333333 1 0.602150538 0.602150538 1 0 0 1 1.015228426 1.015228426 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 8.13E-08 1 0.086275114 1 1 1 1.47E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 60909192 G A VPS37C CCDS31573.1 r.? - - intronic 30 0 0 44 15 34.1 22 6 27.3 10 5 50 89 43 48.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 5.962050976 5 5 5 1 5 0 0 0 0 1 1 -3.962050976 1 NA NA 2 NA NA NA 0 NA NA NA 4.962050976 NA 4.270619048 1.067654762 4 3.754483871 0.938620968 4 10.52803404 1.765840996 5.962050976 3.90077665 0.975194162 4 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 6.12E-24 1 1.09E-09 1 7.71E-10 1 4.51E-74 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 61157352 C G TMEM216 ENST00000334888 r.? - - upstream 36 0 0 35 6 17.1 19 3 15.8 73 8 11 88 21 23.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 5.962050976 5 5 5 1 5 0 0 0 0 1 1 -3.962050976 1 NA NA 2 NA NA NA 0 NA NA NA 4.962050976 NA 2.141571429 1.070785714 2 2.172924731 2.172924731 1 2.316167488 0.466776238 4.962050976 1.93019797 0.965098985 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 2.24E-08 1 0.000114071 1 3.93E-09 1 3.45E-29 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 61376318 C T AP002754.1 ENST00000506329 r.? - - downstream 37 0 0 44 7 15.9 22 2 9.1 12 0 0 95 10 10.5 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 5 5.962050976 5 5 5 1 5 0 0 0 0 1 1 -3.962050976 1 NA NA 2 NA NA NA 0 NA NA NA 4.962050976 NA 1.991285714 0.995642857 2 1.251494624 1.251494624 1 0 NA 0 0.847994924 0.847994924 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 2.55E-09 1 0.005403392 1 1 1 6.7E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 66695942 G T PC CCDS8152.1 r.? - - intronic 30 0 0 36 8 22.2 31 9 29 44 6 13.6 75 19 25.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 5.962050976 5 5 5 1 5 0 0 0 0 1 1 -3.962050976 1 NA NA 2 NA NA NA 0 NA NA NA 4.962050976 NA 2.780285714 0.926761905 3 3.98827957 0.997069892 4 2.863625258 0.577105167 4.962050976 2.043263959 1.02163198 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 1.04E-11 1 3.57E-14 1 9.37E-08 1 4.19E-27 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 66748495 C T C11orf86 CCDS44656.1 r.? - - downstream 28 0 0 47 5 10.6 18 1 5.6 47 0 0 63 5 7.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 5 5.962050976 5 5 5 1 5 0 0 0 0 1 1 -3.962050976 1 NA NA 2 NA NA NA 0 NA NA NA 4.962050976 NA 1.32752381 1.32752381 1 0.770150538 0.770150538 1 0 NA 0 0.638015228 0.638015228 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.00000402 1 0.086275114 1 1 1 0.0000173 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 70228770 G A PPFIA1 CCDS31627.1 r.? - - intronic 31 0 0 54 18 33.3 25 7 28 58 8 13.8 74 19 25.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 5.962050976 5 5 5 1 5 0 0 0 0 1 1 -3.962050976 1 NA NA 2 NA NA NA 0 NA NA NA 4.962050976 NA 4.170428571 1.042607143 4 3.850752688 0.962688172 4 2.905737394 0.585592008 4.962050976 2.075568528 1.037784264 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 3.12E-28 1 3.47E-11 1 5.99E-10 1 3.14E-27 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 71177556 C A NADSYN1 CCDS8201.1 r.? - - intronic 21 0 0 36 4 11.1 28 0 0 24 0 0 67 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 1 0 0 FALSE FALSE 5 5 5.962050976 5 5 5 1 5 0 0 0 0 1 1 -3.962050976 1 NA NA 2 NA NA NA 0 NA NA NA 4.962050976 NA 1.390142857 1.390142857 1 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 0 NA 0 0 0 1 NA NA 1 1 0.0000324 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 72928684 C G P2RY2 CCDS8219.1 r.? - - upstream 23 0 0 35 4 11.4 19 1 5.3 22 0 0 85 10 11.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 5 5.962050976 5 5 5 1 5 0 0 0 0 1 1 -3.962050976 1 NA NA 2 NA NA NA 0 NA NA NA 4.962050976 NA 1.427714286 1.427714286 1 0.728892473 0.728892473 1 0 NA 0 0.952984772 0.952984772 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.0000289 1 0.090843738 1 1 1 2.17E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 74467848 G C RNF169 CCDS41691.1 r.? - - intronic 30 0 0 45 7 15.6 22 1 4.5 69 0 0 61 9 14.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 5 5.962050976 5 5 5 1 5 0 0 0 0 1 1 -3.962050976 1 NA NA 2 NA NA NA 0 NA NA NA 4.962050976 NA 1.953714286 1.953714286 1 0.618870968 0.618870968 1 0 NA 0 1.195269036 1.195269036 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.000000003 1 0.104413009 1 1 1 2.68E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 75899493 C A WNT11 CCDS8242.1 r.? - - intronic 37 0 0 54 7 13 27 3 11.1 44 2 4.5 64 3 4.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 5.962050976 5 5 5 1 5 0 0 0 0 1 1 -3.962050976 1 NA NA 2 NA NA NA 0 NA NA NA 4.962050976 NA 1.628095238 1.628095238 1 1.526548387 1.526548387 1 0.947523063 0.947523063 1 0.37957868 0.37957868 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 1.13E-08 1 0.000334187 1 0.020580492 1 0.004148608 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 76387157 C A - - - - - - 27 0 0 32 5 15.6 24 12 50 54 18 33.3 57 36 63.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 5.962050976 5 5 5 1 5 0 0 0 0 1 1 -3.962050976 1 NA NA 2 NA NA NA 0 NA NA NA 4.962050976 NA 1.953714286 1.953714286 1 6.876344086 1.375268817 5 7.011670667 1.176050103 5.962050976 5.104121827 1.020824365 5 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000000562 1 6.25E-22 1 3.12E-28 1 2.8E-68 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 77093686 A G PAK1 CCDS44687.1 r.? - - intronic 29 0 0 71 10 14.1 41 3 7.3 85 10 11.8 113 17 15 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 12 13 9.085021329 12 12 13 10 12 0 0 0 0 1 1 1.914978671 1 NA NA 10 NA NA NA 1 NA NA NA -0.914978671 NA 2.752857143 0.917619048 3 1.587946237 1.587946237 1 2.853126534 0.978781273 2.914978671 2.26142132 1.13071066 2 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 3.42E-12 1 0.001155993 1 2.17E-11 1 3.06E-20 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 77373545 A T RSF1 CCDS8253.1 r.8863u>a c.? p.? 3'UTR variant 34 0 0 83 5 6 48 1 2.1 107 5 4.7 157 9 5.7 449 0 0 758 52 6.9 521 7 1.3 844 20 2.4 1303 91 7 TRUE TRUE 12 13 9.085021329 12 12 13 10 12 0 0 0 0 1 1 1.914978671 1 NA NA 10 NA NA NA 1 NA NA NA -0.914978671 NA 1.171428571 1.171428571 1 0.456806452 0.456806452 1 1.136414806 1.136414806 1 0.859340102 0.859340102 1 1.347142857 0.673571429 2 0.282784946 0.282784946 1 0.580296922 0.580296922 1 1.055329949 1.055329949 1 8 9 1 1 0.0000656 7.91E-41 0.213845552 0.017057898 0.000217575 0.000000021 0.000000127 8.49E-71 YES 1_1 0_1 1_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b 11 78033043 G C GAB2 CCDS8260.1 r.? - - intronic 28 0 0 59 19 32.2 25 9 36 53 11 20.8 109 54 49.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 5 8 5 6 5 7 5 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 4.354666667 1.088666667 4 4.950967742 0.990193548 5 4.803555556 0.960711111 5 3.997690355 0.999422589 4 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 2.2E-29 1 3.71E-15 1 3.07E-15 1 2.09E-93 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 78033334 G A GAB2 CCDS8260.1 r.? - - intronic 14 0 0 35 16 45.7 21 6 28.6 41 10 24.4 65 35 53.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 5 8 5 6 5 7 5 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 6.180380952 1.030063492 6 3.933268817 0.983317204 4 5.634940171 0.939156695 6 4.344964467 1.086241117 4 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 5.66E-28 1 7.95E-10 1 9.51E-15 1 7.57E-63 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 78033414 G C GAB2 CCDS8260.1 r.? - - intronic 34 0 0 52 16 30.8 29 10 34.5 43 11 25.6 102 51 50 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 5 8 5 6 5 7 5 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 4.165333333 1.041333333 4 4.744677419 0.948935484 5 5.912068376 0.985344729 6 4.038071066 1.009517766 4 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 1.33E-24 1 1.79E-16 1 2.42E-16 1 1.38E-88 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 78033495 G C GAB2 CCDS8260.1 r.? - - intronic 26 0 0 64 21 32.8 31 15 48.4 52 13 25 111 54 48.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 5 8 5 6 5 7 5 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 4.435809524 1.108952381 4 6.656301075 1.331260215 5 5.773504274 0.962250712 6 3.925005076 0.981251269 4 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 1.6E-32 1 8.51E-27 1 6.47E-19 1 7.9E-93 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 78033562 G C GAB2 CCDS8260.1 r.? - - intronic 26 0 0 67 17 25.4 31 18 58.1 82 25 30.5 106 50 47.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 5 8 5 6 5 7 5 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 3.435047619 0.858761905 4 7.990311828 1.598062366 5 7.043675214 1.006239316 7 3.811939086 0.952984772 4 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 2.03E-24 1 7.4E-34 1 1.71E-37 1 3.58E-85 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 78033704 G A GAB2 CCDS8260.1 r.? - - intronic 41 0 0 67 27 40.3 42 20 47.6 87 24 27.6 98 50 51 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 5 8 5 6 5 7 5 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 5.450095238 1.090019048 5 6.54627957 1.309255914 5 6.373948718 1.062324786 6 4.118832487 1.029708122 4 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 2.52E-44 1 4.41E-35 1 7.54E-35 1 1.75E-87 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 78033718 G T GAB2 CCDS8260.1 r.? - - intronic 38 0 0 66 25 37.9 38 18 47.4 90 25 27.8 94 50 53.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 5 8 5 6 5 7 5 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 5.12552381 1.025104762 5 6.518774194 1.303754839 5 6.420136752 1.070022792 6 4.296507614 1.074126904 4 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 2.57E-40 1 1.16E-31 1 2.53E-36 1 9.62E-89 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 78033775 G C GAB2 CCDS8260.1 r.? - - intronic 37 0 0 77 31 40.3 34 16 47.1 94 24 25.5 96 47 49 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 5 8 5 6 5 7 5 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 5.450095238 1.090019048 5 6.477516129 1.295503226 5 5.888974359 0.981495726 6 3.957309645 0.989327411 4 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 1.2E-50 1 3.09E-28 1 6.23E-34 1 3.52E-81 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 78034293 G C GAB2 CCDS8260.1 r.? - - intronic 31 0 0 57 17 29.8 37 18 48.6 61 14 23 105 59 56.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 5 8 5 6 5 7 5 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 4.030095238 1.00752381 4 6.683806452 1.33676129 5 5.311623932 1.062324786 5 4.538791878 0.907758376 5 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 8.82E-26 1 6.16E-32 1 1.1E-19 1 1.96E-106 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 78034356 G C GAB2 CCDS8260.1 r.? - - intronic 30 0 0 51 15 29.4 40 13 32.5 51 12 23.5 90 48 53.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 5 8 5 6 5 7 5 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 3.976 0.994 4 4.469623656 0.893924731 5 5.427094017 1.085418803 5 4.304583756 1.076145939 4 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 8.22E-23 1 1.3E-20 1 3.24E-17 1 2.46E-85 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 78036572 G T GAB2 CCDS8260.1 r.? - - intronic 40 0 0 49 21 42.9 31 10 32.3 100 20 20 111 56 50.5 0 0 NA 0 0 NA 1 1 100 1 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 6 5 8 5 6 5 7 5 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 5.801714286 0.966952381 6 4.44211828 1.11052957 4 4.618803419 0.923760684 5 4.078451777 1.019612944 4 NA NA 0 13.75268817 2.750537634 5 0 0 1 NA NA 0 8 NA 1 1 1.63E-35 1 3.94E-16 0.005 3.49E-26 1 2.07E-97 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 78541549 C T ODZ4 CCDS44688.1 r.? - - intronic 27 0 0 51 29 56.9 28 10 35.7 31 10 32.3 107 76 71 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 5 8 5 6 5 7 5 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 7.695047619 1.282507937 6 4.909709677 0.981941935 5 7.459367521 1.065623932 7 5.734060914 1.146812183 5 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 2.61E-53 1 1.18E-16 1 3.94E-16 1 8.98E-149 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 79048955 C T ODZ4 CCDS44688.1 r.? - - intronic 40 0 0 57 7 12.3 25 2 8 57 7 12.3 79 3 3.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 5 8 5 6 5 7 5 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.663428571 1.663428571 1 1.100215054 1.100215054 1 2.840564103 0.946854701 3 0.306893401 0.306893401 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 1.66E-08 1 0.006948068 1 1.66E-08 1 0.007450026 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 79463658 G A - - - - - - 35 0 0 46 11 23.9 28 6 21.4 60 5 8.3 71 17 23.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 5 8 5 6 5 7 5 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 3.232190476 1.077396825 3 2.943075269 0.98102509 3 1.916803419 1.916803419 1 1.93019797 0.965098985 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 5.55E-16 1 5.36E-09 1 0.0000136 1 6.12E-24 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 79773996 C T - - - - - - 40 0 0 25 4 16 24 2 8.3 54 2 3.7 51 9 17.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 5 8 3 3 5 7 3 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.683809524 1.683809524 1 1.141473118 1.141473118 1 0.854478632 0.854478632 1 1.069401015 1.069401015 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.00000727 1 0.006413403 1 0.030129377 1 4.92E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 80074847 C T - - - - - - 41 0 0 35 4 11.4 19 2 10.5 90 0 0 67 9 13.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 5 8 3 3 5 7 3 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.199714286 1.199714286 1 1.444032258 1.444032258 1 0 0 1 0.814203046 0.814203046 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.0000289 1 0.004039874 1 1 1 6.43E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 80394062 G A - - - - - - 26 0 0 45 6 13.3 43 7 16.3 71 2 2.8 84 7 8.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 5 8 3 3 5 7 3 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.399666667 1.399666667 1 2.241688172 1.120844086 2 0.646632479 0.646632479 1 0.504319797 0.504319797 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000000108 1 2.15E-09 1 0.04950591 1 0.000000253 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 81844829 A T AP002802.1 ENST00000500502 r.? - - intronic 21 0 0 40 3 7.5 20 0 0 63 4 6.3 40 4 10 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 5 8 3 3 5 7 3 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.789285714 0.789285714 1 0 0 1 1.454923077 1.454923077 1 0.607614213 0.607614213 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.001075403 1 1 1 0.000294233 1 0.0000495 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 82232254 A T - - - - - - 29 0 0 27 3 11.1 16 0 0 77 0 0 51 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 5 8 3 3 5 7 3 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.168142857 1.168142857 1 0 0 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 10 NA 1 1 0.000334187 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 82482609 G C - - - - - - 22 0 0 24 3 12.5 17 2 11.8 35 0 0 43 2 4.7 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 2 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 3 5 8 3 3 5 7 3 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.31547619 1.31547619 1 1.622817204 1.622817204 1 0 0 1 0.28557868 0.28557868 1 NA NA 0 0 NA 0 0 0 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000233853 1 0.003234386 1 1 1 0.019709573 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 83295356 T C DLG2 CCDS41696.1 r.? - - intronic 38 0 0 32 4 12.5 15 0 0 79 0 0 38 0 0 0 0 NA 0 0 NA 3 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 5 8 3 3 5 7 3 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.31547619 1.31547619 1 0 0 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 10 NA 1 1 0.0000201 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 84194936 G C DLG2 CCDS41696.1 r.? - - intronic 42 0 0 42 6 14.3 26 0 0 67 0 0 52 0 0 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 5 8 3 3 5 7 3 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.504904762 1.504904762 1 0 0 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 10 NA 1 1 7.02E-08 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 84361228 T A DLG2 CCDS41696.1 r.? - - intronic 44 0 0 38 4 10.5 27 0 0 77 0 0 41 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 5 8 3 3 5 7 3 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.105 1.105 1 0 0 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 10 NA 1 1 0.0000403 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 85094960 G C DLG2 CCDS44690.1 r.? - - intronic 35 0 0 46 9 19.6 33 10 30.3 68 12 17.6 53 26 49.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 1 100 TRUE FALSE 3 5 8 3 3 5 7 3 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.062666667 1.031333333 2 4.167064516 1.041766129 4 4.064547009 1.016136752 4 2.983385787 0.994461929 3 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 6.076142132 6.076142132 1 8 NA 1 1 1.82E-12 1 8.14E-16 1 1.37E-15 1 1.27E-45 0.005 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 85187052 G C DLG2 CCDS44690.1 r.? - - intronic 35 0 0 35 4 11.4 26 2 7.7 61 0 0 52 0 0 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 5 8 3 3 5 7 3 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.199714286 1.199714286 1 1.058956989 1.058956989 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 9 NA 1 1 0.0000289 1 0.007502227 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 85534783 G C - - - - - - 24 0 0 31 4 12.9 18 4 22.2 70 0 0 57 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 5 NA 3 3 5 NA 3 0 0 NA 0 1 1 NA 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.357571429 1.357571429 1 3.053096774 1.017698925 3 NA NA 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.0000177 1 0.00000181 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 85562764 G C CCDC83 CCDS8271.1 r.? - - upstream 41 0 0 56 23 41.1 35 18 51.4 80 27 33.8 113 58 51.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 TRUE FALSE 3 5 15 3 3 5 14 3 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 4.325285714 1.441761905 3 7.06888172 1.413776344 5 10.17177778 1.017177778 10 3.117060914 1.039020305 3 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 0 0 1 8 NA 1 1 3.22E-38 1 1.6E-32 1 8.87E-42 1 1.98E-101 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 78033328 G A GAB2 CCDS8260.1 r.? - - intronic 14 1 7.1 39 18 46.2 20 6 30 39 9 23.1 69 36 52.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 5 8 5 6 5 7 5 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 6.248 1.041333333 6 4.125806452 1.031451613 4 5.334717949 1.06694359 5 4.215746193 1.053936548 4 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 0.067769881 1 2.15E-31 1 5.7E-10 1 3.62E-13 1 6.56E-64 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 85564541 C T CCDC83 CCDS8271.1 r.? - - upstream 20 0 0 41 15 36.6 18 6 33.3 57 13 22.8 87 40 46 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 5 15 3 3 5 14 3 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 3.851714286 1.283904762 3 4.579645161 0.915929032 5 6.861435897 0.980205128 7 2.795025381 0.931675127 3 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 1.71E-24 1 2.75E-10 1 2.44E-18 1 7.22E-68 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 85775132 G C PICALM CCDS8272.1 r.? - - intronic 31 0 0 67 4 6 25 2 8 84 0 0 96 0 0 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE NA NA 15 NA NA NA 14 NA NA NA 1 NA NA NA 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.000372648 1 0.006948068 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 85899321 A T - - - - - - 11 0 0 18 6 33.3 8 1 12.5 11 3 27.3 7 3 42.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 10 10 15 10 10 10 14 10 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 5.835428571 0.972571429 6 2.344086022 2.344086022 1 8.215666667 1.026958333 8 5.609664975 0.934944162 6 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 2.75E-10 1 0.039306956 1 0.00002 1 0.00000431 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 86693241 T C AP001528.1 ENST00000499504 r.? - - intronic 39 0 0 56 6 10.7 35 4 11.4 92 4 4.3 122 24 19.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 10 10 15 10 10 10 14 10 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.875047619 1.875047619 1 2.137806452 2.137806452 1 1.294042735 1.294042735 1 2.576 0.858666667 3 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000000409 1 0.0000289 1 0.001230545 1 6.28E-31 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 87508770 G C - - - - - - 24 0 0 74 15 20.3 33 3 9.1 109 7 6.4 114 13 11.4 0 0 NA 0 0 NA 3 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 10 10 15 NA 10 10 14 NA 0 0 1 NA 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 3.557333333 0.889333333 4 1.706494624 1.706494624 1 1.926017094 1.926017094 1 NA NA 1 NA NA 0 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 4.22E-20 1 0.000609557 1 0.00000149 1 3.31E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 87640109 C G - - - - - - 29 0 0 65 13 20 28 3 10.7 84 5 6 102 20 19.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 10 10 15 5 10 10 14 5 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 3.504761905 0.876190476 4 2.006537634 2.006537634 1 1.805641026 1.805641026 1 1.582923858 0.791461929 2 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 1.57E-17 1 0.000372895 1 0.0000695 1 5.36E-26 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 87824728 G A - - - - - - 28 0 0 41 6 14.6 25 4 16 70 0 0 67 7 10.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.418850726 5 11 5 4 5 9 5 0 0 2 0 0.581149274 1 1 1 5 NA NA NA 0 NA NA NA 0.418850726 NA NA NA 1.743628396 1.743628396 1 2.200430108 2.200430108 1 0 0 1 0.839918782 0.839918782 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 6.05E-08 1 0.00000727 1 1 1 5.23E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 88261889 T A GRM5 CCDS44694.1 r.? - - intronic 31 0 0 52 5 9.6 19 1 5.3 76 0 0 76 12 15.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.418850726 5 11 5 4 5 9 5 0 0 2 0 0.581149274 1 1 1 5 NA NA NA 0 NA NA NA 0.418850726 NA NA NA 1.146495384 1.146495384 1 0.728892473 0.728892473 1 0 0 1 1.276030457 1.276030457 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.00000668 1 0.090843738 1 1 1 5.63E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 88384042 G C GRM5 CCDS44694.1 r.? - - intronic 31 0 0 53 6 11.3 17 2 11.8 72 0 0 82 11 13.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.418850726 5 11 5 4 5 9 5 0 0 2 0 0.581149274 1 1 1 5 NA NA NA 0 NA NA NA 0.418850726 NA NA NA 1.349520608 1.349520608 1 1.622817204 1.622817204 1 0 0 1 1.082203046 1.082203046 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.000000293 1 0.003234386 1 1 1 4.94E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 88510998 C T GRM5 CCDS44694.1 r.? - - intronic 26 0 0 40 8 20 13 5 38.5 71 18 25.4 69 20 29 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.418850726 5 11 5 4 5 9 5 0 0 2 0 0.581149274 1 1 1 5 NA NA NA 0 NA NA NA 0.418850726 NA NA NA 2.38853205 0.987465669 2.418850726 5.294784946 1.058956989 5 6.627880342 0.946840049 7 2.342081218 1.171040609 2 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 2.61E-11 1 3.89E-09 1 9.22E-26 1 8.73E-30 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 88803240 C G GRM5 CCDS44694.1 r.? - - upstream 41 0 0 52 4 7.7 23 2 8.7 90 0 0 83 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.418850726 5 11 5 4 5 9 5 0 0 2 0 0.581149274 1 1 1 5 NA NA NA 0 NA NA NA 0.418850726 NA NA NA 0.919584839 0.919584839 1 1.196483871 1.196483871 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 9 NA 1 1 0.000139698 1 0.00589844 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 89868922 G T NAALAD2 CCDS8288.1 r.? - - intronic 27 0 0 44 16 36.4 12 4 33.3 90 29 32.2 75 46 61.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.418850726 5 11 5 4 5 9 5 0 0 2 0 0.581149274 1 1 1 5 NA NA NA 0 NA NA NA 0.418850726 NA NA NA 4.347128331 0.983768993 4.418850726 4.579645161 0.915929032 5 8.402273504 1.050284188 8 4.950675127 0.990135025 5 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 5.57E-26 1 0.0000003 1 4.59E-44 1 6.29E-86 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 90093284 C T - - - - - - 31 0 0 51 5 9.8 31 3 9.7 67 2 3 72 13 18.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.418850726 5 11 5 4 5 9 5 0 0 2 0 0.581149274 1 1 1 5 NA NA NA 0 NA NA NA 0.418850726 NA NA NA 1.170380704 1.170380704 1 1.334010753 1.334010753 1 0.782820513 0.782820513 1 1.461781726 1.461781726 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.00000606 1 0.000505952 1 0.044622585 1 6.58E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 90402374 C A - - - - - - 38 0 0 42 6 14.3 19 2 10.5 68 3 4.4 70 5 7.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.418850726 5 11 5 4 5 9 5 0 0 2 0 0.581149274 1 1 1 5 NA NA NA 0 NA NA NA 0.418850726 NA NA NA 1.707800416 1.707800416 1 1.444032258 1.444032258 1 1.148136752 1.148136752 1 0.573406091 0.573406091 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 7.02E-08 1 0.004039874 1 0.004916956 1 0.0000289 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 90575788 A T - - - - - - 43 0 0 33 6 18.2 25 0 0 97 0 0 72 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.418850726 5 11 5 4 5 9 5 0 0 2 0 0.581149274 1 1 1 5 NA NA NA 0 NA NA NA 0.418850726 NA NA NA 2.173564165 1.086782083 2 0 0 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 10 NA 1 1 1.54E-08 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 91413935 G T - - - - - - 28 0 0 54 5 9.3 20 1 5 88 9 10.2 76 14 18.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 13 8 7 7 12 8 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.350714286 1.350714286 1 0.787634409 0.787634409 1 2.865589744 0.955196581 3 2.038010152 1.019005076 2 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.00000806 1 0.09538952 1 7.82E-10 1 3.14E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 91924564 C A - - - - - - 40 0 0 50 5 10 24 0 0 92 0 0 96 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 13 8 7 7 12 8 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.452380952 1.452380952 1 0 0 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 10 NA 1 1 0.00000549 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 92001259 G A - - - - - - 36 0 0 54 9 16.7 20 2 10 71 7 9.9 83 36 43.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 13 8 7 7 12 8 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.42547619 0.808492063 3 1.575268817 1.575268817 1 2.781307692 0.927102564 3 4.807045685 0.961409137 5 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 8.48E-12 1 0.004473894 1 7.85E-08 1 4.75E-60 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 92208977 G T FAT3 CCDS44706.1 r.? - - intronic 28 0 0 48 4 8.3 26 0 0 90 0 0 101 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 13 8 7 7 12 8 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.20547619 1.20547619 1 0 0 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 10 NA 1 1 0.000102016 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 92705883 G T MTNR1B CCDS8290.1 r.? - - intronic 37 0 0 48 7 14.6 21 3 14.3 52 0 0 92 10 10.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 13 8 7 7 12 8 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.12047619 1.060238095 2 2.252634409 2.252634409 1 0 0 1 1.207299492 1.207299492 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 4.81E-09 1 0.000155401 1 1 1 4.85E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 92933063 G C SLC36A4 CCDS8291.1 r.? - - upstream 25 0 0 54 5 9.3 22 1 4.5 94 3 3.2 106 7 6.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 13 8 7 7 12 8 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.350714286 1.350714286 1 0.708870968 0.708870968 1 0.899008547 0.899008547 1 0.731025381 0.731025381 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.00000806 1 0.104413009 1 0.011950808 1 0.00000124 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 93058321 T A - - - - - - 36 0 0 57 8 14 35 6 17.1 90 8 8.9 127 21 16.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 13 8 7 7 12 8 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.033333333 1.016666667 2 2.693709677 0.897903226 3 2.500367521 0.83345584 3 1.827563452 0.913781726 2 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 5.19E-10 1 2.24E-08 1 0.000000021 1 1.48E-25 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 93471546 T A SNORA25 CCDS8293.1 r.388a>u c.188A>T p.D63V missense 33 0 0 55 4 7.3 34 2 5.9 84 0 0 106 14 13.2 253 0 0 588 45 7.7 325 4 1.2 714 0 0 849 94 11.1 TRUE FALSE 7 7 13 8 7 7 12 8 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.060238095 1.060238095 1 0.929408602 0.929408602 1 0 0 1 1.462050761 1.462050761 1 1.118333333 1.118333333 1 0.189032258 NA 0 0 0 1 1.229451777 1.229451777 1 6 NA 1 1 0.000173903 1.24E-37 0.012612579 0.081810811 1 1 4.2E-16 1.08E-91 YES 1_1 1_0 0_0 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b 11 93916999 C A PANX1 CCDS8296.1 r.? - - downstream 37 0 0 49 4 8.2 37 2 5.4 97 5 5.2 110 14 12.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 13 8 7 7 12 8 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.190952381 1.190952381 1 0.850645161 0.850645161 1 1.460888889 1.460888889 1 1.406670051 1.406670051 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000110643 1 0.014826063 1 0.000137452 1 7.16E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 94890614 C G AP000787.1 ENST00000501356 r.? - - intronic 39 0 0 35 12 34.3 24 9 37.5 42 0 0 52 28 53.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 6 3 3 3 5 3 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 3.609666667 1.203222222 3 4.407258065 1.469086022 3 0 0 1 3.268964467 1.089654822 3 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 1.83E-19 1 2.39E-15 1 1 1 1.41E-50 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 97264070 C A - - - - - - 45 0 0 45 4 8.9 19 1 5.3 68 6 8.8 62 14 22.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 6 3 3 3 5 3 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.936619048 0.936619048 1 0.622892473 0.622892473 1 1.856273504 1.856273504 1 1.373208122 1.373208122 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.0000791 1 0.090843738 1 0.00000131 1 1.42E-19 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 97595365 T G - - - - - - 34 0 0 30 9 30 24 11 45.8 68 8 11.8 55 21 38.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 6 3 3 3 5 3 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 3.157142857 1.052380952 3 5.382731183 1.794243728 3 2.489094017 0.829698006 3 2.321086294 1.160543147 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 2.54E-14 1 1.15E-19 1 2.21E-09 1 3.41E-34 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 97864443 C A - - - - - - 30 0 0 40 5 12.5 20 3 15 66 8 12.1 59 8 13.6 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 6 3 3 3 5 3 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.31547619 1.31547619 1 1.762903226 1.762903226 1 2.552376068 0.850792023 3 0.82635533 0.82635533 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.00000178 1 0.0001337 1 1.73E-09 1 6.9E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 97959426 T C - - - - - - 31 0 0 46 5 10.9 21 2 9.5 71 0 0 44 12 27.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 6 3 3 3 5 3 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.147095238 1.147095238 1 1.116505376 1.116505376 1 0 0 1 1.658786802 0.829393401 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.00000361 1 0.004928472 1 1 1 4.44E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 99731266 T C CNTN5 ENST00000279463 r.? - - intronic 40 0 0 30 5 16.7 21 1 4.8 63 3 4.8 42 6 14.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 6 3 3 3 5 3 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.75747619 1.75747619 1 0.564129032 0.564129032 1 1.012512821 1.012512821 1 0.868888325 0.868888325 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000000401 1 0.099912572 1 0.003968795 1 7.02E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 99731268 A T CNTN5 ENST00000279463 r.? - - intronic 40 0 0 30 5 16.7 20 1 5 60 4 6.7 42 6 14.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 6 3 3 3 5 3 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.75747619 1.75747619 1 0.587634409 0.587634409 1 1.413299145 1.413299145 1 0.868888325 0.868888325 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000000401 1 0.09538952 1 0.000243755 1 7.02E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 99746705 G T CNTN5 ENST00000279463 r.? - - intronic 31 0 0 29 4 13.8 29 0 0 61 6 9.8 46 10 21.7 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 6 3 3 3 5 3 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.452285714 1.452285714 1 0 0 1 2.067213675 2.067213675 1 1.318522843 1.318522843 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.0000134 1 1 1 0.000000685 1 3.38E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 99841062 T G CNTN5 ENST00000279463 r.? - - intronic 28 0 0 32 3 9.4 24 0 0 58 0 0 47 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 6 3 3 3 5 3 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.989238095 0.989238095 1 0 0 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 10 NA 1 1 0.000556213 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 101110408 G C - - - - - - 29 0 0 62 4 6.5 39 1 2.6 75 0 0 104 6 5.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 11 11 14 9 11 11 13 9 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.204047619 1.204047619 1 0.513569892 0.513569892 1 0 0 1 0.700416244 0.700416244 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.000276647 1 0.177567718 1 1 1 0.0000156 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 101170439 A G - - - - - - 38 0 0 74 8 10.8 31 1 3.2 95 7 7.4 121 18 14.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 11 11 14 9 11 11 13 9 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.000571429 1.000285714 2 0.632086022 0.632086022 1 2.152957265 1.076478632 2 1.799345178 0.899672589 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 4.39E-09 1 0.143917729 1 0.000000588 1 2.99E-21 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 101399171 A G TRPC6 CCDS8311.1 r.? - - intronic 40 0 0 60 6 10 38 4 10.5 85 6 7.1 103 21 20.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 11 11 14 9 11 11 13 9 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.852380952 1.852380952 1 2.074032258 2.074032258 1 2.065675214 2.065675214 1 2.463532995 0.821177665 3 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000000621 1 0.0000403 1 0.00000487 1 1.31E-27 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 101448734 T C TRPC6 CCDS8311.1 r.? - - intronic 43 0 0 73 5 6.8 40 3 7.5 104 1 1 122 13 10.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 11 11 14 9 11 11 13 9 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.259619048 1.259619048 1 1.481451613 1.481451613 1 0.290940171 0.290940171 1 1.292147208 1.292147208 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.0000354 1 0.001075403 1 0.406254409 1 8.08E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 101469851 G C - - - - - - 23 0 0 77 5 6.5 32 4 12.5 76 7 9.2 117 14 12 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 11 11 14 9 11 11 13 9 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.204047619 1.204047619 1 2.469086022 2.469086022 1 2.676649573 0.892216524 3 1.449137056 1.449137056 1 NA NA 0 NA NA 1 0 0 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.0000458 1 0.0000201 1 0.000000126 1 1.73E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 101932535 G A C11orf70 CCDS8313.1 r.? - - intronic 36 0 0 62 6 9.7 30 3 10 97 4 4.1 92 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 11 11 14 9 11 11 13 9 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.796809524 1.796809524 1 1.975268817 1.975268817 1 1.192854701 1.192854701 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000000756 1 0.000458697 1 0.001496109 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 102325270 G A TMEM123 CCDS41702.1 r.? - - upstream 28 0 0 54 25 46.3 41 19 46.3 51 8 15.7 129 63 48.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 11 11 14 9 11 11 13 9 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 8.57652381 0.95294709 9 9.145494624 1.016166069 9 4.567760684 0.913552137 5 5.89315736 0.982192893 6 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 4.36E-43 1 4.2E-33 1 2.05E-10 1 3.61E-108 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 103311642 C T DYNC2H1 CCDS44717.1 r.? - - intronic 29 0 0 69 6 8.7 33 1 3 96 2 2.1 110 11 10 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 11 11 14 9 11 11 13 9 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.611571429 1.611571429 1 0.592580645 0.592580645 1 0.610974359 0.610974359 1 1.207614213 1.207614213 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.00000143 1 0.15245715 1 0.083811806 1 1.32E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 103390374 T A - - - - - - 27 0 0 67 5 7.5 40 1 2.5 49 1 2 92 12 13 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 1 1 100 0 0 NA TRUE FALSE 11 11 14 9 11 11 13 9 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.389285714 1.389285714 1 0.493817204 0.493817204 1 0.581880342 0.581880342 1 1.569898477 1.569898477 1 NA NA 1 NA NA 1 29.09401709 2.238001315 13 NA NA 0 8 NA 1 1 0.0000233 1 0.181679879 1 0.217776325 0.005 6.12E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 104007821 G T PDGFD CCDS41703.1 r.? - - intronic 36 0 0 52 4 7.7 33 2 6.1 96 1 1 96 4 4.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 1 0 0 TRUE FALSE 11 11 14 9 11 11 13 9 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.426333333 1.426333333 1 1.204913978 1.204913978 1 0.290940171 0.290940171 1 0.50719797 0.50719797 1 NA NA 0 NA NA 1 0 0 1 0 NA 0 8 NA 1 1 0.000139698 1 0.011909843 1 0.381961184 1 0.001440082 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 104136396 G A - - - - - - 40 0 0 65 6 9.2 45 0 0 100 0 0 110 11 10 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 11 11 14 9 11 11 13 9 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.704190476 1.704190476 1 0 0 1 0 0 1 1.207614213 1.207614213 1 NA NA 0 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.000001 1 1 1 1 1 1.32E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 104237810 A T - - - - - - 45 0 0 60 4 6.7 40 0 0 85 0 0 87 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 11 11 14 9 11 11 13 9 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.241095238 1.241095238 1 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000243755 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 104570823 T G - - - - - - 35 0 0 58 4 6.9 36 2 5.6 100 0 0 111 5 4.5 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 11 11 14 9 11 11 13 9 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.278142857 1.278142857 1 1.106150538 1.106150538 1 0 0 1 0.543426396 0.543426396 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.000213772 1 0.014070883 1 1 1 0.000258017 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 105089248 G T - - - - - - 22 0 0 48 4 8.3 34 1 2.9 89 2 2.2 98 6 6.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 11 11 14 9 11 11 13 9 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.53747619 1.53747619 1 0.572827957 0.572827957 1 0.640068376 0.640068376 1 0.73664467 0.73664467 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000102016 1 0.156694864 1 0.073610556 1 0.0000111 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 105114604 G C - - - - - - 31 0 0 70 5 7.1 32 0 0 74 0 0 125 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 11 11 14 4.463463668 11 11 13 4 0 0 1 0 1 1 1 0.536536332 NA NA NA 5 NA NA NA 0 NA NA NA 0.463463668 1.315190476 1.315190476 1 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.0000289 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 105180522 C G - - - - - - 33 0 0 61 5 8.2 27 0 0 79 0 0 68 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 11 14 4.463463668 5 11 13 4 0 0 1 0 1 1 1 0.536536332 NA NA NA 5 NA NA NA 0 NA NA NA 0.463463668 1.026952381 1.026952381 1 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.0000147 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 105301622 G A - - - - - - 35 0 0 70 7 10 39 1 2.6 82 1 1.2 67 15 22.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 8 4.463463668 5 5 7 4 0 0 1 0 1 1 1 0.536536332 NA NA NA 5 NA NA NA 0 NA NA NA 0.463463668 1.252380952 1.252380952 1 0.357569892 0.357569892 1 0.277128205 0.277128205 1 1.688871699 1.154023661 1.463463668 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 7.11E-08 1 0.177567718 1 0.337031917 1 8.27E-21 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 105454568 G C - - - - - - 23 0 0 54 7 13 31 0 0 59 0 0 75 0 0 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA FALSE FALSE 5 5 8 4.463463668 5 5 7 4 0 0 1 0 1 1 1 0.536536332 NA NA NA 5 NA NA NA 0 NA NA NA 0.463463668 1.628095238 1.628095238 1 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1.13E-08 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 105840612 T G GRIA4 CCDS41706.1 r.? - - intronic 29 0 0 46 4 8.7 23 1 4.3 75 0 0 77 0 0 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 5 8 4.463463668 5 5 7 4 0 0 1 0 1 1 1 0.536536332 NA NA NA 5 NA NA NA 0 NA NA NA 0.463463668 1.089571429 1.089571429 1 0.591365591 0.591365591 1 0 0 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.0000862 1 0.108890944 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 106573058 A C GUCY1A2 CCDS8335.1 r.? - - intronic 38 0 0 41 6 14.6 24 2 8.3 86 1 1.2 72 11 15.3 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 8 4.463463668 5 5 7 4 0 0 1 0 1 1 1 0.536536332 NA NA NA 5 NA NA NA 0 NA NA NA 0.463463668 1.82847619 1.82847619 1 1.141473118 1.141473118 1 0.277128205 0.277128205 1 1.153559687 1.153559687 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 6.05E-08 1 0.006413403 1 0.350192164 1 1.12E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 106573063 T G GUCY1A2 CCDS8335.1 r.? - - intronic 43 0 0 43 5 11.6 25 2 8 85 1 1.2 79 13 16.5 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 8 4.463463668 5 5 7 4 0 0 1 0 1 1 1 0.536536332 NA NA NA 5 NA NA NA 0 NA NA NA 0.463463668 1.452761905 1.452761905 1 1.100215054 1.100215054 1 0.277128205 0.277128205 1 1.244034957 1.244034957 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.00000257 1 0.006948068 1 0.346926798 1 2.37E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 106694790 A T GUCY1A2 CCDS8335.1 r.? - - intronic 40 0 0 52 12 23.1 31 5 16.1 78 3 3.8 58 15 25.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 8 4.463463668 5 5 7 4 0 0 1 0 1 1 1 0.536536332 NA NA NA 5 NA NA NA 0 NA NA NA 0.463463668 2.893 0.964333333 3 2.214182796 2.214182796 1 0.87757265 0.87757265 1 1.952757902 0.976378951 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 4.19E-17 1 0.000000476 1 0.007193566 1 7.42E-22 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 107081895 C G - - - - - - 32 0 0 50 7 14 22 2 9.1 68 5 7.4 58 16 27.6 463 0 0 626 67 10.7 134 7 5.2 612 18 2.9 576 85 14.8 TRUE TRUE 5 5 8 4.463463668 5 5 7 4 0 0 1 0 1 1 1 0.536536332 NA NA NA 5 NA NA NA 0 NA NA NA 0.463463668 1.753333333 1.753333333 1 1.251494624 1.251494624 1 1.708957265 1.708957265 1 2.080931201 1.0404656 2 1.340047619 0.67002381 2 0.715139785 0.715139785 1 0.669726496 0.669726496 1 1.115861658 1.115861658 1 8 9 1 1 6.46E-09 7.07E-65 0.005403392 0.00000589 0.0000251 4.05E-09 1E-23 5.11E-94 YES 1_1 1_1 1_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b 11 107689101 G C SLC35F2 CCDS41709.1 r.? - - intronic 34 0 0 48 7 14.6 30 6 20 56 3 5.4 43 16 37.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 TRUE FALSE 5 5 8 3 5 5 7 3 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.82847619 1.82847619 1 2.750537634 0.916845878 3 1.247076923 1.247076923 1 2.260324873 1.130162437 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 0 NA 0 8 NA 1 1 4.81E-09 1 8.37E-09 1 0.00284314 1 3.56E-26 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 107689128 G C SLC35F2 CCDS41709.1 r.? - - intronic 30 0 0 54 7 13 33 4 12.1 59 3 5.1 50 18 36 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 TRUE FALSE 5 5 8 3 5 5 7 3 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.628095238 1.628095238 1 1.664075269 1.664075269 1 1.177794872 1.177794872 1 2.187411168 1.093705584 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 0 NA 0 8 NA 1 1 1.13E-08 1 0.0000228 1 0.003297476 1 5.92E-29 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 107689664 C T SLC35F2 CCDS41709.1 r.? - - intronic 33 0 0 56 9 16.1 24 4 16.7 72 3 4.2 74 20 27 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 8 3 5 5 7 3 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.016333333 1.008166667 2 2.296698925 2.296698925 1 0.969948718 0.969948718 1 1.640558376 0.820279188 2 NA NA 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 1.2E-11 1 0.00000613 1 0.00576558 1 4.34E-29 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 108530197 A C - - - - - - 24 0 0 45 14 31.1 28 12 42.9 63 9 14.3 37 6 16.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 8 3 5 5 7 3 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 3.894904762 0.97372619 4 5.899903226 1.179980645 5 3.302444444 1.100814815 3 0.984335025 0.984335025 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 8.81E-22 1 6.9E-21 1 3.62E-11 1 3.18E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 110355152 C G - - - - - - 30 0 0 46 7 15.2 28 4 14.3 68 0 0 60 15 25 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 8 3 5 5 7 3 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.903619048 1.903619048 1 1.966634409 1.966634409 1 0 0 1 1.519035533 1.519035533 1 NA NA 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 0 6 NA 1 1 3.53E-09 1 0.0000116 1 1 1 1.31E-21 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 110509672 A T ARHGAP20 CCDS31673.1 r.? - - intronic 34 0 0 47 4 8.5 20 2 10 71 3 4.2 41 1 2.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 5 8 3 5 5 7 3 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.06452381 1.06452381 1 1.375268817 1.375268817 1 0.969948718 0.969948718 1 0.145827411 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.0000939 1 0.004473894 1 0.00554578 1 0.18577148 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 113059849 T A NCAM1 ENST00000404693 r.? - - intronic 36 0 0 47 4 8.5 25 0 0 59 0 0 53 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 5 8 3 5 5 7 3 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.06452381 1.06452381 1 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.0000939 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 113885928 A C - - - - - - 28 0 0 39 4 10.3 12 0 0 47 0 0 62 0 0 0 0 NA 0 0 NA 3 0 0 2 0 0 0 0 NA FALSE FALSE 5 5 8 3 5 5 7 3 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.289952381 1.289952381 1 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 NA NA 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.0000447 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 114330178 A C - - - - - - 33 0 0 46 21 45.7 30 9 30 68 10 14.7 64 40 62.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 8 3 5 5 7 3 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 5.723380952 1.14467619 5 4.125806452 1.031451613 4 3.394820513 1.131606838 3 3.797588832 1.265862944 3 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 2.94E-36 1 2.54E-14 1 2.18E-12 1 2.03E-75 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 114877291 T G - - - - - - 28 0 0 42 5 11.9 24 1 4.2 89 8 9 54 5 9.3 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 8 3 5 5 7 3 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.490333333 1.490333333 1 0.577612903 0.577612903 1 2.078461538 1.039230769 2 0.565081218 0.565081218 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.00000228 1 0.113346489 1 1.92E-08 1 0.00000806 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 117014425 A G PAFAH1B2 CCDS8380.1 r.? - - upstream 33 0 0 37 11 29.7 23 5 21.7 52 13 25 50 25 50 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 3.125571429 1.041857143 3 2.550333333 0.850111111 3 4.523504274 1.507834758 3 3.038071066 1.012690355 3 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 3.7E-17 1 9.75E-08 1 6.47E-19 1 3.34E-44 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 119976257 C T - - - - - - 33 0 0 39 9 23.1 18 4 22.2 11 1 9.1 58 30 51.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.431 0.810333333 3 2.609096774 0.869698925 3 1.646555556 1.646555556 1 3.141365482 1.047121827 3 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 3.62E-13 1 0.00000181 1 0.05364542 1 2.36E-53 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 121936390 G A - - - - - - 39 0 0 41 5 12.2 25 2 8 73 4 5.5 54 13 24.1 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.283904762 1.283904762 1 0.940215054 0.940215054 1 0.99517094 0.99517094 1 1.464350254 1.464350254 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.00000202 1 0.006948068 1 0.000516741 1 1.12E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 122959783 T C ENSG00000166250 CCDS8441.1 r.? - - intronic 30 0 0 37 4 10.8 25 3 12 33 0 0 63 4 6.3 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.136571429 1.136571429 1 1.410322581 1.410322581 1 0 0 1 0.382796954 0.382796954 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.0000362 1 0.00026475 1 1 1 0.000294233 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 124074379 C T - - - - - - 36 0 0 43 14 32.6 23 8 34.8 64 10 15.6 64 22 34.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 3.430761905 1.143587302 3 4.089935484 1.363311828 3 2.822666667 0.940888889 3 2.090192893 1.045096447 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 4.18E-22 1 1.79E-13 1 1.16E-12 1 1.57E-34 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 124074449 C G - - - - - - 43 0 0 37 8 21.6 17 3 17.6 54 9 16.7 62 30 48.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.273142857 1.136571429 2 2.068473118 2.068473118 1 3.021700855 1.007233618 3 2.940852792 0.980284264 3 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 1.33E-11 1 0.0000807 1 8.48E-12 1 3.6E-52 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 124074599 C T - - - - - - 24 0 0 33 9 27.3 14 4 28.6 55 11 20 31 13 41.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.873 0.957666667 3 3.361268817 1.120422939 3 3.618803419 1.206267806 3 2.545903553 0.848634518 3 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 6.76E-14 1 0.000000601 1 4.77E-15 1 2.32E-22 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 124074735 C T - - - - - - 45 0 0 36 14 38.9 25 3 12 45 9 20 50 28 56 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 4.093761905 1.364587302 3 1.410322581 1.410322581 1 3.618803419 1.206267806 3 3.402639594 1.134213198 3 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 2.09E-23 1 0.00026475 1 1.47E-12 1 2.97E-51 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 124074882 C G - - - - - - 37 0 0 33 7 21.2 25 9 36 48 5 10.4 44 25 56.8 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.231047619 1.11552381 2 4.230967742 1.410322581 3 1.881777778 1.881777778 1 3.451248731 1.150416244 3 NA NA 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 2.98E-10 1 3.71E-15 1 0.00000447 1 3.83E-46 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 124075101 C A - - - - - - 32 0 0 42 13 31 22 8 36.4 48 11 22.9 48 20 41.7 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 3.262380952 1.087460317 3 4.277978495 1.425992832 3 4.143529915 1.381176638 3 2.533751269 0.844583756 3 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 2.72E-20 1 1.17E-13 1 9.31E-16 1 1.4E-33 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 124075217 C G - - - - - - 31 0 0 48 9 18.8 16 5 31.2 49 3 6.1 45 25 55.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.97847619 0.989238095 2 3.66683871 1.22227957 3 1.103735043 1.103735043 1 3.378335025 1.126111675 3 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 2.75E-12 1 0.000000013 1 0.001939399 1 8.58E-46 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 124075604 C G - - - - - - 30 0 0 32 9 28.1 23 7 30.4 73 7 9.6 47 25 53.2 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 TRUE FALSE 3 3 3 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.957190476 0.985730159 3 3.572817204 1.190939068 3 1.737025641 1.737025641 1 3.232507614 1.077502538 3 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 0 0 1 8 NA 1 1 4.94E-14 1 1.79E-11 1 9.54E-08 1 3.98E-45 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 124075921 C G - - - - - - 28 0 0 44 13 29.5 22 5 22.7 66 9 13.6 32 18 56.2 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 3.10452381 1.03484127 3 2.667860215 0.889286738 3 2.460786325 0.820262108 3 3.414791878 1.138263959 3 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 5.49E-20 1 7.67E-08 1 5.59E-11 1 1.68E-33 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 124076293 C G - - - - - - 23 0 0 36 14 38.9 19 7 36.8 47 8 17 57 26 45.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 4.093761905 1.364587302 3 4.324989247 1.441663082 3 3.075982906 1.025327635 3 2.770720812 0.923573604 3 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 2.09E-23 1 3.73E-12 1 1.03E-10 1 1.57E-44 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 124076648 C T - - - - - - 34 0 0 43 7 16.3 25 8 32 58 7 12.1 47 24 51.1 92 0 0 103 25 24.3 40 13 32.5 108 15 13.9 145 74 51 TRUE TRUE 3 3 3 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.715380952 1.715380952 1 3.760860215 1.253620072 3 2.189376068 1.094688034 2 3.104908629 1.034969543 3 2.557285714 0.852428571 3 3.819623656 1.273207885 3 2.515068376 0.838356125 3 3.098832487 1.032944162 3 8 16 1 1 2.15E-09 1.15E-34 3.92E-13 1.3E-20 1.88E-08 1.73E-17 8.6E-43 1.07E-128 YES 1_1 1_1 1_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b 11 124076711 C T - - - - - - 31 0 0 44 11 25 18 9 50 49 10 20.4 57 27 47.4 180 0 0 224 56 25 67 26 38.8 208 32 15.4 251 128 51 TRUE TRUE 3 3 3 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.630952381 0.876984127 3 5.876344086 1.958781362 3 3.691179487 1.230393162 3 2.880091371 0.960030457 3 2.630952381 0.876984127 3 4.560043011 1.520014337 3 2.786478632 0.928826211 3 3.098832487 1.032944162 3 8 16 1 1 3.22E-16 1.89E-76 9.12E-17 3.31E-42 6.72E-14 4.58E-37 9.04E-47 2.76E-221 YES 1_1 1_1 1_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b 11 124076805 C G - - - - - - 37 0 0 35 12 34.3 13 2 15.4 69 12 17.4 51 27 52.9 281 0 0 365 92 25.2 83 38 45.8 320 52 16.2 314 161 51.3 TRUE TRUE 3 3 3 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 3.609666667 1.203222222 3 1.809913978 1.809913978 1 3.148358974 1.049452991 3 3.214279188 1.071426396 3 2.652 0.884 3 5.382731183 1.794243728 3 2.931230769 0.977076923 3 3.117060914 1.039020305 3 8 16 1 1 1.83E-19 7.85E-125 0.001879825 1.84E-64 1.65E-15 1.7E-60 1.52E-48 2.17E-278 YES 1_1 1_1 1_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b 11 124076849 C G - - - - - - 32 0 0 37 10 27 19 4 21.1 70 12 17.1 49 25 51 273 0 0 351 81 23.1 82 38 46.3 292 50 17.1 294 142 48.3 TRUE TRUE 3 3 3 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.841428571 0.947142857 3 2.479817204 2.479817204 1 3.094076923 1.031358974 3 3.098832487 1.032944162 3 2.431 0.810333333 3 5.441494624 1.813831541 3 3.094076923 1.031358974 3 2.93477665 0.978258883 3 8 16 1 1 3.01E-15 1.22E-106 0.00000228 1E-64 1.99E-15 1.92E-59 1.68E-44 1.05E-240 YES 1_1 1_1 1_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b 11 124076873 C G - - - - - - 34 0 0 41 13 31.7 18 4 22.2 71 13 18.3 48 24 50 245 0 0 295 70 23.7 72 32 44.4 251 43 17.1 250 121 48.4 TRUE TRUE 3 3 3 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 3.336047619 1.112015873 3 2.609096774 0.869698925 3 3.311205128 1.103735043 3 3.038071066 1.012690355 3 2.494142857 0.831380952 3 5.218193548 1.739397849 3 3.094076923 1.031358974 3 2.940852792 0.980284264 3 8 16 1 1 1.89E-20 2.41E-93 0.00000181 5.47E-54 5.42E-17 2.29E-51 1.71E-42 1.59E-205 YES 1_1 1_1 1_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b 11 124237810 T A - - - - - - 30 0 0 41 6 14.6 23 0 0 75 0 0 46 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 3 2.656810943 3 3 3 2 0 0 0 0 1 1 1 0.343189057 NA NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 0.656810943 1.53647619 1.53647619 1 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 1 6.05E-08 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 125836271 G C CDON CCDS8468.1 r.? - - intronic 39 0 0 41 8 19.5 24 10 41.7 52 6 11.5 49 20 40.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 2.656810943 3 3 3 2 0 0 0 0 1 1 1 0.343189057 NA NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 0.656810943 2.052142857 1.026071429 2 4.900870968 1.633623656 3 2.080811966 2.080811966 1 2.339044855 0.880395672 2.656810943 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 3.22E-11 1 1.8E-17 1 0.000000261 1 2.35E-33 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 127466543 C T - - - - - - 34 0 0 40 10 25 21 6 28.6 57 13 22.8 52 27 51.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 2.656810943 3 3 3 2 0 0 0 0 1 1 1 0.343189057 NA NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 0.656810943 2.630952381 0.876984127 3 3.361268817 1.120422939 3 4.125435897 1.375145299 3 2.975402646 1.119915082 2.656810943 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 7.22E-15 1 7.95E-10 1 2.44E-18 1 3.15E-48 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 131049766 G T - - - - - - 40 0 0 35 5 14.3 20 1 5 61 1 1.6 74 10 13.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 2.656810943 3 3 3 2 0 0 0 0 1 1 1 0.343189057 NA NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 0.656810943 1.504904762 1.504904762 1 0.587634409 0.587634409 1 0.289504274 0.289504274 1 0.773948665 0.773948665 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000000895 1 0.09538952 1 0.263440347 1 5.24E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 131492012 G A OPCML CCDS41733.1 r.? - - intronic 30 0 0 37 8 21.6 18 0 0 47 4 8.5 34 5 14.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 2.656810943 3 3 3 2 0 0 0 0 1 1 1 0.343189057 NA NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 0.656810943 2.273142857 1.136571429 2 0 0 1 1.537991453 1.537991453 1 0.842744102 0.842744102 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 1.33E-11 1 1 1 0.0000939 1 0.000000771 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 132181170 C A OPCML CCDS8491.1 r.? - - intronic 30 0 0 51 9 17.6 36 9 25 61 4 6.6 66 23 34.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 5.109047142 5 5 5 3 5 0 0 0 0 1 1 -1.109047142 1 NA NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 2.109047142 NA 2.204190476 1.102095238 2 3.438172043 0.859543011 4 1.33340224 1.33340224 1 2.810497462 0.936832487 3 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 4.92E-12 1 1.63E-13 1 0.000259828 1 3.38E-36 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 132668284 T G ENSG00000183715 CCDS8492.1 r.? - - intronic 25 0 0 42 5 11.9 33 3 9.1 63 3 4.8 74 8 10.8 0 0 NA 0 0 NA 1 1 100 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 5.109047142 5 5 5 3 5 0 0 0 0 1 1 -1.109047142 1 NA NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 2.109047142 NA 1.490333333 1.490333333 1 1.251494624 1.251494624 1 0.969747083 0.969747083 1 0.87222335 0.87222335 1 NA NA 1 13.75268817 2.750537634 5 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.00000228 1 0.000609557 0.005 0.003968795 1 4.39E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 132893022 G T ENSG00000183715 CCDS31722.1 r.? - - intronic 32 0 0 48 18 37.5 25 6 24 88 16 18.2 63 45 71.4 0 0 NA 1 0 0 1 1 100 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 5.109047142 5 5 5 3 5 0 0 0 0 1 1 -1.109047142 1 NA NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 2.109047142 NA 4.696428571 0.939285714 5 3.300645161 1.100215054 3 3.676957691 0.894844368 4.109047142 5.766365482 1.153273096 5 0 0 1 13.75268817 2.750537634 5 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 2.42E-29 1 2.55E-09 0.005 1.57E-20 1 6.74E-89 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 133220814 G T ENSG00000183715 CCDS31722.1 r.? - - intronic 30 0 0 40 9 22.5 17 4 23.5 79 15 19 74 27 36.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 5.109047142 5 5 5 3 5 0 0 0 0 1 1 -1.109047142 1 NA NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 2.109047142 NA 2.817857143 0.939285714 3 3.23188172 1.077293907 3 3.838582205 0.934178186 4.109047142 2.947791878 0.982597293 3 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 4.64E-13 1 0.00000141 1 1.22E-19 1 6.97E-43 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 133394377 C A ENSG00000183715 CCDS31722.1 r.? - - intronic 29 0 0 39 5 12.8 29 1 3.4 78 0 0 72 6 8.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 5 5.109047142 5 5 5 3 5 0 0 0 0 1 1 -1.109047142 1 NA NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 2.109047142 NA 1.603047619 1.603047619 1 0.467591398 0.467591398 1 0 NA 0 0.670319797 0.670319797 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.00000156 1 0.135292269 1 1 1 0.00000184 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 133578008 C G - - - - - - 26 0 0 44 14 31.8 15 1 6.7 77 5 6.5 66 16 24.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 5.109047142 5 5 5 3 5 0 0 0 0 1 1 -1.109047142 1 NA NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 2.109047142 NA 3.982571429 0.995642857 4 0.921430108 0.921430108 1 1.313199175 1.313199175 1 1.954426396 0.977213198 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 6.1E-22 1 0.072431031 1 0.0000458 1 1.03E-22 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 133579444 G A - - - - - - 33 0 0 33 9 27.3 19 4 21.1 68 10 14.7 35 23 65.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 5 5.109047142 NA 5 5 3 NA 0 0 0 NA 1 1 -1.109047142 NA NA NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 2.109047142 NA 3.419 1.139666667 3 2.901817204 0.967272401 3 2.969850443 0.989950148 3 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 6.76E-14 1 0.00000228 1 2.18E-12 1 9.39E-45 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 453145 G C KDM5A CCDS41736.1 r.? - - intronic 32 0 0 42 4 9.5 34 0 0 74 0 0 58 0 0 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 4 3.557554855 3 3 3 2 1 1 1 1 1 1 1 0.442445145 NA NA NA 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.557554855 1.094761905 1.094761905 1 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 NA NA 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.0000601 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 1828977 A G ADIPOR2 CCDS8511.1 r.? - - intronic 35 0 0 35 4 11.4 23 2 8.7 47 5 10.6 67 11 16.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 3.557554855 3 3 3 2 1 1 1 1 1 1 1 0.442445145 NA NA NA 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.557554855 1.313714286 1.313714286 1 1.109483871 1.109483871 1 2.023965812 2.023965812 1 1.087926306 1.087926306 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.0000289 1 0.00589844 1 0.00000402 1 4.85E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 1971687 C G CACNA2D4 CCDS44785.1 r.? - - intronic 32 0 0 50 8 16 34 2 5.9 44 3 6.8 56 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 4 3.557554855 3 3 3 2 1 1 1 1 1 1 1 0.442445145 NA NA NA 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.557554855 1.843809524 1.843809524 1 0.752408602 0.752408602 1 1.298393162 1.298393162 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1.74E-10 1 0.012612579 1 0.00142027 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 3048356 C T TULP3 CCDS8519.1 r.? - - intronic 33 0 0 35 5 14.3 28 2 7.1 37 3 8.1 70 12 17.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 3.557554855 3 3 3 2 1 1 1 1 1 1 1 0.442445145 NA NA NA 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.557554855 1.647904762 1.647904762 1 0.90544086 0.90544086 1 1.546615385 1.546615385 1 1.134362185 1.134362185 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000000895 1 0.008668191 1 0.000855237 1 1.99E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 3078983 G A TEAD4 CCDS31729.1 r.? - - intronic 33 0 0 40 6 15 28 1 3.6 49 3 6.1 56 11 19.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 3.557554855 3 3 3 2 1 1 1 1 1 1 1 0.442445145 NA NA NA 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.557554855 1.728571429 1.728571429 1 0.459096774 0.459096774 1 1.164735043 1.164735043 1 1.300204609 1.300204609 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 5.18E-08 1 0.130947004 1 0.001939399 1 5.91E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 4115577 A T - - - - - - 31 0 0 25 5 20 20 2 10 49 0 0 57 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 4 3.557554855 3 3 3 2 1 1 1 1 1 1 1 0.442445145 NA NA NA 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.557554855 2.304761905 1.152380952 2 1.275268817 1.275268817 1 0 0 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000000153 1 0.004473894 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 4411714 C G CCND2 CCDS8524.1 r.3714c>g c.? p.? 3'UTR variant 40 0 0 47 7 14.9 21 6 28.6 64 7 10.9 54 15 27.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 3.557554855 3 3 3 2 1 1 1 1 1 1 1 0.442445145 NA NA NA 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.557554855 1.717047619 1.717047619 1 3.647268817 1.215756272 3 2.081247863 1.040623932 2 1.844167762 0.922083881 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 4.12E-09 1 7.95E-10 1 3.78E-08 1 2.2E-22 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 4737932 G C AKAP3 CCDS8531.1 r.365c>g c.136C>G p.R46G missense 40 0 0 51 4 7.8 18 0 0 62 1 1.6 41 8 19.5 590 0 0 821 46 5.6 171 5 2.9 634 8 1.3 1702 85 5 TRUE TRUE 4 4 4 3.557554855 3 3 3 2 1 1 1 1 1 1 1 0.442445145 NA NA NA 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.557554855 0.898857143 0.898857143 1 0 0 1 0.305504274 0.305504274 1 1.293570912 1.293570912 1 0.645333333 0.645333333 1 0.369827957 0.369827957 1 0.248222222 0.248222222 1 0.331684849 0.331684849 1 8 8 1 1 0.000129466 1.84E-32 1 0.0018077 0.267123145 0.015754506 3.22E-11 1.55E-54 YES 1_1 0_1 0_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b 12 6610351 T G NCAPD2 CCDS8548.1 r.? - - intronic 19 0 0 26 8 30.8 15 3 20 20 2 10 38 12 31.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 3.557554855 3 3 3 2 1 1 1 1 1 1 1 0.442445145 NA NA NA 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.557554855 3.549333333 1.183111111 3 2.550537634 2.550537634 1 1.909401709 1.909401709 1 2.096248248 1.048124124 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 5.63E-13 1 0.0000544 1 0.004473894 1 5.86E-19 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 6850091 G A - - - - - - 33 0 0 31 4 12.9 36 2 5.6 16 1 6.2 39 9 23.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 3.557554855 3 3 3 2 1 1 1 1 1 1 1 0.442445145 NA NA NA 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.557554855 1.486571429 1.486571429 1 0.714150538 0.714150538 1 1.18382906 1.18382906 1 1.532384004 1.532384004 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.0000177 1 0.014070883 1 0.077068876 1 3.62E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 8439655 G A - - - - - - 38 0 0 40 4 10 19 1 5.3 46 0 0 47 7 14.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 3.557554855 3 3 3 2 1 1 1 1 1 1 1 0.442445145 NA NA NA 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.557554855 1.152380952 1.152380952 1 0.675892473 0.675892473 1 0 0 1 0.988420851 0.988420851 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.0000495 1 0.090843738 1 1 1 4.12E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 8651794 G C - - - - - - 34 0 0 48 7 14.6 22 2 9.1 76 0 0 63 12 19 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 3.557554855 3 3 3 2 1 1 1 1 1 1 1 0.442445145 NA NA NA 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.557554855 1.68247619 1.68247619 1 1.160494624 1.160494624 1 0 0 1 1.260402428 1.260402428 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 4.81E-09 1 0.005403392 1 1 1 5.15E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 11867180 G T ETV6 CCDS8643.1 r.? - - intronic 24 0 0 42 4 9.5 21 4 19 68 6 8.8 57 8 14 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 3.557554855 3 3 3 2 1 1 1 1 1 1 1 0.442445145 NA NA NA 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.557554855 1.094761905 1.094761905 1 2.423010753 2.423010753 1 1.680273504 1.680273504 1 0.928717578 0.928717578 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.0000601 1 0.00000349 1 0.00000131 1 5.19E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 13574137 A T - - - - - - 16 0 0 39 11 28.2 30 7 23.3 60 13 21.7 41 14 34.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 3 3 3 3 2 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 3.249714286 1.083238095 3 2.971376344 0.990458781 3 4.143401709 1.381133903 3 2.071964467 1.035982234 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 7.2E-17 1 1.44E-10 1 5.07E-18 1 1.9E-22 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 15453095 A G - - - - - - 37 0 0 34 5 14.7 21 3 14.3 53 7 13.2 60 19 31.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 3 3 3 3 2 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.694 1.694 1 1.823634409 1.823634409 1 2.520410256 0.840136752 3 1.926137056 0.963068528 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000000771 1 0.000155401 1 9.85E-09 1 3.21E-29 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 15986927 A C - - - - - - 28 0 0 43 4 9.3 22 2 9.1 73 4 5.5 52 6 11.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 3 3 3 3 2 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.071714286 1.071714286 1 1.160494624 1.160494624 1 1.05017094 1.05017094 1 0.698756345 0.698756345 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000066 1 0.005403392 1 0.000516741 1 0.000000261 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 17011184 G A - - - - - - 41 0 0 30 4 13.3 36 0 0 77 0 0 54 0 0 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 4 3 3 3 3 2 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.532666667 1.532666667 1 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 NA NA 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.0000154 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 17338122 G T - - - - - - 29 0 0 51 4 7.8 20 2 10 75 4 5.3 61 11 18 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 3 3 3 3 2 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.898857143 0.898857143 1 1.275268817 1.275268817 1 1.011982906 1.011982906 1 1.093705584 1.093705584 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000129466 1 0.004473894 1 0.000572493 1 1.62E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 17945391 T C - - - - - - 30 0 0 42 4 9.5 20 2 10 74 0 0 53 5 9.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 3 3 3 3 2 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.094761905 1.094761905 1 1.275268817 1.275268817 1 0 0 1 0.57115736 0.57115736 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.0000601 1 0.004473894 1 1 1 0.00000734 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 18136618 G C - - - - - - 30 0 0 40 9 22.5 23 1 4.3 74 2 2.7 56 14 25 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 3 3 3 3 2 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.592857143 0.864285714 3 0.548365591 0.548365591 1 0.515538462 0.515538462 1 1.519035533 1.519035533 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 4.64E-13 1 0.108890944 1 0.053288733 1 2.91E-20 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 20719185 G A PDE3A CCDS31754.1 r.? - - intronic 32 0 0 38 8 21.1 28 6 21.4 71 7 9.9 58 15 25.9 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 3 3 3 3 2 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.43152381 0.810507937 3 2.729075269 0.909691756 3 1.890307692 1.890307692 1 1.573720812 0.786860406 2 NA NA 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 1.67E-11 1 5.36E-09 1 7.85E-08 1 7.42E-22 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 23582882 A T - - - - - - 47 0 0 40 5 12.5 28 0 0 68 0 0 56 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 4 3 3 3 3 2 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.44047619 1.44047619 1 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.00000178 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 24404200 T G - - - - - - 33 0 0 30 3 10 27 2 7.4 75 4 5.3 56 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 4 3 3 3 3 2 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.152380952 1.152380952 1 0.943698925 0.943698925 1 1.011982906 1.011982906 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000458697 1 0.00807567 1 0.000572493 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 24679230 G A - - - - - - 28 0 0 29 4 13.8 24 0 0 51 0 0 46 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 4 3 3 3 3 2 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.590285714 1.590285714 1 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.0000134 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 24930971 A C - - - - - - 36 0 0 47 8 17 31 5 16.1 72 4 5.6 50 6 12 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 3 3 3 3 2 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.959047619 0.97952381 2 2.053182796 2.053182796 1 1.069264957 1.069264957 1 0.729137056 0.729137056 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 1.03E-10 1 0.000000476 1 0.000490365 1 0.000000206 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 24965235 T A BCAT1 CCDS44845.1 r.7310a>u c.? p.? 3'UTR variant 29 0 0 42 5 11.9 18 2 11.1 66 0 0 61 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 4 3 3 3 3 2 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.371333333 1.371333333 1 1.415548387 1.415548387 1 0 0 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.00000228 1 0.003626632 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 27619696 T C C12orf70 CCDS44852.1 r.? - - upstream 34 0 0 39 4 10.3 24 3 12.5 59 1 1.7 54 11 20.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 3 3 3 3 2 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.186952381 1.186952381 1 1.594086022 1.594086022 1 0.324598291 0.324598291 1 1.239532995 1.239532995 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.0000447 1 0.000233853 1 0.256019138 1 3.84E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 30064924 T C - - - - - - 42 0 0 48 5 10.4 23 0 0 69 1 1.4 37 4 10.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 3 3 3 3 2 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.19847619 1.19847619 1 0 0 1 0.267316239 0.267316239 1 0.65622335 0.65622335 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.00000447 1 1 1 0.292392265 1 0.0000362 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 30370297 A T - - - - - - 38 0 0 37 4 10.8 28 3 10.7 71 0 0 54 8 14.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 3 3 3 3 2 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.244571429 1.244571429 1 1.364537634 1.364537634 1 0 0 1 0.899269036 0.899269036 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.0000362 1 0.000372895 1 1 1 3.31E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 30495328 T C - - - - - - 34 0 0 53 9 17 18 2 11.1 67 6 9 43 8 18.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 3 3 3 3 2 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.959047619 0.97952381 2 1.415548387 1.415548387 1 1.718461538 1.718461538 1 1.130162437 1.130162437 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 7.1E-12 1 0.003626632 1 0.0000012 1 4.85E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 32217215 C T - - - - - - 24 0 0 42 13 31 30 14 46.7 64 6 9.4 48 19 39.6 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 3 3 3 3 2 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 3.572380952 1.190793651 3 5.955505376 1.985168459 3 1.794837607 1.794837607 1 2.406152284 1.203076142 2 NA NA 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 2.72E-20 1 8.24E-25 1 0.000000914 1 1.92E-31 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 34298723 C A AC046130.1 ENST00000501954 r.? - - intronic 67 0 0 84 17 20.2 45 3 6.7 122 14 11.5 98 19 19.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 3 3 3 3 2 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.327809524 1.163904762 2 0.854430108 0.854430108 1 2.195811966 1.097905983 2 1.178771574 1.178771574 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 1.42E-22 1 0.001516071 1 3.15E-15 1 1.13E-24 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 38947277 T A - - - - - - 30 0 0 31 11 35.5 21 3 14.3 60 5 8.3 33 6 18.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 4 4 2 4 3 3 1 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 4.445952381 1.111488095 4 1.823634409 1.823634409 1 1.584803419 1.584803419 1 0.923857868 0.923857868 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 3.77E-18 1 0.000155401 1 0.0000136 1 1.54E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 39760769 G C KIF21A CCDS31773.1 r.? - - intronic 34 0 0 37 11 29.7 23 11 47.8 78 15 19.2 41 14 34.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 4 4 3.646893188 4 3 3 3 1 1 1 0 1 1 1 0.353106812 NA NA NA 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.646893188 3.719571429 0.929892857 4 6.095784946 2.031928315 3 3.666051282 1.222017094 3 2.292555044 0.97426731 2.353106812 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 3.7E-17 1 6.25E-20 1 9.92E-20 1 1.9E-22 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 41561183 A C - - - - - - 33 0 0 42 6 14.3 29 1 3.4 57 0 0 65 7 10.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 4 4 3.646893188 4 3 3 3 1 1 1 0 1 1 1 0.353106812 NA NA NA 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.646893188 1.790904762 1.790904762 1 0.433591398 0.433591398 1 0 0 1 0.726087815 0.726087815 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 7.02E-08 1 0.135292269 1 1 1 4.22E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 41674425 G A PDZRN4 ENST00000402685 r.? - - intronic 33 0 0 51 8 15.7 33 8 24.2 46 5 10.9 83 15 18.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 4 4 3.646893188 4 3 3 3 1 1 1 0 1 1 1 0.353106812 NA NA NA 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.646893188 1.966238095 0.983119048 2 3.086150538 1.028716846 3 2.081247863 2.081247863 1 1.216869393 1.216869393 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 2.05E-10 1 4.85E-12 1 0.00000361 1 2.7E-19 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 41674432 A G PDZRN4 ENST00000402685 r.? - - intronic 32 0 0 52 8 15.4 34 8 23.5 45 5 11.1 85 18 21.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 4 4 3.646893188 4 3 3 3 1 1 1 0 1 1 1 0.353106812 NA NA NA 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.646893188 1.928666667 0.964333333 2 2.99688172 0.998960573 3 2.119435897 2.119435897 1 1.425283488 1.425283488 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 2.42E-10 1 6.32E-12 1 0.00000323 1 3.35E-24 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 41674449 G C PDZRN4 ENST00000402685 r.? - - intronic 27 0 0 51 8 15.7 34 8 23.5 44 5 11.4 82 18 22 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 4 4 3.646893188 4 3 3 3 1 1 1 0 1 1 1 0.353106812 NA NA NA 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.646893188 1.966238095 0.983119048 2 2.99688172 0.998960573 3 2.176717949 2.176717949 1 1.47906777 1.093090182 1.353106812 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 2.05E-10 1 6.32E-12 1 0.00000288 1 1.65E-24 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 41674459 C T PDZRN4 ENST00000402685 r.? - - intronic 25 0 0 55 14 25.5 42 14 33.3 47 11 23.4 93 31 33.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 4 4 3.646893188 4 3 3 3 1 1 1 0 1 1 1 0.353106812 NA NA NA 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.646893188 3.193571429 1.06452381 3 4.246645161 1.415548387 3 4.468 1.489333333 3 2.238770762 0.951410599 2.353106812 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 2.19E-20 1 2.83E-22 1 7.21E-16 1 1.54E-47 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 41968306 T A PDZRN4 CCDS8739.1 r.3157u>a c.? p.? 3'UTR variant 34 0 0 38 4 10.5 17 1 5.9 81 1 1.2 65 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA FALSE FALSE 5 4 4 3.646893188 4 3 3 3 1 1 1 0 1 1 1 0.353106812 NA NA NA 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.646893188 1.315 1.315 1 0.752408602 0.752408602 1 0.229128205 0.229128205 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.0000403 1 0.081683532 1 0.333700419 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 42165808 C A - - - - - - 28 0 0 45 4 8.9 30 0 0 50 0 0 54 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 4 4 3.646893188 4 3 3 3 1 1 1 0 1 1 1 0.353106812 NA NA NA 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.646893188 1.114619048 1.114619048 1 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.0000791 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 42646974 A T - - - - - - 28 0 0 39 4 10.3 33 0 0 75 0 0 76 0 0 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 4 4 3.646893188 4 3 3 3 1 1 1 0 1 1 1 0.353106812 NA NA NA 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.646893188 1.289952381 1.289952381 1 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 NA NA 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.0000447 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 45151974 C A NELL2 CCDS8746.1 r.? - - intronic 39 0 0 41 6 14.6 22 0 0 52 1 1.9 60 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 4 2.857060094 3 3 3 2 1 1 1 0 1 1 1 0.142939906 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.857060094 1.68247619 1.68247619 1 0 0 1 0.362786325 0.362786325 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 6.05E-08 1 1 1 0.229451111 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 46088767 G T - - - - - - 36 0 0 33 4 12.1 16 0 0 71 5 7 55 11 20 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2.857060094 3 3 3 2 1 1 1 0 1 1 1 0.142939906 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.857060094 1.394380952 1.394380952 1 0 0 1 1.336581197 1.336581197 1 1.186640445 1.186640445 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.0000228 1 1 1 0.0000309 1 4.77E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 47374497 C T - - - - - - 33 0 0 44 5 11.4 23 1 4.3 57 3 5.3 51 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 4 2.857060094 3 3 3 2 1 1 1 0 1 1 1 0.142939906 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.857060094 1.313714286 1.313714286 1 0.548365591 0.548365591 1 1.011982906 1.011982906 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.00000288 1 0.108890944 1 0.002989991 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 47617168 G C FAM113B CCDS8752.1 r.? - - intronic 26 0 0 29 4 13.8 19 1 5.3 66 3 4.5 52 6 11.5 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2.857060094 3 3 3 2 1 1 1 0 1 1 1 0.142939906 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.857060094 1.590285714 1.590285714 1 0.675892473 0.675892473 1 0.859230769 0.859230769 1 0.682318256 0.682318256 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.0000134 1 0.090843738 1 0.004522888 1 0.000000261 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 50557558 A C LASS5 CCDS8801.1 r.? - - intronic 32 0 0 39 4 10.3 26 2 7.7 47 2 4.3 55 7 12.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2.857060094 3 3 3 2 1 1 1 0 1 1 1 0.142939906 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.857060094 1.186952381 1.186952381 1 0.981956989 0.981956989 1 0.821042735 0.821042735 1 0.753516683 0.753516683 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.0000447 1 0.007502227 1 0.02328732 1 1.28E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 51806626 T C SLC4A8 ENST00000358657 r.? - - intronic 36 0 0 45 6 13.3 16 1 6.2 57 5 8.8 62 12 19.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2.857060094 3 3 3 2 1 1 1 0 1 1 1 0.142939906 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.857060094 1.532666667 1.532666667 1 0.790666667 0.790666667 1 1.680273504 1.680273504 1 1.151041232 1.151041232 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000000108 1 0.077068876 1 0.0000105 1 4.19E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 51966645 G C - - - - - - 26 0 0 39 5 12.8 26 0 0 57 4 7 52 5 9.6 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2.857060094 3 3 3 2 1 1 1 0 1 1 1 0.142939906 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.857060094 1.475047619 1.475047619 1 0 0 1 1.336581197 1.336581197 1 0.569587414 0.569587414 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.00000156 1 1 1 0.000199821 1 0.00000668 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 52065584 C G SCN8A CCDS44891.1 r.? - - intronic 28 0 0 38 4 10.5 22 0 0 88 0 0 44 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 4 2.857060094 3 3 3 2 1 1 1 0 1 1 1 0.142939906 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.857060094 1.21 1.21 1 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.0000403 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 52226014 T G - - - - - - 30 0 0 25 3 12 22 2 9.1 40 2 5 50 8 16 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2.857060094 3 3 3 2 1 1 1 0 1 1 1 0.142939906 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.857060094 1.382857143 1.382857143 1 1.160494624 1.160494624 1 0.954700855 0.954700855 1 0.949312356 0.949312356 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.00026475 1 0.005403392 1 0.017193422 1 1.74E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 53473741 C T SPRYD3 CCDS8845.1 r.? - - upstream 28 0 0 28 5 17.9 18 1 5.6 34 4 11.8 51 11 21.6 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2.857060094 3 3 3 2 1 1 1 0 1 1 1 0.142939906 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.857060094 2.062761905 2.062761905 1 0.714150538 0.714150538 1 2.253094017 2.253094017 1 1.281571681 1.281571681 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000000279 1 0.086275114 1 0.0000257 1 1.94E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 57230325 A G - - - - - - 29 0 0 41 16 39 22 8 36.4 71 9 12.7 61 27 44.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2.857060094 3 3 3 2 1 1 1 0 1 1 1 0.142939906 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.857060094 4.494285714 1.498095238 3 4.641978495 1.547326165 3 2.424940171 0.80831339 3 2.628408586 1.314204293 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 1.4E-26 1 1.17E-13 1 1.1E-10 1 9.98E-46 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 57565240 C T ENSG00000123384 CCDS8932.1 r.? - - intronic 24 0 0 40 6 15 28 0 0 34 0 0 51 12 23.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2.857060094 3 3 3 2 1 1 1 0 1 1 1 0.142939906 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.857060094 1.728571429 1.728571429 1 0 0 1 0 0 1 1.394302523 1.394302523 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 5.18E-08 1 1 1 1 1 3.24E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 57927555 A C MBD6 CCDS8944.1 r.? - - downstream 18 0 0 143 5 3.5 77 2 2.6 98 5 5.1 307 12 3.9 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 46 51 57 45 45 49 55 43 1 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.873333333 1.873333333 1 1.553569892 1.553569892 1 3.676794872 0.919198718 4 1.874969543 0.937484772 2 NA NA 0 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000819497 1 0.057170369 1 0.000144245 1 7.38E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 58213416 A T CTDSP2 CCDS41801.1 r.? - - downstream 24 0 0 168 6 3.6 107 0 0 72 3 4.2 430 13 3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 46 51 57 45 45 49 55 43 1 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.926857143 1.926857143 1 0 0 1 3.027948718 3.027948718 1 1.442284264 1.442284264 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000223484 1 1 1 0.00576558 1 0.000000407 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 58379084 C T - - - - - - 11 0 0 77 11 14.3 29 5 17.2 72 10 13.9 180 26 14.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 46 51 57 45 45 49 55 43 1 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 7.653904762 0.956738095 8 10.27746237 1.027746237 10 10.02106838 1.002106838 10 6.922964467 0.988994924 7 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 2.41E-13 1 0.000000336 1 3.95E-12 1 1.14E-29 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 58412931 C G - - - - - - 34 0 0 194 7 3.6 113 8 7.1 249 1 0.4 486 18 3.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 46 51 57 45 45 49 55 43 1 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.926857143 1.926857143 1 4.24244086 1.060610215 4 0.288376068 0.288376068 1 1.778817259 0.889408629 2 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.0000636 1 0.000000125 1 0.712956904 1 1.08E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 58590640 A T - - - - - - 25 0 0 152 6 3.9 79 3 3.8 172 2 1.2 334 5 1.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 TRUE FALSE 46 51 57 45 45 49 55 43 1 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.087428571 2.087428571 1 2.270602151 2.270602151 1 0.865128205 0.865128205 1 0.721142132 0.721142132 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 0 NA 0 8 NA 1 1 0.000129921 1 0.007450026 1 0.212789784 1 0.027390377 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 58718459 T G - - - - - - 35 0 0 237 6 2.5 131 1 0.8 253 4 1.6 554 4 0.7 0 0 NA 0 0 NA 3 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 46 51 57 45 45 49 55 43 1 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.338095238 1.338095238 1 0.478021505 0.478021505 1 1.153504274 1.153504274 1 0.336532995 NA 0 NA NA 0 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.001352494 1 0.481410669 1 0.039268641 1 0.301266968 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 59026001 T C - - - - - - 27 0 0 199 9 4.5 102 1 1 252 6 2.4 493 17 3.4 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 46 51 57 45 45 49 55 43 1 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.408571429 0.802857143 3 0.597526882 0.597526882 1 1.73025641 1.73025641 1 1.634588832 0.817294416 2 NA NA 0 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000000934 1 0.400272124 1 0.001842422 1 1.03E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 59073859 G A - - - - - - 29 0 0 197 9 4.6 91 1 1.1 205 1 0.5 526 9 1.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 46 51 57 45 45 49 55 43 1 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.462095238 0.820698413 3 0.65727957 0.65727957 1 0.360470085 0.360470085 1 0.817294416 0.817294416 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000000859 1 0.366275718 1 0.642124842 1 0.001551547 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 59451607 C T - - - - - - 33 0 0 147 10 6.8 75 2 2.7 177 2 1.1 288 18 6.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 46 51 57 45 45 49 55 43 1 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 3.639619048 0.909904762 4 1.613322581 1.613322581 1 0.793034188 0.793034188 1 2.980720812 0.993573604 3 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 4.98E-09 1 0.054571821 1 0.22192751 1 1.79E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 59627089 G C - - - - - - 39 0 0 143 9 6.3 86 4 4.7 186 2 1.1 278 8 2.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 46 51 57 45 45 49 55 43 1 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 3.372 1.124 3 2.808376344 0.936125448 3 0.793034188 0.793034188 1 1.394208122 1.394208122 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000000057 1 0.000957637 1 0.238446056 1 0.0000947 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 59680093 C A - - - - - - 29 0 0 107 70 65.4 73 46 63 157 91 58 267 211 79 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 5.25E-133 1 9.29E-87 1 4.64E-165 1 0 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 60314567 G A - - - - - - 31 0 0 41 8 19.5 17 2 11.8 64 6 9.4 72 28 38.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4.46573297 9 2.744665456 3 3 6 2 1 1 3 0 1 0.53426703 1 0.255334544 NA 4 NA 2 NA 1 NA 1 NA 0.46573297 NA 0.744665456 2.247142857 1.123571429 2 1.559773695 1.559773695 1 2.264837607 1.132418803 2 2.264294152 1.132147076 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 3.22E-11 1 0.003234386 1 0.000000914 1 2.27E-45 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 61020938 A G - - - - - - 35 0 0 39 4 10.3 18 0 0 59 1 1.7 54 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4.46573297 9 2.744665456 3 3 6 2 1 1 3 0 1 0.53426703 1 0.255334544 NA 4 NA 2 NA 1 NA 1 NA 0.46573297 NA 0.744665456 1.186952381 1.186952381 1 0 0 1 0.409598291 0.409598291 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.0000447 1 1 1 0.256019138 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 61882839 G T - - - - - - 31 0 0 40 6 15 26 4 15.4 62 6 9.7 52 21 40.4 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 4 4.46573297 9 2.744665456 3 3 6 2 1 1 3 0 1 0.53426703 1 0.255334544 NA 4 NA 2 NA 1 NA 1 NA 0.46573297 NA 0.744665456 1.728571429 1.728571429 1 2.035636856 2.035636856 1 2.337119658 1.168559829 2 2.351606266 1.175803133 2 NA NA 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 0 8 NA 1 1 5.18E-08 1 0.00000856 1 0.000000756 1 7.89E-35 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 62023932 T C - - - - - - 44 0 0 44 5 11.4 22 2 9.1 68 5 7.4 50 10 20 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4.46573297 9 2.744665456 3 3 6 2 1 1 3 0 1 0.53426703 1 0.255334544 NA 4 NA 2 NA 1 NA 1 NA 0.46573297 NA 0.744665456 1.313714286 1.313714286 1 1.202876324 1.202876324 1 1.782957265 1.782957265 1 1.164161518 1.164161518 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.00000288 1 0.005403392 1 0.0000251 1 8.36E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 62058646 A C - - - - - - 34 0 0 47 5 10.6 21 2 9.5 72 0 0 50 0 0 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4.46573297 9 2.744665456 3 3 6 2 1 1 3 0 1 0.53426703 1 0.255334544 NA 4 NA 2 NA 1 NA 1 NA 0.46573297 NA 0.744665456 1.22152381 1.22152381 1 1.255750009 1.255750009 1 0 0 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.00000402 1 0.004928472 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 63518221 T A - - - - - - 53 0 0 50 15 30 24 14 58.3 78 11 14.1 57 21 36.8 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4.46573297 9 2.744665456 3 3 6 2 1 1 3 0 1 0.53426703 1 0.255334544 NA 4 NA 2 NA 1 NA 1 NA 0.46573297 NA 0.744665456 3.457142857 1.152380952 3 7.706339526 2.223581445 3.46573297 3.39725641 1.132418803 3 2.142057192 1.071028596 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 5.83E-23 1 1.14E-26 1 2.79E-13 1 8.56E-34 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 64394566 G T SRGAP1 CCDS8967.1 r.? - - intronic 20 0 0 138 8 5.8 61 2 3.3 168 0 0 301 6 2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 29 34 36 27 28 32 34 26 1 2 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.118380952 1.059190476 2 1.41083871 1.41083871 1 0 0 1 0.601522843 0.601522843 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.000000582 1 0.037660755 1 1 1 0.004402758 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 64464425 C G SRGAP1 CCDS8967.1 r.? - - intronic 37 0 0 143 6 4.2 67 1 1.5 187 3 1.6 305 8 2.6 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 29 34 36 27 28 32 34 26 1 2 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.534 1.534 1 0.641290323 NA 0 0.817504274 0.817504274 1 0.781979695 0.781979695 1 NA NA 0 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000093 1 0.285262761 1 0.068283256 1 0.000178237 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 64499662 G C SRGAP1 CCDS8967.1 r.? - - intronic 38 0 0 154 11 7.1 87 7 8 157 14 8.9 389 47 12.1 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 29 34 36 27 28 32 34 26 1 2 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.593190476 0.864396825 3 3.420215054 1.140071685 3 4.547367521 0.909473504 5 3.639213198 0.909803299 4 NA NA 0 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 5.09E-10 1 0.000000322 1 1.09E-13 1 1.51E-48 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 64729858 C G C12orf56 CCDS44935.1 r.? - - intronic 35 0 0 123 11 8.9 84 5 6 160 4 2.5 285 6 2.1 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 29 34 36 27 28 32 34 26 1 2 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 3.250619048 1.083539683 3 2.56516129 0.855053763 3 1.277350427 1.277350427 1 0.631598985 0.631598985 1 NA NA 0 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 4.5E-11 1 0.0000695 1 0.008869242 1 0.00338179 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 65846111 C A MSRB3 CCDS31853.1 r.? - - intronic 34 0 0 116 10 8.6 70 4 5.7 142 13 9.2 249 17 6.8 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 29 34 36 27 28 32 34 26 1 2 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 3.141047619 1.047015873 3 2.436903226 2.436903226 1 4.700649573 0.940129915 5 2.045177665 1.022588832 2 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 4.92E-10 1 0.000440508 1 5.83E-13 1 2.23E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 65959088 G A - - - - - - 41 0 0 127 86 67.7 82 54 65.9 180 117 65 314 244 77.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 29 34 36 27 28 32 34 26 1 2 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 24.72661905 0.989064762 25 28.17402151 1.006215054 28 33.21111111 1.006397306 33 23.36916244 1.016050541 23 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 3.92E-165 1 3.27E-103 1 1.12E-220 1 0 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 66158992 A T - - - - - - 32 0 0 118 7 5.9 78 4 5.1 119 6 5 314 20 6.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 29 34 36 27 28 32 34 26 1 2 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.154904762 1.077452381 2 2.180387097 2.180387097 1 2.554700855 0.851566952 3 1.924873096 0.962436548 2 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.00000254 1 0.000663934 1 0.0000335 1 4.52E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 66375857 C A - - - - - - 25 0 0 130 10 7.7 83 3 3.6 188 7 3.7 265 17 6.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 29 34 36 27 28 32 34 26 1 2 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.812333333 0.937444444 3 1.539096774 1.539096774 1 1.890478632 1.890478632 1 1.924873096 0.962436548 2 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 1.51E-09 1 0.008529565 1 0.0000522 1 6.17E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 66511729 G T - - - - - - 32 0 0 110 6 5.5 57 3 5.3 144 3 2.1 327 17 5.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 29 34 36 27 28 32 34 26 1 2 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.008809524 2.008809524 1 2.265892473 2.265892473 1 1.072974359 1.072974359 1 1.563959391 0.781979695 2 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.0000215 1 0.002989991 1 0.036214806 1 1.82E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 66643449 T C IRAK3 CCDS8975.1 r.3391u>c c.? p.? 3'UTR variant 36 0 0 125 6 4.8 80 3 3.8 130 10 7.7 292 24 8.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 29 34 36 27 28 32 34 26 1 2 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.753142857 1.753142857 1 1.624602151 1.624602151 1 3.934239316 0.983559829 4 2.466243655 0.822081218 3 NA NA 0 NA NA 1 0 0 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.0000441 1 0.007711832 1 1.51E-09 1 1.48E-21 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 66746127 G C GRIP1 CCDS41807.1 r.? - - intronic 38 0 0 141 6 4.3 88 4 4.5 139 4 2.9 269 16 5.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 29 34 36 27 28 32 34 26 1 2 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.57052381 1.57052381 1 1.923870968 1.923870968 1 1.481726496 1.481726496 1 1.774492386 0.887246193 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000086 1 0.001043312 1 0.005452239 1 1.06E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 66862427 C G GRIP1 CCDS41807.1 r.? - - intronic 19 0 0 76 42 55.3 51 24 47.1 98 42 42.9 160 105 65.6 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE NA NA 36 NA NA NA 34 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1 NA NA 1 21.91933333 0.996333333 22 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 8.75E-76 1 1.2E-41 1 1.63E-69 1 6.44E-199 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 72381223 C G TPH2 CCDS31859.1 r.? - - intronic 31 0 0 40 5 12.5 22 1 4.5 49 4 8.2 56 14 25 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 3.520801101 4 3 2.579559311 2 3 2 1 1 1 1 1 0.479198899 1 1 0.420440689 3 NA NA 2 1 NA NA 1 0.520801101 NA NA 0.579559311 1.380576328 1.380576328 1 0.573870968 0.573870968 1 1.483709402 1.483709402 1 1.413925361 1.413925361 1 NA NA 1 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.00000178 1 0.104413009 1 0.000110643 1 2.91E-20 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 72434683 T C - - - - - - 33 0 0 45 9 20 22 7 31.8 94 4 4.3 50 11 22 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.520801101 4 3 2.579559311 2 3 2 1 1 1 1 1 0.479198899 1 1 0.420440689 3 NA NA 2 1 NA NA 1 0.520801101 NA NA 0.579559311 2.208922125 1.104461062 2 4.055354839 1.351784946 3 0.778042735 0.778042735 1 1.244254318 1.244254318 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 1.47E-12 1 1.25E-11 1 0.001332441 1 1.52E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 73303351 T A - - - - - - 28 0 0 29 4 13.8 21 3 14.3 59 3 5.1 50 10 20 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.520801101 4 3 2.579559311 2 3 2 1 1 1 1 1 0.479198899 1 1 0.420440689 3 NA NA 2 1 NA NA 1 0.520801101 NA NA 0.579559311 1.524156266 1.524156266 1 1.823634409 1.823634409 1 0.922794872 0.922794872 1 1.131140289 1.131140289 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.0000134 1 0.000155401 1 0.003297476 1 8.36E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 73356108 C T - - - - - - 34 0 0 33 10 30.3 22 1 4.5 25 2 8 51 11 21.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.520801101 4 3 2.579559311 2 3 2 1 1 1 1 1 0.479198899 1 1 0.420440689 3 NA NA 2 1 NA NA 1 0.520801101 NA NA 0.579559311 3.346517019 1.327560916 2.520801101 0.573870968 0.573870968 1 1.447521368 1.447521368 1 1.221631512 1.221631512 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 8.14E-16 1 0.104413009 1 0.006948068 1 1.94E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 73627830 G A - - - - - - 38 0 0 33 5 15.2 31 0 0 67 0 0 54 0 0 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.520801101 4 3 2.579559311 2 3 2 1 1 1 1 1 0.479198899 1 1 0.420440689 3 NA NA 2 1 NA NA 1 0.520801101 NA NA 0.579559311 1.678780815 1.678780815 1 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.00000066 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 74037882 G T - - - - - - 37 0 0 51 4 7.8 21 2 9.5 53 2 3.8 41 1 2.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.520801101 4 3 2.579559311 2 3 2 1 1 1 1 1 0.479198899 1 1 0.420440689 3 NA NA 2 1 NA NA 1 0.520801101 NA NA 0.579559311 0.861479629 0.861479629 1 1.211505376 1.211505376 1 0.68757265 0.68757265 1 0.135736835 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000129466 1 0.004928472 1 0.029108399 1 0.18577148 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 74196752 G T - - - - - - 20 0 0 32 4 12.5 20 2 10 53 3 5.7 36 3 8.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.520801101 4 3 2.579559311 2 3 2 1 1 1 1 1 0.479198899 1 1 0.420440689 3 NA NA 2 1 NA NA 1 0.520801101 NA NA 0.579559311 1.380576328 1.380576328 1 1.275268817 1.275268817 1 1.031358974 1.031358974 1 0.46942322 0.46942322 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.0000201 1 0.004473894 1 0.002429596 1 0.000788827 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 75210781 C T - - - - - - 35 0 0 45 5 11.1 22 2 9.1 44 0 0 45 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.520801101 4 3 2.579559311 2 3 2 1 1 1 1 1 0.479198899 1 1 0.420440689 3 NA NA 2 1 NA NA 1 0.520801101 NA NA 0.579559311 1.225951779 1.225951779 1 1.160494624 1.160494624 1 0 0 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.00000323 1 0.005403392 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 76060876 C T - - - - - - 20 0 0 43 5 11.6 36 4 11.1 84 3 3.6 49 5 10.2 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.520801101 4 3 2.579559311 2 3 2 1 1 1 1 1 0.479198899 1 1 0.420440689 3 NA NA 2 1 NA NA 1 0.520801101 NA NA 0.579559311 1.281174832 1.281174832 1 1.415548387 1.415548387 1 0.651384615 0.651384615 1 0.576881547 0.576881547 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.00000257 1 0.0000324 1 0.008812993 1 0.00000496 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 76548205 T G - - - - - - 25 0 0 49 16 32.7 40 6 15 58 5 8.6 51 11 21.6 176 0 0 504 79 15.7 96 22 22.9 269 35 13 309 69 22.3 TRUE TRUE 3.520801101 4 3 2.579559311 2 3 2 1 1 1 1 1 0.479198899 1 1 0.420440689 3 NA NA 2 1 NA NA 1 0.520801101 NA NA 0.579559311 3.611587674 1.432714256 2.520801101 1.912903226 1.912903226 1 1.55608547 1.55608547 1 1.221631512 1.221631512 1 1.734003868 0.867001934 2 2.920365591 0.973455197 3 2.352222222 1.176111111 2 1.261221422 0.798464111 1.579559311 8 12 1 1 4.37E-25 1.1E-89 5.18E-08 4.46E-30 0.0000115 9.81E-38 1.94E-15 5.2E-90 YES 1_1 1_1 1_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b 12 77741295 T A - - - - - - 31 0 0 34 3 8.8 22 0 0 65 0 0 51 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.520801101 4 3 2.579559311 2 3 2 1 1 1 1 1 0.479198899 1 1 0.420440689 3 NA NA 2 1 NA NA 1 0.520801101 NA NA 0.579559311 0.971925735 0.971925735 1 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000666058 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 77960813 T G - - - - - - 33 0 0 39 5 12.8 21 3 14.3 70 0 0 45 8 17.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.520801101 4 3 2.579559311 2 3 2 1 1 1 1 1 0.479198899 1 1 0.420440689 3 NA NA 2 1 NA NA 1 0.520801101 NA NA 0.579559311 1.41371016 1.41371016 1 1.823634409 1.823634409 1 0 0 1 1.006714857 1.006714857 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 0.00000156 1 0.000155401 1 1 1 7.14E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 77988234 C A - - - - - - 31 0 0 35 4 11.4 19 3 15.8 67 0 0 50 10 20 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.520801101 4 3 2.579559311 2 3 2 1 1 1 1 1 0.479198899 1 1 0.420440689 3 NA NA 2 1 NA NA 1 0.520801101 NA NA 0.579559311 1.259085611 1.259085611 1 2.014924731 2.014924731 1 0 0 1 1.131140289 1.131140289 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 0.0000289 1 0.000114071 1 1 1 8.36E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 78724362 C T AC128707.1 ENST00000511128 r.? - - intronic 23 0 0 36 7 19.4 16 3 18.8 57 2 3.5 50 2 4 0 0 NA 1 0 0 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.520801101 4 3 2.579559311 2 3 2 1 1 1 1 1 0.479198899 1 1 0.420440689 3 NA NA 2 1 NA NA 1 0.520801101 NA NA 0.579559311 2.142654461 1.071327231 2 2.397505376 2.397505376 1 0.633290598 0.633290598 1 0.226228058 0.390344963 0.579559311 0 0 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 5.74E-10 1 0.0000667 1 0.03327602 1 0.026131524 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 80446568 C T - - - - - - 39 0 0 39 7 17.9 20 4 20 57 2 3.5 36 3 8.3 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.520801101 4 3 2.579559311 2 3 2 1 1 1 1 1 0.479198899 1 1 0.420440689 3 NA NA 2 1 NA NA 1 0.520801101 NA NA 0.579559311 1.976985302 0.988492651 2 2.550537634 2.550537634 1 0.633290598 0.633290598 1 0.46942322 0.46942322 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 1.04E-09 1 0.00000284 1 0.03327602 1 0.000788827 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 80868224 C A PTPRQ ENST00000418574 r.? - - intronic 32 0 0 35 10 28.6 27 5 18.5 68 8 11.8 53 18 34 533 0 0 741 209 28.2 189 54 28.6 819 77 9.4 597 151 25.3 TRUE TRUE 3.520801101 4 3 2.579559311 2 3 2 1 1 1 1 1 0.479198899 1 1 0.420440689 3 NA NA 2 1 NA NA 1 0.520801101 NA NA 0.579559311 3.158758639 1.253077301 2.520801101 2.359247312 1.179623656 2 2.135094017 1.067547009 2 1.922938491 1.217389228 1.579559311 3.114580196 1.235551744 2.520801101 3.647268817 1.215756272 3 1.700837607 0.850418803 2 1.430892465 0.905880808 1.579559311 8 10 1 1 1.6E-15 7.66E-293 0.00000023 2.34E-77 2.21E-09 6.1E-70 2.09E-28 6.06E-204 YES 1_1 1_1 1_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b 12 81051313 T A PTPRQ ENST00000418574 r.? - - intronic 38 0 0 33 3 9.1 16 3 18.8 65 0 0 47 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.520801101 4 3 2.579559311 2 3 2 1 1 1 1 1 0.479198899 1 1 0.420440689 3 NA NA 2 1 NA NA 1 0.520801101 NA NA 0.579559311 1.005059567 1.005059567 1 2.397505376 2.397505376 1 0 0 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000609557 1 0.0000667 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 81102905 C T MYF6 CCDS9019.1 r.942c>u c.? p.? 3'UTR variant 29 0 0 40 8 20 24 1 4.2 54 5 9.3 50 6 12 0 0 NA 1 0 0 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.520801101 4 3 2.579559311 2 3 2 1 1 1 1 1 0.479198899 1 1 0.420440689 3 NA NA 2 1 NA NA 1 0.520801101 NA NA 0.579559311 2.208922125 1.104461062 2 0.535612903 0.535612903 1 1.68274359 1.68274359 1 0.678684173 0.678684173 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 2.61E-11 1 0.113346489 1 0.00000806 1 0.000000206 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 83026586 A C - - - - - - 31 0 0 35 5 14.3 30 1 3.3 63 0 0 47 9 19.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.520801101 4 3 2.579559311 2 3 2 1 1 1 1 1 0.479198899 1 1 0.420440689 3 NA NA 2 1 NA NA 1 0.520801101 NA NA 0.579559311 1.579379319 1.579379319 1 0.42083871 0.42083871 1 0 0 1 1.080238976 1.080238976 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 0.000000895 1 0.139615808 1 1 1 2.24E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 83863140 A G - - - - - - 30 0 0 46 5 10.9 17 3 17.6 66 0 0 56 10 17.9 455 0 0 677 94 13.9 291 34 11.7 748 1 0.1 577 90 15.6 TRUE TRUE 3.520801101 4 3 2.579559311 2 3 2 1 1 1 1 1 0.479198899 1 1 0.420440689 3 NA NA 2 1 NA NA 1 0.520801101 NA NA 0.579559311 1.203862558 1.203862558 1 2.244473118 2.244473118 1 0 0 1 1.012370558 1.012370558 1 1.535200877 1.009468547 1.520801101 1.492064516 0.746032258 2 0.018094017 0.018094017 1 0.882289425 0.882289425 1 6 15 1 1 0.00000361 3.5E-101 0.0000807 4.49E-35 1 0.976467699 2.82E-13 1.02E-101 YES 1_1 1_1 0_0 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b 12 86741821 G C - - - - - - 24 0 0 34 9 26.5 22 5 22.7 63 5 7.9 53 1 1.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.520801101 4 3 2.579559311 2 3 2 1 1 1 1 1 0.479198899 1 1 0.420440689 3 NA NA 2 1 NA NA 1 0.520801101 NA NA 0.579559311 2.926821815 1.161068128 2.520801101 2.894860215 0.964953405 3 1.42942735 1.42942735 1 0.107458327 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 9.15E-14 1 7.67E-08 1 0.0000173 1 0.233303855 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 86814448 A T - - - - - - 31 0 0 52 6 11.5 16 4 25 63 6 9.5 46 3 6.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.520801101 4 3 2.579559311 2 3 2 1 1 1 1 1 0.479198899 1 1 0.420440689 3 NA NA 2 1 NA NA 1 0.520801101 NA NA 0.579559311 1.270130222 1.270130222 1 3.188172043 1.062724014 3 1.718931624 1.718931624 1 0.367620594 0.634310564 0.579559311 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000000261 1 0.00000108 1 0.000000832 1 0.001615827 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 87021808 C T - - - - - - 22 0 0 38 8 21.1 29 3 10.3 57 1 1.8 45 5 11.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.520801101 4 3 2.579559311 2 3 2 1 1 1 1 1 0.479198899 1 1 0.420440689 3 NA NA 2 1 NA NA 1 0.520801101 NA NA 0.579559311 2.330412842 0.924473113 2.520801101 1.313526882 1.313526882 1 0.325692308 0.325692308 1 0.62778286 0.62778286 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 1.67E-11 1 0.000414371 1 0.248523156 1 0.00000323 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 87676731 G T - - - - - - 37 0 0 35 6 17.1 31 8 25.8 59 1 1.7 39 2 5.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.520801101 4 3 2.579559311 2 3 2 1 1 1 1 1 0.479198899 1 1 0.420440689 3 NA NA 2 1 NA NA 1 0.520801101 NA NA 0.579559311 1.888628417 1.888628417 1 3.290193548 1.096731183 3 0.307598291 0.307598291 1 0.288440774 0.497689827 0.579559311 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 2.24E-08 1 2.78E-12 1 0.256019138 1 0.016387522 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 88615616 G A - - - - - - 31 0 0 38 9 23.7 23 3 13 59 2 3.4 38 2 5.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.520801101 4 3 2.579559311 2 3 2 1 1 1 1 1 0.479198899 1 1 0.420440689 3 NA NA 2 1 NA NA 1 0.520801101 NA NA 0.579559311 2.617572718 1.038389232 2.520801101 1.657849462 1.657849462 1 0.615196581 0.615196581 1 0.299752176 0.517207076 0.579559311 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 2.79E-13 1 0.000205387 1 0.035441897 1 0.015598339 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 88866176 T A - - - - - - 26 0 0 30 9 30 16 4 25 62 8 12.9 55 13 23.6 0 0 NA 0 0 NA 4 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.520801101 4 3 2.579559311 2 3 2 1 1 1 1 1 0.479198899 1 1 0.420440689 3 NA NA 2 1 NA NA 1 0.520801101 NA NA 0.579559311 3.313383187 1.314416749 2.520801101 3.188172043 1.062724014 3 2.334128205 1.167064103 2 1.334745541 1.334745541 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 2.54E-14 1 0.00000108 1 1.04E-09 1 1.46E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 89693343 C G - - - - - - 39 0 0 44 7 15.9 30 8 26.7 62 5 8.1 52 5 9.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.520801101 4 3 2.579559311 2 3 2 1 1 1 1 1 0.479198899 1 1 0.420440689 3 NA NA 2 1 NA NA 1 0.520801101 NA NA 0.579559311 1.756093089 1.756093089 1 3.404967742 1.134989247 3 1.465615385 1.465615385 1 0.542947339 0.542947339 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 2.55E-09 1 2.07E-12 1 0.000016 1 0.00000668 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 90930758 C T - - - - - - 10 0 0 10 4 40 7 1 14.3 2 0 0 19 2 10.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.520801101 4 3 2.579559311 2 3 2 1 1 1 1 1 0.479198899 1 1 0.420440689 3 NA NA 2 1 NA NA 1 0.520801101 NA NA 0.579559311 4.41784425 1.752555665 2.520801101 1.823634409 1.823634409 1 0 0 1 0.593848652 0.593848652 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000000128 1 0.034479353 1 1 1 0.004039874 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 91441477 A G KERA CCDS9037.1 r.? - - downstream 39 0 0 30 5 16.7 24 2 8.3 76 10 13.2 46 3 6.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.520801101 4 3 2.579559311 2 3 2 1 1 1 1 1 0.479198899 1 1 0.420440689 3 NA NA 2 1 NA NA 1 0.520801101 NA NA 0.579559311 1.844449974 1.844449974 1 1.058473118 1.058473118 1 2.388410256 1.194205128 2 0.367620594 0.634310564 0.579559311 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000000401 1 0.006413403 1 6.9E-12 1 0.001615827 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 91816152 C A - - - - - - 25 0 0 43 4 9.3 27 2 7.4 60 1 1.7 62 10 16.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.520801101 4 3 2.579559311 2 3 2 1 1 1 1 1 0.479198899 1 1 0.420440689 3 NA NA 2 1 NA NA 1 0.520801101 NA NA 0.579559311 1.027148788 1.027148788 1 0.943698925 0.943698925 1 0.307598291 0.307598291 1 0.910567932 0.910567932 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000066 1 0.00807567 1 0.259739042 1 8.29E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 92505991 T C - - - - - - 29 0 0 45 5 11.1 24 4 16.7 70 2 2.9 47 13 27.7 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.520801101 4 3 2.579559311 2 3 2 1 1 1 1 1 0.479198899 1 1 0.420440689 3 NA NA 2 1 NA NA 1 0.520801101 NA NA 0.579559311 1.225951779 1.225951779 1 2.129698925 2.129698925 1 0.524726496 0.524726496 1 1.5666293 1.5666293 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.00000323 1 0.00000613 1 0.048267597 1 1.47E-19 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 93424133 G C - - - - - - 31 0 0 34 11 32.4 27 11 40.7 52 10 19.2 42 12 28.6 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.520801101 4 3 2.579559311 2 3 2 1 1 1 1 1 0.479198899 1 1 0.420440689 3 NA NA 2 1 NA NA 1 0.520801101 NA NA 0.579559311 3.578453842 1.419570089 2.520801101 5.190344086 1.730114695 3 3.474051282 1.737025641 2 1.617530613 1.024039174 1.579559311 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 1.26E-17 1 5.92E-19 1 1.28E-13 1 2.35E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 94047151 C G - - - - - - 43 0 0 25 6 24 23 10 43.5 73 7 9.6 55 15 27.3 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.520801101 4 3 2.579559311 2 3 2 1 1 1 1 1 0.479198899 1 1 0.420440689 3 NA NA 2 1 NA NA 1 0.520801101 NA NA 0.579559311 2.65070655 1.051533399 2.520801101 5.547419355 1.849139785 3 1.737025641 1.737025641 1 1.544006494 0.977491939 1.579559311 NA NA 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 2.55E-09 1 1.05E-17 1 9.54E-08 1 3.01E-22 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 94195665 A G CRADD CCDS9048.1 r.? - - intronic 29 0 0 33 6 18.2 24 8 33.3 60 9 15 46 19 41.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.520801101 4 3 2.579559311 2 3 2 1 1 1 1 1 0.479198899 1 1 0.420440689 3 NA NA 2 1 NA NA 1 0.520801101 NA NA 0.579559311 2.010119134 2.010119134 1 4.246645161 1.415548387 3 2.714102564 1.357051282 2 2.335804696 1.478769856 1.579559311 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 1.54E-08 1 2.68E-13 1 2.29E-11 1 6.97E-32 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 94687571 T A PLXNC1 CCDS9049.1 r.? - - intronic 25 0 0 46 9 19.6 32 7 21.9 54 0 0 55 3 5.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.520801101 4 3 2.579559311 2 3 2 1 1 1 1 1 0.479198899 1 1 0.420440689 3 NA NA 2 1 NA NA 1 0.520801101 NA NA 0.579559311 2.164743682 1.082371841 2 2.79283871 0.930946237 3 0 0 1 0.311063579 0.536724324 0.579559311 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 1.82E-12 1 2.36E-10 1 1 1 0.002700822 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 94957176 G A TMCC3 CCDS31877.1 r.? - - downstream 36 0 0 37 5 13.5 27 5 18.5 63 3 4.8 51 6 11.8 472 1 0.2 430 88 20.5 219 74 33.8 469 28 6 442 22 5 TRUE TRUE 3.520801101 4 3 2.579559311 2 3 2 1 1 1 1 1 0.479198899 1 1 0.420440689 3 NA NA 2 1 NA NA 1 0.520801101 NA NA 0.579559311 1.491022434 1.491022434 1 2.359247312 1.179623656 2 0.868512821 0.868512821 1 0.66737277 0.66737277 1 2.264145178 0.898184778 2.520801101 4.310408602 1.436802867 3 1.085641026 1.085641026 1 0.282785072 0.282785072 1 8 11 1 0.906137069 0.00000119 1.23E-110 0.00000023 1.01E-111 0.003968795 3.96E-21 0.000000232 2.64E-15 YES 1_1 1_1 1_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b 12 97055516 G A C12orf63 CCDS9062.1 r.? - - intronic 38 0 0 46 8 17.4 31 2 6.5 78 5 6.4 44 7 15.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.520801101 4 3 2.579559311 2 3 2 1 1 1 1 1 0.479198899 1 1 0.420440689 3 NA NA 2 1 NA NA 1 0.520801101 NA NA 0.579559311 1.921762249 0.960881124 2 0.828924731 0.828924731 1 1.158017094 1.158017094 1 0.899256529 0.899256529 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 8.61E-11 1 0.010558179 1 0.0000487 1 2.55E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 97598969 G A - - - - - - 30 0 0 37 5 13.5 25 5 20 57 3 5.3 53 7 13.2 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.520801101 4 3 2.579559311 2 3 2 1 1 1 1 1 0.479198899 1 1 0.420440689 3 NA NA 2 1 NA NA 1 0.520801101 NA NA 0.579559311 1.491022434 1.491022434 1 2.550537634 0.850179211 3 0.958982906 0.958982906 1 0.746552591 0.746552591 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.00000119 1 0.000000153 1 0.002989991 1 9.85E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 98936885 C T TMPO CCDS31879.1 r.? - - intronic 36 0 0 38 11 28.9 21 3 14.3 68 4 5.9 53 5 9.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.520801101 4 3 2.579559311 2 3 2 1 1 1 1 1 0.479198899 1 1 0.420440689 3 NA NA 2 1 NA NA 1 0.520801101 NA NA 0.579559311 3.19189247 1.266221468 2.520801101 1.823634409 1.823634409 1 1.067547009 1.067547009 1 0.531635936 0.531635936 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 5.19E-17 1 0.000155401 1 0.000394372 1 0.00000734 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 99726219 C A ANKS1B ENST00000329257 r.? - - intronic 26 0 0 43 5 11.6 19 1 5.3 71 0 0 41 2 4.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.520801101 4 3 2.579559311 2 3 2 1 1 1 1 1 0.479198899 1 1 0.420440689 3 NA NA 2 1 NA NA 1 0.520801101 NA NA 0.579559311 1.281174832 1.281174832 1 0.675892473 0.675892473 1 0 0 1 0.277129371 0.478172579 0.579559311 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 0.00000257 1 0.090843738 1 1 1 0.018015855 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 100384170 A G - - - - - - 22 0 0 21 7 33.3 25 2 8 45 8 17.8 47 11 23.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.520801101 4 3 2.579559311 2 3 2 1 1 1 1 1 0.479198899 1 1 0.420440689 3 NA NA 2 1 NA NA 1 0.520801101 NA NA 0.579559311 3.677855338 1.459002591 2.520801101 1.020215054 1.020215054 1 3.220735043 1.610367521 2 1.323434138 1.323434138 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 8.54E-12 1 0.006948068 1 7.14E-11 1 7.21E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 100675003 C T SCYL2 CCDS9076.1 r.? - - intronic 22 0 0 37 5 13.5 21 6 28.6 39 2 5.1 38 3 7.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.520801101 4 3 2.579559311 2 3 2 1 1 1 1 1 0.479198899 1 1 0.420440689 3 NA NA 2 1 NA NA 1 0.520801101 NA NA 0.579559311 1.491022434 1.491022434 1 3.647268817 1.215756272 3 0.922794872 0.922794872 1 0.446800414 0.446800414 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.00000119 1 7.95E-10 1 0.016387522 1 0.000925091 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 100697762 C G SCYL2 CCDS9076.1 r.? - - intronic 29 0 0 50 7 14 23 0 0 30 3 10 52 6 11.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.520801101 4 3 2.579559311 2 3 2 1 1 1 1 1 0.479198899 1 1 0.420440689 3 NA NA 2 1 NA NA 1 0.520801101 NA NA 0.579559311 1.546245487 1.546245487 1 0 0 1 1.809401709 1.809401709 1 0.650405666 0.650405666 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 6.46E-09 1 1 1 0.000458697 1 0.000000261 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 102542846 G C C12orf48 CCDS9090.1 r.? - - intronic 34 0 0 35 5 14.3 21 3 14.3 65 5 7.7 38 6 15.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.520801101 4 3 2.579559311 2 3 2 1 1 1 1 1 0.479198899 1 1 0.420440689 3 NA NA 2 1 NA NA 1 0.520801101 NA NA 0.579559311 1.579379319 1.579379319 1 1.823634409 1.823634409 1 1.393239316 1.393239316 1 0.893600828 0.893600828 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000000895 1 0.000155401 1 0.0000201 1 3.76E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 102840576 C G IGF1 CCDS44961.1 r.? - - intronic 28 0 0 22 4 18.2 21 0 0 65 5 7.7 47 6 12.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.520801101 4 3 2.579559311 2 3 2 1 1 1 1 1 0.479198899 1 1 0.420440689 3 NA NA 2 1 NA NA 1 0.520801101 NA NA 0.579559311 2.010119134 2.010119134 1 0 0 1 1.393239316 1.393239316 1 0.723929785 0.723929785 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.00000425 1 1 1 0.0000201 1 0.000000141 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 103568385 C T - - - - - - 33 0 0 40 10 25 21 4 19 69 6 8.7 57 13 22.8 0 0 NA 2 2 100 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.520801101 4 3 2.579559311 2 3 2 1 1 1 1 1 0.479198899 1 1 0.420440689 3 NA NA 2 1 NA NA 1 0.520801101 NA NA 0.579559311 2.761152656 1.095347291 2.520801101 2.423010753 2.423010753 1 1.574179487 1.574179487 1 1.289499929 1.289499929 1 11.04461062 4.381389163 2.520801101 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 7.22E-15 0.000025 0.00000349 1 0.00000143 1 2.44E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 104958548 A G CHST11 CCDS9099.1 r.? - - intronic 26 0 0 51 5 9.8 24 3 12.5 74 4 5.4 55 4 7.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.520801101 4 3 2.579559311 2 3 2 1 1 1 1 1 0.479198899 1 1 0.420440689 3 NA NA 2 1 NA NA 1 0.520801101 NA NA 0.579559311 1.082371841 1.082371841 1 1.594086022 1.594086022 1 0.977076923 0.977076923 1 0.412866205 0.712379557 0.579559311 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.00000606 1 0.000233853 1 0.00054411 1 0.000173903 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 106707798 C T TCP11L2 CCDS9104.1 r.? - - intronic 34 0 0 45 6 13.3 18 1 5.6 48 5 10.4 45 7 15.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.520801101 4 3 2.579559311 2 3 2 1 1 1 1 1 0.479198899 1 1 0.420440689 3 NA NA 2 1 NA NA 1 0.520801101 NA NA 0.579559311 1.468933213 1.468933213 1 0.714150538 0.714150538 1 1.881777778 1.881777778 1 0.882289425 0.882289425 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000000108 1 0.086275114 1 0.00000447 1 0.000000003 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 107159769 G A RFX4 CCDS9106.1 r.? - - downstream 36 0 0 47 6 12.8 17 3 17.6 57 4 7 38 3 7.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.520801101 4 3 2.579559311 2 3 2 1 1 1 1 1 0.479198899 1 1 0.420440689 3 NA NA 2 1 NA NA 1 0.520801101 NA NA 0.579559311 1.41371016 1.41371016 1 2.244473118 2.244473118 1 1.266581197 1.266581197 1 0.446800414 0.446800414 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000000141 1 0.0000807 1 0.000199821 1 0.000925091 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 111270578 C A - - - - - - 30 0 0 42 11 26.2 19 4 21.1 64 9 14.1 51 16 31.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.520801101 4 3 2.579559311 2 3 2 1 1 1 1 1 0.479198899 1 1 0.420440689 3 NA NA 2 1 NA NA 1 0.520801101 NA NA 0.579559311 2.893687984 1.147923961 2.520801101 2.690817204 0.896939068 3 2.55125641 1.275628205 2 1.775890253 1.124294758 1.579559311 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 1.81E-16 1 0.00000228 1 4.2E-11 1 9.28E-25 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 111987758 C T ATXN2 CCDS31902.1 r.? - - intronic 31 0 0 45 10 22.2 28 7 25 30 3 10 42 16 38.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.520801101 4 3 2.579559311 2 3 2 1 1 1 1 1 0.479198899 1 1 0.420440689 3 NA NA 2 1 NA NA 1 0.520801101 NA NA 0.579559311 2.451903559 0.972668394 2.520801101 3.188172043 1.062724014 3 1.809401709 1.809401709 1 2.15482225 1.364192047 1.579559311 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 2.66E-14 1 8.44E-11 1 0.000458697 1 2.25E-26 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 112583681 G C TRAFD1 CCDS9160.1 r.? - - intronic 28 0 0 43 4 9.3 16 0 0 73 0 0 32 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.520801101 4 3 2.579559311 2 3 2 1 1 1 1 1 0.479198899 1 1 0.420440689 3 NA NA 2 1 NA NA 1 0.520801101 NA NA 0.579559311 1.027148788 1.027148788 1 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000066 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 112814346 G C - - - - - - 25 0 0 32 4 12.5 29 5 17.2 18 1 5.6 38 6 15.8 0 0 NA 1 1 100 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.520801101 4 3 2.579559311 2 3 2 1 1 1 1 1 0.479198899 1 1 0.420440689 3 NA NA 2 1 NA NA 1 0.520801101 NA NA 0.579559311 1.380576328 1.380576328 1 2.193462366 2.193462366 1 1.013264957 1.013264957 1 0.893600828 0.893600828 1 11.04461062 11.04461062 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.0000201 0.005 0.000000336 1 0.086275114 1 3.76E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 113249344 A C RPH3A CCDS31904.1 r.? - - intronic 34 0 0 33 11 33.3 18 2 11.1 52 4 7.7 40 9 22.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.520801101 4 3 2.579559311 2 3 2 1 1 1 1 1 0.479198899 1 1 0.420440689 3 NA NA 2 1 NA NA 1 0.520801101 NA NA 0.579559311 3.677855338 1.459002591 2.520801101 1.415548387 1.415548387 1 1.393239316 1.393239316 1 1.272532825 1.272532825 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 8.54E-18 1 0.003626632 1 0.000139698 1 4.64E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 113473123 G A - - - - - - 22 0 0 26 5 19.2 15 2 13.3 52 11 21.2 43 11 25.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.520801101 4 3 2.579559311 2 3 2 1 1 1 1 1 0.479198899 1 1 0.420440689 3 NA NA 2 1 NA NA 1 0.520801101 NA NA 0.579559311 2.12056524 2.12056524 1 1.696107527 1.696107527 1 3.835931624 1.917965812 2 1.447859569 1.447859569 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000000188 1 0.002513772 1 2.44E-15 1 2.42E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 114021330 G A - - - - - - 46 0 0 37 8 21.6 29 8 27.6 66 6 9.1 45 17 37.8 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.520801101 4 3 2.579559311 2 3 2 1 1 1 1 1 0.479198899 1 1 0.420440689 3 NA NA 2 1 NA NA 1 0.520801101 NA NA 0.579559311 2.385635895 0.946380059 2.520801101 3.519741935 1.173247312 3 1.646555556 1.646555556 1 2.137855146 1.353450377 1.579559311 NA NA 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 1.33E-11 1 1.53E-12 1 0.0000011 1 7.37E-28 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 114745872 G A - - - - - - 36 0 0 41 5 12.2 18 4 22.2 73 12 16.4 43 19 44.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.520801101 4 3 2.579559311 2 3 2 1 1 1 1 1 0.479198899 1 1 0.420440689 3 NA NA 2 1 NA NA 1 0.520801101 NA NA 0.579559311 1.347442496 1.347442496 1 2.831096774 0.943698925 3 2.967418803 1.483709402 2 2.499820038 1.582605997 1.579559311 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.00000202 1 0.00000181 1 3.39E-15 1 1.36E-32 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 118997629 C T - - - - - - 33 0 0 28 8 28.6 14 2 14.3 66 5 7.6 36 13 36.1 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.520801101 4 3 3 2 3 2 2 1 1 1 1 0.479198899 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.520801101 NA NA NA 3.158758639 1.253077301 2.520801101 1.823634409 1.823634409 1 1.375145299 1.375145299 1 2.19348731 1.096743655 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 1.11E-12 1 0.002185852 1 0.0000217 1 2.53E-21 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 119391808 T C - - - - - - 36 0 0 39 7 17.9 26 5 19.2 65 8 12.3 58 10 17.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.520801101 4 3 3 2 3 2 2 1 1 1 1 0.479198899 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.520801101 NA NA NA 1.976985302 0.988492651 2 2.448516129 0.816172043 3 2.225564103 1.112782051 2 1.045096447 1.045096447 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 1.04E-09 1 0.000000188 1 1.53E-09 1 4.1E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 119943227 C A CCDC60 CCDS9190.1 r.? - - intronic 24 0 0 46 4 8.7 23 1 4.3 39 0 0 53 6 11.3 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.520801101 4 3 3 2 3 2 2 1 1 1 1 0.479198899 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.520801101 NA NA NA 0.960881124 0.960881124 1 0.548365591 0.548365591 1 0 0 1 0.686604061 0.686604061 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 0.0000862 1 0.108890944 1 1 1 0.000000293 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 120416600 C T - - - - - - 21 0 0 33 10 30.3 19 6 31.6 47 2 4.3 55 17 30.9 0 0 NA 0 0 NA 1 1 100 1 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 3.520801101 4 3 3 2 3 2 2 1 1 1 1 0.479198899 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.520801101 NA NA NA 3.346517019 1.327560916 2.520801101 4.029849462 1.343283154 3 0.778042735 0.778042735 1 1.877527919 0.938763959 2 NA NA 1 12.75268817 12.75268817 1 0 NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 8.14E-16 1 4.01E-10 0.005 0.02328732 1 4.35E-26 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 120914849 C G DYNLL1 CCDS9200.1 r.? - - intronic 31 0 0 30 8 26.7 23 3 13 34 4 11.8 59 18 30.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.520801101 4 3 3 2 3 2 2 1 1 1 1 0.479198899 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.520801101 NA NA NA 2.948911037 1.169830907 2.520801101 1.657849462 1.657849462 1 2.135094017 2.135094017 1 1.85322335 0.926611675 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 2.07E-12 1 0.000205387 1 0.0000257 1 2.03E-27 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 120951187 C T COQ5 CCDS31912.1 r.? - - intronic 24 0 0 16 6 37.5 15 6 40 8 0 0 42 16 38.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.520801101 4 3 3 2 3 2 2 1 1 1 1 0.479198899 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.520801101 NA NA NA 4.141728984 1.643020936 2.520801101 5.101075269 1.700358423 3 0 0 1 2.315010152 1.157505076 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 1.2E-10 1 7.52E-11 1 1 1 2.25E-26 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 121405590 C T - - - - - - 26 0 0 35 5 14.3 24 3 12.5 36 0 0 47 6 12.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.520801101 4 3 3 2 3 2 2 1 1 1 1 0.479198899 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.520801101 NA NA NA 1.579379319 1.579379319 1 1.594086022 1.594086022 1 0 0 1 0.777746193 0.777746193 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000000895 1 0.000233853 1 1 1 0.000000141 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 122015310 C A KDM2B CCDS41850.1 r.? - - intronic 40 0 0 27 10 37 13 3 23.1 48 7 14.6 44 16 36.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.520801101 4 3 3 2 3 2 2 1 1 1 1 0.479198899 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.520801101 NA NA NA 4.086505931 1.62111399 2.520801101 2.945870968 2.945870968 1 2.641726496 1.320863248 2 2.211715736 1.105857868 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 7.62E-17 1 0.0000344 1 4.81E-09 1 5.57E-26 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 125523071 G T - - - - - - 29 0 0 25 8 32 22 1 4.5 38 1 2.6 51 13 25.5 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.520801101 4 3 3 2 3 2 2 1 1 1 1 0.479198899 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.520801101 NA NA NA 3.5342754 1.402044532 2.520801101 0.573870968 0.573870968 1 0.470444444 0.470444444 1 1.549416244 1.549416244 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 3.92E-13 1 0.104413009 1 0.173434892 1 4.87E-19 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 126126697 C T TMEM132B CCDS41859.1 r.? - - intronic 29 0 0 30 5 16.7 26 1 3.8 68 2 2.9 43 4 9.3 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.520801101 4 3 3 2 3 2 2 1 1 1 1 0.479198899 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.520801101 NA NA NA 1.844449974 1.844449974 1 0.484602151 0.484602151 1 0.524726496 0.524726496 1 0.565081218 0.565081218 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000000401 1 0.122190858 1 0.045825786 1 0.000066 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 127437945 A G AC078878.2 ENST00000512624 r.? - - intronic 38 0 0 32 5 15.6 25 1 4 66 7 10.6 54 12 22.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.520801101 4 3 3 2 3 2 2 1 1 1 1 0.479198899 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.520801101 NA NA NA 1.722959257 1.722959257 1 0.510107527 0.510107527 1 1.917965812 1.917965812 1 1.348903553 1.348903553 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000000562 1 0.117779757 1 0.000000047 1 6.9E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 128280026 G A - - - - - - 39 0 0 48 9 18.8 19 1 5.3 70 2 2.9 46 7 15.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.520801101 4 3 3 2 3 2 2 1 1 1 1 0.479198899 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.520801101 NA NA NA 2.076386797 1.038193399 2 0.675892473 0.675892473 1 0.524726496 0.524726496 1 0.923573604 0.923573604 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 2.75E-12 1 0.090843738 1 0.048267597 1 3.53E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 129062868 G A TMEM132C CCDS45009.1 r.? - - intronic 31 0 0 32 7 21.9 27 8 29.6 29 3 10.3 59 23 39 0 0 NA 6 0 0 5 0 0 3 0 0 3 2 66.7 TRUE FALSE 3.520801101 4 3 4 2 3 2 3 1 1 1 1 0.479198899 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.520801101 NA NA NA 2.418769727 0.959524227 2.520801101 3.774795699 1.258265233 3 1.863683761 1.863683761 1 2.759695431 0.919898477 3 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 4.719786802 1.573262267 3 8 NA 1 1 2.36E-10 1 7.97E-13 1 0.000414371 1 1.45E-37 0.0000748 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 129125848 T G TMEM132C CCDS45009.1 r.? - - intronic 36 0 0 39 7 17.9 18 8 44.4 54 8 14.8 60 18 30 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 2 100 TRUE FALSE 3.520801101 4 3 4 2 3 2 3 1 1 1 1 0.479198899 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.520801101 NA NA NA 1.976985302 0.988492651 2 5.662193548 1.887397849 3 2.67791453 1.338957265 2 2.12284264 1.06142132 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 7.076142132 2.358714044 3 8 NA 1 1 1.04E-09 1 1.63E-14 1 3.31E-10 1 2.89E-27 0.000025 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 129242657 C T - - - - - - 37 0 0 41 6 14.6 18 1 5.6 56 4 7.1 58 13 22.4 299 0 0 419 95 22.7 168 2 1.2 383 38 9.9 458 123 26.9 TRUE TRUE 3.520801101 4 3 4 2 3 2 3 1 1 1 1 0.479198899 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.520801101 NA NA NA 1.612513151 1.612513151 1 0.714150538 0.714150538 1 1.284675214 1.284675214 1 1.585055838 1.585055838 1 2.507126612 0.99457534 2.520801101 0.153032258 0.153032258 1 1.791307692 0.895653846 2 1.903482234 0.951741117 2 8 14 1 1 6.05E-08 6.01E-124 0.086275114 0.205506126 0.000186538 2.81E-36 3.12E-18 4E-170 YES 1_1 0_0 1_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b 12 129360248 C A GLT1D1 CCDS9265.1 r.? - - intronic 28 0 0 41 4 9.8 23 0 0 33 0 0 57 0 0 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.520801101 4 3 4 2 3 2 3 1 1 1 1 0.479198899 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.520801101 NA NA NA 1.082371841 1.082371841 1 0 0 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 10 NA 1 1 0.0000546 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 129977033 C A TMEM132D CCDS9266.1 r.? - - intronic 20 0 0 26 4 15.4 12 1 8.3 64 6 9.4 61 9 14.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.520801101 4 3 4 2 3 2 3 1 1 1 1 0.479198899 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.520801101 NA NA NA 1.700870036 1.700870036 1 1.058473118 1.058473118 1 1.700837607 1.700837607 1 1.047269036 1.047269036 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.00000856 1 0.058377193 1 0.000000914 1 2.68E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 130437178 C T - - - - - - 39 0 0 29 7 24.1 22 4 18.2 49 5 10.2 62 36 58.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.520801101 4 3 4 2 3 2 3 1 1 1 1 0.479198899 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.520801101 NA NA NA 2.66175116 1.055914788 2.520801101 2.320989247 2.320989247 1 1.845589744 1.845589744 1 4.111238579 1.37041286 3 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 1.11E-10 1 0.00000425 1 0.00000496 1 2.69E-66 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 132828543 C T GALNT9 CCDS41866.1 r.? - - intronic 35 0 0 25 11 44 17 3 17.6 7 0 0 48 13 27.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.520801101 4 3 2.494869248 2 3 2 1 1 1 1 1 0.479198899 1 1 0.505130752 3 NA NA 2 1 NA NA 1 0.520801101 NA NA 0.494869248 4.859628675 1.927811232 2.520801101 2.244473118 2.244473118 1 0 0 1 1.509744084 1.509744084 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 2.04E-19 1 0.0000807 1 1 1 2E-19 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 132959184 C G ENSG00000236291 ENST00000446891 r.? - - intronic 30 0 0 43 5 11.6 22 1 4.5 77 5 6.5 39 4 10.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.520801101 4 3 2.494869248 2 3 2 1 1 1 1 1 0.479198899 1 1 0.505130752 3 NA NA 2 1 NA NA 1 0.520801101 NA NA 0.494869248 1.281174832 1.281174832 1 0.573870968 0.573870968 1 1.176111111 1.176111111 1 0.573814172 0.573814172 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.00000257 1 0.104413009 1 0.0000458 1 0.0000447 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 133012479 C T ENSG00000236291 ENST00000446891 r.? - - intronic 23 0 0 32 6 18.8 9 1 11.1 6 0 0 42 8 19 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.520801101 4 3 2.494869248 2 3 2 1 1 1 1 1 0.479198899 1 1 0.505130752 3 NA NA 2 1 NA NA 1 0.520801101 NA NA 0.494869248 2.076386797 2.076386797 1 1.415548387 1.415548387 1 0 0 1 1.058492162 1.058492162 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 1.27E-08 1 0.044110422 1 1 1 3.96E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 133679762 A G ZNF140 CCDS9282.1 r.? - - intronic 26 0 0 48 12 25 24 4 16.7 55 5 9.1 56 13 23.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.520801101 4 3 2.494869248 2 3 2 1 1 1 1 1 0.479198899 1 1 0.505130752 3 NA NA 2 1 NA NA 1 0.520801101 NA NA 0.494869248 2.761152656 1.095347291 2.520801101 2.129698925 2.129698925 1 1.646555556 1.646555556 1 1.29247464 1.29247464 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 1.44E-17 1 0.00000613 1 0.00000883 1 1.89E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 21339728 C T N6AMT2 CCDS9293.1 r.? - - intronic 21 0 0 36 7 19.4 23 7 30.4 24 1 4.2 42 6 14.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 3 2 2 2 2 1 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.847619048 1.847619048 1 3.268817204 1.634408602 2 0.759948718 0.759948718 1 0.725888325 0.725888325 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 5.74E-10 1 1.79E-11 1 0.113346489 1 7.02E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 21751032 C G SKA3 CCDS31946.1 r.? - - upstream 30 0 0 13 3 23.1 8 0 0 6 0 0 35 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 3 2 2 2 2 1 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.2 2.2 1 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.0000344 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 23982697 A G SACS CCDS9300.2 r.? - - intronic 34 0 0 39 5 12.8 16 2 12.5 36 4 11.1 38 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 3 2 2 2 2 1 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.219047619 1.219047619 1 1.344086022 1.344086022 1 2.008435897 2.008435897 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.00000156 1 0.002863359 1 0.0000324 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 25163593 G T - - - - - - 30 0 0 38 9 23.7 18 5 27.8 57 3 5.3 50 5 10 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 3 2 2 2 2 1 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.257142857 1.128571429 2 2.989247312 1.494623656 2 0.958982906 0.958982906 1 0.507614213 0.507614213 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 2.79E-13 1 2.54E-08 1 0.002989991 1 0.00000549 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 26466790 G C ATP8A2 CCDS41873.1 r.? - - intronic 38 0 0 35 7 20 18 2 11.1 52 3 5.8 34 10 29.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 3 2 2 2 2 1 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.904761905 1.904761905 1 1.193548387 1.193548387 1 1.049452991 1.049452991 1 1.492385787 1.492385787 1 NA NA 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 0 8 NA 1 1 4.65E-10 1 0.003626632 1 0.002300591 1 1.15E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 26601018 C G ATP8A2 CCDS41873.1 r.? - - downstream 33 0 0 32 7 21.9 18 1 5.6 56 7 12.5 48 12 25 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 3 2 2 2 2 1 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.085714286 1.042857143 2 0.602150538 0.602150538 1 2.261752137 1.130876068 2 1.269035533 1.269035533 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 2.36E-10 1 0.086275114 1 1.46E-08 1 1.44E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 29374404 C G - - - - - - 33 0 0 47 5 10.6 17 1 5.9 67 3 4.5 64 8 12.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 6 4.744409373 4 4 5 3 0 0 1 1 1 1 1 0.255590627 NA NA NA 4 NA NA NA 1 NA NA NA 0.744409373 1.22152381 1.22152381 1 0.752408602 0.752408602 1 0.949230769 0.949230769 1 0.977568938 0.977568938 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.00000402 1 0.081683532 1 0.004717431 1 1.35E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 30162880 G C SLC7A1 CCDS9333.1 r.? - - intronic 39 0 0 37 5 13.5 21 0 0 41 0 0 82 0 0 0 0 NA 6 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 6 4.744409373 4 4 5 3 0 0 1 1 1 1 1 0.255590627 NA NA NA 4 NA NA NA 1 NA NA NA 0.744409373 1.555714286 1.555714286 1 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.00000119 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 30388369 C G UBL3 CCDS9334.1 r.? - - intronic 31 0 0 30 4 13.3 25 4 16 85 3 3.5 67 11 16.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 6 4.744409373 4 4 5 3 0 0 1 1 1 1 1 0.255590627 NA NA NA 4 NA NA NA 1 NA NA NA 0.744409373 1.532666667 1.532666667 1 2.040430108 2.040430108 1 0.738290598 0.738290598 1 1.282570447 1.282570447 1 NA NA 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.0000154 1 0.00000727 1 0.009101881 1 4.85E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 30389156 C G UBL3 CCDS9334.1 r.? - - intronic 30 0 0 41 5 12.2 29 2 6.9 81 7 8.6 87 16 18.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 6 4.744409373 4 4 5 3 0 0 1 1 1 1 1 0.255590627 NA NA NA 4 NA NA NA 1 NA NA NA 0.744409373 1.405904762 1.405904762 1 0.879935484 0.879935484 1 1.81408547 1.81408547 1 1.438981477 1.438981477 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.00000202 1 0.009279585 1 0.000000197 1 1.29E-20 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 31067429 C G HMGB1 CCDS9335.1 r.? - - intronic 30 0 0 42 5 11.9 20 0 0 55 2 3.6 74 10 13.5 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 6 3.531614631 4 4 5 2 0 0 1 1 1 1 1 0.468385369 NA NA NA 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.531614631 1.371333333 1.371333333 1 0 0 1 0.759384615 0.759384615 1 0.892047163 0.892047163 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.00000228 1 1 1 0.031164417 1 5.24E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 31068407 C G HMGB1 CCDS9335.1 r.? - - intronic 46 0 0 46 5 10.9 26 2 7.7 53 1 1.9 89 18 20.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 6 3.531614631 4 4 5 2 0 0 1 1 1 1 1 0.468385369 NA NA NA 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.531614631 1.256095238 1.256095238 1 0.981956989 0.981956989 1 0.400786325 0.400786325 1 1.334766866 1.334766866 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.00000361 1 0.007502227 1 0.233303855 1 8.26E-24 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 31069513 C G HMGB1 CCDS9335.1 r.? - - intronic 32 0 0 41 6 14.6 21 0 0 39 4 10.3 55 6 10.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 6 3.531614631 4 4 5 2 0 0 1 1 1 1 1 0.468385369 NA NA NA 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.531614631 1.68247619 1.68247619 1 0 0 1 2.172683761 2.172683761 1 0.720245487 0.720245487 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 6.05E-08 1 1 1 0.0000447 1 0.000000367 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 34733846 C A - - - - - - 31 0 0 37 4 10.8 17 0 0 82 1 1.2 53 0 0 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 5 2 2 2 3 1 0 0 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.028571429 1.028571429 1 0 0 1 0.241128205 0.241128205 1 0 NA 0 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.0000362 1 1 1 0.337031917 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 35630845 A T NBEA CCDS45026.1 r.? - - intronic 37 0 0 43 4 9.3 23 0 0 64 0 0 40 2 5 0 0 NA 1 0 0 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 5 2 2 2 3 1 0 0 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.885714286 0.885714286 1 0 0 1 0 0 1 0.253807107 0.253807107 1 0 0 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.000066 1 1 1 1 1 0.017193422 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 38277037 G C TRPC4 CCDS45037.1 r.? - - intronic 29 0 0 43 6 14 13 2 15.4 78 0 0 44 13 29.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 5 2 2 2 3 1 0 0 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.333333333 1.333333333 1 1.655913978 1.655913978 1 0 0 1 1.497461929 1.497461929 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 8.13E-08 1 0.001879825 1 1 1 5.49E-20 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 41493386 C T SUGT1L1 ENST00000304932 r.? - - intronic 44 0 0 36 8 22.2 14 3 21.4 64 10 15.6 43 7 16.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 5 2 2 2 3 1 0 0 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.114285714 1.057142857 2 2.301075269 2.301075269 1 3.134666667 1.044888889 3 0.827411168 0.827411168 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 1.04E-11 1 0.0000437 1 1.16E-12 1 2.15E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 43104320 C G - - - - - - 30 0 0 43 12 27.9 30 2 6.7 67 15 22.4 53 8 15.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 5 2 2 2 3 1 0 0 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.657142857 1.328571429 2 0.720430108 0.720430108 1 4.501059829 1.500353276 3 0.766497462 0.766497462 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 3.24E-18 1 0.009909649 1 8.27E-21 1 2.83E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 43509721 C G EPSTI1 CCDS9387.1 r.? - - intronic 46 0 0 28 6 21.4 24 4 16.7 77 7 9.1 61 13 21.3 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 5 2 2 2 3 1 0 0 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.038095238 2.038095238 1 1.795698925 1.795698925 1 1.828555556 1.828555556 1 1.081218274 1.081218274 1 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 5.36E-09 1 0.00000613 1 0.000000138 1 6.41E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 46717451 G A LCP1 CCDS9403.1 r.1731c>u c.1342C>T p.P448S missense 38 0 0 34 6 17.6 20 4 20 86 16 18.6 47 13 27.7 448 1 0.2 327 63 19.3 133 12 9 486 52 10.7 386 64 16.6 TRUE TRUE 2 2 5 2 2 2 3 1 0 0 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.676190476 1.676190476 1 2.150537634 2.150537634 1 3.737487179 1.24582906 3 1.406091371 1.406091371 1 1.838095238 0.919047619 2 0.967741935 0.967741935 1 2.150059829 1.075029915 2 0.842639594 0.842639594 1 8 12 1 0.894137981 1.86E-08 6.48E-78 0.00000284 5.36E-12 1.06E-20 9.75E-51 1.47E-19 1.2E-74 YES 1_1 1_1 1_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b 13 49436001 T C - - - - - - 28 0 0 36 6 16.7 26 4 15.4 51 2 3.9 43 12 27.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 3 5 2 1 2 3 1 0 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.42347619 1.42347619 1 1.809913978 1.809913978 1 0.783666667 0.783666667 1 1.416243655 1.416243655 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 2.68E-08 1 0.00000856 1 0.027109304 1 3.24E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 50674332 G C DLEU1 ENST00000378180 r.? - - intronic 27 0 0 30 5 16.7 21 1 4.8 35 8 22.9 33 5 15.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 1 3 5 2 1 2 3 1 0 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.42347619 1.42347619 1 0.564129032 NA 0 4.601529915 1.533843305 3 0.771573604 0.771573604 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000000401 1 0.099912572 1 8.15E-12 1 0.00000066 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 51108507 G C - - - - - - 34 0 0 44 9 20.5 16 2 12.5 74 7 9.5 49 11 22.4 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 3 5 2 1 2 3 1 0 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.747380952 1.747380952 1 1.469086022 1.469086022 1 1.908931624 1.908931624 1 1.137055838 1.137055838 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 1.18E-12 1 0.002863359 1 0.000000105 1 1.19E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 51738566 C T - - - - - - 28 0 0 47 5 10.6 23 0 0 65 0 0 42 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 3 5 2 1 2 3 1 0 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.90352381 0.90352381 1 0 0 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 10 NA 1 1 0.00000402 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 53989536 A T - - - - - - 34 0 0 28 4 14.3 23 2 8.7 50 5 10 46 14 30.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 3 5 2 1 2 3 1 0 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.218904762 1.218904762 1 1.022483871 1.022483871 1 2.009401709 2.009401709 1 1.543147208 1.543147208 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.0000116 1 0.00589844 1 0.00000549 1 1.26E-21 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 54121671 T G - - - - - - 31 0 0 41 7 17.1 18 0 0 70 0 0 52 10 19.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 3 5 2 1 2 3 1 0 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.457571429 1.457571429 1 0 0 1 0 0 1 0.974619289 0.974619289 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 1.51E-09 1 1 1 1 1 1.28E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 54685346 C G - - - - - - 30 0 0 32 5 15.6 15 2 13.3 63 0 0 60 0 0 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 3 5 2 1 2 3 1 0 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.329714286 1.329714286 1 1.563107527 1.563107527 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 0 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 9 NA 1 1 0.000000562 1 0.002513772 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 55963253 A G - - - - - - 30 0 0 42 4 9.5 19 1 5.3 60 4 6.7 50 12 24 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 3 5 2 1 2 3 1 0 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.809761905 0.809761905 1 0.622892473 0.622892473 1 1.346299145 1.346299145 1 1.218274112 1.218274112 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.0000601 1 0.090843738 1 0.000243755 1 2.49E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 56106059 A G - - - - - - 31 0 0 37 5 13.5 18 1 5.6 73 0 0 52 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 3 5 2 1 2 3 1 0 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.150714286 1.150714286 1 0.658150538 0.658150538 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 9 NA 1 1 0.00000119 1 0.086275114 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 56149990 C G - - - - - - 32 0 0 39 4 10.3 19 2 10.5 61 0 0 54 11 20.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 3 5 2 1 2 3 1 0 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.877952381 0.877952381 1 1.234032258 1.234032258 1 0 0 1 1.035532995 1.035532995 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.0000447 1 0.004039874 1 1 1 3.84E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 56215198 C T - - - - - - 34 0 0 39 5 12.8 14 1 7.1 69 1 1.4 44 7 15.9 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 3 5 2 1 2 3 1 0 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.091047619 1.091047619 1 0.83444086 0.83444086 1 0.281316239 0.281316239 1 0.807106599 0.807106599 1 NA NA 0 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.00000156 1 0.067769881 1 0.292392265 1 2.55E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 56563333 G A - - - - - - 38 0 0 34 4 11.8 28 1 3.6 77 0 0 51 0 0 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 3 5 2 1 2 3 1 0 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.005809524 1.005809524 1 0.423096774 0.423096774 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 0 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 9 NA 1 1 0.0000257 1 0.130947004 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 57265932 A T - - - - - - 31 0 0 34 5 14.7 18 2 11.1 65 5 7.7 47 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 1 3 5 2 1 2 3 1 0 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.253 1.253 1 1.304548387 1.304548387 1 1.547239316 1.547239316 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 0 0 1 NA NA 0 7 NA 1 1 0.000000771 1 0.003626632 1 0.0000201 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 57302714 A G - - - - - - 25 0 0 44 4 9.1 18 0 0 66 0 0 50 7 14 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 3 5 2 1 2 3 1 0 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.775666667 0.775666667 1 0 0 1 0 0 1 0.710659898 0.710659898 1 NA NA 0 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.0000723 1 1 1 1 1 6.46E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 58959499 C T - - - - - - 27 0 0 37 7 18.9 19 6 31.6 33 2 6.1 42 9 21.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 3 5 2 1 2 3 1 0 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.611 1.611 1 3.713849462 1.856924731 2 1.225735043 1.225735043 1 1.086294416 1.086294416 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 7.05E-10 1 4.01E-10 1 0.011909843 1 7.51E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 61629597 A C - - - - - - 39 0 0 33 3 9.1 22 2 9.1 72 0 0 42 0 0 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 3 5 2 1 2 3 1 0 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.775666667 0.775666667 1 1.069494624 1.069494624 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 9 NA 1 1 0.000609557 1 0.005403392 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 62895004 C A - - - - - - 38 0 0 39 5 12.8 22 5 22.7 74 0 0 62 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 3 5 2 1 2 3 1 0 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.091047619 1.091047619 1 2.667860215 1.333930108 2 0 0 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 9 NA 1 1 0.00000156 1 7.67E-08 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 63537675 G A - - - - - - 27 0 0 42 8 19 19 2 10.5 75 12 16 49 10 20.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 3 5 2 1 2 3 1 0 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.61952381 1.61952381 1 1.234032258 1.234032258 1 3.215042735 1.071680912 3 1.035532995 1.035532995 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 3.96E-11 1 0.004039874 1 4.77E-15 1 6.72E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 65340716 C T - - - - - - 31 0 0 28 5 17.9 26 2 7.7 60 0 0 53 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 3 5 2 1 2 3 1 0 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.525761905 1.525761905 1 0.904956989 0.904956989 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 9 NA 1 1 0.000000279 1 0.007502227 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 65759333 A C - - - - - - 38 0 0 42 4 9.5 20 4 20 60 5 8.3 59 18 30.5 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 2 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 1 3 5 2 1 2 3 1 0 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.809761905 0.809761905 1 2.350537634 2.350537634 1 1.667803419 1.667803419 1 1.54822335 1.54822335 1 NA NA 0 0 NA 0 0 0 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.0000601 1 0.00000284 1 0.0000136 1 2.03E-27 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 66047848 C A - - - - - - 34 0 0 34 4 11.8 15 0 0 61 4 6.6 53 10 18.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 3 5 2 1 2 3 1 0 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.005809524 1.005809524 1 0 0 1 1.326205128 1.326205128 1 0.959390863 0.959390863 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.0000257 1 1 1 0.000259828 1 1.57E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 66257329 C G - - - - - - 31 0 0 40 4 10 25 1 4 71 2 2.8 59 12 20.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 3 5 2 1 2 3 1 0 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.852380952 0.852380952 1 0.470107527 0.470107527 1 0.562632479 0.562632479 1 1.030456853 1.030456853 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.0000495 1 0.117779757 1 0.04950591 1 2.2E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 68061238 C T - - - - - - 34 0 0 37 8 21.6 16 1 6.2 69 8 11.6 35 3 8.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 3 5 2 1 2 3 1 0 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.841142857 1.841142857 1 0.728666667 0.728666667 1 2.330905983 1.165452991 2 0.436548223 0.436548223 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 1.33E-11 1 0.077068876 1 2.49E-09 1 0.000725791 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 68248288 A T - - - - - - 22 0 0 37 5 13.5 15 3 20 67 1 1.5 41 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 3 5 2 1 2 3 1 0 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.150714286 1.150714286 1 2.350537634 2.350537634 1 0.301410256 0.301410256 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 7 NA 1 1 0.00000119 1 0.0000544 1 0.285262761 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 68316256 C T - - - - - - 37 0 0 30 4 13.3 20 3 15 63 4 6.3 38 8 21.1 1 0 0 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 3 5 2 1 2 3 1 0 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.133666667 1.133666667 1 1.762903226 1.762903226 1 1.265923077 1.265923077 1 1.07106599 1.07106599 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.0000154 1 0.0001337 1 0.000294233 1 1.67E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 68393932 C A - - - - - - 42 0 0 37 10 27 18 2 11.1 72 6 8.3 60 16 26.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 3 5 2 1 2 3 1 0 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.301428571 2.301428571 1 1.304548387 1.304548387 1 1.667803419 1.667803419 1 1.355329949 1.355329949 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 3.01E-15 1 0.003626632 1 0.00000184 1 1.86E-23 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 68449628 A G - - - - - - 31 0 0 30 10 33.3 24 2 8.3 63 9 14.3 48 11 22.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 3 5 2 1 2 3 1 0 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.838428571 2.838428571 1 0.975473118 0.975473118 1 2.873444444 0.957814815 3 1.162436548 1.162436548 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 2.68E-16 1 0.006413403 1 3.62E-11 1 9.31E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 69088609 A C - - - - - - 28 0 0 27 3 11.1 22 1 4.5 67 0 0 30 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 3 5 2 1 2 3 1 0 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.946142857 0.946142857 1 0.528870968 0.528870968 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 9 NA 1 1 0.000334187 1 0.104413009 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 69189875 C T - - - - - - 38 0 0 37 7 18.9 25 1 4 78 3 3.8 55 17 30.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 3 5 2 1 2 3 1 0 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.611 1.611 1 0.470107527 0.470107527 1 0.76357265 0.76357265 1 1.568527919 1.568527919 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 7.05E-10 1 0.117779757 1 0.007193566 1 4.35E-26 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 70122597 T C - - - - - - 32 0 0 35 5 14.3 26 2 7.7 60 5 8.3 48 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 3 5 2 1 2 3 1 0 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.218904762 1.218904762 1 0.904956989 0.904956989 1 1.667803419 1.667803419 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 7 NA 1 1 0.000000895 1 0.007502227 1 0.0000136 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 70144786 T G - - - - - - 29 0 0 26 3 11.5 17 3 17.6 66 0 0 55 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 3 5 2 1 2 3 1 0 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.980238095 0.980238095 1 2.068473118 2.068473118 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 9 NA 1 1 0.000298167 1 0.0000807 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 70233317 G C - - - - - - 29 0 0 33 6 18.2 19 0 0 65 2 3.1 52 13 25 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 3 5 2 1 2 3 1 0 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.551333333 1.551333333 1 0 0 1 0.62291453 0.62291453 1 1.269035533 1.269035533 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 1.54E-08 1 1 1 0.042252341 1 6.47E-19 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 70832140 C A - - - - - - 42 0 0 41 11 26.8 26 8 30.8 43 3 7 36 7 19.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 3 5 2 1 2 3 1 0 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.284380952 2.284380952 1 3.619827957 1.809913978 2 1.406581197 1.406581197 1 0.984771574 0.984771574 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 1.34E-16 1 5.63E-13 1 0.001328364 1 5.74E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 71355881 T C - - - - - - 36 0 0 29 4 13.8 23 3 13 59 9 15.3 47 8 17 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 3 5 2 1 2 3 1 0 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.176285714 1.176285714 1 1.527849462 1.527849462 1 3.074384615 1.024794872 3 0.862944162 0.862944162 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.0000134 1 0.000205387 1 1.96E-11 1 1.03E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 72339310 T A DACH1 ENST00000305425 r.? - - intronic 40 0 0 47 4 8.5 25 3 12 65 0 0 33 3 9.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 3 5 2 1 2 3 1 0 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.72452381 0.72452381 1 1.410322581 1.410322581 1 0 0 1 0.461928934 0.461928934 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.0000939 1 0.00026475 1 1 1 0.000609557 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 73424613 G C PIBF1 CCDS31991.1 r.? - - intronic 29 0 0 32 4 12.5 27 3 11.1 66 4 6.1 55 15 27.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 3 5 2 1 2 3 1 0 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.06547619 1.06547619 1 1.304548387 1.304548387 1 1.225735043 1.225735043 1 1.385786802 1.385786802 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.0000201 1 0.000334187 1 0.000351793 1 3.01E-22 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 74349018 C A KLF12 CCDS9449.1 r.? - - intronic 33 0 0 19 5 26.3 13 1 7.7 49 6 12.2 33 7 21.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 3 5 2 1 2 3 1 0 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.241761905 2.241761905 1 0.904956989 0.904956989 1 2.451470085 0.817156695 3 1.076142132 1.076142132 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 3.43E-08 1 0.063085307 1 0.000000182 1 2.98E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 75476551 G A - - - - - - 23 0 0 38 5 13.2 30 3 10 78 4 5.1 38 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 3 5 2 1 2 3 1 0 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.125142857 1.125142857 1 1.175268817 1.175268817 1 1.024794872 1.024794872 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 7 NA 1 1 0.00000137 1 0.000458697 1 0.000663934 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 76291271 G A LMO7 CCDS9454.1 r.? - - intronic 38 0 0 31 6 19.4 19 1 5.3 30 10 33.3 42 8 19 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 3 5 2 1 2 3 1 0 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.653619048 1.653619048 1 0.622892473 0.622892473 1 6.691307692 2.230435897 3 0.964467005 0.964467005 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 1.03E-08 1 0.090843738 1 2.68E-16 1 3.96E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 80010714 A T - - - - - - 29 0 0 38 6 15.8 29 9 31 47 9 19.1 37 8 21.6 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 3 5 2 1 2 3 1 0 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.346761905 1.346761905 1 3.643333333 1.821666667 2 3.837957265 1.279319088 3 1.096446701 1.096446701 1 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 3.76E-08 1 1.79E-14 1 2.24E-12 1 1.33E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 80735923 C T - - - - - - 30 0 0 30 4 13.3 24 3 12.5 40 3 7.5 43 10 23.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 3 5 2 1 2 3 1 0 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.133666667 1.133666667 1 1.469086022 1.469086022 1 1.507051282 1.507051282 1 1.182741117 1.182741117 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.0000154 1 0.000233853 1 0.001075403 1 1.61E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 81721727 T A - - - - - - 33 0 0 41 4 9.8 23 2 8.7 62 2 3.2 42 11 26.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 3 5 2 1 2 3 1 0 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.835333333 0.835333333 1 1.022483871 1.022483871 1 0.643008547 0.643008547 1 1.329949239 1.329949239 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.0000546 1 0.00589844 1 0.038789653 1 1.81E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 82617133 A T - - - - - - 25 0 0 37 7 18.9 27 0 0 65 0 0 37 0 0 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 3 5 2 1 2 3 1 0 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.611 1.611 1 0 0 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 10 NA 1 1 7.05E-10 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 82998911 A C - - - - - - 28 0 0 50 5 10 20 1 5 50 2 4 45 2 4.4 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 3 5 2 1 2 3 1 0 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.852380952 0.852380952 1 0.587634409 0.587634409 1 0.803760684 0.803760684 1 0.223350254 0.223350254 1 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.00000549 1 0.09538952 1 0.026131524 1 0.021467209 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 84183161 C A - - - - - - 31 0 0 37 6 16.2 26 6 23.1 76 8 10.5 48 14 29.2 0 0 NA 1 1 100 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 3 5 2 1 2 3 1 0 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.380857143 1.380857143 1 2.714870968 1.357435484 2 2.109871795 1.054935897 2 1.482233503 1.482233503 1 8.523809524 8.523809524 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 3.18E-08 0.005 3.3E-09 1 5.44E-09 1 2.51E-21 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 84794702 G T - - - - - - 26 0 0 36 5 13.9 22 2 9.1 66 3 4.5 53 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 3 5 2 1 2 3 1 0 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.184809524 1.184809524 1 1.069494624 1.069494624 1 0.904230769 0.904230769 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 7 NA 1 1 0.00000104 1 0.005403392 1 0.004522888 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 85001445 C T - - - - - - 27 0 0 46 6 13 23 4 17.4 57 4 7 41 3 7.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 3 5 2 1 2 3 1 0 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.108095238 1.108095238 1 2.044967742 2.044967742 1 1.406581197 1.406581197 1 0.370558376 0.370558376 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000000123 1 0.00000513 1 0.000199821 1 0.001155993 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 85598742 T A - - - - - - 31 0 0 31 4 12.9 27 0 0 68 0 0 44 0 0 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 3 5 2 1 2 3 1 0 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.099571429 1.099571429 1 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 10 NA 1 1 0.0000177 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 85912333 A T - - - - - - 42 0 0 48 6 12.5 25 4 16 51 1 2 50 12 24 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 3 5 2 1 2 3 1 0 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.06547619 1.06547619 1 1.880430108 1.880430108 1 0.401880342 0.401880342 1 1.218274112 1.218274112 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.00000016 1 0.00000727 1 0.225579006 1 2.49E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 87033541 T G - - - - - - 39 0 0 33 4 12.1 13 2 15.4 62 4 6.5 55 6 10.9 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 3 5 2 1 2 3 1 0 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.031380952 1.031380952 1 1.809913978 1.809913978 1 1.306111111 1.306111111 1 0.553299492 0.553299492 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.0000228 1 0.001879825 1 0.000276647 1 0.000000367 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 87046668 G C - - - - - - 30 0 0 31 5 16.1 18 2 11.1 62 5 8.1 45 6 13.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 1 3 5 2 1 2 3 1 0 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.372333333 1.372333333 1 1.304548387 1.304548387 1 1.627615385 1.627615385 1 0.675126904 0.675126904 1 NA NA 0 NA NA 1 0 0 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000000476 1 0.003626632 1 0.000016 1 0.000000108 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 87428032 C G - - - - - - 24 0 0 35 4 11.4 18 1 5.6 64 5 7.8 44 6 13.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 3 5 2 1 2 3 1 0 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.971714286 0.971714286 1 0.658150538 0.658150538 1 1.567333333 1.567333333 1 0.69035533 0.69035533 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.0000289 1 0.086275114 1 0.0000186 1 9.37E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 87735112 T C - - - - - - 31 0 0 35 4 11.4 24 1 4.2 67 2 3 54 14 25.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 3 5 2 1 2 3 1 0 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.971714286 0.971714286 1 0.493612903 0.493612903 1 0.602820513 0.602820513 1 1.314720812 1.314720812 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.0000289 1 0.113346489 1 0.044622585 1 1.64E-20 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 88541935 T G - - - - - - 33 0 0 37 4 10.8 24 2 8.3 60 6 10 48 10 20.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 3 5 2 1 2 3 1 0 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.920571429 0.920571429 1 0.975473118 0.975473118 1 2.009401709 2.009401709 1 1.055837563 1.055837563 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.0000362 1 0.006413403 1 0.000000621 1 5.37E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 89268834 T A - - - - - - 35 0 0 34 5 14.7 22 0 0 63 0 0 43 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 3 5 2 1 2 3 1 0 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.253 1.253 1 0 0 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 10 NA 1 1 0.000000771 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 90101659 T A - - - - - - 37 0 0 44 6 13.6 26 2 7.7 65 1 1.5 55 6 10.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 3 5 2 1 2 3 1 0 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.159238095 1.159238095 1 0.904956989 0.904956989 1 0.301410256 0.301410256 1 0.553299492 0.553299492 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 9.37E-08 1 0.007502227 1 0.278061424 1 0.000000367 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 90447604 T A - - - - - - 27 0 0 33 4 12.1 16 4 25 70 2 2.9 52 0 0 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 3 5 2 1 2 3 1 0 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.031380952 1.031380952 1 2.938172043 1.469086022 2 0.582726496 0.582726496 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 7 NA 1 1 0.0000228 1 0.00000108 1 0.048267597 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 90898465 T C - - - - - - 26 0 0 35 4 11.4 24 4 16.7 61 0 0 47 8 17 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 3 5 2 1 2 3 1 0 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.971714286 0.971714286 1 1.962698925 1.962698925 1 0 0 1 0.862944162 0.862944162 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.0000289 1 0.00000613 1 1 1 1.03E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 91198426 A C - - - - - - 20 0 0 36 5 13.9 16 1 6.2 59 1 1.7 53 10 18.9 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 3 5 2 1 2 3 1 0 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.184809524 1.184809524 1 0.728666667 0.728666667 1 0.341598291 0.341598291 1 0.959390863 0.959390863 1 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.00000104 1 0.077068876 1 0.256019138 1 1.57E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 93711470 G C - - - - - - 27 0 0 39 15 38.5 25 3 12 57 4 7 40 6 15 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 3 5 2 1 2 3 1 0 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 3.281666667 3.281666667 1 1.410322581 1.410322581 1 1.406581197 1.406581197 1 0.76142132 0.76142132 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 6.85E-25 1 0.00026475 1 0.000199821 1 5.18E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 93917792 T G GPC6 CCDS9469.1 r.? - - intronic 30 0 0 33 5 15.2 24 3 12.5 62 3 4.8 52 8 15.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 3 5 2 1 2 3 1 0 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.295619048 1.295619048 1 1.469086022 1.469086022 1 0.964512821 0.964512821 1 0.781725888 0.781725888 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.00000066 1 0.000233853 1 0.003793816 1 2.42E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 94387405 A T GPC6 CCDS9469.1 r.? - - intronic 24 0 0 37 5 13.5 25 2 8 60 0 0 76 3 3.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6.497293661 6 8 5 5 5 6 4 1 1 2 1 0.502706339 1 1 1 6 NA NA NA 1 NA NA NA 0.497293661 NA NA NA 1.89284893 1.89284893 1 1.180215054 1.180215054 1 0 0 1 0.314969543 0.314969543 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.00000119 1 0.006948068 1 1 1 0.006696581 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 94645643 G A GPC6 CCDS9469.1 r.? - - intronic 31 0 0 41 7 17.1 24 1 4.2 40 2 5 63 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6.497293661 6 8 5 5 5 6 4 1 1 2 1 0.502706339 1 1 1 6 NA NA NA 1 NA NA NA 0.497293661 NA NA NA 2.397608645 0.960082782 2.497293661 0.619612903 0.619612903 1 1.154700855 1.154700855 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1.51E-09 1 0.113346489 1 0.017193422 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 95005479 C A GPC6 CCDS9469.1 r.? - - intronic 32 0 0 40 5 12.5 22 1 4.5 71 3 4.2 67 14 20.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 6.497293661 6 8 5 5 5 6 4 1 1 2 1 0.502706339 1 1 1 6 NA NA NA 1 NA NA NA 0.497293661 NA NA NA 1.752637898 1.752637898 1 0.663870968 0.663870968 1 0.969948718 0.969948718 1 1.687913706 0.843956853 2 NA NA 0 NA NA 0 0 0 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.00000178 1 0.104413009 1 0.00554578 1 4.66E-19 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 95344614 C T - - - - - - 28 0 0 53 5 9.4 23 0 0 71 0 0 87 10 11.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6.497293661 6 8 5 5 5 6 4 1 1 2 1 0.502706339 1 1 1 6 NA NA NA 1 NA NA NA 0.497293661 NA NA NA 1.317983699 1.317983699 1 0 0 1 0 0 1 0.928756345 0.928756345 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.00000734 1 1 1 1 1 2.75E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 95592862 C A - - - - - - 30 0 0 45 10 22.2 28 4 14.3 65 5 7.7 67 18 26.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 6.497293661 6 8 5 5 5 6 4 1 1 2 1 0.502706339 1 1 1 6 NA NA NA 1 NA NA NA 0.497293661 NA NA NA 3.112684907 1.037561636 3 2.109634409 2.109634409 1 1.778239316 1.778239316 1 2.172482234 1.086241117 2 NA NA 0 NA NA 0 0 0 1 NA NA 0 8 NA 1 1 2.66E-14 1 0.0000116 1 0.0000201 1 2.83E-26 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 95666262 A G - - - - - - 33 0 0 51 8 15.7 34 4 11.8 75 3 4 90 14 15.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6.497293661 6 8 5 5 5 6 4 1 1 2 1 0.502706339 1 1 1 6 NA NA NA 1 NA NA NA 0.497293661 NA NA NA 2.2013132 1.1006566 2 1.740817204 1.740817204 1 0.923760684 0.923760684 1 1.259878173 1.259878173 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 2.05E-10 1 0.0000257 1 0.006456002 1 3.87E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 95936467 G T ABCC4 CCDS9474.1 r.? - - intronic 24 0 0 41 5 12.2 36 1 2.8 48 1 2.1 74 9 12.2 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6.497293661 6 8 5 5 5 6 4 1 1 2 1 0.502706339 1 1 1 6 NA NA NA 1 NA NA NA 0.497293661 NA NA NA 1.710574589 1.710574589 1 0.413075269 0.413075269 1 0.484974359 0.484974359 1 0.98528934 0.98528934 1 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.00000202 1 0.165106833 1 0.213845552 1 1.61E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 96883723 C G HS6ST3 CCDS9481.1 r.? - - intronic 31 0 0 39 15 38.5 30 11 36.7 78 12 15.4 73 31 42.5 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 6.497293661 6 8 5 5 5 6 4 1 1 2 1 0.502706339 1 1 1 6 NA NA NA 1 NA NA NA 0.497293661 NA NA NA 5.398124726 0.981960408 5.497293661 5.414236559 1.082847312 5 3.556478632 0.889119658 4 3.432360406 0.858090102 4 NA NA 0 NA NA 1 0 0 1 NA NA 0 8 NA 1 1 6.85E-25 1 2.44E-18 1 7.82E-15 1 1.47E-51 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 96995575 G C HS6ST3 CCDS9481.1 r.? - - intronic 25 0 0 53 22 41.5 20 6 30 66 4 6.1 90 38 42.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6.497293661 6 8 5 5 5 6 4 1 1 2 1 0.502706339 1 1 1 6 NA NA NA 1 NA NA NA 0.497293661 NA NA NA 5.818757822 1.058476803 5.497293661 4.425806452 1.106451613 4 1.408735043 1.408735043 1 3.40813198 1.136043993 3 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 9.5E-37 1 5.7E-10 1 0.000351793 1 9.94E-63 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 97009122 A C HS6ST3 CCDS9481.1 r.? - - intronic 32 0 0 57 5 8.8 36 2 5.6 83 0 0 78 8 10.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6.497293661 6 8 5 5 5 6 4 1 1 2 1 0.502706339 1 1 1 6 NA NA NA 1 NA NA NA 0.497293661 NA NA NA 1.23385708 1.23385708 1 0.826150538 0.826150538 1 0 0 1 0.83184264 0.83184264 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.0000105 1 0.014070883 1 1 1 6.71E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 97127818 C T HS6ST3 CCDS9481.1 r.? - - intronic 32 0 0 57 7 12.3 24 2 8.3 59 2 3.4 93 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6.497293661 6 8 5 5 5 6 4 1 1 2 1 0.502706339 1 1 1 6 NA NA NA 1 NA NA NA 0.497293661 NA NA NA 1.724595692 1.724595692 1 1.224473118 1.224473118 1 0.785196581 0.785196581 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1.66E-08 1 0.006413403 1 0.035441897 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 97305176 C T HS6ST3 CCDS9481.1 r.? - - intronic 34 0 0 60 22 36.7 24 8 33.3 83 11 13.3 68 21 30.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6.497293661 NA 8 5 5 NA 6 4 1 NA 2 1 0.502706339 NA 1 1 6 NA NA NA 1 NA NA NA 0.497293661 NA NA NA 5.145744869 1.029148974 5 NA NA 1 3.071504274 1.023834758 3 2.495527919 0.83184264 3 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 2.81E-35 1 2.68E-13 1 5.66E-13 1 7.15E-32 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 97412026 T G HS6ST3 CCDS9481.1 r.? - - intronic 31 0 0 34 6 17.6 24 4 16.7 71 8 11.3 46 11 23.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 1 2 2 2 1 1 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.852190476 1.852190476 1 1.962698925 1.962698925 1 1.818623932 1.818623932 1 1.21319797 1.21319797 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 1.86E-08 1 0.00000613 1 3.14E-09 1 5.55E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 99750333 G C - - - - - - 22 0 0 35 7 20 20 2 10 33 1 3 36 6 16.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 1 2 2 2 1 1 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.104761905 1.052380952 2 1.175268817 1.175268817 1 0.482820513 NA 0 0.847715736 0.847715736 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 4.65E-10 1 0.004473894 1 0.15245715 1 2.68E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 100346617 C G CLYBL ENST00000376360 r.? - - intronic 29 0 0 29 4 13.8 19 6 31.6 43 3 7 47 6 12.8 0 0 NA 0 0 NA 1 1 100 0 0 NA 2 0 0 TRUE FALSE 3 3 1 2 2 2 1 1 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.452285714 1.452285714 1 3.713849462 1.856924731 2 1.126581197 1.126581197 1 0.649746193 0.649746193 1 NA NA 1 11.75268817 11.75268817 1 NA NA 0 0 NA 0 8 NA 1 1 0.0000134 1 4.01E-10 0.005 0.001328364 1 0.000000141 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 100444014 G A CLYBL ENST00000376360 r.? - - intronic 37 0 0 35 6 17.1 20 2 10 59 0 0 51 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 1 2 2 2 1 1 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.799571429 1.799571429 1 1.175268817 1.175268817 1 0 NA 0 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 2.24E-08 1 0.004473894 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 100669870 C G - - - - - - 26 0 0 32 8 25 22 10 45.5 33 5 15.2 54 14 25.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 1 2 2 2 1 1 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.630952381 1.31547619 2 5.347473118 2.673736559 2 2.446290598 2.446290598 1 1.314720812 1.314720812 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 3.69E-12 1 5.98E-18 1 0.00000066 1 1.64E-20 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 102412468 T G FGF14 CCDS9500.1 r.? - - intronic 33 0 0 34 5 14.7 22 2 9.1 95 2 2.1 45 13 28.9 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 1 2 2 2 1 1 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.547 1.547 1 1.069494624 1.069494624 1 0.337974359 NA 0 1.467005076 1.467005076 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000000771 1 0.005403392 1 0.082329175 1 7.68E-20 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 102811690 G T FGF14 CCDS9500.1 r.? - - intronic 30 0 0 23 5 21.7 22 0 0 53 3 5.7 38 4 10.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 1 2 2 2 1 1 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.283666667 2.283666667 1 0 0 1 0.917358974 0.917358974 1 0.532994924 0.532994924 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 9.75E-08 1 1 1 0.002429596 1 0.0000403 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 103915502 C A - - - - - - 33 0 0 37 6 16.2 26 2 7.7 60 4 6.7 49 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 1 2 2 2 1 1 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.704857143 1.704857143 1 0.904956989 0.904956989 1 1.078299145 1.078299145 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 7 NA 1 1 3.18E-08 1 0.007502227 1 0.000243755 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 105317291 G C - - - - - - 36 0 0 29 6 20.7 23 3 13 84 8 9.5 44 3 6.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 1 2 2 2 1 1 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.178428571 1.089214286 2 1.527849462 1.527849462 1 1.528931624 1.528931624 1 0.345177665 0.345177665 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 6.72E-09 1 0.000205387 1 1.21E-08 1 0.00142027 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 106419781 C T - - - - - - 37 0 0 40 8 20 21 6 28.6 74 7 9.5 38 7 18.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 1 2 2 2 1 1 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.104761905 1.052380952 2 3.361268817 1.680634409 2 1.528931624 1.528931624 1 0.934010152 0.934010152 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 2.61E-11 1 7.95E-10 1 0.000000105 1 8.61E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 107493814 C T - - - - - - 34 0 0 34 10 29.4 21 2 9.5 55 5 9.1 56 12 21.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 1 2 2 2 1 1 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 3.094 1.547 2 1.116505376 1.116505376 1 1.464555556 1.464555556 1 1.086294416 1.086294416 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 1.15E-15 1 0.004928472 1 0.00000883 1 1.11E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 113114987 T C - - - - - - 40 0 0 34 4 11.8 13 2 15.4 64 5 7.8 55 6 10.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 1 2 2 2 1 1 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.241809524 1.241809524 1 1.809913978 1.809913978 1 1.255333333 1.255333333 1 0.553299492 0.553299492 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.0000257 1 0.001879825 1 0.0000186 1 0.000000367 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 114781944 C T RASA3 CCDS32016.1 r.? - - intronic 20 0 0 16 4 25 8 1 12.5 4 0 0 55 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 1 2 2 2 1 1 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.630952381 1.31547619 2 1.469086022 1.469086022 1 0 NA 0 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.00000108 1 0.039306956 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 14 20587062 C T OR4K17 CCDS32030.1 r.? - - downstream 38 0 0 31 4 12.9 23 5 21.7 50 6 12 49 28 57.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2.441693483 2.327209417 4 3 2 2 3 3 0 0 1 0 0.558306517 0.672790583 1 1 3 3 NA NA 0 0 NA NA 0.441693483 0.327209417 NA NA 1.285549888 1.285549888 1 2.404337777 1.033141994 2.327209417 2.291282051 1.145641026 2 3.469477157 1.156492386 3 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.0000177 1 9.75E-08 1 0.000000206 1 1.31E-51 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 14 20685128 A G - - - - - - 29 0 0 25 10 40 19 3 15.8 34 4 11.8 48 24 50 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2.441693483 2.327209417 4 3 2 2 3 3 0 0 1 0 0.558306517 0.672790583 1 1 3 3 NA NA 0 0 NA NA 0.441693483 0.327209417 NA NA 3.986201203 1.632555942 2.441693483 1.750623819 1.750623819 1 2.253094017 2.253094017 1 3.038071066 1.012690355 3 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 2.98E-17 1 0.000114071 1 0.0000257 1 1.71E-42 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 14 24455874 C T DHRS4L2 CCDS9606.2 r.? - - upstream 35 0 0 30 4 13.3 21 0 0 51 0 0 30 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2.441693483 2.327209417 4 2 2 2 3 2 0 0 1 0 0.558306517 0.672790583 1 1 3 3 NA NA 0 0 NA NA 0.441693483 0.327209417 NA NA 1.3254119 1.3254119 1 0 0 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 10 NA 1 1 0.0000154 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 14 24694551 C G NEDD8 CCDS9621.1 r.? - - intronic 31 0 0 35 5 14.3 21 5 23.8 56 0 0 36 6 16.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2.441693483 2.327209417 4 2 2 2 3 2 0 0 1 0 0.558306517 0.672790583 1 1 3 3 NA NA 0 0 NA NA 0.441693483 0.327209417 NA NA 1.42506693 1.42506693 1 2.637015626 1.133123477 2.327209417 0 0 1 0.847715736 0.847715736 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.000000895 1 5.95E-08 1 1 1 2.68E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 14 26238509 C A - - - - - - 38 0 0 33 5 15.2 21 1 4.8 70 5 7.1 43 4 9.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2.441693483 2.327209417 4 2 2 2 3 2 0 0 1 0 0.558306517 0.672790583 1 1 3 3 NA NA 0 0 NA NA 0.441693483 0.327209417 NA NA 1.514756457 1.514756457 1 0.531835084 0.531835084 1 1.355675214 1.355675214 1 0.472081218 0.472081218 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.00000066 1 0.099912572 1 0.0000289 1 0.000066 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 14 26558069 C T - - - - - - 33 0 0 26 5 19.2 12 0 0 53 4 7.5 48 12 25 521 0 0 648 29 4.5 758 30 4 674 23 3.4 457 75 16.4 TRUE TRUE 2.441693483 2.327209417 4 2 2 2 3 2 0 0 1 0 0.558306517 0.672790583 1 1 3 3 NA NA 0 0 NA NA 0.441693483 0.327209417 NA NA 1.913376577 1.913376577 1 0 0 1 1.432051282 1.432051282 1 1.269035533 1.269035533 1 0.448447635 1.015291493 0.441693483 0.443195904 1.354471724 0.327209417 0.649196581 0.649196581 1 0.83248731 0.83248731 1 8 10 1 1 0.000000188 1.92E-18 1 1.42E-17 0.000150502 1.6E-12 1.44E-17 8.09E-87 YES 1_1 0_1 1_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b 14 26913878 G C ENSG00000248163 CCDS32061.1 r.? - - downstream 37 0 0 38 6 15.8 18 3 16.7 67 10 14.9 43 13 30.2 0 0 NA 1 1 100 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2.441693483 2.327209417 4 2 2 2 3 2 0 0 1 0 0.558306517 0.672790583 1 1 3 3 NA NA 0 0 NA NA 0.441693483 0.327209417 NA NA 1.574549475 1.574549475 1 1.850342897 1.850342897 1 2.845008547 0.948336182 3 1.532994924 1.532994924 1 9.965503006 9.965503006 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 3.76E-08 0.005 0.0000964 1 1.87E-12 1 3.88E-20 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 14 27967081 G A - - - - - - 37 0 0 32 4 12.5 13 0 0 65 0 0 58 7 12.1 1 0 0 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2.441693483 2.327209417 4 2 2 2 3 2 0 0 1 0 0.558306517 0.672790583 1 1 3 3 NA NA 0 0 NA NA 0.441693483 0.327209417 NA NA 1.245687876 1.245687876 1 0 0 1 0 0 1 0.614213198 0.614213198 1 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.0000201 1 1 1 1 1 1.88E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 14 28219351 T G - - - - - - 34 0 0 30 4 13.3 25 3 12 57 3 5.3 44 16 36.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2.441693483 2.327209417 4 2 2 2 3 2 0 0 1 0 0.558306517 0.672790583 1 1 3 3 NA NA 0 0 NA NA 0.441693483 0.327209417 NA NA 1.3254119 1.3254119 1 1.329587711 1.329587711 1 1.011982906 1.011982906 1 1.847715736 0.923857868 2 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.0000154 1 0.00026475 1 0.002989991 1 5.57E-26 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 14 29667213 G C - - - - - - 36 0 0 43 7 16.3 21 1 4.8 76 0 0 103 47 45.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2.441693483 2.327209417 4 2 2 2 3 2 0 0 1 0 0.558306517 0.672790583 1 1 3 3 NA NA 0 0 NA NA 0.441693483 0.327209417 NA NA 1.62437699 1.62437699 1 0.531835084 0.531835084 1 0 0 1 2.314720812 1.157360406 2 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 2.15E-09 1 0.099912572 1 1 1 2.91E-79 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 14 29901331 C G - - - - - - 27 0 0 51 5 9.8 24 2 8.3 75 0 0 94 24 25.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2.441693483 2.327209417 4 2 2 2 3 2 0 0 1 0 0.558306517 0.672790583 1 1 3 3 NA NA 0 0 NA NA 0.441693483 0.327209417 NA NA 0.976619295 0.976619295 1 0.9196315 0.9196315 1 0 0 1 1.294416244 1.294416244 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.00000606 1 0.006413403 1 1 1 6.23E-34 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 14 30127487 A G PRKD1 CCDS9637.1 r.? - - intronic 28 0 0 45 4 8.9 19 1 5.3 60 0 0 98 6 6.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2.441693483 2.327209417 4 2 2 2 3 2 0 0 1 0 0.558306517 0.672790583 1 1 3 3 NA NA 0 0 NA NA 0.441693483 0.327209417 NA NA 0.886929768 0.886929768 1 0.587234572 0.587234572 1 0 0 1 0.30964467 0.30964467 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.0000791 1 0.090843738 1 1 1 0.0000111 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 14 30574677 C T - - - - - - 34 0 0 137 100 73 80 52 65 194 123 63.4 384 308 80.2 0 0 NA 1 0 0 2 2 100 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2.441693483 2.327209417 4 2 2 2 3 2 0 0 1 0 0.558306517 0.672790583 1 1 3 3 NA NA 0 0 NA NA 0.441693483 0.327209417 NA NA 7.274817195 2.979414593 2.441693483 7.201933433 3.094664958 2.327209417 12.10560684 4.035202279 3 4.07106599 2.035532995 2 0 0 1 11.07989759 4.761023012 2.327209417 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 2.56E-197 1 5.63E-99 0.000025 8.5E-230 1 0 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 14 30574770 C G - - - - - - 35 0 0 147 115 78.2 94 70 74.5 220 152 69.1 416 344 82.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2.441693483 2.327209417 4 2 2 2 3 2 0 0 1 0 0.558306517 0.672790583 1 1 3 3 NA NA 0 0 NA NA 0.441693483 0.327209417 NA NA 7.793023351 3.191646866 2.441693483 8.254523704 3.546962144 2.327209417 13.19396581 4.397988604 3 4.197969543 2.098984772 2 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 4.61E-233 1 1.1E-139 1 8.77E-293 1 0 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 14 31014649 C A - - - - - - 47 0 0 37 5 13.5 27 2 7.4 74 0 0 66 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2.441693483 3.627292353 4 2 2 2 3 2 0 1 1 0 0.558306517 0.372707647 1 1 3 3 NA NA 0 1 NA NA 0.441693483 0.627292353 NA NA 1.345342906 1.345342906 1 0.916118559 0.916118559 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 9 NA 1 1 0.00000119 1 0.00807567 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 14 31037698 C T G2E3 CCDS9638.1 r.? - - intronic 36 0 0 42 5 11.9 22 3 13.6 67 4 6 74 8 10.8 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2.441693483 3.627292353 4 2 2 2 3 2 0 1 1 0 0.558306517 0.372707647 1 1 3 3 NA NA 0 1 NA NA 0.441693483 0.627292353 NA NA 1.185894858 1.185894858 1 1.683677351 1.683677351 1 1.145641026 1.145641026 1 0.54822335 0.54822335 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.00000228 1 0.000179267 1 0.000372648 1 4.39E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 14 32051306 A G NUBPL CCDS41940.1 r.? - - intronic 35 0 0 25 5 20 21 4 19 50 4 8 49 11 22.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3.627292353 4 2.849225258 2 2 3 1 1 1 1 1 1 0.372707647 1 0.150774742 NA 3 NA 2 NA 1 NA 1 NA 0.627292353 NA 0.849225258 2.104761905 2.104761905 1 2.3521963 2.3521963 1 1.527521368 1.527521368 1 1.327282295 1.327282295 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000000153 1 0.00000349 1 0.000119787 1 1.19E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 14 33469969 G A NPAS3 CCDS9645.1 r.? - - intronic 31 0 0 37 5 13.5 22 1 4.5 58 0 0 51 10 19.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 3 3.627292353 4 2.849225258 2 2 3 1 1 1 1 1 1 0.372707647 1 0.150774742 NA 3 NA 2 NA 1 NA 1 NA 0.627292353 NA 0.849225258 1.420714286 1.420714286 1 0.557099124 0.557099124 1 0 0 1 1.161372008 1.161372008 1 NA NA 0 NA NA 0 0 0 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.00000119 1 0.104413009 1 1 1 1.04E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 14 35577461 G C PPP2R3C CCDS9654.1 r.? - - intronic 41 0 0 41 12 29.3 24 6 25 48 5 10.4 63 12 19 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 3.627292353 4 3.666497513 3 2 3 2 1 1 1 1 1 0.372707647 1 0.333502487 NA 3 NA 3 NA 1 NA 1 NA 0.627292353 NA 0.666497513 3.37647619 1.125492063 3 3.094995131 1.178017029 2.627292353 1.985777778 1.985777778 1 1.281101533 1.281101533 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 1.69E-18 1 1.95E-09 1 0.00000447 1 5.15E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 14 35841508 G A - - - - - - 29 0 0 44 11 25 28 6 21.4 33 6 18.2 83 39 47 32 0 0 188 70 37.2 127 0 0 108 20 18.5 147 54 36.7 TRUE FALSE 4 3.627292353 4 3.666497513 3 2 3 2 1 1 1 1 1 0.372707647 1 0.333502487 NA 3 NA 3 NA 1 NA 1 NA 0.627292353 NA 0.666497513 2.880952381 0.96031746 3 2.649315832 1.008382576 2.627292353 3.475111111 1.15837037 3 3.169040633 1.188465625 2.666497513 4.286857143 1.428952381 3 0 NA 0 3.532393162 1.177464387 3 2.47454875 0.928014648 2.666497513 8 NA 1 1 3.22E-16 2.27E-109 5.36E-09 1 1.54E-08 1.84E-25 1.07E-66 2.27E-84 YES 1_1 1_0 1_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b 14 36017145 G C RALGAPA1 CCDS32065.1 r.? - - intronic 31 0 0 49 6 12.2 30 1 3.3 67 4 6 68 7 10.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 3.627292353 4 3.666497513 3 2 3 2 1 1 1 1 1 0.372707647 1 0.333502487 NA 3 NA 3 NA 1 NA 1 NA 0.627292353 NA 0.666497513 1.405904762 1.405904762 1 0.408539357 0.408539357 1 1.145641026 1.145641026 1 0.694491883 0.694491883 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000000182 1 0.139615808 1 0.000372648 1 0.000000058 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 14 36018735 G C RALGAPA1 CCDS32065.1 r.? - - intronic 27 0 0 37 6 16.2 27 1 3.7 63 2 3.2 52 3 5.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 3.627292353 4 3.666497513 3 2 3 2 1 1 1 1 1 0.372707647 1 0.333502487 NA 3 NA 3 NA 1 NA 1 NA 0.627292353 NA 0.666497513 1.866857143 1.866857143 1 0.458059279 0.458059279 1 0.611008547 0.611008547 1 0.391073099 0.391073099 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 3.18E-08 1 0.126579904 1 0.03993132 1 0.002300591 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 14 36550953 T C - - - - - - 36 0 0 32 5 15.6 15 3 20 67 5 7.5 68 13 19.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 3.627292353 4 3.666497513 3 2 3 2 1 1 1 1 1 0.372707647 1 0.333502487 NA 3 NA 3 NA 1 NA 1 NA 0.627292353 NA 0.666497513 1.797714286 1.797714286 1 2.475996105 2.475996105 1 1.432051282 1.432051282 1 1.287844172 1.287844172 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000000562 1 0.0000544 1 0.0000233 1 2.96E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 14 37363222 A G SLC25A21 CCDS9663.1 r.? - - intronic 27 0 0 43 4 9.3 30 1 3.3 66 4 6.1 61 5 8.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 3.627292353 4 3.666497513 3 2 3 2 1 1 1 1 1 0.372707647 1 0.333502487 NA 3 NA 3 NA 1 NA 1 NA 0.627292353 NA 0.666497513 1.071714286 1.071714286 1 0.408539357 0.408539357 1 1.164735043 1.164735043 1 0.552896451 0.552896451 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000066 1 0.139615808 1 0.000351793 1 0.0000147 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 14 38043580 G C - - - - - - 34 0 0 40 4 10 26 3 11.5 61 4 6.6 54 8 14.8 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 3.627292353 4 3.666497513 3 2 3 2 1 1 1 1 1 0.372707647 1 0.333502487 NA 3 NA 3 NA 1 NA 1 NA 0.627292353 NA 0.666497513 1.152380952 1.152380952 1 1.42369776 1.42369776 1 1.260205128 1.260205128 1 0.997910667 0.997910667 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.0000495 1 0.000298167 1 0.000259828 1 3.31E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 14 38691914 C T - - - - - - 24 0 0 32 4 12.5 17 1 5.9 26 3 11.5 51 9 17.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 3.627292353 4 3.666497513 3 2 3 2 1 1 1 1 1 0.372707647 1 0.333502487 NA 3 NA 3 NA 1 NA 1 NA 0.627292353 NA 0.666497513 1.44047619 1.44047619 1 0.730418851 0.730418851 1 2.195811966 2.195811966 1 1.186704578 1.186704578 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.0000201 1 0.081683532 1 0.000298167 1 4.92E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 14 38795816 C G - - - - - - 28 0 0 43 4 9.3 33 1 3 66 10 15.2 60 10 16.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 3.627292353 4 3.666497513 3 2 3 2 1 1 1 1 1 0.372707647 1 0.333502487 NA 3 NA 3 NA 1 NA 1 NA 0.627292353 NA 0.666497513 1.071714286 1.071714286 1 0.371399416 0.371399416 1 2.902290598 0.967430199 3 1.126020821 1.126020821 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000066 1 0.15245715 1 1.6E-12 1 5.86E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 14 38875142 C G - - - - - - 31 0 0 36 4 11.1 25 1 4 71 0 0 67 6 9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 3.627292353 4 3.666497513 3 2 3 2 1 1 1 1 1 0.372707647 1 0.333502487 NA 3 NA 3 NA 1 NA 1 NA 0.627292353 NA 0.666497513 1.279142857 1.279142857 1 0.495199221 0.495199221 1 0 0 1 0.606837568 0.606837568 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.0000324 1 0.117779757 1 1 1 0.0000012 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 14 39667526 G A - - - - - - 33 0 0 39 6 15.4 20 0 0 40 0 0 55 8 14.5 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 3.627292353 4 3.666497513 3 2 3 2 1 1 1 1 1 0.372707647 1 0.333502487 NA 3 NA 3 NA 1 NA 1 NA 0.627292353 NA 0.666497513 1.774666667 1.774666667 1 0 0 1 0 0 1 0.977682749 0.977682749 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 4.43E-08 1 1 1 1 1 3.86E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 14 40012200 A G - - - - - - 27 0 0 36 4 11.1 19 4 21.1 52 0 0 72 11 15.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 3.627292353 4 3.666497513 3 2 3 2 1 1 1 1 1 0.372707647 1 0.333502487 NA 3 NA 3 NA 1 NA 1 NA 0.627292353 NA 0.666497513 1.279142857 1.279142857 1 2.612175891 0.994246372 2.627292353 0 0 1 1.031623866 1.031623866 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.0000324 1 0.00000228 1 1 1 1.12E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 14 40113583 G A - - - - - - 24 0 0 35 5 14.3 23 2 8.7 60 4 6.7 56 3 5.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 3.627292353 4 3.666497513 3 2 3 2 1 1 1 1 1 0.372707647 1 0.333502487 NA 3 NA 3 NA 1 NA 1 NA 0.627292353 NA 0.666497513 1.647904762 1.647904762 1 1.077058306 1.077058306 1 1.279299145 1.279299145 1 0.364102541 0.546292422 0.666497513 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000000895 1 0.00589844 1 0.000243755 1 0.00284314 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 14 40243705 G A - - - - - - 28 0 0 34 4 11.8 19 0 0 69 1 1.4 50 12 24 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 3.627292353 4 3.666497513 3 2 3 2 1 1 1 1 1 0.372707647 1 0.333502487 NA 3 NA 3 NA 1 NA 1 NA 0.627292353 NA 0.666497513 1.359809524 1.359809524 1 0 0 1 0.267316239 0.267316239 1 1.618233515 1.618233515 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.0000257 1 1 1 0.292392265 1 2.49E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 14 40675295 T G - - - - - - 30 0 0 29 7 24.1 20 1 5 65 1 1.5 56 7 12.5 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 3.627292353 4 3.666497513 3 2 3 2 1 1 1 1 1 0.372707647 1 0.333502487 NA 3 NA 3 NA 1 NA 1 NA 0.627292353 NA 0.666497513 2.777238095 0.925746032 3 0.618999026 0.618999026 1 0.286410256 0.286410256 1 0.842829956 0.842829956 1 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 1.11E-10 1 0.09538952 1 0.278061424 1 1.46E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 14 41235095 G T - - - - - - 29 0 0 39 5 12.8 24 1 4.2 61 4 6.6 59 3 5.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 4 3.627292353 4 3.666497513 3 2 3 2 1 1 1 1 1 0.372707647 1 0.333502487 NA 3 NA 3 NA 1 NA 1 NA 0.627292353 NA 0.666497513 1.475047619 1.475047619 1 0.519959182 0.519959182 1 1.260205128 1.260205128 1 0.343874622 0.515942843 0.666497513 NA NA 1 NA NA 0 0 0 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.00000156 1 0.113346489 1 0.000259828 1 0.003297476 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 14 42598108 C A - - - - - - 41 0 0 35 5 14.3 14 0 0 59 0 0 43 7 16.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 3 4 2.675106606 4 3 3 2 1 0 1 0 1 1 1 0.324893394 NA NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 0.675106606 1.790904762 1.790904762 1 0 0 1 0 0 1 0.937453544 0.937453544 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.000000895 1 1 1 1 1 2.15E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 14 42778886 A G - - - - - - 25 0 0 35 13 37.1 39 8 20.5 65 11 16.9 46 19 41.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 3 4 2.675106606 4 3 3 2 1 0 1 0 1 1 1 0.324893394 NA NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 0.675106606 4.646333333 1.161583333 4 2.409301075 0.803100358 3 3.226888889 1.07562963 3 2.375265729 0.887914419 2.675106606 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 1.63E-21 1 2.09E-11 1 3.41E-14 1 6.97E-32 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 14 42959666 C T - - - - - - 38 0 0 35 13 37.1 25 9 36 79 13 16.5 55 28 50.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 3 4 2.675106606 4 3 3 2 1 0 1 0 1 1 1 0.324893394 NA NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 0.675106606 4.646333333 1.161583333 4 4.230967742 1.410322581 3 3.150512821 1.05017094 3 2.927385608 1.094306149 2.675106606 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 1.63E-21 1 3.71E-15 1 2.37E-16 1 1.25E-49 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 14 43538141 G A - - - - - - 35 0 0 41 4 9.8 24 2 8.3 50 0 0 63 11 17.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 3 4 2.675106606 4 3 3 2 1 0 1 0 1 1 1 0.324893394 NA NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 0.675106606 1.227333333 1.227333333 1 0.975473118 0.975473118 1 0 0 1 1.006468529 1.006468529 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.0000546 1 0.006413403 1 1 1 2.37E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 14 43559131 A T - - - - - - 31 0 0 36 9 25 20 2 10 64 8 12.5 45 11 24.4 3 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 3 4 2.675106606 4 3 3 2 1 0 1 0 1 1 1 0.324893394 NA NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 0.675106606 3.130952381 1.043650794 3 1.175268817 1.175268817 1 2.386752137 1.193376068 2 1.403304692 1.403304692 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 1.63E-13 1 0.004473894 1 1.35E-09 1 4.24E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 14 43697966 C T - - - - - - 40 0 0 37 6 16.2 14 1 7.1 47 0 0 52 4 7.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 3 4 2.675106606 4 3 3 2 1 0 1 0 1 1 1 0.324893394 NA NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 0.675106606 2.028857143 2.028857143 1 0.83444086 0.83444086 1 0 0 1 0.442846153 0.655964775 0.675106606 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 3.18E-08 1 0.067769881 1 1 1 0.000139698 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 14 43732004 C A - - - - - - 41 0 0 25 6 24 15 0 0 29 1 3.4 60 5 8.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 3 4 2.675106606 4 3 3 2 1 0 1 0 1 1 1 0.324893394 NA NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 0.675106606 3.005714286 1.001904762 3 0 0 1 0.649196581 0.649196581 1 0.477353645 0.707078913 0.675106606 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 2.55E-09 1 1 1 0.135292269 1 0.0000136 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 14 43732005 C A - - - - - - 41 0 0 26 6 23.1 16 0 0 29 1 3.4 61 6 9.8 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 3 4 2.675106606 4 3 3 2 1 0 1 0 1 1 1 0.324893394 NA NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 0.675106606 2.893 0.964333333 3 0 0 1 0.649196581 0.649196581 1 0.563622376 0.563622376 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 3.3E-09 1 1 1 0.135292269 1 0.000000685 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 14 43889823 C A - - - - - - 39 0 0 35 5 14.3 21 3 14.3 75 3 4 53 19 35.8 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 3 4 2.675106606 4 3 3 2 1 0 1 0 1 1 1 0.324893394 NA NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 0.675106606 1.790904762 1.790904762 1 1.680634409 1.680634409 1 0.763760684 0.763760684 1 2.058947048 1.029473524 2 NA NA 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000000895 1 0.000155401 1 0.006456002 1 1.93E-30 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 14 44032354 G C - - - - - - 32 0 0 31 4 12.9 24 1 4.2 65 6 9.2 56 8 14.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 3 4 2.675106606 4 3 3 2 1 0 1 0 1 1 1 0.324893394 NA NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 0.675106606 1.615571429 1.615571429 1 0.493612903 NA 0 1.756649573 1.756649573 1 0.82242857 0.82242857 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.0000177 1 0.113346489 1 0.000001 1 4.48E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 14 44405860 C G - - - - - - 35 0 0 34 5 14.7 17 2 11.8 42 3 7.1 58 12 20.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 3 4 2.675106606 4 3 3 2 1 0 1 0 1 1 1 0.324893394 NA NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 0.675106606 1.841 1.841 1 1.386817204 1.386817204 1 1.355675214 1.355675214 1 1.190508489 1.190508489 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000000771 1 0.003234386 1 0.001240292 1 1.76E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 14 44732972 G T - - - - - - 25 0 0 43 4 9.3 22 0 0 54 1 1.9 50 6 12 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 3 4 2.675106606 4 3 3 2 1 0 1 0 1 1 1 0.324893394 NA NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 0.675106606 1.164714286 1.164714286 1 0 NA 0 0.362786325 0.362786325 1 0.690149849 0.690149849 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000066 1 1 1 0.237137336 1 0.000000206 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 14 45327943 C T - - - - - - 33 0 0 37 8 21.6 32 9 28.1 62 7 11.3 66 21 31.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 3 4 2.675106606 4 3 3 2 1 0 1 0 1 1 1 0.324893394 NA NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 0.675106606 2.705142857 0.901714286 3 3.302505376 1.100835125 3 2.157623932 1.078811966 2 1.828897099 0.914448549 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 1.33E-11 1 4.94E-14 1 3.02E-08 1 3.42E-32 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 14 46761527 T C - - - - - - 34 0 0 38 19 50 24 5 20.8 66 6 9.1 47 23 48.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 3 4 2.675106606 4 3 3 2 1 0 1 0 1 1 1 0.324893394 NA NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 0.675106606 6.261904762 1.56547619 4 2.44455914 0.814853047 3 1.737555556 1.737555556 1 2.812360633 1.051307872 2.675106606 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 6.16E-34 1 0.000000123 1 0.0000011 1 1.71E-40 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 14 47061098 A T - - - - - - 36 0 0 32 8 25 19 0 0 60 1 1.7 62 10 16.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 3 4 2.675106606 4 3 3 2 1 0 1 0 1 1 1 0.324893394 NA NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 0.675106606 3.130952381 1.043650794 3 0 0 1 0.324598291 0.324598291 1 0.925951047 0.925951047 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 3.69E-12 1 1 1 0.259739042 1 8.29E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 14 47233880 C G - - - - - - 60 0 0 59 4 6.8 33 1 3 109 0 0 88 6 6.8 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 3 4 2.675106606 4 3 3 2 1 0 1 0 1 1 1 0.324893394 NA NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 0.675106606 0.851619048 0.851619048 1 0.352580645 NA 0 0 0 1 0.391084914 0.579293567 0.675106606 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.00022841 1 0.15245715 1 1 1 0.00000596 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 14 47883235 A C MDGA2 CCDS45098.1 r.? - - intronic 36 0 0 47 6 12.8 25 3 12 71 7 9.9 47 6 12.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 3 4 2.675106606 4 3 3 2 1 0 1 0 1 1 1 0.324893394 NA NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 0.675106606 1.603047619 1.603047619 1 1.410322581 1.410322581 1 1.890307692 1.890307692 1 0.736159838 0.736159838 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000000141 1 0.00026475 1 7.85E-08 1 0.000000141 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 14 48321226 T C - - - - - - 24 0 0 16 3 18.8 8 1 12.5 63 1 1.6 48 5 10.4 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 3 4 2.675106606 4 3 3 2 1 0 1 0 1 1 1 0.324893394 NA NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 0.675106606 2.35447619 2.35447619 1 1.469086022 1.469086022 1 0.305504274 0.305504274 1 0.598129869 0.598129869 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.0000667 1 0.039306956 1 0.27078753 1 0.00000447 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 14 49191552 G T - - - - - - 49 0 0 46 5 10.9 25 0 0 80 1 1.2 64 7 10.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 8.495428598 4 7 4 5 3 5 1 3 1 2 1 0.504571402 1 1 NA 6 NA NA NA 3 NA NA NA 0.495428598 NA NA 1.365095238 1.365095238 1 0 0 1 0.229128205 NA 0 1.098299492 1.098299492 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.00000361 1 1 1 0.33035218 1 3.78E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 14 50070862 A C PPIL5 CCDS9686.1 r.? - - intronic 16 0 0 48 5 10.4 26 2 7.7 37 0 0 86 3 3.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 8.495428598 4 7 4 5 3 5 1 3 1 2 1 0.504571402 1 1 NA 6 NA NA NA 3 NA NA NA 0.495428598 NA NA 1.30247619 1.30247619 1 1.328104991 1.328104991 1 0 NA 0 0.352664975 0.352664975 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.00000447 1 0.007502227 1 1 1 0.009396251 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 14 50846194 C G CDKL1 CCDS9699.1 r.? - - intronic 31 0 0 49 5 10.2 30 3 10 75 7 9.3 134 14 10.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 8.495428598 4 7 4 5 3 5 1 3 1 2 1 0.504571402 1 1 NA 6 NA NA NA 3 NA NA NA 0.495428598 NA NA 1.277428571 1.277428571 1 1.724811677 1.724811677 1 1.77574359 1.77574359 1 1.047918782 1.047918782 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.00000496 1 0.000458697 1 0.000000115 1 1.19E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 14 54179198 C A - - - - - - 36 0 0 50 6 12 24 0 0 77 5 6.5 59 9 15.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 8.495428598 4 5 4 5 3 3 3 3 1 2 1 0.504571402 1 1 NA 6 NA NA NA 3 NA NA NA 0.495428598 NA NA 1.742857143 1.742857143 1 0 0 1 1.241111111 1.241111111 1 1.235649746 1.235649746 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000000206 1 1 1 0.0000458 1 1.96E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 14 54957290 C G GMFB CCDS9718.1 r.? - - upstream 35 0 0 35 6 17.1 18 1 5.6 74 9 12.2 67 18 26.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 8.495428598 4 5 4 5 3 3 3 3 1 2 1 0.504571402 1 1 NA 6 NA NA NA 3 NA NA NA 0.495428598 NA NA 2.483571429 0.827857143 3 0.965894539 0.965894539 1 2.329470085 1.164735043 2 2.172482234 1.086241117 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 2.24E-08 1 0.086275114 1 1.61E-10 1 2.83E-26 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 14 57605920 T A - - - - - - 44 0 0 49 8 16.3 22 0 0 50 0 0 56 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.715380952 1.715380952 1 0 0 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 10 NA 1 1 1.47E-10 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 14 58044669 A C SLC35F4 CCDS45112.1 r.? - - intronic 37 0 0 36 13 36.1 19 5 26.3 64 8 12.5 62 30 48.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 3.799095238 1.266365079 3 3.090956989 1.030318996 3 2.261752137 1.130876068 2 2.940852792 0.980284264 3 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 2.53E-21 1 3.43E-08 1 1.35E-09 1 3.6E-52 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 14 59157042 C G - - - - - - 39 0 0 28 5 17.9 22 2 9.1 67 9 13.4 50 19 38 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.883761905 1.883761905 1 1.069494624 1.069494624 1 2.424598291 0.80819943 3 2.30893401 1.154467005 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000000279 1 0.005403392 1 6.43E-11 1 5E-31 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 14 59449153 C A - - - - - - 25 0 0 39 6 15.4 26 2 7.7 52 4 7.7 38 4 10.5 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.620666667 1.620666667 1 0.904956989 0.904956989 1 1.393239316 1.393239316 1 0.637994924 0.637994924 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 4.43E-08 1 0.007502227 1 0.000139698 1 0.0000403 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 14 60107851 G T RTN1 CCDS9740.1 r.? - - intronic 23 0 0 38 5 13.2 16 1 6.2 33 0 0 54 15 27.8 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.389142857 1.389142857 1 0.728666667 0.728666667 1 0 0 1 1.689167513 0.844583756 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.00000137 1 0.077068876 1 1 1 2.2E-22 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 14 60721604 C G PPM1A CCDS9744.1 r.? - - intronic 49 0 0 40 12 30 23 4 17.4 62 11 17.7 46 31 67.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 3.157142857 1.052380952 3 2.044967742 2.044967742 1 3.202641026 1.067547009 3 4.095319797 1.365106599 3 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 1.2E-18 1 0.00000513 1 1.96E-14 1 2.22E-60 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 14 63404818 C G KCNH5 CCDS9756.1 r.? - - intronic 47 0 0 43 6 14 22 6 27.3 75 6 8 52 23 44.2 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.473333333 1.473333333 1 3.208483871 1.069494624 3 1.447521368 1.447521368 1 2.685654822 0.895218274 3 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 8.13E-08 1 1.09E-09 1 0.00000234 1 3.66E-39 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 14 64342937 C G SYNE2 CCDS9761.2 r.? - - intronic 24 0 0 31 3 9.7 28 0 0 41 0 0 34 0 0 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.020809524 1.020809524 1 0 0 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 10 NA 1 1 0.000505952 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 14 65227860 G T SPTB CCDS32099.1 r.? - - intronic 26 0 0 41 9 22 11 0 0 39 5 12.8 49 8 16.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.315238095 1.157619048 2 0 0 1 2.316034188 2.316034188 1 0.990411168 0.990411168 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 5.92E-13 1 1 1 0.00000156 1 1.47E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 14 66171547 G A FUT8 CCDS9775.1 r.? - - intronic 32 0 0 40 8 20 27 6 22.2 68 8 11.8 74 25 33.8 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.104761905 1.052380952 2 2.609096774 0.869698925 3 2.135094017 1.067547009 2 2.053736041 1.02686802 2 NA NA 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 2.61E-11 1 4.23E-09 1 2.21E-09 1 8.25E-39 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 14 70244549 G A SLC10A1 CCDS9797.1 r.? - - intronic 22 0 0 22 7 31.8 23 0 0 66 1 1.5 43 5 11.6 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 3.346571429 1.11552381 3 0 0 1 0.271410256 0.271410256 1 0.704832487 0.704832487 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 1.25E-11 1 1 1 0.281671117 1 0.00000257 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 14 70741103 T C - - - - - - 38 0 0 45 6 13.3 16 2 12.5 86 0 0 47 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.399666667 1.399666667 1 1.469086022 1.469086022 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 9 NA 1 1 0.000000108 1 0.002863359 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 14 72572564 A C RGS6 CCDS9808.1 r.? - - intronic 33 0 0 33 10 30.3 21 5 23.8 54 8 14.8 45 20 44.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 3.188714286 1.062904762 3 2.797139785 0.932379928 3 2.67791453 0.892638177 3 2.697807107 0.899269036 3 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 8.14E-16 1 5.95E-08 1 3.31E-10 1 2.68E-34 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 14 76278458 G T TTLL5 CCDS32124.1 r.? - - intronic 39 0 0 36 10 27.8 23 4 17.4 75 9 12 42 17 40.5 0 0 NA 1 1 100 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.925619048 0.975206349 3 2.044967742 2.044967742 1 2.171282051 1.085641026 2 2.460837563 0.820279188 3 10.52380952 10.52380952 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 2.21E-15 0.005 0.00000513 1 1.82E-10 1 1.73E-28 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 14 78983180 G C - - - - - - 36 0 0 42 5 11.9 23 3 13 59 0 0 78 7 9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.252333333 1.252333333 1 1.527849462 1.527849462 1 0 0 1 0.546852792 0.546852792 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.00000228 1 0.000205387 1 1 1 0.000000151 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 14 79113573 A G NRXN3 CCDS9870.1 r.? - - upstream 35 0 0 31 8 25.8 25 7 28 68 6 8.8 64 27 42.2 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.715142857 0.905047619 3 3.290752688 1.096917563 3 1.592273504 1.592273504 1 2.56413198 0.85471066 3 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 2.78E-12 1 3.47E-11 1 0.00000131 1 5.28E-45 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 14 82561145 C T - - - - - - 46 0 0 32 5 15.6 24 0 0 60 5 8.3 41 7 17.1 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.641714286 1.641714286 1 0 0 1 1.501803419 1.501803419 1 1.039020305 1.039020305 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000000562 1 1 1 0.0000136 1 1.51E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 14 82634363 G A - - - - - - 31 0 0 39 8 20.5 20 5 25 64 7 10.9 63 26 41.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.157380952 1.078690476 2 2.938172043 0.979390681 3 1.972247863 1.972247863 1 2.509446701 0.836482234 3 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 2.09E-11 1 4.55E-08 1 3.78E-08 1 4.45E-43 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 14 84356003 C A - - - - - - 36 0 0 37 4 10.8 23 0 0 64 0 0 49 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.136571429 1.136571429 1 0 0 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 10 NA 1 1 0.0000362 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 14 85949011 G A - - - - - - 37 0 0 33 4 12.1 24 1 4.2 70 5 7.1 57 15 26.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.273380952 1.273380952 1 0.493612903 0.493612903 1 1.284675214 1.284675214 1 1.598025381 0.79901269 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.0000228 1 0.113346489 1 0.0000289 1 5.53E-22 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 14 86370120 G T - - - - - - 32 0 0 33 5 15.2 20 1 5 69 1 1.4 53 10 18.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.599619048 1.599619048 1 0.587634409 0.587634409 1 0.253316239 0.253316239 1 1.148390863 1.148390863 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.00000066 1 0.09538952 1 0.292392265 1 1.57E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 14 86860334 A T - - - - - - 48 0 0 35 7 20 22 1 4.5 75 8 10.7 48 8 16.7 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.104761905 1.052380952 2 0.528870968 0.528870968 1 1.936059829 0.968029915 2 1.014715736 1.014715736 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 4.65E-10 1 0.104413009 1 4.89E-09 1 1.23E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 14 86917926 T C - - - - - - 28 0 0 31 5 16.1 19 1 5.3 37 2 5.4 27 4 14.8 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.694333333 1.694333333 1 0.622892473 0.622892473 1 0.977076923 0.977076923 1 0.899269036 0.899269036 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000000476 1 0.090843738 1 0.014826063 1 0.00001 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 14 87165355 C G - - - - - - 41 0 0 38 5 13.2 19 0 0 74 4 5.4 56 11 19.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.389142857 1.389142857 1 0 0 1 0.977076923 0.977076923 1 1.190923858 1.190923858 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.00000137 1 1 1 0.00054411 1 5.91E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 14 87472227 C T - - - - - - 24 0 0 49 5 10.2 29 2 6.9 83 1 1.2 56 9 16.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.073428571 1.073428571 1 0.810935484 0.810935484 1 0.217128205 0.217128205 1 0.978258883 0.978258883 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.00000496 1 0.009279585 1 0.340346757 1 1.2E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 14 88839257 G C - - - - - - 25 0 0 43 7 16.3 20 1 5 51 0 0 42 7 16.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.715380952 1.715380952 1 0.587634409 0.587634409 1 0 0 1 1.014715736 1.014715736 1 NA NA 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 1 6 NA 1 1 2.15E-09 1 0.09538952 1 1 1 1.81E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 14 90331947 G T C14orf143 CCDS9887.1 r.? - - intronic 31 0 0 41 9 22 18 7 38.9 31 2 6.5 52 26 50 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.315238095 1.157619048 2 4.571795699 1.5239319 3 1.176111111 1.176111111 1 3.038071066 1.012690355 3 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 5.92E-13 1 2.37E-12 1 0.010558179 1 6.52E-46 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 14 91296635 A C - - - - - - 32 0 0 36 6 16.7 21 2 9.5 42 0 0 51 12 23.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.75747619 1.75747619 1 1.116505376 1.116505376 1 0 0 1 1.427893401 1.427893401 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 2.68E-08 1 0.004928472 1 1 1 3.24E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 14 93192599 T A LGMN CCDS9904.1 r.? - - intronic 28 0 0 38 4 10.5 15 0 0 23 1 4.3 45 2 4.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.105 1.105 1 0 0 1 0.778042735 0.778042735 1 0.267350254 0.267350254 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.0000403 1 1 1 0.108890944 1 0.021467209 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 14 93248241 C T - - - - - - 32 0 0 40 6 15 23 0 0 41 0 0 49 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.578571429 1.578571429 1 0 0 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 10 NA 1 1 5.18E-08 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 14 95412281 C G - - - - - - 29 0 0 39 5 12.8 15 1 6.7 51 5 9.8 56 9 16.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.347047619 1.347047619 1 0.787430108 0.787430108 1 1.773213675 1.773213675 1 0.978258883 0.978258883 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.00000156 1 0.072431031 1 0.00000606 1 1.2E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 14 98727503 G A - - - - - - 34 0 0 37 5 13.5 19 0 0 80 0 0 47 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.420714286 1.420714286 1 0 0 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 10 NA 1 1 0.00000119 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 14 99677247 G A BCL11B CCDS9949.1 r.? - - intronic 35 0 0 30 10 33.3 27 2 7.4 37 2 5.4 48 11 22.9 0 0 NA 0 0 NA 4 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 3.504428571 1.168142857 3 0.869698925 0.869698925 1 0.977076923 0.977076923 1 1.391436548 1.391436548 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 2.68E-16 1 0.00807567 1 0.014826063 1 9.31E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 14 99681749 C G BCL11B CCDS9949.1 r.? - - intronic 35 0 0 36 4 11.1 16 3 18.8 46 5 10.9 42 12 28.6 0 0 NA 0 0 NA 3 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.168142857 1.168142857 1 2.209505376 2.209505376 1 1.972247863 1.972247863 1 1.73777665 0.868888325 2 NA NA 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.0000324 1 0.0000667 1 0.00000361 1 2.35E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 14 101462015 T C SNORD114-31 ENST00000363219 r.? - - downstream 38 0 0 37 4 10.8 22 1 4.5 61 6 9.8 42 6 14.3 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.136571429 1.136571429 1 0.528870968 0.528870968 1 1.773213675 1.773213675 1 0.868888325 0.868888325 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.0000362 1 0.104413009 1 0.000000685 1 7.02E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 14 102181974 G A - - - - - - 23 0 0 34 4 11.8 28 2 7.1 34 0 0 51 9 17.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.241809524 1.241809524 1 0.83444086 0.83444086 1 0 0 1 1.069401015 1.069401015 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.0000257 1 0.008668191 1 1 1 4.92E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 14 105037482 C T - - - - - - 26 0 0 36 6 16.7 15 0 0 7 0 0 36 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.75747619 1.75747619 1 0 0 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 10 NA 1 1 2.68E-08 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 14 106225310 A G - - - - - - 28 0 0 37 5 13.5 25 2 8 41 3 7.3 47 11 23.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.420714286 1.420714286 1 0.940215054 0.940215054 1 1.320863248 1.320863248 1 1.421817259 1.421817259 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.00000119 1 0.006948068 1 0.001155993 1 7.21E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 14 106766836 C T - - - - - - 41 0 0 38 6 15.8 25 2 8 60 0 0 47 12 25.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.662761905 1.662761905 1 0.940215054 0.940215054 1 0 0 1 1.549416244 1.549416244 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 3.76E-08 1 0.006948068 1 1 1 1.09E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 15 22055777 A T ENSG00000233917 ENST00000439682 r.? - - intronic 19 0 0 19 4 21.1 9 0 0 31 0 0 42 3 7.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1.734056601 1.741398377 1.412835139 2.655481338 1 1 1 1 0 0 0 1 0.265943399 0.258601623 0.587164861 0.344518662 1 1 2 2 1 1 0 1 0.734056601 0.741398377 0.412835139 0.655481338 1.953409752 1.953409752 1 0 0 1 0 0 1 0.406945266 0.406945266 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.00000228 1 1 1 1 1 0.001240292 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 15 22530368 C T - - - - - - 54 0 0 47 7 14.9 37 1 2.7 69 2 2.9 75 9 12 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1.734056601 1.741398377 1.412835139 2.655481338 1 1 1 1 0 0 0 1 0.265943399 0.258601623 0.587164861 0.344518662 1 1 2 2 1 1 0 1 0.734056601 0.741398377 0.412835139 0.655481338 1.379422053 1.379422053 1 0.283340337 0.283340337 1 0.478698715 0.478698715 1 0.687794816 0.687794816 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 4.12E-09 1 0.169281299 1 0.04704084 1 1.82E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 15 23431827 A T GOLGA8E CCDS32176.1 r.? - - upstream 59 0 0 70 4 5.7 18 2 11.1 111 0 0 112 0 0 1 0 0 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1.734056601 1.741398377 1.412835139 2.655481338 1 1 1 1 0 0 0 1 0.265943399 0.258601623 0.587164861 0.344518662 1 1 2 2 1 1 0 1 0.734056601 0.741398377 0.412835139 0.655481338 0.527698369 0.527698369 1 1.164843607 1.164843607 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 9 NA 1 1 0.000440508 1 0.003626632 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 15 23434228 G T GOLGA8E CCDS32176.1 r.? - - upstream 21 0 0 13 3 23.1 11 2 18.2 11 0 0 18 3 16.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1.734056601 1.741398377 1.412835139 2.655481338 1 1 1 1 0 0 0 1 0.265943399 0.258601623 0.587164861 0.344518662 1 1 2 2 1 1 0 1 0.734056601 0.741398377 0.412835139 0.655481338 2.138567075 2.138567075 1 1.909923752 1.909923752 1 0 0 1 0.95718112 0.95718112 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.0000344 1 0.001334363 1 1 1 0.0000964 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 15 26245754 A T ENSG00000206187 ENST00000383019 r.? - - intronic 44 0 0 25 6 24 14 1 7.1 61 4 6.6 64 16 25 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 1 3 1 1 1 2 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.285714286 2.285714286 1 0.76344086 0.76344086 1 1.062205128 1.062205128 1 1.519035533 0.759517766 2 NA NA 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 2.55E-09 1 0.067769881 1 0.000259828 1 5.94E-23 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 15 28468724 C T HERC2 CCDS10021.1 r.? - - intronic 37 0 0 34 4 11.8 6 0 0 63 3 4.8 47 5 10.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 1 3 1 1 1 2 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.123809524 1.123809524 1 0 0 1 0.772512821 0.772512821 1 0.644071066 0.644071066 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.0000257 1 1 1 0.003968795 1 0.00000402 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 15 31681932 G C AC104759.1 ENST00000500533 r.? - - upstream 25 0 0 31 9 29 28 0 0 82 6 7.3 52 14 26.9 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 1 3 1 1 1 2 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.761904762 2.761904762 1 0 0 1 1.174863248 1.174863248 1 1.634482234 0.817241117 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 3.57E-14 1 1 1 0.00000395 1 9.04E-21 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 15 33608576 T C RYR3 CCDS45210.1 r.? - - intronic 38 0 0 35 7 20 18 1 5.6 66 13 19.7 75 28 37.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 1 3 1 1 1 2 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.904761905 1.904761905 1 0.602150538 0.602150538 1 3.170521368 3.170521368 1 2.266401015 1.133200508 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 4.65E-10 1 0.086275114 1 1.95E-17 1 9.34E-45 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 15 33777302 T C RYR3 CCDS45210.1 r.? - - intronic 22 0 0 39 4 10.3 24 4 16.7 69 2 2.9 54 12 22.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 1 3 1 1 1 2 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.980952381 0.980952381 1 1.795698925 1.795698925 1 0.466726496 0.466726496 1 1.348903553 1.348903553 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.0000447 1 0.00000613 1 0.04704084 1 6.9E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 15 37953288 A T - - - - - - 26 0 0 27 4 14.8 13 2 15.4 69 0 0 42 7 16.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 1 3 1 1 1 2 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.40952381 1.40952381 1 1.655913978 1.655913978 1 0 NA 0 1.014715736 1.014715736 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.00001 1 0.001879825 1 1 1 1.81E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 15 38992819 G A C15orf53 CCDS10048.1 r.? - - downstream 38 0 0 31 6 19.4 18 3 16.7 77 8 10.4 69 28 40.6 0 0 NA 0 0 NA 2 1 50 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 1 3 1 1 1 2 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.847619048 1.847619048 1 1.795698925 1.795698925 1 1.673777778 1.673777778 1 2.466913706 1.233456853 2 NA NA 1 5.376344086 5.376344086 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 1.03E-08 1 0.0000964 0.009975 6.05E-09 1 5.13E-46 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 15 40993045 C T RAD51 CCDS10062.1 r.? - - intronic 28 0 0 31 6 19.4 25 0 0 66 6 9.1 54 14 25.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 1 3 1 1 1 2 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.847619048 1.847619048 1 0 0 1 1.464555556 1.464555556 1 1.573720812 0.786860406 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 1.03E-08 1 1 1 0.0000011 1 1.64E-20 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 15 45017056 G A - - - - - - 18 0 0 35 6 17.1 23 3 13 45 3 6.7 60 7 11.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 1 3 1 1 1 2 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.628571429 1.628571429 1 1.397849462 1.397849462 1 1.078299145 1.078299145 1 0.710908629 0.710908629 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 2.24E-08 1 0.000205387 1 0.001516071 1 2.39E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 15 48746221 G A FBN1 CCDS32232.1 r.? - - intronic 34 0 0 30 4 13.3 22 3 13.6 63 8 12.7 54 19 35.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 1 3 1 1 1 2 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.266666667 1.266666667 1 1.462365591 1.462365591 1 2.043940171 2.043940171 1 2.13880203 1.069401015 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.0000154 1 0.000179267 1 1.18E-09 1 2.97E-30 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 15 52719544 A G MYO5A CCDS42037.1 r.? - - intronic 32 0 0 36 6 16.7 22 5 22.7 73 5 6.8 61 10 16.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 1 3 1 1 1 2 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.59047619 1.59047619 1 2.440860215 2.440860215 1 1.094393162 1.094393162 1 0.99648731 0.99648731 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 2.68E-08 1 7.67E-08 1 0.0000354 1 6.98E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 15 53976968 A T WDR72 CCDS10151.1 r.? - - intronic 21 0 0 32 4 12.5 18 1 5.6 16 1 6.2 59 18 30.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 1 3 1 1 1 2 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.19047619 1.19047619 1 0.602150538 0.602150538 1 0.99782906 NA 0 1.85322335 0.926611675 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.0000201 1 0.086275114 1 0.077068876 1 2.03E-27 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 15 56812158 G T - - - - - - 32 0 0 38 5 13.2 12 0 0 73 7 9.6 47 10 21.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 TRUE FALSE 2 2 1 3 1 1 1 2 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.257142857 1.257142857 1 0 0 1 1.545025641 1.545025641 1 1.294218274 1.294218274 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 0 0 1 8 NA 1 1 0.00000137 1 1 1 9.54E-08 1 4.27E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 15 60075656 G A - - - - - - 31 0 0 35 8 22.9 22 0 0 82 5 6.1 72 11 15.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 1 3 1 1 1 2 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.180952381 2.180952381 1 0 0 1 0.981735043 0.981735043 1 0.929649746 0.929649746 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 8.15E-12 1 1 1 0.0000619 1 1.12E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 15 60138259 C T - - - - - - 32 0 0 31 4 12.9 20 2 10 34 1 2.9 59 14 23.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 1 3 1 1 1 2 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.228571429 1.228571429 1 1.075268817 1.075268817 1 0.466726496 NA 0 1.440045685 1.440045685 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.0000177 1 0.004473894 1 0.156694864 1 6.58E-20 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 15 60387996 C G - - - - - - 37 0 0 35 5 14.3 16 3 18.8 88 3 3.4 56 14 25 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 1 3 1 1 1 2 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.361904762 1.361904762 1 2.021505376 2.021505376 1 0.547196581 0.547196581 1 1.519035533 1.519035533 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000000895 1 0.0000667 1 0.010001517 1 2.91E-20 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 15 61047193 T A RORA CCDS10177.1 r.? - - intronic 28 0 0 24 3 12.5 11 0 0 69 1 1.4 49 11 22.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 1 3 1 1 1 2 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.19047619 1.19047619 1 0 0 1 0.225316239 NA 0 1.361055838 1.361055838 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.000233853 1 1 1 0.292392265 1 1.19E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 15 61197199 G T RORA CCDS10177.1 r.? - - intronic 29 0 0 35 10 28.6 18 2 11.1 79 3 3.8 50 11 22 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 1 3 1 1 1 2 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.723809524 2.723809524 1 1.193548387 1.193548387 1 0.61157265 0.61157265 1 1.336751269 1.336751269 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 1.6E-15 1 0.003626632 1 0.007450026 1 1.52E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 15 63395118 C T - - - - - - 27 0 0 27 6 22.2 18 1 5.6 21 0 0 47 0 0 0 0 NA 0 0 NA 3 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 1 3 1 1 1 2 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.114285714 2.114285714 1 0.602150538 0.602150538 1 0 NA 0 0 0 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 4.23E-09 1 0.086275114 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 15 65781726 C A DPP8 CCDS10207.1 r.? - - intronic 21 0 0 21 4 19 11 2 18.2 23 0 0 26 1 3.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 1 3 1 1 1 2 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.80952381 1.80952381 1 1.956989247 1.956989247 1 0 NA 0 0.230893401 0.230893401 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.00000349 1 0.001334363 1 1 1 0.122190858 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 15 67903142 T A MAP2K5 CCDS10224.1 r.? - - intronic 51 0 0 47 6 12.8 18 3 16.7 72 3 4.2 84 17 20.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 1 5 1 1 1 4 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.219047619 1.219047619 1 1.795698925 1.795698925 1 0.675948718 0.675948718 1 1.631380711 0.815690355 2 NA NA 1 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000000141 1 0.0000964 1 0.00576558 1 1.42E-22 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 15 68833597 T A - - - - - - 42 0 0 22 3 13.6 12 0 0 47 0 0 83 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 1 5 1 1 1 4 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.295238095 1.295238095 1 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.000179267 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 15 70583937 G C - - - - - - 45 0 0 46 5 10.9 24 0 0 30 0 0 67 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 1 3 1 1 1 2 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.038095238 1.038095238 1 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.00000361 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 15 71601192 A G THSD4 CCDS10238.2 r.? - - intronic 31 0 0 24 5 20.8 17 1 5.9 54 6 11.1 54 12 22.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 1 3 1 1 1 2 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.980952381 1.980952381 1 0.634408602 0.634408602 1 1.786435897 1.786435897 1 1.348903553 1.348903553 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000000123 1 0.081683532 1 0.000000329 1 6.9E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 15 71965119 C T THSD4 CCDS10238.2 r.? - - intronic 33 0 0 34 7 20.6 27 1 3.7 68 2 2.9 53 12 22.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 1 3 1 1 1 2 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.961904762 1.961904762 1 0.397849462 0.397849462 1 0.466726496 0.466726496 1 1.373208122 1.373208122 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 3.73E-10 1 0.126579904 1 0.045825786 1 5.39E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 15 74237106 G C LOXL1 CCDS10253.1 r.? - - intronic 34 0 0 33 6 18.2 14 4 28.6 19 2 10.5 64 15 23.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 1 3 1 1 1 2 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.733333333 1.733333333 1 3.075268817 3.075268817 1 1.689871795 1.689871795 1 1.421817259 1.421817259 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 1.54E-08 1 0.000000601 1 0.004039874 1 3.87E-21 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 15 78797461 T A IREB2 CCDS10302.1 r.? - - downstream 33 0 0 30 4 13.3 14 0 0 14 0 0 55 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 1 3 1 1 1 2 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.266666667 1.266666667 1 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.0000154 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 15 79070480 C A ADAMTS7 CCDS32303.1 r.? - - intronic 30 0 0 30 4 13.3 17 2 11.8 4 0 0 56 9 16.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 1 3 1 1 1 2 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.266666667 1.266666667 1 1.268817204 1.268817204 1 0 NA 0 0.978258883 0.978258883 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.0000154 1 0.003234386 1 1 1 1.2E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 15 83600928 C T HOMER2 CCDS45334.1 r.? - - intronic 37 0 0 35 5 14.3 19 2 10.5 36 0 0 60 15 25 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 1 3 1 1 1 2 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.361904762 1.361904762 1 1.129032258 1.129032258 1 0 NA 0 1.519035533 1.519035533 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.000000895 1 0.004039874 1 1 1 1.31E-21 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 15 84069646 T C - - - - - - 26 0 0 34 4 11.8 20 3 15 47 6 12.8 52 19 36.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 1 3 1 1 1 2 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.123809524 1.123809524 1 1.612903226 1.612903226 1 2.060034188 2.060034188 1 2.217791878 1.108895939 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.0000257 1 0.0001337 1 0.000000141 1 1.24E-30 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 15 84334723 T C ADAMTSL3 CCDS10326.1 r.? - - intronic 41 0 0 35 7 20 10 1 10 57 3 5.3 57 10 17.5 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 1 3 1 1 1 2 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.904761905 1.904761905 1 1.075268817 1.075268817 1 0.852982906 0.852982906 1 1.063324873 1.063324873 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 4.65E-10 1 0.04888987 1 0.002989991 1 3.4E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 15 86056981 G A AKAP13 CCDS32320.1 r.? - - intronic 38 0 0 48 6 12.5 21 1 4.8 74 0 0 48 10 20.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 1 3 1 1 1 2 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.19047619 1.19047619 1 0.516129032 0.516129032 1 0 NA 0 1.263837563 1.263837563 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.00000016 1 0.099912572 1 1 1 5.37E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 15 86294420 C G AKAP13 CCDS32320.1 r.? - - downstream 22 0 0 20 4 20 13 3 23.1 14 2 14.3 61 9 14.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 1 3 1 1 1 2 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.904761905 1.904761905 1 2.483870968 2.483870968 1 2.301444444 2.301444444 1 0.899269036 0.899269036 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.00000284 1 0.0000344 1 0.002185852 1 2.68E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 15 90608203 C T ZNF710 CCDS10358.1 r.? - - intronic 32 0 0 32 7 21.9 10 0 0 26 1 3.8 64 6 9.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 1 4 1 1 1 2 1 1 0 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.085714286 2.085714286 1 0 0 1 0.61157265 NA 0 0.66515736 0.66515736 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 2.36E-10 1 1 1 0.122190858 1 0.000000914 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 15 91884622 G T - - - - - - 28 0 0 45 6 13.3 19 2 10.5 79 12 15.2 56 19 33.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 1 3 1 1 1 2 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.266666667 1.266666667 1 1.129032258 1.129032258 1 2.446290598 2.446290598 1 2.059812183 1.029906091 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000000108 1 0.004039874 1 9.17E-15 1 6.79E-30 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 15 91897737 C T - - - - - - 28 0 0 33 5 15.2 15 3 20 70 10 14.3 56 13 23.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 1 3 1 1 1 2 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.447619048 1.447619048 1 2.150537634 2.150537634 1 2.301444444 2.301444444 1 1.409664975 1.409664975 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.00000066 1 0.0000544 1 2.95E-12 1 1.89E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 15 95645553 G T - - - - - - 39 0 0 31 4 12.9 14 2 14.3 77 2 2.6 85 9 10.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 7 11 4.73081142 3 5 8 3 1 2 3 1 1 1 1 0.26918858 NA NA NA 4 NA NA NA 1 NA NA NA 0.73081142 1.486571429 1.486571429 1 2.252634409 2.252634409 1 0.678444444 0.678444444 1 0.827537077 0.827537077 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.0000177 1 0.002185852 1 0.057170369 1 5.71E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 15 96248909 G A - - - - - - 36 0 0 53 6 11.3 30 1 3.3 92 0 0 97 0 0 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 7 11 8 8 5 8 7 1 2 3 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.867190476 1.867190476 1 0.51983871 NA 0 0 0 1 0 NA 0 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000000293 1 0.139615808 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 15 96990482 C G - - - - - - 30 0 0 54 5 9.3 28 2 7.1 51 0 0 116 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 11 7 11 10 8 5 8 7 3 2 3 3 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.722714286 1.722714286 1 1.11844086 1.11844086 1 0 0 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.00000806 1 0.008668191 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 15 97220446 G T - - - - - - 38 0 0 66 13 19.7 32 1 3.1 90 0 0 117 15 12.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 11 7 11 10 8 5 8 7 3 2 3 3 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 3.649190476 0.912297619 4 0.488333333 NA 0 0 0 1 1.673746193 0.836873096 2 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1.95E-17 1 0.14819814 1 1 1 5.97E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 15 97276109 C T - - - - - - 26 0 0 50 21 42 28 11 39.3 92 32 34.8 127 70 55.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 11 7 11 10 8 5 8 7 3 2 3 3 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 7.78 0.9725 8 6.190806452 1.23816129 5 9.080717949 1.135089744 8 7.204954315 1.029279188 7 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 2.79E-35 1 9.7E-19 1 9.88E-50 1 3.97E-125 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 15 97382932 C T - - - - - - 35 0 0 62 8 12.9 30 1 3.3 88 0 0 123 0 0 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 11 7 11 10 8 5 8 7 3 2 3 3 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.389571429 1.194785714 2 0.51983871 NA 0 0 0 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1.04E-09 1 0.139615808 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 15 97495141 T A - - - - - - 29 0 0 68 4 5.9 32 2 6.2 71 0 0 100 9 9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 11 7 11 10 8 5 8 7 3 2 3 3 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.092904762 1.092904762 1 0.976666667 0.976666667 1 0 0 1 1.176852792 1.176852792 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.000394372 1 0.011224977 1 1 1 2.47E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 15 97623344 G C - - - - - - 34 0 0 63 5 7.9 29 0 0 89 0 0 111 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 11 7 11 10 8 5 8 7 3 2 3 3 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.463380952 1.463380952 1 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.0000173 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 15 98197623 A T - - - - - - 47 0 0 69 5 7.2 32 2 6.2 83 0 0 123 6 4.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 11 7 11 10 8 5 8 7 3 2 3 3 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.333714286 1.333714286 1 0.976666667 0.976666667 1 0 0 1 0.640730964 0.640730964 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.0000269 1 0.011224977 1 1 1 0.0000403 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 15 98236110 C T - - - - - - 37 0 0 57 14 24.6 36 8 22.2 35 6 17.1 116 48 41.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 11 7 11 10 8 5 8 7 3 2 3 3 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 4.556857143 0.911371429 5 3.497096774 0.874274194 4 4.462076923 0.892415385 5 5.413522843 1.082704569 5 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 3.84E-20 1 1.04E-11 1 2.24E-08 1 2.8E-78 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 15 98782289 G C - - - - - - 46 0 0 86 8 9.3 41 3 7.3 82 5 6.1 125 6 4.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 11 7 11 10 8 5 8 7 3 2 3 3 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.722714286 1.722714286 1 1.149946237 1.149946237 1 1.591735043 1.591735043 1 0.627654822 0.627654822 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 1.47E-08 1 0.001155993 1 0.0000619 1 0.0000441 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 15 100011527 G T - - - - - - 31 0 0 87 7 8 53 0 0 102 0 0 155 1 0.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 17 14 7 13 14 11 7 10 3 3 0 3 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.961904762 1.961904762 1 0 0 1 0 NA 0 0.096456853 0.096456853 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.000000322 1 1 1 1 1 0.540190949 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 15 100043707 G A - - - - - - 29 0 0 73 14 19.2 40 6 15 61 9 14.8 154 33 21.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 17 14 7 13 14 11 7 10 3 3 0 3 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 4.708571429 0.941714286 5 3.412903226 1.137634409 3 3.26991453 1.08997151 3 3.440294416 0.860073604 4 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 1.71E-18 1 5.18E-08 1 2.68E-11 1 2.84E-43 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 15 100394468 C G - - - - - - 31 0 0 103 8 7.8 42 1 2.4 95 0 0 153 0 0 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 17 14 7 13 14 11 7 10 3 3 0 3 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.912857143 0.956428571 2 0.546064516 0.546064516 1 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 6.09E-08 1 0.189842622 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 15 101011488 G C LASS3 CCDS10384.1 r.? - - intronic 32 0 0 104 6 5.8 32 0 0 96 0 0 148 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 17 14 7 13 14 11 7 10 3 3 0 3 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.422380952 1.422380952 1 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.0000156 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 15 101122717 C T LINS1 CCDS10385.1 r.? - - intronic 21 0 0 29 5 17.2 15 1 6.7 47 1 2.1 52 10 19.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 17 14 7 13 14 11 7 10 3 3 0 3 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 4.218095238 1.05452381 4 1.524430108 1.524430108 1 0.463974359 NA 0 3.086619289 1.028873096 3 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.000000336 1 0.072431031 1 0.209895027 1 1.28E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 15 101129453 T C LINS1 CCDS10385.1 r.? - - intronic 37 0 0 82 6 7.3 32 3 9.4 80 0 0 139 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 17 14 7 13 14 11 7 10 3 3 0 3 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.790238095 1.790238095 1 2.138752688 2.138752688 1 0 NA 0 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.00000395 1 0.000556213 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 15 101299855 T C - - - - - - 36 0 0 87 5 5.7 54 3 5.6 99 2 2 128 10 7.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 17 14 7 13 14 11 7 10 3 3 0 3 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.397857143 1.397857143 1 1.274150538 1.274150538 1 0.441880342 NA 0 1.253939086 1.253939086 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.0000821 1 0.00256299 1 0.088307921 1 1.3E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 15 101692285 A T - - - - - - 40 0 0 100 59 59 42 21 50 40 16 40 185 108 58.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 17 14 7 13 14 11 7 10 3 3 0 3 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 14.46904762 1.033503401 14 11.37634409 1.034213099 11 8.837606838 1.262515263 7 9.388467005 1.043163001 9 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 2.85E-108 1 2.32E-37 1 8.56E-27 1 4.51E-196 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 15 102355758 G C OR4F15 CCDS32342.1 r.? - - upstream 25 0 0 102 7 6.9 48 3 6.2 97 0 0 169 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 17 14 7 13 14 11 7 10 3 3 0 3 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.692142857 1.692142857 1 1.410666667 1.410666667 1 0 NA 0 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.000000953 1 0.001827434 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 15 102360006 C T OR4F15 CCDS32342.1 r.? - - downstream 33 0 0 111 9 8.1 49 3 6.1 69 0 0 150 10 6.7 0 0 NA 2 0 0 1 0 0 2 0 0 2 0 0 FALSE FALSE 17 14 7 13 14 11 7 10 3 3 0 3 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.986428571 0.993214286 2 1.387913978 1.387913978 1 0 NA 0 1.077101523 1.077101523 1 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 NA NA 1 1 6.24E-09 1 0.001939399 1 1 1 6.05E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 245642 C T LUC7L CCDS10401.1 r.? - - intronic 42 0 0 42 16 38.1 23 4 17.4 67 11 16.4 53 22 41.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 2.511005044 2 2 2 0 2 0 0 0 0 1 1 -1.511005044 1 NA NA 1 NA NA NA 0 NA NA NA 2.511005044 NA 3.628571429 1.814285714 2 1.870967742 1.870967742 1 2.887223631 1.14982789 2.511005044 2.106598985 1.053299492 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 2.25E-26 1 0.00000513 1 4.85E-14 1 9.5E-37 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 1423026 G C UNKL CCDS10437.2 r.? - - intronic 12 0 0 10 3 30 5 0 0 1 0 0 29 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 2.511005044 2 2 2 0 2 0 0 0 0 1 1 -1.511005044 1 NA NA 1 NA NA NA 0 NA NA NA 2.511005044 NA 2.857142857 2.857142857 1 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.0000146 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 2740943 C G KCTD5 CCDS10475.1 r.? - - intronic 33 0 0 34 6 17.6 14 5 35.7 11 0 0 58 13 22.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 2.511005044 2 2 2 0 2 0 0 0 0 1 1 -1.511005044 1 NA NA 1 NA NA NA 0 NA NA NA 2.511005044 NA 1.676190476 1.676190476 1 3.838709677 1.919354839 2 0 NA 0 1.137055838 1.137055838 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1.86E-08 1 6.03E-09 1 1 1 3.12E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 3591189 G C CLUAP1 CCDS45398.1 r.? - - downstream 24 0 0 43 4 9.3 22 2 9.1 25 0 0 37 7 18.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 2.511005044 2 2 2 0 2 0 0 0 0 1 1 -1.511005044 1 NA NA 1 NA NA NA 0 NA NA NA 2.511005044 NA 0.885714286 0.885714286 1 0.978494624 0.978494624 1 0 NA 0 0.959390863 0.959390863 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.000066 1 0.005403392 1 1 1 7.05E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 3734291 G A TRAP1 CCDS10508.1 r.? - - intronic 37 0 0 27 6 22.2 16 2 12.5 47 6 12.8 51 20 39.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 2.511005044 2 2 2 0 2 0 0 0 0 1 1 -1.511005044 1 NA NA 1 NA NA NA 0 NA NA NA 2.511005044 NA 2.114285714 1.057142857 2 1.344086022 1.344086022 1 2.253442834 0.897426646 2.511005044 1.989847716 0.994923858 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 4.23E-09 1 0.002863359 1 0.000000141 1 6.38E-33 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 4068460 C T ADCY9 CCDS32382.1 r.? - - intronic 31 0 0 47 12 25.5 23 6 26.1 19 3 15.8 42 19 45.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 2.511005044 2 2 2 0 2 0 0 0 0 1 1 -1.511005044 1 NA NA 1 NA NA NA 0 NA NA NA 2.511005044 NA 2.428571429 1.214285714 2 2.806451613 1.403225806 2 2.781593498 2.781593498 1 2.294416244 1.147208122 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 1.09E-17 1 1.47E-09 1 0.000114071 1 7.64E-33 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 4730342 C T MGRN1 CCDS45402.1 r.? - - intronic 27 0 0 9 3 33.3 6 1 16.7 5 0 0 49 13 26.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 2.511005044 2 2 2 0 2 0 0 0 0 1 1 -1.511005044 1 NA NA 1 NA NA NA 0 NA NA NA 2.511005044 NA 3.171428571 1.585714286 2 1.795698925 1.795698925 1 0 NA 0 1.345177665 1.345177665 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.0000103 1 0.029627491 1 1 1 2.71E-19 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 5411218 C G - - - - - - 33 0 0 26 5 19.2 12 0 0 57 3 5.3 39 14 35.9 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 TRUE FALSE 2 2 2.511005044 2 2 2 0 2 0 0 0 0 1 1 -1.511005044 1 NA NA 1 NA NA NA 0 NA NA NA 2.511005044 NA 1.828571429 1.828571429 1 0 0 1 0.933066173 0.933066173 1 1.822335025 0.911167513 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 0 0 1 8 NA 1 1 0.000000188 1 1 1 0.002989991 1 8.19E-23 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 7107031 A C - - - - - - 37 0 0 31 3 9.7 13 2 15.4 60 0 0 49 1 2 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 2.511005044 2 2 2 0 2 0 0 0 0 1 1 -1.511005044 1 NA NA 1 NA NA NA 0 NA NA NA 2.511005044 NA 0.923809524 0.923809524 1 1.655913978 1.655913978 1 0 NA 0 0.101522843 0.101522843 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.000505952 1 0.001879825 1 1 1 0.217776325 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 7346761 G A - - - - - - 37 0 0 42 6 14.3 17 3 17.6 71 0 0 58 9 15.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 2.511005044 2 2 2 0 2 0 0 0 0 1 1 -1.511005044 1 NA NA 1 NA NA NA 0 NA NA NA 2.511005044 NA 1.361904762 1.361904762 1 1.892473118 1.892473118 1 0 NA 0 0.78680203 0.78680203 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 7.02E-08 1 0.0000807 1 1 1 1.67E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 7372470 C T - - - - - - 29 0 0 41 6 14.6 20 4 20 54 1 1.9 66 14 21.2 4 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 2.511005044 2 2 2 0 2 0 0 0 0 1 1 -1.511005044 1 NA NA 1 NA NA NA 0 NA NA NA 2.511005044 NA 1.39047619 1.39047619 1 2.150537634 2.150537634 1 0.334495421 NA 0 1.076142132 1.076142132 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 6.05E-08 1 0.00000284 1 0.237137336 1 3.71E-19 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 12206634 C T SNX29 CCDS45416.1 r.? - - intronic 33 0 0 36 6 16.7 15 2 13.3 72 32 44.4 49 25 51 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 18.07447563 2 2 2 13 2 0 0 0 0 1 1 -4.074475632 1 NA NA 14 NA NA NA 0 NA NA NA 5.074475632 NA 1.59047619 1.59047619 1 1.430107527 1.430107527 1 14.72681077 0.976936852 15.07447563 2.588832487 1.294416244 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 2.68E-08 1 0.002513772 1 5.47E-54 1 1.68E-44 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 12661644 A G SNX29 CCDS45416.1 r.? - - intronic 21 0 0 35 5 14.3 26 6 23.1 95 46 48.4 47 17 36.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 18.07447563 2 2 2 13 2 0 0 0 0 1 1 -4.074475632 1 NA NA 14 NA NA NA 0 NA NA NA 5.074475632 NA 1.361904762 1.361904762 1 2.483870968 1.241935484 2 16.05355048 0.998698237 16.07447563 1.837563452 0.918781726 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000000895 1 3.3E-09 1 3.45E-79 1 1.81E-27 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 14219617 T C MKL2 CCDS32391.1 r.? - - intronic 27 0 0 32 4 12.5 24 3 12.5 88 4 4.5 51 12 23.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 12 2 2 2 12 2 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.19047619 1.19047619 1 1.344086022 1.344086022 1 1.219230769 1.219230769 1 1.192893401 1.192893401 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.0000201 1 0.000233853 1 0.001043312 1 3.24E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 15451657 A G - - - - - - 10 0 0 21 4 19 12 0 0 32 0 0 23 0 0 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 12 2 2 2 12 2 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.80952381 1.80952381 1 0 0 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 10 NA 1 1 0.00000349 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 19974743 A C - - - - - - 38 0 0 36 5 13.9 17 0 0 51 21 41.2 48 13 27.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 12 2 2 2 12 2 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.323809524 1.323809524 1 0 0 1 11.16273504 1.014794095 11 1.375634518 1.375634518 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.00000104 1 1 1 4.73E-35 1 2E-19 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 20303748 G A - - - - - - 45 0 0 34 8 23.5 18 1 5.6 54 21 38.9 47 15 31.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 12 2 2 2 12 2 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.238095238 1.119047619 2 0.602150538 0.602150538 1 10.53957265 0.958142968 11 1.61928934 0.80964467 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 6.32E-12 1 0.086275114 1 2.12E-34 1 1.97E-23 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 22946647 T C - - - - - - 33 0 0 30 13 43.3 21 3 14.3 80 17 21.2 47 18 38.3 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 2 2 4 2 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 4.123809524 2.061904762 2 1.537634409 1.537634409 1 4.047931624 1.011982906 4 1.944162437 0.972081218 2 NA NA 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 1.35E-22 1 0.000155401 1 5.75E-23 1 1.52E-29 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 24872634 C G SLC5A11 CCDS10625.1 r.? - - intronic 27 0 0 45 7 15.6 24 3 12.5 48 3 6.2 55 11 20 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 1 100 TRUE FALSE 2 2 7 5 2 2 4 3 0 0 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.485714286 1.485714286 1 1.344086022 1.344086022 1 1.36982906 1.36982906 1 1.615228426 1.615228426 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8.076142132 8.076142132 1 8 NA 1 1 0.000000003 1 0.000233853 1 0.001827434 1 4.77E-15 0.005 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 25487083 C G - - - - - - 22 0 0 49 4 8.2 23 0 0 57 0 0 87 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 7 5 2 2 4 3 0 0 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.780952381 0.780952381 1 0 0 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 10 NA 1 1 0.000110643 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 25856132 T C HS3ST4 ENST00000331351 r.? - - intronic 24 0 0 43 13 30.2 22 6 27.3 85 11 12.9 56 26 46.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 7 5 2 2 4 3 0 0 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.876190476 1.438095238 2 2.935483871 1.467741935 2 2.850128205 0.950042735 3 3.747329949 1.249109983 3 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 3.88E-20 1 1.09E-09 1 7.42E-13 1 8.57E-45 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 26014098 G C HS3ST4 ENST00000331351 r.? - - intronic 30 0 0 38 6 15.8 18 1 5.6 67 3 4.5 70 8 11.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 7 5 2 2 4 3 0 0 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.504761905 1.504761905 1 0.602150538 0.602150538 1 0.994230769 0.994230769 1 0.920680203 0.920680203 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 3.76E-08 1 0.086275114 1 0.004717431 1 2.8E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 26926098 T G - - - - - - 40 0 0 65 6 9.2 24 0 0 48 0 0 85 0 0 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 3 4.243070489 2 2 3 3 0 0 0 1 1 1 1 0.756929511 NA NA NA 3 NA NA NA 2 NA NA NA 0.243070489 0.876190476 0.876190476 1 0 0 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 1 10 NA 1 1 0.000001 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 27023174 C G - - - - - - 41 0 0 44 7 15.9 31 1 3.2 80 0 0 95 1 1.1 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 3 4.243070489 2 2 3 3 0 0 0 1 1 1 1 0.756929511 NA NA NA 3 NA NA NA 2 NA NA NA 0.243070489 1.514285714 1.514285714 1 0.344086022 NA 0 0 0 1 0.080511339 0.080511339 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 2.55E-09 1 0.143917729 1 1 1 0.378855462 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 30301396 C T ENSG00000227226 ENST00000411546 r.? - - upstream 6 0 0 18 4 22.2 14 4 28.6 15 1 6.7 27 4 14.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 3 4.243070489 2 2 3 3 0 0 0 1 1 1 1 0.756929511 NA NA NA 3 NA NA NA 2 NA NA NA 0.243070489 2.114285714 2.114285714 1 3.075268817 1.537634409 2 1.212299145 1.212299145 1 1.083243468 1.083243468 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.00000181 1 0.000000601 1 0.072431031 1 0.00001 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 30572762 G A ZNF764 CCDS10683.1 r.? - - upstream 36 0 0 30 6 20 6 0 0 16 1 6.2 82 27 32.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 3 4.243070489 2 2 3 3 0 0 0 1 1 1 1 0.756929511 NA NA NA 3 NA NA NA 2 NA NA NA 0.243070489 1.904761905 1.904761905 1 0 0 1 1.12182906 1.12182906 1 2.408020952 0.873443061 2.756929511 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 8.37E-09 1 1 1 0.077068876 1 1.96E-41 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 30572763 G A ZNF764 CCDS10683.1 r.? - - upstream 35 0 0 32 7 21.9 6 0 0 16 1 6.2 84 28 33.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 3 4.243070489 2 2 3 3 0 0 0 1 1 1 1 0.756929511 NA NA NA 3 NA NA NA 2 NA NA NA 0.243070489 2.085714286 1.042857143 2 0 0 1 1.12182906 1.12182906 1 2.437297803 0.88406243 2.756929511 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 2.36E-10 1 1 1 0.077068876 1 4.34E-43 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 30595167 A T ZNF785 CCDS10685.1 r.? - - intronic 27 0 0 45 5 11.1 27 2 7.4 22 0 0 84 7 8.3 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 3 4.243070489 2 2 3 3 0 0 0 1 1 1 1 0.756929511 NA NA NA 3 NA NA NA 2 NA NA NA 0.243070489 1.057142857 1.057142857 1 0.795698925 0.795698925 1 0 0 1 0.607494648 0.607494648 1 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.00000323 1 0.00807567 1 1 1 0.000000253 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 30994656 G A SETD1A CCDS32435.1 r.? - - intronic 28 0 0 43 9 20.9 26 5 19.2 12 2 16.7 109 45 41.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 3 4.243070489 2 2 3 3 0 0 0 1 1 1 1 0.756929511 NA NA NA 3 NA NA NA 2 NA NA NA 0.243070489 1.99047619 0.995238095 2 2.064516129 2.064516129 1 3.021700855 3.021700855 1 3.022834812 1.007611604 3 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 9.45E-13 1 0.000000188 1 0.001595918 1 1.98E-73 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 31019557 C T STX1B CCDS10699.1 r.? - - intronic 30 0 0 10 4 40 8 1 12.5 32 1 3.1 62 11 17.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 3 4.243070489 2 2 3 3 0 0 0 1 1 1 1 0.756929511 NA NA NA 3 NA NA NA 2 NA NA NA 0.243070489 3.80952381 1.904761905 2 1.344086022 1.344086022 1 0.56091453 0.56091453 1 1.295500634 1.295500634 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000000128 1 0.039306956 1 0.14819814 1 1.96E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 31789102 A G - - - - - - 23 0 0 34 4 11.8 21 2 9.5 73 0 0 77 5 6.5 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 3 4.243070489 2 2 3 3 0 0 0 1 1 1 1 0.756929511 NA NA NA 3 NA NA NA 2 NA NA NA 0.243070489 1.123809524 1.123809524 1 1.021505376 1.021505376 1 0 0 1 0.47574882 0.47574882 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 0.0000257 1 0.004928472 1 1 1 0.0000458 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 32167289 A G - - - - - - 18 0 0 21 4 19 20 5 25 35 1 2.9 49 15 30.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 3 4.243070489 2 2 3 3 0 0 0 1 1 1 1 0.756929511 NA NA NA 3 NA NA NA 2 NA NA NA 0.243070489 1.80952381 1.80952381 1 2.688172043 1.344086022 2 0.524726496 0.524726496 1 2.239679062 1.119839531 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.00000349 1 4.55E-08 1 0.16091139 1 4.1E-23 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 32322526 G C - - - - - - 34 0 0 49 6 12.2 28 1 3.6 38 3 7.9 67 11 16.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 4.612074137 3 4.243070489 2 2 3 3 0 2 0 1 1 0.387925863 1 0.756929511 NA 3 NA 3 NA 2 NA 2 NA 0.612074137 NA 0.243070489 1.161904762 1.161904762 1 0.481131443 NA 0 1.42942735 1.42942735 1 1.20035087 1.20035087 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.000000182 1 0.130947004 1 0.000925091 1 4.85E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 32571032 A T - - - - - - 48 0 0 56 5 8.9 34 2 5.9 111 4 3.6 112 6 5.4 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 4.612074137 3 4.243070489 2 2 3 3 0 2 0 1 1 0.387925863 1 0.756929511 NA 3 NA 3 NA 2 NA 2 NA 0.612074137 NA 0.243070489 0.847619048 0.847619048 1 0.788520976 0.788520976 1 0.651384615 0.651384615 1 0.395237482 0.395237482 1 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.00000965 1 0.012612579 1 0.002447313 1 0.0000238 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 33800855 T A - - - - - - 12 0 0 28 5 17.9 20 2 10 20 2 10 31 9 29 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4.612074137 3 4.243070489 2 2 3 3 2 2 0 1 1 0.387925863 1 0.756929511 NA 3 NA 3 NA 2 NA 2 NA 0.612074137 NA 0.243070489 2.062761905 2.062761905 1 1.336476231 1.336476231 1 1.809401709 1.809401709 1 2.12257166 1.06128583 2 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000000279 1 0.004473894 1 0.004473894 1 3.57E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 34312490 A G CCNYL3 ENST00000407030 r.? - - intronic 20 0 0 31 6 19.4 30 4 13.3 42 3 7.1 44 6 13.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4.612074137 2 4.243070489 2 2 1 3 2 2 1 1 1 0.387925863 1 0.756929511 NA 3 NA 3 NA 2 NA 2 NA 0.612074137 NA 0.243070489 2.235619048 1.117809524 2 1.777513387 1.777513387 1 1.213675214 1.213675214 1 0.995412916 0.995412916 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 1.03E-08 1 0.0000154 1 0.001240292 1 9.37E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 46444363 G A - - - - - - 42 0 0 58 6 10.3 41 7 17.1 94 3 3.2 72 10 13.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4.612074137 2 4.243070489 2 2 1 3 2 2 1 1 1 0.387925863 1 0.756929511 NA 3 NA 3 NA 2 NA 2 NA 0.612074137 NA 0.243070489 1.186952381 1.186952381 1 2.285374355 0.874927064 2.612074137 0.547008547 0.547008547 1 1.017370554 1.017370554 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000000506 1 1.51E-09 1 0.011950808 1 3.95E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 49109814 C T - - - - - - 49 0 0 48 5 10.4 31 9 29 45 4 8.9 46 13 28.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4.612074137 2 4.243070489 2 2 1 3 2 2 1 1 1 0.387925863 1 0.756929511 NA 3 NA 3 NA 2 NA 2 NA 0.612074137 NA 0.243070489 1.19847619 1.19847619 1 3.87578107 1.483794435 2.612074137 1.521367521 1.521367521 1 2.071337172 1.035668586 2 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.00000447 1 3.57E-14 1 0.0000791 1 1.07E-19 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 49184715 T C - - - - - - 21 0 0 37 7 18.9 26 2 7.7 61 3 4.9 59 9 15.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4.612074137 2 4.243070489 2 2 1 3 2 2 1 1 1 0.387925863 1 0.756929511 NA 3 NA 3 NA 2 NA 2 NA 0.612074137 NA 0.243070489 2.178 1.089 2 1.029086698 1.029086698 1 0.837606838 0.837606838 1 1.119839531 1.119839531 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 7.05E-10 1 0.007502227 1 0.003623631 1 1.96E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 49497522 C A - - - - - - 35 0 0 38 5 13.2 25 5 20 42 7 16.7 59 10 16.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4.612074137 2 4.243070489 2 2 1 3 2 2 1 1 1 0.387925863 1 0.756929511 NA 3 NA 3 NA 2 NA 2 NA 0.612074137 NA 0.243070489 1.521142857 1.521142857 1 2.672952462 1.023306507 2.612074137 2.854700855 2.854700855 1 1.236946933 1.236946933 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.00000137 1 0.000000153 1 1.81E-09 1 4.91E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 49759330 G A ZNF423 CCDS32445.1 r.? - - intronic 42 0 0 32 5 15.6 21 2 9.5 38 0 0 66 16 24.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4.612074137 2 4.243070489 2 2 1 3 2 2 1 1 1 0.387925863 1 0.756929511 NA 3 NA 3 NA 2 NA 2 NA 0.612074137 NA 0.243070489 1.797714286 1.797714286 1 1.269652419 1.269652419 1 0 NA 0 1.771249454 1.008150551 1.756929511 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.000000562 1 0.004928472 1 1 1 1.03E-22 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 50676665 G A - - - - - - 25 0 0 31 6 19.4 25 1 4 43 5 11.6 44 14 31.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4.612074137 2 4.243070489 2 2 1 3 2 2 1 1 1 0.387925863 1 0.756929511 NA 3 NA 3 NA 2 NA 2 NA 0.612074137 NA 0.243070489 2.235619048 1.117809524 2 0.534590492 0.534590492 1 1.982905983 1.982905983 1 2.327509613 0.844239798 2.756929511 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 1.03E-08 1 0.117779757 1 0.00000257 1 6.1E-22 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 51635852 C G - - - - - - 43 0 0 38 4 10.5 17 2 11.8 56 0 0 55 12 21.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4.612074137 2 4.243070489 2 2 1 3 2 2 1 1 1 0.387925863 1 0.756929511 NA 3 NA 3 NA 2 NA 2 NA 0.612074137 NA 0.243070489 1.21 1.21 1 1.577041952 1.577041952 1 0 NA 0 1.595588351 1.595588351 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.0000403 1 0.003234386 1 1 1 8.78E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 51920865 T A - - - - - - 34 0 0 36 4 11.1 21 0 0 76 0 0 68 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4.612074137 2 4.243070489 2 2 1 3 2 2 1 1 1 0.387925863 1 0.756929511 NA 3 NA 3 NA 2 NA 2 NA 0.612074137 NA 0.243070489 1.279142857 1.279142857 1 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.0000324 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 52057730 G C - - - - - - 24 0 0 44 10 22.7 22 4 18.2 63 4 6.3 61 16 26.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 4 4.612074137 2 4.243070489 2 2 1 3 2 2 1 1 1 0.387925863 1 0.756929511 NA 3 NA 3 NA 2 NA 2 NA 0.612074137 NA 0.243070489 2.615904762 1.307952381 2 2.43238674 2.43238674 1 1.076923077 1.076923077 1 1.917633707 0.958816853 2 NA NA 1 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 2.08E-14 1 0.00000425 1 0.000294233 1 2.5E-23 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 52905647 G A ENSG00000227450 ENST00000430771 r.? - - intronic 39 0 0 45 5 11.1 21 1 4.8 67 0 0 75 7 9.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4.612074137 2 4.243070489 2 2 1 3 2 2 1 1 1 0.387925863 1 0.756929511 NA 3 NA 3 NA 2 NA 2 NA 0.612074137 NA 0.243070489 1.279142857 1.279142857 1 0.641508591 0.641508591 1 0 NA 0 0.680686774 0.680686774 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.00000323 1 0.099912572 1 1 1 0.000000115 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 53686631 G A RPGRIP1L CCDS32447.1 r.2032c>u c.1968C>T p.N656N silent 25 0 0 36 7 19.4 31 3 9.7 77 5 6.5 58 4 6.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4.612074137 2 4.243070489 2 2 1 3 2 2 1 1 1 0.387925863 1 0.756929511 NA 3 NA 3 NA 2 NA 2 NA 0.612074137 NA 0.243070489 2.235619048 1.117809524 2 1.296381944 1.296381944 1 1.111111111 1.111111111 1 0.505025671 0.505025671 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 5.74E-10 1 0.000505952 1 0.0000458 1 0.000213772 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 54553309 G A ENSG00000227093 ENST00000449142 r.? - - intronic 33 0 0 36 8 22.2 25 7 28 73 3 4.1 66 10 15.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4.612074137 2 4.243070489 2 2 1 3 2 2 1 1 1 0.387925863 1 0.756929511 NA 3 NA 3 NA 2 NA 2 NA 0.612074137 NA 0.243070489 2.558285714 1.279142857 2 3.742133447 1.43262911 2.612074137 0.700854701 0.700854701 1 1.112520318 1.112520318 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 1.04E-11 1 3.47E-11 1 0.005990531 1 1.6E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 55922716 A G - - - - - - 39 0 0 36 4 11.1 33 5 15.2 89 8 9 56 12 21.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4.612074137 2 4.243070489 2 2 1 3 2 2 1 1 1 0.387925863 1 0.756929511 NA 3 NA 3 NA 2 NA 2 NA 0.612074137 NA 0.243070489 1.279142857 1.279142857 1 2.031443871 2.031443871 1 1.538461538 1.538461538 1 1.566311501 1.566311501 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.0000324 1 0.00000066 1 1.92E-08 1 1.11E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 56509331 T G OGFOD1 CCDS10761.2 r.? - - intronic 25 0 0 35 5 14.3 27 6 22.2 71 12 16.9 58 9 15.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4.612074137 2 4.243070489 2 2 1 3 2 2 1 1 1 0.387925863 1 0.756929511 NA 3 NA 3 NA 2 NA 2 NA 0.612074137 NA 0.243070489 1.647904762 1.647904762 1 2.966977233 1.135870223 2.612074137 2.888888889 2.888888889 1 1.134477956 1.134477956 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000000895 1 4.23E-09 1 2.38E-15 1 1.67E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 56525516 C G BBS2 CCDS32451.1 r.? - - intronic 30 0 0 44 8 18.2 30 7 23.3 84 14 16.7 66 13 19.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4.612074137 2 4.243070489 2 2 1 3 2 2 1 1 1 0.387925863 1 0.756929511 NA 3 NA 3 NA 2 NA 2 NA 0.612074137 NA 0.243070489 2.097333333 1.048666667 2 3.113989618 1.192152081 2.612074137 2.854700855 2.854700855 1 1.441884886 1.441884886 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 5.9E-11 1 1.44E-10 1 1.4E-17 1 1.95E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 56772399 C A NUP93 CCDS10769.1 r.? - - intronic 36 0 0 33 5 15.2 32 2 6.2 41 3 7.3 62 7 11.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4.612074137 2 4.243070489 2 2 1 3 2 2 1 1 1 0.387925863 1 0.756929511 NA 3 NA 3 NA 2 NA 2 NA 0.612074137 NA 0.243070489 1.751619048 1.751619048 1 0.828615263 0.828615263 1 1.247863248 1.247863248 1 0.827071026 0.827071026 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.00000066 1 0.011224977 1 0.001155993 1 3.02E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 57135032 C T CPNE2 CCDS10774.1 r.? - - intronic 30 0 0 40 5 12.5 16 1 6.2 49 2 4.1 40 3 7.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4.612074137 2 4.243070489 2 2 1 3 2 2 1 1 1 0.387925863 1 0.756929511 NA 3 NA 3 NA 2 NA 2 NA 0.612074137 NA 0.243070489 1.44047619 1.44047619 1 0.828615263 0.828615263 1 0.700854701 0.700854701 1 0.548940947 0.548940947 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.00000178 1 0.077068876 1 0.025168485 1 0.001075403 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 59212146 A T - - - - - - 16 0 0 39 7 17.9 26 1 3.8 79 6 7.6 65 7 10.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4.612074137 2 4.243070489 2 2 1 3 2 2 1 1 1 0.387925863 1 0.756929511 NA 3 NA 3 NA 2 NA 2 NA 0.612074137 NA 0.243070489 2.062761905 1.031380952 2 0.507860968 0.507860968 1 1.299145299 1.299145299 1 0.790474963 0.790474963 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 1.04E-09 1 0.122190858 1 0.00000318 1 4.22E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 59552720 T G - - - - - - 31 0 0 58 6 10.3 27 1 3.7 70 0 0 62 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4.612074137 2 4.243070489 2 2 1 3 2 2 1 1 1 0.387925863 1 0.756929511 NA 3 NA 3 NA 2 NA 2 NA 0.612074137 NA 0.243070489 1.186952381 1.186952381 1 0.494496205 0.494496205 1 0 NA 0 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.000000506 1 0.126579904 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 59678637 T A - - - - - - 37 0 0 50 6 12 26 1 3.8 63 0 0 62 0 0 1 0 0 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4.612074137 2 4.243070489 2 2 1 3 2 2 1 1 1 0.387925863 1 0.756929511 NA 3 NA 3 NA 2 NA 2 NA 0.612074137 NA 0.243070489 1.382857143 1.382857143 1 0.507860968 0.507860968 1 0 NA 0 0 0 1 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.000000206 1 0.122190858 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 59986503 C T AC009094.1 ENST00000500445 r.? - - intronic 25 0 0 45 5 11.1 30 1 3.3 29 2 6.9 45 6 13.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4.612074137 2 4.243070489 2 2 1 3 2 2 1 1 1 0.387925863 1 0.756929511 NA 3 NA 3 NA 2 NA 2 NA 0.612074137 NA 0.243070489 1.279142857 1.279142857 1 0.441037156 0.441037156 1 1.179487179 1.179487179 1 0.973455279 0.973455279 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.00000323 1 0.139615808 1 0.009279585 1 0.000000108 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 60242785 C A - - - - - - 34 0 0 38 4 10.5 24 2 8.3 57 4 7 48 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4.612074137 2 4.243070489 2 2 1 3 2 2 1 1 1 0.387925863 1 0.756929511 NA 3 NA 3 NA 2 NA 2 NA 0.612074137 NA 0.243070489 1.21 1.21 1 1.109275272 1.109275272 1 1.196581197 1.196581197 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 7 NA 1 1 0.0000403 1 0.006413403 1 0.000199821 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 60626230 C T - - - - - - 45 0 0 42 5 11.9 21 7 33.3 63 7 11.1 63 29 46 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4.612074137 2 4.243070489 2 2 1 3 2 2 1 1 1 0.387925863 1 0.756929511 NA 3 NA 3 NA 2 NA 2 NA 0.612074137 NA 0.243070489 1.371333333 1.371333333 1 4.450465849 1.703805335 2.612074137 1.897435897 1.897435897 1 3.366837806 1.122279269 3 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.00000228 1 8.54E-12 1 3.38E-08 1 1.2E-49 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 60708939 T A - - - - - - 36 0 0 31 3 9.7 16 0 0 71 0 0 59 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4.612074137 2 4.243070489 2 2 1 3 2 2 1 1 1 0.387925863 1 0.756929511 NA 3 NA 3 NA 2 NA 2 NA 0.612074137 NA 0.243070489 1.117809524 1.117809524 1 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.000505952 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 61319638 T A - - - - - - 27 0 0 36 4 11.1 30 3 10 58 5 8.6 66 8 12.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4.612074137 2 4.243070489 2 2 1 3 2 2 1 1 1 0.387925863 1 0.756929511 NA 3 NA 3 NA 2 NA 2 NA 0.612074137 NA 0.243070489 1.279142857 1.279142857 1 1.336476231 1.336476231 1 1.47008547 1.47008547 1 0.885624727 0.885624727 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.0000324 1 0.000458697 1 0.0000115 1 1.73E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 61633594 G C - - - - - - 24 0 0 33 4 12.1 25 2 8 64 4 6.2 52 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4.612074137 2 4.243070489 2 2 1 3 2 2 1 1 1 0.387925863 1 0.756929511 NA 3 NA 3 NA 2 NA 2 NA 0.612074137 NA 0.243070489 1.394380952 1.394380952 1 1.069180985 1.069180985 1 1.05982906 1.05982906 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 7 NA 1 1 0.0000228 1 0.006948068 1 0.000312605 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 62082025 C T - - - - - - 38 0 0 41 8 19.5 24 1 4.2 64 9 14.1 55 12 21.8 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4.612074137 2 4.243070489 2 2 1 3 2 2 1 1 1 0.387925863 1 0.756929511 NA 3 NA 3 NA 2 NA 2 NA 0.612074137 NA 0.243070489 2.247142857 1.123571429 2 0.561320017 0.561320017 1 2.41025641 2.41025641 1 1.595588351 1.595588351 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 3.22E-11 1 0.113346489 1 4.2E-11 1 8.78E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 62967355 C A - - - - - - 44 0 0 29 5 17.2 17 1 5.9 71 1 1.4 66 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4.612074137 2 4.243070489 2 2 1 3 2 2 1 1 1 0.387925863 1 0.756929511 NA 3 NA 3 NA 2 NA 2 NA 0.612074137 NA 0.243070489 1.982095238 1.982095238 1 0.788520976 0.788520976 1 0.239316239 NA 0 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.000000336 1 0.081683532 1 0.299450652 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 63248902 C T - - - - - - 28 0 0 40 9 22.5 27 2 7.4 55 2 3.6 66 16 24.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4.612074137 2 4.243070489 2 2 1 3 2 2 1 1 1 0.387925863 1 0.756929511 NA 3 NA 3 NA 2 NA 2 NA 0.612074137 NA 0.243070489 2.592857143 1.296428571 2 0.988992411 0.988992411 1 0.615384615 0.615384615 1 1.771249454 1.008150551 1.756929511 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 4.64E-13 1 0.00807567 1 0.031164417 1 1.03E-22 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 63882533 A G - - - - - - 36 0 0 40 4 10 28 2 7.1 74 0 0 57 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4.612074137 2 4.243070489 2 2 1 3 2 2 1 1 1 0.387925863 1 0.756929511 NA 3 NA 3 NA 2 NA 2 NA 0.612074137 NA 0.243070489 1.152380952 1.152380952 1 0.948898124 0.948898124 1 0 NA 0 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.0000495 1 0.008668191 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 64084604 A C - - - - - - 45 0 0 42 5 11.9 22 1 4.5 82 0 0 58 4 6.9 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4.612074137 2 4.243070489 2 2 1 3 2 2 1 1 1 0.387925863 1 0.756929511 NA 3 NA 3 NA 2 NA 2 NA 0.612074137 NA 0.243070489 1.371333333 1.371333333 1 0.601414304 0.601414304 1 0 NA 0 0.505025671 0.505025671 1 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.00000228 1 0.104413009 1 1 1 0.000213772 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 64706831 C T - - - - - - 32 0 0 31 7 22.6 15 3 20 69 9 13 56 5 8.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4.612074137 2 4.243070489 2 2 1 3 2 2 1 1 1 0.387925863 1 0.756929511 NA 3 NA 3 NA 2 NA 2 NA 0.612074137 NA 0.243070489 2.604380952 1.302190476 2 2.672952462 2.672952462 1 2.222222222 2.222222222 1 0.651409923 0.651409923 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 1.85E-10 1 0.0000544 1 8.45E-11 1 0.00000965 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 65905008 T A - - - - - - 26 0 0 39 7 17.9 25 6 24 35 5 14.3 52 24 46.2 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4.612074137 2 4.243070489 2 2 1 3 2 2 1 1 1 0.387925863 1 0.756929511 NA 3 NA 3 NA 2 NA 2 NA 0.612074137 NA 0.243070489 2.062761905 1.031380952 2 3.207542954 1.227967809 2.612074137 2.444444444 2.444444444 1 3.381476231 1.127158744 3 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 1.04E-09 1 2.55E-09 1 0.000000895 1 2.22E-41 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 66123849 C A - - - - - - 35 0 0 39 7 17.9 23 1 4.3 57 2 3.5 72 22 30.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4.612074137 2 4.243070489 2 2 1 3 2 2 1 1 1 0.387925863 1 0.756929511 NA 3 NA 3 NA 2 NA 2 NA 0.612074137 NA 0.243070489 2.062761905 1.031380952 2 0.574684779 0.574684779 1 0.598290598 0.598290598 1 2.239679062 1.119839531 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 1.04E-09 1 0.108890944 1 0.03327602 1 3.36E-33 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 66387415 C T - - - - - - 42 0 0 43 5 11.6 19 0 0 47 3 6.4 52 6 11.5 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4.612074137 2 4.243070489 2 2 1 3 2 2 1 1 1 0.387925863 1 0.756929511 NA 3 NA 3 NA 2 NA 2 NA 0.612074137 NA 0.243070489 1.336761905 1.336761905 1 0 0 1 1.094017094 1.094017094 1 0.841709451 0.841709451 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.00000257 1 1 1 0.001719595 1 0.000000261 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 66999082 T G CES3 CCDS10826.1 r.? - - intronic 27 0 0 30 5 16.7 24 0 0 36 3 8.3 50 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4.612074137 2 4.243070489 2 2 1 3 2 2 1 1 1 0.387925863 1 0.756929511 NA 3 NA 3 NA 2 NA 2 NA 0.612074137 NA 0.243070489 1.92447619 1.92447619 1 0 0 1 1.418803419 1.418803419 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 7 NA 1 1 0.000000401 1 1 1 0.000788827 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 67225064 T C EXOC3L CCDS10832.1 r.? - - upstream 34 0 0 26 9 34.6 18 5 27.8 39 4 10.3 52 21 40.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4.612074137 2 4.243070489 2 2 1 3 2 2 1 1 1 0.387925863 1 0.756929511 NA 3 NA 3 NA 2 NA 2 NA 0.612074137 NA 0.243070489 3.987238095 1.993619048 2 3.715403922 1.422396045 2.612074137 1.760683761 1.760683761 1 2.956961899 0.985653966 3 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 5.65E-15 1 2.54E-08 1 0.0000447 1 7.89E-35 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 69645513 G T MIR1538 CCDS10882.1 r.? - - intronic 36 0 0 46 5 10.9 20 1 5 71 8 11.3 48 7 14.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4.612074137 2 4.243070489 2 2 1 3 2 2 1 1 1 0.387925863 1 0.756929511 NA 3 NA 3 NA 2 NA 2 NA 0.612074137 NA 0.243070489 1.256095238 1.256095238 1 0.668238115 0.668238115 1 1.931623932 1.931623932 1 1.068605043 1.068605043 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.00000361 1 0.09538952 1 3.14E-09 1 4.81E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 70570187 C T SF3B3 CCDS10894.1 r.? - - intronic 33 0 0 44 10 22.7 27 9 33.3 52 11 21.2 59 26 44.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4.612074137 2 4.243070489 2 2 1 3 2 2 1 1 1 0.387925863 1 0.756929511 NA 3 NA 3 NA 2 NA 2 NA 0.612074137 NA 0.243070489 2.615904762 1.307952381 2 4.450465849 1.703805335 2.612074137 3.623931624 3.623931624 1 3.227772766 1.075924255 3 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 2.08E-14 1 8.44E-15 1 2.44E-15 1 5.03E-44 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 75980894 T C - - - - - - 39 0 0 30 4 13.3 27 2 7.4 44 0 0 60 3 5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4.612074137 2 4.243070489 2 2 1 3 2 2 1 1 1 0.387925863 1 0.756929511 NA 3 NA 3 NA 2 NA 2 NA 0.612074137 NA 0.243070489 1.532666667 1.532666667 1 0.988992411 0.988992411 1 0 NA 0 0.365960631 1.505574093 0.243070489 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.0000154 1 0.00807567 1 1 1 0.003458198 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 77204096 G C - - - - - - 27 0 0 50 5 10 29 1 3.4 85 5 5.9 64 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4.612074137 2 4.243070489 2 2 1 3 2 2 1 1 1 0.387925863 1 0.756929511 NA 3 NA 3 NA 2 NA 2 NA 0.612074137 NA 0.243070489 1.152380952 1.152380952 1 0.454401919 0.454401919 1 1.008547009 1.008547009 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 7 NA 1 1 0.00000549 1 0.135292269 1 0.0000735 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 80490937 A G - - - - - - 28 0 0 28 4 14.3 28 1 3.6 64 5 7.8 49 6 12.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4.612074137 2 4.243070489 2 2 1 3 2 2 1 1 1 0.387925863 1 0.756929511 NA 3 NA 3 NA 2 NA 2 NA 0.612074137 NA 0.243070489 1.647904762 1.647904762 1 0.481131443 0.481131443 1 1.333333333 1.333333333 1 0.89294394 0.89294394 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.0000116 1 0.130947004 1 0.0000186 1 0.000000182 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 80901663 G T - - - - - - 44 0 0 33 5 15.2 36 5 13.9 75 2 2.7 61 10 16.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4.612074137 2 4.243070489 2 2 1 3 2 2 1 1 1 0.387925863 1 0.756929511 NA 3 NA 3 NA 2 NA 2 NA 0.612074137 NA 0.243070489 1.751619048 1.751619048 1 1.857701961 1.857701961 1 0.461538462 0.461538462 1 1.20035087 1.20035087 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.00000066 1 0.00000104 1 0.054571821 1 6.98E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 81221561 A C PKD1L2 CCDS42202.1 r.? - - intronic 25 0 0 36 6 16.7 29 4 13.8 60 7 11.7 45 19 42.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4.612074137 2 4.243070489 2 2 1 3 2 2 1 1 1 0.387925863 1 0.756929511 NA 3 NA 3 NA 2 NA 2 NA 0.612074137 NA 0.243070489 1.92447619 1.92447619 1 1.844337199 1.844337199 1 2 2 1 3.088707726 1.029569242 3 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 2.68E-08 1 0.0000134 1 2.39E-08 1 4.11E-32 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 81431352 T A - - - - - - 26 0 0 23 4 17.4 21 0 0 15 0 0 57 0 0 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4.612074137 2 4.243070489 2 2 1 3 2 2 1 1 1 0.387925863 1 0.756929511 NA 3 NA 3 NA 2 NA 2 NA 0.612074137 NA 0.243070489 2.005142857 2.005142857 1 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.00000513 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 83010031 G T CDH13 ENST00000268613 r.? - - intronic 33 0 0 52 4 7.7 21 0 0 72 0 0 61 0 0 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4.612074137 2 4.243070489 2 2 1 3 2 2 1 1 1 0.387925863 1 0.756929511 NA 3 NA 3 NA 2 NA 2 NA 0.612074137 NA 0.243070489 0.887333333 0.887333333 1 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.000139698 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 84022586 A C NECAB2 CCDS10940.1 r.? - - intronic 40 0 0 42 5 11.9 18 1 5.6 55 7 12.7 67 11 16.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4.612074137 2 4.243070489 2 2 1 3 2 2 1 1 1 0.387925863 1 0.756929511 NA 3 NA 3 NA 2 NA 2 NA 0.612074137 NA 0.243070489 1.371333333 1.371333333 1 0.748426689 0.748426689 1 2.170940171 2.170940171 1 1.20035087 1.20035087 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.00000228 1 0.086275114 1 1.28E-08 1 4.85E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 84068789 C T SLC38A8 CCDS32495.1 r.? - - intronic 27 0 0 34 7 20.6 19 2 10.5 54 5 9.3 42 9 21.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4.612074137 2 4.243070489 2 2 1 3 2 2 1 1 1 0.387925863 1 0.756929511 NA 3 NA 3 NA 2 NA 2 NA 0.612074137 NA 0.243070489 2.373904762 1.186952381 2 1.403300042 1.403300042 1 1.58974359 1.58974359 1 1.566311501 1.566311501 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 3.73E-10 1 0.004039874 1 0.00000806 1 7.51E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 84252437 T A KCNG4 CCDS10945.1 r.? - - downstream 26 0 0 44 4 9.1 24 2 8.3 63 2 3.2 56 11 19.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4.612074137 2 4.243070489 2 2 1 3 2 2 1 1 1 0.387925863 1 0.756929511 NA 3 NA 3 NA 2 NA 2 NA 0.612074137 NA 0.243070489 1.048666667 1.048666667 1 1.109275272 1.109275272 1 0.547008547 0.547008547 1 1.434565674 1.434565674 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.0000723 1 0.006413403 1 0.03993132 1 5.91E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 85522125 C T - - - - - - 23 0 0 31 8 25.8 22 3 13.6 49 3 6.1 61 19 31.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4.612074137 2 4.243070489 2 2 1 3 2 2 1 1 1 0.387925863 1 0.756929511 NA 3 NA 3 NA 2 NA 2 NA 0.612074137 NA 0.243070489 2.973142857 1.486571429 2 1.817607674 1.817607674 1 1.042735043 1.042735043 1 2.276275125 1.138137563 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 2.78E-12 1 0.000179267 1 0.001939399 1 4.64E-29 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 86157440 G C - - - - - - 27 0 0 27 5 18.5 17 2 11.8 26 3 11.5 49 21 42.9 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4.612074137 2 4.243070489 2 2 1 3 2 2 1 1 1 0.387925863 1 0.756929511 NA 3 NA 3 NA 2 NA 2 NA 0.612074137 NA 0.243070489 2.131904762 2.131904762 1 1.577041952 1.577041952 1 1.965811966 1.965811966 1 3.139942214 1.046647405 3 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.00000023 1 0.003234386 1 0.000298167 1 1.63E-35 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 86826249 G C - - - - - - 30 0 0 36 10 27.8 29 4 13.8 68 12 17.6 60 8 13.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4.612074137 2 4.243070489 2 2 1 3 2 2 1 1 1 0.387925863 1 0.756929511 NA 3 NA 3 NA 2 NA 2 NA 0.612074137 NA 0.243070489 3.203619048 1.601809524 2 1.844337199 1.844337199 1 3.008547009 3.008547009 1 0.973455279 0.973455279 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 2.21E-15 1 0.0000134 1 1.37E-15 1 7.93E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 88987484 C A CBFA2T3 CCDS10972.1 r.? - - intronic 39 0 0 35 8 22.9 14 2 14.3 15 3 20 52 8 15.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4.612074137 2 4.243070489 2 2 1 3 2 2 1 1 1 0.387925863 1 0.756929511 NA 3 NA 3 NA 2 NA 2 NA 0.612074137 NA 0.243070489 2.638952381 1.31947619 2 1.91116101 1.91116101 1 3.418803419 3.418803419 1 1.127158744 1.127158744 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 8.15E-12 1 0.002185852 1 0.0000544 1 2.42E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 17 6452 A C DOC2B ENST00000496357 r.? - - intronic 30 0 0 35 9 25.7 15 8 53.3 11 4 36.4 57 33 57.9 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3.076300547 3 4 4 0 3 0 0 0 0 1 1 -2.076300547 1 NA NA 1 NA NA NA 0 NA NA NA 3.076300547 NA 2.961619048 0.987206349 3 6.797182796 1.699295699 4 6.613995621 2.149983566 3.076300547 3.518086294 1.172695431 3 NA NA 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 1.23E-13 1 2.44E-15 1 0.000000201 1 7.79E-61 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 17 435331 G A VPS53 CCDS45558.1 r.? - - intronic 26 0 0 39 11 28.2 29 9 31 15 4 26.7 39 18 46.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3.076300547 3 4 4 0 3 0 0 0 0 1 1 -2.076300547 1 NA NA 1 NA NA NA 0 NA NA NA 3.076300547 NA 3.249714286 1.083238095 3 3.953333333 0.988333333 4 4.85147481 1.577048385 3.076300547 2.807177665 0.935725888 3 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 7.2E-17 1 1.79E-14 1 0.000000816 1 2.15E-31 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 17 2631994 G C - - - - - - 29 0 0 43 9 20.9 22 4 18.2 49 3 6.1 56 7 12.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3.076300547 3 4 4 0 3 0 0 0 0 1 1 -2.076300547 1 NA NA 1 NA NA NA 0 NA NA NA 3.076300547 NA 2.40847619 0.802825397 3 2.320989247 2.320989247 1 1.108389376 1.108389376 1 0.759517766 0.759517766 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 9.45E-13 1 0.00000425 1 0.001939399 1 1.46E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 17 2669126 G C - - - - - - 22 0 0 38 6 15.8 28 7 25 20 0 0 47 9 19.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 3.076300547 3 4 4 0 3 0 0 0 0 1 1 -2.076300547 1 NA NA 1 NA NA NA 0 NA NA NA 3.076300547 NA 1.820761905 1.820761905 1 3.188172043 1.062724014 3 0 NA 0 1.160543147 1.160543147 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 3.76E-08 1 8.44E-11 1 1 1 2.24E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 17 4485743 G A SMTNL2 CCDS45583.1 r.? - - upstream 30 0 0 34 11 32.4 15 9 60 16 3 18.8 53 32 60.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3.076300547 3 4 4 0 3 0 0 0 0 1 1 -2.076300547 1 NA NA 1 NA NA NA 0 NA NA NA 3.076300547 NA 3.733714286 0.933428571 4 7.651612903 1.912903226 4 3.416019717 1.110431073 3.076300547 3.669989848 1.223329949 3 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 1.26E-17 1 9.51E-18 1 0.0000667 1 6.69E-60 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 17 5937785 G A - - - - - - 30 0 0 38 6 15.8 18 2 11.1 69 0 0 44 6 13.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 3.076300547 3 4 4 0 3 0 0 0 0 1 1 -2.076300547 1 NA NA 1 NA NA NA 0 NA NA NA 3.076300547 NA 1.820761905 1.820761905 1 1.415548387 1.415548387 1 0 NA 0 0.82635533 0.82635533 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 3.76E-08 1 0.003626632 1 1 1 9.37E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 17 7579366 G T TP53 CCDS11118.1 r.511c>a c.321C>A p.Y107* nonsense 27 0 0 28 14 50 19 9 47.4 20 4 20 62 38 61.3 413 0 0 903 300 33.2 1800 107 5.9 593 127 21.4 779 419 53.8 TRUE TRUE 4 4 3.076300547 3 4 4 0 3 0 0 0 0 1 1 -2.076300547 1 NA NA 1 NA NA NA 0 NA NA NA 3.076300547 NA 5.761904762 1.44047619 4 6.044774194 1.511193548 4 3.634063528 1.181309652 3.076300547 3.724675127 1.241558376 3 3.825904762 0.95647619 4 0.752408602 0.752408602 1 3.888447975 1.264001327 3.076300547 3.268964467 1.089654822 3 8 12 1 1 2.29E-25 0 1.72E-16 9.32E-76 0.00000284 1.36E-161 3.14E-71 0 YES 1_1 1_1 1_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b 17 9189255 G A STX8 CCDS32565.1 r.? - - intronic 30 0 0 33 4 12.1 24 4 16.7 61 0 0 39 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2.253441505 2 3.076300547 1.676536531 2 2 0 1 0 0 0 0 0.746558495 1 -2.076300547 0.323463469 3 NA 1 2 0 NA 0 0 0.253441505 NA 3.076300547 0.676536531 1.183047374 1.183047374 1 1.795698925 1.795698925 1 0 NA 0 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.0000228 1 0.00000613 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 17 11977914 T G MAP2K4 CCDS11162.1 r.? - - intronic 27 0 0 33 5 15.2 18 3 16.7 64 17 26.6 39 10 25.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2.253441505 2 3.076300547 1.676536531 2 2 0 1 0 0 0 0 0.746558495 1 -2.076300547 0.323463469 3 NA 1 2 0 NA 0 0 0.253441505 NA 3.076300547 0.676536531 1.486142156 1.486142156 1 1.795698925 1.795698925 1 4.833304493 1.571141837 3.076300547 1.216685738 1.216685738 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.00000066 1 0.0000964 1 8.43E-25 1 5.44E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 17 12344605 A G - - - - - - 37 0 0 46 17 37 19 5 26.3 79 15 19 98 55 56.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 7 7 7 7 7 7 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 5.373809524 1.074761905 5 4.142956989 1.035739247 4 4.197863248 1.049465812 4 5.652715736 0.942119289 6 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 1.16E-27 1 3.43E-08 1 1.22E-19 1 2.76E-99 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 17 12570261 C T MYOCD CCDS11163.1 r.? - - intronic 22 0 0 48 5 10.4 25 1 4 72 0 0 68 4 5.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 7 7 7 7 7 7 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.51047619 1.51047619 1 0.630107527 0.630107527 1 0 0 1 0.594492386 0.594492386 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.00000447 1 0.117779757 1 1 1 0.000394372 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 17 13694318 A G - - - - - - 38 0 0 48 5 10.4 26 3 11.5 52 0 0 88 10 11.4 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 7 7 7 7 7 7 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.51047619 1.51047619 1 1.81155914 1.81155914 1 0 0 1 1.148680203 1.148680203 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.00000447 1 0.000298167 1 1 1 3.09E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 17 14368326 T G - - - - - - 36 0 0 54 4 7.4 25 2 8 79 4 5.1 87 12 13.8 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 7 7 7 7 7 7 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.074761905 1.074761905 1 1.260215054 1.260215054 1 1.126794872 1.126794872 1 1.390507614 1.390507614 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000161898 1 0.006948068 1 0.000696582 1 3.06E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 17 14814837 C T - - - - - - 36 0 0 47 19 40.4 27 11 40.7 72 17 23.6 74 44 59.5 2 0 0 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 7 7 7 7 7 7 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 5.867619048 0.977936508 6 6.411344086 1.068557348 6 5.214188034 1.042837607 5 5.995304569 0.999217428 6 NA NA 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 1.16E-31 1 5.92E-19 1 7.97E-24 1 2.3E-81 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 17 15094524 G T - - - - - - 27 0 0 45 7 15.6 28 5 17.9 49 3 6.1 111 30 27 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 7 7 7 7 7 7 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.265714286 1.132857143 2 2.819731183 0.939910394 3 1.347735043 1.347735043 1 2.720558376 0.906852792 3 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000000003 1 0.000000279 1 0.001939399 1 7.21E-43 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 17 15111760 T C - - - - - - 37 0 0 72 5 6.9 39 0 0 91 0 0 139 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 7 7 7 7 7 7 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.002142857 1.002142857 1 0 0 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 10 NA 1 1 0.0000331 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 17 15124039 G C - - - - - - 50 0 0 57 7 12.3 35 5 14.3 81 5 6.2 148 14 9.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 7 7 7 7 7 7 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.786428571 1.786428571 1 2.252634409 2.252634409 1 1.36982906 1.36982906 1 0.957233503 0.957233503 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 1.66E-08 1 0.000000895 1 0.0000584 1 4.8E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 17 15124065 G C - - - - - - 47 0 0 67 7 10.4 31 5 16.1 94 7 7.4 149 14 9.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 7 7 7 7 7 7 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.51047619 1.51047619 1 2.536182796 0.845394265 3 1.634957265 1.634957265 1 0.94715736 0.94715736 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 5.23E-08 1 0.000000476 1 0.000000547 1 5.28E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 17 15749169 C A - - - - - - 30 0 0 49 6 12.2 36 5 13.9 64 6 9.4 121 20 16.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 7 7 7 7 7 7 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.771904762 1.771904762 1 2.189623656 2.189623656 1 2.076837607 2.076837607 1 1.662563452 0.831281726 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000000182 1 0.00000104 1 0.000000914 1 2.08E-24 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 17 15778223 G T - - - - - - 30 0 0 61 8 13.1 31 0 0 94 3 3.2 139 20 14.4 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 7 7 7 7 7 7 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.902619048 0.951309524 2 0 0 1 0.707008547 0.707008547 1 1.450964467 1.450964467 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 9.09E-10 1 1 1 0.011950808 1 3.83E-23 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 17 15778246 G T - - - - - - 27 0 0 68 8 11.8 33 0 0 97 4 4.1 130 23 17.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 7 7 7 7 7 7 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.713809524 1.713809524 1 0 0 1 0.905854701 0.905854701 1 1.783477157 0.891738579 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 2.21E-09 1 1 1 0.001496109 1 1.45E-28 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 17 15778504 G C - - - - - - 27 0 0 61 7 11.5 32 1 3.1 95 9 9.5 152 17 11.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 7 7 7 7 7 7 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.670238095 1.670238095 1 0.488333333 0.488333333 1 2.098931624 1.049465812 2 1.128527919 1.128527919 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 2.69E-08 1 0.14819814 1 1.56E-09 1 5.52E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 17 15778673 G T - - - - - - 39 0 0 47 5 10.6 33 4 12.1 93 9 9.7 138 20 14.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 7 7 7 7 7 7 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.53952381 1.53952381 1 1.906075269 1.906075269 1 2.143119658 1.071559829 2 1.461040609 0.730520305 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.00000402 1 0.0000228 1 1.29E-09 1 3.3E-23 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 17 15828502 A T - - - - - - 30 0 0 66 39 59.1 44 18 40.9 48 24 50 143 118 82.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 7 7 7 7 7 7 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 8.583571429 1.22622449 7 6.442849462 1.073808244 6 11.04700855 1.578144078 7 8.312817259 1.187545323 7 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 3.91E-72 1 3.47E-30 1 1.71E-42 1 1.41E-244 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 17 19217880 C T EPN2 CCDS11203.1 r.? - - intronic 30 0 0 37 5 13.5 25 2 8 36 0 0 51 13 25.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 2.766682956 2.595714636 4 4 0 2 0 0 0 0 1 1 -1.766682956 0.404285364 NA NA 1 3 NA NA 0 0 NA NA 2.766682956 0.595714636 1.555714286 1.555714286 1 1.020215054 1.020215054 1 0 NA 0 1.446323476 1.446323476 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.00000119 1 0.006948068 1 1 1 4.87E-19 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 17 19872764 C T AKAP10 CCDS11214.1 r.? - - intronic 39 0 0 31 4 12.9 14 0 0 46 0 0 47 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 2.766682956 2.595714636 4 4 0 2 0 0 0 0 1 1 -1.766682956 0.404285364 NA NA 1 3 NA NA 0 0 NA NA 2.766682956 0.595714636 1.486571429 1.486571429 1 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.0000177 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 17 20889522 A T - - - - - - 26 0 0 17 3 17.6 19 0 0 32 1 3.1 23 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 2.766682956 2.595714636 4 4 0 2 0 0 0 0 1 1 -1.766682956 0.404285364 NA NA 1 3 NA NA 0 0 NA NA 2.766682956 0.595714636 2.028190476 2.028190476 1 0 0 1 0.553681702 NA 0 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.0000807 1 1 1 0.14819814 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 17 20976831 A C - - - - - - 31 0 0 34 4 11.8 23 5 21.7 25 3 12 51 6 11.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2.766682956 2.595714636 4 4 0 2 0 0 0 0 1 1 -1.766682956 0.404285364 NA NA 1 3 NA NA 0 0 NA NA 2.766682956 0.595714636 1.359809524 1.359809524 1 2.767333333 0.922444444 3 2.143284006 2.143284006 1 0.669279099 0.669279099 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.0000257 1 9.75E-08 1 0.00026475 1 0.000000232 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 17 22073327 A G - - - - - - 39 0 0 42 11 26.2 15 6 40 73 12 16.4 53 20 37.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 2.766682956 3.652405047 4 4 0 3 0 0 0 0 1 1 -1.766682956 0.347594953 NA NA 1 4 NA NA 0 0 NA NA 2.766682956 0.652405047 3.019238095 1.006412698 3 5.101075269 1.275268817 4 2.929154808 1.05872442 2.766682956 2.536662287 0.95636309 2.652405047 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 1.81E-16 1 7.52E-11 1 3.39E-15 1 1.65E-32 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 17 26847178 G T FOXN1 CCDS11232.1 r.? - - upstream 33 0 0 40 6 15 24 3 12.5 44 10 22.7 76 16 21.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 5.201412077 3.652405047 4 4 3 3 0 0 0 0 1 1 -1.201412077 0.347594953 NA NA 4 4 NA NA 0 0 NA NA 2.201412077 0.652405047 1.728571429 1.728571429 1 1.594086022 1.594086022 1 4.607062422 1.096550954 4.201412077 1.419723455 1.419723455 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 5.18E-08 1 0.000233853 1 2.08E-14 1 1.25E-21 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 17 30100090 G A - - - - - - 34 0 0 42 7 16.7 21 8 38.1 46 4 8.7 57 13 22.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 5.201412077 3.652405047 4 4 3 3 0 0 0 0 1 1 -1.201412077 0.347594953 NA NA 4 4 NA NA 0 0 NA NA 2.201412077 0.652405047 1.92447619 1.92447619 1 4.858774194 1.214693548 4 1.765702338 1.765702338 1 1.534108757 1.534108757 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 1.81E-09 1 7.5E-14 1 0.0000862 1 2.44E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 17 31245189 C T - - - - - - 43 0 0 36 8 22.2 20 3 15 63 9 14.3 63 20 31.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 5.201412077 3.652405047 4 4 3 3 0 0 0 0 1 1 -1.201412077 0.347594953 NA NA 4 4 NA NA 0 0 NA NA 2.201412077 0.652405047 2.558285714 0.852761905 3 1.912903226 1.912903226 1 2.902246372 0.967415457 3 2.132949456 1.066474728 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 1.04E-11 1 0.0001337 1 3.62E-11 1 1.05E-30 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 17 32088562 G A ACCN1 CCDS42296.1 r.? - - intronic 35 0 0 30 5 16.7 20 0 0 56 0 0 58 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 5.201412077 3.652405047 4 4 3 3 0 0 0 0 1 1 -1.201412077 0.347594953 NA NA 4 4 NA NA 0 0 NA NA 2.201412077 0.652405047 1.92447619 1.92447619 1 0 0 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 10 NA 1 1 0.000000401 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 17 32574129 T C - - - - - - 35 0 0 41 20 48.8 25 5 20 60 14 23.3 56 35 62.5 2 0 0 0 0 NA 2 1 50 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 5.201412077 3.652405047 4 4 3 3 0 0 0 0 1 1 -1.201412077 0.347594953 NA NA 4 4 NA NA 0 0 NA NA 2.201412077 0.652405047 5.623619048 1.405904762 4 2.550537634 0.850179211 3 4.728834997 0.909144464 5.201412077 4.205341987 1.151389819 3.652405047 NA NA 1 6.376344086 6.376344086 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 2.32E-35 1 0.000000153 0.009975 8.54E-20 1 3.54E-66 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 17 32691393 G A CCL1 CCDS11282.1 r.? - - upstream 20 0 0 36 8 22.2 30 2 6.7 73 8 11 61 17 27.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 5.201412077 3.652405047 4 4 3 3 0 0 0 0 1 1 -1.201412077 0.347594953 NA NA 4 4 NA NA 0 0 NA NA 2.201412077 0.652405047 2.558285714 0.852761905 3 0.854430108 0.854430108 1 2.232497209 1.014120542 2.201412077 1.877264663 0.938632331 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 1.04E-11 1 0.009909649 1 3.93E-09 1 3.33E-25 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 17 33661568 C G - - - - - - 38 0 0 35 4 11.4 16 0 0 69 0 0 56 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 5.201412077 3.652405047 4 4 3 3 0 0 0 0 1 1 -1.201412077 0.347594953 NA NA 4 4 NA NA 0 0 NA NA 2.201412077 0.652405047 1.313714286 1.313714286 1 0 0 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 10 NA 1 1 0.0000289 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 17 33934182 T C AP2B1 CCDS32621.1 r.? - - intronic 22 0 0 48 7 14.6 27 4 14.8 43 2 4.7 66 15 22.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 5.201412077 3.652405047 4 4 3 3 0 0 0 0 1 1 -1.201412077 0.347594953 NA NA 4 4 NA NA 0 0 NA NA 2.201412077 0.652405047 1.68247619 1.68247619 1 1.887397849 1.887397849 1 0.953885171 0.953885171 1 1.52738021 1.52738021 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 4.81E-09 1 0.00001 1 0.019709573 1 6.45E-21 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 17 35795597 G T TADA2A CCDS11319.1 r.? - - intronic 38 0 0 42 5 11.9 24 0 0 16 0 0 50 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 5.201412077 3.652405047 4 4 3 3 0 0 0 0 1 1 -1.201412077 0.347594953 NA NA 4 4 NA NA 0 0 NA NA 2.201412077 0.652405047 1.371333333 1.371333333 1 0 0 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 10 NA 1 1 0.00000228 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 17 36213887 A C ENSG00000224974 ENST00000432091 r.? - - intronic 26 0 0 42 15 35.7 31 10 32.3 60 14 23.3 71 44 62 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 5.201412077 3.652405047 4 4 3 3 0 0 0 0 1 1 -1.201412077 0.347594953 NA NA 4 4 NA NA 0 0 NA NA 2.201412077 0.652405047 4.114 1.0285 4 4.11911828 1.02977957 4 4.728834997 0.909144464 5.201412077 4.171699251 1.142178701 3.652405047 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 2.65E-24 1 3.94E-16 1 8.54E-20 1 1.46E-82 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 17 36213888 C A ENSG00000224974 ENST00000432091 r.? - - intronic 27 0 0 41 15 36.6 32 10 31.2 60 14 23.3 70 43 61.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 5.201412077 3.652405047 4 4 3 3 0 0 0 0 1 1 -1.201412077 0.347594953 NA NA 4 4 NA NA 0 0 NA NA 2.201412077 0.652405047 4.217714286 1.054428571 4 3.97883871 0.994709677 4 4.728834997 0.909144464 5.201412077 4.131327968 1.131125358 3.652405047 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 1.71E-24 1 5.7E-16 1 8.54E-20 1 1.81E-80 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 17 37891554 G C GRB7 CCDS11345.1 r.? - - upstream 37 0 0 54 6 11.1 30 4 13.3 46 4 8.7 51 10 19.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 5.201412077 3.652405047 4 4 3 3 0 0 0 0 1 1 -1.201412077 0.347594953 NA NA 4 4 NA NA 0 0 NA NA 2.201412077 0.652405047 1.279142857 1.279142857 1 1.696107527 1.696107527 1 1.765702338 1.765702338 1 1.318795247 1.318795247 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000000329 1 0.0000154 1 0.0000862 1 1.04E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 17 38197787 C T MED24 CCDS11359.1 r.? - - intronic 42 0 0 50 6 12 29 3 10.3 84 0 0 67 0 0 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 5.201412077 3.652405047 4 4 3 3 0 0 0 0 1 1 -1.201412077 0.347594953 NA NA 4 4 NA NA 0 0 NA NA 2.201412077 0.652405047 1.382857143 1.382857143 1 1.313526882 1.313526882 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 9 NA 1 1 0.000000206 1 0.000414371 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 17 38277583 C T MSL1 CCDS45670.1 r.? - - upstream 37 0 0 20 4 20 22 5 22.7 49 3 6.1 61 21 34.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 5.201412077 3.652405047 4 4 3 3 0 0 0 0 1 1 -1.201412077 0.347594953 NA NA 4 4 NA NA 0 0 NA NA 2.201412077 0.652405047 2.304761905 2.304761905 1 2.894860215 0.964953405 3 1.238021179 1.238021179 1 2.31462023 0.87264961 2.652405047 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.00000284 1 7.67E-08 1 0.001939399 1 4.8E-33 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 17 47304687 G A PHOSPHO1 CCDS45726.1 r.? - - intronic 33 0 0 42 7 16.7 20 1 5 52 2 3.8 51 10 19.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 5.201412077 3.644488395 4 4 3 3 0 0 0 0 1 1 -1.201412077 0.355511605 NA NA 4 4 NA NA 0 0 NA NA 2.201412077 0.644488395 1.92447619 1.92447619 1 0.637634409 0.637634409 1 0.771226309 0.771226309 1 1.317243583 1.317243583 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 1.81E-09 1 0.09538952 1 0.028101652 1 1.04E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 17 48020914 G T - - - - - - 33 0 0 29 6 20.7 20 4 20 70 15 21.4 47 8 17 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 5.201412077 3.644488395 4 4 3 3 0 0 0 0 1 1 -1.201412077 0.355511605 NA NA 4 4 NA NA 0 0 NA NA 2.201412077 0.644488395 2.385428571 1.192714286 2 2.550537634 2.550537634 1 4.343221843 1.033752882 4.201412077 1.14250719 1.14250719 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 6.72E-09 1 0.00000284 1 1.7E-20 1 1.03E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 17 50242552 G A - - - - - - 39 0 0 39 8 20.5 27 3 11.1 67 4 6 64 19 29.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 5.201412077 3.644488395 4 4 3 3 0 0 0 0 1 1 -1.201412077 0.355511605 NA NA 4 4 NA NA 0 0 NA NA 2.201412077 0.644488395 2.362380952 1.181190476 2 1.415548387 1.415548387 1 1.21772575 1.21772575 1 1.996027266 0.998013633 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 2.09E-11 1 0.000334187 1 0.000372648 1 1.34E-28 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 17 50429470 G A - - - - - - 28 0 0 43 8 18.6 14 5 35.7 68 6 8.8 71 14 19.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 5.201412077 3.644488395 4 4 3 3 0 0 0 0 1 1 -1.201412077 0.355511605 NA NA 4 4 NA NA 0 0 NA NA 2.201412077 0.644488395 2.143428571 1.071714286 2 4.552709677 1.138177419 4 1.785997767 1.785997767 1 1.323964214 1.323964214 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 4.85E-11 1 6.03E-09 1 0.00000131 1 1.13E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 17 50559027 A G - - - - - - 27 0 0 31 5 16.1 20 1 5 75 0 0 58 0 0 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 5.201412077 3.644488395 4 4 3 3 0 0 0 0 1 1 -1.201412077 0.355511605 NA NA 4 4 NA NA 0 0 NA NA 2.201412077 0.644488395 1.855333333 1.855333333 1 0.637634409 0.637634409 1 0 NA 0 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.000000476 1 0.09538952 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 17 50849402 C T - - - - - - 47 0 0 30 6 20 26 3 11.5 67 7 10.4 64 15 23.4 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 2 0 0 TRUE FALSE 4 4 5.201412077 3.644488395 4 4 3 3 0 0 0 0 1 1 -1.201412077 0.355511605 NA NA 4 4 NA NA 0 0 NA NA 2.201412077 0.644488395 2.304761905 1.152380952 2 1.46655914 1.46655914 1 2.110724634 0.958804876 2.201412077 1.572627543 0.956302001 1.644488395 NA NA 1 0 0 1 NA NA 0 0 0 1 8 NA 1 1 8.37E-09 1 0.000298167 1 5.23E-08 1 3.87E-21 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 17 51213694 C A - - - - - - 29 0 0 37 4 10.8 15 1 6.7 58 5 8.6 66 10 15.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 5.201412077 3.644488395 4 4 3 3 0 0 0 0 1 1 -1.201412077 0.355511605 NA NA 4 4 NA NA 0 0 NA NA 2.201412077 0.644488395 1.244571429 1.244571429 1 0.854430108 0.854430108 1 1.745406909 1.745406909 1 1.02153584 1.02153584 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.0000362 1 0.072431031 1 0.0000115 1 1.6E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 17 51235676 G A - - - - - - 39 0 0 39 14 35.9 25 9 36 71 21 29.6 85 53 62.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 5.201412077 3.644488395 4 4 3 3 0 0 0 0 1 1 -1.201412077 0.355511605 NA NA 4 4 NA NA 0 0 NA NA 2.201412077 0.644488395 4.137047619 1.034261905 4 4.590967742 1.147741935 4 6.007447035 1.154964641 5.201412077 4.193673449 1.150689204 3.644488395 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 8.19E-23 1 3.71E-15 1 2.05E-31 1 2.38E-99 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 17 51297466 C T - - - - - - 32 0 0 44 6 13.6 26 1 3.8 71 0 0 50 4 8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 5.201412077 3.644488395 4 4 3 3 0 0 0 0 1 1 -1.201412077 0.355511605 NA NA 4 4 NA NA 0 0 NA NA 2.201412077 0.644488395 1.567238095 1.567238095 1 0.484602151 0.484602151 1 0 0 1 0.537650442 0.537650442 1 NA NA 1 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 9.37E-08 1 0.122190858 1 1 1 0.000119787 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 17 51299761 A G - - - - - - 31 0 0 30 4 13.3 26 2 7.7 75 6 8 51 10 19.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 5.201412077 3.644488395 4 4 3 3 0 0 0 0 1 1 -1.201412077 0.355511605 NA NA 4 4 NA NA 0 0 NA NA 2.201412077 0.644488395 1.532666667 1.532666667 1 0.981956989 0.981956989 1 1.623634334 1.623634334 1 1.317243583 1.317243583 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.0000154 1 0.007502227 1 0.00000234 1 1.04E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 17 51372163 C T - - - - - - 39 0 0 45 5 11.1 35 2 5.7 79 10 12.7 53 2 3.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 5.201412077 3.644488395 4 4 3 3 0 0 0 0 1 1 -1.201412077 0.355511605 NA NA 4 4 NA NA 0 0 NA NA 2.201412077 0.644488395 1.279142857 1.279142857 1 0.726903226 0.726903226 1 2.577519505 0.859173168 3 0.25538396 0.396258431 0.644488395 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.00000323 1 0.013332991 1 1.03E-11 1 0.029108399 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 17 51860632 T G - - - - - - 11 0 0 33 3 9.1 9 2 22.2 44 6 13.6 43 7 16.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 5.201412077 3.644488395 4 4 3 3 0 0 0 0 1 1 -1.201412077 0.355511605 NA NA 4 4 NA NA 0 0 NA NA 2.201412077 0.644488395 1.048666667 1.048666667 1 2.831096774 2.831096774 1 2.760178367 0.920059456 3 1.095462776 1.095462776 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000609557 1 0.000879235 1 9.37E-08 1 2.15E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 17 52054602 C T - - - - - - 39 0 0 45 11 24.4 25 6 24 23 5 21.7 48 25 52.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 5.201412077 3.644488395 4 4 3 3 0 0 0 0 1 1 -1.201412077 0.355511605 NA NA 4 4 NA NA 0 0 NA NA 2.201412077 0.644488395 2.811809524 0.937269841 3 3.060645161 1.020215054 3 4.40410813 1.048244745 4.201412077 3.501448504 0.960751723 3.644488395 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 4.24E-16 1 2.55E-09 1 9.75E-08 1 8.26E-45 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 17 52232298 T C - - - - - - 35 0 0 45 5 11.1 25 3 12 67 0 0 63 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 5.201412077 3.644488395 4 4 3 3 0 0 0 0 1 1 -1.201412077 0.355511605 NA NA 4 4 NA NA 0 0 NA NA 2.201412077 0.644488395 1.279142857 1.279142857 1 1.530322581 1.530322581 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 9 NA 1 1 0.00000323 1 0.00026475 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 17 52417298 C T - - - - - - 35 0 0 49 11 22.4 20 5 25 79 24 30.4 62 31 50 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 5.201412077 3.644488395 4 4 3 3 0 0 0 0 1 1 -1.201412077 0.355511605 NA NA 4 4 NA NA 0 0 NA NA 2.201412077 0.644488395 2.581333333 0.860444444 3 3.188172043 1.062724014 3 6.169810468 1.186179902 5.201412077 3.360315263 0.922026605 3.644488395 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 1.19E-15 1 4.55E-08 1 5.2E-36 1 1.86E-54 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 17 52586434 A G - - - - - - 26 0 0 34 12 35.3 31 10 32.3 66 13 19.7 55 36 65.5 0 0 NA 0 0 NA 4 1 25 0 0 NA 2 0 0 TRUE FALSE 4 4 5.201412077 3.644488395 4 4 3 3 0 0 0 0 1 1 -1.201412077 0.355511605 NA NA 4 4 NA NA 0 0 NA NA 2.201412077 0.644488395 4.067904762 1.01697619 4 4.11911828 1.02977957 4 3.998199547 0.951632326 4.201412077 4.402012995 1.207854853 3.644488395 NA NA 1 3.188172043 3.188172043 1 NA NA 0 0 0 1 8 NA 1 1 1.21E-19 1 3.94E-16 0.019850499 1.95E-17 1 3.72E-69 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 17 52588403 G C - - - - - - 51 0 0 44 5 11.4 23 2 8.7 81 3 3.7 66 15 22.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 5.201412077 3.644488395 4 4 3 3 0 0 0 0 1 1 -1.201412077 0.355511605 NA NA 4 4 NA NA 0 0 NA NA 2.201412077 0.644488395 1.313714286 1.313714286 1 1.109483871 1.109483871 1 0.750930879 0.750930879 1 1.52558313 1.52558313 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.00000288 1 0.00589844 1 0.007979008 1 6.45E-21 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 17 52728952 G A - - - - - - 32 0 0 48 5 10.4 16 1 6.2 79 0 0 63 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 5.201412077 3.644488395 4 4 3 3 0 0 0 0 1 1 -1.201412077 0.355511605 NA NA 4 4 NA NA 0 0 NA NA 2.201412077 0.644488395 1.19847619 1.19847619 1 0.790666667 0.790666667 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 9 NA 1 1 0.00000447 1 0.077068876 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 17 53799122 T A TMEM100 CCDS11587.1 r.? - - intronic 26 0 0 38 6 15.8 21 1 4.8 74 5 6.8 69 9 13 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 5.201412077 3.644488395 4 4 3 3 0 0 0 0 1 1 -1.201412077 0.355511605 NA NA 4 4 NA NA 0 0 NA NA 2.201412077 0.644488395 1.820761905 1.820761905 1 0.612129032 0.612129032 1 1.380089184 1.380089184 1 0.873681968 0.873681968 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 3.76E-08 1 0.099912572 1 0.0000378 1 8.45E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 17 54398662 A T ANKFN1 CCDS32686.1 r.? - - intronic 26 0 0 36 6 16.7 29 1 3.4 69 0 0 58 5 8.6 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 5.201412077 3.644488395 4 4 3 3 0 0 0 0 1 1 -1.201412077 0.355511605 NA NA 4 4 NA NA 0 0 NA NA 2.201412077 0.644488395 1.92447619 1.92447619 1 0.433591398 0.433591398 1 0 0 1 0.577974225 0.577974225 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 2.68E-08 1 0.135292269 1 1 1 0.0000115 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 17 56136245 G A - - - - - - 26 0 0 40 7 17.5 30 6 20 45 9 20 50 8 16 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 5.201412077 3.644488395 4 4 3 3 0 0 0 0 1 1 -1.201412077 0.355511605 NA NA 4 4 NA NA 0 0 NA NA 2.201412077 0.644488395 2.016666667 1.008333333 2 2.550537634 0.850179211 3 4.059085834 0.966124189 4.201412077 1.075300884 1.075300884 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 1.26E-09 1 8.37E-09 1 1.47E-12 1 1.74E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 17 56378911 A C BZRAP1 CCDS11605.1 r.7375u>g c.? p.? 3'UTR variant 37 0 0 40 5 12.5 13 1 7.7 39 0 0 64 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 5.201412077 3.644488395 4 4 3 3 0 0 0 0 1 1 -1.201412077 0.355511605 NA NA 4 4 NA NA 0 0 NA NA 2.201412077 0.644488395 1.44047619 1.44047619 1 0.981956989 0.981956989 1 0 NA 0 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.00000178 1 0.063085307 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 17 58145059 T C HEATR6 CCDS11623.1 r.991a>g c.974A>G p.K325R missense 28 0 0 42 5 11.9 25 3 12 62 4 6.5 66 6 9.1 281 1 0.4 600 47 7.8 178 31 17.4 815 33 4 766 95 12.4 TRUE TRUE 4 4 5.201412077 3.644488395 4 4 3 3 0 0 0 0 1 1 -1.201412077 0.355511605 NA NA 4 4 NA NA 0 0 NA NA 2.201412077 0.644488395 1.371333333 1.371333333 1 1.530322581 1.530322581 1 1.319202896 1.319202896 1 0.611577378 0.611577378 1 0.898857143 0.898857143 1 2.218967742 1.109483871 2 0.811817167 0.811817167 1 0.833358185 0.833358185 1 8 10 1 0.755496157 0.00000228 1.07E-39 0.00026475 1E-37 0.000276647 1.82E-19 0.0000011 2E-97 YES 1_1 1_1 1_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b 17 62643735 G T SMURF2 CCDS32707.1 r.? - - intronic 29 0 0 39 5 12.8 15 2 13.3 34 0 0 54 7 13 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 5.201412077 3.644488395 4 4 3 3 0 0 0 0 1 1 -1.201412077 0.355511605 NA NA 4 4 NA NA 0 0 NA NA 2.201412077 0.644488395 1.475047619 1.475047619 1 1.696107527 1.696107527 1 0 NA 0 0.873681968 0.873681968 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.00000156 1 0.002513772 1 1 1 1.13E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 17 62978946 C T - - - - - - 38 0 0 44 7 15.9 19 3 15.8 61 13 21.3 64 26 40.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 5.201412077 3.644488395 4 4 3 3 0 0 0 0 1 1 -1.201412077 0.355511605 NA NA 4 4 NA NA 0 0 NA NA 2.201412077 0.644488395 1.832285714 1.832285714 1 2.014924731 2.014924731 1 4.322926414 1.028922261 4.201412077 2.728575994 1.031797303 2.644488395 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 2.55E-09 1 0.000114071 1 6.41E-18 1 7.46E-43 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 17 64020054 C G CCDC46 CCDS32710.1 r.? - - intronic 24 0 0 27 6 22.2 21 3 14.3 66 2 3 61 5 8.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 5.201412077 3.644488395 4 4 3 3 0 0 0 0 1 1 -1.201412077 0.355511605 NA NA 4 4 NA NA 0 0 NA NA 2.201412077 0.644488395 2.558285714 0.852761905 3 1.823634409 1.823634409 1 0.608862875 0.608862875 1 0.551091703 0.551091703 1 NA NA 1 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 4.23E-09 1 0.000155401 1 0.043431387 1 0.0000147 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 17 65047117 G A CACNG1 CCDS11668.1 r.? - - intronic 30 0 0 28 7 25 16 1 6.2 48 6 12.5 54 12 22.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 5.201412077 3.644488395 4 4 3 3 0 0 0 0 1 1 -1.201412077 0.355511605 NA NA 4 4 NA NA 0 0 NA NA 2.201412077 0.644488395 2.880952381 0.96031746 3 0.790666667 0.790666667 1 2.536928646 1.152409707 2.201412077 1.491979977 1.491979977 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 8.44E-11 1 0.077068876 1 0.00000016 1 6.9E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 17 65160621 C G HELZ CCDS42374.1 r.? - - intronic 30 0 0 36 9 25 31 2 6.5 82 16 19.5 64 14 21.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 2 2 100 TRUE FALSE 4 4 5.201412077 3.644488395 4 4 3 3 0 0 0 0 1 1 -1.201412077 0.355511605 NA NA 4 4 NA NA 0 0 NA NA 2.201412077 0.644488395 2.880952381 0.96031746 3 0.828924731 0.828924731 1 3.957608688 0.941971084 4.201412077 1.471818085 1.471818085 1 NA NA 1 NA NA 1 0 NA 0 6.720630527 1.844053211 3.644488395 8 NA 1 1 1.63E-13 1 0.010558179 1 4.67E-21 1 2.31E-19 0.000025 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 17 67000238 T C ABCA9 CCDS11681.1 r.? - - intronic 36 0 0 34 5 14.7 23 0 0 71 0 0 70 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 5.201412077 3.644488395 4 4 3 3 0 0 0 0 1 1 -1.201412077 0.355511605 NA NA 4 4 NA NA 0 0 NA NA 2.201412077 0.644488395 1.694 1.694 1 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.000000771 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 17 67302606 A T ABCA5 CCDS11685.1 r.? - - intronic 38 0 0 50 12 24 32 5 15.6 60 5 8.3 78 18 23.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 5.201412077 3.644488395 4 4 3 3 0 0 0 0 1 1 -1.201412077 0.355511605 NA NA 4 4 NA NA 0 0 NA NA 2.201412077 0.644488395 2.765714286 0.921904762 3 1.989419355 1.989419355 1 1.684520621 1.684520621 1 1.552465652 0.944041719 1.644488395 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 2.49E-17 1 0.000000562 1 0.0000136 1 6.1E-25 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 17 67905049 G T - - - - - - 27 0 0 33 4 12.1 25 2 8 73 2 2.7 58 8 13.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 5.201412077 3.644488395 4 4 3 3 0 0 0 0 1 1 -1.201412077 0.355511605 NA NA 4 4 NA NA 0 0 NA NA 2.201412077 0.644488395 1.394380952 1.394380952 1 1.020215054 1.020215054 1 0.547976588 0.547976588 1 0.927447013 0.927447013 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.0000228 1 0.006948068 1 0.052016623 1 5.99E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 17 69310762 A G - - - - - - 37 0 0 35 5 14.3 22 0 0 67 5 7.5 60 7 11.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 5.201412077 3.644488395 4 4 3 3 0 0 0 0 1 1 -1.201412077 0.355511605 NA NA 4 4 NA NA 0 0 NA NA 2.201412077 0.644488395 1.647904762 1.647904762 1 0 0 1 1.522157188 1.522157188 1 0.786313772 0.786313772 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000000895 1 1 1 0.0000233 1 2.39E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 17 69692603 G A - - - - - - 35 0 0 56 8 14.3 20 2 10 31 1 3.2 65 23 35.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 5.201412077 3.644488395 4 4 3 3 0 0 0 0 1 1 -1.201412077 0.355511605 NA NA 4 4 NA NA 0 0 NA NA 2.201412077 0.644488395 1.647904762 1.647904762 1 1.275268817 1.275268817 1 0.649453733 0.649453733 1 2.379103206 0.899645924 2.644488395 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 4.48E-10 1 0.004473894 1 0.143917729 1 2.21E-36 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 17 70381682 C A - - - - - - 30 0 0 45 5 11.1 21 0 0 65 0 0 67 16 23.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 5.201412077 3.644488395 4 4 3 3 0 0 0 0 1 1 -1.201412077 0.355511605 NA NA 4 4 NA NA 0 0 NA NA 2.201412077 0.644488395 1.279142857 1.279142857 1 0 0 1 0 0 1 1.606230696 0.976735805 1.644488395 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 0.00000323 1 1 1 1 1 1.35E-22 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 17 73692755 C G SAP30BP CCDS11726.1 r.? - - intronic 27 0 0 33 6 18.2 35 2 5.7 47 8 17 70 14 20 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 6 7.497957823 5 6 6 0 5 0 0 0 0 1 1 -6.497957823 1 NA NA 1 NA NA NA 0 NA NA NA 7.497957823 NA 2.461333333 0.820444444 3 0.840903226 0.840903226 1 3.840635736 0.512224238 7.497957823 1.615228426 0.807614213 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 1.54E-08 1 0.013332991 1 1.03E-10 1 9.08E-19 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 17 74932699 C G MGAT5B CCDS11751.1 r.? - - intronic 35 0 0 34 5 14.7 24 3 12.5 54 0 0 65 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 6 7.497957823 5 6 6 0 5 0 0 0 0 1 1 -6.497957823 1 NA NA 1 NA NA NA 0 NA NA NA 7.497957823 NA 1.988 1.988 1 1.844086022 1.844086022 1 0 NA 0 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.000000771 1 0.000233853 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 17 77246863 C G ENSG00000167281 CCDS45805.1 r.? - - intronic 21 0 0 12 6 50 7 3 42.9 30 0 0 52 13 25 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 6 7.497957823 5 6 6 0 5 0 0 0 0 1 1 -6.497957823 1 NA NA 1 NA NA NA 0 NA NA NA 7.497957823 NA 6.761904762 1.126984127 6 6.328903226 1.054817204 6 0 NA 0 2.019035533 1.009517766 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1.41E-11 1 0.00000431 1 1 1 6.47E-19 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 17 78789777 A G RPTOR CCDS11773.1 r.? - - intronic 29 0 0 33 10 30.3 18 0 0 5 0 0 55 15 27.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 6 7.497957823 5 6 6 0 5 0 0 0 0 1 1 -6.497957823 1 NA NA 1 NA NA NA 0 NA NA NA 7.497957823 NA 4.097714286 1.024428571 4 0 0 1 0 NA 0 2.204786802 1.102393401 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 8.14E-16 1 1 1 1 1 3.01E-22 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 17 78811718 G A RPTOR CCDS11773.1 r.1942-4g>a c.1137-4G>A p.? splice region 23 0 0 51 22 43.1 16 5 31.2 11 2 18.2 72 53 73.6 74 0 0 29 13 44.8 8 0 0 70 13 18.6 76 43 56.6 TRUE TRUE 6 6 7.497957823 5 6 6 0 5 0 0 0 0 1 1 -6.497957823 1 NA NA 1 NA NA NA 0 NA NA NA 7.497957823 NA 5.828761905 0.971460317 6 4.60283871 0.920567742 5 4.111739435 4.111739435 1 5.944040609 1.188808122 5 6.058666667 1.009777778 6 0 0 1 4.202107334 0.560433579 7.497957823 4.571096447 0.914219289 5 8 10 1 1 3.24E-37 7.69E-23 0.000000013 1 0.001334363 4.44E-17 1.19E-105 3.48E-78 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 17 79434705 C G BAHCC1 ENST00000307745 r.? - - downstream 31 0 0 41 7 17.1 25 0 0 6 0 0 58 13 22.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 6 7.497957823 5 6 6 0 5 0 0 0 0 1 1 -6.497957823 1 NA NA 1 NA NA NA 0 NA NA NA 7.497957823 NA 2.312571429 1.156285714 2 0 0 1 0 NA 0 1.809055838 0.904527919 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1.51E-09 1 1 1 1 1 3.12E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 17 79947346 C T ASPSCR1 CCDS11796.1 r.? - - intronic 20 0 0 41 7 17.1 21 4 19 10 1 10 80 12 15 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 6 7.497957823 5 6 6 0 5 0 0 0 0 1 1 -6.497957823 1 NA NA 1 NA NA NA 0 NA NA NA 7.497957823 NA 2.312571429 1.156285714 2 2.803010753 0.934336918 3 2.259197492 2.259197492 1 1.21142132 1.21142132 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 1.51E-09 1 0.00000349 1 0.04888987 1 1.07E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 1161121 T A - - - - - - 29 0 0 40 12 30 25 2 8 80 3 3.8 50 9 18 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 1 2 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 3.457142857 1.728571429 2 1.020215054 1.020215054 1 0.68757265 0.68757265 1 0.913705584 0.913705584 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 1.2E-18 1 0.006948068 1 0.007711832 1 4.07E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 1920783 C T - - - - - - 34 0 0 27 4 14.8 15 3 20 66 0 0 47 15 31.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 1 2 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.70552381 1.70552381 1 2.550537634 2.550537634 1 0 NA 0 1.61928934 1.61928934 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.00001 1 0.0000544 1 1 1 1.97E-23 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 5228137 T C AP001496.2 ENST00000501139 r.? - - downstream 44 0 0 41 7 17.1 26 4 15.4 76 3 3.9 34 7 20.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 1 2 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.970571429 1.970571429 1 1.963913978 1.963913978 1 0.705666667 0.705666667 1 1.045685279 1.045685279 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 1.51E-09 1 0.00000856 1 0.006696581 1 3.73E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 5321195 T G - - - - - - 36 0 0 38 5 13.2 20 1 5 61 0 0 49 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 1 2 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.521142857 1.521142857 1 0.637634409 0.637634409 1 0 0 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.00000137 1 0.09538952 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 6655894 C T - - - - - - 36 0 0 34 6 17.6 16 4 25 86 4 4.7 43 9 20.9 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 1 2 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.028190476 2.028190476 1 3.188172043 1.594086022 2 0.850418803 0.850418803 1 1.060913706 1.060913706 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 1.86E-08 1 0.00000108 1 0.000957637 1 9.45E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 7756654 C A PTPRM CCDS11840.1 r.? - - intronic 33 0 0 37 6 16.2 25 1 4 70 2 2.9 57 12 21.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 1 2 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.866857143 1.866857143 1 0.510107527 0.510107527 1 0.524726496 0.524726496 1 1.07106599 1.07106599 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 3.18E-08 1 0.117779757 1 0.048267597 1 1.4E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 7771347 G C PTPRM CCDS11840.1 r.? - - intronic 32 0 0 44 12 27.3 34 7 20.6 65 11 16.9 44 10 22.7 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 1 2 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 3.146 1.573 2 2.627053763 1.313526882 2 3.057888889 1.528944444 2 1.152284264 1.152284264 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 4.44E-18 1 3.73E-10 1 3.41E-14 1 2.08E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 8033443 C T PTPRM CCDS11840.1 r.? - - intronic 29 0 0 31 4 12.9 18 4 22.2 61 3 4.9 54 11 20.4 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 1 2 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.486571429 1.486571429 1 2.831096774 1.415548387 2 0.886606838 0.886606838 1 1.035532995 1.035532995 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.0000177 1 0.00000181 1 0.003623631 1 3.84E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 8182420 C T PTPRM CCDS11840.1 r.? - - intronic 41 0 0 42 7 16.7 33 6 18.2 61 8 13.1 53 5 9.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 1 2 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.92447619 1.92447619 1 2.320989247 1.160494624 2 2.370316239 1.18515812 2 0.47715736 0.47715736 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 1.81E-09 1 1.54E-08 1 9.09E-10 1 0.00000734 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 8604820 A T RAB12 CCDS42410.1 r.? - - upstream 30 0 0 55 8 14.5 26 5 19.2 37 8 21.6 37 6 16.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 1 2 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.670952381 1.670952381 1 2.448516129 1.224258065 2 3.908307692 1.954153846 2 0.822335025 0.822335025 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 3.86E-10 1 0.000000188 1 1.33E-11 1 3.18E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 9517317 A C RALBP1 CCDS11845.1 r.? - - intronic 31 0 0 40 6 15 28 1 3.6 63 7 11.1 61 14 23 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 1 2 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.728571429 1.728571429 1 0.459096774 0.459096774 1 2.008435897 1.004217949 2 1.16751269 1.16751269 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 5.18E-08 1 0.130947004 1 3.38E-08 1 1.1E-19 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 11311275 G C - - - - - - 45 0 0 35 7 20 19 3 15.8 66 4 6.1 38 11 28.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 1 2 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.304761905 1.152380952 2 2.014924731 2.014924731 1 1.103735043 1.103735043 1 1.467005076 1.467005076 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 4.65E-10 1 0.000114071 1 0.000351793 1 5.19E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 13340642 T C C18orf1 CCDS32793.1 r.? - - intronic 23 0 0 30 4 13.3 24 1 4.2 66 0 0 46 6 13 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 3 3.211793702 2 2 2 2 1 2 1 1 1 1 1 0.788206298 NA NA NA 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.211793702 1.399666667 1.399666667 1 0.535612903 0.535612903 1 0 0 1 0.817431658 0.817431658 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 0.0000154 1 0.113346489 1 1 1 0.000000123 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 14516629 T C POTEB CCDS45835.1 r.? - - intronic 21 0 0 41 5 12.2 13 1 7.7 51 2 3.9 56 1 1.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 3 3.211793702 2 2 2 2 1 2 1 1 1 1 1 0.788206298 NA NA NA 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.211793702 1.283904762 1.283904762 1 0.981956989 0.981956989 1 0.705666667 0.705666667 1 0.113182845 0.113182845 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.00000202 1 0.063085307 1 0.027109304 1 0.244746891 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 22936530 T C ZNF521 CCDS32806.1 r.? - - upstream 29 0 0 40 4 10 27 2 7.4 74 1 1.4 62 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 6 3 4 4 5 3 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.152380952 1.152380952 1 0.943698925 0.943698925 1 0.295316239 0.295316239 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.0000495 1 0.00807567 1 0.309906439 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 24554248 A C CHST9 CCDS42422.1 r.? - - intronic 33 0 0 45 9 20 22 3 13.6 57 2 3.5 50 13 26 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 6 3 4 4 5 3 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.304761905 1.152380952 2 1.734365591 1.734365591 1 0.738290598 0.738290598 1 1.579796954 1.579796954 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 1.47E-12 1 0.000179267 1 0.03327602 1 3.65E-19 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 25013706 T A - - - - - - 31 0 0 40 4 10 24 3 12.5 61 1 1.6 51 13 25.5 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 6 3 4 4 5 3 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.152380952 1.152380952 1 1.594086022 1.594086022 1 0.337504274 0.337504274 1 1.549416244 1.549416244 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.0000495 1 0.000233853 1 0.263440347 1 4.87E-19 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 25524155 T C - - - - - - 36 0 0 41 5 12.2 30 5 16.7 61 0 0 30 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 4 1 2 2 3 1 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.161904762 1.161904762 1 1.795698925 1.795698925 1 0 0 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.00000202 1 0.000000401 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 27108575 C G - - - - - - 31 0 0 27 5 18.5 23 1 4.3 59 0 0 36 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 4 1 2 2 3 1 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.761904762 1.761904762 1 0.462365591 0.462365591 1 0 0 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.00000023 1 0.108890944 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 31620388 C G NOL4 CCDS11907.2 r.? - - intronic 34 0 0 33 6 18.2 18 2 11.1 74 0 0 37 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 4 1 2 2 3 1 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.733333333 1.733333333 1 1.193548387 1.193548387 1 0 0 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1.54E-08 1 0.003626632 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 32958280 A G ZNF396 CCDS11913.1 r.? - - upstream 29 0 0 29 4 13.8 16 1 6.2 41 0 0 39 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 4 1 2 2 3 1 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.314285714 1.314285714 1 0.666666667 NA 0 0 0 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.0000134 1 0.077068876 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 34450138 C T KIAA1328 CCDS45855.1 r.? - - intronic 46 0 0 32 6 18.8 18 0 0 47 0 0 60 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 2 2 3 2 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.79047619 1.79047619 1 0 0 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 10 NA 1 1 1.27E-08 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 35212085 A T - - - - - - 40 0 0 42 5 11.9 27 0 0 46 0 0 66 0 0 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 4 2.885577686 2 2 2 2 1 1 2 0 1 1 1 0.114422314 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.885577686 1.252333333 1.252333333 1 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.00000228 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 35801919 C A - - - - - - 29 0 0 41 8 19.5 27 4 14.8 61 11 18 64 13 20.3 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 2.885577686 2 2 2 2 1 1 2 0 1 1 1 0.114422314 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.885577686 2.052142857 1.026071429 2 1.739397849 1.739397849 1 3.436923077 1.718461538 2 1.210229123 1.210229123 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 3.22E-11 1 0.00001 1 1.62E-14 1 1.26E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 37181865 G C AC105201.1 ENST00000510201 r.? - - intronic 35 0 0 49 5 10.2 20 0 0 67 0 0 54 10 18.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 2.885577686 2 2 2 2 1 1 2 0 1 1 1 0.114422314 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.885577686 1.073428571 1.073428571 1 0 0 1 0 0 1 1.102918166 1.102918166 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.00000496 1 1 1 1 1 1.91E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 39203556 G C - - - - - - 36 0 0 31 4 12.9 21 0 0 66 0 0 51 13 25.5 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 2.885577686 2 2 2 2 1 1 2 0 1 1 1 0.114422314 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.885577686 1.357571429 1.357571429 1 0 0 1 0 0 1 1.520238554 1.520238554 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.0000177 1 1 1 1 1 4.87E-19 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 42151817 C A - - - - - - 22 0 0 23 4 17.4 17 1 5.9 52 7 13.5 49 14 28.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 2.885577686 2 2 2 2 1 1 2 0 1 1 1 0.114422314 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.885577686 1.831142857 1.831142857 1 0.693408602 0.693408602 1 2.577692308 1.288846154 2 1.705051868 0.852525934 2 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.00000513 1 0.081683532 1 8.58E-09 1 3.5E-21 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 42817697 C A - - - - - - 33 0 0 33 5 15.2 19 1 5.3 66 4 6.1 57 19 33.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 2.885577686 2 2 2 2 1 1 2 0 1 1 1 0.114422314 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.885577686 1.599619048 1.599619048 1 0.622892473 0.622892473 1 1.164735043 1.164735043 1 1.9852527 0.99262635 2 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.00000066 1 0.090843738 1 0.000351793 1 1.01E-29 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 43841254 T G C18orf25 CCDS42430.1 r.? - - intronic 28 0 0 31 5 16.1 21 2 9.5 46 5 10.9 48 6 12.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 2.885577686 2 2 2 2 1 1 2 0 1 1 1 0.114422314 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.885577686 1.694333333 1.694333333 1 1.116505376 1.116505376 1 2.081247863 2.081247863 1 0.745214977 0.745214977 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000000476 1 0.004928472 1 0.00000361 1 0.00000016 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 46949124 C T DYM CCDS11937.1 r.? - - intronic 33 0 0 37 6 16.2 19 2 10.5 62 2 3.2 50 9 18 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 2.885577686 2 2 2 2 1 1 2 0 1 1 1 0.114422314 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.885577686 1.704857143 1.704857143 1 1.234032258 1.234032258 1 0.611008547 0.611008547 1 1.073109567 1.073109567 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 3.18E-08 1 0.004039874 1 0.038789653 1 4.07E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 46986311 G A DYM CCDS11937.1 r.? - - intronic 15 0 0 27 5 18.5 7 0 0 34 0 0 52 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 4 2.885577686 2 2 2 2 1 1 2 0 1 1 1 0.114422314 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.885577686 1.946904762 1.946904762 1 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.00000023 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 47747177 A C - - - - - - 32 0 0 30 3 10 17 0 0 75 0 0 43 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 4 2.885577686 2 2 2 2 1 1 2 0 1 1 1 0.114422314 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.885577686 1.052380952 1.052380952 1 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000458697 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 49661265 A G - - - - - - 27 0 0 39 4 10.3 27 1 3.7 57 0 0 51 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 4 2.885577686 2 2 2 2 1 1 2 0 1 1 1 0.114422314 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.885577686 1.083952381 1.083952381 1 0.434849462 0.434849462 1 0 0 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.0000447 1 0.126579904 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 50691528 T A DCC CCDS11952.1 r.? - - intronic 31 0 0 27 4 14.8 26 0 0 72 0 0 57 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 4 2.885577686 2 2 2 2 1 1 2 0 1 1 1 0.114422314 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.885577686 1.55752381 1.55752381 1 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.00001 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 51450760 C A - - - - - - 31 0 0 30 4 13.3 24 3 12.5 77 0 0 55 6 10.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 2.885577686 2 2 2 2 1 1 2 0 1 1 1 0.114422314 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.885577686 1.399666667 1.399666667 1 1.469086022 1.469086022 1 0 0 1 0.64982746 0.64982746 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.0000154 1 0.000233853 1 1 1 0.000000367 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 51816133 C A POLI CCDS11954.2 r.? - - intronic 35 0 0 38 6 15.8 23 2 8.7 63 2 3.2 53 9 17 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 2.885577686 2 2 2 2 1 1 2 0 1 1 1 0.114422314 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.885577686 1.662761905 1.662761905 1 1.022483871 1.022483871 1 0.611008547 0.611008547 1 1.013492369 1.013492369 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 3.76E-08 1 0.00589844 1 0.03993132 1 7.1E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 52301969 A C - - - - - - 40 0 0 46 8 17.4 21 1 4.8 61 1 1.6 68 10 14.7 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 2.885577686 2 2 2 2 1 1 2 0 1 1 1 0.114422314 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.885577686 1.831142857 1.831142857 1 0.564129032 0.564129032 1 0.305504274 0.305504274 1 0.876372813 0.876372813 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 8.61E-11 1 0.099912572 1 0.263440347 1 2.18E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 52748805 G A - - - - - - 34 0 0 38 6 15.8 22 3 13.6 63 0 0 45 5 11.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 2.885577686 2 2 2 2 1 1 2 0 1 1 1 0.114422314 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.885577686 1.662761905 1.662761905 1 1.598365591 1.598365591 1 0 0 1 0.6617509 0.6617509 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 3.76E-08 1 0.000179267 1 1 1 0.00000323 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 52827362 G C - - - - - - 22 0 0 36 4 11.1 21 0 0 25 0 0 44 0 0 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 4 2.885577686 2 2 2 2 1 1 2 0 1 1 1 0.114422314 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.885577686 1.168142857 1.168142857 1 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.0000324 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 52830213 G A - - - - - - 35 0 0 31 4 12.9 17 2 11.8 62 0 0 49 6 12.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 2.885577686 2 2 2 2 1 1 2 0 1 1 1 0.114422314 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.885577686 1.357571429 1.357571429 1 1.386817204 1.386817204 1 0 0 1 0.727329818 0.727329818 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.0000177 1 0.003234386 1 1 1 0.000000182 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 53017229 A C TCF4 CCDS42438.1 r.? - - intronic 37 0 0 34 6 17.6 21 2 9.5 79 0 0 53 0 0 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 4 2.885577686 2 2 2 2 1 1 2 0 1 1 1 0.114422314 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.885577686 1.852190476 1.852190476 1 1.116505376 1.116505376 1 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1.86E-08 1 0.004928472 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 53115147 G A TCF4 CCDS42438.1 r.? - - intronic 37 0 0 42 5 11.9 17 1 5.9 64 7 10.9 46 8 17.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 2.885577686 2 2 2 2 1 1 2 0 1 1 1 0.114422314 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.885577686 1.252333333 1.252333333 1 0.693408602 0.693408602 1 2.081247863 1.040623932 2 1.037339248 1.037339248 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.00000228 1 0.081683532 1 3.78E-08 1 8.61E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 53365469 C T - - - - - - 35 0 0 31 8 25.8 25 4 16 61 5 8.2 63 24 38.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 2.885577686 2 2 2 2 1 1 2 0 1 1 1 0.114422314 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.885577686 2.715142857 1.357571429 2 1.880430108 1.880430108 1 1.565709402 1.565709402 1 2.271415251 1.135707625 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 2.78E-12 1 0.00000727 1 0.0000147 1 7.74E-39 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 54098605 G A - - - - - - 33 0 0 35 5 14.3 12 2 16.7 79 5 6.3 43 5 11.6 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 2.885577686 2 2 2 2 1 1 2 0 1 1 1 0.114422314 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.885577686 1.504904762 1.504904762 1 1.962698925 1.962698925 1 1.202923077 1.202923077 1 0.691559499 0.691559499 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000000895 1 0.001595918 1 0.0000518 1 0.00000257 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 54721737 T A - - - - - - 44 0 0 36 8 22.2 25 0 0 66 7 10.6 49 9 18.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 2.885577686 2 2 2 2 1 1 2 0 1 1 1 0.114422314 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.885577686 2.336285714 1.168142857 2 0 0 1 2.023965812 1.011982906 2 1.096956447 1.096956447 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 1.04E-11 1 1 1 0.000000047 1 3.35E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 56035509 T A NEDD4L CCDS45872.1 r.? - - intronic 42 0 0 34 4 11.8 22 3 13.6 57 0 0 73 6 8.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 4 2 2 2 2 1 1 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.241809524 1.241809524 1 1.598365591 1.598365591 1 0 0 1 0.580243655 0.580243655 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.0000257 1 0.000179267 1 1 1 0.000002 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 57344642 G T CCBE1 CCDS32838.1 r.? - - intronic 33 0 0 42 5 11.9 17 0 0 69 0 0 57 0 0 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 4 2 2 2 2 1 1 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.252333333 1.252333333 1 0 0 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 10 NA 1 1 0.00000228 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 58194885 C T - - - - - - 32 0 0 70 35 50 49 27 55.1 97 33 34 150 101 67.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 2 100 TRUE FALSE 16 17 20 15 14 15 18 13 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 11.76190476 0.98015873 12 14.18973118 1.013552227 14 11.93196581 0.994330484 12 12.16524365 1.013770305 12 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 18.07614213 1.390472472 13 8 NA 1 1 2.75E-61 1 3.33E-49 1 7.44E-51 1 3.08E-193 0.000025 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 58326451 A C - - - - - - 22 0 0 95 4 4.2 36 1 2.8 115 0 0 145 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 16 17 20 15 14 15 18 13 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.988 0.988 1 0.721075269 0.721075269 1 0 0 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.001385533 1 0.165106833 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 58545547 G A - - - - - - 34 0 0 90 6 6.7 56 2 3.6 115 0 0 153 8 5.2 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 16 17 20 15 14 15 18 13 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.576095238 1.576095238 1 0.927096774 0.927096774 1 0 0 1 0.939959391 0.939959391 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.00000679 1 0.032213353 1 1 1 0.00000127 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 58601535 C T - - - - - - 38 0 0 91 7 7.7 53 0 0 124 9 7.3 165 8 4.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 16 17 20 15 14 15 18 13 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.811333333 1.811333333 1 0 0 1 2.561863248 0.853954416 3 0.867654822 0.867654822 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000000438 1 1 1 1.65E-08 1 0.00000223 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 58677055 G A - - - - - - 43 0 0 81 7 8.6 42 2 4.8 117 5 4.3 150 18 12 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 16 17 20 15 14 15 18 13 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.023047619 1.01152381 2 1.236129032 1.236129032 1 1.509042735 1.509042735 1 2.169137056 1.084568528 2 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000000197 1 0.018854633 1 0.000329073 1 1.63E-19 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 59191655 T C CDH20 CCDS11977.1 r.? - - intronic 16 0 0 65 6 9.2 41 9 22 94 2 2.1 168 21 12.5 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 TRUE FALSE 16 17 20 15 14 15 18 13 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.164190476 1.082095238 2 5.665591398 0.944265233 6 0.736974359 0.736974359 1 2.259517766 1.129758883 2 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 0 NA 0 8 NA 1 1 0.000001 1 5.92E-13 1 0.080854778 1 6.76E-23 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 59246459 C T - - - - - - 38 0 0 90 47 52.2 47 24 51.1 116 45 38.8 186 121 65.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 16 17 20 15 14 15 18 13 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 12.27942857 1.023285714 12 13.15962366 1.012278743 13 13.61647863 0.972605617 14 11.76756853 0.980630711 12 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 5.47E-83 1 8.6E-43 1 6.69E-72 1 3.13E-228 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 59511098 G T RNF152 CCDS11978.1 r.? - - intronic 26 0 0 67 6 9 49 5 10.2 105 3 2.9 179 28 15.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 16 17 20 15 14 15 18 13 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.117142857 2.117142857 1 2.626774194 0.875591398 3 1.017726496 1.017726496 1 2.819878173 0.939959391 3 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.0000012 1 0.00000496 1 0.016053161 1 7.61E-33 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 59512311 G C RNF152 CCDS11978.1 r.? - - intronic 32 0 0 88 6 6.8 41 3 7.3 91 6 6.6 171 16 9.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 16 17 20 15 14 15 18 13 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.599619048 1.599619048 1 1.879946237 1.879946237 1 2.316205128 1.158102564 2 1.69915736 0.84957868 2 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.00000596 1 0.001155993 1 0.00000724 1 9.11E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 60180041 C G - - - - - - 29 0 0 84 18 21.4 44 3 6.8 125 12 9.6 172 26 15.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 16 17 20 15 14 15 18 13 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 5.034095238 1.006819048 5 1.751182796 1.751182796 1 3.369025641 1.123008547 3 2.729497462 0.909832487 3 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 2.65E-24 1 0.00142027 1 2.55E-12 1 3.32E-30 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 61040285 G C - - - - - - 28 0 0 38 4 10.5 17 0 0 100 0 0 110 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 8 9 15 8 6 7 12 6 2 2 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.63 1.63 1 0 0 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 10 NA 1 1 0.0000403 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 61986313 C G - - - - - - 25 0 0 72 14 19.4 26 5 19.2 87 14 16.1 105 13 12.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 8 9 15 8 6 7 12 6 2 2 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 3.011619048 1.003873016 3 3.408516129 1.136172043 3 4.845136752 0.96902735 5 1.373441624 1.373441624 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 1.39E-18 1 0.000000188 1 2.35E-17 1 1.11E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 62120953 C G - - - - - - 44 0 0 57 7 12.3 34 1 2.9 91 4 4.4 114 8 7 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 8 9 15 8 6 7 12 6 2 2 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.909428571 1.909428571 1 0.514827957 0.514827957 1 1.324136752 1.324136752 1 0.775329949 0.775329949 1 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 1.66E-08 1 0.156694864 1 0.001181698 1 0.000000134 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 62433313 A C - - - - - - 41 0 0 42 5 11.9 25 1 4 86 4 4.7 76 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 8 9 15 8 6 7 12 6 2 2 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.847333333 1.847333333 1 0.710107527 0.710107527 1 1.414418803 1.414418803 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 7 NA 1 1 0.00000228 1 0.117779757 1 0.000957637 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 62559855 T G - - - - - - 36 0 0 55 28 50.9 27 9 33.3 93 29 31.2 76 36 47.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 8 9 15 8 6 7 12 6 2 2 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 7.901619048 1.316936508 6 5.911645161 0.985274194 6 9.389333333 1.043259259 9 5.250091371 1.050018274 5 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 1.25E-49 1 8.44E-15 1 1.41E-43 1 7.44E-62 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 62608973 C A - - - - - - 36 0 0 63 7 11.1 31 1 3.2 124 0 0 100 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 8 9 15 8 6 7 12 6 2 2 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.723142857 1.723142857 1 0.568086022 NA 0 0 0 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 3.38E-08 1 0.143917729 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 62629079 T A - - - - - - 31 0 0 49 4 8.2 37 0 0 91 0 0 109 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 8 9 15 8 6 7 12 6 2 2 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.272952381 1.272952381 1 0 0 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 10 NA 1 1 0.000110643 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 62691944 G A - - - - - - 24 0 0 59 9 15.3 32 2 6.2 74 4 5.4 82 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 8 9 15 8 6 7 12 6 2 2 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.375142857 1.187571429 2 1.100666667 1.100666667 1 1.625076923 1.625076923 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 7 NA 1 1 1.96E-11 1 0.011224977 1 0.00054411 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 62735068 C G - - - - - - 31 0 0 44 7 15.9 39 2 5.1 77 0 0 96 7 7.3 0 0 NA 2 0 0 4 2 50 1 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 8 9 15 8 6 7 12 6 2 2 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.468285714 0.822761905 3 0.905387097 0.905387097 1 0 0 1 0.808558376 0.808558376 1 0 NA 0 8.876344086 1.268049155 7 0 0 1 NA NA 1 6 NA 1 1 2.55E-09 1 0.016387522 0.000149002 1 1 0.000000631 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 62807342 C T - - - - - - 44 0 0 71 6 8.5 19 1 5.3 100 0 0 98 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 8 9 15 8 6 7 12 6 2 2 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.31952381 1.31952381 1 0.940892473 0.940892473 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 9 NA 1 1 0.00000169 1 0.090843738 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 62914483 A T - - - - - - 32 0 0 53 4 7.5 28 0 0 104 0 0 96 0 0 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 8 9 15 8 6 7 12 6 2 2 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.164285714 1.164285714 1 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 NA NA 0 0 0 1 NA NA 1 10 NA 1 1 0.000150502 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 63006782 C A - - - - - - 30 0 0 57 4 7 34 2 5.9 90 4 4.4 108 10 9.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 8 9 15 8 6 7 12 6 2 2 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.086666667 1.086666667 1 1.047408602 1.047408602 1 1.324136752 1.324136752 1 1.030081218 1.030081218 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000199821 1 0.012612579 1 0.001134224 1 2.42E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 63034351 T A - - - - - - 33 0 0 51 7 13.7 31 2 6.5 76 7 9.2 95 3 3.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 8 9 15 8 6 7 12 6 2 2 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.126761905 1.063380952 2 1.153924731 1.153924731 1 2.768649573 0.922883191 3 0.354436548 0.354436548 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 7.46E-09 1 0.010558179 1 0.000000126 1 0.012295328 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 63407301 A T - - - - - - 36 0 0 63 6 9.5 21 1 4.8 93 5 5.4 116 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 8 9 15 8 6 7 12 6 2 2 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.474761905 1.474761905 1 0.852129032 0.852129032 1 1.625076923 1.625076923 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 7 NA 1 1 0.000000832 1 0.099912572 1 0.000112692 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 63641163 G C - - - - - - 36 0 0 55 6 10.9 32 1 3.1 66 9 13.6 82 15 18.3 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 8 9 15 8 6 7 12 6 2 2 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.692095238 1.692095238 1 0.550333333 0.550333333 1 4.092786325 1.023196581 4 2.02693401 1.013467005 2 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000000367 1 0.14819814 1 5.59E-11 1 2.22E-19 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 63698013 G C - - - - - - 28 0 0 57 4 7 27 4 14.8 83 0 0 90 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 8 9 15 8 6 7 12 6 2 2 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.086666667 1.086666667 1 2.627397849 0.875799283 3 0 0 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 9 NA 1 1 0.000199821 1 0.00001 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 64564548 C T - - - - - - 33 0 0 41 5 12.2 30 6 20 85 0 0 66 8 12.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.430684042 3.492632347 15 6 2 2 12 4 1 1 3 2 0.569315958 0.507367653 1 1 3 3 NA NA 1 1 NA NA 0.430684042 0.492632347 NA NA 1.336448215 1.336448215 1 2.449064104 0.982521191 2.492632347 0 0 1 1.098213198 1.098213198 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.00000202 1 8.37E-09 1 1 1 1.73E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 64730265 A G - - - - - - 37 0 0 50 5 10 38 4 10.5 85 3 3.5 91 8 8.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.430684042 3.492632347 15 6 2 2 12 4 1 1 3 2 0.569315958 0.507367653 1 1 3 3 NA NA 1 1 NA NA 0.430684042 0.492632347 NA NA 1.095449357 1.095449357 1 1.285758655 1.285758655 1 1.053290598 1.053290598 1 0.798700508 0.798700508 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.00000549 1 0.0000403 1 0.009101881 1 0.000000023 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 65308785 T G AC114689.1 ENST00000500778 r.? - - intronic 31 0 0 35 5 14.3 25 0 0 63 0 0 64 8 12.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.430684042 3.492632347 8 4 2 2 4 2 1 1 4 2 0.569315958 0.507367653 1 1 3 3 NA NA 1 1 NA NA 0.430684042 0.492632347 NA NA 1.56649258 1.56649258 1 0 0 1 0 0 1 0.884517766 0.884517766 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.000000895 1 1 1 1 1 1.35E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 65475220 C T AC114689.1 ENST00000500778 r.? - - intronic 34 0 0 48 13 27.1 18 1 5.6 56 4 7.1 81 22 27.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.430684042 3.492632347 8 4 2 2 4 2 1 1 4 2 0.569315958 0.507367653 1 1 3 3 NA NA 1 1 NA NA 0.430684042 0.492632347 NA NA 2.968667756 1.221330171 2.430684042 0.685737949 0.685737949 1 1.639675214 1.639675214 1 1.92471066 0.96235533 2 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 2E-19 1 0.086275114 1 0.000186538 1 6.68E-32 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 67532681 C G CD226 CCDS11997.1 r.? - - intronic 38 0 0 42 10 23.8 22 7 31.8 62 10 16.1 73 18 24.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.430684042 3.492632347 9 2 2 2 6 2 1 1 3 0 0.569315958 0.507367653 1 1 3 3 NA NA 1 1 NA NA 0.430684042 0.492632347 NA NA 2.607169469 1.072607309 2.430684042 3.894011925 1.562208694 2.492632347 3.879136752 0.969784188 4 1.253807107 1.253807107 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 1.24E-14 1 1.25E-11 1 8.29E-13 1 1.62E-25 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 67664210 G A - - - - - - 35 0 0 30 4 13.3 16 1 6.2 44 0 0 46 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.430684042 3.492632347 9 2 2 2 6 2 1 1 3 0 0.569315958 0.507367653 1 1 3 3 NA NA 1 1 NA NA 0.430684042 0.492632347 NA NA 1.456947644 1.456947644 1 0.759209872 NA 0 0 0 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.0000154 1 0.077068876 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 68203120 C T AC013558.1 ENST00000511515 r.? - - intronic 33 0 0 44 4 9.1 36 3 8.3 17 1 5.9 71 8 11.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 TRUE FALSE 3.430684042 3.492632347 9 5.418528876 2 2 6 3 1 1 3 2 0.569315958 0.507367653 1 0.581471124 3 3 NA 4 1 1 NA 2 0.430684042 0.492632347 NA 0.418528876 0.996858914 0.996858914 1 1.016361603 1.016361603 1 1.421547009 1.421547009 1 0.959897824 0.959897824 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 0 NA 0 8 NA 1 1 0.0000723 1 0.000788827 1 0.081683532 1 3.14E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 68356160 T C - - - - - - 31 0 0 45 12 26.7 24 3 12.5 59 9 15.3 73 35 47.9 171 0 0 131 44 33.6 30 8 26.7 241 53 22 264 123 46.6 TRUE TRUE 3.430684042 3.492632347 9 5.418528876 2 2 6 3 1 1 3 2 0.569315958 0.507367653 1 0.581471124 3 3 NA 4 1 1 NA 2 0.430684042 0.492632347 NA 0.418528876 2.924849782 1.203303157 2.430684042 1.530665065 1.530665065 1 3.686384615 0.921596154 4 4.068947413 1.190262701 3.418528876 3.680709838 1.514269142 2.430684042 3.269500579 1.311665791 2.492632347 5.300683761 1.060136752 5 3.95851669 1.15795912 3.418528876 8 16 1 1 6.03E-18 5.61E-67 0.000233853 2.07E-12 1.96E-11 3.75E-69 2E-60 3.68E-206 YES 1_1 1_1 1_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b 18 69138204 T G - - - - - - 34 0 0 43 4 9.3 21 0 0 85 0 0 66 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.430684042 3.492632347 9 5.418528876 2 2 6 3 1 1 3 2 0.569315958 0.507367653 1 0.581471124 3 3 NA 4 1 1 NA 2 0.430684042 0.492632347 NA 0.418528876 1.018767902 1.018767902 1 0 0 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 10 NA 1 1 0.000066 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 69594596 A T - - - - - - 39 0 0 47 5 10.6 29 1 3.4 83 0 0 72 10 13.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.430684042 3.492632347 9 5.418528876 2 2 6 3 1 1 3 2 0.569315958 0.507367653 1 0.581471124 3 3 NA 4 1 1 NA 2 0.430684042 0.492632347 NA 0.418528876 1.161176318 1.161176318 1 0.416340898 0.416340898 1 0 0 1 1.18075927 1.18075927 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.00000402 1 0.135292269 1 1 1 3.95E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 69725168 T C - - - - - - 31 0 0 41 10 24.4 34 8 23.5 76 21 27.6 82 38 46.3 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.430684042 3.492632347 9 5.418528876 2 2 6 3 1 1 3 2 0.569315958 0.507367653 1 0.581471124 3 3 NA 4 1 1 NA 2 0.430684042 0.492632347 NA 0.418528876 2.67289643 1.099647829 2.430684042 2.877650322 1.1544624 2.492632347 6.649948718 1.108324786 6 3.933032677 1.150504448 3.418528876 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 9.51E-15 1 6.32E-12 1 1.07E-30 1 1E-64 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 69784492 C T - - - - - - 29 0 0 51 6 11.8 36 2 5.6 78 2 2.6 71 6 8.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.430684042 3.492632347 9 5.418528876 2 2 6 3 1 1 3 2 0.569315958 0.507367653 1 0.581471124 3 3 NA 4 1 1 NA 2 0.430684042 0.492632347 NA 0.418528876 1.292630241 1.292630241 1 0.685737949 0.685737949 1 0.626444444 0.626444444 1 0.722047036 0.722047036 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000000232 1 0.014070883 1 0.058485548 1 0.00000169 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 70722437 G A - - - - - - 24 0 0 31 11 35.5 23 3 13 29 8 27.6 80 27 33.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.430684042 3.492632347 9 7 2 2 7 5 1 1 2 2 0.569315958 0.507367653 1 1 3 3 NA NA 1 1 NA NA 0.430684042 0.492632347 NA NA 3.888845216 1.599897456 2.430684042 1.591891668 1.591891668 1 6.649948718 0.949992674 7 3.405736041 1.135245347 3 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 3.77E-18 1 0.000205387 1 1.53E-12 1 8.87E-42 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 70941774 G A - - - - - - 26 0 0 41 5 12.2 23 2 8.7 19 0 0 67 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 TRUE FALSE 3.430684042 3.492632347 9 7 2 2 7 5 1 1 2 2 0.569315958 0.507367653 1 1 3 3 NA NA 1 1 NA NA 0.430684042 0.492632347 NA NA 1.336448215 1.336448215 1 1.065342885 1.065342885 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 0 NA 0 9 NA 1 1 0.00000202 1 0.00589844 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 71412047 A T - - - - - - 34 0 0 52 16 30.8 18 3 16.7 85 18 21.2 87 42 48.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.430684042 3.492632347 9 7 2 2 7 5 1 1 2 2 0.569315958 0.507367653 1 1 3 3 NA NA 1 1 NA NA 0.430684042 0.492632347 NA NA 3.373984018 1.388080047 2.430684042 2.044968527 2.044968527 1 5.107931624 1.021586325 5 4.86677665 0.97335533 5 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 1.33E-24 1 0.0000964 1 3.35E-24 1 2.29E-72 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 71824306 G A C18orf55 CCDS12003.1 r.? - - intronic 38 0 0 44 5 11.4 26 0 0 87 0 0 87 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.430684042 3.492632347 9 7 2 2 7 5 1 1 2 2 0.569315958 0.507367653 1 1 3 3 NA NA 1 1 NA NA 0.430684042 0.492632347 NA NA 1.248812266 1.248812266 1 0 0 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 10 NA 1 1 0.00000288 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 71855706 C T - - - - - - 30 0 0 31 10 32.3 26 5 19.2 84 26 31 93 46 49.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.430684042 3.492632347 9 7 2 2 7 5 1 1 2 2 0.569315958 0.507367653 1 1 3 3 NA NA 1 1 NA NA 0.430684042 0.492632347 NA NA 3.538301422 1.455681348 2.430684042 2.35110154 0.943220344 2.492632347 7.469145299 1.067020757 7 4.987690355 0.997538071 5 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 3.94E-16 1 0.000000188 1 3.94E-39 1 9.17E-80 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 71884923 T A - - - - - - 42 0 0 31 3 9.7 18 1 5.6 66 6 9.1 104 14 13.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.430684042 3.492632347 9 7 2 2 7 5 1 1 2 2 0.569315958 0.507367653 1 1 3 3 NA NA 1 1 NA NA 0.430684042 0.492632347 NA NA 1.062585876 1.062585876 1 0.685737949 0.685737949 1 2.192555556 1.096277778 2 1.360279188 1.360279188 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000505952 1 0.086275114 1 0.0000011 1 3.19E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 72432015 T G ZNF407 CCDS45885.1 r.? - - intronic 30 0 0 60 6 10 26 2 7.7 81 4 4.9 99 6 6.1 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 3.430684042 3.492632347 9 7 2 2 7 5 1 1 2 2 0.569315958 0.507367653 1 1 3 3 NA NA 1 1 NA NA 0.430684042 0.492632347 NA NA 1.095449357 1.095449357 1 0.94288968 0.94288968 1 1.180606838 1.180606838 1 0.61464467 0.61464467 1 0 NA 0 NA NA 0 0 0 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000000621 1 0.007502227 1 0.000765256 1 0.0000118 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 72526546 A T ZNF407 CCDS45885.1 r.? - - intronic 33 0 0 58 20 34.5 30 7 23.3 103 34 33 89 41 46.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.430684042 3.492632347 9 7 2 2 7 5 1 1 2 2 0.569315958 0.507367653 1 1 3 3 NA NA 1 1 NA NA 0.430684042 0.492632347 NA NA 3.77930028 1.554829922 2.430684042 2.853159681 1.144637188 2.492632347 7.951025641 1.135860806 7 4.645101523 0.929020305 5 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 1.47E-31 1 1.44E-10 1 8.15E-52 1 1.43E-69 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 73122548 A C C18orf62 CCDS32845.1 r.717u>g c.? p.? 3'UTR variant 22 0 0 47 5 10.6 35 0 0 72 2 2.8 97 11 11.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.430684042 3.492632347 9 7 2 2 7 5 1 1 2 2 0.569315958 0.507367653 1 1 3 3 NA NA 1 1 NA NA 0.430684042 0.492632347 NA NA 1.161176318 1.161176318 1 0 0 1 0.674632479 0.674632479 1 1.138604061 1.138604061 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.00000402 1 1 1 0.050755634 1 3.27E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 75333936 G A - - - - - - 36 0 0 40 6 15 18 1 5.6 56 0 0 63 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.430684042 3.492632347 0.512276826 4 2 2 0 2 1 1 0 2 0.569315958 0.507367653 0.487723174 1 3 3 1 NA 1 1 0 NA 0.430684042 0.492632347 0.512276826 NA 1.643174035 1.643174035 1 0.685737949 0.685737949 1 0 NA 0 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 5.18E-08 1 0.086275114 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 75397639 G T - - - - - - 41 0 0 39 6 15.4 18 1 5.6 68 0 0 48 10 20.8 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.430684042 3.492632347 0.512276826 4 2 2 0 2 1 1 0 2 0.569315958 0.507367653 0.487723174 1 3 3 1 NA 1 1 0 NA 0.430684042 0.492632347 0.512276826 NA 1.686992009 1.686992009 1 0.685737949 0.685737949 1 0 NA 0 1.471837563 1.471837563 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 4.43E-08 1 0.086275114 1 1 1 5.37E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 75481766 T G - - - - - - 25 0 0 28 3 10.7 10 0 0 35 0 0 68 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.430684042 3.492632347 0.512276826 4 2 2 0 2 1 1 0 2 0.569315958 0.507367653 0.487723174 1 3 3 1 NA 1 1 0 NA 0.430684042 0.492632347 0.512276826 NA 1.172130812 1.172130812 1 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000372895 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 19 1383412 C T MUM1 CCDS12062.1 r.? - - downstream 32 0 0 34 6 17.6 26 2 7.7 19 1 5.3 77 20 26 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 1.37108009 2.488135549 5 2 1 0 3 1 0 0 2 1 0.62891991 -1.488135549 1 NA 1 1 NA NA 1 0 NA NA 0.37108009 2.488135549 NA 1.852190476 1.852190476 1 0.779530156 0.779530156 1 0.93185409 NA 0 2.099796954 1.049898477 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1.86E-08 1 0.007502227 1 0.090843738 1 1.07E-28 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 19 1383430 C T MUM1 CCDS12062.1 r.? - - downstream 25 0 0 33 5 15.2 27 4 14.8 16 2 12.5 72 16 22.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 1.37108009 2.488135549 5 2 1 0 3 1 0 0 2 1 0.62891991 -1.488135549 1 NA 1 1 NA NA 1 0 NA NA 0.37108009 2.488135549 NA 1.599619048 1.599619048 1 1.498317703 1.498317703 1 2.19776908 2.19776908 1 1.792903553 0.896451777 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.00000066 1 0.00001 1 0.002863359 1 4.82E-22 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 19 3045317 C A TLE2 CCDS45913.1 r.? - - intronic 28 0 0 36 5 13.9 19 1 5.3 20 0 0 60 9 15 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 1.37108009 2.488135549 5 2 1 0 3 1 0 0 2 1 0.62891991 -1.488135549 1 NA 1 1 NA NA 1 0 NA NA 0.37108009 2.488135549 NA 1.462809524 1.462809524 1 0.536559718 0.536559718 1 0 NA 0 1.21142132 1.21142132 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.00000104 1 0.090843738 1 1 1 2.29E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 19 3917886 T G ATCAY CCDS45923.1 r.? - - intronic 18 0 0 23 5 21.7 17 0 0 23 1 4.3 46 15 32.6 0 0 NA 0 0 NA 2 2 100 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 1.37108009 2.488135549 5 2 1 0 3 1 0 0 2 1 0.62891991 -1.488135549 1 NA 1 1 NA NA 1 0 NA NA 0.37108009 2.488135549 NA 2.283666667 2.283666667 1 0 0 1 0.756032564 NA 0 2.632822335 0.877607445 3 NA NA 1 10.12376826 10.12376826 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 9.75E-08 1 1 0.000025 0.108890944 1 1.35E-23 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 19 3969148 T A DAPK3 CCDS12116.1 r.? - - intronic 21 0 0 31 4 12.9 15 2 13.3 41 1 2.4 38 6 15.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 1.37108009 2.488135549 5 2 1 0 3 1 0 0 2 1 0.62891991 -1.488135549 1 NA 1 1 NA NA 1 0 NA NA 0.37108009 2.488135549 NA 1.357571429 1.357571429 1 1.346461179 1.346461179 1 0.421971663 NA 0 1.276030457 1.276030457 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.0000177 1 0.002513772 1 0.18577148 1 3.76E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 19 4149244 C G CREB3L3 CCDS12121.1 r.? - - upstream 29 0 0 40 7 17.5 24 0 0 13 0 0 68 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 1.37108009 2.488135549 5 2 1 0 3 1 0 0 2 1 0.62891991 -1.488135549 1 NA 1 1 NA NA 1 0 NA NA 0.37108009 2.488135549 NA 1.841666667 1.841666667 1 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1.26E-09 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 19 4478325 G A ENSG00000167674 ENST00000301284 r.? - - intronic 19 0 0 31 6 19.4 16 0 0 31 0 0 45 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 1.37108009 2.488135549 5 2 1 0 3 1 0 0 2 1 0.62891991 -1.488135549 1 NA 1 1 NA NA 1 0 NA NA 0.37108009 2.488135549 NA 2.041619048 2.041619048 1 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1.03E-08 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 19 5307843 C G PTPRS CCDS45930.1 r.? - - intronic 29 0 0 67 4 6 48 4 8.3 51 0 0 103 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 10 11 2.488135549 7 8 9 0 5 2 2 0 2 1 1 -1.488135549 1 NA NA 1 NA NA NA 0 NA NA NA 2.488135549 NA 1.051428571 1.051428571 1 1.639473118 1.639473118 1 0 NA 0 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000372648 1 0.000102016 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 19 5308304 C G PTPRS CCDS45930.1 r.? - - intronic 40 0 0 78 7 9 29 3 10.3 28 0 0 69 0 0 5 0 0 17 1 5.9 4 0 0 19 0 0 19 0 0 FALSE FALSE 10 11 2.488135549 7 8 9 0 5 2 2 0 2 1 1 -1.488135549 1 NA NA 1 NA NA NA 0 NA NA NA 2.488135549 NA 1.577142857 1.577142857 1 2.034526882 2.034526882 1 0 NA 0 0 0 1 1.033904762 NA 0 0 0 1 0 NA 0 0 NA 0 NA NA 1 1 0.000000151 0.081683532 0.000414371 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 19 5308761 C G PTPRS CCDS45930.1 r.? - - intronic 26 0 0 55 5 9.1 21 5 23.8 16 0 0 78 0 0 80 0 0 179 11 6.1 48 3 6.2 118 0 0 183 0 0 FALSE FALSE 10 11 2.488135549 7 8 9 0 5 2 2 0 2 1 1 -1.488135549 1 NA NA 1 NA NA NA 0 NA NA NA 2.488135549 NA 1.594666667 1.594666667 1 4.701139785 0.940227957 5 0 NA 0 0 0 1 1.068952381 1.068952381 1 1.224666667 1.224666667 1 0 NA 0 0 NA 0 NA NA 1 1 0.00000883 2.5E-09 5.95E-08 0.001827434 1 1 1 1 YES 1_1 1_1 0_0 0_0 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b 19 5375933 C T - - - - - - 19 0 0 54 13 24.1 33 2 6.1 57 0 0 76 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 10 11 2.488135549 7 8 9 0 5 2 2 0 2 1 1 -1.488135549 1 NA NA 1 NA NA NA 0 NA NA NA 2.488135549 NA 4.223238095 1.055809524 4 1.204913978 1.204913978 1 0 NA 0 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1.12E-18 1 0.011909843 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 19 5375955 C A - - - - - - 18 0 0 54 11 20.4 29 1 3.4 56 0 0 72 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 10 11 2.488135549 7 8 9 0 5 2 2 0 2 1 1 -1.488135549 1 NA NA 1 NA NA NA 0 NA NA NA 2.488135549 NA 3.574857143 0.893714286 4 0.671591398 0.671591398 1 0 NA 0 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 3.84E-15 1 0.135292269 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 19 5376170 C T - - - - - - 21 0 0 57 12 21.1 33 3 9.1 46 0 0 83 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 10 11 2.488135549 7 8 9 0 5 2 2 0 2 1 1 -1.488135549 1 NA NA 1 NA NA NA 0 NA NA NA 2.488135549 NA 3.69752381 0.924380952 4 1.797494624 1.797494624 1 0 NA 0 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1.4E-16 1 0.000609557 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 19 5376172 C T - - - - - - 17 0 0 57 13 22.8 33 3 9.1 47 0 0 84 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 10 11 2.488135549 7 8 9 0 5 2 2 0 2 1 1 -1.488135549 1 NA NA 1 NA NA NA 0 NA NA NA 2.488135549 NA 3.995428571 0.998857143 4 1.797494624 1.797494624 1 0 NA 0 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 2.44E-18 1 0.000609557 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 19 5881588 T A - - - - - - 16 0 0 55 9 16.4 35 2 5.7 33 1 3 123 14 11.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 10 11 2.488135549 14.55135283 8 9 0 13 2 2 0 1 1 1 -1.488135549 0.448647165 NA NA 1 13 NA NA 0 2 NA NA 2.488135549 0.551352835 2.873904762 0.957968254 3 1.125903226 1.125903226 1 0.527464579 NA 0 2.009534426 1.004767213 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1.01E-11 1 0.013332991 1 0.15245715 1 3.54E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 19 5881590 A T - - - - - - 16 0 0 57 9 15.8 34 1 2.9 34 1 2.9 129 14 10.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 10 11 2.488135549 14.55135283 8 9 0 13 2 2 0 1 1 1 -1.488135549 0.448647165 NA NA 1 13 NA NA 0 2 NA NA 2.488135549 0.551352835 2.768761905 0.922920635 3 0.572827957 0.572827957 1 0.509882427 NA 0 1.921396951 0.960698476 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1.42E-11 1 0.156694864 1 0.156694864 1 6.96E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 19 7277825 G A INSR CCDS12176.1 r.? - - intronic 26 0 0 32 6 18.8 22 0 0 17 0 0 36 0 0 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2.505303239 3.385466625 2.488135549 1.108874041 1 2 0 1 1 1 0 0 0.494696761 0.614533375 -1.488135549 0.891125959 2 2 1 1 1 2 0 1 0.505303239 0.385466625 2.488135549 0.108874041 1.885473199 1.885473199 1 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1.27E-08 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 19 8214551 G A FBN3 CCDS12196.1 r.? - - upstream 20 0 0 3 2 66.7 0 0 NA 1 0 0 34 2 5.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 8 9 2.488135549 1.161458529 7 8 0 1 1 1 0 0 1 1 -1.488135549 0.838541471 NA NA 1 1 NA NA 0 1 NA NA 2.488135549 0.161458529 10.35438095 1.479197279 7 NA NA 1 0 NA 0 0.250018439 1.548499421 0.161458529 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.0000748 1 1 1 1 1 0.012612579 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 19 8434424 G A ANGPTL4 CCDS12200.1 r.? - - intronic 22 0 0 53 21 39.6 34 7 20.6 24 0 0 45 4 8.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 8 9 2.488135549 1.161458529 7 8 0 1 1 1 0 0 1 1 -1.488135549 0.838541471 NA NA 1 1 NA NA 0 1 NA NA 2.488135549 0.161458529 6.147428571 1.024571429 6 3.657053763 0.914263441 4 0 NA 0 0.377146459 0.377146459 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1.3E-34 1 3.73E-10 1 1 1 0.0000791 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 19 9054851 C T MUC16 ENST00000331986 r.? - - intronic 29 0 0 64 7 10.9 36 3 8.3 68 0 0 58 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 8 9 4.49637224 5.134965632 7 8 1 4 1 1 0 1 1 1 -2.49637224 0.865034368 NA NA 2 4 NA NA 0 2 NA NA 3.49637224 0.134965632 1.692095238 1.692095238 1 1.473473118 1.473473118 1 0 NA 0 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 3.78E-08 1 0.000788827 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 19 9056230 C T MUC16 ENST00000331986 r.18115g>a c.18115G>A p.E6039K missense 32 0 0 57 11 19.3 31 2 6.5 86 0 0 75 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 8 9 4.49637224 5.134965632 7 8 1 4 1 1 0 1 1 1 -2.49637224 0.865034368 NA NA 2 4 NA NA 0 2 NA NA 3.49637224 0.134965632 2.996095238 0.998698413 3 1.153924731 1.153924731 1 0 NA 0 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 7.29E-15 1 0.010558179 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 19 9148935 G A - - - - - - 32 0 0 44 10 22.7 37 8 21.6 64 6 9.4 72 7 9.7 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 8 9 4.49637224 5.134965632 7 8 1 4 1 1 0 1 1 1 -2.49637224 0.865034368 NA NA 2 4 NA NA 0 2 NA NA 3.49637224 0.134965632 3.523904762 0.88097619 4 3.834580645 0.958645161 4 1.841496597 1.841496597 1 0.796477453 0.796477453 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 2.08E-14 1 1.33E-11 1 0.000000914 1 8.66E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 19 9605683 C A ZNF560 CCDS12214.1 r.? - - intronic 32 0 0 59 15 25.4 36 9 25 58 9 15.5 71 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 8 9 4.49637224 5.134965632 7 8 1 4 1 1 0 1 1 1 -2.49637224 0.865034368 NA NA 2 4 NA NA 0 2 NA NA 3.49637224 0.134965632 3.943047619 0.985761905 4 4.438172043 1.109543011 4 3.036510347 0.868474561 3.49637224 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 7 NA 1 1 9.9E-22 1 1.63E-13 1 1.67E-11 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 19 11706675 G A ZNF627 CCDS42502.1 r.? - - upstream 17 0 0 23 6 26.1 15 2 13.3 9 3 33.3 39 13 33.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4.49637224 3 2 2 1 2 1 1 0 1 1 1 -2.49637224 1 NA NA 2 NA NA NA 0 NA NA NA 3.49637224 NA 2.746714286 1.373357143 2 1.563107527 1.563107527 1 6.523599648 1.450858448 4.49637224 2.02335533 1.011677665 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 1.47E-09 1 0.002513772 1 0.0000103 1 8.79E-21 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 19 12059575 G A ZNF700 CCDS32915.1 r.862g>a c.736G>A p.G246R missense 43 0 0 41 5 12.2 27 1 3.7 54 0 0 44 7 15.9 138 0 0 360 35 9.7 101 4 4 344 17 4.9 266 36 13.5 FALSE TRUE 3 3 4.49637224 3 2 2 1 2 1 1 0 1 1 1 -2.49637224 1 NA NA 2 NA NA NA 0 NA NA NA 3.49637224 NA 1.283904762 1.283904762 1 0.434849462 0.434849462 1 0 NA 0 0.966106599 0.966106599 1 1.020809524 1.020809524 1 0.470107527 0.470107527 1 0.959929077 0.959929077 1 0.820279188 0.820279188 1 NA 14 1 1 0.00000202 3.1E-33 0.126579904 0.001735416 1 4.05E-12 2.55E-09 2.11E-39 YES 1_1 0_1 0_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b 19 14481055 G T - - - - - - 27 0 0 37 5 13.5 17 1 5.9 40 0 0 42 0 0 1 0 0 1 1 100 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 4.49637224 3 2 2 1 2 1 1 0 1 1 1 -2.49637224 1 NA NA 2 NA NA NA 0 NA NA NA 3.49637224 NA 1.420714286 1.420714286 1 0.693408602 0.693408602 1 0 NA 0 0 0 1 10.52380952 10.52380952 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.00000119 0.005 0.081683532 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 19 15302325 C T NOTCH3 CCDS12326.1 r.1022g>a c.946G>A p.D316N missense 29 0 0 33 6 18.2 20 4 20 12 0 0 54 0 0 29 0 0 212 25 11.8 54 8 14.8 95 7 7.4 103 0 0 FALSE TRUE 3 3 4.49637224 3 2 2 1 2 1 1 0 1 1 1 -2.49637224 1 NA NA 2 NA NA NA 0 NA NA NA 3.49637224 NA 1.915333333 1.915333333 1 2.350537634 2.350537634 1 0 NA 0 0 0 1 1.241809524 1.241809524 1 1.739397849 1.739397849 1 1.449688811 1.449688811 1 0 0 1 NA 11 1 1 1.54E-08 2.58E-26 0.00000284 3.31E-10 1 0.000000588 1 1 YES 1_1 1_1 0_1 0_0 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b 19 16035998 C T ENSG00000171903 CCDS12337.1 r.? - - intronic 30 0 0 40 5 12.5 28 2 7.1 57 5 8.8 55 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4.49637224 3 2 2 1 2 1 1 0 1 1 1 -2.49637224 1 NA NA 2 NA NA NA 0 NA NA NA 3.49637224 NA 1.31547619 1.31547619 1 0.83444086 0.83444086 1 1.723954261 1.723954261 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 7 NA 1 1 0.00000178 1 0.008668191 1 0.0000105 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 19 21526122 C T - - - - - - 32 0 0 33 6 18.2 22 4 18.2 46 8 17.4 56 13 23.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4.49637224 3 2 2 1 2 1 1 0 1 1 1 -2.49637224 1 NA NA 2 NA NA NA 0 NA NA NA 3.49637224 NA 1.915333333 1.915333333 1 2.138989247 2.138989247 1 3.408727744 0.974932733 3.49637224 1.409664975 1.409664975 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 1.54E-08 1 0.00000425 1 8.61E-11 1 1.89E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 19 21564004 C T ZNF738 ENST00000311015 r.? - - downstream 30 0 0 33 10 30.3 23 3 13 51 7 13.7 56 19 33.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4.49637224 3 2 2 1 2 1 1 0 1 1 1 -2.49637224 1 NA NA 2 NA NA NA 0 NA NA NA 3.49637224 NA 3.188714286 1.594357143 2 1.527849462 1.527849462 1 2.683883339 0.767619451 3.49637224 2.059812183 1.029906091 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 8.14E-16 1 0.000205387 1 7.46E-09 1 6.79E-30 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 19 21661356 G A - - - - - - 35 0 0 34 9 26.5 26 4 15.4 61 16 26.2 60 26 43.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4.49637224 3 2 2 1 2 1 1 0 1 1 1 -2.49637224 1 NA NA 2 NA NA NA 0 NA NA NA 3.49637224 NA 2.788809524 1.394404762 2 1.809913978 1.809913978 1 5.132682006 1.141516256 4.49637224 2.630969543 1.315484772 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 9.15E-14 1 0.00000856 1 2.5E-23 1 8.84E-44 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 19 23033301 T C - - - - - - 30 0 0 34 4 11.8 23 9 39.1 36 4 11.1 61 23 37.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4.49637224 3 2 2 1 2 1 1 0 1 1 1 -2.49637224 1 NA NA 2 NA NA NA 0 NA NA NA 3.49637224 NA 1.241809524 1.241809524 1 4.595301075 2.297650538 2 2.174533216 2.174533216 1 2.290705584 1.145352792 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.0000257 1 1.5E-15 1 0.0000324 1 3.73E-37 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 19 23337689 C A ZNF730 ENST00000327867 r.? - - downstream 34 0 0 42 11 26.2 19 2 10.5 79 9 11.4 59 19 32.2 0 0 NA 0 0 NA 1 1 100 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4.49637224 3 2 2 1 2 1 1 0 1 1 1 -2.49637224 1 NA NA 2 NA NA NA 0 NA NA NA 3.49637224 NA 2.757238095 1.378619048 2 1.234032258 1.234032258 1 2.233304384 0.638749032 3.49637224 1.956517766 0.978258883 2 NA NA 1 11.75268817 11.75268817 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 1.81E-16 1 0.004039874 0.005 2.93E-10 1 2.2E-29 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 19 28500613 T A - - - - - - 29 0 0 40 4 10 14 0 0 59 2 3.4 50 12 24 231 0 0 493 53 10.8 260 13 5 387 27 7 372 87 23.4 TRUE TRUE 3 3 3 3.323840502 2 2 2 2 1 1 1 1 1 1 1 0.676159498 NA NA NA 2 NA NA NA 2 NA NA NA 0.323840502 1.052380952 1.052380952 1 0 0 1 0.615196581 0.615196581 1 1.535995832 1.535995832 1 1.136571429 1.136571429 1 0.587634409 0.587634409 1 1.266581197 1.266581197 1 1.497595936 0.893468634 1.676159498 8 12 1 1 0.0000495 8.63E-52 1 1.14E-09 0.035441897 3.51E-22 2.49E-17 5.74E-115 YES 1_1 0_1 1_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b 19 28500621 C G - - - - - - 27 0 0 36 4 11.1 14 0 0 55 2 3.6 50 12 24 237 0 0 503 57 11.3 279 15 5.4 403 27 6.7 383 89 23.2 TRUE TRUE 3 3 3 3.323840502 2 2 2 2 1 1 1 1 1 1 1 0.676159498 NA NA NA 2 NA NA NA 2 NA NA NA 0.323840502 1.168142857 1.168142857 1 0 0 1 0.651384615 0.651384615 1 1.535995832 1.535995832 1 1.189190476 1.189190476 1 0.634645161 0.634645161 1 1.212299145 1.212299145 1 1.484795971 0.88583215 1.676159498 8 12 1 1 0.0000324 6.86E-57 1 2.23E-11 0.031164417 1.01E-21 2.49E-17 2.72E-117 YES 1_1 0_1 1_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b 19 28786421 T G - - - - - - 38 0 0 45 4 8.9 22 1 4.5 63 2 3.2 70 11 15.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3.323840502 2 2 2 2 1 1 1 1 1 1 1 0.676159498 NA NA NA 2 NA NA NA 2 NA NA NA 0.323840502 0.936619048 0.936619048 1 0.528870968 0.528870968 1 0.579008547 0.579008547 1 1.004797274 1.004797274 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.0000791 1 0.104413009 1 0.03993132 1 8.06E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 19 29216480 G T AC005307.1 ENST00000511462 r.? - - intronic 32 0 0 39 5 12.8 29 1 3.4 38 0 0 43 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3.323840502 2 2 2 2 1 1 1 1 1 1 1 0.676159498 NA NA NA 2 NA NA NA 2 NA NA NA 0.323840502 1.347047619 1.347047619 1 0.399591398 0.399591398 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 9 NA 1 1 0.00000156 1 0.135292269 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 19 31540873 T G - - - - - - 25 0 0 44 5 11.4 20 0 0 58 3 5.2 69 12 17.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3.323840502 2 2 2 2 1 1 1 1 1 1 1 0.676159498 NA NA NA 2 NA NA NA 2 NA NA NA 0.323840502 1.199714286 1.199714286 1 0 0 1 0.940888889 0.940888889 1 1.113596978 1.113596978 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.00000288 1 1 1 0.003141421 1 1.65E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 19 32153313 A G - - - - - - 32 0 0 39 6 15.4 12 1 8.3 46 5 10.9 68 11 16.2 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3.323840502 2 2 2 2 1 1 1 1 1 1 1 0.676159498 NA NA NA 2 NA NA NA 2 NA NA NA 0.323840502 1.620666667 1.620666667 1 0.975473118 0.975473118 1 1.972247863 1.972247863 1 1.036797187 1.036797187 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 4.43E-08 1 0.058377193 1 0.00000361 1 5.76E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 19 32474527 G T - - - - - - 39 0 0 51 6 11.8 21 3 14.3 50 3 6 80 6 7.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3.323840502 2 2 2 2 1 1 1 1 1 1 1 0.676159498 NA NA NA 2 NA NA NA 2 NA NA NA 0.323840502 1.241809524 1.241809524 1 1.680634409 1.680634409 1 1.085641026 1.085641026 1 0.479998698 1.482207117 0.323840502 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000000232 1 0.000155401 1 0.002055544 1 0.00000342 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 19 33570167 A G GPATCH1 CCDS12428.1 r.? - - upstream 29 0 0 35 5 14.3 35 4 11.4 49 1 2 55 10 18.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3.495036613 2 2 2 2 1 1 1 1 1 1 1 0.504963387 NA NA NA 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.495036613 1.504904762 1.504904762 1 1.339806452 1.339806452 1 0.361880342 0.361880342 1 1.195954532 1.195954532 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000000895 1 0.0000289 1 0.217776325 1 2.33E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 19 36007692 G A DMKN CCDS12463.1 r.? - - upstream 29 0 0 35 10 28.6 22 2 9.1 80 21 26.2 66 27 40.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3.967520676 3.495036613 2 2 1 2 1 1 0 1 1 1 -1.967520676 0.504963387 NA NA 2 3 NA NA 0 1 NA NA 2.967520676 0.495036613 3.009809524 1.504904762 2 1.069494624 1.069494624 1 4.994122896 1.258751574 3.967520676 2.687612107 1.077183434 2.495036613 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 1.6E-15 1 0.005403392 1 3.63E-30 1 1.51E-44 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 19 36257829 G A C19orf55 CCDS46056.1 r.1003g>a c.930G>A p.P310P silent 22 0 0 25 5 20 17 1 5.9 10 0 0 46 7 15.2 67 1 1.5 112 13 11.6 43 6 14 96 1 1 148 13 8.8 FALSE FALSE 3 3 3.967520676 3.495036613 2 2 1 2 1 1 0 1 1 1 -1.967520676 0.504963387 NA NA 2 3 NA NA 0 1 NA NA 2.967520676 0.495036613 2.104761905 2.104761905 1 0.693408602 0.693408602 1 0 NA 0 0.998819169 0.998819169 1 1.220761905 1.220761905 1 1.645376344 1.645376344 1 0.190615378 NA 0 0.57826373 1.168123154 0.495036613 NA NA 1 0.285262761 0.000000153 2.62E-14 0.081683532 8.13E-08 1 0.381961184 3.53E-09 9.95E-13 YES 1_1 0_1 0_0 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b 19 36335113 C G NPHS1 CCDS32996.1 r.2104g>c c.2104G>C p.G702R missense 33 0 0 19 3 15.8 11 1 9.1 11 0 0 63 14 22.2 34 0 0 66 15 22.7 16 0 0 65 5 7.7 77 18 23.4 FALSE TRUE 3 3 3.967520676 3.495036613 2 2 1 2 1 1 0 1 1 1 -1.967520676 0.504963387 NA NA 2 3 NA NA 0 1 NA NA 2.967520676 0.495036613 1.662761905 1.662761905 1 1.069494624 1.069494624 1 0 NA 0 1.458801681 1.458801681 1 2.388904762 1.194452381 2 0 0 1 1.467738408 1.467738408 1 1.537655826 1.028507137 1.495036613 NA 14 1 1 0.000114071 6.45E-21 0.05364542 1 1 0.0000201 1.81E-19 4.71E-25 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 19 37058746 C G ZNF529 ENST00000334116 r.? - - intronic 30 0 0 41 4 9.8 23 0 0 85 0 0 65 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 3.967520676 3.495036613 2 2 1 2 1 1 0 1 1 1 -1.967520676 0.504963387 NA NA 2 3 NA NA 0 1 NA NA 2.967520676 0.495036613 1.031333333 1.031333333 1 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.0000546 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 19 40194770 C A LGALS14 CCDS12542.1 r.? - - upstream 35 0 0 52 9 17.3 18 3 16.7 73 8 11 76 16 21.1 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 1 3.495036613 2 2 1 2 1 1 0 1 1 1 1 0.504963387 NA NA NA 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.495036613 1.820619048 0.910309524 2 1.962698925 1.962698925 1 1.77034188 1.77034188 1 1.386518715 1.386518715 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 5.92E-12 1 0.0000964 1 3.93E-09 1 1.25E-21 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 19 42851480 T C MEGF8 CCDS12604.2 r.? - - intronic 23 0 0 43 10 23.3 21 4 19 26 0 0 62 22 35.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 5 1 NA 5 4 1 NA 1 1 0 NA 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 3.151047619 1.050349206 3 2.613010753 0.871003584 3 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1.61E-14 1 0.00000349 1 1 1 6.75E-35 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 19 43064528 A G - - - - - - 32 0 0 35 9 25.7 23 6 26.1 58 1 1.7 76 28 36.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 5 1 5.599235127 5 4 1 4 1 1 0 1 1 1 1 0.400764873 NA NA NA 5 NA NA NA 1 NA NA NA 0.599235127 3.475619048 0.868904762 4 3.589451613 0.897362903 4 0.273598291 NA 0 3.192538831 1.06417961 3 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1.23E-13 1 1.47E-09 1 0.252280541 1 1.47E-44 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 19 43558366 G C PSG1 ENST00000449000 r.? - - intronic 35 0 0 59 4 6.8 26 0 0 57 0 0 83 1 1.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 FALSE FALSE 6 5 1 5.599235127 5 4 1 4 1 1 0 1 1 1 1 0.400764873 NA NA NA 5 NA NA NA 1 NA NA NA 0.599235127 0.919619048 0.919619048 1 0 0 1 0 NA 0 0.104104527 0.104104527 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 1 1 0.00022841 1 1 1 1 1 0.340346757 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 19 43626520 C A PSG1 ENST00000449000 r.? - - intronic 29 0 0 41 6 14.6 27 1 3.7 62 2 3.2 68 10 14.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 5 1 5.599235127 5 4 1 4 1 1 0 1 1 1 1 0.400764873 NA NA NA 5 NA NA NA 1 NA NA NA 0.599235127 1.97447619 1.97447619 1 0.508849462 0.508849462 1 0.515008547 0.515008547 1 1.275280457 1.275280457 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 6.05E-08 1 0.126579904 1 0.038789653 1 2.18E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 19 43792706 G C - - - - - - 24 0 0 41 4 9.8 22 1 4.5 64 2 3.1 81 10 12.3 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 5 1 5.599235127 5 4 1 4 1 1 0 1 1 1 1 0.400764873 NA NA NA 5 NA NA NA 1 NA NA NA 0.599235127 1.325333333 1.325333333 1 0.618870968 0.618870968 1 0.49891453 0.49891453 1 1.067071403 1.067071403 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.0000546 1 0.104413009 1 0.041085601 1 1.33E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 19 44686858 T A - - - - - - 34 0 0 42 7 16.7 34 4 11.8 53 2 3.8 82 16 19.5 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 5 1 5.599235127 5 4 1 4 1 1 0 1 1 1 1 0.400764873 NA NA NA 5 NA NA NA 1 NA NA NA 0.599235127 2.25847619 1.129238095 2 1.622817204 1.622817204 1 0.61157265 0.61157265 1 1.691698565 1.057817289 1.599235127 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 1.81E-09 1 0.0000257 1 0.029108399 1 4.67E-21 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 19 45830917 G T CKM CCDS12659.1 r.? - - upstream 36 0 0 41 9 22 22 4 18.2 56 0 0 56 0 0 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 5 1 4.255336667 5 4 1 3 1 1 0 1 1 1 1 0.744663333 NA NA NA 4 NA NA NA 1 NA NA NA 0.255336667 2.975238095 0.991746032 3 2.502989247 2.502989247 1 0 NA 0 0 0 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 5.92E-13 1 0.00000425 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 19 48187792 G A GLTSCR1 CCDS46134.1 r.? - - intronic 30 0 0 59 6 10.2 23 1 4.3 25 1 4 69 9 13 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.72074859 5 1 4.255336667 3 4 1 3 0 1 0 1 0.27925141 1 1 0.744663333 3 NA NA 4 1 NA NA 1 0.72074859 NA NA 0.255336667 1.146944928 1.146944928 1 0.591365591 0.591365591 1 0.643760684 NA 0 0.953092244 0.953092244 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000000561 1 0.108890944 1 0.117779757 1 8.45E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 19 48509210 C G ELSPBP1 CCDS12708.1 r.? - - intronic 39 0 0 28 4 14.3 27 1 3.7 55 0 0 31 6 19.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.72074859 5 1 2 3 4 1 1 0 1 0 1 0.27925141 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.72074859 NA NA NA 1.60797181 1.60797181 1 0.508849462 0.508849462 1 0 NA 0 0.984771574 0.984771574 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.0000116 1 0.126579904 1 1 1 1.03E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 19 54780798 T C LILRB2 CCDS42612.1 r.? - - intronic 32 0 0 35 4 11.4 14 2 14.3 15 0 0 36 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 1 2 1 1 1 1 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.085714286 1.085714286 1 1.537634409 1.537634409 1 0 NA 0 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.0000289 1 0.002185852 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 19 54842812 T C LILRA4 CCDS12890.1 r.? - - downstream 40 0 0 31 4 12.9 20 1 5 23 1 4.3 52 6 11.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 1 2 1 1 1 1 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.228571429 1.228571429 1 0.537634409 0.537634409 1 0.692042735 NA 0 0.583756345 0.583756345 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.0000177 1 0.09538952 1 0.108890944 1 0.000000261 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 19 55259299 C G KIR2DS2 CCDS33107.1 r.? - - intronic 29 0 0 33 4 12.1 14 1 7.1 52 1 1.9 43 9 20.9 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 1 2 1 1 1 1 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.152380952 1.152380952 1 0.76344086 0.76344086 1 0.305786325 NA 0 1.060913706 1.060913706 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.0000228 1 0.067769881 1 0.229451111 1 9.45E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 19 56397929 T A NLRP4 CCDS12936.1 r.? - - downstream 53 0 0 48 9 18.8 31 4 12.9 41 0 0 54 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 1 2 1 1 1 1 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.79047619 1.79047619 1 1.387096774 1.387096774 1 0 NA 0 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 2.75E-12 1 0.0000177 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 19 57756967 G A ZNF805 CCDS46207.1 r.? - - intronic 28 0 0 21 5 23.8 13 4 30.8 18 0 0 29 10 34.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 1 2 1 1 1 1 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.266666667 2.266666667 1 3.311827957 3.311827957 1 0 NA 0 1.751269036 1.751269036 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 5.95E-08 1 0.000000431 1 1 1 1.79E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 180125 C G - - - - - - 31 0 0 70 8 11.4 27 4 14.8 76 3 3.9 172 21 12.2 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 12 9 9 15 9 6 7 11 3 3 2 4 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.225714286 1.112857143 2 2.627397849 0.875799283 3 0.939666667 0.939666667 1 2.20528934 1.10264467 2 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 2.8E-09 1 0.00001 1 0.006696581 1 1.12E-22 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 568527 T A - - - - - - 26 0 0 81 7 8.6 37 5 13.5 54 8 14.8 162 18 11.1 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 12 9 9 15 9 6 7 11 3 3 2 4 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.679047619 1.679047619 1 2.396612903 1.198306452 2 3.56591453 0.891478632 4 2.006451777 1.003225888 2 NA NA 1 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000000197 1 0.00000119 1 3.31E-10 1 6.67E-19 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 638178 A G - - - - - - 45 0 0 63 23 36.5 27 10 37 98 28 28.6 190 109 57.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 12 9 9 15 9 6 7 11 3 3 2 4 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 7.126190476 1.018027211 7 6.568494624 1.094749104 6 6.890888889 0.984412698 7 10.37570558 1.037570558 10 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 9.25E-37 1 7.62E-17 1 6.85E-41 1 1.19E-196 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 848600 G C - - - - - - 23 0 0 83 5 6 32 0 0 87 0 0 178 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 FALSE FALSE 12 9 9 15 9 6 7 11 3 3 2 4 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.171428571 1.171428571 1 0 NA 0 0 NA 0 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 0 0 1 NA NA 1 1 0.0000656 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 1281875 G A SNTG2 CCDS46220.1 r.? - - intronic 27 0 0 67 19 28.4 26 2 7.7 75 9 12 176 44 25 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 12 9 9 15 9 6 7 11 3 3 2 4 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 5.544761905 0.924126984 6 1.366956989 1.366956989 1 2.891282051 0.963760684 3 4.519035533 0.903807107 5 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 3.67E-28 1 0.007502227 1 1.82E-10 1 1.98E-60 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 1591080 C G - - - - - - 21 0 0 45 6 13.3 21 4 19 13 3 23.1 150 35 23.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 12 9 9 15 9 6 7 11 3 3 2 4 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.596666667 0.865555556 3 3.373010753 1.124336918 3 5.565717949 0.927619658 6 4.211741117 1.052935279 4 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000000108 1 0.00000349 1 0.0000344 1 3.14E-47 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 2139623 C T MYT1L CCDS46222.1 r.? - - intronic 30 0 0 72 5 6.9 41 0 0 92 0 0 162 0 0 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 12 9 9 15 9 6 7 11 3 3 2 4 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.347142857 1.347142857 1 0 NA 0 0 NA 0 0 0 1 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.0000331 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 2358912 A G - - - - - - 32 0 0 94 24 25.5 32 1 3.1 92 8 8.7 175 23 13.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 12 9 9 15 9 6 7 11 3 3 2 4 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 4.978571429 0.995714286 5 0.550333333 NA 0 2.096179487 1.048089744 2 2.367974619 1.18398731 2 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 6.23E-34 1 0.14819814 1 0.000000025 1 1.91E-25 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 2412460 C G - - - - - - 39 0 0 71 4 5.6 36 0 0 88 0 0 140 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 12 9 9 15 9 6 7 11 3 3 2 4 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.093333333 1.093333333 1 0 NA 0 0 NA 0 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.000464961 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 2896080 T A - - - - - - 27 0 0 94 5 5.3 29 0 0 50 0 0 178 0 0 0 0 NA 3 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 12 9 9 15 9 6 7 11 3 3 2 4 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.034761905 1.034761905 1 0 NA 0 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.000118532 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 4208487 T C - - - - - - 25 0 0 63 20 31.7 38 13 34.2 85 24 28.2 152 75 49.3 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 12 9 9 15 9 6 7 11 3 3 2 4 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 6.189047619 1.031507937 6 6.071419355 1.011903226 6 6.794512821 0.970644689 7 8.911538071 0.990170897 9 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 1.05E-30 1 5.88E-21 1 3.98E-35 1 6.58E-129 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 4280096 A C - - - - - - 31 0 0 82 18 22 33 3 9.1 83 8 9.6 187 42 22.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 12 9 9 15 9 6 7 11 3 3 2 4 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 4.295238095 1.073809524 4 1.615494624 1.615494624 1 2.313025641 1.156512821 2 4.06713198 1.016782995 4 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 1.65E-24 1 0.000609557 1 0.000000011 1 1.42E-55 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 4379740 A C - - - - - - 31 0 0 90 4 4.4 31 0 0 104 0 0 205 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 12 9 9 15 9 6 7 11 3 3 2 4 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.859047619 0.859047619 1 0 NA 0 0 NA 0 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.001134224 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 4684858 C G - - - - - - 35 0 0 69 4 5.8 26 0 0 106 6 5.7 186 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 12 9 9 15 9 6 7 11 3 3 2 4 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.132380952 1.132380952 1 0 NA 0 1.373358974 1.373358974 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.000416985 1 1 1 0.0000174 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 6916817 G T - - - - - - 34 0 0 78 5 6.4 37 0 0 80 0 0 161 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 12 9 9 15 9 6 7 11 3 3 2 4 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.24952381 1.24952381 1 0 NA 0 0 NA 0 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.0000487 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 7788916 G A - - - - - - 29 0 0 78 41 52.6 27 7 25.9 105 36 34.3 177 110 62.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 12 9 9 15 9 6 7 11 3 3 2 4 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 10.26952381 1.141058201 9 4.597946237 0.919589247 5 8.264247863 1.180606838 7 11.22528426 1.020480388 11 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 9.33E-73 1 6.36E-11 1 1.77E-55 1 3.34E-204 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 9119556 G A MBOAT2 CCDS1660.1 r.? - - intronic 34 0 0 40 10 25 26 3 11.5 72 11 15.3 75 27 36 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 12 9 9 15 9 6 7 11 3 3 2 4 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 4.880952381 0.976190476 5 2.04155914 2.04155914 1 3.686384615 0.921596154 4 6.507411168 0.929630167 7 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 7.22E-15 1 0.000298167 1 1.12E-13 1 1.08E-42 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 10052806 C T TAF1B CCDS33143.1 r.? - - intronic 26 0 0 57 8 14 29 3 10.3 77 1 1.3 130 9 6.9 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 8 9 8.837120004 9.695732895 8 8 3 9 0 1 0 0 1 1 -4.837120004 0.304267105 NA NA 4 9 NA NA 0 1 NA NA 5.837120004 0.695732895 2.173333333 1.086666667 2 1.828526882 1.828526882 1 0.311104782 NA 0 0.881259377 0.881259377 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 5.19E-10 1 0.000414371 1 0.320206172 1 0.000000025 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 12601328 A G - - - - - - 36 0 0 35 6 17.1 32 6 18.8 86 2 2.3 76 12 15.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 5 7 6 4 4 6 5 0 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.970571429 1.970571429 1 2.585505376 0.861835125 3 0.508162393 0.508162393 1 1.434030457 1.434030457 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 2.24E-08 1 1.27E-08 1 0.069370687 1 5.63E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 12871913 C G TRIB2 CCDS1683.1 r.? - - intronic 26 0 0 33 5 15.2 20 3 15 15 0 0 55 8 14.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 5 7 6 4 4 6 5 0 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.751619048 1.751619048 1 2.062903226 2.062903226 1 0 0 1 1.316040609 1.316040609 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.00000066 1 0.0001337 1 1 1 3.86E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 14084284 A C - - - - - - 29 0 0 41 5 12.2 20 0 0 61 0 0 55 6 10.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 5 7 6 4 4 6 5 0 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.405904762 1.405904762 1 0 0 1 0 0 1 0.989299492 0.989299492 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.00000202 1 1 1 1 1 0.000000367 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 14256168 G C - - - - - - 7 0 0 19 5 26.3 7 2 28.6 2 1 50 26 5 19.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 5 7 6 4 4 6 5 0 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 3.030761905 1.010253968 3 3.933268817 3.933268817 1 11.04700855 11.04700855 1 1.742619289 1.742619289 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 3.43E-08 1 0.000516315 1 0.009975 1 0.000000188 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 14519229 C A - - - - - - 25 0 0 36 10 27.8 28 10 35.7 63 12 19 72 37 51.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 5 7 6 4 4 6 5 0 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 3.203619048 1.067873016 3 4.909709677 1.227427419 4 4.197863248 1.049465812 4 4.665137056 0.933027411 5 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 2.21E-15 1 1.18E-16 1 5.15E-16 1 2.64E-65 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 14560440 C T - - - - - - 27 0 0 52 5 9.6 24 1 4.2 68 0 0 59 13 22 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 1 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 4 5 7 6 4 4 6 5 0 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.106285714 1.106285714 1 0.577612903 0.577612903 1 0 0 1 1.996751269 0.998375635 2 NA NA 0 0 0 1 0 0 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.00000668 1 0.113346489 1 1 1 3.99E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 14820212 A G - - - - - - 37 0 0 44 7 15.9 21 1 4.8 83 7 8.4 92 9 9.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 5 7 6 4 4 6 5 0 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.832285714 1.832285714 1 0.660129032 0.660129032 1 1.855897436 1.855897436 1 0.889461929 0.889461929 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 2.55E-09 1 0.099912572 1 0.000000233 1 1.17E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 15513454 G C NBAS CCDS1685.1 r.? - - intronic 27 0 0 35 6 17.1 21 0 0 60 0 0 62 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 5 7 6 4 4 6 5 0 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.970571429 1.970571429 1 0 0 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 10 NA 1 1 2.24E-08 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 18294807 G T - - - - - - 30 0 0 36 6 16.7 28 1 3.6 83 7 8.4 69 8 11.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 5 7 6 4 4 6 5 0 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.92447619 1.92447619 1 0.495096774 0.495096774 1 1.855897436 1.855897436 1 1.052832487 1.052832487 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 2.68E-08 1 0.130947004 1 0.000000233 1 2.49E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 18453876 G T - - - - - - 29 0 0 32 4 12.5 19 0 0 41 0 0 78 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 5 7 6 4 4 6 5 0 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.44047619 1.44047619 1 0 0 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 10 NA 1 1 0.0000201 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 19251568 G T - - - - - - 33 0 0 45 6 13.3 17 0 0 61 4 6.6 67 10 14.9 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 5 7 6 4 4 6 5 0 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.532666667 1.532666667 1 0 0 1 1.458205128 1.458205128 1 1.352345178 1.352345178 1 NA NA 0 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000000108 1 1 1 0.000259828 1 1.87E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 21108877 A T - - - - - - 36 0 0 40 5 12.5 29 2 6.9 88 5 5.7 81 12 14.8 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 6.462624889 7 6.730059116 4 5 6 6 0 1 1 0 1 0.537375111 1 0.269940884 NA 6 NA 6 NA 1 NA 1 NA 0.462624889 NA 0.730059116 1.44047619 1.44047619 1 1.049856601 1.049856601 1 1.259358974 1.259358974 1 1.451317785 1.451317785 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.00000178 1 0.009279585 1 0.0000867 1 1.26E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 21620081 G T - - - - - - 27 0 0 41 4 9.8 18 3 16.7 78 10 12.8 80 18 22.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5.457728052 6.462624889 7 6.730059116 5 5 6 6 0 1 1 0 0.542271948 0.537375111 1 0.269940884 6 6 NA 6 0 1 NA 1 0.457728052 0.462624889 NA 0.730059116 1.272190682 1.272190682 1 2.540957281 2.540957281 1 2.828034188 0.942678063 3 2.206395281 0.972005613 2.269940884 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.0000546 1 0.0000964 1 9.02E-12 1 1.01E-24 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 21622882 A G - - - - - - 36 0 0 46 8 17.4 21 3 14.3 58 0 0 97 14 14.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5.457728052 6.462624889 7 6.730059116 5 5 6 6 0 1 1 0 0.542271948 0.537375111 1 0.269940884 6 6 NA 6 0 1 NA 1 0.457728052 0.462624889 NA 0.730059116 2.258787538 0.919055115 2.457728052 2.175789768 2.175789768 1 0 0 1 1.41209298 1.41209298 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 8.61E-11 1 0.000155401 1 1 1 1.16E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 21947732 G A - - - - - - 28 0 0 36 5 13.9 21 4 19 70 2 2.9 70 9 12.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5.457728052 6.462624889 7 6.730059116 5 5 6 6 0 1 1 0 0.542271948 0.537375111 1 0.269940884 6 6 NA 6 0 1 NA 1 0.457728052 0.462624889 NA 0.730059116 1.804433723 1.804433723 1 2.890909482 0.963636494 3 0.640726496 0.640726496 1 1.264999961 1.264999961 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.00000104 1 0.00000349 1 0.048267597 1 9.65E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 22350483 G T - - - - - - 28 0 0 46 5 10.9 33 1 3 71 3 4.2 72 7 9.7 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5.457728052 6.462624889 7 6.730059116 5 5 6 6 0 1 1 0 0.542271948 0.537375111 1 0.269940884 6 6 NA 6 0 1 NA 1 0.457728052 0.462624889 NA 0.730059116 1.414987596 1.414987596 1 0.456459392 0.456459392 1 0.927948718 0.927948718 1 0.951201521 0.951201521 1 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.00000361 1 0.15245715 1 0.00554578 1 8.66E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 22908374 A C - - - - - - 33 0 0 41 6 14.6 23 2 8.7 50 3 6 76 15 19.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5.457728052 6.462624889 6 6.730059116 5 5 6 6 0 1 0 0 0.542271948 0.537375111 1 0.269940884 6 6 NA 6 0 1 NA 1 0.457728052 0.462624889 NA 0.730059116 1.895304486 1.895304486 1 1.323732236 1.323732236 1 1.265641026 1.265641026 1 1.931821646 0.965910823 2 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 6.05E-08 1 0.00589844 1 0.002055544 1 6.51E-20 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 23936727 A G - - - - - - 37 0 0 37 4 10.8 31 1 3.2 77 6 7.8 93 11 11.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5.457728052 6.462624889 6 6.730059116 5 5 6 6 0 1 0 0 0.542271948 0.537375111 1 0.269940884 6 6 NA 6 0 1 NA 1 0.457728052 0.462624889 NA 0.730059116 1.402006058 1.402006058 1 0.486890018 0.486890018 1 1.645333333 1.645333333 1 1.157131747 1.157131747 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.0000362 1 0.143917729 1 0.00000273 1 2.04E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 25244082 A G - - - - - - 34 0 0 52 5 9.6 26 2 7.7 61 3 4.9 92 5 5.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5.457728052 6.462624889 6 6.730059116 5 5 6 6 0 1 0 0 0.542271948 0.537375111 1 0.269940884 6 6 NA 6 0 1 NA 1 0.457728052 0.462624889 NA 0.730059116 1.246227607 1.246227607 1 1.171579106 1.171579106 1 1.033606838 1.033606838 1 0.529534867 0.529534867 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.00000668 1 0.007502227 1 0.003623631 1 0.000107074 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 27694701 T A IFT172 CCDS1755.1 r.? - - intronic 30 0 0 39 7 17.9 39 6 15.4 45 6 13.3 59 19 32.2 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5.457728052 6.462624889 6 6.730059116 5 5 6 6 0 1 0 0 0.542271948 0.537375111 1 0.269940884 6 6 NA 6 0 1 NA 1 0.457728052 0.462624889 NA 0.730059116 2.323695226 0.945464745 2.457728052 2.343158211 0.951488074 2.462624889 2.805504274 0.935168091 3 3.157596802 0.96564339 3.269940884 NA NA 0 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 1.04E-09 1 4.43E-08 1 0.000000108 1 2.2E-29 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 29628526 C T ALK CCDS33172.1 r.? - - intronic 30 0 0 54 5 9.3 33 2 6.1 83 0 0 89 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5.457728052 6.462624889 6 6.730059116 5 5 6 6 0 1 0 0 0.542271948 0.537375111 1 0.269940884 6 6 NA 6 0 1 NA 1 0.457728052 0.462624889 NA 0.730059116 1.207282995 1.207282995 1 0.928134097 0.928134097 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 9 NA 1 1 0.00000806 1 0.011909843 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 30600156 T G - - - - - - 33 0 0 31 8 25.8 24 3 12.5 68 8 11.8 70 23 32.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5.457728052 6.462624889 6 6.730059116 5 5 6 6 0 1 0 0 0.542271948 0.537375111 1 0.269940884 6 6 NA 6 0 1 NA 1 0.457728052 0.462624889 NA 0.730059116 3.349236694 0.968623514 3.457728052 1.901914133 1.901914133 1 2.489094017 0.829698006 3 3.226240211 0.986635638 3.269940884 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 2.78E-12 1 0.000233853 1 2.21E-09 1 1.7E-35 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 31073731 G T - - - - - - 30 0 0 40 4 10 27 2 7.4 60 0 0 76 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5.457728052 6.462624889 6 6.730059116 5 5 6 6 0 1 0 0 0.542271948 0.537375111 1 0.269940884 6 6 NA 6 0 1 NA 1 0.457728052 0.462624889 NA 0.730059116 1.298153758 1.298153758 1 1.125933167 1.125933167 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 9 NA 1 1 0.0000495 1 0.00807567 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 31455953 G C EHD3 CCDS1774.1 r.? - - upstream 27 0 0 57 16 28.1 27 6 22.2 79 13 16.5 72 27 37.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5.457728052 6.462624889 6 6.730059116 5 5 6 6 0 1 0 0 0.542271948 0.537375111 1 0.269940884 6 6 NA 6 0 1 NA 1 0.457728052 0.462624889 NA 0.730059116 3.647812059 1.054973672 3.457728052 3.3777995 0.975502576 3.462624889 3.480512821 0.870128205 4 3.677325468 0.919331367 4 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 7.28E-24 1 4.23E-09 1 2.37E-16 1 2.82E-43 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 31717098 T G - - - - - - 29 0 0 49 6 12.2 24 4 16.7 78 0 0 73 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5.457728052 6.462624889 6 6.730059116 5 5 6 6 0 1 0 0 0.542271948 0.537375111 1 0.269940884 6 6 NA 6 0 1 NA 1 0.457728052 0.462624889 NA 0.730059116 1.583747584 1.583747584 1 2.540957281 2.540957281 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 9 NA 1 1 0.000000182 1 0.00000613 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 33197982 A G LTBP1 CCDS33177.1 r.? - - intronic 36 0 0 42 12 28.6 25 8 32 78 10 12.8 95 42 44.2 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5.457728052 6.462624889 6 6.730059116 5 5 6 6 0 1 0 0 0.542271948 0.537375111 1 0.269940884 6 6 NA 6 0 1 NA 1 0.457728052 0.462624889 NA 0.730059116 3.712719747 0.928179937 4 4.86890018 0.973780036 5 2.700034188 0.900011396 3 4.334340952 1.015082192 4.269940884 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 2.35E-18 1 3.92E-13 1 9.02E-12 1 3.02E-70 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 34486089 A G - - - - - - 30 0 0 38 4 10.5 23 0 0 60 0 0 77 0 0 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 1 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 5.457728052 6.462624889 6 6.730059116 5 5 6 6 0 1 0 0 0.542271948 0.537375111 1 0.269940884 6 6 NA 6 0 1 NA 1 0.457728052 0.462624889 NA 0.730059116 1.363061445 1.363061445 1 0 0 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 0 0 NA 0 0 NA 0 NA NA 0 10 NA 1 1 0.0000403 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 34622142 C A - - - - - - 32 0 0 46 5 10.9 27 2 7.4 66 6 9.1 92 27 29.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5.457728052 6.462624889 6 6.730059116 5 5 6 6 0 1 0 0 0.542271948 0.537375111 1 0.269940884 6 6 NA 6 0 1 NA 1 0.457728052 0.462624889 NA 0.730059116 1.414987596 1.414987596 1 1.125933167 1.125933167 1 1.919555556 1.919555556 1 2.873216966 0.957738989 3 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.00000361 1 0.00807567 1 0.0000011 1 7.54E-40 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 34623367 C G - - - - - - 37 0 0 60 6 10 35 9 25.7 75 5 6.7 96 15 15.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5.457728052 6.462624889 6 6.730059116 5 5 6 6 0 1 0 0 0.542271948 0.537375111 1 0.269940884 6 6 NA 6 0 1 NA 1 0.457728052 0.462624889 NA 0.730059116 1.298153758 1.298153758 1 3.910335457 0.977583864 4 1.413299145 1.413299145 1 1.529767395 1.529767395 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000000621 1 1.23E-13 1 0.0000403 1 2.73E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 34623442 C G - - - - - - 47 0 0 48 9 18.8 25 6 24 71 6 8.5 106 22 20.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 5.457728052 6.462624889 6 6.730059116 5 5 6 6 0 1 0 0 0.542271948 0.537375111 1 0.269940884 6 6 NA 6 0 1 NA 1 0.457728052 0.462624889 NA 0.730059116 2.440529064 0.993002079 2.457728052 3.651675135 1.05459738 3.462624889 1.792991453 1.792991453 1 2.03968986 1.01984493 2 NA NA 0 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 2.75E-12 1 2.55E-09 1 0.00000169 1 4.91E-29 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 35571906 G A - - - - - - 33 0 0 34 5 14.7 30 6 20 66 5 7.6 59 16 27.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5.457728052 6.462624889 6 6.730059116 5 5 6 6 0 1 0 0 0.542271948 0.537375111 1 0.269940884 6 6 NA 6 0 1 NA 1 0.457728052 0.462624889 NA 0.730059116 1.908286024 1.908286024 1 3.043062612 1.014354204 3 1.603145299 1.603145299 1 2.657480538 0.885826846 3 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000000771 1 8.37E-09 1 0.0000217 1 1.37E-23 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 36523453 C T - - - - - - 23 0 0 49 8 16.3 41 11 26.8 97 19 19.6 155 46 29.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5.457728052 10 13 8.43246998 5 9 12 8 0 1 1 0 0.542271948 1 1 0.56753002 6 NA NA 8 0 NA NA 1 0.457728052 NA NA 0.43246998 2.115990625 1.057995312 2 5.02572043 1.005144086 5 5.50642735 0.917737892 6 3.418057797 0.958102042 3.56753002 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 1.47E-10 1 1.34E-16 1 9.19E-25 1 5.02E-67 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 36523651 C G - - - - - - 32 0 0 59 12 20.3 41 8 19.5 96 14 14.6 135 40 29.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5.457728052 10 13 8.43246998 5 9 12 8 0 1 1 0 0.542271948 1 1 0.56753002 6 NA NA 8 0 NA NA 1 0.457728052 NA NA 0.43246998 2.635252128 1.072230968 2.457728052 3.656774194 0.914193548 4 4.101726496 1.025431624 4 3.406549185 0.954876109 3.56753002 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 2.2E-16 1 3.22E-11 1 9.96E-17 1 1.82E-58 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 40507693 A G SLC8A1 CCDS1806.1 r.? - - intronic 38 0 0 33 6 18.2 24 0 0 58 2 3.4 66 7 10.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 3 5 3 3 3 4 0 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.915333333 1.915333333 1 0 0 1 0.615196581 0.615196581 1 0.856071066 0.856071066 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 1.54E-08 1 1 1 0.034352256 1 0.000000047 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 41125743 A G - - - - - - 35 0 0 40 6 15 24 2 8.3 58 5 8.6 71 12 16.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 3 5 3 3 3 4 0 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.578571429 1.578571429 1 1.058473118 1.058473118 1 1.55608547 1.55608547 1 1.36486802 1.36486802 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 5.18E-08 1 0.006413403 1 0.0000115 1 2.38E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 42802143 T A MTA3 CCDS46267.1 r.? - - intronic 40 0 0 34 8 23.5 16 6 37.5 54 7 13 48 16 33.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 TRUE FALSE 3 4 3 5 3 3 3 4 0 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.473095238 0.824365079 3 4.782258065 1.594086022 3 2.352222222 1.176111111 2 2.68935533 0.896451777 3 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 0 0 1 8 NA 1 1 6.32E-12 1 1.2E-10 1 1.13E-08 1 2.96E-25 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 43023724 A C HAAO CCDS33187.1 r.? - - upstream 32 0 0 36 4 11.1 28 0 0 59 0 0 71 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 3 5 3 3 3 4 0 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.168142857 1.168142857 1 0 0 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 10 NA 1 1 0.0000324 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 43217338 A C - - - - - - 29 0 0 40 5 12.5 24 3 12.5 16 0 0 47 5 10.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 3 5 3 3 3 4 0 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.31547619 1.31547619 1 1.594086022 1.594086022 1 0 0 1 0.856071066 0.856071066 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.00000178 1 0.000233853 1 1 1 0.00000402 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 43594597 C T THADA CCDS46268.1 r.? - - intronic 40 0 0 46 8 17.4 27 3 11.1 52 5 9.6 52 24 46.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 3 5 3 3 3 4 0 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.831142857 1.831142857 1 1.415548387 1.415548387 1 1.737025641 1.737025641 1 3.731177665 0.932794416 4 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 8.61E-11 1 0.000334187 1 0.00000668 1 2.22E-41 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 44325384 C A - - - - - - 28 0 0 46 4 8.7 24 0 0 48 1 2.1 56 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 3 5 3 3 3 4 0 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.915571429 0.915571429 1 0 0 1 0.379974359 0.379974359 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 10 NA 1 1 0.0000862 1 1 1 0.213845552 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 44548730 A G PREPL CCDS33190.1 r.? - - intronic 43 0 0 42 5 11.9 24 2 8.3 72 0 0 69 0 0 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 3 5 3 3 3 4 0 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.252333333 1.252333333 1 1.058473118 1.058473118 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 0 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 9 NA 1 1 0.00000228 1 0.006413403 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 48171183 T C - - - - - - 34 0 0 35 12 34.3 23 5 21.7 60 8 13.3 62 21 33.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 3 5 3 3 3 4 0 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 3.609666667 1.203222222 3 2.767333333 0.922444444 3 2.406504274 0.802168091 3 2.737812183 0.912604061 3 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 1.83E-19 1 9.75E-08 1 7.93E-10 1 7.22E-33 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 48960158 C G GTF2A1L CCDS46280.1 r.1522c>g c.? p.? 3'UTR variant 26 0 0 32 4 12.5 17 0 0 64 5 7.8 64 11 17.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 3 5 3 3 3 4 0 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.31547619 1.31547619 1 0 0 1 1.411333333 1.411333333 1 1.389096447 1.389096447 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.0000201 1 1 1 0.0000186 1 2.85E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 49470825 A C - - - - - - 29 0 0 42 5 11.9 24 0 0 79 0 0 65 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 3 5 3 3 3 4 0 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.252333333 1.252333333 1 0 0 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 10 NA 1 1 0.00000228 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 50474557 T A NRXN1 CCDS46282.1 r.? - - intronic 30 0 0 37 4 10.8 14 0 0 64 0 0 66 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 3 5 3 3 3 4 0 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.136571429 1.136571429 1 0 0 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 10 NA 1 1 0.0000362 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 51066538 T A NRXN1 CCDS46282.1 r.? - - intronic 35 0 0 33 7 21.2 19 1 5.3 66 0 0 68 13 19.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 3 5 3 3 3 4 0 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.231047619 1.11552381 2 0.675892473 0.675892473 1 0 0 1 1.542543147 1.542543147 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 2.98E-10 1 0.090843738 1 1 1 2.96E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 51866005 A T - - - - - - 29 0 0 35 5 14.3 25 1 4 87 7 8 57 8 14 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 3 5 3 3 3 4 0 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.504904762 1.504904762 1 0.510107527 0.510107527 1 1.447521368 1.447521368 1 1.130659898 1.130659898 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000000895 1 0.117779757 1 0.000000322 1 5.19E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 51899187 G T - - - - - - 43 0 0 47 4 8.5 17 0 0 72 6 8.3 71 12 16.9 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 3 5 3 3 3 4 0 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.89452381 0.89452381 1 0 0 1 1.501803419 1.501803419 1 1.36486802 1.36486802 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.0000939 1 1 1 0.00000184 1 2.38E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 51922265 G A - - - - - - 30 0 0 48 6 12.5 25 4 16 52 4 7.7 53 16 30.2 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 3 5 3 3 3 4 0 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.31547619 1.31547619 1 2.040430108 2.040430108 1 1.393239316 1.393239316 1 2.438994924 0.812998308 3 NA NA 1 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.00000016 1 0.00000727 1 0.000139698 1 1.9E-24 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 52482499 C G - - - - - - 26 0 0 35 5 14.3 9 1 11.1 59 2 3.4 54 9 16.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 3 5 3 3 3 4 0 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.504904762 1.504904762 1 1.415548387 1.415548387 1 0.615196581 0.615196581 1 1.348715736 1.348715736 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000000895 1 0.044110422 1 0.035441897 1 8.48E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 53163373 T A - - - - - - 30 0 0 50 5 10 22 0 0 83 1 1.2 46 0 0 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 3 5 3 3 3 4 0 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.052380952 1.052380952 1 0 0 1 0.217128205 0.217128205 1 0 0 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 10 NA 1 1 0.00000549 1 1 1 0.340346757 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 53581325 C T - - - - - - 31 0 0 25 4 16 17 4 23.5 68 2 2.9 55 6 10.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 3 5 3 3 3 4 0 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.683809524 1.683809524 1 2.99688172 0.998960573 3 0.524726496 0.524726496 1 0.880299492 0.880299492 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.00000727 1 0.00000141 1 0.045825786 1 0.000000367 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 54952673 T C EML6 CCDS46286.1 r.? - - intronic 29 0 0 35 10 28.6 25 6 24 56 10 17.9 46 25 54.3 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 3 5 3 3 3 4 0 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 3.009809524 1.003269841 3 3.060645161 1.020215054 3 3.23882906 1.079609687 3 4.385345178 1.096336294 4 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 1.6E-15 1 2.55E-09 1 2.82E-13 1 1.87E-45 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 55744823 C T CCDC104 CCDS1854.2 r.? - - upstream 28 0 0 33 6 18.2 15 1 6.7 6 2 33.3 53 17 32.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 3 5 3 3 3 4 0 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.915333333 1.915333333 1 0.854430108 0.854430108 1 6.025307692 2.008435897 3 2.592441624 0.864147208 3 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 1.54E-08 1 0.072431031 1 0.000370028 1 2.08E-26 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 56192547 T G - - - - - - 43 0 0 25 3 12 36 0 0 70 0 0 41 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 3 5 3 3 3 4 0 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.262857143 1.262857143 1 0 0 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 10 NA 1 1 0.00026475 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 56328289 C G - - - - - - 32 0 0 36 5 13.9 22 1 4.5 90 5 5.6 58 8 13.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 3 5 3 3 3 4 0 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.462809524 1.462809524 1 0.573870968 0.573870968 1 1.013264957 1.013264957 1 1.114507614 1.114507614 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.00000104 1 0.104413009 1 0.0000965 1 5.99E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 56647429 C G - - - - - - 28 0 0 45 4 8.9 22 0 0 74 0 0 54 0 0 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 3 5 3 3 3 4 0 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.936619048 0.936619048 1 0 0 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 10 NA 1 1 0.0000791 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 56738466 C T - - - - - - 39 0 0 39 12 30.8 33 3 9.1 47 2 4.3 62 11 17.7 1 0 0 0 0 NA 2 1 50 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 3 5 3 3 3 4 0 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 3.241333333 1.080444444 3 1.160494624 1.160494624 1 0.778042735 0.778042735 1 1.429477157 1.429477157 1 NA NA 1 6.376344086 6.376344086 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 8.43E-19 1 0.000609557 0.009975 0.02328732 1 1.96E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 57183316 A G - - - - - - 25 0 0 31 6 19.4 19 3 15.8 61 0 0 56 11 19.6 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 3 5 3 3 3 4 0 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.041619048 2.041619048 1 2.014924731 2.014924731 1 0 0 1 1.582923858 1.582923858 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 1.03E-08 1 0.000114071 1 1 1 5.91E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 57285118 T A - - - - - - 39 0 0 39 6 15.4 27 0 0 69 0 0 74 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 3 5 3 3 3 4 0 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.620666667 1.620666667 1 0 0 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 10 NA 1 1 4.43E-08 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 57777879 G C - - - - - - 41 0 0 31 4 12.9 33 2 6.1 74 0 0 55 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 3 5 3 3 3 4 0 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.357571429 1.357571429 1 0.777913978 0.777913978 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 9 NA 1 1 0.0000177 1 0.011909843 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 58868726 G A - - - - - - 36 0 0 35 5 14.3 15 3 20 61 0 0 61 0 0 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 3 5 3 3 3 4 0 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.504904762 1.504904762 1 2.550537634 2.550537634 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 9 NA 1 1 0.000000895 1 0.0000544 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 58926546 A T - - - - - - 27 0 0 49 4 8.2 32 3 9.4 86 3 3.5 79 5 6.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 3 5 3 3 3 4 0 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.862952381 0.862952381 1 1.198752688 1.198752688 1 0.633290598 0.633290598 1 0.508796954 0.508796954 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000110643 1 0.000556213 1 0.009396251 1 0.0000518 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 61541670 C G USP34 CCDS42686.1 r.? - - intronic 44 0 0 29 4 13.8 30 4 13.3 83 4 4.8 51 7 13.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 3 5 3 3 3 4 0 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.452285714 1.452285714 1 1.696107527 1.696107527 1 0.868512821 0.868512821 1 1.106431472 1.106431472 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.0000134 1 0.0000154 1 0.000838577 1 7.46E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 62779300 T G - - - - - - 24 0 0 38 14 36.8 26 8 30.8 75 13 17.3 68 29 42.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 3 5 3 3 3 4 0 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 3.872761905 1.290920635 3 3.927827957 1.309275986 3 3.130264957 1.043421652 3 3.440436548 0.860109137 4 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 5.28E-23 1 5.63E-13 1 1.16E-16 1 2.12E-48 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 63372948 A C C2orf86 CCDS42688.1 r.? - - intronic 25 0 0 38 7 18.4 15 0 0 47 7 14.9 59 11 18.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 3 5 3 3 3 4 0 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.936380952 1.936380952 1 0 0 1 2.696008547 0.898669516 3 1.502162437 1.502162437 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 8.61E-10 1 1 1 4.12E-09 1 1.1E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 68563303 A G - - - - - - 37 0 0 41 4 9.8 20 3 15 66 4 6.1 68 13 19.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 3 5 3 3 3 4 0 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.031333333 1.031333333 1 1.912903226 1.912903226 1 1.103735043 1.103735043 1 1.542543147 1.542543147 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.0000546 1 0.0001337 1 0.000351793 1 2.96E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 70450705 C T TIA1 CCDS1901.1 r.? - - intronic 18 0 0 37 5 13.5 27 4 14.8 36 3 8.3 47 3 6.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 3 5 3 3 3 4 0 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.420714286 1.420714286 1 1.887397849 1.887397849 1 1.501803419 1.501803419 1 0.516873096 0.516873096 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.00000119 1 0.00001 1 0.000788827 1 0.001719595 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 70552256 A G - - - - - - 24 0 0 35 5 14.3 17 2 11.8 49 3 6.1 59 6 10.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 3 5 3 3 3 4 0 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.504904762 1.504904762 1 1.504817204 1.504817204 1 1.103735043 1.103735043 1 0.823766497 0.823766497 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000000895 1 0.003234386 1 0.001939399 1 0.000000561 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 75662600 G A - - - - - - 26 0 0 33 17 51.5 20 3 15 63 8 12.7 56 25 44.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 3 5 3 3 3 4 0 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 5.419761905 1.806587302 3 1.912903226 1.912903226 1 2.297940171 1.148970085 2 3.601959391 0.900489848 4 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 8.25E-31 1 0.0001337 1 1.18E-09 1 1.43E-42 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 76124851 T C - - - - - - 32 0 0 38 4 10.5 30 5 16.7 58 1 1.7 85 14 16.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 3 5 3 3 3 4 0 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.105 1.105 1 2.129698925 2.129698925 1 0.307598291 0.307598291 1 1.332563452 1.332563452 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.0000403 1 0.000000401 1 0.252280541 1 1.66E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 76552038 G C - - - - - - 40 0 0 33 5 15.2 20 3 15 92 12 13 83 9 10.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 3 5 3 3 3 4 0 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.599619048 1.599619048 1 1.912903226 1.912903226 1 2.352222222 1.176111111 2 0.87222335 0.87222335 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.00000066 1 0.0001337 1 6.12E-14 1 4.6E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 76733281 C A - - - - - - 37 0 0 38 11 28.9 21 4 19 60 8 13.3 66 20 30.3 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 3 5 3 3 3 4 0 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 3.041380952 1.013793651 3 2.423010753 2.423010753 1 2.406504274 0.802168091 3 2.447071066 0.815690355 3 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 5.19E-17 1 0.00000349 1 7.93E-10 1 3.11E-30 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 76810367 A T - - - - - - 22 0 0 35 4 11.4 24 2 8.3 84 3 3.6 52 5 9.6 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 3 5 3 3 3 4 0 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.199714286 1.199714286 1 1.058473118 1.058473118 1 0.651384615 0.651384615 1 0.775309645 0.775309645 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.0000289 1 0.006413403 1 0.008812993 1 0.00000668 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 77054650 C A LRRTM4 CCDS46346.1 r.? - - intronic 23 0 0 37 9 24.3 30 4 13.3 81 9 11.1 46 14 30.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 3 5 3 3 3 4 0 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.557285714 0.852428571 3 1.696107527 1.696107527 1 2.008435897 1.004217949 2 2.455147208 0.818382403 3 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 2.14E-13 1 0.0000154 1 3.68E-10 1 1.26E-21 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 77949199 C T - - - - - - 43 0 0 30 4 13.3 20 1 5 76 6 7.9 41 6 14.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 3 5 3 3 3 4 0 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.399666667 1.399666667 1 0.637634409 0.637634409 1 1.42942735 1.42942735 1 1.179116751 1.179116751 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.0000154 1 0.09538952 1 0.00000253 1 6.05E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 78590517 C A - - - - - - 25 0 0 39 13 33.3 20 5 25 71 7 9.9 49 24 49 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 3 5 3 3 3 4 0 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 3.504428571 1.168142857 3 3.188172043 1.062724014 3 1.791307692 1.791307692 1 3.957309645 0.989327411 4 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 8.79E-21 1 4.55E-08 1 7.85E-08 1 3.34E-42 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 78620730 G T - - - - - - 28 0 0 31 10 32.3 25 8 32 64 12 18.8 64 31 48.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 3 5 3 3 3 4 0 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 3.399190476 1.133063492 3 4.080860215 1.360286738 3 3.401675214 1.133891738 3 3.908852792 0.977213198 4 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 3.94E-16 1 3.92E-13 1 6.3E-16 1 7.05E-54 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 79420548 C T CTNNA2 CCDS42703.2 r.? - - intronic 37 0 0 44 5 11.4 9 0 0 88 0 0 63 9 14.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 3 5 3 3 3 4 0 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.199714286 1.199714286 1 0 0 1 0 0 1 1.154888325 1.154888325 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.00000288 1 1 1 1 1 3.62E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 80138553 T A CTNNA2 CCDS42703.2 r.? - - intronic 39 0 0 39 5 12.8 22 1 4.5 79 3 3.8 72 11 15.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 3 5 3 3 3 4 0 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.347047619 1.347047619 1 0.573870968 0.573870968 1 0.68757265 0.68757265 1 1.235649746 1.235649746 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.00000156 1 0.104413009 1 0.007450026 1 1.12E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 81246835 T C - - - - - - 44 0 0 34 4 11.8 21 1 4.8 66 1 1.5 68 10 14.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 3 5 3 3 3 4 0 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.241809524 1.241809524 1 0.612129032 0.612129032 1 0.271410256 0.271410256 1 1.187192893 1.187192893 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.0000257 1 0.099912572 1 0.281671117 1 2.18E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 81266056 A G - - - - - - 32 0 0 36 4 11.1 29 3 10.3 75 2 2.7 52 6 11.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 3 5 3 3 3 4 0 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.168142857 1.168142857 1 1.313526882 1.313526882 1 0.488538462 0.488538462 1 0.928756345 0.928756345 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.0000324 1 0.000414371 1 0.054571821 1 0.000000261 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 81488223 C A - - - - - - 37 0 0 27 4 14.8 21 6 28.6 57 4 7 50 8 16 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 3 5 3 3 3 4 0 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.55752381 1.55752381 1 3.647268817 1.215756272 3 1.266581197 1.266581197 1 1.292182741 1.292182741 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.00001 1 7.95E-10 1 0.000199821 1 1.74E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 81669325 A C - - - - - - 25 0 0 42 7 16.7 28 1 3.6 67 3 4.5 58 10 17.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 3 5 3 3 3 4 0 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.75747619 1.75747619 1 0.459096774 0.459096774 1 0.814230769 0.814230769 1 1.389096447 1.389096447 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 1.81E-09 1 0.130947004 1 0.004717431 1 4.1E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 81728696 T G - - - - - - 22 0 0 36 5 13.9 19 4 21.1 71 5 7 71 7 9.9 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 3 5 3 3 3 4 0 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.462809524 1.462809524 1 2.690817204 0.896939068 3 1.266581197 1.266581197 1 0.799538071 0.799538071 1 NA NA 0 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.00000104 1 0.00000228 1 0.0000309 1 7.85E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 81759062 G C - - - - - - 42 0 0 48 6 12.5 25 3 12 77 4 5.2 61 11 18 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 3 5 3 3 3 4 0 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.31547619 1.31547619 1 1.530322581 1.530322581 1 0.940888889 0.940888889 1 1.453705584 1.453705584 1 NA NA 0 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.00000016 1 0.00026475 1 0.000632383 1 1.62E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 81790834 G C - - - - - - 39 0 0 38 14 36.8 24 9 37.5 64 10 15.6 56 22 39.3 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 2 2 100 TRUE FALSE 3 4 3 5 3 3 3 4 0 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 3.872761905 1.290920635 3 4.782258065 1.594086022 3 2.822666667 0.940888889 3 3.173923858 1.057974619 3 NA NA 0 NA NA 1 0 0 1 8.076142132 2.019035533 4 8 NA 1 1 5.28E-23 1 2.39E-15 1 1.16E-12 1 4.34E-36 0.000025 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 82027748 A T - - - - - - 40 0 0 32 5 15.6 20 4 20 66 5 7.6 58 12 20.7 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 3 5 3 3 3 4 0 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.641714286 1.641714286 1 2.550537634 2.550537634 1 1.375145299 1.375145299 1 1.671761421 0.835880711 2 NA NA 0 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000000562 1 0.00000284 1 0.0000217 1 1.76E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 82395546 G C - - - - - - 50 0 0 36 4 11.1 22 4 18.2 80 6 7.5 69 12 17.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 3 5 3 3 3 4 0 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.168142857 1.168142857 1 2.320989247 2.320989247 1 1.357051282 1.357051282 1 1.405248731 1.405248731 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.0000324 1 0.00000425 1 0.00000342 1 1.65E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 82703023 G A - - - - - - 31 0 0 48 8 16.7 21 1 4.8 74 0 0 53 0 0 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 3 5 3 3 3 4 0 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.75747619 1.75747619 1 0.612129032 0.612129032 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 0 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 9 NA 1 1 1.23E-10 1 0.099912572 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 82789552 A G - - - - - - 25 0 0 45 7 15.6 21 3 14.3 67 9 13.4 66 11 16.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 3 5 3 3 3 4 0 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.641714286 1.641714286 1 1.823634409 1.823634409 1 2.424598291 0.80819943 3 1.348715736 1.348715736 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000000003 1 0.000155401 1 6.43E-11 1 4.07E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 83242196 A C - - - - - - 17 0 0 34 5 14.7 12 0 0 38 0 0 31 7 22.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 3 5 3 3 3 4 0 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.547 1.547 1 0 0 1 0 0 1 1.825208122 1.825208122 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.000000771 1 1 1 1 1 1.85E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 83829129 A T - - - - - - 29 0 0 40 10 25 28 5 17.9 45 4 8.9 50 9 18 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 3 5 3 3 3 4 0 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.630952381 0.876984127 3 2.282731183 2.282731183 1 1.610367521 1.610367521 1 1.453705584 1.453705584 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 7.22E-15 1 0.000000279 1 0.0000791 1 4.07E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 83964764 C T - - - - - - 25 0 0 31 4 12.9 25 1 4 87 0 0 66 5 7.6 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 3 5 3 3 3 4 0 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.357571429 1.357571429 1 0.510107527 0.510107527 1 0 0 1 0.613786802 0.613786802 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.0000177 1 0.117779757 1 1 1 0.0000217 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 84898406 G C DNAH6 CCDS46348.1 r.? - - intronic 27 0 0 30 6 20 35 2 5.7 54 6 11.1 60 10 16.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 3 5 3 3 3 4 0 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.104761905 1.052380952 2 0.726903226 0.726903226 1 2.008435897 2.008435897 1 1.348715736 1.348715736 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 8.37E-09 1 0.013332991 1 0.000000329 1 5.86E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 85388868 G A TCF7L1 CCDS1971.1 r.? - - intronic 26 0 0 52 6 11.5 24 3 12.5 12 1 8.3 55 7 12.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 3 5 3 3 3 4 0 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.210238095 1.210238095 1 1.594086022 1.594086022 1 1.501803419 1.501803419 1 1.025670051 1.025670051 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000000261 1 0.000233853 1 0.058377193 1 1.28E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 86163592 C T - - - - - - 28 0 0 53 6 11.3 9 1 11.1 43 1 2.3 64 8 12.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 3 5 3 3 3 4 0 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.189190476 1.189190476 1 1.415548387 1.415548387 1 0.416162393 0.416162393 1 1.009517766 1.009517766 1 NA NA 0 NA NA 1 0 0 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000000293 1 0.044110422 1 0.193893409 1 1.35E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 87110711 G A - - - - - - 20 0 0 39 7 17.9 26 3 11.5 64 0 0 56 11 19.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 3 5 3 3 3 4 0 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.883761905 1.883761905 1 1.46655914 1.46655914 1 0 0 1 1.582923858 1.582923858 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 1.04E-09 1 0.000298167 1 1 1 5.91E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 89219448 C G - - - - - - 26 0 0 25 4 16 19 1 5.3 10 0 0 48 4 8.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 3 5 3 3 3 4 0 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.683809524 1.683809524 1 0.675892473 0.675892473 1 0 0 1 0.670319797 0.670319797 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.00000727 1 0.090843738 1 1 1 0.000102016 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 95796025 C G - - - - - - 45 0 0 42 5 11.9 25 2 8 76 3 3.9 57 4 7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 3 5 3 3 3 4 0 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.252333333 1.252333333 1 1.020215054 1.020215054 1 0.705666667 0.705666667 1 0.565329949 0.565329949 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.00000228 1 0.006948068 1 0.006696581 1 0.000199821 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 95796056 A G - - - - - - 34 0 0 46 6 13 23 2 8.7 66 3 4.5 65 6 9.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 3 5 3 3 3 4 0 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.368095238 1.368095238 1 1.109483871 1.109483871 1 0.814230769 0.814230769 1 0.743005076 0.743005076 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000000123 1 0.00589844 1 0.004522888 1 0.000001 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 95972327 C G KCNIP3 CCDS2013.1 r.? - - intronic 28 0 0 37 4 10.8 19 4 21.1 20 1 5 51 6 11.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 3 5 3 3 3 4 0 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.136571429 1.136571429 1 2.690817204 0.896939068 3 0.904700855 0.904700855 1 0.952984772 0.952984772 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.0000362 1 0.00000228 1 0.09538952 1 0.000000232 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 96556027 G A ENSG00000174501 ENST00000456556 r.? - - intronic 31 0 0 26 5 19.2 26 2 7.7 77 0 0 56 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 3 5 3 3 3 4 0 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.020571429 2.020571429 1 0.981956989 0.981956989 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 9 NA 1 1 0.000000188 1 0.007502227 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 97937328 A G - - - - - - 36 0 0 41 7 17.1 15 3 20 48 2 4.2 76 18 23.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 3 3.6475352 3 3 3 3 0 1 0 0 1 1 1 0.3524648 NA NA NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.6475352 1.799571429 1.799571429 1 2.550537634 2.550537634 1 0.759948718 0.759948718 1 1.593511528 0.967209397 1.6475352 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 1.51E-09 1 0.0000544 1 0.024220359 1 3.63E-25 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 98337916 G A ZAP70 CCDS33254.1 r.? - - intronic 29 0 0 40 5 12.5 21 0 0 41 0 0 53 9 17 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 3 3.6475352 3 3 3 3 0 1 0 0 1 1 1 0.3524648 NA NA NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.6475352 1.31547619 1.31547619 1 0 0 1 0 0 1 1.143025146 1.143025146 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.00000178 1 1 1 1 1 7.1E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 101049545 G A - - - - - - 38 0 0 42 6 14.3 21 3 14.3 65 0 0 54 8 14.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3.6475352 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 0.3524648 NA NA NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.6475352 1.504904762 1.504904762 1 1.680634409 1.680634409 1 0 0 1 0.995104245 0.995104245 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 7.02E-08 1 0.000155401 1 1 1 3.31E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 101290095 A G - - - - - - 35 0 0 34 4 11.8 25 3 12 70 3 4.3 72 11 15.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3.6475352 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 0.3524648 NA NA NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.6475352 1.241809524 1.241809524 1 1.410322581 1.410322581 1 0.778042735 0.778042735 1 1.028722632 1.028722632 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.0000257 1 0.00026475 1 0.005331097 1 1.12E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 101735913 G A TBC1D8 CCDS46375.1 r.? - - intronic 31 0 0 48 9 18.8 22 4 18.2 51 9 17.6 67 37 55.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3.6475352 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 0.3524648 NA NA NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.6475352 1.97847619 0.989238095 2 2.138989247 2.138989247 1 3.184547009 1.06151567 3 3.711469887 1.017528189 3.6475352 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 2.75E-12 1 0.00000425 1 4.92E-12 1 6.28E-67 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 105130241 T A - - - - - - 37 0 0 43 4 9.3 31 2 6.5 78 0 0 57 0 0 0 0 NA 2 0 0 1 0 0 2 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3.6475352 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 0.3524648 NA NA NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.6475352 0.978714286 0.978714286 1 0.763924731 0.763924731 1 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 9 NA 1 1 0.000066 1 0.010558179 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 109351085 G C RANBP2 CCDS2079.1 r.? - - intronic 41 0 0 39 4 10.3 22 1 4.5 68 4 5.9 53 16 30.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3.6475352 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 0.3524648 NA NA NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.6475352 1.083952381 1.083952381 1 0.528870968 0.528870968 1 1.067547009 1.067547009 1 2.030550554 1.015275277 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.0000447 1 0.104413009 1 0.000394372 1 1.9E-24 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 109736617 C A - - - - - - 36 0 0 34 6 17.6 20 3 15 33 2 6.1 52 10 19.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3.6475352 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 0.3524648 NA NA NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.6475352 1.852190476 1.852190476 1 1.762903226 1.762903226 1 1.103735043 1.103735043 1 1.290946048 1.290946048 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 1.86E-08 1 0.0001337 1 0.011909843 1 1.28E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 110046207 A C SH3RF3 ENST00000309415 r.? - - intronic 27 0 0 32 3 9.4 14 2 14.3 6 0 0 57 7 12.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3.6475352 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 0.3524648 NA NA NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.6475352 0.989238095 0.989238095 1 1.680634409 1.680634409 1 0 0 1 0.827012312 0.827012312 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000556213 1 0.002185852 1 1 1 1.66E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 115652324 T A DPP10 CCDS46400.1 r.? - - intronic 32 0 0 38 4 10.5 18 1 5.6 82 8 9.8 58 8 13.8 293 0 0 637 42 6.6 173 4 2.3 682 23 3.4 617 70 11.3 FALSE TRUE 3 3 3 3.6475352 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 0.3524648 NA NA NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.6475352 1.105 1.105 1 0.658150538 NA 0 1.773213675 1.773213675 1 0.927867472 0.927867472 1 0.694571429 0.694571429 1 0.270311828 0.270311828 1 0.615196581 0.615196581 1 0.759775539 1.173334729 0.6475352 NA 9 1 1 0.0000403 1.31E-32 0.086275114 0.011557447 0.00000001 2.03E-12 5.99E-10 1.69E-69 YES 1_1 0_1 1_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b 2 116985271 T A - - - - - - 35 0 0 40 7 17.5 14 2 14.3 67 8 11.9 55 22 40 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3.6475352 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 0.3524648 NA NA NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.6475352 1.841666667 1.841666667 1 1.680634409 1.680634409 1 2.153188034 1.076594017 2 2.689470933 1.015839537 2.6475352 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 1.26E-09 1 0.002185852 1 1.96E-09 1 2.65E-36 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 118398093 T A - - - - - - 32 0 0 30 4 13.3 19 0 0 63 0 0 55 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3.6475352 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 0.3524648 NA NA NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.6475352 1.399666667 1.399666667 1 0 0 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 10 NA 1 1 0.0000154 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 119752957 G A MARCO CCDS2124.1 r.? - - downstream 31 0 0 24 7 29.2 23 2 8.7 66 5 7.6 69 22 31.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3.6475352 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 0.3524648 NA NA NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.6475352 3.072952381 1.02431746 3 1.022483871 1.022483871 1 1.375145299 1.375145299 1 2.144853069 1.072426534 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 2.51E-11 1 0.00589844 1 0.0000217 1 1.12E-33 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 120127081 A C C2orf76 CCDS42739.1 r.? - - upstream 31 0 0 48 15 31.2 26 4 15.4 41 4 9.8 73 42 57.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3.6475352 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 0.3524648 NA NA NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.6475352 3.283428571 1.09447619 3 1.809913978 1.809913978 1 1.773213675 1.773213675 1 3.866114466 1.059925197 3.6475352 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 2.86E-23 1 0.00000856 1 0.0000546 1 7.56E-77 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 122396831 C T CLASP1 ENST00000263710 r.? - - intronic 23 0 0 31 4 12.9 25 1 4 25 0 0 49 14 28.6 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3.6475352 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 0.3524648 NA NA NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.6475352 1.357571429 1.357571429 1 0.470107527 0.470107527 1 0 0 1 1.922971717 0.961485859 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.0000177 1 0.117779757 1 1 1 3.5E-21 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 122965848 C G - - - - - - 30 0 0 25 3 12 26 0 0 38 0 0 54 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3.6475352 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 0.3524648 NA NA NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.6475352 1.262857143 1.262857143 1 0 0 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 10 NA 1 1 0.00026475 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 124000431 A C - - - - - - 39 0 0 35 5 14.3 26 3 11.5 60 4 6.7 60 14 23.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3.6475352 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 0.3524648 NA NA NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.6475352 1.504904762 1.504904762 1 1.35155914 1.35155914 1 1.212299145 1.212299145 1 1.566616818 0.950885188 1.6475352 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000000895 1 0.000298167 1 0.000243755 1 8.54E-20 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 124099282 T C - - - - - - 39 0 0 36 6 16.7 21 3 14.3 64 0 0 63 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 TRUE FALSE 3 3 3 3.6475352 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 0.3524648 NA NA NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.6475352 1.75747619 1.75747619 1 1.680634409 1.680634409 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 0 0 1 9 NA 1 1 2.68E-08 1 0.000155401 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 125606795 T C CNTNAP5 CCDS46401.1 r.? - - intronic 33 0 0 37 5 13.5 19 3 15.8 77 0 0 66 12 18.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3.6475352 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 0.3524648 NA NA NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.6475352 1.420714286 1.420714286 1 1.856924731 1.856924731 1 0 0 1 1.223709274 1.223709274 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.00000119 1 0.000114071 1 1 1 9.36E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 126395904 T A - - - - - - 33 0 0 44 9 20.5 18 5 27.8 59 3 5.1 54 20 37 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3.6475352 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 0.3524648 NA NA NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.6475352 2.157380952 1.078690476 2 3.267247312 1.089082437 3 0.922794872 0.922794872 1 2.487760613 0.939651572 2.6475352 NA NA 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 1.18E-12 1 2.54E-08 1 0.003297476 1 2.61E-32 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 126412953 T A - - - - - - 36 0 0 24 4 16.7 19 2 10.5 47 2 4.3 53 13 24.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3.6475352 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 0.3524648 NA NA NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.6475352 1.75747619 1.75747619 1 1.234032258 1.234032258 1 0.778042735 0.778042735 1 1.647300946 0.999857816 1.6475352 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.00000613 1 0.004039874 1 0.02328732 1 8.53E-19 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 127199108 T A - - - - - - 35 0 0 26 8 30.8 22 0 0 63 4 6.3 48 11 22.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3.6475352 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 0.3524648 NA NA NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.6475352 3.241333333 1.080444444 3 0 0 1 1.139923077 1.139923077 1 1.539722109 1.539722109 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 5.63E-13 1 1 1 0.000294233 1 9.31E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 128507428 G A WDR33 CCDS2150.1 r.? - - intronic 21 0 0 23 4 17.4 24 1 4.2 29 2 6.9 61 26 42.6 0 0 NA 1 0 0 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 6 3 3 3 6 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.831142857 1.831142857 1 0.493612903 0.493612903 1 1.248487179 1.248487179 1 3.866436548 0.966609137 4 0 0 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.00000513 1 0.113346489 1 0.009279585 1 1.53E-43 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 133960636 C A NCKAP5 CCDS46418.1 r.? - - intronic 44 0 0 31 5 16.1 22 1 4.5 72 0 0 48 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3.539187701 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 0.460812299 NA NA NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.539187701 1.694333333 1.694333333 1 0.528870968 0.528870968 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 9 NA 1 1 0.000000476 1 0.104413009 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 134374869 G A - - - - - - 30 0 0 34 12 35.3 28 0 0 66 0 0 50 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3.539187701 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 0.460812299 NA NA NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.539187701 3.714904762 1.238301587 3 0 0 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 10 NA 1 1 1.21E-19 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 134579751 T A - - - - - - 36 0 0 41 5 12.2 24 1 4.2 72 4 5.6 70 10 14.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3.539187701 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 0.460812299 NA NA NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.539187701 1.283904762 1.283904762 1 0.493612903 0.493612903 1 1.013264957 1.013264957 1 0.945992166 0.945992166 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.00000202 1 0.113346489 1 0.000490365 1 2.95E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 135825417 C T RAB3GAP1 CCDS33294.1 r.? - - intronic 33 0 0 35 10 28.6 19 1 5.3 69 4 5.8 66 21 31.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3.539187701 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 0.460812299 NA NA NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.539187701 3.009809524 1.003269841 3 0.622892473 0.622892473 1 1.049452991 1.049452991 1 2.103674887 1.051837443 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 1.6E-15 1 0.090843738 1 0.000416985 1 3.42E-32 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 138560632 C A - - - - - - 31 0 0 42 5 11.9 18 0 0 82 0 0 54 10 18.5 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3.539187701 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 0.460812299 NA NA NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.539187701 1.252333333 1.252333333 1 0 0 1 0 0 1 1.223836019 1.223836019 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.00000228 1 1 1 1 1 1.91E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 139816076 C A - - - - - - 40 0 0 43 5 11.6 26 2 7.7 76 4 5.3 61 11 18 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3.539187701 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 0.460812299 NA NA NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.539187701 1.220761905 1.220761905 1 0.904956989 0.904956989 1 0.958982906 0.958982906 1 1.19075937 1.19075937 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.00000257 1 0.007502227 1 0.00060191 1 1.62E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 139888741 G T - - - - - - 32 0 0 35 4 11.4 23 0 0 69 0 0 64 0 0 2 0 0 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3.539187701 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 0.460812299 NA NA NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.539187701 1.199714286 1.199714286 1 0 0 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 10 NA 1 1 0.0000289 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 141534563 C A LRP1B CCDS2182.1 r.? - - intronic 33 0 0 46 7 15.2 11 0 0 74 0 0 64 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3.539187701 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 0.460812299 NA NA NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.539187701 1.599619048 1.599619048 1 0 0 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 10 NA 1 1 3.53E-09 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 142474038 G T LRP1B CCDS2182.1 r.? - - intronic 42 0 0 41 6 14.6 17 0 0 92 0 0 55 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3.539187701 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 0.460812299 NA NA NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.539187701 1.53647619 1.53647619 1 0 0 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 10 NA 1 1 6.05E-08 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 142562536 G T LRP1B CCDS2182.1 r.? - - intronic 29 0 0 35 5 14.3 12 0 0 60 2 3.3 54 8 14.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3.539187701 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 0.460812299 NA NA NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.539187701 1.504904762 1.504904762 1 0 0 1 0.597102564 0.597102564 1 0.979068815 0.979068815 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000000895 1 1 1 0.036544784 1 3.31E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 142815369 T G LRP1B CCDS2182.1 r.? - - intronic 32 0 0 34 6 17.6 26 3 11.5 80 11 13.8 56 23 41.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3.539187701 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 0.460812299 NA NA NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.539187701 1.852190476 1.852190476 1 1.35155914 1.35155914 1 2.496974359 0.832324786 3 2.718900561 1.070775729 2.539187701 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 1.86E-08 1 0.000298167 1 3.73E-13 1 3.22E-38 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 142878253 G C LRP1B CCDS2182.1 r.? - - intronic 33 0 0 44 4 9.1 21 0 0 82 0 0 69 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3.539187701 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 0.460812299 NA NA NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.539187701 0.957666667 0.957666667 1 0 0 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 10 NA 1 1 0.0000723 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 143015473 G C - - - - - - 24 0 0 28 10 35.7 22 7 31.8 68 12 17.6 59 32 54.2 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3.539187701 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 0.460812299 NA NA NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.539187701 3.757 1.252333333 3 3.737354839 1.245784946 3 3.184547009 1.06151567 3 3.585508769 1.013088051 3.539187701 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 1.18E-16 1 1.25E-11 1 1.37E-15 1 9.88E-58 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 145663206 C G - - - - - - 42 0 0 37 5 13.5 20 0 0 62 3 4.8 70 12 17.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3.539187701 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 0.460812299 NA NA NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.539187701 1.420714286 1.420714286 1 0 0 1 0.868512821 0.868512821 1 1.131221401 1.131221401 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.00000119 1 1 1 0.003793816 1 1.99E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 145686949 C A - - - - - - 42 0 0 37 4 10.8 18 1 5.6 22 0 0 46 7 15.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3.539187701 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 0.460812299 NA NA NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.539187701 1.136571429 1.136571429 1 0.658150538 0.658150538 1 0 0 1 1.005530135 1.005530135 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.0000362 1 0.086275114 1 1 1 3.53E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 147441276 T C - - - - - - 31 0 0 38 7 18.4 16 1 6.2 63 4 6.3 62 18 29 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3.539187701 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 0.460812299 NA NA NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.539187701 1.936380952 1.936380952 1 0.728666667 0.728666667 1 1.139923077 1.139923077 1 1.918445651 0.959222826 2 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 8.61E-10 1 0.077068876 1 0.000294233 1 5.72E-27 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 148212233 C T - - - - - - 37 0 0 37 5 13.5 21 3 14.3 63 0 0 58 10 17.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3.539187701 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 0.460812299 NA NA NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.539187701 1.420714286 1.420714286 1 1.680634409 1.680634409 1 0 0 1 1.137836731 1.137836731 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 0.00000119 1 0.000155401 1 1 1 4.1E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 148303193 T C - - - - - - 23 0 0 35 8 22.9 24 5 20.8 48 2 4.2 59 27 45.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3.539187701 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 0.460812299 NA NA NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.539187701 2.409952381 0.80331746 3 2.44455914 0.814853047 3 0.759948718 0.759948718 1 3.029821063 1.009940354 3 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 8.15E-12 1 0.000000123 1 0.024220359 1 3.09E-46 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 148803041 T C MBD5 CCDS33302.1 r.? - - intronic 41 0 0 34 5 14.7 21 2 9.5 70 6 8.6 79 19 24.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3.539187701 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 0.460812299 NA NA NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.539187701 1.547 1.547 1 1.116505376 1.116505376 1 1.55608547 1.55608547 1 1.59429449 1.035802514 1.539187701 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000000771 1 0.004928472 1 0.00000156 1 1.27E-26 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 153097099 A C - - - - - - 36 0 0 35 6 17.1 18 2 11.1 95 4 4.2 69 8 11.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE NA 3 8 NA NA 3 5 NA NA 0 3 NA NA 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1 1.304548387 1.304548387 1 0.969948718 0.969948718 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 2.24E-08 1 0.003626632 1 0.001385533 1 2.49E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 153927604 A G - - - - - - 37 0 0 42 6 14.3 33 2 6.1 62 2 3.2 62 6 9.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.705812959 5 8 5.5780986 2 3 5 3 2 2 3 2 0.294187041 1 1 0.4219014 3 NA NA 4 2 NA NA 2 0.705812959 NA NA 0.5780986 1.748836015 1.748836015 1 0.838913978 0.838913978 1 0.739008547 0.739008547 1 0.839461351 0.839461351 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 7.02E-08 1 0.011909843 1 0.038789653 1 0.000000756 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 154361018 A G - - - - - - 35 0 0 41 6 14.6 21 2 9.5 73 2 2.7 84 6 7.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.705812959 5 8 5.5780986 2 3 5 3 2 2 3 2 0.294187041 1 1 0.4219014 3 NA NA 4 2 NA NA 2 0.705812959 NA NA 0.5780986 1.785524883 1.785524883 1 1.306505376 1.306505376 1 0.623538462 0.623538462 1 0.614451092 0.614451092 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 6.05E-08 1 0.004928472 1 0.052016623 1 0.00000455 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 154463452 C G - - - - - - 32 0 0 44 6 13.6 27 0 0 78 0 0 78 0 0 1 0 0 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 2 0 0 TRUE FALSE 4.705812959 5 8 5.5780986 2 3 5 3 2 2 3 2 0.294187041 1 1 0.4219014 3 NA NA 4 2 NA NA 2 0.705812959 NA NA 0.5780986 1.663228658 1.663228658 1 0 0 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 0 0 0 1 NA NA 1 0 0 1 10 NA 1 1 9.37E-08 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 154595390 T A - - - - - - 37 0 0 48 5 10.4 20 0 0 70 0 0 92 9 9.8 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.705812959 5 8 5.5780986 2 3 5 3 2 2 3 2 0.294187041 1 1 0.4219014 3 NA NA 4 2 NA NA 2 0.705812959 NA NA 0.5780986 1.271880738 1.271880738 1 0 0 1 0 0 1 0.848115592 0.848115592 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.00000447 1 1 1 1 1 1.17E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 154842575 C T GALNT13 CCDS2199.1 r.? - - intronic 43 0 0 38 6 15.8 32 2 6.2 72 1 1.4 93 13 14 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.705812959 5 8 5.5780986 2 3 5 3 2 2 3 2 0.294187041 1 1 0.4219014 3 NA NA 4 2 NA NA 2 0.705812959 NA NA 0.5780986 1.932280352 1.932280352 1 0.852666667 0.852666667 1 0.323316239 0.323316239 1 1.211593703 1.211593703 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 3.76E-08 1 0.011224977 1 0.302953399 1 2.18E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 155372647 C A - - - - - - 40 0 0 28 4 14.3 24 3 12.5 73 1 1.4 85 8 9.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.705812959 5 8 5.5780986 2 3 5 3 2 2 3 2 0.294187041 1 1 0.4219014 3 NA NA 4 2 NA NA 2 0.705812959 NA NA 0.5780986 1.748836015 1.748836015 1 1.719086022 1.719086022 1 0.323316239 0.323316239 1 0.813498629 0.813498629 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.0000116 1 0.000233853 1 0.306438632 1 1.34E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 155403517 C T - - - - - - 32 0 0 33 5 15.2 25 1 4 59 5 8.5 77 12 15.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.705812959 5 8 5.5780986 2 3 5 3 2 2 3 2 0.294187041 1 1 0.4219014 3 NA NA 4 2 NA NA 2 0.705812959 NA NA 0.5780986 1.858902617 1.858902617 1 0.550107527 0.550107527 1 1.962991453 1.962991453 1 1.350061554 1.350061554 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.00000066 1 0.117779757 1 0.0000125 1 6.64E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 155645265 C A KCNJ3 CCDS2200.1 r.? - - intronic 33 0 0 48 4 8.3 16 3 18.8 77 5 6.5 71 13 18.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.705812959 5 8 5.5780986 2 3 5 3 2 2 3 2 0.294187041 1 1 0.4219014 3 NA NA 4 2 NA NA 2 0.705812959 NA NA 0.5780986 1.015058666 1.015058666 1 2.585505376 2.585505376 1 1.501111111 1.501111111 1 1.583726054 1.583726054 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000102016 1 0.0000667 1 0.0000458 1 5.42E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 155754534 A T - - - - - - 43 0 0 42 4 9.5 17 1 5.9 42 0 0 70 6 8.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.705812959 5 8 5.5780986 2 3 5 3 2 2 3 2 0.294187041 1 1 0.4219014 3 NA NA 4 2 NA NA 2 0.705812959 NA NA 0.5780986 1.161814136 1.161814136 1 0.811408602 0.811408602 1 0 0 1 0.744264703 0.744264703 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.0000601 1 0.081683532 1 1 1 0.00000156 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 156703230 T G - - - - - - 29 0 0 64 7 10.9 26 2 7.7 69 3 4.3 68 6 8.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.705812959 5 8 5.5780986 2 3 5 3 2 2 3 2 0.294187041 1 1 0.4219014 3 NA NA 4 2 NA NA 2 0.705812959 NA NA 0.5780986 1.333028851 1.333028851 1 1.058956989 1.058956989 1 0.993042735 0.993042735 1 0.761573184 0.761573184 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 3.78E-08 1 0.007502227 1 0.005121501 1 0.00000131 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 156894011 G C - - - - - - 28 0 0 39 4 10.3 26 1 3.8 94 1 1.1 82 8 9.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.705812959 5 8 5.5780986 2 3 5 3 2 2 3 2 0.294187041 1 1 0.4219014 3 NA NA 4 2 NA NA 2 0.705812959 NA NA 0.5780986 1.259651116 1.259651116 1 0.522602151 0.522602151 1 0.254034188 0.254034188 1 0.848115592 0.848115592 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.0000447 1 0.122190858 1 0.375734132 1 0.00000001 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 158180092 C T ERMN CCDS46431.1 r.? - - intronic 41 0 0 42 6 14.3 26 3 11.5 72 1 1.4 73 5 6.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.705812959 5 8 5.5780986 2 3 5 3 2 2 3 2 0.294187041 1 1 0.4219014 3 NA NA 4 2 NA NA 2 0.705812959 NA NA 0.5780986 1.748836015 1.748836015 1 1.58155914 1.58155914 1 0.323316239 0.323316239 1 0.58848837 0.58848837 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 7.02E-08 1 0.000298167 1 0.302953399 1 0.0000354 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 158436567 G A ACVR1C CCDS2205.1 r.? - - intronic 36 0 0 46 11 23.9 27 10 37 60 5 8.3 80 25 31.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 2 100 TRUE FALSE 4.705812959 5 8 5.5780986 2 3 5 3 2 2 3 2 0.294187041 1 1 0.4219014 3 NA NA 4 2 NA NA 2 0.705812959 NA NA 0.5780986 2.922879773 1.080222402 2.705812959 5.088494624 1.696164875 3 1.916803419 1.916803419 1 2.700123108 1.047331203 2.5780986 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8.654240732 2.418670277 3.5780986 8 NA 1 1 5.55E-16 1 7.62E-17 1 0.0000136 1 8.31E-38 0.000025 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 159457590 G C PKP4 CCDS33306.1 r.? - - intronic 37 0 0 50 8 16 26 3 11.5 68 8 11.8 92 35 38 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.705812959 5 8 5.5780986 2 3 5 3 2 2 3 2 0.294187041 1 1 0.4219014 3 NA NA 4 2 NA NA 2 0.705812959 NA NA 0.5780986 1.956739597 0.978369799 2 1.58155914 1.58155914 1 2.725094017 0.908364672 3 3.288611478 0.919094705 3.5780986 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 1.74E-10 1 0.000298167 1 2.21E-09 1 6.55E-56 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 160034436 G A TANC1 CCDS42766.1 r.? - - intronic 30 0 0 50 7 14 19 2 10.5 83 4 4.8 90 22 24.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.705812959 5 8 5.5780986 2 3 5 3 2 2 3 2 0.294187041 1 1 0.4219014 3 NA NA 4 2 NA NA 2 0.705812959 NA NA 0.5780986 1.712147148 1.712147148 1 1.444032258 1.444032258 1 1.108512821 1.108512821 1 2.111634739 1.055817369 2 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 6.46E-09 1 0.004039874 1 0.000838577 1 9.17E-31 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 160034438 C T TANC1 CCDS42766.1 r.? - - intronic 29 0 0 50 7 14 18 2 11.1 82 4 4.9 89 22 24.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.705812959 5 8 5.5780986 2 3 5 3 2 2 3 2 0.294187041 1 1 0.4219014 3 NA NA 4 2 NA NA 2 0.705812959 NA NA 0.5780986 1.712147148 1.712147148 1 1.526548387 1.526548387 1 1.131606838 1.131606838 1 2.137597461 1.06879873 2 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 6.46E-09 1 0.003626632 1 0.000801325 1 6.96E-31 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 162024876 T C TANK CCDS2215.1 r.? - - intronic 29 0 0 40 14 35 20 3 15 69 11 15.9 92 40 43.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 TRUE FALSE 4.705812959 5 8 5.5780986 2 3 5 3 2 2 3 2 0.294187041 1 1 0.4219014 3 NA NA 4 2 NA NA 2 0.705812959 NA NA 0.5780986 4.280367869 1.581915651 2.705812959 2.062903226 2.062903226 1 3.671948718 0.917987179 4 3.764594719 1.05212157 3.5780986 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 0 0 1 8 NA 1 1 1.25E-22 1 0.0001337 1 6.82E-14 1 1.33E-66 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 163220470 C T GCA CCDS2218.1 r.? - - downstream 39 0 0 45 6 13.3 23 1 4.3 65 1 1.5 78 6 7.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.705812959 5 8 5.5780986 2 3 5 3 2 2 3 2 0.294187041 1 1 0.4219014 3 NA NA 4 2 NA NA 2 0.705812959 NA NA 0.5780986 1.62653979 1.62653979 1 0.591365591 0.591365591 1 0.346410256 0.346410256 1 0.666376536 0.666376536 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000000108 1 0.108890944 1 0.278061424 1 0.00000295 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 163457455 T C KCNH7 CCDS2219.1 r.? - - intronic 34 0 0 40 5 12.5 24 0 0 62 0 0 86 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.705812959 5 8 5.5780986 2 3 5 3 2 2 3 2 0.294187041 1 1 0.4219014 3 NA NA 4 2 NA NA 2 0.705812959 NA NA 0.5780986 1.52870281 1.52870281 1 0 0 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 10 NA 1 1 0.00000178 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 165712688 G T - - - - - - 25 0 0 52 6 11.5 25 0 0 53 3 5.7 93 7 7.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.705812959 5 8 5.5780986 2 3 5 3 2 2 3 2 0.294187041 1 1 0.4219014 3 NA NA 4 2 NA NA 2 0.705812959 NA NA 0.5780986 1.406406586 1.406406586 1 0 0 1 1.316358974 1.316358974 1 0.649068055 0.649068055 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000000261 1 1 1 0.002429596 1 0.000000508 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 166084654 C T - - - - - - 28 0 0 37 7 18.9 27 3 11.1 44 0 0 70 16 22.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.705812959 5 8 5.5780986 2 3 5 3 2 2 3 2 0.294187041 1 1 0.4219014 3 NA NA 4 2 NA NA 2 0.705812959 NA NA 0.5780986 2.311398649 0.854234452 2.705812959 1.526548387 1.526548387 1 0 0 1 1.981821128 0.990910564 2 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 7.05E-10 1 0.000334187 1 1 1 2.93E-22 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 167221703 A T SCN9A CCDS46441.1 r.? - - intronic 35 0 0 45 8 17.8 33 1 3 68 0 0 73 10 13.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 2 0 0 TRUE FALSE 4.705812959 5 8 5.5780986 2 3 5 3 2 2 3 2 0.294187041 1 1 0.4219014 3 NA NA 4 2 NA NA 2 0.705812959 NA NA 0.5780986 2.176872802 1.088436401 2 0.412580645 0.412580645 1 0 0 1 1.18563098 1.18563098 1 NA NA 0 NA NA 1 0 0 1 0 0 1 6 NA 1 1 7.14E-11 1 0.15245715 1 1 1 4.56E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 167426240 G A - - - - - - 24 0 0 40 9 22.5 23 5 21.7 82 4 4.9 80 22 27.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.705812959 5 8 5.5780986 2 3 5 3 2 2 3 2 0.294187041 1 1 0.4219014 3 NA NA 4 2 NA NA 2 0.705812959 NA NA 0.5780986 2.751665059 1.016945776 2.705812959 2.984333333 0.994777778 3 1.131606838 1.131606838 1 2.379916201 0.923128464 2.5780986 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 4.64E-13 1 9.75E-08 1 0.000801325 1 4.89E-32 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 167710693 A G - - - - - - 24 0 0 30 4 13.3 15 0 0 20 0 0 76 3 3.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.705812959 5 8 5.5780986 2 3 5 3 2 2 3 2 0.294187041 1 1 0.4219014 3 NA NA 4 2 NA NA 2 0.705812959 NA NA 0.5780986 1.62653979 1.62653979 1 0 0 1 0 0 1 0.337515389 0.583837062 0.5780986 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.0000154 1 1 1 1 1 0.006696581 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 168783187 A G - - - - - - 26 0 0 56 7 12.5 23 0 0 85 0 0 106 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 TRUE FALSE 4.705812959 5 8 7.637939036 2 3 5 4 2 2 3 3 0.294187041 1 1 0.362060964 3 NA NA 4 2 NA NA 4 0.705812959 NA NA 0.637939036 1.52870281 1.52870281 1 0 0 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 0 0 1 10 NA 1 1 1.46E-08 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 169303201 T G - - - - - - 35 0 0 57 5 8.8 30 5 16.7 68 6 8.8 103 7 6.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.705812959 5 8 7.637939036 2 3 5 4 2 2 3 3 0.294187041 1 1 0.362060964 3 NA NA 4 2 NA NA 4 0.705812959 NA NA 0.637939036 1.076206779 1.076206779 1 2.296698925 2.296698925 1 2.032273504 2.032273504 1 0.728557519 0.728557519 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.0000105 1 0.000000401 1 0.00000131 1 0.00000102 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 170719102 C T UBR3 CCDS2238.2 r.? - - intronic 43 0 0 40 5 12.5 26 2 7.7 69 0 0 107 11 10.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.705812959 5 8 7.637939036 2 3 5 4 2 2 3 3 0.294187041 1 1 0.362060964 3 NA NA 4 2 NA NA 4 0.705812959 NA NA 0.637939036 1.52870281 1.52870281 1 1.058956989 1.058956989 1 0 0 1 1.10355036 1.10355036 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 0.00000178 1 0.007502227 1 1 1 9.74E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 174110862 C G ENSG00000091436 CCDS42777.1 r.? - - intronic 28 0 0 38 5 13.2 23 3 13 59 8 13.6 79 30 38 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.705812959 5 8 5.571409595 2 3 5 3 2 2 3 2 0.294187041 1 1 0.428590405 3 NA NA 4 2 NA NA 2 0.705812959 NA NA 0.571409595 1.614310168 1.614310168 1 1.787849462 1.787849462 1 3.140786325 1.046928775 3 3.286069656 0.920104393 3.571409595 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.00000137 1 0.000205387 1 6.9E-10 1 4.07E-48 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 175973786 T C ATF2 CCDS2262.1 r.? - - intronic 21 0 0 36 10 27.8 19 4 21.1 64 9 14.1 66 30 45.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.705812959 5 8 5.571409595 2 3 5 3 2 2 3 2 0.294187041 1 1 0.428590405 3 NA NA 4 2 NA NA 2 0.705812959 NA NA 0.571409595 3.39983505 1.256493003 2.705812959 2.901817204 0.967272401 3 3.25625641 1.085418803 3 3.934636036 1.101703944 3.571409595 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 2.21E-15 1 0.00000228 1 4.2E-11 1 4.31E-51 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 178068234 G C - - - - - - 28 0 0 47 4 8.5 31 1 3.2 65 3 4.6 67 6 9 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.705812959 5 8 5.571409595 2 3 5 3 2 2 3 2 0.294187041 1 1 0.428590405 3 NA NA 4 2 NA NA 2 0.705812959 NA NA 0.571409595 1.039517911 1.039517911 1 0.440086022 0.440086022 1 1.062324786 1.062324786 1 0.778279655 0.778279655 1 NA NA 0 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.0000939 1 0.143917729 1 0.004333293 1 0.0000012 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 179732720 T A CCDC141 CCDS2281.1 r.? - - intronic 32 0 0 44 5 11.4 25 3 12 73 5 6.8 68 17 25 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.705812959 5 8 5.571409595 2 3 5 3 2 2 3 2 0.294187041 1 1 0.428590405 3 NA NA 4 2 NA NA 2 0.705812959 NA NA 0.571409595 1.394176963 1.394176963 1 1.650322581 1.650322581 1 1.570393162 1.570393162 1 2.161887932 1.080943966 2 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.00000288 1 0.00026475 1 0.0000354 1 2.69E-24 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 180963066 C G - - - - - - 26 0 0 36 5 13.9 26 1 3.8 34 3 8.8 70 19 27.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 TRUE FALSE 4.705812959 5 8 5.571409595 2 3 5 3 2 2 3 2 0.294187041 1 1 0.428590405 3 NA NA 4 2 NA NA 2 0.705812959 NA NA 0.571409595 1.699917525 1.699917525 1 0.522602151 0.522602151 1 2.032273504 2.032273504 1 2.343486518 0.911362594 2.571409595 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 0 0 1 8 NA 1 1 0.00000104 1 0.122190858 1 0.000666058 1 9.5E-28 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 182587285 A G - - - - - - 26 0 0 32 4 12.5 22 2 9.1 52 4 7.7 69 16 23.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.705812959 5 8 5.571409595 2 3 5 3 2 2 3 2 0.294187041 1 1 0.428590405 3 NA NA 4 2 NA NA 2 0.705812959 NA NA 0.571409595 1.52870281 1.52870281 1 1.251494624 1.251494624 1 1.778239316 1.778239316 1 2.006232001 1.003116 2 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.0000201 1 0.005403392 1 0.000139698 1 2.27E-22 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 182683129 A G - - - - - - 33 0 0 41 5 12.2 30 0 0 68 2 2.9 87 10 11.5 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.705812959 5 8 5.571409595 2 3 5 3 2 2 3 2 0.294187041 1 1 0.428590405 3 NA NA 4 2 NA NA 2 0.705812959 NA NA 0.571409595 1.492013943 1.492013943 1 0 0 1 0.669726496 0.669726496 1 0.994468449 0.994468449 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.00000202 1 1 1 0.045825786 1 2.75E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 182992572 G T PPP1R1C CCDS46468.1 r.? - - intronic 27 0 0 46 5 10.9 20 2 10 76 1 1.3 78 6 7.7 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.573731471 4 8 4.607332612 2 3 5 3 1 1 3 1 0.426268529 1 1 0.392667388 3 NA NA 4 1 NA NA 1 0.573731471 NA NA 0.607332612 1.209631968 1.209631968 1 1.275268817 1.275268817 1 0.300222222 0.300222222 1 0.591627555 0.591627555 1 NA NA 0 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.00000361 1 0.004473894 1 0.316790122 1 0.00000295 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 183747646 C A - - - - - - 35 0 0 39 5 12.8 24 3 12.5 65 1 1.5 87 5 5.7 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.573731471 4 8 4.607332612 2 3 5 3 1 1 3 1 0.426268529 1 1 0.392667388 3 NA NA 4 1 NA NA 1 0.573731471 NA NA 0.607332612 1.420485247 1.420485247 1 1.594086022 1.594086022 1 0.346410256 0.346410256 1 0.43795806 0.721117312 0.607332612 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.00000156 1 0.000233853 1 0.278061424 1 0.0000821 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 184372300 C T - - - - - - 32 0 0 42 15 35.7 19 5 26.3 69 14 20.3 86 49 57 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.573731471 4 7 4.607332612 2 3 5 3 1 1 2 1 0.426268529 1 1 0.392667388 3 NA NA 4 1 NA NA 1 0.573731471 NA NA 0.607332612 3.961822135 1.539330027 2.573731471 3.353956989 1.117985663 3 4.48508547 0.897017094 5 4.379580604 1.214077291 3.607332612 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 2.65E-24 1 3.43E-08 1 7.3E-19 1 4.29E-89 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 185394642 G A - - - - - - 30 0 0 35 14 40 27 6 22.2 65 9 13.8 50 22 44 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.573731471 4 7 4.607332612 2 3 5 3 1 1 2 1 0.426268529 1 1 0.392667388 3 NA NA 4 1 NA NA 1 0.573731471 NA NA 0.607332612 4.439016398 1.724739526 2.573731471 2.831096774 0.943698925 3 3.048974359 1.016324786 3 3.380728887 0.93718247 3.607332612 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 1.28E-23 1 4.23E-09 1 4.85E-11 1 1.85E-37 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 185604527 C A ZNF804A CCDS2291.1 r.? - - intronic 29 0 0 43 5 11.6 26 2 7.7 62 3 4.8 62 8 12.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.573731471 4 7 4.607332612 2 3 5 3 1 1 2 1 0.426268529 1 1 0.392667388 3 NA NA 4 1 NA NA 1 0.573731471 NA NA 0.607332612 1.287314755 1.287314755 1 0.981956989 0.981956989 1 1.060512821 1.060512821 1 0.991168242 0.991168242 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.00000257 1 0.007502227 1 0.003793816 1 1.04E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 185775487 A C ZNF804A CCDS2291.1 r.? - - intronic 30 0 0 41 4 9.8 21 2 9.5 86 5 5.8 68 20 29.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.573731471 4 7 4.607332612 2 3 5 3 1 1 2 1 0.426268529 1 1 0.392667388 3 NA NA 4 1 NA NA 1 0.573731471 NA NA 0.607332612 1.087559017 1.087559017 1 1.211505376 1.211505376 1 1.281452991 1.281452991 1 2.258941575 1.129470787 2 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.0000546 1 0.004928472 1 0.0000777 1 6.23E-30 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 185911062 T G - - - - - - 42 0 0 44 4 9.1 22 3 13.6 76 3 3.9 59 6 10.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.573731471 4 7 4.607332612 2 3 5 3 1 1 2 1 0.426268529 1 1 0.392667388 3 NA NA 4 1 NA NA 1 0.573731471 NA NA 0.607332612 1.009876231 1.009876231 1 1.734365591 1.734365591 1 0.861666667 0.861666667 1 0.783714424 0.783714424 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.0000723 1 0.000179267 1 0.006696581 1 0.000000561 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 185941279 T G - - - - - - 41 0 0 38 4 10.5 21 2 9.5 70 0 0 82 13 15.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.573731471 4 7 4.607332612 2 3 5 3 1 1 2 1 0.426268529 1 1 0.392667388 3 NA NA 4 1 NA NA 1 0.573731471 NA NA 0.607332612 1.165241804 1.165241804 1 1.211505376 1.211505376 1 0 0 1 1.221672484 1.221672484 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.0000403 1 0.004928472 1 1 1 3.95E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 185988617 C T - - - - - - 34 0 0 46 8 17.4 17 1 5.9 66 3 4.5 74 9 12.2 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.573731471 4 7 4.607332612 2 3 5 3 1 1 2 1 0.426268529 1 1 0.392667388 3 NA NA 4 1 NA NA 1 0.573731471 NA NA 0.607332612 1.930972133 0.965486067 2 0.752408602 0.752408602 1 0.994230769 0.994230769 1 0.937383919 0.937383919 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 8.61E-11 1 0.081683532 1 0.004522888 1 1.61E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 187243309 G C - - - - - - 29 0 0 31 8 25.8 24 3 12.5 33 0 0 56 14 25 0 0 NA 1 0 0 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.573731471 4 7 4.607332612 2 3 5 3 1 1 2 1 0.426268529 1 1 0.392667388 3 NA NA 4 1 NA NA 1 0.573731471 NA NA 0.607332612 2.863165577 1.112456994 2.573731471 1.594086022 1.594086022 1 0 0 1 1.920868686 0.960434343 2 0 NA 0 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 2.78E-12 1 0.000233853 1 1 1 2.91E-20 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 187788091 G T - - - - - - 29 0 0 33 5 15.2 17 4 23.5 40 1 2.5 46 5 10.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.573731471 4 7 4.607332612 2 3 5 3 1 1 2 1 0.426268529 1 1 0.392667388 3 NA NA 4 1 NA NA 1 0.573731471 NA NA 0.607332612 1.686826231 1.686826231 1 2.99688172 0.998960573 3 0.552350427 0.552350427 1 0.837498747 0.837498747 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.00000066 1 0.00000141 1 0.181679879 1 0.00000361 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 187999511 G A - - - - - - 30 0 0 38 5 13.2 15 2 13.3 86 0 0 68 10 14.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.573731471 4 7 4.607332612 2 3 5 3 1 1 2 1 0.426268529 1 1 0.392667388 3 NA NA 4 1 NA NA 1 0.573731471 NA NA 0.607332612 1.464875411 1.464875411 1 1.696107527 1.696107527 1 0 0 1 1.129470787 1.129470787 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.00000137 1 0.002513772 1 1 1 2.18E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 192031730 C G - - - - - - 27 0 0 45 8 17.8 22 3 13.6 65 13 20 77 27 35.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.573731471 4 7 4.607332612 2 3 5 3 1 1 2 1 0.426268529 1 1 0.392667388 3 NA NA 4 1 NA NA 1 0.573731471 NA NA 0.607332612 1.975362297 0.987681149 2 1.734365591 1.734365591 1 4.418803419 1.104700855 4 2.696899635 1.034351974 2.607332612 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 7.14E-11 1 0.000179267 1 1.57E-17 1 2.57E-42 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 192436561 T A - - - - - - 31 0 0 29 3 10.3 19 0 0 51 0 0 71 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.573731471 4 7 4.607332612 2 3 5 3 1 1 2 1 0.426268529 1 1 0.392667388 3 NA NA 4 1 NA NA 1 0.573731471 NA NA 0.607332612 1.143046722 1.143046722 1 0 0 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 10 NA 1 1 0.000414371 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 193011157 C G TMEFF2 CCDS2314.1 r.? - - intronic 30 0 0 40 5 12.5 23 3 13 70 1 1.4 57 8 14 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.573731471 4 7 4.607332612 2 3 5 3 1 1 2 1 0.426268529 1 1 0.392667388 3 NA NA 4 1 NA NA 1 0.573731471 NA NA 0.607332612 1.387192624 1.387192624 1 1.657849462 1.657849462 1 0.309316239 0.309316239 1 1.075686464 1.075686464 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.00000178 1 0.000205387 1 0.295930304 1 5.19E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 193301837 T G - - - - - - 38 0 0 40 5 12.5 19 0 0 83 3 3.6 68 19 27.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.573731471 4 7 4.607332612 2 3 5 3 1 1 2 1 0.426268529 1 1 0.392667388 3 NA NA 4 1 NA NA 1 0.573731471 NA NA 0.607332612 1.387192624 1.387192624 1 0 0 1 0.795384615 0.795384615 1 2.143689454 1.071844727 2 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.00000178 1 1 1 0.008529565 1 5.06E-28 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 193439945 G C - - - - - - 35 0 0 43 6 14 26 2 7.7 85 0 0 91 12 13.2 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.573731471 4 7 4.607332612 2 3 5 3 1 1 2 1 0.426268529 1 1 0.392667388 3 NA NA 4 1 NA NA 1 0.573731471 NA NA 0.607332612 1.553655739 1.553655739 1 0.981956989 0.981956989 1 0 0 1 1.014218666 1.014218666 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 8.13E-08 1 0.007502227 1 1 1 5.35E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 194097768 C T - - - - - - 33 0 0 37 7 18.9 17 2 11.8 68 0 0 78 12 15.4 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.573731471 4 7 4.607332612 2 3 5 3 1 1 2 1 0.426268529 1 1 0.392667388 3 NA NA 4 1 NA NA 1 0.573731471 NA NA 0.607332612 2.097435248 1.048717624 2 1.504817204 1.504817204 1 0 0 1 1.183255111 1.183255111 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 7.05E-10 1 0.003234386 1 1 1 7.82E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 194244319 A C - - - - - - 26 0 0 31 4 12.9 19 1 5.3 67 0 0 78 9 11.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.573731471 4 7 4.607332612 2 3 5 3 1 1 2 1 0.426268529 1 1 0.392667388 3 NA NA 4 1 NA NA 1 0.573731471 NA NA 0.607332612 1.431582788 1.431582788 1 0.675892473 0.675892473 1 0 0 1 0.883599596 0.883599596 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.0000177 1 0.090843738 1 1 1 2.61E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 195230656 A G - - - - - - 36 0 0 40 7 17.5 29 1 3.4 68 1 1.5 63 8 12.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.573731471 4 7 4.607332612 2 3 5 3 1 1 2 1 0.426268529 1 1 0.392667388 3 NA NA 4 1 NA NA 1 0.573731471 NA NA 0.607332612 1.942069674 1.942069674 1 0.433591398 0.433591398 1 0.331410256 0.331410256 1 0.975801292 0.975801292 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 1.26E-09 1 0.135292269 1 0.288836448 1 1.18E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 196084587 C A - - - - - - 35 0 0 44 5 11.4 19 0 0 58 3 5.2 69 9 13 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.573731471 4 7 4.607332612 2 3 5 3 1 1 2 1 0.426268529 1 1 0.392667388 3 NA NA 4 1 NA NA 1 0.573731471 NA NA 0.607332612 1.265119673 1.265119673 1 0 0 1 1.148888889 1.148888889 1 0.998851717 0.998851717 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.00000288 1 1 1 0.003141421 1 8.45E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 200078788 A T - - - - - - 27 0 0 55 4 7.3 23 1 4.3 76 0 0 76 7 9.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.573731471 4 7 5.61938738 2 3 5 3 1 1 2 2 0.426268529 1 1 0.38061262 3 NA NA 4 1 NA NA 2 0.573731471 NA NA 0.61938738 0.810120493 0.810120493 1 0.548365591 NA 0 0 0 1 0.799988715 0.799988715 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000173903 1 0.108890944 1 1 1 0.000000126 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 200146454 T G SATB2 CCDS2327.1 r.? - - intronic 29 0 0 50 7 14 22 3 13.6 53 7 13.2 72 18 25 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.573731471 4 7 5.61938738 2 3 5 3 1 1 2 2 0.426268529 1 1 0.38061262 3 NA NA 4 1 NA NA 2 0.573731471 NA NA 0.61938738 1.553655739 1.553655739 1 1.734365591 1.734365591 1 2.916410256 0.972136752 3 2.173882378 1.086941189 2 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 6.46E-09 1 0.000179267 1 9.85E-09 1 1.22E-25 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 200617667 T G - - - - - - 26 0 0 46 9 19.6 20 2 10 73 3 4.1 73 7 9.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 3.573731471 4 7 5.61938738 2 3 5 3 1 1 2 2 0.426268529 1 1 0.38061262 3 NA NA 4 1 NA NA 2 0.573731471 NA NA 0.61938738 2.175118035 1.087559017 2 1.275268817 1.275268817 1 0.905854701 0.905854701 1 0.834770833 0.834770833 1 NA NA 0 NA NA 0 0 0 1 NA NA 0 8 NA 1 1 1.82E-12 1 0.004473894 1 0.005990531 1 9.54E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 200663500 C G - - - - - - 35 0 0 50 5 10 23 2 8.7 82 2 2.4 64 6 9.4 245 0 0 373 19 5.1 142 2 1.4 338 11 3.3 439 41 9.3 TRUE FALSE 3.573731471 4 7 5.61938738 2 3 5 3 1 1 2 2 0.426268529 1 1 0.38061262 3 NA NA 4 1 NA NA 2 0.573731471 NA NA 0.61938738 1.109754099 1.109754099 1 1.109483871 1.109483871 1 0.53025641 0.53025641 1 0.817379774 0.817379774 1 0.565974591 0.986479947 0.573731471 0.178537634 NA 0 0.729102564 0.729102564 1 0.808684245 0.808684245 1 8 NA 1 1 0.00000549 1.33E-13 0.00589844 0.15903336 0.063849088 0.00000153 0.000000914 6.19E-38 YES 1_1 1_0 0_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b 2 202085359 T C CASP10 CCDS2340.1 r.4899u>c c.? p.? 3'UTR variant 29 0 0 29 4 13.8 25 1 4 82 4 4.9 61 8 13.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.573731471 4 7 4.634447356 2 3 5 3 1 1 2 1 0.426268529 1 1 0.365552644 3 NA NA 4 1 NA NA 1 0.573731471 NA NA 0.634447356 1.531460657 1.531460657 1 0.510107527 0.510107527 1 1.082606838 1.082606838 1 1.010087223 1.010087223 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.0000134 1 0.117779757 1 0.000801325 1 9.09E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 203973640 C A NBEAL1 CCDS46495.1 r.? - - intronic 33 0 0 36 13 36.1 15 1 6.7 62 10 16.1 73 30 41.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.573731471 4 7 4.634447356 2 3 5 3 1 1 2 1 0.426268529 1 1 0.365552644 3 NA NA 4 1 NA NA 1 0.573731471 NA NA 0.634447356 4.006212299 1.556577423 2.573731471 0.854430108 0.854430108 1 3.557136752 0.889284188 4 3.16905228 1.05635076 3 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 2.53E-21 1 0.072431031 1 8.29E-13 1 2.11E-49 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 210667223 A G UNC80 CCDS46504.1 r.? - - intronic 36 0 0 34 5 14.7 14 0 0 61 0 0 68 12 17.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA FALSE FALSE 3.608296999 3 7 4.641215872 2 3 5 3 1 0 2 1 0.391703001 1 1 0.358784128 3 NA NA 4 1 NA NA 1 0.608296999 NA NA 0.641215872 1.636419659 1.636419659 1 0 NA 0 0 0 1 1.358255009 1.358255009 1 NA NA 0 NA NA 0 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000000771 1 1 1 1 1 1.37E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 210710272 G T UNC80 CCDS46504.1 r.? - - intronic 25 0 0 45 4 8.9 30 2 6.7 77 3 3.9 76 19 25 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.608296999 3 7 4.641215872 2 3 5 3 1 0 2 1 0.391703001 1 1 0.358784128 3 NA NA 4 1 NA NA 1 0.608296999 NA NA 0.641215872 0.990757481 0.990757481 1 0.787430108 0.787430108 1 0.861666667 0.861666667 1 1.929339501 0.96466975 2 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.0000791 1 0.009909649 1 0.006942426 1 5.56E-27 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 211369090 A C CPS1 CCDS46505.1 r.? - - intronic 30 0 0 45 6 13.3 26 0 0 74 0 0 74 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.608296999 3 7 4.641215872 2 3 5 3 1 0 2 1 0.391703001 1 1 0.358784128 3 NA NA 4 1 NA NA 1 0.608296999 NA NA 0.641215872 1.480570168 1.480570168 1 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000000108 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 212047415 T A - - - - - - 29 0 0 33 3 9.1 32 0 0 68 4 5.9 72 18 25 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 7 4 3 3 5 4 0 0 2 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.957666667 0.957666667 1 0 0 1 1.303547009 1.303547009 1 1.769035533 0.884517766 2 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000609557 1 1 1 0.000394372 1 1.22E-25 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 212864845 C G ERBB4 CCDS2394.1 r.? - - intronic 41 0 0 36 9 25 31 11 35.5 70 11 15.7 69 41 59.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 7 4 3 3 5 4 0 0 2 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.630952381 0.876984127 3 4.172204301 1.390734767 3 3.468760684 0.867190171 4 4.203228426 1.050807107 4 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 1.63E-13 1 3.77E-18 1 8.06E-14 1 6.65E-76 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 216948911 C A TMEM169 CCDS2401.1 r.? - - intronic 35 0 0 23 7 30.4 15 4 26.7 62 9 14.5 52 27 51.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3.725067125 4 3 3 2 4 0 0 0 0 1 1 -0.725067125 1 NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 1.725067125 NA 3.199238095 1.066412698 3 3.137967742 1.045989247 3 2.728767212 1.001357797 2.725067125 3.672517766 0.918129442 4 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 1.79E-11 1 0.000000816 1 3.12E-11 1 3.15E-48 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 217781367 C T - - - - - - 23 0 0 33 5 15.2 25 0 0 40 0 0 50 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 3.725067125 4 3 3 2 4 0 0 0 0 1 1 -0.725067125 1 NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 1.725067125 NA 1.599619048 1.599619048 1 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.00000066 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 219848580 C T FEV CCDS2428.1 r.? - - intronic 25 0 0 36 4 11.1 18 3 16.7 12 1 8.3 52 8 15.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3.725067125 4 3 3 2 4 0 0 0 0 1 1 -0.725067125 1 NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 1.725067125 NA 1.168142857 1.168142857 1 1.962698925 1.962698925 1 1.56198399 1.56198399 1 1.089725888 1.089725888 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.0000324 1 0.0000964 1 0.058377193 1 2.42E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 220605372 G T - - - - - - 37 0 0 34 4 11.8 17 0 0 49 0 0 58 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 3.725067125 4 3 3 2 4 0 0 0 0 1 1 -0.725067125 1 NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 1.725067125 NA 1.241809524 1.241809524 1 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.0000257 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 221464524 G C - - - - - - 34 0 0 25 3 12 21 4 19 64 2 3.1 70 7 10 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3.725067125 4 3 3 2 4 0 0 0 0 1 1 -0.725067125 1 NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 1.725067125 NA 1.262857143 1.262857143 1 2.233010753 2.233010753 1 0.583391611 0.583391611 1 0.707614213 0.707614213 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.00026475 1 0.00000349 1 0.041085601 1 7.11E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 221542063 A G - - - - - - 23 0 0 25 5 20 32 2 6.2 72 1 1.4 61 6 9.8 2 0 0 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 3.725067125 4 3 3 2 4 0 0 0 0 1 1 -0.725067125 1 NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 1.725067125 NA 2.104761905 2.104761905 1 0.728666667 0.728666667 1 0.263467179 NA 0 0.693461929 0.693461929 1 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.000000153 1 0.011224977 1 0.302953399 1 0.000000685 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 221715561 A G - - - - - - 26 0 0 33 4 12.1 17 2 11.8 58 0 0 68 12 17.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 3.725067125 4 3 3 2 4 0 0 0 0 1 1 -0.725067125 1 NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 1.725067125 NA 1.273380952 1.273380952 1 1.386817204 1.386817204 1 0 NA 0 1.245401015 1.245401015 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.0000228 1 0.003234386 1 1 1 1.37E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 222718438 C A - - - - - - 32 0 0 38 4 10.5 17 2 11.8 67 0 0 66 16 24.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 3.725067125 4 3 3 2 4 0 0 0 0 1 1 -0.725067125 1 NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 1.725067125 NA 1.105 1.105 1 1.386817204 1.386817204 1 0 NA 0 1.712426396 0.856213198 2 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.0000403 1 0.003234386 1 1 1 1.03E-22 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 225810246 C G DOCK10 CCDS46528.1 r.? - - intronic 37 0 0 32 5 15.6 19 4 21.1 66 0 0 59 8 13.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 3.725067125 4 3 3 2 4 0 0 0 0 1 1 -0.725067125 1 NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 1.725067125 NA 1.641714286 1.641714286 1 2.479817204 2.479817204 1 0 NA 0 0.96235533 0.96235533 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.000000562 1 0.00000228 1 1 1 6.9E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 228267910 C A - - - - - - 26 0 0 28 6 21.4 15 0 0 31 0 0 52 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 3.725067125 4 3 3 2 4 0 0 0 0 1 1 -0.725067125 1 NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 1.725067125 NA 2.252095238 1.126047619 2 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 5.36E-09 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 229411307 G T - - - - - - 29 0 0 30 12 40 21 0 0 78 0 0 49 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 3.725067125 4 3 3 2 4 0 0 0 0 1 1 -0.725067125 1 NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 1.725067125 NA 4.20952381 1.403174603 3 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1.94E-20 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 231227583 A G SP140L CCDS46538.1 r.? - - intronic 41 0 0 33 5 15.2 30 5 16.7 81 5 6.2 67 22 32.8 0 0 NA 3 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3.725067125 4 3 3 2 4 0 0 0 0 1 1 -0.725067125 1 NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 1.725067125 NA 1.599619048 1.599619048 1 1.962698925 1.962698925 1 1.166783222 1.166783222 1 2.320974619 1.16048731 2 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.00000066 1 0.000000401 1 0.0000584 1 5.21E-34 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 231868525 T G SPATA3 ENST00000355662 r.? - - intronic 28 0 0 32 7 21.9 15 2 13.3 66 8 12.1 53 22 41.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3.725067125 4 3 3 2 4 0 0 0 0 1 1 -0.725067125 1 NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 1.725067125 NA 2.304714286 1.152357143 2 1.563107527 1.563107527 1 2.277109191 1.138554595 2 2.936598985 0.978866328 3 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 2.36E-10 1 0.002513772 1 1.73E-09 1 9.5E-37 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 232518633 A C - - - - - - 29 0 0 30 3 10 26 1 3.8 37 0 0 57 1 1.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 3.725067125 4 3 3 2 4 0 0 0 0 1 1 -0.725067125 1 NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 1.725067125 NA 1.052380952 1.052380952 1 0.446602151 0.446602151 1 0 NA 0 0.127370558 0.127370558 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.000458697 1 0.122190858 1 1 1 0.248523156 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 234724823 A G HEATR7B1 ENST00000389758 r.? - - intronic 33 0 0 54 7 13 26 1 3.8 67 4 6 64 13 20.3 0 0 NA 1 0 0 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3.725067125 4 3 3 2 4 0 0 0 0 1 1 -0.725067125 1 NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 1.725067125 NA 1.368095238 1.368095238 1 0.446602151 0.446602151 1 1.129145053 1.129145053 1 1.436456853 1.436456853 1 0 NA 0 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 1.13E-08 1 0.122190858 1 0.000372648 1 1.26E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 234780769 T C - - - - - - 31 0 0 43 6 14 23 7 30.4 49 9 18.4 64 33 51.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3.725067125 4 3 3 2 4 0 0 0 0 1 1 -0.725067125 1 NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 1.725067125 NA 1.473333333 1.473333333 1 3.572817204 1.190939068 3 3.462711496 0.929570228 3.725067125 3.65128934 0.912822335 4 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 8.13E-08 1 1.79E-11 1 3.35E-12 1 1.78E-58 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 234934504 C A - - - - - - 23 0 0 11 3 27.3 6 0 0 38 0 0 36 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 3.725067125 4 3 3 2 4 0 0 0 0 1 1 -0.725067125 1 NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 1.725067125 NA 2.873 2.873 1 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.00002 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 237790277 A T - - - - - - 28 0 0 33 4 12.1 14 3 21.4 70 6 8.6 53 21 39.6 2 0 0 0 0 NA 2 2 100 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3.725067125 4 3 3 2 4 0 0 0 0 1 1 -0.725067125 1 NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 1.725067125 NA 1.273380952 1.273380952 1 2.515075269 2.515075269 1 1.618441243 1.618441243 1 2.802152284 0.934050761 3 NA NA 0 11.75268817 3.917562724 3 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.0000228 1 0.0000437 0.000025 0.00000156 1 1.3E-34 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 240223359 T A HDAC4 CCDS2529.1 r.? - - intronic 28 0 0 31 11 35.5 24 10 41.7 35 3 8.6 43 30 69.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3.725067125 4 3 3 2 4 0 0 0 0 1 1 -0.725067125 1 NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 1.725067125 NA 3.735952381 1.24531746 3 4.900870968 1.633623656 3 1.618441243 1.618441243 1 4.939147208 1.234786802 4 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 3.77E-18 1 1.8E-17 1 0.000725791 1 3.2E-59 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 20 3867497 T G PANK2 CCDS13072.1 r.? - - upstream 21 0 0 32 14 43.8 16 3 18.8 39 6 15.4 65 26 40 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 2 3 4 3 2 2 3 1 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 5.047428571 1.68247619 3 2.021505376 2.021505376 1 2.786478632 1.393239316 2 2.830456853 0.943485618 3 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 2.65E-24 1 0.0000667 1 4.43E-08 1 1.24E-42 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 20 3968671 T A RNF24 CCDS13074.1 r.? - - intronic 41 0 0 50 6 12 30 3 10 92 7 7.6 55 5 9.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 2 3 4 3 2 2 3 1 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.382857143 1.382857143 1 1.075268817 1.075268817 1 1.375145299 1.375145299 1 0.643928934 0.643928934 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000000206 1 0.000458697 1 0.000000472 1 0.00000883 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 20 4523716 A G - - - - - - 42 0 0 36 4 11.1 32 5 15.6 59 0 0 75 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 2 3 4 3 2 2 3 1 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.279142857 1.279142857 1 1.677419355 1.677419355 1 0 NA 0 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.0000324 1 0.000000562 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 20 5826906 G A C20orf196 CCDS13091.1 r.? - - intronic 31 0 0 47 6 12.8 27 2 7.4 69 7 10.1 54 9 16.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 2 3 4 3 2 2 3 1 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.475047619 1.475047619 1 0.795698925 0.795698925 1 1.827495726 1.827495726 1 1.181715736 1.181715736 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000000141 1 0.00807567 1 6.43E-08 1 8.48E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 20 6012841 G A CRLS1 CCDS13096.1 r.? - - intronic 36 0 0 36 4 11.1 19 2 10.5 63 0 0 51 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 2 3 4 3 2 2 3 1 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.279142857 1.279142857 1 1.129032258 1.129032258 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 9 NA 1 1 0.0000324 1 0.004039874 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 20 6125242 T A - - - - - - 33 0 0 50 6 12 23 1 4.3 69 3 4.3 68 10 14.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 2 3 4 3 2 2 3 1 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.382857143 1.382857143 1 0.462365591 NA 0 0.778042735 0.778042735 1 1.040192893 1.040192893 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.000000206 1 0.108890944 1 0.005121501 1 2.18E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 20 7052065 C T - - - - - - 29 0 0 39 6 15.4 26 4 15.4 68 3 4.4 54 5 9.3 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 2 3 4 3 2 2 3 1 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.774666667 1.774666667 1 1.655913978 1.655913978 1 0.796136752 0.796136752 1 0.658081218 0.658081218 1 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 4.43E-08 1 0.00000856 1 0.004916956 1 0.00000806 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 20 7302420 G A - - - - - - 30 0 0 47 5 10.6 18 0 0 55 0 0 62 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 2 3 4 3 2 2 3 1 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.22152381 1.22152381 1 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.00000402 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 20 8084847 A T - - - - - - 28 0 0 43 6 14 13 0 0 76 0 0 60 8 13.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 2 3 4 3 2 2 3 1 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.613333333 1.613333333 1 0 NA 0 0 0 1 0.941126904 0.941126904 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 8.13E-08 1 1 1 1 1 7.93E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 20 8749933 A T PLCB1 CCDS13103.1 r.? - - intronic 31 0 0 45 7 15.6 22 6 27.3 60 2 3.3 75 21 28 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.243691794 2 3 4.283581449 2 2 2 2 2 0 1 2 0.756308206 1 1 0.716418551 3 NA NA 3 2 NA NA 2 0.243691794 NA NA 0.283581449 1.835730206 1.835730206 1 2.935483871 1.467741935 2 0.597102564 0.597102564 1 2.060722603 1.030361301 2 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000000003 1 1.09E-09 1 0.036544784 1 7.75E-31 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 20 9052029 G T PLCB4 ENST00000355034 r.? - - intronic 32 0 0 35 4 11.4 18 2 11.1 73 3 4.1 66 11 16.7 151 0 0 240 11 4.6 63 3 4.8 274 23 8.4 255 37 14.5 TRUE TRUE 4.243691794 2 3 4.283581449 2 2 2 2 2 0 1 2 0.756308206 1 1 0.716418551 3 NA NA 3 2 NA NA 2 0.243691794 NA NA 0.283581449 1.34149515 1.34149515 1 1.193548387 1.193548387 1 0.741854701 0.741854701 1 1.229073838 1.229073838 1 0.541305061 0.541305061 1 0.516129032 0.516129032 1 1.519897436 0.759948718 2 1.067159919 1.067159919 1 8 9 1 1 0.0000289 5.17E-08 0.003626632 0.003968795 0.005990531 6.26E-21 4.07E-14 1.29E-41 YES 1_1 1_1 1_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b 20 11814477 G T C20orf61 ENST00000427835 r.? - - intronic 23 0 0 27 6 22.2 12 6 50 58 3 5.2 30 9 30 4 0 0 3 0 0 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 TRUE FALSE 2 2 3 2 2 2 2 2 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.114285714 1.057142857 2 5.376344086 2.688172043 2 0.940888889 0.940888889 1 1.52284264 1.52284264 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 1 0 NA 0 8 NA 1 1 4.23E-09 1 1.41E-11 1 0.003141421 1 2.54E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 20 12241729 C T - - - - - - 45 0 0 26 9 34.6 17 1 5.9 66 8 12.1 58 26 44.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 3 2 2 2 2 2 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 3.295238095 1.647619048 2 0.634408602 0.634408602 1 2.189376068 1.094688034 2 2.274111675 1.137055838 2 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 5.65E-15 1 0.081683532 1 1.73E-09 1 2.83E-44 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 20 12473220 A C - - - - - - 31 0 0 34 4 11.8 19 6 31.6 61 6 9.8 51 22 43.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 3 2 2 2 2 2 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.123809524 1.123809524 1 3.397849462 1.698924731 2 1.773213675 1.773213675 1 2.187817259 1.093908629 2 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.0000257 1 4.01E-10 1 0.000000685 1 3.24E-37 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 20 17118339 A T - - - - - - 36 0 0 28 3 10.7 19 3 15.8 62 0 0 52 22 42.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 3 2 2 2 2 2 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.019047619 1.019047619 1 1.698924731 1.698924731 1 0 0 1 2.147208122 1.073604061 2 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.000372895 1 0.000114071 1 1 1 5.59E-37 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 20 21980531 G C - - - - - - 33 0 0 41 9 22 19 2 10.5 102 8 7.8 79 24 30.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 3 2 2 2 2 2 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.095238095 1.047619048 2 1.129032258 1.129032258 1 1.411333333 1.411333333 1 1.543147208 0.771573604 2 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 5.92E-13 1 0.004039874 1 5.64E-08 1 5.2E-36 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 20 21980693 G C - - - - - - 15 0 0 33 6 18.2 25 6 24 60 3 5 57 17 29.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 3 2 2 2 2 2 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.733333333 1.733333333 1 2.580645161 1.290322581 2 0.904700855 0.904700855 1 1.512690355 0.756345178 2 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 1.54E-08 1 2.55E-09 1 0.003458198 1 8.82E-26 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 20 21980730 G C - - - - - - 21 0 0 37 7 18.9 18 4 22.2 65 6 9.2 62 20 32.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 3 2 2 2 2 2 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.8 1.8 1 2.387096774 2.387096774 1 1.664649573 1.664649573 1 1.639593909 0.819796954 2 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 7.05E-10 1 0.00000181 1 0.000001 1 7.19E-31 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 20 21980753 G A - - - - - - 24 0 0 28 6 21.4 20 4 20 70 5 7.1 67 21 31.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 3 2 2 2 2 2 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.038095238 2.038095238 1 2.150537634 2.150537634 1 1.284675214 1.284675214 1 1.588832487 0.794416244 2 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 5.36E-09 1 0.00000284 1 0.0000289 1 4.96E-32 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 20 21980817 G T - - - - - - 32 0 0 31 5 16.1 16 3 18.8 73 4 5.5 70 17 24.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 3 2 2 2 2 2 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.533333333 1.533333333 1 2.021505376 2.021505376 1 0.99517094 0.99517094 1 1.233502538 1.233502538 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000000476 1 0.0000667 1 0.000516741 1 4.68E-24 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 20 22046140 T C - - - - - - 20 0 0 42 5 11.9 22 1 4.5 58 3 5.2 66 11 16.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 3 2 2 2 2 2 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.133333333 1.133333333 1 0.483870968 0.483870968 1 0.940888889 0.940888889 1 0.847715736 0.847715736 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.00000228 1 0.104413009 1 0.003141421 1 4.07E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 20 22049321 C A - - - - - - 28 0 0 37 12 32.4 20 7 35 61 10 16.4 66 26 39.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 3 2 2 2 2 2 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 3.085714286 1.542857143 2 3.76344086 1.88172043 2 2.967418803 1.483709402 2 2 1 2 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 4.03E-19 1 5.72E-12 1 6.98E-13 1 2.03E-42 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 20 23705185 G A - - - - - - 25 0 0 30 5 16.7 17 0 0 64 0 0 41 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 3 2 2 2 2 2 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.59047619 1.59047619 1 0 0 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 10 NA 1 1 0.000000401 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 20 24856951 C T - - - - - - 23 0 0 35 9 25.7 14 1 7.1 72 8 11.1 42 16 38.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 3 2 2 2 2 2 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.447619048 1.223809524 2 0.76344086 NA 0 2.008435897 1.004217949 2 1.934010152 0.967005076 2 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1.23E-13 1 0.067769881 1 3.52E-09 1 2.25E-26 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 20 25704573 C T - - - - - - 31 0 0 32 4 12.5 19 0 0 78 0 0 50 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 3 2 2 2 2 2 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.19047619 1.19047619 1 0 0 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 10 NA 1 1 0.0000201 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 20 29612966 G C FRG1B ENST00000278882 r.? - - intronic 80 0 0 89 5 5.6 73 1 1.4 230 4 1.7 173 10 5.8 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 3 2 2 2 2 2 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.533333333 0.533333333 1 0.150537634 0.150537634 1 0.307598291 0.307598291 1 0.294416244 0.294416244 1 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 5 NA 1 1 0.0000915 1 0.306438632 1 0.029222157 1 2.36E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 20 31663271 C T C20orf185 CCDS13212.1 r.? - - downstream 28 0 0 52 11 21.2 32 8 25 35 2 5.7 78 26 33.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 6 7 8.113372366 7 6 7 4 7 0 0 0 0 1 1 -3.113372366 1 NA NA 5 NA NA NA 0 NA NA NA 4.113372366 NA 2.867047619 0.95568254 3 3.938172043 0.984543011 4 1.322821199 1.322821199 1 3.35535533 1.118451777 3 NA NA 0 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 2.44E-15 1 3.69E-12 1 0.013332991 1 4.04E-40 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 20 31819626 T G C20orf71 CCDS13216.2 r.? - - downstream 34 0 0 33 5 15.2 26 1 3.8 62 4 6.5 68 10 14.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 7 8.113372366 7 6 7 4 7 0 0 0 0 1 1 -3.113372366 1 NA NA 5 NA NA NA 0 NA NA NA 4.113372366 NA 2.055619048 2.055619048 1 0.598602151 0.598602151 1 1.508480315 1.508480315 1 1.481192893 1.481192893 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.00000066 1 0.122190858 1 0.000276647 1 2.18E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 20 35494698 G C C20orf117 ENST00000237536 r.? - - upstream 41 0 0 34 4 11.8 14 0 0 27 1 3.7 66 10 15.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 3 2 3 4 3 2 3 1 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.477809524 1.477809524 1 0 0 1 0.632478632 NA 0 0.923573604 0.923573604 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.0000257 1 1 1 0.126579904 1 1.6E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 20 36751843 G C - - - - - - 24 0 0 33 4 12.1 22 0 0 36 4 11.1 55 8 14.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 3 2 5 4 3 2 4 1 0 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.515380952 1.515380952 1 0 0 1 1.897435897 1.897435897 1 1.171040609 1.171040609 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.0000228 1 1 1 0.0000324 1 3.86E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 20 37418055 G A - - - - - - 37 0 0 37 8 21.6 23 4 17.4 38 3 7.9 63 15 23.8 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 3 2 5 4 3 2 4 1 0 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.705142857 0.901714286 3 2.044967742 2.044967742 1 1.35042735 1.35042735 1 1.922121827 0.961060914 2 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 1.33E-11 1 0.00000513 1 0.000925091 1 2.97E-21 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 20 37934848 G C - - - - - - 28 0 0 46 4 8.7 31 3 9.7 72 3 4.2 70 14 20 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 3 2 5 4 3 2 4 1 0 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.089571429 1.089571429 1 1.140010753 1.140010753 1 0.717948718 0.717948718 1 1.615228426 0.807614213 2 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.0000862 1 0.000505952 1 0.00576558 1 9.08E-19 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 20 37936091 G C - - - - - - 31 0 0 48 5 10.4 29 1 3.4 70 1 1.4 86 14 16.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 3 2 5 4 3 2 4 1 0 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.30247619 1.30247619 1 0.399591398 NA 0 0.239316239 NA 0 1.316411168 1.316411168 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.00000447 1 0.135292269 1 0.295930304 1 1.98E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 20 37937333 G C - - - - - - 27 0 0 43 5 11.6 31 4 12.9 54 1 1.9 65 8 12.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 3 2 5 4 3 2 4 1 0 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.452761905 1.452761905 1 1.516096774 1.516096774 1 0.324786325 NA 0 0.993365482 0.993365482 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.00000257 1 0.0000177 1 0.237137336 1 1.53E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 20 39937422 C T ZHX3 ENST00000441102 r.? - - intronic 36 0 0 47 13 27.7 21 4 19 59 6 10.2 54 10 18.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.461268794 3.417766709 2 4 2 2 2 3 1 1 0 1 0.538731206 0.582233291 1 1 3 3 NA NA 1 1 NA NA 0.461268794 0.417766709 NA NA 3.042866694 1.236300034 2.461268794 2.312386427 2.312386427 1 1.743589744 1.743589744 1 1.309086294 1.309086294 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 1.47E-19 1 0.00000349 1 0.000000561 1 1.91E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 20 39999357 C G EMILIN3 CCDS13316.1 r.? - - upstream 21 0 0 38 8 21.1 25 4 16 37 3 8.1 47 16 34 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.461268794 3.417766709 2 4 2 2 2 3 1 1 0 1 0.538731206 0.582233291 1 1 3 3 NA NA 1 1 NA NA 0.461268794 0.417766709 NA NA 2.317851525 0.941730351 2.461268794 1.947272781 1.947272781 1 1.384615385 1.384615385 1 2.405888325 0.801962775 3 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 1.67E-11 1 0.00000727 1 0.000855237 1 1.98E-25 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 20 42332471 T G MYBL2 CCDS13322.1 r.? - - intronic 29 0 0 35 8 22.9 23 4 17.4 27 3 11.1 53 18 34 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.461268794 3.417766709 2 3 2 2 2 2 1 1 0 1 0.538731206 0.582233291 1 1 3 3 NA NA 1 1 NA NA 0.461268794 0.417766709 NA NA 2.515582935 1.022067537 2.461268794 2.117659149 2.117659149 1 1.897435897 1.897435897 1 2.065888325 1.032944162 2 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 8.15E-12 1 0.00000513 1 0.000334187 1 2.09E-28 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 20 42773887 G C JPH2 CCDS13325.1 r.? - - intronic 30 0 0 30 5 16.7 19 3 15.8 23 1 4.3 57 6 10.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.461268794 3.417766709 2 3 2 2 2 2 1 1 0 1 0.538731206 0.582233291 1 1 3 3 NA NA 1 1 NA NA 0.461268794 0.417766709 NA NA 1.834508079 1.834508079 1 1.922931871 1.922931871 1 0.735042735 NA 0 0.637994924 0.637994924 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.000000401 1 0.000114071 1 0.108890944 1 0.000000456 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 20 44963206 C T - - - - - - 38 0 0 41 6 14.6 32 0 0 21 0 0 67 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.461268794 3.417766709 2 5.335495416 2 2 2 4 1 1 0 1 0.538731206 0.582233291 1 0.664504584 3 3 NA 5 1 1 NA 1 0.461268794 0.417766709 NA 0.335495416 1.603821434 1.603821434 1 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 6.05E-08 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 20 45070566 A G - - - - - - 27 0 0 51 5 9.8 25 2 8 67 4 6 86 13 15.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.461268794 3.417766709 2 5.335495416 2 2 2 4 1 1 0 1 0.538731206 0.582233291 1 0.664504584 3 3 NA 5 1 1 NA 1 0.461268794 0.417766709 NA 0.335495416 1.076537675 1.076537675 1 0.973636391 0.973636391 1 1.025641026 1.025641026 1 1.27015727 1.27015727 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.00000606 1 0.006948068 1 0.000372648 1 7.57E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 20 45948016 A G ZMYND8 CCDS46613.1 r.? - - intronic 30 0 0 36 9 25 20 6 30 29 5 17.2 59 24 40.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.461268794 3.417766709 2 3 2 2 2 2 1 1 0 1 0.538731206 0.582233291 1 1 3 3 NA NA 1 1 NA NA 0.461268794 0.417766709 NA NA 2.746269579 1.115794255 2.461268794 3.651136464 1.510127694 2.417766709 2.94017094 1.47008547 2 2.472989848 1.236494924 2 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 1.63E-13 1 5.7E-10 1 0.000000336 1 1.09E-39 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 20 46359145 G A SULF2 CCDS13408.1 r.? - - intronic 36 0 0 38 5 13.2 28 0 0 42 0 0 70 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.461268794 3.417766709 2 3 2 2 2 2 1 1 0 1 0.538731206 0.582233291 1 1 3 3 NA NA 1 1 NA NA 0.461268794 0.417766709 NA NA 1.450030338 1.450030338 1 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.00000137 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 20 46408602 T C SULF2 CCDS13408.1 r.? - - intronic 31 0 0 29 5 17.2 31 5 16.1 28 3 10.7 65 16 24.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.461268794 3.417766709 2 3 2 2 2 2 1 1 0 1 0.538731206 0.582233291 1 1 3 3 NA NA 1 1 NA NA 0.461268794 0.417766709 NA NA 1.889433471 1.889433471 1 1.959443236 1.959443236 1 1.829059829 1.829059829 1 1.494730964 1.494730964 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000000336 1 0.000000476 1 0.000372895 1 7.85E-23 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 20 50253512 C T ATP9A CCDS33489.1 r.? - - intronic 26 0 0 47 6 12.8 31 4 12.9 46 3 6.5 82 24 29.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 8 7 6.58868088 5 6 7 5 1 2 0 1 1 1 1 0.41131912 NA NA NA 6 NA NA NA 1 NA NA NA 0.58868088 1.731047619 1.731047619 1 2.161096774 2.161096774 1 1.436111111 1.436111111 1 2.831793143 0.943931048 3 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000000141 1 0.0000177 1 0.001615827 1 1.47E-35 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 20 50466912 G A - - - - - - 28 0 0 54 7 13 22 2 9.1 44 0 0 86 5 5.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 8 7 4.427643992 3 6 7 3 2 2 0 1 1 1 1 0.572356008 NA NA NA 4 NA NA NA 1 NA NA NA 0.427643992 1.628095238 1.628095238 1 1.524494624 1.524494624 1 0 NA 0 0.435219595 1.017714742 0.427643992 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1.13E-08 1 0.005403392 1 1 1 0.0000777 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 20 50534347 C G - - - - - - 23 0 0 44 4 9.1 19 1 5.3 100 0 0 58 8 13.8 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 8 7 4.427643992 3 6 7 3 2 2 0 1 1 1 1 0.572356008 NA NA NA 4 NA NA NA 1 NA NA NA 0.427643992 1.139666667 1.139666667 1 0.887892473 0.887892473 1 0 NA 0 1.035522485 1.035522485 1 NA NA 0 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.0000723 1 0.090843738 1 1 1 5.99E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 20 50910071 C G - - - - - - 24 0 0 30 8 26.7 32 3 9.4 93 3 3.2 76 10 13.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 8 7 4.427643992 3 6 7 3 2 2 0 1 1 1 1 0.572356008 NA NA NA 4 NA NA NA 1 NA NA NA 0.427643992 3.343857143 1.114619048 3 1.574752688 1.574752688 1 0.707008547 0.707008547 1 0.990499768 0.990499768 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 2.07E-12 1 0.000556213 1 0.011611924 1 6.9E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 20 51739887 C T TSHZ2 CCDS33490.1 r.? - - intronic 30 0 0 39 14 35.9 25 13 52 92 29 31.5 91 47 51.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 8 7 8 5 6 7 7 1 2 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 4.855047619 0.971009524 5 8.711397849 1.451899642 6 6.959615385 0.994230769 7 5.71528934 0.952548223 6 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 8.19E-23 1 6E-24 1 9.74E-44 1 1.13E-82 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 20 52406750 T C - - - - - - 30 0 0 43 9 20.9 35 5 14.3 80 15 18.8 111 41 36.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 8 7 8 5 6 7 7 1 2 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.82647619 0.94215873 3 2.395634409 1.197817204 2 4.153675214 1.038418803 4 4.087096447 1.021774112 4 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 9.45E-13 1 0.000000895 1 1.49E-19 1 1.42E-64 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 20 52458854 G C - - - - - - 33 0 0 46 5 10.9 27 2 7.4 86 4 4.7 122 15 12.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 8 7 8 5 6 7 7 1 2 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.474095238 1.474095238 1 1.239698925 1.239698925 1 1.038418803 1.038418803 1 1.362365482 1.362365482 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.00000361 1 0.00807567 1 0.000957637 1 1.14E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 20 54244998 C T - - - - - - 33 0 0 33 5 15.2 14 2 14.3 38 0 0 60 5 8.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA FALSE FALSE 3 1 3.72642084 4.287562082 2 1 0 3 1 0 0 1 1 1 -2.72642084 0.712437918 NA NA 1 4 NA NA 0 1 NA NA 3.72642084 0.287562082 1.599619048 1.599619048 1 1.394634409 1.394634409 1 0 NA 0 0.61118745 0.61118745 1 NA NA 0 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.00000066 1 0.002185852 1 1 1 0.0000136 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 20 54245004 C T - - - - - - 34 0 0 32 4 12.5 13 2 15.4 39 0 0 59 5 8.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA FALSE FALSE 3 1 3.72642084 4.287562082 2 1 0 3 1 0 0 1 1 1 -2.72642084 0.712437918 NA NA 1 4 NA NA 0 1 NA NA 3.72642084 0.287562082 1.31547619 1.31547619 1 1.501913978 1.501913978 1 0 NA 0 0.625914858 0.625914858 1 NA NA 0 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.0000201 1 0.001879825 1 1 1 0.0000125 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 20 54696327 G T - - - - - - 38 0 0 43 6 14 21 3 14.3 79 4 5.1 55 9 16.4 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 1 3.72642084 4.287562082 2 1 0 3 1 0 0 1 1 1 -2.72642084 0.712437918 NA NA 1 4 NA NA 0 1 NA NA 3.72642084 0.287562082 1.473333333 1.473333333 1 1.394634409 1.394634409 1 0.959842335 0.959842335 1 1.207647491 1.207647491 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 8.13E-08 1 0.000155401 1 0.000696582 1 1.01E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 20 57524025 C T ENSG00000234857 ENST00000445014 r.? - - intronic 27 0 0 36 5 13.9 18 2 11.1 70 0 0 80 5 6.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 1 3.72642084 4.287562082 2 1 0 3 1 0 0 1 1 1 -2.72642084 0.712437918 NA NA 1 4 NA NA 0 1 NA NA 3.72642084 0.287562082 1.462809524 1.462809524 1 1.082548387 1.082548387 1 0 NA 0 0.456549661 0.456549661 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.00000104 1 0.003626632 1 1 1 0.000055 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 20 58419013 G T PHACTR3 CCDS13480.1 r.? - - intronic 38 0 0 48 4 8.3 28 0 0 79 0 0 86 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 1 3.72642084 4.287562082 2 1 0 3 1 0 0 1 1 1 -2.72642084 0.712437918 NA NA 1 4 NA NA 0 1 NA NA 3.72642084 0.287562082 0.87347619 0.87347619 1 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.000102016 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 20 59231699 C T AL161940.1 ENST00000506383 r.? - - downstream 26 0 0 32 5 15.6 25 2 8 33 1 3 63 10 15.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 1 3.72642084 4.287562082 2 1 0 3 1 0 0 1 1 1 -2.72642084 0.712437918 NA NA 1 4 NA NA 0 1 NA NA 3.72642084 0.287562082 1.641714286 1.641714286 1 0.780215054 0.780215054 1 0.564613138 NA 0 1.17082897 1.17082897 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.000000562 1 0.006948068 1 0.15245715 1 9.81E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 20 61573820 G A DIDO1 CCDS33506.1 r.? - - upstream 33 0 0 46 9 19.6 23 7 30.4 43 12 27.9 66 23 34.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 1 3.72642084 4.287562082 2 1 0 3 1 0 0 1 1 1 -2.72642084 0.712437918 NA NA 1 4 NA NA 0 1 NA NA 3.72642084 0.287562082 2.062666667 1.031333333 2 2.964817204 2.964817204 1 5.250902183 1.409100692 3.72642084 2.562569067 1.12021837 2.287562082 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 1.82E-12 1 1.79E-11 1 3.24E-18 1 3.38E-36 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 20 62297914 G T RTEL1 CCDS13531.1 r.? - - intronic 34 0 0 40 7 17.5 26 4 15.4 9 0 0 69 20 29 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 1 3.72642084 4.287562082 2 1 0 3 1 0 0 1 1 1 -2.72642084 0.712437918 NA NA 1 4 NA NA 0 1 NA NA 3.72642084 0.287562082 1.841666667 1.841666667 1 1.501913978 1.501913978 1 0 NA 0 2.135474222 0.933515308 2.287562082 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1.26E-09 1 0.00000856 1 1 1 8.73E-30 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 20 62916383 T G - - - - - - 42 0 0 52 8 15.4 23 4 17.4 91 14 15.4 64 16 25 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 1 3.72642084 4.287562082 2 1 0 3 1 0 0 1 1 1 -2.72642084 0.712437918 NA NA 1 4 NA NA 0 1 NA NA 3.72642084 0.287562082 1.620666667 1.620666667 1 1.696967742 1.696967742 1 2.898347442 0.777783178 3.72642084 1.840926054 0.920463027 2 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 2.42E-10 1 0.00000513 1 4.55E-17 1 5.94E-23 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 9900521 A G - - - - - - 90 0 0 135 27 20 67 8 11.9 238 49 20.6 158 39 24.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 8 7 10 4 6 4 8 3 2 3 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 3.104761905 1.034920635 3 1.874569892 1.874569892 1 5.169367521 1.033873504 5 1.747807107 0.873903553 2 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 8.25E-35 1 1.96E-09 1 1.61E-62 1 1.66E-53 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 10011674 G C - - - - - - 134 0 0 188 19 10.1 90 5 5.6 364 89 24.5 304 78 25.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 TRUE FALSE 8 7 10 4 6 4 8 3 2 3 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.567904762 0.783952381 2 0.882150538 0.882150538 1 6.148034188 1.024672365 6 1.818568528 0.909284264 2 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 0 NA 0 8 NA 1 1 4.43E-19 1 0.0000965 1 1.71E-119 1 8.6E-107 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 10013030 T C - - - - - - 214 0 0 220 25 11.4 152 11 7.2 413 68 16.5 357 57 16 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 8 7 10 4 6 4 8 3 2 3 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.769714286 0.884857143 2 1.134193548 1.134193548 1 4.140512821 1.035128205 4 1.132182741 1.132182741 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 6.62E-26 1 4.43E-10 1 5.52E-79 1 1.1E-65 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 10023818 G T - - - - - - 211 0 0 248 42 16.9 143 15 10.5 539 118 21.9 366 79 21.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 8 7 10 4 6 4 8 3 2 3 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.62352381 0.874507937 3 1.654032258 0.827016129 2 5.495589744 0.915931624 6 1.528446701 0.76422335 2 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 5.48E-50 1 1.28E-15 1 1.62E-151 1 1.64E-101 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 10624589 G C - - - - - - 83 0 0 138 37 26.8 65 11 16.9 121 43 35.5 240 83 34.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 8 7 10 4 6 4 8 3 2 3 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 4.160380952 1.040095238 4 2.662204301 0.887401434 3 8.908376068 1.113547009 8 2.448345178 0.816115059 3 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 2.37E-52 1 3.41E-14 1 9.18E-67 1 4.18E-126 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 10923235 C G TPTE CCDS33512.1 r.? - - intronic 66 0 0 91 7 7.7 49 8 16.3 140 15 10.7 198 18 9.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 8 7 10 4 6 4 8 3 2 3 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.195333333 1.195333333 1 2.567688172 0.855896057 3 2.685059829 0.895019943 3 0.643928934 0.643928934 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000000438 1 1.47E-10 1 9.28E-16 1 2.5E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 10924036 A G TPTE CCDS33512.1 r.? - - intronic 63 0 0 130 12 9.2 71 6 8.5 195 8 4.1 225 23 10.2 5 0 0 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 8 7 10 4 6 4 8 3 2 3 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.428190476 1.428190476 1 1.338978495 1.338978495 1 1.028854701 1.028854701 1 0.721766497 0.721766497 1 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 4.08E-12 1 0.00000169 1 0.00000765 1 6.88E-23 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 10996119 G A - - - - - - 46 0 0 97 12 12.4 43 4 9.3 169 12 7.1 199 31 15.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 8 7 10 4 6 4 8 3 2 3 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.924952381 0.96247619 2 1.465 1.465 1 1.781675214 0.890837607 2 1.103878173 1.103878173 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 1.18E-13 1 0.000066 1 8.99E-11 1 3.91E-36 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 14815335 T A - - - - - - 45 0 0 86 15 17.4 42 5 11.9 109 5 4.6 130 13 10 4 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 8 7 10 4 6 4 8 3 2 3 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.701142857 0.900380952 3 1.874569892 1.874569892 1 1.154324786 1.154324786 1 0.707614213 0.707614213 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 4.76E-19 1 0.00000228 1 0.000237142 1 1.85E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 14959913 A C - - - - - - 36 0 0 69 4 5.8 28 5 17.9 96 4 4.2 140 18 12.9 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 8 7 10 4 6 4 8 3 2 3 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.900380952 0.900380952 1 2.819731183 0.939910394 3 1.053948718 1.053948718 1 0.912822335 0.912822335 1 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000416985 1 0.000000279 1 0.001440082 1 4.55E-20 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 14984773 G C POTED CCDS13562.1 r.? - - intronic 39 0 0 110 5 4.5 56 1 1.8 101 0 0 169 14 8.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 8 7 10 4 6 4 8 3 2 3 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.698571429 0.698571429 1 0.283548387 NA 0 0 0 1 0.587319797 0.587319797 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000247412 1 0.244746891 1 1 1 3.03E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 15000402 G A POTED CCDS13562.1 r.? - - intronic 26 0 0 84 39 46.4 40 20 50 103 37 35.9 158 88 55.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 8 7 10 4 6 4 8 3 2 3 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 7.203047619 1.200507937 6 7.876344086 1.969086022 4 9.008752137 1.126094017 8 3.941411168 1.313803723 3 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 1.98E-66 1 1.19E-35 1 6.97E-58 1 1.91E-157 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 15606673 T G - - - - - - 50 0 0 73 7 9.6 34 9 26.5 115 8 7 134 23 17.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 8 7 10 4 6 4 8 3 2 3 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.490285714 1.490285714 1 4.174462366 1.043615591 4 1.756581197 1.756581197 1 1.217096447 1.217096447 1 NA NA 0 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 9.54E-08 1 9.15E-14 1 0.000000144 1 3.06E-28 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 15711599 C A - - - - - - 31 0 0 67 5 7.5 38 1 2.6 93 0 0 135 6 4.4 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 3 0 0 0 0 NA FALSE FALSE 8 7 10 4 6 4 8 3 2 3 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.164285714 1.164285714 1 0.409569892 NA 0 0 0 1 0.311350254 0.311350254 1 NA NA 0 0 NA 0 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.0000233 1 0.173434892 1 1 1 0.0000677 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 15818551 A T - - - - - - 28 0 0 56 32 57.1 30 15 50 106 37 34.9 116 57 49.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 8 7 10 4 6 4 8 3 2 3 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 8.864095238 1.477349206 6 7.876344086 1.969086022 4 8.757811966 1.094726496 8 3.474385787 1.158128596 3 NA NA 0 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 9.02E-59 1 4.41E-27 1 2.53E-57 1 3.13E-98 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 15891675 G A SAMSN1 CCDS42906.1 r.? - - intronic 37 0 0 94 9 9.6 38 0 0 97 0 0 163 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 8 7 10 4 6 4 8 3 2 3 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.490285714 1.490285714 1 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1.42E-09 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 15922806 T A SAMSN1 CCDS42906.1 r.? - - upstream 25 0 0 90 5 5.6 45 1 2.2 121 4 3.3 154 14 9.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 8 7 10 4 6 4 8 3 2 3 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.869333333 0.869333333 1 0.34655914 0.34655914 1 0.828102564 0.828102564 1 0.643928934 0.643928934 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.0000965 1 0.201934322 1 0.003337749 1 8.36E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 16878625 A T - - - - - - 22 0 0 62 28 45.2 34 11 32.4 96 35 36.5 122 66 54.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 8 7 10 4 6 4 8 3 2 3 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 7.016761905 1.169460317 6 5.103870968 1.275967742 4 9.159316239 1.14491453 8 3.828192893 1.276064298 3 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 1.1E-47 1 1.26E-17 1 4.09E-55 1 2.62E-117 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 16891089 A C - - - - - - 41 0 0 80 4 5 38 2 5.3 111 3 2.7 129 7 5.4 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 8 7 10 4 6 4 8 3 2 3 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.776190476 0.776190476 1 0.834892473 0.834892473 1 0.677538462 0.677538462 1 0.382111675 0.382111675 1 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000730349 1 0.015598339 1 0.018583229 1 0.00000458 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 17309849 C A - - - - - - 35 0 0 85 5 5.9 33 0 0 115 0 0 143 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 8 7 10 4 6 4 8 3 2 3 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.915904762 0.915904762 1 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.0000735 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 17551943 A C ENSG00000236553 ENST00000425334 r.? - - intronic 35 0 0 62 28 45.2 38 14 36.8 124 47 37.9 160 82 51.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 8 7 10 4 6 4 8 3 2 3 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 7.016761905 1.169460317 6 5.796989247 1.449247312 4 9.510632479 1.18882906 8 3.622984772 1.207661591 3 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 1.1E-47 1 5.28E-23 1 1.95E-74 1 1.23E-142 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 17780900 C G - - - - - - 37 0 0 71 9 12.7 27 3 11.1 121 16 13.2 118 24 20.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 8 7 10 12 6 4 8 7 2 3 2 5 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.97152381 0.985761905 2 1.748548387 1.748548387 1 3.312410256 1.104136752 3 3.060456853 1.020152284 3 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 1.1E-10 1 0.000334187 1 3.33E-18 1 2.63E-31 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 17810332 A G - - - - - - 32 0 0 90 17 18.9 32 8 25 125 19 15.2 140 47 33.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 8 7 10 12 6 4 8 7 2 3 2 5 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.934 0.978 3 3.938172043 0.984543011 4 3.814290598 0.95357265 4 5.065583756 1.013116751 5 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 5.05E-22 1 3.69E-12 1 1.56E-22 1 2.03E-71 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 18377381 T A - - - - - - 27 0 0 77 9 11.7 33 5 15.2 87 18 20.7 125 17 13.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 13 7 10 12 8 4 8 7 5 3 2 5 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.401285714 0.800428571 3 2.394408602 1.197204301 2 5.194461538 1.038892308 5 2.05035533 1.025177665 2 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 2.32E-10 1 0.00000066 1 5.29E-24 1 1.83E-19 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 18567527 G C - - - - - - 38 0 0 71 32 45.1 26 10 38.5 105 31 29.5 139 66 47.5 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 13 7 18 12 8 4 11 7 5 3 7 5 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 9.256238095 1.157029762 8 6.064784946 1.516196237 4 9.762735043 0.976273504 10 7.161167513 1.02302393 7 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 3.05E-54 1 4.82E-17 1 1.29E-45 1 3.73E-112 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 18746543 C T - - - - - - 31 0 0 58 21 36.2 39 7 17.9 104 31 29.8 91 38 41.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 13 7 18 12 8 4 11 7 5 3 7 5 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 7.429619048 1.06137415 7 2.819731183 0.939910394 3 9.862017094 0.986201709 10 6.301827411 1.050304569 6 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 1.34E-33 1 1.04E-09 1 9.15E-46 1 1.7E-62 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 18944700 A G CXADR CCDS33519.1 r.? - - downstream 25 0 0 70 6 8.6 33 2 6.1 59 2 3.4 122 0 0 0 0 NA 0 0 NA 1 1 100 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 13 7 18 12 8 4 11 7 5 3 7 5 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.765047619 1.765047619 1 0.960913978 0.960913978 1 1.125196581 1.125196581 1 0 0 1 NA NA 0 15.75268817 3.938172043 4 NA NA 1 NA NA 1 7 NA 1 1 0.00000156 1 0.011909843 0.005 0.035441897 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 19051501 T C - - - - - - 32 0 0 76 6 7.9 29 1 3.4 97 10 10.3 129 22 17.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 13 7 18 12 8 4 11 7 5 3 7 5 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.621380952 1.621380952 1 0.535591398 NA 0 3.408683761 1.13622792 3 2.578020305 0.859340102 3 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.00000253 1 0.135292269 1 8.27E-11 1 5.15E-27 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 19416417 G C CHODL ENST00000400128 r.? - - intronic 35 0 0 59 4 6.8 35 0 0 100 0 0 111 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 13 7 18 9.666914217 8 4 11 5 5 3 7 4 1 1 1 0.333085783 NA NA NA 5 NA NA NA 5 NA NA NA 0.666914217 1.395619048 1.395619048 1 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.00022841 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 19449229 C A CHODL ENST00000400128 r.? - - intronic 26 0 0 78 5 6.4 33 2 6.1 99 0 0 92 0 0 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 13 7 18 9.666914217 8 4 11 5 5 3 7 4 1 1 1 0.333085783 NA NA NA 5 NA NA NA 5 NA NA NA 0.666914217 1.31352381 1.31352381 1 0.960913978 0.960913978 1 0 0 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 9 NA 1 1 0.0000487 1 0.011909843 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 19605821 T A CHODL ENST00000400128 r.? - - intronic 29 0 0 67 4 6 34 0 0 103 1 1 128 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 13 7 18 9.666914217 8 4 11 5 5 3 7 4 1 1 1 0.333085783 NA NA NA 5 NA NA NA 5 NA NA NA 0.666914217 1.231428571 1.231428571 1 0 NA 0 0.330940171 0.330940171 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.000372648 1 1 1 0.403270763 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 20008945 G T - - - - - - 37 0 0 84 6 7.1 33 0 0 85 13 15.3 116 0 0 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 2 0 0 0 0 NA FALSE FALSE 13 7 18 9.666914217 8 4 11 5 5 3 7 4 1 1 1 0.333085783 NA NA NA 5 NA NA NA 5 NA NA NA 0.666914217 1.457190476 1.457190476 1 0 NA 0 5.063384615 1.012676923 5 0 0 1 NA NA 1 0 NA 0 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.00000455 1 1 1 6.45E-16 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 20037666 G A - - - - - - 36 0 0 61 18 29.5 29 9 31 87 8 9.2 117 35 29.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 13 7 18 9.666914217 8 4 11 5 5 3 7 4 1 1 1 0.333085783 NA NA NA 5 NA NA NA 5 NA NA NA 0.666914217 6.05452381 1.009087302 6 4.883333333 1.220833333 4 3.044649573 1.014883191 3 3.810173848 0.952543462 4 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 4.08E-27 1 1.79E-14 1 1.61E-08 1 1.58E-51 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 20114663 G C - - - - - - 36 0 0 63 5 7.9 33 0 0 107 0 0 118 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 13 7 18 9.666914217 8 4 11 5 5 3 7 4 1 1 1 0.333085783 NA NA NA 5 NA NA NA 5 NA NA NA 0.666914217 1.621380952 1.621380952 1 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.0000173 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 20542489 G A - - - - - - 35 0 0 87 18 20.7 34 9 26.5 94 16 17 105 34 32.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 13 7 18 9.666914217 8 4 11 5 5 3 7 4 1 1 1 0.333085783 NA NA NA 5 NA NA NA 5 NA NA NA 0.666914217 4.248428571 1.062107143 4 4.174462366 1.043615591 4 5.625982906 0.937663818 6 4.128750257 1.032187564 4 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 5.29E-24 1 9.15E-14 1 4.85E-20 1 1.77E-51 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 20581526 T A - - - - - - 28 0 0 54 13 24.1 32 8 25 95 9 9.5 90 20 22.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 13 7 18 9.666914217 8 4 11 5 5 3 7 4 1 1 1 0.333085783 NA NA NA 5 NA NA NA 5 NA NA NA 0.666914217 4.946238095 0.989247619 5 3.938172043 0.984543011 4 3.143931624 1.047977208 3 2.828958509 0.94298617 3 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 1.12E-18 1 3.69E-12 1 1.56E-09 1 3.48E-27 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 20959818 A C - - - - - - 43 0 0 51 15 29.4 33 4 12.1 93 27 29 105 33 31.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 13 7 18 9.666914217 8 4 11 5 5 3 7 4 1 1 1 0.333085783 NA NA NA 5 NA NA NA 5 NA NA NA 0.666914217 6.034 1.005666667 6 1.906075269 1.906075269 1 9.597264957 0.959726496 10 4.001319694 1.000329923 4 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 8.22E-23 1 0.0000228 1 1.06E-39 1 1.67E-49 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 21058608 C A - - - - - - 51 0 0 59 25 42.4 19 6 31.6 102 31 30.4 111 47 42.3 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 13 7 18 9.666914217 8 4 11 5 5 3 7 4 1 1 1 0.333085783 NA NA NA 5 NA NA NA 5 NA NA NA 0.666914217 8.702095238 1.087761905 8 4.977849462 1.244462366 4 10.0605812 1.00605812 10 5.390312836 1.078062567 5 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 7.66E-42 1 4.01E-10 1 4.54E-46 1 2.79E-77 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 21482170 C T - - - - - - 29 0 0 67 5 7.5 25 1 4 100 0 0 93 0 0 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 13 7 18 9.666914217 8 4 11 5 5 3 7 4 1 1 1 0.333085783 NA NA NA 5 NA NA NA 5 NA NA NA 0.666914217 1.539285714 1.539285714 1 0.630107527 NA 0 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.0000233 1 0.117779757 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 21492215 A C - - - - - - 39 0 0 71 5 7 21 2 9.5 76 0 0 97 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 13 7 18 9.666914217 8 4 11 5 5 3 7 4 1 1 1 0.333085783 NA NA NA 5 NA NA NA 5 NA NA NA 0.666914217 1.436666667 1.436666667 1 1.496505376 1.496505376 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 9 NA 1 1 0.0000309 1 0.004928472 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 21527152 G A - - - - - - 25 0 0 58 25 43.1 27 10 37 100 47 47 117 47 40.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 13 7 18 9.666914217 8 4 11 5 5 3 7 4 1 1 1 0.333085783 NA NA NA 5 NA NA NA 5 NA NA NA 0.666914217 8.845761905 1.105720238 8 5.828494624 1.457123656 4 15.55418803 1.414017094 11 5.122708652 1.02454173 5 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 4.44E-42 1 7.62E-17 1 4.62E-80 1 6.46E-76 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 21554748 A T - - - - - - 21 0 0 64 4 6.2 40 3 7.5 114 4 3.5 114 11 9.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 TRUE FALSE 13 7 18 9.666914217 8 4 11 5 5 3 7 4 1 1 1 0.333085783 NA NA NA 5 NA NA NA 5 NA NA NA 0.666914217 1.27247619 1.27247619 1 1.181451613 1.181451613 1 1.158290598 1.158290598 1 1.223333409 1.223333409 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 0 0 1 8 NA 1 1 0.000312605 1 0.001075403 1 0.002694789 1 1.96E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 21787024 T C - - - - - - 33 0 0 80 28 35 40 10 25 90 31 34.4 128 50 39.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 13 7 25 11 8 4 18 7 5 3 7 4 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 7.183333333 1.026190476 7 3.938172043 0.984543011 4 13.79234188 0.985167277 14 5.503771574 0.917295262 6 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 8.43E-44 1 7.22E-15 1 4.56E-48 1 6.78E-80 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 21787070 T C - - - - - - 37 0 0 71 23 32.4 35 9 25.7 88 32 36.4 135 61 45.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 13 7 25 11 8 4 18 7 5 3 7 4 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 6.649714286 0.949959184 7 4.04844086 1.012110215 4 14.59422222 0.972948148 15 6.362416244 1.060402707 6 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 2.51E-35 1 1.23E-13 1 1.76E-50 1 4.82E-102 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 21946851 G A - - - - - - 32 0 0 60 5 8.3 35 3 8.6 105 1 1 144 9 6.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 13 7 25 11 8 4 18 7 5 3 7 4 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.70347619 1.70347619 1 1.354731183 1.354731183 1 0.400940171 0.400940171 1 0.872720812 0.872720812 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.0000136 1 0.000725791 1 0.409223137 1 6.05E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 21995853 C A - - - - - - 33 0 0 72 10 13.9 31 5 16.1 93 16 17.2 132 33 25 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 13 7 25 11 8 4 18 7 5 3 7 4 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.852809524 0.950936508 3 2.536182796 0.845394265 3 6.89617094 0.985167277 7 3.519035533 0.879758883 4 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 3.95E-12 1 0.000000476 1 4.04E-20 1 9.93E-46 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 22071283 C A - - - - - - 29 0 0 73 5 6.8 48 3 6.2 52 1 1.9 143 6 4.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 13 7 25 11 8 4 18 7 5 3 7 4 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.395619048 1.395619048 1 0.976666667 0.976666667 1 0.761786325 0.761786325 1 0.59119797 0.59119797 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.0000354 1 0.001827434 1 0.229451111 1 0.000093 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 22387789 G A NCAM2 CCDS42910.1 r.? - - intronic 26 0 0 62 5 8.1 24 2 8.3 106 0 0 115 9 7.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 13 7 25 11 8 4 18 7 5 3 7 4 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.662428571 1.662428571 1 1.307473118 1.307473118 1 0 0 1 1.097939086 1.097939086 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.000016 1 0.006413403 1 1 1 8.53E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 22544040 G A NCAM2 CCDS42910.1 r.? - - intronic 42 0 0 82 7 8.5 42 5 11.9 133 4 3 143 18 12.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 13 7 25 11 8 4 18 7 5 3 7 4 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.74452381 1.74452381 1 1.874569892 1.874569892 1 1.202820513 1.202820513 1 1.773593909 0.886796954 2 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000000214 1 0.00000228 1 0.004669412 1 6.74E-20 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 22629855 C T NCAM2 CCDS42910.1 r.? - - intronic 36 0 0 80 10 12.5 34 6 17.6 121 4 3.3 135 9 6.7 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 13 7 25 11 8 4 18 7 5 3 7 4 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.56547619 0.85515873 3 2.772473118 0.924157706 3 1.323102564 1.323102564 1 0.943101523 0.943101523 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 1.17E-11 1 1.86E-08 1 0.003337749 1 3.46E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 22797123 G A NCAM2 CCDS42910.1 r.? - - intronic 42 0 0 74 6 8.1 37 1 2.7 96 5 5.2 136 21 15.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 13 7 25 11 8 4 18 7 5 3 7 4 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.662428571 1.662428571 1 0.425322581 NA 0 2.084888889 2.084888889 1 2.167725888 1.083862944 2 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.00000216 1 0.169281299 1 0.000130906 1 6.74E-25 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 22821054 A C NCAM2 CCDS42910.1 r.? - - intronic 41 0 0 56 24 42.9 29 2 6.9 109 49 45 171 65 38 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 13 7 25 11 8 4 18 7 5 3 7 4 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 8.804714286 1.100589286 8 1.086935484 1.086935484 1 18.04230769 1.002350427 18 5.34893401 1.069786802 5 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 2.23E-40 1 0.009279585 1 3.77E-82 1 2.11E-102 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 23088035 G A - - - - - - 35 0 0 73 7 9.6 31 2 6.5 120 0 0 149 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 13 7 25 11 8 4 18 7 5 3 7 4 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.970285714 1.970285714 1 1.023924731 1.023924731 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 9 NA 1 1 9.54E-08 1 0.010558179 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 23219956 C T - - - - - - 38 0 0 85 7 8.2 25 1 4 145 0 0 157 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 13 7 25 11 8 4 18 7 5 3 7 4 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.682952381 1.682952381 1 0.630107527 NA 0 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.000000274 1 0.117779757 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 23219957 C T - - - - - - 39 0 0 83 7 8.4 24 1 4.2 144 0 0 156 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 13 7 25 11 8 4 18 7 5 3 7 4 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.724 1.724 1 0.661612903 NA 0 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.000000233 1 0.113346489 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 23301569 A T - - - - - - 27 0 0 77 8 10.4 37 2 5.4 130 0 0 116 26 22.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 13 7 25 11 8 4 18 7 5 3 7 4 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.13447619 1.067238095 2 0.850645161 0.850645161 1 0 0 1 3.153055838 1.051018613 3 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 6.05E-09 1 0.014826063 1 1 1 5.47E-35 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 23931354 C G - - - - - - 32 0 0 64 5 7.8 34 0 0 99 0 0 112 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 13 7 25 11 8 4 18 7 5 3 7 4 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.600857143 1.600857143 1 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.0000186 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 24035967 C T - - - - - - 36 0 0 70 22 31.4 32 6 18.8 117 41 35 125 63 50.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 13 7 25 11 8 4 18 7 5 3 7 4 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 6.44447619 1.074079365 6 2.961505376 0.987168459 3 14.03290598 1.002350427 14 7.094375635 1.013482234 7 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 1.63E-33 1 1.27E-08 1 1.97E-63 1 2.41E-109 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 24095889 C T - - - - - - 32 0 0 59 10 16.9 26 8 30.8 120 13 10.8 141 48 34 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 13 7 25 11 8 4 18 7 5 3 7 4 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 3.46852381 0.867130952 4 4.851827957 1.212956989 4 4.330153846 1.082538462 4 4.785888325 0.957177665 5 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 4.91E-13 1 5.63E-13 1 6.5E-14 1 2.97E-73 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 24201168 C G - - - - - - 31 0 0 68 4 5.9 26 0 0 108 2 1.9 114 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 13 7 25 11 8 4 18 7 5 3 7 4 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.210904762 1.210904762 1 0 NA 0 0.761786325 0.761786325 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000394372 1 1 1 0.102203269 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 24388678 C A - - - - - - 35 0 0 55 11 20 28 10 35.7 131 13 9.9 132 42 31.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 13 7 25 11 8 4 18 7 5 3 7 4 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 4.104761905 1.026190476 4 5.623709677 1.405927419 4 3.969307692 0.992326923 4 4.476213198 0.89524264 5 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 4.77E-15 1 1.18E-16 1 2.05E-13 1 7.84E-63 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 24564560 G A - - - - - - 45 0 0 61 5 8.2 30 0 0 127 1 0.8 132 1 0.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 13 7 25 11 8 4 18 7 5 3 7 4 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.682952381 1.682952381 1 0 NA 0 0.320752137 0.320752137 1 0.112609137 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.0000147 1 1 1 0.470907927 1 0.484003616 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 24587475 T A - - - - - - 35 0 0 73 4 5.5 36 0 0 127 2 1.6 142 7 4.9 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 13 7 25 11 8 4 18 7 5 3 7 4 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.128809524 1.128809524 1 0 NA 0 0.641504274 0.641504274 1 0.689730964 0.689730964 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000516741 1 1 1 0.133246152 1 0.00000862 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 25070438 T A - - - - - - 26 0 0 154 16 10.4 90 6 6.7 143 35 24.5 366 52 14.2 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 48 48 68 46 43 43 61 41 5 5 7 5 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 5.77447619 0.962412698 6 3.802430108 0.950607527 4 20.35803419 1.017901709 20 6.968812183 0.995544598 7 NA NA 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 1.7E-16 1 0.00000679 1 4.84E-48 1 2.61E-57 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 25306315 G C - - - - - - 29 0 0 254 14 5.5 147 8 5.4 127 6 4.7 564 27 4.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 48 48 68 46 43 43 61 41 5 5 7 5 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 3.053809524 1.017936508 3 3.064645161 1.021548387 3 3.905418803 0.976354701 4 2.355654822 1.177827411 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 7.38E-11 1 0.000000939 1 0.0000482 1 5.25E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 25373473 T G - - - - - - 39 0 0 242 15 6.2 140 9 6.4 312 37 11.9 615 63 10.2 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 48 48 68 46 43 43 61 41 5 5 7 5 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 3.44247619 0.860619048 4 3.632172043 0.908043011 4 9.888188034 0.988818803 10 5.005766497 1.001153299 5 NA NA 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 2.96E-12 1 4.75E-08 1 2.88E-38 1 6.7E-60 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 25383710 C G - - - - - - 33 0 0 209 12 5.7 106 9 8.5 186 15 8.1 507 49 9.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 48 48 68 46 43 43 61 41 5 5 7 5 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 3.164857143 1.054952381 3 4.823978495 0.964795699 5 6.730615385 0.961516484 7 4.760385787 0.952077157 5 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 1.03E-09 1 4.15E-09 1 6.47E-14 1 9.84E-46 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 25383839 C A - - - - - - 31 0 0 217 14 6.5 127 11 8.7 236 18 7.6 572 58 10.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 48 48 68 46 43 43 61 41 5 5 7 5 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 3.609047619 0.902261905 4 4.937483871 0.987496774 5 6.315145299 1.052524217 6 4.956690355 0.991338071 5 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 9.08E-12 1 6.38E-11 1 5.62E-16 1 5E-55 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 25427164 G A - - - - - - 34 0 0 221 15 6.8 114 8 7 275 11 4 552 27 4.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 3 0 0 TRUE FALSE 48 48 68 46 43 43 61 41 5 5 7 5 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 3.775619048 0.943904762 4 3.972688172 0.993172043 4 3.323760684 1.107920228 3 2.404730964 0.801576988 3 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 0 NA 0 8 NA 1 1 8.01E-13 1 0.000000134 1 0.000000203 1 3.07E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 25428120 G T - - - - - - 46 0 0 243 14 5.8 145 12 8.3 278 18 6.5 570 15 2.6 0 0 NA 3 2 66.7 0 0 NA 0 0 NA 6 0 0 TRUE FALSE 48 48 68 46 43 43 61 41 5 5 7 5 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 3.220380952 1.073460317 3 4.710473118 0.942094624 5 5.401111111 1.080222222 5 1.275979695 1.275979695 1 37.03438095 1.000929215 37 NA NA 1 NA NA 1 0 NA 0 8 NA 1 1 4.11E-11 0.0000748 1.49E-11 1 9.74E-15 1 0.000000316 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 25428893 G T - - - - - - 35 0 0 269 22 8.2 135 8 5.9 267 18 6.7 584 12 2.1 2 0 0 1 1 100 2 0 0 1 1 100 1 0 0 TRUE FALSE 48 48 68 46 43 43 61 41 5 5 7 5 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 4.552952381 0.910590476 5 3.348408602 1.116136201 3 5.567299145 0.927883191 6 1.030598985 1.030598985 1 55.52380952 1.291251384 43 0 0 1 83.09401709 1.362197002 61 0 NA 0 8 NA 1 1 7.66E-20 0.005 0.000000492 1 4.84E-15 0.005 0.000052 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 25429024 G A - - - - - - 24 0 0 198 20 10.1 117 8 6.8 253 15 5.9 504 24 4.8 3 0 0 1 1 100 2 0 0 0 0 NA 2 0 0 TRUE FALSE 48 48 68 46 43 43 61 41 5 5 7 5 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 5.607904762 0.934650794 6 3.859182796 0.964795699 4 4.902547009 0.980509402 5 2.355654822 1.177827411 2 55.52380952 1.291251384 43 0 0 1 NA NA 1 0 NA 0 8 NA 1 1 5.33E-20 0.005 0.000000164 1 5.58E-12 1 3.96E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 25429217 G T - - - - - - 34 0 0 267 22 8.2 148 6 4.1 250 19 7.6 587 24 4.1 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 48 48 68 46 43 43 61 41 5 5 7 5 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 4.552952381 0.910590476 5 2.326860215 1.163430108 2 6.315145299 1.052524217 6 2.012121827 1.006060914 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 6.52E-20 1 0.000112295 1 9.43E-17 1 1.12E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 25432073 C G - - - - - - 42 0 0 241 18 7.5 119 4 3.4 294 20 6.8 528 8 1.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 48 48 68 46 43 43 61 41 5 5 7 5 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 4.164285714 1.041071429 4 1.929591398 1.929591398 1 5.650393162 0.941732194 6 0.736142132 0.736142132 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 8.12E-16 1 0.003144426 1 1.28E-16 1 0.005686095 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 25432434 G T - - - - - - 35 0 0 249 17 6.8 136 8 5.9 271 19 7 554 15 2.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 48 48 68 46 43 43 61 41 5 5 7 5 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 3.775619048 0.943904762 4 3.348408602 1.116136201 3 5.816581197 0.969430199 6 1.325055838 1.325055838 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 2.23E-14 1 0.000000521 1 4.18E-16 1 0.000000221 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 25432438 G A - - - - - - 35 0 0 249 16 6.4 136 8 5.9 268 21 7.8 547 14 2.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 48 48 68 46 43 43 61 41 5 5 7 5 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 3.55352381 0.888380952 4 3.348408602 1.116136201 3 6.481333333 0.925904762 7 1.275979695 1.275979695 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 3.25E-13 1 0.000000521 1 1.26E-18 1 0.00000107 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 25540099 C T - - - - - - 28 0 0 261 184 70.5 127 97 76.4 278 178 64 562 437 77.8 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 48 48 68 46 43 43 61 41 5 5 7 5 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 39.14428571 1.003699634 39 43.35905376 1.008350088 43 53.18017094 1.003399452 53 38.18123858 1.004769436 38 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0 1 6.42E-195 1 0 1 0 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 25826013 G T - - - - - - 34 0 0 173 7 4 101 1 1 221 0 0 427 3 0.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 FALSE FALSE 48 48 68 46 43 43 61 41 5 5 7 5 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.220952381 1.11047619 2 0.567526882 0.567526882 1 0 0 1 0.343532995 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 1 1 0.0000308 1 0.397258416 1 1 1 0.35990125 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 26412405 T A - - - - - - 34 0 0 71 4 5.6 47 1 2.1 89 0 0 119 10 8.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 11 7 15 11.33431807 6 4 8 7 5 3 7 4 1 1 1 0.665681931 NA NA NA 7 NA NA NA 5 NA NA NA 0.334318069 1.037333333 1.037333333 1 0.330806452 NA 0 0 0 1 1.210478657 1.210478657 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.000464961 1 0.209895027 1 1 1 6.33E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 26809644 A C - - - - - - 33 0 0 71 5 7 23 2 8.7 96 6 6.2 122 9 7.4 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 11 7 15 11.33431807 6 4 8 7 5 3 7 4 1 1 1 0.665681931 NA NA NA 7 NA NA NA 5 NA NA NA 0.334318069 1.296666667 1.296666667 1 1.370483871 1.370483871 1 1.86582906 1.86582906 1 1.066374055 1.066374055 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.0000309 1 0.00589844 1 0.00000986 1 1.43E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 26928297 G C AL109616.1 ENST00000501838 r.? - - downstream 21 0 0 55 21 38.2 37 6 16.2 97 19 19.6 139 65 46.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 11 7 15 11.33431807 6 4 8 7 5 3 7 4 1 1 1 0.665681931 NA NA NA 7 NA NA NA 5 NA NA NA 0.334318069 7.076095238 1.179349206 6 2.551935484 0.850645161 3 5.89842735 0.983071225 6 6.744095374 1.011763754 6.665681931 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 3.41E-34 1 3.18E-08 1 9.19E-25 1 6.63E-110 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 26939008 G C AL109616.1 ENST00000501838 r.? - - upstream 35 0 0 66 5 7.6 34 2 5.9 103 0 0 132 10 7.6 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 11 7 15 11.33431807 6 4 8 7 5 3 7 4 1 1 1 0.665681931 NA NA NA 7 NA NA NA 5 NA NA NA 0.334318069 1.407809524 1.407809524 1 0.929408602 0.929408602 1 0 0 1 1.095194975 1.095194975 1 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.0000217 1 0.012612579 1 1 1 1.75E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 27255593 A T APP CCDS33523.1 r.? - - intronic 29 0 0 72 4 5.6 44 1 2.3 45 2 4.4 140 10 7.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 11 7 15 11.33431807 6 4 8 7 5 3 7 4 1 1 1 0.665681931 NA NA NA 7 NA NA NA 5 NA NA NA 0.334318069 1.037333333 1.037333333 1 0.362311828 NA 0 1.324136752 1.324136752 1 1.023142674 1.023142674 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.000490365 1 0.197923942 1 0.021467209 1 3.1E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 27255594 A T APP CCDS33523.1 r.? - - intronic 29 0 0 71 4 5.6 44 1 2.3 43 2 4.7 141 10 7.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 11 7 15 11.33431807 6 4 8 7 5 3 7 4 1 1 1 0.665681931 NA NA NA 7 NA NA NA 5 NA NA NA 0.334318069 1.037333333 1.037333333 1 0.362311828 NA 0 1.414418803 1.414418803 1 1.023142674 1.023142674 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000464961 1 0.197923942 1 0.019709573 1 3.32E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 27285802 G C APP CCDS33523.1 r.? - - intronic 42 0 0 88 34 38.6 41 15 36.6 94 26 27.7 140 77 55 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 11 7 15 11.33431807 6 4 8 7 5 3 7 4 1 1 1 0.665681931 NA NA NA 7 NA NA NA 5 NA NA NA 0.334318069 7.150190476 1.191698413 6 5.765483871 1.441370968 4 8.336042735 1.042005342 8 7.92575311 1.132250444 7 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 1.22E-54 1 1.71E-24 1 1.17E-37 1 2.27E-137 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 27951386 G A - - - - - - 31 0 0 63 6 9.5 27 3 11.1 67 1 1.5 119 10 8.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 11 7 15 10 6 4 8 5 5 3 7 5 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.759761905 1.759761905 1 1.748548387 1.748548387 1 0.451410256 0.451410256 1 1.098395939 1.098395939 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000000832 1 0.000334187 1 0.285262761 1 6.33E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 28399244 G C - - - - - - 39 0 0 59 6 10.2 24 2 8.3 95 0 0 110 9 8.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 11 7 15 10 6 4 8 5 5 3 7 5 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.889428571 1.889428571 1 1.307473118 1.307473118 1 0 0 1 1.072243655 1.072243655 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.000000561 1 0.006413403 1 1 1 5.76E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 28574317 C G - - - - - - 33 0 0 81 4 4.9 27 2 7.4 116 0 0 122 8 6.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 TRUE FALSE 11 7 15 10 6 4 8 5 5 3 7 5 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.907666667 0.907666667 1 1.165698925 1.165698925 1 0 0 1 0.863025381 0.863025381 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 0 NA 0 6 NA 1 1 0.000765256 1 0.00807567 1 1 1 0.000000227 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 28891730 T C - - - - - - 29 0 0 59 6 10.2 24 2 8.3 74 0 0 105 7 6.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 TRUE FALSE 11 7 15 10 6 4 8 5 5 3 7 5 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.889428571 1.889428571 1 1.307473118 1.307473118 1 0 0 1 0.876101523 0.876101523 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 0 NA 0 6 NA 1 1 0.000000561 1 0.006413403 1 1 1 0.00000116 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 29310437 C T - - - - - - 39 0 0 58 8 13.8 39 0 0 67 0 0 121 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 11 7 15 10 6 4 8 5 5 3 7 5 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.556285714 0.852095238 3 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 5.99E-10 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 30912791 G A GRIK1 CCDS33530.1 r.? - - intronic 29 0 0 62 15 24.2 34 3 8.8 79 6 7.6 101 14 13.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 11 7 15 10 6 4 8 5 5 3 7 5 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 4.482761905 0.896552381 5 1.386236559 1.386236559 1 2.287145299 1.14357265 2 1.817583756 0.908791878 2 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 2.28E-21 1 0.000666058 1 0.00000318 1 2.08E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 31099353 C G GRIK1 CCDS42913.1 r.? - - intronic 29 0 0 57 16 28.1 33 6 18.2 82 10 12.2 119 48 40.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 11 7 15 10 6 4 8 5 5 3 7 5 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 5.205190476 1.041038095 5 2.866989247 0.955663082 3 3.671470085 0.917867521 4 5.269685279 1.053937056 5 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 7.28E-24 1 1.54E-08 1 1.51E-11 1 1.32E-77 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 31152666 C A GRIK1 CCDS42913.1 r.? - - intronic 29 0 0 60 11 18.3 32 5 15.6 92 23 25 120 46 38.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 2 100 TRUE FALSE 11 7 15 10 6 4 8 5 5 3 7 5 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 3.389857143 1.129952381 3 2.457419355 0.819139785 3 7.523504274 0.940438034 8 5.008162437 1.001632487 5 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 13.07614213 2.615228426 5 8 NA 1 1 1.34E-14 1 0.000000562 1 2.41E-32 1 3.63E-73 0.000025 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 31337172 G A - - - - - - 31 0 0 59 19 32.2 34 9 26.5 96 20 20.8 124 53 42.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 11 7 15 10 6 4 8 5 5 3 7 5 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 5.964666667 0.994111111 6 4.174462366 1.043615591 4 6.259555556 1.043259259 6 5.58351269 1.116702538 5 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 2.2E-29 1 9.15E-14 1 1.43E-26 1 3.24E-87 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 33167953 T C - - - - - - 28 0 0 42 7 16.7 16 2 12.5 47 2 4.3 81 13 16 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 6 4 5.457182397 5 5 4 4 0 1 0 1 1 1 1 0.542817603 NA NA NA 5 NA NA NA 1 NA NA NA 0.457182397 2.09147619 1.045738095 2 1.844086022 1.844086022 1 0.821042735 0.821042735 1 1.365331925 1.365331925 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 1.81E-09 1 0.002863359 1 0.02328732 1 3.34E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 35240116 C T ITSN1 CCDS33545.1 r.? - - intronic 30 0 0 31 12 38.7 25 6 24 17 1 5.9 78 40 51.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 6 4 5.457182397 5 5 4 4 0 1 0 1 1 1 1 0.542817603 NA NA NA 5 NA NA NA 1 NA NA NA 0.457182397 4.846714286 0.969342857 5 3.540645161 0.88516129 4 1.126547009 NA 0 4.377595483 0.98214412 4.457182397 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 3.16E-20 1 2.55E-09 1 0.081683532 1 2E-70 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 35625458 G A - - - - - - 38 0 0 52 19 36.5 29 10 34.5 70 13 18.6 75 33 44 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 6 4 5.457182397 5 5 4 4 0 1 0 1 1 1 1 0.542817603 NA NA NA 5 NA NA NA 1 NA NA NA 0.457182397 4.571190476 0.914238095 5 5.089677419 1.017935484 5 3.551487179 0.887871795 4 3.754662793 0.938665698 4 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 1.24E-30 1 1.79E-16 1 4.44E-17 1 1.93E-55 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 36655187 C T - - - - - - 29 0 0 39 16 41 28 8 28.6 59 11 18.6 74 43 58.1 2 0 0 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 1 0 0 TRUE FALSE 5 6 4 5.457182397 5 5 4 4 0 1 0 1 1 1 1 0.542817603 NA NA NA 5 NA NA NA 1 NA NA NA 0.457182397 5.134761905 1.026952381 5 4.219268817 1.054817204 4 3.551487179 0.887871795 4 4.957861551 1.112330865 4.457182397 NA NA 0 0 0 1 NA NA 0 0 NA 0 8 NA 1 1 5.16E-27 1 1.11E-12 1 1.1E-14 1 6.5E-79 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 38663790 G A - - - - - - 28 0 0 44 5 11.4 22 3 13.6 33 0 0 79 8 10.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA FALSE FALSE 5 6 4 5.457182397 5 5 4 4 0 1 0 1 1 1 1 0.542817603 NA NA NA 5 NA NA NA 1 NA NA NA 0.457182397 1.427714286 1.427714286 1 2.006365591 2.006365591 1 0 NA 0 0.861865777 0.861865777 1 NA NA 0 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.00000288 1 0.000179267 1 1 1 7.43E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 38718454 G A - - - - - - 27 0 0 58 5 8.6 31 1 3.2 66 0 0 86 12 14 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 6 4 5.457182397 5 5 4 4 0 1 0 1 1 1 1 0.542817603 NA NA NA 5 NA NA NA 1 NA NA NA 0.457182397 1.077047619 1.077047619 1 0.472086022 0.472086022 1 0 NA 0 1.194665434 1.194665434 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.0000115 1 0.143917729 1 1 1 2.65E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 41922481 C T DSCAM CCDS42929.1 r.? - - intronic 32 0 0 37 21 56.8 23 6 26.1 53 10 18.9 78 40 51.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 8 12 5 4 5 7 4 0 3 5 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 6.54552381 1.636380952 4 4.372451613 1.093112903 4 5.120769231 1.024153846 5 4.143060914 1.035765228 4 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 5.69E-39 1 1.47E-09 1 1.57E-13 1 2E-70 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 42083757 G T DSCAM CCDS42929.1 r.? - - intronic 21 0 0 64 5 7.8 42 2 4.8 81 0 0 107 5 4.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 10 8 12 9.678637329 5 5 7 5 5 3 5 4 1 1 1 0.321362671 NA NA NA 5 NA NA NA 5 NA NA NA 0.678637329 1.366857143 1.366857143 1 0.804129032 0.804129032 1 0 0 1 0.599474635 0.599474635 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.0000186 1 0.018854633 1 1 1 0.000217575 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 42177310 T A DSCAM CCDS42929.1 r.? - - intronic 18 0 0 76 4 5.3 29 1 3.4 73 0 0 101 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 10 8 12 9.678637329 5 5 7 5 5 3 5 4 1 1 1 0.321362671 NA NA NA 5 NA NA NA 5 NA NA NA 0.678637329 0.928761905 0.928761905 1 0.569591398 NA 0 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.00060191 1 0.135292269 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 42507058 C T - - - - - - 28 0 0 54 6 11.1 32 0 0 73 0 0 109 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 10 8 12 9.678637329 5 5 7 5 5 3 5 4 1 1 1 0.321362671 NA NA NA 5 NA NA NA 5 NA NA NA 0.678637329 1.945142857 1.945142857 1 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000000329 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 43593814 A G - - - - - - 28 0 0 45 5 11.1 34 4 11.8 68 0 0 76 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.718079999 3 4.575180096 5.524706425 4 3 0 4 0 0 0 1 1.281920001 1 -3.575180096 0.475293575 4 NA 1 5 1 NA 0 1 -0.281920001 NA 4.575180096 0.524706425 1.247849737 1.247849737 1 1.386817204 1.386817204 1 0 NA 0 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.00000323 1 0.0000257 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 45893063 C T - - - - - - 31 0 0 32 13 40.6 29 9 31 56 12 21.4 79 39 49.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.718079999 3 4.575180096 5.524706425 4 3 0 4 0 0 0 1 1.281920001 1 -3.575180096 0.475293575 4 NA 1 5 1 NA 0 1 -0.281920001 NA 4.575180096 0.524706425 4.564207146 1.065925367 4.281920001 3.643333333 1.214444444 3 4.209208199 0.920009292 4.575180096 4.248819187 0.939026489 4.524706425 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 3.88E-22 1 1.79E-14 1 1.11E-16 1 8.04E-68 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 47254875 G A PCBP3 CCDS42974.2 r.? - - intronic 33 0 0 25 5 20 15 0 0 10 0 0 81 13 16 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.718079999 3 4.575180096 5.524706425 4 3 0 4 0 0 0 1 1.281920001 1 -3.575180096 0.475293575 4 NA 1 5 1 NA 0 1 -0.281920001 NA 4.575180096 0.524706425 2.248377905 2.248377905 1 0 0 1 0 NA 0 1.376135769 1.376135769 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.000000153 1 1 1 1 1 3.34E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 22 16121993 C T - - - - - - 22 0 0 29 6 20.7 16 2 12.5 29 7 24.1 28 5 17.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.669744295 3 1 4 2 2 1 2 1 1 0 2 0.330255705 1 1 1 2 NA NA NA 2 NA NA NA 0.669744295 NA NA NA 2.317065641 1.15853282 2 1.469086022 1.469086022 1 3.87865812 3.87865812 1 1.266629442 1.266629442 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 6.72E-09 1 0.002863359 1 1.11E-10 1 0.000000279 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 22 16137331 G A - - - - - - 37 0 0 52 5 9.6 36 6 16.7 71 3 4.2 69 8 11.6 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.669744295 3 1 4 2 2 1 2 1 1 0 2 0.330255705 1 1 1 2 NA NA NA 2 NA NA NA 0.669744295 NA NA NA 1.074581167 1.074581167 1 1.962698925 1.962698925 1 0.675948718 0.675948718 1 0.820832487 0.820832487 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.00000668 1 2.68E-08 1 0.00554578 1 2.49E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 22 16899266 T A - - - - - - 48 0 0 45 4 8.9 34 1 2.9 60 0 0 87 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.669744295 3 1 4 2 2 1 2 1 1 0 2 0.330255705 1 1 1 2 NA NA NA 2 NA NA NA 0.669744295 NA NA NA 0.99622629 0.99622629 1 0.340827957 0.340827957 1 0 NA 0 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.0000791 1 0.156694864 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 22 17095102 C T - - - - - - 33 0 0 37 6 16.2 17 2 11.8 30 1 3.3 59 5 8.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.669744295 3 1 4 2 2 1 2 1 1 0 2 0.330255705 1 1 1 2 NA NA NA 2 NA NA NA 0.669744295 NA NA NA 1.813355719 1.813355719 1 1.386817204 1.386817204 1 0.531102564 NA 0 0.601472081 0.601472081 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 3.18E-08 1 0.003234386 1 0.139615808 1 0.0000125 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 22 17463840 G A GAB4 CCDS42976.1 r.? - - intronic 16 0 0 33 5 15.2 16 4 25 41 2 4.9 45 9 20 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.669744295 3 1 4 2 2 1 2 1 1 0 2 0.330255705 1 1 1 2 NA NA NA 2 NA NA NA 0.669744295 NA NA NA 1.70142018 1.70142018 1 2.938172043 1.469086022 2 0.788606838 0.788606838 1 1.415228426 1.415228426 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.00000066 1 0.00000108 1 0.018015855 1 1.47E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 22 18995254 C T - - - - - - 29 0 0 28 11 39.3 20 2 10 29 5 17.2 60 14 23.3 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.669744295 3 1 4 2 2 1 2 1 1 0 2 0.330255705 1 1 1 2 NA NA NA 2 NA NA NA 0.669744295 NA NA NA 4.399066651 2.199533325 2 1.175268817 1.175268817 1 2.76817094 2.76817094 1 1.648741117 0.824370558 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 9.7E-19 1 0.004473894 1 0.000000336 1 8.54E-20 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 22 19039696 G A DGCR2 CCDS33598.1 r.? - - intronic 28 0 0 44 5 11.4 20 1 5 50 0 0 53 13 24.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.669744295 3 1 4 2 2 1 2 1 1 0 2 0.330255705 1 1 1 2 NA NA NA 2 NA NA NA 0.669744295 NA NA NA 1.276065135 1.276065135 1 0.587634409 0.587634409 1 0 NA 0 1.733654822 0.866827411 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.00000288 1 0.09538952 1 1 1 8.53E-19 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 22 19590143 G T - - - - - - 34 0 0 37 7 18.9 23 3 13 74 13 17.6 73 21 28.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.669744295 3 1 4 2 2 1 2 1 1 0 2 0.330255705 1 1 1 2 NA NA NA 2 NA NA NA 0.669744295 NA NA NA 2.115581672 1.057790836 2 1.527849462 1.527849462 1 2.832547009 2.832547009 1 2.037928934 1.018964467 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 7.05E-10 1 0.000205387 1 9.62E-17 1 4.03E-31 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 22 23693037 C A - - - - - - 38 0 0 38 7 18.4 24 4 16.7 45 0 0 57 11 19.3 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.669744295 3 1 4 2 2 1 2 1 1 0 2 0.330255705 1 1 1 2 NA NA NA 2 NA NA NA 0.669744295 NA NA NA 2.059613903 1.029806951 2 1.962698925 1.962698925 1 0 NA 0 1.365695431 1.365695431 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 8.61E-10 1 0.00000613 1 1 1 7.29E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 22 24686058 C G CYTSA CCDS33619.1 r.? - - intronic 30 0 0 50 7 14 22 3 13.6 74 11 14.9 67 17 25.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.669744295 3 1 4 2 2 1 2 1 1 0 2 0.330255705 1 1 1 2 NA NA NA 2 NA NA NA 0.669744295 NA NA NA 1.567097535 1.567097535 1 1.598365591 1.598365591 1 2.398008547 2.398008547 1 1.797340102 0.898670051 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 6.46E-09 1 0.000179267 1 1.53E-13 1 2.03E-24 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 22 25685888 A T - - - - - - 27 0 0 32 5 15.6 14 0 0 44 0 0 32 6 18.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.669744295 3 1 4 2 2 1 2 1 1 0 2 0.330255705 1 1 1 2 NA NA NA 2 NA NA NA 0.669744295 NA NA NA 1.746194396 1.746194396 1 0 0 1 0 NA 0 1.330314721 1.330314721 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.000000562 1 1 1 1 1 1.27E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 22 28034257 A G - - - - - - 28 0 0 36 6 16.7 21 3 14.3 32 0 0 48 2 4.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.669744295 3 1 4 2 2 1 2 1 1 0 2 0.330255705 1 1 1 2 NA NA NA 2 NA NA NA 0.669744295 NA NA NA 1.869323488 1.869323488 1 1.680634409 1.680634409 1 0 NA 0 0.29719797 0.29719797 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 2.68E-08 1 0.000155401 1 1 1 0.024220359 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 22 28631420 A G TTC28 CCDS46678.1 r.? - - intronic 37 0 0 37 5 13.5 19 1 5.3 62 4 6.5 70 18 25.7 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.669744295 3 1 4 2 2 1 2 1 1 0 2 0.330255705 1 1 1 2 NA NA NA 2 NA NA NA 0.669744295 NA NA NA 1.511129766 1.511129766 1 0.622892473 0.622892473 1 1.046111111 1.046111111 1 1.818568528 0.909284264 2 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.00000119 1 0.090843738 1 0.000276647 1 6.91E-26 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 22 31800659 G A DRG1 CCDS13897.1 r.? - - intronic 31 0 0 50 7 14 23 4 17.4 49 0 0 61 6 9.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.669744295 3 1 4 2 2 1 2 1 1 0 2 0.330255705 1 1 1 2 NA NA NA 2 NA NA NA 0.669744295 NA NA NA 1.567097535 1.567097535 1 2.044967742 2.044967742 1 0 NA 0 0.693461929 0.693461929 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 6.46E-09 1 0.00000513 1 1 1 0.000000685 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 22 32755478 T C RFPL3 CCDS43011.1 r.? - - intronic 26 0 0 40 5 12.5 20 2 10 65 1 1.5 62 8 12.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.669744295 3 1 4 2 2 1 2 1 1 0 2 0.330255705 1 1 1 2 NA NA NA 2 NA NA NA 0.669744295 NA NA NA 1.399194227 1.399194227 1 1.175268817 1.175268817 1 0.241410256 NA 0 0.912822335 0.912822335 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.00000178 1 0.004473894 1 0.278061424 1 1.04E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 22 32773038 G A - - - - - - 38 0 0 36 4 11.1 12 0 0 36 0 0 86 11 12.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.669744295 3 1 4 2 2 1 2 1 1 0 2 0.330255705 1 1 1 2 NA NA NA 2 NA NA NA 0.669744295 NA NA NA 1.242484474 1.242484474 1 0 0 1 0 NA 0 0.905746193 0.905746193 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.0000324 1 1 1 1 1 8.47E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 22 32879165 T A FBXO7 CCDS13907.1 r.? - - intronic 39 0 0 41 10 24.4 23 1 4.3 84 0 0 65 14 21.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.669744295 3 1 4 2 2 1 2 1 1 0 2 0.330255705 1 1 1 2 NA NA NA 2 NA NA NA 0.669744295 NA NA NA 2.731227132 1.365613566 2 0.505365591 0.505365591 1 0 NA 0 1.521370558 1.521370558 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 9.51E-15 1 0.108890944 1 1 1 2.93E-19 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 22 34496958 C G - - - - - - 34 0 0 49 6 12.2 24 0 0 71 5 7 65 12 18.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.669744295 3 1 4 2 2 1 2 1 1 0 2 0.330255705 1 1 1 2 NA NA NA 2 NA NA NA 0.669744295 NA NA NA 1.365613566 1.365613566 1 0 0 1 1.126581197 1.126581197 1 1.309086294 1.309086294 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000000182 1 1 1 0.0000309 1 7.7E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 22 34579261 G C - - - - - - 29 0 0 41 4 9.8 25 3 12 54 0 0 63 8 12.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.669744295 3 1 4 2 2 1 2 1 1 0 2 0.330255705 1 1 1 2 NA NA NA 2 NA NA NA 0.669744295 NA NA NA 1.096968274 1.096968274 1 1.410322581 1.410322581 1 0 NA 0 0.898670051 0.898670051 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.0000546 1 0.00026475 1 1 1 1.18E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 22 34678653 C T - - - - - - 31 0 0 30 6 20 16 0 0 64 3 4.7 54 5 9.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.669744295 3 1 4 2 2 1 2 1 1 0 2 0.330255705 1 1 1 2 NA NA NA 2 NA NA NA 0.669744295 NA NA NA 2.238710764 1.119355382 2 0 0 1 0.756418803 0.756418803 1 0.658081218 0.658081218 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 8.37E-09 1 1 1 0.004148608 1 0.00000806 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 22 35184930 A G - - - - - - 34 0 0 46 6 13 21 2 9.5 25 3 12 50 4 8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.669744295 3 1 4 2 2 1 2 1 1 0 2 0.330255705 1 1 1 2 NA NA NA 2 NA NA NA 0.669744295 NA NA NA 1.455161996 1.455161996 1 1.116505376 1.116505376 1 1.931282051 1.931282051 1 0.566091371 0.566091371 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000000123 1 0.004928472 1 0.00026475 1 0.000119787 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 22 35190951 T G - - - - - - 28 0 0 33 4 12.1 16 2 12.5 71 2 2.8 50 4 8 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.669744295 3 1 4 2 2 1 2 1 1 0 2 0.330255705 1 1 1 2 NA NA NA 2 NA NA NA 0.669744295 NA NA NA 1.354420012 1.354420012 1 1.469086022 1.469086022 1 0.450632479 0.450632479 1 0.566091371 0.566091371 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.0000228 1 0.002863359 1 0.04950591 1 0.000119787 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 22 35930268 A C - - - - - - 34 0 0 41 4 9.8 15 0 0 63 4 6.3 54 11 20.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.669744295 3 1 4 2 2 1 2 1 1 0 2 0.330255705 1 1 1 2 NA NA NA 2 NA NA NA 0.669744295 NA NA NA 1.096968274 1.096968274 1 0 0 1 1.013923077 1.013923077 1 1.443532995 1.443532995 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.0000546 1 1 1 0.000294233 1 3.84E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 22 35993206 A T - - - - - - 23 0 0 42 4 9.5 15 1 6.7 41 1 2.4 65 12 18.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.669744295 3 1 4 2 2 1 2 1 1 0 2 0.330255705 1 1 1 2 NA NA NA 2 NA NA NA 0.669744295 NA NA NA 1.063387613 1.063387613 1 0.787430108 0.787430108 1 0.38625641 NA 0 1.309086294 1.309086294 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.0000601 1 0.072431031 1 0.18577148 1 7.7E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 22 37619997 G A RAC2 CCDS13945.1 r.? - - downstream 20 0 0 40 8 20 14 1 7.1 57 8 14 53 6 11.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.669744295 3 1 4 2 2 1 2 1 1 0 2 0.330255705 1 1 1 2 NA NA NA 2 NA NA NA 0.669744295 NA NA NA 2.238710764 1.119355382 2 0.83444086 0.83444086 1 2.253162393 2.253162393 1 0.799604061 0.799604061 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 2.61E-11 1 0.067769881 1 5.19E-10 1 0.000000293 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 22 38604541 C T MAFF CCDS13968.1 r.? - - intronic 31 0 0 35 6 17.1 20 4 20 22 1 4.5 71 19 26.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.669744295 3 1 4 2 2 1 2 1 1 0 2 0.330255705 1 1 1 2 NA NA NA 2 NA NA NA 0.669744295 NA NA NA 1.914097703 1.914097703 1 2.350537634 2.350537634 1 0.724230769 NA 0 1.896406091 0.948203046 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 2.24E-08 1 0.00000284 1 0.104413009 1 1.29E-27 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 22 38769303 T C CSNK1E CCDS13970.1 r.? - - intronic 34 0 0 45 5 11.1 24 11 45.8 69 7 10.1 63 24 38.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.669744295 3 1 4 2 2 1 2 1 1 0 2 0.330255705 1 1 1 2 NA NA NA 2 NA NA NA 0.669744295 NA NA NA 1.242484474 1.242484474 1 5.382731183 2.691365591 2 1.625495726 1.625495726 1 2.696010152 1.348005076 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.00000323 1 1.15E-19 1 6.43E-08 1 7.74E-39 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 22 40462543 T C TNRC6B CCDS46712.1 r.? - - intronic 33 0 0 44 10 22.7 25 2 8 69 13 18.8 63 22 34.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.669744295 3 1 4 2 2 1 2 1 1 0 2 0.330255705 1 1 1 2 NA NA NA 2 NA NA NA 0.669744295 NA NA NA 2.540936717 1.270468358 2 0.940215054 0.940215054 1 3.025675214 3.025675214 1 2.469573604 1.234786802 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 2.08E-14 1 0.006948068 1 3.64E-17 1 1.03E-34 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 22 40559011 A C TNRC6B CCDS46712.1 r.? - - intronic 32 0 0 42 6 14.3 20 1 5 61 0 0 72 1 1.4 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.669744295 3 1 4 2 2 1 2 1 1 0 2 0.330255705 1 1 1 2 NA NA NA 2 NA NA NA 0.669744295 NA NA NA 1.600678196 1.600678196 1 0.587634409 0.587634409 1 0 NA 0 0.09906599 0.09906599 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 7.02E-08 1 0.09538952 1 1 1 0.302953399 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 22 40574470 C G TNRC6B CCDS46713.1 r.? - - intronic 27 0 0 44 7 15.9 20 0 0 69 0 0 63 9 14.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.669744295 3 1 4 2 2 1 2 1 1 0 2 0.330255705 1 1 1 2 NA NA NA 2 NA NA NA 0.669744295 NA NA NA 1.779775057 1.779775057 1 0 0 1 0 NA 0 1.011888325 1.011888325 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 2.55E-09 1 1 1 1 1 3.62E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 22 41693070 C T ZC3H7B CCDS14013.1 r.? - - upstream 45 0 0 33 5 15.2 25 2 8 59 0 0 55 7 12.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.669744295 3 1 4 2 2 1 2 1 1 0 2 0.330255705 1 1 1 2 NA NA NA 2 NA NA NA 0.669744295 NA NA NA 1.70142018 1.70142018 1 0.940215054 0.940215054 1 0 NA 0 0.898670051 0.898670051 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.00000066 1 0.006948068 1 1 1 1.28E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 22 42929204 G A - - - - - - 29 0 0 44 11 25 29 2 6.9 32 3 9.4 67 19 28.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.669744295 3 1 4 2 2 1 2 1 1 0 2 0.330255705 1 1 1 2 NA NA NA 2 NA NA NA 0.669744295 NA NA NA 2.798388455 1.399194227 2 0.810935484 0.810935484 1 1.512837607 1.512837607 1 2.009624365 1.004812183 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 3.22E-16 1 0.009279585 1 0.000556213 1 3.67E-28 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 22 44242292 C A SULT4A1 CCDS14051.1 r.? - - intronic 36 0 0 40 5 12.5 21 1 4.8 41 6 14.6 63 11 17.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.669744295 3 1 4 2 2 1 2 1 1 0 2 0.330255705 1 1 1 2 NA NA NA 2 NA NA NA 0.669744295 NA NA NA 1.399194227 1.399194227 1 0.564129032 0.564129032 1 2.349726496 2.349726496 1 1.238324873 1.238324873 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.00000178 1 0.099912572 1 6.05E-08 1 2.37E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 22 44588460 G A PARVG CCDS14057.1 r.? - - intronic 32 0 0 31 4 12.9 15 4 26.7 11 2 18.2 73 21 28.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.669744295 3 1 4 2 2 1 2 1 1 0 2 0.330255705 1 1 1 2 NA NA NA 2 NA NA NA 0.669744295 NA NA NA 1.443968443 1.443968443 1 3.137967742 1.568983871 2 2.929111111 2.929111111 1 2.037928934 1.018964467 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.0000177 1 0.000000816 1 0.001334363 1 4.03E-31 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 22 44872325 G C - - - - - - 31 0 0 44 5 11.4 24 0 0 70 0 0 68 16 23.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.669744295 3 1 4 2 2 1 2 1 1 0 2 0.330255705 1 1 1 2 NA NA NA 2 NA NA NA 0.669744295 NA NA NA 1.276065135 1.276065135 1 0 0 1 0 NA 0 1.662893401 0.831446701 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.00000288 1 1 1 1 1 1.75E-22 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 22 46272547 G A - - - - - - 32 0 0 20 4 20 18 3 16.7 6 1 16.7 51 17 33.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.669744295 3 1 4 2 2 1 2 1 1 0 2 0.330255705 1 1 1 2 NA NA NA 2 NA NA NA 0.669744295 NA NA NA 2.238710764 2.238710764 1 1.962698925 1.962698925 1 2.687700855 2.687700855 1 2.35635533 1.178177665 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.00000284 1 0.0000964 1 0.029627491 1 9.59E-27 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 960865 A C - - - - - - 39 0 0 42 5 11.9 16 3 18.8 85 0 0 101 12 11.9 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5.599105779 4 8 6.230193471 3 3 5 3 2 1 3 3 0.400894221 1 1 0.769806529 4 NA NA 4 2 NA NA 3 0.599105779 NA NA 0.230193471 1.561626921 1.561626921 1 2.397505376 2.397505376 1 0 0 1 1.107453937 1.107453937 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.00000228 1 0.0000667 1 1 1 1.93E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 1534378 T A - - - - - - 29 0 0 39 4 10.3 20 0 0 72 0 0 74 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5.599105779 4 8 6.230193471 3 3 5 3 2 1 3 3 0.400894221 1 1 0.769806529 4 NA NA 4 2 NA NA 3 0.599105779 NA NA 0.230193471 1.351660276 1.351660276 1 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.0000447 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 1878661 A T - - - - - - 33 0 0 46 5 10.9 32 4 12.5 87 7 8 76 6 7.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5.599105779 4 8 6.230193471 3 3 5 3 2 1 3 3 0.400894221 1 1 0.769806529 4 NA NA 4 2 NA NA 3 0.599105779 NA NA 0.230193471 1.430397768 1.430397768 1 1.594086022 1.594086022 1 1.847521368 1.847521368 1 0.735200513 0.735200513 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.00000361 1 0.0000201 1 0.000000322 1 0.00000253 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 1956327 A T - - - - - - 34 0 0 46 4 8.7 30 1 3.3 75 5 6.7 84 11 13.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5.599105779 4 8 6.230193471 3 3 5 3 2 1 3 3 0.400894221 1 1 0.769806529 4 NA NA 4 2 NA NA 3 0.599105779 NA NA 0.230193471 1.141693631 1.141693631 1 0.42083871 NA 0 1.547299145 1.547299145 1 1.219129964 1.219129964 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.0000862 1 0.139615808 1 0.0000403 1 6.49E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 2200458 C G CNTN4 CCDS43041.1 r.? - - intronic 34 0 0 42 4 9.5 29 1 3.4 65 0 0 68 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5.599105779 4 8 6.230193471 3 3 5 3 2 1 3 3 0.400894221 1 1 0.769806529 4 NA NA 4 2 NA NA 3 0.599105779 NA NA 0.230193471 1.246676954 1.246676954 1 0.433591398 NA 0 0 0 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.0000601 1 0.135292269 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 3565887 A G - - - - - - 30 0 0 49 5 10.2 23 1 4.3 100 0 0 66 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5.599105779 4 8 6.230193471 3 3 5 3 2 1 3 3 0.400894221 1 1 0.769806529 4 NA NA 4 2 NA NA 3 0.599105779 NA NA 0.230193471 1.338537361 1.338537361 1 0.548365591 NA 0 0 0 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.00000496 1 0.108890944 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 4810509 C T ITPR1 CCDS46740.1 r.? - - intronic 31 0 0 39 6 15.4 24 0 0 21 0 0 76 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5.599105779 4 8 5 3 3 5 3 2 1 3 2 0.400894221 1 1 1 4 NA NA NA 2 NA NA NA 0.599105779 NA NA NA 2.020928957 2.020928957 1 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 4.43E-08 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 6875409 G T GRM7 ENST00000448328 r.? - - intronic 29 0 0 52 5 9.6 33 3 9.1 54 1 1.9 65 8 12.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.641082306 4 3 3 3 4 3 3 0 0 0 0 0.358917694 1 1 1 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 1.071829616 1.071829616 1 1.160494624 1.160494624 1 0.343786325 0.343786325 1 0.747365482 0.747365482 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.00000668 1 0.000609557 1 0.237137336 1 1.53E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 7423008 C A GRM7 CCDS43042.1 r.? - - intronic 35 0 0 40 5 12.5 16 0 0 74 1 1.4 57 7 12.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.641082306 4 3 3 3 4 3 3 0 0 0 0 0.358917694 1 1 1 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 1.395611479 1.395611479 1 0 0 1 0.253316239 0.253316239 1 0.747365482 0.747365482 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.00000178 1 1 1 0.309906439 1 1.66E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 7638507 G A GRM7 CCDS43042.1 r.? - - intronic 32 0 0 48 7 14.6 21 2 9.5 76 2 2.6 40 11 27.5 0 0 NA 0 0 NA 4 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.641082306 4 3 3 3 4 3 3 0 0 0 0 0.358917694 1 1 1 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 1.630074207 1.630074207 1 1.211505376 1.211505376 1 0.470444444 0.470444444 1 1.670939086 0.835469543 2 NA NA 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 4.81E-09 1 0.004928472 1 0.055865747 1 9.88E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 8018483 G T - - - - - - 26 0 0 38 5 13.2 38 8 21.1 39 2 5.1 56 16 28.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.641082306 4 3 3 3 4 3 3 0 0 0 0 0.358917694 1 1 1 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 1.473765722 1.473765722 1 2.690817204 0.896939068 3 0.922794872 0.922794872 1 1.73777665 0.868888325 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.00000137 1 1.67E-11 1 0.016387522 1 5.26E-24 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 8723310 C T C3orf32 CCDS2568.1 r.? - - intronic 31 0 0 26 5 19.2 13 3 23.1 5 0 0 61 5 8.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.641082306 4 3 3 3 4 3 3 0 0 0 0 0.358917694 1 1 1 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 2.143659231 2.143659231 1 2.945870968 2.945870968 1 0 0 1 0.498243655 0.498243655 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000000188 1 0.0000344 1 1 1 0.0000147 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 10476958 C G ATP2B2 CCDS2601.1 r.? - - intronic 24 0 0 35 4 11.4 24 1 4.2 22 0 0 48 9 18.8 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.641082306 4 3 3 3 4 3 3 0 0 0 0 0.358917694 1 1 1 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 1.272797669 1.272797669 1 0.535612903 0.535612903 1 0 0 1 1.142314721 1.142314721 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.0000289 1 0.113346489 1 1 1 2.75E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 10937459 C T SLC6A11 CCDS2602.1 r.? - - intronic 35 0 0 39 12 30.8 22 9 40.9 52 7 13.5 62 34 54.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.641082306 4 3 3 3 4 3 3 0 0 0 0 0.358917694 1 1 1 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 3.438786684 0.944440799 3.641082306 5.215849462 1.303962366 4 2.442692308 0.814230769 3 3.329725888 1.109908629 3 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 8.43E-19 1 9.16E-16 1 8.58E-09 1 1.78E-61 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 13598506 C T FBLN2 CCDS46761.1 r.? - - intronic 24 0 0 45 5 11.1 33 4 12.1 17 1 5.9 60 14 23.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.641082306 4 3 3 3 4 3 3 0 0 0 0 0.358917694 1 1 1 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 1.239302993 1.239302993 1 1.543075269 1.543075269 1 1.067547009 1.067547009 1 1.415741117 1.415741117 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.00000323 1 0.0000228 1 0.081683532 1 8.54E-20 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 14226907 T G LSM3 ENST00000306024 r.? - - intronic 40 0 0 39 9 23.1 17 2 11.8 44 7 15.9 72 29 40.3 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.641082306 4 3 3 3 4 3 3 0 0 0 0 0.358917694 1 1 1 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 2.579090013 0.976527694 2.641082306 1.504817204 1.504817204 1 2.876948718 0.958982906 3 2.448685279 0.816228426 3 NA NA 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 3.62E-13 1 0.003234386 1 2.55E-09 1 1.73E-47 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 20746618 T A - - - - - - 31 0 0 37 5 13.5 22 2 9.1 76 0 0 52 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.641082306 4 3 3 3 4 3 3 0 0 0 0 0.358917694 1 1 1 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 1.507260397 1.507260397 1 1.160494624 1.160494624 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 9 NA 1 1 0.00000119 1 0.005403392 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 21941124 C A - - - - - - 31 0 0 38 4 10.5 21 2 9.5 53 0 0 59 11 18.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.641082306 4 3 3 3 4 3 3 0 0 0 0 0.358917694 1 1 1 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 1.172313642 1.172313642 1 1.211505376 1.211505376 1 0 0 1 1.130162437 1.130162437 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 0.0000403 1 0.004928472 1 1 1 1.1E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 22004019 T A - - - - - - 32 0 0 38 5 13.2 22 0 0 63 0 0 56 0 0 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.641082306 4 3 3 3 4 3 3 0 0 0 0 0.358917694 1 1 1 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 1.473765722 1.473765722 1 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 10 NA 1 1 0.00000137 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 22171920 T G - - - - - - 19 0 0 34 7 20.6 20 2 10 67 4 6 46 5 10.9 0 0 NA 0 0 NA 3 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.641082306 4 3 3 3 4 3 3 0 0 0 0 0.358917694 1 1 1 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 2.299967717 0.870842878 2.641082306 1.275268817 1.275268817 1 1.085641026 1.085641026 1 0.662299492 0.662299492 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 3.73E-10 1 0.004473894 1 0.000372648 1 0.00000361 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 24422318 C A THRB CCDS2641.1 r.? - - intronic 34 0 0 43 7 16.3 25 2 8 57 0 0 49 7 14.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.641082306 4 3 3 3 4 3 3 0 0 0 0 0.358917694 1 1 1 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 1.819877368 1.819877368 1 1.020215054 1.020215054 1 0 0 1 0.868888325 0.868888325 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 2.15E-09 1 0.006948068 1 1 1 5.58E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 27092829 C G - - - - - - 24 0 0 43 6 14 29 3 10.3 69 1 1.4 46 8 17.4 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.641082306 4 3 3 3 4 3 3 0 0 0 0 0.358917694 1 1 1 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 1.563084856 1.563084856 1 1.313526882 1.313526882 1 0.253316239 0.253316239 1 1.057248731 1.057248731 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 8.13E-08 1 0.000414371 1 0.292392265 1 8.61E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 28325480 C T CMC1 CCDS33722.1 r.? - - intronic 36 0 0 41 7 17.1 30 8 26.7 57 2 3.5 49 10 20.4 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 3.641082306 4 3 3 3 4 3 3 0 0 0 0 0.358917694 1 1 1 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 1.909196503 1.909196503 1 3.404967742 1.134989247 3 0.633290598 0.633290598 1 1.239532995 1.239532995 1 NA NA 1 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 1.51E-09 1 2.07E-12 1 0.03327602 1 6.72E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 28392379 C G AZI2 CCDS2647.1 r.? - - upstream 37 0 0 40 6 15 31 0 0 59 4 6.8 59 14 23.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.641082306 4 3 3 3 4 3 3 0 0 0 0 0.358917694 1 1 1 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 1.674733774 1.674733774 1 0 0 1 1.230393162 1.230393162 1 1.440045685 1.440045685 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 5.18E-08 1 1 1 0.00022841 1 6.58E-20 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 28403522 C T ZCWPW2 CCDS33723.1 r.? - - intronic 31 0 0 39 5 12.8 21 1 4.8 62 0 0 58 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.641082306 4 3 3 3 4 3 3 0 0 0 0 0.358917694 1 1 1 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 1.429106154 1.429106154 1 0.612129032 0.612129032 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 9 NA 1 1 0.00000156 1 0.099912572 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 29304704 G A - - - - - - 36 0 0 40 10 25 27 5 18.5 59 7 11.9 70 21 30 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.641082306 4 3 3 3 4 3 3 0 0 0 0 0.358917694 1 1 1 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 2.791222957 1.056848153 2.641082306 2.359247312 1.179623656 2 2.153188034 1.076594017 2 1.82284264 0.91142132 2 NA NA 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 7.22E-15 1 0.00000023 1 2.12E-08 1 1.45E-31 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 32185753 G C GPD1L CCDS33729.1 r.? - - intronic 31 0 0 39 8 20.5 16 2 12.5 49 6 12.2 44 19 43.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.641082306 4 3 3 3 4 3 3 0 0 0 0 0.358917694 1 1 1 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 2.288802825 0.866615486 2.641082306 1.594086022 1.594086022 1 2.207470085 1.103735043 2 2.624893401 0.874964467 3 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 2.09E-11 1 0.002863359 1 0.000000182 1 2.39E-32 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 34968686 C T - - - - - - 33 0 0 41 5 12.2 27 5 18.5 71 2 2.8 55 11 20 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.641082306 4 3 3 3 4 3 3 0 0 0 0 0.358917694 1 1 1 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 1.362116803 1.362116803 1 2.359247312 1.179623656 2 0.506632479 0.506632479 1 1.215228426 1.215228426 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.00000202 1 0.00000023 1 0.04950591 1 4.77E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 37061510 G A MLH1 CCDS2663.1 r.? - - intronic 32 0 0 36 5 13.9 16 0 0 44 3 6.8 69 12 17.4 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 1 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 3.641082306 4 3 3 3 4 3 3 0 0 0 0 0.358917694 1 1 1 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 1.551919964 1.551919964 1 0 0 1 1.230393162 1.230393162 1 1.057248731 1.057248731 1 NA NA 1 0 0 1 0 NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.00000104 1 1 1 0.00142027 1 1.65E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 39925780 G A MYRIP CCDS2689.1 r.? - - intronic 31 0 0 37 6 16.2 25 0 0 74 0 0 53 0 0 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.641082306 4 3 3 3 4 3 3 0 0 0 0 0.358917694 1 1 1 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 1.808712476 1.808712476 1 0 0 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 10 NA 1 1 3.18E-08 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 40080187 T A MYRIP CCDS2689.1 r.? - - intronic 25 0 0 34 7 20.6 14 1 7.1 76 0 0 57 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.641082306 4 3 3 3 4 3 3 0 0 0 0 0.358917694 1 1 1 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 2.299967717 0.870842878 2.641082306 0.90544086 0.90544086 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 9 NA 1 1 3.73E-10 1 0.067769881 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 42206305 C A TRAK1 CCDS43072.1 r.? - - intronic 43 0 0 36 4 11.1 23 0 0 68 0 0 65 9 13.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.641082306 4 3 3 3 4 3 3 0 0 0 0 0.358917694 1 1 1 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 1.239302993 1.239302993 1 0 0 1 0 0 1 0.838507614 0.838507614 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 0.0000324 1 1 1 1 1 4.85E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 44770393 G A ZNF501 CCDS2720.2 r.? - - upstream 26 0 0 40 6 15 25 1 4 40 4 10 75 10 13.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.641082306 4 3 3 3 4 3 3 0 0 0 0 0.358917694 1 1 1 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 1.674733774 1.674733774 1 0.510107527 0.510107527 1 1.809401709 1.809401709 1 0.808126904 0.808126904 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 5.18E-08 1 0.117779757 1 0.0000495 1 6.02E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 46478245 G T LTF CCDS33747.1 r.? - - intronic 34 0 0 33 7 21.2 28 6 21.4 68 4 5.9 59 8 13.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.641082306 4 3 3 3 4 3 3 0 0 0 0 0.358917694 1 1 1 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 2.366957068 0.896207234 2.641082306 2.729075269 0.909691756 3 1.067547009 1.067547009 1 0.82635533 0.82635533 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 2.98E-10 1 5.36E-09 1 0.000394372 1 6.9E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 47554996 C T C3orf75 CCDS43082.1 r.? - - intronic 28 0 0 27 8 29.6 12 5 41.7 7 0 0 58 29 50 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.641082306 4 3 3 3 4 3 3 0 0 0 0 0.358917694 1 1 1 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 3.304807982 0.907644405 3.641082306 5.317870968 1.329467742 4 0 0 1 3.038071066 1.012690355 3 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 7.97E-13 1 2.4E-09 1 1 1 4.87E-51 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 48464044 C T PLXNB1 CCDS2765.1 r.? - - intronic 30 0 0 28 7 25 24 3 12.5 21 0 0 66 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.641082306 4 3 3 3 4 3 3 0 0 0 0 0.358917694 1 1 1 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 2.791222957 1.056848153 2.641082306 1.594086022 1.594086022 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 9 NA 1 1 8.44E-11 1 0.000233853 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 49335977 C T USP4 CCDS2793.1 r.1643+8g>a c.1596+8G>A p.? splice region 38 0 0 41 10 24.4 20 0 0 27 0 0 61 14 23 182 2 1.1 514 18 3.5 36 0 0 284 3 1.1 281 50 17.8 TRUE FALSE 3.641082306 4 3 3 3 4 3 3 0 0 0 0 0.358917694 1 1 1 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 2.724233606 1.031483797 2.641082306 0 0 1 0 0 1 1.39751269 1.39751269 1 0.390771214 0.390771214 1 0 0 1 0.199034188 NA 0 1.081553299 1.081553299 1 8 NA 1 0.231095159 9.51E-15 2.65E-10 1 1 1 0.171000643 1.1E-19 2.47E-60 YES 1_1 0_0 0_0 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b 3 49629055 G A BSN CCDS2800.1 r.? - - intronic 37 0 0 41 5 12.2 33 7 21.2 72 6 8.3 80 10 12.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.641082306 4 3 3 3 4 3 3 0 0 0 0 0.358917694 1 1 1 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 1.362116803 1.362116803 1 2.703569892 0.901189964 3 1.501803419 1.501803419 1 0.759517766 0.759517766 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.00000202 1 2.98E-10 1 0.00000184 1 1.17E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 49918917 C T - - - - - - 25 0 0 35 7 20 19 1 5.3 33 3 9.1 45 7 15.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.641082306 4 3 3 3 4 3 3 0 0 0 0 0.358917694 1 1 1 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 2.232978366 1.116489183 2 0.675892473 0.675892473 1 1.646555556 1.646555556 1 0.947878173 0.947878173 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 4.65E-10 1 0.090843738 1 0.000609557 1 0.000000003 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 51505182 G C VPRBP ENST00000273612 r.? - - intronic 24 0 0 32 5 15.6 29 6 20.7 35 4 11.4 47 11 23.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.641082306 4 3 3 3 4 3 3 0 0 0 0 0.358917694 1 1 1 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 1.741723125 1.741723125 1 2.639806452 0.879935484 3 2.062717949 2.062717949 1 1.421817259 1.421817259 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000000562 1 6.72E-09 1 0.0000289 1 7.21E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 51867867 A T IQCF3 CCDS46837.1 r.? - - downstream 24 0 0 31 3 9.7 24 0 0 78 1 1.3 72 0 0 1 0 0 0 0 NA 2 2 100 0 0 NA 1 0 0 TRUE FALSE 3.641082306 4 3 3 3 4 3 3 0 0 0 0 0.358917694 1 1 1 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 1.082994507 1.082994507 1 0 0 1 0.235222222 0.235222222 1 0 0 1 NA NA 1 12.75268817 3.188172043 4 NA NA 0 0 NA 0 10 NA 1 1 0.000505952 1 1 0.000025 0.323605141 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 52687403 C A PBRM1 CCDS2859.1 r.? - - intronic 31 0 0 36 6 16.7 22 4 18.2 47 12 25.5 61 7 11.5 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.641082306 4 3 3 3 4 3 3 0 0 0 0 0.358917694 1 1 1 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 1.864536936 1.864536936 1 2.320989247 2.320989247 1 4.613974359 1.537991453 3 0.698756345 0.698756345 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 2.68E-08 1 0.00000425 1 1.09E-17 1 2.69E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 55314628 G A - - - - - - 24 0 0 34 5 14.7 30 5 16.7 27 3 11.1 51 8 15.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.641082306 4 3 3 3 4 3 3 0 0 0 0 0.358917694 1 1 1 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 1.641239099 1.641239099 1 2.129698925 2.129698925 1 2.008435897 2.008435897 1 0.953954315 0.953954315 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000000771 1 0.000000401 1 0.000334187 1 2.05E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 55419341 A G - - - - - - 30 0 0 40 4 10 13 0 0 62 0 0 56 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.641082306 4 3 3 3 4 3 3 0 0 0 0 0.358917694 1 1 1 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 1.116489183 1.116489183 1 0 0 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 10 NA 1 1 0.0000495 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 55499913 C T WNT5A CCDS46850.1 r.5872g>a c.? p.? 3'UTR variant 25 0 0 40 11 27.5 31 11 35.5 59 8 13.6 40 13 32.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.641082306 4 3 3 3 4 3 3 0 0 0 0 0.358917694 1 1 1 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 3.070345253 1.023448418 3 4.527204301 1.131801075 4 2.460786325 0.820262108 3 1.974746193 0.987373096 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 9.88E-17 1 3.77E-18 1 6.9E-10 1 1.3E-20 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 56280037 A G ERC2 CCDS46851.1 r.? - - intronic 32 0 0 42 5 11.9 24 1 4.2 61 4 6.6 52 20 38.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.641082306 4 3 3 3 4 3 3 0 0 0 0 0.358917694 1 1 1 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 1.328622128 1.328622128 1 0.535612903 0.535612903 1 1.194205128 1.194205128 1 2.339314721 1.16965736 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.00000228 1 0.113346489 1 0.000259828 1 1.03E-32 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 60021106 G T FHIT CCDS2894.1 r.? - - intronic 24 0 0 36 5 13.9 18 0 0 28 0 0 52 0 0 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.641082306 4 3 3 3 4 3 3 0 0 0 0 0.358917694 1 1 1 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 1.551919964 1.551919964 1 0 0 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 10 NA 1 1 0.00000104 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 61087512 G C FHIT CCDS2894.1 r.? - - intronic 39 0 0 34 4 11.8 20 1 5 72 0 0 51 13 25.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.641082306 4 3 3 3 4 3 3 0 0 0 0 0.358917694 1 1 1 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 1.317457236 1.317457236 1 0.637634409 0.637634409 1 0 0 1 1.549416244 1.549416244 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 0.0000257 1 0.09538952 1 1 1 4.87E-19 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 61894486 T A PTPRG CCDS2895.1 r.? - - intronic 35 0 0 36 6 16.7 20 3 15 61 3 4.9 58 5 8.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.641082306 4 3 3 3 4 3 3 0 0 0 0 0.358917694 1 1 1 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 1.864536936 1.864536936 1 1.912903226 1.912903226 1 0.886606838 0.886606838 1 0.522548223 0.522548223 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 2.68E-08 1 0.0001337 1 0.003623631 1 0.0000115 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 62266309 G C PTPRG CCDS2895.1 r.? - - intronic 29 0 0 36 8 22.2 29 5 17.2 85 6 7.1 56 23 41.1 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.641082306 4 3 3 3 4 3 3 0 0 0 0 0.358917694 1 1 1 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 2.478605986 0.93848116 2.641082306 2.193462366 2.193462366 1 1.284675214 1.284675214 1 2.497294416 0.832431472 3 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 1.04E-11 1 0.000000336 1 0.00000487 1 3.22E-38 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 62823437 C T CADPS CCDS46858.1 r.? - - intronic 26 0 0 34 7 20.6 29 4 13.8 76 5 6.6 53 13 24.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.641082306 4 3 3 3 4 3 3 0 0 0 0 0.358917694 1 1 1 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 2.299967717 0.870842878 2.641082306 1.759870968 1.759870968 1 1.194205128 1.194205128 1 1.488654822 1.488654822 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 3.73E-10 1 0.0000134 1 0.000043 1 8.53E-19 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 66040604 T C - - - - - - 37 0 0 34 12 35.3 21 6 28.6 53 5 9.4 52 21 40.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.641082306 4 3 3 3 4 3 3 0 0 0 0 0.358917694 1 1 1 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 3.941206816 1.08242728 3.641082306 3.647268817 0.911817204 4 1.700837607 1.700837607 1 2.454761421 0.818253807 3 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 1.21E-19 1 7.95E-10 1 0.00000734 1 7.89E-35 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 67138887 A G - - - - - - 34 0 0 53 9 17 30 3 10 74 4 5.4 57 10 17.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.641082306 4 3 3 3 4 3 3 0 0 0 0 0.358917694 1 1 1 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 1.898031611 0.949015806 2 1.275268817 1.275268817 1 0.977076923 0.977076923 1 1.063324873 1.063324873 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 7.1E-12 1 0.000458697 1 0.00054411 1 3.4E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 85564539 C T CCDC83 CCDS8271.1 r.? - - upstream 20 1 5 42 17 40.5 22 6 27.3 56 12 21.4 85 38 44.7 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 5 15 3 3 5 14 3 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 4.262142857 1.420714286 3 3.754483871 0.938620968 4 6.440119658 1.073353276 6 2.716035533 0.905345178 3 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 0.09538952 1 1.73E-28 1 1.09E-09 1 1.11E-16 1 6.02E-64 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 71904878 C G - - - - - - 27 0 0 32 6 18.8 24 4 16.7 70 4 5.7 41 10 24.4 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.641082306 4 3 3 3 4 3 3 0 0 0 0 0.358917694 1 1 1 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 2.098999664 2.098999664 1 2.129698925 2.129698925 1 1.031358974 1.031358974 1 1.48257868 1.48257868 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 1.27E-08 1 0.00000613 1 0.000440508 1 9.51E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 74952367 C T - - - - - - 32 0 0 26 4 15.4 30 3 10 66 3 4.5 67 15 22.4 217 0 0 337 46 13.6 64 27 42.2 374 16 4.3 356 42 11.8 TRUE TRUE 3.641082306 4 3 3 3 4 3 3 0 0 0 0 0.358917694 1 1 1 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 1.719393342 1.719393342 1 1.275268817 1.275268817 1 0.814230769 0.814230769 1 1.361055838 1.361055838 1 1.518425289 0.925258461 1.641082306 5.381634409 1.345408602 4 0.778042735 0.778042735 1 0.716984772 0.716984772 1 8 10 1 1 0.00000856 4.62E-50 0.000458697 5.28E-45 0.004522888 1.43E-10 8.27E-21 4.06E-43 YES 1_1 1_1 1_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b 3 75267799 C T - - - - - - 39 0 0 49 7 14.3 21 3 14.3 64 0 0 67 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.641082306 4 3 3 3 4 3 3 0 0 0 0 0.358917694 1 1 1 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 1.596579532 1.596579532 1 1.823634409 1.823634409 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 9 NA 1 1 5.58E-09 1 0.000155401 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 75399314 C G - - - - - - 28 0 0 44 9 20.5 24 0 0 39 0 0 53 11 20.8 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.641082306 4 3 3 3 4 3 3 0 0 0 0 0.358917694 1 1 1 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 2.288802825 0.866615486 2.641082306 0 0 1 0 0 1 1.263837563 1.263837563 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 1.18E-12 1 1 1 1 1 3.07E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 75651856 C A - - - - - - 35 0 0 29 5 17.2 20 2 10 70 3 4.3 60 10 16.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.641082306 4 3 3 3 4 3 3 0 0 0 0 0.358917694 1 1 1 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 1.920361395 1.920361395 1 1.275268817 1.275268817 1 0.778042735 0.778042735 1 1.014715736 1.014715736 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000000336 1 0.004473894 1 0.005331097 1 5.86E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 76289290 T C ROBO2 ENST00000487694 r.? - - intronic 31 0 0 34 4 11.8 17 1 5.9 88 0 0 66 7 10.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.641082306 4 3 3 3 4 3 3 0 0 0 0 0.358917694 1 1 1 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 1.317457236 1.317457236 1 0.752408602 0.752408602 1 0 0 1 0.644071066 0.644071066 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 0.0000257 1 0.081683532 1 1 1 0.000000047 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 76316162 A C ROBO2 ENST00000487694 r.? - - intronic 30 0 0 42 4 9.5 36 4 11.1 71 3 4.2 51 8 15.7 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.641082306 4 3 3 3 4 3 3 0 0 0 0 0.358917694 1 1 1 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 1.060664724 1.060664724 1 1.415548387 1.415548387 1 0.759948718 0.759948718 1 0.953954315 0.953954315 1 NA NA 0 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.0000601 1 0.0000324 1 0.00554578 1 2.05E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 77185868 A G ROBO2 CCDS43109.1 r.? - - intronic 38 0 0 31 8 25.8 28 7 25 56 3 5.4 33 3 9.1 2 0 0 2 2 100 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.641082306 4 3 3 3 4 3 3 0 0 0 0 0.358917694 1 1 1 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 2.880542092 0.960180697 3 3.188172043 1.062724014 3 0.977076923 0.977076923 1 0.552928934 0.552928934 1 11.16489183 3.066366232 3.641082306 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 2.78E-12 0.000025 8.44E-11 1 0.00284314 1 0.000609557 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 77235673 C A ROBO2 CCDS43109.1 r.? - - intronic 33 0 0 41 4 9.8 18 2 11.1 68 0 0 55 9 16.4 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.641082306 4 3 3 3 4 3 3 0 0 0 0 0.358917694 1 1 1 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 1.094159399 1.094159399 1 1.415548387 1.415548387 1 0 0 1 0.99648731 0.99648731 1 NA NA 0 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 0.0000546 1 0.003626632 1 1 1 1.01E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 77435328 T G ROBO2 CCDS43109.1 r.? - - intronic 32 0 0 45 4 8.9 28 2 7.1 76 5 6.6 51 10 19.6 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.641082306 4 3 3 3 4 3 3 0 0 0 0 0.358917694 1 1 1 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 0.993675373 0.993675373 1 0.90544086 0.90544086 1 1.194205128 1.194205128 1 1.190923858 1.190923858 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.0000791 1 0.008668191 1 0.000043 1 1.04E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 78985754 G A ROBO1 CCDS46872.1 r.? - - intronic 37 0 0 32 4 12.5 31 3 9.7 62 4 6.5 65 20 30.8 3 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.641082306 4 3 3 3 4 3 3 0 0 0 0 0.358917694 1 1 1 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 1.395611479 1.395611479 1 1.237010753 1.237010753 1 1.176111111 1.176111111 1 1.871451777 0.935725888 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.0000201 1 0.000505952 1 0.000276647 1 2.18E-30 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 79745702 A T ROBO1 ENST00000464233 r.? - - intronic 34 0 0 49 5 10.2 36 3 8.3 55 0 0 45 7 15.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.641082306 4 3 3 3 4 3 3 0 0 0 0 0.358917694 1 1 1 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 1.138818967 1.138818967 1 1.058473118 1.058473118 1 0 0 1 0.947878173 0.947878173 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 0.00000496 1 0.000788827 1 1 1 0.000000003 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 79986514 C T - - - - - - 39 0 0 24 5 20.8 23 0 0 68 0 0 42 0 0 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.641082306 4 3 3 3 4 3 3 0 0 0 0 0.358917694 1 1 1 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 2.322297501 0.879297663 2.641082306 0 0 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 10 NA 1 1 0.000000123 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 80095542 T A - - - - - - 28 0 0 47 7 14.9 19 1 5.3 66 0 0 52 1 1.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.641082306 4 3 NA 3 4 3 NA 0 0 0 NA 0.358917694 1 1 NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 1.663568883 1.663568883 1 0.675892473 0.675892473 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 4.12E-09 1 0.090843738 1 1 1 0.229451111 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 80106401 C T - - - - - - 40 0 0 41 5 12.2 24 0 0 73 0 0 50 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.641082306 4 3 NA 3 4 3 NA 0 0 0 NA 0.358917694 1 1 NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 1.362116803 1.362116803 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.00000202 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 80175338 C A - - - - - - 35 0 0 35 4 11.4 24 3 12.5 78 8 10.3 66 26 39.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.641082306 4 3 NA 3 4 3 NA 0 0 0 NA 0.358917694 1 1 NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 1.272797669 1.272797669 1 1.594086022 1.594086022 1 1.863683761 1.863683761 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.0000289 1 0.000233853 1 6.71E-09 1 2.03E-42 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 80437095 T A - - - - - - 38 0 0 41 6 14.6 19 0 0 76 0 0 59 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.641082306 4 3 NA 3 4 3 NA 0 0 0 NA 0.358917694 1 1 NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 1.630074207 1.630074207 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 6.05E-08 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 81060936 C G - - - - - - 30 0 0 37 4 10.8 29 6 20.7 61 0 0 51 7 13.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA FALSE FALSE 3.641082306 4 3 NA 3 4 3 NA 0 0 0 NA 0.358917694 1 1 NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 1.205808318 1.205808318 1 2.639806452 0.879935484 3 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.0000362 1 6.72E-09 1 1 1 7.46E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 81174637 G A - - - - - - 42 0 0 30 5 16.7 23 7 30.4 39 4 10.3 60 32 53.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA FALSE FALSE 3.641082306 4 3 NA 3 4 3 NA 0 0 0 NA 0.358917694 1 1 NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 1.864536936 1.864536936 1 3.876817204 0.969204301 4 1.863683761 1.863683761 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.000000401 1 1.79E-11 1 0.0000447 1 2.11E-57 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 81198230 G C - - - - - - 23 0 0 22 3 13.6 16 0 0 21 0 0 39 6 15.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.641082306 4 3 NA 3 4 3 NA 0 0 0 NA 0.358917694 1 1 NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 1.518425289 1.518425289 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.000179267 1 1 1 1 1 4.43E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 81601957 A C GBE1 ENST00000429644 r.? - - intronic 35 0 0 40 4 10 21 3 14.3 49 1 2 49 10 20.4 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.641082306 4 3 NA 3 4 3 NA 0 0 0 NA 0.358917694 1 1 NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 1.116489183 1.116489183 1 1.823634409 1.823634409 1 0.361880342 0.361880342 1 NA NA 1 NA NA 0 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.0000495 1 0.000155401 1 0.217776325 1 6.72E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 81867644 G A - - - - - - 39 0 0 39 10 25.6 21 7 33.3 73 9 12.3 60 28 46.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.641082306 4 3 NA 3 4 3 NA 0 0 0 NA 0.358917694 1 1 NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 2.858212308 0.952737436 3 4.246645161 1.06166129 4 2.225564103 1.112782051 2 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 5.44E-15 1 8.54E-12 1 1.42E-10 1 3.31E-48 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 82045063 C G - - - - - - 26 0 0 44 4 9.1 22 1 4.5 35 1 2.9 49 7 14.3 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.641082306 4 3 NA 3 4 3 NA 0 0 0 NA 0.358917694 1 1 NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 1.016005157 1.016005157 1 0.573870968 0.573870968 1 0.524726496 0.524726496 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.0000723 1 0.104413009 1 0.16091139 1 5.58E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 82530135 C A - - - - - - 23 0 0 34 5 14.7 25 2 8 57 4 7 49 6 12.2 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.641082306 4 3 NA 3 4 3 NA 0 0 0 NA 0.358917694 1 1 NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 1.641239099 1.641239099 1 1.020215054 1.020215054 1 1.266581197 1.266581197 1 NA NA 1 NA NA 0 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.000000771 1 0.006948068 1 0.000199821 1 0.000000182 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 82592689 C G - - - - - - 40 0 0 43 6 14 15 1 6.7 81 0 0 62 11 17.7 1 0 0 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.641082306 4 3 NA 3 4 3 NA 0 0 0 NA 0.358917694 1 1 NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 1.563084856 1.563084856 1 0.854430108 0.854430108 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 8.13E-08 1 0.072431031 1 1 1 1.96E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 82623637 C A - - - - - - 27 0 0 32 12 37.5 25 7 28 79 11 13.9 39 22 56.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.641082306 4 3 NA 3 4 3 NA 0 0 0 NA 0.358917694 1 1 NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 4.186834436 1.149887337 3.641082306 3.570752688 0.892688172 4 2.515068376 0.838356125 3 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 5.03E-20 1 3.47E-11 1 3.23E-13 1 1.12E-40 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 83053554 A T - - - - - - 25 0 0 43 4 9.3 23 1 4.3 60 1 1.7 64 13 20.3 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.641082306 4 3 NA 3 4 3 NA 0 0 0 NA 0.358917694 1 1 NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 1.03833494 1.03833494 1 0.548365591 0.548365591 1 0.307598291 0.307598291 1 NA NA 1 NA NA 0 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.000066 1 0.108890944 1 0.259739042 1 1.26E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 83924478 C A - - - - - - 29 0 0 34 4 11.8 24 2 8.3 41 0 0 45 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.641082306 4 3 NA 3 4 3 NA 0 0 0 NA 0.358917694 1 1 NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 1.317457236 1.317457236 1 1.058473118 1.058473118 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.0000257 1 0.006413403 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 84027453 C G - - - - - - 30 0 0 47 8 17 26 0 0 64 0 0 63 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.641082306 4 3 NA 3 4 3 NA 0 0 0 NA 0.358917694 1 1 NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 1.898031611 0.949015806 2 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1.03E-10 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 84528118 C G - - - - - - 39 0 0 49 4 8.2 25 1 4 64 0 0 62 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.641082306 4 3 NA 3 4 3 NA 0 0 0 NA 0.358917694 1 1 NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 0.91552113 0.91552113 1 0.510107527 0.510107527 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.000110643 1 0.117779757 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 84680317 T C - - - - - - 25 0 0 42 6 14.3 25 2 8 72 7 9.7 83 16 19.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.641082306 4 3 NA 3 4 3 NA 0 0 0 NA 0.358917694 1 1 NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 1.596579532 1.596579532 1 1.020215054 1.020215054 1 1.755119658 1.755119658 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 7.02E-08 1 0.006948068 1 8.66E-08 1 5.75E-21 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 86659424 T G - - - - - - 43 0 0 52 5 9.6 37 3 8.1 66 5 7.6 66 8 12.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.641082306 5 5 4 3 4 3 3 0 1 2 1 0.358917694 1 1 1 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 1.071829616 1.071829616 1 1.113967742 1.113967742 1 1.527145299 1.527145299 1 0.856213198 0.856213198 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.00000668 1 0.000855237 1 0.0000217 1 1.73E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 87021117 A T VGLL3 CCDS43110.1 r.? - - intronic 25 0 0 39 6 15.4 24 1 4.2 69 1 1.4 51 6 11.8 365 1 0.3 401 39 9.7 296 8 2.7 523 26 5 615 86 14 TRUE TRUE 3.641082306 5 5 4 3 4 3 3 0 1 2 1 0.358917694 1 1 1 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 1.719393342 1.719393342 1 0.577612903 0.577612903 1 0.281316239 0.281316239 1 0.834984772 0.834984772 1 1.082994507 1.082994507 1 0.371322581 0.371322581 1 1.004700855 1.004700855 1 0.990659898 0.990659898 1 8 14 1 0.839518686 4.43E-08 7.51E-37 0.113346489 0.000145477 0.292392265 8.6E-18 0.000000232 5.28E-93 YES 1_1 0_1 0_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b 3 87655004 T C - - - - - - 29 0 0 42 5 11.9 25 3 12 50 0 0 73 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.641082306 5 5 4 3 4 3 3 0 1 2 1 0.358917694 1 1 1 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 1.328622128 1.328622128 1 1.650322581 1.650322581 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 9 NA 1 1 0.00000228 1 0.00026475 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 88493968 G C - - - - - - 36 0 0 39 4 10.3 23 0 0 50 0 0 61 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.641082306 5 5 4 3 4 3 3 0 1 2 1 0.358917694 1 1 1 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 1.149983858 1.149983858 1 0 0 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 10 NA 1 1 0.0000447 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 89235150 A C EPHA3 CCDS2922.1 r.? - - intronic 42 0 0 34 3 8.8 32 1 3.1 63 1 1.6 65 6 9.2 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0.982668684 0.982668684 1 0.426333333 0.426333333 1 0.321504274 0.321504274 1 0.559005076 0.559005076 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000666058 1 0.14819814 1 0.27078753 1 0.000001 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 94040537 T C - - - - - - 33 0 0 38 5 13.2 22 5 22.7 85 12 14.1 72 16 22.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 1.474003026 1.474003026 1 3.121860215 1.040620072 3 2.83325641 0.944418803 3 1.348903553 1.348903553 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.00000137 1 7.67E-08 1 2.29E-14 1 4.82E-22 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 94407448 C T - - - - - - 38 0 0 35 6 17.1 26 5 19.2 61 6 9.8 71 17 23.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 1.90950392 1.90950392 1 2.640516129 0.880172043 3 1.969213675 1.969213675 1 1.45219797 1.45219797 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 2.24E-08 1 0.000000188 1 0.000000685 1 6.12E-24 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 94513064 A T - - - - - - 29 0 0 44 4 9.1 25 2 8 74 2 2.7 63 9 14.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 1.016168753 1.016168753 1 1.100215054 1.100215054 1 0.542538462 0.542538462 1 0.868888325 0.868888325 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.0000723 1 0.006948068 1 0.053288733 1 3.62E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 94867210 A T - - - - - - 31 0 0 41 5 12.2 25 5 20 61 1 1.6 54 7 13 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 1.36233613 1.36233613 1 2.750537634 0.916845878 3 0.321504274 0.321504274 1 0.789898477 0.789898477 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.00000202 1 0.000000153 1 0.263440347 1 1.13E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 94889207 G C - - - - - - 36 0 0 46 4 8.7 21 0 0 57 1 1.8 71 9 12.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0.971501995 0.971501995 1 0 0 1 0.361692308 0.361692308 1 0.771670051 0.771670051 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.0000862 1 1 1 0.248523156 1 1.1E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 95001923 C G - - - - - - 26 0 0 25 4 16 29 5 17.2 66 5 7.6 63 5 7.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 1.786670335 1.786670335 1 2.365462366 1.182731183 2 1.527145299 1.527145299 1 0.480015228 0.480015228 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.00000727 1 0.000000336 1 0.0000217 1 0.0000173 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 95465512 G T - - - - - - 33 0 0 45 6 13.3 22 2 9.1 37 2 5.4 64 4 6.2 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 1.485169716 1.485169716 1 1.251494624 1.251494624 1 1.085076923 1.085076923 1 0.376720812 0.376720812 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000000108 1 0.005403392 1 0.014826063 1 0.000312605 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 95948186 A T - - - - - - 32 0 0 41 6 14.6 21 5 23.8 74 3 4.1 64 9 14.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 1.630336681 1.630336681 1 3.273139785 1.091046595 3 0.823854701 0.823854701 1 0.856736041 0.856736041 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 6.05E-08 1 5.95E-08 1 0.006220661 1 4.2E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 96544264 A C EPHA6 CCDS46876.1 r.? - - intronic 30 0 0 35 5 14.3 28 0 0 62 0 0 61 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 1.596836612 1.596836612 1 0 0 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 10 NA 1 1 0.000000895 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 99216280 G A - - - - - - 22 0 0 53 6 11.3 16 1 6.2 73 7 9.6 68 12 17.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 1.261835924 1.261835924 1 0.852666667 0.852666667 1 1.929025641 1.929025641 1 1.069401015 1.069401015 1 NA NA 0 NA NA 1 0 0 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000000293 1 0.077068876 1 9.54E-08 1 1.37E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 101400049 T G RPL24 CCDS33809.1 r.510a>c c.404A>C p.K135T missense 30 0 0 44 8 18.2 26 1 3.8 66 2 3 71 9 12.7 149 0 0 309 38 12.3 69 18 26.1 333 15 4.5 268 29 10.8 TRUE TRUE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 2.032337506 1.016168753 2 0.522602151 0.522602151 1 0.602820513 0.602820513 1 0.771670051 0.771670051 1 1.37350282 0.836033528 1.64288007 3.589451613 1.196483871 3 0.904230769 0.904230769 1 0.65622335 0.65622335 1 8 10 1 1 5.9E-11 7.17E-40 0.122190858 5.16E-26 0.043431387 2.62E-10 1.1E-10 3.58E-29 YES 1_1 0_1 1_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b 3 102480164 T A - - - - - - 35 0 0 46 4 8.7 12 0 0 58 7 12.1 83 21 25.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0.971501995 0.971501995 1 0 0 1 2.431376068 0.810458689 3 1.537263959 0.76863198 2 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.0000862 1 1 1 1.88E-08 1 8.7E-30 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 103070393 T G - - - - - - 32 0 0 56 4 7.1 35 0 0 78 0 0 69 0 0 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0.792834961 0.792834961 1 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 10 NA 1 1 0.000186538 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 103403195 G C - - - - - - 34 0 0 43 4 9.3 29 0 0 76 2 2.6 71 10 14.1 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 1.038502132 1.038502132 1 0 0 1 0.522444444 0.522444444 1 0.856736041 0.856736041 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000066 1 1 1 0.055865747 1 3.42E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 103514478 A G - - - - - - 31 0 0 38 4 10.5 27 3 11.1 73 3 4.1 72 10 13.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 1.172502407 1.172502407 1 1.526548387 1.526548387 1 0.823854701 0.823854701 1 0.844583756 0.844583756 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.0000403 1 0.000334187 1 0.005990531 1 3.95E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 103659430 A C - - - - - - 40 0 0 40 4 10 27 3 11.1 77 3 3.9 75 14 18.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 1.116668959 1.116668959 1 1.526548387 1.526548387 1 0.783666667 0.783666667 1 1.136238579 1.136238579 1 NA NA 0 NA NA 1 0 0 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.0000495 1 0.000334187 1 0.006942426 1 2.57E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 103748407 C G - - - - - - 34 0 0 29 6 20.7 29 2 6.9 80 0 0 70 11 15.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 2.311504746 0.87461583 2.64288007 0.948935484 0.948935484 1 0 0 1 0.953954315 0.953954315 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 6.72E-09 1 0.009279585 1 1 1 8.06E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 104478822 C T - - - - - - 28 0 0 49 7 14.3 20 1 5 83 5 6 70 12 17.1 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 1.596836612 1.596836612 1 0.687634409 0.687634409 1 1.205641026 1.205641026 1 1.039020305 1.039020305 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 5.58E-09 1 0.09538952 1 0.0000656 1 1.99E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 104512748 A G - - - - - - 37 0 0 42 5 11.9 27 5 18.5 76 0 0 87 15 17.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 1.328836062 1.328836062 1 2.544247312 0.848082437 3 0 0 1 1.045096447 1.045096447 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.00000228 1 0.00000023 1 1 1 5.73E-19 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 104925176 G C - - - - - - 35 0 0 45 5 11.1 30 4 13.3 68 2 2.9 70 15 21.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 1.239502545 1.239502545 1 1.829107527 1.829107527 1 0.582726496 0.582726496 1 1.300294416 1.300294416 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.00000323 1 0.0000154 1 0.045825786 1 1.7E-20 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 105183494 G T ALCAM CCDS33810.1 r.? - - intronic 23 0 0 34 4 11.8 32 3 9.4 70 2 2.9 72 11 15.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 1.317669372 1.317669372 1 1.292752688 1.292752688 1 0.582726496 0.582726496 1 0.929649746 0.929649746 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.0000257 1 0.000556213 1 0.048267597 1 1.12E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 107187884 C T - - - - - - 40 0 0 37 13 35.1 19 6 31.6 78 9 11.5 80 25 31.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 3.919508047 1.483044234 2.64288007 4.345849462 1.448616487 3 2.310811966 1.155405983 2 1.895756345 0.947878173 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 3.89E-21 1 4.01E-10 1 2.61E-10 1 8.31E-38 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 107196338 A C - - - - - - 34 0 0 56 4 7.1 24 1 4.2 84 0 0 74 8 10.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0.792834961 0.792834961 1 0.577612903 0.577612903 1 0 0 1 0.65622335 0.65622335 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.000186538 1 0.113346489 1 1 1 4.39E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 107196339 G T - - - - - - 34 0 0 54 4 7.4 24 1 4.2 84 0 0 75 8 10.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0.82633503 0.82633503 1 0.577612903 0.577612903 1 0 0 1 0.650147208 0.650147208 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.000161898 1 0.113346489 1 1 1 4.89E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 108519698 A G - - - - - - 22 0 0 34 6 17.6 27 0 0 70 0 0 79 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 1.965337368 1.965337368 1 0 0 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 10 NA 1 1 1.86E-08 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 109434550 G T - - - - - - 40 0 0 49 10 20.4 21 1 4.8 86 0 0 64 4 6.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 2.278004677 0.861940238 2.64288007 0.660129032 0.660129032 1 0 0 1 0.376720812 0.376720812 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 0 NA 0 6 NA 1 1 6.72E-14 1 0.099912572 1 1 1 0.000312605 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 109505379 T A - - - - - - 28 0 0 50 8 16 22 3 13.6 105 6 5.7 92 15 16.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 1.786670335 1.786670335 1 1.870365591 1.870365591 1 1.145358974 1.145358974 1 0.990411168 0.990411168 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 1.74E-10 1 0.000179267 1 0.0000165 1 1.39E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 109718941 T C - - - - - - 36 0 0 32 5 15.6 27 0 0 63 5 7.9 58 6 10.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 1.742003577 1.742003577 1 0 0 1 1.58742735 1.58742735 1 0.62584264 0.62584264 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000000562 1 1 1 0.0000173 1 0.000000506 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 109718943 A G - - - - - - 37 0 0 32 5 15.6 27 0 0 63 4 6.3 58 6 10.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 1.742003577 1.742003577 1 0 0 1 1.265923077 1.265923077 1 0.62584264 0.62584264 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000000562 1 1 1 0.000294233 1 0.000000506 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 109829972 T G - - - - - - 39 0 0 34 5 14.7 31 5 16.1 72 3 4.2 77 20 26 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 1.64150337 1.64150337 1 2.214182796 2.214182796 1 0.843948718 0.843948718 1 1.579796954 0.789898477 2 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000000771 1 0.000000476 1 0.00576558 1 1.07E-28 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 110010511 C T - - - - - - 35 0 0 38 7 18.4 26 2 7.7 50 6 12 67 17 25.4 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 2.054670885 1.027335443 2 1.058956989 1.058956989 1 2.411282051 0.803760684 3 1.543340102 0.771670051 2 NA NA 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 8.61E-10 1 0.007502227 1 0.000000206 1 2.03E-24 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 110093355 G A - - - - - - 37 0 0 29 9 31 23 6 26.1 72 10 13.9 69 25 36.2 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 3.461673774 1.309811146 2.64288007 3.589451613 1.196483871 3 2.793068376 0.931022792 3 2.199563452 1.099781726 2 NA NA 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 1.79E-14 1 1.47E-09 1 3.95E-12 1 1E-39 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 110393774 C G - - - - - - 35 0 0 49 5 10.2 26 2 7.7 83 5 6 75 11 14.7 5 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 1.139002339 1.139002339 1 1.058956989 1.058956989 1 1.205641026 1.205641026 1 0.893192893 0.893192893 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.00000496 1 0.007502227 1 0.0000656 1 1.78E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 110472070 T A - - - - - - 40 0 0 45 7 15.6 33 1 3 81 3 3.7 68 10 14.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 1.742003577 1.742003577 1 0.412580645 0.412580645 1 0.743478632 0.743478632 1 0.893192893 0.893192893 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000000003 1 0.15245715 1 0.007979008 1 2.18E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 110674910 C T - - - - - - 30 0 0 30 4 13.3 31 1 3.2 68 3 4.4 58 6 10.3 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 1 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 1.485169716 1.485169716 1 0.440086022 0.440086022 1 0.884136752 0.884136752 1 0.62584264 0.62584264 1 NA NA 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.0000154 1 0.143917729 1 0.004916956 1 0.000000506 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 112807654 A T - - - - - - 33 0 0 41 4 9.8 26 2 7.7 27 1 3.7 74 9 12.2 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 1.09433558 1.09433558 1 1.058956989 1.058956989 1 0.743478632 0.743478632 1 0.74128934 0.74128934 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.0000546 1 0.007502227 1 0.126579904 1 1.61E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 114071204 C T ZBTB20 CCDS2981.1 r.? - - intronic 39 0 0 39 6 15.4 26 2 7.7 81 3 3.7 55 6 10.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 1.719670197 1.719670197 1 1.058956989 1.058956989 1 0.743478632 0.743478632 1 0.662299492 0.662299492 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 4.43E-08 1 0.007502227 1 0.007979008 1 0.000000367 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 114647610 G A ZBTB20 CCDS2981.1 r.? - - intronic 33 0 0 32 5 15.6 20 4 20 70 4 5.7 63 15 23.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 1.742003577 1.742003577 1 2.750537634 0.916845878 3 1.145358974 1.145358974 1 1.446121827 1.446121827 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000000562 1 0.00000284 1 0.000440508 1 2.97E-21 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 114767027 G A ZBTB20 CCDS2981.1 r.? - - intronic 35 0 0 34 6 17.6 26 2 7.7 19 1 5.3 66 4 6.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 1.965337368 1.965337368 1 1.058956989 1.058956989 1 1.064982906 1.064982906 1 0.37064467 0.37064467 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 1.86E-08 1 0.007502227 1 0.090843738 1 0.000351793 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 115586147 T A LSAMP CCDS2982.1 r.? - - intronic 48 0 0 40 4 10 25 8 32 58 6 10.3 87 37 42.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 1.116668959 1.116668959 1 4.400860215 1.466953405 3 2.069683761 2.069683761 1 2.582360406 1.291180203 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.0000495 1 3.92E-13 1 0.000000506 1 2.87E-61 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 116623166 T G LSAMP ENST00000474851 r.? - - intronic 33 0 0 35 6 17.1 29 3 10.3 86 0 0 79 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 1.90950392 1.90950392 1 1.416526882 1.416526882 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 9 NA 1 1 2.24E-08 1 0.000414371 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 117212033 G A - - - - - - 24 0 0 49 11 22.4 31 6 19.4 80 13 16.2 66 27 40.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 2.501338469 0.946444183 2.64288007 2.668021505 0.889340502 3 3.255230769 1.085076923 3 2.485142132 1.242571066 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 1.19E-15 1 1.03E-08 1 2.82E-16 1 1.51E-44 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 117240940 C T - - - - - - 22 0 0 36 5 13.9 16 1 6.2 64 1 1.6 51 9 17.6 441 1 0.2 633 28 4.4 169 12 7.1 709 23 3.2 680 69 10.1 TRUE TRUE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 1.552169853 1.552169853 1 0.852666667 0.852666667 1 0.321504274 0.321504274 1 1.069401015 1.069401015 1 0.491334342 0.764270609 0.64288007 0.97644086 0.97644086 1 0.643008547 0.643008547 1 0.613690355 0.613690355 1 8 10 1 0.890357581 0.00000104 9.86E-18 0.077068876 8.99E-11 0.274433592 4.42E-12 4.92E-12 3.77E-65 YES 1_1 0_1 0_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b 3 117827839 G A - - - - - - 31 0 0 32 13 40.6 25 5 20 57 10 17.5 64 31 48.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 4.533675975 1.715430082 2.64288007 2.750537634 0.916845878 3 3.516452991 1.172150997 3 2.940852792 1.470426396 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 3.88E-22 1 0.000000153 1 3.4E-13 1 7.05E-54 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 118184216 C A - - - - - - 32 0 0 42 6 14.3 22 3 13.6 67 2 3 51 13 25.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 1.596836612 1.596836612 1 1.870365591 1.870365591 1 0.602820513 0.602820513 1 1.549416244 1.549416244 1 NA NA 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 0 8 NA 1 1 7.02E-08 1 0.000179267 1 0.044622585 1 4.87E-19 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 120459355 C T RABL3 CCDS3001.1 r.? - - intronic 27 0 0 45 14 31.1 30 6 20 53 7 13.2 48 12 25 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 3.472840464 1.314036344 2.64288007 2.750537634 0.916845878 3 2.652410256 0.884136752 3 1.519035533 1.519035533 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 8.81E-22 1 8.37E-09 1 9.85E-09 1 1.44E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 121581499 A G EAF2 CCDS3006.1 r.? - - intronic 27 0 0 39 5 12.8 24 8 33.3 76 15 19.7 71 25 35.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 1.429336268 1.429336268 1 4.579645161 1.526548387 3 3.958521368 1.319507123 3 2.13880203 1.069401015 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.00000156 1 2.68E-13 1 6.51E-20 1 2.38E-39 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 122512066 T C DIRC2 CCDS3018.1 r.? - - upstream 28 0 0 31 5 16.1 15 1 6.7 58 2 3.4 56 11 19.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 1.797837025 1.797837025 1 0.921430108 0.921430108 1 0.683196581 0.683196581 1 1.190923858 1.190923858 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000000476 1 0.072431031 1 0.034352256 1 5.91E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 124411801 T C KALRN CCDS3028.1 r.? - - intronic 33 0 0 26 4 15.4 26 3 11.5 66 5 7.6 61 9 14.8 368 0 0 481 39 8.1 119 0 0 337 20 5.9 438 61 13.9 TRUE TRUE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 1.719670197 1.719670197 1 1.58155914 1.58155914 1 1.527145299 1.527145299 1 0.899269036 0.899269036 1 0.904501857 0.904501857 1 0 0 1 1.185547009 1.185547009 1 0.844583756 0.844583756 1 8 14 1 1 0.00000856 8.49E-34 0.000298167 1 0.0000217 1.74E-15 2.68E-11 2.24E-66 YES 1_1 1_0 1_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b 3 131053471 C G NEK11 CCDS3069.1 r.? - - intronic 21 0 0 30 7 23.3 14 3 21.4 46 4 8.7 53 17 32.1 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 2.601838675 0.984470958 2.64288007 2.943075269 2.943075269 1 1.748179487 1.748179487 1 1.950441624 0.975220812 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 1.44E-10 1 0.0000437 1 0.0000862 1 2.08E-26 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 131527476 A G CPNE4 CCDS3072.1 r.? - - intronic 33 0 0 44 6 13.6 15 1 6.7 79 0 0 76 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 1.518669785 1.518669785 1 0.921430108 0.921430108 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 9 NA 1 1 9.37E-08 1 0.072431031 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 132017955 G A - - - - - - 43 0 0 41 6 14.6 22 0 0 66 0 0 60 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 1.630336681 1.630336681 1 0 0 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 10 NA 1 1 6.05E-08 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 133655643 C T SLCO2A1 CCDS3084.1 r.? - - intronic 26 0 0 47 16 34 35 10 28.6 62 10 16.1 56 21 37.5 95 0 0 62 23 37.1 8 1 12.5 83 9 10.8 85 32 37.6 TRUE TRUE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 3.796674462 1.436567064 2.64288007 3.933268817 1.311089606 3 3.235136752 1.078378917 3 2.278553299 1.13927665 2 4.142841839 1.567548179 2.64288007 1.719086022 1.719086022 1 2.170153846 1.085076923 2 2.284629442 1.142314721 2 8 16 1 1 1.98E-25 5.9E-37 1.6E-15 0.039306956 8.29E-13 4.6E-10 5.43E-34 4.51E-51 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 134057919 C T - - - - - - 30 0 0 26 4 15.4 26 1 3.8 25 2 8 58 18 31 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 1.719670197 1.719670197 1 0.522602151 0.522602151 1 1.607521368 1.607521368 1 1.883604061 0.94180203 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.00000856 1 0.122190858 1 0.006948068 1 1.42E-27 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 134450854 A G EPHB1 ENST00000460895 r.? - - intronic 34 0 0 32 4 12.5 27 5 18.5 87 8 9.2 56 13 23.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 1.395836199 1.395836199 1 2.544247312 0.848082437 3 1.848649573 1.848649573 1 1.409664975 1.409664975 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.0000201 1 0.00000023 1 1.61E-08 1 1.89E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 135247057 A G - - - - - - 28 0 0 34 5 14.7 22 3 13.6 77 12 15.6 68 21 30.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 1 100 TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 1.64150337 1.64150337 1 1.870365591 1.870365591 1 3.134666667 1.044888889 3 1.877527919 0.938763959 2 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 6.076142132 6.076142132 1 8 NA 1 1 0.000000771 1 0.000179267 1 6.64E-15 1 7.15E-32 0.005 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 135666682 A C - - - - - - 31 0 0 37 4 10.8 23 2 8.7 82 10 12.2 59 18 30.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 1.206002476 1.206002476 1 1.196483871 1.196483871 1 2.451470085 0.817156695 3 1.85322335 0.926611675 2 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.0000362 1 0.00589844 1 1.51E-11 1 2.03E-27 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 136167976 G C STAG1 CCDS3090.1 r.? - - intronic 37 0 0 31 5 16.1 26 3 11.5 39 5 12.8 75 16 21.3 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 1.797837025 1.797837025 1 1.58155914 1.58155914 1 2.572034188 0.857344729 3 1.294218274 1.294218274 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000000476 1 0.000298167 1 0.00000156 1 9.88E-22 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 136525333 C T - - - - - - 32 0 0 39 5 12.8 34 1 2.9 70 5 7.1 72 17 23.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 1.429336268 1.429336268 1 0.398827957 0.398827957 1 1.426675214 1.426675214 1 1.433969543 1.433969543 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.00000156 1 0.156694864 1 0.0000289 1 7.97E-24 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 136791584 T C - - - - - - 32 0 0 42 4 9.5 28 0 0 47 3 6.4 62 9 14.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 1.060835511 1.060835511 1 0 0 1 1.286017094 1.286017094 1 0.881040609 0.881040609 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.0000601 1 1 1 0.001719595 1 3.12E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 138842286 C A MRPS22 CCDS3107.1 r.? - - intronic 33 0 0 37 5 13.5 24 3 12.5 63 2 3.2 61 8 13.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 1.507503095 1.507503095 1 1.719086022 1.719086022 1 0.643008547 0.643008547 1 0.795974619 0.795974619 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.00000119 1 0.000233853 1 0.03993132 1 9.09E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 139872196 C G CLSTN2 CCDS3112.1 r.? - - intronic 30 0 0 50 6 12 34 0 0 58 0 0 72 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 1.340002751 1.340002751 1 0 0 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 10 NA 1 1 0.000000206 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 141776785 G T TFDP2 CCDS43159.1 r.? - - intronic 39 0 0 27 4 14.8 31 2 6.5 69 0 0 60 6 10 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 1.65267006 1.65267006 1 0.893924731 0.893924731 1 0 0 1 0.607614213 0.607614213 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.00001 1 0.010558179 1 1 1 0.000000621 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 143608452 A T - - - - - - 33 0 0 45 5 11.1 19 3 15.8 63 0 0 58 9 15.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 1.239502545 1.239502545 1 2.172924731 2.172924731 1 0 0 1 0.94180203 0.94180203 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.00000323 1 0.000114071 1 1 1 1.67E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 143967910 T C - - - - - - 22 0 0 30 10 33.3 18 2 11.1 71 6 8.5 59 8 13.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 3.718507635 1.406990683 2.64288007 1.526548387 1.526548387 1 1.707991453 1.707991453 1 0.82635533 0.82635533 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 2.68E-16 1 0.003626632 1 0.00000169 1 6.9E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 143967911 C T - - - - - - 23 0 0 31 9 29 18 2 11.1 70 6 8.6 57 7 12.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 3.238339982 1.225307202 2.64288007 1.526548387 1.526548387 1 1.72808547 1.72808547 1 0.747365482 0.747365482 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 3.57E-14 1 0.003626632 1 0.00000156 1 1.66E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 143967928 T C - - - - - - 22 0 0 35 6 17.1 19 0 0 75 2 2.7 57 3 5.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 1.90950392 1.90950392 1 0 0 1 0.542538462 0.542538462 1 0.322035533 0.322035533 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 2.24E-08 1 1 1 0.054571821 1 0.002989991 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 144505566 G C - - - - - - 32 0 0 48 7 14.6 19 1 5.3 73 3 4.1 70 12 17.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 1.630336681 1.630336681 1 0.728892473 0.728892473 1 0.823854701 0.823854701 1 1.039020305 1.039020305 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 4.81E-09 1 0.090843738 1 0.005990531 1 1.99E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 144512834 A G - - - - - - 32 0 0 39 4 10.3 23 0 0 76 0 0 74 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 1.150169028 1.150169028 1 0 0 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 10 NA 1 1 0.0000447 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 145818142 C G PLOD2 CCDS3132.1 r.? - - intronic 32 0 0 47 12 25.5 23 7 30.4 75 13 17.3 69 21 30.4 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 2.847505846 1.077425298 2.64288007 4.180817204 1.393605735 3 3.476264957 1.158754986 3 1.847147208 0.923573604 2 NA NA 0 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 1.09E-17 1 1.79E-11 1 1.16E-16 1 1.02E-31 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 147286683 C T - - - - - - 30 0 0 33 4 12.1 20 2 10 32 0 0 62 12 19.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 1.351169441 1.351169441 1 1.375268817 1.375268817 1 0 0 1 1.178771574 1.178771574 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 0 NA 0 8 NA 1 1 0.0000228 1 0.004473894 1 1 1 4.19E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 147340672 G A - - - - - - 33 0 0 35 7 20 26 5 19.2 76 5 6.6 66 7 10.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 2.233337919 1.116668959 2 2.640516129 0.880172043 3 1.326205128 1.326205128 1 0.644071066 0.644071066 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 4.65E-10 1 0.000000188 1 0.000043 1 0.000000047 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 147714846 A G - - - - - - 27 0 0 38 7 18.4 23 2 8.7 70 4 5.7 92 11 12 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 2.054670885 1.027335443 2 1.196483871 1.196483871 1 1.145358974 1.145358974 1 0.729137056 0.729137056 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 8.61E-10 1 0.00589844 1 0.000440508 1 1.81E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 147833989 C A - - - - - - 33 0 0 38 5 13.2 31 0 0 86 1 1.2 63 7 11.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 1.474003026 1.474003026 1 0 0 1 0.241128205 0.241128205 1 0.674451777 0.674451777 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.00000137 1 1 1 0.350192164 1 3.38E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 149729811 G C PFN2 ENST00000494827 r.? - - intronic 38 0 0 39 4 10.3 25 2 8 32 0 0 57 9 15.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 1.150169028 1.150169028 1 1.100215054 1.100215054 1 0 0 1 0.960030457 0.960030457 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.0000447 1 0.006948068 1 1 1 1.42E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 154336700 G A - - - - - - 38 0 0 40 14 35 23 6 26.1 88 13 14.8 71 26 36.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 3.908341358 1.478819036 2.64288007 3.589451613 1.196483871 3 2.97391453 0.991304843 3 2.22386802 1.11193401 2 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 1.25E-22 1 1.47E-09 1 1.03E-15 1 2.11E-41 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 154416940 G C - - - - - - 34 0 0 35 5 14.3 24 2 8.3 81 0 0 74 4 5.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 1.596836612 1.596836612 1 1.141473118 1.141473118 1 0 0 1 0.328111675 0.328111675 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.000000895 1 0.006413403 1 1 1 0.00054411 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 155150658 T A PLCH1 ENST00000494598 r.? - - intronic 42 0 0 39 8 20.5 27 2 7.4 76 3 3.9 66 7 10.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 2.289171367 0.866165436 2.64288007 1.017698925 1.017698925 1 0.783666667 0.783666667 1 0.644071066 0.644071066 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 2.09E-11 1 0.00807567 1 0.006696581 1 0.000000047 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 156302607 G T - - - - - - 31 0 0 42 6 14.3 36 2 5.6 78 5 6.4 72 8 11.1 0 0 NA 2 0 0 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 1.596836612 1.596836612 1 0.770150538 0.770150538 1 1.286017094 1.286017094 1 0.674451777 0.674451777 1 0 NA 0 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 7.02E-08 1 0.014070883 1 0.0000487 1 3.52E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 156884686 T C - - - - - - 39 0 0 34 4 11.8 21 0 0 69 7 10.1 72 20 27.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 1.317669372 1.317669372 1 0 0 1 2.029495726 1.014747863 2 1.689167513 0.844583756 2 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.0000257 1 1 1 6.43E-08 1 2.32E-29 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 157283897 T A C3orf55 CCDS46943.1 r.? - - intronic 23 0 0 47 12 25.5 39 11 28.2 59 6 10.2 55 21 38.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 2.847505846 1.077425298 2.64288007 3.878258065 1.292752688 3 2.049589744 2.049589744 1 2.321086294 1.160543147 2 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 1.09E-17 1 7.2E-17 1 0.000000561 1 3.41E-34 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 157346655 C T C3orf55 ENST00000461040 r.? - - intronic 39 0 0 37 9 24.3 24 8 33.3 64 8 12.5 70 23 32.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 2.713505571 1.026722931 2.64288007 4.579645161 1.526548387 3 2.511752137 0.837250712 3 1.999050761 0.999525381 2 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 2.14E-13 1 2.68E-13 1 1.35E-09 1 1.7E-35 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 157428171 T C - - - - - - 26 0 0 49 5 10.2 37 1 2.7 75 6 8 72 8 11.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 1.139002339 1.139002339 1 0.371322581 0.371322581 1 1.607521368 1.607521368 1 0.674451777 0.674451777 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.00000496 1 0.169281299 1 0.00000234 1 3.52E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 157512029 A G - - - - - - 43 0 0 46 5 10.9 22 1 4.5 60 0 0 80 10 12.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 1.217169166 1.217169166 1 0.618870968 0.618870968 1 0 0 1 0.759517766 0.759517766 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.00000361 1 0.104413009 1 1 1 1.17E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 158254525 G A RSRC1 CCDS3181.1 r.? - - intronic 37 0 0 36 6 16.7 25 5 20 65 7 10.8 77 20 26 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 2 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 1.864837162 1.864837162 1 2.750537634 0.916845878 3 2.170153846 1.085076923 2 1.579796954 0.789898477 2 NA NA 0 0 0 1 0 0 1 NA NA 0 8 NA 1 1 2.68E-08 1 0.000000153 1 4.22E-08 1 1.07E-28 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 158600577 G A - - - - - - 32 0 0 42 8 19 26 3 11.5 85 7 8.2 80 19 23.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 2.121671023 1.060835511 2 1.58155914 1.58155914 1 1.647709402 1.647709402 1 1.446121827 1.446121827 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 3.96E-11 1 0.000298167 1 0.000000274 1 1.65E-26 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 160612791 G C PPM1L CCDS33886.1 r.? - - intronic 38 0 0 38 4 10.5 22 1 4.5 59 5 8.5 77 10 13 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 1.172502407 1.172502407 1 0.618870968 0.618870968 1 1.707991453 1.707991453 1 0.789898477 0.789898477 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.0000403 1 0.104413009 1 0.0000125 1 7.9E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 161527563 C T - - - - - - 37 0 0 36 5 13.9 28 0 0 86 0 0 68 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 1.552169853 1.552169853 1 0 0 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 10 NA 1 1 0.00000104 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 162680556 C A - - - - - - 38 0 0 24 4 16.7 18 2 11.1 69 5 7.2 72 7 9.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 1.864837162 1.864837162 1 1.526548387 1.526548387 1 1.446769231 1.446769231 1 0.589385787 0.589385787 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.00000613 1 0.003626632 1 0.0000269 1 8.66E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 162737221 A G - - - - - - 35 0 0 40 5 12.5 17 0 0 61 1 1.6 75 14 18.7 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 1.395836199 1.395836199 1 0 0 1 0.321504274 0.321504274 1 1.136238579 1.136238579 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.00000178 1 1 1 0.263440347 1 2.57E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 162903070 C T - - - - - - 41 0 0 44 11 25 28 2 7.1 63 8 12.7 60 18 30 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 2.791672398 1.056299312 2.64288007 0.97644086 0.97644086 1 2.551940171 0.850646724 3 1.82284264 0.91142132 2 NA NA 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 3.22E-16 1 0.008668191 1 1.18E-09 1 2.89E-27 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 163601439 T G - - - - - - 28 0 0 34 4 11.8 29 2 6.9 69 2 2.9 71 12 16.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 1.317669372 1.317669372 1 0.948935484 0.948935484 1 0.582726496 0.582726496 1 1.02686802 1.02686802 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 0 NA 0 8 NA 1 1 0.0000257 1 0.009279585 1 0.04704084 1 2.38E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 163626625 T A - - - - - - 19 0 0 33 5 15.2 25 0 0 64 0 0 58 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 1.697336818 1.697336818 1 0 0 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 10 NA 1 1 0.00000066 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 163833272 G T - - - - - - 29 0 0 45 5 11.1 21 2 9.5 75 2 2.7 68 5 7.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 1.239502545 1.239502545 1 1.306505376 1.306505376 1 0.542538462 0.542538462 1 0.449634518 0.449634518 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.00000323 1 0.004928472 1 0.054571821 1 0.0000251 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 164157686 A T - - - - - - 35 0 0 40 4 10 26 1 3.8 73 5 6.8 81 20 24.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 1.116668959 1.116668959 1 0.522602151 0.522602151 1 1.366393162 1.366393162 1 1.500807107 0.750403553 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.0000495 1 0.122190858 1 0.0000354 1 3.35E-28 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 164611237 A G - - - - - - 39 0 0 36 5 13.9 15 2 13.3 47 0 0 52 6 11.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 1.552169853 1.552169853 1 1.829107527 1.829107527 1 0 0 1 0.698756345 0.698756345 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.00000104 1 0.002513772 1 1 1 0.000000261 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 165477938 G A - - - - - - 34 0 0 28 6 21.4 19 3 15.8 66 4 6.1 53 8 15.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 2.389671573 0.904192211 2.64288007 2.172924731 2.172924731 1 1.225735043 1.225735043 1 0.917497462 0.917497462 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 5.36E-09 1 0.000114071 1 0.000351793 1 2.83E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 166447009 A G - - - - - - 33 0 0 34 5 14.7 22 0 0 63 0 0 78 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 1.64150337 1.64150337 1 0 0 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 10 NA 1 1 0.000000771 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 168448239 G T - - - - - - 33 0 0 45 6 13.3 25 3 12 61 1 1.6 80 14 17.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 1.485169716 1.485169716 1 1.650322581 1.650322581 1 0.321504274 0.321504274 1 1.063324873 1.063324873 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000000108 1 0.00026475 1 0.263440347 1 6.76E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 168459045 T A - - - - - - 37 0 0 39 5 12.8 22 4 18.2 90 6 6.7 77 11 14.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 1.429336268 1.429336268 1 2.502989247 2.502989247 1 1.346299145 1.346299145 1 0.868888325 0.868888325 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.00000156 1 0.00000425 1 0.00000679 1 2.41E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 168523355 C A - - - - - - 28 0 0 46 8 17.4 26 2 7.7 72 0 0 70 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 1.943003989 0.971501995 2 1.058956989 1.058956989 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 9 NA 1 1 8.61E-11 1 0.007502227 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 169416255 G T - - - - - - 25 0 0 34 5 14.7 24 1 4.2 70 10 14.3 64 23 35.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 1.64150337 1.64150337 1 0.577612903 0.577612903 1 2.873444444 0.957814815 3 2.181335025 1.090667513 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000000771 1 0.113346489 1 2.95E-12 1 1.44E-36 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 170122638 G T - - - - - - 30 0 0 24 4 16.7 16 1 6.2 35 0 0 55 10 18.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 1.864837162 1.864837162 1 0.852666667 0.852666667 1 0 0 1 1.105857868 1.105857868 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.00000613 1 0.077068876 1 1 1 2.33E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 170739908 C A SLC2A2 CCDS3215.1 r.? - - intronic 43 0 0 31 4 12.9 22 0 0 79 0 0 61 3 4.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 1.440502958 1.440502958 1 0 0 1 0 0 1 0.297730964 0.297730964 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.0000177 1 1 1 1 1 0.003623631 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 171661528 T C - - - - - - 30 0 0 48 5 10.4 35 4 11.4 40 5 12.5 79 21 26.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 1.161335718 1.161335718 1 1.567806452 1.567806452 1 2.511752137 0.837250712 3 1.616253807 0.808126904 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.00000447 1 0.0000289 1 0.00000178 1 2.69E-30 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 173552650 C T NLGN1 CCDS3222.1 r.? - - intronic 39 0 0 42 10 23.8 26 7 26.9 63 13 20.6 62 23 37.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 2.657672123 1.005596945 2.64288007 3.699473118 1.233157706 3 4.139367521 1.379789174 3 2.254248731 1.127124365 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 1.24E-14 1 4.73E-11 1 1.01E-17 1 5.9E-37 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 175418831 C A NAALADL2 CCDS46960.1 r.? - - intronic 21 0 0 42 4 9.5 34 3 8.8 70 0 0 69 7 10.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 1.060835511 1.060835511 1 1.210236559 1.210236559 1 0 0 1 0.613690355 0.613690355 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.0000601 1 0.000666058 1 1 1 6.43E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 176023364 A T - - - - - - 28 0 0 34 6 17.6 25 1 4 62 2 3.2 74 12 16.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 1.965337368 1.965337368 1 0.550107527 0.550107527 1 0.643008547 0.643008547 1 0.984335025 0.984335025 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 1.86E-08 1 0.117779757 1 0.038789653 1 4.02E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 180086991 A G - - - - - - 28 0 0 24 4 16.7 16 1 6.2 62 2 3.2 60 6 10 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 1.864837162 1.864837162 1 0.852666667 0.852666667 1 0.643008547 0.643008547 1 0.607614213 0.607614213 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.00000613 1 0.077068876 1 0.038789653 1 0.000000621 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 180768613 T C - - - - - - 36 0 0 40 6 15 36 3 8.3 84 0 0 72 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 1.675003439 1.675003439 1 1.141473118 1.141473118 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 9 NA 1 1 5.18E-08 1 0.000788827 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 181181857 T G - - - - - - 42 0 0 45 4 8.9 30 0 0 67 0 0 68 0 0 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0.993835374 0.993835374 1 0 0 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 10 NA 1 1 0.0000791 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 181463421 C G - - - - - - 31 0 0 32 4 12.5 23 0 0 53 1 1.9 71 11 15.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 1.395836199 1.395836199 1 0 0 1 0.381786325 0.381786325 1 0.94180203 0.94180203 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.0000201 1 1 1 0.233303855 1 9.49E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 182453487 G C - - - - - - 25 0 0 40 7 17.5 26 1 3.8 74 10 13.5 64 17 26.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 1.954170679 1.954170679 1 0.522602151 0.522602151 1 2.712692308 0.904230769 3 1.616253807 0.808126904 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 1.26E-09 1 0.122190858 1 5.24E-12 1 8.43E-25 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 183658505 G A ABCC5 CCDS43176.1 r.? - - intronic 30 0 0 27 5 18.5 19 2 10.5 54 5 9.3 64 18 28.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 2.065837575 2.065837575 1 1.444032258 1.444032258 1 1.86874359 1.86874359 1 1.707395939 0.85369797 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.00000023 1 0.004039874 1 0.00000806 1 1.1E-26 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 184378182 T C EIF2B5 ENST00000444495 r.? - - intronic 25 0 0 36 4 11.1 33 4 12.1 18 0 0 72 5 6.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 1.239502545 1.239502545 1 1.664075269 1.664075269 1 0 0 1 0.419253807 0.419253807 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.0000324 1 0.0000228 1 1 1 0.0000331 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 184422500 G C - - - - - - 43 0 0 42 5 11.9 23 0 0 73 0 0 83 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 1.328836062 1.328836062 1 0 0 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 10 NA 1 1 0.00000228 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 185461714 A C IGF2BP2 CCDS3273.2 r.? - - intronic 32 0 0 54 4 7.4 27 0 0 63 0 0 72 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0.82633503 0.82633503 1 0 0 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 10 NA 1 1 0.000161898 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 185651489 T C TRA2B CCDS33905.1 r.? - - intronic 37 0 0 43 5 11.6 13 1 7.7 77 7 9.1 61 8 13.1 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 1.295335993 1.295335993 1 1.058956989 1.058956989 1 1.828555556 1.828555556 1 0.795974619 0.795974619 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.00000257 1 0.063085307 1 0.000000138 1 9.09E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 186799058 A G ST6GAL1 CCDS3285.1 r.? - - downstream 29 0 0 37 6 16.2 25 5 20 44 5 11.4 61 15 24.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 1.809003714 1.809003714 1 2.750537634 0.916845878 3 2.290717949 2.290717949 1 1.494730964 1.494730964 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 3.18E-08 1 0.000000153 1 0.00000288 1 1.73E-21 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 188109070 T C LPP CCDS3291.1 r.? - - intronic 24 0 0 37 5 13.5 26 3 11.5 80 8 10 53 11 20.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 1.507503095 1.507503095 1 1.58155914 1.58155914 1 2.009401709 1.004700855 2 1.263837563 1.263837563 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.00000119 1 0.000298167 1 8.22E-09 1 3.07E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 189792310 A T LEPREL1 CCDS3294.1 r.? - - intronic 37 0 0 45 6 13.3 27 1 3.7 71 0 0 73 9 12.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 1.485169716 1.485169716 1 0.508849462 0.508849462 1 0 0 1 0.747365482 0.747365482 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.000000108 1 0.126579904 1 1 1 1.42E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 190449786 G A - - - - - - 21 0 0 32 4 12.5 24 2 8.3 62 1 1.6 58 6 10.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 1.395836199 1.395836199 1 1.141473118 1.141473118 1 0.321504274 0.321504274 1 0.62584264 0.62584264 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.0000201 1 0.006413403 1 0.267123145 1 0.000000506 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 190450256 C G - - - - - - 35 0 0 27 4 14.8 14 0 0 68 5 7.4 69 12 17.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 1.65267006 1.65267006 1 0 0 1 1.486957265 1.486957265 1 1.057248731 1.057248731 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.00001 1 1 1 0.0000251 1 1.65E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 191268267 C A - - - - - - 23 0 0 15 3 20 9 3 33.3 37 0 0 25 2 8 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 2.233337919 2.233337919 1 4.579645161 1.526548387 3 0 0 1 0.486091371 0.486091371 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.0000544 1 0.0000103 1 1 1 0.006948068 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 191881515 T A FGF12 CCDS3301.1 r.? - - intronic 37 0 0 39 4 10.3 29 2 6.9 83 2 2.4 53 8 15.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 1.150169028 1.150169028 1 0.948935484 0.948935484 1 0.48225641 0.48225641 1 0.917497462 0.917497462 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.0000447 1 0.009279585 1 0.065215002 1 2.83E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 191998604 T C FGF12 CCDS3301.1 r.? - - intronic 40 0 0 43 6 14 19 2 10.5 89 9 10.1 74 17 23 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 1.563336543 1.563336543 1 1.444032258 1.444032258 1 2.029495726 1.014747863 2 1.39751269 1.39751269 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 8.13E-08 1 0.004039874 1 8.66E-10 1 1.34E-23 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 192791515 A G - - - - - - 36 0 0 40 4 10 19 0 0 72 0 0 69 0 0 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 1.116668959 1.116668959 1 0 0 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 10 NA 1 1 0.0000495 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 193606002 C T - - - - - - 28 0 0 27 7 25.9 21 1 4.8 52 2 3.8 73 9 12.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 2.892172605 1.094326087 2.64288007 0.660129032 0.660129032 1 0.76357265 0.76357265 1 0.747365482 0.747365482 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 6.36E-11 1 0.099912572 1 0.028101652 1 1.42E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 194368217 A G LSG1 CCDS33922.1 r.? - - intronic 27 0 0 38 8 21.1 19 5 26.3 75 6 8 59 16 27.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 2.356171504 0.891516619 2.64288007 3.616956989 1.20565233 3 1.607521368 1.607521368 1 1.646634518 0.823317259 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 1.67E-11 1 3.43E-08 1 0.00000234 1 1.37E-23 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 195225175 A T - - - - - - 90 0 0 129 11 8.5 70 7 10 194 13 6.7 211 24 11.4 10 0 0 17 3 17.6 1 0 0 10 0 0 26 3 11.5 TRUE TRUE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0.949168615 0.949168615 1 1.375268817 1.375268817 1 1.346299145 1.346299145 1 0.692680203 0.692680203 1 1.965337368 1.965337368 1 0 0 1 0 0 1 0.698756345 0.698756345 1 8 15 1 1 7.56E-11 0.0000807 7.11E-08 1 3.09E-11 1 6.09E-25 0.000298167 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 196445178 C G PIGX CCDS3320.1 r.? - - intronic 43 0 0 38 14 36.8 24 2 8.3 36 7 19.4 76 26 34.2 1 0 0 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 4.10934177 1.554872587 2.64288007 1.141473118 1.141473118 1 3.898239316 1.299413105 3 2.078040609 1.039020305 2 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 5.28E-23 1 0.006413403 1 5.74E-10 1 1.8E-40 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 196465191 C T PAK2 CCDS3321.1 r.? - - upstream 44 0 0 34 5 14.7 24 6 25 67 6 9 76 11 14.5 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 1.64150337 1.64150337 1 3.438172043 1.146057348 3 1.808461538 1.808461538 1 0.881040609 0.881040609 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000000771 1 1.95E-09 1 0.0000012 1 2.08E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 196913939 G A DLG1 CCDS3327.1 r.? - - intronic 30 0 0 42 5 11.9 27 4 14.8 81 0 0 71 7 9.9 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 1.328836062 1.328836062 1 2.035397849 2.035397849 1 0 0 1 0.601538071 0.601538071 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.00000228 1 0.00001 1 1 1 7.85E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 197542252 G C LRCH3 CCDS3330.1 r.? - - intronic 42 0 0 48 4 8.3 23 0 0 78 0 0 71 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0.926835236 0.926835236 1 0 0 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 10 NA 1 1 0.000102016 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 1537987 G A - - - - - - 33 0 0 13 4 30.8 3 1 33.3 6 0 0 47 18 38.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 1 3 2 2 1 2 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 3.241333333 1.620666667 2 3.913645161 3.913645161 1 0 NA 0 2.327162437 1.163581218 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.000000431 1 0.014925125 1 1 1 1.52E-29 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 2307651 C T ZFYVE28 CCDS33942.1 r.? - - intronic 33 0 0 39 6 15.4 20 1 5 27 1 3.7 43 10 23.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 1 3 2 2 1 2 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.620666667 1.620666667 1 0.587634409 0.587634409 1 0.595478632 NA 0 1.415741117 1.415741117 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 4.43E-08 1 0.09538952 1 0.126579904 1 1.61E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 3906863 G C - - - - - - 33 0 0 43 7 16.3 22 3 13.6 56 6 10.7 65 10 15.4 0 0 NA 0 0 NA 1 1 100 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 1 3 2 2 1 2 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.715380952 1.715380952 1 1.598365591 1.598365591 1 1.722059829 1.722059829 1 0.935725888 0.935725888 1 NA NA 1 11.75268817 11.75268817 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 2.15E-09 1 0.000179267 0.005 0.000000409 1 1.36E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 5305716 A G STK32B CCDS3380.1 r.? - - intronic 42 0 0 38 5 13.2 13 3 23.1 52 4 7.7 56 22 39.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 1 3 2 2 1 2 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.389142857 1.389142857 1 2.714870968 2.714870968 1 1.239239316 1.239239316 1 2.387923858 1.193961929 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.00000137 1 0.0000344 1 0.000139698 1 4.34E-36 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 5498108 C T STK32B CCDS3380.1 r.? - - intronic 38 0 0 34 5 14.7 25 1 4 18 1 5.6 64 10 15.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 1 3 2 2 1 2 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.547 1.547 1 0.470107527 0.470107527 1 0.901264957 NA 0 0.947878173 0.947878173 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.000000771 1 0.117779757 1 0.086275114 1 1.16E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 5756555 G A EVC CCDS3383.1 r.? - - intronic 31 0 0 30 6 20 21 3 14.3 17 2 11.8 54 16 29.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 1 3 2 2 1 2 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.104761905 1.052380952 2 1.680634409 1.680634409 1 1.899094017 1.899094017 1 1.798538071 0.899269036 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 8.37E-09 1 0.000155401 1 0.003234386 1 2.69E-24 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 9719303 G A - - - - - - 31 0 0 37 5 13.5 14 0 0 44 2 4.5 70 10 14.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 1 4 2 2 1 3 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.420714286 1.420714286 1 0 0 1 0.724230769 0.724230769 1 1.011888325 1.011888325 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.00000119 1 1 1 0.020580492 1 2.95E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 10249528 T A - - - - - - 25 0 0 30 7 23.3 25 4 16 81 8 9.9 79 28 35.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 1 4 2 2 1 3 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.452047619 1.22602381 2 1.880430108 1.880430108 1 1.593307692 1.593307692 1 2.504954315 0.834984772 3 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 1.44E-10 1 0.00000727 1 9.08E-09 1 5.51E-44 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 10467884 G C - - - - - - 24 0 0 51 4 7.8 22 0 0 42 0 0 65 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 1 4 2 2 1 3 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.820857143 0.820857143 1 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.000129466 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 11280721 G C - - - - - - 46 0 0 45 5 11.1 22 1 4.5 70 2 2.9 68 6 8.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 1 3 2 2 1 2 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.168142857 1.168142857 1 0.528870968 0.528870968 1 0.466726496 0.466726496 1 0.534700508 0.534700508 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.00000323 1 0.104413009 1 0.048267597 1 0.00000131 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 11469323 G A - - - - - - 23 0 0 39 5 12.8 19 1 5.3 31 1 3.2 47 7 14.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 1 3 2 2 1 2 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.347047619 1.347047619 1 0.622892473 0.622892473 1 0.515008547 NA 0 0.905345178 0.905345178 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.00000156 1 0.090843738 1 0.143917729 1 4.12E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 12274346 G A - - - - - - 41 0 0 23 5 21.7 17 3 17.6 67 8 11.9 56 14 25 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 1 3 2 2 1 2 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.283666667 2.283666667 1 2.068473118 2.068473118 1 1.915188034 1.915188034 1 1.519035533 1.519035533 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 9.75E-08 1 0.0000807 1 1.96E-09 1 2.91E-20 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 16980258 C A - - - - - - 42 0 0 45 6 13.3 25 6 24 43 4 9.3 46 18 39.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 1 3 2 2 1 2 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.399666667 1.399666667 1 2.820645161 1.410322581 2 1.49674359 1.49674359 1 2.375771574 1.187885787 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000000108 1 2.55E-09 1 0.000066 1 9.41E-30 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 16980457 C A - - - - - - 27 0 0 26 5 19.2 25 6 24 30 6 20 42 18 42.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 1 3 2 2 1 2 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.020571429 2.020571429 1 2.820645161 1.410322581 2 3.218803419 3.218803419 1 2.606664975 1.303332487 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000000188 1 2.55E-09 1 8.37E-09 1 1.2E-30 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 17589480 G A LAP3 CCDS3422.1 r.? - - intronic 24 0 0 30 7 23.3 17 2 11.8 55 2 3.6 48 14 29.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 6 2 1 1 3 1 1 1 3 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.219047619 2.219047619 1 1.268817204 1.268817204 1 0.759384615 0.759384615 1 1.482233503 1.482233503 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 1.44E-10 1 0.003234386 1 0.031164417 1 2.51E-21 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 18169650 G A - - - - - - 36 0 0 29 4 13.8 15 2 13.3 80 3 3.8 51 9 17.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 6 2 1 1 3 1 1 1 3 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.314285714 1.314285714 1 1.430107527 1.430107527 1 0.80157265 0.80157265 1 0.893401015 0.893401015 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.0000134 1 0.002513772 1 0.007711832 1 4.92E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 18390203 G C - - - - - - 43 0 0 32 4 12.5 19 2 10.5 80 4 5 41 8 19.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 6 2 1 1 3 1 1 1 3 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.19047619 1.19047619 1 1.129032258 1.129032258 1 1.054700855 1.054700855 1 0.989847716 0.989847716 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.0000201 1 0.004039874 1 0.000730349 1 3.22E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 18525634 T C - - - - - - 44 0 0 30 4 13.3 20 1 5 52 4 7.7 34 6 17.6 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 6 2 1 1 3 1 1 1 3 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.266666667 1.266666667 1 0.537634409 0.537634409 1 1.624239316 1.624239316 1 0.893401015 0.893401015 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.0000154 1 0.09538952 1 0.000139698 1 1.86E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 18618817 A C - - - - - - 34 0 0 39 4 10.3 17 0 0 60 0 0 38 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 6 2 1 1 3 1 1 1 3 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.980952381 0.980952381 1 0 0 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 10 NA 1 1 0.0000447 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 19982926 A C - - - - - - 34 0 0 45 8 17.8 20 1 5 71 0 0 40 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 6 2 1 1 3 1 1 1 3 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.695238095 1.695238095 1 0.537634409 0.537634409 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 9 NA 1 1 7.14E-11 1 0.09538952 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 20409908 C A SLIT2 ENST00000504154 r.? - - intronic 28 0 0 43 7 16.3 17 3 17.6 66 0 0 45 11 24.4 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 6 2 1 1 3 1 1 1 3 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.552380952 1.552380952 1 1.892473118 1.892473118 1 0 0 1 1.23857868 1.23857868 1 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 2.15E-09 1 0.0000807 1 1 1 4.24E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 21009720 C G KCNIP4 CCDS43217.1 r.? - - intronic 29 0 0 33 5 15.2 18 1 5.6 65 2 3.1 45 8 17.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 6 2 1 1 3 1 1 1 3 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.447619048 1.447619048 1 0.602150538 NA 0 0.65391453 0.65391453 1 0.903553299 0.903553299 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.00000066 1 0.086275114 1 0.042252341 1 7.14E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 23195778 C G - - - - - - 31 0 0 34 5 14.7 17 1 5.9 63 4 6.3 37 6 16.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 6 2 1 1 3 1 1 1 3 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.4 1.4 1 0.634408602 0.634408602 1 1.328923077 1.328923077 1 0.822335025 0.822335025 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000000771 1 0.081683532 1 0.000294233 1 3.18E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 24095508 G C - - - - - - 23 0 0 117 6 5.1 55 1 1.8 161 3 1.9 291 5 1.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 34 35 51 32 33 34 48 31 1 1 3 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.117714286 2.117714286 1 0.787548387 0.787548387 1 1.255786325 1.255786325 1 0.596294416 0.596294416 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.0000304 1 0.240951649 1 0.047709755 1 0.016259381 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 27172204 G C - - - - - - 35 0 0 47 5 10.6 19 0 0 55 0 0 44 0 0 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.00952381 1.00952381 1 0 0 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 10 NA 1 1 0.00000402 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 28424072 G C - - - - - - 30 0 0 30 5 16.7 16 1 6.2 74 0 0 51 6 11.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.59047619 1.59047619 1 0.666666667 0.666666667 1 0 0 1 0.598984772 0.598984772 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.000000401 1 0.077068876 1 1 1 0.000000232 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 28663649 C G - - - - - - 34 0 0 38 5 13.2 13 2 15.4 62 3 4.8 48 13 27.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.257142857 1.257142857 1 1.655913978 1.655913978 1 0.916512821 0.916512821 1 1.375634518 1.375634518 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.00000137 1 0.001879825 1 0.003793816 1 2E-19 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 29282135 C T - - - - - - 30 0 0 39 6 15.4 19 0 0 60 4 6.7 45 15 33.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.466666667 1.466666667 1 0 0 1 1.279299145 1.279299145 1 1.69035533 1.69035533 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 4.43E-08 1 1 1 0.000243755 1 9.14E-24 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 19 11776548 T A - - - - - - 20 1 5 32 3 9.4 28 1 3.6 46 2 4.3 52 2 3.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4.49637224 3 2 2 1 2 1 1 0 1 1 1 -2.49637224 1 NA NA 2 NA NA NA 0 NA NA NA 3.49637224 NA 0.989238095 0.989238095 1 0.423096774 0.423096774 1 0.842386741 0.842386741 1 0.230893401 0.230893401 1 NA NA 1 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 1 8 NA 0.09538952 1 0.000556213 1 0.130947004 1 0.022369545 1 0.028101652 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 29407361 G A - - - - - - 29 0 0 37 5 13.5 22 1 4.5 53 7 13.2 36 6 16.7 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.285714286 1.285714286 1 0.483870968 0.483870968 1 2.520410256 1.260205128 2 0.847715736 0.847715736 1 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.00000119 1 0.104413009 1 9.85E-09 1 2.68E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 29760247 G A - - - - - - 37 0 0 37 5 13.5 16 2 12.5 61 0 0 51 12 23.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.285714286 1.285714286 1 1.344086022 1.344086022 1 0 0 1 1.192893401 1.192893401 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.00000119 1 0.002863359 1 1 1 3.24E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 30180821 C T ENSG00000237496 ENST00000424014 r.? - - intronic 20 0 0 25 4 16 17 3 17.6 73 6 8.2 41 8 19.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.523809524 1.523809524 1 1.892473118 1.892473118 1 1.565709402 1.565709402 1 0.989847716 0.989847716 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.00000727 1 0.0000807 1 0.000002 1 3.22E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 30271889 T C ENSG00000237496 ENST00000424014 r.? - - intronic 31 0 0 25 4 16 23 4 17.4 65 0 0 43 13 30.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.523809524 1.523809524 1 1.870967742 1.870967742 1 0 0 1 1.532994924 1.532994924 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.00000727 1 0.00000513 1 1 1 3.88E-20 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 30755637 A T PCDH7 CCDS43220.1 r.? - - intronic 28 0 0 43 8 18.6 24 2 8.3 62 2 3.2 38 6 15.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.771428571 1.771428571 1 0.892473118 0.892473118 1 0.611008547 0.611008547 1 0.802030457 0.802030457 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 4.85E-11 1 0.006413403 1 0.038789653 1 3.76E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 32478479 C T - - - - - - 44 0 0 39 7 17.9 21 2 9.5 55 2 3.6 51 10 19.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.704761905 1.704761905 1 1.021505376 1.021505376 1 0.687384615 0.687384615 1 0.994923858 0.994923858 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 1.04E-09 1 0.004928472 1 0.031164417 1 1.04E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 33703699 G A - - - - - - 35 0 0 31 5 16.1 21 3 14.3 70 4 5.7 37 7 18.9 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.533333333 1.533333333 1 1.537634409 1.537634409 1 1.088358974 1.088358974 1 0.959390863 0.959390863 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000000476 1 0.000155401 1 0.000440508 1 7.05E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 33853632 A T - - - - - - 32 0 0 29 5 17.2 16 2 12.5 63 1 1.6 47 10 21.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.638095238 1.638095238 1 1.344086022 1.344086022 1 0.305504274 0.305504274 1 1.081218274 1.081218274 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000000336 1 0.002863359 1 0.27078753 1 4.27E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 33954523 G C - - - - - - 27 0 0 32 4 12.5 16 2 12.5 43 1 2.3 44 11 25 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.19047619 1.19047619 1 1.344086022 1.344086022 1 0.439162393 0.439162393 1 1.269035533 1.269035533 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.0000201 1 0.002863359 1 0.193893409 1 3.22E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 34770611 A C - - - - - - 36 0 0 40 7 17.5 20 1 5 44 0 0 55 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.666666667 1.666666667 1 0.537634409 0.537634409 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 9 NA 1 1 1.26E-09 1 0.09538952 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 34917888 C T - - - - - - 32 0 0 25 4 16 15 0 0 61 0 0 41 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.523809524 1.523809524 1 0 0 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 10 NA 1 1 0.00000727 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 34935446 C T - - - - - - 45 0 0 30 4 13.3 28 1 3.6 70 4 5.7 39 4 10.3 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.266666667 1.266666667 1 0.387096774 0.387096774 1 1.088358974 1.088358974 1 0.52284264 0.52284264 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.0000154 1 0.130947004 1 0.000440508 1 0.0000447 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 35508252 G T - - - - - - 31 0 0 33 4 12.1 21 0 0 65 6 9.2 43 10 23.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.152380952 1.152380952 1 0 0 1 1.756649573 1.756649573 1 1.182741117 1.182741117 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.0000228 1 1 1 0.000001 1 1.61E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 35786746 G T - - - - - - 31 0 0 35 4 11.4 17 1 5.9 81 1 1.2 52 11 21.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.085714286 1.085714286 1 0.634408602 0.634408602 1 0.229128205 0.229128205 1 1.076142132 1.076142132 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.0000289 1 0.081683532 1 0.333700419 1 2.44E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 36169153 G C ARAP2 CCDS3441.1 r.? - - intronic 39 0 0 33 6 18.2 22 0 0 65 0 0 49 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.733333333 1.733333333 1 0 0 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 10 NA 1 1 1.54E-08 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 36343906 T C DTHD1 CCDS47039.1 r.? - - intronic 25 0 0 151 125 82.8 107 92 86 194 130 67 362 333 92 3 0 0 1 1 100 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 40 42 54 21 39 41 52 19 1 1 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 39.34971429 1.008967033 39 43.64731183 1.064568581 41 46.29299145 1.006369379 46 22.15005076 1.165792145 19 47.52380952 1.218559219 39 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 2.35E-259 0.005 1.41E-194 1 8.66E-248 1 0 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 36553649 T A - - - - - - 46 0 0 187 13 7 79 3 3.8 207 7 3.4 365 10 2.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 40 42 54 21 39 41 52 19 1 1 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 3.326666667 1.108888889 3 1.928602151 1.928602151 1 2.349196581 1.174598291 2 0.650055838 0.650055838 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 1.95E-11 1 0.007450026 1 0.0000954 1 0.00002 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 38729033 C T - - - - - - 26 0 0 37 6 16.2 25 3 12 16 2 12.5 50 4 8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2.368608171 3.514354775 3.740606529 1 1 2 2 1 1 1 1 1 0.631391829 0.485645225 0.259393471 NA 2 2 3 NA 1 2 1 NA 0.368608171 0.514354775 0.740606529 1.542857143 1.542857143 1 1.334555561 1.334555561 1 2.326046484 2.326046484 1 0.545339893 0.545339893 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 3.18E-08 1 0.00026475 1 0.002863359 1 0.000119787 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 39975596 A C PDS5A CCDS47045.1 r.? - - intronic 18 0 0 43 5 11.6 19 1 5.3 23 0 0 56 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 2.368608171 3.514354775 3.740606529 3 1 2 2 1 1 1 1 1 0.631391829 0.485645225 0.259393471 NA 2 2 3 NA 1 2 1 NA 0.368608171 0.514354775 0.740606529 1.336761905 1.336761905 1 0.589428706 NA 0 0 0 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.00000257 1 0.090843738 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 40934792 A G APBB2 CCDS3837.1 r.? - - intronic 32 0 0 33 5 15.2 18 3 16.7 46 4 8.7 44 8 18.2 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2.368608171 3.514354775 2 1 1 2 1 1 1 1 1 1 0.631391829 0.485645225 1 NA 2 2 NA NA 1 2 NA NA 0.368608171 0.514354775 NA 1.447619048 1.447619048 1 1.857256489 1.857256489 1 1.618928353 1.618928353 1 0.923857868 0.923857868 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.00000066 1 0.0000964 1 0.0000862 1 5.9E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 43194714 T G - - - - - - 30 0 0 36 4 11.1 19 3 15.8 68 5 7.4 42 6 14.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2.368608171 3.514354775 2 1 1 2 1 1 1 1 1 1 0.631391829 0.485645225 1 NA 2 2 NA NA 1 2 NA NA 0.368608171 0.514354775 NA 1.057142857 1.057142857 1 1.757164822 1.757164822 1 1.377019518 1.377019518 1 0.725888325 0.725888325 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.0000324 1 0.000114071 1 0.0000251 1 7.02E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 44080185 G A - - - - - - 26 0 0 103 62 60.2 51 36 70.6 166 89 53.6 218 170 78 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 2 0 0 0 0 NA FALSE FALSE NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1.67E-114 1 4.31E-71 1 4.14E-157 1 0 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 44141914 A G - - - - - - 42 0 0 106 6 5.7 69 2 2.9 136 5 3.7 238 16 6.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 16 16 25 16 15 15 22 15 1 1 3 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.340857143 1.340857143 1 0.717827957 0.717827957 1 1.483478632 1.483478632 1 1.278101523 1.278101523 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.0000174 1 0.04704084 1 0.000653795 1 1.62E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 44266647 G T KCTD8 CCDS3467.1 r.? - - intronic 43 0 0 90 10 11.1 63 5 7.9 38 5 13.2 237 46 19.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 16 16 25 16 15 15 22 15 1 1 3 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.611142857 0.870380952 3 1.955462366 1.955462366 1 5.292410256 1.058482051 5 3.700771574 0.925192893 4 NA NA 0 NA NA 1 0 0 1 NA NA 1 8 NA 1 1 3.88E-11 1 0.0000173 1 0.00000137 1 1.63E-57 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 44282551 G C KCTD8 CCDS3467.1 r.? - - intronic 36 0 0 117 8 6.8 59 3 5.1 142 4 2.8 240 6 2.5 0 0 NA 0 0 NA 4 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 16 16 25 16 15 15 22 15 1 1 3 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.599619048 1.599619048 1 1.262387097 1.262387097 1 1.122632479 1.122632479 1 0.476903553 0.476903553 1 NA NA 0 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000000164 1 0.003297476 1 0.005874568 1 0.001441432 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 44527378 T C - - - - - - 29 0 0 71 5 7 34 0 0 91 0 0 137 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 16 16 25 16 15 15 22 15 1 1 3 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.646666667 1.646666667 1 0 0 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 10 NA 1 1 0.0000309 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 44619110 A G YIPF7 ENST00000415895 r.? - - downstream 40 0 0 62 5 8.1 33 2 6.1 112 2 1.8 140 12 8.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 16 16 25 16 15 15 22 15 1 1 3 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.905428571 1.905428571 1 1.509913978 1.509913978 1 0.721692308 0.721692308 1 1.640548223 1.640548223 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000016 1 0.011909843 1 0.10855951 1 9.85E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 45054241 G C - - - - - - 36 0 0 101 5 5 56 0 0 38 0 0 198 10 5.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 16 16 25 16 15 15 22 15 1 1 3 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.176190476 1.176190476 1 0 0 1 0 0 1 0.972883249 0.972883249 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000166173 1 1 1 1 1 8.43E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 45239914 A C - - - - - - 32 0 0 95 7 7.4 47 1 2.1 123 4 3.3 201 7 3.5 0 0 NA 0 0 NA 4 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 16 16 25 16 15 15 22 15 1 1 3 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.740761905 1.740761905 1 0.519806452 0.519806452 1 1.323102564 1.323102564 1 0.667664975 0.667664975 1 NA NA 0 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000000588 1 0.209895027 1 0.003538999 1 0.0000794 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 45367666 C T - - - - - - 24 0 0 31 5 16.1 15 1 6.7 64 5 7.8 42 7 16.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 16 4 2 1 15 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.533333333 1.533333333 1 1.658430108 1.658430108 1 1.489333333 1.489333333 1 0.847715736 0.847715736 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000000476 1 0.072431031 1 0.0000186 1 1.81E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 45482821 T C - - - - - - 38 0 0 27 4 14.8 15 2 13.3 51 3 5.9 38 7 18.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3.440933507 4 2 1 2 2 1 1 1 2 1 1 0.559066493 1 1 NA 2 NA NA NA 2 NA NA NA 0.440933507 NA NA 1.40952381 1.40952381 1 1.621751683 1.621751683 1 1.126547009 1.126547009 1 0.934010152 0.934010152 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.00001 1 0.002513772 1 0.002175924 1 8.61E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 46038600 C A GABRG1 CCDS3470.1 r.5971g>u c.? p.? 3'UTR variant 42 0 0 32 5 15.6 13 1 7.7 63 4 6.3 44 6 13.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3.440933507 4 2 1 2 2 1 1 1 2 1 1 0.559066493 1 1 NA 2 NA NA NA 2 NA NA NA 0.440933507 NA NA 1.485714286 1.485714286 1 0.938908869 0.938908869 1 1.202923077 1.202923077 1 0.69035533 0.69035533 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000000562 1 0.063085307 1 0.000294233 1 9.37E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 47097060 C T GABRB1 CCDS3474.1 r.? - - intronic 38 0 0 31 7 22.6 15 1 6.7 66 4 6.1 44 5 11.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 3.440933507 4 2 1 2 2 1 1 1 2 1 1 0.559066493 1 1 NA 2 NA NA NA 2 NA NA NA 0.440933507 NA NA 2.152380952 2.152380952 1 0.816972652 NA 0 1.164735043 1.164735043 1 0.578680203 0.578680203 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1.85E-10 1 0.072431031 1 0.000351793 1 0.00000288 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 47117035 C A GABRB1 CCDS3474.1 r.? - - intronic 36 0 0 35 7 20 19 0 0 54 0 0 55 0 0 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3.440933507 4 2 1 2 2 1 1 1 2 1 1 0.559066493 1 1 NA 2 NA NA NA 2 NA NA NA 0.440933507 NA NA 1.904761905 1.904761905 1 0 0 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 10 NA 1 1 4.65E-10 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 48889884 C T OCIAD2 CCDS3485.1 r.? - - intronic 35 0 0 46 6 13 22 3 13.6 110 15 13.6 47 0 0 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 3.440933507 16 2 3 2 14 1 1 1 2 1 1 0.559066493 1 1 NA 2 NA NA NA 2 NA NA NA 0.440933507 NA NA 1.498095238 1.498095238 1 1.658332548 1.658332548 1 4.228786325 1.057196581 4 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000000123 1 0.000179267 1 2.3E-17 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 48890016 C A OCIAD2 CCDS3485.1 r.? - - intronic 30 0 0 37 8 21.6 25 2 8 88 24 27.3 51 0 0 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA FALSE FALSE 4 3.440933507 16 2 3 2 14 1 1 1 2 1 1 0.559066493 1 1 NA 2 NA NA NA 2 NA NA NA 0.440933507 NA NA 2.489142857 0.829714286 3 0.975489734 0.975489734 1 8.488666667 0.943185185 9 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1.33E-11 1 0.006948068 1 1.03E-34 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 48890052 C G OCIAD2 CCDS3485.1 r.? - - intronic 32 0 0 31 5 16.1 26 2 7.7 92 24 26.1 48 0 0 1 0 0 0 0 NA 1 0 0 2 0 0 0 0 NA FALSE FALSE 4 3.440933507 16 2 3 2 14 1 1 1 2 1 1 0.559066493 1 1 NA 2 NA NA NA 2 NA NA NA 0.440933507 NA NA 1.855333333 1.855333333 1 0.938908869 0.938908869 1 8.115538462 1.014442308 8 0 NA 0 NA NA 0 0 0 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000000476 1 0.007502227 1 3.47E-34 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 48890234 C A OCIAD2 CCDS3485.1 r.? - - intronic 41 0 0 50 10 20 20 4 20 89 19 21.3 53 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 3.440933507 16 2 3 2 14 1 1 1 2 1 1 0.559066493 1 1 NA 2 NA NA NA 2 NA NA NA 0.440933507 NA NA 2.304761905 1.152380952 2 2.438724336 2.438724336 1 6.623025641 0.94614652 7 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 8.36E-14 1 0.00000284 1 1.55E-25 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 48890625 C G OCIAD2 CCDS3485.1 r.? - - intronic 25 0 0 38 5 13.2 25 3 12 113 16 14.2 44 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA FALSE FALSE 4 3.440933507 16 2 3 2 14 1 1 1 2 1 1 0.559066493 1 1 NA 2 NA NA NA 2 NA NA NA 0.440933507 NA NA 1.521142857 1.521142857 1 1.463234601 1.463234601 1 4.415350427 1.103837607 4 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.00000137 1 0.00026475 1 1.07E-18 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 48890830 C G OCIAD2 CCDS3485.1 r.? - - intronic 31 0 0 52 9 17.3 26 2 7.7 99 13 13.1 50 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 3.440933507 16 2 3 2 14 1 1 1 2 1 1 0.559066493 1 1 NA 2 NA NA NA 2 NA NA NA 0.440933507 NA NA 1.993619048 0.996809524 2 0.938908869 0.938908869 1 4.073316239 1.01832906 4 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 5.92E-12 1 0.007502227 1 5.06E-15 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 52834469 C T - - - - - - 35 0 0 27 6 22.2 19 4 21.1 95 33 34.7 40 10 25 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 3.440933507 13 2 3 2 11 1 1 1 2 1 1 0.559066493 1 1 NA 2 NA NA NA 2 NA NA NA 0.440933507 NA NA 2.558285714 0.852761905 3 2.572854174 2.572854174 1 9.748623932 0.974862393 10 1.269035533 1.269035533 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 4.23E-09 1 0.00000228 1 3.26E-51 1 7.22E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 54302225 C T FIP1L1 CCDS3491.1 r.? - - intronic 23 0 0 44 8 18.2 25 6 24 95 13 13.7 84 24 28.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 5.560851641 13 5.550323465 5 4 11 4 1 1 2 1 1 0.439148359 1 0.449676535 NA 5 NA 5 NA 1 NA 1 NA 0.560851641 NA 0.550323465 2.461333333 0.820444444 3 3.435249555 0.964726953 3.560851641 3.848880342 0.962220085 4 2.467169161 0.967394605 2.550323465 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 5.9E-11 1 2.55E-09 1 2.91E-15 1 2.87E-35 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 54555483 A G AC110792.1 ENST00000511394 r.? - - intronic 39 0 0 58 21 36.2 18 5 27.8 89 35 39.3 68 31 45.6 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 5.560851641 13 5.550323465 5 4 11 4 1 1 2 1 1 0.439148359 1 0.449676535 NA 5 NA 5 NA 1 NA 1 NA 0.560851641 NA 0.550323465 4.895619048 0.97912381 5 3.979164068 0.994791017 4 11.04094872 1.003722611 11 3.933668312 0.983417078 4 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 1.34E-33 1 2.54E-08 1 1.55E-56 1 8.53E-53 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 54570117 T C AC110792.1 ENST00000511394 r.? - - intronic 28 0 0 52 13 25 35 7 20 87 13 14.9 74 12 16.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 5.560851641 13 5.550323465 5 4 11 4 1 1 2 1 1 0.439148359 1 0.449676535 NA 5 NA 5 NA 1 NA 1 NA 0.560851641 NA 0.550323465 3.380952381 1.126984127 3 2.862707963 0.954235988 3 4.186008547 1.046502137 4 1.397487427 1.397487427 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 6.47E-19 1 4.65E-10 1 8.85E-16 1 4.02E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 54965576 C G GSX2 CCDS3494.1 r.? - - upstream 28 0 0 46 4 8.7 37 1 2.7 60 10 16.7 73 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 5.560851641 13 5.550323465 5 4 11 4 1 1 2 1 1 0.439148359 1 0.449676535 NA 5 NA 5 NA 1 NA 1 NA 0.560851641 NA 0.550323465 1.176571429 1.176571429 1 0.386465575 0.386465575 1 4.691700855 0.938340171 5 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.0000862 1 0.169281299 1 5.86E-13 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 55530515 T A KIT CCDS3496.1 r.? - - intronic 24 0 0 58 4 6.9 27 1 3.7 78 16 20.5 94 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 5.560851641 13 5.550323465 5 4 11 4 1 1 2 1 1 0.439148359 1 0.449676535 NA 5 NA 5 NA 1 NA 1 NA 0.560851641 NA 0.550323465 0.933142857 0.933142857 1 0.529600973 0.529600973 1 5.759273504 0.959878917 6 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000213772 1 0.126579904 1 1.96E-21 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 55754349 T A - - - - - - 32 0 0 64 11 17.2 35 6 17.1 98 11 11.2 90 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 5.560851641 13 5.550323465 5 4 11 4 1 1 2 1 1 0.439148359 1 0.449676535 NA 5 NA 5 NA 1 NA 1 NA 0.560851641 NA 0.550323465 2.326095238 1.163047619 2 2.447615308 0.955781768 2.560851641 3.146529915 1.048843305 3 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 7 NA 1 1 2.85E-14 1 2.24E-08 1 3.67E-12 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 55968128 G C KDR CCDS3497.1 r.2498c>g c.2202C>G p.L734L silent 35 0 0 52 11 21.2 30 5 16.7 105 18 17.1 81 6 7.4 382 0 0 675 129 19.1 483 14 2.9 1019 117 11.5 749 74 9.9 TRUE TRUE 6 5.560851641 13 5.550323465 5 4 11 4 1 1 2 1 1 0.439148359 1 0.449676535 NA 5 NA 5 NA 1 NA 1 NA 0.560851641 NA 0.550323465 2.867047619 0.95568254 3 2.390361149 0.933424299 2.560851641 4.804076923 0.960815385 5 0.638358454 0.638358454 1 2.583047619 0.861015873 3 0.415092655 0.740111331 0.560851641 3.230811966 1.076937322 3 0.854020094 0.854020094 1 8 12 1 1 2.44E-15 3.85E-157 0.000000401 0.000000246 2.02E-22 1.52E-115 0.00000368 7.02E-69 YES 1_1 1_1 1_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b 4 56012868 C A - - - - - - 28 0 0 75 14 18.7 34 4 11.8 102 27 26.5 89 10 11.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 5.560851641 13 5.550323465 5 4 11 4 1 1 2 1 1 0.439148359 1 0.449676535 NA 5 NA 5 NA 1 NA 1 NA 0.560851641 NA 0.550323465 2.528952381 0.842984127 3 1.688997698 1.688997698 1 7.44491453 1.063559219 7 0.966164147 0.966164147 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 2.57E-18 1 0.0000257 1 1.85E-38 1 3.47E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 56092777 C T - - - - - - 23 0 0 47 7 14.9 31 6 19.4 98 3 3.1 82 21 25.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 5.560851641 13 NA 5 4 11 NA 1 1 2 NA 1 0.439148359 1 NA NA 5 NA NA NA 1 NA NA NA 0.560851641 NA NA 2.015047619 1.00752381 2 2.776826724 0.925608908 3 0.87091453 0.87091453 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 4.12E-09 1 1.03E-08 1 0.013362835 1 6.53E-30 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 57121317 G T ENSG00000109265 CCDS43230.1 r.? - - intronic 14 0 0 33 7 21.2 18 0 0 48 10 20.8 33 0 0 144 2 1.4 411 57 13.9 492 2 0.4 462 81 17.5 329 3 0.9 FALSE FALSE 6 5.560851641 13 4 5 4 11 3 1 1 2 1 1 0.439148359 1 1 NA 5 NA NA NA 1 NA NA NA 0.560851641 NA NA 2.867047619 0.95568254 3 0 0 1 5.843555556 0.973925926 6 0 NA 0 1.879809524 0.939904762 2 0.057254159 NA 0 4.916452991 0.983290598 5 0.063685279 NA 0 NA NA 1 0.162538846 2.98E-10 4.96E-62 1 0.705163873 5.37E-14 4.27E-96 1 0.228100056 YES 1_1 0_0 1_1 0_0 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b 4 58426558 C G - - - - - - 41 0 0 55 4 7.3 21 2 9.5 92 0 0 81 14 17.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 5.560851641 13 4 5 4 11 3 1 1 2 1 1 0.439148359 1 1 NA 5 NA NA NA 1 NA NA NA 0.560851641 NA NA 0.987238095 0.987238095 1 1.359786282 1.359786282 1 0 0 1 1.224172589 1.224172589 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.000173903 1 0.004928472 1 1 1 8.14E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 58565499 A C - - - - - - 35 0 0 35 12 34.3 29 10 34.5 74 26 35.1 65 32 49.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 5.560851641 13 4 5 4 11 3 1 1 2 1 1 0.439148359 1 1 NA 5 NA NA NA 1 NA NA NA 0.560851641 NA NA 4.638666667 0.927733333 5 4.938171235 1.082730074 4.560851641 9.861 0.9861 10 3.481461929 1.16048731 3 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 1.83E-19 1 1.79E-16 1 7.81E-41 1 7.16E-56 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 58570517 T C - - - - - - 39 0 0 58 5 8.6 30 5 16.7 77 0 0 67 0 0 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 5.560851641 13 4 5 4 11 3 1 1 2 1 1 0.439148359 1 1 NA 5 NA NA NA 1 NA NA NA 0.560851641 NA NA 1.163047619 1.163047619 1 2.390361149 0.933424299 2.560851641 0 0 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.0000115 1 0.000000401 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 58962014 G C - - - - - - 29 0 0 44 5 11.4 32 3 9.4 111 0 0 57 0 0 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 5.560851641 13 4 5 4 11 3 1 1 2 1 1 0.439148359 1 1 NA 5 NA NA NA 1 NA NA NA 0.560851641 NA NA 1.541714286 1.541714286 1 1.345472742 1.345472742 1 0 0 1 0 NA 0 NA NA 0 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.00000288 1 0.000556213 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 59047069 A C - - - - - - 27 0 0 51 5 9.8 25 3 12 101 3 3 60 9 15 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 5.560851641 13 4 5 4 11 3 1 1 2 1 1 0.439148359 1 1 NA 5 NA NA NA 1 NA NA NA 0.560851641 NA NA 1.325333333 1.325333333 1 1.717624778 1.717624778 1 0.842820513 0.842820513 1 1.06142132 1.06142132 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.00000606 1 0.00026475 1 0.014481513 1 2.29E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 59869927 A C - - - - - - 24 0 0 54 5 9.3 30 0 0 91 0 0 56 1 1.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 5.560851641 13 4 5 4 11 3 1 1 2 1 1 0.439148359 1 1 NA 5 NA NA NA 1 NA NA NA 0.560851641 NA NA 1.257714286 1.257714286 1 0 NA 0 0 0 1 0.127370558 NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.00000806 1 1 1 1 1 0.244746891 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 60048240 A G - - - - - - 34 0 0 47 11 23.4 22 3 13.6 77 20 26 58 6 10.3 3 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 5.560851641 13 4 5 4 11 3 1 1 2 1 1 0.439148359 1 1 NA 5 NA NA NA 1 NA NA NA 0.560851641 NA NA 3.164571429 1.054857143 3 1.946641415 1.946641415 1 7.304444444 1.043492063 7 0.72884264 0.72884264 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 7.21E-16 1 0.000179267 1 1.07E-28 1 0.000000506 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 60328872 G C - - - - - - 33 0 0 50 8 16 24 4 16.7 87 15 17.2 54 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 5.560851641 13 4 5 4 11 3 1 1 2 1 1 0.439148359 1 1 NA 5 NA NA NA 1 NA NA NA 0.560851641 NA NA 2.163809524 1.081904762 2 2.390361149 2.390361149 1 4.83217094 0.966434188 5 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1.74E-10 1 0.00000613 1 5.73E-19 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 60476269 C T - - - - - - 40 0 0 46 5 10.9 20 4 20 88 3 3.4 65 8 12.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 5.560851641 13 4 5 4 11 3 1 1 2 1 1 0.439148359 1 1 NA 5 NA NA NA 1 NA NA NA 0.560851641 NA NA 1.474095238 1.474095238 1 2.862707963 0.954235988 3 0.955196581 0.955196581 1 0.870365482 0.870365482 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.00000361 1 0.00000284 1 0.010001517 1 1.53E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 60643133 C T - - - - - - 38 0 0 42 11 26.2 23 7 30.4 101 26 25.7 72 10 13.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 5.560851641 13 3 5 4 11 2 1 1 2 1 1 0.439148359 1 1 NA 5 NA NA NA 1 NA NA NA 0.560851641 NA NA 3.543238095 0.885809524 4 4.351316103 0.954057805 4.560851641 7.220162393 1.03145177 7 0.844583756 0.844583756 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 1.81E-16 1 1.79E-11 1 9.78E-37 1 3.95E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 60756092 C G - - - - - - 39 0 0 59 4 6.8 26 5 19.2 82 0 0 83 12 14.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 6 5.560851641 13 3 5 4 11 2 1 1 2 1 1 0.439148359 1 1 NA 5 NA NA NA 1 NA NA NA 0.560851641 NA NA 0.919619048 0.919619048 1 2.748199644 1.073158476 2.560851641 0 0 1 0.881040609 0.881040609 1 NA NA 0 NA NA 1 0 0 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.00022841 1 0.000000188 1 1 1 1.7E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 60791560 C G - - - - - - 37 0 0 45 7 15.6 20 2 10 79 21 26.6 67 0 0 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 3 13 3 4 2 11 2 2 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.109714286 1.054857143 2 1.175268817 1.175268817 1 7.473008547 0.934126068 8 0 0 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 7 NA 1 1 0.000000003 1 0.004473894 1 2.69E-30 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 60927057 C T - - - - - - 27 0 0 35 5 14.3 22 1 4.5 87 0 0 58 0 0 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 3 13 3 4 2 9 2 2 1 4 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.933904762 1.933904762 1 0.528870968 0.528870968 1 0 0 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000000895 1 0.104413009 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 61817946 G T - - - - - - 37 0 0 35 5 14.3 27 1 3.7 89 1 1.1 62 8 12.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 3 13 3 4 2 9 2 2 1 4 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.933904762 1.933904762 1 0.434849462 0.434849462 1 0.309034188 0.309034188 1 0.783822335 0.783822335 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000000895 1 0.126579904 1 0.359890627 1 1.04E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 62182853 C T LPHN3 ENST00000512091 r.? - - intronic 27 0 0 34 8 23.5 21 4 19 74 18 24.3 56 9 16.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 3 13 3 4 2 9 2 2 1 4 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 3.178095238 1.059365079 3 2.233010753 2.233010753 1 6.826846154 0.975263736 7 0.978258883 0.978258883 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 6.32E-12 1 0.00000349 1 2.13E-25 1 1.2E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 62425875 C G LPHN3 ENST00000512091 r.? - - intronic 33 0 0 37 7 18.9 19 6 31.6 79 18 22.8 55 8 14.5 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 3 13 3 4 2 9 2 2 1 4 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.556 0.852 3 3.713849462 1.856924731 2 6.405435897 1.06757265 6 0.881040609 0.881040609 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 7.05E-10 1 4.01E-10 1 7.86E-25 1 3.86E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 62559785 G C LPHN3 ENST00000512091 r.? - - intronic 40 0 0 24 3 12.5 21 1 4.8 75 0 0 68 10 14.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 3 13 3 4 2 9 2 2 1 4 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.69047619 1.69047619 1 0.564129032 0.564129032 1 0 0 1 0.893192893 0.893192893 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.000233853 1 0.099912572 1 1 1 2.18E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 63461721 C T - - - - - - 28 0 0 43 6 14 22 2 9.1 71 6 8.5 48 21 43.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 3 13 3 4 2 9 2 2 1 4 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.893333333 1.893333333 1 1.069494624 1.069494624 1 2.387991453 1.193995726 2 2.661350254 1.330675127 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 8.13E-08 1 0.005403392 1 0.00000169 1 9.35E-36 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 64579690 G A - - - - - - 20 0 0 44 7 15.9 18 3 16.7 98 17 17.3 64 17 26.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 3 20 3 4 2 11 2 2 1 9 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.150285714 1.075142857 2 1.962698925 1.962698925 1 6.071264957 1.011877493 6 1.616253807 0.808126904 2 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 2.55E-09 1 0.0000964 1 2.38E-21 1 8.43E-25 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 64651792 G C - - - - - - 26 0 0 47 7 14.9 18 2 11.1 108 20 18.5 48 12 25 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 3 20 3 4 2 11 2 2 1 9 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.015047619 1.00752381 2 1.304548387 1.304548387 1 6.492393162 0.927484737 7 1.519035533 1.519035533 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 4.12E-09 1 0.003626632 1 1.84E-25 1 1.44E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 64730868 T A - - - - - - 40 0 0 126 8 6.3 41 4 9.8 151 0 0 189 17 9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 5 20 10.30501824 4 4 11 10 2 1 9 0 1 1 1 0.694981758 NA NA NA 10 NA NA NA 1 NA NA NA 0.305018242 0.852 0.852 1 1.347763441 1.347763441 1 0 0 1 1.204304434 1.204304434 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.000000291 1 0.0000546 1 1 1 2.27E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 64902771 G A - - - - - - 28 0 0 30 6 20 19 1 5.3 6 0 0 62 5 8.1 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 5 20 4.335653924 4 4 11 3 2 1 9 1 1 1 1 0.664346076 NA NA NA 4 NA NA NA 1 NA NA NA 0.335653924 2.704761905 0.901587302 3 0.728892473 0.728892473 1 0 0 1 0.600355481 0.600355481 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 8.37E-09 1 0.090843738 1 1 1 0.000016 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 64927140 A G - - - - - - 38 0 0 43 4 9.3 20 7 35 89 5 5.6 69 24 34.8 381 0 0 256 49 19.1 80 18 22.5 641 52 8.1 477 164 34.4 TRUE TRUE 6 5 20 4.335653924 4 4 11 3 2 1 9 1 1 1 1 0.664346076 NA NA NA 4 NA NA NA 1 NA NA NA 0.335653924 1.257714286 1.257714286 1 4.81344086 1.203360215 4 1.965264957 1.965264957 1 2.579305028 1.104318153 2.335653924 2.583047619 0.861015873 3 3.094354839 1.031451613 3 2.842615385 0.947538462 3 2.549657843 1.091624841 2.335653924 8 12 1 1 0.000066 7.82E-61 5.72E-12 1.01E-24 0.0000915 1.64E-44 1.11E-37 7.11E-247 YES 1_1 1_1 1_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b 4 65173699 G A TECRL CCDS33990.1 r.? - - intronic 31 0 0 44 7 15.9 29 3 10.3 120 17 14.2 74 10 13.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 5 20 4.335653924 4 4 11 3 2 1 9 1 1 1 1 0.664346076 NA NA NA 4 NA NA NA 1 NA NA NA 0.335653924 2.150285714 1.075142857 2 1.416526882 1.416526882 1 4.983350427 0.996670085 5 1.000592468 1.000592468 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 2.55E-09 1 0.000414371 1 8.9E-20 1 5.24E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 65360755 C T - - - - - - 30 0 0 53 6 11.3 34 7 20.6 110 16 14.5 58 7 12.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 5 22 4.335653924 4 4 19 3 2 1 3 1 1 1 1 0.664346076 NA NA NA 4 NA NA NA 1 NA NA NA 0.335653924 1.528190476 1.528190476 1 2.833053763 0.944351254 3 5.378632479 1.075726496 5 0.896827323 0.896827323 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000000293 1 3.73E-10 1 6.84E-19 1 1.88E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 65559028 C T - - - - - - 40 0 0 57 8 14 32 2 6.2 116 14 12.1 76 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 5 22 4.335653924 4 4 19 3 2 1 3 1 1 1 1 0.664346076 NA NA NA 4 NA NA NA 1 NA NA NA 0.335653924 1.893333333 0.946666667 2 0.852666667 0.852666667 1 4.488376068 0.897675214 5 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 5.19E-10 1 0.011224977 1 1.53E-15 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 65559362 C G - - - - - - 22 0 0 38 6 15.8 26 2 7.7 68 6 8.8 50 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 5 22 4.335653924 4 4 19 3 2 1 3 1 1 1 1 0.664346076 NA NA NA 4 NA NA NA 1 NA NA NA 0.335653924 2.136761905 1.068380952 2 1.058956989 1.058956989 1 3.264273504 1.088091168 3 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 3.76E-08 1 0.007502227 1 0.00000131 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 65564298 G C - - - - - - 33 0 0 49 7 14.3 23 1 4.3 107 2 1.9 67 6 9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 5 22 4.335653924 4 4 19 3 2 1 3 1 1 1 1 0.664346076 NA NA NA 4 NA NA NA 1 NA NA NA 0.335653924 1.933904762 1.933904762 1 0.591365591 0.591365591 1 0.704786325 0.704786325 1 0.667061645 0.667061645 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 5.58E-09 1 0.108890944 1 0.100630843 1 0.0000012 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 65564314 G A - - - - - - 41 0 0 53 8 15.1 26 1 3.8 97 2 2.1 65 9 13.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 5 22 4.335653924 4 4 19 3 2 1 3 1 1 1 1 0.664346076 NA NA NA 4 NA NA NA 1 NA NA NA 0.335653924 2.042095238 1.021047619 2 0.522602151 0.522602151 1 0.778974359 0.778974359 1 1.022827856 1.022827856 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 2.83E-10 1 0.122190858 1 0.085302553 1 4.85E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 65564618 G C - - - - - - 43 0 0 47 7 14.9 28 1 3.6 109 2 1.8 79 9 11.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 5 22 4.335653924 4 4 19 3 2 1 3 1 1 1 1 0.664346076 NA NA NA 4 NA NA NA 1 NA NA NA 0.335653924 2.015047619 1.00752381 2 0.495096774 0.495096774 1 0.667692308 0.667692308 1 0.84494475 0.84494475 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 4.12E-09 1 0.130947004 1 0.103782456 1 2.93E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 65655280 C T - - - - - - 43 0 0 34 5 14.7 32 1 3.1 118 5 4.2 81 2 2.5 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 5 22 4.335653924 4 4 19 3 2 1 3 1 1 1 1 0.664346076 NA NA NA 4 NA NA NA 1 NA NA NA 0.335653924 1.988 1.988 1 0.426333333 0.426333333 1 1.557948718 1.557948718 1 0.185294901 0.552041517 0.335653924 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000000771 1 0.14819814 1 0.000342222 1 0.062493051 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 65926130 G C - - - - - - 37 0 0 55 4 7.3 22 0 0 128 5 3.9 74 11 14.9 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 5 22 4.335653924 4 4 19 3 2 1 3 1 1 1 1 0.664346076 NA NA NA 4 NA NA NA 1 NA NA NA 0.335653924 0.987238095 0.987238095 1 0 NA 0 1.446666667 1.446666667 1 1.104357612 1.104357612 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000173903 1 1 1 0.000496626 1 1.53E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 66412293 G T EPHA5 CCDS3513.1 r.? - - intronic 24 0 0 47 5 10.6 20 1 5 131 6 4.6 73 11 15.1 354 1 0.3 707 28 4 230 2 0.9 1037 24 2.3 647 70 10.8 TRUE FALSE 5 5 22 4.335653924 4 4 19 3 1 1 3 1 1 1 1 0.664346076 NA NA NA 4 NA NA NA 1 NA NA NA 0.335653924 1.32752381 1.32752381 1 0.687634409 0.687634409 1 1.706324786 1.706324786 1 1.119181204 1.119181204 1 0.500952381 0.500952381 1 0.123774194 NA 0 0.853162393 0.853162393 1 0.800473974 0.800473974 1 8 NA 1 0.83042158 0.00000402 1.63E-16 0.09538952 0.319367336 0.0000573 1.37E-09 1.31E-13 4.92E-68 YES 1_1 0_0 1_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b 4 66573732 T A - - - - - - 26 0 0 56 5 8.9 26 1 3.8 107 0 0 68 16 23.5 187 0 0 355 26 7.3 214 13 6.1 668 1 0.1 480 64 13.3 TRUE TRUE 5 5 22 4.335653924 4 4 19 3 1 1 3 1 1 1 1 0.664346076 NA NA NA 4 NA NA NA 1 NA NA NA 0.335653924 1.114619048 1.114619048 1 0.522602151 0.522602151 1 0 0 1 1.741772073 0.870886037 2 0.914238095 0.914238095 1 0.838913978 0.838913978 1 0.037094017 0.037094017 1 0.985768875 0.985768875 1 6 15 1 1 0.00000965 5.99E-22 0.122190858 1.05E-10 1 0.964858691 1.75E-22 2.68E-68 YES 1_1 0_1 0_0 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b 4 68085739 G T - - - - - - 29 0 0 39 5 12.8 22 0 0 118 0 0 80 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 5 22 4.335653924 4 4 19 3 1 1 3 1 1 1 1 0.664346076 NA NA NA 4 NA NA NA 1 NA NA NA 0.335653924 1.603047619 1.603047619 1 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.00000156 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 68530590 A C UBA6 CCDS3516.1 r.? - - intronic 40 0 0 29 4 13.8 26 4 15.4 91 0 0 41 7 17.1 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2.709711149 2.727485129 7 2 1 1 5 1 1 1 2 1 0.290288851 0.272514871 1 1 2 2 NA NA 1 1 NA NA 0.709711149 0.727485129 NA NA 1.412225853 1.412225853 1 1.767946688 1.767946688 1 0 0 1 0.868020305 0.868020305 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.0000134 1 0.00000856 1 1 1 1.51E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 68975993 A G TMPRSS11F CCDS3520.1 r.? - - intronic 40 0 0 32 5 15.6 22 2 9.1 86 0 0 53 1 1.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2.709711149 2.727485129 7 2 1 1 5 1 1 1 2 1 0.290288851 0.272514871 1 1 2 2 NA NA 1 1 NA NA 0.709711149 0.727485129 NA NA 1.596429225 1.596429225 1 1.04469577 1.04469577 1 0 0 1 0.096446701 0.096446701 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 9 NA 1 1 0.000000562 1 0.005403392 1 1 1 0.233303855 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 69967645 G A UGT2B7 CCDS3526.1 r.? - - intronic 28 0 0 37 5 13.5 17 1 5.9 70 2 2.9 51 13 25.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2.709711149 2.727485129 7 2 1 1 5 1 1 1 2 1 0.290288851 0.272514871 1 1 2 2 NA NA 1 1 NA NA 0.709711149 0.727485129 NA NA 1.381525291 1.381525291 1 0.677330225 0.677330225 1 0.640726496 0.640726496 1 1.294416244 1.294416244 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.00000119 1 0.081683532 1 0.048267597 1 4.87E-19 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 70399161 C T - - - - - - 24 0 0 35 4 11.4 14 3 21.4 68 5 7.4 44 10 22.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2.709711149 2.727485129 7 2 1 1 5 1 1 1 2 1 0.290288851 0.272514871 1 1 2 2 NA NA 1 1 NA NA 0.709711149 0.727485129 NA NA 1.166621357 1.166621357 1 2.456757087 2.456757087 1 1.634957265 1.634957265 1 1.152284264 1.152284264 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.0000289 1 0.0000437 1 0.0000251 1 2.08E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 70587153 T C - - - - - - 32 0 0 36 5 13.9 25 1 4 59 1 1.7 57 13 22.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2.709711149 2.727485129 7 2 1 1 5 1 1 1 2 1 0.290288851 0.272514871 1 1 2 2 NA NA 1 1 NA NA 0.709711149 0.727485129 NA NA 1.422459373 1.422459373 1 0.459206932 0.459206932 1 0.375598291 0.375598291 1 1.157360406 1.157360406 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.00000104 1 0.117779757 1 0.256019138 1 2.44E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 70731452 A G - - - - - - 38 0 0 40 4 10 22 3 13.6 85 4 4.7 56 10 17.9 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2.709711149 2.727485129 7 2 1 1 5 1 1 1 2 1 0.290288851 0.272514871 1 1 2 2 NA NA 1 1 NA NA 0.709711149 0.727485129 NA NA 1.023352067 1.023352067 1 1.561303569 1.561303569 1 1.038418803 1.038418803 1 0.908629442 0.908629442 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.0000495 1 0.000179267 1 0.000916711 1 2.82E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 73471395 A C - - - - - - 39 0 0 47 6 12.8 30 1 3.3 77 4 5.2 78 10 12.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 6 7 6 5 5 5 5 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.731047619 1.731047619 1 0.48683871 0.48683871 1 1.148888889 1.148888889 1 1.161746193 1.161746193 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000000141 1 0.139615808 1 0.000632383 1 9.02E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 75702435 G A BTC CCDS3566.1 r.? - - intronic 38 0 0 87 24 27.6 36 7 19.4 98 17 17.3 187 58 31 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 21 18 21 16 20 17 18 15 1 1 3 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 7.872571429 0.984071429 8 5.190021505 1.038004301 5 6.244264957 1.040710826 6 5.913604061 0.985600677 6 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 7.54E-35 1 5.74E-10 1 2.38E-21 1 2.25E-85 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 75979711 A G PARM1 CCDS47077.1 r.? - - downstream 38 0 0 103 5 4.9 47 0 0 116 0 0 150 0 0 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 2 0 0 0 0 NA FALSE FALSE 21 18 21 16 20 17 18 15 1 1 3 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.397666667 1.397666667 1 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 NA NA 0 0 NA 0 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000182144 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 76203033 G C - - - - - - 41 0 0 87 46 52.9 49 25 51 107 32 29.9 169 87 51.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 21 18 21 16 20 17 18 15 1 1 3 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 15.08909524 1.005939683 15 13.64387097 0.974562212 14 10.79211111 0.98110101 11 9.824213198 0.98242132 10 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 1.33E-81 1 1.68E-44 1 3.04E-47 1 1.83E-151 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 76203791 C A - - - - - - 32 0 0 110 59 53.6 55 32 58.2 119 38 31.9 190 92 48.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 21 18 21 16 20 17 18 15 1 1 3 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 15.2887619 1.019250794 15 15.57006452 0.973129032 16 11.51399145 0.959499288 12 9.232852792 1.025872532 9 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 9.96E-105 1 3.89E-59 1 4.5E-57 1 1.03E-156 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 76206436 C G - - - - - - 21 0 0 91 52 57.1 46 21 45.7 110 20 18.2 169 104 61.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 21 18 21 16 20 17 18 15 1 1 3 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 16.28709524 1.017943452 16 12.22597849 1.018831541 12 6.569111111 0.938444444 7 11.73182741 0.977652284 12 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 1.51E-94 1 2.94E-36 1 2.73E-25 1 1.79E-192 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 76207039 C T - - - - - - 38 0 0 104 58 55.8 45 12 26.7 127 27 21.3 133 72 54.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 21 18 21 16 20 17 18 15 1 1 3 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 15.91628571 0.994767857 16 7.142967742 1.020423963 7 7.688025641 0.961003205 8 10.32019289 1.032019289 10 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 2.2E-104 1 6.03E-18 1 1.36E-35 1 7.49E-128 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 76207044 C T - - - - - - 40 0 0 117 66 56.4 50 13 26 130 29 22.3 147 84 57.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 21 18 21 16 20 17 18 15 1 1 3 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 16.08742857 1.005464286 16 6.955698925 0.993671275 7 8.048965812 1.006120726 8 10.89247716 0.990225196 11 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 4.95E-119 1 3.65E-19 1 8.86E-39 1 9.95E-152 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 76207048 C T - - - - - - 40 0 0 117 65 55.6 53 13 24.5 131 30 22.9 151 86 57 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 21 18 21 16 20 17 18 15 1 1 3 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 15.8592381 0.991202381 16 6.554408602 0.936344086 7 8.265529915 1.033191239 8 10.87340102 0.988491001 11 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 1.25E-116 1 8.53E-19 1 1.93E-40 1 4.04E-155 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 76207117 C G - - - - - - 45 0 0 102 59 57.8 61 25 41 123 43 35 171 95 55.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 21 18 21 16 20 17 18 15 1 1 3 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 16.4867619 0.969809524 17 10.96860215 0.99714565 11 12.63290598 0.971761999 13 10.60633503 0.964212275 11 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 1.61E-107 1 2.2E-41 1 2.16E-66 1 1.1E-169 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 76207189 C G - - - - - - 31 0 0 97 55 56.7 60 24 40 90 26 28.9 174 104 59.8 2 0 0 1 1 100 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 21 18 21 16 20 17 18 15 1 1 3 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 16.173 1.0108125 16 10.70107527 0.972825024 11 10.43117094 1.043117094 10 11.40753299 1.037048454 11 28.52380952 1.426190476 20 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 1.22E-99 0.005 1.81E-39 1 3.18E-38 1 1.81E-190 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 76208127 C T - - - - - - 34 0 0 106 57 53.8 45 20 44.4 96 31 32.3 197 112 56.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 21 18 21 16 20 17 18 15 1 1 3 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 15.34580952 1.023053968 15 11.87819355 0.989849462 12 11.65836752 0.971530627 12 10.85432487 0.986756807 11 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 2.53E-101 1 2.68E-34 1 4.97E-47 1 2.27E-201 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 76208360 C G - - - - - - 35 0 0 91 47 51.6 48 27 56.2 98 28 28.6 184 111 60.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 21 18 21 16 20 17 18 15 1 1 3 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 14.71828571 0.981219048 15 15.03501075 1.00233405 15 10.32288889 1.032288889 10 11.50291371 0.958576142 12 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 1.13E-82 1 1.5E-49 1 6.85E-41 1 7.58E-204 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 76208881 C G - - - - - - 29 0 0 128 65 50.8 48 28 58.3 101 31 30.7 207 127 61.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 21 18 21 16 20 17 18 15 1 1 3 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 14.49009524 0.966006349 15 15.5968172 0.974801075 16 11.08086325 1.007351204 11 11.71275127 0.976062606 12 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 4.68E-113 1 5.66E-52 1 3.17E-46 1 2.12E-234 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 76208901 C G - - - - - - 31 0 0 133 72 54.1 49 28 57.1 113 34 30.1 202 116 57.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 21 18 21 16 20 17 18 15 1 1 3 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 15.43138095 1.02875873 15 15.27578495 1.018385663 15 10.86429915 0.987663559 11 10.94970558 0.99542778 11 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 7.49E-128 1 1.31E-51 1 3.35E-50 1 3.06E-209 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 76209601 C A - - - - - - 27 0 0 108 57 52.8 44 18 40.9 88 26 29.5 173 95 54.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 21 18 21 16 20 17 18 15 1 1 3 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 15.06057143 1.004038095 15 10.94184946 0.994713587 11 10.64773504 0.967975913 11 10.47280203 1.047280203 10 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 1.14E-100 1 3.47E-30 1 1.61E-38 1 5.41E-169 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 76209812 C T - - - - - - 34 0 0 112 66 58.9 62 23 37.1 106 25 23.6 192 96 50 0 0 NA 2 0 0 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 21 18 21 16 20 17 18 15 1 1 3 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 16.80052381 0.988266106 17 9.925247312 0.992524731 10 8.518188034 0.946465337 9 9.538071066 0.953807107 10 0 NA 0 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 7.12E-121 1 5.9E-37 1 2.57E-34 1 2.83E-165 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 76211500 C G - - - - - - 26 0 0 82 50 61 34 20 58.8 84 24 28.6 163 85 52.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 21 18 21 16 20 17 18 15 1 1 3 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 17.39952381 1.023501401 17 15.73058065 0.98316129 16 10.32288889 1.032288889 10 9.938670051 0.993867005 10 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 4.51E-93 1 1.24E-37 1 2.87E-35 1 1.1E-148 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 76211846 C T - - - - - - 26 0 0 96 66 68.8 49 16 32.7 96 20 20.8 151 77 51 0 0 NA 0 0 NA 2 2 100 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 21 18 21 16 20 17 18 15 1 1 3 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 19.62438095 0.981219048 20 8.748129032 0.972014337 9 7.507555556 0.938444444 8 9.728832487 0.972883249 10 NA NA 0 26.75268817 1.57368754 17 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 8.03E-128 1 4.37E-25 0.000025 1.43E-26 1 8.24E-134 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 76212788 C G - - - - - - 38 0 0 89 55 61.8 48 22 45.8 100 29 29 176 89 50.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 21 18 21 16 20 17 18 15 1 1 3 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 17.62771429 0.97931746 18 12.25273118 1.021060932 12 10.46726496 1.046726496 10 9.652527919 0.965252792 10 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 1.03E-102 1 5.76E-38 1 1.64E-42 1 5.97E-154 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 76214757 C G - - - - - - 37 0 0 119 71 59.7 46 18 39.1 103 23 22.3 178 90 50.6 0 0 NA 0 0 NA 2 2 100 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 21 18 21 16 20 17 18 15 1 1 3 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 17.02871429 1.001689076 17 10.46030108 1.046030108 10 8.048965812 1.006120726 8 9.652527919 0.965252792 10 NA NA 0 26.75268817 1.57368754 17 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 1.76E-130 1 9.41E-30 0.000025 4.35E-31 1 1.18E-155 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 76214951 C T - - - - - - 30 0 0 98 59 60.2 58 31 53.4 110 37 33.6 182 100 54.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 21 NA NA NA 20 NA NA NA 1 NA NA NA 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 17.17133333 1.010078431 17 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 4.77E-109 1 1.07E-55 1 1.32E-56 1 7.83E-178 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 76215353 C G - - - - - - 30 0 0 74 49 66.2 40 23 57.5 83 25 30.1 137 70 51.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 21 NA NA NA 20 NA NA NA 1 NA NA NA 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 18.8827619 0.993829574 19 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 5.51E-94 1 9.75E-43 1 2.44E-37 1 6.98E-122 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 76215397 C T - - - - - - 32 0 0 103 65 63.1 46 21 45.7 89 21 23.6 154 82 53.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 21 NA NA NA 20 NA NA NA 1 NA NA NA 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 17.99852381 0.999917989 18 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 5.16E-122 1 2.94E-36 1 4.49E-29 1 1.54E-144 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 76256822 G T - - - - - - 39 0 0 55 5 9.1 24 0 0 58 1 1.7 90 10 11.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 6 6 6 5 5 5 5 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.230666667 1.230666667 1 0 0 1 0.358598291 0.358598291 1 1.007451777 1.007451777 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.00000883 1 1 1 0.252280541 1 3.88E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 80882783 G A ANTXR2 CCDS47085.1 r.? - - intronic 18 0 0 34 6 17.6 16 0 0 46 3 6.5 41 12 29.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.676190476 1.676190476 1 0 0 1 1.241111111 1.241111111 1 1.487309645 1.487309645 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 1.86E-08 1 1 1 0.001615827 1 1.69E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 83582333 C T SCD5 CCDS34024.1 r.? - - intronic 22 0 0 37 5 13.5 20 2 10 71 6 8.5 49 10 20.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.285714286 1.285714286 1 1.075268817 1.075268817 1 1.622991453 1.622991453 1 1.035532995 1.035532995 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.00000119 1 0.004473894 1 0.00000169 1 6.72E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 86768995 T A ARHGAP24 CCDS34025.1 r.? - - intronic 44 0 0 29 3 10.3 18 2 11.1 48 3 6.2 47 11 23.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.980952381 0.980952381 1 1.193548387 1.193548387 1 1.18382906 1.18382906 1 1.187817259 1.187817259 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000414371 1 0.003626632 1 0.001827434 1 7.21E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 88203999 A T - - - - - - 21 0 0 32 4 12.5 20 0 0 52 2 3.8 40 10 25 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.19047619 1.19047619 1 0 0 1 0.72557265 0.72557265 1 1.269035533 1.269035533 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.0000201 1 1 1 0.028101652 1 7.22E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 89311660 A G HERC6 CCDS47098.1 r.? - - intronic 31 0 0 24 5 20.8 19 1 5.3 33 1 3 37 4 10.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.980952381 1.980952381 1 0.569892473 0.569892473 1 0.572820513 0.572820513 1 0.54822335 0.54822335 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000000123 1 0.090843738 1 0.15245715 1 0.0000362 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 90446188 C T - - - - - - 36 0 0 44 6 13.6 17 1 5.9 67 3 4.5 41 6 14.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.295238095 1.295238095 1 0.634408602 0.634408602 1 0.859230769 0.859230769 1 0.741116751 0.741116751 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 9.37E-08 1 0.081683532 1 0.004717431 1 6.05E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 92111839 A T FAM190A CCDS47099.1 r.? - - intronic 43 0 0 29 4 13.8 18 2 11.1 62 4 6.5 43 9 20.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.314285714 1.314285714 1 1.193548387 1.193548387 1 1.241111111 1.241111111 1 1.060913706 1.060913706 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.0000134 1 0.003626632 1 0.000276647 1 9.45E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 92299300 G A FAM190A CCDS47099.1 r.? - - intronic 31 0 0 35 7 20 23 0 0 55 3 5.5 40 8 20 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.904761905 1.904761905 1 0 0 1 1.05017094 1.05017094 1 1.015228426 1.015228426 1 NA NA 0 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 4.65E-10 1 1 1 0.002700822 1 2.61E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 96007542 C A BMPR1B ENST00000515059 r.? - - intronic 33 0 0 37 4 10.8 19 2 10.5 56 3 5.4 45 8 17.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.028571429 1.028571429 1 1.129032258 1.129032258 1 1.031076923 1.031076923 1 0.903553299 0.903553299 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.0000362 1 0.004039874 1 0.00284314 1 7.14E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 96391846 A T UNC5C CCDS3643.1 r.? - - intronic 37 0 0 39 4 10.3 24 2 8.3 67 6 9 38 8 21.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 TRUE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.980952381 0.980952381 1 0.892473118 0.892473118 1 1.718461538 1.718461538 1 1.07106599 1.07106599 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 0 NA 0 8 NA 1 1 0.0000447 1 0.006413403 1 0.0000012 1 1.67E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 96431600 C T UNC5C CCDS3643.1 r.? - - intronic 33 0 0 26 4 15.4 16 1 6.2 59 6 10.2 40 10 25 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.466666667 1.466666667 1 0.666666667 NA 0 1.947589744 1.947589744 1 1.269035533 1.269035533 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.00000856 1 0.077068876 1 0.000000561 1 7.22E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 96599100 T G - - - - - - 34 0 0 23 5 21.7 18 3 16.7 68 0 0 49 10 20.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.066666667 2.066666667 1 1.795698925 1.795698925 1 0 0 1 1.035532995 1.035532995 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 9.75E-08 1 0.0000964 1 1 1 6.72E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 96961106 C G - - - - - - 43 0 0 24 4 16.7 15 2 13.3 48 4 8.3 43 5 11.6 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.59047619 1.59047619 1 1.430107527 1.430107527 1 1.584803419 1.584803419 1 0.588832487 0.588832487 1 NA NA 0 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.00000613 1 0.002513772 1 0.000102016 1 0.00000257 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 97062670 C G - - - - - - 23 0 0 28 5 17.9 15 3 20 61 2 3.3 40 11 27.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.704761905 1.704761905 1 2.150537634 2.150537634 1 0.630102564 0.630102564 1 1.395939086 1.395939086 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000000279 1 0.0000544 1 0.037660755 1 9.88E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 97280720 A T - - - - - - 26 0 0 46 7 15.2 20 0 0 56 5 8.9 47 9 19.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.447619048 1.447619048 1 0 0 1 1.699367521 1.699367521 1 0.969543147 0.969543147 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 3.53E-09 1 1 1 0.00000965 1 2.24E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 97561692 C T - - - - - - 29 0 0 33 6 18.2 28 4 14.3 51 6 11.8 47 10 21.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.733333333 1.733333333 1 1.537634409 1.537634409 1 2.253094017 1.126547009 2 1.081218274 1.081218274 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 1.54E-08 1 0.0000116 1 0.000000232 1 4.27E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 100709977 G A - - - - - - 45 0 0 35 7 20 18 0 0 54 0 0 46 12 26.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.904761905 1.904761905 1 0 0 1 0 0 1 1.324873096 1.324873096 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 4.65E-10 1 1 1 1 1 8.12E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 104212758 C G - - - - - - 39 0 0 45 4 8.9 22 2 9.1 68 0 0 54 12 22.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.847619048 0.847619048 1 0.978494624 0.978494624 1 0 0 1 1.126903553 1.126903553 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.0000791 1 0.005403392 1 1 1 6.9E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 105965541 T C - - - - - - 35 0 0 31 6 19.4 19 4 21.1 64 2 3.1 47 9 19.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.847619048 1.847619048 1 2.268817204 2.268817204 1 0.59191453 0.59191453 1 0.969543147 0.969543147 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 1.03E-08 1 0.00000228 1 0.041085601 1 2.24E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 108121715 G C DKK2 ENST00000513208 r.? - - intronic 48 0 0 32 4 12.5 10 2 20 74 1 1.4 47 15 31.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.19047619 1.19047619 1 2.150537634 2.150537634 1 0.267316239 0.267316239 1 1.61928934 1.61928934 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.0000201 1 0.001095391 1 0.309906439 1 1.97E-23 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 110253792 A G - - - - - - 30 0 0 40 5 12.5 19 4 21.1 69 0 0 47 0 0 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.19047619 1.19047619 1 2.268817204 2.268817204 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 9 NA 1 1 0.00000178 1 0.00000228 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 114020710 T A ANK2 CCDS3702.1 r.? - - intronic 36 0 0 31 5 16.1 25 2 8 68 0 0 45 8 17.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.533333333 1.533333333 1 0.860215054 0.860215054 1 0 0 1 0.903553299 0.903553299 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.000000476 1 0.006948068 1 1 1 7.14E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 114439388 A G CAMK2D CCDS3704.1 r.? - - intronic 24 0 0 33 5 15.2 20 2 10 62 4 6.5 43 12 27.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.447619048 1.447619048 1 1.075268817 1.075268817 1 1.241111111 1.241111111 1 1.416243655 1.416243655 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.00000066 1 0.004473894 1 0.000276647 1 3.24E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 115642713 A C - - - - - - 31 0 0 38 5 13.2 22 2 9.1 82 0 0 45 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.257142857 1.257142857 1 0.978494624 0.978494624 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 9 NA 1 1 0.00000137 1 0.005403392 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 116566656 G T - - - - - - 37 0 0 46 5 10.9 15 0 0 71 0 0 63 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.038095238 1.038095238 1 0 0 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 10 NA 1 1 0.00000361 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 117182341 A T - - - - - - 30 0 0 39 6 15.4 19 2 10.5 65 4 6.2 45 7 15.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.466666667 1.466666667 1 1.129032258 1.129032258 1 1.18382906 1.18382906 1 0.791878173 0.791878173 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 4.43E-08 1 0.004039874 1 0.000331785 1 0.000000003 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 117303266 G A - - - - - - 28 0 0 28 4 14.3 25 2 8 69 3 4.3 48 6 12.5 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.361904762 1.361904762 1 0.860215054 0.860215054 1 0.821042735 0.821042735 1 0.634517766 0.634517766 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.0000116 1 0.006948068 1 0.005121501 1 0.00000016 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 121479564 C T - - - - - - 37 0 0 42 5 11.9 17 3 17.6 67 1 1.5 46 5 10.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.133333333 1.133333333 1 1.892473118 1.892473118 1 0.286410256 0.286410256 1 0.553299492 0.553299492 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.00000228 1 0.0000807 1 0.285262761 1 0.00000361 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 122095865 C T TNIP3 CCDS3718.1 r.? - - intronic 29 0 0 35 5 14.3 20 2 10 60 1 1.7 49 7 14.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.361904762 1.361904762 1 1.075268817 1.075268817 1 0.324598291 0.324598291 1 0.725888325 0.725888325 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000000895 1 0.004473894 1 0.259739042 1 5.58E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 122231281 G T - - - - - - 34 0 0 43 6 14 12 1 8.3 54 0 0 66 15 22.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.310367234 3.424717944 8 NA 2 2 5 NA 1 1 3 NA 0.689632766 0.575282056 1 NA 3 3 NA NA 1 1 NA NA 0.310367234 0.424717944 NA NA 1.516784746 1.516784746 1 1.010724708 1.010724708 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 8.13E-08 1 0.058377193 1 1 1 6.45E-21 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 122882926 G A - - - - - - 21 0 0 35 5 14.3 17 1 5.9 79 5 6.3 56 9 16.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.310367234 3.424717944 8 3.564528049 2 2 5 2 1 1 3 1 0.689632766 0.575282056 1 0.435471951 3 3 NA 3 1 1 NA 1 0.310367234 0.424717944 NA 0.564528049 1.549287276 1.549287276 1 0.718466961 0.718466961 1 1.454923077 1.454923077 1 1.069147899 1.069147899 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000000895 1 0.081683532 1 0.0000518 1 1.2E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 122886598 C T - - - - - - 34 0 0 39 5 12.8 22 1 4.5 66 2 3 50 5 10 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 TRUE FALSE 3.310367234 3.424717944 8 3.564528049 2 2 5 2 1 1 3 1 0.689632766 0.575282056 1 0.435471951 3 3 NA 3 1 1 NA 1 0.310367234 0.424717944 NA 0.564528049 1.386774625 1.386774625 1 0.547983275 0.547983275 1 0.692820513 0.692820513 1 0.664067018 0.664067018 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 0 NA 0 8 NA 1 1 0.00000156 1 0.104413009 1 0.043431387 1 0.00000549 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 126222934 G A - - - - - - 38 0 0 30 6 20 20 4 20 46 3 6.5 56 12 21.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.310367234 3.424717944 8 3.564528049 2 2 5 2 1 1 3 1 0.689632766 0.575282056 1 0.435471951 3 3 NA 3 1 1 NA 1 0.310367234 0.424717944 NA 0.564528049 2.166835352 0.937874862 2.310367234 2.435481223 2.435481223 1 1.501111111 1.501111111 1 1.421103419 1.421103419 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 8.37E-09 1 0.00000284 1 0.001615827 1 1.11E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 126241008 T G FAT4 CCDS3732.3 r.3455u>g c.3442T>G p.L1148V missense 30 0 0 44 5 11.4 19 3 15.8 57 2 3.5 69 15 21.7 277 0 0 221 12 5.4 64 11 17.2 289 9 3.1 273 45 16.5 TRUE TRUE 3.310367234 3.424717944 8 3.564528049 2 2 5 2 1 1 3 1 0.689632766 0.575282056 1 0.435471951 3 3 NA 3 1 1 NA 1 0.310367234 0.424717944 NA 0.564528049 1.23509615 1.23509615 1 1.924030166 1.924030166 1 0.808290598 0.808290598 1 1.441025429 1.441025429 1 0.585045545 0.585045545 1 2.094513852 1.047256926 2 0.71591453 0.71591453 1 1.09571058 1.09571058 1 8 6 1 1 0.00000288 1.95E-09 0.000114071 2.85E-14 0.03327602 0.000019 1.34E-20 7.07E-53 YES 1_1 1_1 1_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b 4 128186800 A T - - - - - - 28 0 0 25 4 16 17 1 5.9 62 2 3.2 44 7 15.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.310367234 2.555381352 4.506544679 3 2 1 2 2 1 1 2 1 0.689632766 0.444618648 0.493455321 1 3 2 3 NA 1 1 2 NA 0.310367234 0.555381352 0.506544679 NA 1.733468281 1.733468281 1 0.667176102 NA 0 0.627217977 0.627217977 1 0.966106599 0.966106599 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.00000727 1 0.081683532 1 0.038789653 1 2.55E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 129175825 G A - - - - - - 25 0 0 37 5 13.5 15 1 6.7 58 3 5.2 43 12 27.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2.555381352 4.506544679 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 0.444618648 0.493455321 1 NA 2 3 NA NA 1 2 NA NA 0.555381352 0.506544679 NA 1.285714286 1.285714286 1 0.757640658 0.757640658 1 1.019229212 1.019229212 1 1.416243655 1.416243655 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.00000119 1 0.072431031 1 0.003141421 1 3.24E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 131657965 G A - - - - - - 30 0 0 34 6 17.6 18 4 22.2 23 0 0 36 9 25 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2.555381352 4.506544679 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 0.444618648 0.493455321 1 NA 2 3 NA NA 1 2 NA NA 0.555381352 0.506544679 NA 1.676190476 1.676190476 1 2.510391434 2.510391434 1 0 0 1 1.269035533 1.269035533 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 1.86E-08 1 0.00000181 1 1 1 1.63E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 131673423 C G - - - - - - 31 0 0 27 3 11.1 25 0 0 63 4 6.3 40 14 35 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2.555381352 4.506544679 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 0.444618648 0.493455321 1 NA 2 3 NA NA 1 2 NA NA 0.555381352 0.506544679 NA 1.057142857 1.057142857 1 0 0 1 1.234835392 1.234835392 1 1.776649746 1.776649746 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000334187 1 1 1 0.000294233 1 1.25E-22 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 131889995 G A - - - - - - 26 0 0 22 4 18.2 16 5 31.2 57 8 14 63 7 11.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2.555381352 4.506544679 4.485590808 1 1 2 3 1 1 2 1 1 0.444618648 0.493455321 0.514409192 NA 2 3 3 NA 1 2 2 NA 0.555381352 0.506544679 0.485590808 1.733333333 1.733333333 1 3.528117691 2.268329685 1.555381352 2.744078648 1.094765504 2.506544679 0.839352356 0.839352356 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.00000425 1 0.000000013 1 5.19E-10 1 3.38E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 132108248 T G - - - - - - 38 0 0 32 7 21.9 17 4 23.5 50 4 8 54 9 16.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2.555381352 4.506544679 4.485590808 1 1 2 3 1 1 2 1 1 0.444618648 0.493455321 0.514409192 NA 2 3 3 NA 1 2 2 NA 0.555381352 0.506544679 0.485590808 2.085714286 2.085714286 1 2.657396338 1.708517551 1.555381352 1.568044942 1.568044942 1 1.262809401 1.262809401 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 2.36E-10 1 0.00000141 1 0.000119787 1 8.48E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 132298744 T A - - - - - - 27 0 0 30 3 10 23 1 4.3 58 4 6.9 73 9 12.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2.555381352 4.506544679 4.485590808 1 1 2 3 1 1 2 1 1 0.444618648 0.493455321 0.514409192 NA 2 3 3 NA 1 2 2 NA 0.555381352 0.506544679 0.485590808 0.952380952 0.952380952 1 0.48624699 0.48624699 1 1.352438762 1.352438762 1 0.930093152 0.930093152 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000458697 1 0.108890944 1 0.000213772 1 1.42E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 132630488 G C - - - - - - 37 0 0 44 4 9.1 20 1 5 60 4 6.7 71 6 8.5 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2.555381352 4.506544679 4.485590808 1 1 2 3 1 1 2 1 1 0.444618648 0.493455321 0.514409192 NA 2 3 3 NA 1 2 2 NA 0.555381352 0.506544679 0.485590808 0.866666667 0.866666667 1 0.565403476 NA 0 1.313237639 1.313237639 1 0.6427473 0.6427473 1 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.0000723 1 0.09538952 1 0.000243755 1 0.00000169 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 133106798 A G - - - - - - 34 0 0 41 7 17.1 20 3 15 75 0 0 67 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 2.555381352 4.506544679 4.485590808 3 1 2 3 1 1 2 1 1 0.444618648 0.493455321 0.514409192 NA 2 3 3 NA 1 2 2 NA 0.555381352 0.506544679 0.485590808 1.970571429 1.970571429 1 1.696210429 1.696210429 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 9 NA 1 1 1.51E-09 1 0.0001337 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 133613856 A G - - - - - - 49 0 0 36 6 16.7 23 0 0 74 2 2.7 76 21 27.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 2.555381352 4.506544679 4.485590808 3 1 2 3 1 1 2 1 1 0.444618648 0.493455321 0.514409192 NA 2 3 3 NA 1 2 2 NA 0.555381352 0.506544679 0.485590808 1.92447619 1.92447619 1 0 NA 0 0.529215168 0.529215168 1 2.087038291 1.043519146 2 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 2.68E-08 1 1 1 0.053288733 1 1.07E-30 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 133747359 T A - - - - - - 26 0 0 30 10 33.3 29 4 13.8 68 8 11.8 67 24 35.8 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 2.555381352 4.506544679 4.485590808 3 1 2 3 1 1 2 1 1 0.444618648 0.493455321 0.514409192 NA 2 3 3 NA 1 2 2 NA 0.555381352 0.506544679 0.485590808 3.837428571 1.279142857 3 1.560513594 1.560513594 1 2.312866289 0.922730924 2.506544679 2.707100393 1.076634782 2.514409192 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 2.68E-16 1 0.0000134 1 2.21E-09 1 4.72E-38 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 133801653 G C - - - - - - 37 0 0 35 4 11.4 20 0 0 69 0 0 66 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 2.555381352 4.506544679 4.485590808 3 1 2 3 1 1 2 1 1 0.444618648 0.493455321 0.514409192 NA 2 3 3 NA 1 2 2 NA 0.555381352 0.506544679 0.485590808 1.313714286 1.313714286 1 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.0000289 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 133802910 G A - - - - - - 32 0 0 32 7 21.9 12 1 8.3 54 5 9.3 59 7 11.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 2.555381352 4.506544679 4.485590808 3 1 2 3 1 1 2 1 1 0.444618648 0.493455321 0.514409192 NA 2 3 3 NA 1 2 2 NA 0.555381352 0.506544679 0.485590808 2.523714286 0.841238095 3 0.93856977 0.93856977 1 1.822852245 1.822852245 1 0.89984622 0.89984622 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 2.36E-10 1 0.058377193 1 0.00000806 1 2.12E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 134080358 A T PCDH10 CCDS34063.1 r.? - - intronic 33 0 0 41 4 9.8 28 3 10.7 68 4 5.9 74 16 21.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 2.555381352 4.506544679 4.485590808 3 1 2 3 1 1 2 1 1 0.444618648 0.493455321 0.514409192 NA 2 3 3 NA 1 2 2 NA 0.555381352 0.506544679 0.485590808 1.129333333 1.129333333 1 1.209963439 1.209963439 1 1.156433145 1.156433145 1 1.633334315 1.078529055 1.514409192 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.0000546 1 0.000372895 1 0.000394372 1 7.81E-22 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 136613136 A T - - - - - - 47 0 0 28 6 21.4 18 1 5.6 69 6 8.7 71 11 15.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2.555381352 4.506544679 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 0.444618648 0.493455321 1 NA 2 3 NA NA 1 2 NA NA 0.555381352 0.506544679 NA 2.038095238 2.038095238 1 0.633251893 0.633251893 1 1.705248874 1.705248874 1 0.78680203 0.78680203 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 5.36E-09 1 0.086275114 1 0.00000143 1 9.49E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 136667506 T C - - - - - - 25 0 0 41 5 12.2 19 1 5.3 61 0 0 47 7 14.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2.555381352 4.506544679 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 0.444618648 0.493455321 1 NA 2 3 NA NA 1 2 NA NA 0.555381352 0.506544679 NA 1.161904762 1.161904762 1 0.599327685 0.599327685 1 0 0 1 0.756345178 0.756345178 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.00000202 1 0.090843738 1 1 1 4.12E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 141437799 G C - - - - - - 30 0 0 38 8 21.1 22 6 27.3 81 17 21 45 5 11.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 2.555381352 9 2.120144934 2 1 7 1 1 1 2 1 1 0.444618648 1 0.879855066 NA 2 NA 2 NA 1 NA 1 NA 0.555381352 NA 0.120144934 2.22052381 1.110261905 2 3.08710298 1.984788474 1.555381352 5.05974359 1.011948718 5 0.576787864 0.576787864 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 1.67E-11 1 1.09E-09 1 7.24E-23 1 0.00000323 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 142246973 C G - - - - - - 21 0 0 54 10 18.5 19 2 10.5 76 16 21.1 42 0 0 234 0 0 484 39 8.1 176 4 2.3 599 142 23.7 386 0 0 FALSE FALSE 3 2.555381352 NA 2.120144934 2 1 NA 1 1 1 NA 1 1 0.444618648 NA 0.879855066 NA 2 NA 2 NA 1 NA 1 NA 0.555381352 NA 0.120144934 1.946904762 0.973452381 2 1.1873473 1.1873473 1 NA NA 1 0 0 1 0.852428571 0.852428571 1 0.260085599 0.468300922 0.555381352 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 1 1 1.91E-13 1.08E-33 0.004039874 0.012244085 1.25E-21 2.1E-187 1 1 YES 1_1 1_1 1_1 0_0 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b 4 142246987 C A - - - - - - 24 0 0 57 10 17.5 17 2 11.8 77 12 15.6 37 0 0 253 0 0 514 44 8.6 188 6 3.2 638 150 23.5 409 0 0 FALSE FALSE 3 2.555381352 NA 2.120144934 2 1 NA 1 1 1 NA 1 1 0.444618648 NA 0.879855066 NA 2 NA 2 NA 1 NA 1 NA 0.555381352 NA 0.120144934 1.841666667 0.920833333 2 1.334352204 1.334352204 1 NA NA 1 0 0 1 0.905047619 0.905047619 1 0.361858225 0.651549109 0.555381352 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 1 1 3.4E-13 6.16E-39 0.003234386 0.000407249 6.64E-15 2.98E-197 1 1 YES 1_1 1_1 1_1 0_0 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b 4 142247160 C G - - - - - - 33 0 0 32 5 15.6 29 2 6.9 76 17 22.4 56 0 0 305 0 0 585 38 6.5 217 2 0.9 773 120 15.5 512 1 0.2 FALSE FALSE 3 2.555381352 NA 2.120144934 2 1 NA 1 1 1 NA 1 1 0.444618648 NA 0.879855066 NA 2 NA 2 NA 1 NA 1 NA 0.555381352 NA 0.120144934 1.641714286 1.641714286 1 0.780256797 0.780256797 1 NA NA 1 0 0 1 0.684047619 0.684047619 1 0.101772626 NA 0 NA NA 1 0.010392574 0.010392574 1 NA NA 1 1 0.000000562 2E-29 0.009279585 0.295552267 2.21E-23 9.71E-135 1 0.923190075 YES 1_1 1_0 1_1 0_0 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b 4 142247324 C G - - - - - - 20 0 0 38 5 13.2 18 2 11.1 76 7 9.2 49 0 0 424 0 0 905 67 7.4 342 2 0.6 1072 181 16.9 700 0 0 FALSE FALSE 3 2.555381352 NA 2.120144934 2 1 NA 1 1 1 NA 1 1 0.444618648 NA 0.879855066 NA 2 NA 2 NA 1 NA 1 NA 0.555381352 NA 0.120144934 1.389142857 1.389142857 1 1.255195717 1.255195717 1 NA NA 1 0 0 1 0.778761905 0.778761905 1 0.067848417 NA 0 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 1 1 0.00000137 3.02E-54 0.003626632 0.510404065 0.000000126 3.05E-209 1 1 YES 1_1 1_0 1_1 0_0 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b 4 142247362 C T - - - - - - 32 0 0 44 8 18.2 22 3 13.6 76 7 9.2 57 0 0 411 0 0 886 62 7 310 2 0.6 995 165 16.6 654 1 0.2 FALSE FALSE 3 2.555381352 NA 2.120144934 2 1 NA 1 1 1 NA 1 1 0.444618648 NA 0.879855066 NA 2 NA 2 NA 1 NA 1 NA 0.555381352 NA 0.120144934 1.915333333 0.957666667 2 1.537897455 1.537897455 1 NA NA 1 0 NA 0 0.736666667 0.736666667 1 0.067848417 NA 0 NA NA 1 0.010392574 0.010392574 1 NA NA 1 1 5.9E-11 7.34E-49 0.000179267 0.459221101 0.000000126 1.51E-189 1 0.96230404 YES 1_1 1_0 1_1 0_0 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b 4 142247423 C G - - - - - - 36 0 0 39 4 10.3 27 3 11.1 73 9 12.3 54 0 0 284 0 0 655 40 6.1 225 1 0.4 699 124 17.7 445 0 0 FALSE FALSE 3 2.555381352 NA 2.120144934 2 1 NA 1 1 1 NA 1 1 0.444618648 NA 0.879855066 NA 2 NA 2 NA 1 NA 1 NA 0.555381352 NA 0.120144934 1.083952381 1.083952381 1 1.255195717 1.255195717 1 NA NA 1 0 0 1 0.641952381 0.641952381 1 0.045232278 NA 0 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 1 1 0.0000447 7.31E-30 0.000334187 0.676262381 1.42E-10 8.38E-147 1 1 YES 1_1 1_0 1_1 0_0 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b 4 142766317 C G - - - - - - 33 0 0 41 5 12.2 21 7 33.3 78 10 12.8 72 14 19.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 2.555381352 7 2.120144934 2 1 4 1 1 1 3 1 1 0.444618648 1 0.879855066 NA 2 NA 2 NA 1 NA 1 NA 0.555381352 NA 0.120144934 1.283904762 1.283904762 1 3.765587151 2.421005722 1.555381352 2.828034188 0.942678063 3 1.008079691 1.008079691 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.00000202 1 8.54E-12 1 9.02E-12 1 1.39E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 143443626 C A INPP4B CCDS47112.1 r.? - - intronic 26 0 0 30 7 23.3 16 3 18.8 48 5 10.4 56 16 28.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 2.555381352 7 2.120144934 2 1 4 1 1 1 3 1 1 0.444618648 1 0.879855066 NA 2 NA 2 NA 1 NA 1 NA 0.555381352 NA 0.120144934 2.452047619 1.22602381 2 2.12591707 2.12591707 1 2.297777778 2.297777778 1 1.486138101 1.486138101 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 1.44E-10 1 0.0000667 1 0.00000447 1 5.26E-24 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 143691817 A G INPP4B CCDS47112.1 r.? - - intronic 36 0 0 46 6 13 20 0 0 65 0 0 69 8 11.6 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 3 2.555381352 7 2.120144934 2 1 4 1 1 1 3 1 1 0.444618648 1 0.879855066 NA 2 NA 2 NA 1 NA 1 NA 0.555381352 NA 0.120144934 1.368095238 1.368095238 1 0 0 1 0 0 1 0.6027693 0.6027693 1 NA NA 0 NA NA 1 0 0 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.000000123 1 1 1 1 1 2.49E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 143848836 G C - - - - - - 27 0 0 43 4 9.3 22 3 13.6 70 0 0 67 13 19.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 3 2.555381352 7 2.120144934 2 1 4 1 1 1 3 1 1 0.444618648 1 0.879855066 NA 2 NA 2 NA 1 NA 1 NA 0.555381352 NA 0.120144934 0.978714286 0.978714286 1 1.537897455 1.537897455 1 0 0 1 1.008079691 1.008079691 1 NA NA 0 NA NA 1 0 0 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.000066 1 0.000179267 1 1 1 2.41E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 144082593 A T - - - - - - 34 0 0 43 4 9.3 30 2 6.7 74 1 1.4 76 9 11.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 2.555381352 7 2.838094747 2 1 4 1 1 1 3 1 1 0.444618648 1 0.161905253 NA 2 NA 2 NA 1 NA 1 NA 0.555381352 NA 0.838094747 0.978714286 0.978714286 1 0.757640658 0.757640658 1 0.309316239 0.309316239 1 0.697879952 0.697879952 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000066 1 0.009909649 1 0.309906439 1 2.06E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 144082845 A C - - - - - - 37 0 0 45 7 15.6 29 2 6.9 80 7 8.8 66 7 10.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 2.555381352 7 2.838094747 2 1 4 1 1 1 3 1 1 0.444618648 1 0.161905253 NA 2 NA 2 NA 1 NA 1 NA 0.555381352 NA 0.838094747 1.641714286 1.641714286 1 0.780256797 0.780256797 1 1.944273504 1.944273504 1 0.626909109 0.626909109 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000000003 1 0.009279585 1 0.00000018 1 0.000000047 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 144690994 T C - - - - - - 34 0 0 36 4 11.1 19 3 15.8 79 0 0 50 7 14 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 2.555381352 7 2.838094747 2 1 4 1 1 1 3 1 1 0.444618648 1 0.161905253 NA 2 NA 2 NA 1 NA 1 NA 0.555381352 NA 0.838094747 1.168142857 1.168142857 1 1.786674985 1.786674985 1 0 0 1 0.827993163 0.827993163 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.0000324 1 0.000114071 1 1 1 6.46E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 147694448 G C TTC29 CCDS47141.1 r.? - - intronic 29 0 0 33 5 15.2 23 4 17.4 69 7 10.1 55 10 18.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 2.555381352 7 2.838094747 2 1 4 1 1 1 3 1 1 0.444618648 1 0.161905253 NA 2 NA 2 NA 1 NA 1 NA 0.555381352 NA 0.838094747 1.599619048 1.599619048 1 1.967604097 1.967604097 1 2.231495726 1.115747863 2 1.076391112 1.076391112 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.00000066 1 0.00000513 1 6.43E-08 1 2.33E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 149121174 C T NR3C2 CCDS3772.1 r.? - - intronic 32 0 0 25 7 28 24 3 12.5 58 2 3.4 40 10 25 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 2.555381352 7 2 2 1 4 1 1 1 3 1 1 0.444618648 1 1 NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.555381352 NA NA 2.946666667 1.473333333 2 1.41350869 1.41350869 1 0.751196581 0.751196581 1 1.269035533 1.269035533 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 3.47E-11 1 0.000233853 1 0.034352256 1 7.22E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 151066951 G A DCLK2 CCDS34076.1 r.? - - intronic 36 0 0 52 18 34.6 39 15 38.5 65 17 26.2 77 43 55.8 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6.469179811 7 11 6.5724041 5 6 8 5 1 1 3 1 0.530820189 1 1 0.4275959 6 NA NA 6 1 NA NA 1 0.469179811 NA NA 0.5724041 4.84157431 0.968314862 5 6.064784946 1.010797491 6 6.836632479 0.976661783 7 5.383888797 0.966169844 5.5724041 NA NA 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 1.39E-28 1 6.85E-25 1 1.14E-24 1 7.83E-78 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 151204493 G T LRBA CCDS3773.1 r.? - - intronic 22 0 0 90 48 53.3 47 20 42.6 66 28 42.4 222 138 62.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6.469179811 7 11 6.5724041 5 6 8 5 1 1 3 1 0.530820189 1 1 0.4275959 6 NA NA 6 1 NA NA 1 0.469179811 NA NA 0.5724041 7.458263315 1.363689543 5.469179811 6.710645161 1.11844086 6 11.06386325 1.382982906 8 6.001395756 1.076985023 5.5724041 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 2.46E-85 1 8.18E-34 1 1.06E-46 1 9.23E-256 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 151265594 C G LRBA CCDS3773.1 r.? - - intronic 24 0 0 104 51 49 47 21 44.7 94 27 28.7 194 102 52.6 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6.469179811 7 11 6.5724041 5 6 8 5 1 1 3 1 0.530820189 1 1 0.4275959 6 NA NA 6 1 NA NA 1 0.469179811 NA NA 0.5724041 6.856564774 1.253673313 5.469179811 7.041451613 1.173575269 6 7.488982906 0.936122863 8 5.075135318 1.015027064 5 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 5.32E-88 1 5.29E-36 1 1.48E-39 1 1.39E-178 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 151265635 C G LRBA CCDS3773.1 r.? - - intronic 32 0 0 109 49 45 52 22 42.3 109 27 24.8 202 103 51 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6.469179811 7 11 6.5724041 5 6 8 5 1 1 3 1 0.530820189 1 1 0.4275959 6 NA NA 6 1 NA NA 1 0.469179811 NA NA 0.5724041 6.296845201 1.151332635 5.469179811 6.663387097 1.110564516 6 6.471316239 0.924473748 7 4.920758578 0.984151716 5 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 3.77E-82 1 5.59E-37 1 1.4E-37 1 2.09E-178 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 151265694 C A LRBA CCDS3773.1 r.? - - intronic 45 0 0 110 45 40.9 57 29 50.9 110 29 26.4 205 90 43.9 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6.469179811 7 11 6.5724041 5 6 8 5 1 1 3 1 0.530820189 1 1 0.4275959 6 NA NA 6 1 NA NA 1 0.469179811 NA NA 0.5724041 5.723132638 1.046433439 5.469179811 8.01811828 1.336353047 6 6.888820513 0.984117216 7 4.235711796 1.058927949 4 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 3.33E-73 1 2.45E-51 1 3.9E-41 1 2.86E-148 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 151265830 C T LRBA CCDS3773.1 r.? - - intronic 38 0 0 106 45 42.5 64 33 51.6 115 42 36.5 215 108 50.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6.469179811 7 11 6.5724041 5 6 8 5 1 1 3 1 0.530820189 1 1 0.4275959 6 NA NA 6 1 NA NA 1 0.469179811 NA NA 0.5724041 5.947020467 1.08736971 5.469179811 8.128387097 1.354731183 6 9.524316239 1.19053953 8 4.843570208 0.968714042 5 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 3.98E-74 1 1.78E-58 1 7.41E-66 1 5.17E-186 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 151266099 C G LRBA CCDS3773.1 r.? - - intronic 35 0 0 133 67 50.4 47 23 48.9 126 39 31 220 89 40.5 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 6.469179811 7 11 6.5724041 5 6 8 5 1 1 3 1 0.530820189 1 1 0.4275959 6 NA NA 6 1 NA NA 1 0.469179811 NA NA 0.5724041 7.052466625 1.289492551 5.469179811 7.703064516 1.283844086 6 8.089145299 1.011143162 8 3.907661224 0.976915306 4 0 0 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 0 8 NA 1 1 3.66E-116 1 1.71E-40 1 6.56E-58 1 1.38E-142 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 151267517 C G LRBA CCDS3773.1 r.? - - intronic 33 0 0 113 68 60.2 41 14 34.1 65 16 24.6 193 100 51.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6.469179811 7 11 6.5724041 5 6 8 5 1 1 3 1 0.530820189 1 1 0.4275959 6 NA NA 6 1 NA NA 1 0.469179811 NA NA 0.5724041 8.423779579 1.540227213 5.469179811 5.371666667 1.074333333 5 6.419128205 1.069854701 6 4.997946948 0.99958939 5 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 2.04E-125 1 1.9E-22 1 7.85E-23 1 3.16E-174 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 151267879 C A LRBA CCDS3773.1 r.? - - intronic 21 0 0 68 40 58.8 42 18 42.9 66 14 21.2 130 60 46.2 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6.469179811 7 11 6.5724041 5 6 8 5 1 1 3 1 0.530820189 1 1 0.4275959 6 NA NA 6 1 NA NA 1 0.469179811 NA NA 0.5724041 8.227877729 1.504407976 5.469179811 6.757903226 1.126317204 6 5.531931624 0.921988604 6 4.457628359 0.974898163 4.5724041 NA NA 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 7.91E-74 1 1.2E-30 1 3.71E-19 1 3.99E-101 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 151269106 C G LRBA CCDS3773.1 r.? - - intronic 34 0 0 91 34 37.4 60 29 48.3 103 31 30.1 206 82 39.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 1 100 0 0 NA TRUE FALSE 6.469179811 7 11 6.5724041 5 6 8 5 1 1 3 1 0.530820189 1 1 0.4275959 6 NA NA 6 1 NA NA 1 0.469179811 NA NA 0.5724041 5.233378011 0.956885345 5.469179811 7.608548387 1.268091398 6 7.854299145 0.981787393 8 3.8401214 0.96003035 4 NA NA 0 NA NA 1 26.09401709 3.261752137 8 NA NA 0 8 NA 1 1 4.98E-54 1 1.83E-50 1 6.46E-46 0.005 8.75E-131 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 151579400 G A LRBA CCDS3773.1 r.? - - intronic 30 0 0 28 12 42.9 20 7 35 72 16 22.2 78 46 59 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6.469179811 7 11 6.5724041 5 6 8 5 1 1 3 1 0.530820189 1 1 0.4275959 6 NA NA 6 1 NA NA 1 0.469179811 NA NA 0.5724041 6.002992425 1.097603778 5.469179811 5.51344086 0.91890681 6 5.792871795 0.965478632 6 5.692642277 1.021577433 5.5724041 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 6.9E-21 1 5.72E-12 1 4.82E-22 1 9.5E-85 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 152179723 C G - - - - - - 39 0 0 34 7 20.6 17 3 17.6 31 2 6.5 61 17 27.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 7 4 2 2 4 3 1 1 3 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.167904762 1.083952381 2 2.068473118 2.068473118 1 1.436111111 1.436111111 1 1.974243655 0.987121827 2 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 3.73E-10 1 0.0000807 1 0.010558179 1 3.33E-25 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 152417954 T A FAM160A1 CCDS47146.1 r.? - - intronic 27 0 0 28 5 17.9 15 3 20 54 7 13 54 20 37 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 7 4 2 2 4 3 1 1 3 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.883761905 1.883761905 1 2.350537634 2.350537634 1 2.872222222 0.957407407 3 2.618172589 0.872724196 3 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000000279 1 0.0000544 1 1.13E-08 1 2.61E-32 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 155869058 C T - - - - - - 34 0 0 43 6 14 20 0 0 66 0 0 58 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 7 2.785704032 2 2 4 1 1 1 3 1 1 1 1 0.214295968 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.785704032 1.473333333 1.473333333 1 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 8.13E-08 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 156050006 T C - - - - - - 33 0 0 35 7 20 20 4 20 58 8 13.8 43 15 34.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 7 2.785704032 2 2 4 1 1 1 3 1 1 1 1 0.214295968 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.785704032 2.104761905 1.052380952 2 2.350537634 2.350537634 1 3.048974359 1.016324786 3 2.045784311 1.145645793 1.785704032 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 4.65E-10 1 0.00000284 1 5.99E-10 1 4.05E-24 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 157245938 A G - - - - - - 25 0 0 16 5 31.2 13 4 30.8 59 4 6.8 47 21 44.7 162 0 0 147 34 23.1 73 31 42.5 337 31 9.2 210 79 37.6 TRUE TRUE 3 3 7 2.785704032 2 2 4 1 1 1 3 1 1 1 1 0.214295968 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.785704032 3.283428571 1.641714286 2 3.619827957 1.809913978 2 1.502393162 1.502393162 1 2.620245235 1.467345757 1.785704032 2.431 1.2155 2 4.994892473 2.497446237 2 2.032649573 1.016324786 2 2.204054158 1.234277416 1.785704032 8 16 1 1 0.000000013 8.81E-46 0.000000431 1.47E-51 0.00022841 7.02E-29 5.29E-36 1.21E-123 YES 1_1 1_1 1_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b 4 157553812 C G ENSG00000251283 ENST00000511399 r.? - - downstream 41 0 0 46 8 17.4 24 2 8.3 67 0 0 67 7 10.4 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 7 2.785704032 2 2 4 1 1 1 3 1 1 1 1 0.214295968 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.785704032 1.831142857 1.831142857 1 0.975473118 0.975473118 1 0 0 1 0.609632001 0.609632001 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 8.61E-11 1 0.006413403 1 1 1 5.23E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 161576608 G A - - - - - - 23 0 0 35 4 11.4 30 3 10 36 2 5.6 48 7 14.6 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 7 NA 2 2 4 NA 1 1 3 NA 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.199714286 1.199714286 1 1.175268817 1.175268817 1 1.237264957 1.237264957 1 NA NA 1 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.0000289 1 0.000458697 1 0.014070883 1 4.81E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 161903440 C A - - - - - - 37 0 0 54 8 14.8 19 3 15.8 84 6 7.1 48 7 14.6 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 7 4 2 2 4 2 1 1 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.55752381 1.55752381 1 1.856924731 1.856924731 1 1.568675214 1.568675214 1 1.033116751 1.033116751 1 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 3.31E-10 1 0.000114071 1 0.00000455 1 4.81E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 161928217 A G - - - - - - 40 0 0 31 11 35.5 20 5 25 64 4 6.2 53 10 18.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 7 4 2 2 4 2 1 1 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 3.735952381 1.86797619 2 2.938172043 1.469086022 2 1.36982906 1.36982906 1 1.337390863 1.337390863 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 3.77E-18 1 4.55E-08 1 0.000312605 1 1.57E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 162264482 A T - - - - - - 35 0 0 48 5 10.4 22 1 4.5 66 0 0 55 0 0 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 7 4 2 2 4 2 1 1 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.09447619 1.09447619 1 0.528870968 NA 0 0 0 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.00000447 1 0.104413009 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 163355104 G T - - - - - - 31 0 0 34 9 26.5 15 2 13.3 72 2 2.8 49 11 22.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 7 3 2 2 4 2 1 1 3 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.788809524 1.394404762 2 1.563107527 1.563107527 1 0.618632479 0.618632479 1 1.361055838 1.361055838 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 9.15E-14 1 0.002513772 1 0.050755634 1 1.19E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 163828953 A T - - - - - - 23 0 0 32 4 12.5 17 2 11.8 72 2 2.8 54 11 20.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 7 3 2 2 4 2 1 1 3 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.31547619 1.31547619 1 1.386817204 1.386817204 1 0.618632479 0.618632479 1 1.239532995 1.239532995 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.0000201 1 0.003234386 1 0.050755634 1 3.84E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 164941645 G T Feb-97 CCDS45732.1 r.? - - intronic 21 0 0 40 8 20 17 1 5.9 66 4 6.1 49 19 38.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 7 3 2 2 4 2 1 1 3 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.104761905 1.052380952 2 0.693408602 0.693408602 1 1.347735043 1.347735043 1 2.357543147 1.178771574 2 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 2.61E-11 1 0.081683532 1 0.000351793 1 3.12E-31 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 166510183 A T - - - - - - 25 0 0 37 5 13.5 19 0 0 62 1 1.6 60 5 8.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 7 3 2 2 4 2 1 1 3 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.420714286 1.420714286 1 0 0 1 0.353504274 0.353504274 1 0.504319797 0.504319797 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.00000119 1 1 1 0.267123145 1 0.0000136 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 167319886 C G - - - - - - 29 0 0 49 8 16.3 21 3 14.3 77 12 15.6 45 21 46.7 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 7 3 2 2 4 2 1 1 3 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.715380952 1.715380952 1 1.680634409 1.680634409 1 3.446666667 0.861666667 4 2.837558376 1.418779188 2 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 1.47E-10 1 0.000155401 1 6.64E-15 1 1.6E-36 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 167724468 C A SPOCK3 CCDS34095.1 r.? - - intronic 35 0 0 36 6 16.7 15 1 6.7 63 2 3.2 54 12 22.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 7 3 2 2 4 2 1 1 3 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.75747619 1.75747619 1 0.787430108 0.787430108 1 0.707008547 0.707008547 1 1.348903553 1.348903553 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 2.68E-08 1 0.072431031 1 0.03993132 1 6.9E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 167991386 T A SPOCK3 CCDS34095.1 r.? - - intronic 31 0 0 30 3 10 26 2 7.7 61 1 1.6 48 9 18.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 7 3 2 2 4 2 1 1 3 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.052380952 1.052380952 1 0.904956989 0.904956989 1 0.353504274 0.353504274 1 1.142314721 1.142314721 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000458697 1 0.007502227 1 0.263440347 1 2.75E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 168103278 T C SPOCK3 CCDS34095.1 r.? - - intronic 35 0 0 48 11 22.9 29 5 17.2 73 9 12.3 49 17 34.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 7 3 2 2 4 2 1 1 3 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.409952381 1.20497619 2 2.021462366 2.021462366 1 2.717564103 0.905854701 3 2.10842132 1.05421066 2 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 9.31E-16 1 0.000000336 1 1.42E-10 1 4.26E-27 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 171376966 C A - - - - - - 35 0 0 24 5 20.8 22 5 22.7 41 3 7.3 41 14 34.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 7 3 2 2 4 2 1 1 3 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.188952381 2.188952381 1 2.667860215 1.333930108 2 1.612863248 1.612863248 1 2.071964467 1.035982234 2 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000000123 1 7.67E-08 1 0.001155993 1 1.9E-22 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 171687887 T C - - - - - - 34 0 0 50 13 26 13 1 7.7 61 2 3.3 64 10 15.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 7 3 2 2 4 2 1 1 3 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.736190476 1.368095238 2 0.904956989 0.904956989 1 0.729102564 0.729102564 1 0.947878173 0.947878173 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 3.65E-19 1 0.063085307 1 0.037660755 1 1.16E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 171895691 G C - - - - - - 39 0 0 41 5 12.2 21 2 9.5 57 2 3.5 54 7 13 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 7 3 2 2 4 2 1 1 3 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.283904762 1.283904762 1 1.116505376 1.116505376 1 0.773290598 0.773290598 1 0.789898477 0.789898477 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.00000202 1 0.004928472 1 0.03327602 1 1.13E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 171909327 G C - - - - - - 34 0 0 37 9 24.3 22 3 13.6 65 3 4.6 55 10 18.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 7 3 2 2 4 2 1 1 3 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.557285714 1.278642857 2 1.598365591 1.598365591 1 1.016324786 1.016324786 1 1.105857868 1.105857868 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 2.14E-13 1 0.000179267 1 0.004333293 1 2.33E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 172163576 C T - - - - - - 38 0 0 39 8 20.5 22 2 9.1 64 0 0 62 9 14.5 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 7 3 2 2 4 2 1 1 3 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.157380952 1.078690476 2 1.069494624 1.069494624 1 0 0 1 0.881040609 0.881040609 1 NA NA 0 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 2.09E-11 1 0.005403392 1 1 1 3.12E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 172418384 C T - - - - - - 29 0 0 33 5 15.2 23 3 13 64 8 12.5 42 1 2.4 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 7 3 2 2 4 2 1 1 3 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.599619048 1.599619048 1 1.527849462 1.527849462 1 2.761752137 0.920584046 3 0.145827411 0.145827411 1 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.00000066 1 0.000205387 1 1.35E-09 1 0.189842622 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 172810296 G T GALNTL6 CCDS34104.1 r.? - - intronic 39 0 0 35 9 25.7 19 4 21.1 59 9 15.3 57 20 35.1 2 0 0 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 7 3 2 2 4 2 1 1 3 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.704619048 1.352309524 2 2.479817204 2.479817204 1 3.380384615 1.126794872 3 2.132725888 1.066362944 2 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 1.23E-13 1 0.00000228 1 1.96E-11 1 9.67E-32 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 173725102 G A GALNTL6 CCDS34104.1 r.? - - intronic 33 0 0 36 6 16.7 23 2 8.7 57 5 8.8 44 5 11.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 7 3 2 2 4 2 1 1 3 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.75747619 1.75747619 1 1.022483871 1.022483871 1 1.944273504 1.944273504 1 0.692680203 0.692680203 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 2.68E-08 1 0.00589844 1 0.0000105 1 0.00000288 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 174900850 A T - - - - - - 34 0 0 33 5 15.2 22 2 9.1 61 9 14.8 67 17 25.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 7 3 2 2 4 2 1 1 3 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.599619048 1.599619048 1 1.069494624 1.069494624 1 3.26991453 1.08997151 3 1.543340102 0.771670051 2 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.00000066 1 0.005403392 1 2.68E-11 1 2.03E-24 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 175520059 T C - - - - - - 31 0 0 30 4 13.3 21 6 28.6 67 4 6 65 17 26.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 7 3 2 2 4 2 1 1 3 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.399666667 1.399666667 1 3.361268817 1.680634409 2 1.325641026 1.325641026 1 1.591949239 0.795974619 2 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.0000154 1 7.95E-10 1 0.000372648 1 1.14E-24 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 176524723 A G - - - - - - 25 0 0 41 4 9.8 21 2 9.5 60 6 10 38 2 5.3 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 7 3 2 2 4 2 1 1 3 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.031333333 1.031333333 1 1.116505376 1.116505376 1 2.209401709 1.104700855 2 0.322035533 0.322035533 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.0000546 1 0.004928472 1 0.000000621 1 0.015598339 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 177247706 A G SPCS3 ENST00000264597 r.? - - intronic 35 0 0 29 7 24.1 26 8 30.8 69 6 8.7 50 11 22 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 7 3 2 2 4 2 1 1 3 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.536238095 1.268119048 2 3.619827957 1.809913978 2 1.922179487 1.922179487 1 1.336751269 1.336751269 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 1.11E-10 1 5.63E-13 1 0.00000143 1 1.52E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 177261475 G T - - - - - - 42 0 0 43 7 16.3 22 0 0 60 5 8.3 57 10 17.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 7 3 2 2 4 2 1 1 3 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.715380952 1.715380952 1 0 0 1 1.833803419 1.833803419 1 1.063324873 1.063324873 1 NA NA 0 NA NA 0 0 0 1 NA NA 0 8 NA 1 1 2.15E-09 1 1 1 0.0000136 1 3.4E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 178164747 G T ENSG00000249008 ENST00000512516 r.? - - intronic 32 0 0 29 6 20.7 20 5 25 38 7 18.4 49 8 16.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 3 7 4 2 2 4 2 2 1 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.385428571 1.192714286 2 2.938172043 1.469086022 2 4.065299145 1.016324786 4 1.153411168 1.153411168 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 6.72E-09 1 4.55E-08 1 8.61E-10 1 1.47E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 178581422 A T - - - - - - 33 0 0 38 7 18.4 26 2 7.7 66 7 10.6 65 18 27.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 7 4 2 2 4 2 2 2 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.120380952 1.060190476 2 0.981956989 0.981956989 1 2.341965812 1.170982906 2 1.960091371 0.980045685 2 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 8.61E-10 1 0.007502227 1 0.000000047 1 1.52E-26 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 178887892 G A ENSG00000231171 ENST00000507870 r.582g>a c.120G>A p.R40R silent 30 0 0 42 5 11.9 31 1 3.2 65 8 12.3 56 18 32.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 7 4 2 2 4 2 2 2 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.371333333 1.371333333 1 0.408086022 0.408086022 1 2.717564103 0.905854701 3 2.271441624 1.135720812 2 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.00000228 1 0.143917729 1 1.53E-09 1 6.76E-28 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 179523689 G A - - - - - - 42 0 0 41 7 17.1 28 5 17.9 54 6 11.1 50 10 20 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 7 4 2 2 4 2 2 2 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.970571429 1.970571429 1 2.282731183 2.282731183 1 2.452435897 0.817478632 3 1.415228426 1.415228426 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 1.51E-09 1 0.000000279 1 0.000000329 1 8.36E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 179762288 C T - - - - - - 33 0 0 44 5 11.4 18 1 5.6 68 0 0 53 10 18.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 7 4 2 2 4 2 2 2 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.313714286 1.313714286 1 0.714150538 0.714150538 1 0 0 1 1.337390863 1.337390863 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.00000288 1 0.086275114 1 1 1 1.57E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 179891216 T G - - - - - - 34 0 0 38 6 15.8 30 4 13.3 74 3 4.1 56 13 23.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 7 4 2 2 4 2 2 2 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.820761905 1.820761905 1 1.696107527 1.696107527 1 0.905854701 0.905854701 1 1.641664975 0.820832487 2 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 3.76E-08 1 0.0000154 1 0.006220661 1 1.89E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 180075585 C A - - - - - - 44 0 0 41 4 9.8 18 1 5.6 65 7 10.8 49 6 12.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 7 4 2 2 4 2 2 2 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.129333333 1.129333333 1 0.714150538 0.714150538 1 2.386153846 1.193076923 2 0.86328934 0.86328934 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.0000546 1 0.086275114 1 4.22E-08 1 0.000000182 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 180409606 G C - - - - - - 23 0 0 27 7 25.9 21 3 14.3 68 0 0 46 0 0 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 7 4 2 2 4 2 2 2 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.984666667 1.492333333 2 1.823634409 1.823634409 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 9 NA 1 1 6.36E-11 1 0.000155401 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 180464652 G C - - - - - - 35 0 0 48 8 16.7 18 3 16.7 75 10 13.3 62 13 21 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 7 4 2 2 4 2 2 2 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.92447619 0.962238095 2 2.129698925 2.129698925 1 2.938504274 0.979501425 3 1.485989848 1.485989848 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 1.23E-10 1 0.0000964 1 6.02E-12 1 8.08E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 180855766 G C - - - - - - 39 0 0 32 5 15.6 20 3 15 54 1 1.9 60 5 8.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 7 4 2 2 4 2 2 2 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.797714286 1.797714286 1 1.912903226 1.912903226 1 0.419786325 0.419786325 1 0.587319797 0.587319797 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000000562 1 0.0001337 1 0.237137336 1 0.0000136 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 181186794 T A - - - - - - 43 0 0 38 9 23.7 25 8 32 61 9 14.8 56 8 14.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 7 4 2 2 4 2 2 2 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.731142857 1.365571429 2 4.080860215 2.040430108 2 3.26991453 1.08997151 3 1.011888325 1.011888325 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 2.79E-13 1 3.92E-13 1 2.68E-11 1 4.48E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 181307868 T A - - - - - - 35 0 0 42 6 14.3 23 2 8.7 69 5 7.2 69 8 11.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 7 4 2 2 4 2 2 2 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.647904762 1.647904762 1 1.109483871 1.109483871 1 1.590769231 1.590769231 1 0.820832487 0.820832487 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 7.02E-08 1 0.00589844 1 0.0000269 1 2.49E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 181743540 C G - - - - - - 36 0 0 42 5 11.9 20 2 10 69 6 8.7 72 12 16.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 7 4 2 2 4 2 2 2 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.371333333 1.371333333 1 1.275268817 1.275268817 1 1.922179487 1.922179487 1 1.181715736 1.181715736 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.00000228 1 0.004473894 1 0.00000143 1 2.84E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 181835543 A T - - - - - - 21 0 0 26 6 23.1 20 1 5 63 2 3.2 56 12 21.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 7 4 2 2 4 2 2 2 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.662 1.331 2 0.637634409 0.637634409 1 0.707008547 0.707008547 1 1.514294416 1.514294416 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 3.3E-09 1 0.09538952 1 0.03993132 1 1.11E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 182244965 A G - - - - - - 36 0 0 33 5 15.2 18 3 16.7 70 1 1.4 51 7 13.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 7 4 2 2 4 2 2 2 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.751619048 1.751619048 1 2.129698925 2.129698925 1 0.309316239 0.309316239 1 0.969431472 0.969431472 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.00000066 1 0.0000964 1 0.295930304 1 7.46E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 182297636 T A - - - - - - 33 0 0 47 6 12.8 24 2 8.3 65 7 10.8 72 11 15.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 7 4 2 2 4 2 2 2 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.475047619 1.475047619 1 1.058473118 1.058473118 1 2.386153846 1.193076923 2 1.082649746 1.082649746 1 NA NA 0 NA NA 0 0 0 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000000141 1 0.006413403 1 4.22E-08 1 1.12E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 182541738 G A - - - - - - 23 0 0 52 10 19.2 16 1 6.2 69 8 11.6 72 21 29.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 7 4 2 2 4 2 2 2 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.212571429 1.106285714 2 0.790666667 0.790666667 1 2.562905983 0.854301994 3 2.066233503 1.033116751 2 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 1.28E-13 1 0.077068876 1 2.49E-09 1 2.89E-31 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 182711912 C A - - - - - - 36 0 0 45 4 8.9 22 0 0 70 0 0 54 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 7 4 2 2 4 2 2 2 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.025619048 1.025619048 1 0 0 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 10 NA 1 1 0.0000791 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 183415800 G A ODZ3 CCDS47165.1 r.? - - intronic 28 0 0 37 5 13.5 22 5 22.7 73 8 11 51 14 27.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 7 4 2 2 4 2 2 2 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.555714286 1.555714286 1 2.894860215 1.447430108 2 2.43034188 0.81011396 3 1.945939086 0.972969543 2 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.00000119 1 7.67E-08 1 3.93E-09 1 6.64E-21 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 183693923 A C ODZ3 CCDS47165.1 r.? - - intronic 38 0 0 44 7 15.9 11 0 0 79 5 6.3 75 6 8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 7 4 2 2 4 2 2 2 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.832285714 1.832285714 1 0 0 1 1.391923077 1.391923077 1 0.566091371 0.566091371 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 2.55E-09 1 1 1 0.0000518 1 0.00000234 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 184842281 A T STOX2 CCDS47167.1 r.? - - intronic 33 0 0 43 5 11.6 18 4 22.2 64 3 4.7 59 17 28.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 7 4 2 2 4 2 2 2 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.336761905 1.336761905 1 2.831096774 1.415548387 2 1.038418803 1.038418803 1 2.037928934 1.018964467 2 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.00000257 1 0.00000181 1 0.004148608 1 1.74E-25 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 184842282 G T STOX2 CCDS47167.1 r.? - - intronic 34 0 0 45 5 11.1 18 4 22.2 66 4 6.1 58 17 29.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 7 4 2 2 4 2 2 2 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.279142857 1.279142857 1 2.831096774 1.415548387 2 1.347735043 1.347735043 1 2.073309645 1.036654822 2 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.00000323 1 0.00000181 1 0.000351793 1 1.24E-25 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 185826089 G A - - - - - - 32 0 0 42 5 11.9 25 2 8 42 8 19 50 13 26 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 7 4 2 2 4 2 2 2 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.371333333 1.371333333 1 1.020215054 1.020215054 1 4.197863248 1.049465812 4 1.839796954 0.919898477 2 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.00000228 1 0.006948068 1 3.96E-11 1 3.65E-19 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 186155434 C T SNX25 CCDS34116.1 r.? - - intronic 30 0 0 54 6 11.1 15 1 6.7 38 0 0 63 14 22.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 7 4 2 2 4 2 2 2 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.279142857 1.279142857 1 0.854430108 0.854430108 1 0 0 1 1.570903553 0.785451777 2 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.000000329 1 0.072431031 1 1 1 1.81E-19 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 186304984 C T LRP2BP CCDS3840.1 r.? - - upstream 36 0 0 46 5 10.9 21 2 9.5 69 4 5.8 55 4 7.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 7 4 2 2 4 2 2 2 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.256095238 1.256095238 1 1.211505376 1.211505376 1 1.281452991 1.281452991 1 0.516558376 0.516558376 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.00000361 1 0.004928472 1 0.000416985 1 0.000173903 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 187252964 A T - - - - - - 43 0 0 31 4 12.9 25 1 4 71 5 7 72 6 8.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 7 4 2 2 4 2 2 2 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.486571429 1.486571429 1 0.510107527 0.510107527 1 1.546581197 1.546581197 1 0.587319797 0.587319797 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.0000177 1 0.117779757 1 0.0000309 1 0.00000184 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 188096232 C A - - - - - - 24 0 0 32 4 12.5 28 2 7.1 46 1 2.2 58 5 8.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 7 4 2 2 4 2 2 2 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.44047619 1.44047619 1 0.90544086 0.90544086 1 0.486068376 0.486068376 1 0.608548223 0.608548223 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.0000201 1 0.008668191 1 0.205924651 1 0.0000115 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 188832177 G A - - - - - - 29 0 0 39 11 28.2 23 6 26.1 69 7 10.1 60 17 28.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 7 4 2 2 4 2 2 2 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 3.249714286 1.624857143 2 3.328451613 1.664225806 2 2.231495726 1.115747863 2 2.002548223 1.001274112 2 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 7.2E-17 1 1.47E-09 1 6.43E-08 1 2.41E-25 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 189487662 G C - - - - - - 34 0 0 48 5 10.4 21 1 4.8 70 1 1.4 58 5 8.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 7 4 2 2 4 2 2 2 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.19847619 1.19847619 1 0.612129032 0.612129032 1 0.309316239 0.309316239 1 0.608548223 0.608548223 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.00000447 1 0.099912572 1 0.295930304 1 0.0000115 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 189637807 T G - - - - - - 34 0 0 45 4 8.9 13 2 15.4 52 0 0 54 11 20.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 7 4 2 2 4 2 2 2 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.025619048 1.025619048 1 1.963913978 1.963913978 1 0 0 1 1.443532995 1.443532995 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.0000791 1 0.001879825 1 1 1 3.84E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 190769510 A G - - - - - - 34 0 0 43 6 14 24 4 16.7 72 6 8.3 63 23 36.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 7 4 2 2 4 2 2 2 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.613333333 1.613333333 1 2.129698925 2.129698925 1 1.833803419 1.833803419 1 2.582791878 1.291395939 2 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 8.13E-08 1 0.00000613 1 0.00000184 1 9.25E-37 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 649311 T C CEP72 CCDS34126.1 r.? - - intronic 36 0 0 38 4 10.5 30 0 0 35 1 2.9 87 5 5.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 4 7 5.807650248 3 3 4 3 2 1 3 2 1 1 1 0.192349752 NA NA NA 3 NA NA NA 3 NA NA NA 0.807650248 1.315 1.315 1 0 NA 0 0.640726496 0.640726496 1 0.506376166 0.506376166 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.0000403 1 1 1 0.16091139 1 0.0000821 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 2636963 C T - - - - - - 31 0 0 31 5 16.1 16 0 0 40 1 2.5 63 3 4.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 4 7 5.807650248 3 3 4 3 2 1 3 2 1 1 1 0.192349752 NA NA NA 3 NA NA NA 3 NA NA NA 0.807650248 2.016333333 2.016333333 1 0 NA 0 0.552350427 0.552350427 1 0.426422034 0.426422034 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.000000476 1 1 1 0.181679879 1 0.003968795 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 3126670 T G - - - - - - 28 0 0 39 5 12.8 13 1 7.7 74 2 2.7 108 7 6.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 4 7 5.807650248 3 3 4 3 2 1 3 2 1 1 1 0.192349752 NA NA NA 3 NA NA NA 3 NA NA NA 0.807650248 1.603047619 1.603047619 1 0.981956989 0.981956989 1 0.596538462 0.596538462 1 0.577446505 0.577446505 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.00000156 1 0.063085307 1 0.053288733 1 0.0000014 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 8400104 A C - - - - - - 41 0 0 25 5 20 30 3 10 68 0 0 89 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 4 7 5.807650248 3 3 4 3 2 1 3 2 1 1 1 0.192349752 NA NA NA 3 NA NA NA 3 NA NA NA 0.807650248 2.504761905 0.834920635 3 1.275268817 1.275268817 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 9 NA 1 1 0.000000153 1 0.000458697 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 8429100 G C - - - - - - 24 0 0 46 4 8.7 27 3 11.1 70 0 0 72 1 1.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 4 7 5.807650248 3 3 4 3 2 1 3 2 1 1 1 0.192349752 NA NA NA 3 NA NA NA 3 NA NA NA 0.807650248 1.089571429 1.089571429 1 1.415548387 1.415548387 1 0 0 1 0.124373093 0.124373093 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 9 NA 1 1 0.0000862 1 0.000334187 1 1 1 0.302953399 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 9093942 G T SEMA5A CCDS3875.1 r.? - - intronic 27 0 0 40 4 10 21 1 4.8 57 3 5.3 68 19 27.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 2 100 FALSE FALSE 5 4 7 5.807650248 3 3 4 3 2 1 3 2 1 1 1 0.192349752 NA NA NA 3 NA NA NA 3 NA NA NA 0.807650248 1.252380952 1.252380952 1 0.612129032 NA 0 1.170982906 1.170982906 1 2.478578074 1.130557783 2.192349752 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 8.88379238 2.961264127 3 NA NA 1 1 0.0000495 1 0.099912572 1 0.002989991 1 5.06E-28 0.000025 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 9472714 G A SEMA5A CCDS3875.1 r.? - - intronic 22 0 0 38 6 15.8 26 1 3.8 61 8 13.1 68 16 23.5 2 0 0 2 2 100 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 4 7 5.807650248 3 3 4 3 2 1 3 2 1 1 1 0.192349752 NA NA NA 3 NA NA NA 3 NA NA NA 0.807650248 1.978761905 1.978761905 1 0.484602151 NA 0 2.894316239 0.96477208 3 2.087691209 1.043845605 2 12.52380952 4.174603175 3 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 3.76E-08 0.000025 0.122190858 1 9.09E-10 1 1.75E-22 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 11562182 C G CTNND2 CCDS3881.1 r.? - - intronic 44 0 0 49 5 10.2 24 1 4.2 55 3 5.5 51 4 7.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 4 7 5 3 3 4 3 2 1 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.277428571 1.277428571 1 0.535612903 NA 0 1.21517094 1.21517094 1 0.629939086 0.629939086 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.00000496 1 0.113346489 1 0.002700822 1 0.000129466 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 12708204 G A - - - - - - 28 0 0 39 7 17.9 21 2 9.5 59 6 10.2 66 13 19.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 4 7 5 3 3 4 3 2 1 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.241761905 1.120880952 2 1.211505376 1.211505376 1 2.253589744 1.126794872 2 1.591 1.591 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 1.04E-09 1 0.004928472 1 0.000000561 1 1.95E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 13951976 G C - - - - - - 33 0 0 59 7 11.9 24 3 12.5 70 6 8.6 69 10 14.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 1 0 0 TRUE FALSE 5 4 7 5 3 3 4 3 2 1 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.490333333 1.490333333 1 1.594086022 1.594086022 1 1.90008547 1.90008547 1 1.171040609 1.171040609 1 NA NA 0 NA NA 0 0 0 1 0 0 1 8 NA 1 1 2.12E-08 1 0.000233853 1 0.00000156 1 2.54E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 14929470 T A - - - - - - 22 0 0 37 6 16.2 16 1 6.2 62 7 11.3 65 5 7.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 4 7 5 3 3 4 3 2 1 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.028857143 2.028857143 1 0.790666667 NA 0 2.496623932 0.832207977 3 0.621862944 0.621862944 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 3.18E-08 1 0.077068876 1 3.02E-08 1 0.0000201 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 15333409 C A - - - - - - 35 0 0 49 6 12.2 23 0 0 71 3 4.2 81 13 16 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 2 100 FALSE FALSE 5 4 7 5 3 3 4 3 2 1 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.527904762 1.527904762 1 0 NA 0 0.927948718 0.927948718 1 1.292182741 1.292182741 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 8.076142132 2.692047377 3 NA NA 1 1 0.000000182 1 1 1 0.00554578 1 3.34E-16 0.000025 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 15948574 G C - - - - - - 37 0 0 41 4 9.8 21 0 0 69 0 0 61 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 4 7 5 3 3 4 3 2 1 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.227333333 1.227333333 1 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.0000546 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 15954988 A G - - - - - - 31 0 0 47 4 8.5 18 1 5.6 86 5 5.8 63 6 9.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 4 7 5 3 3 4 3 2 1 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.06452381 1.06452381 1 0.714150538 NA 0 1.281452991 1.281452991 1 0.767233503 0.767233503 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.0000939 1 0.086275114 1 0.0000777 1 0.000000832 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 17095282 G C - - - - - - 23 0 0 30 4 13.3 23 0 0 74 4 5.4 74 9 12.2 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 4 7 5 3 3 4 3 2 1 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.665666667 1.665666667 1 0 NA 0 1.193076923 1.193076923 1 0.98528934 0.98528934 1 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.0000154 1 1 1 0.00054411 1 1.61E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 17366101 G A - - - - - - 37 0 0 42 6 14.3 15 2 13.3 97 10 10.3 64 11 17.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 4 7 5 3 3 4 3 2 1 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.790904762 1.790904762 1 1.696107527 1.696107527 1 2.275683761 1.13784188 2 1.389096447 1.389096447 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 7.02E-08 1 0.002513772 1 8.27E-11 1 2.85E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 17496335 T A - - - - - - 27 0 0 46 5 10.9 21 1 4.8 79 3 3.8 72 5 6.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 4 7 5 3 3 4 3 2 1 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.365095238 1.365095238 1 0.612129032 NA 0 0.83957265 0.83957265 1 0.557253807 0.557253807 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.00000361 1 0.099912572 1 0.007450026 1 0.0000331 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 19274084 T C - - - - - - 25 0 0 41 4 9.8 11 2 18.2 83 0 0 57 2 3.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 4 7 5 3 3 4 3 2 1 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.227333333 1.227333333 1 2.320989247 2.320989247 1 0 0 1 0.282664975 0.282664975 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.0000546 1 0.001334363 1 1 1 0.03327602 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 19275697 A G - - - - - - 32 0 0 48 7 14.6 22 0 0 59 5 8.5 77 8 10.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 4 7 5 3 3 4 3 2 1 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.82847619 1.82847619 1 0 NA 0 1.877991453 1.877991453 1 0.839918782 0.839918782 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 4.81E-09 1 1 1 0.0000125 1 6.05E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 19762657 G C CDH18 CCDS3652.1 r.? - - intronic 39 0 0 34 6 17.6 22 0 0 83 3 3.6 62 6 9.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 4 7 5 3 3 4 3 2 1 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.204190476 1.102095238 2 0 NA 0 0.795384615 0.795384615 1 0.783385787 0.783385787 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1.86E-08 1 1 1 0.008529565 1 0.000000756 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 19877041 C G CDH18 CCDS3652.1 r.? - - intronic 34 0 0 46 4 8.7 20 2 10 71 1 1.4 61 5 8.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 4 7 5 3 3 4 3 2 1 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.089571429 1.089571429 1 1.275268817 1.275268817 1 0.309316239 0.309316239 1 0.662243655 0.662243655 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.0000862 1 0.004473894 1 0.299450652 1 0.0000147 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 20167458 T A CDH18 CCDS3652.1 r.? - - intronic 32 0 0 46 7 15.2 27 0 0 66 0 0 53 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 4 7 5 3 3 4 3 2 1 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.903619048 1.903619048 1 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 3.53E-09 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 21256726 G A - - - - - - 28 0 0 54 8 14.8 27 4 14.8 58 3 5.2 77 5 6.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 4 7 5 3 3 4 3 2 1 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.85352381 1.85352381 1 1.887397849 1.887397849 1 1.148888889 1.148888889 1 0.524949239 0.524949239 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 3.31E-10 1 0.00001 1 0.003141421 1 0.0000458 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 21407791 T A - - - - - - 53 0 0 43 6 14 14 0 0 63 7 11.1 60 8 13.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 4 7 5 3 3 4 3 2 1 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.753333333 1.753333333 1 0 NA 0 2.452435897 0.817478632 3 1.074126904 1.074126904 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 8.13E-08 1 1 1 3.38E-08 1 7.93E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 21991571 A G CDH12 CCDS3890.1 r.? - - intronic 21 0 0 29 5 17.2 16 1 6.2 56 0 0 55 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 4 7 5 3 3 4 3 2 1 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.154095238 2.154095238 1 0.790666667 NA 0 0 0 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.000000336 1 0.077068876 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 23009767 G A - - - - - - 40 0 0 31 4 12.9 16 2 12.5 69 0 0 56 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 4 7 5 3 3 4 3 2 1 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.615571429 1.615571429 1 1.594086022 1.594086022 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 9 NA 1 1 0.0000177 1 0.002863359 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 23407124 A G - - - - - - 38 0 0 57 5 8.8 35 0 0 66 5 7.6 66 12 18.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 4 7 5 3 3 4 3 2 1 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.102095238 1.102095238 1 0 NA 0 1.679145299 1.679145299 1 1.469857868 1.469857868 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.0000105 1 1 1 0.0000217 1 9.36E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 23601477 G A - - - - - - 33 0 0 48 5 10.4 28 3 10.7 55 4 7.3 64 9 14.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 4 7 5 3 3 4 3 2 1 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.30247619 1.30247619 1 1.364537634 1.364537634 1 1.612863248 1.612863248 1 1.138736041 1.138736041 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.00000447 1 0.000372895 1 0.000173903 1 4.2E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 23655733 A G - - - - - - 40 0 0 40 4 10 23 0 0 70 0 0 77 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 4 7 5 3 3 4 3 2 1 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.252380952 1.252380952 1 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.0000495 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 24541217 T C CDH10 CCDS3892.1 r.? - - intronic 27 0 0 44 4 9.1 28 0 0 73 0 0 72 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 4 7 5 3 3 4 3 2 1 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.139666667 1.139666667 1 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.0000723 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 24795682 G T - - - - - - 25 0 0 41 6 14.6 18 0 0 48 6 12.5 67 10 14.9 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 4 7 5 3 3 4 3 2 1 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.82847619 1.82847619 1 0 NA 0 2.761752137 0.920584046 3 1.203345178 1.203345178 1 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 6.05E-08 1 1 1 0.00000016 1 1.87E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 24833184 C A - - - - - - 28 0 0 37 4 10.8 21 2 9.5 47 1 2.1 69 13 18.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 4 7 5 3 3 4 3 2 1 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.352571429 1.352571429 1 1.211505376 1.211505376 1 0.463974359 0.463974359 1 1.518314721 1.518314721 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.0000362 1 0.004928472 1 0.209895027 1 3.64E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 24977949 G T - - - - - - 38 0 0 52 5 9.6 29 0 0 81 5 6.2 68 11 16.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 4 7 5 3 3 4 3 2 1 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.202285714 1.202285714 1 0 NA 0 1.36982906 1.36982906 1 1.308335025 1.308335025 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.00000668 1 1 1 0.0000584 1 5.76E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 25234948 G T - - - - - - 38 0 0 32 5 15.6 25 2 8 73 10 13.7 67 22 32.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 4 7 5 3 3 4 3 2 1 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.953714286 1.953714286 1 1.020215054 1.020215054 1 3.026880342 1.008960114 3 2.648974619 0.88299154 3 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000000562 1 0.006948068 1 4.56E-12 1 5.21E-34 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 25404782 T A - - - - - - 29 0 0 58 6 10.3 23 2 8.7 71 2 2.8 70 8 11.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 4 7 5 3 3 4 3 2 1 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.289952381 1.289952381 1 1.109483871 1.109483871 1 0.618632479 0.618632479 1 0.920680203 0.920680203 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000000506 1 0.00589844 1 0.04950591 1 2.8E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 25453366 A T - - - - - - 29 0 0 48 4 8.3 17 1 5.9 61 3 4.9 74 3 4.1 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 4 7 5 3 3 4 3 2 1 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.03947619 1.03947619 1 0.752408602 NA 0 1.082606838 1.082606838 1 0.331121827 0.331121827 1 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.000102016 1 0.081683532 1 0.003623631 1 0.006220661 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 25686452 G A - - - - - - 30 0 0 43 5 11.6 21 0 0 74 1 1.4 54 3 5.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 4 7 5 3 3 4 3 2 1 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.452761905 1.452761905 1 0 NA 0 0.309316239 0.309316239 1 0.452263959 0.452263959 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.00000257 1 1 1 0.309906439 1 0.00256299 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 25842187 C T - - - - - - 13 0 0 40 5 12.5 14 0 0 15 0 0 45 6 13.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 4 7 5 3 3 4 3 2 1 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.56547619 1.56547619 1 0 NA 0 0 0 1 1.074126904 1.074126904 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.00000178 1 1 1 1 1 0.000000108 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 25854508 A G - - - - - - 25 0 0 46 8 17.4 30 2 6.7 90 2 2.2 55 10 18.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 5 4 7 5 3 3 4 3 2 1 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.179142857 1.089571429 2 0.854430108 0.854430108 1 0.486068376 0.486068376 1 1.469857868 1.469857868 1 NA NA 0 NA NA 0 0 0 1 NA NA 1 8 NA 1 1 8.61E-11 1 0.009909649 1 0.075041956 1 2.33E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 25857000 T C - - - - - - 36 0 0 41 9 22 16 0 0 57 11 19.3 50 30 60 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 4 7 5 3 3 4 3 2 1 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.755238095 0.918412698 3 0 NA 0 4.264145299 1.066036325 4 4.845685279 1.615228426 3 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 5.92E-13 1 1 1 7.29E-15 1 3.98E-56 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 25879836 T A - - - - - - 23 0 0 37 6 16.2 13 0 0 25 0 0 37 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 4 7 5 3 3 4 3 2 1 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.028857143 2.028857143 1 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 3.18E-08 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 26275434 A T - - - - - - 34 0 0 51 6 11.8 29 0 0 47 0 0 72 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 4 7 5 3 3 4 3 2 1 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.477809524 1.477809524 1 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.000000232 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 26636784 T A - - - - - - 32 0 0 47 8 17 28 7 25 73 7 9.6 58 14 24.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 4 7 5 3 3 4 3 2 1 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.129047619 1.06452381 2 3.188172043 1.062724014 3 2.121025641 1.060512821 2 1.946350254 0.973175127 2 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 1.03E-10 1 8.44E-11 1 9.54E-08 1 5.04E-20 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 26655536 T C - - - - - - 28 0 0 48 6 12.5 24 0 0 79 0 0 72 13 18.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 4 7 5 3 3 4 3 2 1 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.56547619 1.56547619 1 0 NA 0 0 0 1 1.461781726 1.461781726 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.00000016 1 1 1 1 1 6.58E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 26925932 T A CDH9 CCDS3893.1 r.? - - intronic 34 0 0 47 5 10.6 30 3 10 68 4 5.9 63 10 15.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 4 7 5 3 3 4 3 2 1 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.32752381 1.32752381 1 1.275268817 1.275268817 1 1.303547009 1.303547009 1 1.284106599 1.284106599 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.00000402 1 0.000458697 1 0.000394372 1 9.81E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 27462656 G A - - - - - - 28 0 0 33 4 12.1 22 3 13.6 70 0 0 58 6 10.3 0 0 NA 2 0 0 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 4 7 5 3 3 4 3 2 1 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.515380952 1.515380952 1 1.734365591 1.734365591 1 0 0 1 0.83184264 0.83184264 1 0 NA 0 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.0000228 1 0.000179267 1 1 1 0.000000506 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 27521311 A C - - - - - - 37 0 0 32 6 18.8 30 0 0 70 0 0 55 6 10.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 4 7 5 3 3 4 3 2 1 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.35447619 1.177238095 2 0 NA 0 0 0 1 0.880299492 0.880299492 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1.27E-08 1 1 1 1 1 0.000000367 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 28113210 T G - - - - - - 35 0 0 44 5 11.4 26 0 0 79 1 1.3 55 6 10.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 4 7 5 3 3 4 3 2 1 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.427714286 1.427714286 1 0 NA 0 0.287222222 0.287222222 1 0.880299492 0.880299492 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.00000288 1 1 1 0.326987115 1 0.000000367 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 28543419 G A - - - - - - 28 0 0 30 5 16.7 19 1 5.3 73 6 8.2 55 2 3.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 4 7 5 3 3 4 3 2 1 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.09147619 2.09147619 1 0.675892473 NA 0 1.811709402 1.811709402 1 0.290741117 0.290741117 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.000000401 1 0.090843738 1 0.000002 1 0.031164417 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 28625393 C T - - - - - - 44 0 0 43 5 11.6 21 6 28.6 79 10 12.7 67 21 31.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 4 7 5 3 3 4 3 2 1 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.452761905 1.452761905 1 3.647268817 1.215756272 3 2.805940171 0.93531339 3 2.527832487 0.842610829 3 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.00000257 1 7.95E-10 1 1.03E-11 1 4.96E-32 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 28633238 C T - - - - - - 32 0 0 47 7 14.9 22 2 9.1 55 3 5.5 70 15 21.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 4 7 5 3 3 4 3 2 1 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.866047619 1.866047619 1 1.160494624 1.160494624 1 1.21517094 1.21517094 1 1.728294416 0.864147208 2 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 4.12E-09 1 0.005403392 1 0.002700822 1 1.7E-20 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 28946468 A G - - - - - - 43 0 0 45 5 11.1 24 1 4.2 70 2 2.9 66 4 6.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 4 7 5 3 3 4 3 2 1 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.390142857 1.390142857 1 0.535612903 NA 0 0.640726496 0.640726496 1 0.49264467 0.49264467 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.00000323 1 0.113346489 1 0.048267597 1 0.000351793 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 29126505 G C - - - - - - 33 0 0 35 4 11.4 21 0 0 64 0 0 56 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 4 7 5 3 3 4 3 2 1 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.427714286 1.427714286 1 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.0000289 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 29414893 T C - - - - - - 39 0 0 39 4 10.3 31 3 9.7 83 0 0 59 7 11.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 4 7 5 3 3 4 3 2 1 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.289952381 1.289952381 1 1.237010753 1.237010753 1 0 0 1 0.961060914 0.961060914 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.0000447 1 0.000505952 1 1 1 2.12E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 29488933 C G - - - - - - 24 0 0 19 3 15.8 12 1 8.3 46 0 0 48 3 6.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 4 7 5 3 3 4 3 2 1 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.978761905 1.978761905 1 1.058473118 1.058473118 1 0 0 1 0.500720812 0.500720812 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.000114071 1 0.058377193 1 1 1 0.001827434 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 29909815 C T - - - - - - 38 0 0 33 10 30.3 20 4 20 49 6 12.2 67 27 40.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 4 7 5 3 3 4 3 2 1 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 3.794714286 1.264904762 3 2.550537634 2.550537634 1 2.695470085 0.898490028 3 3.254685279 1.084895093 3 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 8.14E-16 1 0.00000284 1 0.000000182 1 2.52E-44 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 30070157 C T - - - - - - 28 0 0 27 4 14.8 18 0 0 7 0 0 73 9 12.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 4 7 5 3 3 4 3 2 1 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.85352381 1.85352381 1 0 NA 0 0 0 1 0.993365482 0.993365482 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.00001 1 1 1 1 1 1.42E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 30351633 T A - - - - - - 39 0 0 59 5 8.5 27 2 7.4 65 5 7.7 78 7 9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 4 7 5 3 3 4 3 2 1 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.06452381 1.06452381 1 0.943698925 0.943698925 1 1.701239316 1.701239316 1 0.726852792 0.726852792 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.0000125 1 0.00807567 1 0.0000201 1 0.000000151 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 30696612 G A - - - - - - 27 0 0 41 10 24.4 25 2 8 74 6 8.1 53 8 15.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 4 7 5 3 3 4 3 2 1 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 3.055809524 1.018603175 3 1.020215054 1.020215054 1 1.789615385 1.789615385 1 1.219497462 1.219497462 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 9.51E-15 1 0.006948068 1 0.00000216 1 2.83E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 30924638 A G - - - - - - 30 0 0 40 8 20 25 3 12 66 0 0 66 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 4 7 5 3 3 4 3 2 1 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.504761905 0.834920635 3 1.530322581 1.530322581 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 9 NA 1 1 2.61E-11 1 0.00026475 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 32201599 A G - - - - - - 30 0 0 41 12 29.3 30 8 26.7 58 11 19 81 22 27.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 4 7 5.269168222 3 3 4 3 2 1 3 2 1 1 1 0.730831778 NA NA NA 3 NA NA NA 3 NA NA NA 0.269168222 3.66947619 1.22315873 3 3.404967742 1.134989247 3 4.197863248 1.049465812 4 2.269924416 1.134962208 2 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 1.69E-18 1 2.07E-12 1 8.96E-15 1 6.68E-32 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 32800643 G A - - - - - - 43 0 0 45 7 15.6 19 2 10.5 69 7 10.1 74 23 31.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 4 7 5.269168222 3 3 4 3 2 1 3 2 1 1 1 0.730831778 NA NA NA 3 NA NA NA 3 NA NA NA 0.269168222 1.953714286 1.953714286 1 1.339032258 1.339032258 1 2.231495726 1.115747863 2 2.59539152 0.950403295 2.730831778 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000000003 1 0.004039874 1 6.43E-08 1 7.7E-35 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 33075803 C T - - - - - - 37 0 0 35 6 17.1 19 1 5.3 75 1 1.3 70 14 20 5 0 0 1 0 0 0 0 NA 1 0 0 1 0 0 FALSE FALSE 5 4 7 5.269168222 3 3 4 3 2 1 3 2 1 1 1 0.730831778 NA NA NA 3 NA NA NA 3 NA NA NA 0.269168222 2.141571429 1.070785714 2 0.675892473 NA 0 0.287222222 0.287222222 1 1.669062071 0.964312126 1.730831778 0 NA 0 NA NA 0 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 1 2.24E-08 1 0.090843738 1 0.313356907 1 9.08E-19 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 33349205 C T - - - - - - 38 0 0 44 5 11.4 25 0 0 67 5 7.5 75 7 9.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 4 7 5.269168222 3 3 4 3 2 1 3 2 1 1 1 0.730831778 NA NA NA 3 NA NA NA 3 NA NA NA 0.269168222 1.427714286 1.427714286 1 0 NA 0 1.657051282 1.657051282 1 0.776113863 0.776113863 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.00000288 1 1 1 0.0000233 1 0.000000115 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 33398331 G A - - - - - - 37 0 0 41 5 12.2 27 2 7.4 71 6 8.5 73 10 13.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 4 7 5.269168222 3 3 4 3 2 1 3 2 1 1 1 0.730831778 NA NA NA 3 NA NA NA 3 NA NA NA 0.269168222 1.527904762 1.527904762 1 0.943698925 0.943698925 1 1.877991453 1.877991453 1 1.143307518 1.143307518 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.00000202 1 0.00807567 1 0.00000169 1 4.56E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 34345778 G C - - - - - - 33 0 0 45 5 11.1 25 5 20 83 5 6 68 4 5.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 TRUE FALSE 5 4 7 5.269168222 3 3 4 3 2 1 3 2 1 1 1 0.730831778 NA NA NA 3 NA NA NA 3 NA NA NA 0.269168222 1.390142857 1.390142857 1 2.550537634 0.850179211 3 1.325641026 1.325641026 1 0.492373311 0.492373311 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 0 NA 0 8 NA 1 1 0.00000323 1 0.000000153 1 0.0000656 1 0.000394372 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 36046420 A G UGT3A2 CCDS3914.1 r.? - - intronic 38 0 0 40 5 12.5 17 0 0 71 0 0 90 0 0 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 4 7 5.269168222 3 3 4 3 2 1 3 2 1 1 1 0.730831778 NA NA NA 3 NA NA NA 3 NA NA NA 0.269168222 1.56547619 1.56547619 1 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.00000178 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 36426854 T C - - - - - - 32 0 0 42 12 28.6 20 1 5 92 11 12 82 21 25.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 4 7 5.269168222 3 3 4 3 2 1 3 2 1 1 1 0.730831778 NA NA NA 3 NA NA NA 3 NA NA NA 0.269168222 3.581809524 1.193936508 3 0.637634409 NA 0 2.651282051 0.883760684 3 2.136399451 1.068199725 2 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 2.35E-18 1 0.09538952 1 1.81E-12 1 6.53E-30 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 38295030 C T EGFLAM CCDS3924.1 r.? - - intronic 21 0 0 40 5 12.5 25 5 20 50 14 28 59 27 45.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 4 7 5.269168222 3 3 4 3 2 1 3 2 1 1 1 0.730831778 NA NA NA 3 NA NA NA 3 NA NA NA 0.269168222 1.56547619 1.56547619 1 2.550537634 0.850179211 3 6.186324786 1.546581197 4 3.822152142 1.274050714 3 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.00000178 1 0.000000153 1 4.84E-21 1 3.09E-46 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 39269903 G T FYB ENST00000512982 r.? - - intronic 31 0 0 37 6 16.2 24 0 0 67 0 0 57 5 8.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 4 7 5.269168222 3 3 4 3 2 1 3 2 1 1 1 0.730831778 NA NA NA 3 NA NA NA 3 NA NA NA 0.269168222 2.028857143 2.028857143 1 0 NA 0 0 0 1 0.734387311 0.734387311 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 3.18E-08 1 1 1 1 1 0.0000105 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 39563525 G A - - - - - - 37 0 0 100 8 8 48 3 6.2 114 9 7.9 167 17 10.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE NA 4 NA 5.269168222 NA 3 NA 3 NA 1 NA 2 NA 1 NA 0.730831778 NA NA NA 3 NA NA NA 3 NA NA NA 0.269168222 NA NA 1 0.790666667 0.790666667 1 NA NA 1 0.851221656 0.851221656 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 4.83E-08 1 0.001827434 1 7.89E-09 1 2.78E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 39902346 G T - - - - - - 32 0 0 89 6 6.7 40 4 10 105 0 0 201 34 16.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 21 14 22 5.269168222 18 11 18 3 3 3 4 2 1 1 1 0.730831778 NA NA NA 3 NA NA NA 3 NA NA NA 0.269168222 1.911095238 1.911095238 1 2.275268817 2.275268817 1 0 0 1 1.41035745 0.814843746 1.730831778 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.00000637 1 0.0000495 1 1 1 9.22E-41 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 39964655 G C - - - - - - 24 0 0 84 4 4.8 49 3 6.1 127 9 7.1 177 18 10.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 21 14 22 20 18 11 18 17 3 3 4 3 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.369142857 1.369142857 1 1.387913978 1.387913978 1 2.633675214 0.877891738 3 2.353766497 1.176883249 2 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000877031 1 0.001939399 1 2.04E-08 1 3.33E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 40076178 G T - - - - - - 29 0 0 86 44 51.2 31 10 32.3 96 34 35.4 188 109 58 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 21 14 22 20 18 11 18 17 3 3 4 3 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 14.60419048 0.973612698 15 7.34911828 1.04987404 7 13.13128205 1.010098619 13 13.38416244 1.029550957 13 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 3E-77 1 3.94E-16 1 4.59E-53 1 2.17E-197 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 40224545 C A - - - - - - 43 0 0 94 5 5.3 35 2 5.7 130 2 1.5 201 4 2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 21 14 22 20 18 11 18 17 3 3 4 3 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.511761905 1.511761905 1 1.296903226 1.296903226 1 0.556410256 0.556410256 1 0.461522843 0.461522843 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000118532 1 0.013332991 1 0.138325346 1 0.01898713 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 40373224 G A - - - - - - 40 0 0 106 11 10.4 35 2 5.7 114 7 6.1 210 25 11.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 21 14 22 20 18 11 18 17 3 3 4 3 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.96647619 0.988825397 3 1.296903226 1.296903226 1 2.262735043 1.131367521 2 2.746060914 0.915353638 3 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 8.78E-12 1 0.013332991 1 0.00000201 1 2.02E-26 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 40387370 C A - - - - - - 28 0 0 83 5 6 49 3 6.1 119 0 0 221 20 9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 21 14 22 20 18 11 18 17 3 3 4 3 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.711428571 1.711428571 1 1.387913978 1.387913978 1 0 0 1 2.076852792 1.038426396 2 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.0000656 1 0.001939399 1 1 1 4.79E-19 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 40427383 T G - - - - - - 38 0 0 104 8 7.7 45 4 8.9 94 10 10.6 192 32 16.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 TRUE FALSE 21 14 22 20 18 11 18 17 3 3 4 3 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.196333333 1.098166667 2 2.024989247 2.024989247 1 3.931965812 0.982991453 4 3.853715736 0.963428934 4 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 0 0 1 8 NA 1 1 6.57E-08 1 0.0000791 1 6.03E-11 1 3.06E-38 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 40829405 C T RPL37 CCDS3934.1 r.3645g>a c.? p.? 3'UTR variant 36 0 0 107 8 7.5 50 2 4 154 2 1.3 237 6 2.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 21 14 22 20 18 11 18 17 3 3 4 3 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.139285714 1.069642857 2 0.910107527 0.910107527 1 0.482222222 0.482222222 1 0.576903553 0.576903553 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000000082 1 0.026131524 1 0.18026012 1 0.001352494 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 41055940 C G HEATR7B2 CCDS47202.1 r.1388g>c c.937G>C p.E313Q missense 34 0 0 93 59 63.4 38 23 60.5 96 43 44.8 200 144 72 475 2 0.4 989 602 60.9 283 176 62.2 854 349 40.9 1589 1117 70.3 TRUE TRUE 21 14 22 20 18 11 18 17 3 3 4 3 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 18.08409524 1.004671958 18 13.76537634 1.251397849 11 16.61811966 0.97753645 17 16.61482234 0.97734249 17 17.371 1.021823529 17 14.15217204 1.286561095 11 15.17145299 1.011430199 15 16.22252792 1.013907995 16 8 10 1 0.686837195 4.14E-111 0 1.72E-43 0 3.37E-72 0 6.78E-282 0 YES 1_1 1_1 1_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b 5 41161919 C G C6 CCDS3936.1 r.1599g>c c.1334G>C p.R445P missense 31 0 0 84 28 33.3 32 8 25 93 25 26.9 196 97 49.5 435 0 0 1685 784 46.5 385 125 32.5 1267 343 27.1 2584 1293 50 FALSE FALSE 21 14 NA NA 18 11 NA NA 3 3 NA NA 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 9.498428571 0.949842857 10 5.688172043 0.948028674 6 NA NA 1 NA NA 1 13.26357143 1.020274725 13 7.394623656 1.056374808 7 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 4.34E-43 0 3.69E-12 6.96E-185 6.46E-36 0 2.19E-166 0 YES 1_1 1_1 1_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b 5 41162872 C G C6 CCDS3936.1 r.? - - intronic 47 0 0 100 44 44 40 13 32.5 143 48 33.6 195 95 48.7 0 0 NA 3 0 0 1 0 0 0 0 NA 3 0 0 FALSE FALSE 21 14 NA NA 18 11 NA NA 3 3 NA NA 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 12.55047619 0.965421245 13 7.394623656 1.056374808 7 NA NA 1 NA NA 1 0 0 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 2.13E-73 1 1.3E-20 1 6.7E-73 1 4.13E-162 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 41164736 C T C6 CCDS3936.1 r.? - - intronic 46 0 0 96 45 46.9 40 15 37.5 96 31 32.3 203 100 49.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA FALSE FALSE 21 14 NA NA 18 11 NA NA 3 3 NA NA 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 13.37766667 1.029051282 13 8.532258065 0.948028674 9 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1.18E-76 1 1.09E-24 1 4.97E-47 1 3.33E-171 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 41165599 C G C6 CCDS3936.1 r.? - - intronic 37 0 0 95 35 36.8 42 13 31 128 33 25.8 207 107 51.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 21 14 NA NA 18 11 NA NA 3 3 NA NA 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 10.4967619 0.954251082 11 7.053333333 1.007619048 7 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 2.61E-55 1 2.72E-20 1 3.15E-46 1 3.8E-186 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 41166260 C G C6 CCDS3936.1 r.? - - intronic 42 0 0 91 44 48.4 44 14 31.8 133 39 29.3 222 99 44.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 21 14 NA NA 18 11 NA NA 3 3 NA NA 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 13.80552381 0.986108844 14 7.235354839 1.03362212 7 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 8.88E-76 1 6.1E-22 1 7.71E-57 1 8.47E-164 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 41167840 C G C6 CCDS3936.1 r.? - - intronic 29 0 0 86 38 44.2 39 8 20.5 120 37 30.8 207 99 47.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 21 14 NA NA 18 11 NA NA 3 3 NA NA 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 12.60752381 0.969809524 13 4.664301075 0.932860215 5 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1.07E-63 1 2.09E-11 1 5.98E-55 1 8.66E-168 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 41169191 C G C6 CCDS3936.1 r.? - - intronic 28 0 0 89 41 46.1 34 7 20.6 122 26 21.3 186 87 46.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 21 14 NA NA 18 11 NA NA 3 3 NA NA 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 13.14947619 1.011498168 13 4.687053763 0.937410753 5 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1.43E-69 1 3.73E-10 1 2.32E-34 1 1.54E-146 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 41675904 T C - - - - - - 31 0 0 50 10 20 35 8 22.9 76 5 6.6 115 33 28.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 9 8 10 9 6 5 6 6 3 3 4 3 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 3.304761905 1.101587302 3 3.836365591 0.959091398 4 1.656205128 1.656205128 1 3.465852792 0.866463198 4 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 8.36E-14 1 8.15E-12 1 0.000043 1 5.54E-48 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 42719597 A C GHR CCDS3940.1 r.2178a>c c.? p.? 3'UTR variant 47 0 0 46 8 17.4 37 11 29.7 87 18 20.7 121 45 37.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 9 8 10 9 6 5 6 6 3 3 4 3 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.875142857 0.958380952 3 4.975548387 0.995109677 5 5.194461538 1.038892308 5 4.492324873 0.898464975 5 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 8.61E-11 1 3.7E-17 1 5.29E-24 1 7.03E-71 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 43626024 C T NNT CCDS3949.1 r.? - - intronic 32 0 0 79 7 8.9 31 2 6.5 76 4 5.3 110 6 5.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 9 8 10 8.731480956 6 5 6 6 3 3 4 2 1 1 1 0.268519044 NA NA NA 6 NA NA NA 3 NA NA NA 0.731480956 1.470619048 1.470619048 1 1.088924731 1.088924731 1 1.329982906 1.329982906 1 0.64941927 0.64941927 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000000165 1 0.010558179 1 0.00060191 1 0.0000215 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 44346810 C T FGF10 CCDS3950.1 r.? - - intronic 33 0 0 66 6 9.1 33 0 0 64 5 7.8 90 11 12.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 10 5 1 1 6 3 1 1 4 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.866666667 0.866666667 1 0 0 1 1.957333333 1.957333333 1 0.98528934 0.98528934 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.0000011 1 1 1 0.0000186 1 1.41E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 44725659 G C - - - - - - 27 0 0 55 6 10.9 33 4 12.1 69 0 0 97 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 10 5 1 1 6 3 1 1 4 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.038095238 1.038095238 1 1.301075269 1.301075269 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 9 NA 1 1 0.000000367 1 0.0000228 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 44773889 G A - - - - - - 21 0 0 60 8 13.3 25 3 12 85 6 7.1 80 10 12.5 0 0 NA 3 2 66.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 10 5 1 1 6 3 1 1 4 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.266666667 1.266666667 1 1.290322581 1.290322581 1 1.781675214 1.781675214 1 1.009517766 1.009517766 1 6.352380952 6.352380952 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 7.93E-10 0.0000748 0.00026475 1 0.00000487 1 1.17E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 44862763 C G - - - - - - 35 0 0 52 4 7.7 37 1 2.7 89 2 2.2 101 7 6.9 110 0 0 220 17 7.7 34 7 20.6 212 11 5.2 270 16 5.9 FALSE TRUE 2 2 10 5 1 1 6 3 1 1 4 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.733333333 0.733333333 1 0.290322581 NA 0 0.552068376 0.552068376 1 0.557253807 0.557253807 1 0.733333333 0.733333333 1 2.215053763 2.215053763 1 1.304888889 1.304888889 1 0.476492386 0.476492386 1 NA 10 1 1 0.000139698 2.89E-15 0.169281299 3.73E-10 0.073610556 1.46E-08 0.000000891 1.12E-12 YES 1_1 0_1 0_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b 5 44862920 C G - - - - - - 25 0 0 56 5 8.9 31 3 9.7 75 3 4 104 7 6.7 314 1 0.3 546 39 7.1 120 27 22.5 578 17 2.9 721 42 5.8 TRUE TRUE 2 2 10 5 1 1 6 3 1 1 4 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.847619048 0.847619048 1 1.043010753 1.043010753 1 1.003760684 1.003760684 1 0.541101523 0.541101523 1 0.676190476 0.676190476 1 2.419354839 2.419354839 1 0.727726496 0.727726496 1 0.468416244 0.468416244 1 8 10 1 0.792772516 0.00000965 1.05E-31 0.000505952 2.52E-36 0.006456002 1.08E-08 0.00000109 1.87E-30 YES 1_1 1_1 1_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b 5 45073912 T A - - - - - - 42 0 0 48 4 8.3 24 1 4.2 80 3 3.8 78 9 11.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 10 5 1 1 6 3 1 1 4 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.79047619 0.79047619 1 0.451612903 0.451612903 1 0.95357265 0.95357265 1 0.928756345 0.928756345 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000102016 1 0.113346489 1 0.007711832 1 2.61E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 45073913 C G - - - - - - 44 0 0 47 4 8.5 25 1 4 82 3 3.7 79 9 11.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 10 5 1 1 6 3 1 1 4 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.80952381 0.80952381 1 0.430107527 0.430107527 1 0.928478632 0.928478632 1 0.920680203 0.920680203 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.0000939 1 0.117779757 1 0.008251578 1 2.93E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 45107772 G T - - - - - - 29 0 0 42 10 23.8 24 4 16.7 69 9 13 67 17 25.4 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 10 5 1 1 6 3 1 1 4 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.266666667 2.266666667 1 1.795698925 1.795698925 1 3.262222222 1.087407407 3 2.051340102 1.025670051 2 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 1.24E-14 1 0.00000613 1 8.45E-11 1 2.03E-24 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 45357931 G A HCN1 CCDS3952.1 r.? - - intronic 37 0 0 46 5 10.9 37 7 18.9 85 7 8.2 84 13 15.5 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 10 5 1 1 6 3 1 1 4 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.038095238 1.038095238 1 2.032258065 2.032258065 1 2.057709402 1.028854701 2 1.25180203 1.25180203 1 NA NA 0 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.00000361 1 7.05E-10 1 0.000000274 1 5.49E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 45796360 T A - - - - - - 22 0 0 54 6 11.1 22 2 9.1 81 0 0 82 8 9.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 10 5 1 1 6 3 1 1 4 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.057142857 1.057142857 1 0.978494624 0.978494624 1 0 0 1 0.791461929 0.791461929 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.000000329 1 0.005403392 1 1 1 0.00000001 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 45854976 G C - - - - - - 34 0 0 50 4 8 20 0 0 69 0 0 85 11 12.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 10 5 1 1 6 3 1 1 4 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.761904762 0.761904762 1 0 0 1 0 0 1 1.041822335 1.041822335 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.000119787 1 1 1 1 1 7.42E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 46108442 A G - - - - - - 25 0 0 38 7 18.4 18 0 0 79 1 1.3 77 8 10.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 TRUE FALSE 2 2 10 5 1 1 6 3 1 1 4 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.752380952 1.752380952 1 0 0 1 0.326222222 0.326222222 1 0.839918782 0.839918782 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 0 0 1 8 NA 1 1 8.61E-10 1 1 1 0.326987115 1 6.05E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 50386119 G C - - - - - - 39 0 0 26 3 11.5 23 3 13 61 0 0 56 13 23.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.095238095 1.095238095 1 1.397849462 1.397849462 1 0 0 1 1.177664975 1.177664975 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.000298167 1 0.000205387 1 1 1 1.89E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 50499412 A C - - - - - - 36 0 0 35 11 31.4 19 1 5.3 51 2 3.9 51 8 15.7 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.99047619 2.99047619 1 0.569892473 0.569892473 1 0.744666667 0.744666667 1 0.796954315 0.796954315 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 1.82E-17 1 0.090843738 1 0.027109304 1 2.05E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 50794956 T C - - - - - - 45 0 0 51 5 9.8 12 0 0 80 13 16.2 54 13 24.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.933333333 0.933333333 1 0 0 1 3.093230769 1.546615385 2 1.223350254 1.223350254 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.00000606 1 1 1 2.82E-16 1 1.12E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 51166050 G A - - - - - - 37 0 0 24 4 16.7 26 4 15.4 67 3 4.5 40 9 22.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.59047619 1.59047619 1 1.655913978 1.655913978 1 0.859230769 0.859230769 1 1.14213198 1.14213198 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.00000613 1 0.00000856 1 0.004717431 1 4.64E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 53706525 G T - - - - - - 28 0 0 22 3 13.6 16 1 6.2 43 0 0 33 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.295238095 1.295238095 1 0.666666667 0.666666667 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 0 0 1 NA NA 1 9 NA 1 1 0.000179267 1 0.077068876 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 54622240 A G SKIV2L2 CCDS3967.1 r.? - - intronic 24 0 0 45 4 8.9 17 1 5.9 46 4 8.7 44 7 15.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.847619048 0.847619048 1 0.634408602 0.634408602 1 1.661179487 1.661179487 1 0.807106599 0.807106599 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.0000791 1 0.081683532 1 0.0000862 1 2.55E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 57485757 T C - - - - - - 34 0 0 41 5 12.2 18 4 22.2 73 0 0 42 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.161904762 1.161904762 1 2.387096774 2.387096774 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 9 NA 1 1 0.00000202 1 0.00000181 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 58647569 C G PDE4D CCDS47213.1 r.? - - intronic 42 0 0 42 8 19 18 1 5.6 64 2 3.1 34 10 29.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 1 1 1 2 1 1 1 2 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.80952381 1.80952381 1 0.602150538 0.602150538 1 0.59191453 0.59191453 1 1.198385787 1.198385787 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 3.96E-11 1 0.086275114 1 0.041085601 1 1.15E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 58789816 T C PDE4D CCDS47213.1 r.? - - intronic 33 0 0 28 4 14.3 11 0 0 67 1 1.5 40 8 20 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 1 1 1 2 1 1 1 2 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.361904762 1.361904762 1 0 0 1 0.286410256 0.286410256 1 0.815228426 0.815228426 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.0000116 1 1 1 0.285262761 1 2.61E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 60041874 G A - - - - - - 42 0 0 42 5 11.9 16 0 0 65 4 6.2 54 12 22.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.133333333 1.133333333 1 0 0 1 1.18382906 1.18382906 1 1.126903553 1.126903553 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.00000228 1 1 1 0.000331785 1 6.9E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 63132434 C A - - - - - - 30 0 0 27 4 14.8 29 6 20.7 62 2 3.2 57 13 22.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.40952381 1.40952381 1 2.225806452 2.225806452 1 0.611008547 0.611008547 1 1.157360406 1.157360406 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.00001 1 6.72E-09 1 0.038789653 1 2.44E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 63421290 G T - - - - - - 30 0 0 30 5 16.7 25 0 0 68 0 0 45 1 2.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.59047619 1.59047619 1 0 0 1 0 0 1 0.111675127 0.111675127 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 9 NA 1 1 0.000000401 1 1 1 1 1 0.201934322 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 63530483 G A RNF180 CCDS47219.1 r.? - - intronic 9 0 0 32 13 40.6 11 8 72.7 9 4 44.4 21 11 52.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 3.866666667 3.866666667 1 7.817204301 7.817204301 1 8.47774359 4.238871795 2 2.659898477 2.659898477 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 3.88E-22 1 6.36E-17 1 7.72E-08 1 1.64E-20 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 69627753 C T - - - - - - 10 0 0 10 3 30 5 1 20 19 0 0 19 2 10.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.857142857 2.857142857 1 2.150537634 2.150537634 1 0 0 1 0.532994924 0.532994924 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.0000146 1 0.024751247 1 1 1 0.004039874 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 72281448 T G FCHO2 CCDS47230.1 r.? - - intronic 26 0 0 35 5 14.3 20 2 10 51 5 9.8 38 6 15.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.361904762 1.361904762 1 1.075268817 1.075268817 1 1.871213675 1.871213675 1 0.802030457 0.802030457 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000000895 1 0.004473894 1 0.00000606 1 3.76E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 72362698 C A FCHO2 CCDS47230.1 r.? - - intronic 27 0 0 23 4 17.4 17 2 11.8 62 6 9.7 54 8 14.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.657142857 1.657142857 1 1.268817204 1.268817204 1 1.852119658 1.852119658 1 0.751269036 0.751269036 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.00000513 1 0.003234386 1 0.000000756 1 3.31E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 75253889 G T - - - - - - 35 0 0 37 4 10.8 18 1 5.6 68 5 7.4 43 9 20.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.028571429 1.028571429 1 0.602150538 0.602150538 1 1.412957265 1.412957265 1 1.060913706 1.060913706 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.0000362 1 0.086275114 1 0.0000251 1 9.45E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 75334041 C T - - - - - - 44 0 0 32 7 21.9 17 0 0 39 1 2.6 50 9 18 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.085714286 2.085714286 1 0 0 1 0.496444444 0.496444444 1 0.913705584 0.913705584 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 2.36E-10 1 1 1 0.177567718 1 4.07E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 76827854 G A WDR41 ENST00000509971 r.? - - intronic 35 0 0 37 5 13.5 20 0 0 56 0 0 44 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.285714286 1.285714286 1 0 0 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 10 NA 1 1 0.00000119 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 77606971 G C - - - - - - 31 0 0 42 6 14.3 23 0 0 77 0 0 37 0 0 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.361904762 1.361904762 1 0 0 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 10 NA 1 1 7.02E-08 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 77615544 G T - - - - - - 37 0 0 32 4 12.5 12 0 0 53 0 0 53 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.19047619 1.19047619 1 0 0 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 10 NA 1 1 0.0000201 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 78718195 C T HOMER1 CCDS43335.1 r.? - - intronic 47 0 0 43 5 11.6 24 0 0 54 0 0 38 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.104761905 1.104761905 1 0 0 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 10 NA 1 1 0.00000257 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 82177288 G A - - - - - - 32 0 0 29 4 13.8 22 2 9.1 47 0 0 45 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.314285714 1.314285714 1 0.978494624 0.978494624 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 9 NA 1 1 0.0000134 1 0.005403392 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 83567936 T C EDIL3 CCDS4062.1 r.? - - intronic 25 0 0 30 5 16.7 13 0 0 58 1 1.7 41 7 17.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.59047619 1.59047619 1 0 0 1 0.324598291 0.324598291 1 0.868020305 0.868020305 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000000401 1 1 1 0.252280541 1 1.51E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 83631408 G A EDIL3 CCDS4062.1 r.? - - intronic 36 0 0 29 4 13.8 21 2 9.5 80 4 5 58 15 25.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.314285714 1.314285714 1 1.021505376 1.021505376 1 0.954700855 0.954700855 1 1.314720812 1.314720812 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.0000134 1 0.004928472 1 0.000730349 1 7.42E-22 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 85842434 C G - - - - - - 19 0 0 28 4 14.3 20 2 10 60 5 8.3 45 9 20 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 1 0 0 TRUE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.361904762 1.361904762 1 1.075268817 1.075268817 1 1.584803419 1.584803419 1 1.015228426 1.015228426 1 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 1 0 0 1 8 NA 1 1 0.0000116 1 0.004473894 1 0.0000136 1 1.47E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 85933798 C A - - - - - - 36 0 0 36 5 13.9 24 4 16.7 47 3 6.4 37 5 13.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.323809524 1.323809524 1 1.795698925 1.795698925 1 1.222017094 1.222017094 1 0.685279188 0.685279188 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.00000104 1 0.00000613 1 0.001719595 1 0.00000119 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 88397784 T C - - - - - - 29 0 0 27 5 18.5 20 2 10 72 4 5.6 53 8 15.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.761904762 1.761904762 1 1.075268817 1.075268817 1 1.069264957 1.069264957 1 0.766497462 0.766497462 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.00000023 1 0.004473894 1 0.000490365 1 2.83E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 88546490 C G - - - - - - 34 0 0 38 4 10.5 21 4 19 68 0 0 38 7 18.4 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 TRUE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1 1 1 2.043010753 2.043010753 1 0 0 1 0.934010152 0.934010152 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 0 0 1 6 NA 1 1 0.0000403 1 0.00000349 1 1 1 8.61E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 88942813 G C - - - - - - 39 0 0 27 3 11.1 19 1 5.3 53 3 5.7 51 16 31.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.057142857 1.057142857 1 0.569892473 0.569892473 1 1.088358974 1.088358974 1 1.593908629 1.593908629 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000334187 1 0.090843738 1 0.002429596 1 9.28E-25 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 89345961 C G - - - - - - 36 0 0 36 5 13.9 18 1 5.6 81 1 1.2 42 10 23.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.323809524 1.323809524 1 0.602150538 0.602150538 1 0.229128205 0.229128205 1 1.208121827 1.208121827 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.00000104 1 0.086275114 1 0.333700419 1 1.24E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 91320357 G A - - - - - - 30 0 0 31 5 16.1 19 5 26.3 65 3 4.6 50 17 34 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.533333333 1.533333333 1 2.827956989 2.827956989 1 0.878324786 0.878324786 1 1.725888325 1.725888325 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000000476 1 3.43E-08 1 0.004333293 1 6.43E-27 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 91844201 C T - - - - - - 37 0 0 25 5 20 18 1 5.6 59 0 0 62 13 21 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.904761905 1.904761905 1 0.602150538 NA 0 0 0 1 1.065989848 1.065989848 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.000000153 1 0.086275114 1 1 1 8.08E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 92493999 C G - - - - - - 38 0 0 28 4 14.3 18 0 0 81 2 2.5 60 16 26.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.361904762 1.361904762 1 0 0 1 0.477350427 0.477350427 1 1.355329949 1.355329949 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.0000116 1 1 1 0.062493051 1 1.86E-23 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 92635747 C T - - - - - - 29 0 0 36 6 16.7 24 2 8.3 62 5 8.1 54 8 14.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.59047619 1.59047619 1 0.892473118 0.892473118 1 1.546615385 1.546615385 1 0.751269036 0.751269036 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 2.68E-08 1 0.006413403 1 0.000016 1 3.31E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 96662700 C T - - - - - - 37 0 0 41 5 12.2 19 1 5.3 63 2 3.2 41 9 22 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.161904762 1.161904762 1 0.569892473 0.569892473 1 0.611008547 0.611008547 1 1.116751269 1.116751269 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.00000202 1 0.090843738 1 0.03993132 1 5.92E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 97914745 C T - - - - - - 48 0 0 39 6 15.4 22 3 13.6 58 4 6.9 43 10 23.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.466666667 1.466666667 1 1.462365591 1.462365591 1 1.317487179 1.317487179 1 1.182741117 1.182741117 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 4.43E-08 1 0.000179267 1 0.000213772 1 1.61E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 98059217 G C - - - - - - 40 0 0 31 4 12.9 16 0 0 52 0 0 54 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.228571429 1.228571429 1 0 0 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 10 NA 1 1 0.0000177 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 98848837 G C - - - - - - 32 0 0 29 4 13.8 25 2 8 26 0 0 45 7 15.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.314285714 1.314285714 1 0.860215054 0.860215054 1 0 0 1 0.791878173 0.791878173 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.0000134 1 0.006948068 1 1 1 0.000000003 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 99390574 C G - - - - - - 41 0 0 26 4 15.4 20 1 5 48 2 4.2 42 8 19 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.466666667 1.466666667 1 0.537634409 0.537634409 1 0.801948718 0.801948718 1 0.964467005 0.964467005 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.00000856 1 0.09538952 1 0.024220359 1 3.96E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 100874817 C T - - - - - - 27 0 0 42 8 19 24 3 12.5 54 2 3.7 41 11 26.8 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.80952381 1.80952381 1 1.344086022 1.344086022 1 0.706478632 0.706478632 1 1.360406091 1.360406091 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 3.96E-11 1 0.000233853 1 0.030129377 1 1.34E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 103330977 C T - - - - - - 26 0 0 58 5 8.6 28 0 0 85 0 0 88 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 8 13 8 6 7 10 7 1 1 3 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.249047619 1.249047619 1 0 0 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 10 NA 1 1 0.0000115 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 103726596 G A - - - - - - 36 0 0 53 9 17 28 1 3.6 91 6 6.6 93 5 5.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 8 13 8 6 7 10 7 1 1 3 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.469047619 0.823015873 3 0.603096774 0.603096774 1 1.854205128 1.854205128 1 0.598111675 0.598111675 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 7.1E-12 1 0.130947004 1 0.00000724 1 0.000112692 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 104094062 C G ENSG00000232402 ENST00000438939 r.? - - intronic 43 0 0 59 12 20.3 28 3 10.7 75 5 6.7 90 19 21.1 0 0 NA 1 0 0 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 8 13 8 6 7 10 7 1 1 3 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.948333333 0.982777778 3 1.792537634 1.792537634 1 1.882299145 1.882299145 1 2.33706599 1.168532995 2 0 NA 0 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 2.2E-16 1 0.000372895 1 0.0000403 1 1.95E-25 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 104117126 G A ENSG00000232402 ENST00000438939 r.? - - intronic 34 0 0 51 13 25.5 28 10 35.7 73 17 23.3 97 54 55.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 8 13 8 6 7 10 7 1 1 3 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 3.703571429 0.925892857 4 5.980709677 0.996784946 6 6.545905983 0.935129426 7 6.169411168 1.028235195 6 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 4.87E-19 1 1.18E-16 1 1.03E-23 1 3.1E-97 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 105205791 T G - - - - - - 29 0 0 40 18 45 19 6 31.6 68 14 20.6 70 39 55.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 7 8 13 8 6 7 10 7 1 1 3 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 6.535714286 1.089285714 6 5.293849462 1.058769892 5 5.787367521 0.964561254 6 6.169411168 1.028235195 6 NA NA 0 NA NA 0 0 0 1 NA NA 1 8 NA 1 1 3.9E-31 1 4.01E-10 1 5.84E-19 1 1.12E-70 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 105426988 A C - - - - - - 22 0 0 47 7 14.9 24 0 0 64 0 0 100 0 0 1 0 0 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 8 13 8 6 7 10 7 1 1 3 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.164047619 1.08202381 2 0 0 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 10 NA 1 1 4.12E-09 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 105558307 G C - - - - - - 41 0 0 54 4 7.4 37 5 13.5 97 5 5.2 127 18 14.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 8 13 8 6 7 10 7 1 1 3 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.074761905 1.074761905 1 2.261612903 2.261612903 1 1.460888889 1.460888889 1 1.572812183 0.786406091 2 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000161898 1 0.00000119 1 0.000137452 1 7.41E-21 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 105756852 T G - - - - - - 33 0 0 53 5 9.4 32 1 3.1 102 3 2.9 118 13 11 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 8 13 8 6 7 10 7 1 1 3 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.365238095 1.365238095 1 0.519333333 NA 0 0.814726496 0.814726496 1 1.218375635 1.218375635 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.00000734 1 0.14819814 1 0.014865828 1 5.21E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 106176163 T A - - - - - - 40 0 0 51 4 7.8 25 0 0 76 0 0 92 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 8 13 8 6 7 10 7 1 1 3 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.132857143 1.132857143 1 0 0 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 10 NA 1 1 0.000129466 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 107420027 T A FBXL17 ENST00000359660 r.? - - intronic 34 0 0 44 4 9.1 26 4 15.4 94 3 3.2 88 16 18.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 8 13 8 6 7 10 7 1 1 3 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.321666667 1.321666667 1 2.579913978 2.579913978 1 0.899008547 0.899008547 1 2.015857868 1.007928934 2 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.0000723 1 0.00000856 1 0.011950808 1 1.57E-20 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 107518969 T C FBXL17 ENST00000359660 r.? - - intronic 30 0 0 46 4 8.7 25 2 8 61 2 3.3 76 3 3.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 8 13 8 6 7 10 7 1 1 3 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.263571429 1.263571429 1 1.340215054 1.340215054 1 0.927102564 0.927102564 1 0.431969543 0.431969543 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.0000862 1 0.006948068 1 0.037660755 1 0.006696581 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 107686694 G T FBXL17 ENST00000359660 r.? - - intronic 47 0 0 67 7 10.4 22 0 0 91 3 3.3 85 9 10.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 7 8 13 8 6 7 10 7 1 1 3 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.51047619 1.51047619 1 0 0 1 0.927102564 0.927102564 1 1.174071066 1.174071066 1 NA NA 0 NA NA 0 0 0 1 NA NA 1 8 NA 1 1 5.23E-08 1 1 1 0.010951005 1 5.71E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 109721952 G T TMEM232 CCDS33841.1 r.? - - intronic 34 0 0 32 4 12.5 19 1 5.3 87 0 0 63 6 9.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.637771859 4 6 4 2 3 4 3 1 1 2 1 0.362228141 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.637771859 NA NA NA 1.395197673 1.395197673 1 0.675892473 0.675892473 1 0 0 1 0.672233503 0.672233503 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.0000201 1 0.090843738 1 1 1 0.000000832 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 110556062 T C CAMK4 CCDS4103.1 r.? - - upstream 35 0 0 43 4 9.3 14 1 7.1 69 4 5.8 56 10 17.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.637771859 4 6 4 2 3 4 3 1 1 2 1 0.362228141 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.637771859 NA NA NA 1.038027069 1.038027069 1 0.90544086 NA 0 1.223452991 1.223452991 1 1.266629442 1.266629442 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.000066 1 0.067769881 1 0.000416985 1 2.82E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 110971835 C A - - - - - - 21 0 0 38 5 13.2 21 3 14.3 58 0 0 59 14 23.7 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.637771859 4 6 4 2 3 4 3 1 1 2 1 0.362228141 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.637771859 NA NA NA 1.473328742 1.473328742 1 1.823634409 1.823634409 1 0 0 1 1.677045685 0.838522843 2 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.00000137 1 0.000155401 1 1 1 6.58E-20 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 113871434 G A - - - - - - 36 0 0 34 9 26.5 23 4 17.4 58 11 19 72 26 36.1 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.637771859 4 6 4 2 3 4 3 1 1 2 1 0.362228141 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.637771859 NA NA NA 2.957819066 1.121332407 2.637771859 2.218967742 2.218967742 1 4.007863248 1.001965812 4 2.55448731 0.85149577 3 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 9.15E-14 1 0.00000513 1 8.96E-15 1 3.29E-41 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 114618813 G C CCDC112 CCDS34213.1 r.? - - intronic 38 0 0 31 4 12.9 22 0 0 70 0 0 67 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 TRUE FALSE 3.637771859 4 6 4 2 3 4 3 1 1 2 1 0.362228141 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.637771859 NA NA NA 1.439843998 1.439843998 1 0 0 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 0 0 1 10 NA 1 1 0.0000177 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 114804837 G A - - - - - - 27 0 0 34 5 14.7 28 3 10.7 77 2 2.6 67 8 11.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.637771859 4 6 4 2 3 4 3 1 1 2 1 0.362228141 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.637771859 NA NA NA 1.640752463 1.640752463 1 1.364537634 1.364537634 1 0.548444444 0.548444444 1 0.842060914 0.842060914 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000000771 1 0.000372895 1 0.057170369 1 1.96E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 115023427 C G - - - - - - 28 0 0 45 4 8.9 21 1 4.8 74 0 0 55 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.637771859 4 6 4 2 3 4 3 1 1 2 1 0.362228141 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.637771859 NA NA NA 0.993380743 0.993380743 1 0.612129032 0.612129032 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 9 NA 1 1 0.0000791 1 0.099912572 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 115334562 C T LVRN CCDS4124.1 r.? - - intronic 30 0 0 43 5 11.6 28 0 0 73 0 0 95 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 TRUE FALSE 3.637771859 4 6 4 2 3 4 3 1 1 2 1 0.362228141 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.637771859 NA NA NA 1.29474344 1.29474344 1 0 0 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 0 0 1 10 NA 1 1 0.00000257 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 116593565 G C - - - - - - 27 0 0 37 4 10.8 22 1 4.5 64 4 6.2 74 6 8.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.637771859 4 6 4 2 3 4 3 1 1 2 1 0.362228141 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.637771859 NA NA NA 1.205450789 1.205450789 1 0.573870968 0.573870968 1 1.30782906 1.30782906 1 0.573167513 0.573167513 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.0000362 1 0.104413009 1 0.000312605 1 0.00000216 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 116835797 G C - - - - - - 33 0 0 48 8 16.7 27 3 11.1 42 0 0 66 7 10.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.637771859 4 6 4 2 3 4 3 1 1 2 1 0.362228141 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.637771859 NA NA NA 1.863984091 1.863984091 1 1.415548387 1.415548387 1 0 0 1 0.750071066 0.750071066 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 1.23E-10 1 0.000334187 1 1 1 0.000000047 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 116888871 G C - - - - - - 40 0 0 42 12 28.6 35 12 34.3 84 10 11.9 97 33 34 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE NA 4 NA 8 NA 3 NA 7 NA 1 NA 1 NA 1 NA 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1 4.374172043 1.458057348 3 NA NA 1 3.765888325 0.941472081 4 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 2.35E-18 1 1.83E-19 1 1.93E-11 1 7.44E-51 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 116888946 G C - - - - - - 41 0 0 48 7 14.6 30 8 26.7 63 13 20.6 95 31 32.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE NA 4 NA 8 NA 3 NA 7 NA 1 NA 1 NA 1 NA 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1 3.404967742 1.134989247 3 NA NA 1 3.610822335 0.902705584 4 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 4.81E-09 1 2.07E-12 1 1.01E-17 1 3.38E-47 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 116889100 G C - - - - - - 25 0 0 48 10 20.8 23 5 21.7 81 12 14.8 83 35 42.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE NA 4 NA 8 NA 3 NA 7 NA 1 NA 1 NA 1 NA 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1 2.767333333 0.922444444 3 NA NA 1 4.67413198 0.934826396 5 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 5.37E-14 1 9.75E-08 1 1.26E-14 1 7.09E-58 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 116889152 G C - - - - - - 31 0 0 41 6 14.6 18 4 22.2 82 10 12.2 91 39 42.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE NA 4 NA 8 NA 3 NA 7 NA 1 NA 1 NA 1 NA 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1 2.831096774 0.943698925 3 NA NA 1 4.751664975 0.950332995 5 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 6.05E-08 1 0.00000181 1 1.51E-11 1 1.16E-64 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 116889792 G C - - - - - - 37 0 0 61 13 21.3 15 3 20 83 14 16.9 117 43 36.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE NA 4 NA 8 NA 3 NA 7 NA 1 NA 1 NA 1 NA 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1 2.550537634 2.550537634 1 NA NA 1 4.076020305 1.019005076 4 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 6.41E-18 1 0.0000544 1 1.17E-17 1 1.57E-67 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 116889873 G C - - - - - - 31 0 0 43 12 27.9 24 10 41.7 52 10 19.2 86 38 44.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE NA 4 NA 8 NA 3 NA 7 NA 1 NA 1 NA 1 NA 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1 5.317870968 1.772623656 3 NA NA 1 4.895654822 0.979130964 5 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 3.24E-18 1 1.8E-17 1 1.28E-13 1 1.07E-63 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 117118566 C T - - - - - - 27 0 0 46 7 15.2 29 5 17.2 91 7 7.7 94 18 19.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 8 13 8 6 7 10 7 1 1 3 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.207619048 1.103809524 2 2.881462366 0.960487455 3 2.163239316 1.081619658 2 2.115543147 1.057771574 2 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 3.53E-09 1 0.000000336 1 0.000000438 1 2.4E-23 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 117974363 G A - - - - - - 32 0 0 43 5 11.6 21 0 0 61 0 0 92 13 14.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 8 13 8 6 7 10 7 1 1 3 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.684761905 1.684761905 1 0 0 1 0 0 1 1.561736041 1.561736041 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.00000257 1 1 1 1 1 1.89E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 118137667 G A - - - - - - 30 0 0 62 6 9.7 31 1 3.2 74 0 0 84 4 4.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 8 13 8 6 7 10 7 1 1 3 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.408809524 1.408809524 1 0.536086022 0.536086022 1 0 0 1 0.531654822 0.531654822 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.000000756 1 0.143917729 1 1 1 0.000877031 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 118447324 G A DMXL1 CCDS4125.1 r.? - - intronic 27 0 0 48 6 12.5 33 3 9.1 72 0 0 91 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 8 13 8 6 7 10 7 1 1 3 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.81547619 1.81547619 1 1.524494624 1.524494624 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 9 NA 1 1 0.00000016 1 0.000609557 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 120346095 C G - - - - - - 25 0 0 44 5 11.4 25 2 8 74 0 0 94 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 8 13 8 6 7 10 7 1 1 3 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.655714286 1.655714286 1 1.340215054 1.340215054 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 9 NA 1 1 0.00000288 1 0.006948068 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 120475193 A T - - - - - - 30 0 0 70 7 10 43 5 11.6 76 2 2.6 95 7 7.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 8 13 8 6 7 10 7 1 1 3 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.452380952 1.452380952 1 1.943311828 1.943311828 1 0.730444444 0.730444444 1 0.819634518 0.819634518 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 7.11E-08 1 0.00000257 1 0.055865747 1 0.000000588 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 120715747 T A - - - - - - 33 0 0 42 6 14.3 26 4 15.4 70 2 2.9 114 16 14 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 8 13 8 6 7 10 7 1 1 3 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.076904762 2.076904762 1 2.579913978 2.579913978 1 0.814726496 0.814726496 1 1.550659898 0.775329949 2 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 7.02E-08 1 0.00000856 1 0.048267597 1 1.24E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 120729631 C T - - - - - - 39 0 0 37 5 13.5 19 3 15.8 71 3 4.2 95 22 23.2 0 0 NA 2 2 100 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 8 13 8 6 7 10 7 1 1 3 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.960714286 1.960714286 1 2.646924731 2.646924731 1 1.179948718 1.179948718 1 2.569664975 0.856554992 3 14.52380952 2.420634921 6 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.00000119 0.000025 0.000114071 1 0.00554578 1 3.45E-30 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 120829091 G A - - - - - - 35 0 0 60 26 43.3 25 9 36 52 14 26.9 97 51 52.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 7 8 13 8 6 7 10 7 1 1 3 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 6.288809524 1.048134921 6 6.030967742 1.00516129 6 7.557290598 0.944661325 8 5.826050761 0.97100846 6 NA NA 0 NA NA 0 0 0 1 NA NA 1 8 NA 1 1 8.84E-44 1 3.71E-15 1 9.04E-21 1 3.99E-90 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 120877455 G C - - - - - - 35 0 0 44 7 15.9 30 2 6.7 92 4 4.3 94 8 8.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 8 13 8 6 7 10 7 1 1 3 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.309285714 1.154642857 2 1.122430108 1.122430108 1 1.208042735 1.208042735 1 0.941472081 0.941472081 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 2.55E-09 1 0.009909649 1 0.001230545 1 2.97E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 121085043 T C - - - - - - 30 0 0 38 4 10.5 24 0 0 78 0 0 98 0 0 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 8 13 8 6 7 10 7 1 1 3 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.525 1.525 1 0 0 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 10 NA 1 1 0.0000403 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 121103774 G C - - - - - - 33 0 0 49 14 28.6 26 4 15.4 93 12 12.9 112 33 29.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 8 13 8 6 7 10 7 1 1 3 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 4.153809524 1.038452381 4 2.579913978 2.579913978 1 3.624128205 0.906032051 4 3.267461929 1.089153976 3 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 3.5E-21 1 0.00000856 1 6.99E-14 1 2.01E-48 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 121653227 G T SNCAIP CCDS4131.1 r.? - - intronic 23 0 0 40 4 10 19 0 0 92 1 1.1 83 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 8 13 8 6 7 10 7 1 1 3 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.452380952 1.452380952 1 0 0 1 0.309034188 0.309034188 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 10 NA 1 1 0.0000495 1 1 1 0.36944434 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 121674032 C A SNCAIP CCDS4131.1 r.? - - intronic 30 0 0 46 5 10.9 25 0 0 80 0 0 107 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 8 13 8 6 7 10 7 1 1 3 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.583095238 1.583095238 1 0 0 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 10 NA 1 1 0.00000361 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 121956817 G A - - - - - - 29 0 0 49 5 10.2 37 1 2.7 85 4 4.7 96 12 12.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 8 13 8 6 7 10 7 1 1 3 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.481428571 1.481428571 1 0.452322581 NA 0 1.320418803 1.320418803 1 1.384517766 1.384517766 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.00000496 1 0.169281299 1 0.000916711 1 1.03E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 121968953 T A - - - - - - 36 0 0 44 5 11.4 27 3 11.1 68 0 0 67 8 11.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 8 13 8 6 7 10 7 1 1 3 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.655714286 1.655714286 1 1.859548387 1.859548387 1 0 0 1 1.318060914 1.318060914 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.00000288 1 0.000334187 1 1 1 1.96E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 124001380 C G ZNF608 CCDS34219.1 r.? - - intronic 31 0 0 40 4 10 25 2 8 66 0 0 66 0 0 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 2 0 0 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 3 4 3 3 3 3 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.152380952 1.152380952 1 1.020215054 1.020215054 1 0 NA 0 0 0 1 NA NA 1 0 0 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.0000495 1 0.006948068 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 129211907 C G - - - - - - 33 0 0 47 5 10.6 29 2 6.9 69 0 0 70 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 3 4 3 3 3 3 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.22152381 1.22152381 1 0.879935484 0.879935484 1 0 NA 0 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.00000402 1 0.009279585 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 131232057 G C - - - - - - 21 0 0 37 5 13.5 18 0 0 65 4 6.2 72 11 15.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 4 3 3 3 3 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.555714286 1.555714286 1 0 0 1 1.12182906 1.12182906 1 1.082649746 1.082649746 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.00000119 1 1 1 0.000331785 1 1.12E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 131785402 C A C5orf56 CCDS34232.1 r.? - - intronic 34 0 0 49 9 18.4 17 1 5.9 39 0 0 72 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 3 4 3 3 3 3 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.120380952 1.060190476 2 0.752408602 0.752408602 1 0 NA 0 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 3.35E-12 1 0.081683532 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 134049267 T C SEC24A CCDS43363.1 r.? - - intronic 26 0 0 31 8 25.8 14 1 7.1 55 5 9.1 57 8 14 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.715142857 0.905047619 3 0.83444086 0.83444086 1 1.646555556 1.646555556 1 0.850659898 0.850659898 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 2.78E-12 1 0.067769881 1 0.00000883 1 5.19E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 134583923 C T ENSG00000249647 ENST00000505663 r.? - - upstream 36 0 0 36 13 36.1 31 7 22.6 50 10 20 51 25 49 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 3.799095238 1.266365079 3 2.656107527 0.885369176 3 3.618803419 1.206267806 3 2.977309645 0.992436548 3 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 2.53E-21 1 1.85E-10 1 8.36E-14 1 6.52E-44 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 137576232 A G - - - - - - 29 0 0 35 6 17.1 20 1 5 51 0 0 51 7 13.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.799571429 1.799571429 1 0.587634409 0.587634409 1 0 0 1 0.832431472 0.832431472 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 2.24E-08 1 0.09538952 1 1 1 7.46E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 138290037 G C SIL1 CCDS4209.1 r.? - - intronic 34 0 0 29 7 24.1 27 4 14.8 21 3 14.3 62 23 37.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.536238095 0.845412698 3 1.739397849 1.739397849 1 2.587444444 2.587444444 1 2.254248731 1.127124365 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 1.11E-10 1 0.00001 1 0.000155401 1 5.9E-37 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 144074870 G T - - - - - - 25 0 0 37 4 10.8 21 1 4.8 59 2 3.4 57 7 12.3 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.136571429 1.136571429 1 0.564129032 0.564129032 1 0.615196581 0.615196581 1 0.747365482 0.747365482 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.0000362 1 0.099912572 1 0.035441897 1 1.66E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 146087413 C T PPP2R2B CCDS4284.1 r.? - - intronic 37 0 0 37 6 16.2 15 0 0 48 0 0 52 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 TRUE FALSE 3 3 3 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.704857143 1.704857143 1 0 0 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 0 0 1 10 NA 1 1 3.18E-08 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 146608394 G A - - - - - - 20 0 0 28 10 35.7 19 1 5.3 69 7 10.1 52 31 59.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 3.757 1.252333333 3 0.622892473 0.622892473 1 1.827495726 1.827495726 1 3.621380711 1.207126904 3 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 1.18E-16 1 0.090843738 1 6.43E-08 1 8.07E-58 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 146862050 C A DPYSL3 ENST00000343218 r.? - - intronic 36 0 0 34 4 11.8 28 0 0 60 0 0 40 0 0 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.241809524 1.241809524 1 0 0 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 10 NA 1 1 0.0000257 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 148616620 C G ABLIM3 CCDS4294.1 r.? - - intronic 37 0 0 34 5 14.7 26 0 0 66 0 0 52 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.547 1.547 1 0 0 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 10 NA 1 1 0.000000771 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 152407620 T C - - - - - - 27 0 0 42 5 11.9 15 0 0 70 0 0 49 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.252333333 1.252333333 1 0 0 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 10 NA 1 1 0.00000228 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 152612562 G A - - - - - - 23 0 0 25 5 20 19 1 5.3 31 1 3.2 36 3 8.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.104761905 2.104761905 1 0.622892473 0.622892473 1 0.579008547 0.579008547 1 0.504319797 0.504319797 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000000153 1 0.090843738 1 0.143917729 1 0.000788827 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 153940153 T A - - - - - - 32 0 0 32 4 12.5 22 0 0 54 0 0 52 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.31547619 1.31547619 1 0 0 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 10 NA 1 1 0.0000201 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 154952564 A G - - - - - - 27 0 0 29 7 24.1 16 4 25 81 12 14.8 51 26 51 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.536238095 0.845412698 3 2.938172043 0.979390681 3 2.67791453 0.892638177 3 3.098832487 1.032944162 3 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 1.11E-10 1 0.00000108 1 1.26E-14 1 3.27E-46 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 155200724 C G - - - - - - 39 0 0 36 5 13.9 16 1 6.2 75 4 5.3 61 10 16.4 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.462809524 1.462809524 1 0.728666667 0.728666667 1 0.958982906 0.958982906 1 0.99648731 0.99648731 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.00000104 1 0.077068876 1 0.000572493 1 6.98E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 155544548 A T - - - - - - 38 0 0 36 4 11.1 27 3 11.1 87 0 0 53 7 13.2 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.168142857 1.168142857 1 1.304548387 1.304548387 1 0 0 1 0.802050761 0.802050761 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.0000324 1 0.000334187 1 1 1 9.85E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 158347721 G A EBF1 CCDS4343.1 r.? - - intronic 31 0 0 34 5 14.7 16 2 12.5 59 4 6.8 39 18 46.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.547 1.547 1 1.469086022 1.469086022 1 1.230393162 1.230393162 1 2.807177665 0.935725888 3 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000000771 1 0.002863359 1 0.00022841 1 2.15E-31 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 160144656 C T ATP10B CCDS43394.1 r.? - - intronic 39 0 0 40 5 12.5 20 1 5 85 4 4.7 65 9 13.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.31547619 1.31547619 1 0.587634409 0.587634409 1 0.850418803 0.850418803 1 0.838507614 0.838507614 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.00000178 1 0.09538952 1 0.000916711 1 4.85E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 160471902 T C - - - - - - 32 0 0 30 9 30 16 4 25 64 14 21.9 45 23 51.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 3.157142857 1.052380952 3 2.938172043 0.979390681 3 3.962589744 1.320863248 3 3.104908629 1.034969543 3 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 2.54E-14 1 0.00000108 1 2.31E-19 1 4.42E-41 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 162483564 G C - - - - - - 29 0 0 36 4 11.1 23 0 0 62 0 0 58 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.168142857 1.168142857 1 0 0 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 10 NA 1 1 0.0000324 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 162577660 G C - - - - - - 38 0 0 22 4 18.2 18 3 16.7 64 6 9.4 48 16 33.3 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.915333333 1.915333333 1 1.962698925 1.962698925 1 1.700837607 1.700837607 1 2.02335533 1.011677665 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.00000425 1 0.0000964 1 0.000000914 1 2.96E-25 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 163490528 T A - - - - - - 34 0 0 34 4 11.8 17 0 0 77 0 0 61 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.241809524 1.241809524 1 0 0 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 10 NA 1 1 0.0000257 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 164399510 A C - - - - - - 22 0 0 39 4 10.3 17 4 23.5 70 0 0 53 12 22.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.083952381 1.083952381 1 2.76188172 0.92062724 3 0 0 1 1.373208122 1.373208122 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.0000447 1 0.00000141 1 1 1 5.39E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 164587108 G A - - - - - - 25 0 0 35 5 14.3 18 0 0 78 0 0 45 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.504904762 1.504904762 1 0 0 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 10 NA 1 1 0.000000895 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 165124072 T G - - - - - - 37 0 0 38 4 10.5 18 4 22.2 74 0 0 61 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.105 1.105 1 2.609096774 0.869698925 3 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 9 NA 1 1 0.0000403 1 0.00000181 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 165124073 G T - - - - - - 37 0 0 38 4 10.5 18 4 22.2 73 0 0 61 1 1.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.105 1.105 1 2.609096774 0.869698925 3 0 0 1 0.097218274 0.097218274 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 9 NA 1 1 0.0000403 1 0.00000181 1 1 1 0.263440347 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 165296137 C A - - - - - - 41 0 0 30 5 16.7 15 1 6.7 59 2 3.4 45 4 8.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.75747619 1.75747619 1 0.787430108 0.787430108 1 0.615196581 0.615196581 1 0.54077665 0.54077665 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000000401 1 0.072431031 1 0.035441897 1 0.0000791 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 166130208 C G - - - - - - 33 0 0 39 5 12.8 18 1 5.6 80 0 0 39 5 12.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.347047619 1.347047619 1 0.658150538 0.658150538 1 0 0 1 0.777746193 0.777746193 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.00000156 1 0.086275114 1 1 1 0.00000156 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 166227265 C G - - - - - - 27 0 0 34 4 11.8 19 3 15.8 59 5 8.5 48 5 10.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.241809524 1.241809524 1 1.856924731 1.856924731 1 1.537991453 1.537991453 1 0.631918782 0.631918782 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.0000257 1 0.000114071 1 0.0000125 1 0.00000447 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 166236441 G A - - - - - - 23 0 0 33 5 15.2 13 1 7.7 43 3 7 41 9 22 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.599619048 1.599619048 1 0.904956989 0.904956989 1 1.266581197 1.266581197 1 1.336751269 1.336751269 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.00000066 1 0.063085307 1 0.001328364 1 5.92E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 166814297 G A - - - - - - 27 0 0 49 14 28.6 35 4 11.4 63 7 11.1 47 11 23.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 3.009809524 1.003269841 3 1.339806452 1.339806452 1 2.008435897 1.004217949 2 1.421817259 1.421817259 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 3.5E-21 1 0.0000289 1 3.38E-08 1 7.21E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 167083412 G A - - - - - - 36 0 0 33 4 12.1 23 2 8.7 63 5 7.9 52 4 7.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.273380952 1.273380952 1 1.022483871 1.022483871 1 1.42942735 1.42942735 1 0.467862944 0.467862944 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.0000228 1 0.00589844 1 0.0000173 1 0.000139698 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 168359556 T G SLIT3 CCDS4369.1 r.? - - intronic 32 0 0 21 3 14.3 17 4 23.5 48 0 0 51 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.504904762 1.504904762 1 2.76188172 0.92062724 3 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 9 NA 1 1 0.000155401 1 0.00000141 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 168611195 T C SLIT3 CCDS4369.1 r.? - - intronic 37 0 0 42 4 9.5 21 2 9.5 75 0 0 73 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.999761905 0.999761905 1 1.116505376 1.116505376 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 9 NA 1 1 0.0000601 1 0.004928472 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 169559261 G A - - - - - - 33 0 0 31 4 12.9 15 3 20 62 11 17.7 40 17 42.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.357571429 1.357571429 1 2.350537634 2.350537634 1 3.202641026 1.067547009 3 2.582360406 0.860786802 3 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.0000177 1 0.0000544 1 1.96E-14 1 6.07E-29 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 171580254 C T STK10 CCDS34290.1 r.? - - intronic 23 0 0 43 6 14 17 3 17.6 54 4 7.4 59 11 18.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.473333333 1.473333333 1 2.068473118 2.068473118 1 1.338957265 1.338957265 1 1.130162437 1.130162437 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 8.13E-08 1 0.0000807 1 0.000161898 1 1.1E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 171787949 A T SH3PXD2B CCDS34291.1 r.? - - intronic 50 0 0 39 8 20.5 23 4 17.4 55 0 0 68 8 11.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.157380952 1.078690476 2 2.044967742 2.044967742 1 0 0 1 0.716984772 0.716984772 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 2.09E-11 1 0.00000513 1 1 1 2.21E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 176597291 T A NSD1 CCDS4412.1 r.? - - intronic 43 0 0 41 14 34.1 20 3 15 14 4 28.6 61 30 49.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 3.588619048 1.196206349 3 1.762903226 1.762903226 1 5.174888889 1.724962963 3 2.989461929 0.99648731 3 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 1.9E-22 1 0.0001337 1 0.000000601 1 1.86E-52 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 178092676 C T - - - - - - 43 0 0 37 4 10.8 15 0 0 40 1 2.5 44 5 11.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.136571429 1.136571429 1 0 0 1 0.452350427 0.452350427 1 0.692680203 0.692680203 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.0000362 1 1 1 0.181679879 1 0.00000288 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 178251993 A C - - - - - - 31 0 0 29 3 10.3 17 1 5.9 35 0 0 48 1 2.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.083952381 1.083952381 1 0.693408602 0.693408602 1 0 0 1 0.127598985 0.127598985 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 9 NA 1 1 0.000414371 1 0.081683532 1 1 1 0.213845552 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 178252004 C T - - - - - - 27 0 0 30 4 13.3 15 1 6.7 34 0 0 46 1 2.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.399666667 1.399666667 1 0.787430108 0.787430108 1 0 0 1 0.133675127 0.133675127 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 9 NA 1 1 0.0000154 1 0.072431031 1 1 1 0.205924651 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 178720289 C A ADAMTS2 CCDS4444.1 r.? - - intronic 31 0 0 42 7 16.7 26 4 15.4 37 5 13.5 53 8 15.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.75747619 1.75747619 1 1.809913978 1.809913978 1 2.442692308 0.814230769 3 0.917497462 0.917497462 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 1.81E-09 1 0.00000856 1 0.00000119 1 2.83E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 179643825 G A - - - - - - 26 0 0 20 6 30 15 4 26.7 18 2 11.1 43 18 41.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 3.157142857 1.052380952 3 3.137967742 1.045989247 3 2.008435897 2.008435897 1 2.545903553 0.848634518 3 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 5.7E-10 1 0.000000816 1 0.003626632 1 2.06E-30 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 179792615 C A - - - - - - 40 0 0 43 6 14 21 2 9.5 21 2 9.5 55 10 18.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.473333333 1.473333333 1 1.116505376 1.116505376 1 1.718931624 1.718931624 1 1.105857868 1.105857868 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 8.13E-08 1 0.004928472 1 0.004928472 1 2.33E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 180514876 G A - - - - - - 31 0 0 44 5 11.4 30 2 6.7 67 5 7.5 37 12 32.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.199714286 1.199714286 1 0.787430108 0.787430108 1 1.357051282 1.357051282 1 1.968670051 0.984335025 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.00000288 1 0.009909649 1 0.0000233 1 4.03E-19 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 1226963 G T - - - - - - 24 0 0 33 6 18.2 27 9 33.3 24 5 20.8 61 24 39.3 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.612469993 5 2 4 2 3 1 2 2 2 1 2 0.387530007 1 1 1 3 NA NA NA 2 NA NA NA 0.612469993 NA NA NA 2.208802872 1.104401436 2 4.579645161 1.526548387 3 3.555555556 3.555555556 1 2.780923858 1.390461929 2 NA NA 0 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 1.54E-08 1 8.44E-15 1 0.000000123 1 2.97E-39 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 2535122 T C - - - - - - 36 0 0 68 7 10.3 21 5 23.8 78 0 0 73 10 13.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4.612469993 5 2 4 2 3 1 2 2 2 1 2 0.387530007 1 1 1 3 NA NA NA 2 NA NA NA 0.612469993 NA NA NA 1.25003679 1.25003679 1 3.273139785 1.091046595 3 0 NA 0 0.969431472 0.969431472 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.000000058 1 5.95E-08 1 1 1 4.56E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 2757440 A T - - - - - - 20 0 0 41 5 12.2 20 1 5 82 0 0 69 11 15.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA FALSE FALSE 4.612469993 5 2 4 2 3 1 2 2 2 1 2 0.387530007 1 1 1 3 NA NA NA 2 NA NA NA 0.612469993 NA NA NA 1.480626101 1.480626101 1 0.687634409 0.687634409 1 0 NA 0 1.125106599 1.125106599 1 NA NA 0 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.00000202 1 0.09538952 1 1 1 6.82E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 3728452 G A C6orf145 CCDS4486.1 r.? - - intronic 26 0 0 34 6 17.6 28 1 3.6 62 4 6.5 71 16 22.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.612469993 5 2 4 2 3 1 2 2 2 1 2 0.387530007 1 1 1 3 NA NA NA 2 NA NA NA 0.612469993 NA NA NA 2.135985195 1.067992597 2 0.495096774 0.495096774 1 1.111111111 1.111111111 1 1.59213198 0.79606599 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 1.86E-08 1 0.130947004 1 0.000276647 1 3.77E-22 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 3823101 C G - - - - - - 18 0 0 34 5 14.7 13 0 0 25 3 12 61 20 32.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.612469993 5 2 4 2 3 1 2 2 2 1 2 0.387530007 1 1 1 3 NA NA NA 2 NA NA NA 0.612469993 NA NA NA 1.784033089 1.784033089 1 0 0 1 2.051282051 2.051282051 1 2.320974619 1.16048731 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000000771 1 1 1 0.00026475 1 4.89E-31 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 5345393 G A FARS2 CCDS4494.1 r.? - - intronic 31 0 0 59 5 8.5 22 3 13.6 51 2 3.9 68 14 20.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.612469993 5 2 4 2 3 1 2 2 2 1 2 0.387530007 1 1 1 3 NA NA NA 2 NA NA NA 0.612469993 NA NA NA 1.031583759 1.031583759 1 1.870365591 1.870365591 1 0.666666667 0.666666667 1 1.457685279 1.457685279 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.0000125 1 0.000179267 1 0.027109304 1 5.84E-19 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 5825315 C T - - - - - - 33 0 0 50 6 12 29 2 6.9 41 6 14.6 56 13 23.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.612469993 5 2 4 2 3 1 2 2 2 1 2 0.387530007 1 1 1 3 NA NA NA 2 NA NA NA 0.612469993 NA NA NA 1.456353542 1.456353542 1 0.948935484 0.948935484 1 2.495726496 2.495726496 1 1.641664975 0.820832487 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000000206 1 0.009279585 1 6.05E-08 1 1.89E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 6806734 C T - - - - - - 36 0 0 43 10 23.3 23 4 17.4 58 6 10.3 74 18 24.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 5 6 5.231890747 4 3 4 3 2 2 2 2 1 1 1 0.768109253 NA NA NA 3 NA NA NA 3 NA NA NA 0.231890747 3.151047619 1.050349206 3 2.392967742 2.392967742 1 2.172683761 1.08634188 2 2.01885199 1.009425995 2 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 1.61E-14 1 0.00000513 1 0.000000506 1 2.13E-25 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 9052066 C G - - - - - - 39 0 0 51 4 7.8 40 3 7.5 74 2 2.7 84 9 10.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 6 6 5.231890747 4 4 4 3 2 2 2 2 1 1 1 0.768109253 NA NA NA 3 NA NA NA 3 NA NA NA 0.231890747 1.054857143 1.054857143 1 1.106451613 1.106451613 1 0.569538462 0.569538462 1 0.888959518 0.888959518 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000129466 1 0.001075403 1 0.053288733 1 5.13E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 10969819 G A SYCP2L CCDS43423.1 r.? - - intronic 34 0 0 51 6 11.8 31 2 6.5 21 0 0 67 4 6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 6 6 5.231890747 4 4 4 3 2 2 2 2 1 1 1 0.768109253 NA NA NA 3 NA NA NA 3 NA NA NA 0.231890747 1.595809524 1.595809524 1 0.958924731 0.958924731 1 0 0 1 0.498481973 0.498481973 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000000232 1 0.010558179 1 1 1 0.000372648 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 12189254 A C - - - - - - 33 0 0 57 6 10.5 32 2 6.2 71 0 0 102 8 7.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 6 6 6 4 4 4 4 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.42 1.42 1 0.914666667 0.914666667 1 0 0 1 0.707939086 0.707939086 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.000000456 1 0.011224977 1 1 1 5.64E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 12794421 A C PHACTR1 ENST00000379350 r.? - - intronic 38 0 0 50 6 12 20 1 5 78 0 0 74 10 13.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 6 6 6 4 4 4 4 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.622857143 1.622857143 1 0.737634409 0.737634409 1 0 0 1 1.225279188 1.225279188 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.000000206 1 0.09538952 1 1 1 5.24E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 14189312 T G - - - - - - 29 0 0 55 4 7.3 34 0 0 83 0 0 98 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 6 6 6 4 4 4 4 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.987238095 0.987238095 1 0 0 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 10 NA 1 1 0.000173903 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 15814735 C T - - - - - - 32 0 0 44 8 18.2 44 5 11.4 56 2 3.6 72 20 27.8 0 0 NA 0 0 NA 5 2 40 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 6 6 6 4 4 4 4 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.461333333 0.820444444 3 1.681806452 1.681806452 1 0.759384615 0.759384615 1 2.523167513 0.841055838 3 NA NA 1 5.901075269 1.475268817 4 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 5.9E-11 1 0.00000288 0.000247509 0.032213353 1 2.32E-29 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 15853057 G A - - - - - - 27 0 0 49 7 14.3 31 2 6.5 96 6 6.2 96 23 24 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 6 6 6 4 4 4 4 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.933904762 1.933904762 1 0.958924731 0.958924731 1 1.30782906 1.30782906 1 2.178274112 1.089137056 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 5.58E-09 1 0.010558179 1 0.00000986 1 7.21E-32 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 16188062 G T - - - - - - 29 0 0 40 6 15 18 0 0 66 0 0 79 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 6 6 5.204934728 4 4 4 3 2 2 2 2 1 1 1 0.795065272 NA NA NA 3 NA NA NA 3 NA NA NA 0.204934728 2.028571429 2.028571429 1 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 5.18E-08 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 16639788 G A ATXN1 CCDS34342.1 r.? - - intronic 24 0 0 45 6 13.3 36 1 2.8 31 1 3.2 58 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 6 6 5.204934728 4 4 4 3 2 2 2 2 1 1 1 0.795065272 NA NA NA 3 NA NA NA 3 NA NA NA 0.204934728 1.798666667 1.798666667 1 0.413075269 0.413075269 1 0.675008547 0.675008547 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000000108 1 0.165106833 1 0.143917729 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 18968091 T C - - - - - - 36 0 0 67 8 11.9 41 5 12.2 88 4 4.5 88 10 11.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 6 6 5.204934728 4 4 4 3 2 2 2 2 1 1 1 0.795065272 NA NA NA 3 NA NA NA 3 NA NA NA 0.204934728 1.609333333 1.609333333 1 1.799827957 1.799827957 1 0.949230769 0.949230769 1 0.944042762 0.944042762 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 1.96E-09 1 0.00000202 1 0.001043312 1 3.09E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 19325511 T C - - - - - - 30 0 0 56 18 32.1 27 5 18.5 95 13 13.7 71 23 32.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 1 100 0 0 NA TRUE FALSE 6 6 6 5.204934728 4 4 4 3 2 2 2 2 1 1 1 0.795065272 NA NA NA 3 NA NA NA 3 NA NA NA 0.204934728 4.341142857 1.085285714 4 2.729247312 0.909749104 3 2.889880342 0.963293447 3 2.683068903 0.959930678 2.795065272 NA NA 1 NA NA 1 21.09401709 5.273504274 4 NA NA 0 8 NA 1 1 6.76E-28 1 0.00000023 1 2.91E-15 0.005 2.51E-35 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 20677258 C T CDKAL1 CCDS4546.1 r.? - - intronic 42 0 0 46 6 13 16 1 6.2 52 3 5.8 70 21 30 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 6 6 5.204934728 4 4 4 3 2 2 2 2 1 1 1 0.795065272 NA NA NA 3 NA NA NA 3 NA NA NA 0.204934728 1.758095238 1.758095238 1 0.914666667 0.914666667 1 1.223452991 1.223452991 1 2.484323058 0.888824702 2.795065272 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000000123 1 0.077068876 1 0.002300591 1 1.45E-31 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 20874105 G C CDKAL1 CCDS4546.1 r.? - - intronic 29 0 0 50 8 16 30 3 10 67 6 9 70 12 17.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 6 6 5.204934728 4 4 4 3 2 2 2 2 1 1 1 0.795065272 NA NA NA 3 NA NA NA 3 NA NA NA 0.204934728 2.163809524 1.081904762 2 1.475268817 1.475268817 1 1.898461538 1.898461538 1 1.416064143 1.416064143 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 1.74E-10 1 0.000458697 1 0.0000012 1 1.99E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 22961836 A G - - - - - - 31 0 0 39 5 12.8 24 0 0 70 4 5.7 88 14 15.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 6 6 5.204934728 4 4 4 3 2 2 2 2 1 1 1 0.795065272 NA NA NA 3 NA NA NA 3 NA NA NA 0.204934728 1.731047619 1.731047619 1 0 0 1 1.202358974 1.202358974 1 1.316691221 1.316691221 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.00000156 1 1 1 0.000440508 1 2.78E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 24033136 T G - - - - - - 40 0 0 53 6 11.3 34 1 2.9 66 1 1.5 78 5 6.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 6 6 5.204934728 4 4 4 3 2 2 2 2 1 1 1 0.795065272 NA NA NA 3 NA NA NA 3 NA NA NA 0.204934728 1.528190476 1.528190476 1 0.427827957 0.427827957 1 0.316410256 0.316410256 1 0.529988919 0.529988919 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000000293 1 0.156694864 1 0.281671117 1 0.0000487 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 24332917 T A DCDC2 CCDS4550.1 r.? - - intronic 36 0 0 50 7 14 25 3 12 94 6 6.4 76 25 32.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 6 6 5.204934728 4 4 4 3 2 2 2 2 1 1 1 0.795065272 NA NA NA 3 NA NA NA 3 NA NA NA 0.204934728 1.893333333 1.893333333 1 1.770322581 1.770322581 1 1.350017094 1.350017094 1 2.724474287 0.974744423 2.795065272 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 6.46E-09 1 0.00026475 1 0.00000873 1 1.83E-38 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 26543192 G C HMGN4 CCDS4615.1 r.? - - intronic 27 0 0 43 4 9.3 28 0 0 77 0 0 61 0 0 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 6 6 5.204934728 4 4 4 3 2 2 2 2 1 1 1 0.795065272 NA NA NA 3 NA NA NA 3 NA NA NA 0.204934728 1.257714286 1.257714286 1 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 NA NA 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000066 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 26554395 G A - - - - - - 28 0 0 53 6 11.3 23 4 17.4 80 1 1.2 91 12 13.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 6 6 5.204934728 4 4 4 3 2 2 2 2 1 1 1 0.795065272 NA NA NA 3 NA NA NA 3 NA NA NA 0.204934728 1.528190476 1.528190476 1 2.566967742 2.566967742 1 0.253128205 0.253128205 1 1.093102146 1.093102146 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000000293 1 0.00000513 1 0.33035218 1 5.35E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 27146655 C A - - - - - - 14 0 0 22 4 18.2 15 0 0 13 0 0 37 1 2.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 6 6 5.204934728 4 4 4 3 2 2 2 2 1 1 1 0.795065272 NA NA NA 3 NA NA NA 3 NA NA NA 0.204934728 2.461333333 2.461333333 1 0 0 1 0 0 1 0.223589075 NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.00000425 1 1 1 1 1 0.169281299 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 27919051 G C - - - - - - 43 0 0 49 17 34.7 29 7 24.1 64 7 10.9 75 20 26.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 6 6 5.204934728 4 4 4 3 2 2 2 2 1 1 1 0.795065272 NA NA NA 3 NA NA NA 3 NA NA NA 0.204934728 4.692761905 1.173190476 4 3.555397849 0.888849462 4 2.299247863 1.149623932 2 2.211047522 1.105523761 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 4.26E-27 1 1.11E-10 1 3.78E-08 1 5.89E-29 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 28694638 A C - - - - - - 41 0 0 49 12 24.5 32 8 25 69 9 13 78 19 24.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 6 6 5.204934728 3 4 4 3 2 2 2 2 1 1 1 0.795065272 NA NA NA 3 NA NA NA 3 NA NA NA 0.204934728 3.068333333 1.022777778 3 3.688172043 0.922043011 4 2.742222222 0.914074074 3 2.020582754 1.010291377 2 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 1.9E-17 1 3.69E-12 1 8.45E-11 1 9.67E-27 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 29048003 G A - - - - - - 42 0 0 45 5 11.1 23 0 0 75 0 0 107 0 0 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5.607259924 6 6.368074469 3 3 4 3 2 2 2 3 1 0.392740076 1 0.631925531 NA 4 NA 4 NA 2 NA 3 NA 0.607259924 NA 0.368074469 1.390142857 1.390142857 1 0 0 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 10 NA 1 1 0.00000323 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 29050722 T C OR2B3 CCDS34358.1 r.? - - downstream 33 0 0 54 14 25.9 23 4 17.4 48 9 18.8 98 29 29.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5.607259924 6 6.368074469 3 3 4 3 2 2 2 3 1 0.392740076 1 0.631925531 NA 4 NA 4 NA 2 NA 3 NA 0.607259924 NA 0.368074469 3.243666667 1.081222222 3 2.498630969 2.498630969 1 3.965675214 0.991418803 4 2.795488114 0.931829371 3 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 1.64E-20 1 0.00000513 1 2.75E-12 1 8.31E-43 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 29355878 T A OR12D3 CCDS4658.1 r.? - - intronic 35 0 0 55 18 32.7 31 8 25.8 70 5 7.1 113 28 24.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5.607259924 6 6.368074469 3 3 4 3 2 2 2 3 1 0.392740076 1 0.631925531 NA 4 NA 4 NA 2 NA 3 NA 0.607259924 NA 0.368074469 4.095285714 1.365095238 3 3.704866609 1.027058401 3.607259924 1.497675214 1.497675214 1 2.342165717 0.989059148 2.368074469 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 4.61E-28 1 2.78E-12 1 0.0000289 1 6.41E-39 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 30094280 G T - - - - - - 35 0 0 39 8 20.5 32 8 25 87 10 11.5 70 23 32.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5.607259924 6 6.368074469 3 3 4 3 2 2 2 3 1 0.392740076 1 0.631925531 NA 4 NA 4 NA 2 NA 3 NA 0.607259924 NA 0.368074469 2.567380952 0.855793651 3 3.589987024 0.995211629 3.607259924 2.425811966 0.808603989 3 3.107147262 1.035715754 3 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 2.09E-11 1 3.69E-12 1 2.75E-11 1 1.7E-35 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 31778386 T C HSPA1L CCDS34413.1 r.1554a>g c.1364A>G p.N455S missense 29 0 0 46 10 21.7 29 5 17.2 38 2 5.3 80 27 33.8 125 1 0.8 428 118 27.6 76 31 40.8 314 41 13.1 401 121 30.2 TRUE TRUE 5 5.607259924 6 6.368074469 3 3 4 3 2 2 2 3 1 0.392740076 1 0.631925531 NA 4 NA 4 NA 2 NA 3 NA 0.607259924 NA 0.368074469 2.717666667 0.905888889 3 2.469911073 0.947320614 2.607259924 1.117982906 1.117982906 1 3.192145211 0.947765627 3.368074469 3.456571429 1.152190476 3 5.858858823 1.624185378 3.607259924 2.763316239 0.921105413 3 2.852153414 0.950717805 3 8 10 1 0.465577058 3.38E-14 7.9E-165 0.000000336 7.17E-51 0.015598339 5.51E-44 8.87E-42 1.77E-174 YES 1_1 1_1 1_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b 6 31834866 T A SLC44A4 CCDS4724.2 r.? - - intronic 32 0 0 53 5 9.4 34 4 11.8 38 1 2.6 85 10 11.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 2 100 TRUE FALSE 5 5.607259924 6 6.368074469 3 3 4 3 2 2 2 3 1 0.392740076 1 0.631925531 NA 4 NA 4 NA 2 NA 3 NA 0.607259924 NA 0.368074469 1.177238095 1.177238095 1 1.694473875 1.694473875 1 0.548444444 0.548444444 1 1.114417559 1.114417559 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 9.444216601 2.804040317 3.368074469 8 NA 1 1 0.00000734 1 0.0000257 1 0.173434892 1 2.17E-11 0.000025 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 32725254 T A HLA-DQB2 ENST00000435145 r.? - - intronic 33 0 0 66 5 7.6 26 3 11.5 87 3 3.4 99 8 8.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5.607259924 6 5.305306751 3 3 4 3 2 2 2 2 1 0.392740076 1 0.694693249 NA 4 NA 3 NA 2 NA 3 NA 0.607259924 NA 0.305306751 0.951809524 0.951809524 1 1.651394031 1.651394031 1 0.717196581 0.717196581 1 0.67889736 0.67889736 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.0000217 1 0.000298167 1 0.009696123 1 4.46E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 32980992 T A HLA-DOA CCDS4763.1 r.? - - upstream 42 0 0 50 4 8 32 3 9.4 83 2 2.4 105 10 9.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5.607259924 6 5.305306751 3 3 4 3 2 2 2 2 1 0.392740076 1 0.694693249 NA 4 NA 3 NA 2 NA 3 NA 0.607259924 NA 0.305306751 1.001904762 1.001904762 1 1.349835121 1.349835121 1 0.50625641 0.50625641 1 0.796237644 0.796237644 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000119787 1 0.000556213 1 0.065215002 1 1.83E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 33486256 C G - - - - - - 24 0 0 53 11 20.8 31 9 29 23 3 13 58 20 34.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 1 100 TRUE FALSE 5 5.607259924 6 5.305306751 3 3 4 3 2 2 2 2 1 0.392740076 1 0.694693249 NA 4 NA 3 NA 2 NA 3 NA 0.607259924 NA 0.305306751 2.604952381 0.86831746 3 4.164384948 1.154445489 3.607259924 2.742222222 2.742222222 1 2.891599865 0.963866622 3 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8.381448883 8.381448883 1 8 NA 1 1 3.07E-15 1 3.57E-14 1 0.000205387 1 1.47E-31 0.005 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 34540883 G T - - - - - - 33 0 0 55 5 9.1 24 1 4.2 17 2 11.8 77 8 10.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5.607259924 6 5.305306751 3 3 4 3 2 2 2 2 1 0.392740076 1 0.694693249 NA 4 NA 3 NA 2 NA 3 NA 0.607259924 NA 0.305306751 1.139666667 1.139666667 1 0.60311782 0.60311782 1 2.489094017 2.489094017 1 0.871670684 0.871670684 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.00000883 1 0.113346489 1 0.003234386 1 6.05E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 35526048 A C - - - - - - 21 0 0 43 6 14 26 1 3.8 47 0 0 69 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 5.607259924 6 5.305306751 3 3 4 3 2 2 2 2 1 0.392740076 1 0.694693249 NA 4 NA 3 NA 2 NA 3 NA 0.607259924 NA 0.305306751 1.753333333 1.753333333 1 0.545678028 NA 0 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 8.13E-08 1 0.122190858 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 35790116 C G LHFPL5 CCDS4812.1 r.? - - intronic 30 0 0 44 5 11.4 28 0 0 73 3 4.1 76 10 13.2 181 0 0 516 40 7.8 168 0 0 453 24 5.3 483 57 11.8 TRUE FALSE 5 5.607259924 6 5.305306751 3 3 4 3 2 2 2 2 1 0.392740076 1 0.694693249 NA 4 NA 3 NA 2 NA 3 NA 0.607259924 NA 0.305306751 1.427714286 1.427714286 1 0 0 1 0.864854701 0.864854701 1 1.106351253 1.106351253 1 0.976857143 0.976857143 1 0 NA 0 1.117982906 1.117982906 1 0.989010968 0.989010968 1 8 NA 1 1 0.00000288 7.4E-34 1 1 0.005990531 3.67E-17 6.9E-12 6.5E-58 YES 1_1 0_0 1_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b 6 35844450 T A SRPK1 CCDS47415.1 r.? - - intronic 38 0 0 47 4 8.5 34 0 0 55 0 0 93 0 0 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 5.607259924 6 5.305306751 4 3 4 3 2 2 2 2 1 0.392740076 1 0.694693249 NA 4 NA 3 NA 2 NA 3 NA 0.607259924 NA 0.305306751 1.14952381 1.14952381 1 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 10 NA 1 1 0.0000939 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 35919661 G A SLC26A8 CCDS4813.1 r.? - - intronic 38 0 0 44 10 22.7 16 5 31.2 60 16 26.7 81 28 34.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 5.607259924 6 5.305306751 4 3 4 3 2 2 2 2 1 0.392740076 1 0.694693249 NA 4 NA 3 NA 2 NA 3 NA 0.607259924 NA 0.305306751 3.069904762 1.023301587 3 4.480303806 1.242024113 3.607259924 5.632102564 1.408025641 4 2.899981314 0.966660438 3 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 2.08E-14 1 0.000000013 1 1.86E-23 1 1.28E-43 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 37036772 A C - - - - - - 32 0 0 34 3 8.8 22 2 9.1 26 1 3.8 60 9 15 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 5.607259924 6 5.305306751 4 3 4 3 2 2 2 2 1 0.392740076 1 0.694693249 NA 4 NA 3 NA 2 NA 3 NA 0.607259924 NA 0.305306751 1.190095238 1.190095238 1 1.306755277 1.306755277 1 0.80157265 0.80157265 1 1.257217332 1.257217332 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000666058 1 0.005403392 1 0.122190858 1 2.29E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 38363054 T A BTBD9 CCDS47418.1 r.? - - intronic 41 0 0 52 5 9.6 28 5 17.9 90 1 1.1 67 1 1.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 5.607259924 18 5.305306751 4 3 15 3 2 2 3 2 1 0.392740076 1 0.694693249 NA 4 NA 3 NA 2 NA 3 NA 0.607259924 NA 0.305306751 1.298285714 1.298285714 1 2.570430709 0.98587436 2.607259924 0.364034188 0.364034188 1 0.125721733 0.125721733 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.00000668 1 0.000000279 1 0.363091174 1 0.285262761 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 38556829 G T BTBD9 CCDS47418.1 r.? - - intronic 31 0 0 46 7 15.2 19 1 5.3 127 1 0.8 92 17 18.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 5.607259924 18 5.305306751 4 3 15 3 2 2 3 2 1 0.392740076 1 0.694693249 NA 4 NA 3 NA 2 NA 3 NA 0.607259924 NA 0.305306751 2.055619048 1.027809524 2 0.761077249 0.761077249 1 0.264752137 0.264752137 1 1.550568043 0.914954989 1.694693249 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 3.53E-09 1 0.090843738 1 0.470907927 1 7.54E-22 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 38613716 A T - - - - - - 36 0 0 49 4 8.2 23 0 0 97 0 0 58 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 5.607259924 18 5.305306751 4 3 15 3 2 2 3 2 1 0.392740076 1 0.694693249 NA 4 NA 3 NA 2 NA 3 NA 0.607259924 NA 0.305306751 1.108952381 1.108952381 1 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.000110643 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 42556671 C G UBR2 CCDS4870.1 r.? - - intronic 42 0 0 55 4 7.3 30 3 10 73 4 5.5 91 11 12.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 5.607259924 9 5.305306751 4 3 6 3 2 2 3 2 1 0.392740076 1 0.694693249 NA 4 NA 3 NA 2 NA 3 NA 0.607259924 NA 0.305306751 0.987238095 0.987238095 1 1.43599481 1.43599481 1 1.32517094 1.32517094 1 1.014155315 1.014155315 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000173903 1 0.000458697 1 0.000516741 1 1.6E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 44127740 G A TMEM63B CCDS34461.1 r.? - - downstream 27 0 0 47 5 10.6 21 4 19 27 1 3.7 50 6 12 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 5.607259924 9 5.305306751 4 3 6 3 2 2 3 2 1 0.392740076 1 0.694693249 NA 4 NA 3 NA 2 NA 3 NA 0.607259924 NA 0.305306751 1.43352381 1.43352381 1 2.728390138 1.046458818 2.607259924 0.891478632 0.891478632 1 1.005773866 1.005773866 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.00000402 1 0.00000349 1 0.126579904 1 0.000000206 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 44746522 C T - - - - - - 35 0 0 44 9 20.5 28 4 14.3 69 10 14.5 80 28 35 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 5.607259924 9 5.305306751 4 3 6 3 2 2 3 2 1 0.392740076 1 0.694693249 NA 4 NA 3 NA 2 NA 3 NA 0.607259924 NA 0.305306751 2.772380952 0.924126984 3 2.053472578 2.053472578 1 3.493632479 0.87340812 4 2.933507109 0.977835703 3 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 1.18E-12 1 0.0000116 1 2.54E-12 1 8.43E-44 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 45092085 G A SUPT3H CCDS34466.1 r.? - - intronic 29 0 0 39 5 12.8 29 4 13.8 43 0 0 89 0 0 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 5.607259924 9 5.305306751 4 3 6 3 2 2 3 2 1 0.392740076 1 0.694693249 NA 4 NA 3 NA 2 NA 3 NA 0.607259924 NA 0.305306751 1.731047619 1.731047619 1 1.981672837 1.981672837 1 0 0 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 9 NA 1 1 0.00000156 1 0.0000134 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 45513803 G T RUNX2 CCDS43467.1 r.? - - intronic 35 0 0 39 5 12.8 22 3 13.6 76 9 11.8 73 22 30.1 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 5.607259924 9 5.305306751 4 3 6 3 2 2 3 2 1 0.392740076 1 0.694693249 NA 4 NA 3 NA 2 NA 3 NA 0.607259924 NA 0.305306751 1.731047619 1.731047619 1 1.952952941 1.952952941 1 2.843094017 0.947698006 3 2.522816114 0.936216438 2.694693249 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.00000156 1 0.000179267 1 2.06E-10 1 4.79E-33 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 45700740 G C - - - - - - 25 0 0 38 9 23.7 21 5 23.8 91 19 20.9 73 26 35.6 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 5.607259924 9 5.305306751 4 3 6 3 2 2 3 2 1 0.392740076 1 0.694693249 NA 4 NA 3 NA 2 NA 3 NA 0.607259924 NA 0.305306751 3.205142857 1.068380952 3 3.417667647 0.94744147 3.607259924 5.035649573 1.007129915 5 2.983795802 0.994598601 3 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 2.79E-13 1 5.95E-08 1 2.46E-25 1 5.09E-41 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 47046447 G A - - - - - - 33 0 0 54 7 13 25 2 8 60 2 3.3 83 10 12 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 5.607259924 9 5.305306751 4 3 6 3 2 2 3 2 1 0.392740076 1 0.694693249 NA 4 NA 3 NA 2 NA 3 NA 0.607259924 NA 0.305306751 1.758095238 1.758095238 1 1.148795848 1.148795848 1 0.795102564 0.795102564 1 1.005773866 1.005773866 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 1.13E-08 1 0.006948068 1 0.036544784 1 1.7E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 47991632 C A C6orf138 ENST00000398738 r.? - - intronic 39 0 0 54 7 13 23 0 0 90 3 3.3 66 6 9.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 5.607259924 9 5.305306751 4 3 6 3 2 2 3 2 1 0.392740076 1 0.694693249 NA 4 NA 3 NA 2 NA 3 NA 0.607259924 NA 0.305306751 1.758095238 1.758095238 1 0 0 1 0.795102564 0.795102564 1 0.762711848 0.762711848 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 1.13E-08 1 1 1 0.01062894 1 0.0000011 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 48319782 C A - - - - - - 32 0 0 49 6 12.2 26 1 3.8 62 1 1.6 68 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 5.607259924 9 5.305306751 4 3 6 3 2 2 3 2 1 0.392740076 1 0.694693249 NA 4 NA 3 NA 2 NA 3 NA 0.607259924 NA 0.305306751 1.649904762 1.649904762 1 0.545678028 0.545678028 1 0.385504274 0.385504274 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 7 NA 1 1 0.000000182 1 0.122190858 1 0.267123145 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 48708582 G A - - - - - - 22 0 0 27 7 25.9 19 1 5.3 52 2 3.8 48 6 12.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 5.607259924 9 5.305306751 4 3 6 3 2 2 3 2 1 0.392740076 1 0.694693249 NA 4 NA 3 NA 2 NA 3 NA 0.607259924 NA 0.305306751 3.502666667 0.875666667 4 0.761077249 0.761077249 1 0.91557265 0.91557265 1 1.04768111 1.04768111 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 6.36E-11 1 0.090843738 1 0.028101652 1 0.00000016 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 48711988 T C - - - - - - 43 0 0 49 7 14.3 25 2 8 71 3 4.2 77 12 15.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 5.607259924 9 5.305306751 4 3 6 3 2 2 3 2 1 0.392740076 1 0.694693249 NA 4 NA 3 NA 2 NA 3 NA 0.607259924 NA 0.305306751 1.933904762 1.933904762 1 1.148795848 1.148795848 1 1.011948718 1.011948718 1 1.307506026 1.307506026 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 5.58E-09 1 0.006948068 1 0.00554578 1 6.64E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 48830639 C G - - - - - - 33 0 0 36 6 16.7 36 2 5.6 33 0 0 61 7 11.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 5.607259924 9 5.305306751 4 3 6 3 2 2 3 2 1 0.392740076 1 0.694693249 NA 4 NA 3 NA 2 NA 3 NA 0.607259924 NA 0.305306751 2.25847619 1.129238095 2 0.804157093 0.804157093 1 0 0 1 0.963866622 0.963866622 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 2.68E-08 1 0.014070883 1 1 1 2.69E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 48942547 G C - - - - - - 33 0 0 30 9 30 25 6 24 32 2 6.2 75 16 21.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 5.607259924 9 5.305306751 4 3 6 3 2 2 3 2 1 0.392740076 1 0.694693249 NA 4 NA 3 NA 2 NA 3 NA 0.607259924 NA 0.305306751 4.057142857 1.014285714 4 3.446387543 0.955403164 3.607259924 1.49382906 1.49382906 1 1.785248612 1.053434663 1.694693249 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 2.54E-14 1 2.55E-09 1 0.011224977 1 9.88E-22 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 49779650 G T - - - - - - 26 0 0 45 4 8.9 19 2 10.5 76 1 1.3 72 10 13.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 5.607259924 9 5.305306751 4 3 6 3 2 2 3 2 1 0.392740076 1 0.694693249 NA 4 NA 3 NA 2 NA 3 NA 0.607259924 NA 0.305306751 1.203619048 1.203619048 1 1.50779455 1.50779455 1 0.313222222 0.313222222 1 1.165021395 1.165021395 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.0000791 1 0.004039874 1 0.316790122 1 3.95E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 49849845 G T - - - - - - 29 0 0 49 5 10.2 32 1 3.1 77 6 7.8 91 10 11 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 5.607259924 9 5.305306751 4 3 6 3 2 2 3 2 1 0.392740076 1 0.694693249 NA 4 NA 3 NA 2 NA 3 NA 0.607259924 NA 0.305306751 1.379428571 1.379428571 1 0.445158391 0.445158391 1 1.879333333 1.879333333 1 0.921959377 0.921959377 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.00000496 1 0.14819814 1 0.00000273 1 4.34E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 49894922 A G - - - - - - 34 0 0 48 6 12.5 25 2 8 91 3 3.3 77 8 10.4 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 6 5.607259924 9 5.305306751 4 3 6 3 2 2 3 2 1 0.392740076 1 0.694693249 NA 4 NA 3 NA 2 NA 3 NA 0.607259924 NA 0.305306751 1.69047619 1.69047619 1 1.148795848 1.148795848 1 0.795102564 0.795102564 1 0.871670684 0.871670684 1 NA NA 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.00000016 1 0.006948068 1 0.010951005 1 6.05E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 50028398 C A - - - - - - 41 0 0 51 5 9.8 27 1 3.7 67 3 4.5 60 6 10 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 5.607259924 9 5.305306751 4 3 6 3 2 2 3 2 1 0.392740076 1 0.694693249 NA 4 NA 3 NA 2 NA 3 NA 0.607259924 NA 0.305306751 1.325333333 1.325333333 1 0.53131808 NA 0 1.084230769 1.084230769 1 0.838144888 0.838144888 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.00000606 1 0.126579904 1 0.004717431 1 0.000000621 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 50551402 G C - - - - - - 26 0 0 46 7 15.2 15 2 13.3 78 9 11.5 73 25 34.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 1 100 TRUE FALSE 6 5.607259924 9 5.305306751 4 3 6 3 2 2 3 2 1 0.392740076 1 0.694693249 NA 4 NA 3 NA 2 NA 3 NA 0.607259924 NA 0.305306751 2.055619048 1.027809524 2 1.909873097 1.909873097 1 2.770811966 0.923603989 3 2.866455518 0.955485173 3 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8.381448883 8.381448883 1 8 NA 1 1 3.53E-09 1 0.002513772 1 2.61E-10 1 5.49E-39 0.005 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 52943689 A C FBXO9 ENST00000244426 r.602a>c c.430A>C p.N144H missense 31 0 0 37 4 10.8 25 0 0 65 0 0 71 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 5.607259924 9 5.305306751 4 3 6 3 2 2 3 2 1 0.392740076 1 0.694693249 NA 4 NA 3 NA 2 NA 3 NA 0.607259924 NA 0.305306751 1.460571429 1.460571429 1 0 0 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 10 NA 1 1 0.0000362 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 54430109 A C - - - - - - 38 0 0 49 4 8.2 22 2 9.1 67 0 0 53 10 18.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 5.607259924 9 5.305306751 4 3 6 3 2 2 3 2 1 0.392740076 1 0.694693249 NA 4 NA 3 NA 2 NA 3 NA 0.607259924 NA 0.305306751 1.108952381 1.108952381 1 1.306755277 1.306755277 1 0 0 1 1.584093839 1.584093839 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.000110643 1 0.005403392 1 1 1 1.57E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 55443579 G A HMGCLL1 CCDS43475.1 r.? - - intronic 33 0 0 47 13 27.7 25 10 40 39 8 20.5 57 23 40.4 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 5.607259924 9 5.305306751 4 3 6 3 2 2 3 2 1 0.392740076 1 0.694693249 NA 4 NA 3 NA 2 NA 3 NA 0.607259924 NA 0.305306751 3.746095238 0.93652381 4 5.743979238 1.592338606 3.607259924 4.939273504 0.987854701 5 3.386105349 1.128701783 3 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 1.47E-19 1 2.98E-17 1 2.09E-11 1 5.38E-38 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 55578501 G A - - - - - - 38 0 0 47 6 12.8 24 0 0 81 3 3.7 86 9 10.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 5.607259924 9 5.305306751 4 3 6 3 2 2 3 2 1 0.392740076 1 0.694693249 NA 4 NA 3 NA 2 NA 3 NA 0.607259924 NA 0.305306751 1.731047619 1.731047619 1 0 0 1 0.891478632 0.891478632 1 0.880052133 0.880052133 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000000141 1 1 1 0.007979008 1 6.35E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 55759005 A G - - - - - - 39 0 0 44 5 11.4 32 1 3.1 65 4 6.2 84 10 11.9 2 0 0 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 5.607259924 9 5.305306751 4 3 6 3 2 2 3 2 1 0.392740076 1 0.694693249 NA 4 NA 3 NA 2 NA 3 NA 0.607259924 NA 0.305306751 1.541714286 1.541714286 1 0.445158391 0.445158391 1 1.49382906 1.49382906 1 0.997392417 0.997392417 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.00000288 1 0.14819814 1 0.000331785 1 1.93E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 56220395 G A COL21A1 ENST00000370819 r.? - - intronic 37 0 0 44 5 11.4 32 0 0 88 4 4.5 83 9 10.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 5.607259924 9 5.630941641 4 3 6 3 2 2 3 2 1 0.392740076 1 0.369058359 NA 4 NA 4 NA 2 NA 2 NA 0.607259924 NA 0.630941641 1.541714286 1.541714286 1 0 NA 0 1.084230769 1.084230769 1 0.940365047 0.940365047 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.00000288 1 1 1 0.001043312 1 4.6E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 56411061 T C DST CCDS47441.1 r.? - - intronic 20 0 0 23 9 39.1 10 3 30 50 6 12 55 27 49.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 5.607259924 9 5.630941641 4 3 6 3 2 2 3 2 1 0.392740076 1 0.369058359 NA 4 NA 4 NA 2 NA 2 NA 0.607259924 NA 0.630941641 5.287809524 1.321952381 4 4.307984429 1.194253954 3.607259924 2.891282051 0.963760684 3 4.275178132 1.177429591 3.630941641 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 1.5E-15 1 0.0000146 1 0.000000206 1 2.49E-47 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 57837134 G T - - - - - - 20 0 0 40 10 25 18 3 16.7 84 16 19 76 36 47.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 5.607259924 9 5.630941641 4 3 6 3 3 2 3 2 1 0.392740076 1 0.369058359 NA 4 NA 4 NA 2 NA 2 NA 0.607259924 NA 0.630941641 3.630952381 0.907738095 4 2.398111332 2.398111332 1 4.577863248 0.91557265 5 4.127157708 1.13666319 3.630941641 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 7.22E-15 1 0.0000964 1 7.07E-21 1 7.44E-62 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 58011641 G T - - - - - - 36 0 0 39 8 20.5 22 0 0 65 3 4.6 79 5 6.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 5.607259924 9 5.630941641 4 3 6 3 3 2 3 2 1 0.392740076 1 0.369058359 NA 4 NA 4 NA 2 NA 2 NA 0.607259924 NA 0.630941641 2.977380952 0.992460317 3 0 NA 0 1.108324786 1.108324786 1 0.548546278 0.548546278 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 2.09E-11 1 1 1 0.004333293 1 0.0000518 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 61982882 C A - - - - - - 31 0 0 29 4 13.8 27 3 11.1 82 0 0 85 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 5.607259924 9 5.630941641 4 3 6 3 3 2 3 2 1 0.392740076 1 0.369058359 NA 4 NA 4 NA 2 NA 2 NA 0.607259924 NA 0.630941641 2.004285714 2.004285714 1 1.593954239 1.593954239 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 9 NA 1 1 0.0000134 1 0.000334187 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 62287516 T C - - - - - - 48 0 0 47 11 23.4 27 5 18.5 70 3 4.3 102 21 20.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 5.607259924 9 5.630941641 4 3 6 3 3 2 3 2 1 0.392740076 1 0.369058359 NA 4 NA 4 NA 2 NA 2 NA 0.607259924 NA 0.630941641 3.398571429 1.132857143 3 2.656590398 1.018920428 2.607259924 1.036042735 1.036042735 1 1.793659257 1.099769122 1.630941641 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 7.21E-16 1 0.00000023 1 0.005331097 1 1.05E-27 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 62808777 C A KHDRBS2 CCDS4963.1 r.? - - intronic 30 0 0 50 8 16 25 4 16 98 6 6.1 77 18 23.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 5.607259924 9 5.630941641 4 3 6 3 3 2 3 2 1 0.392740076 1 0.369058359 NA 4 NA 4 NA 2 NA 2 NA 0.607259924 NA 0.630941641 2.323809524 1.161904762 2 2.297591695 2.297591695 1 1.469735043 1.469735043 1 2.037457603 1.018728801 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 1.74E-10 1 0.00000727 1 0.0000111 1 4.71E-25 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 62925357 A G KHDRBS2 CCDS4963.1 r.? - - intronic 27 0 0 45 4 8.9 21 0 0 72 0 0 63 0 0 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 5.607259924 9 5.630941641 4 3 6 3 3 2 3 2 1 0.392740076 1 0.369058359 NA 4 NA 4 NA 2 NA 2 NA 0.607259924 NA 0.630941641 1.292619048 1.292619048 1 0 0 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 10 NA 1 1 0.0000791 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 63097718 C G - - - - - - 35 0 0 44 7 15.9 23 0 0 85 0 0 83 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 5.607259924 9 5.630941641 4 3 6 3 3 2 3 2 1 0.392740076 1 0.369058359 NA 4 NA 4 NA 2 NA 2 NA 0.607259924 NA 0.630941641 2.309285714 1.154642857 2 0 0 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 10 NA 1 1 2.55E-09 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 63548861 G A - - - - - - 32 0 0 30 4 13.3 32 0 0 86 0 0 82 14 17.1 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 5.607259924 9 5.630941641 4 3 6 3 3 2 3 2 1 0.392740076 1 0.369058359 NA 4 NA 4 NA 2 NA 2 NA 0.607259924 NA 0.630941641 1.931666667 1.931666667 1 0 0 1 0 0 1 1.488911325 1.488911325 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.0000154 1 1 1 1 1 9.77E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 63979481 G T - - - - - - 32 0 0 32 4 12.5 26 3 11.5 96 4 4.2 77 11 14.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 5.607259924 9 5.630941641 4 3 6 3 3 2 3 2 1 0.392740076 1 0.369058359 NA 4 NA 4 NA 2 NA 2 NA 0.607259924 NA 0.630941641 1.81547619 1.81547619 1 1.651394031 1.651394031 1 1.011948718 1.011948718 1 1.24511298 1.24511298 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.0000201 1 0.000298167 1 0.001440082 1 2.41E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 64300484 C T - - - - - - 28 0 0 39 5 12.8 23 6 26.1 91 12 13.2 83 17 20.5 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 1 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 7 5.607259924 9 5.630941641 4 3 6 3 3 2 3 2 1 0.392740076 1 0.369058359 NA 4 NA 4 NA 2 NA 2 NA 0.607259924 NA 0.630941641 1.859047619 1.859047619 1 3.747946453 1.03900094 3.607259924 3.180410256 1.060136752 3 1.784952173 1.094430437 1.630941641 NA NA 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.00000156 1 1.47E-09 1 5.35E-14 1 1.14E-22 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 64558980 G A EYS CCDS47445.1 r.? - - intronic 42 0 0 37 5 13.5 20 2 10 48 4 8.3 107 9 8.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 5.607259924 9 5.630941641 4 3 6 3 3 2 3 2 1 0.392740076 1 0.369058359 NA 4 NA 4 NA 2 NA 2 NA 0.607259924 NA 0.630941641 1.960714286 1.960714286 1 1.43599481 1.43599481 1 1.999803419 1.999803419 1 0.731395037 0.731395037 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.00000119 1 0.004473894 1 0.000102016 1 4.51E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 64642627 G T EYS CCDS47445.1 r.? - - intronic 37 0 0 35 4 11.4 38 2 5.3 101 3 3 101 17 16.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 5.607259924 9 5.630941641 4 3 6 3 3 2 3 2 1 0.392740076 1 0.369058359 NA 4 NA 4 NA 2 NA 2 NA 0.607259924 NA 0.630941641 1.655714286 1.655714286 1 0.761077249 0.761077249 1 0.722820513 0.722820513 1 1.462790074 1.462790074 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.0000289 1 0.015598339 1 0.014481513 1 4.1E-21 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 64899059 A C EYS CCDS47445.1 r.? - - intronic 53 0 0 33 4 12.1 17 1 5.9 63 4 6.3 77 3 3.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 5.607259924 9 5.630941641 4 3 6 3 3 2 3 2 1 0.392740076 1 0.369058359 NA 4 NA 4 NA 2 NA 2 NA 0.607259924 NA 0.630941641 1.757380952 1.757380952 1 0.847236938 NA 0 1.517923077 1.517923077 1 0.339576267 0.538205509 0.630941641 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.0000228 1 0.081683532 1 0.000294233 1 0.006942426 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 65443074 G C EYS CCDS47445.1 r.? - - intronic 34 0 0 46 16 34.8 12 0 0 70 7 10 57 18 31.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 5.607259924 9 5.630941641 2 3 6 3 0 2 3 2 1 0.392740076 1 0.369058359 NA 4 NA 4 NA 2 NA 2 NA 0.607259924 NA 0.630941641 3.314285714 1.657142857 2 0 0 1 2.409401709 0.803133903 3 2.751438472 1.045799888 2.630941641 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 1.31E-25 1 1 1 7.11E-08 1 9.84E-28 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 65757557 C A EYS CCDS47445.1 r.? - - intronic 30 0 0 32 5 15.6 11 0 0 77 0 0 53 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 5.607259924 9 5.630941641 2 3 6 3 0 2 3 2 1 0.392740076 1 0.369058359 NA 4 NA 4 NA 2 NA 2 NA 0.607259924 NA 0.630941641 1.485714286 1.485714286 1 0 0 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 10 NA 1 1 0.000000562 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 65979554 C G EYS CCDS47445.1 r.? - - intronic 28 0 0 29 4 13.8 15 2 13.3 91 5 5.5 70 13 18.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 5.607259924 9 5.630941641 2 3 6 3 0 2 3 2 1 0.392740076 1 0.369058359 NA 4 NA 4 NA 2 NA 2 NA 0.607259924 NA 0.630941641 1.314285714 1.314285714 1 1.909873097 1.909873097 1 1.32517094 1.32517094 1 1.619517582 0.992995421 1.630941641 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.0000134 1 0.002513772 1 0.000101674 1 4.44E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 66005941 C T EYS CCDS47445.1 r.1838g>a c.1838G>A p.S613N missense 34 0 0 34 5 14.7 12 0 0 77 4 5.2 59 11 18.6 872 1 0.1 551 34 6.2 163 0 0 791 21 2.7 646 91 14.1 TRUE TRUE 2 5.607259924 9 5.630941641 2 3 6 3 0 2 3 2 1 0.392740076 1 0.369058359 NA 4 NA 4 NA 2 NA 2 NA 0.607259924 NA 0.630941641 1.4 1.4 1 0 0 1 1.252888889 1.252888889 1 1.619517582 1.619517582 1 0.59047619 0.59047619 1 0 0 1 0.650538462 0.650538462 1 1.227698812 1.227698812 1 8 9 1 0.987360601 0.000000771 8.92E-26 1 1 0.000632383 1.33E-09 1.1E-14 1.32E-98 YES 1_1 0_0 1_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b 6 66645500 C T - - - - - - 31 0 0 28 4 14.3 26 4 15.4 54 5 9.3 50 6 12 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 5.607259924 9 5.630941641 2 3 6 3 0 2 3 2 1 0.392740076 1 0.369058359 NA 4 NA 4 NA 2 NA 2 NA 0.607259924 NA 0.630941641 1.361904762 1.361904762 1 2.211432007 2.211432007 1 2.24074359 2.24074359 1 1.044850053 1.044850053 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.0000116 1 0.00000856 1 0.00000806 1 0.000000206 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 67161488 G C - - - - - - 33 0 0 49 5 10.2 29 2 6.9 84 5 6 62 9 14.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 1 100 TRUE FALSE 5 5.607259924 9 4.263624524 3 3 6 2 2 2 3 2 1 0.392740076 1 0.736375476 NA 4 NA 3 NA 2 NA 2 NA 0.607259924 NA 0.263624524 1.277428571 1.277428571 1 0.990836419 0.990836419 1 1.445641026 1.445641026 1 1.064266165 1.064266165 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 7.339766656 7.339766656 1 8 NA 1 1 0.00000496 1 0.009279585 1 0.0000695 1 3.12E-11 0.005 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 68561032 A T - - - - - - 26 0 0 39 5 12.8 31 2 6.5 80 1 1.2 71 7 9.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 9 5.682888383 2 2 6 3 0 0 3 2 1 1 1 0.317111617 NA NA NA 4 NA NA NA 2 NA NA NA 0.682888383 1.219047619 1.219047619 1 0.698924731 0.698924731 1 0.289128205 0.289128205 1 0.867144021 0.867144021 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.00000156 1 0.010558179 1 0.33035218 1 7.85E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 68736996 A C - - - - - - 27 0 0 47 6 12.8 28 1 3.6 71 0 0 90 30 33.3 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 9 5.682888383 2 2 6 3 0 0 3 2 1 1 1 0.317111617 NA NA NA 4 NA NA NA 2 NA NA NA 0.682888383 1.219047619 1.219047619 1 0.387096774 0.387096774 1 0 0 1 2.916757162 0.972252387 3 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.000000141 1 0.130947004 1 1 1 4.69E-46 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 69983851 C A BAI3 CCDS4968.1 r.? - - intronic 36 0 0 99 7 7.1 63 3 4.8 141 8 5.7 239 8 3.3 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 1 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 9 27 2 2 6 25 0 0 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.676190476 0.676190476 1 0.516129032 0.516129032 1 1.373358974 1.373358974 1 0.99251269 0.99251269 1 NA NA 1 0 NA 0 0 NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000000778 1 0.003968795 1 0.000000685 1 0.000033 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 70016115 C G BAI3 CCDS4968.1 r.? - - intronic 32 0 0 104 73 70.2 54 37 68.5 129 72 55.8 240 194 80.8 0 0 NA 0 0 NA 2 2 100 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 9 NA 2 2 6 NA 0 0 3 NA 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 6.685714286 3.342857143 2 7.365591398 3.682795699 2 13.44446154 2.24074359 6 NA NA 1 NA NA 1 10.75268817 5.376344086 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 2.55E-142 1 3.16E-72 0.000025 3.2E-129 1 0 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 70057945 G A BAI3 CCDS4968.1 r.? - - intronic 40 0 0 32 6 18.8 12 2 16.7 64 0 0 50 6 12 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 9 3 2 2 6 2 0 0 3 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.79047619 1.79047619 1 1.795698925 1.795698925 1 0 0 1 0.729137056 0.729137056 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 1.27E-08 1 0.001595918 1 1 1 0.000000206 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 70116001 A G - - - - - - 36 0 0 28 6 21.4 24 4 16.7 66 0 0 40 8 20 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 9 3 2 2 6 2 0 0 3 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.038095238 2.038095238 1 1.795698925 1.795698925 1 0 0 1 1.215228426 1.215228426 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 5.36E-09 1 0.00000613 1 1 1 2.61E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 70330644 G C - - - - - - 29 0 0 82 50 61 54 35 64.8 140 73 52.1 243 185 76.1 0 0 NA 2 2 100 0 0 NA 1 1 100 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 9 3 2 2 6 2 0 0 3 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 5.80952381 2.904761905 2 6.967741935 3.483870968 2 12.55298291 2.092163818 6 4.623944162 2.311972081 2 9.523809524 4.761904762 2 NA NA 0 24.09401709 4.015669516 6 NA NA 0 8 NA 1 1 4.51E-93 0.000025 4.87E-67 1 6.28E-128 0.005 0 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 70331149 G A - - - - - - 36 0 0 107 78 72.9 43 33 76.7 147 73 49.7 268 202 75.4 470 3 0.6 1366 931 68.2 690 552 80 1504 742 49.3 2700 2067 76.6 TRUE TRUE 2 2 9 3 2 2 6 2 0 0 3 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 6.942857143 3.471428571 2 8.247311828 4.123655914 2 11.9747265 1.995787749 6 4.581411168 2.290705584 2 6.495238095 3.247619048 2 8.602150538 4.301075269 2 11.87835043 1.979725071 6 4.654324873 2.327162437 2 8 16 1 0.417405997 3.51E-154 0 2.13E-67 0 8.58E-126 0 0 0 YES 1_1 1_1 1_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b 6 70331242 G C - - - - - - 36 0 0 114 68 59.6 68 44 64.7 173 89 51.4 274 211 77 395 2 0.5 1108 738 66.6 501 402 80.2 1131 560 49.5 1979 1482 74.9 TRUE TRUE 2 2 9 3 2 2 6 2 0 0 3 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 5.676190476 2.838095238 2 6.956989247 3.478494624 2 12.38432479 2.064054131 6 4.678629442 2.339314721 2 6.342857143 3.171428571 2 8.623655914 4.311827957 2 11.92653846 1.98775641 6 4.551030457 2.275515228 2 8 16 1 0.587854784 5.03E-125 0 7.6E-84 0 7.19E-155 0 0 0 YES 1_1 1_1 1_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b 6 70331300 G C - - - - - - 30 0 0 116 75 64.7 61 39 63.9 149 85 57 289 231 79.9 169 1 0.6 528 338 64 226 186 82.3 484 251 51.9 919 689 75 TRUE TRUE 2 2 9 3 2 2 6 2 0 0 3 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 6.161904762 3.080952381 2 6.870967742 3.435483871 2 13.73358974 2.288931624 6 4.854837563 2.427418782 2 6.095238095 3.047619048 2 8.849462366 4.424731183 2 12.50479487 2.084132479 6 4.557106599 2.278553299 2 8 16 1 0.571352154 8.84E-142 0 3.62E-74 0 2.01E-153 0 0 0 YES 1_1 1_1 1_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b 6 70397879 T C LMBRD1 CCDS4969.1 r.? - - intronic 34 0 0 84 46 54.8 45 30 66.7 119 55 46.2 184 127 69 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 9 3 2 2 6 2 0 0 3 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 5.219047619 2.60952381 2 7.172043011 3.586021505 2 11.1314359 1.855239316 6 4.192538071 2.096269036 2 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 1.36E-82 1 2.99E-58 1 7.01E-93 1 8.08E-245 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 72231350 G A - - - - - - 33 0 0 34 5 14.7 22 2 9.1 71 2 2.8 54 11 20.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 9 3 2 2 6 2 0 0 3 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.4 1.4 1 0.978494624 0.978494624 1 0.674632479 0.674632479 1 1.239532995 1.239532995 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000000771 1 0.005403392 1 0.04950591 1 3.84E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 72419398 G T - - - - - - 44 0 0 32 4 12.5 23 7 30.4 65 8 12.3 42 15 35.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 9 3 2 2 6 2 0 0 3 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.19047619 1.19047619 1 3.268817204 1.634408602 2 2.963564103 0.987854701 3 2.169182741 1.084591371 2 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.0000201 1 1.79E-11 1 1.53E-09 1 2.65E-24 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 80022037 G A - - - - - - 40 0 0 37 5 13.5 20 3 15 45 5 11.1 64 13 20.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 9 2 2 2 6 2 0 0 3 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.285714286 1.285714286 1 1.612903226 1.612903226 1 2.674435897 0.891478632 3 1.030456853 1.030456853 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.00000119 1 0.0001337 1 0.00000323 1 1.26E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 80502511 C T - - - - - - 29 0 0 36 12 33.3 17 1 5.9 59 4 6.8 41 6 14.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 9 2 2 2 6 2 0 0 3 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 3.171428571 1.585714286 2 0.634408602 0.634408602 1 1.638393162 1.638393162 1 0.741116751 0.741116751 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 2.73E-19 1 0.081683532 1 0.00022841 1 6.05E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 82999726 G C - - - - - - 31 0 0 31 4 12.9 27 5 18.5 72 0 0 46 12 26.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 9 2 2 2 6 2 0 0 3 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.228571429 1.228571429 1 1.989247312 1.989247312 1 0 0 1 1.324873096 1.324873096 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.0000177 1 0.00000023 1 1 1 8.12E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 84513234 G A - - - - - - 11 0 0 26 7 26.9 15 2 13.3 3 1 33.3 27 15 55.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 9 2 2 2 6 2 0 0 3 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.561904762 1.280952381 2 1.430107527 1.430107527 1 8.023307692 8.023307692 1 2.822335025 1.411167513 2 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 4.73E-11 1 0.002513772 1 0.014925125 1 5.01E-28 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 85252226 A C - - - - - - 42 0 0 32 6 18.8 18 0 0 67 0 0 43 1 2.3 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 9 2 2 2 6 2 0 0 3 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.79047619 1.79047619 1 0 0 1 0 0 1 0.116751269 0.116751269 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 9 NA 1 1 1.27E-08 1 1 1 1 1 0.193893409 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 85519822 A T - - - - - - 36 0 0 23 7 30.4 17 2 11.8 67 3 4.5 49 22 44.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 9 2 2 2 6 2 0 0 3 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.895238095 1.447619048 2 1.268817204 1.268817204 1 1.084230769 1.084230769 1 2.279187817 1.139593909 2 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 1.79E-11 1 0.003234386 1 0.004717431 1 1.04E-37 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 87532127 C A - - - - - - 38 0 0 35 4 11.4 25 1 4 63 0 0 47 9 19.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 9 2 2 2 6 2 0 0 3 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.085714286 1.085714286 1 0.430107527 0.430107527 1 0 0 1 0.969543147 0.969543147 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.0000289 1 0.117779757 1 1 1 2.24E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 93108138 C A - - - - - - 27 0 0 36 9 25 12 1 8.3 59 0 0 37 8 21.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 5 2 2 2 4 2 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.380952381 1.19047619 2 0.892473118 0.892473118 1 0 0 1 1.096446701 1.096446701 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 1.63E-13 1 0.058377193 1 1 1 1.33E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 94628785 A G - - - - - - 37 0 0 31 4 12.9 14 1 7.1 62 3 4.8 33 2 6.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 5 2 2 2 4 2 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.228571429 1.228571429 1 0.76344086 0.76344086 1 0.964512821 0.964512821 1 0.30964467 0.30964467 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.0000177 1 0.067769881 1 0.003793816 1 0.011909843 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 95399830 A G - - - - - - 40 0 0 44 10 22.7 17 3 17.6 59 7 11.9 52 18 34.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 5 2 2 2 4 2 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.161904762 1.080952381 2 1.892473118 1.892473118 1 2.391188034 1.195594017 2 1.756345178 0.878172589 2 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 2.08E-14 1 0.0000807 1 2.12E-08 1 1.39E-28 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 95992393 G A - - - - - - 22 0 0 32 5 15.6 22 2 9.1 58 2 3.4 44 10 22.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 5 2 2 2 4 2 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.485714286 1.485714286 1 0.978494624 0.978494624 1 0.683196581 0.683196581 1 1.152284264 1.152284264 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000000562 1 0.005403392 1 0.034352256 1 2.08E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 96855050 G C - - - - - - 47 0 0 32 4 12.5 26 3 11.5 72 0 0 55 13 23.6 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 5 2 2 2 4 2 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.19047619 1.19047619 1 1.23655914 1.23655914 1 0 0 1 1.197969543 1.197969543 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.0000201 1 0.000298167 1 1 1 1.46E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 97399161 A C KLHL32 CCDS5038.1 r.? - - intronic 35 0 0 32 3 9.4 15 0 0 67 0 0 38 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 5 2 2 2 4 2 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.895238095 0.895238095 1 0 0 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 10 NA 1 1 0.000556213 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 97834310 T C - - - - - - 25 0 0 22 5 22.7 20 1 5 48 5 10.4 36 14 38.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 5 2 2 2 4 2 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.161904762 2.161904762 1 0.537634409 0.537634409 1 2.089777778 2.089777778 1 1.974619289 0.987309645 2 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 7.67E-08 1 0.09538952 1 0.00000447 1 2.09E-23 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 98093566 G T - - - - - - 33 0 0 32 6 18.8 17 1 5.9 59 8 13.6 32 13 40.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 5 2 2 2 4 2 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.79047619 1.79047619 1 0.634408602 0.634408602 1 2.732786325 0.910928775 3 2.060913706 1.030456853 2 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 1.27E-08 1 0.081683532 1 6.9E-10 1 3.88E-22 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 101432353 G A - - - - - - 27 0 0 22 5 22.7 21 9 42.9 52 7 13.5 23 8 34.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 5 2 2 2 4 2 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.161904762 2.161904762 1 4.612903226 2.306451613 2 2.712692308 0.904230769 3 1.766497462 1.766497462 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 7.67E-08 1 5.44E-16 1 8.58E-09 1 1.79E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 102578082 C T - - - - - - 33 0 0 26 6 23.1 9 1 11.1 66 7 10.6 49 13 26.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 5 2 2 2 4 2 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.2 1.1 2 1.193548387 1.193548387 1 2.129965812 1.064982906 2 1.345177665 1.345177665 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 3.3E-09 1 0.044110422 1 0.000000047 1 2.71E-19 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 103678166 T C - - - - - - 29 0 0 38 4 10.5 25 6 24 59 1 1.7 47 6 12.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 5 2 2 2 4 2 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1 1 1 2.580645161 1.290322581 2 0.341598291 0.341598291 1 0.649746193 0.649746193 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.0000403 1 2.55E-09 1 0.256019138 1 0.000000141 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 105253228 G T HACE1 CCDS5050.1 r.? - - intronic 36 0 0 52 15 28.8 21 7 33.3 94 18 19.1 54 22 40.7 3 0 0 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 5 4.770606611 2 2 4 2 0 0 1 2 1 1 1 0.229393389 NA NA NA 3 NA NA NA 2 NA NA NA 0.770606611 2.742857143 1.371428571 2 3.580645161 1.790322581 2 3.837957265 0.959489316 4 3.193626738 1.152681411 2.770606611 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 1.15E-22 1 8.54E-12 1 2.4E-23 1 1.6E-36 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 105253834 G T HACE1 CCDS5050.1 r.? - - intronic 20 0 0 28 11 39.3 26 9 34.6 80 20 25 69 21 30.4 490 0 0 363 157 43.3 47 10 21.3 510 87 17.1 445 133 29.9 TRUE TRUE 2 2 5 4.770606611 2 2 4 2 0 0 1 2 1 1 1 0.229393389 NA NA NA 3 NA NA NA 2 NA NA NA 0.770606611 3.742857143 1.871428571 2 3.720430108 1.860215054 2 5.023504274 1.255876068 4 2.385411618 0.860970882 2.770606611 4.123809524 2.061904762 2 2.290322581 1.14516129 2 3.436076923 0.859019231 4 2.346177874 0.846810177 2.770606611 8 16 1 1 9.7E-19 5.64E-256 5.65E-15 4.27E-14 2.53E-28 5.65E-102 1.02E-31 5.98E-191 YES 1_1 1_1 1_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b 6 105253947 G T HACE1 CCDS5050.1 r.? - - intronic 32 0 0 38 9 23.7 24 8 33.3 78 16 20.5 69 26 37.7 634 0 0 496 168 33.9 68 18 26.5 642 138 21.5 610 173 28.4 TRUE TRUE 2 2 5 4.770606611 2 2 4 2 0 0 1 2 1 1 1 0.229393389 NA NA NA 3 NA NA NA 2 NA NA NA 0.770606611 2.257142857 1.128571429 2 3.580645161 1.790322581 2 4.119273504 1.029818376 4 2.958224276 1.067717179 2.770606611 3.228571429 1.614285714 2 2.849462366 1.424731183 2 4.320213675 1.080053419 4 2.228476643 1.114238322 2 8 16 1 1 2.79E-13 1.57E-251 2.68E-13 3.83E-26 1.96E-21 1.15E-175 8.5E-42 3.23E-243 YES 1_1 1_1 1_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b 6 105253984 G C HACE1 CCDS5050.1 r.? - - intronic 31 0 0 33 11 33.3 28 8 28.6 84 19 22.6 63 23 36.5 685 1 0.1 485 164 33.8 65 16 24.6 641 131 20.4 642 179 27.9 TRUE TRUE 2 2 5 4.770606611 2 2 4 2 0 0 1 2 1 1 1 0.229393389 NA NA NA 3 NA NA NA 2 NA NA NA 0.770606611 3.171428571 1.585714286 2 3.075268817 1.537634409 2 4.541247863 1.135311966 4 2.864063291 1.033731487 2.770606611 3.219047619 1.60952381 2 2.64516129 1.322580645 2 4.099179487 1.024794872 4 2.189242899 1.09462145 2 8 16 1 0.967729157 8.54E-18 1.91E-245 1.11E-12 7.85E-23 4.62E-26 1.07E-163 9.25E-37 4.69E-250 YES 1_1 1_1 1_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b 6 105254048 G C HACE1 CCDS5050.1 r.? - - intronic 30 0 0 37 14 37.8 29 8 27.6 75 18 24 45 16 35.6 590 1 0.2 400 146 36.5 57 11 19.3 585 111 19 573 143 25 TRUE TRUE 2 2 5 4.770606611 2 2 4 2 0 0 1 2 1 1 1 0.229393389 NA NA NA 3 NA NA NA 2 NA NA NA 0.770606611 3.6 1.8 2 2.967741935 1.483870968 2 4.822564103 1.205641026 4 2.793442553 1.008242217 2.770606611 3.476190476 1.738095238 2 2.075268817 1.037634409 2 3.817863248 0.954465812 4 1.961687186 0.980843593 2 8 16 1 0.948046162 3.35E-23 1.31E-224 1.53E-12 7.29E-15 2.78E-25 4.2E-135 8.61E-26 2.67E-192 YES 1_1 1_1 1_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b 6 105254160 G C HACE1 CCDS5050.1 r.? - - intronic 20 0 0 35 10 28.6 32 9 28.1 69 18 26.1 62 21 33.9 152 0 0 83 32 38.6 13 2 15.4 133 27 20.3 146 28 19.2 TRUE TRUE 2 2 5 4.770606611 2 2 4 2 0 0 1 2 1 1 1 0.229393389 NA NA NA 3 NA NA NA 2 NA NA NA 0.770606611 2.723809524 1.361904762 2 3.021505376 1.510752688 2 5.244538462 1.311134615 4 2.660047824 0.960095819 2.770606611 3.676190476 1.838095238 2 1.655913978 1.655913978 1 4.07908547 1.019771368 4 1.506575759 0.850881133 1.770606611 8 16 1 1 1.6E-15 1.76E-51 4.94E-14 0.001879825 5.16E-26 5.32E-35 7.22E-33 1.73E-35 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 105254247 G A HACE1 CCDS5050.1 r.? - - intronic 22 0 0 42 16 38.1 17 5 29.4 89 21 23.6 52 17 32.7 11 0 0 9 4 44.4 3 0 0 20 4 20 13 3 23.1 TRUE FALSE 2 2 5 4.770606611 2 2 4 2 0 0 1 2 1 1 1 0.229393389 NA NA NA 3 NA NA NA 2 NA NA NA 0.770606611 3.628571429 1.814285714 2 3.161290323 1.580645161 2 4.742188034 1.185547009 4 2.565886839 0.926110126 2.770606611 4.228571429 2.114285714 2 0 NA 0 4.018803419 1.004700855 4 1.81259896 1.81259896 1 8 NA 1 1 2.25E-26 7.72E-08 1.84E-08 1 4.49E-29 0.00000284 1.42E-26 0.0000344 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 105254256 G C HACE1 CCDS5050.1 r.? - - intronic 24 0 0 43 17 39.5 18 5 27.8 87 21 24.1 51 15 29.4 7 0 0 8 4 50 2 0 0 16 4 25 11 3 27.3 TRUE FALSE 2 2 5 4.770606611 2 2 4 2 0 0 1 2 1 1 1 0.229393389 NA NA NA 3 NA NA NA 2 NA NA NA 0.770606611 3.761904762 1.880952381 2 2.989247312 1.494623656 2 4.84265812 1.21066453 4 2.30694413 1.153472065 2 4.761904762 2.380952381 2 0 NA 0 5.023504274 1.255876068 4 2.142162407 2.142162407 1 8 NA 1 1 2.84E-28 4.31E-08 2.54E-08 1 2.64E-29 0.00000108 8.22E-23 0.00002 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 105385359 C G C6orf220 ENST00000369123 r.? - - downstream 38 0 0 63 5 7.9 20 2 10 18 0 0 74 10 13.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 5 4.770606611 2 2 4 2 0 0 1 2 1 1 1 0.229393389 NA NA NA 3 NA NA NA 2 NA NA NA 0.770606611 0.752380952 0.752380952 1 1.075268817 1.075268817 1 0 0 1 1.05931108 1.05931108 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.0000173 1 0.004473894 1 1 1 5.24E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 105693432 C G - - - - - - 35 0 0 95 6 6.3 61 7 11.5 113 7 6.2 201 27 13.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 5 16 2 2 4 14 0 0 1 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.6 0.6 1 1.23655914 1.23655914 1 1.24582906 1.24582906 1 2.556203046 0.852067682 3 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.00000928 1 2.69E-08 1 0.0000019 1 7.28E-30 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 105695081 A G - - - - - - 33 0 0 92 5 5.4 59 3 5.1 135 3 2.2 166 10 6 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 5 16 2 2 4 14 0 0 1 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.514285714 0.514285714 1 0.548387097 0.548387097 1 0.442068376 0.442068376 1 1.144568528 1.144568528 1 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000107074 1 0.003297476 1 0.030785351 1 0.000000016 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 105724748 G T PREP CCDS5053.1 r.? - - downstream 38 0 0 98 8 8.2 40 1 2.5 137 7 5.1 152 16 10.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 5 16 2 2 4 14 0 0 1 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.780952381 0.780952381 1 0.268817204 NA 0 1.024794872 1.024794872 1 2.002994924 1.001497462 2 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 4.12E-08 1 0.181679879 1 0.00000681 1 1.38E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 105743831 G C PREP CCDS5053.1 r.? - - intronic 38 0 0 79 4 5.1 49 1 2 131 2 1.5 186 6 3.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 5 16 2 2 4 14 0 0 1 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.485714286 0.485714286 1 0.215053763 NA 0 0.301410256 0.301410256 1 0.610436548 0.610436548 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.000696582 1 0.217776325 1 0.140027743 1 0.000384836 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 105764720 C G PREP CCDS5053.1 r.? - - intronic 28 0 0 65 29 44.6 45 22 48.9 119 38 31.9 156 86 55.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 5 NA 2 2 4 NA 0 0 1 NA 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 4.247619048 2.123809524 2 5.258064516 2.629032258 2 6.409991453 1.602497863 4 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 3.92E-49 1 8.79E-39 1 4.5E-57 1 2.35E-153 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 105764863 C G PREP CCDS5053.1 r.? - - intronic 32 0 0 50 18 36 28 4 14.3 69 11 15.9 86 32 37.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 5 NA 2 2 4 NA 0 0 1 NA 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 3.428571429 1.714285714 2 1.537634409 1.537634409 1 3.194948718 1.064982906 3 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 5.92E-29 1 0.0000116 1 6.82E-14 1 7.14E-51 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 105766334 C G PREP CCDS5053.1 r.? - - intronic 37 0 0 87 40 46 55 24 43.6 111 34 30.6 154 93 60.4 0 0 NA 1 1 100 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 5 NA 2 2 4 NA 0 0 1 NA 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 4.380952381 2.19047619 2 4.688172043 2.344086022 2 6.148769231 1.537192308 4 NA NA 1 9.523809524 9.523809524 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 7.22E-68 0.005 1.28E-40 1 1.65E-50 1 3.93E-171 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 105766391 C A PREP CCDS5053.1 r.? - - intronic 33 0 0 90 38 42.2 48 19 39.6 140 37 26.4 168 104 61.9 0 0 NA 1 1 100 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 5 NA 2 2 4 NA 0 0 1 NA 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 4.019047619 2.00952381 2 4.258064516 2.129032258 2 5.304820513 1.326205128 4 NA NA 1 9.523809524 9.523809524 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 9.94E-63 0.005 1.92E-31 1 4.35E-52 1 6.94E-193 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 105766638 C T PREP CCDS5053.1 r.? - - intronic 32 0 0 98 45 45.9 54 23 42.6 116 27 23.3 188 127 67.6 11 0 0 52 34 65.4 10 7 70 33 16 48.5 98 71 72.4 FALSE FALSE 2 2 5 NA 2 2 4 NA 0 0 1 NA 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 4.371428571 2.185714286 2 4.580645161 2.290322581 2 4.681905983 1.170476496 4 NA NA 1 6.228571429 3.114285714 2 7.52688172 3.76344086 2 9.745598291 2.436399573 4 NA NA 1 NA NA 1 1 4.04E-76 2.28E-65 1.12E-38 9.25E-15 9.15E-37 1.64E-28 7.65E-243 3.77E-140 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 105766755 C T PREP CCDS5053.1 r.? - - intronic 32 0 0 85 37 43.5 61 27 44.3 138 46 33.3 155 98 63.2 100 0 0 345 194 56.2 88 55 62.5 264 113 42.8 589 429 72.8 FALSE FALSE 2 2 5 NA 2 2 4 NA 0 0 1 NA 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 4.142857143 2.071428571 2 4.76344086 2.38172043 2 6.691307692 1.672826923 4 NA NA 1 5.352380952 2.676190476 2 6.720430108 3.360215054 2 8.600239316 2.150059829 4 NA NA 1 NA NA 1 1 9.49E-62 0 9.98E-46 3.97E-103 9.15E-70 4.3E-184 2.98E-183 0 YES 1_1 1_1 1_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b 6 105766840 C G PREP CCDS5053.1 r.? - - intronic 41 0 0 86 40 46.5 46 19 41.3 155 54 34.8 174 109 62.6 138 1 0.7 509 288 56.6 124 84 67.7 406 154 37.9 872 608 69.7 FALSE FALSE 2 2 5 NA 2 2 4 NA 0 0 1 NA 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 4.428571429 2.214285714 2 4.440860215 2.220430108 2 6.992717949 1.748179487 4 NA NA 1 5.39047619 2.695238095 2 7.279569892 3.639784946 2 7.615632479 1.90390812 4 NA NA 1 NA NA 1 0.499291294 3.92E-68 0 6.97E-32 2.36E-161 7.43E-83 5.46E-240 6.02E-203 0 YES 1_1 1_1 1_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b 6 105766931 C G PREP CCDS5053.1 r.? - - intronic 30 0 0 82 32 39 48 18 37.5 125 35 28 176 114 64.8 83 0 0 314 197 62.7 78 55 70.5 237 78 32.9 490 325 66.3 FALSE FALSE 2 2 5 NA 2 2 4 NA 0 0 1 NA 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 3.714285714 1.857142857 2 4.032258065 2.016129032 2 5.626324786 1.406581197 4 NA NA 1 5.971428571 2.985714286 2 7.580645161 3.790322581 2 6.610931624 1.652732906 4 NA NA 1 NA NA 1 1 1.08E-51 0 2.42E-29 8.55E-108 2.3E-50 1.35E-116 8.75E-215 0 YES 1_1 1_1 1_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b 6 105767328 C G PREP CCDS5053.1 r.? - - intronic 42 0 0 85 44 51.8 45 22 48.9 109 36 33 164 89 54.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 5 NA 2 2 4 NA 0 0 1 NA 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 4.933333333 2.466666667 2 5.258064516 2.629032258 2 6.631025641 1.65775641 4 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1.47E-77 1 8.79E-39 1 8.85E-55 1 8.94E-158 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 106588728 C T - - - - - - 34 0 0 104 7 6.7 63 2 3.2 132 2 1.5 265 15 5.7 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 25 26 35 25 23 24 32 23 2 2 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.179095238 1.089547619 2 1.112086022 1.112086022 1 0.751410256 0.751410256 1 1.600340102 0.800170051 2 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.00000109 1 0.03993132 1 0.141734657 1 1.08E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 110071434 A G FIG4 CCDS5078.1 r.? - - intronic 27 0 0 35 5 14.3 29 4 13.8 66 4 6.1 43 9 20.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 3 2 2 2 3 2 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.361904762 1.361904762 1 1.483870968 1.483870968 1 1.103735043 1.103735043 1 1.060913706 1.060913706 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000000895 1 0.0000134 1 0.000351793 1 9.45E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 110696066 T C - - - - - - 26 0 0 28 7 25 14 0 0 53 0 0 54 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 3 2 2 2 3 2 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.380952381 1.19047619 2 0 0 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 10 NA 1 1 8.44E-11 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 111150990 G A - - - - - - 29 0 0 30 4 13.3 13 2 15.4 24 2 8.3 33 13 39.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 3 2 2 2 3 2 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.266666667 1.266666667 1 1.655913978 1.655913978 1 1.501803419 1.501803419 1 2 1 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.0000154 1 0.001879825 1 0.006413403 1 6.37E-22 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 111781395 C T REV3L CCDS5091.2 r.? - - intronic 42 0 0 130 6 4.6 67 3 4.5 173 14 8.1 241 13 5.4 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 TRUE FALSE 25 24 36 24 22 22 32 22 3 2 4 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.496095238 1.496095238 1 1.473870968 1.473870968 1 4.138615385 1.034653846 4 1.462111675 1.462111675 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 0 NA 0 8 NA 1 1 0.0000549 1 0.004717431 1 4.18E-13 1 4.53E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 111974020 C T - - - - - - 30 0 0 107 8 7.5 60 0 0 182 0 0 249 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 25 24 36 24 22 22 32 22 3 2 4 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.439285714 0.813095238 3 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000000082 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 112378264 C A WISP3 CCDS5097.1 r.? - - intronic 31 0 0 113 5 4.4 59 1 1.7 191 1 0.5 283 8 2.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 3 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 25 24 36 24 22 22 32 22 3 2 4 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.431047619 1.431047619 1 0.556795699 0.556795699 1 0.255470085 0.255470085 1 0.75813198 0.75813198 1 NA NA 1 NA NA 0 0 0 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000280259 1 0.256019138 1 0.616108565 1 0.000107039 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 113081756 A T - - - - - - 30 0 0 70 6 8.6 46 3 6.5 109 7 6.4 141 18 12.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 11 12 24 13 9 10 19 11 2 2 5 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.593047619 1.593047619 1 1.348924731 1.348924731 1 2.502017094 0.834005698 3 2.057746193 1.028873096 2 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.00000156 1 0.001615827 1 0.00000149 1 5.19E-20 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 113939688 C A - - - - - - 33 0 0 63 18 28.6 24 6 25 98 16 16.3 129 39 30.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 11 2 24 2 9 2 19 2 2 0 5 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 5.297809524 1.059561905 5 2.688172043 1.344086022 2 6.372324786 1.062054131 6 1.532994924 0.766497462 2 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 7.98E-27 1 1.95E-09 1 9.83E-20 1 1.92E-57 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 113943974 C G - - - - - - 42 0 0 64 23 35.9 29 9 31 115 41 35.7 115 73 63.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE NA 2 5 2 NA 2 4 2 NA 0 1 0 NA 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1 3.333333333 1.666666667 2 7.173564103 1.793391026 4 3.223350254 1.611675127 2 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1.44E-36 1 1.79E-14 1 8.37E-64 1 4.01E-137 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 113944836 C G - - - - - - 33 0 0 57 17 29.8 27 6 22.2 90 18 20 83 43 51.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 2 5 2 3 2 4 2 1 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 3.434095238 1.144698413 3 2.387096774 1.193548387 2 4.018803419 1.004700855 4 2.629441624 1.314720812 2 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 8.82E-26 1 4.23E-09 1 1.03E-23 1 7.48E-76 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 115760437 G A - - - - - - 27 0 0 37 9 24.3 22 3 13.6 41 11 26.8 40 13 32.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 2 5 2 3 2 4 2 1 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.800285714 0.933428571 3 1.462365591 1.462365591 1 5.385196581 1.346299145 4 1.649746193 0.824873096 2 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 2.14E-13 1 0.000179267 1 1.34E-16 1 1.3E-20 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 116247927 A G - - - - - - 28 0 0 41 7 17.1 27 1 3.7 80 0 0 85 10 11.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA FALSE FALSE 4 2 5 6 3 2 4 4 1 0 1 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.970571429 1.970571429 1 0.397849462 NA 0 0 0 1 1.070984772 1.070984772 1 NA NA 1 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1.51E-09 1 0.126579904 1 1 1 2.17E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 117155067 G C GPRC6A CCDS5112.1 r.? - - upstream 40 0 0 58 13 22.4 24 6 25 80 7 8.8 86 17 19.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 TRUE FALSE 4 2 5 6 3 2 4 4 1 0 1 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.581333333 0.860444444 3 2.688172043 1.344086022 2 1.768273504 1.768273504 1 1.797076142 0.898538071 2 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 0 0 1 8 NA 1 1 3.12E-18 1 1.95E-09 1 0.00000018 1 2.19E-22 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 118620271 G A SLC35F1 CCDS34524.1 r.? - - intronic 38 0 0 41 5 12.2 23 0 0 62 0 0 56 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 2 5 2 3 2 4 2 1 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.405904762 1.405904762 1 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.00000202 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 119062226 G A - - - - - - 24 0 0 36 7 19.4 20 2 10 43 5 11.6 29 7 24.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 2 5 2 3 2 4 2 1 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.235619048 1.117809524 2 1.075268817 1.075268817 1 2.330905983 1.165452991 2 1.223350254 1.223350254 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 5.74E-10 1 0.004473894 1 0.00000257 1 1.11E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 120990444 A G - - - - - - 31 0 0 33 4 12.1 19 2 10.5 65 2 3.1 40 12 30 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 2 5 2 3 2 4 2 1 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.394380952 1.394380952 1 1.129032258 1.129032258 1 0.62291453 0.62291453 1 1.52284264 1.52284264 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.0000228 1 0.004039874 1 0.042252341 1 1.2E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 122476005 C A - - - - - - 33 0 0 25 6 24 17 5 29.4 47 5 10.6 22 8 36.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 2 5 2 3 2 4 2 1 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.765714286 0.921904762 3 3.161290323 1.580645161 2 2.129965812 2.129965812 1 1.847715736 0.923857868 2 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 2.55E-09 1 1.84E-08 1 0.00000402 1 1.17E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 122604878 G A - - - - - - 29 0 0 28 5 17.9 19 1 5.3 57 3 5.3 43 20 46.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 2 5 2 3 2 4 2 1 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.062761905 2.062761905 1 0.569892473 0.569892473 1 1.064982906 1.064982906 1 2.360406091 1.180203046 2 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000000279 1 0.090843738 1 0.002989991 1 8.21E-35 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 126916317 T C - - - - - - 23 0 0 38 4 10.5 27 2 7.4 71 3 4.2 50 2 4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 2 5 2 3 2 4 2 1 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.21 1.21 1 0.795698925 0.795698925 1 0.843948718 0.843948718 1 0.203045685 0.203045685 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.0000403 1 0.00807567 1 0.00554578 1 0.026131524 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 126916372 T G - - - - - - 25 0 0 47 4 8.5 28 2 7.1 74 3 4.1 44 2 4.5 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 2 5 2 3 2 4 2 1 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.97952381 0.97952381 1 0.76344086 0.76344086 1 0.823854701 0.823854701 1 0.228426396 0.228426396 1 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.0000939 1 0.008668191 1 0.006220661 1 0.020580492 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 130294692 C A - - - - - - 26 0 0 36 4 11.1 28 5 17.9 75 2 2.7 49 6 12.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 9 4 2 2 5 2 2 2 4 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.279142857 1.279142857 1 2.282731183 2.282731183 1 0.650538462 0.650538462 1 0.86328934 0.86328934 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.0000324 1 0.000000279 1 0.054571821 1 0.000000182 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 130570912 G T SAMD3 ENST00000368134 r.? - - intronic 31 0 0 50 8 16 26 0 0 67 0 0 64 3 4.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 9 4 2 2 5 2 2 2 4 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.843809524 1.843809524 1 0 0 1 0 0 1 0.33257868 0.33257868 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 1.74E-10 1 1 1 1 1 0.004148608 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 131889037 C T - - - - - - 46 0 0 44 7 15.9 15 3 20 70 3 4.3 63 24 38.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 9 4 2 2 5 2 2 2 4 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.832285714 1.832285714 1 2.550537634 2.550537634 1 1.036042735 1.036042735 1 2.696010152 1.348005076 2 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 2.55E-09 1 0.0000544 1 0.005331097 1 7.74E-39 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 133404501 C T - - - - - - 32 0 0 27 5 18.5 20 0 0 66 0 0 49 7 14.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 9 4 2 2 5 2 2 2 4 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.131904762 2.131904762 1 0 0 1 0 0 1 1.011888325 1.011888325 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.00000023 1 1 1 1 1 5.58E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 133468927 C T - - - - - - 28 0 0 37 8 21.6 11 1 9.1 11 0 0 46 15 32.6 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 9 4 2 2 5 2 2 2 4 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.489142857 1.244571429 2 1.160494624 1.160494624 1 0 0 1 2.306822335 1.153411168 2 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 1.33E-11 1 0.05364542 1 1 1 1.35E-23 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 133607846 G C EYA4 CCDS5166.1 r.? - - intronic 43 0 0 40 6 15 24 0 0 88 0 0 72 11 15.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 9 4 2 2 5 2 2 2 4 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.728571429 1.728571429 1 0 0 1 0 0 1 1.082649746 1.082649746 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 5.18E-08 1 1 1 1 1 1.12E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 133768324 A T EYA4 CCDS5166.1 r.? - - intronic 37 0 0 37 5 13.5 27 2 7.4 73 5 6.8 71 17 23.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 9 4 2 2 5 2 2 2 4 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.555714286 1.555714286 1 0.943698925 0.943698925 1 1.638393162 1.638393162 1 1.69119797 0.845598985 2 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.00000119 1 0.00807567 1 0.0000354 1 6.12E-24 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 134010652 C T - - - - - - 26 0 0 87 6 6.9 49 3 6.1 111 11 9.9 208 26 12.5 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 22 18 18 17 20 16 14 15 2 2 4 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.037142857 2.037142857 1 1.631913978 1.631913978 1 3.276307692 1.092102564 3 2.509517766 0.836505922 3 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.00000558 1 0.001939399 1 1.46E-11 1 5.6E-28 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 135017269 G T - - - - - - 22 0 0 115 10 8.7 50 1 2 68 0 0 179 14 7.8 2 0 0 2 2 100 2 0 0 0 0 NA 2 0 0 FALSE FALSE 22 18 18 17 20 16 14 15 2 2 4 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.568571429 0.856190476 3 0.535053763 0.535053763 1 0 NA 0 1.565939086 1.565939086 1 29.52380952 1.476190476 20 0 NA 0 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 1 1 4.52E-10 0.000025 0.221687443 1 1 1 6.67E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 135101129 C T - - - - - - 40 0 0 94 61 64.9 58 39 67.2 78 31 39.7 182 147 80.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 22 18 18 17 20 16 14 15 2 2 4 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 19.16095238 1.008471178 19 17.97780645 1.123612903 16 13.13832479 1.010640368 13 16.22152284 1.081434856 15 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 9.09E-116 1 1.57E-75 1 1.97E-50 1 1.75E-301 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 135554746 C A - - - - - - 41 0 0 93 7 7.5 43 0 0 107 0 0 203 21 10.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 22 18 18 17 20 16 14 15 2 2 4 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.214285714 1.107142857 2 0 NA 0 0 NA 0 2.06784264 1.03392132 2 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000000508 1 1 1 1 1 3.84E-21 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 136239068 T C PDE7B CCDS5175.1 r.? - - intronic 25 0 0 38 6 15.8 11 1 9.1 60 12 20 48 19 39.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 3 2 2 2 3 2 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.504761905 1.504761905 1 0.978494624 0.978494624 1 3.618803419 1.206267806 3 2.010152284 1.005076142 2 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 3.76E-08 1 0.05364542 1 2.74E-16 1 1.92E-31 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 138553409 C T KIAA1244 CCDS5189.2 r.? - - intronic 32 0 0 37 7 18.9 24 0 0 50 3 6 45 12 26.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 3 2 2 2 3 2 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.8 1.8 1 0 0 1 1.085641026 1.085641026 1 1.355329949 1.355329949 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 7.05E-10 1 1 1 0.002055544 1 6.03E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 141368970 G C - - - - - - 28 0 0 39 6 15.4 17 3 17.6 60 7 11.7 51 9 17.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 3 2 2 2 3 2 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.466666667 1.466666667 1 1.892473118 1.892473118 1 2.117 1.0585 2 0.893401015 0.893401015 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 4.43E-08 1 0.0000807 1 2.39E-08 1 4.92E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 141733948 C A - - - - - - 42 0 0 35 7 20 23 4 17.4 62 0 0 52 14 26.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 3 2 2 2 3 2 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.904761905 1.904761905 1 1.870967742 1.870967742 1 0 0 1 1.365482234 1.365482234 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 4.65E-10 1 0.00000513 1 1 1 9.04E-21 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 142048105 C A - - - - - - 25 0 0 39 7 17.9 21 4 19 63 8 12.7 44 11 25 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 3 2 2 2 3 2 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.704761905 1.704761905 1 2.043010753 2.043010753 1 2.297940171 1.148970085 2 1.269035533 1.269035533 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 1.04E-09 1 0.00000349 1 1.18E-09 1 3.22E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 142328929 C G - - - - - - 24 0 0 32 5 15.6 22 2 9.1 62 2 3.2 45 9 20 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 3 2 2 2 3 2 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.485714286 1.485714286 1 0.978494624 0.978494624 1 0.579008547 0.579008547 1 1.015228426 1.015228426 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000000562 1 0.005403392 1 0.038789653 1 1.47E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 142449573 C T - - - - - - 35 0 0 31 5 16.1 16 3 18.8 69 6 8.7 54 16 29.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 3 2 2 2 3 2 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.533333333 1.533333333 1 2.021505376 2.021505376 1 1.574179487 1.574179487 1 1.502538071 0.751269036 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000000476 1 0.0000667 1 0.00000143 1 2.69E-24 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 142988222 G A - - - - - - 32 0 0 34 6 17.6 19 3 15.8 62 5 8.1 47 4 8.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 3 2 2 2 3 2 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.676190476 1.676190476 1 1.698924731 1.698924731 1 1.465615385 1.465615385 1 0.431472081 0.431472081 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 1.86E-08 1 0.000114071 1 0.000016 1 0.0000939 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 144632801 G A UTRN CCDS34547.1 r.? - - intronic 39 0 0 32 10 31.2 18 5 27.8 67 12 17.9 29 12 41.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 3 2 2 2 3 2 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.971428571 1.485714286 2 2.989247312 1.494623656 2 3.23882906 1.079609687 3 2.101522843 1.050761421 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 5.7E-16 1 2.54E-08 1 1.14E-15 1 1.17E-20 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 145536060 T C - - - - - - 36 0 0 24 6 25 21 5 23.8 82 9 11 47 14 29.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 3 2 2 2 3 2 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.380952381 1.19047619 2 2.559139785 1.279569892 2 1.99034188 0.99517094 2 1.512690355 1.512690355 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 1.95E-09 1 5.95E-08 1 4.12E-10 1 1.79E-21 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 146735820 G C GRM1 CCDS47497.1 r.? - - intronic 33 0 0 27 6 22.2 22 1 4.5 19 0 0 43 0 0 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 3 2 2 2 3 2 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.114285714 1.057142857 2 0.483870968 0.483870968 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 9 NA 1 1 4.23E-09 1 0.104413009 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 148868387 C T SASH1 CCDS5212.1 r.? - - intronic 34 0 0 34 11 32.4 23 7 30.4 66 0 0 38 6 15.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 3 2 2 2 3 2 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 3.085714286 1.542857143 2 3.268817204 1.634408602 2 0 0 1 0.802030457 0.802030457 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 1.26E-17 1 1.79E-11 1 1 1 3.76E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 150995060 C T PLEKHG1 CCDS34552.1 r.? - - intronic 30 0 0 36 6 16.7 24 4 16.7 42 2 4.8 48 8 16.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 3 2 2 2 3 2 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.59047619 1.59047619 1 1.795698925 1.795698925 1 0.868512821 0.868512821 1 0.847715736 0.847715736 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 2.68E-08 1 0.00000613 1 0.018854633 1 1.23E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 151940991 A C C6orf97 CCDS43515.1 r.3946a>c c.? p.? 3'UTR variant 35 0 0 36 6 16.7 22 3 13.6 67 4 6 42 5 11.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 3 2 2 2 3 2 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.59047619 1.59047619 1 1.462365591 1.462365591 1 1.085641026 1.085641026 1 0.604060914 0.604060914 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 2.68E-08 1 0.000179267 1 0.000372648 1 0.00000228 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 153319359 C A MTRF1L CCDS5243.1 r.? - - intronic 25 0 0 24 7 29.2 16 5 31.2 50 9 18 38 16 42.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 3 2 2 2 3 2 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.780952381 1.39047619 2 3.35483871 1.677419355 2 3.256923077 1.085641026 3 2.137055838 1.068527919 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 2.51E-11 1 0.000000013 1 4.07E-12 1 3.06E-27 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 153686535 A C - - - - - - 33 0 0 45 6 13.3 17 2 11.8 78 3 3.8 55 14 25.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 3 2 2 2 3 2 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.266666667 1.266666667 1 1.268817204 1.268817204 1 0.68757265 0.68757265 1 1.294416244 1.294416244 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000000108 1 0.003234386 1 0.007193566 1 2.19E-20 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 154328184 G A OPRM1 CCDS47503.1 r.? - - upstream 37 0 0 36 7 19.4 18 5 27.8 63 2 3.2 46 21 45.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 3 2 2 2 3 2 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.847619048 1.847619048 1 2.989247312 1.494623656 2 0.579008547 0.579008547 1 2.319796954 1.159898477 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 5.74E-10 1 2.54E-08 1 0.03993132 1 2.94E-36 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 162425361 G C PARK2 CCDS5281.1 r.? - - intronic 25 0 0 40 6 15 22 7 31.8 73 7 9.6 67 31 46.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 3 3 2 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.428571429 1.428571429 1 3.737354839 1.245784946 3 1.737025641 1.737025641 1 2.813253807 0.937751269 3 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 5.18E-08 1 1.25E-11 1 9.54E-08 1 4.66E-53 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 162612516 C A PARK2 CCDS5281.1 r.? - - intronic 37 0 0 38 12 31.6 18 1 5.6 53 3 5.7 45 18 40 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 3 3 2 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 3.00952381 1.504761905 2 0.658150538 0.658150538 1 1.031358974 1.031358974 1 2.430456853 0.810152284 3 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 5.86E-19 1 0.086275114 1 0.002429596 1 5.76E-30 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 163403789 G A PACRG CCDS43524.1 r.? - - intronic 34 0 0 32 7 21.9 21 3 14.3 66 6 9.1 61 15 24.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 3 3 2 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.085714286 1.042857143 2 1.680634409 1.680634409 1 1.646555556 1.646555556 1 1.494730964 1.494730964 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 2.36E-10 1 0.000155401 1 0.0000011 1 1.73E-21 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 163990202 G A QKI CCDS5287.1 r.5989g>a c.? p.? 3'UTR variant 37 0 0 26 10 38.5 16 3 18.8 62 6 9.7 58 27 46.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 3 3 2 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 3.666666667 1.833333333 2 2.209505376 2.209505376 1 1.755119658 1.755119658 1 2.831482234 0.943827411 3 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 4.82E-17 1 0.0000667 1 0.000000756 1 1.68E-46 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 164685421 T C - - - - - - 26 0 0 32 4 12.5 14 2 14.3 73 1 1.4 51 4 7.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 3 3 2 2 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.19047619 1.19047619 1 1.537634409 1.537634409 1 0.253316239 0.253316239 1 0.473939086 0.473939086 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.0000201 1 0.002185852 1 0.306438632 1 0.000129466 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 165193298 C T - - - - - - 41 0 0 39 6 15.4 18 2 11.1 61 0 0 44 0 0 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 3 2 2 2 3 2 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.466666667 1.466666667 1 1.193548387 1.193548387 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 9 NA 1 1 4.43E-08 1 0.003626632 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 165442043 T C - - - - - - 28 0 0 42 10 23.8 11 1 9.1 71 1 1.4 34 1 2.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 3 2 2 2 3 2 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.266666667 1.133333333 2 0.978494624 0.978494624 1 0.253316239 0.253316239 1 0.147208122 0.147208122 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 1.24E-14 1 0.05364542 1 0.299450652 1 0.156694864 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 170193151 G A - - - - - - 36 0 0 41 6 14.6 25 2 8 34 2 5.9 38 6 15.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 3 2 2 2 3 2 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.39047619 1.39047619 1 0.860215054 0.860215054 1 1.067547009 1.067547009 1 0.802030457 0.802030457 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 6.05E-08 1 0.006948068 1 0.012612579 1 3.76E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 926367 C T C7orf20 CCDS5317.1 r.? - - intronic 33 0 0 37 6 16.2 8 1 12.5 4 0 0 67 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 1 3 2 2 1 2 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.704857143 1.704857143 1 1.469086022 1.469086022 1 0 NA 0 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 3.18E-08 1 0.039306956 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 1622541 T A - - - - - - 31 0 0 36 8 22.2 23 3 13 32 0 0 48 26 54.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 1 3 2 2 1 2 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.336285714 1.168142857 2 1.527849462 1.527849462 1 0 NA 0 3.293269036 1.646634518 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1.04E-11 1 0.000205387 1 1 1 3.67E-47 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 3838354 G C SDK1 CCDS34590.1 r.? - - intronic 37 0 0 36 4 11.1 13 2 15.4 51 0 0 29 0 0 0 0 NA 0 0 NA 2 1 50 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 1 2 2 2 1 2 1 1 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.168142857 1.168142857 1 1.809913978 1.809913978 1 0 NA 0 0 0 1 NA NA 1 5.876344086 5.876344086 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.0000324 1 0.001879825 0.009975 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 3896215 G C SDK1 CCDS34590.1 r.? - - intronic 22 0 0 37 4 10.8 10 0 0 39 0 0 40 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 1 2 2 2 1 2 1 1 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.136571429 1.136571429 1 0 0 1 0 NA 0 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.0000362 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 5618865 G A - - - - - - 40 0 0 41 9 22 26 4 15.4 12 2 16.7 69 24 34.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 1 2 2 2 1 2 1 1 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.315238095 1.157619048 2 1.809913978 1.809913978 1 2.687700855 2.687700855 1 1.766497462 0.883248731 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 5.92E-13 1 0.00000856 1 0.001595918 1 1.11E-37 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 9746794 G A - - - - - - 34 0 0 51 7 13.7 13 2 15.4 70 6 8.6 44 17 38.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 1 2 2 2 1 2 1 1 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.441761905 1.441761905 1 1.809913978 1.809913978 1 1.38408547 1.38408547 1 1.959390863 0.979695431 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 7.46E-09 1 0.001879825 1 0.00000156 1 4.61E-28 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 9746895 G T - - - - - - 28 0 0 42 6 14.3 29 5 17.2 82 7 8.5 49 21 42.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 1 2 2 2 1 2 1 1 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.504904762 1.504904762 1 2.021462366 2.021462366 1 1.367991453 1.367991453 1 2.177664975 1.088832487 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 7.02E-08 1 0.000000336 1 0.000000214 1 1.63E-35 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 11497237 T C THSD7A CCDS47543.1 r.? - - intronic 30 0 0 30 4 13.3 19 2 10.5 64 3 4.7 34 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 1 2 2 2 1 2 1 1 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.399666667 1.399666667 1 1.234032258 1.234032258 1 0.756418803 0.756418803 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 7 NA 1 1 0.0000154 1 0.004039874 1 0.004148608 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 12181797 G A - - - - - - 41 0 0 45 5 11.1 23 1 4.3 76 4 5.3 51 11 21.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 1 2 2 2 1 2 1 1 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.168142857 1.168142857 1 0.505365591 0.505365591 1 0.852982906 0.852982906 1 1.096446701 1.096446701 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.00000323 1 0.108890944 1 0.00060191 1 1.94E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 12431613 A T VWDE CCDS47544.1 r.? - - intronic 35 0 0 28 5 17.9 15 5 33.3 72 11 15.3 50 21 42 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 1 2 2 2 1 2 1 1 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.883761905 1.883761905 1 3.913645161 1.956822581 2 2.462384615 2.462384615 1 2.131979695 1.065989848 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000000279 1 0.000000009 1 1.12E-13 1 2.79E-35 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 12538275 G T - - - - - - 34 0 0 29 6 20.7 21 2 9.5 60 0 0 44 0 0 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 1 2 2 2 1 2 1 1 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.178428571 1.089214286 2 1.116505376 1.116505376 1 0 NA 0 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 6.72E-09 1 0.004928472 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 12633989 G C SCIN CCDS47545.1 r.? - - intronic 29 0 0 23 4 17.4 18 0 0 40 0 0 38 0 0 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 1 2 2 2 1 2 1 1 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.831142857 1.831142857 1 0 0 1 0 NA 0 0 NA 0 NA NA 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.00000513 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 14172115 T C - - - - - - 35 0 0 30 5 16.7 21 3 14.3 69 3 4.3 58 9 15.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 1 2 2 2 1 2 1 1 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.75747619 1.75747619 1 1.680634409 1.680634409 1 0.692042735 0.692042735 1 0.78680203 0.78680203 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000000401 1 0.000155401 1 0.005121501 1 1.67E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 14259611 G A DGKB CCDS47547.1 r.? - - intronic 31 0 0 28 5 17.9 19 2 10.5 64 0 0 36 9 25 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 1 2 2 2 1 2 1 1 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.883761905 1.883761905 1 1.234032258 1.234032258 1 0 NA 0 1.269035533 1.269035533 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000000279 1 0.004039874 1 1 1 1.63E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 14259613 A T DGKB CCDS47547.1 r.? - - intronic 32 0 0 27 5 18.5 20 2 10 65 0 0 34 8 23.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 1 2 2 2 1 2 1 1 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.946904762 1.946904762 1 1.175268817 1.175268817 1 0 NA 0 1.192893401 1.192893401 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.00000023 1 0.004473894 1 1 1 6.32E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 14259614 A T DGKB CCDS47547.1 r.? - - intronic 30 0 0 28 5 17.9 20 2 10 64 0 0 34 8 23.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 1 2 2 2 1 2 1 1 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.883761905 1.883761905 1 1.175268817 1.175268817 1 0 NA 0 1.192893401 1.192893401 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000000279 1 0.004473894 1 1 1 6.32E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 14998274 C A DGKB ENST00000437998 r.? - - intronic 25 0 0 26 5 19.2 21 3 14.3 64 7 10.9 55 24 43.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 1 2 2 2 1 2 1 1 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.020571429 2.020571429 1 1.680634409 1.680634409 1 1.754247863 1.754247863 1 2.21319797 1.106598985 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000000188 1 0.000155401 1 3.78E-08 1 1.28E-40 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 15033644 A C - - - - - - 42 0 0 36 4 11.1 19 2 10.5 48 4 8.3 44 10 22.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 1 2 2 2 1 2 1 1 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.168142857 1.168142857 1 1.234032258 1.234032258 1 1.335803419 1.335803419 1 1.152284264 1.152284264 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.0000324 1 0.004039874 1 0.000102016 1 2.08E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 17289923 C T - - - - - - 33 0 0 37 7 18.9 19 4 21.1 71 7 9.9 41 15 36.6 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 1 2 2 2 1 2 1 1 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.989 0.9945 2 2.479817204 2.479817204 1 1.593307692 1.593307692 1 1.85786802 0.92893401 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 7.05E-10 1 0.00000228 1 7.85E-08 1 1.71E-24 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 18909981 G T HDAC9 CCDS47554.1 r.? - - intronic 41 0 0 29 4 13.8 13 1 7.7 79 0 0 55 0 0 1 0 0 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 1 2 2 2 1 2 1 1 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.452285714 1.452285714 1 0.904956989 0.904956989 1 0 NA 0 0 0 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.0000134 1 0.063085307 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 20052352 G A - - - - - - 33 0 0 37 6 16.2 21 3 14.3 74 3 4.1 43 9 20.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 1 2 2 2 1 2 1 1 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.704857143 1.704857143 1 1.680634409 1.680634409 1 0.659854701 0.659854701 1 1.060913706 1.060913706 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 3.18E-08 1 0.000155401 1 0.006220661 1 9.45E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 20107045 T A - - - - - - 30 0 0 38 4 10.5 16 2 12.5 63 1 1.6 45 5 11.1 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 1 2 2 2 1 2 1 1 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.105 1.105 1 1.469086022 1.469086022 1 0.257504274 NA 0 0.563451777 0.563451777 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.0000403 1 0.002863359 1 0.27078753 1 0.00000323 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 21581921 A G DNAH11 ENST00000424253 r.? - - upstream 41 0 0 41 12 29.3 18 3 16.7 79 10 12.7 40 12 30 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 1 2 2 2 1 2 1 1 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 3.08347619 1.541738095 2 1.962698925 1.962698925 1 2.043940171 2.043940171 1 1.52284264 1.52284264 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 1.69E-18 1 0.0000964 1 1.03E-11 1 1.2E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 24702814 C T MPP6 CCDS5388.1 r.? - - intronic 41 0 0 52 8 15.4 21 3 14.3 51 3 5.9 41 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 1 2 2 2 1 2 1 1 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.620666667 1.620666667 1 1.680634409 1.680634409 1 0.949547009 0.949547009 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 7 NA 1 1 2.42E-10 1 0.000155401 1 0.002175924 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 24880981 G A OSBPL3 CCDS5390.1 r.? - - intronic 31 0 0 45 13 28.9 13 0 0 42 2 4.8 39 12 30.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 1 2 2 2 1 2 1 1 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 3.041380952 1.520690476 2 0 0 1 0.772512821 0.772512821 1 1.563451777 1.563451777 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 7.68E-20 1 1 1 0.018854633 1 8.43E-19 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 30274676 T C - - - - - - 15 0 0 13 3 23.1 9 0 0 51 0 0 35 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 1 2 2 2 1 2 1 1 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.431 2.431 1 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.0000344 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 30408994 G A ZNRF2 CCDS5426.1 r.? - - downstream 36 0 0 31 10 32.3 33 6 18.2 63 8 12.7 47 22 46.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 1 2 2 2 1 2 1 1 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 3.399190476 1.699595238 2 2.138989247 1.069494624 2 2.043940171 2.043940171 1 2.375634518 1.187817259 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 3.94E-16 1 1.54E-08 1 1.18E-09 1 3.14E-38 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 35391301 C T - - - - - - 32 0 0 27 4 14.8 18 0 0 41 0 0 53 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 1 2 2 2 1 2 1 1 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.55752381 1.55752381 1 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.00001 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 37759805 C A GPR141 CCDS5451.1 r.? - - intronic 31 0 0 35 4 11.4 13 0 0 24 0 0 36 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 1 2 2 2 1 2 1 1 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.199714286 1.199714286 1 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.0000289 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 37900622 G A TXNDC3 CCDS5452.1 r.? - - intronic 23 0 0 42 7 16.7 23 2 8.7 56 0 0 46 0 0 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 1 2 2 2 1 2 1 1 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.75747619 1.75747619 1 1.022483871 1.022483871 1 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1.81E-09 1 0.00589844 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 37988628 G A EPDR1 CCDS5454.1 r.835g>a c.816G>A p.S272S silent 26 0 0 28 5 17.9 21 1 4.8 58 3 5.2 38 9 23.7 504 1 0.2 934 93 10 198 6 3 699 38 5.4 640 80 12.5 TRUE TRUE 3 3 1 2 2 2 1 2 1 1 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.883761905 1.883761905 1 0.564129032 0.564129032 1 0.836888889 0.836888889 1 1.203045685 1.203045685 1 1.052380952 1.052380952 1 0.352580645 0.352580645 1 0.869076923 0.869076923 1 0.634517766 0.634517766 1 8 14 1 0.920047381 0.000000279 2.06E-86 0.099912572 0.000535023 0.003141421 1.22E-26 2.79E-13 1.3E-82 YES 1_1 0_1 1_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b 7 39751884 C T RALA CCDS5460.1 r.? - - downstream 34 0 0 44 6 13.6 20 4 20 58 5 8.6 38 16 42.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 TRUE FALSE 3 3 1 2 2 2 1 2 1 1 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.431238095 1.431238095 1 2.350537634 2.350537634 1 1.38408547 1.38408547 1 2.137055838 1.068527919 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 0 0 1 8 NA 1 1 9.37E-08 1 0.00000284 1 0.0000115 1 3.06E-27 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 40250875 C G C7orf10 ENST00000309930 r.? - - intronic 27 0 0 30 4 13.3 21 5 23.8 59 6 10.2 41 15 36.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 1 2 2 2 1 2 1 1 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.399666667 1.399666667 1 2.797139785 1.398569892 2 1.641589744 1.641589744 1 1.85786802 0.92893401 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.0000154 1 5.95E-08 1 0.000000561 1 1.71E-24 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 40259026 A G C7orf10 ENST00000309930 r.? - - intronic 42 0 0 38 5 13.2 23 4 17.4 71 5 7 48 8 16.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 1 2 2 2 1 2 1 1 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.389142857 1.389142857 1 2.044967742 2.044967742 1 1.126581197 1.126581197 1 0.847715736 0.847715736 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.00000137 1 0.00000513 1 0.0000309 1 1.23E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 42284162 G A - - - - - - 29 0 0 45 5 11.1 24 2 8.3 68 0 0 62 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 1 2 2 2 1 2 1 1 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.168142857 1.168142857 1 0.975473118 0.975473118 1 0 NA 0 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.00000323 1 0.006413403 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 43553810 C G HECW1 CCDS5469.2 r.? - - intronic 32 0 0 30 5 16.7 22 4 18.2 60 3 5 43 10 23.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 1 2 2 2 1 2 1 1 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.75747619 1.75747619 1 2.138989247 2.138989247 1 0.804700855 0.804700855 1 1.182741117 1.182741117 1 NA NA 1 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000000401 1 0.00000425 1 0.003458198 1 1.61E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 45297696 C A - - - - - - 32 0 0 36 4 11.1 27 1 3.7 51 3 5.9 39 9 23.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 1 2 2 2 1 2 1 1 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.168142857 1.168142857 1 0.434849462 0.434849462 1 0.949547009 0.949547009 1 1.172588832 1.172588832 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.0000324 1 0.126579904 1 0.002175924 1 3.62E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 45586574 T C - - - - - - 38 0 0 41 7 17.1 27 2 7.4 82 11 13.4 54 31 57.4 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 1 2 2 2 1 2 1 1 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.799571429 1.799571429 1 0.869698925 0.869698925 1 2.156598291 2.156598291 1 2.913705584 1.456852792 2 NA NA 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 1.51E-09 1 0.00807567 1 4.94E-13 1 4.52E-57 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 45942992 G A - - - - - - 23 0 0 39 5 12.8 21 2 9.5 19 3 15.8 41 7 17.1 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 1 2 2 2 1 2 1 1 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.347047619 1.347047619 1 1.116505376 1.116505376 1 2.542854701 2.542854701 1 0.868020305 0.868020305 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.00000156 1 0.004928472 1 0.000114071 1 1.51E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 46898871 G T - - - - - - 37 0 0 42 4 9.5 21 2 9.5 68 4 5.9 55 14 25.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 1 2 2 2 1 2 1 1 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.999761905 0.999761905 1 1.116505376 1.116505376 1 0.949547009 0.949547009 1 1.294416244 1.294416244 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.0000601 1 0.004928472 1 0.000394372 1 2.19E-20 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 47344545 T C TNS3 CCDS5506.2 r.3074a>g c.2707A>G p.I903V missense 30 0 0 35 8 22.9 13 0 0 19 1 5.3 47 10 21.3 204 0 0 195 22 11.3 97 0 0 185 12 6.5 192 40 20.8 FALSE TRUE 3 3 1 2 2 2 1 2 1 1 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.409952381 1.20497619 2 0 0 1 0.852982906 NA 0 1.081218274 1.081218274 1 1.189190476 1.189190476 1 0 0 1 1.046111111 1.046111111 1 1.055837563 1.055837563 1 NA 14 1 1 8.15E-12 6.5E-23 1 1 0.090843738 2.56E-10 4.27E-14 1.44E-51 YES 1_1 0_0 0_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b 7 47423992 G A TNS3 CCDS5506.2 r.? - - intronic 23 0 0 33 7 21.2 26 3 11.5 22 0 0 37 9 24.3 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 1 2 2 2 1 2 1 1 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.231047619 1.11552381 2 1.35155914 1.35155914 1 0 NA 0 1.233502538 1.233502538 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 2.98E-10 1 0.000298167 1 1 1 2.14E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 51869622 C G - - - - - - 30 0 0 42 6 14.3 20 1 5 73 6 8.2 77 8 10.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 1 4.14618779 2 2 1 2 2 2 0 2 1 1 1 0.85381221 NA NA NA 3 NA NA NA 2 NA NA NA 0.14618779 1.647904762 1.647904762 1 0.637634409 0.637634409 1 1.319709402 1.319709402 1 0.751122312 0.751122312 1 NA NA 1 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 7.02E-08 1 0.09538952 1 0.000002 1 6.05E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 52410624 T C - - - - - - 31 0 0 39 4 10.3 20 2 10 70 1 1.4 63 7 11.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 1 4.14618779 2 2 1 2 2 2 0 2 1 1 1 0.85381221 NA NA NA 3 NA NA NA 2 NA NA NA 0.14618779 1.186952381 1.186952381 1 1.275268817 1.275268817 1 0.225316239 NA 0 0.801678621 0.801678621 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.0000447 1 0.004473894 1 0.295930304 1 3.38E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 52781552 G A - - - - - - 27 0 0 49 7 14.3 19 2 10.5 57 5 8.8 76 28 36.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 1 4.14618779 2 2 1 2 2 2 0 2 1 1 1 0.85381221 NA NA NA 3 NA NA NA 2 NA NA NA 0.14618779 1.647904762 1.647904762 1 1.339032258 1.339032258 1 1.416273504 1.416273504 1 2.657817411 1.23838996 2.14618779 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 5.58E-09 1 0.004039874 1 0.0000105 1 1.47E-44 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 52961166 T A - - - - - - 42 0 0 55 4 7.3 30 2 6.7 102 4 3.9 97 15 15.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 2 100 TRUE FALSE 4 4 1 4.14618779 2 2 1 2 2 2 0 2 1 1 1 0.85381221 NA NA NA 3 NA NA NA 2 NA NA NA 0.14618779 0.841238095 0.841238095 1 0.854430108 0.854430108 1 0.627666667 0.627666667 1 1.119461138 1.119461138 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 7.222329922 3.365190108 2.14618779 8 NA 1 1 0.000173903 1 0.009909649 1 0.001799146 1 3.21E-18 0.000025 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 53186557 C A - - - - - - 26 0 0 34 5 14.7 15 2 13.3 71 5 7 65 6 9.2 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 1 4.14618779 2 2 1 2 2 2 0 2 1 1 1 0.85381221 NA NA NA 3 NA NA NA 2 NA NA NA 0.14618779 1.694 1.694 1 1.696107527 1.696107527 1 1.126581197 1.126581197 1 0.664454353 0.664454353 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000000771 1 0.002513772 1 0.0000309 1 0.000001 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 54152768 C T - - - - - - 42 0 0 53 13 24.5 18 4 22.2 65 3 4.6 69 20 29 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 1 4.14618779 2 2 1 2 2 2 0 2 1 1 1 0.85381221 NA NA NA 3 NA NA NA 2 NA NA NA 0.14618779 2.823333333 1.411666667 2 2.831096774 1.415548387 2 0.740324786 0.740324786 1 2.094475677 0.975905131 2.14618779 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 8.53E-19 1 0.00000181 1 0.004333293 1 8.73E-30 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 54196177 T G - - - - - - 44 0 0 32 7 21.9 22 5 22.7 72 10 13.9 61 18 29.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 1 6 2 2 1 4 2 2 0 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.523714286 1.261857143 2 2.894860215 1.447430108 2 2.237068376 2.237068376 1 2.677461929 0.89248731 3 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 2.36E-10 1 7.67E-08 1 3.95E-12 1 4.08E-27 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 54375600 A G - - - - - - 36 0 0 46 8 17.4 26 2 7.7 80 1 1.2 75 17 22.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 1 6 2 2 1 4 2 2 0 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.005142857 1.002571429 2 0.981956989 0.981956989 1 0.193128205 NA 0 2.060284264 1.030142132 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 8.61E-11 1 0.007502227 1 0.33035218 1 1.72E-23 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 54688937 C A - - - - - - 28 0 0 44 4 9.1 30 2 6.7 78 1 1.3 87 9 10.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 1 6 2 2 1 4 2 2 0 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.048666667 1.048666667 1 0.854430108 0.854430108 1 0.209222222 NA 0 0.93484264 0.93484264 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.0000723 1 0.009909649 1 0.323605141 1 7.05E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 55659918 T C - - - - - - 23 0 0 34 8 23.5 26 2 7.7 35 3 8.6 62 22 35.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 1 4 2 2 1 2 2 2 0 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.708095238 1.354047619 2 0.981956989 0.981956989 1 1.38408547 1.38408547 1 2.512030457 1.256015228 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 6.32E-12 1 0.007502227 1 0.000725791 1 6.75E-35 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 57853007 C T - - - - - - 44 0 0 47 6 12.8 31 4 12.9 87 5 5.7 67 14 20.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.475047619 1.475047619 1 1.645096774 1.645096774 1 1.088358974 1.088358974 1 1.478913706 1.478913706 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000000141 1 0.0000177 1 0.0000821 1 4.66E-19 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 62547062 T C - - - - - - 31 0 0 34 4 11.8 19 4 21.1 67 11 16.4 66 20 30.3 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.359809524 1.359809524 1 2.690817204 1.345408602 2 3.131418803 1.565709402 2 2.144071066 1.072035533 2 NA NA 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.0000257 1 0.00000228 1 4.85E-14 1 3.11E-30 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 62694707 A T - - - - - - 31 0 0 34 5 14.7 23 0 0 35 6 17.1 51 9 17.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.694 1.694 1 0 0 1 3.265076923 1.632538462 2 1.245401015 1.245401015 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000000771 1 1 1 2.24E-08 1 4.92E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 62935311 C A - - - - - - 37 0 0 38 5 13.2 18 3 16.7 78 0 0 66 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.521142857 1.521142857 1 2.129698925 2.129698925 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 9 NA 1 1 0.00000137 1 0.0000964 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 63257954 C A - - - - - - 37 0 0 35 6 17.1 19 2 10.5 59 8 13.6 49 18 36.7 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.970571429 1.970571429 1 1.339032258 1.339032258 1 2.596786325 1.298393162 2 2.596944162 1.298472081 2 NA NA 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 2.24E-08 1 0.004039874 1 6.9E-10 1 3.8E-29 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 66364226 T C - - - - - - 28 0 0 49 4 8.2 20 0 0 76 1 1.3 43 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.944952381 0.944952381 1 0 0 1 0.248222222 0.248222222 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 10 NA 1 1 0.000110643 1 1 1 0.316790122 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 67992523 C A - - - - - - 31 0 0 41 6 14.6 26 3 11.5 44 0 0 64 9 14.1 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.68247619 1.68247619 1 1.46655914 1.46655914 1 0 0 1 0.997736041 0.997736041 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 6.05E-08 1 0.000298167 1 1 1 4.2E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 68934443 G T - - - - - - 26 0 0 51 4 7.8 32 0 0 68 1 1.5 64 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.898857143 0.898857143 1 0 0 1 0.286410256 0.286410256 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 10 NA 1 1 0.000129466 1 1 1 0.288836448 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 69407367 G C AUTS2 CCDS5539.1 r.? - - intronic 32 0 0 40 4 10 21 3 14.3 77 0 0 77 7 9.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.152380952 1.152380952 1 1.823634409 1.823634409 1 0 0 1 0.643928934 0.643928934 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.0000495 1 0.000155401 1 1 1 0.000000138 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 69816193 C T AUTS2 CCDS5539.1 r.? - - intronic 21 0 0 48 10 20.8 29 4 13.8 31 3 9.7 58 14 24.1 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.396952381 1.19847619 2 1.759870968 1.759870968 1 1.852119658 1.852119658 1 1.705350254 0.852675127 2 NA NA 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 5.37E-14 1 0.0000134 1 0.000505952 1 5.04E-20 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 70526938 G A - - - - - - 31 0 0 35 7 20 18 3 16.7 53 6 11.3 72 29 40.3 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.304761905 1.152380952 2 2.129698925 2.129698925 1 2.157623932 1.078811966 2 2.851685279 1.42584264 2 NA NA 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 4.65E-10 1 0.0000964 1 0.000000293 1 1.73E-47 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 71594559 A G CALN1 CCDS47603.1 r.? - - intronic 32 0 0 39 5 12.8 18 1 5.6 66 4 6.1 60 6 10 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.475047619 1.475047619 1 0.714150538 0.714150538 1 1.164735043 1.164735043 1 0.707614213 0.707614213 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.00000156 1 0.086275114 1 0.000351793 1 0.000000621 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 74191553 G C NCF1 CCDS34657.1 r.? - - intronic 23 0 0 27 4 14.8 11 3 27.3 16 3 18.8 42 9 21.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.70552381 1.70552381 1 3.481483871 1.740741935 2 3.589675214 1.794837607 2 1.514294416 1.514294416 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.00001 1 0.00002 1 0.0000667 1 7.51E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 76354906 C G - - - - - - 25 0 0 33 5 15.2 15 4 26.7 55 7 12.7 52 13 25 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.751619048 1.751619048 1 3.404967742 1.702483871 2 2.424940171 1.212470085 2 1.769035533 0.884517766 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.00000066 1 0.000000816 1 1.28E-08 1 6.47E-19 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 77894135 A G MAGI2 CCDS5594.1 r.? - - intronic 34 0 0 48 8 16.7 25 4 16 69 7 10.1 68 18 26.5 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.92447619 0.962238095 2 2.040430108 2.040430108 1 1.928495726 1.928495726 1 1.875177665 0.937588832 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 1.23E-10 1 0.00000727 1 6.43E-08 1 3.83E-26 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 78272434 A T MAGI2 CCDS5594.1 r.? - - intronic 31 0 0 34 4 11.8 23 4 17.4 69 5 7.2 82 9 11 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.359809524 1.359809524 1 2.218967742 2.218967742 1 1.374769231 1.374769231 1 0.778375635 0.778375635 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.0000257 1 0.00000513 1 0.0000269 1 4.12E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 79227805 G A - - - - - - 36 0 0 38 6 15.8 25 1 4 56 2 3.6 60 9 15 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.820761905 1.820761905 1 0.510107527 0.510107527 1 0.687384615 0.687384615 1 1.06142132 1.06142132 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 3.76E-08 1 0.117779757 1 0.032213353 1 2.29E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 79882469 C G - - - - - - 29 0 0 50 11 22 22 3 13.6 52 4 7.7 75 9 12 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.535238095 1.267619048 2 1.734365591 1.734365591 1 1.470239316 1.470239316 1 0.849137056 0.849137056 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 1.52E-15 1 0.000179267 1 0.000139698 1 1.82E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 79893372 G A - - - - - - 37 0 0 36 5 13.9 23 3 13 79 8 10.1 70 14 20 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.601809524 1.601809524 1 1.657849462 1.657849462 1 1.928495726 0.964247863 2 1.415228426 1.415228426 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.00000104 1 0.000205387 1 7.43E-09 1 9.08E-19 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 80230152 A C CD36 CCDS34673.1 r.? - - intronic 34 0 0 56 7 12.5 27 2 7.4 88 6 6.8 71 10 14.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.44047619 1.44047619 1 0.943698925 0.943698925 1 1.298393162 1.298393162 1 0.997736041 0.997736041 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 1.46E-08 1 0.00807567 1 0.00000596 1 3.42E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 82104895 G A - - - - - - 26 0 0 53 5 9.4 20 2 10 33 1 3 52 11 21.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.083238095 1.083238095 1 1.275268817 1.275268817 1 0.572820513 0.572820513 1 1.500142132 1.500142132 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.00000734 1 0.004473894 1 0.15245715 1 2.44E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 82599022 G T PCLO CCDS47630.1 r.? - - intronic 33 0 0 43 9 20.9 27 2 7.4 87 1 1.1 72 20 27.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.40847619 1.204238095 2 0.943698925 0.943698925 1 0.210034188 0.210034188 1 1.967167513 0.983583756 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 9.45E-13 1 0.00807567 1 0.353441203 1 2.32E-29 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 82846973 G A - - - - - - 33 0 0 34 5 14.7 27 7 25.9 80 6 7.5 71 23 32.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.694 1.694 1 3.302946237 1.651473118 2 1.432051282 1.432051282 1 2.292670051 1.146335025 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000000771 1 6.36E-11 1 0.00000342 1 2.51E-35 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 83507974 C T - - - - - - 41 0 0 48 7 14.6 27 1 3.7 83 5 6 73 4 5.5 101 0 0 57 2 3.5 37 8 21.6 121 4 3.3 105 18 17.1 TRUE TRUE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.68247619 1.68247619 1 0.471849462 0.471849462 1 1.145641026 1.145641026 1 0.389187817 0.389187817 1 0.403333333 0.403333333 1 2.754580645 1.377290323 2 0.630102564 0.630102564 1 1.210020305 1.210020305 1 8 6 1 1 4.81E-09 0.03327602 0.126579904 1.33E-11 0.0000656 0.003337749 0.000516741 2.02E-22 YES 1_1 0_1 1_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b 7 84146055 T A - - - - - - 31 0 0 40 9 22.5 23 3 13 69 10 14.5 51 18 35.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.592857143 1.296428571 2 1.657849462 1.657849462 1 2.768632479 1.384316239 2 2.497878173 1.248939086 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 4.64E-13 1 0.000205387 1 2.54E-12 1 9.1E-29 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 84387933 A C - - - - - - 27 0 0 34 5 14.7 19 3 15.8 85 4 4.7 68 13 19.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.694 1.694 1 2.014924731 2.014924731 1 0.897418803 0.897418803 1 1.351543147 1.351543147 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000000771 1 0.000114071 1 0.000916711 1 2.96E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 84600167 C T - - - - - - 32 0 0 47 6 12.8 27 0 0 56 0 0 67 0 0 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.475047619 1.475047619 1 0 0 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 10 NA 1 1 0.000000141 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 84984594 C T - - - - - - 33 0 0 41 5 12.2 18 1 5.6 58 6 10.3 62 14 22.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.405904762 1.405904762 1 0.714150538 0.714150538 1 1.966683761 1.966683761 1 1.599208122 0.799604061 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.00000202 1 0.086275114 1 0.000000506 1 1.42E-19 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 85234451 A G - - - - - - 39 0 0 40 8 20 31 6 19.4 75 10 13.3 66 14 21.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.304761905 1.152380952 2 2.474021505 1.237010753 2 2.539504274 1.269752137 2 1.500142132 1.500142132 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 2.61E-11 1 1.03E-08 1 6.02E-12 1 3.71E-19 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 85245549 G A - - - - - - 35 0 0 28 4 14.3 21 5 23.8 65 10 15.4 64 18 28.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.647904762 1.647904762 1 3.035139785 1.517569892 2 2.940478632 1.470239316 2 1.988395939 0.99419797 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.0000116 1 5.95E-08 1 1.36E-12 1 1.1E-26 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 85251214 T A - - - - - - 34 0 0 39 5 12.8 32 3 9.4 76 0 0 66 7 10.6 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.475047619 1.475047619 1 1.198752688 1.198752688 1 0 0 1 0.750071066 0.750071066 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.00000156 1 0.000556213 1 1 1 0.000000047 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 85714233 C G - - - - - - 23 0 0 46 9 19.6 27 2 7.4 84 8 9.5 55 11 20 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.258666667 1.129333333 2 0.943698925 0.943698925 1 1.813931624 1.813931624 1 1.415228426 1.415228426 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 1.82E-12 1 0.00807567 1 1.21E-08 1 4.77E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 86289232 C A GRM3 CCDS5600.1 r.? - - intronic 30 0 0 46 7 15.2 29 2 6.9 84 0 0 65 9 13.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.751619048 1.751619048 1 0.879935484 0.879935484 1 0 0 1 0.976507614 0.976507614 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 3.53E-09 1 0.009279585 1 1 1 4.85E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 87370098 G T RUNDC3B CCDS5609.1 r.? - - intronic 38 0 0 41 4 9.8 20 2 10 48 0 0 57 9 15.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.129333333 1.129333333 1 1.275268817 1.275268817 1 0 0 1 1.118030457 1.118030457 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.0000546 1 0.004473894 1 1 1 1.42E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 87527187 G A DBF4 CCDS5611.1 r.? - - intronic 25 0 0 37 5 13.5 21 2 9.5 38 5 13.2 64 22 34.4 0 0 NA 0 0 NA 4 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.555714286 1.555714286 1 1.211505376 1.211505376 1 2.520410256 1.260205128 2 2.434192893 1.217096447 2 NA NA 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.00000119 1 0.004928472 1 0.00000137 1 1.57E-34 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 88276274 G T - - - - - - 32 0 0 39 5 12.8 25 2 8 69 0 0 62 2 3.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.475047619 1.475047619 1 1.020215054 1.020215054 1 0 0 1 0.226436548 0.226436548 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.00000156 1 0.006948068 1 1 1 0.038789653 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 88733381 C A ZNF804B CCDS5613.1 r.? - - intronic 32 0 0 51 8 15.7 17 2 11.8 82 9 11 71 28 39.4 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.809238095 1.809238095 1 1.504817204 1.504817204 1 2.10034188 1.05017094 2 2.788 1.394 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 2.05E-10 1 0.003234386 1 4.12E-10 1 1.4E-45 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 88842636 T A ZNF804B CCDS5613.1 r.? - - intronic 34 0 0 43 4 9.3 18 3 16.7 74 3 4.1 64 7 10.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.071714286 1.071714286 1 2.129698925 2.129698925 1 0.782854701 0.782854701 1 0.771299492 0.771299492 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000066 1 0.0000964 1 0.006220661 1 3.78E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 89216707 C G - - - - - - 35 0 0 37 5 13.5 26 5 19.2 73 1 1.4 64 10 15.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.555714286 1.555714286 1 2.448516129 1.224258065 2 0.267316239 0.267316239 1 1.103878173 1.103878173 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.00000119 1 0.000000188 1 0.306438632 1 1.16E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 89354803 C G - - - - - - 25 0 0 30 5 16.7 22 4 18.2 69 0 0 70 7 10 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.92447619 1.92447619 1 2.320989247 2.320989247 1 0 0 1 0.707614213 0.707614213 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.000000401 1 0.00000425 1 1 1 7.11E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 89986278 T C GTPBP10 CCDS5617.1 r.? - - intronic 37 0 0 49 6 12.2 28 4 14.3 70 2 2.9 58 15 25.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.405904762 1.405904762 1 1.823634409 1.823634409 1 0.553726496 0.553726496 1 1.832720812 0.916360406 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000000182 1 0.0000116 1 0.048267597 1 7.42E-22 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 90128871 T G CDK14 ENST00000449528 r.? - - intronic 28 0 0 45 9 20 25 2 8 55 0 0 73 6 8.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.304761905 1.152380952 2 1.020215054 1.020215054 1 0 0 1 0.580243655 0.580243655 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 1.47E-12 1 0.006948068 1 1 1 0.000002 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 90438170 C G CDK14 CCDS5619.1 r.? - - intronic 35 0 0 47 4 8.5 22 0 0 68 5 7.4 76 11 14.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.97952381 0.97952381 1 0 0 1 1.412957265 1.412957265 1 1.026040609 1.026040609 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.0000939 1 1 1 0.0000251 1 2.08E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 92791660 A G - - - - - - 40 0 0 34 8 23.5 27 3 11.1 68 1 1.5 85 20 23.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.708095238 1.354047619 2 1.415548387 1.415548387 1 0.286410256 0.286410256 1 1.662893401 0.831446701 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 6.32E-12 1 0.000334187 1 0.288836448 1 9.82E-28 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 94386616 C T - - - - - - 32 0 0 29 6 20.7 33 6 18.2 46 8 17.4 58 15 25.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.385428571 1.192714286 2 2.320989247 1.160494624 2 3.322358974 1.661179487 2 1.832720812 0.916360406 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 6.72E-09 1 1.54E-08 1 8.61E-11 1 7.42E-22 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 94776397 C T PPP1R9A CCDS34683.1 r.? - - intronic 32 0 0 39 6 15.4 20 4 20 83 4 4.8 71 27 38 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.774666667 1.774666667 1 2.550537634 2.550537634 1 0.916512821 0.916512821 1 2.68893401 1.344467005 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 4.43E-08 1 0.00000284 1 0.000838577 1 1.77E-43 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 96350109 C A - - - - - - 33 0 0 30 5 16.7 24 3 12.5 53 3 5.7 66 19 28.8 0 0 NA 2 2 100 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.92447619 1.92447619 1 1.594086022 1.594086022 1 1.088358974 1.088358974 1 2.037928934 1.018964467 2 11.52380952 5.761904762 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000000401 0.000025 0.000233853 1 0.002429596 1 2.64E-28 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 97403815 A T - - - - - - 32 0 0 53 7 13.2 22 1 4.5 84 9 10.7 89 7 7.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.521142857 1.521142857 1 0.573870968 0.573870968 1 2.043059829 1.021529915 2 0.559015228 0.559015228 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 9.85E-09 1 0.104413009 1 5.13E-10 1 0.000000376 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 99342893 G A - - - - - - 38 0 0 44 10 22.7 23 7 30.4 79 6 7.6 57 16 28.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.615904762 1.307952381 2 3.876817204 1.938408602 2 1.451145299 1.451145299 1 1.988395939 0.99419797 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 2.08E-14 1 1.79E-11 1 0.00000318 1 7.28E-24 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 99574488 C T AZGP1 CCDS5680.1 r.? - - upstream 27 0 0 39 6 15.4 28 1 3.6 42 3 7.1 67 5 7.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.774666667 1.774666667 1 0.459096774 0.459096774 1 1.355675214 1.355675214 1 0.53071066 0.53071066 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 4.43E-08 1 0.130947004 1 0.001240292 1 0.0000233 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 99585949 G A - - - - - - 24 0 0 44 8 18.2 16 4 25 26 5 19.2 61 20 32.8 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.097333333 1.048666667 2 3.188172043 1.594086022 2 3.666051282 1.833025641 2 2.320974619 1.16048731 2 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 5.9E-11 1 0.00000108 1 0.000000188 1 4.89E-31 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 102726685 C G ARMC10 CCDS5728.1 r.? - - intronic 32 0 0 39 5 12.8 27 3 11.1 62 5 8.1 85 5 5.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.475047619 1.475047619 1 1.415548387 1.415548387 1 1.546615385 1.546615385 1 0.417492386 0.417492386 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.00000156 1 0.000334187 1 0.000016 1 0.0000735 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 102884134 A C - - - - - - 27 0 0 31 3 9.7 20 0 0 22 0 0 76 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.117809524 1.117809524 1 0 0 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 10 NA 1 1 0.000505952 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 102970159 T G DNAJC2 CCDS43628.1 r.? - - intronic 41 0 0 41 12 29.3 27 3 11.1 55 6 10.9 65 17 26.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 3.37647619 1.688238095 2 1.415548387 1.415548387 1 2.081247863 2.081247863 1 1.853949239 0.926974619 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 1.69E-18 1 0.000334187 1 0.000000367 1 1.14E-24 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 103183756 T G RELN CCDS47680.1 r.? - - intronic 27 0 0 45 8 17.8 30 3 10 56 5 8.9 65 16 24.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.051238095 1.025619048 2 1.275268817 1.275268817 1 1.699367521 1.699367521 1 1.740730964 0.870365482 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 7.14E-11 1 0.000458697 1 0.00000965 1 7.85E-23 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 103450110 G A RELN CCDS47680.1 r.? - - intronic 35 0 0 45 9 20 30 5 16.7 81 8 9.9 70 22 31.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.304761905 1.152380952 2 2.129698925 2.129698925 1 1.890307692 1.890307692 1 2.221908629 1.110954315 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 1.47E-12 1 0.000000401 1 9.08E-09 1 1.63E-33 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 104100947 C T LHFPL3 ENST00000424859 r.? - - intronic 36 0 0 35 9 25.7 34 3 8.8 65 8 12.3 62 17 27.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.961619048 1.480809524 2 1.122236559 1.122236559 1 2.348564103 1.174282051 2 1.938862944 0.969431472 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 1.23E-13 1 0.000666058 1 1.53E-09 1 4.56E-25 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 105178311 G A RINT1 CCDS34726.1 r.? - - intronic 32 0 0 36 8 22.2 28 7 25 21 2 9.5 74 21 28.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.558285714 1.279142857 2 3.188172043 1.594086022 2 1.813931624 1.813931624 1 2.009624365 1.004812183 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 1.04E-11 1 8.44E-11 1 0.004928472 1 5.6E-31 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 106328867 G A - - - - - - 35 0 0 51 5 9.8 24 3 12.5 72 2 2.8 82 13 15.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.129333333 1.129333333 1 1.594086022 1.594086022 1 0.534632479 0.534632479 1 1.125106599 1.125106599 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.00000606 1 0.000233853 1 0.050755634 1 3.95E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 106328868 A T - - - - - - 34 0 0 53 5 9.4 24 3 12.5 72 2 2.8 82 13 15.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.083238095 1.083238095 1 1.594086022 1.594086022 1 0.534632479 0.534632479 1 1.125106599 1.125106599 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.00000734 1 0.000233853 1 0.050755634 1 3.95E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 107248645 T A BCAP29 CCDS34731.1 r.? - - intronic 18 0 0 27 4 14.8 12 0 0 33 0 0 42 3 7.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.70552381 1.70552381 1 0 0 1 0 0 1 0.502406091 0.502406091 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.00001 1 1 1 1 1 0.001240292 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 108263638 G A - - - - - - 38 0 0 37 5 13.5 19 0 0 73 1 1.4 68 9 13.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.555714286 1.555714286 1 0 0 1 0.267316239 0.267316239 1 0.934050761 0.934050761 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.00000119 1 1 1 0.306438632 1 7.38E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 108569813 T A - - - - - - 34 0 0 37 4 10.8 25 0 0 77 0 0 56 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.244571429 1.244571429 1 0 0 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 10 NA 1 1 0.0000362 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 108828031 T A - - - - - - 31 0 0 35 7 20 26 4 15.4 58 1 1.7 60 9 15 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.304761905 1.152380952 2 1.963913978 1.963913978 1 0.324598291 0.324598291 1 1.06142132 1.06142132 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 4.65E-10 1 0.00000856 1 0.252280541 1 2.29E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 109584047 T C - - - - - - 28 0 0 39 5 12.8 33 5 15.2 67 0 0 69 0 0 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.475047619 1.475047619 1 1.938408602 1.938408602 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 9 NA 1 1 0.00000156 1 0.00000066 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 109642661 A C - - - - - - 39 0 0 44 5 11.4 25 2 8 72 5 6.9 63 15 23.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.313714286 1.313714286 1 1.020215054 1.020215054 1 1.317487179 1.317487179 1 1.684121827 0.842060914 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.00000288 1 0.006948068 1 0.0000331 1 2.97E-21 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 111603246 C G DOCK4 CCDS47688.1 r.? - - intronic 29 0 0 39 7 17.9 16 0 0 39 0 0 48 0 0 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.062761905 1.031380952 2 0 0 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 10 NA 1 1 1.04E-09 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 113270078 G C - - - - - - 28 0 0 37 6 16.2 16 1 6.2 68 0 0 58 11 19 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.866857143 1.866857143 1 0.790666667 0.790666667 1 0 0 1 1.344467005 1.344467005 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 3.18E-08 1 0.077068876 1 1 1 8.96E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 113833225 A G FOXP2 ENST00000484307 r.? - - intronic 38 0 0 37 7 18.9 26 5 19.2 73 5 6.8 69 22 31.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.178 1.089 2 2.448516129 1.224258065 2 1.298393162 1.298393162 1 2.25728934 1.12864467 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 7.05E-10 1 0.000000188 1 0.0000354 1 1.12E-33 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 114581926 G A MDFIC CCDS34737.1 r.? - - intronic 21 0 0 50 7 14 31 5 16.1 88 5 5.7 89 18 20.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 TRUE FALSE 6 7 12 9 4 5 8 7 2 2 4 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.893333333 1.893333333 1 2.536182796 0.845394265 3 1.544358974 1.544358974 1 2.439380711 0.813126904 3 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 0 NA 0 8 NA 1 1 6.46E-09 1 0.000000476 1 0.0000867 1 8.26E-24 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 116000125 C T - - - - - - 43 0 0 45 19 42.2 28 9 32.1 78 20 25.6 96 59 61.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 7 12 9 4 5 8 7 2 2 4 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 5.707047619 1.426761905 4 5.056612903 1.011322581 5 6.936068376 0.990866911 7 7.426827411 1.060975344 7 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 4.11E-32 1 1.24E-14 1 1.43E-28 1 7.51E-110 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 116919776 C T WNT2 CCDS5771.1 r.? - - intronic 29 0 0 42 7 16.7 29 5 17.2 80 5 6.2 109 16 14.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 7 12 9 4 5 8 7 2 2 4 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.25847619 1.129238095 2 2.709462366 0.903154122 3 1.67982906 1.67982906 1 1.775192893 0.887596447 2 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 1.81E-09 1 0.000000336 1 0.000055 1 5.87E-19 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 118019028 A T - - - - - - 29 0 0 49 6 12.2 30 1 3.3 83 4 4.8 85 7 8.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 7 12 6.647851422 4 5 8 4 2 2 4 2 1 1 1 0.352148578 NA NA NA 5 NA NA NA 2 NA NA NA 0.647851422 1.649904762 1.649904762 1 0.51983871 0.51983871 1 1.300512821 1.300512821 1 0.797367471 0.797367471 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000000182 1 0.139615808 1 0.000838577 1 0.000000274 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 118094499 G C - - - - - - 29 0 0 47 4 8.5 23 2 8.7 85 1 1.2 77 8 10.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 7 12 6.647851422 4 5 8 4 2 2 4 2 1 1 1 0.352148578 NA NA NA 5 NA NA NA 2 NA NA NA 0.647851422 1.14952381 1.14952381 1 1.370483871 1.370483871 1 0.325128205 0.325128205 1 1.01129533 1.01129533 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.0000939 1 0.00589844 1 0.346926798 1 6.05E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 118416138 C G - - - - - - 36 0 0 45 6 13.3 37 5 13.5 73 5 6.8 88 22 25 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 7 12 6.647851422 4 5 8 4 2 2 4 2 1 1 1 0.352148578 NA NA NA 5 NA NA NA 2 NA NA NA 0.647851422 1.798666667 1.798666667 1 2.126612903 2.126612903 1 1.842393162 1.842393162 1 2.430998389 0.918102265 2.647851422 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000000108 1 0.00000119 1 0.0000354 1 5.27E-31 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 118519606 G A - - - - - - 34 0 0 46 11 23.9 24 0 0 77 4 5.2 99 11 11.1 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 1 0 0 TRUE FALSE 6 7 12 6.647851422 4 5 8 4 2 2 4 2 1 1 1 0.352148578 NA NA NA 5 NA NA NA 2 NA NA NA 0.647851422 3.232190476 1.077396825 3 0 0 1 1.408888889 1.408888889 1 1.079363285 1.079363285 1 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 1 0 NA 0 8 NA 1 1 5.55E-16 1 1 1 0.000632383 1 4.11E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 118538384 G C - - - - - - 32 0 0 44 4 9.1 30 0 0 66 0 0 80 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 7 12 6.647851422 4 5 8 4 2 2 4 2 1 1 1 0.352148578 NA NA NA 5 NA NA NA 2 NA NA NA 0.647851422 1.230666667 1.230666667 1 0 0 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 10 NA 1 1 0.0000723 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 118660649 T A - - - - - - 36 0 0 56 11 19.6 26 5 19.2 79 8 10.1 83 14 16.9 572 0 0 1085 134 12.4 422 197 46.7 1108 91 8.2 1346 249 18.5 TRUE TRUE 6 7 12 6.647851422 4 5 8 4 2 2 4 2 1 1 1 0.352148578 NA NA NA 5 NA NA NA 2 NA NA NA 0.647851422 2.650666667 0.883555556 3 3.024516129 1.008172043 3 2.736495726 0.912165242 3 1.643354911 0.997271288 1.647851422 1.676952381 0.83847619 2 7.356505376 1.471301075 5 2.221709402 1.110854701 2 1.798938808 1.091687505 1.647851422 8 16 1 1 5.91E-15 2.15E-136 0.000000188 0 7.43E-09 4.88E-77 1.17E-17 1.11E-297 YES 1_1 1_1 1_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b 7 118709587 G C - - - - - - 32 0 0 53 5 9.4 24 1 4.2 90 0 0 99 8 8.1 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 7 12 6.647851422 4 5 8 4 2 2 4 2 1 1 1 0.352148578 NA NA NA 5 NA NA NA 2 NA NA NA 0.647851422 1.271238095 1.271238095 1 0.661612903 0.661612903 1 0 0 1 0.787643478 0.787643478 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.00000734 1 0.113346489 1 1 1 4.46E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 119071350 C T - - - - - - 37 0 0 54 6 11.1 35 2 5.7 92 10 10.9 94 14 14.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 7 12 6.647851422 4 5 8 4 2 2 4 2 1 1 1 0.352148578 NA NA NA 5 NA NA NA 2 NA NA NA 0.647851422 1.501142857 1.501142857 1 0.897903226 0.897903226 1 2.953247863 0.984415954 3 1.44887504 1.44887504 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000000329 1 0.013332991 1 4.85E-11 1 7.32E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 119211952 C G - - - - - - 32 0 0 55 5 9.1 28 2 7.1 72 5 6.9 78 15 19.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 7 12 6.647851422 4 5 8 4 2 2 4 2 1 1 1 0.352148578 NA NA NA 5 NA NA NA 2 NA NA NA 0.647851422 1.230666667 1.230666667 1 1.11844086 1.11844086 1 1.869487179 1.869487179 1 1.867006762 0.933503381 2 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.00000883 1 0.008668191 1 0.0000331 1 9.92E-20 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 119241198 C A - - - - - - 31 0 0 46 6 13 22 3 13.6 77 4 5.2 74 14 18.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 6 7 12 6.647851422 4 5 8 4 2 2 4 2 1 1 1 0.352148578 NA NA NA 5 NA NA NA 2 NA NA NA 0.647851422 1.758095238 1.758095238 1 2.142365591 2.142365591 1 1.408888889 1.408888889 1 1.837834782 0.918917391 2 NA NA 0 NA NA 0 0 0 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000000123 1 0.000179267 1 0.000632383 1 2.1E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 119364472 G T - - - - - - 26 0 0 39 4 10.3 28 0 0 42 0 0 85 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 7 12 6.647851422 4 5 8 4 2 2 4 2 1 1 1 0.352148578 NA NA NA 5 NA NA NA 2 NA NA NA 0.647851422 1.392952381 1.392952381 1 0 0 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 10 NA 1 1 0.0000447 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 119447831 A G - - - - - - 60 0 0 39 5 12.8 32 0 0 70 0 0 76 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 7 12 6.647851422 4 5 8 4 2 2 4 2 1 1 1 0.352148578 NA NA NA 5 NA NA NA 2 NA NA NA 0.647851422 1.731047619 1.731047619 1 0 0 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 10 NA 1 1 0.00000156 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 119635244 A G - - - - - - 38 0 0 58 7 12.1 40 6 15 78 6 7.7 92 22 23.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 6 7 12 6.647851422 4 5 8 4 2 2 4 2 1 1 1 0.352148578 NA NA NA 5 NA NA NA 2 NA NA NA 0.647851422 1.636380952 1.636380952 1 2.362903226 1.181451613 2 2.086239316 2.086239316 1 2.324034459 0.877705765 2.647851422 NA NA 0 NA NA 0 0 0 1 NA NA 0 8 NA 1 1 1.88E-08 1 5.18E-08 1 0.00000295 1 1.57E-30 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 119712711 G A - - - - - - 40 0 0 48 8 16.7 27 2 7.4 90 1 1.1 97 15 15.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 7 12 6.647851422 4 5 8 4 2 2 4 2 1 1 1 0.352148578 NA NA NA 5 NA NA NA 2 NA NA NA 0.647851422 2.25847619 1.129238095 2 1.165698925 1.165698925 1 0.298034188 0.298034188 1 1.507219001 1.507219001 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 1.23E-10 1 0.00807567 1 0.363091174 1 3.21E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 119878615 T A - - - - - - 25 0 0 42 7 16.7 34 4 11.8 66 2 3 88 16 18.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 7 4 6.647851422 4 5 2 4 2 2 2 2 1 1 1 0.352148578 NA NA NA 5 NA NA NA 2 NA NA NA 0.647851422 2.25847619 1.129238095 2 1.858817204 1.858817204 1 0.572820513 0.572820513 1 1.769766827 1.073984464 1.647851422 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 1.81E-09 1 0.0000257 1 0.043431387 1 1.57E-20 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 120122525 G T KCND2 CCDS5776.1 r.? - - intronic 44 0 0 49 5 10.2 34 6 17.6 72 12 16.7 85 21 24.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.379428571 1.379428571 1 2.244473118 1.122236559 2 3.188700855 1.594350427 2 1.747807107 0.873903553 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.00000496 1 1.86E-08 1 2.84E-15 1 1.53E-29 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 120605099 G A ING3 CCDS5778.1 r.? - - intronic 31 0 0 35 9 25.7 29 2 6.9 71 6 8.5 84 13 15.5 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.961619048 1.480809524 2 0.879935484 0.879935484 1 1.622991453 1.622991453 1 1.09680203 1.09680203 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 1.23E-13 1 0.009279585 1 0.00000169 1 5.49E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 121751092 C G AASS CCDS5783.1 r.? - - intronic 34 0 0 33 4 12.1 18 0 0 66 0 0 63 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.394380952 1.394380952 1 0 0 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 10 NA 1 1 0.0000228 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 121905874 G C - - - - - - 29 0 0 46 8 17.4 26 3 11.5 88 2 2.3 62 9 14.5 1 0 0 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.005142857 1.002571429 2 1.46655914 1.46655914 1 0.439162393 0.439162393 1 1.026040609 1.026040609 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 8.61E-11 1 0.000298167 1 0.072188127 1 3.12E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 121906141 T A - - - - - - 27 0 0 38 6 15.8 25 3 12 80 3 3.8 76 11 14.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.820761905 1.820761905 1 1.530322581 1.530322581 1 0.72557265 0.72557265 1 1.026040609 1.026040609 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 3.76E-08 1 0.00026475 1 0.007711832 1 2.08E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 122253067 C T CADPS2 CCDS47691.1 r.? - - intronic 29 0 0 31 4 12.9 29 2 6.9 57 0 0 51 7 13.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.486571429 1.486571429 1 0.879935484 0.879935484 1 0 0 1 0.969431472 0.969431472 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.0000177 1 0.009279585 1 1 1 7.46E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 123714821 C A - - - - - - 29 0 0 48 5 10.4 24 4 16.7 70 0 0 69 13 18.8 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.19847619 1.19847619 1 2.129698925 2.129698925 1 0 0 1 1.330314721 1.330314721 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.00000447 1 0.00000613 1 1 1 3.64E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 123745904 A T - - - - - - 30 0 0 38 7 18.4 23 2 8.7 68 0 0 65 9 13.8 1 0 0 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.120380952 1.060190476 2 1.109483871 1.109483871 1 0 0 1 0.976507614 0.976507614 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 8.61E-10 1 0.00589844 1 1 1 4.85E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 124960768 C A - - - - - - 26 0 0 43 5 11.6 21 4 19 54 2 3.7 63 11 17.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 3 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.336761905 1.336761905 1 2.423010753 2.423010753 1 0.706478632 0.706478632 1 1.063324873 1.063324873 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.00000257 1 0.00000349 1 0.030129377 1 2.37E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 126948735 C G - - - - - - 35 0 0 34 7 20.6 22 1 4.5 61 4 6.6 66 19 28.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.373904762 1.186952381 2 0.573870968 0.573870968 1 1.260205128 1.260205128 1 2.037928934 1.018964467 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 3.73E-10 1 0.104413009 1 0.000259828 1 2.64E-28 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 127556614 T G SND1 CCDS34747.1 r.? - - intronic 28 0 0 35 6 17.1 22 3 13.6 78 5 6.4 66 15 22.7 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.970571429 1.970571429 1 1.734365591 1.734365591 1 1.222017094 1.222017094 1 1.606284264 0.803142132 2 NA NA 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 2.24E-08 1 0.000179267 1 0.0000487 1 6.45E-21 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 130706908 G C - - - - - - 24 0 0 47 6 12.8 24 0 0 47 0 0 68 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.475047619 1.475047619 1 0 0 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 10 NA 1 1 0.000000141 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 131242008 A T PODXL CCDS34755.1 r.? - - upstream 41 0 0 38 4 10.5 16 3 18.8 35 0 0 67 9 13.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.21 1.21 1 2.397505376 2.397505376 1 0 0 1 0.948203046 0.948203046 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.0000403 1 0.0000667 1 1 1 6.43E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 134332580 C G BPGM CCDS5833.1 r.? - - intronic 38 0 0 49 7 14.3 32 2 6.2 28 3 10.7 53 11 20.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.647904762 1.647904762 1 0.790666667 0.790666667 1 2.043059829 2.043059829 1 1.471837563 1.471837563 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 5.58E-09 1 0.011224977 1 0.000372895 1 3.07E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 135606962 C T LUZP6 CCDS5842.1 r.? - - downstream 34 0 0 38 5 13.2 17 0 0 75 0 0 69 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.521142857 1.521142857 1 0 0 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 10 NA 1 1 0.00000137 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 137249327 C A DGKI CCDS5845.1 r.? - - intronic 39 0 0 42 7 16.7 16 3 18.8 42 1 2.4 61 17 27.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.92447619 1.92447619 1 2.397505376 2.397505376 1 0.45825641 0.45825641 1 1.974243655 0.987121827 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 1.81E-09 1 0.0000667 1 0.189842622 1 3.33E-25 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 138311549 C T SVOPL CCDS5848.1 r.? - - intronic 24 0 0 35 5 14.3 15 2 13.3 55 0 0 72 9 12.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.647904762 1.647904762 1 1.696107527 1.696107527 1 0 0 1 0.884517766 0.884517766 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.000000895 1 0.002513772 1 1 1 1.25E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 138818893 T C TTC26 CCDS5852.1 r.? - - intronic 28 0 0 42 7 16.7 21 3 14.3 36 5 13.9 77 18 23.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.92447619 1.92447619 1 1.823634409 1.823634409 1 2.654068376 1.327034188 2 1.655817259 0.827908629 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 1.81E-09 1 0.000155401 1 0.00000104 1 4.71E-25 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 141759021 G A MGAM CCDS47727.1 r.? - - intronic 33 0 0 29 8 27.6 29 3 10.3 61 0 0 64 3 4.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 3.180571429 1.590285714 2 1.313526882 1.313526882 1 0 0 1 0.33257868 0.33257868 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 1.53E-12 1 0.000414371 1 1 1 0.004148608 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 141979158 G C - - - - - - 30 0 0 44 5 11.4 17 1 5.9 84 4 4.8 69 8 11.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.313714286 1.313714286 1 0.752408602 0.752408602 1 0.916512821 0.916512821 1 0.820832487 0.820832487 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.00000288 1 0.081683532 1 0.000877031 1 2.49E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 142536840 A C - - - - - - 36 0 0 33 4 12.1 21 1 4.8 72 0 0 44 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.394380952 1.394380952 1 0.612129032 0.612129032 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 9 NA 1 1 0.0000228 1 0.099912572 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 144910520 C G - - - - - - 43 0 0 29 4 13.8 22 1 4.5 67 4 6 55 5 9.1 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.590285714 1.590285714 1 0.573870968 0.573870968 1 1.145641026 1.145641026 1 0.643928934 0.643928934 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.0000134 1 0.104413009 1 0.000372648 1 0.00000883 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 145254973 T A - - - - - - 36 0 0 47 15 31.9 25 5 20 29 3 10.3 51 20 39.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 3.676095238 1.838047619 2 2.550537634 1.275268817 2 1.966683761 1.966683761 1 2.773847716 1.386923858 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 1.97E-23 1 0.000000153 1 0.000414371 1 6.38E-33 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 145523909 C T - - - - - - 27 0 0 34 6 17.6 13 3 23.1 62 4 6.5 44 16 36.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.028190476 2.028190476 1 2.945870968 2.945870968 1 1.241111111 1.241111111 1 2.575715736 1.287857868 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 1.86E-08 1 0.0000344 1 0.000276647 1 5.57E-26 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 145564894 C A - - - - - - 28 0 0 33 5 15.2 21 0 0 67 7 10.4 70 7 10 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.751619048 1.751619048 1 0 0 1 1.985777778 1.985777778 1 0.707614213 0.707614213 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.00000066 1 1 1 5.23E-08 1 7.11E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 146961689 G A CNTNAP2 CCDS5889.1 r.? - - intronic 30 0 0 37 5 13.5 24 4 16.7 27 1 3.7 61 7 11.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.555714286 1.555714286 1 2.129698925 2.129698925 1 0.706478632 0.706478632 1 0.813756345 0.813756345 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.00000119 1 0.00000613 1 0.126579904 1 2.69E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 146969845 C T CNTNAP2 CCDS5889.1 r.? - - intronic 16 0 0 41 6 14.6 25 2 8 34 4 11.8 67 10 14.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.68247619 1.68247619 1 1.020215054 1.020215054 1 2.253094017 2.253094017 1 1.054345178 1.054345178 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 6.05E-08 1 0.006948068 1 0.0000257 1 1.87E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 147166812 G A CNTNAP2 CCDS5889.1 r.? - - intronic 26 0 0 28 5 17.9 22 3 13.6 25 3 12 52 14 26.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.062761905 2.062761905 1 1.734365591 1.734365591 1 2.291282051 2.291282051 1 1.903482234 0.951741117 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000000279 1 0.000179267 1 0.00026475 1 9.04E-21 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 147570237 A G CNTNAP2 CCDS5889.1 r.? - - intronic 29 0 0 51 6 11.8 18 3 16.7 58 5 8.6 61 7 11.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.359809524 1.359809524 1 2.129698925 2.129698925 1 1.64208547 1.64208547 1 0.813756345 0.813756345 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000000232 1 0.0000964 1 0.0000115 1 2.69E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 147675977 G T CNTNAP2 CCDS5889.1 r.? - - intronic 35 0 0 37 7 18.9 19 1 5.3 82 3 3.7 62 9 14.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.178 1.089 2 0.675892473 0.675892473 1 0.706478632 0.706478632 1 1.026040609 1.026040609 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 7.05E-10 1 0.090843738 1 0.008251578 1 3.12E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 147713662 G A CNTNAP2 CCDS5889.1 r.? - - intronic 24 0 0 42 7 16.7 19 0 0 69 2 2.9 66 11 16.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.92447619 1.92447619 1 0 0 1 0.553726496 0.553726496 1 1.181715736 1.181715736 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 1.81E-09 1 1 1 0.04704084 1 4.07E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 149388436 G T - - - - - - 27 0 0 37 5 13.5 20 0 0 41 2 4.9 58 5 8.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.555714286 1.555714286 1 0 0 1 0.935606838 0.935606838 1 0.608548223 0.608548223 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.00000119 1 1 1 0.018015855 1 0.0000115 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 151599037 G A - - - - - - 27 0 0 37 5 13.5 21 3 14.3 59 6 10.2 65 9 13.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.555714286 1.555714286 1 1.823634409 1.823634409 1 1.947589744 1.947589744 1 0.976507614 0.976507614 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.00000119 1 0.000155401 1 0.000000561 1 4.85E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 156756714 T C NOM1 CCDS34787.1 r.2042u>c c.2027T>C p.L676P missense 33 0 0 55 6 10.9 30 0 0 69 0 0 100 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 6 4 6 4 4 2 4 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.474095238 1.474095238 1 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.000000367 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 157952290 C T PTPRN2 CCDS5949.1 r.? - - intronic 23 0 0 41 6 14.6 20 3 15 58 4 6.9 71 21 29.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 6 4 6 4 4 2 4 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.97447619 1.97447619 1 2.212903226 2.212903226 1 1.317487179 1.317487179 1 2.686538071 0.89551269 3 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 6.05E-08 1 0.0001337 1 0.000213772 1 2.05E-31 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 158077580 C T PTPRN2 CCDS5949.1 r.? - - intronic 28 0 0 34 5 14.7 31 1 3.2 25 2 8 95 5 5.3 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 6 4 6 4 4 2 4 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.988 1.988 1 0.472086022 0.472086022 1 1.527521368 1.527521368 1 0.481035533 0.481035533 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000000771 1 0.143917729 1 0.006948068 1 0.000124602 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 158303247 C T PTPRN2 CCDS5949.1 r.? - - intronic 30 0 0 51 9 17.6 22 2 9.1 49 5 10.2 74 16 21.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 6 4 6 4 4 2 4 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.380190476 1.190095238 2 1.342494624 1.342494624 1 1.947589744 1.947589744 1 1.960446701 0.98022335 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 4.92E-12 1 0.005403392 1 0.00000496 1 7.81E-22 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 158544807 T G ESYT2 CCDS34791.1 r.? - - intronic 29 0 0 61 8 13.1 31 4 12.9 72 3 4.2 96 11 11.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 6 4 6 4 4 2 4 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.771619048 1.771619048 1 1.903096774 1.903096774 1 0.801948718 0.801948718 1 1.043756345 1.043756345 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 9.09E-10 1 0.0000177 1 0.00576558 1 2.92E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 158613333 G A ESYT2 CCDS34791.1 r.? - - intronic 24 0 0 36 9 25 19 4 21.1 46 3 6.5 88 27 30.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 6 4 6 4 4 2 4 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 3.380952381 1.126984127 3 3.112817204 1.037605735 3 1.241111111 1.241111111 1 2.786375635 0.928791878 3 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 1.63E-13 1 0.00000228 1 0.001615827 1 1.86E-40 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 158782334 G A - - - - - - 31 0 0 40 6 15 24 4 16.7 22 0 0 84 2 2.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 6 4 6 4 4 2 4 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.028571429 2.028571429 1 2.463698925 2.463698925 1 0 NA 0 0.217827411 0.217827411 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 5.18E-08 1 0.00000613 1 1 1 0.066590661 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 25973 A C - - - - - - 42 0 0 50 4 8 42 2 4.8 52 1 1.9 59 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.000119787 1 0.018854633 1 0.229451111 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 915326 C T C8orf68 ENST00000450568 r.? - - intronic 14 0 0 16 4 25 6 1 16.7 4 1 25 15 2 13.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 1 1 1 1 1 1 1 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.130952381 2.130952381 1 1.628698925 1.628698925 1 4.023504274 4.023504274 1 0.542126904 0.542126904 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.00000108 1 0.029627491 1 0.019850499 1 0.002513772 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 3339186 A G CSMD1 ENST00000318252 r.? - - intronic 42 0 0 42 6 14.3 14 1 7.1 52 1 1.9 37 10 27 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 1 1 1 1 1 1 1 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.218904762 1.218904762 1 0.69244086 0.69244086 1 0.305786325 0.305786325 1 1.100558376 1.100558376 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 7.02E-08 1 0.067769881 1 0.229451111 1 3.01E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 5754766 A G - - - - - - 29 0 0 35 7 20 26 2 7.7 52 2 3.8 37 10 27 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 1 2 2 2 1 2 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.904761905 1.904761905 1 0.827956989 0.827956989 1 0.61157265 0.61157265 1 1.370558376 1.370558376 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 4.65E-10 1 0.007502227 1 0.028101652 1 3.01E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 15005957 G A SGCZ CCDS5992.2 r.? - - intronic 38 0 0 31 5 16.1 14 0 0 43 4 9.3 31 9 29 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 1 1 1 1 1 1 1 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.372333333 1.372333333 1 0 0 1 1.49674359 1.49674359 1 1.182081218 1.182081218 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000000476 1 1 1 0.000066 1 3.57E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 20183780 C G - - - - - - 32 0 0 35 4 11.4 21 2 9.5 53 2 3.8 45 12 26.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 1 1 1 1 1 1 1 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.971714286 0.971714286 1 0.926505376 0.926505376 1 0.61157265 0.61157265 1 1.088329949 1.088329949 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.0000289 1 0.004928472 1 0.029108399 1 6.03E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 21357133 T A - - - - - - 44 0 0 39 9 23.1 21 2 9.5 73 6 8.2 42 13 31 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 1 1 1 1 1 1 1 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.969 1.969 1 0.926505376 0.926505376 1 1.319709402 1.319709402 1 1.263604061 1.263604061 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 3.62E-13 1 0.004928472 1 0.000002 1 2.72E-20 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 27894220 A T C8orf80 CCDS47833.1 r.? - - intronic 22 0 0 56 8 14.3 38 2 5.3 81 0 0 94 9 9.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 7 7 7 7 7 7 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.076904762 1.038452381 2 0.834892473 0.834892473 1 0 0 1 0.967309645 0.967309645 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 4.48E-10 1 0.015598339 1 1 1 1.42E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 28330208 T A FBXO16 CCDS6068.1 r.? - - intronic 33 0 0 50 4 8 30 6 20 41 0 0 96 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 7 7 7 7 7 7 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.161904762 1.161904762 1 3.150537634 1.050179211 3 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 9 NA 1 1 0.000119787 1 8.37E-09 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 28792337 G A HMBOX1 CCDS6071.1 r.? - - intronic 29 0 0 31 4 12.9 31 2 6.5 6 0 0 72 9 12.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 7 7 7 7 7 7 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.873571429 1.873571429 1 1.023924731 1.023924731 1 0 0 1 1.259517766 1.259517766 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.0000177 1 0.010558179 1 1 1 1.25E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 36223883 C A - - - - - - 29 0 0 60 6 10 32 3 9.4 77 6 7.8 92 19 20.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 10 7 7 7 10 7 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.452380952 1.452380952 1 1.480752688 1.480752688 1 1.957333333 1.957333333 1 2.085761421 1.042880711 2 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000000621 1 0.000556213 1 0.00000273 1 3.08E-25 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 36331865 G A - - - - - - 44 0 0 52 7 13.5 31 2 6.5 85 0 0 96 10 10.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 10 7 7 7 10 7 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.960714286 1.960714286 1 1.023924731 1.023924731 1 0 0 1 1.047918782 1.047918782 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 8.58E-09 1 0.010558179 1 1 1 7.45E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 37800539 C G GOT1L1 CCDS47839.1 r.? - - upstream 29 0 0 49 7 14.3 32 1 3.1 52 1 1.9 77 8 10.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 10 7 7 7 10 7 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.076904762 1.038452381 2 0.488333333 0.488333333 1 0.476786325 0.476786325 1 1.047918782 1.047918782 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 5.58E-09 1 0.14819814 1 0.229451111 1 6.05E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 37934135 C G - - - - - - 23 0 0 37 6 16.2 17 2 11.8 74 3 4.1 72 10 13.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 10 7 7 7 10 7 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.352857143 1.176428571 2 1.858817204 1.858817204 1 1.028854701 1.028854701 1 1.400583756 1.400583756 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 3.18E-08 1 0.003234386 1 0.006220661 1 3.95E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 37935525 T G - - - - - - 34 0 0 32 6 18.8 17 3 17.6 34 1 2.9 57 9 15.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 10 7 7 7 10 7 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.73047619 0.91015873 3 2.772473118 2.772473118 1 0.727726496 0.727726496 1 1.592030457 1.592030457 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 1.27E-08 1 0.0000807 1 0.156694864 1 1.42E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 37957191 T C - - - - - - 31 0 0 71 10 14.1 21 4 19 90 3 3.3 53 12 22.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 10 7 7 7 10 7 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.047857143 1.023928571 2 2.993010753 0.997670251 3 0.828102564 0.828102564 1 2.277208122 1.138604061 2 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 3.42E-12 1 0.00000349 1 0.01062894 1 5.39E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 38049209 C T BAG4 CCDS6104.1 r.? - - intronic 27 0 0 44 6 13.6 29 3 10.3 71 13 18.3 87 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 10 7 7 7 10 7 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.975238095 1.975238095 1 1.622526882 1.622526882 1 4.592205128 0.918441026 5 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 7 NA 1 1 9.37E-08 1 0.000414371 1 5.42E-17 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 38060453 G C BAG4 CCDS6104.1 r.? - - intronic 36 0 0 51 11 21.6 27 1 3.7 109 10 9.2 90 17 18.9 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 10 7 7 7 10 7 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 3.137142857 1.045714286 3 0.582849462 0.582849462 1 2.308649573 1.154324786 2 1.904390863 0.952195431 2 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 1.94E-15 1 0.126579904 1 2.65E-10 1 5.05E-22 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 38543839 G C - - - - - - 27 0 0 59 5 8.5 30 2 6.7 92 6 6.5 83 6 7.2 0 0 NA 1 0 0 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 10 7 7 7 10 7 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.23452381 1.23452381 1 1.055430108 1.055430108 1 1.631111111 1.631111111 1 0.725482234 0.725482234 1 0 NA 0 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.0000125 1 0.009909649 1 0.00000771 1 0.00000424 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 38544336 G C - - - - - - 36 0 0 69 8 11.6 34 0 0 99 4 4 90 9 10 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 10 7 7 7 10 7 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.684761905 1.684761905 1 0 0 1 1.003760684 1.003760684 1 1.007614213 1.007614213 1 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 2.49E-09 1 1 1 0.001612681 1 9.58E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 38878960 G T ADAM9 CCDS6112.1 r.? - - intronic 28 0 0 53 4 7.5 26 0 0 82 0 0 78 0 0 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 10 7 7 7 10 7 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.089285714 1.089285714 1 0 0 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 10 NA 1 1 0.000150502 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 39158796 T C - - - - - - 49 0 0 53 10 18.9 34 4 11.8 93 11 11.8 58 15 25.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 10 7 7 7 10 7 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.745 0.915 3 1.858817204 1.858817204 1 2.961094017 0.987031339 3 2.609720812 0.869906937 3 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 1.57E-13 1 0.0000257 1 2.04E-12 1 7.42E-22 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 39230698 G A - - - - - - 37 0 0 39 5 12.8 24 0 0 92 0 0 81 0 0 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 10 7 7 7 10 7 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.859047619 1.859047619 1 0 0 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 10 NA 1 1 0.00000156 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 40568310 T C ZMAT4 CCDS34885.1 r.? - - intronic 23 0 0 39 10 25.6 25 7 28 47 6 12.8 56 27 48.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.363731821 3.489063672 10 3 3 3 7 3 0 0 3 0 0.636268179 0.510936328 1 1 4 4 NA NA 0 0 NA NA 0.363731821 0.489063672 NA NA 2.787210584 0.929070195 3 3.427690516 0.982409849 3.489063672 3.212034188 1.070678063 3 2.928700508 0.976233503 3 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 5.44E-15 1 3.47E-11 1 0.000000141 1 4.78E-47 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 40687993 C A ZMAT4 CCDS34885.1 r.? - - intronic 36 0 0 32 5 15.6 21 3 14.3 71 0 0 59 11 18.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.363731821 3.489063672 10 3 3 3 7 3 0 0 3 0 0.636268179 0.510936328 1 1 4 4 NA NA 0 0 NA NA 0.363731821 0.489063672 NA NA 1.69845645 1.69845645 1 1.750570514 1.750570514 1 0 0 1 1.130162437 1.130162437 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.000000562 1 0.000155401 1 1 1 1.1E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 40939445 C A - - - - - - 33 0 0 36 5 13.9 20 6 30 81 7 8.6 48 21 43.8 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.363731821 3.489063672 10 3 3 3 7 3 0 0 3 0 0.636268179 0.510936328 1 1 4 4 NA NA 0 0 NA NA 0.363731821 0.489063672 NA NA 1.513368247 1.513368247 1 3.672525553 1.052581981 3.489063672 2.15808547 1.079042735 2 2.661350254 0.887116751 3 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.00000104 1 5.7E-10 1 0.000000197 1 9.35E-36 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 41399445 G C GINS4 CCDS6116.1 r.? - - intronic 25 0 0 39 8 20.5 17 0 0 46 4 8.7 65 9 13.8 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.363731821 3.489063672 10 4 3 3 7 3 0 0 3 1 0.636268179 0.510936328 1 1 4 4 NA NA 0 0 NA NA 0.363731821 0.489063672 NA NA 2.231945976 0.944246702 2.363731821 0 0 1 2.183179487 2.183179487 1 0.976507614 0.976507614 1 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 2.09E-11 1 1 1 0.0000862 1 4.85E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 41690213 C G ANK1 CCDS47849.1 r.? - - intronic 30 0 0 34 14 41.2 16 4 25 48 12 25 66 25 37.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 10 12 10 4 6 7 7 3 4 5 3 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 7.219809524 1.203301587 6 5.188172043 1.037634409 5 6.273504274 1.045584046 6 2.681857868 0.893952623 3 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 7.74E-24 1 0.00000108 1 1.44E-17 1 2.57E-40 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 43090257 A C - - - - - - 23 0 0 64 14 21.9 35 10 28.6 83 16 19.3 60 14 23.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 10 12 10 4 6 7 7 3 4 5 3 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 3.837714286 0.959428571 4 5.935268817 0.98921147 6 4.843145299 0.96862906 5 1.648741117 0.824370558 2 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 2.31E-19 1 1.6E-15 1 5.75E-21 1 8.54E-20 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 43363708 T C - - - - - - 31 0 0 62 9 14.5 28 4 14.3 97 12 12.4 76 0 0 1 0 0 0 0 NA 2 0 0 2 0 0 1 0 0 FALSE FALSE 10 12 10 6 6 7 7 3 4 5 3 3 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.540952381 0.846984127 3 2.967634409 0.98921147 3 3.11165812 1.037219373 3 0 NA 0 NA NA 0 0 0 1 0 NA 0 0 NA 0 NA NA 1 1 3.12E-11 1 0.0000116 1 1.18E-13 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 43363709 C A - - - - - - 32 0 0 63 9 14.3 28 4 14.3 99 12 12.1 77 0 0 1 0 0 0 0 NA 2 0 0 2 0 0 1 0 0 FALSE FALSE 10 12 10 6 6 7 7 3 4 5 3 3 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.505904762 0.835301587 3 2.967634409 0.98921147 3 3.036376068 1.012125356 3 0 NA 0 NA NA 0 0 0 1 0 NA 0 0 NA 0 NA NA 1 1 3.62E-11 1 0.0000116 1 1.51E-13 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 48413048 G C KIAA0146 CCDS43737.1 r.? - - intronic 40 0 0 58 4 6.9 39 2 5.1 96 0 0 98 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 10 12 10 8 6 7 7 6 4 5 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.209142857 1.209142857 1 1.058387097 1.058387097 1 0 0 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000213772 1 0.016387522 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 48503492 A T KIAA0146 CCDS43737.1 r.? - - intronic 36 0 0 65 9 13.8 29 2 6.9 85 1 1.2 110 15 13.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 10 12 10 8 6 7 7 6 4 5 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.418285714 0.806095238 3 1.431935484 1.431935484 1 0.301128205 0.301128205 1 1.50635533 1.50635533 1 NA NA 0 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 4.85E-11 1 0.009279585 1 0.346926798 1 2.3E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 49839263 C G SNAI2 CCDS6146.1 r.? - - upstream 34 0 0 52 4 7.7 26 2 7.7 80 0 0 106 9 8.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 TRUE FALSE 10 12 10 8 6 7 7 6 4 5 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.349333333 1.349333333 1 1.597956989 1.597956989 1 0 0 1 0.941472081 0.941472081 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 0 NA 0 6 NA 1 1 0.000139698 1 0.007502227 1 1 1 4.15E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 50315251 T C - - - - - - 37 0 0 60 7 11.7 32 1 3.1 73 4 5.5 81 10 12.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 10 12 10 8 6 7 7 6 4 5 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.050285714 1.025142857 2 0.643333333 0.643333333 1 1.38017094 1.38017094 1 1.362365482 1.362365482 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 2.39E-08 1 0.14819814 1 0.000516741 1 1.33E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 50499388 C G - - - - - - 34 0 0 58 5 8.6 28 2 7.1 80 0 0 84 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 10 12 10 8 6 7 7 6 4 5 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.507047619 1.507047619 1 1.47344086 1.47344086 1 0 0 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.0000115 1 0.008668191 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 50755381 G A - - - - - - 37 0 0 44 7 15.9 30 0 0 55 0 0 100 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 10 12 10 8 6 7 7 6 4 5 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.786285714 0.928761905 3 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 2.55E-09 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 50799081 G A - - - - - - 43 0 0 63 6 9.5 32 0 0 98 0 0 127 0 0 2 0 0 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 10 12 10 8 6 7 7 6 4 5 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.664761905 1.664761905 1 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 NA NA 0 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000000832 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 50862425 C T - - - - - - 37 0 0 49 12 24.5 28 7 25 85 24 28.2 94 47 50 0 0 NA 0 0 NA 1 1 100 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 10 12 10 8 6 7 7 6 4 5 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 4.293333333 1.073333333 4 5.188172043 1.037634409 5 7.076512821 1.010930403 7 5.538071066 0.923011844 6 NA NA 0 20.75268817 2.964669739 7 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 1.9E-17 1 8.44E-11 0.005 3.98E-35 1 9.17E-82 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 50894553 A T - - - - - - 44 0 0 66 5 7.6 25 0 0 98 2 2 113 15 13.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 10 12 10 8 6 7 7 6 4 5 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.331809524 1.331809524 1 0 0 1 0.501880342 NA 0 1.473126904 1.473126904 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.0000217 1 1 1 0.086801297 1 3.49E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 51121744 G A - - - - - - 24 0 0 32 9 28.1 33 16 48.5 42 10 23.8 96 63 65.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 2 100 0 0 NA TRUE FALSE 10 12 10 8 6 7 7 6 4 5 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 4.924190476 0.984838095 5 10.06505376 1.437864823 7 5.972376068 0.995396011 6 7.265949239 1.21099154 6 NA NA 0 NA NA 1 25.09401709 3.584859585 7 NA NA 0 8 NA 1 1 4.94E-14 1 1.64E-28 1 1.24E-14 0.000025 5.31E-120 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 51171233 C G - - - - - - 30 0 0 61 5 8.2 42 2 4.8 85 6 7.1 100 8 8 3 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 10 12 10 8 6 7 7 6 4 5 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.436952381 1.436952381 1 0.996129032 0.996129032 1 1.781675214 1.781675214 1 0.886091371 0.886091371 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.0000147 1 0.018854633 1 0.00000487 1 4.83E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 51180337 T A - - - - - - 46 0 0 54 5 9.3 38 0 0 88 0 0 114 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 10 12 10 8 6 7 7 6 4 5 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.629714286 1.629714286 1 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.00000806 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 51257678 C T - - - - - - 31 0 0 60 7 11.7 27 1 3.7 91 3 3.3 97 6 6.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 10 12 10 8 6 7 7 6 4 5 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.050285714 1.025142857 2 0.767849462 0.767849462 1 0.828102564 0.828102564 1 0.686720812 0.686720812 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 2.39E-08 1 0.126579904 1 0.010951005 1 0.0000105 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 51437325 T G SNTG1 CCDS6147.1 r.? - - intronic 22 0 0 61 5 8.2 35 0 0 79 0 0 111 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 10 12 10 8 6 7 7 6 4 5 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.436952381 1.436952381 1 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.0000147 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 51476012 G T SNTG1 CCDS6147.1 r.? - - intronic 38 0 0 54 13 24.1 34 8 23.5 90 7 7.8 121 19 15.7 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 10 12 10 8 6 7 7 6 4 5 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 4.223238095 1.055809524 4 4.87688172 0.975376344 5 1.957333333 1.957333333 1 1.738954315 0.869477157 2 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 1.12E-18 1 6.32E-12 1 0.000000406 1 8.12E-23 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 51728279 A T - - - - - - 34 0 0 50 19 38 26 13 50 92 21 22.8 108 52 48.1 0 0 NA 0 0 NA 1 1 100 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 10 12 10 8 6 7 7 6 4 5 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 6.659047619 1.10984127 6 10.37634409 1.482334869 7 5.721435897 0.95357265 6 5.327624365 1.065524873 5 NA NA 1 20.75268817 2.964669739 7 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 5E-31 1 1.2E-23 0.005 9.72E-29 1 3.89E-89 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 51794019 C G - - - - - - 37 0 0 55 5 9.1 26 0 0 73 0 0 98 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA FALSE FALSE 10 12 10 8 6 7 7 6 4 5 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.594666667 1.594666667 1 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.00000883 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 51852686 C A - - - - - - 34 0 0 61 20 32.8 35 16 45.7 87 16 18.4 112 62 55.4 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 10 12 10 8 6 7 7 6 4 5 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 5.747809524 0.957968254 6 9.483978495 1.354854071 7 4.617299145 0.923459829 5 6.136182741 1.022697124 6 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 4.89E-31 1 5.66E-28 1 1.29E-20 1 3.5E-111 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 52145047 A T - - - - - - 32 0 0 52 5 9.6 32 1 3.1 58 3 5.2 98 4 4.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 10 12 10 8 6 7 7 6 4 5 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.682285714 1.682285714 1 0.643333333 0.643333333 1 1.304888889 1.304888889 1 0.454121827 0.454121827 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.00000668 1 0.14819814 1 0.003141421 1 0.001553635 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 52374471 G C PXDNL CCDS47855.1 r.? - - intronic 36 0 0 70 5 7.1 32 3 9.4 88 4 4.5 111 11 9.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 10 12 10 8 6 7 7 6 4 5 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.244190476 1.244190476 1 1.950752688 1.950752688 1 1.129230769 1.129230769 1 1.096538071 1.096538071 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.0000289 1 0.000556213 1 0.001043312 1 1.46E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 52655513 G C PXDNL CCDS47855.1 r.? - - intronic 33 0 0 45 5 11.1 29 1 3.4 81 3 3.7 96 15 15.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 10 12 10 8 6 7 7 6 4 5 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.945142857 1.945142857 1 0.705591398 0.705591398 1 0.928478632 0.928478632 1 1.727878173 0.863939086 2 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.00000323 1 0.135292269 1 0.007979008 1 2.73E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 52965399 C T - - - - - - 33 0 0 46 8 17.4 41 12 29.3 49 11 22.4 86 48 55.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 10 12 10 8 6 7 7 6 4 5 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 3.049142857 1.016380952 3 6.080537634 1.013422939 6 5.621059829 0.936843305 6 6.18048731 1.030081218 6 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 8.61E-11 1 1.69E-18 1 1.19E-15 1 1.1E-86 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 53508505 G C - - - - - - 43 0 0 71 4 5.6 31 1 3.2 96 0 0 114 6 5.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 10 12 14 9 6 7 7 6 4 5 7 3 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.981333333 0.981333333 1 0.664086022 0.664086022 1 0 0 1 0.640035533 0.640035533 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.000464961 1 0.143917729 1 1 1 0.0000263 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 53744104 A T - - - - - - 38 0 0 79 8 10.1 27 0 0 87 0 0 113 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 10 12 14 9 6 7 7 6 4 5 7 3 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.769904762 1.769904762 1 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 7.43E-09 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 54466015 G A - - - - - - 33 0 0 53 5 9.4 25 0 0 113 2 1.8 117 7 6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 10 12 14 9 6 7 7 6 4 5 7 3 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.647238095 1.647238095 1 0 0 1 0.523692308 0.523692308 1 0.724568528 0.724568528 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.00000734 1 1 1 0.110164676 1 0.0000024 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 54971034 G A LYPLA1 CCDS6157.1 r.? - - intronic 31 0 0 66 17 25.8 50 17 34 71 17 23.9 123 19 15.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 10 12 14 9 6 7 7 6 4 5 7 3 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 4.521142857 0.904228571 5 7.055913978 1.007987711 7 6.953470085 0.993352869 7 1.859725888 0.929862944 2 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 1.52E-24 1 6.43E-27 1 6.12E-24 1 1.13E-22 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 56650885 G C TMEM68 CCDS6161.1 r.? - - downstream 30 0 0 50 7 14 27 3 11.1 58 1 1.7 60 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 7 9 3 7 7 8 3 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.033333333 1.016666667 2 1.748548387 1.748548387 1 0.409598291 0.409598291 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 6.46E-09 1 0.000334187 1 0.252280541 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 57688263 G C - - - - - - 23 0 0 50 7 14 28 5 17.9 66 3 4.5 54 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 7 9 3 7 7 8 3 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.033333333 1.016666667 2 2.819731183 0.939910394 3 1.084230769 1.084230769 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 6.46E-09 1 0.000000279 1 0.004522888 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 57973182 T G - - - - - - 32 0 0 53 4 7.5 27 1 3.7 72 0 0 63 10 15.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 9 3 7 7 8 3 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.089285714 1.089285714 1 0.582849462 0.582849462 1 0 0 1 0.966106599 0.966106599 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.000150502 1 0.126579904 1 1 1 9.81E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 58427864 G C - - - - - - 39 0 0 60 6 10 29 2 6.9 61 2 3.3 65 6 9.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 9 3 7 7 8 3 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.452380952 1.452380952 1 1.086935484 1.086935484 1 0.795102564 0.795102564 1 0.559005076 0.559005076 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000000621 1 0.009279585 1 0.037660755 1 0.000001 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 58545269 A T - - - - - - 35 0 0 38 4 10.5 29 1 3.4 57 0 0 55 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 7 9 3 7 7 8 3 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.525 1.525 1 0.535591398 0.535591398 1 0 0 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.0000403 1 0.135292269 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 58939968 G T FAM110B CCDS6170.1 r.? - - intronic 27 0 0 40 5 12.5 25 0 0 73 4 5.5 45 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 7 9 3 7 7 8 3 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.81547619 1.81547619 1 0 0 1 1.32517094 1.32517094 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.00000178 1 1 1 0.000516741 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 58949692 T A FAM110B CCDS6170.1 r.? - - intronic 26 0 0 34 9 26.5 19 0 0 75 1 1.3 64 6 9.4 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 9 3 7 7 8 3 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 3.848809524 0.962202381 4 0 0 1 0.313222222 0.313222222 1 0.57115736 0.57115736 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 9.15E-14 1 1 1 0.313356907 1 0.000000914 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 59094108 A C - - - - - - 37 0 0 55 5 9.1 30 0 0 59 6 10.2 54 11 20.4 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 9 3 7 7 8 3 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.321666667 1.321666667 1 0 0 1 2.457589744 0.819196581 3 1.239532995 1.239532995 1 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.00000883 1 1 1 0.000000561 1 3.84E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 59536670 G A NSMAF CCDS6173.1 r.? - - intronic 27 0 0 51 7 13.7 22 4 18.2 24 1 4.2 49 0 0 0 0 NA 0 0 NA 4 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 7 9 3 7 7 8 3 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.989761905 0.994880952 2 2.866989247 0.955663082 3 1.011948718 1.011948718 1 0 NA 0 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 7.46E-09 1 0.00000425 1 0.113346489 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 59846048 T C TOX CCDS34897.1 r.? - - intronic 34 0 0 51 6 11.8 29 0 0 73 0 0 54 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 7 9 3 7 7 8 3 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.713809524 1.713809524 1 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000000232 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 59894327 T C TOX CCDS34897.1 r.? - - intronic 34 0 0 54 10 18.5 26 7 26.9 76 7 9.2 55 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 7 9 3 7 7 8 3 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.686904762 0.895634921 3 4.237473118 1.05936828 4 2.216649573 1.108324786 2 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1.91E-13 1 4.73E-11 1 0.000000126 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 60270940 C T - - - - - - 26 0 0 46 20 43.5 38 13 34.2 20 9 45 47 24 51.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 9 3 7 7 8 3 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 6.317857143 1.05297619 6 5.387419355 1.077483871 5 10.84230769 1.355288462 8 3.104908629 1.034969543 3 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 4.72E-34 1 5.88E-21 1 3.12E-16 1 8.6E-43 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 60281941 T A - - - - - - 40 0 0 66 5 7.6 33 2 6.1 60 0 0 61 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 7 9 3 7 7 8 3 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.103809524 1.103809524 1 0.960913978 0.960913978 1 0 0 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.0000217 1 0.011909843 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 60435804 A G - - - - - - 36 0 0 43 5 11.6 25 4 16 37 2 5.4 46 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 7 9 3 7 7 8 3 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.684761905 1.684761905 1 2.520430108 2.520430108 1 1.301076923 1.301076923 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.00000257 1 0.00000727 1 0.014826063 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 60510617 G T - - - - - - 27 0 0 52 8 15.4 26 4 15.4 75 3 4 52 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 7 9 3 7 7 8 3 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.236666667 1.118333333 2 2.425913978 2.425913978 1 0.963760684 0.963760684 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 2.42E-10 1 0.00000856 1 0.006456002 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 60671267 T A - - - - - - 28 0 0 51 12 23.5 27 1 3.7 69 8 11.6 56 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 7 9 3 7 7 8 3 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 3.413095238 1.137698413 3 0.582849462 0.582849462 1 2.794905983 0.931635328 3 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 3.24E-17 1 0.126579904 1 2.49E-09 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 60671269 A G - - - - - - 28 0 0 52 12 23.1 28 1 3.6 70 7 10 57 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 7 9 3 7 7 8 3 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 3.355 1.118333333 3 0.567096774 0.567096774 1 2.409401709 0.803133903 3 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 4.19E-17 1 0.130947004 1 7.11E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 60724158 A G - - - - - - 32 0 0 63 7 11.1 26 2 7.7 77 0 0 57 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 7 9 3 7 7 8 3 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.612142857 1.612142857 1 1.212956989 1.212956989 1 0 0 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 3.38E-08 1 0.007502227 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 60898332 G C - - - - - - 24 0 0 46 6 13 17 0 0 88 4 4.5 62 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 7 9 3 7 7 8 3 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.888095238 1.888095238 1 0 0 1 1.084230769 1.084230769 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000000123 1 1 1 0.001043312 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 61023473 C T - - - - - - 29 0 0 57 11 19.3 26 4 15.4 33 1 3 55 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 7 9 3 7 7 8 3 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.803095238 0.934365079 3 2.425913978 2.425913978 1 0.722820513 0.722820513 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 7.29E-15 1 0.00000856 1 0.15245715 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 62317313 G A CLVS1 CCDS6176.1 r.? - - intronic 36 0 0 57 5 8.8 20 1 5 75 0 0 48 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 7 9 3 7 7 8 3 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.278095238 1.278095238 1 0.787634409 0.787634409 1 0 0 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.0000105 1 0.09538952 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 62406063 T C CLVS1 CCDS6176.1 r.? - - intronic 24 0 0 54 6 11.1 28 2 7.1 78 1 1.3 53 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 7 9 3 7 7 8 3 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.612142857 1.612142857 1 1.11844086 1.11844086 1 0.313222222 0.313222222 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000000329 1 0.008668191 1 0.323605141 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 62795566 C G - - - - - - 31 0 0 62 6 9.7 41 3 7.3 82 5 6.1 63 9 14.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 9 3 7 7 8 3 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.408809524 1.408809524 1 1.149946237 1.149946237 1 1.469735043 1.469735043 1 0.868888325 0.868888325 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000000756 1 0.001155993 1 0.0000619 1 3.62E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 62870632 T C - - - - - - 30 0 0 53 6 11.3 24 6 25 79 7 8.9 56 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 7 9 3 7 7 8 3 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.641190476 1.641190476 1 3.938172043 0.984543011 4 2.144367521 1.072183761 2 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000000293 1 1.95E-09 1 0.000000165 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 63025221 C A - - - - - - 36 0 0 46 6 13 19 2 10.5 70 0 0 56 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 7 9 3 7 7 8 3 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.888095238 1.888095238 1 1.654032258 1.654032258 1 0 0 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000000123 1 0.004039874 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 63071821 C G - - - - - - 22 0 0 41 7 17.1 21 0 0 77 0 0 49 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 7 9 3 7 7 8 3 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.483571429 0.827857143 3 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1.51E-09 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 63570631 C T NKAIN3 ENST00000328472 r.? - - intronic 32 0 0 52 5 9.6 36 2 5.6 62 2 3.2 57 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 7 9 3 7 7 8 3 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.394285714 1.394285714 1 0.882150538 0.882150538 1 0.771008547 0.771008547 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.00000668 1 0.014070883 1 0.038789653 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 63626366 T A NKAIN3 ENST00000328472 r.? - - intronic 32 0 0 58 5 8.6 28 0 0 100 3 3 61 11 18 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 9 3 7 7 8 3 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.249047619 1.249047619 1 0 0 1 0.722820513 0.722820513 1 1.093705584 1.093705584 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.0000115 1 1 1 0.014102917 1 1.62E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 63707053 C A NKAIN3 ENST00000328472 r.? - - intronic 33 0 0 45 5 11.1 20 1 5 88 7 8 52 9 17.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 9 3 7 7 8 3 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.612142857 1.612142857 1 0.787634409 0.787634409 1 1.927521368 1.927521368 1 1.051172589 1.051172589 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.00000323 1 0.09538952 1 0.000000348 1 5.92E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 63735377 C G NKAIN3 ENST00000328472 r.? - - intronic 33 0 0 45 4 8.9 33 4 12.1 65 0 0 50 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 7 9 3 7 7 8 3 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.292619048 1.292619048 1 1.906075269 1.906075269 1 0 0 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.0000791 1 0.0000228 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 64581449 T C - - - - - - 31 0 0 40 5 12.5 25 1 4 58 6 10.3 43 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 7 9 3 7 7 8 3 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.81547619 1.81547619 1 0.630107527 0.630107527 1 2.481683761 0.82722792 3 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.00000178 1 0.117779757 1 0.000000506 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 64758640 G T - - - - - - 34 0 0 43 4 9.3 27 1 3.7 73 0 0 56 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 7 9 3 7 7 8 3 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.350714286 1.350714286 1 0.582849462 0.582849462 1 0 0 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000066 1 0.126579904 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 64790168 G T - - - - - - 34 0 0 43 4 9.3 30 2 6.7 89 1 1.1 52 9 17.3 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 9 3 7 7 8 3 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.350714286 1.350714286 1 1.055430108 1.055430108 1 0.265034188 0.265034188 1 1.051172589 1.051172589 1 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000066 1 0.009909649 1 0.359890627 1 5.92E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 64856067 C A - - - - - - 35 0 0 68 7 10.3 25 1 4 73 2 2.7 61 19 31.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 9 3 7 7 8 3 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.495952381 1.495952381 1 0.630107527 0.630107527 1 0.650538462 0.650538462 1 1.889680203 0.944840102 2 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000000058 1 0.117779757 1 0.052016623 1 4.64E-29 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 65076973 G T - - - - - - 36 0 0 47 11 23.4 19 2 10.5 66 0 0 59 6 10.2 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 9 3 7 7 8 3 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 3.398571429 1.132857143 3 1.654032258 1.654032258 1 0 0 1 0.619766497 0.619766497 1 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 7.21E-16 1 0.004039874 1 1 1 0.000000561 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 65173870 A T - - - - - - 35 0 0 47 4 8.5 35 1 2.9 78 7 9 49 0 0 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 7 9 3 7 7 8 3 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.23452381 1.23452381 1 0.456827957 NA 0 2.168461538 1.084230769 2 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.0000939 1 0.16091139 1 0.000000151 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 65316703 G T - - - - - - 32 0 0 42 6 14.3 20 1 5 102 8 7.8 77 0 0 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 7 9 3 7 7 8 3 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.076904762 2.076904762 1 0.787634409 0.787634409 1 1.879333333 1.879333333 1 0 NA 0 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 7.02E-08 1 0.09538952 1 5.64E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 66297633 C T - - - - - - 35 0 0 61 6 9.8 36 0 0 68 0 0 60 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 7 9 3 7 7 8 3 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.423333333 1.423333333 1 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000000685 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 66539466 G C ARMC1 CCDS6181.1 r.403c>g c.168C>G p.V56V silent 28 0 0 42 4 9.5 32 0 0 67 0 0 45 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 7 9 3 7 7 8 3 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.379761905 1.379761905 1 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.0000601 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 66647185 C T PDE7A CCDS34901.1 r.? - - intronic 32 0 0 54 9 16.7 26 3 11.5 70 1 1.4 47 13 27.7 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 9 3 7 7 8 3 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.42547619 0.808492063 3 1.81155914 1.81155914 1 0.337316239 0.337316239 1 1.683091371 0.841545685 2 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 8.48E-12 1 0.000298167 1 0.295930304 1 1.47E-19 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 66964704 G T DNAJC5B CCDS6183.1 r.? - - intronic 42 0 0 51 6 11.8 37 2 5.4 63 2 3.2 74 11 14.9 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 9 3 7 7 8 3 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.713809524 1.713809524 1 0.850645161 0.850645161 1 0.771008547 0.771008547 1 0.905345178 0.905345178 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000000232 1 0.014826063 1 0.03993132 1 1.53E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 67867293 G A - - - - - - 33 0 0 46 5 10.9 20 1 5 42 1 2.4 39 7 17.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 9 3 7 7 8 3 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.583095238 1.583095238 1 0.787634409 0.787634409 1 0.57825641 0.57825641 1 1.087629442 1.087629442 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.00000361 1 0.09538952 1 0.189842622 1 1.04E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 67927589 C G LRRC67 CCDS34902.1 r.? - - intronic 26 0 0 51 6 11.8 27 1 3.7 37 0 0 64 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 7 9 3 7 7 8 3 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.713809524 1.713809524 1 0.582849462 NA 0 0 0 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000000232 1 0.126579904 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 68485683 A G CPA6 CCDS6200.1 r.? - - intronic 20 0 0 41 4 9.8 36 4 11.1 62 5 8.1 52 0 0 0 0 NA 0 0 NA 2 2 100 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 7 9 3 7 7 8 3 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.423333333 1.423333333 1 1.748548387 1.748548387 1 1.951615385 1.951615385 1 0 NA 0 NA NA 0 15.75268817 2.250384025 7 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.0000546 1 0.0000324 0.000025 0.000016 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 68940335 C A PREX2 CCDS6201.1 r.? - - intronic 35 0 0 35 17 48.6 21 10 47.6 65 26 40 56 25 44.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 9 3 7 7 8 3 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 7.058571429 1.008367347 7 7.49827957 1.071182796 7 9.637606838 1.204700855 8 2.709959391 0.903319797 3 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 3.18E-30 1 3.28E-18 1 1.24E-42 1 1.43E-42 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 68953861 G T PREX2 CCDS6201.1 r.? - - intronic 34 0 0 53 10 18.9 30 5 16.7 69 3 4.3 58 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 7 9 3 7 7 8 3 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.745 0.915 3 2.630698925 0.876899642 3 1.036042735 1.036042735 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1.57E-13 1 0.000000401 1 0.005121501 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 69777135 C G - - - - - - 37 0 0 56 5 8.9 37 0 0 69 0 0 70 0 0 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 7 9 3 7 7 8 3 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.292619048 1.292619048 1 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.00000965 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 69778147 T C - - - - - - 33 0 0 50 11 22 28 2 7.1 74 3 4.1 50 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 7 9 3 7 7 8 3 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 3.195238095 1.065079365 3 1.11844086 1.11844086 1 0.987854701 0.987854701 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1.52E-15 1 0.008668191 1 0.006220661 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 70207326 A T - - - - - - 33 0 0 51 5 9.8 23 1 4.3 59 3 5.1 42 4 9.5 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 7 9 3 7 7 8 3 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.423333333 1.423333333 1 0.677365591 NA 0 1.228794872 1.228794872 1 0.577233503 0.577233503 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.00000606 1 0.108890944 1 0.003297476 1 0.0000601 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 71013686 G A NCOA2 ENST00000267974 r.? - - downstream 26 0 0 68 5 7.4 28 1 3.6 76 6 7.9 47 7 14.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 9 3 7 7 8 3 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.074761905 1.074761905 1 0.567096774 0.567096774 1 1.90342735 1.90342735 1 0.905345178 0.905345178 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.0000251 1 0.130947004 1 0.00000253 1 4.12E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 71844796 G T - - - - - - 31 0 0 49 5 10.2 26 0 0 65 1 1.5 73 15 20.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 9 3 7 7 8 3 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.481428571 1.481428571 1 0 0 1 0.361410256 0.361410256 1 1.245609137 1.245609137 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.00000496 1 1 1 0.278061424 1 3.38E-20 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 71845388 C A - - - - - - 29 0 0 53 7 13.2 17 1 5.9 56 0 0 56 11 19.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 9 3 7 7 8 3 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.917142857 1.917142857 1 0.929408602 0.929408602 1 0 0 1 1.190923858 1.190923858 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 9.85E-09 1 0.081683532 1 1 1 5.91E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 72285680 G A - - - - - - 43 0 0 53 6 11.3 31 0 0 83 3 3.6 57 13 22.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 9 3 7 7 8 3 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.641190476 1.641190476 1 0 0 1 0.867384615 0.867384615 1 1.385360406 1.385360406 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000000293 1 1 1 0.008529565 1 2.44E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 72691034 C G - - - - - - 24 0 0 44 5 11.4 24 1 4.2 64 0 0 43 5 11.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 1 100 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 9 3 7 7 8 3 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.655714286 1.655714286 1 0.661612903 0.661612903 1 0 0 1 0.704832487 0.704832487 1 NA NA 0 NA NA 0 24.09401709 3.011752137 8 NA NA 0 6 NA 1 1 0.00000288 1 0.113346489 1 1 0.005 0.00000257 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 72774402 C A AC016057.1 ENST00000457356 r.? - - intronic 35 0 0 52 4 7.7 31 0 0 74 0 0 43 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 7 9 3 7 7 8 3 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.118333333 1.118333333 1 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000139698 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 73248311 G A - - - - - - 25 0 0 55 11 20 25 0 0 67 8 11.9 41 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 7 9 3 7 7 8 3 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.904761905 0.968253968 3 0 0 1 2.867188034 0.955729345 3 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 4.77E-15 1 1 1 1.96E-09 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 73322092 C G - - - - - - 33 0 0 57 5 8.8 33 5 15.2 90 7 7.8 45 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 7 9 3 7 7 8 3 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.278095238 1.278095238 1 2.394408602 1.197204301 2 1.879333333 1.879333333 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.0000105 1 0.00000066 1 0.000000406 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 73395456 G A - - - - - - 25 0 0 66 8 12.1 30 0 0 69 0 0 55 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 7 9 3 7 7 8 3 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.757380952 1.757380952 1 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1.73E-09 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 73548077 T C KCNB2 CCDS6209.1 r.? - - intronic 30 0 0 44 25 56.8 29 16 55.2 87 31 35.6 68 33 48.5 0 0 NA 0 0 NA 1 1 100 1 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 9 3 7 7 8 3 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 8.24952381 1.178503401 7 8.695483871 1.242211982 7 8.577470085 1.072183761 8 2.946928934 0.982309645 3 NA NA 1 15.75268817 2.250384025 7 0 0 1 NA NA 0 8 NA 1 1 3.83E-46 1 9.74E-30 0.005 1.28E-48 1 2.71E-57 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 73585462 C G KCNB2 CCDS6209.1 r.? - - intronic 28 0 0 50 4 8 22 0 0 79 0 0 52 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 7 9 3 7 7 8 3 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.161904762 1.161904762 1 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000119787 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 74412766 G C STAU2 ENST00000343268 r.? - - intronic 27 0 0 39 4 10.3 28 7 25 86 2 2.3 51 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 7 9 3 7 7 8 3 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.495952381 1.495952381 1 3.938172043 0.984543011 4 0.554162393 0.554162393 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.0000447 1 8.44E-11 1 0.069370687 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 74794813 A C UBE2W CCDS47875.1 r.? - - upstream 32 0 0 48 8 16.7 32 6 18.8 89 9 10.1 61 11 18 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 9 3 7 7 8 3 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.42547619 0.808492063 3 2.961505376 0.987168459 3 2.433495726 0.811165242 3 1.093705584 1.093705584 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 1.23E-10 1 1.27E-08 1 8.66E-10 1 1.62E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 75502799 T G - - - - - - 30 0 0 52 6 11.5 32 2 6.2 72 2 2.8 53 10 18.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 9 3 7 7 8 3 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.670238095 1.670238095 1 0.976666667 0.976666667 1 0.674632479 0.674632479 1 1.148390863 1.148390863 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000000261 1 0.011224977 1 0.050755634 1 1.57E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 76211183 G A - - - - - - 28 0 0 51 6 11.8 31 2 6.5 75 0 0 51 10 19.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 9 3 7 7 8 3 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.713809524 1.713809524 1 1.023924731 1.023924731 1 0 0 1 1.190923858 1.190923858 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.000000232 1 0.010558179 1 1 1 1.04E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 76372803 C G HNF4G ENST00000354370 r.? - - intronic 34 0 0 61 10 16.4 35 5 14.3 76 7 9.2 56 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 7 9 3 7 7 8 3 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.381904762 1.190952381 2 2.252634409 2.252634409 1 2.216649573 1.108324786 2 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 6.98E-13 1 0.000000895 1 0.000000126 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 77343137 A G - - - - - - 33 0 0 53 10 18.9 26 5 19.2 72 5 6.9 52 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 7 9 3 7 7 8 3 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.745 0.915 3 3.024516129 1.008172043 3 1.662487179 1.662487179 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1.57E-13 1 0.000000188 1 0.0000331 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 77427345 C T - - - - - - 33 0 0 59 10 16.9 27 3 11.1 67 4 6 55 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA FALSE FALSE 7 7 9 3 7 7 8 3 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.45452381 0.818174603 3 1.748548387 1.748548387 1 1.445641026 1.445641026 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 1 4.91E-13 1 0.000334187 1 0.000372648 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 77521680 G A - - - - - - 31 0 0 48 5 10.4 28 2 7.1 69 2 2.9 42 3 7.1 3 0 0 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 9 3 7 7 8 3 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.51047619 1.51047619 1 1.11844086 1.11844086 1 0.698726496 0.698726496 1 0.431406091 0.431406091 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.00000447 1 0.008668191 1 0.04704084 1 0.001240292 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 77711002 A T ZFHX4 CCDS47878.1 r.? - - intronic 36 0 0 51 6 11.8 22 2 9.1 87 5 5.7 43 12 27.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 9 3 7 7 8 3 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.713809524 1.713809524 1 1.433494624 1.433494624 1 1.373358974 1.373358974 1 1.695243655 0.847621827 2 NA NA 0 NA NA 0 0 0 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000000232 1 0.005403392 1 0.0000821 1 3.24E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 77892937 C G PEX2 CCDS6221.1 r.3937g>c c.? p.? 3'UTR variant 31 0 0 41 4 9.8 38 5 13.2 85 9 10.6 45 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA FALSE FALSE 7 7 9 3 7 7 8 3 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.423333333 1.423333333 1 2.079354839 2.079354839 1 2.553965812 0.851321937 3 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.0000546 1 0.00000137 1 5.71E-10 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 78036438 G C - - - - - - 29 0 0 49 4 8.2 28 1 3.6 66 3 4.5 49 8 16.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 9 3 7 7 8 3 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.190952381 1.190952381 1 0.567096774 0.567096774 1 1.084230769 1.084230769 1 0.990411168 0.990411168 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000110643 1 0.130947004 1 0.004522888 1 1.47E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 78164618 A G - - - - - - 30 0 0 54 12 22.2 29 3 10.3 70 5 7.1 56 11 19.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 TRUE FALSE 7 7 9 3 7 7 8 3 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 3.224285714 1.074761905 3 1.622526882 1.622526882 1 1.710675214 1.710675214 1 1.190923858 1.190923858 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 0 NA 0 8 NA 1 1 6.9E-17 1 0.000414371 1 0.0000289 1 5.91E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 78190016 G C - - - - - - 32 0 0 33 4 12.1 21 0 0 72 0 0 42 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 7 9 3 7 7 8 3 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.757380952 1.757380952 1 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.0000228 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 78675449 G T - - - - - - 37 0 0 38 4 10.5 19 1 5.3 61 4 6.6 66 14 21.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 9 3 7 7 8 3 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.525 1.525 1 0.834892473 0.834892473 1 1.590205128 1.590205128 1 1.288142132 1.288142132 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.0000403 1 0.090843738 1 0.000259828 1 3.71E-19 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 80208164 C T - - - - - - 30 0 0 55 6 10.9 34 2 5.9 80 0 0 58 8 13.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE NA 7 7 NA NA 7 6 NA NA 0 1 NA NA 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1 0.929408602 0.929408602 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.000000367 1 0.012612579 1 1 1 5.99E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 80285477 A T - - - - - - 33 0 0 63 10 15.9 28 1 3.6 72 4 5.6 67 15 22.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE NA 7 7 NA NA 7 6 NA NA 0 1 NA NA 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1 0.567096774 NA 0 1.237264957 1.237264957 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 9.81E-13 1 0.130947004 1 0.000490365 1 8.27E-21 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 80642971 G T - - - - - - 26 0 0 44 4 9.1 31 3 9.7 75 1 1.3 54 7 13 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA FALSE FALSE NA 7 7 NA NA 7 6 NA NA 0 1 NA NA 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1 1.528010753 1.528010753 1 0.287222222 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.0000723 1 0.000505952 1 0.313356907 1 1.13E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 82112717 T G - - - - - - 32 0 0 43 9 20.9 29 1 3.4 74 4 5.4 49 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE NA 7 7 NA NA 7 6 NA NA 0 1 NA NA 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1 0.535591398 NA 0 1.193076923 1.193076923 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 9.45E-13 1 0.135292269 1 0.00054411 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 82982984 G A - - - - - - 26 0 0 52 6 11.5 26 3 11.5 77 1 1.3 58 10 17.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA FALSE FALSE NA 7 7 NA NA 7 6 NA NA 0 1 NA NA 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1 1.81155914 1.81155914 1 0.287222222 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.000000261 1 0.000298167 1 0.320206172 1 4.1E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 83205468 A C - - - - - - 31 0 0 61 10 16.4 31 6 19.4 79 0 0 52 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE NA 7 7 NA NA 7 6 NA NA 0 1 NA NA 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1 3.056021505 1.018673835 3 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 6.98E-13 1 1.03E-08 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 83540601 C A - - - - - - 31 0 0 47 5 10.6 32 2 6.2 70 0 0 66 11 16.7 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE NA 7 7 NA NA 7 6 NA NA 0 1 NA NA 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1 0.976666667 0.976666667 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.00000402 1 0.011224977 1 1 1 4.07E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 83803612 A G - - - - - - 43 0 0 50 5 10 22 2 9.1 72 3 4.2 48 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE NA 7 7 NA NA 7 6 NA NA 0 1 NA NA 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1 1.433494624 1.433494624 1 0.927948718 0.927948718 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.00000549 1 0.005403392 1 0.00576558 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 83916116 T C - - - - - - 27 0 0 43 7 16.3 31 1 3.2 62 1 1.6 63 0 0 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE NA 7 7 NA NA 7 6 NA NA 0 1 NA NA 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1 0.504086022 NA 0 0.353504274 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 2.15E-09 1 0.143917729 1 0.267123145 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 84129206 T C - - - - - - 32 0 0 45 5 11.1 26 3 11.5 70 3 4.3 52 0 0 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE NA 7 7 NA NA 7 6 NA NA 0 1 NA NA 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1 1.81155914 1.81155914 1 0.950042735 0.950042735 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.00000323 1 0.000298167 1 0.005331097 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 84145527 A G - - - - - - 35 0 0 58 5 8.6 27 0 0 80 0 0 57 0 0 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE NA 7 7 NA NA 7 6 NA NA 0 1 NA NA 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1 0 NA 0 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.0000115 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 84251469 C A - - - - - - 28 0 0 45 19 42.2 30 8 26.7 64 18 28.1 50 22 44 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 FALSE FALSE NA 7 7 NA NA 7 6 NA NA 0 1 NA NA 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1 4.205967742 1.051491935 4 6.208418803 1.034736467 6 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 4.11E-32 1 2.07E-12 1 1.1E-26 1 1.85E-37 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 84369238 A G - - - - - - 37 0 0 48 19 39.6 38 22 57.9 76 17 22.4 69 31 44.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE NA 7 7 NA NA 7 6 NA NA 0 1 NA NA 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1 9.120806452 1.30297235 7 4.949059829 0.989811966 5 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1.92E-31 1 4.91E-41 1 2.21E-23 1 1.54E-52 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 84573261 G A - - - - - - 23 0 0 60 7 11.7 31 1 3.2 85 0 0 58 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE NA 7 7 NA NA 7 6 NA NA 0 1 NA NA 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1 0.504086022 NA 0 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 2.39E-08 1 0.143917729 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 84990604 T A - - - - - - 31 0 0 57 8 14 32 5 15.6 85 6 7.1 84 18 21.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE NA 7 7 NA NA 7 6 NA NA 0 1 NA NA 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1 2.457419355 0.819139785 3 1.568675214 1.568675214 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 5.19E-10 1 0.000000562 1 0.00000487 1 2.65E-24 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 84999067 C A - - - - - - 31 0 0 57 6 10.5 27 0 0 75 2 2.7 77 8 10.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE NA 7 7 NA NA 7 6 NA NA 0 1 NA NA 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1 0 NA 0 0.596538462 0.596538462 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.000000456 1 1 1 0.054571821 1 6.05E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 85038788 A T - - - - - - 29 0 0 54 6 11.1 32 4 12.5 100 10 10 74 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 10 7 5 7 7 6 3 2 3 1 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.834142857 1.834142857 1 2.344086022 2.344086022 1 2.209401709 1.104700855 2 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000000329 1 0.0000201 1 1.12E-10 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 85119168 A G - - - - - - 40 0 0 63 7 11.1 42 4 9.5 87 7 8 83 23 27.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 TRUE FALSE 9 10 7 5 7 7 6 3 2 3 1 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.834142857 1.834142857 1 1.781505376 1.781505376 1 1.767521368 1.767521368 1 2.237091371 1.118545685 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 0 NA 0 8 NA 1 1 3.38E-08 1 0.0000601 1 0.000000322 1 1.64E-33 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 85286304 C T - - - - - - 34 0 0 62 9 14.5 34 6 17.6 80 1 1.2 94 7 7.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 10 7 5 7 7 6 3 2 3 1 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.395952381 1.19797619 2 3.300473118 1.100157706 3 0.265128205 NA 0 0.597634518 0.597634518 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 3.12E-11 1 1.86E-08 1 0.33035218 1 0.000000547 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 85483145 C T - - - - - - 41 0 0 51 6 11.8 25 2 8 85 2 2.4 73 11 15.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 9 10 7 5 7 7 6 3 2 3 1 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.949809524 1.949809524 1 1.500215054 1.500215054 1 0.53025641 0.53025641 1 1.219497462 1.219497462 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000000232 1 0.006948068 1 0.067975933 1 1.31E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 85572382 T A - - - - - - 39 0 0 47 7 14.9 28 3 10.7 80 9 11.2 80 21 26.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 9 10 7 5 7 7 6 3 2 3 1 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.462047619 0.82068254 3 2.006537634 2.006537634 1 2.474529915 0.824843305 3 2.115949239 1.057974619 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 4.12E-09 1 0.000372895 1 3.29E-10 1 3.63E-30 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 85624821 A C RALYL ENST00000399361 r.? - - intronic 32 0 0 47 6 12.8 34 5 14.7 58 2 3.4 76 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 10 7 5 7 7 6 3 2 3 1 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.115047619 2.115047619 1 2.756645161 0.91888172 3 0.751196581 0.751196581 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000000141 1 0.000000771 1 0.034352256 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 85945405 C T - - - - - - 35 0 0 63 8 12.7 38 3 7.9 26 0 0 81 0 0 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 10 7 5 7 7 6 3 2 3 1 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.09852381 1.049261905 2 1.481462366 1.481462366 1 0 NA 0 0 NA 0 NA NA 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1.18E-09 1 0.000925091 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 85959003 G C - - - - - - 27 0 0 69 4 5.8 37 2 5.4 79 1 1.3 90 8 8.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 10 7 5 7 7 6 3 2 3 1 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.958380952 0.958380952 1 1.012645161 1.012645161 1 0.287222222 NA 0 0.71877665 0.71877665 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000416985 1 0.014826063 1 0.326987115 1 0.000000021 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 86283835 G A - - - - - - 36 0 0 74 7 9.5 42 1 2.4 87 2 2.3 77 7 9.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 13 10 7 5 7 7 6 3 6 3 1 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.949761905 1.949761905 1 0.450064516 0.450064516 1 0.508162393 NA 0 0.734928934 0.734928934 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000000105 1 0.189842622 1 0.070774795 1 0.000000138 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 86946664 C A - - - - - - 46 0 0 77 5 6.5 35 0 0 108 5 4.6 108 5 4.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 13 10 7 5 7 7 6 3 6 3 1 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.334047619 1.334047619 1 0 0 1 1.016324786 1.016324786 1 0.371502538 0.371502538 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.0000458 1 1 1 0.000227198 1 0.000227198 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 87172164 C T - - - - - - 32 0 0 51 15 29.4 37 10 27 94 10 10.6 94 37 39.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 13 10 7 4 7 7 6 3 6 3 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 6.034 1.005666667 6 5.063225806 1.012645161 5 2.341965812 1.170982906 2 2.788 0.929333333 3 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 8.22E-23 1 3.01E-15 1 6.03E-11 1 1.07E-59 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 87260948 C T - - - - - - 28 0 0 58 10 17.2 31 1 3.2 61 1 1.6 58 6 10.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.498095238 0.832698413 3 0.504086022 0.504086022 1 0.353504274 NA 0 0.72884264 0.72884264 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 4.1E-13 1 0.143917729 1 0.263440347 1 0.000000506 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 87342047 C T - - - - - - 19 0 0 40 21 52.5 35 15 42.9 75 18 24 53 23 43.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 7.625 1.089285714 7 6.757903226 0.965414747 7 5.302564103 1.060512821 5 3.071045685 1.023681895 3 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 5.72E-38 1 9.02E-26 1 2.78E-25 1 6.43E-39 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 87617143 A C CNGB3 CCDS6244.1 r.? - - intronic 24 0 0 60 11 18.3 29 3 10.3 97 3 3.1 71 0 0 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.657857143 0.885952381 3 1.622526882 1.622526882 1 0.68491453 0.68491453 1 0 NA 0 NA NA 0 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1.34E-14 1 0.000414371 1 0.013001329 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 87640114 C A CNGB3 CCDS6244.1 r.? - - intronic 28 0 0 56 4 7.1 24 0 0 79 0 0 54 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.031190476 1.031190476 1 0 0 1 0 NA 0 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000186538 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 88161993 A T - - - - - - 39 0 0 56 4 7.1 29 2 6.9 62 6 9.7 66 6 9.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.031190476 1.031190476 1 1.086935484 1.086935484 1 2.143119658 1.071559829 2 0.643928934 0.643928934 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000186538 1 0.009279585 1 0.000000756 1 0.0000011 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 88424715 A G - - - - - - 39 0 0 47 6 12.8 21 0 0 80 6 7.5 62 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.859047619 1.859047619 1 0 0 1 1.657051282 1.657051282 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000000141 1 1 1 0.00000342 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 88525610 G A - - - - - - 43 0 0 48 5 10.4 37 8 21.6 89 5 5.6 67 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.51047619 1.51047619 1 3.402580645 1.134193548 3 1.237264957 1.237264957 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.00000447 1 1.33E-11 1 0.0000915 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 89837909 A C - - - - - - 33 0 0 47 6 12.8 21 2 9.5 70 0 0 74 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.859047619 1.859047619 1 1.496505376 1.496505376 1 0 0 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000000141 1 0.004928472 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 91126322 C G - - - - - - 30 0 0 53 4 7.5 25 2 8 77 5 6.5 66 9 13.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.089285714 1.089285714 1 1.260215054 1.260215054 1 1.436111111 1.436111111 1 0.96235533 0.96235533 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000150502 1 0.006948068 1 0.0000458 1 5.59E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 91569610 C T - - - - - - 28 0 0 50 5 10 23 3 13 79 8 10.1 61 0 0 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.452380952 1.452380952 1 2.047849462 2.047849462 1 2.231495726 1.115747863 2 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.00000549 1 0.000205387 1 7.43E-09 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 91642309 G C TMEM64 CCDS34920.2 r.? - - intronic 26 0 0 52 6 11.5 36 5 13.9 64 0 0 64 0 0 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.670238095 1.670238095 1 2.189623656 2.189623656 1 0 0 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000000261 1 0.00000104 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 91738181 C T - - - - - - 29 0 0 62 9 14.5 25 3 12 52 0 0 58 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.105952381 1.05297619 2 1.890322581 1.890322581 1 0 0 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 3.12E-11 1 0.00026475 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 92089033 G C OTUD6B CCDS6253.2 r.? - - intronic 39 0 0 64 4 6.2 35 0 0 82 0 0 65 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.90047619 0.90047619 1 0 0 1 0 NA 0 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000312605 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 93120376 T C - - - - - - 34 0 0 61 8 13.1 30 4 13.3 71 1 1.4 55 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.902619048 0.951309524 2 2.095107527 2.095107527 1 0.309316239 0.309316239 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 9.09E-10 1 0.0000154 1 0.299450652 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 93509810 A T - - - - - - 42 0 0 58 4 6.9 31 2 6.5 74 0 0 72 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.002142857 1.002142857 1 1.023924731 1.023924731 1 0 NA 0 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000213772 1 0.010558179 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 93604477 C G - - - - - - 13 0 0 50 4 8 31 4 12.9 83 4 4.8 59 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.161904762 1.161904762 1 2.032096774 2.032096774 1 1.060512821 1.060512821 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000119787 1 0.0000177 1 0.000838577 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 93801053 C A - - - - - - 21 0 0 48 6 12.5 30 0 0 73 0 0 52 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.81547619 1.81547619 1 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.00000016 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 94100488 C G - - - - - - 28 0 0 60 34 56.7 31 13 41.9 90 18 20 58 26 44.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 8.235 1.176428571 7 6.600376344 0.942910906 7 4.418803419 1.104700855 4 3.170111675 1.056703892 3 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 3.58E-62 1 2.32E-22 1 1.03E-23 1 2.83E-44 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 94654587 G A AC011118.2 ENST00000501400 r.? - - intronic 42 0 0 46 6 13 33 8 24.2 85 4 4.7 69 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.888095238 1.888095238 1 3.812150538 0.953037634 4 1.038418803 1.038418803 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000000123 1 4.85E-12 1 0.000916711 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 95159721 G A CDH17 CCDS6260.1 r.? - - intronic 22 0 0 52 5 9.6 23 2 8.7 68 3 4.4 65 10 15.4 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.394285714 1.394285714 1 1.370483871 1.370483871 1 0.972136752 0.972136752 1 1.089725888 1.089725888 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.00000668 1 0.00589844 1 0.004916956 1 1.36E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 95812392 C G - - - - - - 30 0 0 52 5 9.6 27 1 3.7 53 0 0 54 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.394285714 1.394285714 1 0.582849462 0.582849462 1 0 0 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.00000668 1 0.126579904 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 96539624 C G - - - - - - 24 0 0 56 7 12.5 35 3 8.6 63 7 11.1 49 0 0 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.81547619 1.81547619 1 1.354731183 1.354731183 1 2.452435897 0.817478632 3 0 NA 0 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1.46E-08 1 0.000725791 1 3.38E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 96546343 A G - - - - - - 24 0 0 55 6 10.9 34 2 5.9 76 5 6.6 78 10 12.8 3 0 0 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.583095238 1.583095238 1 0.929408602 0.929408602 1 1.458205128 1.458205128 1 0.905746193 0.905746193 1 NA NA 0 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000000367 1 0.012612579 1 0.000043 1 9.02E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 96764734 C T - - - - - - 25 0 0 54 5 9.3 28 3 10.7 30 1 3.3 63 0 0 1 0 0 2 2 100 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.350714286 1.350714286 1 1.685537634 1.685537634 1 0.729102564 0.729102564 1 0 NA 0 14.52380952 2.074829932 7 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.00000806 0.000025 0.000372895 1 0.139615808 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 98188391 C T - - - - - - 30 0 0 38 9 23.7 17 4 23.5 61 1 1.6 46 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 3.442142857 0.860535714 4 3.70188172 0.92547043 4 0.353504274 0.353504274 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 2.79E-13 1 0.00000141 1 0.263440347 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 98803078 G A LAPTM4B CCDS6275.1 r.? - - intronic 34 0 0 39 7 17.9 30 4 13.3 42 1 2.4 52 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.599761905 0.866587302 3 2.095107527 2.095107527 1 0.53025641 0.53025641 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1.04E-09 1 0.0000154 1 0.189842622 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 99725827 G A ENSG00000104375 CCDS47900.1 r.? - - intronic 27 0 0 42 5 11.9 21 2 9.5 74 5 6.8 65 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA FALSE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.728333333 1.728333333 1 1.496505376 1.496505376 1 1.502393162 1.502393162 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.00000228 1 0.004928472 1 0.0000378 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 100080979 C T VPS13B CCDS6280.1 r.? - - intronic 26 0 0 48 8 16.7 32 1 3.1 72 5 6.9 47 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.42547619 0.808492063 3 0.488333333 0.488333333 1 1.524487179 1.524487179 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1.23E-10 1 0.14819814 1 0.0000331 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 100288823 G T VPS13B CCDS6280.1 r.? - - intronic 38 0 0 51 9 17.6 25 3 12 73 3 4.1 66 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.556190476 0.852063492 3 1.890322581 1.890322581 1 0.905854701 0.905854701 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 4.92E-12 1 0.00026475 1 0.005990531 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 100378453 C G VPS13B CCDS6280.1 r.? - - intronic 35 0 0 65 13 20 35 1 2.9 92 3 3.3 80 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.904761905 0.968253968 3 0.456827957 NA 0 0.729102564 0.729102564 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1.57E-17 1 0.16091139 1 0.011278661 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 101861438 G C - - - - - - 30 0 0 47 11 23.4 37 9 24.3 70 6 8.6 70 11 15.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 3.398571429 1.132857143 3 3.827903226 0.956975806 4 1.90008547 1.90008547 1 1.110954315 1.110954315 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 7.21E-16 1 2.14E-13 1 0.00000156 1 8.06E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 102804189 G C NCALD CCDS6292.1 r.? - - intronic 37 0 0 51 23 45.1 38 16 42.1 102 20 19.6 72 40 55.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 6.550238095 0.935748299 7 6.63188172 0.947411674 7 4.33042735 1.082606838 4 3.934335025 1.311445008 3 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 2.05E-39 1 3.06E-27 1 5.36E-26 1 2.22E-72 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 102862016 T A NCALD CCDS6292.1 r.? - - intronic 29 0 0 48 4 8.3 22 1 4.5 79 3 3.8 57 4 7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.20547619 1.20547619 1 0.708870968 NA 0 0.83957265 0.83957265 1 0.495329949 0.495329949 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000102016 1 0.104413009 1 0.007450026 1 0.000199821 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 103257744 T G - - - - - - 30 0 0 49 10 20.4 25 6 24 65 5 7.7 65 10 15.4 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.962857143 0.987619048 3 3.780645161 0.94516129 4 1.701239316 1.701239316 1 1.089725888 1.089725888 1 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 6.72E-14 1 2.55E-09 1 0.0000201 1 1.36E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 103386050 C T UBR5 CCDS34933.1 r.? - - intronic 35 0 0 78 9 11.5 21 0 0 89 4 4.5 57 9 15.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.670238095 1.670238095 1 0 0 1 0.994230769 0.994230769 1 1.118030457 1.118030457 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 2.61E-10 1 1 1 0.001088103 1 1.42E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 104181622 G A BAALC CCDS6297.1 r.? - - intronic 28 0 0 47 6 12.8 26 8 30.8 80 9 11.2 53 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.859047619 1.859047619 1 4.851827957 0.970365591 5 2.474529915 0.824843305 3 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000000141 1 5.63E-13 1 3.29E-10 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 104563416 C A RIMS2 ENST00000504942 r.? - - intronic 28 0 0 53 6 11.3 30 0 0 79 4 5.1 76 4 5.3 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.641190476 1.641190476 1 0 0 1 1.126794872 1.126794872 1 0.375035533 0.375035533 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000000293 1 1 1 0.000696582 1 0.00060191 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 104702081 T A RIMS2 ENST00000504942 r.? - - intronic 35 0 0 52 6 11.5 24 0 0 83 2 2.4 73 7 9.6 4 0 0 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 1 0 0 TRUE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.670238095 1.670238095 1 0 0 1 0.53025641 0.53025641 1 0.679309645 0.679309645 1 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 1 0 NA 0 8 NA 1 1 0.000000261 1 1 1 0.065215002 1 9.54E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 105047539 A G RIMS2 ENST00000507740 r.? - - intronic 30 0 0 43 9 20.9 21 5 23.8 73 4 5.5 67 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 3.03547619 1.011825397 3 3.749139785 0.937284946 4 1.21517094 1.21517094 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 9.45E-13 1 5.95E-08 1 0.000516741 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 105890374 A C - - - - - - 36 0 0 43 7 16.3 22 3 13.6 73 2 2.7 61 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.367380952 1.183690476 2 2.142365591 2.142365591 1 0.596538462 0.596538462 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 2.15E-09 1 0.000179267 1 0.052016623 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 105959350 C G - - - - - - 47 0 0 60 6 10 29 1 3.4 76 2 2.6 76 0 0 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.452380952 1.452380952 1 0.535591398 NA 0 0.574444444 0.574444444 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000000621 1 0.135292269 1 0.055865747 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 106365266 G T ZFPM2 CCDS47908.1 r.? - - intronic 43 0 0 43 5 11.6 29 3 10.3 74 0 0 63 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.684761905 1.684761905 1 1.622526882 1.622526882 1 0 0 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.00000257 1 0.000414371 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 107081454 C G - - - - - - 28 0 0 56 6 10.7 32 1 3.1 83 8 9.6 74 10 13.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.554047619 1.554047619 1 0.488333333 NA 0 2.121025641 1.060512821 2 0.955279188 0.955279188 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000000409 1 0.14819814 1 0.000000011 1 5.24E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 107528195 C G OXR1 CCDS47909.1 r.? - - intronic 36 0 0 48 27 56.2 28 13 46.4 83 17 20.5 65 29 44.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 8.162380952 1.166054422 7 7.309247312 1.044178187 7 4.529273504 0.905854701 5 3.155959391 1.051986464 3 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 1.5E-49 1 4.26E-23 1 1.14E-22 1 3.92E-49 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 108540815 A C - - - - - - 33 0 0 60 6 10 31 0 0 92 2 2.2 69 4 5.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.452380952 1.452380952 1 0 0 1 0.486068376 0.486068376 1 0.410416244 0.410416244 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000000621 1 1 1 0.07793117 1 0.000416985 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 109185891 G C - - - - - - 28 0 0 53 8 15.1 31 3 9.7 76 4 5.3 68 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.193095238 1.096547619 2 1.528010753 1.528010753 1 1.170982906 1.170982906 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 2.83E-10 1 0.000505952 1 0.00060191 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 109885260 C A - - - - - - 41 0 0 38 7 18.4 30 4 13.3 77 6 7.8 69 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.672380952 0.890793651 3 2.095107527 2.095107527 1 1.723333333 1.723333333 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 8.61E-10 1 0.0000154 1 0.00000273 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 110107146 C T TRHR CCDS6311.1 r.? - - intronic 30 0 0 51 5 9.8 24 0 0 87 0 0 60 0 0 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.423333333 1.423333333 1 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.00000606 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 110471247 A G PKHD1L1 CCDS47911.1 r.? - - intronic 37 0 0 41 4 9.8 36 1 2.8 73 2 2.7 65 16 24.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.423333333 1.423333333 1 0.441075269 0.441075269 1 0.596538462 0.596538462 1 1.740730964 0.870365482 2 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.0000546 1 0.165106833 1 0.052016623 1 7.85E-23 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 110772547 G T - - - - - - 29 0 0 49 14 28.6 33 3 9.1 76 6 7.9 70 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 4.153809524 1.038452381 4 1.433494624 1.433494624 1 1.74542735 1.74542735 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 3.5E-21 1 0.000609557 1 0.00000253 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 110941248 C G - - - - - - 33 0 0 45 4 8.9 26 0 0 68 0 0 66 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.292619048 1.292619048 1 0 0 1 0 NA 0 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.0000791 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 111344799 T G - - - - - - 17 0 0 48 8 16.7 29 1 3.4 72 0 0 56 10 17.9 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.42547619 0.808492063 3 0.535591398 NA 0 0 0 1 1.266629442 1.266629442 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1.23E-10 1 0.135292269 1 1 1 2.82E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 111408485 A T - - - - - - 45 0 0 40 6 15 18 0 0 68 3 4.4 58 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.178571429 1.089285714 2 0 0 1 0.972136752 0.972136752 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 5.18E-08 1 1 1 0.004916956 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 111441164 G A - - - - - - 23 0 0 52 7 13.5 34 2 5.9 60 0 0 62 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.960714286 1.960714286 1 0.929408602 0.929408602 1 0 NA 0 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 8.58E-09 1 0.012612579 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 111605493 C T - - - - - - 36 0 0 41 5 12.2 36 6 16.7 77 3 3.9 60 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.771904762 1.771904762 1 2.630698925 0.876899642 3 0.861666667 0.861666667 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.00000202 1 2.68E-08 1 0.006942426 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 111658772 C A - - - - - - 26 0 0 60 9 15 22 1 4.5 101 0 0 72 0 0 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.178571429 1.089285714 2 0.708870968 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 2.29E-11 1 0.104413009 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 111671172 A G - - - - - - 35 0 0 53 5 9.4 29 5 17.2 89 4 4.5 72 1 1.4 3 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.365238095 1.365238095 1 2.709462366 0.903154122 3 0.994230769 0.994230769 1 0.09906599 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.00000734 1 0.000000336 1 0.001088103 1 0.302953399 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 111711673 C T - - - - - - 23 0 0 42 6 14.3 24 5 20.8 72 10 13.9 67 0 0 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.076904762 2.076904762 1 3.27655914 1.09218638 3 3.071068376 1.023689459 3 0 NA 0 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 7.02E-08 1 0.000000123 1 3.95E-12 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 111758884 G A - - - - - - 30 0 0 42 20 47.6 19 5 26.3 84 19 22.6 62 16 25.8 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 6.913333333 0.987619048 7 4.142956989 1.035739247 4 4.993247863 0.998649573 5 1.82564467 0.912822335 2 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 4.41E-35 1 3.43E-08 1 4.62E-26 1 3.36E-23 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 111896184 T A - - - - - - 24 0 0 47 4 8.5 28 3 10.7 61 0 0 59 4 6.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.23452381 1.23452381 1 1.685537634 1.685537634 1 0 0 1 0.481177665 0.481177665 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 0.0000939 1 0.000372895 1 1 1 0.00022841 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 112202340 C A - - - - - - 45 0 0 53 9 17 35 4 11.4 77 2 2.6 69 0 0 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.469047619 0.823015873 3 1.795806452 1.795806452 1 0.574444444 0.574444444 1 0 NA 0 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 7.1E-12 1 0.0000289 1 0.057170369 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 112861103 C A - - - - - - 25 0 0 56 5 8.9 32 3 9.4 70 2 2.9 52 10 19.2 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.292619048 1.292619048 1 1.480752688 1.480752688 1 0.640726496 0.640726496 1 1.358619289 1.358619289 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.00000965 1 0.000556213 1 0.048267597 1 1.28E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 112868462 G A - - - - - - 21 0 0 52 11 21.2 28 3 10.7 98 3 3.1 66 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 3.079047619 1.026349206 3 1.685537634 1.685537634 1 0.68491453 0.68491453 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 2.44E-15 1 0.000372895 1 0.013362835 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 112995986 A T - - - - - - 28 0 0 39 4 10.3 23 3 13 65 2 3.1 62 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.495952381 1.495952381 1 2.047849462 2.047849462 1 0.68491453 0.68491453 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.0000447 1 0.000205387 1 0.042252341 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 113113210 C T - - - - - - 35 0 0 45 5 11.1 26 0 0 88 0 0 65 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.612142857 1.612142857 1 0 0 1 0 NA 0 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.00000323 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 113270049 C A CSMD3 CCDS6315.1 r.? - - intronic 36 0 0 53 5 9.4 20 0 0 76 0 0 63 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.365238095 1.365238095 1 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.00000734 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 113309066 T A CSMD3 CCDS6315.1 r.? - - intronic 32 0 0 42 5 11.9 22 3 13.6 65 1 1.5 53 0 0 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.728333333 1.728333333 1 2.142365591 2.142365591 1 0.331410256 0.331410256 1 0 NA 0 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.00000228 1 0.000179267 1 0.278061424 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 113369940 C A CSMD3 CCDS6315.1 r.? - - intronic 34 0 0 41 4 9.8 15 3 20 70 4 5.7 67 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA FALSE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.423333333 1.423333333 1 3.150537634 3.150537634 1 1.259358974 1.259358974 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.0000546 1 0.0000544 1 0.000440508 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 113613190 G A CSMD3 CCDS6315.1 r.? - - intronic 35 0 0 42 6 14.3 32 5 15.6 32 0 0 58 7 12.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.076904762 2.076904762 1 2.457419355 0.819139785 3 0 NA 0 0.856213198 0.856213198 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 7.02E-08 1 0.000000562 1 1 1 1.88E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 113636957 A G CSMD3 CCDS6315.1 r.? - - intronic 37 0 0 53 5 9.4 30 3 10 78 0 0 66 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.365238095 1.365238095 1 1.575268817 1.575268817 1 0 0 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.00000734 1 0.000458697 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 113893515 C T CSMD3 CCDS6315.1 r.? - - intronic 26 0 0 41 5 12.2 34 3 8.8 88 0 0 85 12 14.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.771904762 1.771904762 1 1.386236559 1.386236559 1 0 0 1 0.997736041 0.997736041 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 0.00000202 1 0.000666058 1 1 1 2.29E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 114191056 C T CSMD3 CCDS6315.1 r.? - - intronic 26 0 0 53 9 17 38 1 2.6 80 5 6.2 64 1 1.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.469047619 0.823015873 3 0.409569892 0.409569892 1 1.36982906 1.36982906 1 0.113218274 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 7.1E-12 1 0.173434892 1 0.000055 1 0.274433592 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 114364501 G A CSMD3 CCDS6315.1 r.? - - intronic 42 0 0 54 6 11.1 25 4 16 94 10 10.6 68 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA FALSE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.612142857 1.612142857 1 2.520430108 2.520430108 1 2.341965812 1.170982906 2 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000000329 1 0.00000727 1 6.03E-11 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 114602792 C A - - - - - - 36 0 0 56 8 14.3 25 3 12 55 3 5.5 56 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.076904762 1.038452381 2 1.890322581 1.890322581 1 1.21517094 1.21517094 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 4.48E-10 1 0.00026475 1 0.002700822 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 114687599 G T - - - - - - 29 0 0 49 7 14.3 20 2 10 65 7 10.8 53 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.076904762 1.038452381 2 1.575268817 1.575268817 1 2.386153846 1.193076923 2 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 5.58E-09 1 0.004473894 1 4.22E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 114795744 G T - - - - - - 33 0 0 48 6 12.5 21 0 0 74 4 5.4 79 9 11.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.81547619 1.81547619 1 0 0 1 1.193076923 1.193076923 1 0.806680203 0.806680203 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.00000016 1 1 1 0.00054411 1 2.93E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 114993305 C A - - - - - - 30 0 0 54 10 18.5 21 3 14.3 84 6 7.1 55 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 FALSE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.686904762 0.895634921 3 2.252634409 2.252634409 1 1.568675214 1.568675214 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 1 1 1.91E-13 1 0.000155401 1 0.00000455 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 115125700 C A - - - - - - 30 0 0 39 5 12.8 22 0 0 73 3 4.1 55 10 18.2 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.859047619 1.859047619 1 0 0 1 0.905854701 0.905854701 1 1.287857868 1.287857868 1 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.00000156 1 1 1 0.005990531 1 2.33E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 115581500 T G - - - - - - 32 0 0 46 4 8.7 24 5 20.8 70 1 1.4 66 6 9.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.263571429 1.263571429 1 3.27655914 1.09218638 3 0.309316239 0.309316239 1 0.643928934 0.643928934 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.0000862 1 0.000000123 1 0.295930304 1 0.0000011 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 115735487 G C - - - - - - 31 0 0 53 4 7.5 29 1 3.4 80 0 0 54 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.089285714 1.089285714 1 0.535591398 0.535591398 1 0 NA 0 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000150502 1 0.135292269 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 116036337 G A - - - - - - 32 0 0 52 11 21.2 36 9 25 79 1 1.3 66 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 3.079047619 1.026349206 3 3.938172043 0.984543011 4 0.287222222 NA 0 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 2.44E-15 1 1.63E-13 1 0.326987115 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 116903969 G A - - - - - - 33 0 0 48 7 14.6 23 4 17.4 102 15 14.7 59 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.12047619 1.060238095 2 2.740967742 0.913655914 3 3.247820513 1.082606838 3 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 4.81E-09 1 0.00000513 1 7.08E-18 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 116926504 A G - - - - - - 29 0 0 45 10 22.2 23 5 21.7 62 3 4.8 66 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 3.224285714 1.074761905 3 3.418333333 1.139444444 3 1.060512821 1.060512821 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 2.66E-14 1 9.75E-08 1 0.003793816 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 117244307 T G AF130342.1 ENST00000505156 r.? - - intronic 28 0 0 56 11 19.6 36 5 13.9 82 4 4.9 64 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.846666667 0.948888889 3 2.189623656 2.189623656 1 1.082606838 1.082606838 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 5.91E-15 1 0.00000104 1 0.000801325 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 117357031 C A - - - - - - 35 0 0 60 9 15 28 2 7.1 82 3 3.7 79 19 24.1 2 0 0 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.178571429 1.089285714 2 1.11844086 1.11844086 1 0.817478632 0.817478632 1 1.705350254 0.852675127 2 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 2.29E-11 1 0.008668191 1 0.008251578 1 1.27E-26 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 118219675 T C - - - - - - 29 0 0 47 8 17 32 2 6.2 75 2 2.7 66 0 0 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.469047619 0.823015873 3 0.976666667 0.976666667 1 0.596538462 0.596538462 1 0 NA 0 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1.03E-10 1 0.011224977 1 0.054571821 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 118761463 C A - - - - - - 36 0 0 47 5 10.6 20 0 0 84 3 3.6 60 9 15 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.53952381 1.53952381 1 0 0 1 0.795384615 0.795384615 1 1.06142132 1.06142132 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.00000402 1 1 1 0.008812993 1 2.29E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 119620549 G C SAMD12 CCDS47913.1 r.? - - intronic 33 0 0 47 6 12.8 24 1 4.2 67 3 4.5 50 8 16 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.859047619 1.859047619 1 0.661612903 0.661612903 1 0.994230769 0.994230769 1 1.132182741 1.132182741 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000000141 1 0.113346489 1 0.004717431 1 1.74E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 119770775 C G - - - - - - 25 0 0 47 4 8.5 26 2 7.7 86 0 0 60 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.23452381 1.23452381 1 1.212956989 1.212956989 1 0 NA 0 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.0000939 1 0.007502227 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 119860934 A T - - - - - - 35 0 0 47 18 38.3 24 10 41.7 83 24 28.9 48 21 43.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 5.562619048 0.927103175 6 6.568870968 0.938410138 7 6.38517094 1.064195157 6 3.099350254 1.033116751 3 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 1.52E-29 1 1.8E-17 1 2.06E-35 1 9.35E-36 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 120112224 C T COLEC10 CCDS6327.1 r.? - - intronic 44 0 0 51 6 11.8 27 3 11.1 85 6 7.1 61 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.713809524 1.713809524 1 1.748548387 1.748548387 1 1.568675214 1.568675214 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000000232 1 0.000334187 1 0.00000487 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 120465079 C T - - - - - - 31 0 0 34 5 14.7 33 2 6.1 73 9 12.3 68 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.135 2.135 1 0.960913978 0.960913978 1 2.717564103 0.905854701 3 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000000771 1 0.011909843 1 1.42E-10 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 121248895 C G COL14A1 CCDS34938.1 r.? - - intronic 49 0 0 44 4 9.1 32 5 15.6 72 9 12.5 59 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.321666667 1.321666667 1 2.457419355 0.819139785 3 2.761752137 0.920584046 3 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.0000723 1 0.000000562 1 1.25E-10 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 122452840 A T - - - - - - 36 0 0 50 4 8 36 3 8.3 84 0 0 54 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.161904762 1.161904762 1 1.307473118 1.307473118 1 0 NA 0 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000119787 1 0.000788827 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 122498910 G C - - - - - - 31 0 0 51 5 9.8 36 1 2.8 60 3 5 64 5 7.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.423333333 1.423333333 1 0.441075269 NA 0 1.104700855 1.104700855 1 0.551939086 0.551939086 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.00000606 1 0.165106833 1 0.003458198 1 0.0000186 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 122577994 A G - - - - - - 15 0 0 43 4 9.3 28 1 3.6 59 0 0 53 6 11.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.350714286 1.350714286 1 0.567096774 0.567096774 1 0 NA 0 0.799604061 0.799604061 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000066 1 0.130947004 1 1 1 0.000000293 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 122596379 C A - - - - - - 25 0 0 49 6 12.2 24 0 0 15 0 0 54 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.771904762 1.771904762 1 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000000182 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 123024662 C T - - - - - - 27 0 0 41 5 12.2 32 3 9.4 83 2 2.4 75 7 9.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.771904762 1.771904762 1 1.480752688 1.480752688 1 0.53025641 0.53025641 1 0.658081218 0.658081218 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.00000202 1 0.000556213 1 0.065215002 1 0.000000115 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 123324346 C T - - - - - - 26 0 0 56 6 10.7 31 0 0 78 0 0 68 0 0 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.554047619 1.554047619 1 0 0 1 0 NA 0 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000000409 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 124025755 T C DERL1 CCDS6337.1 r.2974a>g c.? p.? 3'UTR variant 35 0 0 51 6 11.8 29 5 17.2 83 10 12 62 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.713809524 1.713809524 1 2.709462366 0.903154122 3 2.651282051 0.883760684 3 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000000232 1 0.000000336 1 1.7E-11 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 125706784 C T MTSS1 CCDS6353.1 r.? - - intronic 38 0 0 36 9 25 24 6 25 72 6 8.3 57 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 3.630952381 0.907738095 4 3.938172043 0.984543011 4 1.833803419 1.833803419 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1.63E-13 1 1.95E-09 1 0.00000184 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 126387058 A T - - - - - - 19 0 0 41 6 14.6 15 3 20 34 1 2.9 42 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.12047619 2.12047619 1 3.150537634 3.150537634 1 0.640726496 NA 0 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 6.05E-08 1 0.0000544 1 0.156694864 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 127707780 G A - - - - - - 27 0 0 46 9 19.6 24 3 12.5 78 5 6.4 63 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.846666667 0.948888889 3 1.969086022 1.969086022 1 1.414017094 1.414017094 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1.82E-12 1 0.000233853 1 0.0000487 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 127925414 G A - - - - - - 27 0 0 48 5 10.4 20 1 5 86 12 14 53 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.51047619 1.51047619 1 0.787634409 NA 0 3.093162393 1.031054131 3 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.00000447 1 0.09538952 1 2.65E-14 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 127932152 G A - - - - - - 33 0 0 47 8 17 21 5 23.8 80 5 6.2 71 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.469047619 0.823015873 3 3.749139785 0.937284946 4 1.36982906 1.36982906 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1.03E-10 1 5.95E-08 1 0.000055 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 129450597 A G - - - - - - 47 0 0 56 5 8.9 25 1 4 85 5 5.9 81 11 13.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.292619048 1.292619048 1 0.630107527 NA 0 1.303547009 1.303547009 1 0.96235533 0.96235533 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.00000965 1 0.117779757 1 0.0000735 1 4.29E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 132059902 G T - - - - - - 26 0 0 55 5 9.1 36 1 2.8 79 1 1.3 66 15 22.7 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.321666667 1.321666667 1 0.441075269 0.441075269 1 0.287222222 NA 0 1.606284264 0.803142132 2 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.00000883 1 0.165106833 1 0.326987115 1 6.45E-21 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 132190802 C T - - - - - - 33 0 0 41 9 22 32 4 12.5 35 2 5.7 54 0 0 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 3.195238095 1.065079365 3 1.969086022 1.969086022 1 1.259358974 1.259358974 1 0 NA 0 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 5.92E-13 1 0.0000201 1 0.013332991 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 132824727 G C - - - - - - 32 0 0 49 5 10.2 27 0 0 76 0 0 61 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.481428571 1.481428571 1 0 0 1 0 NA 0 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.00000496 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 133093460 G A OC90 CCDS47920.1 r.? - - intronic 29 0 0 43 5 11.6 20 3 15 67 2 3 67 6 9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.684761905 1.684761905 1 2.362903226 2.362903226 1 0.662820513 0.662820513 1 0.636852792 0.636852792 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.00000257 1 0.0001337 1 0.044622585 1 0.0000012 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 134110361 A T TG CCDS34944.1 r.? - - intronic 30 0 0 29 5 17.2 23 0 0 68 0 0 71 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.498095238 0.832698413 3 0 0 1 0 NA 0 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000000336 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 134195796 A C - - - - - - 27 0 0 55 5 9.1 25 3 12 41 2 4.9 70 9 12.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.321666667 1.321666667 1 1.890322581 1.890322581 1 1.082606838 1.082606838 1 0.912822335 0.912822335 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.00000883 1 0.00026475 1 0.018015855 1 9.65E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 135469404 C T - - - - - - 21 0 0 37 5 13.5 27 3 11.1 11 0 0 56 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.960714286 1.960714286 1 1.748548387 1.748548387 1 0 0 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.00000119 1 0.000334187 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 136349913 G C - - - - - - 35 0 0 36 5 13.9 24 0 0 80 0 0 58 0 0 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.018809524 2.018809524 1 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.00000104 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 136766550 G A - - - - - - 29 0 0 25 4 16 9 1 11.1 49 0 0 49 9 18.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 1 7 2 1 1 6 1 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.363809524 1.363809524 1 1.082548387 1.082548387 1 0 0 1 0.934010152 0.934010152 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.00000727 1 0.044110422 1 1 1 3.35E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 137381250 C T - - - - - - 29 0 0 52 10 19.2 17 0 0 68 0 0 55 8 14.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 7 7 4 6 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.596571429 0.86552381 3 0 0 1 0 0 1 1.026040609 1.026040609 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 1.28E-13 1 1 1 1 1 3.86E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 137487853 C T - - - - - - 23 0 0 53 6 11.3 29 2 6.9 79 0 0 64 12 18.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 7 7 4 6 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.528190476 1.528190476 1 1.086935484 1.086935484 1 0 0 1 1.330314721 1.330314721 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.000000293 1 0.009279585 1 1 1 6.3E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 137646557 C A - - - - - - 47 0 0 64 5 7.8 32 1 3.1 61 3 4.9 60 10 16.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 7 7 4 6 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.054857143 1.054857143 1 0.488333333 0.488333333 1 1.082606838 1.082606838 1 1.181715736 1.181715736 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.0000186 1 0.14819814 1 0.003623631 1 5.86E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 137967296 A C - - - - - - 28 0 0 58 9 15.5 29 1 3.4 66 5 7.6 66 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA FALSE FALSE 6 7 7 4 6 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.096190476 1.048095238 2 0.535591398 0.535591398 1 1.679145299 1.679145299 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1.67E-11 1 0.135292269 1 0.0000217 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 138118066 G T - - - - - - 28 0 0 51 6 11.8 32 5 15.6 75 3 4 63 0 0 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 7 7 4 6 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.595809524 1.595809524 1 2.457419355 0.819139785 3 0.883760684 0.883760684 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000000232 1 0.000000562 1 0.006456002 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 138299284 C A - - - - - - 33 0 0 56 9 16.1 27 3 11.1 85 4 4.7 59 7 11.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 7 7 4 6 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.177333333 1.088666667 2 1.748548387 1.748548387 1 1.038418803 1.038418803 1 0.842060914 0.842060914 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 1.2E-11 1 0.000334187 1 0.000916711 1 2.12E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 138466587 T C - - - - - - 30 0 0 50 6 12 33 1 3 73 0 0 71 17 23.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 7 7 4 6 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.622857143 1.622857143 1 0.472580645 0.472580645 1 0 0 1 1.69119797 0.845598985 2 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 0.000000206 1 0.15245715 1 1 1 6.12E-24 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 139508113 C T FAM135B CCDS6375.2 r.? - - intronic 26 0 0 59 6 10.2 20 1 5 73 0 0 66 8 12.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 7 7 4 6 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.379428571 1.379428571 1 0.787634409 0.787634409 1 0 0 1 0.856213198 0.856213198 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 0.000000561 1 0.09538952 1 1 1 1.73E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 140004288 C G - - - - - - 32 0 0 61 4 6.6 35 3 8.6 101 0 0 59 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 7 7 4 6 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.892571429 0.892571429 1 1.354731183 1.354731183 1 0 0 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000259828 1 0.000725791 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 140858203 G A TRAPPC9 CCDS34946.1 r.? - - intronic 34 0 0 34 19 55.9 23 11 47.8 18 3 16.7 58 20 34.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 7 7 4 6 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 7.559809524 1.259968254 6 7.529784946 1.075683564 7 3.689700855 0.922425214 4 2.441269036 0.813756345 3 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 3.3E-35 1 6.25E-20 1 0.0000964 1 1.47E-31 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 141513250 G A - - - - - - 41 0 0 44 7 15.9 30 1 3.3 63 0 0 61 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 7 7 4 6 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.150285714 1.075142857 2 0.51983871 0.51983871 1 0 0 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 2.55E-09 1 0.139615808 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 141513251 A T - - - - - - 42 0 0 42 7 16.7 29 1 3.4 63 0 0 62 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 7 7 4 6 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.25847619 1.129238095 2 0.535591398 NA 0 0 0 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1.81E-09 1 0.135292269 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 141832559 T G PTK2 CCDS6381.1 r.? - - intronic 31 0 0 45 4 8.9 29 6 20.7 74 3 4.1 73 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 7 7 4 6 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.203619048 1.203619048 1 3.260806452 1.086935484 3 0.905854701 0.905854701 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.0000791 1 6.72E-09 1 0.006220661 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 144227479 C T - - - - - - 24 0 0 36 21 58.3 24 10 41.7 23 8 34.8 54 16 29.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 7 7 4 6 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 7.884380952 1.314063492 6 6.568870968 0.938410138 7 7.688717949 1.281452991 6 2.094538071 1.047269036 2 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 2.47E-39 1 1.8E-17 1 1.79E-13 1 2.69E-24 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 9 832427 T C - - - - - - 25 0 0 44 6 13.6 16 2 12.5 28 0 0 46 10 21.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3.615393329 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 0.384606671 1 NA NA 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.615393329 NA 1.431238095 1.431238095 1 1.469086022 1.469086022 1 0 0 1 1.318522843 1.318522843 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 9.37E-08 1 0.002863359 1 1 1 3.38E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 9 980023 A T DMRT3 CCDS6443.1 r.? - - intronic 39 0 0 34 14 41.2 19 7 36.8 80 6 7.5 57 28 49.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3.615393329 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 0.384606671 1 NA NA 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.615393329 NA 4.335809524 1.445269841 3 4.324989247 1.441663082 3 1.403205782 1.403205782 1 2.983385787 0.994461929 3 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 7.74E-24 1 3.73E-12 1 0.00000342 1 4.87E-49 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 9 1136073 C A - - - - - - 32 0 0 52 8 15.4 28 9 32.1 48 0 0 57 29 50.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 TRUE FALSE 3 3 3.615393329 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 0.384606671 1 NA NA 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.615393329 NA 1.620666667 1.620666667 1 3.772612903 1.257537634 3 0 0 1 3.092756345 1.030918782 3 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 0 0 1 6 NA 1 1 2.42E-10 1 1.24E-14 1 1 1 2.45E-51 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 9 1887686 G C - - - - - - 27 0 0 50 6 12 23 3 13 70 4 5.7 55 31 56.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3.615393329 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 0.384606671 1 NA NA 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.615393329 NA 1.262857143 1.262857143 1 1.527849462 1.527849462 1 1.066436394 1.066436394 1 3.426944162 1.142314721 3 NA NA 1 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000000206 1 0.000205387 1 0.000440508 1 1.03E-56 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 9 2186813 G A SMARCA2 CCDS34977.1 r.? - - intronic 29 0 0 45 9 20 17 4 23.5 44 8 18.2 74 46 62.2 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3.615393329 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 0.384606671 1 NA NA 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.615393329 NA 2.104761905 1.052380952 2 2.76188172 0.92062724 3 3.405112697 1.135037566 3 3.779360406 1.259786802 3 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 1.47E-12 1 0.00000141 1 5.9E-11 1 2.44E-86 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 9 6663874 C G - - - - - - 27 0 0 38 9 23.7 22 6 27.3 35 6 17.1 70 42 60 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3.615393329 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 0.384606671 1 NA NA 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.615393329 NA 2.494142857 0.831380952 3 3.208483871 1.069494624 3 3.199309182 1.066436394 3 3.645685279 1.215228426 3 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 2.79E-13 1 1.09E-09 1 2.24E-08 1 5.54E-78 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 9 7329553 C T - - - - - - 30 0 0 33 4 12.1 20 2 10 53 2 3.8 69 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3.615393329 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 0.384606671 1 NA NA 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.615393329 NA 1.273380952 1.273380952 1 1.175268817 1.175268817 1 0.710957596 0.710957596 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 7 NA 1 1 0.0000228 1 0.004473894 1 0.029108399 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 9 8191393 C A - - - - - - 24 0 0 38 8 21.1 19 4 21.1 47 3 6.4 49 25 51 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3.615393329 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 0.384606671 1 NA NA 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.615393329 NA 2.22052381 1.110261905 2 2.479817204 2.479817204 1 1.197402267 1.197402267 1 3.098832487 1.032944162 3 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 1.67E-11 1 0.00000228 1 0.001719595 1 1.68E-44 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 9 8548862 T C PTPRD CCDS43786.1 r.? - - intronic 24 0 0 37 7 18.9 26 6 23.1 32 2 6.2 46 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3.615393329 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 0.384606671 1 NA NA 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.615393329 NA 1.989 0.9945 2 2.714870968 0.904956989 3 1.159983446 1.159983446 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 7 NA 1 1 7.05E-10 1 3.3E-09 1 0.011224977 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 9 8551607 T A PTPRD CCDS43786.1 r.? - - intronic 35 0 0 33 3 9.1 15 1 6.7 56 0 0 64 10 15.6 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3.615393329 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 0.384606671 1 NA NA 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.615393329 NA 0.957666667 0.957666667 1 0.787430108 0.787430108 1 0 0 1 0.947878173 0.947878173 1 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 0.000609557 1 0.072431031 1 1 1 1.16E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 9 9614507 G A PTPRD CCDS43786.1 r.? - - intronic 26 0 0 44 5 11.4 28 1 3.6 70 0 0 51 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3.615393329 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 0.384606671 1 NA NA 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.615393329 NA 1.199714286 1.199714286 1 0.423096774 0.423096774 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 9 NA 1 1 0.00000288 1 0.130947004 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 9 9698132 A T PTPRD CCDS43786.1 r.? - - intronic 37 0 0 45 5 11.1 16 0 0 54 0 0 62 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3.615393329 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 0.384606671 1 NA NA 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.615393329 NA 1.168142857 1.168142857 1 0 0 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 10 NA 1 1 0.00000323 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 9 9826668 C A PTPRD CCDS43786.1 r.? - - intronic 27 0 0 41 6 14.6 24 2 8.3 51 4 7.8 65 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3.615393329 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 0.384606671 1 NA NA 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.615393329 NA 1.53647619 1.53647619 1 0.975473118 0.975473118 1 1.459334013 1.459334013 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 7 NA 1 1 6.05E-08 1 0.006413403 1 0.000129466 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 9 10170331 T C PTPRD CCDS43786.1 r.? - - intronic 38 0 0 48 9 18.8 23 3 13 39 0 0 74 42 56.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3.615393329 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 0.384606671 1 NA NA 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.615393329 NA 1.97847619 0.989238095 2 1.527849462 1.527849462 1 0 0 1 3.451248731 1.150416244 3 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 2.75E-12 1 0.000205387 1 1 1 1.74E-76 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 9 10499687 C G PTPRD CCDS43786.1 r.? - - intronic 46 0 0 32 5 15.6 21 1 4.8 50 0 0 56 16 28.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3.615393329 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 0.384606671 1 NA NA 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.615393329 NA 1.641714286 1.641714286 1 0.564129032 0.564129032 1 0 0 1 1.73777665 0.868888325 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 0.000000562 1 0.099912572 1 1 1 5.26E-24 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 9 10952045 G A - - - - - - 30 0 0 23 4 17.4 17 1 5.9 46 0 0 43 22 51.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3.615393329 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 0.384606671 1 NA NA 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.615393329 NA 1.831142857 1.831142857 1 0.693408602 0.693408602 1 0 0 1 3.110984772 1.036994924 3 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 0.00000513 1 0.081683532 1 1 1 2.27E-39 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 9 10973655 G C - - - - - - 28 0 0 37 4 10.8 20 2 10 53 2 3.8 58 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3.615393329 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 0.384606671 1 NA NA 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.615393329 NA 1.136571429 1.136571429 1 1.175268817 1.175268817 1 0.710957596 0.710957596 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 7 NA 1 1 0.0000362 1 0.004473894 1 0.029108399 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 9 13369853 C A - - - - - - 41 0 0 40 6 15 9 1 11.1 78 1 1.3 55 0 0 2 0 0 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3.615393329 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 0.384606671 1 NA NA 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.615393329 NA 1.578571429 1.578571429 1 1.304548387 1.304548387 1 0.243222335 0.243222335 1 0 0 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 7 NA 1 1 5.18E-08 1 0.044110422 1 0.323605141 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 9 16706768 A T BNC2 CCDS6482.2 r.? - - intronic 25 0 0 41 11 26.8 19 5 26.3 42 7 16.7 46 24 52.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3.615393329 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 0.384606671 1 NA NA 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.615393329 NA 2.820380952 0.940126984 3 3.090956989 1.030318996 3 3.124471541 1.041490514 3 3.171746193 1.057248731 3 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 1.34E-16 1 3.43E-08 1 1.81E-09 1 4.23E-43 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 9 18336550 C A - - - - - - 35 0 0 48 5 10.4 18 2 11.1 49 0 0 58 15 25.9 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3.615393329 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 0.384606671 1 NA NA 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.615393329 NA 1.09447619 1.09447619 1 1.304548387 1.304548387 1 0 0 1 1.573720812 0.786860406 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 0.00000447 1 0.003626632 1 1 1 7.42E-22 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 9 18337488 A G - - - - - - 41 0 0 53 13 24.5 33 5 15.2 63 4 6.3 66 32 48.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3.615393329 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 0.384606671 1 NA NA 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.615393329 NA 2.578333333 0.859444444 3 1.786408602 1.786408602 1 1.178692857 1.178692857 1 2.946928934 0.982309645 3 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 8.53E-19 1 0.00000066 1 0.000294233 1 1.38E-55 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 9 20347809 C G MLLT3 CCDS6494.1 r.? - - intronic 31 0 0 42 8 19 13 3 23.1 60 4 6.7 57 29 50.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3.615393329 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 0.384606671 1 NA NA 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.615393329 NA 1.99952381 0.999761905 2 2.714870968 2.714870968 1 1.253530498 1.253530498 1 3.092756345 1.030918782 3 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 3.96E-11 1 0.0000344 1 0.000243755 1 2.45E-51 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 9 22690425 A T - - - - - - 34 0 0 36 4 11.1 21 2 9.5 48 1 2.1 51 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3.615393329 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 0.384606671 1 NA NA 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.615393329 NA 1.168142857 1.168142857 1 1.116505376 1.116505376 1 0.392897619 0.392897619 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 7 NA 1 1 0.0000324 1 0.004928472 1 0.213845552 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 9 22690426 A T - - - - - - 34 0 0 36 4 11.1 21 2 9.5 49 1 2 49 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3.615393329 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 0.384606671 1 NA NA 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.615393329 NA 1.168142857 1.168142857 1 1.116505376 1.116505376 1 0.374188208 0.374188208 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 7 NA 1 1 0.0000324 1 0.004928472 1 0.217776325 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 9 22972840 A G - - - - - - 29 0 0 36 7 19.4 25 6 24 63 4 6.3 56 31 55.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3.615393329 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 0.384606671 1 NA NA 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.615393329 NA 2.041619048 1.020809524 2 2.820645161 0.940215054 3 1.178692857 1.178692857 1 3.366182741 1.122060914 3 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 5.74E-10 1 2.55E-09 1 0.000294233 1 2.3E-56 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 9 24020793 A C - - - - - - 30 0 0 33 3 9.1 25 4 16 57 0 0 72 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3.615393329 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 0.384606671 1 NA NA 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.615393329 NA 0.957666667 0.957666667 1 1.880430108 1.880430108 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 9 NA 1 1 0.000609557 1 0.00000727 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 9 24658023 C G - - - - - - 28 0 0 30 7 23.3 25 3 12 36 4 11.1 54 29 53.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3.615393329 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 0.384606671 1 NA NA 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.615393329 NA 2.452047619 0.817349206 3 1.410322581 1.410322581 1 2.076744557 2.076744557 1 3.262888325 1.087629442 3 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 1.44E-10 1 0.00026475 1 0.0000324 1 2.78E-52 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 9 24722919 T C - - - - - - 26 0 0 37 4 10.8 16 2 12.5 70 1 1.4 40 17 42.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3.615393329 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 0.384606671 1 NA NA 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.615393329 NA 1.136571429 1.136571429 1 1.469086022 1.469086022 1 0.261931746 0.261931746 1 2.582360406 0.860786802 3 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.0000362 1 0.002863359 1 0.295930304 1 6.07E-29 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 9 24866872 G C - - - - - - 35 0 0 47 15 31.9 21 4 19 57 2 3.5 50 22 44 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3.615393329 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 0.384606671 1 NA NA 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.615393329 NA 3.357095238 1.119031746 3 2.233010753 2.233010753 1 0.654829365 0.654829365 1 2.673502538 0.891167513 3 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 1.97E-23 1 0.00000349 1 0.03327602 1 1.85E-37 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 9 25001510 A G - - - - - - 36 0 0 42 7 16.7 20 5 25 62 4 6.5 53 20 37.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3.615393329 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 0.384606671 1 NA NA 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.615393329 NA 1.75747619 1.75747619 1 2.938172043 0.979390681 3 1.216111677 1.216111677 1 2.290705584 1.145352792 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 1.81E-09 1 4.55E-08 1 0.000276647 1 1.65E-32 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 9 25131972 A T - - - - - - 32 0 0 35 7 20 21 5 23.8 60 3 5 52 27 51.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3.615393329 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 0.384606671 1 NA NA 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.615393329 NA 2.104761905 1.052380952 2 2.797139785 0.932379928 3 0.935470521 0.935470521 1 3.153517766 1.051172589 3 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 4.65E-10 1 5.95E-08 1 0.003458198 1 3.15E-48 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 9 25556899 C A - - - - - - 36 0 0 46 5 10.9 21 0 0 72 1 1.4 55 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3.615393329 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 0.384606671 1 NA NA 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.615393329 NA 1.147095238 1.147095238 1 0 0 1 0.261931746 0.261931746 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 10 NA 1 1 0.00000361 1 1 1 0.302953399 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 9 26001327 A G - - - - - - 31 0 0 27 5 18.5 13 0 0 46 2 4.3 57 29 50.9 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3.615393329 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 0.384606671 1 NA NA 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.615393329 NA 1.946904762 1.946904762 1 0 0 1 0.804504648 0.804504648 1 3.092756345 1.030918782 3 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.00000023 1 1 1 0.022369545 1 2.45E-51 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 9 26510354 C T - - - - - - 30 0 0 30 4 13.3 18 2 11.1 67 7 10.4 67 0 0 498 0 0 714 44 6.2 584 188 32.2 1166 93 8 905 3 0.3 TRUE TRUE 3 3 3.615393329 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 0.384606671 1 NA NA 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.615393329 NA 1.399666667 1.399666667 1 1.304548387 1.304548387 1 1.945778684 1.945778684 1 0 0 1 0.65247619 0.65247619 1 3.784365591 1.261455197 3 1.496752834 1.080994961 1.384606671 0.018228426 0.018228426 1 7 11 1 1 0.0000154 7.59E-33 0.003626632 2.84E-276 5.23E-08 1.57E-77 1 0.829915764 YES 1_1 1_1 1_1 0_0 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b 9 28401684 T C LINGO2 CCDS6524.1 r.? - - intronic 24 0 0 31 6 19.4 23 0 0 63 0 0 50 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3.615393329 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 0.384606671 1 NA NA 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.615393329 NA 2.041619048 2.041619048 1 0 0 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 10 NA 1 1 1.03E-08 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 9 28648928 A G LINGO2 CCDS6524.1 r.? - - intronic 41 0 0 40 4 10 20 1 5 73 0 0 55 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3.615393329 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 0.384606671 1 NA NA 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.615393329 NA 1.052380952 1.052380952 1 0.587634409 0.587634409 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 9 NA 1 1 0.0000495 1 0.09538952 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 9 28772281 G T - - - - - - 37 0 0 44 10 22.7 18 3 16.7 59 12 20.3 52 27 51.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3.615393329 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 0.384606671 1 NA NA 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.615393329 NA 2.388904762 1.194452381 2 1.962698925 1.962698925 1 3.798010316 1.266003439 3 3.153517766 1.051172589 3 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 2.08E-14 1 0.0000964 1 2.2E-16 1 3.15E-48 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 9 29127778 G T - - - - - - 32 0 0 27 5 18.5 21 1 4.8 67 4 6 51 26 51 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3.615393329 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 0.384606671 1 NA NA 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.615393329 NA 1.946904762 1.946904762 1 0.564129032 0.564129032 1 1.122564625 1.122564625 1 3.098832487 1.032944162 3 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.00000023 1 0.099912572 1 0.000372648 1 3.27E-46 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 9 29144902 A C - - - - - - 21 0 0 37 8 21.6 18 3 16.7 61 2 3.3 67 37 55.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3.615393329 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 0.384606671 1 NA NA 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.615393329 NA 2.273142857 1.136571429 2 1.962698925 1.962698925 1 0.617410544 0.617410544 1 3.354030457 1.118010152 3 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 1.33E-11 1 0.0000964 1 0.037660755 1 6.28E-67 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 9 29290779 C G - - - - - - 28 0 0 27 4 14.8 22 3 13.6 62 3 4.8 49 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3.615393329 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 0.384606671 1 NA NA 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.615393329 NA 1.55752381 1.55752381 1 1.598365591 1.598365591 1 0.8980517 0.8980517 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 7 NA 1 1 0.00001 1 0.000179267 1 0.003793816 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 9 29465665 G T - - - - - - 29 0 0 26 4 15.4 25 9 36 52 3 5.8 58 31 53.4 696 0 0 292 65 22.3 89 1 1.1 604 29 4.8 485 197 40.6 TRUE TRUE 3 3 3.615393329 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 0.384606671 1 NA NA 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.615393329 NA 1.620666667 1.620666667 1 4.230967742 1.410322581 3 1.085145805 1.085145805 1 3.244659898 1.081553299 3 2.346809524 1.173404762 2 0.12927957 0.12927957 1 0.8980517 0.8980517 1 2.466913706 0.822304569 3 8 14 1 1 0.00000856 8.5E-85 3.71E-15 0.359890627 0.002300591 2.95E-19 1.07E-55 8.12458079655482e-314 YES 1_1 1_0 1_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b 9 29492018 A T - - - - - - 28 0 0 29 5 17.2 29 3 10.3 78 4 5.1 61 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3.615393329 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 0.384606671 1 NA NA 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.615393329 NA 1.810095238 1.810095238 1 1.210526882 1.210526882 1 0.954179932 0.954179932 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 7 NA 1 1 0.000000336 1 0.000414371 1 0.000663934 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 9 30005699 A C - - - - - - 29 0 0 32 6 18.8 13 3 23.1 53 3 5.7 61 28 45.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3.615393329 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 0.384606671 1 NA NA 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.615393329 NA 1.97847619 1.97847619 1 2.714870968 2.714870968 1 1.066436394 1.066436394 1 2.788949239 0.929649746 3 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 1.27E-08 1 0.0000344 1 0.002429596 1 6.09E-48 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 9 30196843 G T - - - - - - 36 0 0 58 11 19 21 3 14.3 58 9 15.5 65 38 58.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3.615393329 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 0.384606671 1 NA NA 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.615393329 NA 1.99952381 0.999761905 2 1.680634409 1.680634409 1 2.899958616 0.966652872 3 3.554543147 1.184847716 3 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 8.96E-15 1 0.000155401 1 1.67E-11 1 4.62E-70 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 9 30442403 A G - - - - - - 32 0 0 42 6 14.3 19 2 10.5 63 6 9.5 59 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3.615393329 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 0.384606671 1 NA NA 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.615393329 NA 1.504904762 1.504904762 1 1.234032258 1.234032258 1 1.77739399 1.77739399 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 7 NA 1 1 7.02E-08 1 0.004039874 1 0.000000832 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 9 30763403 C T - - - - - - 33 0 0 32 5 15.6 20 0 0 51 0 0 50 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3.615393329 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 0.384606671 1 NA NA 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.615393329 NA 1.641714286 1.641714286 1 0 0 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 10 NA 1 1 0.000000562 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 9 30974998 A T - - - - - - 38 0 0 47 5 10.6 21 2 9.5 64 0 0 60 0 0 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3.615393329 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 0.384606671 1 NA NA 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.615393329 NA 1.11552381 1.11552381 1 1.116505376 1.116505376 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 9 NA 1 1 0.00000402 1 0.004928472 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 9 31771816 C T - - - - - - 21 0 0 33 7 21.2 21 6 28.6 64 0 0 60 36 60 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3.615393329 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 0.384606671 1 NA NA 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.615393329 NA 2.231047619 1.11552381 2 3.361268817 1.120422939 3 0 0 1 3.645685279 1.215228426 3 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 2.98E-10 1 7.95E-10 1 1 1 4.67E-67 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 9 32271055 G T - - - - - - 35 0 0 28 5 17.9 26 5 19.2 71 3 4.2 61 29 47.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3.615393329 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 0.384606671 1 NA NA 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.615393329 NA 1.883761905 1.883761905 1 2.256516129 2.256516129 1 0.785795238 0.785795238 1 2.886167513 0.962055838 3 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000000279 1 0.000000188 1 0.00554578 1 3.48E-50 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 9 32766431 T C - - - - - - 34 0 0 35 4 11.4 20 2 10 61 3 4.9 66 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 3.615393329 2.240710486 3 3 3 2 0 0 0 0 1 1 0.384606671 0.759289514 NA NA 3 3 NA NA 1 0 NA NA 0.615393329 0.240710486 1.199714286 1.199714286 1 1.175268817 1.175268817 1 0.916761111 0.916761111 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.0000289 1 0.004473894 1 0.003623631 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 9 38108249 A G - - - - - - 42 0 0 40 4 10 25 1 4 47 0 0 81 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3.615393329 4.552495341 3 3 3 4 0 0 0 0 1 1 0.384606671 0.447504659 NA NA 3 5 NA NA 1 0 NA NA 0.615393329 0.552495341 1.052380952 1.052380952 1 0.470107527 0.470107527 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 9 NA 1 1 0.0000495 1 0.117779757 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 9 38170390 A C - - - - - - 30 0 0 26 5 19.2 14 0 0 47 0 0 54 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 TRUE FALSE 3 3 3.615393329 4.552495341 3 3 3 4 0 0 0 0 1 1 0.384606671 0.447504659 NA NA 3 5 NA NA 1 0 NA NA 0.615393329 0.552495341 2.020571429 2.020571429 1 0 0 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 0 0 1 10 NA 1 1 0.000000188 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 9 38192693 G A - - - - - - 30 0 0 23 4 17.4 10 0 0 36 5 13.9 71 20 28.2 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3.615393329 4.552495341 3 3 3 4 0 0 0 0 1 1 0.384606671 0.447504659 NA NA 3 5 NA NA 1 0 NA NA 0.615393329 0.552495341 1.831142857 1.831142857 1 0 0 1 2.600608049 1.090581554 2.384606671 2.151275768 1.075637884 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.00000513 1 1 1 0.00000104 1 1.68E-29 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 9 38479419 G A - - - - - - 38 0 0 40 12 30 26 10 38.5 41 4 9.8 71 45 63.4 326 0 0 323 72 22.3 294 77 26.2 507 56 11 653 416 63.7 TRUE TRUE 3 3 3.615393329 4.552495341 3 3 3 4 0 0 0 0 1 1 0.384606671 0.447504659 NA NA 3 5 NA NA 1 0 NA NA 0.615393329 0.552495341 3.157142857 1.052380952 3 4.524784946 1.508261649 3 1.833522221 1.833522221 1 4.836556158 1.062396729 4.552495341 2.346809524 1.173404762 2 3.079204301 1.026401434 3 2.058035147 1.029017573 2 4.859442071 1.067423843 4.552495341 8 12 1 1 1.2E-18 8.71E-94 4.82E-17 3.16E-106 0.0000546 2.73E-55 4.41E-85 0 YES 1_1 1_1 1_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b 9 40042778 T C - - - - - - 17 0 0 20 5 25 17 0 0 38 0 0 45 1 2.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3.615393329 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 0.384606671 1 NA NA 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.615393329 NA 2.630952381 0.876984127 3 0 0 1 0 0 1 0.133675127 0.133675127 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 4.55E-08 1 1 1 1 1 0.201934322 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 9 41440752 A T - - - - - - 6 0 0 16 3 18.8 6 1 16.7 0 0 NA 34 5 14.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 3.615393329 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 0.384606671 1 NA NA 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.615393329 NA 1.97847619 1.97847619 1 1.962698925 1.962698925 1 NA NA 1 0.893192893 0.893192893 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.0000667 1 0.029627491 1 1 1 0.000000771 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 9 43465339 A T - - - - - - 16 0 0 14 4 28.6 10 1 10 12 0 0 18 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3.615393329 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 0.384606671 1 NA NA 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.615393329 NA 3.009809524 1.003269841 3 1.175268817 1.175268817 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 1 9 NA 1 1 0.000000601 1 0.04888987 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 9 43676553 A G - - - - - - 8 0 0 7 3 42.9 6 1 16.7 14 1 7.1 15 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3.615393329 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 0.384606671 1 NA NA 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.615393329 NA 4.514714286 1.504904762 3 1.962698925 1.962698925 1 1.32836814 1.32836814 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.00000431 1 0.029627491 1 0.067769881 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 9 44237501 G A - - - - - - 26 0 0 35 5 14.3 21 3 14.3 68 0 0 60 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3.615393329 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 0.384606671 1 NA NA 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.615393329 NA 1.504904762 1.504904762 1 1.680634409 1.680634409 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 9 NA 1 1 0.000000895 1 0.000155401 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 148554789 A C - - - - - - 21 1 4.8 15 7 46.7 10 2 20 23 1 4.3 14 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5.461463207 6 2 4.537402221 4 5 2 3 1 1 0 1 0.538536793 1 1 0.462597779 5 NA NA 4 1 NA NA 1 0.461463207 NA NA 0.537402221 6.064122365 1.359222767 4.461463207 2.950537634 2.950537634 1 0.735042735 NA 0 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0.099912572 1 4.85E-13 1 0.001095391 1 0.108890944 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 9 69171692 C T - - - - - - 9 0 0 14 7 50 10 2 20 29 3 10.3 30 16 53.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 3 3 3 4 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 5.261904762 1.753968254 3 2.350537634 2.350537634 1 1.966683761 1.966683761 1 3.238583756 1.079527919 3 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 2.6E-13 1 0.001095391 1 0.000414371 1 2.08E-29 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 9 72099376 G C APBA1 CCDS6630.1 r.? - - intronic 27 0 0 47 5 10.6 19 2 10.5 44 0 0 56 24 42.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 3 3 3 4 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.11552381 1.11552381 1 1.234032258 1.234032258 1 0 0 1 2.606664975 0.868888325 3 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.00000402 1 0.004039874 1 1 1 2.23E-40 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 9 74153527 G C - - - - - - 31 0 0 42 4 9.5 16 0 0 96 0 0 59 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 3 3 3 4 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.999761905 0.999761905 1 0 0 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 10 NA 1 1 0.0000601 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 9 74222576 G C - - - - - - 24 0 0 41 9 22 23 6 26.1 61 11 18 64 20 31.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 3 3 3 4 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.315238095 1.157619048 2 3.067451613 1.022483871 3 3.436923077 0.859230769 4 1.895756345 0.947878173 2 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 5.92E-13 1 1.47E-09 1 1.62E-14 1 1.52E-30 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 9 74441999 G A - - - - - - 32 0 0 50 22 44 32 6 18.8 53 4 7.5 74 39 52.7 0 0 NA 2 2 100 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 3 3 3 4 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 4.63047619 1.543492063 3 2.209505376 1.104752688 2 1.432051282 1.432051282 1 3.202126904 1.067375635 3 10.52380952 3.507936508 3 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 1.85E-37 0.000025 1.27E-08 1 0.000150502 1 2.41E-69 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 9 76899609 T C - - - - - - 40 0 0 39 5 12.8 25 3 12 64 5 7.8 62 12 19.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 3 3 3 4 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.347047619 1.347047619 1 1.410322581 1.410322581 1 1.489333333 1.489333333 1 1.178771574 1.178771574 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.00000156 1 0.00026475 1 0.0000186 1 4.19E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 9 76967491 A G - - - - - - 34 0 0 45 9 20 23 5 21.7 57 4 7 59 30 50.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 3 3 3 4 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.104761905 1.052380952 2 2.550333333 0.850111111 3 1.336581197 1.336581197 1 3.086680203 1.028893401 3 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 1.47E-12 1 9.75E-08 1 0.000199821 1 4.78E-53 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 9 78706590 G A PCSK5 CCDS6652.1 r.? - - intronic 34 0 0 40 6 15 18 3 16.7 52 7 13.5 47 23 48.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 3 3 3 4 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.578571429 1.578571429 1 1.962698925 1.962698925 1 2.577692308 0.859230769 3 2.971233503 0.990411168 3 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 5.18E-08 1 0.0000964 1 8.58E-09 1 1.71E-40 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 9 79165321 G A - - - - - - 36 0 0 36 6 16.7 22 0 0 54 0 0 46 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 3 3 3 4 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.75747619 1.75747619 1 0 0 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 0 0 1 NA NA 1 10 NA 1 1 2.68E-08 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 9 83420264 T C - - - - - - 36 0 0 43 8 18.6 26 0 0 83 3 3.6 74 7 9.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 3 3 3 4 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.957428571 0.978714286 2 0 0 1 0.687384615 0.687384615 1 0.577233503 0.577233503 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 4.85E-11 1 1 1 0.008529565 1 0.000000105 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 9 83471275 C A - - - - - - 31 0 0 46 5 10.9 25 2 8 78 7 9 68 18 26.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 1 100 TRUE FALSE 3 3 4 3 3 3 4 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.147095238 1.147095238 1 0.940215054 0.940215054 1 1.718461538 1.718461538 1 1.610177665 0.805088832 2 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 6.076142132 6.076142132 1 8 NA 1 1 0.00000361 1 0.006948068 1 0.000000151 1 3.83E-26 0.005 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 9 83488302 A G - - - - - - 28 0 0 61 14 23 20 3 15 99 7 7.1 76 21 27.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 3 3 3 4 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.42047619 0.806825397 3 1.762903226 1.762903226 1 1.355675214 1.355675214 1 1.677015228 0.838507614 2 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 1.1E-19 1 0.0001337 1 0.000000778 1 1.07E-30 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 9 84380482 C G - - - - - - 26 0 0 32 4 12.5 18 0 0 58 2 3.4 52 16 30.8 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 3 3 3 4 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.31547619 1.31547619 1 0 0 1 0.649196581 0.649196581 1 1.871451777 0.935725888 2 NA NA 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.0000201 1 1 1 0.034352256 1 1.33E-24 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 9 85654465 G C RASEF CCDS6662.1 r.? - - intronic 32 0 0 34 8 23.5 17 2 11.8 71 5 7 58 16 27.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 3 3 3 4 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.473095238 0.824365079 3 1.386817204 1.386817204 1 1.336581197 1.336581197 1 1.677015228 0.838507614 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 6.32E-12 1 0.003234386 1 0.0000309 1 1E-23 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 9 89542059 C A - - - - - - 50 0 0 37 9 24.3 21 5 23.8 65 13 20 63 35 55.6 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 3 3 3 4 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.557285714 0.852428571 3 2.797139785 0.932379928 3 3.818803419 0.954700855 4 3.378335025 1.126111675 3 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 2.14E-13 1 5.95E-08 1 1.57E-17 1 1.6E-63 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 9 90056251 A G - - - - - - 36 0 0 43 5 11.6 22 4 18.2 73 0 0 50 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 3 3 3 4 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.220761905 1.220761905 1 2.138989247 2.138989247 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 9 NA 1 1 0.00000257 1 0.00000425 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 9 90702241 T G - - - - - - 38 0 0 37 5 13.5 17 0 0 45 0 0 55 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 3 3 3 4 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.420714286 1.420714286 1 0 0 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 10 NA 1 1 0.00000119 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 9 92481329 C A - - - - - - 30 0 0 38 5 13.2 16 1 6.2 46 5 10.9 49 19 38.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 3 3 3 4 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.389142857 1.389142857 1 0.728666667 0.728666667 1 2.081247863 2.081247863 1 2.357543147 1.178771574 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.00000137 1 0.077068876 1 0.00000361 1 3.12E-31 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 9 95475237 G A BICD2 CCDS35064.1 r.4835c>u c.? p.? 3'UTR variant 39 0 0 37 12 32.4 18 4 22.2 20 2 10 76 24 31.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 4.440663516 3 3 4 4 0 0 0 0 1 1 1 0.559336484 NA NA NA 5 NA NA NA 0 NA NA NA 0.440663516 3.409714286 1.136571429 3 2.609096774 0.869698925 3 1.909401709 1.909401709 1 2.375310585 0.973223293 2.440663516 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 4.03E-19 1 0.00000181 1 0.004473894 1 1.75E-36 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 9 96915682 T C - - - - - - 41 0 0 32 5 15.6 14 3 21.4 48 4 8.3 44 30 68.2 0 0 NA 1 1 100 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 4.440663516 3 3 4 4 0 0 0 0 1 1 1 0.559336484 NA NA NA 5 NA NA NA 0 NA NA NA 0.440663516 1.641714286 1.641714286 1 2.515075269 2.515075269 1 1.584803419 1.584803419 1 5.126461452 1.154435916 4.440663516 10.52380952 10.52380952 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000000562 0.005 0.0000437 1 0.000102016 1 1E-58 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 9 99353577 G C CDC14C CCDS6722.1 r.? - - intronic 34 0 0 44 7 15.9 22 2 9.1 59 4 6.8 66 7 10.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 3.362084995 3 3 4 3 0 0 0 0 1 1 1 0.637915005 NA NA NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.362084995 1.673285714 1.673285714 1 1.069494624 1.069494624 1 1.298393162 1.298393162 1 0.682452075 0.682452075 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 2.55E-09 1 0.005403392 1 0.00022841 1 0.000000047 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 9 100544422 C T - - - - - - 25 0 0 36 5 13.9 22 2 9.1 58 5 8.6 39 8 20.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 3.362084995 3 3 4 3 0 0 0 0 1 1 1 0.637915005 NA NA NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.362084995 1.462809524 1.462809524 1 1.069494624 1.069494624 1 1.64208547 1.64208547 1 1.319836561 1.319836561 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.00000104 1 0.005403392 1 0.0000115 1 2.09E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 9 104260982 G C C9orf125 CCDS6757.1 r.? - - intronic 46 0 0 34 4 11.8 22 1 4.5 72 3 4.2 57 7 12.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 3.362084995 3 3 4 3 0 0 0 0 1 1 1 0.637915005 NA NA NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.362084995 1.241809524 1.241809524 1 0.528870968 0.528870968 1 0.801948718 0.801948718 1 0.791901937 0.791901937 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.0000257 1 0.104413009 1 0.00576558 1 1.66E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 9 104890481 A G - - - - - - 22 0 0 32 4 12.5 28 4 14.3 64 3 4.7 43 9 20.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 3.362084995 3 3 4 3 0 0 0 0 1 1 1 0.637915005 NA NA NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.362084995 1.31547619 1.31547619 1 1.680634409 1.680634409 1 0.897418803 0.897418803 1 1.345589469 1.345589469 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.0000201 1 0.0000116 1 0.004148608 1 9.45E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 9 105135171 C G - - - - - - 31 0 0 35 8 22.9 20 0 0 67 0 0 47 0 0 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 3.362084995 3 3 4 3 0 0 0 0 1 1 1 0.637915005 NA NA NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.362084995 2.409952381 0.80331746 3 0 0 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 10 NA 1 1 8.15E-12 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 9 105565773 G T - - - - - - 42 0 0 31 7 22.6 26 11 42.3 59 9 15.3 56 29 51.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 3.362084995 3 3 4 3 0 0 0 0 1 1 1 0.637915005 NA NA NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.362084995 2.378380952 1.189190476 2 4.971387097 1.657129032 3 2.921384615 0.973794872 3 3.335001652 0.99194448 3.362084995 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 1.85E-10 1 3.52E-19 1 1.96E-11 1 1.21E-51 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 9 105565774 A C - - - - - - 42 0 0 30 6 20 26 11 42.3 59 10 16.9 56 29 51.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 3.362084995 3 3 4 3 0 0 0 0 1 1 1 0.637915005 NA NA NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.362084995 2.104761905 1.052380952 2 4.971387097 1.657129032 3 3.226888889 1.07562963 3 3.335001652 0.99194448 3.362084995 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 8.37E-09 1 3.52E-19 1 4.91E-13 1 1.21E-51 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 9 105824316 T G - - - - - - 36 0 0 32 3 9.4 23 0 0 55 0 0 48 0 0 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 3.362084995 3 3 4 3 0 0 0 0 1 1 1 0.637915005 NA NA NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.362084995 0.989238095 0.989238095 1 0 0 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 10 NA 1 1 0.000556213 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 9 106502859 T A - - - - - - 30 0 0 40 5 12.5 22 7 31.8 74 3 4.1 54 22 40.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 3.362084995 3 3 4 3 0 0 0 0 1 1 1 0.637915005 NA NA NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.362084995 1.31547619 1.31547619 1 3.737354839 1.245784946 3 0.782854701 0.782854701 1 2.620358441 1.109341301 2.362084995 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.00000178 1 1.25E-11 1 0.006220661 1 1.6E-36 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 9 107344142 C A - - - - - - 33 0 0 44 10 22.7 19 5 26.3 57 7 12.3 53 15 28.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 3.362084995 3 3 4 3 0 0 0 0 1 1 1 0.637915005 NA NA NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.362084995 2.388904762 1.194452381 2 3.090956989 1.030318996 3 2.348564103 1.174282051 2 1.822018277 0.911009138 2 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 2.08E-14 1 3.43E-08 1 1.66E-08 1 1.6E-22 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 9 108554627 C G - - - - - - 45 0 0 33 4 12.1 20 0 0 59 0 0 49 0 0 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 4 2 3 3 4 2 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.273380952 1.273380952 1 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.0000228 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 9 109653314 G A ZNF462 CCDS35096.1 r.? - - intronic 32 0 0 24 7 29.2 23 8 34.8 66 8 12.1 67 29 43.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 2 3 3 4 2 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 3.072952381 1.02431746 3 4.089935484 1.363311828 3 2.310376068 1.155188034 2 2.197969543 1.098984772 2 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 2.51E-11 1 1.79E-13 1 1.73E-09 1 1.22E-48 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 9 115048849 A T ROD1 CCDS6784.1 r.? - - intronic 39 0 0 25 8 32 25 0 0 66 3 4.5 45 17 37.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 2.28778211 2 2 2 0 2 0 0 0 0 1 1 -1.28778211 1 NA NA 1 NA NA NA 0 NA NA NA 2.28778211 NA 3.047619048 1.523809524 2 0 0 1 0.782180964 0.782180964 1 1.918781726 0.959390863 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 3.92E-13 1 1 1 0.004522888 1 7.37E-28 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 9 117885359 C G TNC CCDS6811.1 r.? - - upstream 33 0 0 22 3 13.6 20 1 5 55 6 10.9 41 16 39 2 0 0 0 0 NA 1 1 100 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 2.28778211 2 2 2 0 2 0 0 0 0 1 1 -1.28778211 1 NA NA 1 NA NA NA 0 NA NA NA 2.28778211 NA 1.295238095 1.295238095 1 0.537634409 0.537634409 1 1.894616113 1.894616113 1 1.979695431 0.989847716 2 NA NA 1 10.75268817 10.75268817 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000179267 1 0.09538952 0.005 0.000000367 1 1.4E-26 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 9 118481391 C G - - - - - - 37 0 0 30 5 16.7 16 3 18.8 53 4 7.5 42 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 2.28778211 2 2 2 0 2 0 0 0 0 1 1 -1.28778211 1 NA NA 1 NA NA NA 0 NA NA NA 2.28778211 NA 1.59047619 1.59047619 1 2.021505376 2.021505376 1 1.30363494 1.30363494 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 7 NA 1 1 0.000000401 1 0.0000667 1 0.000150502 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 9 119514783 A G ASTN2 CCDS48009.1 r.? - - intronic 32 0 0 30 4 13.3 14 3 21.4 73 3 4.1 32 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 2.28778211 2 2 2 0 2 0 0 0 0 1 1 -1.28778211 1 NA NA 1 NA NA NA 0 NA NA NA 2.28778211 NA 1.266666667 1.266666667 1 2.301075269 2.301075269 1 0.712653767 0.712653767 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 7 NA 1 1 0.0000154 1 0.0000437 1 0.005990531 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 9 121284504 A G - - - - - - 27 0 0 31 7 22.6 10 2 20 46 0 0 49 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 2.28778211 2 2 2 0 2 0 0 0 0 1 1 -1.28778211 1 NA NA 1 NA NA NA 0 NA NA NA 2.28778211 NA 2.152380952 1.076190476 2 2.150537634 2.150537634 1 0 NA 0 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1.85E-10 1 0.001095391 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 9 122021031 C G DBC1 CCDS6822.1 r.? - - intronic 33 0 0 40 5 12.5 20 3 15 68 6 8.8 42 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 2.28778211 2 2 2 0 2 0 0 0 0 1 1 -1.28778211 1 NA NA 1 NA NA NA 0 NA NA NA 2.28778211 NA 1.19047619 1.19047619 1 1.612903226 1.612903226 1 1.52959833 1.52959833 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 7 NA 1 1 0.00000178 1 0.0001337 1 0.00000131 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 9 122483870 A G - - - - - - 37 0 0 38 5 13.2 16 1 6.2 75 4 5.3 56 0 0 2 0 0 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 2.28778211 2 2 2 0 2 0 0 0 0 1 1 -1.28778211 1 NA NA 1 NA NA NA 0 NA NA NA 2.28778211 NA 1.257142857 1.257142857 1 0.666666667 0.666666667 1 0.921235358 0.921235358 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 7 NA 1 1 0.00000137 1 0.077068876 1 0.000572493 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 9 126736949 C T - - - - - - 30 0 0 30 4 13.3 19 3 15.8 9 0 0 42 20 47.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 2.28778211 2 2 2 0 2 0 0 0 0 1 1 -1.28778211 1 NA NA 1 NA NA NA 0 NA NA NA 2.28778211 NA 1.266666667 1.266666667 1 1.698924731 1.698924731 1 0 NA 0 2.416243655 1.208121827 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.0000154 1 0.000114071 1 1 1 4.41E-35 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 9 128338084 C T MAPKAP1 CCDS35140.1 r.? - - intronic 32 0 0 35 6 17.1 21 2 9.5 51 5 9.8 48 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 3 0 0 TRUE FALSE 2 2 2.28778211 2 2 2 0 2 0 0 0 0 1 1 -1.28778211 1 NA NA 1 NA NA NA 0 NA NA NA 2.28778211 NA 1.628571429 1.628571429 1 1.021505376 1.021505376 1 1.703416322 1.703416322 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 0 0 1 7 NA 1 1 2.24E-08 1 0.004928472 1 0.00000606 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 9 131434179 G A - - - - - - 38 0 0 30 6 20 23 2 8.7 11 1 9.1 48 16 33.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 2.28778211 2 2 2 0 2 0 0 0 0 1 1 -1.28778211 1 NA NA 1 NA NA NA 0 NA NA NA 2.28778211 NA 1.904761905 1.904761905 1 0.935483871 0.935483871 1 1.581743728 1.581743728 1 1.69035533 0.845177665 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 8.37E-09 1 0.00589844 1 0.05364542 1 2.96E-25 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 9 132746559 A T FNBP1 CCDS48040.1 r.? - - intronic 34 0 0 36 4 11.1 22 1 4.5 49 0 0 41 16 39 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 2.28778211 2 2 2 0 2 0 0 0 0 1 1 -1.28778211 1 NA NA 1 NA NA NA 0 NA NA NA 2.28778211 NA 1.057142857 1.057142857 1 0.483870968 0.483870968 1 0 NA 0 1.979695431 0.989847716 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.0000324 1 0.104413009 1 1 1 1.4E-26 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 9 135202246 C T SETX CCDS6947.1 r.4922g>a c.4739G>A p.R1580H missense 35 0 0 30 8 26.7 21 5 23.8 71 12 16.9 43 16 37.2 805 0 0 926 134 14.5 264 62 23.5 1091 105 9.6 792 277 35 TRUE TRUE 2 2 2.28778211 2 2 2 0 2 0 0 0 0 1 1 -1.28778211 1 NA NA 1 NA NA NA 0 NA NA NA 2.28778211 NA 2.542857143 1.271428571 2 2.559139785 1.279569892 2 2.937524066 1.284005173 2.28778211 1.888324873 0.944162437 2 1.380952381 0.69047619 2 2.52688172 1.26344086 2 1.668652724 0.72937572 2.28778211 1.776649746 0.888324873 2 8 10 1 1 2.07E-12 6.04E-146 5.95E-08 1.44E-82 2.38E-15 9.07E-96 3.56E-26 0 YES 1_1 1_1 1_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b X 5913469 A T NLGN4X CCDS14126.1 r.? - - intronic 33 0 0 25 5 20 25 3 12 61 2 3.3 43 5 11.6 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1.505953569 3 5 1.691630503 1 2 3 1 0 1 2 0 0.494046431 1 1 0.308369497 1 NA NA 2 1 NA NA 0 0.505953569 NA NA 0.691630503 1.805952618 1.805952618 1 1.410322581 1.410322581 1 0.663102564 0.663102564 1 0.553061626 0.553061626 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000000153 1 0.00026475 1 0.037660755 1 0.00000257 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 10828397 C G MID1 CCDS14138.1 r.? - - intronic 32 0 0 24 3 12.5 28 0 0 54 0 0 44 0 0 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1.505953569 3 5 3 1 2 3 2 0 1 2 1 0.494046431 1 1 1 1 NA NA NA 1 NA NA NA 0.505953569 NA NA NA 1.128720387 1.128720387 1 0 0 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 10 NA 1 1 0.000233853 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 13040295 G T - - - - - - 36 0 0 26 4 15.4 27 4 14.8 45 6 13.3 36 9 25 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1.505953569 3 5 1.252893061 1 2 3 1 0 1 2 0 0.494046431 1 1 0.747106939 1 NA NA 2 1 NA NA 0 0.505953569 NA NA 0.252893061 1.390583516 1.390583516 1 1.739397849 1.739397849 1 2.672504274 0.890834758 3 1.082258798 1.082258798 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.00000856 1 0.00001 1 0.000000108 1 1.63E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 17576353 C A NHS CCDS14181.1 r.? - - intronic 21 0 0 31 4 12.9 13 0 0 60 0 0 48 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1.505953569 3 5 1.252893061 1 2 3 1 0 1 2 0 0.494046431 1 1 0.747106939 1 NA NA 2 1 NA NA 0 0.505953569 NA NA 0.252893061 1.164839439 1.164839439 1 0 0 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 10 NA 1 1 0.0000177 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 17870168 A G RAI2 CCDS14183.1 r.? - - intronic 15 0 0 24 5 20.8 19 2 10.5 54 6 11.1 43 19 44.2 0 0 NA 0 0 NA 1 1 100 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1.505953569 3 5 1.252893061 1 2 3 1 0 1 2 0 0.494046431 1 1 0.747106939 1 NA NA 2 1 NA NA 0 0.505953569 NA NA 0.252893061 1.878190723 1.878190723 1 1.234032258 1.234032258 1 2.230435897 1.115217949 2 1.913433555 1.52721219 1.252893061 NA NA 0 11.75268817 11.75268817 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000000123 1 0.004039874 0.005 0.000000329 1 1.36E-32 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 18725004 G C PPEF1 CCDS14188.1 r.? - - intronic 34 0 0 23 3 13 14 1 7.1 6 0 0 27 9 33.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1.505953569 3 5 1.252893061 1 2 3 1 0 1 2 0 0.494046431 1 1 0.747106939 1 NA NA 2 1 NA NA 0 0.505953569 NA NA 0.252893061 1.173869202 1.173869202 1 0.83444086 0.83444086 1 0 0 1 1.441568719 1.441568719 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000205387 1 0.067769881 1 1 1 8.44E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 26524343 A T - - - - - - 37 0 0 42 5 11.9 17 1 5.9 60 2 3.3 49 8 16.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1.505953569 3 5 1.252893061 1 2 3 1 0 1 2 0 0.494046431 1 1 0.747106939 1 NA NA 2 1 NA NA 0 0.505953569 NA NA 0.252893061 1.074541808 1.074541808 1 0.693408602 0.693408602 1 0.663102564 0.663102564 1 0.705632736 0.705632736 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.00000228 1 0.081683532 1 0.036544784 1 1.47E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 26783779 A T - - - - - - 43 0 0 30 4 13.3 11 4 36.4 66 3 4.5 44 13 29.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1.505953569 3 5 1.252893061 1 2 3 1 0 1 2 0 0.494046431 1 1 0.747106939 1 NA NA 2 1 NA NA 0 0.505953569 NA NA 0.252893061 1.200958491 1.200958491 1 4.277978495 2.138989247 2 0.904230769 0.904230769 1 1.277065382 1.277065382 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.0000154 1 0.000000201 1 0.004522888 1 5.49E-20 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 27408372 A T - - - - - - 40 0 0 32 4 12.5 21 1 4.8 71 3 4.2 40 7 17.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1.505953569 3 5 1.252893061 1 2 3 1 0 1 2 0 0.494046431 1 1 0.747106939 1 NA NA 2 1 NA NA 0 0.505953569 NA NA 0.252893061 1.128720387 1.128720387 1 0.564129032 0.564129032 1 0.843948718 0.843948718 1 0.757581159 0.757581159 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.0000201 1 0.099912572 1 0.00554578 1 1.26E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 27508383 G C - - - - - - 33 0 0 25 3 12 11 1 9.1 50 3 6 34 6 17.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1.505953569 3 5 1.476747324 1 2 3 1 0 1 2 0 0.494046431 1 1 0.523252676 1 NA NA 1 1 NA NA 1 0.505953569 NA NA 0.476747324 1.083571571 1.083571571 1 1.069494624 1.069494624 1 1.205641026 1.205641026 1 0.801308544 0.801308544 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.00026475 1 0.05364542 1 0.002055544 1 1.86E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 32387655 G A DMD CCDS14233.1 r.? - - intronic 29 0 0 26 4 15.4 27 3 11.1 58 4 6.9 43 10 23.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1.505953569 3 5 1 1 2 3 1 0 1 2 0 0.494046431 1 1 1 1 NA NA NA 1 NA NA NA 0.505953569 NA NA NA 1.390583516 1.390583516 1 1.304548387 1.304548387 1 1.386487179 1.386487179 1 0.949741117 0.949741117 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.00000856 1 0.000334187 1 0.000213772 1 1.61E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 33649832 T A - - - - - - 28 0 0 29 4 13.8 17 1 5.9 25 0 0 32 1 3.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 1.505953569 3 5 1 1 2 3 1 0 1 2 0 0.494046431 1 1 1 1 NA NA NA 1 NA NA NA 0.505953569 NA NA NA 1.246107307 1.246107307 1 0.693408602 NA 0 0 0 1 0.126360406 0.126360406 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.0000134 1 0.081683532 1 1 1 0.14819814 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 35421050 T C - - - - - - 35 0 0 27 4 14.8 21 1 4.8 69 5 7.2 42 9 21.4 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1.505953569 3 5 4 1 2 3 3 0 1 2 1 0.494046431 1 1 1 1 NA NA NA 1 NA NA NA 0.505953569 NA NA NA 1.336404938 1.336404938 1 0.564129032 0.564129032 1 1.446769231 1.446769231 1 1.514294416 1.514294416 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.00001 1 0.099912572 1 0.0000269 1 7.51E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 41810950 A C - - - - - - 25 0 0 33 3 9.1 15 0 0 66 0 0 50 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1.505953569 3 5 4 1 2 3 3 0 1 2 1 0.494046431 1 1 1 1 NA NA NA 1 NA NA NA 0.505953569 NA NA NA 0.821708441 0.821708441 1 0 0 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 10 NA 1 1 0.000609557 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 42405339 C G - - - - - - 27 0 0 43 6 14 21 0 0 72 0 0 44 11 25 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1.505953569 3 5 4 1 2 3 3 0 1 2 1 0.494046431 1 1 1 1 NA NA NA 1 NA NA NA 0.505953569 NA NA NA 1.264166833 1.264166833 1 0 0 1 0 0 1 1.769035533 0.884517766 2 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 8.13E-08 1 1 1 1 1 3.22E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 47039032 G A RBM10 CCDS14274.1 r.? - - intronic 30 0 0 30 6 20 17 0 0 8 0 0 52 15 28.8 0 0 NA 2 0 0 1 0 0 2 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 1.505953569 3 5 4 1 2 3 3 0 1 2 1 0.494046431 1 1 1 1 NA NA NA 1 NA NA NA 0.505953569 NA NA NA 1.805952618 1.805952618 1 0 0 1 0 0 1 2.037928934 1.018964467 2 0 NA 0 0 NA 0 0 0 1 NA NA 0 8 NA 1 1 8.37E-09 1 1 1 1 1 1.15E-22 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 47294356 C G - - - - - - 39 0 0 52 7 13.5 19 2 10.5 38 0 0 52 0 0 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1.505953569 3 5 4 1 2 3 3 0 1 2 1 0.494046431 1 1 1 1 NA NA NA 1 NA NA NA 0.505953569 NA NA NA 1.219018017 1.219018017 1 1.234032258 1.234032258 1 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 9 NA 1 1 8.58E-09 1 0.004039874 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 47988852 C T SPACA5B CCDS35238.1 r.? - - intronic 34 0 0 43 11 25.6 20 3 15 52 7 13.5 48 14 29.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1.505953569 3 5 4 1 2 3 3 0 1 2 1 0.494046431 1 1 1 1 NA NA NA 1 NA NA NA 0.505953569 NA NA NA 2.311619352 2.311619352 1 1.762903226 1.762903226 1 2.712692308 0.904230769 3 2.066233503 1.033116751 2 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 2.42E-16 1 0.0001337 1 8.58E-09 1 2.51E-21 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 50758842 C A - - - - - - 35 0 0 28 4 14.3 18 1 5.6 73 5 6.8 65 9 13.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 1.505953569 3 5 4 1 2 3 3 0 1 2 1 0.494046431 1 1 1 1 NA NA NA 1 NA NA NA 0.505953569 NA NA NA 1.291256122 1.291256122 1 0.658150538 NA 0 1.366393162 1.366393162 1 0.976507614 0.976507614 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.0000116 1 0.086275114 1 0.0000354 1 4.85E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 51722993 C G - - - - - - 34 0 0 27 6 22.2 16 6 37.5 52 9 17.3 48 25 52.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1.505953569 3 5 4 1 2 3 3 0 1 2 1 0.494046431 1 1 1 1 NA NA NA 1 NA NA NA 0.505953569 NA NA NA 2.004607407 2.004607407 1 4.407258065 2.203629032 2 3.476264957 1.158754986 3 3.686670051 1.228890017 3 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 4.23E-09 1 1.2E-10 1 5.92E-12 1 8.26E-45 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 53767795 C G - - - - - - 48 0 0 39 7 17.9 17 2 11.8 66 4 6.1 54 12 22.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1.505953569 3 5 4 1 2 3 3 0 1 2 1 0.494046431 1 1 1 1 NA NA NA 1 NA NA NA 0.505953569 NA NA NA 1.616327594 1.616327594 1 1.386817204 1.386817204 1 1.225735043 1.225735043 1 1.570903553 1.570903553 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 1.04E-09 1 0.003234386 1 0.000351793 1 6.9E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 54531375 A G - - - - - - 33 0 0 52 7 13.5 22 0 0 33 2 6.1 65 19 29.2 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 TRUE FALSE 1.505953569 3 5 4 1 2 3 3 0 1 2 1 0.494046431 1 1 1 1 NA NA NA 1 NA NA NA 0.505953569 NA NA NA 1.219018017 1.219018017 1 0 0 1 1.225735043 1.225735043 1 2.066233503 1.033116751 2 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 0 NA 0 8 NA 1 1 8.58E-09 1 1 1 0.011909843 1 1.89E-28 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 54569100 C T GNL3L CCDS14360.1 r.? - - intronic 32 0 0 31 5 16.1 20 0 0 73 0 0 66 7 10.6 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1.505953569 3 5 4 1 2 3 3 0 1 2 1 0.494046431 1 1 1 1 NA NA NA 1 NA NA NA 0.505953569 NA NA NA 1.453791858 1.453791858 1 0 0 1 0 0 1 0.750071066 0.750071066 1 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.000000476 1 1 1 1 1 0.000000047 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 55671140 A T - - - - - - 43 0 0 42 9 21.4 23 6 26.1 66 14 21.2 57 25 43.9 0 0 NA 0 0 NA 2 2 100 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1.505953569 3 5 4 1 2 3 3 0 1 2 1 0.494046431 1 1 1 1 NA NA NA 1 NA NA NA 0.505953569 NA NA NA 1.932369302 1.932369302 1 3.067451613 1.533725806 2 4.259931624 1.419977208 3 3.106426396 1.035475465 3 NA NA 0 11.75268817 5.876344086 2 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 7.51E-13 1 1.47E-09 0.000025 3.71E-19 1 2.54E-42 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 55674411 G C - - - - - - 22 0 0 46 7 15.2 25 6 24 79 0 0 50 17 34 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1.505953569 3 5 4 1 2 3 3 0 1 2 1 0.494046431 1 1 1 1 NA NA NA 1 NA NA NA 0.505953569 NA NA NA 1.37252399 1.37252399 1 2.820645161 1.410322581 2 0 0 1 2.405888325 0.801962775 3 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 3.53E-09 1 2.55E-09 1 1 1 6.43E-27 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 56268655 T G KLF8 CCDS14373.1 r.? - - intronic 27 0 0 39 11 28.2 28 8 28.6 76 14 18.4 53 23 43.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1.505953569 3 5 4 1 2 3 3 0 1 2 1 0.494046431 1 1 1 1 NA NA NA 1 NA NA NA 0.505953569 NA NA NA 2.546393192 2.546393192 1 3.361268817 1.680634409 2 3.697299145 1.232433048 3 3.071045685 1.023681895 3 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 7.2E-17 1 1.11E-12 1 3.14E-18 1 6.43E-39 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 56988649 C A - - - - - - 39 0 0 43 4 9.3 24 3 12.5 74 1 1.4 81 9 11.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1.505953569 3 5 4 1 2 3 3 0 1 2 1 0.494046431 1 1 1 1 NA NA NA 1 NA NA NA 0.505953569 NA NA NA 0.839767968 0.839767968 1 1.469086022 1.469086022 1 0.281316239 0.281316239 1 0.785451777 0.785451777 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000066 1 0.000233853 1 0.309906439 1 3.68E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 57454545 G T FAAH2 CCDS14375.1 r.? - - intronic 35 0 0 52 4 7.7 21 0 0 78 0 0 78 0 0 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1.505953569 3 5 4 1 2 3 3 0 1 2 1 0.494046431 1 1 1 1 NA NA NA 1 NA NA NA 0.505953569 NA NA NA 0.695291758 0.695291758 1 0 0 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 10 NA 1 1 0.000139698 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 58541793 G A - - - - - - 45 0 0 59 15 25.4 24 4 16.7 82 7 8.5 78 18 23.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1.505953569 3 5 4 1 2 3 3 0 1 2 1 0.494046431 1 1 1 1 NA NA NA 1 NA NA NA 0.505953569 NA NA NA 2.293559825 2.293559825 1 1.962698925 1.962698925 1 1.707991453 1.707991453 1 1.634588832 0.817294416 2 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 9.9E-22 1 0.00000613 1 0.000000214 1 6.1E-25 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 61931974 T C - - - - - - 34 0 0 58 7 12.1 33 2 6.1 101 0 0 150 52 34.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 9 3 5 4 6 2 3 3 3 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.999380952 0.999690476 2 0.716913978 0.716913978 1 0 0 1 2.45542132 0.818473773 3 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 1.88E-08 1 0.011909843 1 1 1 1.03E-79 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 62160700 A G - - - - - - 20 0 0 56 7 12.5 27 0 0 65 0 0 94 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 3 5 4 6 2 3 3 3 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.06547619 1.032738095 2 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1.46E-08 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 62179313 C T - - - - - - 31 0 0 45 23 51.1 22 3 13.6 52 13 25 88 31 35.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 9 3 5 4 6 2 3 3 3 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 8.443666667 1.407277778 6 1.598365591 1.598365591 1 5.023504274 1.674501425 3 2.49080203 0.830267343 3 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 4.42E-41 1 0.000179267 1 6.47E-19 1 1.97E-48 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 62243058 A G - - - - - - 35 0 0 61 8 13.1 23 3 13 69 0 0 134 16 11.9 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 9 3 5 4 6 2 3 3 3 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.164619048 1.082309524 2 1.527849462 1.527849462 1 0 0 1 0.842060914 0.842060914 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 9.09E-10 1 0.000205387 1 1 1 1.78E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 62356297 A G - - - - - - 7 0 0 14 6 42.9 5 2 40 21 5 23.8 26 8 30.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 9 3 5 4 6 2 3 3 3 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 7.088714286 1.181452381 6 4.701075269 2.350537634 2 4.782376068 1.594125356 3 2.179451777 1.089725888 2 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 4.53E-11 1 0.000247509 1 5.95E-08 1 5.63E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 62598142 A G - - - - - - 40 0 0 50 14 28 29 11 37.9 85 24 28.2 106 59 55.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 9 3 5 4 6 2 3 3 3 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 4.626666667 0.925333333 5 4.454268817 2.227134409 2 5.666512821 1.888837607 3 3.941411168 1.313803723 3 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 4.84E-21 1 1.56E-18 1 3.98E-35 1 4.4E-106 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 62654130 A G - - - - - - 25 0 0 63 24 38.1 32 8 25 45 9 20 109 58 53.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 9 3 5 4 6 2 3 3 3 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 6.295571429 1.049261905 6 2.938172043 1.469086022 2 4.018803419 1.33960114 3 3.764507614 1.254835871 3 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 7.74E-39 1 3.69E-12 1 1.47E-12 1 1.07E-102 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 63490937 A C MTMR8 CCDS14379.1 r.1566u>g c.1498T>G p.Y500D missense 43 0 0 66 4 6.1 37 0 0 78 0 0 109 0 0 420 0 0 673 33 4.9 175 1 0.6 621 0 0 991 0 0 FALSE FALSE 9 3 5 4 6 2 3 3 3 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.007952381 1.007952381 1 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 0.809666667 0.809666667 1 0.070516129 NA 0 0 0 1 0 NA 0 NA NA 1 1 0.000351793 5.69E-22 1 0.584051914 1 1 1 1 YES 1_1 0_0 0_0 0_0 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b X 64042816 G T - - - - - - 30 0 0 43 4 9.3 32 1 3.1 90 0 0 121 1 0.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 3 5 4 6 2 3 3 3 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.536714286 1.536714286 1 0.364333333 NA 0 0 0 1 0.056609137 0.056609137 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000066 1 0.14819814 1 1 1 0.454753646 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 64085968 C A - - - - - - 31 0 0 54 5 9.3 19 3 15.8 84 0 0 106 28 26.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 TRUE FALSE 9 3 5 4 6 2 3 3 3 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.536714286 1.536714286 1 1.856924731 1.856924731 1 0 0 1 1.868101523 0.934050761 2 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 0 NA 0 6 NA 1 1 0.00000806 1 0.000114071 1 1 1 8.48E-40 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 64186117 A G ZC4H2 CCDS14380.1 r.? - - intronic 29 0 0 70 27 38.6 29 7 24.1 97 17 17.5 108 37 34.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 9 3 5 4 6 2 3 3 3 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 6.378190476 1.063031746 6 2.832397849 1.416198925 2 3.516452991 1.172150997 3 2.427116751 0.809038917 3 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 1.1E-43 1 1.11E-10 1 1.97E-21 1 5.82E-57 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 64190921 C A ZC4H2 CCDS14380.1 r.? - - intronic 26 0 0 65 32 49.2 30 11 36.7 87 27 31 105 55 52.4 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 9 3 5 4 6 2 3 3 3 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 8.129714286 1.354952381 6 4.313236559 2.15661828 2 6.229145299 2.076381766 3 3.707898477 1.235966159 3 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 7.16E-56 1 2.44E-18 1 1.3E-40 1 6.08E-97 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 64389841 T C - - - - - - 43 0 0 52 17 32.7 20 5 25 82 20 24.4 106 59 55.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 9 3 5 4 6 2 3 3 3 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 5.403285714 1.080657143 5 2.938172043 1.469086022 2 4.902940171 1.63431339 3 3.941411168 1.313803723 3 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 1.42E-26 1 4.55E-08 1 4.4E-28 1 4.4E-106 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 64667172 G C - - - - - - 30 0 0 64 18 28.1 27 7 25.9 105 23 21.9 141 81 57.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 9 3 5 4 6 2 3 3 3 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 4.643190476 0.928638095 5 3.043946237 1.521973118 2 4.400589744 1.466863248 3 4.061705584 1.353901861 3 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 1.1E-26 1 6.36E-11 1 7.08E-31 1 1.21E-146 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 64922914 G A MSN CCDS14382.1 r.? - - intronic 26 0 0 56 18 32.1 25 4 16 77 13 16.9 104 28 26.9 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 9 3 5 4 6 2 3 3 3 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 5.304142857 1.060828571 5 1.880430108 1.880430108 1 3.395888889 1.131962963 3 1.903482234 0.951741117 2 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 6.76E-28 1 0.00000727 1 1.67E-16 1 4.62E-40 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 65000264 G T - - - - - - 35 0 0 47 17 36.2 28 6 21.4 90 20 22.2 123 64 52 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 9 3 5 4 6 2 3 3 3 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 5.981619048 0.996936508 6 2.515075269 1.257537634 2 4.460871795 1.486957265 3 3.679593909 1.226531303 3 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 1.81E-27 1 5.36E-09 1 3.48E-27 1 2.8E-112 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 65043862 G A - - - - - - 26 0 0 53 7 13.2 30 7 23.3 107 10 9.3 101 20 19.8 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 1 0 0 TRUE FALSE 9 3 5 4 6 2 3 3 3 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.181142857 1.090571429 2 2.738376344 1.369188172 2 1.86874359 0.934371795 2 1.401076142 1.401076142 1 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 1 0 NA 0 8 NA 1 1 9.85E-09 1 1.44E-10 1 2.21E-10 1 4.33E-26 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 65448343 A G HEPH CCDS14384.2 r.? - - intronic 32 0 0 61 8 13.1 26 6 23.1 84 15 17.9 118 26 22 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 9 3 5 4 6 2 3 3 3 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.164619048 1.082309524 2 2.714870968 1.357435484 2 3.59682906 1.19894302 3 1.556751269 0.778375635 2 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 9.09E-10 1 3.3E-09 1 3.27E-19 1 8.93E-35 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 65462578 C A HEPH CCDS14384.2 r.? - - intronic 36 0 0 58 20 34.5 39 14 35.9 92 22 23.9 116 55 47.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 9 3 5 4 6 2 3 3 3 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 5.700714286 0.950119048 6 4.219215054 2.109607527 2 4.802470085 1.600823362 3 3.354091371 1.118030457 3 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 1.47E-31 1 8.19E-23 1 1.57E-30 1 1.08E-93 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 66010670 G C - - - - - - 28 0 0 54 7 13 21 0 0 70 0 0 102 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 3 5 4 6 2 3 3 3 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.148095238 1.074047619 2 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1.13E-08 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 66084302 G T - - - - - - 32 0 0 31 9 29 21 3 14.3 83 9 10.8 84 9 10.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 9 3 5 4 6 2 3 3 3 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 4.791904762 0.958380952 5 1.680634409 1.680634409 1 2.170153846 1.085076923 2 0.757147208 0.757147208 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 3.57E-14 1 0.000155401 1 4.6E-10 1 5.13E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 66203611 C A - - - - - - 31 0 0 54 5 9.3 18 0 0 76 0 0 96 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 3 5 4 6 2 3 3 3 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.536714286 1.536714286 1 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.00000806 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 66302365 C A - - - - - - 27 0 0 29 5 17.2 14 1 7.1 53 5 9.4 90 14 15.6 1 0 0 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 3 5 4 6 2 3 3 3 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.842095238 0.947365079 3 0.83444086 NA 0 1.888837607 1.888837607 1 1.103878173 1.103878173 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000000336 1 0.067769881 1 0.00000734 1 3.87E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 66387054 A G - - - - - - 40 0 0 51 8 15.7 29 0 0 63 0 0 101 1 1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 3 5 4 6 2 3 3 3 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.594238095 0.864746032 3 0 NA 0 0 0 1 0.070761421 0.070761421 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 2.05E-10 1 1 1 1 1 0.397258416 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 66475213 A G - - - - - - 32 0 0 50 6 12 29 6 20.7 81 3 3.7 97 23 23.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 9 3 5 4 6 2 3 3 3 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.982857143 1.982857143 1 2.432806452 1.216403226 2 0.743478632 0.743478632 1 1.677045685 0.838522843 2 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000000206 1 6.72E-09 1 0.007979008 1 9.4E-32 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 66568321 C T - - - - - - 30 0 0 56 6 10.7 30 3 10 74 7 9.5 85 11 12.9 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 9 3 5 4 6 2 3 3 3 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.768047619 1.768047619 1 1.175268817 1.175268817 1 1.908931624 1.908931624 1 0.912822335 0.912822335 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000000409 1 0.000458697 1 0.000000105 1 7.42E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 66610146 C A - - - - - - 29 0 0 52 22 42.3 26 6 23.1 79 15 19 92 33 35.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 9 3 5 4 6 2 3 3 3 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 6.989571429 1.164928571 6 2.714870968 1.357435484 2 3.817863248 1.272621083 3 2.540335025 0.846778342 3 NA NA 1 NA NA 0 0 0 1 NA NA 0 8 NA 1 1 5.59E-37 1 3.3E-09 1 1.22E-19 1 9.02E-52 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 66922105 G A AR CCDS14387.1 r.? - - intronic 35 0 0 48 22 45.8 24 6 25 73 18 24.7 92 53 57.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 9 3 5 4 6 2 3 3 3 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 7.567904762 1.26131746 6 2.938172043 1.469086022 2 4.963222222 1.654407407 3 4.075857868 1.358619289 3 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 5.76E-38 1 1.95E-09 1 1.62E-25 1 1.31E-96 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 67185683 A C - - - - - - 41 0 0 63 5 7.9 27 2 7.4 79 3 3.8 112 8 7.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 9 3 5 4 6 2 3 3 3 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.305380952 1.305380952 1 0.869698925 0.869698925 1 0.76357265 0.76357265 1 0.502406091 0.502406091 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.0000173 1 0.00807567 1 0.007450026 1 0.000000117 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 67300758 G A OPHN1 CCDS14388.1 r.? - - intronic 32 0 0 63 5 7.9 21 0 0 74 0 0 105 0 0 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 3 5 4 6 2 3 3 3 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.305380952 1.305380952 1 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.0000173 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 67756840 C G YIPF6 CCDS14389.1 r.6454c>g c.? p.? 3'UTR variant 39 0 0 72 40 55.6 29 13 44.8 109 34 31.2 128 84 65.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 2 100 TRUE FALSE 9 3 5 4 6 2 3 3 3 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 9.187238095 1.531206349 6 5.265204301 2.632602151 2 6.269333333 2.089777778 3 4.641949239 1.547316413 3 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 7.076142132 2.358714044 3 8 NA 1 1 2.22E-72 1 7.69E-23 1 7.96E-51 1 1.82E-159 0.000025 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 67784973 C G - - - - - - 30 0 0 64 11 17.2 38 7 18.4 76 13 17.1 140 30 21.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 9 3 5 4 6 2 3 3 3 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.842095238 0.947365079 3 2.162494624 1.081247312 2 3.436076923 1.145358974 3 1.514294416 0.757147208 2 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 2.85E-14 1 8.61E-10 1 1.39E-16 1 1.75E-39 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 67804215 C A - - - - - - 34 0 0 64 14 21.9 34 8 23.5 108 15 13.9 122 36 29.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 9 3 5 4 6 2 3 3 3 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 3.618714286 0.904678571 4 2.76188172 1.38094086 2 2.793068376 0.931022792 3 2.087461929 1.043730964 2 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 2.31E-19 1 6.32E-12 1 1.73E-17 1 1.05E-52 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 67898212 A T STARD8 CCDS48134.1 r.? - - intronic 22 0 0 52 4 7.7 30 0 0 69 0 0 113 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 3 5 4 6 2 3 3 3 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.272333333 1.272333333 1 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000139698 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 68541100 G T - - - - - - 29 0 0 38 18 47.4 24 3 12.5 62 18 29 90 52 57.8 2 0 0 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 9 3 5 4 6 2 3 3 3 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 7.832285714 1.305380952 6 1.469086022 1.469086022 1 5.827264957 1.942421652 3 4.090010152 1.363336717 3 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 1.16E-31 1 0.000233853 1 5.72E-27 1 6.49E-95 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 68580046 C G - - - - - - 30 0 0 47 5 10.6 22 1 4.5 52 1 1.9 96 7 7.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 3 5 4 6 2 3 3 3 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.75152381 1.75152381 1 0.528870968 NA 0 0.381786325 0.381786325 1 0.516558376 0.516558376 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.00000402 1 0.104413009 1 0.229451111 1 0.000000631 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 68636509 T A - - - - - - 27 0 0 32 10 31.2 12 0 0 15 4 26.7 78 14 17.9 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 3 5 4 6 2 3 3 3 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 5.155428571 1.031085714 5 0 NA 0 5.365102564 1.788367521 3 1.266629442 1.266629442 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 5.7E-16 1 1 1 0.000000816 1 4.63E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 69218031 G C EDA CCDS14394.1 r.? - - intronic 23 0 0 58 5 8.6 27 3 11.1 62 0 0 94 0 0 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 9 3 5 4 6 2 3 3 3 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.421047619 1.421047619 1 1.304548387 1.304548387 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 9 NA 1 1 0.0000115 1 0.000334187 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 69418904 G T DGAT2L6 CCDS14397.1 r.? - - intronic 32 0 0 44 22 50 27 9 33.3 85 19 22.4 79 48 60.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 9 3 5 10 5 2 3 6 4 1 2 4 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 8.261904762 1.652380952 5 3.913645161 1.956822581 2 4.501059829 1.500353276 3 7.950294416 1.325049069 6 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 4.51E-39 1 8.44E-15 1 5.93E-26 1 2.67E-89 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 69817185 G T TEX11 CCDS35323.1 r.? - - intronic 25 0 0 71 4 5.6 26 3 11.5 85 0 0 105 27 25.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 9 3 5 10 5 2 3 6 4 1 2 4 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.925333333 0.925333333 1 1.35155914 1.35155914 1 0 0 1 3.360568528 1.120189509 3 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 0.000464961 1 0.000298167 1 1 1 4.48E-38 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 70157142 G A - - - - - - 31 0 0 63 26 41.3 26 10 38.5 47 8 17 108 55 50.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 9 3 5 10 5 2 3 6 4 1 2 4 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 6.824333333 1.364866667 5 4.524784946 2.262392473 2 3.415982906 1.138660969 3 6.655756345 1.109292724 6 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 4.45E-43 1 4.82E-17 1 1.03E-10 1 5.22E-96 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 71162061 C G - - - - - - 33 0 0 56 4 7.1 42 4 9.5 105 12 11.4 125 12 9.6 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 9 3 5 12 5 2 3 6 4 1 2 6 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.173190476 1.173190476 1 1.116505376 1.116505376 1 2.290717949 1.145358974 2 1.447309645 1.447309645 1 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000186538 1 0.0000601 1 3.1E-13 1 2.55E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 71209074 C T - - - - - - 25 0 0 62 6 9.7 28 2 7.1 32 0 0 121 14 11.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 3 5 12 5 2 3 6 4 1 2 6 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.602809524 1.602809524 1 0.83444086 0.83444086 1 0 NA 0 1.748832487 0.874416244 2 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.000000756 1 0.008668191 1 1 1 2.8E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 71979838 C G - - - - - - 32 0 0 52 8 15.4 21 1 4.8 54 0 0 106 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 3 5 12 5 2 3 6 4 1 2 6 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.544666667 0.848222222 3 0.564129032 NA 0 0 NA 0 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 2.42E-10 1 0.099912572 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 72909262 G A - - - - - - 27 0 0 56 7 12.5 25 0 0 88 0 0 119 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 3 5 9.332427659 5 2 3 6 4 1 2 3 1 1 1 0.667572341 NA NA NA 7 NA NA NA 3 NA NA NA 0.332427659 2.06547619 1.032738095 2 0 NA 0 0 NA 0 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1.46E-08 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 73594336 T C - - - - - - 44 0 0 57 5 8.8 26 5 19.2 78 1 1.3 105 7 6.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 3 5 9.332427659 5 2 3 6 2 1 2 3 1 1 1 0.667572341 NA NA NA 7 NA NA NA 3 NA NA NA 0.332427659 1.278095238 1.278095238 1 2.256516129 2.256516129 1 0.261222222 NA 0 0.831374176 0.831374176 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.0000105 1 0.000000188 1 0.323605141 1 0.00000116 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 73736074 G C SLC16A2 CCDS14426.1 r.? - - intronic 34 0 0 52 4 7.7 19 0 0 62 0 0 103 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 3 5 9.332427659 5 2 3 6 2 1 2 3 1 1 1 0.667572341 NA NA NA 7 NA NA NA 3 NA NA NA 0.332427659 1.118333333 1.118333333 1 0 NA 0 0 NA 0 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.000139698 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 74040146 T G KIAA2022 CCDS35337.1 r.? - - intronic 24 0 0 47 21 44.7 24 6 25 90 17 18.9 110 72 65.5 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 3 5 9.332427659 5 2 3 6 2 1 2 3 1 1 1 0.667572341 NA NA NA 7 NA NA NA 3 NA NA NA 0.332427659 6.492142857 1.298428571 5 2.938172043 1.469086022 2 3.797769231 1.265923077 3 8.127613213 1.28349089 6.332427659 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 5.29E-36 1 1.95E-09 1 5.05E-22 1 8.7E-137 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 74530170 C T - - - - - - 28 0 0 50 5 10 29 1 3.4 73 0 0 98 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 3 5 9.332427659 5 2 3 6 2 1 2 3 1 1 1 0.667572341 NA NA NA 7 NA NA NA 3 NA NA NA 0.332427659 1.452380952 1.452380952 1 0.399591398 NA 0 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.00000549 1 0.135292269 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 74710693 C T ZDHHC15 CCDS14430.1 r.? - - intronic 38 0 0 56 6 10.7 35 2 5.7 80 5 6.2 125 30 24 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 3 5 9.332427659 5 2 3 6 2 1 2 3 1 1 1 0.667572341 NA NA NA 7 NA NA NA 3 NA NA NA 0.332427659 1.554047619 1.554047619 1 0.669903226 0.669903226 1 1.24582906 1.24582906 1 2.97805675 0.992685583 3 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000000409 1 0.013332991 1 0.000055 1 4.04E-41 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 75992760 C G - - - - - - 45 0 0 51 10 19.6 31 2 6.5 94 7 7.4 111 13 11.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 3 5 9.332427659 5 2 3 6 2 1 2 3 1 1 1 0.667572341 NA NA NA 7 NA NA NA 3 NA NA NA 0.332427659 2.846666667 0.948888889 3 0.763924731 0.763924731 1 1.486957265 1.486957265 1 1.451802666 1.451802666 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 1.04E-13 1 0.010558179 1 0.000000547 1 2.32E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 76635738 G T - - - - - - 35 0 0 57 6 10.5 33 3 9.1 89 4 4.5 124 34 27.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 3 5 9.332427659 5 2 3 6 2 1 2 3 1 1 1 0.667572341 NA NA NA 7 NA NA NA 3 NA NA NA 0.332427659 1.525 1.525 1 1.069494624 1.069494624 1 0.904230769 0.904230769 1 3.399948123 1.020261644 3.332427659 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000000456 1 0.000609557 1 0.001088103 1 1.29E-48 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 76768485 C A ATRX CCDS14434.1 r.? - - intronic 29 0 0 55 20 36.4 22 2 9.1 41 8 19.5 99 21 21.2 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 3 5 9.332427659 5 2 3 6 2 1 2 3 1 1 1 0.667572341 NA NA NA 7 NA NA NA 3 NA NA NA 0.332427659 5.286666667 1.057333333 5 1.069494624 1.069494624 1 3.918333333 1.306111111 3 2.630616796 0.876872265 3 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 4.08E-32 1 0.005403392 1 3.22E-11 1 5.3E-28 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 76927579 T A ATRX CCDS14434.1 r.? - - intronic 57 0 0 69 24 34.8 40 4 10 109 19 17.4 133 41 30.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 3 5 9.332427659 5 2 3 6 2 1 2 3 1 1 1 0.667572341 NA NA NA 7 NA NA NA 3 NA NA NA 0.332427659 5.054285714 1.010857143 5 1.175268817 1.175268817 1 3.496358974 1.165452991 3 3.821839496 0.955459874 4 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 1.11E-37 1 0.0000495 1 9.93E-24 1 1.04E-60 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 77544332 A G CYSLTR1 CCDS14439.1 r.? - - intronic 40 0 0 48 7 14.6 30 3 10 75 2 2.7 99 10 10.1 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 3 5 9.332427659 5 2 3 6 2 1 2 3 1 1 1 0.667572341 NA NA NA 7 NA NA NA 3 NA NA NA 0.332427659 2.12047619 1.060238095 2 1.175268817 1.175268817 1 0.542538462 0.542538462 1 1.253265549 1.253265549 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 4.81E-09 1 0.000458697 1 0.054571821 1 1.01E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 77869896 T G - - - - - - 30 0 0 54 8 14.8 30 2 6.7 71 0 0 111 22 19.8 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 3 5 9.332427659 5 2 3 6 2 1 2 3 1 1 1 0.667572341 NA NA NA 7 NA NA NA 3 NA NA NA 0.332427659 2.14952381 1.074761905 2 0.787430108 0.787430108 1 0 NA 0 2.456896819 1.053364639 2.332427659 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 3.31E-10 1 0.009909649 1 1 1 1.48E-28 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 77915315 G T ZCCHC5 CCDS14440.1 r.? - - upstream 27 0 0 56 5 8.9 32 0 0 98 1 1 119 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 3 5 9.332427659 5 2 3 6 2 1 2 3 1 1 1 0.667572341 NA NA NA 7 NA NA NA 3 NA NA NA 0.332427659 1.292619048 1.292619048 1 0 NA 0 0.200940171 NA 0 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.00000965 1 1 1 0.388126122 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 78128464 C T - - - - - - 28 0 0 54 6 11.1 25 0 0 70 0 0 118 0 0 1 0 0 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 3 5 9.332427659 5 2 3 6 2 1 2 3 1 1 1 0.667572341 NA NA NA 7 NA NA NA 3 NA NA NA 0.332427659 1.612142857 1.612142857 1 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.000000329 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 78128481 C G - - - - - - 31 0 0 47 5 10.6 24 0 0 74 0 0 120 0 0 2 0 0 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 3 5 9.332427659 5 2 3 6 2 1 2 3 1 1 1 0.667572341 NA NA NA 7 NA NA NA 3 NA NA NA 0.332427659 1.53952381 1.53952381 1 0 NA 0 0 NA 0 0 0 1 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.00000402 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 78130368 G A - - - - - - 24 0 0 40 5 12.5 23 3 13 11 1 9.1 98 6 6.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 7 3 5 9.332427659 5 2 3 6 2 1 2 3 1 1 1 0.667572341 NA NA NA 7 NA NA NA 3 NA NA NA 0.332427659 1.81547619 1.81547619 1 1.527849462 1.527849462 1 1.828555556 1.828555556 1 0.756922757 0.756922757 1 NA NA 1 NA NA 0 0 0 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.00000178 1 0.000205387 1 0.05364542 1 0.0000111 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 78366164 C T - - - - - - 19 0 0 59 6 10.2 28 1 3.6 73 7 9.6 137 12 8.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 3 5 9.332427659 5 2 3 6 2 1 2 3 1 1 1 0.667572341 NA NA NA 7 NA NA NA 3 NA NA NA 0.332427659 1.481428571 1.481428571 1 0.423096774 NA 0 1.929025641 1.929025641 1 1.091954142 1.091954142 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.000000561 1 0.130947004 1 9.54E-08 1 7.62E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 78878134 G A - - - - - - 34 0 0 66 5 7.6 21 2 9.5 66 0 0 121 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 3 5 11 5 2 3 6 2 1 2 5 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.103809524 1.103809524 1 1.116505376 1.116505376 1 0 NA 0 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.0000217 1 0.004928472 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 79018050 C T - - - - - - 25 0 0 49 6 12.2 29 5 17.2 68 0 0 112 31 27.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 3 5 11 5 2 3 6 2 1 2 5 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.771904762 1.771904762 1 2.021462366 2.021462366 1 0 NA 0 3.899091371 0.974772843 4 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.000000182 1 0.000000336 1 1 1 1.3E-44 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 79206408 C A - - - - - - 27 0 0 50 5 10 34 1 2.9 62 0 0 112 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 3 5 11 5 2 3 6 2 1 2 5 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.452380952 1.452380952 1 0.340827957 NA 0 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.00000549 1 0.156694864 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 79317742 C A - - - - - - 31 0 0 58 23 39.7 16 4 25 97 17 17.5 109 58 53.2 0 0 NA 0 0 NA 1 1 100 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 8 3 5 11 4 2 3 6 4 1 2 5 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 6.162952381 1.540738095 4 2.938172043 1.469086022 2 3.516452991 1.172150997 3 7.488507614 1.248084602 6 NA NA 1 11.75268817 11.75268817 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 8.87E-38 1 0.00000108 0.005 1.97E-21 1 1.07E-102 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 79436200 G A - - - - - - 31 0 0 61 6 9.8 22 1 4.5 61 0 0 106 12 11.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 8 3 5 11 4 2 3 6 4 1 2 5 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.521333333 1.521333333 1 0.528870968 NA 0 0 0 1 1.590604061 1.590604061 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.000000685 1 0.104413009 1 1 1 3.48E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 79574936 T A - - - - - - 21 0 0 45 9 20 19 1 5.3 49 7 14.3 81 14 17.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 8 3 5 11 4 2 3 6 4 1 2 5 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 3.104761905 1.034920635 3 0.622892473 NA 0 2.873444444 0.957814815 3 2.435172589 0.811724196 3 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1.47E-12 1 0.090843738 1 5.58E-09 1 8.14E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 79730136 C G - - - - - - 32 0 0 46 9 19.6 28 3 10.7 51 0 0 121 15 12.4 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 8 3 5 11 4 2 3 6 4 1 2 5 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 3.042666667 1.014222222 3 1.257537634 1.257537634 1 0 0 1 1.745441624 0.872720812 2 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 1.82E-12 1 0.000372895 1 1 1 1E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 79755549 T C - - - - - - 36 0 0 42 6 14.3 20 1 5 79 4 5.1 113 24 21.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 8 3 5 11 4 2 3 6 4 1 2 5 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.219904762 1.109952381 2 0.587634409 NA 0 1.024794872 1.024794872 1 2.984142132 0.994714044 3 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 7.02E-08 1 0.09538952 1 0.000696582 1 8.46E-32 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 80372930 G A HMGN5 CCDS14448.1 r.? - - intronic 27 0 0 46 25 54.3 21 8 38.1 47 6 12.8 82 41 50 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 3 5 7.275827981 5 2 3 6 1 1 2 1 1 1 1 0.724172019 NA NA NA 6 NA NA NA 2 NA NA NA 0.275827981 7.343428571 1.468685714 5 4.477774194 2.238887097 2 2.572034188 0.857344729 3 5.175985056 1.035197011 5 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 1.87E-45 1 7.5E-14 1 0.000000141 1 1.58E-71 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 80431657 C A HMGN5 CCDS14448.1 r.? - - intronic 34 0 0 62 5 8.1 29 0 0 90 0 0 73 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 3 11 7.275827981 5 2 8 6 1 1 3 1 1 1 1 0.724172019 NA NA NA 6 NA NA NA 2 NA NA NA 0.275827981 1.095428571 1.095428571 1 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.000016 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 80431658 A G HMGN5 CCDS14448.1 r.? - - intronic 33 0 0 62 5 8.1 29 0 0 89 0 0 73 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 3 11 7.275827981 5 2 8 6 1 1 3 1 1 1 1 0.724172019 NA NA NA 6 NA NA NA 2 NA NA NA 0.275827981 1.095428571 1.095428571 1 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000016 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 80534971 C T SH3BGRL CCDS14449.1 r.? - - intronic 35 0 0 53 21 39.6 26 9 34.6 61 14 23 100 65 65 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 3 11 7.275827981 5 2 8 6 1 1 3 1 1 1 1 0.724172019 NA NA NA 6 NA NA NA 2 NA NA NA 0.275827981 5.355428571 1.071085714 5 4.066430108 2.033215054 2 6.001623932 1.000270655 6 6.728780573 1.121463429 6 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 1.3E-34 1 5.65E-15 1 1.1E-19 1 2.5E-123 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 80932360 T A - - - - - - 22 0 0 47 20 42.6 25 10 40 64 15 23.4 80 48 60 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 3 11 7.275827981 5 2 8 6 1 1 3 1 1 1 1 0.724172019 NA NA NA 6 NA NA NA 2 NA NA NA 0.275827981 5.761142857 1.152228571 5 4.701075269 2.350537634 2 6.106 1.017666667 6 6.211182068 1.035197011 6 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 8.18E-34 1 2.98E-17 1 3.87E-21 1 6.65E-89 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 81146658 C T - - - - - - 40 0 0 47 18 38.3 25 3 12 74 16 21.6 116 43 37.1 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 3 11 7.275827981 5 2 8 6 1 1 3 1 1 1 1 0.724172019 NA NA NA 6 NA NA NA 2 NA NA NA 0.275827981 5.179619048 1.03592381 5 1.410322581 1.410322581 1 5.636307692 0.939384615 6 3.840580912 1.031257657 3.724172019 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 1.52E-29 1 0.00026475 1 7.81E-22 1 9.99E-68 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 81411695 T C - - - - - - 40 0 0 36 5 13.9 17 0 0 73 0 0 88 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 3 11 7.275827981 5 2 8 6 1 1 3 1 1 1 1 0.724172019 NA NA NA 6 NA NA NA 2 NA NA NA 0.275827981 1.879809524 1.879809524 1 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.00000104 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 81992626 G A - - - - - - 33 0 0 54 24 44.4 25 9 36 39 12 30.8 75 52 69.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 3 11 7.275827981 5 2 8 6 1 1 3 1 1 1 1 0.724172019 NA NA NA 6 NA NA NA 2 NA NA NA 0.275827981 6.004571429 1.200914286 5 4.230967742 2.115483871 2 8.036957265 1.004619658 8 7.173915288 1.195652548 6 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 7.24E-41 1 3.71E-15 1 8.43E-19 1 2.36E-101 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 82294470 A G - - - - - - 35 0 0 60 8 13.3 17 0 0 69 0 0 87 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 3 11 7.275827981 5 2 8 6 1 1 3 1 1 1 1 0.724172019 NA NA NA 6 NA NA NA 2 NA NA NA 0.275827981 1.798666667 1.798666667 1 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 7.93E-10 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 82417255 G A - - - - - - 38 0 0 48 22 45.8 18 4 22.2 55 14 25.5 84 54 64.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 3 10 7.275827981 5 2 6 6 1 1 4 1 1 1 1 0.724172019 NA NA NA 6 NA NA NA 2 NA NA NA 0.275827981 6.193904762 1.238780952 5 2.609096774 1.304548387 2 6.398974359 1.066495726 6 6.656316782 1.10938613 6 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 5.76E-38 1 0.00000181 1 2.19E-20 1 2.59E-102 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 82426077 C T - - - - - - 35 0 0 61 18 29.5 19 4 21.1 82 15 18.3 112 38 33.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 3 10 7.275827981 5 2 6 6 1 1 4 1 1 1 1 0.724172019 NA NA NA 6 NA NA NA 2 NA NA NA 0.275827981 3.98952381 0.997380952 4 2.479817204 2.479817204 1 4.592205128 0.918441026 5 3.509317868 0.94230821 3.724172019 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 4.08E-27 1 0.00000228 1 2.22E-19 1 2.89E-58 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 82507759 A T - - - - - - 32 0 0 49 4 8.2 28 2 7.1 83 11 13.3 95 13 13.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 3 10 7.275827981 5 2 6 6 1 1 4 1 1 1 1 0.724172019 NA NA NA 6 NA NA NA 2 NA NA NA 0.275827981 1.108952381 1.108952381 1 0.83444086 0.83444086 1 3.337504274 1.112501425 3 1.418219905 1.418219905 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000110643 1 0.008668191 1 5.66E-13 1 2.91E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 82654727 A C - - - - - - 29 0 0 65 28 43.1 25 9 36 93 21 22.6 109 65 59.6 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 3 10 7.275827981 5 2 6 6 1 1 4 1 1 1 1 0.724172019 NA NA NA 6 NA NA NA 2 NA NA NA 0.275827981 5.828761905 1.165752381 5 4.230967742 2.115483871 2 5.671247863 0.945207977 6 6.169774187 1.028295698 6 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 6.12E-47 1 3.71E-15 1 1.25E-28 1 1.44E-119 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 82720237 C A - - - - - - 22 0 0 25 4 16 19 3 15.8 75 14 18.7 68 16 23.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 3 10 7.275827981 5 2 6 6 1 1 4 1 1 1 1 0.724172019 NA NA NA 6 NA NA NA 2 NA NA NA 0.275827981 2.163809524 2.163809524 1 1.856924731 1.856924731 1 4.692581197 0.938516239 5 2.432712976 0.893010045 2.724172019 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.00000727 1 0.000114071 1 2.57E-18 1 1.75E-22 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 82820466 C G - - - - - - 39 0 0 50 22 44 19 2 10.5 71 12 16.9 104 62 59.6 3 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 3 10 7.275827981 5 2 6 6 1 1 4 1 1 1 1 0.724172019 NA NA NA 6 NA NA NA 2 NA NA NA 0.275827981 5.95047619 1.190095238 5 1.234032258 1.234032258 1 4.240888889 1.060222222 4 6.169774187 1.028295698 6 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 1.85E-37 1 0.004039874 1 2.38E-15 1 4.11E-114 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 83069990 A C - - - - - - 39 0 0 41 4 9.8 19 0 0 65 0 0 96 0 0 0 0 NA 2 0 0 4 2 50 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 3 10 7.275827981 5 2 6 6 1 1 4 1 1 1 1 0.724172019 NA NA NA 6 NA NA NA 2 NA NA NA 0.275827981 1.325333333 1.325333333 1 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 5.876344086 2.938172043 2 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.0000546 1 1 0.000149002 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 83497014 C G - - - - - - 25 0 0 64 7 10.9 12 0 0 72 0 0 91 0 0 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 3 10 7.275827981 5 2 6 6 1 1 4 1 1 1 1 0.724172019 NA NA NA 6 NA NA NA 2 NA NA NA 0.275827981 1.474095238 1.474095238 1 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 3.78E-08 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 83652924 G A HDX CCDS35342.1 r.? - - intronic 39 0 0 48 18 37.5 23 9 39.1 63 15 23.8 101 65 64.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 3 10 6 5 2 6 4 1 1 4 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 5.071428571 1.014285714 5 4.595301075 2.297650538 2 5.972376068 0.995396011 6 5.845035533 1.461258883 4 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 2.42E-29 1 1.5E-15 1 2.97E-21 1 6.97E-123 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 83687579 G T HDX CCDS35342.1 r.? - - intronic 30 0 0 56 4 7.1 18 1 5.6 64 4 6.2 108 18 16.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 3 10 6 5 2 6 4 1 1 4 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.960190476 0.960190476 1 0.658150538 NA 0 1.55582906 1.55582906 1 1.515715736 0.757857868 2 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000186538 1 0.086275114 1 0.000312605 1 3.47E-22 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 83729826 G C HDX CCDS35342.1 r.? - - intronic 34 0 0 58 21 36.2 20 3 15 104 22 21.2 115 52 45.2 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 3 10 6 5 2 6 4 1 1 4 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 4.895619048 0.97912381 5 1.762903226 1.762903226 1 5.319931624 1.063986325 5 4.102416244 1.025604061 4 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 1.34E-33 1 0.0001337 1 3.1E-29 1 2.98E-87 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 83751935 C T HDX CCDS35342.1 r.? - - intronic 37 0 0 54 16 29.6 28 9 32.1 87 16 18.4 105 26 24.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 3 10 6 5 2 6 4 1 1 4 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 4.003047619 1.000761905 4 3.772612903 1.886306452 2 4.617299145 0.923459829 5 2.250883249 1.125441624 2 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 2.69E-24 1 1.24E-14 1 1.29E-20 1 3.05E-36 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 83941163 G A - - - - - - 27 0 0 50 20 40 16 4 25 76 18 23.7 76 49 64.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 3 10 6 3 2 6 4 3 1 4 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 5.40952381 1.803174603 3 2.938172043 1.469086022 2 5.947282051 0.991213675 6 5.854111675 1.463527919 4 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 3.9E-33 1 0.00000108 1 3.63E-25 1 4.43E-93 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 84003086 C T - - - - - - 27 0 0 53 12 22.6 22 1 4.5 77 1 1.3 98 27 27.6 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 3 10 6 3 2 6 4 3 1 4 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 3.056380952 1.018793651 3 0.528870968 NA 0 0.326222222 0.326222222 1 2.505015228 0.835005076 3 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 5.39E-17 1 0.104413009 1 0.320206172 1 5.38E-39 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 84172670 G A - - - - - - 35 0 0 61 9 14.8 21 0 0 65 6 9.2 77 15 19.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 3 10 6 3 2 6 4 3 1 4 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.00152381 1.000761905 2 0 NA 0 2.308649573 1.154324786 2 1.769847716 0.884923858 2 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 2.68E-11 1 1 1 0.000001 1 8.05E-20 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 84194102 A C - - - - - - 29 0 0 43 9 20.9 27 4 14.8 82 7 8.5 88 13 14.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 3 10 6 3 2 6 4 3 1 4 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.82647619 0.94215873 3 1.739397849 1.739397849 1 2.132991453 1.066495726 2 1.343269036 1.343269036 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 9.45E-13 1 0.00001 1 0.000000214 1 1.03E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 84204699 T G - - - - - - 49 0 0 39 6 15.4 27 0 0 71 0 0 100 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 3 10 6 3 2 6 4 3 1 4 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.082666667 2.082666667 1 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 4.43E-08 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 84219894 A C - - - - - - 15 0 0 41 17 41.5 23 7 30.4 55 13 23.6 86 54 62.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 2 100 TRUE FALSE 6 3 10 6 3 2 6 4 3 1 4 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 5.612380952 1.870793651 3 3.572817204 1.786408602 2 5.922188034 0.987031339 6 5.699817259 1.424954315 4 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 9.076142132 2.269035533 4 8 NA 1 1 1.03E-28 1 1.79E-11 1 1.46E-18 1 1.89E-101 0.000025 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 84262042 C T APOOL CCDS48138.1 r.? - - intronic 28 0 0 56 23 41.1 23 8 34.8 67 16 23.9 110 64 58.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 1 100 TRUE FALSE 6 3 10 6 3 2 6 4 3 1 4 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 5.558285714 1.852761905 3 4.089935484 2.044967742 2 5.997470085 0.999578348 6 5.282314721 1.32057868 4 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 9.076142132 9.076142132 1 8 NA 1 1 3.22E-38 1 1.79E-13 1 1.35E-22 1 9.83E-117 0.005 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 84761194 G A - - - - - - 37 0 0 49 19 38.8 26 4 15.4 76 16 21.1 99 29 29.3 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 3 10 6 3 2 6 4 3 1 4 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 5.247238095 1.749079365 3 1.809913978 1.809913978 1 5.294837607 1.058967521 5 2.659309645 0.886436548 3 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 3.12E-31 1 0.00000856 1 1.25E-21 1 1.17E-42 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 85075836 G T - - - - - - 30 0 0 59 28 47.5 27 3 11.1 86 21 24.4 89 59 66.3 0 0 NA 0 0 NA 4 4 100 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 3 10 7.225907023 5 2 6 6 1 1 4 1 1 1 1 0.774092977 NA NA NA 6 NA NA NA 2 NA NA NA 0.225907023 6.423809524 1.284761905 5 1.304548387 1.304548387 1 6.122940171 1.020490028 6 6.830258589 1.138376432 6 NA NA 1 11.75268817 5.876344086 2 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 1.77E-48 1 0.000334187 6.25E-10 2.01E-29 1 6.71E-113 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 85189087 G A CHM CCDS14454.1 r.? - - intronic 25 0 0 45 5 11.1 25 3 12 28 0 0 80 15 18.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 3 10 7.225907023 5 2 6 6 1 1 4 1 1 1 1 0.774092977 NA NA NA 6 NA NA NA 2 NA NA NA 0.225907023 1.501142857 1.501142857 1 1.410322581 1.410322581 1 0 0 1 1.936785241 0.968392621 2 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.00000323 1 0.00026475 1 1 1 1.49E-19 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 85190892 C T CHM CCDS14454.1 r.? - - intronic 39 0 0 55 5 9.1 25 1 4 77 0 0 91 0 0 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 3 10 7.225907023 5 2 6 6 1 1 4 1 1 1 1 0.774092977 NA NA NA 6 NA NA NA 2 NA NA NA 0.225907023 1.230666667 1.230666667 1 0.470107527 NA 0 0 0 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.00000883 1 0.117779757 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 85427685 T C DACH2 CCDS48140.1 r.? - - intronic 25 0 0 54 16 29.6 17 4 23.5 80 18 22.5 83 33 39.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 3 10 7.225907023 5 2 6 6 1 1 4 1 1 1 1 0.774092977 NA NA NA 6 NA NA NA 2 NA NA NA 0.225907023 4.003047619 1.000761905 4 2.76188172 1.38094086 2 5.646153846 0.941025641 6 4.100215563 1.025053891 4 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 2.69E-24 1 0.00000141 1 1.01E-24 1 1.36E-53 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 85812357 A G DACH2 CCDS48140.1 r.? - - intronic 36 0 0 36 12 33.3 28 7 25 76 14 18.4 97 54 55.7 4 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 3 10 7.225907023 5 2 6 6 1 1 4 1 1 1 1 0.774092977 NA NA NA 6 NA NA NA 2 NA NA NA 0.225907023 4.503428571 0.900685714 5 2.938172043 1.469086022 2 4.617299145 0.923459829 5 5.738241379 0.993790956 5.774092977 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 2.73E-19 1 8.44E-11 1 3.14E-18 1 3.1E-97 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 85908094 T A DACH2 CCDS48140.1 r.? - - intronic 31 0 0 49 5 10.2 27 1 3.7 69 6 8.7 88 8 9.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 3 10 7.225907023 5 2 6 6 1 1 4 1 1 1 1 0.774092977 NA NA NA 6 NA NA NA 2 NA NA NA 0.225907023 1.379428571 1.379428571 1 0.434849462 NA 0 2.183179487 1.091589744 2 0.937486473 0.937486473 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.00000496 1 0.126579904 1 0.00000143 1 1.76E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 86064169 C T DACH2 CCDS48140.1 r.? - - intronic 36 0 0 56 6 10.7 24 2 8.3 89 3 3.4 86 12 14 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 3 10 7.225907023 5 2 6 6 1 1 4 1 1 1 1 0.774092977 NA NA NA 6 NA NA NA 2 NA NA NA 0.225907023 1.447047619 1.447047619 1 0.975473118 0.975473118 1 0.853196581 0.853196581 1 1.442286882 1.442286882 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000000409 1 0.006413403 1 0.01031245 1 2.65E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 86390151 A T - - - - - - 16 0 0 36 5 13.9 15 1 6.7 64 0 0 82 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 3 10 9 5 2 6 6 1 1 4 3 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.879809524 1.879809524 1 0.787430108 NA 0 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.00000104 1 0.072431031 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 86535947 T G - - - - - - 30 0 0 47 5 10.6 19 2 10.5 57 4 7 81 4 4.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 3 10 9 5 2 6 6 1 1 4 3 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.43352381 1.43352381 1 1.234032258 1.234032258 1 1.756581197 1.756581197 1 0.591730964 0.591730964 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.00000402 1 0.004039874 1 0.000199821 1 0.000765256 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 86586585 G C - - - - - - 26 0 0 47 15 31.9 19 2 10.5 62 15 24.2 74 27 36.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 TRUE FALSE 6 3 10 9 5 2 6 6 1 1 4 3 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 4.314095238 1.07852381 4 1.234032258 1.234032258 1 6.072752137 1.012125356 6 4.407791878 1.10194797 4 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 0 NA 0 8 NA 1 1 1.97E-23 1 0.004039874 1 2.28E-21 1 6.97E-43 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 86718611 C A - - - - - - 34 0 0 44 4 9.1 26 0 0 76 3 3.9 90 9 10 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 3 10 9 5 2 6 6 1 1 4 3 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.230666667 1.230666667 1 0 NA 0 0.978666667 0.978666667 1 1.207614213 1.207614213 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.0000723 1 1 1 0.006696581 1 9.58E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 86762307 G A - - - - - - 33 0 0 65 23 35.4 27 5 18.5 72 22 30.6 103 33 32 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 3 10 9 5 2 6 6 1 1 4 3 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 4.787428571 0.957485714 5 2.174247312 2.174247312 1 7.678769231 1.279794872 6 3.864365482 0.966091371 4 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 2.21E-36 1 0.00000023 1 3.36E-33 1 7.89E-50 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 86801329 C A KLHL4 CCDS14457.1 r.? - - intronic 33 0 0 48 13 27.1 27 11 40.7 77 16 20.8 111 36 32.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 3 10 9 5 2 6 6 1 1 4 3 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 3.664952381 0.916238095 4 4.783344086 2.391672043 2 5.219555556 1.043911111 5 3.912670051 0.978167513 4 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 2E-19 1 5.92E-19 1 1.56E-21 1 1.93E-54 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 86847936 G T KLHL4 CCDS14457.1 r.? - - intronic 41 0 0 51 18 35.3 24 9 37.5 81 23 28.4 95 53 55.8 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 3 10 9 5 2 6 6 1 1 4 3 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 4.773904762 0.954780952 5 4.407258065 2.203629032 2 7.126700855 1.187783476 6 6.73848731 1.123081218 6 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 9.1E-29 1 2.39E-15 1 8.61E-34 1 1.55E-95 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 87040366 A T - - - - - - 39 0 0 46 24 52.2 17 5 29.4 83 16 19.3 101 68 67.3 2 0 0 2 2 100 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7.433715748 3 10 9 4 2 6 6 3 1 4 3 0.566284252 1 1 1 4 NA NA NA 4 NA NA NA 0.433715748 NA NA NA 7.807828192 1.951957048 4 3.455290323 1.727645161 2 4.843145299 0.96862906 5 8.127243655 1.354540609 6 14.95752527 3.739381318 4 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 4.23E-43 0.000025 1.84E-08 1 5.75E-21 1 1.26E-130 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 87105396 C G - - - - - - 30 0 0 48 15 31.2 19 4 21.1 85 20 23.5 99 64 64.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7.433715748 3 10 9 4 2 6 6 3 1 4 3 0.566284252 1 1 1 4 NA NA NA 4 NA NA NA 0.433715748 NA NA NA 4.666747885 1.166686971 4 2.479817204 2.479817204 1 5.897094017 0.982849003 6 7.801187817 1.30019797 6 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 2.86E-23 1 0.00000228 1 9.82E-28 1 3.25E-121 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 87123707 G A - - - - - - 23 0 0 45 6 13.3 24 0 0 56 0 0 106 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7.433715748 3 10 9 4 2 6 6 3 1 4 3 0.566284252 1 1 1 4 NA NA NA 4 NA NA NA 0.433715748 NA NA NA 1.989350861 1.989350861 1 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.000000108 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 87156898 G A - - - - - - 40 0 0 59 21 35.6 25 6 24 84 26 31 101 62 61.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7.433715748 3 10 9 4 2 6 6 3 1 4 3 0.566284252 1 1 1 4 NA NA NA 4 NA NA NA 0.433715748 NA NA NA 5.324878997 1.331219749 4 2.820645161 1.410322581 2 7.779145299 1.296524217 6 7.414751269 1.235791878 6 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 2.06E-33 1 2.55E-09 1 3.94E-39 1 2.63E-115 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 87471255 G C - - - - - - 37 0 0 52 4 7.7 28 8 28.6 92 0 0 115 18 15.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7.433715748 3 10 9 4 2 6 6 3 1 4 3 0.566284252 1 1 1 4 NA NA NA 4 NA NA NA 0.433715748 NA NA NA 1.151729446 1.151729446 1 3.361268817 1.680634409 2 0 0 1 1.895954315 0.947977157 2 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.000139698 1 1.11E-12 1 1 1 1.14E-21 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 87707762 G A - - - - - - 22 0 0 61 6 9.8 23 1 4.3 36 0 0 62 8 12.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 1 100 FALSE FALSE 7.433715748 3 10 9 4 2 6 6 3 1 4 3 0.566284252 1 1 1 4 NA NA NA 4 NA NA NA 0.433715748 NA NA NA 1.465837477 1.465837477 1 0.505365591 NA 0 0 0 1 1.557822335 1.557822335 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 12.07614213 12.07614213 1 NA NA 1 1 0.000000685 1 0.108890944 1 1 1 1.04E-09 0.005 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 87802350 C G - - - - - - 44 0 0 42 6 14.3 19 1 5.3 66 0 0 93 0 0 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7.433715748 3 10 9 4 2 6 6 3 1 4 3 0.566284252 1 1 1 4 NA NA NA 4 NA NA NA 0.433715748 NA NA NA 2.138926114 1.069463057 2 0.622892473 NA 0 0 0 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 7.02E-08 1 0.090843738 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 87885322 C A - - - - - - 36 0 0 54 21 38.9 24 7 29.2 83 16 19.3 90 65 72.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7.433715748 3 10 9 4 2 6 6 3 1 4 3 0.566284252 1 1 1 4 NA NA NA 4 NA NA NA 0.433715748 NA NA NA 5.818477331 1.454619333 4 3.431784946 1.715892473 2 4.843145299 0.96862906 5 8.718974619 1.453162437 6 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 2.12E-34 1 2.51E-11 1 5.75E-21 1 2.78E-128 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 88012998 G A CPXCR1 CCDS14458.1 r.? - - downstream 35 0 0 49 10 20.4 28 1 3.6 85 11 12.9 88 14 15.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7.433715748 3 10 8 4 2 6 6 3 1 4 2 0.566284252 1 1 1 4 NA NA NA 4 NA NA NA 0.433715748 NA NA NA 3.051335155 1.017111718 3 0.423096774 NA 0 3.237128205 1.079042735 3 1.761106599 0.880553299 2 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 6.72E-14 1 0.130947004 1 7.42E-13 1 2.78E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 88783384 C G - - - - - - 28 0 0 42 4 9.5 16 0 0 81 0 0 98 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 3 10 8 6 2 6 6 3 1 4 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.569761905 1.569761905 1 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.0000601 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 88885868 G C - - - - - - 30 0 0 50 4 8 30 1 3.3 80 0 0 94 0 0 4 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 3 10 8 6 2 6 6 3 1 4 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.321904762 1.321904762 1 0.38783871 NA 0 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000119787 1 0.139615808 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 89203741 A T - - - - - - 20 0 0 42 16 38.1 18 7 38.9 75 19 25.3 87 59 67.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 9 3 10 8 6 2 6 6 3 1 4 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 6.295571429 1.049261905 6 4.571795699 2.285897849 2 6.348786325 1.058131054 6 7.509624365 1.251604061 6 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 2.25E-26 1 2.37E-12 1 4.19E-27 1 7.53E-114 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 89285043 C T - - - - - - 38 0 0 45 22 48.9 23 6 26.1 86 14 16.3 107 45 42.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 9 3 10 8 6 2 6 6 3 1 4 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 8.080142857 1.346690476 6 3.067451613 1.533725806 2 4.090324786 1.022581197 4 4.663055838 0.932611168 5 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 8.79E-39 1 1.47E-09 1 1.98E-17 1 6.83E-74 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 89450266 T A - - - - - - 25 0 0 52 24 46.2 20 4 20 93 23 24.7 109 65 59.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 9 3 10 8 6 2 6 6 3 1 4 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 7.634 1.272333333 6 2.350537634 2.350537634 1 6.198222222 1.033037037 6 6.601380711 1.100230118 6 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 2.22E-41 1 0.00000284 1 3.18E-32 1 1.44E-119 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 89573932 T C - - - - - - 36 0 0 31 5 16.1 17 1 5.9 63 2 3.2 96 13 13.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 3 10 8 6 2 6 6 3 1 4 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.660333333 0.886777778 3 0.693408602 NA 0 0.803008547 0.803008547 1 1.495279188 1.495279188 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000000476 1 0.081683532 1 0.03993132 1 3.35E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 89767898 G A - - - - - - 30 0 0 65 6 9.2 19 2 10.5 77 0 0 114 20 17.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 9 3 10 8 6 2 6 6 3 1 4 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.520190476 1.520190476 1 1.234032258 1.234032258 1 0 0 1 1.938324873 0.969162437 2 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.000001 1 0.004039874 1 1 1 5.86E-25 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 89851817 G C - - - - - - 33 0 0 55 6 10.9 19 3 15.8 88 0 0 109 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 9 3 10 8 6 2 6 6 3 1 4 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.801095238 1.801095238 1 1.856924731 1.856924731 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 9 NA 1 1 0.000000367 1 0.000114071 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 90106620 A C - - - - - - 24 0 0 56 4 7.1 21 0 0 80 0 0 114 0 0 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 3 10 8 6 2 6 6 3 1 4 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.173190476 1.173190476 1 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000186538 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 90195071 G T - - - - - - 38 0 0 76 5 6.6 32 3 9.4 81 4 4.9 98 4 4.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 9 3 10 8 6 2 6 6 3 1 4 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.090571429 1.090571429 1 1.104752688 1.104752688 1 1.229606838 1.229606838 1 0.454121827 0.454121827 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000043 1 0.000556213 1 0.000765256 1 0.001553635 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 90667487 A T - - - - - - 27 0 0 59 5 8.5 26 3 11.5 78 4 5.1 109 9 8.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 9 3 10 8 6 2 6 6 3 1 4 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.40452381 1.40452381 1 1.35155914 1.35155914 1 1.279794872 1.279794872 1 0.919319797 0.919319797 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.0000125 1 0.000298167 1 0.000663934 1 5.31E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 90806597 G A - - - - - - 26 0 0 62 12 19.4 24 2 8.3 89 14 15.7 98 14 14.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 9 3 10 8 6 2 6 6 3 1 4 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 3.205619048 1.068539683 3 0.975473118 0.975473118 1 3.939760684 0.984940171 4 1.583888325 1.583888325 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 4.19E-16 1 0.006413403 1 3.28E-17 1 1.34E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 90974784 A T - - - - - - 31 0 0 58 4 6.9 24 5 20.8 80 4 5 117 11 9.4 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 1 0 0 TRUE FALSE 9 3 10 8 6 2 6 6 3 1 4 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.140142857 1.140142857 1 2.44455914 1.22227957 2 1.254700855 1.254700855 1 1.04115736 1.04115736 1 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 1 0 NA 0 8 NA 1 1 0.000213772 1 0.000000123 1 0.000730349 1 2.61E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 91072297 T C PCDH11X CCDS14463.1 r.? - - intronic 19 0 0 42 4 9.5 11 1 9.1 46 0 0 38 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 9 3 10 8 6 2 6 6 3 1 4 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.569761905 1.569761905 1 1.069494624 1.069494624 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 9 NA 1 1 0.0000601 1 0.05364542 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 91132323 A T PCDH11X CCDS14461.1 r.1929a>u c.1084A>T p.N362Y missense 15 0 0 35 13 37.1 8 3 37.5 44 16 36.4 65 43 66.2 60 0 0 157 68 43.3 39 4 10.3 183 58 31.7 243 125 51.4 TRUE TRUE 9 3 10 8 6 2 6 6 3 1 4 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 6.130333333 1.021722222 6 4.407258065 2.203629032 2 9.134222222 1.52237037 6 7.332406091 1.222067682 6 7.154809524 1.192468254 6 1.210526882 1.210526882 1 7.954803419 1.32580057 6 5.693137056 0.948856176 6 8 12 1 1 1.63E-21 6.25E-112 0.00000687 0.0000447 5.57E-26 5.13E-86 1.24E-82 8.55E-217 YES 1_1 1_1 1_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b X 91138603 G C PCDH11X CCDS14463.1 r.4364g>c c.? p.? 3'UTR variant 27 0 0 57 4 7 24 0 0 23 0 0 83 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA FALSE FALSE 9 3 10 8 6 2 6 6 3 1 4 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.156666667 1.156666667 1 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000199821 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 91286585 T C PCDH11X CCDS14461.1 r.? - - intronic 29 0 0 48 4 8.3 30 2 6.7 89 2 2.2 97 22 22.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 1 100 TRUE FALSE 9 3 10 8 6 2 6 6 3 1 4 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.37147619 1.37147619 1 0.787430108 0.787430108 1 0.552068376 0.552068376 1 2.514284264 0.838094755 3 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 11.07614213 11.07614213 1 8 NA 1 1 0.000102016 1 0.009909649 1 0.073610556 1 5.74E-30 0.005 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 91344614 C T PCDH11X CCDS14461.1 r.? - - intronic 17 0 0 39 14 35.9 16 7 43.8 51 13 25.5 59 29 49.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 9 3 10 8 6 2 6 6 3 1 4 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 5.932047619 0.988674603 6 5.147677419 2.57383871 2 6.398974359 1.066495726 6 5.449461929 1.089892386 5 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 8.19E-23 1 8.59E-13 1 4.87E-19 1 9.52E-51 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 91417165 T C PCDH11X CCDS14461.1 r.? - - intronic 18 0 0 39 5 12.8 11 0 0 47 0 0 64 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 3 10 8 6 2 6 6 3 1 4 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.115047619 2.115047619 1 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.00000156 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 91845933 C T PCDH11X CCDS14461.1 r.? - - intronic 28 0 0 38 10 26.3 25 6 24 57 11 19.3 66 38 57.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 9 3 10 8 6 2 6 6 3 1 4 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 4.345761905 1.086440476 4 2.820645161 1.410322581 2 4.843145299 0.96862906 5 6.379857868 1.063309645 6 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 4.06E-15 1 2.55E-09 1 7.29E-15 1 1.08E-69 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 91992742 C G - - - - - - 26 0 0 46 4 8.7 29 1 3.4 73 5 6.8 107 7 6.5 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 3 10 8 6 2 6 6 3 1 4 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.437571429 1.437571429 1 0.399591398 NA 0 1.706393162 1.706393162 1 0.719949239 0.719949239 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.0000862 1 0.135292269 1 0.0000354 1 0.00000132 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 92766756 C A - - - - - - 27 0 0 49 6 12.2 21 2 9.5 77 0 0 88 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 9 3 10 8 6 2 6 6 3 1 4 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.015904762 2.015904762 1 1.116505376 1.116505376 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 9 NA 1 1 0.000000182 1 0.004928472 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 92775415 G A - - - - - - 26 0 0 41 18 43.9 21 6 28.6 78 15 19.2 82 22 26.8 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 9 3 10 8 6 2 6 6 3 1 4 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 7.253952381 1.208992063 6 3.361268817 1.680634409 2 4.818051282 0.963610256 5 2.968406091 0.989468697 3 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 6.91E-31 1 7.95E-10 1 9.92E-20 1 9.09E-32 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 92824754 A G - - - - - - 36 0 0 71 25 35.2 24 3 12.5 91 22 24.2 98 34 34.7 3 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 9 3 10 8 6 2 6 6 3 1 4 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 5.816380952 0.969396825 6 1.469086022 1.469086022 1 6.072752137 1.012125356 6 3.84342132 0.96085533 4 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 2.38E-39 1 0.000233853 1 1.2E-30 1 1.07E-52 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 92969574 C A FAM133A CCDS14466.1 r.? - - downstream 40 0 0 53 4 7.5 21 1 4.8 77 5 6.5 95 28 29.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 3 10 8 6 2 6 6 3 1 4 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.239285714 1.239285714 1 0.564129032 NA 0 1.631111111 1.631111111 1 3.267461929 1.089153976 3 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000150502 1 0.099912572 1 0.0000458 1 2.5E-41 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 93693950 G A - - - - - - 27 0 0 39 5 12.8 19 2 10.5 63 4 6.3 89 20 22.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 9 3 10 8 6 2 6 6 3 1 4 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.115047619 2.115047619 1 1.234032258 1.234032258 1 1.580923077 1.580923077 1 2.49213198 0.83071066 3 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.00000156 1 0.004039874 1 0.000294233 1 2.72E-27 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 94423897 T G - - - - - - 33 0 0 67 7 10.4 23 3 13 84 0 0 102 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 9 3 10 8 6 2 6 6 3 1 4 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.71847619 1.71847619 1 1.527849462 1.527849462 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 9 NA 1 1 5.23E-08 1 0.000205387 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 94639503 A T - - - - - - 27 0 0 42 4 9.5 29 2 6.9 80 0 0 100 12 12 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 9 3 10 8 6 2 6 6 3 1 4 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.569761905 1.569761905 1 0.810935484 0.810935484 1 0 0 1 1.329137056 1.329137056 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.0000601 1 0.009279585 1 1 1 1.71E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 94898227 T A - - - - - - 24 0 0 45 20 44.4 29 11 37.9 74 17 23 85 54 63.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 9 3 10 8 6 2 6 6 3 1 4 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 7.336571429 1.222761905 6 4.454268817 2.227134409 2 5.771623932 0.961937322 6 7.033350254 1.172225042 6 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 2.68E-34 1 1.56E-18 1 1.34E-23 1 7.07E-102 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 94958911 C A - - - - - - 33 0 0 44 5 11.4 22 1 4.5 67 5 7.5 104 23 22.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 3 10 8 6 2 6 6 3 1 4 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.883714286 1.883714286 1 0.528870968 NA 0 1.882051282 1.882051282 1 2.447827411 0.81594247 3 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.00000288 1 0.104413009 1 0.0000233 1 5.55E-31 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 95531037 A T - - - - - - 28 0 0 46 15 32.6 23 3 13 70 16 22.9 83 46 55.4 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 9 3 10 8 6 2 6 6 3 1 4 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 5.386761905 1.077352381 5 1.527849462 1.527849462 1 5.746529915 0.957754986 6 6.136182741 1.022697124 6 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 1.35E-23 1 0.000205387 1 2.93E-22 1 6.17E-83 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 95784333 C A - - - - - - 37 0 0 60 19 31.7 16 1 6.2 77 12 15.6 103 40 38.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 3 10 8 6 2 6 6 3 1 4 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 5.238047619 1.047609524 5 0.728666667 NA 0 3.914666667 0.978666667 4 4.297543147 1.074385787 4 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 3.21E-29 1 0.077068876 1 6.64E-15 1 4.09E-64 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 95816498 C A - - - - - - 27 0 0 44 5 11.4 22 4 18.2 78 5 6.4 91 17 18.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 9 3 10 8 6 2 6 6 3 1 4 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.883714286 1.883714286 1 2.138989247 2.138989247 1 1.606017094 1.606017094 1 2.071238579 1.035619289 2 NA NA 1 NA NA 0 0 0 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.00000288 1 0.00000425 1 0.0000487 1 6.18E-22 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 96083569 A T DIAPH2 CCDS14467.1 r.? - - intronic 34 0 0 50 5 10 23 1 4.3 70 4 5.7 106 11 10.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 3 10 8 6 2 6 4 3 1 4 4 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.652380952 1.652380952 1 0.505365591 NA 0 1.430358974 1.430358974 1 1.151918782 1.151918782 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.00000549 1 0.108890944 1 0.000440508 1 8.78E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 96191922 A C DIAPH2 CCDS14467.1 r.? - - intronic 25 0 0 50 12 24 24 6 25 74 7 9.5 87 11 12.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 9 3 10 9 6 2 6 7 3 1 4 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 3.965714286 0.991428571 4 2.938172043 1.469086022 2 2.383931624 1.191965812 2 1.521593909 1.521593909 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 2.49E-17 1 1.95E-09 1 0.000000105 1 9.65E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 97396855 A C - - - - - - 34 0 0 61 10 16.4 24 0 0 80 3 3.8 80 11 13.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 3 10 9 6 2 6 7 3 1 4 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.709904762 0.903301587 3 0 NA 0 0.95357265 0.95357265 1 1.666507614 1.666507614 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 6.98E-13 1 1 1 0.007711832 1 3.73E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 97849362 T A - - - - - - 20 0 0 22 11 50 13 2 15.4 55 8 14.5 85 31 36.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 9 3 10 8 6 2 6 5 3 1 4 3 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 8.261904762 1.376984127 6 1.809913978 1.809913978 1 3.638632479 0.90965812 4 4.042791878 1.01069797 4 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 3.27E-20 1 0.001879825 1 3.86E-10 1 5.32E-49 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 97849363 A T - - - - - - 19 0 0 23 11 47.8 12 2 16.7 58 9 15.5 83 31 37.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 9 3 10 8 6 2 6 5 3 1 4 3 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 7.898380952 1.316396825 6 1.962698925 1.962698925 1 3.88957265 0.972393162 4 4.131401015 1.032850254 4 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 6.25E-20 1 0.001595918 1 1.67E-11 1 2.15E-49 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 97972637 A G - - - - - - 32 0 0 52 19 36.5 22 7 31.8 77 18 23.4 87 61 70.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 9 3 10 8 6 2 6 5 3 1 4 3 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 6.031190476 1.005198413 6 3.737354839 1.868677419 2 5.872 0.978666667 6 7.764375635 1.552875127 5 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 1.24E-30 1 1.25E-11 1 4.71E-25 1 3.93E-119 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 98177220 C G - - - - - - 41 0 0 54 4 7.4 20 0 0 85 0 0 103 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 3 10 8 6 2 6 5 3 1 4 3 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.222761905 1.222761905 1 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000161898 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 98381670 A C - - - - - - 30 0 0 46 19 41.3 30 6 20 88 11 12.5 89 29 32.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 9 3 10 8 6 2 6 5 3 1 4 3 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 6.824333333 1.137388889 6 2.350537634 1.175268817 2 3.136752137 1.045584046 3 3.610822335 0.902705584 4 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 6.97E-32 1 8.37E-09 1 1.1E-12 1 3.13E-44 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 98499780 T C - - - - - - 34 0 0 50 6 12 27 0 0 93 0 0 93 0 0 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 3 10 8 6 2 6 5 3 1 4 3 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.982857143 1.982857143 1 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000000206 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 98967136 T G - - - - - - 37 0 0 44 19 43.2 25 8 32 90 27 30 86 54 62.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 9 3 10 8 6 2 6 5 3 1 4 3 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 7.138285714 1.189714286 6 3.760860215 1.880430108 2 7.528205128 1.254700855 6 6.955817259 1.391163452 5 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 2.39E-32 1 3.92E-13 1 3.78E-40 1 1.89E-101 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 99028467 C T - - - - - - 30 0 0 51 7 13.7 21 3 14.3 93 2 2.2 103 8 7.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 9 3 10 8 6 2 6 5 3 1 4 3 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.263761905 1.131880952 2 1.680634409 1.680634409 1 0.552068376 0.552068376 1 0.863939086 0.863939086 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 7.46E-09 1 0.000155401 1 0.079388736 1 6.09E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 99577425 T A PCDH19 CCDS43976.1 r.? - - intronic 45 0 0 66 7 10.6 26 1 3.8 98 0 0 114 10 8.8 0 0 NA 0 0 NA 2 2 100 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 3 10 8 6 2 6 5 3 1 4 3 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.75152381 1.75152381 1 0.446602151 NA 0 0 0 1 0.974700508 0.974700508 1 NA NA 0 11.75268817 5.876344086 2 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000000047 1 0.122190858 0.000025 1 1 4.14E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 99623034 C G PCDH19 CCDS43976.1 r.? - - intronic 31 0 0 73 29 39.7 25 3 12 83 13 15.7 135 72 53.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 9 3 10 8 6 2 6 5 3 1 4 3 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 6.559952381 1.093325397 6 1.410322581 1.410322581 1 3.939760684 0.984940171 4 5.903583756 1.180716751 5 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 2.86E-47 1 0.00026475 1 4.66E-16 1 3.44E-127 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 99668287 G T PCDH19 CCDS43976.1 r.? - - upstream 48 0 0 46 17 37 35 9 25.7 96 21 21.9 119 58 48.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 9 3 10 8 6 2 6 5 3 1 4 3 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 6.113809524 1.018968254 6 3.02044086 1.51022043 2 5.495589744 0.915931624 6 5.394081218 1.078816244 5 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 1.16E-27 1 1.23E-13 1 2.61E-28 1 1.2E-99 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 100060514 A T - - - - - - 33 0 0 68 6 8.8 28 0 0 75 0 0 110 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 3 10 8 6 2 6 5 3 1 4 3 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.454095238 1.454095238 1 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.00000131 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 100411332 G T CENPI CCDS14479.1 r.? - - intronic 41 0 0 47 19 40.4 25 11 44 63 12 19 90 56 62.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 9 3 10 8 6 2 6 5 3 1 4 3 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 6.675619048 1.112603175 6 5.171182796 2.585591398 2 4.767863248 0.95357265 5 6.889360406 1.377872081 5 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 1.16E-31 1 2.04E-19 1 5.15E-16 1 8.31E-105 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 100877763 C G ARMCX3 CCDS14489.1 r.? - - upstream 23 0 0 30 4 13.3 22 1 4.5 59 0 0 88 28 31.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 4 9 7 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.197666667 2.197666667 1 0.573870968 NA 0 0 0 1 3.204213198 1.068071066 3 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.0000154 1 0.104413009 1 1 1 2.04E-42 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 101438512 C G ENSG00000250489 ENST00000508552 r.? - - intronic 26 0 0 45 18 40 22 9 40.9 81 19 23.5 74 42 56.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 9 4 9 7 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 6.60952381 0.944217687 7 5.215849462 1.738616487 3 5.662094017 0.943682336 6 5.723248731 0.953874788 6 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 5.76E-30 1 9.16E-16 1 2.15E-26 1 1.74E-76 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 101443207 G C ENSG00000250489 ENST00000508552 r.? - - downstream 26 0 0 54 4 7.4 24 2 8.3 75 0 0 102 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 9 4 9 7 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.222761905 1.222761905 1 1.058473118 1.058473118 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 9 NA 1 1 0.000161898 1 0.006413403 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 103643805 G T - - - - - - 30 0 0 37 9 24.3 21 1 4.8 68 15 22.1 103 32 31.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 4 9 7 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 4.015285714 1.003821429 4 0.612129032 NA 0 5.324777778 1.064955556 5 3.133680203 1.044560068 3 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 2.14E-13 1 0.099912572 1 1.06E-20 1 7.3E-48 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 103957216 A T IL1RAPL2 CCDS14517.1 r.? - - intronic 32 0 0 55 6 10.9 24 3 12.5 71 0 0 103 20 19.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 9 4 9 7 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.801095238 1.801095238 1 1.594086022 1.594086022 1 0 0 1 1.954771574 0.977385787 2 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.000000367 1 0.000233853 1 1 1 6.62E-26 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 104670213 T A IL1RAPL2 CCDS14517.1 r.? - - intronic 21 0 0 49 5 10.2 24 2 8.3 78 7 9 93 10 10.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 TRUE FALSE 9 4 9 7 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.685428571 1.685428571 1 1.058473118 1.058473118 1 2.168461538 1.084230769 2 1.08822335 1.08822335 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 0 NA 0 8 NA 1 1 0.00000496 1 0.006413403 1 0.000000151 1 5.41E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 104753874 A T IL1RAPL2 CCDS14517.1 r.? - - intronic 26 0 0 63 4 6.3 29 2 6.9 77 5 6.5 98 13 13.3 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 9 4 9 7 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.041 1.041 1 0.879935484 0.879935484 1 1.566111111 1.566111111 1 1.340126904 1.340126904 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000294233 1 0.009279585 1 0.0000458 1 4.42E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 105950525 C T RNF128 CCDS14520.1 r.? - - intronic 40 0 0 46 19 41.3 18 7 38.9 74 19 25.7 77 43 55.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 9 4 9 7 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 6.824333333 0.974904762 7 4.960795699 1.653598566 3 6.192162393 1.032027066 6 5.62248731 0.937081218 6 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 6.97E-32 1 2.37E-12 1 3.14E-27 1 7.83E-78 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 106449888 G A CXorf41 CCDS14528.1 r.27g>a c.? p.? 5'UTR variant 39 0 0 46 6 13 22 1 4.5 53 6 11.3 89 15 16.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 4 9 7 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.148095238 1.074047619 2 0.573870968 NA 0 2.722623932 0.907541311 3 1.70286802 0.85143401 2 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.000000123 1 0.104413009 1 0.000000293 1 8.23E-19 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 107041631 A C NCBP2L ENST00000372379 r.? - - downstream 29 0 0 53 5 9.4 24 2 8.3 89 0 0 106 0 0 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 9 4 9 7 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.553238095 1.553238095 1 1.058473118 1.058473118 1 0 0 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 9 NA 1 1 0.00000734 1 0.006413403 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 108634112 G A GUCY2F CCDS14545.1 r.? - - intronic 40 0 0 47 19 40.4 18 4 22.2 76 17 22.4 107 79 73.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 9 4 9 7 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 6.675619048 0.953659864 7 2.831096774 0.943698925 3 5.397059829 1.079411966 5 7.436192893 1.239365482 6 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 1.16E-31 1 0.00000181 1 2.21E-23 1 6.48E-157 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 108807137 T A - - - - - - 31 0 0 43 5 11.6 25 1 4 85 0 0 103 12 11.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 FALSE FALSE 9 4 9 7 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.916761905 1.916761905 1 0.510107527 NA 0 0 0 1 1.178908629 1.178908629 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 0 0 1 NA NA 1 1 0.00000257 1 0.117779757 1 1 1 2.45E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 109150907 A G - - - - - - 27 0 0 56 20 35.7 18 4 22.2 74 12 16.2 117 43 36.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 9 4 9 7 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 5.899 0.983166667 6 2.831096774 0.943698925 3 3.903230769 0.975807692 4 3.708020305 0.927005076 4 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 6.31E-32 1 0.00000181 1 4.02E-15 1 1.57E-67 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 109461483 C T AMMECR1 CCDS14551.1 r.? - - intronic 29 0 0 41 14 34.1 19 7 36.8 62 11 17.7 88 31 35.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 9 4 9 7 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 5.634619048 0.939103175 6 4.692989247 1.564329749 3 4.264641026 1.066160256 4 3.54680203 0.886700508 4 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 1.9E-22 1 3.73E-12 1 1.96E-14 1 1.97E-48 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 109960824 C T CHRDL1 CCDS48149.1 r.? - - intronic 34 0 0 54 22 40.7 21 7 33.3 87 18 20.7 91 59 64.8 2 0 0 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 9 4 9 7 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 6.725190476 0.960741497 7 4.246645161 1.415548387 3 4.987461538 0.997492308 5 6.529340102 1.08822335 6 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 1.6E-36 1 8.54E-12 1 5.29E-24 1 5.49E-112 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 110219343 C G PAK3 CCDS14554.1 r.? - - intronic 44 0 0 52 6 11.5 25 0 0 77 0 0 103 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 4 9 7 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.900238095 1.900238095 1 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.000000261 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 110608684 G A DCX CCDS14556.1 r.? - - intronic 31 0 0 36 15 41.7 20 4 20 55 17 30.9 87 25 28.7 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 9 4 9 7 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 6.890428571 0.984346939 7 2.550537634 2.550537634 1 7.445051282 1.063578755 7 2.891852792 0.963950931 3 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 1.54E-25 1 0.00000284 1 4.35E-26 1 9.55E-37 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 111192617 G C TRPC5 CCDS14561.1 r.? - - intronic 36 0 0 48 5 10.4 35 5 14.3 87 4 4.6 100 31 31 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 9 4 9 7 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.71847619 1.71847619 1 1.823634409 1.823634409 1 1.108324786 1.108324786 1 3.123604061 1.041201354 3 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.00000447 1 0.000000895 1 0.00099983 1 2.21E-46 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 111513956 G C - - - - - - 38 0 0 54 5 9.3 24 1 4.2 80 0 0 96 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 4 9 7 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.536714286 1.536714286 1 0.535612903 NA 0 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.00000806 1 0.113346489 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 111748583 A T - - - - - - 17 0 0 30 5 16.7 17 0 0 57 0 0 64 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 4 9 7 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.75947619 0.919825397 3 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.000000401 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 113081232 C G - - - - - - 31 0 0 59 28 47.5 31 8 25.8 66 14 21.2 112 68 60.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 9 4 9 7 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 7.848809524 1.121258503 7 3.290193548 1.096731183 3 5.107931624 1.021586325 5 6.116218274 1.019369712 6 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 1.77E-48 1 2.78E-12 1 3.71E-19 1 8.17E-126 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 113192665 C G - - - - - - 31 0 0 53 5 9.4 10 1 10 90 5 5.6 115 7 6.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 9 4 9 7 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.553238095 1.553238095 1 1.275268817 1.275268817 1 1.349264957 1.349264957 1 0.61464467 0.61464467 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.00000734 1 0.04888987 1 0.0000965 1 0.00000214 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 113656758 G T - - - - - - 39 0 0 35 7 20 20 2 10 75 15 20 91 18 19.8 1 0 0 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 9 4 9 7 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 3.304761905 1.101587302 3 1.275268817 1.275268817 1 4.818803419 0.963760684 5 1.995076142 0.997538071 2 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 4.65E-10 1 0.004473894 1 5.25E-20 1 1.27E-23 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 114496006 A C - - - - - - 28 0 0 50 6 12 27 3 11.1 58 4 6.9 80 6 7.5 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 9 4 9 7 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.982857143 1.982857143 1 1.415548387 1.415548387 1 1.662487179 1.662487179 1 0.75571066 0.75571066 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000000206 1 0.000334187 1 0.000213772 1 0.00000342 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 114745933 G A - - - - - - 34 0 0 54 24 44.4 30 5 16.7 82 21 25.6 94 56 59.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 9 4 9 7 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 7.336571429 1.048081633 7 2.129698925 2.129698925 1 6.168068376 1.028011396 6 6.005380711 1.000896785 6 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 7.24E-41 1 0.000000401 1 6.53E-30 1 3.37E-103 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 114747175 A G - - - - - - 20 0 0 42 4 9.5 23 5 21.7 70 2 2.9 98 23 23.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 9 4 9 7 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.569761905 1.569761905 1 2.767333333 0.922444444 3 0.698726496 0.698726496 1 2.367893401 1.183946701 2 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.0000601 1 9.75E-08 1 0.048267597 1 1.22E-31 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 114753637 G A - - - - - - 26 0 0 44 11 25 19 2 10.5 74 15 20.3 86 36 41.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 9 4 9 7 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 4.130952381 1.032738095 4 1.339032258 1.339032258 1 4.89108547 0.978217094 5 4.221903553 1.055475888 4 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 3.22E-16 1 0.004039874 1 4.22E-20 1 2.44E-59 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 114917715 C G - - - - - - 46 0 0 60 26 43.3 20 3 15 52 13 25 99 33 33.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 9 4 9 7 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 7.154809524 1.022115646 7 1.912903226 1.912903226 1 6.023504274 1.003917379 6 3.35535533 1.118451777 3 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 8.84E-44 1 0.0001337 1 6.47E-19 1 1.67E-50 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 115627608 T C - - - - - - 41 0 0 57 31 54.4 25 6 24 80 24 30 96 55 57.3 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 9 4 9 7 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 8.988952381 1.284136054 7 3.060645161 1.020215054 3 7.228205128 1.032600733 7 5.773629442 0.962271574 6 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 5.02E-56 1 2.55E-09 1 7.39E-36 1 5.3E-100 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 115766528 C A - - - - - - 24 0 0 49 5 10.2 29 2 6.9 91 3 3.3 96 7 7.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 9 4 9 8.504150083 7 3 7 6 2 1 2 2 1 1 1 0.495849917 NA NA NA 7 NA NA NA 2 NA NA NA 0.504150083 1.685428571 1.685428571 1 0.879935484 0.879935484 1 0.795102564 0.795102564 1 0.845361332 0.845361332 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.00000496 1 0.009279585 1 0.010951005 1 0.000000631 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 115799760 G C - - - - - - 33 0 0 49 10 20.4 29 1 3.4 70 10 14.3 128 31 24.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA FALSE FALSE 9 4 9 8.504150083 7 3 7 6 2 1 2 2 1 1 1 0.495849917 NA NA NA 7 NA NA NA 2 NA NA NA 0.504150083 3.370857143 1.123619048 3 0.433591398 NA 0 3.445444444 0.861361111 4 2.802430716 0.934143572 3 NA NA 1 NA NA 0 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 1 6.72E-14 1 0.135292269 1 2.95E-12 1 1.42E-42 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 116039065 A T - - - - - - 33 0 0 64 14 21.9 23 5 21.7 66 7 10.6 86 13 15.1 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 9 4 9 8.504150083 7 3 7 6 2 1 2 2 1 1 1 0.495849917 NA NA NA 7 NA NA NA 2 NA NA NA 0.504150083 3.618714286 0.904678571 4 2.767333333 0.922444444 3 2.553965812 0.851321937 3 1.748624124 0.874312062 2 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 2.31E-19 1 9.75E-08 1 0.000000047 1 7.57E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 116120454 C G - - - - - - 32 0 0 62 10 16.1 34 0 0 90 0 0 76 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 4 9 8.504150083 7 3 7 6 2 1 2 2 1 1 1 0.495849917 NA NA NA 7 NA NA NA 2 NA NA NA 0.504150083 2.660333333 0.886777778 3 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 8.29E-13 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 116764597 A T - - - - - - 41 0 0 59 4 6.8 27 0 0 76 0 0 108 0 0 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 4 9 8.504150083 7 3 7 6 2 1 2 2 1 1 1 0.495849917 NA NA NA 7 NA NA NA 2 NA NA NA 0.504150083 1.123619048 1.123619048 1 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.00022841 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 117724970 G T DOCK11 CCDS35373.1 r.? - - intronic 30 0 0 55 4 7.3 35 1 2.9 83 0 0 95 18 18.9 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 4 9 8.504150083 7 3 7 6 2 1 2 2 1 1 1 0.495849917 NA NA NA 7 NA NA NA 2 NA NA NA 0.504150083 1.206238095 1.206238095 1 0.369827957 NA 0 0 0 1 2.188675229 1.094337614 2 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.000173903 1 0.16091139 1 1 1 2.94E-23 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 117971980 G A - - - - - - 26 0 0 49 13 26.5 22 5 22.7 37 10 27 103 58 56.3 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 1 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 9 4 9 8.504150083 7 3 7 6 2 1 2 2 1 1 1 0.495849917 NA NA NA 7 NA NA NA 2 NA NA NA 0.504150083 4.378809524 1.094702381 4 2.894860215 0.964953405 3 6.505384615 0.929340659 7 6.519704517 1.002391463 6.504150083 NA NA 1 0 NA 0 0 0 1 NA NA 1 8 NA 1 1 2.71E-19 1 7.67E-08 1 3.01E-15 1 9.79E-105 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 118307888 C A - - - - - - 31 0 0 41 16 39 21 3 14.3 66 15 22.7 116 40 34.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 9 4 9 8.504150083 7 3 7 6 2 1 2 2 1 1 1 0.495849917 NA NA NA 7 NA NA NA 2 NA NA NA 0.504150083 6.444285714 1.074047619 6 1.823634409 1.823634409 1 5.46934188 0.91155698 6 3.995200814 0.998800204 4 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 1.4E-26 1 0.000155401 1 6.45E-21 1 1.38E-61 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 118334899 G A - - - - - - 34 0 0 58 6 10.3 23 0 0 42 0 0 118 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 4 9 8.504150083 7 3 7 6 2 1 2 2 1 1 1 0.495849917 NA NA NA 7 NA NA NA 2 NA NA NA 0.504150083 1.701952381 1.701952381 1 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.000000506 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 118344687 G C - - - - - - 36 0 0 46 5 10.9 24 0 0 50 0 0 112 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 4 9 8.504150083 7 3 7 6 2 1 2 2 1 1 1 0.495849917 NA NA NA 7 NA NA NA 2 NA NA NA 0.504150083 1.801095238 1.801095238 1 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.00000361 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 118398890 A T - - - - - - 39 0 0 61 30 49.2 26 10 38.5 78 16 20.5 114 62 54.4 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 9 4 9 8.504150083 7 3 7 6 2 1 2 2 1 1 1 0.495849917 NA NA NA 7 NA NA NA 2 NA NA NA 0.504150083 8.129714286 1.161387755 7 4.909784946 1.636594982 3 4.939273504 0.987854701 5 6.299678965 0.968562977 6.504150083 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 1.86E-52 1 4.82E-17 1 1.96E-21 1 1.68E-110 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 118657092 A C - - - - - - 35 0 0 66 27 40.9 26 9 34.6 52 13 25 127 71 55.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 9 4 9 8.504150083 7 3 7 6 2 1 2 2 1 1 1 0.495849917 NA NA NA 7 NA NA NA 2 NA NA NA 0.504150083 6.758238095 0.965462585 7 4.412430108 1.470810036 3 6.023504274 1.003917379 6 6.473383348 0.995269676 6.504150083 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 1.51E-44 1 5.65E-15 1 6.47E-19 1 1.6E-127 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 118692704 C A CXorf56 CCDS14579.1 r.? - - intronic 33 0 0 46 5 10.9 27 1 3.7 56 5 8.9 90 10 11.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA FALSE FALSE 9 4 9 8.504150083 7 3 7 6 2 1 2 2 1 1 1 0.495849917 NA NA NA 7 NA NA NA 2 NA NA NA 0.504150083 1.801095238 1.801095238 1 0.471849462 NA 0 2.144367521 2.144367521 1 1.285412436 1.285412436 1 NA NA 1 NA NA 0 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.00000361 1 0.126579904 1 0.00000965 1 3.88E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 118928516 C A RPL39 CCDS14586.1 r.? - - upstream 36 0 0 40 14 35 16 3 18.8 46 9 19.6 114 64 56.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 1 100 TRUE FALSE 9 4 9 8.504150083 7 3 7 6 2 1 2 2 1 1 1 0.495849917 NA NA NA 7 NA NA NA 2 NA NA NA 0.504150083 5.783333333 0.963888889 6 2.397505376 2.397505376 1 4.72242735 0.94448547 5 6.496543933 0.99883057 6.504150083 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 11.58029221 11.58029221 1 8 NA 1 1 1.25E-22 1 0.0000667 1 1.82E-12 1 2.79E-115 0.005 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 118954871 G A - - - - - - 37 0 0 58 5 8.6 23 2 8.7 72 0 0 115 28 24.3 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 9 4 9 8.504150083 7 3 7 6 2 1 2 2 1 1 1 0.495849917 NA NA NA 7 NA NA NA 2 NA NA NA 0.504150083 1.421047619 1.421047619 1 1.109483871 1.109483871 1 0 0 1 2.814011008 0.938003669 3 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.0000115 1 0.00589844 1 1 1 1.11E-38 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 119111987 C T - - - - - - 32 0 0 49 6 12.2 29 0 0 54 0 0 83 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 4 9 8.504150083 7 3 7 6 2 1 2 2 1 1 1 0.495849917 NA NA NA 7 NA NA NA 2 NA NA NA 0.504150083 2.015904762 2.015904762 1 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.000000182 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 119148447 G A - - - - - - 32 0 0 61 7 11.5 27 2 7.4 43 1 2.3 104 32 30.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 9 4 9 8.504150083 7 3 7 6 2 1 2 2 1 1 1 0.495849917 NA NA NA 7 NA NA NA 2 NA NA NA 0.504150083 1.900238095 1.900238095 1 0.943698925 0.943698925 1 0.554162393 0.554162393 1 3.566730002 1.017858801 3.504150083 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 2.69E-08 1 0.00807567 1 0.193893409 1 1.05E-47 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 119283117 G T AC006147.1 ENST00000504192 r.? - - downstream 39 0 0 63 24 38.1 30 4 13.3 55 12 21.8 120 72 60 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 9 4 9 8.504150083 7 3 7 6 2 1 2 2 1 1 1 0.495849917 NA NA NA 7 NA NA NA 2 NA NA NA 0.504150083 6.295571429 1.049261905 6 1.696107527 1.696107527 1 5.252495726 1.050499145 5 6.948175329 1.068267989 6.504150083 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 7.74E-39 1 0.0000154 1 8.78E-17 1 1.47E-132 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 119838165 T A ENSG00000228279 ENST00000439600 r.? - - intronic 28 0 0 50 16 32 28 9 32.1 61 16 26.2 119 73 61.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 9 4 9 8.504150083 7 3 7 6 2 1 2 2 1 1 1 0.495849917 NA NA NA 7 NA NA NA 2 NA NA NA 0.504150083 5.287619048 1.05752381 5 4.093612903 1.364537634 3 6.312632479 1.052105413 6 7.098719128 1.091413795 6.504150083 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 6.4E-25 1 1.24E-14 1 2.5E-23 1 1.91E-135 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 120492335 G A - - - - - - 36 0 0 66 5 7.6 27 0 0 60 0 0 117 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 4 9 8.504150083 7 3 7 6 2 1 2 2 1 1 1 0.495849917 NA NA NA 7 NA NA NA 2 NA NA NA 0.504150083 1.255809524 1.255809524 1 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.0000217 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 120663293 G A - - - - - - 45 0 0 50 6 12 30 1 3.3 68 10 14.7 120 21 17.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 4 9 8.504150083 7 3 7 6 2 1 2 2 1 1 1 0.495849917 NA NA NA 7 NA NA NA 2 NA NA NA 0.504150083 1.982857143 1.982857143 1 0.42083871 NA 0 3.541820513 0.885455128 4 2.026551138 1.013275569 2 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000000206 1 0.139615808 1 2.18E-12 1 4.17E-26 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 120807237 A G - - - - - - 25 0 0 40 20 50 27 3 11.1 71 15 21.1 118 76 64.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 9 4 9 8.504150083 7 3 7 6 2 1 2 2 1 1 1 0.495849917 NA NA NA 7 NA NA NA 2 NA NA NA 0.504150083 8.261904762 1.180272109 7 1.415548387 1.415548387 1 5.083837607 1.016767521 5 7.457708186 1.146607641 6.504150083 NA NA 1 NA NA 0 0 0 1 NA NA 0 8 NA 1 1 1.19E-35 1 0.000334187 1 2.15E-20 1 1.9E-143 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 121122498 C T - - - - - - 37 0 0 66 6 9.1 33 3 9.1 64 4 6.2 101 28 27.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 9 4 9 8.504150083 7 3 7 6 2 1 2 2 1 1 1 0.495849917 NA NA NA 7 NA NA NA 2 NA NA NA 0.504150083 1.503666667 1.503666667 1 1.160494624 1.160494624 1 1.49382906 1.49382906 1 3.207740944 1.069246981 3 NA NA 1 NA NA 0 0 0 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.0000011 1 0.000609557 1 0.000312605 1 1.81E-40 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 121175163 G T - - - - - - 35 0 0 51 4 7.8 27 0 0 77 0 0 97 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 4 9 8.504150083 7 3 7 6 2 1 2 2 1 1 1 0.495849917 NA NA NA 7 NA NA NA 2 NA NA NA 0.504150083 1.288857143 1.288857143 1 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000129466 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 121254973 C G - - - - - - 29 0 0 63 5 7.9 28 1 3.6 81 0 0 124 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 4 9 8.504150083 7 3 7 6 2 1 2 2 1 1 1 0.495849917 NA NA NA 7 NA NA NA 2 NA NA NA 0.504150083 1.305380952 1.305380952 1 0.459096774 NA 0 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.0000173 1 0.130947004 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 121368180 T C - - - - - - 22 0 0 58 6 10.3 23 1 4.3 81 0 0 97 21 21.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 4 9 8.504150083 7 3 7 6 2 1 2 2 1 1 1 0.495849917 NA NA NA 7 NA NA NA 2 NA NA NA 0.504150083 1.701952381 1.701952381 1 0.548365591 NA 0 0 0 1 2.501343118 0.998879075 2.504150083 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000000506 1 0.108890944 1 1 1 3.31E-28 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 121596638 C A - - - - - - 35 0 0 47 4 8.5 32 0 0 93 0 0 103 0 0 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 4 9 8.504150083 7 3 7 6 2 1 2 2 1 1 1 0.495849917 NA NA NA 7 NA NA NA 2 NA NA NA 0.504150083 1.40452381 1.40452381 1 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.0000939 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 121896739 G C - - - - - - 28 0 0 42 5 11.9 11 1 9.1 71 8 11.3 96 18 18.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 9 4 9 8.504150083 7 3 7 6 2 1 2 2 1 1 1 0.495849917 NA NA NA 7 NA NA NA 2 NA NA NA 0.504150083 1.966333333 1.966333333 1 1.160494624 1.160494624 1 2.722623932 0.907541311 3 2.177094936 1.088547468 2 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.00000228 1 0.05364542 1 3.14E-09 1 3.6E-23 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 122694685 A T MIR220A ENST00000384922 r.? - - downstream 37 0 0 52 4 7.7 26 1 3.8 64 0 0 92 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 4 9 7.502316921 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 0.497683079 NA NA NA 7 NA NA NA 1 NA NA NA 0.502316921 1.272333333 1.272333333 1 0.484602151 NA 0 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000139698 1 0.122190858 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 122835774 C A THOC2 CCDS43988.1 r.? - - intronic 21 0 0 44 13 29.5 28 9 32.1 67 17 25.4 88 53 60.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 9 4 9 7.502316921 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 0.497683079 NA NA NA 7 NA NA NA 1 NA NA NA 0.502316921 4.87452381 0.974904762 5 4.093612903 1.364537634 3 6.119880342 1.019980057 6 6.36823235 0.979378955 6.502316921 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 5.49E-20 1 1.24E-14 1 2.03E-24 1 3.92E-98 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 122939067 C T - - - - - - 27 0 0 57 5 8.8 19 2 10.5 44 0 0 115 22 19.1 0 0 NA 2 0 0 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 9 4 9 7.502316921 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 0.497683079 NA NA NA 7 NA NA NA 1 NA NA NA 0.502316921 1.454095238 1.454095238 1 1.339032258 1.339032258 1 0 0 1 2.020485679 1.01024284 2 0 0 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.0000105 1 0.004039874 1 1 1 3.43E-28 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 123173804 C G STAG2 CCDS14607.1 r.? - - intronic 24 0 0 51 5 9.8 25 3 12 79 3 3.8 86 36 41.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 9 4 9 7.502316921 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 0.497683079 NA NA NA 7 NA NA NA 1 NA NA NA 0.502316921 1.619333333 1.619333333 1 1.530322581 1.530322581 1 0.91557265 0.91557265 1 4.432374343 0.984465203 4.502316921 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.00000606 1 0.00026475 1 0.007450026 1 2.44E-59 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 123306013 C G - - - - - - 31 0 0 43 15 34.9 33 8 24.2 77 18 23.4 101 34 33.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 9 4 9 7.502316921 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 0.497683079 NA NA NA 7 NA NA NA 1 NA NA NA 0.502316921 5.766809524 0.961134921 6 3.086150538 1.028716846 3 5.638 0.939666667 6 3.564940701 1.017880672 3.502316921 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 4.05E-24 1 4.85E-12 1 4.71E-25 1 3.68E-52 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 124220601 G T - - - - - - 39 0 0 53 20 37.7 23 2 8.7 73 19 26 97 30 30.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 9 4 9 7.502316921 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 0.497683079 NA NA NA 7 NA NA NA 1 NA NA NA 0.502316921 6.22947619 1.038246032 6 1.109483871 1.109483871 1 6.264444444 1.044074074 6 3.268743847 0.933308984 3.502316921 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 1.65E-32 1 0.00589844 1 2.35E-27 1 6.69E-45 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 124699802 G C - - - - - - 24 0 0 62 4 6.5 25 4 16 59 0 0 101 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 4 9 7.502316921 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 0.497683079 NA NA NA 7 NA NA NA 1 NA NA NA 0.502316921 1.074047619 1.074047619 1 2.040430108 2.040430108 1 0 0 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.000276647 1 0.00000727 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 125088984 G A - - - - - - 34 0 0 53 6 11.3 22 0 0 90 0 0 92 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 4 9 7.502316921 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 0.497683079 NA NA NA 7 NA NA NA 1 NA NA NA 0.502316921 1.867190476 1.867190476 1 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.000000293 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 125212359 C T - - - - - - 34 0 0 53 18 34 33 10 30.3 89 20 22.5 84 36 42.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 9 4 9 7.502316921 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 0.497683079 NA NA NA 7 NA NA NA 1 NA NA NA 0.502316921 5.618095238 0.936349206 6 3.864064516 1.288021505 3 5.421153846 1.084230769 5 4.538158934 1.007960793 4.502316921 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 2.09E-28 1 8.14E-16 1 2.72E-27 1 8.26E-60 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 125259531 G A - - - - - - 43 0 0 38 12 31.6 20 6 30 68 17 25 90 62 68.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 9 4 9 7.502316921 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 0.497683079 NA NA NA 7 NA NA NA 1 NA NA NA 0.502316921 5.22152381 1.044304762 5 3.825806452 1.275268817 3 6.023504274 1.003917379 6 7.288558288 1.120917109 6.502316921 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 5.86E-19 1 5.7E-10 1 2.69E-24 1 2.92E-120 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 125304869 C T DCAF12L2 CCDS43991.1 r.? - - upstream 31 0 0 41 19 46.3 21 6 28.6 72 17 23.6 95 65 68.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 9 4 9 7.502316921 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 0.497683079 NA NA NA 7 NA NA NA 1 NA NA NA 0.502316921 7.65052381 1.092931973 7 3.647268817 1.215756272 3 5.686188034 0.947698006 6 7.235665992 1.112782733 6.502316921 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 4.2E-33 1 7.95E-10 1 7.97E-24 1 1.1E-125 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 125809689 C T - - - - - - 28 0 0 41 16 39 27 9 33.3 84 24 28.6 101 68 67.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 9 4 9 7.502316921 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 0.497683079 NA NA NA 7 NA NA NA 1 NA NA NA 0.502316921 6.444285714 1.074047619 6 4.246645161 1.415548387 3 6.890888889 0.984412698 7 7.119302943 1.094887104 6.502316921 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 1.4E-26 1 8.44E-15 1 2.87E-35 1 1.26E-130 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 126470329 T A - - - - - - 43 0 0 40 23 57.5 21 3 14.3 75 20 26.7 96 56 58.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 9 4 9 7.502316921 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 0.497683079 NA NA NA 7 NA NA NA 1 NA NA NA 0.502316921 9.501190476 1.357312925 7 1.823634409 1.823634409 1 6.433102564 1.072183761 6 6.167241628 1.027873605 6 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 9.75E-43 1 0.000155401 1 5.89E-29 1 1.95E-102 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 126596338 G A - - - - - - 47 0 0 51 27 52.9 19 5 26.3 87 24 27.6 110 74 67.3 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 9 4 9 7.502316921 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 0.497683079 NA NA NA 7 NA NA NA 1 NA NA NA 0.502316921 8.741095238 1.248727891 7 3.353956989 1.117985663 3 6.649948718 0.949992674 7 7.119302943 1.094887104 6.502316921 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 1.52E-48 1 3.43E-08 1 7.54E-35 1 5.72E-142 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 126757632 G A - - - - - - 28 0 0 61 5 8.2 19 1 5.3 79 5 6.3 105 13 12.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 4 9 7.502316921 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 0.497683079 NA NA NA 7 NA NA NA 1 NA NA NA 0.502316921 1.354952381 1.354952381 1 0.675892473 NA 0 1.517923077 1.517923077 1 1.311728923 1.311728923 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.0000147 1 0.090843738 1 0.0000518 1 1.11E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 127055318 C G - - - - - - 34 0 0 45 13 28.9 26 4 15.4 78 8 10.3 88 16 18.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 9 4 9 7.502316921 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 0.497683079 NA NA NA 7 NA NA NA 1 NA NA NA 0.502316921 4.775380952 0.95507619 5 1.963913978 1.963913978 1 2.481683761 0.82722792 3 1.925279548 0.962639774 2 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 7.68E-20 1 0.00000856 1 6.71E-09 1 1.57E-20 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 127446546 T G - - - - - - 36 0 0 59 6 10.2 35 1 2.9 77 0 0 84 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 4 9 7.502316921 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 0.497683079 NA NA NA 7 NA NA NA 1 NA NA NA 0.502316921 1.685428571 1.685428571 1 0.369827957 NA 0 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.000000561 1 0.16091139 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 127508153 G T - - - - - - 30 0 0 54 4 7.4 30 0 0 87 0 0 101 0 0 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 4 9 7.502316921 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 0.497683079 NA NA NA 7 NA NA NA 1 NA NA NA 0.502316921 1.222761905 1.222761905 1 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.000161898 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 128934975 C T ZDHHC9 CCDS35395.1 r.? - - downstream 30 0 0 48 7 14.6 23 2 8.7 53 3 5.7 93 16 17.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 9 4 9 7.502316921 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 0.497683079 NA NA NA 7 NA NA NA 1 NA NA NA 0.502316921 2.41247619 0.80415873 3 1.109483871 1.109483871 1 1.373358974 1.373358974 1 1.819494957 0.909747479 2 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 4.81E-09 1 0.00589844 1 0.002429596 1 4.04E-20 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 129436607 A G - - - - - - 31 0 0 28 11 39.3 27 12 44.4 65 16 24.6 126 76 60.3 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 9 4 9 7.502316921 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 0.497683079 NA NA NA 7 NA NA NA 1 NA NA NA 0.502316921 6.493857143 0.927693878 7 5.662193548 1.887397849 3 5.927128205 0.987854701 6 6.378810809 0.98100583 6.502316921 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 9.7E-19 1 3.96E-21 1 7.85E-23 1 4.28E-140 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 129715689 A C - - - - - - 20 0 0 54 4 7.4 28 8 28.6 80 4 5 73 22 30.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 9 4 9 7.502316921 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 0.497683079 NA NA NA 7 NA NA NA 1 NA NA NA 0.502316921 1.222761905 1.222761905 1 3.647268817 1.215756272 3 1.204700855 1.204700855 1 3.184116175 1.061372058 3 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000161898 1 1.11E-12 1 0.000730349 1 4.79E-33 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 130051597 C G - - - - - - 30 0 0 43 4 9.3 25 4 16 82 2 2.4 74 25 33.8 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 9 4 9 7.502316921 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 0.497683079 NA NA NA 7 NA NA NA 1 NA NA NA 0.502316921 1.536714286 1.536714286 1 2.040430108 2.040430108 1 0.57825641 0.57825641 1 3.57551916 1.020901089 3.502316921 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000066 1 0.00000727 1 0.063849088 1 8.25E-39 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 130141126 T A - - - - - - 31 0 0 55 14 25.5 30 5 16.7 75 23 30.7 100 27 27 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 9 4 9 7.502316921 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 0.497683079 NA NA NA 7 NA NA NA 1 NA NA NA 0.502316921 4.213571429 1.053392857 4 2.129698925 2.129698925 1 7.396863248 1.05669475 7 2.856183944 0.952061315 3 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 2.19E-20 1 0.000000401 1 1.1E-34 1 1E-38 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 130752440 G A - - - - - - 32 0 0 64 19 29.7 21 2 9.5 88 18 20.5 102 72 70.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 9 4 9 7.502316921 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 0.497683079 NA NA NA 7 NA NA NA 1 NA NA NA 0.502316921 4.907571429 0.981514286 5 1.211505376 1.211505376 1 4.939273504 0.987854701 5 7.468392092 1.14857399 6.502316921 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 1.34E-28 1 0.004928472 1 6.62E-24 1 1.08E-140 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 131168568 C T STK3 CCDS14631.1 r.? - - intronic 35 0 0 40 16 40 22 5 22.7 13 5 38.5 91 61 67 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 9 4 9 7.502316921 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 0.497683079 NA NA NA 7 NA NA NA 1 NA NA NA 0.502316921 6.60952381 0.944217687 7 2.894860215 0.964953405 3 9.276196581 1.32517094 7 7.087567566 1.090006478 6.502316921 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 8.56E-27 1 7.67E-08 1 3.89E-09 1 3.76E-117 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 131573137 C T MBNL3 CCDS14633.1 r.? - - intronic 28 0 0 47 21 44.7 21 5 23.8 92 26 28.3 107 60 56.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 9 4 9 7.502316921 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 0.497683079 NA NA NA 7 NA NA NA 1 NA NA NA 0.502316921 7.386142857 1.055163265 7 3.035139785 1.011713262 3 6.818606838 0.974086691 7 5.934515529 0.989085921 6 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 5.29E-36 1 5.95E-08 1 6.14E-38 1 3.92E-108 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 131900349 G C HS6ST2 CCDS48169.1 r.? - - intronic 36 0 0 58 26 44.8 27 12 44.4 104 28 26.9 124 83 66.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 9 4 9 7.502316921 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 0.497683079 NA NA NA 7 NA NA NA 1 NA NA NA 0.502316921 7.402666667 1.05752381 7 5.662193548 1.887397849 3 6.481290598 0.925898657 7 7.076989107 1.088379603 6.502316921 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 2.83E-44 1 3.96E-21 1 4.62E-40 1 9.63E-159 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 132015717 A T HS6ST2 CCDS48169.1 r.? - - intronic 22 0 0 53 22 41.5 15 4 26.7 61 14 23 87 51 58.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 9 4 9 7.502316921 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 0.497683079 NA NA NA 7 NA NA NA 1 NA NA NA 0.502316921 6.857380952 0.97962585 7 3.404967742 1.134989247 3 5.541623932 0.923603989 6 6.198977005 1.033162834 6 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 9.5E-37 1 0.000000816 1 1.1E-19 1 1.36E-93 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 132649273 C T - - - - - - 28 0 0 61 6 9.8 26 5 19.2 76 1 1.3 96 24 25 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 9 4 9 7.502316921 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 0.497683079 NA NA NA 7 NA NA NA 1 NA NA NA 0.502316921 1.619333333 1.619333333 1 2.448516129 0.816172043 3 0.313222222 0.313222222 1 2.644614763 1.056866435 2.502316921 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000000685 1 0.000000188 1 0.316790122 1 1.1E-33 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 132791768 T G GPC3 CCDS14638.1 r.? - - intronic 32 0 0 55 5 9.1 30 1 3.3 88 0 0 88 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 4 9 7.502316921 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 0.497683079 NA NA NA 7 NA NA NA 1 NA NA NA 0.502316921 1.503666667 1.503666667 1 0.42083871 NA 0 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.00000883 1 0.139615808 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 133130863 T A - - - - - - 35 0 0 33 11 33.3 29 2 6.9 82 16 19.5 97 24 24.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 9 4 9 7.502316921 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 0.497683079 NA NA NA 7 NA NA NA 1 NA NA NA 0.502316921 5.502428571 0.917071429 6 0.879935484 0.879935484 1 4.698333333 0.939666667 5 2.612879386 1.044184038 2.502316921 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 8.54E-18 1 0.009279585 1 4.67E-21 1 1.46E-33 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 133187034 C G - - - - - - 27 0 0 52 6 11.5 18 2 11.1 86 0 0 109 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 4 9 7.502316921 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 0.497683079 NA NA NA 7 NA NA NA 1 NA NA NA 0.502316921 1.900238095 1.900238095 1 1.415548387 1.415548387 1 0 0 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.000000261 1 0.003626632 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 133196725 G C - - - - - - 37 0 0 51 4 7.8 17 0 0 60 0 0 106 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 4 9 7.502316921 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 0.497683079 NA NA NA 7 NA NA NA 1 NA NA NA 0.502316921 1.288857143 1.288857143 1 0 NA 0 0 0 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.000129466 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 133251516 C T - - - - - - 28 0 0 68 32 47.1 22 6 27.3 35 7 20 98 59 60.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 9 4 9 7.502316921 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 0.497683079 NA NA NA 7 NA NA NA 1 NA NA NA 0.502316921 7.782714286 1.111816327 7 3.481483871 1.160494624 3 4.818803419 0.963760684 5 6.36823235 0.979378955 6.502316921 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 4.95E-55 1 1.09E-09 1 4.65E-10 1 4.77E-109 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 133284492 A C - - - - - - 36 0 0 44 15 34.1 19 4 21.1 70 16 22.9 93 29 31.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 9 4 9 7.502316921 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 0.497683079 NA NA NA 7 NA NA NA 1 NA NA NA 0.502316921 5.634619048 0.939103175 6 2.690817204 0.896939068 3 5.517529915 0.919588319 6 3.300479225 0.942370236 3.502316921 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 6.12E-24 1 0.00000228 1 2.93E-22 1 1.41E-43 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 133581336 C G - - - - - - 35 0 0 53 4 7.5 39 2 5.1 20 2 10 98 30 30.6 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 9 4 9 7.502316921 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 0.497683079 NA NA NA 7 NA NA NA 1 NA NA NA 0.502316921 1.239285714 1.239285714 1 0.650387097 0.650387097 1 2.409401709 2.409401709 1 3.23700847 0.924247732 3.502316921 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000150502 1 0.016387522 1 0.004473894 1 9.6E-45 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 133802205 C G - - - - - - 39 0 0 62 24 38.7 27 5 18.5 93 20 21.5 94 28 29.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 9 4 9 7.502316921 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 0.497683079 NA NA NA 7 NA NA NA 1 NA NA NA 0.502316921 6.394714286 1.065785714 6 2.359247312 1.179623656 2 5.180213675 1.036042735 5 3.152380798 1.050793599 3 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 4.81E-39 1 0.00000023 1 7.16E-27 1 1.77E-41 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 133828958 A T - - - - - - 35 0 0 46 4 8.7 28 1 3.6 86 4 4.7 105 30 28.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA FALSE FALSE 9 4 9 7.502316921 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 0.497683079 NA NA NA 7 NA NA NA 1 NA NA NA 0.502316921 1.437571429 1.437571429 1 0.459096774 NA 0 1.132418803 1.132418803 1 3.025439289 1.008479763 3 NA NA 1 NA NA 0 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.0000862 1 0.130947004 1 0.000957637 1 1.06E-43 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 134052724 G T MOSPD1 CCDS14645.1 r.? - - upstream 28 0 0 42 19 45.2 29 3 10.3 98 27 27.6 106 28 26.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 TRUE FALSE 9 4 9 7.502316921 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 0.497683079 NA NA NA 7 NA NA NA 1 NA NA NA 0.502316921 7.468761905 1.066965986 7 1.313526882 1.313526882 1 6.649948718 0.949992674 7 2.79271319 0.930904397 3 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 0 0 1 8 NA 1 1 7.64E-33 1 0.000414371 1 5.38E-39 1 8.48E-40 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 134110945 G A - - - - - - 28 0 0 41 11 26.8 22 8 36.4 62 15 24.2 90 25 27.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 9 4 9 7.502316921 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 0.497683079 NA NA NA 7 NA NA NA 1 NA NA NA 0.502316921 4.428380952 1.107095238 4 4.641978495 1.547326165 3 5.830752137 0.971792023 6 2.940811617 0.980270539 3 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 1.34E-16 1 1.17E-13 1 2.28E-21 1 2.53E-36 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 134159641 A G FAM127C CCDS43996.1 r.? - - upstream 38 0 0 54 9 16.7 23 4 17.4 90 19 21.1 102 35 34.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 9 4 9 7.502316921 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 0.497683079 NA NA NA 7 NA NA NA 1 NA NA NA 0.502316921 2.75947619 0.919825397 3 2.218967742 2.218967742 1 5.083837607 1.016767521 5 3.628411455 1.036003176 3.502316921 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 8.48E-12 1 0.00000513 1 1.95E-25 1 5.36E-54 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 134347341 T A - - - - - - 34 0 0 60 4 6.7 22 0 0 75 0 0 103 0 0 0 0 NA 1 0 0 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 4 9 7.502316921 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 0.497683079 NA NA NA 7 NA NA NA 1 NA NA NA 0.502316921 1.107095238 1.107095238 1 0 NA 0 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.000243755 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 134492373 G A ZNF449 CCDS14649.1 r.? - - intronic 39 0 0 56 21 37.5 29 13 44.8 75 23 30.7 101 66 65.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 9 4 9 7.502316921 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 0.497683079 NA NA NA 7 NA NA NA 1 NA NA NA 0.502316921 6.196428571 1.032738095 6 5.713204301 1.904401434 3 7.396863248 1.05669475 7 6.907733762 1.062349597 6.502316921 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 5.43E-34 1 7.69E-23 1 1.1E-34 1 1.91E-125 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 134726591 T C - - - - - - 30 0 0 56 7 12.5 26 1 3.8 76 1 1.3 88 10 11.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 4 9 7.502316921 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 0.497683079 NA NA NA 7 NA NA NA 1 NA NA NA 0.502316921 2.06547619 1.032738095 2 0.484602151 NA 0 0.313222222 0.313222222 1 1.205944332 1.205944332 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1.46E-08 1 0.122190858 1 0.316790122 1 3.09E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 134817610 G C - - - - - - 31 0 0 52 13 25 14 3 21.4 83 12 14.5 111 14 12.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 9 4 9 7.502316921 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 0.497683079 NA NA NA 7 NA NA NA 1 NA NA NA 0.502316921 4.130952381 1.032738095 4 2.729075269 2.729075269 1 3.493632479 0.87340812 4 1.332885841 1.332885841 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 6.47E-19 1 0.0000437 1 1.7E-14 1 8.15E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 135887329 A T - - - - - - 26 0 0 52 20 38.5 19 5 26.3 76 16 21.1 75 27 36 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 9 4 9 7.502316921 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 0.497683079 NA NA NA 7 NA NA NA 1 NA NA NA 0.502316921 6.361666667 1.060277778 6 3.353956989 1.117985663 3 5.083837607 1.016767521 5 3.808245259 0.952061315 4 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 1.03E-32 1 3.43E-08 1 1.25E-21 1 1.08E-42 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 136038045 A G - - - - - - 34 0 0 42 13 31 15 1 6.7 70 2 2.9 79 9 11.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 4 9 7.502316921 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 0.497683079 NA NA NA 7 NA NA NA 1 NA NA NA 0.502316921 5.122380952 1.02447619 5 0.854430108 NA 0 0.698726496 0.698726496 1 1.205944332 1.205944332 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 2.72E-20 1 0.072431031 1 0.048267597 1 2.93E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 136526571 C A - - - - - - 26 0 0 53 21 39.6 24 4 16.7 82 28 34.1 94 52 55.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 9 4 9 7.502316921 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 0.497683079 NA NA NA 7 NA NA NA 1 NA NA NA 0.502316921 6.543428571 0.93477551 7 2.129698925 2.129698925 1 8.216059829 1.173722833 7 5.849887856 0.974981309 6 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 1.3E-34 1 0.00000613 1 1.94E-43 1 1.73E-93 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 136847576 C A - - - - - - 31 0 0 47 4 8.5 19 1 5.3 72 0 0 97 16 16.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 4 9 7.502316921 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 0.497683079 NA NA NA 7 NA NA NA 1 NA NA NA 0.502316921 1.40452381 1.40452381 1 0.675892473 NA 0 0 0 1 1.745445744 0.872722872 2 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.0000939 1 0.090843738 1 1 1 8.26E-20 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 136971360 G C - - - - - - 29 0 0 44 19 43.2 18 5 27.8 88 16 18.2 106 70 66 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 9 4 9 7.502316921 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 0.497683079 NA NA NA 7 NA NA NA 1 NA NA NA 0.502316921 7.138285714 1.019755102 7 3.545247312 1.181749104 3 4.385111111 1.096277778 4 6.981782975 1.073737725 6.502316921 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 2.39E-32 1 2.54E-08 1 1.57E-20 1 1.82E-133 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 137065434 G C - - - - - - 39 0 0 50 4 8 25 0 0 68 0 0 88 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 4 9 7.502316921 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 0.497683079 NA NA NA 7 NA NA NA 1 NA NA NA 0.502316921 1.321904762 1.321904762 1 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.000119787 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 137312828 T A - - - - - - 27 0 0 45 6 13.3 21 0 0 62 11 17.7 78 12 15.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 4 9 7.502316921 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 0.497683079 NA NA NA 7 NA NA NA 1 NA NA NA 0.502316921 2.197666667 1.098833333 2 0 NA 0 4.264641026 1.066160256 4 1.629082694 1.629082694 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.000000108 1 1 1 1.96E-14 1 7.82E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 137976144 G A FGF13 ENST00000370603 r.? - - intronic 33 0 0 51 7 13.7 24 1 4.2 75 7 9.3 106 19 17.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 FALSE FALSE 9 4 9 7.502316921 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 0.497683079 NA NA NA 7 NA NA NA 1 NA NA NA 0.502316921 2.263761905 1.131880952 2 0.535612903 NA 0 2.24074359 1.120371795 2 1.893544171 0.946772085 2 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 0 0 1 NA NA 1 1 7.46E-09 1 0.113346489 1 0.000000115 1 5.64E-24 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 138001271 G C FGF13 ENST00000370603 r.? - - intronic 29 0 0 62 4 6.5 23 0 0 86 0 0 117 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 4 9 7.502316921 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 0.497683079 NA NA NA 7 NA NA NA 1 NA NA NA 0.502316921 1.074047619 1.074047619 1 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.000276647 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 138736880 C A MCF2 CCDS48175.1 r.? - - intronic 37 0 0 61 6 9.8 31 0 0 74 0 0 88 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 4 9 7.502316921 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 0.497683079 NA NA NA 7 NA NA NA 1 NA NA NA 0.502316921 1.619333333 1.619333333 1 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.000000685 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 139396874 A G - - - - - - 41 0 0 43 7 16.3 26 0 0 88 0 0 113 0 0 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 4 9 7.502316921 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 0.497683079 NA NA NA 7 NA NA NA 1 NA NA NA 0.502316921 2.693380952 0.897793651 3 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 2.15E-09 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 139852842 A T - - - - - - 40 0 0 40 6 15 18 0 0 76 0 0 100 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 4 9 7.502316921 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 0.497683079 NA NA NA 7 NA NA NA 1 NA NA NA 0.502316921 2.478571429 0.826190476 3 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 5.18E-08 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 140703437 A G - - - - - - 35 0 0 51 5 9.8 24 3 12.5 80 3 3.8 100 21 21 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 9 7 9 8 7 4 7 6 2 3 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.619333333 1.619333333 1 1.969086022 1.969086022 1 0.91557265 0.91557265 1 2.325989848 1.162994924 2 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.00000606 1 0.000233853 1 0.007711832 1 6.67E-28 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 140949275 A G MAGEC3 CCDS14676.1 r.? - - intronic 38 0 0 58 5 8.6 22 1 4.5 87 0 0 110 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 FALSE FALSE 9 7 9 8 7 4 7 6 2 3 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.421047619 1.421047619 1 0.708870968 NA 0 0 0 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 1 1 0.0000115 1 0.104413009 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 141390536 C T - - - - - - 33 0 0 49 6 12.2 26 1 3.8 61 3 4.9 94 0 0 2 0 0 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 10.47617813 7 10 8 6 4 6 6 4 3 4 2 0.523821873 1 1 1 6 NA NA NA 5 NA NA NA 0.476178127 NA NA NA 2.195998493 1.097999247 2 0.598602151 NA 0 1.229606838 1.229606838 1 0 NA 0 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000000182 1 0.122190858 1 0.003623631 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 141718732 G T - - - - - - 24 0 0 53 16 30.2 26 3 11.5 74 14 18.9 100 28 28 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 10.47617813 7 10 8 6 4 6 6 4 3 4 2 0.523821873 1 1 1 6 NA NA NA 5 NA NA NA 0.476178127 NA NA NA 5.435996271 0.984100573 5.523821873 1.81155914 1.81155914 1 4.742769231 0.948553846 5 3.101319797 1.033773266 3 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 1.9E-24 1 0.000298167 1 2.1E-18 1 1.31E-40 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 142233607 G C - - - - - - 33 0 0 59 23 39 39 11 28.2 106 18 17 166 51 30.7 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 10.47617813 7 10 15 6 4 6 8 4 3 4 7 0.523821873 1 1 1 6 NA NA NA 5 NA NA NA 0.476178127 NA NA NA 7.019995184 1.169999197 6 4.442258065 1.110564516 4 4.265982906 1.066495726 4 5.549375635 0.924895939 6 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 1.45E-37 1 7.2E-17 1 2.43E-22 1 5.01E-75 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 142550052 C T - - - - - - 35 0 0 73 6 8.2 29 2 6.9 76 0 0 156 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 10.47617813 7 10 15 6 4 6 8 4 3 4 7 0.523821873 1 1 1 6 NA NA NA 5 NA NA NA 0.476178127 NA NA NA 1.475998987 1.475998987 1 1.086935484 1.086935484 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 9 NA 1 1 0.000002 1 0.009279585 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 142590888 C G - - - - - - 30 0 0 41 11 26.8 25 4 16 85 18 21.2 114 57 50 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 10.47617813 7 10 10 6 4 6 7 4 3 4 3 0.523821873 1 1 1 6 NA NA NA 5 NA NA NA 0.476178127 NA NA NA 4.82399669 0.964799338 5 2.520430108 2.520430108 1 5.319931624 1.063986325 5 6.538071066 0.934010152 7 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 1.34E-16 1 0.00000727 1 3.35E-24 1 8.12E-99 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 142877714 A C - - - - - - 31 0 0 62 4 6.5 23 0 0 82 1 1.2 106 6 5.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 10.47617813 7 10 10 6 4 6 7 4 3 4 3 0.523821873 1 1 1 6 NA NA NA 5 NA NA NA 0.476178127 NA NA NA 1.169999197 1.169999197 1 0 NA 0 0.301128205 0.301128205 1 0.745340102 0.745340102 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.000276647 1 1 1 0.337031917 1 0.0000174 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 142923597 T C - - - - - - 33 0 0 47 5 10.6 22 0 0 75 4 5.3 117 5 4.3 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 10.47617813 7 10 10 6 4 6 7 4 3 4 3 0.523821873 1 1 1 6 NA NA NA 5 NA NA NA 0.476178127 NA NA NA 1.907998691 1.907998691 1 0 NA 0 1.329982906 1.329982906 1 0.562274112 0.562274112 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.00000402 1 1 1 0.000572493 1 0.000329073 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 143303086 C A - - - - - - 25 0 0 43 8 18.6 29 2 6.9 85 3 3.5 96 14 14.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 10.47617813 7 10 10 6 4 6 7 4 3 4 3 0.523821873 1 1 1 6 NA NA NA 5 NA NA NA 0.476178127 NA NA NA 3.347997703 0.950104127 3.523821873 1.086935484 1.086935484 1 0.878290598 0.878290598 1 1.909116751 0.954558376 2 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 4.85E-11 1 0.009279585 1 0.009101881 1 9.96E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 143437728 G A - - - - - - 29 0 0 65 7 10.8 30 2 6.7 102 2 2 114 13 11.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 10.47617813 7 10 10 6 4 6 7 4 3 4 3 0.523821873 1 1 1 6 NA NA NA 5 NA NA NA 0.476178127 NA NA NA 1.943998666 1.943998666 1 1.055430108 1.055430108 1 0.501880342 0.501880342 1 1.490680203 1.490680203 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 4.22E-08 1 0.009909649 1 0.092873916 1 3.31E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 143710142 T C - - - - - - 35 0 0 57 9 15.8 21 0 0 70 2 2.9 97 8 8.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 10.47617813 7 10 10 6 4 6 7 4 3 4 3 0.523821873 1 1 1 6 NA NA NA 5 NA NA NA 0.476178127 NA NA NA 2.843998049 0.94799935 3 0 NA 0 0.727726496 0.727726496 1 1.072243655 1.072243655 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1.42E-11 1 1 1 0.048267597 1 0.000000038 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 143856306 A G - - - - - - 30 0 0 57 9 15.8 36 4 11.1 101 2 2 115 6 5.2 0 0 NA 0 0 NA 3 2 66.7 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 10.47617813 7 10 10 6 4 6 7 4 3 4 3 0.523821873 1 1 1 6 NA NA NA 5 NA NA NA 0.476178127 NA NA NA 2.843998049 0.94799935 3 1.748548387 1.748548387 1 0.501880342 0.501880342 1 0.679959391 0.679959391 1 NA NA 0 10.50704301 2.626760753 4 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 1.42E-11 1 0.0000324 0.0000748 0.091344345 1 0.0000276 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 143885285 G C - - - - - - 26 0 0 66 4 6.1 32 2 6.2 84 1 1.2 151 10 6.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 10.47617813 7 10 10 6 4 6 7 4 3 4 3 0.523821873 1 1 1 6 NA NA NA 5 NA NA NA 0.476178127 NA NA NA 1.097999247 1.097999247 1 0.976666667 0.976666667 1 0.301128205 0.301128205 1 0.863025381 0.863025381 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000351793 1 0.011224977 1 0.343645023 1 6.45E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 143972085 A T - - - - - - 32 0 0 62 5 8.1 36 0 0 97 0 0 123 1 0.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 10.47617813 7 10 10 6 4 6 7 4 3 4 3 0.523821873 1 1 1 6 NA NA NA 5 NA NA NA 0.476178127 NA NA NA 1.457999 1.457999 1 0 NA 0 0 0 1 0.104609137 0.104609137 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.000016 1 1 1 1 1 0.460192478 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 144034982 C G - - - - - - 26 0 0 57 8 14 27 0 0 74 1 1.4 152 23 15.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 10.47617813 7 10 10 6 4 6 7 4 3 4 3 0.523821873 1 1 1 6 NA NA NA 5 NA NA NA 0.476178127 NA NA NA 2.519998271 0.998484995 2.523821873 0 NA 0 0.351316239 0.351316239 1 1.974497462 0.987248731 2 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 5.19E-10 1 1 1 0.309906439 1 6.54E-27 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 144092844 G C - - - - - - 43 0 0 74 4 5.4 34 0 0 87 1 1.1 143 9 6.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 10.47617813 7 10 10 6 4 6 7 4 3 4 3 0.523821873 1 1 1 6 NA NA NA 5 NA NA NA 0.476178127 NA NA NA 0.971999333 0.971999333 1 0 NA 0 0.276034188 0.276034188 1 0.823796954 0.823796954 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.00054411 1 1 1 0.353441203 1 0.000000057 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 144344404 G A - - - - - - 44 0 0 56 13 23.2 21 5 23.8 60 8 13.3 111 38 34.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 10.47617813 7 10 10 6 4 6 7 4 3 4 3 0.523821873 1 1 1 6 NA NA NA 5 NA NA NA 0.476178127 NA NA NA 4.175997135 1.043999284 4 3.749139785 0.937284946 4 3.337504274 1.112501425 3 4.472040609 0.894408122 5 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 1.89E-18 1 5.95E-08 1 7.93E-10 1 1.92E-58 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 144442220 G C - - - - - - 31 0 0 59 10 16.9 28 7 25 84 8 9.5 108 16 14.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 10.47617813 7 10 10 6 4 6 7 4 3 4 3 0.523821873 1 1 1 6 NA NA NA 5 NA NA NA 0.476178127 NA NA NA 3.041997913 1.013999304 3 3.938172043 0.984543011 4 2.383931624 1.191965812 2 1.935269036 0.967634518 2 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 4.91E-13 1 8.44E-11 1 1.21E-08 1 5.03E-19 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 144673212 A G - - - - - - 36 0 0 52 5 9.6 12 0 0 72 0 0 91 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 10.47617813 7 10 10 6 4 6 7 4 3 4 3 0.523821873 1 1 1 6 NA NA NA 5 NA NA NA 0.476178127 NA NA NA 1.727998814 1.727998814 1 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.00000668 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 144775608 G C - - - - - - 28 0 0 66 5 7.6 30 1 3.3 84 0 0 109 0 0 2 0 0 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 10.47617813 7 10 10 6 4 6 7 4 3 4 3 0.523821873 1 1 1 6 NA NA NA 5 NA NA NA 0.476178127 NA NA NA 1.367999061 1.367999061 1 0.51983871 NA 0 0 0 1 0 0 1 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.0000217 1 0.139615808 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 145049989 C G - - - - - - 30 0 0 61 18 29.5 26 0 0 88 18 20.5 144 31 21.5 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 10.47617813 7 10 12.65887787 6 4 6 6 4 3 4 6 0.523821873 1 1 0.341122128 6 NA NA 7 5 NA NA 6 0.476178127 NA NA 0.658877872 5.309996357 0.961290295 5.523821873 0 NA 0 5.144273504 1.028854701 5 3.383029301 0.924608423 3.658877872 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 4.08E-27 1 1 1 6.62E-24 1 8.14E-41 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 145586315 G C - - - - - - 24 0 0 54 5 9.3 35 2 5.7 58 2 3.4 127 9 7.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 10.47617813 7 10 12.65887787 6 4 6 6 4 3 4 6 0.523821873 1 1 0.341122128 6 NA NA 7 5 NA NA 6 0.476178127 NA NA 0.658877872 1.673998852 1.673998852 1 0.897903226 0.897903226 1 0.853196581 0.853196581 1 1.11718642 1.11718642 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.00000806 1 0.013332991 1 0.034352256 1 2.04E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 145649313 C T - - - - - - 29 0 0 70 6 8.6 35 0 0 112 0 0 148 7 4.7 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 10.47617813 7 10 12.65887787 6 4 6 6 4 3 4 6 0.523821873 1 1 0.341122128 6 NA NA 7 5 NA NA 6 0.476178127 NA NA 0.658877872 1.547998938 1.547998938 1 0 NA 0 0 0 1 0.73954594 0.73954594 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.00000156 1 1 1 1 1 0.0000113 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 145656587 T A - - - - - - 22 0 0 67 5 7.5 38 0 0 73 0 0 137 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 10.47617813 7 10 12.65887787 6 4 6 6 4 3 4 6 0.523821873 1 1 0.341122128 6 NA NA 7 5 NA NA 6 0.476178127 NA NA 0.658877872 1.349999074 1.349999074 1 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.0000233 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 145734303 A C - - - - - - 27 0 0 73 7 9.6 31 1 3.2 81 1 1.2 159 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 10.47617813 7 10 12.65887787 6 4 6 6 4 3 4 6 0.523821873 1 1 0.341122128 6 NA NA 7 5 NA NA 6 0.476178127 NA NA 0.658877872 1.727998814 1.727998814 1 0.504086022 NA 0 0.301128205 0.301128205 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 9.54E-08 1 0.143917729 1 0.333700419 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 145816108 G A - - - - - - 41 0 0 70 20 28.6 39 6 15.4 63 10 15.9 139 58 41.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 10.47617813 7 10 12.65887787 6 4 6 6 4 3 4 6 0.523821873 1 1 0.341122128 6 NA NA 7 5 NA NA 6 0.476178127 NA NA 0.658877872 5.147996468 1.029599294 5 2.425913978 0.808637993 3 3.989948718 0.997487179 4 6.561503342 0.985376736 6.658877872 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 1.22E-29 1 4.43E-08 1 9.81E-13 1 1.64E-94 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 146070637 G C - - - - - - 21 0 0 57 5 8.8 37 5 13.5 78 7 9 136 8 5.9 0 0 NA 1 1 100 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 10.47617813 7 10 12.65887787 6 4 6 6 4 3 4 6 0.523821873 1 1 0.341122128 6 NA NA 7 5 NA NA 6 0.476178127 NA NA 0.658877872 1.583998913 1.583998913 1 2.126612903 2.126612903 1 2.258461538 1.129230769 2 0.92836618 0.92836618 1 17.99998765 2.999997942 6 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.0000105 0.005 0.00000119 1 0.000000151 1 0.000000521 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 146216732 T A - - - - - - 36 0 0 86 6 7 28 0 0 104 0 0 155 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 10.47617813 7 10 12.65887787 6 4 6 6 4 3 4 6 0.523821873 1 1 0.341122128 6 NA NA 7 5 NA NA 6 0.476178127 NA NA 0.658877872 1.259999136 1.259999136 1 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.00000522 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 146218721 G A - - - - - - 35 0 0 54 16 29.6 36 5 13.9 74 14 18.9 131 53 40.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 10.47617813 7 10 12.65887787 6 4 6 6 4 3 4 6 0.523821873 1 1 0.341122128 6 NA NA 7 5 NA NA 6 0.476178127 NA NA 0.658877872 5.327996345 0.964548906 5.523821873 2.189623656 2.189623656 1 4.742769231 0.948553846 5 6.372683102 0.957020571 6.658877872 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 2.69E-24 1 0.00000104 1 2.1E-18 1 1.32E-85 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 146241005 T C - - - - - - 40 0 0 82 32 39 38 6 15.8 98 24 24.5 120 48 40 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 2 100 0 0 NA TRUE FALSE 10.47617813 7 10 12.65887787 6 4 6 6 4 3 4 6 0.523821873 1 1 0.341122128 6 NA NA 7 5 NA NA 6 0.476178127 NA NA 0.658877872 7.019995184 1.169999197 6 2.488924731 0.829641577 3 6.148034188 1.024672365 6 6.294008002 1.049001334 6 NA NA 1 NA NA 0 25.09401709 4.182336182 6 NA NA 1 8 NA 1 1 1.08E-51 1 3.76E-08 1 1.92E-33 0.000025 2.2E-77 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 146346631 T C MIR509-1 ENST00000385265 r.? - - upstream 37 0 0 73 5 6.8 54 0 0 106 0 0 145 0 0 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 10.47617813 7 10 12.65887787 6 4 6 6 4 3 4 6 0.523821873 1 1 0.341122128 6 NA NA 7 5 NA NA 6 0.476178127 NA NA 0.658877872 1.22399916 1.22399916 1 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.0000354 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 146538729 G C - - - - - - 25 0 0 75 18 24 29 6 20.7 85 14 16.5 148 37 25 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 10.47617813 7 10 12.65887787 6 4 6 6 4 3 4 6 0.523821873 1 1 0.341122128 6 NA NA 7 5 NA NA 6 0.476178127 NA NA 0.658877872 4.319997036 0.954944106 4.523821873 3.260806452 1.086935484 3 4.140512821 1.035128205 4 3.933755001 0.98343875 4 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 2.78E-25 1 6.72E-09 1 1.66E-17 1 4.46E-51 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 147147839 C G - - - - - - 41 0 0 65 4 6.2 19 0 0 95 0 0 124 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 10.47617813 7 10 10 6 4 6 7 4 3 4 3 0.523821873 1 1 1 6 NA NA NA 5 NA NA NA 0.476178127 NA NA NA 1.115999234 1.115999234 1 0 NA 0 0 0 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000331785 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 147184171 T A - - - - - - 32 0 0 65 4 6.2 30 0 0 83 0 0 124 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA FALSE FALSE 10.47617813 7 10 10 6 4 6 7 4 3 4 3 0.523821873 1 1 1 6 NA NA NA 5 NA NA NA 0.476178127 NA NA NA 1.115999234 1.115999234 1 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.000331785 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 147488099 A G - - - - - - 25 0 0 65 5 7.7 46 7 15.2 96 0 0 101 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 10.47617813 7 10 10 6 4 6 7 4 3 4 3 0.523821873 1 1 1 6 NA NA NA 5 NA NA NA 0.476178127 NA NA NA 1.385999049 1.385999049 1 2.394408602 1.197204301 2 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 9 NA 1 1 0.0000201 1 3.53E-09 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 147786312 A C AFF2 CCDS14684.1 r.? - - intronic 22 0 0 50 6 12 23 3 13 50 2 4 76 7 9.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 10.47617813 7 10 10 6 4 6 7 4 3 4 3 0.523821873 1 1 1 6 NA NA NA 5 NA NA NA 0.476178127 NA NA NA 2.159998518 1.079999259 2 2.047849462 2.047849462 1 1.003760684 1.003760684 1 1.203005076 1.203005076 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000000206 1 0.000205387 1 0.026131524 1 0.000000126 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 147916344 C G AFF2 CCDS14684.1 r.? - - intronic 27 0 0 50 5 10 35 0 0 101 0 0 111 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 10.47617813 7 10 10 6 4 6 7 4 3 4 3 0.523821873 1 1 1 6 NA NA NA 5 NA NA NA 0.476178127 NA NA NA 1.799998765 1.799998765 1 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.00000549 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 147916591 C G AFF2 CCDS14684.1 r.? - - intronic 44 0 0 61 4 6.6 33 0 0 82 0 0 120 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 10.47617813 7 10 10 6 4 6 7 4 3 4 3 0.523821873 1 1 1 6 NA NA NA 5 NA NA NA 0.476178127 NA NA NA 1.187999185 1.187999185 1 0 NA 0 0 0 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.000259828 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 148033220 G A AFF2 CCDS14684.1 r.? - - intronic 25 0 0 55 5 9.1 30 0 0 62 0 0 112 0 0 0 0 NA 0 0 NA 3 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 10.47617813 7 10 10 6 4 6 7 4 3 4 3 0.523821873 1 1 1 6 NA NA NA 5 NA NA NA 0.476178127 NA NA NA 1.637998876 1.637998876 1 0 NA 0 0 0 1 0 NA 0 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.00000883 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 148100714 T A - - - - - - 30 0 0 65 9 13.8 21 0 0 88 5 5.7 118 25 21.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 10.47617813 7 10 10 6 4 6 7 4 3 4 3 0.523821873 1 1 1 6 NA NA NA 5 NA NA NA 0.476178127 NA NA NA 2.483998296 0.984220924 2.523821873 0 NA 0 1.430358974 1.430358974 1 2.772142132 0.924047377 3 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 4.85E-11 1 1 1 0.0000867 1 4.97E-33 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 148653384 G C - - - - - - 40 0 0 78 14 17.9 32 2 6.2 130 25 19.2 103 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 10.47617813 7 10 10 6 4 6 7 4 3 4 3 0.523821873 1 1 1 6 NA NA NA 5 NA NA NA 0.476178127 NA NA NA 3.22199779 1.073999263 3 0.976666667 0.976666667 1 4.818051282 0.963610256 5 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 4.63E-18 1 0.011224977 1 6.93E-32 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 149118024 G A - - - - - - 32 0 0 47 8 17 24 1 4.2 76 8 10.5 89 15 16.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 10.47617813 7 10 10 6 4 6 7 4 3 4 3 0.523821873 1 1 1 6 NA NA NA 5 NA NA NA 0.476178127 NA NA NA 3.059997901 1.0199993 3 0.661612903 NA 0 2.634871795 0.878290598 3 2.20986802 1.10493401 2 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1.03E-10 1 0.113346489 1 5.44E-09 1 8.23E-19 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 149792606 T C MTM1 CCDS14694.1 r.? - - intronic 25 0 0 56 5 8.9 31 1 3.2 95 5 5.3 117 8 6.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 10.47617813 7 10 10 6 4 6 7 4 3 4 3 0.523821873 1 1 1 6 NA NA NA 5 NA NA NA 0.476178127 NA NA NA 1.601998901 1.601998901 1 0.504086022 NA 0 1.329982906 1.329982906 1 0.889177665 0.889177665 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.00000965 1 0.143917729 1 0.000124602 1 0.000000164 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 149985585 G T CD99L2 CCDS35427.1 r.? - - intronic 15 0 0 19 6 31.6 8 0 0 34 2 5.9 62 23 37.1 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 10.47617813 7 10 10 6 4 6 7 4 3 4 3 0.523821873 1 1 1 6 NA NA NA 5 NA NA NA 0.476178127 NA NA NA 5.687996098 1.029721129 5.523821873 0 NA 0 1.480547009 1.480547009 1 4.851248731 0.970249746 5 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 4.01E-10 1 1 1 0.012612579 1 5.9E-37 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 150082271 G C - - - - - - 27 0 0 74 28 37.8 28 3 10.7 48 10 20.8 120 62 51.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 10.47617813 7 10 10 6 4 6 7 4 3 4 3 0.523821873 1 1 1 6 NA NA NA 5 NA NA NA 0.476178127 NA NA NA 6.803995332 1.133999222 6 1.685537634 1.685537634 1 5.219555556 1.043911111 5 6.760365482 0.965766497 7 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 5.88E-45 1 0.000372895 1 5.37E-14 1 1.47E-108 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 150189643 T A - - - - - - 25 0 0 43 5 11.6 22 0 0 36 2 5.6 103 1 1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 10.47617813 7 10 10 6 4 6 7 4 3 4 3 0.523821873 1 1 1 6 NA NA NA 5 NA NA NA 0.476178127 NA NA NA 2.087998568 2.087998568 1 0 NA 0 1.405264957 1.405264957 1 0.130761421 0.130761421 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.00000257 1 1 1 0.014070883 1 0.403270763 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 150213320 G T - - - - - - 31 0 0 60 18 30 26 3 11.5 72 16 22.2 132 41 31.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 10.47617813 7 10 10 6 4 6 7 4 3 4 3 0.523821873 1 1 1 6 NA NA NA 5 NA NA NA 0.476178127 NA NA NA 5.399996295 0.977583351 5.523821873 1.81155914 1.81155914 1 5.570871795 0.928478632 6 4.066680203 1.016670051 4 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 2.89E-27 1 0.000298167 1 4.82E-22 1 7.2E-61 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 150262574 G C - - - - - - 33 0 0 67 21 31.3 20 4 20 88 16 18.2 106 22 20.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 10.47617813 7 10 10 6 4 6 7 4 3 4 3 0.523821873 1 1 1 6 NA NA NA 5 NA NA NA 0.476178127 NA NA NA 5.633996135 1.019945296 5.523821873 3.150537634 1.050179211 3 4.567111111 0.913422222 5 2.719837563 0.906612521 3 NA NA 1 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 4.96E-32 1 0.00000284 1 1.57E-20 1 4.91E-29 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 150275429 A C - - - - - - 30 0 0 76 5 6.6 23 2 8.7 86 0 0 106 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 10.47617813 7 10 10 6 4 6 7 4 3 4 3 0.523821873 1 1 1 6 NA NA NA 5 NA NA NA 0.476178127 NA NA NA 1.187999185 1.187999185 1 1.370483871 1.370483871 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 9 NA 1 1 0.000043 1 0.00589844 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 150313822 G A - - - - - - 41 0 0 55 5 9.1 35 8 22.9 84 5 6 113 14 12.4 0 0 NA 0 0 NA 4 0 0 0 0 NA 2 0 0 TRUE FALSE 10.47617813 7 10 10 6 4 6 7 4 3 4 3 0.523821873 1 1 1 6 NA NA NA 5 NA NA NA 0.476178127 NA NA NA 1.637998876 1.637998876 1 3.607365591 0.901841398 4 1.505641026 1.505641026 1 1.621441624 0.810720812 2 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 0 0 0 1 8 NA 1 1 0.00000883 1 8.15E-12 1 0.0000695 1 1.05E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 150979419 C T - - - - - - 28 0 0 56 6 10.7 30 4 13.3 96 2 2.1 125 34 27.2 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 10.47617813 7 10 10 6 4 6 7 4 3 4 3 0.523821873 1 1 1 6 NA NA NA 5 NA NA NA 0.476178127 NA NA NA 1.925998679 1.925998679 1 2.095107527 2.095107527 1 0.526974359 0.526974359 1 3.55671066 0.889177665 4 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000000409 1 0.0000154 1 0.083811806 1 1.76E-48 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 151228733 C G - - - - - - 28 0 0 47 4 8.5 31 0 0 80 0 0 138 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 FALSE FALSE 10.47617813 7 10 10 6 4 6 7 4 3 4 3 0.523821873 1 1 1 6 NA NA NA 5 NA NA NA 0.476178127 NA NA NA 1.52999895 1.52999895 1 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 0 0 1 NA NA 1 1 0.0000939 1 1 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 151361162 C T GABRA3 CCDS14706.1 r.? - - intronic 20 0 0 62 6 9.7 37 0 0 74 5 6.8 101 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 10.47617813 7 10 10 6 4 6 7 4 3 4 3 0.523821873 1 1 1 6 NA NA NA 5 NA NA NA 0.476178127 NA NA NA 1.745998802 1.745998802 1 0 NA 0 1.706393162 1.706393162 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.000000756 1 1 1 0.0000378 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 151508216 T C GABRA3 CCDS14706.1 r.? - - intronic 35 0 0 63 10 15.9 33 1 3 65 0 0 102 21 20.6 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 10.47617813 7 10 10 6 4 6 7 4 3 4 3 0.523821873 1 1 1 6 NA NA NA 5 NA NA NA 0.476178127 NA NA NA 2.861998037 0.953999346 3 0.472580645 NA 0 0 0 1 2.693685279 0.897895093 3 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 9.81E-13 1 0.15245715 1 1 1 1.05E-27 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 151508217 A T GABRA3 CCDS14706.1 r.? - - intronic 35 0 0 63 10 15.9 33 1 3 66 0 0 103 20 19.4 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 10.47617813 7 10 10 6 4 6 7 4 3 4 3 0.523821873 1 1 1 6 NA NA NA 5 NA NA NA 0.476178127 NA NA NA 2.861998037 0.953999346 3 0.472580645 NA 0 0 0 1 2.536771574 0.845590525 3 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 9.81E-13 1 0.15245715 1 1 1 6.62E-26 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 151790322 C T - - - - - - 41 0 0 59 11 18.6 30 1 3.3 94 9 9.6 113 34 30.1 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 10.47617813 7 10 10 6 4 6 7 4 3 4 3 0.523821873 1 1 1 6 NA NA NA 5 NA NA NA 0.476178127 NA NA NA 3.347997703 0.950104127 3.523821873 0.51983871 NA 0 2.409025641 0.803008547 3 3.935918782 0.983979695 4 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1.1E-14 1 0.139615808 1 1.42E-09 1 3.35E-50 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 151806478 G A GABRQ CCDS14707.1 r.? - - upstream 44 0 0 15 4 26.7 4 2 50 4 1 25 137 41 29.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 10.47617813 7 10 10 6 4 6 7 4 3 4 3 0.523821873 1 1 1 6 NA NA NA 5 NA NA NA 0.476178127 NA NA NA 4.805996703 0.961199341 5 7.876344086 1.969086022 4 6.273504274 6.273504274 1 3.909766497 0.977441624 4 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000000816 1 0.000149002 1 0.019850499 1 4.3E-60 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 151872637 T C MAGEA6 CCDS14708.1 r.? - - downstream 15 0 0 16 8 50 8 2 25 40 14 35 46 15 32.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 10.47617813 7 10 10 6 4 6 7 4 3 4 3 0.523821873 1 1 1 6 NA NA NA 5 NA NA NA 0.476178127 NA NA NA 8.999993826 1.499998971 6 3.938172043 3.938172043 1 8.782905983 1.463817664 6 4.262822335 1.065705584 4 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 4.85E-15 1 0.000686131 1 1.25E-22 1 1.35E-23 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 151975266 C T - - - - - - 30 0 0 42 12 28.6 36 4 11.1 65 12 18.5 106 28 26.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 10.47617813 7 10 10 6 4 6 7 4 3 4 3 0.523821873 1 1 1 6 NA NA NA 5 NA NA NA 0.476178127 NA NA NA 5.147996468 1.029599294 5 1.748548387 1.748548387 1 4.642393162 0.928478632 5 3.452101523 0.863025381 4 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 2.35E-18 1 0.0000324 1 7.7E-16 1 8.48E-40 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 153383479 G T - - - - - - 49 0 0 61 21 34.4 38 13 34.2 87 21 24.1 119 63 52.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 10.47617813 7 10 10 6 4 6 7 4 3 4 3 0.523821873 1 1 1 6 NA NA NA 5 NA NA NA 0.476178127 NA NA NA 6.191995752 1.031999292 6 5.387419355 1.346854839 4 6.04765812 1.00794302 6 6.917279188 0.988182741 7 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 4.8E-33 1 5.88E-21 1 2.64E-29 1 3.25E-111 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 154181340 C T F8 CCDS35457.1 r.? - - intronic 34 0 0 62 6 9.7 32 3 9.4 61 6 9.8 113 19 16.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 10.47617813 7 10 10 6 4 6 7 4 3 4 3 0.523821873 1 1 1 6 NA NA NA 5 NA NA NA 0.476178127 NA NA NA 1.745998802 1.745998802 1 1.480752688 1.480752688 1 2.459213675 0.819737892 3 2.196791878 1.098395939 2 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000000756 1 0.000556213 1 0.000000685 1 2.06E-23 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 154388042 A T - - - - - - 29 0 0 42 9 21.4 23 5 21.7 72 14 19.4 84 45 53.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 10.47617813 7 10 10 6 4 6 7 4 3 4 3 0.523821873 1 1 1 6 NA NA NA 5 NA NA NA 0.476178127 NA NA NA 3.851997357 0.962999339 4 3.418333333 1.139444444 3 4.868239316 0.973647863 5 7.008812183 1.001258883 7 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 7.51E-13 1 9.75E-08 1 1.39E-18 1 3.19E-80 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 154518104 G A CLIC2 CCDS14767.1 r.? - - intronic 30 0 0 70 11 15.7 24 2 8.3 57 1 1.8 121 15 12.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 10.47617813 7 10 10 6 4 6 7 4 3 4 3 0.523821873 1 1 1 6 NA NA NA 5 NA NA NA 0.476178127 NA NA NA 2.825998061 0.941999354 3 1.307473118 1.307473118 1 0.451692308 0.451692308 1 1.621441624 0.810720812 2 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 8.06E-14 1 0.006413403 1 0.248523156 1 1E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 3300963 G A PRDM16 CCDS44048.1 r.? - - intronic 26 0 0 22 1 4.5 17 4 23.5 14 2 14.3 59 10 16.9 19 0 0 39 0 0 13 9 69.2 38 2 5.3 61 12 19.7 FALSE TRUE 3 2 0.515680268 3.475019401 2 1 0 2 1 1 0 1 1 1 0.484319732 0.524980599 NA NA 1 2 NA NA 0 2 NA NA 0.515680268 0.475019401 0.473571429 NA 0 2.52688172 2.52688172 1 2.232186723 2.232186723 1 1.107146299 1.107146299 1 0 0 1 7.440860215 7.440860215 1 0.82731396 0.82731396 1 1.290578822 1.290578822 1 NA 16 1 1 0.104413009 1 0.00000141 1.37E-18 0.002185852 0.015598339 4.91E-13 3.39E-16 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 5426918 G C - - - - - - 32 0 0 28 1 3.6 25 5 20 55 1 1.8 75 11 14.7 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 2 0.515680268 3.475019401 2 1 0 2 1 1 0 1 1 1 0.484319732 0.524980599 NA NA 1 2 NA NA 0 2 NA NA 0.515680268 0.475019401 0.378857143 0.378857143 1 2.150537634 2.150537634 1 0.280974553 NA 0 0.963020745 0.963020745 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.130947004 1 0.000000153 1 0.240951649 1 1.78E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 7660469 G C CAMTA1 CCDS30576.1 r.? - - intronic 25 0 0 44 3 6.8 25 5 20 74 2 2.7 78 9 11.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 3 2 0.515680268 3.475019401 2 1 0 2 1 1 0 1 1 1 0.484319732 0.524980599 NA NA 1 2 NA NA 0 2 NA NA 0.515680268 0.475019401 0.715619048 0.715619048 1 2.150537634 2.150537634 1 0.421461829 0.421461829 1 0.753383576 0.753383576 1 NA NA 1 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.00142027 1 0.000000153 1 0.053288733 1 2.61E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 13915496 T A PDPN CCDS30602.1 r.? - - intronic 24 0 0 23 1 4.3 14 3 21.4 28 1 3.6 27 2 7.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3.703345041 0.515680268 3.475019401 2 2 0 2 1 1 0 1 1 0.296654959 0.484319732 0.524980599 NA 3 1 2 NA 1 0 2 NA 0.703345041 0.515680268 0.475019401 0.45252381 0.45252381 1 2.665591108 2.665591108 1 0.561949105 NA 0 0.484785953 0.484785953 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.108890944 1 0.0000437 1 0.130947004 1 0.00807567 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 13976956 C G - - - - - - 30 0 0 32 4 12.5 27 4 14.8 55 1 1.8 57 7 12.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3.703345041 0.515680268 3.475019401 2 2 0 2 1 1 0 1 1 0.296654959 0.484319732 0.524980599 NA 3 1 2 NA 1 0 2 NA 0.703345041 0.515680268 0.475019401 1.31547619 1.31547619 1 1.843492915 1.843492915 1 0.280974553 NA 0 0.805792869 0.805792869 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.0000201 1 0.00001 1 0.240951649 1 1.66E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 23676881 G C - - - - - - 33 0 0 39 2 5.1 33 5 15.2 47 4 8.5 68 9 13.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.653602509 3.703345041 1.574506988 3.576127969 2 2 0 2 1 1 0 1 0.346397491 0.296654959 -0.574506988 0.423872031 3 3 1 3 1 1 0 1 0.653602509 0.703345041 1.574506988 0.576127969 0.570048014 0.570048014 1 1.893317048 1.893317048 1 1.416824547 1.416824547 1 0.878099653 0.878099653 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.016387522 1 0.00000066 1 0.0000939 1 7.38E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 33189778 A C - - - - - - 31 0 0 44 3 6.8 25 3 12 23 2 8.7 63 9 14.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.653602509 3.703345041 1.574506988 3.576127969 2 2 0 2 1 1 0 1 0.346397491 0.296654959 -0.574506988 0.423872031 3 3 1 3 1 1 0 1 0.653602509 0.703345041 1.574506988 0.576127969 0.760064018 0.760064018 1 1.494723986 1.494723986 1 1.450161595 1.450161595 1 0.951274624 0.951274624 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.00142027 1 0.00026475 1 0.00589844 1 3.62E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 44029819 C G PTPRF CCDS489.2 r.? - - intronic 30 0 0 34 5 14.7 26 4 15.4 9 0 0 60 10 16.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.653602509 3.703345041 1.574506988 3.576127969 2 2 0 2 1 1 0 1 0.346397491 0.296654959 -0.574506988 0.423872031 3 3 1 3 1 1 0 1 0.653602509 0.703345041 1.574506988 0.576127969 1.643079569 1.643079569 1 1.918229115 1.918229115 1 0 NA 0 1.110929107 1.110929107 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.000000771 1 0.00000856 1 1 1 5.86E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 47403015 G T CYP4A11 CCDS543.1 r.373c>a c.341C>A p.P114Q missense 28 0 0 29 2 6.9 30 6 20 66 0 0 60 8 13.3 486 0 0 820 31 3.8 612 113 18.5 693 0 0 900 114 12.7 FALSE FALSE 3.653602509 3.703345041 1.574506988 3.576127969 2 2 0 2 1 1 0 1 0.346397491 0.296654959 -0.574506988 0.423872031 3 3 1 3 1 1 0 1 0.653602509 0.703345041 1.574506988 0.576127969 0.77124143 0.77124143 1 2.491206643 0.921527443 2.703345041 0 NA 0 0.884751923 0.884751923 1 0.424741657 0.424741657 1 2.304366144 0.852412885 2.703345041 0 NA 0 0.844838303 0.844838303 1 NA NA 1 1 0.009279585 1.48E-17 8.37E-09 4.65E-136 1 1 7.93E-10 1.31E-117 YES 1_1 1_1 0_0 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b 1 55485948 A G - - - - - - 32 0 0 38 2 5.3 32 4 12.5 43 1 2.3 47 3 6.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.653602509 3.703345041 1.574506988 3.576127969 2 2 0 2 1 1 0 1 0.346397491 0.296654959 -0.574506988 0.423872031 3 3 1 3 1 1 0 1 0.653602509 0.703345041 1.574506988 0.576127969 0.592402838 0.592402838 1 1.557004152 1.557004152 1 0.383376054 NA 0 0.425745286 0.425745286 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.015598339 1 0.0000201 1 0.193893409 1 0.001719595 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 58591717 G C DAB1 CCDS607.1 r.? - - intronic 31 0 0 27 1 3.7 17 3 17.6 58 0 0 45 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 7 2.591299246 2 2 4 1 1 1 3 1 1 1 1 0.408700754 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.591299246 0.389380952 0.389380952 1 2.068473118 2.068473118 1 0 0 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.126579904 1 0.0000807 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 69496257 T A - - - - - - 35 0 0 35 3 8.6 23 3 13 60 0 0 55 8 14.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 7 2.591299246 2 2 4 1 1 1 3 1 1 1 1 0.408700754 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.591299246 0.905047619 0.905047619 1 1.527849462 1.527849462 1 0 0 1 0.821779 0.821779 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.000725791 1 0.000205387 1 1 1 3.86E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 70164654 C G LRRC7 ENST00000310961 r.? - - intronic 29 0 0 40 0 0 23 4 17.4 74 0 0 36 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 7 2.591299246 2 2 4 1 1 1 3 1 1 1 1 0.408700754 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.591299246 0 0 1 2.044967742 2.044967742 1 0 0 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 0.00000513 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 71228720 G A - - - - - - 27 0 0 33 1 3 19 4 21.1 57 0 0 42 4 9.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 7 2.591299246 2 2 4 1 1 1 3 1 1 1 1 0.408700754 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.591299246 0.315714286 0.315714286 1 2.479817204 2.479817204 1 0 0 1 0.538406931 0.538406931 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.15245715 1 0.00000228 1 1 1 0.0000601 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 73281763 G C - - - - - - 38 0 0 37 0 0 25 3 12 76 0 0 51 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 FALSE FALSE 3 3 7 2.591299246 2 2 4 1 1 1 3 1 1 1 1 0.408700754 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.591299246 0 NA 0 1.410322581 1.410322581 1 0 0 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 1 1 1 1 0.00026475 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 73487500 A C - - - - - - 32 0 0 43 2 4.7 30 5 16.7 63 4 6.3 66 13 19.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 7 2.591299246 2 2 4 1 1 1 3 1 1 1 1 0.408700754 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.591299246 0.494619048 0.494619048 1 1.962698925 1.962698925 1 1.391923077 1.391923077 1 1.116485951 1.116485951 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.019709573 1 0.000000401 1 0.000294233 1 1.95E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 73805668 C A - - - - - - 25 0 0 22 1 4.5 21 4 19 61 3 4.9 67 11 16.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 7 2.591299246 2 2 4 1 1 1 3 1 1 1 1 0.408700754 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.591299246 0.473571429 0.473571429 1 2.233010753 2.233010753 1 1.082606838 1.082606838 1 0.929460386 0.929460386 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.104413009 1 0.00000349 1 0.003623631 1 4.85E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 80185219 G C - - - - - - 25 0 0 37 3 8.1 23 4 17.4 48 5 10.4 60 6 10 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 7 2.591299246 2 2 4 1 1 1 3 1 1 1 1 0.408700754 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.591299246 0.852428571 0.852428571 1 2.044967742 2.044967742 1 2.297777778 2.297777778 1 0.566744138 0.566744138 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000855237 1 0.00000513 1 0.00000447 1 0.000000621 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 80416037 A G - - - - - - 30 0 0 40 0 0 22 5 22.7 59 0 0 65 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 7 2.591299246 2 2 4 1 1 1 3 1 1 1 1 0.408700754 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.591299246 0 0 1 2.667860215 1.333930108 2 0 0 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 7.67E-08 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 83251139 T C - - - - - - 30 0 0 37 3 8.1 27 4 14.8 75 0 0 36 9 25 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 7 2.591299246 2 2 4 1 1 1 3 1 1 1 1 0.408700754 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.591299246 0.852428571 0.852428571 1 1.739397849 1.739397849 1 0 0 1 1.416860345 1.416860345 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.000855237 1 0.00001 1 1 1 1.63E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 94350606 G C GCLM CCDS746.1 r.? - - downstream 31 0 0 31 3 9.7 15 4 26.7 44 0 0 60 14 23.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 4 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 7 2.591299246 2 2 4 1 1 1 3 1 1 1 1 0.408700754 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.591299246 1.020809524 1.020809524 1 3.137967742 1.568983871 2 0 0 1 1.320513841 1.320513841 1 NA NA 0 NA NA 0 0 0 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000505952 1 0.000000816 1 1 1 8.54E-20 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 99345364 C G - - - - - - 24 0 0 38 0 0 23 3 13 71 0 0 62 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 7 2.591299246 2 2 4 1 1 1 3 1 1 1 1 0.408700754 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.591299246 0 0 1 1.527849462 1.527849462 1 0 0 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 0.000205387 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 100101596 G A - - - - - - 37 0 0 36 3 8.3 28 5 17.9 70 0 0 54 3 5.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 7 2.591299246 2 2 4 1 1 1 3 1 1 1 1 0.408700754 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.591299246 0.87347619 0.87347619 1 2.103731183 2.103731183 1 0 0 1 0.317376717 0.536744667 0.591299246 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.000788827 1 0.000000279 1 1 1 0.00256299 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 103294722 C G - - - - - - 41 0 0 37 2 5.4 23 3 13 65 0 0 43 7 16.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 TRUE FALSE 3 3 7 2.591299246 2 2 4 1 1 1 3 1 1 1 1 0.408700754 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.591299246 0.568285714 0.568285714 1 1.527849462 1.527849462 1 0 0 1 0.923792945 0.923792945 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 0 NA 0 6 NA 1 1 0.014826063 1 0.000205387 1 1 1 2.15E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 105189732 G A - - - - - - 31 0 0 24 3 12.5 22 4 18.2 59 2 3.4 50 5 10 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 7 2.591299246 2 2 4 1 1 1 3 1 1 1 1 0.408700754 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.591299246 1.31547619 1.31547619 1 2.138989247 2.138989247 1 0.751196581 0.751196581 1 0.566744138 0.566744138 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000233853 1 0.00000425 1 0.035441897 1 0.00000549 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 105689422 C A - - - - - - 31 0 0 53 3 5.7 35 5 14.3 88 4 4.5 119 12 10.1 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 10 11 13 9.463171095 8 9 10 8 2 2 3 1 1 1 1 0.536828905 NA NA NA 8 NA NA NA 2 NA NA NA 0.463171095 0.998857143 0.998857143 1 2.824634409 0.941544803 3 1.264230769 1.264230769 1 1.266470636 1.266470636 1 NA NA 0 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.002429596 1 0.000000895 1 0.001043312 1 1.41E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 112652129 G C - - - - - - 33 0 0 41 3 7.3 16 3 18.8 75 0 0 65 8 12.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 TRUE FALSE 5 5 9 3.355002252 3 3 7 2 2 2 2 1 1 1 1 0.644997748 NA NA NA 2 NA NA NA 2 NA NA NA 0.355002252 0.914238095 0.914238095 1 2.585505376 2.585505376 1 0 0 1 0.791030759 0.791030759 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 0 NA 0 6 NA 1 1 0.001155993 1 0.0000667 1 1 1 1.53E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 144591265 A T AL592284.1 CCDS3072.1 r.? - - intronic 33 0 0 44 3 6.8 32 3 9.4 44 4 9.1 61 10 16.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 2 3.355002252 3 3 2 2 2 2 0 1 1 1 1 0.644997748 NA NA NA 2 NA NA NA 2 NA NA NA 0.355002252 0.851619048 0.851619048 1 1.292752688 1.292752688 1 1.555555556 1.555555556 1 1.054707679 1.054707679 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.00142027 1 0.000556213 1 0.0000723 1 6.98E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 157678037 T A - - - - - - 33 0 0 47 3 6.4 24 3 12.5 82 0 0 61 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5.461463207 6 2 4.537402221 4 5 2 3 1 1 0 1 0.538536793 1 1 0.462597779 5 NA NA 4 1 NA NA 1 0.461463207 NA NA 0.537402221 0.831057455 0.831057455 1 1.844086022 1.844086022 1 0 NA 0 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.001719595 1 0.000233853 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 158690894 C G OR6K3 CCDS30903.1 r.? - - upstream 36 0 0 69 4 5.8 36 4 11.1 100 1 1 142 11 7.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 12 12 12 11 11 11 11 10 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.132380952 1.132380952 1 2.303548387 2.303548387 1 0.270940171 0.270940171 1 1.083862944 1.083862944 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000416985 1 0.0000324 1 0.394229564 1 2.13E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 160528269 G C CD84 CCDS1206.1 r.? - - intronic 32 0 0 74 0 0 46 4 8.7 112 0 0 141 1 0.7 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 12 12 12 11 11 11 11 10 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.805483871 1.805483871 1 0 0 1 0.098532995 NA 0 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 0.0000862 1 1 1 0.506764434 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 164927340 G A - - - - - - 27 0 0 42 0 0 32 5 15.6 86 0 0 104 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA FALSE FALSE 8 8 10 7 7 7 8 6 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 2.613419355 0.871139785 3 0 0 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 0.000000562 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 168891927 G A - - - - - - 32 0 0 36 2 5.6 25 6 24 78 2 2.6 51 7 13.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 7 4 4 4 5 3 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.701333333 0.701333333 1 3.300645161 1.100215054 3 0.574444444 0.574444444 1 0.969431472 0.969431472 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.014070883 1 2.55E-09 1 0.058485548 1 7.46E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 172474416 G T - - - - - - 34 0 0 39 3 7.7 30 4 13.3 61 0 0 71 9 12.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 7 4 4 4 5 3 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.964333333 0.964333333 1 1.829107527 1.829107527 1 0 0 1 0.898670051 0.898670051 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.000998458 1 0.0000154 1 1 1 1.1E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 182499584 T G - - - - - - 41 0 0 41 0 0 30 3 10 44 0 0 53 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 5 7 4 4 4 5 3 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.375268817 1.375268817 1 0 0 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 0.000458697 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 182917633 A C C1orf14 CCDS30955.1 r.? - - intronic 36 0 0 31 0 0 25 5 20 64 1 1.6 61 11 18 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 7 4 4 4 5 3 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 2.750537634 0.916845878 3 0.353504274 0.353504274 1 1.273705584 1.273705584 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 1 1 0.000000153 1 0.274433592 1 1.62E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 183508136 T A SMG7 CCDS1355.1 r.? - - intronic 30 0 0 45 0 0 28 3 10.7 41 0 0 50 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 5 7 4 4 4 5 3 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.471537634 1.471537634 1 0 0 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 0.000372895 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 187171934 C T - - - - - - 23 0 0 40 2 5 33 4 12.1 61 7 11.5 66 10 15.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 7 4 4 4 5 3 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.626190476 0.626190476 1 1.664075269 1.664075269 1 2.540811966 0.846937322 3 1.075573604 1.075573604 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.017193422 1 0.0000228 1 2.69E-08 1 1.6E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 188839062 G C - - - - - - 36 0 0 38 2 5.3 21 5 23.8 68 0 0 56 1 1.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 5 7 4 4 4 5 3 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.663761905 0.663761905 1 3.273139785 1.091046595 3 0 0 1 0.127370558 NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.015598339 1 5.95E-08 1 1 1 0.244746891 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 191815193 G A - - - - - - 32 0 0 48 5 10.4 35 5 14.3 32 5 15.6 49 9 18.4 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 7 4 4 4 5 3 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.30247619 1.30247619 1 1.966634409 1.966634409 1 3.446666667 0.861666667 4 1.302010152 1.302010152 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.00000447 1 0.000000895 1 0.000000562 1 3.35E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 194213765 C A - - - - - - 34 0 0 45 1 2.2 24 4 16.7 74 4 5.4 62 7 11.3 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 5 7 4 4 4 5 3 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.27552381 NA 0 2.296698925 2.296698925 1 1.193076923 1.193076923 1 0.799604061 0.799604061 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.201934322 1 0.00000613 1 0.00054411 1 3.02E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 217274060 G T ESRRG CCDS1517.1 r.? - - intronic 36 0 0 51 4 7.8 31 5 16.1 82 0 0 64 4 6.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 9 9 7 6 7 7 5 4 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.288857143 1.288857143 1 2.858182796 0.952727599 3 0 0 1 0.562720812 0.562720812 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.000129466 1 0.000000476 1 1 1 0.000312605 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 220109009 T C - - - - - - 37 0 0 43 0 0 38 5 13.2 62 0 0 106 0 0 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 9 9 9 9 7 7 7 7 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 2.343354839 1.171677419 2 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 9 NA 1 1 1 1 0.00000137 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 233268713 C T PCNXL2 CCDS44335.1 r.? - - intronic 24 0 0 47 1 2.1 39 7 17.9 43 2 4.7 76 5 6.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 10 10 3 8 8 8 2 6 2 2 1 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.368 0.368 1 3.356731183 1.118910394 3 0.850418803 0.850418803 1 0.731025381 0.731025381 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.209895027 1 1.04E-09 1 0.019709573 1 0.000043 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 2293825 G C - - - - - - 32 0 0 39 2 5.1 19 3 15.8 69 0 0 63 9 14.3 399 1 0.3 622 21 3.4 92 37 40.2 776 2 0.3 710 81 11.4 FALSE FALSE 5 5 3.521946242 4 4 4 2 3 1 1 0 1 1 1 -0.521946242 1 NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 1.521946242 NA 0.638714286 0.638714286 1 2.172924731 2.172924731 1 0 NA 0 1.011888325 1.011888325 1 0.425809524 0.425809524 1 5.528580645 1.382145161 4 0.05584789 NA 0 0.806680203 0.806680203 1 NA NA 1 0.864665283 0.016387522 1.76E-11 0.000114071 3.96E-60 1 0.899801274 3.62E-11 2.46E-80 YES 1_1 1_1 0_0 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b 10 2672216 C T - - - - - - 36 0 0 35 2 5.7 30 5 16.7 44 0 0 63 7 11.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 5 3.521946242 4 4 4 2 3 1 1 0 1 1 1 -0.521946242 1 NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 1.521946242 NA 0.713857143 0.713857143 1 2.296698925 2.296698925 1 0 NA 0 0.785451777 0.785451777 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.013332991 1 0.000000401 1 1 1 3.38E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 11548487 A T USP6NL CCDS44357.1 r.? - - intronic 30 0 0 48 0 0 32 3 9.4 74 0 0 74 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 5 9 4 4 4 8 3 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.292752688 1.292752688 1 0 0 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 0.000556213 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 18306608 C G SLC39A12 CCDS44362.1 r.? - - intronic 37 0 0 35 4 11.4 28 10 35.7 72 11 15.3 54 20 37 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 5 4 2 3 3 3 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.199714286 1.199714286 1 4.552709677 1.517569892 3 3.074384615 1.024794872 3 2.618172589 0.872724196 3 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.0000289 1 1.18E-16 1 1.12E-13 1 2.61E-32 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 20636736 C G - - - - - - 27 0 0 27 3 11.1 21 4 19 50 0 0 57 7 12.3 0 0 NA 0 0 NA 4 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 5 4 2 3 3 3 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.168142857 1.168142857 1 2.423010753 2.423010753 1 0 0 1 0.870365482 0.870365482 1 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.000334187 1 0.00000349 1 1 1 1.66E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 20848985 G C - - - - - - 34 0 0 45 4 8.9 27 4 14.8 71 4 5.6 71 8 11.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 5 4 2 3 3 3 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.936619048 0.936619048 1 1.887397849 1.887397849 1 1.125264957 1.125264957 1 0.799604061 0.799604061 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.0000791 1 0.00001 1 0.000464961 1 3.14E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 23764088 G A - - - - - - 37 0 0 44 2 4.5 25 7 28 78 4 5.1 64 7 10.9 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 3 5 5 2 2 3 3 2 1 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.518571429 0.518571429 1 3.290752688 1.645376344 2 1.024794872 1.024794872 1 0.880299492 0.880299492 1 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.020580492 1 3.47E-11 1 0.000663934 1 3.78E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 24492264 A T KIAA1217 CCDS41496.1 r.? - - intronic 29 0 0 27 2 7.4 16 4 25 67 3 4.5 60 10 16.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 3 5 5 2 2 3 3 2 1 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.852761905 0.852761905 1 2.938172043 1.469086022 2 0.904230769 0.904230769 1 1.348715736 1.348715736 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.00807567 1 0.00000108 1 0.004717431 1 5.86E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 29877968 T G SVIL CCDS7164.1 r.? - - intronic 32 0 0 28 2 7.1 34 5 14.7 56 0 0 87 14 16.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 3 5 5 2 2 3 3 2 1 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.818190476 0.818190476 1 1.727645161 1.727645161 1 0 0 1 1.300258883 1.300258883 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.008668191 1 0.000000771 1 1 1 2.35E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 36683696 G C - - - - - - 37 0 0 41 0 0 27 4 14.8 62 0 0 91 0 0 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 3 5 5 2 2 3 3 2 1 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.739397849 1.739397849 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 9 NA 1 1 1 1 0.00001 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 43685521 A C CSGALNACT2 CCDS7201.1 r.? - - downstream 39 0 0 34 3 8.8 24 4 16.7 81 1 1.2 69 10 14.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 5 2 2 3 3 1 1 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.926095238 0.926095238 1 1.962698925 1.962698925 1 0.241128205 0.241128205 1 1.171040609 1.171040609 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000666058 1 0.00000613 1 0.333700419 1 2.54E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 50793450 C T - - - - - - 34 0 0 36 0 0 20 4 20 66 0 0 53 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 5 2 2 2 3 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 2.350537634 2.350537634 1 0 0 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 0.00000284 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 52879117 C G PRKG1 CCDS7244.1 r.? - - intronic 33 0 0 90 4 4.4 57 4 7 121 7 5.8 193 10 5.2 3 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 7 2 2 3 5 1 1 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.463047619 0.463047619 1 0.822688172 0.822688172 1 1.165452991 1.165452991 1 0.523959391 0.523959391 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.001134224 1 0.000199821 1 0.000003 1 6.63E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 53401001 G A PRKG1 CCDS7244.1 r.? - - intronic 35 0 0 103 2 1.9 43 5 11.6 140 0 0 185 0 0 2 0 0 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 19 21 31 18 17 19 27 17 2 2 4 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.503952381 NA 0 3.451311828 0.862827957 4 0 0 1 0 NA 0 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.094410907 1 0.00000257 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 55859132 C T PCDH15 CCDS44404.1 r.? - - intronic 15 0 0 20 2 10 31 7 22.6 26 2 7.7 30 5 16.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 2 2 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.052380952 1.052380952 1 2.656107527 1.328053763 2 1.393239316 1.393239316 1 0.847715736 0.847715736 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.004473894 1 1.85E-10 1 0.007502227 1 0.000000401 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 56422334 T C PCDH15 CCDS44404.1 r.? - - intronic 27 0 0 29 1 3.4 21 4 19 63 5 7.9 39 7 17.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 2 2 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.357809524 0.357809524 1 2.233010753 2.233010753 1 1.42942735 1.42942735 1 0.908629442 0.908629442 1 NA NA 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.135292269 1 0.00000349 1 0.0000173 1 1.04E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 56733926 G A PCDH15 ENST00000373957 r.? - - intronic 28 0 0 35 4 11.4 14 4 28.6 55 2 3.6 45 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 3 2 2 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.199714286 1.199714286 1 3.361268817 1.680634409 2 0.651384615 0.651384615 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.0000289 1 0.000000601 1 0.031164417 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 58862519 A T - - - - - - 35 0 0 27 1 3.7 23 4 17.4 66 0 0 44 6 13.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 2 2 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.389380952 0.389380952 1 2.044967742 2.044967742 1 0 0 1 0.69035533 0.69035533 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.126579904 1 0.00000513 1 1 1 9.37E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 58933370 A T - - - - - - 36 0 0 38 0 0 25 3 12 61 0 0 54 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 3 2 2 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.410322581 1.410322581 1 0 0 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 0.00026475 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 59409569 G T - - - - - - 19 0 0 25 0 0 16 4 25 57 0 0 36 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 3 2 2 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 2.938172043 1.469086022 2 0 0 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 0.00000108 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 59682741 T C - - - - - - 38 0 0 33 0 0 13 4 30.8 53 0 0 54 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 3 2 2 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 3.619827957 1.809913978 2 0 0 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 0.000000431 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 62944147 A C - - - - - - 28 0 0 40 3 7.5 22 3 13.6 58 2 3.4 52 16 30.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 2 2 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.789285714 0.789285714 1 1.598365591 1.598365591 1 0.615196581 0.615196581 1 1.563451777 1.563451777 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.001075403 1 0.000179267 1 0.034352256 1 1.33E-24 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 67852715 A T CTNNA3 CCDS7269.1 r.? - - intronic 23 0 0 37 3 8.1 12 3 25 69 0 0 55 11 20 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 2 2 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.852428571 0.852428571 1 2.938172043 2.938172043 1 0 0 1 1.015228426 1.015228426 1 NA NA 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.000855237 1 0.0000266 1 1 1 4.77E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 68029370 C T CTNNA3 CCDS7269.1 r.? - - intronic 46 0 0 50 2 4 27 5 18.5 63 0 0 42 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 3 2 2 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.420952381 0.420952381 1 2.174247312 2.174247312 1 0 0 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.026131524 1 0.00000023 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 73898800 G C ASCC1 CCDS31219.1 r.? - - intronic 28 0 0 37 3 8.1 28 3 10.7 35 1 2.9 43 9 20.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 2 2 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.852428571 0.852428571 1 1.257537634 1.257537634 1 0.524726496 0.524726496 1 1.060913706 1.060913706 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000855237 1 0.000372895 1 0.16091139 1 9.45E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 78939251 G C KCNMA1 CCDS7352.1 r.? - - intronic 33 0 0 30 1 3.3 22 3 13.6 54 3 5.6 48 6 12.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 2 2 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.347285714 0.347285714 1 1.598365591 1.598365591 1 1.013264957 1.013264957 1 0.634517766 0.634517766 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.139615808 1 0.000179267 1 0.00256299 1 0.00000016 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 81290158 C G ENSG00000228282 ENST00000450279 r.? - - upstream 25 0 0 28 0 0 19 4 21.1 57 0 0 62 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 3 2 2 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 2.479817204 2.479817204 1 0 0 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 0.00000228 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 86947400 G A - - - - - - 33 0 0 23 1 4.3 30 4 13.3 59 2 3.4 45 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 3 2 2 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.45252381 0.45252381 1 1.563107527 1.563107527 1 0.615196581 0.615196581 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.108890944 1 0.0000154 1 0.035441897 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 92125843 G C - - - - - - 29 0 0 25 0 0 14 3 21.4 70 5 7.1 73 11 15.1 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 2 2 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 2.515075269 2.515075269 1 1.284675214 1.284675214 1 0.766497462 0.766497462 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 1 1 0.0000437 1 0.0000289 1 1.31E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 98365317 C G PIK3AP1 CCDS31259.1 r.? - - intronic 32 0 0 35 2 5.7 23 4 17.4 46 4 8.7 45 13 28.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 2 2 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.599857143 0.599857143 1 2.044967742 2.044967742 1 1.574179487 1.574179487 1 1.467005076 1.467005076 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.013332991 1 0.00000513 1 0.0000862 1 7.68E-20 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 104727491 C T CNNM2 CCDS44474.1 r.? - - intronic 36 0 0 29 0 0 27 5 18.5 26 0 0 37 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 3 2 2 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 2.174247312 2.174247312 1 0 0 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 0.00000023 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 109453252 G T - - - - - - 33 0 0 32 0 0 26 3 11.5 57 0 0 41 0 0 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 3 2 2 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.35155914 1.35155914 1 0 0 1 0 NA 0 NA NA 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 0.000298167 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 110292219 T G - - - - - - 38 0 0 26 1 3.8 19 4 21.1 51 0 0 47 13 27.7 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 1 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 2 2 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.399904762 0.399904762 1 2.479817204 2.479817204 1 0 0 1 1.406091371 1.406091371 1 NA NA 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.122190858 1 0.00000228 1 1 1 1.47E-19 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 111099498 A T - - - - - - 31 0 0 34 0 0 20 4 20 39 1 2.6 56 19 33.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 2 2 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 2.350537634 2.350537634 1 0.470444444 0.470444444 1 1.720812183 1.720812183 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 1 1 0.00000284 1 0.177567718 1 6.79E-30 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 113474844 A T - - - - - - 29 0 0 32 2 6.2 27 5 18.5 68 3 4.4 45 3 6.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 2 2 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.65247619 0.65247619 1 2.174247312 2.174247312 1 0.796136752 0.796136752 1 0.340101523 0.340101523 1 NA NA 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.011224977 1 0.00000023 1 0.004916956 1 0.001516071 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 115373554 C T NRAP CCDS7579.1 r.? - - intronic 35 0 0 39 3 7.7 30 5 16.7 62 11 17.7 70 20 28.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 2 2 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.810333333 0.810333333 1 1.962698925 1.962698925 1 3.202641026 1.601320513 2 1.45177665 1.45177665 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000998458 1 0.000000401 1 1.96E-14 1 1.22E-29 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 117350101 A G ATRNL1 CCDS7592.1 r.? - - intronic 41 0 0 33 0 0 22 4 18.2 71 0 0 56 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 3 2 2 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 2.138989247 2.138989247 1 0 0 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 0.00000425 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 118757763 T A KIAA1598 CCDS44482.1 r.? - - intronic 26 0 0 38 3 7.9 23 5 21.7 47 2 4.3 44 7 15.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 2 2 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.831380952 0.831380952 1 2.550333333 1.275166667 2 0.778042735 0.778042735 1 0.807106599 0.807106599 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000925091 1 9.75E-08 1 0.02328732 1 2.55E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 132112175 G C - - - - - - 23 0 0 35 2 5.7 25 3 12 64 3 4.7 50 6 12 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 5 2 2 2 3 1 1 1 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.599857143 0.599857143 1 1.410322581 1.410322581 1 0.850418803 0.850418803 1 0.969137056 0.969137056 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.013332991 1 0.00026475 1 0.004148608 1 0.000000206 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 132323271 G T - - - - - - 29 0 0 33 4 12.1 21 3 14.3 35 0 0 52 6 11.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 5 2 2 2 3 1 1 1 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.273380952 1.273380952 1 1.680634409 1.680634409 1 0 0 1 0.928756345 0.928756345 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.0000228 1 0.000155401 1 1 1 0.000000261 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 5904259 T A OR52E4 CCDS31401.1 r.? - - upstream 33 0 0 43 2 4.7 25 3 12 79 7 8.9 61 8 13.1 0 0 NA 0 0 NA 3 0 0 0 0 NA 1 0 0 TRUE FALSE 3 2 3 2.602433734 3 2 3 2 0 0 0 0 1 1 1 0.397566266 NA NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 0.602433734 0.494619048 0.494619048 1 1.290322581 1.290322581 1 1.610367521 1.610367521 1 0.743893438 0.743893438 1 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 1 0 NA 0 8 NA 1 1 0.019709573 1 0.00026475 1 0.000000165 1 9.09E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 7112597 G A RBMXL2 CCDS7777.1 r.? - - downstream 36 0 0 33 2 6.1 20 6 30 81 3 3.7 53 2 3.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 2 3 2.602433734 3 2 3 2 0 0 0 0 1 1 1 0.397566266 NA NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 0.602433734 0.641952381 0.641952381 1 3.225806452 1.612903226 2 0.669478632 0.669478632 1 0.215785883 0.358190239 0.602433734 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.011909843 1 5.7E-10 1 0.007979008 1 0.029108399 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 9686489 T C SWAP70 CCDS31426.1 r.? - - intronic 27 0 0 29 0 0 24 4 16.7 40 0 0 58 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 2 3 2.602433734 3 2 3 2 0 0 0 0 1 1 1 0.397566266 NA NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 0.602433734 0 0 1 1.795698925 1.795698925 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 9 NA 1 1 1 1 0.00000613 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 11689616 C G - - - - - - 33 0 0 25 1 4 29 4 13.8 76 3 3.9 46 6 13 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 2 3 2.602433734 3 2 3 2 0 0 0 0 1 1 1 0.397566266 NA NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 0.602433734 0.420952381 0.420952381 1 1.483870968 1.483870968 1 0.705666667 0.705666667 1 0.738214863 0.738214863 1 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.117779757 1 0.0000134 1 0.006696581 1 0.000000123 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 21109230 C T NELL1 CCDS7855.1 r.? - - intronic 30 0 0 31 1 3.2 26 4 15.4 64 1 1.6 54 11 20.4 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 2 3 2.602433734 3 2 3 2 0 0 0 0 1 1 1 0.397566266 NA NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 0.602433734 0.336761905 0.336761905 1 1.655913978 1.655913978 1 0.289504274 0.289504274 1 1.158429477 1.158429477 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.143917729 1 0.00000856 1 0.274433592 1 3.84E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 22605660 G C - - - - - - 36 0 0 23 0 0 16 4 25 50 0 0 39 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 2 0 0 TRUE FALSE 3 2 3 2.602433734 3 2 3 2 0 0 0 0 1 1 1 0.397566266 NA NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 0.602433734 0 0 1 2.688172043 1.344086022 2 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 0 0 1 0 NA 0 9 NA 1 1 1 1 0.00000108 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 22801038 G T GAS2 CCDS7858.1 r.? - - intronic 16 0 0 54 2 3.7 14 4 28.6 69 2 2.9 44 8 18.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 2 3 2.602433734 3 2 3 2 0 0 0 0 1 1 1 0.397566266 NA NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 0.602433734 0.389380952 0.389380952 1 3.075268817 1.537634409 2 0.524726496 0.524726496 1 1.033500808 1.033500808 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.030129377 1 0.000000601 1 0.04704084 1 5.9E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 25362519 T A - - - - - - 42 0 0 35 0 0 20 4 20 60 0 0 34 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 2 3 2.602433734 3 2 3 2 0 0 0 0 1 1 1 0.397566266 NA NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 0.602433734 0 0 1 2.150537634 2.150537634 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 9 NA 1 1 1 1 0.00000284 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 25546525 A T - - - - - - 30 0 0 35 0 0 20 4 20 53 0 0 49 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 2 3 2.602433734 3 2 3 2 0 0 0 0 1 1 1 0.397566266 NA NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 0.602433734 0 0 1 2.150537634 2.150537634 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 9 NA 1 1 1 1 0.00000284 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 25760451 A T - - - - - - 38 0 0 30 0 0 22 5 22.7 53 0 0 62 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 2 3 2.602433734 3 2 3 2 0 0 0 0 1 1 1 0.397566266 NA NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 0.602433734 0 0 1 2.440860215 1.220430108 2 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 9 NA 1 1 1 1 7.67E-08 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 26323694 A G - - - - - - 36 0 0 36 2 5.6 21 7 33.3 45 0 0 54 8 14.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 2 3 2.602433734 3 2 3 2 0 0 0 0 1 1 1 0.397566266 NA NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 0.602433734 0.589333333 0.589333333 1 3.580645161 1.790322581 2 0 0 1 0.840429228 0.840429228 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.014070883 1 8.54E-12 1 1 1 3.31E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 27445039 T A LGR4 CCDS31449.1 r.? - - intronic 33 0 0 33 2 6.1 17 4 23.5 54 0 0 47 6 12.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 2 3 2.602433734 3 2 3 2 0 0 0 0 1 1 1 0.397566266 NA NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 0.602433734 0.641952381 0.641952381 1 2.52688172 2.52688172 1 0 0 1 0.726857711 0.726857711 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.011909843 1 0.00000141 1 1 1 0.000000141 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 36413012 G C PRR5L CCDS31463.1 r.? - - intronic 35 0 0 43 0 0 14 3 21.4 67 0 0 53 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 2 3 2.602433734 3 2 3 2 0 0 0 0 1 1 1 0.397566266 NA NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 0.602433734 0 0 1 2.301075269 2.301075269 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 9 NA 1 1 1 1 0.0000437 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 38828757 A T - - - - - - 26 0 0 37 3 8.1 18 3 16.7 73 2 2.7 45 10 22.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 2 3 2.602433734 3 2 3 2 0 0 0 0 1 1 1 0.397566266 NA NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 0.602433734 0.852428571 0.852428571 1 1.795698925 1.795698925 1 0.488538462 0.488538462 1 1.260643842 1.260643842 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000855237 1 0.0000964 1 0.052016623 1 2.66E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 62608947 C T WDR74 CCDS44630.1 r.? - - upstream 34 0 0 30 3 10 21 6 28.6 64 10 15.6 48 6 12.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 TRUE FALSE 5 5 5.962050976 5 5 5 1 5 0 0 0 0 1 1 -3.962050976 1 NA NA 2 NA NA NA 0 NA NA NA 4.962050976 NA 1.252380952 1.252380952 1 3.933268817 0.983317204 4 3.284746619 0.661973574 4.962050976 1.009517766 1.009517766 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 0 0 1 8 NA 1 1 0.000458697 1 7.95E-10 1 1.16E-12 1 0.00000016 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 65785259 C T CATSPER1 CCDS8127.1 r.? - - intronic 28 0 0 26 2 7.7 20 4 20 38 3 7.9 58 7 12.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 5.962050976 5 5 5 1 5 0 0 0 0 1 1 -3.962050976 1 NA NA 2 NA NA NA 0 NA NA NA 4.962050976 NA 0.964333333 0.964333333 1 2.750537634 0.916845878 3 1.663429378 1.663429378 1 0.977213198 0.977213198 1 NA NA 1 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.007502227 1 0.00000284 1 0.000925091 1 1.88E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 81134759 A G - - - - - - 22 0 0 34 1 2.9 17 4 23.5 80 1 1.2 64 9 14.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 FALSE FALSE 3 5 8 3 3 5 7 3 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.305190476 NA 0 3.23188172 1.077293907 3 0.277128205 0.277128205 1 0.856736041 0.856736041 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 1 1 0.156694864 1 0.00000141 1 0.33035218 1 4.2E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 81186600 G C - - - - - - 40 0 0 40 1 2.5 30 4 13.3 62 2 3.2 65 15 23.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 5 8 3 3 5 7 3 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.263095238 NA 0 1.829107527 1.829107527 1 0.739008547 0.739008547 1 1.403588832 1.403588832 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.181679879 1 0.0000154 1 0.038789653 1 5E-21 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 81661169 T G AP002802.1 ENST00000500502 r.? - - intronic 38 0 0 41 3 7.3 35 4 11.4 65 1 1.5 61 8 13.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 5 8 3 3 5 7 3 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.768238095 0.768238095 1 1.567806452 1.567806452 1 0.346410256 0.346410256 1 0.795974619 0.795974619 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.001155993 1 0.0000289 1 0.278061424 1 9.09E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 22 16122011 A C - - - - - - 24 1 4.2 28 6 21.4 13 2 15.4 30 9 30 29 8 27.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.669744295 3 1 4 2 2 1 2 1 1 0 2 0.330255705 1 1 1 2 NA NA NA 2 NA NA NA 0.669744295 NA NA NA 2.395420517 1.197710259 2 1.809913978 1.809913978 1 4.828205128 4.828205128 1 1.953015228 0.976507614 2 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 0.113346489 1 5.36E-09 1 0.001879825 1 2.54E-14 1 1.53E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 86446694 C G - - - - - - 28 0 0 51 0 0 34 4 11.8 83 0 0 113 0 0 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 10 10 15 10 10 10 14 10 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 2.212817204 2.212817204 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 9 NA 1 1 1 1 0.0000257 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 87585280 C G - - - - - - 32 0 0 55 2 3.6 24 3 12.5 75 6 8 122 18 14.8 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 10 10 15 5 10 10 14 5 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.630857143 0.630857143 1 2.344086022 2.344086022 1 2.407521368 0.802507123 3 1.195269036 1.195269036 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.031164417 1 0.000233853 1 0.00000234 1 3.49E-21 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 90887775 C G - - - - - - 17 0 0 37 2 5.4 21 3 14.3 61 2 3.3 48 12 25 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.418850726 5 11 5 4 5 9 5 0 0 2 0 0.581149274 1 1 1 5 NA NA NA 0 NA NA NA 0.418850726 NA NA NA 0.644903653 0.644903653 1 1.966634409 1.966634409 1 0.861102564 0.861102564 1 2.019035533 1.009517766 2 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.014826063 1 0.000155401 1 0.037660755 1 1.44E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 91938982 G T - - - - - - 34 0 0 45 0 0 30 4 13.3 75 0 0 100 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 13 8 7 7 12 8 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 2.095107527 2.095107527 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 9 NA 1 1 1 1 0.0000154 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 99209820 T A - - - - - - 28 0 0 24 1 4.2 15 4 26.7 58 0 0 52 4 7.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 6 3 3 3 5 3 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.442 0.442 1 3.137967742 1.045989247 3 0 0 1 0.467862944 0.467862944 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.113346489 1 0.000000816 1 1 1 0.000139698 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 102265799 G A TMEM123 CCDS41702.1 r.? - - downstream 36 0 0 57 6 10.5 33 5 15.2 66 5 7.6 80 6 7.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 11 11 14 9 11 11 13 9 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.945 1.945 1 3.002408602 1.000802867 3 2.211145299 2.211145299 1 0.90571066 0.90571066 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000000456 1 0.00000066 1 0.0000217 1 0.00000342 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 104023709 C A PDGFD CCDS41703.1 r.? - - intronic 36 0 0 67 1 1.5 38 5 13.2 104 4 3.8 109 5 4.6 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 11 11 14 9 11 11 13 9 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.277857143 0.277857143 1 2.607354839 0.86911828 3 1.10557265 1.10557265 1 0.555502538 0.555502538 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.285262761 1 0.00000137 1 0.001931437 1 0.000237142 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 105666070 A T GRIA4 CCDS41706.1 r.? - - intronic 34 0 0 53 2 3.8 22 3 13.6 85 4 4.7 62 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 5 8 4.463463668 5 5 7 4 0 0 1 0 1 1 1 0.536536332 NA NA NA 5 NA NA NA 0 NA NA NA 0.463463668 0.475904762 0.475904762 1 1.870365591 1.870365591 1 1.085418803 1.085418803 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.029108399 1 0.000179267 1 0.000916711 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 117077586 C T PCSK7 CCDS8382.1 r.? - - intronic 9 0 0 4 1 25 6 4 66.7 5 0 0 11 3 27.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.630952381 2.630952381 1 7.839043011 2.613014337 3 0 0 1 1.658786802 1.658786802 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.019850499 1 9.3E-09 1 1 1 0.00002 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 123783993 T C - - - - - - 41 0 0 43 3 7 13 3 23.1 58 2 3.4 45 8 17.8 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.736666667 0.736666667 1 2.714870968 2.714870968 1 0.615196581 0.615196581 1 1.081553299 1.081553299 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.001328364 1 0.0000344 1 0.034352256 1 7.14E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 124076036 C G - - - - - - 29 0 0 34 10 29.4 17 6 35.3 66 9 13.6 64 28 43.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 3.094 1.031333333 3 4.148698925 1.382899642 3 2.460786325 0.820262108 3 2.661350254 0.887116751 3 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 1.15E-15 1 1.84E-10 1 5.59E-11 1 3.5E-47 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 132299327 G A ENSG00000183715 CCDS8492.1 r.? - - intronic 34 0 0 35 7 20 31 7 22.6 64 8 12.5 64 29 45.3 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 5.109047142 5 5 5 3 5 0 0 0 0 1 1 -1.109047142 1 NA NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 2.109047142 NA 2.504761905 0.834920635 3 3.108107527 1.036035842 3 2.525383029 0.841794343 3 3.658492386 0.914623096 4 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 4.65E-10 1 1.85E-10 1 1.35E-09 1 2.18E-49 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 132443530 A T ENSG00000183715 CCDS8492.1 r.? - - intronic 36 0 0 49 2 4.1 25 4 16 68 1 1.5 92 6 6.5 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 5 5.109047142 5 5 5 3 5 0 0 0 0 1 1 -1.109047142 1 NA NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 2.109047142 NA 0.51347619 0.51347619 1 2.200430108 2.200430108 1 0.303045964 NA 0 0.524949239 0.524949239 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.025168485 1 0.00000727 1 0.288836448 1 0.00000771 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 132488378 A T ENSG00000183715 CCDS8492.1 r.? - - intronic 28 0 0 42 2 4.8 26 4 15.4 64 2 3.1 67 10 14.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 5.109047142 5 5 5 3 5 0 0 0 0 1 1 -1.109047142 1 NA NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 2.109047142 NA 0.601142857 0.601142857 1 2.117913978 2.117913978 1 0.626294991 0.626294991 1 1.203345178 1.203345178 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.018854633 1 0.00000856 1 0.041085601 1 1.87E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 924850 T A WNK1 CCDS8506.1 r.? - - intronic 31 0 0 52 3 5.8 22 3 13.6 74 0 0 53 10 18.9 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 3.557554855 3 3 3 2 1 1 1 1 1 1 1 0.442445145 NA NA NA 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.557554855 0.668380952 0.668380952 1 1.734365591 1.734365591 1 0 0 1 1.253768731 1.253768731 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.002300591 1 0.000179267 1 1 1 1.57E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 6405738 G T - - - - - - 25 0 0 38 3 7.9 24 5 20.8 50 1 2 70 9 12.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 3.557554855 3 3 3 2 1 1 1 1 1 1 1 0.442445145 NA NA NA 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.557554855 0.910380952 0.910380952 1 2.65255914 0.88418638 3 0.381880342 0.381880342 1 0.855746911 0.855746911 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000925091 1 0.000000123 1 0.221687443 1 9.65E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 11266571 A T TAS2R43 ENST00000422992 r.? - - intronic 42 0 0 36 1 2.8 26 3 11.5 71 1 1.4 67 1 1.5 2 0 0 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 4 3.557554855 3 3 3 2 1 1 1 1 1 1 1 0.442445145 NA NA NA 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.557554855 0.322666667 0.322666667 1 1.46655914 1.46655914 1 0.267316239 0.267316239 1 0.099505455 NA 0 NA NA 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.165106833 1 0.000298167 1 0.299450652 1 0.285262761 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 18479719 T C PIK3C2G CCDS44839.1 r.? - - intronic 44 0 0 46 3 6.5 21 4 19 73 0 0 74 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 4 3 3 3 3 2 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.749047619 0.749047619 1 2.423010753 2.423010753 1 0 0 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.001615827 1 0.00000349 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 18662824 A C PIK3C2G CCDS44839.1 r.? - - intronic 31 0 0 45 2 4.4 23 3 13 58 4 6.9 61 12 19.7 754 0 0 427 76 17.8 567 35 6.2 569 27 4.7 588 97 16.5 TRUE TRUE 4 4 4 3 3 3 3 2 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.507047619 0.507047619 1 1.657849462 1.657849462 1 1.317487179 1.317487179 1 1.197 1.197 1 2.051238095 1.025619048 2 0.790666667 0.790666667 1 0.897418803 0.897418803 1 1.002563452 1.002563452 1 8 12 1 1 0.021467209 8.29E-91 0.000205387 1.72E-26 0.000213772 6.54E-18 3.39E-16 5.55E-112 YES 1_1 1_1 1_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b 12 21383489 C A SLCO1B1 CCDS8685.1 r.? - - intronic 34 0 0 33 2 6.1 23 4 17.4 31 3 9.7 50 8 16 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 3 3 3 3 2 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.702952381 0.702952381 1 2.218967742 2.218967742 1 1.852119658 1.852119658 1 0.972182741 0.972182741 1 NA NA 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.011909843 1 0.00000513 1 0.000505952 1 1.74E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 22077629 T A ABCC9 CCDS8693.1 r.? - - intronic 35 0 0 42 0 0 25 5 20 80 0 0 72 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 4 3 3 3 3 2 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 2.550537634 0.850179211 3 0 0 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 0.000000153 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 23654196 G C - - - - - - 40 0 0 40 2 5 32 6 18.8 74 5 6.8 56 7 12.5 0 0 NA 0 0 NA 3 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 3 3 3 3 2 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.576190476 0.576190476 1 2.397505376 1.198752688 2 1.298393162 1.298393162 1 0.759517766 0.759517766 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.017193422 1 1.27E-08 1 0.0000378 1 1.46E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 24217404 T A - - - - - - 39 0 0 42 1 2.4 31 3 9.7 65 0 0 53 11 20.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 3 3 3 3 2 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.276571429 0.276571429 1 1.237010753 1.237010753 1 0 0 1 1.263837563 1.263837563 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.189842622 1 0.000505952 1 1 1 3.07E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 24701342 G C - - - - - - 35 0 0 44 2 4.5 24 3 12.5 66 0 0 57 0 0 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 4 3 3 3 3 2 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.518571429 0.518571429 1 1.594086022 1.594086022 1 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.020580492 1 0.000233853 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 29562726 G T - - - - - - 14 0 0 17 2 11.8 8 3 37.5 36 3 8.3 30 10 33.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 3 3 3 3 2 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.359809524 1.359809524 1 4.782258065 1.594086022 3 1.584803419 1.584803419 1 2.02335533 1.011677665 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.003234386 1 0.00000687 1 0.000788827 1 2.68E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 39599330 G C - - - - - - 36 0 0 21 1 4.8 12 3 25 69 2 2.9 52 11 21.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 4 4 2 4 3 3 1 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.601142857 0.601142857 1 3.188172043 1.062724014 3 0.553726496 0.553726496 1 1.076142132 1.076142132 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.099912572 1 0.0000266 1 0.04704084 1 2.44E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 40075263 C G C12orf40 CCDS41770.1 r.? - - intronic 36 0 0 33 3 9.1 17 3 17.6 61 0 0 54 9 16.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 4 4 3.646893188 4 3 3 3 1 1 1 0 1 1 1 0.353106812 NA NA NA 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.646893188 1.139666667 1.139666667 1 2.244473118 2.244473118 1 0 0 1 1.122746898 1.122746898 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.000609557 1 0.0000807 1 1 1 8.48E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 41182390 A T - - - - - - 32 0 0 55 3 5.5 32 3 9.4 80 5 6.2 48 9 18.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 4 4 3.646893188 4 3 3 3 1 1 1 0 1 1 1 0.353106812 NA NA NA 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.646893188 0.688809524 0.688809524 1 1.198752688 1.198752688 1 1.18382906 1.18382906 1 1.26393064 1.26393064 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.002700822 1 0.000556213 1 0.000055 1 2.75E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 41606410 A G PDZRN4 ENST00000402685 r.? - - intronic 40 0 0 52 2 3.8 34 4 11.8 93 4 4.3 79 8 10.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 4 4 3.646893188 4 3 3 3 1 1 1 0 1 1 1 0.353106812 NA NA NA 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.646893188 0.475904762 0.475904762 1 1.504817204 1.504817204 1 0.821042735 0.821042735 1 0.679026567 0.679026567 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.028101652 1 0.0000257 1 0.001280785 1 7.43E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 43076567 G A - - - - - - 28 0 0 37 1 2.7 22 5 22.7 78 1 1.3 61 5 8.2 303 2 0.7 733 64 8.7 348 35 10.1 802 28 3.5 748 78 10.4 TRUE TRUE 5 4 4 3.646893188 4 3 3 3 1 1 1 0 1 1 1 0.353106812 NA NA NA 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.646893188 0.338142857 0.338142857 1 2.894860215 0.964953405 3 0.248222222 0.248222222 1 0.551288896 0.551288896 1 1.089571429 1.089571429 1 1.288021505 1.288021505 1 0.668290598 0.668290598 1 0.699195673 1.08085181 0.646893188 8 10 1 0.447612164 0.169281299 2.16E-56 7.67E-08 9.43E-34 0.323605141 3.75E-15 0.0000147 2.42E-74 YES 0_1 1_1 0_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b 12 44639433 T A TMEM117 CCDS8745.1 r.? - - intronic 35 0 0 39 3 7.7 30 3 10 60 0 0 48 12 25 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2.857060094 3 3 3 2 1 1 1 0 1 1 1 0.142939906 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.857060094 0.887333333 0.887333333 1 1.275268817 1.275268817 1 0 0 1 1.483300556 1.483300556 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.000998458 1 0.000458697 1 1 1 1.44E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 45097936 A T NELL2 CCDS8746.1 r.? - - intronic 38 0 0 58 3 5.2 23 4 17.4 66 8 12.1 38 4 10.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2.857060094 3 3 3 2 1 1 1 0 1 1 1 0.142939906 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.857060094 0.599238095 0.599238095 1 2.218967742 2.218967742 1 2.310376068 1.155188034 2 0.622986234 0.622986234 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.003141421 1 0.00000513 1 1.73E-09 1 0.0000403 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 58299183 C T - - - - - - 32 0 0 200 6 3 102 6 5.9 202 10 5 472 17 3.6 0 0 NA 1 0 0 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 46 51 57 45 45 49 55 43 1 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.605714286 1.605714286 1 3.525408602 0.881352151 4 3.604700855 0.901175214 4 1.730741117 0.865370558 2 0 NA 0 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000563944 1 0.000014 1 0.000000102 1 5.37E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 63245372 A T PPM1H CCDS44934.1 r.? - - intronic 28 0 0 35 0 0 27 3 11.1 46 0 0 49 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4.46573297 9 2.744665456 3 3 6 2 1 1 3 0 1 0.53426703 1 0.255334544 NA 4 NA 2 NA 1 NA 1 NA 0.46573297 NA 0.744665456 0 0 1 1.467244747 1.467244747 1 0 0 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 0.000334187 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 65000101 T A RASSF3 CCDS8969.1 r.? - - upstream 27 0 0 131 0 0 71 4 5.6 125 0 0 262 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 29 34 36 27 28 32 34 26 1 2 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 2.394150538 2.394150538 1 0 0 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 0.000464961 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 65677060 A G MSRB3 CCDS31853.1 r.? - - intronic 27 0 0 156 1 0.6 78 5 6.4 141 4 2.8 326 7 2.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 29 34 36 27 28 32 34 26 1 2 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.219142857 0.219142857 1 2.736172043 0.912057348 3 1.430632479 1.430632479 1 0.631598985 0.631598985 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.542489994 1 0.0000487 1 0.005731456 1 0.001427579 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 65805285 C G MSRB3 CCDS31853.1 r.? - - intronic 26 0 0 110 1 0.9 55 4 7.3 115 0 0 240 8 3.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 29 34 36 27 28 32 34 26 1 2 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.328714286 0.328714286 1 3.120946237 1.040315412 3 0 0 1 0.99251269 0.99251269 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.423845601 1 0.000173903 1 1 1 0.000034 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 69229910 G A MDM2 CCDS8986.2 r.? - - intronic 28 0 0 38 3 7.9 28 4 14.3 59 0 0 55 10 18.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 5 4 3 3.678122731 4 3 2 2 1 1 1 1 1 1 1 0.321877269 NA NA NA 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.678122731 0.989380952 0.989380952 1 1.823634409 1.823634409 1 0 0 1 1.229276205 1.229276205 1 NA NA 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.000925091 1 0.0000116 1 1 1 2.33E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 74355852 T C - - - - - - 43 0 0 27 1 3.7 21 4 19 67 2 3 41 11 26.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.520801101 4 3 2.579559311 2 3 2 1 1 1 1 1 0.479198899 1 1 0.420440689 3 NA NA 2 1 NA NA 1 0.520801101 NA NA 0.579559311 0.408650593 NA 0 2.423010753 2.423010753 1 0.542820513 0.542820513 1 1.515727987 1.515727987 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.126579904 1 0.00000349 1 0.044622585 1 1.34E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 75165483 T A - - - - - - 39 0 0 27 2 7.4 20 3 15 65 0 0 40 4 10 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.520801101 4 3 2.579559311 2 3 2 1 1 1 1 1 0.479198899 1 1 0.420440689 3 NA NA 2 1 NA NA 1 0.520801101 NA NA 0.579559311 0.817301186 0.817301186 1 1.912903226 1.912903226 1 0 0 1 0.565570144 0.565570144 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.00807567 1 0.0001337 1 1 1 0.0000495 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 82471689 G T - - - - - - 23 0 0 35 4 11.4 22 3 13.6 53 6 11.3 39 7 17.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.520801101 4 3 2.579559311 2 3 2 1 1 1 1 1 0.479198899 1 1 0.420440689 3 NA NA 2 1 NA NA 1 0.520801101 NA NA 0.579559311 1.259085611 1.259085611 1 1.734365591 1.734365591 1 2.044623932 2.044623932 1 1.012370558 1.012370558 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.0000289 1 0.000179267 1 0.000000293 1 1.04E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 83238473 C T TMTC2 CCDS9025.1 r.? - - intronic 35 0 0 38 2 5.3 30 6 20 12 1 8.3 41 3 7.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.520801101 4 3 2.579559311 2 3 2 1 1 1 1 1 0.479198899 1 1 0.420440689 3 NA NA 2 1 NA NA 1 0.520801101 NA NA 0.579559311 0.585364363 0.585364363 1 2.550537634 0.850179211 3 1.501803419 1.501803419 1 0.412866205 0.412866205 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.015598339 1 8.37E-09 1 0.058377193 1 0.001155993 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 90393626 T A - - - - - - 34 0 0 36 2 5.6 15 3 20 69 0 0 64 0 0 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.520801101 4 3 2.579559311 2 3 2 1 1 1 1 1 0.479198899 1 1 0.420440689 3 NA NA 2 1 NA NA 1 0.520801101 NA NA 0.579559311 0.618498195 0.618498195 1 2.550537634 2.550537634 1 0 0 1 0 NA 0 NA NA 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.014070883 1 0.0000544 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 91576003 G C DCN CCDS9039.1 r.? - - intronic 34 0 0 41 4 9.8 27 5 18.5 66 0 0 49 13 26.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.520801101 4 3 2.579559311 2 3 2 1 1 1 1 1 0.479198899 1 1 0.420440689 3 NA NA 2 1 NA NA 1 0.520801101 NA NA 0.579559311 1.082371841 1.082371841 1 2.359247312 1.179623656 2 0 0 1 1.498760882 1.498760882 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.0000546 1 0.00000023 1 1 1 2.71E-19 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 108716749 T C CMKLR1 CCDS44965.1 r.? - - intronic 25 0 0 35 2 5.7 27 5 18.5 54 0 0 51 6 11.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.520801101 4 3 2.579559311 2 3 2 1 1 1 1 1 0.479198899 1 1 0.420440689 3 NA NA 2 1 NA NA 1 0.520801101 NA NA 0.579559311 0.629542806 0.629542806 1 2.359247312 1.179623656 2 0 0 1 0.66737277 0.66737277 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.013332991 1 0.00000023 1 1 1 0.000000232 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 109287368 C T DAO CCDS9122.1 r.? - - intronic 30 0 0 37 1 2.7 31 5 16.1 63 7 11.1 43 10 23.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.520801101 4 3 2.579559311 2 3 2 1 1 1 1 1 0.479198899 1 1 0.420440689 3 NA NA 2 1 NA NA 1 0.520801101 NA NA 0.579559311 0.298204487 NA 0 2.053182796 2.053182796 1 2.008435897 1.004217949 2 1.317778436 1.317778436 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.169281299 1 0.000000476 1 3.38E-08 1 1.61E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 124574680 G C - - - - - - 46 0 0 45 3 6.7 16 3 18.8 36 0 0 58 6 10.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.520801101 4 3 3 2 3 2 2 1 1 1 1 0.479198899 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.520801101 NA NA NA 0.739988912 0.739988912 1 2.397505376 2.397505376 1 0 0 1 0.62584264 0.62584264 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.001516071 1 0.0000667 1 1 1 0.000000506 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 128124354 C T - - - - - - 35 0 0 29 1 3.4 27 5 18.5 60 0 0 58 6 10.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.520801101 4 3 3 2 3 2 2 1 1 1 1 0.479198899 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.520801101 NA NA NA 0.375516761 0.375516761 1 2.359247312 1.179623656 2 0 0 1 0.62584264 0.62584264 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.135292269 1 0.00000023 1 1 1 0.000000506 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 132954328 G A ENSG00000236291 ENST00000446891 r.? - - intronic 16 0 0 17 1 5.9 15 5 33.3 27 0 0 26 3 11.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.520801101 4 3 2.494869248 2 3 2 1 1 1 1 1 0.479198899 1 1 0.505130752 3 NA NA 2 1 NA NA 1 0.520801101 NA NA 0.494869248 0.651632027 0.651632027 1 4.246645161 1.415548387 3 0 0 1 0.640666309 0.640666309 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.081683532 1 0.000000009 1 1 1 0.000298167 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 133744902 C T ZNF268 ENST00000416488 r.? - - intronic 21 0 0 22 3 13.6 19 4 21.1 33 2 6.1 44 9 20.5 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.520801101 4 3 2.494869248 2 3 2 1 1 1 1 1 0.479198899 1 1 0.505130752 3 NA NA 2 1 NA NA 1 0.520801101 NA NA 0.494869248 1.502067045 1.502067045 1 2.690817204 0.896939068 3 1.103735043 1.103735043 1 1.142057333 1.142057333 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000179267 1 0.00000228 1 0.011909843 1 1.18E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 19030487 G T - - - - - - 25 0 0 37 6 16.2 22 6 27.3 58 5 8.6 54 9 16.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 3 2 2 2 2 1 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.542857143 1.542857143 1 2.935483871 1.467741935 2 1.55608547 1.55608547 1 0.847715736 0.847715736 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 3.18E-08 1 1.09E-09 1 0.0000115 1 8.48E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 20267645 G C - - - - - - 28 0 0 44 0 0 29 4 13.8 56 0 0 65 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 3 2 2 2 2 1 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.483870968 1.483870968 1 0 0 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 0.0000134 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 29317496 C G - - - - - - 30 0 0 42 1 2.4 26 5 19.2 56 3 5.4 53 6 11.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 6 4.744409373 4 4 5 3 0 0 1 1 1 1 1 0.255590627 NA NA NA 4 NA NA NA 1 NA NA NA 0.744409373 0.276571429 0.276571429 1 2.448516129 0.816172043 3 1.139076923 1.139076923 1 0.88372232 0.88372232 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.189842622 1 0.000000188 1 0.00284314 1 0.000000293 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 30400729 C G UBL3 CCDS9334.1 r.? - - intronic 26 0 0 49 3 6.1 29 6 20.7 76 2 2.6 73 6 8.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 6 4.744409373 4 4 5 3 0 0 1 1 1 1 1 0.255590627 NA NA NA 4 NA NA NA 1 NA NA NA 0.744409373 0.702952381 0.702952381 1 2.639806452 0.879935484 3 0.548444444 0.548444444 1 0.641285223 0.641285223 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.001939399 1 6.72E-09 1 0.055865747 1 0.000002 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 31068890 C G HMGB1 CCDS9335.1 r.? - - intronic 39 0 0 37 3 8.1 19 3 15.8 60 3 5 58 9 15.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 6 3.531614631 4 4 5 2 0 0 1 1 1 1 1 0.468385369 NA NA NA 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.531614631 0.933428571 0.933428571 1 2.014924731 2.014924731 1 1.054700855 1.054700855 1 1.024202298 1.024202298 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000855237 1 0.000114071 1 0.003458198 1 1.67E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 35184559 A T - - - - - - 36 0 0 35 3 8.6 26 3 11.5 73 5 6.8 53 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 5 2 2 2 3 1 0 0 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.819047619 0.819047619 1 1.23655914 1.23655914 1 1.366393162 1.366393162 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000725791 1 0.000298167 1 0.0000354 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 44011648 G A ENOX1 CCDS9389.1 r.? - - intronic 22 0 0 35 4 11.4 22 6 27.3 67 5 7.5 40 7 17.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 5 2 2 2 3 1 0 0 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.085714286 1.085714286 1 2.935483871 1.467741935 2 1.507051282 1.507051282 1 0.888324873 0.888324873 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.0000289 1 1.09E-09 1 0.0000233 1 1.26E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 53453299 G C - - - - - - 26 0 0 26 1 3.8 17 3 17.6 57 3 5.3 38 7 18.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 1 3 5 2 1 2 3 1 0 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.323904762 NA 0 2.068473118 2.068473118 1 1.064982906 1.064982906 1 0.934010152 0.934010152 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.122190858 1 0.0000807 1 0.002989991 1 8.61E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 54817746 G T - - - - - - 34 0 0 27 3 11.1 25 4 16 68 6 8.8 42 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 3 5 2 1 2 3 1 0 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.946142857 0.946142857 1 1.880430108 1.880430108 1 1.768273504 1.768273504 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 7 NA 1 1 0.000334187 1 0.00000727 1 0.00000131 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 58156192 G T - - - - - - 36 0 0 28 3 10.7 16 4 25 45 0 0 37 13 35.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 3 5 2 1 2 3 1 0 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.912047619 0.912047619 1 2.938172043 1.469086022 2 0 0 1 1.781725888 1.781725888 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000372895 1 0.00000108 1 1 1 3.89E-21 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 61537234 C A - - - - - - 40 0 0 32 1 3.1 28 7 25 70 4 5.7 40 4 10 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 1 3 5 2 1 2 3 1 0 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.264238095 NA 0 2.938172043 1.469086022 2 1.145358974 1.145358974 1 0.507614213 0.507614213 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.14819814 1 8.44E-11 1 0.000440508 1 0.0000495 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 61686896 G A - - - - - - 41 0 0 29 2 6.9 24 4 16.7 72 0 0 40 11 27.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 3 5 2 1 2 3 1 0 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.588142857 0.588142857 1 1.962698925 1.962698925 1 0 0 1 1.395939086 1.395939086 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.009279585 1 0.00000613 1 1 1 9.88E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 62170232 A T - - - - - - 32 0 0 32 2 6.2 23 6 26.1 48 0 0 46 10 21.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 3 5 2 1 2 3 1 0 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.52847619 0.52847619 1 3.067451613 1.533725806 2 0 0 1 1.101522843 1.101522843 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.011224977 1 1.47E-09 1 1 1 3.38E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 68216234 G A - - - - - - 26 0 0 45 3 6.7 19 5 26.3 62 2 3.2 38 7 18.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 3 5 2 1 2 3 1 0 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.571095238 0.571095238 1 3.090956989 1.545478495 2 0.643008547 0.643008547 1 0.934010152 0.934010152 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.001516071 1 3.43E-08 1 0.038789653 1 8.61E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 69390210 A T - - - - - - 30 0 0 32 0 0 25 5 20 75 0 0 42 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 1 3 5 2 1 2 3 1 0 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 2.350537634 1.175268817 2 0 0 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 0.000000153 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 69586016 G T - - - - - - 42 0 0 34 2 5.9 25 4 16 19 0 0 47 10 21.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 3 5 2 1 2 3 1 0 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.502904762 0.502904762 1 1.880430108 1.880430108 1 0 0 1 1.081218274 1.081218274 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.012612579 1 0.00000727 1 1 1 4.27E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 70294356 A T KLHL1 CCDS9445.1 r.? - - intronic 32 0 0 35 3 8.6 27 3 11.1 70 4 5.7 42 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 3 5 2 1 2 3 1 0 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.733047619 0.733047619 1 1.304548387 1.304548387 1 1.145358974 1.145358974 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 7 NA 1 1 0.000725791 1 0.000334187 1 0.000440508 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 70738354 C G - - - - - - 25 0 0 26 0 0 19 3 15.8 60 0 0 37 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 1 3 5 2 1 2 3 1 0 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 1.856924731 1.856924731 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 0.000114071 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 71340686 G T - - - - - - 37 0 0 29 1 3.4 22 4 18.2 65 3 4.6 55 1 1.8 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 1 3 5 2 1 2 3 1 0 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.289809524 NA 0 2.138989247 2.138989247 1 0.924324786 0.924324786 1 0.091370558 0.091370558 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.135292269 1 0.00000425 1 0.004333293 1 0.240951649 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 74057356 C T - - - - - - 34 0 0 53 9 17 20 6 30 79 12 15.2 51 10 19.6 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 3 5 2 1 2 3 1 0 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.449047619 1.449047619 1 3.525806452 1.762903226 2 3.054290598 1.018096866 3 0.994923858 0.994923858 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 7.1E-12 1 5.7E-10 1 9.17E-15 1 1.04E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 77022318 G T - - - - - - 21 0 0 26 0 0 15 3 20 57 0 0 37 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 1 3 5 2 1 2 3 1 0 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 2.350537634 2.350537634 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 0.0000544 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 79351619 T C - - - - - - 38 0 0 19 1 5.3 28 4 14.3 63 1 1.6 37 4 10.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 1 3 5 2 1 2 3 1 0 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.451761905 NA 0 1.680634409 1.680634409 1 0.321504274 0.321504274 1 0.54822335 0.54822335 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.090843738 1 0.0000116 1 0.27078753 1 0.0000362 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 79991516 C G - - - - - - 27 0 0 46 1 2.2 23 7 30.4 93 3 3.2 61 10 16.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 1 3 5 2 1 2 3 1 0 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.18752381 NA 0 3.572817204 1.786408602 2 0.643008547 0.643008547 1 0.83248731 0.83248731 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.205924651 1 1.79E-11 1 0.011611924 1 6.98E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 84798792 C T - - - - - - 33 0 0 24 2 8.3 24 4 16.7 55 0 0 35 5 14.3 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 3 5 2 1 2 3 1 0 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.70747619 0.70747619 1 1.962698925 1.962698925 1 0 0 1 0.725888325 0.725888325 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.006413403 1 0.00000613 1 1 1 0.000000895 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 85370855 G C - - - - - - 38 0 0 35 2 5.7 23 3 13 54 0 0 59 0 0 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 3 5 2 1 2 3 1 0 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.485857143 0.485857143 1 1.527849462 1.527849462 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 9 NA 1 1 0.013332991 1 0.000205387 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 87245232 G C - - - - - - 21 0 0 35 2 5.7 22 3 13.6 63 0 0 38 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 TRUE FALSE 1 3 5 2 1 2 3 1 0 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.485857143 0.485857143 1 1.598365591 1.598365591 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 0 0 1 9 NA 1 1 0.013332991 1 0.000179267 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 88650756 C G - - - - - - 36 0 0 39 3 7.7 26 4 15.4 56 1 1.8 42 8 19 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 3 5 2 1 2 3 1 0 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.656333333 0.656333333 1 1.809913978 1.809913978 1 0.361692308 0.361692308 1 0.964467005 0.964467005 1 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000998458 1 0.00000856 1 0.244746891 1 3.96E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 88816072 G T - - - - - - 31 0 0 33 3 9.1 20 3 15 47 0 0 54 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 3 5 2 1 2 3 1 0 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.775666667 0.775666667 1 1.762903226 1.762903226 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 9 NA 1 1 0.000609557 1 0.0001337 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 90814438 T C - - - - - - 31 0 0 38 2 5.3 20 5 25 68 0 0 41 6 14.6 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 3 5 2 1 2 3 1 0 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.451761905 0.451761905 1 2.938172043 1.469086022 2 0 0 1 0.741116751 0.741116751 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.015598339 1 4.55E-08 1 1 1 6.05E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 91162254 T C - - - - - - 51 0 0 41 0 0 29 6 20.7 72 0 0 42 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 1 3 5 2 1 2 3 1 0 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 2.432806452 1.216403226 2 0 0 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 6.72E-09 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 91701066 G C - - - - - - 45 0 0 37 3 8.1 18 4 22.2 69 0 0 44 7 15.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 3 5 2 1 2 3 1 0 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.690428571 0.690428571 1 2.609096774 1.304548387 2 0 0 1 0.807106599 0.807106599 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.000855237 1 0.00000181 1 1 1 2.55E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 92996591 C G GPC5 CCDS9468.1 r.? - - intronic 30 0 0 32 1 3.1 19 4 21.1 61 4 6.6 45 8 17.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 1 3 5 2 1 2 3 1 0 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.264238095 NA 0 2.479817204 2.479817204 1 1.326205128 1.326205128 1 0.903553299 0.903553299 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.14819814 1 0.00000228 1 0.000259828 1 7.14E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 93313504 G A GPC5 CCDS9468.1 r.? - - intronic 35 0 0 39 4 10.3 22 4 18.2 72 3 4.2 38 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 3 5 2 1 2 3 1 0 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.877952381 0.877952381 1 2.138989247 2.138989247 1 0.843948718 0.843948718 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 7 NA 1 1 0.0000447 1 0.00000425 1 0.00576558 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 93668082 T C - - - - - - 31 0 0 38 4 10.5 30 4 13.3 83 0 0 37 0 0 0 0 NA 2 0 0 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 3 5 2 1 2 3 1 0 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.895 0.895 1 1.563107527 1.563107527 1 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 9 NA 1 1 0.0000403 1 0.0000154 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 94665834 C A GPC6 CCDS9469.1 r.? - - intronic 31 0 0 50 1 2 24 5 20.8 46 0 0 75 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6.497293661 6 8 5 5 5 6 4 1 1 2 1 0.502706339 1 1 1 6 NA NA NA 1 NA NA NA 0.497293661 NA NA NA 0.280422064 0.280422064 1 3.06855914 1.022853047 3 0 0 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.221687443 1 0.000000123 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 101644694 G A - - - - - - 23 0 0 38 2 5.3 20 4 20 41 5 12.2 46 7 15.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 1 2 2 2 1 1 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.557761905 0.557761905 1 2.350537634 2.350537634 1 1.963470085 1.963470085 1 0.771573604 0.771573604 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.015598339 1 0.00000284 1 0.00000202 1 3.53E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 106659439 G C - - - - - - 34 0 0 41 0 0 18 3 16.7 75 0 0 49 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 1 2 2 2 1 1 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.962698925 1.962698925 1 0 NA 0 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 0.0000964 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 107398691 C A - - - - - - 33 0 0 45 3 6.7 21 4 19 67 5 7.5 46 10 21.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 1 2 2 2 1 1 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.705095238 0.705095238 1 2.233010753 2.233010753 1 1.207051282 1.207051282 1 1.101522843 1.101522843 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.001516071 1 0.00000349 1 0.0000233 1 3.38E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 14 27502424 T A - - - - - - 28 0 0 31 2 6.5 22 3 13.6 68 2 2.9 41 6 14.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2.441693483 2.327209417 4 2 2 2 3 2 0 0 1 0 0.558306517 0.672790583 1 1 3 3 NA NA 0 0 NA NA 0.441693483 0.327209417 NA NA 0.647757695 0.647757695 1 1.506866072 1.506866072 1 0.553726496 0.553726496 1 0.741116751 0.741116751 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.010558179 1 0.000179267 1 0.045825786 1 6.05E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 14 34052827 C A NPAS3 CCDS9645.1 r.? - - intronic 27 0 0 28 2 7.1 18 3 16.7 55 0 0 65 0 0 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 3.627292353 4 3.666497513 3 2 3 2 1 1 1 1 1 0.372707647 1 0.333502487 NA 3 NA 3 NA 1 NA 1 NA 0.627292353 NA 0.666497513 0.818190476 0.818190476 1 2.067456748 2.067456748 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 9 NA 1 1 0.008668191 1 0.0000964 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 14 34452849 T G EGLN3 ENST00000487915 r.? - - intronic 26 0 0 40 0 0 28 3 10.7 53 0 0 61 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 3.627292353 4 3.666497513 3 2 3 2 1 1 1 1 1 0.372707647 1 0.333502487 NA 3 NA 3 NA 1 NA 1 NA 0.627292353 NA 0.666497513 0 0 1 1.324657916 1.324657916 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 9 NA 1 1 1 1 0.000372895 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 14 35973738 C G - - - - - - 29 0 0 33 0 0 20 3 15 66 2 3 46 7 15.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 3.627292353 4 3.666497513 3 2 3 2 1 1 1 1 1 0.372707647 1 0.333502487 NA 3 NA 3 NA 1 NA 1 NA 0.627292353 NA 0.666497513 0 0 1 1.856997079 1.856997079 1 0.572820513 0.572820513 1 1.024881226 1.024881226 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 1 1 0.0001337 1 0.043431387 1 3.53E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 14 40785637 A T - - - - - - 29 0 0 44 1 2.3 20 5 25 97 1 1 68 12 17.6 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 3.627292353 4 3.666497513 3 2 3 2 1 1 1 1 1 0.372707647 1 0.333502487 NA 3 NA 3 NA 1 NA 1 NA 0.627292353 NA 0.666497513 0.265047619 0.265047619 1 3.094995131 1.178017029 2.627292353 0.190940171 0.190940171 1 1.186704578 1.186704578 1 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.197923942 1 4.55E-08 1 0.385051378 1 1.37E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 14 41557493 G T - - - - - - 26 0 0 28 0 0 17 3 17.6 79 0 0 68 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 3.627292353 4 3.666497513 3 2 3 2 1 1 1 1 1 0.372707647 1 0.333502487 NA 3 NA 3 NA 1 NA 1 NA 0.627292353 NA 0.666497513 0 0 1 2.178876572 2.178876572 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 9 NA 1 1 1 1 0.0000807 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 14 41688451 G A - - - - - - 31 0 0 42 2 4.8 26 5 19.2 66 4 6.1 65 11 16.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 3.627292353 4 3.666497513 3 2 3 2 1 1 1 1 1 0.372707647 1 0.333502487 NA 3 NA 3 NA 1 NA 1 NA 0.627292353 NA 0.666497513 0.553142857 0.553142857 1 2.376956261 0.904717078 2.627292353 1.164735043 1.164735043 1 1.1395061 1.1395061 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.018854633 1 0.000000188 1 0.000351793 1 3.41E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 14 42689746 C G - - - - - - 28 0 0 34 3 8.8 23 3 13 81 3 3.7 53 9 17 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 3 4 2.675106606 4 3 3 2 1 0 1 0 1 1 1 0.324893394 NA NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 0.675106606 1.102095238 1.102095238 1 1.527849462 1.527849462 1 0.706478632 0.706478632 1 0.977712286 0.977712286 1 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000666058 1 0.000205387 1 0.007979008 1 7.1E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 14 47055362 C T - - - - - - 38 0 0 43 2 4.7 25 4 16 26 4 15.4 44 10 22.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 3 4 2.675106606 4 3 3 2 1 0 1 0 1 1 1 0.324893394 NA NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 0.675106606 0.588619048 0.588619048 1 1.880430108 1.880430108 1 2.940478632 0.980159544 3 1.305533464 1.305533464 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.019709573 1 0.00000727 1 0.00000856 1 2.08E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 14 53535107 C T DDHD1 CCDS9714.1 r.? - - intronic 26 0 0 42 3 7.1 28 5 17.9 74 0 0 71 6 8.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 8.495428598 4 5 4 5 3 3 3 3 1 2 1 0.504571402 1 1 NA 6 NA NA NA 3 NA NA NA 0.495428598 NA NA 1.031190476 1.031190476 1 3.087412902 1.029137634 3 0 NA 0 0.686472081 0.686472081 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.001240292 1 0.000000279 1 1 1 0.00000169 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 14 53961021 A C - - - - - - 31 0 0 39 4 10.3 22 3 13.6 71 3 4.2 86 8 9.3 15 0 0 61 2 3.3 25 4 16 45 0 0 56 7 12.5 TRUE FALSE 7 8.495428598 4 5 4 5 3 3 3 3 1 2 1 0.504571402 1 1 NA 6 NA NA NA 3 NA NA NA 0.495428598 NA NA 1.495952381 1.495952381 1 2.345743881 2.345743881 1 0.801948718 0.801948718 1 0.751081218 0.751081218 1 0.479285714 0.479285714 1 2.759698683 0.919899561 3 0 NA 0 1.009517766 1.009517766 1 8 NA 1 1 0.0000447 0.037660755 0.000179267 0.00000727 0.00554578 1 1.47E-08 1.46E-08 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 14 60993179 C G - - - - - - 30 0 0 29 3 10.3 21 4 19 61 4 6.6 55 9 16.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.083952381 1.083952381 1 2.233010753 2.233010753 1 1.194205128 1.194205128 1 0.99648731 0.99648731 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000414371 1 0.00000349 1 0.000259828 1 1.01E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 14 60998593 A T - - - - - - 32 0 0 34 1 2.9 19 3 15.8 67 3 4.5 61 7 11.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.305190476 0.305190476 1 1.856924731 1.856924731 1 0.814230769 0.814230769 1 0.698756345 0.698756345 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.156694864 1 0.000114071 1 0.004717431 1 2.69E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 14 70698020 C T - - - - - - 25 0 0 26 2 7.7 26 6 23.1 54 2 3.7 50 9 18 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.810333333 0.810333333 1 2.714870968 0.904956989 3 0.669478632 0.669478632 1 1.093705584 1.093705584 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.007502227 1 3.3E-09 1 0.030129377 1 4.07E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 14 79986547 C T NRXN3 CCDS45145.1 r.? - - intronic 40 0 0 40 0 0 30 4 13.3 59 0 0 62 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.563107527 1.563107527 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 9 NA 1 1 1 1 0.0000154 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 14 83106892 C T - - - - - - 31 0 0 37 4 10.8 22 4 18.2 70 0 0 61 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.136571429 1.136571429 1 2.138989247 2.138989247 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 9 NA 1 1 0.0000362 1 0.00000425 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 14 83736825 C T - - - - - - 27 0 0 39 3 7.7 23 4 17.4 77 1 1.3 54 10 18.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.810333333 0.810333333 1 2.044967742 2.044967742 1 0.235222222 0.235222222 1 1.124086294 1.124086294 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000998458 1 0.00000513 1 0.320206172 1 1.91E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 14 84562042 C T - - - - - - 36 0 0 40 4 10 21 5 23.8 59 3 5.1 51 8 15.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.052380952 1.052380952 1 2.797139785 0.932379928 3 0.922794872 0.922794872 1 0.953954315 0.953954315 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.0000495 1 5.95E-08 1 0.003297476 1 2.05E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 14 90097357 C T - - - - - - 32 0 0 29 0 0 27 4 14.8 54 0 0 51 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.739397849 1.739397849 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 9 NA 1 1 1 1 0.00001 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 14 90570683 T C KCNK13 CCDS9889.1 r.? - - intronic 29 0 0 31 3 9.7 20 4 20 71 0 0 44 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 1 0 0 TRUE FALSE 3 3 3 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.020809524 1.020809524 1 2.350537634 2.350537634 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 0 0 1 0 0 1 9 NA 1 1 0.000505952 1 0.00000284 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 14 96298112 G A - - - - - - 23 0 0 38 4 10.5 21 4 19 27 0 0 45 11 24.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.105 1.105 1 2.233010753 2.233010753 1 0 0 1 1.48257868 1.48257868 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.0000403 1 0.00000349 1 1 1 4.24E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 14 97243126 G A - - - - - - 22 0 0 30 0 0 23 4 17.4 33 0 0 44 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 2.044967742 2.044967742 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 9 NA 1 1 1 1 0.00000513 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 14 102727543 G A RAGE CCDS9971.1 r.? - - intronic 19 0 0 22 5 22.7 10 3 30 18 3 16.7 36 10 27.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.388904762 1.194452381 2 3.525806452 1.175268817 3 3.021700855 3.021700855 1 1.689167513 1.689167513 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 7.67E-08 1 0.0000146 1 0.0000964 1 2.21E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 14 103368243 A T TRAF3 CCDS9975.1 r.? - - intronic 30 0 0 38 3 7.9 18 3 16.7 29 2 6.9 48 8 16.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.831380952 0.831380952 1 1.962698925 1.962698925 1 1.248487179 1.248487179 1 1.014715736 1.014715736 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000925091 1 0.0000964 1 0.009279585 1 1.23E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 14 106136022 G A - - - - - - 34 0 0 24 2 8.3 15 4 26.7 8 0 0 45 12 26.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.87347619 0.87347619 1 3.137967742 1.045989247 3 0 0 1 1.622329949 0.811164975 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.006413403 1 0.000000816 1 1 1 6.03E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 14 106203818 C G - - - - - - 26 0 0 28 2 7.1 18 3 16.7 4 0 0 46 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.747190476 0.747190476 1 1.962698925 1.962698925 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 9 NA 1 1 0.008668191 1 0.0000964 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 15 20726255 A C - - - - - - 16 0 0 14 0 0 11 4 36.4 10 0 0 13 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 1.734056601 1.741398377 1.412835139 2.655481338 1 1 1 1 0 0 0 1 0.265943399 0.258601623 0.587164861 0.344518662 1 1 2 2 1 1 0 1 0.734056601 0.741398377 0.412835139 0.655481338 0 NA 0 3.819847504 3.819847504 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 0.000000201 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 15 28267309 G A OCA2 CCDS10020.1 r.? - - intronic 32 0 0 28 0 0 19 4 21.1 34 0 0 54 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 1 3 1 1 1 2 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 2.268817204 2.268817204 1 0 NA 0 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 0.00000228 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 15 32383621 T G CHRNA7 CCDS10027.1 r.? - - intronic 38 0 0 31 1 3.2 21 3 14.3 73 6 8.2 52 8 15.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 1 3 1 1 1 2 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.304761905 0.304761905 1 1.537634409 1.537634409 1 1.319709402 1.319709402 1 0.935725888 0.935725888 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.143917729 1 0.000155401 1 0.000002 1 2.42E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 15 35927901 C T AC068867.1 ENST00000501169 r.? - - intronic 32 0 0 31 0 0 22 4 18.2 67 0 0 52 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 1 3 1 1 1 2 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.956989247 1.956989247 1 0 NA 0 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 0.00000425 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 15 42945362 G A STARD9 ENST00000290607 r.? - - intronic 32 0 0 40 5 12.5 21 4 19 60 1 1.7 65 13 20 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 1 3 1 1 1 2 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.19047619 1.19047619 1 2.043010753 2.043010753 1 0.273598291 NA 0 1.215228426 1.215228426 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.00000178 1 0.00000349 1 0.259739042 1 1.57E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 15 47109729 C G - - - - - - 26 0 0 39 3 7.7 19 3 15.8 68 0 0 48 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 1 3 1 1 1 2 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.733333333 0.733333333 1 1.698924731 1.698924731 1 0 NA 0 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.000998458 1 0.000114071 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 15 47442083 C T - - - - - - 35 0 0 36 2 5.6 19 4 21.1 80 0 0 64 8 12.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 1 3 1 1 1 2 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.533333333 0.533333333 1 2.268817204 2.268817204 1 0 NA 0 0.759517766 0.759517766 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.014070883 1 0.00000228 1 1 1 1.35E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 15 51332493 A T - - - - - - 32 0 0 40 3 7.5 17 3 17.6 47 3 6.4 59 9 15.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 1 3 1 1 1 2 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.714285714 0.714285714 1 1.892473118 1.892473118 1 1.030017094 1.030017094 1 0.929649746 0.929649746 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.001075403 1 0.0000807 1 0.001719595 1 1.96E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 15 58293897 C A ALDH1A2 CCDS10163.1 r.? - - intronic 27 0 0 33 0 0 18 3 16.7 65 0 0 42 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 1 3 1 1 1 2 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.795698925 1.795698925 1 0 NA 0 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 0.0000964 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 15 64481233 G T CSNK1G1 CCDS10192.2 r.? - - intronic 26 0 0 30 0 0 18 3 16.7 27 0 0 47 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 1 3 1 1 1 2 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.795698925 1.795698925 1 0 NA 0 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 0.0000964 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 15 77091345 A G SCAPER ENST00000303521 r.? - - intronic 33 0 0 32 2 6.2 30 5 16.7 64 0 0 57 11 19.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 1 3 1 1 1 2 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.59047619 0.59047619 1 1.795698925 1.795698925 1 0 NA 0 1.172695431 1.172695431 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.011224977 1 0.000000401 1 1 1 7.29E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 15 85110879 G T - - - - - - 36 0 0 39 5 12.8 19 6 31.6 68 4 5.9 67 14 20.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 1 3 1 1 1 2 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.219047619 1.219047619 1 3.397849462 3.397849462 1 0.949547009 0.949547009 1 1.269913706 1.269913706 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.00000156 1 4.01E-10 1 0.000394372 1 4.66E-19 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 15 98527532 A G - - - - - - 33 0 0 57 3 5.3 37 4 10.8 76 0 0 105 10 9.5 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 TRUE FALSE 11 7 11 10 8 5 8 7 3 2 3 3 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.981761905 0.981761905 1 1.701290323 1.701290323 1 0 0 1 1.242233503 1.242233503 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 0 NA 0 6 NA 1 1 0.002989991 1 0.0000362 1 1 1 1.83E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 15 98892896 G T - - - - - - 48 0 0 69 0 0 34 4 11.8 79 0 0 144 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 11 7 11 10 8 5 8 7 3 2 3 3 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.858817204 1.858817204 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 9 NA 1 1 1 1 0.0000257 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 15 102100351 A C - - - - - - 27 0 0 77 1 1.3 45 6 13.3 96 3 3.1 192 12 6.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 17 14 7 13 14 11 7 10 3 3 0 3 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.318809524 0.318809524 1 3.026107527 1.008702509 3 0.68491453 0.68491453 1 0.996720812 0.996720812 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.320206172 1 0.000000108 1 0.012645497 1 3.93E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 426147 G A TMEM8A CCDS10407.1 r.1374c>u c.1213C>T p.R405W missense 21 0 0 21 3 14.3 6 3 50 7 0 0 56 17 30.4 3 0 0 5 2 40 0 0 NA 2 0 0 8 0 0 FALSE FALSE 2 2 2.511005044 2 2 2 0 2 0 0 0 0 1 1 -1.511005044 1 NA NA 1 NA NA NA 0 NA NA NA 2.511005044 NA 1.361904762 1.361904762 1 5.376344086 2.688172043 2 0 NA 0 1.543147208 0.771573604 2 3.80952381 3.80952381 1 NA NA 1 0 NA 0 0 0 1 NA NA 1 1 0.000155401 0.000247509 0.00000247 1 1 1 6.22E-26 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 8197531 C A - - - - - - 24 0 0 35 3 8.6 16 3 18.8 32 5 15.6 29 16 55.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 2.511005044 2 2 2 0 2 0 0 0 0 1 1 -1.511005044 1 NA NA 1 NA NA NA 0 NA NA NA 2.511005044 NA 0.819047619 0.819047619 1 2.021505376 2.021505376 1 2.746383454 1.093738724 2.511005044 2.802030457 1.401015228 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000725791 1 0.0000667 1 0.000000562 1 9.74E-30 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 32412346 T C - - - - - - 56 0 0 60 2 3.3 33 5 15.2 92 0 0 100 5 5 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 TRUE FALSE 2 4.612074137 3 4.243070489 2 2 3 3 0 2 0 1 1 0.387925863 1 0.756929511 NA 3 NA 3 NA 2 NA 2 NA 0.612074137 NA 0.243070489 0.314285714 0.314285714 1 2.031443871 2.031443871 1 0 0 1 0.365960631 1.505574093 0.243070489 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 0 NA 0 6 NA 1 1 0.036544784 1 0.00000066 1 1 1 0.000158599 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 48892321 C G - - - - - - 36 0 0 33 1 3 24 3 12.5 87 0 0 62 0 0 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4.612074137 2 4.243070489 2 2 1 3 2 2 1 1 1 0.387925863 1 0.756929511 NA 3 NA 3 NA 2 NA 2 NA 0.612074137 NA 0.243070489 0.345714286 0.345714286 1 1.670595289 1.670595289 1 0 NA 0 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.15245715 1 0.000233853 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 53600352 T A - - - - - - 34 0 0 24 1 4.2 25 4 16 64 2 3.1 64 9 14.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4.612074137 2 4.243070489 2 2 1 3 2 2 1 1 1 0.387925863 1 0.756929511 NA 3 NA 3 NA 2 NA 2 NA 0.612074137 NA 0.243070489 0.484 0.484 1 2.138361969 2.138361969 1 0.52991453 0.52991453 1 1.03200898 1.03200898 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.113346489 1 0.00000727 1 0.041085601 1 4.2E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 58350733 C T - - - - - - 22 0 0 51 3 5.9 40 8 20 58 2 3.4 60 4 6.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4.612074137 2 4.243070489 2 2 1 3 2 2 1 1 1 0.387925863 1 0.756929511 NA 3 NA 3 NA 2 NA 2 NA 0.612074137 NA 0.243070489 0.679904762 0.679904762 1 2.672952462 1.023306507 2.612074137 0.581196581 0.581196581 1 0.490387246 0.490387246 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.002175924 1 2.61E-11 1 0.034352256 1 0.000243755 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 60440071 G T - - - - - - 28 0 0 22 3 13.6 7 3 42.9 56 4 7.1 62 8 12.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4.612074137 2 4.243070489 2 2 1 3 2 2 1 1 1 0.387925863 1 0.756929511 NA 3 NA 3 NA 2 NA 2 NA 0.612074137 NA 0.243070489 1.567238095 1.567238095 1 5.733483031 2.194992458 2.612074137 1.213675214 1.213675214 1 0.944178428 0.944178428 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000179267 1 0.00000431 1 0.000186538 1 1.04E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 63292454 G A - - - - - - 30 0 0 35 3 8.6 26 5 19.2 61 4 6.6 69 13 18.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 4 4.612074137 2 4.243070489 2 2 1 3 2 2 1 1 1 0.387925863 1 0.756929511 NA 3 NA 3 NA 2 NA 2 NA 0.612074137 NA 0.243070489 0.991047619 0.991047619 1 2.566034363 0.982374247 2.612074137 1.128205128 1.128205128 1 1.376011973 1.376011973 1 NA NA 1 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000725791 1 0.000000188 1 0.000259828 1 3.64E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 64715614 A C - - - - - - 36 0 0 48 5 10.4 28 3 10.7 87 1 1.1 77 12 15.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA FALSE FALSE 4 4.612074137 2 4.243070489 2 2 1 3 2 2 1 1 1 0.387925863 1 0.756929511 NA 3 NA 3 NA 2 NA 2 NA 0.612074137 NA 0.243070489 1.19847619 1.19847619 1 1.430029567 1.430029567 1 0.188034188 NA 0 1.141797169 1.141797169 1 NA NA 1 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.00000447 1 0.000372895 1 0.353441203 1 6.64E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 70729365 C T VAC14 CCDS10896.1 r.? - - intronic 20 0 0 36 0 0 23 4 17.4 20 0 0 66 5 7.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4.612074137 2 4.243070489 2 2 1 3 2 2 1 1 1 0.387925863 1 0.756929511 NA 3 NA 3 NA 2 NA 2 NA 0.612074137 NA 0.243070489 0 0 1 2.325468642 2.325468642 1 0 NA 0 0.556260159 0.556260159 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 0.00000513 1 1 1 0.0000217 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 73821059 G C - - - - - - 30 0 0 38 4 10.5 15 3 20 62 6 9.7 53 9 17 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4.612074137 2 4.243070489 2 2 1 3 2 2 1 1 1 0.387925863 1 0.756929511 NA 3 NA 3 NA 2 NA 2 NA 0.612074137 NA 0.243070489 1.21 1.21 1 2.672952462 2.672952462 1 1.658119658 1.658119658 1 1.244266146 1.244266146 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.0000403 1 0.0000544 1 0.000000756 1 7.1E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 75420225 A T CFDP1 CCDS10916.1 r.? - - intronic 41 0 0 35 0 0 29 4 13.8 49 0 0 72 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4.612074137 2 4.243070489 2 2 1 3 2 2 1 1 1 0.387925863 1 0.756929511 NA 3 NA 3 NA 2 NA 2 NA 0.612074137 NA 0.243070489 0 0 1 1.844337199 1.844337199 1 0 NA 0 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 0.0000134 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 78470460 A G WWOX CCDS42196.1 r.? - - intronic 34 0 0 41 3 7.3 23 5 21.7 56 6 10.7 63 12 19 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4.612074137 2 4.243070489 2 2 1 3 2 2 1 1 1 0.387925863 1 0.756929511 NA 3 NA 3 NA 2 NA 2 NA 0.612074137 NA 0.243070489 0.841238095 0.841238095 1 2.900153421 1.11028756 2.612074137 1.829059829 1.829059829 1 1.390650398 1.390650398 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.001155993 1 9.75E-08 1 0.000000409 1 5.15E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 78645276 G T WWOX CCDS42196.1 r.? - - intronic 29 0 0 46 0 0 21 4 19 74 0 0 78 11 14.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4.612074137 2 4.243070489 2 2 1 3 2 2 1 1 1 0.387925863 1 0.756929511 NA 3 NA 3 NA 2 NA 2 NA 0.612074137 NA 0.243070489 0 0 1 2.539304839 2.539304839 1 0 NA 0 1.03200898 1.03200898 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 0.00000349 1 1 1 2.79E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 82907849 C T CDH13 ENST00000268613 r.? - - intronic 41 0 0 32 1 3.1 25 5 20 64 6 9.4 72 9 12.5 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4.612074137 2 4.243070489 2 2 1 3 2 2 1 1 1 0.387925863 1 0.756929511 NA 3 NA 3 NA 2 NA 2 NA 0.612074137 NA 0.243070489 0.357238095 0.357238095 1 2.672952462 1.023306507 2.612074137 1.606837607 1.606837607 1 0.914901578 0.914901578 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.14819814 1 0.000000153 1 0.000000914 1 1.25E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 17 795503 A T NXN CCDS10998.1 r.? - - intronic 30 0 0 34 0 0 16 3 18.8 54 0 0 54 1 1.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 3.076300547 3 4 4 0 3 0 0 0 0 1 1 -2.076300547 1 NA NA 1 NA NA NA 0 NA NA NA 3.076300547 NA 0 0 1 2.397505376 2.397505376 1 0 NA 0 0.115446701 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 0.0000667 1 1 1 0.237137336 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 17 2598601 G C KIAA0664 CCDS45572.1 r.? - - intronic 32 0 0 23 0 0 16 3 18.8 7 0 0 60 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 3.076300547 3 4 4 0 3 0 0 0 0 1 1 -2.076300547 1 NA NA 1 NA NA NA 0 NA NA NA 3.076300547 NA 0 0 1 2.397505376 2.397505376 1 0 NA 0 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 0.0000667 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 17 11822608 C G DNAH9 CCDS11160.1 r.? - - intronic 38 0 0 41 2 4.9 24 3 12.5 30 0 0 41 4 9.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2.253441505 2 3.076300547 1.676536531 2 2 0 1 0 0 0 0 0.746558495 1 -2.076300547 0.323463469 3 NA 1 2 0 NA 0 0 0.253441505 NA 3.076300547 0.676536531 0.4790853 0.4790853 1 1.344086022 1.344086022 1 0 NA 0 0.465762509 0.465762509 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.018015855 1 0.000233853 1 1 1 0.0000546 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 17 14395174 G C - - - - - - 41 0 0 58 3 5.2 24 3 12.5 82 4 4.9 83 7 8.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 7 7 7 7 7 7 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.755238095 0.755238095 1 1.969086022 1.969086022 1 1.082606838 1.082606838 1 0.846395939 0.846395939 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.003141421 1 0.000233853 1 0.000801325 1 0.000000233 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 17 14570774 T C - - - - - - 45 0 0 32 2 6.2 31 5 16.1 80 0 0 76 0 0 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 7 7 7 7 7 7 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.90047619 0.90047619 1 2.536182796 0.845394265 3 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 9 NA 1 1 0.011224977 1 0.000000476 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 17 15777869 G A - - - - - - 20 0 0 55 3 5.5 36 5 13.9 79 4 5.1 125 19 15.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 7 7 7 7 7 7 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.798809524 0.798809524 1 2.189623656 2.189623656 1 1.126794872 1.126794872 1 1.531573604 0.765786802 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.002700822 1 0.00000104 1 0.000696582 1 1.56E-22 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 17 42496939 C G GPATCH8 CCDS32666.1 r.? - - intronic 34 0 0 58 4 6.9 25 3 12 67 8 11.9 58 8 13.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 5.201412077 3.652405047 4 4 3 3 0 0 0 0 1 1 -1.201412077 0.347594953 NA NA 4 4 NA NA 0 0 NA NA 2.201412077 0.652405047 0.795142857 0.795142857 1 1.530322581 1.530322581 1 2.415156071 1.097094041 2.201412077 0.928539511 0.928539511 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000213772 1 0.00026475 1 1.96E-09 1 5.99E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 17 54325755 T C ANKFN1 CCDS32686.1 r.? - - intronic 33 0 0 39 3 7.7 20 4 20 84 3 3.6 49 5 10.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 5.201412077 3.644488395 4 4 3 3 0 0 0 0 1 1 -1.201412077 0.355511605 NA NA 4 4 NA NA 0 0 NA NA 2.201412077 0.644488395 0.887333333 0.887333333 1 2.550537634 2.550537634 1 0.73063545 0.73063545 1 0.685504314 0.685504314 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000998458 1 0.00000284 1 0.008812993 1 0.00000496 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 17 58866657 C G BCAS3 CCDS45749.1 r.? - - intronic 25 0 0 40 4 10 28 4 14.3 76 4 5.3 65 10 15.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 5.201412077 3.644488395 4 4 3 3 0 0 0 0 1 1 -1.201412077 0.355511605 NA NA 4 4 NA NA 0 0 NA NA 2.201412077 0.644488395 1.152380952 1.152380952 1 1.823634409 1.823634409 1 1.075657746 1.075657746 1 1.034977101 1.034977101 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.0000495 1 0.0000116 1 0.00060191 1 1.36E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 17 62775333 C T ENSG00000230329 ENST00000431444 r.? - - downstream 29 0 0 18 3 16.7 16 4 25 27 2 7.4 63 20 31.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 5.201412077 3.644488395 4 4 3 3 0 0 0 0 1 1 -1.201412077 0.355511605 NA NA 4 4 NA NA 0 0 NA NA 2.201412077 0.644488395 1.92447619 1.92447619 1 3.188172043 1.062724014 3 1.501861759 1.501861759 1 2.130439877 1.065219938 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.0000964 1 0.00000108 1 0.00807567 1 1.05E-30 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 17 62813684 T G ENSG00000214176 ENST00000397718 r.? - - downstream 26 0 0 34 2 5.9 26 3 11.5 39 1 2.6 52 1 1.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 5.201412077 3.644488395 4 4 3 3 0 0 0 0 1 1 -1.201412077 0.355511605 NA NA 4 4 NA NA 0 0 NA NA 2.201412077 0.644488395 0.679904762 0.679904762 1 1.46655914 1.46655914 1 0.527681158 NA 0 0.12769198 0.12769198 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.012612579 1 0.000298167 1 0.177567718 1 0.229451111 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 17 68848579 C G - - - - - - 28 0 0 25 1 4 19 4 21.1 73 8 11 57 13 22.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 5.201412077 3.644488395 4 4 3 3 0 0 0 0 1 1 -1.201412077 0.355511605 NA NA 4 4 NA NA 0 0 NA NA 2.201412077 0.644488395 0.460952381 0.460952381 1 2.690817204 0.896939068 3 2.232497209 1.014120542 2.201412077 1.53230376 1.53230376 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.117779757 1 0.00000228 1 3.93E-09 1 2.44E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 17 79878123 C T MAFG CCDS11793.1 r.3061g>a c.? p.? 3'UTR variant 31 0 0 40 3 7.5 23 4 17.4 53 3 5.7 81 8 9.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 6 7.497957823 5 6 6 0 5 0 0 0 0 1 1 -6.497957823 1 NA NA 1 NA NA NA 0 NA NA NA 7.497957823 NA 1.014285714 1.014285714 1 2.566967742 2.566967742 1 1.28774257 1.28774257 1 0.799538071 0.799538071 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.001075403 1 0.00000513 1 0.002429596 1 9.08E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 3012179 C A LPIN2 CCDS11829.1 r.? - - upstream 26 0 0 31 3 9.7 13 3 23.1 45 2 4.4 42 11 26.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 1 2 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.117809524 1.117809524 1 2.945870968 2.945870968 1 0.796136752 0.796136752 1 1.329949239 1.329949239 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000505952 1 0.0000344 1 0.021467209 1 1.81E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 7862062 G A PTPRM CCDS11840.1 r.? - - intronic 27 0 0 35 1 2.9 25 4 16 62 2 3.2 53 12 22.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 1 2 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.334190476 0.334190476 1 2.040430108 2.040430108 1 0.579008547 0.579008547 1 1.147208122 1.147208122 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.16091139 1 0.00000727 1 0.038789653 1 5.39E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 14195741 A T - - - - - - 26 0 0 37 2 5.4 26 3 11.5 51 3 5.9 50 4 8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 3 3.211793702 2 2 2 2 1 2 1 1 1 1 1 0.788206298 NA NA NA 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.211793702 0.568285714 0.568285714 1 1.46655914 1.46655914 1 1.067547009 1.067547009 1 0.503034867 0.503034867 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.014826063 1 0.000298167 1 0.002175924 1 0.000119787 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 15257339 A T - - - - - - 35 0 0 59 3 5.1 20 4 20 89 0 0 57 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 3 3.211793702 2 2 2 2 1 2 1 1 1 1 1 0.788206298 NA NA NA 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.211793702 0.536714286 0.536714286 1 2.550537634 2.550537634 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 9 NA 1 1 0.003297476 1 0.00000284 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 23567814 G C - - - - - - 34 0 0 48 3 6.2 20 4 20 62 0 0 58 0 0 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 6 3 4 4 5 3 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.71447619 0.71447619 1 2.550537634 2.550537634 1 0 0 1 0 NA 0 NA NA 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.001827434 1 0.00000284 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 24133344 C T KCTD1 CCDS45844.1 r.? - - upstream 35 0 0 38 0 0 26 5 19.2 78 0 0 54 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 6 3 4 4 5 3 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 2.448516129 0.816172043 3 0 0 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 0.000000188 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 27277271 A C - - - - - - 30 0 0 37 2 5.4 21 3 14.3 46 0 0 37 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 4 1 2 2 3 1 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.514285714 0.514285714 1 1.537634409 1.537634409 1 0 0 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.014826063 1 0.000155401 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 40035377 G T - - - - - - 31 0 0 36 3 8.3 27 4 14.8 49 3 6.1 49 12 24.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 2.885577686 2 2 2 2 1 1 2 0 1 1 1 0.114422314 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.885577686 0.87347619 0.87347619 1 1.739397849 1.739397849 1 1.164735043 1.164735043 1 1.460621355 1.460621355 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000788827 1 0.00001 1 0.001939399 1 1.9E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 53264300 G A TCF4 ENST00000398339 r.? - - intronic 30 0 0 31 2 6.5 27 4 14.8 62 2 3.2 54 9 16.7 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 2.885577686 2 2 2 2 1 1 2 0 1 1 1 0.114422314 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.885577686 0.684047619 0.684047619 1 1.739397849 1.739397849 1 0.611008547 0.611008547 1 0.99560721 0.99560721 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.010558179 1 0.00001 1 0.038789653 1 8.48E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 56004671 T A NEDD4L CCDS45872.1 r.? - - intronic 20 0 0 39 0 0 23 3 13 57 0 0 57 11 19.3 311 0 0 727 74 10.2 167 27 16.2 670 1 0.1 834 82 9.8 FALSE TRUE 3 3 4 4 2 2 2 2 1 1 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 1.527849462 1.527849462 1 0 0 1 1.365695431 1.365695431 1 1.073428571 1.073428571 1 1.903935484 0.951967742 2 0.019094017 0.019094017 1 0.693461929 0.693461929 1 NA 15 1 1 1 7.67E-70 0.000205387 3.89E-32 1 0.965209225 7.29E-15 5.87E-76 YES 0_1 1_1 0_0 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b 18 56004689 C A NEDD4L CCDS45872.1 r.? - - intronic 14 0 0 42 2 4.8 19 3 15.8 56 0 0 53 8 15.1 304 0 0 690 74 10.7 157 27 17.2 657 0 0 819 86 10.5 TRUE TRUE 3 3 4 4 2 2 2 2 1 1 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.505142857 0.505142857 1 1.856924731 1.856924731 1 0 0 1 1.068497462 1.068497462 1 1.126047619 1.126047619 1 2.021462366 1.010731183 2 0 0 1 0.742994924 0.742994924 1 6 15 1 1 0.018854633 1.56E-71 0.000114071 6.62E-33 1 1 2.83E-10 4.82E-82 YES 1_1 1_1 0_0 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b 18 59390679 G A - - - - - - 28 0 0 68 3 4.4 45 5 11.1 114 0 0 156 11 7.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 16 17 20 15 14 15 18 13 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.035047619 1.035047619 1 2.858548387 0.952849462 3 0 0 1 1.283406091 1.283406091 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.004916956 1 0.00000323 1 1 1 5.84E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 63821153 A T - - - - - - 31 0 0 46 3 6.5 27 3 11.1 70 0 0 64 11 17.2 0 0 NA 1 0 0 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE NA NA 15 NA NA NA 12 NA NA NA 3 NA NA NA 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.001615827 1 0.000334187 1 1 1 2.85E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 67936990 C A - - - - - - 36 0 0 43 3 7 23 4 17.4 61 2 3.3 72 8 11.1 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.430684042 3.492632347 9 5.418528876 2 2 6 3 1 1 3 2 0.569315958 0.507367653 1 0.581471124 3 3 NA 4 1 1 NA 2 0.430684042 0.492632347 NA 0.418528876 0.76681455 0.76681455 1 2.13068577 2.13068577 1 0.795102564 0.795102564 1 0.942908482 0.942908482 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.001328364 1 0.00000513 1 0.037660755 1 3.52E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 69717202 G T - - - - - - 50 0 0 45 0 0 25 4 16 72 0 0 95 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.430684042 3.492632347 9 5.418528876 2 2 6 3 1 1 3 2 0.569315958 0.507367653 1 0.581471124 3 3 NA 4 1 1 NA 2 0.430684042 0.492632347 NA 0.418528876 0 0 1 1.959251283 1.959251283 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 9 NA 1 1 1 1 0.00000727 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 74057060 C T - - - - - - 33 0 0 43 4 9.3 25 5 20 88 1 1.1 89 13 14.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 3.430684042 3.492632347 9 7 2 2 7 5 1 1 2 2 0.569315958 0.507367653 1 1 3 3 NA NA 1 1 NA NA 0.430684042 0.492632347 NA NA 1.018767902 1.018767902 1 2.449064104 0.982521191 2.492632347 0.265034188 0.265034188 1 1.471116751 1.471116751 1 NA NA 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000066 1 0.000000153 1 0.356673997 1 1.21E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 76363898 G A - - - - - - 25 0 0 23 1 4.3 16 4 25 37 1 2.7 52 7 13.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.430684042 3.492632347 0.512276826 4 2 2 0 2 1 1 0 2 0.569315958 0.507367653 0.487723174 1 3 3 1 NA 1 1 0 NA 0.430684042 0.492632347 0.512276826 NA 0.471043223 NA 0 3.06133013 1.228151489 2.492632347 0.421369936 NA 0 0.955279188 0.955279188 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.108890944 1 0.00000108 1 0.169281299 1 8.58E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 19 4792543 G A FEM1A CCDS12135.1 r.816g>a c.677G>A p.G226D missense 31 0 0 20 3 15 7 3 42.9 5 0 0 40 12 30 45 0 0 54 12 22.2 12 3 25 65 3 4.6 63 15 23.8 FALSE TRUE 3 1.37108009 2.488135549 5 2 1 0 3 1 0 0 2 1 0.62891991 -1.488135549 1 NA 1 1 NA NA 1 0 NA NA 0.37108009 2.488135549 NA 1.578571429 1.578571429 1 4.343096585 4.343096585 1 0 NA 0 2.42284264 0.807614213 3 2.336285714 1.168142857 2 2.530942066 2.530942066 1 0.808779022 0.808779022 1 1.922121827 0.961060914 2 NA 16 1 1 0.0001337 6.9E-17 0.00000431 0.0000266 1 0.004333293 1.2E-18 2.97E-21 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 19 5308413 C G PTPRS CCDS45930.1 r.? - - intronic 40 0 0 69 3 4.3 33 8 24.2 33 0 0 87 0 0 74 0 0 198 19 9.6 43 3 7 85 0 0 126 0 0 FALSE FALSE 10 11 2.488135549 7 8 9 0 5 2 2 0 2 1 1 -1.488135549 1 NA NA 1 NA NA NA 0 NA NA NA 2.488135549 NA 0.75352381 0.75352381 1 4.780150538 0.956030108 5 0 NA 0 0 0 1 1.682285714 0.841142857 2 1.382688172 1.382688172 1 0 NA 0 0 NA 0 NA NA 1 1 0.005121501 1.19E-18 4.85E-12 0.001328364 1 1 1 1 YES 1_1 1_1 0_0 0_0 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b 19 5308481 C G PTPRS CCDS45930.1 r.? - - intronic 43 0 0 60 3 5 33 4 12.1 28 0 0 77 0 0 177 0 0 394 38 9.6 112 11 9.8 174 0 0 253 0 0 FALSE FALSE 10 11 2.488135549 7 8 9 0 5 2 2 0 2 1 1 -1.488135549 1 NA NA 1 NA NA NA 0 NA NA NA 2.488135549 NA 0.876190476 0.876190476 1 2.390075269 2.390075269 1 0 NA 0 0 0 1 1.682285714 0.841142857 2 1.935763441 0.96788172 2 0 NA 0 0 NA 0 NA NA 1 1 0.003458198 8.24E-36 0.0000228 1.61E-11 1 1 1 1 YES 1_1 1_1 0_0 0_0 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b 19 6294775 A C - - - - - - 28 0 0 55 3 5.5 47 6 12.8 55 5 9.1 153 12 7.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 10 11 2.488135549 14.55135283 8 9 0 13 2 2 0 1 1 1 -1.488135549 0.448647165 NA NA 1 13 NA NA 0 2 NA NA 2.488135549 0.551352835 0.963809524 0.963809524 1 2.528344086 0.842781362 3 1.599975891 1.599975891 1 1.374944607 1.374944607 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.002700822 1 0.000000141 1 0.00000883 1 2.81E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 19 16017757 A C - - - - - - 27 0 0 40 3 7.5 21 3 14.3 79 4 5.1 40 10 25 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4.49637224 3 2 2 1 2 1 1 0 1 1 1 -2.49637224 1 NA NA 2 NA NA NA 0 NA NA NA 3.49637224 NA 0.789285714 0.789285714 1 1.680634409 1.680634409 1 0.999109856 0.999109856 1 1.519035533 1.519035533 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.001075403 1 0.000155401 1 0.000696582 1 7.22E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 19 16769771 G C C19orf42 CCDS12348.2 r.? - - intronic 23 0 0 28 3 10.7 29 3 10.3 58 0 0 49 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 4.49637224 3 2 2 1 2 1 1 0 1 1 1 -2.49637224 1 NA NA 2 NA NA NA 0 NA NA NA 3.49637224 NA 1.126047619 1.126047619 1 1.210526882 1.210526882 1 0 NA 0 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.000372895 1 0.000414371 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 19 19244378 T C TMEM161A CCDS12393.1 r.? - - intronic 35 0 0 32 3 9.4 23 4 17.4 30 6 20 55 20 36.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4.49637224 3 2 2 1 2 1 1 0 1 1 1 -2.49637224 1 NA NA 2 NA NA NA 0 NA NA NA 3.49637224 NA 0.989238095 0.989238095 1 2.044967742 2.044967742 1 3.918077867 1.120612337 3.49637224 2.211715736 1.105857868 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000556213 1 0.00000513 1 8.37E-09 1 4.08E-32 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 19 20874444 A C - - - - - - 36 0 0 31 3 9.7 23 3 13 66 0 0 58 8 13.8 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 4.49637224 3 2 2 1 2 1 1 0 1 1 1 -2.49637224 1 NA NA 2 NA NA NA 0 NA NA NA 3.49637224 NA 1.020809524 1.020809524 1 1.527849462 1.527849462 1 0 NA 0 0.838507614 0.838507614 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.000505952 1 0.000205387 1 1 1 5.99E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 19 28883836 C G - - - - - - 31 0 0 34 0 0 28 3 10.7 31 0 0 46 0 0 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3.323840502 2 2 2 2 1 1 1 1 1 1 1 0.676159498 NA NA NA 2 NA NA NA 2 NA NA NA 0.323840502 0 0 1 1.257537634 1.257537634 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 9 NA 1 1 1 1 0.000372895 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 19 31268898 A T - - - - - - 39 0 0 38 4 10.5 29 3 10.3 72 7 9.7 70 11 15.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3.323840502 2 2 2 2 1 1 1 1 1 1 1 0.676159498 NA NA NA 2 NA NA NA 2 NA NA NA 0.323840502 1.105 1.105 1 1.210526882 1.210526882 1 1.755119658 1.755119658 1 1.004797274 1.004797274 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.0000403 1 0.000414371 1 8.66E-08 1 8.06E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 19 33540011 C T RHPN2 CCDS12427.1 r.? - - intronic 27 0 0 32 3 9.4 22 5 22.7 52 5 9.6 52 6 11.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3.495036613 2 2 2 2 1 1 1 1 1 1 1 0.504963387 NA NA NA 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.495036613 0.989238095 0.989238095 1 2.667860215 1.333930108 2 1.737025641 1.737025641 1 0.755685556 0.755685556 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000556213 1 7.67E-08 1 0.00000668 1 0.000000261 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 19 36334801 C G NPHS1 CCDS32996.1 r.? - - intronic 24 0 0 26 3 11.5 20 3 15 24 1 4.2 51 10 19.6 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 3.967520676 3.495036613 2 2 1 2 1 1 0 1 1 1 -1.967520676 0.504963387 NA NA 2 3 NA NA 0 1 NA NA 2.967520676 0.495036613 1.210238095 1.210238095 1 1.762903226 1.762903226 1 0.800584586 NA 0 1.287951034 1.287951034 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000298167 1 0.0001337 1 0.113346489 1 1.04E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 19 41592000 T A CYP2A13 CCDS12571.1 r.? - - upstream 42 0 0 35 3 8.6 23 6 26.1 62 2 3.2 68 4 5.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 1 3.495036613 2 2 1 2 1 1 0 1 1 1 1 0.504963387 NA NA NA 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.495036613 0.905047619 0.905047619 1 3.067451613 1.533725806 2 0.515008547 0.515008547 1 0.387699546 0.783173478 0.495036613 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000725791 1 1.47E-09 1 0.038789653 1 0.000394372 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 19 42380545 G T CD79A CCDS12589.1 r.? - - upstream 29 0 0 37 3 8.1 23 4 17.4 80 5 6.2 50 8 16 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 1 3.495036613 2 2 1 2 1 1 0 1 1 1 1 0.504963387 NA NA NA 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.495036613 0.852428571 0.852428571 1 2.044967742 2.044967742 1 0.99782906 0.99782906 1 1.051388599 1.051388599 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000855237 1 0.00000513 1 0.000055 1 1.74E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 19 54933615 C G TTYH1 CCDS12893.1 r.? - - intronic 32 0 0 7 1 14.3 6 3 50 11 1 9.1 42 9 21.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 1 2 1 1 1 1 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.361904762 1.361904762 1 5.376344086 5.376344086 1 1.464555556 1.464555556 1 1.086294416 1.086294416 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.034479353 1 0.00000247 1 0.05364542 1 7.51E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 19 55569184 T A RDH13 CCDS42627.1 r.? - - intronic 25 0 0 24 1 4.2 19 5 26.3 41 3 7.3 50 2 4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 1 2 1 1 1 1 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.4 0.4 1 2.827956989 2.827956989 1 1.174863248 1.174863248 1 0.203045685 0.203045685 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.113346489 1 3.43E-08 1 0.001155993 1 0.026131524 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 1784361 G C - - - - - - 17 0 0 25 0 0 15 3 20 5 0 0 79 5 6.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 12 9 9 15 9 6 7 11 3 3 2 4 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 3.550537634 0.887634409 4 0 NA 0 1.138796954 1.138796954 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 0.0000544 1 1 1 0.0000518 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 4320525 G A - - - - - - 27 0 0 85 0 0 30 4 13.3 40 0 0 152 10 6.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 12 9 9 15 9 6 7 11 3 3 2 4 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 2.361107527 2.361107527 1 0 NA 0 1.193025381 1.193025381 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 0.0000154 1 1 1 6.87E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 9635006 A G ADAM17 CCDS1665.1 r.? - - intronic 20 0 0 35 2 5.7 36 5 13.9 69 0 0 113 13 11.5 256 0 0 573 23 4 179 6 3.4 466 0 0 680 56 8.2 FALSE FALSE 8 9 8.837120004 9.695732895 8 8 3 9 0 1 0 0 1 1 -4.837120004 0.304267105 NA NA 4 9 NA NA 0 1 NA NA 5.837120004 0.695732895 0.884857143 0.884857143 1 2.467623656 0.822541219 3 0 NA 0 1.468765628 1.468765628 1 0.620952381 0.620952381 1 0.603591398 0.603591398 1 0 NA 0 1.047293752 1.047293752 1 NA NA 1 1 0.013332991 5.79E-14 0.00000104 0.000313873 1 1 2.94E-14 3.68E-48 YES 1_1 1_1 0_0 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b 2 10474830 G T HPCAL1 CCDS1671.1 r.? - - intronic 17 0 0 25 1 4 24 6 25 28 1 3.6 54 2 3.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 8 9 8.837120004 9.695732895 8 8 3 9 0 1 0 0 1 1 -4.837120004 0.304267105 NA NA 4 9 NA NA 0 1 NA NA 5.837120004 0.695732895 0.620952381 NA 0 4.438172043 1.109543011 4 0.861520936 NA 0 0.472559376 0.472559376 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.117779757 1 1.95E-09 1 0.130947004 1 0.030129377 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 12169238 G C - - - - - - 28 0 0 33 3 9.1 26 5 19.2 54 6 11.1 67 14 20.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 5 7 6 4 4 6 5 0 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.048666667 1.048666667 1 2.640516129 0.880172043 3 2.452435897 0.817478632 3 1.896913706 0.948456853 2 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000609557 1 0.000000188 1 0.000000329 1 4.66E-19 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 13549017 C G - - - - - - 29 0 0 40 10 25 22 3 13.6 73 12 16.4 60 16 26.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 5 7 6 4 4 6 5 0 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.880952381 0.96031746 3 1.870365591 1.870365591 1 3.623418803 0.905854701 4 2.423329949 0.80777665 3 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 7.22E-15 1 0.000179267 1 3.39E-15 1 1.86E-23 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 13815735 A T - - - - - - 36 0 0 39 1 2.6 25 4 16 59 1 1.7 76 12 15.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 5 7 6 4 4 6 5 0 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.299619048 NA 0 2.200430108 2.200430108 1 0.375598291 0.375598291 1 1.434030457 1.434030457 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.177567718 1 0.00000727 1 0.256019138 1 5.63E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 14648082 C T - - - - - - 29 0 0 45 4 8.9 20 5 25 80 0 0 77 11 14.3 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 5 7 6 4 4 6 5 0 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.025619048 1.025619048 1 3.438172043 0.859543011 4 0 0 1 1.297888325 1.297888325 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.0000791 1 4.55E-08 1 1 1 2.41E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 14865769 C G - - - - - - 34 0 0 36 0 0 21 4 19 69 0 0 73 9 12.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 5 7 6 4 4 6 5 0 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 2.613010753 0.871003584 3 0 0 1 1.116365482 1.116365482 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 0.00000349 1 1 1 1.42E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 19412548 G T - - - - - - 28 0 0 38 1 2.6 20 3 15 66 2 3 69 10 14.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 5 7 6 4 4 6 5 0 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.299619048 NA 0 2.062903226 2.062903226 1 0.662820513 0.662820513 1 1.316040609 1.316040609 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.173434892 1 0.0001337 1 0.043431387 1 2.54E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 21513857 G C - - - - - - 42 0 0 58 0 0 30 5 16.7 67 0 0 89 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5.457728052 6.462624889 7 6.730059116 5 5 6 6 0 1 1 0 0.542271948 0.537375111 1 0.269940884 6 6 NA 6 0 1 NA 1 0.457728052 0.462624889 NA 0.730059116 0 NA 0 2.540957281 1.031808495 2.462624889 0 0 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 0.000000401 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 30819495 T A LCLAT1 CCDS1772.1 r.? - - intronic 33 0 0 32 2 6.2 23 6 26.1 56 3 5.4 37 12 32.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5.457728052 6.462624889 6 6.730059116 5 5 6 6 0 1 0 0 0.542271948 0.537375111 1 0.269940884 6 6 NA 6 0 1 NA 1 0.457728052 0.462624889 NA 0.730059116 0.80485533 0.80485533 1 3.971196709 0.992799177 4 1.139076923 1.139076923 1 3.177209204 0.971641175 3.269940884 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.011224977 1 1.47E-09 1 0.00284314 1 4.03E-19 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 31649045 T C - - - - - - 25 0 0 37 2 5.4 27 4 14.8 46 2 4.3 74 8 10.8 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5.457728052 6.462624889 6 6.730059116 5 5 6 6 0 1 0 0 0.542271948 0.537375111 1 0.269940884 6 6 NA 6 0 1 NA 1 0.457728052 0.462624889 NA 0.730059116 0.701003029 0.701003029 1 2.251866333 2.251866333 1 0.907042735 0.907042735 1 1.059069735 1.059069735 1 NA NA 0 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.014826063 1 0.00001 1 0.022369545 1 4.39E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 31837987 A G - - - - - - 35 0 0 49 3 6.1 39 4 10.3 80 0 0 76 9 11.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5.457728052 6.462624889 6 6.730059116 5 5 6 6 0 1 0 0 0.542271948 0.537375111 1 0.269940884 6 6 NA 6 0 1 NA 1 0.457728052 0.462624889 NA 0.730059116 0.791873792 0.791873792 1 1.567177245 1.567177245 1 0 0 1 1.157131747 1.157131747 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 0.001939399 1 0.0000447 1 1 1 2.06E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 32861373 C T TTC27 CCDS33176.1 r.? - - intronic 30 0 0 50 0 0 36 5 13.9 32 0 0 77 3 3.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5.457728052 6.462624889 6 6.730059116 5 5 6 6 0 1 0 0 0.542271948 0.537375111 1 0.269940884 6 6 NA 6 0 1 NA 1 0.457728052 0.462624889 NA 0.730059116 0 NA 0 2.114928515 2.114928515 1 0 0 1 0.382441849 0.382441849 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 0.00000104 1 1 1 0.006942426 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 33399830 A C LTBP1 CCDS33177.1 r.? - - intronic 20 0 0 35 3 8.6 17 4 23.5 51 5 9.8 54 14 25.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5.457728052 6.462624889 6 6.730059116 5 5 6 6 0 1 0 0 0.542271948 0.537375111 1 0.269940884 6 6 NA 6 0 1 NA 1 0.457728052 0.462624889 NA 0.730059116 1.116412231 1.116412231 1 3.575598569 1.032626601 3.462624889 2.067213675 2.067213675 1 2.539806123 1.118886461 2.269940884 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000725791 1 0.00000141 1 0.00000606 1 1.64E-20 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 36084041 G C - - - - - - 42 0 0 42 1 2.4 28 5 17.9 77 0 0 79 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5.457728052 10 13 8.43246998 5 9 12 8 0 1 1 0 0.542271948 1 1 0.56753002 6 NA NA 8 0 NA NA 1 0.457728052 NA NA 0.43246998 0.311556902 NA 0 3.356731183 1.118910394 3 0 0 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.189842622 1 0.000000279 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 53071690 G A - - - - - - 29 0 0 41 4 9.8 20 4 20 53 4 7.5 60 11 18.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 3 5 3 3 3 4 0 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.031333333 1.031333333 1 2.550537634 2.550537634 1 1.357051282 1.357051282 1 1.47793401 1.47793401 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.0000546 1 0.00000284 1 0.000150502 1 1.34E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 58947898 G A - - - - - - 31 0 0 34 4 11.8 25 7 28 57 5 8.8 50 19 38 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 3 5 3 3 3 4 0 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.241809524 1.241809524 1 3.570752688 1.190250896 3 1.592273504 1.592273504 1 3.06893401 1.022978003 3 NA NA 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.0000257 1 3.47E-11 1 0.0000105 1 5E-31 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 59369769 G A - - - - - - 40 0 0 32 1 3.1 26 4 15.4 87 0 0 67 5 7.5 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 3 5 3 3 3 4 0 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.326238095 0.326238095 1 1.963913978 1.963913978 1 0 0 1 0.60571066 0.60571066 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 0.14819814 1 0.00000856 1 1 1 0.0000233 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 60914475 C T - - - - - - 28 0 0 35 1 2.9 32 6 18.8 35 1 2.9 65 14 21.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 4 3 5 3 3 3 4 0 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.305190476 NA 0 2.397505376 1.198752688 2 0.524726496 0.524726496 1 1.736370558 0.868185279 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.16091139 1 1.27E-08 1 0.16091139 1 2.93E-19 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 61217295 G A PUS10 CCDS1865.1 r.? - - intronic 26 0 0 33 5 15.2 34 4 11.8 83 4 4.8 52 8 15.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 3 5 3 3 3 4 0 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.599619048 1.599619048 1 1.504817204 1.504817204 1 0.868512821 0.868512821 1 1.243725888 1.243725888 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.00000066 1 0.0000257 1 0.000838577 1 2.42E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 64311449 T C - - - - - - 26 0 0 46 0 0 31 4 12.9 81 0 0 70 4 5.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 4 3 5 3 3 3 4 0 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 1.645096774 1.645096774 1 0 0 1 0.460340102 0.460340102 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 0.0000177 1 1 1 0.000440508 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 76402712 G T - - - - - - 39 0 0 42 2 4.8 25 3 12 68 0 0 67 10 14.9 0 0 NA 0 0 NA 4 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 3 5 3 3 3 4 0 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.505142857 0.505142857 1 1.530322581 1.530322581 1 0 0 1 1.203345178 1.203345178 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 0.018854633 1 0.00026475 1 1 1 1.87E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 77920603 G C - - - - - - 38 0 0 32 0 0 27 5 18.5 62 3 4.8 45 5 11.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 3 5 3 3 3 4 0 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 2.359247312 1.179623656 2 0.868512821 0.868512821 1 0.896451777 0.896451777 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 1 1 0.00000023 1 0.003793816 1 0.00000323 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 78134754 T A - - - - - - 28 0 0 49 3 6.1 25 4 16 62 6 9.7 78 18 23.1 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 3 5 3 3 3 4 0 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.641952381 0.641952381 1 2.040430108 2.040430108 1 1.755119658 1.755119658 1 1.865588832 0.932794416 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.001939399 1 0.00000727 1 0.000000756 1 6.1E-25 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 78934858 C G - - - - - - 28 0 0 32 0 0 24 4 16.7 63 0 0 53 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 3 5 3 3 3 4 0 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 2.129698925 2.129698925 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 1 9 NA 1 1 1 1 0.00000613 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 80911308 T A - - - - - - 33 0 0 52 0 0 31 4 12.9 59 0 0 59 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 3 5 3 3 3 4 0 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.645096774 1.645096774 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 9 NA 1 1 1 1 0.0000177 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 81131436 C G - - - - - - 42 0 0 40 4 10 22 3 13.6 59 0 0 56 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 3 5 3 3 3 4 0 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.052380952 1.052380952 1 1.734365591 1.734365591 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 9 NA 1 1 0.0000495 1 0.000179267 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 82094442 C G - - - - - - 38 0 0 37 4 10.8 19 4 21.1 82 5 6.1 71 16 22.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 3 5 3 3 3 4 0 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.136571429 1.136571429 1 2.690817204 0.896939068 3 1.103735043 1.103735043 1 1.81713198 0.90856599 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.0000362 1 0.00000228 1 0.0000619 1 3.77E-22 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 82114749 G T - - - - - - 39 0 0 31 1 3.2 21 3 14.3 57 3 5.3 49 10 20.4 1 0 0 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 3 5 3 3 3 4 0 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.336761905 0.336761905 1 1.823634409 1.823634409 1 0.958982906 0.958982906 1 1.647532995 1.647532995 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.143917729 1 0.000155401 1 0.002989991 1 6.72E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 82246419 A T - - - - - - 32 0 0 31 2 6.5 33 4 12.1 56 3 5.4 72 16 22.2 0 0 NA 0 0 NA 8 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 3 5 3 3 3 4 0 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.684047619 0.684047619 1 1.543075269 1.543075269 1 0.977076923 0.977076923 1 1.792903553 0.896451777 2 NA NA 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.010558179 1 0.0000228 1 0.00284314 1 4.82E-22 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 82648285 A G - - - - - - 28 0 0 40 2 5 21 4 19 51 2 3.9 57 9 15.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 3 5 3 3 3 4 0 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.526190476 0.526190476 1 2.423010753 2.423010753 1 0.705666667 0.705666667 1 1.276030457 1.276030457 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.017193422 1 0.00000349 1 0.027109304 1 1.42E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 84208737 G A - - - - - - 25 0 0 26 2 7.7 15 4 26.7 51 0 0 34 7 20.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 3 5 3 3 3 4 0 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.810333333 0.810333333 1 3.404967742 1.134989247 3 0 0 1 1.663685279 1.663685279 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 0.007502227 1 0.000000816 1 1 1 3.73E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 84509480 T A - - - - - - 30 0 0 30 1 3.3 23 4 17.4 40 1 2.5 50 8 16 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 1 0 0 TRUE FALSE 3 4 3 5 3 3 3 4 0 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.347285714 0.347285714 1 2.218967742 2.218967742 1 0.452350427 0.452350427 1 1.292182741 1.292182741 1 NA NA 1 NA NA 1 0 NA 0 0 0 1 8 NA 1 1 0.139615808 1 0.00000513 1 0.181679879 1 1.74E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 87063846 G C CD8B CCDS1997.1 r.? - - downstream 21 0 0 35 0 0 28 3 10.7 40 1 2.5 54 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 3 5 3 3 3 4 0 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.364537634 1.364537634 1 0.452350427 0.452350427 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 7 NA 1 1 1 1 0.000372895 1 0.181679879 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 87063891 G A CD8B CCDS1997.1 r.? - - downstream 26 0 0 41 1 2.4 27 4 14.8 35 2 5.7 50 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 3 5 3 3 3 4 0 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.252571429 0.252571429 1 1.887397849 1.887397849 1 1.031358974 1.031358974 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 7 NA 1 1 0.18577148 1 0.00001 1 0.013332991 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 88633735 C T - - - - - - 27 0 0 34 0 0 23 6 26.1 60 0 0 61 0 0 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 1 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 3 5 3 3 3 4 0 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 3.328451613 1.109483871 3 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 0 0 1 0 NA 0 NA NA 1 9 NA 1 1 1 1 1.47E-09 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 103829370 G C - - - - - - 37 0 0 29 1 3.4 24 3 12.5 73 3 4.1 58 14 24.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3.6475352 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 0.3524648 NA NA NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.6475352 0.357809524 0.357809524 1 1.469086022 1.469086022 1 0.741854701 0.741854701 1 1.620406237 0.983533606 1.6475352 NA NA 1 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.135292269 1 0.000233853 1 0.005990531 1 5.04E-20 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 110018692 G A SH3RF3 ENST00000309415 r.? - - intronic 23 0 0 26 3 11.5 24 5 20.8 8 0 0 47 12 25.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3.6475352 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 0.3524648 NA NA NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.6475352 1.210238095 1.210238095 1 2.44455914 0.814853047 3 0 0 1 1.71453772 1.040668339 1.6475352 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000298167 1 0.000000123 1 1 1 1.09E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 112735785 G A MERTK CCDS2094.1 r.? - - intronic 37 0 0 35 4 11.4 28 9 32.1 69 8 11.6 56 12 21.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3.6475352 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 0.3524648 NA NA NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.6475352 1.199714286 1.199714286 1 3.772612903 1.257537634 3 2.098905983 1.049452991 2 1.438866949 1.438866949 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.0000289 1 1.24E-14 1 2.49E-09 1 1.11E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 116198456 T A DPP10 CCDS46400.1 r.? - - intronic 41 0 0 35 2 5.7 23 3 13 71 4 5.6 54 7 13 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3.6475352 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 0.3524648 NA NA NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.6475352 0.599857143 0.599857143 1 1.527849462 1.527849462 1 1.013264957 1.013264957 1 0.874078053 0.874078053 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.013332991 1 0.000205387 1 0.000464961 1 1.13E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 116922640 T A - - - - - - 32 0 0 36 0 0 19 3 15.8 52 0 0 62 0 0 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3.6475352 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 0.3524648 NA NA NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.6475352 0 0 1 1.856924731 1.856924731 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 9 NA 1 1 1 1 0.000114071 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 116971330 T A - - - - - - 30 0 0 27 2 7.4 25 5 20 65 11 16.9 62 17 27.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3.6475352 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 0.3524648 NA NA NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.6475352 0.778761905 0.778761905 1 2.350537634 1.175268817 2 3.057888889 1.019296296 3 1.842287589 0.921143795 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.00807567 1 0.000000153 1 3.41E-14 1 4.56E-25 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 117446231 C G - - - - - - 31 0 0 35 4 11.4 20 3 15 58 0 0 54 11 20.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3.6475352 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 0.3524648 NA NA NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.6475352 1.199714286 1.199714286 1 1.762903226 1.762903226 1 0 0 1 1.371630176 1.371630176 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 0.0000289 1 0.0001337 1 1 1 3.84E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 117806238 A G - - - - - - 40 0 0 19 0 0 14 4 28.6 65 6 9.2 84 7 8.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3.6475352 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 0.3524648 NA NA NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.6475352 0 0 1 3.361268817 1.120422939 3 1.664649573 1.664649573 1 0.558065219 0.558065219 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 1 1 0.000000601 1 0.000001 1 0.000000253 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 118047334 G C - - - - - - 35 0 0 30 1 3.3 26 5 19.2 68 3 4.4 61 9 14.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3.6475352 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 0.3524648 NA NA NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.6475352 0.347285714 0.347285714 1 2.256516129 2.256516129 1 0.796136752 0.796136752 1 0.995104245 0.995104245 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.139615808 1 0.000000188 1 0.004916956 1 2.68E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 123004910 T A - - - - - - 26 0 0 39 2 5.1 25 5 20 62 2 3.2 52 8 15.4 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3.6475352 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 0.3524648 NA NA NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.6475352 0.536714286 0.536714286 1 2.350537634 1.175268817 2 0.579008547 0.579008547 1 1.035446309 1.035446309 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.016387522 1 0.000000153 1 0.038789653 1 2.42E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 124743550 G C - - - - - - 28 0 0 36 2 5.6 26 3 11.5 65 4 6.2 67 8 11.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3.6475352 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 0.3524648 NA NA NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.6475352 0.589333333 0.589333333 1 1.35155914 1.35155914 1 1.12182906 1.12182906 1 0.800117603 0.800117603 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.014070883 1 0.000298167 1 0.000331785 1 1.96E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 127043591 G A - - - - - - 28 0 0 33 3 9.1 22 5 22.7 29 2 6.9 55 24 43.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3.6475352 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 0.3524648 NA NA NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.6475352 0.957666667 0.957666667 1 2.667860215 0.889286738 3 1.248487179 1.248487179 1 2.931523317 0.977174439 3 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000609557 1 7.67E-08 1 0.009279585 1 1.28E-40 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 129882475 C A - - - - - - 39 0 0 40 3 7.5 31 6 19.4 67 0 0 87 0 0 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 6 3 3 3 6 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.789285714 0.789285714 1 2.280021505 1.140010753 2 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 9 NA 1 1 0.001075403 1 1.03E-08 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 130760128 C A - - - - - - 34 0 0 26 1 3.8 20 4 20 67 6 9 83 32 38.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 TRUE FALSE 3 3 3 6 3 3 3 6 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.399904762 0.399904762 1 2.350537634 2.350537634 1 1.628461538 1.628461538 1 3.503390863 0.875847716 4 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 0 0 1 8 NA 1 1 0.122190858 1 0.00000284 1 0.0000012 1 1.76E-51 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 131180689 G C - - - - - - 38 0 0 37 0 0 19 3 15.8 56 0 0 47 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3.539187701 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 0.460812299 NA NA NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.539187701 0 0 1 1.856924731 1.856924731 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 9 NA 1 1 1 1 0.000114071 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 134490747 C T - - - - - - 52 0 0 48 5 10.4 30 4 13.3 105 15 14.3 104 27 26 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3.539187701 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 0.460812299 NA NA NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.539187701 1.09447619 1.09447619 1 1.563107527 1.563107527 1 2.587444444 0.862481481 3 1.719985756 1.117463293 1.539187701 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.00000447 1 0.0000154 1 1.11E-17 1 3.35E-38 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 140673688 G C - - - - - - 36 0 0 41 2 4.9 21 7 33.3 50 1 2 45 6 13.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3.539187701 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 0.460812299 NA NA NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.539187701 0.515666667 0.515666667 1 3.913645161 1.304548387 3 0.361880342 0.361880342 1 0.879838868 0.879838868 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.018015855 1 8.54E-12 1 0.221687443 1 0.000000108 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 141409826 T G LRP1B CCDS2182.1 r.? - - intronic 41 0 0 30 2 6.7 26 3 11.5 62 1 1.6 64 8 12.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3.539187701 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 0.460812299 NA NA NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.539187701 0.705095238 0.705095238 1 1.35155914 1.35155914 1 0.289504274 0.289504274 1 0.826916229 0.826916229 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.009909649 1 0.000298167 1 0.267123145 1 1.35E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 143330657 T A - - - - - - 38 0 0 42 0 0 18 3 16.7 65 0 0 60 0 0 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3.539187701 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 0.460812299 NA NA NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.539187701 0 0 1 1.962698925 1.962698925 1 0 0 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 9 NA 1 1 1 1 0.0000964 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 146438571 T A - - - - - - 36 0 0 32 2 6.2 24 6 25 53 0 0 58 11 19 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3.539187701 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 0.460812299 NA NA NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.539187701 0.65247619 0.65247619 1 2.938172043 0.979390681 3 0 0 1 1.256912668 1.256912668 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 0.011224977 1 1.95E-09 1 1 1 8.96E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 149186769 C A MBD5 CCDS33302.1 r.? - - intronic 32 0 0 31 0 0 30 4 13.3 63 0 0 66 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3.539187701 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 0.460812299 NA NA NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.539187701 0 0 1 1.563107527 1.563107527 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 9 NA 1 1 1 1 0.0000154 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 153076732 G C - - - - - - 30 0 0 34 2 5.9 22 4 18.2 63 3 4.8 47 4 8.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 8 3.539187701 3 3 5 3 0 0 3 0 1 1 1 0.460812299 NA NA NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.539187701 0.620904762 0.620904762 1 2.138989247 2.138989247 1 1.108512821 1.108512821 1 0.562303036 0.562303036 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.012612579 1 0.00000425 1 0.003968795 1 0.0000939 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 155239022 G C GALNT13 CCDS2199.1 r.? - - intronic 30 0 0 43 3 7 30 7 23.3 73 3 4.1 73 12 16.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.705812959 5 8 5.5780986 2 3 5 3 2 2 3 2 0.294187041 1 1 0.4219014 3 NA NA 4 2 NA NA 2 0.705812959 NA NA 0.5780986 0.856073574 0.856073574 1 3.204376344 1.068125448 3 0.946854701 0.946854701 1 1.41929548 1.41929548 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.001328364 1 1.44E-10 1 0.005990531 1 3.39E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 155897897 C T - - - - - - 37 0 0 32 3 9.4 25 4 16 53 5 9.4 85 20 23.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.705812959 5 8 5.5780986 2 3 5 3 2 2 3 2 0.294187041 1 1 0.4219014 3 NA NA 4 2 NA NA 2 0.705812959 NA NA 0.5780986 1.149584513 1.149584513 1 2.200430108 2.200430108 1 2.170837607 2.170837607 1 2.033746572 1.016873286 2 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000556213 1 0.00000727 1 0.00000734 1 9.82E-28 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 156122839 C A - - - - - - 26 0 0 43 0 0 26 4 15.4 80 1 1.2 68 0 0 1 0 0 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4.705812959 5 8 5.5780986 2 3 5 3 2 2 3 2 0.294187041 1 1 0.4219014 3 NA NA 4 2 NA NA 2 0.705812959 NA NA 0.5780986 0 NA 0 2.117913978 2.117913978 1 0.277128205 0.277128205 1 0 0 1 NA NA 0 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 0.00000856 1 0.33035218 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 160165983 C G - - - - - - 38 0 0 49 0 0 26 3 11.5 77 0 0 87 0 0 0 0 NA 0 0 NA 3 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4.705812959 5 8 5.5780986 2 3 5 3 2 2 3 2 0.294187041 1 1 0.4219014 3 NA NA 4 2 NA NA 2 0.705812959 NA NA 0.5780986 0 NA 0 1.58155914 1.58155914 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 0 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 0.000298167 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 162046031 G A TANK CCDS2215.1 r.? - - intronic 30 0 0 43 3 7 24 7 29.2 74 7 9.5 92 20 21.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.705812959 5 8 5.5780986 2 3 5 3 2 2 3 2 0.294187041 1 1 0.4219014 3 NA NA 4 2 NA NA 2 0.705812959 NA NA 0.5780986 0.856073574 0.856073574 1 4.015784946 1.338594982 3 2.193931624 1.096965812 2 1.877970239 0.938985119 2 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.001328364 1 2.51E-11 1 0.000000105 1 5.65E-27 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 165012931 C T - - - - - - 29 0 0 52 0 0 24 4 16.7 70 1 1.4 75 10 13.3 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 1 1 100 FALSE FALSE 4.705812959 5 8 5.5780986 2 3 5 3 2 2 3 2 0.294187041 1 1 0.4219014 3 NA NA 4 2 NA NA 2 0.705812959 NA NA 0.5780986 0 NA 0 2.296698925 2.296698925 1 0.323316239 0.323316239 1 1.151014017 1.151014017 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8.654240732 8.654240732 1 NA NA 1 1 1 1 0.00000613 1 0.295930304 1 6.02E-12 0.005 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 165205035 G C - - - - - - 35 0 0 45 1 2.2 19 4 21.1 46 1 2.2 62 9 14.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 FALSE FALSE 4.705812959 5 8 5.5780986 2 3 5 3 2 2 3 2 0.294187041 1 1 0.4219014 3 NA NA 4 2 NA NA 2 0.705812959 NA NA 0.5780986 0.269051695 NA 0 2.901817204 0.967272401 3 0.508068376 0.508068376 1 1.254864906 1.254864906 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 1 1 0.201934322 1 0.00000228 1 0.205924651 1 3.12E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 166558112 A G - - - - - - 25 0 0 42 0 0 27 4 14.8 68 0 0 91 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4.705812959 5 8 5.5780986 2 3 5 3 2 2 3 2 0.294187041 1 1 0.4219014 3 NA NA 4 2 NA NA 2 0.705812959 NA NA 0.5780986 0 NA 0 2.035397849 2.035397849 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 0.00001 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 167343366 C G SCN7A CCDS46442.1 r.113g>c c.? p.? 5'UTR variant 34 0 0 35 1 2.9 21 3 14.3 78 2 2.6 73 10 13.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA FALSE FALSE 4.705812959 5 8 5.5780986 2 3 5 3 2 2 3 2 0.294187041 1 1 0.4219014 3 NA NA 4 2 NA NA 2 0.705812959 NA NA 0.5780986 0.354659052 NA 0 1.966634409 1.966634409 1 0.600444444 0.600444444 1 1.18563098 1.18563098 1 NA NA 0 NA NA 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.16091139 1 0.000155401 1 0.058485548 1 4.56E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 167625789 T A - - - - - - 26 0 0 38 0 0 24 3 12.5 83 1 1.2 80 13 16.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4.705812959 5 8 5.5780986 2 3 5 3 2 2 3 2 0.294187041 1 1 0.4219014 3 NA NA 4 2 NA NA 2 0.705812959 NA NA 0.5780986 0 NA 0 1.719086022 1.719086022 1 0.277128205 0.277128205 1 1.401986999 1.401986999 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 0.000233853 1 0.340346757 1 2.82E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 167970064 C G XIRP2 CCDS42769.1 r.? - - intronic 32 0 0 39 3 7.7 25 4 16 79 5 6.3 75 8 10.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.705812959 5 8 5.5780986 2 3 5 3 2 2 3 2 0.294187041 1 1 0.4219014 3 NA NA 4 2 NA NA 2 0.705812959 NA NA 0.5780986 0.941680931 0.941680931 1 2.200430108 2.200430108 1 1.454923077 1.454923077 1 0.926003758 0.926003758 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000998458 1 0.00000727 1 0.0000518 1 4.89E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 171994133 C T TLK1 CCDS2241.1 r.? - - intronic 32 0 0 43 1 2.3 29 4 13.8 44 3 6.8 97 8 8.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4.705812959 5 8 5.571409595 2 3 5 3 2 2 3 2 0.294187041 1 1 0.428590405 3 NA NA 4 2 NA NA 2 0.705812959 NA NA 0.571409595 0.281281317 NA 0 1.897870968 1.897870968 1 1.570393162 1.570393162 1 0.709099242 0.709099242 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.193893409 1 0.0000134 1 0.00142027 1 0.000000038 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 180646724 T A ZNF385B CCDS33339.1 r.? - - intronic 21 0 0 41 4 9.8 27 3 11.1 71 0 0 95 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.705812959 5 8 5.571409595 2 3 5 3 2 2 3 2 0.294187041 1 1 0.428590405 3 NA NA 4 2 NA NA 2 0.705812959 NA NA 0.571409595 1.198503003 1.198503003 1 1.526548387 1.526548387 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 9 NA 1 1 0.0000546 1 0.000334187 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 181170193 A C - - - - - - 35 0 0 47 3 6.4 27 3 11.1 81 8 9.9 78 14 17.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.705812959 5 8 5.571409595 2 3 5 3 2 2 3 2 0.294187041 1 1 0.428590405 3 NA NA 4 2 NA NA 2 0.705812959 NA NA 0.571409595 0.782695839 0.782695839 1 1.526548387 1.526548387 1 2.286307692 1.143153846 2 1.547911759 1.547911759 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.001719595 1 0.000334187 1 9.08E-09 1 4.63E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 185036224 G T - - - - - - 30 0 0 43 3 7 25 4 16 67 0 0 69 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.573731471 4 7 4.607332612 2 3 5 3 1 1 2 1 0.426268529 1 1 0.392667388 3 NA NA 4 1 NA NA 1 0.573731471 NA NA 0.607332612 0.77682787 0.77682787 1 2.040430108 2.040430108 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 9 NA 1 1 0.001328364 1 0.00000727 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 185060377 G C - - - - - - 37 0 0 38 3 7.9 23 4 17.4 76 0 0 67 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.573731471 4 7 4.607332612 2 3 5 3 1 1 2 1 0.426268529 1 1 0.392667388 3 NA NA 4 1 NA NA 1 0.573731471 NA NA 0.607332612 0.876705739 0.876705739 1 2.218967742 2.218967742 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 9 NA 1 1 0.000925091 1 0.00000513 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 186523584 G A - - - - - - 31 0 0 35 0 0 26 4 15.4 66 4 6.1 59 6 10.2 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 FALSE FALSE 3.573731471 4 7 4.607332612 2 3 5 3 1 1 2 1 0.426268529 1 1 0.392667388 3 NA NA 4 1 NA NA 1 0.573731471 NA NA 0.607332612 0 NA 0 1.963913978 1.963913978 1 1.347735043 1.347735043 1 0.783714424 0.783714424 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 1 1 1 1 0.00000856 1 0.000351793 1 0.000000561 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 186779122 C A - - - - - - 32 0 0 31 3 9.7 22 4 18.2 82 0 0 67 8 11.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.573731471 4 7 4.607332612 2 3 5 3 1 1 2 1 0.426268529 1 1 0.392667388 3 NA NA 4 1 NA NA 1 0.573731471 NA NA 0.607332612 1.076461476 1.076461476 1 2.320989247 2.320989247 1 0 0 1 0.914333495 0.914333495 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.000505952 1 0.00000425 1 1 1 1.96E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 187116712 G T - - - - - - 45 0 0 41 3 7.3 28 5 17.9 55 0 0 77 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.573731471 4 7 4.607332612 2 3 5 3 1 1 2 1 0.426268529 1 1 0.392667388 3 NA NA 4 1 NA NA 1 0.573731471 NA NA 0.607332612 0.810120493 0.810120493 1 2.282731183 2.282731183 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 9 NA 1 1 0.001155993 1 0.000000279 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 189060868 A C - - - - - - 26 0 0 37 2 5.4 27 4 14.8 66 3 4.5 63 9 14.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.573731471 4 7 4.607332612 2 3 5 3 1 1 2 1 0.426268529 1 1 0.392667388 3 NA NA 4 1 NA NA 1 0.573731471 NA NA 0.607332612 0.599267214 0.599267214 1 1.887397849 1.887397849 1 0.994230769 0.994230769 1 1.098736888 1.098736888 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.014826063 1 0.00001 1 0.004522888 1 3.62E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 190362153 A T - - - - - - 40 0 0 40 4 10 26 3 11.5 55 1 1.8 61 5 8.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.573731471 4 7 4.607332612 2 3 5 3 1 1 2 1 0.426268529 1 1 0.392667388 3 NA NA 4 1 NA NA 1 0.573731471 NA NA 0.607332612 1.109754099 1.109754099 1 1.46655914 1.46655914 1 0.397692308 0.397692308 1 0.630044929 0.630044929 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.0000495 1 0.000298167 1 0.240951649 1 0.0000147 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 194350215 T C - - - - - - 29 0 0 43 1 2.3 24 4 16.7 77 0 0 66 8 12.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.573731471 4 7 4.607332612 2 3 5 3 1 1 2 1 0.426268529 1 1 0.392667388 3 NA NA 4 1 NA NA 1 0.573731471 NA NA 0.607332612 0.255243443 NA 0 2.129698925 2.129698925 1 0 0 1 0.929700444 0.929700444 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.193893409 1 0.00000613 1 1 1 1.73E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 199572842 T G - - - - - - 39 0 0 39 1 2.6 20 3 15 72 0 0 68 8 11.8 665 2 0.3 657 18 2.7 143 46 32.2 714 28 3.9 953 124 13 FALSE TRUE 3.573731471 4 7 4.607332612 2 3 5 3 1 1 2 1 0.426268529 1 1 0.392667388 3 NA NA 4 1 NA NA 1 0.573731471 NA NA 0.607332612 0.288536066 NA 0 1.912903226 1.912903226 1 0 0 1 0.90665002 0.90665002 1 0.299633607 0.299633607 1 4.106365591 1.36878853 3 0.861666667 0.861666667 1 0.998851717 0.998851717 1 NA 6 1 0.845114999 0.177567718 0.000000012 0.0001337 6.43E-69 1 2.08E-16 2.21E-09 2.99E-129 YES 0_1 1_1 0_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b 2 201208635 G A SPATS2L CCDS46483.1 r.? - - intronic 30 0 0 37 3 8.1 25 5 20 74 2 2.7 73 12 16.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.573731471 4 7 NA 2 3 5 NA 1 1 2 NA 0.426268529 1 1 NA 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.573731471 NA NA NA 0.898900821 0.898900821 1 2.550537634 0.850179211 3 0.596538462 0.596538462 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.000855237 1 0.000000153 1 0.053288733 1 3.39E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 203437780 C A - - - - - - 33 0 0 46 5 10.9 32 4 12.5 38 1 2.6 71 11 15.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.573731471 4 7 4.634447356 2 3 5 3 1 1 2 1 0.426268529 1 1 0.365552644 3 NA NA 4 1 NA NA 1 0.573731471 NA NA 0.634447356 1.209631968 1.209631968 1 1.594086022 1.594086022 1 0.574444444 0.574444444 1 1.195141371 1.195141371 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.00000361 1 0.0000201 1 0.173434892 1 9.49E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 212218832 G C - - - - - - 34 0 0 33 1 3 31 4 12.9 80 4 5 51 4 7.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 7 4 3 3 5 4 0 0 2 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.315714286 NA 0 1.516096774 1.516096774 1 1.104700855 1.104700855 1 0.551939086 0.551939086 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.15245715 1 0.0000177 1 0.000730349 1 0.000129466 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 212465091 C G ERBB4 CCDS2394.1 r.? - - intronic 23 0 0 28 3 10.7 20 3 15 72 4 5.6 70 16 22.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 7 4 3 3 5 4 0 0 2 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.126047619 1.126047619 1 1.762903226 1.762903226 1 1.237264957 1.237264957 1 1.620436548 0.810218274 2 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000372895 1 0.0001337 1 0.000490365 1 2.93E-22 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 219766585 G T - - - - - - 21 0 0 21 0 0 20 3 15 61 0 0 37 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 3.725067125 4 3 3 2 4 0 0 0 0 1 1 -0.725067125 1 NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 1.725067125 NA 0 0 1 1.762903226 1.762903226 1 0 NA 0 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 0.0001337 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 220947906 A G - - - - - - 33 0 0 31 3 9.7 19 5 26.3 69 1 1.4 67 8 11.9 1 0 0 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 1 0 0 FALSE FALSE 3 3 3.725067125 4 3 3 2 4 0 0 0 0 1 1 -0.725067125 1 NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 1.725067125 NA 1.020809524 1.020809524 1 3.090956989 1.030318996 3 0.263467179 NA 0 0.842060914 0.842060914 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 0 0 0 1 NA NA 1 1 0.000505952 1 3.43E-08 1 0.292392265 1 1.96E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 221768961 T A - - - - - - 25 0 0 35 0 0 19 3 15.8 65 0 0 63 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 3.725067125 4 3 3 2 4 0 0 0 0 1 1 -0.725067125 1 NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 1.725067125 NA 0 0 1 1.856924731 1.856924731 1 0 NA 0 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 0.000114071 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 222491135 T A - - - - - - 28 0 0 34 0 0 26 3 11.5 73 0 0 71 0 0 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 3.725067125 4 3 3 2 4 0 0 0 0 1 1 -0.725067125 1 NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 1.725067125 NA 0 0 1 1.35155914 1.35155914 1 0 NA 0 0 0 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 0.000298167 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 227488091 G C - - - - - - 27 0 0 28 2 7.1 24 4 16.7 69 3 4.3 76 15 19.7 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3.725067125 4 3 3 2 4 0 0 0 0 1 1 -0.725067125 1 NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 1.725067125 NA 0.747190476 0.747190476 1 1.962698925 1.962698925 1 0.809220621 0.809220621 1 1.394 1.394 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.008668191 1 0.00000613 1 0.005121501 1 6.51E-20 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 229688933 T A - - - - - - 25 0 0 27 2 7.4 29 5 17.2 57 0 0 51 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 3.725067125 4 3 3 2 4 0 0 0 0 1 1 -0.725067125 1 NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 1.725067125 NA 0.778761905 0.778761905 1 2.021462366 2.021462366 1 0 NA 0 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.00807567 1 0.000000336 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 243072406 C G - - - - - - 13 0 0 14 0 0 10 3 30 3 0 0 24 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 3.725067125 4 3 3 2 4 0 0 0 0 1 1 -0.725067125 1 NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 1.725067125 NA 0 0 1 3.525806452 1.175268817 3 0 NA 0 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 0.0000146 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 20 6467305 G A - - - - - - 29 0 0 28 3 10.7 15 6 40 54 7 13 67 15 22.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 2 3 4 3 2 2 3 1 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.233047619 1.233047619 1 4.301075269 2.150537634 2 2.352222222 1.176111111 2 1.585055838 0.792527919 2 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000372895 1 7.52E-11 1 1.13E-08 1 8.27E-21 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 20 30279894 G C BCL2L1 CCDS13189.1 r.? - - intronic 30 0 0 32 3 9.4 19 3 15.8 72 1 1.4 86 11 12.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 7 8.113372366 7 6 7 4 7 0 0 0 0 1 1 -3.113372366 1 NA NA 5 NA NA NA 0 NA NA NA 4.113372366 NA 1.271238095 1.271238095 1 2.488924731 2.488924731 1 0.324903452 NA 0 1.289746193 1.289746193 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.000556213 1 0.000114071 1 0.302953399 1 8.47E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 20 37846652 A T - - - - - - 37 0 0 45 0 0 37 5 13.5 80 0 0 96 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 3 2 5 4 3 2 4 1 0 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.586612903 1.586612903 1 0 NA 0 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 0.00000119 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 20 37930335 G C - - - - - - 39 0 0 41 3 7.3 34 6 17.6 78 3 3.8 91 10 11 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 1 100 TRUE FALSE 5 3 2 5 4 3 2 4 1 0 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.914238095 0.914238095 1 2.068473118 2.068473118 1 0.64957265 0.64957265 1 0.888375635 0.888375635 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8.076142132 8.076142132 1 8 NA 1 1 0.001155993 1 1.86E-08 1 0.007193566 1 4.34E-11 0.005 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 20 37932845 G C - - - - - - 32 0 0 52 3 5.8 36 4 11.1 86 1 1.2 73 6 8.2 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 3 2 5 4 3 2 4 1 0 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.726380952 0.726380952 1 1.304548387 1.304548387 1 0.205128205 NA 0 0.662243655 0.662243655 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.002300591 1 0.0000324 1 0.350192164 1 0.000002 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 20 37933741 G C - - - - - - 34 0 0 50 1 2 36 4 11.1 78 5 6.4 73 6 8.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 3 2 5 4 3 2 4 1 0 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.25047619 0.25047619 1 1.304548387 1.304548387 1 1.094017094 1.094017094 1 0.662243655 0.662243655 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.221687443 1 0.0000324 1 0.0000487 1 0.000002 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 20 41964935 C T - - - - - - 39 0 0 33 2 6.1 25 4 16 41 2 4.9 48 6 12.5 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.461268794 3.417766709 2 4 2 2 2 3 1 1 0 1 0.538731206 0.582233291 1 1 3 3 NA NA 1 1 NA NA 0.461268794 0.417766709 NA NA 0.670089777 0.670089777 1 1.947272781 1.947272781 1 0.837606838 0.837606838 1 0.884517766 0.884517766 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.011909843 1 0.00000727 1 0.018015855 1 0.00000016 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 20 42298012 G C MYBL2 CCDS13322.1 r.? - - intronic 38 0 0 28 1 3.6 16 4 25 31 1 3.2 39 7 17.9 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.461268794 3.417766709 2 3 2 2 2 2 1 1 0 1 0.538731206 0.582233291 1 1 3 3 NA NA 1 1 NA NA 0.461268794 0.417766709 NA NA 0.395462819 0.395462819 1 3.04261372 1.258439745 2.417766709 0.547008547 NA 0 1.087629442 1.087629442 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.130947004 1 0.00000108 1 0.143917729 1 1.04E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 20 49750341 C T - - - - - - 26 0 0 30 2 6.7 23 4 17.4 77 2 2.6 80 13 16.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 8 7 6.58868088 5 6 7 5 1 2 0 1 1 1 1 0.41131912 NA NA NA 6 NA NA NA 1 NA NA NA 0.58868088 0.906095238 0.906095238 1 2.914967742 0.971655914 3 0.574444444 0.574444444 1 1.565701328 1.565701328 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.009909649 1 0.00000513 1 0.057170369 1 2.82E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 20 50851115 C A - - - - - - 39 0 0 27 0 0 16 3 18.8 92 0 0 44 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 8 7 4.427643992 3 6 7 3 2 2 0 1 1 1 1 0.572356008 NA NA NA 4 NA NA NA 1 NA NA NA 0.427643992 0 0 1 3.149505376 3.149505376 1 0 NA 0 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 0.0000667 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 20 61024422 C A - - - - - - 41 0 0 29 3 10.3 15 4 26.7 5 0 0 84 9 10.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 1 3.72642084 4.287562082 2 1 0 3 1 0 0 1 1 1 -2.72642084 0.712437918 NA NA 1 4 NA NA 0 1 NA NA 3.72642084 0.287562082 1.083952381 1.083952381 1 2.603967742 2.603967742 1 0 NA 0 0.787916351 0.787916351 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000414371 1 0.000000816 1 1 1 5.13E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 11016873 T G - - - - - - 49 0 0 79 0 0 36 4 11.1 147 1 0.7 117 3 2.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 8 7 10 4 6 4 8 3 2 3 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.748548387 1.748548387 1 0.17565812 0.17565812 1 0.183979695 0.183979695 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 4 NA 1 1 1 1 0.0000324 1 0.521377766 1 0.021321371 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 14462772 G A - - - - - - 35 0 0 47 1 2.1 34 4 11.8 82 3 3.7 141 2 1.4 0 0 NA 0 0 NA 2 2 100 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 8 7 10 4 6 4 8 3 2 3 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.326 0.326 1 1.858817204 1.858817204 1 0.928478632 0.928478632 1 0.09906599 NA 0 NA NA 1 15.75268817 3.938172043 4 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.209895027 1 0.0000257 0.000025 0.008251578 1 0.157285967 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 17901585 G A - - - - - - 40 0 0 77 0 0 47 5 10.6 69 0 0 141 0 0 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 8 7 10 12 6 4 8 7 2 3 2 5 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 1.669784946 1.669784946 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 0.00000402 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 20605428 C T - - - - - - 38 0 0 55 0 0 33 4 12.1 103 0 0 97 9 9.3 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 13 7 18 9.666914217 8 4 11 5 5 3 7 4 1 1 1 0.333085783 NA NA NA 5 NA NA NA 5 NA NA NA 0.666914217 0 0 1 1.906075269 1.906075269 1 0 0 1 1.18510424 1.18510424 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 1 1 0.0000228 1 1 1 1.88E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 21480404 G C - - - - - - 31 0 0 63 2 3.2 38 4 10.5 108 2 1.9 135 7 5.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 13 7 18 9.666914217 8 4 11 5 5 3 7 4 1 1 1 0.333085783 NA NA NA 5 NA NA NA 5 NA NA NA 0.666914217 0.656761905 0.656761905 1 1.654032258 1.654032258 1 0.628786325 0.628786325 1 0.66263893 0.66263893 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.03993132 1 0.0000403 1 0.102203269 1 0.00000619 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 21485976 T A - - - - - - 39 0 0 60 3 5 23 3 13 82 0 0 117 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 13 7 18 9.666914217 8 4 11 5 5 3 7 4 1 1 1 0.333085783 NA NA NA 5 NA NA NA 5 NA NA NA 0.666914217 1.026190476 1.026190476 1 2.047849462 2.047849462 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 9 NA 1 1 0.003458198 1 0.000205387 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 21988191 G A - - - - - - 34 0 0 79 4 5.1 40 5 12.5 109 1 0.9 120 6 5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 13 7 25 11 8 4 18 7 5 3 7 4 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.046714286 1.046714286 1 1.969086022 1.969086022 1 0.360846154 0.360846154 1 0.703807107 0.703807107 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000696582 1 0.00000178 1 0.420950353 1 0.0000351 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 22164336 C A - - - - - - 35 0 0 59 2 3.4 35 4 11.4 92 2 2.2 129 6 4.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 2 0 0 TRUE FALSE 13 7 25 11 8 4 18 7 5 3 7 4 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.697809524 0.697809524 1 1.795806452 1.795806452 1 0.882068376 0.882068376 1 0.66157868 0.66157868 1 NA NA 1 NA NA 0 0 0 1 0 NA 0 8 NA 1 1 0.035441897 1 0.0000289 1 0.07793117 1 0.0000526 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 23081072 T G - - - - - - 42 0 0 69 0 0 30 3 10 118 0 0 147 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 13 7 25 11 8 4 18 7 5 3 7 4 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.575268817 1.575268817 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 9 NA 1 1 1 1 0.000458697 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 23259628 G T - - - - - - 33 0 0 88 1 1.1 25 4 16 139 5 3.6 141 6 4.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 13 7 25 11 8 4 18 7 5 3 7 4 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.225761905 0.225761905 1 2.520430108 2.520430108 1 1.443384615 1.443384615 1 0.605274112 0.605274112 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.356673997 1 0.00000727 1 0.000721401 1 0.000086 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 25368865 G A - - - - - - 31 0 0 254 1 0.4 134 8 6 275 3 1.1 607 22 3.6 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 2 0 0 TRUE FALSE 48 48 68 46 43 43 61 41 5 5 7 5 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.222095238 0.222095238 1 3.40516129 1.135053763 3 0.914034188 0.914034188 1 1.766741117 0.883370558 2 NA NA 1 0 0 1 NA NA 1 0 NA 0 8 NA 1 1 0.720061578 1 0.000000465 1 0.160118 1 1.5E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 25996520 A G - - - - - - 38 0 0 166 6 3.6 86 7 8.1 218 7 3.2 440 15 3.4 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 48 48 68 46 43 43 61 41 5 5 7 5 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.998857143 1.998857143 1 4.596967742 0.919393548 5 2.659008547 0.886336182 3 1.668588832 0.834294416 2 NA NA 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000209524 1 0.000000297 1 0.000131407 1 1.13E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 26599169 T A - - - - - - 41 0 0 77 3 3.9 40 5 12.5 108 0 0 119 8 6.7 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 11 7 15 11.33431807 6 4 8 7 5 3 7 4 1 1 1 0.665681931 NA NA NA 7 NA NA NA 5 NA NA NA 0.334318069 0.722428571 0.722428571 1 1.969086022 1.969086022 1 0 0 1 0.965500833 0.965500833 1 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.006942426 1 0.00000178 1 1 1 0.000000187 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 27520715 G A APP CCDS33523.1 r.? - - intronic 32 0 0 54 3 5.6 30 4 13.3 85 4 4.7 100 6 6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 11 7 15 10 6 4 8 5 5 3 7 5 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.037333333 1.037333333 1 2.095107527 2.095107527 1 1.414418803 1.414418803 1 0.784568528 0.784568528 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.00256299 1 0.0000154 1 0.000916711 1 0.0000125 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 27624771 C T - - - - - - 19 0 0 72 3 4.2 35 5 14.3 96 4 4.2 125 6 4.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 11 7 15 10 6 4 8 5 5 3 7 5 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.778 0.778 1 2.252634409 2.252634409 1 1.263948718 1.263948718 1 0.627654822 0.627654822 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.00576558 1 0.000000895 1 0.001440082 1 0.0000441 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 27934925 A G CYYR1 CCDS13578.1 r.? - - intronic 37 0 0 61 4 6.6 27 4 14.8 100 0 0 97 11 11.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 11 7 15 10 6 4 8 5 5 3 7 5 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.222571429 1.222571429 1 2.331397849 2.331397849 1 0 0 1 1.477604061 1.477604061 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.000259828 1 0.00001 1 1 1 3.27E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 32353379 T C - - - - - - 36 0 0 58 0 0 43 7 16.3 77 3 3.9 76 12 15.8 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 6 4 5.457182397 5 5 4 4 0 1 0 1 1 1 1 0.542817603 NA NA NA 5 NA NA NA 1 NA NA NA 0.457182397 0 0 1 2.404688172 0.801562724 3 0.744666667 0.744666667 1 1.348265276 1.348265276 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 1 1 2.15E-09 1 0.006942426 1 5.63E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 33206192 G A - - - - - - 30 0 0 44 0 0 26 4 15.4 56 2 3.6 67 9 13.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 6 4 5.457182397 5 5 4 4 0 1 0 1 1 1 1 0.542817603 NA NA NA 5 NA NA NA 1 NA NA NA 0.457182397 0 0 1 2.271913978 2.271913978 1 0.687384615 0.687384615 1 1.143465487 1.143465487 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 1 1 0.00000856 1 0.032213353 1 6.43E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 33636054 T C C21orf45 CCDS13611.1 r.? - - downstream 32 0 0 48 0 0 36 5 13.9 53 0 0 67 6 9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 6 4 5.457182397 5 5 4 4 0 1 0 1 1 1 1 0.542817603 NA NA NA 5 NA NA NA 1 NA NA NA 0.457182397 0 0 1 2.050623656 2.050623656 1 0 NA 0 0.767999208 0.767999208 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 0.00000104 1 1 1 0.0000012 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 35717805 G A - - - - - - 25 0 0 31 0 0 14 4 28.6 43 3 7 73 6 8.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 6 4 5.457182397 5 5 4 4 0 1 0 1 1 1 1 0.542817603 NA NA NA 5 NA NA NA 1 NA NA NA 0.457182397 0 0 1 4.219268817 1.054817204 4 1.336581197 1.336581197 1 0.699732611 0.699732611 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 1 1 0.000000601 1 0.001328364 1 0.000002 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 42230556 C G - - - - - - 34 0 0 67 2 3 37 4 10.8 87 0 0 119 34 28.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 10 8 12 9.678637329 5 5 7 5 5 3 5 4 1 1 1 0.321362671 NA NA NA 5 NA NA NA 5 NA NA NA 0.678637329 0.525714286 0.525714286 1 1.809290323 1.809290323 1 0 0 1 3.647866926 0.911966731 4 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.044622585 1 0.0000362 1 1 1 2.58E-49 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 44523686 T C U2AF1 CCDS42948.1 r.? - - intronic 31 0 0 41 0 0 40 5 12.5 65 2 3.1 83 7 8.4 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.718079999 3 4.575180096 5.524706425 4 3 0 4 0 0 0 1 1.281920001 1 -3.575180096 0.475293575 4 NA 1 5 1 NA 0 1 -0.281920001 NA 4.575180096 0.524706425 0 0 1 1.469086022 1.469086022 1 0.609745113 0.609745113 1 0.722471279 0.722471279 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 1 1 0.00000178 1 0.042252341 1 0.000000233 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 22 35226965 G T - - - - - - 26 0 0 29 0 0 21 3 14.3 55 0 0 48 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.669744295 3 1 4 2 2 1 2 1 1 0 2 0.330255705 1 1 1 2 NA NA NA 2 NA NA NA 0.669744295 NA NA NA 0 0 1 1.680634409 1.680634409 1 0 NA 0 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 0.000155401 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 22 40989538 C G MKL1 CCDS14003.1 r.? - - intronic 33 0 0 37 3 8.1 31 4 12.9 63 2 3.2 79 10 12.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.669744295 3 1 4 2 2 1 2 1 1 0 2 0.330255705 1 1 1 2 NA NA NA 2 NA NA NA 0.669744295 NA NA NA 0.906677859 0.906677859 1 1.516096774 1.516096774 1 0.515008547 0.515008547 1 0.898670051 0.898670051 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000855237 1 0.0000177 1 0.03993132 1 1.03E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 22 48768645 C T - - - - - - 29 0 0 33 3 9.1 18 4 22.2 28 4 14.3 59 10 16.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.669744295 3 1 4 2 2 1 2 1 1 0 2 0.330255705 1 1 1 2 NA NA NA 2 NA NA NA 0.669744295 NA NA NA 1.018613398 1.018613398 1 2.609096774 1.304548387 2 2.301444444 2.301444444 1 1.19586802 1.19586802 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000609557 1 0.00000181 1 0.0000116 1 4.91E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 1589841 G A - - - - - - 24 0 0 45 4 8.9 26 5 19.2 79 0 0 82 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5.599105779 4 8 6.230193471 3 3 5 3 2 1 3 3 0.400894221 1 1 0.769806529 4 NA NA 4 2 NA NA 3 0.599105779 NA NA 0.230193471 1.167939462 1.167939462 1 2.448516129 0.816172043 3 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 9 NA 1 1 0.0000791 1 0.000000188 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 1635137 T G - - - - - - 34 0 0 40 1 2.5 26 3 11.5 68 0 0 69 9 13 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA FALSE FALSE 5.599105779 4 8 6.230193471 3 3 5 3 2 1 3 3 0.400894221 1 1 0.769806529 4 NA NA 4 2 NA NA 3 0.599105779 NA NA 0.230193471 0.328072883 NA 0 1.46655914 1.46655914 1 0 0 1 1.209823628 1.209823628 1 NA NA 1 NA NA 0 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.181679879 1 0.000298167 1 1 1 8.45E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 6606593 A G - - - - - - 32 0 0 41 4 9.8 24 5 20.8 22 0 0 66 6 9.1 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 1 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 3.641082306 4 8 4 3 3 5 3 0 1 3 1 0.358917694 1 1 1 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 1.094159399 1.094159399 1 2.65255914 0.88418638 3 0 0 1 0.643928934 0.643928934 1 NA NA 0 0 0 1 0 0 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.0000546 1 0.000000123 1 1 1 0.0000011 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 6857602 C A GRM7 ENST00000448328 r.? - - intronic 37 0 0 25 0 0 25 5 20 60 0 0 50 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.641082306 4 3 3 3 4 3 3 0 0 0 0 0.358917694 1 1 1 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 0 0 1 2.550537634 0.850179211 3 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 9 NA 1 1 1 1 0.000000153 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 8448611 G T ENSG00000234563 ENST00000446572 r.? - - intronic 28 0 0 39 1 2.6 23 5 21.7 56 2 3.6 64 8 12.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.641082306 4 3 3 3 4 3 3 0 0 0 0 0.358917694 1 1 1 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 0.290287188 0.290287188 1 2.767333333 0.922444444 3 0.651384615 0.651384615 1 0.759517766 0.759517766 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.177567718 1 9.75E-08 1 0.032213353 1 1.35E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 9536044 G A - - - - - - 25 0 0 41 2 4.9 26 4 15.4 47 0 0 56 10 17.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.641082306 4 3 3 3 4 3 3 0 0 0 0 0.358917694 1 1 1 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 0.5470797 0.5470797 1 1.963913978 1.963913978 1 0 0 1 1.087629442 1.087629442 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.018015855 1 0.00000856 1 1 1 2.82E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 17958346 C T - - - - - - 28 0 0 32 2 6.2 23 7 30.4 68 0 0 41 3 7.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.641082306 4 3 3 3 4 3 3 0 0 0 0 0.358917694 1 1 1 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 0.692223293 0.692223293 1 3.876817204 0.969204301 4 0 0 1 0.443558376 0.443558376 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 0.011224977 1 1.79E-11 1 1 1 0.001155993 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 21912562 T C - - - - - - 39 0 0 33 3 9.1 29 5 17.2 82 0 0 62 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.641082306 4 3 3 3 4 3 3 0 0 0 0 0.358917694 1 1 1 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 1.016005157 1.016005157 1 2.193462366 2.193462366 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 9 NA 1 1 0.000609557 1 0.000000336 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 22051018 G C - - - - - - 19 0 0 33 3 9.1 24 3 12.5 30 5 16.7 54 9 16.7 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.641082306 4 3 3 3 4 3 3 0 0 0 0 0.358917694 1 1 1 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 1.016005157 1.016005157 1 1.594086022 1.594086022 1 3.021700855 1.007233618 3 1.014715736 1.014715736 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000609557 1 0.000233853 1 0.000000401 1 8.48E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 27706053 G T - - - - - - 21 0 0 35 3 8.6 22 6 27.3 51 4 7.8 55 6 10.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 TRUE FALSE 3.641082306 4 3 3 3 4 3 3 0 0 0 0 0.358917694 1 1 1 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 0.960180697 0.960180697 1 3.481483871 0.870370968 4 1.411333333 1.411333333 1 0.662299492 0.662299492 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 0 NA 0 8 NA 1 1 0.000725791 1 1.09E-09 1 0.000129466 1 0.000000367 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 35083259 C G - - - - - - 33 0 0 28 2 7.1 30 4 13.3 68 0 0 61 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.641082306 4 3 3 3 4 3 3 0 0 0 0 0.358917694 1 1 1 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 0.79270732 0.79270732 1 1.696107527 1.696107527 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 9 NA 1 1 0.008668191 1 0.0000154 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 35102745 C G - - - - - - 36 0 0 35 0 0 33 4 12.1 69 3 4.3 43 9 20.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.641082306 4 3 3 3 4 3 3 0 0 0 0 0.358917694 1 1 1 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 0 0 1 1.543075269 1.543075269 1 0.778042735 0.778042735 1 1.269913706 1.269913706 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 1 1 0.0000228 1 0.005121501 1 9.45E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 36290312 C G - - - - - - 27 0 0 37 4 10.8 34 4 11.8 56 3 5.4 50 8 16 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 3.641082306 4 3 3 3 4 3 3 0 0 0 0 0.358917694 1 1 1 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 1.205808318 1.205808318 1 1.504817204 1.504817204 1 0.977076923 0.977076923 1 0.972182741 0.972182741 1 NA NA 1 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.0000362 1 0.0000257 1 0.00284314 1 1.74E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 56562066 C A - - - - - - 29 0 0 45 2 4.4 35 4 11.4 67 3 4.5 47 6 12.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.641082306 4 3 3 3 4 3 3 0 0 0 0 0.358917694 1 1 1 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 0.491255241 0.491255241 1 1.453806452 1.453806452 1 0.814230769 0.814230769 1 0.777746193 0.777746193 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.021467209 1 0.0000289 1 0.004717431 1 0.000000141 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 59793615 G A FHIT CCDS2894.1 r.? - - intronic 43 0 0 36 4 11.1 19 4 21.1 68 2 2.9 60 14 23.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.641082306 4 3 3 3 4 3 3 0 0 0 0 0.358917694 1 1 1 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 1.239302993 1.239302993 1 2.690817204 0.896939068 3 0.524726496 0.524726496 1 1.415741117 1.415741117 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.0000324 1 0.00000228 1 0.045825786 1 8.54E-20 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 62183596 T G PTPRG CCDS2895.1 r.? - - intronic 30 0 0 34 2 5.9 24 3 12.5 54 5 9.3 58 8 13.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.641082306 4 3 3 3 4 3 3 0 0 0 0 0.358917694 1 1 1 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 0.658728618 0.658728618 1 1.594086022 1.594086022 1 1.68274359 1.68274359 1 0.838507614 0.838507614 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.012612579 1 0.000233853 1 0.00000806 1 5.99E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 76179231 A G ROBO2 ENST00000487694 r.? - - intronic 29 0 0 35 7 20 35 8 22.9 67 3 4.5 60 10 16.7 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.641082306 4 3 3 3 4 3 3 0 0 0 0 0.358917694 1 1 1 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 2.232978366 1.116489183 2 2.920365591 0.973455197 3 0.814230769 0.814230769 1 1.014715736 1.014715736 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 4.65E-10 1 8.15E-12 1 0.004717431 1 5.86E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 82983015 A T - - - - - - 25 0 0 34 3 8.8 24 6 25 55 3 5.5 32 7 21.9 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.641082306 4 3 NA 3 4 3 NA 0 0 0 NA 0.358917694 1 1 NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 0.982510481 0.982510481 1 3.188172043 1.062724014 3 0.99517094 0.99517094 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.000666058 1 1.95E-09 1 0.002700822 1 2.36E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 83195004 C T - - - - - - 34 0 0 36 3 8.3 22 7 31.8 73 8 11 70 11 15.7 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.641082306 4 3 NA 3 4 3 NA 0 0 0 NA 0.358917694 1 1 NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 0.926686022 0.926686022 1 4.055354839 1.01383871 4 1.99034188 0.99517094 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.000788827 1 1.25E-11 1 3.93E-09 1 8.06E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 83961915 C G - - - - - - 43 0 0 32 2 6.2 33 8 24.2 54 3 5.6 58 10 17.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.641082306 4 3 NA 3 4 3 NA 0 0 0 NA 0.358917694 1 1 NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 0.692223293 0.692223293 1 3.086150538 1.028716846 3 1.013264957 1.013264957 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.011224977 1 4.85E-12 1 0.00256299 1 4.1E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 84169875 A C - - - - - - 43 0 0 42 0 0 23 4 17.4 70 3 4.3 83 10 12 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.641082306 4 3 NA 3 4 3 NA 0 0 0 NA 0.358917694 1 1 NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 0 0 1 2.218967742 2.218967742 1 0.778042735 0.778042735 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 0.00000513 1 0.005331097 1 1.7E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 86386930 A T - - - - - - 26 0 0 31 1 3.2 23 4 17.4 58 0 0 69 7 10.1 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.641082306 5 5 4 3 4 3 3 0 1 2 1 0.358917694 1 1 1 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 0.357276539 NA 0 2.392967742 2.392967742 1 0 0 1 0.714690355 0.714690355 1 NA NA 0 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.143917729 1 0.00000513 1 1 1 6.43E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 88091802 C A - - - - - - 39 0 0 30 0 0 30 4 13.3 89 4 4.5 78 12 15.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.641082306 5 5 4 3 4 3 3 0 1 2 1 0.358917694 1 1 1 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 0 NA 0 1.829107527 1.829107527 1 0.904230769 0.904230769 1 1.089725888 1.089725888 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 0.0000154 1 0.001088103 1 7.82E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 89536143 A G EPHA3 CCDS2922.1 r.? - - downstream 28 0 0 49 3 6.1 32 7 21.9 58 3 5.2 80 7 8.8 0 0 NA 0 0 NA 4 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0.681168065 0.681168065 1 3.01183871 1.003946237 3 1.044888889 1.044888889 1 0.534700508 0.534700508 1 NA NA 0 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.001939399 1 2.36E-10 1 0.003141421 1 0.00000018 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 89886569 T A - - - - - - 24 0 0 32 0 0 27 3 11.1 71 0 0 65 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0 NA 0 1.526548387 1.526548387 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 0.000334187 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 93999094 C G - - - - - - 32 0 0 37 2 5.4 26 4 15.4 68 0 0 71 6 8.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0.603001238 0.603001238 1 2.117913978 2.117913978 1 0 0 1 0.516472081 0.516472081 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.014826063 1 0.00000856 1 1 1 0.00000169 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 96277815 G T - - - - - - 37 0 0 45 0 0 29 5 17.2 73 1 1.4 50 7 14 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0 0 1 2.365462366 1.182731183 2 0.281316239 0.281316239 1 0.850659898 0.850659898 1 NA NA 0 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 4 NA 1 1 1 1 0.000000336 1 0.306438632 1 6.46E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 99109088 T A - - - - - - 30 0 0 43 5 11.6 28 3 10.7 72 1 1.4 54 11 20.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 1.295335993 1.295335993 1 1.471537634 1.471537634 1 0.281316239 0.281316239 1 1.239532995 1.239532995 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.00000257 1 0.000372895 1 0.302953399 1 3.84E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 101957369 C G ZPLD1 ENST00000491959 r.? - - intronic 31 0 0 34 2 5.9 23 4 17.4 78 6 7.7 69 11 15.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0.658834686 0.658834686 1 2.392967742 2.392967742 1 1.547239316 1.547239316 1 0.966106599 0.966106599 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.012612579 1 0.00000513 1 0.00000295 1 6.82E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 102879461 A C - - - - - - 33 0 0 46 1 2.2 26 3 11.5 67 0 0 69 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0.245667171 0.245667171 1 1.58155914 1.58155914 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 9 NA 1 1 0.205924651 1 0.000298167 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 105769446 T A - - - - - - 34 0 0 33 3 9.1 33 4 12.1 85 2 2.4 55 7 12.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 1.016168753 1.016168753 1 1.664075269 1.664075269 1 0.48225641 0.48225641 1 0.771670051 0.771670051 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000609557 1 0.0000228 1 0.067975933 1 1.28E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 106001234 A T - - - - - - 32 0 0 38 3 7.9 29 3 10.3 64 5 7.8 72 9 12.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0.882168478 0.882168478 1 1.416526882 1.416526882 1 1.567333333 1.567333333 1 0.759517766 0.759517766 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000925091 1 0.000414371 1 0.0000186 1 1.25E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 108714566 A G MORC1 CCDS2955.1 r.? - - intronic 34 0 0 33 2 6.1 20 4 20 83 9 10.8 67 12 17.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0.681168065 0.681168065 1 2.750537634 0.916845878 3 2.170153846 1.085076923 2 1.087629442 1.087629442 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.011909843 1 0.00000284 1 4.6E-10 1 1.14E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 109284443 G A - - - - - - 29 0 0 41 3 7.3 24 5 20.8 63 1 1.6 70 6 8.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0.81516834 0.81516834 1 2.86055914 0.953519713 3 0.321504274 0.321504274 1 0.522548223 0.522548223 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.001155993 1 0.000000123 1 0.27078753 1 0.00000156 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 109973495 G C - - - - - - 21 0 0 38 0 0 25 3 12 45 3 6.7 60 5 8.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0 0 1 1.650322581 1.650322581 1 1.346299145 1.346299145 1 0.504319797 0.504319797 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 1 1 0.00026475 1 0.001516071 1 0.0000136 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 112415674 G A - - - - - - 35 0 0 41 3 7.3 23 5 21.7 65 5 7.7 67 12 17.9 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0.81516834 0.81516834 1 2.984333333 0.994777778 3 1.547239316 1.547239316 1 1.087629442 1.087629442 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.001155993 1 9.75E-08 1 0.0000201 1 1.14E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 112774859 G A - - - - - - 25 0 0 53 1 1.9 26 5 19.2 72 2 2.8 61 5 8.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0.212167102 0.212167102 1 2.640516129 0.880172043 3 0.562632479 0.562632479 1 0.498243655 0.498243655 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.233303855 1 0.000000188 1 0.050755634 1 0.0000147 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 116001381 A G LSAMP CCDS2982.1 r.? - - intronic 34 0 0 41 4 9.8 18 4 22.2 70 3 4.3 58 9 15.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 1.09433558 1.09433558 1 3.053096774 1.017698925 3 0.864042735 0.864042735 1 0.94180203 0.94180203 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.0000546 1 0.00000181 1 0.005331097 1 1.67E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 116917893 C A - - - - - - 30 0 0 51 3 5.9 27 5 18.5 82 6 7.3 65 12 18.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0.658834686 0.658834686 1 2.544247312 0.848082437 3 1.466863248 1.466863248 1 1.124086294 1.124086294 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.002175924 1 0.00000023 1 0.00000395 1 7.7E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 118492763 T C - - - - - - 33 0 0 39 0 0 40 5 12.5 60 0 0 63 2 3.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0 0 1 1.719086022 1.719086022 1 0 0 1 0.194436548 0.194436548 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 4 NA 1 1 1 1 0.00000178 1 1 1 0.03993132 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 130237541 G A - - - - - - 34 0 0 35 2 5.7 23 4 17.4 38 1 2.6 67 7 10.4 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0.636501307 0.636501307 1 2.392967742 2.392967742 1 0.522444444 0.522444444 1 0.631918782 0.631918782 1 NA NA 0 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.013332991 1 0.00000513 1 0.173434892 1 5.23E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 131261844 T A CPNE4 CCDS3072.1 r.? - - intronic 30 0 0 36 0 0 20 3 15 61 0 0 67 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0 0 1 2.062903226 2.062903226 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 9 NA 1 1 1 1 0.0001337 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 137624430 G C - - - - - - 33 0 0 37 2 5.4 23 4 17.4 78 2 2.6 76 4 5.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0.603001238 0.603001238 1 2.392967742 2.392967742 1 0.522444444 0.522444444 1 0.322035533 0.322035533 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.014826063 1 0.00000513 1 0.058485548 1 0.00060191 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 144679421 T G - - - - - - 31 0 0 35 0 0 30 4 13.3 75 1 1.3 63 3 4.8 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0 0 1 1.829107527 1.829107527 1 0.261222222 0.261222222 1 0.291654822 0.291654822 1 NA NA 0 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 4 NA 1 1 1 1 0.0000154 1 0.313356907 1 0.003968795 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 146446168 G T - - - - - - 31 0 0 32 3 9.4 27 4 14.8 79 3 3.8 67 6 9 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 1.049668822 1.049668822 1 2.035397849 2.035397849 1 0.76357265 0.76357265 1 0.546852792 0.546852792 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000556213 1 0.00001 1 0.007450026 1 0.0000012 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 153589313 A G - - - - - - 34 0 0 36 2 5.6 23 4 17.4 58 1 1.7 67 8 11.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0.625334617 0.625334617 1 2.392967742 2.392967742 1 0.341598291 0.341598291 1 0.723060914 0.723060914 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.014070883 1 0.00000513 1 0.252280541 1 1.96E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 157614958 G A - - - - - - 26 0 0 36 4 11.1 18 5 27.8 11 1 9.1 65 21 32.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 1.239502545 1.239502545 1 3.823247312 1.274415771 3 1.828555556 1.828555556 1 1.962593909 0.981296954 2 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.0000324 1 2.54E-08 1 0.05364542 1 2.35E-32 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 162643358 G A - - - - - - 34 0 0 37 2 5.4 25 7 28 56 8 14.3 57 13 22.8 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0.603001238 0.603001238 1 3.850752688 1.283584229 3 2.873444444 0.957814815 3 1.385360406 1.385360406 1 NA NA 0 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.014826063 1 3.47E-11 1 4.48E-10 1 2.44E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 163058393 A T - - - - - - 26 0 0 32 2 6.2 17 4 23.5 52 2 3.8 55 14 25.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0.692334755 0.692334755 1 3.23188172 1.077293907 3 0.76357265 0.76357265 1 1.549416244 1.549416244 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.011224977 1 0.00000141 1 0.028101652 1 2.19E-20 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 165909610 A T - - - - - - 34 0 0 48 5 10.4 30 3 10 82 3 3.7 59 9 15.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 1.161335718 1.161335718 1 1.375268817 1.375268817 1 0.743478632 0.743478632 1 0.929649746 0.929649746 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 0 NA 0 8 NA 1 1 0.00000447 1 0.000458697 1 0.008251578 1 1.96E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 165961312 A G - - - - - - 34 0 0 43 3 7 30 6 20 66 8 12.1 76 12 15.8 3 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0.781668272 0.781668272 1 2.750537634 0.916845878 3 2.431376068 0.810458689 3 0.960030457 0.960030457 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.001328364 1 8.37E-09 1 1.73E-09 1 5.63E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 166299723 G C - - - - - - 20 0 0 39 0 0 25 4 16 65 0 0 55 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0 0 1 2.200430108 2.200430108 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 9 NA 1 1 1 1 0.00000727 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 166939566 G C - - - - - - 39 0 0 42 3 7.1 34 4 11.8 63 3 4.8 83 14 16.9 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0.792834961 0.792834961 1 1.622817204 1.622817204 1 0.964512821 0.964512821 1 1.02686802 1.02686802 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.001240292 1 0.0000257 1 0.003968795 1 1.17E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 177248442 A G - - - - - - 42 0 0 42 2 4.8 18 4 22.2 93 4 4.3 73 8 11 324 0 0 641 43 6.7 246 30 12.2 640 17 2.7 561 71 12.7 TRUE TRUE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0.5360011 0.5360011 1 3.053096774 1.017698925 3 0.864042735 0.864042735 1 0.668375635 0.668375635 1 0.748168203 1.1637757 0.64288007 1.677827957 0.838913978 2 0.542538462 0.542538462 1 0.771670051 0.771670051 1 8 10 1 1 0.018854633 1.18E-33 0.00000181 1.04E-31 0.001280785 4.67E-08 3.93E-09 6.49E-74 YES 1_1 1_1 1_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b 3 178404875 G A KCNMB2 CCDS3223.1 r.? - - intronic 33 0 0 35 4 11.4 22 6 27.3 55 9 16.4 66 18 27.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 1.273002614 1.273002614 1 3.754483871 1.251494624 3 3.295418803 1.098472934 3 1.658786802 0.829393401 2 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.0000289 1 1.09E-09 1 1.01E-11 1 2.08E-26 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 178793957 T A ZMAT3 CCDS3224.1 r.? - - upstream 42 0 0 36 2 5.6 25 3 12 72 0 0 84 6 7.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0.625334617 0.625334617 1 1.650322581 1.650322581 1 0 0 1 0.431406091 0.431406091 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.014070883 1 0.00026475 1 1 1 0.00000455 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 179959026 C A - - - - - - 31 0 0 35 0 0 28 5 17.9 74 0 0 76 0 0 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0 0 1 2.461731183 0.820577061 3 0 0 1 0 0 1 NA NA 0 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 9 NA 1 1 1 1 0.000000279 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 180315246 G C TTC14 CCDS46963.1 r.? - - upstream 32 0 0 41 3 7.3 23 3 13 52 0 0 64 5 7.8 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0.81516834 0.81516834 1 1.787849462 1.787849462 1 0 0 1 0.473939086 0.473939086 1 NA NA 0 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.001155993 1 0.000205387 1 1 1 0.0000186 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 185048835 A G MAP3K13 CCDS3270.1 r.? - - intronic 23 0 0 23 0 0 29 4 13.8 39 0 0 45 0 0 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0 0 1 1.897870968 1.897870968 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 0 NA 0 9 NA 1 1 1 1 0.0000134 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 187038659 C G - - - - - - 33 0 0 40 4 10 20 4 20 60 0 0 72 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 1.116668959 1.116668959 1 2.750537634 0.916845878 3 0 0 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 9 NA 1 1 0.0000495 1 0.00000284 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 187337321 C T - - - - - - 28 0 0 51 5 9.8 29 5 17.2 68 1 1.5 64 4 6.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 1.09433558 1.09433558 1 2.365462366 1.182731183 2 0.301410256 0.301410256 1 0.376720812 0.376720812 1 NA NA 0 NA NA 1 0 0 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.00000606 1 0.000000336 1 0.288836448 1 0.000312605 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 190842460 C G - - - - - - 25 0 0 28 2 7.1 18 3 16.7 57 3 5.3 56 11 19.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0.792834961 0.792834961 1 2.296698925 2.296698925 1 1.064982906 1.064982906 1 1.190923858 1.190923858 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.008668191 1 0.0000964 1 0.002989991 1 5.91E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 191045145 G C CCDC50 CCDS33913.1 r.? - - upstream 31 0 0 40 0 0 23 3 13 37 0 0 71 3 4.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0 0 1 1.787849462 1.787849462 1 0 0 1 0.25519797 0.25519797 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 4 NA 1 1 1 1 0.000205387 1 1 1 0.00554578 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 191658899 C G - - - - - - 33 0 0 41 0 0 28 6 21.4 76 0 0 88 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0 0 1 2.943075269 0.98102509 3 0 0 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 9 NA 1 1 1 1 5.36E-09 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 196491917 G A PAK2 CCDS3321.1 r.? - - intronic 22 0 0 24 2 8.3 19 4 21.1 20 0 0 50 4 8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0.926835236 0.926835236 1 2.901817204 0.967272401 3 0 0 1 0.486091371 0.486091371 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.006413403 1 0.00000228 1 1 1 0.000119787 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 4029629 C A - - - - - - 26 0 0 30 0 0 18 3 16.7 35 1 2.9 47 2 4.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 1 3 2 2 1 2 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.962698925 1.962698925 1 0.466726496 NA 0 0.261274112 0.261274112 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 0.0000964 1 0.16091139 1 0.02328732 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 4235704 C T TMEM128 CCDS3373.1 r.? - - downstream 20 0 0 25 3 12 25 5 20 86 0 0 56 0 0 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 1 3 2 2 1 2 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.262857143 1.262857143 1 2.350537634 1.175268817 2 0 NA 0 0 0 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.00026475 1 0.000000153 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 4619147 G A - - - - - - 25 0 0 32 2 6.2 17 4 23.5 50 0 0 57 13 22.8 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 1 0 0 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 1 3 2 2 1 2 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.65247619 0.65247619 1 2.76188172 1.38094086 2 0 NA 0 1.385360406 1.385360406 1 NA NA 1 0 0 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.011224977 1 0.00000141 1 1 1 2.44E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 7101305 G C - - - - - - 28 0 0 41 3 7.3 26 4 15.4 35 1 2.9 52 6 11.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 1 3 2 2 1 2 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.768238095 0.768238095 1 1.809913978 1.809913978 1 0.466726496 NA 0 0.698756345 0.698756345 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.001155993 1 0.00000856 1 0.16091139 1 0.000000261 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 7965201 C T ABLIM2 CCDS47015.1 r.? - - downstream 23 0 0 29 1 3.4 28 5 17.9 23 2 8.7 34 5 14.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 1 3 2 2 1 2 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.357809524 0.357809524 1 2.103731183 2.103731183 1 1.400179487 1.400179487 1 0.893192893 0.893192893 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.135292269 1 0.000000279 1 0.00589844 1 0.000000771 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 8558105 A G - - - - - - 40 0 0 31 3 9.7 22 4 18.2 63 12 19 49 13 26.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 1 3 2 2 1 2 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.020809524 1.020809524 1 2.138989247 2.138989247 1 3.057863248 3.057863248 1 1.610177665 0.805088832 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000505952 1 0.00000425 1 5.15E-16 1 2.71E-19 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 16980385 C A - - - - - - 30 0 0 26 3 11.5 21 4 19 43 5 11.6 52 20 38.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 1 3 2 2 1 2 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.210238095 1.210238095 1 2.233010753 2.233010753 1 1.866905983 1.866905983 1 2.339314721 1.16965736 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000298167 1 0.00000349 1 0.00000257 1 1.03E-32 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 20223813 C T - - - - - - 26 0 0 38 3 7.9 19 4 21.1 52 2 3.8 50 7 14 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 6 2 1 1 3 1 1 1 3 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.752380952 0.752380952 1 2.268817204 2.268817204 1 0.80157265 0.80157265 1 0.710659898 0.710659898 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000925091 1 0.00000228 1 0.028101652 1 6.46E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 21953669 C A KCNIP4 CCDS43216.1 r.? - - upstream 32 0 0 23 0 0 13 4 30.8 58 0 0 37 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 6 2 1 1 3 1 1 1 3 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 3.311827957 3.311827957 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 9 NA 1 1 1 1 0.000000431 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 27491676 A G - - - - - - 34 0 0 42 0 0 13 3 23.1 49 0 0 63 0 0 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 2.483870968 2.483870968 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 9 NA 1 1 1 1 0.0000344 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 27848837 T C - - - - - - 46 0 0 28 2 7.1 13 4 30.8 64 2 3.1 40 7 17.5 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.676190476 0.676190476 1 3.311827957 3.311827957 1 0.59191453 0.59191453 1 0.888324873 0.888324873 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.008668191 1 0.000000431 1 0.041085601 1 1.26E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 29130693 T G - - - - - - 35 0 0 34 3 8.8 18 4 22.2 58 3 5.2 46 8 17.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.838095238 0.838095238 1 2.387096774 2.387096774 1 0.992888889 0.992888889 1 0.883248731 0.883248731 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000666058 1 0.00000181 1 0.003141421 1 8.61E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 30701758 C A - - - - - - 30 0 0 33 2 6.1 16 5 31.2 67 0 0 47 9 19.1 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.580952381 0.580952381 1 3.35483871 3.35483871 1 0 0 1 0.969543147 0.969543147 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.011909843 1 0.000000013 1 1 1 2.24E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 34770557 T A - - - - - - 29 0 0 31 2 6.5 24 3 12.5 39 0 0 47 12 25.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.619047619 0.619047619 1 1.344086022 1.344086022 1 0 0 1 1.294416244 1.294416244 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.010558179 1 0.000233853 1 1 1 1.09E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 35253717 A T - - - - - - 28 0 0 33 4 12.1 24 6 25 64 5 7.8 43 10 23.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.152380952 1.152380952 1 2.688172043 2.688172043 1 1.489333333 1.489333333 1 1.182741117 1.182741117 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.0000228 1 1.95E-09 1 0.0000186 1 1.61E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 39277223 G C WDR19 CCDS47042.1 r.? - - intronic 28 0 0 31 0 0 25 4 16 54 0 0 68 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 2.368608171 3.514354775 3.740606529 3 1 2 2 1 1 1 1 1 0.631391829 0.485645225 0.259393471 NA 2 2 3 NA 1 2 1 NA 0.368608171 0.514354775 0.740606529 0 0 1 1.779407415 1.779407415 1 0 NA 0 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 0.00000727 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 44080221 G T - - - - - - 24 0 0 107 74 69.2 77 49 63.6 162 80 49.4 233 184 79 0 0 NA 0 0 NA 2 1 50 4 1 25 1 1 100 FALSE FALSE NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1.92E-143 1 1.21E-92 0.009975 1.99E-137 0.019850499 0 0.005 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 44080288 G C - - - - - - 36 0 0 108 81 75 67 41 61.2 163 86 52.8 209 170 81.3 0 0 NA 5 2 40 4 2 50 3 1 33.3 2 2 100 FALSE FALSE NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 7.59E-162 0.000247509 1.08E-76 0.000149002 5.03E-151 0.014925125 0 0.000025 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 44080341 G C - - - - - - 32 0 0 94 75 79.8 39 26 66.7 169 93 55 217 174 80.2 0 0 NA 8 5 62.5 4 2 50 4 2 50 6 5 83.3 FALSE FALSE NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 8.68E-154 1.73E-10 1.14E-50 0.000149002 1.36E-165 0.000149002 0 1.87E-11 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 44080625 G A - - - - - - 36 0 0 107 77 72 50 30 60 127 68 53.5 224 183 81.7 31 0 0 292 192 65.8 156 39 25 281 157 55.9 499 408 81.8 FALSE FALSE NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1.82E-151 0 3.98E-56 9.47E-54 2.22E-120 7.87E-280 0 0 YES 1_1 1_1 1_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b 4 44080659 G C - - - - - - 36 0 0 107 74 69.2 56 35 62.5 119 67 56.3 244 198 81.1 70 0 0 544 350 64.3 309 94 30.4 555 313 56.4 952 796 83.6 FALSE FALSE NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1.92E-143 0 3.54E-66 2.41E-136 9.93E-121 0 0 0 YES 1_1 1_1 1_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b 4 48890982 C G OCIAD2 CCDS3485.1 r.? - - intronic 35 0 0 37 3 8.1 20 6 30 95 16 16.8 39 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 3.440933507 16 2 3 2 14 1 1 1 2 1 1 0.559066493 1 1 NA 2 NA NA NA 2 NA NA NA 0.440933507 NA NA 0.933428571 0.933428571 1 3.658086504 1.829043252 2 5.223794872 1.044758974 5 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000855237 1 5.7E-10 1 5.8E-20 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 57454170 G A - - - - - - 29 0 0 48 0 0 27 5 18.5 105 0 0 59 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 FALSE FALSE 6 5.560851641 13 4 5 4 11 3 1 1 2 1 1 0.439148359 1 1 NA 5 NA NA NA 1 NA NA NA 0.560851641 NA NA 0 0 1 2.648004865 1.034032907 2.560851641 0 0 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 1 1 1 1 0.00000023 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 59579341 G T - - - - - - 25 0 0 40 1 2.5 25 4 16 100 0 0 64 8 12.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 5.560851641 13 4 5 4 11 3 1 1 2 1 1 0.439148359 1 1 NA 5 NA NA NA 1 NA NA NA 0.560851641 NA NA 0.338095238 0.338095238 1 2.29016637 2.29016637 1 0 0 1 0.884517766 0.884517766 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.181679879 1 0.00000727 1 1 1 1.35E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 60815664 T A - - - - - - 28 0 0 48 2 4.2 17 3 17.6 92 0 0 45 0 0 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 FALSE FALSE 6 3 13 3 4 2 11 2 2 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.568 0.568 1 2.068473118 2.068473118 1 0 0 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 1 1 0.024220359 1 0.0000807 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 61676702 A T - - - - - - 38 0 0 42 3 7.1 22 3 13.6 79 3 3.8 76 13 17.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 3 13 3 4 2 9 2 2 1 4 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.960190476 0.960190476 1 1.598365591 1.598365591 1 1.06757265 1.06757265 1 1.039020305 1.039020305 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.001240292 1 0.000179267 1 0.007450026 1 1.39E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 62988394 A T - - - - - - 34 0 0 36 1 2.8 23 4 17.4 78 4 5.1 45 10 22.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 3 13 3 4 2 9 2 2 1 4 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.378666667 0.378666667 1 2.044967742 2.044967742 1 1.432794872 1.432794872 1 1.348903553 1.348903553 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.165106833 1 0.00000513 1 0.000663934 1 2.66E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 66258714 C A EPHA5 CCDS3513.1 r.? - - intronic 41 0 0 31 2 6.5 37 4 10.8 119 34 28.6 93 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 5 22 4.335653924 4 4 19 3 1 1 3 1 1 1 1 0.664346076 NA NA NA 4 NA NA NA 1 NA NA NA 0.335653924 0.814047619 0.814047619 1 1.485290323 1.485290323 1 10.60888889 0.964444444 11 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.010558179 1 0.0000362 1 2.58E-49 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 66392782 A G EPHA5 CCDS3513.1 r.? - - intronic 32 0 0 40 1 2.5 25 4 16 119 0 0 77 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 5 22 4.335653924 4 4 19 3 1 1 3 1 1 1 1 0.664346076 NA NA NA 4 NA NA NA 1 NA NA NA 0.335653924 0.313095238 NA 0 2.200430108 2.200430108 1 0 0 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.181679879 1 0.00000727 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 69661465 G A - - - - - - 29 0 0 32 1 3.1 20 4 20 74 11 14.9 40 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2.709711149 2.727485129 7 2 1 1 5 1 1 1 2 1 0.290288851 0.272514871 1 1 2 2 NA NA 1 1 NA NA 0.709711149 0.727485129 NA NA 0.317239141 NA 0 2.29603466 2.29603466 1 3.292008547 1.097336182 3 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.14819814 1 0.00000284 1 1.53E-13 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 72686137 A C - - - - - - 38 0 0 28 2 7.1 25 3 12 61 4 6.6 57 15 26.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2.709711149 2.727485129 7 2 1 1 5 1 1 1 2 1 0.290288851 0.272514871 1 1 2 2 NA NA 1 1 NA NA 0.709711149 0.727485129 NA NA 0.726579968 0.726579968 1 1.377620796 1.377620796 1 1.458205128 1.458205128 1 1.335025381 1.335025381 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.008668191 1 0.00026475 1 0.000259828 1 5.53E-22 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 92990114 G C - - - - - - 41 0 0 38 2 5.3 20 4 20 77 4 5.2 48 5 10.4 1 0 0 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.504761905 0.504761905 1 2.150537634 2.150537634 1 0.992888889 0.992888889 1 0.527918782 0.527918782 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.015598339 1 0.00000284 1 0.000632383 1 0.00000447 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 97955808 T G - - - - - - 41 0 0 34 2 5.9 14 3 21.4 59 0 0 50 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.561904762 0.561904762 1 2.301075269 2.301075269 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 9 NA 1 1 0.012612579 1 0.0000437 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 98158007 G T - - - - - - 17 0 0 28 3 10.7 19 4 21.1 33 3 9.1 28 4 14.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.019047619 1.019047619 1 2.268817204 2.268817204 1 1.737555556 1.737555556 1 0.725888325 0.725888325 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000372895 1 0.00000228 1 0.000609557 1 0.0000116 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 116616580 T A - - - - - - 42 0 0 37 0 0 19 3 15.8 69 0 0 53 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.698924731 1.698924731 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 9 NA 1 1 1 1 0.000114071 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 122914798 A T - - - - - - 45 0 0 44 1 2.3 21 6 28.6 50 0 0 62 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.310367234 3.424717944 8 3.564528049 2 2 5 2 1 1 3 1 0.689632766 0.575282056 1 0.435471951 3 3 NA 3 1 1 NA 1 0.310367234 0.424717944 NA 0.564528049 0.249186065 0.249186065 1 3.482738149 1.436347744 2.424717944 0 0 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 9 NA 1 1 0.197923942 1 7.95E-10 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 124072623 G A SPATA5 CCDS3730.1 r.? - - intronic 38 0 0 37 1 2.7 28 4 14.3 85 3 3.5 65 5 7.7 1 0 0 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.310367234 3.424717944 8 3.564528049 2 2 5 2 1 1 3 1 0.689632766 0.575282056 1 0.435471951 3 3 NA 3 1 1 NA 1 0.310367234 0.424717944 NA 0.564528049 0.292522772 0.292522772 1 1.741369075 1.741369075 1 0.808290598 0.808290598 1 0.511331604 0.511331604 1 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.169281299 1 0.0000116 1 0.009101881 1 0.0000201 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 133133543 G T - - - - - - 38 0 0 37 2 5.4 24 6 25 90 4 4.4 60 8 13.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 2.555381352 4.506544679 4.485590808 3 1 2 3 1 1 2 1 1 0.444618648 0.493455321 0.514409192 NA 2 3 3 NA 1 2 2 NA 0.555381352 0.506544679 0.485590808 0.622285714 0.622285714 1 2.827017381 1.817571863 1.555381352 0.862424718 0.862424718 1 1.005710481 1.005710481 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.014826063 1 1.95E-09 1 0.001134224 1 7.93E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 135243568 C G - - - - - - 34 0 0 29 0 0 24 3 12.5 63 1 1.6 52 12 23.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2.555381352 4.506544679 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 0.444618648 0.493455321 1 NA 2 3 NA NA 1 2 NA NA 0.555381352 0.506544679 NA 0 0 1 1.41350869 1.41350869 1 0.313608988 0.313608988 1 1.172588832 1.172588832 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 1 1 0.000233853 1 0.27078753 1 4.19E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 135923124 G T - - - - - - 45 0 0 29 2 6.9 25 5 20 79 4 5.1 46 7 15.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2.555381352 4.506544679 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 0.444618648 0.493455321 1 NA 2 3 NA NA 1 2 NA NA 0.555381352 0.506544679 NA 0.657142857 0.657142857 1 2.261613905 2.261613905 1 0.99962865 0.99962865 1 0.771573604 0.771573604 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.009279585 1 0.000000153 1 0.000696582 1 3.53E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 138297995 C A - - - - - - 28 0 0 30 3 10 20 3 15 68 4 5.9 61 17 27.9 309 0 0 309 64 20.7 72 8 11.1 293 32 10.9 304 112 36.8 TRUE TRUE 2 2.555381352 4.506544679 2.855229431 1 1 2 1 1 1 2 1 1 0.444618648 0.493455321 0.144770569 NA 2 3 2 NA 1 2 1 NA 0.555381352 0.506544679 0.855229431 0.952380952 0.952380952 1 1.696210429 1.696210429 1 1.156433145 1.156433145 1 1.654852666 0.891993539 1.855229431 1.971428571 1.971428571 1 1.255195717 1.255195717 1 2.136461233 1.068230617 2 2.182744735 1.176536281 1.855229431 8 16 1 1 0.000458697 2.59E-81 0.0001337 3.52E-09 0.000394372 3.74E-32 3.33E-25 2.71E-173 YES 1_1 1_1 1_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b 4 141265444 C G SCOC CCDS3750.1 r.? - - intronic 30 0 0 33 3 9.1 24 3 12.5 64 4 6.2 42 2 4.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 2.555381352 9 2.120144934 2 1 7 1 1 1 2 1 1 0.444618648 1 0.879855066 NA 2 NA 2 NA 1 NA 1 NA 0.555381352 NA 0.120144934 0.957666667 0.957666667 1 1.41350869 1.41350869 1 1.49382906 1.49382906 1 0.249421779 0.249421779 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000609557 1 0.000233853 1 0.000312605 1 0.018854633 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 144082289 A C - - - - - - 36 0 0 46 2 4.3 20 4 20 75 0 0 78 6 7.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 2.555381352 7 2.838094747 2 1 4 1 1 1 3 1 1 0.444618648 1 0.161905253 NA 2 NA 2 NA 1 NA 1 NA 0.555381352 NA 0.838094747 0.45252381 0.45252381 1 2.261613905 2.261613905 1 0 0 1 0.45539624 0.543370832 0.838094747 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.022369545 1 0.00000284 1 1 1 0.00000295 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 144083246 A C - - - - - - 35 0 0 43 4 9.3 32 6 18.8 57 8 14 61 19 31.1 0 0 NA 1 1 100 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 2.555381352 7 2.838094747 2 1 4 1 1 1 3 1 1 0.444618648 1 0.161905253 NA 2 NA 2 NA 1 NA 1 NA 0.555381352 NA 0.838094747 0.978714286 0.978714286 1 2.12591707 1.366814041 1.555381352 3.093162393 1.031054131 3 1.839327669 1.000670761 1.838094747 10.52380952 10.52380952 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000066 0.005 1.27E-08 1 5.19E-10 1 4.64E-29 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 151045429 C T DCLK2 CCDS34076.1 r.? - - intronic 32 0 0 32 2 6.2 23 4 17.4 60 2 3.3 70 12 17.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6.469179811 7 11 6.5724041 5 6 8 5 1 1 3 1 0.530820189 1 1 0.4275959 6 NA NA 6 1 NA NA 1 0.469179811 NA NA 0.5724041 0.867565339 0.867565339 1 2.740967742 0.913655914 3 0.861102564 0.861102564 1 1.649901406 1.049285871 1.5724041 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.011224977 1 0.00000513 1 0.036544784 1 1.99E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 151987279 T C - - - - - - 30 0 0 34 0 0 21 4 19 45 1 2.2 66 12 18.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 7 6.5724041 2 2 4 5 1 1 3 1 1 1 1 0.4275959 NA NA NA 6 NA NA NA 1 NA NA NA 0.5724041 0 0 1 2.233010753 2.233010753 1 0.486068376 0.486068376 1 1.756035414 1.116783793 1.5724041 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 1 1 0.00000349 1 0.201934322 1 9.36E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 155789573 A T - - - - - - 37 0 0 33 3 9.1 24 3 12.5 72 0 0 53 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 7 2.785704032 2 2 4 1 1 1 3 1 1 1 1 0.214295968 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.785704032 0.957666667 0.957666667 1 1.469086022 1.469086022 1 0 0 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000609557 1 0.000233853 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 158499145 G C - - - - - - 35 0 0 37 0 0 21 3 14.3 49 4 8.2 51 10 19.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 7 2.785704032 2 2 4 1 1 1 3 1 1 1 1 0.214295968 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.785704032 0 0 1 1.680634409 1.680634409 1 1.811709402 1.811709402 1 1.148921848 1.148921848 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 1 1 0.000155401 1 0.000110643 1 1.04E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 158839027 C G - - - - - - 31 0 0 35 2 5.7 23 4 17.4 56 0 0 55 6 10.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 7 2.785704032 2 2 4 1 1 1 3 1 1 1 1 0.214295968 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.785704032 0.599857143 0.599857143 1 2.044967742 2.044967742 1 0 0 1 0.638941232 0.638941232 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.013332991 1 0.00000513 1 1 1 0.000000367 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 166087464 C T TMEM192 ENST00000506087 r.? - - intronic 40 0 0 41 3 7.3 18 4 22.2 56 1 1.8 38 8 21.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 7 3 2 2 4 2 1 1 3 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.768238095 0.768238095 1 2.609096774 1.304548387 2 0.397692308 0.397692308 1 1.28206599 1.28206599 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.001155993 1 0.00000181 1 0.244746891 1 1.67E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 166095870 T A TMEM192 ENST00000506087 r.? - - intronic 27 0 0 34 0 0 15 4 26.7 50 2 4 41 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 7 3 2 2 4 2 1 1 3 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 3.137967742 1.568983871 2 0.883760684 0.883760684 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 7 NA 1 1 1 1 0.000000816 1 0.026131524 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 167165682 C T - - - - - - 30 0 0 27 2 7.4 30 4 13.3 87 5 5.7 55 14 25.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 7 3 2 2 4 2 1 1 3 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.778761905 0.778761905 1 1.563107527 1.563107527 1 1.259358974 1.259358974 1 1.549416244 1.549416244 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.00807567 1 0.0000154 1 0.0000821 1 2.19E-20 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 167521908 G C - - - - - - 35 0 0 46 1 2.2 32 4 12.5 79 2 2.5 41 4 9.8 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 7 3 2 2 4 2 1 1 3 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.23152381 0.23152381 1 1.469086022 1.469086022 1 0.552350427 0.552350427 1 0.595461929 0.595461929 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.205924651 1 0.0000201 1 0.059811146 1 0.0000546 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 172473756 T A - - - - - - 37 0 0 29 2 6.9 25 3 12 70 4 5.7 50 4 8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 7 3 2 2 4 2 1 1 3 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.726142857 0.726142857 1 1.410322581 1.410322581 1 1.259358974 1.259358974 1 0.486091371 0.486091371 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.009279585 1 0.00026475 1 0.000440508 1 0.000119787 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 176022453 A T - - - - - - 42 0 0 44 3 6.8 20 4 20 53 2 3.8 43 7 16.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 7 3 2 2 4 2 1 1 3 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.715619048 0.715619048 1 2.350537634 2.350537634 1 0.83957265 0.83957265 1 0.990411168 0.990411168 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.00142027 1 0.00000284 1 0.029108399 1 2.15E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 176657625 A C GPM6A CCDS3824.1 r.? - - intronic 33 0 0 34 3 8.8 23 3 13 73 8 11 59 14 23.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 7 3 2 2 4 2 1 1 3 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.926095238 0.926095238 1 1.527849462 1.527849462 1 2.43034188 0.81011396 3 1.440045685 1.440045685 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000666058 1 0.000205387 1 3.93E-09 1 6.58E-20 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 179158936 T A - - - - - - 41 0 0 43 2 4.7 24 3 12.5 80 6 7.5 46 3 6.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 7 4 2 2 4 2 2 2 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.541619048 0.541619048 1 1.594086022 1.594086022 1 1.657051282 1.657051282 1 0.459949239 0.459949239 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.019709573 1 0.000233853 1 0.00000342 1 0.001615827 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 180449653 T G - - - - - - 27 0 0 46 3 6.5 21 4 19 63 1 1.6 60 8 13.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 7 4 2 2 4 2 2 2 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.749047619 0.749047619 1 2.423010753 2.423010753 1 0.353504274 0.353504274 1 0.941126904 0.941126904 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.001615827 1 0.00000349 1 0.27078753 1 7.93E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 182172814 C T - - - - - - 35 0 0 31 1 3.2 21 4 19 69 0 0 66 9 13.6 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 7 4 2 2 4 2 2 2 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.368761905 0.368761905 1 2.423010753 2.423010753 1 0 0 1 0.96235533 0.96235533 1 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.143917729 1 0.00000349 1 1 1 5.59E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 183508726 G A ODZ3 CCDS47165.1 r.? - - intronic 29 0 0 30 2 6.7 25 5 20 47 4 8.5 56 7 12.5 2 0 0 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 7 4 2 2 4 2 2 2 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.772095238 0.772095238 1 2.550537634 1.275268817 2 1.877991453 1.877991453 1 0.884517766 0.884517766 1 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.009909649 1 0.000000153 1 0.0000939 1 1.46E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 183736240 C T - - - - - - 29 0 0 31 4 12.9 21 8 38.1 33 4 12.1 62 17 27.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 7 4 2 2 4 2 2 2 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.486571429 1.486571429 1 4.858774194 2.429387097 2 2.673376068 0.891125356 3 1.938862944 0.969431472 2 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.0000177 1 7.5E-14 1 0.0000228 1 4.56E-25 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 187384623 A T MTNR1A ENST00000509111 r.? - - intronic 30 0 0 51 0 0 23 3 13 64 0 0 66 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 7 4 2 2 4 2 2 2 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.657849462 1.657849462 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 9 NA 1 1 1 1 0.000205387 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 188998471 A G - - - - - - 33 0 0 52 3 5.8 26 4 15.4 83 0 0 78 7 9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 7 4 2 2 4 2 2 2 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.668380952 0.668380952 1 1.963913978 1.963913978 1 0 0 1 0.636852792 0.636852792 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.002300591 1 0.00000856 1 1 1 0.000000151 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 149981 A G PLEKHG4B CCDS34124.1 r.? - - intronic 31 0 0 31 2 6.5 24 4 16.7 84 4 4.8 82 3 3.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 4 7 5.807650248 3 3 4 3 2 1 3 2 1 1 1 0.192349752 NA NA NA 3 NA NA NA 3 NA NA NA 0.807650248 0.814047619 0.814047619 1 2.129698925 2.129698925 1 1.060512821 1.060512821 1 0.328700318 0.406983492 0.807650248 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.010558179 1 0.00000613 1 0.000877031 1 0.008251578 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 8561882 G T - - - - - - 24 0 0 32 3 9.4 21 5 23.8 82 4 4.9 73 24 32.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 4 7 5.807650248 3 3 4 3 2 1 3 2 1 1 1 0.192349752 NA NA NA 3 NA NA NA 3 NA NA NA 0.807650248 1.177238095 1.177238095 1 3.035139785 1.011713262 3 1.082606838 1.082606838 1 2.922767693 0.974255898 3 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000556213 1 5.95E-08 1 0.000801325 1 5.58E-37 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 11891586 A T CTNND2 CCDS3881.1 r.? - - intronic 24 0 0 37 3 8.1 22 3 13.6 76 0 0 64 5 7.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 4 7 5 3 3 4 3 2 1 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.014428571 1.014428571 1 1.734365591 1.734365591 1 0 0 1 0.629939086 0.629939086 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.000855237 1 0.000179267 1 1 1 0.0000186 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 13394334 T C - - - - - - 36 0 0 39 0 0 19 4 21.1 67 7 10.4 55 10 18.2 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 4 7 5 3 3 4 3 2 1 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 2.690817204 0.896939068 3 2.297777778 1.148888889 2 1.469857868 1.469857868 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 1 1 0.00000228 1 5.23E-08 1 2.33E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 18717698 G C - - - - - - 37 0 0 42 0 0 20 3 15 80 0 0 64 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 4 7 5 3 3 4 3 2 1 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.912903226 1.912903226 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 9 NA 1 1 1 1 0.0001337 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 20852679 T A - - - - - - 34 0 0 41 1 2.4 27 4 14.8 67 3 4.5 80 10 12.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 4 7 5 3 3 4 3 2 1 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.300571429 0.300571429 1 1.887397849 1.887397849 1 0.994230769 0.994230769 1 1.009517766 1.009517766 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.18577148 1 0.00001 1 0.004717431 1 1.17E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 21595581 G C - - - - - - 21 0 0 36 4 11.1 20 4 20 89 5 5.6 78 4 5.1 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 4 7 5 3 3 4 3 2 1 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.390142857 1.390142857 1 2.550537634 2.550537634 1 1.237264957 1.237264957 1 0.411883249 0.411883249 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.0000324 1 0.00000284 1 0.0000915 1 0.000663934 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 22357837 T C CDH12 CCDS3890.1 r.? - - intronic 31 0 0 33 3 9.1 16 4 25 68 1 1.5 75 8 10.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 4 7 5 3 3 4 3 2 1 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.139666667 1.139666667 1 3.188172043 1.062724014 3 0.331410256 0.331410256 1 0.864147208 0.864147208 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000609557 1 0.00000108 1 0.288836448 1 4.89E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 23603540 C A - - - - - - 24 0 0 34 2 5.9 20 4 20 53 0 0 74 10 13.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 4 7 5 3 3 4 3 2 1 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.738904762 0.738904762 1 2.550537634 2.550537634 1 0 0 1 1.090279188 1.090279188 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.012612579 1 0.00000284 1 1 1 5.24E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 23908085 G A - - - - - - 41 0 0 49 3 6.1 27 4 14.8 62 2 3.2 67 12 17.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 4 7 5 3 3 4 3 2 1 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.763952381 0.763952381 1 1.887397849 1.887397849 1 0.707008547 0.707008547 1 1.445629442 1.445629442 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.001939399 1 0.00001 1 0.038789653 1 1.14E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 24480238 A G - - - - - - 32 0 0 29 0 0 26 4 15.4 70 0 0 71 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 4 7 5 3 3 4 3 2 1 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.963913978 1.963913978 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 9 NA 1 1 1 1 0.00000856 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 24486780 C G CDH10 CCDS3892.1 r.? - - downstream 37 0 0 39 2 5.1 20 3 15 69 4 5.8 69 12 17.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 4 7 5 3 3 4 3 2 1 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.638714286 0.638714286 1 1.912903226 1.912903226 1 1.281452991 1.281452991 1 1.405248731 1.405248731 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.016387522 1 0.0001337 1 0.000416985 1 1.65E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 27156022 A C - - - - - - 40 0 0 52 2 3.8 21 4 19 65 0 0 63 9 14.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 4 7 5 3 3 4 3 2 1 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.475904762 0.475904762 1 2.423010753 2.423010753 1 0 0 1 1.154888325 1.154888325 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.028101652 1 0.00000349 1 1 1 3.62E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 28713563 A G - - - - - - 27 0 0 32 2 6.2 23 5 21.7 95 6 6.3 59 9 15.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 4 7 5 3 3 4 3 2 1 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.77647619 0.77647619 1 2.767333333 0.922444444 3 1.391923077 1.391923077 1 1.235649746 1.235649746 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.011224977 1 9.75E-08 1 0.00000928 1 1.96E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 29681543 G A - - - - - - 36 0 0 29 5 17.2 15 7 46.7 38 6 15.8 68 22 32.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 4 7 5 3 3 4 3 2 1 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.154095238 2.154095238 1 5.955505376 1.985168459 3 3.490854701 0.872713675 4 2.616670051 0.87222335 3 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000000336 1 4.85E-13 1 3.76E-08 1 7.67E-34 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 35008947 G A AGXT2 CCDS3908.1 r.? - - intronic 46 0 0 38 4 10.5 26 5 19.2 79 0 0 79 5 6.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 4 7 5.269168222 3 3 4 3 2 1 3 2 1 1 1 0.730831778 NA NA NA 3 NA NA NA 3 NA NA NA 0.269168222 1.315 1.315 1 2.448516129 0.816172043 3 0 0 1 0.525754552 0.525754552 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.0000403 1 0.000000188 1 1 1 0.0000518 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 40917105 C T C7 CCDS47201.1 r.? - - intronic 21 0 0 99 2 2 34 4 11.8 85 3 3.5 187 8 4.3 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 2 0 0 1 0 0 TRUE FALSE 21 14 22 20 18 11 18 17 3 3 4 3 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.57047619 0.57047619 1 2.684817204 0.894939068 3 1.298290598 1.298290598 1 0.992274112 0.992274112 1 0 NA 0 NA NA 0 0 0 1 0 NA 0 8 NA 1 1 0.088307921 1 0.0000257 1 0.009101881 1 0.00000563 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 67865774 G T - - - - - - 43 0 0 33 0 0 17 3 17.6 64 0 0 50 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.892473118 1.892473118 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 9 NA 1 1 1 1 0.0000807 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 74934844 A G - - - - - - 43 0 0 27 3 11.1 20 4 20 56 5 8.9 35 8 22.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.057142857 1.057142857 1 2.150537634 2.150537634 1 1.699367521 1.699367521 1 1.162436548 1.162436548 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000334187 1 0.00000284 1 0.00000965 1 8.15E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 76548169 C A PDE8B CCDS4037.1 r.? - - intronic 34 0 0 30 2 6.7 19 4 21.1 64 3 4.7 55 11 20 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.638095238 0.638095238 1 2.268817204 2.268817204 1 0.897418803 0.897418803 1 1.015228426 1.015228426 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.009909649 1 0.00000228 1 0.004148608 1 4.77E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 80230156 C A - - - - - - 37 0 0 37 4 10.8 20 3 15 41 1 2.4 58 10 17.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.028571429 1.028571429 1 1.612903226 1.612903226 1 0.45825641 0.45825641 1 0.873096447 0.873096447 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.0000362 1 0.0001337 1 0.18577148 1 4.1E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 82611266 G T XRCC4 CCDS4058.1 r.? - - intronic 42 0 0 24 3 12.5 23 5 21.7 77 5 6.5 53 16 30.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.19047619 1.19047619 1 2.333333333 2.333333333 1 1.241111111 1.241111111 1 1.532994924 1.532994924 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000233853 1 9.75E-08 1 0.0000458 1 1.9E-24 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 87943020 A C - - - - - - 38 0 0 31 3 9.7 18 3 16.7 60 0 0 46 7 15.2 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.923809524 0.923809524 1 1.795698925 1.795698925 1 0 0 1 0.771573604 0.771573604 1 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.000505952 1 0.0000964 1 1 1 3.53E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 91819500 A C - - - - - - 31 0 0 38 3 7.9 22 3 13.6 63 3 4.8 55 12 21.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.752380952 0.752380952 1 1.462365591 1.462365591 1 0.916512821 0.916512821 1 1.106598985 1.106598985 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000925091 1 0.000179267 1 0.003968795 1 8.78E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 100430581 C G - - - - - - 25 0 0 32 3 9.4 17 4 23.5 22 3 13.6 58 14 24.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.895238095 0.895238095 1 2.52688172 2.52688172 1 2.596786325 2.596786325 1 1.223350254 1.223350254 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000556213 1 0.00000141 1 0.000179267 1 5.04E-20 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 104139791 G C ENSG00000232402 ENST00000438939 r.? - - intronic 32 0 0 47 1 2.1 28 4 14.3 69 0 0 99 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 8 13 8 6 7 10 7 1 1 3 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.305 NA 0 2.395634409 2.395634409 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.209895027 1 0.0000116 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 105439636 T G - - - - - - 26 0 0 48 3 6.2 35 4 11.4 72 0 0 98 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 8 13 8 6 7 10 7 1 1 3 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.90047619 0.90047619 1 1.909806452 1.909806452 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 9 NA 1 1 0.001827434 1 0.0000289 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 117034635 T A - - - - - - 28 0 0 41 3 7.3 31 4 12.9 81 0 0 87 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 8 13 8 6 7 10 7 1 1 3 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.060238095 1.060238095 1 2.161096774 2.161096774 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 9 NA 1 1 0.001155993 1 0.0000177 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 128583578 G T - - - - - - 32 0 0 25 2 8 20 4 20 59 6 10.2 79 24 30.4 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 4 3 3 3 3 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.921904762 0.921904762 1 2.550537634 2.550537634 1 1.845589744 1.845589744 1 2.151147208 1.075573604 2 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.006948068 1 0.00000284 1 0.000000561 1 5.2E-36 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 131046469 G A FNIP1 CCDS34226.1 r.? - - intronic 38 0 0 33 1 3 17 4 23.5 59 2 3.4 48 8 16.7 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 4 3 3 3 3 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.345714286 0.345714286 1 2.99688172 0.998960573 3 0.615196581 0.615196581 1 1.181715736 1.181715736 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.15245715 1 0.00000141 1 0.035441897 1 1.23E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 154700345 C G - - - - - - 28 0 0 30 2 6.7 17 5 29.4 53 9 17 57 17 29.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.705095238 0.705095238 1 3.455290323 1.151763441 3 3.075982906 1.025327635 3 1.810690355 0.905345178 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.009909649 1 1.84E-08 1 7.1E-12 1 8.82E-26 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 156216398 C T - - - - - - 26 0 0 27 3 11.1 24 5 20.8 68 4 5.9 45 10 22.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.168142857 1.168142857 1 2.44455914 0.814853047 3 1.067547009 1.067547009 1 1.348903553 1.348903553 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000334187 1 0.000000123 1 0.000394372 1 2.66E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 159348622 C A ADRA1B CCDS4347.1 r.? - - intronic 33 0 0 31 0 0 14 3 21.4 60 0 0 50 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 2.515075269 2.515075269 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 9 NA 1 1 1 1 0.0000437 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 161083519 G C - - - - - - 31 0 0 27 2 7.4 23 5 21.7 62 3 4.8 38 6 15.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.778761905 0.778761905 1 2.550333333 0.850111111 3 0.868512821 0.868512821 1 0.960030457 0.960030457 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.00807567 1 9.75E-08 1 0.003793816 1 3.76E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 161444643 G C - - - - - - 34 0 0 35 0 0 19 4 21.1 65 0 0 59 10 16.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 2.479817204 2.479817204 1 0 0 1 1.02686802 1.02686802 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 1 1 0.00000228 1 1 1 4.91E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 167015981 G A - - - - - - 34 0 0 34 3 8.8 23 5 21.7 51 0 0 54 6 11.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.926095238 0.926095238 1 2.550333333 0.850111111 3 0 0 1 0.674451777 0.674451777 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.000666058 1 9.75E-08 1 1 1 0.000000329 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 168682068 C A SLIT3 CCDS4369.1 r.? - - intronic 36 0 0 30 0 0 17 3 17.6 60 0 0 46 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 2.068473118 2.068473118 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 9 NA 1 1 1 1 0.0000807 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 174140641 A C - - - - - - 32 0 0 29 1 3.4 19 3 15.8 47 0 0 64 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.357809524 0.357809524 1 1.856924731 1.856924731 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 1 9 NA 1 1 0.135292269 1 0.000114071 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 179846645 A T - - - - - - 19 0 0 32 6 18.8 16 3 18.8 32 0 0 27 1 3.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.97847619 1.97847619 1 2.209505376 2.209505376 1 0 0 1 0.224817259 0.224817259 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 1.27E-08 1 0.0000667 1 1 1 0.126579904 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 4395084 C G - - - - - - 22 0 0 52 0 0 23 4 17.4 65 0 0 73 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4.612469993 5 2 4 2 3 1 2 2 2 1 2 0.387530007 1 1 1 3 NA NA NA 2 NA NA NA 0.612469993 NA NA NA 0 0 1 2.392967742 2.392967742 1 0 NA 0 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 0.00000513 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 8322874 A T - - - - - - 32 0 0 41 2 4.9 17 3 17.6 71 4 5.6 57 9 15.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 6 6 5.231890747 4 4 4 3 2 2 2 2 1 1 1 0.768109253 NA NA NA 3 NA NA NA 3 NA NA NA 0.231890747 0.662666667 0.662666667 1 2.596473118 2.596473118 1 1.181264957 1.181264957 1 1.312669195 1.312669195 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.018015855 1 0.0000807 1 0.000464961 1 1.42E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 11472856 G A - - - - - - 33 0 0 46 0 0 22 4 18.2 61 0 0 96 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 TRUE FALSE 6 6 6 6 4 4 4 4 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 2.684989247 0.894996416 3 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 0 0 1 9 NA 1 1 1 1 0.00000425 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 28428156 G C - - - - - - 33 0 0 37 2 5.4 24 4 16.7 56 3 5.4 72 9 12.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 TRUE FALSE 5 6 6 5.204934728 3 4 4 3 2 2 2 2 1 1 1 0.795065272 NA NA NA 3 NA NA NA 3 NA NA NA 0.204934728 0.676285714 0.676285714 1 2.463698925 2.463698925 1 1.139076923 1.139076923 1 1.035134607 1.035134607 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 0 0 1 8 NA 1 1 0.014826063 1 0.00000613 1 0.00284314 1 1.25E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 33298128 G C DAXX ENST00000453407 r.? - - upstream 36 0 0 50 2 4 40 5 12.5 56 2 3.6 75 9 12 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5.607259924 6 5.305306751 3 3 4 3 2 2 2 2 1 0.392740076 1 0.694693249 NA 4 NA 3 NA 2 NA 3 NA 0.607259924 NA 0.305306751 0.500952381 0.500952381 1 1.794993512 1.794993512 1 0.759384615 0.759384615 1 1.005773866 1.005773866 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.026131524 1 0.00000178 1 0.032213353 1 1.82E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 36799569 T C CPNE5 CCDS4825.1 r.? - - intronic 38 0 0 46 0 0 29 4 13.8 66 0 0 77 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 5.607259924 6 5.305306751 4 3 4 3 2 2 2 2 1 0.392740076 1 0.694693249 NA 4 NA 3 NA 2 NA 3 NA 0.607259924 NA 0.305306751 0 0 1 1.981672837 1.981672837 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 9 NA 1 1 1 1 0.0000134 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 45758382 A G - - - - - - 33 0 0 37 3 8.1 27 4 14.8 74 2 2.7 64 10 15.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 5.607259924 9 5.305306751 4 3 6 3 2 2 3 2 1 0.392740076 1 0.694693249 NA 4 NA 3 NA 2 NA 3 NA 0.607259924 NA 0.305306751 1.095428571 1.095428571 1 2.125272318 2.125272318 1 0.650538462 0.650538462 1 1.307506026 1.307506026 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000855237 1 0.00001 1 0.053288733 1 1.16E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 49281286 T G - - - - - - 37 0 0 37 0 0 35 3 8.6 72 0 0 91 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 5.607259924 9 5.305306751 4 3 6 3 2 2 3 2 1 0.392740076 1 0.694693249 NA 4 NA 3 NA 2 NA 3 NA 0.607259924 NA 0.305306751 0 0 1 1.234955536 1.234955536 1 0 0 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 0.000725791 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 50728377 A C TFAP2D CCDS4933.1 r.? - - intronic 29 0 0 46 3 6.5 26 3 11.5 88 0 0 59 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 5.607259924 9 5.305306751 4 3 6 3 2 2 3 2 1 0.392740076 1 0.694693249 NA 4 NA 3 NA 2 NA 3 NA 0.607259924 NA 0.305306751 0.879047619 0.879047619 1 1.651394031 1.651394031 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 9 NA 1 1 0.001615827 1 0.000298167 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 57707646 C G - - - - - - 29 0 0 34 0 0 24 3 12.5 91 0 0 107 0 0 15 0 0 42 0 0 2 0 0 25 0 0 32 0 0 FALSE FALSE 7 5.607259924 9 5.630941641 4 3 6 3 3 2 3 2 1 0.392740076 1 0.369058359 NA 4 NA 4 NA 2 NA 2 NA 0.607259924 NA 0.630941641 0 0 1 1.794993512 1.794993512 1 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 0 NA 0 NA NA 1 1 1 1 0.000233853 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 63037164 T C - - - - - - 39 0 0 31 1 3.2 33 7 21.2 82 2 2.4 89 4 4.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 TRUE FALSE 7 5.607259924 9 5.630941641 4 3 6 3 3 2 3 2 1 0.392740076 1 0.369058359 NA 4 NA 4 NA 2 NA 2 NA 0.607259924 NA 0.630941641 0.464761905 0.464761905 1 3.044308996 1.014769665 3 0.57825641 0.57825641 1 0.39181877 0.621006357 0.630941641 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 0 NA 0 8 NA 1 1 0.143917729 1 2.98E-10 1 0.063849088 1 0.001088103 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 63619814 C A - - - - - - 31 0 0 43 0 0 27 4 14.8 70 0 0 75 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 5.607259924 9 5.630941641 4 3 6 3 3 2 3 2 1 0.392740076 1 0.369058359 NA 4 NA 4 NA 2 NA 2 NA 0.607259924 NA 0.630941641 0 0 1 2.125272318 2.125272318 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 9 NA 1 1 1 1 0.00001 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 63757586 C T - - - - - - 21 0 0 43 2 4.7 27 8 29.6 90 2 2.2 96 10 10.4 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 5.607259924 9 5.630941641 4 3 6 3 3 2 3 2 1 0.392740076 1 0.369058359 NA 4 NA 4 NA 2 NA 2 NA 0.607259924 NA 0.630941641 0.682619048 0.682619048 1 4.250544636 1.178330568 3.607259924 0.530068376 0.530068376 1 0.905536712 0.905536712 1 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.019709573 1 7.97E-13 1 0.075041956 1 7.45E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 65673908 G C EYS CCDS47445.1 r.? - - intronic 26 0 0 31 2 6.5 16 3 18.8 63 2 3.2 44 13 29.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 5.607259924 9 5.630941641 2 3 6 3 0 2 3 2 1 0.392740076 1 0.369058359 NA 4 NA 4 NA 2 NA 2 NA 0.607259924 NA 0.630941641 0.619047619 0.619047619 1 2.699670242 2.699670242 1 0.771008547 0.771008547 1 2.568589713 0.976300528 2.630941641 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.010558179 1 0.0000667 1 0.03993132 1 5.49E-20 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 69225876 G C - - - - - - 33 0 0 43 2 4.7 24 4 16.7 92 5 5.4 64 7 10.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 9 5.682888383 2 2 6 3 0 0 3 2 1 1 1 0.317111617 NA NA NA 4 NA NA NA 2 NA NA NA 0.682888383 0.447619048 0.447619048 1 1.795698925 1.795698925 1 1.301076923 1.301076923 1 0.954734326 0.954734326 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.019709573 1 0.00000613 1 0.000107074 1 3.78E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 70330922 G C - - - - - - 29 0 0 90 64 71.1 59 38 64.4 166 91 54.8 245 178 72.7 8 0 0 28 17 60.7 15 10 66.7 33 26 78.8 72 57 79.2 TRUE TRUE 2 2 9 3 2 2 6 2 0 0 3 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 6.771428571 3.385714286 2 6.924731183 3.462365591 2 13.20352137 2.200586895 6 4.41735533 2.208677665 2 5.780952381 2.89047619 2 7.172043011 3.586021505 2 18.98608547 3.164347578 6 4.812304569 2.406152284 2 8 16 1 1 1.38E-125 1.56E-32 1.7E-72 2.87E-20 7.48E-162 6.15E-54 0 7.45E-117 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 70763105 C A COL19A1 CCDS4970.1 r.? - - intronic 37 0 0 32 0 0 20 5 25 60 2 3.3 62 11 17.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 9 3 2 2 6 2 0 0 3 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 2.688172043 1.344086022 2 0.795102564 0.795102564 1 1.075477157 1.075477157 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 4.55E-08 1 0.036544784 1 1.96E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 73538317 C T KCNQ5 CCDS4976.1 r.? - - intronic 39 0 0 40 1 2.5 24 5 20.8 57 5 8.8 61 15 24.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 9 3 2 2 6 2 0 0 3 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.238095238 0.238095238 1 2.23655914 2.23655914 1 2.120273504 2.120273504 1 1.494730964 1.494730964 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.181679879 1 0.000000123 1 0.0000105 1 1.73E-21 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 79081471 A T - - - - - - 30 0 0 32 0 0 22 3 13.6 52 0 0 51 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 9 2 2 2 6 2 0 0 3 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.462365591 1.462365591 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 9 NA 1 1 1 1 0.000179267 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 85276400 A C - - - - - - 35 0 0 28 0 0 12 4 33.3 62 4 6.5 59 8 13.6 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 9 2 2 2 6 2 0 0 3 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 3.580645161 1.790322581 2 1.566111111 1.566111111 1 0.69035533 0.69035533 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 1 1 0.0000003 1 0.000276647 1 6.9E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 103253968 A T - - - - - - 39 0 0 21 3 14.3 15 4 26.7 52 7 13.5 43 19 44.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 5 2 2 2 4 2 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.361904762 1.361904762 1 2.870967742 1.435483871 2 2.712692308 0.904230769 3 2.243654822 1.121827411 2 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000155401 1 0.000000816 1 8.58E-09 1 1.36E-32 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 103864556 A G - - - - - - 37 0 0 37 3 8.1 23 6 26.1 69 1 1.4 42 4 9.5 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 5 2 2 2 4 2 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.771428571 0.771428571 1 2.806451613 1.403225806 2 0.281316239 0.281316239 1 0.482233503 0.482233503 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000855237 1 1.47E-09 1 0.292392265 1 0.0000601 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 105252968 G C HACE1 CCDS5050.1 r.? - - intronic 40 0 0 55 20 36.4 28 14 50 73 19 26 71 17 23.9 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 5 NA 2 2 4 NA 0 0 1 NA 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 3.466666667 1.733333333 2 5.376344086 2.688172043 2 5.224444444 1.306111111 4 NA NA 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 4.08E-32 1 2.29E-25 1 2.35E-27 1 6.12E-24 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 112291827 C G - - - - - - 34 0 0 92 2 2.2 48 4 8.3 151 4 2.6 235 5 2.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 25 24 36 24 22 22 32 22 3 2 4 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.71552381 0.71552381 1 2.718473118 0.906157706 3 1.328444444 1.328444444 1 0.568598985 0.568598985 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.07793117 1 0.000102016 1 0.007270629 1 0.00694126 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 123519068 T A - - - - - - 34 0 0 32 1 3.1 14 3 21.4 59 1 1.7 38 7 18.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 2 5 2 3 2 4 2 1 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.357238095 0.357238095 1 2.301075269 2.301075269 1 0.341598291 0.341598291 1 0.934010152 0.934010152 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.14819814 1 0.0000437 1 0.256019138 1 8.61E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 131318979 G T EPB41L2 CCDS5141.1 r.? - - intronic 34 0 0 34 2 5.9 20 5 25 76 5 6.6 68 12 17.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 9 4 2 2 5 2 2 2 4 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.679904762 0.679904762 1 3.188172043 1.594086022 2 1.590205128 1.590205128 1 1.245401015 1.245401015 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.012612579 1 4.55E-08 1 0.000043 1 1.37E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 131318980 G T EPB41L2 CCDS5141.1 r.? - - intronic 34 0 0 34 2 5.9 20 5 25 74 5 6.8 65 10 15.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 9 4 2 2 5 2 2 2 4 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.679904762 0.679904762 1 3.188172043 1.594086022 2 1.638393162 1.638393162 1 1.089725888 1.089725888 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.012612579 1 4.55E-08 1 0.0000378 1 1.36E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 132218625 A G - - - - - - 25 1 4 5 0 0 3 0 0 5 0 0 18 6 33.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3.539187701 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 0.460812299 NA NA NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.539187701 0 0 1 0 0 1 0 0 1 2.202904834 1.101452417 2 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 0.117779757 1 1 1 1 1 1 1 2.75E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 140448699 T A - - - - - - 26 0 0 20 1 5 11 3 27.3 55 0 0 58 13 22.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 3 2 2 2 3 2 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.476190476 0.476190476 1 2.935483871 2.935483871 1 0 0 1 1.137055838 1.137055838 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.09538952 1 0.00002 1 1 1 3.12E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 144930702 G C UTRN CCDS34547.1 r.? - - intronic 27 0 0 29 0 0 12 3 25 65 0 0 42 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 TRUE FALSE 2 2 3 2 2 2 3 2 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 2.688172043 2.688172043 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 0 NA 0 9 NA 1 1 1 1 0.0000266 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 150512265 C T PPP1R14C CCDS5226.1 r.? - - intronic 29 0 0 31 1 3.2 30 4 13.3 55 4 7.3 38 5 13.2 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 3 2 2 2 3 2 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.304761905 NA 0 1.430107527 1.430107527 1 1.320863248 1.320863248 1 0.670050761 0.670050761 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.143917729 1 0.0000154 1 0.000173903 1 0.00000137 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 152865324 G T SYNE1 CCDS5236.1 r.? - - intronic 36 0 0 27 3 11.1 24 4 16.7 61 0 0 38 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 3 2 2 2 3 2 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.057142857 1.057142857 1 1.795698925 1.795698925 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 9 NA 1 1 0.000334187 1 0.00000613 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 162754705 C T PARK2 CCDS5281.1 r.? - - intronic 34 0 0 42 0 0 19 4 21.1 70 0 0 62 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 3 3 3 2 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 2.479817204 2.479817204 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 0.00000228 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 2751202 G C AMZ1 CCDS34589.1 r.? - - intronic 46 0 0 31 2 6.5 27 3 11.1 38 2 5.3 56 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 1 2 2 2 1 2 1 1 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.684047619 0.684047619 1 1.304548387 1.304548387 1 0.852982906 0.852982906 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 7 NA 1 1 0.010558179 1 0.000334187 1 0.015598339 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 11708226 T C THSD7A CCDS47543.1 r.? - - intronic 37 0 0 21 0 0 31 4 12.9 52 2 3.8 38 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 1 2 2 2 1 2 1 1 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.516096774 1.516096774 1 0.61157265 0.61157265 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 0 7 NA 1 1 1 1 0.0000177 1 0.028101652 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 11917230 T C - - - - - - 39 0 0 37 3 8.1 22 4 18.2 51 2 3.9 50 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 1 2 2 2 1 2 1 1 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.852428571 0.852428571 1 2.138989247 2.138989247 1 0.627666667 0.627666667 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 7 NA 1 1 0.000855237 1 0.00000425 1 0.027109304 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 13760856 C A - - - - - - 30 0 0 30 2 6.7 20 4 20 46 0 0 55 10 18.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 1 2 2 2 1 2 1 1 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.705095238 0.705095238 1 2.350537634 2.350537634 1 0 NA 0 0.923857868 0.923857868 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.009909649 1 0.00000284 1 1 1 2.33E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 17024541 T C - - - - - - 41 0 0 40 2 5 18 4 22.2 67 0 0 49 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 1 2 2 2 1 2 1 1 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.526190476 0.526190476 1 2.609096774 1.304548387 2 0 NA 0 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.017193422 1 0.00000181 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 21032710 C A - - - - - - 29 0 0 45 3 6.7 31 4 12.9 68 4 5.9 50 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 1 2 2 2 1 2 1 1 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.705095238 0.705095238 1 1.516096774 1.516096774 1 0.949547009 0.949547009 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 7 NA 1 1 0.001516071 1 0.0000177 1 0.000394372 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 21243876 G A - - - - - - 36 0 0 32 5 15.6 21 4 19 49 3 6.1 55 0 0 0 0 NA 0 0 NA 3 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 1 2 2 2 1 2 1 1 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.641714286 1.641714286 1 2.233010753 2.233010753 1 0.981735043 0.981735043 1 0 0 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 7 NA 1 1 0.000000562 1 0.00000349 1 0.001939399 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 21487189 G C SP4 CCDS5373.1 r.? - - intronic 33 0 0 48 3 6.2 15 3 20 60 3 5 42 9 21.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 1 2 2 2 1 2 1 1 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.65247619 0.65247619 1 2.350537634 2.350537634 1 0.804700855 0.804700855 1 1.086294416 1.086294416 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.001827434 1 0.0000544 1 0.003458198 1 7.51E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 25894757 C G - - - - - - 26 0 0 40 1 2.5 21 3 14.3 64 1 1.6 62 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 1 2 2 2 1 2 1 1 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.263095238 0.263095238 1 1.680634409 1.680634409 1 0.257504274 NA 0 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.181679879 1 0.000155401 1 0.274433592 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 29806780 T C - - - - - - 38 0 0 25 1 4 19 4 21.1 71 6 8.5 54 15 27.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 1 2 2 2 1 2 1 1 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.420952381 0.420952381 1 2.479817204 2.479817204 1 1.367991453 1.367991453 1 1.411167513 1.411167513 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.117779757 1 0.00000228 1 0.00000169 1 2.2E-22 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 33272880 G A BBS9 CCDS43566.1 r.? - - intronic 40 0 0 50 0 0 24 4 16.7 68 0 0 41 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 1 2 2 2 1 2 1 1 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.962698925 1.962698925 1 0 NA 0 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 0.00000613 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 36169701 A C - - - - - - 41 0 0 39 2 5.1 28 7 25 79 8 10.1 49 10 20.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 1 2 2 2 1 2 1 1 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.536714286 0.536714286 1 2.938172043 1.469086022 2 1.625495726 1.625495726 1 1.035532995 1.035532995 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.016387522 1 8.44E-11 1 7.43E-09 1 6.72E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 39123920 A T POU6F2 CCDS34620.2 r.? - - intronic 36 0 0 36 2 5.6 21 3 14.3 73 0 0 47 5 10.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 1 2 2 2 1 2 1 1 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.589333333 0.589333333 1 1.680634409 1.680634409 1 0 NA 0 0.538071066 0.538071066 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.014070883 1 0.000155401 1 1 1 0.00000402 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 45268485 C G - - - - - - 44 0 0 38 0 0 20 3 15 32 0 0 47 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 1 2 2 2 1 2 1 1 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.762903226 1.762903226 1 0 NA 0 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 0.0001337 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 50276692 T G - - - - - - 41 0 0 30 1 3.3 25 3 12 84 4 4.8 50 0 0 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 1 2 2 2 1 2 1 1 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.347285714 0.347285714 1 1.410322581 1.410322581 1 0.772512821 0.772512821 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 7 NA 1 1 0.139615808 1 0.00026475 1 0.000877031 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 52284813 A T - - - - - - 31 0 0 43 2 4.7 27 4 14.8 69 6 8.7 65 10 15.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 1 4.14618779 2 2 1 2 2 2 0 2 1 1 1 0.85381221 NA NA NA 3 NA NA NA 2 NA NA NA 0.14618779 0.541619048 0.541619048 1 1.887397849 1.887397849 1 1.400179487 1.400179487 1 1.112238808 1.112238808 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.019709573 1 0.00001 1 0.00000143 1 1.36E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 52367564 A G - - - - - - 40 0 0 43 4 9.3 28 7 25 75 9 12 74 24 32.4 0 0 NA 0 0 NA 1 1 100 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 1 4.14618779 2 2 1 2 2 2 0 2 1 1 1 0.85381221 NA NA NA 3 NA NA NA 2 NA NA NA 0.14618779 1.071714286 1.071714286 1 3.188172043 1.594086022 2 1.931282051 1.931282051 1 2.340034895 1.090321595 2.14618779 NA NA 0 12.75268817 12.75268817 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000066 1 8.44E-11 0.005 1.82E-10 1 8.21E-37 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 54164718 A T - - - - - - 40 0 0 31 2 6.5 19 7 36.8 73 8 11 89 29 32.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 1 4.14618779 2 2 1 2 2 2 0 2 1 1 1 0.85381221 NA NA NA 3 NA NA NA 2 NA NA NA 0.14618779 0.749047619 0.749047619 1 4.692989247 2.346494624 2 1.77034188 1.77034188 1 2.354479555 1.097051975 2.14618779 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.010558179 1 3.73E-12 1 3.93E-09 1 3.13E-44 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 56859851 G C - - - - - - 25 0 0 26 1 3.8 26 3 11.5 64 4 6.2 73 5 6.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.437904762 0.437904762 1 1.46655914 1.46655914 1 1.18382906 1.18382906 1 0.481177665 0.481177665 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.122190858 1 0.000298167 1 0.000312605 1 0.0000354 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 57219598 C T - - - - - - 33 0 0 35 1 2.9 40 5 12.5 64 3 4.7 62 6 9.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.334190476 0.334190476 1 1.594086022 1.594086022 1 0.897418803 0.897418803 1 0.686385787 0.686385787 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.16091139 1 0.00000178 1 0.004148608 1 0.000000756 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 63627582 A T - - - - - - 26 0 0 39 1 2.6 22 3 13.6 67 6 9 76 8 10.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.299619048 0.299619048 1 1.734365591 1.734365591 1 1.718461538 1.718461538 1 0.742994924 0.742994924 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.177567718 1 0.000179267 1 0.0000012 1 5.44E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 65150114 G C - - - - - - 14 0 0 23 0 0 22 3 13.6 39 0 0 42 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.734365591 1.734365591 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 9 NA 1 1 1 1 0.000179267 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 65685512 G A TPST1 CCDS5533.1 r.? - - intronic 21 0 0 19 2 10.5 9 3 33.3 47 3 6.4 64 23 35.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.21 1.21 1 4.246645161 2.123322581 2 1.222017094 1.222017094 1 2.540335025 1.270167513 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.004039874 1 0.0000103 1 0.001719595 1 1.44E-36 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 67786125 C G - - - - - - 24 0 0 27 1 3.7 22 3 13.6 56 2 3.6 69 10 14.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.426380952 0.426380952 1 1.734365591 1.734365591 1 0.687384615 0.687384615 1 1.026040609 1.026040609 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.126579904 1 0.000179267 1 0.032213353 1 2.54E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 68368391 G A - - - - - - 32 0 0 34 4 11.8 31 4 12.9 70 0 0 60 10 16.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.359809524 1.359809524 1 1.645096774 1.645096774 1 0 0 1 1.181715736 1.181715736 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.0000257 1 0.0000177 1 1 1 5.86E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 73165316 G T - - - - - - 26 0 0 37 2 5.4 17 4 23.5 49 3 6.1 76 15 19.7 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.622285714 0.622285714 1 2.99688172 1.49844086 2 1.164735043 1.164735043 1 1.394 1.394 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.014826063 1 0.00000141 1 0.001939399 1 6.51E-20 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 80637558 G C - - - - - - 41 0 0 29 0 0 25 3 12 76 0 0 55 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.530322581 1.530322581 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 9 NA 1 1 1 1 0.00026475 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 85214333 A T - - - - - - 26 0 0 35 4 11.4 18 4 22.2 85 10 11.8 59 19 32.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.313714286 1.313714286 1 2.831096774 1.415548387 2 2.253094017 1.126547009 2 2.278517766 1.139258883 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.0000289 1 0.00000181 1 2.17E-11 1 2.2E-29 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 85659573 G A - - - - - - 34 0 0 39 0 0 31 6 19.4 78 0 0 66 0 0 3 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 2.474021505 1.237010753 2 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 9 NA 1 1 1 1 1.03E-08 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 93322786 A G GNGT1 ENST00000455502 r.? - - intronic 43 0 0 59 3 5.1 25 4 16 57 2 3.5 77 14 18.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.587714286 0.587714286 1 2.040430108 2.040430108 1 0.668290598 0.668290598 1 1.287857868 1.287857868 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.003297476 1 0.00000727 1 0.03327602 1 3.82E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 93522735 T A TFPI2 CCDS5632.1 r.? - - upstream 26 0 0 49 2 4.1 23 3 13 56 0 0 66 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.47247619 0.47247619 1 1.657849462 1.657849462 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 9 NA 1 1 0.025168485 1 0.000205387 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 97013523 G A - - - - - - 36 0 0 38 0 0 29 5 17.2 44 0 0 72 0 0 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 2.193462366 2.193462366 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 9 NA 1 1 1 1 0.000000336 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 98225472 T A - - - - - - 30 0 0 33 2 6.1 15 3 20 39 1 2.6 63 8 12.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.702952381 0.702952381 1 2.550537634 2.550537634 1 0.496444444 0.496444444 1 0.898670051 0.898670051 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.011909843 1 0.0000544 1 0.177567718 1 1.18E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 108666539 C A - - - - - - 40 0 0 37 2 5.4 28 7 25 73 3 4.1 57 11 19.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.622285714 0.622285714 1 3.188172043 1.594086022 2 0.782854701 0.782854701 1 1.365695431 1.365695431 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.014826063 1 8.44E-11 1 0.005990531 1 7.29E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 117953694 G A - - - - - - 20 0 0 41 2 4.9 37 7 18.9 90 0 0 83 12 14.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 7 12 6.647851422 4 5 8 4 2 2 4 2 1 1 1 0.352148578 NA NA NA 5 NA NA NA 2 NA NA NA 0.647851422 0.662666667 0.662666667 1 2.977258065 0.992419355 3 0 0 1 1.409979065 1.409979065 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.018015855 1 7.05E-10 1 1 1 1.7E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 121182842 G C - - - - - - 33 0 0 42 3 7.1 22 4 18.2 67 3 4.5 65 9 13.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.818190476 0.818190476 1 2.320989247 2.320989247 1 0.859230769 0.859230769 1 0.976507614 0.976507614 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.001240292 1 0.00000425 1 0.004717431 1 4.85E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 125366684 A C - - - - - - 35 0 0 44 1 2.3 32 4 12.5 65 3 4.6 66 8 12.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 3 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.265047619 0.265047619 1 1.594086022 1.594086022 1 0.878324786 0.878324786 1 0.735213198 0.735213198 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.197923942 1 0.0000201 1 0.004333293 1 1.73E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 125411603 A T - - - - - - 29 0 0 53 1 1.9 19 6 31.6 82 5 6.1 60 10 16.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 3 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.218952381 0.218952381 1 4.029849462 2.014924731 2 1.164735043 1.164735043 1 1.014715736 1.014715736 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.233303855 1 4.01E-10 1 0.0000619 1 5.86E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 145826095 A T CNTNAP2 CCDS5889.1 r.? - - intronic 38 0 0 36 5 13.9 24 7 29.2 58 3 5.2 74 25 33.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.601809524 1.601809524 1 3.723784946 1.861892473 2 0.992888889 0.992888889 1 2.391736041 1.19586802 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.00000104 1 2.51E-11 1 0.003141421 1 8.25E-39 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 146765668 C T CNTNAP2 CCDS5889.1 r.? - - intronic 35 0 0 47 3 6.4 20 4 20 34 0 0 54 5 9.3 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.73752381 0.73752381 1 2.550537634 2.550537634 1 0 0 1 0.658081218 0.658081218 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.001719595 1 0.00000284 1 1 1 0.00000806 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 149313355 G C - - - - - - 30 0 0 34 0 0 28 4 14.3 39 0 0 59 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.823634409 1.823634409 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 9 NA 1 1 1 1 0.0000116 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 150252000 C T - - - - - - 30 0 0 36 1 2.8 33 4 12.1 76 7 9.2 69 15 21.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.322666667 0.322666667 1 1.543075269 1.543075269 1 1.756649573 1.756649573 1 1.535522843 1.535522843 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.165106833 1 0.0000228 1 0.000000126 1 1.34E-20 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 150294362 C T - - - - - - 34 0 0 43 0 0 21 4 19 58 0 0 64 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 2.423010753 2.423010753 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 9 NA 1 1 1 1 0.00000349 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 154854353 C T ENSG00000220575 ENST00000395731 r.? - - downstream 21 0 0 39 1 2.6 21 6 28.6 65 5 7.7 61 14 23 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.299619048 0.299619048 1 3.647268817 1.823634409 2 1.470239316 1.470239316 1 1.62751269 0.813756345 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.177567718 1 7.95E-10 1 0.0000201 1 1.1E-19 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 154986401 C T ENSG00000217825 ENST00000404289 r.? - - downstream 33 0 0 29 3 10.3 18 4 22.2 28 2 7.1 76 20 26.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.186952381 1.186952381 1 2.831096774 1.415548387 2 1.355675214 1.355675214 1 1.861025381 0.93051269 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000414371 1 0.00000181 1 0.008668191 1 7.96E-29 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 158479151 T G NCAPG2 CCDS43686.1 r.? - - intronic 35 0 0 44 3 6.8 28 4 14.3 79 0 0 96 7 7.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 6 4 6 4 4 2 4 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.919619048 0.919619048 1 2.109634409 2.109634409 1 0 NA 0 0.662558376 0.662558376 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.00142027 1 0.0000116 1 1 1 0.000000631 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 158519112 G A ESYT2 CCDS34791.1 r.? - - downstream 25 0 0 50 4 8 32 4 12.5 53 1 1.9 81 10 12.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA FALSE FALSE 6 6 4 6 4 4 2 4 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.081904762 1.081904762 1 1.844086022 1.844086022 1 0.362786325 NA 0 1.116365482 1.116365482 1 NA NA 1 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.000119787 1 0.0000201 1 0.233303855 1 1.33E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 158546981 T A ESYT2 CCDS34791.1 r.? - - intronic 25 0 0 51 1 2 27 3 11.1 46 1 2.2 75 9 12 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 6 4 6 4 4 2 4 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.27047619 0.27047619 1 1.637548387 1.637548387 1 0.420068376 NA 0 1.089137056 1.089137056 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.225579006 1 0.000334187 1 0.205924651 1 1.82E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 3326951 C G CSMD1 ENST00000318252 r.? - - intronic 27 0 0 17 2 11.8 21 4 19 59 3 5.1 43 10 23.3 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 1 1 1 1 1 1 1 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.005809524 1.005809524 1 1.853010753 1.853010753 1 0.820794872 0.820794872 1 0.949741117 0.949741117 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.003234386 1 0.00000349 1 0.003297476 1 1.61E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 3436313 C A CSMD1 ENST00000318252 r.? - - intronic 27 0 0 23 3 13 27 5 18.5 62 7 11.3 41 13 31.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 1 1 1 1 1 1 1 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.108095238 1.108095238 1 1.804247312 1.804247312 1 1.818623932 1.818623932 1 1.292137056 1.292137056 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000205387 1 0.00000023 1 3.02E-08 1 1.89E-20 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 5883488 G C - - - - - - 38 0 0 33 2 6.1 24 3 12.5 69 0 0 33 8 24.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 1 2 2 2 1 2 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.580952381 0.580952381 1 1.344086022 1.344086022 1 0 NA 0 1.228426396 1.228426396 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.011909843 1 0.000233853 1 1 1 4.85E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 11208927 T A HRH1 CCDS2604.1 r.? - - intronic 25 1 4 38 0 0 22 0 0 7 4 57.1 46 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.641082306 4 3 3 3 4 3 3 0 0 0 0 0.358917694 1 1 1 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 10.33168376 3.443894587 3 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 0.117779757 1 1 1 1 1 2.16E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 14274976 T G SGCZ CCDS5992.2 r.? - - intronic 31 0 0 27 2 7.4 18 3 16.7 63 2 3.2 27 7 25.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 1 1 1 1 1 1 1 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.630761905 0.630761905 1 1.628698925 1.628698925 1 0.515008547 0.515008547 1 1.055720812 1.055720812 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.00807567 1 0.0000964 1 0.03993132 1 6.36E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 30350650 C T RBPMS CCDS6077.1 r.? - - intronic 32 0 0 31 1 3.2 21 5 23.8 58 3 5.2 43 13 30.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 1 1 3 1 1 1 2 1 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.272761905 NA 0 2.321139785 2.321139785 1 0.940888889 0.940888889 1 1.230994924 1.230994924 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.143917729 1 5.95E-08 1 0.003141421 1 3.88E-20 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 36701254 T G KCNU1 ENST00000399881 r.? - - intronic 31 0 0 53 3 5.7 25 5 20 75 0 0 117 8 6.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 10 7 7 7 10 7 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.827857143 0.827857143 1 3.150537634 1.050179211 3 0 0 1 0.685177665 0.685177665 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.002429596 1 0.000000153 1 1 1 0.000000164 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 38240003 C G WHSC1L1 CCDS43729.1 r.? - - upstream 50 0 0 16 0 0 9 3 33.3 5 1 20 99 40 40.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 10 7 7 7 10 7 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 5.245645161 1.049129032 5 5.018803419 5.018803419 1 4.070761421 1.017690355 4 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 1 1 0.0000103 1 0.024751247 1 5.62E-65 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 32263335 T A - - - - - - 27 1 3.7 52 16 30.8 30 10 33.3 66 18 27.3 88 50 56.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 6 4 5.457182397 5 5 4 4 0 1 0 1 1 1 1 0.542817603 NA NA NA 5 NA NA NA 1 NA NA NA 0.457182397 3.857333333 0.964333333 4 4.912645161 0.982529032 5 5.212666667 1.303166667 4 4.846928332 1.087442223 4.457182397 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 0.126579904 1 1.33E-24 1 2.68E-16 1 2.08E-26 1 8.59E-91 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 48031516 A T - - - - - - 36 0 0 48 1 2.1 43 4 9.3 93 5 5.4 111 18 16.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 10 12 10 8 6 7 7 6 4 5 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.368 NA 0 1.93 1.93 1 1.355076923 1.355076923 1 1.794335025 0.897167513 2 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.213845552 1 0.000066 1 0.000112692 1 5.84E-22 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 52199018 C T - - - - - - 27 0 0 45 4 8.9 34 5 14.7 53 2 3.8 111 0 0 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 10 12 10 8 6 7 7 6 4 5 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.559619048 1.559619048 1 3.050645161 1.01688172 3 0.95357265 0.95357265 1 0 NA 0 NA NA 0 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.0000791 1 0.000000771 1 0.029108399 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 55418875 C G - - - - - - 47 0 0 44 0 0 34 4 11.8 67 0 0 38 8 21.1 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 2 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 9 3 7 7 8 3 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.858817204 1.858817204 1 0 0 1 1.28206599 1.28206599 1 NA NA 0 0 NA 0 0 0 1 NA NA 0 6 NA 1 1 1 1 0.0000257 1 1 1 1.67E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 58350640 G A - - - - - - 32 0 0 45 0 0 30 5 16.7 70 0 0 69 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 7 9 3 7 7 8 3 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 2.630698925 0.876899642 3 0 0 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 0.000000401 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 58351383 C G - - - - - - 43 0 0 52 2 3.8 35 4 11.4 81 0 0 63 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 7 9 3 7 7 8 3 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.551904762 0.551904762 1 1.795806452 1.795806452 1 0 0 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.028101652 1 0.0000289 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 59814292 T G TOX CCDS34897.1 r.? - - intronic 28 0 0 48 2 4.2 26 4 15.4 65 1 1.5 68 13 19.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 9 3 7 7 8 3 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.61 0.61 1 2.425913978 2.425913978 1 0.361410256 0.361410256 1 1.160543147 1.160543147 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.024220359 1 0.00000856 1 0.278061424 1 2.96E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 61992113 C A - - - - - - 27 0 0 42 0 0 31 4 12.9 66 0 0 57 0 0 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 7 9 3 7 7 8 3 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 2.032096774 2.032096774 1 0 0 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 0.0000177 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 64479956 G T - - - - - - 27 0 0 49 1 2 26 4 15.4 103 0 0 65 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 7 9 3 7 7 8 3 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.29047619 0.29047619 1 2.425913978 2.425913978 1 0 0 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.217776325 1 0.00000856 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 66264838 A G - - - - - - 33 0 0 50 2 4 26 4 15.4 75 0 0 56 10 17.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 9 3 7 7 8 3 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.580952381 0.580952381 1 2.425913978 2.425913978 1 0 0 1 1.087629442 1.087629442 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.026131524 1 0.00000856 1 1 1 2.82E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 70120225 A G - - - - - - 40 0 0 73 4 5.5 44 5 11.4 98 0 0 59 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 7 9 3 7 7 8 3 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.798809524 0.798809524 1 1.795806452 1.795806452 1 0 0 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000516741 1 0.00000288 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 70480652 A C SULF1 CCDS6204.1 r.? - - intronic 31 0 0 52 0 0 27 3 11.1 88 0 0 59 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 7 9 3 7 7 8 3 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.748548387 1.748548387 1 0 0 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 0.000334187 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 76443829 T C HNF4G ENST00000354370 r.? - - intronic 39 0 0 38 3 7.9 31 5 16.1 72 0 0 49 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 7 9 3 7 7 8 3 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.147380952 1.147380952 1 2.536182796 0.845394265 3 0 0 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000925091 1 0.000000476 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 77596442 G C ZFHX4 CCDS47878.1 r.? - - intronic 25 0 0 62 3 4.8 30 4 13.3 71 2 2.8 54 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 7 9 3 7 7 8 3 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.697142857 0.697142857 1 2.095107527 2.095107527 1 0.674632479 0.674632479 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.003793816 1 0.0000154 1 0.04950591 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 78012376 G A - - - - - - 26 0 0 47 4 8.5 27 5 18.5 70 8 11.4 57 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 7 9 3 7 7 8 3 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.23452381 1.23452381 1 2.914247312 0.971415771 3 2.746717949 0.91557265 3 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.0000939 1 0.00000023 1 2.8E-09 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 82333112 C A - - - - - - 30 0 0 40 2 5 27 5 18.5 56 10 17.9 52 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE NA 7 7 NA NA 7 6 NA NA 0 1 NA NA 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1 2.914247312 0.971415771 3 3.95482906 0.988707265 4 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.017193422 1 0.00000023 1 2.82E-13 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 84071350 G C - - - - - - 33 0 0 47 4 8.5 20 4 20 71 0 0 63 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE NA 7 7 NA NA 7 6 NA NA 0 1 NA NA 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1 3.150537634 1.050179211 3 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.0000939 1 0.00000284 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 84127041 T A - - - - - - 43 0 0 48 2 4.2 28 3 10.7 84 0 0 46 9 19.6 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE NA 7 7 NA NA 7 6 NA NA 0 1 NA NA 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1 1.685537634 1.685537634 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.024220359 1 0.000372895 1 1 1 1.82E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 84409274 A G - - - - - - 37 0 0 36 2 5.6 29 7 24.1 83 2 2.4 54 0 0 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE NA 7 7 NA NA 7 6 NA NA 0 1 NA NA 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1 3.796397849 0.949099462 4 0.53025641 0.53025641 1 NA NA 1 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.014070883 1 1.11E-10 1 0.065215002 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 85497424 T A - - - - - - 33 0 0 43 0 0 25 4 16 94 0 0 94 0 0 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 10 7 5 7 7 6 3 2 3 1 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 3.000430108 1.000143369 3 0 NA 0 0 NA 0 NA NA 0 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 0.00000727 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 85888809 G C - - - - - - 31 0 0 78 5 6.4 35 6 17.1 88 4 4.5 93 0 0 2 0 0 0 0 NA 1 1 100 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 10 7 5 7 7 6 3 2 3 1 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.05752381 1.05752381 1 3.206709677 1.068903226 3 0.994230769 0.994230769 1 0 NA 0 NA NA 0 18.75268817 2.678955453 7 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.0000487 1 2.24E-08 0.005 0.001043312 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 88346018 C T CNBD1 ENST00000319712 r.? - - intronic 35 0 0 50 4 8 34 6 17.6 86 4 4.7 80 0 0 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.161904762 1.161904762 1 2.772473118 0.924157706 3 1.038418803 1.038418803 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000119787 1 1.86E-08 1 0.000957637 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 92469899 G T - - - - - - 21 0 0 38 0 0 23 4 17.4 44 0 0 68 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 2.740967742 0.913655914 3 0 NA 0 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 0.00000513 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 93506210 G A - - - - - - 30 0 0 49 3 6.1 22 5 22.7 66 0 0 64 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.885952381 0.885952381 1 3.575860215 0.893965054 4 0 0 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.001939399 1 7.67E-08 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 94655713 G C AC011118.2 ENST00000501400 r.? - - intronic 32 0 0 51 2 3.9 23 4 17.4 72 0 0 63 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.566428571 0.566428571 1 2.740967742 0.913655914 3 0 0 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.027109304 1 0.00000513 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 96862157 T A - - - - - - 31 0 0 51 0 0 25 4 16 106 0 0 63 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 2.520430108 2.520430108 1 0 0 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 0.00000727 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 99017776 C T MATN2 ENST00000254898 r.? - - intronic 31 0 0 48 3 6.2 26 4 15.4 30 0 0 66 10 15.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.90047619 0.90047619 1 2.425913978 2.425913978 1 0 0 1 1.075573604 1.075573604 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.001827434 1 0.00000856 1 1 1 1.6E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 106807737 A G ZFPM2 CCDS47908.1 r.? - - intronic 38 0 0 56 2 3.6 47 7 14.9 82 2 2.4 71 12 16.9 3 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.522857143 0.522857143 1 2.347150538 1.173575269 2 0.53025641 0.53025641 1 1.19586802 1.19586802 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.032213353 1 4.12E-09 1 0.063849088 1 2.38E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 107550651 G A OXR1 CCDS47909.1 r.? - - intronic 35 0 0 45 2 4.4 32 6 18.8 81 4 4.9 68 14 20.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.639047619 0.639047619 1 2.961505376 0.987168459 3 1.082606838 1.082606838 1 1.457685279 1.457685279 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.021467209 1 1.27E-08 1 0.000765256 1 5.84E-19 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 107855919 A G - - - - - - 27 0 0 36 2 5.6 39 4 10.3 41 2 4.9 56 12 21.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.813333333 0.813333333 1 1.622526882 1.622526882 1 1.082606838 1.082606838 1 1.514294416 1.514294416 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.014070883 1 0.0000447 1 0.018015855 1 1.11E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 110947755 A C - - - - - - 22 0 0 42 2 4.8 37 6 16.2 81 0 0 71 7 9.9 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.697142857 0.697142857 1 2.551935484 0.850645161 3 0 0 1 0.700538071 0.700538071 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 0.018854633 1 3.18E-08 1 1 1 7.85E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 117364976 C T - - - - - - 27 0 0 48 4 8.3 26 4 15.4 89 1 1.1 74 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.20547619 1.20547619 1 2.425913978 2.425913978 1 0.243034188 0.243034188 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000102016 1 0.00000856 1 0.359890627 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 122427400 G C - - - - - - 33 0 0 51 3 5.9 35 5 14.3 48 0 0 64 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.856904762 0.856904762 1 2.252634409 2.252634409 1 0 NA 0 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.002175924 1 0.000000895 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 132567643 C T - - - - - - 26 0 0 43 2 4.7 28 5 17.9 77 0 0 72 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.682619048 0.682619048 1 2.819731183 0.939910394 3 0 0 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.019709573 1 0.000000279 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 136232735 T A - - - - - - 30 0 0 46 0 0 29 5 17.2 77 0 0 57 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA FALSE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 2.709462366 0.903154122 3 0 0 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 0.000000336 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 140076933 G T - - - - - - 43 0 0 54 1 1.9 32 7 21.9 83 1 1.2 73 16 21.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 7 7 4 6 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.256952381 NA 0 3.44983871 0.862459677 4 0.265128205 0.265128205 1 1.549675127 0.774837563 2 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.237137336 1 2.36E-10 1 0.340346757 1 6.15E-22 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 9 9151591 G A PTPRD CCDS43786.1 r.? - - intronic 38 0 0 39 4 10.3 25 6 24 54 0 0 44 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3.615393329 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 0.384606671 1 NA NA 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.615393329 NA 1.083952381 1.083952381 1 2.820645161 0.940215054 3 0 0 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 9 NA 1 1 0.0000447 1 2.55E-09 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 9 11008760 C A - - - - - - 32 0 0 28 2 7.1 16 3 18.8 79 4 5.1 46 21 45.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3.615393329 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 0.384606671 1 NA NA 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.615393329 NA 0.747190476 0.747190476 1 2.209505376 2.209505376 1 0.954179932 0.954179932 1 2.776796954 0.925598985 3 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.008668191 1 0.0000667 1 0.000696582 1 2.94E-36 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 9 19345286 G A DENND4C CCDS6491.2 r.? - - intronic 46 0 0 30 1 3.3 35 5 14.3 59 3 5.1 59 1 1.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3.615393329 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 0.384606671 1 NA NA 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.615393329 NA 0.347285714 0.347285714 1 1.680634409 1.680634409 1 0.954179932 0.954179932 1 0.103294416 0.103294416 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.139615808 1 0.000000895 1 0.003297476 1 0.256019138 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 9 19424915 A C ACER2 CCDS34992.1 r.? - - intronic 24 0 0 31 6 19.4 20 4 20 69 5 7.2 52 31 59.6 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3.615393329 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 0.384606671 1 NA NA 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.615393329 NA 2.041619048 2.041619048 1 2.350537634 2.350537634 1 1.34707755 1.34707755 1 3.621380711 1.207126904 3 NA NA 0 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 1.03E-08 1 0.00000284 1 0.0000269 1 8.07E-58 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 9 26689467 C G - - - - - - 34 0 0 32 2 6.2 23 3 13 59 5 8.5 58 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3.615393329 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 0.384606671 1 NA NA 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.615393329 NA 0.65247619 0.65247619 1 1.527849462 1.527849462 1 1.590299886 1.590299886 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 7 NA 1 1 0.011224977 1 0.000205387 1 0.0000125 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 9 81470896 G C - - - - - - 31 0 0 30 2 6.7 24 3 12.5 83 0 0 50 19 38 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 3 3 3 4 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.705095238 0.705095238 1 1.469086022 1.469086022 1 0 0 1 2.30893401 1.154467005 2 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.009909649 1 0.000233853 1 1 1 5E-31 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 9 81817518 C G - - - - - - 27 0 0 44 1 2.3 15 5 33.3 55 6 10.9 43 16 37.2 0 0 NA 2 2 100 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 3 3 3 4 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.242047619 0.242047619 1 3.913645161 1.304548387 3 2.081247863 2.081247863 1 2.260324873 1.130162437 2 10.52380952 3.507936508 3 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.197923942 0.000025 0.000000009 1 0.000000367 1 3.56E-26 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 9 83326427 A C - - - - - - 34 0 0 34 2 5.9 28 3 10.7 84 2 2.4 66 7 10.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 3 3 3 4 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.620904762 0.620904762 1 1.257537634 1.257537634 1 0.45825641 0.45825641 1 0.644071066 0.644071066 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.012612579 1 0.000372895 1 0.066590661 1 0.000000047 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 9 89909392 A T - - - - - - 34 0 0 34 1 2.9 23 4 17.4 72 0 0 53 12 22.6 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 TRUE FALSE 3 3 4 3 3 3 4 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.305190476 0.305190476 1 2.044967742 2.044967742 1 0 0 1 1.373208122 1.373208122 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 0 NA 0 6 NA 1 1 0.156694864 1 0.00000513 1 1 1 5.39E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 9 93018314 C T - - - - - - 35 0 0 36 2 5.6 24 5 20.8 42 2 4.8 60 10 16.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 3 3 3 4 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.589333333 0.589333333 1 2.44455914 0.814853047 3 0.916512821 0.916512821 1 1.014715736 1.014715736 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.014070883 1 0.000000123 1 0.018854633 1 5.86E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 9 96830676 G C PTPDC1 CCDS6707.1 r.? - - intronic 42 0 0 52 0 0 26 5 19.2 70 0 0 57 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 4.440663516 3 3 4 4 0 0 0 0 1 1 1 0.559336484 NA NA NA 5 NA NA NA 0 NA NA NA 0.440663516 0 0 1 2.256516129 2.256516129 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 9 NA 1 1 1 1 0.000000188 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 9 97462874 T A C9orf118 ENST00000375325 r.? - - intronic 33 0 0 39 3 7.7 26 3 11.5 62 0 0 64 0 0 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 4.440663516 3 3 4 4 0 0 0 0 1 1 1 0.559336484 NA NA NA 5 NA NA NA 0 NA NA NA 0.440663516 0.810333333 0.810333333 1 1.35155914 1.35155914 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 9 NA 1 1 0.000998458 1 0.000298167 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 9 106229561 G C - - - - - - 29 0 0 32 3 9.4 28 3 10.7 56 2 3.6 47 12 25.5 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 3.362084995 3 3 4 3 0 0 0 0 1 1 1 0.637915005 NA NA NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.362084995 0.989238095 0.989238095 1 1.257537634 1.257537634 1 0.687384615 0.687384615 1 1.641747917 0.820873959 2 NA NA 0 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000556213 1 0.000372895 1 0.032213353 1 1.09E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 9 128567739 G C PBX3 CCDS6865.1 r.? - - intronic 34 0 0 35 3 8.6 20 4 20 73 2 2.7 58 22 37.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 TRUE FALSE 2 2 2.28778211 2 2 2 0 2 0 0 0 0 1 1 -1.28778211 1 NA NA 1 NA NA NA 0 NA NA NA 2.28778211 NA 0.819047619 0.819047619 1 2.150537634 2.150537634 1 0.469308579 0.469308579 1 1.923857868 0.961928934 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 0 0 1 8 NA 1 1 0.000725791 1 0.00000284 1 0.052016623 1 1.13E-35 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 9 138054212 A G - - - - - - 15 0 0 12 3 25 10 4 40 14 4 28.6 23 3 13 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 2.28778211 2 2 2 0 2 0 0 0 0 1 1 -1.28778211 1 NA NA 1 NA NA NA 0 NA NA NA 2.28778211 NA 2.380952381 2.380952381 1 4.301075269 2.150537634 2 4.971194572 2.172931832 2.28778211 0.659898477 0.659898477 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.0000266 1 0.000000128 1 0.000000601 1 0.000205387 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 6204442 C A - - - - - - 26 0 0 35 3 8.6 25 4 16 65 6 9.2 29 6 20.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 1.505953569 3 5 1.691630503 1 2 3 1 0 1 2 0 0.494046431 1 1 0.308369497 1 NA NA 2 1 NA NA 0 0.505953569 NA NA 0.691630503 0.776559626 0.776559626 1 1.880430108 1.880430108 1 1.848649573 1.848649573 1 0.986928935 0.986928935 1 NA NA 0 NA NA 1 0 0 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000725791 1 0.00000727 1 0.000001 1 6.72E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 8218324 G A - - - - - - 32 0 0 22 0 0 22 4 18.2 67 5 7.5 46 8 17.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 1.505953569 3 5 3 1 2 3 2 0 1 2 1 0.494046431 1 1 1 1 NA NA NA 1 NA NA NA 0.505953569 NA NA NA 0 NA 0 2.138989247 2.138989247 1 1.507051282 1.507051282 1 1.057248731 1.057248731 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 0.00000425 1 0.0000233 1 8.61E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 14438265 C A - - - - - - 39 0 0 10 0 0 13 3 23.1 72 0 0 49 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1.505953569 3 5 1.252893061 1 2 3 1 0 1 2 0 0.494046431 1 1 0.747106939 1 NA NA 2 1 NA NA 0 0.505953569 NA NA 0.252893061 0 0 1 2.714870968 2.714870968 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 9 NA 1 1 1 1 0.0000344 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 16734277 C T SYAP1 CCDS14177.1 r.? - - upstream 33 0 0 47 2 4.3 21 5 23.8 26 1 3.8 41 5 12.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1.505953569 3 5 1.252893061 1 2 3 1 0 1 2 0 0.494046431 1 1 0.747106939 1 NA NA 2 1 NA NA 0 0.505953569 NA NA 0.252893061 0.388279813 0.388279813 1 2.797139785 1.398569892 2 0.76357265 0.76357265 1 0.528142294 0.528142294 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.02328732 1 5.95E-08 1 0.122190858 1 0.00000202 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 17469855 C T NHS CCDS14181.1 r.? - - intronic 36 0 0 31 4 12.9 24 6 25 37 5 13.5 41 19 46.3 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1.505953569 3 5 1.252893061 1 2 3 1 0 1 2 0 0.494046431 1 1 0.747106939 1 NA NA 2 1 NA NA 0 0.505953569 NA NA 0.252893061 1.164839439 1.164839439 1 2.938172043 1.469086022 2 2.712692308 0.904230769 3 2.004343294 1.599772045 1.252893061 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.0000177 1 1.95E-09 1 0.00000119 1 4.2E-33 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 20817054 G A - - - - - - 37 0 0 31 3 9.7 24 5 20.8 68 6 8.8 44 21 47.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1.505953569 3 5 1.252893061 1 2 3 1 0 1 2 0 0.494046431 1 1 0.747106939 1 NA NA 2 1 NA NA 0 0.505953569 NA NA 0.252893061 0.87588702 0.87588702 1 2.44455914 1.22227957 2 1.768273504 1.768273504 1 2.064949787 1.648145282 1.252893061 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000505952 1 0.000000123 1 0.00000131 1 8.6E-37 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 24668785 A T PCYT1B CCDS14213.1 r.? - - upstream 37 0 0 34 0 0 21 3 14.3 58 0 0 44 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1.505953569 3 5 1.252893061 1 2 3 1 0 1 2 0 0.494046431 1 1 0.747106939 1 NA NA 2 1 NA NA 0 0.505953569 NA NA 0.252893061 0 0 1 1.680634409 1.680634409 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 9 NA 1 1 1 1 0.000155401 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 26075142 T A - - - - - - 28 0 0 40 2 5 20 6 30 56 3 5.4 40 5 12.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1.505953569 3 5 1.252893061 1 2 3 1 0 1 2 0 0.494046431 1 1 0.747106939 1 NA NA 2 1 NA NA 0 0.505953569 NA NA 0.252893061 0.451488155 0.451488155 1 3.525806452 1.762903226 2 1.085076923 1.085076923 1 0.541129399 0.541129399 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.017193422 1 5.7E-10 1 0.00284314 1 0.00000178 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 26419338 C G - - - - - - 41 0 0 26 2 7.7 15 5 33.3 68 0 0 38 8 21.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1.505953569 3 5 1.252893061 1 2 3 1 0 1 2 0 0.494046431 1 1 0.747106939 1 NA NA 2 1 NA NA 0 0.505953569 NA NA 0.252893061 0.695291758 0.695291758 1 3.913645161 1.956822581 2 0 0 1 0.913426426 0.913426426 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.007502227 1 0.000000009 1 1 1 1.67E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 27950895 C A - - - - - - 35 0 0 31 0 0 31 8 25.8 50 4 8 44 9 20.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1.505953569 3 5 1.476747324 1 2 3 1 0 1 2 0 0.494046431 1 1 0.523252676 1 NA NA 1 1 NA NA 1 0.505953569 NA NA 0.476747324 0 0 1 3.032193548 1.516096774 2 1.607521368 1.607521368 1 0.933342338 0.933342338 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 1 1 2.78E-12 1 0.000119787 1 1.18E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 28096221 C G - - - - - - 35 0 0 23 1 4.3 23 4 17.4 64 4 6.2 41 13 31.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1.505953569 3 5 1.476747324 1 2 3 1 0 1 2 0 0.494046431 1 1 0.523252676 1 NA NA 1 1 NA NA 1 0.505953569 NA NA 0.476747324 0.388279813 0.388279813 1 2.044967742 2.044967742 1 1.24582906 1.24582906 1 1.443265958 1.443265958 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.108890944 1 0.00000513 1 0.000312605 1 1.89E-20 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 29136053 G T IL1RAPL1 CCDS14218.1 r.? - - intronic 32 0 0 24 1 4.2 21 5 23.8 57 5 8.8 66 29 43.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1.505953569 3 5 1 1 2 3 1 0 1 2 0 0.494046431 1 1 1 1 NA NA NA 1 NA NA NA 0.505953569 NA NA NA 0.37925005 0.37925005 1 2.797139785 1.398569892 2 1.768273504 1.768273504 1 1.789426396 1.789426396 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.113346489 1 5.95E-08 1 0.0000105 1 6.96E-49 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 29967276 T G IL1RAPL1 CCDS14218.1 r.? - - intronic 39 0 0 35 0 0 18 4 22.2 55 2 3.6 46 10 21.7 0 0 NA 0 0 NA 1 1 100 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 1.505953569 3 5 1 1 2 3 1 0 1 2 0 0.494046431 1 1 1 1 NA NA NA 1 NA NA NA 0.505953569 NA NA NA 0 NA 0 2.609096774 1.304548387 2 0.723384615 0.723384615 1 0.884522843 0.884522843 1 NA NA 0 11.75268817 11.75268817 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 0.00000181 0.005 0.031164417 1 3.38E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 33210025 G A DMD CCDS14233.1 r.? - - intronic 40 0 0 24 1 4.2 12 4 33.3 68 9 13.2 40 15 37.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1.505953569 3 5 1 1 2 3 1 0 1 2 0 0.494046431 1 1 1 1 NA NA NA 1 NA NA NA 0.505953569 NA NA NA 0.37925005 0.37925005 1 3.913645161 1.956822581 2 2.652410256 0.884136752 3 1.528553299 1.528553299 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.113346489 1 0.0000003 1 7.38E-11 1 1.09E-24 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 35015318 G T - - - - - - 41 0 0 26 0 0 11 3 27.3 42 0 0 39 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 1.505953569 3 5 4 1 2 3 3 0 1 2 1 0.494046431 1 1 1 1 NA NA NA 1 NA NA NA 0.505953569 NA NA NA 0 NA 0 3.208483871 1.604241935 2 0 0 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 0.00002 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 37065122 T A - - - - - - 22 0 0 28 2 7.1 25 7 28 66 8 12.1 38 13 34.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1.505953569 3 5 4 1 2 3 3 0 1 2 1 0.494046431 1 1 1 1 NA NA NA 1 NA NA NA 0.505953569 NA NA NA 0.64111318 0.64111318 1 3.290752688 1.645376344 2 2.431376068 0.810458689 3 2.420040609 0.806680203 3 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.008668191 1 3.47E-11 1 1.73E-09 1 5.88E-21 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 40915564 T A - - - - - - 42 0 0 28 0 0 27 5 18.5 65 0 0 45 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 1.505953569 3 5 4 1 2 3 3 0 1 2 1 0.494046431 1 1 1 1 NA NA NA 1 NA NA NA 0.505953569 NA NA NA 0 NA 0 2.174247312 2.174247312 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 0.00000023 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 53539473 A G - - - - - - 24 0 0 28 3 10.7 20 5 25 50 9 18 60 21 35 0 0 NA 0 0 NA 2 2 100 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1.505953569 3 5 4 1 2 3 3 0 1 2 1 0.494046431 1 1 1 1 NA NA NA 1 NA NA NA 0.505953569 NA NA NA 0.966184651 0.966184651 1 2.938172043 1.469086022 2 3.616923077 1.205641026 3 2.476649746 0.825549915 3 NA NA 0 11.75268817 5.876344086 2 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000372895 1 4.55E-08 0.000025 4.07E-12 1 3.16E-33 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 54471677 T C TSR2 CCDS14358.1 r.1291u>c c.? p.? 3'UTR variant 26 0 0 30 1 3.3 30 4 13.3 57 3 5.3 59 10 16.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 1.505953569 3 5 4 1 2 3 3 0 1 2 1 0.494046431 1 1 1 1 NA NA NA 1 NA NA NA 0.505953569 NA NA NA 0.297982182 NA 0 1.563107527 1.563107527 1 1.064982906 1.064982906 1 1.19586802 1.19586802 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.139615808 1 0.0000154 1 0.002989991 1 4.91E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 62169659 C T - - - - - - 30 0 0 49 0 0 30 4 13.3 86 3 3.5 134 31 23.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 9 3 5 4 6 2 3 3 3 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.563107527 1.563107527 1 0.703290598 0.703290598 1 1.634588832 0.817294416 2 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 1 1 0.0000154 1 0.009396251 1 6.91E-42 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 63643449 T A - - - - - - 33 0 0 64 2 3.1 24 5 20.8 86 4 4.7 97 25 25.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 9 3 5 4 6 2 3 3 3 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.512238095 0.512238095 1 2.44455914 1.22227957 2 0.944418803 0.944418803 1 1.82564467 0.912822335 2 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.041085601 1 0.000000123 1 0.000957637 1 2.13E-35 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 76273014 A T - - - - - - 28 0 0 73 0 0 30 5 16.7 78 0 0 126 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 3 5 9.332427659 5 2 3 6 2 1 2 3 1 1 1 0.667572341 NA NA NA 7 NA NA NA 3 NA NA NA 0.332427659 0 0 1 1.962698925 1.962698925 1 0 NA 0 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 0.000000401 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 77213830 C G ATP7A CCDS35339.1 r.? - - intronic 27 0 0 54 2 3.7 23 5 21.7 69 3 4.3 130 9 6.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 3 5 9.332427659 5 2 3 6 2 1 2 3 1 1 1 0.667572341 NA NA NA 7 NA NA NA 3 NA NA NA 0.332427659 0.537380952 0.537380952 1 2.550333333 1.275166667 2 0.864042735 0.864042735 1 0.856191316 0.856191316 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.030129377 1 9.75E-08 1 0.005121501 1 0.000000025 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 79074098 G C - - - - - - 27 0 0 56 1 1.8 34 4 11.8 97 1 1 125 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 3 5 11 5 2 3 6 2 1 2 5 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.261428571 0.261428571 1 1.386817204 1.386817204 1 0.200940171 0.200940171 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 7 NA 1 1 0.244746891 1 0.0000257 1 0.385051378 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 81148389 C T - - - - - - 27 0 0 45 6 13.3 22 5 22.7 58 0 0 95 9 9.5 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 3 11 7.275827981 5 2 8 6 1 1 3 1 1 1 1 0.724172019 NA NA NA 6 NA NA NA 2 NA NA NA 0.275827981 1.798666667 1.798666667 1 2.667860215 1.333930108 2 0 0 1 0.983437161 0.983437161 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000000108 1 7.67E-08 1 1 1 1.56E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 89479831 C G - - - - - - 24 0 0 45 3 6.7 14 3 21.4 68 1 1.5 82 21 25.6 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 9 3 10 8 6 2 6 6 3 1 4 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.107095238 1.107095238 1 2.515075269 2.515075269 1 0.376410256 0.376410256 1 2.835492386 0.945164129 3 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.001516071 1 0.0000437 1 0.288836448 1 6.53E-30 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 89556801 C G - - - - - - 37 0 0 66 1 1.5 38 4 10.5 40 0 0 94 7 7.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 9 3 10 8 6 2 6 6 3 1 4 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.247857143 0.247857143 1 1.234032258 1.234032258 1 0 0 1 0.819634518 0.819634518 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.281671117 1 0.0000403 1 1 1 0.000000547 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 91535118 G C PCDH11X CCDS14461.1 r.? - - intronic 42 0 0 40 1 2.5 18 5 27.8 87 3 3.4 90 26 28.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 9 3 10 8 6 2 6 6 3 1 4 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.413095238 0.413095238 1 3.267247312 1.633623656 2 0.853196581 0.853196581 1 3.201005076 1.067001692 3 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.181679879 1 2.54E-08 1 0.009696123 1 3.18E-38 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 97213553 A T - - - - - - 32 0 0 48 3 6.2 29 3 10.3 80 5 6.2 117 11 9.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 9 3 10 9 6 2 6 7 3 1 4 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.02447619 1.02447619 1 1.210526882 1.210526882 1 1.55582906 1.55582906 1 1.13515736 1.13515736 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.001827434 1 0.000414371 1 0.000055 1 2.61E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 98480788 T C - - - - - - 26 0 0 46 0 0 23 5 21.7 112 0 0 92 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 3 10 8 6 2 6 5 3 1 4 3 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 2.550333333 1.275166667 2 0 0 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 9.75E-08 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 99011711 C A - - - - - - 30 0 0 44 3 6.8 24 4 16.7 77 3 3.9 111 4 3.6 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 9 3 10 8 6 2 6 5 3 1 4 3 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.123619048 1.123619048 1 1.962698925 1.962698925 1 0.978666667 0.978666667 1 0.398741117 0.398741117 1 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.00142027 1 0.00000613 1 0.006942426 1 0.002447313 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 100842345 T A - - - - - - 38 0 0 57 1 1.8 29 3 10.3 89 0 0 95 0 0 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 1 0 0 FALSE FALSE 9 4 9 7 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.297428571 0.297428571 1 1.313526882 1.313526882 1 0 0 1 0 NA 0 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 1 1 0.248523156 1 0.000414371 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 101848854 C G - - - - - - 32 0 0 37 1 2.7 20 3 15 90 0 0 97 0 0 1 0 0 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 9 4 9 7 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.446142857 0.446142857 1 1.912903226 1.912903226 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 9 NA 1 1 0.169281299 1 0.0001337 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 104948661 G T IL1RAPL2 CCDS14517.1 r.? - - intronic 30 0 0 46 2 4.3 29 4 13.8 72 0 0 83 16 19.3 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 9 4 9 7 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.71052381 0.71052381 1 1.759870968 1.759870968 1 0 0 1 1.944695431 0.972347716 2 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.022369545 1 0.0000134 1 1 1 5.75E-21 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 108235146 G A - - - - - - 35 0 0 53 2 3.8 35 5 14.3 76 2 2.6 108 11 10.2 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 9 4 9 7 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.627904762 0.627904762 1 1.823634409 1.823634409 1 0.626444444 0.626444444 1 1.027766497 1.027766497 1 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.029108399 1 0.000000895 1 0.055865747 1 1.08E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 114322057 T G - - - - - - 46 0 0 53 1 1.9 15 3 20 81 1 1.2 89 23 25.8 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 9 4 9 7 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.313952381 0.313952381 1 2.550537634 2.550537634 1 0.289128205 0.289128205 1 2.59964467 0.866548223 3 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.233303855 1 0.0000544 1 0.333700419 1 1.02E-32 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 122664008 T G - - - - - - 26 0 0 55 0 0 29 3 10.3 69 0 0 100 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 4 9 7.502316921 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 0.497683079 NA NA NA 7 NA NA NA 1 NA NA NA 0.502316921 0 0 1 1.313526882 1.313526882 1 0 0 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 0.000414371 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 125696046 A C - - - - - - 39 0 0 48 0 0 19 3 15.8 66 0 0 96 0 0 1 0 0 1 0 0 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 9 4 9 7.502316921 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 0.497683079 NA NA NA 7 NA NA NA 1 NA NA NA 0.502316921 0 0 1 2.014924731 2.014924731 1 0 0 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 0 0 0 1 NA NA 0 9 NA 1 1 1 1 0.000114071 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 127471823 G C - - - - - - 37 0 0 62 0 0 29 5 17.2 75 0 0 104 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 9 4 9 7.502316921 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 0.497683079 NA NA NA 7 NA NA NA 1 NA NA NA 0.502316921 0 0 1 2.193462366 2.193462366 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 9 NA 1 1 1 1 0.000000336 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 128160824 G A - - - - - - 31 0 0 38 0 0 13 4 30.8 92 0 0 92 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 9 4 9 7.502316921 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 0.497683079 NA NA NA 7 NA NA NA 1 NA NA NA 0.502316921 0 0 1 3.927827957 1.309275986 3 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 9 NA 1 1 1 1 0.000000431 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 130783521 A T - - - - - - 35 0 0 50 3 6 24 3 12.5 69 3 4.3 101 8 7.9 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 9 4 9 7.502316921 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 0.497683079 NA NA NA 7 NA NA NA 1 NA NA NA 0.502316921 0.991428571 0.991428571 1 1.594086022 1.594086022 1 1.036042735 1.036042735 1 0.835698265 0.835698265 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.002055544 1 0.000233853 1 0.005121501 1 5.22E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 131081761 A T - - - - - - 31 0 0 40 0 0 26 4 15.4 102 0 0 93 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 4 9 7.502316921 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 0.497683079 NA NA NA 7 NA NA NA 1 NA NA NA 0.502316921 0 0 1 1.963913978 1.963913978 1 0 0 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 0.00000856 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 135830477 C G ARHGEF6 CCDS14660.1 r.? - - intronic 34 0 0 50 0 0 26 5 19.2 78 0 0 90 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 9 4 9 7.502316921 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 0.497683079 NA NA NA 7 NA NA NA 1 NA NA NA 0.502316921 0 0 1 2.448516129 0.816172043 3 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 9 NA 1 1 1 1 0.000000188 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 135935818 T A - - - - - - 25 0 0 41 1 2.4 23 3 13 40 0 0 78 14 17.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 9 4 9 7.502316921 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 0.497683079 NA NA NA 7 NA NA NA 1 NA NA NA 0.502316921 0.396571429 0.396571429 1 1.657849462 1.657849462 1 0 0 1 1.893544171 0.946772085 2 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.18577148 1 0.000205387 1 1 1 4.63E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 143884989 G C - - - - - - 39 0 0 67 3 4.5 23 3 13 105 1 1 144 11 7.6 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 10.47617813 7 10 10 6 4 6 7 4 3 4 3 0.523821873 1 1 1 6 NA NA NA 5 NA NA NA 0.476178127 NA NA NA 0.809999444 0.809999444 1 2.047849462 2.047849462 1 0.250940171 0.250940171 1 0.993786802 0.993786802 1 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.004717431 1 0.000205387 1 0.409223137 1 2.48E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 148964338 G A - - - - - - 28 0 0 63 4 6.3 30 4 13.3 118 0 0 85 13 15.3 2 0 0 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 10.47617813 7 10 10 6 4 6 7 4 3 4 3 0.523821873 1 1 1 6 NA NA NA 5 NA NA NA 0.476178127 NA NA NA 1.133999222 1.133999222 1 2.095107527 2.095107527 1 0 0 1 2.000649746 1.000324873 2 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 0.000294233 1 0.0000154 1 1 1 6.45E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 150790954 T G PASD1 CCDS35431.1 r.? - - intronic 29 0 0 67 2 3 39 4 10.3 83 0 0 113 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 10.47617813 7 10 10 6 4 6 7 4 3 4 3 0.523821873 1 1 1 6 NA NA NA 5 NA NA NA 0.476178127 NA NA NA 0.53999963 0.53999963 1 1.622526882 1.622526882 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 9 NA 1 1 0.044622585 1 0.0000447 1 1 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 151672666 C A - - - - - - 36 0 0 51 2 3.9 40 5 12.5 67 2 3 128 10 7.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 10.47617813 7 10 10 6 4 6 7 4 3 4 3 0.523821873 1 1 1 6 NA NA NA 5 NA NA NA 0.476178127 NA NA NA 0.701999518 0.701999518 1 1.969086022 1.969086022 1 0.752820513 0.752820513 1 1.019939086 1.019939086 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.027109304 1 0.00000178 1 0.044622585 1 1.3E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 151824146 A T GABRQ CCDS14707.1 r.4321a>u c.? p.? 3'UTR variant 24 0 0 48 0 0 28 3 10.7 88 0 0 84 19 22.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 10.47617813 7 10 10 6 4 6 7 4 3 4 3 0.523821873 1 1 1 6 NA NA NA 5 NA NA NA 0.476178127 NA NA NA 0 0 1 1.685537634 1.685537634 1 0 0 1 2.955208122 0.985069374 3 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 1 1 0.000372895 1 1 1 4.62E-26 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 3998686 A G - - - - - - 26 0 0 36 0 0 25 0 0 41 5 12.2 53 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 2 0.515680268 3.475019401 2 1 0 2 1 1 0 1 1 1 0.484319732 0.524980599 NA NA 1 2 NA NA 0 2 NA NA 0.515680268 0.475019401 0 0 1 0 0 1 1.904383078 1.904383078 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000202 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 12233458 G A TNFRSF1B CCDS145.1 r.? - - intronic 40 0 0 34 0 0 18 0 0 38 5 13.2 55 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3.703345041 0.515680268 3.475019401 2 2 0 2 1 1 0 1 1 0.296654959 0.484319732 0.524980599 NA 3 1 2 NA 1 0 2 NA 0.703345041 0.515680268 0.475019401 0 0 1 0 0 1 2.060480052 2.060480052 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000137 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 16314457 A T - - - - - - 31 0 0 52 1 1.9 37 0 0 42 3 7.1 60 1 1.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 3.703345041 1.574506988 4 2 2 0 3 0 1 0 1 1 0.296654959 -0.574506988 1 NA 3 1 NA NA 1 0 NA NA 0.703345041 1.574506988 NA 0.180952381 NA 0 0 0 1 1.18346521 1.18346521 1 0.120294416 0.120294416 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.229451111 1 1 1 0.001240292 1 0.259739042 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 17191421 C A ENSG00000196690 ENST00000356370 r.? - - downstream 42 0 0 42 3 7.1 31 1 3.2 102 5 4.9 84 11 13.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3.703345041 1.574506988 2.25962316 2 2 0 1 0 1 0 1 1 0.296654959 -0.574506988 0.74037684 NA 3 1 2 NA 1 0 1 NA 0.703345041 1.574506988 0.25962316 0.676190476 0.676190476 1 0.398593063 0.398593063 1 0.81675768 0.81675768 1 0.698985253 0.698985253 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.001240292 1 0.143917729 1 0.000174019 1 6.49E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 21509503 G A - - - - - - 28 0 0 31 3 9.7 19 2 10.5 47 7 14.9 49 8 16.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.653602509 3.703345041 1.574506988 3.576127969 2 2 0 2 1 1 0 1 0.346397491 0.296654959 -0.574506988 0.423872031 3 3 1 3 1 1 0 1 0.653602509 0.703345041 1.574506988 0.576127969 1.084208967 1.084208967 1 1.307883487 1.307883487 1 2.483610088 1.577389054 1.574506988 1.084320026 1.084320026 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000505952 1 0.004039874 1 4.12E-09 1 1.47E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 26210368 G C STMN1 CCDS44090.1 r.? - - downstream 26 0 0 37 0 0 32 0 0 39 4 10.3 65 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.653602509 3.703345041 1.574506988 3.576127969 2 2 0 2 1 1 0 1 0.346397491 0.296654959 -0.574506988 0.423872031 3 3 1 3 1 1 0 1 0.653602509 0.703345041 1.574506988 0.576127969 0 0 1 0 0 1 1.71685798 1.71685798 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000447 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 29677936 C T ENSG00000231360 ENST00000455342 r.? - - intronic 31 0 0 43 3 7 25 2 8 38 7 18.4 71 17 23.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.653602509 3.703345041 1.574506988 3.576127969 2 2 0 2 1 1 0 1 0.346397491 0.296654959 -0.574506988 0.423872031 3 3 1 3 1 1 0 1 0.653602509 0.703345041 1.574506988 0.576127969 0.782418842 0.782418842 1 0.996482657 0.996482657 1 3.067008431 1.947916684 1.574506988 1.589892554 1.008733165 1.576127969 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.001328364 1 0.006948068 1 8.61E-10 1 6.12E-24 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 41309619 G C KCNQ4 CCDS456.1 r.? - - downstream 35 0 0 42 0 0 22 0 0 86 5 5.8 82 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.653602509 3.703345041 1.574506988 3.576127969 2 2 0 2 1 1 0 1 0.346397491 0.296654959 -0.574506988 0.423872031 3 3 1 3 1 1 0 1 0.653602509 0.703345041 1.574506988 0.576127969 0 0 1 0 0 1 0.966774397 0.966774397 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000777 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 43889012 G A KIAA0467 CCDS30694.1 r.? - - intronic 29 0 0 43 0 0 25 0 0 27 5 18.5 68 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.653602509 3.703345041 1.574506988 3.576127969 2 2 0 2 1 1 0 1 0.346397491 0.296654959 -0.574506988 0.423872031 3 3 1 3 1 1 0 1 0.653602509 0.703345041 1.574506988 0.576127969 0 0 1 0 0 1 3.083676955 1.958503188 1.574506988 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000023 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 48798854 C T SPATA6 CCDS551.1 r.? - - intronic 35 0 0 42 0 0 17 0 0 69 5 7.2 51 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.653602509 3.703345041 1.574506988 3.576127969 2 2 0 2 1 1 0 1 0.346397491 0.296654959 -0.574506988 0.423872031 3 3 1 3 1 1 0 1 0.653602509 0.703345041 1.574506988 0.576127969 0 0 1 0 0 1 1.200133734 1.200133734 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000269 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 49390737 G A AGBL4 CCDS44137.1 r.? - - intronic 37 0 0 35 1 2.9 17 3 17.6 71 14 19.7 66 24 36.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.653602509 3.703345041 1.574506988 3.576127969 2 2 0 2 1 1 0 1 0.346397491 0.296654959 -0.574506988 0.423872031 3 3 1 3 1 1 0 1 0.653602509 0.703345041 1.574506988 0.576127969 0.324144949 0.324144949 1 2.192261845 2.192261845 1 3.283699244 2.085541232 1.574506988 2.421426317 0.939947994 2.576127969 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.16091139 1 0.0000807 1 1.13E-18 1 3.04E-38 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 54967388 T A - - - - - - 41 0 0 42 0 0 15 0 0 40 4 10 59 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.653602509 3.703345041 1.574506988 3.576127969 2 2 0 2 1 1 0 1 0.346397491 0.296654959 -0.574506988 0.423872031 3 3 1 3 1 1 0 1 0.653602509 0.703345041 1.574506988 0.576127969 0 0 1 0 0 1 1.666852408 1.666852408 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000495 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 56740459 G A - - - - - - 42 0 0 33 1 3 22 1 4.5 72 5 6.9 54 11 20.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 7 2.591299246 2 2 4 1 1 1 3 1 1 1 1 0.408700754 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.591299246 0.315714286 0.315714286 1 0.528870968 0.528870968 1 1.524487179 1.524487179 1 1.156158041 1.156158041 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.15245715 1 0.104413009 1 0.0000331 1 3.84E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 65928210 A T LEPR CCDS631.1 r.? - - intronic 27 0 0 40 0 0 20 0 0 59 4 6.8 51 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 7 2.591299246 2 2 4 1 1 1 3 1 1 1 1 0.408700754 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.591299246 0 0 1 0 0 1 1.502393162 1.502393162 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00022841 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 69465529 C G - - - - - - 30 0 0 27 0 0 23 0 0 62 4 6.5 54 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 7 2.591299246 2 2 4 1 1 1 3 1 1 1 1 0.408700754 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.591299246 0 0 1 0 0 1 1.436111111 1.436111111 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000276647 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 69557757 T G - - - - - - 34 0 0 36 1 2.8 22 1 4.5 67 6 9 57 10 17.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 7 2.591299246 2 2 4 1 1 1 3 1 1 1 1 0.408700754 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.591299246 0.294666667 0.294666667 1 0.528870968 0.528870968 1 1.988461538 1.988461538 1 0.991802241 0.991802241 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.165106833 1 0.104413009 1 0.0000012 1 3.4E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 72017984 T A NEGR1 CCDS661.1 r.? - - intronic 29 0 0 26 1 3.8 25 3 12 72 5 6.9 55 6 10.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 7 2.591299246 2 2 4 1 1 1 3 1 1 1 1 0.408700754 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.591299246 0.399904762 0.399904762 1 1.410322581 1.410322581 1 1.524487179 1.524487179 1 0.61775111 0.61775111 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.122190858 1 0.00026475 1 0.0000331 1 0.000000367 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 72223964 T A NEGR1 CCDS661.1 r.? - - intronic 46 0 0 40 0 0 11 0 0 64 5 7.8 53 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 7 2.591299246 2 2 4 1 1 1 3 1 1 1 1 0.408700754 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.591299246 0 0 1 0 0 1 1.723333333 1.723333333 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000186 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 72330686 G C NEGR1 CCDS661.1 r.? - - intronic 35 0 0 40 0 0 26 0 0 62 4 6.5 55 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 7 2.591299246 2 2 4 1 1 1 3 1 1 1 1 0.408700754 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.591299246 0 0 1 0 0 1 1.436111111 1.436111111 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000276647 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 73056856 T A - - - - - - 29 0 0 41 0 0 22 0 0 58 4 6.9 45 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 7 2.591299246 2 2 4 1 1 1 3 1 1 1 1 0.408700754 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.591299246 0 0 1 0 0 1 1.524487179 1.524487179 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000213772 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 79142770 G A - - - - - - 29 0 0 32 2 6.2 19 3 15.8 80 6 7.5 43 6 14 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 7 2.591299246 2 2 4 1 1 1 3 1 1 1 1 0.408700754 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.591299246 0.65247619 0.65247619 1 1.856924731 1.856924731 1 1.657051282 1.657051282 1 0.793441793 0.793441793 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.011224977 1 0.000114071 1 0.00000342 1 8.13E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 80822024 G C - - - - - - 33 0 0 36 0 0 26 0 0 69 7 10.1 49 0 0 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 7 2.591299246 2 2 4 1 1 1 3 1 1 1 1 0.408700754 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.591299246 0 0 1 0 0 1 2.231495726 1.115747863 2 0 NA 0 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 6.43E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 82078401 G A LPHN2 ENST00000370728 r.? - - intronic 33 0 0 36 0 0 23 0 0 71 5 7 62 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 7 2.591299246 2 2 4 1 1 1 3 1 1 1 1 0.408700754 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.591299246 0 0 1 0 0 1 1.546581197 1.546581197 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000309 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 87616720 C T HS2ST1 ENST00000370548 r.? - - intronic 29 0 0 28 0 0 21 0 0 59 7 11.9 37 0 0 2 0 0 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 7 2.591299246 2 2 4 1 1 1 3 1 1 1 1 0.408700754 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.591299246 0 0 1 0 0 1 2.629188034 0.876396011 3 0 NA 0 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 2.12E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 87928654 T A - - - - - - 36 0 0 38 2 5.3 18 0 0 62 5 8.1 44 10 22.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 7 2.591299246 2 2 4 1 1 1 3 1 1 1 1 0.408700754 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.591299246 0.557761905 0.557761905 1 0 0 1 1.789615385 1.789615385 1 1.286509193 1.286509193 1 NA NA 0 NA NA 0 0 0 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.015598339 1 1 1 0.000016 1 2.08E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 90647784 G C - - - - - - 40 0 0 24 0 0 23 0 0 56 4 7.1 60 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 7 2.591299246 2 2 4 1 1 1 3 1 1 1 1 0.408700754 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.591299246 0 0 1 0 0 1 1.568675214 1.568675214 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000186538 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 91851013 G T HFM1 CCDS30769.2 r.? - - intronic 28 0 0 38 3 7.9 16 2 12.5 58 4 6.9 42 5 11.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 7 2.591299246 2 2 4 1 1 1 3 1 1 1 1 0.408700754 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.591299246 0.831380952 0.831380952 1 1.469086022 1.469086022 1 1.524487179 1.524487179 1 0.674425524 0.674425524 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000925091 1 0.002863359 1 0.000213772 1 0.00000228 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 95057696 C T - - - - - - 30 0 0 28 1 3.6 22 3 13.6 59 6 10.2 54 9 16.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 7 2.591299246 2 2 4 1 1 1 3 1 1 1 1 0.408700754 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.591299246 0.378857143 0.378857143 1 1.598365591 1.598365591 1 2.253589744 1.126794872 2 0.94646271 0.94646271 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.130947004 1 0.000179267 1 0.000000561 1 8.48E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 20 54019623 G A - - - - - - 27 1 3.7 38 2 5.3 19 0 0 78 7 9 61 8 13.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 1 3.72642084 4.287562082 2 1 0 3 1 0 0 1 1 1 -2.72642084 0.712437918 NA NA 1 4 NA NA 0 1 NA NA 3.72642084 0.287562082 0.557761905 0.557761905 1 0 0 1 1.693839414 1.693839414 1 0.964645252 0.964645252 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 0.126579904 1 0.015598339 1 1 1 0.000000151 1 9.09E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 102331684 A G OLFM3 CCDS30781.1 r.? - - intronic 38 0 0 33 3 9.1 18 1 5.6 79 9 11.4 39 9 23.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 7 2.591299246 2 2 4 1 1 1 3 1 1 1 1 0.408700754 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.591299246 0.957666667 0.957666667 1 0.658150538 0.658150538 1 2.518717949 0.83957265 3 1.309178958 1.309178958 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000609557 1 0.086275114 1 2.93E-10 1 3.62E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 103422384 T A COL11A1 CCDS779.1 r.? - - intronic 40 0 0 19 1 5.3 19 1 5.3 39 3 7.7 55 13 23.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 7 2.591299246 2 2 4 1 1 1 3 1 1 1 1 0.408700754 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.591299246 0.557761905 NA 0 0.622892473 0.622892473 1 1.701239316 1.701239316 1 1.337516165 1.337516165 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.090843738 1 0.090843738 1 0.000998458 1 1.46E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 105779513 A T - - - - - - 37 0 0 58 0 0 46 0 0 85 6 7.1 124 0 0 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 10 11 13 9.463171095 8 9 10 8 2 2 3 1 1 1 1 0.536828905 NA NA NA 8 NA NA NA 2 NA NA NA 0.463171095 0 0 1 0 0 1 1.994675214 1.994675214 1 0 NA 0 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00000487 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 106473746 C G - - - - - - 39 0 0 62 3 4.8 34 1 2.9 86 5 5.8 104 8 7.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 10 11 13 9.463171095 8 9 10 8 2 2 3 1 1 1 1 0.536828905 NA NA NA 8 NA NA NA 2 NA NA NA 0.463171095 0.841142857 0.841142857 1 0.572827957 0.572827957 1 1.629452991 1.629452991 1 0.965527119 0.965527119 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.003793816 1 0.156694864 1 0.0000777 1 6.57E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 108259786 T C VAV3 CCDS785.1 r.? - - intronic 30 0 0 30 0 0 16 0 0 80 8 10 50 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA FALSE FALSE 5 5 4 3.355002252 3 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 0.644997748 NA NA NA 2 NA NA NA 2 NA NA NA 0.355002252 0 0 1 0 0 1 1.909401709 0.954700855 2 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 8.22E-09 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 110415122 G A - - - - - - 34 0 0 34 4 11.8 20 2 10 61 5 8.2 65 17 26.2 1 0 0 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 4 3.355002252 3 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 0.644997748 NA NA NA 2 NA NA NA 2 NA NA NA 0.355002252 1.477809524 1.477809524 1 1.375268817 1.375268817 1 1.565709402 1.565709402 1 1.684959829 1.024293092 1.644997748 NA NA 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.0000257 1 0.004473894 1 0.0000147 1 1.14E-24 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 111364028 C G - - - - - - 12 0 0 10 2 20 0 0 NA 17 3 17.6 15 8 53.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 5 4 3.355002252 3 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 0.644997748 NA NA NA 2 NA NA NA 2 NA NA NA 0.355002252 2.504761905 2.504761905 1 NA NA 1 3.360547009 1.680273504 2 3.427799957 1.713899978 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.001095391 1 1 1 0.0000807 1 2.44E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 111945746 T C - - - - - - 33 0 0 49 0 0 25 0 0 64 5 7.8 55 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 5 4 3.355002252 3 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 0.644997748 NA NA NA 2 NA NA NA 2 NA NA NA 0.355002252 0 0 1 0 0 1 1.489333333 1.489333333 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000186 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 113321347 G C - - - - - - 29 0 0 32 0 0 16 0 0 61 9 14.8 53 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 5 9 3.355002252 3 3 7 2 2 2 2 1 1 1 1 0.644997748 NA NA NA 2 NA NA NA 2 NA NA NA 0.355002252 0 NA 0 0 0 1 3.56591453 0.891478632 4 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 2.68E-11 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 114671508 G A SYT6 CCDS871.1 r.? - - intronic 30 0 0 42 0 0 23 0 0 103 38 36.9 66 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 5 9 3.355002252 3 3 7 2 2 2 2 1 1 1 1 0.644997748 NA NA NA 2 NA NA NA 2 NA NA NA 0.355002252 0 0 1 0 0 1 8.890692308 1.270098901 7 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 6.08E-60 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 115557001 C T - - - - - - 31 0 0 33 0 0 15 0 0 86 10 11.6 51 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 5 9 3.355002252 3 3 7 2 2 2 2 1 1 1 1 0.644997748 NA NA NA 2 NA NA NA 2 NA NA NA 0.355002252 0 0 1 0 0 1 2.794905983 0.931635328 3 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 2.45E-11 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 116365786 T G - - - - - - 24 0 0 31 0 0 32 0 0 79 7 8.9 64 0 0 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 5 9 3.355002252 3 3 7 2 2 2 2 1 1 1 1 0.644997748 NA NA NA 2 NA NA NA 2 NA NA NA 0.355002252 0 0 1 0 0 1 2.144367521 1.072183761 2 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000000165 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 116509567 G C - - - - - - 35 0 0 43 0 0 17 0 0 58 5 8.6 59 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA FALSE FALSE 5 5 9 3.355002252 3 3 7 2 2 2 2 1 1 1 1 0.644997748 NA NA NA 2 NA NA NA 2 NA NA NA 0.355002252 0 0 1 0 0 1 2.07208547 2.07208547 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000115 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 116512113 G T - - - - - - 39 0 0 37 0 0 16 0 0 64 5 7.8 57 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 5 9 3.355002252 3 3 7 2 2 2 2 1 1 1 1 0.644997748 NA NA NA 2 NA NA NA 2 NA NA NA 0.355002252 0 0 1 0 0 1 1.879333333 1.879333333 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000186 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 116512272 G A - - - - - - 31 0 0 28 0 0 17 0 0 66 5 7.6 44 1 2.3 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 5 9 3.355002252 3 3 7 2 2 2 2 1 1 1 1 0.644997748 NA NA NA 2 NA NA NA 2 NA NA NA 0.355002252 0 0 1 0 0 1 1.831145299 1.831145299 1 0.147916321 NA 0 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000217 1 0.197923942 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 116512570 G C - - - - - - 30 0 0 31 0 0 25 0 0 89 15 16.9 48 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 5 9 3.355002252 3 3 7 2 2 2 2 1 1 1 1 0.644997748 NA NA NA 2 NA NA NA 2 NA NA NA 0.355002252 0 0 1 0 0 1 4.071888889 1.017972222 4 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 8.23E-19 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 116512928 G C - - - - - - 41 0 0 31 0 0 16 0 0 88 25 28.4 52 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 5 9 3.355002252 3 3 7 2 2 2 2 1 1 1 1 0.644997748 NA NA NA 2 NA NA NA 2 NA NA NA 0.355002252 0 0 1 0 0 1 6.842700855 0.977528694 7 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1.33E-36 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 116513132 G A - - - - - - 52 0 0 45 0 0 24 0 0 78 16 20.5 45 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 5 9 3.355002252 3 3 7 2 2 2 2 1 1 1 1 0.644997748 NA NA NA 2 NA NA NA 2 NA NA NA 0.355002252 0 0 1 0 0 1 4.939273504 0.987854701 5 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1.96E-21 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 116513601 G C - - - - - - 27 0 0 45 0 0 21 0 0 53 6 11.3 39 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 5 9 3.355002252 3 3 7 2 2 2 2 1 1 1 1 0.644997748 NA NA NA 2 NA NA NA 2 NA NA NA 0.355002252 0 0 1 0 0 1 2.722623932 0.907541311 3 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000000293 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 116514177 G C SLC22A15 CCDS44198.1 r.? - - upstream 30 0 0 34 0 0 18 0 0 64 7 10.9 55 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 5 9 3.355002252 3 3 7 2 2 2 2 1 1 1 1 0.644997748 NA NA NA 2 NA NA NA 2 NA NA NA 0.355002252 0 0 1 0 0 1 2.626247863 0.875415954 3 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 3.78E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 116514272 G C SLC22A15 CCDS44198.1 r.? - - upstream 28 0 0 39 0 0 18 0 0 54 9 16.7 53 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 5 9 3.355002252 3 3 7 2 2 2 2 1 1 1 1 0.644997748 NA NA NA 2 NA NA NA 2 NA NA NA 0.355002252 0 0 1 0 0 1 4.023700855 1.005925214 4 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 8.48E-12 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 116514323 G A SLC22A15 CCDS44198.1 r.? - - upstream 29 0 0 29 0 0 20 0 0 45 6 13.3 58 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 5 9 3.355002252 3 3 7 2 2 2 2 1 1 1 1 0.644997748 NA NA NA 2 NA NA NA 2 NA NA NA 0.355002252 0 0 1 0 0 1 3.204504274 1.068168091 3 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000000108 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 118648964 G A SPAG17 CCDS899.1 r.? - - intronic 32 0 0 43 4 9.3 20 0 0 73 5 6.8 51 8 15.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 7 3.355002252 3 3 4 2 2 2 3 1 1 1 1 0.644997748 NA NA NA 2 NA NA NA 2 NA NA NA 0.355002252 1.164714286 1.164714286 1 0 0 1 1.502393162 1.502393162 1 1.009689668 1.009689668 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000066 1 1 1 0.0000354 1 2.05E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 119616782 C G WARS2 CCDS30817.1 r.? - - intronic 40 0 0 34 3 8.8 25 2 8 82 9 11 60 16 26.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 7 3.355002252 3 3 4 2 2 2 3 1 1 1 1 0.644997748 NA NA NA 2 NA NA NA 2 NA NA NA 0.355002252 1.102095238 1.102095238 1 1.100215054 1.100215054 1 2.43034188 0.81011396 3 1.717115551 1.04384067 1.644997748 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000666058 1 0.006948068 1 4.12E-10 1 1.86E-23 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 143348413 C G - - - - - - 4 0 0 3 0 0 1 0 0 16 3 18.8 4 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 5 7 3.355002252 3 3 4 2 2 2 3 1 1 1 1 0.644997748 NA NA NA 2 NA NA NA 2 NA NA NA 0.355002252 0 0 1 0 0 1 4.153675214 1.038418803 4 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000667 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 146934368 C T - - - - - - 23 0 0 36 4 11.1 20 3 15 80 8 10 61 7 11.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5.461463207 6 2 4.537402221 4 5 2 3 1 1 0 1 0.538536793 1 1 0.462597779 5 NA NA 4 1 NA NA 1 0.461463207 NA NA 0.537402221 1.441365273 1.441365273 1 2.212903226 2.212903226 1 1.709401709 1.709401709 1 0.875557601 0.875557601 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.0000324 1 0.0001337 1 8.22E-09 1 2.69E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 148554857 G T - - - - - - 16 0 0 3 0 0 4 0 0 15 3 20 14 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5.461463207 6 2 4.537402221 4 5 2 3 1 1 0 1 0.538536793 1 1 0.462597779 5 NA NA 4 1 NA NA 1 0.461463207 NA NA 0.537402221 0 0 1 0 0 1 3.418803419 1.709401709 2 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000544 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 150015983 A G - - - - - - 35 0 0 30 0 0 24 0 0 57 8 14 71 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5.461463207 6 2 4.537402221 4 5 2 3 1 1 0 1 0.538536793 1 1 0.462597779 5 NA NA 4 1 NA NA 1 0.461463207 NA NA 0.537402221 0 0 1 0 0 1 2.393162393 1.196581197 2 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 1 1 5.19E-10 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 152266121 C T - - - - - - 25 0 0 45 0 0 28 0 0 66 7 10.6 77 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5.461463207 6 2 4.537402221 4 5 2 3 1 1 0 1 0.538536793 1 1 0.462597779 5 NA NA 4 1 NA NA 1 0.461463207 NA NA 0.537402221 0 0 1 0 0 1 1.811965812 1.811965812 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.000000047 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 158449724 G T OR10R2 CCDS30898.1 r.57g>u c.57G>T p.L19F missense 35 0 0 66 0 0 49 0 0 97 9 9.3 127 0 0 649 4 0.6 1859 4 0.2 942 3 0.3 1663 58 3.5 2421 4 0.2 FALSE FALSE 12 12 12 11 11 11 11 10 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 2.51974359 0.83991453 3 0 NA 0 0.039047619 0.039047619 1 0.062258065 0.062258065 1 0.948290598 0.948290598 1 0.028152284 NA 0 NA NA 1 0.407618943 1 0.982980185 1 0.849378943 1.88E-09 1.3E-29 1 0.997923908 YES 0_0 0_0 1_1 0_0 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b 1 159152562 C T CADM3 CCDS44251.1 r.? - - intronic 31 0 0 63 0 0 35 0 0 83 6 7.2 130 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 12 12 12 11 11 11 11 10 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.950769231 1.950769231 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00000424 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 160727161 G T SLAMF7 CCDS1209.1 r.? - - downstream 30 0 0 72 4 5.6 39 0 0 116 7 6 131 8 6.1 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 12 12 12 11 11 11 11 10 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.093333333 1.093333333 1 0 0 1 1.625641026 1.625641026 1 0.85864467 0.85864467 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000490365 1 1 1 0.00000226 1 0.000000391 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 162405549 T A - - - - - - 36 0 0 49 6 12.2 37 2 5.4 102 6 5.9 82 7 8.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 8 8 10 7 7 7 8 6 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.893904762 1.893904762 1 0.904645161 0.904645161 1 1.480547009 1.480547009 1 0.856472081 0.856472081 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000000182 1 0.014826063 1 0.000014 1 0.000000214 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 164304645 T G - - - - - - 29 0 0 71 0 0 28 0 0 75 8 10.7 100 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 8 8 10 7 7 7 8 6 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 2.685059829 0.895019943 3 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 4.89E-09 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 166601964 G C - - - - - - 30 0 0 61 0 0 28 0 0 76 6 7.9 94 0 0 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 8 8 10 7 7 7 8 6 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.98242735 1.98242735 1 0 NA 0 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00000253 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 181570082 A T CACNA1E ENST00000367573 r.? - - intronic 24 0 0 34 2 5.9 26 2 7.7 78 4 5.1 58 2 3.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 7 4 4 4 5 3 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.738904762 0.738904762 1 1.058956989 1.058956989 1 1.126794872 1.126794872 1 0.240588832 0.240588832 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.012612579 1 0.007502227 1 0.000663934 1 0.034352256 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 182970792 T A - - - - - - 11 0 0 16 0 0 9 0 0 33 4 12.1 46 1 2.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 5 7 4 4 4 5 3 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 2.673376068 0.891125356 3 0.155675127 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000228 1 0.205924651 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 186871503 A C PLA2G4A CCDS1372.1 r.? - - intronic 25 0 0 33 2 6.1 18 1 5.6 75 4 5.3 50 9 18 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 5 7 4 4 4 5 3 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.763952381 0.763952381 1 0.770150538 NA 0 1.170982906 1.170982906 1 1.273705584 1.273705584 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.011909843 1 0.086275114 1 0.000572493 1 4.07E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 188297927 G T - - - - - - 29 0 0 40 6 15 25 3 12 65 8 12.3 54 14 25.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 7 4 4 4 5 3 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.878571429 1.878571429 1 1.650322581 1.650322581 1 2.717564103 0.905854701 3 1.832720812 0.916360406 2 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 5.18E-08 1 0.00026475 1 1.53E-09 1 1.64E-20 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 188724433 C T - - - - - - 28 0 0 35 0 0 22 0 0 55 5 9.1 48 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 5 7 4 4 4 5 3 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 2.010555556 2.010555556 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00000883 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 190239080 G C FAM5C CCDS1373.1 r.? - - intronic 40 0 0 43 0 0 21 0 0 70 7 10 65 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 5 7 4 4 4 5 3 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 2.209401709 1.104700855 2 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 7.11E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 192521530 C A - - - - - - 35 0 0 55 0 0 30 0 0 85 4 4.7 64 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 5 7 4 4 4 5 3 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 1.038418803 1.038418803 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000916711 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 193489076 A G - - - - - - 32 0 0 45 0 0 24 0 0 74 6 8.1 80 0 0 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 5 7 4 4 4 5 3 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.789615385 1.789615385 1 0 NA 0 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00000216 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 194114151 G T - - - - - - 36 0 0 39 7 17.9 28 3 10.7 74 7 9.5 72 10 13.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 7 4 4 4 5 3 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.241761905 1.120880952 2 1.471537634 1.471537634 1 2.098931624 1.049465812 2 0.983583756 0.983583756 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 1.04E-09 1 0.000372895 1 0.000000105 1 3.95E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 194703601 C G - - - - - - 36 0 0 46 0 0 24 0 0 76 10 13.2 69 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 5 7 4 4 4 5 3 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 2.916410256 0.972136752 3 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 6.9E-12 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 196174355 C G - - - - - - 26 0 0 44 0 0 14 0 0 48 4 8.3 58 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 5 7 4 4 4 5 3 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.833803419 1.833803419 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000102016 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 196729247 C T - - - - - - 32 0 0 46 6 13 21 2 9.5 83 11 13.3 63 12 19 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 7 4 4 4 5 3 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.628095238 1.628095238 1 1.306505376 1.306505376 1 2.938504274 0.979501425 3 1.344467005 1.344467005 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000000123 1 0.004928472 1 5.66E-13 1 5.15E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 198346228 G C - - - - - - 29 0 0 51 0 0 24 0 0 64 5 7.8 80 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 5 7 4 4 4 5 3 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.723333333 1.723333333 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000186 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 202885027 G A KLHL12 CCDS1429.1 r.? - - intronic 47 0 0 62 2 3.2 26 2 7.7 85 5 5.9 72 5 6.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 9 5 7 5 7 4 5 4 2 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.528761905 0.528761905 1 1.058956989 1.058956989 1 1.303547009 1.303547009 1 0.557253807 0.557253807 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.038789653 1 0.007502227 1 0.0000735 1 0.0000331 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 208347713 G T PLXNA2 CCDS31013.1 r.? - - intronic 47 0 0 38 0 0 19 0 0 33 4 12.1 62 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 9 7 5 7 7 5 4 2 2 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 2.673376068 0.891125356 3 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000228 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 210337632 A T SYT14 CCDS31014.1 r.? - - downstream 31 0 0 62 0 0 28 0 0 67 6 9 69 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 9 7 5 7 7 5 4 2 2 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.988461538 1.988461538 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000012 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 211706090 T A - - - - - - 37 0 0 45 0 0 27 0 0 52 4 7.7 78 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 9 7 5 7 7 5 4 2 2 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.701239316 1.701239316 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000139698 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 213199572 C G - - - - - - 38 0 0 35 0 0 33 0 0 71 6 8.5 77 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 9 7 5 7 7 5 4 2 2 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.877991453 1.877991453 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00000169 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 214822937 A T CENPF CCDS31023.1 r.? - - intronic 37 0 0 45 0 0 27 0 0 68 8 11.8 84 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 9 7 5 7 7 5 4 2 2 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 2.607094017 0.869031339 3 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 2.21E-09 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 215199667 T C KCNK2 CCDS41466.1 r.? - - intronic 34 0 0 47 0 0 29 0 0 89 5 5.6 88 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 9 7 5 7 7 5 4 2 2 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.237264957 1.237264957 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000915 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 215501746 C A - - - - - - 38 0 0 51 0 0 18 0 0 67 8 11.9 67 0 0 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 9 7 5 7 7 5 4 2 2 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 2.629188034 0.876396011 3 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1.96E-09 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 222444709 G C - - - - - - 39 0 0 67 0 0 40 0 0 96 5 5.2 109 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 9 9 9 9 7 7 7 7 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.252888889 1.252888889 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.000130906 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 225625258 A T - - - - - - 32 0 0 69 0 0 41 0 0 83 5 6 125 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 13 13 9 9 11 11 7 7 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.445641026 1.445641026 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000656 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 225724052 C T ENAH CCDS31041.1 r.? - - intronic 30 0 0 71 0 0 36 0 0 81 7 8.6 134 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 3 0 0 TRUE FALSE 13 13 9 9 11 11 7 7 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 2.07208547 1.036042735 2 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 0 0 1 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.000000197 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 228143331 G C - - - - - - 36 0 0 78 5 6.4 28 3 10.7 78 4 5.1 95 25 26.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 10 10 3 6 8 8 2 4 2 2 1 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.12152381 1.12152381 1 2.006537634 2.006537634 1 0.922794872 0.922794872 1 2.387025381 1.19351269 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.0000487 1 0.000372895 1 0.000663934 1 1.18E-35 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 228834851 T A - - - - - - 14 0 0 64 1 1.6 24 0 0 45 8 17.8 100 3 3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 10 10 3 8 8 8 2 6 2 2 1 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.280380952 0.280380952 1 0 0 1 3.220735043 1.610367521 2 0.332284264 0.332284264 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.274433592 1 1 1 7.14E-11 1 0.014102917 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 231266355 C T - - - - - - 40 0 0 69 0 0 29 0 0 69 7 10.1 98 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 TRUE FALSE 10 10 3 8 8 8 2 6 2 2 1 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.827495726 1.827495726 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 0 0 1 3 NA 1 1 1 1 1 1 6.43E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 231996417 G T DISC1 CCDS31055.1 r.? - - intronic 31 0 0 53 3 5.7 40 3 7.5 74 4 5.4 110 13 11.8 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 10 10 3 8 8 8 2 6 2 2 1 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.998857143 0.998857143 1 1.406451613 1.406451613 1 0.977076923 0.977076923 1 1.306984772 1.306984772 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.002429596 1 0.001075403 1 0.00054411 1 2.06E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 233629063 C T - - - - - - 32 0 0 57 4 7 33 3 9.1 66 7 10.6 91 27 29.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 10 10 3 8 8 8 2 6 2 2 1 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.226666667 1.226666667 1 1.706494624 1.706494624 1 1.917965812 1.917965812 1 3.289614213 1.096538071 3 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000199821 1 0.000609557 1 0.000000047 1 5.35E-40 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 240013367 A G CHRM3 CCDS1616.1 r.? - - intronic 26 0 0 51 0 0 28 0 0 112 7 6.2 95 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 7.520920328 19 7 5 5 17 5 2 2 2 2 1 0.479079672 1 1 NA 6 NA NA NA 2 NA NA NA 0.520920328 NA NA 0 NA 0 0 0 1 2.11382906 1.05691453 2 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00000179 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 241145212 G T RGS7 CCDS31071.1 r.? - - intronic 28 0 0 53 4 7.5 21 3 14.3 108 5 4.6 80 19 23.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7.520920328 19 3 5 5 17 2 2 2 2 1 1 0.479079672 1 1 NA 6 NA NA NA 2 NA NA NA 0.520920328 NA NA 1.089285714 1.089285714 1 2.327126015 2.327126015 1 1.568324786 1.568324786 1 1.446121827 1.446121827 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000150502 1 0.000155401 1 0.000227198 1 1.65E-26 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 241240696 G C RGS7 CCDS31071.1 r.? - - intronic 23 0 0 33 2 6.1 35 3 8.6 103 5 4.9 97 11 11.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7.520920328 19 3 5 5 17 2 2 2 2 1 1 0.479079672 1 1 NA 6 NA NA NA 2 NA NA NA 0.520920328 NA NA 0.885952381 0.885952381 1 1.399530331 1.399530331 1 1.670606838 1.670606838 1 0.686604061 0.686604061 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.011909843 1 0.000725791 1 0.000182144 1 3.27E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 241300151 A G RGS7 CCDS31071.1 r.? - - intronic 29 0 0 52 3 5.8 30 0 0 91 6 6.6 75 10 13.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7.520920328 19 3 5 5 17 2 2 2 2 1 1 0.479079672 1 1 NA 6 NA NA NA 2 NA NA NA 0.520920328 NA NA 0.842380952 0.842380952 1 0 0 1 2.250205128 1.125102564 2 0.808126904 0.808126904 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.002300591 1 1 1 0.00000724 1 6.02E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 243725808 C G AKT3 CCDS31077.1 r.? - - intronic 27 0 0 40 0 0 22 0 0 61 4 6.6 47 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 4 3 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.260205128 1.260205128 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000259828 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 243779775 A G AKT3 CCDS31077.1 r.? - - intronic 29 0 0 44 0 0 21 0 0 69 5 7.2 61 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 4 3 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.374769231 1.374769231 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000269 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 249232854 C T - - - - - - 16 0 0 23 0 0 13 2 15.4 36 4 11.1 26 3 11.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE NA 4 4 3 NA 2 2 2 NA 2 2 1 NA 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1 1.963913978 1.963913978 1 2.119435897 2.119435897 1 0.698756345 0.698756345 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 0.001879825 1 0.0000324 1 0.000298167 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 1583919 C T ADARB2 CCDS7058.1 r.? - - intronic 14 0 0 22 0 0 14 0 0 14 4 28.6 43 1 2.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3.521946242 4 4 4 2 3 1 1 0 1 1 1 -0.521946242 1 NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 1.521946242 NA 0 0 1 0 0 1 5.324165514 1.511711181 3.521946242 0.162751269 0.162751269 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.000000601 1 0.193893409 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 3311251 T A - - - - - - 28 0 0 40 1 2.5 29 0 0 72 4 5.6 57 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3.521946242 4 4 4 2 3 1 1 0 1 1 1 -0.521946242 1 NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 1.521946242 NA 0.313095238 0.313095238 1 0 0 1 1.042493947 1.042493947 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 0.181679879 1 1 1 0.000490365 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 3311309 G C - - - - - - 35 0 0 43 1 2.3 25 0 0 77 4 5.2 51 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 5 3.521946242 4 4 4 2 3 1 1 0 1 1 1 -0.521946242 1 NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 1.521946242 NA 0.288047619 0.288047619 1 0 0 1 0.968030093 0.968030093 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.193893409 1 1 1 0.000632383 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 3590579 C G - - - - - - 44 0 0 42 3 7.1 24 0 0 66 4 6.1 41 6 14.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3.521946242 4 4 4 2 3 1 1 0 1 1 1 -0.521946242 1 NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 1.521946242 NA 0.889190476 0.889190476 1 0 0 1 1.135573764 1.135573764 1 1.033116751 1.033116751 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.001240292 1 1 1 0.000351793 1 6.05E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 6112229 G A - - - - - - 30 0 0 47 0 0 22 3 13.6 52 8 15.4 75 31 41.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 9 4 4 4 8 3 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.870365591 1.870365591 1 3.710478632 0.927619658 4 2.922446701 0.9741489 3 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 1 1 0.000179267 1 2.42E-10 1 4.27E-51 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 8067362 A G - - - - - - 26 0 0 39 1 2.6 24 2 8.3 83 6 7.2 61 11 18 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 9 4 4 4 8 3 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.325619048 0.325619048 1 1.141473118 1.141473118 1 1.734769231 1.734769231 1 1.273705584 1.273705584 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.177567718 1 0.006413403 1 0.00000424 1 1.62E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 8083238 C G - - - - - - 30 0 0 15 1 6.7 15 3 20 93 6 6.5 71 19 26.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 9 4 4 4 8 3 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.839095238 0.839095238 1 2.750537634 2.750537634 1 1.566111111 1.566111111 1 1.896406091 0.948203046 2 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.072431031 1 0.0000544 1 0.00000821 1 1.29E-27 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 8316867 A T - - - - - - 20 0 0 47 5 10.6 20 2 10 86 7 8.1 51 4 7.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 9 4 4 4 8 3 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.32752381 1.32752381 1 1.375268817 1.375268817 1 1.951615385 1.951615385 1 0.551939086 0.551939086 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.00000402 1 0.004473894 1 0.000000297 1 0.000129466 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 9435060 C T ENSG00000224998 ENST00000426375 r.? - - intronic 37 0 0 44 0 0 18 2 11.1 78 7 9 73 8 11 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 9 4 4 4 8 3 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.526548387 1.526548387 1 2.168461538 1.084230769 2 0.778375635 0.778375635 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 1 1 0.003626632 1 0.000000151 1 3.93E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 14034884 C A FRMD4A CCDS7101.1 r.? - - intronic 32 0 0 31 0 0 17 0 0 43 4 9.3 72 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 4 5 4 2 3 3 3 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 1.86874359 1.86874359 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000066 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 15572136 C G ITGA8 CCDS31155.1 r.? - - intronic 23 0 0 30 0 0 29 1 3.4 56 6 10.7 60 7 11.7 0 0 NA 0 0 NA 2 2 100 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 4 5 4 2 3 3 3 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0.433591398 0.433591398 1 2.150059829 1.075029915 2 0.827908629 0.827908629 1 NA NA 0 12.75268817 4.250896057 3 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 0.135292269 0.000025 0.000000409 1 2.39E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 18474861 G C CACNB2 CCDS7127.1 r.? - - intronic 27 0 0 31 3 9.7 25 1 4 57 5 8.8 64 6 9.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 5 4 2 3 3 3 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.020809524 1.020809524 1 0.510107527 0.510107527 1 1.768273504 1.768273504 1 0.66515736 0.66515736 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000505952 1 0.117779757 1 0.0000105 1 0.000000914 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 19299257 G T - - - - - - 35 0 0 31 0 0 23 0 0 44 4 9.1 62 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 FALSE FALSE 3 4 5 4 2 3 3 3 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 1.828555556 1.828555556 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 0 0 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000723 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 22509772 C T ENSG00000224369 ENST00000412505 r.? - - intronic 34 0 0 37 1 2.7 23 2 8.7 80 9 11.2 67 9 13.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 3 5 5 2 2 3 3 2 1 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.311142857 NA 0 1.022483871 1.022483871 1 2.250529915 1.125264957 2 1.082203046 1.082203046 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.169281299 1 0.00589844 1 3.29E-10 1 6.43E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 22809524 G C - - - - - - 34 0 0 41 2 4.9 27 2 7.4 88 4 4.5 83 4 4.8 2 0 0 2 0 0 1 0 0 2 2 100 0 0 NA TRUE FALSE 4 3 5 5 2 2 3 3 2 1 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.564666667 0.564666667 1 0.869698925 0.869698925 1 0.904230769 0.904230769 1 0.387654822 0.387654822 1 0 NA 0 0 NA 0 20.09401709 6.698005698 3 NA NA 1 8 NA 1 1 0.018015855 1 0.00807567 1 0.001043312 0.000025 0.000838577 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 25333473 G A - - - - - - 32 0 0 29 0 0 31 0 0 56 6 10.7 63 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 3 5 5 2 2 3 3 2 1 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 NA 0 2.150059829 1.075029915 2 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000000409 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 28314182 G T - - - - - - 36 0 0 31 3 9.7 25 0 0 64 7 10.9 89 3 3.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 3 5 5 2 2 3 3 2 1 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.117809524 1.117809524 1 0 NA 0 2.190247863 1.095123932 2 0.274588832 0.274588832 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.000505952 1 1 1 3.78E-08 1 0.01031245 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 30547753 G A AL160060.2 ENST00000502624 r.? - - upstream 28 0 0 35 0 0 23 0 0 53 6 11.3 84 1 1.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 3 5 5 2 2 3 3 2 1 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 NA 0 2.270623932 1.135311966 2 0.096913706 0.096913706 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000000293 1 0.343645023 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 31394763 C A - - - - - - 40 0 0 46 0 0 22 1 4.5 59 4 6.8 84 14 16.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 3 5 5 2 2 3 3 2 1 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0.528870968 NA 0 1.366393162 1.366393162 1 1.348715736 1.348715736 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 0.104413009 1 0.00022841 1 1.4E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 33040382 C G C10orf68 CCDS31177.1 r.? - - intronic 39 0 0 41 0 0 12 0 0 79 6 7.6 73 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 3 5 5 2 2 3 3 2 1 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 1.527145299 1.527145299 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00000318 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 34679456 T C PARD3 CCDS7178.1 r.? - - intronic 37 0 0 47 4 8.5 23 2 8.7 86 5 5.8 64 6 9.4 1 0 0 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 3 5 5 2 2 3 3 2 1 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.97952381 0.97952381 1 1.022483871 1.022483871 1 1.165452991 1.165452991 1 0.75915736 0.75915736 1 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.0000939 1 0.00589844 1 0.0000777 1 0.000000914 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 36621079 G T - - - - - - 25 0 0 48 0 0 36 0 0 8 3 37.5 62 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 3 5 5 2 2 3 3 2 1 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 7.53525641 2.511752137 3 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00000687 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 37215616 C T - - - - - - 25 0 0 36 0 0 35 0 0 65 5 7.7 71 0 0 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 3 5 5 2 2 3 3 2 1 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 1.547239316 1.547239316 1 0 0 1 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000201 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 46290348 A T FAM21C CCDS44374.1 r.? - - downstream 20 0 0 14 0 0 10 2 20 41 4 9.8 35 2 5.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 2 3 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 2.350537634 2.350537634 1 1.969213675 1.969213675 1 0.289340102 0.289340102 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 1 1 0.001095391 1 0.0000546 1 0.013332991 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 52594869 C G A1CF CCDS7243.1 r.? - - intronic 21 0 0 36 0 0 23 0 0 89 4 4.5 59 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 7 2 2 3 5 1 1 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.904230769 0.904230769 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.001088103 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 52969046 C T PRKG1 CCDS7244.1 r.? - - intronic 32 0 0 78 2 2.6 56 0 0 140 9 6.4 206 7 3.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 19 21 31 NA 17 19 27 NA 2 2 4 NA 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.689619048 0.689619048 1 0 0 1 2.950017094 0.983339031 3 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.058485548 1 1 1 4.75E-08 1 0.0000926 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 53031320 C G PRKG1 CCDS7244.1 r.? - - intronic 22 0 0 92 0 0 38 0 0 128 5 3.9 189 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 19 21 31 18 17 19 27 17 2 2 4 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.797666667 1.797666667 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000496626 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 54653022 G C - - - - - - 19 0 0 39 2 5.1 25 1 4 74 5 6.8 38 6 15.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 2 2 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.536714286 0.536714286 1 0.470107527 0.470107527 1 1.230393162 1.230393162 1 0.802030457 0.802030457 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.016387522 1 0.117779757 1 0.0000378 1 3.76E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 55322515 C A - - - - - - 29 0 0 32 0 0 20 0 0 55 4 7.3 58 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 3 2 2 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.320863248 1.320863248 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000173903 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 55919676 T A PCDH15 CCDS44404.1 r.? - - intronic 31 0 0 31 0 0 26 0 0 59 5 8.5 59 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 3 2 2 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.537991453 1.537991453 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000125 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 56406568 G A PCDH15 CCDS44404.1 r.? - - intronic 45 0 0 34 0 0 24 2 8.3 73 5 6.8 37 5 13.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 2 2 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0.975473118 0.975473118 1 1.230393162 1.230393162 1 0.685279188 0.685279188 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 1 1 0.006413403 1 0.0000354 1 0.00000119 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 56845421 G C PCDH15 ENST00000373957 r.? - - intronic 37 0 0 31 0 0 22 0 0 63 5 7.9 46 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 3 2 2 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.42942735 1.42942735 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000173 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 56863237 C A PCDH15 ENST00000373957 r.? - - intronic 56 0 0 31 2 6.5 18 1 5.6 84 7 8.3 51 12 23.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 2 2 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.684047619 0.684047619 1 0.658150538 0.658150538 1 1.501803419 1.501803419 1 1.192893401 1.192893401 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.010558179 1 0.086275114 1 0.000000253 1 3.24E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 58421792 G C - - - - - - 31 0 0 32 0 0 26 0 0 60 7 11.7 46 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 3 2 2 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 2.117 1.0585 2 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 2.39E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 58774848 C T - - - - - - 33 0 0 34 2 5.9 19 2 10.5 52 5 9.6 34 5 14.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 TRUE FALSE 3 3 3 2 2 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.620904762 0.620904762 1 1.234032258 1.234032258 1 1.737025641 1.737025641 1 0.746192893 0.746192893 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 0 NA 0 8 NA 1 1 0.012612579 1 0.004039874 1 0.00000668 1 0.000000771 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 66335754 T C - - - - - - 28 0 0 37 0 0 21 0 0 61 7 11.5 33 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 3 2 2 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 2.080811966 1.040405983 2 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 2.69E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 70939164 G C SUPV3L1 CCDS7287.1 r.? - - upstream 34 0 0 31 3 9.7 19 1 5.3 43 7 16.3 50 12 24 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 2 2 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.020809524 1.020809524 1 0.622892473 0.622892473 1 2.949324786 1.474662393 2 1.218274112 1.218274112 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000505952 1 0.090843738 1 2.15E-09 1 2.49E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 71551115 A T - - - - - - 25 0 0 32 0 0 13 0 0 66 6 9.1 36 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 3 2 2 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.646555556 1.646555556 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000011 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 76625181 A T MYST4 CCDS7345.1 r.? - - intronic 34 0 0 41 0 0 30 0 0 56 4 7.1 52 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 3 2 2 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.284675214 1.284675214 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000186538 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 83785331 A T NRG3 CCDS31233.1 r.? - - intronic 40 0 0 35 0 0 12 0 0 65 6 9.2 48 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 3 2 2 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.664649573 1.664649573 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000001 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 84002192 T C NRG3 CCDS31233.1 r.? - - intronic 28 0 0 30 0 0 17 0 0 57 5 8.8 48 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 3 2 2 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.592273504 1.592273504 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000105 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 87249649 G C - - - - - - 43 0 0 42 3 7.1 21 2 9.5 47 4 8.5 48 11 22.9 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 2 2 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.747190476 0.747190476 1 1.116505376 1.116505376 1 1.537991453 1.537991453 1 1.162436548 1.162436548 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.001240292 1 0.004928472 1 0.0000939 1 9.31E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 87484094 A T GRID1 CCDS31236.1 r.? - - intronic 32 0 0 48 0 0 14 0 0 48 5 10.4 43 0 0 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 3 2 2 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.881777778 1.881777778 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00000447 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 98227009 G A TLL2 CCDS7449.1 r.? - - intronic 34 0 0 29 2 6.9 23 3 13 59 7 11.9 37 10 27 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 2 2 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.726142857 0.726142857 1 1.527849462 1.527849462 1 2.153188034 1.076594017 2 1.370558376 1.370558376 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.009279585 1 0.000205387 1 2.12E-08 1 3.01E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 100672184 C T HPSE2 CCDS7477.1 r.? - - intronic 42 0 0 31 0 0 21 0 0 57 6 10.5 36 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 3 2 2 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.899871795 1.899871795 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000000456 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 101652815 C G DNMBP CCDS7485.1 r.? - - intronic 41 0 0 37 0 0 22 0 0 66 5 7.6 48 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 3 2 2 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.375145299 1.375145299 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000217 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 103482451 G T - - - - - - 38 0 0 25 0 0 18 0 0 58 9 15.5 52 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 FALSE FALSE 3 3 3 2 2 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 2.80457265 1.402286325 2 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1.67E-11 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 106729390 G A SORCS3 CCDS7558.1 r.? - - intronic 40 0 0 47 0 0 29 0 0 85 7 8.2 49 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 3 2 2 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.483709402 1.483709402 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000000274 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 107117261 G A - - - - - - 29 0 0 35 0 0 20 2 10 63 5 7.9 43 7 16.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 2 2 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.175268817 1.175268817 1 1.42942735 1.42942735 1 0.827411168 0.827411168 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 1 1 0.004473894 1 0.0000173 1 2.15E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 108222346 C G - - - - - - 29 0 0 40 0 0 30 0 0 64 5 7.8 40 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 1 0 0 FALSE FALSE 3 3 3 2 2 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.411333333 1.411333333 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 0 0 1 0 NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000186 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 108707329 C T SORCS1 CCDS7559.1 r.? - - intronic 47 0 0 30 1 3.3 23 1 4.3 54 5 9.3 53 14 26.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 2 2 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.347285714 0.347285714 1 0.505365591 0.505365591 1 1.68274359 1.68274359 1 1.340101523 1.340101523 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.139615808 1 0.108890944 1 0.00000806 1 1.22E-20 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 109261313 C T - - - - - - 20 0 0 27 1 3.7 18 1 5.6 59 6 10.2 47 6 12.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 2 2 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.389380952 0.389380952 1 0.658150538 0.658150538 1 1.845589744 1.845589744 1 0.649746193 0.649746193 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.126579904 1 0.086275114 1 0.000000561 1 0.000000141 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 110263581 A C - - - - - - 32 0 0 40 0 0 27 0 0 71 7 9.9 42 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 3 2 2 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.791307692 1.791307692 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 7.85E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 110562518 C G - - - - - - 33 0 0 39 0 0 17 0 0 65 5 7.7 49 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 3 2 2 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.393239316 1.393239316 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000201 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 110564254 G C - - - - - - 39 0 0 28 0 0 23 0 0 67 5 7.5 56 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 3 2 2 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.357051282 1.357051282 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000233 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 111035571 G A - - - - - - 34 0 0 26 0 0 24 0 0 69 7 10.1 49 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 3 2 2 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.827495726 1.827495726 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 6.43E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 115303836 A T - - - - - - 31 0 0 38 3 7.9 24 1 4.2 79 5 6.3 87 19 21.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 2 2 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.831380952 0.831380952 1 0.493612903 0.493612903 1 1.139923077 1.139923077 1 1.106598985 1.106598985 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000925091 1 0.113346489 1 0.0000518 1 9.64E-26 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 115511590 G A C10orf81 CCDS7583.1 r.? - - intronic 35 0 0 32 1 3.1 33 2 6.1 82 9 11 45 14 31.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 2 2 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.326238095 0.326238095 1 0.716913978 0.716913978 1 1.99034188 0.99517094 2 1.578680203 1.578680203 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.14819814 1 0.011909843 1 4.12E-10 1 8.81E-22 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 121736742 C A - - - - - - 34 0 0 45 0 0 34 0 0 65 4 6.2 58 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 4 2 2 2 3 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.12182906 1.12182906 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.000331785 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 122746043 G A - - - - - - 25 0 0 24 0 0 23 2 8.7 64 8 12.5 55 6 10.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 4 2 2 2 3 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.022483871 1.022483871 1 2.261752137 1.130876068 2 0.771299492 0.771299492 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 1 1 0.00589844 1 1.35E-09 1 0.000000367 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 124885913 G A - - - - - - 24 0 0 21 0 0 22 0 0 72 5 6.9 65 0 0 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 4 2 2 2 3 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.248487179 1.248487179 1 0 0 1 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000331 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 127772992 G A ADAM12 CCDS7653.1 r.? - - intronic 27 0 0 36 4 11.1 20 3 15 73 5 6.8 64 10 15.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 5 2 2 2 3 1 1 1 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.168142857 1.168142857 1 1.762903226 1.762903226 1 1.230393162 1.230393162 1 1.259878173 1.259878173 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.0000324 1 0.0001337 1 0.0000354 1 1.16E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 128554996 C A - - - - - - 34 0 0 40 3 7.5 29 1 3.4 56 6 10.7 71 4 5.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 5 2 2 2 3 1 1 1 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.789285714 0.789285714 1 0.399591398 0.399591398 1 1.936059829 1.936059829 1 0.452263959 0.452263959 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.001075403 1 0.135292269 1 0.000000409 1 0.000464961 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 129941227 A C - - - - - - 27 0 0 42 1 2.4 21 0 0 44 4 9.1 53 1 1.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 3 5 2 2 2 3 1 1 1 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.252571429 NA 0 0 0 1 1.646555556 1.646555556 1 0.153446701 0.153446701 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.189842622 1 1 1 0.0000723 1 0.233303855 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 130540546 C G - - - - - - 29 0 0 31 0 0 23 0 0 65 4 6.2 75 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 5 2 2 2 3 1 1 1 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.12182906 1.12182906 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.000331785 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 132040337 T C - - - - - - 42 0 0 30 2 6.7 20 1 5 61 11 18 51 10 19.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 5 2 2 2 3 1 1 1 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.705095238 0.705095238 1 0.587634409 0.587634409 1 3.256923077 1.628461538 2 1.582923858 1.582923858 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.009909649 1 0.09538952 1 1.62E-14 1 1.04E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 133470011 C A - - - - - - 31 0 0 35 3 8.6 14 1 7.1 30 4 13.3 56 7 12.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 5 2 2 2 3 1 1 1 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.905047619 0.905047619 1 0.83444086 0.83444086 1 2.406504274 2.406504274 1 1.009517766 1.009517766 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000725791 1 0.067769881 1 0.0000154 1 1.46E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 133498459 G A - - - - - - 32 0 0 38 0 0 24 0 0 70 6 8.6 55 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 5 2 2 2 3 1 1 1 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.55608547 1.55608547 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000156 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 135519335 A G - - - - - - 5 0 0 10 1 10 2 0 0 23 5 21.7 5 1 20 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.04888987 1 1 1 9.75E-08 1 0.024751247 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 4705658 T C OR51E2 CCDS7751.1 r.? - - intronic 33 0 0 30 0 0 17 0 0 63 5 7.9 40 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 2 3 2.602433734 3 2 3 2 0 0 0 0 1 1 1 0.397566266 NA NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 0.602433734 0 0 1 0 0 1 1.42942735 1.42942735 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000173 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 5825682 G C TRIM5 CCDS31392.1 r.? - - intronic 25 0 0 30 0 0 19 0 0 77 6 7.8 54 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 2 3 2.602433734 3 2 3 2 0 0 0 0 1 1 1 0.397566266 NA NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 0.602433734 0 0 1 0 0 1 1.411333333 1.411333333 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000273 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 7319723 G C SYT9 CCDS7778.1 r.? - - intronic 35 0 0 39 0 0 21 0 0 59 6 10.2 41 0 0 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 1 0 0 TRUE FALSE 3 2 3 2.602433734 3 2 3 2 0 0 0 0 1 1 1 0.397566266 NA NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 0.602433734 0 0 1 0 0 1 1.845589744 1.845589744 1 0 0 1 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 1 0 NA 0 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.000000561 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 9373147 G C - - - - - - 34 0 0 49 0 0 23 0 0 56 4 7.1 58 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 2 3 2.602433734 3 2 3 2 0 0 0 0 1 1 1 0.397566266 NA NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 0.602433734 0 0 1 0 0 1 1.284675214 1.284675214 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.000186538 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 16017935 G C SOX6 CCDS7821.1 r.? - - intronic 25 0 0 44 0 0 24 0 0 65 5 7.7 54 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 2 3 2.602433734 3 2 3 2 0 0 0 0 1 1 1 0.397566266 NA NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 0.602433734 0 0 1 0 0 1 1.393239316 1.393239316 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000201 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 18143088 C G MRGPRX3 CCDS7830.1 r.? - - intronic 34 0 0 24 0 0 17 0 0 37 6 16.2 60 1 1.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 2 3 2.602433734 3 2 3 2 0 0 0 0 1 1 1 0.397566266 NA NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 0.602433734 0 0 1 0 0 1 2.931230769 0.977076923 3 0.09653579 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 3.18E-08 1 0.259739042 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 20558495 C T - - - - - - 23 0 0 42 4 9.5 12 3 25 72 5 6.9 57 8 14 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 2 3 2.602433734 3 2 3 2 0 0 0 0 1 1 1 0.397566266 NA NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 0.602433734 0.999761905 0.999761905 1 2.688172043 2.688172043 1 1.248487179 1.248487179 1 0.795000621 0.795000621 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.0000601 1 0.0000266 1 0.0000331 1 5.19E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 20561686 A T - - - - - - 30 0 0 31 3 9.7 18 1 5.6 75 5 6.7 51 6 11.8 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 2 3 2.602433734 3 2 3 2 0 0 0 0 1 1 1 0.397566266 NA NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 0.602433734 1.020809524 1.020809524 1 0.602150538 NA 0 1.212299145 1.212299145 1 0.670071952 0.670071952 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000505952 1 0.086275114 1 0.0000403 1 0.000000232 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 24900002 T A LUZP2 CCDS31446.1 r.? - - intronic 23 0 0 36 2 5.6 19 0 0 60 4 6.7 30 4 13.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 2 3 2.602433734 3 2 3 2 0 0 0 0 1 1 1 0.397566266 NA NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 0.602433734 0.589333333 0.589333333 1 0 0 1 1.212299145 1.212299145 1 0.75525059 0.75525059 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.014070883 1 1 1 0.000243755 1 0.0000154 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 25252228 G A - - - - - - 26 0 0 39 1 2.6 15 0 0 63 5 7.9 51 7 13.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 2 3 2.602433734 3 2 3 2 0 0 0 0 1 1 1 0.397566266 NA NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 0.602433734 0.273619048 0.273619048 1 0 0 1 1.42942735 1.42942735 1 0.777964894 0.777964894 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.177567718 1 1 1 0.0000173 1 7.46E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 26602417 C G ANO3 CCDS31447.1 r.? - - intronic 40 0 0 38 0 0 16 0 0 80 5 6.2 54 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 2 3 2.602433734 3 2 3 2 0 0 0 0 1 1 1 0.397566266 NA NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 0.602433734 0 0 1 0 0 1 1.12182906 1.12182906 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.000055 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 29378874 T C - - - - - - 24 0 0 38 0 0 20 0 0 52 7 13.5 58 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 2 3 2.602433734 3 2 3 2 0 0 0 0 1 1 1 0.397566266 NA NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 0.602433734 0 0 1 0 0 1 2.442692308 0.814230769 3 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 1 1 1 1 8.58E-09 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 30701343 G T - - - - - - 27 0 0 26 0 0 17 0 0 61 4 6.6 42 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 2 3 2.602433734 3 2 3 2 0 0 0 0 1 1 1 0.397566266 NA NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 0.602433734 0 0 1 0 0 1 1.194205128 1.194205128 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.000259828 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 35321914 T C SLC1A2 CCDS31459.1 r.? - - intronic 30 0 0 33 0 0 19 0 0 82 6 7.3 42 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 2 3 2.602433734 3 2 3 2 0 0 0 0 1 1 1 0.397566266 NA NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 0.602433734 0 0 1 0 0 1 1.320863248 1.320863248 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000395 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 36309154 C G COMMD9 CCDS7900.1 r.? - - intronic 25 0 0 25 0 0 19 0 0 55 5 9.1 46 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 2 3 2.602433734 3 2 3 2 0 0 0 0 1 1 1 0.397566266 NA NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 0.602433734 0 0 1 0 0 1 1.646555556 1.646555556 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000883 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 37510101 T A - - - - - - 46 0 0 34 0 0 20 0 0 58 4 6.9 53 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 2 3 2.602433734 3 2 3 2 0 0 0 0 1 1 1 0.397566266 NA NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 0.602433734 0 0 1 0 0 1 1.248487179 1.248487179 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.000213772 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 38049032 T G - - - - - - 27 0 0 34 1 2.9 24 0 0 79 6 7.6 57 10 17.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 2 3 2.602433734 3 2 3 2 0 0 0 0 1 1 1 0.397566266 NA NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 0.602433734 0.305190476 0.305190476 1 0 0 1 1.375145299 1.375145299 1 0.993750776 0.993750776 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.156694864 1 1 1 0.00000318 1 3.4E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 39133290 G A - - - - - - 30 0 0 33 2 6.1 20 0 0 72 7 9.7 53 11 20.8 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 2 3 2.602433734 3 2 3 2 0 0 0 0 1 1 1 0.397566266 NA NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 0.602433734 0.641952381 0.641952381 1 0 0 1 1.755119658 1.755119658 1 1.18114378 1.18114378 1 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.011909843 1 1 1 8.66E-08 1 3.07E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 39721074 T C - - - - - - 36 0 0 30 0 0 15 0 0 78 6 7.7 56 5 8.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 2 3 2.602433734 3 2 3 2 0 0 0 0 1 1 1 0.397566266 NA NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 0.602433734 0 0 1 0 0 1 1.393239316 1.393239316 1 0.505393252 0.505393252 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 2 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000295 1 0.00000965 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 40102429 C G - - - - - - 29 0 0 35 0 0 22 0 0 51 5 9.8 43 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 2 3 2.602433734 3 2 3 2 0 0 0 0 1 1 1 0.397566266 NA NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 0.602433734 0 0 1 0 0 1 1.773213675 1.773213675 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000606 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 41371099 T C - - - - - - 44 0 0 40 0 0 11 0 0 73 5 6.8 48 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 2 3 2.602433734 3 2 3 2 0 0 0 0 1 1 1 0.397566266 NA NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 0.602433734 0 0 1 0 NA 0 1.230393162 1.230393162 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000354 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 41479430 A T - - - - - - 37 0 0 33 2 6.1 16 0 0 66 6 9.1 49 12 24.5 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 2 3 2.602433734 3 2 3 2 0 0 0 0 1 1 1 0.397566266 NA NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 0.602433734 0.641952381 0.641952381 1 0 0 1 1.646555556 1.646555556 1 1.391251087 1.391251087 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.011909843 1 1 1 0.0000011 1 1.9E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 41524834 C T - - - - - - 24 0 0 26 2 7.7 22 2 9.1 74 6 8.1 64 11 17.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 2 3 2.602433734 3 2 3 2 0 0 0 0 1 1 1 0.397566266 NA NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 0.602433734 0.810333333 0.810333333 1 0.978494624 0.978494624 1 1.465615385 1.465615385 1 0.976715049 0.976715049 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.007502227 1 0.005403392 1 0.00000216 1 2.85E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 42289490 A G - - - - - - 27 0 0 26 0 0 21 0 0 60 7 11.7 43 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 2 3 2.602433734 3 2 3 2 0 0 0 0 1 1 1 0.397566266 NA NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 0.602433734 0 0 1 0 0 1 2.117 1.0585 2 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 1 1 1 1 2.39E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 43771495 G C HSD17B12 CCDS7905.1 r.? - - intronic 42 0 0 24 1 4.2 17 0 0 69 6 8.7 59 7 11.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 2 3 2.602433734 3 2 3 2 0 0 0 0 1 1 1 0.397566266 NA NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 0.602433734 0.442 0.442 1 0 0 1 1.574179487 1.574179487 1 0.675750528 0.675750528 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.113346489 1 1 1 0.00000143 1 2.12E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 47287473 T G MADD CCDS7930.1 r.? - - upstream 34 0 0 42 0 0 10 0 0 64 5 7.8 67 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 2 3 2.602433734 3 2 3 2 0 0 0 0 1 1 1 0.397566266 NA NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 0.602433734 0 0 1 0 0 1 1.411333333 1.411333333 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000186 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 48581717 C T - - - - - - 29 0 0 36 0 0 19 0 0 77 9 11.7 54 1 1.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 2 3 2.602433734 3 2 3 2 0 0 0 0 1 1 1 0.397566266 NA NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 0.602433734 0 0 1 0 0 1 2.117 1.0585 2 0.107892941 0.107892941 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 1 1 1 1 2.32E-10 1 0.237137336 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 55539281 C T OR5D13 CCDS31507.1 r.? - - upstream 42 0 0 33 3 9.1 18 3 16.7 62 7 11.3 44 8 18.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 3 2 2 2 3 2 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.866666667 0.866666667 1 1.795698925 1.795698925 1 2.044623932 1.022311966 2 0.923857868 0.923857868 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000609557 1 0.0000964 1 3.02E-08 1 5.9E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 56251620 C T - - - - - - 33 0 0 32 0 0 22 0 0 77 9 11.7 39 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 3 2 2 2 3 2 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 2.117 1.0585 2 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 1 1 1 1 2.32E-10 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 59664963 C T ENSG00000214793 ENST00000398993 r.? - - upstream 24 0 0 22 0 0 17 0 0 59 6 10.2 42 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 2 2 2 2 2 2 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.743589744 1.743589744 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.000000561 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 63272267 C T LGALS12 CCDS44634.1 r.? - - upstream 24 0 0 36 0 0 28 0 0 59 6 10.2 73 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 5.962050976 5 5 5 1 5 0 0 0 0 1 1 -3.962050976 1 NA NA 2 NA NA NA 0 NA NA NA 4.962050976 NA 0 0 1 0 0 1 2.147718943 0.432828875 4.962050976 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.000000561 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 65928718 T C PACS1 CCDS8129.1 r.? - - intronic 39 0 0 40 2 5 19 3 15.8 79 6 7.6 66 8 12.1 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 TRUE FALSE 5 5 5.962050976 5 5 5 1 5 0 0 0 0 1 1 -3.962050976 1 NA NA 2 NA NA NA 0 NA NA NA 4.962050976 NA 0.626190476 0.626190476 1 2.172924731 2.172924731 1 1.600261173 1.600261173 1 0.977213198 0.977213198 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 0 0 1 8 NA 1 1 0.017193422 1 0.000114071 1 0.00000318 1 1.73E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 70207855 G A PPFIA1 CCDS31627.1 r.? - - intronic 23 0 0 37 0 0 27 0 0 44 5 11.4 53 1 1.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 5.962050976 5 5 5 1 5 0 0 0 0 1 1 -3.962050976 1 NA NA 2 NA NA NA 0 NA NA NA 4.962050976 NA 0 0 1 0 0 1 2.40039176 0.483749919 4.962050976 0.153446701 0.153446701 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000288 1 0.233303855 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 70362234 T A SHANK2 ENST00000338508 r.? - - intronic 33 0 0 42 2 4.8 32 0 0 89 5 5.6 63 11 17.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 5.962050976 5 5 5 1 5 0 0 0 0 1 1 -3.962050976 1 NA NA 2 NA NA NA 0 NA NA NA 4.962050976 NA 0.601142857 0.601142857 1 0 0 1 1.179139812 1.179139812 1 1.413324873 1.413324873 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.018854633 1 1 1 0.0000915 1 2.37E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 73930552 G C PPME1 CCDS44678.1 r.? - - intronic 28 0 0 48 0 0 20 0 0 61 5 8.2 60 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 5.962050976 5 5 5 1 5 0 0 0 0 1 1 -3.962050976 1 NA NA 2 NA NA NA 0 NA NA NA 4.962050976 NA 0 0 1 0 0 1 1.726597582 1.726597582 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000147 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 75946903 G A - - - - - - 21 0 0 35 3 8.6 20 3 15 35 5 14.3 56 5 8.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 5.962050976 5 5 5 1 5 0 0 0 0 1 1 -3.962050976 1 NA NA 2 NA NA NA 0 NA NA NA 4.962050976 NA 1.077047619 1.077047619 1 2.062903226 2.062903226 1 3.011017734 0.606809109 4.962050976 0.71877665 0.71877665 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000725791 1 0.0001337 1 0.000000895 1 0.00000965 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 76990408 C T GDPD4 CCDS8249.1 r.341g>a c.90G>A p.W30* nonsense 38 0 0 67 1 1.5 37 0 0 78 5 6.4 127 6 4.7 320 0 0 1272 30 2.4 420 5 1.2 1001 41 4.1 1323 64 4.8 TRUE TRUE 12 13 9.085021329 12 12 13 10 12 0 0 0 0 1 1 1.914978671 1 NA NA 10 NA NA NA 1 NA NA NA -0.914978671 NA 0.292857143 0.292857143 1 0 0 1 1.547458459 1.547458459 1 0.70857868 0.70857868 1 0.468571429 0.468571429 1 0.261032258 0.261032258 1 0.991340575 0.991340575 1 0.723654822 0.723654822 1 8 5 1 1 0.285262761 8.38E-12 1 0.061653439 0.0000487 5.67E-24 0.0000482 1.1E-40 YES 0_1 0_0 1_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b 11 78866676 T A ODZ4 CCDS44688.1 r.? - - intronic 8 0 0 5 0 0 3 0 0 32 3 9.4 22 2 9.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 3 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 6 5 8 5 6 5 7 5 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 2.170837607 2.170837607 1 0.734928934 0.734928934 1 NA NA 0 NA NA 0 0 0 1 NA NA 0 8 NA 1 1 1 1 1 1 0.000556213 1 0.005403392 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 79062092 G C ODZ4 CCDS44688.1 r.? - - intronic 24 0 0 46 0 0 30 0 0 50 5 10 77 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 TRUE FALSE 6 5 8 5 6 5 7 5 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 2.309401709 2.309401709 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 0 NA 0 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000549 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 79446780 C T - - - - - - 30 0 0 26 2 7.7 21 3 14.3 74 5 6.8 84 15 17.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 TRUE FALSE 6 5 8 5 6 5 7 5 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.041333333 1.041333333 1 1.966634409 1.966634409 1 1.570393162 1.570393162 1 1.445629442 1.445629442 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 0 NA 0 8 NA 1 1 0.007502227 1 0.000155401 1 0.0000378 1 3.27E-19 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 85491837 C G - - - - - - 40 0 0 34 0 0 22 0 0 70 6 8.6 67 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 5 NA 3 3 5 NA 3 0 0 NA 0 1 1 NA 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00000156 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 83259356 G T - - - - - - 28 1 3.6 45 15 33.3 18 3 16.7 87 19 21.8 92 57 62 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 3 10 7.275827981 5 2 6 6 1 1 4 1 1 1 1 0.724172019 NA NA NA 6 NA NA NA 2 NA NA NA 0.275827981 4.503428571 0.900685714 5 1.962698925 1.962698925 1 5.470495726 0.911749288 6 6.41822147 1.069703578 6 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 0.130947004 1 9.14E-24 1 0.0000964 1 9.64E-26 1 1.73E-106 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 87501878 C G - - - - - - 27 0 0 73 2 2.7 30 0 0 93 6 6.5 133 7 5.3 3 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 10 10 15 10 10 10 14 10 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.473142857 0.473142857 1 0 0 1 1.956111111 1.956111111 1 0.693035533 0.693035533 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.052016623 1 1 1 0.00000821 1 0.00000561 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 88163123 G A - - - - - - 35 0 0 37 0 0 26 0 0 65 5 7.7 69 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4.418850726 5 11 5 4 5 9 5 0 0 2 0 0.581149274 1 1 1 5 NA NA NA 0 NA NA NA 0.418850726 NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 2.009239316 2.009239316 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000201 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 88902312 A T - - - - - - 34 0 0 45 0 0 21 0 0 76 4 5.3 82 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4.418850726 5 11 5 4 5 9 5 0 0 2 0 0.581149274 1 1 1 5 NA NA NA 0 NA NA NA 0.418850726 NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 1.382982906 1.382982906 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00060191 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 89233435 C G - - - - - - 36 0 0 54 0 0 26 0 0 88 8 9.1 80 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4.418850726 5 11 5 4 5 9 5 0 0 2 0 0.581149274 1 1 1 5 NA NA NA 0 NA NA NA 0.418850726 NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 2.374555556 1.187277778 2 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1.76E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 91380835 T A - - - - - - 35 0 0 53 0 0 36 0 0 84 5 6 88 0 0 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 13 8 7 7 12 8 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.685641026 1.685641026 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000695 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 91704236 C A - - - - - - 29 0 0 46 1 2.2 29 1 3.4 84 7 8.3 101 10 9.9 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 7 13 8 7 7 12 8 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.31952381 NA 0 0.535591398 0.535591398 1 2.331803419 1.165901709 2 1.096538071 1.096538071 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.205924651 1 0.135292269 1 0.000000253 1 1.24E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 91986875 T A - - - - - - 32 0 0 47 0 0 36 0 0 81 4 4.9 105 0 0 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 13 8 7 7 12 8 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.376606838 1.376606838 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.000765256 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 92724089 T A - - - - - - 27 0 0 49 2 4.1 28 1 3.6 71 5 7 94 12 12.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 13 8 7 7 12 8 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.59547619 0.59547619 1 0.567096774 0.567096774 1 1.966581197 1.966581197 1 1.417746193 1.417746193 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.025168485 1 0.130947004 1 0.0000309 1 7.98E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 93619245 C G - - - - - - 28 0 0 55 2 3.6 32 1 3.1 83 4 4.8 103 10 9.7 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 13 8 7 7 12 8 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.522857143 0.522857143 1 0.488333333 0.488333333 1 1.348512821 1.348512821 1 1.074385787 1.074385787 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.031164417 1 0.14819814 1 0.000838577 1 1.51E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 97216546 G T - - - - - - 25 0 0 45 0 0 21 0 0 91 5 5.5 50 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 6 3 3 3 5 3 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.16017094 1.16017094 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.000101674 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 97387133 G A - - - - - - 29 0 0 33 2 6.1 18 0 0 73 5 6.8 60 11 18.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 6 3 3 3 5 3 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.641952381 0.641952381 1 0 0 1 1.434393162 1.434393162 1 1.11193401 1.11193401 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.011909843 1 1 1 0.0000354 1 1.34E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 97565791 T C - - - - - - 31 0 0 31 0 0 21 0 0 75 5 6.7 66 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 6 3 3 3 5 3 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.413299145 1.413299145 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000403 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 98973389 G C - - - - - - 46 0 0 33 0 0 21 0 0 53 4 7.5 54 0 0 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 6 3 3 3 5 3 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.582051282 1.582051282 1 0 0 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.000150502 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 99298224 G A - - - - - - 34 0 0 46 0 0 14 0 0 34 5 14.7 42 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 6 3 3 3 5 3 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 3.100820513 1.033606838 3 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.000000771 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 100577828 A G ENSG00000165895 CCDS44715.1 r.? - - intronic 35 0 0 35 2 5.7 16 1 6.2 71 6 8.5 52 7 13.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 6 3 3 3 5 3 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.599857143 0.599857143 1 0.728666667 0.728666667 1 1.792991453 1.792991453 1 0.820279188 0.820279188 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.013332991 1 0.077068876 1 0.00000169 1 8.58E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 100889893 G C - - - - - - 33 0 0 72 3 4.2 35 4 11.4 94 9 9.6 95 3 3.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 11 11 14 9 11 11 13 9 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.778 0.778 1 2.251806452 2.251806452 1 2.793025641 0.931008547 3 0.386436548 0.386436548 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.00576558 1 0.0000289 1 1.42E-09 1 0.012295328 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 101107367 C T - - - - - - 33 0 0 61 0 0 40 0 0 94 9 9.6 103 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 11 11 14 9 11 11 13 9 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 2.793025641 0.931008547 3 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1.42E-09 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 102350713 C T - - - - - - 40 0 0 84 0 0 46 0 0 104 6 5.8 119 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 11 11 14 9 11 11 13 9 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.687452991 1.687452991 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000156 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 103293219 G A DYNC2H1 CCDS44717.1 r.? - - intronic 38 0 0 78 0 0 35 0 0 101 8 7.9 123 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 11 11 14 9 11 11 13 9 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 2.29842735 1.149213675 2 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 5.22E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 104002281 G C PDGFD CCDS41703.1 r.? - - intronic 39 0 0 62 0 0 49 0 0 79 4 5.1 89 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 11 11 14 9 11 11 13 9 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.483794872 1.483794872 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000696582 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 104791048 C T ENSG00000235505 ENST00000412702 r.? - - upstream 38 0 0 48 3 6.2 35 4 11.4 75 6 8 101 7 6.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 11 11 14 9 11 11 13 9 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.14847619 1.14847619 1 2.251806452 2.251806452 1 2.327521368 1.163760684 2 0.833253807 0.833253807 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.001827434 1 0.0000289 1 0.00000234 1 0.000000891 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 105399274 A G - - - - - - 28 0 0 37 0 0 24 0 0 64 6 9.4 64 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 5 8 4.463463668 5 5 7 4 0 0 1 0 1 1 1 0.536536332 NA NA NA 5 NA NA NA 0 NA NA NA 0.463463668 0 0 1 0 0 1 2.170837607 1.085418803 2 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000000914 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 115046121 C T CADM1 CCDS8373.1 r.? - - downstream 21 0 0 46 4 8.7 31 1 3.2 84 5 6 81 5 6.2 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 5 8 3 5 5 7 3 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.089571429 1.089571429 1 0.440086022 NA 0 1.385641026 1.385641026 1 0.376720812 0.376720812 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.0000862 1 0.143917729 1 0.0000695 1 0.0000584 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 116119985 C G - - - - - - 26 0 0 49 2 4.1 21 0 0 76 4 5.3 59 13 22 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.43147619 0.43147619 1 0 0 1 0.958982906 0.958982906 1 1.336751269 1.336751269 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.025168485 1 1 1 0.00060191 1 3.99E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 121080641 T C - - - - - - 42 0 0 35 0 0 18 0 0 33 4 12.1 47 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 2.189376068 2.189376068 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000228 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 121795272 C T - - - - - - 20 0 0 31 0 0 19 0 0 60 6 10 38 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.809401709 1.809401709 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.000000621 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 126704411 A T - - - - - - 27 0 0 28 0 0 24 0 0 55 5 9.1 60 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 3 2.656810943 3 3 3 2 0 0 0 0 1 1 1 0.343189057 NA NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 0.656810943 0 0 1 0 0 1 1.646555556 1.646555556 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00000883 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 132358098 A C ENSG00000183715 CCDS8492.1 r.? - - intronic 41 0 0 62 3 4.8 33 2 6.1 67 6 9 74 13 17.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 5.109047142 5 5 5 3 5 0 0 0 0 1 1 -1.109047142 1 NA NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 2.109047142 NA 0.601142857 0.601142857 1 0.838913978 0.838913978 1 1.818275781 1.818275781 1 1.421401015 1.421401015 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.003793816 1 0.011909843 1 0.0000012 1 9.62E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 133265793 T G ENSG00000183715 CCDS31722.1 r.? - - intronic 26 0 0 72 0 0 27 0 0 69 7 10.1 77 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 5.109047142 5 5 5 3 5 0 0 0 0 1 1 -1.109047142 1 NA NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 2.109047142 NA 0 0 1 0 0 1 2.040509488 1.020254744 2 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 1 1 6.43E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 3879484 T C - - - - - - 30 0 0 36 2 5.6 21 1 4.8 65 5 7.7 57 4 7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 3.557554855 3 3 3 2 1 1 1 1 1 1 1 0.442445145 NA NA NA 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.557554855 0.645333333 0.645333333 1 0.612129032 0.612129032 1 1.470239316 1.470239316 1 0.464358789 0.464358789 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.014070883 1 0.099912572 1 0.0000201 1 0.000199821 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 5332430 G C - - - - - - 29 0 0 28 3 10.7 29 1 3.4 54 7 13 61 2 3.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 3.557554855 3 3 3 2 1 1 1 1 1 1 1 0.442445145 NA NA NA 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.557554855 1.233047619 1.233047619 1 0.433591398 0.433591398 1 2.482222222 0.827407407 3 0.218912001 0.392628633 0.557554855 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000372895 1 0.135292269 1 1.13E-08 1 0.037660755 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 5619674 C A - - - - - - 29 0 0 36 0 0 16 0 0 57 4 7 76 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 4 3.557554855 3 3 3 2 1 1 1 1 1 1 1 0.442445145 NA NA NA 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.557554855 0 0 1 0 0 1 1.336581197 1.336581197 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000199821 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 10366102 A T GABARAPL1 CCDS8620.1 r.? - - intronic 34 0 0 12 0 0 11 0 0 16 3 18.8 61 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 4 3.557554855 3 3 3 2 1 1 1 1 1 1 1 0.442445145 NA NA NA 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.557554855 0 0 1 0 0 1 3.589675214 1.196558405 3 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000667 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 10580183 G A KLRC2 CCDS31745.1 r.? - - downstream 18 0 0 18 1 5.6 11 0 0 29 4 13.8 27 5 18.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 3.557554855 3 3 3 2 1 1 1 1 1 1 1 0.442445145 NA NA NA 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.557554855 0.645333333 0.645333333 1 0 0 1 2.634974359 0.878324786 3 1.227233943 1.227233943 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.086275114 1 1 1 0.0000134 1 0.00000023 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 13874779 C T GRIN2B CCDS8662.1 r.? - - intronic 28 0 0 37 2 5.4 22 0 0 73 7 9.6 60 8 13.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 3 3 3 3 2 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.622285714 0.622285714 1 0 0 1 1.833025641 1.833025641 1 0.808126904 0.808126904 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.014826063 1 1 1 9.54E-08 1 7.93E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 15233133 C A - - - - - - 28 0 0 32 0 0 17 2 11.8 73 5 6.8 42 10 23.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 3 3 3 3 2 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.504817204 1.504817204 1 1.298393162 1.298393162 1 1.446121827 1.446121827 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 1 1 0.003234386 1 0.0000354 1 1.24E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 15748570 G C PTPRO CCDS44837.1 r.2299g>c c.? p.? 3'UTR variant 30 0 0 44 0 0 19 0 0 82 8 9.8 64 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 4 3 3 3 3 2 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.871213675 1.871213675 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00000001 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 16547467 T C - - - - - - 27 0 0 33 1 3 16 1 6.2 47 10 21.3 52 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 4 3 3 3 3 2 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.345714286 0.345714286 1 0.790666667 0.790666667 1 4.067025641 1.355675214 3 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.15245715 1 0.077068876 1 4.27E-14 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 17813266 C G - - - - - - 31 0 0 43 5 11.6 31 1 3.2 69 5 7.2 58 11 19 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 3 3 3 3 2 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.336761905 1.336761905 1 0.408086022 0.408086022 1 1.374769231 1.374769231 1 1.154467005 1.154467005 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.00000257 1 0.143917729 1 0.0000269 1 8.96E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 18759834 C A PIK3C2G CCDS44839.1 r.? - - intronic 36 0 0 35 1 2.9 18 0 0 65 5 7.7 58 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 4 3 3 3 3 2 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.334190476 0.334190476 1 0 0 1 1.470239316 1.470239316 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.16091139 1 1 1 0.0000201 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 21246145 T G ENSG00000205754 CCDS44843.1 r.? - - downstream 42 0 0 32 0 0 24 0 0 68 6 8.8 60 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 4 3 3 3 3 2 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.680273504 1.680273504 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00000131 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 21979912 G T ABCC9 CCDS8693.1 r.? - - intronic 27 0 0 39 1 2.6 26 1 3.8 61 7 11.5 60 11 18.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 3 3 3 3 2 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.299619048 0.299619048 1 0.484602151 0.484602151 1 2.195811966 1.097905983 2 1.11193401 1.11193401 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.177567718 1 0.122190858 1 2.69E-08 1 1.34E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 24869749 G C - - - - - - 33 0 0 32 0 0 27 0 0 81 5 6.2 64 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 4 3 3 3 3 2 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.18382906 1.18382906 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000584 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 27248019 C T - - - - - - 34 0 0 45 2 4.4 27 3 11.1 80 9 11.2 53 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 4 3 3 3 3 2 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.507047619 0.507047619 1 1.415548387 1.415548387 1 2.138529915 1.069264957 2 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.021467209 1 0.000334187 1 3.29E-10 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 27615036 T G C12orf70 CCDS44852.1 r.? - - upstream 34 0 0 43 3 7 16 2 12.5 76 4 5.3 50 16 32 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 3 3 3 3 2 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.806666667 0.806666667 1 1.594086022 1.594086022 1 1.011982906 1.011982906 1 1.944365482 0.972182741 2 NA NA 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.001328364 1 0.002863359 1 0.00060191 1 6.4E-25 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 29866281 G C TMTC1 CCDS8718.1 r.? - - intronic 31 0 0 36 1 2.8 23 3 13 52 6 11.5 43 0 0 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 4 3 3 3 3 2 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.322666667 0.322666667 1 1.657849462 1.657849462 1 2.195811966 1.097905983 2 0 NA 0 NA NA 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.165106833 1 0.000205387 1 0.000000261 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 37863766 T G - - - - - - 37 0 0 41 1 2.4 20 0 0 74 5 6.8 63 1 1.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 4 4 3 4 3 3 2 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.300571429 0.300571429 1 0 0 1 1.298393162 1.298393162 1 0.097218274 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.18577148 1 1 1 0.0000378 1 0.27078753 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 39599510 G T - - - - - - 34 0 0 25 2 8 27 3 11.1 79 5 6.3 52 14 26.9 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 4 4 2 4 3 3 1 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.001904762 1.001904762 1 1.415548387 1.415548387 1 1.202923077 1.202923077 1 1.365482234 1.365482234 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.006948068 1 0.000334187 1 0.0000518 1 9.04E-21 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 39599589 G A - - - - - - 37 0 0 34 3 8.8 19 2 10.5 93 9 9.7 62 11 17.7 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 4 4 2 4 3 3 1 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.102095238 1.102095238 1 1.339032258 1.339032258 1 1.852119658 0.926059829 2 0.898477157 0.898477157 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000666058 1 0.004039874 1 1.29E-09 1 1.96E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 39599677 G C - - - - - - 28 0 0 31 1 3.2 25 0 0 64 6 9.4 54 9 16.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 4 4 2 4 3 3 1 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.400761905 0.400761905 1 0 0 1 1.794837607 1.794837607 1 0.847715736 0.847715736 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.143917729 1 1 1 0.000000914 1 8.48E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 41078325 A G - - - - - - 27 0 0 40 0 0 33 0 0 69 5 7.2 102 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 4 4 3.646893188 4 3 3 3 1 1 1 0 1 1 1 0.353106812 NA NA NA 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.646893188 0 0 1 0 0 1 1.374769231 1.374769231 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000269 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 41105467 C G - - - - - - 41 0 0 43 0 0 29 0 0 92 5 5.4 83 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 4 4 3.646893188 4 3 3 3 1 1 1 0 1 1 1 0.353106812 NA NA NA 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.646893188 0 0 1 0 0 1 1.031076923 1.031076923 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000107074 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 43129176 T G - - - - - - 33 0 0 25 1 4 17 1 5.9 61 4 6.6 49 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 4 2.857060094 3 3 3 2 1 1 1 0 1 1 1 0.142939906 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.857060094 0.460952381 0.460952381 1 0.752408602 0.752408602 1 1.260205128 1.260205128 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.117779757 1 0.081683532 1 0.000259828 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 49153273 C A - - - - - - 20 0 0 50 0 0 20 0 0 57 4 7 61 1 1.6 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 4 2.857060094 3 3 3 2 1 1 1 0 1 1 1 0.142939906 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.857060094 0 0 1 0 0 1 1.336581197 1.336581197 1 0.094931236 NA 0 NA NA 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000199821 1 0.263440347 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 52363989 G A ACVR1B CCDS8816.1 r.? - - intronic 28 0 0 38 3 7.9 22 1 4.5 75 5 6.7 51 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 4 2.857060094 3 3 3 2 1 1 1 0 1 1 1 0.142939906 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.857060094 0.910380952 0.910380952 1 0.573870968 0.573870968 1 1.279299145 1.279299145 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000925091 1 0.104413009 1 0.0000403 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 54439234 G A HOXC4 CCDS8873.1 r.? - - intronic 33 0 0 38 0 0 18 0 0 76 7 9.2 50 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 4 2.857060094 3 3 3 2 1 1 1 0 1 1 1 0.142939906 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.857060094 0 0 1 0 0 1 1.756649573 1.756649573 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000000126 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 55795938 G A OR6C65 CCDS31821.1 r.? - - downstream 35 0 0 28 0 0 28 0 0 81 6 7.4 66 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 4 2.857060094 3 3 3 2 1 1 1 0 1 1 1 0.142939906 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.857060094 0 0 1 0 0 1 1.412957265 1.412957265 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00000368 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 56387190 A G RAB5B CCDS8900.1 r.1996a>g c.? p.? 3'UTR variant 27 0 0 43 3 7 15 2 13.3 86 6 7 49 6 12.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2.857060094 3 3 3 2 1 1 1 0 1 1 1 0.142939906 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.857060094 0.806666667 0.806666667 1 1.696107527 1.696107527 1 1.336581197 1.336581197 1 0.723850672 0.723850672 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.001328364 1 0.002513772 1 0.00000522 1 0.000000182 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 59007308 G A - - - - - - 21 0 0 243 4 1.6 102 1 1 197 7 3.6 495 6 1.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 46 51 57 45 45 49 55 43 1 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.856380952 0.856380952 1 0.597526882 NA 0 2.595384615 0.865128205 3 0.576913706 0.576913706 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.034688077 1 0.400272124 1 0.0000701 1 0.039960023 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 59604256 T G - - - - - - 28 0 0 142 7 4.9 91 7 7.7 153 15 9.8 311 13 4.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 46 51 57 45 45 49 55 43 1 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.622666667 0.874222222 3 4.600956989 0.920191398 5 7.065213675 1.009316239 7 2.01919797 1.009598985 2 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.00000862 1 0.000000438 1 3.54E-15 1 9.72E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 62189533 C G FAM19A2 CCDS8962.1 r.? - - intronic 36 0 0 47 3 6.4 22 1 4.5 75 5 6.7 57 15 26.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4.46573297 9 2.744665456 3 3 6 2 1 1 3 0 1 0.53426703 1 0.255334544 NA 4 NA 2 NA 1 NA 1 NA 0.46573297 NA 0.744665456 0.73752381 0.73752381 1 0.594828951 0.594828951 1 1.614299145 1.614299145 1 1.530872396 1.219493563 1.255334544 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.001719595 1 0.104413009 1 0.0000403 1 5.53E-22 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 64927389 C T - - - - - - 46 0 0 157 0 0 80 0 0 138 6 4.3 314 0 0 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 29 34 36 27 28 32 34 26 1 2 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 2.197042735 1.098521368 2 0 NA 0 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000764 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 65334773 C A - - - - - - 35 0 0 101 3 3 59 1 1.7 138 5 3.6 219 9 4.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 29 34 36 27 28 32 34 26 1 2 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.095714286 1.095714286 1 0.726795699 0.726795699 1 1.839384615 1.839384615 1 1.233121827 1.233121827 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.014481513 1 0.256019138 1 0.000698312 1 0.00000206 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 65368568 G A - - - - - - 34 0 0 107 0 0 70 0 0 158 8 5.1 216 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 29 34 36 27 28 32 34 26 1 2 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 2.605794872 0.868598291 3 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00000162 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 65629177 C T LEMD3 CCDS8972.1 r.? - - intronic 33 0 0 140 0 0 68 0 0 156 7 4.5 368 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 29 34 36 27 28 32 34 26 1 2 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 2.299230769 1.149615385 2 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000159 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 66347671 C T HMGA2 CCDS44936.1 r.? - - intronic 30 0 0 141 0 0 59 0 0 187 7 3.7 329 0 0 0 0 NA 1 0 0 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 29 34 36 27 28 32 34 26 1 2 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.890478632 1.890478632 1 0 NA 0 0 NA 0 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000505 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 66623679 G C IRAK3 CCDS8975.1 r.? - - intronic 34 0 0 156 0 0 78 0 0 193 5 2.6 334 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 29 34 36 27 28 32 34 26 1 2 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.328444444 1.328444444 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.003047128 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 66836489 A T GRIP1 CCDS41807.1 r.? - - intronic 25 0 0 98 1 1 72 1 1.4 149 6 4 205 6 2.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 29 34 36 27 28 32 34 26 1 2 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.365238095 0.365238095 1 0.598537634 0.598537634 1 2.043760684 2.043760684 1 0.872208122 0.872208122 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.388126122 1 0.302953399 1 0.000116512 1 0.000641563 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 68327554 T A - - - - - - 31 0 0 41 1 2.4 16 0 0 76 4 5.3 48 6 12.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 4 3 3.678122731 4 3 2 2 1 1 1 1 1 1 1 0.321877269 NA NA NA 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.678122731 0.300571429 0.300571429 1 0 0 1 0.958982906 0.958982906 1 0.844283108 0.844283108 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.18577148 1 1 1 0.00060191 1 0.00000016 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 71351676 A T - - - - - - 22 0 0 34 0 0 15 0 0 56 5 8.9 38 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.520801101 4 3 2.579559311 2 3 2 1 1 1 1 1 0.479198899 1 1 0.420440689 3 NA NA 2 1 NA NA 1 0.520801101 NA NA 0.579559311 0 0 1 0 0 1 1.610367521 1.610367521 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00000965 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 73050316 C A TRHDE CCDS9004.1 r.? - - intronic 31 0 0 36 0 0 26 0 0 71 6 8.5 43 0 0 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.520801101 4 3 2.579559311 2 3 2 1 1 1 1 1 0.479198899 1 1 0.420440689 3 NA NA 2 1 NA NA 1 0.520801101 NA NA 0.579559311 0 0 1 0 0 1 1.537991453 1.537991453 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00000169 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 75377530 C T - - - - - - 30 0 0 30 3 10 21 2 9.5 71 7 9.9 65 16 24.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.520801101 4 3 2.579559311 2 3 2 1 1 1 1 1 0.479198899 1 1 0.420440689 3 NA NA 2 1 NA NA 1 0.520801101 NA NA 0.579559311 1.104461062 1.104461062 1 1.211505376 1.211505376 1 1.791307692 1.791307692 1 1.391302555 1.391302555 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000458697 1 0.004928472 1 7.85E-08 1 7.85E-23 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 77217491 A C ZDHHC17 CCDS44946.1 r.? - - intronic 27 0 0 28 1 3.6 27 0 0 58 6 10.3 49 9 18.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.520801101 4 3 2.579559311 2 3 2 1 1 1 1 1 0.479198899 1 1 0.420440689 3 NA NA 2 1 NA NA 1 0.520801101 NA NA 0.579559311 0.397605982 0.397605982 1 0 0 1 1.863683761 1.863683761 1 1.040649066 1.040649066 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.130947004 1 1 1 0.000000506 1 3.35E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 78950489 C G - - - - - - 27 0 0 23 0 0 26 0 0 70 4 5.7 49 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.520801101 4 3 2.579559311 2 3 2 1 1 1 1 1 0.479198899 1 1 0.420440689 3 NA NA 2 1 NA NA 1 0.520801101 NA NA 0.579559311 0 0 1 0 0 1 1.031358974 1.031358974 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000440508 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 81437768 A T - - - - - - 37 0 0 49 0 0 32 0 0 59 5 8.5 41 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.520801101 4 3 2.579559311 2 3 2 1 1 1 1 1 0.479198899 1 1 0.420440689 3 NA NA 2 1 NA NA 1 0.520801101 NA NA 0.579559311 0 0 1 0 0 1 1.537991453 1.537991453 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000125 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 83496451 G T TMTC2 CCDS9025.1 r.? - - intronic 26 0 0 34 2 5.9 17 1 5.9 68 5 7.4 54 8 14.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.520801101 4 3 2.579559311 2 3 2 1 1 1 1 1 0.479198899 1 1 0.420440689 3 NA NA 2 1 NA NA 1 0.520801101 NA NA 0.579559311 0.651632027 0.651632027 1 0.752408602 0.752408602 1 1.338957265 1.338957265 1 0.837043814 0.837043814 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.012612579 1 0.081683532 1 0.0000251 1 3.31E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 84227875 G T - - - - - - 35 0 0 35 0 0 27 0 0 59 4 6.8 56 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.520801101 4 3 2.579559311 2 3 2 1 1 1 1 1 0.479198899 1 1 0.420440689 3 NA NA 2 1 NA NA 1 0.520801101 NA NA 0.579559311 0 0 1 0 0 1 1.230393162 1.230393162 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00022841 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 87089489 T A - - - - - - 21 0 0 45 1 2.2 17 1 5.9 62 5 8.1 52 8 15.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.520801101 4 3 2.579559311 2 3 2 1 1 1 1 1 0.479198899 1 1 0.420440689 3 NA NA 2 1 NA NA 1 0.520801101 NA NA 0.579559311 0.242981434 0.242981434 1 0.752408602 0.752408602 1 1.465615385 1.465615385 1 0.870978022 0.870978022 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.201934322 1 0.081683532 1 0.000016 1 2.42E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 90914200 G C - - - - - - 42 0 0 52 0 0 29 0 0 83 5 6 57 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.520801101 4 3 2.579559311 2 3 2 1 1 1 1 1 0.479198899 1 1 0.420440689 3 NA NA 2 1 NA NA 1 0.520801101 NA NA 0.579559311 0 0 1 0 0 1 1.085641026 1.085641026 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000656 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 92124592 C A - - - - - - 47 0 0 39 2 5.1 25 2 8 77 6 7.8 40 7 17.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.520801101 4 3 2.579559311 2 3 2 1 1 1 1 1 0.479198899 1 1 0.420440689 3 NA NA 2 1 NA NA 1 0.520801101 NA NA 0.579559311 0.563275142 0.563275142 1 1.020215054 1.020215054 1 1.411333333 1.411333333 1 0.989747753 0.989747753 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.016387522 1 0.006948068 1 0.00000273 1 1.26E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 94315688 G T AC025261.1 ENST00000505974 r.? - - intronic 26 0 0 25 0 0 23 0 0 59 4 6.8 44 0 0 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.520801101 4 3 2.579559311 2 3 2 1 1 1 1 1 0.479198899 1 1 0.420440689 3 NA NA 2 1 NA NA 1 0.520801101 NA NA 0.579559311 0 0 1 0 0 1 1.230393162 1.230393162 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00022841 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 95307827 C T - - - - - - 34 0 0 33 1 3 14 0 0 68 8 11.8 42 5 11.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.520801101 4 3 2.579559311 2 3 2 1 1 1 1 1 0.479198899 1 1 0.420440689 3 NA NA 2 1 NA NA 1 0.520801101 NA NA 0.579559311 0.331338319 0.331338319 1 0 0 1 2.135094017 1.067547009 2 0.673028472 0.673028472 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.15245715 1 1 1 2.21E-09 1 0.00000228 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 98105071 G A - - - - - - 33 0 0 21 0 0 20 0 0 66 6 9.1 49 0 0 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.520801101 4 3 2.579559311 2 3 2 1 1 1 1 1 0.479198899 1 1 0.420440689 3 NA NA 2 1 NA NA 1 0.520801101 NA NA 0.579559311 0 0 1 0 0 1 1.646555556 1.646555556 1 0 NA 0 NA NA 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000011 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 98216919 G A - - - - - - 38 0 0 41 0 0 19 0 0 67 7 10.4 50 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.520801101 4 3 2.579559311 2 3 2 1 1 1 1 1 0.479198899 1 1 0.420440689 3 NA NA 2 1 NA NA 1 0.520801101 NA NA 0.579559311 0 0 1 0 0 1 1.881777778 1.881777778 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 5.23E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 102069774 C T MYBPC1 CCDS9083.1 r.? - - intronic 29 0 0 44 0 0 13 0 0 72 7 9.7 57 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.520801101 4 3 2.579559311 2 3 2 1 1 1 1 1 0.479198899 1 1 0.420440689 3 NA NA 2 1 NA NA 1 0.520801101 NA NA 0.579559311 0 0 1 0 0 1 1.755119658 1.755119658 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 8.66E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 102704650 G C - - - - - - 11 0 0 21 0 0 9 0 0 21 4 19 13 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.520801101 4 3 2.579559311 2 3 2 1 1 1 1 1 0.479198899 1 1 0.420440689 3 NA NA 2 1 NA NA 1 0.520801101 NA NA 0.579559311 0 0 1 0 0 1 3.437863248 1.718931624 2 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00000349 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 110045298 C A - - - - - - 28 0 0 20 0 0 14 0 0 13 3 23.1 52 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.520801101 4 3 2.579559311 2 3 2 1 1 1 1 1 0.479198899 1 1 0.420440689 3 NA NA 2 1 NA NA 1 0.520801101 NA NA 0.579559311 0 0 1 0 0 1 4.179717949 2.089858974 2 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000344 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 112694954 C T C12orf51 CCDS44978.1 r.? - - intronic 35 0 0 38 0 0 26 2 7.7 65 6 9.2 50 6 12 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.520801101 4 3 2.579559311 2 3 2 1 1 1 1 1 0.479198899 1 1 0.420440689 3 NA NA 2 1 NA NA 1 0.520801101 NA NA 0.579559311 0 0 1 0.981956989 0.981956989 1 1.664649573 1.664649573 1 0.678684173 0.678684173 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 1 1 0.007502227 1 0.000001 1 0.000000206 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 113490120 G A - - - - - - 32 0 0 39 0 0 17 0 0 32 4 12.5 51 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.520801101 4 3 2.579559311 2 3 2 1 1 1 1 1 0.479198899 1 1 0.420440689 3 NA NA 2 1 NA NA 1 0.520801101 NA NA 0.579559311 0 0 1 0 0 1 2.261752137 2.261752137 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000201 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 115889264 C A - - - - - - 33 0 0 34 0 0 15 0 0 35 4 11.4 43 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.520801101 4 3 2.579559311 2 3 2 1 1 1 1 1 0.479198899 1 1 0.420440689 3 NA NA 2 1 NA NA 1 0.520801101 NA NA 0.579559311 0 0 1 0 0 1 2.062717949 2.062717949 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000289 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 117817703 A G - - - - - - 17 0 0 32 2 6.2 30 2 6.7 76 7 9.2 50 10 20 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.520801101 4 3 3 2 3 2 2 1 1 1 1 0.479198899 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.520801101 NA NA NA 0.684765859 0.684765859 1 0.854430108 0.854430108 1 1.664649573 1.664649573 1 1.215228426 1.215228426 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.011224977 1 0.009909649 1 0.000000126 1 8.36E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 121514767 C T - - - - - - 30 0 0 4 0 0 1 0 0 8 3 37.5 33 1 3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.520801101 4 3 3 2 3 2 2 1 1 1 1 0.479198899 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.520801101 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 6.78525641 3.392628205 2 0.182284264 0.182284264 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000687 1 0.15245715 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 128262173 C A - - - - - - 29 0 0 39 2 5.1 21 2 9.5 67 7 10.4 44 10 22.7 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.520801101 4 3 3 2 3 2 2 1 1 1 1 0.479198899 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.520801101 NA NA NA 0.563275142 0.563275142 1 1.211505376 1.211505376 1 1.881777778 1.881777778 1 1.379284264 1.379284264 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.016387522 1 0.004928472 1 5.23E-08 1 2.08E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 128636294 A G - - - - - - 29 0 0 33 1 3 14 2 14.3 47 4 8.5 50 5 10 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.520801101 4 3 3 2 3 2 2 1 1 1 1 0.479198899 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.520801101 NA NA NA 0.331338319 0.331338319 1 1.823634409 1.823634409 1 1.537991453 1.537991453 1 0.607614213 0.607614213 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.15245715 1 0.002185852 1 0.0000939 1 0.00000549 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 128790121 G C - - - - - - 28 0 0 41 0 0 20 0 0 69 6 8.7 54 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 3.520801101 4 3 4 2 3 2 3 1 1 1 1 0.479198899 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.520801101 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.574179487 1.574179487 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000143 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 133841171 A G - - - - - - 15 0 0 7 0 0 4 0 0 13 3 23.1 10 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000344 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 22378117 C G - - - - - - 29 0 0 30 0 0 24 0 0 68 5 7.4 36 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 3 2 2 2 2 1 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.338957265 1.338957265 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000251 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 22940927 G C - - - - - - 43 0 0 28 0 0 18 0 0 79 5 6.3 46 11 23.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 3 2 2 2 2 1 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 1.139923077 1.139923077 1 1.21319797 1.21319797 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000518 1 5.55E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 28352882 C T - - - - - - 48 0 0 31 0 0 20 0 0 57 5 8.8 49 0 0 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 3 2 2 2 2 1 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.592273504 1.592273504 1 0 NA 0 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000105 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 28585834 T C FLT3 CCDS31953.1 r.? - - intronic 21 0 0 17 0 0 18 0 0 21 3 14.3 35 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 FALSE FALSE 2 2 6 2 2 2 5 1 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 3.016444444 3.016444444 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000155401 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 29829132 C G MTUS2 CCDS45022.1 r.? - - intronic 38 0 0 42 0 0 37 0 0 75 4 5.3 75 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 6 4.744409373 4 4 5 3 0 0 1 1 1 1 1 0.255590627 NA NA NA 4 NA NA NA 1 NA NA NA 0.744409373 0 0 1 0 0 1 1.117982906 1.117982906 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000572493 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 31267430 T G - - - - - - 26 0 0 44 0 0 19 0 0 73 5 6.8 49 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 6 3.531614631 4 4 5 2 0 0 1 1 1 1 1 0.468385369 NA NA NA 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.531614631 0 0 1 0 0 1 1.434393162 1.434393162 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000354 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 32052531 G T - - - - - - 27 0 0 40 4 10 24 0 0 83 5 6 62 9 14.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 6 3.531614631 4 4 5 2 0 0 1 1 1 1 1 0.468385369 NA NA NA 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.531614631 1.152380952 1.152380952 1 0 0 1 1.265641026 1.265641026 1 0.958124731 0.958124731 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.0000495 1 1 1 0.0000656 1 3.12E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 32952031 G A BRCA2 CCDS9344.1 r.? - - intronic 38 0 0 36 0 0 18 0 0 76 8 10.5 61 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 6 3.531614631 4 4 5 2 0 0 1 1 1 1 1 0.468385369 NA NA NA 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.531614631 0 0 1 0 0 1 2.214871795 1.107435897 2 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 5.44E-09 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 35306976 C T - - - - - - 29 0 0 32 0 0 22 0 0 92 11 12 43 6 14 1 1 100 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 1 0 0 TRUE FALSE 2 2 5 2 2 2 3 1 0 0 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 2.411282051 0.803760684 3 0.710659898 0.710659898 1 NA NA 0 NA NA 0 0 0 1 0 NA 0 2 NA 1 0.005 1 1 1 1 1.81E-12 1 8.13E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 38298438 A C TRPC4 CCDS45037.1 r.? - - intronic 27 0 0 23 2 8.7 25 1 4 58 4 6.9 54 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 5 2 2 2 3 1 0 0 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.828571429 0.828571429 1 0.430107527 0.430107527 1 1.386487179 1.386487179 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.00589844 1 0.117779757 1 0.000213772 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 39232497 T C - - - - - - 35 0 0 33 0 0 17 0 0 69 6 8.7 49 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 5 2 2 2 3 1 0 0 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.748179487 1.748179487 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00000143 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 40126717 G A LHFP CCDS9369.1 r.? - - intronic 30 0 0 34 0 0 21 0 0 76 6 7.9 51 7 13.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 5 2 2 2 3 1 0 0 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.58742735 1.58742735 1 0.695431472 0.695431472 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 2 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000253 1 7.46E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 41000619 T A - - - - - - 40 0 0 36 0 0 19 0 0 43 4 9.3 51 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 5 2 2 2 3 1 0 0 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.86874359 1.86874359 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000066 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 42117621 C T - - - - - - 27 0 0 39 3 7.7 22 2 9.1 59 6 10.2 44 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 5 2 2 2 3 1 0 0 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.733333333 0.733333333 1 0.978494624 0.978494624 1 2.049589744 2.049589744 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000998458 1 0.005403392 1 0.000000561 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 42390871 G C KIAA0564 CCDS41881.1 r.1979c>g c.1910C>G p.S637* nonsense 28 0 0 28 0 0 22 0 0 62 4 6.5 33 0 0 795 1 0.1 230 0 0 58 0 0 655 30 4.6 517 1 0.2 FALSE FALSE 2 2 5 2 2 2 3 1 0 0 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.306111111 1.306111111 1 0 NA 0 0 NA 0 0 0 1 0.924324786 0.924324786 1 0.010152284 NA 0 NA NA 1 0.981407012 1 1 1 1 0.000276647 2.66E-19 1 0.925091216 YES 0_0 0_0 1_1 0_0 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b 13 43182446 A G TNFSF11 CCDS9385.1 r.? - - downstream 30 0 0 33 0 0 20 0 0 76 5 6.6 56 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 5 2 2 2 3 1 0 0 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.326205128 1.326205128 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000043 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 45724794 A T GTF2F2 CCDS9395.1 r.? - - intronic 21 0 0 22 0 0 17 0 0 45 4 8.9 34 2 5.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 5 2 2 2 3 1 0 0 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.788367521 1.788367521 1 0.299492386 0.299492386 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 2 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000791 1 0.012612579 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 56621410 A G - - - - - - 34 0 0 52 3 5.8 26 3 11.5 69 6 8.7 75 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 3 5 2 1 2 3 1 0 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.494380952 0.494380952 1 1.35155914 1.35155914 1 1.748179487 1.748179487 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 7 NA 1 1 0.002300591 1 0.000298167 1 0.00000143 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 57594248 T C - - - - - - 33 0 0 36 3 8.3 25 1 4 76 6 7.9 38 9 23.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 3 5 2 1 2 3 1 0 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.70747619 0.70747619 1 0.470107527 0.470107527 1 1.58742735 1.58742735 1 1.203045685 1.203045685 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000788827 1 0.117779757 1 0.00000253 1 2.79E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 59061871 C A - - - - - - 39 0 0 34 0 0 15 1 6.7 62 6 9.7 61 12 19.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 1 3 5 2 1 2 3 1 0 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0.787430108 0.787430108 1 1.949119658 1.949119658 1 1 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 0.072431031 1 0.000000756 1 3.39E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 61577414 C T - - - - - - 20 0 0 36 3 8.3 13 1 7.7 52 5 9.6 44 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 3 5 2 1 2 3 1 0 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.70747619 0.70747619 1 0.904956989 0.904956989 1 1.929025641 1.929025641 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 7 NA 1 1 0.000788827 1 0.063085307 1 0.00000668 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 61614616 G C - - - - - - 30 0 0 55 0 0 22 0 0 61 5 8.2 38 0 0 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 1 3 5 2 1 2 3 1 0 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 1.647709402 1.647709402 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000147 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 61970568 G A - - - - - - 42 0 0 41 1 2.4 28 2 7.1 83 6 7.2 51 10 19.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 1 3 5 2 1 2 3 1 0 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.204571429 NA 0 0.83444086 0.83444086 1 1.446769231 1.446769231 1 0.994923858 0.994923858 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.18577148 1 0.008668191 1 0.00000424 1 1.04E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 62147015 G C - - - - - - 32 0 0 24 0 0 23 0 0 55 6 10.9 44 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 1 3 5 2 1 2 3 1 0 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 2.190247863 1.095123932 2 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000000367 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 63399932 C G - - - - - - 36 0 0 37 2 5.4 29 1 3.4 79 5 6.3 62 16 25.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 3 5 2 1 2 3 1 0 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.460285714 0.460285714 1 0.399591398 0.399591398 1 1.265923077 1.265923077 1 1.30964467 1.30964467 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.014826063 1 0.135292269 1 0.0000518 1 3.36E-23 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 63779967 C G - - - - - - 30 0 0 29 2 6.9 23 2 8.7 59 4 6.8 41 8 19.5 1100 3 0.3 726 117 16.1 183 7 3.8 877 51 5.8 697 154 22.1 TRUE TRUE 1 3 5 2 1 2 3 1 0 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.588142857 0.588142857 1 1.022483871 1.022483871 1 1.366393162 1.366393162 1 0.989847716 0.989847716 1 1.372333333 1.372333333 1 0.446602151 0.446602151 1 1.165452991 1.165452991 1 1.121827411 1.121827411 1 8 12 1 0.912164758 0.009279585 2E-133 0.00589844 0.0000441 0.00022841 1.39E-36 3.22E-11 7.71E-198 YES 1_1 1_1 1_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b 13 64114834 A C - - - - - - 22 0 0 16 0 0 18 0 0 41 3 7.3 31 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 1 3 5 2 1 2 3 1 0 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 1.466863248 1.466863248 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.001155993 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 67958959 C G - - - - - - 32 0 0 36 0 0 19 0 0 66 4 6.1 45 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA FALSE FALSE 1 3 5 2 1 2 3 1 0 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 1.225735043 1.225735043 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000351793 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 67966076 C G - - - - - - 29 0 0 25 3 12 22 1 4.5 63 4 6.3 46 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 3 5 2 1 2 3 1 0 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.022857143 1.022857143 1 0.528870968 0.528870968 1 1.265923077 1.265923077 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 7 NA 1 1 0.00026475 1 0.104413009 1 0.000294233 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 69364632 G C - - - - - - 33 0 0 29 0 0 17 0 0 56 7 12.5 44 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 1 3 5 2 1 2 3 1 0 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 2.511752137 0.837250712 3 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1.46E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 69851888 T A - - - - - - 33 0 0 34 0 0 22 0 0 67 6 9 43 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 1 3 5 2 1 2 3 1 0 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 1.808461538 1.808461538 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000012 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 70712885 C A - - - - - - 37 0 0 40 0 0 22 0 0 69 6 8.7 49 0 0 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 1 3 5 2 1 2 3 1 0 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 1.748179487 1.748179487 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00000143 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 73415640 G T PIBF1 CCDS31991.1 r.? - - intronic 34 0 0 32 1 3.1 18 1 5.6 69 4 5.8 53 11 20.8 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 1 3 5 2 1 2 3 1 0 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.264238095 NA 0 0.658150538 0.658150538 1 1.165452991 1.165452991 1 1.055837563 1.055837563 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.14819814 1 0.086275114 1 0.000416985 1 3.07E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 74584957 T C KLF12 CCDS9449.1 r.? - - intronic 41 0 0 35 0 0 19 0 0 74 6 8.1 43 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 1 3 5 2 1 2 3 1 0 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 1.627615385 1.627615385 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00000216 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 74662602 C T KLF12 CCDS9449.1 r.? - - intronic 32 0 0 39 0 0 23 0 0 65 7 10.8 46 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 1 3 5 2 1 2 3 1 0 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 2.170153846 1.085076923 2 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 4.22E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 76373867 G C LMO7 CCDS9454.1 r.? - - intronic 30 0 0 26 0 0 15 0 0 77 5 6.5 43 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 1 3 5 2 1 2 3 1 0 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 1.306111111 1.306111111 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000458 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 77196162 T A - - - - - - 35 0 0 36 0 0 32 0 0 83 6 7.2 53 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 1 3 5 2 1 2 3 1 0 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 1.446769231 1.446769231 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00000424 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 78195789 A G SCEL CCDS9458.1 r.? - - intronic 24 0 0 32 1 3.1 15 1 6.7 65 6 9.2 56 11 19.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 1 3 5 2 1 2 3 1 0 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.264238095 NA 0 0.787430108 0.787430108 1 1.848649573 1.848649573 1 0.994923858 0.994923858 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.14819814 1 0.072431031 1 0.000001 1 5.91E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 79415832 G A - - - - - - 25 0 0 29 0 0 21 0 0 73 5 6.8 44 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 1 3 5 2 1 2 3 1 0 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 1.366393162 1.366393162 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000354 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 81245973 G A - - - - - - 29 0 0 30 3 10 15 3 20 72 6 8.3 37 0 0 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 3 5 2 1 2 3 1 0 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.852380952 0.852380952 1 2.350537634 2.350537634 1 1.667803419 1.667803419 1 0 0 1 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 7 NA 1 1 0.000458697 1 0.0000544 1 0.00000184 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 83759453 A T - - - - - - 29 0 0 30 5 16.7 20 0 0 57 7 12.3 37 12 32.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 3 5 2 1 2 3 1 0 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.42347619 1.42347619 1 0 0 1 2.471564103 0.823854701 3 1.644670051 1.644670051 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000000401 1 1 1 1.66E-08 1 4.03E-19 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 84785224 T A - - - - - - 39 0 0 41 0 0 29 0 0 67 5 7.5 53 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 1 3 5 2 1 2 3 1 0 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 1.507051282 1.507051282 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000233 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 88932697 G A - - - - - - 29 0 0 33 3 9.1 27 3 11.1 70 6 8.6 49 11 22.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 3 5 2 1 2 3 1 0 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.775666667 0.775666667 1 1.304548387 1.304548387 1 1.72808547 1.72808547 1 1.137055838 1.137055838 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000609557 1 0.000334187 1 0.00000156 1 1.19E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 89661828 C T - - - - - - 40 0 0 31 0 0 16 0 0 70 6 8.6 39 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 1 3 5 2 1 2 3 1 0 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 1.72808547 1.72808547 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00000156 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 90163034 G C - - - - - - 41 0 0 35 0 0 22 0 0 72 5 6.9 40 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 1 3 5 2 1 2 3 1 0 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 1.386487179 1.386487179 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000331 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 90532275 A G - - - - - - 37 0 0 36 0 0 21 0 0 53 5 9.4 47 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 1 3 5 2 1 2 3 1 0 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 1.888837607 1.888837607 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00000734 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 91009882 G T - - - - - - 38 0 0 32 0 0 26 0 0 70 6 8.6 50 0 0 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 1 3 5 2 1 2 3 1 0 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 1.72808547 1.72808547 1 0 0 1 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00000156 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 93150026 T C GPC5 CCDS9468.1 r.? - - intronic 31 0 0 27 0 0 24 0 0 59 6 10.2 34 5 14.7 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 1 3 5 2 1 2 3 1 0 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 2.049589744 2.049589744 1 0.746192893 0.746192893 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000000561 1 0.000000771 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 94689539 G T GPC6 CCDS9469.1 r.? - - intronic 35 0 0 39 0 0 21 0 0 64 5 7.8 77 0 0 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6.497293661 6 8 5 5 5 6 4 1 1 2 1 0.502706339 1 1 1 6 NA NA NA 1 NA NA NA 0.497293661 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.801333333 1.801333333 1 0 NA 0 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000186 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 95602267 A G - - - - - - 33 0 0 37 1 2.7 26 1 3.8 69 5 7.2 76 7 9.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6.497293661 6 8 5 5 5 6 4 1 1 2 1 0.502706339 1 1 1 6 NA NA NA 1 NA NA NA 0.497293661 NA NA NA 0.378569786 0.378569786 1 0.560602151 0.560602151 1 1.662769231 1.662769231 1 0.743005076 0.743005076 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.169281299 1 0.122190858 1 0.0000269 1 0.000000126 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 96391000 C T DNAJC3 CCDS9479.1 r.? - - intronic 25 0 0 34 4 11.8 20 3 15 80 9 11.2 51 8 15.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6.497293661 6 8 5 5 5 6 4 1 1 2 1 0.502706339 1 1 1 6 NA NA NA 1 NA NA NA 0.497293661 NA NA NA 1.654490176 1.654490176 1 2.212903226 2.212903226 1 2.586529915 0.862176638 3 1.267954315 1.267954315 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.0000257 1 0.0001337 1 3.29E-10 1 2.05E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 97812968 T G - - - - - - 33 0 0 41 3 7.3 32 0 0 65 4 6.2 40 11 27.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 1 2 2 2 1 1 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.768238095 0.768238095 1 0 0 1 0.99782906 0.99782906 1 1.395939086 1.395939086 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.001155993 1 1 1 0.000331785 1 9.88E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 102089474 C T - - - - - - 38 0 0 37 3 8.1 29 2 6.9 72 6 8.3 46 13 28.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 1 2 2 2 1 1 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.852428571 0.852428571 1 0.810935484 0.810935484 1 1.335803419 1.335803419 1 1.436548223 1.436548223 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000855237 1 0.009279585 1 0.00000184 1 1.07E-19 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 113817084 C T PROZ CCDS9531.1 r.? - - intronic 29 0 0 14 0 0 8 0 0 5 3 60 26 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 1 2 2 2 1 1 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 9.656410256 9.656410256 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000124 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 14 28421941 G T - - - - - - 34 0 0 29 0 0 22 0 0 63 5 7.9 32 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 2.441693483 2.327209417 4 2 2 2 3 2 0 0 1 0 0.558306517 0.672790583 1 1 3 3 NA NA 0 0 NA NA 0.441693483 0.327209417 NA NA 0 0 1 0 0 1 1.50842735 1.50842735 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 0 0 1 NA NA 0 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000173 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 14 28426814 G A - - - - - - 26 0 0 19 1 5.3 23 3 13 82 8 9.8 29 7 24.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2.441693483 2.327209417 4 2 2 2 3 2 0 0 1 0 0.558306517 0.672790583 1 1 3 3 NA NA 0 0 NA NA 0.441693483 0.327209417 NA NA 0.528171659 0.528171659 1 1.440386687 1.440386687 1 1.871213675 1.871213675 1 1.223350254 1.223350254 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.090843738 1 0.000205387 1 0.00000001 1 1.11E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 14 29460147 G A - - - - - - 37 0 0 32 3 9.4 13 1 7.7 69 7 10.1 44 12 27.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2.441693483 2.327209417 4 2 2 2 3 2 0 0 1 0 0.558306517 0.672790583 1 1 3 3 NA NA 0 0 NA NA 0.441693483 0.327209417 NA NA 0.936757283 0.936757283 1 0.853152114 0.853152114 1 1.928495726 1.928495726 1 1.385786802 1.385786802 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000556213 1 0.063085307 1 6.43E-08 1 4.44E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 14 29984456 C A - - - - - - 29 0 0 47 1 2.1 23 0 0 59 4 6.8 107 0 0 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 2 2 100 0 0 NA TRUE FALSE 2.441693483 2.327209417 4 2 2 2 3 2 0 0 1 0 0.558306517 0.672790583 1 1 3 3 NA NA 0 0 NA NA 0.441693483 0.327209417 NA NA 0.209275563 0.209275563 1 0 0 1 1.298393162 1.298393162 1 0 0 1 0 NA 0 NA NA 1 19.09401709 6.364672365 3 NA NA 1 3 NA 1 1 0.209895027 1 1 1 0.00022841 0.000025 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 14 29985374 C T - - - - - - 34 0 0 48 0 0 28 0 0 42 4 9.5 101 0 0 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 2.441693483 2.327209417 4 2 2 2 3 2 0 0 1 0 0.558306517 0.672790583 1 1 3 3 NA NA 0 0 NA NA 0.441693483 0.327209417 NA NA 0 0 1 0 0 1 1.813931624 1.813931624 1 0 0 1 0 NA 0 NA NA 1 0 0 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000601 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 14 29988142 C T - - - - - - 33 0 0 35 0 0 19 0 0 70 6 8.6 95 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2.441693483 2.327209417 4 2 2 2 3 2 0 0 1 0 0.558306517 0.672790583 1 1 3 3 NA NA 0 0 NA NA 0.441693483 0.327209417 NA NA 0 0 1 0 0 1 1.64208547 1.64208547 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000156 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 14 29990361 C G - - - - - - 34 0 0 49 0 0 21 0 0 81 5 6.2 98 0 0 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2.441693483 2.327209417 4 2 2 2 3 2 0 0 1 0 0.558306517 0.672790583 1 1 3 3 NA NA 0 0 NA NA 0.441693483 0.327209417 NA NA 0 0 1 0 0 1 1.18382906 1.18382906 1 0 0 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000584 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 14 29991191 C G - - - - - - 33 0 0 41 0 0 19 0 0 69 5 7.2 99 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2.441693483 2.327209417 4 2 2 2 3 2 0 0 1 0 0.558306517 0.672790583 1 1 3 3 NA NA 0 0 NA NA 0.441693483 0.327209417 NA NA 0 0 1 0 0 1 1.374769231 1.374769231 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000269 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 14 33452249 G T NPAS3 CCDS9645.1 r.? - - intronic 30 0 0 35 0 0 18 0 0 54 4 7.4 54 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 FALSE FALSE 3 3.627292353 4 2.849225258 2 2 3 1 1 1 1 1 1 0.372707647 1 0.150774742 NA 3 NA 2 NA 1 NA 1 NA 0.627292353 NA 0.849225258 0 0 1 0 0 1 1.412957265 1.412957265 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000161898 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 14 39218774 G C - - - - - - 32 0 0 26 2 7.7 24 2 8.3 73 6 8.2 71 9 12.7 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 3.627292353 4 3.666497513 3 2 3 2 1 1 1 1 1 0.372707647 1 0.333502487 NA 3 NA 3 NA 1 NA 1 NA 0.627292353 NA 0.666497513 0.887333333 0.887333333 1 1.027538384 1.027538384 1 1.565709402 1.565709402 1 0.856315235 0.856315235 1 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.007502227 1 0.006413403 1 0.000002 1 1.1E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 14 40758381 T G - - - - - - 33 0 0 54 0 0 23 0 0 78 6 7.7 69 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 3.627292353 4 3.666497513 3 2 3 2 1 1 1 1 1 0.372707647 1 0.333502487 NA 3 NA 3 NA 1 NA 1 NA 0.627292353 NA 0.666497513 0 0 1 0 NA 0 1.470239316 1.470239316 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00000295 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 14 41262905 C T - - - - - - 42 0 0 44 0 0 22 0 0 71 7 9.9 52 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 3.627292353 4 3.666497513 3 2 3 2 1 1 1 1 1 0.372707647 1 0.333502487 NA 3 NA 3 NA 1 NA 1 NA 0.627292353 NA 0.666497513 0 0 1 0 0 1 1.890307692 1.890307692 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 1 1 7.85E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 14 41811932 T C - - - - - - 37 0 0 43 0 0 35 0 0 69 6 8.7 68 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 3.627292353 4 3.666497513 3 2 3 2 1 1 1 1 1 0.372707647 1 0.333502487 NA 3 NA 3 NA 1 NA 1 NA 0.627292353 NA 0.666497513 0 0 1 0 0 1 1.661179487 1.661179487 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00000143 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 14 42875809 T C - - - - - - 40 0 0 35 2 5.7 24 3 12.5 70 5 7.1 55 19 34.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 3 4 2.675106606 4 3 3 2 1 0 1 0 1 1 1 0.324893394 NA NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 0.675106606 0.713857143 0.713857143 1 1.469086022 1.469086022 1 1.355675214 1.355675214 1 1.984180815 0.992090407 2 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.013332991 1 0.000233853 1 0.0000289 1 4.51E-30 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 14 46252849 G C - - - - - - 39 0 0 37 0 0 25 0 0 67 5 7.5 46 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 3 4 2.675106606 4 3 3 2 1 0 1 0 1 1 1 0.324893394 NA NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 0.675106606 0 0 1 0 NA 0 1.432051282 1.432051282 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000233 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 14 47886865 C A MDGA2 CCDS45098.1 r.? - - intronic 34 0 0 38 0 0 18 0 0 60 6 10 59 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 3 4 2.675106606 4 3 3 2 1 0 1 0 1 1 1 0.324893394 NA NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 0.675106606 0 0 1 0 0 1 1.909401709 1.909401709 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000000621 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 14 50271812 A T SDCCAG1 CCDS9694.1 r.? - - intronic 34 0 0 58 0 0 33 0 0 83 6 7.2 137 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 8.495428598 4 7 4 5 3 5 1 3 1 2 1 0.504571402 1 1 NA 6 NA NA NA 3 NA NA NA 0.495428598 NA NA 0 0 1 0 0 1 1.374769231 1.374769231 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000424 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 14 51186814 T C NIN CCDS41952.1 r.9960a>g c.? p.? 3'UTR variant 39 0 0 61 0 0 33 0 0 77 6 7.8 128 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 8.495428598 4 7 4 5 3 5 1 3 1 2 1 0.504571402 1 1 NA 6 NA NA NA 3 NA NA NA 0.495428598 NA NA 0 NA 0 0 0 1 1.489333333 1.489333333 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00000273 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 14 51614404 G T - - - - - - 40 0 0 86 0 0 48 0 0 119 6 5 139 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 12 8.495428598 4 11.51737103 6 5 3 6 6 3 1 5 1 0.504571402 1 0.482628969 NA 6 NA 6 NA 3 NA 6 NA 0.495428598 NA 0.517371031 0 0 1 0 0 1 0.954700855 0.954700855 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000335 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 14 53960259 C A - - - - - - 26 0 0 37 2 5.4 21 1 4.8 72 6 8.3 79 7 8.9 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 8.495428598 4 5 4 5 3 3 3 3 1 2 1 0.504571402 1 1 NA 6 NA NA NA 3 NA NA NA 0.495428598 NA NA 0.784285714 0.784285714 1 0.827909605 0.827909605 1 1.584803419 1.584803419 1 0.71877665 0.71877665 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.014826063 1 0.099912572 1 0.00000184 1 0.000000165 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 14 53960794 C G - - - - - - 45 0 0 37 2 5.4 33 2 6.1 76 5 6.6 86 6 7 519 0 0 1266 42 3.3 386 50 13 903 37 4.1 1119 131 11.7 TRUE TRUE 7 8.495428598 4 5 4 5 3 3 3 3 1 2 1 0.504571402 1 1 NA 6 NA NA NA 3 NA NA NA 0.495428598 NA NA 0.784285714 0.784285714 1 1.052135123 1.052135123 1 1.260205128 1.260205128 1 0.565329949 0.565329949 1 0.479285714 0.479285714 1 2.24225518 0.898545116 2.495428598 0.782854701 0.782854701 1 0.944908629 0.944908629 1 8 6 1 1 0.014826063 4.12E-21 0.011909843 4.33E-53 0.000043 8.44E-22 0.00000522 2.87E-130 YES 1_1 1_1 1_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b 14 54050739 G T - - - - - - 39 0 0 64 4 6.2 32 2 6.2 97 6 6.2 80 9 11.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 8.495428598 4 5 4 5 3 3 3 3 1 2 1 0.504571402 1 1 NA 6 NA NA NA 3 NA NA NA 0.495428598 NA NA 0.90047619 0.90047619 1 1.06938324 1.06938324 1 1.18382906 1.18382906 1 0.904527919 0.904527919 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000312605 1 0.011224977 1 0.0000105 1 3.29E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 14 56853298 A T - - - - - - 36 0 0 37 0 0 26 0 0 74 5 6.8 52 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 TRUE FALSE 3 3 3 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.230393162 1.230393162 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 0 0 1 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000378 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 14 59259969 C T - - - - - - 33 0 0 36 0 0 19 0 0 74 5 6.8 54 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.230393162 1.230393162 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000378 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 14 62406614 G T - - - - - - 38 0 0 39 0 0 19 0 0 63 8 12.7 46 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 2.297940171 1.148970085 2 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 1 1 1.18E-09 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 14 69054703 C A RAD51L1 CCDS9789.1 r.? - - intronic 28 0 0 36 0 0 20 0 0 51 4 7.8 44 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.411333333 1.411333333 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.000129466 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 14 69098632 G A RAD51L1 ENST00000488612 r.? - - intronic 27 0 0 29 0 0 21 0 0 36 6 16.7 48 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 3.021700855 1.007233618 3 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 1 1 2.68E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 14 78554756 C T - - - - - - 24 0 0 34 3 8.8 18 2 11.1 68 5 7.4 57 10 17.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.926095238 0.926095238 1 1.304548387 1.304548387 1 1.338957265 1.338957265 1 1.063324873 1.063324873 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000666058 1 0.003626632 1 0.0000251 1 3.4E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 14 79913148 A C NRXN3 CCDS45145.1 r.? - - intronic 46 0 0 42 1 2.4 19 0 0 72 6 8.3 52 4 7.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.252571429 0.252571429 1 0 0 1 1.501803419 1.501803419 1 0.467862944 0.467862944 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.189842622 1 1 1 0.00000184 1 0.000139698 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 14 80053242 T C NRXN3 CCDS45145.1 r.? - - intronic 37 0 0 40 0 0 17 0 0 77 9 11.7 53 0 0 0 0 NA 0 0 NA 4 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 2.117 1.0585 2 0 0 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 1 1 2.32E-10 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 14 82792271 G C - - - - - - 33 0 0 32 2 6.2 26 1 3.8 58 4 6.9 52 13 25 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.65247619 0.65247619 1 0.446602151 0.446602151 1 1.248487179 1.248487179 1 1.519035533 1.519035533 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.011224977 1 0.122190858 1 0.000213772 1 6.47E-19 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 14 83516990 C T - - - - - - 36 0 0 38 0 0 18 0 0 69 5 7.2 48 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.302769231 1.302769231 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000269 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 14 84389678 G A - - - - - - 26 0 0 28 5 17.9 23 3 13 72 9 12.5 43 15 34.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.883761905 1.883761905 1 1.527849462 1.527849462 1 2.261752137 1.130876068 2 2.120573604 1.060286802 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000000279 1 0.000205387 1 1.25E-10 1 4.05E-24 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 14 90914843 C G - - - - - - 30 0 0 32 3 9.4 23 3 13 56 5 8.9 45 13 28.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.989238095 0.989238095 1 1.527849462 1.527849462 1 1.610367521 1.610367521 1 1.756005076 0.878002538 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000556213 1 0.000205387 1 0.00000965 1 7.68E-20 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 14 96081825 G A - - - - - - 35 0 0 43 4 9.3 29 2 6.9 74 5 6.8 53 3 5.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.978714286 0.978714286 1 0.810935484 0.810935484 1 1.230393162 1.230393162 1 0.346340102 0.346340102 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000066 1 0.009279585 1 0.0000378 1 0.002429596 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 15 20882650 G T - - - - - - 3 0 0 9 0 0 4 0 0 22 3 13.6 11 4 36.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1.734056601 1.741398377 1.412835139 2.655481338 1 1 1 1 0 0 0 1 0.265943399 0.258601623 0.587164861 0.344518662 1 1 2 2 1 1 0 1 0.734056601 0.741398377 0.412835139 0.655481338 0 0 1 0 0 1 2.244931904 2.244931904 1 2.086310943 2.086310943 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 1 1 1 1 0.000179267 1 0.000000201 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 15 21272221 G A ENSG00000215393 ENST00000400189 r.? - - intronic 6 0 0 7 0 0 1 0 0 19 4 21.1 15 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1.734056601 1.741398377 1.412835139 2.655481338 1 1 1 1 0 0 0 1 0.265943399 0.258601623 0.587164861 0.344518662 1 1 2 2 1 1 0 1 0.734056601 0.741398377 0.412835139 0.655481338 0 0 1 0 0 1 3.482945821 2.465217437 1.412835139 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000228 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 15 23177409 G A - - - - - - 12 0 0 12 1 8.3 6 0 0 16 4 25 22 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1.734056601 1.741398377 1.412835139 2.655481338 1 1 1 1 0 0 0 1 0.265943399 0.258601623 0.587164861 0.344518662 1 1 2 2 1 1 0 1 0.734056601 0.741398377 0.412835139 0.655481338 0.768402888 0.768402888 1 0 0 1 4.126713058 2.92087374 1.412835139 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 7 NA 1 1 0.058377193 1 1 1 0.00000108 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 15 23681626 C T ENSG00000174450 ENST00000312015 r.? - - downstream 33 0 0 28 1 3.6 17 0 0 24 6 25 54 13 24.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1.734056601 1.741398377 1.412835139 2.655481338 1 1 1 1 0 0 0 1 0.265943399 0.258601623 0.587164861 0.344518662 1 1 2 2 1 1 0 1 0.734056601 0.741398377 0.412835139 0.655481338 0.333283181 0.333283181 1 0 0 1 4.126713058 2.92087374 1.412835139 1.381321256 1.381321256 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.130947004 1 1 1 1.95E-09 1 1.12E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 15 23989532 G C - - - - - - 47 0 0 33 2 6.1 30 2 6.7 72 5 6.9 54 18 33.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1.734056601 1.741398377 1.412835139 2.655481338 1 1 1 1 0 0 0 1 0.265943399 0.258601623 0.587164861 0.344518662 1 1 2 2 1 1 0 1 0.734056601 0.741398377 0.412835139 0.655481338 0.564729834 0.564729834 1 0.703103799 0.703103799 1 1.138972804 1.138972804 1 1.908630616 1.152915814 1.655481338 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.011909843 1 0.009909649 1 0.0000331 1 3.12E-28 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 15 26357983 T G - - - - - - 42 0 0 26 0 0 33 0 0 59 8 13.6 74 15 20.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 1 3 1 1 1 2 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 2.188786325 2.188786325 1 1.233456853 1.233456853 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 1 1 6.9E-10 1 4.22E-20 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 15 36909439 G A C15orf41 CCDS45215.1 r.? - - intronic 36 0 0 26 3 11.5 14 3 21.4 65 5 7.7 56 13 23.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 1 3 1 1 1 2 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.095238095 1.095238095 1 2.301075269 2.301075269 1 1.239239316 1.239239316 1 1.409664975 1.409664975 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000298167 1 0.0000437 1 0.0000201 1 1.89E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 15 38849848 T A RASGRP1 CCDS45222.1 r.? - - intronic 26 0 0 28 0 0 21 2 9.5 58 5 8.6 38 2 5.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 1 3 1 1 1 2 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.021505376 1.021505376 1 1.38408547 1.38408547 1 0.322035533 0.322035533 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 1 1 0.004928472 1 0.0000115 1 0.015598339 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 15 41246900 C G CHAC1 CCDS10070.2 r.? - - intronic 26 0 0 21 0 0 26 0 0 55 4 7.3 55 11 20 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 1 3 1 1 1 2 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.174863248 1.174863248 1 1.215228426 1.215228426 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 1 1 0.000173903 1 4.77E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 15 42005485 C T MGA ENST00000219905 r.3402c>u c.3221C>T p.P1074L missense 31 0 0 40 0 0 17 1 5.9 67 11 16.4 48 16 33.3 313 0 0 486 39 8 227 0 0 697 61 8.8 560 176 31.4 FALSE TRUE 2 2 1 3 1 1 1 2 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0.634408602 0.634408602 1 2.639418803 2.639418803 1 2.02335533 1.011677665 2 0.761904762 0.761904762 1 0 0 1 1.416273504 1.416273504 1 1.907908629 0.953954315 2 NA 14 1 1 1 1.26E-33 0.081683532 1 4.85E-14 6.8E-54 2.96E-25 1.38E-256 YES 0_1 0_0 1_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b 15 42880904 G A STARD9 ENST00000290607 r.? - - intronic 42 0 0 30 0 0 23 0 0 58 7 12.1 62 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 1 3 1 1 1 2 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 1.947376068 1.947376068 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1.88E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 15 43589570 G C TGM7 CCDS32213.1 r.? - - intronic 26 0 0 32 3 9.4 23 2 8.7 25 5 20 39 9 23.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 1 3 1 1 1 2 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.895238095 0.895238095 1 0.935483871 0.935483871 1 3.218803419 3.218803419 1 1.403588832 1.403588832 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000556213 1 0.00589844 1 0.000000153 1 3.62E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 15 44657745 A C CASC4 CCDS10108.1 r.? - - intronic 26 0 0 28 0 0 20 0 0 47 5 10.6 48 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 1 3 1 1 1 2 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.705965812 1.705965812 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000402 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 15 47125477 T C - - - - - - 24 0 0 16 0 0 16 0 0 63 8 12.7 29 1 3.4 2 0 0 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 1 3 1 1 1 2 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 2.043940171 2.043940171 1 0.206588832 0.206588832 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1.18E-09 1 0.135292269 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 15 47444637 T C - - - - - - 33 0 0 31 1 3.2 26 0 0 80 6 7.5 58 8 13.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 1 3 1 1 1 2 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.304761905 NA 0 0 0 1 1.207051282 1.207051282 1 0.838507614 0.838507614 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.143917729 1 1 1 0.00000342 1 5.99E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 15 47945103 C A - - - - - - 33 0 0 33 2 6.1 16 2 12.5 71 12 16.9 71 24 33.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 1 3 1 1 1 2 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.580952381 0.580952381 1 1.344086022 1.344086022 1 2.719888889 2.719888889 1 2.053736041 1.02686802 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.011909843 1 0.002863359 1 2.38E-15 1 2.52E-37 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 15 49575491 T C GALK2 CCDS32236.1 r.? - - intronic 28 0 0 33 0 0 18 0 0 79 5 6.3 60 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 1 3 1 1 1 2 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.013923077 1.013923077 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000518 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 15 49744086 C T FGF7 CCDS10131.1 r.? - - intronic 36 0 0 30 3 10 9 2 22.2 70 8 11.4 49 14 28.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 1 3 1 1 1 2 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.952380952 0.952380952 1 2.387096774 2.387096774 1 1.834717949 1.834717949 1 1.73777665 0.868888325 2 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000458697 1 0.000879235 1 2.8E-09 1 3.5E-21 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 15 51829839 G A DMXL2 CCDS10141.1 r.1670c>u c.1463C>T p.T488M missense 26 0 0 31 2 6.5 16 0 0 61 6 9.8 47 10 21.3 660 2 0.3 841 69 8.2 335 14 4.2 1065 51 4.8 933 158 16.9 TRUE TRUE 2 2 1 3 1 1 1 2 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.619047619 0.619047619 1 0 0 1 1.577213675 1.577213675 1 1.294218274 1.294218274 1 0.780952381 0.780952381 1 0.451612903 0.451612903 1 0.772512821 0.772512821 1 1.02686802 1.02686802 1 8 9 1 0.842103181 0.010558179 8.03E-59 1 2.67E-09 0.000000685 1.45E-32 4.27E-14 4.03E-183 YES 1_1 0_1 1_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b 15 54708265 G C UNC13C CCDS45264.1 r.? - - intronic 32 0 0 18 1 5.6 21 3 14.3 65 4 6.2 57 12 21.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 1 3 1 1 1 2 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.533333333 NA 0 1.537634409 1.537634409 1 0.99782906 0.99782906 1 1.28206599 1.28206599 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.086275114 1 0.000155401 1 0.000331785 1 1.4E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 15 55405680 T C - - - - - - 37 0 0 32 2 6.2 23 0 0 36 5 13.9 67 10 14.9 1 0 0 1 1 100 0 0 NA 0 0 NA 2 1 50 TRUE FALSE 2 2 1 3 1 1 1 2 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.59047619 0.59047619 1 0 0 1 2.237068376 2.237068376 1 0.905345178 0.905345178 1 9.523809524 9.523809524 1 NA NA 0 NA NA 0 3.038071066 3.038071066 1 8 NA 1 1 0.011224977 0.005 1 1 0.00000104 1 1.87E-12 0.009975 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 15 57494720 G A TCF12 CCDS10159.1 r.? - - intronic 25 0 0 33 0 0 13 0 0 32 4 12.5 52 9 17.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 1 3 1 1 1 2 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 2.011752137 2.011752137 1 1.051172589 1.051172589 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000201 1 5.92E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 15 58887993 G T ADAM10 CCDS10167.1 r.4444c>a c.? p.? 3'UTR variant 37 0 0 32 0 0 22 0 0 52 4 7.7 62 0 0 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 1 3 1 1 1 2 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.239239316 1.239239316 1 0 0 1 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.000139698 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 15 59453719 C T MYO1E CCDS32254.1 r.? - - intronic 31 0 0 21 1 4.8 14 0 0 32 8 25 46 15 32.6 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 1 3 1 1 1 2 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.457142857 0.457142857 1 0 0 1 4.023504274 4.023504274 1 1.980822335 0.990411168 2 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.099912572 1 1 1 3.69E-12 1 1.35E-23 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 15 59552029 C T MYO1E CCDS32254.1 r.? - - intronic 31 0 0 31 2 6.5 17 2 11.8 58 5 8.6 50 18 36 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 1 3 1 1 1 2 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.619047619 0.619047619 1 1.268817204 1.268817204 1 1.38408547 1.38408547 1 2.187411168 1.093705584 2 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.010558179 1 0.003234386 1 0.0000115 1 5.92E-29 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 15 60470304 T A - - - - - - 38 0 0 42 0 0 12 0 0 66 5 7.6 44 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 1 3 1 1 1 2 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.223145299 1.223145299 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000217 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 15 61987296 A T - - - - - - 35 0 0 37 0 0 18 0 0 81 5 6.2 46 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 1 3 1 1 1 2 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.99782906 0.99782906 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000584 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 15 64260994 A C DAPK2 CCDS10188.1 r.? - - intronic 34 0 0 31 0 0 20 0 0 49 4 8.2 49 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 1 3 1 1 1 2 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.319709402 1.319709402 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.000110643 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 15 65289154 G T MTFMT CCDS45280.1 r.? - - downstream 26 0 0 38 0 0 23 0 0 68 5 7.4 56 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 1 3 1 1 1 2 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.190957265 1.190957265 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000251 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 15 66904659 C G - - - - - - 30 0 0 33 0 0 12 0 0 31 3 9.7 43 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 1 3 1 1 1 2 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.561119658 1.561119658 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.000505952 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 15 67902200 C T MAP2K5 CCDS10224.1 r.? - - intronic 17 0 0 37 0 0 30 0 0 59 5 8.5 75 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 1 5 1 1 1 4 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.367991453 1.367991453 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000125 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 15 83714918 C T BTBD1 CCDS10322.1 r.? - - intronic 29 0 0 26 2 7.7 28 3 10.7 62 8 12.9 56 20 35.7 0 0 NA 0 0 NA 1 1 100 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 1 3 1 1 1 2 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.733333333 0.733333333 1 1.150537634 1.150537634 1 2.076128205 2.076128205 1 2.169182741 1.084591371 2 NA NA 1 10.75268817 10.75268817 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.007502227 1 0.000372895 0.005 1.04E-09 1 6.31E-32 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 15 86026674 G C AKAP13 CCDS32320.1 r.? - - intronic 38 0 0 41 1 2.4 17 1 5.9 33 4 12.1 47 15 31.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 TRUE FALSE 2 2 1 3 1 1 1 2 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.228571429 0.228571429 1 0.634408602 0.634408602 1 1.947376068 1.947376068 1 1.93828934 0.96914467 2 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 0 0 1 8 NA 1 1 0.18577148 1 0.081683532 1 0.0000228 1 1.97E-23 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 15 87030250 G A AGBL1 ENST00000421325 r.? - - intronic 27 0 0 21 0 0 24 0 0 73 5 6.8 59 13 22 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 1 3 1 1 1 2 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.094393162 1.094393162 1 1.336751269 1.336751269 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000354 1 3.99E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 15 90309349 C A - - - - - - 24 0 0 29 0 0 13 0 0 8 4 50 51 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 1 4 1 1 1 2 1 1 0 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 8.047008547 8.047008547 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 1 1 4.31E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 15 93935893 C T - - - - - - 39 0 0 32 0 0 42 0 0 79 7 8.9 64 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 7 11 4.73081142 3 5 8 3 1 2 3 1 1 1 1 0.26918858 NA NA NA 4 NA NA NA 1 NA NA NA 0.73081142 0 0 1 0 0 1 2.322367521 1.161183761 2 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.000000165 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 15 94480035 G A - - - - - - 35 0 0 49 0 0 19 0 0 68 8 11.8 84 0 0 0 0 NA 0 0 NA 3 0 0 1 0 0 0 0 NA FALSE FALSE 4 7 11 4.73081142 3 5 8 3 1 2 3 1 1 1 1 0.26918858 NA NA NA 4 NA NA NA 1 NA NA NA 0.73081142 0 NA 0 0 0 1 3.079094017 1.026364672 3 0 0 1 NA NA 0 0 NA 0 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 2.21E-09 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 15 98314881 C A AC027708.1 ENST00000503768 r.? - - intronic 39 0 0 77 2 2.6 29 1 3.4 90 6 6.7 113 9 8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 11 7 11 10 8 5 8 7 3 2 3 3 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.481619048 0.481619048 1 0.535591398 NA 0 1.748299145 1.748299145 1 1.046091371 1.046091371 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.057170369 1 0.135292269 1 0.00000679 1 7.3E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 15 99373471 G C IGF1R CCDS10378.1 r.? - - intronic 28 0 0 83 2 2.4 36 1 2.8 101 9 8.9 163 16 9.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 17 14 7 13 14 11 7 10 3 3 0 3 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.588571429 0.588571429 1 0.637075269 0.637075269 1 1.966367521 0.983183761 2 1.575461929 0.787730964 2 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.065215002 1 0.165106833 1 2.7E-09 1 4.23E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 15 101215093 G A - - - - - - 24 0 0 79 5 6.3 36 0 0 84 7 8.3 117 15 12.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 17 14 7 13 14 11 7 10 3 3 0 3 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.545 1.545 1 0 0 1 1.833803419 1.833803419 1 2.057746193 1.028873096 2 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.0000518 1 1 1 0.000000253 1 5.97E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 15 102299908 C T ENSG00000237157 ENST00000413770 r.? - - downstream 82 0 0 280 0 0 118 0 0 63 8 12.7 477 2 0.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 17 14 7 13 14 11 7 10 3 3 0 3 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 2.805940171 0.93531339 3 0.064304569 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1.18E-09 1 0.689040997 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 15 102299916 C A ENSG00000237157 ENST00000413770 r.? - - downstream 79 0 0 275 1 0.4 118 1 0.8 63 10 15.9 478 1 0.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 17 14 7 13 14 11 7 10 3 3 0 3 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.098095238 0.098095238 1 0.182021505 0.182021505 1 3.512948718 0.878237179 4 0.032152284 0.032152284 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 0.748030946 1 0.446492477 1 9.81E-13 1 0.908917992 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 6511184 G T - - - - - - 39 0 0 34 0 0 19 0 0 74 5 6.8 33 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 2.511005044 2 2 2 0 2 0 0 0 0 1 1 -1.511005044 1 NA NA 1 NA NA NA 0 NA NA NA 2.511005044 NA 0 0 1 0 0 1 1.197141505 1.197141505 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000378 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 12068883 G C RUNDC2A CCDS10553.1 r.? - - upstream 18 0 0 25 0 0 12 1 8.3 23 5 21.7 40 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 18.07447563 2 2 2 13 2 0 0 0 0 1 1 -4.074475632 1 NA NA 14 NA NA NA 0 NA NA NA 5.074475632 NA 0 0 1 0.892473118 0.892473118 1 7.197562922 1.017398786 7.074475632 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 1 1 0.058377193 1 9.75E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 12428993 C A SNX29 CCDS45416.1 r.? - - intronic 31 0 0 26 0 0 16 0 0 98 9 9.2 38 0 0 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 18.07447563 2 2 2 13 2 0 0 0 0 1 1 -4.074475632 1 NA NA 14 NA NA NA 0 NA NA NA 5.074475632 NA 0 0 1 0 0 1 3.051501331 1.01716711 3 0 0 1 NA NA 0 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 1 1 1 1 2.06E-09 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 67278596 C A - - - - - - 28 1 3.6 44 3 6.8 34 1 2.9 107 34 31.8 69 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 5 22 4.335653924 4 4 19 3 1 1 3 1 1 1 1 0.664346076 NA NA NA 4 NA NA NA 1 NA NA NA 0.335653924 0.851619048 0.851619048 1 0.398827957 0.398827957 1 11.79589744 0.982991453 12 0 NA 0 0 NA 0 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0.130947004 1 0.00142027 1 0.156694864 1 3.79E-51 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 16961183 G A - - - - - - 28 0 0 29 0 0 19 0 0 83 14 16.9 43 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 12 2 2 2 12 2 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 4.578888889 0.915777778 5 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 1 1 1 1 1.17E-17 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 17579712 C G - - - - - - 24 0 0 26 0 0 12 0 0 68 6 8.8 26 0 0 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 12 2 2 2 12 2 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 2.384273504 1.192136752 2 0 0 1 NA NA 0 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000131 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 17708622 G A - - - - - - 40 0 0 28 0 0 25 0 0 104 7 6.7 47 0 0 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 12 2 2 2 12 2 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.815299145 1.815299145 1 0 0 1 NA NA 0 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000109 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 17719882 G C - - - - - - 33 0 0 29 0 0 14 0 0 105 8 7.6 29 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 TRUE FALSE 2 2 12 2 2 2 12 2 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 2.059145299 1.02957265 2 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 0 NA 0 3 NA 1 1 1 1 1 1 7.08E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 18663236 G C - - - - - - 6 0 0 11 1 9.1 5 1 20 30 5 16.7 18 2 11.1 4 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 12 2 2 2 12 2 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.866666667 0.866666667 1 2.150537634 2.150537634 1 4.524700855 0.904940171 5 0.563451777 0.563451777 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.05364542 1 0.024751247 1 0.000000401 1 0.003626632 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 19271005 T A SYT17 CCDS10575.1 r.? - - intronic 34 0 0 35 0 0 11 0 0 107 5 4.7 42 1 2.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 12 2 2 2 12 2 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.273418803 1.273418803 1 0.121827411 0.121827411 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.000217575 1 0.189842622 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 19760172 C T IQCK CCDS10580.1 r.? - - intronic 40 0 0 35 0 0 20 1 5 110 45 40.9 54 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 12 2 2 2 12 2 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0.537634409 0.537634409 1 11.08145299 1.007404817 11 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 1 1 0.09538952 1 3.33E-73 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 20076333 C G GPR139 CCDS32398.1 r.? - - intronic 36 0 0 44 0 0 19 0 0 101 6 5.9 52 0 0 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 12 2 2 2 12 2 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.598547009 1.598547009 1 0 0 1 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000132 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 20076352 C G GPR139 CCDS32398.1 r.? - - intronic 33 0 0 37 0 0 18 0 0 103 8 7.8 51 0 0 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 12 2 2 2 12 2 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 2.113333333 1.056666667 2 0 0 1 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 1 1 1 1 6.09E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 20523998 C T - - - - - - 35 0 0 38 0 0 15 0 0 84 10 11.9 45 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 TRUE FALSE 2 2 12 2 2 2 12 2 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 3.224188034 1.074729345 3 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 0 NA 0 3 NA 1 1 1 1 1 1 1.93E-11 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 20547396 C G ACSM2B CCDS10586.1 r.? - - downstream 19 0 0 34 0 0 19 0 0 82 11 13.4 45 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 12 2 2 2 12 2 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 3.630598291 0.907649573 4 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 1 1 1 1 4.94E-13 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 20547427 C A ACSM2B CCDS10586.1 r.? - - downstream 16 0 0 27 0 0 19 0 0 74 10 13.5 47 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 12 2 2 2 12 2 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 3.657692308 0.914423077 4 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 1 1 1 1 5.24E-12 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 20547705 C T ACSM2B CCDS10586.1 r.2762g>a c.? p.? 3'UTR variant 23 0 0 33 0 0 20 0 0 83 7 8.4 52 0 0 2 0 0 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 2 0 0 FALSE FALSE 2 2 12 2 2 2 12 2 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 2.275897436 1.137948718 2 0 0 1 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000000233 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 20548010 C A ACSM2B CCDS10586.1 r.2457g>u c.? p.? 3'UTR variant 25 0 0 40 0 0 25 0 0 92 5 5.4 49 0 0 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 TRUE FALSE 2 2 12 2 2 2 12 2 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.463076923 1.463076923 1 0 0 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 1 0 NA 0 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.000107074 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 20551595 C T ACSM2B CCDS10586.1 r.? - - intronic 24 0 0 30 0 0 15 0 0 64 9 14.1 32 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 12 2 2 2 12 2 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 3.82025641 0.955064103 4 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 1 1 1 1 4.2E-11 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 21703672 C G OTOA CCDS10600.2 r.? - - intronic 29 0 0 32 0 0 19 0 0 38 4 10.5 37 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 2 2 4 2 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 2.004871795 2.004871795 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000403 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 22883309 G C HS3ST2 CCDS10606.1 r.? - - intronic 29 0 0 28 1 3.6 11 0 0 68 9 13.2 41 7 17.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 4 2 2 2 4 2 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.342857143 NA 0 0 0 1 2.520410256 0.840136752 3 0.868020305 0.868020305 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.130947004 1 1 1 7.38E-11 1 1.51E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 23189439 G T SCNN1G CCDS10608.1 r.? - - upstream 21 0 0 36 0 0 18 0 0 98 14 14.3 36 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 12.70056709 2 2 2 9 2 0 0 0 0 1 1 -2.700567095 1 NA NA 10 NA NA NA 0 NA NA NA 3.700567095 NA 0 0 1 0 0 1 3.974625539 0.993656385 4 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 1 1 1.34E-16 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 23511333 C A GGA2 CCDS10611.1 r.? - - intronic 25 0 0 26 0 0 15 0 0 27 5 18.5 35 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 12.70056709 2 2 2 9 2 0 0 0 0 1 1 -2.700567095 1 NA NA 10 NA NA NA 0 NA NA NA 3.700567095 NA 0 0 1 0 0 1 5.141998075 1.028399615 5 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000023 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 25685135 G C - - - - - - 31 0 0 46 0 0 23 0 0 69 4 5.8 85 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 1 100 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 7 5 2 2 4 3 0 0 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.281452991 1.281452991 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 22.09401709 5.523504274 4 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.000416985 0.005 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 28911199 C G ATP2A1 CCDS42139.1 r.? - - intronic 27 0 0 44 0 0 17 0 0 29 3 10.3 70 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 3 4.243070489 2 2 3 3 0 0 0 1 1 1 1 0.756929511 NA NA NA 3 NA NA NA 2 NA NA NA 0.243070489 0 0 1 0 0 1 1.863683761 1.863683761 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.000414371 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 30138239 G A MAPK3 CCDS42149.1 r.? - - upstream 28 0 0 52 4 7.7 24 2 8.3 65 7 10.8 81 7 8.6 0 0 NA 0 0 NA 3 2 66.7 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 3 4.243070489 2 2 3 3 0 0 0 1 1 1 1 0.756929511 NA NA NA 3 NA NA NA 2 NA NA NA 0.243070489 0.733333333 0.733333333 1 0.892473118 0.892473118 1 1.954153846 1.954153846 1 0.629452285 0.629452285 1 NA NA 0 7.172043011 3.586021505 2 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000139698 1 0.006413403 0.0000748 4.22E-08 1 0.000000197 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 30745724 C T SRCAP CCDS10689.2 r.? - - intronic 42 0 0 59 2 3.4 40 2 5 70 7 10 95 10 10.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 3 4.243070489 2 2 3 3 0 0 0 1 1 1 1 0.756929511 NA NA NA 3 NA NA NA 2 NA NA NA 0.243070489 0.323809524 0.323809524 1 0.537634409 0.537634409 1 1.809401709 1.809401709 1 0.768517325 0.768517325 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.035441897 1 0.017193422 1 7.11E-08 1 6.7E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 33770036 A G - - - - - - 43 0 0 50 3 6 31 2 6.5 95 6 6.3 76 18 23.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4.612074137 3 4.243070489 2 2 3 3 2 2 0 1 1 0.387925863 1 0.756929511 NA 3 NA 3 NA 2 NA 2 NA 0.612074137 NA 0.243070489 0.691428571 0.691428571 1 0.86870955 0.86870955 1 1.139923077 1.139923077 1 1.734653391 0.987320994 1.756929511 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.002055544 1 0.010558179 1 0.00000928 1 3.63E-25 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 34805228 G T - - - - - - 28 0 0 41 3 7.3 22 3 13.6 68 7 10.3 53 5 9.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4.612074137 2 4.243070489 2 2 1 3 2 2 1 1 1 0.387925863 1 0.756929511 NA 3 NA 3 NA 2 NA 2 NA 0.612074137 NA 0.243070489 0.841238095 0.841238095 1 1.817607674 1.817607674 1 1.760683761 1.760683761 1 0.688005986 0.688005986 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.001155993 1 0.000179267 1 0.000000058 1 0.00000734 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 35061916 C G - - - - - - 33 0 0 45 0 0 21 0 0 64 4 6.2 73 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4.612074137 2 4.243070489 2 2 1 3 2 2 1 1 1 0.387925863 1 0.756929511 NA 3 NA 3 NA 2 NA 2 NA 0.612074137 NA 0.243070489 0 0 1 0 0 1 1.05982906 1.05982906 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000312605 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 49603881 A T ZNF423 CCDS32445.1 r.? - - intronic 29 0 0 36 0 0 30 3 10 77 4 5.2 47 8 17 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4.612074137 2 4.243070489 2 2 1 3 2 2 1 1 1 0.387925863 1 0.756929511 NA 3 NA 3 NA 2 NA 2 NA 0.612074137 NA 0.243070489 0 0 1 1.336476231 1.336476231 1 0.888888889 0.888888889 1 1.244266146 1.244266146 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 1 1 0.000458697 1 0.000632383 1 1.03E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 51373318 C T - - - - - - 25 0 0 44 5 11.4 19 3 15.8 49 5 10.2 62 14 22.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4.612074137 2 4.243070489 2 2 1 3 2 2 1 1 1 0.387925863 1 0.756929511 NA 3 NA 3 NA 2 NA 2 NA 0.612074137 NA 0.243070489 1.313714286 1.313714286 1 2.111632445 2.111632445 1 1.743589744 1.743589744 1 1.654142052 0.941495969 1.756929511 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.00000288 1 0.000114071 1 0.00000496 1 1.42E-19 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 52344745 G T - - - - - - 33 0 0 41 3 7.3 19 1 5.3 78 6 7.7 47 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4.612074137 2 4.243070489 2 2 1 3 2 2 1 1 1 0.387925863 1 0.756929511 NA 3 NA 3 NA 2 NA 2 NA 0.612074137 NA 0.243070489 0.841238095 0.841238095 1 0.708332402 0.708332402 1 1.316239316 1.316239316 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 7 NA 1 1 0.001155993 1 0.090843738 1 0.00000295 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 56077241 G A - - - - - - 41 0 0 25 0 0 24 0 0 69 7 10.1 63 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4.612074137 2 4.243070489 2 2 1 3 2 2 1 1 1 0.387925863 1 0.756929511 NA 3 NA 3 NA 2 NA 2 NA 0.612074137 NA 0.243070489 0 0 1 0 0 1 1.726495726 1.726495726 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 1 1 6.43E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 59807461 C G - - - - - - 35 0 0 36 3 8.3 20 0 0 74 5 6.8 51 9 17.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4.612074137 2 4.243070489 2 2 1 3 2 2 1 1 1 0.387925863 1 0.756929511 NA 3 NA 3 NA 2 NA 2 NA 0.612074137 NA 0.243070489 0.95647619 0.95647619 1 0 0 1 1.162393162 1.162393162 1 1.288181421 1.288181421 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000788827 1 1 1 0.0000378 1 4.92E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 60780698 G A - - - - - - 31 0 0 31 4 12.9 32 0 0 69 5 7.2 60 4 6.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4.612074137 2 4.243070489 2 2 1 3 2 2 1 1 1 0.387925863 1 0.756929511 NA 3 NA 3 NA 2 NA 2 NA 0.612074137 NA 0.243070489 1.486571429 1.486571429 1 0 0 1 1.230769231 1.230769231 1 0.490387246 0.490387246 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.0000177 1 1 1 0.0000269 1 0.000243755 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 60944849 G C - - - - - - 33 0 0 32 3 9.4 32 2 6.2 72 5 6.9 76 7 9.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4.612074137 2 4.243070489 2 2 1 3 2 2 1 1 1 0.387925863 1 0.756929511 NA 3 NA 3 NA 2 NA 2 NA 0.612074137 NA 0.243070489 1.083238095 1.083238095 1 0.828615263 0.828615263 1 1.179487179 1.179487179 1 0.673367561 0.673367561 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000556213 1 0.011224977 1 0.0000331 1 0.000000126 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 61498745 G C - - - - - - 25 0 0 47 0 0 35 0 0 65 4 6.2 61 0 0 207 0 0 492 0 0 166 0 0 501 18 3.6 437 0 0 TRUE TRUE 4 4.612074137 2 4.243070489 2 2 1 3 2 2 1 1 1 0.387925863 1 0.756929511 NA 3 NA 3 NA 2 NA 2 NA 0.612074137 NA 0.243070489 0 0 1 0 0 1 1.05982906 1.05982906 1 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.615384615 0.615384615 1 0 0 1 3 1 1 1 1 1 1 1 0.000331785 1.76E-10 1 1 YES 0_0 0_0 1_1 0_0 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b 16 61532643 G A - - - - - - 31 0 0 41 4 9.8 15 1 6.7 62 5 8.1 69 6 8.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4.612074137 2 4.243070489 2 2 1 3 2 2 1 1 1 0.387925863 1 0.756929511 NA 3 NA 3 NA 2 NA 2 NA 0.612074137 NA 0.243070489 1.129333333 1.129333333 1 0.895439075 0.895439075 1 1.384615385 1.384615385 1 0.636771498 0.636771498 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.0000546 1 0.072431031 1 0.000016 1 0.00000143 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 61768114 A T CDH8 CCDS10802.1 r.? - - intronic 25 0 0 45 3 6.7 23 0 0 82 5 6.1 67 3 4.5 2 0 0 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4.612074137 2 4.243070489 2 2 1 3 2 2 1 1 1 0.387925863 1 0.756929511 NA 3 NA 3 NA 2 NA 2 NA 0.612074137 NA 0.243070489 0.772095238 0.772095238 1 0 0 1 1.042735043 1.042735043 1 0.329364568 1.355016684 0.243070489 NA NA 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.001516071 1 1 1 0.0000619 1 0.004717431 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 62401039 G C - - - - - - 37 0 0 43 0 0 31 0 0 66 4 6.1 64 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4.612074137 2 4.243070489 2 2 1 3 2 2 1 1 1 0.387925863 1 0.756929511 NA 3 NA 3 NA 2 NA 2 NA 0.612074137 NA 0.243070489 0 0 1 0 0 1 1.042735043 1.042735043 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.000351793 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 68213088 C T NFATC3 CCDS10862.1 r.? - - intronic 33 0 0 51 2 3.9 28 0 0 73 6 8.2 66 8 12.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4.612074137 2 4.243070489 2 2 1 3 2 2 1 1 1 0.387925863 1 0.756929511 NA 3 NA 3 NA 2 NA 2 NA 0.612074137 NA 0.243070489 0.449428571 0.449428571 1 0 0 1 1.401709402 1.401709402 1 0.885624727 0.885624727 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.027109304 1 1 1 0.000002 1 1.73E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 72872988 C T ZFHX3 CCDS10908.1 r.? - - intronic 23 0 0 38 5 13.2 25 3 12 74 12 16.2 70 11 15.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4.612074137 2 4.243070489 2 2 1 3 2 2 1 1 1 0.387925863 1 0.756929511 NA 3 NA 3 NA 2 NA 2 NA 0.612074137 NA 0.243070489 1.521142857 1.521142857 1 1.603771477 1.603771477 1 2.769230769 2.769230769 1 1.149116381 1.149116381 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.00000137 1 0.00026475 1 4.02E-15 1 8.06E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 73219154 C T - - - - - - 36 0 0 36 6 16.7 18 3 16.7 79 7 8.9 79 10 12.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4.612074137 2 4.243070489 2 2 1 3 2 2 1 1 1 0.387925863 1 0.756929511 NA 3 NA 3 NA 2 NA 2 NA 0.612074137 NA 0.243070489 1.92447619 1.92447619 1 2.231915306 2.231915306 1 1.521367521 1.521367521 1 0.929540003 0.929540003 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 2.68E-08 1 0.0000964 1 0.000000165 1 1.03E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 73964636 G A - - - - - - 43 0 0 44 4 9.1 29 3 10.3 78 6 7.7 56 9 16.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 2 0 0 TRUE FALSE 4 4.612074137 2 4.243070489 2 2 1 3 2 2 1 1 1 0.387925863 1 0.756929511 NA 3 NA 3 NA 2 NA 2 NA 0.612074137 NA 0.243070489 1.048666667 1.048666667 1 1.376570518 1.376570518 1 1.316239316 1.316239316 1 1.178393232 1.178393232 1 NA NA 1 NA NA 1 0 NA 0 0 0 1 8 NA 1 1 0.0000723 1 0.000414371 1 0.00000295 1 1.2E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 74637943 C G GLG1 CCDS45527.1 r.? - - intronic 30 0 0 34 4 11.8 24 3 12.5 47 3 6.4 62 14 22.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 3 3 100 TRUE FALSE 4 4.612074137 2 4.243070489 2 2 1 3 2 2 1 1 1 0.387925863 1 0.756929511 NA 3 NA 3 NA 2 NA 2 NA 0.612074137 NA 0.243070489 1.359809524 1.359809524 1 1.670595289 1.670595289 1 1.094017094 1.094017094 1 1.654142052 0.941495969 1.756929511 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 7.319212621 2.43973754 3 8 NA 1 1 0.0000257 1 0.000233853 1 0.001719595 1 1.42E-19 0.000000125 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 77217174 T A - - - - - - 42 0 0 37 1 2.7 20 0 0 66 5 7.6 62 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4.612074137 2 4.243070489 2 2 1 3 2 2 1 1 1 0.387925863 1 0.756929511 NA 3 NA 3 NA 2 NA 2 NA 0.612074137 NA 0.243070489 0.311142857 0.311142857 1 0 0 1 1.299145299 1.299145299 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 0.169281299 1 1 1 0.0000217 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 79909124 C T - - - - - - 37 0 0 26 2 7.7 18 1 5.6 57 5 8.8 59 5 8.5 1 0 0 2 2 100 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4.612074137 2 4.243070489 2 2 1 3 2 2 1 1 1 0.387925863 1 0.756929511 NA 3 NA 3 NA 2 NA 2 NA 0.612074137 NA 0.243070489 0.887333333 0.887333333 1 0.748426689 0.748426689 1 1.504273504 1.504273504 1 0.622133073 0.622133073 1 11.52380952 5.761904762 2 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.007502227 0.000025 0.086275114 1 0.0000105 1 0.0000125 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 79957130 C G - - - - - - 28 0 0 32 3 9.4 29 3 10.3 81 7 8.6 76 10 13.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4.612074137 2 4.243070489 2 2 1 3 2 2 1 1 1 0.387925863 1 0.756929511 NA 3 NA 3 NA 2 NA 2 NA 0.612074137 NA 0.243070489 1.083238095 1.083238095 1 1.376570518 1.376570518 1 1.47008547 1.47008547 1 0.966136066 0.966136066 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000556213 1 0.000414371 1 0.000000197 1 6.9E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 83396211 A T CDH13 ENST00000268613 r.? - - intronic 34 0 0 41 0 0 17 0 0 90 8 8.9 52 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4.612074137 2 4.243070489 2 2 1 3 2 2 1 1 1 0.387925863 1 0.756929511 NA 3 NA 3 NA 2 NA 2 NA 0.612074137 NA 0.243070489 0 0 1 0 0 1 1.521367521 1.521367521 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.000000021 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 89521059 C T ANKRD11 CCDS32513.1 r.? - - intronic 34 0 0 43 0 0 38 0 0 33 4 12.1 88 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4.612074137 2 4.243070489 2 2 1 3 2 2 1 1 1 0.387925863 1 0.756929511 NA 3 NA 3 NA 2 NA 2 NA 0.612074137 NA 0.243070489 0 0 1 0 0 1 2.068376068 2.068376068 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000228 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 17 1562948 T C PRPF8 CCDS11010.1 r.? - - intronic 30 0 0 30 0 0 17 0 0 50 6 12 46 9 19.6 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3.076300547 3 4 4 0 3 0 0 0 0 1 1 -2.076300547 1 NA NA 1 NA NA NA 0 NA NA NA 3.076300547 NA 0 0 1 0 0 1 2.180438117 0.708785791 3.076300547 1.190923858 1.190923858 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 2 NA 1 1 1 1 1 1 0.000000206 1 1.82E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 153646230 A C NPR1 CCDS1051.1 r.? - - upstream 28 1 3.6 52 9 17.3 27 2 7.4 58 7 12.1 65 19 29.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5.461463207 6 2 4.537402221 4 5 2 3 1 1 0 1 0.538536793 1 1 0.462597779 5 NA NA 4 1 NA NA 1 0.461463207 NA NA 0.537402221 2.246452182 0.912649101 2.461463207 1.091698925 1.091698925 1 2.068376068 1.034188034 2 2.223154951 1.111577476 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 0.130947004 1 5.92E-12 1 0.00807567 1 1.88E-08 1 1.89E-28 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 17 11236567 A G SHISA6 CCDS45615.1 r.? - - intronic 26 0 0 28 0 0 23 0 0 54 4 7.4 35 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2.253441505 2 3.076300547 1.676536531 2 2 0 1 0 0 0 0 0.746558495 1 -2.076300547 0.323463469 3 NA 1 2 0 NA 0 0 0.253441505 NA 3.076300547 0.676536531 0 0 1 0 0 1 1.344603505 1.344603505 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.000161898 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 17 12874877 G A ENSG00000006740 CCDS45616.1 r.? - - intronic 30 0 0 43 2 4.7 38 2 5.3 81 5 6.2 66 8 12.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 7 7 7 7 7 7 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.682619048 0.682619048 1 0.834892473 0.834892473 1 1.36982906 1.36982906 1 1.219213198 1.219213198 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.019709573 1 0.015598339 1 0.0000584 1 1.73E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 17 13416131 C G HS3ST3A1 CCDS11165.1 r.? - - intronic 28 0 0 51 0 0 21 0 0 65 4 6.2 72 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 7 7 7 7 7 7 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.36982906 1.36982906 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.000331785 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 17 14368211 A T - - - - - - 26 0 0 60 0 0 30 0 0 70 4 5.7 75 0 0 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 7 7 7 7 7 7 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.259358974 1.259358974 1 0 0 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.000440508 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 17 14472514 T A - - - - - - 29 0 0 53 1 1.9 25 0 0 76 4 5.3 70 1 1.4 1 0 0 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 7 7 7 7 7 7 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.275952381 0.275952381 1 0 0 1 1.170982906 1.170982906 1 0.14106599 0.14106599 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.233303855 1 1 1 0.00060191 1 0.295930304 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 17 15778032 G A - - - - - - 29 0 0 65 6 9.2 30 3 10 99 7 7.1 147 18 12.2 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 7 7 7 7 7 7 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.336190476 1.336190476 1 1.575268817 1.575268817 1 1.568675214 1.568675214 1 1.22928934 1.22928934 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000001 1 0.000458697 1 0.000000778 1 1.12E-19 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 17 31069473 C T MYO1D CCDS32615.1 r.? - - intronic 32 0 0 44 0 0 20 0 0 86 12 14 45 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 5.201412077 3.652405047 4 4 3 3 0 0 0 0 1 1 -1.201412077 0.347594953 NA NA 4 4 NA NA 0 0 NA NA 2.201412077 0.652405047 0 0 1 0 0 1 2.841360084 0.947120028 3 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 2.65E-14 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 17 31632264 C T ACCN1 CCDS42296.1 r.? - - intronic 31 0 0 46 0 0 31 0 0 69 5 7.2 54 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 5.201412077 3.652405047 4 4 3 3 0 0 0 0 1 1 -1.201412077 0.347594953 NA NA 4 4 NA NA 0 0 NA NA 2.201412077 0.652405047 0 0 1 0 0 1 1.4612709 1.4612709 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000269 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 17 33906913 T G PEX12 CCDS11296.1 r.? - - upstream 38 0 0 44 0 0 31 0 0 70 6 8.6 49 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 5.201412077 3.652405047 4 4 3 3 0 0 0 0 1 1 -1.201412077 0.347594953 NA NA 4 4 NA NA 0 0 NA NA 2.201412077 0.652405047 0 0 1 0 0 1 1.745406909 1.745406909 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000156 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 17 34902250 T G GGNBP2 CCDS11314.1 r.? - - intronic 46 0 0 36 0 0 24 0 0 90 6 6.7 80 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 5.201412077 3.652405047 4 4 3 3 0 0 0 0 1 1 -1.201412077 0.347594953 NA NA 4 4 NA NA 0 0 NA NA 2.201412077 0.652405047 0 0 1 0 0 1 1.359793754 1.359793754 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000679 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 17 44887735 T A WNT3 CCDS11505.1 r.? - - intronic 33 0 0 35 2 5.7 18 3 16.7 46 6 13 63 8 12.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 5.201412077 3.644488395 4 4 3 3 0 0 0 0 1 1 -1.201412077 0.355511605 NA NA 4 4 NA NA 0 0 NA NA 2.201412077 0.644488395 0.656857143 0.656857143 1 2.129698925 2.129698925 1 2.638405792 0.879468597 3 0.853520077 0.853520077 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.013332991 1 0.0000964 1 0.000000123 1 1.18E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 17 45079766 T A - - - - - - 28 0 0 36 0 0 25 0 0 46 4 8.7 54 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 5.201412077 3.644488395 4 4 3 3 0 0 0 0 1 1 -1.201412077 0.355511605 NA NA 4 4 NA NA 0 0 NA NA 2.201412077 0.644488395 0 0 1 0 0 1 1.765702338 1.765702338 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000862 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 17 48771513 C A ANKRD40 CCDS11572.1 r.3222g>u c.? p.? 3'UTR variant 15 0 0 21 1 4.8 9 1 11.1 24 3 12.5 19 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 5.201412077 3.644488395 4 4 3 3 0 0 0 0 1 1 -1.201412077 0.355511605 NA NA 4 4 NA NA 0 0 NA NA 2.201412077 0.644488395 0.553142857 0.553142857 1 1.415548387 1.415548387 1 2.536928646 2.536928646 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.099912572 1 0.044110422 1 0.000233853 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 17 50295495 T C - - - - - - 24 0 0 34 2 5.9 25 1 4 47 6 12.8 47 8 17 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 5.201412077 3.644488395 4 4 3 3 0 0 0 0 1 1 -1.201412077 0.355511605 NA NA 4 4 NA NA 0 0 NA NA 2.201412077 0.644488395 0.679904762 0.679904762 1 0.510107527 0.510107527 1 2.597814934 0.865938311 3 1.14250719 1.14250719 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.012612579 1 0.117779757 1 0.000000141 1 1.03E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 17 50343642 G T - - - - - - 34 0 0 39 5 12.8 15 2 13.3 65 6 9.2 60 7 11.7 1 0 0 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 2 0 0 TRUE FALSE 4 4 5.201412077 3.644488395 4 4 3 3 0 0 0 0 1 1 -1.201412077 0.355511605 NA NA 4 4 NA NA 0 0 NA NA 2.201412077 0.644488395 1.475047619 1.475047619 1 1.696107527 1.696107527 1 1.867179484 1.867179484 1 0.786313772 0.786313772 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 0 0 NA 0 8 NA 1 1 0.00000156 1 0.002513772 1 0.000001 1 2.39E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 17 50824420 T C - - - - - - 28 0 0 31 3 9.7 24 1 4.2 73 9 12.3 54 8 14.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 5.201412077 3.644488395 4 4 3 3 0 0 0 0 1 1 -1.201412077 0.355511605 NA NA 4 4 NA NA 0 0 NA NA 2.201412077 0.644488395 1.117809524 1.117809524 1 0.535612903 0.535612903 1 2.496337788 1.133971151 2.201412077 0.994653318 0.994653318 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000505952 1 0.113346489 1 1.42E-10 1 3.31E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 17 51451856 C G - - - - - - 44 0 0 57 4 7 21 0 0 79 5 6.3 61 9 14.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 5.201412077 3.644488395 4 4 3 3 0 0 0 0 1 1 -1.201412077 0.355511605 NA NA 4 4 NA NA 0 0 NA NA 2.201412077 0.644488395 0.806666667 0.806666667 1 0 0 1 1.278612038 1.278612038 1 0.994653318 0.994653318 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000199821 1 1 1 0.0000518 1 2.68E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 17 53094593 G C STXBP4 CCDS11584.2 r.? - - intronic 35 0 0 42 3 7.1 21 2 9.5 76 5 6.6 67 8 11.9 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 5.201412077 3.644488395 4 4 3 3 0 0 0 0 1 1 -1.201412077 0.355511605 NA NA 4 4 NA NA 0 0 NA NA 2.201412077 0.644488395 0.818190476 0.818190476 1 1.211505376 1.211505376 1 1.339498325 1.339498325 1 0.799755033 0.799755033 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.001240292 1 0.004928472 1 0.000043 1 1.96E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 17 54306866 C T ANKFN1 CCDS32686.1 r.? - - intronic 30 0 0 43 0 0 34 0 0 63 5 7.9 69 0 0 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 5.201412077 3.644488395 4 4 3 3 0 0 0 0 1 1 -1.201412077 0.355511605 NA NA 4 4 NA NA 0 0 NA NA 2.201412077 0.644488395 0 0 1 0 0 1 1.603338905 1.603338905 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000173 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 17 56889772 C T PPM1E CCDS11613.1 r.? - - intronic 36 0 0 39 0 0 28 0 0 39 8 20.5 66 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 5.201412077 3.644488395 4 4 3 3 0 0 0 0 1 1 -1.201412077 0.355511605 NA NA 4 4 NA NA 0 0 NA NA 2.201412077 0.644488395 0 0 1 0 0 1 4.16056298 0.990277293 4.201412077 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 3 NA 1 1 1 1 1 1 2.09E-11 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 17 57391416 G T - - - - - - 24 0 0 43 0 0 23 0 0 52 4 7.7 52 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 5.201412077 3.644488395 4 4 3 3 0 0 0 0 1 1 -1.201412077 0.355511605 NA NA 4 4 NA NA 0 0 NA NA 2.201412077 0.644488395 0 0 1 0 0 1 1.562748046 1.562748046 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.000139698 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 17 58093471 C T ENSG00000238283 ENST00000407042 r.? - - intronic 22 0 0 14 2 14.3 3 0 0 5 3 60 29 4 13.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 5.201412077 3.644488395 4 4 3 3 0 0 0 0 1 1 -1.201412077 0.355511605 NA NA 4 4 NA NA 0 0 NA NA 2.201412077 0.644488395 1.647904762 1.647904762 1 0 0 1 12.1772575 2.341144543 5.201412077 0.927447013 0.927447013 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.002185852 1 1 1 0.00000124 1 0.0000134 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 17 63146487 C A RGS9 CCDS42373.1 r.? - - intronic 33 0 0 42 0 0 19 0 0 47 4 8.5 57 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 5.201412077 3.644488395 4 4 3 3 0 0 0 0 1 1 -1.201412077 0.355511605 NA NA 4 4 NA NA 0 0 NA NA 2.201412077 0.644488395 0 0 1 0 0 1 1.72511148 1.72511148 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000939 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 17 64059177 A T CCDC46 CCDS32710.1 r.1197u>a c.978T>A p.C326* nonsense 19 0 0 33 2 6.1 20 0 0 68 6 8.8 61 13 21.3 2274 0 0 966 42 4.3 145 1 0.7 1171 95 8.1 1018 127 12.5 TRUE TRUE 4 4 5.201412077 3.644488395 4 4 3 3 0 0 0 0 1 1 -1.201412077 0.355511605 NA NA 4 4 NA NA 0 0 NA NA 2.201412077 0.644488395 0.702952381 0.702952381 1 0 0 1 1.785997767 1.785997767 1 1.431494302 1.431494302 1 0.49552381 0.49552381 1 0.089268817 0.089268817 1 1.643929763 0.821964881 2 0.840078816 0.840078816 1 8 5 1 1 0.011909843 1.67E-25 1 0.516555406 0.00000131 7.61E-80 6.41E-18 6.11E-130 YES 1_1 0_0 1_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b 17 67011479 T A ABCA9 CCDS11681.1 r.? - - intronic 32 0 0 32 0 0 17 0 0 89 6 6.7 67 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 5.201412077 3.644488395 4 4 3 3 0 0 0 0 1 1 -1.201412077 0.355511605 NA NA 4 4 NA NA 0 0 NA NA 2.201412077 0.644488395 0 0 1 0 0 1 1.359793754 1.359793754 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000637 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 17 67458643 C T MAP2K6 CCDS11686.1 r.? - - intronic 33 0 0 39 3 7.7 27 2 7.4 58 7 12.1 59 8 13.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 5.201412077 3.644488395 4 4 3 3 0 0 0 0 1 1 -1.201412077 0.355511605 NA NA 4 4 NA NA 0 0 NA NA 2.201412077 0.644488395 0.887333333 0.887333333 1 0.943698925 0.943698925 1 2.45574693 1.115532596 2.201412077 0.914005752 0.914005752 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000998458 1 0.00807567 1 1.88E-08 1 6.9E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 17 67959541 G A - - - - - - 26 0 0 32 0 0 24 0 0 59 5 8.5 58 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 5.201412077 3.644488395 4 4 3 3 0 0 0 0 1 1 -1.201412077 0.355511605 NA NA 4 4 NA NA 0 0 NA NA 2.201412077 0.644488395 0 0 1 0 0 1 1.72511148 1.72511148 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000125 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 17 68248103 C T - - - - - - 30 0 0 44 0 0 27 0 0 78 5 6.4 62 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 1 0 0 FALSE FALSE 4 4 5.201412077 3.644488395 4 4 3 3 0 0 0 0 1 1 -1.201412077 0.355511605 NA NA 4 4 NA NA 0 0 NA NA 2.201412077 0.644488395 0 0 1 0 0 1 1.298907467 1.298907467 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 0 NA 0 0 NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000487 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 17 69111835 G A - - - - - - 25 0 0 35 0 0 24 0 0 59 5 8.5 55 0 0 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 5.201412077 3.644488395 4 4 3 3 0 0 0 0 1 1 -1.201412077 0.355511605 NA NA 4 4 NA NA 0 0 NA NA 2.201412077 0.644488395 0 0 1 0 0 1 1.72511148 1.72511148 1 0 0 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000125 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 17 69666823 G A - - - - - - 28 0 0 53 0 0 24 0 0 69 6 8.7 60 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 5.201412077 3.644488395 4 4 3 3 0 0 0 0 1 1 -1.201412077 0.355511605 NA NA 4 4 NA NA 0 0 NA NA 2.201412077 0.644488395 0 0 1 0 0 1 1.765702338 1.765702338 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000143 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 17 70218578 C T - - - - - - 34 0 0 44 2 4.5 23 1 4.3 56 6 10.7 68 16 23.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 5.201412077 3.644488395 4 4 3 3 0 0 0 0 1 1 -1.201412077 0.355511605 NA NA 4 4 NA NA 0 0 NA NA 2.201412077 0.644488395 0.518571429 0.518571429 1 0.548365591 0.548365591 1 2.171610921 0.986462709 2.201412077 1.579348174 0.960388762 1.644488395 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.020580492 1 0.108890944 1 0.000000409 1 1.75E-22 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 17 70473086 G T - - - - - - 26 0 0 35 0 0 17 0 0 52 7 13.5 36 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 5.201412077 3.644488395 4 4 3 3 0 0 0 0 1 1 -1.201412077 0.355511605 NA NA 4 4 NA NA 0 0 NA NA 2.201412077 0.644488395 0 0 1 0 0 1 2.739882938 0.913294313 3 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 3 NA 1 1 1 1 1 1 8.58E-09 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 17 72345097 C T KIF19 CCDS32718.2 r.? - - intronic 31 0 0 42 1 2.4 22 2 9.1 40 5 12.5 52 3 5.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 5.201412077 3.644488395 4 4 3 3 0 0 0 0 1 1 -1.201412077 0.355511605 NA NA 4 4 NA NA 0 0 NA NA 2.201412077 0.644488395 0.276571429 0.276571429 1 1.160494624 1.160494624 1 2.536928646 1.152409707 2.201412077 0.389796571 0.6048155 0.644488395 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.189842622 1 0.005403392 1 0.00000178 1 0.002300591 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 17 72656307 A G - - - - - - 26 0 0 35 0 0 28 0 0 46 5 10.9 60 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 5.201412077 3.644488395 4 4 3 3 0 0 0 0 1 1 -1.201412077 0.355511605 NA NA 4 4 NA NA 0 0 NA NA 2.201412077 0.644488395 0 0 1 0 0 1 2.21220178 2.21220178 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000361 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 17 74114567 G T - - - - - - 21 0 0 37 0 0 19 0 0 45 4 8.9 70 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 6 7.497957823 5 6 6 0 5 0 0 0 0 1 1 -6.497957823 1 NA NA 1 NA NA NA 0 NA NA NA 7.497957823 NA 0 0 1 0 0 1 2.010685768 2.010685768 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000791 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 17 78701404 C T RPTOR CCDS11773.1 r.? - - intronic 24 0 0 37 0 0 20 0 0 39 4 10.3 67 0 0 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 6 7.497957823 5 6 6 0 5 0 0 0 0 1 1 -6.497957823 1 NA NA 1 NA NA NA 0 NA NA NA 7.497957823 NA 0 0 1 0 0 1 2.326973416 2.326973416 1 0 0 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000447 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 1331602 C G C18orf2 ENST00000412816 r.? - - intronic 36 0 0 34 0 0 24 0 0 73 4 5.5 35 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 1 2 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.99517094 0.99517094 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000516741 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 4365197 T C - - - - - - 41 0 0 39 0 0 20 0 0 70 11 15.7 39 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 1 2 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 2.840760684 1.420380342 2 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 8.06E-14 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 5236107 G A AP001496.2 ENST00000501139 r.? - - intronic 28 0 0 40 1 2.5 24 3 12.5 55 7 12.7 36 7 19.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 1 2 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.288095238 0.288095238 1 1.594086022 1.594086022 1 2.297940171 1.148970085 2 0.984771574 0.984771574 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.181679879 1 0.000233853 1 1.28E-08 1 5.74E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 6050423 G C L3MBTL4 CCDS11839.2 r.? - - intronic 42 0 0 38 0 0 20 0 0 58 4 6.9 51 0 0 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 1 2 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.248487179 1.248487179 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000213772 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 6941339 G C LAMA1 CCDS32787.1 r.? - - downstream 34 0 0 29 0 0 26 0 0 87 10 11.5 43 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 1 2 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 2.080811966 1.040405983 2 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 2.75E-11 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 7490645 T C - - - - - - 30 0 0 31 0 0 20 0 0 73 9 12.3 43 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 1 2 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 2.225564103 1.112782051 2 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1.42E-10 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 8959883 A G - - - - - - 41 0 0 34 0 0 26 0 0 63 7 11.1 45 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 1 2 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 2.008435897 1.004217949 2 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 3.38E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 12488696 G A SPIRE1 CCDS45829.1 r.? - - intronic 27 0 0 44 2 4.5 25 2 8 58 9 15.5 49 7 14.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 3 2 2 2 2 1 1 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.473571429 0.473571429 1 1.020215054 1.020215054 1 2.80457265 1.402286325 2 0.725888325 0.725888325 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.020580492 1 0.006948068 1 1.67E-11 1 5.58E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 12821517 T C PTPN2 CCDS11865.1 r.? - - intronic 29 0 0 48 4 8.3 24 0 0 57 6 10.5 51 9 17.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 3 3.211793702 2 2 2 2 1 2 1 1 1 1 1 0.788206298 NA NA NA 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.211793702 0.87347619 0.87347619 1 0 0 1 1.899871795 1.899871795 1 1.106676707 1.106676707 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000102016 1 1 1 0.000000456 1 4.92E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 14131219 T C ZNF519 CCDS32797.1 r.? - - intronic 33 0 0 59 1 1.7 28 0 0 65 5 7.7 73 4 5.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 4 3 3.211793702 2 2 2 2 1 2 1 1 1 1 1 0.788206298 NA NA NA 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.211793702 0.178904762 NA 0 0 0 1 1.393239316 1.393239316 1 0.345836471 1.632893079 0.211793702 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.256019138 1 1 1 0.0000201 1 0.000516741 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 15380653 G A - - - - - - 28 0 0 44 0 0 23 0 0 73 8 11 47 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 3 3.211793702 2 2 2 2 1 2 1 1 1 1 1 0.788206298 NA NA NA 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.211793702 0 0 1 0 0 1 1.99034188 0.99517094 2 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 3 NA 1 1 1 1 1 1 3.93E-09 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 24875254 G A - - - - - - 35 0 0 38 0 0 19 0 0 71 9 12.7 49 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 6 3 4 4 5 3 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 2.678940171 0.892980057 3 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1.1E-10 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 25048591 T G - - - - - - 37 0 0 32 0 0 25 0 0 67 6 9 50 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 6 3 4 4 5 3 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.898461538 1.898461538 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000012 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 25872315 G T - - - - - - 27 0 0 31 0 0 26 0 0 62 5 8.1 28 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 4 1 2 2 3 1 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.546615385 1.546615385 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000016 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 25877908 C G - - - - - - 24 0 0 30 3 10 21 3 14.3 70 5 7.1 36 10 27.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 1 2 2 3 1 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.952380952 0.952380952 1 1.537634409 1.537634409 1 1.355675214 1.355675214 1 1.133167513 1.133167513 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000458697 1 0.000155401 1 0.0000289 1 2.21E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 31487661 G C NOL4 CCDS11907.2 r.? - - intronic 35 0 0 29 0 0 22 0 0 69 4 5.8 33 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 4 1 2 2 3 1 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.107452991 1.107452991 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000416985 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 31756982 A T NOL4 CCDS11907.2 r.? - - intronic 39 0 0 27 2 7.4 13 2 15.4 53 7 13.2 30 9 30 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 1 2 2 3 1 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.704761905 0.704761905 1 1.655913978 1.655913978 1 2.520410256 0.840136752 3 1.22284264 1.22284264 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.00807567 1 0.001879825 1 9.85E-09 1 2.54E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 35370538 G A - - - - - - 35 0 0 39 2 5.1 21 0 0 80 5 6.2 65 15 23.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 2.885577686 2 2 2 2 1 1 2 0 1 1 1 0.114422314 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.885577686 0.536714286 0.536714286 1 0 0 1 1.18382906 1.18382906 1 1.377157278 1.377157278 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.016387522 1 1 1 0.000055 1 5E-21 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 36598500 A C - - - - - - 38 0 0 32 0 0 12 0 0 76 4 5.3 55 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 4 2.885577686 2 2 2 2 1 1 2 0 1 1 1 0.114422314 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.885577686 0 0 1 0 0 1 1.011982906 1.011982906 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00060191 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 36746246 T A - - - - - - 29 0 0 31 0 0 23 0 0 76 7 9.2 57 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 4 2.885577686 2 2 2 2 1 1 2 0 1 1 1 0.114422314 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.885577686 0 0 1 0 0 1 1.756649573 1.756649573 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000000126 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 36777903 C G - - - - - - 34 0 0 43 0 0 22 0 0 66 6 9.1 65 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 4 2.885577686 2 2 2 2 1 1 2 0 1 1 1 0.114422314 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.885577686 0 0 1 0 0 1 1.737555556 1.737555556 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000011 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 38347279 A C - - - - - - 32 0 0 32 0 0 15 0 0 73 6 8.2 74 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 4 2.885577686 2 2 2 2 1 1 2 0 1 1 1 0.114422314 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.885577686 0 0 1 0 0 1 1.565709402 1.565709402 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000002 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 39066101 G T - - - - - - 40 0 0 34 3 8.8 20 3 15 58 5 8.6 64 5 7.8 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 2.885577686 2 2 2 2 1 1 2 0 1 1 1 0.114422314 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.885577686 0.926095238 0.926095238 1 1.762903226 1.762903226 1 1.64208547 1.64208547 1 0.465014146 0.525096954 0.885577686 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000666058 1 0.0001337 1 0.0000115 1 0.0000186 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 40544959 C T RIT2 CCDS11921.1 r.? - - intronic 40 0 0 26 3 11.5 17 0 0 60 5 8.3 65 13 20 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 2.885577686 2 2 2 2 1 1 2 0 1 1 1 0.114422314 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.885577686 1.210238095 1.210238095 1 0 0 1 1.584803419 1.584803419 1 1.192343964 1.192343964 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000298167 1 1 1 0.0000136 1 1.57E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 41134469 G C - - - - - - 25 0 0 29 0 0 18 0 0 85 9 10.6 52 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 4 2.885577686 2 2 2 2 1 1 2 0 1 1 1 0.114422314 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.885577686 0 0 1 0 0 1 2.023965812 1.011982906 2 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 5.71E-10 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 44864858 G A - - - - - - 37 0 0 31 0 0 22 0 0 77 7 9.1 49 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 4 2.885577686 2 2 2 2 1 1 2 0 1 1 1 0.114422314 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.885577686 0 0 1 0 0 1 1.737555556 1.737555556 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000000138 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 46036293 A G - - - - - - 29 0 0 38 3 7.9 23 3 13 59 8 13.6 67 10 14.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 2.885577686 2 2 2 2 1 1 2 0 1 1 1 0.114422314 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.885577686 0.831380952 0.831380952 1 1.527849462 1.527849462 1 2.596786325 1.298393162 2 0.888296253 0.888296253 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000925091 1 0.000205387 1 6.9E-10 1 1.87E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 49153471 G C - - - - - - 31 0 0 37 0 0 27 0 0 74 8 10.8 66 0 0 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 4 2.885577686 2 2 2 2 1 1 2 0 1 1 1 0.114422314 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.885577686 0 0 1 0 0 1 2.062153846 1.031076923 2 0 NA 0 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 4.39E-09 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 52473039 G A - - - - - - 28 0 0 36 5 13.9 25 1 4 69 11 15.9 57 8 14 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 2.885577686 2 2 2 2 1 1 2 0 1 1 1 0.114422314 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.885577686 1.462809524 1.462809524 1 0.470107527 0.470107527 1 3.035948718 1.517974359 2 0.834640775 0.834640775 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.00000104 1 0.117779757 1 6.82E-14 1 5.19E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 58059295 C T - - - - - - 15 0 0 32 0 0 21 0 0 56 5 8.9 58 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 4 2 2 2 2 1 1 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.699367521 1.699367521 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000965 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 58240778 C T - - - - - - 28 0 0 71 2 2.8 48 1 2.1 41 5 12.2 154 8 5.2 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 16 17 20 15 14 15 18 13 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.658666667 0.658666667 1 0.540806452 0.540806452 1 4.281470085 1.070367521 4 0.939959391 0.939959391 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.04950591 1 0.213845552 1 0.00000202 1 0.00000133 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 58266372 A T - - - - - - 36 0 0 74 2 2.7 55 1 1.8 108 8 7.4 150 2 1.3 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 16 17 20 15 14 15 18 13 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.635142857 0.635142857 1 0.463548387 0.463548387 1 2.596957265 0.865652422 3 0.234989848 NA 0 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.053288733 1 0.240951649 1 8.82E-08 1 0.17313528 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 58585335 C G - - - - - - 26 0 0 90 4 4.4 41 1 2.4 109 5 4.6 174 4 2.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 16 17 20 15 14 15 18 13 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.035047619 1.035047619 1 0.618064516 NA 0 1.614324786 1.614324786 1 0.415751269 0.415751269 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.001134224 1 0.18577148 1 0.000237142 1 0.011783506 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 59674403 T A - - - - - - 34 0 0 73 0 0 71 0 0 137 6 4.4 190 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 16 17 20 15 14 15 18 13 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.544136752 1.544136752 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000734 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 61687997 G A - - - - - - 33 0 0 65 4 6.2 30 1 3.3 87 7 8 87 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 8 9 15 8 6 7 12 6 2 2 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.96247619 0.96247619 1 0.58583871 0.58583871 1 2.407521368 0.802507123 3 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 7 NA 1 1 0.000331785 1 0.139615808 1 0.000000322 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 62816762 G C - - - - - - 26 0 0 49 0 0 33 0 0 88 4 4.5 100 0 0 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 8 9 15 8 6 7 12 6 2 2 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.354230769 1.354230769 1 0 0 1 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.001043312 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 62838509 A T - - - - - - 33 0 0 54 2 3.7 30 1 3.3 75 6 8 92 5 5.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 8 9 15 8 6 7 12 6 2 2 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.574380952 0.574380952 1 0.58583871 0.58583871 1 2.407521368 0.802507123 3 0.598111675 0.598111675 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.030129377 1 0.139615808 1 0.00000234 1 0.000107074 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 63375494 C A - - - - - - 32 0 0 37 0 0 31 0 0 87 6 6.9 101 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 8 9 15 8 6 7 12 6 2 2 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 2.076487179 2.076487179 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00000558 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 63533244 T A CDH7 CCDS11993.1 r.? - - intronic 6 0 0 11 0 0 3 0 0 17 3 17.6 14 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 8 9 15 8 6 7 12 6 2 2 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 5.296547009 1.059309402 5 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000807 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 64000159 T G - - - - - - 30 0 0 76 3 3.9 38 0 0 112 5 4.5 167 8 4.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 15 17 15 15 13 15 12 13 2 2 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.878428571 0.878428571 1 0 0 1 1.354230769 1.354230769 1 0.867654822 0.867654822 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.006696581 1 1 1 0.000268964 1 0.00000244 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 64198918 T A CDH19 CCDS11994.1 r.? - - intronic 30 0 0 82 0 0 44 0 0 115 7 6.1 178 12 6.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 15 17 15 15 13 15 12 13 2 2 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.835735043 1.835735043 1 1.211101523 1.211101523 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000214 1 1.64E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 64388297 C A - - - - - - 26 0 0 55 2 3.6 26 1 3.8 64 7 10.9 78 8 10.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.430684042 3.492632347 15 6 2 2 12 4 1 1 3 2 0.569315958 0.507367653 1 1 3 3 NA NA 1 1 NA NA 0.430684042 0.492632347 NA NA 0.394361768 0.394361768 1 0.46532218 0.46532218 1 3.280247863 1.093415954 3 0.93484264 0.93484264 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.031164417 1 0.122190858 1 3.78E-08 1 6.71E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 64497379 C G - - - - - - 38 0 0 52 1 1.9 29 2 6.9 88 5 5.7 73 6 8.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.430684042 3.492632347 15 6 2 2 12 4 1 1 3 2 0.569315958 0.507367653 1 1 3 3 NA NA 1 1 NA NA 0.430684042 0.492632347 NA NA 0.208135378 0.208135378 1 0.844927116 0.844927116 1 1.715358974 1.715358974 1 0.744243655 0.744243655 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.229451111 1 0.009279585 1 0.0000867 1 0.000002 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 64597781 C G - - - - - - 26 0 0 50 0 0 30 0 0 71 5 7 73 11 15.1 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.430684042 3.492632347 15 6 2 2 12 4 1 1 3 2 0.569315958 0.507367653 1 1 3 3 NA NA 1 1 NA NA 0.430684042 0.492632347 NA NA 0 NA 0 0 0 1 2.106581197 2.106581197 1 1.370497462 1.370497462 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000309 1 1.31E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 64674157 G A - - - - - - 30 0 0 53 0 0 29 0 0 86 10 11.6 101 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.430684042 3.492632347 15 6 2 2 12 4 1 1 3 2 0.569315958 0.507367653 1 1 3 3 NA NA 1 1 NA NA 0.430684042 0.492632347 NA NA 0 0 1 0 0 1 3.490905983 0.872726496 4 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 1 1 2.45E-11 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 64752729 G A - - - - - - 27 0 0 35 0 0 27 0 0 72 6 8.3 76 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.430684042 3.492632347 15 6 2 2 12 4 1 1 3 2 0.569315958 0.507367653 1 1 3 3 NA NA 1 1 NA NA 0.430684042 0.492632347 NA NA 0 NA 0 0 0 1 2.497803419 0.83260114 3 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00000184 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 64832578 G C - - - - - - 34 0 0 42 0 0 47 0 0 78 4 5.1 78 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.430684042 3.492632347 15 6 2 2 12 4 1 1 3 2 0.569315958 0.507367653 1 1 3 3 NA NA 1 1 NA NA 0.430684042 0.492632347 NA NA 0 0 1 0 0 1 1.534794872 1.534794872 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.000663934 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 64980957 A G - - - - - - 26 0 0 46 1 2.2 28 2 7.1 89 8 9 81 7 8.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.430684042 3.492632347 15 6 2 2 12 4 1 1 3 2 0.569315958 0.507367653 1 1 3 3 NA NA 1 1 NA NA 0.430684042 0.492632347 NA NA 0.240998858 0.240998858 1 0.869417757 0.869417757 1 2.708461538 0.902820513 3 0.780548223 0.780548223 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.205924651 1 0.008668191 1 1.92E-08 1 0.000000197 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 69699579 C A - - - - - - 34 0 0 50 3 6 23 1 4.3 55 5 9.1 81 8 9.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.430684042 3.492632347 9 5.418528876 2 2 6 3 1 1 3 2 0.569315958 0.507367653 1 0.581471124 3 3 NA 4 1 1 NA 2 0.430684042 0.492632347 NA 0.418528876 0.657269614 0.657269614 1 0.526548782 0.526548782 1 2.192555556 2.192555556 1 0.84097243 0.84097243 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.002055544 1 0.108890944 1 0.00000883 1 9.08E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 70152915 G C - - - - - - 29 0 0 47 3 6.4 39 2 5.1 75 4 5.3 76 6 7.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 3.430684042 3.492632347 9 5.418528876 2 2 6 3 1 1 3 2 0.569315958 0.507367653 1 0.581471124 3 3 NA 4 1 1 NA 2 0.430684042 0.492632347 NA 0.418528876 0.701087588 0.701087588 1 0.624511346 0.624511346 1 1.276982906 1.276982906 1 0.67107901 0.67107901 1 NA NA 0 NA NA 0 0 0 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.001719595 1 0.016387522 1 0.000572493 1 0.00000253 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 71437035 T C - - - - - - 31 0 0 41 3 7.3 27 1 3.7 67 5 7.5 80 11 13.8 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.430684042 3.492632347 9 7 2 2 7 5 1 1 2 2 0.569315958 0.507367653 1 1 3 3 NA NA 1 1 NA NA 0.430684042 0.492632347 NA NA 0.79967803 0.79967803 1 0.453076859 NA 0 1.807051282 1.807051282 1 1.390507614 1.390507614 1 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.001155993 1 0.126579904 1 0.0000233 1 3.73E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 71810386 T A FBXO15 CCDS12002.1 r.? - - intronic 39 0 0 41 0 0 28 0 0 77 4 5.2 95 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.430684042 3.492632347 9 7 2 2 7 5 1 1 2 2 0.569315958 0.507367653 1 1 3 3 NA NA 1 1 NA NA 0.430684042 0.492632347 NA NA 0 0 1 0 0 1 1.252888889 1.252888889 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.000632383 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 72262928 G C ENSG00000206029 ENST00000382649 r.? - - intronic 34 0 0 41 1 2.4 32 1 3.1 76 5 6.6 83 5 6 97 0 0 179 1 0.6 306 1 0.3 202 4 2 221 7 3.2 FALSE FALSE 3.430684042 3.492632347 9 7 2 2 7 5 1 1 2 2 0.569315958 0.507367653 1 1 3 3 NA NA 1 1 NA NA 0.430684042 0.492632347 NA NA 0.262907846 0.262907846 1 0.379604936 NA 0 1.590205128 1.590205128 1 0.604568528 0.604568528 1 0.065726961 NA 0 0.036735962 NA 0 0.481880342 0.481880342 1 0.322436548 0.322436548 1 NA NA 1 1 0.18577148 0.592308691 0.14819814 0.78429376 0.000043 0.019296001 0.0000656 0.000142932 YES 0_0 0_0 1_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b 18 74136773 A G ZNF516 ENST00000443185 r.? - - intronic 28 0 0 40 0 0 17 0 0 45 4 8.9 69 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.430684042 3.492632347 9 7 2 2 7 5 1 1 2 2 0.569315958 0.507367653 1 1 3 3 NA NA 1 1 NA NA 0.430684042 0.492632347 NA NA 0 0 1 0 0 1 2.144367521 2.144367521 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000791 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 75395662 G T - - - - - - 31 0 0 34 0 0 22 0 0 62 8 12.9 53 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.430684042 3.492632347 0.512276826 4 2 2 0 2 1 1 0 2 0.569315958 0.507367653 0.487723174 1 3 3 1 NA 1 1 0 NA 0.430684042 0.492632347 0.512276826 NA 0 0 1 0 0 1 2.013211916 2.013211916 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 3 NA 1 1 1 1 1 1 1.04E-09 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 19 3568309 A C RAX2 CCDS12112.1 r.? - - intronic 25 0 0 26 0 0 26 0 0 29 5 17.2 60 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 1.37108009 2.488135549 5 2 1 0 3 1 0 0 2 1 0.62891991 -1.488135549 1 NA 1 1 NA NA 1 0 NA NA 0.37108009 2.488135549 NA 0 0 1 0 0 1 3.024130255 1.215420219 2.488135549 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.000000336 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 19 11544728 A T PRKCSH CCDS32911.1 r.? - - upstream 40 0 0 42 0 0 36 0 0 32 3 9.4 67 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4.49637224 3 2 2 1 2 1 1 0 1 1 1 -2.49637224 1 NA NA 2 NA NA NA 0 NA NA NA 3.49637224 NA 0 0 1 0 0 1 1.841496597 1.841496597 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.000556213 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 19 13202452 A C NFIX CCDS45996.1 r.? - - intronic 22 0 0 28 0 0 14 0 0 28 4 14.3 49 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4.49637224 3 2 2 1 2 1 1 0 1 1 1 -2.49637224 1 NA NA 2 NA NA NA 0 NA NA NA 3.49637224 NA 0 0 1 0 0 1 2.801425675 0.801237821 3.49637224 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000116 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 19 13202453 G T NFIX CCDS45996.1 r.? - - intronic 22 0 0 28 0 0 14 0 0 28 4 14.3 48 1 2.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4.49637224 3 2 2 1 2 1 1 0 1 1 1 -2.49637224 1 NA NA 2 NA NA NA 0 NA NA NA 3.49637224 NA 0 0 1 0 0 1 2.801425675 0.801237821 3.49637224 0.127598985 0.127598985 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000116 1 0.213845552 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 19 13853573 C G - - - - - - 41 0 0 42 0 0 24 0 0 77 5 6.5 52 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4.49637224 3 2 2 1 2 1 1 0 1 1 1 -2.49637224 1 NA NA 2 NA NA NA 0 NA NA NA 3.49637224 NA 0 0 1 0 0 1 1.273375307 1.273375307 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000458 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 19 16426257 C A - - - - - - 24 0 0 41 0 0 26 0 0 39 4 10.3 61 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4.49637224 3 2 2 1 2 1 1 0 1 1 1 -2.49637224 1 NA NA 2 NA NA NA 0 NA NA NA 3.49637224 NA 0 0 1 0 0 1 2.017810101 2.017810101 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000447 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 19 20602723 G A ENSG00000231205 ENST00000502675 r.? - - intronic 15 0 0 32 0 0 15 0 0 38 8 21.1 32 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4.49637224 3 2 2 1 2 1 1 0 1 1 1 -2.49637224 1 NA NA 2 NA NA NA 0 NA NA NA 3.49637224 NA 0 0 1 0 0 1 4.133572149 0.91931271 4.49637224 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 1 1 1.67E-11 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 19 21865712 G A AC092364.2 ENST00000504760 r.? - - intronic 24 0 0 31 1 3.2 22 0 0 76 5 6.6 65 9 13.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4.49637224 3 2 2 1 2 1 1 0 1 1 1 -2.49637224 1 NA NA 2 NA NA NA 0 NA NA NA 3.49637224 NA 0.336761905 0.336761905 1 0 0 1 1.292965696 1.292965696 1 0.838507614 0.838507614 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.143917729 1 1 1 0.000043 1 4.85E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 19 21953836 A T ZNF100 CCDS42538.1 r.? - - upstream 45 0 0 35 1 2.9 30 3 10 68 6 8.8 62 13 21 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4.49637224 3 2 2 1 2 1 1 0 1 1 1 -2.49637224 1 NA NA 2 NA NA NA 0 NA NA NA 3.49637224 NA 0.305190476 0.305190476 1 1.175268817 1.175268817 1 1.723954261 1.723954261 1 1.275989848 1.275989848 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.16091139 1 0.000458697 1 0.00000131 1 8.08E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 19 23250631 G T - - - - - - 39 0 0 31 0 0 25 0 0 71 7 9.9 60 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4.49637224 3 2 2 1 2 1 1 0 1 1 1 -2.49637224 1 NA NA 2 NA NA NA 0 NA NA NA 3.49637224 NA 0 0 1 0 0 1 1.939448544 1.939448544 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 1 1 7.85E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 19 23829818 A G - - - - - - 27 0 0 32 2 6.2 28 3 10.7 64 6 9.4 46 9 19.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4.49637224 3 2 2 1 2 1 1 0 1 1 1 -2.49637224 1 NA NA 2 NA NA NA 0 NA NA NA 3.49637224 NA 0.65247619 0.65247619 1 1.257537634 1.257537634 1 1.841496597 1.841496597 1 1.190923858 1.190923858 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.011224977 1 0.000372895 1 0.000000914 1 1.82E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 19 29055126 T C AC005307.1 ENST00000511462 r.? - - intronic 32 0 0 30 2 6.7 15 1 6.7 46 4 8.7 44 1 2.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3.323840502 2 2 2 2 1 1 1 1 1 1 1 0.676159498 NA NA NA 2 NA NA NA 2 NA NA NA 0.323840502 0.705095238 0.705095238 1 0.787430108 0.787430108 1 1.574179487 1.574179487 1 0.147199601 0.147199601 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.009909649 1 0.072431031 1 0.0000862 1 0.197923942 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 19 32414308 G C - - - - - - 17 0 0 30 0 0 13 0 0 52 4 7.7 72 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 TRUE FALSE 3 3 3 3.323840502 2 2 2 2 1 1 1 1 1 1 1 0.676159498 NA NA NA 2 NA NA NA 2 NA NA NA 0.323840502 0 0 1 0 0 1 1.393239316 1.393239316 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 0 NA 0 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.000139698 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 19 36596901 A C WDR62 CCDS46059.1 r.? - - downstream 26 0 0 37 0 0 17 0 0 20 3 15 59 1 1.7 23 0 0 46 0 0 9 0 0 27 9 33.3 29 0 0 TRUE FALSE 3 3 3.967520676 3.495036613 2 2 1 2 1 1 0 1 1 1 -1.967520676 0.504963387 NA NA 2 3 NA NA 0 1 NA NA 2.967520676 0.495036613 0 0 1 0 0 1 2.859230666 2.859230666 1 0.111710039 0.111710039 1 0 0 1 0 0 1 6.347492078 1.599863642 3.967520676 0 NA 0 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.0001337 8.44E-15 0.256019138 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 19 40326162 A C DYRK1B CCDS12543.1 r.? - - upstream 29 0 0 52 0 0 31 0 0 49 8 16.3 47 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 1 3.495036613 2 2 1 2 1 1 0 1 1 1 1 0.504963387 NA NA NA 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.495036613 0 0 1 0 0 1 2.623324786 2.623324786 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 3 NA 1 1 1 1 1 1 1.47E-10 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 19 43490387 G C PSG1 ENST00000449000 r.? - - intronic 27 0 0 43 0 0 27 0 0 64 5 7.8 72 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 5 1 5.599235127 5 4 1 4 1 1 0 1 1 1 1 0.400764873 NA NA NA 5 NA NA NA 1 NA NA NA 0.599235127 0 0 1 0 0 1 1.255333333 1.255333333 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000186 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 19 52478525 C T ZNF615 CCDS12845.1 r.? - - intronic 28 0 0 26 1 3.8 14 0 0 37 5 13.5 45 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 1 2 1 1 1 1 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.361904762 0.361904762 1 0 0 1 2.172692308 2.172692308 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 0.122190858 1 1 1 0.00000119 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 19 54126240 C A - - - - - - 28 0 0 33 3 9.1 15 1 6.7 48 6 12.5 43 14 32.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 1 2 1 1 1 1 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.866666667 0.866666667 1 0.720430108 0.720430108 1 2.011752137 2.011752137 1 1.654822335 1.654822335 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000609557 1 0.072431031 1 0.00000016 1 4.18E-22 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 19 54929511 C T TTYH1 CCDS12893.1 r.? - - intronic 28 0 0 23 0 0 11 1 9.1 30 5 16.7 60 11 18.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 1 2 1 1 1 1 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0.978494624 0.978494624 1 2.687700855 2.687700855 1 0.92893401 0.92893401 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 1 1 0.05364542 1 0.000000401 1 1.34E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 33242 A C - - - - - - 35 0 0 82 0 0 28 0 0 106 5 4.7 180 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000208264 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 412760 A T - - - - - - 28 0 0 78 0 0 47 0 0 103 11 10.7 169 1 0.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 12 9 9 15 9 6 7 11 3 3 2 4 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 2.578059829 0.859353276 3 0.108456853 0.108456853 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 6.39E-12 1 0.571352154 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 1412458 C A TPO CCDS1643.1 r.? - - upstream 34 0 0 83 0 0 27 0 0 67 6 9 151 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 12 9 9 15 9 6 7 11 3 3 2 4 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 2.168461538 1.084230769 2 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000012 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 4745058 A G - - - - - - 43 0 0 87 0 0 41 0 0 104 6 5.8 158 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 12 9 9 15 9 6 7 11 3 3 2 4 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 1.397452991 1.397452991 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000156 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 5248248 C T - - - - - - 28 0 0 81 0 0 29 0 0 86 6 7 176 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 12 9 9 15 9 6 7 11 3 3 2 4 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 1.686581197 1.686581197 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00000522 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 5566155 C G - - - - - - 23 0 0 68 3 4.4 39 2 5.1 55 4 7.3 127 17 13.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 12 9 9 15 9 6 7 11 3 3 2 4 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.859047619 0.859047619 1 0.905387097 0.905387097 1 1.758863248 1.758863248 1 2.422203046 0.807401015 3 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.004916956 1 0.016387522 1 0.000173903 1 2.42E-19 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 6212110 A T - - - - - - 32 0 0 75 0 0 38 0 0 118 7 5.9 147 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 FALSE FALSE 12 9 9 15 9 6 7 11 3 3 2 4 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 1.421547009 1.421547009 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 0 0 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00000254 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 6841260 C A - - - - - - 32 0 0 87 0 0 27 0 0 94 5 5.3 173 0 0 1 0 0 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 12 9 9 15 9 6 7 11 3 3 2 4 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 1.276982906 1.276982906 1 0 0 1 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000118532 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 7881831 T A - - - - - - 34 0 0 90 0 0 47 0 0 109 6 5.5 176 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 12 9 9 15 9 6 7 11 3 3 2 4 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 1.32517094 1.32517094 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000204 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 13797906 G C - - - - - - 15 0 0 37 0 0 19 0 0 61 5 8.2 67 12 17.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 5 7 6 4 4 6 5 0 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 1.811709402 1.811709402 1 1.624629442 1.624629442 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000147 1 1.14E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 14826373 G C - - - - - - 22 0 0 45 3 6.7 26 3 11.5 82 6 7.3 61 8 13.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 4 5 7 6 4 4 6 5 0 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.772095238 0.772095238 1 1.58155914 1.58155914 1 1.612863248 1.612863248 1 1.188974619 1.188974619 1 NA NA 0 NA NA 1 0 0 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.001516071 1 0.000298167 1 0.00000395 1 9.09E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 15428595 C T NBAS CCDS1685.1 r.? - - intronic 28 0 0 27 1 3.7 10 1 10 80 5 6.2 77 15 19.5 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 5 7 6 4 4 6 5 0 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.426380952 NA 0 1.375268817 1.375268817 1 1.36982906 1.36982906 1 1.769847716 0.884923858 2 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.126579904 1 0.04888987 1 0.000055 1 8.05E-20 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 17420068 A G - - - - - - 40 0 0 53 3 5.7 25 1 4 83 6 7.2 51 4 7.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 5 7 6 4 4 6 5 0 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.656857143 0.656857143 1 0.550107527 0.550107527 1 1.590769231 1.590769231 1 0.707939086 0.707939086 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.002429596 1 0.117779757 1 0.00000424 1 0.000129466 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 21600984 G C - - - - - - 28 0 0 37 0 0 22 0 0 77 5 6.5 70 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5.457728052 6.462624889 7 6.730059116 5 5 6 6 0 1 1 0 0.542271948 0.537375111 1 0.269940884 6 6 NA 6 0 1 NA 1 0.457728052 0.462624889 NA 0.730059116 0 NA 0 0 0 1 1.436111111 1.436111111 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000458 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 24563985 A T ITSN2 CCDS1710.2 r.? - - intronic 32 0 0 28 0 0 33 0 0 87 4 4.6 86 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5.457728052 6.462624889 6 6.730059116 5 5 6 6 0 1 0 0 0.542271948 0.537375111 1 0.269940884 6 6 NA 6 0 1 NA 1 0.457728052 0.462624889 NA 0.730059116 0 NA 0 0 0 1 0.970324786 0.970324786 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00099983 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 24564011 A G ITSN2 CCDS1710.2 r.? - - intronic 35 0 0 30 0 0 30 0 0 85 6 7.1 92 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5.457728052 6.462624889 6 6.730059116 5 5 6 6 0 1 0 0 0.542271948 0.537375111 1 0.269940884 6 6 NA 6 0 1 NA 1 0.457728052 0.462624889 NA 0.730059116 0 NA 0 0 0 1 1.497675214 1.497675214 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00000487 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 28089004 C A RBKS CCDS1762.1 r.? - - intronic 39 0 0 58 0 0 24 1 4.2 72 7 9.7 87 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5.457728052 6.462624889 6 6.730059116 5 5 6 6 0 1 0 0 0.542271948 0.537375111 1 0.269940884 6 6 NA 6 0 1 NA 1 0.457728052 0.462624889 NA 0.730059116 0 NA 0 0.639043149 0.639043149 1 2.046119658 1.023059829 2 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 0.113346489 1 8.66E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 34217624 A T - - - - - - 32 0 0 44 0 0 39 0 0 72 5 6.9 104 0 0 2 0 0 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5.457728052 6.462624889 6 6.730059116 5 5 6 6 0 1 0 0 0.542271948 0.537375111 1 0.269940884 6 6 NA 6 0 1 NA 1 0.457728052 0.462624889 NA 0.730059116 0 NA 0 0 0 1 1.455487179 1.455487179 1 0 0 1 NA NA 0 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000331 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 35151730 C G - - - - - - 28 0 0 37 2 5.4 15 2 13.3 66 5 7.6 75 11 14.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5.457728052 6.462624889 6 6.730059116 5 5 6 6 0 1 0 0 0.542271948 0.537375111 1 0.269940884 6 6 NA 6 0 1 NA 1 0.457728052 0.462624889 NA 0.730059116 0.701003029 0.701003029 1 2.023636637 2.023636637 1 1.603145299 1.603145299 1 1.441511583 1.441511583 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.014826063 1 0.002513772 1 0.0000217 1 1.78E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 35160413 A T - - - - - - 29 0 0 34 0 0 28 1 3.6 71 5 7 59 8 13.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5.457728052 6.462624889 6 6.730059116 5 5 6 6 0 1 0 0 0.542271948 0.537375111 1 0.269940884 6 6 NA 6 0 1 NA 1 0.457728052 0.462624889 NA 0.730059116 0 NA 0 0.54775127 0.54775127 1 1.476581197 1.476581197 1 1.33364337 1.33364337 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 0.130947004 1 0.0000309 1 6.9E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 35845773 G C - - - - - - 37 0 0 51 0 0 32 0 0 80 5 6.2 112 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5.457728052 10 13 8.43246998 5 9 12 8 0 1 1 0 0.542271948 1 1 0.56753002 6 NA NA 8 0 NA NA 1 0.457728052 NA NA 0.43246998 0 NA 0 0 0 1 1.74182906 1.74182906 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000055 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 36396954 C T - - - - - - 45 0 0 42 0 0 42 0 0 95 7 7.4 104 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5.457728052 10 13 8.43246998 5 9 12 8 0 1 1 0 0.542271948 1 1 0.56753002 6 NA NA 8 0 NA NA 1 0.457728052 NA NA 0.43246998 0 NA 0 0 0 1 2.078957265 1.039478632 2 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000000588 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 36522975 G C - - - - - - 32 0 0 50 3 6 43 2 4.7 99 10 10.1 119 15 12.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5.457728052 10 13 8.43246998 5 9 12 8 0 1 1 0 0.542271948 1 1 0.56753002 6 NA NA 8 0 NA NA 1 0.457728052 NA NA 0.43246998 0.778892255 0.778892255 1 0.881376344 0.881376344 1 2.837495726 0.945831909 3 1.450085126 1.450085126 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.002055544 1 0.019709573 1 1.01E-10 1 7.75E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 36756271 C A CRIM1 CCDS1783.1 r.? - - intronic 45 0 0 47 2 4.3 39 1 2.6 87 7 8 146 24 16.4 180 0 0 858 6 0.7 197 57 28.9 901 59 6.5 1478 173 11.7 TRUE FALSE 5.457728052 10 13 8.43246998 5 9 12 8 0 1 1 0 0.542271948 1 1 0.56753002 6 NA NA 8 0 NA NA 1 0.457728052 NA NA 0.43246998 0.558206116 0.558206116 1 0.487569892 0.487569892 1 2.247521368 1.123760684 2 1.887412386 0.943706193 2 0.090870763 NA 0 5.419526882 1.083905376 5 1.826111111 0.913055556 2 1.346507617 0.858999572 1.56753002 8 NA 1 1 0.02328732 0.261380558 0.177567718 6.39E-82 0.000000322 6.05E-45 6.36E-29 2.15E-171 YES 1_0 0_1 1_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b 2 36756440 C G CRIM1 CCDS1783.1 r.? - - intronic 37 0 0 59 0 0 33 4 12.1 100 6 6 143 23 16.1 32 0 0 138 1 0.7 27 6 22.2 130 17 13.1 240 30 12.5 FALSE FALSE 5.457728052 10 13 8.43246998 5 9 12 8 0 1 1 0 0.542271948 1 1 0.56753002 6 NA NA 8 0 NA NA 1 0.457728052 NA NA 0.43246998 0 NA 0 2.269075269 2.269075269 1 1.685641026 1.685641026 1 1.85288655 0.926443275 2 0.090870763 NA 0 4.163096774 1.040774194 4 3.680316239 0.92007906 4 1.438576514 0.917734586 1.56753002 NA NA 1 1 1 0.499291294 0.0000228 4.23E-09 0.0000125 3.64E-19 1.49E-27 4.88E-32 YES 0_0 1_1 1_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b 2 37712065 G C - - - - - - 29 0 0 42 1 2.4 36 2 5.6 53 5 9.4 102 6 5.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5.457728052 10 13 8.43246998 5 9 12 8 0 1 1 0 0.542271948 1 1 0.56753002 6 NA NA 8 0 NA NA 1 0.457728052 NA NA 0.43246998 0.311556902 NA 0 1.050150538 1.050150538 1 2.640837607 0.880279202 3 0.679008115 0.679008115 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.189842622 1 0.014070883 1 0.00000734 1 0.000014 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 44060545 G T ABCG5 CCDS1814.1 r.? - - intronic 28 0 0 31 0 0 18 0 0 27 4 14.8 46 2 4.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 3 5 3 3 3 4 0 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 2.67791453 0.892638177 3 0.347274112 0.347274112 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 1 1 0.00001 1 0.022369545 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 48960115 C T GTF2A1L CCDS46280.1 r.1479c>u c.? p.? 3'UTR variant 25 0 0 32 3 9.4 13 0 0 71 6 8.5 43 5 11.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 3 5 3 3 3 4 0 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.989238095 0.989238095 1 0 0 1 1.537991453 1.537991453 1 0.936832487 0.936832487 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000556213 1 1 1 0.00000169 1 0.00000257 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 49668169 A C - - - - - - 32 0 0 31 0 0 17 2 11.8 81 4 4.9 53 13 24.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 3 5 3 3 3 4 0 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.504817204 1.504817204 1 0.886606838 0.886606838 1 1.978654822 0.989327411 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 1 1 0.003234386 1 0.000765256 1 8.53E-19 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 52352994 A G - - - - - - 24 0 0 25 1 4 23 2 8.7 69 6 8.7 54 7 13 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 3 5 3 3 3 4 0 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.420952381 0.420952381 1 1.109483871 1.109483871 1 1.574179487 1.574179487 1 1.049898477 1.049898477 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.117779757 1 0.00589844 1 0.00000143 1 1.13E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 52619747 A T - - - - - - 38 0 0 44 0 0 18 0 0 74 4 5.4 66 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 3 5 3 3 3 4 0 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.977076923 0.977076923 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.00054411 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 54217005 C A - - - - - - 25 0 0 30 0 0 17 0 0 49 4 8.2 55 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 3 5 3 3 3 4 0 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.483709402 1.483709402 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.000110643 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 56652358 G T - - - - - - 42 0 0 43 1 2.3 22 1 4.5 76 6 7.9 63 13 20.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 3 5 3 3 3 4 0 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.242047619 0.242047619 1 0.573870968 0.573870968 1 1.42942735 1.42942735 1 1.663685279 0.83184264 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.193893409 1 0.104413009 1 0.00000253 1 1.01E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 57822878 T A - - - - - - 39 0 0 35 0 0 30 0 0 64 8 12.5 64 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 3 5 3 3 3 4 0 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 2.261752137 1.130876068 2 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 1 1 1.35E-09 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 58105842 G C - - - - - - 40 0 0 43 5 11.6 23 1 4.3 78 6 7.7 52 7 13.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 3 5 3 3 3 4 0 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.220761905 1.220761905 1 0.548365591 0.548365591 1 1.393239316 1.393239316 1 1.090279188 1.090279188 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.00000257 1 0.108890944 1 0.00000295 1 8.58E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 62476071 G T AC107081.2 ENST00000506268 r.? - - intronic 35 0 0 37 0 0 21 0 0 44 4 9.1 49 1 2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 3 5 3 3 3 4 0 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.646555556 1.646555556 1 0.161522843 0.161522843 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000723 1 0.217776325 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 62921048 G C EHBP1 CCDS46300.1 r.? - - intronic 38 0 0 45 0 0 24 0 0 83 4 4.8 58 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 3 5 3 3 3 4 0 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.868512821 0.868512821 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.000838577 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 65573095 A G SPRED2 CCDS33211.1 r.? - - intronic 41 0 0 44 3 6.8 29 1 3.4 51 7 13.7 75 9 12 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 3 5 3 3 3 4 0 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.715619048 0.715619048 1 0.433591398 0.433591398 1 2.478880342 0.826293447 3 0.969137056 0.969137056 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.00142027 1 0.135292269 1 7.46E-09 1 1.82E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 75056912 A C HK2 CCDS1956.1 r.? - - upstream 25 0 0 28 2 7.1 34 2 5.9 73 4 5.5 62 13 21 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 3 5 3 3 3 4 0 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.747190476 0.747190476 1 0.752408602 0.752408602 1 0.99517094 0.99517094 1 1.695989848 0.847994924 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.008668191 1 0.012612579 1 0.000516741 1 8.08E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 77181218 C G LRRTM4 CCDS46346.1 r.? - - intronic 38 0 0 39 0 0 22 0 0 72 5 6.9 58 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 3 5 3 3 3 4 0 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.248487179 1.248487179 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000331 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 77540429 A G LRRTM4 CCDS46346.1 r.? - - intronic 24 0 0 24 1 4.2 18 1 5.6 29 6 20.7 38 3 7.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 3 5 3 3 3 4 0 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.442 0.442 1 0.714150538 0.714150538 1 3.745461538 1.248487179 3 0.638015228 0.638015228 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.113346489 1 0.086275114 1 6.72E-09 1 0.000925091 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 77547656 C G LRRTM4 CCDS46346.1 r.? - - intronic 39 0 0 40 0 0 22 0 0 78 4 5.1 65 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 3 5 3 3 3 4 0 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.922794872 0.922794872 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.000663934 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 77619635 C A LRRTM4 CCDS46346.1 r.? - - intronic 39 0 0 48 0 0 25 0 0 76 7 9.2 58 0 0 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 3 5 3 3 3 4 0 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.664649573 1.664649573 1 0 0 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.000000126 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 77898617 T C - - - - - - 38 0 0 41 2 4.9 22 1 4.5 62 5 8.1 83 12 14.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 3 5 3 3 3 4 0 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.515666667 0.515666667 1 0.573870968 0.573870968 1 1.465615385 1.465615385 1 1.171040609 1.171040609 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.018015855 1 0.104413009 1 0.000016 1 1.7E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 78497273 G C - - - - - - 29 0 0 31 0 0 26 3 11.5 54 4 7.4 61 10 16.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 3 5 3 3 3 4 0 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.46655914 1.46655914 1 1.338957265 1.338957265 1 1.32448731 1.32448731 1 NA NA 1 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 1 1 0.000298167 1 0.000161898 1 6.98E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 80543185 T A CTNNA2 CCDS42703.2 r.? - - intronic 38 0 0 24 0 0 22 0 0 68 4 5.9 60 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 3 5 3 3 3 4 0 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.067547009 1.067547009 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.000394372 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 80626811 A G CTNNA2 CCDS42703.2 r.? - - intronic 34 0 0 28 3 10.7 21 2 9.5 77 5 6.5 59 5 8.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 3 5 3 3 3 4 0 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.126047619 1.126047619 1 1.211505376 1.211505376 1 1.176111111 1.176111111 1 0.686472081 0.686472081 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000372895 1 0.004928472 1 0.0000458 1 0.0000125 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 80867933 G T CTNNA2 CCDS42703.2 r.? - - intronic 36 0 0 30 0 0 24 0 0 59 4 6.8 56 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 3 5 3 3 3 4 0 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.230393162 1.230393162 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.00022841 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 80870432 A T CTNNA2 CCDS42703.2 r.? - - intronic 32 0 0 37 1 2.7 14 0 0 75 8 10.7 48 5 10.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 3 5 3 3 3 4 0 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.284142857 0.284142857 1 0 0 1 1.936059829 0.968029915 2 0.839918782 0.839918782 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.169281299 1 1 1 4.89E-09 1 0.00000447 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 81762645 G C - - - - - - 39 0 0 29 3 10.3 16 0 0 28 3 10.7 74 8 10.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 3 5 3 3 3 4 0 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.083952381 1.083952381 1 0 0 1 1.936059829 1.936059829 1 0.87222335 0.87222335 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000414371 1 1 1 0.000372895 1 4.39E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 81825284 A C - - - - - - 23 0 0 33 0 0 23 1 4.3 62 5 8.1 51 5 9.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 3 5 3 3 3 4 0 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0.548365591 0.548365591 1 1.465615385 1.465615385 1 0.791461929 0.791461929 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 1 1 0.108890944 1 0.000016 1 0.00000606 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 84453296 A C - - - - - - 41 0 0 34 0 0 21 0 0 80 4 5 54 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 3 5 3 3 3 4 0 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.904700855 0.904700855 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.000730349 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 84762123 C T DNAH6 CCDS46348.1 r.? - - intronic 37 0 0 42 0 0 16 0 0 67 8 11.9 70 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 3 5 3 3 3 4 0 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 2.153188034 1.076594017 2 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 1 1 1.96E-09 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 87068181 G A CD8B CCDS1997.1 r.? - - downstream 20 0 0 13 0 0 6 2 33.3 40 5 12.5 39 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 3 5 3 3 3 4 0 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 4.246645161 4.246645161 1 2.261752137 2.261752137 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 7 NA 1 1 1 1 0.000370028 1 0.00000178 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 88611136 T C - - - - - - 23 0 0 35 0 0 23 0 0 64 5 7.8 68 7 10.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 3 5 3 3 3 4 0 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.411333333 1.411333333 1 0.83184264 0.83184264 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000186 1 0.000000058 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 89084834 A C - - - - - - 29 0 0 31 6 19.4 18 2 11.1 83 5 6 64 11 17.2 3 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 3 5 3 3 3 4 0 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.041619048 2.041619048 1 1.415548387 1.415548387 1 1.085641026 1.085641026 1 1.389096447 1.389096447 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 1.03E-08 1 0.003626632 1 0.0000656 1 2.85E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 91652304 C G - - - - - - 10 0 0 5 0 0 5 0 0 11 4 36.4 10 1 10 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 3 5 3 3 3 4 0 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 6.586222222 2.195407407 3 0.807614213 0.807614213 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 1 1 1 1 0.000000201 1 0.04888987 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 95970901 C G KCNIP3 CCDS2013.1 r.? - - intronic 27 0 0 40 0 0 25 0 0 40 5 12.5 63 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 3 5 3 3 3 4 0 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 2.261752137 2.261752137 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000178 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 96644368 G C ENSG00000174501 ENST00000456556 r.? - - intronic 29 0 0 31 0 0 25 0 0 56 4 7.1 78 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 3 5 3 3 3 4 0 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.284675214 1.284675214 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.000186538 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 98319231 A G - - - - - - 41 0 0 39 2 5.1 21 3 14.3 45 4 8.9 54 9 16.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 3 3.6475352 3 3 3 3 0 1 0 0 1 1 1 0.3524648 NA NA NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.6475352 0.536714286 0.536714286 1 1.823634409 1.823634409 1 1.610367521 1.610367521 1 1.122854114 1.122854114 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.016387522 1 0.000155401 1 0.0000791 1 8.48E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 100357643 T C AFF3 CCDS42723.1 r.? - - intronic 28 0 0 25 2 8 25 0 0 82 14 17.1 67 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3.6475352 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 0.3524648 NA NA NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.6475352 0.841904762 0.841904762 1 0 0 1 3.094076923 1.031358974 3 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 7 NA 1 1 0.006948068 1 1 1 9.77E-18 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 101705795 C T TBC1D8 CCDS46375.1 r.? - - intronic 35 0 0 41 0 0 24 0 0 76 5 6.6 68 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3.6475352 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 0.3524648 NA NA NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.6475352 0 0 1 0 0 1 1.194205128 1.194205128 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.000043 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 104730916 C G - - - - - - 39 0 0 32 0 0 21 0 0 69 4 5.8 64 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3.6475352 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 0.3524648 NA NA NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.6475352 0 0 1 0 0 1 1.049452991 1.049452991 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.000416985 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 104860457 A T - - - - - - 36 0 0 28 0 0 22 0 0 74 5 6.8 69 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3.6475352 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 0.3524648 NA NA NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.6475352 0 0 1 0 0 1 1.230393162 1.230393162 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000378 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 104925413 C T - - - - - - 28 0 0 35 0 0 17 0 0 77 5 6.5 70 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3.6475352 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 0.3524648 NA NA NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.6475352 0 0 1 0 0 1 1.176111111 1.176111111 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000458 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 105857361 A G GPR45 CCDS2066.1 r.? - - upstream 36 0 0 44 0 0 18 0 0 85 6 7.1 69 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3.6475352 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 0.3524648 NA NA NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.6475352 0 0 1 0 0 1 1.284675214 1.284675214 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000487 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 106664427 C G - - - - - - 18 0 0 43 0 0 17 0 0 73 6 8.2 70 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3.6475352 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 0.3524648 NA NA NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.6475352 0 0 1 0 0 1 1.483709402 1.483709402 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.000002 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 107079300 T C RGPD3 CCDS46379.1 r.? - - intronic 13 0 0 8 0 0 6 0 0 36 6 16.7 19 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3.6475352 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 0.3524648 NA NA NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.6475352 0 0 1 0 0 1 3.021700855 1.007233618 3 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 1 1 1 1 2.68E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 108077461 C A - - - - - - 23 0 0 31 0 0 29 0 0 65 8 12.3 48 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3.6475352 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 0.3524648 NA NA NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.6475352 0 0 1 0 0 1 2.225564103 1.112782051 2 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 1 1 1 1 1.53E-09 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 115215372 C A DPP10 CCDS46400.1 r.? - - intronic 24 0 0 25 1 4 19 3 15.8 72 8 11.1 71 12 16.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3.6475352 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 0.3524648 NA NA NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.6475352 0.420952381 0.420952381 1 1.856924731 1.856924731 1 2.008435897 1.004217949 2 1.136301469 1.136301469 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.117779757 1 0.000114071 1 3.52E-09 1 2.38E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 116825191 G A - - - - - - 29 0 0 34 5 14.7 9 0 0 54 11 20.4 57 3 5.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3.6475352 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 0.3524648 NA NA NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.6475352 1.547 1.547 1 0 0 1 3.691179487 1.230393162 3 0.356354899 0.550325138 0.6475352 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000000771 1 1 1 3.84E-15 1 0.002989991 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 117525712 C G - - - - - - 30 0 0 37 3 8.1 23 1 4.3 74 5 6.8 68 3 4.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3.6475352 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 0.3524648 NA NA NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.6475352 0.852428571 0.852428571 1 0.505365591 0.505365591 1 1.230393162 1.230393162 1 0.295841803 0.4568737 0.6475352 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000855237 1 0.108890944 1 0.0000378 1 0.004916956 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 118156889 A T - - - - - - 23 0 0 27 0 0 26 0 0 87 5 5.7 52 0 0 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3.6475352 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 0.3524648 NA NA NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.6475352 0 0 1 0 0 1 1.031358974 1.031358974 1 0 0 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000821 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 118341356 G A - - - - - - 27 0 0 30 0 0 22 0 0 74 8 10.8 63 0 0 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3.6475352 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 0.3524648 NA NA NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.6475352 0 0 1 0 0 1 1.954153846 0.977076923 2 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 1 1 1 1 4.39E-09 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 123616437 T G - - - - - - 29 0 0 42 0 0 26 0 0 74 4 5.4 54 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3.6475352 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 0.3524648 NA NA NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.6475352 0 0 1 0 0 1 0.977076923 0.977076923 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.00054411 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 123807923 A G - - - - - - 41 0 0 40 2 5 15 2 13.3 63 6 9.5 70 12 17.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3.6475352 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 0.3524648 NA NA NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.6475352 0.526190476 0.526190476 1 1.563107527 1.563107527 1 1.718931624 1.718931624 1 1.149748824 1.149748824 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.017193422 1 0.002513772 1 0.000000832 1 1.99E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 124180583 C T - - - - - - 25 0 0 30 0 0 17 0 0 76 5 6.6 44 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3.6475352 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 0.3524648 NA NA NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.6475352 0 0 1 0 0 1 1.194205128 1.194205128 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.000043 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 125296878 A G CNTNAP5 CCDS46401.1 r.? - - intronic 34 0 0 42 4 9.5 18 1 5.6 71 6 8.5 70 16 22.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3.6475352 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 0.3524648 NA NA NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.6475352 0.999761905 0.999761905 1 0.658150538 0.658150538 1 1.537991453 1.537991453 1 1.539722109 0.934560979 1.6475352 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.0000601 1 0.086275114 1 0.00000169 1 2.93E-22 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 125467992 C T CNTNAP5 CCDS46401.1 r.? - - intronic 39 0 0 35 0 0 20 0 0 69 6 8.7 71 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3.6475352 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 0.3524648 NA NA NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.6475352 0 0 1 0 0 1 1.574179487 1.574179487 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000143 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 126103611 A G - - - - - - 26 0 0 30 0 0 25 1 4 67 5 7.5 58 19 32.8 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3.6475352 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 0.3524648 NA NA NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.6475352 0 0 1 0.470107527 0.470107527 1 1.357051282 1.357051282 1 2.205366165 1.102683082 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 1 1 0.117779757 1 0.0000233 1 1.5E-29 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 127198077 T A - - - - - - 28 0 0 45 0 0 22 0 0 69 6 8.7 61 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3.6475352 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 0.3524648 NA NA NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.6475352 0 0 1 0 0 1 1.574179487 1.574179487 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000143 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 130263720 G A - - - - - - 36 0 0 46 3 6.5 18 1 5.6 65 8 12.3 80 26 32.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 6 3 3 3 6 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.684047619 0.684047619 1 0.658150538 0.658150538 1 2.225564103 1.112782051 2 2.949746193 0.983248731 3 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.001615827 1 0.086275114 1 1.53E-09 1 8.83E-40 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 133496679 C A NCKAP5 CCDS46418.1 r.? - - intronic 40 0 0 35 0 0 20 0 0 83 8 9.6 66 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3.539187701 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 0.460812299 NA NA NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.539187701 0 0 1 0 0 1 1.737025641 1.737025641 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.000000011 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 135851282 C T RAB3GAP1 CCDS33294.1 r.? - - intronic 29 0 0 30 3 10 12 1 8.3 70 5 7.1 48 7 14.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3.539187701 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 0.460812299 NA NA NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.539187701 1.052380952 1.052380952 1 0.975473118 0.975473118 1 1.284675214 1.284675214 1 0.965838156 0.965838156 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000458697 1 0.058377193 1 0.0000289 1 4.81E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 136084885 G A ZRANB3 CCDS46419.1 r.? - - intronic 15 0 0 28 0 0 11 0 0 57 6 10.5 49 0 0 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3.539187701 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 0.460812299 NA NA NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.539187701 0 0 1 0 0 1 1.899871795 1.899871795 1 0 0 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.000000456 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 137501303 C G - - - - - - 41 0 0 45 0 0 18 0 0 65 4 6.2 63 0 0 308 0 0 493 0 0 284 0 0 698 13 1.9 629 0 0 TRUE FALSE 3 3 3 3.539187701 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 0.460812299 NA NA NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.539187701 0 0 1 0 0 1 1.12182906 1.12182906 1 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 0.343786325 0.343786325 1 0 NA 0 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.000331785 0.0000695 1 1 YES 0_0 0_0 1_1 0_0 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b 2 138342854 A C THSD7B ENST00000409968 r.? - - intronic 31 0 0 47 0 0 22 0 0 73 5 6.8 77 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3.539187701 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 0.460812299 NA NA NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.539187701 0 0 1 0 0 1 1.230393162 1.230393162 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000354 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 140079681 C A - - - - - - 39 0 0 38 3 7.9 19 3 15.8 67 5 7.5 53 14 26.4 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3.539187701 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 0.460812299 NA NA NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.539187701 0.831380952 0.831380952 1 1.856924731 1.856924731 1 1.357051282 1.357051282 1 1.746447076 0.873223538 2 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000925091 1 0.000114071 1 0.0000233 1 1.22E-20 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 140262327 G C - - - - - - 35 0 0 38 0 0 15 0 0 74 4 5.4 59 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3.539187701 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 0.460812299 NA NA NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.539187701 0 0 1 0 0 1 0.977076923 0.977076923 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.00054411 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 140877238 G T - - - - - - 24 0 0 34 0 0 23 0 0 56 6 10.7 55 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3.539187701 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 0.460812299 NA NA NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.539187701 0 0 1 0 0 1 1.936059829 1.936059829 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.000000409 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 141672687 T C LRP1B CCDS2182.1 r.? - - intronic 30 0 0 43 3 7 25 2 8 78 5 6.4 49 7 14.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3.539187701 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 0.460812299 NA NA NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.539187701 0.736666667 0.736666667 1 0.940215054 0.940215054 1 1.158017094 1.158017094 1 0.945992166 0.945992166 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.001328364 1 0.006948068 1 0.0000487 1 5.58E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 141822550 G T LRP1B CCDS2182.1 r.? - - intronic 28 0 0 26 0 0 17 0 0 61 5 8.2 67 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3.539187701 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 0.460812299 NA NA NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.539187701 0 0 1 0 0 1 1.483709402 1.483709402 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000147 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 142583103 G C LRP1B CCDS2182.1 r.? - - intronic 34 0 0 24 0 0 22 0 0 74 6 8.1 64 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3.539187701 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 0.460812299 NA NA NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.539187701 0 0 1 0 0 1 1.465615385 1.465615385 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000216 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 142584613 C A LRP1B CCDS2182.1 r.? - - intronic 37 0 0 27 0 0 15 0 0 65 6 9.2 61 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3.539187701 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 0.460812299 NA NA NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.539187701 0 0 1 0 0 1 1.664649573 1.664649573 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.000001 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 142794312 T C LRP1B CCDS2182.1 r.? - - intronic 35 0 0 38 2 5.3 19 2 10.5 65 7 10.8 45 6 13.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3.539187701 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 0.460812299 NA NA NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.539187701 0.557761905 0.557761905 1 1.234032258 1.234032258 1 1.954153846 1.954153846 1 0.879838868 0.879838868 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.015598339 1 0.004039874 1 4.22E-08 1 0.000000108 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 142991262 G T - - - - - - 33 0 0 30 0 0 14 0 0 73 5 6.8 60 0 0 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3.539187701 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 0.460812299 NA NA NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.539187701 0 0 1 0 0 1 1.230393162 1.230393162 1 0 0 1 NA NA 0 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000354 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 143536672 T A - - - - - - 35 0 0 39 0 0 16 0 0 59 7 11.9 57 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3.539187701 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 0.460812299 NA NA NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.539187701 0 0 1 0 0 1 2.153188034 1.076594017 2 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 1 1 2.12E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 144993381 A C GTDC1 CCDS33300.1 r.? - - intronic 27 0 0 37 0 0 18 0 0 54 6 11.1 55 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3.539187701 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 0.460812299 NA NA NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.539187701 0 0 1 0 0 1 2.008435897 2.008435897 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.000000329 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 146760968 G T - - - - - - 26 0 0 32 1 3.1 18 2 11.1 75 6 8 83 22 26.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3.539187701 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 0.460812299 NA NA NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.539187701 0.326238095 0.326238095 1 1.304548387 1.304548387 1 1.447521368 1.447521368 1 1.753062406 0.876531203 2 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.14819814 1 0.003626632 1 0.00000234 1 1.23E-31 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 147044146 G A - - - - - - 36 0 0 36 3 8.3 23 1 4.3 63 5 7.9 59 10 16.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3.539187701 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 0.460812299 NA NA NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.539187701 0.87347619 0.87347619 1 0.505365591 0.505365591 1 1.42942735 1.42942735 1 1.117990742 1.117990742 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000788827 1 0.108890944 1 0.0000173 1 4.91E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 147503142 G T - - - - - - 20 0 0 40 0 0 18 0 0 63 6 9.5 66 0 0 1 0 0 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3.539187701 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 0.460812299 NA NA NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.539187701 0 0 1 0 0 1 1.718931624 1.718931624 1 0 0 1 NA NA 0 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.000000832 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 149319135 G A - - - - - - 31 0 0 37 1 2.7 18 2 11.1 19 4 21.1 60 10 16.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3.539187701 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 0.460812299 NA NA NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.539187701 0.284142857 0.284142857 1 1.304548387 1.304548387 1 3.817837607 1.272612536 3 1.104760082 1.104760082 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.169281299 1 0.003626632 1 0.00000228 1 5.86E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 154624745 G A - - - - - - 31 0 0 49 3 6.1 19 2 10.5 87 7 8 97 18 18.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.705812959 5 8 5.5780986 2 3 5 3 2 2 3 2 0.294187041 1 1 0.4219014 3 NA NA 4 2 NA NA 2 0.705812959 NA NA 0.5780986 0.746006971 0.746006971 1 1.444032258 1.444032258 1 1.847521368 1.847521368 1 1.609688776 1.020017872 1.5780986 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.001939399 1 0.004039874 1 0.000000322 1 4.4E-23 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 155882451 G A - - - - - - 27 0 0 45 1 2.2 37 5 13.5 89 9 10.1 92 6 6.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4.705812959 5 8 5.5780986 2 3 5 3 2 2 3 2 0.294187041 1 1 0.4219014 3 NA NA 4 2 NA NA 2 0.705812959 NA NA 0.5780986 0.269051695 NA 0 1.856612903 1.856612903 1 2.332495726 1.166247863 2 0.562525648 0.562525648 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.201934322 1 0.00000119 1 8.66E-10 1 0.00000771 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 156227658 T A - - - - - - 41 0 0 39 3 7.7 19 2 10.5 77 6 7.8 71 12 16.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.705812959 5 8 5.5780986 2 3 5 3 2 2 3 2 0.294187041 1 1 0.4219014 3 NA NA 4 2 NA NA 2 0.705812959 NA NA 0.5780986 0.941680931 0.941680931 1 1.444032258 1.444032258 1 1.801333333 1.801333333 1 1.462566684 1.462566684 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000998458 1 0.004039874 1 0.00000273 1 2.38E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 156348966 T A - - - - - - 29 0 0 36 0 0 15 0 0 80 6 7.5 62 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4.705812959 5 8 5.5780986 2 3 5 3 2 2 3 2 0.294187041 1 1 0.4219014 3 NA NA 4 2 NA NA 2 0.705812959 NA NA 0.5780986 0 NA 0 0 0 1 1.732051282 1.732051282 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00000342 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 156765577 G A - - - - - - 32 0 0 42 0 0 23 0 0 64 6 9.4 81 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4.705812959 5 8 5.5780986 2 3 5 3 2 2 3 2 0.294187041 1 1 0.4219014 3 NA NA 4 2 NA NA 2 0.705812959 NA NA 0.5780986 0 NA 0 0 0 1 2.170837607 1.085418803 2 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000000914 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 156770675 C G - - - - - - 36 0 0 48 1 2.1 28 4 14.3 103 8 7.8 85 14 16.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4.705812959 5 8 5.5780986 2 3 5 3 2 2 3 2 0.294187041 1 1 0.4219014 3 NA NA 4 2 NA NA 2 0.705812959 NA NA 0.5780986 0.256822072 NA 0 1.966634409 1.966634409 1 1.801333333 1.801333333 1 1.427949721 1.427949721 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.213845552 1 0.0000116 1 6.09E-08 1 1.66E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 158944412 G T UPP2 CCDS46435.1 r.? - - intronic 34 0 0 29 0 0 21 0 0 74 6 8.1 82 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4.705812959 5 8 5.5780986 2 3 5 3 2 2 3 2 0.294187041 1 1 0.4219014 3 NA NA 4 2 NA NA 2 0.705812959 NA NA 0.5780986 0 NA 0 0 0 1 1.870615385 1.870615385 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00000216 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 162036208 C T TANK CCDS2215.1 r.274c>u c.35C>T p.A12V missense 44 0 0 40 2 5 18 2 11.1 74 5 6.8 87 14 16.1 794 1 0.1 2142 242 11.3 502 54 10.8 2403 109 4.5 2676 309 11.5 TRUE TRUE 4.705812959 5 8 5.5780986 2 3 5 3 2 2 3 2 0.294187041 1 1 0.4219014 3 NA NA 4 2 NA NA 2 0.705812959 NA NA 0.5780986 0.611481124 0.611481124 1 1.526548387 1.526548387 1 1.570393162 1.570393162 1 1.393332758 1.393332758 1 1.381947341 0.810140017 1.705812959 1.485290323 0.742645161 2 1.039230769 1.039230769 1 0.995237684 0.995237684 1 8 12 1 0.98131358 0.017193422 3.69E-235 0.003626632 9.49E-53 0.0000378 3.19E-65 2.35E-17 1.14E-302 YES 1_1 1_1 1_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b 2 163114119 C G - - - - - - 42 0 0 42 0 0 29 0 0 85 4 4.7 77 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4.705812959 5 8 5.5780986 2 3 5 3 2 2 3 2 0.294187041 1 1 0.4219014 3 NA NA 4 2 NA NA 2 0.705812959 NA NA 0.5780986 0 NA 0 0 0 1 1.085418803 1.085418803 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000916711 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 163330005 C G KCNH7 CCDS2219.1 r.? - - intronic 39 0 0 40 0 0 32 0 0 76 4 5.3 95 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4.705812959 5 8 5.5780986 2 3 5 3 2 2 3 2 0.294187041 1 1 0.4219014 3 NA NA 4 2 NA NA 2 0.705812959 NA NA 0.5780986 0 NA 0 0 0 1 1.223982906 1.223982906 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00060191 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 163674624 G C KCNH7 CCDS2219.1 r.? - - intronic 26 0 0 43 0 0 16 0 0 79 4 5.1 64 0 0 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4.705812959 5 8 5.5780986 2 3 5 3 2 2 3 2 0.294187041 1 1 0.4219014 3 NA NA 4 2 NA NA 2 0.705812959 NA NA 0.5780986 0 NA 0 0 0 1 1.177794872 1.177794872 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000696582 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 164453323 G C FIGN ENST00000409634 r.? - - intronic 29 0 0 42 0 0 18 0 0 77 6 7.8 78 0 0 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4.705812959 5 8 5.5780986 2 3 5 3 2 2 3 2 0.294187041 1 1 0.4219014 3 NA NA 4 2 NA NA 2 0.705812959 NA NA 0.5780986 0 NA 0 0 0 1 1.801333333 1.801333333 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00000273 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 170023350 T A LRP2 CCDS2232.1 r.? - - intronic 33 0 0 50 0 0 26 0 0 83 8 9.6 106 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4.705812959 5 8 7.637939036 2 3 5 4 2 2 3 3 0.294187041 1 1 0.362060964 3 NA NA 4 2 NA NA 4 0.705812959 NA NA 0.637939036 0 NA 0 0 0 1 2.217025641 1.108512821 2 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000000011 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 170169563 T C LRP2 CCDS2232.1 r.? - - intronic 38 0 0 50 0 0 29 0 0 96 5 5.2 110 0 0 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4.705812959 5 8 7.637939036 2 3 5 4 2 2 3 3 0.294187041 1 1 0.362060964 3 NA NA 4 2 NA NA 4 0.705812959 NA NA 0.637939036 0 NA 0 0 0 1 1.200888889 1.200888889 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000130906 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 172543167 A G DYNC1I2 CCDS46450.1 r.? - - upstream 34 0 0 45 2 4.4 24 2 8.3 73 5 6.8 73 9 12.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.705812959 5 8 5.571409595 2 3 5 3 2 2 3 2 0.294187041 1 1 0.428590405 3 NA NA 4 2 NA NA 2 0.705812959 NA NA 0.571409595 0.538103389 0.538103389 1 1.141473118 1.141473118 1 1.570393162 1.570393162 1 1.063648862 1.063648862 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.021467209 1 0.006413403 1 0.0000354 1 1.42E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 172843193 C T HAT1 CCDS2245.1 r.? - - intronic 31 0 0 41 2 4.9 25 0 0 59 5 8.5 74 8 10.8 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.705812959 5 8 5.571409595 2 3 5 3 2 2 3 2 0.294187041 1 1 0.428590405 3 NA NA 4 2 NA NA 2 0.705812959 NA NA 0.571409595 0.599251502 0.599251502 1 0 0 1 1.962991453 1.962991453 1 0.933935586 0.933935586 1 NA NA 0 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.018015855 1 1 1 0.0000125 1 4.39E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 175145837 C T - - - - - - 23 0 0 27 0 0 13 0 0 53 6 11.3 59 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA FALSE FALSE 4.705812959 5 8 5.571409595 2 3 5 3 2 2 3 2 0.294187041 1 1 0.428590405 3 NA NA 4 2 NA NA 2 0.705812959 NA NA 0.571409595 0 NA 0 0 0 1 2.609623932 0.869874644 3 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000000293 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 175384797 G A - - - - - - 48 0 0 40 1 2.5 24 3 12.5 68 5 7.4 82 10 12.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4.705812959 5 8 5.571409595 2 3 5 3 2 2 3 2 0.294187041 1 1 0.428590405 3 NA NA 4 2 NA NA 2 0.705812959 NA NA 0.571409595 0.305740562 NA 0 1.719086022 1.719086022 1 1.708957265 1.708957265 1 1.055001311 1.055001311 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.181679879 1 0.000233853 1 0.0000251 1 1.51E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 176924273 A G - - - - - - 29 0 0 53 0 0 37 0 0 94 8 8.5 79 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4.705812959 5 8 5.571409595 2 3 5 3 2 2 3 2 0.294187041 1 1 0.428590405 3 NA NA 4 2 NA NA 2 0.705812959 NA NA 0.571409595 0 NA 0 0 0 1 1.962991453 0.981495726 2 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 2.97E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 183455001 C A - - - - - - 51 0 0 34 0 0 26 0 0 67 5 7.5 71 0 0 0 0 NA 4 0 0 3 0 0 3 0 0 6 0 0 FALSE FALSE 3.573731471 4 8 4.607332612 2 3 5 3 1 1 3 1 0.426268529 1 1 0.392667388 3 NA NA 4 1 NA NA 1 0.573731471 NA NA 0.607332612 0 NA 0 0 0 1 1.732051282 1.732051282 1 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000233 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 183985305 G T NUP35 CCDS2290.1 r.? - - upstream 23 0 0 39 1 2.6 13 0 0 72 7 9.7 58 0 0 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.573731471 4 7 4.607332612 2 3 5 3 1 1 2 1 0.426268529 1 1 0.392667388 3 NA NA 4 1 NA NA 1 0.573731471 NA NA 0.607332612 0.288536066 NA 0 0 0 1 2.143119658 1.071559829 2 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.177567718 1 1 1 8.66E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 183988728 G C NUP35 CCDS2290.1 r.? - - upstream 39 0 0 35 0 0 25 0 0 59 4 6.8 60 0 0 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.573731471 4 7 4.607332612 2 3 5 3 1 1 2 1 0.426268529 1 1 0.392667388 3 NA NA 4 1 NA NA 1 0.573731471 NA NA 0.607332612 0 NA 0 0 0 1 1.502393162 1.502393162 1 0 0 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00022841 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 185399439 A T - - - - - - 33 0 0 35 3 8.6 17 0 0 75 5 6.7 54 9 16.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 TRUE FALSE 3.573731471 4 7 4.607332612 2 3 5 3 1 1 2 1 0.426268529 1 1 0.392667388 3 NA NA 4 1 NA NA 1 0.573731471 NA NA 0.607332612 0.954388526 0.954388526 1 0 0 1 1.480299145 1.480299145 1 1.283140282 1.283140282 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 0 0 1 8 NA 1 1 0.000725791 1 1 1 0.0000403 1 8.48E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 185892726 C A - - - - - - 32 0 0 35 0 0 18 0 0 69 5 7.2 57 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.573731471 4 7 4.607332612 2 3 5 3 1 1 2 1 0.426268529 1 1 0.392667388 3 NA NA 4 1 NA NA 1 0.573731471 NA NA 0.607332612 0 NA 0 0 0 1 1.590769231 1.590769231 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000269 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 186548893 G A - - - - - - 34 0 0 39 0 0 20 0 0 83 7 8.4 80 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.573731471 4 7 4.607332612 2 3 5 3 1 1 2 1 0.426268529 1 1 0.392667388 3 NA NA 4 1 NA NA 1 0.573731471 NA NA 0.607332612 0 NA 0 0 0 1 1.855897436 1.855897436 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000000233 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 186768872 C T - - - - - - 36 0 0 43 0 0 23 0 0 68 5 7.4 70 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.573731471 4 7 4.607332612 2 3 5 3 1 1 2 1 0.426268529 1 1 0.392667388 3 NA NA 4 1 NA NA 1 0.573731471 NA NA 0.607332612 0 NA 0 0 0 1 1.634957265 1.634957265 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000251 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 186956878 C G - - - - - - 26 0 0 42 0 0 21 0 0 72 5 6.9 73 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.573731471 4 7 4.607332612 2 3 5 3 1 1 2 1 0.426268529 1 1 0.392667388 3 NA NA 4 1 NA NA 1 0.573731471 NA NA 0.607332612 0 NA 0 0 0 1 1.524487179 1.524487179 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000331 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 190368375 G T - - - - - - 34 0 0 41 0 0 28 0 0 52 5 9.6 70 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.573731471 4 7 4.607332612 2 3 5 3 1 1 2 1 0.426268529 1 1 0.392667388 3 NA NA 4 1 NA NA 1 0.573731471 NA NA 0.607332612 0 NA 0 0 0 1 2.121025641 2.121025641 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00000668 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 191446046 A G - - - - - - 48 0 0 35 0 0 28 0 0 69 5 7.2 63 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.573731471 4 7 4.607332612 2 3 5 3 1 1 2 1 0.426268529 1 1 0.392667388 3 NA NA 4 1 NA NA 1 0.573731471 NA NA 0.607332612 0 NA 0 0 0 1 1.590769231 1.590769231 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000269 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 193730351 A T - - - - - - 32 0 0 37 1 2.7 22 2 9.1 92 4 4.3 62 5 8.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.573731471 4 7 4.607332612 2 3 5 3 1 1 2 1 0.426268529 1 1 0.392667388 3 NA NA 4 1 NA NA 1 0.573731471 NA NA 0.607332612 0.299633607 NA 0 1.160494624 1.160494624 1 0.950042735 0.950042735 1 0.622361454 0.622361454 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.169281299 1 0.005403392 1 0.001230545 1 0.000016 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 194459915 T C - - - - - - 34 0 0 42 0 0 26 0 0 84 7 8.3 65 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.573731471 4 7 4.607332612 2 3 5 3 1 1 2 1 0.426268529 1 1 0.392667388 3 NA NA 4 1 NA NA 1 0.573731471 NA NA 0.607332612 0 NA 0 0 0 1 1.833803419 1.833803419 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000000253 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 194825356 G C - - - - - - 40 0 0 36 2 5.6 23 0 0 62 5 8.1 68 10 14.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.573731471 4 7 4.607332612 2 3 5 3 1 1 2 1 0.426268529 1 1 0.392667388 3 NA NA 4 1 NA NA 1 0.573731471 NA NA 0.607332612 0.621462296 0.621462296 1 0 0 1 1.789615385 1.789615385 1 1.129470787 1.129470787 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.014070883 1 1 1 0.000016 1 2.18E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 195368081 C A - - - - - - 37 0 0 37 3 8.1 27 2 7.4 59 7 11.9 53 8 15.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 3.573731471 4 7 4.607332612 2 3 5 3 1 1 2 1 0.426268529 1 1 0.392667388 3 NA NA 4 1 NA NA 1 0.573731471 NA NA 0.607332612 0.898900821 0.898900821 1 0.943698925 0.943698925 1 2.629188034 0.876396011 3 1.160204686 1.160204686 1 NA NA 0 NA NA 0 0 0 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000855237 1 0.00807567 1 2.12E-08 1 2.83E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 196066553 G T - - - - - - 34 0 0 48 1 2.1 34 3 8.8 68 5 7.4 65 6 9.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 FALSE FALSE 3.573731471 4 7 4.607332612 2 3 5 3 1 1 2 1 0.426268529 1 1 0.392667388 3 NA NA 4 1 NA NA 1 0.573731471 NA NA 0.607332612 0.233048361 NA 0 1.122236559 1.122236559 1 1.634957265 1.634957265 1 0.706879676 0.706879676 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 0 0 1 NA NA 1 1 0.213845552 1 0.000666058 1 0.0000251 1 0.000001 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 197148294 G A HECW2 CCDS33354.1 r.? - - intronic 33 0 0 42 4 9.5 19 1 5.3 52 7 13.5 61 12 19.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.573731471 4 7 4.607332612 2 3 5 3 1 1 2 1 0.426268529 1 1 0.392667388 3 NA NA 4 1 NA NA 1 0.573731471 NA NA 0.607332612 1.054266394 1.054266394 1 0.675892473 0.675892473 1 2.982692308 0.994230769 3 1.513644525 1.513644525 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.0000601 1 0.090843738 1 8.58E-09 1 3.39E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 198863729 C A PLCL1 ENST00000428675 r.? - - intronic 35 0 0 42 0 0 20 0 0 83 5 6 68 0 0 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.573731471 4 7 4.607332612 2 3 5 3 1 1 2 1 0.426268529 1 1 0.392667388 3 NA NA 4 1 NA NA 1 0.573731471 NA NA 0.607332612 0 NA 0 0 0 1 1.325641026 1.325641026 1 0 0 1 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000656 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 199572891 G C - - - - - - 37 0 0 41 1 2.4 21 3 14.3 81 5 6.2 69 10 14.5 542 0 0 567 17 3 116 36 31 588 23 3.9 784 95 12.1 FALSE TRUE 3.573731471 4 7 4.607332612 2 3 5 3 1 1 2 1 0.426268529 1 1 0.392667388 3 NA NA 4 1 NA NA 1 0.573731471 NA NA 0.607332612 0.266340984 NA 0 1.823634409 1.823634409 1 1.36982906 1.36982906 1 1.114103838 1.114103838 1 0.33292623 0.33292623 1 3.953333333 1.317777778 3 0.861666667 0.861666667 1 0.929700444 0.929700444 1 NA 6 1 1 0.18577148 8.16E-09 0.000155401 1.26E-53 0.0000584 9.88E-14 2.54E-12 1.93E-96 YES 0_1 1_1 1_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b 2 204435039 G T - - - - - - 33 0 0 36 4 11.1 29 1 3.4 72 5 6.9 63 9 14.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.573731471 4 7 4.634447356 2 3 5 3 1 1 2 1 0.426268529 1 1 0.365552644 3 NA NA 4 1 NA NA 1 0.573731471 NA NA 0.634447356 1.23182705 1.23182705 1 0.433591398 0.433591398 1 1.524487179 1.524487179 1 1.102614297 1.102614297 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.0000324 1 0.135292269 1 0.0000331 1 3.62E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 205266489 C G - - - - - - 33 0 0 37 0 0 31 0 0 91 4 4.4 80 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.573731471 4 7 4.634447356 2 3 5 3 1 1 2 1 0.426268529 1 1 0.365552644 3 NA NA 4 1 NA NA 1 0.573731471 NA NA 0.634447356 0 NA 0 0 0 1 0.972136752 0.972136752 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.001181698 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 205338597 G A - - - - - - 36 0 0 32 1 3.1 27 1 3.7 69 8 11.6 71 11 15.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.573731471 4 7 4.634447356 2 3 5 3 1 1 2 1 0.426268529 1 1 0.365552644 3 NA NA 4 1 NA NA 1 0.573731471 NA NA 0.634447356 0.344023771 NA 0 0.471849462 0.471849462 1 2.562905983 0.854301994 3 1.195141371 1.195141371 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.14819814 1 0.126579904 1 2.49E-09 1 9.49E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 206794496 C T - - - - - - 39 0 0 31 0 0 19 0 0 67 6 9 55 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2.701497485 3 7 4 2 3 5 4 0 0 2 0 0.298502515 1 1 1 3 NA NA NA 0 NA NA NA 0.701497485 NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 1.988461538 1.988461538 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000012 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 209649232 C G - - - - - - 39 0 0 34 1 2.9 32 2 6.2 65 4 6.2 69 12 17.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.608296999 3 7 4.641215872 2 3 5 3 1 0 2 1 0.391703001 1 1 0.358784128 3 NA NA 4 1 NA NA 1 0.608296999 NA NA 0.641215872 0.322831089 NA 0 0.728666667 0.728666667 1 1.36982906 1.36982906 1 1.342820293 1.342820293 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.156694864 1 0.011224977 1 0.000331785 1 1.65E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 209706768 T C - - - - - - 36 0 0 44 4 9.1 22 1 4.5 65 5 7.7 64 10 15.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.608296999 3 7 4.641215872 2 3 5 3 1 0 2 1 0.391703001 1 1 0.358784128 3 NA NA 4 1 NA NA 1 0.608296999 NA NA 0.641215872 1.013021694 1.013021694 1 0.528870968 NA 0 1.701239316 1.701239316 1 1.203907849 1.203907849 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.0000723 1 0.104413009 1 0.0000201 1 1.16E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 212663179 A T ERBB4 CCDS2394.1 r.? - - intronic 29 0 0 44 0 0 17 0 0 43 4 9.3 62 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 7 4 3 3 5 4 0 0 2 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 2.05474359 2.05474359 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000066 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 212728598 C T ERBB4 CCDS2394.1 r.? - - intronic 33 0 0 36 2 5.6 22 0 0 70 5 7.1 57 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 7 4 3 3 5 4 0 0 2 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.589333333 0.589333333 1 0 0 1 1.568675214 1.568675214 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 0 0 1 NA NA 0 7 NA 1 1 0.014070883 1 1 1 0.0000289 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 212911051 C A ERBB4 CCDS2394.1 r.? - - intronic 37 0 0 25 3 12 21 3 14.3 62 5 8.1 53 6 11.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 7 4 3 3 5 4 0 0 2 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.262857143 1.262857143 1 1.680634409 1.680634409 1 1.789615385 1.789615385 1 0.799604061 0.799604061 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.00026475 1 0.000155401 1 0.000016 1 0.000000293 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 222925222 G A - - - - - - 39 0 0 46 3 6.5 24 3 12.5 69 5 7.2 73 16 21.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 TRUE FALSE 3 3 3.725067125 4 3 3 2 4 0 0 0 0 1 1 -0.725067125 1 NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 1.725067125 NA 0.684047619 0.684047619 1 1.469086022 1.469086022 1 1.354974064 1.354974064 1 1.549675127 0.774837563 2 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 0 0 1 8 NA 1 1 0.001615827 1 0.000233853 1 0.0000269 1 6.15E-22 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 226384277 G A KIAA1486 CCDS46529.1 r.? - - intronic 23 0 0 25 0 0 15 0 0 60 6 10 46 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3.725067125 4 3 3 2 4 0 0 0 0 1 1 -0.725067125 1 NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 1.725067125 NA 0 0 1 0 0 1 1.881908422 1.881908422 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.000000621 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 226730763 C T - - - - - - 27 0 0 36 2 5.6 22 1 4.5 67 5 7.5 57 8 14 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3.725067125 4 3 3 2 4 0 0 0 0 1 1 -0.725067125 1 NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 1.725067125 NA 0.589333333 0.589333333 1 0.528870968 0.528870968 1 1.411431316 1.411431316 1 0.990659898 0.990659898 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.014070883 1 0.104413009 1 0.0000233 1 5.19E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 227339139 T C - - - - - - 22 0 0 32 2 6.2 28 1 3.6 59 6 10.2 63 11 17.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3.725067125 4 3 3 2 4 0 0 0 0 1 1 -0.725067125 1 NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 1.725067125 NA 0.65247619 0.65247619 1 0.423096774 0.423096774 1 1.91954659 1.91954659 1 1.238324873 1.238324873 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.011224977 1 0.130947004 1 0.000000561 1 2.37E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 228023164 C T COL4A4 CCDS42828.1 r.? - - intronic 37 0 0 47 2 4.3 17 1 5.9 79 5 6.3 69 12 17.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3.725067125 4 3 3 2 4 0 0 0 0 1 1 -0.725067125 1 NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 1.725067125 NA 0.45252381 0.45252381 1 0.693408602 0.693408602 1 1.185602306 1.185602306 1 1.231248731 1.231248731 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.02328732 1 0.081683532 1 0.0000518 1 1.65E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 241754537 C A KIF1A CCDS46561.1 r.? - - intronic 30 0 0 37 0 0 13 1 7.7 7 3 42.9 51 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3.725067125 4 3 3 2 4 0 0 0 0 1 1 -0.725067125 1 NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 1.725067125 NA 0 0 1 0.904956989 0.904956989 1 8.07338713 2.167313194 3.725067125 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 0.063085307 1 0.00000431 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 242867307 G T - - - - - - 24 0 0 27 1 3.7 15 0 0 14 4 28.6 57 1 1.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3.725067125 4 3 3 2 4 0 0 0 0 1 1 -0.725067125 1 NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 1.725067125 NA 0.389380952 0.389380952 1 0 0 1 5.382258087 1.444875463 3.725067125 0.127370558 0.127370558 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 0.126579904 1 1 1 0.000000601 1 0.248523156 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 20 5488480 G A - - - - - - 29 0 0 34 0 0 27 0 0 48 6 12.5 56 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 2 3 4 3 2 2 3 1 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 2.261752137 1.130876068 2 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00000016 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 20 6605032 A T - - - - - - 41 0 0 50 0 0 24 0 0 75 4 5.3 63 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 2 3 4 3 2 2 3 1 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0.958982906 0.958982906 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000572493 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 20 7470034 C G - - - - - - 31 0 0 39 0 0 19 0 0 85 4 4.7 77 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 2 3 4 3 2 2 3 1 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0.850418803 0.850418803 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000916711 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 20 9672308 C T PAK7 CCDS13107.1 r.? - - intronic 38 0 0 33 0 0 23 0 0 61 6 9.8 38 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 3 2 2 2 2 2 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.773213675 1.773213675 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.000000685 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 20 9676365 A T PAK7 CCDS13107.1 r.? - - intronic 40 0 0 38 0 0 33 0 0 76 4 5.3 44 0 0 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 3 2 2 2 2 2 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.958982906 0.958982906 1 0 0 1 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.00060191 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 20 10201190 G A SNAP25 CCDS13110.1 r.? - - intronic 32 0 0 32 1 3.1 15 3 20 76 8 10.5 35 9 25.7 0 0 NA 0 0 NA 1 1 100 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 3 2 2 2 2 2 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.295238095 0.295238095 1 2.150537634 2.150537634 1 1.899871795 0.949935897 2 1.304568528 1.304568528 1 NA NA 0 10.75268817 10.75268817 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.14819814 1 0.0000544 0.005 5.44E-09 1 1.23E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 20 12448746 A G - - - - - - 39 0 0 38 0 0 25 0 0 78 5 6.4 44 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 3 2 2 2 2 2 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.158017094 1.158017094 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 0 0 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000487 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 20 15537023 C T MACROD2 CCDS13120.2 r.? - - intronic 32 0 0 31 0 0 24 0 0 58 5 8.6 41 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 3 2 2 2 2 2 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 1.55608547 1.55608547 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000115 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 20 16877886 G C - - - - - - 37 0 0 32 0 0 29 0 0 72 4 5.6 48 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 3 2 2 2 2 2 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.013264957 1.013264957 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.000490365 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 61796674 G T - - - - - - 28 1 3.6 29 0 0 13 0 0 52 0 0 34 11 32.4 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 1 3 5 2 1 2 3 1 0 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 1.644670051 1.644670051 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0.130947004 1 1 1 1 1 1 1 1.26E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 20 21991585 G A - - - - - - 29 0 0 40 3 7.5 19 2 10.5 61 5 8.2 48 12 25 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 3 2 2 2 2 2 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.714285714 0.714285714 1 1.129032258 1.129032258 1 1.483709402 1.483709402 1 1.269035533 1.269035533 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.001075403 1 0.004039874 1 0.0000147 1 1.44E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 20 24649339 G A TMEM90B CCDS13164.1 r.? - - downstream 21 0 0 8 0 0 6 0 0 9 3 33.3 32 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 3 2 2 2 2 2 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 6.025307692 3.012653846 2 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000103 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 20 35224319 C T TGIF2 CCDS13278.1 r.? - - downstream 30 0 0 37 4 10.8 23 1 4.3 33 5 15.2 57 5 8.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 3 2 3 4 3 2 3 1 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.352571429 1.352571429 1 0.505365591 0.505365591 1 2.598290598 1.299145299 2 0.534700508 0.534700508 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.0000362 1 0.108890944 1 0.00000066 1 0.0000105 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 20 36671643 G A RPRD1B CCDS13301.1 r.? - - intronic 26 0 0 53 3 5.7 20 2 10 87 6 6.9 84 9 10.7 2 0 0 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 3 2 5 4 3 2 4 1 0 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.713857143 0.713857143 1 1.175268817 1.175268817 1 1.179487179 1.179487179 1 0.864147208 0.864147208 1 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.002429596 1 0.004473894 1 0.00000558 1 5.13E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 20 37929835 G C - - - - - - 34 0 0 58 1 1.7 25 1 4 75 4 5.3 85 6 7.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 3 2 5 4 3 2 4 1 0 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.212904762 0.212904762 1 0.470107527 0.470107527 1 0.905982906 0.905982906 1 0.573406091 0.573406091 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.252280541 1 0.117779757 1 0.000572493 1 0.00000487 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 20 37933912 G C - - - - - - 45 0 0 46 3 6.5 29 2 6.9 62 5 8.1 80 7 8.8 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 2 0 0 TRUE FALSE 5 3 2 5 4 3 2 4 1 0 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.814047619 0.814047619 1 0.810935484 0.810935484 1 1.384615385 1.384615385 1 0.710700508 0.710700508 1 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 0 0 0 1 8 NA 1 1 0.001615827 1 0.009279585 1 0.000016 1 0.00000018 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 20 37935960 C T - - - - - - 26 0 0 47 4 8.5 34 3 8.8 55 6 10.9 92 7 7.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 3 2 5 4 3 2 4 1 0 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.06452381 1.06452381 1 1.034236559 1.034236559 1 1.863247863 1.863247863 1 0.613786802 0.613786802 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.0000939 1 0.000666058 1 0.000000367 1 0.000000472 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 20 38400031 C T - - - - - - 42 0 0 49 2 4.1 15 3 20 84 6 7.1 63 8 12.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 3 2 5 4 3 2 4 1 0 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.51347619 0.51347619 1 2.350537634 2.350537634 1 1.213675214 1.213675214 1 1.025670051 1.025670051 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.025168485 1 0.0000544 1 0.00000455 1 1.18E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 20 38400128 C A - - - - - - 36 0 0 39 3 7.7 29 3 10.3 82 4 4.9 71 10 14.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 3 2 5 4 3 2 4 1 0 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.964333333 0.964333333 1 1.210526882 1.210526882 1 0.837606838 0.837606838 1 1.138736041 1.138736041 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000998458 1 0.000414371 1 0.000801325 1 3.42E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 20 38400481 G A - - - - - - 31 0 0 45 4 8.9 12 2 16.7 75 6 8 64 10 15.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 3 2 5 4 3 2 4 1 0 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.114619048 1.114619048 1 1.962698925 1.962698925 1 1.367521368 1.367521368 1 1.259878173 1.259878173 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.0000791 1 0.001595918 1 0.00000234 1 1.16E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 20 38448721 C T - - - - - - 33 0 0 53 0 0 28 0 0 36 5 13.9 67 1 1.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 3 2 5 4 3 2 4 1 0 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 2.376068376 1.188034188 2 0.121142132 0.121142132 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000104 1 0.285262761 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 20 38528133 A C - - - - - - 30 0 0 52 0 0 20 0 0 75 4 5.3 84 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 3 2 5 4 3 2 4 1 0 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.905982906 0.905982906 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.000572493 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 20 41267264 C G PTPRT CCDS42874.1 r.? - - intronic 36 0 0 47 0 0 28 0 0 93 8 8.6 61 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.461268794 3.417766709 2 4 2 2 2 3 1 1 0 1 0.538731206 0.582233291 1 1 3 3 NA NA 1 1 NA NA 0.461268794 0.417766709 NA NA 0 0 1 0 0 1 1.47008547 1.47008547 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 1 1 2.73E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 20 45917651 G T ZMYND8 CCDS46613.1 r.? - - intronic 24 0 0 27 0 0 30 0 0 47 4 8.5 49 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.461268794 3.417766709 2 3 2 2 2 2 1 1 0 1 0.538731206 0.582233291 1 1 3 3 NA NA 1 1 NA NA 0.461268794 0.417766709 NA NA 0 0 1 0 0 1 1.452991453 1.452991453 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000939 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 20 51135695 C T - - - - - - 29 0 0 55 3 5.5 30 3 10 105 20 19 133 7 5.3 0 0 NA 3 2 66.7 0 0 NA 3 0 0 2 0 0 TRUE FALSE 6 8 7 8 5 6 7 7 1 2 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.743809524 0.743809524 1 1.675268817 1.675268817 1 4.197863248 1.049465812 4 0.587035533 0.587035533 1 9.020380952 1.80407619 5 NA NA 0 0 NA 0 0 NA 0 8 NA 1 1 0.002700822 0.0000748 0.000458697 1 1E-25 1 0.00000561 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 20 51172574 G C - - - - - - 39 0 0 58 0 0 45 0 0 94 5 5.3 116 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 8 7 8 5 6 7 7 1 2 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 1.170982906 1.170982906 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000118532 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 20 51205892 C G - - - - - - 53 0 0 47 0 0 33 0 0 102 7 6.9 109 0 0 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 8 7 8 5 6 7 7 1 2 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 1.524487179 1.524487179 1 0 0 1 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000000953 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 20 52745468 C G - - - - - - 29 0 0 49 0 0 38 0 0 112 8 7.1 98 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 8 7 8 5 6 7 7 1 2 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 1.568675214 1.568675214 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000000117 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 20 52745488 C G - - - - - - 30 0 0 48 0 0 37 0 0 107 5 4.7 91 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 8 7 8 5 6 7 7 1 2 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 1.038418803 1.038418803 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000217575 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 20 52745737 C G - - - - - - 37 0 0 48 0 0 31 0 0 106 5 4.7 107 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 FALSE FALSE 6 8 7 8 5 6 7 7 1 2 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 1.038418803 1.038418803 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000208264 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 20 53966648 T A - - - - - - 37 0 0 50 3 6 24 1 4.2 78 5 6.4 82 9 11 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 1 3.72642084 4.287562082 2 1 0 3 1 0 0 1 1 1 -2.72642084 0.712437918 NA NA 1 4 NA NA 0 1 NA NA 3.72642084 0.287562082 0.631428571 0.631428571 1 0.409612903 0.409612903 1 1.204508028 1.204508028 1 0.810007464 0.810007464 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.002055544 1 0.113346489 1 0.0000487 1 4.12E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 92633989 C A - - - - - - 29 1 3.4 37 10 27 16 4 25 53 5 9.4 32 7 21.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.520801101 4 3 2.579559311 2 3 2 1 1 1 1 1 0.479198899 1 1 0.420440689 3 NA NA 2 1 NA NA 1 0.520801101 NA NA 0.579559311 2.982044869 1.182975074 2.520801101 3.188172043 1.062724014 3 1.700837607 1.700837607 1 1.238598616 1.238598616 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 0.135292269 1 3.01E-15 1 0.00000108 1 0.00000734 1 2.36E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 20 57297162 C T ENSG00000215437 ENST00000400340 r.? - - downstream 35 0 0 30 2 6.7 22 2 9.1 24 5 20.8 65 12 18.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 1 3.72642084 4.287562082 2 1 0 3 1 0 0 1 1 1 -2.72642084 0.712437918 NA NA 1 4 NA NA 0 1 NA NA 3.72642084 0.287562082 0.705095238 0.705095238 1 0.887494624 0.887494624 1 3.91465109 1.050512344 3.72642084 1.36228528 1.36228528 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.009909649 1 0.005403392 1 0.000000123 1 7.7E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 20 57560968 G A TH1L CCDS13473.1 r.? - - intronic 30 0 0 35 0 0 20 0 0 83 8 9.6 90 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 1 3.72642084 4.287562082 2 1 0 3 1 0 0 1 1 1 -2.72642084 0.712437918 NA NA 1 4 NA NA 0 1 NA NA 3.72642084 0.287562082 0 0 1 0 0 1 1.806762042 1.806762042 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.000000011 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 20 58896768 C A - - - - - - 26 0 0 44 0 0 25 1 4 72 6 8.3 73 8 11 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 1 3.72642084 4.287562082 2 1 0 3 1 0 0 1 1 1 -2.72642084 0.712437918 NA NA 1 4 NA NA 0 1 NA NA 3.72642084 0.287562082 0 0 1 0.390107527 0.390107527 1 1.562096348 1.562096348 1 0.810007464 0.810007464 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 1 1 0.117779757 1 0.00000184 1 3.93E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 20 59750220 G C - - - - - - 38 0 0 29 0 0 22 0 0 63 9 14.3 60 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 1 3.72642084 4.287562082 2 1 0 3 1 0 0 1 1 1 -2.72642084 0.712437918 NA NA 1 4 NA NA 0 1 NA NA 3.72642084 0.287562082 0 0 1 0 0 1 2.691322624 0.722227236 3.72642084 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 1 1 3.62E-11 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 20 60667857 G A - - - - - - 30 0 0 24 0 0 21 1 4.8 37 5 13.5 66 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 1 3.72642084 4.287562082 2 1 0 3 1 0 0 1 1 1 -2.72642084 0.712437918 NA NA 1 4 NA NA 0 1 NA NA 3.72642084 0.287562082 0 0 1 0.468129032 0.468129032 1 2.540759121 0.681822915 3.72642084 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 0.099912572 1 0.00000119 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 11030386 C A - - - - - - 114 0 0 167 7 4.2 72 3 4.2 320 21 6.6 270 12 4.4 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 8 7 10 4 6 4 8 3 2 3 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.652 0.652 1 0.661612903 0.661612903 1 1.656205128 0.828102564 2 0.311350254 0.311350254 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 5 NA 1 1 0.0000246 1 0.00576558 1 4.64E-17 1 1.82E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 14718357 T G - - - - - - 27 0 0 73 0 0 34 0 0 83 4 4.8 128 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 8 7 10 4 6 4 8 3 2 3 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 1.204512821 1.204512821 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000838577 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 15061215 G C - - - - - - 44 0 0 78 0 0 40 0 0 133 5 3.8 137 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 8 7 10 4 6 4 8 3 2 3 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.95357265 0.95357265 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000591044 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 15714055 G A ENSG00000233112 ENST00000450407 r.? - - upstream 37 0 0 87 3 3.4 43 1 2.3 112 7 6.2 121 6 5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 8 7 10 4 6 4 8 3 2 3 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.527809524 0.527809524 1 0.362311828 0.362311828 1 1.55582906 1.55582906 1 0.353807107 0.353807107 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 5 NA 1 1 0.009696123 1 0.193893409 1 0.00000179 1 0.0000367 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 15991584 C G ENSG00000243440 ENST00000435732 r.? - - intronic 33 0 0 81 0 0 33 0 0 84 4 4.8 130 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 8 7 10 4 6 4 8 3 2 3 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.204512821 1.204512821 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000877031 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 16273337 T A - - - - - - 41 0 0 85 3 3.5 24 2 8.3 106 7 6.6 148 24 16.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 8 7 10 4 6 4 8 3 2 3 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.543333333 0.543333333 1 1.307473118 1.307473118 1 1.656205128 1.656205128 1 1.146335025 1.146335025 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.009101881 1 0.006413403 1 0.00000124 1 8.98E-29 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 18218908 C G - - - - - - 37 0 0 67 0 0 28 0 0 123 11 8.9 130 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 FALSE FALSE 13 7 10 12 8 4 8 7 5 3 2 5 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 2.233367521 1.116683761 2 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 0 0 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 4.5E-11 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 19889036 G T - - - - - - 35 0 0 66 0 0 23 0 0 97 6 6.2 110 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 13 7 18 9.666914217 8 4 11 5 5 3 7 4 1 1 1 0.333085783 NA NA NA 5 NA NA NA 5 NA NA NA 0.666914217 0 0 1 0 NA 0 2.05182906 2.05182906 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000105 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 20007933 T A - - - - - - 34 0 0 70 0 0 30 0 0 120 4 3.3 111 0 0 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 13 7 18 9.666914217 8 4 11 5 5 3 7 4 1 1 1 0.333085783 NA NA NA 5 NA NA NA 5 NA NA NA 0.666914217 0 0 1 0 NA 0 1.092102564 1.092102564 1 0 0 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.003240106 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 20102698 T A - - - - - - 25 0 0 72 0 0 37 0 0 97 8 8.2 103 0 0 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 13 7 18 9.666914217 8 4 11 5 5 3 7 4 1 1 1 0.333085783 NA NA NA 5 NA NA NA 5 NA NA NA 0.666914217 0 0 1 0 NA 0 2.713709402 0.904569801 3 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000000038 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 21019496 T C - - - - - - 30 0 0 70 3 4.3 15 0 0 104 5 4.8 105 7 6.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 13 7 18 9.666914217 8 4 11 5 5 3 7 4 1 1 1 0.333085783 NA NA NA 5 NA NA NA 5 NA NA NA 0.666914217 0.88252381 0.88252381 1 0 NA 0 1.588512821 1.588512821 1 0.853784775 0.853784775 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.005331097 1 1 1 0.000190556 1 0.00000116 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 21207548 A T - - - - - - 30 0 0 77 2 2.6 40 0 0 114 8 7 134 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 13 7 18 9.666914217 8 4 11 5 5 3 7 4 1 1 1 0.333085783 NA NA NA 5 NA NA NA 5 NA NA NA 0.666914217 0.533619048 0.533619048 1 0 NA 0 2.316581197 1.158290598 2 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.057170369 1 1 1 0.000000134 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 21438345 T G - - - - - - 37 0 0 59 0 0 29 0 0 101 8 7.9 117 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 13 7 18 9.666914217 8 4 11 5 5 3 7 4 1 1 1 0.333085783 NA NA NA 5 NA NA NA 5 NA NA NA 0.666914217 0 0 1 0 NA 0 2.61442735 0.871475783 3 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 5.22E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 21452253 A T - - - - - - 35 0 0 56 0 0 31 0 0 88 6 6.8 118 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 13 7 18 9.666914217 8 4 11 5 5 3 7 4 1 1 1 0.333085783 NA NA NA 5 NA NA NA 5 NA NA NA 0.666914217 0 0 1 0 NA 0 2.250393162 1.125196581 2 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00000596 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 21613001 G T - - - - - - 34 0 0 56 0 0 30 0 0 112 5 4.5 95 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 13 7 18 9.666914217 8 4 11 5 5 3 7 4 1 1 1 0.333085783 NA NA NA 5 NA NA NA 5 NA NA NA 0.666914217 0 0 1 0 NA 0 1.489230769 1.489230769 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000268964 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 21898324 G C - - - - - - 30 0 0 79 0 0 40 0 0 119 8 6.7 118 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 13 7 25 11 8 4 18 7 5 3 7 4 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 2.686299145 0.895433048 3 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000000187 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 22250899 G T - - - - - - 32 0 0 72 0 0 25 0 0 104 6 5.8 107 0 0 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 13 7 25 11 8 4 18 7 5 3 7 4 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 2.325452991 1.162726496 2 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000156 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 22890865 G A NCAM2 CCDS42910.1 r.? - - intronic 46 0 0 71 0 0 27 0 0 113 6 5.3 145 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 13 7 25 11 8 4 18 7 5 3 7 4 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 2.124982906 2.124982906 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000025 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 23070703 T C - - - - - - 27 0 0 88 0 0 35 0 0 83 6 7.2 129 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA FALSE FALSE 13 7 25 11 8 4 18 7 5 3 7 4 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 2.886769231 0.96225641 3 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00000424 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 23074344 T A - - - - - - 36 0 0 76 0 0 33 0 0 131 8 6.1 139 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 13 7 25 11 8 4 18 7 5 3 7 4 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 2.445735043 0.815245014 3 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000000391 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 23324463 G T - - - - - - 29 0 0 75 0 0 27 0 0 111 5 4.5 128 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 13 7 25 11 8 4 18 7 5 3 7 4 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 1.804230769 1.804230769 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000258017 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 23413889 C G - - - - - - 31 0 0 77 0 0 44 0 0 105 5 4.8 167 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 13 7 25 11 8 4 18 7 5 3 7 4 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 1.924512821 1.924512821 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000199261 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 23592395 T C - - - - - - 29 0 0 63 0 0 42 0 0 116 5 4.3 141 0 0 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 13 7 25 11 8 4 18 7 5 3 7 4 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 1.724042735 1.724042735 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00031631 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 23947987 T A - - - - - - 30 0 0 54 2 3.7 34 0 0 94 4 4.3 107 2 1.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 13 7 25 11 8 4 18 7 5 3 7 4 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.759380952 0.759380952 1 0 NA 0 1.724042735 1.724042735 1 0.267446701 0.267446701 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.030129377 1 1 1 0.001332441 1 0.100630843 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 24276115 G T - - - - - - 25 0 0 77 0 0 27 0 0 73 8 11 106 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 13 7 25 11 8 4 18 7 5 3 7 4 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 4.41034188 1.10258547 4 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 3.93E-09 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 24425836 G C - - - - - - 23 0 0 64 0 0 28 0 0 110 6 5.5 132 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 13 7 25 11 8 4 18 7 5 3 7 4 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 2.20517094 1.10258547 2 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000215 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 24655549 G C - - - - - - 26 0 0 118 0 0 60 0 0 152 9 5.9 229 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 48 48 68 46 43 43 61 41 5 5 7 5 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 4.902547009 0.980509402 5 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 9.63E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 24908348 A G - - - - - - 37 0 0 136 0 0 71 0 0 162 6 3.7 337 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA FALSE FALSE 48 48 68 46 43 43 61 41 5 5 7 5 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 3.074478632 1.024826211 3 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000183668 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 25125042 T C - - - - - - 23 0 0 165 0 0 76 0 0 260 7 2.7 384 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 48 48 68 46 43 43 61 41 5 5 7 5 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 2.243538462 1.121769231 2 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000382436 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 25270519 A C - - - - - - 37 0 0 220 5 2.3 128 1 0.8 305 7 2.3 479 7 1.5 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 48 48 68 46 43 43 61 41 5 5 7 5 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.277047619 1.277047619 1 0.454021505 0.454021505 1 1.911162393 1.911162393 1 0.736142132 0.736142132 1 NA NA 0 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.005288616 1 0.473553388 1 0.000975533 1 0.011259153 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 26853527 G C - - - - - - 34 0 0 54 2 3.7 32 1 3.1 83 5 6 163 10 6.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 11 7 15 11.33431807 6 4 8 7 5 3 7 4 1 1 1 0.665681931 NA NA NA 7 NA NA NA 5 NA NA NA 0.334318069 0.685380952 0.685380952 1 0.488333333 NA 0 1.805641026 1.805641026 1 0.879038072 0.879038072 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.030129377 1 0.14819814 1 0.0000656 1 1.34E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 26947099 G C AP001441.1 ENST00000509807 r.? - - intronic 30 0 0 70 4 5.7 40 5 12.5 89 6 6.7 124 13 10.5 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 11 7 15 11.33431807 6 4 8 7 5 3 7 4 1 1 1 0.665681931 NA NA NA 7 NA NA NA 5 NA NA NA 0.334318069 1.055857143 1.055857143 1 1.969086022 1.969086022 1 2.016299145 2.016299145 1 1.513098321 1.513098321 1 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000440508 1 0.00000178 1 0.00000637 1 1E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 28194143 C T - - - - - - 42 0 0 65 0 0 24 0 0 85 6 7.1 132 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 11 7 15 10 6 4 8 5 5 3 7 5 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 2.136675214 2.136675214 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00000487 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 29450747 T G - - - - - - 28 0 0 79 0 0 35 0 0 87 5 5.7 112 0 0 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 11 7 15 10 6 4 8 5 5 3 7 5 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 1.715358974 1.715358974 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000821 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 29838613 T A - - - - - - 40 0 0 58 0 0 32 0 0 79 5 6.3 103 0 0 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 11 7 15 10 6 4 8 5 5 3 7 5 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 1.895923077 1.895923077 1 0 0 1 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000518 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 30388311 C G RWDD2B CCDS13582.1 r.? - - intronic 30 0 0 64 0 0 43 0 0 79 7 8.9 88 0 0 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 11 7 15 10 6 4 8 5 5 3 7 5 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 2.678367521 0.892789174 3 0 0 1 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000000165 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 30698203 C T BACH1 CCDS13585.1 r.? - - intronic 32 0 0 70 0 0 35 0 0 100 7 7 121 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 11 7 15 10 6 4 8 5 5 3 7 5 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 2.106581197 1.053290598 2 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000000833 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 31994853 G C KRTAP20-4 ENST00000382828 r.? - - downstream 38 0 0 47 0 0 24 0 0 68 6 8.8 76 0 0 349 0 0 735 0 0 140 0 0 555 23 4.1 758 0 0 TRUE TRUE 5 6 4 5.457182397 5 5 4 4 0 1 0 1 1 1 1 0.542817603 NA NA NA 5 NA NA NA 1 NA NA NA 0.457182397 0 0 1 0 0 1 1.680273504 1.680273504 1 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.782854701 0.782854701 1 0 0 1 3 1 1 1 1 1 1 1 0.00000131 2.98E-14 1 1 YES 0_0 0_0 1_1 0_0 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b 3 68294286 G A FAM19A1 ENST00000478136 r.? - - intronic 29 1 3.4 41 9 22 24 6 25 59 2 3.4 56 9 16.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.641082306 4 3 3 3 4 3 3 0 0 0 0 0.358917694 1 1 1 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 2.456276203 0.930026375 2.641082306 3.188172043 1.062724014 3 0.615196581 0.615196581 1 0.978258883 0.978258883 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 0.135292269 1 5.92E-13 1 1.95E-09 1 0.035441897 1 1.2E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 37514737 A C CBR3 CCDS13642.1 r.? - - intronic 15 0 0 15 1 6.7 6 1 16.7 19 5 26.3 30 9 30 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 6 4 5.457182397 5 5 4 4 0 1 0 1 1 1 1 0.542817603 NA NA NA 5 NA NA NA 1 NA NA NA 0.457182397 0.839095238 0.839095238 1 2.463698925 2.463698925 1 5.021726496 1.255431624 4 2.559997359 1.041842625 2.457182397 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.072431031 1 0.029627491 1 3.43E-08 1 2.54E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 41144213 C G IGSF5 CCDS33562.1 r.? - - intronic 30 0 0 44 0 0 23 0 0 65 5 7.7 79 0 0 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 6 4 5.457182397 5 5 4 4 0 1 0 1 1 1 1 0.542817603 NA NA NA 5 NA NA NA 1 NA NA NA 0.457182397 0 0 1 0 0 1 1.470239316 1.470239316 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000201 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 22 17136166 G C - - - - - - 29 0 0 31 0 0 23 0 0 52 5 9.6 58 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.669744295 3 1 4 2 2 1 2 1 1 0 2 0.330255705 1 1 1 2 NA NA NA 2 NA NA NA 0.669744295 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.545025641 1.545025641 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000668 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 22 17237017 C T - - - - - - 50 0 0 48 2 4.2 27 0 0 113 10 8.8 88 2 2.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.669744295 3 1 4 2 2 1 2 1 1 0 2 0.330255705 1 1 1 2 NA NA NA 2 NA NA NA 0.669744295 NA NA NA 0.47012926 0.47012926 1 0 0 1 1.416273504 1.416273504 1 0.162751269 0.162751269 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 5 NA 1 1 0.024220359 1 1 1 3.8E-10 1 0.072188127 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 22 17501946 A C - - - - - - 24 0 0 39 2 5.1 16 0 0 74 10 13.5 86 11 12.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.669744295 3 1 4 2 2 1 2 1 1 0 2 0.330255705 1 1 1 2 NA NA NA 2 NA NA NA 0.669744295 NA NA NA 0.570871245 0.570871245 1 0 0 1 2.172692308 2.172692308 1 0.905746193 0.905746193 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.016387522 1 1 1 5.24E-12 1 8.47E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 22 27241483 C T - - - - - - 26 0 0 42 1 2.4 22 3 13.6 55 6 10.9 64 7 10.9 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.669744295 3 1 4 2 2 1 2 1 1 0 2 0.330255705 1 1 1 2 NA NA NA 2 NA NA NA 0.669744295 NA NA NA 0.268645292 0.268645292 1 1.598365591 1.598365591 1 1.754247863 1.754247863 1 0.771299492 0.771299492 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.189842622 1 0.000179267 1 0.000000367 1 3.78E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 22 31652667 A T LIMK2 CCDS13891.1 r.? - - intronic 35 0 0 46 2 4.3 24 2 8.3 53 7 13.2 66 13 19.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.669744295 3 1 4 2 2 1 2 1 1 0 2 0.330255705 1 1 1 2 NA NA NA 2 NA NA NA 0.669744295 NA NA NA 0.481322814 0.481322814 1 0.975473118 0.975473118 1 2.124410256 2.124410256 1 1.394 1.394 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.022369545 1 0.006413403 1 9.85E-09 1 1.95E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 22 34394300 T A - - - - - - 36 0 0 39 3 7.7 26 2 7.7 80 6 7.5 65 10 15.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.669744295 3 1 4 2 2 1 2 1 1 0 2 0.330255705 1 1 1 2 NA NA NA 2 NA NA NA 0.669744295 NA NA NA 0.861903644 0.861903644 1 0.904956989 0.904956989 1 1.207051282 1.207051282 1 1.089725888 1.089725888 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000998458 1 0.007502227 1 0.00000342 1 1.36E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 22 34853058 C G - - - - - - 31 0 0 45 0 0 21 0 0 66 4 6.1 63 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.669744295 3 1 4 2 2 1 2 1 1 0 2 0.330255705 1 1 1 2 NA NA NA 2 NA NA NA 0.669744295 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.981735043 0.981735043 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.000351793 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 1409632 T C CNTN6 CCDS2557.1 r.? - - intronic 26 0 0 32 0 0 25 0 0 58 8 13.8 79 0 0 3 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5.599105779 4 8 6.230193471 3 3 5 3 2 1 3 3 0.400894221 1 1 0.769806529 4 NA NA 4 2 NA NA 3 0.599105779 NA NA 0.230193471 0 0 1 0 NA 0 3.186974359 1.062324786 3 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 5.99E-10 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 1464336 C A - - - - - - 31 0 0 42 0 0 24 0 0 77 6 7.8 67 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5.599105779 4 8 6.230193471 3 3 5 3 2 1 3 3 0.400894221 1 1 0.769806529 4 NA NA 4 2 NA NA 3 0.599105779 NA NA 0.230193471 0 0 1 0 NA 0 1.801333333 1.801333333 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00000273 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 2275706 G T CNTN4 CCDS43041.1 r.? - - upstream 33 0 0 43 0 0 28 0 0 85 7 8.2 86 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5.599105779 4 8 6.230193471 3 3 5 3 2 1 3 3 0.400894221 1 1 0.769806529 4 NA NA 4 2 NA NA 3 0.599105779 NA NA 0.230193471 0 0 1 0 NA 0 1.893709402 1.893709402 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000000274 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 2425900 T A CNTN4 CCDS43041.1 r.? - - intronic 42 0 0 36 0 0 22 0 0 76 4 5.3 75 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5.599105779 4 8 6.230193471 3 3 5 3 2 1 3 3 0.400894221 1 1 0.769806529 4 NA NA 4 2 NA NA 3 0.599105779 NA NA 0.230193471 0 0 1 0 NA 0 1.223982906 1.223982906 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00060191 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 2433580 C T CNTN4 CCDS43041.1 r.? - - intronic 39 0 0 45 0 0 30 0 0 60 6 10 82 0 0 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5.599105779 4 8 6.230193471 3 3 5 3 2 1 3 3 0.400894221 1 1 0.769806529 4 NA NA 4 2 NA NA 3 0.599105779 NA NA 0.230193471 0 0 1 0 NA 0 2.309401709 1.154700855 2 0 0 1 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000000621 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 2447148 A G CNTN4 CCDS43041.1 r.? - - intronic 31 0 0 31 3 9.7 25 0 0 55 4 7.3 84 15 17.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5.599105779 4 8 6.230193471 3 3 5 3 2 1 3 3 0.400894221 1 1 0.769806529 4 NA NA 4 2 NA NA 3 0.599105779 NA NA 0.230193471 1.272922784 1.272922784 1 0 NA 0 1.685863248 1.685863248 1 1.665834073 0.832917037 2 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.000505952 1 1 1 0.000173903 1 3.27E-19 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 2596830 A T CNTN4 CCDS43041.1 r.? - - intronic 27 0 0 42 3 7.1 31 1 3.2 93 8 8.6 83 14 16.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5.599105779 4 8 6.230193471 3 3 5 3 2 1 3 3 0.400894221 1 1 0.769806529 4 NA NA 4 2 NA NA 3 0.599105779 NA NA 0.230193471 0.931726987 0.931726987 1 0.408086022 NA 0 1.98608547 0.993042735 2 1.572770717 1.572770717 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.001240292 1 0.143917729 1 2.73E-08 1 1.17E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 2735200 T A CNTN4 CCDS43041.1 r.? - - intronic 33 0 0 31 0 0 19 0 0 70 6 8.6 88 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5.599105779 4 8 6.230193471 3 3 5 3 2 1 3 3 0.400894221 1 1 0.769806529 4 NA NA 4 2 NA NA 3 0.599105779 NA NA 0.230193471 0 0 1 0 NA 0 1.98608547 1.98608547 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00000156 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 3052186 A G CNTN4 CCDS43041.1 r.? - - intronic 29 0 0 48 0 0 27 0 0 75 5 6.7 76 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5.599105779 4 8 6.230193471 3 3 5 3 2 1 3 3 0.400894221 1 1 0.769806529 4 NA NA 4 2 NA NA 3 0.599105779 NA NA 0.230193471 0 0 1 0 NA 0 1.547299145 1.547299145 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000403 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 3144574 C T IL5RA CCDS2559.1 r.? - - intronic 31 0 0 48 0 0 20 0 0 64 6 9.4 63 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5.599105779 4 8 6.230193471 3 3 5 3 2 1 3 3 0.400894221 1 1 0.769806529 4 NA NA 4 2 NA NA 3 0.599105779 NA NA 0.230193471 0 0 1 0 NA 0 2.170837607 1.085418803 2 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000000914 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 5458957 C G - - - - - - 31 0 0 56 0 0 23 0 0 76 4 5.3 77 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5.599105779 4 8 5 3 3 5 3 2 1 3 2 0.400894221 1 1 1 4 NA NA NA 2 NA NA NA 0.599105779 NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 1.223982906 1.223982906 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00060191 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 6611624 T G - - - - - - 43 0 0 46 3 6.5 25 0 0 77 7 9.1 64 10 15.6 306 0 0 520 18 3.5 543 9 1.7 661 43 6.5 684 124 18.1 TRUE TRUE 3.641082306 4 8 4 3 3 5 3 0 1 3 1 0.358917694 1 1 1 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 0.725717969 0.725717969 1 0 0 1 2.101555556 1.050777778 2 1.103878173 1.103878173 1 0.390771214 0.390771214 1 0.216795699 0.216795699 1 1.501111111 0.750555556 2 1.280781726 1.280781726 1 8 9 1 1 0.001615827 3.18E-10 1 0.001921741 0.000000138 4.2E-33 1.16E-12 4.67E-148 YES 1_1 0_1 1_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b 3 6847503 C G GRM7 ENST00000448328 r.? - - intronic 36 0 0 32 0 0 26 0 0 68 4 5.9 61 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.641082306 4 3 3 3 4 3 3 0 0 0 0 0.358917694 1 1 1 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.067547009 1.067547009 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.000394372 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 6964574 G C GRM7 CCDS43042.1 r.? - - intronic 22 0 0 40 0 0 21 0 0 65 7 10.8 55 0 0 0 0 NA 0 0 NA 3 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.641082306 4 3 3 3 4 3 3 0 0 0 0 0.358917694 1 1 1 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.954153846 1.954153846 1 0 0 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 1 1 4.22E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 7018916 G T GRM7 CCDS43042.1 r.? - - intronic 37 0 0 37 0 0 30 0 0 74 6 8.1 68 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.641082306 4 3 3 3 4 3 3 0 0 0 0 0.358917694 1 1 1 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.465615385 1.465615385 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000216 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 7241523 T C GRM7 CCDS43042.1 r.? - - intronic 39 0 0 39 0 0 17 0 0 77 5 6.5 63 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.641082306 4 3 3 3 4 3 3 0 0 0 0 0.358917694 1 1 1 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.176111111 1.176111111 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000458 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 20625077 A T - - - - - - 21 0 0 27 1 3.7 19 1 5.3 49 5 10.2 42 3 7.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.641082306 4 3 3 3 4 3 3 0 0 0 0 0.358917694 1 1 1 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 0.413100998 0.413100998 1 0.675892473 0.675892473 1 1.845589744 1.845589744 1 0.431406091 0.431406091 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.126579904 1 0.090843738 1 0.00000496 1 0.001240292 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 20636990 C T - - - - - - 33 0 0 42 0 0 21 0 0 67 5 7.5 50 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.641082306 4 3 3 3 4 3 3 0 0 0 0 0.358917694 1 1 1 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.357051282 1.357051282 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000233 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 21405190 G T - - - - - - 35 0 0 32 0 0 23 0 0 84 6 7.1 67 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.641082306 4 3 3 3 4 3 3 0 0 0 0 0.358917694 1 1 1 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.284675214 1.284675214 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000455 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 22600817 A T - - - - - - 32 0 0 29 0 0 21 0 0 63 4 6.3 44 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.641082306 4 3 3 3 4 3 3 0 0 0 0 0.358917694 1 1 1 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.139923077 1.139923077 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.000294233 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 22948992 C A - - - - - - 38 0 0 45 0 0 29 0 0 53 7 13.2 56 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.641082306 4 3 3 3 4 3 3 0 0 0 0 0.358917694 1 1 1 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 2.388410256 1.194205128 2 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 1 1 9.85E-09 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 22963371 T A - - - - - - 36 0 0 47 0 0 29 0 0 70 4 5.7 57 0 0 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.641082306 4 3 3 3 4 3 3 0 0 0 0 0.358917694 1 1 1 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.031358974 1.031358974 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.000440508 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 28854359 C G - - - - - - 34 0 0 48 0 0 26 0 0 64 6 9.4 57 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.641082306 4 3 3 3 4 3 3 0 0 0 0 0.358917694 1 1 1 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.700837607 1.700837607 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.000000914 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 35644356 C G - - - - - - 26 0 0 37 4 10.8 18 0 0 67 4 6 53 10 18.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.641082306 4 3 3 3 4 3 3 0 0 0 0 0.358917694 1 1 1 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 1.205808318 1.205808318 1 0 0 1 1.085641026 1.085641026 1 1.148390863 1.148390863 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.0000362 1 1 1 0.000372648 1 1.57E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 36364977 A G - - - - - - 32 0 0 36 1 2.8 19 0 0 77 5 6.5 58 8 13.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.641082306 4 3 3 3 4 3 3 0 0 0 0 0.358917694 1 1 1 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 0.312616971 0.312616971 1 0 0 1 1.176111111 1.176111111 1 0.838507614 0.838507614 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.165106833 1 1 1 0.0000458 1 5.99E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 36364978 C A - - - - - - 31 0 0 34 1 2.9 19 0 0 77 6 7.8 56 8 14.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.641082306 4 3 3 3 4 3 3 0 0 0 0 0.358917694 1 1 1 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 0.323781863 0.323781863 1 0 0 1 1.411333333 1.411333333 1 0.868888325 0.868888325 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.156694864 1 1 1 0.00000273 1 4.48E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 36731708 G A - - - - - - 34 0 0 36 0 0 10 0 0 67 6 9 55 0 0 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.641082306 4 3 3 3 4 3 3 0 0 0 0 0.358917694 1 1 1 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.628461538 1.628461538 1 0 0 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000012 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 39572072 G T MOBP CCDS2687.1 r.? - - downstream 30 0 0 48 0 0 28 0 0 74 6 8.1 61 0 0 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.641082306 4 3 3 3 4 3 3 0 0 0 0 0.358917694 1 1 1 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.465615385 1.465615385 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000216 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 44925990 T G TGM4 CCDS2723.1 r.? - - intronic 25 0 0 37 3 8.1 25 2 8 46 4 8.7 57 12 21.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.641082306 4 3 3 3 4 3 3 0 0 0 0 0.358917694 1 1 1 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 0.904356238 0.904356238 1 1.020215054 1.020215054 1 1.574179487 1.574179487 1 1.28206599 1.28206599 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000855237 1 0.006948068 1 0.0000862 1 1.4E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 47962554 C T MAP4 CCDS46818.1 r.? - - intronic 33 0 0 38 0 0 25 0 0 38 4 10.5 46 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.641082306 4 3 3 3 4 3 3 0 0 0 0 0.358917694 1 1 1 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.899871795 1.899871795 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000403 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 50869649 G A DOCK3 CCDS46835.1 r.? - - intronic 42 0 0 38 0 0 32 0 0 59 7 11.9 50 0 0 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 1 0 0 TRUE FALSE 3.641082306 4 3 3 3 4 3 3 0 0 0 0 0.358917694 1 1 1 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 2.153188034 1.076594017 2 0 0 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 0 0 0 1 3 NA 1 1 1 1 1 1 2.12E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 51331156 A C DOCK3 CCDS46835.1 r.? - - intronic 39 0 0 42 2 4.8 20 2 10 61 5 8.2 54 10 18.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.641082306 4 3 3 3 4 3 3 0 0 0 0 0.358917694 1 1 1 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 0.535914808 0.535914808 1 1.275268817 1.275268817 1 1.483709402 1.483709402 1 1.124086294 1.124086294 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.018854633 1 0.004473894 1 0.0000147 1 1.91E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 53244087 T C - - - - - - 44 0 0 45 0 0 26 0 0 55 4 7.3 54 0 0 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.641082306 4 3 3 3 4 3 3 0 0 0 0 0.358917694 1 1 1 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.320863248 1.320863248 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.000173903 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 55111432 C T CACNA2D3 ENST00000474759 r.? - - downstream 38 0 0 37 0 0 16 0 0 66 5 7.6 58 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.641082306 4 3 3 3 4 3 3 0 0 0 0 0.358917694 1 1 1 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.375145299 1.375145299 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000217 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 59713811 G C - - - - - - 22 0 0 41 0 0 18 0 0 58 6 10.3 55 0 0 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.641082306 4 3 3 3 4 3 3 0 0 0 0 0.358917694 1 1 1 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.863683761 1.863683761 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.000000506 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 59888719 T A FHIT CCDS2894.1 r.? - - intronic 34 0 0 39 0 0 20 0 0 79 4 5.1 51 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.641082306 4 3 3 3 4 3 3 0 0 0 0 0.358917694 1 1 1 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.922794872 0.922794872 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.000696582 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 60616147 G C FHIT CCDS2894.1 r.? - - intronic 36 0 0 50 1 2 12 1 8.3 59 5 8.5 50 4 8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.641082306 4 3 3 3 4 3 3 0 0 0 0 0.358917694 1 1 1 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 0.223297837 0.223297837 1 1.058473118 1.058473118 1 1.537991453 1.537991453 1 0.486091371 0.486091371 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.221687443 1 0.058377193 1 0.0000125 1 0.000119787 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 64879763 T C - - - - - - 29 0 0 44 0 0 17 0 0 73 7 9.6 57 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 2 100 0 0 NA TRUE FALSE 3.641082306 4 3 3 3 4 3 3 0 0 0 0 0.358917694 1 1 1 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.737025641 1.737025641 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 18.09401709 6.031339031 3 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 1 1 9.54E-08 0.000025 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 65335554 A G - - - - - - 38 0 0 38 0 0 13 0 0 55 6 10.9 58 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.641082306 4 3 3 3 4 3 3 0 0 0 0 0.358917694 1 1 1 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.972247863 1.972247863 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.000000367 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 68084469 C T FAM19A1 ENST00000478136 r.? - - intronic 32 0 0 34 0 0 24 0 0 67 9 13.4 54 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.641082306 4 3 3 3 4 3 3 0 0 0 0 0.358917694 1 1 1 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 2.424598291 0.80819943 3 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 1 1 6.43E-11 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 73168349 G A AC103560.1 ENST00000509224 r.? - - intronic 38 0 0 44 0 0 23 0 0 66 7 10.6 54 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.641082306 4 3 3 3 4 3 3 0 0 0 0 0.358917694 1 1 1 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.917965812 1.917965812 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.000000047 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 74784012 C T - - - - - - 25 0 0 41 0 0 25 0 0 67 7 10.4 54 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.641082306 4 3 3 3 4 3 3 0 0 0 0 0.358917694 1 1 1 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.881777778 1.881777778 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 1 1 5.23E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 76586439 G A ROBO2 ENST00000487694 r.? - - intronic 27 0 0 38 4 10.5 26 1 3.8 78 5 6.4 57 11 19.3 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.641082306 4 3 3 3 4 3 3 0 0 0 0 0.358917694 1 1 1 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 1.172313642 1.172313642 1 0.484602151 0.484602151 1 1.158017094 1.158017094 1 1.172695431 1.172695431 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.0000403 1 0.122190858 1 0.0000487 1 7.29E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 77045001 A T ROBO2 ENST00000487694 r.? - - intronic 34 0 0 36 2 5.6 21 2 9.5 59 5 8.5 59 14 23.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.641082306 4 3 3 3 4 3 3 0 0 0 0 0.358917694 1 1 1 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 0.625233942 0.625233942 1 1.211505376 1.211505376 1 1.537991453 1.537991453 1 1.440045685 1.440045685 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.014070883 1 0.004928472 1 0.0000125 1 6.58E-20 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 77064530 T C ROBO2 ENST00000487694 r.? - - intronic 32 0 0 35 0 0 26 0 0 63 5 7.9 56 0 0 458 1 0.2 897 0 0 288 1 0.3 1048 63 6 887 0 0 TRUE TRUE 3.641082306 4 3 3 3 4 3 3 0 0 0 0 0.358917694 1 1 1 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.42942735 1.42942735 1 0 0 1 0 0 1 0.038258065 0.038258065 1 1.085641026 1.085641026 1 0 0 1 3 1 1 0.899313561 1 1 1 0.763926491 0.0000173 1.22E-45 1 1 YES 0_0 0_0 1_1 0_0 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b 3 77223292 G A ROBO2 CCDS43109.1 r.? - - intronic 32 0 0 55 0 0 20 0 0 66 5 7.6 54 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.641082306 4 3 3 3 4 3 3 0 0 0 0 0.358917694 1 1 1 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.375145299 1.375145299 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000217 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 77502921 G A ROBO2 CCDS43109.1 r.? - - intronic 27 0 0 37 3 8.1 20 0 0 58 5 8.6 33 10 30.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.641082306 4 3 3 3 4 3 3 0 0 0 0 0.358917694 1 1 1 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 0.904356238 0.904356238 1 0 0 1 1.55608547 1.55608547 1 1.841071066 0.920535533 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000855237 1 1 1 0.0000115 1 8.14E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 77674718 G T ROBO2 CCDS43109.1 r.? - - intronic 29 0 0 36 0 0 19 0 0 44 4 9.1 48 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.641082306 4 3 3 3 4 3 3 0 0 0 0 0.358917694 1 1 1 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.646555556 1.646555556 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000723 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 78756300 A T ROBO1 CCDS46872.1 r.? - - intronic 31 0 0 39 0 0 26 0 0 59 4 6.8 74 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.641082306 4 3 3 3 4 3 3 0 0 0 0 0.358917694 1 1 1 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.230393162 1.230393162 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.00022841 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 79879032 G A - - - - - - 27 0 0 28 0 0 22 1 4.5 55 6 10.9 54 12 22.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.641082306 4 3 3 3 4 3 3 0 0 0 0 0.358917694 1 1 1 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 0 0 1 0.573870968 0.573870968 1 1.972247863 1.972247863 1 1.348903553 1.348903553 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 1 1 0.104413009 1 0.000000367 1 6.9E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 80230202 C A - - - - - - 23 0 0 34 0 0 20 0 0 57 5 8.8 63 1 1.6 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 1 0 0 FALSE FALSE 3.641082306 4 3 NA 3 4 3 NA 0 0 0 NA 0.358917694 1 1 NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.592273504 1.592273504 1 NA NA 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000105 1 0.27078753 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 80401592 T A - - - - - - 30 0 0 37 0 0 12 0 0 85 6 7.1 76 15 19.7 1 0 0 0 0 NA 1 1 100 0 0 NA 1 0 0 FALSE FALSE 3.641082306 4 3 NA 3 4 3 NA 0 0 0 NA 0.358917694 1 1 NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.284675214 1.284675214 1 NA NA 1 NA NA 1 12.75268817 12.75268817 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 0.005 0.00000487 1 6.51E-20 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 87036816 C G VGLL3 CCDS43110.1 r.? - - intronic 33 0 0 49 0 0 22 0 0 66 5 7.6 50 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.641082306 5 5 4 3 4 3 3 0 1 2 1 0.358917694 1 1 1 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 1.527145299 1.527145299 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000217 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 87133166 G T - - - - - - 36 0 0 51 0 0 24 0 0 85 6 7.1 56 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.641082306 5 5 4 3 4 3 3 0 1 2 1 0.358917694 1 1 1 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 1.426675214 1.426675214 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00000487 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 87142979 T C AC107204.1 ENST00000428934 r.? - - intronic 26 0 0 37 0 0 29 0 0 75 5 6.7 53 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.641082306 5 5 4 3 4 3 3 0 1 2 1 0.358917694 1 1 1 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 1.346299145 1.346299145 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000403 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 87400791 T A - - - - - - 29 0 0 46 0 0 20 0 0 62 8 12.9 64 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.641082306 5 5 4 3 4 3 3 0 1 2 1 0.358917694 1 1 1 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 2.592128205 0.864042735 3 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1.04E-09 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 87886079 C T - - - - - - 33 0 0 33 0 0 23 0 0 73 5 6.8 82 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.641082306 5 5 4 3 4 3 3 0 1 2 1 0.358917694 1 1 1 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 1.366393162 1.366393162 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000354 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 88772279 C A - - - - - - 41 0 0 11 3 27.3 14 2 14.3 56 13 23.2 53 23 43.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.641082306 5 5 4 3 4 3 3 0 1 2 1 0.358917694 1 1 1 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 3.04801547 3.04801547 1 1.966634409 1.966634409 1 4.661811966 1.553937322 3 3.071045685 1.023681895 3 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.00002 1 0.002185852 1 1.89E-18 1 6.43E-39 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 88809558 C G - - - - - - 42 0 0 39 0 0 20 0 0 66 4 6.1 55 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.641082306 5 5 4 3 4 3 3 0 1 2 1 0.358917694 1 1 1 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 1.225735043 1.225735043 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000351793 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 88960678 A C - - - - - - 36 0 0 41 5 12.2 19 1 5.3 71 7 9.9 70 10 14.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.641082306 5 5 4 3 4 3 3 0 1 2 1 0.358917694 1 1 1 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 1.362116803 1.362116803 1 0.728892473 0.728892473 1 1.989307692 1.989307692 1 1.011888325 1.011888325 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.00000202 1 0.090843738 1 7.85E-08 1 2.95E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 93720438 T A ARL13B CCDS2924.1 r.? - - intronic 31 0 0 56 0 0 39 0 0 80 4 5 81 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.004700855 1.004700855 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.000730349 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 94130290 C G - - - - - - 29 0 0 42 0 0 20 0 0 68 4 5.9 62 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.185547009 1.185547009 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.000394372 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 95511425 A C - - - - - - 33 0 0 36 0 0 29 0 0 70 8 11.4 70 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 2.290717949 1.145358974 2 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 1 1 1 1 2.8E-09 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 96713653 T G EPHA6 CCDS46876.1 r.? - - intronic 30 0 0 26 4 15.4 26 2 7.7 69 9 13 55 11 20 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 1.719670197 1.719670197 1 1.058956989 1.058956989 1 2.612222222 0.870740741 3 1.215228426 1.215228426 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.00000856 1 0.007502227 1 8.45E-11 1 4.77E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 97679045 C T MINA CCDS43114.1 r.? - - intronic 33 0 0 33 0 0 25 0 0 70 5 7.1 53 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.426675214 1.426675214 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000289 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 98193422 A G OR5K1 CCDS43115.1 r.? - - downstream 28 0 0 58 0 0 25 0 0 74 5 6.8 65 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.366393162 1.366393162 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000378 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 100511467 G A ABI3BP CCDS46880.1 r.? - - intronic 44 0 0 43 0 0 22 0 0 73 5 6.8 68 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.366393162 1.366393162 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000354 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 102685776 T C - - - - - - 45 0 0 42 0 0 22 0 0 72 5 6.9 67 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 1.386487179 1.386487179 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000331 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 104169159 A T - - - - - - 42 0 0 49 0 0 21 0 0 82 5 6.1 83 0 0 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.225735043 1.225735043 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000619 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 104397771 A C - - - - - - 38 0 0 57 0 0 24 0 0 80 6 7.5 70 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.507051282 1.507051282 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000342 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 104948263 A C - - - - - - 33 0 0 42 0 0 21 0 0 78 4 5.1 63 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.024794872 1.024794872 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 0 0 1 NA NA 0 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.000663934 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 105905566 A C - - - - - - 28 0 0 45 0 0 30 0 0 80 5 6.2 61 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.24582906 1.24582906 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.000055 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 105987174 C T - - - - - - 31 0 0 45 4 8.9 20 2 10 75 10 13.3 69 15 21.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0.993835374 0.993835374 1 1.375268817 1.375268817 1 2.672504274 0.890834758 3 1.318522843 1.318522843 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.0000791 1 0.004473894 1 6.02E-12 1 1.34E-20 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 107637943 G T ENSG00000240423 ENST00000494231 r.? - - intronic 32 0 0 42 0 0 24 2 8.3 76 8 10.5 78 8 10.3 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0 0 1 1.141473118 1.141473118 1 2.109871795 1.054935897 2 0.62584264 0.62584264 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 1 1 0.006413403 1 5.44E-09 1 6.71E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 109871649 A T - - - - - - 34 0 0 44 0 0 31 0 0 81 4 4.9 52 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 FALSE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0.984606838 0.984606838 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000765256 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 110984692 G C PVRL3 ENST00000485506 r.? - - intronic 37 0 0 28 2 7.1 24 1 4.2 84 5 6 49 9 18.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0.792834961 0.792834961 1 0.577612903 0.577612903 1 1.205641026 1.205641026 1 1.118010152 1.118010152 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.008668191 1 0.113346489 1 0.0000695 1 3.35E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 111119179 A C - - - - - - 33 0 0 37 0 0 28 2 7.1 96 6 6.2 71 2 2.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0 0 1 0.97644086 0.97644086 1 1.24582906 1.24582906 1 0.17013198 0.17013198 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 1 1 0.008668191 1 0.00000986 1 0.04950591 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 115690663 T A LSAMP CCDS2982.1 r.? - - intronic 33 0 0 31 1 3.2 26 3 11.5 81 5 6.2 76 12 15.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0.357334067 0.357334067 1 1.58155914 1.58155914 1 1.24582906 1.24582906 1 0.960030457 0.960030457 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.143917729 1 0.000298167 1 0.0000584 1 5.63E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 116290033 C A LSAMP ENST00000474851 r.? - - intronic 29 0 0 38 0 0 25 0 0 66 5 7.6 76 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.527145299 1.527145299 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000217 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 116418929 G A LSAMP ENST00000474851 r.? - - intronic 27 0 0 39 2 5.1 19 3 15.8 84 6 7.1 64 12 18.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0.569501169 0.569501169 1 2.172924731 2.172924731 1 1.426675214 1.426675214 1 1.142314721 1.142314721 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.016387522 1 0.000114071 1 0.00000455 1 6.3E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 116434600 T C LSAMP ENST00000474851 r.? - - intronic 34 0 0 42 0 0 23 1 4.3 78 7 9 67 4 6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0 0 1 0.591365591 0.591365591 1 1.808461538 1.808461538 1 0.364568528 0.364568528 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 1 1 0.108890944 1 0.000000151 1 0.000372648 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 116535141 G T LSAMP ENST00000474851 r.? - - intronic 46 0 0 41 2 4.9 31 1 3.2 77 5 6.5 66 9 13.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0.54716779 0.54716779 1 0.440086022 0.440086022 1 1.306111111 1.306111111 1 0.82635533 0.82635533 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.018015855 1 0.143917729 1 0.0000458 1 5.59E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 116927461 C G - - - - - - 33 0 0 37 0 0 26 0 0 67 4 6 61 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.205641026 1.205641026 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 0 NA 0 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.000372648 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 117293559 T C - - - - - - 29 0 0 39 0 0 23 0 0 65 5 7.7 70 8 11.4 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.547239316 1.547239316 1 0.692680203 0.692680203 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 2 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000201 1 2.8E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 118314117 G T - - - - - - 29 0 0 36 0 0 22 0 0 74 5 6.8 70 10 14.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 1.366393162 1.366393162 1 0.868888325 0.868888325 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000378 1 2.95E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 122598656 A C DIRC2 CCDS3018.1 r.2266a>c c.? p.? 3'UTR variant 42 0 0 31 2 6.5 26 2 7.7 75 5 6.7 66 13 19.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0.725834824 0.725834824 1 1.058956989 1.058956989 1 1.346299145 1.346299145 1 1.197 1.197 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.010558179 1 0.007502227 1 0.0000403 1 1.95E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 130353425 C G COL6A6 CCDS46911.1 r.5024-9c>g c.4993-9C>G p.? splice region 22 0 0 31 0 0 20 0 0 87 8 9.2 61 0 0 153 0 0 230 0 0 132 0 0 319 21 6.6 283 0 0 TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.848649573 1.848649573 1 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 1.326205128 1.326205128 1 0 NA 0 3 NA 1 1 1 1 1 1 1.61E-08 4.36E-17 1 1 YES 0_0 0_0 1_1 0_0 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b 3 130769715 G T NEK11 CCDS3069.1 r.? - - intronic 34 0 0 38 0 0 8 0 0 48 4 8.3 55 1 1.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.667803419 1.667803419 1 0.109370558 0.109370558 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.000102016 1 0.240951649 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 133921318 G A RYK ENST00000296084 r.? - - intronic 39 0 0 46 0 0 29 0 0 86 8 9.3 74 0 0 2 0 0 2 0 0 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 1.86874359 1.86874359 1 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1.47E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 138966788 A T MRPS22 CCDS3107.1 r.? - - intronic 34 0 0 37 0 0 23 0 0 71 5 7 63 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 1.406581197 1.406581197 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000309 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 140307825 C T - - - - - - 27 0 0 29 4 13.8 12 3 25 71 9 12.7 57 15 26.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 1.541003164 1.541003164 1 3.438172043 1.146057348 3 2.551940171 0.850646724 3 1.598025381 0.79901269 2 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.0000134 1 0.0000266 1 1.1E-10 1 5.53E-22 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 140348570 T G - - - - - - 22 0 0 28 0 0 25 0 0 69 7 10.1 65 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 2.029495726 1.014747863 2 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 1 1 1 1 6.43E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 140394927 A C TRIM42 CCDS3113.1 r.? - - upstream 35 0 0 41 0 0 25 0 0 76 5 6.6 63 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 1.326205128 1.326205128 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000043 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 140702561 G C SLC25A36 CCDS3114.1 r.? - - downstream 15 0 0 17 3 17.6 11 1 9.1 52 6 11.5 40 6 15 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 1.965337368 1.965337368 1 1.251494624 1.251494624 1 2.310811966 1.155405983 2 0.91142132 0.91142132 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.0000807 1 0.05364542 1 0.000000261 1 5.18E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 141725175 G C TFDP2 CCDS43159.1 r.? - - intronic 34 0 0 39 0 0 27 0 0 62 5 8.1 57 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 1.627615385 1.627615385 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000016 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 143648105 A G - - - - - - 32 0 0 30 0 0 17 0 0 59 5 8.5 64 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.707991453 1.707991453 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000125 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 145731718 T A - - - - - - 30 0 0 41 0 0 32 2 6.2 75 5 6.7 83 5 6 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0 0 1 0.852666667 0.852666667 1 1.346299145 1.346299145 1 0.364568528 0.364568528 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 1 1 0.011224977 1 0.0000403 1 0.0000656 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 146514305 C A - - - - - - 35 0 0 53 0 0 29 0 0 81 6 7.4 73 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.486957265 1.486957265 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000368 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 148255498 C T - - - - - - 36 0 0 41 0 0 24 2 8.3 65 8 12.3 70 1 1.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0 0 1 1.141473118 1.141473118 1 2.471564103 0.823854701 3 0.08506599 0.08506599 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 1 1 0.006413403 1 1.53E-09 1 0.295930304 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 148543293 T A CPB1 CCDS33874.1 r.? - - intronic 36 0 0 45 0 0 25 1 4 74 5 6.8 64 0 0 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0 0 1 0.550107527 0.550107527 1 1.366393162 1.366393162 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 1 1 0.117779757 1 0.0000378 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 148789769 G C HLTF CCDS33875.1 r.? - - intronic 38 0 0 33 0 0 25 1 4 83 7 8.4 68 12 17.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0 0 1 0.550107527 0.550107527 1 1.687897436 1.687897436 1 1.069401015 1.069401015 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 1 1 0.117779757 1 0.000000233 1 1.37E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 150041449 A G - - - - - - 36 0 0 26 0 0 16 0 0 57 4 7 48 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.406581197 1.406581197 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.000199821 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 155373864 G T PLCH1 CCDS33881.1 r.? - - intronic 34 0 0 34 0 0 28 0 0 76 6 7.9 68 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.58742735 1.58742735 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000253 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 157773763 A G - - - - - - 35 0 0 37 3 8.1 22 2 9.1 72 5 6.9 71 11 15.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0.904501857 0.904501857 1 1.251494624 1.251494624 1 1.386487179 1.386487179 1 0.94180203 0.94180203 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000855237 1 0.005403392 1 0.0000331 1 9.49E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 157958435 C G RSRC1 CCDS3181.1 r.? - - intronic 51 0 0 33 3 9.1 32 3 9.4 73 4 5.5 76 16 21.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 1.016168753 1.016168753 1 1.292752688 1.292752688 1 1.10517094 1.10517094 1 1.28206599 1.28206599 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000609557 1 0.000556213 1 0.000516741 1 1.25E-21 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 160480354 A T PPM1L CCDS33886.1 r.? - - intronic 39 0 0 36 3 8.3 24 1 4.2 68 5 7.4 62 4 6.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0.926835236 0.926835236 1 0.577612903 0.577612903 1 1.486957265 1.486957265 1 0.394949239 0.394949239 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000788827 1 0.113346489 1 0.0000251 1 0.000276647 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 161352669 A C - - - - - - 45 0 0 38 3 7.9 25 1 4 80 7 8.8 61 10 16.4 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0.882168478 0.882168478 1 0.550107527 0.550107527 1 1.768273504 1.768273504 1 0.99648731 0.99648731 1 NA NA 0 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000925091 1 0.117779757 1 0.00000018 1 6.98E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 163781481 C T - - - - - - 33 0 0 34 0 0 20 0 0 80 7 8.8 85 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.768273504 1.768273504 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000018 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 163912658 G C - - - - - - 34 0 0 40 0 0 30 1 3.3 77 4 5.2 64 13 20.3 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0 NA 0 0.45383871 0.45383871 1 1.044888889 1.044888889 1 1.233456853 1.233456853 1 NA NA 0 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 0.139615808 1 0.000632383 1 1.26E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 164644488 A G - - - - - - 18 0 0 35 2 5.7 24 2 8.3 69 7 10.1 70 7 10 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0.636501307 0.636501307 1 1.141473118 1.141473118 1 2.029495726 1.014747863 2 0.607614213 0.607614213 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.013332991 1 0.006413403 1 6.43E-08 1 7.11E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 165067132 T A - - - - - - 23 0 0 20 1 5 14 2 14.3 47 3 6.4 30 7 23.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0.55833448 NA 0 1.966634409 1.966634409 1 1.286017094 1.286017094 1 1.415741117 1.415741117 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.09538952 1 0.002185852 1 0.001719595 1 1.44E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 165182443 T A - - - - - - 34 0 0 23 1 4.3 27 3 11.1 68 5 7.4 71 9 12.7 1 0 0 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0.480167653 0.480167653 1 1.526548387 1.526548387 1 1.486957265 1.486957265 1 0.771670051 0.771670051 1 NA NA 0 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.108890944 1 0.000334187 1 0.0000251 1 1.1E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 165773712 G T - - - - - - 22 0 0 36 0 0 23 0 0 72 7 9.7 57 0 0 598 0 0 765 0 0 289 1 0.3 1129 47 4.2 914 1 0.1 FALSE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 1.949119658 1.949119658 1 0 0 1 0 NA 0 0.041258065 0.041258065 1 0.843948718 0.843948718 1 0.006076142 NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 0.765106859 8.66E-08 1.55E-27 1 0.989760098 YES 0_0 0_0 1_1 0_0 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b 3 166172356 T A - - - - - - 37 0 0 27 0 0 29 1 3.4 85 6 7.1 61 6 9.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0 NA 0 0.467591398 0.467591398 1 1.426675214 1.426675214 1 0.595461929 0.595461929 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 0.135292269 1 0.00000487 1 0.000000685 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 166282595 A G - - - - - - 42 0 0 36 0 0 27 0 0 66 9 13.6 54 0 0 2 0 0 0 0 NA 2 0 0 1 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 2.732786325 0.910928775 3 0 0 1 NA NA 0 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 1 1 5.59E-11 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 167132487 T G - - - - - - 43 0 0 39 3 7.7 22 1 4.5 73 7 9.6 58 14 24.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0.859835099 0.859835099 1 0.618870968 0.618870968 1 1.929025641 1.929025641 1 1.464350254 1.464350254 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000998458 1 0.104413009 1 9.54E-08 1 5.04E-20 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 171041076 G C TNIK CCDS46956.1 r.? - - intronic 26 0 0 42 0 0 25 0 0 72 4 5.6 70 0 0 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.125264957 1.125264957 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.000490365 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 173153154 G C NLGN1 CCDS3222.1 r.? - - intronic 34 0 0 43 0 0 28 0 0 66 4 6.1 76 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.225735043 1.225735043 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 0 0 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.000351793 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 175585935 T A - - - - - - 26 0 0 44 3 6.8 24 3 12.5 68 4 5.9 69 8 11.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0.759334892 0.759334892 1 1.719086022 1.719086022 1 1.185547009 1.185547009 1 0.704832487 0.704832487 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.00142027 1 0.000233853 1 0.000394372 1 2.49E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 175629754 G A - - - - - - 35 0 0 45 0 0 26 0 0 74 5 6.8 70 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.366393162 1.366393162 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000378 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 180806195 G A - - - - - - 44 0 0 34 0 0 17 0 0 64 5 7.8 59 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.567333333 1.567333333 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 0 0 1 NA NA 0 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000186 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 181312168 G C - - - - - - 29 0 0 37 0 0 16 0 0 38 5 13.2 59 0 0 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 2.652410256 0.884136752 3 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000137 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 181375067 T A - - - - - - 27 0 0 55 0 0 21 0 0 71 4 5.6 82 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.125264957 1.125264957 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.000464961 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 181455599 T A - - - - - - 34 0 0 35 0 0 14 0 0 70 6 8.6 72 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.72808547 1.72808547 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000156 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 182696657 C T DCUN1D1 CCDS3240.1 r.? - - intronic 34 0 0 38 4 10.5 21 1 4.8 63 8 12.7 68 17 25 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 1.172502407 1.172502407 1 0.660129032 0.660129032 1 2.551940171 0.850646724 3 1.519035533 0.759517766 2 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.0000403 1 0.099912572 1 1.18E-09 1 2.69E-24 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 183695005 C T ABCC5 CCDS43176.1 r.? - - intronic 35 0 0 40 0 0 20 0 0 56 6 10.7 63 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 2.150059829 1.075029915 2 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.000000409 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 184085578 G T THPO CCDS3265.1 r.? - - downstream 30 0 0 31 2 6.5 24 3 12.5 37 5 13.5 62 10 16.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0.725834824 0.725834824 1 1.719086022 1.719086022 1 2.712692308 0.904230769 3 0.978258883 0.978258883 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.010558179 1 0.000233853 1 0.00000119 1 8.29E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 185183705 G A MAP3K13 CCDS3270.1 r.? - - intronic 32 0 0 37 0 0 24 0 0 63 6 9.5 58 8 13.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.908931624 1.908931624 1 0.838507614 0.838507614 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 2 NA 1 1 1 1 1 1 0.000000832 1 5.99E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 13727962 C A - - - - - - 38 0 0 33 0 0 20 0 0 55 4 7.3 49 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 1 3 2 2 1 2 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.174863248 1.174863248 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.000173903 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 15071797 C T CPEB2 CCDS3413.1 r.? - - downstream 30 0 0 29 2 6.9 27 1 3.7 77 6 7.8 62 10 16.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 1 3 2 2 1 2 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.726142857 0.726142857 1 0.434849462 0.434849462 1 1.255333333 1.255333333 1 0.978258883 0.978258883 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.009279585 1 0.126579904 1 0.00000273 1 8.29E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 17204531 A T - - - - - - 28 0 0 30 0 0 12 1 8.3 69 8 11.6 58 13 22.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 6 2 1 2 3 1 1 1 3 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0.975473118 0.975473118 1 2.446905983 0.815635328 3 1.137055838 1.137055838 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 1 1 0.058377193 1 2.49E-09 1 3.12E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 19067884 A G - - - - - - 39 0 0 34 2 5.9 16 2 12.5 76 10 13.2 42 8 19 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 6 2 1 1 3 1 1 1 3 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.561904762 0.561904762 1 1.344086022 1.344086022 1 2.784410256 0.928136752 3 0.964467005 0.964467005 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.012612579 1 0.002863359 1 6.9E-12 1 3.96E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 22197297 C T - - - - - - 43 0 0 21 1 4.8 25 2 8 68 6 8.8 44 8 18.2 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 6 2 1 1 3 1 1 1 3 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.457142857 0.457142857 1 0.860215054 0.860215054 1 1.856273504 1.856273504 1 0.923857868 0.923857868 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.099912572 1 0.006948068 1 0.00000131 1 5.9E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 24127077 G A - - - - - - 26 0 0 134 6 4.5 75 1 1.3 192 10 5.2 267 14 5.2 2 0 0 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 34 35 51 32 33 34 48 31 1 1 3 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.868571429 1.868571429 1 0.568784946 0.568784946 1 3.436888889 0.859222222 4 1.823959391 0.911979695 2 NA NA 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.0000649 1 0.313356907 1 6.32E-08 1 1.42E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 24302943 T G - - - - - - 34 0 0 129 0 0 83 0 0 141 5 3.5 302 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 34 35 51 32 33 34 48 31 1 1 3 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 2.313290598 2.313290598 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000769283 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 28027717 A T - - - - - - 33 0 0 32 3 9.4 20 1 5 63 6 9.5 46 8 17.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.895238095 0.895238095 1 0.537634409 NA 0 1.813931624 1.813931624 1 0.883248731 0.883248731 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000556213 1 0.09538952 1 0.000000832 1 8.61E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 29281753 A G - - - - - - 32 0 0 26 4 15.4 17 1 5.9 70 6 8.6 46 7 15.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.466666667 1.466666667 1 0.634408602 0.634408602 1 1.64208547 1.64208547 1 0.771573604 0.771573604 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.00000856 1 0.081683532 1 0.00000156 1 3.53E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 29325763 T G - - - - - - 23 0 0 33 0 0 11 0 0 66 5 7.6 47 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.451145299 1.451145299 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000217 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 29452573 C T - - - - - - 28 0 0 29 3 10.3 13 0 0 61 5 8.2 42 7 16.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.980952381 0.980952381 1 0 0 1 1.565709402 1.565709402 1 0.847715736 0.847715736 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000414371 1 1 1 0.0000147 1 1.81E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 29871373 C A - - - - - - 29 0 0 26 3 11.5 19 2 10.5 59 4 6.8 44 2 4.5 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.095238095 1.095238095 1 1.129032258 1.129032258 1 1.298393162 1.298393162 1 0.228426396 0.228426396 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000298167 1 0.004039874 1 0.00022841 1 0.020580492 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 30186525 C T ENSG00000237496 ENST00000424014 r.? - - intronic 29 0 0 39 4 10.3 18 2 11.1 62 5 8.1 38 4 10.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.980952381 0.980952381 1 1.193548387 1.193548387 1 1.546615385 1.546615385 1 0.532994924 0.532994924 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.0000447 1 0.003626632 1 0.000016 1 0.0000403 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 31870767 T A - - - - - - 29 0 0 25 0 0 24 0 0 52 6 11.5 46 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 2.195811966 1.097905983 2 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.000000261 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 32615925 C A - - - - - - 36 0 0 28 3 10.7 19 2 10.5 80 6 7.5 42 6 14.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.019047619 1.019047619 1 1.129032258 1.129032258 1 1.432051282 1.432051282 1 0.725888325 0.725888325 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000372895 1 0.004039874 1 0.00000342 1 7.02E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 33677779 T A - - - - - - 46 0 0 39 3 7.7 17 2 11.8 72 6 8.3 52 3 5.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.733333333 0.733333333 1 1.268817204 1.268817204 1 1.584803419 1.584803419 1 0.294416244 0.294416244 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000998458 1 0.003234386 1 0.00000184 1 0.002300591 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 36506190 G A - - - - - - 42 0 0 142 0 0 93 0 0 206 7 3.4 355 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 40 42 54 21 39 41 52 19 1 1 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 2.349196581 1.174598291 2 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000926 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 36593756 A T - - - - - - 28 0 0 132 0 0 93 0 0 186 8 4.3 326 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 40 42 54 21 39 41 52 19 1 1 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 2.971042735 0.990347578 3 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00000541 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 44595359 C A - - - - - - 25 0 0 62 0 0 31 1 3.2 46 5 10.9 139 8 5.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 16 16 25 16 15 15 22 15 1 1 3 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0.792086022 0.792086022 1 4.370247863 1.092561966 4 1.106416244 1.106416244 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 1 1 0.143917729 1 0.00000361 1 0.000000615 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 44840162 G A - - - - - - 32 0 0 80 0 0 41 0 0 127 6 4.7 259 0 0 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 16 16 25 16 15 15 22 15 1 1 3 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.884418803 1.884418803 1 0 0 1 NA NA 0 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000482 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 45952799 A T - - - - - - 28 0 0 28 0 0 19 0 0 75 6 8 54 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3.440933507 4 2 1 2 2 1 1 1 2 1 1 0.559066493 1 1 NA 2 NA NA NA 2 NA NA NA 0.440933507 NA NA 0 0 1 0 0 1 1.527521368 1.527521368 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000234 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 46130523 C G GABRG1 CCDS3470.1 r.? - - upstream 33 0 0 24 0 0 21 0 0 63 4 6.3 43 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3.440933507 4 2 1 2 2 1 1 1 2 1 1 0.559066493 1 1 NA 2 NA NA NA 2 NA NA NA 0.440933507 NA NA 0 0 1 0 0 1 1.202923077 1.202923077 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.000294233 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 47120608 C G GABRB1 CCDS3474.1 r.? - - intronic 37 0 0 29 0 0 14 0 0 73 6 8.2 55 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3.440933507 4 2 1 2 2 1 1 1 2 1 1 0.559066493 1 1 NA 2 NA NA NA 2 NA NA NA 0.440933507 NA NA 0 0 1 0 0 1 1.565709402 1.565709402 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.000002 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 48781197 C T FRYL CCDS43227.1 r.? - - intronic 24 0 0 26 3 11.5 10 0 0 53 10 18.9 50 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 3.440933507 16 2 3 2 14 1 1 1 2 1 1 0.559066493 1 1 NA 2 NA NA NA 2 NA NA NA 0.440933507 NA NA 1.325238095 1.325238095 1 0 0 1 5.876769231 0.979461538 6 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000298167 1 1 1 1.57E-13 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 48818874 C A OCIAD1 ENST00000504654 r.? - - intronic 29 0 0 43 3 7 33 2 6.1 39 11 28.2 50 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 3.440933507 16 2 3 2 14 1 1 1 2 1 1 0.559066493 1 1 NA 2 NA NA NA 2 NA NA NA 0.440933507 NA NA 0.806666667 0.806666667 1 0.743810922 0.743810922 1 8.768512821 0.974279202 9 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.001328364 1 0.011909843 1 7.2E-17 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 48890107 C G OCIAD2 CCDS3485.1 r.? - - intronic 32 0 0 31 0 0 14 0 0 105 21 20 42 0 0 1 0 0 0 0 NA 2 0 0 2 0 0 0 0 NA FALSE FALSE 4 3.440933507 16 2 3 2 14 1 1 1 2 1 1 0.559066493 1 1 NA 2 NA NA NA 2 NA NA NA 0.440933507 NA NA 0 0 1 0 0 1 6.218803419 1.036467236 6 0 NA 0 NA NA 1 0 NA 0 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 2.04E-27 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 48890467 C T OCIAD2 CCDS3485.1 r.? - - intronic 31 0 0 41 3 7.3 18 3 16.7 90 19 21.1 44 0 0 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 3.440933507 16 2 3 2 14 1 1 1 2 1 1 0.559066493 1 1 NA 2 NA NA NA 2 NA NA NA 0.440933507 NA NA 0.841238095 0.841238095 1 2.03633482 2.03633482 1 6.560837607 0.937262515 7 0 NA 0 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.001155993 1 0.0000964 1 1.95E-25 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 48890712 C A OCIAD2 CCDS3485.1 r.? - - intronic 35 0 0 40 1 2.5 31 3 9.7 107 21 19.6 43 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 3.440933507 16 2 3 2 14 1 1 1 2 1 1 0.559066493 1 1 NA 2 NA NA NA 2 NA NA NA 0.440933507 NA NA 0.288095238 NA 0 1.182781303 1.182781303 1 6.09442735 1.015737892 6 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.181679879 1 0.000505952 1 3.13E-27 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 48890889 C T OCIAD2 CCDS3485.1 r.? - - intronic 34 0 0 40 6 15 30 2 6.7 90 15 16.7 47 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 3.440933507 16 2 3 2 14 1 1 1 2 1 1 0.559066493 1 1 NA 2 NA NA NA 2 NA NA NA 0.440933507 NA NA 1.728571429 1.728571429 1 0.816972652 0.816972652 1 5.192700855 1.038540171 5 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 5.18E-08 1 0.009909649 1 9.83E-19 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 48906933 C G OCIAD2 CCDS3485.1 r.? - - intronic 36 0 0 38 0 0 30 0 0 101 5 5 43 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 3.440933507 16 2 3 2 14 1 1 1 2 1 1 0.559066493 1 1 NA 2 NA NA NA 2 NA NA NA 0.440933507 NA NA 0 0 1 0 0 1 1.554700855 1.554700855 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000166173 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 53905898 C A SCFD2 CCDS33984.1 r.? - - intronic 37 0 0 54 0 0 29 0 0 107 9 8.4 82 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 5.560851641 13 5.550323465 5 4 11 4 1 1 2 1 1 0.439148359 1 0.449676535 NA 5 NA 5 NA 1 NA 1 NA 0.560851641 NA 0.550323465 0 0 1 0 0 1 2.359897436 1.179948718 2 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 4.51E-09 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 53927884 C T SCFD2 CCDS33984.1 r.? - - intronic 36 0 0 52 0 0 34 0 0 111 8 7.2 82 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 5.560851641 13 5.550323465 5 4 11 4 1 1 2 1 1 0.439148359 1 0.449676535 NA 5 NA 5 NA 1 NA 1 NA 0.560851641 NA 0.550323465 0 0 1 0 0 1 2.022769231 1.011384615 2 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000000109 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 55729134 A C - - - - - - 30 0 0 45 0 0 36 0 0 99 8 8.1 93 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 5.560851641 13 5.550323465 5 4 11 4 1 1 2 1 1 0.439148359 1 0.449676535 NA 5 NA 5 NA 1 NA 1 NA 0.560851641 NA 0.550323465 0 0 1 0 0 1 2.275615385 1.137807692 2 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 1 1 4.46E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 59398224 T A - - - - - - 35 0 0 41 0 0 30 0 0 87 7 8 63 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 5.560851641 13 4 5 4 11 3 1 1 2 1 1 0.439148359 1 1 NA 5 NA NA NA 1 NA NA NA 0.560851641 NA NA 0 0 1 0 0 1 2.247521368 1.123760684 2 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000000322 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 59581290 C T - - - - - - 28 0 0 63 4 6.3 33 2 6.1 57 20 35.1 68 1 1.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 5.560851641 13 4 5 4 11 3 1 1 2 1 1 0.439148359 1 1 NA 5 NA NA NA 1 NA NA NA 0.560851641 NA NA 0.852 0.852 1 0.873125929 0.873125929 1 9.861 0.9861 10 0.106142132 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000294233 1 0.011909843 1 9.67E-32 1 0.288836448 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 60016814 C T - - - - - - 33 0 0 52 0 0 15 0 0 82 10 12.2 67 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 FALSE FALSE 6 5.560851641 13 4 5 4 11 3 1 1 2 1 1 0.439148359 1 1 NA 5 NA NA NA 1 NA NA NA 0.560851641 NA NA 0 0 1 0 0 1 3.427470085 1.142490028 3 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1.51E-11 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 60253491 A T - - - - - - 34 0 0 36 2 5.6 26 2 7.7 83 16 19.3 66 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 5.560851641 13 4 5 4 11 3 1 1 2 1 1 0.439148359 1 1 NA 5 NA NA NA 1 NA NA NA 0.560851641 NA NA 0.757333333 0.757333333 1 1.102142566 1.102142566 1 5.422145299 1.08442906 5 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.014070883 1 0.007502227 1 5.75E-21 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 60297683 T A - - - - - - 28 0 0 54 0 0 27 0 0 113 6 5.3 64 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 5.560851641 13 4 5 4 11 3 1 1 2 1 1 0.439148359 1 1 NA 5 NA NA NA 1 NA NA NA 0.560851641 NA NA 0 0 1 0 0 1 1.488982906 1.488982906 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000025 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 60708353 G C - - - - - - 27 0 0 56 3 5.4 33 2 6.1 112 6 5.4 73 5 6.8 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 5.560851641 13 3 5 4 11 2 1 1 2 1 1 0.439148359 1 1 NA 5 NA NA NA 1 NA NA NA 0.560851641 NA NA 0.730285714 0.730285714 1 0.873125929 0.873125929 1 1.517076923 1.517076923 1 0.413177665 0.413177665 1 NA NA 0 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.00284314 1 0.011909843 1 0.0000238 1 0.0000354 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 60771333 A T - - - - - - 38 0 0 35 4 11.4 15 1 6.7 104 6 5.8 64 9 14.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 5.560851641 13 3 5 4 11 2 1 1 2 1 1 0.439148359 1 1 NA 5 NA NA NA 1 NA NA NA 0.560851641 NA NA 1.541714286 1.541714286 1 0.959007167 0.959007167 1 1.629452991 1.629452991 1 0.856736041 0.856736041 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.0000289 1 0.072431031 1 0.0000156 1 4.2E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 61005689 G A - - - - - - 28 0 0 38 2 5.3 11 3 27.3 82 7 8.5 54 21 38.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 3 13 3 4 2 9 2 2 1 4 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.716761905 0.716761905 1 3.208483871 1.604241935 2 2.387991453 1.193995726 2 2.363619289 1.181809645 2 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.015598339 1 0.00002 1 0.000000214 1 2.12E-34 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 61298028 C T - - - - - - 39 0 0 24 1 4.2 21 2 9.5 60 5 8.3 58 20 34.5 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 3 13 3 4 2 9 2 2 1 4 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.568 0.568 1 1.116505376 1.116505376 1 2.331803419 2.331803419 1 2.096269036 1.048134518 2 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.113346489 1 0.004928472 1 0.0000136 1 1.47E-31 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 61401928 G A - - - - - - 37 0 0 35 0 0 26 0 0 95 6 6.3 68 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 3 13 3 4 2 9 2 2 1 4 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.769923077 1.769923077 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000928 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 62069965 G C LPHN3 ENST00000512091 r.? - - intronic 42 0 0 38 0 0 21 0 0 90 4 4.4 50 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 3 13 3 4 2 9 2 2 1 4 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.236136752 1.236136752 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.001134224 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 62125679 G T LPHN3 ENST00000512091 r.? - - intronic 28 0 0 34 3 8.8 20 1 5 101 7 6.9 62 15 24.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 3 13 3 4 2 9 2 2 1 4 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.190095238 1.190095238 1 0.587634409 0.587634409 1 1.938487179 1.938487179 1 1.470426396 1.470426396 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000666058 1 0.09538952 1 0.000000891 1 2.28E-21 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 63430368 T G - - - - - - 28 0 0 27 0 0 29 0 0 87 5 5.7 50 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 3 13 3 4 2 9 2 2 1 4 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.601358974 1.601358974 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000821 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 63927153 C A - - - - - - 25 0 0 45 4 8.9 19 2 10.5 100 13 13 56 25 44.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 3 13 3 4 2 9 2 2 1 4 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.203619048 1.203619048 1 1.234032258 1.234032258 1 3.652222222 0.913055556 4 2.709959391 1.354979695 2 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.0000791 1 0.004039874 1 5.79E-15 1 1.43E-42 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 64229014 G C - - - - - - 28 0 0 39 3 7.7 21 1 4.8 86 8 9.3 67 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 3 NA 3 4 2 NA 2 2 1 NA 1 1 1 NA 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.041333333 1.041333333 1 0.564129032 NA 0 NA NA 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.000998458 1 0.099912572 1 1.47E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 64229422 G C - - - - - - 25 0 0 28 1 3.6 15 1 6.7 68 13 19.1 53 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 3 NA 3 4 2 NA 2 2 1 NA 1 1 1 NA 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.486857143 0.486857143 1 0.787430108 0.787430108 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.130947004 1 0.072431031 1 2.96E-17 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 64250618 G T - - - - - - 33 0 0 50 0 0 29 0 0 97 8 8.2 63 12 19 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 3 20 3 4 2 11 2 2 1 9 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 2.877709402 0.959236467 3 1.154467005 1.154467005 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 1 1 0.000000038 1 5.15E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 64262768 C T - - - - - - 31 0 0 36 2 5.6 16 1 6.2 90 18 20 64 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 3 20 3 4 2 11 2 2 1 9 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.757333333 0.757333333 1 0.728666667 NA 0 7.018803419 1.002686203 7 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.014070883 1 0.077068876 1 1.03E-23 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 64308666 T G - - - - - - 40 0 0 41 1 2.4 20 1 5 105 5 4.8 46 0 0 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 3 20 3 4 2 11 2 2 1 9 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.324571429 0.324571429 1 0.587634409 NA 0 1.684512821 1.684512821 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.18577148 1 0.09538952 1 0.000199261 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 64552163 C T - - - - - - 35 0 0 41 1 2.4 14 2 14.3 86 13 15.1 59 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 3 20 3 4 2 11 2 2 1 9 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.324571429 0.324571429 1 1.680634409 1.680634409 1 5.299196581 1.059839316 5 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.18577148 1 0.002185852 1 7.57E-16 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 64573240 A G - - - - - - 34 0 0 34 3 8.8 19 1 5.3 101 6 5.9 54 14 25.9 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 3 20 3 4 2 11 2 2 1 9 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.190095238 1.190095238 1 0.622892473 NA 0 2.070547009 2.070547009 1 1.573720812 0.786860406 2 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.000666058 1 0.090843738 1 0.0000132 1 1.64E-20 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 64600398 G C - - - - - - 36 0 0 34 0 0 17 0 0 89 4 4.5 44 0 0 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 3 20 3 4 2 11 2 2 1 9 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.579230769 1.579230769 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.001088103 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 64690576 C T - - - - - - 47 0 0 87 0 0 41 0 0 141 7 5 164 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 FALSE FALSE 6 5 20 10.30501824 4 4 11 10 2 1 9 0 1 1 1 0.694981758 NA NA NA 10 NA NA NA 1 NA NA NA 0.305018242 0 0 1 0 NA 0 1.754700855 1.754700855 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00000823 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 64724519 T A - - - - - - 25 0 0 108 0 0 59 0 0 138 5 3.6 187 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 5 20 10.30501824 4 4 11 10 2 1 9 0 1 1 1 0.694981758 NA NA NA 10 NA NA NA 1 NA NA NA 0.305018242 0 0 1 0 NA 0 1.263384615 1.263384615 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000698312 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 65176274 G A TECRL CCDS33990.1 r.? - - intronic 24 0 0 44 0 0 28 0 0 91 10 11 77 0 0 225 0 0 558 0 0 156 0 0 765 78 10.2 477 0 0 FALSE FALSE 6 5 20 4.335653924 4 4 11 3 2 1 9 1 1 1 1 0.664346076 NA NA NA 4 NA NA NA 1 NA NA NA 0.335653924 0 0 1 0 0 1 3.86034188 0.96508547 4 0 NA 0 0 0 1 0 NA 0 3.579589744 0.894897436 4 0 NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 4.34E-11 1.41E-73 1 1 YES 0_0 0_0 1_1 0_0 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b 4 65290332 T C - - - - - - 38 0 0 50 2 4 34 1 2.9 123 21 17.1 74 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 5 20 4.335653924 4 4 11 3 2 1 9 1 1 1 1 0.664346076 NA NA NA 4 NA NA NA 1 NA NA NA 0.335653924 0.540952381 0.540952381 1 0.398827957 0.398827957 1 6.001076923 1.000179487 6 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.026131524 1 0.156694864 1 7.24E-26 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 65382466 G A - - - - - - 39 0 0 56 0 0 28 0 0 137 13 9.5 84 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 5 22 4.335653924 4 4 19 3 2 1 3 1 1 1 1 0.664346076 NA NA NA 4 NA NA NA 1 NA NA NA 0.335653924 0 0 1 0 0 1 3.523931624 0.880982906 4 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 3.67E-13 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 65466579 T C - - - - - - 40 0 0 46 0 0 31 0 0 115 5 4.3 82 12 14.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 5 22 4.335653924 4 4 19 3 2 1 3 1 1 1 1 0.664346076 NA NA NA 4 NA NA NA 1 NA NA NA 0.335653924 0 0 1 0 0 1 1.595042735 1.595042735 1 1.082122224 1.082122224 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 2 NA 1 1 1 1 1 1 0.000303924 1 1.46E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 65503364 A T - - - - - - 35 0 0 44 0 0 31 0 0 132 7 5.3 73 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 5 22 4.335653924 4 4 19 3 2 1 3 1 1 1 1 0.664346076 NA NA NA 4 NA NA NA 1 NA NA NA 0.335653924 0 0 1 0 0 1 1.965982906 1.965982906 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00000534 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 65515216 C G - - - - - - 38 0 0 52 0 0 32 0 0 131 8 6.1 82 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 5 22 4.335653924 4 4 19 3 2 1 3 1 1 1 1 0.664346076 NA NA NA 4 NA NA NA 1 NA NA NA 0.335653924 0 0 1 0 NA 0 2.262735043 1.131367521 2 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000000391 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 65559743 C G - - - - - - 23 0 0 36 3 8.3 24 3 12.5 107 21 19.6 59 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 5 22 4.335653924 4 4 19 3 2 1 3 1 1 1 1 0.664346076 NA NA NA 4 NA NA NA 1 NA NA NA 0.335653924 1.12247619 1.12247619 1 1.719086022 1.719086022 1 7.27042735 1.038632479 7 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000788827 1 0.000233853 1 3.13E-27 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 65793751 A C - - - - - - 41 0 0 56 2 3.6 32 2 6.2 123 39 31.7 93 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 5 22 4.335653924 4 4 19 3 2 1 3 1 1 1 1 0.664346076 NA NA NA 4 NA NA NA 1 NA NA NA 0.335653924 0.486857143 0.486857143 1 0.852666667 0.852666667 1 11.75880342 0.979900285 12 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.032213353 1 0.011224977 1 2.17E-58 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 66088157 T C - - - - - - 35 0 0 44 0 0 21 0 0 114 7 6.1 82 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 FALSE FALSE 5 5 22 4.335653924 4 4 19 3 1 1 3 1 1 1 1 0.664346076 NA NA NA 4 NA NA NA 1 NA NA NA 0.335653924 0 0 1 0 0 1 2.262735043 1.131367521 2 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00000201 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 66688795 G C - - - - - - 24 0 0 35 0 0 32 0 0 114 6 5.3 74 0 0 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 5 22 4.335653924 4 4 19 3 1 1 3 1 1 1 1 0.664346076 NA NA NA 4 NA NA NA 1 NA NA NA 0.335653924 0 0 1 0 0 1 1.965982906 1.965982906 1 0 NA 0 NA NA 0 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000263 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 42663307 C T - - - - - - 30 1 3.3 51 3 5.9 23 6 26.1 45 6 13.3 55 9 16.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 10 12 10 4 6 7 7 3 4 5 3 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.033904762 1.033904762 1 5.416451613 1.083290323 5 3.337504274 1.112501425 3 1.16048731 1.16048731 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 0.139615808 1 0.002175924 1 1.47E-09 1 0.000000108 1 1.01E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 67363167 A C - - - - - - 26 0 0 44 0 0 19 0 0 101 6 5.9 46 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 5 22 4.335653924 4 4 19 3 1 1 3 1 1 1 1 0.664346076 NA NA NA 4 NA NA NA 1 NA NA NA 0.335653924 0 0 1 0 0 1 2.188547009 1.094273504 2 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000132 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 69289347 C T - - - - - - 38 0 0 44 0 0 20 0 0 77 8 10.4 39 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2.709711149 2.727485129 7 2 1 1 5 1 1 1 2 1 0.290288851 0.272514871 1 1 2 2 NA NA 1 1 NA NA 0.709711149 0.727485129 NA NA 0 0 1 0 0 1 2.297777778 1.148888889 2 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 1 1 6.05E-09 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 70265650 C T UGT2B28 ENST00000381079 r.? - - intronic 34 0 0 26 0 0 21 0 0 81 11 13.6 37 0 0 0 0 NA 1 0 0 3 0 0 5 2 40 0 0 NA TRUE FALSE 2.709711149 2.727485129 7 2 1 1 5 1 1 1 2 1 0.290288851 0.272514871 1 1 2 2 NA NA 1 1 NA NA 0.709711149 0.727485129 NA NA 0 0 1 0 0 1 3.004786325 1.001595442 3 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 8.837606838 1.767521368 5 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 1 1 4.29E-13 0.000247509 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 70266598 T G UGT2B28 ENST00000381079 r.? - - intronic 40 0 0 29 0 0 22 0 0 77 6 7.8 44 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2.709711149 2.727485129 7 2 1 1 5 1 1 1 2 1 0.290288851 0.272514871 1 1 2 2 NA NA 1 1 NA NA 0.709711149 0.727485129 NA NA 0 0 1 0 0 1 1.723333333 1.723333333 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000273 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 70271641 T A UGT2B28 ENST00000381079 r.? - - intronic 15 0 0 38 3 7.9 18 2 11.1 71 16 22.5 52 0 0 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2.709711149 2.727485129 7 2 1 1 5 1 1 1 2 1 0.290288851 0.272514871 1 1 2 2 NA NA 1 1 NA NA 0.709711149 0.727485129 NA NA 0.808448133 0.808448133 1 1.274299236 1.274299236 1 4.971153846 0.994230769 5 0 0 1 NA NA 0 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 7 NA 1 1 0.000925091 1 0.003626632 1 3.77E-22 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 72633261 A C GC CCDS3550.1 r.? - - intronic 33 0 0 22 1 4.5 15 1 6.7 61 4 6.6 37 12 32.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2.709711149 2.727485129 7 2 1 1 5 1 1 1 2 1 0.290288851 0.272514871 1 1 2 2 NA NA 1 1 NA NA 0.709711149 0.727485129 NA NA 0.46050843 0.46050843 1 0.769171611 NA 0 1.458205128 1.458205128 1 1.644670051 1.644670051 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.104413009 1 0.072431031 1 0.000259828 1 4.03E-19 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 74031116 A T ANKRD17 CCDS34004.1 r.? - - intronic 32 0 0 113 0 0 40 0 0 106 5 4.7 196 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 21 18 21 16 20 17 18 15 1 1 3 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.696418803 1.696418803 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000208264 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 74335633 G C - - - - - - 35 0 0 118 0 0 45 0 0 103 5 4.9 178 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 21 18 21 16 20 17 18 15 1 1 3 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.768606838 1.768606838 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000182144 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 75160675 T A MTHFD2L CCDS47075.1 r.? - - intronic 38 0 0 88 0 0 42 0 0 109 4 3.7 191 0 0 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 21 18 21 16 20 17 18 15 1 1 3 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.335478632 1.335478632 1 0 NA 0 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.002291292 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 78525181 G T CXCL13 CCDS3582.1 r.? - - intronic 36 0 0 27 0 0 22 0 0 60 4 6.7 48 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.279299145 1.279299145 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.000243755 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 82054920 T C PRKG2 CCDS3589.1 r.? - - intronic 46 0 0 28 0 0 21 0 0 75 5 6.7 51 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.279299145 1.279299145 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000403 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 82991573 C G - - - - - - 27 0 0 22 1 4.5 19 0 0 68 4 5.9 57 14 24.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.428571429 0.428571429 1 0 0 1 1.126547009 1.126547009 1 1.248730964 1.248730964 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.104413009 1 1 1 0.000394372 1 3.84E-20 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 88146913 G C - - - - - - 32 0 0 43 3 7 16 1 6.2 78 11 14.1 39 4 10.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.666666667 0.666666667 1 0.666666667 0.666666667 1 2.69225641 1.346128205 2 0.52284264 0.52284264 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.001328364 1 0.077068876 1 2.79E-13 1 0.0000447 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 94074559 C G GRID2 CCDS3637.1 r.? - - intronic 23 0 0 28 0 0 12 0 0 52 5 9.6 50 0 0 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.833025641 1.833025641 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000668 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 95383702 C T PDLIM5 CCDS3641.1 r.? - - intronic 23 0 0 30 3 10 25 2 8 62 5 8.1 42 8 19 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.952380952 0.952380952 1 0.860215054 0.860215054 1 1.546615385 1.546615385 1 0.964467005 0.964467005 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000458697 1 0.006948068 1 0.000016 1 3.96E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 98211933 A C - - - - - - 30 0 0 29 0 0 21 0 0 82 6 7.3 53 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.393863248 1.393863248 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000395 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 103073129 T A - - - - - - 34 0 0 45 4 8.9 25 2 8 58 4 6.9 48 13 27.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.847619048 0.847619048 1 0.860215054 0.860215054 1 1.317487179 1.317487179 1 1.375634518 1.375634518 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.0000791 1 0.006948068 1 0.000213772 1 2E-19 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 104973743 C T - - - - - - 29 0 0 36 0 0 18 0 0 59 5 8.5 41 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.622991453 1.622991453 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000125 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 106514547 C A ENSG00000236699 CCDS3670.1 r.? - - intronic 23 0 0 33 0 0 25 0 0 42 7 16.7 37 3 8.1 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 3.188700855 1.594350427 2 0.411167513 0.411167513 1 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 2 NA 1 1 1 1 1 1 1.81E-09 1 0.000855237 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 111640879 G C - - - - - - 30 0 0 28 0 0 20 0 0 52 6 11.5 31 0 0 3 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 2.195811966 1.097905983 2 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.000000261 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 112688797 G C - - - - - - 35 0 0 26 0 0 13 0 0 55 4 7.3 43 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.393863248 1.393863248 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.000173903 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 116238806 A C - - - - - - 28 0 0 32 0 0 25 1 4 65 4 6.2 38 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0.430107527 0.430107527 1 1.18382906 1.18382906 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 1 1 0.117779757 1 0.000331785 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 117263089 G C - - - - - - 30 0 0 31 0 0 16 0 0 61 6 9.8 31 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.871213675 1.871213675 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.000000685 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 121013748 G C - - - - - - 27 0 0 25 0 0 21 0 0 66 7 10.6 30 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 2.023965812 1.011982906 2 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.000000047 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 131646640 T C - - - - - - 30 0 0 28 0 0 16 0 0 68 6 8.8 45 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2.555381352 4.506544679 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 0.444618648 0.493455321 1 NA 2 3 NA NA 1 2 NA NA 0.555381352 0.506544679 NA 0 0 1 0 0 1 1.724849436 1.724849436 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000131 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 134301990 C G - - - - - - 36 0 0 43 0 0 34 0 0 79 5 6.3 81 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 2.555381352 4.506544679 4.485590808 3 1 2 3 1 1 2 1 1 0.444618648 0.493455321 0.514409192 NA 2 3 3 NA 1 2 2 NA 0.555381352 0.506544679 0.485590808 0 0 1 0 NA 0 1.234835392 1.234835392 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000518 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 134744860 G A - - - - - - 33 0 0 39 1 2.6 13 0 0 68 6 8.8 46 14 30.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2.555381352 4.506544679 4.485590808 1 1 2 3 1 1 2 1 1 0.444618648 0.493455321 0.514409192 NA 2 3 3 NA 1 2 2 NA 0.555381352 0.506544679 0.485590808 0.247619048 0.247619048 1 0 0 1 1.724849436 1.724849436 1 2.298766814 0.914237357 2.514409192 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.177567718 1 1 1 0.00000131 1 1.26E-21 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 135035161 T A - - - - - - 38 0 0 41 0 0 13 0 0 78 9 11.5 58 0 0 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2.555381352 4.506544679 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 0.444618648 0.493455321 1 NA 2 3 NA NA 1 2 NA NA 0.555381352 0.506544679 NA 0 0 1 0 0 1 2.254064604 0.899271664 2.506544679 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 3 NA 1 1 1 1 1 1 2.61E-10 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 135035182 A G - - - - - - 35 0 0 35 0 0 12 0 0 67 7 10.4 53 0 0 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2.555381352 4.506544679 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 0.444618648 0.493455321 1 NA 2 3 NA NA 1 2 NA NA 0.555381352 0.506544679 NA 0 0 1 0 0 1 2.038458424 1.019229212 2 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 3 NA 1 1 1 1 1 1 5.23E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 135643289 C T - - - - - - 38 0 0 34 0 0 13 0 0 52 8 15.4 47 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2.555381352 4.506544679 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 0.444618648 0.493455321 1 NA 2 3 NA NA 1 2 NA NA 0.555381352 0.506544679 NA 0 0 1 0 0 1 3.018486513 1.204242054 2.506544679 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 1 1 2.42E-10 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 136606237 G T - - - - - - 37 0 0 35 1 2.9 9 1 11.1 56 6 10.7 55 5 9.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2.555381352 4.506544679 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 0.444618648 0.493455321 1 NA 2 3 NA NA 1 2 NA NA 0.555381352 0.506544679 NA 0.276190476 0.276190476 1 1.255195717 1.255195717 1 2.09726011 2.09726011 1 0.461928934 0.461928934 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.16091139 1 0.044110422 1 0.000000409 1 0.00000883 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 136817228 C T - - - - - - 25 0 0 36 4 11.1 17 1 5.9 58 5 8.6 46 11 23.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2.555381352 4.506544679 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 0.444618648 0.493455321 1 NA 2 3 NA NA 1 2 NA NA 0.555381352 0.506544679 NA 1.057142857 1.057142857 1 0.667176102 0.667176102 1 1.685648313 1.685648313 1 1.21319797 1.21319797 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.0000324 1 0.081683532 1 0.0000115 1 5.55E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 137560340 C G - - - - - - 38 0 0 25 0 0 19 0 0 73 8 11 48 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2.555381352 4.506544679 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 0.444618648 0.493455321 1 NA 2 3 NA NA 1 2 NA NA 0.555381352 0.506544679 NA 0 0 1 0 0 1 2.156061795 1.078030898 2 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 1 1 3.93E-09 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 141533494 G T - - - - - - 35 0 0 35 2 5.7 26 0 0 78 10 12.8 44 0 0 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 2.555381352 9 2.120144934 2 1 7 1 1 1 2 1 1 0.444618648 1 0.879855066 NA 2 NA 2 NA 1 NA 1 NA 0.555381352 NA 0.120144934 0.599857143 0.599857143 1 0 0 1 3.084034188 1.028011396 3 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.013332991 1 1 1 9.02E-12 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 141964068 A T RNF150 ENST00000306799 r.? - - intronic 34 0 0 43 0 0 23 0 0 79 8 10.1 42 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 2.555381352 9 2.120144934 2 1 7 1 1 1 2 1 1 0.444618648 1 0.879855066 NA 2 NA 2 NA 1 NA 1 NA 0.555381352 NA 0.120144934 0 0 1 0 0 1 2.433495726 0.811165242 3 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 7.43E-09 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 141964069 C G RNF150 ENST00000306799 r.? - - intronic 34 0 0 44 0 0 23 0 0 79 8 10.1 42 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 2.555381352 9 2.120144934 2 1 7 1 1 1 2 1 1 0.444618648 1 0.879855066 NA 2 NA 2 NA 1 NA 1 NA 0.555381352 NA 0.120144934 0 0 1 0 0 1 2.433495726 0.811165242 3 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 1 1 1 1 7.43E-09 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 142247229 C G - - - - - - 30 0 0 30 3 10 15 2 13.3 83 15 18.1 48 0 0 344 0 0 712 52 7.3 290 3 1 965 155 16.1 607 0 0 FALSE FALSE 3 2.555381352 NA 2.120144934 2 1 NA 1 1 1 NA 1 1 0.444618648 NA 0.879855066 NA 2 NA 2 NA 1 NA 1 NA 0.555381352 NA 0.120144934 1.052380952 1.052380952 1 1.503973247 1.503973247 1 NA NA 1 0 0 1 0.768238095 0.768238095 1 0.113080695 NA 0 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 1 1 0.000458697 3.4E-42 0.002513772 0.178369761 2.7E-19 6.71E-176 1 1 YES 1_1 1_0 1_1 0_0 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b 4 142247444 C G - - - - - - 36 0 0 40 2 5 29 2 6.9 77 11 14.3 46 0 0 205 0 0 510 24 4.7 167 1 0.6 534 95 17.8 335 0 0 FALSE FALSE 3 2.555381352 NA 2.120144934 2 1 NA 1 1 1 NA 1 1 0.444618648 NA 0.879855066 NA 2 NA 2 NA 1 NA 1 NA 0.555381352 NA 0.120144934 0.526190476 0.526190476 1 0.780256797 0.780256797 1 NA NA 1 0 0 1 0.494619048 0.494619048 1 0.067848417 NA 0 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 1 1 0.017193422 5.15E-16 0.009279585 0.567033311 2.41E-13 4.92E-113 1 1 YES 1_1 1_0 1_1 0_0 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b 4 143530600 C G INPP4B CCDS47112.1 r.? - - intronic 23 0 0 48 0 0 21 0 0 67 4 6 65 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 2.555381352 7 2.120144934 2 1 4 1 1 1 3 1 1 0.444618648 1 0.879855066 NA 2 NA 2 NA 1 NA 1 NA 0.555381352 NA 0.120144934 0 0 1 0 0 1 1.325641026 1.325641026 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.000372648 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 144095147 A T - - - - - - 36 0 0 37 3 8.1 24 1 4.2 65 5 7.7 55 1 1.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 2.555381352 7 2.838094747 2 1 4 1 1 1 3 1 1 0.444618648 1 0.161905253 NA 2 NA 2 NA 1 NA 1 NA 0.555381352 NA 0.838094747 0.852428571 0.852428571 1 0.47493892 0.47493892 1 1.701239316 1.701239316 1 0.106456264 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000855237 1 0.113346489 1 0.0000201 1 0.240951649 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 148245130 G C - - - - - - 30 0 0 25 0 0 13 0 0 54 4 7.4 47 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 2.555381352 7 2 2 1 4 1 1 1 3 1 1 0.444618648 1 1 NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.555381352 NA NA 0 0 1 0 0 1 1.634957265 1.634957265 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000161898 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 150561794 A T - - - - - - 27 0 0 39 0 0 20 0 0 74 5 6.8 91 0 0 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6.469179811 7 11 6.5724041 5 6 8 5 1 1 3 1 0.530820189 1 1 0.4275959 6 NA NA 6 1 NA NA 1 0.469179811 NA NA 0.5724041 0 0 1 0 0 1 1.774393162 1.774393162 1 0 0 1 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000378 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 150959330 A G - - - - - - 26 0 0 46 0 0 28 0 0 88 6 6.8 73 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6.469179811 7 11 6.5724041 5 6 8 5 1 1 3 1 0.530820189 1 1 0.4275959 6 NA NA 6 1 NA NA 1 0.469179811 NA NA 0.5724041 0 NA 0 0 0 1 1.774393162 1.774393162 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00000596 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 151419067 G A LRBA CCDS3773.1 r.? - - intronic 25 0 0 56 0 0 33 0 0 70 7 10 93 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6.469179811 7 11 6.5724041 5 6 8 5 1 1 3 1 0.530820189 1 1 0.4275959 6 NA NA 6 1 NA NA 1 0.469179811 NA NA 0.5724041 0 NA 0 0 0 1 2.609401709 0.86980057 3 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 7.11E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 151703896 G T LRBA CCDS3773.1 r.? - - intronic 26 0 0 38 4 10.5 21 1 4.8 70 5 7.1 82 7 8.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6.469179811 7 11 6.5724041 5 6 8 5 1 1 3 1 0.530820189 1 1 0.4275959 6 NA NA 6 1 NA NA 1 0.469179811 NA NA 0.5724041 1.46926388 1.46926388 1 0.756129032 0.756129032 1 1.852675214 1.852675214 1 0.82012643 0.82012643 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.0000403 1 0.099912572 1 0.0000289 1 0.000000214 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 151704557 G C LRBA CCDS3773.1 r.? - - intronic 29 0 0 55 1 1.8 42 0 0 78 6 7.7 99 13 13.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6.469179811 7 11 6.5724041 5 6 8 5 1 1 3 1 0.530820189 1 1 0.4275959 6 NA NA 6 1 NA NA 1 0.469179811 NA NA 0.5724041 0.251873808 0.251873808 1 0 0 1 2.009239316 2.009239316 1 1.263959556 1.263959556 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.240951649 1 1 1 0.00000295 1 5.06E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 158361712 C G - - - - - - 31 0 0 43 0 0 27 0 0 74 4 5.4 63 0 0 299 0 0 227 0 0 61 0 0 428 18 4.2 309 0 0 FALSE FALSE 3 3 7 2.785704032 2 2 4 1 1 1 3 1 1 1 1 0.214295968 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.785704032 0 NA 0 0 0 1 1.193076923 1.193076923 1 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0.927948718 0.927948718 1 0 NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00054411 1.38E-11 1 1 YES 0_0 0_0 1_1 0_0 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b 4 161201948 C T - - - - - - 31 0 0 33 0 0 29 0 0 62 6 9.7 52 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 7 2.785704032 2 2 4 1 1 1 3 1 1 1 1 0.214295968 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.785704032 0 0 1 0 0 1 2.143119658 1.071559829 2 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000000756 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 161710547 A C - - - - - - 25 0 0 30 0 0 22 0 0 55 6 10.9 60 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 7 4 2 2 4 2 1 1 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 2.408247863 0.802749288 3 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 0 0 1 NA NA 0 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.000000367 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 161966564 T C - - - - - - 35 0 0 39 0 0 27 0 0 67 5 7.5 68 0 0 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 7 4 2 2 4 2 1 1 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.657051282 1.657051282 1 0 0 1 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000233 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 162049986 G A - - - - - - 45 0 0 41 2 4.9 19 1 5.3 68 6 8.8 58 11 19 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 7 4 2 2 4 2 1 1 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.515666667 0.515666667 1 0.622892473 NA 0 1.944273504 1.944273504 1 1.344467005 1.344467005 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.018015855 1 0.090843738 1 0.00000131 1 8.96E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 162704393 C G FSTL5 CCDS3802.1 r.? - - intronic 22 0 0 46 0 0 21 0 0 63 4 6.3 71 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 7 4 2 2 4 2 1 1 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.391923077 1.391923077 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.000294233 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 162826750 C A FSTL5 CCDS3802.1 r.? - - intronic 38 0 0 42 0 0 16 0 0 56 4 7.1 67 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 7 4 2 2 4 2 1 1 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.568675214 1.568675214 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.000186538 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 164706026 G A Feb-97 CCDS45732.1 r.? - - intronic 39 0 0 33 3 9.1 16 1 6.2 62 7 11.3 39 2 5.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 7 3 2 2 4 2 1 1 3 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.957666667 0.957666667 1 0.728666667 NA 0 2.496623932 0.832207977 3 0.309883249 0.309883249 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000609557 1 0.077068876 1 3.02E-08 1 0.016387522 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 171913511 C A - - - - - - 38 0 0 52 3 5.8 21 1 4.8 65 5 7.7 48 5 10.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 7 3 2 2 4 2 1 1 3 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.610380952 0.610380952 1 0.564129032 0.564129032 1 1.701239316 1.701239316 1 0.631918782 0.631918782 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.002300591 1 0.099912572 1 0.0000201 1 0.00000447 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 172831068 T C GALNTL6 CCDS34104.1 r.? - - intronic 31 0 0 42 1 2.4 18 1 5.6 68 7 10.3 36 6 16.7 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 7 3 2 2 4 2 1 1 3 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.252571429 0.252571429 1 0.658150538 0.658150538 1 2.275683761 1.13784188 2 1.014715736 1.014715736 1 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.189842622 1 0.086275114 1 0.000000058 1 2.68E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 175956559 G C - - - - - - 29 0 0 30 0 0 22 0 0 75 5 6.7 48 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 7 3 2 2 4 2 1 1 3 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.480299145 1.480299145 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000403 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 176512555 C G - - - - - - 20 0 0 31 0 0 22 0 0 79 5 6.3 60 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 7 3 2 2 4 2 1 1 3 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.391923077 1.391923077 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000518 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 177854513 T A - - - - - - 30 0 0 43 3 7 14 0 0 56 6 10.7 59 9 15.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 7 4 2 2 4 2 1 1 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.736666667 0.736666667 1 0 0 1 2.364059829 1.182029915 2 1.082649746 1.082649746 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.001328364 1 1 1 0.000000409 1 1.96E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 177944197 T C - - - - - - 20 0 0 48 1 2.1 23 3 13 72 6 8.3 51 8 15.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 7 4 2 2 4 2 1 1 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.221 0.221 1 1.527849462 1.527849462 1 1.833803419 1.833803419 1 1.110954315 1.110954315 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.213845552 1 0.000205387 1 0.00000184 1 2.05E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 178044228 G T - - - - - - 20 0 0 37 0 0 24 2 8.3 58 5 8.6 50 5 10 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 7 4 2 2 4 2 1 1 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0.975473118 0.975473118 1 1.90008547 1.90008547 1 0.707614213 0.707614213 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 1 1 0.006413403 1 0.0000115 1 0.00000549 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 178234941 C T NEIL3 CCDS3828.1 r.? - - intronic 32 0 0 45 0 0 15 0 0 82 8 9.8 75 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 7 4 2 2 4 2 2 2 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 2.165213675 1.082606838 2 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000001 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 179325509 T C - - - - - - 30 0 0 35 0 0 22 0 0 57 5 8.8 52 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 7 4 2 2 4 2 2 2 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.944273504 1.944273504 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000105 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 179987841 A T - - - - - - 31 0 0 41 4 9.8 28 2 7.1 35 3 8.6 59 8 13.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 7 4 2 2 4 2 2 2 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.129333333 1.129333333 1 0.90544086 0.90544086 1 1.90008547 1.90008547 1 0.96235533 0.96235533 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.0000546 1 0.008668191 1 0.000725791 1 6.9E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 181975096 A T - - - - - - 30 0 0 32 0 0 27 0 0 68 5 7.4 53 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 TRUE FALSE 4 4 7 4 2 2 4 2 2 2 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.634957265 1.634957265 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 0 0 1 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000251 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 182092700 C T - - - - - - 39 0 0 41 0 0 34 0 0 75 6 8 58 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 TRUE FALSE 4 4 7 4 2 2 4 2 2 2 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.767521368 1.767521368 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 0 NA 0 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000234 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 183313903 C A ODZ3 CCDS47165.1 r.? - - intronic 34 0 0 33 0 0 14 0 0 51 4 7.8 43 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 7 4 2 2 4 2 2 2 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.723333333 1.723333333 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.000129466 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 183376580 G A ODZ3 CCDS47165.1 r.? - - intronic 26 0 0 28 0 0 15 0 0 40 4 10 47 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 7 4 2 2 4 2 2 2 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 2.209401709 2.209401709 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000495 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 183549221 G A ODZ3 CCDS47165.1 r.? - - intronic 22 0 0 30 0 0 21 0 0 72 5 6.9 55 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 7 4 2 2 4 2 2 2 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.524487179 1.524487179 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000331 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 185256484 G A - - - - - - 24 0 0 42 3 7.1 25 3 12 57 6 10.5 56 11 19.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 7 4 2 2 4 2 2 2 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.818190476 0.818190476 1 1.530322581 1.530322581 1 2.319871795 1.159935897 2 1.386923858 1.386923858 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.001240292 1 0.00026475 1 0.000000456 1 5.91E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 187338475 C G - - - - - - 18 0 0 41 0 0 12 0 0 29 4 13.8 64 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 7 4 2 2 4 2 2 2 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 3.048974359 1.016324786 3 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000134 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 188228636 A T - - - - - - 28 0 0 44 3 6.8 25 1 4 79 5 6.3 56 4 7.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 7 4 2 2 4 2 2 2 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.783619048 0.783619048 1 0.510107527 0.510107527 1 1.391923077 1.391923077 1 0.502406091 0.502406091 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.00142027 1 0.117779757 1 0.0000518 1 0.000186538 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 190228303 C G - - - - - - 32 0 0 34 2 5.9 14 0 0 54 5 9.3 48 5 10.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 7 4 2 2 4 2 2 2 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.679904762 0.679904762 1 0 0 1 2.05474359 2.05474359 1 0.735918782 0.735918782 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.012612579 1 1 1 0.00000806 1 0.00000447 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 2644463 C T - - - - - - 30 0 0 40 3 7.5 26 2 7.7 71 5 7 88 10 11.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 4 7 5.807650248 3 3 4 3 2 1 3 2 1 1 1 0.192349752 NA NA NA 3 NA NA NA 3 NA NA NA 0.807650248 0.939285714 0.939285714 1 0.981956989 0.981956989 1 1.546581197 1.546581197 1 1.012752331 1.012752331 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.001075403 1 0.007502227 1 0.0000309 1 3.09E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 4054080 G A - - - - - - 33 0 0 42 2 4.8 28 2 7.1 78 6 7.7 102 9 8.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 4 7 5.807650248 3 3 4 3 2 1 3 2 1 1 1 0.192349752 NA NA NA 3 NA NA NA 3 NA NA NA 0.807650248 0.601142857 0.601142857 1 0.90544086 0.90544086 1 1.701239316 1.701239316 1 0.781773729 0.781773729 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.018854633 1 0.008668191 1 0.00000295 1 2.94E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 6387213 A T - - - - - - 31 0 0 37 3 8.1 25 0 0 77 5 6.5 67 6 9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 4 7 5.807650248 3 3 4 3 2 1 3 2 1 1 1 0.192349752 NA NA NA 3 NA NA NA 3 NA NA NA 0.807650248 1.014428571 1.014428571 1 0 NA 0 1.436111111 1.436111111 1 0.799541314 0.799541314 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000855237 1 1 1 0.0000458 1 0.0000012 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 7890679 C G MTRR CCDS3874.1 r.? - - intronic 38 0 0 54 0 0 25 0 0 71 4 5.6 97 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 4 7 5.807650248 3 3 4 3 2 1 3 2 1 1 1 0.192349752 NA NA NA 3 NA NA NA 3 NA NA NA 0.807650248 0 0 1 0 NA 0 1.237264957 1.237264957 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000464961 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 8263567 G A - - - - - - 41 0 0 43 4 9.3 20 0 0 83 5 6 78 8 10.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 4 7 5.807650248 3 3 4 3 2 1 3 2 1 1 1 0.192349752 NA NA NA 3 NA NA NA 3 NA NA NA 0.807650248 1.164714286 1.164714286 1 0 NA 0 1.325641026 1.325641026 1 0.915030615 0.915030615 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.000066 1 1 1 0.0000656 1 6.71E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 9232504 C A SEMA5A CCDS3875.1 r.? - - intronic 30 0 0 30 3 10 30 4 13.3 74 6 8.1 49 5 10.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 4 7 5.807650248 3 3 4 3 2 1 3 2 1 1 1 0.192349752 NA NA NA 3 NA NA NA 3 NA NA NA 0.807650248 1.252380952 1.252380952 1 1.696107527 1.696107527 1 1.789615385 1.789615385 1 0.906146823 0.906146823 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000458697 1 0.0000154 1 0.00000216 1 0.00000496 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 12026387 T G - - - - - - 26 0 0 40 5 12.5 24 2 8.3 75 5 6.7 80 12 15 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 4 7 5 3 3 4 3 2 1 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.56547619 1.56547619 1 1.058473118 1.058473118 1 1.480299145 1.480299145 1 1.21142132 1.21142132 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.00000178 1 0.006413403 1 0.0000403 1 1.07E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 12822432 A T - - - - - - 28 0 0 26 2 7.7 23 1 4.3 70 4 5.7 58 3 5.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 4 7 5 3 3 4 3 2 1 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.964333333 0.964333333 1 0.548365591 NA 0 1.259358974 1.259358974 1 0.419959391 0.419959391 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.007502227 1 0.108890944 1 0.000440508 1 0.003141421 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 12969493 G A - - - - - - 28 0 0 43 5 11.6 30 0 0 77 5 6.5 70 6 8.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 4 7 5 3 3 4 3 2 1 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.452761905 1.452761905 1 0 NA 0 1.436111111 1.436111111 1 0.694548223 0.694548223 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.00000257 1 1 1 0.0000458 1 0.00000156 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 13088610 G T - - - - - - 27 0 0 36 3 8.3 21 0 0 63 4 6.3 68 10 14.7 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 4 7 5 3 3 4 3 2 1 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.03947619 1.03947619 1 0 NA 0 1.391923077 1.391923077 1 1.187192893 1.187192893 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.000788827 1 1 1 0.000294233 1 2.18E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 14554978 G T - - - - - - 26 0 0 41 3 7.3 18 0 0 70 7 10 58 5 8.6 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 4 7 5 3 3 4 3 2 1 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.914238095 0.914238095 1 0 NA 0 2.209401709 1.104700855 2 0.694548223 0.694548223 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.001155993 1 1 1 7.11E-08 1 0.0000115 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 16540196 A G FAM134B CCDS43304.1 r.? - - intronic 28 0 0 48 0 0 28 0 0 88 8 9.1 51 0 0 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 4 7 5 3 3 4 3 2 1 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 NA 0 2.010555556 1.005277778 2 0 0 1 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1.76E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 17605774 A C - - - - - - 34 0 0 36 0 0 30 0 0 74 5 6.8 85 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 4 7 5 3 3 4 3 2 1 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 1.502393162 1.502393162 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000378 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 17666088 G T - - - - - - 31 0 0 46 0 0 30 0 0 73 6 8.2 65 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 4 7 5 3 3 4 3 2 1 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 1.811709402 1.811709402 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000002 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 19371257 G C - - - - - - 38 0 0 33 0 0 22 0 0 72 4 5.6 66 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 4 7 5 3 3 4 3 2 1 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 1.237264957 1.237264957 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000490365 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 19415240 C T - - - - - - 45 0 0 44 2 4.5 24 1 4.2 81 7 8.6 69 6 8.7 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 4 7 5 3 3 4 3 2 1 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.563571429 0.563571429 1 0.535612903 NA 0 1.90008547 1.90008547 1 0.702624365 0.702624365 1 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.020580492 1 0.113346489 1 0.000000197 1 0.00000143 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 19853770 T C CDH18 CCDS3652.1 r.? - - intronic 21 0 0 40 2 5 28 2 7.1 74 6 8.1 72 10 13.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 4 7 5 3 3 4 3 2 1 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.626190476 0.626190476 1 0.90544086 0.90544086 1 1.789615385 1.789615385 1 1.122583756 1.122583756 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.017193422 1 0.008668191 1 0.00000216 1 3.95E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 21410530 A T - - - - - - 27 0 0 57 0 0 28 0 0 86 7 8.1 67 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 4 7 5 3 3 4 3 2 1 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 1.789615385 1.789615385 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000000297 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 22330545 A G CDH12 CCDS3890.1 r.? - - intronic 32 0 0 40 0 0 25 0 0 58 4 6.9 79 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 4 7 5 3 3 4 3 2 1 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 1.524487179 1.524487179 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000213772 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 23149374 G A - - - - - - 35 0 0 44 0 0 17 0 0 66 5 7.6 74 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 4 7 5 3 3 4 3 2 1 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 1.679145299 1.679145299 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000217 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 23433266 C T - - - - - - 42 0 0 36 3 8.3 35 1 2.9 82 9 11 74 19 25.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 4 7 5 3 3 4 3 2 1 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.03947619 1.03947619 1 0.369827957 NA 0 2.43034188 0.81011396 3 2.075568528 1.037784264 2 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000788827 1 0.16091139 1 4.12E-10 1 3.14E-27 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 23511393 C A PRDM9 CCDS43307.1 r.? - - intronic 38 0 0 48 0 0 24 0 0 63 7 11.1 65 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 4 7 5 3 3 4 3 2 1 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 NA 0 2.452435897 0.817478632 3 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 3.38E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 23928727 A G - - - - - - 28 0 0 33 2 6.1 23 3 13 70 6 8.6 63 8 12.7 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 4 7 5 3 3 4 3 2 1 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.763952381 0.763952381 1 1.657849462 1.657849462 1 1.90008547 1.90008547 1 1.025670051 1.025670051 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.011909843 1 0.000205387 1 0.00000156 1 1.18E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 24979139 C T - - - - - - 28 0 0 45 4 8.9 27 1 3.7 83 5 6 69 14 20.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 4 7 5 3 3 4 3 2 1 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.114619048 1.114619048 1 0.471849462 NA 0 1.325641026 1.325641026 1 1.639456853 0.819728426 2 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.0000791 1 0.126579904 1 0.0000656 1 7.3E-19 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 25751585 G A - - - - - - 37 0 0 43 4 9.3 19 0 0 77 8 10.4 68 15 22.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 4 7 5 3 3 4 3 2 1 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.164714286 1.164714286 1 0 NA 0 2.297777778 1.148888889 2 1.784827411 0.892413706 2 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.000066 1 1 1 6.05E-09 1 1.06E-20 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 25780311 C T - - - - - - 38 0 0 44 3 6.8 23 2 8.7 69 7 10.1 63 5 7.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 TRUE FALSE 5 4 7 5 3 3 4 3 2 1 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.851619048 0.851619048 1 1.109483871 1.109483871 1 2.231495726 1.115747863 2 0.638015228 0.638015228 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 0 0 1 8 NA 1 1 0.00142027 1 0.00589844 1 6.43E-08 1 0.0000173 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 25972485 C A - - - - - - 34 0 0 39 0 0 26 0 0 67 5 7.5 60 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 4 7 5 3 3 4 3 2 1 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 1.657051282 1.657051282 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000233 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 26695850 G A - - - - - - 36 0 0 55 0 0 24 0 0 58 6 10.3 55 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 4 7 5 3 3 4 3 2 1 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 2.275683761 1.13784188 2 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000000506 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 28313846 G A - - - - - - 31 0 0 35 0 0 18 0 0 70 5 7.1 65 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 4 7 5 3 3 4 3 2 1 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 1.568675214 1.568675214 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000289 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 29850486 A G - - - - - - 31 0 0 41 0 0 25 0 0 52 5 9.6 48 0 0 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 4 7 5 3 3 4 3 2 1 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 2.121025641 2.121025641 1 0 0 1 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00000668 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 30055293 C G - - - - - - 34 0 0 35 0 0 18 0 0 71 6 8.5 76 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 4 7 5 3 3 4 3 2 1 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 1.877991453 1.877991453 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00000169 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 30194640 T A - - - - - - 44 0 0 33 2 6.1 24 2 8.3 77 5 6.5 74 6 8.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 4 7 5 3 3 4 3 2 1 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.763952381 0.763952381 1 1.058473118 1.058473118 1 1.436111111 1.436111111 1 0.654167513 0.654167513 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.011909843 1 0.006413403 1 0.0000458 1 0.00000216 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 30271569 G C - - - - - - 30 0 0 29 0 0 32 0 0 72 4 5.6 81 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 4 7 5 3 3 4 3 2 1 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 1.237264957 1.237264957 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000490365 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 31661287 C T PDZD2 CCDS34137.1 r.? - - intronic 25 0 0 44 2 4.5 24 0 0 85 6 7.1 61 12 19.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 4 7 5 3 3 4 3 2 1 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.563571429 0.563571429 1 0 NA 0 1.568675214 1.568675214 1 1.591 1.591 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.020580492 1 1 1 0.00000487 1 3.39E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 35238259 A C - - - - - - 32 0 0 49 2 4.1 27 4 14.8 87 5 5.7 86 7 8.1 251 0 0 521 12 2.3 201 0 0 539 33 6.1 569 57 10 TRUE FALSE 5 4 7 5.269168222 3 3 4 3 2 1 3 2 1 1 1 0.730831778 NA NA NA 3 NA NA NA 3 NA NA NA 0.269168222 0.51347619 0.51347619 1 1.887397849 1.887397849 1 1.259358974 1.259358974 1 0.675970139 0.675970139 1 0.288047619 0.288047619 1 0 NA 0 1.347735043 0.673867521 2 0.834531035 0.834531035 1 8 NA 1 1 0.025168485 0.0000173 0.00001 1 0.0000821 5.86E-25 0.000000297 8.31E-54 YES 1_1 1_0 1_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b 5 35787731 C G SPEF2 CCDS43309.1 r.? - - intronic 25 0 0 44 0 0 20 0 0 77 6 7.8 82 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 4 7 5.269168222 3 3 4 3 2 1 3 2 1 1 1 0.730831778 NA NA NA 3 NA NA NA 3 NA NA NA 0.269168222 0 0 1 0 NA 0 1.723333333 1.723333333 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00000273 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 39746777 C G - - - - - - 26 0 0 62 0 0 35 0 0 87 8 9.2 116 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 21 14 22 5.269168222 18 11 18 3 3 3 4 2 1 1 1 0.730831778 NA NA NA 3 NA NA NA 3 NA NA NA 0.269168222 0 0 1 0 NA 0 3.412649573 1.137549858 3 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1.61E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 40563281 T C - - - - - - 33 0 0 72 0 0 38 0 0 128 6 4.7 202 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 21 14 22 20 18 11 18 17 3 3 4 3 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 1.743418803 1.743418803 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000503 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 41226891 C T C6 CCDS3936.1 r.? - - intronic 37 0 0 49 3 6.1 25 1 4 82 6 7.3 105 11 10.5 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 8 10 9 6 5 6 6 3 3 4 3 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.007952381 1.007952381 1 0.670107527 NA 0 1.831863248 1.831863248 1 1.267994924 1.267994924 1 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.001939399 1 0.117779757 1 0.00000395 1 7.9E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 41832430 C A OXCT1 CCDS3937.1 r.? - - intronic 33 0 0 50 0 0 25 0 0 77 4 5.2 115 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 8 10 9 6 5 6 6 3 3 4 3 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 1.304888889 1.304888889 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000632383 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 42510812 G C GHR CCDS3940.1 r.? - - intronic 35 0 0 60 2 3.3 17 1 5.9 81 4 4.9 102 7 6.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 8 10 9 6 5 6 6 3 3 4 3 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.545285714 0.545285714 1 0.988408602 NA 0 1.229606838 1.229606838 1 0.833253807 0.833253807 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.036544784 1 0.081683532 1 0.000765256 1 0.000000953 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 42573571 C A GHR CCDS3940.1 r.? - - intronic 15 0 0 54 0 0 18 0 0 68 7 10.3 81 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 8 10 9 6 5 6 6 3 3 4 3 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 2.584683761 0.861561254 3 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000000058 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 44515484 C G - - - - - - 24 0 0 55 0 0 24 0 0 88 5 5.7 107 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 10 5 1 1 6 3 1 1 4 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.430358974 1.430358974 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000867 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 44862893 C A - - - - - - 27 0 0 51 4 7.8 35 2 5.7 81 6 7.4 104 8 7.7 333 1 0.3 554 37 6.7 117 25 21.4 605 20 3.3 743 49 6.6 TRUE TRUE 2 2 10 5 1 1 6 3 1 1 4 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.742857143 0.742857143 1 0.612903226 0.612903226 1 1.856957265 1.856957265 1 0.621862944 0.621862944 1 0.638095238 0.638095238 1 2.301075269 2.301075269 1 0.828102564 0.828102564 1 0.533025381 0.533025381 1 8 10 1 0.811597835 0.000129466 4.02E-29 0.013332991 3.94E-33 0.00000368 7.62E-11 6.57E-08 9.15E-38 YES 1_1 1_1 1_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b 5 45059116 C T - - - - - - 24 0 0 54 0 0 23 0 0 84 5 6 84 0 0 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 10 5 1 1 6 3 1 1 4 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.505641026 1.505641026 1 0 0 1 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000695 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 45657235 T C HCN1 CCDS3952.1 r.? - - intronic 38 0 0 53 0 0 22 0 0 80 5 6.2 84 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 10 5 1 1 6 3 1 1 4 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.55582906 1.55582906 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.000055 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 46109772 G T - - - - - - 31 0 0 37 1 2.7 34 3 8.8 87 5 5.7 84 3 3.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 10 5 1 1 6 3 1 1 4 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.257142857 0.257142857 1 0.946236559 0.946236559 1 1.430358974 1.430358974 1 0.290741117 0.290741117 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.169281299 1 0.000666058 1 0.0000821 1 0.008812993 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 50760880 T A - - - - - - 29 0 0 31 0 0 25 0 0 81 6 7.4 42 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.412957265 1.412957265 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 0 0 1 NA NA 0 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000368 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 51762823 A G - - - - - - 41 0 0 38 2 5.3 20 4 20 53 4 7.5 45 6 13.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.504761905 0.504761905 1 2.150537634 2.150537634 1 1.432051282 1.432051282 1 0.675126904 0.675126904 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.015598339 1 0.00000284 1 0.000150502 1 0.000000108 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 52564750 T A - - - - - - 24 0 0 28 4 14.3 19 0 0 52 4 7.7 40 6 15 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.361904762 1.361904762 1 0 0 1 1.470239316 1.470239316 1 0.76142132 0.76142132 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.0000116 1 1 1 0.000139698 1 5.18E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 53240052 A G - - - - - - 23 0 0 36 3 8.3 17 2 11.8 53 5 9.4 44 10 22.7 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 TRUE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.79047619 0.79047619 1 1.268817204 1.268817204 1 1.794837607 1.794837607 1 1.152284264 1.152284264 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 0 NA 0 8 NA 1 1 0.000788827 1 0.003234386 1 0.00000734 1 2.08E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 54622242 G A SKIV2L2 CCDS3967.1 r.? - - intronic 23 0 0 46 4 8.7 16 2 12.5 44 4 9.1 42 5 11.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.828571429 0.828571429 1 1.344086022 1.344086022 1 1.737555556 1.737555556 1 0.604060914 0.604060914 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.0000862 1 0.002863359 1 0.0000723 1 0.00000228 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 58756388 G A PDE4D CCDS47213.1 r.? - - intronic 40 0 0 25 3 12 22 1 4.5 62 6 9.7 34 11 32.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 1 1 1 2 1 1 1 2 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.142857143 1.142857143 1 0.483870968 0.483870968 1 1.852119658 1.852119658 1 1.320670051 1.320670051 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.00026475 1 0.104413009 1 0.000000756 1 1.26E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 62525529 T C - - - - - - 40 0 0 24 1 4.2 12 1 8.3 83 5 6 59 15 25.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.4 0.4 1 0.892473118 0.892473118 1 1.145641026 1.145641026 1 1.289340102 1.289340102 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.113346489 1 0.058377193 1 0.0000656 1 9.9E-22 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 74145994 G A FAM169A CCDS43330.1 r.? - - intronic 29 0 0 27 0 0 21 0 0 101 6 5.9 41 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.126547009 1.126547009 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000132 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 75012210 G C C5orf37 CCDS47236.1 r.? - - intronic 22 0 0 17 2 11.8 7 0 0 36 4 11.1 30 6 20 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.123809524 1.123809524 1 0 0 1 2.119435897 2.119435897 1 1.015228426 1.015228426 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.003234386 1 1 1 0.0000324 1 8.37E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 77866245 G T LHFPL2 CCDS4042.1 r.? - - intronic 27 0 0 27 3 11.1 16 2 12.5 55 4 7.3 32 9 28.1 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.057142857 1.057142857 1 1.344086022 1.344086022 1 1.393863248 1.393863248 1 1.426395939 1.426395939 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000334187 1 0.002863359 1 0.000173903 1 4.94E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 80951501 C T SSBP2 CCDS4056.1 r.? - - intronic 39 0 0 35 2 5.7 19 2 10.5 56 6 10.7 49 15 30.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.542857143 0.542857143 1 1.129032258 1.129032258 1 2.043059829 2.043059829 1 1.553299492 1.553299492 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.013332991 1 0.004039874 1 0.000000409 1 4.1E-23 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 82607840 A T XRCC4 CCDS4058.1 r.? - - intronic 26 0 0 35 3 8.6 16 1 6.2 46 8 17.4 50 14 28 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.819047619 0.819047619 1 0.666666667 NA 0 3.322358974 1.661179487 2 1.421319797 1.421319797 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000725791 1 0.077068876 1 8.61E-11 1 4.84E-21 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 82610627 C G XRCC4 CCDS4058.1 r.? - - intronic 37 0 0 33 1 3 21 0 0 61 4 6.6 63 9 14.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.285714286 0.285714286 1 0 0 1 1.260205128 1.260205128 1 0.725888325 0.725888325 1 NA NA 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.15245715 1 1 1 0.000259828 1 3.62E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 83451978 G A EDIL3 CCDS4062.1 r.? - - intronic 26 0 0 33 0 0 11 0 0 65 5 7.7 65 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.470239316 1.470239316 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 0 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000201 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 83488010 C G EDIL3 CCDS4062.1 r.? - - intronic 32 0 0 29 2 6.9 19 1 5.3 57 4 7 61 8 13.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.657142857 0.657142857 1 0.569892473 0.569892473 1 1.336581197 1.336581197 1 0.664974619 0.664974619 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.009279585 1 0.090843738 1 0.000199821 1 9.09E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 83597219 G C EDIL3 CCDS4062.1 r.? - - intronic 36 0 0 33 3 9.1 16 2 12.5 47 4 8.5 39 9 23.1 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.866666667 0.866666667 1 1.344086022 1.344086022 1 1.622991453 1.622991453 1 1.172588832 1.172588832 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000609557 1 0.002863359 1 0.0000939 1 3.62E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 84045383 T A - - - - - - 33 0 0 34 3 8.8 24 2 8.3 70 6 8.6 50 12 24 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.838095238 0.838095238 1 0.892473118 0.892473118 1 1.64208547 1.64208547 1 1.218274112 1.218274112 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000666058 1 0.006413403 1 0.00000156 1 2.49E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 84113316 T C - - - - - - 27 0 0 29 1 3.4 22 2 9.1 73 6 8.2 45 11 24.4 4 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.323809524 0.323809524 1 0.978494624 0.978494624 1 1.565709402 1.565709402 1 1.23857868 1.23857868 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.135292269 1 0.005403392 1 0.000002 1 4.24E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 84567190 G A - - - - - - 43 0 0 48 5 10.4 6 1 16.7 67 5 7.5 53 14 26.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.99047619 0.99047619 1 1.795698925 1.795698925 1 1.432051282 1.432051282 1 1.340101523 1.340101523 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.00000447 1 0.029627491 1 0.0000233 1 1.22E-20 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 85047695 C A - - - - - - 27 0 0 37 0 0 24 0 0 71 5 7 52 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.336581197 1.336581197 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 0 0 1 NA NA 0 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000309 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 87459511 T G - - - - - - 24 0 0 18 0 0 19 0 0 68 6 8.8 49 0 0 3 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.680273504 1.680273504 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000131 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 87986688 C G - - - - - - 21 0 0 29 3 10.3 24 1 4.2 20 3 15 44 10 22.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.980952381 0.980952381 1 0.451612903 0.451612903 1 2.864102564 2.864102564 1 1.152284264 1.152284264 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000414371 1 0.113346489 1 0.0001337 1 2.08E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 88452840 C T - - - - - - 38 0 0 36 4 11.1 19 0 0 71 6 8.5 61 14 23 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.057142857 1.057142857 1 0 0 1 1.622991453 1.622991453 1 1.16751269 1.16751269 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.0000324 1 1 1 0.00000169 1 1.1E-19 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 89314915 C G - - - - - - 42 0 0 39 3 7.7 16 2 12.5 61 5 8.2 51 12 23.5 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.733333333 0.733333333 1 1.344086022 1.344086022 1 1.565709402 1.565709402 1 1.192893401 1.192893401 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000998458 1 0.002863359 1 0.0000147 1 3.24E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 89374685 C T - - - - - - 5 0 0 3 1 33.3 3 1 33.3 26 7 26.9 21 7 33.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 3.171428571 3.171428571 1 3.580645161 3.580645161 1 5.136290598 2.568145299 2 1.69035533 1.69035533 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.014925125 1 0.014925125 1 4.73E-11 1 8.54E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 92536811 C A - - - - - - 24 0 0 34 0 0 14 0 0 59 4 6.8 40 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.298393162 1.298393162 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.00022841 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 95229535 A T ELL2 CCDS4080.1 r.? - - intronic 36 0 0 28 0 0 30 0 0 28 3 10.7 42 0 0 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 2.043059829 2.043059829 1 0 0 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.000372895 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 100542786 G C - - - - - - 47 0 0 36 0 0 23 0 0 65 4 6.2 44 0 0 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.18382906 1.18382906 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.000331785 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 101369616 G C - - - - - - 35 0 0 25 0 0 16 0 0 70 8 11.4 32 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 2.176717949 1.088358974 2 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 1 1 1 1 2.8E-09 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 102726669 G A - - - - - - 26 0 0 41 1 2.4 25 2 8 78 5 6.4 89 5 5.6 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 8 13 8 6 7 10 7 1 1 3 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.348571429 NA 0 1.340215054 1.340215054 1 1.798017094 1.798017094 1 0.620263959 0.620263959 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.18577148 1 0.006948068 1 0.0000487 1 0.0000915 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 103193509 T C - - - - - - 45 0 0 42 2 4.8 23 1 4.3 93 8 8.6 82 10 12.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 8 13 8 6 7 10 7 1 1 3 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.697142857 0.697142857 1 0.720365591 0.720365591 1 2.41608547 0.805361823 3 1.35128934 1.35128934 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.018854633 1 0.108890944 1 2.73E-08 1 1.51E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 103936818 C T - - - - - - 33 0 0 53 0 0 36 1 2.8 65 6 9.2 115 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 8 13 8 6 7 10 7 1 1 3 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0.469075269 0.469075269 1 2.584649573 0.861549858 3 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 0.165106833 1 0.000001 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 106243799 C A - - - - - - 42 0 0 57 3 5.3 29 2 6.9 89 5 5.6 143 15 10.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 8 13 8 6 7 10 7 1 1 3 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.769761905 0.769761905 1 1.155935484 1.155935484 1 1.573264957 1.573264957 1 1.162994924 1.162994924 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.002989991 1 0.009279585 1 0.0000915 1 1.28E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 113300947 T G - - - - - - 29 0 0 36 0 0 24 0 0 85 4 4.7 73 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.637771859 4 6 4 2 3 4 3 1 1 2 1 0.362228141 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.637771859 NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0.991418803 0.991418803 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000916711 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 115090011 C G - - - - - - 32 0 0 45 1 2.2 25 2 8 82 8 9.8 55 8 14.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.637771859 4 6 4 2 3 4 3 1 1 2 1 0.362228141 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.637771859 NA NA NA 0.24555479 NA 0 1.020215054 1.020215054 1 2.067213675 1.033606838 2 1.026040609 1.026040609 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.201934322 1 0.006948068 1 0.00000001 1 3.86E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 116237152 C A - - - - - - 43 0 0 34 2 5.9 22 2 9.1 79 6 7.6 61 7 11.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.637771859 4 6 4 2 3 4 3 1 1 2 1 0.362228141 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.637771859 NA NA NA 0.658533302 0.658533302 1 1.160494624 1.160494624 1 1.603145299 1.603145299 1 0.813756345 0.813756345 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.012612579 1 0.005403392 1 0.00000318 1 2.69E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 116953603 C G - - - - - - 29 0 0 38 1 2.6 30 2 6.7 88 5 5.7 83 15 18.1 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 4 13 8 6 3 10 7 1 1 3 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.377619048 NA 0 0.854430108 0.854430108 1 1.601358974 1.601358974 1 2.004781726 1.002390863 2 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.173434892 1 0.009909649 1 0.0000867 1 2.7E-19 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 117551677 G C - - - - - - 33 0 0 55 0 0 20 0 0 68 4 5.9 99 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 8 13 8 6 7 10 7 1 1 3 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 1.657547009 1.657547009 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000394372 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 117610806 C G - - - - - - 43 0 0 50 0 0 25 0 0 92 7 7.6 115 0 0 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 8 13 8 6 7 10 7 1 1 3 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 2.135145299 1.06757265 2 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000000472 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 117810983 G T ENSG00000232769 ENST00000428465 r.? - - intronic 49 0 0 47 0 0 34 0 0 96 6 6.2 110 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 8 13 8 6 7 10 7 1 1 3 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 1.74182906 1.74182906 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00000986 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 121768200 C G SNCAIP CCDS4131.1 r.? - - intronic 31 0 0 70 0 0 35 0 0 76 4 5.3 96 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 8 13 8 6 7 10 7 1 1 3 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 1.488982906 1.488982906 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00060191 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 121801977 C T SNCAIP CCDS4131.1 r.? - - downstream 38 0 0 64 0 0 37 0 0 68 7 10.3 113 0 0 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 8 13 8 6 7 10 7 1 1 3 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 2.893683761 0.964561254 3 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000000058 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 123021439 G A - - - - - - 35 0 0 41 0 0 22 0 0 63 5 7.9 65 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 4 3 3 3 3 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.42942735 1.42942735 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000173 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 123604050 C A - - - - - - 30 0 0 25 1 4 27 0 0 53 4 7.5 55 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 4 3 3 3 3 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.460952381 0.460952381 1 0 0 1 1.357051282 1.357051282 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 0.117779757 1 1 1 0.000150502 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 124926881 G C - - - - - - 25 0 0 37 1 2.7 17 1 5.9 67 5 7.5 59 3 5.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 TRUE FALSE 4 4 3 4 3 3 3 3 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.311142857 0.311142857 1 0.752408602 0.752408602 1 1.357051282 1.357051282 1 0.360883249 0.360883249 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 0 0 1 8 NA 1 1 0.169281299 1 0.081683532 1 0.0000233 1 0.003297476 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 129508383 A C CHSY3 CCDS34223.1 r.? - - intronic 31 0 0 40 1 2.5 23 2 8.7 55 4 7.3 58 9 15.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 TRUE FALSE 4 4 3 4 3 3 3 3 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.288095238 0.288095238 1 1.109483871 1.109483871 1 1.320863248 1.320863248 1 1.09680203 1.09680203 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 0 0 1 8 NA 1 1 0.181679879 1 0.00589844 1 0.000173903 1 1.67E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 129543295 T G - - - - - - 26 0 0 35 3 8.6 32 1 3.1 61 5 8.2 79 9 11.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 4 3 3 3 3 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.991047619 0.991047619 1 0.395333333 0.395333333 1 1.483709402 1.483709402 1 0.806680203 0.806680203 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000725791 1 0.14819814 1 0.0000147 1 2.93E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 131379523 G T - - - - - - 40 0 0 27 0 0 17 0 0 30 4 13.3 59 0 0 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 4 3 3 3 3 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 2.406504274 2.406504274 1 0 0 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000154 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 131391310 C T IL3 CCDS4149.1 r.? - - upstream 39 0 0 35 0 0 21 2 9.5 35 4 11.4 54 10 18.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 4 3 3 3 3 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.211505376 1.211505376 1 2.062717949 2.062717949 1 1.309086294 1.309086294 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 1 1 0.004928472 1 0.0000289 1 1.91E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 134254639 G A PCBD2 CCDS43364.1 r.? - - intronic 27 0 0 51 0 0 34 0 0 66 5 7.6 55 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.375145299 1.375145299 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000217 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 136148019 T G - - - - - - 36 0 0 43 0 0 27 0 0 60 4 6.7 52 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.212299145 1.212299145 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.000243755 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 153882108 C T - - - - - - 29 0 0 33 0 0 23 0 0 71 7 9.9 50 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.791307692 1.791307692 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 1 1 7.85E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 157297658 C G - - - - - - 34 0 0 27 0 0 31 0 0 58 6 10.3 72 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.863683761 1.863683761 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.000000506 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 157530096 C G - - - - - - 35 0 0 40 3 7.5 29 2 6.9 84 6 7.1 60 13 21.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.789285714 0.789285714 1 0.810935484 0.810935484 1 1.284675214 1.284675214 1 1.318522843 1.318522843 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.001075403 1 0.009279585 1 0.00000455 1 5.07E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 161006319 G T - - - - - - 30 0 0 39 0 0 20 0 0 79 7 8.9 59 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.610367521 1.610367521 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.000000165 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 164385102 C T - - - - - - 38 0 0 35 2 5.7 16 1 6.2 71 8 11.3 59 12 20.3 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.599857143 0.599857143 1 0.728666667 0.728666667 1 2.044623932 1.022311966 2 1.233456853 1.233456853 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.013332991 1 0.077068876 1 3.14E-09 1 2.2E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 165685204 A G - - - - - - 27 0 0 41 0 0 22 0 0 82 5 6.1 50 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.103735043 1.103735043 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000619 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 166382073 G A - - - - - - 42 0 0 33 0 0 22 0 0 81 6 7.4 55 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.338957265 1.338957265 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000368 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 169712051 G A LCP2 CCDS47339.1 r.? - - intronic 25 0 0 24 2 8.3 26 2 7.7 53 5 9.4 64 8 12.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.87347619 0.87347619 1 0.904956989 0.904956989 1 1.700837607 1.700837607 1 0.759517766 0.759517766 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.006413403 1 0.007502227 1 0.00000734 1 1.35E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 173866947 A T - - - - - - 34 0 0 32 0 0 27 0 0 65 5 7.7 56 0 0 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.393239316 1.393239316 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000201 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 179109197 G A CBY3 CCDS47354.1 r.? - - upstream 33 0 0 29 0 0 19 0 0 33 5 15.2 59 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 2.750290598 0.916763533 3 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000066 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 325347 G C DUSP22 CCDS4468.1 r.? - - intronic 37 0 0 48 0 0 21 0 0 15 3 20 90 0 0 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.612469993 5 2 4 2 3 1 2 2 2 1 2 0.387530007 1 1 1 3 NA NA NA 2 NA NA NA 0.612469993 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 3.418803419 3.418803419 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000544 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 6510693 G A - - - - - - 20 0 0 26 2 7.7 22 1 4.5 62 5 8.1 65 8 12.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 5 6 4 4 3 4 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.041333333 1.041333333 1 0.618870968 NA 0 1.708615385 1.708615385 1 0.870365482 0.870365482 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.007502227 1 0.104413009 1 0.000016 1 1.53E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 9149914 G C - - - - - - 35 0 0 48 4 8.3 23 2 8.7 68 4 5.9 73 12 16.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 6 6 5.231890747 4 4 4 3 2 2 2 2 1 1 1 0.768109253 NA NA NA 3 NA NA NA 3 NA NA NA 0.231890747 1.12247619 1.12247619 1 1.283483871 1.283483871 1 1.244547009 1.244547009 1 1.362517392 1.362517392 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000102016 1 0.00589844 1 0.000394372 1 3.39E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 11258535 C G NEDD9 ENST00000504387 r.? - - intronic 31 0 0 44 0 0 23 0 0 86 5 5.8 77 8 10.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 6 6 5.231890747 4 4 4 3 2 2 2 2 1 1 1 0.768109253 NA NA NA 3 NA NA NA 3 NA NA NA 0.231890747 0 0 1 0 0 1 1.223452991 1.223452991 1 0.864035419 0.864035419 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 2 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000777 1 6.05E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 19421323 G A - - - - - - 31 0 0 39 2 5.1 13 1 7.7 73 5 6.8 71 10 14.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 6 6 5.204934728 4 4 4 3 2 2 2 2 1 1 1 0.795065272 NA NA NA 3 NA NA NA 3 NA NA NA 0.204934728 0.689714286 0.689714286 1 1.135956989 1.135956989 1 1.434393162 1.434393162 1 1.167631837 1.167631837 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.016387522 1 0.063085307 1 0.0000354 1 3.42E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 25959637 G A TRIM38 CCDS4568.1 r.? - - upstream 25 0 0 44 4 9.1 27 3 11.1 88 9 10.2 78 7 9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 6 6 5.204934728 4 4 4 3 2 2 2 2 1 1 1 0.795065272 NA NA NA 3 NA NA NA 3 NA NA NA 0.204934728 1.230666667 1.230666667 1 1.637548387 1.637548387 1 2.151589744 1.075794872 2 0.745296917 0.745296917 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.0000723 1 0.000334187 1 7.82E-10 1 0.000000151 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 26184817 T C HIST1H2BE CCDS4588.1 r.? - - downstream 26 0 0 38 0 0 23 0 0 75 6 8 68 0 0 204 0 0 574 0 0 172 0 0 403 16 4 520 2 0.4 FALSE FALSE 6 6 6 5.204934728 4 4 4 3 2 2 2 2 1 1 1 0.795065272 NA NA NA 3 NA NA NA 3 NA NA NA 0.204934728 0 0 1 0 0 1 1.687521368 1.687521368 1 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 0.843760684 0.843760684 1 0.033124307 NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00000234 4.23E-10 1 0.733389161 YES 0_0 0_0 1_1 0_0 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b 6 26523215 G T - - - - - - 30 0 0 55 0 0 31 0 0 56 5 8.9 67 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 6 6 5.204934728 4 4 4 3 2 2 2 2 1 1 1 0.795065272 NA NA NA 3 NA NA NA 3 NA NA NA 0.204934728 0 0 1 0 0 1 1.877367521 1.877367521 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00000965 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 27713834 C G - - - - - - 26 0 0 41 0 0 30 0 0 54 8 14.8 62 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 6 6 5.204934728 4 4 4 3 2 2 2 2 1 1 1 0.795065272 NA NA NA 3 NA NA NA 3 NA NA NA 0.204934728 0 0 1 0 0 1 3.12191453 1.040638177 3 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 3.31E-10 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 27713874 C G - - - - - - 23 0 0 37 0 0 36 0 0 63 6 9.5 65 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 6 6 5.204934728 4 4 4 3 2 2 2 2 1 1 1 0.795065272 NA NA NA 3 NA NA NA 3 NA NA NA 0.204934728 0 0 1 0 0 1 2.003931624 2.003931624 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000000832 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 29229740 G A - - - - - - 20 0 0 51 0 0 9 0 0 63 5 7.9 72 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5.607259924 6 6.368074469 3 3 4 3 2 2 2 3 1 0.392740076 1 0.631925531 NA 4 NA 4 NA 2 NA 3 NA 0.607259924 NA 0.368074469 0 0 1 0 0 1 1.66642735 1.66642735 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000173 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 30672717 C T MDC1 CCDS34384.1 r.4891g>a c.4243G>A p.E1415K missense 26 0 0 38 0 0 22 0 0 45 5 11.1 77 0 0 262 0 0 165 0 0 32 0 0 181 5 2.8 384 1 0.3 TRUE FALSE 5 5.607259924 6 6.368074469 3 3 4 3 2 2 2 3 1 0.392740076 1 0.631925531 NA 4 NA 4 NA 2 NA 3 NA 0.607259924 NA 0.368074469 0 0 1 0 0 1 2.341435897 1.170717949 2 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 0.590632479 0.590632479 1 0.02833265 0.02833265 1 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000323 0.002313292 1 0.854097408 YES 0_0 0_0 1_1 0_0 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b 6 35790019 C G LHFPL5 CCDS4812.1 r.? - - intronic 35 0 0 42 2 4.8 27 2 7.4 68 5 7.4 75 5 6.7 279 0 0 704 48 6.8 216 2 0.9 578 32 5.5 666 81 12.2 TRUE FALSE 5 5.607259924 6 5.305306751 3 3 4 3 2 2 2 2 1 0.392740076 1 0.694693249 NA 4 NA 3 NA 2 NA 3 NA 0.607259924 NA 0.305306751 0.601142857 0.601142857 1 1.062636159 1.062636159 1 1.560957265 1.560957265 1 0.561557075 0.561557075 1 0.851619048 0.851619048 1 0.129239533 NA 0 1.16017094 1.16017094 1 1.022536764 1.022536764 1 8 NA 1 1 0.018854633 1.07E-37 0.00807567 0.293714222 0.0000251 6.28E-23 0.0000403 1.24E-82 YES 1_1 1_0 1_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b 6 35952401 C T SLC26A8 CCDS4813.1 r.? - - intronic 27 0 0 52 3 5.8 25 2 8 66 5 7.6 56 18 32.1 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 5.607259924 6 5.305306751 4 3 4 3 2 2 2 2 1 0.392740076 1 0.694693249 NA 4 NA 3 NA 2 NA 3 NA 0.607259924 NA 0.305306751 0.784380952 0.784380952 1 1.148795848 1.148795848 1 1.603145299 1.603145299 1 2.690445092 0.99842351 2.694693249 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.002300591 1 0.006948068 1 0.0000217 1 6.76E-28 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 38333240 G A BTBD9 CCDS47418.1 r.? - - intronic 35 0 0 48 0 0 27 0 0 110 29 26.4 65 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 5.607259924 18 5.305306751 4 3 15 3 2 2 3 2 1 0.392740076 1 0.694693249 NA 4 NA 3 NA 2 NA 3 NA 0.607259924 NA 0.305306751 0 0 1 0 0 1 8.736820513 0.970757835 9 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 1 1 3.9E-41 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 39133127 C T - - - - - - 36 0 0 52 0 0 23 0 0 106 24 22.6 76 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 5.607259924 18 5.305306751 4 3 15 3 2 2 3 2 1 0.392740076 1 0.694693249 NA 4 NA 3 NA 2 NA 3 NA 0.607259924 NA 0.305306751 0 0 1 0 0 1 7.479247863 0.934905983 8 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 1 1 1.56E-32 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 39566520 G A KIF6 CCDS4844.1 r.? - - intronic 49 0 0 47 0 0 27 0 0 116 16 13.8 66 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA FALSE FALSE 6 5.607259924 18 5.305306751 4 3 15 3 2 2 3 2 1 0.392740076 1 0.694693249 NA 4 NA 3 NA 2 NA 3 NA 0.607259924 NA 0.305306751 0 0 1 0 NA 0 4.566974359 0.913394872 5 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1.66E-18 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 39566656 G A KIF6 CCDS4844.1 r.? - - intronic 43 0 0 49 0 0 26 0 0 110 8 7.3 82 0 0 25 0 0 15 0 0 10 0 0 26 2 7.7 19 0 0 FALSE FALSE 6 5.607259924 18 5.305306751 4 3 15 3 2 2 3 2 1 0.392740076 1 0.694693249 NA 4 NA 3 NA 2 NA 3 NA 0.607259924 NA 0.305306751 0 0 1 0 NA 0 2.415863248 0.805287749 3 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 2.548239316 2.548239316 1 0 0 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000000102 0.007502227 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 39566931 G A KIF6 CCDS4844.1 r.? - - intronic 34 0 0 52 0 0 27 0 0 112 13 11.6 72 0 0 1395 0 0 657 0 0 540 0 0 1407 143 10.2 993 0 0 TRUE FALSE 6 5.607259924 18 5.305306751 4 3 15 3 2 2 3 2 1 0.392740076 1 0.694693249 NA 4 NA 3 NA 2 NA 3 NA 0.607259924 NA 0.305306751 0 0 1 0 0 1 3.838905983 0.959726496 4 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 3.375589744 1.125196581 3 0 NA 0 3 NA 1 1 1 1 1 1 2.62E-14 3.94E-133 1 1 YES 0_0 0_0 1_1 0_0 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b 6 39567047 G C KIF6 CCDS4844.1 r.? - - intronic 44 0 0 39 0 0 34 0 0 128 14 10.9 75 0 0 1477 0 0 726 0 0 586 0 0 1541 138 9 1120 1 0.1 FALSE FALSE 6 5.607259924 18 5.305306751 4 3 15 3 2 2 3 2 1 0.392740076 1 0.694693249 NA 4 NA 3 NA 2 NA 3 NA 0.607259924 NA 0.305306751 0 0 1 0 NA 0 3.607247863 0.901811966 4 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 2.978461538 0.992820513 3 0.008381449 0.008381449 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 6.23E-15 5.7E-121 1 0.996353716 YES 0_0 0_0 1_1 0_0 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b 6 39567067 G C KIF6 CCDS4844.1 r.? - - intronic 36 0 0 43 0 0 36 0 0 128 15 11.7 74 0 0 1447 0 0 711 0 0 570 0 0 1522 140 9.2 1091 0 0 TRUE FALSE 6 5.607259924 18 5.305306751 4 3 15 3 2 2 3 2 1 0.392740076 1 0.694693249 NA 4 NA 3 NA 2 NA 3 NA 0.607259924 NA 0.305306751 0 0 1 0 0 1 3.872 0.968 4 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 3.044649573 1.014883191 3 0 NA 0 3 NA 1 1 1 1 1 1 2.37E-16 2.59E-124 1 1 YES 0_0 0_0 1_1 0_0 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b 6 40121738 G C - - - - - - 40 0 0 55 0 0 33 0 0 115 9 7.8 64 0 0 370 0 0 838 2 0.2 169 0 0 1101 85 7.7 1086 1 0.1 FALSE FALSE 6 5.607259924 18 5.305306751 4 3 15 3 2 2 3 2 1 0.392740076 1 0.694693249 NA 4 NA 3 NA 2 NA 3 NA 0.607259924 NA 0.305306751 0 0 1 0 NA 0 2.581333333 0.860444444 3 0 0 1 0.027047619 NA 0 0 NA 0 2.548239316 0.849413105 3 0.008381449 0.008381449 1 NA NA 1 1 1 0.921897067 1 1 8.53E-09 7.65E-70 1 0.995676199 YES 0_0 0_0 1_1 0_0 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b 6 40121770 G A - - - - - - 28 0 0 55 0 0 22 0 0 115 7 6.1 53 0 0 373 0 0 791 2 0.3 161 0 0 1068 76 7.1 1045 0 0 FALSE FALSE 6 5.607259924 18 5.305306751 4 3 15 3 2 2 3 2 1 0.392740076 1 0.694693249 NA 4 NA 3 NA 2 NA 3 NA 0.607259924 NA 0.305306751 0 0 1 0 0 1 2.018735043 1.009367521 2 0 NA 0 0.040571429 NA 0 0 NA 0 2.349675214 1.174837607 2 0 NA 0 NA NA 1 1 1 0.905628906 1 1 0.00000214 5.01E-60 1 1 YES 0_0 0_0 1_1 0_0 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b 6 40122780 G A - - - - - - 40 0 0 43 0 0 22 0 0 108 8 7.4 68 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 5.607259924 18 5.305306751 4 3 15 3 2 2 3 2 1 0.392740076 1 0.694693249 NA 4 NA 3 NA 2 NA 3 NA 0.607259924 NA 0.305306751 0 0 1 0 NA 0 2.448957265 0.816319088 3 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 8.82E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 40123014 G A - - - - - - 28 0 0 38 0 0 21 0 0 121 8 6.6 62 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 FALSE FALSE 6 5.607259924 18 5.305306751 4 3 15 3 2 2 3 2 1 0.392740076 1 0.694693249 NA 4 NA 3 NA 2 NA 3 NA 0.607259924 NA 0.305306751 0 0 1 0 0 1 2.184205128 1.092102564 2 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000000213 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 40126601 G T - - - - - - 24 0 0 48 0 0 28 0 0 110 7 6.4 70 0 0 1 0 0 0 0 NA 3 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 5.607259924 18 5.305306751 4 3 15 3 2 2 3 2 1 0.392740076 1 0.694693249 NA 4 NA 3 NA 2 NA 3 NA 0.607259924 NA 0.305306751 0 0 1 0 NA 0 2.118017094 1.059008547 2 0 0 1 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00000159 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 40126991 G C - - - - - - 36 0 0 42 0 0 28 0 0 108 8 7.4 77 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 5.607259924 18 5.305306751 4 3 15 3 2 2 3 2 1 0.392740076 1 0.694693249 NA 4 NA 3 NA 2 NA 3 NA 0.607259924 NA 0.305306751 0 0 1 0 0 1 2.448957265 0.816319088 3 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 8.82E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 40127347 G C - - - - - - 29 0 0 56 0 0 34 0 0 112 6 5.4 90 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 5.607259924 18 5.305306751 4 3 15 3 2 2 3 2 1 0.392740076 1 0.694693249 NA 4 NA 3 NA 2 NA 3 NA 0.607259924 NA 0.305306751 0 0 1 0 NA 0 1.787076923 1.787076923 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000238 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 44732791 G C - - - - - - 34 0 0 43 1 2.3 28 2 7.1 86 7 8.1 75 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 5.607259924 9 5.305306751 4 3 6 3 2 2 3 2 1 0.392740076 1 0.694693249 NA 4 NA 3 NA 2 NA 3 NA 0.607259924 NA 0.305306751 0.311047619 0.311047619 1 1.019556315 1.019556315 1 1.951615385 1.951615385 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 7 NA 1 1 0.193893409 1 0.008668191 1 0.000000297 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 44986491 T A SUPT3H CCDS34466.1 r.? - - intronic 17 0 0 28 0 0 20 0 0 57 4 7 52 0 0 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 5.607259924 9 5.305306751 4 3 6 3 2 2 3 2 1 0.392740076 1 0.694693249 NA 4 NA 3 NA 2 NA 3 NA 0.607259924 NA 0.305306751 0 0 1 0 0 1 1.686581197 1.686581197 1 0 0 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.000199821 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 45208536 T G SUPT3H CCDS34466.1 r.? - - intronic 33 0 0 37 2 5.4 25 1 4 98 4 4.1 83 11 13.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 5.607259924 9 5.305306751 4 3 6 3 2 2 3 2 1 0.392740076 1 0.694693249 NA 4 NA 3 NA 2 NA 3 NA 0.607259924 NA 0.305306751 0.730285714 0.730285714 1 0.574397924 NA 0 0.987854701 0.987854701 1 1.114732701 1.114732701 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.014826063 1 0.117779757 1 0.001553635 1 5.66E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 46929922 G C - - - - - - 39 0 0 39 0 0 28 0 0 87 5 5.7 75 0 0 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 5.607259924 9 5.305306751 4 3 6 3 2 2 3 2 1 0.392740076 1 0.694693249 NA 4 NA 3 NA 2 NA 3 NA 0.607259924 NA 0.305306751 0 0 1 0 0 1 1.373358974 1.373358974 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000821 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 47995312 A T C6orf138 ENST00000398738 r.? - - intronic 39 0 0 55 4 7.3 15 0 0 72 5 6.9 80 14 17.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 5.607259924 9 5.305306751 4 3 6 3 2 2 3 2 1 0.392740076 1 0.694693249 NA 4 NA 3 NA 2 NA 3 NA 0.607259924 NA 0.305306751 0.987238095 0.987238095 1 0 0 1 1.662487179 1.662487179 1 1.466753555 1.466753555 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000173903 1 1 1 0.0000331 1 6.76E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 48170084 G C - - - - - - 33 0 0 42 0 0 28 0 0 74 4 5.4 71 0 0 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 5.607259924 9 5.305306751 4 3 6 3 2 2 3 2 1 0.392740076 1 0.694693249 NA 4 NA 3 NA 2 NA 3 NA 0.607259924 NA 0.305306751 0 0 1 0 0 1 1.301076923 1.301076923 1 0 NA 0 NA NA 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00054411 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 48609287 C A - - - - - - 34 0 0 40 1 2.5 42 2 4.8 93 9 9.7 86 11 12.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 5.607259924 9 5.305306751 4 3 6 3 2 2 3 2 1 0.392740076 1 0.694693249 NA 4 NA 3 NA 2 NA 3 NA 0.607259924 NA 0.305306751 0.338095238 0.338095238 1 0.689277509 0.689277509 1 2.337119658 1.168559829 2 1.072825457 1.072825457 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.181679879 1 0.018854633 1 1.29E-09 1 8.47E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 49746238 C G - - - - - - 25 0 0 47 3 6.4 31 0 0 90 6 6.7 54 5 9.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 5.607259924 9 5.305306751 4 3 6 3 2 2 3 2 1 0.392740076 1 0.694693249 NA 4 NA 3 NA 2 NA 3 NA 0.607259924 NA 0.305306751 0.86552381 0.86552381 1 0 0 1 1.614299145 1.614299145 1 0.779474746 0.779474746 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.001719595 1 1 1 0.00000679 1 0.00000806 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 49750948 C T PGK2 CCDS4930.1 r.? - - downstream 26 0 0 39 0 0 26 0 0 54 6 11.1 54 0 0 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 5.607259924 9 5.305306751 4 3 6 3 2 2 3 2 1 0.392740076 1 0.694693249 NA 4 NA 3 NA 2 NA 3 NA 0.607259924 NA 0.305306751 0 0 1 0 NA 0 2.674435897 0.891478632 3 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000000329 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 51662542 T A PKHD1 CCDS4935.1 r.? - - intronic 32 0 0 42 2 4.8 22 1 4.5 61 6 9.8 74 0 0 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 5.607259924 9 5.305306751 4 3 6 3 2 2 3 2 1 0.392740076 1 0.694693249 NA 4 NA 3 NA 2 NA 3 NA 0.607259924 NA 0.305306751 0.649142857 0.649142857 1 0.646197664 0.646197664 1 2.361213675 1.180606838 2 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 7 NA 1 1 0.018854633 1 0.104413009 1 0.000000685 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 51799689 C A PKHD1 CCDS4935.1 r.? - - intronic 40 0 0 49 3 6.1 17 2 11.8 73 7 9.6 91 23 25.3 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 5.607259924 9 5.305306751 4 3 6 3 2 2 3 2 1 0.392740076 1 0.694693249 NA 4 NA 3 NA 2 NA 3 NA 0.607259924 NA 0.305306751 0.824952381 0.824952381 1 1.694473875 1.694473875 1 2.313025641 1.156512821 2 2.120506567 1.060253284 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.001939399 1 0.003234386 1 9.54E-08 1 1.81E-32 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 54176845 T A TINAG CCDS4955.1 r.? - - intronic 31 0 0 39 0 0 30 0 0 81 7 8.6 60 0 0 1 0 0 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 5.607259924 9 5.305306751 4 3 6 3 2 2 3 2 1 0.392740076 1 0.694693249 NA 4 NA 3 NA 2 NA 3 NA 0.607259924 NA 0.305306751 0 0 1 0 0 1 2.07208547 1.036042735 2 0 0 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.000000197 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 54537888 G C - - - - - - 18 0 0 33 5 15.2 13 2 15.4 63 6 9.5 62 12 19.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 5.607259924 9 5.305306751 4 3 6 3 2 2 3 2 1 0.392740076 1 0.694693249 NA 4 NA 3 NA 2 NA 3 NA 0.607259924 NA 0.305306751 2.055619048 2.055619048 1 2.211432007 2.211432007 1 2.288931624 1.144465812 2 1.626001083 1.626001083 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.00000066 1 0.001879825 1 0.000000832 1 4.19E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 55071280 A T HCRTR2 CCDS4956.1 r.? - - intronic 32 0 0 38 2 5.3 24 3 12.5 85 10 11.8 61 2 3.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 5.607259924 9 5.305306751 4 3 6 3 2 2 3 2 1 0.392740076 1 0.694693249 NA 4 NA 3 NA 2 NA 3 NA 0.607259924 NA 0.305306751 0.716761905 0.716761905 1 1.794993512 1.794993512 1 2.843094017 0.947698006 3 0.276587813 0.905934153 0.305306751 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.015598339 1 0.000233853 1 2.17E-11 1 0.037660755 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 55232645 C G GFRAL CCDS4957.1 r.? - - intronic 22 0 0 38 2 5.3 25 2 8 70 5 7.1 56 5 8.9 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 5.607259924 9 5.305306751 4 3 6 3 2 2 3 2 1 0.392740076 1 0.694693249 NA 4 NA 3 NA 2 NA 3 NA 0.607259924 NA 0.305306751 0.716761905 0.716761905 1 1.148795848 1.148795848 1 1.710675214 1.710675214 1 0.745948951 0.745948951 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.015598339 1 0.006948068 1 0.0000289 1 0.00000965 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 55942216 A G COL21A1 ENST00000244728 r.? - - intronic 36 0 0 40 0 0 20 0 0 74 5 6.8 65 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 5.607259924 9 5.305306751 4 3 6 3 2 2 3 2 1 0.392740076 1 0.694693249 NA 4 NA 3 NA 2 NA 3 NA 0.607259924 NA 0.305306751 0 0 1 0 0 1 1.638393162 1.638393162 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000378 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 56344787 T C DST CCDS47441.1 r.? - - intronic 31 0 0 35 0 0 21 0 0 104 6 5.8 76 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 5.607259924 9 5.630941641 4 3 6 3 2 2 3 2 1 0.392740076 1 0.369058359 NA 4 NA 4 NA 2 NA 2 NA 0.607259924 NA 0.630941641 0 0 1 0 0 1 1.397452991 1.397452991 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000156 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 56482501 C A DST CCDS47441.1 r.? - - intronic 44 0 0 52 0 0 20 0 0 80 6 7.5 83 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 5.607259924 9 5.630941641 4 3 6 3 2 2 3 2 1 0.392740076 1 0.369058359 NA 4 NA 4 NA 2 NA 2 NA 0.607259924 NA 0.630941641 0 0 1 0 0 1 1.807051282 1.807051282 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00000342 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 57032842 G C ZNF451 CCDS43477.1 r.? - - intronic 33 0 0 51 0 0 29 0 0 73 4 5.5 99 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 5.607259924 9 5.630941641 4 3 6 3 2 2 3 2 1 0.392740076 1 0.369058359 NA 4 NA 4 NA 2 NA 2 NA 0.607259924 NA 0.630941641 0 0 1 0 NA 0 1.32517094 1.32517094 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000516741 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 57803952 A G - - - - - - 42 0 0 45 5 11.1 15 0 0 73 6 8.2 76 9 11.8 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 5.607259924 9 5.630941641 4 3 6 3 3 2 3 2 1 0.392740076 1 0.369058359 NA 4 NA 4 NA 2 NA 2 NA 0.607259924 NA 0.630941641 1.612142857 1.612142857 1 0 0 1 1.975709402 1.975709402 1 1.027435885 1.027435885 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.00000323 1 1 1 0.000002 1 2.06E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 57807501 T C - - - - - - 33 0 0 49 2 4.1 23 0 0 85 5 5.9 88 7 8 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 5.607259924 9 5.630941641 4 3 6 3 3 2 3 2 1 0.392740076 1 0.369058359 NA 4 NA 4 NA 2 NA 2 NA 0.607259924 NA 0.630941641 0.59547619 0.59547619 1 0 0 1 1.421547009 1.421547009 1 0.696566702 0.696566702 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.025168485 1 1 1 0.0000735 1 0.000000348 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 58724006 C A - - - - - - 32 0 0 39 0 0 38 0 0 78 7 9 69 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 5.607259924 9 5.630941641 4 3 6 3 3 2 3 2 1 0.392740076 1 0.369058359 NA 4 NA 4 NA 2 NA 2 NA 0.607259924 NA 0.630941641 0 0 1 0 0 1 2.168461538 1.084230769 2 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.000000151 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 63033947 C G - - - - - - 43 0 0 45 0 0 22 0 0 92 5 5.4 85 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 5.607259924 9 5.630941641 4 3 6 3 3 2 3 2 1 0.392740076 1 0.369058359 NA 4 NA 4 NA 2 NA 2 NA 0.607259924 NA 0.630941641 0 0 1 0 NA 0 1.301076923 1.301076923 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000107074 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 63152858 C T - - - - - - 31 0 0 36 0 0 30 0 0 74 5 6.8 96 6 6.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 5.607259924 9 5.630941641 4 3 6 3 3 2 3 2 1 0.392740076 1 0.369058359 NA 4 NA 4 NA 2 NA 2 NA 0.607259924 NA 0.630941641 0 0 1 0 NA 0 1.638393162 1.638393162 1 0.539839194 0.539839194 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000378 1 0.00000986 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 63644438 A G - - - - - - 34 0 0 33 0 0 26 0 0 79 5 6.3 71 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 TRUE FALSE 7 5.607259924 9 5.630941641 4 3 6 3 3 2 3 2 1 0.392740076 1 0.369058359 NA 4 NA 4 NA 2 NA 2 NA 0.607259924 NA 0.630941641 0 0 1 0 0 1 1.517923077 1.517923077 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 0 NA 0 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000518 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 63747057 C G - - - - - - 44 0 0 45 2 4.4 27 2 7.4 83 5 6 86 5 5.8 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 5.607259924 9 5.630941641 4 3 6 3 3 2 3 2 1 0.392740076 1 0.369058359 NA 4 NA 4 NA 2 NA 2 NA 0.607259924 NA 0.630941641 0.639047619 0.639047619 1 1.062636159 1.062636159 1 1.445641026 1.445641026 1 0.505010859 0.505010859 1 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.021467209 1 0.00807567 1 0.0000656 1 0.0000777 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 65120558 T C EYS CCDS47445.1 r.? - - intronic 38 0 0 50 0 0 14 0 0 64 6 9.4 83 8 9.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 5.607259924 9 5.630941641 4 3 6 3 3 2 3 2 1 0.392740076 1 0.369058359 NA 4 NA 4 NA 2 NA 2 NA 0.607259924 NA 0.630941641 0 0 1 0 0 1 2.264837607 1.132418803 2 0.835880042 0.835880042 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 2 NA 1 1 1 1 1 1 0.000000914 1 0.000000011 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 65159235 C T EYS CCDS47445.1 r.? - - intronic 38 0 0 41 2 4.9 27 1 3.7 85 8 9.4 83 10 12 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 5.607259924 9 5.630941641 4 3 6 3 3 2 3 2 1 0.392740076 1 0.369058359 NA 4 NA 4 NA 2 NA 2 NA 0.607259924 NA 0.630941641 0.711666667 0.711666667 1 0.53131808 NA 0 2.264837607 1.132418803 2 1.044850053 1.044850053 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.018015855 1 0.126579904 1 1.34E-08 1 1.7E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 65432423 C A EYS CCDS47445.1 r.? - - intronic 36 0 0 22 4 18.2 13 2 15.4 58 8 13.8 53 18 34 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 2 5.607259924 9 5.630941641 2 3 6 3 0 2 3 2 1 0.392740076 1 0.369058359 NA 4 NA 4 NA 2 NA 2 NA 0.607259924 NA 0.630941641 1.733333333 1.733333333 1 2.211432007 2.211432007 1 3.324974359 1.108324786 3 2.960408483 0.986802828 3 NA NA 0 NA NA 0 0 0 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.00000425 1 0.001879825 1 5.99E-10 1 2.09E-28 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 66923344 C G - - - - - - 34 0 0 44 0 0 19 0 0 79 4 5.1 70 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5.607259924 9 5.630941641 3 3 6 3 2 2 3 2 1 0.392740076 1 0.369058359 NA 4 NA 4 NA 2 NA 2 NA 0.607259924 NA 0.630941641 0 0 1 0 0 1 1.228794872 1.228794872 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.000696582 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 67158361 C G - - - - - - 32 0 0 38 0 0 19 0 0 87 5 5.7 86 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 5.607259924 9 4.263624524 3 3 6 2 2 2 3 2 1 0.392740076 1 0.736375476 NA 4 NA 3 NA 2 NA 2 NA 0.607259924 NA 0.263624524 0 0 1 0 0 1 1.373358974 1.373358974 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000821 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 67383903 A G - - - - - - 31 0 0 43 2 4.7 38 2 5.3 68 5 7.4 74 9 12.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5.607259924 9 4.263624524 3 3 6 2 2 2 3 2 1 0.392740076 1 0.736375476 NA 4 NA 3 NA 2 NA 2 NA 0.607259924 NA 0.263624524 0.588619048 0.588619048 1 0.761077249 0.761077249 1 1.782957265 1.782957265 1 0.895451532 0.895451532 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.019709573 1 0.015598339 1 0.0000251 1 1.61E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 67459851 G C - - - - - - 39 0 0 44 2 4.5 23 2 8.7 74 6 8.1 66 10 15.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5.607259924 9 4.263624524 3 3 6 2 2 2 3 2 1 0.392740076 1 0.736375476 NA 4 NA 3 NA 2 NA 2 NA 0.607259924 NA 0.263624524 0.563571429 0.563571429 1 1.249315484 1.249315484 1 1.951615385 1.951615385 1 1.115644532 1.115644532 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.020580492 1 0.00589844 1 0.00000216 1 1.6E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 68678458 A T - - - - - - 32 0 0 56 0 0 21 0 0 84 4 4.8 80 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 9 5.682888383 2 2 6 3 0 0 3 2 1 1 1 0.317111617 NA NA NA 4 NA NA NA 2 NA NA NA 0.682888383 0 0 1 0 0 1 1.156512821 1.156512821 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.000877031 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 68926334 G A - - - - - - 36 0 0 51 3 5.9 23 1 4.3 103 7 6.8 76 6 7.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 9 5.682888383 2 2 6 3 0 0 3 2 1 1 1 0.317111617 NA NA NA 4 NA NA NA 2 NA NA NA 0.682888383 0.561904762 0.561904762 1 0.462365591 0.462365591 1 1.638393162 1.638393162 1 0.691963411 0.691963411 1 NA NA 1 NA NA 0 0 0 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.002175924 1 0.108890944 1 0.00000102 1 0.00000253 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 69805816 G C BAI3 CCDS4968.1 r.? - - intronic 27 0 0 28 2 7.1 16 0 0 72 7 9.7 56 16 28.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 9 2 2 2 6 2 0 0 3 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.676190476 0.676190476 1 0 0 1 2.337119658 1.168559829 2 1.45177665 1.45177665 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.008668191 1 1 1 8.66E-08 1 5.26E-24 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 70932211 A C COL9A1 CCDS4971.1 r.? - - intronic 38 0 0 43 0 0 18 0 0 73 8 11 61 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 9 3 2 2 6 2 0 0 3 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 2.65034188 0.883447293 3 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 1 1 1 1 3.93E-09 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 71596832 A T B3GAT2 CCDS4974.1 r.? - - intronic 29 0 0 32 0 0 21 0 0 76 6 7.9 65 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 9 3 2 2 6 2 0 0 3 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.90342735 1.90342735 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000253 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 74224634 G T EEF1A1P9 CCDS4980.1 r.? - - downstream 31 0 0 27 3 11.1 12 1 8.3 56 4 7.1 48 6 12.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 9 3 2 2 6 2 0 0 3 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.057142857 1.057142857 1 0.892473118 0.892473118 1 1.710675214 1.710675214 1 0.759517766 0.759517766 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000334187 1 0.058377193 1 0.000186538 1 0.00000016 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 75433608 G T - - - - - - 35 0 0 26 0 0 19 2 10.5 68 5 7.4 67 10 14.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 9 3 2 2 6 2 0 0 3 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.129032258 1.129032258 1 1.782957265 1.782957265 1 0.905345178 0.905345178 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 1 1 0.004039874 1 0.0000251 1 1.87E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 75521241 C G - - - - - - 41 0 0 34 0 0 11 0 0 76 7 9.2 37 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 9 3 2 2 6 2 0 0 3 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 2.216649573 1.108324786 2 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.000000126 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 75831185 C G COL12A1 CCDS43482.1 r.? - - intronic 32 0 0 29 0 0 20 0 0 76 4 5.3 60 9 15 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 9 3 2 2 6 2 0 0 3 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.276982906 1.276982906 1 0.91142132 0.91142132 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 2 NA 1 1 1 1 1 1 0.00060191 1 2.29E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 77702840 T C - - - - - - 34 0 0 31 0 0 14 0 0 62 5 8.1 59 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 9 3 2 2 6 2 0 0 3 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.951615385 1.951615385 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.000016 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 84915858 C T KIAA1009 CCDS34494.2 r.? - - intronic 34 0 0 34 0 0 22 0 0 85 7 8.2 41 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 9 2 2 2 6 2 0 0 3 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.975709402 1.975709402 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.000000274 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 90838013 G C BACH2 CCDS5026.1 r.? - - intronic 26 0 0 31 0 0 14 0 0 27 4 14.8 41 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 9 2 2 2 6 2 0 0 3 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 3.56591453 0.891478632 4 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.00001 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 92524309 C T - - - - - - 29 0 0 39 0 0 17 0 0 68 5 7.4 49 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 5 2 2 2 4 2 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.486957265 1.486957265 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000251 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 94065071 C T EPHA7 CCDS5031.1 r.? - - intronic 32 0 0 28 0 0 15 0 0 65 8 12.3 52 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 5 2 2 2 4 2 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 2.471564103 0.823854701 3 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 1 1 1 1 1.53E-09 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 95973051 C T - - - - - - 35 0 0 29 2 6.9 16 2 12.5 72 5 6.9 57 7 12.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 5 2 2 2 4 2 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.657142857 0.657142857 1 1.344086022 1.344086022 1 1.386487179 1.386487179 1 0.624365482 0.624365482 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.009279585 1 0.002863359 1 0.0000331 1 1.66E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 98740195 T C - - - - - - 41 0 0 48 0 0 22 0 0 73 8 11 49 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 5 2 2 2 4 2 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 2.21034188 1.10517094 2 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 1 1 1 1 3.93E-09 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 100650449 C G - - - - - - 33 0 0 26 0 0 17 0 0 75 4 5.3 51 0 0 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 5 2 2 2 4 2 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.064982906 1.064982906 1 0 0 1 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.000572493 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 101624004 A T - - - - - - 35 0 0 31 0 0 20 0 0 59 7 11.9 43 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 5 2 2 2 4 2 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 2.391188034 1.195594017 2 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 1 1 1 1 2.12E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 102436997 C G GRIK2 CCDS5049.1 r.? - - intronic 37 0 0 31 0 0 20 0 0 72 4 5.6 50 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 5 2 2 2 4 2 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.125264957 1.125264957 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.000490365 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 102468944 G T GRIK2 CCDS5049.1 r.? - - intronic 24 0 0 26 0 0 23 0 0 68 4 5.9 45 0 0 2 0 0 0 0 NA 3 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 5 2 2 2 4 2 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.185547009 1.185547009 1 0 0 1 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.000394372 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 103372939 T C - - - - - - 40 0 0 33 0 0 17 0 0 66 6 9.1 49 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 5 2 2 2 4 2 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.828555556 1.828555556 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000011 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 103642912 G T - - - - - - 42 0 0 30 4 13.3 21 2 9.5 69 5 7.2 50 17 34 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 5 2 2 2 4 2 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.266666667 1.266666667 1 1.021505376 1.021505376 1 1.446769231 1.446769231 1 1.725888325 0.862944162 2 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.0000154 1 0.004928472 1 0.0000269 1 6.43E-27 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 103766596 T G - - - - - - 35 0 0 32 0 0 15 0 0 65 5 7.7 34 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 5 2 2 2 4 2 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.547239316 1.547239316 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000201 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 103930831 C T - - - - - - 39 0 0 31 3 9.7 19 2 10.5 63 12 19 43 15 34.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 5 2 2 2 4 2 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.923809524 0.923809524 1 1.129032258 1.129032258 1 3.817863248 0.954465812 4 1.771573604 0.885786802 2 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000505952 1 0.004039874 1 5.15E-16 1 4.05E-24 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 105638331 T C - - - - - - 19 0 0 95 0 0 52 0 0 111 6 5.4 168 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 5 16 2 2 4 14 0 0 1 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.085076923 1.085076923 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000226 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 106586716 C T - - - - - - 19 0 0 24 1 4.2 19 2 10.5 58 7 12.1 66 4 6.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 25 26 35 25 23 24 32 23 2 2 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.366 1.366 1 3.649032258 3.649032258 1 6.061376068 1.010229345 6 1.71264467 1.71264467 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.113346489 1 0.004039874 1 1.88E-08 1 0.000351793 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 107242227 C G - - - - - - 31 0 0 116 4 3.4 75 1 1.3 149 8 5.4 243 4 1.6 2 0 0 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 25 26 35 25 23 24 32 23 2 2 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.105809524 1.105809524 1 0.451784946 0.451784946 1 2.705076923 0.901692308 3 0.449218274 0.449218274 1 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.002868969 1 0.313356907 1 0.00000104 1 0.034688077 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 113568909 G T - - - - - - 30 0 0 62 1 1.6 44 0 0 91 7 7.7 149 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 11 12 24 13 9 10 19 11 2 2 5 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.296380952 NA 0 0 0 1 3.010239316 1.003413105 3 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.267123145 1 1 1 0.000000438 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 114280410 C G HDAC2 CCDS43493.1 r.? - - intronic 24 0 0 32 0 0 27 0 0 59 5 8.5 40 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 2 5 2 3 2 4 2 1 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.707991453 1.707991453 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000125 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 114348929 C T - - - - - - 26 0 0 29 0 0 20 0 0 64 11 17.2 42 0 0 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 2 5 2 3 2 4 2 1 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 3.45617094 0.864042735 4 0 NA 0 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 2.85E-14 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 117233073 A T RFX6 CCDS5113.1 r.? - - intronic 29 0 0 45 0 0 27 0 0 89 4 4.5 80 0 0 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 2 5 6 3 2 4 4 1 0 1 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0.904230769 0.904230769 1 0 0 1 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.001088103 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 118131104 G C - - - - - - 36 0 0 35 2 5.7 17 0 0 62 7 11.3 49 13 26.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 TRUE FALSE 4 2 5 2 3 2 4 2 1 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.656857143 0.656857143 1 0 0 1 2.270623932 1.135311966 2 1.345177665 1.345177665 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 0 0 1 8 NA 1 1 0.013332991 1 1 1 3.02E-08 1 2.71E-19 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 119588366 C G MAN1A1 CCDS5122.1 r.? - - intronic 46 0 0 22 0 0 15 0 0 62 4 6.5 45 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 2 5 2 3 2 4 2 1 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.306111111 1.306111111 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000276647 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 120136455 C A - - - - - - 38 0 0 29 0 0 22 0 0 59 6 10.2 53 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 2 5 2 3 2 4 2 1 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 2.049589744 2.049589744 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.000000561 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 67360117 T G DOK6 CCDS32841.1 r.? - - intronic 30 1 3.3 36 3 8.3 18 0 0 64 0 0 46 14 30.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.430684042 3.492632347 9 2 2 2 6 2 1 1 3 0 0.569315958 0.507367653 1 1 3 3 NA NA 1 1 NA NA 0.430684042 0.492632347 NA NA 0.909222966 0.909222966 1 0 0 1 0 0 1 1.543147208 1.543147208 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 0.139615808 1 0.000788827 1 1 1 1 1 1.26E-21 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 134237638 A G - - - - - - 17 0 0 103 0 0 47 0 0 101 5 5 167 0 0 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 22 18 18 17 20 16 14 15 2 2 4 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.654700855 1.654700855 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000166173 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 140684465 T A - - - - - - 11 0 0 11 0 0 3 0 0 32 5 15.6 15 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 3 2 2 2 3 2 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 2.822666667 0.940888889 3 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.000000562 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 150258585 G C ULBP2 CCDS5222.1 r.? - - upstream 27 0 0 25 3 12 9 1 11.1 54 7 13 48 16 33.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 3 2 2 2 3 2 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.142857143 1.142857143 1 1.193548387 1.193548387 1 2.352222222 1.176111111 2 1.69035533 0.845177665 2 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.00026475 1 0.044110422 1 1.13E-08 1 2.96E-25 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 161864340 T A PARK2 CCDS5281.1 r.? - - intronic 22 0 0 18 0 0 12 0 0 31 4 12.9 29 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 3 3 3 2 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 2.334128205 2.334128205 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000177 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 165921244 G C PDE10A CCDS5289.1 r.? - - intronic 26 0 0 25 0 0 21 0 0 78 6 7.7 45 0 0 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 3 2 2 2 3 2 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.393239316 1.393239316 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000295 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 4463072 G T - - - - - - 26 0 0 37 0 0 23 0 0 62 8 12.9 45 0 0 0 0 NA 1 0 0 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 1 2 2 2 1 2 1 1 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 2.076128205 2.076128205 1 0 0 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 1 1 1.04E-09 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 9494099 C G - - - - - - 34 0 0 28 0 0 18 0 0 45 7 15.6 53 0 0 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 1 2 2 2 1 2 1 1 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 2.510666667 2.510666667 1 0 0 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.000000003 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 9898195 C A - - - - - - 27 0 0 33 0 0 22 0 0 53 6 11.3 51 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 1 2 2 2 1 2 1 1 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.818623932 1.818623932 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000000293 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 10952235 C T - - - - - - 34 0 0 36 1 2.8 28 3 10.7 63 5 7.9 39 9 23.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 1 2 2 2 1 2 1 1 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.294666667 0.294666667 1 1.257537634 1.257537634 1 1.27142735 1.27142735 1 1.172588832 1.172588832 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.165106833 1 0.000372895 1 0.0000173 1 3.62E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 11551240 C A THSD7A CCDS47543.1 r.? - - intronic 23 0 0 30 0 0 13 0 0 59 4 6.8 34 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 1 2 2 2 1 2 1 1 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.094393162 1.094393162 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.00022841 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 11720397 A T THSD7A CCDS47543.1 r.? - - intronic 34 0 0 35 3 8.6 11 1 9.1 63 7 11.1 36 5 13.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 1 2 2 2 1 2 1 1 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.905047619 0.905047619 1 1.069494624 1.069494624 1 1.786435897 1.786435897 1 0.705583756 0.705583756 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000725791 1 0.05364542 1 3.38E-08 1 0.00000104 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 12876650 C A - - - - - - 31 0 0 30 2 6.7 31 3 9.7 76 5 6.6 43 5 11.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 TRUE FALSE 3 3 1 2 2 2 1 2 1 1 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.705095238 0.705095238 1 1.140010753 1.140010753 1 1.062205128 1.062205128 1 0.588832487 0.588832487 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 0 0 1 8 NA 1 1 0.009909649 1 0.000505952 1 0.000043 1 0.00000257 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 20748487 G C ABCB5 CCDS5371.1 r.? - - intronic 40 0 0 28 0 0 19 0 0 62 4 6.5 40 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 1 2 2 2 1 2 1 1 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.046111111 1.046111111 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.000276647 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 22564066 A G ENSG00000105889 ENST00000439708 r.? - - intronic 31 0 0 32 0 0 18 0 0 53 4 7.5 48 2 4.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 1 2 2 2 1 2 1 1 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.207051282 1.207051282 1 0.21319797 0.21319797 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.000150502 1 0.024220359 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 23407317 A T IGF2BP3 CCDS5382.1 r.? - - intronic 35 0 0 34 2 5.9 26 0 0 43 3 7 39 0 0 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 1 2 2 2 1 2 1 1 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.620904762 0.620904762 1 0 0 1 1.126581197 1.126581197 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.012612579 1 1 1 0.001328364 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 33550212 T C BBS9 CCDS43566.1 r.? - - intronic 41 0 0 48 0 0 38 0 0 71 7 9.9 36 0 0 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 1 2 2 2 1 2 1 1 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.593307692 1.593307692 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 1 1 7.85E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 35433571 T A - - - - - - 38 0 0 35 0 0 21 0 0 68 5 7.4 53 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 1 2 2 2 1 2 1 1 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.190957265 1.190957265 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000251 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 37295401 G T ELMO1 CCDS5449.1 r.? - - intronic 30 0 0 21 1 4.8 16 0 0 57 4 7 34 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 1 2 2 2 1 2 1 1 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.505142857 0.505142857 1 0 0 1 1.126581197 1.126581197 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 0.099912572 1 1 1 0.000199821 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 38068315 T A SFRP4 ENST00000447200 r.? - - upstream 6 0 0 2 0 0 1 0 0 26 3 11.5 10 1 10 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 1 2 2 2 1 2 1 1 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.850811966 1.850811966 1 0.507614213 0.507614213 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 1 1 1 1 0.000298167 1 0.04888987 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 38084848 C A - - - - - - 34 0 0 33 0 0 27 0 0 62 5 8.1 41 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 1 2 2 2 1 2 1 1 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.303615385 1.303615385 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.000016 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 40358832 A C C7orf10 ENST00000309930 r.? - - intronic 34 0 0 46 2 4.3 23 1 4.3 74 5 6.8 37 5 13.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 1 2 2 2 1 2 1 1 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.45252381 0.45252381 1 0.505365591 0.505365591 1 1.094393162 1.094393162 1 0.685279188 0.685279188 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.022369545 1 0.108890944 1 0.0000378 1 0.00000119 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 46568402 A C - - - - - - 37 0 0 42 2 4.8 25 1 4 70 4 5.7 50 4 8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 1 2 2 2 1 2 1 1 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.505142857 0.505142857 1 0.470107527 0.470107527 1 0.917358974 0.917358974 1 0.406091371 0.406091371 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.018854633 1 0.117779757 1 0.000440508 1 0.000119787 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 49311427 T C - - - - - - 28 0 0 42 1 2.4 29 3 10.3 62 5 8.1 40 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 1 2 2 2 1 2 1 1 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.252571429 0.252571429 1 1.210526882 1.210526882 1 1.303615385 1.303615385 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 7 NA 1 1 0.189842622 1 0.000414371 1 0.000016 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 52504903 A T - - - - - - 29 0 0 45 0 0 32 0 0 72 4 5.6 69 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 1 4.14618779 2 2 1 2 2 2 0 2 1 1 1 0.85381221 NA NA NA 3 NA NA NA 2 NA NA NA 0.14618779 0 0 1 0 0 1 0.901264957 0.901264957 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.000490365 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 53156864 C T - - - - - - 29 0 0 31 0 0 31 0 0 55 7 12.7 61 0 0 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 1 4.14618779 2 2 1 2 2 2 0 2 1 1 1 0.85381221 NA NA NA 3 NA NA NA 2 NA NA NA 0.14618779 0 0 1 0 0 1 2.043940171 2.043940171 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 1 1 1.28E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 54085916 C A - - - - - - 22 0 0 53 4 7.5 20 2 10 70 10 14.3 57 26 45.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 2 2 100 TRUE FALSE 4 4 1 4.14618779 2 2 1 2 2 2 0 2 1 1 1 0.85381221 NA NA NA 3 NA NA NA 2 NA NA NA 0.14618779 0.864285714 0.864285714 1 1.275268817 1.275268817 1 2.301444444 2.301444444 1 3.293382444 1.534526689 2.14618779 NA NA 1 NA NA 1 0 NA 0 7.222329922 3.365190108 2.14618779 8 NA 1 1 0.000150502 1 0.004473894 1 2.95E-12 1 1.57E-44 0.000025 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 54791100 G T - - - - - - 29 0 0 69 4 5.8 19 0 0 79 6 7.6 102 15 14.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 1 6 2 2 1 4 2 2 0 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.668380952 0.668380952 1 0 0 1 1.223145299 1.223145299 1 1.334192893 1.334192893 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000416985 1 1 1 0.00000318 1 7.08E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 57385315 T A - - - - - - 23 0 0 28 0 0 22 0 0 63 3 4.8 56 3 5.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.916512821 0.916512821 1 0.382111675 0.382111675 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 1 1 0.003968795 1 0.00284314 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 63261850 C T - - - - - - 21 0 0 22 2 9.1 13 1 7.7 22 5 22.7 47 11 23.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.048666667 1.048666667 1 0.981956989 0.981956989 1 4.33434188 2.16717094 2 1.655817259 1.655817259 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.005403392 1 0.063085307 1 7.67E-08 1 7.21E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 63956308 T C - - - - - - 30 0 0 39 3 7.7 31 3 9.7 44 6 13.6 79 11 13.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.887333333 0.887333333 1 1.237010753 1.237010753 1 2.596786325 1.298393162 2 0.983583756 0.983583756 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000998458 1 0.000505952 1 9.37E-08 1 3.23E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 68068245 A T - - - - - - 36 0 0 49 0 0 16 0 0 64 4 6.2 60 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.18382906 1.18382906 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.000312605 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 69801389 T G AUTS2 CCDS5539.1 r.? - - intronic 28 0 0 36 2 5.6 20 2 10 69 4 5.8 60 8 13.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.645333333 0.645333333 1 1.275268817 1.275268817 1 1.107452991 1.107452991 1 0.941126904 0.941126904 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.014070883 1 0.004473894 1 0.000416985 1 7.93E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 70983918 G C WBSCR17 CCDS5540.1 r.? - - intronic 29 0 0 34 0 0 27 0 0 88 8 9.1 54 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.737555556 1.737555556 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 1 1 1.76E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 74107050 C G GTF2I CCDS5573.1 r.? - - intronic 37 0 0 39 0 0 23 0 0 56 6 10.7 73 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 2.043059829 2.043059829 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.000000409 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 80158703 G T CD36 CCDS34673.1 r.? - - intronic 42 0 0 31 1 3.2 17 0 0 60 4 6.7 59 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.368761905 0.368761905 1 0 0 1 1.279299145 1.279299145 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.143917729 1 1 1 0.000243755 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 80359455 G A - - - - - - 26 0 0 36 3 8.3 17 2 11.8 62 6 9.7 66 10 15.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.95647619 0.95647619 1 1.504817204 1.504817204 1 1.852119658 1.852119658 1 1.075573604 1.075573604 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000788827 1 0.003234386 1 0.000000756 1 1.6E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 82155520 T A - - - - - - 34 0 0 37 1 2.7 25 0 0 70 4 5.7 60 11 18.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.311142857 0.311142857 1 0 0 1 1.088358974 1.088358974 1 1.29493401 1.29493401 1 NA NA 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.169281299 1 1 1 0.000440508 1 1.34E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 82501378 A T PCLO CCDS47630.1 r.? - - intronic 34 0 0 38 1 2.6 33 4 12.1 74 4 5.4 69 9 13 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.299619048 0.299619048 1 1.543075269 1.543075269 1 1.031076923 1.031076923 1 0.919898477 0.919898477 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.173434892 1 0.0000228 1 0.00054411 1 8.45E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 86114792 C G - - - - - - 28 0 0 43 0 0 21 0 0 49 4 8.2 57 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.565709402 1.565709402 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.000110643 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 87481655 G T SLC25A40 CCDS5610.1 r.? - - intronic 31 0 0 52 0 0 20 0 0 63 5 7.9 67 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.50842735 1.50842735 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000173 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 88063997 G T - - - - - - 30 0 0 43 0 0 19 0 0 66 8 12.1 78 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 2.310376068 1.155188034 2 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 1 1 1.73E-09 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 88633701 G C ZNF804B CCDS5613.1 r.? - - intronic 26 0 0 41 3 7.3 19 1 5.3 78 4 5.1 69 10 14.5 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.841238095 0.841238095 1 0.675892473 0.675892473 1 0.973794872 0.973794872 1 1.026040609 1.026040609 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.001155993 1 0.090843738 1 0.000663934 1 2.54E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 89352628 G A - - - - - - 37 0 0 42 4 9.5 19 3 15.8 69 5 7.2 60 9 15 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.094761905 1.094761905 1 2.014924731 2.014924731 1 1.374769231 1.374769231 1 1.06142132 1.06142132 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.0000601 1 0.000114071 1 0.0000269 1 2.29E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 93508463 A C GNGT1 ENST00000455502 r.? - - intronic 39 0 0 23 0 0 28 1 3.6 73 5 6.8 74 13 17.6 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0.459096774 0.459096774 1 1.298393162 1.298393162 1 1.245401015 1.245401015 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 1 1 0.130947004 1 0.0000354 1 9.62E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 94188074 A C CASD1 CCDS5636.1 r.? - - downstream 41 0 0 34 0 0 24 0 0 66 4 6.1 62 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.164735043 1.164735043 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.000351793 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 95600168 G A DYNC1I1 CCDS5644.1 r.? - - intronic 39 0 0 59 0 0 22 0 0 83 12 14.5 78 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 2.768632479 1.384316239 2 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 1 1 1.7E-14 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 95604451 G A DYNC1I1 CCDS5644.1 r.? - - intronic 23 0 0 35 0 0 26 0 0 70 6 8.6 64 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.64208547 1.64208547 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000156 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 106845313 C T COG5 CCDS5743.1 r.? - - intronic 36 0 0 38 0 0 22 0 0 83 5 6 68 0 0 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.145641026 1.145641026 1 0 0 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000656 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 107366714 C A - - - - - - 31 0 0 47 0 0 23 0 0 85 6 7.1 73 0 0 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.355675214 1.355675214 1 0 0 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000487 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 108338214 C T - - - - - - 32 0 0 45 3 6.7 19 0 0 85 6 7.1 70 11 15.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.772095238 0.772095238 1 0 0 1 1.355675214 1.355675214 1 1.110954315 1.110954315 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.001516071 1 1 1 0.00000487 1 8.06E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 109080764 A T - - - - - - 31 0 0 43 0 0 27 0 0 66 6 9.1 63 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.737555556 1.737555556 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000011 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 109453801 A T - - - - - - 30 0 0 41 3 7.3 20 0 0 83 6 7.2 64 8 12.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.841238095 0.841238095 1 0 0 1 1.374769231 1.374769231 1 0.884517766 0.884517766 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.001155993 1 1 1 0.00000424 1 1.35E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 109801613 A C - - - - - - 28 0 0 36 1 2.8 25 0 0 47 4 8.5 66 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.322666667 0.322666667 1 0 0 1 1.622991453 1.622991453 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.165106833 1 1 1 0.0000939 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 111167638 G T IMMP2L CCDS5753.1 r.? - - intronic 37 0 0 33 3 9.1 21 2 9.5 78 6 7.7 70 16 22.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 2 100 TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.048666667 1.048666667 1 1.211505376 1.211505376 1 1.470239316 1.470239316 1 1.620436548 0.810218274 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 7.076142132 3.538071066 2 8 NA 1 1 0.000609557 1 0.004928472 1 0.00000295 1 2.93E-22 0.000025 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 112847973 T C - - - - - - 30 0 0 19 0 0 19 0 0 60 5 8.3 59 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.584803419 1.584803419 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000136 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 114469003 T A - - - - - - 28 0 0 39 3 7.7 14 1 7.1 79 4 5.1 73 13 17.8 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 7 12 9 2 5 8 7 2 2 4 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.887333333 0.887333333 1 1.11844086 1.11844086 1 1.381794872 1.381794872 1 2.149553299 1.07477665 2 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000998458 1 0.067769881 1 0.000696582 1 7.97E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 115226887 G C - - - - - - 25 0 0 42 1 2.4 26 0 0 81 4 4.9 107 12 11.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 7 12 9 4 5 8 7 2 2 4 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.324571429 NA 0 0 0 1 1.327606838 1.327606838 1 1.352527919 1.352527919 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.189842622 1 1 1 0.000765256 1 3.9E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 115514489 T C - - - - - - 42 0 0 51 3 5.9 29 1 3.4 93 5 5.4 106 9 8.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 7 12 9 4 5 8 7 2 2 4 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.797904762 0.797904762 1 0.535591398 0.535591398 1 1.463076923 1.463076923 1 1.026472081 1.026472081 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.002175924 1 0.135292269 1 0.000112692 1 4.15E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 115633457 G C TFEC CCDS5762.1 r.? - - intronic 34 0 0 34 0 0 27 0 0 65 5 7.7 71 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 7 12 4 4 5 8 2 2 2 4 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 2.086239316 2.086239316 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000201 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 115753372 G T TFEC ENST00000484212 r.? - - intronic 40 0 0 46 0 0 22 0 0 72 5 6.9 63 0 0 2 0 0 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 7 12 4 4 5 8 2 2 2 4 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.869487179 1.869487179 1 0 NA 0 NA NA 0 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000331 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 118306792 G A - - - - - - 35 0 0 45 1 2.2 33 4 12.1 71 5 7 91 10 11 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 7 12 6.647851422 4 5 8 4 2 2 4 2 1 1 1 0.352148578 NA NA NA 5 NA NA NA 2 NA NA NA 0.647851422 0.29752381 0.29752381 1 1.906075269 1.906075269 1 1.896581197 1.896581197 1 1.069639291 1.069639291 1 NA NA 0 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.201934322 1 0.0000228 1 0.0000309 1 4.34E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 118324418 A C - - - - - - 31 0 0 52 1 1.9 23 0 0 81 4 4.9 73 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 7 12 6.647851422 4 5 8 4 2 2 4 2 1 1 1 0.352148578 NA NA NA 5 NA NA NA 2 NA NA NA 0.647851422 0.256952381 0.256952381 1 0 0 1 1.327606838 1.327606838 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 0.229451111 1 1 1 0.000765256 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 118845560 A C - - - - - - 28 0 0 48 0 0 24 0 0 71 5 7 86 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 7 12 6.647851422 4 5 8 4 2 2 4 2 1 1 1 0.352148578 NA NA NA 5 NA NA NA 2 NA NA NA 0.647851422 0 0 1 0 0 1 1.896581197 1.896581197 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000309 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 120911805 C G C7orf58 CCDS34739.1 r.? - - intronic 30 0 0 47 0 0 14 0 0 76 9 11.8 58 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 2.253094017 1.126547009 2 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 1 1 2.06E-10 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 121893766 C G - - - - - - 34 0 0 45 0 0 22 0 0 62 6 9.7 72 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.852119658 1.852119658 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.000000756 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 122363406 C G CADPS2 CCDS47691.1 r.? - - intronic 37 0 0 38 0 0 31 0 0 61 7 11.5 79 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 2.195811966 1.097905983 2 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 1 1 2.69E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 122674928 T A - - - - - - 31 0 0 43 0 0 17 0 0 43 4 9.3 55 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.77574359 1.77574359 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.000066 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 124265818 A G - - - - - - 13 0 0 31 2 6.5 14 1 7.1 40 5 12.5 46 9 19.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.749047619 0.749047619 1 0.90544086 0.90544086 1 2.386752137 1.193376068 2 1.386923858 1.386923858 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.010558179 1 0.067769881 1 0.00000178 1 1.82E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 125217220 C G - - - - - - 33 0 0 32 0 0 22 0 0 59 5 8.5 55 0 0 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 4 3 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.622991453 1.622991453 1 0 NA 0 NA NA 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000125 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 127125667 T A - - - - - - 19 0 0 35 3 8.6 22 2 9.1 65 7 10.8 56 8 14.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.991047619 0.991047619 1 1.160494624 1.160494624 1 2.062153846 1.031076923 2 1.011888325 1.011888325 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000725791 1 0.005403392 1 4.22E-08 1 4.48E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 133087764 G T EXOC4 CCDS5829.1 r.? - - intronic 20 0 0 30 0 0 20 0 0 19 3 15.8 54 0 0 0 0 NA 2 0 0 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 3.016854701 3.016854701 1 0 0 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.000114071 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 133375564 C A EXOC4 CCDS5829.1 r.? - - intronic 25 0 0 41 0 0 21 0 0 62 5 8.1 61 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.546615385 1.546615385 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.000016 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 134179791 T G - - - - - - 37 0 0 49 0 0 26 0 0 79 6 7.6 67 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.451145299 1.451145299 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000318 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 141278980 G C AGK CCDS5865.1 r.? - - intronic 36 0 0 43 0 0 21 0 0 66 4 6.1 49 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.164735043 1.164735043 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.000351793 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 144900589 T A - - - - - - 31 0 0 47 0 0 23 0 0 66 7 10.6 60 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 2.023965812 1.011982906 2 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.000000047 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 145042792 C T - - - - - - 50 0 0 47 4 8.5 18 3 16.7 59 5 8.5 59 24 40.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.97952381 0.97952381 1 2.129698925 2.129698925 1 1.622991453 1.622991453 1 2.879989848 1.439994924 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.0000939 1 0.0000964 1 0.0000125 1 1.09E-39 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 146522409 G T CNTNAP2 CCDS5889.1 r.? - - intronic 33 0 0 25 3 12 22 1 4.5 79 7 8.9 55 3 5.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.382857143 1.382857143 1 0.573870968 0.573870968 1 1.699367521 1.699367521 1 0.389187817 0.389187817 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.00026475 1 0.104413009 1 0.000000165 1 0.002700822 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 148284010 A T C7orf33 CCDS5890.1 r.? - - upstream 30 0 0 27 0 0 19 0 0 65 6 9.2 51 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.756649573 1.756649573 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.000001 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 151936600 C A BAGE3 CCDS5931.1 r.? - - intronic 78 0 0 71 9 12.7 43 3 7 170 25 14.7 135 17 12.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.46352381 1.46352381 1 0.892688172 0.892688172 1 2.806820513 1.403410256 2 0.891593909 0.891593909 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 1.1E-10 1 0.001328364 1 8.62E-29 1 7.05E-19 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 9 46884176 T C - - - - - - 31 1 3.2 29 7 24.1 14 2 14.3 43 4 9.3 49 8 16.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 3 3 3 4 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.536238095 0.845412698 3 1.680634409 1.680634409 1 1.77574359 1.77574359 1 0.990411168 0.990411168 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 0.143917729 1 1.11E-10 1 0.002185852 1 0.000066 1 1.47E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 1016284 C T C8orf68 ENST00000450568 r.? - - intronic 36 0 0 29 0 0 23 1 4.3 8 3 37.5 38 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 1 1 1 1 1 1 1 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0.419365591 0.419365591 1 6.03525641 6.03525641 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 0.108890944 1 0.00000687 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 4159568 T C - - - - - - 31 0 0 33 0 0 13 0 0 60 5 8.3 33 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 1 1 1 1 1 1 1 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.335803419 1.335803419 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000136 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 9653702 G A - - - - - - 39 0 0 32 0 0 16 0 0 63 5 7.9 32 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 1 2 2 2 1 2 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.27142735 1.27142735 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000173 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 18382866 C G PSD3 CCDS43720.1 r.? - - downstream 29 0 0 21 1 4.8 9 2 22.2 71 5 7 41 13 31.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 1 1 1 1 1 1 1 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.409142857 0.409142857 1 2.165096774 2.165096774 1 1.126581197 1.126581197 1 1.292137056 1.292137056 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.099912572 1 0.000879235 1 0.0000309 1 1.89E-20 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 18830817 T C PSD3 CCDS43720.1 r.? - - intronic 27 0 0 37 3 8.1 16 2 12.5 58 6 10.3 40 14 35 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 1 1 1 1 1 1 1 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.690428571 0.690428571 1 1.219086022 1.219086022 1 1.657683761 1.657683761 1 1.426649746 1.426649746 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000855237 1 0.002863359 1 0.000000506 1 1.25E-22 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 23624317 G T - - - - - - 30 0 0 32 0 0 18 0 0 60 4 6.7 30 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 1 1 1 1 1 1 1 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.078299145 1.078299145 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.000243755 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 28011765 G A ELP3 CCDS6065.1 r.? - - intronic 34 0 0 43 0 0 27 0 0 80 6 7.5 97 0 0 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 7 7 7 7 7 7 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.657051282 1.657051282 1 0 0 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000342 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 35439655 T A UNC5D CCDS6093.2 r.? - - intronic 30 0 0 46 5 10.9 33 2 6.1 75 4 5.3 96 8 8.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 10 7 7 7 10 7 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.583095238 1.583095238 1 0.960913978 0.960913978 1 1.329982906 1.329982906 1 0.836319797 0.836319797 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.00000361 1 0.011909843 1 0.000572493 1 0.000000035 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 35738806 C G - - - - - - 43 0 0 50 2 4 24 1 4.2 83 4 4.8 129 12 9.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 10 7 7 7 10 7 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.580952381 0.580952381 1 0.661612903 0.661612903 1 1.204512821 1.204512821 1 0.937081218 0.937081218 1 NA NA 0 NA NA 0 0 0 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.026131524 1 0.113346489 1 0.000838577 1 3.72E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 38542093 G C - - - - - - 29 0 0 47 2 4.3 35 3 8.6 100 5 5 81 11 13.6 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 10 7 7 7 10 7 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.62452381 0.62452381 1 1.354731183 1.354731183 1 1.254700855 1.254700855 1 1.37035533 1.37035533 1 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.02328732 1 0.000725791 1 0.000158599 1 4.29E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 47473115 C T - - - - - - 23 0 0 65 0 0 35 0 0 87 6 6.9 132 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 10 12 10 8 6 7 7 6 4 5 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.731487179 1.731487179 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00000558 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 50520046 C G - - - - - - 27 0 0 54 0 0 33 0 0 93 4 4.3 104 0 0 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 10 12 10 8 6 7 7 6 4 5 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 1.079042735 1.079042735 1 0 NA 0 NA NA 0 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.001280785 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 50799735 A C - - - - - - 28 0 0 53 0 0 25 0 0 84 4 4.8 106 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 10 12 10 8 6 7 7 6 4 5 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.204512821 1.204512821 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000877031 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 51121182 G T - - - - - - 40 0 0 52 0 0 47 0 0 82 5 6.1 143 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 10 12 10 8 6 7 7 6 4 5 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.530735043 1.530735043 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000619 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 52019395 C G - - - - - - 37 0 0 73 0 0 48 0 0 87 6 6.9 140 0 0 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 10 12 10 8 6 7 7 6 4 5 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.731487179 1.731487179 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00000558 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 52211615 T C - - - - - - 27 0 0 34 0 0 29 0 0 75 6 8 89 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 10 12 10 8 6 7 7 6 4 5 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 2.007521368 2.007521368 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00000234 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 53714416 G T - - - - - - 39 0 0 64 0 0 49 0 0 97 5 5.2 122 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 10 12 14 9 6 7 7 6 4 5 7 3 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.512888889 1.512888889 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000137452 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 54324157 A G - - - - - - 32 0 0 56 0 0 29 0 0 95 6 6.3 94 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 6 0 0 0 0 NA FALSE FALSE 10 12 14 9 6 7 7 6 4 5 7 3 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 1.832923077 1.832923077 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00000928 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 57522983 C T - - - - - - 34 0 0 50 0 0 29 0 0 76 5 6.6 51 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 7 9 3 7 7 8 3 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.590205128 1.590205128 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000043 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 58225279 C T - - - - - - 36 0 0 47 1 2.1 28 3 10.7 72 7 9.7 61 16 26.2 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 7 9 3 7 7 8 3 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.305 NA 0 1.685537634 1.685537634 1 2.337119658 1.168559829 2 1.591949239 0.795974619 2 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.209895027 1 0.000372895 1 8.66E-08 1 2.5E-23 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 58859469 T A - - - - - - 36 0 0 53 0 0 32 0 0 86 7 8.1 50 0 0 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 7 9 3 7 7 8 3 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.951615385 1.951615385 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000000297 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 60388317 C T - - - - - - 24 0 0 45 0 0 21 0 0 78 5 6.4 49 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 7 9 3 7 7 8 3 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.542017094 1.542017094 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000487 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 60547744 G T - - - - - - 21 0 0 55 3 5.5 27 3 11.1 68 5 7.4 59 12 20.3 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 9 3 7 7 8 3 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.798809524 0.798809524 1 1.748548387 1.748548387 1 1.782957265 1.782957265 1 1.233456853 1.233456853 1 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.002700822 1 0.000334187 1 0.0000251 1 2.2E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 60989138 A T - - - - - - 26 0 0 39 0 0 29 0 0 76 8 10.5 52 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 7 9 3 7 7 8 3 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 2.529871795 0.843290598 3 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 5.44E-09 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 63347175 C A - - - - - - 39 0 0 62 2 3.2 25 2 8 67 6 9 64 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 7 9 3 7 7 8 3 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.464761905 0.464761905 1 1.260215054 1.260215054 1 2.168461538 1.084230769 2 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.038789653 1 0.006948068 1 0.0000012 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 68447906 T C CPA6 CCDS6200.1 r.? - - intronic 22 0 0 54 3 5.6 37 1 2.7 80 7 8.8 58 11 19 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 9 3 7 7 8 3 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.813333333 0.813333333 1 0.425322581 0.425322581 1 2.120273504 1.060136752 2 1.154467005 1.154467005 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.00256299 1 0.169281299 1 0.00000018 1 8.96E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 71816629 C G - - - - - - 42 0 0 50 3 6 16 2 12.5 92 5 5.4 57 8 14 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 9 3 7 7 8 3 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.871428571 0.871428571 1 1.969086022 1.969086022 1 1.301076923 1.301076923 1 0.850659898 0.850659898 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.002055544 1 0.002863359 1 0.000107074 1 5.19E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 71903423 A G - - - - - - 31 0 0 59 0 0 29 0 0 84 5 6 47 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA FALSE FALSE 7 7 9 3 7 7 8 3 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.445641026 1.445641026 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000695 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 71912705 G A - - - - - - 40 0 0 52 0 0 23 0 0 78 5 6.4 54 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 7 9 3 7 7 8 3 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.542017094 1.542017094 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000487 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 73902272 A T - - - - - - 39 0 0 43 1 2.3 31 5 16.1 69 4 5.8 61 11 18 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 9 3 7 7 8 3 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.334047619 0.334047619 1 2.536182796 0.845394265 3 1.397452991 1.397452991 1 1.093705584 1.093705584 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.193893409 1 0.000000476 1 0.000416985 1 1.62E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 75986135 A G - - - - - - 33 0 0 41 0 0 30 0 0 74 5 6.8 62 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 7 9 3 7 7 8 3 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.638393162 1.638393162 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000378 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 76957158 C T - - - - - - 31 0 0 48 0 0 34 0 0 86 9 10.5 44 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 2 100 0 0 NA FALSE FALSE 7 7 9 3 7 7 8 3 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 2.529871795 0.843290598 3 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 24.09401709 3.011752137 8 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 6.35E-10 0.000025 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 79737756 C T - - - - - - 33 0 0 55 0 0 25 1 4 82 5 6.1 55 7 12.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 TRUE FALSE 7 7 9 3 7 7 8 3 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0.630107527 0.630107527 1 1.469735043 1.469735043 1 0.771670051 0.771670051 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 0 NA 0 8 NA 1 1 1 1 0.117779757 1 0.0000619 1 1.28E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 79951678 G C - - - - - - 29 0 0 38 0 0 39 0 0 70 6 8.6 57 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 7 7 3 7 7 6 3 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 1.90008547 1.90008547 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00000156 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 80368319 G A - - - - - - 31 0 0 42 0 0 31 0 0 81 5 6.2 46 0 0 0 0 NA 0 0 NA 4 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE NA 7 7 NA NA 7 6 NA NA 0 1 NA NA 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1 0 NA 0 1.36982906 1.36982906 1 NA NA 1 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000584 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 81796321 A T - - - - - - 29 0 0 53 0 0 21 0 0 87 7 8 66 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA FALSE FALSE NA 7 7 NA NA 7 6 NA NA 0 1 NA NA 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1 0 NA 0 1.767521368 1.767521368 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000000322 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 82219450 C T - - - - - - 28 0 0 56 0 0 43 0 0 78 7 9 50 0 0 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE NA 7 7 NA NA 7 6 NA NA 0 1 NA NA 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1 0 NA 0 1.988461538 1.988461538 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000000151 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 83195330 G A - - - - - - 31 0 0 46 3 6.5 22 1 4.5 75 7 9.3 65 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE NA 7 7 NA NA 7 6 NA NA 0 1 NA NA 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1 0.708870968 NA 0 2.05474359 1.027371795 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.001615827 1 0.104413009 1 0.000000115 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 84198237 T A - - - - - - 31 0 0 50 2 4 25 1 4 79 4 5.1 51 6 11.8 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE NA 7 7 NA NA 7 6 NA NA 0 1 NA NA 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1 0.630107527 NA 0 1.126794872 1.126794872 1 NA NA 1 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.026131524 1 0.117779757 1 0.000696582 1 0.000000232 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 84553239 G A - - - - - - 48 0 0 41 3 7.3 38 2 5.3 70 5 7.1 58 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE NA 7 7 NA NA 7 6 NA NA 0 1 NA NA 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1 0.834892473 0.834892473 1 1.568675214 1.568675214 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.001155993 1 0.015598339 1 0.0000289 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 84765754 C G - - - - - - 30 0 0 46 2 4.3 22 0 0 72 6 8.3 64 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE NA 7 7 NA NA 7 6 NA NA 0 1 NA NA 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1 0 NA 0 1.833803419 1.833803419 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.022369545 1 1 1 0.00000184 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 84772861 A T - - - - - - 33 0 0 62 0 0 21 0 0 81 5 6.2 54 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE NA 7 7 NA NA 7 6 NA NA 0 1 NA NA 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1 0 NA 0 1.36982906 1.36982906 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000584 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 85121719 A C - - - - - - 29 0 0 49 1 2 28 0 0 89 4 4.5 80 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 10 7 5 7 7 6 3 2 3 1 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.33047619 0.33047619 1 0 0 1 0.994230769 0.994230769 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.217776325 1 1 1 0.001088103 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 85710188 G T RALYL ENST00000399361 r.? - - intronic 39 0 0 51 4 7.8 40 4 10 73 8 11 70 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 10 7 5 7 7 6 3 2 3 1 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.288857143 1.288857143 1 1.875268817 1.875268817 1 2.43034188 0.81011396 3 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000129466 1 0.0000495 1 3.93E-09 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 87258489 A C - - - - - - 27 0 0 60 0 0 29 0 0 74 5 6.8 40 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 FALSE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.502393162 1.502393162 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000378 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 87453683 A G WWP1 CCDS6242.1 r.? - - intronic 31 0 0 55 3 5.5 26 1 3.8 115 14 12.2 61 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.798809524 0.798809524 1 0.598602151 0.598602151 1 2.695470085 0.898490028 3 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.002700822 1 0.122190858 1 1.36E-15 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 88274242 C T CNBD1 ENST00000319712 r.? - - intronic 20 0 0 31 2 6.5 22 0 0 65 8 12.3 48 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.944047619 0.944047619 1 0 0 1 2.717564103 0.905854701 3 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.010558179 1 1 1 1.53E-09 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 89552797 A T - - - - - - 44 0 0 53 5 9.4 32 3 9.4 84 6 7.1 78 10 12.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.365238095 1.365238095 1 1.480752688 1.480752688 1 1.568675214 1.568675214 1 0.905746193 0.905746193 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.00000734 1 0.000556213 1 0.00000455 1 9.02E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 90061498 C G - - - - - - 34 0 0 46 0 0 21 0 0 76 6 7.9 54 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 FALSE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 1.74542735 1.74542735 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00000253 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 92550121 C A - - - - - - 32 0 0 49 0 0 28 0 0 81 5 6.2 63 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.36982906 1.36982906 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000584 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 92756772 G A - - - - - - 25 0 0 47 0 0 24 0 0 63 5 7.9 52 8 15.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 1.74542735 1.74542735 1 1.089725888 1.089725888 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000173 1 2.42E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 93193724 A C - - - - - - 32 0 0 55 1 1.8 28 1 3.6 73 6 8.2 53 4 7.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.261428571 NA 0 0.567096774 0.567096774 1 1.811709402 1.811709402 1 0.53071066 0.53071066 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.240951649 1 0.130947004 1 0.000002 1 0.000150502 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 93259505 C G - - - - - - 22 0 0 39 0 0 21 0 0 94 6 6.4 49 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 1.414017094 1.414017094 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00000873 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 96987619 A T - - - - - - 29 0 0 56 2 3.6 24 2 8.3 85 4 4.7 68 8 11.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 TRUE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.522857143 0.522857143 1 1.307473118 1.307473118 1 1.038418803 1.038418803 1 0.834984772 0.834984772 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 0 NA 0 8 NA 1 1 0.032213353 1 0.006413403 1 0.000916711 1 2.21E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 97912619 C G ENSG00000104324 CCDS6273.1 r.? - - intronic 33 0 0 33 3 9.1 22 0 0 87 4 4.6 68 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.321666667 1.321666667 1 0 0 1 1.016324786 1.016324786 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000609557 1 1 1 0.00099983 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 102453467 T C - - - - - - 22 0 0 36 3 8.3 30 2 6.7 63 11 17.5 45 1 2.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.20547619 1.20547619 1 1.055430108 1.055430108 1 3.866452991 0.966613248 4 0.155675127 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000788827 1 0.009909649 1 2.37E-14 1 0.201934322 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 102453472 T C - - - - - - 22 0 0 39 3 7.7 31 2 6.5 61 9 14.8 44 1 2.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.118333333 1.118333333 1 1.023924731 1.023924731 1 3.26991453 1.08997151 3 0.162751269 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000998458 1 0.010558179 1 2.68E-11 1 0.197923942 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 104740271 C T RIMS2 ENST00000504942 r.? - - intronic 37 0 0 42 0 0 24 0 0 93 8 8.6 75 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.90008547 1.90008547 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 2.73E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 105317632 A G - - - - - - 31 0 0 46 5 10.9 34 3 8.8 55 4 7.3 76 15 19.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.583095238 1.583095238 1 1.386236559 1.386236559 1 1.612863248 1.612863248 1 1.394 1.394 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.00000361 1 0.000666058 1 0.000173903 1 6.51E-20 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 106362575 T A ZFPM2 CCDS47908.1 r.? - - intronic 40 0 0 38 0 0 30 0 0 74 6 8.1 73 0 0 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 1.789615385 1.789615385 1 0 NA 0 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00000216 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 109118061 C A - - - - - - 32 0 0 35 0 0 26 0 0 89 8 9 58 9 15.5 4 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 1.988461538 0.994230769 2 1.09680203 1.09680203 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1.92E-08 1 1.67E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 110269852 T G NUDCD1 CCDS6312.1 r.? - - intronic 34 0 0 43 0 0 28 0 0 70 5 7.1 59 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.568675214 1.568675214 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000289 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 111273186 T C - - - - - - 17 0 0 41 2 4.9 24 1 4.2 68 5 7.4 48 5 10.4 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.711666667 0.711666667 1 0.661612903 0.661612903 1 1.634957265 1.634957265 1 0.735918782 0.735918782 1 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.018015855 1 0.113346489 1 0.0000251 1 0.00000447 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 111371700 A T - - - - - - 34 0 0 53 0 0 24 1 4.2 83 5 6 65 0 0 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0.661612903 0.661612903 1 1.325641026 1.325641026 1 0 NA 0 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 0.113346489 1 0.0000656 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 111520403 G A - - - - - - 40 0 0 44 0 0 17 0 0 69 8 11.6 69 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 FALSE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 2.562905983 0.854301994 3 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 2.49E-09 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 111652475 T A - - - - - - 24 0 0 52 0 0 27 0 0 76 4 5.3 64 0 0 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.170982906 1.170982906 1 0 NA 0 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00060191 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 112580404 C G - - - - - - 28 0 0 52 3 5.8 31 1 3.2 75 4 5.3 74 11 14.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.842380952 0.842380952 1 0.504086022 0.504086022 1 1.170982906 1.170982906 1 1.054345178 1.054345178 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.002300591 1 0.143917729 1 0.000572493 1 1.53E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 112988789 T A - - - - - - 22 0 0 40 0 0 39 0 0 70 4 5.7 70 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.259358974 1.259358974 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000440508 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 113215509 A T - - - - - - 22 0 0 46 1 2.2 32 1 3.1 52 5 9.6 67 8 11.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.31952381 NA 0 0.488333333 0.488333333 1 2.121025641 2.121025641 1 0.842060914 0.842060914 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.205924651 1 0.14819814 1 0.00000668 1 1.96E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 113215510 G A - - - - - - 22 0 0 44 1 2.3 32 1 3.1 51 5 9.8 66 8 12.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.334047619 0.334047619 1 0.488333333 0.488333333 1 2.165213675 2.165213675 1 0.856213198 0.856213198 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.197923942 1 0.14819814 1 0.00000606 1 1.73E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 113320261 A G CSMD3 CCDS6315.1 r.? - - intronic 42 0 0 51 0 0 32 0 0 84 6 7.1 85 17 20 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.568675214 1.568675214 1 1.415228426 1.415228426 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 2 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000455 1 1.77E-22 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 114066062 G C CSMD3 CCDS6315.1 r.? - - intronic 29 0 0 35 0 0 35 0 0 84 10 11.9 81 0 0 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 2.629188034 0.876396011 3 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1.93E-11 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 114840198 T C - - - - - - 41 0 0 42 0 0 24 0 0 83 7 8.4 71 5 7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.855897436 1.855897436 1 0.495329949 0.495329949 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 2 NA 1 1 1 1 1 1 0.000000233 1 0.0000309 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 115102908 G C - - - - - - 30 0 0 54 0 0 28 0 0 62 4 6.5 64 0 0 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 1.436111111 1.436111111 1 0 NA 0 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000276647 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 118893867 C T EXT1 CCDS6324.1 r.? - - intronic 34 0 0 49 0 0 20 0 0 78 7 9 79 0 0 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 2 0 0 0 0 NA FALSE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 1.988461538 1.988461538 1 0 NA 0 NA NA 1 0 NA 0 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000000151 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 119971295 C G - - - - - - 37 0 0 44 0 0 35 0 0 81 5 6.2 66 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 1.36982906 1.36982906 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000584 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 120028178 G C - - - - - - 41 0 0 44 0 0 26 0 0 79 4 5.1 68 9 13.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.126794872 1.126794872 1 0.934050761 0.934050761 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 2 NA 1 1 1 1 1 1 0.000696582 1 7.38E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 122795990 G A - - - - - - 21 0 0 48 4 8.3 30 2 6.7 92 6 6.5 64 3 4.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.20547619 1.20547619 1 1.055430108 1.055430108 1 1.436111111 1.436111111 1 0.33257868 0.33257868 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000102016 1 0.009909649 1 0.00000771 1 0.004148608 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 122995039 G T - - - - - - 42 0 0 54 0 0 27 0 0 80 5 6.2 72 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.36982906 1.36982906 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000055 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 126921947 C G - - - - - - 26 0 0 38 0 0 18 0 0 68 4 5.9 44 2 4.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 TRUE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.303547009 1.303547009 1 0.318426396 0.318426396 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 0 NA 0 2 NA 1 1 1 1 1 1 0.000394372 1 0.020580492 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 128427512 G A POU5F1B ENST00000465342 r.? - - intronic 41 0 0 52 0 0 27 0 0 98 7 7.1 70 12 17.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.568675214 1.568675214 1 1.210020305 1.210020305 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 2 NA 1 1 1 1 1 1 0.000000726 1 1.99E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 129080251 A G PVT1 CCDS3617.1 r.? - - intronic 34 0 0 44 0 0 28 0 0 65 5 7.7 57 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 1.701239316 1.701239316 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000201 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 131779993 G T - - - - - - 35 0 0 48 0 0 25 0 0 84 8 9.5 66 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 2.098931624 1.049465812 2 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1.21E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 131795323 C A ADCY8 CCDS6363.1 r.? - - intronic 28 0 0 51 0 0 22 0 0 87 5 5.7 77 8 10.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 TRUE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.259358974 1.259358974 1 0.735918782 0.735918782 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 0 NA 0 2 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000821 1 6.05E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 132165369 G C - - - - - - 25 0 0 46 0 0 28 0 0 78 6 7.7 60 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.701239316 1.701239316 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00000295 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 135420234 A C - - - - - - 30 0 0 43 0 0 33 0 0 84 4 4.8 71 7 9.9 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 1.060512821 1.060512821 1 0.700538071 0.700538071 1 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000877031 1 7.85E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 136108243 G C - - - - - - 33 0 0 50 2 4 27 3 11.1 77 4 5.2 57 10 17.5 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.580952381 0.580952381 1 1.748548387 1.748548387 1 1.148888889 1.148888889 1 1.238324873 1.238324873 1 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.026131524 1 0.000334187 1 0.000632383 1 3.4E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 136643220 G A KHDRBS3 CCDS6374.1 r.? - - intronic 32 0 0 32 0 0 13 0 0 33 7 21.2 44 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 1 7 2 1 1 6 1 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 4.683931624 0.936786325 5 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 1 1 2.98E-10 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 138802131 A T - - - - - - 28 0 0 47 0 0 30 0 0 75 4 5.3 65 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 7 7 4 6 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 1.170982906 1.170982906 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000572493 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 138914713 C G - - - - - - 20 0 0 38 0 0 26 0 0 95 6 6.3 58 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA FALSE FALSE 6 7 7 4 6 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 1.391923077 1.391923077 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00000928 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 139018366 A T - - - - - - 34 0 0 58 0 0 19 0 0 70 5 7.1 56 12 21.4 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 FALSE FALSE 6 7 7 4 6 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 1.568675214 1.568675214 1 1.514294416 1.514294416 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000289 1 1.11E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 139382241 C T FAM135B CCDS6375.2 r.? - - intronic 31 0 0 46 0 0 36 0 0 65 7 10.8 67 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 7 7 4 6 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 2.386153846 1.193076923 2 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 4.22E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 139396136 G A FAM135B CCDS6375.2 r.? - - intronic 39 0 0 46 0 0 32 0 0 70 5 7.1 52 13 25 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 FALSE FALSE 6 7 7 4 6 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 1.568675214 1.568675214 1 1.769035533 0.884517766 2 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000289 1 6.47E-19 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 139396137 G A FAM135B CCDS6375.2 r.? - - intronic 38 0 0 46 0 0 32 0 0 70 5 7.1 51 13 25.5 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 FALSE FALSE 6 7 7 4 6 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 1.568675214 1.568675214 1 1.804416244 0.902208122 2 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000289 1 4.87E-19 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 140518962 G C - - - - - - 36 0 0 47 0 0 31 0 0 77 4 5.2 67 3 4.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 7 7 4 6 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 1.148888889 1.148888889 1 0.318426396 0.318426396 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000632383 1 0.004717431 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 9 1021267 G A - - - - - - 32 0 0 37 0 0 23 0 0 63 6 9.5 44 0 0 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3.615393329 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 0.384606671 1 NA NA 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.615393329 NA 0 0 1 0 0 1 1.77739399 1.77739399 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.000000832 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 9 2403093 G T - - - - - - 35 0 0 35 0 0 16 0 0 45 4 8.9 62 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3.615393329 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 0.384606671 1 NA NA 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.615393329 NA 0 0 1 0 0 1 1.665137528 1.665137528 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000791 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 9 8038756 T C - - - - - - 41 0 0 34 2 5.9 19 3 15.8 61 5 8.2 59 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3.615393329 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 0.384606671 1 NA NA 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.615393329 NA 0.620904762 0.620904762 1 1.856924731 1.856924731 1 1.534171655 1.534171655 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 7 NA 1 1 0.012612579 1 0.000114071 1 0.0000147 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 9 8076583 A T - - - - - - 26 0 0 41 0 0 13 0 0 65 5 7.7 61 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3.615393329 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 0.384606671 1 NA NA 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.615393329 NA 0 0 1 0 0 1 1.440624603 1.440624603 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000201 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 9 9310235 A T PTPRD CCDS43786.1 r.? - - intronic 25 0 0 40 1 2.5 21 2 9.5 55 4 7.3 55 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3.615393329 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 0.384606671 1 NA NA 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.615393329 NA 0.263095238 0.263095238 1 1.116505376 1.116505376 1 1.365786961 1.365786961 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 7 NA 1 1 0.181679879 1 0.004928472 1 0.000173903 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 9 13270756 G A - - - - - - 49 0 0 35 4 11.4 20 0 0 66 7 10.6 55 0 0 400 0 0 608 56 9.2 177 27 15.3 817 54 6.6 722 0 0 TRUE TRUE 3 3 3.615393329 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 0.384606671 1 NA NA 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.615393329 NA 1.199714286 1.199714286 1 0 0 1 1.983197505 1.983197505 1 0 0 1 0.968190476 0.968190476 1 1.79816129 0.899080645 2 1.234821088 1.234821088 1 0 0 1 7 11 1 1 0.0000289 7.48E-51 1 2.03E-31 0.000000047 1.71E-41 1 1 YES 1_1 0_1 1_1 0_0 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b 9 20331499 T A - - - - - - 31 0 0 27 2 7.4 9 0 0 57 6 10.5 43 4 9.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3.615393329 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 0.384606671 1 NA NA 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.615393329 NA 0.778761905 0.778761905 1 0 0 1 1.964488094 1.964488094 1 0.565081218 0.565081218 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.00807567 1 1 1 0.000000456 1 0.000066 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 9 21371000 A T IFNA13 CCDS6505.2 r.? - - upstream 40 0 0 28 0 0 20 0 0 53 5 9.4 66 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3.615393329 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 0.384606671 1 NA NA 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.615393329 NA 0 0 1 0 0 1 1.75868458 1.75868458 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000734 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 9 22587610 G T - - - - - - 34 0 0 35 0 0 29 0 0 68 5 7.4 56 0 0 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3.615393329 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 0.384606671 1 NA NA 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.615393329 NA 0 0 1 0 0 1 1.384496371 1.384496371 1 0 0 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000251 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 9 22792019 A T - - - - - - 41 0 0 43 2 4.7 25 1 4 65 4 6.2 42 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3.615393329 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 0.384606671 1 NA NA 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.615393329 NA 0.494619048 0.494619048 1 0.470107527 0.470107527 1 1.159983446 1.159983446 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 7 NA 1 1 0.019709573 1 0.117779757 1 0.000331785 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 9 24280642 G A - - - - - - 42 0 0 43 2 4.7 18 3 16.7 61 6 9.8 55 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3.615393329 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 0.384606671 1 NA NA 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.615393329 NA 0.494619048 0.494619048 1 1.962698925 1.962698925 1 1.833522221 1.833522221 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 7 NA 1 1 0.019709573 1 0.0000964 1 0.000000685 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 9 24422617 T A - - - - - - 29 0 0 32 3 9.4 18 2 11.1 53 4 7.5 54 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3.615393329 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 0.384606671 1 NA NA 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.615393329 NA 0.989238095 0.989238095 1 1.304548387 1.304548387 1 1.403205782 1.403205782 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 7 NA 1 1 0.000556213 1 0.003626632 1 0.000150502 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 9 25344430 T A - - - - - - 45 0 0 28 0 0 18 0 0 66 6 9.1 46 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3.615393329 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 0.384606671 1 NA NA 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.615393329 NA 0 0 1 0 0 1 1.702556348 1.702556348 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000011 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 9 25911369 C G - - - - - - 39 0 0 35 0 0 22 0 0 66 4 6.1 58 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3.615393329 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 0.384606671 1 NA NA 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.615393329 NA 0 0 1 0 0 1 1.141274036 1.141274036 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.000351793 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 9 27491219 T A MOBKL2B CCDS6520.1 r.? - - intronic 27 0 0 40 0 0 13 0 0 63 6 9.5 46 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3.615393329 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 0.384606671 1 NA NA 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.615393329 NA 0 0 1 0 0 1 1.77739399 1.77739399 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.000000832 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 9 28708342 A G - - - - - - 39 0 0 21 3 14.3 18 3 16.7 65 5 7.7 44 23 52.3 0 0 NA 0 0 NA 2 2 100 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3.615393329 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 0.384606671 1 NA NA 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.615393329 NA 1.504904762 1.504904762 1 1.962698925 1.962698925 1 1.440624603 1.440624603 1 3.177822335 1.059274112 3 NA NA 1 11.75268817 3.917562724 3 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000155401 1 0.0000964 0.000025 0.0000201 1 2.17E-41 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 9 29990391 G A - - - - - - 33 0 0 33 2 6.1 26 3 11.5 60 5 8.3 51 24 47.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3.615393329 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 0.384606671 1 NA NA 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.615393329 NA 0.641952381 0.641952381 1 1.35155914 1.35155914 1 1.552881065 1.552881065 1 2.861862944 0.953954315 3 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.011909843 1 0.000298167 1 0.0000136 1 1.2E-41 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 9 33458961 G A NOL6 CCDS6543.1 r.? - - downstream 29 0 0 30 3 10 13 1 7.7 60 10 16.7 38 16 42.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3.615393329 2.240710486 3 3 3 2 0 0 0 0 1 1 0.384606671 0.759289514 NA NA 3 3 NA NA 1 0 NA NA 0.615393329 0.240710486 1.052380952 1.052380952 1 0.904956989 0.904956989 1 3.124471541 1.041490514 3 2.238394952 0.998966607 2.240710486 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000458697 1 0.063085307 1 5.86E-13 1 3.06E-27 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 9 38975502 A T - - - - - - 7 0 0 8 0 0 7 0 0 12 3 25 22 1 4.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3.615393329 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 0.384606671 1 NA NA 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.615393329 NA 0 0 1 0 0 1 4.677352606 1.559117535 3 0.273426396 0.273426396 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000266 1 0.104413009 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 9 39057382 G T - - - - - - 40 0 0 45 2 4.4 29 0 0 87 5 5.7 94 7 7.4 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3.615393329 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 0.384606671 1 NA NA 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.615393329 NA 0.463047619 0.463047619 1 0 0 1 1.066436394 1.066436394 1 0.449634518 0.449634518 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 5 NA 1 1 0.021467209 1 1 1 0.0000821 1 0.000000547 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 9 69409128 T C ANKRD20B CCDS43828.1 r.? - - intronic 6 0 0 4 2 50 3 1 33.3 14 3 21.4 10 1 10 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 3 3 3 4 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 5.261904762 1.753968254 3 3.913645161 3.913645161 1 4.086119658 1.021529915 4 0.607614213 0.607614213 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000149002 1 0.014925125 1 0.0000437 1 0.04888987 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 9 70571119 A C - - - - - - 19 0 0 16 1 6.2 7 1 14.3 31 3 9.7 16 8 50 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 3 3 3 4 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.65247619 0.65247619 1 1.680634409 1.680634409 1 1.852119658 1.852119658 1 3.038071066 1.012690355 3 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.077068876 1 0.034479353 1 0.000505952 1 4.85E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 9 74795686 A G GDA CCDS6641.1 r.? - - intronic 36 0 0 37 1 2.7 25 2 8 70 6 8.6 59 10 16.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 3 3 3 4 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.284142857 0.284142857 1 0.940215054 0.940215054 1 1.64208547 1.64208547 1 1.02686802 1.02686802 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.169281299 1 0.006948068 1 0.00000156 1 4.91E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 9 77949442 C G - - - - - - 26 0 0 40 1 2.5 24 3 12.5 58 8 13.8 51 3 5.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 3 3 3 4 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.263095238 0.263095238 1 1.469086022 1.469086022 1 2.634974359 0.878324786 3 0.358492386 0.358492386 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.181679879 1 0.000233853 1 5.99E-10 1 0.002175924 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 9 78138185 A C - - - - - - 42 0 0 33 0 0 22 0 0 53 7 13.2 58 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 3 3 3 4 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 2.520410256 0.840136752 3 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 1 1 1 1 9.85E-09 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 9 78286983 A T - - - - - - 30 0 0 37 0 0 24 0 0 74 7 9.5 60 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 3 3 3 4 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.813931624 1.813931624 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.000000105 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 9 78484435 T C - - - - - - 38 0 0 33 3 9.1 18 2 11.1 78 9 11.5 49 15 30.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 TRUE FALSE 3 3 4 3 3 3 4 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.957666667 0.957666667 1 1.304548387 1.304548387 1 2.195811966 1.097905983 2 1.859299492 0.929649746 2 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 0 NA 0 8 NA 1 1 0.000609557 1 0.003626632 1 2.61E-10 1 4.1E-23 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 9 79790236 C G VPS13A CCDS6655.1 r.? - - upstream 31 0 0 32 0 0 17 0 0 70 6 8.6 48 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 3 3 3 4 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.64208547 1.64208547 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000156 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 9 81379764 C G - - - - - - 36 0 0 37 0 0 15 0 0 63 4 6.3 55 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 3 3 3 4 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.202923077 1.202923077 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.000294233 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 9 82130621 G T - - - - - - 40 0 0 40 3 7.5 28 2 7.1 57 5 8.8 76 18 23.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 3 3 3 4 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.789285714 0.789285714 1 0.83444086 0.83444086 1 1.680273504 1.680273504 1 1.440045685 1.440045685 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.001075403 1 0.008668191 1 0.0000105 1 3.63E-25 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 9 83486661 G C - - - - - - 44 0 0 49 0 0 26 0 0 77 12 15.6 92 0 0 218 0 0 437 0 0 164 0 0 529 55 10.4 566 1 0.2 TRUE FALSE 3 3 4 3 3 3 4 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 2.978666667 0.992888889 3 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 1.985777778 0.992888889 2 0.012152284 0.012152284 1 3 NA 1 1 1 1 1 1 6.64E-15 7.14E-53 1 0.941404576 YES 0_0 0_0 1_1 0_0 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b 9 83486728 G C - - - - - - 34 0 0 47 0 0 16 0 0 69 8 11.6 82 0 0 261 1 0.4 505 0 0 209 1 0.5 543 59 10.9 685 0 0 FALSE FALSE 3 3 4 3 3 3 4 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 2.214905983 1.107452991 2 0 0 1 0 0 1 0.058763441 NA 0 2.081247863 1.040623932 2 0 NA 0 NA NA 1 0.729713674 1 1 1 0.649228843 2.49E-09 9.87E-58 1 1 YES 0_0 0_0 1_1 0_0 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b 9 83486761 G T - - - - - - 30 0 0 38 0 0 24 0 0 79 5 6.3 84 0 0 307 0 0 589 0 0 247 1 0.4 647 87 13.4 754 0 0 TRUE FALSE 3 3 4 3 3 3 4 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.202923077 1.202923077 1 0 0 1 0 0 1 0.047010753 NA 0 2.558598291 0.852866097 3 0 0 1 3 NA 1 1 1 1 1 0.7100648 0.0000518 1.58E-92 1 1 YES 0_0 0_0 1_1 0_0 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b 9 83486889 G T - - - - - - 43 0 0 41 0 0 35 0 0 78 8 10.3 66 0 0 440 1 0.2 784 0 0 371 1 0.3 1016 129 12.7 1025 3 0.3 TRUE FALSE 3 3 4 3 3 3 4 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.966683761 0.98334188 2 0 0 1 0 0 1 0.035258065 NA 0 2.424940171 0.80831339 3 0.018228426 0.018228426 1 3 NA 1 0.889806614 1 1 1 0.844273344 6.71E-09 5.7E-133 1 0.88609956 YES 0_0 0_0 1_1 0_0 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b 9 83486937 G C - - - - - - 34 0 0 50 0 0 29 0 0 74 10 13.5 65 0 0 381 0 0 689 0 0 312 0 0 928 100 10.8 934 1 0.1 TRUE TRUE 3 3 4 3 3 3 4 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 2.577692308 0.859230769 3 0 0 1 0 0 1 0 0 1 2.062153846 1.031076923 2 0.006076142 0.006076142 1 3 1 1 1 1 1 1 1 5.24E-12 3.12E-96 1 0.990736877 YES 0_0 0_0 1_1 0_0 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b 9 83486985 G C - - - - - - 30 0 0 50 0 0 16 0 0 78 15 19.2 69 0 0 281 0 0 534 0 0 245 0 0 765 75 9.8 753 0 0 TRUE TRUE 3 3 4 3 3 3 4 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 3.666051282 0.916512821 4 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.871213675 0.935606838 2 0 0 1 3 1 1 1 1 1 1 1 9.92E-20 1.56E-69 1 1 YES 0_0 0_0 1_1 0_0 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b 9 83487253 G C - - - - - - 41 0 0 35 0 0 29 0 0 71 5 7 58 0 0 0 0 NA 3 0 0 4 0 0 3 0 0 2 0 0 TRUE TRUE 3 3 4 3 3 3 4 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.336581197 1.336581197 1 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0 0 1 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000309 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 9 83487402 G C - - - - - - 25 0 0 38 0 0 35 0 0 77 6 7.8 77 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 TRUE FALSE 3 3 4 3 3 3 4 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.489333333 1.489333333 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 0 0 1 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000273 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 9 83488131 G C - - - - - - 32 0 0 53 0 0 29 0 0 83 10 12 83 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 3 3 3 4 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 2.291282051 1.145641026 2 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 1 1 1.7E-11 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 9 85024692 C A - - - - - - 38 0 0 41 0 0 25 0 0 74 5 6.8 60 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 4 3 3 3 4 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 1.298393162 1.298393162 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000378 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 9 85335768 G T - - - - - - 35 0 0 37 0 0 20 0 0 72 5 6.9 56 0 0 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 3 3 3 4 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.317487179 1.317487179 1 0 0 1 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000331 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 9 85983947 A G FRMD3 CCDS43840.1 r.? - - intronic 22 0 0 28 0 0 21 0 0 51 5 9.8 56 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 3 3 3 4 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.871213675 1.871213675 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.00000606 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 9 95826470 C T SUSD3 CCDS6701.1 r.? - - intronic 25 0 0 35 0 0 19 0 0 35 4 11.4 51 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 4.440663516 3 3 4 4 0 0 0 0 1 1 1 0.559336484 NA NA NA 5 NA NA NA 0 NA NA NA 0.440663516 0 0 1 0 0 1 2.176717949 2.176717949 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000289 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 9 104521005 T A - - - - - - 34 0 0 36 4 11.1 22 2 9.1 71 4 5.6 43 5 11.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 3.362084995 3 3 4 3 0 0 0 0 1 1 1 0.637915005 NA NA NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.362084995 1.168142857 1.168142857 1 1.069494624 1.069494624 1 1.069264957 1.069264957 1 0.746834347 0.746834347 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.0000324 1 0.005403392 1 0.000464961 1 0.00000257 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 9 105125550 T A - - - - - - 25 0 0 49 1 2 24 0 0 75 4 5.3 61 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 3.362084995 3 3 4 3 0 0 0 0 1 1 1 0.637915005 NA NA NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.362084995 0.21047619 0.21047619 1 0 0 1 1.011982906 1.011982906 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 0.217776325 1 1 1 0.000572493 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 9 106516792 A T - - - - - - 20 0 0 12 0 0 12 0 0 37 4 10.8 26 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 3.362084995 3 3 4 3 0 0 0 0 1 1 1 0.637915005 NA NA NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.362084995 0 0 1 0 0 1 2.062153846 2.062153846 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000362 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 9 107020877 C A - - - - - - 26 0 0 36 3 8.3 21 2 9.5 51 6 11.8 63 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 3.362084995 3 3 4 3 0 0 0 0 1 1 1 0.637915005 NA NA NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.362084995 0.87347619 0.87347619 1 1.116505376 1.116505376 1 2.253094017 1.126547009 2 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 7 NA 1 1 0.000788827 1 0.004928472 1 0.000000232 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 9 109151787 G C - - - - - - 28 0 0 21 1 4.8 23 0 0 62 4 6.5 43 8 18.6 0 0 NA 1 1 100 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 2 3 3 4 2 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.505142857 0.505142857 1 0 0 1 1.241111111 1.241111111 1 0.944162437 0.944162437 1 10.52380952 10.52380952 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.099912572 0.005 1 1 0.000276647 1 4.85E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 9 110990221 C A - - - - - - 25 0 0 29 2 6.9 18 2 11.1 65 7 10.8 49 9 18.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 4 2 2 3 4 2 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.657142857 0.657142857 1 1.304548387 1.304548387 1 2.062153846 1.031076923 2 0.934010152 0.934010152 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.009279585 1 0.003626632 1 4.22E-08 1 3.35E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 9 128299296 G C MAPKAP1 CCDS35140.1 r.? - - intronic 37 0 0 35 0 0 19 2 10.5 59 5 8.5 42 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 2.28778211 2 2 2 0 2 0 0 0 0 1 1 -1.28778211 1 NA NA 1 NA NA NA 0 NA NA NA 2.28778211 NA 0 0 1 1.129032258 1.129032258 1 1.477452932 1.477452932 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 3 NA 1 1 1 1 0.004039874 1 0.0000125 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 9 132528407 C T - - - - - - 24 0 0 42 4 9.5 25 3 12 42 7 16.7 49 27 55.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 2.28778211 2 2 2 0 2 0 0 0 0 1 1 -1.28778211 1 NA NA 1 NA NA NA 0 NA NA NA 2.28778211 NA 0.904761905 0.904761905 1 1.290322581 1.290322581 1 2.902760467 1.268809846 2.28778211 2.796954315 1.398477157 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.0000601 1 0.00026475 1 1.81E-09 1 3.33E-49 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 5706374 G C - - - - - - 42 0 0 25 0 0 19 0 0 57 4 7 47 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1.505953569 3 5 1.691630503 1 2 3 1 0 1 2 0 0.494046431 1 1 0.308369497 1 NA NA 2 1 NA NA 0 0.505953569 NA NA 0.691630503 0 0 1 0 0 1 1.406581197 1.406581197 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.000199821 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 7446312 A G - - - - - - 33 0 0 35 0 0 29 0 0 62 8 12.9 36 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 1.505953569 3 5 3 1 2 3 2 0 1 2 1 0.494046431 1 1 1 1 NA NA NA 1 NA NA NA 0.505953569 NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 2.592128205 0.864042735 3 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1.04E-09 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 8847783 C G - - - - - - 36 0 0 42 0 0 20 0 0 78 7 9 56 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 1.505953569 3 5 3 1 2 3 2 0 1 2 1 0.494046431 1 1 1 1 NA NA NA 1 NA NA NA 0.505953569 NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 1.808461538 1.808461538 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000000151 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 12508435 T A FRMPD4 CCDS35201.1 r.? - - intronic 41 0 0 35 0 0 23 0 0 65 4 6.2 53 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1.505953569 3 5 1.252893061 1 2 3 1 0 1 2 0 0.494046431 1 1 0.747106939 1 NA NA 2 1 NA NA 0 0.505953569 NA NA 0.252893061 0 0 1 0 0 1 1.24582906 1.24582906 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.000331785 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 17173640 G T REPS2 CCDS14180.2 r.? - - downstream 37 0 0 24 3 12.5 18 0 0 69 5 7.2 47 14 29.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1.505953569 3 5 1.252893061 1 2 3 1 0 1 2 0 0.494046431 1 1 0.747106939 1 NA NA 2 1 NA NA 0 0.505953569 NA NA 0.252893061 1.128720387 1.128720387 1 0 0 1 1.446769231 1.446769231 1 1.290052487 1.290052487 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000233853 1 1 1 0.0000269 1 1.79E-21 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 19944234 G C CXorf23 CCDS14194.2 r.? - - intronic 25 0 0 33 3 9.1 19 3 15.8 70 4 5.7 51 12 23.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1.505953569 3 5 1.252893061 1 2 3 1 0 1 2 0 0.494046431 1 1 0.747106939 1 NA NA 2 1 NA NA 0 0.505953569 NA NA 0.252893061 0.821708441 0.821708441 1 1.856924731 1.856924731 1 1.145358974 1.145358974 1 1.01732327 1.01732327 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000609557 1 0.000114071 1 0.000440508 1 3.24E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 22517072 C T - - - - - - 43 0 0 17 0 0 22 1 4.5 63 6 9.5 40 7 17.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 1.505953569 3 5 1.252893061 1 2 3 1 0 1 2 0 0.494046431 1 1 0.747106939 1 NA NA 2 1 NA NA 0 0.505953569 NA NA 0.252893061 0 NA 0 0.528870968 0.528870968 1 1.908931624 1.908931624 1 0.757581159 0.757581159 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 0.104413009 1 0.000000832 1 1.26E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 28016646 T A - - - - - - 33 0 0 33 0 0 15 0 0 77 4 5.2 46 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1.505953569 3 5 1.476747324 1 2 3 1 0 1 2 0 0.494046431 1 1 0.523252676 1 NA NA 1 1 NA NA 1 0.505953569 NA NA 0.476747324 0 0 1 0 0 1 1.044888889 1.044888889 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.000632383 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 28019073 G C - - - - - - 37 0 0 33 0 0 18 0 0 70 5 7.1 41 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1.505953569 3 5 1.476747324 1 2 3 1 0 1 2 0 0.494046431 1 1 0.523252676 1 NA NA 1 1 NA NA 1 0.505953569 NA NA 0.476747324 0 0 1 0 0 1 1.426675214 1.426675214 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000289 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 28072224 A T - - - - - - 18 0 0 30 3 10 17 1 5.9 74 6 8.1 42 17 40.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1.505953569 3 5 1.476747324 1 2 3 1 0 1 2 0 0.494046431 1 1 0.523252676 1 NA NA 1 1 NA NA 1 0.505953569 NA NA 0.476747324 0.902976309 0.902976309 1 0.693408602 0.693408602 1 1.627615385 1.627615385 1 1.84392023 1.84392023 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000458697 1 0.081683532 1 0.00000216 1 1.73E-28 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 28201733 G C - - - - - - 35 0 0 32 0 0 23 0 0 64 6 9.4 44 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1.505953569 3 5 1.476747324 1 2 3 1 0 1 2 0 0.494046431 1 1 0.523252676 1 NA NA 1 1 NA NA 1 0.505953569 NA NA 0.476747324 0 0 1 0 0 1 1.888837607 1.888837607 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.000000914 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 29285249 C T IL1RAPL1 CCDS14218.1 r.? - - intronic 29 0 0 27 0 0 24 0 0 72 5 6.9 54 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1.505953569 3 5 1 1 2 3 1 0 1 2 0 0.494046431 1 1 1 1 NA NA NA 1 NA NA NA 0.505953569 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.386487179 1.386487179 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000331 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 29545872 G T IL1RAPL1 CCDS14218.1 r.? - - intronic 36 0 0 31 0 0 22 0 0 54 5 9.3 43 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 1.505953569 3 5 1 1 2 3 1 0 1 2 0 0.494046431 1 1 1 1 NA NA NA 1 NA NA NA 0.505953569 NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 1.86874359 1.86874359 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00000806 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 31755185 G C DMD CCDS14233.1 r.? - - intronic 29 0 0 19 0 0 22 0 0 68 4 5.9 45 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1.505953569 3 5 1 1 2 3 1 0 1 2 0 0.494046431 1 1 1 1 NA NA NA 1 NA NA NA 0.505953569 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.185547009 1.185547009 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.000394372 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 33133073 C A DMD CCDS14233.1 r.? - - intronic 31 0 0 21 0 0 25 0 0 60 6 10 38 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1.505953569 3 5 1 1 2 3 1 0 1 2 0 0.494046431 1 1 1 1 NA NA NA 1 NA NA NA 0.505953569 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 2.009401709 2.009401709 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 1 1 1 1 1 1 0.000000621 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 35125918 C G - - - - - - 34 0 0 29 0 0 16 0 0 50 4 8 45 0 0 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 1.505953569 3 5 4 1 2 3 3 0 1 2 1 0.494046431 1 1 1 1 NA NA NA 1 NA NA NA 0.505953569 NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 1.607521368 1.607521368 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000119787 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 36301209 T A CXorf30 ENST00000378653 r.? - - intronic 26 0 0 24 2 8.3 13 2 15.4 61 5 8.2 44 18 40.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1.505953569 3 5 4 1 2 3 3 0 1 2 1 0.494046431 1 1 1 1 NA NA NA 1 NA NA NA 0.505953569 NA NA NA 0.749470337 0.749470337 1 1.809913978 1.809913978 1 1.647709402 1.647709402 1 2.894142132 0.964714044 3 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.006413403 1 0.001879825 1 0.0000147 1 3.47E-30 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 38458629 A T TSPAN7 CCDS14248.1 r.? - - intronic 30 0 0 26 1 3.8 17 2 11.8 62 6 9.7 36 17 47.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 1.505953569 3 5 4 1 2 3 3 0 1 2 1 0.494046431 1 1 1 1 NA NA NA 1 NA NA NA 0.505953569 NA NA NA 0.343130998 NA 0 1.386817204 1.386817204 1 1.949119658 1.949119658 1 3.339939086 1.113313029 3 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.122190858 1 0.003234386 1 0.000000756 1 6E-30 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 39989268 C A BCOR CCDS14250.1 r.? - - intronic 29 0 0 31 0 0 11 0 0 24 4 16.7 37 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 1.505953569 3 5 4 1 2 3 3 0 1 2 1 0.494046431 1 1 1 1 NA NA NA 1 NA NA NA 0.505953569 NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 3.355700855 1.118566952 3 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00000613 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 45318147 G T - - - - - - 33 0 0 28 0 0 18 0 0 65 4 6.2 48 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 1.505953569 3 5 4 1 2 3 3 0 1 2 1 0.494046431 1 1 1 1 NA NA NA 1 NA NA NA 0.505953569 NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 1.24582906 1.24582906 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000331785 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 51487967 G A GSPT2 CCDS14336.1 r.1471g>a c.1245G>A p.P415P silent 41 0 0 32 0 0 20 2 10 51 5 9.8 56 10 17.9 267 0 0 196 13 6.6 444 394 88.7 259 6 2.3 306 65 21.2 FALSE TRUE 1.505953569 3 5 4 1 2 3 3 0 1 2 1 0.494046431 1 1 1 1 NA NA NA 1 NA NA NA 0.505953569 NA NA NA 0 NA 0 1.175268817 1.175268817 1 1.969213675 1.969213675 1 1.266629442 1.266629442 1 0.595964364 1.177903272 0.505953569 10.42463441 5.212317204 2 0.462162393 0.462162393 1 1.500142132 0.750071066 2 NA 16 1 1 1 3.52E-11 0.004473894 0 0.00000606 0.002112318 2.82E-13 2.44E-83 YES 0_1 1_1 1_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b X 52853290 T A - - - - - - 34 0 0 33 0 0 18 0 0 69 5 7.2 59 1 1.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 1.505953569 3 5 4 1 2 3 3 0 1 2 1 0.494046431 1 1 1 1 NA NA NA 1 NA NA NA 0.505953569 NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 1.446769231 1.446769231 1 0.120294416 0.120294416 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000269 1 0.256019138 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 53841681 G T - - - - - - 39 0 0 35 0 0 18 0 0 50 4 8 71 1 1.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 1.505953569 3 5 4 1 2 3 3 0 1 2 1 0.494046431 1 1 1 1 NA NA NA 1 NA NA NA 0.505953569 NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 1.607521368 1.607521368 1 0.09906599 0.09906599 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000119787 1 0.299450652 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 55314276 C G - - - - - - 27 0 0 29 0 0 31 0 0 66 4 6.1 59 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 1.505953569 3 5 4 1 2 3 3 0 1 2 1 0.494046431 1 1 1 1 NA NA NA 1 NA NA NA 0.505953569 NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 1.225735043 1.225735043 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000351793 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 55613309 C T - - - - - - 28 0 0 40 1 2.5 19 2 10.5 78 8 10.3 50 1 2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 1.505953569 3 5 4 1 2 3 3 0 1 2 1 0.494046431 1 1 1 1 NA NA NA 1 NA NA NA 0.505953569 NA NA NA 0.225744077 NA 0 1.234032258 1.234032258 1 2.069683761 1.03484188 2 0.141522843 0.141522843 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.181679879 1 0.004039874 1 6.71E-09 1 0.221687443 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 56365984 A T - - - - - - 39 0 0 25 0 0 21 0 0 73 4 5.5 70 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 1.505953569 3 5 4 1 2 3 3 0 1 2 1 0.494046431 1 1 1 1 NA NA NA 1 NA NA NA 0.505953569 NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 1.10517094 1.10517094 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000516741 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 56941979 T C - - - - - - 27 0 0 43 2 4.7 22 4 18.2 71 12 16.9 50 9 18 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1.505953569 3 5 4 1 2 3 3 0 1 2 1 0.494046431 1 1 1 1 NA NA NA 1 NA NA NA 0.505953569 NA NA NA 0.424398865 0.424398865 1 2.138989247 2.138989247 1 3.395888889 1.131962963 3 1.273705584 1.273705584 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.019709573 1 0.00000425 1 2.38E-15 1 4.07E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 57239123 A G - - - - - - 39 0 0 49 0 0 24 0 0 83 5 6 80 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 1.505953569 3 5 4 1 2 3 3 0 1 2 1 0.494046431 1 1 1 1 NA NA NA 1 NA NA NA 0.505953569 NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 1.205641026 1.205641026 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000656 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 57590333 C T - - - - - - 38 0 0 39 4 10.3 22 0 0 79 11 13.9 74 21 28.4 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1.505953569 3 5 4 1 2 3 3 0 1 2 1 0.494046431 1 1 1 1 NA NA NA 1 NA NA NA 0.505953569 NA NA NA 0.930065599 0.930065599 1 0 0 1 2.793068376 0.931022792 3 2.009624365 1.004812183 2 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.0000447 1 1 1 3.23E-13 1 5.6E-31 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 62272257 T A - - - - - - 35 0 0 57 0 0 36 0 0 77 4 5.2 102 0 0 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 3 5 4 6 2 3 3 3 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 1.044888889 1.044888889 1 0 0 1 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000632383 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 62314026 A T - - - - - - 39 0 0 60 0 0 29 0 0 82 5 6.1 108 0 0 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 3 5 4 6 2 3 3 3 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 1.225735043 1.225735043 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000619 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 63020916 G T - - - - - - 28 0 0 59 1 1.7 24 0 0 101 7 6.9 109 0 0 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 2 2 100 FALSE FALSE 9 3 5 4 6 2 3 3 3 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.280904762 0.280904762 1 0 NA 0 1.386487179 1.386487179 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 7.076142132 2.358714044 3 NA NA 1 1 0.256019138 1 1 1 0.000000891 1 1 0.000025 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 63244684 T C - - - - - - 31 0 0 51 0 0 29 0 0 83 5 6 105 0 0 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 3 5 4 6 2 3 3 3 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 1.205641026 1.205641026 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000656 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 63446502 G C ASB12 CCDS14378.1 r.? - - intronic 18 0 0 62 0 0 29 0 0 80 5 6.2 128 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 3 5 4 6 2 3 3 3 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 1.24582906 1.24582906 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000055 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 64139269 C T ZC4H2 CCDS14380.1 r.? - - intronic 27 0 0 51 0 0 30 0 0 71 5 7 109 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 3 5 4 6 2 3 3 3 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 1.406581197 1.406581197 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000309 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 65715004 C G - - - - - - 41 0 0 65 3 4.6 38 3 7.9 80 4 5 102 30 29.4 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 9 3 5 4 6 2 3 3 3 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.760095238 0.760095238 1 0.928462366 0.928462366 1 1.004700855 1.004700855 1 2.080385787 1.040192893 2 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.004333293 1 0.000925091 1 0.000730349 1 3.89E-44 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 65867699 C G - - - - - - 29 0 0 64 0 0 24 0 0 86 8 9.3 113 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 3 5 4 6 2 3 3 3 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 1.86874359 1.86874359 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1.47E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 68936126 A T EDA CCDS14394.1 r.? - - intronic 31 0 0 53 3 5.7 34 1 2.9 103 6 5.8 137 12 8.8 0 0 NA 2 0 0 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 3 5 4 6 2 3 3 3 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.941857143 0.941857143 1 0.340827957 NA 0 1.165452991 1.165452991 1 0.622700508 0.622700508 1 0 0 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.002429596 1 0.156694864 1 0.0000148 1 7.62E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 70546310 T A - - - - - - 28 0 0 61 0 0 41 0 0 79 4 5.1 117 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 3 5 12 5 2 3 6 4 1 2 6 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 1.024794872 1.024794872 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000696582 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 71059382 T C - - - - - - 22 0 0 71 0 0 37 0 0 84 7 8.3 84 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 3 5 12 5 2 3 6 4 1 2 6 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 1.667803419 1.667803419 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000000253 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 72440497 C T - - - - - - 35 0 0 45 0 0 33 0 0 106 7 6.6 127 0 0 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 3 5 12 5 2 3 6 4 1 2 6 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 1.326205128 1.326205128 1 0 0 1 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00000124 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 72448380 G C - - - - - - 34 0 0 74 0 0 31 0 0 77 6 7.8 162 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 3 5 12 5 2 3 6 4 1 2 6 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 1.567333333 1.567333333 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00000273 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 72969973 A G - - - - - - 42 0 0 51 0 0 33 0 0 65 5 7.7 128 0 0 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA FALSE FALSE 9 3 5 9.332427659 5 2 3 6 4 1 2 3 1 1 1 0.667572341 NA NA NA 7 NA NA NA 3 NA NA NA 0.332427659 0 0 1 0 NA 0 1.547239316 1.547239316 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000201 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 73845982 C G - - - - - - 32 0 0 47 0 0 25 0 0 52 5 9.6 101 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 3 5 9.332427659 5 2 3 6 2 1 2 3 1 1 1 0.667572341 NA NA NA 7 NA NA NA 3 NA NA NA 0.332427659 0 0 1 0 NA 0 1.929025641 1.929025641 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00000668 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 74207171 A T - - - - - - 37 0 0 52 0 0 31 0 0 76 5 6.6 119 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 3 5 9.332427659 5 2 3 6 2 1 2 3 1 1 1 0.667572341 NA NA NA 7 NA NA NA 3 NA NA NA 0.332427659 0 0 1 0 NA 0 1.326205128 1.326205128 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000043 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 75166040 G A - - - - - - 35 0 0 45 0 0 27 0 0 78 9 11.5 97 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 3 5 9.332427659 5 2 3 6 2 1 2 3 1 1 1 0.667572341 NA NA NA 7 NA NA NA 3 NA NA NA 0.332427659 0 0 1 0 NA 0 2.310811966 1.155405983 2 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 2.61E-10 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 75556996 A T - - - - - - 37 0 0 58 0 0 25 0 0 96 6 6.2 126 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA FALSE FALSE 7 3 5 9.332427659 5 2 3 6 2 1 2 3 1 1 1 0.667572341 NA NA NA 7 NA NA NA 3 NA NA NA 0.332427659 0 0 1 0 NA 0 1.24582906 1.24582906 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00000986 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 75982320 G C - - - - - - 31 0 0 54 0 0 23 0 0 70 4 5.7 111 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 3 5 9.332427659 5 2 3 6 2 1 2 3 1 1 1 0.667572341 NA NA NA 7 NA NA NA 3 NA NA NA 0.332427659 0 0 1 0 NA 0 1.145358974 1.145358974 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000440508 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 77596660 T G - - - - - - 47 0 0 40 0 0 36 0 0 79 6 7.6 116 0 0 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 3 5 9.332427659 5 2 3 6 2 1 2 3 1 1 1 0.667572341 NA NA NA 7 NA NA NA 3 NA NA NA 0.332427659 0 0 1 0 NA 0 1.527145299 1.527145299 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00000318 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 77611514 T G - - - - - - 28 0 0 55 2 3.6 30 0 0 99 5 5.1 116 28 24.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 3 5 9.332427659 5 2 3 6 2 1 2 3 1 1 1 0.667572341 NA NA NA 7 NA NA NA 3 NA NA NA 0.332427659 0.522857143 0.522857143 1 0 NA 0 1.024794872 1.024794872 1 2.99046532 0.996821773 3 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.031164417 1 1 1 0.000151292 1 1.46E-38 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 77615999 A T - - - - - - 39 0 0 55 0 0 20 0 0 92 6 6.5 113 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 3 5 9.332427659 5 2 3 6 2 1 2 3 1 1 1 0.667572341 NA NA NA 7 NA NA NA 3 NA NA NA 0.332427659 0 0 1 0 NA 0 1.306111111 1.306111111 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00000771 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 77628306 T C - - - - - - 29 0 0 46 0 0 29 0 0 65 5 7.7 121 0 0 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 3 5 9.332427659 5 2 3 6 2 1 2 3 1 1 1 0.667572341 NA NA NA 7 NA NA NA 3 NA NA NA 0.332427659 0 0 1 0 NA 0 1.547239316 1.547239316 1 0 0 1 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000201 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 78981112 G T - - - - - - 33 0 0 48 3 6.2 21 0 0 111 6 5.4 122 9 7.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 3 5 11 5 2 3 6 2 1 2 5 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.90047619 0.90047619 1 0 NA 0 1.085076923 1.085076923 1 1.041634518 1.041634518 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.001827434 1 1 1 0.0000226 1 1.43E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 79263961 A T - - - - - - 32 0 0 60 0 0 34 0 0 85 6 7.1 122 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 3 5 11 5 2 3 6 2 1 2 5 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 1.426675214 1.426675214 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00000487 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 79605983 T G - - - - - - 32 0 0 52 1 1.9 25 1 4 95 8 8.4 122 34 27.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA FALSE FALSE 8 3 5 11 4 2 3 6 4 1 2 5 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.294952381 0.294952381 1 0.470107527 NA 0 1.687897436 1.687897436 1 3.927243655 0.981810914 4 NA NA 0 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.229451111 1 0.117779757 1 3.23E-08 1 6.84E-49 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 79623353 G T - - - - - - 30 0 0 53 0 0 30 0 0 74 10 13.5 99 0 0 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 8 3 5 11 4 2 3 6 4 1 2 5 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 2.712692308 0.904230769 3 0 0 1 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 5.24E-12 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 79665001 T A - - - - - - 21 0 0 40 2 5 20 1 5 77 5 6.5 82 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 8 3 5 11 4 2 3 6 4 1 2 5 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.776190476 0.776190476 1 0.587634409 NA 0 1.306111111 1.306111111 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.017193422 1 0.09538952 1 0.0000458 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 79665003 A T - - - - - - 21 0 0 42 2 4.8 21 1 4.8 75 5 6.7 80 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 8 3 5 11 4 2 3 6 4 1 2 5 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.745142857 0.745142857 1 0.564129032 NA 0 1.346299145 1.346299145 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.018854633 1 0.099912572 1 0.0000403 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 79665027 C A - - - - - - 16 0 0 30 2 6.7 19 1 5.3 64 6 9.4 67 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 8 3 5 11 4 2 3 6 4 1 2 5 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.040095238 1.040095238 1 0.622892473 NA 0 1.888837607 1.888837607 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.009909649 1 0.090843738 1 0.000000914 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 79843673 A T - - - - - - 38 0 0 55 0 0 19 0 0 79 5 6.3 115 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 8 3 5 7.275827981 4 2 3 6 4 1 2 1 1 1 1 0.724172019 NA NA NA 6 NA NA NA 2 NA NA NA 0.275827981 0 0 1 0 NA 0 1.265923077 1.265923077 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000518 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 80208912 C T - - - - - - 35 0 0 48 3 6.2 26 2 7.7 68 5 7.4 104 0 0 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 3 5 7.275827981 5 2 3 6 1 1 2 1 1 1 1 0.724172019 NA NA NA 6 NA NA NA 2 NA NA NA 0.275827981 0.83847619 0.83847619 1 0.904956989 0.904956989 1 1.486957265 1.486957265 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 7 NA 1 1 0.001827434 1 0.007502227 1 0.0000251 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 80853100 A T - - - - - - 38 0 0 43 2 4.7 19 1 5.3 64 4 6.2 101 12 11.9 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 3 11 7.275827981 5 2 8 6 1 1 3 1 1 1 1 0.724172019 NA NA NA 6 NA NA NA 2 NA NA NA 0.275827981 0.635619048 0.635619048 1 0.622892473 NA 0 1.61782906 1.61782906 1 1.231884443 1.231884443 1 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.019709573 1 0.090843738 1 0.000312605 1 1.93E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 81482320 G T - - - - - - 38 0 0 48 0 0 12 0 0 69 6 8.7 100 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 3 11 7.275827981 5 2 8 6 1 1 3 1 1 1 1 0.724172019 NA NA NA 6 NA NA NA 2 NA NA NA 0.275827981 0 0 1 0 NA 0 2.270179487 1.135089744 2 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00000143 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 82049255 C A - - - - - - 20 0 0 53 0 0 25 0 0 74 8 10.8 74 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 3 11 7.275827981 5 2 8 6 1 1 3 1 1 1 1 0.724172019 NA NA NA 6 NA NA NA 2 NA NA NA 0.275827981 0 0 1 0 NA 0 2.818153846 0.939384615 3 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 4.39E-09 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 82473568 C A - - - - - - 43 0 0 45 1 2.2 26 0 0 97 5 5.2 131 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 3 10 7.275827981 5 2 6 6 1 1 4 1 1 1 1 0.724172019 NA NA NA 6 NA NA NA 2 NA NA NA 0.275827981 0.29752381 0.29752381 1 0 NA 0 1.304888889 1.304888889 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.201934322 1 1 1 0.000137452 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 82823238 G T - - - - - - 21 0 0 31 9 29 14 1 7.1 55 9 16.4 63 13 20.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 3 10 7.275827981 5 2 6 6 1 1 4 1 1 1 1 0.724172019 NA NA NA 6 NA NA NA 2 NA NA NA 0.275827981 3.921904762 0.98047619 4 0.83444086 NA 0 4.115418803 1.028854701 4 2.132505843 1.066252922 2 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 3.57E-14 1 0.067769881 1 1.01E-11 1 1.01E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 83048274 C G - - - - - - 35 0 0 39 0 0 36 0 0 69 5 7.2 96 0 0 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 3 10 7.275827981 5 2 6 6 1 1 4 1 1 1 1 0.724172019 NA NA NA 6 NA NA NA 2 NA NA NA 0.275827981 0 NA 0 0 NA 0 1.806769231 1.806769231 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000269 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 83566072 G A - - - - - - 41 0 0 42 0 0 16 0 0 70 8 11.4 110 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 3 10 6 5 2 6 4 1 1 4 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 NA 0 2.860717949 0.95357265 3 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 2.8E-09 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 83805823 C G - - - - - - 31 0 0 36 0 0 24 0 0 71 4 5.6 91 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 3 10 6 5 2 6 4 1 1 4 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 1.405264957 1.405264957 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000464961 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 84022979 A C - - - - - - 36 0 0 44 0 0 22 0 0 87 11 12.6 113 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 3 10 6 3 2 6 4 3 1 4 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 NA 0 3.161846154 1.053948718 3 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 9.65E-13 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 85271714 G T CHM CCDS14454.1 r.? - - intronic 44 0 0 42 0 0 21 0 0 48 4 8.3 94 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 FALSE FALSE 6 3 10 7.225907023 5 2 6 6 1 1 4 1 1 1 1 0.774092977 NA NA NA 6 NA NA NA 2 NA NA NA 0.225907023 0 0 1 0 NA 0 2.082803419 2.082803419 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000102016 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 85445470 G A DACH2 CCDS48140.1 r.? - - intronic 27 0 0 48 0 0 31 0 0 73 10 13.7 92 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 3 10 7.225907023 5 2 6 6 1 1 4 1 1 1 1 0.774092977 NA NA NA 6 NA NA NA 2 NA NA NA 0.225907023 0 NA 0 0 NA 0 3.437880342 0.859470085 4 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 4.56E-12 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 85771342 A C DACH2 CCDS48140.1 r.? - - intronic 26 0 0 47 0 0 20 0 0 89 4 4.5 88 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 3 10 7.225907023 5 2 6 6 1 1 4 1 1 1 1 0.774092977 NA NA NA 6 NA NA NA 2 NA NA NA 0.225907023 0 NA 0 0 NA 0 1.129230769 1.129230769 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.001088103 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 85880006 T A DACH2 CCDS48140.1 r.? - - intronic 32 0 0 46 0 0 17 0 0 87 5 5.7 95 0 0 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 3 10 7.225907023 5 2 6 6 1 1 4 1 1 1 1 0.774092977 NA NA NA 6 NA NA NA 2 NA NA NA 0.225907023 0 NA 0 0 NA 0 1.430358974 1.430358974 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000821 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 87004568 T C - - - - - - 32 0 0 55 0 0 29 0 0 93 8 8.6 95 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7.433715748 3 10 9 4 2 6 6 3 1 4 3 0.566284252 1 1 1 4 NA NA NA 4 NA NA NA 0.433715748 NA NA NA 0 NA 0 0 NA 0 2.15808547 1.079042735 2 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 2.73E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 88232830 A C - - - - - - 36 0 0 60 0 0 26 0 0 69 5 7.2 96 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7.433715748 3 10 8 4 2 6 6 3 1 4 2 0.566284252 1 1 1 4 NA NA NA 4 NA NA NA 0.433715748 NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 1.806769231 1.806769231 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000269 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 88625960 A G - - - - - - 32 0 0 39 0 0 22 0 0 94 5 5.3 113 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 3 10 8 6 2 6 6 3 1 4 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 1.329982906 1.329982906 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000118532 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 90729569 G C - - - - - - 33 0 0 73 0 0 27 0 0 80 4 5 117 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 3 10 8 6 2 6 6 3 1 4 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 1.254700855 1.254700855 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000730349 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 91291208 G A PCDH11X CCDS14461.1 r.? - - intronic 16 0 0 30 2 6.7 16 2 12.5 70 7 10 75 16 21.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 9 3 10 8 6 2 6 6 3 1 4 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.107095238 1.107095238 1 1.469086022 1.469086022 1 2.509401709 0.836467236 3 2.359218274 1.179609137 2 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.009909649 1 0.002863359 1 7.11E-08 1 9.88E-22 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 92403887 T A - - - - - - 36 0 0 44 0 0 23 0 0 78 9 11.5 88 0 0 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 1 0 0 FALSE FALSE 9 3 10 8 6 2 6 6 3 1 4 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 2.885811966 0.961937322 3 0 0 1 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 1 0 0 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 2.61E-10 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 92720294 C T - - - - - - 27 0 0 47 0 0 18 0 0 78 11 14.1 92 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 3 10 8 6 2 6 6 3 1 4 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 3.53825641 0.884564103 4 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 2.79E-13 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 94011644 G A - - - - - - 39 0 0 50 0 0 16 0 0 75 7 9.3 97 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 3 10 8 6 2 6 6 3 1 4 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 2.33374359 1.166871795 2 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000000115 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 95766518 G A - - - - - - 29 0 0 42 0 0 16 0 0 31 4 12.9 94 0 0 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 3 10 8 6 2 6 6 3 1 4 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 3.237128205 1.079042735 3 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000177 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 95857081 T A - - - - - - 37 0 0 43 0 0 30 0 0 78 6 7.7 88 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 3 10 8 6 2 6 4 3 1 4 4 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 1.932239316 1.932239316 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00000295 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 95968448 C A DIAPH2 CCDS14467.1 r.? - - intronic 38 0 0 46 0 0 21 0 0 83 5 6 92 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 3 10 8 6 2 6 4 3 1 4 4 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 1.505641026 1.505641026 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000656 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 96091396 G A DIAPH2 CCDS14467.1 r.? - - intronic 30 0 0 39 0 0 21 0 0 71 5 7 77 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 3 10 8 6 2 6 4 3 1 4 4 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 1.756581197 1.756581197 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000309 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 96722632 G T DIAPH2 CCDS14467.1 r.? - - intronic 46 0 0 41 0 0 17 0 0 73 9 12.3 110 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 3 10 9 6 2 6 7 3 1 4 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 NA 0 3.086564103 1.028854701 3 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1.42E-10 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 96860456 T A DIAPH2 CCDS14467.1 r.? - - downstream 29 0 0 64 0 0 23 0 0 84 8 9.5 102 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 3 10 9 6 2 6 7 3 1 4 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 NA 0 2.383931624 1.191965812 2 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1.21E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 98647031 G C - - - - - - 35 0 0 56 0 0 18 0 0 77 5 6.5 95 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 3 10 8 6 2 6 5 3 1 4 3 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 1.631111111 1.631111111 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000458 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 98885029 C G - - - - - - 41 0 0 50 0 0 26 0 0 88 7 8 114 0 0 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 3 10 8 6 2 6 5 3 1 4 3 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 2.007521368 1.003760684 2 0 0 1 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000000348 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 99774467 A T - - - - - - 52 0 0 57 0 0 47 0 0 103 4 3.9 151 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 FALSE FALSE 9 3 10 8 6 2 6 5 3 1 4 3 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0.978666667 0.978666667 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00186448 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 99774468 T G - - - - - - 51 0 0 59 0 0 46 0 0 104 4 3.8 155 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 FALSE FALSE 9 3 10 8 6 2 6 5 3 1 4 3 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0.95357265 0.95357265 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.001931437 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 100981865 T A - - - - - - 31 0 0 46 0 0 24 0 0 90 6 6.7 109 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA FALSE FALSE 9 4 9 7 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 1.614299145 1.614299145 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00000679 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 101306967 C G - - - - - - 32 0 0 38 0 0 25 0 0 85 7 8.2 95 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 4 9 7 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 1.975709402 1.975709402 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000000274 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 101849759 C A ARMCX5 CCDS14500.1 r.? - - upstream 39 0 0 61 0 0 14 0 0 89 5 5.6 109 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 4 9 7 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 1.349264957 1.349264957 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000915 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 102406711 G A ENSG00000226623 ENST00000416953 r.? - - intronic 37 0 0 50 0 0 21 0 0 89 6 6.7 93 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 4 9 7 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 1.614299145 1.614299145 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00000637 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 103031129 C G PLP1 CCDS14513.1 r.? - - upstream 27 0 0 43 0 0 20 0 0 88 5 5.7 85 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 4 9 7 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 1.373358974 1.373358974 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000867 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 104670182 T A IL1RAPL2 CCDS14517.1 r.? - - intronic 23 0 0 51 3 5.9 32 3 9.4 86 7 8.1 96 13 13.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 TRUE FALSE 9 4 9 7 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.974904762 0.974904762 1 1.198752688 1.198752688 1 1.951615385 1.951615385 1 1.360279188 1.360279188 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 0 NA 0 8 NA 1 1 0.002175924 1 0.000556213 1 0.000000297 1 3.35E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 105525259 T C - - - - - - 41 0 0 33 0 0 26 0 0 96 5 5.2 105 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 4 9 7 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 1.252888889 1.252888889 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000130906 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 106078315 C G TBC1D8B CCDS14522.1 r.? - - intronic 32 0 0 57 0 0 25 0 0 53 7 13.2 103 0 0 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 4 9 7 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 3.180410256 1.060136752 3 0 0 1 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 9.85E-09 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 106133584 G C - - - - - - 24 0 0 59 0 0 22 0 0 59 7 11.9 94 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 4 9 7 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 2.867188034 0.955729345 3 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 2.12E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 106647816 C A - - - - - - 27 0 0 55 0 0 18 0 0 64 6 9.4 75 1 1.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 FALSE FALSE 9 4 9 7 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 2.264837607 1.132418803 2 0.130989848 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000000914 1 0.313356907 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 107076667 T A MID2 CCDS14532.2 r.? - - intronic 31 0 0 54 0 0 29 0 0 66 6 9.1 95 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 4 9 7 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 2.192555556 1.096277778 2 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000011 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 107130950 T A MID2 CCDS14532.2 r.? - - intronic 39 0 0 42 3 7.1 30 2 6.7 67 4 6 102 19 18.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 9 4 9 7 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.173190476 1.173190476 1 0.854430108 0.854430108 1 1.445641026 1.445641026 1 1.874162437 0.937081218 2 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.001240292 1 0.009909649 1 0.000372648 1 2.57E-24 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 108316013 C A - - - - - - 27 0 0 43 2 4.7 19 1 5.3 66 8 12.1 93 10 10.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 4 9 7 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.776619048 0.776619048 1 0.675892473 NA 0 2.915376068 0.971792023 3 1.08822335 1.08822335 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.019709573 1 0.090843738 1 1.73E-09 1 5.41E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 109654575 C G AMMECR1 ENST00000372057 r.? - - intronic 29 0 0 54 0 0 16 0 0 81 5 6.2 86 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 4 9 7 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 1.49382906 1.49382906 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000584 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 109700064 C A RGAG1 ENST00000465301 r.? - - downstream 46 0 0 44 0 0 17 0 0 74 7 9.5 84 0 0 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 2 0 0 0 0 NA FALSE FALSE 9 4 9 7 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 2.288931624 1.144465812 2 0 NA 0 NA NA 1 0 NA 0 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000000105 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 110862123 C T - - - - - - 37 0 0 51 0 0 27 0 0 66 5 7.6 90 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 4 9 7 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 1.831145299 1.831145299 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000217 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 111089790 G A TRPC5 CCDS14561.1 r.? - - intronic 26 0 0 41 0 0 29 0 0 65 5 7.7 79 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 4 9 7 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 1.855239316 1.855239316 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000201 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 112172892 T G - - - - - - 32 0 0 50 2 4 18 1 5.6 77 5 6.5 95 9 9.5 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 4 9 7 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.660952381 0.660952381 1 0.714150538 NA 0 1.566111111 1.566111111 1 0.957233503 0.957233503 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.026131524 1 0.086275114 1 0.0000458 1 1.56E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 112679542 A T - - - - - - 25 0 0 42 0 0 23 0 0 75 4 5.3 115 0 0 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 4 9 7 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 1.276982906 1.276982906 1 0 NA 0 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000572493 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 113201589 A T - - - - - - 37 0 0 64 0 0 25 0 0 73 7 9.6 92 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 4 9 7 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 2.313025641 1.156512821 2 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 9.54E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 113441327 A T - - - - - - 38 0 0 56 0 0 27 1 3.7 91 5 5.5 95 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA FALSE FALSE 9 4 9 7 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0.471849462 NA 0 1.32517094 1.32517094 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 0.126579904 1 0.000101674 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 113445199 T A - - - - - - 32 0 0 77 0 0 31 1 3.2 85 6 7.1 110 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 4 9 7 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0.408086022 NA 0 1.710675214 1.710675214 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 0.143917729 1 0.00000487 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 114276544 C G - - - - - - 28 0 0 56 0 0 18 0 0 92 9 9.8 97 0 0 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 4 9 7 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 2.361213675 1.180606838 2 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1.17E-09 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 115343627 C A - - - - - - 30 0 0 63 0 0 16 0 0 77 5 6.5 96 0 0 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA FALSE FALSE 9 4 9 7 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 1.566111111 1.566111111 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 0 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000458 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 115772547 T C - - - - - - 29 0 0 65 0 0 33 0 0 88 5 5.7 102 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 4 9 8.504150083 7 3 7 6 2 1 2 2 1 1 1 0.495849917 NA NA NA 7 NA NA NA 2 NA NA NA 0.504150083 0 0 1 0 NA 0 1.373358974 1.373358974 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000867 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 116084019 G C - - - - - - 39 0 0 65 0 0 20 0 0 82 4 4.9 106 0 0 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 4 9 8.504150083 7 3 7 6 2 1 2 2 1 1 1 0.495849917 NA NA NA 7 NA NA NA 2 NA NA NA 0.504150083 0 0 1 0 NA 0 1.180606838 1.180606838 1 0 0 1 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000801325 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 118955365 G C - - - - - - 31 0 0 50 4 8 23 4 17.4 62 7 11.3 111 15 13.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 9 4 9 8.504150083 7 3 7 6 2 1 2 2 1 1 1 0.495849917 NA NA NA 7 NA NA NA 2 NA NA NA 0.504150083 1.321904762 1.321904762 1 2.218967742 2.218967742 1 2.722623932 0.907541311 3 1.563339449 1.039350705 1.504150083 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000119787 1 0.00000513 1 3.02E-08 1 2.64E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 119777042 C G - - - - - - 41 0 0 58 0 0 31 0 0 81 7 8.6 138 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 4 9 8.504150083 7 3 7 6 2 1 2 2 1 1 1 0.495849917 NA NA NA 7 NA NA NA 2 NA NA NA 0.504150083 0 0 1 0 NA 0 2.07208547 1.036042735 2 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000000197 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 120524693 A T - - - - - - 32 0 0 58 0 0 26 0 0 95 8 8.4 118 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 4 9 8.504150083 7 3 7 6 2 1 2 2 1 1 1 0.495849917 NA NA NA 7 NA NA NA 2 NA NA NA 0.504150083 0 0 1 0 NA 0 2.023897436 1.011948718 2 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 3.23E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 120554765 T C - - - - - - 47 0 0 47 0 0 28 0 0 63 5 7.9 106 0 0 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 4 9 8.504150083 7 3 7 6 2 1 2 2 1 1 1 0.495849917 NA NA NA 7 NA NA NA 2 NA NA NA 0.504150083 0 0 1 0 NA 0 1.90342735 1.90342735 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000173 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 120911295 T G - - - - - - 37 0 0 54 0 0 19 0 0 85 7 8.2 129 0 0 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 4 9 8.504150083 7 3 7 6 2 1 2 2 1 1 1 0.495849917 NA NA NA 7 NA NA NA 2 NA NA NA 0.504150083 0 0 1 0 NA 0 1.975709402 1.975709402 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000000274 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 122056184 C G - - - - - - 25 0 0 53 0 0 23 0 0 73 7 9.6 112 0 0 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA FALSE FALSE 9 4 9 7.502316921 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 0.497683079 NA NA NA 7 NA NA NA 1 NA NA NA 0.502316921 0 0 1 0 NA 0 2.313025641 1.156512821 2 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 9.54E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 122155163 C G - - - - - - 17 0 0 18 0 0 10 0 0 54 4 7.4 58 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 4 9 7.502316921 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 0.497683079 NA NA NA 7 NA NA NA 1 NA NA NA 0.502316921 0 0 1 0 NA 0 1.782957265 1.782957265 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000161898 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 122508003 G C GRIA3 ENST00000264357 r.? - - intronic 38 0 0 45 0 0 23 0 0 71 6 8.5 88 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 4 9 7.502316921 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 0.497683079 NA NA NA 7 NA NA NA 1 NA NA NA 0.502316921 0 0 1 0 NA 0 2.047991453 2.047991453 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00000169 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 122589405 C A GRIA3 ENST00000264357 r.? - - intronic 38 0 0 56 0 0 18 0 0 99 7 7.1 91 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 4 9 7.502316921 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 0.497683079 NA NA NA 7 NA NA NA 1 NA NA NA 0.502316921 0 0 1 0 NA 0 1.710675214 1.710675214 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000000778 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 122600281 G A GRIA3 ENST00000264357 r.? - - intronic 31 0 0 52 3 5.8 25 2 8 81 6 7.4 103 9 8.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 9 4 9 7.502316921 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 0.497683079 NA NA NA 7 NA NA NA 1 NA NA NA 0.502316921 0.958380952 0.958380952 1 1.020215054 1.020215054 1 1.782957265 1.782957265 1 0.920325938 0.920325938 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.002300591 1 0.006948068 1 0.00000368 1 3.21E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 123216288 G A STAG2 CCDS14607.1 r.? - - intronic 33 0 0 54 0 0 26 0 0 83 6 7.2 87 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 4 9 7.502316921 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 0.497683079 NA NA NA 7 NA NA NA 1 NA NA NA 0.502316921 0 0 1 0 NA 0 1.734769231 1.734769231 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00000424 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 125284545 G T - - - - - - 23 0 0 28 0 0 15 0 0 37 5 13.5 73 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 4 9 7.502316921 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 0.497683079 NA NA NA 7 NA NA NA 1 NA NA NA 0.502316921 0 0 1 0 NA 0 3.252692308 1.084230769 3 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00000119 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 126241247 T C - - - - - - 32 0 0 47 2 4.3 36 3 8.3 72 5 6.9 107 13 12.1 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 9 4 9 7.502316921 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 0.497683079 NA NA NA 7 NA NA NA 1 NA NA NA 0.502316921 0.71052381 0.71052381 1 1.058473118 1.058473118 1 1.662487179 1.662487179 1 1.279993545 1.279993545 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.02328732 1 0.000788827 1 0.0000331 1 1.43E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 126960458 C G - - - - - - 47 0 0 50 0 0 32 0 0 93 5 5.4 116 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 4 9 7.502316921 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 0.497683079 NA NA NA 7 NA NA NA 1 NA NA NA 0.502316921 0 0 1 0 NA 0 1.301076923 1.301076923 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000112692 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 128535197 T G - - - - - - 25 0 0 50 0 0 29 0 0 86 5 5.8 105 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 4 9 7.502316921 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 0.497683079 NA NA NA 7 NA NA NA 1 NA NA NA 0.502316921 0 0 1 0 NA 0 1.397452991 1.397452991 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000777 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 128949606 C T ZDHHC9 CCDS35395.1 r.? - - intronic 41 0 0 57 0 0 22 0 0 69 9 13 113 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 4 9 7.502316921 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 0.497683079 NA NA NA 7 NA NA NA 1 NA NA NA 0.502316921 0 0 1 0 NA 0 3.132222222 1.044074074 3 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 8.45E-11 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 130197650 C T ARHGAP36 CCDS14628.1 r.? - - intronic 22 0 0 25 0 0 10 0 0 58 6 10.3 82 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 4 9 7.502316921 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 0.497683079 NA NA NA 7 NA NA NA 1 NA NA NA 0.502316921 0 0 1 0 NA 0 2.481683761 0.82722792 3 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000000506 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 130578100 G C - - - - - - 31 0 0 49 0 0 29 0 0 84 6 7.1 87 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 4 9 7.502316921 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 0.497683079 NA NA NA 7 NA NA NA 1 NA NA NA 0.502316921 0 0 1 0 NA 0 1.710675214 1.710675214 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00000455 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 131359199 G C - - - - - - 25 0 0 42 0 0 29 0 0 86 7 8.1 81 0 0 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 3 0 0 0 0 NA FALSE FALSE 9 4 9 7.502316921 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 0.497683079 NA NA NA 7 NA NA NA 1 NA NA NA 0.502316921 0 0 1 0 NA 0 1.951615385 1.951615385 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000000297 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 133366292 A T CCDC160 CCDS48171.1 r.? - - upstream 26 0 0 43 0 0 30 0 0 63 6 9.5 108 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 4 9 7.502316921 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 0.497683079 NA NA NA 7 NA NA NA 1 NA NA NA 0.502316921 0 0 1 0 NA 0 2.288931624 1.144465812 2 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000000832 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 133645573 G A - - - - - - 27 0 0 39 0 0 20 0 0 66 6 9.1 92 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 4 9 7.502316921 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 0.497683079 NA NA NA 7 NA NA NA 1 NA NA NA 0.502316921 0 0 1 0 NA 0 2.192555556 1.096277778 2 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000011 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 134641040 G A - - - - - - 37 0 0 55 0 0 25 0 0 81 5 6.2 110 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 4 9 7.502316921 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 0.497683079 NA NA NA 7 NA NA NA 1 NA NA NA 0.502316921 0 0 1 0 NA 0 1.49382906 1.49382906 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000584 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 136213759 C A - - - - - - 37 0 0 53 0 0 19 0 0 94 6 6.4 100 0 0 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 4 9 7.502316921 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 0.497683079 NA NA NA 7 NA NA NA 1 NA NA NA 0.502316921 0 0 1 0 NA 0 1.542017094 1.542017094 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00000873 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 136244710 C T - - - - - - 27 0 0 53 0 0 31 0 0 81 7 8.6 92 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 4 9 7.502316921 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 0.497683079 NA NA NA 7 NA NA NA 1 NA NA NA 0.502316921 0 0 1 0 NA 0 2.07208547 1.036042735 2 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000000197 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 136393488 C T - - - - - - 39 0 0 45 0 0 23 0 0 88 8 9.1 77 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA FALSE FALSE 9 4 9 7.502316921 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 0.497683079 NA NA NA 7 NA NA NA 1 NA NA NA 0.502316921 0 0 1 0 NA 0 2.192555556 1.096277778 2 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1.76E-08 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 137871140 A G FGF13 ENST00000370603 r.? - - intronic 33 0 0 38 0 0 10 0 0 72 6 8.3 97 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 4 9 7.502316921 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 0.497683079 NA NA NA 7 NA NA NA 1 NA NA NA 0.502316921 0 0 1 0 NA 0 1.999803419 1.999803419 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00000184 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 137871141 C A FGF13 ENST00000370603 r.? - - intronic 32 0 0 39 0 0 12 0 0 71 6 8.5 99 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 4 9 7.502316921 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 0.497683079 NA NA NA 7 NA NA NA 1 NA NA NA 0.502316921 0 0 1 0 NA 0 2.047991453 2.047991453 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00000169 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 140447114 G T - - - - - - 33 0 0 43 0 0 33 0 0 71 6 8.5 91 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 7 9 8 7 4 7 6 2 3 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 2.047991453 2.047991453 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00000169 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 140559080 G C - - - - - - 31 0 0 54 0 0 24 0 0 102 7 6.9 127 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 7 9 8 7 4 7 6 2 3 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 1.662487179 1.662487179 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000000953 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 140746627 T G - - - - - - 39 0 0 45 0 0 17 0 0 86 5 5.8 99 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 7 9 8 7 4 7 6 2 3 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 1.397452991 1.397452991 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000777 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 140762947 T C - - - - - - 31 0 0 54 2 3.7 29 3 10.3 102 8 7.8 104 6 5.8 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 9 7 9 8 7 4 7 6 2 3 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.611380952 0.611380952 1 1.622526882 1.622526882 1 1.879333333 1.879333333 1 0.642416244 0.642416244 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.030129377 1 0.000414371 1 5.64E-08 1 0.0000156 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 141251553 T A - - - - - - 37 0 0 51 0 0 35 0 0 83 5 6 99 0 0 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 7 9 8 7 4 7 6 2 3 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 1.445641026 1.445641026 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000656 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 141861663 A G - - - - - - 41 0 0 71 0 0 35 1 2.9 112 5 4.5 179 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 10.47617813 7 10 15 6 4 6 8 4 3 4 7 0.523821873 1 1 1 6 NA NA NA 5 NA NA NA 0.476178127 NA NA NA 0 NA 0 0.456827957 NA 0 1.129230769 1.129230769 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 0.16091139 1 0.000268964 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 141888006 G A - - - - - - 42 0 0 65 0 0 29 0 0 117 6 5.1 134 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 10.47617813 7 10 15 6 4 6 8 4 3 4 7 0.523821873 1 1 1 6 NA NA NA 5 NA NA NA 0.476178127 NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 1.279794872 1.279794872 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000304 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 142029790 T C - - - - - - 17 0 0 57 5 8.8 33 4 12.1 69 10 14.5 126 15 11.9 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 10.47617813 7 10 15 6 4 6 8 4 3 4 7 0.523821873 1 1 1 6 NA NA NA 5 NA NA NA 0.476178127 NA NA NA 1.583998913 1.583998913 1 1.906075269 1.906075269 1 3.638632479 0.90965812 4 2.151060914 1.075530457 2 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.0000105 1 0.0000228 1 2.54E-12 1 1.87E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 142063913 C T - - - - - - 37 0 0 77 2 2.6 33 3 9.1 98 7 7.1 166 12 7.2 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 10.47617813 7 10 15 6 4 6 8 4 3 4 7 0.523821873 1 1 1 6 NA NA NA 5 NA NA NA 0.476178127 NA NA NA 0.467999679 0.467999679 1 1.433494624 1.433494624 1 1.781675214 1.781675214 1 1.301482234 1.301482234 1 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.057170369 1 0.000609557 1 0.000000726 1 7.3E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 142206502 A G - - - - - - 31 0 0 61 0 0 26 0 0 94 11 11.7 149 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 10.47617813 7 10 15 6 4 6 8 4 3 4 7 0.523821873 1 1 1 6 NA NA NA 5 NA NA NA 0.476178127 NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 2.936 0.978666667 3 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 2.3E-12 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 142403187 T G - - - - - - 38 0 0 64 5 7.8 34 0 0 96 7 7.3 167 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 10.47617813 7 10 15 6 4 6 8 4 3 4 7 0.523821873 1 1 1 6 NA NA NA 5 NA NA NA 0.476178127 NA NA NA 1.403999037 1.403999037 1 0 NA 0 1.831863248 1.831863248 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.0000186 1 1 1 0.000000631 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 143449593 C T - - - - - - 34 0 0 54 0 0 25 0 0 87 6 6.9 115 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 10.47617813 7 10 10 6 4 6 7 4 3 4 3 0.523821873 1 1 1 6 NA NA NA 5 NA NA NA 0.476178127 NA NA NA 0 NA 0 0 NA 0 1.731487179 1.731487179 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00000558 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 143719203 T A - - - - - - 29 0 0 50 0 0 23 0 0 77 6 7.8 106 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 10.47617813 7 10 10 6 4 6 7 4 3 4 3 0.523821873 1 1 1 6 NA NA NA 5 NA NA NA 0.476178127 NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 1.957333333 1.957333333 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00000273 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 145298576 T A - - - - - - 35 0 0 86 1 1.2 46 0 0 101 6 5.9 137 0 0 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 10.47617813 7 10 12.65887787 6 4 6 6 4 3 4 6 0.523821873 1 1 0.341122128 6 NA NA 7 5 NA NA 6 0.476178127 NA NA 0.658877872 0.215999852 0.215999852 1 0 NA 0 1.480547009 1.480547009 1 0 0 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.350192164 1 1 1 0.0000132 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 145935867 G C - - - - - - 32 0 0 68 0 0 32 0 0 105 6 5.7 136 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 10.47617813 7 10 12.65887787 6 4 6 6 4 3 4 6 0.523821873 1 1 0.341122128 6 NA NA 7 5 NA NA 6 0.476178127 NA NA 0.658877872 0 0 1 0 NA 0 1.430358974 1.430358974 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.0000165 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 146194381 C A - - - - - - 40 0 0 70 0 0 50 0 0 100 5 5 123 0 0 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 10.47617813 7 10 12.65887787 6 4 6 6 4 3 4 6 0.523821873 1 1 0.341122128 6 NA NA 7 5 NA NA 6 0.476178127 NA NA 0.658877872 0 0 1 0 NA 0 1.254700855 1.254700855 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000158599 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 146401971 G C - - - - - - 33 0 0 50 1 2 25 3 12 93 5 5.4 141 12 8.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 10.47617813 7 10 12.65887787 6 4 6 6 4 3 4 6 0.523821873 1 1 0.341122128 6 NA NA 7 5 NA NA 6 0.476178127 NA NA 0.658877872 0.359999753 0.359999753 1 1.890322581 1.890322581 1 1.355076923 1.355076923 1 1.3374767 1.3374767 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.221687443 1 0.00026475 1 0.000112692 1 1.07E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 148145778 A T - - - - - - 23 0 0 49 0 0 23 0 0 93 10 10.8 111 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 10.47617813 7 10 10 6 4 6 7 4 3 4 3 0.523821873 1 1 1 6 NA NA NA 5 NA NA NA 0.476178127 NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 2.710153846 0.903384615 3 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 5.41E-11 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 150309848 C G - - - - - - 25 0 0 53 0 0 29 0 0 94 6 6.4 123 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 10.47617813 7 10 10 6 4 6 7 4 3 4 3 0.523821873 1 1 1 6 NA NA NA 5 NA NA NA 0.476178127 NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 1.606017094 1.606017094 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00000873 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 150317501 G A - - - - - - 17 0 0 56 3 5.4 26 0 0 79 6 7.6 100 4 4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA FALSE FALSE 10.47617813 7 10 10 6 4 6 7 4 3 4 3 0.523821873 1 1 1 6 NA NA NA 5 NA NA NA 0.476178127 NA NA NA 0.971999333 0.971999333 1 0 NA 0 1.907145299 1.907145299 1 0.523045685 0.523045685 1 NA NA 1 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.00284314 1 1 1 0.00000318 1 0.001673268 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 151911373 C A CSAG1 CCDS14711.1 r.? - - downstream 34 0 0 44 0 0 24 0 0 51 5 9.8 121 0 0 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 10.47617813 7 10 10 6 4 6 7 4 3 4 3 0.523821873 1 1 1 6 NA NA NA 5 NA NA NA 0.476178127 NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 2.459213675 0.819737892 3 0 NA 0 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00000606 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 152505747 T C - - - - - - 29 0 0 73 0 0 40 0 0 87 6 6.9 124 0 0 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 10.47617813 7 10 10 6 4 6 7 4 3 4 3 0.523821873 1 1 1 6 NA NA NA 5 NA NA NA 0.476178127 NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 1.731487179 1.731487179 1 0 0 1 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00000558 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 153504582 G A TEX28 CCDS14744.1 r.? - - intronic 29 0 0 62 0 0 33 1 3 72 5 6.9 103 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 10.47617813 7 10 10 6 4 6 7 4 3 4 3 0.523821873 1 1 1 6 NA NA NA 5 NA NA NA 0.476178127 NA NA NA 0 0 1 0.472580645 NA 0 1.731487179 1.731487179 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 0.15245715 1 0.0000331 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 153747601 C A FAM3A CCDS35453.1 r.? - - upstream 23 0 0 58 0 0 33 0 0 52 5 9.6 108 0 0 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 10.47617813 7 10 10 6 4 6 7 4 3 4 3 0.523821873 1 1 1 6 NA NA NA 5 NA NA NA 0.476178127 NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 2.409025641 0.803008547 3 0 0 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00000668 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 1174119 G A B3GALT6 CCDS13.1 r.? - - downstream 30 0 0 10 3 30 5 0 0 6 1 16.7 60 22 36.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 2 0.515680268 3.475019401 2 1 0 2 1 1 0 1 1 1 0.484319732 0.524980599 NA NA 1 2 NA NA 0 2 NA NA 0.515680268 0.475019401 3.157142857 1.578571429 2 0 0 1 2.606819459 2.606819459 1 2.404276283 1.202138141 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.0000146 1 1 1 0.029627491 1 2.81E-35 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 1585167 C T CDK11B ENST00000407249 r.? - - intronic 28 0 0 36 3 8.3 21 0 0 39 0 0 50 5 10 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 2 0.515680268 3.475019401 2 1 0 2 1 1 0 1 1 1 0.484319732 0.524980599 NA NA 1 2 NA NA 0 2 NA NA 0.515680268 0.475019401 0.87347619 0.87347619 1 0 0 1 0 NA 0 0.655116153 0.655116153 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.000788827 1 1 1 1 1 0.00000549 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 1624646 G A ENSG00000189339 CCDS44041.1 r.? - - upstream 31 0 0 4 1 25 6 1 16.7 15 1 6.7 63 16 25.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 2 0.515680268 3.475019401 2 1 0 2 1 1 0 1 1 1 0.484319732 0.524980599 NA NA 1 2 NA NA 0 2 NA NA 0.515680268 0.475019401 2.630952381 2.630952381 1 1.795698925 1.795698925 1 1.045849723 NA 0 1.663995029 1.091158163 1.524980599 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.019850499 1 0.029627491 1 0.072431031 1 4.48E-23 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 2309064 C T MORN1 CCDS40.1 r.? - - intronic 32 0 0 31 3 9.7 15 0 0 18 0 0 65 9 13.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 2 0.515680268 3.475019401 2 1 0 2 1 1 0 1 1 1 0.484319732 0.524980599 NA NA 1 2 NA NA 0 2 NA NA 0.515680268 0.475019401 1.020809524 1.020809524 1 0 NA 0 0 NA 0 0.904060292 0.904060292 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.000505952 1 1 1 1 1 4.85E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 2340154 G C PEX10 CCDS41.1 r.365c>g c.337C>G p.L113V missense 30 0 0 18 0 0 8 0 0 8 0 0 68 12 17.6 17 0 0 18 0 0 0 0 NA 39 0 0 39 4 10.3 FALSE FALSE 3 2 0.515680268 3.475019401 2 1 0 2 1 1 0 1 1 1 0.484319732 0.524980599 NA NA 1 2 NA NA 0 2 NA NA 0.515680268 0.475019401 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 1.15300443 1.15300443 1 0 0 1 NA NA 1 0 NA 0 0.674769638 0.674769638 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.37E-15 0.0000447 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 2455951 G T PANK4 CCDS42.1 r.? - - intronic 33 0 0 41 0 0 19 0 0 28 0 0 73 14 19.2 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 2 0.515680268 3.475019401 2 1 0 2 1 1 0 1 1 1 0.484319732 0.524980599 NA NA 1 2 NA NA 0 2 NA NA 0.515680268 0.475019401 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 1.257823014 1.257823014 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.71E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 3302910 G A PRDM16 CCDS44048.1 r.? - - intronic 31 0 0 36 0 0 18 1 5.6 12 1 8.3 71 12 16.9 32 0 0 54 1 1.9 19 8 42.1 65 1 1.5 92 8 8.7 TRUE FALSE 3 2 0.515680268 3.475019401 2 1 0 2 1 1 0 1 1 1 0.484319732 0.524980599 NA NA 1 2 NA NA 0 2 NA NA 0.515680268 0.475019401 0 0 1 0.602150538 0.602150538 1 1.295604881 1.295604881 1 1.107146299 1.107146299 1 0.199952381 NA 0 4.52688172 4.52688172 1 0.23414546 NA 0 0.569951053 0.569951053 1 8 NA 1 1 1 0.237137336 0.086275114 2.81E-14 0.058377193 0.278061424 2.38E-15 0.000000025 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 4367085 G T - - - - - - 34 0 0 34 0 0 20 2 10 47 1 2.1 66 13 19.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 2 0.515680268 3.475019401 2 1 0 2 1 1 0 1 1 1 0.484319732 0.524980599 NA NA 1 2 NA NA 0 2 NA NA 0.515680268 0.475019401 0 0 1 1.075268817 1.075268817 1 0.327803645 NA 0 1.290578822 1.290578822 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 0.004473894 1 0.209895027 1 1.95E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 4826817 T C AJAP1 CCDS54.1 r.? - - intronic 28 0 0 43 2 4.7 22 2 9.1 75 3 4 72 7 9.7 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 2 0.515680268 3.475019401 2 1 0 2 1 1 0 1 1 1 0.484319732 0.524980599 NA NA 1 2 NA NA 0 2 NA NA 0.515680268 0.475019401 0.494619048 0.494619048 1 0.978494624 0.978494624 1 0.624387894 0.624387894 1 0.635462669 0.635462669 1 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.019709573 1 0.005403392 1 0.006456002 1 8.66E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 4842460 G A AJAP1 CCDS54.1 r.? - - intronic 30 0 0 31 0 0 10 0 0 8 0 0 47 13 27.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 2 0.515680268 3.475019401 2 1 0 2 1 1 0 1 1 1 0.484319732 0.524980599 NA NA 1 2 NA NA 0 2 NA NA 0.515680268 0.475019401 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 1.814671745 0.907335872 2 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.47E-19 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 5124511 G A - - - - - - 36 0 0 30 0 0 22 0 0 67 0 0 72 9 12.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 2 0.515680268 3.475019401 2 1 0 2 1 1 0 1 1 1 0.484319732 0.524980599 NA NA 1 2 NA NA 0 2 NA NA 0.515680268 0.475019401 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 0.818895192 0.818895192 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.25E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 5260276 A T - - - - - - 29 0 0 27 0 0 18 0 0 62 3 4.8 66 7 10.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 2 100 TRUE FALSE 3 2 0.515680268 3.475019401 2 1 0 2 1 1 0 1 1 1 0.484319732 0.524980599 NA NA 1 2 NA NA 0 2 NA NA 0.515680268 0.475019401 0 0 1 0 0 1 0.749265473 0.749265473 1 0.694423122 0.694423122 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 6.551161533 3.275580766 2 2 NA 1 1 1 1 1 1 0.003793816 1 0.000000047 0.000025 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 6217933 G A CHD5 CCDS57.1 r.? - - intronic 36 0 0 41 0 0 22 2 9.1 31 3 9.7 56 12 21.4 70 1 1.4 164 2 1.2 32 4 12.5 137 5 3.6 146 16 11 TRUE FALSE 3 2 0.515680268 3.475019401 2 1 0 2 1 1 0 1 1 1 0.484319732 0.524980599 NA NA 1 2 NA NA 0 2 NA NA 0.515680268 0.475019401 0 0 1 0.978494624 0.978494624 1 1.514140644 1.514140644 1 1.401948568 1.401948568 1 0.126285714 NA 0 1.344086022 1.344086022 1 0.561949105 0.561949105 1 0.720627769 0.720627769 1 8 NA 1 0.295930304 1 0.198250328 0.005403392 0.0000201 0.000505952 0.00067578 1.11E-16 7.18E-17 YES 0_0 1_1 1_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b 1 6326213 C T ACOT7 CCDS30573.1 r.? - - intronic 40 0 0 44 3 6.8 24 3 12.5 55 1 1.8 76 7 9.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 2 0.515680268 3.475019401 2 1 0 2 1 1 0 1 1 1 0.484319732 0.524980599 NA NA 1 2 NA NA 0 2 NA NA 0.515680268 0.475019401 0.715619048 0.715619048 1 1.344086022 1.344086022 1 0.280974553 NA 0 0.602706861 0.602706861 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.00142027 1 0.000233853 1 0.240951649 1 0.000000126 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 7105234 C T CAMTA1 CCDS30576.1 r.? - - intronic 37 0 0 28 0 0 28 0 0 62 0 0 77 19 24.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 2 0.515680268 3.475019401 2 1 0 2 1 1 0 1 1 1 0.484319732 0.524980599 NA NA 1 2 NA NA 0 2 NA NA 0.515680268 0.475019401 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 1.618136899 1.061086875 1.524980599 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 7.35E-27 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 7645336 T A CAMTA1 CCDS30576.1 r.? - - intronic 25 0 0 37 3 8.1 22 0 0 40 1 2.5 56 10 17.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 2 0.515680268 3.475019401 2 1 0 2 1 1 0 1 1 1 0.484319732 0.524980599 NA NA 1 2 NA NA 0 2 NA NA 0.515680268 0.475019401 0.852428571 0.852428571 1 0 0 1 0.390242434 NA 0 1.172657914 1.172657914 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.000855237 1 1 1 0.181679879 1 2.82E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 7761392 C T CAMTA1 CCDS30576.1 r.? - - intronic 33 0 0 37 0 0 18 0 0 54 0 0 64 11 17.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 2 0.515680268 3.475019401 2 1 0 2 1 1 0 1 1 1 0.484319732 0.524980599 NA NA 1 2 NA NA 0 2 NA NA 0.515680268 0.475019401 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 1.126799784 1.126799784 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.85E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 8223792 T C - - - - - - 25 0 0 32 0 0 18 0 0 65 0 0 60 11 18.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 2 0.515680268 3.475019401 2 1 0 2 1 1 0 1 1 1 0.484319732 0.524980599 NA NA 1 2 NA NA 0 2 NA NA 0.515680268 0.475019401 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 1.198862561 1.198862561 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.34E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 8976084 A G - - - - - - 36 0 0 38 0 0 25 0 0 74 0 0 66 5 7.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 2 0.515680268 3.475019401 2 1 0 2 1 1 0 1 1 1 0.484319732 0.524980599 NA NA 1 2 NA NA 0 2 NA NA 0.515680268 0.475019401 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 0.497888277 0.497888277 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.0000217 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 9238382 G A - - - - - - 27 0 0 33 0 0 21 0 0 34 0 0 57 6 10.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 2 0.515680268 3.475019401 2 1 0 2 1 1 0 1 1 1 0.484319732 0.524980599 NA NA 1 2 NA NA 0 2 NA NA 0.515680268 0.475019401 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 0.687871961 0.687871961 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000000456 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 10154249 G T UBE4B CCDS41245.1 r.? - - intronic 22 0 0 30 3 10 15 2 13.3 47 7 14.9 60 23 38.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3.703345041 0.515680268 3.475019401 2 2 0 2 1 1 0 1 1 0.296654959 0.484319732 0.524980599 NA 3 1 2 NA 1 0 2 NA 0.703345041 0.515680268 0.475019401 1.052380952 1.052380952 1 1.656652417 1.656652417 1 2.325844907 2.325844907 1 2.509094867 1.254547434 2 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000458697 1 0.002513772 1 4.12E-09 1 2.33E-37 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 11603854 C A - - - - - - 23 0 0 39 0 0 21 0 0 37 0 0 59 7 11.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3.703345041 0.515680268 3.475019401 2 2 0 2 1 1 0 1 1 0.296654959 0.484319732 0.524980599 NA 3 1 2 NA 1 0 2 NA 0.703345041 0.515680268 0.475019401 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 0.779588222 0.779588222 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.12E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 11733996 G A FBXO6 CCDS133.1 r.1105g>a c.? p.? 3'UTR variant 41 0 0 24 0 0 24 0 0 18 0 0 51 14 27.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3.703345041 0.515680268 3.475019401 2 2 0 2 1 1 0 1 1 0.296654959 0.484319732 0.524980599 NA 3 1 2 NA 1 0 2 NA 0.703345041 0.515680268 0.475019401 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 1.801569422 0.900784711 2 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 6.64E-21 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 12224112 C T TNFRSF1B CCDS145.1 r.? - - upstream 38 0 0 32 3 9.4 23 0 0 18 0 0 57 10 17.5 92 0 0 70 8 11.4 7 0 0 50 4 8 49 6 12.2 FALSE FALSE 3 3.703345041 0.515680268 3.475019401 2 2 0 2 1 1 0 1 1 0.296654959 0.484319732 0.524980599 NA 3 1 2 NA 1 0 2 NA 0.703345041 0.515680268 0.475019401 0.989238095 0.989238095 1 0 0 1 0 NA 0 1.146453268 1.146453268 1 1.199714286 1.199714286 1 0 NA 0 1.248775789 1.248775789 1 0.799241707 0.799241707 1 NA NA 1 1 0.000556213 2.8E-09 1 1 1 0.000119787 3.4E-13 0.000000182 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 14423977 G A C1orf196 ENST00000412667 r.? - - intronic 23 0 0 36 0 0 22 0 0 63 0 0 49 5 10.2 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3.703345041 0.515680268 3.475019401 2 2 0 2 1 1 0 1 1 0.296654959 0.484319732 0.524980599 NA 3 1 2 NA 1 0 2 NA 0.703345041 0.515680268 0.475019401 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 0.668218476 0.668218476 1 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.00000496 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 15828919 T C CASP9 CCDS158.1 r.? - - intronic 32 0 0 56 0 0 16 0 0 35 0 0 61 11 18 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 3.703345041 1.574506988 4 2 2 0 3 0 1 0 1 1 0.296654959 -0.574506988 1 NA 3 1 NA NA 1 0 NA NA 0.703345041 1.574506988 NA 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 1.273705584 1.273705584 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.62E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 16233814 T C SPEN CCDS164.1 r.? - - intronic 22 0 0 42 3 7.1 22 1 4.5 34 2 5.9 68 9 13.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3.703345041 1.574506988 4 2 2 0 3 0 1 0 1 1 0.296654959 -0.574506988 1 NA 3 1 NA NA 1 0 NA NA 0.703345041 1.574506988 NA 0.676190476 0.676190476 1 0.560521495 0.560521495 1 0.983442921 0.983442921 1 0.934050761 0.934050761 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.001240292 1 0.104413009 1 0.012612579 1 7.38E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 16954121 A G AL355149.1 ENST00000515775 r.? - - intronic 92 0 0 127 1 0.8 68 0 0 92 2 2.2 167 11 6.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 3.703345041 1.574506988 2.25962316 2 2 0 1 0 1 0 1 1 0.296654959 -0.574506988 0.74037684 NA 3 1 2 NA 1 0 1 NA 0.703345041 1.574506988 0.25962316 0.076190476 NA 0 0 0 1 0.36670753 NA 0 0.352160509 1.356429484 0.25962316 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.470907927 1 1 1 0.07793117 1 1.2E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 18055221 G A - - - - - - 30 0 0 18 0 0 4 0 0 20 0 0 37 8 21.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 3.703345041 1.574506988 2.25962316 1 2 0 1 1 1 0 1 1 0.296654959 -0.574506988 0.74037684 NA 3 1 2 NA 1 0 1 NA 0.703345041 1.574506988 0.25962316 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 1.152525303 1.152525303 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.33E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 18490184 C T IGSF21 CCDS184.1 r.? - - intronic 36 0 0 35 1 2.9 11 0 0 37 4 10.8 43 11 25.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 3.703345041 1.574506988 2.25962316 1 2 0 1 1 1 0 1 1 0.296654959 -0.574506988 0.74037684 NA 3 1 2 NA 1 0 1 NA 0.703345041 1.574506988 0.25962316 0.276190476 NA 0 0 0 1 1.800200601 1.800200601 1 1.365955915 1.365955915 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.16091139 1 1 1 0.0000362 1 2.42E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 18552905 G C IGSF21 CCDS184.1 r.? - - intronic 34 0 0 29 0 0 19 0 0 14 0 0 40 6 15 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 3.703345041 1.574506988 2.25962316 1 2 0 1 1 1 0 1 1 0.296654959 -0.574506988 0.74037684 NA 3 1 2 NA 1 0 1 NA 0.703345041 1.574506988 0.25962316 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 0.800364794 0.800364794 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 5.18E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 20529485 C T - - - - - - 23 0 0 52 0 0 19 0 0 79 0 0 67 9 13.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.653602509 3.703345041 1.574506988 3.576127969 2 2 0 2 1 1 0 1 0.346397491 0.296654959 -0.574506988 0.423872031 3 3 1 3 1 1 0 1 0.653602509 0.703345041 1.574506988 0.576127969 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 0.891404193 0.891404193 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 6.43E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 21187602 G A EIF4G3 CCDS214.1 r.? - - intronic 34 0 0 38 3 7.9 19 1 5.3 77 3 3.9 60 9 15 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.653602509 3.703345041 1.574506988 3.576127969 2 2 0 2 1 1 0 1 0.346397491 0.296654959 -0.574506988 0.423872031 3 3 1 3 1 1 0 1 0.653602509 0.703345041 1.574506988 0.576127969 0.883015551 0.883015551 1 0.66016976 0.66016976 1 0.650072439 0.650072439 1 0.997840515 0.997840515 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000925091 1 0.090843738 1 0.006942426 1 2.29E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 21256095 G C EIF4G3 CCDS214.1 r.? - - intronic 30 0 0 40 3 7.5 28 2 7.1 80 2 2.5 60 11 18.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.653602509 3.703345041 1.574506988 3.576127969 2 2 0 2 1 1 0 1 0.346397491 0.296654959 -0.574506988 0.423872031 3 3 1 3 1 1 0 1 0.653602509 0.703345041 1.574506988 0.576127969 0.838305902 0.838305902 1 0.884378358 0.884378358 1 0.416713102 0.416713102 1 1.217365428 1.217365428 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.001075403 1 0.008668191 1 0.061147026 1 1.34E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 21925475 C A RAP1GAP CCDS218.1 r.? - - intronic 29 0 0 33 4 12.1 20 1 5 27 0 0 37 6 16.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.653602509 3.703345041 1.574506988 3.576127969 2 2 0 2 1 1 0 1 0.346397491 0.296654959 -0.574506988 0.423872031 3 3 1 3 1 1 0 1 0.653602509 0.703345041 1.574506988 0.576127969 1.352466856 1.352466856 1 0.622801661 0.622801661 1 0 NA 0 1.077667756 1.077667756 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.0000228 1 0.09538952 1 1 1 3.18E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 23025950 G T - - - - - - 31 0 0 30 5 16.7 16 2 12.5 62 0 0 59 4 6.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.653602509 3.703345041 1.574506988 3.576127969 2 2 0 2 1 1 0 1 0.346397491 0.296654959 -0.574506988 0.423872031 3 3 1 3 1 1 0 1 0.653602509 0.703345041 1.574506988 0.576127969 1.866627809 1.866627809 1 1.557004152 1.557004152 1 0 NA 0 0.452354367 0.452354367 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000000401 1 0.002863359 1 1 1 0.00022841 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 23197022 G A EPHB2 CCDS230.1 r.? - - intronic 33 0 0 43 0 0 17 0 0 17 0 0 56 5 8.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.653602509 3.703345041 1.574506988 3.576127969 2 2 0 2 1 1 0 1 0.346397491 0.296654959 -0.574506988 0.423872031 3 3 1 3 1 1 0 1 0.653602509 0.703345041 1.574506988 0.576127969 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 0.592052039 0.592052039 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.00000965 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 23600080 C T - - - - - - 30 0 0 42 2 4.8 25 0 0 60 4 6.7 51 11 21.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.653602509 3.703345041 1.574506988 3.576127969 2 2 0 2 1 1 0 1 0.346397491 0.296654959 -0.574506988 0.423872031 3 3 1 3 1 1 0 1 0.653602509 0.703345041 1.574506988 0.576127969 0.536515778 0.536515778 1 0 0 1 1.116791113 1.116791113 1 1.436890342 1.436890342 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.018854633 1 1 1 0.000243755 1 1.94E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 25281698 A T RUNX3 CCDS30633.1 r.? - - intronic 33 0 0 38 0 0 20 0 0 48 0 0 70 9 12.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.653602509 3.703345041 1.574506988 3.576127969 2 2 0 2 1 1 0 1 0.346397491 0.296654959 -0.574506988 0.423872031 3 3 1 3 1 1 0 1 0.653602509 0.703345041 1.574506988 0.576127969 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 0.858142843 0.858142843 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 9.65E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 25473962 G A - - - - - - 20 0 0 37 1 2.7 14 1 7.1 51 0 0 59 7 11.9 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.653602509 3.703345041 1.574506988 3.576127969 2 2 0 2 1 1 0 1 0.346397491 0.296654959 -0.574506988 0.423872031 3 3 1 3 1 1 0 1 0.653602509 0.703345041 1.574506988 0.576127969 0.301790125 0.301790125 1 0.884378358 0.884378358 1 0 NA 0 0.791620142 0.791620142 1 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.169281299 1 0.067769881 1 1 1 2.12E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 25628024 G C RHD CCDS262.1 r.706g>c c.648G>C p.L216F missense 34 0 0 31 0 0 19 0 0 41 1 2.4 60 7 11.7 177 0 0 328 27 8.2 207 0 0 209 13 6.2 248 33 13.3 FALSE FALSE 3.653602509 3.703345041 1.574506988 3.576127969 2 2 0 2 1 1 0 1 0.346397491 0.296654959 -0.574506988 0.423872031 3 3 1 3 1 1 0 1 0.653602509 0.703345041 1.574506988 0.576127969 0 0 1 0 0 1 0.400044578 NA 0 0.778315602 0.778315602 1 0.916547787 0.916547787 1 0 NA 0 1.033448493 1.033448493 1 0.884751923 0.884751923 1 NA NA 1 1 1 4.52E-24 1 1 0.18577148 7.83E-11 2.39E-08 5.28E-36 YES 0_1 0_0 0_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b 1 25812010 T A TMEM57 CCDS30638.1 r.? - - intronic 31 0 0 35 0 0 19 0 0 77 0 0 67 9 13.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.653602509 3.703345041 1.574506988 3.576127969 2 2 0 2 1 1 0 1 0.346397491 0.296654959 -0.574506988 0.423872031 3 3 1 3 1 1 0 1 0.653602509 0.703345041 1.574506988 0.576127969 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 0.891404193 0.891404193 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 6.43E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 25902545 C T - - - - - - 36 0 0 34 1 2.9 31 3 9.7 29 0 0 59 9 15.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.653602509 3.703345041 1.574506988 3.576127969 2 2 0 2 1 1 0 1 0.346397491 0.296654959 -0.574506988 0.423872031 3 3 1 3 1 1 0 1 0.653602509 0.703345041 1.574506988 0.576127969 0.324144949 0.324144949 1 1.208235222 1.208235222 1 0 NA 0 1.017797325 1.017797325 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.156694864 1 0.000505952 1 1 1 1.96E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 26702477 C A ZNF683 CCDS279.2 r.? - - upstream 15 0 0 48 0 0 24 0 0 55 1 1.8 53 11 20.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.653602509 3.703345041 1.574506988 3.576127969 2 2 0 2 1 1 0 1 0.346397491 0.296654959 -0.574506988 0.423872031 3 3 1 3 1 1 0 1 0.653602509 0.703345041 1.574506988 0.576127969 0 0 1 0 0 1 0.300033433 NA 0 1.383672181 1.383672181 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.240951649 1 3.07E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 26702495 C A ZNF683 CCDS279.2 r.? - - upstream 14 0 0 39 0 0 16 0 0 55 1 1.8 46 11 23.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.653602509 3.703345041 1.574506988 3.576127969 2 2 0 2 1 1 0 1 0.346397491 0.296654959 -0.574506988 0.423872031 3 3 1 3 1 1 0 1 0.653602509 0.703345041 1.574506988 0.576127969 0 0 1 0 0 1 0.300033433 NA 0 1.589892554 1.589892554 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.240951649 1 5.55E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 27939688 G A FGR CCDS305.1 r.? - - intronic 31 0 0 35 4 11.4 16 0 0 21 0 0 66 11 16.7 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 FALSE FALSE 3.653602509 3.703345041 1.574506988 3.576127969 2 2 0 2 1 1 0 1 0.346397491 0.296654959 -0.574506988 0.423872031 3 3 1 3 1 1 0 1 0.653602509 0.703345041 1.574506988 0.576127969 1.274224972 1.274224972 1 0 0 1 0 NA 0 1.110929107 1.110929107 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 1 1 0.0000289 1 1 1 1 1 4.07E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 29713931 C T ENSG00000231360 ENST00000455342 r.? - - intronic 28 0 0 44 4 9.1 26 4 15.4 69 3 4.3 55 10 18.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.653602509 3.703345041 1.574506988 3.576127969 2 2 0 2 1 1 0 1 0.346397491 0.296654959 -0.574506988 0.423872031 3 3 1 3 1 1 0 1 0.653602509 0.703345041 1.574506988 0.576127969 1.017144495 1.017144495 1 1.918229115 1.918229115 1 0.716746536 0.716746536 1 1.210713158 1.210713158 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.0000723 1 0.00000856 1 0.005121501 1 2.33E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 30331754 C G - - - - - - 28 0 0 40 3 7.5 13 0 0 43 0 0 45 7 15.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.653602509 3.703345041 1.574506988 3.576127969 2 2 0 2 1 1 0 1 0.346397491 0.296654959 -0.574506988 0.423872031 3 3 1 3 1 1 0 1 0.653602509 0.703345041 1.574506988 0.576127969 0.838305902 0.838305902 1 0 0 1 0 NA 0 1.037754136 1.037754136 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.001075403 1 1 1 1 1 0.000000003 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 31830977 T C ZCCHC17 CCDS341.1 r.? - - intronic 41 0 0 38 5 13.2 26 1 3.8 57 5 8.8 73 13 17.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 TRUE FALSE 3.653602509 3.703345041 1.574506988 3.576127969 2 2 0 2 1 1 0 1 0.346397491 0.296654959 -0.574506988 0.423872031 3 3 1 3 1 1 0 1 0.653602509 0.703345041 1.574506988 0.576127969 1.475418388 1.475418388 1 0.473329262 0.473329262 1 1.466830119 1.466830119 1 1.184104078 1.184104078 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 0 NA 0 8 NA 1 1 0.00000137 1 0.122190858 1 0.0000105 1 7.97E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 32253678 T C SPOCD1 CCDS347.1 r.? - - downstream 26 0 0 36 0 0 21 0 0 56 0 0 60 11 18.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.653602509 3.703345041 1.574506988 3.576127969 2 2 0 2 1 1 0 1 0.346397491 0.296654959 -0.574506988 0.423872031 3 3 1 3 1 1 0 1 0.653602509 0.703345041 1.574506988 0.576127969 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 1.217365428 1.217365428 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.34E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 32278008 A C SPOCD1 CCDS347.1 r.? - - intronic 26 0 0 28 0 0 23 0 0 83 0 0 63 6 9.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.653602509 3.703345041 1.574506988 3.576127969 2 2 0 2 1 1 0 1 0.346397491 0.296654959 -0.574506988 0.423872031 3 3 1 3 1 1 0 1 0.653602509 0.703345041 1.574506988 0.576127969 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 0.63196566 0.63196566 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000000832 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 33128720 T C RBBP4 CCDS44106.1 r.? - - intronic 28 0 0 35 2 5.7 23 1 4.3 56 0 0 64 12 18.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.653602509 3.703345041 1.574506988 3.576127969 2 2 0 2 1 1 0 1 0.346397491 0.296654959 -0.574506988 0.423872031 3 3 1 3 1 1 0 1 0.653602509 0.703345041 1.574506988 0.576127969 0.637112486 0.637112486 1 0.535609428 0.535609428 1 0 NA 0 1.250626779 1.250626779 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.013332991 1 0.108890944 1 1 1 6.3E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 33178617 C G - - - - - - 23 0 0 48 0 0 27 0 0 19 0 0 48 7 14.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.653602509 3.703345041 1.574506988 3.576127969 2 2 0 2 1 1 0 1 0.346397491 0.296654959 -0.574506988 0.423872031 3 3 1 3 1 1 0 1 0.653602509 0.703345041 1.574506988 0.576127969 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 0.971231435 0.971231435 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 4.81E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 34303708 T C CSMD2 CCDS380.1 r.? - - intronic 29 0 0 31 0 0 26 0 0 78 0 0 55 11 20 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.653602509 3.703345041 1.574506988 3.576127969 2 2 0 2 1 1 0 1 0.346397491 0.296654959 -0.574506988 0.423872031 3 3 1 3 1 1 0 1 0.653602509 0.703345041 1.574506988 0.576127969 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 1.33045402 1.33045402 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 4.77E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 35455148 A C ZMYM6 CCDS387.2 r.? - - intronic 33 0 0 38 0 0 33 0 0 49 0 0 73 5 6.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.653602509 3.703345041 1.574506988 3.576127969 2 2 0 2 1 1 0 1 0.346397491 0.296654959 -0.574506988 0.423872031 3 3 1 3 1 1 0 1 0.653602509 0.703345041 1.574506988 0.576127969 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 0.452354367 0.785163005 0.576127969 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.0000354 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 39223605 A G - - - - - - 38 0 0 32 0 0 17 0 0 66 2 3 56 5 8.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.653602509 3.703345041 1.574506988 3.576127969 2 2 0 2 1 1 0 1 0.346397491 0.296654959 -0.574506988 0.423872031 3 3 1 3 1 1 0 1 0.653602509 0.703345041 1.574506988 0.576127969 0 0 1 0 0 1 0.500055722 0.500055722 1 0.592052039 0.592052039 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 2 NA 1 1 1 1 1 1 0.043431387 1 0.00000965 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 40042003 G A PABPC4 CCDS44115.1 r.71c>u c.? p.? 5'UTR variant 41 0 0 7 1 14.3 9 1 11.1 6 1 16.7 67 14 20.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.653602509 3.703345041 1.574506988 3.576127969 2 2 0 2 1 1 0 1 0.346397491 0.296654959 -0.574506988 0.423872031 3 3 1 3 1 1 0 1 0.653602509 0.703345041 1.574506988 0.576127969 1.598369921 1.598369921 1 1.382619687 1.382619687 1 2.783643522 2.783643522 1 1.390324451 1.390324451 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.034479353 1 0.044110422 1 0.029627491 1 4.66E-19 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 41198720 C T NFYC CCDS44120.1 r.? - - intronic 17 0 0 19 4 21.1 12 1 8.3 54 1 1.9 37 7 18.9 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.653602509 3.703345041 1.574506988 3.576127969 2 2 0 2 1 1 0 1 0.346397491 0.296654959 -0.574506988 0.423872031 3 3 1 3 1 1 0 1 0.653602509 0.703345041 1.574506988 0.576127969 2.358433939 2.358433939 1 1.033850757 1.033850757 1 0.316701958 NA 0 1.257279049 1.257279049 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.00000228 1 0.058377193 1 0.237137336 1 7.05E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 41691257 C A SCMH1 CCDS461.1 r.? - - intronic 33 0 0 42 1 2.4 23 2 8.7 73 4 5.5 78 9 11.5 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.653602509 3.703345041 1.574506988 3.576127969 2 2 0 2 1 1 0 1 0.346397491 0.296654959 -0.574506988 0.423872031 3 3 1 3 1 1 0 1 0.653602509 0.703345041 1.574506988 0.576127969 0.268257889 0.268257889 1 1.083674889 1.083674889 1 0.916768825 0.916768825 1 0.765011062 0.765011062 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.189842622 1 0.00589844 1 0.000516741 1 2.61E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 44474143 C T SLC6A9 CCDS41317.1 r.883g>a c.691G>A p.G231S missense 30 0 0 36 5 13.9 27 3 11.1 13 0 0 70 7 10 47 0 0 147 8 5.4 11 4 36.4 100 8 8 100 17 17 FALSE TRUE 3.653602509 3.703345041 1.574506988 3.576127969 2 2 0 2 1 1 0 1 0.346397491 0.296654959 -0.574506988 0.423872031 3 3 1 3 1 1 0 1 0.653602509 0.703345041 1.574506988 0.576127969 1.553660273 1.553660273 1 1.382619687 1.382619687 1 0 NA 0 0.66522701 0.66522701 1 0.60358025 0.60358025 1 4.533996089 1.677179946 2.703345041 1.333481927 1.333481927 1 1.130885917 1.130885917 1 NA 16 1 1 0.00000104 0.000000939 0.000334187 0.000000201 1 4.83E-08 7.11E-08 3.43E-21 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 44583314 C T KLF17 CCDS508.1 r.? - - upstream 14 0 0 37 2 5.4 20 1 5 17 0 0 57 11 19.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.653602509 3.703345041 1.574506988 3.576127969 2 2 0 2 1 1 0 1 0.346397491 0.296654959 -0.574506988 0.423872031 3 3 1 3 1 1 0 1 0.653602509 0.703345041 1.574506988 0.576127969 0.60358025 0.60358025 1 0.622801661 0.622801661 1 0 NA 0 1.283888129 1.283888129 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.014826063 1 0.09538952 1 1 1 7.29E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 44626717 C T - - - - - - 35 0 0 38 6 15.8 23 2 8.7 49 4 8.2 71 10 14.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.653602509 3.703345041 1.574506988 3.576127969 2 2 0 2 1 1 0 1 0.346397491 0.296654959 -0.574506988 0.423872031 3 3 1 3 1 1 0 1 0.653602509 0.703345041 1.574506988 0.576127969 1.766031101 1.766031101 1 1.083674889 1.083674889 1 1.366818975 1.366818975 1 0.937970084 0.937970084 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 3.76E-08 1 0.00589844 1 0.000110643 1 3.42E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 45938186 C T TESK2 CCDS41323.1 r.? - - intronic 20 0 0 28 2 7.1 20 1 5 29 1 3.4 49 13 26.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.653602509 3.703345041 1.574506988 3.576127969 2 2 0 2 1 1 0 1 0.346397491 0.296654959 -0.574506988 0.423872031 3 3 1 3 1 1 0 1 0.653602509 0.703345041 1.574506988 0.576127969 0.793596254 0.793596254 1 0.622801661 0.622801661 1 0.566729819 NA 0 1.762851577 1.118469827 1.576127969 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.008668191 1 0.09538952 1 0.135292269 1 2.71E-19 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 46794231 G T - - - - - - 29 0 0 35 2 5.7 17 1 5.9 37 3 8.1 48 7 14.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.653602509 3.703345041 1.574506988 3.576127969 2 2 0 2 1 1 0 1 0.346397491 0.296654959 -0.574506988 0.423872031 3 3 1 3 1 1 0 1 0.653602509 0.703345041 1.574506988 0.576127969 0.637112486 0.637112486 1 0.73490596 0.73490596 1 1.350150451 1.350150451 1 0.971231435 0.971231435 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.013332991 1 0.081683532 1 0.000855237 1 4.81E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 47397391 A C CYP4A11 CCDS543.1 r.? - - intronic 28 0 0 40 0 0 22 0 0 52 0 0 54 10 18.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.653602509 3.703345041 1.574506988 3.576127969 2 2 0 2 1 1 0 1 0.346397491 0.296654959 -0.574506988 0.423872031 3 3 1 3 1 1 0 1 0.653602509 0.703345041 1.574506988 0.576127969 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 1.230669969 1.230669969 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.91E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 49758832 C A AGBL4 CCDS44137.1 r.? - - intronic 37 0 0 41 0 0 18 0 0 17 0 0 62 13 21 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.653602509 3.703345041 1.574506988 3.576127969 2 2 0 2 1 1 0 1 0.346397491 0.296654959 -0.574506988 0.423872031 3 3 1 3 1 1 0 1 0.653602509 0.703345041 1.574506988 0.576127969 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 1.396976721 1.396976721 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 8.08E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 50221279 C A AGBL4 CCDS44137.1 r.? - - intronic 31 0 0 49 0 0 28 0 0 59 0 0 51 11 21.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.653602509 3.703345041 1.574506988 3.576127969 2 2 0 2 1 1 0 1 0.346397491 0.296654959 -0.574506988 0.423872031 3 3 1 3 1 1 0 1 0.653602509 0.703345041 1.574506988 0.576127969 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 1.436890342 1.436890342 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.94E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 50369471 G C AGBL4 CCDS44137.1 r.? - - intronic 24 0 0 35 3 8.6 19 1 5.3 69 3 4.3 56 9 16.1 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.653602509 3.703345041 1.574506988 3.576127969 2 2 0 2 1 1 0 1 0.346397491 0.296654959 -0.574506988 0.423872031 3 3 1 3 1 1 0 1 0.653602509 0.703345041 1.574506988 0.576127969 0.961257435 0.961257435 1 0.66016976 0.66016976 1 0.716746536 0.716746536 1 1.071015486 1.071015486 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000725791 1 0.090843738 1 0.005121501 1 1.2E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 52788291 G A ZFYVE9 CCDS563.1 r.? - - intronic 20 0 0 26 2 7.7 20 3 15 23 0 0 40 6 15 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.653602509 3.703345041 1.574506988 3.576127969 2 2 0 2 1 1 0 1 0.346397491 0.296654959 -0.574506988 0.423872031 3 3 1 3 1 1 0 1 0.653602509 0.703345041 1.574506988 0.576127969 0.860660727 0.860660727 1 1.868404982 1.868404982 1 0 NA 0 0.997840515 0.997840515 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.007502227 1 0.0001337 1 1 1 5.18E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 54551193 G T C1orf83 CCDS587.1 r.? - - intronic 34 0 0 40 2 5 22 1 4.5 56 3 5.4 68 12 17.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.653602509 3.703345041 1.574506988 3.576127969 2 2 0 2 1 1 0 1 0.346397491 0.296654959 -0.574506988 0.423872031 3 3 1 3 1 1 0 1 0.653602509 0.703345041 1.574506988 0.576127969 0.558870602 0.558870602 1 0.560521495 0.560521495 1 0.9001003 0.9001003 1 1.170799538 1.170799538 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.017193422 1 0.104413009 1 0.00284314 1 1.37E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 56617281 G A - - - - - - 24 0 0 32 3 9.4 21 3 14.3 63 0 0 45 6 13.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 7 2.591299246 2 2 4 1 1 1 3 1 1 1 1 0.408700754 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.591299246 0.989238095 0.989238095 1 1.680634409 1.680634409 1 0 0 1 0.753769703 0.753769703 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.000556213 1 0.000155401 1 1 1 0.000000108 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 57328538 C T C8A CCDS606.1 r.? - - intronic 31 0 0 33 0 0 19 0 0 63 0 0 42 5 11.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 7 2.591299246 2 2 4 1 1 1 3 1 1 1 1 0.408700754 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.591299246 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.674425524 0.674425524 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.00000228 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 57413432 G A C8B CCDS30730.1 r.? - - intronic 38 0 0 30 0 0 17 2 11.8 52 2 3.8 39 7 17.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 7 2.591299246 2 2 4 1 1 1 3 1 1 1 1 0.408700754 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.591299246 0 0 1 1.386817204 1.386817204 1 0.83957265 0.83957265 1 1.014472007 1.014472007 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 1 1 0.003234386 1 0.028101652 1 1.04E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 57879319 G C DAB1 CCDS607.1 r.? - - intronic 28 0 0 27 1 3.7 23 2 8.7 39 3 7.7 48 11 22.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 7 2.591299246 2 2 4 1 1 1 3 1 1 1 1 0.408700754 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.591299246 0.389380952 0.389380952 1 1.022483871 1.022483871 1 1.701239316 1.701239316 1 1.297844076 1.297844076 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.126579904 1 0.00589844 1 0.000998458 1 9.31E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 58166653 A T DAB1 CCDS607.1 r.? - - intronic 39 0 0 40 0 0 20 0 0 63 0 0 43 7 16.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 7 2.591299246 2 2 4 1 1 1 3 1 1 1 1 0.408700754 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.591299246 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.923792945 0.923792945 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.15E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 58547516 G A DAB1 CCDS607.1 r.? - - intronic 35 0 0 39 2 5.1 19 0 0 64 3 4.7 61 14 23 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 7 2.591299246 2 2 4 1 1 1 3 1 1 1 1 0.408700754 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.591299246 0.536714286 0.536714286 1 0 0 1 1.038418803 1.038418803 1 1.303511517 1.303511517 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.016387522 1 1 1 0.004148608 1 1.1E-19 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 59870009 G A FGGY CCDS44155.1 r.? - - intronic 41 0 0 32 0 0 23 0 0 42 0 0 43 8 18.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 7 2.591299246 2 2 4 1 1 1 3 1 1 1 1 0.408700754 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.591299246 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.054144096 1.054144096 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 4.85E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 60412978 G T - - - - - - 27 0 0 29 3 10.3 20 0 0 82 0 0 56 13 23.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 7 2.591299246 2 2 4 1 1 1 3 1 1 1 1 0.408700754 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.591299246 1.083952381 1.083952381 1 0 0 1 0 0 1 1.3148464 1.3148464 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.000414371 1 1 1 1 1 1.89E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 60466718 C T C1orf87 CCDS614.1 r.? - - intronic 21 0 0 40 0 0 28 0 0 64 0 0 38 5 13.2 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 7 2.591299246 2 2 4 1 1 1 3 1 1 1 1 0.408700754 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.591299246 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.748102262 0.748102262 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.00000137 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 60735444 A T - - - - - - 28 0 0 39 0 0 16 0 0 60 0 0 43 10 23.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 7 2.591299246 2 2 4 1 1 1 3 1 1 1 1 0.408700754 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.591299246 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.320513841 1.320513841 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.61E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 61862971 G A NFIA CCDS44156.1 r.? - - intronic 44 0 0 32 2 6.2 25 2 8 67 5 7.5 38 7 18.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 7 2.591299246 2 2 4 1 1 1 3 1 1 1 1 0.408700754 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.591299246 0.65247619 0.65247619 1 0.940215054 0.940215054 1 1.657051282 1.657051282 1 1.042809214 1.042809214 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.011224977 1 0.006948068 1 0.0000233 1 8.61E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 63725145 C T - - - - - - 33 0 0 38 0 0 20 0 0 59 1 1.7 56 9 16.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 7 2.591299246 2 2 4 1 1 1 3 1 1 1 1 0.408700754 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.591299246 0 0 1 0 0 1 0.375598291 0.375598291 1 0.912458062 0.912458062 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.256019138 1 1.2E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 63904706 C T ALG6 CCDS30735.1 r.? - - downstream 30 0 0 28 2 7.1 17 1 5.9 59 3 5.1 55 10 18.2 3 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 7 2.591299246 2 2 4 1 1 1 3 1 1 1 1 0.408700754 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.591299246 0.747190476 0.747190476 1 0.693408602 0.693408602 1 1.126794872 1.126794872 1 1.031474331 1.031474331 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.008668191 1 0.081683532 1 0.003297476 1 2.33E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 64536997 C T ROR1 CCDS626.1 r.? - - intronic 27 0 0 37 0 0 23 0 0 62 0 0 44 9 20.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 7 2.591299246 2 2 4 1 1 1 3 1 1 1 1 0.408700754 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.591299246 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.161825482 1.161825482 1 NA NA 0 NA NA 1 0 0 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.18E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 64655565 G A - - - - - - 37 0 0 36 6 16.7 25 3 12 57 2 3.5 67 12 17.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 7 2.591299246 2 2 4 1 1 1 3 1 1 1 1 0.408700754 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.591299246 1.75747619 1.75747619 1 1.410322581 1.410322581 1 0.773290598 0.773290598 1 1.014472007 1.014472007 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 2.68E-08 1 0.00026475 1 0.03327602 1 1.14E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 66571848 G T PDE4B CCDS632.1 r.? - - intronic 30 0 0 29 0 0 15 0 0 70 0 0 54 13 24.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 7 2.591299246 2 2 4 1 1 1 3 1 1 1 1 0.408700754 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.591299246 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.365853372 1.365853372 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.12E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 67323378 C T WDR78 CCDS635.1 r.? - - intronic 36 0 0 25 0 0 24 0 0 39 0 0 47 9 19.1 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 7 2.591299246 2 2 4 1 1 1 3 1 1 1 1 0.408700754 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.591299246 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.082481303 1.082481303 1 NA NA 0 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.24E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 67745621 G A - - - - - - 35 0 0 40 0 0 18 0 0 22 0 0 56 7 12.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 7 2.591299246 2 2 4 1 1 1 3 1 1 1 1 0.408700754 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.591299246 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.708430172 0.708430172 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.46E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 68761283 G A - - - - - - 31 0 0 31 0 0 10 0 0 6 0 0 52 8 15.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 7 2.591299246 2 2 4 1 1 1 3 1 1 1 1 0.408700754 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.591299246 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.872785972 0.872785972 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.42E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 69357332 A G - - - - - - 30 0 0 35 2 5.7 19 2 10.5 86 4 4.7 42 8 19 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 7 2.591299246 2 2 4 1 1 1 3 1 1 1 1 0.408700754 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.591299246 0.599857143 0.599857143 1 1.234032258 1.234032258 1 1.038418803 1.038418803 1 1.076813862 1.076813862 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.013332991 1 0.004039874 1 0.000957637 1 3.96E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 69501329 C T - - - - - - 38 0 0 29 3 10.3 17 1 5.9 59 0 0 46 6 13 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 7 2.591299246 2 2 4 1 1 1 3 1 1 1 1 0.408700754 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.591299246 1.083952381 1.083952381 1 0.693408602 0.693408602 1 0 0 1 0.736767379 0.736767379 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.000414371 1 0.081683532 1 1 1 0.000000123 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 71604357 G A - - - - - - 35 0 0 36 0 0 24 0 0 74 0 0 51 11 21.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 7 2.591299246 2 2 4 1 1 1 3 1 1 1 1 0.408700754 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.591299246 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.224167338 1.224167338 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.94E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 71971060 G C NEGR1 CCDS661.1 r.? - - intronic 38 0 0 30 0 0 24 0 0 28 0 0 49 7 14.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 7 2.591299246 2 2 4 1 1 1 3 1 1 1 1 0.408700754 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.591299246 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.810444117 0.810444117 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 5.58E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 72714563 A G NEGR1 CCDS661.1 r.? - - intronic 26 0 0 29 3 10.3 19 3 15.8 53 0 0 38 8 21.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 7 2.591299246 2 2 4 1 1 1 3 1 1 1 1 0.408700754 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.591299246 1.083952381 1.083952381 1 1.856924731 1.856924731 1 0 0 1 1.195830131 1.195830131 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.000414371 1 0.000114071 1 1 1 1.67E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 72944318 G A - - - - - - 17 0 0 31 0 0 28 0 0 63 0 0 52 9 17.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 7 2.591299246 2 2 4 1 1 1 3 1 1 1 1 0.408700754 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.591299246 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.980467358 0.980467358 1 NA NA 0 NA NA 0 0 0 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 5.92E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 73005967 G C - - - - - - 33 0 0 33 1 3 15 2 13.3 54 3 5.6 45 10 22.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 7 2.591299246 2 2 4 1 1 1 3 1 1 1 1 0.408700754 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.591299246 0.315714286 0.315714286 1 1.563107527 1.563107527 1 1.237264957 1.237264957 1 1.258171986 1.258171986 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.15245715 1 0.002513772 1 0.00256299 1 2.66E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 73028886 A T - - - - - - 31 0 0 29 2 6.9 19 1 5.3 64 2 3.1 37 5 13.5 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 7 2.591299246 2 2 4 1 1 1 3 1 1 1 1 0.408700754 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.591299246 0.726142857 0.726142857 1 0.622892473 NA 0 0.68491453 0.68491453 1 0.765104586 0.765104586 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.009279585 1 0.090843738 1 0.041085601 1 0.00000119 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 73618324 C T - - - - - - 38 0 0 32 4 12.5 21 1 4.8 35 0 0 47 10 21.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 7 2.591299246 2 2 4 1 1 1 3 1 1 1 1 0.408700754 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.591299246 1.31547619 1.31547619 1 0.564129032 0.564129032 1 0 0 1 1.207165014 1.207165014 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.0000201 1 0.099912572 1 1 1 4.27E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 73699355 C A - - - - - - 46 0 0 31 3 9.7 25 2 8 62 1 1.6 54 10 18.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 7 2.591299246 2 2 4 1 1 1 3 1 1 1 1 0.408700754 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.591299246 1.020809524 1.020809524 1 0.940215054 0.940215054 1 0.353504274 0.353504274 1 1.048476655 1.048476655 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000505952 1 0.006948068 1 0.267123145 1 1.91E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 73711627 A C - - - - - - 30 0 0 42 0 0 23 1 4.3 93 1 1.1 42 4 9.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 7 2.591299246 2 2 4 1 1 1 3 1 1 1 1 0.408700754 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.591299246 0 0 1 0.505365591 0.505365591 1 0.243034188 0.243034188 1 0.538406931 0.538406931 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 4 NA 1 1 1 1 0.108890944 1 0.372597118 1 0.0000601 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 74445696 G A - - - - - - 25 0 0 41 1 2.4 27 1 3.7 64 3 4.7 58 17 29.3 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 7 2.591299246 2 2 4 1 1 1 3 1 1 1 1 0.408700754 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.591299246 0.252571429 NA 0 0.434849462 0.434849462 1 1.038418803 1.038418803 1 1.660560324 1.043524861 1.591299246 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.18577148 1 0.126579904 1 0.004148608 1 1.24E-25 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 74484194 C T - - - - - - 35 0 0 43 4 9.3 18 3 16.7 71 2 2.8 64 8 12.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 7 2.591299246 2 2 4 1 1 1 3 1 1 1 1 0.408700754 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.591299246 0.978714286 0.978714286 1 1.962698925 1.962698925 1 0.618632479 0.618632479 1 0.708430172 0.708430172 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000066 1 0.0000964 1 0.04950591 1 1.35E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 74976186 C T TNNI3K CCDS44161.1 r.? - - intronic 34 0 0 34 0 0 27 1 3.7 36 0 0 60 8 13.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 7 2.591299246 2 2 4 1 1 1 3 1 1 1 1 0.408700754 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.591299246 0 0 1 0.434849462 0.434849462 1 0 0 1 0.753769703 0.753769703 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 4 NA 1 1 1 1 0.126579904 1 1 1 7.93E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 75511676 G A - - - - - - 27 0 0 37 3 8.1 30 3 10 53 0 0 42 9 21.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 7 2.591299246 2 2 4 1 1 1 3 1 1 1 1 0.408700754 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.591299246 0.852428571 0.852428571 1 1.175268817 1.175268817 1 0 0 1 1.212832455 1.212832455 1 NA NA 1 NA NA 0 0 0 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.000855237 1 0.000458697 1 1 1 7.51E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 78543321 C A GIPC2 CCDS685.1 r.? - - intronic 38 0 0 28 0 0 19 0 0 60 0 0 60 5 8.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 7 2.591299246 2 2 4 1 1 1 3 1 1 1 1 0.408700754 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.591299246 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.470397634 0.795532275 0.591299246 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.0000136 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 78654180 A C - - - - - - 26 0 0 26 0 0 22 0 0 66 0 0 38 7 18.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 7 2.591299246 2 2 4 1 1 1 3 1 1 1 1 0.408700754 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.591299246 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.042809214 1.042809214 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 8.61E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 79868466 G A - - - - - - 25 0 0 22 0 0 9 1 11.1 64 3 4.7 47 11 23.4 259 0 0 137 4 2.9 86 2 2.3 295 8 2.7 222 24 10.8 TRUE FALSE 3 3 7 2.591299246 2 2 4 1 1 1 3 1 1 1 1 0.408700754 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.591299246 0 0 1 1.304548387 1.304548387 1 1.038418803 1.038418803 1 1.326181282 1.326181282 1 0.305190476 0.305190476 1 0.270311828 NA 0 0.596538462 0.596538462 1 0.612083669 1.03515043 0.591299246 8 NA 1 1 1 0.005182251 0.044110422 0.069370687 0.004148608 0.000142166 7.21E-16 2.1E-24 YES 0_1 1_0 1_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b 1 79868471 A T - - - - - - 28 0 0 23 0 0 10 2 20 66 3 4.5 43 10 23.3 263 1 0.4 143 3 2.1 89 2 2.2 310 8 2.6 233 25 10.7 TRUE FALSE 3 3 7 2.591299246 2 2 4 1 1 1 3 1 1 1 1 0.408700754 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.591299246 0 0 1 2.350537634 2.350537634 1 0.994230769 0.994230769 1 1.320513841 1.320513841 1 0.221 0.221 1 0.25855914 NA 0 0.574444444 0.574444444 1 0.606416227 1.025565704 0.591299246 8 NA 1 0.73240978 1 0.035588828 0.001095391 0.073610556 0.004522888 0.000198909 1.61E-14 2.84E-25 YES 0_1 1_0 1_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b 1 81104907 T C - - - - - - 32 0 0 27 0 0 20 0 0 40 0 0 39 6 15.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 7 2.591299246 2 2 4 1 1 1 3 1 1 1 1 0.408700754 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.591299246 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.872785972 0.872785972 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 4.43E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 81696704 G A - - - - - - 26 0 0 38 2 5.3 22 1 4.5 54 0 0 53 11 20.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 7 2.591299246 2 2 4 1 1 1 3 1 1 1 1 0.408700754 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.591299246 0.557761905 0.557761905 1 0.528870968 0.528870968 1 0 0 1 1.178827807 1.178827807 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.015598339 1 0.104413009 1 1 1 3.07E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 83344813 G A - - - - - - 28 0 0 33 3 9.1 19 3 15.8 35 1 2.9 43 7 16.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 7 2.591299246 2 2 4 1 1 1 3 1 1 1 1 0.408700754 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.591299246 0.957666667 0.957666667 1 1.856924731 1.856924731 1 0.640726496 0.640726496 1 0.923792945 0.923792945 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000609557 1 0.000114071 1 0.16091139 1 2.15E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 83749044 T A - - - - - - 40 0 0 27 2 7.4 15 2 13.3 53 0 0 50 9 18 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 7 2.591299246 2 2 4 1 1 1 3 1 1 1 1 0.408700754 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.591299246 0.778761905 0.778761905 1 1.563107527 1.563107527 1 0 0 1 1.020139448 1.020139448 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.00807567 1 0.002513772 1 1 1 4.07E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 84149787 C T - - - - - - 30 0 0 42 0 0 29 0 0 66 0 0 60 11 18.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 7 2.591299246 2 2 4 1 1 1 3 1 1 1 1 0.408700754 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.591299246 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.037141772 1.037141772 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.34E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 85889248 G C DDAH1 CCDS705.1 r.? - - intronic 22 0 0 55 3 5.5 30 3 10 64 0 0 49 9 18.4 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 2 0 0 2 1 50 TRUE FALSE 3 3 7 2.591299246 2 2 4 1 1 1 3 1 1 1 1 0.408700754 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.591299246 0.578809524 0.578809524 1 1.175268817 1.175268817 1 0 0 1 1.042809214 1.042809214 1 0 0 1 NA NA 0 0 0 1 2.833720689 2.833720689 1 6 NA 1 1 0.002700822 1 0.000458697 1 1 1 3.35E-12 0.009975 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 86636161 G A - - - - - - 38 0 0 44 3 6.8 22 1 4.5 45 2 4.4 62 7 11.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 7 2.591299246 2 2 4 1 1 1 3 1 1 1 1 0.408700754 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.591299246 0.715619048 0.715619048 1 0.528870968 0.528870968 1 0.972136752 0.972136752 1 0.640420876 0.640420876 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.00142027 1 0.104413009 1 0.021467209 1 3.02E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 88207724 A T - - - - - - 20 0 0 25 0 0 19 0 0 72 0 0 48 5 10.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 7 2.591299246 2 2 4 1 1 1 3 1 1 1 1 0.408700754 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.591299246 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.589413903 0.589413903 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.00000447 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 89812952 C A - - - - - - 35 0 0 32 0 0 28 0 0 45 0 0 42 7 16.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 7 2.591299246 2 2 4 1 1 1 3 1 1 1 1 0.408700754 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.591299246 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.94646271 0.94646271 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.81E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 89812953 C A - - - - - - 34 0 0 32 0 0 28 0 0 46 0 0 42 7 16.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 7 2.591299246 2 2 4 1 1 1 3 1 1 1 1 0.408700754 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.591299246 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.94646271 0.94646271 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.81E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 94583232 C A ABCA4 CCDS747.1 r.? - - intronic 30 0 0 38 3 7.9 16 2 12.5 38 2 5.3 54 9 16.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 7 2.591299246 2 2 4 1 1 1 3 1 1 1 1 0.408700754 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.591299246 0.831380952 0.831380952 1 1.469086022 1.469086022 1 1.170982906 1.170982906 1 0.94646271 0.94646271 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000925091 1 0.002863359 1 0.015598339 1 8.48E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 95688162 C T - - - - - - 40 0 0 39 0 0 25 0 0 36 0 0 58 12 20.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 7 2.591299246 2 2 4 1 1 1 3 1 1 1 1 0.408700754 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.591299246 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.173160365 1.173160365 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.76E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 12164447 G A - - - - - - 31 1 3.2 36 7 19.4 20 6 30 62 10 16.1 45 13 28.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 1 3 2 2 1 2 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.041619048 1.020809524 2 3.525806452 1.762903226 2 2.591136752 2.591136752 1 1.756005076 0.878002538 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 0.143917729 1 5.74E-10 1 5.7E-10 1 8.29E-13 1 7.68E-20 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 77927467 T C - - - - - - 32 1 3.1 44 6 13.6 23 4 17.4 55 3 5.5 47 14 29.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 9 2 2 2 6 2 0 0 3 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.295238095 1.295238095 1 1.870967742 1.870967742 1 1.32517094 1.32517094 1 1.512690355 1.512690355 1 NA NA 1 NA NA 0 0 0 1 NA NA 0 8 NA 0.14819814 1 9.37E-08 1 0.00000513 1 0.002700822 1 1.79E-21 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 98378871 A T DPYD CCDS30777.1 r.? - - intronic 36 0 0 38 3 7.9 25 2 8 77 3 3.9 49 12 24.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 7 2.591299246 2 2 4 1 1 1 3 1 1 1 1 0.408700754 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.591299246 0.831380952 0.831380952 1 0.940215054 0.940215054 1 0.861666667 0.861666667 1 1.388523138 1.388523138 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000925091 1 0.006948068 1 0.006942426 1 1.9E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 99823181 T A - - - - - - 32 0 0 35 3 8.6 20 1 5 50 0 0 55 11 20 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 7 2.591299246 2 2 4 1 1 1 3 1 1 1 1 0.408700754 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.591299246 0.905047619 0.905047619 1 0.587634409 0.587634409 1 0 0 1 1.133488276 1.133488276 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.000725791 1 0.09538952 1 1 1 4.77E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 102226423 T A - - - - - - 26 0 0 33 0 0 21 0 0 52 0 0 43 9 20.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 7 2.591299246 2 2 4 1 1 1 3 1 1 1 1 0.408700754 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.591299246 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.184495248 1.184495248 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 9.45E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 102227322 T A - - - - - - 27 0 0 41 0 0 27 0 0 68 0 0 62 11 17.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 7 2.591299246 2 2 4 1 1 1 3 1 1 1 1 0.408700754 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.591299246 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.003137124 1.003137124 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.96E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 102588070 G C - - - - - - 29 0 0 32 2 6.2 11 1 9.1 35 2 5.7 37 11 29.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 7 2.591299246 2 2 4 1 1 1 3 1 1 1 1 0.408700754 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.591299246 0.65247619 0.65247619 1 1.069494624 1.069494624 1 1.259358974 1.259358974 1 1.683230089 1.057770934 1.591299246 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.011224977 1 0.05364542 1 0.013332991 1 3.7E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 102701942 C G - - - - - - 24 0 0 37 3 8.1 26 3 11.5 67 0 0 48 6 12.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 7 2.591299246 2 2 4 1 1 1 3 1 1 1 1 0.408700754 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.591299246 0.852428571 0.852428571 1 1.35155914 1.35155914 1 0 0 1 0.708430172 0.708430172 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.000855237 1 0.000298167 1 1 1 0.00000016 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 102765031 A G - - - - - - 39 0 0 34 0 0 19 0 0 69 0 0 62 8 12.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 TRUE FALSE 3 3 7 2.591299246 2 2 4 1 1 1 3 1 1 1 1 0.408700754 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.591299246 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.731099938 0.731099938 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 0 NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.04E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 103021285 C T - - - - - - 35 0 0 39 4 10.3 19 1 5.3 83 5 6 58 12 20.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 7 2.591299246 2 2 4 1 1 1 3 1 1 1 1 0.408700754 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.591299246 1.083952381 1.083952381 1 0.622892473 0.622892473 1 1.325641026 1.325641026 1 1.173160365 1.173160365 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.0000447 1 0.090843738 1 0.0000656 1 1.76E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 103154666 A T - - - - - - 34 0 0 38 0 0 21 0 0 45 0 0 56 9 16.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 7 2.591299246 2 2 4 1 1 1 3 1 1 1 1 0.408700754 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.591299246 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.912458062 0.912458062 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.2E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 103552143 T C COL11A1 CCDS779.1 r.? - - intronic 29 0 0 27 3 11.1 24 3 12.5 10 0 0 36 8 22.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 7 2.591299246 2 2 4 1 1 1 3 1 1 1 1 0.408700754 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.591299246 1.168142857 1.168142857 1 1.469086022 1.469086022 1 0 0 1 1.258171986 1.258171986 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000334187 1 0.000233853 1 1 1 1.04E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 104993010 G A - - - - - - 37 0 0 34 2 5.9 16 1 6.2 61 4 6.6 50 6 12 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 7 2.591299246 2 2 4 1 1 1 3 1 1 1 1 0.408700754 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.591299246 0.620904762 0.620904762 1 0.728666667 NA 0 1.458205128 1.458205128 1 0.680092965 0.680092965 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.012612579 1 0.077068876 1 0.000259828 1 0.000000206 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 105233925 T A - - - - - - 28 0 0 27 2 7.4 29 2 6.9 52 1 1.9 52 8 15.4 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 7 2.591299246 2 2 4 1 1 1 3 1 1 1 1 0.408700754 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.591299246 0.778761905 0.778761905 1 0.810935484 0.810935484 1 0.419786325 0.419786325 1 0.872785972 0.872785972 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.00807567 1 0.009279585 1 0.229451111 1 2.42E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 105234145 A T - - - - - - 42 0 0 26 3 11.5 17 1 5.9 70 3 4.3 41 9 22 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 7 2.591299246 2 2 4 1 1 1 3 1 1 1 1 0.408700754 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.591299246 1.210238095 1.210238095 1 0.693408602 0.693408602 1 0.950042735 0.950042735 1 1.246837103 1.246837103 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000298167 1 0.081683532 1 0.005331097 1 5.92E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 105347811 G A - - - - - - 30 0 0 44 0 0 21 0 0 79 0 0 42 11 26.2 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 7 2.591299246 2 2 4 1 1 1 3 1 1 1 1 0.408700754 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.591299246 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.484869641 1.484869641 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.81E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 105476794 C G - - - - - - 20 0 0 31 2 6.5 27 1 3.7 40 0 0 45 5 11.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 7 2.591299246 2 2 4 1 1 1 3 1 1 1 1 0.408700754 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.591299246 0.684047619 0.684047619 1 0.434849462 0.434849462 1 0 0 1 0.629085993 0.629085993 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.010558179 1 0.126579904 1 1 1 0.00000323 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 105633497 A T - - - - - - 33 0 0 46 0 0 37 0 0 70 0 0 129 9 7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 10 11 13 9.463171095 8 9 10 8 2 2 3 1 1 1 1 0.536828905 NA NA NA 8 NA NA NA 2 NA NA NA 0.463171095 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.877751926 0.877751926 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.33E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 106019315 G C - - - - - - 37 0 0 58 2 3.4 35 2 5.7 87 3 3.4 127 11 8.7 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 1 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 10 11 13 9.463171095 8 9 10 8 2 2 3 1 1 1 1 0.536828905 NA NA NA 8 NA NA NA 2 NA NA NA 0.463171095 0.595809524 0.595809524 1 1.125903226 1.125903226 1 0.955196581 0.955196581 1 1.090920251 1.090920251 1 NA NA 1 0 NA 0 0 0 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.034352256 1 0.013332991 1 0.009696123 1 6.38E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 106020373 G C - - - - - - 21 0 0 64 8 12.5 40 1 2.5 91 2 2.2 150 6 4 309 0 0 743 9 1.2 716 5 0.7 1202 23 1.9 1511 91 6 FALSE FALSE 10 11 13 9.463171095 8 9 10 8 2 2 3 1 1 1 1 0.536828905 NA NA NA 8 NA NA NA 2 NA NA NA 0.463171095 2.19047619 1.095238095 2 0.493817204 NA 0 0.618068376 0.618068376 1 0.501572529 1.082909823 0.463171095 0.210285714 0.210285714 1 0.138268817 NA 0 0.533786325 0.533786325 1 0.752358794 0.752358794 1 NA NA 1 1 1.35E-09 0.013794304 0.181679879 0.289539905 0.076482202 9.21E-08 0.000120854 3.4E-65 YES 1_1 0_0 0_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b 1 106020514 G C - - - - - - 23 0 0 72 4 5.6 31 1 3.2 109 3 2.8 136 7 5.1 361 0 0 896 12 1.3 862 9 1 1490 22 1.5 1818 106 5.8 FALSE TRUE 10 11 13 9.463171095 8 9 10 8 2 2 3 1 1 1 1 0.536828905 NA NA NA 8 NA NA NA 2 NA NA NA 0.463171095 0.981333333 0.981333333 1 0.632086022 NA 0 0.786632479 0.786632479 1 0.639504975 0.639504975 1 0.227809524 0.227809524 1 0.197526882 0.197526882 1 0.421410256 0.421410256 1 0.727280167 0.727280167 1 NA 3 1 1 0.000490365 0.002253183 0.143917729 0.031727204 0.017716795 0.0000109 0.00000649 3.18E-74 YES 1_1 0_1 1_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b 1 106020580 G A - - - - - - 20 0 0 77 5 6.5 44 1 2.3 94 4 4.3 141 11 7.8 177 1 0.6 414 4 1 456 7 1.5 738 14 1.9 937 46 4.9 TRUE FALSE 10 11 13 9.463171095 8 9 10 8 2 2 3 1 1 1 1 0.536828905 NA NA NA 8 NA NA NA 2 NA NA NA 0.463171095 1.139047619 1.139047619 1 0.454311828 0.454311828 1 1.208042735 1.208042735 1 0.978066432 0.978066432 1 0.175238095 NA 0 0.296290323 0.296290323 1 0.533786325 0.533786325 1 0.614426348 1.326564534 0.463171095 8 NA 1 0.588200996 0.0000458 0.155287923 0.197923942 0.008771136 0.001332441 0.0000306 1.98E-10 5.35E-30 YES 1_0 0_1 1_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b 1 106020627 G C - - - - - - 28 0 0 74 4 5.4 48 2 4.2 83 2 2.4 141 10 7.1 66 0 0 156 2 1.3 192 8 4.2 296 3 1 379 20 5.3 TRUE FALSE 10 11 13 9.463171095 8 9 10 8 2 2 3 1 1 1 1 0.536828905 NA NA NA 8 NA NA NA 2 NA NA NA 0.463171095 0.946285714 0.946285714 1 0.829612903 0.829612903 1 0.67425641 0.67425641 1 0.890291239 0.890291239 1 0.227809524 NA 0 0.829612903 0.829612903 1 0.280940171 0.280940171 1 0.664583601 0.664583601 1 8 NA 1 1 0.00054411 0.183838935 0.024220359 0.00000683 0.065215002 0.185823736 3.32E-09 1.59E-14 YES 1_0 1_1 0_0 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b 1 106021131 G T - - - - - - 34 0 0 68 2 2.9 37 3 8.1 102 3 2.9 136 7 5.1 268 0 0 554 13 2.3 548 27 4.9 984 17 1.7 1234 35 2.8 TRUE TRUE 10 11 13 9.463171095 8 9 10 8 2 2 3 1 1 1 1 0.536828905 NA NA NA 8 NA NA NA 2 NA NA NA 0.463171095 0.508190476 0.508190476 1 1.599967742 1.599967742 1 0.814726496 0.814726496 1 0.639504975 0.639504975 1 0.403047619 0.403047619 1 0.96788172 0.96788172 1 0.477598291 0.477598291 1 0.35110077 0.758036876 0.463171095 8 6 1 1 0.045825786 0.00000647 0.000855237 2.56E-18 0.014865828 0.0000152 0.00000649 8E-16 YES 1_1 1_1 1_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b 1 106021141 G A - - - - - - 34 0 0 67 3 4.5 37 3 8.1 93 4 4.3 137 8 5.8 280 0 0 571 13 2.3 575 28 4.9 1025 17 1.7 1301 38 2.9 TRUE TRUE 10 11 13 9.463171095 8 9 10 8 2 2 3 1 1 1 1 0.536828905 NA NA NA 8 NA NA NA 2 NA NA NA 0.463171095 0.788571429 0.788571429 1 1.599967742 1.599967742 1 1.208042735 1.208042735 1 0.727280167 0.727280167 1 0.403047619 0.403047619 1 0.96788172 0.96788172 1 0.477598291 0.477598291 1 0.363640084 0.785109622 0.463171095 8 6 1 1 0.004717431 0.0000089 0.000855237 8.32E-19 0.001280785 0.0000252 0.000000551 1.88E-17 YES 1_1 1_1 1_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b 1 106021160 G T - - - - - - 31 0 0 70 4 5.7 35 3 8.6 88 4 4.5 134 10 7.5 297 1 0.3 591 17 2.9 615 25 4.1 1113 21 1.9 1394 55 3.9 TRUE TRUE 10 11 13 9.463171095 8 9 10 8 2 2 3 1 1 1 1 0.536828905 NA NA NA 8 NA NA NA 2 NA NA NA 0.463171095 0.998857143 0.998857143 1 1.698731183 1.698731183 1 1.264230769 1.264230769 1 0.940448492 0.940448492 1 0.508190476 0.508190476 1 0.809860215 0.809860215 1 0.533786325 0.533786325 1 0.489033216 1.055837078 0.463171095 8 6 1 0.774339793 0.000440508 1.49E-08 0.000725791 3.62E-15 0.001043312 0.000000407 2.03E-09 8.83E-31 YES 1_1 1_1 1_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b 1 106021186 G C - - - - - - 27 0 0 62 3 4.8 32 2 6.2 85 2 2.4 135 7 5.2 295 0 0 587 21 3.6 619 22 3.6 1123 19 1.7 1386 59 4.3 TRUE TRUE 10 11 13 9.463171095 8 9 10 8 2 2 3 1 1 1 1 0.536828905 NA NA NA 8 NA NA NA 2 NA NA NA 0.463171095 0.841142857 0.841142857 1 1.224666667 1.224666667 1 0.67425641 0.67425641 1 0.652044288 0.652044288 1 0.630857143 0.630857143 1 0.711096774 0.711096774 1 0.477598291 0.477598291 1 0.539190469 1.16412806 0.463171095 8 6 1 1 0.003793816 6.05E-12 0.011224977 2.19E-12 0.067975933 0.00000662 0.00000619 1.2E-34 YES 1_1 1_1 0_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b 1 106032527 A T - - - - - - 32 0 0 84 0 0 34 0 0 88 0 0 133 7 5.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 10 11 13 9.463171095 8 9 10 8 2 2 3 1 1 1 1 0.536828905 NA NA NA 8 NA NA NA 2 NA NA NA 0.463171095 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.664583601 0.664583601 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.00000561 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 106051566 G C - - - - - - 37 0 0 54 3 5.6 38 0 0 74 3 4.1 142 6 4.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 10 11 13 9.463171095 8 9 10 8 2 2 3 1 1 1 1 0.536828905 NA NA NA 8 NA NA NA 2 NA NA NA 0.463171095 0.981333333 0.981333333 1 0 0 1 1.151854701 1.151854701 1 0.526651156 0.526651156 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.00256299 1 1 1 0.006220661 1 0.0000895 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 106102813 C A - - - - - - 44 0 0 55 3 5.5 46 1 2.2 73 4 5.5 132 13 9.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 10 11 13 9.463171095 8 9 10 8 2 2 3 1 1 1 1 0.536828905 NA NA NA 8 NA NA NA 2 NA NA NA 0.463171095 0.963809524 0.963809524 1 0.43455914 0.43455914 1 1.54517094 1.54517094 1 1.228852696 1.228852696 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.002700822 1 0.205924651 1 0.000516741 1 2.26E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 106181427 C A - - - - - - 26 0 0 49 3 6.1 23 1 4.3 82 3 3.7 106 8 7.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 10 11 13 9.463171095 8 9 10 8 2 2 3 1 1 1 1 0.536828905 NA NA NA 8 NA NA NA 2 NA NA NA 0.463171095 1.068952381 1.068952381 1 0.849365591 NA 0 1.039478632 1.039478632 1 0.940448492 0.940448492 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.001939399 1 0.108890944 1 0.008251578 1 7.62E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 106276754 C T - - - - - - 25 0 0 37 0 0 38 1 2.6 16 0 0 87 8 9.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 TRUE FALSE 10 11 13 9.463171095 8 9 10 8 2 2 3 1 1 1 1 0.536828905 NA NA NA 8 NA NA NA 2 NA NA NA 0.463171095 0 0 1 0.513569892 0.513569892 1 0 0 1 1.153616817 1.153616817 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 0 NA 0 8 NA 1 1 1 1 0.173434892 1 1 1 1.61E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 106475449 G C - - - - - - 35 0 0 55 0 0 38 1 2.6 93 0 0 106 11 10.4 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 10 11 13 9.463171095 8 9 10 8 2 2 3 1 1 1 1 0.536828905 NA NA NA 8 NA NA NA 2 NA NA NA 0.463171095 0 0 1 0.513569892 0.513569892 1 0 0 1 1.304088576 1.304088576 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 1 1 0.173434892 1 1 1 8.78E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 106545653 T A - - - - - - 33 0 0 47 1 2.1 22 0 0 73 0 0 99 13 13.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 FALSE FALSE 10 11 13 9.463171095 8 9 10 8 2 2 3 1 1 1 1 0.536828905 NA NA NA 8 NA NA NA 2 NA NA NA 0.463171095 0.368 NA 0 0 0 1 0 0 1 1.642650033 1.068856805 1.536828905 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 1 1 0.209895027 1 1 1 1 1 5.06E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 106650548 C A - - - - - - 24 0 0 51 0 0 29 0 0 91 0 0 107 6 5.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 10 11 13 9.463171095 8 9 10 8 2 2 3 1 1 1 1 0.536828905 NA NA NA 8 NA NA NA 2 NA NA NA 0.463171095 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.702201541 0.702201541 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.0000183 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 106784998 G C - - - - - - 28 0 0 44 1 2.3 25 2 8 70 2 2.9 78 9 11.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 10 11 13 9.463171095 8 9 10 8 2 2 3 1 1 1 1 0.536828905 NA NA NA 8 NA NA NA 2 NA NA NA 0.463171095 0.403047619 0.403047619 1 1.580215054 1.580215054 1 0.814726496 0.814726496 1 1.442021021 1.442021021 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.197923942 1 0.006948068 1 0.048267597 1 2.61E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 106814664 G C - - - - - - 32 0 0 55 0 0 30 0 0 78 0 0 113 12 10.6 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 1 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 10 11 13 9.463171095 8 9 10 8 2 2 3 1 1 1 1 0.536828905 NA NA NA 8 NA NA NA 2 NA NA NA 0.463171095 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.329167202 1.329167202 1 NA NA 1 0 NA 0 0 0 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 7.57E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 107078289 C G - - - - - - 26 0 0 45 0 0 33 0 0 88 0 0 110 13 11.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 11 13 9.463171095 3 9 10 8 2 2 3 1 1 1 1 0.536828905 NA NA NA 8 NA NA NA 2 NA NA NA 0.463171095 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 1.479638961 1.479638961 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.06E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 107080938 G C - - - - - - 32 0 0 37 0 0 21 0 0 44 0 0 99 6 6.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 11 13 9.463171095 3 9 10 8 2 2 3 1 1 1 1 0.536828905 NA NA NA 8 NA NA NA 2 NA NA NA 0.463171095 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 0.764898107 0.764898107 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.0000118 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 107148498 G C - - - - - - 27 0 0 33 1 3 25 0 0 73 1 1.4 103 13 12.6 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 5 4 9.463171095 3 3 2 8 2 2 2 1 1 1 1 0.536828905 NA NA NA 8 NA NA NA 2 NA NA NA 0.463171095 0.375714286 0.375714286 1 0 0 1 0.267316239 NA 0 1.579953467 1.579953467 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.15245715 1 1 1 0.306438632 1 8.6E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 107194527 G C - - - - - - 40 0 0 48 0 0 28 0 0 88 0 0 100 8 8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 5 4 9.463171095 3 3 2 8 2 2 2 1 1 1 1 0.536828905 NA NA NA 8 NA NA NA 2 NA NA NA 0.463171095 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 1.003145058 1.003145058 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 4.83E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 107292776 G A - - - - - - 24 0 0 34 2 5.9 25 1 4 93 1 1.1 107 6 5.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 5 4 9.463171095 3 3 2 8 2 2 2 1 1 1 1 0.536828905 NA NA NA 8 NA NA NA 2 NA NA NA 0.463171095 0.738904762 0.738904762 1 0.550107527 0.550107527 1 0.210034188 NA 0 0.702201541 0.702201541 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.012612579 1 0.117779757 1 0.372597118 1 0.0000183 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 107938970 G A NTNG1 CCDS44180.1 r.? - - intronic 36 0 0 37 0 0 21 0 0 75 0 0 37 5 13.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 4 3.355002252 3 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 0.644997748 NA NA NA 2 NA NA NA 2 NA NA NA 0.355002252 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.868204492 0.868204492 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.00000119 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 111088421 C A - - - - - - 38 0 0 32 3 9.4 21 3 14.3 71 4 5.6 60 10 16.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 4 3.355002252 3 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 0.644997748 NA NA NA 2 NA NA NA 2 NA NA NA 0.355002252 1.177238095 1.177238095 1 1.966634409 1.966634409 1 1.069264957 1.069264957 1 1.074001112 1.074001112 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000556213 1 0.000155401 1 0.000464961 1 5.86E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 111317458 C G - - - - - - 30 0 0 31 0 0 22 0 0 49 0 0 40 4 10 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 4 3.355002252 3 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 0.644997748 NA NA NA 2 NA NA NA 2 NA NA NA 0.355002252 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.643114438 0.643114438 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.0000495 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 111606990 T C - - - - - - 28 0 0 35 2 5.7 21 0 0 59 2 3.4 50 7 14 3 0 0 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 4 3.355002252 3 3 2 2 2 2 2 1 1 1 1 0.644997748 NA NA NA 2 NA NA NA 2 NA NA NA 0.355002252 0.713857143 0.713857143 1 0 0 1 0.649196581 0.649196581 1 0.900360214 0.900360214 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.013332991 1 1 1 0.035441897 1 6.46E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 115468009 G A SYCP1 CCDS879.1 r.? - - intronic 35 0 0 31 1 3.2 17 0 0 66 1 1.5 57 11 19.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 9 3.355002252 3 3 7 2 2 2 2 1 1 1 1 0.644997748 NA NA NA 2 NA NA NA 2 NA NA NA 0.355002252 0.400761905 0.400761905 1 0 0 1 0.361410256 0.361410256 1 1.241210866 1.241210866 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.143917729 1 1 1 0.281671117 1 7.29E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 116234025 A T VANGL1 CCDS883.1 r.1871a>u c.? p.? 3'UTR variant 28 0 0 54 3 5.6 21 2 9.5 64 0 0 61 11 18 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 9 3.355002252 3 3 7 2 2 2 2 1 1 1 1 0.644997748 NA NA NA 2 NA NA NA 2 NA NA NA 0.355002252 0.701333333 0.701333333 1 1.306505376 1.306505376 1 0 0 1 1.157605989 1.157605989 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.00256299 1 0.004928472 1 1 1 1.62E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 116892366 T G - - - - - - 35 0 0 45 0 0 25 0 0 72 0 0 54 8 14.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 7 3.355002252 3 3 4 2 2 2 3 1 1 1 1 0.644997748 NA NA NA 2 NA NA NA 2 NA NA NA 0.355002252 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.951809369 0.951809369 1 NA NA 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 3.31E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 117212169 C A IGSF3 CCDS30813.1 r.? - - upstream 26 0 0 33 4 12.1 25 1 4 53 1 1.9 57 10 17.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 7 3.355002252 3 3 4 2 2 2 3 1 1 1 1 0.644997748 NA NA NA 2 NA NA NA 2 NA NA NA 0.355002252 1.515380952 1.515380952 1 0.550107527 0.550107527 1 0.419786325 0.419786325 1 1.125450267 1.125450267 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.0000228 1 0.117779757 1 0.233303855 1 3.4E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 117222394 C G - - - - - - 25 0 0 33 2 6.1 21 1 4.8 46 3 6.5 44 10 22.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 7 3.355002252 3 3 4 2 2 2 3 1 1 1 1 0.644997748 NA NA NA 2 NA NA NA 2 NA NA NA 0.355002252 0.763952381 0.763952381 1 0.660129032 0.660129032 1 1.436111111 1.436111111 1 1.459869775 1.459869775 1 NA NA 1 NA NA 0 0 0 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.011909843 1 0.099912572 1 0.001615827 1 2.08E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 118328305 G C - - - - - - 26 0 0 40 5 12.5 24 3 12.5 67 0 0 50 5 10 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 7 3.355002252 3 3 4 2 2 2 3 1 1 1 1 0.644997748 NA NA NA 2 NA NA NA 2 NA NA NA 0.355002252 1.56547619 1.56547619 1 1.719086022 1.719086022 1 0 0 1 0.643114438 0.643114438 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.00000178 1 0.000233853 1 1 1 0.00000549 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 118328314 C A - - - - - - 27 0 0 40 5 12.5 20 2 10 68 0 0 51 5 9.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 7 3.355002252 3 3 4 2 2 2 3 1 1 1 1 0.644997748 NA NA NA 2 NA NA NA 2 NA NA NA 0.355002252 1.56547619 1.56547619 1 1.375268817 1.375268817 1 0 0 1 0.63025215 0.63025215 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.00000178 1 0.004473894 1 1 1 0.00000606 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 118328353 G A - - - - - - 32 0 0 54 5 9.3 21 1 4.8 76 0 0 56 10 17.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 7 3.355002252 3 3 4 2 2 2 3 1 1 1 1 0.644997748 NA NA NA 2 NA NA NA 2 NA NA NA 0.355002252 1.164714286 1.164714286 1 0.660129032 0.660129032 1 0 0 1 1.151174845 1.151174845 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.00000806 1 0.099912572 1 1 1 2.82E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 119055884 A G - - - - - - 35 0 0 47 2 4.3 27 2 7.4 70 4 5.7 50 6 12 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 1 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 7 3.355002252 3 3 4 2 2 2 3 1 1 1 1 0.644997748 NA NA NA 2 NA NA NA 2 NA NA NA 0.355002252 0.53852381 0.53852381 1 1.017698925 1.017698925 1 1.259358974 1.259358974 1 0.771737326 0.771737326 1 NA NA 1 0 NA 0 0 0 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.02328732 1 0.00807567 1 0.000440508 1 0.000000206 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 119220334 A T - - - - - - 38 0 0 32 0 0 17 0 0 53 0 0 55 8 14.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 7 3.355002252 3 3 4 2 2 2 3 1 1 1 1 0.644997748 NA NA NA 2 NA NA NA 2 NA NA NA 0.355002252 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.932515936 0.932515936 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 3.86E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 119842571 G T - - - - - - 34 0 0 37 0 0 26 0 0 76 0 0 88 10 11.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 7 3.355002252 3 3 4 2 2 2 3 1 1 1 1 0.644997748 NA NA NA 2 NA NA NA 2 NA NA NA 0.355002252 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.73315046 0.73315046 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 3.09E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 142835977 C G - - - - - - 183 0 0 156 6 3.8 91 2 2.2 314 4 1.3 314 17 5.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 7 3.355002252 3 3 4 2 2 2 3 1 1 1 1 0.644997748 NA NA NA 2 NA NA NA 2 NA NA NA 0.355002252 0.475904762 0.475904762 1 0.30255914 0.30255914 1 0.287222222 0.287222222 1 0.347281797 0.978252376 0.355002252 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.00014967 1 0.076482202 1 0.074251712 1 9.52E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 143286435 C A - - - - - - 52 0 0 41 0 0 26 0 0 55 0 0 83 10 12 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 5 7 3.355002252 3 3 4 2 2 2 3 1 1 1 1 0.644997748 NA NA NA 2 NA NA NA 2 NA NA NA 0.355002252 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 0.771737326 0.771737326 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.7E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 148922717 G T - - - - - - 49 0 0 58 0 0 25 0 0 90 0 0 96 6 6.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5.461463207 6 2 4.537402221 4 5 2 3 1 1 0 1 0.538536793 1 1 0.462597779 5 NA NA 4 1 NA NA 1 0.461463207 NA NA 0.537402221 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 0.47203975 0.878373277 0.537402221 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.00000986 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 149070805 G A - - - - - - 23 0 0 44 3 6.8 32 1 3.1 50 3 6 68 8 11.8 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5.461463207 6 2 4.537402221 4 5 2 3 1 1 0 1 0.538536793 1 1 0.462597779 5 NA NA 4 1 NA NA 1 0.461463207 NA NA 0.537402221 0.882998546 0.882998546 1 0.457333333 0.457333333 1 1.025641026 1.025641026 1 0.898398234 0.898398234 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.00142027 1 0.14819814 1 0.002055544 1 2.21E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 149071085 G T - - - - - - 21 0 0 39 0 0 16 0 0 49 0 0 57 4 7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5.461463207 6 2 4.537402221 4 5 2 3 1 1 0 1 0.538536793 1 1 0.462597779 5 NA NA 4 1 NA NA 1 0.461463207 NA NA 0.537402221 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 0.532948105 0.532948105 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000199821 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 149121293 T C - - - - - - 31 0 0 26 2 7.7 15 1 6.7 67 0 0 67 8 11.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5.461463207 6 2 4.537402221 4 5 2 3 1 1 0 1 0.538536793 1 1 0.462597779 5 NA NA 4 1 NA NA 1 0.461463207 NA NA 0.537402221 0.999866 0.999866 1 0.988430108 0.988430108 1 0 NA 0 0.906011778 0.906011778 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.007502227 1 0.072431031 1 1 1 1.96E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 150085140 G T VPS45 CCDS944.1 r.? - - intronic 32 0 0 53 0 0 23 0 0 64 0 0 75 6 8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5.461463207 6 2 4.537402221 4 5 2 3 1 1 0 1 0.538536793 1 1 0.462597779 5 NA NA 4 1 NA NA 1 0.461463207 NA NA 0.537402221 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 0.609083548 0.609083548 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.00000234 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 150865736 C T - - - - - - 42 0 0 47 0 0 29 0 0 66 0 0 74 11 14.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5.461463207 6 2 4.537402221 4 5 2 3 1 1 0 1 0.538536793 1 1 0.462597779 5 NA NA 4 1 NA NA 1 0.461463207 NA NA 0.537402221 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 1.134418109 1.134418109 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.53E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 151599541 G T SNX27 CCDS1001.1 r.? - - intronic 32 0 0 42 0 0 24 1 4.2 57 1 1.8 67 7 10.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5.461463207 6 2 4.537402221 4 5 2 3 1 1 0 1 0.538536793 1 1 0.462597779 5 NA NA 4 1 NA NA 1 0.461463207 NA NA 0.537402221 0 0 1 0.619612903 0.619612903 1 0.307692308 NA 0 0.791808613 0.791808613 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 0.113346489 1 0.248523156 1 5.23E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 151727127 T G MRPL9 CCDS1003.1 r.? - - downstream 43 0 0 58 0 0 34 0 0 62 0 0 68 6 8.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5.461463207 6 2 4.537402221 4 5 2 3 1 1 0 1 0.538536793 1 1 0.462597779 5 NA NA 4 1 NA NA 1 0.461463207 NA NA 0.537402221 0 NA 0 0 0 1 0 NA 0 0.669991903 0.669991903 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.00000131 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 151908636 A G - - - - - - 36 0 0 44 0 0 39 0 0 60 0 0 75 10 13.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5.461463207 6 2 4.537402221 4 5 2 3 1 1 0 1 0.538536793 1 1 0.462597779 5 NA NA 4 1 NA NA 1 0.461463207 NA NA 0.537402221 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 1.012601399 1.012601399 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 6.02E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 152661562 G A LCE2B CCDS1020.1 r.? - - downstream 38 0 0 43 0 0 17 0 0 62 0 0 52 10 19.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5.461463207 6 2 4.537402221 4 5 2 3 1 1 0 1 0.538536793 1 1 0.462597779 5 NA NA 4 1 NA NA 1 0.461463207 NA NA 0.537402221 0 NA 0 0 0 1 0 NA 0 1.461800516 1.461800516 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.28E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 152806333 C G - - - - - - 35 0 0 48 3 6.2 23 2 8.7 67 1 1.5 72 14 19.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 FALSE FALSE 5.461463207 6 2 4.537402221 4 5 2 3 1 1 0 1 0.538536793 1 1 0.462597779 5 NA NA 4 1 NA NA 1 0.461463207 NA NA 0.537402221 0.805086909 0.805086909 1 1.283483871 1.283483871 1 0.256410256 NA 0 1.477027604 1.477027604 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 0 0 1 NA NA 1 1 0.001827434 1 0.00589844 1 0.285262761 1 1.39E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 13252651 C T SHISA9 CCDS45417.1 r.? - - intronic 33 1 3 29 5 17.2 22 4 18.2 54 24 44.4 49 23 46.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 12 2 2 2 12 2 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.638095238 1.638095238 1 1.956989247 1.956989247 1 12.02974359 1.002478632 12 2.38071066 1.19035533 2 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 0.15245715 1 0.000000336 1 0.00000425 1 7.24E-41 1 6.14E-40 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 154484140 G A TDRD10 CCDS30878.2 r.? - - intronic 28 0 0 50 0 0 21 0 0 29 0 0 58 10 17.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5.461463207 6 2 4.537402221 4 5 2 3 1 1 0 1 0.538536793 1 1 0.462597779 5 NA NA 4 1 NA NA 1 0.461463207 NA NA 0.537402221 0 NA 0 0 0 1 0 NA 0 1.309529629 1.309529629 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 4.1E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 154943301 G C SHC1 CCDS44233.1 r.? - - upstream 18 0 0 34 0 0 25 0 0 16 0 0 71 7 9.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5.461463207 6 2 4.537402221 4 5 2 3 1 1 0 1 0.538536793 1 1 0.462597779 5 NA NA 4 1 NA NA 1 0.461463207 NA NA 0.537402221 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 0.753740891 0.753740891 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 7.85E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 155053925 C T EFNA3 CCDS1090.1 r.? - - intronic 28 0 0 55 3 5.5 20 0 0 39 0 0 84 10 11.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5.461463207 6 2 4.537402221 4 5 2 3 1 1 0 1 0.538536793 1 1 0.462597779 5 NA NA 4 1 NA NA 1 0.461463207 NA NA 0.537402221 0.71419 0.71419 1 0 0 1 0 NA 0 0.906011778 0.906011778 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.002700822 1 1 1 1 1 1.93E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 157531206 C G - - - - - - 29 0 0 46 0 0 25 0 0 78 0 0 50 6 12 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5.461463207 6 2 4.537402221 4 5 2 3 1 1 0 1 0.538536793 1 1 0.462597779 5 NA NA 4 1 NA NA 1 0.461463207 NA NA 0.537402221 0 NA 0 0 0 1 0 NA 0 0.913625322 0.913625322 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000000206 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 157683691 C G - - - - - - 42 0 0 47 3 6.4 31 0 0 64 4 6.2 85 8 9.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5.461463207 6 2 4.537402221 4 5 2 3 1 1 0 1 0.538536793 1 1 0.462597779 5 NA NA 4 1 NA NA 1 0.461463207 NA NA 0.537402221 0.831057455 0.831057455 1 0 0 1 1.05982906 1.05982906 1 0.715673169 0.715673169 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.001719595 1 1 1 0.000312605 1 1.34E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 157934423 T C - - - - - - 26 0 0 54 1 1.9 26 2 7.7 79 2 2.5 62 5 8.1 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5.461463207 6 2 4.537402221 4 5 2 3 1 1 0 1 0.538536793 1 1 0.462597779 5 NA NA 4 1 NA NA 1 0.461463207 NA NA 0.537402221 0.246720182 0.246720182 1 1.135956989 1.135956989 1 0.427350427 0.427350427 1 0.616697093 0.616697093 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.237137336 1 0.007502227 1 0.059811146 1 0.000016 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 158212746 C T - - - - - - 27 0 0 34 5 14.7 15 0 0 60 3 5 66 14 21.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5.461463207 6 2 4.537402221 4 5 2 3 1 1 0 1 0.538536793 1 1 0.462597779 5 NA NA 4 1 NA NA 1 0.461463207 NA NA 0.537402221 1.908835091 1.908835091 1 0 0 1 0.854700855 0.854700855 1 1.614071403 1.049869306 1.537402221 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000000771 1 1 1 0.003458198 1 3.71E-19 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 158379441 T C - - - - - - 32 0 0 71 4 5.6 43 3 7 117 0 0 141 8 5.7 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 12 12 12 11 11 11 11 10 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.093333333 1.093333333 1 1.452688172 1.452688172 1 0 0 1 0.802340102 0.802340102 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.000464961 1 0.001328364 1 1 1 0.000000685 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 158575318 C T SPTA1 CCDS41423.1 r.? - - downstream 43 0 0 69 3 4.3 26 1 3.8 93 5 5.4 129 9 7 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 12 12 12 11 11 11 11 10 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.83952381 0.83952381 1 0.788602151 0.788602151 1 1.463076923 1.463076923 1 0.985329949 0.985329949 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.005121501 1 0.122190858 1 0.000112692 1 2.33E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 158668799 T C OR6K2 CCDS30902.1 r.? - - downstream 29 0 0 61 4 6.6 38 4 10.5 82 3 3.7 139 14 10.1 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 12 12 12 11 11 11 11 10 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.288571429 1.288571429 1 2.179032258 2.179032258 1 1.002478632 1.002478632 1 1.421690355 1.421690355 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000259828 1 0.0000403 1 0.008251578 1 1.99E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 158761362 C T - - - - - - 30 0 0 63 3 4.8 45 1 2.2 56 2 3.6 116 9 7.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 12 12 12 11 11 11 11 10 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.937142857 0.937142857 1 0.45655914 0.45655914 1 0.975384615 0.975384615 1 1.097939086 1.097939086 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.003968795 1 0.201934322 1 0.032213353 1 9.2E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 158830747 C T - - - - - - 23 0 0 60 3 5 27 3 11.1 42 2 4.8 104 12 11.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 12 12 12 11 11 11 11 10 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.976190476 0.976190476 1 2.303548387 2.303548387 1 1.300512821 1.300512821 1 1.618756345 1.618756345 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.003458198 1 0.000334187 1 0.018854633 1 2.76E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 158834862 C A - - - - - - 36 0 0 59 1 1.7 31 1 3.2 55 0 0 124 10 8.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 12 12 12 11 11 11 11 10 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.331904762 0.331904762 1 0.664086022 0.664086022 1 0 0 1 1.140167513 1.140167513 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.256019138 1 0.143917729 1 1 1 9.49E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 158946012 G T PYHIN1 CCDS1178.1 r.? - - intronic 29 0 0 77 0 0 48 0 0 101 0 0 125 9 7.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 12 12 12 11 11 11 11 10 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.013482234 1.013482234 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.77E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 159107476 G C AIM2 ENST00000411768 r.? - - intronic 35 0 0 67 0 0 37 0 0 61 0 0 127 10 7.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 12 12 12 11 11 11 11 10 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.112015228 1.112015228 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.2E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 159116895 T A AIM2 ENST00000411768 r.? - - upstream 33 0 0 84 0 0 38 0 0 96 0 0 119 8 6.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 12 12 12 11 11 11 11 10 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.943101523 0.943101523 1 NA NA 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000000187 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 159642881 G C - - - - - - 29 0 0 56 2 3.6 36 2 5.6 81 0 0 132 8 6.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 12 12 12 11 11 11 11 10 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.702857143 0.702857143 1 1.162150538 1.162150538 1 0 0 1 0.85864467 0.85864467 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.032213353 1 0.014070883 1 1 1 0.000000415 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 159703052 G C - - - - - - 44 0 0 80 0 0 34 0 0 101 0 0 134 19 14.2 2 0 0 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 12 12 12 11 11 11 11 10 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.998812183 0.999406091 2 NA NA 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 6.18E-22 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 160049842 C T KCNJ9 CCDS1194.1 r.? - - upstream 31 0 0 70 5 7.1 41 2 4.9 99 2 2 129 10 7.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 12 12 12 11 11 11 11 10 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.386190476 1.386190476 1 1.01688172 1.01688172 1 0.541880342 0.541880342 1 1.097939086 1.097939086 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.0000289 1 0.018015855 1 0.088307921 1 1.4E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 160425601 C T - - - - - - 27 0 0 58 4 6.9 38 2 5.3 47 3 6.4 132 13 9.8 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 12 12 12 11 11 11 11 10 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.347142857 1.347142857 1 1.099892473 1.099892473 1 1.734017094 1.734017094 1 1.379461929 1.379461929 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000213772 1 0.015598339 1 0.001719595 1 2.26E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 160528813 G A CD84 CCDS1206.1 r.? - - intronic 36 0 0 64 0 0 43 0 0 97 0 0 128 8 6.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 12 12 12 11 11 11 11 10 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.872720812 0.872720812 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000000328 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 160597817 G A SLAMF1 CCDS1207.1 r.? - - intronic 30 0 0 71 1 1.4 34 2 5.9 84 4 4.8 106 11 10.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 12 12 12 11 11 11 11 10 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.273333333 0.273333333 1 1.224408602 1.224408602 1 1.300512821 1.300512821 1 1.463918782 1.463918782 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.299450652 1 0.012612579 1 0.000877031 1 8.78E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 160677895 C T CD48 CCDS1208.1 r.? - - intronic 31 0 0 77 0 0 34 0 0 113 0 0 119 11 9.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 12 12 12 11 11 11 11 10 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.295005076 1.295005076 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 3.14E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 160808624 G A CD244 CCDS1210.1 r.? - - intronic 35 0 0 63 4 6.3 19 1 5.3 60 3 5 105 9 8.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 12 12 12 11 11 11 11 10 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.23 1.23 1 1.099892473 1.099892473 1 1.354700855 1.354700855 1 1.210548223 1.210548223 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000294233 1 0.090843738 1 0.003458198 1 3.81E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 160863235 C G - - - - - - 36 0 0 68 0 0 45 0 0 74 0 0 140 9 6.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 12 12 12 11 11 11 11 10 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.900873096 0.900873096 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 4.75E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 160866069 G A - - - - - - 34 0 0 55 0 0 46 0 0 113 0 0 123 7 5.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 2 100 TRUE FALSE 12 12 12 11 11 11 11 10 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.802340102 0.802340102 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 14.07614213 1.407614213 10 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.00000334 0.000025 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 161042821 G A ARHGAP30 CCDS30918.1 r.? - - upstream 23 0 0 66 0 0 35 0 0 16 0 0 141 15 10.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 12 12 12 11 11 11 11 10 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.492071066 1.492071066 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.03E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 161157426 C G ADAMTS4 CCDS1223.1 r.? - - downstream 25 0 0 59 0 0 49 0 0 72 0 0 133 9 6.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 12 12 12 11 11 11 11 10 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.957177665 0.957177665 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 3.04E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 161314036 C T SDHC CCDS1230.1 r.? - - intronic 31 0 0 86 3 3.5 39 1 2.6 35 0 0 125 6 4.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 12 12 12 11 11 11 11 10 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.683333333 0.683333333 1 0.539569892 0.539569892 1 0 0 1 0.675654822 0.675654822 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.009396251 1 0.177567718 1 1 1 0.0000441 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 161413308 C A - - - - - - 9 0 0 19 1 5.3 12 4 33.3 4 0 0 43 13 30.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 12 12 12 11 11 11 11 10 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.034761905 1.034761905 1 6.910645161 0.987235023 7 0 0 1 4.250994924 1.062748731 4 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.090843738 1 0.0000003 1 1 1 3.88E-20 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 161881226 T A ATF6 CCDS1235.1 r.? - - intronic 32 0 0 52 0 0 29 0 0 92 0 0 90 9 10 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 8 8 10 7 7 7 8 6 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.007614213 1.007614213 1 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 9.58E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 161970766 G A OLFML2B CCDS1236.1 r.? - - intronic 30 0 0 44 0 0 25 0 0 93 0 0 118 13 11 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 8 8 10 7 7 7 8 6 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.108375635 1.108375635 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 5.21E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 162169711 C G NOS1AP CCDS1237.1 r.? - - intronic 25 0 0 47 0 0 29 0 0 79 0 0 61 9 14.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 8 8 10 7 7 7 8 6 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.491269036 1.491269036 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.68E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 162843481 C G C1orf110 ENST00000367912 r.? - - upstream 29 0 0 47 0 0 34 0 0 88 0 0 90 10 11.1 1 0 0 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 8 8 10 7 7 7 8 6 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.118451777 1.118451777 1 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 3.88E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 162898342 A G - - - - - - 31 0 0 55 4 7.3 24 1 4.2 71 4 5.6 81 6 7.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 8 8 10 7 7 7 8 6 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.133238095 1.133238095 1 0.703612903 NA 0 1.405264957 1.405264957 1 0.745634518 0.745634518 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000173903 1 0.113346489 1 0.000464961 1 0.00000368 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 163424891 A T - - - - - - 31 0 0 51 0 0 18 0 0 93 0 0 113 14 12.4 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 8 8 10 7 7 7 8 6 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.249441624 1.249441624 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.05E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 163532735 G C - - - - - - 30 0 0 50 0 0 30 0 0 61 0 0 83 8 9.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 1 0 0 TRUE FALSE 8 8 10 7 7 7 8 6 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.967309645 0.967309645 1 NA NA 1 NA NA 1 0 0 1 0 NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000000011 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 163783857 T C - - - - - - 32 0 0 48 0 0 32 0 0 86 0 0 92 13 14.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 8 8 10 7 7 7 8 6 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.420736041 1.420736041 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.89E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 163975779 A G - - - - - - 21 0 0 47 1 2.1 25 3 12 65 2 3.1 70 11 15.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 8 8 10 7 7 7 8 6 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.326 0.326 1 2.010322581 2.010322581 1 0.77791453 0.77791453 1 1.581954315 1.581954315 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.209895027 1 0.00026475 1 0.042252341 1 8.06E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 164526813 T A PBX1 CCDS1246.1 r.? - - upstream 26 0 0 51 3 5.9 18 0 0 72 3 4.2 103 5 4.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 8 8 10 7 7 7 8 6 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.915904762 0.915904762 1 0 0 1 1.053948718 1.053948718 1 0.493730964 0.493730964 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.002175924 1 1 1 0.00576558 1 0.000182144 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 165373931 G T RXRG CCDS1248.1 r.? - - intronic 37 0 0 42 3 7.1 22 2 9.1 78 2 2.6 93 10 10.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 8 8 10 7 7 7 8 6 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.102190476 1.102190476 1 1.524494624 1.524494624 1 0.652444444 0.652444444 1 1.08822335 1.08822335 1 NA NA 0 NA NA 1 0 0 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.001240292 1 0.005403392 1 0.058485548 1 5.41E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 166286582 C G - - - - - - 33 0 0 47 3 6.4 28 1 3.6 70 0 0 96 6 6.2 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 8 8 10 7 7 7 8 6 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.99352381 0.99352381 1 0.603096774 0.603096774 1 0 0 1 0.624720812 0.624720812 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.001719595 1 0.130947004 1 1 1 0.00000986 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 166386833 A G - - - - - - 37 0 0 50 0 0 31 0 0 71 0 0 93 10 10.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 8 8 10 7 7 7 8 6 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.08822335 1.08822335 1 NA NA 0 NA NA 1 0 0 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 5.41E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 166427907 G C - - - - - - 29 0 0 32 0 0 27 1 3.7 57 1 1.8 88 12 13.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 8 8 10 7 7 7 8 6 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0.619849462 0.619849462 1 0.451692308 0.451692308 1 1.37035533 1.37035533 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 1 1 0.126579904 1 0.248523156 1 3.53E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 166561138 T A - - - - - - 30 0 0 37 2 5.4 28 1 3.6 66 1 1.5 98 11 11.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 8 8 10 7 7 7 8 6 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.838285714 0.838285714 1 0.603096774 NA 0 0.376410256 0.376410256 1 1.128527919 1.128527919 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.014826063 1 0.130947004 1 0.281671117 1 3.67E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 167098063 G A DUSP27 CCDS30932.1 r.3861g>a c.? p.? 3'UTR variant 32 0 0 63 0 0 27 0 0 69 0 0 101 8 7.9 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 2 0 0 TRUE FALSE 8 8 10 10 7 7 8 9 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.033015228 1.033015228 1 NA NA 0 0 0 1 NA NA 0 0 NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 5.22E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 167255188 T C POU2F1 CCDS1259.1 r.? - - intronic 34 0 0 64 4 6.2 44 1 2.3 74 4 5.4 110 8 7.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 8 8 10 10 7 7 8 9 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.96247619 0.96247619 1 0.385311828 0.385311828 1 1.355076923 1.355076923 1 0.954558376 0.954558376 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000312605 1 0.197923942 1 0.00054411 1 0.000000102 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 167283391 C T POU2F1 CCDS1259.1 r.? - - intronic 27 0 0 53 2 3.8 42 2 4.8 69 1 1.4 116 12 10.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 8 8 10 10 7 7 8 9 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.589904762 0.589904762 1 0.804129032 0.804129032 1 0.351316239 0.351316239 1 1.34684264 1.34684264 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.029108399 1 0.018854633 1 0.292392265 1 1.04E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 167454591 G T CD247 CCDS1260.1 r.? - - intronic 31 0 0 35 2 5.7 25 3 12 29 0 0 70 9 12.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 TRUE FALSE 5 5 7 4 4 4 5 3 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.713857143 0.713857143 1 1.650322581 1.650322581 1 0 0 1 0.912822335 0.912822335 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 0 NA 0 8 NA 1 1 0.013332991 1 0.00026475 1 1 1 9.65E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 167509296 T C CREG1 CCDS1262.1 r.? - - downstream 27 0 0 37 0 0 25 0 0 18 0 0 69 12 17.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 7 4 4 4 5 3 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.231248731 1.231248731 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.65E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 168841696 T C - - - - - - 25 0 0 44 0 0 31 0 0 66 0 0 72 14 19.4 2 0 0 2 0 0 0 0 NA 2 0 0 2 0 0 TRUE FALSE 5 5 7 4 4 4 5 3 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.372771574 1.372771574 1 0 NA 0 NA NA 1 0 0 1 0 NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.39E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 169233734 A T NME7 CCDS1277.1 r.? - - intronic 35 0 0 39 1 2.6 21 2 9.5 78 2 2.6 63 8 12.7 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 7 4 4 4 5 3 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.325619048 0.325619048 1 1.306505376 1.306505376 1 0.574444444 0.574444444 1 0.898670051 0.898670051 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.177567718 1 0.004928472 1 0.058485548 1 1.18E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 169665759 G C SELL ENST00000236147 r.? - - intronic 42 0 0 37 0 0 21 0 0 88 0 0 80 9 11.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 2 0 0 TRUE FALSE 5 5 7 4 4 4 5 3 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.792527919 0.792527919 1 NA NA 0 NA NA 0 0 0 1 0 NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 3.29E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 169822616 C G C1orf112 CCDS1285.1 r.3750c>g c.? p.? 3'UTR variant 38 0 0 37 4 10.8 21 1 4.8 62 0 0 79 10 12.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 7 4 4 4 5 3 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.352571429 1.352571429 1 0.660129032 0.660129032 1 0 0 1 0.898670051 0.898670051 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.0000362 1 0.099912572 1 1 1 1.03E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 170017272 A G KIFAP3 CCDS1288.1 r.? - - intronic 38 0 0 42 1 2.4 15 2 13.3 68 1 1.5 51 5 9.8 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 7 4 4 4 5 3 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.300571429 0.300571429 1 1.829107527 1.829107527 1 0.331410256 0.331410256 1 0.693461929 0.693461929 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.189842622 1 0.002513772 1 0.288836448 1 0.00000606 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 171110786 A G FMO6P ENST00000367754 r.? - - intronic 34 0 0 37 0 0 30 0 0 69 0 0 57 8 14 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 7 4 4 4 5 3 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.990659898 0.990659898 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 5.19E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 171439894 G A - - - - - - 23 0 0 42 0 0 28 0 0 66 1 1.5 58 11 19 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 7 4 4 4 5 3 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.331410256 0.331410256 1 1.344467005 1.344467005 1 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.281671117 1 8.96E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 172544128 G A C1orf9 CCDS1303.1 r.? - - intronic 42 0 0 45 0 0 18 0 0 67 0 0 85 12 14.1 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 7 4 4 4 5 3 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.997736041 0.997736041 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.29E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 172861008 G A - - - - - - 26 0 0 38 2 5.3 28 2 7.1 91 0 0 68 11 16.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 7 4 4 4 5 3 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.663761905 0.663761905 1 0.97644086 0.97644086 1 0 0 1 1.146335025 1.146335025 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.015598339 1 0.008668191 1 1 1 5.76E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 174388749 C G RABGAP1L CCDS1314.1 r.? - - intronic 34 0 0 45 4 8.9 24 3 12.5 63 2 3.2 67 10 14.9 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 7 4 4 4 5 3 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.114619048 1.114619048 1 1.719086022 1.719086022 1 0.707008547 0.707008547 1 1.054345178 1.054345178 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.0000791 1 0.000233853 1 0.03993132 1 1.87E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 174574173 G C RABGAP1L CCDS1314.1 r.? - - intronic 26 0 0 38 0 0 18 0 0 69 0 0 62 7 11.3 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 7 4 4 4 5 3 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.799604061 0.799604061 1 NA NA 0 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 3.02E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 176517694 C T PAPPA2 CCDS41438.1 r.? - - intronic 35 0 0 57 4 7 32 3 9.4 75 4 5.3 66 12 18.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 7 4 4 4 5 3 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.876666667 0.876666667 1 1.292752688 1.292752688 1 1.170982906 1.170982906 1 1.287857868 1.287857868 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000199821 1 0.000556213 1 0.000572493 1 9.36E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 176604369 A T PAPPA2 CCDS41438.1 r.? - - intronic 26 0 0 29 0 0 35 0 0 77 0 0 57 12 21.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 7 4 4 4 5 3 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.49306599 1.49306599 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.4E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 176949637 C A ASTN1 CCDS1319.1 r.? - - intronic 32 0 0 33 3 9.1 22 0 0 70 1 1.4 59 7 11.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 7 4 4 4 5 3 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.139666667 1.139666667 1 0 0 1 0.309316239 0.309316239 1 0.842060914 0.842060914 1 NA NA 0 NA NA 1 0 0 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000609557 1 1 1 0.295930304 1 2.12E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 177526971 T C - - - - - - 48 0 0 59 0 0 29 0 0 69 0 0 78 17 21.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 5 7 4 4 4 5 3 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 1.542598985 0.771299492 2 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 3.59E-23 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 178816999 G A RALGPS2 CCDS1325.1 r.? - - intronic 24 0 0 34 0 0 14 0 0 58 0 0 46 6 13 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 7 4 4 4 5 3 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.919898477 0.919898477 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000000123 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 179768295 C G FAM163A CCDS1333.1 r.? - - intronic 35 0 0 65 3 4.6 27 1 3.7 60 3 5 79 12 15.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 5 7 4 4 4 5 3 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.576095238 0.576095238 1 0.508849462 NA 0 1.104700855 1.104700855 1 1.075573604 1.075573604 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.004333293 1 0.126579904 1 0.003458198 1 9.17E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 179797245 C T - - - - - - 36 0 0 40 0 0 21 0 0 69 0 0 67 7 10.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 7 4 4 4 5 3 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.735918782 0.735918782 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 5.23E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 181750791 G A CACNA1E ENST00000367573 r.? - - intronic 27 0 0 44 0 0 27 0 0 38 0 0 64 7 10.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 TRUE FALSE 5 5 7 4 4 4 5 3 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.771299492 0.771299492 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 0 NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 3.78E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 182079844 C A - - - - - - 41 0 0 37 3 8.1 24 1 4.2 90 2 2.2 67 9 13.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 7 4 4 4 5 3 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.014428571 1.014428571 1 0.577612903 0.577612903 1 0.486068376 0.486068376 1 0.948203046 0.948203046 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000855237 1 0.113346489 1 0.075041956 1 6.43E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 183372397 C G NMNAT2 CCDS1353.1 r.? - - intronic 32 0 0 42 4 9.5 27 0 0 54 0 0 58 10 17.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 7 4 4 4 5 3 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.189761905 1.189761905 1 0 0 1 0 0 1 1.217096447 1.217096447 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.0000601 1 1 1 1 1 4.1E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 183786037 C T RGL1 CCDS1359.1 r.? - - intronic 25 0 0 46 0 0 18 0 0 64 0 0 61 15 24.6 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 7 4 4 4 5 3 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.740730964 0.870365482 2 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.73E-21 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 185218699 T A C1orf26 CCDS1367.1 r.? - - intronic 27 0 0 40 1 2.5 29 0 0 44 0 0 66 10 15.2 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 7 4 4 4 5 3 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.313095238 0.313095238 1 0 0 1 0 0 1 1.075573604 1.075573604 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.181679879 1 1 1 1 1 1.6E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 186098006 G C HMCN1 CCDS30956.1 r.? - - intronic 26 0 0 43 3 7 21 1 4.8 63 0 0 76 10 13.2 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 7 4 4 4 5 3 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.876666667 0.876666667 1 0.660129032 0.660129032 1 0 0 1 0.934050761 0.934050761 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.001328364 1 0.099912572 1 1 1 6.9E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 186181605 G A - - - - - - 32 0 0 47 0 0 29 0 0 74 0 0 69 8 11.6 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA FALSE FALSE 5 5 7 4 4 4 5 3 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 0.820832487 0.820832487 1 NA NA 0 NA NA 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.49E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 187330795 A T - - - - - - 34 0 0 44 0 0 20 0 0 67 0 0 65 8 12.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 7 4 4 4 5 3 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.870365482 0.870365482 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.53E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 187342866 T C - - - - - - 32 0 0 47 4 8.5 28 0 0 66 3 4.5 56 9 16.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 7 4 4 4 5 3 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.06452381 1.06452381 1 0 0 1 0.994230769 0.994230769 1 1.139258883 1.139258883 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.0000939 1 1 1 0.004522888 1 1.2E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 187662534 T C - - - - - - 45 0 0 51 0 0 22 0 0 75 0 0 66 11 16.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 7 4 4 4 5 3 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.181715736 1.181715736 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 4.07E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 187983862 C A - - - - - - 38 0 0 39 0 0 20 0 0 78 0 0 63 6 9.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 5 7 4 4 4 5 3 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 0.672233503 0.672233503 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000000832 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 188709043 A C - - - - - - 28 0 0 45 0 0 30 0 0 67 0 0 75 11 14.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 5 7 4 4 4 5 3 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 1.040192893 1.040192893 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.78E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 189415354 T A - - - - - - 33 0 0 42 0 0 20 0 0 66 0 0 62 7 11.3 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 7 4 4 4 5 3 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.799604061 0.799604061 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 3.02E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 190079328 G C FAM5C CCDS1373.1 r.? - - intronic 37 0 0 46 0 0 24 0 0 86 0 0 55 11 20 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 7 4 4 4 5 3 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.415228426 1.415228426 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 4.77E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 190251166 G T FAM5C CCDS1373.1 r.? - - intronic 35 0 0 43 3 7 22 1 4.5 78 1 1.3 72 6 8.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 7 4 4 4 5 3 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.876666667 0.876666667 1 0.618870968 0.618870968 1 0.287222222 0.287222222 1 0.587319797 0.587319797 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.001328364 1 0.104413009 1 0.323605141 1 0.00000184 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 190343006 G A FAM5C CCDS1373.1 r.? - - intronic 39 0 0 33 0 0 26 0 0 73 0 0 79 12 15.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 7 4 4 4 5 3 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.075573604 1.075573604 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 9.17E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 190503788 G A - - - - - - 35 0 0 32 0 0 22 1 4.5 68 0 0 62 11 17.7 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 7 4 4 4 5 3 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0.618870968 0.618870968 1 0 0 1 1.252477157 1.252477157 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 1 1 0.104413009 1 1 1 1.96E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 191117274 G A - - - - - - 35 0 0 40 2 5 22 2 9.1 83 0 0 53 6 11.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 7 4 4 4 5 3 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.626190476 0.626190476 1 1.251494624 1.251494624 1 0 0 1 0.799604061 0.799604061 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.017193422 1 0.005403392 1 1 1 0.000000293 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 191634185 T C - - - - - - 28 0 0 44 2 4.5 19 2 10.5 60 0 0 64 5 7.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 7 4 4 4 5 3 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.563571429 0.563571429 1 1.444032258 1.444032258 1 0 0 1 0.551939086 0.551939086 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.020580492 1 0.004039874 1 1 1 0.0000186 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 191902958 A T - - - - - - 30 0 0 37 1 2.7 32 1 3.1 79 3 3.8 54 12 22.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 7 4 4 4 5 3 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.338142857 0.338142857 1 0.426333333 0.426333333 1 0.83957265 0.83957265 1 1.570903553 1.570903553 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.169281299 1 0.14819814 1 0.007450026 1 6.9E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 192322413 G T - - - - - - 37 0 0 58 5 8.6 29 3 10.3 48 2 4.2 73 10 13.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 7 4 4 4 5 3 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.077047619 1.077047619 1 1.416526882 1.416526882 1 0.927948718 0.927948718 1 0.969431472 0.969431472 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.0000115 1 0.000414371 1 0.024220359 1 4.56E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 192720595 G A - - - - - - 37 0 0 20 2 10 13 1 7.7 3 0 0 73 8 11 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 7 4 4 4 5 3 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.252380952 1.252380952 1 1.058956989 1.058956989 1 0 0 1 0.778375635 0.778375635 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.004473894 1 0.063085307 1 1 1 3.93E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 192723320 G A - - - - - - 32 0 0 37 3 8.1 31 2 6.5 63 0 0 72 10 13.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 7 4 4 4 5 3 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.014428571 1.014428571 1 0.893924731 0.893924731 1 0 0 1 0.983583756 0.983583756 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.000855237 1 0.010558179 1 1 1 3.95E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 192810628 C T - - - - - - 27 0 0 49 1 2 23 0 0 77 0 0 89 13 14.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 7 4 4 4 5 3 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.25047619 0.25047619 1 0 0 1 0 0 1 1.033116751 1.033116751 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.217776325 1 1 1 1 1 1.21E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 193259216 C T - - - - - - 34 0 0 40 0 0 21 0 0 83 0 0 63 6 9.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 7 4 4 4 5 3 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.672233503 0.672233503 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000000832 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 193467676 G A - - - - - - 25 0 0 39 0 0 22 0 0 69 0 0 68 10 14.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 7 4 4 4 5 3 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.040192893 1.040192893 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.18E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 193588330 G C - - - - - - 31 0 0 54 0 0 22 0 0 72 0 0 66 14 21.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 7 4 4 4 5 3 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.500142132 1.500142132 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 3.71E-19 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 193981608 G A - - - - - - 34 0 0 30 0 0 27 0 0 59 1 1.7 67 9 13.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 7 4 4 4 5 3 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.375598291 0.375598291 1 0.948203046 0.948203046 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.256019138 1 6.43E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 194531249 T A - - - - - - 47 0 0 34 3 8.8 28 1 3.6 75 3 4 54 8 14.8 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 7 4 4 4 5 3 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.102095238 1.102095238 1 0.495096774 0.495096774 1 0.883760684 0.883760684 1 1.047269036 1.047269036 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000666058 1 0.130947004 1 0.006456002 1 3.31E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 194569105 T C - - - - - - 25 0 0 30 0 0 26 0 0 68 0 0 68 14 20.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 7 4 4 4 5 3 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.457685279 1.457685279 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 5.84E-19 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 194573783 A T - - - - - - 36 0 0 50 0 0 25 0 0 51 0 0 75 10 13.3 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 7 4 4 4 5 3 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.941126904 0.941126904 1 NA NA 0 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 6.02E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 194624832 A C - - - - - - 43 0 0 46 3 6.5 23 1 4.3 53 2 3.8 72 12 16.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 7 4 4 4 5 3 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.814047619 0.814047619 1 0.591365591 0.591365591 1 0.83957265 0.83957265 1 1.181715736 1.181715736 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.001615827 1 0.108890944 1 0.029108399 1 2.84E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 194725252 C T - - - - - - 29 0 0 35 0 0 16 0 0 74 0 0 56 10 17.9 2 0 0 2 0 0 5 0 0 3 0 0 1 0 0 TRUE FALSE 5 5 7 4 4 4 5 3 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.266629442 1.266629442 1 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.82E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 195298020 C G - - - - - - 23 0 0 41 2 4.9 31 1 3.2 73 2 2.7 60 11 18.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 7 4 4 4 5 3 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.613666667 0.613666667 1 0.440086022 0.440086022 1 0.596538462 0.596538462 1 1.29493401 1.29493401 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.018015855 1 0.143917729 1 0.052016623 1 1.34E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 195936902 G A - - - - - - 43 0 0 45 4 8.9 25 0 0 72 0 0 68 8 11.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 7 4 4 4 5 3 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.114619048 1.114619048 1 0 0 1 0 0 1 0.834984772 0.834984772 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.0000791 1 1 1 1 1 2.21E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 197143538 G A ZBTB41 CCDS30960.1 r.? - - intronic 41 0 0 53 3 5.7 26 1 3.8 65 3 4.6 52 11 21.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 5 7 4 4 4 5 3 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.713857143 0.713857143 1 0.522602151 NA 0 1.016324786 1.016324786 1 1.500142132 1.500142132 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.002429596 1 0.122190858 1 0.004333293 1 2.44E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 197945636 G A - - - - - - 40 0 0 57 0 0 17 0 0 57 0 0 93 9 9.7 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 7 4 4 4 5 3 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.686385787 0.686385787 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.29E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 198026242 C A - - - - - - 31 0 0 45 0 0 19 0 0 51 0 0 75 7 9.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 7 4 4 4 5 3 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.658081218 0.658081218 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000000115 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 198388602 C G - - - - - - 25 0 0 46 0 0 26 0 0 22 0 0 63 12 19 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 7 4 4 4 5 3 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.344467005 1.344467005 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 5.15E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 199016955 G T - - - - - - 23 0 0 36 0 0 20 0 0 74 0 0 55 9 16.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 7 4 4 4 5 3 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.16048731 1.16048731 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.01E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 199523404 G C - - - - - - 24 0 0 30 3 10 14 0 0 49 0 0 53 4 7.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 7 4 4 4 5 3 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.252380952 1.252380952 1 0 0 1 0 0 1 0.53071066 0.53071066 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.000458697 1 1 1 1 1 0.000150502 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 200119567 C A NR5A2 CCDS1401.1 r.? - - intronic 21 0 0 41 2 4.9 26 2 7.7 83 0 0 82 9 11 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 7 4 4 4 5 3 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.613666667 0.613666667 1 1.058956989 1.058956989 1 0 0 1 0.778375635 0.778375635 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.018015855 1 0.007502227 1 1 1 4.12E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 200282920 G C - - - - - - 29 0 0 46 3 6.5 37 2 5.4 44 0 0 73 11 15.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 7 4 4 4 5 3 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.814047619 0.814047619 1 0.742645161 0.742645161 1 0 0 1 1.068497462 1.068497462 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.001615827 1 0.014826063 1 1 1 1.31E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 200342811 A T C1orf98 ENST00000367355 r.110u>a c.? p.? 5'UTR variant 28 0 0 49 0 0 38 0 0 65 0 0 82 12 14.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 7 4 4 4 5 3 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.033116751 1.033116751 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.46E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 200389495 C T - - - - - - 31 0 0 37 0 0 28 0 0 34 0 0 72 12 16.7 0 0 NA 4 0 0 2 0 0 2 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 7 4 4 4 5 3 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.181715736 1.181715736 1 0 0 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.84E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 201592603 G A NAV1 ENST00000367302 r.3g>a c.? p.? 5'UTR variant 24 0 0 51 2 3.9 34 1 2.9 10 0 0 70 10 14.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 7 4 4 4 5 3 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.488428571 0.488428571 1 0.398827957 0.398827957 1 0 0 1 1.011888325 1.011888325 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.027109304 1 0.156694864 1 1 1 2.95E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 201687941 C T NAV1 CCDS1414.1 r.? - - intronic 30 0 0 19 0 0 28 0 0 36 0 0 62 10 16.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 7 4 4 4 5 3 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.139258883 1.139258883 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 8.29E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 201722686 G A NAV1 CCDS1414.1 r.? - - intronic 31 0 0 47 0 0 30 0 0 73 0 0 60 9 15 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 7 4 4 4 5 3 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.06142132 1.06142132 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.29E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 204001058 T A - - - - - - 34 0 0 34 0 0 30 0 0 56 0 0 106 8 7.5 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 9 9 7 5 7 7 5 4 2 2 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.60571066 0.60571066 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 7.62E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 204545544 A T MDM4 ENST00000391947 r.? - - intronic 25 0 0 43 0 0 26 0 0 34 0 0 67 4 6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 1 100 TRUE FALSE 9 9 7 5 7 7 5 4 2 2 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.484568528 0.484568528 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8.076142132 8.076142132 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000372648 0.005 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 205697506 C T NUCKS1 CCDS30987.1 r.? - - intronic 26 0 0 56 0 0 29 0 0 65 0 0 94 6 6.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 9 9 7 5 7 7 5 4 2 2 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.516873096 0.516873096 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.00000873 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 206203067 A T - - - - - - 24 0 0 48 0 0 21 0 0 61 0 0 72 8 11.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 TRUE FALSE 9 9 7 5 7 7 5 4 2 2 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.896451777 0.896451777 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 0 NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 3.52E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 206799892 G A DYRK3 ENST00000391931 r.? - - upstream 47 0 0 40 0 0 27 0 0 75 0 0 73 9 12.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 9 9 7 5 7 7 5 4 2 2 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.993365482 0.993365482 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.42E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 207050162 A G - - - - - - 32 0 0 37 1 2.7 24 0 0 64 0 0 71 6 8.5 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 9 9 7 5 7 7 5 4 2 2 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.446142857 0.446142857 1 0 0 1 0 0 1 0.686472081 0.686472081 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 0.169281299 1 1 1 1 1 0.00000169 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 209063441 G A - - - - - - 30 0 0 38 1 2.6 23 1 4.3 61 4 6.6 68 6 8.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 9 9 7 5 7 7 5 4 2 2 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.429619048 0.429619048 1 0.763365591 0.763365591 1 1.458205128 1.458205128 1 0.710700508 0.710700508 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.173434892 1 0.108890944 1 0.000259828 1 0.00000131 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 209296012 C T - - - - - - 36 0 0 53 3 5.7 26 1 3.8 58 4 6.9 60 11 18.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 9 9 7 5 7 7 5 4 2 2 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.941857143 0.941857143 1 0.674602151 0.674602151 1 1.524487179 1.524487179 1 1.47793401 1.47793401 1 NA NA 1 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.002429596 1 0.122190858 1 0.000213772 1 1.34E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 210150420 C A SYT14 CCDS31014.1 r.? - - intronic 24 0 0 39 3 7.7 26 3 11.5 73 1 1.4 56 13 23.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 9 9 7 5 7 7 5 4 2 2 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.272333333 1.272333333 1 2.04155914 2.04155914 1 0.309316239 0.309316239 1 1.873664975 0.936832487 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000998458 1 0.000298167 1 0.306438632 1 1.89E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 210285087 C T SYT14 CCDS31014.1 r.? - - intronic 36 0 0 44 0 0 34 0 0 63 0 0 85 12 14.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 9 9 7 5 7 7 5 4 2 2 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.138736041 1.138736041 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.29E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 211515086 T G TRAF5 CCDS1497.1 r.? - - intronic 30 0 0 54 3 5.6 36 3 8.3 49 0 0 61 7 11.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 9 9 7 5 7 7 5 4 2 2 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.925333333 0.925333333 1 1.473473118 1.473473118 1 0 0 1 0.928756345 0.928756345 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 0.00256299 1 0.000788827 1 1 1 2.69E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 211816255 C T - - - - - - 25 0 0 49 0 0 24 0 0 41 0 0 69 7 10.1 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 9 9 7 5 7 7 5 4 2 2 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.815690355 0.815690355 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 6.43E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 212643398 C T - - - - - - 20 0 0 47 0 0 21 0 0 21 0 0 72 11 15.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 9 7 5 7 7 5 4 2 2 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 1.235649746 1.235649746 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.12E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 215023562 A T - - - - - - 33 0 0 40 1 2.5 27 2 7.4 68 1 1.5 78 13 16.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 9 9 7 5 7 7 5 4 2 2 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.413095238 0.413095238 1 1.313698925 1.313698925 1 0.331410256 0.331410256 1 1.348715736 1.348715736 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.181679879 1 0.00807567 1 0.288836448 1 1.99E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 216180365 C T USH2A CCDS31025.1 r.? - - intronic 32 0 0 41 3 7.3 29 2 6.9 65 0 0 67 9 13.4 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 9 9 7 5 7 7 5 4 2 2 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.206238095 1.206238095 1 1.224935484 1.224935484 1 0 0 1 1.082203046 1.082203046 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 0.001155993 1 0.009279585 1 1 1 6.43E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 216281547 C G USH2A CCDS31025.1 r.? - - intronic 27 0 0 54 0 0 21 0 0 62 0 0 57 6 10.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 9 9 7 5 7 7 5 4 2 2 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.847994924 0.847994924 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000000456 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 216486660 G T USH2A CCDS31025.1 r.? - - intronic 36 0 0 41 0 0 18 0 0 64 0 0 74 7 9.5 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 9 9 7 5 7 7 5 4 2 2 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.767233503 0.767233503 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000000105 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 216544270 T A USH2A CCDS31025.1 r.? - - intronic 33 0 0 39 0 0 35 0 0 57 0 0 50 4 8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 9 9 7 5 7 7 5 4 2 2 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.646091371 0.646091371 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000119787 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 216955340 G C ESRRG CCDS1517.1 r.? - - intronic 30 0 0 45 1 2.2 29 0 0 67 1 1.5 85 9 10.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 9 9 7 6 7 7 5 4 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.36352381 0.36352381 1 0 0 1 0.331410256 0.331410256 1 0.962071066 0.962071066 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.201934322 1 1 1 0.285262761 1 5.71E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 217114055 C A ESRRG CCDS1517.1 r.? - - intronic 22 0 0 49 3 6.1 27 3 11.1 90 0 0 74 5 6.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 9 7 6 7 7 5 4 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.007952381 1.007952381 1 1.970548387 1.970548387 1 0 NA 0 0.617177665 0.617177665 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.001939399 1 0.000334187 1 1 1 0.0000378 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 217388622 C T - - - - - - 40 0 0 48 4 8.3 19 0 0 70 4 5.7 71 10 14.1 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 9 9 7 6 7 7 5 4 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.37147619 1.37147619 1 0 0 1 1.259358974 1.259358974 1 1.279736041 1.279736041 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000102016 1 1 1 0.000440508 1 3.42E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 217761961 A G GPATCH2 CCDS1518.1 r.? - - intronic 42 0 0 46 3 6.5 29 1 3.4 82 3 3.7 85 7 8.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 9 9 7 6 7 7 5 4 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.074047619 1.074047619 1 0.603591398 0.603591398 1 0.817478632 0.817478632 1 0.744243655 0.744243655 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.001615827 1 0.135292269 1 0.008251578 1 0.000000274 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 217985818 A T SPATA17 CCDS1519.1 r.? - - intronic 31 0 0 59 0 0 32 0 0 87 0 0 60 7 11.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 9 7 6 7 7 5 4 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 1.061908629 1.061908629 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.39E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 218143745 C A - - - - - - 39 0 0 44 1 2.3 22 1 4.5 72 2 2.8 72 7 9.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 9 9 7 6 7 7 5 4 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.380047619 0.380047619 1 0.798870968 0.798870968 1 0.618632479 0.618632479 1 0.880385787 0.880385787 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.197923942 1 0.104413009 1 0.050755634 1 8.66E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 218268829 G A - - - - - - 31 0 0 50 1 2 31 3 9.7 68 0 0 87 11 12.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 9 7 6 7 7 5 4 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.33047619 0.33047619 1 1.722010753 1.722010753 1 0 NA 0 1.143593909 1.143593909 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.221687443 1 0.000505952 1 1 1 9.65E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 218597240 A T TGFB2 CCDS44318.1 r.? - - intronic 37 0 0 46 0 0 38 0 0 100 0 0 78 6 7.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 9 9 7 6 7 7 5 4 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.698862944 0.698862944 1 NA NA 1 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.00000295 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 218736589 C G - - - - - - 31 0 0 57 1 1.8 40 0 0 80 0 0 86 9 10.5 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 9 7 6 7 7 5 4 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.297428571 0.297428571 1 0 0 1 0 NA 0 0.952994924 0.952994924 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.248523156 1 1 1 1 1 6.35E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 218762367 G A - - - - - - 28 0 0 48 0 0 39 2 5.1 64 1 1.6 73 10 13.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 9 9 7 6 7 7 5 4 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0.905387097 0.905387097 1 0.353504274 0.353504274 1 1.243431472 1.243431472 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 1 1 0.016387522 1 0.274433592 1 4.56E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 220278626 C T IARS2 CCDS1523.1 r.? - - intronic 27 0 0 59 3 5.1 41 4 9.8 86 0 0 115 12 10.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 9 9 9 9 7 7 7 7 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.842714286 0.842714286 1 1.739763441 1.739763441 1 0 0 1 1.255918782 1.255918782 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.003297476 1 0.0000546 1 1 1 9.35E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 220430353 C G RAB3GAP2 CCDS31028.1 r.? - - intronic 22 0 0 64 0 0 42 0 0 63 0 0 118 12 10.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 9 9 9 9 7 7 7 7 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.231766497 1.231766497 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.28E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 220573525 T G - - - - - - 30 0 0 69 0 0 44 0 0 67 0 0 128 9 7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 9 9 9 9 7 7 7 7 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.845329949 0.845329949 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.18E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 221083708 G A - - - - - - 28 0 0 52 0 0 30 0 0 60 0 0 122 7 5.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 9 9 9 9 7 7 7 7 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.688340102 0.688340102 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.00000317 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 221268570 C T - - - - - - 34 0 0 51 0 0 36 0 0 72 0 0 103 10 9.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 9 9 9 9 7 7 7 7 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.171385787 1.171385787 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.51E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 221539004 G A - - - - - - 36 0 0 59 0 0 34 0 0 95 0 0 97 7 7.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 9 9 9 9 7 7 7 7 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.869482234 0.869482234 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000000677 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 221559191 G T - - - - - - 39 0 0 61 0 0 26 0 0 91 0 0 126 7 5.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 9 9 9 9 7 7 7 7 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.676263959 0.676263959 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.00000392 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 221829416 C A - - - - - - 42 0 0 45 0 0 36 0 0 77 0 0 110 12 10.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 9 9 9 9 7 7 7 7 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.316299492 1.316299492 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 5.46E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 221944214 C A - - - - - - 40 0 0 56 3 5.4 42 3 7.1 86 2 2.3 111 8 7.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 9 9 9 9 7 7 7 7 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.892285714 0.892285714 1 1.26044086 1.26044086 1 0.554162393 0.554162393 1 0.869482234 0.869482234 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.00284314 1 0.001240292 1 0.069370687 1 0.000000109 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 222449876 A G - - - - - - 38 0 0 65 5 7.7 31 2 6.5 99 3 3 113 12 10.6 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 2 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 9 9 9 9 7 7 7 7 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.272333333 1.272333333 1 1.153924731 1.153924731 1 0.722820513 0.722820513 1 1.280071066 1.280071066 1 NA NA 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.0000201 1 0.010558179 1 0.013730027 1 7.57E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 222452224 A G - - - - - - 35 0 0 60 2 3.3 33 3 9.1 102 3 2.9 139 17 12.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 9 9 9 9 7 7 7 7 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.545285714 0.545285714 1 1.615494624 1.615494624 1 0.698726496 0.698726496 1 1.47328934 1.47328934 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.036544784 1 0.000609557 1 0.014865828 1 1.17E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 224044851 G C - - - - - - 26 0 0 57 3 5.3 28 0 0 39 2 5.1 127 13 10.2 9 0 0 41 3 7.3 7 0 0 14 0 0 38 2 5.3 TRUE TRUE 9 9 9 9 7 7 7 7 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.875761905 0.875761905 1 0 0 1 1.228794872 1.228794872 1 1.231766497 1.231766497 1 1.206238095 1.206238095 1 0 0 1 0 0 1 0.640035533 0.640035533 1 8 14 1 1 0.002989991 0.001155993 1 1 0.016387522 1 1.37E-13 0.015598339 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 224046122 G T - - - - - - 24 0 0 80 4 5 46 1 2.2 96 3 3.1 143 10 7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 9 9 9 9 7 7 7 7 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.826190476 0.826190476 1 0.39055914 0.39055914 1 0.74691453 0.74691453 1 0.845329949 0.845329949 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000730349 1 0.205924651 1 0.012645497 1 3.81E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 224382347 G A DEGS1 CCDS1540.1 r.? - - downstream 26 0 0 63 0 0 34 0 0 69 0 0 109 10 9.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 13 13 9 9 11 11 7 7 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.111005076 1.111005076 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.65E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 224596669 C A WDR26 CCDS31037.1 r.? - - intronic 30 0 0 58 0 0 42 0 0 66 0 0 101 8 7.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 13 13 9 9 11 11 7 7 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.954015228 0.954015228 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 5.22E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 224853428 C T CNIH3 CCDS1544.1 r.? - - intronic 33 0 0 84 4 4.8 42 3 7.1 102 0 0 121 8 6.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 TRUE FALSE 13 13 9 9 11 11 7 7 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.985142857 0.985142857 1 1.54444086 1.54444086 1 0 0 1 0.797025381 0.797025381 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 0 NA 0 6 NA 1 1 0.000877031 1 0.001240292 1 1 1 0.000000213 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 225105487 G A DNAH14 ENST00000445597 r.? - - intronic 30 0 0 76 0 0 33 0 0 72 0 0 109 9 8.3 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 13 13 9 9 11 11 7 7 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.002319797 1.002319797 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 5.31E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 225152026 G A DNAH14 CCDS44321.1 r.? - - intronic 27 0 0 79 2 2.5 36 2 5.6 86 0 0 133 15 11.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 13 13 9 9 11 11 7 7 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.513095238 0.513095238 1 1.218150538 1.218150538 1 0 0 1 1.364604061 1.364604061 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 0.059811146 1 0.014070883 1 1 1 4.26E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 225222579 G C DNAH14 CCDS44321.1 r.? - - intronic 32 0 0 72 0 0 32 0 0 82 1 1.2 118 7 5.9 1 0 0 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 13 13 9 9 11 11 7 7 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.289128205 0.289128205 1 0.712492386 0.712492386 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.337031917 1 0.00000254 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 225294511 T A DNAH14 CCDS44321.1 r.? - - intronic 30 0 0 76 3 3.9 41 1 2.4 89 1 1.1 112 9 8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 13 13 9 9 11 11 7 7 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.800428571 0.800428571 1 0.522064516 0.522064516 1 0.265034188 0.265034188 1 0.966091371 0.966091371 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.006696581 1 0.18577148 1 0.359890627 1 6.75E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 225358415 G A DNAH14 CCDS44321.1 r.? - - intronic 33 0 0 50 0 0 33 0 0 66 0 0 120 11 9.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 13 13 9 9 11 11 7 7 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.111005076 1.111005076 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 3.44E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 226340338 T C ACBD3 CCDS1551.1 r.? - - intronic 33 0 0 75 0 0 29 0 0 91 0 0 115 13 11.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 13 13 9 9 11 11 7 7 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.364604061 1.364604061 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 3.71E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 226888110 C T ITPKB CCDS1555.1 r.? - - intronic 22 0 0 62 0 0 27 0 0 40 0 0 99 6 6.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 13 13 9 9 11 11 7 7 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.73664467 0.73664467 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.0000118 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 227350730 C A CDC42BPA CCDS1558.1 r.? - - intronic 24 0 0 53 1 1.9 26 0 0 53 0 0 69 4 5.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 10 10 3 6 8 8 2 4 2 2 1 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.332952381 0.332952381 1 0 0 1 0 NA 0 0.526416244 0.526416244 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.233303855 1 1 1 1 1 0.000416985 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 228375803 C T - - - - - - 25 0 0 69 0 0 43 0 0 68 0 0 91 11 12.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 10 10 3 6 8 8 2 4 2 2 1 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 1.098213198 1.098213198 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.6E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 228377671 C T - - - - - - 32 0 0 51 3 5.9 26 2 7.7 27 0 0 82 10 12.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 10 10 3 6 8 8 2 4 2 2 1 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.033904762 1.033904762 1 1.443956989 1.443956989 1 0 NA 0 1.10728934 1.10728934 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.002175924 1 0.007502227 1 1 1 1.51E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 228399881 G A OBSCN ENST00000422127 r.441g>a c.397G>A p.V133M missense 36 0 0 4 0 0 2 0 0 3 0 0 86 11 12.8 0 0 NA 3 0 0 0 0 NA 1 0 0 3 0 0 FALSE FALSE 10 10 3 8 8 8 2 6 2 2 1 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 1.417746193 1.417746193 1 0 0 1 NA NA 1 0 NA 0 0 NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 8.47E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 228564053 C A OBSCN ENST00000366707 r.? - - intronic 21 0 0 55 0 0 35 0 0 28 0 0 104 8 7.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 10 10 3 8 8 8 2 6 2 2 1 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 0.852862944 0.852862944 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 6.57E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 228834875 C T - - - - - - 10 0 0 56 0 0 29 0 0 33 0 0 85 11 12.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 10 10 3 8 8 8 2 6 2 2 1 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 1.428822335 1.428822335 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 7.42E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 229079035 G T - - - - - - 35 0 0 47 0 0 36 0 0 45 0 0 86 9 10.5 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 10 10 3 8 8 8 2 6 2 2 1 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 1.162994924 1.162994924 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 6.35E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 229460771 A G C1orf96 CCDS1577.1 r.1149u>c c.? p.? 3'UTR variant 26 0 0 56 3 5.4 38 2 5.3 68 0 0 117 13 11.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 10 10 3 8 8 8 2 6 2 2 1 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.946285714 0.946285714 1 0.993892473 0.993892473 1 0 NA 0 1.229451777 1.229451777 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.00284314 1 0.015598339 1 1 1 4.66E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 229958265 G A - - - - - - 22 0 0 60 0 0 27 0 0 80 0 0 105 10 9.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 10 10 3 8 8 8 2 6 2 2 1 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 1.052233503 1.052233503 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.83E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 230384404 T C GALNT2 CCDS1582.1 r.? - - intronic 31 0 0 61 0 0 31 0 0 54 0 0 110 10 9.1 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 10 10 3 8 8 8 2 6 2 2 1 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 1.007928934 1.007928934 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.91E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 232085913 T C DISC1 ENST00000439617 r.? - - intronic 20 0 0 51 3 5.9 32 1 3.1 50 1 2 90 7 7.8 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 10 10 3 8 8 8 2 6 2 2 1 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.033904762 1.033904762 1 0.581333333 0.581333333 1 0.361880342 NA 0 0.863939086 0.863939086 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.002175924 1 0.14819814 1 0.221687443 1 0.000000406 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 233493492 C T ENSG00000143674 CCDS1598.1 r.? - - intronic 19 0 0 47 2 4.3 25 2 8 65 0 0 103 12 11.7 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 10 10 3 8 8 8 2 6 2 2 1 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.75352381 0.75352381 1 1.500215054 1.500215054 1 0 NA 0 1.295908629 1.295908629 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.02328732 1 0.006948068 1 1 1 2.45E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 233651564 C A - - - - - - 35 0 0 50 1 2 31 0 0 4 0 0 111 12 10.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 10 10 3 8 8 8 2 6 2 2 1 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.35047619 0.35047619 1 0 0 1 0 NA 0 1.19622335 1.19622335 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.221687443 1 1 1 1 1 6.09E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 233769793 C T KCNK1 CCDS1599.1 r.? - - intronic 27 0 0 66 4 6.1 35 1 2.9 50 3 6 82 6 7.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 10 10 3 8 8 8 2 6 2 2 1 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.068952381 1.068952381 1 0.543827957 0.543827957 1 1.085641026 1.085641026 1 0.808558376 0.808558376 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000351793 1 0.16091139 1 0.002055544 1 0.00000395 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 234195737 C A SLC35F3 CCDS1600.1 r.? - - intronic 27 0 0 37 0 0 35 1 2.9 69 0 0 87 15 17.2 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 7 3 6 6 5 2 4 3 2 1 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0.456827957 NA 0 0 NA 0 1.561096447 0.780548223 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 0.16091139 1 1 1 5.73E-19 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 234782481 C T - - - - - - 32 0 0 58 0 0 25 0 0 96 0 0 87 10 11.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 7 3 6 6 5 2 4 3 2 1 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 1.043756345 1.043756345 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.75E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 236885317 C T ACTN2 CCDS1613.1 r.? - - intronic 38 0 0 50 0 0 25 0 0 62 0 0 84 9 10.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 7 3 6 6 5 2 4 3 2 1 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0 NA 0 0.971147208 0.971147208 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 5.13E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 237019602 C G MTR CCDS1614.1 r.? - - intronic 33 0 0 36 0 0 31 0 0 63 0 0 90 12 13.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA FALSE FALSE 9 7 3 6 6 5 2 4 3 2 1 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 1.207126904 1.207126904 1 NA NA 1 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 4.66E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 237112710 G A - - - - - - 34 0 0 59 0 0 28 0 0 54 0 0 85 10 11.8 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 7 3 6 6 5 2 4 3 2 1 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 1.070984772 1.070984772 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.17E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 239435692 G A - - - - - - 32 0 0 40 3 7.5 18 1 5.6 66 2 3 70 13 18.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 5 3 4 4 3 2 2 3 2 1 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.089285714 1.089285714 1 0.770150538 0.770150538 1 0.542820513 0.542820513 1 1.316162437 1.316162437 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.001075403 1 0.086275114 1 0.043431387 1 4.44E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 239837802 G C CHRM3 CCDS1616.1 r.? - - intronic 27 0 0 64 2 3.1 27 0 0 48 0 0 92 12 13 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 7.520920328 3 7 5 5 2 5 2 2 1 2 1 0.479079672 1 1 NA 6 NA NA NA 2 NA NA NA 0.520920328 NA NA 0.450238095 0.450238095 1 0 0 1 0 NA 0 1.309898477 1.309898477 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.041085601 1 1 1 1 1 6.12E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 240189943 C A FMN2 ENST00000447095 r.? - - intronic 45 0 0 46 1 2.2 23 0 0 100 1 1 77 8 10.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 7.520920328 19 7 5 5 17 5 2 2 2 2 1 0.479079672 1 1 NA 6 NA NA NA 2 NA NA NA 0.520920328 NA NA 0.31952381 NA 0 0 0 1 0.340940171 0.340940171 1 1.047918782 1.047918782 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.205924651 1 1 1 0.394229564 1 6.05E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 240565288 T A FMN2 CCDS31069.2 r.? - - intronic 42 0 0 61 0 0 30 0 0 101 0 0 90 9 10 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 7.520920328 19 7 5 5 17 5 2 2 2 2 1 0.479079672 1 1 NA 6 NA NA NA 2 NA NA NA 0.520920328 NA NA 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 1.007614213 1.007614213 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 9.58E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 240607791 A G FMN2 CCDS31069.2 r.? - - intronic 28 0 0 61 4 6.6 26 3 11.5 144 0 0 88 14 15.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7.520920328 19 7 5 5 17 5 2 2 2 2 1 0.479079672 1 1 NA 6 NA NA NA 2 NA NA NA 0.520920328 NA NA 0.958571429 0.958571429 1 1.871464977 1.871464977 1 0 0 1 1.602106599 0.801053299 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.000259828 1 0.000298167 1 1 1 2.78E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 240662218 G A GREM2 CCDS31070.1 r.? - - intronic 26 0 0 50 3 6 30 2 6.7 112 4 3.6 81 10 12.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7.520920328 19 3 5 5 17 2 2 2 2 1 1 0.479079672 1 1 NA 6 NA NA NA 2 NA NA NA 0.520920328 NA NA 0.871428571 0.871428571 1 1.090331769 1.090331769 1 1.227384615 1.227384615 1 0.747365482 0.747365482 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.002055544 1 0.009909649 1 0.002527992 1 1.33E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 241452184 C G RGS7 CCDS31071.1 r.? - - intronic 33 0 0 23 0 0 20 0 0 59 0 0 50 7 14 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 3 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.850659898 0.850659898 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 6.46E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 241974266 C T - - - - - - 26 0 0 31 0 0 25 0 0 76 0 0 55 10 18.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 3 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.105857868 1.105857868 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.33E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 242430679 G C PLD5 CCDS1621.1 r.? - - intronic 23 0 0 36 0 0 18 0 0 44 0 0 58 14 24.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 3 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.464350254 1.464350254 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 5.04E-20 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 242804748 A T - - - - - - 27 0 0 47 0 0 14 0 0 60 0 0 48 9 18.8 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 3 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.142314721 1.142314721 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.75E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 242862753 G T - - - - - - 34 0 0 46 0 0 13 0 0 72 0 0 61 7 11.5 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 3 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.698756345 0.698756345 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.69E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 242887637 A T - - - - - - 30 0 0 32 0 0 25 0 0 71 0 0 48 10 20.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 3 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.263837563 1.263837563 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 5.37E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 243095789 C T - - - - - - 25 0 0 44 2 4.5 23 3 13 40 1 2.5 53 10 18.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 3 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.518571429 0.518571429 1 1.657849462 1.657849462 1 0.477350427 0.477350427 1 1.148390863 1.148390863 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.020580492 1 0.000205387 1 0.181679879 1 1.57E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 243507412 T A SDCCAG8 CCDS31075.1 r.? - - intronic 36 0 0 41 0 0 28 0 0 58 0 0 59 11 18.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 3 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.130162437 1.130162437 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.1E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 243609756 C T SDCCAG8 CCDS31075.1 r.? - - intronic 36 0 0 41 2 4.9 19 3 15.8 58 2 3.4 51 14 27.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 3 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.564666667 0.564666667 1 2.014924731 2.014924731 1 0.649196581 0.649196581 1 1.670939086 0.835469543 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.018015855 1 0.000114071 1 0.034352256 1 6.64E-21 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 243744006 C A AKT3 CCDS31077.1 r.? - - intronic 34 0 0 32 2 6.2 24 3 12.5 26 0 0 54 15 27.8 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 3 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.71447619 0.71447619 1 1.594086022 1.594086022 1 0 0 1 1.689167513 0.844583756 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.011224977 1 0.000233853 1 1 1 2.2E-22 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 244372093 G C - - - - - - 31 0 0 39 3 7.7 25 0 0 64 1 1.6 56 8 14.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 3 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.887333333 0.887333333 1 0 0 1 0.305504274 0.305504274 1 0.868888325 0.868888325 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000998458 1 1 1 0.274433592 1 4.48E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 245796906 A T KIF26B CCDS44342.1 r.? - - intronic 36 0 0 42 0 0 26 0 0 72 0 0 67 6 9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 3 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.546852792 0.546852792 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.0000012 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 246725863 T C CNST CCDS1628.1 r.? - - upstream 29 0 0 53 5 9.4 20 2 10 45 0 0 51 10 19.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 3 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.083238095 1.083238095 1 1.275268817 1.275268817 1 0 0 1 1.190923858 1.190923858 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.00000734 1 0.004473894 1 1 1 1.04E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 246932935 C A SCCPDH CCDS31084.1 r.? - - downstream 23 0 0 30 0 0 28 0 0 50 0 0 51 6 11.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 3 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.716984772 0.716984772 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000000232 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 247731987 A T C1orf150 CCDS1635.1 r.? - - intronic 31 0 0 36 0 0 28 0 0 66 0 0 54 8 14.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 3 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.899269036 0.899269036 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 3.31E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 72133 C G - - - - - - 10 0 0 13 0 0 5 0 0 8 0 0 14 3 21.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 5 3.521946242 4 4 4 2 3 1 1 0 1 1 1 -0.521946242 1 NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 1.521946242 NA 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 1.514294416 1.514294416 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.0000437 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 102227252 G C - - - - - - 34 1 2.9 37 5 13.5 31 2 6.5 44 2 4.5 53 6 11.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3.6475352 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 0.3524648 NA NA NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.6475352 1.420714286 1.420714286 1 0.763924731 0.763924731 1 0.814230769 0.814230769 1 0.759775539 0.759775539 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 0.156694864 1 0.00000119 1 0.010558179 1 0.020580492 1 0.000000293 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 1908144 G A - - - - - - 28 0 0 37 0 0 23 0 0 66 0 0 68 11 16.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 5 3.521946242 4 4 4 2 3 1 1 0 1 1 1 -0.521946242 1 NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 1.521946242 NA 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 1.146335025 1.146335025 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 5.76E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 1981743 C G - - - - - - 32 0 0 37 0 0 24 0 0 41 0 0 77 10 13 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 5 3.521946242 4 4 4 2 3 1 1 0 1 1 1 -0.521946242 1 NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 1.521946242 NA 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 0.919898477 0.919898477 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 7.9E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 2134735 T A - - - - - - 34 0 0 43 3 7 22 2 9.1 65 0 0 73 10 13.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 5 3.521946242 4 4 4 2 3 1 1 0 1 1 1 -0.521946242 1 NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 1.521946242 NA 0.876666667 0.876666667 1 1.251494624 1.251494624 1 0 NA 0 0.969431472 0.969431472 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.001328364 1 0.005403392 1 1 1 4.56E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 2336032 C T - - - - - - 35 0 0 37 4 10.8 29 2 6.9 63 0 0 50 6 12 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 5 3.521946242 4 4 4 2 3 1 1 0 1 1 1 -0.521946242 1 NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 1.521946242 NA 1.352571429 1.352571429 1 0.948935484 0.948935484 1 0 NA 0 0.849137056 0.849137056 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.0000362 1 0.009279585 1 1 1 0.000000206 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 2720344 G T - - - - - - 25 0 0 35 0 0 21 0 0 64 0 0 73 10 13.7 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 5 3.521946242 4 4 4 2 3 1 1 0 1 1 1 -0.521946242 1 NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 1.521946242 NA 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 0.969431472 0.969431472 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 4.56E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 3291385 G A - - - - - - 37 0 0 42 0 0 23 2 8.7 71 4 5.6 67 10 14.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 3.521946242 4 4 4 2 3 1 1 0 1 1 1 -0.521946242 1 NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 1.521946242 NA 0 0 1 1.196483871 1.196483871 1 1.042493947 1.042493947 1 1.054345178 1.054345178 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 1 1 0.00589844 1 0.000464961 1 1.87E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 5210086 C T AKR1CL1 ENST00000380510 r.? - - intronic 45 0 0 47 0 0 30 0 0 80 0 0 72 9 12.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 9 4 4 4 8 3 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.884517766 0.884517766 1 NA NA 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.25E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 5745269 G A C10orf18 CCDS41485.1 r.? - - intronic 23 0 0 34 0 0 27 0 0 74 0 0 56 8 14.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 9 4 4 4 8 3 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.011888325 1.011888325 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 4.48E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 6187734 C G PFKFB3 CCDS44353.1 r.? - - intronic 35 0 0 12 1 8.3 4 0 0 4 1 25 59 11 18.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 9 4 4 4 8 3 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.03947619 1.03947619 1 0 0 1 6.023504274 6.023504274 1 1.316162437 1.316162437 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.058377193 1 1 1 0.019850499 1 1.1E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 6583993 G A PRKCQ CCDS7079.1 r.? - - intronic 26 0 0 47 0 0 25 0 0 98 1 1 77 14 18.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 9 4 4 4 8 3 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.240940171 0.240940171 1 1.287857868 1.287857868 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.388126122 1 3.82E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 8123398 C T - - - - - - 24 0 0 59 0 0 26 2 7.7 73 0 0 67 6 9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 9 4 4 4 8 3 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.058956989 1.058956989 1 0 0 1 0.636852792 0.636852792 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 4 NA 1 1 1 1 0.007502227 1 1 1 0.0000012 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 8894966 T C - - - - - - 13 0 0 44 0 0 23 0 0 59 0 0 55 6 10.9 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 9 4 4 4 8 3 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.771299492 0.771299492 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000000367 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 9284034 T A ENSG00000224998 ENST00000426375 r.? - - intronic 27 0 0 39 0 0 20 0 0 89 0 0 62 7 11.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 9 4 4 4 8 3 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.799604061 0.799604061 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 3.02E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 9825429 G A - - - - - - 31 0 0 41 4 9.8 22 2 9.1 89 4 4.5 63 6 9.5 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 9 4 4 4 8 3 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.227333333 1.227333333 1 1.251494624 1.251494624 1 1.084230769 1.084230769 1 0.672233503 0.672233503 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.0000546 1 0.005403392 1 0.001088103 1 0.000000832 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 10002423 C T - - - - - - 34 0 0 34 0 0 21 0 0 75 0 0 63 11 17.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 9 4 4 4 8 3 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.238324873 1.238324873 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.37E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 10247518 G A - - - - - - 34 0 0 40 0 0 22 0 0 72 1 1.4 59 10 16.9 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 9 4 4 4 8 3 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.337316239 0.337316239 1 1.19586802 1.19586802 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.302953399 1 4.91E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 10387898 A C - - - - - - 37 0 0 46 0 0 27 1 3.7 76 0 0 67 9 13.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA FALSE FALSE 5 5 9 4 4 4 8 3 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0.508849462 NA 0 0 0 1 0.948203046 0.948203046 1 NA NA 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 0.126579904 1 1 1 6.43E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 10713996 A G - - - - - - 29 0 0 36 1 2.8 24 2 8.3 61 0 0 59 6 10.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 9 4 4 4 8 3 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.350666667 0.350666667 1 1.141473118 1.141473118 1 0 0 1 0.721766497 0.721766497 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.165106833 1 0.006413403 1 1 1 0.000000561 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 11821792 A G - - - - - - 29 0 0 43 0 0 27 0 0 63 0 0 62 11 17.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 9 4 4 4 8 3 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.252477157 1.252477157 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.96E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 12564737 C T CAMK1D CCDS7091.1 r.? - - intronic 32 0 0 11 2 18.2 11 1 9.1 23 2 8.7 55 9 16.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 9 4 4 4 8 3 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.279333333 2.279333333 1 1.251494624 1.251494624 1 2.096179487 2.096179487 1 1.16048731 1.16048731 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.001334363 1 0.05364542 1 0.00589844 1 1.01E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 12598545 C T CAMK1D CCDS7091.1 r.? - - intronic 29 0 0 39 3 7.7 23 1 4.3 56 2 3.6 62 8 12.9 1 0 0 2 1 50 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 9 4 4 4 8 3 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.964333333 0.964333333 1 0.591365591 0.591365591 1 0.867384615 0.867384615 1 0.912822335 0.912822335 1 6.261904762 6.261904762 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000998458 0.009975 0.108890944 1 0.032213353 1 1.04E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 13088685 C T CCDC3 ENST00000378839 r.? - - intronic 22 0 0 33 2 6.1 28 3 10.7 54 3 5.6 58 7 12.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 9 4 4 4 8 3 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.763952381 0.763952381 1 1.471537634 1.471537634 1 1.349264957 1.349264957 1 0.856213198 0.856213198 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.011909843 1 0.000372895 1 0.00256299 1 1.88E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 16311442 G A - - - - - - 31 0 0 52 4 7.7 30 3 10 51 0 0 58 7 12.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 5 4 2 3 3 3 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.810333333 0.810333333 1 1.275268817 1.275268817 1 0 0 1 0.856213198 0.856213198 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.000139698 1 0.000458697 1 1 1 1.88E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 16387793 G A - - - - - - 43 0 0 43 0 0 28 0 0 73 0 0 75 9 12 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 4 5 4 2 3 3 3 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 0.849137056 0.849137056 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.82E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 16746456 A C RSU1 CCDS7112.1 r.? - - intronic 37 0 0 39 3 7.7 31 2 6.5 65 1 1.5 71 11 15.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 5 4 2 3 3 3 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.810333333 0.810333333 1 0.828924731 0.828924731 1 0.301410256 0.301410256 1 1.09680203 1.09680203 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000998458 1 0.010558179 1 0.278061424 1 9.49E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 18220734 A T - - - - - - 19 0 0 18 1 5.6 16 1 6.2 56 0 0 47 7 14.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 4 5 4 2 3 3 3 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.589333333 NA 0 0.790666667 0.790666667 1 0 0 1 1.054345178 1.054345178 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.086275114 1 0.077068876 1 1 1 4.12E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 19144150 T C - - - - - - 22 0 0 23 0 0 27 0 0 74 1 1.4 65 8 12.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 4 5 4 2 3 3 3 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0.281316239 0.281316239 1 0.870365482 0.870365482 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.309906439 1 1.53E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 19358453 T C ENSG00000234778 ENST00000455529 r.? - - intronic 22 0 0 45 4 8.9 21 1 4.8 56 2 3.6 79 15 19 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 5 4 2 3 3 3 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.936619048 0.936619048 1 0.612129032 0.612129032 1 0.723384615 0.723384615 1 1.344467005 1.344467005 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.0000791 1 0.099912572 1 0.032213353 1 1.22E-19 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 19599396 G A C10orf112 ENST00000377266 r.? - - intronic 37 0 0 31 0 0 25 2 8 75 4 5.3 53 9 17 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 4 5 4 2 3 3 3 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 1.020215054 1.020215054 1 1.064982906 1.064982906 1 1.202944162 1.202944162 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 0.006948068 1 0.000572493 1 7.1E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 19602994 C T C10orf112 ENST00000377266 r.? - - intronic 35 0 0 39 0 0 23 0 0 65 0 0 64 10 15.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 4 5 4 2 3 3 3 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 1.103878173 1.103878173 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.16E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 19648623 G A C10orf112 ENST00000377266 r.? - - intronic 28 0 0 43 2 4.7 16 2 12.5 80 3 3.8 72 11 15.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 5 4 2 3 3 3 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.494619048 0.494619048 1 1.594086022 1.594086022 1 0.76357265 0.76357265 1 1.082649746 1.082649746 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.019709573 1 0.002863359 1 0.007711832 1 1.12E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 20851309 G C - - - - - - 28 0 0 26 2 7.7 17 1 5.9 30 1 3.3 68 10 14.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 5 5 2 3 3 3 2 1 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.887333333 0.887333333 1 0.752408602 NA 0 0.663102564 0.663102564 1 1.187192893 1.187192893 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.007502227 1 0.081683532 1 0.139615808 1 2.18E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 20856408 G A - - - - - - 27 0 0 34 3 8.8 22 2 9.1 65 3 4.6 76 6 7.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 3 5 5 2 2 3 3 2 1 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.014095238 1.014095238 1 1.069494624 1.069494624 1 0.924324786 0.924324786 1 0.638015228 0.638015228 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000666058 1 0.005403392 1 0.004333293 1 0.00000253 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 21039722 C A - - - - - - 23 0 0 40 3 7.5 26 1 3.8 69 2 2.9 82 10 12.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 3 5 5 2 2 3 3 2 1 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.864285714 0.864285714 1 0.446602151 NA 0 0.582726496 0.582726496 1 0.98528934 0.98528934 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.001075403 1 0.122190858 1 0.04704084 1 1.51E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 21228314 G A NEBL CCDS7133.1 r.? - - intronic 19 0 0 30 0 0 26 0 0 46 0 0 51 8 15.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 3 5 5 2 2 3 3 2 1 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 1.267954315 1.267954315 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.05E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 21691560 G A - - - - - - 23 0 0 31 0 0 19 0 0 41 0 0 79 11 13.9 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 2 0 0 0 0 NA FALSE FALSE 4 3 5 5 2 2 3 3 2 1 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 NA 0 0 0 1 1.122583756 1.122583756 1 NA NA 1 0 NA 0 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 3.23E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 22118029 G C DNAJC1 CCDS7136.1 r.? - - intronic 22 0 0 41 0 0 22 0 0 35 0 0 73 10 13.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 3 5 5 2 2 3 3 2 1 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 1.106431472 1.106431472 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 4.56E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 22907415 C T PIP4K2A CCDS7141.1 r.? - - intronic 38 0 0 35 0 0 23 0 0 84 0 0 94 6 6.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 3 5 5 2 2 3 3 2 1 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 0.516873096 0.516873096 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.00000873 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 24092002 G A KIAA1217 CCDS41496.1 r.? - - intronic 34 0 0 39 0 0 22 0 0 64 0 0 70 9 12.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 3 5 5 2 2 3 3 2 1 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 NA 0 0 0 1 1.041822335 1.041822335 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 9.65E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 24346745 T A KIAA1217 CCDS41496.1 r.? - - intronic 39 0 0 50 0 0 28 0 0 67 0 0 74 9 12.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 3 5 5 2 2 3 3 2 1 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 NA 0 0 0 1 0.98528934 0.98528934 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.61E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 24356206 T C KIAA1217 CCDS41496.1 r.? - - intronic 31 0 0 34 0 0 22 0 0 60 0 0 83 7 8.4 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 3 5 5 2 2 3 3 2 1 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 0.678395939 0.678395939 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000000233 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 24370299 T A KIAA1217 CCDS41496.1 r.? - - intronic 32 0 0 34 0 0 26 0 0 52 0 0 83 6 7.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 3 5 5 2 2 3 3 2 1 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 0.581482234 0.581482234 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.00000424 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 24375260 A G KIAA1217 CCDS41496.1 r.? - - intronic 34 0 0 44 0 0 25 0 0 71 0 0 80 5 6.2 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 3 5 5 2 2 3 3 2 1 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 NA 0 0 0 1 0.500720812 0.500720812 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000055 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 24619490 G T KIAA1217 CCDS31165.1 r.? - - intronic 25 0 0 41 0 0 17 0 0 72 0 0 63 7 11.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 3 5 5 2 2 3 3 2 1 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 0.896451777 0.896451777 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 3.38E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 25185880 C T PRTFDC1 CCDS7145.1 r.? - - intronic 31 0 0 40 4 10 30 1 3.3 78 1 1.3 78 10 12.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 3 5 5 2 2 3 3 2 1 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.152380952 1.152380952 1 0.38783871 NA 0 0.261222222 0.261222222 1 1.033746193 1.033746193 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.0000495 1 0.139615808 1 0.323605141 1 9.02E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 25885738 T A GPR158 CCDS31166.1 r.? - - intronic 34 0 0 35 1 2.9 14 1 7.1 61 3 4.9 63 7 11.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 3 5 5 2 2 3 3 2 1 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.334190476 NA 0 0.83444086 NA 0 0.984606838 0.984606838 1 0.896451777 0.896451777 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.16091139 1 0.067769881 1 0.003623631 1 3.38E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 26524018 G C GAD2 CCDS7149.1 r.? - - intronic 31 0 0 30 0 0 19 0 0 53 0 0 73 7 9.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 3 5 5 2 2 3 3 2 1 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 0.775309645 0.775309645 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 9.54E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 26550361 T G GAD2 CCDS7149.1 r.? - - intronic 36 0 0 42 1 2.4 22 0 0 68 0 0 79 8 10.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 3 5 5 2 2 3 3 2 1 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.276571429 NA 0 0 NA 0 0 0 1 0.815690355 0.815690355 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.189842622 1 1 1 1 1 7.43E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 27774184 T C - - - - - - 27 0 0 43 0 0 26 0 0 79 0 0 83 8 9.6 0 0 NA 1 0 0 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 3 5 5 2 2 3 3 2 1 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 NA 0 0 0 1 0.775309645 0.775309645 1 0 0 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000000011 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 28361157 T C MPP7 CCDS7158.1 r.? - - intronic 47 0 0 35 3 8.6 33 0 0 61 2 3.3 92 10 10.9 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 FALSE FALSE 4 3 5 5 2 2 3 3 2 1 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.991047619 0.991047619 1 0 NA 0 0.663102564 0.663102564 1 0.880299492 0.880299492 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 0 0 1 NA NA 1 1 0.000725791 1 1 1 0.037660755 1 4.85E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 30551695 C T - - - - - - 34 0 0 33 1 3 18 0 0 72 0 0 73 7 9.6 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 3 5 5 2 2 3 3 2 1 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.345714286 0.345714286 1 0 NA 0 0 0 1 0.775309645 0.775309645 1 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.15245715 1 1 1 1 1 9.54E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 30609397 G A MTPAP CCDS7165.1 r.? - - intronic 30 0 0 40 4 10 22 1 4.5 54 4 7.4 92 12 13 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 3 5 5 2 2 3 3 2 1 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.152380952 1.152380952 1 0.528870968 NA 0 1.486957265 1.486957265 1 1.049898477 1.049898477 1 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.0000495 1 0.104413009 1 0.000161898 1 6.12E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 30693164 A G - - - - - - 18 0 0 29 0 0 28 1 3.6 25 4 16 78 9 11.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 3 5 5 2 2 3 3 2 1 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0.423096774 NA 0 3.215042735 1.071680912 3 0.928756345 0.928756345 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 0.130947004 1 0.00000727 1 2.61E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 32454535 C T - - - - - - 33 0 0 38 0 0 21 0 0 29 0 0 74 10 13.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 3 5 5 2 2 3 3 2 1 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 NA 0 0 0 1 1.090279188 1.090279188 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 5.24E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 32711885 T C - - - - - - 29 0 0 38 0 0 30 0 0 74 0 0 82 8 9.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 3 5 5 2 2 3 3 2 1 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 0.791461929 0.791461929 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.00000001 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 32919696 C G C10orf68 CCDS31177.1 r.? - - intronic 48 0 0 41 3 7.3 28 0 0 91 0 0 75 9 12 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 3 5 5 2 2 3 3 2 1 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.841238095 0.841238095 1 0 NA 0 0 0 1 0.969137056 0.969137056 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.001155993 1 1 1 1 1 1.82E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 33103165 C T C10orf68 CCDS31177.1 r.? - - intronic 29 0 0 36 0 0 34 0 0 40 0 0 70 14 20 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 3 5 5 2 2 3 3 2 1 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 NA 0 0 0 1 1.615228426 0.807614213 2 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 9.08E-19 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 33305188 C T - - - - - - 32 0 0 45 3 6.7 18 1 5.6 78 0 0 55 16 29.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 3 5 5 2 2 3 3 2 1 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.772095238 0.772095238 1 0.658150538 NA 0 0 0 1 2.35015736 1.17507868 2 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.001516071 1 0.086275114 1 1 1 3.78E-24 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 33674386 G T - - - - - - 32 0 0 38 0 0 14 0 0 37 0 0 77 10 13 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 3 5 5 2 2 3 3 2 1 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 1.049898477 1.049898477 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 7.9E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 34363173 G T - - - - - - 33 0 0 51 0 0 22 0 0 68 0 0 87 9 10.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 3 5 5 2 2 3 3 2 1 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 0.83184264 0.83184264 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 7.05E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 34473963 C T PARD3 CCDS7178.1 r.? - - intronic 35 0 0 42 0 0 27 0 0 72 0 0 71 11 15.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 3 5 5 2 2 3 3 2 1 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 NA 0 0 0 1 1.25180203 1.25180203 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 9.49E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 35071767 G A PARD3 CCDS7178.1 r.? - - intronic 28 0 0 29 0 0 19 0 0 51 0 0 58 7 12.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 3 5 5 2 2 3 3 2 1 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 NA 0 0 0 1 0.977213198 0.977213198 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.88E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 35084691 G A PARD3 CCDS7178.1 r.? - - intronic 26 0 0 23 0 0 20 2 10 34 0 0 58 7 12.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 4 3 5 5 2 2 3 3 2 1 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.175268817 1.175268817 1 0 0 1 0.977213198 0.977213198 1 NA NA 0 NA NA 0 0 0 1 NA NA 1 6 NA 1 1 1 1 0.004473894 1 1 1 1.88E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 35241845 C T - - - - - - 31 0 0 39 3 7.7 25 3 12 59 3 5.1 69 12 17.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 3 5 5 2 2 3 3 2 1 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.887333333 0.887333333 1 1.410322581 1.410322581 1 1.024794872 1.024794872 1 1.405248731 1.405248731 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000998458 1 0.00026475 1 0.003297476 1 1.65E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 35438149 C T CREM CCDS7181.1 r.? - - intronic 37 0 0 37 2 5.4 26 0 0 74 2 2.7 81 8 9.9 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 3 5 5 2 2 3 3 2 1 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.622285714 0.622285714 1 0 NA 0 0.542538462 0.542538462 1 0.799538071 0.799538071 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.014826063 1 1 1 0.053288733 1 9.08E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 35673010 C G CCNY CCDS7189.1 r.? - - intronic 29 0 0 38 0 0 27 2 7.4 65 0 0 74 7 9.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 3 5 5 2 2 3 3 2 1 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0.869698925 0.869698925 1 0 0 1 0.767233503 0.767233503 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 1 1 0.00807567 1 1 1 0.000000105 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 35690085 G C CCNY CCDS7189.1 r.? - - intronic 31 0 0 36 0 0 18 0 0 39 0 0 76 7 9.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 3 5 5 2 2 3 3 2 1 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 NA 0 0 0 1 0.743005076 0.743005076 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000000126 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 36427036 T A - - - - - - 40 0 0 46 0 0 24 0 0 89 0 0 77 5 6.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 3 5 5 2 2 3 3 2 1 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 NA 0 0 0 1 0.524949239 0.524949239 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.0000458 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 36536797 G A - - - - - - 20 0 0 13 1 7.7 19 2 10.5 43 1 2.3 39 8 20.5 1 0 0 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 3 5 5 2 2 3 3 2 1 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.887333333 0.887333333 1 1.234032258 1.234032258 1 0.462162393 0.462162393 1 1.655609137 1.655609137 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.063085307 1 0.004039874 1 0.193893409 1 2.09E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 36624292 T C - - - - - - 29 0 0 35 0 0 25 0 0 77 0 0 59 10 16.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 3 5 5 2 2 3 3 2 1 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 NA 0 0 0 1 1.36486802 1.36486802 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 4.91E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 37129589 C T - - - - - - 51 0 0 43 2 4.7 28 1 3.6 74 0 0 75 15 20 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 3 5 5 2 2 3 3 2 1 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.541619048 0.541619048 1 0.423096774 NA 0 0 0 1 1.615228426 0.807614213 2 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.019709573 1 0.130947004 1 1 1 5.25E-20 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 38198149 G A - - - - - - 33 0 0 50 0 0 30 0 0 64 0 0 85 7 8.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 3 5 5 2 2 3 3 2 1 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 0.662243655 0.662243655 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000000274 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 38889964 A G - - - - - - 36 0 0 56 3 5.4 35 2 5.7 82 1 1.2 71 10 14.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 5 2 2 3 3 1 1 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.568285714 0.568285714 1 0.669903226 0.669903226 1 0.241128205 0.241128205 1 1.138736041 1.138736041 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.00284314 1 0.013332991 1 0.337031917 1 3.42E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 42675294 G A - - - - - - 41 0 0 35 3 8.6 27 1 3.7 68 2 2.9 39 9 23.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 5 2 2 3 3 1 1 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.905047619 0.905047619 1 0.434849462 0.434849462 1 0.582726496 0.582726496 1 1.865588832 0.932794416 2 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000725791 1 0.126579904 1 0.045825786 1 3.62E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 43616054 G T RET CCDS7200.1 r.? - - intronic 34 0 0 34 0 0 22 0 0 19 0 0 69 12 17.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 5 2 2 3 3 1 1 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.405248731 1.405248731 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.65E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 43622697 C T RET CCDS7200.1 r.? - - intronic 30 0 0 31 3 9.7 19 1 5.3 9 0 0 55 6 10.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 5 2 2 3 3 1 1 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.020809524 1.020809524 1 0.622892473 0.622892473 1 0 0 1 0.880299492 0.880299492 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000505952 1 0.090843738 1 1 1 0.000000367 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 43802253 C T - - - - - - 32 0 0 41 0 0 29 0 0 83 0 0 72 9 12.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 5 2 2 3 3 1 1 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.009517766 1.009517766 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.25E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 43878410 G A HNRNPF CCDS7204.1 r.? - - downstream 34 0 0 45 3 6.7 21 3 14.3 28 1 3.6 66 12 18.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 5 2 2 3 3 1 1 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.705095238 0.705095238 1 1.680634409 1.680634409 1 0.723384615 0.723384615 1 1.469857868 1.469857868 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.001516071 1 0.000155401 1 0.130947004 1 9.36E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 44485438 G C - - - - - - 33 0 0 33 1 3 27 1 3.7 85 1 1.2 45 11 24.4 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 2 3 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.315714286 0.315714286 1 0.434849462 0.434849462 1 0.241128205 0.241128205 1 1.23857868 1.23857868 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.15245715 1 0.126579904 1 0.346926798 1 4.24E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 44633639 A C - - - - - - 35 0 0 40 0 0 21 0 0 62 0 0 39 4 10.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 2 3 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.52284264 0.52284264 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.0000447 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 44663241 G T - - - - - - 38 0 0 28 0 0 16 0 0 61 0 0 37 10 27 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 2 2 2 3 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.370558376 1.370558376 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 3.01E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 50565099 T A - - - - - - 32 0 0 40 1 2.5 29 1 3.4 67 3 4.5 46 12 26.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 5 2 2 2 3 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.263095238 0.263095238 1 0.399591398 NA 0 0.904230769 0.904230769 1 1.324873096 1.324873096 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.181679879 1 0.135292269 1 0.004717431 1 8.12E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 52299536 T A SGMS1 CCDS7240.1 r.? - - intronic 28 0 0 33 0 0 24 0 0 73 0 0 54 6 11.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 7 2 2 3 5 1 1 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.118451777 1.118451777 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000000329 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 52765554 C G PRKG1 CCDS44399.1 r.? - - intronic 28 0 0 83 0 0 51 0 0 131 0 0 184 9 4.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 7 2 2 3 5 1 1 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.493730964 0.493730964 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000000486 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 52780842 T C PRKG1 CCDS44399.1 r.? - - intronic 26 0 0 82 2 2.4 57 0 0 143 3 2.1 187 9 4.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 7 2 2 3 5 1 1 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.252571429 0.252571429 1 0 0 1 0.421974359 0.421974359 1 0.483654822 0.483654822 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 5 NA 1 1 0.063849088 1 1 1 0.035588828 1 0.000000556 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 52795364 C A PRKG1 CCDS44399.1 r.? - - intronic 34 0 0 93 0 0 45 0 0 130 0 0 190 7 3.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 7 2 2 3 5 1 1 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.372817259 0.372817259 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.0000558 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 52854248 T A PRKG1 CCDS7244.1 r.? - - intronic 36 0 0 82 1 1.2 46 0 0 126 0 0 216 9 4.2 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 7 2 2 3 5 1 1 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.126285714 0.126285714 1 0 0 1 0 0 1 0.42319797 0.42319797 1 NA NA 0 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 0.337031917 1 1 1 1 1 0.00000184 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 52882588 C A PRKG1 CCDS7244.1 r.? - - intronic 34 0 0 88 1 1.1 45 0 0 121 0 0 190 9 4.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 5 7 2 2 3 5 1 1 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.115761905 0.115761905 1 0 0 1 0 0 1 0.47357868 0.47357868 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 0.356673997 1 1 1 1 1 0.000000636 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 53151910 A T PRKG1 CCDS7244.1 r.? - - intronic 24 0 0 79 3 3.8 49 1 2 104 1 1 161 8 5 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 19 21 31 18 17 19 27 17 2 2 4 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.007904762 1.007904762 1 0.595053763 0.595053763 1 0.460940171 0.460940171 1 1.053807107 1.053807107 1 NA NA 0 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.007450026 1 0.217776325 1 0.406254409 1 0.00000186 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 53197250 C A PRKG1 CCDS7244.1 r.? - - intronic 27 0 0 80 0 0 59 0 0 130 0 0 210 15 7.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 19 21 31 18 17 19 27 17 2 2 4 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.496406091 1.496406091 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 3.82E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 53436280 G C PRKG1 CCDS7244.1 r.? - - intronic 21 0 0 131 0 0 87 0 0 195 0 0 293 12 4.1 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA FALSE FALSE NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 4.45E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 54352675 G A - - - - - - 30 0 0 28 0 0 23 0 0 64 0 0 42 11 26.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 2 2 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.329949239 1.329949239 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.81E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 54845698 T C - - - - - - 35 0 0 50 4 8 20 3 15 77 3 3.9 44 13 29.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 2 2 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.841904762 0.841904762 1 1.762903226 1.762903226 1 0.705666667 0.705666667 1 1.497461929 1.497461929 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000119787 1 0.0001337 1 0.006942426 1 5.49E-20 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 54976723 C T - - - - - - 28 0 0 20 0 0 21 0 0 74 0 0 55 12 21.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 2 2 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.106598985 1.106598985 1 NA NA 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 8.78E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 55511978 C T - - - - - - 33 0 0 35 0 0 18 0 0 72 0 0 43 8 18.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 2 2 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.944162437 0.944162437 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 4.85E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 56095232 C T PCDH15 CCDS44404.1 r.? - - intronic 37 0 0 43 2 4.7 17 3 17.6 69 4 5.8 38 9 23.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 2 2 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.494619048 0.494619048 1 2.068473118 2.068473118 1 1.049452991 1.049452991 1 1.203045685 1.203045685 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.019709573 1 0.0000807 1 0.000416985 1 2.79E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 56387670 A T PCDH15 CCDS44404.1 r.? - - intronic 27 0 0 25 0 0 20 0 0 61 0 0 54 12 22.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 2 2 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.126903553 1.126903553 1 NA NA 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 6.9E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 56434725 C T PCDH15 CCDS44404.1 r.? - - intronic 39 0 0 29 0 0 19 0 0 64 0 0 40 8 20 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 2 2 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.015228426 1.015228426 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.61E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 56708680 C A PCDH15 ENST00000373957 r.? - - intronic 29 0 0 33 1 3 14 2 14.3 54 0 0 59 7 11.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 2 2 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.315714286 0.315714286 1 1.680634409 1.680634409 1 0 0 1 0.604060914 0.604060914 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.15245715 1 0.002185852 1 1 1 2.12E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 56748276 C G PCDH15 ENST00000373957 r.? - - intronic 30 0 0 36 1 2.8 24 1 4.2 62 0 0 50 9 18 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 2 2 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.294666667 0.294666667 1 0.493612903 0.493612903 1 0 0 1 0.913705584 0.913705584 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.165106833 1 0.113346489 1 1 1 4.07E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 56913590 C A PCDH15 ENST00000373957 r.? - - intronic 44 0 0 41 4 9.8 22 2 9.1 71 0 0 47 10 21.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 2 2 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.031333333 1.031333333 1 1.069494624 1.069494624 1 0 0 1 1.081218274 1.081218274 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.0000546 1 0.005403392 1 1 1 4.27E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 56913620 G C PCDH15 ENST00000373957 r.? - - intronic 42 0 0 34 2 5.9 26 2 7.7 62 0 0 50 9 18 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 2 2 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.620904762 0.620904762 1 0.904956989 0.904956989 1 0 0 1 0.913705584 0.913705584 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.012612579 1 0.007502227 1 1 1 4.07E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 56986771 G C PCDH15 ENST00000373957 r.? - - intronic 37 0 0 30 0 0 19 0 0 54 1 1.9 51 10 19.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 2 2 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.343786325 0.343786325 1 0.994923858 0.994923858 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.237137336 1 1.04E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 57540951 A G - - - - - - 24 0 0 23 3 13 19 0 0 67 7 10.4 39 7 17.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 2 2 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.368095238 1.368095238 1 0 0 1 1.881777778 1.881777778 1 0.908629442 0.908629442 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000205387 1 1 1 5.23E-08 1 1.04E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 57814021 C A - - - - - - 31 0 0 25 4 16 13 1 7.7 58 2 3.4 41 11 26.8 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 2 2 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.683809524 1.683809524 1 0.904956989 0.904956989 1 0.615196581 0.615196581 1 1.360406091 1.360406091 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.00000727 1 0.063085307 1 0.034352256 1 1.34E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 58046340 C A - - - - - - 22 0 0 36 2 5.6 21 2 9.5 48 3 6.2 46 12 26.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 2 2 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.589333333 0.589333333 1 1.116505376 1.116505376 1 1.12182906 1.12182906 1 1.324873096 1.324873096 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.014070883 1 0.004928472 1 0.001827434 1 8.12E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 58425579 T G - - - - - - 51 0 0 36 2 5.6 20 0 0 42 0 0 55 15 27.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 2 2 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.589333333 0.589333333 1 0 0 1 0 0 1 1.385786802 1.385786802 1 NA NA 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.014070883 1 1 1 1 1 3.01E-22 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 58524965 G T - - - - - - 29 0 0 35 0 0 14 0 0 46 0 0 40 11 27.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 2 2 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.395939086 1.395939086 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 9.88E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 58854918 A G - - - - - - 37 0 0 20 2 10 17 0 0 13 0 0 56 11 19.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 2 2 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.052380952 1.052380952 1 0 0 1 0 0 1 0.994923858 0.994923858 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.004473894 1 1 1 1 1 5.91E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 58942832 C T - - - - - - 32 0 0 39 3 7.7 27 1 3.7 58 0 0 49 12 24.5 0 0 NA 1 0 0 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 2 2 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.810333333 0.810333333 1 0.434849462 0.434849462 1 0 0 1 1.243654822 1.243654822 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.000998458 1 0.126579904 1 1 1 1.9E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 61051806 C T FAM13C CCDS44406.1 r.? - - intronic 29 0 0 27 1 3.7 24 2 8.3 53 1 1.9 39 6 15.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 2 2 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.389380952 0.389380952 1 0.975473118 0.975473118 1 0.343786325 0.343786325 1 0.781725888 0.781725888 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.126579904 1 0.006413403 1 0.233303855 1 4.43E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 63047946 C T - - - - - - 30 0 0 47 2 4.3 24 3 12.5 74 3 4.1 47 10 21.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 2 2 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.45252381 0.45252381 1 1.469086022 1.469086022 1 0.741854701 0.741854701 1 1.081218274 1.081218274 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.02328732 1 0.000233853 1 0.006220661 1 4.27E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 63359023 G A - - - - - - 37 0 0 35 0 0 13 0 0 59 0 0 40 8 20 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 2 2 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.015228426 1.015228426 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.61E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 64032378 T A RTKN2 CCDS7263.1 r.? - - upstream 30 0 0 37 2 5.4 16 1 6.2 62 1 1.6 40 7 17.5 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 2 2 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.568285714 0.568285714 1 0.728666667 0.728666667 1 0.289504274 0.289504274 1 0.888324873 0.888324873 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.014826063 1 0.077068876 1 0.267123145 1 1.26E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 67608529 A G - - - - - - 35 0 0 40 0 0 18 0 0 69 0 0 41 8 19.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 2 2 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.989847716 0.989847716 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 3.22E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 68180159 C G CTNNA3 CCDS7269.1 r.? - - intronic 38 0 0 35 0 0 28 0 0 60 0 0 44 10 22.7 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 2 2 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.152284264 1.152284264 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.08E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 68673502 C T CTNNA3 CCDS7269.1 r.? - - intronic 18 0 0 29 3 10.3 18 0 0 70 2 2.9 52 13 25 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 2 2 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.083952381 1.083952381 1 0 0 1 0.524726496 0.524726496 1 1.269035533 1.269035533 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000414371 1 1 1 0.048267597 1 6.47E-19 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 77169518 C T C10orf41 ENST00000425916 r.? - - downstream 21 0 0 4 0 0 4 0 0 6 0 0 48 9 18.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 2 2 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.954314721 0.954314721 1 NA NA 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 0 8 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.75E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 77539102 A C C10orf11 CCDS7351.1 r.? - - upstream 38 0 0 38 0 0 21 0 0 53 0 0 41 11 26.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 2 2 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.360406091 1.360406091 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.34E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 78067200 G A C10orf11 CCDS7351.1 r.? - - intronic 27 0 0 47 1 2.1 26 2 7.7 65 3 4.6 57 17 29.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 2 2 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.221 0.221 1 0.904956989 0.904956989 1 0.832324786 0.832324786 1 1.512690355 1.512690355 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.209895027 1 0.007502227 1 0.004333293 1 8.82E-26 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 78594073 A G - - - - - - 26 0 0 28 0 0 17 0 0 79 0 0 40 6 15 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 2 2 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.76142132 0.76142132 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 5.18E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 78689959 G A KCNMA1 CCDS7352.1 r.? - - intronic 28 0 0 34 3 8.8 23 2 8.7 73 0 0 57 16 28.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 2 2 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.926095238 0.926095238 1 1.022483871 1.022483871 1 0 0 1 1.426395939 1.426395939 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.000666058 1 0.00589844 1 1 1 7.28E-24 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 79062698 G A KCNMA1 CCDS7352.1 r.? - - intronic 29 0 0 19 2 10.5 31 3 9.7 67 1 1.5 57 8 14 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 2 2 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.105 1.105 1 1.140010753 1.140010753 1 0.271410256 0.271410256 1 0.710659898 0.710659898 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.004039874 1 0.000505952 1 0.285262761 1 5.19E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 79776686 C T POLR3A CCDS7354.1 r.? - - intronic 30 0 0 35 3 8.6 23 2 8.7 32 1 3.1 42 10 23.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 2 2 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.905047619 0.905047619 1 1.022483871 1.022483871 1 0.56091453 0.56091453 1 1.208121827 1.208121827 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000725791 1 0.00589844 1 0.14819814 1 1.24E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 80834817 G A ZMIZ1 CCDS7357.1 r.? - - intronic 25 0 0 41 0 0 14 0 0 8 0 0 54 6 11.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 2 2 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.563451777 0.563451777 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000000329 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 82840393 G A - - - - - - 24 0 0 52 3 5.8 16 1 6.2 66 4 6.1 44 7 15.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 2 2 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.610380952 0.610380952 1 0.728666667 0.728666667 1 1.103735043 1.103735043 1 0.807106599 0.807106599 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.002300591 1 0.077068876 1 0.000351793 1 2.55E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 84391092 A G NRG3 CCDS31233.1 r.? - - intronic 37 0 0 36 1 2.8 20 1 5 62 3 4.8 38 10 26.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 2 2 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.294666667 0.294666667 1 0.587634409 0.587634409 1 0.868512821 0.868512821 1 1.335025381 1.335025381 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.165106833 1 0.09538952 1 0.003793816 1 4.06E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 84497628 C T NRG3 CCDS31233.1 r.? - - intronic 34 0 0 37 0 0 24 0 0 25 0 0 65 6 9.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 2 2 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.467005076 0.467005076 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000001 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 85343573 G T - - - - - - 33 0 0 33 0 0 27 0 0 71 0 0 51 10 19.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 2 2 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.994923858 0.994923858 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.04E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 85461436 C T - - - - - - 31 0 0 33 3 9.1 23 2 8.7 61 1 1.6 53 7 13.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 2 2 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.957666667 0.957666667 1 1.022483871 1.022483871 1 0.289504274 0.289504274 1 0.670050761 0.670050761 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000609557 1 0.00589844 1 0.263440347 1 9.85E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 85474448 G T - - - - - - 42 0 0 35 0 0 17 0 0 78 0 0 49 12 24.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 2 2 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.243654822 1.243654822 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.9E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 86388526 C G - - - - - - 29 0 0 33 0 0 20 0 0 53 0 0 55 9 16.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 2 2 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.83248731 0.83248731 1 NA NA 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.01E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 86416180 C T - - - - - - 30 0 0 39 0 0 17 0 0 61 0 0 48 7 14.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 2 2 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.741116751 0.741116751 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 4.81E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 87044612 C T - - - - - - 40 0 0 29 3 10.3 20 1 5 58 2 3.4 47 6 12.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 2 2 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.083952381 1.083952381 1 0.587634409 0.587634409 1 0.615196581 0.615196581 1 0.649746193 0.649746193 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000414371 1 0.09538952 1 0.034352256 1 0.000000141 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 87737526 C T GRID1 CCDS31236.1 r.? - - intronic 20 0 0 39 1 2.6 26 3 11.5 43 1 2.3 52 10 19.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 2 2 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.273619048 0.273619048 1 1.35155914 1.35155914 1 0.416162393 0.416162393 1 0.974619289 0.974619289 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.177567718 1 0.000298167 1 0.193893409 1 1.28E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 87840661 C A GRID1 CCDS31236.1 r.? - - intronic 37 0 0 34 0 0 25 0 0 41 0 0 47 6 12.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 2 2 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.649746193 0.649746193 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000000141 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 87896218 G A GRID1 CCDS31236.1 r.? - - intronic 45 0 0 24 0 0 27 0 0 67 0 0 47 5 10.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 2 2 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.538071066 0.538071066 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.00000402 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 89067886 A G - - - - - - 25 0 0 35 1 2.9 17 2 11.8 47 1 2.1 35 9 25.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 2 2 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.305190476 0.305190476 1 1.386817204 1.386817204 1 0.379974359 0.379974359 1 1.304568528 1.304568528 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.16091139 1 0.003234386 1 0.209895027 1 1.23E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 91517935 A G KIF20B CCDS7407.1 r.? - - intronic 31 0 0 30 1 3.3 23 2 8.7 69 1 1.4 49 13 26.5 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 2 2 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.347285714 0.347285714 1 1.022483871 1.022483871 1 0.253316239 0.253316239 1 1.345177665 1.345177665 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.139615808 1 0.00589844 1 0.292392265 1 2.71E-19 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 92493877 T A - - - - - - 24 0 0 33 0 0 20 0 0 69 4 5.8 50 12 24 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 2 2 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.049452991 1.049452991 1 1.218274112 1.218274112 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 2 NA 1 1 1 1 1 1 0.000416985 1 2.49E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 93889041 G T CPEB3 CCDS31246.1 r.? - - intronic 34 0 0 39 0 0 22 0 0 65 0 0 34 8 23.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 1 100 TRUE FALSE 3 3 3 2 2 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.192893401 1.192893401 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 5.076142132 5.076142132 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 6.32E-12 0.005 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 94013819 C G CPEB3 CCDS31246.1 r.? - - intronic 25 0 0 30 0 0 24 0 0 51 0 0 35 8 22.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 2 2 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.162436548 1.162436548 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 8.15E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 95546594 G A LGI1 CCDS7431.1 r.? - - intronic 31 0 0 27 1 3.7 21 0 0 58 3 5.2 57 10 17.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 2 2 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.389380952 0.389380952 1 0 0 1 0.940888889 0.940888889 1 0.888324873 0.888324873 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.126579904 1 1 1 0.003141421 1 3.4E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 95860394 A T PLCE1 CCDS41552.1 r.? - - intronic 29 0 0 32 0 0 21 0 0 81 0 0 53 7 13.2 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 2 2 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.670050761 0.670050761 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 9.85E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 96145957 A C - - - - - - 27 0 0 29 2 6.9 29 2 6.9 59 0 0 48 8 16.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 2 2 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.726142857 0.726142857 1 0.810935484 0.810935484 1 0 0 1 0.847715736 0.847715736 1 NA NA 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.009279585 1 0.009279585 1 1 1 1.23E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 96173526 G T TBC1D12 CCDS41553.1 r.? - - intronic 28 0 0 48 0 0 23 0 0 58 0 0 49 8 16.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 2 2 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.827411168 0.827411168 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.47E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 96732604 G C CYP2C9 CCDS7437.1 r.? - - intronic 23 0 0 27 1 3.7 12 1 8.3 58 2 3.4 50 9 18 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 TRUE FALSE 3 3 3 2 2 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.389380952 0.389380952 1 0.975473118 0.975473118 1 0.615196581 0.615196581 1 0.913705584 0.913705584 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 0 NA 0 8 NA 1 1 0.126579904 1 0.058377193 1 0.034352256 1 4.07E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 98639435 G A LCOR CCDS7451.1 r.? - - intronic 19 0 0 40 0 0 16 0 0 41 1 2.4 50 8 16 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 2 2 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.43425641 0.43425641 1 0.812182741 0.812182741 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.18577148 1 1.74E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 98707089 T C LCOR CCDS7451.1 r.? - - intronic 35 0 0 37 3 8.1 26 1 3.8 60 2 3.3 41 8 19.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 2 2 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.852428571 0.852428571 1 0.446602151 0.446602151 1 0.597102564 0.597102564 1 0.989847716 0.989847716 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000855237 1 0.122190858 1 0.036544784 1 3.22E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 101825055 C T CPN1 CCDS7486.1 r.901g>a c.649G>A p.G217R missense 23 0 0 36 2 5.6 17 0 0 12 0 0 39 10 25.6 204 0 0 329 17 5.2 144 42 29.2 340 11 3.2 290 76 26.2 TRUE TRUE 3 3 3 2 2 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.589333333 0.589333333 1 0 0 1 0 0 1 1.299492386 1.299492386 1 0.547238095 0.547238095 1 3.431784946 1.715892473 2 0.579008547 0.579008547 1 1.329949239 1.329949239 1 8 16 1 1 0.014070883 2E-12 1 5.67E-61 1 0.00000162 5.44E-15 6.81E-105 YES 1_1 0_1 0_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b 10 102845718 G A - - - - - - 33 0 0 24 0 0 21 0 0 34 0 0 42 6 14.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 2 2 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.725888325 0.725888325 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 7.02E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 103839821 A G - - - - - - 21 0 0 30 2 6.7 20 2 10 31 0 0 39 7 17.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 2 2 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.705095238 0.705095238 1 1.175268817 1.175268817 1 0 0 1 0.908629442 0.908629442 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.009909649 1 0.004473894 1 1 1 1.04E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 105941405 C G C10orf79 CCDS31281.1 r.? - - intronic 32 0 0 34 2 5.9 22 1 4.5 63 3 4.8 38 6 15.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 2 2 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.620904762 0.620904762 1 0.528870968 0.528870968 1 0.868512821 0.868512821 1 0.802030457 0.802030457 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.012612579 1 0.104413009 1 0.003968795 1 3.76E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 106198294 C T CCDC147 CCDS31282.1 r.? - - intronic 18 0 0 22 1 4.5 20 1 5 10 0 0 30 5 16.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 2 2 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.473571429 0.473571429 1 0.587634409 0.587634409 1 0 0 1 0.847715736 0.847715736 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.104413009 1 0.09538952 1 1 1 0.000000401 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 106232196 A G - - - - - - 37 0 0 31 0 0 27 0 0 84 0 0 39 8 20.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 2 2 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.040609137 1.040609137 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.09E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 106252167 T A - - - - - - 24 0 0 42 2 4.8 17 1 5.9 71 1 1.4 41 9 22 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 2 2 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.505142857 0.505142857 1 0.693408602 0.693408602 1 0.253316239 0.253316239 1 1.116751269 1.116751269 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.018854633 1 0.081683532 1 0.299450652 1 5.92E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 106722669 T C SORCS3 CCDS7558.1 r.? - - intronic 37 0 0 42 0 0 17 0 0 76 0 0 49 9 18.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 2 2 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.934010152 0.934010152 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 3.35E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 106894523 T A SORCS3 CCDS7558.1 r.? - - intronic 26 0 0 39 0 0 19 0 0 69 0 0 46 8 17.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 2 2 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.883248731 0.883248731 1 NA NA 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 8.61E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 107589754 G A - - - - - - 33 0 0 28 0 0 13 0 0 57 0 0 33 7 21.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 2 2 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.076142132 1.076142132 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.98E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 107833358 G A - - - - - - 30 0 0 33 1 3 28 2 7.1 52 3 5.8 45 6 13.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 2 2 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.315714286 0.315714286 1 0.83444086 0.83444086 1 1.049452991 1.049452991 1 0.675126904 0.675126904 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.15245715 1 0.008668191 1 0.002300591 1 0.000000108 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 108090991 C A - - - - - - 31 0 0 36 3 8.3 22 1 4.5 70 0 0 49 12 24.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 2 2 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.87347619 0.87347619 1 0.528870968 0.528870968 1 0 0 1 1.243654822 1.243654822 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.000788827 1 0.104413009 1 1 1 1.9E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 109725114 A C - - - - - - 31 0 0 34 2 5.9 20 0 0 64 0 0 52 8 15.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 2 2 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.620904762 0.620904762 1 0 0 1 0 0 1 0.781725888 0.781725888 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.012612579 1 1 1 1 1 2.42E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 109733243 C T - - - - - - 28 0 0 30 0 0 25 0 0 37 2 5.4 51 16 31.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 2 2 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.977076923 0.977076923 1 1.593908629 1.593908629 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 2 NA 1 1 1 1 1 1 0.014826063 1 9.28E-25 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 110085422 C T - - - - - - 24 0 0 36 3 8.3 17 1 5.9 69 0 0 41 10 24.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 2 2 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.87347619 0.87347619 1 0.693408602 0.693408602 1 0 0 1 1.23857868 1.23857868 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.000788827 1 0.081683532 1 1 1 9.51E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 110104101 A T - - - - - - 35 0 0 37 0 0 28 0 0 64 0 0 49 10 20.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 2 2 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.035532995 1.035532995 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 6.72E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 110443372 C T - - - - - - 31 0 0 33 0 0 28 0 0 54 0 0 50 7 14 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 2 2 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.710659898 0.710659898 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 6.46E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 111023053 G T - - - - - - 26 0 0 34 0 0 12 0 0 63 0 0 35 9 25.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 2 2 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.304568528 1.304568528 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.23E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 111135769 C T - - - - - - 41 0 0 36 0 0 17 0 0 61 0 0 48 13 27.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 2 2 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.375634518 1.375634518 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2E-19 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 115296498 C A - - - - - - 25 0 0 45 3 6.7 29 1 3.4 58 2 3.4 71 11 15.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 2 2 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.705095238 0.705095238 1 0.399591398 0.399591398 1 0.615196581 0.615196581 1 0.78680203 0.78680203 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.001516071 1 0.135292269 1 0.034352256 1 9.49E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 115318422 C G HABP2 CCDS7577.1 r.? - - intronic 24 0 0 41 2 4.9 12 0 0 37 1 2.7 74 10 13.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 2 2 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.515666667 0.515666667 1 0 0 1 0.488538462 0.488538462 1 0.685279188 0.685279188 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.018015855 1 1 1 0.169281299 1 5.24E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 116198171 G A ABLIM1 CCDS31288.1 r.? - - intronic 33 0 0 25 0 0 20 0 0 53 0 0 45 14 31.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 2 2 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.578680203 1.578680203 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 8.81E-22 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 117065538 C G ATRNL1 CCDS7592.1 r.? - - intronic 31 0 0 34 1 2.9 24 2 8.3 59 0 0 50 14 28 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 2 2 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.305190476 0.305190476 1 0.975473118 0.975473118 1 0 0 1 1.421319797 1.421319797 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.156694864 1 0.006413403 1 1 1 4.84E-21 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 117702364 G C ATRNL1 CCDS7592.1 r.? - - intronic 29 0 0 38 2 5.3 24 1 4.2 62 3 4.8 47 12 25.5 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 2 2 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.557761905 0.557761905 1 0.493612903 0.493612903 1 0.868512821 0.868512821 1 1.294416244 1.294416244 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.015598339 1 0.113346489 1 0.003793816 1 1.09E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 117992708 C T GFRA1 CCDS44481.1 r.? - - intronic 25 0 0 31 2 6.5 19 1 5.3 21 0 0 31 6 19.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 2 2 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.684047619 0.684047619 1 0.622892473 0.622892473 1 0 0 1 0.984771574 0.984771574 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.010558179 1 0.090843738 1 1 1 1.03E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 118186744 G C PNLIPRP3 CCDS31292.1 r.? - - upstream 30 0 0 22 2 9.1 20 2 10 63 0 0 52 7 13.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 2 2 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.957666667 0.957666667 1 1.175268817 1.175268817 1 0 0 1 0.685279188 0.685279188 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.005403392 1 0.004473894 1 1 1 8.58E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 119532047 G C - - - - - - 42 0 0 30 2 6.7 16 2 12.5 64 1 1.6 41 6 14.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 2 2 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.705095238 0.705095238 1 1.469086022 1.469086022 1 0.289504274 0.289504274 1 0.741116751 0.741116751 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.009909649 1 0.002863359 1 0.274433592 1 6.05E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 120739836 G C - - - - - - 26 0 0 41 0 0 24 0 0 5 0 0 67 6 9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 4 2 2 2 3 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.636852792 0.636852792 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.0000012 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 120901110 C A FAM45A CCDS7609.1 r.? - - downstream 19 0 0 38 0 0 22 0 0 50 1 2 68 9 13.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 4 2 2 2 3 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.361880342 0.361880342 1 0.934050761 0.934050761 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.221687443 1 7.38E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 121064519 C A GRK5 CCDS7612.1 r.? - - intronic 30 0 0 44 2 4.5 28 1 3.6 20 0 0 60 12 20 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 TRUE FALSE 3 3 3 4 2 2 2 3 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.473571429 0.473571429 1 0.423096774 0.423096774 1 0 0 1 1.415228426 1.415228426 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 0 0 1 8 NA 1 1 0.020580492 1 0.130947004 1 1 1 2.74E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 121422950 G A BAG3 CCDS7615.1 r.? - - intronic 44 0 0 36 0 0 23 0 0 35 0 0 74 11 14.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 4 2 2 2 3 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.054345178 1.054345178 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.53E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 121982265 A T - - - - - - 33 0 0 41 0 0 29 0 0 78 0 0 72 10 13.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 4 2 2 2 3 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.983583756 0.983583756 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 3.95E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 123208544 C T - - - - - - 31 0 0 36 3 8.3 29 2 6.9 73 0 0 70 13 18.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 4 2 2 2 3 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.87347619 0.87347619 1 0.810935484 0.810935484 1 0 0 1 1.316162437 1.316162437 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.000788827 1 0.009279585 1 1 1 4.44E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 123608564 A C ATE1 CCDS31299.1 r.? - - intronic 31 0 0 37 0 0 16 0 0 41 0 0 56 9 16.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 4 2 2 2 3 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.139258883 1.139258883 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.2E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 124206114 G A - - - - - - 28 0 0 44 0 0 20 0 0 61 0 0 58 8 13.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 4 2 2 2 3 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.976507614 0.976507614 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 5.99E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 124650099 C T ENSG00000197366 ENST00000332595 r.? - - upstream 28 0 0 44 3 6.8 29 2 6.9 79 2 2.5 61 7 11.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 4 2 2 2 3 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.715619048 0.715619048 1 0.810935484 0.810935484 1 0.452350427 0.452350427 1 0.813756345 0.813756345 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.00142027 1 0.009279585 1 0.059811146 1 2.69E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 125041008 G A - - - - - - 20 0 0 39 4 10.3 23 0 0 44 2 4.5 56 10 17.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 4 2 2 2 3 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.083952381 1.083952381 1 0 0 1 0.814230769 0.814230769 1 1.266629442 1.266629442 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.0000447 1 1 1 0.020580492 1 2.82E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 125356355 C T - - - - - - 33 0 0 39 3 7.7 29 3 10.3 64 2 3.1 63 8 12.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 4 2 2 2 3 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.810333333 0.810333333 1 1.210526882 1.210526882 1 0.56091453 0.56091453 1 0.898670051 0.898670051 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000998458 1 0.000414371 1 0.041085601 1 1.18E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 125490114 G T CPXM2 ENST00000368854 r.? - - intronic 25 0 0 39 3 7.7 20 0 0 78 1 1.3 66 8 12.1 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 4 2 2 2 3 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.810333333 0.810333333 1 0 0 1 0.235222222 0.235222222 1 0.856213198 0.856213198 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000998458 1 1 1 0.323605141 1 1.73E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 126482568 C A METTL10 CCDS31307.1 r.? - - upstream 23 0 0 45 0 0 19 0 0 25 0 0 37 7 18.9 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 2 2 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.959390863 0.959390863 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 7.05E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 126892111 G A - - - - - - 31 0 0 38 0 0 30 0 0 34 0 0 47 8 17 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 2 2 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.862944162 0.862944162 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.03E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 126892338 G A - - - - - - 28 0 0 36 0 0 33 0 0 44 0 0 61 9 14.8 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 2 2 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.751269036 0.751269036 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.68E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 128921116 A T DOCK1 ENST00000398025 r.? - - intronic 25 0 0 28 1 3.6 22 1 4.5 54 2 3.7 51 6 11.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 3 5 2 2 2 3 1 1 1 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.378857143 NA 0 0.528870968 0.528870968 1 0.669478632 0.669478632 1 0.952984772 0.952984772 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.130947004 1 0.104413009 1 0.030129377 1 0.000000232 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 129779254 G T PTPRE CCDS7657.1 r.? - - intronic 29 0 0 30 1 3.3 26 0 0 93 0 0 65 7 10.8 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 5 2 2 2 3 1 1 1 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.347285714 0.347285714 1 0 0 1 0 0 1 0.87222335 0.87222335 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.139615808 1 1 1 1 1 4.22E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 130945704 G C - - - - - - 38 0 0 32 0 0 22 0 0 39 0 0 57 8 14 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 5 2 2 2 3 1 1 1 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.130659898 1.130659898 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 5.19E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 132197159 C T - - - - - - 26 0 0 26 4 15.4 20 2 10 33 3 9.1 47 8 17 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 5 2 2 2 3 1 1 1 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.620666667 1.620666667 1 1.175268817 1.175268817 1 1.646555556 1.646555556 1 1.372944162 1.372944162 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.00000856 1 0.004473894 1 0.000609557 1 1.03E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 132897834 G C TCERG1L CCDS7662.2 r.? - - intronic 25 0 0 37 2 5.4 12 1 8.3 43 0 0 51 8 15.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 5 2 2 2 3 1 1 1 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.568285714 0.568285714 1 0.975473118 0.975473118 1 0 0 1 1.267954315 1.267954315 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.014826063 1 0.058377193 1 1 1 2.05E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 132919909 C T TCERG1L CCDS7662.2 r.? - - intronic 33 0 0 33 3 9.1 15 0 0 14 1 7.1 64 15 23.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 5 2 2 2 3 1 1 1 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.957666667 0.957666667 1 0 0 1 1.284675214 1.284675214 1 1.889817259 0.944908629 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000609557 1 1 1 0.067769881 1 3.87E-21 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 133222744 G A - - - - - - 36 0 0 24 2 8.3 14 2 14.3 34 0 0 49 10 20.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 5 2 2 2 3 1 1 1 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.87347619 0.87347619 1 1.680634409 1.680634409 1 0 0 1 1.647532995 1.647532995 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.006413403 1 0.002185852 1 1 1 6.72E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 133627340 C A ENSG00000189275 ENST00000341866 r.? - - upstream 29 0 0 42 3 7.1 22 1 4.5 69 3 4.3 59 12 20.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 5 2 2 2 3 1 1 1 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.747190476 0.747190476 1 0.528870968 0.528870968 1 0.778042735 0.778042735 1 1.639456853 0.819728426 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.001240292 1 0.104413009 1 0.005121501 1 2.2E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 10 134284507 G A - - - - - - 27 0 0 39 0 0 16 0 0 18 0 0 55 10 18.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 5 2 2 2 3 1 1 1 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.469857868 1.469857868 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.33E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 1874680 G A LSP1 CCDS31334.1 r.? - - intronic 40 0 0 38 0 0 21 0 0 12 0 0 57 8 14 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 2 3 2.602433734 3 2 3 2 0 0 0 0 1 1 1 0.397566266 NA NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 0.602433734 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.795000621 0.795000621 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 5.19E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 2537334 G A KCNQ1 CCDS7736.1 r.? - - intronic 37 0 0 26 0 0 15 0 0 10 0 0 39 6 15.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 2 3 2.602433734 3 2 3 2 0 0 0 0 1 1 1 0.397566266 NA NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 0.602433734 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.874500683 0.874500683 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 4.43E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 6259147 G T FAM160A2 CCDS44530.1 r.? - - upstream 24 0 0 34 0 0 21 0 0 58 0 0 40 4 10 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 2 3 2.602433734 3 2 3 2 0 0 0 0 1 1 1 0.397566266 NA NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 0.602433734 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.567857587 0.567857587 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.0000495 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 6300502 A G - - - - - - 34 0 0 32 0 0 21 0 0 62 0 0 42 5 11.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 2 3 2.602433734 3 2 3 2 0 0 0 0 1 1 1 0.397566266 NA NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 0.602433734 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 0.675750528 0.675750528 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.00000228 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 7561557 G A PPFIBP2 CCDS31419.1 r.? - - intronic 29 0 0 38 0 0 18 0 0 45 0 0 39 9 23.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 2 3 2.602433734 3 2 3 2 0 0 0 0 1 1 1 0.397566266 NA NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 0.602433734 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.311751025 1.311751025 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 3.62E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 7791356 A C - - - - - - 11 0 0 15 2 13.3 13 2 15.4 32 2 6.2 39 16 41 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 2 3 2.602433734 3 2 3 2 0 0 0 0 1 1 1 0.397566266 NA NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 0.602433734 1.399666667 1.399666667 1 1.655913978 1.655913978 1 1.12182906 1.12182906 1 2.328216105 0.894630313 2.602433734 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.002513772 1 0.001879825 1 0.011224977 1 5.16E-27 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 7889693 C T - - - - - - 25 0 0 38 3 7.9 21 2 9.5 43 4 9.3 51 17 33.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 2 3 2.602433734 3 2 3 2 0 0 0 0 1 1 1 0.397566266 NA NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 0.602433734 0.831380952 0.831380952 1 1.021505376 1.021505376 1 1.68274359 1.68274359 1 1.890965763 0.945482882 2 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000925091 1 0.004928472 1 0.000066 1 9.59E-27 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 10019100 C A SBF2 CCDS31427.1 r.? - - intronic 33 0 0 30 4 13.3 21 0 0 24 1 4.2 59 14 23.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 2 3 2.602433734 3 2 3 2 0 0 0 0 1 1 1 0.397566266 NA NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 0.602433734 1.399666667 1.399666667 1 0 0 1 0.759948718 0.759948718 1 1.34582248 1.34582248 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.0000154 1 1 1 0.113346489 1 6.58E-20 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 11485377 C A GALNTL4 CCDS7807.1 r.? - - intronic 36 0 0 28 1 3.6 19 1 5.3 55 3 5.5 68 9 13.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 2 3 2.602433734 3 2 3 2 0 0 0 0 1 1 1 0.397566266 NA NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 0.602433734 0.378857143 0.378857143 1 0.569892473 0.569892473 1 0.99517094 0.99517094 1 0.749572014 0.749572014 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.130947004 1 0.090843738 1 0.002700822 1 7.38E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 11574012 G A GALNTL4 CCDS7807.1 r.? - - intronic 37 0 0 31 0 0 13 0 0 50 0 0 43 5 11.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 3 2 3 2.602433734 3 2 3 2 0 0 0 0 1 1 1 0.397566266 NA NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 0.602433734 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.6587148 0.6587148 1 NA NA 1 NA NA 0 0 0 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.00000257 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 12138427 A T MICAL2 CCDS7809.1 r.? - - intronic 28 0 0 35 1 2.9 17 0 0 62 3 4.8 59 15 25.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 2 3 2.602433734 3 2 3 2 0 0 0 0 1 1 1 0.397566266 NA NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 0.602433734 0.305190476 0.305190476 1 0 0 1 0.868512821 0.868512821 1 1.44235827 1.44235827 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.16091139 1 1 1 0.003793816 1 9.9E-22 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 13077674 G T - - - - - - 26 0 0 33 0 0 24 0 0 70 0 0 49 8 16.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 2 3 2.602433734 3 2 3 2 0 0 0 0 1 1 1 0.397566266 NA NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 0.602433734 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.925607866 0.925607866 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.47E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 14525797 C T COPB1 CCDS7815.1 r.? - - upstream 27 0 0 35 2 5.7 22 2 9.1 36 3 8.3 52 6 11.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 2 3 2.602433734 3 2 3 2 0 0 0 0 1 1 1 0.397566266 NA NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 0.602433734 0.599857143 0.599857143 1 0.978494624 0.978494624 1 1.501803419 1.501803419 1 0.653036225 0.653036225 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.013332991 1 0.005403392 1 0.000788827 1 0.000000261 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 17318106 A G NUCB2 CCDS41623.1 r.? - - intronic 33 0 0 24 3 12.5 22 0 0 68 2 2.9 50 5 10 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 2 3 2.602433734 3 2 3 2 0 0 0 0 1 1 1 0.397566266 NA NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 0.602433734 1.31547619 1.31547619 1 0 0 1 0.524726496 0.524726496 1 0.567857587 0.567857587 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000233853 1 1 1 0.045825786 1 0.00000549 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 17425520 A G ABCC8 CCDS31437.1 r.? - - intronic 26 0 0 28 0 0 29 0 0 66 0 0 61 8 13.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 2 0 0 TRUE FALSE 3 2 3 2.602433734 3 2 3 2 0 0 0 0 1 1 1 0.397566266 NA NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 0.602433734 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.743893438 0.743893438 1 NA NA 1 NA NA 0 0 0 1 0 0 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 9.09E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 20921078 A T NELL1 CCDS7855.1 r.? - - intronic 33 0 0 37 0 0 17 0 0 65 0 0 50 10 20 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 2 3 2.602433734 3 2 3 2 0 0 0 0 1 1 1 0.397566266 NA NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 0.602433734 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.135715173 1.135715173 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 8.36E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 21437214 C T NELL1 CCDS7855.1 r.? - - intronic 32 0 0 31 0 0 17 0 0 61 0 0 55 7 12.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 2 3 2.602433734 3 2 3 2 0 0 0 0 1 1 1 0.397566266 NA NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 0.602433734 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.721179135 0.721179135 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.28E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 21704930 G A - - - - - - 33 0 0 33 3 9.1 18 0 0 67 2 3 47 5 10.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 3 2 3 2.602433734 3 2 3 2 0 0 0 0 1 1 1 0.397566266 NA NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 0.602433734 0.957666667 0.957666667 1 0 0 1 0.542820513 0.542820513 1 0.601929042 0.601929042 1 NA NA 1 NA NA 0 0 0 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000609557 1 1 1 0.044622585 1 0.00000402 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 22526654 T A - - - - - - 40 0 0 29 0 0 25 0 0 65 0 0 58 10 17.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 2 3 2.602433734 3 2 3 2 0 0 0 0 1 1 1 0.397566266 NA NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 0.602433734 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.976715049 0.976715049 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 4.1E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 25003987 A T LUZP2 CCDS31446.1 r.? - - intronic 33 0 0 43 2 4.7 24 1 4.2 78 2 2.6 51 10 19.6 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 2 3 2.602433734 3 2 3 2 0 0 0 0 1 1 1 0.397566266 NA NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 0.602433734 0.494619048 0.494619048 1 0.451612903 0.451612903 1 0.470444444 0.470444444 1 1.11300087 1.11300087 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.019709573 1 0.113346489 1 0.058485548 1 1.04E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 25020938 T A LUZP2 CCDS31446.1 r.? - - intronic 37 0 0 40 1 2.5 17 0 0 53 0 0 45 12 26.7 3 0 0 1 0 0 1 0 0 3 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 3 2 3 2.602433734 3 2 3 2 0 0 0 0 1 1 1 0.397566266 NA NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 0.602433734 0.263095238 0.263095238 1 0 0 1 0 0 1 1.516179756 1.516179756 1 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.181679879 1 1 1 1 1 6.03E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 25036452 C G LUZP2 CCDS31446.1 r.? - - intronic 34 0 0 30 2 6.7 12 0 0 69 1 1.4 46 13 28.3 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 2 3 2.602433734 3 2 3 2 0 0 0 0 1 1 1 0.397566266 NA NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 0.602433734 0.705095238 0.705095238 1 0 0 1 0.253316239 0.253316239 1 1.60703697 1.002872653 1.602433734 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.009909649 1 1 1 0.292392265 1 1.07E-19 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 25120630 A T - - - - - - 31 0 0 33 0 0 20 0 0 65 1 1.5 47 10 21.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 3 2 3 2.602433734 3 2 3 2 0 0 0 0 1 1 1 0.397566266 NA NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 0.602433734 0 0 1 0 0 1 0.271410256 0.271410256 1 1.209536659 1.209536659 1 NA NA 1 NA NA 0 0 0 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.278061424 1 4.27E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 25620550 C G - - - - - - 47 0 0 41 0 0 16 0 0 56 0 0 41 4 9.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 3 2 3 2.602433734 3 2 3 2 0 0 0 0 1 1 1 0.397566266 NA NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 0.602433734 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.556500435 0.556500435 1 NA NA 1 NA NA 0 0 0 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.0000546 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 26317934 T C - - - - - - 29 0 0 28 0 0 21 0 0 70 0 0 40 11 27.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 2 3 2.602433734 3 2 3 2 0 0 0 0 1 1 1 0.397566266 NA NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 0.602433734 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.561608363 1.561608363 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 9.88E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 26894730 C T - - - - - - 22 0 0 37 1 2.7 25 2 8 53 3 5.7 36 6 16.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 2 3 2.602433734 3 2 3 2 0 0 0 0 1 1 1 0.397566266 NA NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 0.602433734 0.284142857 0.284142857 1 0.860215054 0.860215054 1 1.031358974 1.031358974 1 0.94832217 0.94832217 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.169281299 1 0.006948068 1 0.002429596 1 2.68E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 27301797 C T - - - - - - 31 0 0 42 2 4.8 21 2 9.5 70 0 0 61 11 18 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 2 3 2.602433734 3 2 3 2 0 0 0 0 1 1 1 0.397566266 NA NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 0.602433734 0.505142857 0.505142857 1 1.021505376 1.021505376 1 0 0 1 1.022143656 1.022143656 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.018854633 1 0.004928472 1 1 1 1.62E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 29002009 A G - - - - - - 38 0 0 29 0 0 20 0 0 68 0 0 54 10 18.5 333 1 0.3 479 0 0 207 0 0 609 0 0 527 66 12.5 TRUE FALSE 3 2 3 2.602433734 3 2 3 2 0 0 0 0 1 1 1 0.397566266 NA NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 0.602433734 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.050536535 1.050536535 1 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 0.709821983 1.178257364 0.602433734 1 NA 1 0.811597835 1 1 1 1 1 1 1.91E-13 1.59E-68 YES 0_0 0_0 0_0 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b 11 29069030 C T - - - - - - 25 0 0 24 1 4.2 16 0 0 52 2 3.8 43 5 11.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 2 3 2.602433734 3 2 3 2 0 0 0 0 1 1 1 0.397566266 NA NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 0.602433734 0.442 0.442 1 0 0 1 0.68757265 0.68757265 1 0.6587148 0.6587148 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.113346489 1 1 1 0.028101652 1 0.00000257 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 29267472 A G - - - - - - 30 0 0 32 3 9.4 24 3 12.5 78 0 0 36 6 16.7 0 0 NA 1 0 0 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 2 3 2.602433734 3 2 3 2 0 0 0 0 1 1 1 0.397566266 NA NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 0.602433734 0.989238095 0.989238095 1 1.344086022 1.344086022 1 0 0 1 0.94832217 0.94832217 1 0 0 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.000556213 1 0.000233853 1 1 1 2.68E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 29664264 C T - - - - - - 39 0 0 36 0 0 17 0 0 78 0 0 53 10 18.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 2 3 2.602433734 3 2 3 2 0 0 0 0 1 1 1 0.397566266 NA NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 0.602433734 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.073250839 1.073250839 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.57E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 29977248 A G - - - - - - 36 0 0 34 1 2.9 23 2 8.7 66 0 0 56 6 10.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 2 3 2.602433734 3 2 3 2 0 0 0 0 1 1 1 0.397566266 NA NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 0.602433734 0.305190476 0.305190476 1 0.935483871 0.935483871 1 0 0 1 0.607607618 0.607607618 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.156694864 1 0.00589844 1 1 1 0.000000409 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 30063151 C T - - - - - - 29 0 0 34 0 0 16 0 0 34 0 0 48 6 12.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 2 3 2.602433734 3 2 3 2 0 0 0 0 1 1 1 0.397566266 NA NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 0.602433734 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.709821983 0.709821983 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.00000016 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 32441279 G A WT1 CCDS7878.2 r.? - - intronic 26 0 0 38 3 7.9 17 0 0 42 1 2.4 60 8 13.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 2 3 2.602433734 3 2 3 2 0 0 0 0 1 1 1 0.397566266 NA NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 0.602433734 0.831380952 0.831380952 1 0 0 1 0.43425641 0.43425641 1 0.75525059 0.75525059 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000925091 1 1 1 0.189842622 1 7.93E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 33106373 G C CSTF3 CCDS7883.1 r.2580c>g c.? p.? 3'UTR variant 31 0 0 42 0 0 26 0 0 49 0 0 51 7 13.7 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 2 3 2.602433734 3 2 3 2 0 0 0 0 1 1 1 0.397566266 NA NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 0.602433734 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.777964894 0.777964894 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 7.46E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 33672316 G A C11orf41 CCDS44565.1 r.? - - intronic 37 0 0 37 1 2.7 16 1 6.2 57 4 7 54 10 18.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 2 3 2.602433734 3 2 3 2 0 0 0 0 1 1 1 0.397566266 NA NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 0.602433734 0.284142857 0.284142857 1 0.666666667 0.666666667 1 1.266581197 1.266581197 1 1.050536535 1.050536535 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.169281299 1 0.077068876 1 0.000199821 1 1.91E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 34143521 G A NAT10 CCDS7889.1 r.? - - intronic 36 0 0 30 2 6.7 33 0 0 22 2 9.1 54 11 20.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 2 3 2.602433734 3 2 3 2 0 0 0 0 1 1 1 0.397566266 NA NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 0.602433734 0.705095238 0.705095238 1 0 0 1 1.646555556 1.646555556 1 1.158429477 1.158429477 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.009909649 1 1 1 0.005403392 1 3.84E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 35080843 G T - - - - - - 25 0 0 38 0 0 22 2 9.1 81 3 3.7 52 9 17.3 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 3 2 3 2.602433734 3 2 3 2 0 0 0 0 1 1 1 0.397566266 NA NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 0.602433734 0 0 1 0.978494624 0.978494624 1 0.669478632 0.669478632 1 0.982393625 0.982393625 1 0 0 1 NA NA 0 0 0 1 NA NA 1 8 NA 1 1 1 1 0.005403392 1 0.007979008 1 5.92E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 35659438 G A - - - - - - 34 0 0 39 2 5.1 22 2 9.1 77 3 3.9 58 7 12.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 2 3 2.602433734 3 2 3 2 0 0 0 0 1 1 1 0.397566266 NA NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 0.602433734 0.536714286 0.536714286 1 0.978494624 0.978494624 1 0.705666667 0.705666667 1 0.68710768 0.68710768 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.016387522 1 0.005403392 1 0.006942426 1 1.88E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 37393634 G A - - - - - - 32 0 0 49 0 0 15 0 0 62 0 0 54 6 11.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 2 3 2.602433734 3 2 3 2 0 0 0 0 1 1 1 0.397566266 NA NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 0.602433734 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.630321921 0.630321921 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000000329 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 38384532 T A - - - - - - 24 0 0 39 2 5.1 20 1 5 64 0 0 63 13 20.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 2 3 2.602433734 3 2 3 2 0 0 0 0 1 1 1 0.397566266 NA NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 0.602433734 0.536714286 0.536714286 1 0.537634409 0.537634409 1 0 0 1 1.169786628 1.169786628 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.016387522 1 0.09538952 1 1 1 1.01E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 38897515 C T - - - - - - 34 0 0 27 2 7.4 21 0 0 59 0 0 44 9 20.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 2 3 2.602433734 3 2 3 2 0 0 0 0 1 1 1 0.397566266 NA NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 0.602433734 0.778761905 0.778761905 1 0 0 1 0 0 1 1.164108052 1.164108052 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.00807567 1 1 1 1 1 1.18E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 39065568 G A - - - - - - 30 0 0 24 2 8.3 14 3 21.4 61 1 1.6 68 9 13.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 2 3 2.602433734 3 2 3 2 0 0 0 0 1 1 1 0.397566266 NA NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 0.602433734 0.87347619 0.87347619 1 2.301075269 2.301075269 1 0.289504274 0.289504274 1 0.749572014 0.749572014 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.006413403 1 0.0000437 1 0.263440347 1 7.38E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 39130568 C T - - - - - - 45 0 0 28 0 0 13 0 0 53 0 0 54 6 11.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 2 3 2.602433734 3 2 3 2 0 0 0 0 1 1 1 0.397566266 NA NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 0.602433734 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.630321921 0.630321921 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000000329 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 39530092 A G - - - - - - 28 0 0 38 2 5.3 17 1 5.9 48 3 6.2 43 8 18.6 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 2 3 2.602433734 3 2 3 2 0 0 0 0 1 1 1 0.397566266 NA NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 0.602433734 0.557761905 0.557761905 1 0.634408602 0.634408602 1 1.12182906 1.12182906 1 1.056215111 1.056215111 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.015598339 1 0.081683532 1 0.001827434 1 4.85E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 39796382 C A - - - - - - 35 0 0 33 4 12.1 17 0 0 54 4 7.4 42 5 11.9 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 2 3 2.602433734 3 2 3 2 0 0 0 0 1 1 1 0.397566266 NA NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 0.602433734 1.273380952 1.273380952 1 0 0 1 1.338957265 1.338957265 1 0.675750528 0.675750528 1 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.0000228 1 1 1 0.000161898 1 0.00000228 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 39990944 G C - - - - - - 24 0 0 36 0 0 8 0 0 73 0 0 48 6 12.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 TRUE FALSE 3 2 3 2.602433734 3 2 3 2 0 0 0 0 1 1 1 0.397566266 NA NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 0.602433734 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.709821983 0.709821983 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 0 NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.00000016 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 40415770 A G - - - - - - 34 0 0 37 2 5.4 22 2 9.1 70 0 0 47 8 17 3 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 2 3 2.602433734 3 2 3 2 0 0 0 0 1 1 1 0.397566266 NA NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 0.602433734 0.568285714 0.568285714 1 0.978494624 0.978494624 1 0 0 1 0.965357897 0.965357897 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.014826063 1 0.005403392 1 1 1 1.03E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 40567520 T G - - - - - - 35 0 0 28 2 7.1 14 1 7.1 58 0 0 42 10 23.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 2 3 2.602433734 3 2 3 2 0 0 0 0 1 1 1 0.397566266 NA NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 0.602433734 0.747190476 0.747190476 1 0.76344086 0.76344086 1 0 0 1 1.351501056 1.351501056 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.008668191 1 0.067769881 1 1 1 1.24E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 40924412 G T - - - - - - 32 0 0 39 3 7.7 20 0 0 70 4 5.7 55 11 20 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 2 3 2.602433734 3 2 3 2 0 0 0 0 1 1 1 0.397566266 NA NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 0.602433734 0.810333333 0.810333333 1 0 0 1 1.031358974 1.031358974 1 1.135715173 1.135715173 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000998458 1 1 1 0.000440508 1 4.77E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 41618745 G C - - - - - - 36 0 0 49 3 6.1 26 1 3.8 61 2 3.3 60 10 16.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 2 3 2.602433734 3 2 3 2 0 0 0 0 1 1 1 0.397566266 NA NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 0.602433734 0.641952381 0.641952381 1 0.408602151 0.408602151 1 0.597102564 0.597102564 1 0.94832217 0.94832217 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.001939399 1 0.122190858 1 0.037660755 1 5.86E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 41898261 C T - - - - - - 34 0 0 42 0 0 31 0 0 82 0 0 51 7 13.7 472 0 0 523 0 0 216 0 0 795 0 0 854 183 21.4 TRUE FALSE 3 2 3 2.602433734 3 2 3 2 0 0 0 0 1 1 1 0.397566266 NA NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 0.602433734 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.777964894 0.777964894 1 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 1.215215235 1.215215235 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 7.46E-09 4.86E-232 YES 0_0 0_0 0_0 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b 11 41982898 C T - - - - - - 29 0 0 31 0 0 17 0 0 51 1 2 52 9 17.3 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 2 3 2.602433734 3 2 3 2 0 0 0 0 1 1 1 0.397566266 NA NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 0.602433734 0 0 1 0 0 1 0.361880342 0.361880342 1 0.982393625 0.982393625 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.225579006 1 5.92E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 42483701 C G - - - - - - 25 0 0 30 2 6.7 21 2 9.5 63 2 3.2 48 6 12.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 2 3 2.602433734 3 2 3 2 0 0 0 0 1 1 1 0.397566266 NA NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 0.602433734 0.705095238 0.705095238 1 1.021505376 1.021505376 1 0.579008547 0.579008547 1 0.709821983 0.709821983 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.009909649 1 0.004928472 1 0.03993132 1 0.00000016 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 42633977 C T - - - - - - 20 0 0 31 0 0 21 0 0 69 0 0 63 10 15.9 875 1 0.1 504 0 0 571 0 0 710 0 0 600 61 10.2 TRUE FALSE 3 2 3 2.602433734 3 2 3 2 0 0 0 0 1 1 1 0.397566266 NA NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 0.602433734 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.902893563 0.902893563 1 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 0.579214738 0.961458009 0.602433734 1 NA 1 0.987549246 1 1 1 1 1 1 9.81E-13 7.47E-58 YES 0_0 0_0 0_0 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b 11 42963374 T A - - - - - - 30 0 0 35 2 5.7 27 4 14.8 61 0 0 56 10 17.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 2 3 2.602433734 3 2 3 2 0 0 0 0 1 1 1 0.397566266 NA NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 0.602433734 0.599857143 0.599857143 1 1.591397849 1.591397849 1 0 0 1 1.01646508 1.01646508 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.013332991 1 0.00001 1 1 1 2.82E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 43228684 C G - - - - - - 45 0 0 33 0 0 25 0 0 25 0 0 48 10 20.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 2 3 2.602433734 3 2 3 2 0 0 0 0 1 1 1 0.397566266 NA NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 0.602433734 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.18114378 1.18114378 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 5.37E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 43348168 A G API5 CCDS44572.1 r.1028+7a>g c.855+7A>G p.? splice region 31 0 0 38 0 0 23 0 0 55 0 0 59 8 13.6 312 1 0.3 309 1 0.3 121 0 0 641 0 0 393 63 16 TRUE FALSE 3 2 3 2.602433734 3 2 3 2 0 0 0 0 1 1 1 0.397566266 NA NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 0.602433734 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.772286318 0.772286318 1 0.031571429 0.031571429 1 0 NA 0 0 0 1 0.908572138 0.908572138 1 1 NA 1 0.790684595 1 0.787513203 1 1 1 1 6.9E-10 1.57E-72 YES 0_0 0_0 0_0 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b 11 46726659 G A ZNF408 CCDS7923.1 r.1639g>a c.1409G>A p.C470Y missense 38 0 0 13 0 0 7 2 28.6 2 0 0 37 8 21.6 30 0 0 118 6 5.1 31 0 0 83 0 0 76 6 7.9 TRUE FALSE 3 2 3 2.602433734 3 2 3 2 0 0 0 0 1 1 1 0.397566266 NA NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 0.602433734 0 0 1 3.075268817 3.075268817 1 0 0 1 1.226572387 1.226572387 1 0.536714286 0.536714286 1 0 NA 0 0 0 1 0.448607493 0.744658654 0.602433734 8 NA 1 1 1 0.0000319 0.000516315 1 1 1 1.33E-11 0.00000253 YES 0_1 1_0 0_0 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b 11 47461530 C T RAPSN CCDS7936.1 r.? - - intronic 30 0 0 27 3 11.1 19 1 5.3 38 0 0 53 9 17 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 2 3 2.602433734 3 2 3 2 0 0 0 0 1 1 1 0.397566266 NA NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 0.602433734 1.168142857 1.168142857 1 0.569892473 NA 0 0 0 1 0.965357897 0.965357897 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000334187 1 0.090843738 1 1 1 7.1E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 48662819 G A - - - - - - 33 0 0 29 0 0 23 0 0 55 0 0 48 8 16.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 2 3 2.602433734 3 2 3 2 0 0 0 0 1 1 1 0.397566266 NA NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 0.602433734 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.94832217 0.94832217 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.23E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 48992374 A T ENSG00000220948 ENST00000437540 r.? - - downstream 33 0 0 21 0 0 16 0 0 46 0 0 41 10 24.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 2 3 2.602433734 3 2 3 2 0 0 0 0 1 1 1 0.397566266 NA NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 0.602433734 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.385572511 1.385572511 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 9.51E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 49244746 C T - - - - - - 36 0 0 36 0 0 25 0 0 79 0 0 55 6 10.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 2 3 2.602433734 3 2 3 2 0 0 0 0 1 1 1 0.397566266 NA NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 0.602433734 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.618964769 0.618964769 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000000367 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 49448652 C G - - - - - - 31 0 0 32 0 0 22 0 0 71 0 0 45 8 17.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 2 3 2.602433734 3 2 3 2 0 0 0 0 1 1 1 0.397566266 NA NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 0.602433734 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.010786504 1.010786504 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 7.14E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 50210296 C G ENSG00000236919 ENST00000435540 r.? - - upstream 28 0 0 32 2 6.2 23 0 0 64 3 4.7 64 9 14.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 2 3 2.602433734 3 2 3 2 0 0 0 0 1 1 1 0.397566266 NA NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 0.602433734 0.65247619 0.65247619 1 0 0 1 0.850418803 0.850418803 1 0.800679197 0.800679197 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.011224977 1 1 1 0.004148608 1 4.2E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 50220947 T A - - - - - - 29 0 0 38 3 7.9 25 0 0 79 1 1.3 45 5 11.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 TRUE FALSE 3 2 3 2.602433734 3 2 3 2 0 0 0 0 1 1 1 0.397566266 NA NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 0.602433734 0.831380952 0.831380952 1 0 0 1 0.235222222 0.235222222 1 0.630321921 0.630321921 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 0 NA 0 8 NA 1 1 0.000925091 1 1 1 0.326987115 1 0.00000323 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 55113780 G C OR4A16 CCDS31499.1 r.? - - downstream 39 0 0 29 3 10.3 21 0 0 60 3 5 50 12 24 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 3 2 2 2 3 2 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.980952381 0.980952381 1 0 0 1 0.904700855 0.904700855 1 1.218274112 1.218274112 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000414371 1 1 1 0.003458198 1 2.49E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 57341016 C T - - - - - - 28 0 0 47 0 0 37 2 5.4 80 1 1.2 119 11 9.2 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 18 19 11.91984493 18 18 19 8 18 0 0 0 0 1 1 -2.919844933 1 NA NA 9 NA NA NA 0 NA NA NA 3.919844933 NA 0 0 1 1.498645161 1.498645161 1 0.324166344 NA 0 1.939005076 0.969502538 2 NA NA 0 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 0.014826063 1 0.33035218 1 3.14E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 57388938 A G - - - - - - 24 0 0 52 2 3.8 40 0 0 91 0 0 120 7 5.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 18 19 11.91984493 18 18 19 8 18 0 0 0 0 1 1 -2.919844933 1 NA NA 9 NA NA NA 0 NA NA NA 3.919844933 NA 0.969904762 0.969904762 1 0 0 1 0 NA 0 1.222416244 1.222416244 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.028101652 1 1 1 1 1 0.00000284 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 57658487 G C - - - - - - 40 0 0 107 2 1.9 47 1 2.1 166 3 1.8 229 9 3.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 18 19 30 18 18 19 29 18 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.484952381 0.484952381 1 0.582806452 0.582806452 1 0.811692308 0.811692308 1 0.821969543 0.821969543 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.100630843 1 0.209895027 1 0.051391544 1 0.00000296 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 57669197 A G - - - - - - 23 0 0 96 0 0 44 0 0 95 0 0 194 9 4.6 0 0 NA 1 0 0 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 18 19 30 18 18 19 29 18 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.969502538 0.969502538 1 0 NA 0 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000000756 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 58175776 C G OR5B3 CCDS31549.1 r.? - - upstream 29 0 0 96 3 3.1 72 3 4.2 69 3 4.3 179 9 5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 18 19 30 18 18 19 29 18 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.791238095 0.791238095 1 1.165612903 1.165612903 1 1.939042735 1.939042735 1 1.053807107 1.053807107 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.012645497 1 0.00576558 1 0.005121501 1 0.000000386 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 58407767 G T - - - - - - 36 0 0 92 0 0 43 0 0 153 1 0.7 210 10 4.8 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 18 19 30 18 18 19 29 18 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.31565812 0.31565812 1 1.011654822 1.011654822 1 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.535558142 1 0.000000146 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 58652400 G T - - - - - - 27 0 0 97 2 2.1 62 2 3.2 146 3 2.1 215 9 4.2 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 18 19 30 18 18 19 29 18 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.536 0.536 1 0.888086022 0.888086022 1 0.946974359 0.946974359 1 0.88519797 0.88519797 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.085302553 1 0.038789653 1 0.037483678 1 0.00000177 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 58679489 T C ENSG00000224130 ENST00000454512 r.? - - downstream 36 0 0 87 0 0 41 0 0 147 0 0 207 11 5.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 18 19 30 18 18 19 29 18 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.117035533 1.117035533 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.14E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 58680956 G T ENSG00000224130 ENST00000454512 r.? - - downstream 31 0 0 85 0 0 47 0 0 136 0 0 174 14 8 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 2 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 18 19 30 18 18 19 29 18 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.686091371 0.843045685 2 NA NA 0 0 NA 0 0 0 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 4.52E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 58822893 T C - - - - - - 27 0 0 98 3 3.1 45 1 2.2 135 0 0 189 12 6.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 FALSE FALSE 18 19 30 18 18 19 29 18 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.791238095 0.791238095 1 0.61055914 NA 0 0 0 1 1.327796954 1.327796954 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 1 1 0.013362835 1 0.201934322 1 1 1 3.28E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 59266562 T C OR4D11 CCDS31563.1 r.? - - upstream 26 0 0 27 1 3.7 28 5 17.9 66 3 4.5 58 13 22.4 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 TRUE FALSE 2 2 2 2 2 2 2 2 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.352380952 0.352380952 1 1.924731183 1.924731183 1 0.769230769 0.769230769 1 1.137055838 1.137055838 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 0 0 1 8 NA 1 1 0.126579904 1 0.000000279 1 0.004522888 1 3.12E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 61490956 C G DAGLA CCDS31578.1 r.576c>g c.460C>G p.L154V missense 36 0 0 42 0 0 25 0 0 16 0 0 101 13 12.9 43 0 0 202 0 0 48 0 0 103 0 0 138 15 10.9 FALSE FALSE 5 5 5.962050976 5 5 5 1 5 0 0 0 0 1 1 -3.962050976 1 NA NA 2 NA NA NA 0 NA NA NA 4.962050976 NA 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 1.041822335 1.041822335 1 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 0.880299492 0.880299492 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 6.62E-15 7.46E-16 YES 0_0 0_0 0_0 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b 11 61583620 C T FADS1 CCDS8011.2 r.? - - intronic 31 0 0 37 0 0 25 0 0 6 0 0 102 12 11.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 5 5.962050976 5 5 5 1 5 0 0 0 0 1 1 -3.962050976 1 NA NA 2 NA NA NA 0 NA NA NA 4.962050976 NA 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 0.952984772 0.952984772 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.18E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 61655940 C T FADS3 CCDS8013.1 r.? - - intronic 34 0 0 47 4 8.5 17 1 5.9 26 1 3.8 80 22 27.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 5 5.962050976 5 5 5 1 5 0 0 0 0 1 1 -3.962050976 1 NA NA 2 NA NA NA 0 NA NA NA 4.962050976 NA 1.06452381 1.06452381 1 0.811408602 0.811408602 1 0.800130587 NA 0 2.220939086 1.110469543 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.0000939 1 0.081683532 1 0.122190858 1 4.89E-32 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 61663546 C T RAB3IL1 CCDS8014.1 r.? - - downstream 41 0 0 50 2 4 23 1 4.3 32 0 0 92 8 8.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 5 5.962050976 5 5 5 1 5 0 0 0 0 1 1 -3.962050976 1 NA NA 2 NA NA NA 0 NA NA NA 4.962050976 NA 0.500952381 0.500952381 1 0.591365591 0.591365591 1 0 NA 0 0.702624365 0.702624365 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.026131524 1 0.108890944 1 1 1 0.000000025 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 61834615 T C - - - - - - 39 0 0 44 0 0 35 0 0 41 0 0 97 11 11.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 5 5.962050976 5 5 5 1 5 0 0 0 0 1 1 -3.962050976 1 NA NA 2 NA NA NA 0 NA NA NA 4.962050976 NA 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 0.912604061 0.912604061 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 3.27E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 62072141 G T - - - - - - 48 0 0 49 0 0 22 0 0 83 0 0 78 9 11.5 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 5 5.962050976 5 5 5 1 5 0 0 0 0 1 1 -3.962050976 1 NA NA 2 NA NA NA 0 NA NA NA 4.962050976 NA 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 0.928756345 0.928756345 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.61E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 62119914 C T ASRGL1 CCDS8019.1 r.? - - intronic 38 0 0 46 0 0 28 3 10.7 47 0 0 82 11 13.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 5 5.962050976 5 5 5 1 5 0 0 0 0 1 1 -3.962050976 1 NA NA 2 NA NA NA 0 NA NA NA 4.962050976 NA 0 0 1 1.471537634 1.471537634 1 0 NA 0 1.082203046 1.082203046 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 0.000372895 1 1 1 4.94E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 64807297 C G SNX15 CCDS8089.1 r.1647c>g c.? p.? 3'UTR variant 33 0 0 35 0 0 17 0 0 17 0 0 57 7 12.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 5 5.962050976 5 5 5 1 5 0 0 0 0 1 1 -3.962050976 1 NA NA 2 NA NA NA 0 NA NA NA 4.962050976 NA 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 0.993365482 0.993365482 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.66E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 65266007 C T MALAT1 ENST00000508832 r.? - - upstream 35 0 0 29 3 10.3 13 2 15.4 35 0 0 66 19 28.8 79 1 1.3 165 26 15.8 27 0 0 147 0 0 166 11 6.6 FALSE FALSE 5 5 5.962050976 5 5 5 1 5 0 0 0 0 1 1 -3.962050976 1 NA NA 2 NA NA NA 0 NA NA NA 4.962050976 NA 1.289952381 1.289952381 1 2.117913978 2.117913978 1 0 NA 0 2.325928934 1.162964467 2 1.978761905 0.989380952 2 0 0 1 0 NA 0 0.533025381 0.533025381 1 NA NA 1 0.326987115 0.000414371 1.07E-30 0.001879825 1 1 1 2.64E-28 1.13E-09 YES 1_1 1_0 0_0 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b 11 67905705 C T - - - - - - 37 0 0 50 0 0 27 0 0 69 0 0 85 13 15.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 5 5.962050976 5 5 5 1 5 0 0 0 0 1 1 -3.962050976 1 NA NA 2 NA NA NA 0 NA NA NA 4.962050976 NA 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 1.235649746 1.235649746 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 6.45E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 67911616 G T - - - - - - 32 0 0 34 0 0 31 0 0 28 0 0 84 10 11.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 5 5.962050976 5 5 5 1 5 0 0 0 0 1 1 -3.962050976 1 NA NA 2 NA NA NA 0 NA NA NA 4.962050976 NA 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 0.961060914 0.961060914 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.93E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 68033672 T C C11orf24 CCDS8180.1 r.? - - intronic 37 0 0 48 2 4.2 45 2 4.4 17 0 0 135 15 11.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 5 5.962050976 5 5 5 1 5 0 0 0 0 1 1 -3.962050976 1 NA NA 2 NA NA NA 0 NA NA NA 4.962050976 NA 0.526 0.526 1 0.60511828 0.60511828 1 0 NA 0 0.896451777 0.896451777 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.024220359 1 0.021467209 1 1 1 5.34E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 70035350 A T ANO1 CCDS44663.1 r.4250a>u c.? p.? 3'UTR variant 36 0 0 43 0 0 25 0 0 64 0 0 60 9 15 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 5 5.962050976 5 5 5 1 5 0 0 0 0 1 1 -3.962050976 1 NA NA 2 NA NA NA 0 NA NA NA 4.962050976 NA 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 1.21142132 1.21142132 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.29E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 70285574 G A CTTN CCDS8197.1 r.? - - downstream 33 0 0 45 0 0 32 0 0 55 0 0 66 9 13.6 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 5 5.962050976 5 5 5 1 5 0 0 0 0 1 1 -3.962050976 1 NA NA 2 NA NA NA 0 NA NA NA 4.962050976 NA 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 1.09835533 1.09835533 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 5.59E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 71201372 G C NADSYN1 CCDS8201.1 r.? - - intronic 36 0 0 40 0 0 26 0 0 21 0 0 46 9 19.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 5 5.962050976 5 5 5 1 5 0 0 0 0 1 1 -3.962050976 1 NA NA 2 NA NA NA 0 NA NA NA 4.962050976 NA 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 1.582923858 1.582923858 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.82E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 74043872 T C PGM2L1 CCDS8231.1 r.5990a>g c.? p.? 3'UTR variant 33 0 0 37 0 0 26 0 0 62 0 0 74 6 8.1 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 5 5.962050976 5 5 5 1 5 0 0 0 0 1 1 -3.962050976 1 NA NA 2 NA NA NA 0 NA NA NA 4.962050976 NA 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 0.654167513 0.654167513 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.00000216 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 75435155 G A MOGAT2 CCDS8240.1 r.? - - intronic 32 0 0 47 0 0 17 0 0 51 0 0 61 7 11.5 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 5 5.962050976 5 5 5 1 5 0 0 0 0 1 1 -3.962050976 1 NA NA 2 NA NA NA 0 NA NA NA 4.962050976 NA 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 0.928756345 0.928756345 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.69E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 75589958 G A UVRAG CCDS8241.1 r.? - - intronic 16 0 0 16 0 0 10 1 10 22 1 4.5 31 7 22.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 FALSE FALSE 5 5 5.962050976 5 5 5 1 5 0 0 0 0 1 1 -3.962050976 1 NA NA 2 NA NA NA 0 NA NA NA 4.962050976 NA 0 0 1 1.375268817 1.375268817 1 0.947523063 NA 0 1.825208122 1.825208122 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 0 0 1 NA NA 1 1 1 1 0.04888987 1 0.104413009 1 1.85E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 76798340 C T CAPN5 CCDS8248.1 r.? - - intronic 29 0 0 47 3 6.4 36 0 0 26 0 0 113 8 7.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 12 13 9.085021329 12 12 13 10 12 0 0 0 0 1 1 1.914978671 1 NA NA 10 NA NA NA 1 NA NA NA -0.914978671 NA 1.24952381 1.24952381 1 0 0 1 0 NA 0 1.070406091 1.070406091 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.001719595 1 1 1 1 1 0.000000125 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 76841013 G C CAPN5 CCDS8248.1 r.? - - downstream 16 0 0 18 1 5.6 11 1 9.1 14 0 0 60 7 11.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 12 13 9.085021329 12 12 13 10 12 0 0 0 0 1 1 1.914978671 1 NA NA 10 NA NA NA 1 NA NA NA -0.914978671 NA 1.093333333 NA 0 1.979494624 1.979494624 1 0 NA 0 1.763908629 1.763908629 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.086275114 1 0.05364542 1 1 1 2.39E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 77009151 A T - - - - - - 22 0 0 60 1 1.7 37 2 5.4 67 3 4.5 117 5 4.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 12 13 9.085021329 12 12 13 10 12 0 0 0 0 1 1 1.914978671 1 NA NA 10 NA NA NA 1 NA NA NA -0.914978671 NA 0.331904762 0.331904762 1 1.174645161 1.174645161 1 1.088056729 1.088056729 1 0.648274112 0.648274112 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.259739042 1 0.014826063 1 0.004717431 1 0.000329073 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 77783310 G A NDUFC2 CCDS8257.1 r.? - - intronic 33 0 0 35 0 0 20 0 0 33 0 0 50 10 20 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 5 8 5 6 5 7 5 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.615228426 1.615228426 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 8.36E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 97755541 C T DPYD CCDS30777.1 r.? - - intronic 34 1 2.9 48 3 6.2 23 3 13 73 8 11 54 11 20.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 7 2.591299246 2 2 4 1 1 1 3 1 1 1 1 0.408700754 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.591299246 0.65247619 0.65247619 1 1.527849462 1.527849462 1 2.43034188 0.81011396 3 1.156158041 1.156158041 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 0.156694864 1 0.001827434 1 0.000205387 1 3.93E-09 1 3.84E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 78115619 G A GAB2 CCDS8259.1 r.? - - intronic 34 0 0 65 0 0 38 0 0 75 0 0 125 7 5.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 5 8 5 6 5 7 5 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.452263959 0.452263959 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.00000372 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 78139011 C T AP003086.1 ENST00000513207 r.? - - intronic 39 0 0 68 0 0 46 0 0 109 0 0 121 8 6.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 5 8 5 6 5 7 5 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.533025381 0.533025381 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000000213 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 78580943 C G ODZ4 CCDS44688.1 r.? - - intronic 31 0 0 64 16 25 31 6 19.4 104 13 12.5 128 46 35.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 5 8 5 6 5 7 5 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 3.380952381 1.126984127 3 2.668021505 0.889340502 3 2.886752137 0.962250712 3 2.899335025 0.966445008 3 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 5.94E-23 1 1.03E-08 1 9.78E-15 1 1.4E-71 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 78826543 T C ODZ4 CCDS44688.1 r.? - - intronic 34 0 0 41 0 0 27 0 0 92 0 0 76 9 11.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 TRUE FALSE 6 5 8 5 6 5 7 5 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.952984772 0.952984772 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 0 NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.06E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 78911232 C T ODZ4 CCDS44688.1 r.? - - intronic 40 0 0 55 4 7.3 19 2 10.5 64 0 0 71 9 12.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 6 5 8 5 6 5 7 5 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.987238095 0.987238095 1 1.444032258 1.444032258 1 0 0 1 1.025670051 1.025670051 1 NA NA 0 NA NA 0 0 0 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.000173903 1 0.004039874 1 1 1 1.1E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 79637004 A T - - - - - - 36 0 0 26 2 7.7 17 0 0 74 0 0 61 7 11.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 5 8 3 6 5 7 3 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.041333333 1.041333333 1 0 0 1 0 0 1 0.698756345 0.698756345 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.007502227 1 1 1 1 1 2.69E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 79767336 G T - - - - - - 14 0 0 34 1 2.9 28 2 7.1 71 0 0 56 10 17.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 5 8 3 3 5 7 3 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.305190476 0.305190476 1 0.97644086 0.97644086 1 0 0 1 1.087629442 1.087629442 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.156694864 1 0.008668191 1 1 1 2.82E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 80137722 G T - - - - - - 15 0 0 11 1 9.1 8 2 25 41 3 7.3 27 5 18.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 5 8 3 3 5 7 3 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.957666667 0.957666667 1 3.438172043 3.438172043 1 1.685863248 1.685863248 1 1.124086294 1.124086294 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.05364542 1 0.000686131 1 0.001155993 1 0.00000023 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 80539043 G T - - - - - - 48 0 0 35 3 8.6 17 1 5.9 83 0 0 62 6 9.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 5 8 3 3 5 7 3 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.905047619 0.905047619 1 0.811408602 0.811408602 1 0 0 1 0.589385787 0.589385787 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.000725791 1 0.081683532 1 1 1 0.000000756 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 80550475 G T - - - - - - 32 0 0 32 3 9.4 21 1 4.8 59 1 1.7 63 11 17.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 5 8 3 3 5 7 3 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.989238095 0.989238095 1 0.660129032 0.660129032 1 0.392598291 0.392598291 1 1.063324873 1.063324873 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000556213 1 0.099912572 1 0.256019138 1 2.37E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 80730668 G A - - - - - - 43 0 0 38 0 0 23 0 0 66 0 0 54 9 16.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 5 8 3 3 5 7 3 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.014715736 1.014715736 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 8.48E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 80836593 G A - - - - - - 35 0 0 42 1 2.4 21 1 4.8 62 0 0 54 6 11.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 5 8 3 3 5 7 3 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.252571429 0.252571429 1 0.660129032 0.660129032 1 0 0 1 0.674451777 0.674451777 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.189842622 1 0.099912572 1 1 1 0.000000329 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 81206419 T A - - - - - - 32 0 0 32 0 0 17 0 0 62 0 0 53 6 11.3 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 5 8 3 3 5 7 3 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.686604061 0.686604061 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000000293 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 81377382 G T - - - - - - 42 0 0 43 0 0 18 0 0 75 0 0 56 7 12.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 5 8 3 3 5 7 3 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.759517766 0.759517766 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.46E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 81722873 A G AP002802.1 ENST00000500502 r.? - - intronic 33 0 0 39 0 0 19 0 0 59 0 0 61 10 16.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 5 8 3 3 5 7 3 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.99648731 0.99648731 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 6.98E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 81768785 G A AP002802.1 ENST00000500502 r.? - - intronic 36 0 0 43 0 0 27 0 0 64 0 0 58 12 20.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 5 8 3 3 5 7 3 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.257761421 1.257761421 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.76E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 82467589 A G - - - - - - 31 0 0 33 3 9.1 15 1 6.7 76 4 5.3 42 5 11.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 5 8 3 3 5 7 3 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.957666667 0.957666667 1 0.921430108 0.921430108 1 1.223982906 1.223982906 1 0.723060914 0.723060914 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000609557 1 0.072431031 1 0.00060191 1 0.00000228 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 82480963 G C - - - - - - 32 0 0 26 4 15.4 16 0 0 56 0 0 48 6 12.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 5 8 3 3 5 7 3 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.620666667 1.620666667 1 0 0 1 0 0 1 0.759517766 0.759517766 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.00000856 1 1 1 1 1 0.00000016 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 82829386 G C - - - - - - 24 0 0 45 4 8.9 37 0 0 48 0 0 50 4 8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 5 8 3 3 5 7 3 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.936619048 0.936619048 1 0 0 1 0 0 1 0.486091371 0.486091371 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.0000791 1 1 1 1 1 0.000119787 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 83976556 T A DLG2 CCDS41696.1 r.? - - intronic 36 0 0 28 0 0 22 0 0 60 0 0 53 10 18.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 5 8 3 3 5 7 3 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 1.148390863 1.148390863 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.57E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 84203836 T A DLG2 CCDS41696.1 r.? - - intronic 34 0 0 35 0 0 26 0 0 76 0 0 64 14 21.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 5 8 3 3 5 7 3 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 1.330675127 1.330675127 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.31E-19 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 86505923 A T - - - - - - 36 0 0 62 0 0 39 0 0 94 0 0 129 14 10.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 10 10 15 10 10 10 14 10 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.425299492 1.425299492 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 6.96E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 87336615 C G - - - - - - 30 0 0 58 1 1.7 40 1 2.5 96 2 2.1 162 8 4.9 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 10 10 15 10 10 10 14 10 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.297904762 0.297904762 1 0.468817204 NA 0 0.631974359 0.631974359 1 0.640730964 0.640730964 1 NA NA 0 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.252280541 1 0.181679879 1 0.083811806 1 0.00000195 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 87369161 C T - - - - - - 29 0 0 73 0 0 38 0 0 30 0 0 157 16 10.2 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 10 10 15 10 10 10 14 10 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.333766497 1.333766497 1 NA NA 0 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.32E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 87431155 A G - - - - - - 42 0 0 74 3 4.1 42 3 7.1 104 4 3.8 145 11 7.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 10 10 15 10 10 10 14 10 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.71847619 0.71847619 1 1.33144086 1.33144086 1 1.14357265 1.14357265 1 0.993786802 0.993786802 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.006220661 1 0.001240292 1 0.001931437 1 2.67E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 87438166 A C - - - - - - 33 0 0 71 4 5.6 42 0 0 106 0 0 178 9 5.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 10 10 15 10 10 10 14 10 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.981333333 0.981333333 1 0 0 1 0 0 1 0.666883249 0.666883249 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.000464961 1 1 1 1 1 0.000000368 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 87484133 C T - - - - - - 34 0 0 77 1 1.3 35 3 8.6 123 4 3.3 163 9 5.5 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 10 10 15 10 10 10 14 10 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.227809524 0.227809524 1 1.612731183 1.612731183 1 0.993102564 0.993102564 1 0.719187817 0.719187817 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.320206172 1 0.000725791 1 0.003538999 1 0.000000175 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 87515134 T C - - - - - - 19 0 0 70 0 0 34 0 0 107 0 0 137 11 8 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 10 10 15 NA 10 10 14 NA 0 0 1 NA 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.45E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 87585467 C T - - - - - - 26 0 0 51 4 7.8 34 9 26.5 87 7 8 105 17 16.2 3 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 10 10 15 5 10 10 14 5 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.366857143 1.366857143 1 4.969462366 0.993892473 5 2.407521368 0.802507123 3 1.308335025 1.308335025 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000129466 1 9.15E-14 1 0.000000322 1 8.25E-21 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 87650891 A C - - - - - - 29 0 0 74 0 0 32 0 0 67 0 0 126 10 7.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 10 10 15 5 10 10 14 5 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.638015228 0.638015228 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.11E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 87889086 G A RAB38 CCDS8281.1 r.? - - intronic 43 0 0 43 3 7 23 1 4.3 66 2 3 84 9 10.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.418850726 5 11 5 4 5 9 5 0 0 2 0 0.581149274 1 1 1 5 NA NA NA 0 NA NA NA 0.418850726 NA NA NA 0.835986217 0.835986217 1 0.591365591 0.591365591 1 0.782820513 0.782820513 1 0.864147208 0.864147208 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.001328364 1 0.108890944 1 0.043431387 1 5.13E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 88160906 C A - - - - - - 29 0 0 46 0 0 26 0 0 71 0 0 75 8 10.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA FALSE FALSE 4.418850726 5 11 5 4 5 9 5 0 0 2 0 0.581149274 1 1 1 5 NA NA NA 0 NA NA NA 0.418850726 NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 0.864147208 0.864147208 1 NA NA 0 NA NA 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 4.89E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 88307732 C G GRM5 CCDS44694.1 r.? - - intronic 24 0 0 39 2 5.1 33 1 3 60 2 3.3 70 8 11.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.418850726 5 11 5 4 5 9 5 0 0 2 0 0.581149274 1 1 1 5 NA NA NA 0 NA NA NA 0.418850726 NA NA NA 0.609075673 0.609075673 1 0.412580645 0.412580645 1 0.861102564 0.861102564 1 0.920680203 0.920680203 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.016387522 1 0.15245715 1 0.036544784 1 2.8E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 88674934 A T GRM5 CCDS44694.1 r.? - - intronic 15 0 0 27 0 0 21 0 0 63 0 0 71 16 22.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4.418850726 5 11 5 4 5 9 5 0 0 2 0 0.581149274 1 1 1 5 NA NA NA 0 NA NA NA 0.418850726 NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 1.81713198 0.90856599 2 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 3.77E-22 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 88828890 G C - - - - - - 40 0 0 37 3 8.1 33 0 0 87 0 0 78 11 14.1 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.418850726 5 11 5 4 5 9 5 0 0 2 0 0.581149274 1 1 1 5 NA NA NA 0 NA NA NA 0.418850726 NA NA NA 0.96735548 0.96735548 1 0 0 1 0 0 1 1.138736041 1.138736041 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.000855237 1 1 1 1 1 2.79E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 89011776 T C TYR CCDS8284.1 r.? - - intronic 34 0 0 51 2 3.9 25 3 12 68 0 0 77 11 14.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.418850726 5 11 5 4 5 9 5 0 0 2 0 0.581149274 1 1 1 5 NA NA NA 0 NA NA NA 0.418850726 NA NA NA 0.46576375 0.46576375 1 1.650322581 1.650322581 1 0 0 1 1.154888325 1.154888325 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.027109304 1 0.00026475 1 1 1 2.41E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 89130241 G T NOX4 CCDS8285.1 r.? - - intronic 34 0 0 43 1 2.3 31 1 3.2 66 0 0 78 9 11.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4.418850726 5 11 5 4 5 9 5 0 0 2 0 0.581149274 1 1 1 5 NA NA NA 0 NA NA NA 0.418850726 NA NA NA 0.274681186 NA 0 0.440086022 0.440086022 1 0 0 1 0.928756345 0.928756345 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.193893409 1 0.143917729 1 1 1 2.61E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 89510299 G A TRIM77 ENST00000398290 r.? - - intronic 38 0 0 62 3 4.8 28 1 3.6 71 0 0 97 14 14.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.418850726 5 11 5 4 5 9 5 0 0 2 0 0.581149274 1 1 1 5 NA NA NA 0 NA NA NA 0.418850726 NA NA NA 0.573247692 0.573247692 1 0.495096774 0.495096774 1 0 0 1 1.162964467 1.162964467 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.003793816 1 0.130947004 1 1 1 1.16E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 90468814 A G - - - - - - 49 0 0 50 3 6 33 3 9.1 86 0 0 80 6 7.5 606 0 0 985 86 8.7 254 35 13.8 1209 1 0.1 1058 145 13.7 TRUE TRUE 4.418850726 5 11 5 4 5 9 5 0 0 2 0 0.581149274 1 1 1 5 NA NA NA 0 NA NA NA 0.418850726 NA NA NA 0.716559615 0.716559615 1 1.251494624 1.251494624 1 0 0 1 0.60571066 0.60571066 1 1.039011442 1.039011442 1 1.897870968 0.948935484 2 0.026094017 0.026094017 1 1.106431472 1.106431472 1 6 15 1 1 0.002055544 3.7E-75 0.000609557 1.23E-38 1 0.99766598 0.00000342 3.36E-154 YES 1_1 1_1 0_0 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b 11 90625290 C A - - - - - - 30 0 0 28 0 0 18 0 0 86 0 0 79 6 7.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4.418850726 5 11 5 4 5 9 5 0 0 2 0 0.581149274 1 1 1 5 NA NA NA 0 NA NA NA 0.418850726 NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 0.613786802 0.613786802 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.00000318 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 90684248 C T - - - - - - 24 0 0 47 0 0 22 0 0 74 0 0 54 9 16.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4.418850726 5 11 5 4 5 9 5 0 0 2 0 0.581149274 1 1 1 5 NA NA NA 0 NA NA NA 0.418850726 NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 1.348715736 1.348715736 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 8.48E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 90787639 C G - - - - - - 29 0 0 50 0 0 23 0 0 66 0 0 84 13 15.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4.418850726 5 11 5 4 5 9 5 0 0 2 0 0.581149274 1 1 1 5 NA NA NA 0 NA NA NA 0.418850726 NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 1.25180203 1.25180203 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 5.49E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 91249045 T A - - - - - - 30 0 0 44 1 2.3 22 0 0 78 0 0 77 12 15.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4.418850726 7 11 5 4 7 9 5 0 0 2 0 0.581149274 1 1 1 5 NA NA NA 0 NA NA NA 0.418850726 NA NA NA 0.274681186 NA 0 0 0 1 0 0 1 1.259878173 1.259878173 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.197923942 1 1 1 1 1 6.64E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 91902079 G A - - - - - - 30 0 0 55 0 0 33 0 0 97 1 1 95 13 13.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 13 8 7 7 12 8 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.280940171 0.280940171 1 1.517431472 1.517431472 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.385051378 1 2.91E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 91982016 T G - - - - - - 36 0 0 49 3 6.1 33 2 6.1 85 3 3.5 87 5 5.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 13 8 7 7 12 8 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.885952381 0.885952381 1 0.960913978 0.960913978 1 0.983290598 0.983290598 1 0.631340102 0.631340102 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.001939399 1 0.011909843 1 0.009101881 1 0.0000821 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 92027918 C A - - - - - - 35 0 0 64 3 4.7 31 1 3.2 88 1 1.1 108 12 11.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 7 13 8 7 7 12 8 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.682619048 0.682619048 1 0.504086022 NA 0 0.309034188 0.309034188 1 1.229451777 1.229451777 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.004148608 1 0.143917729 1 0.356673997 1 4.37E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 92279721 C T FAT3 CCDS44706.1 r.? - - intronic 29 0 0 48 0 0 25 0 0 81 0 0 95 9 9.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 13 8 7 7 12 8 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.052233503 1.052233503 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.56E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 92350506 G T FAT3 CCDS44706.1 r.? - - intronic 29 0 0 64 0 0 21 0 0 93 0 0 78 9 11.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 13 8 7 7 12 8 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.273756345 1.273756345 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.61E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 92382462 A C FAT3 CCDS44706.1 r.? - - intronic 34 0 0 42 0 0 30 0 0 87 0 0 89 6 6.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 TRUE FALSE 7 7 13 8 7 7 12 8 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.742101523 0.742101523 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 0 NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.00000637 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 92759880 T C - - - - - - 33 0 0 55 4 7.3 34 1 2.9 75 4 5.3 114 9 7.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 7 13 8 7 7 12 8 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.060238095 1.060238095 1 0.456827957 NA 0 1.488982906 1.488982906 1 0.875015228 0.875015228 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000173903 1 0.156694864 1 0.000572493 1 7.89E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 92782698 T C - - - - - - 33 0 0 56 0 0 43 0 0 92 0 0 112 16 14.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 13 8 7 7 12 8 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.583888325 0.791944162 2 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 9.24E-19 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 93188948 G C - - - - - - 31 0 0 46 0 0 25 0 0 90 0 0 108 9 8.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 TRUE FALSE 7 7 13 8 7 7 12 8 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.919319797 0.919319797 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 0 NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 4.89E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 96271842 T C - - - - - - 36 0 0 28 0 0 23 0 0 82 0 0 59 12 20.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 6 3 3 3 5 3 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.233456853 1.233456853 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.2E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 98091094 C T - - - - - - 34 0 0 38 0 0 18 0 0 65 0 0 52 6 11.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 6 3 3 3 5 3 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.698756345 0.698756345 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000000261 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 99178688 A T - - - - - - 32 0 0 35 0 0 25 0 0 58 0 0 53 7 13.2 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 6 3 3 3 5 3 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.802050761 0.802050761 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 9.85E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 99179876 T C - - - - - - 29 0 0 39 0 0 11 0 0 65 0 0 43 7 16.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 6 3 3 3 5 3 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.990411168 0.990411168 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.15E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 99443243 G A - - - - - - 31 0 0 44 0 0 24 0 0 66 0 0 51 10 19.6 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 6 3 3 3 5 3 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.190923858 1.190923858 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.04E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 100279987 G A - - - - - - 29 0 0 19 0 0 15 0 0 4 0 0 45 9 20 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 6 3 3 3 5 3 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.215228426 1.215228426 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.47E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 100326001 C A - - - - - - 20 0 0 11 0 0 16 0 0 33 0 0 34 9 26.5 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 6 3 3 3 5 3 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.610177665 1.610177665 1 NA NA 0 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 9.15E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 100914276 G A PGR CCDS8310.1 r.? - - intronic 33 0 0 76 0 0 45 0 0 112 0 0 122 12 9.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 11 11 14 9 11 11 13 9 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.183461929 1.183461929 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.91E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 100920530 G T PGR CCDS8310.1 r.? - - intronic 29 0 0 71 0 0 33 0 0 118 0 0 105 15 14.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 11 11 14 9 11 11 13 9 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.726888325 0.863444162 2 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.11E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 101040838 G A - - - - - - 40 0 0 66 2 3 31 0 0 98 3 3.1 114 11 9.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 11 11 14 9 11 11 13 9 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.555714286 0.555714286 1 0 0 1 0.90191453 0.90191453 1 1.159309645 1.159309645 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.043431387 1 1 1 0.013362835 1 1.96E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 101438135 G C TRPC6 CCDS8311.1 r.? - - intronic 22 0 0 51 0 0 28 0 0 54 0 0 106 15 14.2 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 11 11 14 9 11 11 13 9 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.714812183 0.857406091 2 NA NA 0 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.29E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 101935673 C A C11orf70 CCDS8313.1 r.? - - intronic 37 0 0 45 0 0 33 0 0 73 0 0 111 11 9.9 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 1 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 11 11 14 9 11 11 13 9 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.195538071 1.195538071 1 NA NA 0 0 0 1 0 0 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.46E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 102532868 G A - - - - - - 38 0 0 60 0 0 37 0 0 84 0 0 94 10 10.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 11 11 14 9 11 11 13 9 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.280071066 1.280071066 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 6.03E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 102705610 G A MMP3 CCDS8323.1 r.? - - downstream 37 0 0 60 2 3.3 29 1 3.4 107 4 3.7 80 11 13.8 0 0 NA 4 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 11 11 14 9 11 11 13 9 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.611285714 0.611285714 1 0.671591398 0.671591398 1 1.076478632 1.076478632 1 1.666507614 1.666507614 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.036544784 1 0.135292269 1 0.002142254 1 3.73E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 103283975 A T DYNC2H1 CCDS44717.1 r.? - - intronic 38 0 0 65 0 0 34 0 0 81 1 1.2 102 6 5.9 3 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 11 11 14 9 11 11 13 9 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.349128205 0.349128205 1 0.712492386 0.712492386 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.333700419 1 0.000014 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 103972874 C A PDGFD CCDS41703.1 r.? - - intronic 30 0 0 61 4 6.6 28 1 3.6 82 2 2.4 108 9 8.3 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 11 11 14 9 11 11 13 9 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.222571429 1.222571429 1 0.711096774 NA 0 0.69825641 0.69825641 1 1.002319797 1.002319797 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000259828 1 0.130947004 1 0.063849088 1 4.89E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 104156304 C A - - - - - - 34 0 0 59 3 5.1 25 0 0 94 1 1.1 92 6 6.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 11 11 14 9 11 11 13 9 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.944714286 0.944714286 1 0 0 1 0.320034188 0.320034188 1 0.784949239 0.784949239 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.003297476 1 1 1 0.375734132 1 0.00000771 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 104710184 G C - - - - - - 33 0 0 65 2 3.1 35 1 2.9 61 2 3.3 109 8 7.3 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 11 11 14 9 11 11 13 9 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.574238095 0.574238095 1 0.572827957 0.572827957 1 0.960102564 0.960102564 1 0.881558376 0.881558376 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.042252341 1 0.16091139 1 0.037660755 1 9.48E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 104791026 T A ENSG00000235505 ENST00000412702 r.? - - upstream 42 0 0 47 3 6.4 35 1 2.9 75 0 0 96 7 7.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 11 11 14 9 11 11 13 9 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.18552381 1.18552381 1 0.572827957 0.572827957 1 0 0 1 0.881558376 0.881558376 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.001719595 1 0.16091139 1 1 1 0.000000631 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 104835724 T A CASP4 CCDS8327.1 r.? - - intronic 31 0 0 65 0 0 41 0 0 114 0 0 96 5 5.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 11 11 14 9 11 11 13 9 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.627959391 0.627959391 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000130906 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 104920955 G T CARD16 CCDS41705.1 r.? - - upstream 30 0 0 63 4 6.3 35 2 5.7 34 2 5.9 96 9 9.4 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 11 11 14 9 11 11 13 9 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.167 1.167 1 1.125903226 1.125903226 1 1.716547009 1.716547009 1 1.13515736 1.13515736 1 NA NA 0 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000294233 1 0.013332991 1 0.012612579 1 1.71E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 104930220 A G CASP1 ENST00000415981 r.? - - intronic 38 0 0 60 0 0 32 0 0 91 0 0 99 10 10.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 11 11 14 9 11 11 13 9 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.219690355 1.219690355 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.01E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 105219496 A T - - - - - - 31 0 0 58 0 0 30 0 0 75 0 0 69 11 15.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 8 4.463463668 5 5 7 4 0 0 1 0 1 1 1 0.536536332 NA NA NA 5 NA NA NA 0 NA NA NA 0.463463668 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.198797322 1.198797322 1 NA NA 0 NA NA 1 0 0 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 6.82E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 105259020 T G - - - - - - 41 0 0 51 0 0 21 0 0 90 0 0 65 7 10.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 8 4.463463668 5 5 7 4 0 0 1 0 1 1 1 0.536536332 NA NA NA 5 NA NA NA 0 NA NA NA 0.463463668 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.814277426 0.814277426 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 4.22E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 105423987 G A - - - - - - 31 0 0 46 0 0 34 0 0 72 0 0 75 18 24 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 8 4.463463668 5 5 7 4 0 0 1 0 1 1 1 0.536536332 NA NA NA 5 NA NA NA 0 NA NA NA 0.463463668 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.809505392 0.904752696 2 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.78E-25 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 105538523 C G GRIA4 CCDS41706.1 r.? - - intronic 33 0 0 50 0 0 35 0 0 82 0 0 74 12 16.2 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 8 4.463463668 5 5 7 4 0 0 1 0 1 1 1 0.536536332 NA NA NA 5 NA NA NA 0 NA NA NA 0.463463668 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.22141614 1.22141614 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 4.02E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 105855016 C G GRIA4 CCDS41706.1 r.? - - downstream 32 0 0 48 0 0 32 0 0 84 0 0 81 11 13.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 8 4.463463668 5 5 7 4 0 0 1 0 1 1 1 0.536536332 NA NA NA 5 NA NA NA 0 NA NA NA 0.463463668 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.025386389 1.025386389 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 4.29E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 105975580 C G - - - - - - 41 0 0 45 0 0 27 0 0 83 0 0 87 12 13.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 8 4.463463668 5 5 7 4 0 0 1 0 1 1 1 0.536536332 NA NA NA 5 NA NA NA 0 NA NA NA 0.463463668 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.0404656 1.0404656 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 3.06E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 105987311 T G - - - - - - 31 0 0 52 0 0 23 0 0 84 0 0 75 13 17.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 8 4.463463668 5 5 7 4 0 0 1 0 1 1 1 0.536536332 NA NA NA 5 NA NA NA 0 NA NA NA 0.463463668 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.304351803 1.304351803 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.16E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 106064496 C T - - - - - - 25 0 0 43 2 4.7 33 3 9.1 63 2 3.2 69 8 11.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 8 4.463463668 5 5 7 4 0 0 1 0 1 1 1 0.536536332 NA NA NA 5 NA NA NA 0 NA NA NA 0.463463668 0.588619048 0.588619048 1 1.251494624 1.251494624 1 0.739008547 0.739008547 1 0.874594273 0.874594273 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.019709573 1 0.000609557 1 0.03993132 1 2.49E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 106084014 C A - - - - - - 36 0 0 47 0 0 23 0 0 81 0 0 74 11 14.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 8 4.463463668 5 5 7 4 0 0 1 0 1 1 1 0.536536332 NA NA NA 5 NA NA NA 0 NA NA NA 0.463463668 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.123401264 1.123401264 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.53E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 106211821 G T - - - - - - 31 0 0 44 3 6.8 18 0 0 89 4 4.5 70 7 10 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 8 4.463463668 5 5 7 4 0 0 1 0 1 1 1 0.536536332 NA NA NA 5 NA NA NA 0 NA NA NA 0.463463668 0.851619048 0.851619048 1 0 0 1 1.039230769 1.039230769 1 0.75396058 0.75396058 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.00142027 1 1 1 0.001088103 1 7.11E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 106253307 G C - - - - - - 32 0 0 45 0 0 26 0 0 79 0 0 63 9 14.3 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 8 4.463463668 5 5 7 4 0 0 1 0 1 1 1 0.536536332 NA NA NA 5 NA NA NA 0 NA NA NA 0.463463668 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.078163629 1.078163629 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 3.62E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 106612609 C T GUCY1A2 CCDS8335.1 r.? - - intronic 28 0 0 42 2 4.8 22 2 9.1 74 3 4.1 69 12 17.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 8 4.463463668 5 5 7 4 0 0 1 0 1 1 1 0.536536332 NA NA NA 5 NA NA NA 0 NA NA NA 0.463463668 0.601142857 0.601142857 1 1.251494624 1.251494624 1 0.946854701 0.946854701 1 1.311891409 1.311891409 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.018854633 1 0.005403392 1 0.006220661 1 1.65E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 106931792 T A - - - - - - 30 0 0 61 0 0 30 0 0 73 0 0 60 7 11.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 8 4.463463668 5 5 7 4 0 0 1 0 1 1 1 0.536536332 NA NA NA 5 NA NA NA 0 NA NA NA 0.463463668 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.882133879 0.882133879 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.39E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 107496000 G A ELMOD1 CCDS44723.1 r.? - - intronic 22 0 0 35 0 0 26 0 0 67 0 0 39 13 33.3 0 0 NA 0 0 NA 3 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 8 3 5 5 7 3 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 2.02335533 1.011677665 2 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 8.79E-21 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 107990072 A C ACAT1 CCDS8339.1 r.? - - upstream 22 0 0 40 0 0 15 0 0 65 0 0 54 12 22.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 8 3 5 5 7 3 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.348903553 1.348903553 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 6.9E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 110320345 T A FDX1 CCDS8344.1 r.? - - intronic 29 0 0 34 0 0 24 0 0 67 0 0 55 5 9.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 8 3 5 5 7 3 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.552928934 0.552928934 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.00000883 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 111491451 A G SIK2 CCDS8347.1 r.? - - intronic 37 0 0 42 3 7.1 22 1 4.5 76 3 3.9 51 8 15.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 8 3 5 5 7 3 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.889190476 0.889190476 1 0.618870968 0.618870968 1 0.900666667 0.900666667 1 0.953954315 0.953954315 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.001240292 1 0.104413009 1 0.006696581 1 2.05E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 113299956 T C DRD2 CCDS8361.1 r.? - - intronic 42 0 0 39 0 0 23 0 0 49 0 0 63 8 12.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 8 3 5 5 7 3 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.771670051 0.771670051 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.18E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 114446782 A C FAM55D CCDS41718.1 r.? - - intronic 47 0 0 57 0 0 26 0 0 82 0 0 67 5 7.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 8 3 5 5 7 3 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.45571066 0.45571066 1 NA NA 0 NA NA 0 0 0 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.0000233 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 114661885 A C - - - - - - 29 0 0 40 0 0 29 0 0 75 0 0 63 6 9.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 8 3 5 5 7 3 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.577233503 0.577233503 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000000832 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 114917912 G A - - - - - - 31 0 0 48 5 10.4 24 2 8.3 72 4 5.6 74 10 13.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 8 3 5 5 7 3 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.30247619 1.30247619 1 1.141473118 1.141473118 1 1.293264957 1.293264957 1 0.820279188 0.820279188 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.00000447 1 0.006413403 1 0.000490365 1 5.24E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 115106316 T A CADM1 CCDS8373.1 r.? - - intronic 43 0 0 45 0 0 30 0 0 87 0 0 61 8 13.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 TRUE FALSE 5 5 8 3 5 5 7 3 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.795974619 0.795974619 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 0 NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 9.09E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 115203522 C G CADM1 CCDS8373.1 r.? - - intronic 30 0 0 42 0 0 34 0 0 76 0 0 57 10 17.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 8 3 5 5 7 3 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.063324873 1.063324873 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 3.4E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 115214240 C G CADM1 CCDS8373.1 r.? - - intronic 29 0 0 37 0 0 26 2 7.7 68 0 0 71 8 11.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 8 3 5 5 7 3 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.058956989 1.058956989 1 0 0 1 0.686604061 0.686604061 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 1 1 0.007502227 1 1 1 3.14E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 115541315 C G - - - - - - 33 0 0 42 2 4.8 24 0 0 16 0 0 88 17 19.3 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 8 3 5 5 7 3 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.601142857 0.601142857 1 0 0 1 0 0 1 1.172695431 1.172695431 1 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.018854633 1 1 1 1 1 3.34E-22 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 116145713 G A - - - - - - 30 0 0 31 1 3.2 12 0 0 36 0 0 44 5 11.4 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.336761905 0.336761905 1 0 0 1 0 0 1 0.692680203 0.692680203 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.143917729 1 1 1 1 1 0.00000288 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 116946320 C T SIK3 CCDS8379.1 r.? - - intronic 25 0 0 26 0 0 15 0 0 21 0 0 48 11 22.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.391436548 1.391436548 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 9.31E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 119318170 C T AP003395.1 ENST00000498979 r.? - - intronic 33 0 0 32 0 0 28 0 0 41 0 0 45 5 11.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 1 1 100 TRUE FALSE 3 3 3 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.674451777 0.674451777 1 NA NA 1 NA NA 1 0 0 1 6.076142132 6.076142132 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.00000323 0.005 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 119632194 G A - - - - - - 25 0 0 28 0 0 21 0 0 25 0 0 55 8 14.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.881040609 0.881040609 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 3.86E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 120998305 G A TECTA CCDS8434.1 r.? - - intronic 40 0 0 28 2 7.1 15 3 20 35 0 0 46 5 10.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.747190476 0.747190476 1 2.350537634 2.350537634 1 0 0 1 0.662299492 0.662299492 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.008668191 1 0.0000544 1 1 1 0.00000361 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 121467179 C T SORL1 CCDS8436.1 r.? - - intronic 32 0 0 35 3 8.6 19 1 5.3 22 1 4.5 45 5 11.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.905047619 0.905047619 1 0.622892473 0.622892473 1 0.814230769 0.814230769 1 0.674451777 0.674451777 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000725791 1 0.090843738 1 0.104413009 1 0.00000323 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 123152785 C G ENSG00000224741 ENST00000435687 r.? - - intronic 40 0 0 35 0 0 26 0 0 46 0 0 59 12 20.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.233456853 1.233456853 1 NA NA 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.2E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 123859782 C A - - - - - - 36 0 0 27 0 0 26 0 0 47 0 0 47 11 23.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.421817259 1.421817259 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 7.21E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 126690791 G A - - - - - - 26 0 0 29 0 0 19 0 0 45 0 0 52 8 15.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 2.656810943 3 3 3 2 0 0 0 0 1 1 1 0.343189057 NA NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 0.656810943 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.882874774 0.882874774 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.42E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 127552272 G C - - - - - - 33 0 0 26 2 7.7 18 1 5.6 47 0 0 53 6 11.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 2.656810943 3 3 3 2 0 0 0 0 1 1 1 0.343189057 NA NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 0.656810943 0.810333333 0.810333333 1 0.658150538 0.658150538 1 0 0 1 0.647823698 0.647823698 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.007502227 1 0.086275114 1 1 1 0.000000293 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 127711997 C A - - - - - - 34 0 0 29 0 0 19 0 0 72 0 0 67 6 9 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 1 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 2.656810943 3 3 3 2 0 0 0 0 1 1 1 0.343189057 NA NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 0.656810943 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.515965777 0.785562089 0.656810943 NA NA 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.0000012 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 128015940 C A - - - - - - 33 0 0 19 2 10.5 18 0 0 67 0 0 31 7 22.6 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 2.656810943 3 3 3 2 0 0 0 0 1 1 1 0.343189057 NA NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 0.656810943 1.105 1.105 1 0 0 1 0 0 1 1.295647395 1.295647395 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.004039874 1 1 1 1 1 1.85E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 131608229 C A OPCML CCDS41733.1 r.? - - intronic 36 0 0 29 0 0 26 0 0 52 0 0 43 7 16.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 2.656810943 3 3 3 2 0 0 0 0 1 1 1 0.343189057 NA NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 0.656810943 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.934471351 0.934471351 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.15E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 131683343 G C OPCML CCDS41733.1 r.? - - intronic 38 0 0 34 0 0 14 0 0 54 0 0 58 14 24.1 2 0 0 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 2 0 0 TRUE FALSE 3 3 3 2.656810943 3 3 3 2 0 0 0 0 1 1 1 0.343189057 NA NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 0.656810943 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.381641691 1.381641691 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 1 0 NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 5.04E-20 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 131897459 G A OPCML CCDS8491.1 r.? - - intronic 41 0 0 49 0 0 24 0 0 76 0 0 61 7 11.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 5 5.109047142 5 5 5 3 5 0 0 0 0 1 1 -1.109047142 1 NA NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 2.109047142 NA 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 0.928756345 0.928756345 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.69E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 132237714 G C - - - - - - 35 0 0 32 0 0 21 0 0 87 0 0 61 7 11.5 2 0 0 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 5 5.109047142 5 5 5 3 5 0 0 0 0 1 1 -1.109047142 1 NA NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 2.109047142 NA 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 0.928756345 0.928756345 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.69E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 132254729 G A - - - - - - 35 0 0 47 0 0 28 0 0 69 0 0 82 12 14.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 5 5.109047142 5 5 5 3 5 0 0 0 0 1 1 -1.109047142 1 NA NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 2.109047142 NA 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 1.179116751 1.179116751 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.46E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 132324049 C G ENSG00000183715 CCDS8492.1 r.? - - intronic 40 0 0 35 1 2.9 30 0 0 70 2 2.9 84 14 16.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 5.109047142 5 5 5 3 5 0 0 0 0 1 1 -1.109047142 1 NA NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 2.109047142 NA 0.363190476 0.363190476 1 0 0 1 0.585888863 0.585888863 1 1.348715736 1.348715736 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.16091139 1 1 1 0.048267597 1 1.4E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 132537490 G A ENSG00000183715 CCDS8492.1 r.? - - intronic 25 0 0 40 0 0 30 0 0 69 0 0 71 9 12.7 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 5 5.109047142 5 5 5 3 5 0 0 0 0 1 1 -1.109047142 1 NA NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 2.109047142 NA 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 1.025670051 1.025670051 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.1E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 132618488 G A ENSG00000183715 CCDS8492.1 r.? - - intronic 21 0 0 28 4 14.3 32 1 3.1 28 0 0 53 6 11.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 5 5.109047142 5 5 5 3 5 0 0 0 0 1 1 -1.109047142 1 NA NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 2.109047142 NA 1.790904762 1.790904762 1 0.426333333 0.426333333 1 0 NA 0 0.912604061 0.912604061 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.0000116 1 0.14819814 1 1 1 0.000000293 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 132668902 G A ENSG00000183715 CCDS8492.1 r.? - - intronic 32 0 0 54 1 1.9 16 1 6.2 82 3 3.7 63 14 22.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 5.109047142 5 5 5 3 5 0 0 0 0 1 1 -1.109047142 1 NA NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 2.109047142 NA 0.237952381 0.237952381 1 0.852666667 0.852666667 1 0.747513377 0.747513377 1 1.792903553 0.896451777 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.237137336 1 0.077068876 1 0.008251578 1 1.81E-19 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 132752777 C A ENSG00000183715 CCDS8492.1 r.? - - intronic 37 0 0 58 0 0 24 0 0 69 0 0 69 12 17.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 5 5.109047142 5 5 5 3 5 0 0 0 0 1 1 -1.109047142 1 NA NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 2.109047142 NA 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 1.405248731 1.405248731 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.65E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 132871295 G A ENSG00000183715 CCDS31722.1 r.? - - intronic 26 0 0 49 5 10.2 17 2 11.8 72 0 0 76 10 13.2 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 5 5.109047142 5 5 5 3 5 0 0 0 0 1 1 -1.109047142 1 NA NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 2.109047142 NA 1.277428571 1.277428571 1 1.622817204 1.622817204 1 0 NA 0 1.066050761 1.066050761 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.00000496 1 0.003234386 1 1 1 6.9E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 133017930 G T ENSG00000183715 CCDS31722.1 r.? - - intronic 33 0 0 41 0 0 19 0 0 54 0 0 67 8 11.9 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 5 5.109047142 5 5 5 3 5 0 0 0 0 1 1 -1.109047142 1 NA NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 2.109047142 NA 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 0.961060914 0.961060914 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.96E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 133292458 C A ENSG00000183715 CCDS31722.1 r.? - - intronic 22 0 0 28 0 0 20 0 0 43 0 0 64 8 12.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 5 5.109047142 5 5 5 3 5 0 0 0 0 1 1 -1.109047142 1 NA NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 2.109047142 NA 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 1.009517766 1.009517766 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.35E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 133294318 C A ENSG00000183715 CCDS31722.1 r.? - - intronic 31 0 0 48 2 4.2 26 3 11.5 84 1 1.2 99 14 14.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 5 5.109047142 5 5 5 3 5 0 0 0 0 1 1 -1.109047142 1 NA NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 2.109047142 NA 0.526 0.526 1 1.58155914 1.58155914 1 0.242436771 NA 0 1.138736041 1.138736041 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.024220359 1 0.000298167 1 0.343645023 1 1.56E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 133332322 C T ENSG00000183715 CCDS31722.1 r.? - - intronic 34 0 0 47 1 2.1 20 0 0 61 0 0 81 9 11.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 5 5.109047142 5 5 5 3 5 0 0 0 0 1 1 -1.109047142 1 NA NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 2.109047142 NA 0.263 0.263 1 0 0 1 0 NA 0 0.896451777 0.896451777 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.209895027 1 1 1 1 1 3.68E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 11 133788707 G C IGSF9B CCDS44779.1 r.? - - intronic 14 0 0 1 0 0 3 0 0 5 0 0 24 5 20.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 5.109047142 2.496283739 5 5 3 2 0 0 0 0 1 1 -1.109047142 0.503716261 NA NA 4 3 NA NA 0 0 NA NA 2.109047142 0.496283739 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.159064581 1.159064581 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000000123 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 500227 G A KDM5A CCDS41736.1 r.? - - upstream 39 0 0 39 0 0 20 0 0 68 0 0 66 17 25.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 3.557554855 3 3 3 2 1 1 1 1 1 1 1 0.442445145 NA NA NA 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.557554855 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.711493823 1.098833737 1.557554855 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.52E-24 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 702476 C G NINJ2 CCDS8505.1 r.? - - intronic 31 0 0 39 2 5.1 17 1 5.9 62 2 3.2 54 15 27.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 3.557554855 3 3 3 2 1 1 1 1 1 1 1 0.442445145 NA NA NA 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.557554855 0.587714286 0.587714286 1 0.752408602 0.752408602 1 0.611008547 0.611008547 1 1.844167762 0.922083881 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.016387522 1 0.081683532 1 0.038789653 1 2.2E-22 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 3409292 G C - - - - - - 36 0 0 36 0 0 23 2 8.7 11 0 0 60 6 10 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 3.557554855 3 3 3 2 1 1 1 1 1 1 1 0.442445145 NA NA NA 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.557554855 0 0 1 1.109483871 1.109483871 1 0 0 1 0.663369699 0.663369699 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 1 1 0.00589844 1 1 1 0.000000621 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 3780775 G A EFCAB4B CCDS44803.1 r.? - - intronic 29 0 0 36 1 2.8 15 0 0 50 2 4 54 7 13 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 3.557554855 3 3 3 2 1 1 1 1 1 1 1 0.442445145 NA NA NA 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.557554855 0.322666667 0.322666667 1 0 0 1 0.763760684 0.763760684 1 0.862380608 0.862380608 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.165106833 1 1 1 0.026131524 1 1.13E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 4382700 G A CCND2 CCDS8524.1 r.? - - upstream 23 0 0 19 2 10.5 12 1 8.3 20 1 5 50 12 24 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 3.557554855 3 3 3 2 1 1 1 1 1 1 1 0.442445145 NA NA NA 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.557554855 1.21 1.21 1 1.058473118 1.058473118 1 0.954700855 0.954700855 1 1.592087277 1.592087277 1 NA NA 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.004039874 1 0.058377193 1 0.09538952 1 2.49E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 5020480 G T KCNA1 CCDS8535.1 r.1041g>u c.? p.? 5'UTR variant 28 0 0 8 0 0 3 0 0 10 1 10 50 6 12 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 3.557554855 3 3 3 2 1 1 1 1 1 1 1 0.442445145 NA NA NA 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.557554855 0 0 1 0 0 1 1.909401709 1.909401709 1 0.796043638 0.796043638 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 1 1 1 1 0.04888987 1 0.000000206 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 7076201 C T PHB2 ENST00000399433 r.? - - intronic 36 0 0 40 2 5 24 4 16.7 27 3 11.1 65 6 9.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 3.557554855 3 3 3 2 1 1 1 1 1 1 1 0.442445145 NA NA NA 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.557554855 0.576190476 0.576190476 1 2.129698925 2.129698925 1 2.119435897 2.119435897 1 0.610300123 0.610300123 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.017193422 1 0.00000613 1 0.000334187 1 0.000001 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 7352518 G A PEX5 CCDS44823.1 r.? - - intronic 41 0 0 5 0 0 5 0 0 12 0 0 90 8 8.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 3.557554855 3 3 3 2 1 1 1 1 1 1 1 0.442445145 NA NA NA 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.557554855 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.590399032 0.590399032 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000000021 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 7454330 G A ACSM4 CCDS44825.1 r.? - - upstream 35 0 0 34 0 0 29 0 0 59 1 1.7 54 15 27.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 3.557554855 3 3 3 2 1 1 1 1 1 1 1 0.442445145 NA NA NA 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.557554855 0 0 1 0 0 1 0.324598291 0.324598291 1 1.844167762 0.922083881 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.256019138 1 2.2E-22 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 7500193 C G - - - - - - 32 0 0 40 0 0 25 0 0 10 0 0 55 12 21.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 3.557554855 3 3 3 2 1 1 1 1 1 1 1 0.442445145 NA NA NA 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.557554855 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.446145943 1.446145943 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 8.78E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 8717440 C T - - - - - - 30 0 0 22 0 0 15 0 0 10 0 0 56 14 25 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 3.557554855 3 3 3 2 1 1 1 1 1 1 1 0.442445145 NA NA NA 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.557554855 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.658424247 1.064761373 1.557554855 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.91E-20 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 9019139 T C A2ML1 CCDS8596.2 r.? - - intronic 33 0 0 36 0 0 21 0 0 53 0 0 72 16 22.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 3.557554855 3 3 3 2 1 1 1 1 1 1 1 0.442445145 NA NA NA 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.557554855 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.472680731 1.472680731 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 4.82E-22 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 10080890 C T CLEC2A CCDS44829.1 r.? - - intronic 26 0 0 52 0 0 21 0 0 57 0 0 48 8 16.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 3.557554855 3 3 3 2 1 1 1 1 1 1 1 0.442445145 NA NA NA 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.557554855 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.107827397 1.107827397 1 NA NA 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.23E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 11178435 T G TAS2R19 CCDS8640.1 r.? - - upstream 42 0 0 53 0 0 33 0 0 100 0 0 96 11 11.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 3.557554855 3 3 3 2 1 1 1 1 1 1 1 0.442445145 NA NA NA 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.557554855 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.762875154 0.762875154 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.92E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 11213939 G C TAS2R43 ENST00000422992 r.? - - downstream 25 0 0 41 3 7.3 31 0 0 84 0 0 61 18 29.5 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 3.557554855 3 3 3 2 1 1 1 1 1 1 1 0.442445145 NA NA NA 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.557554855 0.841238095 0.841238095 1 0 0 1 0 0 1 1.956940611 0.978470306 2 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.001155993 1 1 1 1 1 4.08E-27 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 16155044 A T DERA CCDS44838.1 r.? - - intronic 23 0 0 20 0 0 15 0 0 79 0 0 44 10 22.7 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 3 3 3 3 2 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.379284264 1.379284264 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.08E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 17152266 G T - - - - - - 27 0 0 31 3 9.7 28 2 7.1 41 1 2.4 41 7 17.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 3 3 3 3 2 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.117809524 1.117809524 1 0.90544086 0.90544086 1 0.45825641 0.45825641 1 1.039020305 1.039020305 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000505952 1 0.008668191 1 0.18577148 1 1.51E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 18005992 G A - - - - - - 31 0 0 39 1 2.6 21 1 4.8 41 0 0 75 17 22.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 3 3 3 3 2 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.299619048 0.299619048 1 0.612129032 0.612129032 1 0 0 1 1.379284264 1.379284264 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.177567718 1 0.099912572 1 1 1 1.72E-23 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 18160054 C T - - - - - - 38 0 0 45 0 0 21 0 0 47 0 0 53 10 18.9 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 3 3 3 3 2 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.148390863 1.148390863 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.57E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 19366122 G C PLEKHA5 CCDS44840.1 r.? - - intronic 27 0 0 41 0 0 17 0 0 76 0 0 69 14 20.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 3 3 3 3 2 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.233456853 1.233456853 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 7.3E-19 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 20627750 G A PDE3A CCDS31754.1 r.? - - intronic 29 0 0 39 2 5.1 35 3 8.6 66 1 1.5 53 11 20.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 3 3 3 3 2 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.587714286 0.587714286 1 1.096731183 1.096731183 1 0.286410256 0.286410256 1 1.263837563 1.263837563 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.016387522 1 0.000725791 1 0.281671117 1 3.07E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 20727059 G A PDE3A CCDS31754.1 r.? - - intronic 33 0 0 38 0 0 23 0 0 62 0 0 59 15 25.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 3 3 3 3 2 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.543340102 0.771670051 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 9.9E-22 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 20730335 C G PDE3A CCDS31754.1 r.? - - intronic 37 0 0 33 2 6.1 20 1 5 74 0 0 57 8 14 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 3 3 3 3 2 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.702952381 0.702952381 1 0.637634409 0.637634409 1 0 0 1 0.850659898 0.850659898 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.011909843 1 0.09538952 1 1 1 5.19E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 20911380 G A - - - - - - 27 0 0 38 3 7.9 36 3 8.3 49 0 0 55 11 20 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 3 3 3 3 2 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.910380952 0.910380952 1 1.058473118 1.058473118 1 0 0 1 1.215228426 1.215228426 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.000925091 1 0.000788827 1 1 1 4.77E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 21587512 G A PYROXD1 CCDS31755.1 r.? - - upstream 35 0 0 38 0 0 24 0 0 72 0 0 61 6 9.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 3 3 3 3 2 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.595461929 0.595461929 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000000685 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 21717713 A C GYS2 CCDS8690.1 r.? - - intronic 32 0 0 37 3 8.1 26 2 7.7 82 0 0 61 6 9.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 3 3 3 3 2 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.933428571 0.933428571 1 0.981956989 0.981956989 1 0 0 1 0.595461929 0.595461929 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.000855237 1 0.007502227 1 1 1 0.000000685 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 22191061 C T - - - - - - 33 0 0 40 0 0 19 0 0 72 0 0 60 11 18.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 3 3 3 3 2 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.11193401 1.11193401 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.34E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 23095195 G A - - - - - - 19 0 0 45 0 0 19 0 0 65 0 0 61 9 14.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 3 3 3 3 2 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.899269036 0.899269036 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.68E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 23426993 T A - - - - - - 34 0 0 40 3 7.5 21 3 14.3 69 0 0 59 11 18.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 3 3 3 3 2 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.864285714 0.864285714 1 1.823634409 1.823634409 1 0 0 1 1.130162437 1.130162437 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.001075403 1 0.000155401 1 1 1 1.1E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 23746656 A G SOX5 CCDS8699.1 r.? - - intronic 30 0 0 40 2 5 25 2 8 61 0 0 49 7 14.3 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 TRUE FALSE 4 4 4 3 3 3 3 2 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.576190476 0.576190476 1 1.020215054 1.020215054 1 0 0 1 0.868888325 0.868888325 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 0 NA 0 6 NA 1 1 0.017193422 1 0.006948068 1 1 1 5.58E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 24386534 C T - - - - - - 30 0 0 34 0 0 24 0 0 71 0 0 60 14 23.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 3 3 3 3 2 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.415741117 1.415741117 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 8.54E-20 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 24400681 T A - - - - - - 25 0 0 38 0 0 26 0 0 44 0 0 53 12 22.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 3 3 3 3 2 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.373208122 1.373208122 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 5.39E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 24469334 A T - - - - - - 48 0 0 35 1 2.9 20 1 5 90 2 2.2 63 12 19 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 3 3 3 3 2 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.334190476 0.334190476 1 0.637634409 0.637634409 1 0.420068376 0.420068376 1 1.154467005 1.154467005 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.16091139 1 0.09538952 1 0.075041956 1 5.15E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 24491524 G T - - - - - - 30 0 0 40 0 0 20 0 0 50 0 0 38 7 18.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 3 3 3 3 2 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.118010152 1.118010152 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 8.61E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 24728047 G A - - - - - - 27 0 0 32 0 0 25 0 0 80 0 0 62 6 9.7 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 3 3 3 3 2 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.589385787 0.589385787 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000000756 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 24919179 A T - - - - - - 39 0 0 40 3 7.5 21 0 0 56 0 0 53 10 18.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 3 3 3 3 2 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.864285714 0.864285714 1 0 0 1 0 0 1 1.148390863 1.148390863 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.001075403 1 1 1 1 1 1.57E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 25031165 C T BCAT1 CCDS44845.1 r.? - - intronic 34 0 0 40 4 10 28 2 7.1 64 1 1.6 41 7 17.1 0 0 NA 2 1 50 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 3 3 3 3 2 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.152380952 1.152380952 1 0.90544086 0.90544086 1 0.305504274 0.305504274 1 1.039020305 1.039020305 1 5.761904762 5.761904762 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.0000495 0.009975 0.008668191 1 0.274433592 1 1.51E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 25113610 C T - - - - - - 41 0 0 42 0 0 23 0 0 40 0 0 58 11 19 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 3 3 3 3 2 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.154467005 1.154467005 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 8.96E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 25114071 G A - - - - - - 29 0 0 42 0 0 18 0 0 44 0 0 51 10 19.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 3 3 3 3 2 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.190923858 1.190923858 1 NA NA 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.04E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 26582994 T G ITPR2 CCDS41764.1 r.? - - intronic 39 0 0 39 0 0 16 1 6.2 71 3 4.2 64 10 15.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 3 3 3 3 2 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0.790666667 0.790666667 1 0.801948718 0.801948718 1 0.947878173 0.947878173 1 NA NA 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 0 8 NA 1 1 1 1 0.077068876 1 0.00554578 1 1.16E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 27088886 C T C12orf11 CCDS8708.1 r.? - - intronic 29 0 0 42 1 2.4 29 4 13.8 56 3 5.4 50 8 16 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 3 3 3 3 2 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.276571429 0.276571429 1 1.759870968 1.759870968 1 1.031076923 1.031076923 1 0.972182741 0.972182741 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.189842622 1 0.0000134 1 0.00284314 1 1.74E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 27659447 C A C12orf70 CCDS44852.1 r.? - - downstream 32 0 0 43 0 0 31 0 0 73 0 0 45 4 8.9 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 3 3 3 3 2 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.54077665 0.54077665 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.0000791 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 28209179 C T - - - - - - 23 0 0 27 2 7.4 20 2 10 25 1 4 36 8 22.2 4 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 3 3 3 3 2 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.852761905 0.852761905 1 1.275268817 1.275268817 1 0.763760684 0.763760684 1 1.348903553 1.348903553 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.00807567 1 0.004473894 1 0.117779757 1 1.04E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 28893859 C G - - - - - - 29 0 0 32 0 0 28 2 7.1 79 2 2.5 67 11 16.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 3 3 3 3 2 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0.90544086 0.90544086 1 0.477350427 0.477350427 1 0.99648731 0.99648731 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 1 1 0.008668191 1 0.059811146 1 4.85E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 29715304 C T TMTC1 CCDS8718.1 r.? - - intronic 25 0 0 43 4 9.3 20 2 10 66 4 6.1 53 13 24.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 3 3 3 3 2 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.071714286 1.071714286 1 1.275268817 1.275268817 1 1.164735043 1.164735043 1 1.488654822 1.488654822 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000066 1 0.004473894 1 0.000351793 1 8.53E-19 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 29829707 G A TMTC1 CCDS8718.1 r.? - - intronic 37 0 0 32 2 6.2 20 2 10 72 0 0 58 9 15.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 3 3 3 3 2 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.71447619 0.71447619 1 1.275268817 1.275268817 1 0 0 1 0.94180203 0.94180203 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.011224977 1 0.004473894 1 1 1 1.67E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 31016629 C G - - - - - - 34 0 0 36 0 0 18 0 0 72 0 0 55 13 23.6 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 3 3 3 3 2 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.433969543 1.433969543 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.46E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 31880183 C T AMN1 CCDS44858.1 r.? - - intronic 24 0 0 39 1 2.6 19 3 15.8 87 2 2.3 54 13 24.1 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 3 3 3 3 2 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.299619048 0.299619048 1 2.014924731 2.014924731 1 0.439162393 0.439162393 1 1.464350254 1.464350254 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.177567718 1 0.000114071 1 0.070774795 1 1.12E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 32533113 A G BICD1 CCDS8726.1 r.? - - downstream 38 0 0 32 0 0 24 0 0 68 0 0 57 12 21.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 3 3 3 3 2 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.28206599 1.28206599 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.4E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 32649984 G C - - - - - - 30 0 0 34 0 0 19 0 0 65 0 0 45 5 11.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 3 3 3 3 2 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.674451777 0.674451777 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.00000323 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 33418850 C G - - - - - - 40 0 0 41 3 7.3 24 1 4.2 70 0 0 58 8 13.8 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 3 3 3 3 2 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.841238095 0.841238095 1 0.535612903 0.535612903 1 0 0 1 0.838507614 0.838507614 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.001155993 1 0.113346489 1 1 1 5.99E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 33631597 G A - - - - - - 35 0 0 49 0 0 26 0 0 66 0 0 71 12 16.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 3 3 3 3 2 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.02686802 1.02686802 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.38E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 33881750 C A - - - - - - 36 0 0 40 1 2.5 23 2 8.7 61 2 3.3 63 16 25.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 3 3 3 3 2 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.288095238 0.288095238 1 1.109483871 1.109483871 1 0.630102564 0.630102564 1 1.543340102 0.771670051 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.181679879 1 0.00589844 1 0.037660755 1 4.48E-23 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 34350801 G C AC046130.1 ENST00000501954 r.? - - intronic 39 0 0 30 1 3.3 24 0 0 63 2 3.2 69 11 15.9 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 3 3 3 3 2 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.380285714 0.380285714 1 0 0 1 0.611008547 0.611008547 1 0.966106599 0.966106599 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.139615808 1 1 1 0.03993132 1 6.82E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 34499982 G A - - - - - - 45 0 0 36 0 0 16 0 0 8 0 0 48 10 20.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 3 3 3 3 2 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.263837563 1.263837563 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 5.37E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 34503929 C T - - - - - - 30 0 0 32 2 6.2 18 0 0 10 1 10 55 8 14.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 3 3 3 3 2 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.71447619 0.71447619 1 0 0 1 1.909401709 1.909401709 1 0.881040609 0.881040609 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.011224977 1 1 1 0.04888987 1 3.86E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 38424589 T A - - - - - - 24 0 0 29 0 0 19 1 5.3 75 0 0 60 10 16.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 4 4 3 4 3 3 2 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0.675892473 0.675892473 1 0 0 1 1.014715736 1.014715736 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 1 1 0.090843738 1 1 1 5.86E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 38835967 C T - - - - - - 29 0 0 11 1 9.1 8 0 0 6 0 0 32 8 25 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 4 4 2 4 3 3 1 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.139666667 1.139666667 1 0 0 1 0 0 1 1.269035533 1.269035533 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.05364542 1 1 1 1 1 3.69E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 39074033 C T CPNE8 CCDS8733.1 r.? - - intronic 29 0 0 37 0 0 15 3 20 66 0 0 42 12 28.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 4 4 2 4 3 3 1 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 2.550537634 2.550537634 1 0 0 1 1.45177665 1.45177665 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 1 1 0.0000544 1 1 1 2.35E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 39170791 T C CPNE8 CCDS8733.1 r.? - - intronic 47 0 0 41 4 9.8 17 2 11.8 71 2 2.8 34 6 17.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 4 4 2 4 3 3 1 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.227333333 1.227333333 1 1.504817204 1.504817204 1 0.534632479 0.534632479 1 0.893401015 0.893401015 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.0000546 1 0.003234386 1 0.04950591 1 1.86E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 39598665 G C - - - - - - 37 0 0 31 4 12.9 24 2 8.3 64 3 4.7 62 11 17.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 4 4 2 4 3 3 1 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.615571429 1.615571429 1 1.058473118 1.058473118 1 0.897418803 0.897418803 1 0.898477157 0.898477157 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.0000177 1 0.006413403 1 0.004148608 1 1.96E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 39598747 G T - - - - - - 36 0 0 39 3 7.7 21 0 0 72 5 6.9 69 12 17.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 4 4 2 4 3 3 1 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.964333333 0.964333333 1 0 0 1 1.317487179 1.317487179 1 0.883248731 0.883248731 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000998458 1 1 1 0.0000331 1 1.65E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 39599353 G C - - - - - - 37 0 0 25 1 4 17 3 17.6 68 1 1.5 44 7 15.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 4 4 2 4 3 3 1 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.500952381 0.500952381 1 2.244473118 2.244473118 1 0.286410256 0.286410256 1 0.807106599 0.807106599 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.117779757 1 0.0000807 1 0.288836448 1 2.55E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 39599410 G A - - - - - - 19 0 0 34 2 5.9 30 3 10 78 4 5.1 54 10 18.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 4 4 2 4 3 3 1 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.738904762 0.738904762 1 1.275268817 1.275268817 1 0.973794872 0.973794872 1 0.939086294 0.939086294 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.012612579 1 0.000458697 1 0.000663934 1 1.91E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 39599690 A G - - - - - - 25 0 0 27 1 3.7 25 1 4 70 4 5.7 51 8 15.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 4 4 2 4 3 3 1 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.463380952 0.463380952 1 0.510107527 0.510107527 1 1.088358974 1.088358974 1 0.796954315 0.796954315 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.126579904 1 0.117779757 1 0.000440508 1 2.05E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 39599702 G C - - - - - - 23 0 0 28 2 7.1 24 2 8.3 69 3 4.3 51 7 13.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 4 4 2 4 3 3 1 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.889190476 0.889190476 1 1.058473118 1.058473118 1 0.821042735 0.821042735 1 0.695431472 0.695431472 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.008668191 1 0.006413403 1 0.005121501 1 7.46E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 39694752 C G KIF21A CCDS31773.1 r.? - - intronic 40 0 0 24 0 0 10 2 20 51 0 0 58 7 12.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 4 4 3.646893188 4 3 3 3 1 1 1 0 1 1 1 0.353106812 NA NA NA 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.646893188 0 0 1 2.550537634 2.550537634 1 0 0 1 0.813487274 0.813487274 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 1 1 0.001095391 1 1 1 1.88E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 40874007 G C - - - - - - 27 0 0 37 1 2.7 21 0 0 74 0 0 64 13 20.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 4 4 3.646893188 4 3 3 3 1 1 1 0 1 1 1 0.353106812 NA NA NA 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.646893188 0.338142857 0.338142857 1 0 0 1 0 0 1 1.36477617 1.36477617 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 0.169281299 1 1 1 1 1 1.26E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 41236807 G A - - - - - - 28 0 0 54 0 0 28 0 0 91 0 0 85 13 15.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 4 4 3.646893188 4 3 3 3 1 1 1 0 1 1 1 0.353106812 NA NA NA 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.646893188 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.028624404 1.028624404 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 6.45E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 41237947 G A - - - - - - 23 0 0 33 2 6.1 23 1 4.3 18 2 11.1 42 7 16.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 4 4 3.646893188 4 3 3 3 1 1 1 0 1 1 1 0.353106812 NA NA NA 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.646893188 0.763952381 0.763952381 1 0.548365591 0.548365591 1 2.119435897 2.119435897 1 1.122746898 1.122746898 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.011909843 1 0.108890944 1 0.003626632 1 1.81E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 41240919 C T - - - - - - 31 0 0 50 1 2 28 2 7.1 45 4 8.9 72 10 13.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 4 4 3.646893188 4 3 3 3 1 1 1 0 1 1 1 0.353106812 NA NA NA 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.646893188 0.25047619 0.25047619 1 0.90544086 0.90544086 1 1.699367521 1.699367521 1 0.93450191 0.93450191 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.221687443 1 0.008668191 1 0.0000791 1 3.95E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 41444298 C T CNTN1 CCDS8737.1 r.? - - intronic 24 0 0 34 0 0 20 0 0 76 0 0 77 18 23.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 4 4 3.646893188 4 3 3 3 1 1 1 0 1 1 1 0.353106812 NA NA NA 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.646893188 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.573190265 1.162650466 1.353106812 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 4.71E-25 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 41696002 G C PDZRN4 ENST00000402685 r.? - - intronic 37 0 0 32 3 9.4 35 0 0 78 2 2.6 89 18 20.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 4 4 3.646893188 4 3 3 3 1 1 1 0 1 1 1 0.353106812 NA NA NA 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.646893188 1.177238095 1.177238095 1 0 0 1 0.496444444 0.496444444 1 1.358053135 1.358053135 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000556213 1 1 1 0.058485548 1 8.26E-24 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 41732273 A T PDZRN4 ENST00000402685 r.? - - intronic 35 0 0 53 0 0 27 0 0 79 0 0 78 5 6.4 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 4 4 3.646893188 4 3 3 3 1 1 1 0 1 1 1 0.353106812 NA NA NA 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.646893188 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.43027426 0.665139575 0.646893188 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.0000487 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 41857623 G A PDZRN4 CCDS8739.1 r.? - - intronic 37 0 0 54 0 0 18 0 0 77 0 0 68 10 14.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 4 4 3.646893188 4 3 3 3 1 1 1 0 1 1 1 0.353106812 NA NA NA 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.646893188 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.988286192 0.988286192 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.18E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 43478086 G A - - - - - - 27 0 0 38 4 10.5 19 1 5.3 76 3 3.9 47 7 14.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2.857060094 3 3 3 2 1 1 1 0 1 1 1 0.142939906 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.857060094 1.21 1.21 1 0.675892473 0.675892473 1 0.744666667 0.744666667 1 0.884047132 0.884047132 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.0000403 1 0.090843738 1 0.006696581 1 4.12E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 44349559 G A TMEM117 CCDS8745.1 r.? - - intronic 30 0 0 35 2 5.7 24 3 12.5 79 3 3.8 59 13 22 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2.857060094 3 3 3 2 1 1 1 0 1 1 1 0.142939906 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.857060094 0.656857143 0.656857143 1 1.594086022 1.594086022 1 0.72557265 0.72557265 1 1.30530449 1.30530449 1 NA NA 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.013332991 1 0.000233853 1 0.007450026 1 3.99E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 44605636 A C TMEM117 CCDS8745.1 r.? - - intronic 51 0 0 41 3 7.3 17 2 11.8 54 2 3.7 59 9 15.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2.857060094 3 3 3 2 1 1 1 0 1 1 1 0.142939906 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.857060094 0.841238095 0.841238095 1 1.504817204 1.504817204 1 0.706478632 0.706478632 1 0.907779941 0.907779941 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.001155993 1 0.003234386 1 0.030129377 1 1.96E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 45619360 C T ANO6 CCDS31782.1 r.? - - intronic 33 0 0 35 0 0 27 0 0 39 0 0 59 13 22 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2.857060094 3 3 3 2 1 1 1 0 1 1 1 0.142939906 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.857060094 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.30530449 1.30530449 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 3.99E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 46004784 G A - - - - - - 25 0 0 27 4 14.8 15 2 13.3 15 0 0 62 8 12.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2.857060094 3 3 3 2 1 1 1 0 1 1 1 0.142939906 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.857060094 1.70552381 1.70552381 1 1.696107527 1.696107527 1 0 0 1 0.765383087 0.765383087 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.00001 1 0.002513772 1 1 1 1.04E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 47689165 T C - - - - - - 39 0 0 45 3 6.7 26 1 3.8 73 3 4.1 49 10 20.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2.857060094 3 3 3 2 1 1 1 0 1 1 1 0.142939906 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.857060094 0.772095238 0.772095238 1 0.484602151 0.484602151 1 0.782854701 0.782854701 1 1.210373254 1.210373254 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.001516071 1 0.122190858 1 0.005990531 1 6.72E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 48467649 G A SENP1 CCDS44868.1 r.? - - intronic 24 0 0 30 3 10 29 2 6.9 81 5 6.2 45 6 13.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2.857060094 3 3 3 2 1 1 1 0 1 1 1 0.142939906 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.857060094 1.152380952 1.152380952 1 0.879935484 0.879935484 1 1.18382906 1.18382906 1 0.789115896 0.789115896 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000458697 1 0.009279585 1 0.0000584 1 0.000000108 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 50615834 C T LIMA1 CCDS44877.1 r.774g>a c.600G>A p.M200I missense 36 0 0 36 0 0 15 0 0 52 0 0 46 7 15.2 284 0 0 614 0 0 434 1 0.2 423 1 0.2 464 85 18.3 TRUE TRUE 4 4 4 2.857060094 3 3 3 2 1 1 1 0 1 1 1 0.142939906 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.857060094 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.901846738 0.901846738 1 0 0 1 0.025505376 0.025505376 1 0.038188034 0.038188034 1 1.085776007 1.085776007 1 1 2 1 1 1 1 1 0.886442181 1 0.880004999 3.53E-09 1.72E-102 YES 0_0 0_0 0_0 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b 12 55550052 G T - - - - - - 23 0 0 60 4 6.7 20 3 15 79 4 5.1 45 11 24.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2.857060094 3 3 3 2 1 1 1 0 1 1 1 0.142939906 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.857060094 0.772095238 0.772095238 1 1.912903226 1.912903226 1 0.973794872 0.973794872 1 1.447701343 1.447701343 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000243755 1 0.0001337 1 0.000696582 1 4.24E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 56752258 G A STAT2 CCDS8917.1 r.? - - intronic 28 0 0 37 0 0 27 0 0 52 0 0 52 11 21.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 2.857060094 3 3 3 2 1 1 1 0 1 1 1 0.142939906 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.857060094 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.257838872 1.257838872 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.44E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 57972622 G A KIF5A CCDS8945.1 r.? - - intronic 30 0 0 161 0 0 85 0 0 127 0 0 327 12 3.7 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 2 0 0 0 0 NA FALSE FALSE 46 51 57 45 45 49 55 43 1 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 1.778817259 0.889408629 2 NA NA 0 0 NA 0 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000000146 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 57989614 C G PIP4K2C CCDS8946.1 r.? - - intronic 29 0 0 153 2 1.3 94 1 1.1 148 0 0 342 9 2.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 46 51 57 45 45 49 55 43 1 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.695809524 NA 0 0.65727957 0.65727957 1 0 0 1 1.249979695 1.249979695 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.178474703 1 0.375734132 1 1 1 0.0000699 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 58355984 G A XRCC6BP1 CCDS41802.1 r.? - - downstream 23 0 0 150 8 5.3 95 5 5.3 187 13 7 337 19 5.6 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 46 51 57 45 45 49 55 43 1 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.836761905 0.945587302 3 3.166892473 1.055630824 3 5.046581197 1.009316239 5 2.692263959 0.89742132 3 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.00000109 1 0.000124602 1 1.95E-11 1 2.19E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 58375871 G A - - - - - - 25 0 0 181 0 0 119 0 0 232 0 0 487 14 2.9 0 0 NA 0 0 NA 4 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 46 51 57 45 45 49 55 43 1 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 1.394208122 1.394208122 1 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000000271 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 58379082 A T - - - - - - 32 0 0 168 3 1.8 70 1 1.4 177 3 1.7 430 10 2.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 46 51 57 45 45 49 55 43 1 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.963428571 0.963428571 1 0.836537634 0.836537634 1 1.225598291 1.225598291 1 1.105751269 1.105751269 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.052901686 1 0.295930304 1 0.059957325 1 0.0000785 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 58468815 C A - - - - - - 27 0 0 76 6 7.9 31 2 6.5 121 7 5.8 247 13 5.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 46 51 57 45 45 49 55 43 1 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 4.228380952 1.057095238 4 3.883924731 3.883924731 1 4.181452991 1.045363248 4 2.548035533 0.849345178 3 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.00000253 1 0.010558179 1 0.000003 1 6.11E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 58626512 C T - - - - - - 37 0 0 216 4 1.9 134 0 0 90 2 2.2 518 14 2.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 46 51 57 45 45 49 55 43 1 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.016952381 1.016952381 1 0 0 1 1.586068376 1.586068376 1 1.298055838 1.298055838 1 NA NA 0 NA NA 0 0 0 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.023947716 1 1 1 0.075041956 1 0.000000563 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 59377452 C T - - - - - - 40 0 0 165 2 1.2 89 1 1.1 199 1 0.5 379 17 4.5 0 0 NA 3 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 46 51 57 45 45 49 55 43 1 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.642285714 NA 0 0.65727957 0.65727957 1 0.360470085 0.360470085 1 2.163426396 1.081713198 2 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.200061443 1 0.359890627 1 0.631198169 1 1.85E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 59525981 T A - - - - - - 24 0 0 142 2 1.4 87 2 2.3 173 3 1.7 322 10 3.1 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 46 51 57 45 45 49 55 43 1 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.749333333 NA 0 1.374311828 1.374311828 1 1.225598291 1.225598291 1 1.490360406 1.490360406 1 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.15903336 1 0.070774795 1 0.056769387 1 0.00000682 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 60509984 A T - - - - - - 30 0 0 39 3 7.7 26 3 11.5 68 2 2.9 54 10 18.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4.46573297 9 2.744665456 3 3 6 2 1 1 3 0 1 0.53426703 1 0.255334544 NA 4 NA 2 NA 1 NA 1 NA 0.46573297 NA 0.744665456 0.887333333 0.887333333 1 1.520118431 1.520118431 1 0.698726496 0.698726496 1 1.076849404 1.076849404 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000998458 1 0.000298167 1 0.045825786 1 1.91E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 60813123 G C - - - - - - 28 0 0 56 0 0 22 0 0 66 0 0 58 9 15.5 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4.46573297 9 2.744665456 3 3 6 2 1 1 3 0 1 0.53426703 1 0.255334544 NA 4 NA 2 NA 1 NA 1 NA 0.46573297 NA 0.744665456 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.902225176 0.902225176 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.67E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 61016877 C T - - - - - - 35 0 0 36 3 8.3 20 1 5 60 0 0 45 9 20 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 TRUE FALSE 4 4.46573297 9 2.744665456 3 3 6 2 1 1 3 0 1 0.53426703 1 0.255334544 NA 4 NA 2 NA 1 NA 1 NA 0.46573297 NA 0.744665456 0.95647619 0.95647619 1 0.660921057 0.660921057 1 0 0 1 1.164161518 1.164161518 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 0 NA 0 6 NA 1 1 0.000788827 1 0.09538952 1 1 1 1.47E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 61135456 G A - - - - - - 19 0 0 20 0 0 17 0 0 51 0 0 36 5 13.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4.46573297 9 2.744665456 3 3 6 2 1 1 3 0 1 0.53426703 1 0.255334544 NA 4 NA 2 NA 1 NA 1 NA 0.46573297 NA 0.744665456 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.809092255 0.809092255 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.00000104 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 61185474 A G - - - - - - 24 0 0 11 0 0 10 0 0 54 0 0 44 8 18.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4.46573297 9 2.744665456 3 3 6 2 1 1 3 0 1 0.53426703 1 0.255334544 NA 4 NA 2 NA 1 NA 1 NA 0.46573297 NA 0.744665456 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.059386981 1.059386981 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 5.9E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 61553059 T C - - - - - - 35 0 0 35 0 0 18 0 0 72 0 0 48 13 27.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4.46573297 9 2.744665456 3 3 6 2 1 1 3 0 1 0.53426703 1 0.255334544 NA 4 NA 2 NA 1 NA 1 NA 0.46573297 NA 0.744665456 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.577438856 1.577438856 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2E-19 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 63722483 G A - - - - - - 35 0 0 36 0 0 26 0 0 57 0 0 53 6 11.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4.46573297 9 2.744665456 3 3 6 2 1 1 3 0 1 0.53426703 1 0.255334544 NA 4 NA 2 NA 1 NA 1 NA 0.46573297 NA 0.744665456 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.657751257 0.657751257 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000000293 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 64025048 T G ENSG00000177990 CCDS31851.1 r.? - - intronic 41 0 0 46 0 0 29 0 0 75 0 0 53 5 9.4 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4.46573297 9 2.744665456 3 3 6 2 1 1 3 0 1 0.53426703 1 0.255334544 NA 4 NA 2 NA 1 NA 1 NA 0.46573297 NA 0.744665456 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.547155913 0.547155913 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.00000734 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 64310431 G T SRGAP1 CCDS8967.1 r.? - - intronic 25 0 0 100 4 4 59 2 3.4 136 2 1.5 226 12 5.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 29 34 36 27 28 32 34 26 1 2 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.460952381 1.460952381 1 1.453591398 1.453591398 1 0.766410256 0.766410256 1 1.594035533 1.594035533 1 NA NA 0 NA NA 0 0 0 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.001673268 1 0.035441897 1 0.148605751 1 2.51E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 64628179 A G - - - - - - 34 0 0 136 0 0 76 0 0 175 0 0 278 10 3.6 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 29 34 36 27 28 32 34 26 1 2 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.082741117 1.082741117 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.00000187 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 64840258 G A XPOT CCDS31852.1 r.? - - intronic 30 0 0 126 3 2.4 78 2 2.6 154 0 0 245 8 3.3 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 29 34 36 27 28 32 34 26 1 2 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.876571429 0.876571429 1 1.111569892 1.111569892 1 0 0 1 0.99251269 0.99251269 1 0 NA 0 NA NA 1 0 0 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.025819487 1 0.058485548 1 1 1 0.0000393 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 65017753 C T RASSF3 CCDS8969.1 r.? - - intronic 32 0 0 106 2 1.9 49 2 4.1 119 3 2.5 231 8 3.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 29 34 36 27 28 32 34 26 1 2 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.693952381 NA 0 1.752860215 1.752860215 1 1.277350427 1.277350427 1 1.052664975 1.052664975 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.099065284 1 0.025168485 1 0.022280417 1 0.0000259 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 65048042 C T RASSF3 CCDS8969.1 r.? - - intronic 20 0 0 152 2 1.3 79 1 1.3 107 0 0 279 9 3.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 29 34 36 27 28 32 34 26 1 2 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.474809524 0.474809524 1 0.555784946 0.555784946 1 0 0 1 0.962436548 0.962436548 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.176692042 1 0.326987115 1 1 1 0.0000144 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 65091128 C G RASSF3 CCDS8969.1 r.? - - downstream 33 0 0 162 0 0 72 0 0 197 0 0 369 13 3.5 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 29 34 36 27 28 32 34 26 1 2 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.052664975 1.052664975 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 7.15E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 65121157 A C GNS CCDS8970.1 r.? - - intronic 19 0 0 106 4 3.8 65 1 1.5 97 2 2.1 208 10 4.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 29 34 36 27 28 32 34 26 1 2 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.387904762 1.387904762 1 0.641290323 0.641290323 1 1.072974359 1.072974359 1 1.443654822 1.443654822 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.002070303 1 0.278061424 1 0.085302553 1 0.000000133 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 65201697 A T TBC1D30 ENST00000229088 r.? - - intronic 11 0 0 46 0 0 26 2 7.7 66 3 4.5 85 7 8.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 29 34 36 27 28 32 34 26 1 2 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 3.291956989 3.291956989 1 2.299230769 2.299230769 1 2.466243655 0.822081218 3 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 1 1 0.007502227 1 0.004522888 1 0.000000274 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 65243846 C G TBC1D30 ENST00000229088 r.? - - intronic 37 0 0 101 2 2 54 2 3.7 150 4 2.7 225 15 6.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 29 34 36 27 28 32 34 26 1 2 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.73047619 NA 0 1.581849462 1.581849462 1 1.379538462 1.379538462 1 2.015101523 1.007550761 2 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.091344345 1 0.030129377 1 0.007105714 1 1.04E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 65411203 A T - - - - - - 35 0 0 107 3 2.8 70 0 0 146 0 0 243 13 5.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 29 34 36 27 28 32 34 26 1 2 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.022666667 1.022666667 1 0 0 1 0 0 1 1.594035533 1.594035533 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.016873453 1 1 1 1 1 5.01E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 65476945 C T WIF1 CCDS8971.1 r.? - - intronic 22 0 0 97 0 0 44 0 0 127 0 0 216 12 5.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 29 34 36 27 28 32 34 26 1 2 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 1.684263959 0.84213198 2 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.5E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 65574183 T A LEMD3 CCDS8972.1 r.? - - intronic 22 0 0 138 4 2.9 86 2 2.3 144 0 0 344 11 3.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 29 34 36 27 28 32 34 26 1 2 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.059190476 1.059190476 1 0.983311828 0.983311828 1 0 0 1 0.962436548 0.962436548 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.005316099 1 0.069370687 1 1 1 0.00000182 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 65671047 C G MSRB3 CCDS31853.1 r.? - - upstream 39 0 0 150 3 2 88 0 0 200 3 1.5 343 8 2.3 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 29 34 36 27 28 32 34 26 1 2 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.73047619 0.73047619 1 0 0 1 0.766410256 0.766410256 1 0.691751269 0.691751269 1 NA NA 0 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.040088768 1 1 1 0.079839432 1 0.000390287 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 66222141 G A HMGA2 CCDS44936.1 r.? - - intronic 36 0 0 88 2 2.3 49 0 0 189 1 0.5 274 12 4.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 29 34 36 27 28 32 34 26 1 2 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.840047619 0.840047619 1 0 0 1 0.255470085 0.255470085 1 1.323350254 1.323350254 1 NA NA 0 NA NA 1 0 0 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.072188127 1 1 1 0.612240666 1 2.14E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 66260397 T C HMGA2 CCDS44936.1 r.? - - intronic 32 0 0 158 0 0 79 0 0 172 0 0 310 10 3.2 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 29 34 36 27 28 32 34 26 1 2 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.962436548 0.962436548 1 NA NA 0 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.0000049 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 66280435 C T HMGA2 CCDS44936.1 r.? - - intronic 35 0 0 141 1 0.7 78 2 2.6 104 1 1 271 12 4.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 29 34 36 27 28 32 34 26 1 2 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.255666667 NA 0 1.111569892 1.111569892 1 0.510940171 0.510940171 1 1.323350254 1.323350254 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.506764434 1 0.058485548 1 0.406254409 1 1.89E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 66370135 T A - - - - - - 25 0 0 132 3 2.3 85 0 0 109 0 0 276 8 2.9 0 0 NA 2 0 0 2 0 0 0 0 NA 1 0 0 TRUE FALSE 29 34 36 27 28 32 34 26 1 2 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.840047619 0.840047619 1 0 0 1 0 0 1 0.872208122 0.872208122 1 0 NA 0 0 0 1 NA NA 1 0 NA 0 6 NA 1 1 0.029078292 1 1 1 1 1 0.0000901 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 66370136 C A - - - - - - 25 0 0 139 4 2.9 84 0 0 107 0 0 272 8 2.9 0 0 NA 2 0 0 2 0 0 0 0 NA 1 0 0 TRUE FALSE 29 34 36 27 28 32 34 26 1 2 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.059190476 1.059190476 1 0 0 1 0 0 1 0.872208122 0.872208122 1 0 NA 0 0 0 1 NA NA 1 0 NA 0 6 NA 1 1 0.005452239 1 1 1 1 1 0.0000815 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 66383815 T G - - - - - - 32 0 0 156 0 0 70 0 0 193 0 0 302 7 2.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 29 34 36 27 28 32 34 26 1 2 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.691751269 0.691751269 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000921448 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 66403901 G T - - - - - - 22 0 0 131 2 1.5 78 1 1.3 160 3 1.9 301 12 4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 29 34 36 27 28 32 34 26 1 2 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.547857143 0.547857143 1 0.555784946 0.555784946 1 0.970786325 0.970786325 1 1.203045685 1.203045685 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.140027743 1 0.323605141 1 0.04698957 1 5.96E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 66640894 A G IRAK3 CCDS8975.1 r.? - - intronic 28 0 0 139 6 4.3 92 2 2.2 127 4 3.1 265 20 7.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 29 34 36 27 28 32 34 26 1 2 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.57052381 1.57052381 1 0.94055914 0.94055914 1 1.58391453 1.58391453 1 2.25571066 1.12785533 2 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.0000795 1 0.07793117 1 0.003965886 1 1.7E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 67605911 C A - - - - - - 37 0 0 39 1 2.6 23 1 4.3 77 0 0 63 14 22.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 4 3 3.678122731 4 3 2 2 1 1 1 1 1 1 1 0.321877269 NA NA NA 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.678122731 0.325619048 0.325619048 1 0.548365591 NA 0 0 0 1 1.4994468 1.4994468 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.177567718 1 0.108890944 1 1 1 1.81E-19 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 68154691 A C - - - - - - 32 0 0 48 2 4.2 23 1 4.3 74 5 6.8 70 10 14.3 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 4 3 3.678122731 4 3 2 2 1 1 1 1 1 1 1 0.321877269 NA NA NA 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.678122731 0.526 0.526 1 0.548365591 0.548365591 1 1.230393162 1.230393162 1 0.965859875 0.965859875 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.024220359 1 0.108890944 1 0.0000378 1 2.95E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 70548337 C G - - - - - - 32 0 0 34 0 0 12 0 0 60 0 0 32 4 12.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.520801101 4 3 2.579559311 2 3 2 1 1 1 1 1 0.479198899 1 1 0.420440689 3 NA NA 2 1 NA NA 1 0.520801101 NA NA 0.579559311 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.70696268 0.70696268 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.0000201 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 70713165 C G CNOT2 CCDS31857.1 r.? - - intronic 27 0 0 35 0 0 22 0 0 54 0 0 32 10 31.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.520801101 4 3 2.579559311 2 3 2 1 1 1 1 1 0.479198899 1 1 0.420440689 3 NA NA 2 1 NA NA 1 0.520801101 NA NA 0.579559311 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.76457885 1.117133645 1.579559311 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 5.7E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 71728400 C T TSPAN8 CCDS8999.1 r.? - - intronic 39 0 0 33 0 0 26 0 0 59 0 0 40 7 17.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.520801101 4 3 2.579559311 2 3 2 1 1 1 1 1 0.479198899 1 1 0.420440689 3 NA NA 2 1 NA NA 1 0.520801101 NA NA 0.579559311 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.989747753 0.989747753 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.26E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 73727504 C T - - - - - - 23 0 0 30 3 10 23 2 8.7 58 4 6.9 29 6 20.7 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.520801101 4 3 2.579559311 2 3 2 1 1 1 1 1 0.479198899 1 1 0.420440689 3 NA NA 2 1 NA NA 1 0.520801101 NA NA 0.579559311 1.104461062 1.104461062 1 1.109483871 1.109483871 1 1.248487179 1.248487179 1 1.170730199 1.170730199 1 NA NA 0 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000458697 1 0.00589844 1 0.000213772 1 6.72E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 74383713 T A - - - - - - 26 0 0 25 2 8 20 2 10 5 0 0 42 5 11.9 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.520801101 4 3 2.579559311 2 3 2 1 1 1 1 1 0.479198899 1 1 0.420440689 3 NA NA 2 1 NA NA 1 0.520801101 NA NA 0.579559311 0.88356885 0.88356885 1 1.275268817 1.275268817 1 0 0 1 0.673028472 0.673028472 1 NA NA 0 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.006948068 1 0.004473894 1 1 1 0.00000228 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 74548459 T C - - - - - - 24 0 0 28 3 10.7 14 1 7.1 61 0 0 51 8 15.7 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.520801101 4 3 2.579559311 2 3 2 1 1 1 1 1 0.479198899 1 1 0.420440689 3 NA NA 2 1 NA NA 1 0.520801101 NA NA 0.579559311 1.181773337 1.181773337 1 0.90544086 0.90544086 1 0 0 1 0.887945127 0.887945127 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 0.000372895 1 0.067769881 1 1 1 2.05E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 76348489 G C - - - - - - 25 0 0 30 0 0 25 0 0 66 0 0 49 5 10.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.520801101 4 3 2.579559311 2 3 2 1 1 1 1 1 0.479198899 1 1 0.420440689 3 NA NA 2 1 NA NA 1 0.520801101 NA NA 0.579559311 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.576881547 0.576881547 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.00000496 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 77043425 G A - - - - - - 29 0 0 25 3 12 21 0 0 68 4 5.9 42 8 19 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.520801101 4 3 2.579559311 2 3 2 1 1 1 1 1 0.479198899 1 1 0.420440689 3 NA NA 2 1 NA NA 1 0.520801101 NA NA 0.579559311 1.325353275 1.325353275 1 0 0 1 1.067547009 1.067547009 1 1.074583274 1.074583274 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.00026475 1 1 1 0.000394372 1 3.96E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 77528746 C T - - - - - - 30 0 0 40 2 5 23 2 8.7 72 4 5.6 44 8 18.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.520801101 4 3 2.579559311 2 3 2 1 1 1 1 1 0.479198899 1 1 0.420440689 3 NA NA 2 1 NA NA 1 0.520801101 NA NA 0.579559311 0.552230531 0.552230531 1 1.109483871 1.109483871 1 1.013264957 1.013264957 1 1.029337663 1.029337663 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.017193422 1 0.00589844 1 0.000490365 1 5.9E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 78581710 T C NAV3 CCDS41815.1 r.? - - intronic 26 0 0 29 1 3.4 22 1 4.5 66 3 4.5 41 6 14.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.520801101 4 3 2.579559311 2 3 2 1 1 1 1 1 0.479198899 1 1 0.420440689 3 NA NA 2 1 NA NA 1 0.520801101 NA NA 0.579559311 0.375516761 0.375516761 1 0.573870968 0.573870968 1 0.814230769 0.814230769 1 0.825732411 0.825732411 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.135292269 1 0.104413009 1 0.004522888 1 6.05E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 81557447 A G ACSS3 CCDS9022.1 r.? - - intronic 30 0 0 37 0 0 19 0 0 68 0 0 43 8 18.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.520801101 4 3 2.579559311 2 3 2 1 1 1 1 1 0.479198899 1 1 0.420440689 3 NA NA 2 1 NA NA 1 0.520801101 NA NA 0.579559311 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.051960468 1.051960468 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 4.85E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 81920429 T A PPFIA2 ENST00000443686 r.? - - intronic 29 0 0 32 0 0 16 0 0 86 0 0 50 8 16 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.520801101 4 3 2.579559311 2 3 2 1 1 1 1 1 0.479198899 1 1 0.420440689 3 NA NA 2 1 NA NA 1 0.520801101 NA NA 0.579559311 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.904912231 0.904912231 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.74E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 82530925 T A - - - - - - 38 0 0 38 0 0 13 0 0 64 0 0 50 12 24 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.520801101 4 3 2.579559311 2 3 2 1 1 1 1 1 0.479198899 1 1 0.420440689 3 NA NA 2 1 NA NA 1 0.520801101 NA NA 0.579559311 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.357368346 1.357368346 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.49E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 83084887 C T TMTC2 CCDS9025.1 r.? - - intronic 29 0 0 49 2 4.1 19 1 5.3 53 1 1.9 58 7 12.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.520801101 4 3 2.579559311 2 3 2 1 1 1 1 1 0.479198899 1 1 0.420440689 3 NA NA 2 1 NA NA 1 0.520801101 NA NA 0.579559311 0.452829036 0.452829036 1 0.675892473 0.675892473 1 0.343786325 0.343786325 1 0.684339875 0.684339875 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.025168485 1 0.090843738 1 0.233303855 1 1.88E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 83397140 T G TMTC2 CCDS9025.1 r.? - - intronic 40 0 0 47 0 0 24 0 0 68 0 0 35 5 14.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.520801101 4 3 2.579559311 2 3 2 1 1 1 1 1 0.479198899 1 1 0.420440689 3 NA NA 2 1 NA NA 1 0.520801101 NA NA 0.579559311 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.808765306 0.808765306 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000000895 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 83574258 T G - - - - - - 20 0 0 36 0 0 17 0 0 82 0 0 42 10 23.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.520801101 4 3 2.579559311 2 3 2 1 1 1 1 1 0.479198899 1 1 0.420440689 3 NA NA 2 1 NA NA 1 0.520801101 NA NA 0.579559311 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.346056944 1.346056944 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.24E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 83921359 T A - - - - - - 40 0 0 38 0 0 26 2 7.7 58 0 0 48 15 31.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.520801101 4 3 2.579559311 2 3 2 1 1 1 1 1 0.479198899 1 1 0.420440689 3 NA NA 2 1 NA NA 1 0.520801101 NA NA 0.579559311 0 0 1 0.981956989 0.981956989 1 0 0 1 1.76457885 1.117133645 1.579559311 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 1 1 0.007502227 1 1 1 2.86E-23 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 83984260 A T - - - - - - 26 0 0 36 2 5.6 20 1 5 60 2 3.3 49 6 12.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.520801101 4 3 2.579559311 2 3 2 1 1 1 1 1 0.479198899 1 1 0.420440689 3 NA NA 2 1 NA NA 1 0.520801101 NA NA 0.579559311 0.618498195 0.618498195 1 0.637634409 0.637634409 1 0.597102564 0.597102564 1 0.689995576 0.689995576 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.014070883 1 0.09538952 1 0.036544784 1 0.000000182 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 84393182 T C - - - - - - 39 0 0 46 3 6.5 22 1 4.5 82 3 3.7 47 7 14.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.520801101 4 3 2.579559311 2 3 2 1 1 1 1 1 0.479198899 1 1 0.420440689 3 NA NA 2 1 NA NA 1 0.520801101 NA NA 0.579559311 0.717899691 0.717899691 1 0.573870968 0.573870968 1 0.669478632 0.669478632 1 0.842699515 0.842699515 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.001615827 1 0.104413009 1 0.008251578 1 4.12E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 84537853 G T - - - - - - 44 0 0 36 0 0 26 0 0 70 0 0 53 11 20.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.520801101 4 3 2.579559311 2 3 2 1 1 1 1 1 0.479198899 1 1 0.420440689 3 NA NA 2 1 NA NA 1 0.520801101 NA NA 0.579559311 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.1763859 1.1763859 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 3.07E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 84664353 C A - - - - - - 33 0 0 43 3 7 30 2 6.7 82 6 7.3 54 6 11.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.520801101 4 3 2.579559311 2 3 2 1 1 1 1 1 0.479198899 1 1 0.420440689 3 NA NA 2 1 NA NA 1 0.520801101 NA NA 0.579559311 0.773122744 0.773122744 1 0.854430108 0.854430108 1 1.320863248 1.320863248 1 0.62778286 0.62778286 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.001328364 1 0.009909649 1 0.00000395 1 0.000000329 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 84709944 A T - - - - - - 22 0 0 35 0 0 10 0 0 67 0 0 41 7 17.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.520801101 4 3 2.579559311 2 3 2 1 1 1 1 1 0.479198899 1 1 0.420440689 3 NA NA 2 1 NA NA 1 0.520801101 NA NA 0.579559311 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.967124947 0.967124947 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.51E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 84899668 C T - - - - - - 31 0 0 33 4 12.1 21 3 14.3 62 2 3.2 53 8 15.1 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.520801101 4 3 2.579559311 2 3 2 1 1 1 1 1 0.479198899 1 1 0.420440689 3 NA NA 2 1 NA NA 1 0.520801101 NA NA 0.579559311 1.336397886 1.336397886 1 1.823634409 1.823634409 1 0.579008547 0.579008547 1 0.854010918 0.854010918 1 NA NA 0 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.0000228 1 0.000155401 1 0.038789653 1 2.83E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 85124316 T C - - - - - - 25 0 0 24 2 8.3 19 1 5.3 69 0 0 43 15 34.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.520801101 4 3 2.579559311 2 3 2 1 1 1 1 1 0.479198899 1 1 0.420440689 3 NA NA 2 1 NA NA 1 0.520801101 NA NA 0.579559311 0.916702682 0.916702682 1 0.675892473 0.675892473 1 0 0 1 1.973839804 1.249614237 1.579559311 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 0.006413403 1 0.090843738 1 1 1 4.05E-24 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 85433183 C T LRRIQ1 CCDS41816.1 r.? - - intronic 38 0 0 44 4 9.1 29 3 10.3 61 0 0 50 12 24 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.520801101 4 3 2.579559311 2 3 2 1 1 1 1 1 0.479198899 1 1 0.420440689 3 NA NA 2 1 NA NA 1 0.520801101 NA NA 0.579559311 1.005059567 1.005059567 1 1.313526882 1.313526882 1 0 0 1 1.357368346 1.357368346 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 0.0000723 1 0.000414371 1 1 1 2.49E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 85575277 G T LRRIQ1 CCDS41816.1 r.? - - intronic 36 0 0 39 0 0 20 0 0 60 0 0 57 7 12.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.520801101 4 3 2.579559311 2 3 2 1 1 1 1 1 0.479198899 1 1 0.420440689 3 NA NA 2 1 NA NA 1 0.520801101 NA NA 0.579559311 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.695651278 0.695651278 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.66E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 86389782 T C MGAT4C CCDS9030.1 r.? - - intronic 37 0 0 32 2 6.2 21 2 9.5 69 3 4.3 51 9 17.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.520801101 4 3 2.579559311 2 3 2 1 1 1 1 1 0.479198899 1 1 0.420440689 3 NA NA 2 1 NA NA 1 0.520801101 NA NA 0.579559311 0.684765859 0.684765859 1 1.211505376 1.211505376 1 0.778042735 0.778042735 1 0.995403454 0.995403454 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.011224977 1 0.004928472 1 0.005121501 1 4.92E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 86492785 C T - - - - - - 44 0 0 34 0 0 24 0 0 48 0 0 43 13 30.2 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.520801101 4 3 2.579559311 2 3 2 1 1 1 1 1 0.479198899 1 1 0.420440689 3 NA NA 2 1 NA NA 1 0.520801101 NA NA 0.579559311 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.708021836 1.081328079 1.579559311 NA NA 0 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 3.88E-20 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 86812506 G A - - - - - - 32 0 0 43 0 0 25 0 0 51 0 0 54 8 14.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.520801101 4 3 2.579559311 2 3 2 1 1 1 1 1 0.479198899 1 1 0.420440689 3 NA NA 2 1 NA NA 1 0.520801101 NA NA 0.579559311 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.837043814 0.837043814 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 3.31E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 86894771 G C - - - - - - 30 0 0 45 2 4.4 24 2 8.3 76 2 2.6 48 6 12.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.520801101 4 3 2.579559311 2 3 2 1 1 1 1 1 0.479198899 1 1 0.420440689 3 NA NA 2 1 NA NA 1 0.520801101 NA NA 0.579559311 0.485962867 0.485962867 1 1.058473118 1.058473118 1 0.470444444 0.470444444 1 0.70696268 0.70696268 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.021467209 1 0.006413403 1 0.055865747 1 0.00000016 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 86911859 A G - - - - - - 36 0 0 39 0 0 27 0 0 56 0 0 51 10 19.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.520801101 4 3 2.579559311 2 3 2 1 1 1 1 1 0.479198899 1 1 0.420440689 3 NA NA 2 1 NA NA 1 0.520801101 NA NA 0.579559311 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.108517483 1.108517483 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.04E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 87110122 C T - - - - - - 21 0 0 29 3 10.3 21 2 9.5 59 2 3.4 42 11 26.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.520801101 4 3 2.579559311 2 3 2 1 1 1 1 1 0.479198899 1 1 0.420440689 3 NA NA 2 1 NA NA 1 0.520801101 NA NA 0.579559311 1.137594894 1.137594894 1 1.211505376 1.211505376 1 0.615196581 0.615196581 1 1.481793778 1.481793778 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000414371 1 0.004928472 1 0.035441897 1 1.81E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 87386475 T C - - - - - - 41 0 0 42 3 7.1 14 1 7.1 46 3 6.5 51 10 19.6 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 3.520801101 4 3 2.579559311 2 3 2 1 1 1 1 1 0.479198899 1 1 0.420440689 3 NA NA 2 1 NA NA 1 0.520801101 NA NA 0.579559311 0.784167354 0.784167354 1 0.90544086 0.90544086 1 1.176111111 1.176111111 1 1.108517483 1.108517483 1 NA NA 1 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.001240292 1 0.067769881 1 0.001615827 1 1.04E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 88461284 G A CEP290 ENST00000309041 r.? - - intronic 44 0 0 43 4 9.3 19 3 15.8 40 2 5 32 8 25 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.520801101 4 3 2.579559311 2 3 2 1 1 1 1 1 0.479198899 1 1 0.420440689 3 NA NA 2 1 NA NA 1 0.520801101 NA NA 0.579559311 1.027148788 1.027148788 1 2.014924731 2.014924731 1 0.904700855 0.904700855 1 1.413925361 1.413925361 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000066 1 0.000114071 1 0.017193422 1 3.69E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 90016422 G A ATP2B1 CCDS41817.1 r.? - - intronic 36 0 0 37 0 0 30 0 0 54 0 0 57 11 19.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.520801101 4 3 2.579559311 2 3 2 1 1 1 1 1 0.479198899 1 1 0.420440689 3 NA NA 2 1 NA NA 1 0.520801101 NA NA 0.579559311 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.091550379 1.091550379 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 7.29E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 94367984 C T AC025261.1 ENST00000505974 r.? - - intronic 27 0 0 39 0 0 20 0 0 67 0 0 63 9 14.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.520801101 4 3 2.579559311 2 3 2 1 1 1 1 1 0.479198899 1 1 0.420440689 3 NA NA 2 1 NA NA 1 0.520801101 NA NA 0.579559311 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.808765306 0.808765306 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 3.62E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 97845756 A G - - - - - - 34 0 0 42 1 2.4 18 0 0 63 0 0 49 9 18.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 3.520801101 4 3 2.579559311 2 3 2 1 1 1 1 1 0.479198899 1 1 0.420440689 3 NA NA 2 1 NA NA 1 0.520801101 NA NA 0.579559311 0.265070655 0.265070655 1 0 0 1 0 0 1 1.040649066 1.040649066 1 NA NA 1 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 0.189842622 1 1 1 1 1 3.35E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 99022754 G A IKBIP CCDS9068.1 r.? - - intronic 30 0 0 31 0 0 29 0 0 64 0 0 67 16 23.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.520801101 4 3 2.579559311 2 3 2 1 1 1 1 1 0.479198899 1 1 0.420440689 3 NA NA 2 1 NA NA 1 0.520801101 NA NA 0.579559311 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.351712645 1.351712645 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.35E-22 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 99826654 G T ANKS1B ENST00000329257 r.? - - intronic 25 0 0 20 0 0 19 3 15.8 66 4 6.1 48 10 20.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.520801101 4 3 2.579559311 2 3 2 1 1 1 1 1 0.479198899 1 1 0.420440689 3 NA NA 2 1 NA NA 1 0.520801101 NA NA 0.579559311 0 0 1 2.014924731 2.014924731 1 1.103735043 1.103735043 1 1.1763859 1.1763859 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 1 1 0.000114071 1 0.000351793 1 5.37E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 100418382 C A - - - - - - 32 0 0 23 1 4.3 16 2 12.5 57 0 0 65 12 18.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 3.520801101 4 3 2.579559311 2 3 2 1 1 1 1 1 0.479198899 1 1 0.420440689 3 NA NA 2 1 NA NA 1 0.520801101 NA NA 0.579559311 0.474918257 0.474918257 1 1.594086022 1.594086022 1 0 0 1 1.046304767 1.046304767 1 NA NA 1 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 0.108890944 1 0.002863359 1 1 1 7.7E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 100660146 G A SCYL2 CCDS9076.1 r.? - - upstream 30 0 0 29 0 0 16 0 0 63 0 0 41 10 24.4 4 0 0 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 3.520801101 4 3 2.579559311 2 3 2 1 1 1 1 1 0.479198899 1 1 0.420440689 3 NA NA 2 1 NA NA 1 0.520801101 NA NA 0.579559311 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.379991152 1.379991152 1 NA NA 1 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 9.51E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 100931412 G A NR1H4 CCDS9078.1 r.? - - intronic 41 0 0 32 0 0 27 0 0 61 0 0 70 13 18.6 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.520801101 4 3 2.579559311 2 3 2 1 1 1 1 1 0.479198899 1 1 0.420440689 3 NA NA 2 1 NA NA 1 0.520801101 NA NA 0.579559311 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.051960468 1.051960468 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 4.44E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 102549197 C A C12orf48 CCDS9090.1 r.? - - intronic 28 0 0 30 0 0 21 0 0 60 0 0 40 5 12.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.520801101 4 3 2.579559311 2 3 2 1 1 1 1 1 0.479198899 1 1 0.420440689 3 NA NA 2 1 NA NA 1 0.520801101 NA NA 0.579559311 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.70696268 0.70696268 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.00000178 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 103112606 G A - - - - - - 43 0 0 40 3 7.5 22 1 4.5 73 2 2.7 42 10 23.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.520801101 4 3 2.579559311 2 3 2 1 1 1 1 1 0.479198899 1 1 0.420440689 3 NA NA 2 1 NA NA 1 0.520801101 NA NA 0.579559311 0.828345797 0.828345797 1 0.573870968 0.573870968 1 0.488538462 0.488538462 1 1.346056944 1.346056944 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.001075403 1 0.104413009 1 0.052016623 1 1.24E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 103186644 C T - - - - - - 38 0 0 41 0 0 21 0 0 78 0 0 55 7 12.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.520801101 4 3 2.579559311 2 3 2 1 1 1 1 1 0.479198899 1 1 0.420440689 3 NA NA 2 1 NA NA 1 0.520801101 NA NA 0.579559311 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.718274083 0.718274083 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.28E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 105163396 A G - - - - - - 32 0 0 40 2 5 18 2 11.1 56 1 1.8 47 12 25.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.520801101 4 3 2.579559311 2 3 2 1 1 1 1 1 0.479198899 1 1 0.420440689 3 NA NA 2 1 NA NA 1 0.520801101 NA NA 0.579559311 0.552230531 0.552230531 1 1.415548387 1.415548387 1 0.325692308 0.325692308 1 1.442203868 1.442203868 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.017193422 1 0.003626632 1 0.244746891 1 1.09E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 105372600 G A ENSG00000179821 ENST00000312876 r.? - - upstream 26 0 0 42 4 9.5 22 2 9.1 57 0 0 51 11 21.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.520801101 4 3 2.579559311 2 3 2 1 1 1 1 1 0.479198899 1 1 0.420440689 3 NA NA 2 1 NA NA 1 0.520801101 NA NA 0.579559311 1.049238009 1.049238009 1 1.160494624 1.160494624 1 0 0 1 1.221631512 1.221631512 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 0.0000601 1 0.005403392 1 1 1 1.94E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 106246711 A T - - - - - - 26 0 0 39 3 7.7 19 0 0 91 3 3.3 56 8 14.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.520801101 4 3 2.579559311 2 3 2 1 1 1 1 1 0.479198899 1 1 0.420440689 3 NA NA 2 1 NA NA 1 0.520801101 NA NA 0.579559311 0.850435018 0.850435018 1 0 0 1 0.597102564 0.597102564 1 0.808765306 0.808765306 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000998458 1 1 1 0.010951005 1 4.48E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 106246713 T A - - - - - - 28 0 0 38 3 7.9 20 0 0 90 3 3.3 58 8 13.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.520801101 4 3 2.579559311 2 3 2 1 1 1 1 1 0.479198899 1 1 0.420440689 3 NA NA 2 1 NA NA 1 0.520801101 NA NA 0.579559311 0.872524239 0.872524239 1 0 0 1 0.597102564 0.597102564 1 0.780486799 0.780486799 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000925091 1 1 1 0.01062894 1 5.99E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 106980988 C G RFX4 CCDS9106.1 r.? - - intronic 24 0 0 16 2 12.5 9 1 11.1 6 2 33.3 54 9 16.7 50 0 0 51 0 0 6 0 0 64 4 6.2 36 3 8.3 TRUE TRUE 3.520801101 4 3 2.579559311 2 3 2 1 1 1 1 1 0.479198899 1 1 0.420440689 3 NA NA 2 1 NA NA 1 0.520801101 NA NA 0.579559311 1.380576328 1.380576328 1 1.415548387 1.415548387 1 6.025307692 3.012653846 2 0.944502141 0.944502141 1 0 0 1 0 0 1 1.12182906 1.12182906 1 0.46942322 0.46942322 1 8 4 1 1 0.002863359 1 0.044110422 1 0.000370028 0.000312605 8.48E-12 0.000788827 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 108677410 T C CMKLR1 CCDS44965.1 r.? - - downstream 35 0 0 31 0 0 21 0 0 43 0 0 50 10 20 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.520801101 4 3 2.579559311 2 3 2 1 1 1 1 1 0.479198899 1 1 0.420440689 3 NA NA 2 1 NA NA 1 0.520801101 NA NA 0.579559311 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.131140289 1.131140289 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 8.36E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 109811810 C T - - - - - - 27 0 0 43 0 0 21 0 0 56 0 0 50 13 26 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.520801101 4 3 2.579559311 2 3 2 1 1 1 1 1 0.479198899 1 1 0.420440689 3 NA NA 2 1 NA NA 1 0.520801101 NA NA 0.579559311 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.470482375 1.470482375 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 3.65E-19 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 110974693 C T PPTC7 CCDS9149.1 r.1292g>a c.? p.? 3'UTR variant 37 0 0 41 4 9.8 23 1 4.3 72 2 2.8 37 6 16.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.520801101 4 3 2.579559311 2 3 2 1 1 1 1 1 0.479198899 1 1 0.420440689 3 NA NA 2 1 NA NA 1 0.520801101 NA NA 0.579559311 1.082371841 1.082371841 1 0.548365591 0.548365591 1 0.506632479 0.506632479 1 0.916223634 0.916223634 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.0000546 1 0.108890944 1 0.050755634 1 3.18E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 111220648 C A - - - - - - 27 0 0 43 0 0 21 1 4.8 43 3 7 53 8 15.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.520801101 4 3 2.579559311 2 3 2 1 1 1 1 1 0.479198899 1 1 0.420440689 3 NA NA 2 1 NA NA 1 0.520801101 NA NA 0.579559311 0 0 1 0.612129032 0.612129032 1 1.266581197 1.266581197 1 0.854010918 0.854010918 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 1 1 0.099912572 1 0.001328364 1 2.83E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 112176761 C A ACAD10 CCDS44973.1 r.? - - intronic 27 0 0 25 2 8 11 1 9.1 34 1 2.9 52 11 21.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.520801101 4 3 2.579559311 2 3 2 1 1 1 1 1 0.479198899 1 1 0.420440689 3 NA NA 2 1 NA NA 1 0.520801101 NA NA 0.579559311 0.88356885 0.88356885 1 1.160494624 1.160494624 1 0.524726496 0.524726496 1 1.199008706 1.199008706 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.006948068 1 0.05364542 1 0.156694864 1 2.44E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 113687488 G A TPCN1 CCDS31908.1 r.? - - intronic 46 0 0 30 0 0 21 0 0 48 0 0 60 6 10 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.520801101 4 3 2.579559311 2 3 2 1 1 1 1 1 0.479198899 1 1 0.420440689 3 NA NA 2 1 NA NA 1 0.520801101 NA NA 0.579559311 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.565570144 0.565570144 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000000621 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 114611853 C T - - - - - - 30 0 0 33 0 0 25 0 0 49 0 0 34 10 29.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.520801101 4 3 2.579559311 2 3 2 1 1 1 1 1 0.479198899 1 1 0.420440689 3 NA NA 2 1 NA NA 1 0.520801101 NA NA 0.579559311 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.662776224 1.662776224 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.15E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 114760712 T C - - - - - - 39 0 0 44 0 0 22 0 0 55 0 0 31 10 32.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.520801101 4 3 2.579559311 2 3 2 1 1 1 1 1 0.479198899 1 1 0.420440689 3 NA NA 2 1 NA NA 1 0.520801101 NA NA 0.579559311 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.826791566 1.156519767 1.579559311 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 3.94E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 116753024 C T - - - - - - 34 0 0 47 4 8.5 26 2 7.7 48 0 0 46 9 19.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.520801101 4 3 3 2 3 2 2 1 1 1 1 0.479198899 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.520801101 NA NA NA 0.938791903 0.938791903 1 0.981956989 0.981956989 1 0 0 1 1.190923858 1.190923858 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 0.0000939 1 0.007502227 1 1 1 1.82E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 117313516 T A HRK CCDS9181.1 r.? - - intronic 22 0 0 38 0 0 28 0 0 46 0 0 52 4 7.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.520801101 4 3 3 2 3 2 2 1 1 1 1 0.479198899 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.520801101 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.467862944 0.467862944 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000139698 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 117483074 C T TESC CCDS9183.2 r.? - - intronic 23 0 0 28 3 10.7 15 1 6.7 7 0 0 38 8 21.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.520801101 4 3 3 2 3 2 2 1 1 1 1 0.479198899 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.520801101 NA NA NA 1.181773337 1.181773337 1 0.854430108 0.854430108 1 0 0 1 1.28206599 1.28206599 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000372895 1 0.072431031 1 1 1 1.67E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 118448317 A C - - - - - - 28 0 0 25 0 0 17 0 0 32 0 0 41 9 22 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.520801101 4 3 3 2 3 2 2 1 1 1 1 0.479198899 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.520801101 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.336751269 1.336751269 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 5.92E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 121019269 A T RNF10 CCDS9201.1 r.? - - downstream 30 0 0 35 2 5.7 19 2 10.5 22 2 9.1 52 7 13.5 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 2 1 50 TRUE FALSE 3.520801101 4 3 3 2 3 2 2 1 1 1 1 0.479198899 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.520801101 NA NA NA 0.629542806 0.629542806 1 1.339032258 1.339032258 1 1.646555556 1.646555556 1 0.820279188 0.820279188 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 3.038071066 3.038071066 1 8 NA 1 1 0.013332991 1 0.004039874 1 0.005403392 1 8.58E-09 0.009975 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 123849061 G C - - - - - - 36 0 0 3 1 33.3 3 1 33.3 5 1 20 46 6 13 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.520801101 4 3 3 2 3 2 2 1 1 1 1 0.479198899 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.520801101 NA NA NA 3.677855338 3.677855338 1 4.246645161 4.246645161 1 3.618803419 3.618803419 1 0.789898477 0.789898477 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.014925125 1 0.014925125 1 0.024751247 1 0.000000123 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 124149305 G T GTF2H3 CCDS9252.1 r.? - - downstream 34 0 0 53 0 0 25 0 0 41 0 0 59 10 16.9 2 0 0 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.520801101 4 3 3 2 3 2 2 1 1 1 1 0.479198899 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.520801101 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.02686802 1.02686802 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 4.91E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 125816253 T A TMEM132B CCDS41859.1 r.? - - intronic 25 0 0 39 0 0 22 0 0 27 0 0 52 14 26.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.520801101 4 3 3 2 3 2 2 1 1 1 1 0.479198899 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.520801101 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.634482234 0.817241117 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 9.04E-21 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 126069916 C T TMEM132B CCDS41859.1 r.? - - intronic 37 0 0 38 2 5.3 19 3 15.8 66 4 6.1 68 7 10.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.520801101 4 3 3 2 3 2 2 1 1 1 1 0.479198899 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.520801101 NA NA NA 0.585364363 0.585364363 1 2.014924731 2.014924731 1 1.103735043 1.103735043 1 0.62584264 0.62584264 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.015598339 1 0.000114071 1 0.000351793 1 0.000000058 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 126238147 G A - - - - - - 34 0 0 37 0 0 24 0 0 37 0 0 63 13 20.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.520801101 4 3 3 2 3 2 2 1 1 1 1 0.479198899 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.520801101 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.251685279 1.251685279 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.01E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 126852733 A T - - - - - - 40 0 0 44 0 0 20 0 0 64 0 0 59 10 16.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.520801101 4 3 3 2 3 2 2 1 1 1 1 0.479198899 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.520801101 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.02686802 1.02686802 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 4.91E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 127069172 T A - - - - - - 21 0 0 21 0 0 32 1 3.1 74 1 1.4 38 6 15.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.520801101 4 3 3 2 3 2 2 1 1 1 1 0.479198899 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.520801101 NA NA NA 0 0 1 0.395333333 0.395333333 1 0.253316239 0.253316239 1 0.960030457 0.960030457 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 1 1 0.14819814 1 0.309906439 1 3.76E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 127630753 G A - - - - - - 32 0 0 7 0 0 1 0 0 1 0 0 67 18 26.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.520801101 4 3 3 2 3 2 2 1 1 1 1 0.479198899 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.520801101 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.634482234 0.817241117 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.83E-26 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 127957672 C A - - - - - - 36 0 0 36 0 0 35 0 0 67 0 0 57 11 19.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.520801101 4 3 3 2 3 2 2 1 1 1 1 0.479198899 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.520801101 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.172695431 1.172695431 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 7.29E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 128296526 G T - - - - - - 36 0 0 33 2 6.1 30 1 3.3 60 3 5 49 6 12.2 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.520801101 4 3 3 2 3 2 2 1 1 1 1 0.479198899 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.520801101 NA NA NA 0.673721248 0.673721248 1 0.42083871 0.42083871 1 0.904700855 0.904700855 1 0.74128934 0.74128934 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.011909843 1 0.139615808 1 0.003458198 1 0.000000182 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 128502771 G T - - - - - - 40 0 0 18 2 11.1 20 1 5 40 2 5 66 13 19.7 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.520801101 4 3 3 2 3 2 2 1 1 1 1 0.479198899 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.520801101 NA NA NA 1.225951779 1.225951779 1 0.637634409 0.637634409 1 0.904700855 0.904700855 1 1.197 1.197 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.003626632 1 0.09538952 1 0.017193422 1 1.95E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 128790736 C A - - - - - - 31 0 0 40 4 10 20 2 10 43 3 7 54 8 14.8 197 0 0 420 65 15.5 78 3 3.8 306 23 7.5 352 53 15.1 TRUE TRUE 3.520801101 4 3 4 2 3 2 3 1 1 1 1 0.479198899 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.520801101 NA NA NA 1.104461062 1.104461062 1 1.275268817 1.275268817 1 1.266581197 1.266581197 1 1.047269036 1.047269036 1 1.711914647 1.125666365 1.520801101 0.484602151 0.484602151 1 1.357051282 1.357051282 1 1.068497462 1.068497462 1 8 12 1 1 0.0000495 9.93E-74 0.004473894 0.007193566 0.001328364 7.54E-20 3.31E-10 8.93E-60 YES 1_1 1_1 1_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b 12 129161404 G A TMEM132C CCDS45009.1 r.? - - intronic 37 0 0 33 2 6.1 23 1 4.3 86 0 0 58 6 10.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 TRUE FALSE 3.520801101 4 3 4 2 3 2 3 1 1 1 1 0.479198899 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.520801101 NA NA NA 0.673721248 0.673721248 1 0.548365591 0.548365591 1 0 0 1 0.72884264 0.72884264 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 0 0 1 6 NA 1 1 0.011909843 1 0.108890944 1 1 1 0.000000506 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 129296535 C G SLC15A4 CCDS9264.1 r.? - - intronic 40 0 0 27 2 7.4 17 0 0 38 2 5.3 57 8 14 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.520801101 4 3 4 2 3 2 3 1 1 1 1 0.479198899 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.520801101 NA NA NA 0.817301186 0.817301186 1 0 0 1 0.958982906 0.958982906 1 0.990659898 0.990659898 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.00807567 1 1 1 0.015598339 1 5.19E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 129571504 G T TMEM132D CCDS9266.1 r.? - - intronic 34 0 0 35 0 0 17 0 0 71 0 0 77 12 15.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.520801101 4 3 4 2 3 2 3 1 1 1 1 0.479198899 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.520801101 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.103878173 1.103878173 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 6.64E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 130829858 C T PIWIL1 CCDS9268.1 r.? - - intronic 44 0 0 42 0 0 17 0 0 92 0 0 62 17 27.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.520801101 4 3 4 2 3 2 3 1 1 1 1 0.479198899 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.520801101 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.938862944 0.969431472 2 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 4.56E-25 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 132256530 G C SFRS8 CCDS9273.1 r.? - - intronic 23 0 0 42 0 0 27 0 0 45 0 0 64 7 10.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.520801101 4 3 2.494869248 2 3 2 1 1 1 1 1 0.479198899 1 1 0.505130752 3 NA NA 2 1 NA NA 1 0.520801101 NA NA 0.494869248 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.60724024 0.60724024 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 3.78E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 12 132812843 C A GALNT9 CCDS41866.1 r.? - - intronic 9 0 0 4 0 0 3 0 0 3 0 0 13 3 23.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.520801101 4 3 2.494869248 2 3 2 1 1 1 1 1 0.479198899 1 1 0.505130752 3 NA NA 2 1 NA NA 1 0.520801101 NA NA 0.494869248 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.286903629 1.286903629 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.0000344 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 19277352 C T - - - - - - 28 0 0 44 4 9.1 33 6 18.2 83 4 4.8 66 9 13.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 3 2 2 2 2 1 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.866666667 0.866666667 1 1.956989247 1.956989247 1 0.868512821 0.868512821 1 0.69035533 0.69035533 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.0000723 1 1.54E-08 1 0.000838577 1 5.59E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 20451303 G C - - - - - - 28 0 0 32 0 0 17 0 0 22 0 0 41 13 31.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 3 2 2 2 2 1 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.609137056 1.609137056 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.89E-20 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 21116899 G A - - - - - - 25 0 0 26 3 11.5 32 3 9.4 29 2 6.9 41 10 24.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 3 2 2 2 2 1 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.095238095 1.095238095 1 1.010752688 1.010752688 1 1.248487179 1.248487179 1 1.23857868 1.23857868 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000298167 1 0.000556213 1 0.009279585 1 9.51E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 22570990 A G - - - - - - 40 0 0 33 0 0 25 0 0 26 0 0 39 11 28.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 3 2 2 2 2 1 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 1.431472081 1.431472081 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 7.2E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 24162714 C A TNFRSF19 CCDS9301.1 r.? - - intronic 38 0 0 34 0 0 14 0 0 70 0 0 50 12 24 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 3 2 2 2 2 1 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.218274112 1.218274112 1 NA NA 0 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.49E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 25847198 C T MTMR6 CCDS9313.1 r.? - - intronic 34 0 0 25 0 0 17 0 0 68 1 1.5 57 21 36.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 3 2 2 2 2 1 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.271410256 0.271410256 1 1.868020305 1.868020305 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.288836448 1 8.56E-34 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 25935263 C G - - - - - - 31 0 0 31 0 0 23 0 0 56 0 0 35 4 11.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 3 2 2 2 2 1 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.578680203 0.578680203 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.0000289 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 27919770 C T - - - - - - 36 0 0 34 0 0 20 0 0 54 3 5.6 53 7 13.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 3 2 2 2 2 1 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.013264957 1.013264957 1 0.670050761 0.670050761 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 2 NA 1 1 1 1 1 1 0.00256299 1 9.85E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 28196204 G A LNX2 CCDS9323.1 r.? - - upstream 28 0 0 3 0 0 2 0 0 7 0 0 35 8 22.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 3 2 2 2 2 1 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.162436548 1.162436548 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 8.15E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 28509863 G T - - - - - - 19 0 0 20 0 0 10 0 0 29 1 3.4 32 9 28.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 3 2 2 2 2 1 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.615196581 0.615196581 1 1.426395939 1.426395939 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 1 1 1 1 0.135292269 1 4.94E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 28916112 C T FLT1 CCDS9330.1 r.? - - intronic 31 0 0 43 1 2.3 23 0 0 42 3 7.1 73 9 12.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 6 4.744409373 4 4 5 3 0 0 1 1 1 1 1 0.255590627 NA NA NA 4 NA NA NA 1 NA NA NA 0.744409373 0.265047619 0.265047619 1 0 0 1 1.497675214 1.497675214 1 0.961927835 0.961927835 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.193893409 1 1 1 0.001240292 1 1.42E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 29317881 C G - - - - - - 32 0 0 45 2 4.4 17 1 5.9 46 1 2.2 76 6 7.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 6 4.744409373 4 4 5 3 0 0 1 1 1 1 1 0.255590627 NA NA NA 4 NA NA NA 1 NA NA NA 0.744409373 0.507047619 0.507047619 1 0.752408602 NA 0 0.464068376 0.464068376 1 0.617823569 0.617823569 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.021467209 1 0.081683532 1 0.205924651 1 0.00000253 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 29374478 C G - - - - - - 38 0 0 53 4 7.5 23 0 0 61 1 1.6 72 6 8.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 6 4.744409373 4 4 5 3 0 0 1 1 1 1 1 0.255590627 NA NA NA 4 NA NA NA 1 NA NA NA 0.744409373 0.864285714 0.864285714 1 0 0 1 0.337504274 0.337504274 1 0.649105775 0.649105775 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000150502 1 1 1 0.263440347 1 0.00000184 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 29696172 G T MTUS2 CCDS45022.1 r.? - - intronic 37 0 0 47 0 0 24 0 0 68 1 1.5 77 10 13 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 6 4.744409373 4 4 5 3 0 0 1 1 1 1 1 0.255590627 NA NA NA 4 NA NA NA 1 NA NA NA 0.744409373 0 NA 0 0 0 1 0.316410256 0.316410256 1 1.016671696 1.016671696 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.288836448 1 7.9E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 29859713 A G MTUS2 CCDS45022.1 r.? - - intronic 33 0 0 39 0 0 29 0 0 96 0 0 88 9 10.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 6 4.744409373 4 4 5 3 0 0 1 1 1 1 1 0.255590627 NA NA NA 4 NA NA NA 1 NA NA NA 0.744409373 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.797696254 0.797696254 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 7.82E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 30203640 C G - - - - - - 36 0 0 41 0 0 15 0 0 61 0 0 67 6 9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 6 4.744409373 4 4 5 3 0 0 1 1 1 1 1 0.255590627 NA NA NA 4 NA NA NA 1 NA NA NA 0.744409373 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 0.703849635 0.703849635 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.0000012 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 30389481 C A UBL3 CCDS9334.1 r.? - - intronic 35 0 0 49 4 8.2 36 2 5.6 79 3 3.8 63 11 17.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 6 4.744409373 4 4 5 3 0 0 1 1 1 1 1 0.255590627 NA NA NA 4 NA NA NA 1 NA NA NA 0.744409373 0.944952381 0.944952381 1 0.714150538 0.714150538 1 0.80157265 0.80157265 1 1.368596513 1.368596513 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000110643 1 0.014070883 1 0.007450026 1 2.37E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 30421470 T A UBL3 CCDS9334.1 r.? - - intronic 46 0 0 39 0 0 24 0 0 85 0 0 57 11 19.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 6 4.744409373 4 4 5 3 0 0 1 1 1 1 1 0.255590627 NA NA NA 4 NA NA NA 1 NA NA NA 0.744409373 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 1.50936644 1.50936644 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 7.29E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 35754735 T G NBEA CCDS45026.1 r.? - - intronic 36 0 0 29 0 0 17 0 0 54 0 0 56 10 17.9 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 5 2 2 2 3 1 0 0 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.908629442 0.908629442 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.82E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 35976274 C T NBEA CCDS45026.1 r.? - - intronic 38 0 0 29 0 0 20 0 0 64 3 4.7 39 8 20.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 5 2 2 2 3 1 0 0 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0.944418803 0.944418803 1 1.040609137 1.040609137 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.004148608 1 2.09E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 37180170 T C - - - - - - 25 0 0 25 0 0 17 0 0 56 4 7.1 33 5 15.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 5 2 2 2 3 1 0 0 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 1.426675214 1.426675214 1 0.771573604 0.771573604 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000186538 1 0.00000066 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 37679042 C T CSNK1A1L CCDS9363.1 r.760g>a c.352G>A p.D118N missense 33 0 0 31 3 9.7 15 3 20 54 0 0 43 13 30.2 336 0 0 599 42 7 136 1 0.7 589 5 0.8 408 114 27.9 TRUE FALSE 2 2 5 2 2 2 3 1 0 0 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.923809524 0.923809524 1 2.150537634 2.150537634 1 0 0 1 1.532994924 1.532994924 1 0.666666667 0.666666667 1 0.075268817 NA 0 0.160752137 0.160752137 1 1.416243655 1.416243655 1 6 NA 1 1 0.000505952 1.09E-33 0.0000544 0.494246402 1 0.175144492 3.88E-20 4.57E-160 YES 1_1 1_0 0_0 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b 13 37854215 G A - - - - - - 16 0 0 13 0 0 6 0 0 3 0 0 26 5 19.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 5 2 2 2 3 1 0 0 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.974619289 0.974619289 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000000188 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 38215335 G T TRPC4 CCDS45037.1 r.? - - intronic 44 0 0 32 0 0 17 0 0 64 3 4.7 37 6 16.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 5 2 2 2 3 1 0 0 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.944418803 0.944418803 1 0.822335025 0.822335025 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 2 NA 1 1 1 1 1 1 0.004148608 1 3.18E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 39745795 A G - - - - - - 33 0 0 30 0 0 14 0 0 78 0 0 44 9 20.5 3 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 5 2 2 2 3 1 0 0 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 1.040609137 1.040609137 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.18E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 40081591 G T LHFP CCDS9369.1 r.? - - intronic 48 0 0 33 0 0 23 1 4.3 73 0 0 53 11 20.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 5 2 2 2 3 1 0 0 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0.462365591 NA 0 0 0 1 1.055837563 1.055837563 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 0.108890944 1 1 1 3.07E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 42962550 G A - - - - - - 35 0 0 30 0 0 22 0 0 58 0 0 43 7 16.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 5 2 2 2 3 1 0 0 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.827411168 0.827411168 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.15E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 43823228 A T ENOX1 CCDS9389.1 r.? - - intronic 33 0 0 34 0 0 18 0 0 72 0 0 37 6 16.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 5 2 2 2 3 1 0 0 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.822335025 0.822335025 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 3.18E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 43823297 A C ENOX1 CCDS9389.1 r.? - - intronic 33 0 0 38 0 0 13 0 0 71 0 0 55 14 25.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 5 2 2 2 3 1 0 0 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 1.294416244 1.294416244 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.19E-20 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 44088578 C A ENOX1 CCDS9389.1 r.? - - intronic 37 0 0 39 0 0 18 0 0 68 1 1.5 48 8 16.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 5 2 2 2 3 1 0 0 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0.301410256 0.301410256 1 0.847715736 0.847715736 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.288836448 1 1.23E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 44140152 G A ENOX1 CCDS9389.1 r.? - - intronic 29 0 0 28 0 0 23 0 0 70 0 0 45 16 35.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 5 2 2 2 3 1 0 0 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.807106599 1.807106599 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 8.61E-26 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 45638018 C T - - - - - - 25 0 0 31 0 0 17 0 0 65 2 3.1 37 9 24.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 5 2 2 2 3 1 0 0 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.62291453 0.62291453 1 1.233502538 1.233502538 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 2 NA 1 1 1 1 1 1 0.042252341 1 2.14E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 47425072 G A HTR2A CCDS9405.1 r.? - - intronic 34 0 0 26 0 0 25 0 0 75 4 5.3 58 10 17.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 5 2 2 2 3 1 0 0 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.064982906 1.064982906 1 0.873096447 0.873096447 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 2 NA 1 1 1 1 1 1 0.000572493 1 4.1E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 48561938 G A SUCLA2 CCDS9406.1 r.? - - intronic 40 0 0 30 0 0 16 0 0 71 2 2.8 46 18 39.1 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 1 2 5 2 1 2 3 1 0 0 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0.562632479 0.562632479 1 1.984771574 1.984771574 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.04950591 1 9.41E-30 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 54573943 C G - - - - - - 34 0 0 33 0 0 17 0 0 69 0 0 48 13 27.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 1 3 5 2 1 2 3 1 0 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 1.375634518 1.375634518 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2E-19 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 56046534 C G - - - - - - 39 0 0 41 0 0 30 0 0 67 0 0 47 10 21.3 2 0 0 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 1 3 5 2 1 2 3 1 0 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 1.081218274 1.081218274 1 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 4.27E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 56638242 C A - - - - - - 28 0 0 34 0 0 17 0 0 51 0 0 29 9 31 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 1 3 5 2 1 2 3 1 0 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 1.573604061 1.573604061 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.79E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 57121696 C T - - - - - - 33 0 0 33 0 0 21 0 0 46 0 0 38 8 21.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 1 3 5 2 1 2 3 1 0 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 1.07106599 1.07106599 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.67E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 57219243 G A - - - - - - 36 0 0 34 0 0 15 0 0 61 0 0 57 11 19.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 1 3 5 2 1 2 3 1 0 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 0.979695431 0.979695431 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 7.29E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 57336013 A T - - - - - - 38 0 0 37 0 0 26 0 0 73 0 0 50 8 16 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 FALSE FALSE 1 3 5 2 1 2 3 1 0 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 0.812182741 0.812182741 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 0 0 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.74E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 57818151 C T - - - - - - 32 0 0 24 0 0 19 0 0 68 0 0 51 8 15.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 1 3 5 2 1 2 3 1 0 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 0.796954315 0.796954315 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.05E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 58584521 C T - - - - - - 29 0 0 27 0 0 17 0 0 55 0 0 52 12 23.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 1 3 5 2 1 2 3 1 0 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 1.172588832 1.172588832 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 4.19E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 58590179 A C - - - - - - 29 0 0 36 0 0 21 0 0 50 0 0 46 12 26.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 1 3 5 2 1 2 3 1 0 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 1.324873096 1.324873096 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 8.12E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 58822259 G T - - - - - - 41 0 0 39 1 2.6 27 2 7.4 49 2 4.1 43 10 23.3 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 1 3 5 2 1 2 3 1 0 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.221619048 NA 0 0.869698925 0.869698925 1 0.823854701 0.823854701 1 1.182741117 1.182741117 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.177567718 1 0.00807567 1 0.025168485 1 1.61E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 59068409 T C - - - - - - 28 0 0 39 3 7.7 24 1 4.2 37 1 2.7 42 7 16.7 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 1 3 5 2 1 2 3 1 0 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.656333333 0.656333333 1 0.493612903 NA 0 0.542538462 0.542538462 1 0.847715736 0.847715736 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.000998458 1 0.113346489 1 0.169281299 1 1.81E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 59599439 T C - - - - - - 41 0 0 35 0 0 32 0 0 19 0 0 53 12 22.6 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA FALSE FALSE 1 3 5 2 1 2 3 1 0 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 1.147208122 1.147208122 1 NA NA 0 NA NA 0 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 5.39E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 61662682 C T - - - - - - 33 0 0 31 0 0 19 0 0 72 0 0 41 11 26.8 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 1 3 5 2 1 2 3 1 0 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 1.360406091 1.360406091 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.34E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 61832136 G C - - - - - - 41 0 0 52 2 3.8 22 1 4.5 60 0 0 44 8 18.2 4 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 3 5 2 1 2 3 1 0 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.323904762 0.323904762 1 0.528870968 0.528870968 1 0 0 1 0.923857868 0.923857868 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.028101652 1 0.104413009 1 1 1 5.9E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 61844813 C A - - - - - - 40 0 0 48 2 4.2 23 3 13 87 2 2.3 54 13 24.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 3 5 2 1 2 3 1 0 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.358 0.358 1 1.527849462 1.527849462 1 0.462162393 0.462162393 1 1.223350254 1.223350254 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.024220359 1 0.000205387 1 0.070774795 1 1.12E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 62067152 G A - - - - - - 35 0 0 23 0 0 20 2 10 53 4 7.5 50 8 16 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 1 3 5 2 1 2 3 1 0 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 1.175268817 1.175268817 1 1.507051282 1.507051282 1 0.812182741 0.812182741 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 0.004473894 1 0.000150502 1 1.74E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 63230435 C T - - - - - - 28 0 0 30 3 10 19 3 15.8 24 1 4.2 40 8 20 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 3 5 2 1 2 3 1 0 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.852380952 0.852380952 1 1.856924731 1.856924731 1 0.843948718 0.843948718 1 1.015228426 1.015228426 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000458697 1 0.000114071 1 0.113346489 1 2.61E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 64022920 C T - - - - - - 49 0 0 30 0 0 14 0 0 73 0 0 55 10 18.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 1 3 5 2 1 2 3 1 0 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 0.923857868 0.923857868 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.33E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 64413515 C G - - - - - - 18 0 0 11 2 18.2 9 0 0 21 0 0 29 12 41.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 3 5 2 1 2 3 1 0 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.551333333 1.551333333 1 0 0 1 0 0 1 2.101522843 2.101522843 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.001334363 1 1 1 1 1 1.17E-20 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 64454915 G A - - - - - - 40 0 0 27 4 14.8 21 1 4.8 56 1 1.8 53 12 22.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 3 5 2 1 2 3 1 0 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.26152381 1.26152381 1 0.564129032 0.564129032 1 0.361692308 0.361692308 1 1.147208122 1.147208122 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.00001 1 0.099912572 1 0.244746891 1 5.39E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 65189363 T C - - - - - - 18 0 0 35 2 5.7 8 1 12.5 60 0 0 38 5 13.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 3 5 2 1 2 3 1 0 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.485857143 0.485857143 1 1.469086022 1.469086022 1 0 0 1 0.670050761 0.670050761 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.013332991 1 0.039306956 1 1 1 0.00000137 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 65545323 G T - - - - - - 28 0 0 38 3 7.9 17 1 5.9 54 4 7.4 45 9 20 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 3 5 2 1 2 3 1 0 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.673380952 0.673380952 1 0.693408602 0.693408602 1 1.486957265 1.486957265 1 1.015228426 1.015228426 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000925091 1 0.081683532 1 0.000161898 1 1.47E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 65919772 A C - - - - - - 35 0 0 37 1 2.7 13 2 15.4 79 0 0 35 10 28.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 1 3 5 2 1 2 3 1 0 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.230142857 NA 0 1.809913978 1.809913978 1 0 0 1 1.45177665 1.45177665 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.169281299 1 0.001879825 1 1 1 1.6E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 66109274 C T - - - - - - 35 0 0 28 0 0 22 0 0 81 0 0 27 6 22.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 1 3 5 2 1 2 3 1 0 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 1.126903553 1.126903553 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 4.23E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 66164368 C T - - - - - - 45 0 0 31 3 9.7 19 2 10.5 54 2 3.7 57 11 19.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 3 5 2 1 2 3 1 0 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.826809524 0.826809524 1 1.234032258 1.234032258 1 0.743478632 0.743478632 1 0.979695431 0.979695431 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000505952 1 0.004039874 1 0.030129377 1 7.29E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 66589446 G T - - - - - - 23 0 0 31 0 0 24 0 0 66 0 0 39 6 15.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 1 3 5 2 1 2 3 1 0 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 0.781725888 0.781725888 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 4.43E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 67797161 T C PCDH9 CCDS9443.1 r.? - - intronic 43 0 0 35 0 0 18 0 0 66 0 0 47 8 17 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 1 3 5 2 1 2 3 1 0 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 0.862944162 0.862944162 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.03E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 68328147 C A - - - - - - 38 0 0 38 0 0 28 0 0 66 0 0 43 5 11.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 1 3 5 2 1 2 3 1 0 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 0.588832487 0.588832487 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.00000257 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 68436526 G T - - - - - - 29 0 0 36 0 0 19 0 0 57 0 0 38 9 23.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 1 3 5 2 1 2 3 1 0 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 1.203045685 1.203045685 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.79E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 68883580 T C - - - - - - 26 0 0 38 1 2.6 18 0 0 60 4 6.7 36 8 22.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 1 3 5 2 1 2 3 1 0 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.221619048 NA 0 0 0 1 1.346299145 1.346299145 1 1.126903553 1.126903553 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.173434892 1 1 1 0.000243755 1 1.04E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 72910901 G T - - - - - - 38 0 0 32 2 6.2 16 1 6.2 59 2 3.4 42 10 23.8 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 1 3 5 2 1 2 3 1 0 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.52847619 0.52847619 1 0.728666667 NA 0 0.683196581 0.683196581 1 1.208121827 1.208121827 1 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.011224977 1 0.077068876 1 0.035441897 1 1.24E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 73228899 G A - - - - - - 35 0 0 33 1 3 22 2 9.1 41 0 0 42 12 28.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 1 3 5 2 1 2 3 1 0 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.255714286 NA 0 1.069494624 1.069494624 1 0 0 1 1.45177665 1.45177665 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.15245715 1 0.005403392 1 1 1 2.35E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 74182133 G C - - - - - - 22 0 0 32 0 0 20 0 0 68 0 0 56 11 19.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 1 3 5 2 1 2 3 1 0 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 0.994923858 0.994923858 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 5.91E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 74273819 C T KLF12 CCDS9449.1 r.? - - intronic 44 0 0 41 0 0 24 0 0 63 0 0 60 8 13.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 FALSE FALSE 1 3 5 2 1 2 3 1 0 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 0.675126904 0.675126904 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 7.93E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 74278859 C T KLF12 CCDS9449.1 r.? - - intronic 26 0 0 28 0 0 22 0 0 71 0 0 37 8 21.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 1 3 5 2 1 2 3 1 0 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 1.096446701 1.096446701 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.33E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 76847117 A G - - - - - - 34 0 0 36 0 0 26 0 0 58 0 0 42 5 11.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 1 3 5 2 1 2 3 1 0 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 0.604060914 0.604060914 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.00000228 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 77487166 G C - - - - - - 26 0 0 37 3 8.1 14 1 7.1 71 1 1.4 37 5 13.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 3 5 2 1 2 3 1 0 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.690428571 0.690428571 1 0.83444086 0.83444086 1 0.281316239 0.281316239 1 0.685279188 0.685279188 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000855237 1 0.067769881 1 0.299450652 1 0.00000119 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 79224441 C T RNF219 CCDS31997.1 r.? - - intronic 37 0 0 39 3 7.7 17 1 5.9 65 6 9.2 40 9 22.5 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 1 3 5 2 1 2 3 1 0 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.656333333 0.656333333 1 0.693408602 NA 0 1.848649573 1.848649573 1 1.14213198 1.14213198 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.000998458 1 0.081683532 1 0.000001 1 4.64E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 79378350 T C - - - - - - 40 0 0 29 1 3.4 18 1 5.6 50 0 0 40 7 17.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 1 3 5 2 1 2 3 1 0 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.289809524 NA 0 0.658150538 NA 0 0 0 1 0.888324873 0.888324873 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.135292269 1 0.086275114 1 1 1 1.26E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 80140382 A G - - - - - - 48 0 0 38 3 7.9 20 3 15 63 2 3.2 39 11 28.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 3 5 2 1 2 3 1 0 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.673380952 0.673380952 1 1.762903226 1.762903226 1 0.643008547 0.643008547 1 1.431472081 1.431472081 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000925091 1 0.0001337 1 0.03993132 1 7.2E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 82078727 T C - - - - - - 33 0 0 39 4 10.3 24 2 8.3 54 2 3.7 42 9 21.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 3 5 2 1 2 3 1 0 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.877952381 0.877952381 1 0.975473118 0.975473118 1 0.743478632 0.743478632 1 1.086294416 1.086294416 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.0000447 1 0.006413403 1 0.030129377 1 7.51E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 82283395 G C - - - - - - 37 0 0 39 2 5.1 27 3 11.1 76 0 0 50 12 24 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 3 5 2 1 2 3 1 0 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.434714286 0.434714286 1 1.304548387 1.304548387 1 0 0 1 1.218274112 1.218274112 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.016387522 1 0.000334187 1 1 1 2.49E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 82935261 A G - - - - - - 30 0 0 38 0 0 24 0 0 55 0 0 59 16 27.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 1 3 5 2 1 2 3 1 0 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 1.375634518 1.375634518 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.37E-23 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 83366072 A G - - - - - - 34 0 0 38 2 5.3 25 1 4 64 4 6.2 43 10 23.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 1 3 5 2 1 2 3 1 0 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.451761905 0.451761905 1 0.470107527 NA 0 1.24582906 1.24582906 1 1.182741117 1.182741117 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.015598339 1 0.117779757 1 0.000312605 1 1.61E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 84119391 T A - - - - - - 39 0 0 32 1 3.1 16 0 0 61 2 3.3 47 10 21.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 2 100 0 0 NA FALSE FALSE 1 3 5 2 1 2 3 1 0 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.264238095 NA 0 0 0 1 0.663102564 0.663102564 1 1.081218274 1.081218274 1 NA NA 0 NA NA 1 20.09401709 6.698005698 3 NA NA 1 NA NA 1 1 0.14819814 1 1 1 0.037660755 0.000025 4.27E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 84139017 G C - - - - - - 43 0 0 40 0 0 14 0 0 72 0 0 56 10 17.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 1 3 5 2 1 2 3 1 0 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 0.908629442 0.908629442 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.82E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 85252919 A T - - - - - - 38 0 0 25 0 0 16 0 0 63 0 0 40 10 25 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 1 3 5 2 1 2 3 1 0 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 1.269035533 1.269035533 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 7.22E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 85624481 C G - - - - - - 37 0 0 30 1 3.3 15 1 6.7 70 0 0 54 13 24.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 1 3 5 2 1 2 3 1 0 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.281285714 NA 0 0.787430108 0.787430108 1 0 0 1 1.223350254 1.223350254 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.139615808 1 0.072431031 1 1 1 1.12E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 87649371 G T - - - - - - 19 0 0 30 0 0 14 0 0 68 0 0 43 8 18.6 1 1 100 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 1 3 5 2 1 2 3 1 0 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 0.944162437 0.944162437 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 0.005 1 1 1 1 1 1 4.85E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 88189007 T G - - - - - - 27 0 0 38 2 5.3 21 2 9.5 63 0 0 39 7 17.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 3 5 2 1 2 3 1 0 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.451761905 0.451761905 1 1.116505376 1.116505376 1 0 0 1 0.908629442 0.908629442 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.015598339 1 0.004928472 1 1 1 1.04E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 88452135 C G - - - - - - 36 0 0 31 0 0 26 0 0 77 0 0 58 10 17.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 1 3 5 2 1 2 3 1 0 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 0.873096447 0.873096447 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 4.1E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 88932451 C T - - - - - - 39 0 0 26 0 0 32 0 0 63 0 0 45 9 20 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 1 3 5 2 1 2 3 1 0 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 1.015228426 1.015228426 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.47E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 89204551 A G - - - - - - 29 0 0 38 0 0 24 0 0 64 0 0 47 7 14.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 1 3 5 2 1 2 3 1 0 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 0.756345178 0.756345178 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 4.12E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 89510201 G T - - - - - - 33 0 0 38 2 5.3 12 2 16.7 67 0 0 40 6 15 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 3 5 2 1 2 3 1 0 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.451761905 0.451761905 1 1.962698925 1.962698925 1 0 0 1 0.76142132 0.76142132 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.015598339 1 0.001595918 1 1 1 5.18E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 89709167 G C - - - - - - 41 0 0 32 0 0 17 0 0 74 0 0 45 5 11.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 1 3 5 2 1 2 3 1 0 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 0.563451777 0.563451777 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.00000323 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 92529709 C A GPC5 CCDS9468.1 r.? - - intronic 34 0 0 33 2 6.1 18 0 0 44 3 6.8 37 9 24.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 3 5 2 1 2 3 1 0 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.519952381 0.519952381 1 0 0 1 1.366393162 1.366393162 1 1.233502538 1.233502538 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.011909843 1 1 1 0.00142027 1 2.14E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 92610398 C T GPC5 CCDS9468.1 r.? - - intronic 33 0 0 27 0 0 23 0 0 62 0 0 50 14 28 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 1 3 5 2 1 2 3 1 0 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 1.421319797 1.421319797 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 4.84E-21 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 92638692 C G GPC5 CCDS9468.1 r.? - - intronic 30 0 0 41 0 0 21 0 0 57 0 0 68 12 17.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 1 3 5 2 1 2 3 1 0 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 0.893401015 0.893401015 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.37E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 92729792 C G GPC5 CCDS9468.1 r.? - - intronic 42 0 0 31 1 3.2 20 2 10 47 2 4.3 51 16 31.4 4 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 1 3 5 2 1 2 3 1 0 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.272761905 NA 0 1.175268817 1.175268817 1 0.864042735 0.864042735 1 1.593908629 1.593908629 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.143917729 1 0.004473894 1 0.02328732 1 9.28E-25 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 92753438 T C GPC5 CCDS9468.1 r.? - - intronic 27 0 0 28 2 7.1 19 1 5.3 66 2 3 46 13 28.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 1 3 5 2 1 2 3 1 0 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.605190476 0.605190476 1 0.622892473 NA 0 0.602820513 0.602820513 1 1.436548223 1.436548223 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.008668191 1 0.090843738 1 0.043431387 1 1.07E-19 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 92756865 C A GPC5 CCDS9468.1 r.? - - intronic 36 0 0 31 0 0 29 0 0 66 0 0 34 7 20.6 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 1 3 5 2 1 2 3 1 0 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 1.045685279 1.045685279 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 3.73E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 92894994 A C GPC5 CCDS9468.1 r.? - - intronic 39 0 0 31 0 0 17 0 0 74 0 0 41 6 14.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 1 3 5 2 1 2 3 1 0 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 0.741116751 0.741116751 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 6.05E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 92914340 T C GPC5 CCDS9468.1 r.? - - intronic 39 0 0 33 0 0 22 0 0 73 0 0 41 11 26.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 1 3 5 2 1 2 3 1 0 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 1.360406091 1.360406091 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.34E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 94484050 A G GPC6 CCDS9469.1 r.? - - intronic 28 0 0 28 0 0 19 0 0 44 0 0 49 5 10.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6.497293661 6 8 5 5 5 6 4 1 1 2 1 0.502706339 1 1 1 6 NA NA NA 1 NA NA NA 0.497293661 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.823766497 0.823766497 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.00000496 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 94535430 A G GPC6 CCDS9469.1 r.? - - intronic 30 0 0 42 3 7.1 26 3 11.5 75 3 4 48 7 14.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6.497293661 6 8 5 5 5 6 4 1 1 2 1 0.502706339 1 1 1 6 NA NA NA 1 NA NA NA 0.497293661 NA NA NA 0.995498326 0.995498326 1 1.69655914 1.69655914 1 0.923760684 0.923760684 1 1.179116751 1.179116751 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.001240292 1 0.000298167 1 0.006456002 1 4.81E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 96010464 G A - - - - - - 27 0 0 48 0 0 32 0 0 97 0 0 69 7 10.1 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6.497293661 6 8 5 5 5 6 4 1 1 2 1 0.502706339 1 1 1 6 NA NA NA 1 NA NA NA 0.497293661 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.815690355 0.815690355 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 6.43E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 96321114 G A AL138955.4 ENST00000499499 r.? - - downstream 33 0 0 47 2 4.3 23 1 4.3 76 4 5.3 78 8 10.3 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6.497293661 6 8 5 5 5 6 4 1 1 2 1 0.502706339 1 1 1 6 NA NA NA 1 NA NA NA 0.497293661 NA NA NA 0.602907437 0.602907437 1 0.634365591 0.634365591 1 1.223982906 1.223982906 1 0.83184264 0.83184264 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.02328732 1 0.108890944 1 0.00060191 1 6.71E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 97078086 T C HS6ST3 CCDS9481.1 r.? - - intronic 25 0 0 61 0 0 22 0 0 80 0 0 66 9 13.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6.497293661 6 8 5 5 5 6 4 1 1 2 1 0.502706339 1 1 1 6 NA NA NA 1 NA NA NA 0.497293661 NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 1.09835533 1.09835533 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 5.59E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 97305250 C G HS6ST3 CCDS9481.1 r.? - - intronic 26 0 0 55 23 41.8 21 3 14.3 60 7 11.7 75 25 33.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6.497293661 NA 8 5 5 NA 6 4 1 NA 2 1 0.502706339 NA 1 1 6 NA NA NA 1 NA NA NA 0.497293661 NA NA NA 5.860821131 1.066128443 5.497293661 NA NA 1 2.702 0.900666667 3 2.68935533 0.896451777 3 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1.91E-38 1 0.000155401 1 2.39E-08 1 1.23E-38 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 99502644 C T DOCK9 CCDS45062.1 r.? - - intronic 42 0 0 37 0 0 23 0 0 73 0 0 50 12 24 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 1 2 2 2 1 1 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 1.218274112 1.218274112 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.49E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 100428291 G A CLYBL ENST00000376360 r.? - - intronic 33 0 0 26 1 3.8 14 1 7.1 19 0 0 47 8 17 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 1 2 2 2 1 1 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.399904762 0.399904762 1 0.83444086 0.83444086 1 0 NA 0 0.862944162 0.862944162 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.122190858 1 0.067769881 1 1 1 1.03E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 100516459 C T CLYBL ENST00000376360 r.? - - intronic 39 0 0 34 3 8.8 20 1 5 78 3 3.8 57 10 17.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 1 2 2 2 1 1 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.926095238 0.926095238 1 0.587634409 0.587634409 1 0.61157265 0.61157265 1 0.888324873 0.888324873 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000666058 1 0.09538952 1 0.007193566 1 3.4E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 102703724 C T FGF14 CCDS9500.1 r.? - - intronic 28 0 0 27 2 7.4 21 2 9.5 42 4 9.5 57 13 22.8 1 0 0 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 1 2 2 2 1 1 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.778761905 0.778761905 1 1.116505376 1.116505376 1 1.528931624 1.528931624 1 1.157360406 1.157360406 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.00807567 1 0.004928472 1 0.0000601 1 2.44E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 103199789 C A - - - - - - 33 0 0 35 1 2.9 19 0 0 49 0 0 49 7 14.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 1 2 2 2 1 1 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.305190476 0.305190476 1 0 0 1 0 NA 0 0.725888325 0.725888325 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.16091139 1 1 1 1 1 5.58E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 103481194 C A BIVM CCDS9505.1 r.? - - intronic 28 0 0 34 0 0 14 0 0 44 0 0 52 9 17.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 1 2 2 2 1 1 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 0.878172589 0.878172589 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 5.92E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 103685499 A T - - - - - - 30 0 0 37 1 2.7 22 0 0 45 0 0 47 12 25.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 1 2 2 2 1 1 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.284142857 0.284142857 1 0 0 1 0 NA 0 1.294416244 1.294416244 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.169281299 1 1 1 1 1 1.09E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 104495095 A T - - - - - - 32 0 0 34 0 0 15 0 0 78 0 0 54 6 11.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 1 2 2 2 1 1 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 0.563451777 0.563451777 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000000329 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 104536907 G A - - - - - - 36 0 0 30 2 6.7 22 3 13.6 80 4 5 45 8 17.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 1 2 2 2 1 1 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.705095238 0.705095238 1 1.598365591 1.598365591 1 0.804700855 0.804700855 1 0.903553299 0.903553299 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.009909649 1 0.000179267 1 0.000730349 1 7.14E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 105769886 A C - - - - - - 27 0 0 35 2 5.7 22 2 9.1 69 1 1.4 46 7 15.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 1 2 2 2 1 1 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.599857143 0.599857143 1 1.069494624 1.069494624 1 0.225316239 NA 0 0.771573604 0.771573604 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.013332991 1 0.005403392 1 0.292392265 1 3.53E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 108400535 G T FAM155A CCDS32006.1 r.? - - intronic 23 0 0 26 2 7.7 29 0 0 75 3 4 49 6 12.2 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 1 2 2 2 1 1 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.810333333 0.810333333 1 0 0 1 0.643760684 0.643760684 1 0.61928934 0.61928934 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.007502227 1 1 1 0.006456002 1 0.000000182 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 108443828 T A FAM155A CCDS32006.1 r.? - - intronic 35 0 0 27 0 0 26 0 0 78 0 0 48 11 22.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 1 2 2 2 1 1 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 1.162436548 1.162436548 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 9.31E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 108459470 A C FAM155A CCDS32006.1 r.? - - intronic 39 0 0 35 3 8.6 30 2 6.7 63 1 1.6 60 11 18.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 1 2 2 2 1 1 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.905047619 0.905047619 1 0.787430108 0.787430108 1 0.257504274 NA 0 0.92893401 0.92893401 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.000725791 1 0.009909649 1 0.27078753 1 1.34E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 108459492 A T FAM155A CCDS32006.1 r.? - - intronic 36 0 0 38 2 5.3 33 2 6.1 65 1 1.5 64 12 18.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 1 2 2 2 1 1 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.557761905 0.557761905 1 0.716913978 0.716913978 1 0.241410256 NA 0 0.954314721 0.954314721 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.015598339 1 0.011909843 1 0.278061424 1 6.3E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 109386266 G A MYO16 CCDS32008.1 r.? - - intronic 30 0 0 42 0 0 17 0 0 21 0 0 43 6 14 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 1 2 2 2 1 1 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 0.710659898 0.710659898 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 8.13E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 111763308 C A ARHGEF7 CCDS45068.1 r.? - - upstream 28 0 0 29 0 0 25 0 0 65 0 0 46 8 17.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 1 2 2 2 1 1 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 0.883248731 0.883248731 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 8.61E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 13 114309335 G A ATP4B CCDS9539.1 r.? - - intronic 25 0 0 28 2 7.1 11 1 9.1 5 0 0 47 10 21.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 1 2 2 2 1 1 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.747190476 0.747190476 1 1.069494624 1.069494624 1 0 NA 0 1.081218274 1.081218274 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.008668191 1 0.05364542 1 1 1 4.27E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 14 19096081 C G - - - - - - 65 0 0 70 4 5.7 45 2 4.4 132 0 0 137 10 7.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2.441693483 2.327209417 4 3 2 2 3 3 0 0 1 0 0.558306517 0.672790583 1 1 3 3 NA NA 0 0 NA NA 0.441693483 0.327209417 NA NA 0.568033671 0.568033671 1 0.487515494 0.487515494 1 0 0 1 0.443558376 0.443558376 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.000440508 1 0.021467209 1 1 1 2.51E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 14 19984823 G C ENSG00000187537 CCDS45076.1 r.? - - downstream 50 0 0 67 7 10.4 44 4 9.1 78 3 3.8 106 24 22.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2.441693483 2.327209417 4 3 2 2 3 3 0 0 1 0 0.558306517 0.672790583 1 1 3 3 NA NA 0 0 NA NA 0.441693483 0.327209417 NA NA 1.036412313 1.036412313 1 1.008270681 1.008270681 1 0.72557265 0.72557265 1 1.373208122 1.373208122 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 5.23E-08 1 0.0000723 1 0.007193566 1 1.56E-32 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 14 20156052 A G - - - - - - 8 0 0 14 3 21.4 5 2 40 17 3 17.6 36 7 19.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2.441693483 2.327209417 4 3 2 2 3 3 0 0 1 0 0.558306517 0.672790583 1 1 3 3 NA NA 0 0 NA NA 0.441693483 0.327209417 NA NA 2.132617643 2.132617643 1 4.431959036 4.431959036 1 3.360547009 1.120182336 3 1.178771574 1.178771574 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.0000437 1 0.000247509 1 0.0000807 1 5.74E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 14 20652090 A T - - - - - - 28 0 0 43 3 7 13 0 0 68 0 0 77 12 15.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2.441693483 2.327209417 4 3 2 2 3 3 0 0 1 0 0.558306517 0.672790583 1 1 3 3 NA NA 0 0 NA NA 0.441693483 0.327209417 NA NA 0.69758521 0.69758521 1 0 0 1 0 0 1 0.947878173 0.947878173 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.001328364 1 1 1 1 1 6.64E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 14 20729997 G T - - - - - - 30 0 0 36 2 5.6 23 2 8.7 78 3 3.8 53 9 17 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2.441693483 2.327209417 4 3 2 2 3 3 0 0 1 0 0.558306517 0.672790583 1 1 3 3 NA NA 0 0 NA NA 0.441693483 0.327209417 NA NA 0.558068168 0.558068168 1 0.96395109 0.96395109 1 0.72557265 0.72557265 1 1.032944162 1.032944162 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.014070883 1 0.00589844 1 0.007193566 1 7.1E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 14 23365387 G A RBM23 CCDS41921.1 r.? - - downstream 34 0 0 26 0 0 17 0 0 70 0 0 38 10 26.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2.441693483 2.327209417 4 2 2 2 3 2 0 0 1 0 0.558306517 0.672790583 1 1 3 3 NA NA 0 0 NA NA 0.441693483 0.327209417 NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.335025381 1.335025381 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 4.06E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 14 25203955 G A - - - - - - 37 0 0 29 0 0 25 0 0 82 0 0 48 8 16.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2.441693483 2.327209417 4 2 2 2 3 2 0 0 1 0 0.558306517 0.672790583 1 1 3 3 NA NA 0 0 NA NA 0.441693483 0.327209417 NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.847715736 0.847715736 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.23E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 14 25396175 A T STXBP6 CCDS9634.1 r.? - - intronic 43 0 0 30 5 16.7 18 2 11.1 71 1 1.4 44 7 15.9 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2.441693483 2.327209417 4 2 2 2 3 2 0 0 1 0 0.558306517 0.672790583 1 1 3 3 NA NA 0 0 NA NA 0.441693483 0.327209417 NA NA 1.664239002 1.664239002 1 1.229868632 1.229868632 1 0.267316239 0.267316239 1 0.807106599 0.807106599 1 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000000401 1 0.003626632 1 0.299450652 1 2.55E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 14 25912953 C G - - - - - - 29 0 0 24 0 0 25 0 0 63 0 0 52 13 25 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2.441693483 2.327209417 4 2 2 2 3 2 0 0 1 0 0.558306517 0.672790583 1 1 3 3 NA NA 0 0 NA NA 0.441693483 0.327209417 NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.269035533 1.269035533 1 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 6.47E-19 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 14 26143206 C G - - - - - - 38 0 0 48 0 0 22 0 0 58 0 0 55 11 20 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2.441693483 2.327209417 4 2 2 2 3 2 0 0 1 0 0.558306517 0.672790583 1 1 3 3 NA NA 0 0 NA NA 0.441693483 0.327209417 NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.015228426 1.015228426 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 4.77E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 20 20097319 T C C20orf26 CCDS33447.1 r.? - - intronic 35 1 2.9 31 0 0 21 0 0 70 8 11.4 43 0 0 3 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 3 2 2 2 2 2 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 2.062717949 1.031358974 2 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 3 NA 0.16091139 1 1 1 1 1 2.8E-09 1 1 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 14 26887161 G C - - - - - - 39 0 0 33 4 12.1 19 1 5.3 50 3 6 38 8 21.1 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2.441693483 2.327209417 4 2 2 2 3 2 0 0 1 0 0.558306517 0.672790583 1 1 3 3 NA NA 0 0 NA NA 0.441693483 0.327209417 NA NA 1.205825864 1.205825864 1 0.587234572 NA 0 1.145641026 1.145641026 1 1.07106599 1.07106599 1 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.0000228 1 0.090843738 1 0.002055544 1 1.67E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 14 28432248 C G - - - - - - 41 0 0 42 0 0 28 0 0 66 0 0 47 11 23.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2.441693483 2.327209417 4 2 2 2 3 2 0 0 1 0 0.558306517 0.672790583 1 1 3 3 NA NA 0 0 NA NA 0.441693483 0.327209417 NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.187817259 1.187817259 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 7.21E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 14 28804813 G T - - - - - - 33 0 0 38 3 7.9 23 0 0 81 4 4.9 46 9 19.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2.441693483 2.327209417 4 2 2 2 3 2 0 0 1 0 0.558306517 0.672790583 1 1 3 3 NA NA 0 0 NA NA 0.441693483 0.327209417 NA NA 0.787274738 0.787274738 1 0 0 1 0.935606838 0.935606838 1 0.994923858 0.994923858 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000925091 1 1 1 0.000765256 1 1.82E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 14 28930527 A T - - - - - - 32 0 0 39 2 5.1 17 0 0 58 3 5.2 54 7 13 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2.441693483 2.327209417 4 2 2 2 3 2 0 0 1 0 0.558306517 0.672790583 1 1 3 3 NA NA 0 0 NA NA 0.441693483 0.327209417 NA NA 0.508240653 0.508240653 1 0 0 1 0.992888889 0.992888889 1 0.659898477 0.659898477 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.016387522 1 1 1 0.003141421 1 1.13E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 14 29742411 C G - - - - - - 29 0 0 38 0 0 21 0 0 60 0 0 99 14 14.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2.441693483 2.327209417 4 2 2 2 3 2 0 0 1 0 0.558306517 0.672790583 1 1 3 3 NA NA 0 0 NA NA 0.441693483 0.327209417 NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.715736041 0.715736041 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.56E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 14 31403062 C T STRN3 CCDS41938.1 r.? - - intronic 28 0 0 30 0 0 23 0 0 45 0 0 62 10 16.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3.627292353 4 2.849225258 2 2 3 1 1 1 1 1 1 0.372707647 1 0.150774742 NA 3 NA 2 NA 1 NA 1 NA 0.627292353 NA 0.849225258 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.95398415 0.95398415 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 8.29E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 14 31414925 G A STRN3 CCDS41938.1 r.? - - intronic 36 0 0 35 3 8.6 22 1 4.5 59 1 1.7 54 6 11.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3.627292353 4 2.849225258 2 2 3 1 1 1 1 1 1 0.372707647 1 0.150774742 NA 3 NA 2 NA 1 NA 1 NA 0.627292353 NA 0.849225258 0.905047619 0.905047619 1 0.557099124 NA 0 0.324598291 0.324598291 1 0.65771578 0.65771578 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000725791 1 0.104413009 1 0.256019138 1 0.000000329 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 14 31684533 G C - - - - - - 38 0 0 32 0 0 9 0 0 45 0 0 55 17 30.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3.627292353 4 2.849225258 2 2 3 1 1 1 1 1 1 0.372707647 1 0.150774742 NA 3 NA 2 NA 1 NA 1 NA 0.627292353 NA 0.849225258 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.830938523 0.990111137 1.849225258 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 4.35E-26 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 14 32207897 G A NUBPL CCDS41940.1 r.? - - intronic 32 0 0 37 2 5.4 19 3 15.8 62 4 6.5 78 14 17.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3.627292353 4 2.849225258 2 2 3 1 1 1 1 1 1 0.372707647 1 0.150774742 NA 3 NA 2 NA 1 NA 1 NA 0.627292353 NA 0.849225258 0.568285714 0.568285714 1 1.956036923 1.956036923 1 1.241111111 1.241111111 1 1.060640763 1.060640763 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.014826063 1 0.000114071 1 0.000276647 1 4.63E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 14 32908795 G A AKAP6 CCDS9644.1 r.? - - intronic 32 0 0 37 0 0 19 0 0 60 0 0 65 10 15.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3.627292353 4 2.849225258 2 2 3 1 1 1 1 1 1 0.372707647 1 0.150774742 NA 3 NA 2 NA 1 NA 1 NA 0.627292353 NA 0.849225258 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.912506578 0.912506578 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.36E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 14 33123639 C T AKAP6 CCDS9644.1 r.? - - intronic 39 0 0 37 0 0 13 0 0 58 0 0 61 14 23 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3.627292353 4 2.849225258 2 2 3 1 1 1 1 1 1 0.372707647 1 0.150774742 NA 3 NA 2 NA 1 NA 1 NA 0.627292353 NA 0.849225258 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.3628345 1.3628345 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.1E-19 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 14 33229803 G C AKAP6 CCDS9644.1 r.? - - intronic 30 0 0 39 0 0 20 0 0 64 0 0 54 10 18.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3.627292353 4 2.849225258 2 2 3 1 1 1 1 1 1 0.372707647 1 0.150774742 NA 3 NA 2 NA 1 NA 1 NA 0.627292353 NA 0.849225258 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.096192967 1.096192967 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.91E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 14 33776853 C T NPAS3 CCDS9645.1 r.? - - intronic 20 0 0 25 3 12 16 4 25 33 1 3 34 8 23.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3.627292353 4 2.849225258 2 2 3 1 1 1 1 1 1 0.372707647 1 0.150774742 NA 3 NA 2 NA 1 NA 1 NA 0.627292353 NA 0.849225258 1.262857143 1.262857143 1 3.094995131 1.178017029 2.627292353 0.572820513 0.572820513 1 1.392461337 1.392461337 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.00026475 1 0.00000108 1 0.15245715 1 6.32E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 14 34080635 G A NPAS3 CCDS9645.1 r.? - - intronic 36 0 0 29 0 0 24 0 0 71 0 0 64 10 15.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 3.627292353 4 3.666497513 3 2 3 2 1 1 1 1 1 0.372707647 1 0.333502487 NA 3 NA 3 NA 1 NA 1 NA 0.627292353 NA 0.666497513 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.051851785 1.051851785 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.16E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 14 34338983 G A - - - - - - 29 0 0 46 0 0 24 0 0 77 0 0 54 7 13 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 3.627292353 4 3.666497513 3 2 3 2 1 1 1 1 1 0.372707647 1 0.333502487 NA 3 NA 3 NA 1 NA 1 NA 0.627292353 NA 0.666497513 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 0.876543154 0.876543154 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.13E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 14 36699554 A T - - - - - - 31 0 0 37 0 0 22 0 0 80 0 0 71 10 14.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 3.627292353 4 3.666497513 3 2 3 2 1 1 1 1 1 0.372707647 1 0.333502487 NA 3 NA 3 NA 1 NA 1 NA 0.627292353 NA 0.666497513 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 0.95071219 0.95071219 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 3.42E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 14 36996688 C A - - - - - - 30 0 0 35 0 0 25 0 0 57 0 0 53 12 22.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 3.627292353 4 3.666497513 3 2 3 2 1 1 1 1 1 0.372707647 1 0.333502487 NA 3 NA 3 NA 1 NA 1 NA 0.627292353 NA 0.666497513 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 1.52383656 1.52383656 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 5.39E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 14 37126329 G A PAX9 CCDS9662.1 r.? - - upstream 25 0 0 22 0 0 16 0 0 34 0 0 49 8 16.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 3.627292353 4 3.666497513 3 2 3 2 1 1 1 1 1 0.372707647 1 0.333502487 NA 3 NA 3 NA 1 NA 1 NA 0.627292353 NA 0.666497513 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.099050262 1.099050262 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.47E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 14 37496947 C T SLC25A21 CCDS9663.1 r.? - - intronic 41 0 0 39 0 0 16 0 0 61 0 0 74 12 16.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 3.627292353 4 3.666497513 3 2 3 2 1 1 1 1 1 0.372707647 1 0.333502487 NA 3 NA 3 NA 1 NA 1 NA 0.627292353 NA 0.666497513 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.092307622 1.092307622 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 4.02E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 14 38131810 C T - - - - - - 38 0 0 41 0 0 29 0 0 59 0 0 51 8 15.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 3.627292353 4 3.666497513 3 2 3 2 1 1 1 1 1 0.372707647 1 0.333502487 NA 3 NA 3 NA 1 NA 1 NA 0.627292353 NA 0.666497513 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.058594424 1.058594424 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.05E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 14 38837058 C T - - - - - - 39 0 0 33 0 0 22 0 0 66 0 0 72 11 15.3 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 3.627292353 4 3.666497513 3 2 3 2 1 1 1 1 1 0.372707647 1 0.333502487 NA 3 NA 3 NA 1 NA 1 NA 0.627292353 NA 0.666497513 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.031623866 1.031623866 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.12E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 14 39017741 G A - - - - - - 27 0 0 30 3 10 21 0 0 50 3 6 62 12 19.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 3.627292353 4 3.666497513 3 2 3 2 1 1 1 1 1 0.372707647 1 0.333502487 NA 3 NA 3 NA 1 NA 1 NA 0.627292353 NA 0.666497513 1.152380952 1.152380952 1 0 0 1 1.145641026 1.145641026 1 1.308072091 1.308072091 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000458697 1 1 1 0.002055544 1 4.19E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 14 39244205 G T - - - - - - 33 0 0 35 2 5.7 20 3 15 79 0 0 53 9 17 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 3.627292353 4 3.666497513 3 2 3 2 1 1 1 1 1 0.372707647 1 0.333502487 NA 3 NA 3 NA 1 NA 1 NA 0.627292353 NA 0.666497513 0.656857143 0.656857143 1 1.856997079 1.856997079 1 0 0 1 1.14624874 1.14624874 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.013332991 1 0.0001337 1 1 1 7.1E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 14 39483521 G C - - - - - - 36 0 0 35 3 8.6 13 2 15.4 59 1 1.7 65 15 23.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 3.627292353 4 3.666497513 3 2 3 2 1 1 1 1 1 0.372707647 1 0.333502487 NA 3 NA 3 NA 1 NA 1 NA 0.627292353 NA 0.666497513 0.991047619 0.991047619 1 1.906517001 1.906517001 1 0.324598291 0.324598291 1 1.557549758 0.934624712 1.666497513 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000725791 1 0.001879825 1 0.256019138 1 5E-21 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 14 40325352 G A - - - - - - 30 0 0 31 0 0 30 0 0 70 1 1.4 69 12 17.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 3.627292353 4 3.666497513 3 2 3 2 1 1 1 1 1 0.372707647 1 0.333502487 NA 3 NA 3 NA 1 NA 1 NA 0.627292353 NA 0.666497513 0 0 1 0 0 1 0.267316239 0.267316239 1 1.173219298 1.173219298 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.295930304 1 1.65E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 14 40980721 A T - - - - - - 35 0 0 32 2 6.2 21 2 9.5 75 1 1.3 71 11 15.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 3.627292353 4 3.666497513 3 2 3 2 1 1 1 1 1 0.372707647 1 0.333502487 NA 3 NA 3 NA 1 NA 1 NA 0.627292353 NA 0.666497513 0.71447619 0.71447619 1 1.17609815 1.17609815 1 0.248222222 0.248222222 1 1.045109145 1.045109145 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.011224977 1 0.004928472 1 0.313356907 1 9.49E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 14 41434374 A T AL390815.1 ENST00000515218 r.? - - intronic 30 0 0 30 0 0 21 0 0 61 0 0 77 12 15.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 3.627292353 4 3.666497513 3 2 3 2 1 1 1 1 1 0.372707647 1 0.333502487 NA 3 NA 3 NA 1 NA 1 NA 0.627292353 NA 0.666497513 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.051851785 1.051851785 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 6.64E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 14 41924590 C A - - - - - - 34 0 0 50 5 10 23 3 13 51 3 5.9 63 8 12.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 3 4 NA 4 3 3 NA 1 0 1 NA 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.252380952 1.252380952 1 1.527849462 1.527849462 1 1.126547009 1.126547009 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.00000549 1 0.000205387 1 0.002175924 1 1.18E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 14 42009132 T A - - - - - - 30 0 0 19 0 0 13 0 0 31 0 0 24 3 12.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 3 4 2.675106606 4 3 3 2 1 0 1 0 1 1 1 0.324893394 NA NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 0.675106606 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 0.718906092 0.718906092 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000233853 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 14 42877661 C T - - - - - - 32 0 0 34 4 11.8 22 1 4.5 48 0 0 54 9 16.7 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 3 4 2.675106606 4 3 3 2 1 0 1 0 1 1 1 0.324893394 NA NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 0.675106606 1.477809524 1.477809524 1 0.528870968 0.528870968 1 0 0 1 0.960458539 0.960458539 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.0000257 1 0.104413009 1 1 1 8.48E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 14 42912509 T G - - - - - - 35 0 0 26 0 0 15 0 0 58 0 0 45 12 26.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 3 4 2.675106606 4 3 3 2 1 0 1 0 1 1 1 0.324893394 NA NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 0.675106606 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.535583413 1.535583413 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 6.03E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 14 43473292 A G - - - - - - 26 0 0 38 0 0 25 0 0 67 0 0 53 7 13.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 3 4 2.675106606 4 3 3 2 1 0 1 0 1 1 1 0.324893394 NA NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 0.675106606 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 0.759164833 0.759164833 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 9.85E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 14 43711953 T A - - - - - - 26 0 0 32 0 0 23 0 0 65 0 0 61 6 9.8 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 3 4 2.675106606 4 3 3 2 1 0 1 0 1 1 1 0.324893394 NA NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 0.675106606 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.563622376 0.563622376 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000000685 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 14 43804115 A G - - - - - - 20 0 0 31 2 6.5 10 1 10 14 2 14.3 58 9 15.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 3 4 2.675106606 4 3 3 2 1 0 1 0 1 1 1 0.324893394 NA NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 0.675106606 0.814047619 0.814047619 1 1.175268817 1.175268817 1 2.730444444 2.730444444 1 0.891443554 0.891443554 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.010558179 1 0.04888987 1 0.002185852 1 1.67E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 14 44062403 C T - - - - - - 32 0 0 33 0 0 20 0 0 75 0 0 43 11 25.6 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 3 4 2.675106606 4 3 3 2 1 0 1 0 1 1 1 0.324893394 NA NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 0.675106606 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 1.472319677 1.472319677 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.42E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 14 44171550 A T - - - - - - 35 0 0 43 0 0 20 0 0 62 0 0 40 10 25 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 3 4 2.675106606 4 3 3 2 1 0 1 0 1 1 1 0.324893394 NA NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 0.675106606 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.437812185 1.437812185 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 7.22E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 14 44305529 C T - - - - - - 31 0 0 37 0 0 28 0 0 69 0 0 59 9 15.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 3 4 2.675106606 4 3 3 2 1 0 1 0 1 1 1 0.324893394 NA NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 0.675106606 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.879941057 0.879941057 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.96E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 14 44412195 C A - - - - - - 34 0 0 41 0 0 30 0 0 46 0 0 49 8 16.3 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 1 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 5 3 4 2.675106606 4 3 3 2 1 0 1 0 1 1 1 0.324893394 NA NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 0.675106606 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.937453544 0.937453544 1 NA NA 1 0 0 1 0 NA 0 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.47E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 14 44461142 G A - - - - - - 35 0 0 38 0 0 23 0 0 90 0 0 54 10 18.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 3 4 2.675106606 4 3 3 2 1 0 1 0 1 1 1 0.324893394 NA NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 0.675106606 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.063981017 1.063981017 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.91E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 14 45080186 T A - - - - - - 33 0 0 40 0 0 15 0 0 51 0 0 50 10 20 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 3 4 2.675106606 4 3 3 2 1 0 1 0 1 1 1 0.324893394 NA NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 0.675106606 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 1.150249748 1.150249748 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 8.36E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 14 46630172 G T - - - - - - 34 0 0 25 0 0 17 0 0 55 0 0 46 9 19.6 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 3 4 2.675106606 4 3 3 2 1 0 1 0 1 1 1 0.324893394 NA NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 0.675106606 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 1.127244753 1.127244753 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.82E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 14 47124237 G T RPL10L CCDS32071.1 r.? - - upstream 34 0 0 28 2 7.1 26 1 3.8 75 0 0 49 8 16.3 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 3 4 2.675106606 4 3 3 2 1 0 1 0 1 1 1 0.324893394 NA NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 0.675106606 0.889190476 0.889190476 1 0.446602151 0.446602151 1 0 0 1 0.937453544 0.937453544 1 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 0.008668191 1 0.122190858 1 1 1 1.47E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 14 48131426 T C MDGA2 CCDS45098.1 r.? - - intronic 28 0 0 35 0 0 25 0 0 52 0 0 47 9 19.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 3 4 2.675106606 4 3 3 2 1 0 1 0 1 1 1 0.324893394 NA NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 0.675106606 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.098488509 1.098488509 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.24E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 14 48206552 A G - - - - - - 36 0 0 38 3 7.9 20 2 10 71 0 0 58 10 17.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 3 4 2.675106606 4 3 3 2 1 0 1 0 1 1 1 0.324893394 NA NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 0.675106606 0.989380952 0.989380952 1 1.175268817 1.175268817 1 0 0 1 0.989214783 0.989214783 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.000925091 1 0.004473894 1 1 1 4.1E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 14 50020007 T C - - - - - - 42 0 0 79 0 0 27 0 0 77 3 3.9 123 11 8.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 8.495428598 4 7 4 5 3 5 1 3 1 2 1 0.504571402 1 1 NA 6 NA NA NA 3 NA NA NA 0.495428598 NA NA 0 0 1 0 0 1 0.744666667 0.744666667 1 0.89677665 0.89677665 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 2 NA 1 1 1 1 1 1 0.006942426 1 4.5E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 14 50503418 T C - - - - - - 36 0 0 66 1 1.5 42 1 2.4 82 3 3.7 161 14 8.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 8.495428598 4 7 4 5 3 5 1 3 1 2 1 0.504571402 1 1 NA 6 NA NA NA 3 NA NA NA 0.495428598 NA NA 0.187857143 NA 0 0.413954802 0.413954802 1 0.706478632 0.706478632 1 0.876624365 0.876624365 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.281671117 1 0.189842622 1 0.008251578 1 1.55E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 14 51750653 A G - - - - - - 33 0 0 79 3 3.8 31 0 0 110 3 2.7 136 10 7.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 TRUE FALSE 12 8.495428598 4 11.51737103 6 5 3 6 6 3 1 5 1 0.504571402 1 0.482628969 NA 6 NA 6 NA 3 NA 6 NA 0.495428598 NA 0.517371031 0.741904762 0.741904762 1 0 0 1 0.515538462 0.515538462 1 1.079919974 1.079919974 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 0 NA 0 8 NA 1 1 0.007450026 1 1 1 0.018147123 1 2.34E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 14 52993072 T C TXNDC16 CCDS32083.1 r.? - - intronic 29 0 0 57 2 3.5 31 0 0 93 3 3.2 128 10 7.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 10 8.495428598 4 11 7 5 3 8 3 3 1 3 1 0.504571402 1 1 NA 6 NA NA NA 3 NA NA NA 0.495428598 NA NA 0.613333333 0.613333333 1 0 0 1 0.611008547 0.611008547 1 1.097939086 1.097939086 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.03327602 1 1 1 0.011611924 1 1.3E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 14 53573774 G T DDHD1 CCDS9714.1 r.? - - intronic 37 0 0 55 2 3.6 35 3 8.6 61 3 4.9 77 5 6.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 8.495428598 4 5 4 5 3 3 3 3 1 2 1 0.504571402 1 1 NA 6 NA NA NA 3 NA NA NA 0.495428598 NA NA 0.522857143 0.522857143 1 1.483338042 1.483338042 1 0.935606838 0.935606838 1 0.524949239 0.524949239 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.031164417 1 0.000725791 1 0.003623631 1 0.0000458 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 14 53680411 C A - - - - - - 39 0 0 51 4 7.8 25 2 8 82 2 2.4 98 12 12.2 610 0 0 468 17 3.6 163 0 0 461 22 4.8 545 28 5.1 TRUE FALSE 7 8.495428598 4 5 4 5 3 3 3 3 1 2 1 0.504571402 1 1 NA 6 NA NA NA 3 NA NA NA 0.495428598 NA NA 1.132857143 1.132857143 1 1.379849342 1.379849342 1 0.45825641 0.45825641 1 0.98528934 0.98528934 1 0.522857143 0.522857143 1 0 NA 0 0.916512821 0.916512821 1 0.411883249 0.411883249 1 8 NA 1 1 0.000129466 4.72E-10 0.006948068 1 0.063849088 6.23E-15 1.33E-13 2.06E-19 YES 1_1 1_0 0_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b 14 53728159 C A - - - - - - 37 0 0 35 1 2.9 25 1 4 89 1 1.1 86 9 10.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 8.495428598 4 5 4 5 3 3 3 3 1 2 1 0.504571402 1 1 NA 6 NA NA NA 3 NA NA NA 0.495428598 NA NA 0.421190476 0.421190476 1 0.689924671 0.689924671 1 0.210034188 NA 0 0.847994924 0.847994924 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.16091139 1 0.117779757 1 0.359890627 1 6.35E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 14 53960452 C G - - - - - - 39 0 0 48 1 2.1 28 2 7.1 77 2 2.6 90 17 18.9 1 0 0 5 0 0 3 2 66.7 0 0 NA 4 0 0 TRUE FALSE 7 8.495428598 4 5 4 5 3 3 3 3 1 2 1 0.504571402 1 1 NA 6 NA NA NA 3 NA NA NA 0.495428598 NA NA 0.305 0.305 1 1.224616291 1.224616291 1 0.496444444 0.496444444 1 1.526390863 0.763195431 2 0 0 1 11.50449389 2.093466175 5.495428598 NA NA 0 0 NA 0 8 NA 1 1 0.213845552 1 0.008668191 0.0000748 0.057170369 1 5.05E-22 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 14 53960930 C G - - - - - - 31 0 0 57 2 3.5 27 0 0 76 2 2.6 83 6 7.2 145 0 0 380 16 4.2 126 12 9.5 311 10 3.2 365 40 11 TRUE TRUE 7 8.495428598 4 5 4 5 3 3 3 3 1 2 1 0.504571402 1 1 NA 6 NA NA NA 3 NA NA NA 0.495428598 NA NA 0.508333333 0.508333333 1 0 0 1 0.496444444 0.496444444 1 0.581482234 0.581482234 1 0.61 0.61 1 1.638571093 1.638571093 1 0.611008547 0.611008547 1 0.888375635 0.888375635 1 8 10 1 1 0.03327602 1.81E-10 1 2.81E-12 0.055865747 0.00000504 0.00000424 7.68E-40 YES 1_1 0_1 0_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b 14 54455293 A G - - - - - - 33 0 0 47 0 0 30 0 0 76 0 0 91 7 7.7 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 8.495428598 4 5 4 5 3 3 3 3 1 2 1 0.504571402 1 1 NA 6 NA NA NA 3 NA NA NA 0.495428598 NA NA 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 0.621862944 0.621862944 1 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000000438 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 14 54872869 T A CDKN3 CCDS9716.1 r.? - - intronic 36 0 0 47 0 0 26 0 0 82 0 0 84 6 7.1 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 8.495428598 4 5 4 5 3 3 3 3 1 2 1 0.504571402 1 1 NA 6 NA NA NA 3 NA NA NA 0.495428598 NA NA 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 0.573406091 0.573406091 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.00000455 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 14 56647227 A T PELI2 CCDS9726.1 r.? - - intronic 37 0 0 44 0 0 24 0 0 48 0 0 55 6 10.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.662299492 0.662299492 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000000367 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 14 57990124 G A - - - - - - 32 0 0 46 0 0 24 0 0 73 0 0 49 6 12.2 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.74128934 0.74128934 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000000182 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 14 58433282 C A - - - - - - 36 0 0 40 3 7.5 23 2 8.7 54 2 3.7 50 9 18 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.789285714 0.789285714 1 1.022483871 1.022483871 1 0.669478632 0.669478632 1 1.093705584 1.093705584 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.001075403 1 0.00589844 1 0.030129377 1 4.07E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 14 58722197 C G PSMA3 CCDS9731.1 r.? - - intronic 39 0 0 30 3 10 28 3 10.7 41 2 4.9 54 11 20.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.052380952 1.052380952 1 1.257537634 1.257537634 1 0.886606838 0.886606838 1 1.239532995 1.239532995 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000458697 1 0.000372895 1 0.018015855 1 3.84E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 14 59183720 T A - - - - - - 39 0 0 36 0 0 26 0 0 59 0 0 37 10 27 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.640558376 1.640558376 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 3.01E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 14 59820841 C T DAAM1 CCDS9737.1 r.? - - intronic 19 0 0 32 3 9.4 18 1 5.6 33 3 9.1 40 8 20 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.989238095 0.989238095 1 0.658150538 0.658150538 1 1.646555556 1.646555556 1 1.215228426 1.215228426 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000556213 1 0.086275114 1 0.000609557 1 2.61E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 14 60425208 G A - - - - - - 25 0 0 23 2 8.7 20 0 0 27 1 3.7 45 10 22.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.915571429 0.915571429 1 0 0 1 0.669478632 0.669478632 1 1.348903553 1.348903553 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.00589844 1 1 1 0.126579904 1 2.66E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 14 60507004 C A - - - - - - 40 0 0 38 3 7.9 12 2 16.7 87 0 0 63 7 11.1 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.831380952 0.831380952 1 1.962698925 1.962698925 1 0 0 1 0.674451777 0.674451777 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.000925091 1 0.001595918 1 1 1 3.38E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 14 62288237 C A - - - - - - 23 0 0 26 0 0 22 0 0 63 0 0 36 6 16.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.014715736 1.014715736 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.68E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 14 62869787 T A - - - - - - 32 0 0 33 0 0 24 0 0 52 0 0 43 7 16.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.990411168 0.990411168 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.15E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 14 63556336 C G KCNH5 CCDS45123.1 r.? - - intronic 31 0 0 46 0 0 20 2 10 71 0 0 53 10 18.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.175268817 1.175268817 1 0 0 1 1.148390863 1.148390863 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 1 1 0.004473894 1 1 1 1.57E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 14 63632666 C A - - - - - - 60 0 0 5 0 0 3 0 0 13 0 0 89 6 6.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.407101523 0.407101523 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.00000637 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 14 65813205 G A - - - - - - 27 0 0 34 0 0 22 0 0 46 0 0 51 12 23.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.427893401 1.427893401 1 NA NA 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 3.24E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 14 65976797 A G FUT8 CCDS9775.1 r.? - - intronic 32 0 0 31 2 6.5 22 0 0 76 2 2.6 62 7 11.3 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.684047619 0.684047619 1 0 0 1 0.470444444 0.470444444 1 0.686604061 0.686604061 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.010558179 1 1 1 0.055865747 1 3.02E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 14 67037370 C G GPHN CCDS9777.1 r.? - - intronic 40 0 0 36 2 5.6 19 2 10.5 49 2 4.1 51 11 21.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.589333333 0.589333333 1 1.234032258 1.234032258 1 0.741854701 0.741854701 1 1.312446701 1.312446701 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.014070883 1 0.004039874 1 0.025168485 1 1.94E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 14 67836534 A G EIF2S1 CCDS9781.1 r.? - - intronic 28 0 0 26 0 0 19 0 0 61 0 0 63 14 22.2 1 0 0 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.348903553 1.348903553 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.81E-19 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 14 67850556 A C EIF2S1 CCDS9781.1 r.1777a>c c.? p.? 3'UTR variant 37 0 0 34 0 0 23 0 0 68 0 0 59 10 16.9 1 0 0 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.02686802 1.02686802 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 4.91E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 14 68064144 G A PIGH CCDS9784.1 r.? - - intronic 30 0 0 29 2 6.9 21 3 14.3 52 0 0 47 7 14.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.726142857 0.726142857 1 1.680634409 1.680634409 1 0 0 1 0.905345178 0.905345178 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.009279585 1 0.000155401 1 1 1 4.12E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 14 68217465 T C ZFYVE26 CCDS9788.1 r.? - - intronic 29 0 0 22 0 0 25 0 0 86 0 0 67 15 22.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.361055838 1.361055838 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 8.27E-21 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 14 68804695 G A RAD51L1 CCDS9789.1 r.? - - intronic 18 0 0 43 2 4.7 25 3 12 60 1 1.7 49 8 16.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.494619048 0.494619048 1 1.410322581 1.410322581 1 0.307598291 0.307598291 1 0.990411168 0.990411168 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.019709573 1 0.00026475 1 0.259739042 1 1.47E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 14 68881392 A G RAD51L1 CCDS9789.1 r.? - - intronic 29 0 0 31 1 3.2 17 0 0 41 0 0 62 7 11.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.336761905 0.336761905 1 0 0 1 0 0 1 0.686604061 0.686604061 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.143917729 1 1 1 1 1 3.02E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 14 70122023 T C KIAA0247 CCDS9796.1 r.? - - intronic 30 0 0 36 0 0 18 0 0 60 0 0 56 5 8.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.54077665 0.54077665 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.00000965 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 14 73058198 C G - - - - - - 27 0 0 31 0 0 26 0 0 66 0 0 56 6 10.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.650147208 0.650147208 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000000409 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 14 77138113 G A - - - - - - 30 0 0 39 4 10.3 13 0 0 65 3 4.6 66 11 16.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.083952381 1.083952381 1 0 0 1 0.832324786 0.832324786 1 1.014715736 1.014715736 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.0000447 1 1 1 0.004333293 1 4.07E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 14 77288250 G C C14orf166B CCDS9853.2 r.? - - upstream 19 0 0 0 0 NA 2 0 0 3 0 0 33 6 18.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 3 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1 0 0 1 0 0 1 1.105857868 1.105857868 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.54E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 14 79094808 A G NRXN3 ENST00000330071 r.? - - intronic 41 0 0 35 0 0 24 0 0 52 0 0 53 7 13.2 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.802050761 0.802050761 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 9.85E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 14 81147009 G A C14orf145 CCDS32130.1 r.? - - intronic 31 0 0 31 0 0 19 0 0 44 0 0 45 10 22.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.348903553 1.348903553 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.66E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 14 81519286 A T TSHR CCDS9872.1 r.? - - intronic 32 0 0 26 0 0 30 0 0 69 0 0 49 7 14.3 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.868888325 0.868888325 1 NA NA 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 5.58E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 14 82228222 G T - - - - - - 33 0 0 34 3 8.8 20 1 5 62 3 4.8 51 4 7.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.926095238 0.926095238 1 0.587634409 0.587634409 1 0.868512821 0.868512821 1 0.473939086 0.473939086 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000666058 1 0.09538952 1 0.003793816 1 0.000129466 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 14 83838694 G C - - - - - - 42 0 0 35 0 0 26 0 0 55 0 0 57 13 22.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.385360406 1.385360406 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.44E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 14 84061091 G A - - - - - - 21 0 0 42 2 4.8 25 2 8 45 4 8.9 63 11 17.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.505142857 0.505142857 1 0.940215054 0.940215054 1 1.610367521 1.610367521 1 1.063324873 1.063324873 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.018854633 1 0.006948068 1 0.0000791 1 2.37E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 14 84111692 T A - - - - - - 25 0 0 34 1 2.9 24 0 0 70 2 2.9 53 6 11.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.305190476 0.305190476 1 0 0 1 0.524726496 0.524726496 1 0.686604061 0.686604061 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.156694864 1 1 1 0.048267597 1 0.000000293 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 14 84621574 A G - - - - - - 29 0 0 28 0 0 18 2 11.1 60 4 6.7 45 10 22.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.304548387 1.304548387 1 1.212299145 1.212299145 1 1.348903553 1.348903553 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 1 1 0.003626632 1 0.000243755 1 2.66E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 14 86528373 G A - - - - - - 26 0 0 29 0 0 26 1 3.8 73 0 0 56 8 14.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0.446602151 0.446602151 1 0 0 1 0.868888325 0.868888325 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 1 1 0.122190858 1 1 1 4.48E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 14 86710707 G C - - - - - - 36 0 0 34 0 0 21 0 0 47 0 0 56 9 16.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.978258883 0.978258883 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.2E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 14 87284893 C T - - - - - - 30 0 0 32 0 0 27 0 0 77 0 0 47 8 17 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.032944162 1.032944162 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.03E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 14 88404499 A T GALC CCDS9878.2 r.? - - intronic 35 0 0 20 0 0 19 0 0 55 0 0 61 9 14.8 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.899269036 0.899269036 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.68E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 14 89560292 A G - - - - - - 46 0 0 31 0 0 23 0 0 54 0 0 53 12 22.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.373208122 1.373208122 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 5.39E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 14 89839791 G A FOXN3 CCDS32138.1 r.? - - intronic 30 0 0 39 0 0 25 0 0 52 0 0 49 12 24.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.488654822 1.488654822 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.9E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 14 90847702 T C - - - - - - 30 0 0 39 7 17.9 27 3 11.1 57 3 5.3 68 23 33.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.883761905 1.883761905 1 1.304548387 1.304548387 1 0.958982906 0.958982906 1 2.053736041 1.02686802 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 1.04E-09 1 0.000334187 1 0.002989991 1 7.7E-36 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 14 91758980 C T CCDC88C CCDS45151.1 r.? - - intronic 29 0 0 36 0 0 18 0 0 37 0 0 48 5 10.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.631918782 0.631918782 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.00000447 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 14 92089050 C T CATSPERB CCDS32142.1 r.? - - intronic 31 0 0 31 0 0 21 0 0 58 0 0 57 12 21.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.28206599 1.28206599 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.4E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 14 94526877 C T DDX24 CCDS9918.1 r.1579g>a c.1480G>A p.D494N missense 34 0 0 33 4 12.1 16 3 18.8 65 0 0 53 7 13.2 392 1 0.3 1012 98 9.7 228 0 0 851 1 0.1 826 153 18.5 TRUE TRUE 3 3 3 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.273380952 1.273380952 1 2.209505376 2.209505376 1 0 0 1 0.802050761 0.802050761 1 1.020809524 1.020809524 1 0 0 1 0.018094017 0.018094017 1 1.124086294 1.124086294 1 6 13 1 0.859832395 0.0000228 9.01E-90 0.0000667 1 1 0.985957588 9.85E-09 8.98E-184 YES 1_1 1_0 0_0 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b 14 98953694 A T - - - - - - 24 0 0 38 0 0 19 0 0 62 0 0 55 11 20 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.215228426 1.215228426 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 4.77E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 14 99211655 G A - - - - - - 18 0 0 24 0 0 14 0 0 12 2 16.7 32 8 25 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 3.021700855 3.021700855 1 1.519035533 1.519035533 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 1 1 1 1 0.001595918 1 3.69E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 14 100104775 C T - - - - - - 36 0 0 46 0 0 30 0 0 8 0 0 40 12 30 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.82284264 0.91142132 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.2E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 14 100793139 C T C14orf68 CCDS9959.1 r.? - - intronic 32 0 0 43 3 7 17 2 11.8 20 0 0 51 8 15.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.736666667 0.736666667 1 1.386817204 1.386817204 1 0 0 1 0.953954315 0.953954315 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.001328364 1 0.003234386 1 1 1 2.05E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 14 105352297 C T KIAA0284 CCDS45175.1 r.? - - intronic 27 0 0 8 1 12.5 12 0 0 5 0 0 53 11 20.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.31547619 1.31547619 1 0 0 1 0 0 1 1.263837563 1.263837563 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.039306956 1 1 1 1 1 3.07E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 14 106365766 C G - - - - - - 18 0 0 18 0 0 10 0 0 5 0 0 43 10 23.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.415741117 1.415741117 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.61E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 14 106584991 C T - - - - - - 30 0 0 38 2 5.3 27 2 7.4 63 0 0 36 5 13.9 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.557761905 0.557761905 1 0.869698925 0.869698925 1 0 0 1 0.844583756 0.844583756 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.015598339 1 0.00807567 1 1 1 0.00000104 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 15 22012655 T C - - - - - - 8 0 0 6 0 0 2 0 0 4 1 25 25 4 16 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1.734056601 1.741398377 1.412835139 2.655481338 1 1 1 1 0 0 0 1 0.265943399 0.258601623 0.587164861 0.344518662 1 1 2 2 1 1 0 1 0.734056601 0.741398377 0.412835139 0.655481338 0 0 1 0 0 1 4.126713058 4.126713058 1 0.917059755 0.917059755 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 1 1 1 1 0.019850499 1 0.00000727 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 15 22506166 T C - - - - - - 45 0 0 40 0 0 30 0 0 58 0 0 79 8 10.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1.734056601 1.741398377 1.412835139 2.655481338 1 1 1 1 0 0 0 1 0.265943399 0.258601623 0.587164861 0.344518662 1 1 2 2 1 1 0 1 0.734056601 0.741398377 0.412835139 0.655481338 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.578893971 0.578893971 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 7.43E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 15 22939917 C G CYFIP1 CCDS10009.1 r.? - - intronic 21 0 0 29 2 6.9 14 3 21.4 30 1 3.3 46 6 13 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1.734056601 1.741398377 1.412835139 2.655481338 1 1 1 1 0 0 0 1 0.265943399 0.258601623 0.587164861 0.344518662 1 1 2 2 1 1 0 1 0.734056601 0.741398377 0.412835139 0.655481338 0.638792763 0.638792763 1 2.245734522 2.245734522 1 0.544726124 0.544726124 1 0.745111051 0.745111051 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.009279585 1 0.0000437 1 0.139615808 1 0.000000123 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 15 23106489 C G - - - - - - 16 0 0 26 3 11.5 16 0 0 41 2 4.9 38 9 23.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1.734056601 1.741398377 1.412835139 2.655481338 1 1 1 1 0 0 0 1 0.265943399 0.258601623 0.587164861 0.344518662 1 1 2 2 1 1 0 1 0.734056601 0.741398377 0.412835139 0.655481338 1.064654604 1.064654604 1 0 0 1 0.808835759 0.808835759 1 1.358394762 1.358394762 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000298167 1 1 1 0.018015855 1 2.79E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 15 23965321 C G - - - - - - 28 0 0 27 0 0 19 0 0 63 0 0 50 11 22 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1.734056601 1.741398377 1.412835139 2.655481338 1 1 1 1 0 0 0 1 0.265943399 0.258601623 0.587164861 0.344518662 1 1 2 2 1 1 0 1 0.734056601 0.741398377 0.412835139 0.655481338 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.260957164 1.260957164 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.52E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 15 23977116 G A - - - - - - 33 0 0 29 3 10.3 18 4 22.2 52 0 0 43 9 20.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1.734056601 1.741398377 1.412835139 2.655481338 1 1 1 1 0 0 0 1 0.265943399 0.258601623 0.587164861 0.344518662 1 1 2 2 1 1 0 1 0.734056601 0.741398377 0.412835139 0.655481338 0.953560211 0.953560211 1 2.329687214 2.329687214 1 0 0 1 1.197909305 1.197909305 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 0.000414371 1 0.00000181 1 1 1 9.45E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 15 24005997 C T - - - - - - 25 0 0 25 2 8 14 0 0 61 0 0 47 16 34 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 1.734056601 1.741398377 1.412835139 2.655481338 1 1 1 1 0 0 0 1 0.265943399 0.258601623 0.587164861 0.344518662 1 1 2 2 1 1 0 1 0.734056601 0.741398377 0.412835139 0.655481338 0.74062929 0.74062929 1 0 0 1 0 0 1 1.94875198 1.177151282 1.655481338 NA NA 1 NA NA 0 0 0 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.006948068 1 1 1 1 1 1.98E-25 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 15 24267253 C A - - - - - - 40 0 0 41 0 0 19 0 0 73 3 4.1 71 12 16.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1.734056601 1.741398377 1.412835139 2.655481338 1 1 1 1 0 0 0 1 0.265943399 0.258601623 0.587164861 0.344518662 1 1 2 2 1 1 0 1 0.734056601 0.741398377 0.412835139 0.655481338 0 0 1 0 0 1 0.676780942 0.676780942 1 0.968644367 0.968644367 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 2 NA 1 1 1 1 1 1 0.005990531 1 2.38E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 15 24337383 A C - - - - - - 36 0 0 20 0 0 22 0 0 59 0 0 62 6 9.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 1.734056601 1.741398377 1.412835139 2.655481338 1 1 1 1 0 0 0 1 0.265943399 0.258601623 0.587164861 0.344518662 1 1 2 2 1 1 0 1 0.734056601 0.741398377 0.412835139 0.655481338 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 0.555967477 0.555967477 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000000756 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 15 24624734 A T - - - - - - 78 0 0 87 0 0 45 0 0 176 0 0 140 9 6.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 9.729621465 10.38026398 18.782061 3 3 3 8 3 0 0 0 0 -5.729621465 -6.380263976 -9.782060996 1 4 4 9 NA 0 0 0 NA 6.729621465 7.380263976 10.782061 NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.388873096 0.388873096 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 4.75E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 15 24762736 G A - - - - - - 88 0 0 94 3 3.2 55 1 1.8 151 6 4 131 20 15.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9.729621465 10.38026398 18.782061 3 3 3 8 3 0 0 0 0 -5.729621465 -6.380263976 -9.782060996 1 4 4 9 NA 0 0 0 NA 6.729621465 7.380263976 10.782061 NA 0.552109792 0.552109792 1 0.344393139 NA 0 1.355043124 1.355043124 1 0.929649746 0.929649746 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.011950808 1 0.240951649 1 0.000125323 1 1.11E-23 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 15 25054311 G A - - - - - - 28 0 0 26 0 0 23 0 0 20 0 0 56 7 12.5 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 1 3 1 1 1 2 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 0.759517766 0.759517766 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.46E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 15 25712620 C T - - - - - - 32 0 0 36 0 0 9 0 0 52 0 0 53 11 20.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 1 3 1 1 1 2 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 1.263837563 1.263837563 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 3.07E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 15 26404007 C T - - - - - - 27 0 0 33 2 6.1 17 1 5.9 73 2 2.7 49 8 16.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 1 3 1 1 1 2 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.580952381 0.580952381 1 0.634408602 0.634408602 1 0.434538462 0.434538462 1 0.990411168 0.990411168 1 NA NA 1 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.011909843 1 0.081683532 1 0.052016623 1 1.47E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 15 27090778 T A - - - - - - 33 0 0 22 0 0 22 0 0 60 2 3.3 49 7 14.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 1 3 1 1 1 2 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.531102564 0.531102564 1 0.868888325 0.868888325 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 1 1 0.036544784 1 5.58E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 15 27306558 T A GABRG3 CCDS45195.1 r.? - - intronic 30 0 0 42 1 2.4 17 0 0 34 2 5.9 39 8 20.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 1 3 1 1 1 2 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.228571429 NA 0 0 0 1 0.949547009 0.949547009 1 1.245609137 1.245609137 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.189842622 1 1 1 0.012612579 1 2.09E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 15 27458531 G A GABRG3 CCDS45195.1 r.? - - intronic 33 0 0 45 0 0 19 0 0 57 1 1.8 53 8 15.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 1 3 1 1 1 2 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.289692308 NA 0 0.917497462 0.917497462 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.248523156 1 2.83E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 15 27983608 G A - - - - - - 24 0 0 17 0 0 15 0 0 21 0 0 56 11 19.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 1 3 1 1 1 2 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0 NA 0 1.190923858 1.190923858 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 5.91E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 15 29376098 A G APBA2 CCDS10022.1 r.? - - intronic 24 0 0 34 1 2.9 21 1 4.8 53 3 5.7 49 10 20.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 1 3 1 1 1 2 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.276190476 0.276190476 1 0.516129032 0.516129032 1 0.917358974 0.917358974 1 1.239532995 1.239532995 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.156694864 1 0.099912572 1 0.002429596 1 6.72E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 15 31090734 G T ENSG00000103832 ENST00000220188 r.? - - intronic 38 0 0 31 2 6.5 21 1 4.8 20 0 0 62 7 11.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 1 3 1 1 1 2 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.619047619 0.619047619 1 0.516129032 0.516129032 1 0 NA 0 0.686604061 0.686604061 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.010558179 1 0.099912572 1 1 1 3.02E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 15 31912517 A G OTUD7A CCDS10026.1 r.? - - intronic 38 0 0 34 4 11.8 13 2 15.4 67 4 6 41 5 12.2 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 1 3 1 1 1 2 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.123809524 1.123809524 1 1.655913978 1.655913978 1 0.965641026 0.965641026 1 0.74128934 0.74128934 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.0000257 1 0.001879825 1 0.000372648 1 0.00000202 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 15 32712850 A G FAM7A1 ENST00000321578 r.? - - intronic 7 0 0 9 0 0 6 0 0 4 1 25 10 3 30 2 2 100 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 1 3 1 1 1 2 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 4.023504274 4.023504274 1 1.82284264 1.82284264 1 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 0.000025 1 1 1 1 0.019850499 1 0.0000146 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 15 33066148 C T FMN1 CCDS45209.1 r.? - - downstream 29 0 0 23 0 0 21 0 0 57 0 0 52 6 11.5 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 1 3 1 1 1 2 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0 NA 0 0.698756345 0.698756345 1 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000000261 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 15 34442001 G C C15orf29 CCDS10034.1 r.? - - intronic 26 0 0 35 0 0 20 0 0 58 0 0 50 9 18 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 1 3 1 1 1 2 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 1.093705584 1.093705584 1 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 4.07E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 15 36167098 C T - - - - - - 45 0 0 40 2 5 20 1 5 55 4 7.3 44 10 22.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 1 3 1 1 1 2 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.476190476 0.476190476 1 0.537634409 0.537634409 1 1.174863248 1.174863248 1 1.379284264 1.379284264 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.017193422 1 0.09538952 1 0.000173903 1 2.08E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 15 41237448 C T - - - - - - 33 0 0 28 2 7.1 20 0 0 49 0 0 55 7 12.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 1 3 1 1 1 2 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.676190476 0.676190476 1 0 0 1 0 NA 0 0.771670051 0.771670051 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.008668191 1 1 1 1 1 1.28E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 15 41359153 C T INO80 CCDS10071.1 r.? - - intronic 24 0 0 30 0 0 12 1 8.3 36 1 2.8 50 7 14 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 1 3 1 1 1 2 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0.892473118 0.892473118 1 0.450632479 NA 0 0.850659898 0.850659898 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 0.058377193 1 0.165106833 1 6.46E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 15 41527334 G A ENSG00000187446 CCDS10073.1 r.? - - intronic 28 0 0 21 3 14.3 16 0 0 46 0 0 55 8 14.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 1 3 1 1 1 2 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.361904762 1.361904762 1 0 0 1 0 NA 0 0.881040609 0.881040609 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.000155401 1 1 1 1 1 3.86E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 15 42166902 C T MAPKBP1 CCDS45239.1 r.? - - intronic 31 0 0 30 1 3.3 20 2 10 11 1 9.1 57 20 35.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 1 3 1 1 1 2 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.314285714 0.314285714 1 1.075268817 1.075268817 1 1.464555556 1.464555556 1 2.132725888 1.066362944 2 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.139615808 1 0.004473894 1 0.05364542 1 9.67E-32 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 15 43278145 A G UBR1 CCDS10091.1 r.? - - intronic 23 0 0 21 0 0 23 0 0 48 0 0 50 7 14 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 1 3 1 1 1 2 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 0.850659898 0.850659898 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 6.46E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 15 45029988 T C TRIM69 CCDS32220.1 r.? - - intronic 40 0 0 24 2 8.3 16 1 6.2 60 3 5 49 10 20.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 1 3 1 1 1 2 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.79047619 0.79047619 1 0.666666667 0.666666667 1 0.804700855 0.804700855 1 1.239532995 1.239532995 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.006413403 1 0.077068876 1 0.003458198 1 6.72E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 15 46934768 C T - - - - - - 36 0 0 23 1 4.3 19 0 0 81 4 4.9 53 14 26.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 TRUE FALSE 2 2 1 3 1 1 1 2 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.40952381 0.40952381 1 0 0 1 0.788606838 0.788606838 1 1.604101523 0.802050761 2 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 0 0 1 8 NA 1 1 0.108890944 1 1 1 0.000765256 1 1.22E-20 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 15 46968276 G T - - - - - - 30 0 0 28 3 10.7 19 0 0 73 0 0 48 7 14.6 756 0 0 1005 105 10.4 362 0 0 1197 2 0.2 1073 177 16.5 FALSE FALSE 2 2 1 3 1 1 1 2 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.019047619 1.019047619 1 0 0 1 0 NA 0 0.887116751 0.887116751 1 0.99047619 0.99047619 1 0 0 1 0.032188034 NA 0 1.002563452 1.002563452 1 NA NA 1 1 0.000372895 1.58E-99 1 1 1 0.982611585 4.81E-09 9.3E-203 YES 1_1 0_0 0_0 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b 15 48942621 G T FBN1 CCDS32232.1 r.? - - upstream 41 0 0 38 0 0 14 0 0 82 0 0 55 11 20 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 1 3 1 1 1 2 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0 NA 0 1.215228426 1.215228426 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 4.77E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 15 49246140 G C SHC4 CCDS10130.1 r.? - - intronic 40 0 0 21 0 0 17 0 0 70 0 0 68 19 27.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 1 3 1 1 1 2 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 1.695243655 0.847621827 2 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 5.06E-28 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 15 49504939 T G GALK2 CCDS32236.1 r.? - - intronic 37 0 0 36 4 11.1 24 1 4.2 56 1 1.8 51 9 17.6 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 1 0 0 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 1 3 1 1 1 2 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.057142857 1.057142857 1 0.451612903 0.451612903 1 0.289692308 NA 0 1.069401015 1.069401015 1 NA NA 0 0 0 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.0000324 1 0.113346489 1 0.244746891 1 4.92E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 15 51435888 T A - - - - - - 39 0 0 33 0 0 22 0 0 65 0 0 62 10 16.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 1 3 1 1 1 2 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 0.978258883 0.978258883 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 8.29E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 15 51567299 C T CYP19A1 CCDS10139.1 r.? - - intronic 34 0 0 27 3 11.1 26 2 7.7 45 1 2.2 59 8 13.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 1 3 1 1 1 2 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.057142857 1.057142857 1 0.827956989 0.827956989 1 0.354068376 NA 0 0.82635533 0.82635533 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.000334187 1 0.007502227 1 0.201934322 1 6.9E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 15 53709624 C A - - - - - - 28 0 0 42 0 0 13 0 0 55 0 0 56 10 17.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 1 3 1 1 1 2 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 1.087629442 1.087629442 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.82E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 15 54343584 A G UNC13C CCDS45264.1 r.? - - intronic 32 0 0 23 0 0 16 0 0 47 2 4.3 50 5 10 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 1 3 1 1 1 2 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.692042735 0.692042735 1 0.607614213 0.607614213 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 1 1 0.02328732 1 0.00000549 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 15 54619169 C T UNC13C CCDS45264.1 r.? - - intronic 37 0 0 33 0 0 22 0 0 82 0 0 50 6 12 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 1 3 1 1 1 2 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 0.729137056 0.729137056 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000000206 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 15 54756213 C T UNC13C CCDS45264.1 r.? - - intronic 31 0 0 33 0 0 13 1 7.7 69 1 1.4 40 8 20 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 1 3 1 1 1 2 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0.827956989 0.827956989 1 0.225316239 NA 0 1.215228426 1.215228426 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 0.063085307 1 0.292392265 1 2.61E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 15 56250832 C A NEDD4 CCDS45265.1 r.? - - intronic 27 0 0 30 2 6.7 23 2 8.7 74 2 2.7 51 7 13.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 1 3 1 1 1 2 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.638095238 0.638095238 1 0.935483871 0.935483871 1 0.434538462 0.434538462 1 0.832431472 0.832431472 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.009909649 1 0.00589844 1 0.053288733 1 7.46E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 15 57102804 C T - - - - - - 43 0 0 29 0 0 19 0 0 57 0 0 52 5 9.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 1 3 1 1 1 2 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 0.583309645 0.583309645 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.00000668 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 15 57113677 G C - - - - - - 41 0 0 29 2 6.9 30 0 0 66 0 0 62 11 17.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 1 3 1 1 1 2 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.657142857 0.657142857 1 0 0 1 0 NA 0 1.075477157 1.075477157 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.009279585 1 1 1 1 1 1.96E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 15 58949673 G C ADAM10 CCDS10167.1 r.? - - intronic 29 0 0 38 3 7.9 22 2 9.1 72 0 0 50 8 16 4 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 1 3 1 1 1 2 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.752380952 0.752380952 1 0.978494624 0.978494624 1 0 NA 0 0.972182741 0.972182741 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.000925091 1 0.005403392 1 1 1 1.74E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 15 62127316 C T - - - - - - 23 0 0 38 3 7.9 23 2 8.7 20 2 10 47 8 17 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 1 3 1 1 1 2 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.752380952 0.752380952 1 0.935483871 0.935483871 1 1.609401709 1.609401709 1 1.032944162 1.032944162 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000925091 1 0.00589844 1 0.004473894 1 1.03E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 15 62230934 C A VPS13C CCDS32257.1 r.? - - intronic 33 0 0 40 0 0 13 0 0 73 1 1.4 64 9 14.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 1 3 1 1 1 2 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.225316239 NA 0 0.856736041 0.856736041 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.306438632 1 4.2E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 15 63916491 G A HERC1 CCDS45277.1 r.13459c>u c.13311C>T p.G4437G silent 31 0 0 36 0 0 16 0 0 49 0 0 58 6 10.3 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 1 3 1 1 1 2 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 0.62584264 0.62584264 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000000506 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 15 65882748 T C C15orf44 CCDS10211.1 r.? - - intronic 24 0 0 41 3 7.3 27 3 11.1 60 5 8.3 49 5 10.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 1 3 1 1 1 2 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.695238095 0.695238095 1 1.193548387 1.193548387 1 1.335803419 1.335803419 1 0.619766497 0.619766497 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.001155993 1 0.000334187 1 0.0000136 1 0.00000496 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 15 66372283 C T MEGF11 CCDS10213.2 r.? - - intronic 34 0 0 24 0 0 14 0 0 21 0 0 57 12 21.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 1 3 1 1 1 2 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 1.28206599 1.28206599 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.4E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 15 66740221 G A MAP2K1 CCDS10216.1 r.? - - intronic 17 0 0 35 1 2.9 12 1 8.3 40 2 5 49 9 18.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 1 3 1 1 1 2 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.276190476 0.276190476 1 0.892473118 0.892473118 1 0.804700855 0.804700855 1 1.118010152 1.118010152 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.16091139 1 0.058377193 1 0.017193422 1 3.35E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 15 67848591 T C MAP2K5 CCDS10224.1 r.? - - intronic 34 0 0 36 0 0 25 0 0 46 0 0 72 9 12.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 1 5 1 1 1 4 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 1.009517766 1.009517766 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.25E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 15 68142307 A C - - - - - - 23 0 0 30 0 0 23 0 0 80 5 6.2 58 5 8.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 1 5 1 1 1 4 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.99782906 0.99782906 1 0.694548223 0.694548223 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 1 1 0.000055 1 0.0000115 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 15 68247735 C T - - - - - - 33 0 0 35 3 8.6 23 2 8.7 76 4 5.3 76 10 13.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 1 5 1 1 1 4 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.819047619 0.819047619 1 0.935483871 0.935483871 1 0.852982906 0.852982906 1 1.066050761 1.066050761 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000725791 1 0.00589844 1 0.00060191 1 6.9E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 15 70462341 A G - - - - - - 34 0 0 36 0 0 20 0 0 39 0 0 57 12 21.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 1 3 1 1 1 2 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 1.28206599 1.28206599 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.4E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 15 73513273 A C NEO1 CCDS10247.1 r.? - - intronic 22 0 0 23 0 0 13 0 0 61 3 4.9 55 6 10.9 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 1 3 1 1 1 2 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.788606838 0.788606838 1 0.662299492 0.662299492 1 NA NA 0 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 1 1 0.003623631 1 0.000000367 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 15 74197678 C G - - - - - - 41 0 0 29 0 0 17 0 0 48 0 0 60 12 20 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 1 3 1 1 1 2 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0 NA 0 1.215228426 1.215228426 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.74E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 15 74619778 C A CCDC33 CCDS42058.1 r.? - - intronic 30 0 0 32 3 9.4 18 1 5.6 31 0 0 62 13 21 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 1 3 1 1 1 2 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.895238095 0.895238095 1 0.602150538 0.602150538 1 0 NA 0 1.275989848 1.275989848 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.000556213 1 0.086275114 1 1 1 8.08E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 15 74669622 T A - - - - - - 26 0 0 34 3 8.8 12 0 0 19 1 5.3 55 10 18.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 1 3 1 1 1 2 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.838095238 0.838095238 1 0 0 1 0.852982906 NA 0 1.105857868 1.105857868 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.000666058 1 1 1 0.090843738 1 2.33E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 15 74765626 A G AC012435.1 ENST00000499217 r.? - - intronic 29 0 0 38 0 0 21 0 0 43 0 0 56 9 16.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 1 3 1 1 1 2 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 0.978258883 0.978258883 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.2E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 15 76414172 A G C15orf27 CCDS10289.2 r.? - - intronic 33 0 0 34 0 0 13 0 0 48 0 0 65 13 20 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 1 3 1 1 1 2 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 1.215228426 1.215228426 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.57E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 15 77372605 C T - - - - - - 24 0 0 27 0 0 11 0 0 47 0 0 66 8 12.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 1 3 1 1 1 2 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0 NA 0 0.735213198 0.735213198 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.73E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 15 77844780 C T - - - - - - 27 0 0 29 1 3.4 16 1 6.2 9 0 0 60 14 23.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 1 3 1 1 1 2 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.323809524 0.323809524 1 0.666666667 0.666666667 1 0 NA 0 1.415741117 1.415741117 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.135292269 1 0.077068876 1 1 1 8.54E-20 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 15 78868795 A T CHRNA5 CCDS10304.1 r.? - - intronic 31 0 0 34 0 0 26 0 0 36 0 0 57 11 19.3 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 1 3 1 1 1 2 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 1.172695431 1.172695431 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 7.29E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 15 78997131 C T - - - - - - 24 0 0 33 0 0 10 0 0 36 3 8.3 44 13 29.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 1 3 1 1 1 2 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 1.335803419 1.335803419 1 1.792461929 0.896230964 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000788827 1 5.49E-20 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 15 79629962 T G TMED3 ENST00000424155 r.? - - intronic 33 0 0 34 4 11.8 30 2 6.7 53 1 1.9 54 11 20.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 1 3 1 1 1 2 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.123809524 1.123809524 1 0.720430108 0.720430108 1 0.305786325 NA 0 1.239532995 1.239532995 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.0000257 1 0.009909649 1 0.233303855 1 3.84E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 15 80445212 C G FAH CCDS10314.1 r.91c>g c.? p.? 5'UTR variant 12 0 0 1 0 0 1 0 0 0 0 NA 14 3 21.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 1 3 1 1 1 2 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 NA NA 0 1.300294416 1.300294416 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.0000437 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 15 81173618 C T KIAA1199 CCDS10315.1 r.? - - intronic 27 0 0 29 0 0 20 0 0 57 0 0 55 12 21.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 1 3 1 1 1 2 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 1.324598985 1.324598985 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 8.78E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 15 81185014 C T KIAA1199 CCDS10315.1 r.? - - intronic 33 0 0 24 1 4.2 25 2 8 39 1 2.6 60 10 16.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 1 3 1 1 1 2 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.4 0.4 1 0.860215054 0.860215054 1 0.418444444 NA 0 1.014715736 1.014715736 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.113346489 1 0.006948068 1 0.177567718 1 5.86E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 15 83586970 G A HOMER2 CCDS45334.1 r.? - - intronic 23 0 0 35 0 0 17 0 0 33 0 0 59 9 15.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 1 3 1 1 1 2 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 0.929649746 0.929649746 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.96E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 15 83742956 A T - - - - - - 27 0 0 36 2 5.6 20 0 0 36 1 2.8 49 6 12.2 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 1 3 1 1 1 2 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.533333333 0.533333333 1 0 0 1 0.450632479 NA 0 0.74128934 0.74128934 1 0 NA 0 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.014070883 1 1 1 0.165106833 1 0.000000182 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 15 84098247 A G - - - - - - 32 0 0 24 0 0 21 0 0 60 0 0 55 9 16.4 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 1 3 1 1 1 2 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0 NA 0 0.99648731 0.99648731 1 NA NA 0 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.01E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 15 85229568 G A SEC11B CCDS45340.1 r.? - - intronic 29 0 0 38 3 7.9 21 2 9.5 40 4 10 41 7 17.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 1 3 1 1 1 2 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.752380952 0.752380952 1 1.021505376 1.021505376 1 1.609401709 1.609401709 1 1.039020305 1.039020305 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000925091 1 0.004928472 1 0.0000495 1 1.51E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 15 85290694 A C - - - - - - 36 0 0 39 0 0 20 0 0 45 0 0 58 7 12.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 1 3 1 1 1 2 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 0.735213198 0.735213198 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.88E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 15 85901426 T A - - - - - - 26 0 0 36 3 8.3 19 2 10.5 81 0 0 46 9 19.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 1 3 1 1 1 2 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.79047619 0.79047619 1 1.129032258 1.129032258 1 0 NA 0 1.190923858 1.190923858 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.000788827 1 0.004039874 1 1 1 1.82E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 15 86913226 C A AGBL1 ENST00000421325 r.? - - intronic 34 0 0 28 3 10.7 28 2 7.1 55 3 5.5 50 14 28 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 1 3 1 1 1 2 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.019047619 1.019047619 1 0.76344086 0.76344086 1 0.88517094 0.88517094 1 1.701319797 0.850659898 2 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000372895 1 0.008668191 1 0.002700822 1 4.84E-21 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 15 88148609 C A - - - - - - 43 0 0 22 0 0 21 0 0 72 0 0 43 14 32.6 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 1 3 1 1 1 2 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0 NA 0 1.980822335 0.990411168 2 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 4.18E-22 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 15 88662712 G T NTRK3 CCDS10340.1 r.? - - intronic 38 0 0 36 0 0 10 0 0 76 3 3.9 62 15 24.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 TRUE FALSE 2 2 1 3 1 1 1 2 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.627666667 0.627666667 1 1.470426396 1.470426396 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 0 0 1 2 NA 1 1 1 1 1 1 0.006696581 1 2.28E-21 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 15 91895556 G A - - - - - - 19 0 0 47 3 6.4 17 0 0 52 4 7.7 48 9 18.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 1 3 1 1 1 2 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.60952381 0.60952381 1 0 0 1 1.239239316 1.239239316 1 1.142314721 1.142314721 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.001719595 1 1 1 0.000139698 1 2.75E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 15 92644432 A G SLCO3A1 CCDS10371.1 r.? - - intronic 27 0 0 37 1 2.7 27 2 7.4 45 0 0 54 5 9.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 1 3 1 1 1 2 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.257142857 0.257142857 1 0.795698925 0.795698925 1 0 NA 0 0.565081218 0.565081218 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.169281299 1 0.00807567 1 1 1 0.00000806 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 15 94404923 C T - - - - - - 24 0 0 29 2 6.9 14 1 7.1 68 0 0 77 13 16.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 7 11 4.73081142 3 5 8 3 1 2 3 1 1 1 1 0.26918858 NA NA NA 4 NA NA NA 1 NA NA NA 0.73081142 0.795142857 0.795142857 1 1.11844086 1.11844086 1 0 0 1 1.31937515 1.31937515 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.009279585 1 0.067769881 1 1 1 1.67E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 15 94910955 G A MCTP2 CCDS32338.1 r.1772g>a c.1423G>A p.V475I missense 35 0 0 38 0 0 23 0 0 51 0 0 65 7 10.8 232 0 0 337 0 0 170 0 0 437 0 0 429 41 9.6 TRUE FALSE 4 7 11 4.73081142 3 5 8 3 1 2 3 1 1 1 1 0.26918858 NA NA NA 4 NA NA NA 1 NA NA NA 0.73081142 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.843150984 0.843150984 1 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 0.749467541 1.025527954 0.73081142 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 4.22E-08 2.41E-38 YES 0_0 0_0 0_0 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b 15 95089262 A G - - - - - - 34 0 0 41 4 9.8 18 0 0 67 3 4.5 75 13 17.3 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 7 11 4.73081142 3 5 8 3 1 2 3 1 1 1 1 0.26918858 NA NA NA 4 NA NA NA 1 NA NA NA 0.73081142 1.129333333 1.129333333 1 0 0 1 1.174230769 1.174230769 1 1.350602965 1.350602965 1 NA NA 0 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.0000546 1 1 1 0.004717431 1 1.16E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 15 95133444 A T - - - - - - 23 0 0 40 0 0 23 0 0 65 0 0 64 5 7.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 7 11 4.73081142 3 5 8 3 1 2 3 1 1 1 1 0.26918858 NA NA NA 4 NA NA NA 1 NA NA NA 0.73081142 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.608942377 0.608942377 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.0000186 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 15 95450613 T A - - - - - - 28 0 0 32 0 0 22 0 0 88 0 0 76 8 10.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 7 11 4.73081142 3 5 8 3 1 2 3 1 1 1 1 0.26918858 NA NA NA 4 NA NA NA 1 NA NA NA 0.73081142 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.819730123 0.819730123 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 5.44E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 15 95481613 G C - - - - - - 31 0 0 28 0 0 16 0 0 71 0 0 65 6 9.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 7 11 4.73081142 3 5 8 3 1 2 3 1 1 1 1 0.26918858 NA NA NA 4 NA NA NA 1 NA NA NA 0.73081142 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.718239727 0.718239727 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000001 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 15 95977760 G T - - - - - - 25 0 0 32 0 0 21 0 0 75 0 0 66 8 12.1 2 0 0 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 7 11 4.73081142 3 5 8 3 1 2 3 1 1 1 1 0.26918858 NA NA NA 4 NA NA NA 1 NA NA NA 0.73081142 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.94464138 0.94464138 1 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.73E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 15 96076721 G A - - - - - - 47 0 0 37 0 0 25 0 0 83 0 0 71 10 14.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 7 11 4.73081142 3 5 8 3 1 2 3 1 1 1 1 0.26918858 NA NA NA 4 NA NA NA 1 NA NA NA 0.73081142 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.100780451 1.100780451 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 3.42E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 15 96320830 G A - - - - - - 34 0 0 49 0 0 28 0 0 86 0 0 95 8 8.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 7 11 8 8 5 8 7 1 2 3 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 0.930395939 0.930395939 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 3.23E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 15 96485993 G A - - - - - - 30 0 0 55 0 0 30 0 0 85 0 0 87 8 9.2 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 7 11 8 8 5 8 7 1 2 3 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 1.019005076 1.019005076 1 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.61E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 15 96563255 G C - - - - - - 37 0 0 45 0 0 26 0 0 84 0 0 104 7 6.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 7 11 8 8 5 8 7 1 2 3 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 0.742101523 0.742101523 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.00000109 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 15 96733806 T C - - - - - - 28 0 0 41 1 2.4 26 1 3.8 87 3 3.4 97 6 6.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 7 11 8 8 5 8 7 1 2 3 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.396571429 0.396571429 1 0.598602151 NA 0 0.887196581 0.887196581 1 0.686720812 0.686720812 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.18577148 1 0.122190858 1 0.009696123 1 0.0000105 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 15 97073235 C T - - - - - - 31 0 0 76 0 0 34 0 0 77 0 0 127 14 11 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 11 7 11 10 8 5 8 7 3 2 3 3 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 1.438375635 1.438375635 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 5.58E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 15 97163747 T C - - - - - - 37 0 0 67 2 3 36 1 2.8 75 4 5.3 112 10 8.9 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 11 7 11 10 8 5 8 7 3 2 3 3 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.555714286 0.555714286 1 0.441075269 NA 0 1.382982906 1.382982906 1 1.16377665 1.16377665 1 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.044622585 1 0.165106833 1 0.000572493 1 3.48E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 15 97395900 C G - - - - - - 38 0 0 69 3 4.3 25 2 8 90 2 2.2 105 5 4.8 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 11 7 11 10 8 5 8 7 3 2 3 3 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.79652381 0.79652381 1 1.260215054 1.260215054 1 0.574068376 0.574068376 1 0.627654822 0.627654822 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.005121501 1 0.006948068 1 0.075041956 1 0.000199261 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 15 97725981 T C - - - - - - 28 0 0 57 4 7 22 1 4.5 99 2 2 113 7 6.2 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 11 7 11 10 8 5 8 7 3 2 3 3 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.296666667 1.296666667 1 0.708870968 NA 0 0.521880342 0.521880342 1 0.810720812 0.810720812 1 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000199821 1 0.104413009 1 0.088307921 1 0.0000019 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 15 97786923 T C - - - - - - 34 0 0 57 4 7 36 2 5.6 81 0 0 130 14 10.8 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 11 7 11 10 8 5 8 7 3 2 3 3 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.296666667 1.296666667 1 0.882150538 0.882150538 1 0 0 1 1.41222335 1.41222335 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.000199821 1 0.014070883 1 1 1 7.76E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 15 98019181 C G - - - - - - 31 0 0 53 0 0 32 0 0 95 0 0 108 6 5.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 11 7 11 10 8 5 8 7 3 2 3 3 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 0.732263959 0.732263959 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.0000193 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 15 98099313 G A - - - - - - 39 0 0 59 4 6.8 31 1 3.2 85 1 1.2 132 9 6.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 11 7 11 10 8 5 8 7 3 2 3 3 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.259619048 1.259619048 1 0.504086022 NA 0 0.313128205 0.313128205 1 0.889177665 0.889177665 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.00022841 1 0.143917729 1 0.346926798 1 2.85E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 15 98148568 G A - - - - - - 37 0 0 65 0 0 35 0 0 97 0 0 120 10 8.3 0 0 NA 2 0 0 4 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 11 7 11 10 8 5 8 7 3 2 3 3 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 1.085319797 1.085319797 1 0 0 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 6.87E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 15 98153469 G A - - - - - - 24 0 0 60 3 5 35 2 5.7 90 4 4.4 121 11 9.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 11 7 11 10 8 5 8 7 3 2 3 3 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.926190476 0.926190476 1 0.897903226 0.897903226 1 1.148136752 1.148136752 1 1.189928934 1.189928934 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.003458198 1 0.013332991 1 0.001134224 1 3.76E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 15 98173551 C T - - - - - - 29 0 0 54 2 3.7 32 2 6.2 74 4 5.4 126 8 6.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 11 7 11 10 8 5 8 7 3 2 3 3 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.685380952 0.685380952 1 0.976666667 0.976666667 1 1.409076923 1.409076923 1 0.823796954 0.823796954 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.030129377 1 0.011224977 1 0.00054411 1 0.000000291 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 15 98200398 G T - - - - - - 30 0 0 72 2 2.8 29 2 6.9 81 3 3.7 127 23 18.1 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 11 7 11 10 8 5 8 7 3 2 3 3 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.518666667 0.518666667 1 1.086935484 1.086935484 1 0.965478632 0.965478632 1 2.366781726 1.183390863 2 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.050755634 1 0.009279585 1 0.007979008 1 8.19E-29 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 15 98230059 G T - - - - - - 33 0 0 82 0 0 39 0 0 72 0 0 116 16 13.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 11 7 11 10 8 5 8 7 3 2 3 3 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 1.804507614 0.902253807 2 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.66E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 15 98768567 T A - - - - - - 32 0 0 63 3 4.8 30 2 6.7 85 2 2.4 98 10 10.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 11 7 11 10 8 5 8 7 3 2 3 3 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.889142857 0.889142857 1 1.055430108 1.055430108 1 0.62625641 0.62625641 1 1.333766497 1.333766497 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.003968795 1 0.009909649 1 0.067975933 1 9.17E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 15 98908321 G A - - - - - - 34 0 0 47 1 2.1 26 3 11.5 70 1 1.4 113 11 9.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 11 7 11 10 8 5 8 7 3 2 3 3 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.389 0.389 1 1.81155914 1.81155914 1 0.365316239 0.365316239 1 1.268385787 1.268385787 1 NA NA 1 NA NA 0 0 0 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.209895027 1 0.000298167 1 0.295930304 1 1.78E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 15 99673856 C G TTC23 CCDS10379.2 r.? - - downstream 33 0 0 76 3 3.9 52 1 1.9 93 0 0 164 9 5.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 17 14 7 13 14 11 7 10 3 3 0 3 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.956428571 0.956428571 1 0.432301075 0.432301075 1 0 NA 0 0.884187817 0.884187817 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.006696581 1 0.229451111 1 1 1 0.000000184 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 15 100200377 C T MEF2A CCDS45362.1 r.? - - intronic 35 0 0 82 5 6.1 49 3 6.1 81 0 0 145 14 9.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 17 14 7 13 14 11 7 10 3 3 0 3 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.495952381 1.495952381 1 1.387913978 1.387913978 1 0 NA 0 1.559385787 1.559385787 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.0000619 1 0.001939399 1 1 1 3.61E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 15 100415953 A G - - - - - - 27 0 0 71 0 0 38 0 0 74 0 0 137 8 5.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 17 14 7 13 14 11 7 10 3 3 0 3 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 0.932416244 0.932416244 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000000551 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 15 100650990 C T ADAMTS17 CCDS10383.1 r.? - - intronic 34 0 0 66 4 6.1 32 1 3.1 28 0 0 131 10 7.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 17 14 7 13 14 11 7 10 3 3 0 3 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.495952381 1.495952381 1 0.705333333 0.705333333 1 0 NA 0 1.221786802 1.221786802 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.000351793 1 0.14819814 1 1 1 1.63E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 15 101078947 C A LASS3 CCDS10384.1 r.? - - intronic 44 0 0 84 3 3.6 28 1 3.6 69 4 5.8 143 6 4.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 17 14 7 13 14 11 7 10 3 3 0 3 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.882857143 0.882857143 1 0.819096774 0.819096774 1 1.281452991 1.281452991 1 0.67519797 0.67519797 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.008812993 1 0.130947004 1 0.000416985 1 0.000093 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 15 101262387 T G - - - - - - 27 0 0 82 1 1.2 43 3 7 80 3 3.8 156 11 7.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 17 14 7 13 14 11 7 10 3 3 0 3 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.294285714 0.294285714 1 1.592688172 1.592688172 1 0.83957265 0.83957265 1 1.141406091 1.141406091 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.337031917 1 0.001328364 1 0.007711832 1 5.84E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 15 101431804 G A ALDH1A3 CCDS10389.1 r.? - - intronic 40 0 0 76 2 2.6 47 2 4.3 25 1 4 119 9 7.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 17 14 7 13 14 11 7 10 3 3 0 3 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.637619048 0.637619048 1 0.978365591 0.978365591 1 0.883760684 NA 0 1.221786802 1.221786802 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.055865747 1 0.02328732 1 0.117779757 1 1.15E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 15 101434926 G A ALDH1A3 CCDS10389.1 r.? - - intronic 30 0 0 74 0 0 43 2 4.7 68 1 1.5 150 16 10.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 17 14 7 13 14 11 7 10 3 3 0 3 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.069376344 1.069376344 1 0.331410256 NA 0 1.720147208 0.860073604 2 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 0.019709573 1 0.288836448 1 1.11E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 15 101993342 C T PCSK6 ENST00000348070 r.? - - intronic 36 0 0 67 3 4.5 32 3 9.4 18 0 0 149 13 8.7 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 17 14 7 13 14 11 7 10 3 3 0 3 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.103571429 1.103571429 1 2.138752688 2.138752688 1 0 NA 0 1.398624365 1.398624365 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.004717431 1 0.000556213 1 1 1 1.08E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 15 102261101 C A TARSL2 CCDS10394.1 r.? - - intronic 38 0 0 77 3 3.9 44 1 2.3 86 2 2.3 183 10 5.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA FALSE FALSE 17 14 7 13 14 11 7 10 3 3 0 3 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.956428571 0.956428571 1 0.523311828 0.523311828 1 0.508162393 NA 0 0.884187817 0.884187817 1 NA NA 1 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.006942426 1 0.197923942 1 0.069370687 1 4.02E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 290469 T C ITFG3 CCDS10402.1 r.? - - intronic 23 0 0 28 3 10.7 29 3 10.3 50 2 4 49 6 12.2 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 2.511005044 2 2 2 0 2 0 0 0 0 1 1 -1.511005044 1 NA NA 1 NA NA NA 0 NA NA NA 2.511005044 NA 1.019047619 1.019047619 1 1.107526882 1.107526882 1 0.704200886 0.704200886 1 0.61928934 0.61928934 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000372895 1 0.000414371 1 0.026131524 1 0.000000182 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 460721 G A DECR2 CCDS10409.1 r.631g>a c.493G>A p.A165T missense 32 0 0 5 1 20 4 0 0 11 2 18.2 50 20 40 22 0 0 12 2 16.7 1 0 0 18 0 0 16 1 6.2 TRUE FALSE 2 2 2.511005044 2 2 2 0 2 0 0 0 0 1 1 -1.511005044 1 NA NA 1 NA NA NA 0 NA NA NA 2.511005044 NA 1.904761905 1.904761905 1 0 0 1 3.204114029 3.204114029 1 2.030456853 1.015228426 2 1.59047619 1.59047619 1 0 0 1 0 NA 0 0.314720812 0.314720812 1 8 NA 1 1 0.024751247 0.001595918 1 1 0.001334363 1 3.9E-33 0.077068876 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 2083719 G C SLC9A3R2 CCDS45382.1 r.? - - intronic 38 0 0 7 1 14.3 7 0 0 8 1 12.5 54 15 27.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 2.511005044 2 2 2 0 2 0 0 0 0 1 1 -1.511005044 1 NA NA 1 NA NA NA 0 NA NA NA 2.511005044 NA 1.361904762 1.361904762 1 0 0 1 2.200627767 2.200627767 1 1.411167513 1.411167513 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.034479353 1 1 1 0.039306956 1 2.2E-22 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 2189751 C T PKD1 CCDS32369.1 r.? - - upstream 19 0 0 23 2 8.7 17 2 11.8 16 0 0 36 8 22.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 2.511005044 2 2 2 0 2 0 0 0 0 1 1 -1.511005044 1 NA NA 1 NA NA NA 0 NA NA NA 2.511005044 NA 0.828571429 0.828571429 1 1.268817204 1.268817204 1 0 NA 0 1.126903553 1.126903553 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.00589844 1 0.003234386 1 1 1 1.04E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 2783084 G T ENSG00000205913 ENST00000382313 r.? - - downstream 41 0 0 30 0 0 29 0 0 51 0 0 40 6 15 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 2.511005044 2 2 2 0 2 0 0 0 0 1 1 -1.511005044 1 NA NA 1 NA NA NA 0 NA NA NA 2.511005044 NA 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 0.76142132 0.76142132 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 5.18E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 6249933 A T - - - - - - 34 0 0 32 0 0 16 0 0 70 0 0 41 11 26.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 2.511005044 2 2 2 0 2 0 0 0 0 1 1 -1.511005044 1 NA NA 1 NA NA NA 0 NA NA NA 2.511005044 NA 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 1.360406091 1.360406091 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.34E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 6387574 C G - - - - - - 24 0 0 37 0 0 20 0 0 83 0 0 53 13 24.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 2.511005044 2 2 2 0 2 0 0 0 0 1 1 -1.511005044 1 NA NA 1 NA NA NA 0 NA NA NA 2.511005044 NA 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 1.243654822 1.243654822 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 8.53E-19 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 6395630 C T - - - - - - 24 0 0 32 0 0 21 0 0 74 0 0 39 9 23.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 2.511005044 2 2 2 0 2 0 0 0 0 1 1 -1.511005044 1 NA NA 1 NA NA NA 0 NA NA NA 2.511005044 NA 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 1.172588832 1.172588832 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 3.62E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 6799428 C T - - - - - - 26 0 0 26 0 0 16 0 0 48 0 0 44 10 22.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 2.511005044 2 2 2 0 2 0 0 0 0 1 1 -1.511005044 1 NA NA 1 NA NA NA 0 NA NA NA 2.511005044 NA 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 1.152284264 1.152284264 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.08E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 7656511 C G ENSG00000078328 CCDS45405.1 r.? - - intronic 34 0 0 41 0 0 25 0 0 50 0 0 56 8 14.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 2.511005044 2 2 2 0 2 0 0 0 0 1 1 -1.511005044 1 NA NA 1 NA NA NA 0 NA NA NA 2.511005044 NA 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 0.725888325 0.725888325 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 4.48E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 7665441 T C ENSG00000078328 CCDS45405.1 r.? - - intronic 30 0 0 32 1 3.1 18 1 5.6 37 2 5.4 47 8 17 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 2.511005044 2 2 2 0 2 0 0 0 0 1 1 -1.511005044 1 NA NA 1 NA NA NA 0 NA NA NA 2.511005044 NA 0.295238095 0.295238095 1 0.602150538 0.602150538 1 0.950671195 0.950671195 1 0.862944162 0.862944162 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.14819814 1 0.086275114 1 0.014826063 1 1.03E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 8117704 G A - - - - - - 30 0 0 48 4 8.3 21 3 14.3 53 0 0 43 15 34.9 0 0 NA 2 0 0 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 2.511005044 2 2 2 0 2 0 0 0 0 1 1 -1.511005044 1 NA NA 1 NA NA NA 0 NA NA NA 2.511005044 NA 0.79047619 0.79047619 1 1.537634409 1.537634409 1 0 NA 0 1.771573604 0.885786802 2 0 0 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.000102016 1 0.000155401 1 1 1 4.05E-24 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 8512316 A G - - - - - - 16 0 0 29 0 0 23 0 0 66 0 0 28 7 25 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 2.511005044 2 2 2 0 2 0 0 0 0 1 1 -1.511005044 1 NA NA 1 NA NA NA 0 NA NA NA 2.511005044 NA 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 1.269035533 1.269035533 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 8.44E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 10276294 G A GRIN2A CCDS10539.1 r.? - - intronic 29 0 0 25 0 0 12 0 0 7 0 0 48 13 27.1 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 2.511005044 2 2 2 0 2 0 0 0 0 1 1 -1.511005044 1 NA NA 1 NA NA NA 0 NA NA NA 2.511005044 NA 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 1.375634518 1.375634518 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2E-19 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 140179810 A G - - - - - - 36 1 2.8 43 9 20.9 18 3 16.7 74 4 5.4 56 14 25 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3.539187701 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 0.460812299 NA NA NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.539187701 2.19947619 1.099738095 2 1.962698925 1.962698925 1 0.977076923 0.977076923 1 1.653832458 1.074483936 1.539187701 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 0.165106833 1 9.45E-13 1 0.0000964 1 0.00054411 1 2.91E-20 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 15366325 A T - - - - - - 76 0 0 55 0 0 31 0 0 191 0 0 93 11 11.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 12 2 2 2 12 2 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 0.598984772 0.598984772 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.04E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 16031998 C T - - - - - - 29 0 0 32 0 0 13 0 0 66 0 0 44 8 18.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 12 2 2 2 12 2 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.923857868 0.923857868 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 5.9E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 16976168 C T - - - - - - 44 0 0 29 0 0 19 0 0 113 0 0 46 5 10.9 0 0 NA 1 0 0 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 12 2 2 2 12 2 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 0.553299492 0.553299492 1 0 NA 0 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.00000361 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 17098895 A T - - - - - - 38 0 0 37 0 0 15 0 0 117 0 0 69 12 17.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 12 2 2 2 12 2 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.883248731 0.883248731 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.65E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 22640775 G A ENSG00000224154 ENST00000430965 r.? - - intronic 51 0 0 49 0 0 36 1 2.8 107 0 0 86 8 9.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 4 2 2 2 4 2 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0.301075269 NA 0 0 0 1 0.472081218 0.472081218 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 0.165106833 1 1 1 1.47E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 23017304 G A - - - - - - 29 0 0 25 0 0 16 0 0 75 0 0 48 10 20.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 2 2 4 2 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.055837563 1.055837563 1 NA NA 0 NA NA 0 0 0 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 5.37E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 23383508 A G SCNN1B CCDS10609.1 r.? - - intronic 43 0 0 36 0 0 15 0 0 34 0 0 53 10 18.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 12.70056709 2 2 2 9 2 0 0 0 0 1 1 -2.700567095 1 NA NA 10 NA NA NA 0 NA NA NA 3.700567095 NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.959390863 0.959390863 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.57E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 24820501 C T TNRC6A CCDS10624.2 r.? - - intronic 32 0 0 53 0 0 30 0 0 70 0 0 73 15 20.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 7 5 2 2 4 3 0 0 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.655609137 0.827804569 2 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 3.38E-20 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 25114413 C T - - - - - - 27 0 0 50 1 2 19 1 5.3 44 2 4.5 74 11 14.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 7 5 2 2 4 3 0 0 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.19047619 0.19047619 1 0.569892473 NA 0 0.994230769 0.994230769 1 1.203345178 1.203345178 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.221687443 1 0.090843738 1 0.020580492 1 1.53E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 25162625 C T LCMT1 CCDS45445.1 r.? - - intronic 31 0 0 49 0 0 27 0 0 67 0 0 74 9 12.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 7 5 2 2 4 3 0 0 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 0.98528934 0.98528934 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.61E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 25401595 C T - - - - - - 44 0 0 51 0 0 24 0 0 60 0 0 95 14 14.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 7 5 2 2 4 3 0 0 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.187192893 1.187192893 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 8.54E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 25456747 C T - - - - - - 26 0 0 46 4 8.7 21 1 4.8 65 3 4.6 68 10 14.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 7 5 2 2 4 3 0 0 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.828571429 0.828571429 1 0.516129032 NA 0 1.016324786 1.016324786 1 1.187192893 1.187192893 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.0000862 1 0.099912572 1 0.004333293 1 2.18E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 25495594 A G - - - - - - 29 0 0 59 0 0 31 0 0 69 0 0 92 12 13 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 7 5 2 2 4 3 0 0 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 1.049898477 1.049898477 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 6.12E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 25622564 C G - - - - - - 48 0 0 43 0 0 18 0 0 71 0 0 76 9 11.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 1 0 0 TRUE FALSE 2 2 7 5 2 2 4 3 0 0 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.952984772 0.952984772 1 NA NA 0 NA NA 0 0 0 1 0 NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.06E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 25632717 C T - - - - - - 31 0 0 45 4 8.9 27 0 0 65 1 1.5 71 12 16.9 1 0 0 0 0 NA 6 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 7 5 2 2 4 3 0 0 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.847619048 0.847619048 1 0 0 1 0.331410256 0.331410256 1 1.36486802 1.36486802 1 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.0000791 1 1 1 0.278061424 1 2.38E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 25690345 C G - - - - - - 39 0 0 41 0 0 25 0 0 74 0 0 92 14 15.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 7 5 2 2 4 3 0 0 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.227573604 1.227573604 1 NA NA 1 NA NA 0 0 0 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 5.34E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 26132924 G T HS3ST4 ENST00000331351 r.? - - intronic 29 0 0 39 0 0 25 0 0 52 0 0 74 13 17.6 0 0 NA 1 0 0 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 7 5 2 2 4 3 0 0 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.421401015 1.421401015 1 0 0 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 9.62E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 26157665 G A - - - - - - 32 0 0 56 2 3.6 22 3 13.6 74 4 5.4 69 8 11.6 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 2 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 7 5 2 2 4 3 0 0 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.342857143 0.342857143 1 1.462365591 1.462365591 1 1.193076923 1.193076923 1 0.936832487 0.936832487 1 NA NA 1 0 NA 0 0 0 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.032213353 1 0.000179267 1 0.00054411 1 2.49E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 26342412 C A - - - - - - 27 0 0 41 0 0 30 2 6.7 60 2 3.3 75 15 20 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 1 0 0 TRUE FALSE 2 2 7 5 2 2 4 3 0 0 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0.720430108 0.720430108 1 0.729102564 0.729102564 1 1.615228426 0.807614213 2 NA NA 0 NA NA 0 0 0 1 0 NA 0 8 NA 1 1 1 1 0.009909649 1 0.036544784 1 5.25E-20 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 26414266 G A - - - - - - 49 0 0 61 4 6.6 35 0 0 77 4 5.2 88 8 9.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 3 4.243070489 2 2 3 3 0 0 0 1 1 1 1 0.756929511 NA NA NA 3 NA NA NA 2 NA NA NA 0.243070489 0.628571429 0.628571429 1 0 0 1 0.940888889 0.940888889 1 0.666048349 0.666048349 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000259828 1 1 1 0.000632383 1 1.76E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 26415418 A G - - - - - - 33 0 0 55 0 0 29 0 0 69 0 0 107 7 6.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 3 4.243070489 2 2 3 3 0 0 0 1 1 1 1 0.756929511 NA NA NA 3 NA NA NA 2 NA NA NA 0.243070489 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.47574882 0.47574882 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.00000132 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 26440244 G T - - - - - - 25 0 0 45 0 0 24 0 0 65 0 0 78 8 10.3 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 3 4.243070489 2 2 3 3 0 0 0 1 1 1 1 0.756929511 NA NA NA 3 NA NA NA 2 NA NA NA 0.243070489 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.7538789 0.7538789 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 6.71E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 26618314 C T - - - - - - 33 0 0 51 3 5.9 25 2 8 79 2 2.5 89 8 9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 3 4.243070489 2 2 3 3 0 0 0 1 1 1 1 0.756929511 NA NA NA 3 NA NA NA 2 NA NA NA 0.243070489 0.561904762 0.561904762 1 0.860215054 0.860215054 1 0.452350427 0.452350427 1 0.658729136 0.658729136 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.002175924 1 0.006948068 1 0.059811146 1 1.92E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 27098262 G C - - - - - - 32 0 0 56 0 0 32 0 0 36 0 0 95 11 11.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 3 4.243070489 2 2 3 3 0 0 0 1 1 1 1 0.756929511 NA NA NA 3 NA NA NA 2 NA NA NA 0.243070489 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.849028664 0.849028664 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.59E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 27305199 A T - - - - - - 19 0 0 47 3 6.4 23 2 8.7 49 0 0 83 8 9.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 3 4.243070489 2 2 3 3 0 0 0 1 1 1 1 0.756929511 NA NA NA 3 NA NA NA 2 NA NA NA 0.243070489 0.60952381 0.60952381 1 0.935483871 0.935483871 1 0 0 1 0.702644412 0.702644412 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.001719595 1 0.00589844 1 1 1 0.000000011 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 27305201 A T - - - - - - 18 0 0 45 3 6.7 23 2 8.7 51 0 0 83 8 9.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 3 4.243070489 2 2 3 3 0 0 0 1 1 1 1 0.756929511 NA NA NA 3 NA NA NA 2 NA NA NA 0.243070489 0.638095238 0.638095238 1 0.935483871 0.935483871 1 0 0 1 0.702644412 0.702644412 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.001516071 1 0.00589844 1 1 1 0.000000011 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 27439922 C G IL21R CCDS10630.1 r.? - - intronic 22 0 0 54 0 0 20 0 0 30 0 0 92 11 12 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 3 4.243070489 2 2 3 3 0 0 0 1 1 1 1 0.756929511 NA NA NA 3 NA NA NA 2 NA NA NA 0.243070489 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.878305515 0.878305515 1 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.81E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 28060183 A G GSG1L CCDS45450.1 r.? - - intronic 34 0 0 71 0 0 29 0 0 71 0 0 108 10 9.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 3 4.243070489 2 2 3 3 0 0 0 1 1 1 1 0.756929511 NA NA NA 3 NA NA NA 2 NA NA NA 0.243070489 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 0.680686774 0.680686774 1 NA NA 0 NA NA 0 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.42E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 28129091 T A XPO6 CCDS42135.1 r.? - - intronic 32 0 0 64 0 0 25 0 0 75 0 0 94 14 14.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 3 4.243070489 2 2 3 3 0 0 0 1 1 1 1 0.756929511 NA NA NA 3 NA NA NA 2 NA NA NA 0.243070489 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.090562681 1.090562681 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 7.32E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 28778601 C G ENSG00000196993 ENST00000357796 r.? - - intronic 14 0 0 23 0 0 7 0 0 22 0 0 23 8 34.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 3 4.243070489 2 2 3 3 0 0 0 1 1 1 1 0.756929511 NA NA NA 3 NA NA NA 2 NA NA NA 0.243070489 0 0 1 0 0 1 0 0 1 2.547085992 0.923885062 2.756929511 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.79E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 28862781 T C - - - - - - 28 0 0 52 1 1.9 21 1 4.8 35 2 5.7 78 4 5.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 3 4.243070489 2 2 3 3 0 0 0 1 1 1 1 0.756929511 NA NA NA 3 NA NA NA 2 NA NA NA 0.243070489 0.180952381 NA 0 0.516129032 NA 0 1.031358974 1.031358974 1 0.373279844 1.535685575 0.243070489 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.229451111 1 0.099912572 1 0.013332991 1 0.000663934 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 29457189 A T ENSG00000214734 ENST00000398877 r.? - - intronic 6 0 0 14 2 14.3 11 2 18.2 15 6 40 20 7 35 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 3 4.243070489 2 2 3 3 0 0 0 1 1 1 1 0.756929511 NA NA NA 3 NA NA NA 2 NA NA NA 0.243070489 1.361904762 1.361904762 1 1.956989247 1.956989247 1 7.237606838 2.412535613 3 2.561724417 0.929194746 2.756929511 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.002185852 1 0.001334363 1 7.52E-11 1 5.72E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 30160943 T C - - - - - - 31 0 0 47 5 10.6 32 2 6.2 74 3 4.1 93 19 20.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 3 4.243070489 2 2 3 3 0 0 0 1 1 1 1 0.756929511 NA NA NA 3 NA NA NA 2 NA NA NA 0.243070489 1.00952381 1.00952381 1 0.666666667 0.666666667 1 0.741854701 0.741854701 1 1.493119375 0.849845919 1.756929511 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.00000402 1 0.011224977 1 0.006220661 1 3.86E-25 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 30497620 A C ITGAL CCDS32433.1 r.? - - intronic 27 0 0 29 0 0 30 0 0 60 0 0 84 12 14.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 3 4.243070489 2 2 3 3 0 0 0 1 1 1 1 0.756929511 NA NA NA 3 NA NA NA 2 NA NA NA 0.243070489 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.046647405 1.046647405 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.98E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 30517177 G A ITGAL CCDS32433.1 r.? - - intronic 27 0 0 51 3 5.9 25 3 12 55 3 5.5 96 7 7.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 3 4.243070489 2 2 3 3 0 0 0 1 1 1 1 0.756929511 NA NA NA 3 NA NA NA 2 NA NA NA 0.243070489 0.561904762 0.561904762 1 1.290322581 1.290322581 1 0.99517094 0.99517094 1 0.534302521 0.534302521 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.002175924 1 0.00026475 1 0.002700822 1 0.000000631 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 30679893 G A FBRS CCDS45462.1 r.790g>a c.527G>A p.R176H missense 28 0 0 34 3 8.8 21 1 4.8 9 1 11.1 94 10 10.6 79 0 0 128 10 7.8 34 1 2.9 93 2 2.2 169 18 10.7 FALSE FALSE 2 2 3 4.243070489 2 2 3 3 0 0 0 1 1 1 1 0.756929511 NA NA NA 3 NA NA NA 2 NA NA NA 0.243070489 0.838095238 0.838095238 1 0.516129032 NA 0 2.008435897 2.008435897 1 0.775836538 0.775836538 1 0.742857143 0.742857143 1 0.311827957 NA 0 0.398068376 NA 0 0.78315575 0.78315575 1 NA NA 1 1 0.000666058 1.3E-09 0.099912572 0.156694864 0.044110422 0.079388736 6.03E-11 1.44E-18 YES 1_1 0_0 1_0 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b 16 30743017 C A SRCAP CCDS10689.2 r.? - - intronic 21 0 0 34 5 14.7 23 0 0 71 3 4.2 74 8 10.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 3 4.243070489 2 2 3 3 0 0 0 1 1 1 1 0.756929511 NA NA NA 3 NA NA NA 2 NA NA NA 0.243070489 1.4 1.4 1 0 0 1 0.759948718 0.759948718 1 0.790474963 0.790474963 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000000771 1 1 1 0.00554578 1 4.39E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 31453615 C T - - - - - - 31 0 0 12 0 0 7 0 0 7 0 0 82 12 14.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 3 4.243070489 2 2 3 3 0 0 0 1 1 1 1 0.756929511 NA NA NA 3 NA NA NA 2 NA NA NA 0.243070489 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.068605043 1.068605043 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.46E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 32354094 A T - - - - - - 84 0 0 82 0 0 55 0 0 20 0 0 129 7 5.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 4.612074137 3 4.243070489 2 2 3 3 0 2 0 1 1 0.387925863 1 0.756929511 NA 3 NA 3 NA 2 NA 2 NA 0.612074137 NA 0.243070489 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 0.395237482 0.395237482 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.00000458 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 32604034 T G - - - - - - 46 0 0 64 1 1.6 39 1 2.6 93 0 0 115 6 5.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 4.612074137 3 4.243070489 2 2 3 3 0 2 0 1 1 0.387925863 1 0.756929511 NA 3 NA 3 NA 2 NA 2 NA 0.612074137 NA 0.243070489 0.152380952 NA 0 0.34748382 NA 0 0 0 1 0.380599056 1.565797057 0.243070489 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.274433592 1 0.177567718 1 1 1 0.0000276 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 32850690 G C - - - - - - 71 0 0 96 0 0 64 0 0 197 0 0 176 6 3.4 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 4.612074137 3 4.243070489 2 2 3 3 0 2 0 1 1 0.387925863 1 0.756929511 NA 3 NA 3 NA 2 NA 2 NA 0.612074137 NA 0.243070489 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 0.248853229 1.023790384 0.243070489 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000286802 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 33387782 T G - - - - - - 79 0 0 78 0 0 44 0 0 95 0 0 136 9 6.6 0 0 NA 0 0 NA 4 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 4.612074137 3 4.243070489 2 2 3 3 0 2 0 1 1 0.387925863 1 0.756929511 NA 3 NA 3 NA 2 NA 2 NA 0.612074137 NA 0.243070489 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 0.483068033 0.483068033 1 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 3.69E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 33524596 C A - - - - - - 81 0 0 90 4 4.4 36 1 2.8 146 4 2.7 169 11 6.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4.612074137 3 4.243070489 2 2 3 3 2 2 0 1 1 0.387925863 1 0.756929511 NA 3 NA 3 NA 2 NA 2 NA 0.612074137 NA 0.243070489 0.507047619 0.507047619 1 0.374213345 NA 0 0.488538462 0.488538462 1 0.47574882 0.47574882 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.001134224 1 0.165106833 1 0.006470758 1 1.37E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 34464797 A G - - - - - - 36 0 0 38 0 0 23 0 0 79 0 0 71 6 8.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4.612074137 2 4.243070489 2 2 1 3 2 2 1 1 1 0.387925863 1 0.756929511 NA 3 NA 3 NA 2 NA 2 NA 0.612074137 NA 0.243070489 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 0.622133073 0.622133073 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.00000169 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 34502711 C T ENSG00000237113 ENST00000425453 r.? - - intronic 36 0 0 38 1 2.6 31 3 9.7 73 0 0 53 9 17 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4.612074137 2 4.243070489 2 2 1 3 2 2 1 1 1 0.387925863 1 0.756929511 NA 3 NA 3 NA 2 NA 2 NA 0.612074137 NA 0.243070489 0.299619048 0.299619048 1 1.296381944 1.296381944 1 0 NA 0 1.244266146 1.244266146 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.173434892 1 0.000505952 1 1 1 7.1E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 34695742 C A - - - - - - 36 0 0 41 0 0 21 2 9.5 64 2 3.1 83 15 18.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4.612074137 2 4.243070489 2 2 1 3 2 2 1 1 1 0.387925863 1 0.756929511 NA 3 NA 3 NA 2 NA 2 NA 0.612074137 NA 0.243070489 0 0 1 1.269652419 1.269652419 1 0.52991453 0.52991453 1 1.324777484 1.324777484 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 1 1 0.004928472 1 0.041085601 1 2.7E-19 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 34699313 G A - - - - - - 33 0 0 38 1 2.6 30 2 6.7 62 4 6.5 56 10 17.9 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4.612074137 2 4.243070489 2 2 1 3 2 2 1 1 1 0.387925863 1 0.756929511 NA 3 NA 3 NA 2 NA 2 NA 0.612074137 NA 0.243070489 0.299619048 0.299619048 1 0.895439075 0.895439075 1 1.111111111 1.111111111 1 1.310139059 1.310139059 1 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.173434892 1 0.009909649 1 0.000276647 1 2.82E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 46474911 G C - - - - - - 39 0 0 56 0 0 34 0 0 82 0 0 96 11 11.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4.612074137 2 4.243070489 2 2 1 3 2 2 1 1 1 0.387925863 1 0.756929511 NA 3 NA 3 NA 2 NA 2 NA 0.612074137 NA 0.243070489 0 NA 0 0 0 1 0 NA 0 0.841709451 0.841709451 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.92E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 46832292 C A C16orf87 CCDS10724.1 r.? - - downstream 28 0 0 45 5 11.1 25 5 20 44 3 6.8 50 13 26 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4.612074137 2 4.243070489 2 2 1 3 2 2 1 1 1 0.387925863 1 0.756929511 NA 3 NA 3 NA 2 NA 2 NA 0.612074137 NA 0.243070489 1.279142857 1.279142857 1 2.672952462 1.023306507 2.612074137 1.162393162 1.162393162 1 1.902995281 0.951497641 2 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.00000323 1 0.000000153 1 0.00142027 1 3.65E-19 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 47042115 G A - - - - - - 19 0 0 31 3 9.7 18 2 11.1 42 0 0 44 9 20.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4.612074137 2 4.243070489 2 2 1 3 2 2 1 1 1 0.387925863 1 0.756929511 NA 3 NA 3 NA 2 NA 2 NA 0.612074137 NA 0.243070489 1.117809524 1.117809524 1 1.483488616 1.483488616 1 0 NA 0 1.500438587 1.500438587 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000505952 1 0.003626632 1 1 1 1.18E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 48273624 A G LONP2 CCDS10734.1 r.? - - upstream 30 0 0 38 0 0 23 0 0 49 0 0 63 6 9.5 2 0 0 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4.612074137 2 4.243070489 2 2 1 3 2 2 1 1 1 0.387925863 1 0.756929511 NA 3 NA 3 NA 2 NA 2 NA 0.612074137 NA 0.243070489 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 0.695325199 0.695325199 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000000832 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 49533027 G A ZNF423 CCDS32445.1 r.? - - intronic 28 0 0 42 0 0 23 0 0 29 0 0 39 7 17.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4.612074137 2 4.243070489 2 2 1 3 2 2 1 1 1 0.387925863 1 0.756929511 NA 3 NA 3 NA 2 NA 2 NA 0.612074137 NA 0.243070489 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 1.310139059 1.310139059 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.04E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 51169027 G A SALL1 CCDS45483.1 r.? - - downstream 37 0 0 15 1 6.7 6 0 0 7 1 14.3 57 5 8.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4.612074137 2 4.243070489 2 2 1 3 2 2 1 1 1 0.387925863 1 0.756929511 NA 3 NA 3 NA 2 NA 2 NA 0.612074137 NA 0.243070489 0.772095238 0.772095238 1 0 0 1 2.444444444 2.444444444 1 0.644090711 0.644090711 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.072431031 1 1 1 0.034479353 1 0.0000105 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 51352952 C T - - - - - - 37 0 0 28 0 0 31 0 0 20 0 0 64 11 17.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4.612074137 2 4.243070489 2 2 1 3 2 2 1 1 1 0.387925863 1 0.756929511 NA 3 NA 3 NA 2 NA 2 NA 0.612074137 NA 0.243070489 0 NA 0 0 0 1 0 NA 0 1.258904571 1.258904571 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.85E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 51571614 A G - - - - - - 46 0 0 57 0 0 30 3 10 66 0 0 64 12 18.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4.612074137 2 4.243070489 2 2 1 3 2 2 1 1 1 0.387925863 1 0.756929511 NA 3 NA 3 NA 2 NA 2 NA 0.612074137 NA 0.243070489 0 0 1 1.336476231 1.336476231 1 0 NA 0 1.376011973 1.376011973 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 0.000458697 1 1 1 6.3E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 51984961 G A - - - - - - 30 0 0 34 0 0 20 0 0 77 0 0 52 7 13.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4.612074137 2 4.243070489 2 2 1 3 2 2 1 1 1 0.387925863 1 0.756929511 NA 3 NA 3 NA 2 NA 2 NA 0.612074137 NA 0.243070489 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 0.988093704 0.988093704 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 8.58E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 52172237 T C - - - - - - 31 0 0 55 4 7.3 35 1 2.9 56 0 0 63 7 11.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4.612074137 2 4.243070489 2 2 1 3 2 2 1 1 1 0.387925863 1 0.756929511 NA 3 NA 3 NA 2 NA 2 NA 0.612074137 NA 0.243070489 0.841238095 0.841238095 1 0.387578107 0.387578107 1 0 NA 0 0.812432601 0.812432601 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000173903 1 0.16091139 1 1 1 3.38E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 54688482 G C ENSG00000234908 ENST00000414611 r.? - - intronic 26 0 0 42 0 0 24 0 0 50 0 0 68 10 14.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4.612074137 2 4.243070489 2 2 1 3 2 2 1 1 1 0.387925863 1 0.756929511 NA 3 NA 3 NA 2 NA 2 NA 0.612074137 NA 0.243070489 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 1.075924255 1.075924255 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.18E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 55363243 G T IRX6 CCDS32449.1 r.? - - intronic 24 0 0 31 0 0 15 0 0 21 0 0 51 11 21.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4.612074137 2 4.243070489 2 2 1 3 2 2 1 1 1 0.387925863 1 0.756929511 NA 3 NA 3 NA 2 NA 2 NA 0.612074137 NA 0.243070489 0 NA 0 0 0 1 0 NA 0 1.580949926 1.580949926 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.94E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 56027723 C A - - - - - - 25 0 0 34 0 0 15 0 0 74 0 0 59 5 8.5 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4.612074137 2 4.243070489 2 2 1 3 2 2 1 1 1 0.387925863 1 0.756929511 NA 3 NA 3 NA 2 NA 2 NA 0.612074137 NA 0.243070489 0 NA 0 0 0 1 0 NA 0 0.622133073 0.622133073 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.0000125 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 58972984 G T AC106793.1 ENST00000500117 r.? - - intronic 42 0 0 35 0 0 32 0 0 72 0 0 45 10 22.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4.612074137 2 4.243070489 2 2 1 3 2 2 1 1 1 0.387925863 1 0.756929511 NA 3 NA 3 NA 2 NA 2 NA 0.612074137 NA 0.243070489 0 NA 0 0 0 1 0 NA 0 1.624865202 1.624865202 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.66E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 59366159 C G - - - - - - 35 0 0 52 0 0 19 0 0 74 0 0 64 8 12.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4.612074137 2 4.243070489 2 2 1 3 2 2 1 1 1 0.387925863 1 0.756929511 NA 3 NA 3 NA 2 NA 2 NA 0.612074137 NA 0.243070489 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 0.914901578 0.914901578 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.35E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 59404965 T C - - - - - - 37 0 0 42 3 7.1 26 1 3.8 79 0 0 77 6 7.8 2 0 0 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4.612074137 2 4.243070489 2 2 1 3 2 2 1 1 1 0.387925863 1 0.756929511 NA 3 NA 3 NA 2 NA 2 NA 0.612074137 NA 0.243070489 0.818190476 0.818190476 1 0.507860968 0.507860968 1 0 NA 0 0.570898584 0.570898584 1 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.001240292 1 0.122190858 1 1 1 0.00000273 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 59624266 G T - - - - - - 33 0 0 35 0 0 19 3 15.8 62 0 0 56 8 14.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4.612074137 2 4.243070489 2 2 1 3 2 2 1 1 1 0.387925863 1 0.756929511 NA 3 NA 3 NA 2 NA 2 NA 0.612074137 NA 0.243070489 0 0 1 2.111632445 2.111632445 1 0 NA 0 1.046647405 1.046647405 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 0.000114071 1 1 1 4.48E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 60044697 A T AC009094.1 ENST00000500445 r.? - - intronic 37 0 0 48 1 2.1 25 2 8 75 0 0 48 10 20.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4.612074137 2 4.243070489 2 2 1 3 2 2 1 1 1 0.387925863 1 0.756929511 NA 3 NA 3 NA 2 NA 2 NA 0.612074137 NA 0.243070489 0.242 0.242 1 1.069180985 1.069180985 1 0 NA 0 1.522396225 1.522396225 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.213845552 1 0.006948068 1 1 1 5.37E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 60279216 A G - - - - - - 30 0 0 33 0 0 23 1 4.3 69 0 0 60 12 20 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4.612074137 2 4.243070489 2 2 1 3 2 2 1 1 1 0.387925863 1 0.756929511 NA 3 NA 3 NA 2 NA 2 NA 0.612074137 NA 0.243070489 0 0 1 0.574684779 0.574684779 1 0 NA 0 1.463842524 1.463842524 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 0.108890944 1 1 1 2.74E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 60549161 C A - - - - - - 34 0 0 37 0 0 31 3 9.7 57 0 0 70 6 8.6 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4.612074137 2 4.243070489 2 2 1 3 2 2 1 1 1 0.387925863 1 0.756929511 NA 3 NA 3 NA 2 NA 2 NA 0.612074137 NA 0.243070489 0 0 1 1.296381944 1.296381944 1 0 NA 0 0.629452285 0.629452285 1 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 0.000505952 1 1 1 0.00000156 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 60625448 A C - - - - - - 26 0 0 56 0 0 21 0 0 75 0 0 70 15 21.4 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4.612074137 2 4.243070489 2 2 1 3 2 2 1 1 1 0.387925863 1 0.756929511 NA 3 NA 3 NA 2 NA 2 NA 0.612074137 NA 0.243070489 0 NA 0 0 0 1 0 NA 0 1.566311501 0.891505033 1.756929511 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.7E-20 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 61098891 A T - - - - - - 38 0 0 36 0 0 31 1 3.2 69 0 0 51 9 17.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4.612074137 2 4.243070489 2 2 1 3 2 2 1 1 1 0.387925863 1 0.756929511 NA 3 NA 3 NA 2 NA 2 NA 0.612074137 NA 0.243070489 0 0 1 0.427672394 0.427672394 1 0 NA 0 1.288181421 1.288181421 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 0.143917729 1 1 1 4.92E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 61500655 C A - - - - - - 30 0 0 40 0 0 19 0 0 49 1 2 66 9 13.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4.612074137 2 4.243070489 2 2 1 3 2 2 1 1 1 0.387925863 1 0.756929511 NA 3 NA 3 NA 2 NA 2 NA 0.612074137 NA 0.243070489 0 0 1 0 0 1 0.341880342 NA 0 0.995412916 0.995412916 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.217776325 1 5.59E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 61500983 C T - - - - - - 17 0 0 34 1 2.9 19 1 5.3 10 0 0 45 8 17.8 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4.612074137 2 4.243070489 2 2 1 3 2 2 1 1 1 0.387925863 1 0.756929511 NA 3 NA 3 NA 2 NA 2 NA 0.612074137 NA 0.243070489 0.334190476 0.334190476 1 0.708332402 0.708332402 1 0 NA 0 1.302819847 1.302819847 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.156694864 1 0.090843738 1 1 1 7.14E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 61645910 C T - - - - - - 20 0 0 23 3 13 13 2 15.4 42 5 11.9 42 16 38.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4.612074137 2 4.243070489 2 2 1 3 2 2 1 1 1 0.387925863 1 0.756929511 NA 3 NA 3 NA 2 NA 2 NA 0.612074137 NA 0.243070489 1.498095238 1.498095238 1 2.058173396 2.058173396 1 2.034188034 2.034188034 1 2.788620009 1.011494852 2.756929511 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000205387 1 0.001879825 1 0.00000228 1 2.25E-26 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 62117640 A T - - - - - - 35 0 0 50 0 0 24 1 4.2 86 0 0 55 10 18.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4.612074137 2 4.243070489 2 2 1 3 2 2 1 1 1 0.387925863 1 0.756929511 NA 3 NA 3 NA 2 NA 2 NA 0.612074137 NA 0.243070489 0 0 1 0.561320017 0.561320017 1 0 NA 0 1.332096697 1.332096697 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 0.113346489 1 1 1 2.33E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 62923914 T A - - - - - - 35 0 0 52 0 0 18 0 0 74 0 0 65 13 20 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4.612074137 2 4.243070489 2 2 1 3 2 2 1 1 1 0.387925863 1 0.756929511 NA 3 NA 3 NA 2 NA 2 NA 0.612074137 NA 0.243070489 0 NA 0 0 0 1 0 NA 0 1.463842524 1.463842524 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.57E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 63242984 T A - - - - - - 27 0 0 41 0 0 19 0 0 66 0 0 59 10 16.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4.612074137 2 4.243070489 2 2 1 3 2 2 1 1 1 0.387925863 1 0.756929511 NA 3 NA 3 NA 2 NA 2 NA 0.612074137 NA 0.243070489 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 1.236946933 1.236946933 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 4.91E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 63683544 G A - - - - - - 24 0 0 47 3 6.4 21 1 4.8 70 3 4.3 69 14 20.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4.612074137 2 4.243070489 2 2 1 3 2 2 1 1 1 0.387925863 1 0.756929511 NA 3 NA 3 NA 2 NA 2 NA 0.612074137 NA 0.243070489 0.73752381 0.73752381 1 0.641508591 0.641508591 1 0.735042735 0.735042735 1 1.485800162 1.485800162 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.001719595 1 0.099912572 1 0.005331097 1 7.3E-19 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 63898851 A C - - - - - - 36 0 0 35 0 0 19 0 0 51 0 0 51 3 5.9 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 FALSE FALSE 4 4.612074137 2 4.243070489 2 2 1 3 2 2 1 1 1 0.387925863 1 0.756929511 NA 3 NA 3 NA 2 NA 2 NA 0.612074137 NA 0.243070489 0 NA 0 0 0 1 0 NA 0 0.431833545 0.431833545 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 0 0 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.002175924 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 63942846 C T - - - - - - 20 0 0 29 4 13.8 22 3 13.6 23 1 4.3 53 19 35.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4.612074137 2 4.243070489 2 2 1 3 2 2 1 1 1 0.387925863 1 0.756929511 NA 3 NA 3 NA 2 NA 2 NA 0.612074137 NA 0.243070489 1.590285714 1.590285714 1 1.817607674 1.817607674 1 0.735042735 NA 0 2.620278118 0.950433483 2.756929511 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.0000134 1 0.000179267 1 0.108890944 1 1.93E-30 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 64288820 G C - - - - - - 14 0 0 23 0 0 22 1 4.5 38 3 7.9 37 4 10.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4.612074137 2 4.243070489 2 2 1 3 2 2 1 1 1 0.387925863 1 0.756929511 NA 3 NA 3 NA 2 NA 2 NA 0.612074137 NA 0.243070489 0 0 1 0.601414304 0.601414304 1 1.35042735 1.35042735 1 0.790474963 0.790474963 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 1 1 0.104413009 1 0.000925091 1 0.0000362 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 64425515 T C - - - - - - 32 0 0 52 2 3.8 16 1 6.2 54 1 1.9 58 6 10.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4.612074137 2 4.243070489 2 2 1 3 2 2 1 1 1 0.387925863 1 0.756929511 NA 3 NA 3 NA 2 NA 2 NA 0.612074137 NA 0.243070489 0.437904762 0.437904762 1 0.828615263 0.828615263 1 0.324786325 NA 0 0.7538789 0.7538789 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.028101652 1 0.077068876 1 0.237137336 1 0.000000506 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 65186287 G A - - - - - - 28 0 0 33 1 3 24 1 4.2 83 2 2.4 56 7 12.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4.612074137 2 4.243070489 2 2 1 3 2 2 1 1 1 0.387925863 1 0.756929511 NA 3 NA 3 NA 2 NA 2 NA 0.612074137 NA 0.243070489 0.345714286 0.345714286 1 0.561320017 0.561320017 1 0.41025641 0.41025641 1 0.914901578 0.914901578 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.15245715 1 0.113346489 1 0.065215002 1 1.46E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 65210644 G C - - - - - - 31 0 0 44 0 0 32 2 6.2 64 0 0 63 9 14.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4.612074137 2 4.243070489 2 2 1 3 2 2 1 1 1 0.387925863 1 0.756929511 NA 3 NA 3 NA 2 NA 2 NA 0.612074137 NA 0.243070489 0 0 1 0.828615263 0.828615263 1 0 NA 0 1.046647405 1.046647405 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 0.011224977 1 1 1 3.62E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 66210954 G A - - - - - - 29 0 0 40 2 5 17 0 0 49 0 0 67 14 20.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4.612074137 2 4.243070489 2 2 1 3 2 2 1 1 1 0.387925863 1 0.756929511 NA 3 NA 3 NA 2 NA 2 NA 0.612074137 NA 0.243070489 0.576190476 0.576190476 1 0 0 1 0 NA 0 1.529715438 1.529715438 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.017193422 1 1 1 1 1 4.66E-19 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 66681796 G C CMTM4 CCDS42170.1 r.? - - intronic 31 0 0 25 4 16 20 1 5 79 0 0 67 10 14.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4.612074137 2 4.243070489 2 2 1 3 2 2 1 1 1 0.387925863 1 0.756929511 NA 3 NA 3 NA 2 NA 2 NA 0.612074137 NA 0.243070489 1.843809524 1.843809524 1 0.668238115 0.668238115 1 0 NA 0 1.090562681 1.090562681 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.00000727 1 0.09538952 1 1 1 1.87E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 68624225 G A - - - - - - 30 0 0 30 2 6.7 16 2 12.5 37 3 8.1 57 26 45.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4.612074137 2 4.243070489 2 2 1 3 2 2 1 1 1 0.387925863 1 0.756929511 NA 3 NA 3 NA 2 NA 2 NA 0.612074137 NA 0.243070489 0.772095238 0.772095238 1 1.670595289 1.670595289 1 1.384615385 1.384615385 1 3.337560955 1.112520318 3 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.009909649 1 0.002863359 1 0.000855237 1 1.57E-44 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 68814852 A C CDH1 CCDS10869.1 r.? - - intronic 40 0 0 33 0 0 25 2 8 51 0 0 64 10 15.6 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4.612074137 2 4.243070489 2 2 1 3 2 2 1 1 1 0.387925863 1 0.756929511 NA 3 NA 3 NA 2 NA 2 NA 0.612074137 NA 0.243070489 0 NA 0 1.069180985 1.069180985 1 0 NA 0 1.141797169 1.141797169 1 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 0.006948068 1 1 1 1.16E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 69713826 C G MIR1538 CCDS10882.1 r.? - - intronic 25 0 0 39 1 2.6 32 2 6.2 38 0 0 47 9 19.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4.612074137 2 4.243070489 2 2 1 3 2 2 1 1 1 0.387925863 1 0.756929511 NA 3 NA 3 NA 2 NA 2 NA 0.612074137 NA 0.243070489 0.299619048 0.299619048 1 0.828615263 0.828615263 1 0 NA 0 1.397969611 1.397969611 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.177567718 1 0.011224977 1 1 1 2.24E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 70446868 G A ST3GAL2 CCDS10890.1 r.? - - intronic 28 0 0 28 3 10.7 26 3 11.5 21 2 9.5 53 12 22.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4.612074137 2 4.243070489 2 2 1 3 2 2 1 1 1 0.387925863 1 0.756929511 NA 3 NA 3 NA 2 NA 2 NA 0.612074137 NA 0.243070489 1.233047619 1.233047619 1 1.536947666 1.536947666 1 1.623931624 1.623931624 1 1.654142052 0.941495969 1.756929511 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000372895 1 0.000298167 1 0.004928472 1 5.39E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 70564925 C T SF3B3 CCDS10894.1 r.? - - intronic 32 0 0 37 3 8.1 27 2 7.4 23 0 0 76 9 11.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4.612074137 2 4.243070489 2 2 1 3 2 2 1 1 1 0.387925863 1 0.756929511 NA 3 NA 3 NA 2 NA 2 NA 0.612074137 NA 0.243070489 0.933428571 0.933428571 1 0.988992411 0.988992411 1 0 NA 0 0.863667089 0.863667089 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.000855237 1 0.00807567 1 1 1 2.06E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 70584024 C G SF3B3 CCDS10894.1 r.? - - intronic 29 0 0 34 0 0 20 1 5 51 0 0 60 13 21.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4.612074137 2 4.243070489 2 2 1 3 2 2 1 1 1 0.387925863 1 0.756929511 NA 3 NA 3 NA 2 NA 2 NA 0.612074137 NA 0.243070489 0 0 1 0.668238115 0.668238115 1 0 NA 0 1.588269139 1.588269139 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 0.09538952 1 1 1 5.07E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 70784888 C T VAC14 CCDS10896.1 r.? - - intronic 34 0 0 30 2 6.7 30 6 20 24 2 8.3 58 9 15.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4.612074137 2 4.243070489 2 2 1 3 2 2 1 1 1 0.387925863 1 0.756929511 NA 3 NA 3 NA 2 NA 2 NA 0.612074137 NA 0.243070489 0.772095238 0.772095238 1 2.672952462 1.023306507 2.612074137 1.418803419 1.418803419 1 1.134477956 1.134477956 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.009909649 1 8.37E-09 1 0.006413403 1 1.67E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 70991544 A T HYDIN2 CCDS42189.1 r.? - - intronic 54 0 0 62 0 0 57 0 0 76 0 0 122 11 9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4.612074137 2 4.243070489 2 2 1 3 2 2 1 1 1 0.387925863 1 0.756929511 NA 3 NA 3 NA 2 NA 2 NA 0.612074137 NA 0.243070489 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 0.658729136 0.658729136 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 4.12E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 71241458 C T HYDIN2 CCDS42189.1 r.? - - intronic 32 0 0 40 0 0 18 0 0 60 0 0 68 16 23.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4.612074137 2 4.243070489 2 2 1 3 2 2 1 1 1 0.387925863 1 0.756929511 NA 3 NA 3 NA 2 NA 2 NA 0.612074137 NA 0.243070489 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 1.720014966 0.978989171 1.756929511 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.75E-22 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 71843064 G C AP1G1 CCDS32480.1 r.? - - upstream 12 0 0 12 0 0 10 0 0 3 0 0 25 6 24 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4.612074137 2 4.243070489 2 2 1 3 2 2 1 1 1 0.387925863 1 0.756929511 NA 3 NA 3 NA 2 NA 2 NA 0.612074137 NA 0.243070489 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 1.756611029 1.756611029 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.55E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 71876280 G C ATXN1L CCDS45523.1 r.? - - upstream 27 0 0 43 0 0 21 2 9.5 56 0 0 76 7 9.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4.612074137 2 4.243070489 2 2 1 3 2 2 1 1 1 0.387925863 1 0.756929511 NA 3 NA 3 NA 2 NA 2 NA 0.612074137 NA 0.243070489 0 0 1 1.269652419 1.269652419 1 0 NA 0 0.673367561 0.673367561 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 0.004928472 1 1 1 0.000000126 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 73436238 C T - - - - - - 28 0 0 29 4 13.8 29 1 3.4 57 3 5.3 52 6 11.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4.612074137 2 4.243070489 2 2 1 3 2 2 1 1 1 0.387925863 1 0.756929511 NA 3 NA 3 NA 2 NA 2 NA 0.612074137 NA 0.243070489 1.590285714 1.590285714 1 0.454401919 0.454401919 1 0.905982906 0.905982906 1 0.841709451 0.841709451 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.0000134 1 0.135292269 1 0.002989991 1 0.000000261 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 73959113 C T - - - - - - 39 0 0 38 1 2.6 37 0 0 67 0 0 53 9 17 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4.612074137 2 4.243070489 2 2 1 3 2 2 1 1 1 0.387925863 1 0.756929511 NA 3 NA 3 NA 2 NA 2 NA 0.612074137 NA 0.243070489 0.299619048 0.299619048 1 0 0 1 0 NA 0 1.244266146 1.244266146 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.173434892 1 1 1 1 1 7.1E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 74625236 A C GLG1 CCDS45527.1 r.? - - intronic 31 0 0 35 0 0 31 0 0 22 0 0 55 4 7.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4.612074137 2 4.243070489 2 2 1 3 2 2 1 1 1 0.387925863 1 0.756929511 NA 3 NA 3 NA 2 NA 2 NA 0.612074137 NA 0.243070489 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 0.534302521 0.534302521 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000173903 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 75007121 A G WDR59 CCDS32488.1 r.? - - intronic 35 0 0 48 0 0 20 0 0 34 0 0 40 5 12.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4.612074137 2 4.243070489 2 2 1 3 2 2 1 1 1 0.387925863 1 0.756929511 NA 3 NA 3 NA 2 NA 2 NA 0.612074137 NA 0.243070489 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 0.914901578 0.914901578 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.00000178 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 75283592 T A BCAR1 CCDS10915.1 r.? - - intronic 28 0 0 30 0 0 20 2 10 31 0 0 59 4 6.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4.612074137 2 4.243070489 2 2 1 3 2 2 1 1 1 0.387925863 1 0.756929511 NA 3 NA 3 NA 2 NA 2 NA 0.612074137 NA 0.243070489 0 0 1 1.336476231 1.336476231 1 0 NA 0 0.497706458 0.497706458 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 0.004473894 1 1 1 0.00022841 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 76166462 T C - - - - - - 31 0 0 42 0 0 25 0 0 69 1 1.4 59 10 16.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4.612074137 2 4.243070489 2 2 1 3 2 2 1 1 1 0.387925863 1 0.756929511 NA 3 NA 3 NA 2 NA 2 NA 0.612074137 NA 0.243070489 0 0 1 0 0 1 0.239316239 NA 0 1.236946933 1.236946933 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.292392265 1 4.91E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 77818141 T C VAT1L CCDS32492.1 r.? - - upstream 28 0 0 18 0 0 9 0 0 38 0 0 61 8 13.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4.612074137 2 4.243070489 2 2 1 3 2 2 1 1 1 0.387925863 1 0.756929511 NA 3 NA 3 NA 2 NA 2 NA 0.612074137 NA 0.243070489 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 0.958816853 0.958816853 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 9.09E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 78637523 G A WWOX CCDS42196.1 r.? - - intronic 39 0 0 39 0 0 18 0 0 44 0 0 73 12 16.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4.612074137 2 4.243070489 2 2 1 3 2 2 1 1 1 0.387925863 1 0.756929511 NA 3 NA 3 NA 2 NA 2 NA 0.612074137 NA 0.243070489 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 1.20035087 1.20035087 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 3.39E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 79751221 A G - - - - - - 40 0 0 39 3 7.7 29 1 3.4 76 3 3.9 71 10 14.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 1 100 TRUE FALSE 4 4.612074137 2 4.243070489 2 2 1 3 2 2 1 1 1 0.387925863 1 0.756929511 NA 3 NA 3 NA 2 NA 2 NA 0.612074137 NA 0.243070489 0.887333333 0.887333333 1 0.454401919 0.454401919 1 0.666666667 0.666666667 1 1.03200898 1.03200898 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 7.319212621 7.319212621 1 8 NA 1 1 0.000998458 1 0.135292269 1 0.006696581 1 3.42E-12 0.005 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 79995495 C T ENSG00000229319 ENST00000450672 r.? - - intronic 38 0 0 44 5 11.4 18 3 16.7 60 2 3.3 45 9 20 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4.612074137 2 4.243070489 2 2 1 3 2 2 1 1 1 0.387925863 1 0.756929511 NA 3 NA 3 NA 2 NA 2 NA 0.612074137 NA 0.243070489 1.313714286 1.313714286 1 2.231915306 2.231915306 1 0.564102564 0.564102564 1 1.463842524 1.463842524 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.00000288 1 0.0000964 1 0.036544784 1 1.47E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 80280518 C A - - - - - - 37 0 0 35 0 0 24 1 4.2 69 0 0 57 11 19.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 FALSE FALSE 4 4.612074137 2 4.243070489 2 2 1 3 2 2 1 1 1 0.387925863 1 0.756929511 NA 3 NA 3 NA 2 NA 2 NA 0.612074137 NA 0.243070489 0 0 1 0.561320017 0.561320017 1 0 NA 0 1.412608036 1.412608036 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 0 0 1 NA NA 1 1 1 1 0.113346489 1 1 1 7.29E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 80293370 G T - - - - - - 25 0 0 32 0 0 23 0 0 43 0 0 58 5 8.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4.612074137 2 4.243070489 2 2 1 3 2 2 1 1 1 0.387925863 1 0.756929511 NA 3 NA 3 NA 2 NA 2 NA 0.612074137 NA 0.243070489 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 0.629452285 0.629452285 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.0000115 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 80715587 G C CDYL2 CCDS32493.1 r.? - - intronic 33 0 0 33 1 3 19 0 0 73 0 0 43 6 14 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA FALSE FALSE 4 4.612074137 2 4.243070489 2 2 1 3 2 2 1 1 1 0.387925863 1 0.756929511 NA 3 NA 3 NA 2 NA 2 NA 0.612074137 NA 0.243070489 0.345714286 0.345714286 1 0 0 1 0 NA 0 1.024689767 1.024689767 1 NA NA 1 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.15245715 1 1 1 1 1 8.13E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 80867730 G T - - - - - - 27 0 0 50 0 0 24 0 0 63 0 0 67 8 11.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4.612074137 2 4.243070489 2 2 1 3 2 2 1 1 1 0.387925863 1 0.756929511 NA 3 NA 3 NA 2 NA 2 NA 0.612074137 NA 0.243070489 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 0.870986302 0.870986302 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.96E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 81593739 G A - - - - - - 21 0 0 19 0 0 29 6 20.7 13 0 0 59 7 11.9 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4.612074137 2 4.243070489 2 2 1 3 2 2 1 1 1 0.387925863 1 0.756929511 NA 3 NA 3 NA 2 NA 2 NA 0.612074137 NA 0.243070489 0 0 1 2.766505798 1.059122235 2.612074137 0 NA 0 0.870986302 0.870986302 1 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 6.72E-09 1 1 1 2.12E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 82509539 C T - - - - - - 34 0 0 33 0 0 17 2 11.8 68 0 0 77 14 18.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4.612074137 2 4.243070489 2 2 1 3 2 2 1 1 1 0.387925863 1 0.756929511 NA 3 NA 3 NA 2 NA 2 NA 0.612074137 NA 0.243070489 0 0 1 1.577041952 1.577041952 1 0 NA 0 1.332096697 1.332096697 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 0.003234386 1 1 1 3.82E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 83604031 A G CDH13 ENST00000268613 r.? - - intronic 24 0 0 31 0 0 14 0 0 54 0 0 55 8 14.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4.612074137 2 4.243070489 2 2 1 3 2 2 1 1 1 0.387925863 1 0.756929511 NA 3 NA 3 NA 2 NA 2 NA 0.612074137 NA 0.243070489 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 1.06128583 1.06128583 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 3.86E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 84295214 A T - - - - - - 31 0 0 42 1 2.4 24 2 8.3 55 1 1.8 61 7 11.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4.612074137 2 4.243070489 2 2 1 3 2 2 1 1 1 0.387925863 1 0.756929511 NA 3 NA 3 NA 2 NA 2 NA 0.612074137 NA 0.243070489 0.276571429 0.276571429 1 1.109275272 1.109275272 1 0.307692308 NA 0 0.841709451 0.841709451 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.189842622 1 0.006413403 1 0.240951649 1 2.69E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 84806726 G A USP10 CCDS45537.1 r.? - - intronic 23 0 0 30 0 0 22 0 0 53 0 0 48 5 10.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4.612074137 2 4.243070489 2 2 1 3 2 2 1 1 1 0.387925863 1 0.756929511 NA 3 NA 3 NA 2 NA 2 NA 0.612074137 NA 0.243070489 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 0.761198113 0.761198113 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.00000447 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 85319809 C G AC092275.1 ENST00000505771 r.? - - downstream 26 0 0 30 1 3.3 20 1 5 14 0 0 68 8 11.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4.612074137 2 4.243070489 2 2 1 3 2 2 1 1 1 0.387925863 1 0.756929511 NA 3 NA 3 NA 2 NA 2 NA 0.612074137 NA 0.243070489 0.380285714 0.380285714 1 0.668238115 0.668238115 1 0 NA 0 0.863667089 0.863667089 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.139615808 1 0.09538952 1 1 1 2.21E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 87814290 G A - - - - - - 37 0 0 41 0 0 36 0 0 39 0 0 57 13 22.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4.612074137 2 4.243070489 2 2 1 3 2 2 1 1 1 0.387925863 1 0.756929511 NA 3 NA 3 NA 2 NA 2 NA 0.612074137 NA 0.243070489 0 NA 0 0 0 1 0 NA 0 1.668780478 0.949827792 1.756929511 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.44E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 88781885 C T CTU2 CCDS45545.1 r.? - - downstream 35 0 0 17 3 17.6 11 0 0 7 0 0 54 18 33.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4.612074137 2 4.243070489 2 2 1 3 2 2 1 1 1 0.387925863 1 0.756929511 NA 3 NA 3 NA 2 NA 2 NA 0.612074137 NA 0.243070489 2.028190476 2.028190476 1 0 0 1 0 NA 0 2.437297803 0.88406243 2.756929511 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.0000807 1 1 1 1 1 3.12E-28 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 89017067 G A CBFA2T3 CCDS10972.1 r.? - - intronic 15 0 0 25 1 4 11 0 0 4 1 25 34 6 17.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4.612074137 2 4.243070489 2 2 1 3 2 2 1 1 1 0.387925863 1 0.756929511 NA 3 NA 3 NA 2 NA 2 NA 0.612074137 NA 0.243070489 0.460952381 0.460952381 1 0 0 1 4.273504274 4.273504274 1 1.288181421 1.288181421 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.117779757 1 1 1 0.019850499 1 1.86E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 89187677 C T ACSF3 CCDS10974.1 r.? - - intronic 37 0 0 23 2 8.7 17 3 17.6 7 1 14.3 63 14 22.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4.612074137 2 4.243070489 2 2 1 3 2 2 1 1 1 0.387925863 1 0.756929511 NA 3 NA 3 NA 2 NA 2 NA 0.612074137 NA 0.243070489 1.002571429 1.002571429 1 2.352198166 2.352198166 1 2.444444444 2.444444444 1 1.624865202 0.924832323 1.756929511 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.00589844 1 0.0000807 1 0.034479353 1 1.81E-19 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 16 89230941 C T ENSG00000205015 ENST00000378340 r.? - - upstream 33 0 0 25 0 0 20 0 0 8 0 0 55 8 14.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4.612074137 2 4.243070489 2 2 1 3 2 2 1 1 1 0.387925863 1 0.756929511 NA 3 NA 3 NA 2 NA 2 NA 0.612074137 NA 0.243070489 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 1.06128583 1.06128583 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 3.86E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 17 512269 C T VPS53 CCDS45558.1 r.? - - intronic 28 0 0 32 2 6.2 34 3 8.8 47 0 0 72 17 23.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 FALSE FALSE 4 4 3.076300547 3 4 4 0 3 0 0 0 0 1 1 -2.076300547 1 NA NA 1 NA NA NA 0 NA NA NA 3.076300547 NA 0.71447619 0.71447619 1 1.122236559 1.122236559 1 0 NA 0 1.433969543 1.433969543 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 0 0 1 NA NA 1 1 0.011224977 1 0.000666058 1 1 1 7.97E-24 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 17 653384 C G GEMIN4 CCDS45559.1 r.? - - intronic 43 0 0 31 0 0 19 0 0 75 0 0 59 18 30.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 3.076300547 3 4 4 0 3 0 0 0 0 1 1 -2.076300547 1 NA NA 1 NA NA NA 0 NA NA NA 3.076300547 NA 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 1.85322335 0.926611675 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.03E-27 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 17 3137368 G C - - - - - - 22 0 0 40 0 0 14 0 0 54 0 0 43 8 18.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 3.076300547 3 4 4 0 3 0 0 0 0 1 1 -2.076300547 1 NA NA 1 NA NA NA 0 NA NA NA 3.076300547 NA 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 1.130162437 1.130162437 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 4.85E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 17 3142100 A G - - - - - - 24 0 0 37 0 0 26 0 0 74 0 0 61 12 19.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 3.076300547 3 4 4 0 3 0 0 0 0 1 1 -2.076300547 1 NA NA 1 NA NA NA 0 NA NA NA 3.076300547 NA 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 1.197 1.197 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 3.39E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 17 3530645 C A SHPK CCDS11030.1 r.? - - intronic 25 0 0 38 3 7.9 23 5 21.7 74 1 1.4 44 7 15.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 3.076300547 3 4 4 0 3 0 0 0 0 1 1 -2.076300547 1 NA NA 1 NA NA NA 0 NA NA NA 3.076300547 NA 0.910380952 0.910380952 1 2.767333333 0.922444444 3 0.254384447 NA 0 0.966106599 0.966106599 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.000925091 1 9.75E-08 1 0.309906439 1 2.55E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 17 4632474 G A CXCL16 CCDS11052.1 r.? - - downstream 28 0 0 40 3 7.5 22 1 4.5 51 0 0 53 7 13.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 3.076300547 3 4 4 0 3 0 0 0 0 1 1 -2.076300547 1 NA NA 1 NA NA NA 0 NA NA NA 3.076300547 NA 0.864285714 0.864285714 1 0.573870968 0.573870968 1 0 NA 0 0.802050761 0.802050761 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.001075403 1 0.104413009 1 1 1 9.85E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 17 4649103 C T ZMYND15 CCDS45584.1 r.? - - intronic 27 0 0 4 0 0 0 0 NA 7 0 0 34 6 17.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 3.076300547 3 4 4 0 3 0 0 0 0 1 1 -2.076300547 1 NA NA 1 NA NA NA 0 NA NA NA 3.076300547 NA 0 0 1 NA NA 1 0 NA 0 1.069401015 1.069401015 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.86E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 17 6818920 A G - - - - - - 31 0 0 48 0 0 22 0 0 43 0 0 44 10 22.7 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 3.076300547 3 4 4 0 3 0 0 0 0 1 1 -2.076300547 1 NA NA 1 NA NA NA 0 NA NA NA 3.076300547 NA 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 1.379284264 1.379284264 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.08E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 17 7411326 C T POLR2A CCDS32548.1 r.? - - intronic 32 0 0 25 0 0 20 0 0 40 0 0 75 6 8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 3.076300547 3 4 4 0 3 0 0 0 0 1 1 -2.076300547 1 NA NA 1 NA NA NA 0 NA NA NA 3.076300547 NA 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 0.486091371 0.486091371 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.00000234 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 17 8564330 T C - - - - - - 23 0 0 32 2 6.2 17 0 0 39 1 2.6 33 5 15.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2.253441505 2 3.076300547 1.676536531 2 2 0 1 0 0 0 0 0.746558495 1 -2.076300547 0.323463469 3 NA 1 2 0 NA 0 0 0.253441505 NA 3.076300547 0.676536531 0.606189564 0.606189564 1 0 0 1 0.472428259 NA 0 0.722407157 0.722407157 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.011224977 1 1 1 0.177567718 1 0.00000066 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 17 9456597 G A STX8 CCDS32565.1 r.? - - intronic 42 0 0 27 0 0 12 0 0 69 0 0 42 8 19 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2.253441505 2 3.076300547 1.676536531 2 2 0 1 0 0 0 0 0.746558495 1 -2.076300547 0.323463469 3 NA 1 2 0 NA 0 0 0.253441505 NA 3.076300547 0.676536531 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 0.903008946 0.903008946 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 3.96E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 17 9691515 T A DHRS7C ENST00000330255 r.? - - intronic 35 0 0 24 0 0 22 0 0 44 0 0 31 4 12.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2.253441505 2 3.076300547 1.676536531 2 2 0 1 0 0 0 0 0.746558495 1 -2.076300547 0.323463469 3 NA 1 2 0 NA 0 0 0.253441505 NA 3.076300547 0.676536531 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 0.613095548 0.613095548 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.0000177 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 17 10217473 A G MYH13 CCDS45613.1 r.? - - intronic 38 0 0 32 3 9.4 32 0 0 52 3 5.8 53 9 17 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2.253441505 2 3.076300547 1.676536531 2 2 0 1 0 0 0 0 0.746558495 1 -2.076300547 0.323463469 3 NA 1 2 0 NA 0 0 0.253441505 NA 3.076300547 0.676536531 0.919061597 0.919061597 1 0 0 1 1.053878423 1.053878423 1 0.807955373 0.807955373 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000556213 1 1 1 0.002300591 1 7.1E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 17 10630177 A G TMEM220 CCDS32567.1 r.? - - intronic 21 0 0 26 0 0 28 0 0 58 0 0 59 8 13.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2.253441505 2 3.076300547 1.676536531 2 2 0 1 0 0 0 0 0.746558495 1 -2.076300547 0.323463469 3 NA 1 2 0 NA 0 0 0.253441505 NA 3.076300547 0.676536531 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 0.646364298 0.646364298 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 6.9E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 17 10732870 C A ENSG00000233670 CCDS45614.1 r.? - - upstream 32 0 0 29 1 3.4 15 0 0 32 2 6.2 47 8 17 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2.253441505 2 3.076300547 1.676536531 2 2 0 1 0 0 0 0 0.746558495 1 -2.076300547 0.323463469 3 NA 1 2 0 NA 0 0 0.253441505 NA 3.076300547 0.676536531 0.332426535 0.332426535 1 0 0 1 1.126559694 1.126559694 1 0.807955373 0.807955373 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.135292269 1 1 1 0.011224977 1 1.03E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 17 12255534 A T - - - - - - 35 0 0 45 0 0 29 0 0 41 0 0 97 6 6.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 7 7 7 7 7 7 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.624720812 0.624720812 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.0000105 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 17 12586994 G A MYOCD CCDS11163.1 r.? - - intronic 27 0 0 45 0 0 35 0 0 79 0 0 81 10 12.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 7 7 7 7 7 7 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.239365482 1.239365482 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.33E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 17 12783316 G C ENSG00000006740 CCDS45616.1 r.? - - intronic 45 0 0 60 0 0 30 0 0 66 0 0 76 11 14.5 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 7 7 7 7 7 7 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.461040609 1.461040609 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.08E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 17 12912997 C T ELAC2 CCDS11164.1 r.? - - intronic 32 0 0 56 0 0 29 0 0 59 0 0 93 8 8.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 7 7 7 7 7 7 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.866548223 0.866548223 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.73E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 17 13003372 T C - - - - - - 24 0 0 35 0 0 29 3 10.3 53 0 0 82 7 8.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 7 7 7 7 7 7 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.622526882 1.622526882 1 0 0 1 0.856472081 0.856472081 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 1 1 0.000414371 1 1 1 0.000000214 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 17 13186055 G C - - - - - - 44 0 0 45 0 0 29 0 0 72 0 0 102 10 9.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 7 7 7 7 7 7 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.987461929 0.987461929 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.37E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 17 13614760 A C - - - - - - 40 0 0 43 0 0 25 0 0 79 0 0 92 5 5.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 7 7 7 7 7 7 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.544111675 0.544111675 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000107074 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 17 13712457 C T - - - - - - 40 0 0 59 0 0 31 0 0 54 0 0 96 9 9.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 7 7 7 7 7 7 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.94715736 0.94715736 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.71E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 17 13734315 T G - - - - - - 37 0 0 55 0 0 25 0 0 77 1 1.3 96 11 11.5 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 7 7 7 7 7 7 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.287222222 0.287222222 1 1.158756345 1.158756345 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.320206172 1 2.92E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 17 13950528 T A - - - - - - 32 0 0 42 0 0 30 0 0 65 0 0 92 7 7.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 7 7 7 7 7 7 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.765786802 0.765786802 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000000472 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 17 14560571 T A - - - - - - 33 0 0 42 4 9.5 28 2 7.1 46 2 4.3 74 6 8.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 7 7 7 7 7 7 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.379761905 1.379761905 1 1.11844086 1.11844086 1 0.950042735 0.950042735 1 0.816167513 0.816167513 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.0000601 1 0.008668191 1 0.022369545 1 0.00000216 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 17 15094260 G C - - - - - - 33 0 0 65 10 15.4 32 6 18.8 65 5 7.7 124 40 32.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 7 7 7 7 7 7 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.236666667 1.118333333 2 2.961505376 0.987168459 3 1.701239316 1.701239316 1 3.254593909 1.084864636 3 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 1.36E-12 1 1.27E-08 1 0.0000201 1 3.36E-60 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 17 15748717 T C - - - - - - 38 0 0 41 2 4.9 37 2 5.4 45 5 11.1 117 17 14.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 TRUE FALSE 7 7 7 7 7 7 7 7 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.711666667 0.711666667 1 0.850645161 0.850645161 1 2.452435897 0.817478632 3 1.461040609 1.461040609 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 0 0 1 8 NA 1 1 0.018015855 1 0.014826063 1 0.00000323 1 5.69E-20 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 17 16661341 G C CCDC144A CCDS45621.1 r.? - - intronic 50 0 0 44 0 0 28 0 0 94 0 0 80 6 7.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 2.766682956 2.595714636 4 4 0 2 0 0 0 0 1 1 -1.766682956 0.404285364 NA NA 1 3 NA NA 0 0 NA NA 2.766682956 0.595714636 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 0.425389258 0.714082267 0.595714636 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.00000342 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 17 18059293 C T MYO15A CCDS42271.1 r.? - - intronic 39 0 0 39 4 10.3 23 2 8.7 30 0 0 56 6 10.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 2.766682956 2.595714636 4 4 0 2 0 0 0 0 1 1 -1.766682956 0.404285364 NA NA 1 3 NA NA 0 0 NA NA 2.766682956 0.595714636 1.186952381 1.186952381 1 1.109483871 1.109483871 1 0 NA 0 0.606888674 0.606888674 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.0000447 1 0.00589844 1 1 1 0.000000409 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 17 21230991 G C - - - - - - 69 0 0 95 1 1.1 82 0 0 171 1 0.6 198 13 6.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 2.766682956 3.652405047 4 4 0 3 0 0 0 0 1 1 -1.766682956 0.347594953 NA NA 1 4 NA NA 0 0 NA NA 2.766682956 0.652405047 0.126761905 0.126761905 1 0 0 1 0.1071642 NA 0 0.444084114 0.680687735 0.652405047 NA NA 1 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.378855462 1 1 1 0.575627916 1 3.99E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 17 25990566 C T - - - - - - 41 0 0 27 0 0 27 0 0 31 0 0 50 11 22 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 2.766682956 3.652405047 4 4 0 3 0 0 0 0 1 1 -1.766682956 0.347594953 NA NA 1 4 NA NA 0 0 NA NA 2.766682956 0.652405047 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 1.480280379 1.480280379 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.52E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 17 26863108 C T FOXN1 CCDS11232.1 r.? - - intronic 30 0 0 50 4 8 27 3 11.1 38 0 0 84 14 16.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 5.201412077 3.652405047 4 4 3 3 0 0 0 0 1 1 -1.201412077 0.347594953 NA NA 4 4 NA NA 0 0 NA NA 2.201412077 0.652405047 0.921904762 0.921904762 1 1.415548387 1.415548387 1 0 0 1 1.123667379 1.123667379 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 0.000119787 1 0.000334187 1 1 1 1.4E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 17 27916101 G C GIT1 CCDS11250.1 r.? - - intronic 30 0 0 6 0 0 1 0 0 5 0 0 41 6 14.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 5.201412077 3.652405047 4 4 3 3 0 0 0 0 1 1 -1.201412077 0.347594953 NA NA 4 4 NA NA 0 0 NA NA 2.201412077 0.652405047 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.982367888 0.982367888 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 6.05E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 17 29426304 C A NF1 CCDS42292.1 r.? - - intronic 38 0 0 40 3 7.5 18 2 11.1 72 1 1.4 50 6 12 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 5.201412077 3.652405047 4 4 3 3 0 0 0 0 1 1 -1.201412077 0.347594953 NA NA 4 4 NA NA 0 0 NA NA 2.201412077 0.652405047 0.864285714 0.864285714 1 1.415548387 1.415548387 1 0.284136008 0.284136008 1 0.807425662 0.807425662 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.001075403 1 0.003626632 1 0.302953399 1 0.000000206 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 17 29553331 G A NF1 CCDS42292.1 r.? - - intronic 19 0 0 25 0 0 26 1 3.8 56 0 0 39 5 12.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 5.201412077 3.652405047 4 4 3 3 0 0 0 0 1 1 -1.201412077 0.347594953 NA NA 4 4 NA NA 0 0 NA NA 2.201412077 0.652405047 0 0 1 0.484602151 0.484602151 1 0 0 1 0.861254039 0.861254039 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 1 1 0.122190858 1 1 1 0.00000156 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 17 31121333 T C MYO1D CCDS32615.1 r.? - - intronic 31 0 0 27 0 0 20 0 0 78 0 0 59 7 11.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 5.201412077 3.652405047 4 4 3 3 0 0 0 0 1 1 -1.201412077 0.347594953 NA NA 4 4 NA NA 0 0 NA NA 2.201412077 0.652405047 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.800697114 0.800697114 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.12E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 17 31643927 G T ACCN1 CCDS42296.1 r.? - - intronic 35 0 0 39 0 0 19 0 0 77 0 0 59 8 13.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 5.201412077 3.652405047 4 4 3 3 0 0 0 0 1 1 -1.201412077 0.347594953 NA NA 4 4 NA NA 0 0 NA NA 2.201412077 0.652405047 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.915082416 0.915082416 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 6.9E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 17 32324909 A T ACCN1 CCDS42296.1 r.? - - intronic 46 0 0 35 0 0 29 0 0 74 0 0 52 7 13.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 5.201412077 3.652405047 4 4 3 3 0 0 0 0 1 1 -1.201412077 0.347594953 NA NA 4 4 NA NA 0 0 NA NA 2.201412077 0.652405047 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.908353869 0.908353869 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 8.58E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 17 34102868 G T MMP28 CCDS45651.1 r.? - - downstream 35 0 0 45 0 0 16 0 0 30 0 0 51 7 13.7 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 5.201412077 3.652405047 4 4 3 3 0 0 0 0 1 1 -1.201412077 0.347594953 NA NA 4 4 NA NA 0 0 NA NA 2.201412077 0.652405047 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.921810964 0.921810964 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 7.46E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 17 34401235 C T CCL18 CCDS11306.1 r.? - - downstream 27 0 0 34 0 0 19 0 0 85 1 1.2 62 11 17.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 5.201412077 3.652405047 4 4 3 3 0 0 0 0 1 1 -1.201412077 0.347594953 NA NA 4 4 NA NA 0 0 NA NA 2.201412077 0.652405047 0 0 1 0 0 1 0.24354515 0.24354515 1 1.190952851 1.190952851 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.346926798 1 1.96E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 17 34757379 C T TBC1D3H CCDS45653.1 r.? - - upstream 73 0 0 57 3 5.3 25 0 0 56 3 5.4 113 18 15.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 5.201412077 3.652405047 4 4 3 3 0 0 0 0 1 1 -1.201412077 0.347594953 NA NA 4 4 NA NA 0 0 NA NA 2.201412077 0.652405047 0.610761905 0.610761905 1 0 0 1 1.095953175 1.095953175 1 1.069839001 1.069839001 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.002989991 1 1 1 0.00284314 1 8.2E-22 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 17 35266000 G A - - - - - - 34 0 0 34 0 0 26 0 0 33 0 0 56 7 12.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 5.201412077 3.652405047 4 4 3 3 0 0 0 0 1 1 -1.201412077 0.347594953 NA NA 4 4 NA NA 0 0 NA NA 2.201412077 0.652405047 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.841068397 0.841068397 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.46E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 17 39217947 C A KRTAP2-3 CCDS32648.1 r.? - - downstream 42 0 0 42 0 0 22 0 0 80 0 0 64 9 14.1 1 0 0 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 5.201412077 3.652405047 4 4 3 3 0 0 0 0 1 1 -1.201412077 0.347594953 NA NA 4 4 NA NA 0 0 NA NA 2.201412077 0.652405047 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.948725152 0.948725152 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 4.2E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 17 39829299 C T - - - - - - 30 0 0 43 0 0 20 0 0 27 0 0 66 7 10.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 5.201412077 3.652405047 4 4 3 3 0 0 0 0 1 1 -1.201412077 0.347594953 NA NA 4 4 NA NA 0 0 NA NA 2.201412077 0.652405047 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.713226001 0.713226001 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000000047 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 17 40447255 C T STAT5A CCDS11424.1 r.? - - intronic 25 0 0 33 4 12.1 16 2 12.5 45 1 2.2 43 8 18.6 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 5.201412077 3.652405047 4 4 3 3 0 0 0 0 1 1 -1.201412077 0.347594953 NA NA 4 4 NA NA 0 0 NA NA 2.201412077 0.652405047 1.394380952 1.394380952 1 1.594086022 1.594086022 1 0.446499442 0.446499442 1 1.251509775 1.251509775 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.0000228 1 0.002863359 1 0.201934322 1 4.85E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 17 40600876 A G - - - - - - 19 0 0 27 0 0 7 0 0 10 0 0 42 7 16.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 5.201412077 3.652405047 4 4 3 3 0 0 0 0 1 1 -1.201412077 0.347594953 NA NA 4 4 NA NA 0 0 NA NA 2.201412077 0.652405047 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.123667379 1.123667379 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.81E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 17 41444576 G A ENSG00000188825 ENST00000341011 r.? - - downstream 29 0 0 37 0 0 24 0 0 36 0 0 57 7 12.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 5.201412077 3.652405047 4 4 3 3 0 0 0 0 1 1 -1.201412077 0.347594953 NA NA 4 4 NA NA 0 0 NA NA 2.201412077 0.652405047 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.827611303 0.827611303 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.66E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 17 43953354 G C - - - - - - 24 0 0 34 2 5.9 21 2 9.5 35 1 2.9 50 9 18 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 5.201412077 5 4 4 3 3 0 0 0 2 1 1 -1.201412077 1 NA NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 2.201412077 NA 0.679904762 0.679904762 1 1.211505376 1.211505376 1 0.588567446 NA 0 1.453705584 1.453705584 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.012612579 1 0.004928472 1 0.16091139 1 4.07E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 17 44132620 A G KIAA1267 CCDS11503.1 r.? - - intronic 21 0 0 39 0 0 24 0 0 21 0 0 54 11 20.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 1 0 0 FALSE FALSE 4 4 5.201412077 5 4 4 3 3 0 0 0 2 1 1 -1.201412077 1 NA NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 2.201412077 NA 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 1.647532995 1.647532995 1 NA NA 1 NA NA 1 0 NA 0 0 NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 3.84E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 17 44844394 A C WNT3 CCDS11505.1 r.? - - intronic 30 0 0 34 0 0 25 0 0 42 0 0 69 9 13 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 5.201412077 3.644488395 4 4 3 3 0 0 0 0 1 1 -1.201412077 0.355511605 NA NA 4 4 NA NA 0 0 NA NA 2.201412077 0.644488395 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.873681968 0.873681968 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 8.45E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 17 45507944 T C C17orf57 CCDS11512.1 r.? - - intronic 40 0 0 30 2 6.7 15 2 13.3 64 4 6.2 59 11 18.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 5.201412077 3.644488395 4 4 3 3 0 0 0 0 1 1 -1.201412077 0.355511605 NA NA 4 4 NA NA 0 0 NA NA 2.201412077 0.644488395 0.772095238 0.772095238 1 1.696107527 1.696107527 1 1.258316609 1.258316609 1 1.250037278 1.250037278 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.009909649 1 0.002513772 1 0.000312605 1 1.1E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 17 46597177 C G - - - - - - 26 0 0 35 0 0 24 0 0 57 0 0 60 6 10 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 5.201412077 3.644488395 4 4 3 3 0 0 0 0 1 1 -1.201412077 0.355511605 NA NA 4 4 NA NA 0 0 NA NA 2.201412077 0.644488395 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.672063053 0.672063053 1 NA NA 1 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000000621 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 17 46612908 C G HOXB1 CCDS32675.1 r.? - - upstream 33 0 0 35 2 5.7 24 1 4.2 21 1 4.8 58 6 10.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 5.201412077 3.644488395 4 4 3 3 0 0 0 0 1 1 -1.201412077 0.355511605 NA NA 4 4 NA NA 0 0 NA NA 2.201412077 0.644488395 0.656857143 0.656857143 1 0.535612903 0.535612903 1 0.9741806 0.9741806 1 0.692224944 0.692224944 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.013332991 1 0.113346489 1 0.099912572 1 0.000000506 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 17 47273988 A T - - - - - - 26 0 0 33 0 0 19 0 0 95 0 0 55 5 9.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 5.201412077 3.644488395 4 4 3 3 0 0 0 0 1 1 -1.201412077 0.355511605 NA NA 4 4 NA NA 0 0 NA NA 2.201412077 0.644488395 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.611577378 0.611577378 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.00000883 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 17 47322554 G A - - - - - - 32 0 0 37 0 0 26 0 0 29 0 0 67 8 11.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 5.201412077 3.644488395 4 4 3 3 0 0 0 0 1 1 -1.201412077 0.355511605 NA NA 4 4 NA NA 0 0 NA NA 2.201412077 0.644488395 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.799755033 0.799755033 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.96E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 17 48701075 G A CACNA1G CCDS45735.1 r.? - - intronic 29 0 0 29 1 3.4 12 1 8.3 9 0 0 57 9 15.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 5.201412077 3.644488395 4 4 3 3 0 0 0 0 1 1 -1.201412077 0.355511605 NA NA 4 4 NA NA 0 0 NA NA 2.201412077 0.644488395 0.391809524 0.391809524 1 1.058473118 1.058473118 1 0 0 1 1.061859623 1.061859623 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.135292269 1 0.058377193 1 1 1 1.42E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 17 49588439 G T - - - - - - 32 0 0 37 1 2.7 16 1 6.2 66 3 4.5 60 14 23.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 5.201412077 3.644488395 4 4 3 3 0 0 0 0 1 1 -1.201412077 0.355511605 NA NA 4 4 NA NA 0 0 NA NA 2.201412077 0.644488395 0.311142857 0.311142857 1 0.790666667 0.790666667 1 0.913294313 0.913294313 1 1.565906913 0.952215241 1.644488395 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.169281299 1 0.077068876 1 0.004522888 1 8.54E-20 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 17 49915015 C G CA10 CCDS32684.1 r.? - - intronic 29 0 0 40 0 0 19 0 0 71 0 0 55 11 20 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 5.201412077 3.644488395 4 4 3 3 0 0 0 0 1 1 -1.201412077 0.355511605 NA NA 4 4 NA NA 0 0 NA NA 2.201412077 0.644488395 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.344126105 1.344126105 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 4.77E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 17 50158800 C T CA10 CCDS32684.1 r.? - - intronic 30 0 0 40 0 0 21 0 0 36 0 0 62 7 11.3 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 5.201412077 3.644488395 4 4 3 3 0 0 0 0 1 1 -1.201412077 0.355511605 NA NA 4 4 NA NA 0 0 NA NA 2.201412077 0.644488395 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.75943125 0.75943125 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 3.02E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 17 50425763 G T - - - - - - 35 0 0 39 0 0 22 0 0 70 1 1.4 67 10 14.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 5.201412077 3.644488395 4 4 3 3 0 0 0 0 1 1 -1.201412077 0.355511605 NA NA 4 4 NA NA 0 0 NA NA 2.201412077 0.644488395 0 0 1 0 0 1 0.284136008 0.284136008 1 1.001373948 1.001373948 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.295930304 1 1.87E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 17 50435851 T A - - - - - - 32 0 0 40 0 0 9 0 0 75 0 0 47 7 14.9 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 5.201412077 3.644488395 4 4 3 3 0 0 0 0 1 1 -1.201412077 0.355511605 NA NA 4 4 NA NA 0 0 NA NA 2.201412077 0.644488395 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.001373948 1.001373948 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 4.12E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 17 50435852 C A - - - - - - 32 0 0 40 0 0 11 0 0 75 0 0 46 6 13 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 5.201412077 3.644488395 4 4 3 3 0 0 0 0 1 1 -1.201412077 0.355511605 NA NA 4 4 NA NA 0 0 NA NA 2.201412077 0.644488395 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.873681968 0.873681968 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000000123 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 17 50703298 G A - - - - - - 31 0 0 46 3 6.5 22 0 0 92 1 1.1 61 10 16.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 5.201412077 3.644488395 4 4 3 3 0 0 0 0 1 1 -1.201412077 0.355511605 NA NA 4 4 NA NA 0 0 NA NA 2.201412077 0.644488395 0.749047619 0.749047619 1 0 0 1 0.223249721 0.223249721 1 1.102183406 1.102183406 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.001615827 1 1 1 0.36944434 1 6.98E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 17 52125613 G A - - - - - - 29 0 0 39 2 5.1 17 3 17.6 65 4 6.2 62 6 9.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 5.201412077 3.644488395 4 4 3 3 0 0 0 0 1 1 -1.201412077 0.355511605 NA NA 4 4 NA NA 0 0 NA NA 2.201412077 0.644488395 0.587714286 0.587714286 1 2.244473118 2.244473118 1 1.258316609 1.258316609 1 0.651901161 0.651901161 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.016387522 1 0.0000807 1 0.000331785 1 0.000000756 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 17 52889105 G A - - - - - - 35 0 0 35 4 11.4 18 2 11.1 93 4 4.3 65 7 10.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 5.201412077 3.644488395 4 4 3 3 0 0 0 0 1 1 -1.201412077 0.355511605 NA NA 4 4 NA NA 0 0 NA NA 2.201412077 0.644488395 1.313714286 1.313714286 1 1.415548387 1.415548387 1 0.872703454 0.872703454 1 0.725828097 0.725828097 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.0000289 1 0.003626632 1 0.001280785 1 4.22E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 17 56270253 C T EPX CCDS11602.1 r.132c>u c.46C>T p.L16F missense 28 0 0 48 0 0 18 0 0 18 0 0 47 6 12.8 150 0 0 224 0 0 81 0 0 181 0 0 228 26 11.4 TRUE FALSE 4 4 5.201412077 3.644488395 4 4 3 3 0 0 0 0 1 1 -1.201412077 0.355511605 NA NA 4 4 NA NA 0 0 NA NA 2.201412077 0.644488395 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.860240707 0.860240707 1 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 0.76615188 0.76615188 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000000141 6.42E-27 YES 0_0 0_0 0_0 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b 17 59072437 C T BCAS3 CCDS45749.1 r.? - - intronic 46 0 0 52 0 0 34 0 0 20 0 0 69 8 11.6 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 5.201412077 3.644488395 4 4 3 3 0 0 0 0 1 1 -1.201412077 0.355511605 NA NA 4 4 NA NA 0 0 NA NA 2.201412077 0.644488395 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.779593141 0.779593141 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.49E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 17 59374137 A G BCAS3 CCDS45749.1 r.? - - intronic 33 0 0 41 2 4.9 12 1 8.3 66 4 6.1 60 9 15 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 5.201412077 3.644488395 4 4 3 3 0 0 0 0 1 1 -1.201412077 0.355511605 NA NA 4 4 NA NA 0 0 NA NA 2.201412077 0.644488395 0.564666667 0.564666667 1 1.058473118 1.058473118 1 1.238021179 1.238021179 1 1.008094579 1.008094579 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.018015855 1 0.058377193 1 0.000351793 1 2.29E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 17 59430006 G T BCAS3 CCDS45749.1 r.? - - intronic 29 0 0 35 0 0 25 0 0 39 0 0 54 12 22.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 5.201412077 3.644488395 4 4 3 3 0 0 0 0 1 1 -1.201412077 0.355511605 NA NA 4 4 NA NA 0 0 NA NA 2.201412077 0.644488395 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.491979977 1.491979977 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 6.9E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 17 59750427 C T - - - - - - 34 0 0 44 2 4.5 19 0 0 54 3 5.6 69 13 18.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 5.201412077 3.644488395 4 4 3 3 0 0 0 0 1 1 -1.201412077 0.355511605 NA NA 4 4 NA NA 0 0 NA NA 2.201412077 0.644488395 0.518571429 0.518571429 1 0 0 1 1.136544034 1.136544034 1 1.263478539 1.263478539 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.020580492 1 1 1 0.00256299 1 3.64E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 17 64997671 G C CACNG4 CCDS11667.1 r.? - - intronic 28 0 0 30 0 0 14 0 0 24 0 0 91 13 14.3 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 5.201412077 3.644488395 4 4 3 3 0 0 0 0 1 1 -1.201412077 0.355511605 NA NA 4 4 NA NA 0 0 NA NA 2.201412077 0.644488395 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.961050165 0.961050165 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.63E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 17 65401986 G A PITPNC1 ENST00000423236 r.? - - intronic 25 0 0 34 3 8.8 21 3 14.3 56 5 8.9 56 7 12.5 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 5.201412077 3.644488395 4 4 3 3 0 0 0 0 1 1 -1.201412077 0.355511605 NA NA 4 4 NA NA 0 0 NA NA 2.201412077 0.644488395 1.014095238 1.014095238 1 1.823634409 1.823634409 1 1.806293196 1.806293196 1 0.840078816 0.840078816 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000666058 1 0.000155401 1 0.00000965 1 1.46E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 17 67315561 G C ABCA5 CCDS11685.1 r.? - - upstream 28 0 0 48 3 6.2 14 1 7.1 65 2 3.1 59 10 16.9 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 5.201412077 3.644488395 4 4 3 3 0 0 0 0 1 1 -1.201412077 0.355511605 NA NA 4 4 NA NA 0 0 NA NA 2.201412077 0.644488395 0.71447619 0.71447619 1 0.90544086 0.90544086 1 0.629158304 0.629158304 1 1.135786559 1.135786559 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.001827434 1 0.067769881 1 0.042252341 1 4.91E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 17 67674601 C T - - - - - - 39 0 0 34 0 0 25 0 0 81 0 0 65 10 15.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 5.201412077 3.644488395 4 4 3 3 0 0 0 0 1 1 -1.201412077 0.355511605 NA NA 4 4 NA NA 0 0 NA NA 2.201412077 0.644488395 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.034977101 1.034977101 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.36E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 17 67899591 A G - - - - - - 29 0 0 42 0 0 16 0 0 87 0 0 65 12 18.5 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 5.201412077 3.644488395 4 4 3 3 0 0 0 0 1 1 -1.201412077 0.355511605 NA NA 4 4 NA NA 0 0 NA NA 2.201412077 0.644488395 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.243316647 1.243316647 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 7.7E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 17 68199973 C T - - - - - - 41 0 0 43 3 7 20 2 10 81 0 0 70 10 14.3 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 5.201412077 3.644488395 4 4 3 3 0 0 0 0 1 1 -1.201412077 0.355511605 NA NA 4 4 NA NA 0 0 NA NA 2.201412077 0.644488395 0.806666667 0.806666667 1 1.275268817 1.275268817 1 0 0 1 0.961050165 0.961050165 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 0.001328364 1 0.004473894 1 1 1 2.95E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 17 69431676 G A - - - - - - 20 0 0 33 2 6.1 21 1 4.8 79 4 5.1 48 11 22.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 5.201412077 3.644488395 4 4 3 3 0 0 0 0 1 1 -1.201412077 0.355511605 NA NA 4 4 NA NA 0 0 NA NA 2.201412077 0.644488395 0.702952381 0.702952381 1 0.612129032 0.612129032 1 1.035066888 1.035066888 1 1.539024391 1.539024391 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.011909843 1 0.099912572 1 0.000696582 1 9.31E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 17 71654503 C T - - - - - - 29 0 0 43 1 2.3 26 0 0 44 0 0 53 9 17 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 5.201412077 3.644488395 4 4 3 3 0 0 0 0 1 1 -1.201412077 0.355511605 NA NA 4 4 NA NA 0 0 NA NA 2.201412077 0.644488395 0.265047619 0.265047619 1 0 0 1 0 0 1 1.14250719 1.14250719 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 0.193893409 1 1 1 1 1 7.1E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 17 71909367 G T - - - - - - 41 0 0 41 0 0 29 0 0 89 0 0 50 7 14 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 5.201412077 3.644488395 4 4 3 3 0 0 0 0 1 1 -1.201412077 0.355511605 NA NA 4 4 NA NA 0 0 NA NA 2.201412077 0.644488395 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 0.940888274 0.940888274 1 NA NA 1 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 6.46E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 17 72163518 A C - - - - - - 30 0 0 52 0 0 27 0 0 63 0 0 60 7 11.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 5.201412077 3.644488395 4 4 3 3 0 0 0 0 1 1 -1.201412077 0.355511605 NA NA 4 4 NA NA 0 0 NA NA 2.201412077 0.644488395 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.786313772 0.786313772 1 NA NA 1 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.39E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 17 72389873 C T - - - - - - 29 0 0 46 3 6.5 11 1 9.1 41 0 0 59 8 13.6 0 0 NA 1 1 100 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 5.201412077 3.644488395 4 4 3 3 0 0 0 0 1 1 -1.201412077 0.355511605 NA NA 4 4 NA NA 0 0 NA NA 2.201412077 0.644488395 0.749047619 0.749047619 1 1.160494624 1.160494624 1 0 0 1 0.914005752 0.914005752 1 11.52380952 11.52380952 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 0.001615827 0.005 0.05364542 1 1 1 6.9E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 17 72872990 C T FDXR CCDS11707.1 r.? - - upstream 30 0 0 25 2 8 18 2 11.1 35 0 0 63 5 7.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 7.497957823 3.644488395 4 4 0 3 0 0 0 0 1 1 -6.497957823 0.355511605 NA NA 1 4 NA NA 0 0 NA NA 7.497957823 0.644488395 0.921904762 0.921904762 1 1.415548387 1.415548387 1 0 NA 0 0.530929812 0.530929812 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.006948068 1 0.003626632 1 1 1 0.0000173 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 17 72966200 C A C17orf28 CCDS32726.1 r.? - - intronic 22 0 0 49 0 0 28 0 0 34 0 0 71 7 9.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 6 7.497957823 5 6 6 0 5 0 0 0 0 1 1 -6.497957823 1 NA NA 1 NA NA NA 0 NA NA NA 7.497957823 NA 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 0.799538071 0.799538071 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 7.85E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 17 74129407 G C FOXJ1 CCDS32739.1 r.? - - downstream 19 0 0 39 1 2.6 26 2 7.7 32 1 3.1 88 7 8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 6 7.497957823 5 6 6 0 5 0 0 0 0 1 1 -6.497957823 1 NA NA 1 NA NA NA 0 NA NA NA 7.497957823 NA 0.351619048 0.351619048 1 1.135956989 1.135956989 1 0.700351222 NA 0 0.646091371 0.646091371 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.177567718 1 0.007502227 1 0.14819814 1 0.000000348 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 17 76156727 G A C17orf99 ENST00000451352 r.? - - intronic 26 0 0 39 0 0 32 1 3.1 28 0 0 75 7 9.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 FALSE FALSE 6 6 7.497957823 5 6 6 0 5 0 0 0 0 1 1 -6.497957823 1 NA NA 1 NA NA NA 0 NA NA NA 7.497957823 NA 0 0 1 0.457333333 0.457333333 1 0 NA 0 0.751081218 0.751081218 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 1 1 1 1 0.14819814 1 1 1 0.000000115 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 17 76219397 A C BIRC5 CCDS32752.1 r.? - - intronic 30 0 0 40 0 0 21 0 0 47 0 0 76 11 14.5 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 6 7.497957823 5 6 6 0 5 0 0 0 0 1 1 -6.497957823 1 NA NA 1 NA NA NA 0 NA NA NA 7.497957823 NA 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 1.171040609 1.171040609 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.08E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 17 76487474 G A DNAH17 ENST00000300671 r.? - - intronic 29 0 0 53 2 3.8 20 2 10 5 0 0 58 6 10.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 6 7.497957823 5 6 6 0 5 0 0 0 0 1 1 -6.497957823 1 NA NA 1 NA NA NA 0 NA NA NA 7.497957823 NA 0.513904762 0.513904762 1 1.475268817 1.475268817 1 0 NA 0 0.83184264 0.83184264 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.029108399 1 0.004473894 1 1 1 0.000000506 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 17 76517204 G T DNAH17 ENST00000300671 r.? - - intronic 30 0 0 55 2 3.6 27 1 3.7 40 0 0 64 7 10.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 6 7.497957823 5 6 6 0 5 0 0 0 0 1 1 -6.497957823 1 NA NA 1 NA NA NA 0 NA NA NA 7.497957823 NA 0.486857143 0.486857143 1 0.545849462 0.545849462 1 0 NA 0 0.880299492 0.880299492 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.031164417 1 0.126579904 1 1 1 3.78E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 17 77680845 C A ENSG00000214105 ENST00000397549 r.? - - upstream 20 0 0 34 0 0 19 0 0 4 0 0 74 9 12.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 6 7.497957823 5 6 6 0 5 0 0 0 0 1 1 -6.497957823 1 NA NA 1 NA NA NA 0 NA NA NA 7.497957823 NA 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 0.98528934 0.98528934 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.61E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 17 78734789 A T RPTOR CCDS11773.1 r.? - - intronic 40 0 0 48 0 0 22 0 0 62 0 0 83 7 8.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 6 7.497957823 5 6 6 0 5 0 0 0 0 1 1 -6.497957823 1 NA NA 1 NA NA NA 0 NA NA NA 7.497957823 NA 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 0.678395939 0.678395939 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000000233 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 17 79170896 C T AZI1 CCDS45808.1 r.? - - intronic 28 0 0 16 0 0 3 0 0 4 0 0 67 7 10.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 6 7.497957823 5 6 6 0 5 0 0 0 0 1 1 -6.497957823 1 NA NA 1 NA NA NA 0 NA NA NA 7.497957823 NA 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 0.839918782 0.839918782 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 5.23E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 17 79948630 G C ASPSCR1 CCDS11796.1 r.? - - intronic 36 0 0 37 0 0 28 0 0 15 0 0 61 7 11.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 6 7.497957823 5 6 6 0 5 0 0 0 0 1 1 -6.497957823 1 NA NA 1 NA NA NA 0 NA NA NA 7.497957823 NA 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 0.928756345 0.928756345 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.69E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 17 79948875 G C ASPSCR1 CCDS11796.1 r.? - - intronic 35 0 0 34 0 0 11 0 0 13 0 0 72 10 13.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 6 7.497957823 5 6 6 0 5 0 0 0 0 1 1 -6.497957823 1 NA NA 1 NA NA NA 0 NA NA NA 7.497957823 NA 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 1.122583756 1.122583756 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 3.95E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 17 79948894 G A ASPSCR1 CCDS11796.1 r.? - - intronic 39 0 0 37 0 0 14 0 0 8 0 0 71 9 12.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 6 7.497957823 5 6 6 0 5 0 0 0 0 1 1 -6.497957823 1 NA NA 1 NA NA NA 0 NA NA NA 7.497957823 NA 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 1.025670051 1.025670051 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.1E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 17 80042076 G A FASN CCDS11801.1 r.? - - intronic 40 0 0 14 1 7.1 11 1 9.1 8 0 0 74 13 17.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.067769881 1 0.05364542 1 1 1 9.62E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 1393854 C G - - - - - - 30 0 0 34 0 0 24 0 0 68 0 0 42 11 26.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 1 2 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.329949239 1.329949239 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.81E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 1754443 G C - - - - - - 31 0 0 39 2 5.1 31 4 12.9 72 2 2.8 54 14 25.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 1 2 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.587714286 0.587714286 1 1.645096774 1.645096774 1 0.506632479 0.506632479 1 1.314720812 1.314720812 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.016387522 1 0.0000177 1 0.050755634 1 1.64E-20 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 2503930 T C - - - - - - 30 0 0 51 4 7.8 26 1 3.8 67 0 0 44 10 22.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 1 2 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.898857143 0.898857143 1 0.484602151 0.484602151 1 0 0 1 1.152284264 1.152284264 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 0.000129466 1 0.122190858 1 1 1 2.08E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 5359482 G T - - - - - - 23 0 0 33 3 9.1 23 2 8.7 77 5 6.5 52 9 17.3 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 1 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 1 2 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.048666667 1.048666667 1 1.109483871 1.109483871 1 1.176111111 1.176111111 1 0.878172589 0.878172589 1 NA NA 1 0 0 1 0 NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000609557 1 0.00589844 1 0.0000458 1 5.92E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 5511886 C G EPB41L3 CCDS11838.1 r.? - - intronic 31 0 0 39 0 0 30 0 0 81 0 0 53 10 18.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 1 2 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.959390863 0.959390863 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.57E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 6166177 G A L3MBTL4 CCDS11839.2 r.? - - intronic 19 0 0 31 0 0 13 0 0 48 0 0 39 11 28.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 1 2 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.431472081 1.431472081 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 7.2E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 6216961 T A L3MBTL4 CCDS11839.2 r.? - - intronic 46 0 0 37 0 0 19 0 0 53 0 0 44 11 25 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 1 2 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.269035533 1.269035533 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 3.22E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 6431549 A C - - - - - - 30 0 0 40 0 0 33 0 0 60 0 0 58 9 15.5 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 1 2 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.78680203 0.78680203 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.67E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 6433418 C T - - - - - - 37 0 0 32 2 6.2 30 1 3.3 54 4 7.4 37 9 24.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 1 2 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.71447619 0.71447619 1 0.42083871 0.42083871 1 1.338957265 1.338957265 1 1.233502538 1.233502538 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.011224977 1 0.139615808 1 0.000161898 1 2.14E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 7440027 T G - - - - - - 38 0 0 41 0 0 21 0 0 52 0 0 49 10 20.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 1 2 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.035532995 1.035532995 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 6.72E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 7668742 G A PTPRM CCDS11840.1 r.? - - intronic 33 0 0 33 0 0 24 0 0 33 0 0 42 8 19 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 1 2 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.964467005 0.964467005 1 NA NA 1 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 3.96E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 10258689 A C - - - - - - 26 0 0 41 0 0 19 0 0 73 0 0 47 14 29.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 1 2 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.512690355 1.512690355 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.79E-21 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 10949008 C G - - - - - - 28 0 0 37 3 8.1 21 2 9.5 61 2 3.3 64 13 20.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 1 2 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.933428571 0.933428571 1 1.211505376 1.211505376 1 0.597102564 0.597102564 1 1.030456853 1.030456853 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000855237 1 0.004928472 1 0.037660755 1 1.26E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 11480479 T A - - - - - - 35 0 0 44 0 0 30 0 0 75 0 0 56 14 25 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 2 2 2 2 1 2 2 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.269035533 1.269035533 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.91E-20 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 13094412 T C CEP192 CCDS32792.1 r.? - - intronic 34 0 0 37 0 0 23 0 0 78 0 0 45 9 20 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 3 3.211793702 2 2 2 2 1 2 1 1 1 1 1 0.788206298 NA NA NA 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.211793702 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.257587167 1.257587167 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.47E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 14633255 G A - - - - - - 27 0 0 22 3 13.6 11 2 18.2 12 2 16.7 68 11 16.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 3 3.211793702 2 2 2 2 1 2 1 1 1 1 1 0.788206298 NA NA NA 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.211793702 1.431238095 1.431238095 1 2.320989247 2.320989247 1 3.021700855 3.021700855 1 1.018645605 1.018645605 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000179267 1 0.001334363 1 0.001595918 1 5.76E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 15053008 A T - - - - - - 31 0 0 45 0 0 31 0 0 69 0 0 50 8 16 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 3 3.211793702 2 2 2 2 1 2 1 1 1 1 1 0.788206298 NA NA NA 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.211793702 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.006069734 1.006069734 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.74E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 15157376 C T - - - - - - 21 0 0 38 0 0 20 0 0 36 0 0 47 7 14.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 3 3.211793702 2 2 2 2 1 2 1 1 1 1 1 0.788206298 NA NA NA 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.211793702 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.936902439 0.936902439 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 4.12E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 18709354 C A - - - - - - 25 0 0 41 0 0 25 0 0 78 0 0 67 8 11.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 4 3 3.211793702 2 4 2 2 1 0 1 1 1 1 1 0.788206298 NA NA NA 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.211793702 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 0.748264364 0.748264364 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.96E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 18847046 C T GREB1L CCDS45836.1 r.? - - intronic 25 0 0 38 3 7.9 21 0 0 45 0 0 60 8 13.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 4 3 3.211793702 2 4 2 2 1 0 1 1 1 1 1 0.788206298 NA NA NA 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.211793702 0.831380952 0.831380952 1 0 NA 0 0 0 1 0.836295466 0.836295466 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000925091 1 1 1 1 1 7.93E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 133145415 C A - - - - - - 37 1 2.7 28 9 32.1 26 6 23.1 77 27 35.1 57 19 33.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 9 4 2 2 5 2 2 2 4 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 3.699142857 1.849571429 2 2.945870968 1.472935484 2 8.457 1.6914 5 2.35635533 1.178177665 2 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 0.169281299 1 1.24E-14 1 3.3E-09 1 2.57E-42 1 1.01E-29 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 23186962 C T - - - - - - 40 0 0 35 0 0 25 1 4 69 0 0 46 8 17.4 329 0 0 490 0 0 242 1 0.4 510 2 0.4 487 81 16.6 TRUE FALSE 4 4 6 3 4 4 5 3 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0.510107527 0.510107527 1 0 0 1 1.057248731 1.057248731 1 0 0 1 0.051010753 NA 0 0.084376068 0.084376068 1 1.008639594 1.008639594 1 6 NA 1 1 1 1 0.117779757 0.702706413 1 0.723583261 8.61E-11 4.05E-94 YES 0_0 0_0 0_0 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b 18 23842210 C G TAF4B CCDS42421.1 r.? - - intronic 20 0 0 31 0 0 25 0 0 62 0 0 54 8 14.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 6 3 4 4 5 3 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.899269036 0.899269036 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 3.31E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 24117682 T C KCTD1 CCDS45844.1 r.? - - intronic 33 0 0 46 0 0 20 0 0 61 0 0 50 7 14 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 6 3 4 4 5 3 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.850659898 0.850659898 1 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 6.46E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 24347748 T G - - - - - - 28 0 0 38 0 0 26 0 0 67 0 0 59 8 13.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 6 3 4 4 5 3 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.82635533 0.82635533 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 6.9E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 24928806 C T - - - - - - 31 0 0 47 2 4.3 27 1 3.7 72 0 0 66 10 15.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 6 3 4 4 5 3 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.49552381 0.49552381 1 0.471849462 0.471849462 1 0 0 1 0.923573604 0.923573604 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.02328732 1 0.126579904 1 1 1 1.6E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 25506499 A C - - - - - - 31 0 0 37 0 0 17 0 0 61 0 0 38 13 34.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 1 2 2 3 1 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.394040609 1.394040609 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 5.88E-21 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 26263066 A G - - - - - - 28 0 0 30 0 0 16 0 0 68 0 0 30 6 20 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 1 2 2 3 1 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.815228426 0.815228426 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 8.37E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 26892135 G C - - - - - - 39 0 0 23 0 0 19 0 0 61 0 0 46 13 28.3 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 1 2 2 3 1 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.153548223 1.153548223 1 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.07E-19 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 27310476 A C - - - - - - 26 0 0 35 0 0 17 0 0 69 0 0 25 5 20 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 1 2 2 3 1 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.815228426 0.815228426 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000000153 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 27414550 T C - - - - - - 41 0 0 38 0 0 17 0 0 52 0 0 41 15 36.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 1 2 2 3 1 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.49186802 1.49186802 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.71E-24 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 29040849 A T DSG3 CCDS11898.1 r.821a>u c.738A>T p.G246G silent 42 0 0 39 0 0 25 0 0 66 0 0 37 5 13.5 412 0 0 694 0 0 121 0 0 838 0 0 579 57 9.8 TRUE FALSE 2 2 4 1 2 2 3 1 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.550279188 0.550279188 1 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 0.399461929 0.399461929 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.00000119 2.25E-53 YES 0_0 0_0 0_0 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b 18 31091195 G A - - - - - - 33 0 0 31 2 6.5 18 2 11.1 68 4 5.9 20 5 25 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 1 2 2 3 1 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.619047619 0.619047619 1 1.193548387 1.193548387 1 1.126547009 1.126547009 1 1.019035533 1.019035533 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.010558179 1 0.003626632 1 0.000394372 1 4.55E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 31490797 A G NOL4 CCDS11907.2 r.? - - intronic 45 0 0 24 0 0 12 0 0 69 5 7.2 36 7 19.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 1 2 2 3 1 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.374769231 1.374769231 1 0.790771574 0.790771574 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 1 1 1 1 0.0000269 1 5.74E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 31627376 C A NOL4 CCDS11907.2 r.? - - intronic 40 0 0 22 1 4.5 20 1 5 55 0 0 28 9 32.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 4 1 2 2 3 1 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.428571429 0.428571429 1 0.537634409 NA 0 0 0 1 1.308441624 1.308441624 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.104413009 1 0.09538952 1 1 1 1.24E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 35911924 G T - - - - - - 33 0 0 38 0 0 18 0 0 60 1 1.7 65 7 10.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 2.885577686 2 2 2 2 1 1 2 0 1 1 1 0.114422314 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.885577686 0 0 1 0 0 1 0.324598291 0.324598291 1 0.64386574 0.64386574 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.259739042 1 4.22E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 36040161 C T - - - - - - 40 0 0 37 0 0 20 0 0 71 0 0 61 13 21.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 2.885577686 2 2 2 2 1 1 2 0 1 1 1 0.114422314 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.885577686 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.269846321 1.269846321 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 6.41E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 36236395 T A - - - - - - 33 0 0 40 2 5 17 2 11.8 61 0 0 50 7 14 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 2.885577686 2 2 2 2 1 1 2 0 1 1 1 0.114422314 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.885577686 0.526190476 0.526190476 1 1.386817204 1.386817204 1 0 0 1 0.834640775 0.834640775 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.017193422 1 0.003234386 1 1 1 6.46E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 37427645 C T - - - - - - 34 0 0 38 4 10.5 17 3 17.6 63 0 0 70 11 15.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 2.885577686 2 2 2 2 1 1 2 0 1 1 1 0.114422314 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.885577686 1.105 1.105 1 2.068473118 2.068473118 1 0 0 1 0.935990011 0.935990011 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.0000403 1 0.0000807 1 1 1 8.06E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 37721762 A G - - - - - - 36 0 0 37 1 2.7 24 3 12.5 53 0 0 46 12 26.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 TRUE FALSE 3 3 4 2.885577686 2 2 2 2 1 1 2 0 1 1 1 0.114422314 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.885577686 0.284142857 0.284142857 1 1.469086022 1.469086022 1 0 0 1 1.556008873 1.556008873 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 0 NA 0 6 NA 1 1 0.169281299 1 0.000233853 1 1 1 8.12E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 38401123 G A - - - - - - 35 0 0 27 0 0 20 0 0 70 0 0 44 10 22.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 2.885577686 2 2 2 2 1 1 2 0 1 1 1 0.114422314 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.885577686 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.353310399 1.353310399 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.08E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 38733514 C T - - - - - - 32 0 0 31 1 3.2 24 3 12.5 64 5 7.8 65 8 12.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 2.885577686 2 2 2 2 1 1 2 0 1 1 1 0.114422314 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.885577686 0.336761905 0.336761905 1 1.469086022 1.469086022 1 1.489333333 1.489333333 1 0.733291538 0.733291538 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.143917729 1 0.000233853 1 0.0000186 1 1.53E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 39227874 A G - - - - - - 35 0 0 36 3 8.3 20 2 10 69 3 4.3 52 8 15.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 2.885577686 2 2 2 2 1 1 2 0 1 1 1 0.114422314 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.885577686 0.87347619 0.87347619 1 1.175268817 1.175268817 1 0.821042735 0.821042735 1 0.918104852 0.918104852 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000788827 1 0.004473894 1 0.005121501 1 2.42E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 39286218 G A - - - - - - 30 0 0 31 0 0 15 0 0 55 0 0 53 12 22.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 2.885577686 2 2 2 2 1 1 2 0 1 1 1 0.114422314 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.885577686 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.347348679 1.347348679 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 5.39E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 39973641 G A - - - - - - 33 0 0 50 0 0 20 0 0 66 0 0 49 5 10.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 2.885577686 2 2 2 2 1 1 2 0 1 1 1 0.114422314 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.885577686 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.608095421 0.608095421 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.00000496 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 40072962 T A - - - - - - 25 0 0 33 0 0 29 0 0 75 0 0 63 9 14.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 2.885577686 2 2 2 2 1 1 2 0 1 1 1 0.114422314 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.885577686 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.852525934 0.852525934 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 3.62E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 40096518 G A - - - - - - 27 0 0 33 4 12.1 15 1 6.7 46 0 0 51 10 19.6 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 FALSE FALSE 3 3 4 2.885577686 2 2 2 2 1 1 2 0 1 1 1 0.114422314 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.885577686 1.273380952 1.273380952 1 0.787430108 NA 0 0 0 1 1.168497084 1.168497084 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 1 1 0.0000228 1 0.072431031 1 1 1 1.04E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 40946900 A T - - - - - - 30 0 0 42 1 2.4 23 0 0 71 0 0 55 9 16.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 2.885577686 2 2 2 2 1 1 2 0 1 1 1 0.114422314 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.885577686 0.252571429 0.252571429 1 0 0 1 0 0 1 0.97772205 0.97772205 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.189842622 1 1 1 1 1 1.01E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 41371107 A G - - - - - - 35 0 0 31 0 0 22 0 0 61 0 0 55 12 21.8 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 2.885577686 2 2 2 2 1 1 2 0 1 1 1 0.114422314 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.885577686 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.29965492 1.29965492 1 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 8.78E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 41571722 T C - - - - - - 27 0 0 38 0 0 24 0 0 64 0 0 57 7 12.3 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 2.885577686 2 2 2 2 1 1 2 0 1 1 1 0.114422314 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.885577686 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.733291538 0.733291538 1 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.66E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 42237767 A G - - - - - - 35 0 0 33 0 0 23 0 0 67 0 0 50 11 22 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 2.885577686 2 2 2 2 1 1 2 0 1 1 1 0.114422314 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.885577686 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.31157836 1.31157836 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.52E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 42702555 T A - - - - - - 27 0 0 47 0 0 27 0 0 66 1 1.5 57 15 26.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 2.885577686 2 2 2 2 1 1 2 0 1 1 1 0.114422314 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.885577686 0 0 1 0 0 1 0.286410256 0.286410256 1 1.567932312 0.783966156 2 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.281671117 1 5.53E-22 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 43412256 G A SIGLEC15 CCDS32819.1 r.? - - intronic 28 0 0 19 0 0 21 0 0 47 0 0 51 7 13.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 2.885577686 2 2 2 2 1 1 2 0 1 1 1 0.114422314 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.885577686 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.816755615 0.816755615 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 7.46E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 44124712 C T LOXHD1 CCDS45861.1 r.? - - intronic 31 0 0 31 3 9.7 30 1 3.3 69 4 5.8 54 8 14.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 2.885577686 2 2 2 2 1 1 2 0 1 1 1 0.114422314 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.885577686 1.020809524 1.020809524 1 0.38783871 0.38783871 1 1.107452991 1.107452991 1 0.882334533 0.882334533 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000505952 1 0.139615808 1 0.000416985 1 3.31E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 45285256 A T - - - - - - 22 0 0 36 0 0 23 1 4.3 68 0 0 56 8 14.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 4 2.885577686 2 2 2 2 1 1 2 0 1 1 1 0.114422314 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.885577686 0 0 1 0.505365591 NA 0 0 0 1 0.852525934 0.852525934 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 0.108890944 1 1 1 4.48E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 46338323 C T KIAA0427 CCDS45864.1 r.? - - intronic 43 0 0 35 0 0 22 0 0 49 0 0 59 14 23.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 2.885577686 2 2 2 2 1 1 2 0 1 1 1 0.114422314 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.885577686 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.412927597 1.412927597 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 6.58E-20 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 46414623 G T - - - - - - 28 0 0 31 3 9.7 10 2 20 8 0 0 49 8 16.3 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 2.885577686 2 2 2 2 1 1 2 0 1 1 1 0.114422314 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.885577686 1.020809524 1.020809524 1 2.350537634 2.350537634 1 0 0 1 0.97176033 0.97176033 1 NA NA 0 NA NA 0 0 0 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000505952 1 0.001095391 1 1 1 1.47E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 46747749 C T DYM CCDS11937.1 r.? - - intronic 20 0 0 23 1 4.3 9 0 0 58 3 5.2 42 6 14.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 4 2.885577686 2 2 2 2 1 1 2 0 1 1 1 0.114422314 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.885577686 0.45252381 NA 0 0 0 1 0.992888889 0.992888889 1 0.852525934 0.852525934 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.108890944 1 1 1 0.003141421 1 7.02E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 46951793 C G DYM CCDS11937.1 r.? - - intronic 37 0 0 38 3 7.9 23 1 4.3 63 0 0 52 8 15.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 2.885577686 2 2 2 2 1 1 2 0 1 1 1 0.114422314 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.885577686 0.831380952 0.831380952 1 0.505365591 0.505365591 1 0 0 1 0.918104852 0.918104852 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.000925091 1 0.108890944 1 1 1 2.42E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 47962496 G T - - - - - - 42 0 0 25 0 0 30 0 0 61 0 0 49 12 24.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 2.885577686 2 2 2 2 1 1 2 0 1 1 1 0.114422314 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.885577686 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.460621355 1.460621355 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.9E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 47968322 C T - - - - - - 33 0 0 27 0 0 19 0 0 61 0 0 57 13 22.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 2.885577686 2 2 2 2 1 1 2 0 1 1 1 0.114422314 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.885577686 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.359272119 1.359272119 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.44E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 47976561 C T - - - - - - 36 0 0 43 0 0 17 0 0 63 0 0 55 10 18.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 4 2.885577686 2 2 2 2 1 1 2 0 1 1 1 0.114422314 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.885577686 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 1.085033007 1.085033007 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.33E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 47981630 G C - - - - - - 33 0 0 35 0 0 31 0 0 58 0 0 61 10 16.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 2.885577686 2 2 2 2 1 1 2 0 1 1 1 0.114422314 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.885577686 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.97772205 0.97772205 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 6.98E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 48374375 A T - - - - - - 34 0 0 35 3 8.6 21 2 9.5 51 0 0 63 8 12.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 2.885577686 2 2 2 2 1 1 2 0 1 1 1 0.114422314 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.885577686 0.905047619 0.905047619 1 1.116505376 1.116505376 1 0 0 1 0.757138417 0.757138417 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.000725791 1 0.004928472 1 1 1 1.18E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 49241749 T C - - - - - - 34 0 0 30 3 10 16 1 6.2 52 0 0 62 13 21 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 2.885577686 2 2 2 2 1 1 2 0 1 1 1 0.114422314 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.885577686 1.052380952 1.052380952 1 0.728666667 0.728666667 1 0 0 1 1.251961162 1.251961162 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.000458697 1 0.077068876 1 1 1 8.08E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 50861065 A G DCC CCDS11952.1 r.? - - intronic 40 0 0 32 1 3.1 19 1 5.3 64 2 3.1 51 8 15.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 4 2.885577686 2 2 2 2 1 1 2 0 1 1 1 0.114422314 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.885577686 0.326238095 0.326238095 1 0.622892473 NA 0 0.59191453 0.59191453 1 0.935990011 0.935990011 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.14819814 1 0.090843738 1 0.041085601 1 2.05E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 51385110 C T - - - - - - 31 0 0 32 0 0 28 2 7.1 66 0 0 59 11 18.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 2.885577686 2 2 2 2 1 1 2 0 1 1 1 0.114422314 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.885577686 0 0 1 0.83444086 0.83444086 1 0 0 1 1.108879886 1.108879886 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 1 1 0.008668191 1 1 1 1.1E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 52240192 G A - - - - - - 29 0 0 38 0 0 34 0 0 74 0 0 67 15 22.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 2.885577686 2 2 2 2 1 1 2 0 1 1 1 0.114422314 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.885577686 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.335425239 1.335425239 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 8.27E-21 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 52615761 C T CCDC68 CCDS11959.1 r.? - - intronic 25 0 0 41 0 0 24 0 0 70 0 0 54 13 24.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 4 2.885577686 2 2 2 2 1 1 2 0 1 1 1 0.114422314 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.885577686 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 1.436774476 1.436774476 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.12E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 53272999 C T TCF4 ENST00000398339 r.? - - intronic 19 0 0 41 2 4.9 21 0 0 69 0 0 53 7 13.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 2.885577686 2 2 2 2 1 1 2 0 1 1 1 0.114422314 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.885577686 0.515666667 0.515666667 1 0 0 1 0 0 1 0.786947016 0.786947016 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.018015855 1 1 1 1 1 9.85E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 53495638 C G - - - - - - 35 0 0 34 0 0 23 0 0 63 0 0 62 12 19.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 2.885577686 2 2 2 2 1 1 2 0 1 1 1 0.114422314 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.885577686 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.156573645 1.156573645 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 4.19E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 53766808 C G ENSG00000206129 ENST00000382897 r.? - - intronic 37 0 0 38 3 7.9 27 2 7.4 61 0 0 56 13 23.2 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 2.885577686 2 2 2 2 1 1 2 0 1 1 1 0.114422314 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.885577686 0.831380952 0.831380952 1 0.869698925 0.869698925 1 0 0 1 1.383118998 1.383118998 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.000925091 1 0.00807567 1 1 1 1.89E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 54921409 G T - - - - - - 38 0 0 30 3 10 23 2 8.7 60 0 0 61 10 16.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 2.885577686 2 2 2 2 1 1 2 0 1 1 1 0.114422314 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.885577686 1.052380952 1.052380952 1 1.022483871 1.022483871 1 0 0 1 0.97772205 0.97772205 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.000458697 1 0.00589844 1 1 1 6.98E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 55941385 C T NEDD4L CCDS45872.1 r.? - - intronic 24 0 0 44 1 2.3 28 3 10.7 46 0 0 52 10 19.2 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 4 2 2 2 2 1 1 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.242047619 0.242047619 1 1.257537634 1.257537634 1 0 0 1 1.358619289 1.358619289 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.197923942 1 0.000372895 1 1 1 1.28E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 56004642 C T NEDD4L CCDS45872.1 r.? - - intronic 27 0 0 38 1 2.6 19 2 10.5 59 0 0 62 16 25.8 302 2 0.7 682 72 10.6 176 26 14.8 637 1 0.2 783 79 10.1 TRUE TRUE 3 3 4 4 2 2 2 2 1 1 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.273619048 0.273619048 1 1.234032258 1.234032258 1 0 0 1 1.82564467 0.912822335 2 1.11552381 1.11552381 1 1.739397849 0.869698925 2 0.038188034 0.038188034 1 0.714690355 0.714690355 1 6 15 1 0.445942249 0.173434892 3.75E-69 0.004039874 6.21E-30 1 0.958951014 3.36E-23 3.91E-74 YES 0_1 1_1 0_0 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b 18 56004663 C T NEDD4L CCDS45872.1 r.? - - intronic 23 0 0 39 0 0 22 3 13.6 57 0 0 62 13 21 301 0 0 716 72 10.1 163 27 16.6 666 0 0 830 79 9.5 TRUE TRUE 3 3 4 4 2 2 2 2 1 1 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.598365591 1.598365591 1 0 0 1 1.485989848 1.485989848 1 1.062904762 1.062904762 1 1.950946237 0.975473118 2 0 0 1 0.672233503 0.672233503 1 6 15 1 1 1 1.28E-67 0.000179267 1.94E-32 1 1 8.08E-18 3.93E-72 YES 0_1 1_1 0_0 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b 18 56472598 C T - - - - - - 32 0 0 21 2 9.5 12 0 0 61 2 3.3 76 12 15.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 4 2 2 2 2 1 1 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.999761905 0.999761905 1 0 0 1 0.630102564 0.630102564 1 1.118030457 1.118030457 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.004928472 1 1 1 0.037660755 1 5.63E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 56734847 G A - - - - - - 32 0 0 32 0 0 18 0 0 72 0 0 63 10 15.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 4 2 2 2 2 1 1 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.125106599 1.125106599 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 9.81E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 57457565 C G - - - - - - 46 0 0 20 0 0 13 0 0 37 0 0 64 10 15.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 4 2 2 2 2 1 1 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.103878173 1.103878173 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.16E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 57586043 G T - - - - - - 32 0 0 33 0 0 24 0 0 40 1 2.5 65 7 10.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 4 2 2 2 2 1 1 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.477350427 0.477350427 1 0.76422335 0.76422335 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 1 1 0.181679879 1 4.22E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 58106793 G T - - - - - - 45 0 0 33 0 0 21 0 0 79 0 0 100 11 11 1 0 0 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE NA 3 NA 15 NA 2 NA 13 NA 1 NA 2 NA 1 NA 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1 0 NA 0 NA NA 1 1.988375635 0.994187817 2 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 4.6E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 58357916 C A - - - - - - 42 0 0 89 4 4.5 49 3 6.1 103 5 4.9 174 10 5.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 16 17 20 15 14 15 18 13 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.058571429 1.058571429 1 1.570913978 1.570913978 1 1.719606838 1.719606838 1 1.030340102 1.030340102 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.001088103 1 0.001939399 1 0.000182144 1 0.000000025 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 58506824 G A - - - - - - 32 0 0 93 4 4.3 61 2 3.3 106 4 3.8 154 10 6.5 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 16 17 20 15 14 15 18 13 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.01152381 1.01152381 1 0.84983871 0.84983871 1 1.33357265 1.33357265 1 1.174949239 1.174949239 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.001280785 1 0.037660755 1 0.002070303 1 7.79E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 58553773 C T - - - - - - 29 0 0 65 0 0 47 0 0 135 0 0 168 12 7.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 16 17 20 15 14 15 18 13 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.283406091 1.283406091 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 8.39E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 58861133 G C - - - - - - 43 0 0 89 0 0 46 0 0 102 0 0 184 9 4.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 16 17 20 15 14 15 18 13 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.885730964 0.885730964 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000000486 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 58900552 G T - - - - - - 33 0 0 79 0 0 52 0 0 103 1 1 162 6 3.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 16 17 20 15 14 15 18 13 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0.350940171 0.350940171 1 0.668817259 0.668817259 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.403270763 1 0.000183668 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 58906134 T C - - - - - - 37 0 0 85 0 0 49 0 0 118 0 0 161 9 5.6 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 1 0 0 FALSE FALSE 16 17 20 15 14 15 18 13 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 1.012263959 1.012263959 1 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000000157 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 59214727 A T CDH20 CCDS11977.1 r.? - - intronic 30 0 0 72 2 2.8 36 3 8.3 139 2 1.4 166 5 3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 16 17 20 15 14 15 18 13 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.658666667 0.658666667 1 2.137473118 2.137473118 1 0.491316239 0.491316239 1 0.542284264 0.542284264 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.050755634 1 0.000788827 1 0.153802286 1 0.001587759 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 59399146 C A - - - - - - 35 0 0 71 1 1.4 46 2 4.3 114 0 0 169 11 6.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 16 17 20 15 14 15 18 13 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.329333333 0.329333333 1 1.107365591 1.107365591 1 0 0 1 1.174949239 1.174949239 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.299450652 1 0.022369545 1 1 1 1.37E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 59511642 G C RNF152 CCDS11978.1 r.? - - intronic 32 0 0 77 3 3.9 37 1 2.7 111 4 3.6 186 15 8.1 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 16 17 20 15 14 15 18 13 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.917428571 0.917428571 1 0.695322581 NA 0 1.263384615 1.263384615 1 1.464167513 1.464167513 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.006942426 1 0.169281299 1 0.002447313 1 6.47E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 59603786 A T - - - - - - 39 0 0 84 1 1.2 53 3 5.7 124 1 0.8 197 15 7.6 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 TRUE FALSE 16 17 20 15 14 15 18 13 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.282285714 0.282285714 1 1.467903226 1.467903226 1 0.280752137 0.280752137 1 1.373786802 1.373786802 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 0 NA 0 8 NA 1 1 0.343645023 1 0.002429596 1 0.462891516 1 1.5E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 59682251 T C - - - - - - 30 0 0 81 0 0 45 0 0 98 0 0 167 10 6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 16 17 20 15 14 15 18 13 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.084568528 1.084568528 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.69E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 59706887 G A PIGN CCDS45879.1 r.? - - downstream 39 0 0 88 2 2.3 57 5 8.8 15 0 0 280 10 3.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 16 17 20 15 14 15 18 13 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.541047619 NA 0 2.266236559 2.266236559 1 0 0 1 0.650741117 0.650741117 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.072188127 1 0.0000105 1 1 1 0.00000199 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 60018576 T C TNFRSF11A CCDS11980.1 r.? - - intronic 32 0 0 93 0 0 50 0 0 91 0 0 203 11 5.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 16 17 20 15 14 15 18 13 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.976111675 0.976111675 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 9.3E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 60212503 C T ZCCHC2 CCDS45880.1 r.? - - intronic 36 0 0 84 3 3.6 44 2 4.5 115 4 3.5 185 16 8.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 16 17 20 15 14 15 18 13 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.846857143 0.846857143 1 1.158870968 1.158870968 1 1.228290598 1.228290598 1 1.554548223 0.777274112 2 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.008812993 1 0.020580492 1 0.002780947 1 3.18E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 60219146 G A ZCCHC2 CCDS45880.1 r.? - - intronic 27 0 0 73 3 4.1 38 3 7.9 86 1 1.2 189 11 5.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 16 17 20 15 14 15 18 13 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.96447619 0.96447619 1 2.034462366 2.034462366 1 0.421128205 0.421128205 1 1.048416244 1.048416244 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.005990531 1 0.000925091 1 0.350192164 1 4.42E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 60379047 T A PHLPP1 CCDS45881.1 r.? - - upstream 33 0 0 95 0 0 47 0 0 73 0 0 162 6 3.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE NA 17 20 15 NA 15 18 13 NA 2 2 2 NA 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1 0 0 1 0 0 1 0.668817259 0.668817259 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000183668 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 61286767 C A - - - - - - 40 0 0 59 2 3.4 36 2 5.6 54 1 1.9 100 6 6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 8 9 15 8 6 7 12 6 2 2 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.527809524 0.527809524 1 0.994150538 0.994150538 1 0.571786325 0.571786325 1 0.664568528 0.664568528 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.035441897 1 0.014070883 1 0.237137336 1 0.0000125 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 61436041 C A SERPINB7 CCDS11988.1 r.? - - intronic 23 0 0 44 0 0 36 0 0 82 0 0 107 8 7.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 8 9 15 8 6 7 12 6 2 2 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.83071066 0.83071066 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000000082 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 61733746 A G - - - - - - 34 0 0 50 0 0 22 0 0 85 0 0 117 12 10.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 8 9 15 8 6 7 12 6 2 2 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.14084264 1.14084264 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.15E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 61901986 A G - - - - - - 29 0 0 63 2 3.2 38 3 7.9 94 2 2.1 131 9 6.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 8 9 15 8 6 7 12 6 2 2 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.496761905 0.496761905 1 1.402462366 1.402462366 1 0.631974359 0.631974359 1 0.764253807 0.764253807 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.03993132 1 0.000925091 1 0.080854778 1 2.67E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 61946005 G C - - - - - - 30 0 0 56 2 3.6 25 1 4 107 0 0 103 13 12.6 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 8 9 15 8 6 7 12 6 2 2 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.558857143 0.558857143 1 0.710107527 NA 0 0 0 1 1.395593909 1.395593909 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.032213353 1 0.117779757 1 1 1 8.6E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 62328919 G A - - - - - - 26 0 0 50 0 0 41 0 0 75 0 0 117 9 7.7 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 8 9 15 8 6 7 12 6 2 2 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 0.852862944 0.852862944 1 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 9.92E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 62474724 C G - - - - - - 34 0 0 47 2 4.3 43 3 7 91 3 3.3 125 10 8 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 8 9 15 8 6 7 12 6 2 2 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.66752381 0.66752381 1 1.242688172 1.242688172 1 0.993102564 0.993102564 1 0.886091371 0.886091371 1 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.02328732 1 0.001328364 1 0.010951005 1 1.03E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 62516066 G C - - - - - - 27 0 0 45 2 4.4 28 2 7.1 98 4 4.1 101 17 16.8 0 0 NA 0 0 NA 3 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 8 9 15 8 6 7 12 6 2 2 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.683047619 0.683047619 1 1.26044086 1.26044086 1 1.233854701 1.233854701 1 1.860791878 0.930395939 2 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.021467209 1 0.008668191 1 0.001553635 1 4.1E-21 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 62529611 T G - - - - - - 40 0 0 66 3 4.5 41 3 7.3 84 0 0 102 13 12.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 8 9 15 8 6 7 12 6 2 2 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.698571429 0.698571429 1 1.295946237 1.295946237 1 0 0 1 1.406670051 1.406670051 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.004522888 1 0.001155993 1 1 1 7.55E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 62649422 A G - - - - - - 36 0 0 34 0 0 31 0 0 94 0 0 83 11 13.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 8 9 15 8 6 7 12 6 2 2 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 1.473126904 1.473126904 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 5.66E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 62656761 C G - - - - - - 32 0 0 64 0 0 39 0 0 80 0 0 109 13 11.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 8 9 15 8 6 7 12 6 2 2 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 1.318060914 1.318060914 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.83E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 62772220 G A - - - - - - 26 0 0 55 1 1.8 31 2 6.5 88 1 1.1 86 7 8.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 8 9 15 8 6 7 12 6 2 2 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.279428571 0.279428571 1 1.153924731 1.153924731 1 0.331034188 0.331034188 1 0.897167513 0.897167513 1 NA NA 0 NA NA 0 0 0 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.240951649 1 0.010558179 1 0.356673997 1 0.000000297 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 62953751 C T - - - - - - 28 0 0 58 3 5.2 34 1 2.9 102 0 0 110 9 8.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 8 9 15 8 6 7 12 6 2 2 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.807238095 0.807238095 1 0.514827957 NA 0 0 0 1 0.908243655 0.908243655 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.003141421 1 0.156694864 1 1 1 5.76E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 62970446 C T - - - - - - 40 0 0 56 0 0 20 0 0 84 4 4.8 96 7 7.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 8 9 15 8 6 7 12 6 2 2 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.444512821 1.444512821 1 0.808558376 0.808558376 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 2 NA 1 1 1 1 1 1 0.000877031 1 0.000000631 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 63104009 C T - - - - - - 40 0 0 52 0 0 34 0 0 75 0 0 128 13 10.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 8 9 15 8 6 7 12 6 2 2 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.129766497 1.129766497 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.51E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 63224003 G T - - - - - - 37 0 0 48 0 0 33 1 3 112 0 0 112 7 6.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 8 9 15 8 6 7 12 6 2 2 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0.532580645 0.532580645 1 0 0 1 0.686720812 0.686720812 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 0.15245715 1 1 1 0.00000179 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 63303950 C T - - - - - - 28 0 0 54 0 0 34 0 0 83 0 0 108 11 10.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 8 9 15 8 6 7 12 6 2 2 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.129766497 1.129766497 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.08E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 63473117 A G CDH7 CCDS11993.1 r.? - - intronic 25 0 0 47 0 0 42 0 0 86 0 0 101 9 8.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 8 9 15 8 6 7 12 6 2 2 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.98577665 0.98577665 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.7E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 63621960 C G - - - - - - 34 0 0 41 0 0 25 0 0 69 0 0 90 10 11.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 8 9 15 8 6 7 12 6 2 2 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.229451777 1.229451777 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 3.88E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 63690708 G C - - - - - - 34 0 0 43 0 0 29 1 3.4 89 1 1.1 63 8 12.7 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 8 9 15 8 6 7 12 6 2 2 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0.603591398 NA 0 0.331034188 0.331034188 1 1.406670051 1.406670051 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 0.135292269 1 0.359890627 1 1.18E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 63715182 T C - - - - - - 28 0 0 51 0 0 24 0 0 84 0 0 73 5 6.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 8 9 15 8 6 7 12 6 2 2 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.753177665 0.753177665 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.0000354 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 63906248 C G - - - - - - 26 0 0 82 2 2.4 44 2 4.5 133 2 1.5 199 8 4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 15 17 15 15 13 15 12 13 2 2 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.540571429 0.540571429 1 1.158870968 1.158870968 1 0.451410256 NA 0 0.723045685 0.723045685 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.063849088 1 0.020580492 1 0.143446002 1 0.00000887 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 63907654 C G - - - - - - 24 0 0 41 1 2.4 42 1 2.4 78 1 1.3 122 5 4.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 15 17 15 15 13 15 12 13 2 2 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.540571429 0.540571429 1 0.618064516 NA 0 0.391222222 NA 0 0.741121827 0.741121827 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.18577148 1 0.189842622 1 0.323605141 1 0.000398828 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 63908173 C G - - - - - - 25 0 0 84 3 3.6 47 0 0 101 2 2 188 7 3.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 15 17 15 15 13 15 12 13 2 2 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.810857143 0.810857143 1 0 0 1 0.601880342 NA 0 0.668817259 0.668817259 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.008812993 1 1 1 0.091344345 1 0.0000522 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 64042572 C G - - - - - - 28 0 0 50 0 0 39 0 0 100 2 2 129 7 5.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 15 17 15 15 13 15 12 13 2 2 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.601880342 NA 0 0.976111675 0.976111675 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.089822309 1 0.00000458 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 64043854 C T - - - - - - 35 0 0 72 5 6.9 41 4 9.8 101 5 5 158 11 7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 15 17 15 15 13 15 12 13 2 2 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.554142857 1.554142857 1 2.523763441 2.523763441 1 1.504700855 1.504700855 1 1.265329949 1.265329949 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.0000331 1 0.0000546 1 0.000166173 1 6.69E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 64098415 A G - - - - - - 18 0 0 60 4 6.7 46 2 4.3 109 0 0 143 6 4.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 15 17 15 15 13 15 12 13 2 2 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.509095238 1.509095238 1 1.107365591 1.107365591 1 0 NA 0 0.75919797 0.75919797 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.000243755 1 0.022369545 1 1 1 0.000093 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 64367021 A G - - - - - - 34 0 0 58 0 0 27 0 0 63 0 0 80 11 13.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.430684042 3.492632347 15 6 2 2 12 4 1 1 3 2 0.569315958 0.507367653 1 1 3 3 NA NA 1 1 NA NA 0.430684042 0.492632347 NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.252507614 1.252507614 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 3.73E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 64834355 G A - - - - - - 29 0 0 59 0 0 20 0 0 54 0 0 86 14 16.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.430684042 3.492632347 15 6 2 2 12 4 1 1 3 2 0.569315958 0.507367653 1 1 3 3 NA NA 1 1 NA NA 0.430684042 0.492632347 NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.479411168 1.479411168 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.98E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 65262087 C T AC114689.1 ENST00000500778 r.? - - intronic 37 0 0 26 0 0 24 0 0 65 0 0 61 11 18 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.430684042 3.492632347 8 4 2 2 4 2 1 1 4 2 0.569315958 0.507367653 1 1 3 3 NA NA 1 1 NA NA 0.430684042 0.492632347 NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.273705584 1.273705584 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.62E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 65581666 A C - - - - - - 26 0 0 20 4 20 24 3 12.5 51 0 0 59 12 20.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.430684042 3.492632347 8 4 2 2 4 2 1 1 4 2 0.569315958 0.507367653 1 1 3 3 NA NA 1 1 NA NA 0.430684042 0.492632347 NA NA 2.190898713 2.190898713 1 1.530665065 1.530665065 1 0 0 1 1.436456853 1.436456853 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.00000284 1 0.000233853 1 1 1 2.2E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 65931061 C A - - - - - - 28 0 0 44 0 0 19 0 0 82 0 0 62 7 11.3 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.430684042 3.492632347 8 4 2 2 4 2 1 1 4 2 0.569315958 0.507367653 1 1 3 3 NA NA 1 1 NA NA 0.430684042 0.492632347 NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.799604061 0.799604061 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 3.02E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 66026429 C T - - - - - - 34 0 0 40 0 0 19 0 0 40 0 0 62 6 9.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.430684042 3.492632347 8 4 2 2 4 2 1 1 4 2 0.569315958 0.507367653 1 1 3 3 NA NA 1 1 NA NA 0.430684042 0.492632347 NA NA 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 0.686385787 0.686385787 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000000756 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 66097766 G T - - - - - - 32 0 0 29 0 0 15 0 0 75 0 0 62 6 9.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.430684042 3.492632347 8 4 2 2 4 2 1 1 4 2 0.569315958 0.507367653 1 1 3 3 NA NA 1 1 NA NA 0.430684042 0.492632347 NA NA 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 0.686385787 0.686385787 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000000756 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 66393862 G A CCDC102B CCDS11996.2 r.? - - intronic 44 0 0 32 4 12.5 19 1 5.3 86 0 0 65 6 9.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 TRUE FALSE 3.430684042 3.492632347 8 4 2 2 4 2 1 1 4 2 0.569315958 0.507367653 1 1 3 3 NA NA 1 1 NA NA 0.430684042 0.492632347 NA NA 1.369311696 1.369311696 1 0.649001988 0.649001988 1 0 0 1 0.651005076 0.651005076 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 0 NA 0 6 NA 1 1 0.0000201 1 0.090843738 1 1 1 0.000001 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 66478767 A T CCDC102B CCDS11996.2 r.? - - intronic 27 0 0 35 3 8.6 15 0 0 44 0 0 65 8 12.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.430684042 3.492632347 8 4 2 2 4 2 1 1 4 2 0.569315958 0.507367653 1 1 3 3 NA NA 1 1 NA NA 0.430684042 0.492632347 NA NA 0.942086447 0.942086447 1 0 0 1 0 0 1 0.870365482 0.870365482 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.000725791 1 1 1 1 1 1.53E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 66696138 A G CCDC102B CCDS11996.2 r.? - - intronic 33 0 0 26 0 0 22 0 0 58 0 0 50 8 16 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.430684042 3.492632347 9 2 2 2 6 2 1 1 3 0 0.569315958 0.507367653 1 1 3 3 NA NA 1 1 NA NA 0.430684042 0.492632347 NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.812182741 0.812182741 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.74E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 66968021 C G - - - - - - 32 0 0 40 3 7.5 18 0 0 48 0 0 46 10 21.7 305 0 0 371 29 7.8 101 8 7.9 436 0 0 428 54 12.6 TRUE TRUE 3.430684042 3.492632347 9 2 2 2 6 2 1 1 3 0 0.569315958 0.507367653 1 1 3 3 NA NA 1 1 NA NA 0.430684042 0.492632347 NA NA 0.821587017 0.821587017 1 0 0 1 0 0 1 1.101522843 1.101522843 1 0.854450498 0.854450498 1 0.967380321 0.967380321 1 0 0 1 0.639593909 0.639593909 1 6 15 1 1 0.001075403 4.25E-25 1 5.22E-08 1 1 3.38E-14 1.46E-56 YES 1_1 0_1 0_0 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b 18 68277184 G C - - - - - - 35 0 0 51 0 0 28 0 0 72 0 0 84 5 6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.430684042 3.492632347 9 5.418528876 2 2 6 3 1 1 3 2 0.569315958 0.507367653 1 0.581471124 3 3 NA 4 1 1 NA 2 0.430684042 0.492632347 NA 0.418528876 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.50968026 0.50968026 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.0000695 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 68282680 C T - - - - - - 32 0 0 48 4 8.3 28 1 3.6 62 0 0 83 13 15.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.430684042 3.492632347 9 5.418528876 2 2 6 3 1 1 3 2 0.569315958 0.507367653 1 0.581471124 3 3 NA 4 1 1 NA 2 0.430684042 0.492632347 NA 0.418528876 0.909222966 0.909222966 1 0.440831539 NA 0 0 0 1 1.333663348 1.333663348 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000102016 1 0.130947004 1 1 1 4.66E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 68671371 G A - - - - - - 29 0 0 42 4 9.5 29 1 3.4 83 0 0 59 10 16.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.430684042 3.492632347 9 5.418528876 2 2 6 3 1 1 3 2 0.569315958 0.507367653 1 0.581471124 3 3 NA 4 1 1 NA 2 0.430684042 0.492632347 NA 0.418528876 1.040676889 1.040676889 1 0.416340898 0.416340898 1 0 0 1 1.4355994 1.4355994 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.0000601 1 0.135292269 1 1 1 4.91E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 68679463 G A - - - - - - 29 0 0 59 2 3.4 25 2 8 82 3 3.7 70 8 11.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.430684042 3.492632347 9 5.418528876 2 2 6 3 1 1 3 2 0.569315958 0.507367653 1 0.581471124 3 3 NA 4 1 1 NA 2 0.430684042 0.492632347 NA 0.418528876 0.372452781 0.372452781 1 0.979625642 0.979625642 1 0.891478632 0.891478632 1 0.968392495 0.968392495 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.035441897 1 0.006948068 1 0.008251578 1 2.8E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 68815004 A C - - - - - - 40 0 0 29 0 0 25 0 0 73 0 0 84 15 17.9 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.430684042 3.492632347 9 5.418528876 2 2 6 3 1 1 3 2 0.569315958 0.507367653 1 0.581471124 3 3 NA 4 1 1 NA 2 0.430684042 0.492632347 NA 0.418528876 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 1.52054611 1.52054611 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 3.27E-19 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 68925494 G A - - - - - - 28 0 0 34 1 2.9 26 2 7.7 76 0 0 82 10 12.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.430684042 3.492632347 9 5.418528876 2 2 6 3 1 1 3 2 0.569315958 0.507367653 1 0.581471124 3 3 NA 4 1 1 NA 2 0.430684042 0.492632347 NA 0.418528876 0.317680313 NA 0 0.94288968 0.94288968 1 0 0 1 1.036349863 1.036349863 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.156694864 1 0.007502227 1 1 1 1.51E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 69200577 A G - - - - - - 37 0 0 49 0 0 26 0 0 79 0 0 83 12 14.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.430684042 3.492632347 9 5.418528876 2 2 6 3 1 1 3 2 0.569315958 0.507367653 1 0.581471124 3 3 NA 4 1 1 NA 2 0.430684042 0.492632347 NA 0.418528876 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.231727296 1.231727296 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.7E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 69312116 A G - - - - - - 32 0 0 49 2 4.1 31 1 3.2 75 3 4 89 14 15.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.430684042 3.492632347 9 5.418528876 2 2 6 3 1 1 3 2 0.569315958 0.507367653 1 0.581471124 3 3 NA 4 1 1 NA 2 0.430684042 0.492632347 NA 0.418528876 0.449134236 0.449134236 1 0.391850257 0.391850257 1 0.963760684 0.963760684 1 1.333663348 1.333663348 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.025168485 1 0.143917729 1 0.006456002 1 3.28E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 69352763 C T - - - - - - 39 0 0 36 2 5.6 29 1 3.4 76 4 5.3 83 12 14.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.430684042 3.492632347 9 5.418528876 2 2 6 3 1 1 3 2 0.569315958 0.507367653 1 0.581471124 3 3 NA 4 1 1 NA 2 0.430684042 0.492632347 NA 0.418528876 0.61345164 0.61345164 1 0.416340898 0.416340898 1 1.276982906 1.276982906 1 1.231727296 1.231727296 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.014070883 1 0.135292269 1 0.00060191 1 1.7E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 69367604 T A - - - - - - 33 0 0 44 1 2.3 24 1 4.2 76 1 1.3 90 18 20 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.430684042 3.492632347 9 5.418528876 2 2 6 3 1 1 3 2 0.569315958 0.507367653 1 0.581471124 3 3 NA 4 1 1 NA 2 0.430684042 0.492632347 NA 0.418528876 0.251953352 0.251953352 1 0.514303462 0.514303462 1 0.313222222 0.313222222 1 1.698934202 0.849467101 2 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.197923942 1 0.113346489 1 0.316790122 1 1.03E-23 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 69564541 T C - - - - - - 38 0 0 49 0 0 22 0 0 67 0 0 82 13 15.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 FALSE FALSE 3.430684042 3.492632347 9 5.418528876 2 2 6 3 1 1 3 2 0.569315958 0.507367653 1 0.581471124 3 3 NA 4 1 1 NA 2 0.430684042 0.492632347 NA 0.418528876 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 1.35065269 1.35065269 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 3.95E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 69677623 C T - - - - - - 35 0 0 53 0 0 22 0 0 86 0 0 95 7 7.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.430684042 3.492632347 9 5.418528876 2 2 6 3 1 1 3 2 0.569315958 0.507367653 1 0.581471124 3 3 NA 4 1 1 NA 2 0.430684042 0.492632347 NA 0.418528876 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.628605655 0.628605655 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000000588 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 69879669 C A - - - - - - 33 0 0 49 0 0 33 0 0 75 0 0 73 5 6.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.430684042 3.492632347 9 5.418528876 2 2 6 3 1 1 3 2 0.569315958 0.507367653 1 0.581471124 3 3 NA 4 1 1 NA 2 0.430684042 0.492632347 NA 0.418528876 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 0.577637629 0.577637629 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.0000354 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 69994584 C T - - - - - - 34 0 0 34 3 8.8 23 2 8.7 41 4 9.8 79 11 13.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.430684042 3.492632347 9 5.418528876 2 2 6 3 1 1 3 2 0.569315958 0.507367653 1 0.581471124 3 3 NA 4 1 1 NA 2 0.430684042 0.492632347 NA 0.418528876 0.963995434 0.963995434 1 1.065342885 1.065342885 1 2.361213675 2.361213675 1 1.18075927 1.18075927 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000666058 1 0.00589844 1 0.0000546 1 3.23E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 70413115 G A NETO1 CCDS12000.1 r.4559c>u c.? p.? 3'UTR variant 38 0 0 45 3 6.7 18 1 5.6 76 2 2.6 80 7 8.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.430684042 3.492632347 9 5.418528876 2 2 6 3 1 1 3 2 0.569315958 0.507367653 1 0.581471124 3 3 NA 4 1 1 NA 2 0.430684042 0.492632347 NA 0.418528876 0.733951069 0.733951069 1 0.685737949 0.685737949 1 0.626444444 0.626444444 1 0.747531049 0.747531049 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.001516071 1 0.086275114 1 0.055865747 1 0.00000018 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 70550216 T A - - - - - - 38 0 0 32 2 6.2 29 0 0 92 4 4.3 75 6 8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.430684042 3.492632347 9 5.418528876 2 2 6 3 1 1 3 2 0.569315958 0.507367653 1 0.581471124 3 3 NA 4 1 1 NA 2 0.430684042 0.492632347 NA 0.418528876 0.679178601 0.679178601 1 0 0 1 1.036042735 1.036042735 1 0.679573681 0.679573681 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.011224977 1 1 1 0.001230545 1 0.00000234 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 70553798 T A - - - - - - 27 0 0 56 0 0 34 0 0 87 0 0 92 10 10.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.430684042 3.492632347 9 5.418528876 2 2 6 3 1 1 3 2 0.569315958 0.507367653 1 0.581471124 3 3 NA 4 1 1 NA 2 0.430684042 0.492632347 NA 0.418528876 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.92591914 0.92591914 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 4.85E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 70582823 G C - - - - - - 32 0 0 50 0 0 26 0 0 70 0 0 89 12 13.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.430684042 3.492632347 9 5.418528876 2 2 6 3 1 1 3 2 0.569315958 0.507367653 1 0.581471124 3 3 NA 4 1 1 NA 2 0.430684042 0.492632347 NA 0.418528876 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.146780586 1.146780586 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 4.06E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 70791433 G A - - - - - - 34 0 0 38 0 0 30 0 0 79 0 0 109 6 5.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 TRUE FALSE 3.430684042 3.492632347 9 7 2 2 7 5 1 1 2 2 0.569315958 0.507367653 1 1 3 3 NA NA 1 1 NA NA 0.430684042 0.492632347 NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.554187817 0.554187817 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 0 NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.0000204 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 70815332 T C - - - - - - 33 0 0 47 0 0 22 0 0 80 0 0 82 10 12.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.430684042 3.492632347 9 7 2 2 7 5 1 1 2 2 0.569315958 0.507367653 1 1 3 3 NA NA 1 1 NA NA 0.430684042 0.492632347 NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.22928934 1.22928934 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.51E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 70898067 C T - - - - - - 31 0 0 50 0 0 18 0 0 75 0 0 102 9 8.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.430684042 3.492632347 9 7 2 2 7 5 1 1 2 2 0.569315958 0.507367653 1 1 3 3 NA NA 1 1 NA NA 0.430684042 0.492632347 NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.886700508 0.886700508 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.94E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 70939702 G A - - - - - - 40 0 0 43 0 0 35 0 0 80 0 0 90 11 12.2 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.430684042 3.492632347 9 7 2 2 7 5 1 1 2 2 0.569315958 0.507367653 1 1 3 3 NA NA 1 1 NA NA 0.430684042 0.492632347 NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.22928934 1.22928934 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.41E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 71028878 T C - - - - - - 41 0 0 55 5 9.1 26 1 3.8 70 0 0 83 8 9.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.430684042 3.492632347 9 7 2 2 7 5 1 1 2 2 0.569315958 0.507367653 1 1 3 3 NA NA 1 1 NA NA 0.430684042 0.492632347 NA NA 0.996858914 0.996858914 1 0.46532218 0.46532218 1 0 0 1 0.967309645 0.967309645 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.00000883 1 0.122190858 1 1 1 0.000000011 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 71113037 C T - - - - - - 32 0 0 42 1 2.4 26 3 11.5 88 3 3.4 105 8 7.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 FALSE FALSE 3.430684042 3.492632347 9 7 2 2 7 5 1 1 2 2 0.569315958 0.507367653 1 1 3 3 NA NA 1 1 NA NA 0.430684042 0.492632347 NA NA 0.262907846 NA 0 1.40821186 1.40821186 1 0.819196581 0.819196581 1 0.765786802 0.765786802 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 1 1 0.189842622 1 0.000298167 1 0.010001517 1 7.08E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 71133225 A G - - - - - - 32 0 0 46 0 0 28 1 3.6 72 0 0 88 8 9.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.430684042 3.492632347 9 7 2 2 7 5 1 1 2 2 0.569315958 0.507367653 1 1 3 3 NA NA 1 1 NA NA 0.430684042 0.492632347 NA NA 0 NA 0 0.440831539 0.440831539 1 0 0 1 0.916928934 0.916928934 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 0.130947004 1 1 1 1.76E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 71482297 G A - - - - - - 39 0 0 49 0 0 23 0 0 92 0 0 86 13 15.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 FALSE FALSE 3.430684042 3.492632347 9 7 2 2 7 5 1 1 2 2 0.569315958 0.507367653 1 1 3 3 NA NA 1 1 NA NA 0.430684042 0.492632347 NA NA 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 1.521497462 1.521497462 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 7.57E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 72262969 G A ENSG00000206029 ENST00000382649 r.? - - intronic 42 0 0 43 0 0 34 2 5.9 97 5 5.2 101 11 10.9 80 0 0 132 1 0.8 254 2 0.8 172 2 1.2 168 5 3 FALSE FALSE 3.430684042 3.492632347 9 7 2 2 7 5 1 1 2 2 0.569315958 0.507367653 1 1 3 3 NA NA 1 1 NA NA 0.430684042 0.492632347 NA NA 0 NA 0 0.722473911 0.722473911 1 1.252888889 1.252888889 1 1.098299492 1.098299492 1 0.087635949 NA 0 0.097962564 NA 0 0.289128205 0.289128205 1 0.302284264 0.302284264 1 NA NA 1 1 1 0.484003616 0.012612579 0.362753241 0.000137452 0.212789784 5.14E-12 0.001673232 YES 0_0 1_0 1_0 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b 18 72774381 G A ZNF407 CCDS45885.1 r.? - - intronic 31 0 0 44 4 9.1 25 1 4 28 3 10.7 92 8 8.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.430684042 3.492632347 9 7 2 2 7 5 1 1 2 2 0.569315958 0.507367653 1 1 3 3 NA NA 1 1 NA NA 0.430684042 0.492632347 NA NA 0.996858914 0.996858914 1 0.489812821 0.489812821 1 2.578059829 2.578059829 1 0.876624365 0.876624365 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.0000723 1 0.117779757 1 0.000372895 1 0.000000025 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 72915749 C T ZADH2 CCDS12008.1 r.? - - intronic 38 0 0 36 1 2.8 20 1 5 53 1 1.9 91 6 6.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.430684042 3.492632347 9 7 2 2 7 5 1 1 2 2 0.569315958 0.507367653 1 1 3 3 NA NA 1 1 NA NA 0.430684042 0.492632347 NA NA 0.30672582 0.30672582 1 0.612266026 0.612266026 1 0.457786325 0.457786325 1 0.665025381 0.665025381 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.165106833 1 0.09538952 1 0.233303855 1 0.00000724 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 73826473 A G - - - - - - 43 0 0 49 0 0 24 0 0 79 0 0 109 12 11 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.430684042 3.492632347 9 7 2 2 7 5 1 1 2 2 0.569315958 0.507367653 1 1 3 3 NA NA 1 1 NA NA 0.430684042 0.492632347 NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.108375635 1.108375635 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 4.89E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 74030052 A C - - - - - - 30 0 0 46 2 4.3 28 1 3.6 72 0 0 96 8 8.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.430684042 3.492632347 9 7 2 2 7 5 1 1 2 2 0.569315958 0.507367653 1 1 3 3 NA NA 1 1 NA NA 0.430684042 0.492632347 NA NA 0.471043223 0.471043223 1 0.440831539 0.440831539 1 0 0 1 0.836319797 0.836319797 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.022369545 1 0.130947004 1 1 1 0.000000035 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 74064041 C G - - - - - - 31 0 0 44 2 4.5 32 1 3.1 34 1 2.9 81 9 11.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.430684042 3.492632347 9 7 2 2 7 5 1 1 2 2 0.569315958 0.507367653 1 1 3 3 NA NA 1 1 NA NA 0.430684042 0.492632347 NA NA 0.49295221 0.49295221 1 0.379604936 0.379604936 1 0.698726496 0.698726496 1 1.118451777 1.118451777 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.020580492 1 0.14819814 1 0.156694864 1 3.68E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 74963427 C T GALR1 CCDS12012.1 r.? - - intronic 33 0 0 15 2 13.3 5 0 0 6 1 16.7 72 10 13.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.430684042 3.492632347 0.512276826 4 2 2 0 2 1 1 0 2 0.569315958 0.507367653 0.487723174 1 3 3 1 NA 1 1 0 NA 0.430684042 0.492632347 0.512276826 NA 1.456947644 1.456947644 1 0 0 1 2.606251085 2.606251085 1 0.983583756 0.983583756 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.002513772 1 1 1 0.029627491 1 3.95E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 75045042 C T - - - - - - 38 0 0 42 0 0 27 0 0 47 0 0 50 7 14 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.430684042 3.492632347 0.512276826 4 2 2 0 2 1 1 0 2 0.569315958 0.507367653 0.487723174 1 3 3 1 NA 1 1 0 NA 0.430684042 0.492632347 0.512276826 NA 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 0.990659898 0.990659898 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 6.46E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 75791949 G A - - - - - - 33 0 0 38 5 13.2 27 3 11.1 36 0 0 67 13 19.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.430684042 3.492632347 0.512276826 4 2 2 0 2 1 1 0 2 0.569315958 0.507367653 0.487723174 1 3 3 1 NA 1 1 0 NA 0.430684042 0.492632347 0.512276826 NA 1.445993151 1.445993151 1 1.359230578 1.359230578 1 0 NA 0 1.372771574 1.372771574 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.00000137 1 0.000334187 1 1 1 2.41E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 75834561 G A - - - - - - 26 0 0 31 0 0 17 0 0 40 0 0 50 6 12 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.430684042 3.492632347 0.512276826 4 2 2 0 2 1 1 0 2 0.569315958 0.507367653 0.487723174 1 3 3 1 NA 1 1 0 NA 0.430684042 0.492632347 0.512276826 NA 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 0.849137056 0.849137056 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000000206 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 75897553 C T - - - - - - 27 0 0 24 0 0 22 0 0 34 0 0 56 8 14.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.430684042 3.492632347 0.512276826 4 2 2 0 2 1 1 0 2 0.569315958 0.507367653 0.487723174 1 3 3 1 NA 1 1 0 NA 0.430684042 0.492632347 0.512276826 NA 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 1.011888325 1.011888325 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 4.48E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 76049270 G A - - - - - - 30 0 0 48 0 0 15 0 0 71 0 0 67 7 10.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.430684042 3.492632347 0.512276826 4 2 2 0 2 1 1 0 2 0.569315958 0.507367653 0.487723174 1 3 3 1 NA 1 1 0 NA 0.430684042 0.492632347 0.512276826 NA 0 NA 0 0 0 1 0 NA 0 0.735918782 0.735918782 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 5.23E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 76187921 G A - - - - - - 27 0 0 43 4 9.3 20 0 0 52 3 5.8 67 11 16.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.430684042 3.492632347 0.512276826 4 2 2 0 2 1 1 0 2 0.569315958 0.507367653 0.487723174 1 3 3 1 NA 1 1 0 NA 0.430684042 0.492632347 0.512276826 NA 1.018767902 1.018767902 1 0 0 1 0.905165047 0.905165047 1 1.16048731 1.16048731 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000066 1 1 1 0.002300591 1 4.85E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 76254795 G T - - - - - - 32 0 0 27 1 3.7 27 2 7.4 19 0 0 62 6 9.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.430684042 3.492632347 0.512276826 4 2 2 0 2 1 1 0 2 0.569315958 0.507367653 0.487723174 1 3 3 1 NA 1 1 0 NA 0.430684042 0.492632347 0.512276826 NA 0.405316262 0.405316262 1 0.906153718 0.906153718 1 0 NA 0 0.686385787 0.686385787 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.126579904 1 0.00807567 1 1 1 0.000000756 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 76415731 G A - - - - - - 16 0 0 26 3 11.5 27 0 0 12 2 16.7 54 8 14.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.430684042 3.492632347 0.512276826 4 2 2 0 2 1 1 0 2 0.569315958 0.507367653 0.487723174 1 3 3 1 NA 1 1 0 NA 0.430684042 0.492632347 0.512276826 NA 1.25976676 1.25976676 1 0 0 1 2.606251085 2.606251085 1 1.047269036 1.047269036 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000298167 1 1 1 0.001595918 1 3.31E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 77778080 G A - - - - - - 29 0 0 39 1 2.6 19 0 0 75 0 0 60 12 20 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.430684042 3.492632347 0.512276826 4 2 2 0 2 1 1 0 2 0.569315958 0.507367653 0.487723174 1 3 3 1 NA 1 1 0 NA 0.430684042 0.492632347 0.512276826 NA 0.284816833 0.284816833 1 0 0 1 0 NA 0 1.415228426 1.415228426 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.177567718 1 1 1 1 1 2.74E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 77778081 T A - - - - - - 29 0 0 39 1 2.6 18 0 0 76 0 0 58 10 17.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.430684042 3.492632347 0.512276826 4 2 2 0 2 1 1 0 2 0.569315958 0.507367653 0.487723174 1 3 3 1 NA 1 1 0 NA 0.430684042 0.492632347 0.512276826 NA 0.284816833 0.284816833 1 0 0 1 0 NA 0 1.217096447 1.217096447 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.177567718 1 1 1 1 1 4.1E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 19 262127 G A - - - - - - 26 0 0 35 0 0 29 0 0 77 0 0 62 7 11.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 1.37108009 2.488135549 5 2 1 0 3 1 0 0 2 1 0.62891991 -1.488135549 1 NA 1 1 NA NA 1 0 NA NA 0.37108009 2.488135549 NA 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 0.912604061 0.912604061 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 3.02E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 19 576869 G T BSG CCDS12033.1 r.? - - intronic 22 0 0 33 0 0 24 2 8.3 17 1 5.9 60 6 10 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 1.37108009 2.488135549 5 2 1 0 3 1 0 0 2 1 0.62891991 -1.488135549 1 NA 1 1 NA NA 1 0 NA NA 0.37108009 2.488135549 NA 0 0 1 0.840272766 0.840272766 1 1.037347006 NA 0 0.807614213 0.807614213 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 0.006413403 1 0.081683532 1 0.000000621 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 19 647969 C T RNF126 CCDS12039.1 r.1201g>a c.? p.? 3'UTR variant 34 0 0 2 0 0 3 0 0 7 0 0 45 15 33.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 1.37108009 2.488135549 5 2 1 0 3 1 0 0 2 1 0.62891991 -1.488135549 1 NA 1 1 NA NA 1 0 NA NA 0.37108009 2.488135549 NA 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 2.68935533 0.896451777 3 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 9.14E-24 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 19 833606 A T AZU1 CCDS12044.1 r.? - - downstream 26 0 0 29 0 0 24 0 0 31 0 0 57 7 12.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 1.37108009 2.488135549 5 2 1 0 3 1 0 0 2 1 0.62891991 -1.488135549 1 NA 1 1 NA NA 1 0 NA NA 0.37108009 2.488135549 NA 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 0.993365482 0.993365482 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.66E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 19 1194650 C A - - - - - - 36 0 0 3 0 0 0 0 NA 5 0 0 47 9 19.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 1.37108009 2.488135549 5 2 1 0 3 1 0 0 2 1 0.62891991 -1.488135549 1 NA 1 1 NA NA 1 0 NA NA 0.37108009 2.488135549 NA 0 0 1 NA NA 1 0 NA 0 1.542543147 1.542543147 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.24E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 19 1254916 C T MIDN CCDS32864.1 r.1227c>u c.712C>T p.P238S missense 35 0 0 29 3 10.3 13 0 0 7 0 0 33 5 15.2 20 0 0 16 2 12.5 0 0 NA 26 5 19.2 33 5 15.2 FALSE FALSE 3 1.37108009 2.488135549 5 2 1 0 3 1 0 0 2 1 0.62891991 -1.488135549 1 NA 1 1 NA NA 1 0 NA NA 0.37108009 2.488135549 NA 1.083952381 1.083952381 1 0 0 1 0 NA 0 1.227573604 1.227573604 1 1.31547619 1.31547619 1 NA NA 1 3.375773308 1.356748152 2.488135549 1.227573604 1.227573604 1 NA NA 1 1 0.000414371 0.002863359 1 1 1 0.000000188 0.00000066 0.00000066 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 19 1368739 G A MUM1 CCDS12062.1 r.? - - intronic 34 0 0 29 2 6.9 21 1 4.8 5 0 0 72 10 13.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 1.37108009 2.488135549 5 2 1 0 3 1 0 0 2 1 0.62891991 -1.488135549 1 NA 1 1 NA NA 1 0 NA NA 0.37108009 2.488135549 NA 0.726142857 0.726142857 1 0.485940877 0.485940877 1 0 NA 0 1.122583756 1.122583756 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.009279585 1 0.099912572 1 1 1 3.95E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 19 1498179 C G REEP6 CCDS12070.1 r.? - - downstream 43 0 0 37 2 5.4 19 1 5.3 37 0 0 60 8 13.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 1.37108009 2.488135549 5 2 1 0 3 1 0 0 2 1 0.62891991 -1.488135549 1 NA 1 1 NA NA 1 0 NA NA 0.37108009 2.488135549 NA 0.568285714 0.568285714 1 0.536559718 0.536559718 1 0 NA 0 1.074126904 1.074126904 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.014826063 1 0.090843738 1 1 1 7.93E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 19 1626092 C T TCF3 CCDS12074.1 r.? - - intronic 28 0 0 29 1 3.4 14 0 0 10 1 10 72 7 9.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 1.37108009 2.488135549 5 2 1 0 3 1 0 0 2 1 0.62891991 -1.488135549 1 NA 1 1 NA NA 1 0 NA NA 0.37108009 2.488135549 NA 0.357809524 0.357809524 1 0 NA 0 1.758215264 1.758215264 1 0.783385787 0.783385787 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.135292269 1 1 1 0.04888987 1 8.66E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 19 1784485 G A ATP8B3 CCDS45901.1 r.? - - intronic 29 0 0 38 0 0 25 0 0 27 0 0 85 24 28.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 1.37108009 2.488135549 5 2 1 0 3 1 0 0 2 1 0.62891991 -1.488135549 1 NA 1 1 NA NA 1 0 NA NA 0.37108009 2.488135549 NA 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 2.277472081 1.138736041 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 3.98E-35 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 19 2042329 C G MKNK2 CCDS12080.1 r.? - - intronic 33 0 0 7 1 14.3 4 1 25 1 0 0 54 16 29.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 1.37108009 2.488135549 5 2 1 0 3 1 0 0 2 1 0.62891991 -1.488135549 1 NA 1 1 NA NA 1 0 NA NA 0.37108009 2.488135549 NA 1.504904762 1.504904762 1 2.530942066 2.530942066 1 0 NA 0 2.390538071 1.195269036 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.034479353 1 0.019850499 1 1 1 2.69E-24 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 19 2310685 G A LINGO3 CCDS45905.1 r.? - - upstream 24 0 0 28 0 0 16 0 0 3 0 0 49 11 22.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 1.37108009 2.488135549 5 2 1 0 3 1 0 0 2 1 0.62891991 -1.488135549 1 NA 1 1 NA NA 1 0 NA NA 0.37108009 2.488135549 NA 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 1.809055838 0.904527919 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.19E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 19 4117005 G A MAP2K2 CCDS12120.1 r.? - - intronic 36 0 0 29 1 3.4 15 1 6.7 21 0 0 60 13 21.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 1.37108009 2.488135549 5 2 1 0 3 1 0 0 2 1 0.62891991 -1.488135549 1 NA 1 1 NA NA 1 0 NA NA 0.37108009 2.488135549 NA 0.357809524 0.357809524 1 0.678292474 0.678292474 1 0 NA 0 1.752522843 0.876261421 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.135292269 1 0.072431031 1 1 1 5.07E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 19 4782566 G T - - - - - - 27 0 0 27 2 7.4 14 2 14.3 43 3 7 46 15 32.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 3 1.37108009 2.488135549 5 2 1 0 3 1 0 0 2 1 0.62891991 -1.488135549 1 NA 1 1 NA NA 1 0 NA NA 0.37108009 2.488135549 NA 0.778761905 0.778761905 1 1.447698862 1.447698862 1 1.230750685 1.230750685 1 2.632822335 0.877607445 3 NA NA 1 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.00807567 1 0.002185852 1 0.001328364 1 1.35E-23 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 19 4936214 G C UHRF1 ENST00000398240 r.? - - intronic 32 0 0 46 0 0 29 0 0 18 0 0 184 21 11.4 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 FALSE FALSE 10 11 2.488135549 17 8 9 0 15 2 2 0 2 1 1 -1.488135549 1 NA NA 1 NA NA NA 0 NA NA NA 2.488135549 NA 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 2.288680203 1.144340102 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 0 0 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 4.76E-22 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 19 4936939 G C UHRF1 ENST00000398240 r.? - - intronic 26 0 0 45 0 0 33 0 0 49 0 0 184 20 10.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 10 11 2.488135549 17 8 9 0 15 2 2 0 2 1 1 -1.488135549 1 NA NA 1 NA NA NA 0 NA NA NA 2.488135549 NA 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 2.188299492 1.094149746 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.22E-20 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 19 4937196 G C UHRF1 ENST00000398240 r.? - - intronic 21 0 0 40 0 0 34 0 0 57 0 0 170 21 12.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 10 11 2.488135549 17 8 9 0 15 2 2 0 2 1 1 -1.488135549 1 NA NA 1 NA NA NA 0 NA NA NA 2.488135549 NA 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 2.489441624 0.829813875 3 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 8.72E-23 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 19 5870423 C T FUT5 CCDS12154.1 r.? - - upstream 22 0 0 51 0 0 29 0 0 50 0 0 142 8 5.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 10 11 2.488135549 14.55135283 8 9 0 13 2 2 0 1 1 1 -1.488135549 0.448647165 NA NA 1 13 NA NA 0 2 NA NA 2.488135549 0.551352835 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 0.987139718 0.987139718 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000000723 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 19 5993467 C T RFX2 CCDS12157.1 r.3820g>a c.? p.? 3'UTR variant 26 0 0 45 3 6.7 36 1 2.8 40 1 2.5 172 12 7 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 10 11 2.488135549 14.55135283 8 9 0 13 2 2 0 1 1 1 -1.488135549 0.448647165 NA NA 1 13 NA NA 0 2 NA NA 2.488135549 0.551352835 1.174095238 1.174095238 1 0.553075269 0.553075269 1 0.439553816 NA 0 1.233924648 1.233924648 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.001516071 1 0.165106833 1 0.181679879 1 1.1E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 19 6033305 C T RFX2 CCDS12157.1 r.? - - intronic 28 0 0 68 0 0 19 0 0 48 0 0 171 11 6.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 10 11 2.488135549 14.55135283 8 9 0 13 2 2 0 1 1 1 -1.488135549 0.448647165 NA NA 1 13 NA NA 0 2 NA NA 2.488135549 0.551352835 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 1.128159678 1.128159678 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.55E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 19 7871096 C G - - - - - - 32 0 0 40 0 0 41 0 0 41 0 0 145 107 73.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2.505303239 3.385466625 2.488135549 14 1 2 0 14 1 1 0 0 0.494696761 0.614533375 -1.488135549 1 2 2 1 NA 1 2 0 NA 0.505303239 0.385466625 2.488135549 NA 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 12.60219289 0.969399453 13 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 6.4E-212 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 19 7872251 C A - - - - - - 32 0 0 62 0 0 41 0 0 21 0 0 162 122 75.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2.505303239 3.385466625 2.488135549 NA 1 2 0 NA 1 1 0 NA 0.494696761 0.614533375 -1.488135549 NA 2 2 1 NA 1 2 0 NA 0.505303239 0.385466625 2.488135549 NA 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.35E-243 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 19 7872533 C G - - - - - - 34 0 0 55 0 0 29 0 0 36 0 0 160 120 75 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2.505303239 3.385466625 2.488135549 NA 1 2 0 NA 1 1 0 NA 0.494696761 0.614533375 -1.488135549 NA 2 2 1 NA 1 2 0 NA 0.505303239 0.385466625 2.488135549 NA 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 5.33E-239 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 19 7873007 C A - - - - - - 36 0 0 54 0 0 28 0 0 25 0 0 153 105 68.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 FALSE FALSE 2.505303239 3.385466625 2.488135549 NA 1 2 0 NA 1 1 0 NA 0.494696761 0.614533375 -1.488135549 NA 2 2 1 NA 1 2 0 NA 0.505303239 0.385466625 2.488135549 NA 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.9E-202 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 19 10434074 C T RAVER1 CCDS45960.1 r.1056g>a c.976G>A p.A326T missense 26 0 0 21 2 9.5 3 1 33.3 7 0 0 71 10 14.1 1 0 0 42 1 2.4 4 0 0 25 0 0 17 4 23.5 FALSE FALSE 8 9 4.49637224 5.134965632 7 8 1 4 1 1 0 1 1 1 -2.49637224 0.865034368 NA NA 2 4 NA NA 0 2 NA NA 3.49637224 0.134965632 1.474761905 1.474761905 1 5.911645161 5.911645161 1 0 NA 0 1.157766195 1.157766195 1 0.372571429 NA 0 0 0 1 0 NA 0 1.929610325 1.929610325 1 NA NA 1 1 0.004928472 0.189842622 0.014925125 1 1 1 3.42E-12 0.00000141 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 19 12408275 A G ZNF44 CCDS45988.1 r.? - - upstream 32 0 0 34 2 5.9 19 2 10.5 79 3 3.8 49 10 20.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4.49637224 3 2 2 1 2 1 1 0 1 1 1 -2.49637224 1 NA NA 2 NA NA NA 0 NA NA NA 3.49637224 NA 0.620904762 0.620904762 1 1.234032258 1.234032258 1 0.744434795 0.744434795 1 1.239532995 1.239532995 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.012612579 1 0.004039874 1 0.007450026 1 6.72E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 19 12498099 T G ZNF799 CCDS45989.1 r.? - - downstream 33 0 0 43 0 0 19 0 0 60 0 0 64 13 20.3 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 4.49637224 3 2 2 1 2 1 1 0 1 1 1 -2.49637224 1 NA NA 2 NA NA NA 0 NA NA NA 3.49637224 NA 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 1.233456853 1.233456853 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.26E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 19 12748058 A C - - - - - - 22 0 0 45 3 6.7 32 2 6.2 36 1 2.8 56 7 12.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 4.49637224 3 2 2 1 2 1 1 0 1 1 1 -2.49637224 1 NA NA 2 NA NA NA 0 NA NA NA 3.49637224 NA 0.705095238 0.705095238 1 0.728666667 0.728666667 1 0.548530901 NA 0 0.759517766 0.759517766 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.001516071 1 0.011224977 1 0.165106833 1 1.46E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 19 14810752 C T ZNF333 CCDS12316.1 r.? - - intronic 25 0 0 36 1 2.8 26 0 0 39 0 0 50 7 14 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 4.49637224 3 2 2 1 2 1 1 0 1 1 1 -2.49637224 1 NA NA 2 NA NA NA 0 NA NA NA 3.49637224 NA 0.294666667 0.294666667 1 0 0 1 0 NA 0 0.850659898 0.850659898 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.165106833 1 1 1 1 1 6.46E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 19 16116216 G A - - - - - - 22 0 0 44 4 9.1 22 1 4.5 21 1 4.8 50 9 18 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 4.49637224 3 2 2 1 2 1 1 0 1 1 1 -2.49637224 1 NA NA 2 NA NA NA 0 NA NA NA 3.49637224 NA 0.957666667 0.957666667 1 0.528870968 0.528870968 1 0.940338688 NA 0 1.093705584 1.093705584 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.0000723 1 0.104413009 1 0.099912572 1 4.07E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 19 16435666 G T KLF2 CCDS12343.1 r.30g>u c.? p.? 5'UTR variant 26 0 0 1 0 0 3 0 0 5 0 0 49 8 16.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 4.49637224 3 2 2 1 2 1 1 0 1 1 1 -2.49637224 1 NA NA 2 NA NA NA 0 NA NA NA 3.49637224 NA 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 0.990411168 0.990411168 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.47E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 19 17264168 C G MYO9B CCDS46010.1 r.? - - intronic 26 0 0 28 0 0 25 0 0 33 0 0 40 4 10 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 4.49637224 3 2 2 1 2 1 1 0 1 1 1 -2.49637224 1 NA NA 2 NA NA NA 0 NA NA NA 3.49637224 NA 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 0.607614213 0.607614213 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.0000495 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 19 18704572 G A CRLF1 CCDS32962.1 r.? - - intronic 36 0 0 34 3 8.8 15 1 6.7 19 0 0 53 9 17 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 4.49637224 3 2 2 1 2 1 1 0 1 1 1 -2.49637224 1 NA NA 2 NA NA NA 0 NA NA NA 3.49637224 NA 0.926095238 0.926095238 1 0.787430108 0.787430108 1 0 NA 0 1.032944162 1.032944162 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.000666058 1 0.072431031 1 1 1 7.1E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 19 20714003 T C - - - - - - 8 0 0 10 0 0 6 0 0 9 0 0 19 4 21.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 4.49637224 3 2 2 1 2 1 1 0 1 1 1 -2.49637224 1 NA NA 2 NA NA NA 0 NA NA NA 3.49637224 NA 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 1.28206599 1.28206599 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.00000228 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 19 21369854 A G ZNF431 CCDS32979.1 r.? - - downstream 35 0 0 37 0 0 19 0 0 63 0 0 56 12 21.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 4.49637224 3 2 2 1 2 1 1 0 1 1 1 -2.49637224 1 NA NA 2 NA NA NA 0 NA NA NA 3.49637224 NA 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 1.300294416 1.300294416 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.11E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 19 21741216 G C - - - - - - 38 0 0 40 0 0 25 0 0 70 0 0 57 13 22.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 4.49637224 3 2 2 1 2 1 1 0 1 1 1 -2.49637224 1 NA NA 2 NA NA NA 0 NA NA NA 3.49637224 NA 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 1.385360406 1.385360406 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.44E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 19 22126725 C A - - - - - - 32 0 0 28 0 0 25 0 0 74 1 1.4 56 14 25 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 4.49637224 3 2 2 1 2 1 1 0 1 1 1 -2.49637224 1 NA NA 2 NA NA NA 0 NA NA NA 3.49637224 NA 0 0 1 0 0 1 0.274265451 NA 0 1.519035533 1.519035533 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.309906439 1 2.91E-20 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 19 22195786 C A ZNF208 ENST00000397126 r.? - - upstream 25 0 0 30 1 3.3 22 1 4.5 23 0 0 63 12 19 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 4.49637224 3 2 2 1 2 1 1 0 1 1 1 -2.49637224 1 NA NA 2 NA NA NA 0 NA NA NA 3.49637224 NA 0.347285714 0.347285714 1 0.528870968 0.528870968 1 0 NA 0 1.154467005 1.154467005 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.139615808 1 0.104413009 1 1 1 5.15E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 19 22430664 C T - - - - - - 34 0 0 24 2 8.3 13 2 15.4 63 0 0 46 5 10.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 4.49637224 3 2 2 1 2 1 1 0 1 1 1 -2.49637224 1 NA NA 2 NA NA NA 0 NA NA NA 3.49637224 NA 0.87347619 0.87347619 1 1.809913978 1.809913978 1 0 NA 0 0.662299492 0.662299492 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.006413403 1 0.001879825 1 1 1 0.00000361 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 19 23404852 C A ZNF724P ENST00000418100 r.2313g>u c.? p.? 3'UTR variant 35 0 0 44 3 6.8 14 0 0 58 1 1.7 76 19 25 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 4.49637224 3 2 2 1 2 1 1 0 1 1 1 -2.49637224 1 NA NA 2 NA NA NA 0 NA NA NA 3.49637224 NA 0.715619048 0.715619048 1 0 0 1 0.333036619 NA 0 1.519035533 0.759517766 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.00142027 1 1 1 0.252280541 1 5.56E-27 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 19 23642891 G A ENSG00000235694 ENST00000439808 r.? - - intronic 31 0 0 34 0 0 16 0 0 67 0 0 50 10 20 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 4.49637224 3 2 2 1 2 1 1 0 1 1 1 -2.49637224 1 NA NA 2 NA NA NA 0 NA NA NA 3.49637224 NA 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 1.215228426 1.215228426 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 8.36E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 19 23882788 C G - - - - - - 33 0 0 40 3 7.5 22 0 0 50 3 6 44 7 15.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4.49637224 3 2 2 1 2 1 1 0 1 1 1 -2.49637224 1 NA NA 2 NA NA NA 0 NA NA NA 3.49637224 NA 0.789285714 0.789285714 1 0 0 1 1.17542336 1.17542336 1 0.966106599 0.966106599 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.001075403 1 1 1 0.002055544 1 2.55E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 19 29082260 C A AC005307.1 ENST00000511462 r.? - - intronic 23 0 0 33 0 0 19 0 0 59 0 0 44 5 11.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3.323840502 2 2 2 2 1 1 1 1 1 1 1 0.676159498 NA NA NA 2 NA NA NA 2 NA NA NA 0.323840502 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.72959802 0.72959802 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.00000288 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 19 29551467 T C - - - - - - 33 0 0 51 3 5.9 20 1 5 41 1 2.4 40 10 25 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3.323840502 2 2 2 2 1 1 1 1 1 1 1 0.676159498 NA NA NA 2 NA NA NA 2 NA NA NA 0.323840502 0.620904762 0.620904762 1 0.587634409 0.587634409 1 0.43425641 0.43425641 1 1.599995659 1.599995659 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.002175924 1 0.09538952 1 0.18577148 1 7.22E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 19 31180060 C T - - - - - - 23 0 0 44 3 6.8 16 1 6.2 53 0 0 54 5 9.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3.323840502 2 2 2 2 1 1 1 1 1 1 1 0.676159498 NA NA NA 2 NA NA NA 2 NA NA NA 0.323840502 0.715619048 0.715619048 1 0.728666667 0.728666667 1 0 0 1 0.595198385 0.595198385 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.00142027 1 0.077068876 1 1 1 0.00000806 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 19 31272558 G T - - - - - - 28 0 0 32 3 9.4 21 1 4.8 38 2 5.3 65 8 12.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3.323840502 2 2 2 2 1 1 1 1 1 1 1 0.676159498 NA NA NA 2 NA NA NA 2 NA NA NA 0.323840502 0.989238095 0.989238095 1 0.564129032 0.564129032 1 0.958982906 0.958982906 1 0.787197864 0.787197864 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000556213 1 0.099912572 1 0.015598339 1 1.53E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 19 31871537 G A ENSG00000232700 ENST00000441786 r.? - - intronic 27 0 0 39 3 7.7 19 2 10.5 16 1 6.2 78 24 30.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3.323840502 2 2 2 2 1 1 1 1 1 1 1 0.676159498 NA NA NA 2 NA NA NA 2 NA NA NA 0.323840502 0.810333333 0.810333333 1 1.234032258 1.234032258 1 1.12182906 1.12182906 1 1.971194651 0.985597326 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000998458 1 0.004039874 1 0.077068876 1 3.63E-36 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 19 32145742 C T - - - - - - 33 0 0 32 0 0 18 0 0 45 1 2.2 56 13 23.2 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3.323840502 2 2 2 2 1 1 1 1 1 1 1 0.676159498 NA NA NA 2 NA NA NA 2 NA NA NA 0.323840502 0 0 1 0 0 1 0.398068376 0.398068376 1 1.484795971 1.484795971 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.201934322 1 1.89E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 19 32278493 G A - - - - - - 31 0 0 50 0 0 24 0 0 73 0 0 80 15 18.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3.323840502 2 2 2 2 1 1 1 1 1 1 1 0.676159498 NA NA NA 2 NA NA NA 2 NA NA NA 0.323840502 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.203196735 1.203196735 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.49E-19 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 19 32427190 A C - - - - - - 23 0 0 39 0 0 33 0 0 71 0 0 70 5 7.1 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3.323840502 2 2 2 2 1 1 1 1 1 1 1 0.676159498 NA NA NA 2 NA NA NA 2 NA NA NA 0.323840502 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.454398767 1.403156071 0.323840502 NA NA 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.0000289 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 19 32449612 G A - - - - - - 25 0 0 38 2 5.3 21 3 14.3 64 5 7.8 69 19 27.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3.323840502 2 2 2 2 1 1 1 1 1 1 1 0.676159498 NA NA NA 2 NA NA NA 2 NA NA NA 0.323840502 0.557761905 0.557761905 1 1.680634409 1.680634409 1 1.411333333 1.411333333 1 1.759995224 1.050016557 1.676159498 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.015598339 1 0.000155401 1 0.0000186 1 6.95E-28 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 19 32522820 A C AC005547.1 ENST00000504888 r.? - - intronic 32 0 0 31 0 0 21 1 4.8 79 0 0 83 19 22.9 202 0 0 494 0 0 245 0 0 645 0 0 486 69 14.2 TRUE FALSE 3 3 3 3.323840502 2 2 2 2 1 1 1 1 1 1 1 0.676159498 NA NA NA 2 NA NA NA 2 NA NA NA 0.323840502 0 0 1 0.564129032 0.564129032 1 0 0 1 1.465596023 0.874377424 1.676159498 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 0.908797534 0.908797534 1 6 NA 1 1 1 1 0.099912572 1 1 1 3.6E-26 1.89E-75 YES 0_0 0_0 0_0 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b 19 32522949 G T AC005547.1 ENST00000504888 r.? - - intronic 30 0 0 47 0 0 23 0 0 55 0 0 59 10 16.9 65 0 0 219 0 0 91 0 0 227 0 0 177 25 14.1 TRUE FALSE 3 3 3 3.323840502 2 2 2 2 1 1 1 1 1 1 1 0.676159498 NA NA NA 2 NA NA NA 2 NA NA NA 0.323840502 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.081597065 1.081597065 1 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 0.902397551 0.902397551 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 4.91E-13 2.47E-28 YES 0_0 0_0 0_0 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b 19 32569051 G T - - - - - - 33 0 0 25 0 0 26 0 0 69 0 0 78 9 11.5 0 0 NA 0 0 NA 4 0 0 1 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3.323840502 2 2 2 2 1 1 1 1 1 1 1 0.676159498 NA NA NA 2 NA NA NA 2 NA NA NA 0.323840502 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.735998003 0.735998003 1 NA NA 1 0 0 1 0 NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.61E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 19 35092185 G T SCGBL CCDS32989.1 r.? - - upstream 32 0 0 39 2 5.1 15 0 0 67 0 0 52 11 21.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3.495036613 2 2 2 2 1 1 1 1 1 1 1 0.504963387 NA NA NA 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.495036613 0.536714286 0.536714286 1 0 0 1 0 0 1 1.393089894 1.393089894 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 0.016387522 1 1 1 1 1 2.44E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 19 37338016 G C - - - - - - 36 0 0 51 0 0 24 0 0 58 0 0 55 7 12.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 3.967520676 3.495036613 2 2 1 2 1 1 0 1 1 1 -1.967520676 0.504963387 NA NA 2 3 NA NA 0 1 NA NA 2.967520676 0.495036613 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 0.834539701 0.834539701 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.28E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 19 37601736 G A ZNF420 CCDS12498.1 r.? - - intronic 35 0 0 45 1 2.2 23 0 0 88 1 1.1 56 6 10.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 3.967520676 3.495036613 2 2 1 2 1 1 0 1 1 1 -1.967520676 0.504963387 NA NA 2 3 NA NA 0 1 NA NA 2.967520676 0.495036613 0.23152381 0.23152381 1 0 0 1 0.209676915 NA 0 0.703116126 0.703116126 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.201934322 1 1 1 0.356673997 1 0.000000409 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 19 37636808 A C ZNF585A CCDS12499.1 r.? - - downstream 35 0 0 49 0 0 19 0 0 73 0 0 63 12 19 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 3.967520676 3.495036613 2 2 1 2 1 1 0 1 1 1 -1.967520676 0.504963387 NA NA 2 3 NA NA 0 1 NA NA 2.967520676 0.495036613 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 1.248523962 1.248523962 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 5.15E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 19 38045098 C T ZNF540 CCDS12506.1 r.? - - intronic 35 0 0 37 0 0 20 0 0 65 0 0 69 8 11.6 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 3.967520676 3.495036613 2 2 1 2 1 1 0 1 1 1 -1.967520676 0.504963387 NA NA 2 3 NA NA 0 1 NA NA 2.967520676 0.495036613 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 0.762256734 0.762256734 1 NA NA 1 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.49E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 19 38931364 C T RYR1 CCDS33011.1 r.? - - intronic 29 0 0 30 3 10 16 2 12.5 11 0 0 57 8 14 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 3.967520676 3.495036613 2 2 1 2 1 1 0 1 1 1 -1.967520676 0.504963387 NA NA 2 3 NA NA 0 1 NA NA 2.967520676 0.495036613 1.052380952 1.052380952 1 1.469086022 1.469086022 1 0 NA 0 0.919965024 0.919965024 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.000458697 1 0.002863359 1 1 1 5.19E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 19 39740306 C A IL28B CCDS12530.1 r.? - - upstream 39 0 0 30 3 10 19 1 5.3 77 2 2.6 83 8 9.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 1 3.495036613 2 2 1 2 1 1 0 1 1 1 1 0.504963387 NA NA NA 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.495036613 1.052380952 1.052380952 1 0.622892473 0.622892473 1 0.418444444 0.418444444 1 0.63083316 0.63083316 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000458697 1 0.090843738 1 0.057170369 1 0.000000011 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 19 41237065 C T ITPKC CCDS12563.1 r.? - - intronic 48 0 0 35 0 0 22 0 0 38 0 0 61 9 14.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 1 3.495036613 2 2 1 2 1 1 0 1 1 1 1 0.504963387 NA NA NA 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.495036613 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 0.972534454 0.972534454 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.68E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 19 41832469 G T CCDC97 CCDS12578.1 r.? - - downstream 30 0 0 36 2 5.6 11 0 0 26 0 0 56 9 16.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 1 3.495036613 2 2 1 2 1 1 0 1 1 1 1 0.504963387 NA NA NA 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.495036613 0.589333333 0.589333333 1 0 0 1 0 NA 0 1.057959778 1.057959778 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.014070883 1 1 1 1 1 1.2E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 19 42767512 T A - - - - - - 31 0 0 27 3 11.1 14 1 7.1 31 3 9.7 56 10 17.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 5 1 3.495036613 5 4 1 2 1 1 0 1 1 1 1 0.504963387 NA NA NA 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.495036613 1.501142857 1.501142857 1 0.97644086 0.97644086 1 1.561119658 1.561119658 1 1.176240995 1.176240995 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000334187 1 0.067769881 1 0.000505952 1 2.82E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 19 42864395 T G MEGF8 CCDS12604.2 r.? - - intronic 22 0 0 42 0 0 17 0 0 57 3 5.3 64 10 15.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 5 1 NA 5 4 1 NA 1 1 0 NA 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.852982906 0.852982906 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.002989991 1 1.16E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 19 42923715 C T LIPE CCDS12607.1 r.? - - intronic 24 0 0 29 1 3.4 13 0 0 12 0 0 69 6 8.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 5 1 NA 5 4 1 NA 1 1 0 NA 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.459809524 0.459809524 1 0 0 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.135292269 1 1 1 1 1 0.00000143 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 19 42959995 C G ENSG00000213904 ENST00000457234 r.? - - intronic 32 0 0 35 0 0 24 0 0 82 0 0 77 11 14.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 5 1 NA 5 4 1 NA 1 1 0 NA 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.41E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 19 43234923 A G PSG3 CCDS12611.1 r.? - - intronic 29 0 0 47 0 0 22 0 0 57 0 0 66 7 10.6 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 1 1 100 FALSE FALSE 6 5 1 5.599235127 5 4 1 4 1 1 0 1 1 1 1 0.400764873 NA NA NA 5 NA NA NA 1 NA NA NA 0.599235127 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 0.919589989 0.919589989 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 0 8.675377259 8.675377259 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000000047 0.005 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 19 43258660 C T PSG8 CCDS33037.1 r.1068g>a c.1068G>A p.A356A silent 43 0 0 37 0 0 33 0 0 67 0 0 103 27 26.2 175 0 0 331 0 0 193 0 0 244 0 0 334 72 21.6 FALSE FALSE 6 5 1 5.599235127 5 4 1 4 1 1 0 1 1 1 1 0.400764873 NA NA NA 5 NA NA NA 1 NA NA NA 0.599235127 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 2.272948842 0.874468346 2.599235127 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 1.873881488 0.936940744 2 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.49E-38 1.25E-92 YES 0_0 0_0 0_0 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b 19 43353105 C G PSG1 ENST00000449000 r.? - - intronic 25 0 0 40 0 0 33 0 0 63 0 0 79 5 6.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 5 1 5.599235127 5 4 1 4 1 1 0 1 1 1 1 0.400764873 NA NA NA 5 NA NA NA 1 NA NA NA 0.599235127 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 0.546548767 0.546548767 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.0000518 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 19 43363290 G A PSG1 ENST00000449000 r.? - - intronic 42 0 0 27 0 0 17 2 11.8 64 4 6.2 82 10 12.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 5 1 5.599235127 5 4 1 4 1 1 0 1 1 1 1 0.400764873 NA NA NA 5 NA NA NA 1 NA NA NA 0.599235127 0 0 1 1.622817204 1.622817204 1 0.99782906 0.99782906 1 1.058396026 1.058396026 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 1 1 0.003234386 1 0.000312605 1 1.51E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 19 43654335 C G PSG1 ENST00000449000 r.? - - intronic 36 0 0 47 0 0 29 0 0 78 0 0 76 9 11.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA FALSE FALSE 6 5 1 5.599235127 5 4 1 4 1 1 0 1 1 1 1 0.400764873 NA NA NA 5 NA NA NA 1 NA NA NA 0.599235127 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 1.023694517 1.023694517 1 NA NA 1 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.06E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 19 43819668 G A - - - - - - 37 0 0 43 1 2.3 21 0 0 61 1 1.6 79 12 15.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 5 1 5.599235127 5 4 1 4 1 1 0 1 1 1 1 0.400764873 NA NA NA 5 NA NA NA 1 NA NA NA 0.599235127 0.311047619 0.311047619 1 0 0 1 0.257504274 NA 0 1.318657343 1.318657343 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.193893409 1 1 1 0.263440347 1 9.17E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 19 44910633 G A ZNF285A CCDS12638.1 r.? - - upstream 30 0 0 48 0 0 33 0 0 68 0 0 73 11 15.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 5 1 5.599235127 5 4 1 4 1 1 0 1 1 1 1 0.400764873 NA NA NA 5 NA NA NA 1 NA NA NA 0.599235127 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 1.309981966 1.309981966 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.31E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 19 44947247 C G ZNF229 CCDS42574.1 r.? - - intronic 32 0 0 51 4 7.8 26 0 0 58 2 3.4 84 10 11.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 5 1 5.599235127 5 4 1 4 1 1 0 1 1 1 1 0.400764873 NA NA NA 5 NA NA NA 1 NA NA NA 0.599235127 1.054857143 1.054857143 1 0 0 1 0.547196581 0.547196581 1 1.032369894 1.032369894 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000129466 1 1 1 0.034352256 1 1.93E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 19 45467270 G A CLPTM1 CCDS12651.1 r.? - - intronic 25 0 0 41 1 2.4 25 2 8 30 2 6.7 58 7 12.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 5 1 4.255336667 5 4 1 3 1 1 0 1 1 1 1 0.744663333 NA NA NA 4 NA NA NA 1 NA NA NA 0.255336667 0.324571429 0.324571429 1 1.100215054 1.100215054 1 1.078299145 1.078299145 1 0.887108935 0.887108935 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.18577148 1 0.006948068 1 0.009909649 1 1.88E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 19 46203416 A T QPCTL CCDS12672.1 r.? - - intronic 36 0 0 55 3 5.5 32 1 3.1 44 3 6.8 88 12 13.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 5 1 4.255336667 5 4 1 3 1 1 0 1 1 1 1 0.744663333 NA NA NA 4 NA NA NA 1 NA NA NA 0.255336667 0.743809524 0.743809524 1 0.426333333 0.426333333 1 1.094393162 1.094393162 1 0.997081117 0.997081117 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.002700822 1 0.14819814 1 0.00142027 1 3.53E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 19 49642800 A G PPFIA3 CCDS12758.1 r.? - - intronic 34 0 0 36 0 0 24 0 0 22 0 0 53 7 13.2 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.72074859 5 1 4 3 4 1 3 0 1 0 1 0.27925141 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.72074859 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 0.934050761 0.934050761 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 9.85E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 19 50139773 C T RRAS CCDS12774.1 r.? - - intronic 29 0 0 31 0 0 19 0 0 6 0 0 72 9 12.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.72074859 5 1 4 3 4 1 3 0 1 0 1 0.27925141 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.72074859 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 0.884517766 0.884517766 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.25E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 19 51136947 A T SYT3 CCDS12798.1 r.? - - intronic 38 0 0 41 0 0 22 0 0 84 0 0 54 12 22.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 1 2 1 1 1 1 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 1.126903553 1.126903553 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 6.9E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 19 51253706 G A - - - - - - 31 0 0 20 0 0 19 0 0 34 0 0 55 15 27.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 1 2 1 1 1 1 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 1.385786802 1.385786802 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 3.01E-22 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 19 53203416 A C ZNF611 CCDS12855.1 r.? - - downstream 21 0 0 34 2 5.9 16 0 0 31 2 6.5 42 6 14.3 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 1 2 1 1 1 1 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.561904762 0.561904762 1 0 0 1 1.046111111 1.046111111 1 0.725888325 0.725888325 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.012612579 1 1 1 0.010558179 1 7.02E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 19 53759712 G A ZNF677 CCDS12861.1 r.? - - upstream 49 0 0 22 1 4.5 22 2 9.1 59 3 5.1 52 6 11.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 1 2 1 1 1 1 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.428571429 0.428571429 1 0.978494624 0.978494624 1 0.820794872 0.820794872 1 0.583756345 0.583756345 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.104413009 1 0.005403392 1 0.003297476 1 0.000000261 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 19 53908412 C G ZNF765 CCDS46171.1 r.? - - intronic 31 0 0 29 0 0 19 0 0 34 0 0 36 7 19.4 0 0 NA 0 0 NA 3 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 1 2 1 1 1 1 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 0.984771574 0.984771574 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 5.74E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 19 54880782 G T LAIR1 CCDS12891.1 r.? - - upstream 32 0 0 31 1 3.2 10 2 20 59 0 0 32 10 31.2 0 0 NA 1 1 100 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 1 2 1 1 1 1 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.304761905 0.304761905 1 2.150537634 2.150537634 1 0 NA 0 1.583756345 1.583756345 1 9.523809524 9.523809524 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.143917729 0.005 0.001095391 1 1 1 5.7E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 19 55009812 G T LAIR2 CCDS12897.1 r.? - - upstream 27 0 0 18 3 16.7 22 1 4.5 40 2 5 49 13 26.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 1 2 1 1 1 1 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.59047619 1.59047619 1 0.483870968 0.483870968 1 0.804700855 0.804700855 1 1.345177665 1.345177665 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.0000964 1 0.104413009 1 0.017193422 1 2.71E-19 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 19 55945131 G A SHISA7 CCDS46193.1 r.1009c>u c.1009C>T p.R337C missense 28 0 0 10 0 0 1 0 0 8 0 0 39 6 15.4 86 0 0 43 0 0 19 0 0 57 0 0 39 8 20.5 FALSE FALSE 2 2 1 2 1 1 1 1 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 0.781725888 0.781725888 1 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 1.040609137 1.040609137 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 4.43E-08 2.09E-11 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 19 56896237 C G ZNF582 CCDS33121.1 r.708g>c c.549G>C p.K183N missense 36 0 0 35 3 8.6 21 2 9.5 79 2 2.5 45 6 13.3 229 0 0 534 65 12.2 208 4 1.9 423 22 5.2 333 73 21.9 TRUE TRUE 2 2 1 2 1 1 1 1 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.819047619 0.819047619 1 1.021505376 1.021505376 1 0.402350427 0.402350427 1 0.675126904 0.675126904 1 1.161904762 1.161904762 1 0.204301075 0.204301075 1 0.836888889 0.836888889 1 1.111675127 1.111675127 1 8 14 1 1 0.000725791 1.09E-66 0.004928472 0.02121435 0.059811146 1.08E-15 0.000000108 1.77E-94 YES 1_1 1_1 0_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b 19 56979590 C T ZNF667 CCDS12944.1 r.? - - intronic 36 0 0 24 0 0 17 0 0 73 0 0 48 12 25 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 1 2 1 1 1 1 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 1.269035533 1.269035533 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.44E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 19 57108204 G C ZNF71 CCDS12947.1 r.? - - intronic 23 0 0 34 0 0 26 0 0 56 0 0 58 9 15.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 1 2 1 1 1 1 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 0.78680203 0.78680203 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.67E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 19 57425366 C T - - - - - - 23 0 0 32 3 9.4 23 2 8.7 53 1 1.9 54 10 18.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 1 2 1 1 1 1 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.895238095 0.895238095 1 0.935483871 0.935483871 1 0.305786325 NA 0 0.939086294 0.939086294 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.000556213 1 0.00589844 1 0.233303855 1 1.91E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 19 58222680 T C ENSG00000249233 ENST00000512439 r.? - - upstream 32 0 0 33 0 0 22 0 0 31 0 0 29 5 17.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 1 2 1 1 1 1 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 0.873096447 0.873096447 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000000336 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 47336 G A FAM110C CCDS42645.1 r.? - - upstream 32 0 0 64 0 0 25 0 0 24 0 0 156 11 7.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 12 9 9 15 9 6 7 11 3 3 2 4 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0 NA 0 1.283406091 1.283406091 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 5.84E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 94625 G A - - - - - - 44 0 0 86 0 0 50 3 6 107 0 0 207 13 6.3 0 0 NA 0 0 NA 2 2 100 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 12 9 9 15 9 6 7 11 3 3 2 4 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.06516129 1.06516129 1 0 NA 0 1.138796954 1.138796954 1 NA NA 1 17.75268817 2.958781362 6 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 0.002055544 0.000025 1 1 6.95E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 235894 T C SH3YL1 CCDS42646.1 r.? - - intronic 13 0 0 5 0 0 4 0 0 2 0 0 30 6 20 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 12 9 9 15 9 6 7 11 3 3 2 4 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0 NA 0 3.615228426 0.903807107 4 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 8.37E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 322198 G C - - - - - - 28 0 0 66 0 0 47 0 0 102 0 0 164 14 8.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 12 9 9 15 9 6 7 11 3 3 2 4 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0 NA 0 1.536472081 1.536472081 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 431513 C T - - - - - - 39 0 0 66 0 0 38 2 5.3 79 0 0 187 12 6.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 12 9 9 15 9 6 7 11 3 3 2 4 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0.940892473 0.940892473 1 0 NA 0 1.156873096 1.156873096 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 0.015598339 1 1 1 2.9E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 495204 G A - - - - - - 27 0 0 29 2 6.9 15 0 0 26 0 0 115 9 7.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 12 9 9 15 9 6 7 11 3 3 2 4 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.347142857 1.347142857 1 0 NA 0 0 NA 0 1.409939086 1.409939086 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.009279585 1 1 1 1 1 8.53E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 516121 A T - - - - - - 34 0 0 67 0 0 39 0 0 54 0 0 162 19 11.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 FALSE FALSE 12 9 9 15 9 6 7 11 3 3 2 4 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0 NA 0 2.114908629 1.057454315 2 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 0 0 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.53E-20 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 648980 G C - - - - - - 33 0 0 73 0 0 40 0 0 10 0 0 179 12 6.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 12 9 9 15 9 6 7 11 3 3 2 4 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0 NA 0 1.211101523 1.211101523 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.75E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 648981 C T - - - - - - 33 0 0 76 0 0 40 0 0 10 0 0 176 12 6.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 12 9 9 15 9 6 7 11 3 3 2 4 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0 NA 0 1.229177665 1.229177665 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.44E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 782055 G A - - - - - - 34 0 0 64 0 0 43 0 0 66 0 0 201 13 6.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 12 9 9 15 9 6 7 11 3 3 2 4 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0 NA 0 1.174949239 1.174949239 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 4.82E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 862701 C T - - - - - - 34 0 0 86 2 2.3 32 1 3.1 56 0 0 185 10 5.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 12 9 9 15 9 6 7 11 3 3 2 4 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.449047619 0.449047619 1 0.550333333 NA 0 0 NA 0 0.976111675 0.976111675 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.069370687 1 0.14819814 1 1 1 4.46E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 1226461 G T SNTG2 CCDS46220.1 r.? - - intronic 15 0 0 33 0 0 22 1 4.5 6 0 0 77 7 9.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 12 9 9 15 9 6 7 11 3 3 2 4 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0.798870968 NA 0 0 NA 0 1.644928934 1.644928934 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 0.104413009 1 1 1 0.000000138 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 1256090 G A SNTG2 CCDS46220.1 r.? - - intronic 35 0 0 84 0 0 35 0 0 115 0 0 186 8 4.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 12 9 9 15 9 6 7 11 3 3 2 4 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0 NA 0 0.777274112 0.777274112 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.00000541 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 1582858 G A - - - - - - 23 0 0 62 0 0 33 0 0 50 0 0 115 8 7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 12 9 9 15 9 6 7 11 3 3 2 4 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0 NA 0 1.265329949 1.265329949 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000000144 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 2164856 G T MYT1L CCDS46222.1 r.? - - intronic 33 0 0 91 0 0 43 0 0 63 0 0 133 8 6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 12 9 9 15 9 6 7 11 3 3 2 4 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 1.084568528 1.084568528 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000000439 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 2409831 G A - - - - - - 37 0 0 60 3 5 44 1 2.3 121 0 0 174 9 5.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 12 9 9 15 9 6 7 11 3 3 2 4 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.976190476 0.976190476 1 0.408311828 NA 0 0 NA 0 0.939959391 0.939959391 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.003458198 1 0.197923942 1 1 1 0.000000304 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 2582394 C A - - - - - - 35 0 0 91 0 0 37 0 0 93 0 0 190 9 4.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 FALSE FALSE 12 9 9 15 9 6 7 11 3 3 2 4 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0 NA 0 0.84957868 0.84957868 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 0 0 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000000636 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 2772142 T G - - - - - - 37 0 0 72 0 0 22 0 0 44 0 0 144 6 4.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 12 9 9 15 9 6 7 11 3 3 2 4 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0.75919797 0.75919797 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.0000966 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 3186147 C T - - - - - - 23 0 0 74 2 2.7 38 2 5.3 102 2 2 170 13 7.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 12 9 9 15 9 6 7 11 3 3 2 4 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.527142857 0.527142857 1 0.940892473 0.940892473 1 0.481880342 NA 0 1.373786802 1.373786802 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.053288733 1 0.015598339 1 0.092873916 1 5.85E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 3885477 C T - - - - - - 33 0 0 46 0 0 27 0 0 40 0 0 134 9 6.7 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 12 9 9 15 9 6 7 11 3 3 2 4 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0 NA 0 1.211101523 1.211101523 1 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 3.25E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 4506430 C T ENSG00000228584 ENST00000446457 r.? - - intronic 38 0 0 87 0 0 26 0 0 95 1 1.1 175 13 7.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 12 9 9 15 9 6 7 11 3 3 2 4 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0.265034188 NA 0 1.337634518 1.337634518 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.378855462 1 8.45E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 4673530 C T ENSG00000228584 ENST00000446457 r.? - - upstream 32 0 0 87 0 0 26 0 0 88 0 0 155 10 6.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA FALSE FALSE 12 9 9 15 9 6 7 11 3 3 2 4 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0 NA 0 1.174949239 1.174949239 1 NA NA 1 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 8.29E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 4840862 C G - - - - - - 35 0 0 85 2 2.4 40 1 2.5 99 0 0 180 12 6.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 12 9 9 15 9 6 7 11 3 3 2 4 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.468571429 0.468571429 1 0.443817204 NA 0 0 NA 0 1.211101523 1.211101523 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.067975933 1 0.181679879 1 1 1 1.87E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 4887734 G T - - - - - - 31 0 0 77 3 3.9 47 1 2.1 91 0 0 135 7 5.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 12 9 9 15 9 6 7 11 3 3 2 4 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.761428571 0.761428571 1 0.372806452 NA 0 0 NA 0 0.939959391 0.939959391 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.006942426 1 0.209895027 1 1 1 0.00000619 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 5189143 C A - - - - - - 37 0 0 78 1 1.3 37 0 0 95 0 0 165 10 6.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 12 9 9 15 9 6 7 11 3 3 2 4 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.253809524 0.253809524 1 0 NA 0 0 NA 0 1.10264467 1.10264467 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.323605141 1 1 1 1 1 1.51E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 5533052 C G - - - - - - 35 0 0 80 0 0 41 0 0 102 0 0 153 11 7.2 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 12 9 9 15 9 6 7 11 3 3 2 4 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0 NA 0 1.301482234 1.301482234 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 4.75E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 5535267 C T - - - - - - 33 0 0 80 1 1.2 28 0 0 120 0 0 173 9 5.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 12 9 9 15 9 6 7 11 3 3 2 4 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.234285714 0.234285714 1 0 NA 0 0 NA 0 0.939959391 0.939959391 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.33035218 1 1 1 1 1 0.000000289 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 5544529 T A - - - - - - 32 0 0 55 0 0 34 0 0 86 0 0 162 10 6.2 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 12 9 9 15 9 6 7 11 3 3 2 4 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0 NA 0 1.120720812 1.120720812 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.27E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 5611918 A T - - - - - - 42 0 0 68 0 0 24 0 0 84 0 0 152 11 7.2 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 12 9 9 15 9 6 7 11 3 3 2 4 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 1.301482234 1.301482234 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 4.43E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 6057308 C A - - - - - - 25 0 0 76 1 1.3 38 1 2.6 95 0 0 157 24 15.3 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 12 9 9 15 9 6 7 11 3 3 2 4 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.253809524 0.253809524 1 0.461569892 NA 0 0 NA 0 2.765649746 0.921883249 3 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.316790122 1 0.173434892 1 1 1 4E-28 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 6168699 C G - - - - - - 28 0 0 91 1 1.1 46 2 4.3 108 0 0 141 13 9.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 12 9 9 15 9 6 7 11 3 3 2 4 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.214761905 0.214761905 1 0.763365591 0.763365591 1 0 NA 0 1.663005076 0.831502538 2 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.366275718 1 0.022369545 1 1 1 5.32E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 6531273 C T - - - - - - 30 0 0 64 1 1.6 39 1 2.6 88 0 0 171 10 5.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 12 9 9 15 9 6 7 11 3 3 2 4 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.312380952 0.312380952 1 0.461569892 NA 0 0 NA 0 1.048416244 1.048416244 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.274433592 1 0.177567718 1 1 1 2.12E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 6898920 C T - - - - - - 35 0 0 76 0 0 31 0 0 88 0 0 155 8 5.2 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 12 9 9 15 9 6 7 11 3 3 2 4 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0.939959391 0.939959391 1 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.0000014 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 7164842 G A RNF144A CCDS1657.1 r.? - - intronic 23 0 0 49 4 8.2 31 1 3.2 55 3 5.5 168 23 13.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 12 9 9 15 9 6 7 11 3 3 2 4 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.600952381 1.600952381 1 0.568086022 NA 0 1.32517094 1.32517094 1 2.476431472 0.825477157 3 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.000110643 1 0.143917729 1 0.002700822 1 7.22E-26 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 7326306 A C ENSG00000234603 ENST00000441133 r.? - - intronic 26 0 0 85 0 0 34 0 0 78 0 0 165 13 7.9 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 12 9 9 15 9 6 7 11 3 3 2 4 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0 NA 0 1.428015228 1.428015228 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 4E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 7449521 A C ENSG00000234603 ENST00000441133 r.? - - intronic 25 0 0 54 0 0 37 0 0 90 0 0 143 10 7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 FALSE FALSE 12 9 9 15 9 6 7 11 3 3 2 4 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0 NA 0 1.265329949 1.265329949 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 0 0 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 3.81E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 7503592 A T ENSG00000234603 ENST00000441133 r.? - - intronic 37 0 0 94 0 0 43 0 0 87 1 1.1 156 13 8.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 12 9 9 15 9 6 7 11 3 3 2 4 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 NA 0 0.265034188 NA 0 1.500319797 1.500319797 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.353441203 1 1.96E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 9466233 G A ASAP2 CCDS1661.1 r.? - - intronic 36 0 0 47 0 0 43 0 0 61 0 0 101 7 6.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 12 NA NA 9.695732895 9 NA NA 9 3 NA NA 0 1 NA NA 0.304267105 NA NA NA 9 NA NA NA 1 NA NA NA 0.695732895 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 0.881259377 0.881259377 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000000891 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 9508308 C A ASAP2 CCDS1661.1 r.? - - intronic 37 0 0 69 0 0 27 0 0 77 0 0 114 10 8.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 8 9 8.837120004 9.695732895 8 8 3 9 0 1 0 0 1 1 -4.837120004 0.304267105 NA NA 4 9 NA NA 0 1 NA NA 5.837120004 0.695732895 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 1.123925002 1.123925002 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 4.14E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 9818226 A G - - - - - - 19 0 0 40 1 2.5 30 2 6.7 76 3 3.9 103 9 8.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 8 9 8.837120004 9.695732895 8 8 3 9 0 1 0 0 1 1 -4.837120004 0.304267105 NA NA 4 9 NA NA 0 1 NA NA 5.837120004 0.695732895 0.388095238 0.388095238 1 1.189430108 1.189430108 1 0.933314347 0.933314347 1 1.111153127 1.111153127 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.181679879 1 0.009909649 1 0.006696581 1 3.21E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 9873262 C T - - - - - - 39 0 0 51 4 7.8 29 1 3.4 107 2 1.9 110 11 10 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 8 9 8.837120004 9.695732895 8 8 3 9 0 1 0 0 1 1 -4.837120004 0.304267105 NA NA 4 9 NA NA 0 1 NA NA 5.837120004 0.695732895 1.210857143 1.210857143 1 0.603591398 0.603591398 1 0.454691605 NA 0 1.277187503 1.277187503 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.000129466 1 0.135292269 1 0.100630843 1 1.32E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 10069489 G A TAF1B CCDS33143.1 r.? - - intronic 29 0 0 45 0 0 24 0 0 29 0 0 98 8 8.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 8 9 8.837120004 9.695732895 8 8 3 9 0 1 0 0 1 1 -4.837120004 0.304267105 NA NA 4 9 NA NA 0 1 NA NA 5.837120004 0.695732895 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 1.047293752 1.047293752 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 4.12E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 10206052 G A CYS1 CCDS33145.1 r.538c>u c.350C>T p.P117L missense 23 0 0 39 0 0 26 1 3.8 32 0 0 104 6 5.8 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 8 9 8.837120004 9.695732895 8 8 3 9 0 1 0 0 1 1 -4.837120004 0.304267105 NA NA 4 9 NA NA 0 1 NA NA 5.837120004 0.695732895 0 NA 0 0.674602151 0.674602151 1 0 NA 0 0.740768752 0.740768752 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 0.122190858 1 1 1 0.0000156 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 10426640 G T - - - - - - 33 0 0 20 0 0 6 0 0 7 0 0 119 11 9.2 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 8 9 8.837120004 9.695732895 8 8 3 9 0 1 0 0 1 1 -4.837120004 0.304267105 NA NA 4 9 NA NA 0 1 NA NA 5.837120004 0.695732895 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 1.175012502 1.175012502 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 3.14E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 11285158 G T C2orf50 CCDS1678.1 r.1692g>u c.? p.? 3'UTR variant 37 0 0 40 0 0 30 0 0 42 0 0 79 7 8.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 5 7 6 4 4 6 5 0 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 0.80777665 0.80777665 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000000165 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 13195884 C A - - - - - - 39 0 0 41 0 0 23 0 0 52 1 1.9 76 11 14.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 5 7 6 4 4 6 5 0 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0.419786325 0.419786325 1 1.316040609 1.316040609 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.229451111 1 2.08E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 13805879 A G - - - - - - 30 0 0 38 5 13.2 30 3 10 72 1 1.4 63 11 17.5 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 5 7 6 4 4 6 5 0 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.521142857 1.521142857 1 1.375268817 1.375268817 1 0.309316239 0.309316239 1 1.588324873 1.588324873 1 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.00000137 1 0.000458697 1 0.302953399 1 2.37E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 14145774 G C - - - - - - 31 0 0 33 0 0 23 0 0 50 0 0 60 13 21.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 5 7 6 4 4 6 5 0 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 1.969522843 0.984761421 2 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 5.07E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 14225618 G A - - - - - - 30 0 0 39 4 10.3 23 0 0 80 3 3.8 60 6 10 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 5 7 6 4 4 6 5 0 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.186952381 1.186952381 1 0 0 1 0.83957265 0.83957265 1 0.907614213 0.907614213 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.0000447 1 1 1 0.007711832 1 0.000000621 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 14401590 C T - - - - - - 21 0 0 40 0 0 28 0 0 85 0 0 76 6 7.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 5 7 6 4 4 6 5 0 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 0.717015228 0.717015228 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.00000253 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 15873147 C T ENSG00000231031 ENST00000436967 r.? - - intronic 31 0 0 27 1 3.7 20 2 10 36 0 0 70 9 12.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 5 7 6 4 4 6 5 0 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.426380952 NA 0 1.375268817 1.375268817 1 0 0 1 1.170822335 1.170822335 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.126579904 1 0.004473894 1 1 1 9.65E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 16262108 C T - - - - - - 34 0 0 31 4 12.9 28 3 10.7 85 2 2.4 62 8 12.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 TRUE FALSE 4 5 7 6 4 4 6 5 0 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.486571429 1.486571429 1 1.471537634 1.471537634 1 0.53025641 0.53025641 1 1.170822335 1.170822335 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 0 NA 0 8 NA 1 1 0.0000177 1 0.000372895 1 0.067975933 1 1.04E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 16497241 G C - - - - - - 31 0 0 46 2 4.3 21 0 0 58 0 0 57 6 10.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 5 7 6 4 4 6 5 0 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.49552381 0.49552381 1 0 0 1 0 0 1 0.952994924 0.952994924 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.022369545 1 1 1 1 1 0.000000456 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 17591133 G C - - - - - - 25 0 0 40 0 0 25 0 0 61 0 0 83 9 10.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA FALSE FALSE 4 5 7 6 4 4 6 5 0 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 0.98022335 0.98022335 1 NA NA 0 NA NA 0 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 4.6E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 17826660 G C VSNL1 CCDS1689.1 r.? - - intronic 41 0 0 31 2 6.5 34 2 5.9 35 3 8.6 70 14 20 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 5 7 6 4 4 6 5 0 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.749047619 0.749047619 1 0.811408602 0.811408602 1 1.90008547 1.90008547 1 1.815228426 0.907614213 2 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.010558179 1 0.012612579 1 0.000725791 1 9.08E-19 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 18335808 G A - - - - - - 42 0 0 49 0 0 19 0 0 56 0 0 56 7 12.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 5 7 6 4 4 6 5 0 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 1.134517766 1.134517766 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.46E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 20889441 C A C2orf43 CCDS1702.1 r.? - - intronic 46 0 0 55 0 0 29 0 0 93 0 0 105 11 10.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 5 7 6.730059116 4 4 6 6 0 1 1 0 1 1 1 0.269940884 NA NA NA 6 NA NA NA 1 NA NA NA 0.730059116 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 1.029651131 1.029651131 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 7.9E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 21256929 T C APOB CCDS1703.1 r.? - - intronic 38 0 0 50 4 8 34 1 2.9 85 1 1.2 70 11 15.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 6.462624889 7 6.730059116 4 5 6 6 0 1 1 0 1 0.537375111 1 0.269940884 NA 6 NA 6 NA 1 NA 1 NA 0.462624889 NA 0.730059116 0.921904762 0.921904762 1 0.441244079 NA 0 0.265128205 0.265128205 1 1.539573596 1.539573596 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000119787 1 0.156694864 1 0.346926798 1 8.06E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 21614367 G A - - - - - - 39 0 0 34 0 0 29 0 0 65 0 0 92 12 13 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5.457728052 6.462624889 7 6.730059116 5 5 6 6 0 1 1 0 0.542271948 0.537375111 1 0.269940884 6 6 NA 6 0 1 NA 1 0.457728052 0.462624889 NA 0.730059116 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 1.274806162 1.274806162 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 6.12E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 21813970 G T - - - - - - 26 0 0 39 0 0 27 0 0 80 0 0 79 6 7.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA FALSE FALSE 5.457728052 6.462624889 7 6.730059116 5 5 6 6 0 1 1 0 0.542271948 0.537375111 1 0.269940884 6 6 NA 6 0 1 NA 1 0.457728052 0.462624889 NA 0.730059116 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 0.745271295 0.745271295 1 NA NA 0 NA NA 0 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.00000318 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 22416509 C A - - - - - - 41 0 0 45 0 0 19 0 0 88 0 0 64 9 14.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5.457728052 6.462624889 7 6.730059116 5 5 6 6 0 1 1 0 0.542271948 0.537375111 1 0.269940884 6 6 NA 6 0 1 NA 1 0.457728052 0.462624889 NA 0.730059116 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 1.382674376 1.382674376 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 4.2E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 22653227 C G - - - - - - 39 0 0 35 2 5.7 27 2 7.4 43 2 4.7 84 8 9.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5.457728052 6.462624889 7 6.730059116 5 5 6 6 0 1 1 0 0.542271948 0.537375111 1 0.269940884 6 6 NA 6 0 1 NA 1 0.457728052 0.462624889 NA 0.730059116 0.739947642 0.739947642 1 1.125933167 1.125933167 1 1.038418803 1.038418803 1 0.931589119 0.931589119 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.013332991 1 0.00807567 1 0.019709573 1 1.21E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 24990921 A G NCOA1 CCDS1713.1 r.? - - intronic 24 0 0 43 0 0 24 0 0 57 0 0 93 11 11.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5.457728052 6.462624889 6 6.730059116 5 5 6 6 0 1 0 0 0.542271948 0.537375111 1 0.269940884 6 6 NA 6 0 1 NA 1 0.457728052 0.462624889 NA 0.730059116 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 1.157131747 1.157131747 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.04E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 25042457 C T ADCY3 CCDS1715.1 r.4631g>a c.? p.? 3'UTR variant 23 0 0 39 4 10.3 26 2 7.7 19 0 0 79 10 12.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5.457728052 6.462624889 6 6.730059116 5 5 6 6 0 1 0 0 0.542271948 0.537375111 1 0.269940884 6 6 NA 6 0 1 NA 1 0.457728052 0.462624889 NA 0.730059116 1.33709837 1.33709837 1 1.171579106 1.171579106 1 0 0 1 1.245387558 1.245387558 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.0000447 1 0.007502227 1 1 1 1.03E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 26137931 A T - - - - - - 32 0 0 41 0 0 27 2 7.4 38 0 0 111 7 6.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5.457728052 6.462624889 6 6.730059116 5 5 6 6 0 1 0 0 0.542271948 0.537375111 1 0.269940884 6 6 NA 6 0 1 NA 1 0.457728052 0.462624889 NA 0.730059116 0 NA 0 1.125933167 1.125933167 1 0 0 1 0.617790679 0.617790679 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 0.00807567 1 1 1 0.00000168 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 26187660 T G KIF3C CCDS1719.1 r.? - - intronic 26 0 0 56 0 0 18 0 0 66 0 0 83 6 7.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5.457728052 6.462624889 6 6.730059116 5 5 6 6 0 1 0 0 0.542271948 0.537375111 1 0.269940884 6 6 NA 6 0 1 NA 1 0.457728052 0.462624889 NA 0.730059116 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 0.70604649 0.70604649 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.00000424 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 26476607 G T HADHB CCDS1722.1 r.? - - intronic 16 0 0 34 0 0 21 0 0 42 0 0 80 9 11.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5.457728052 6.462624889 6 6.730059116 5 5 6 6 0 1 0 0 0.542271948 0.537375111 1 0.269940884 6 6 NA 6 0 1 NA 1 0.457728052 0.462624889 NA 0.730059116 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 1.09829454 1.09829454 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 3.29E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 26949284 G A KCNK3 CCDS1727.1 r.? - - intronic 38 0 0 42 0 0 20 0 0 67 0 0 84 8 9.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5.457728052 6.462624889 6 6.730059116 5 5 6 6 0 1 0 0 0.542271948 0.537375111 1 0.269940884 6 6 NA 6 0 1 NA 1 0.457728052 0.462624889 NA 0.730059116 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 0.931589119 0.931589119 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.21E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 27700569 G C IFT172 CCDS1755.1 r.? - - intronic 38 0 0 30 0 0 27 0 0 93 0 0 77 8 10.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5.457728052 6.462624889 6 6.730059116 5 5 6 6 0 1 0 0 0.542271948 0.537375111 1 0.269940884 6 6 NA 6 0 1 NA 1 0.457728052 0.462624889 NA 0.730059116 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 1.01984493 1.01984493 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 6.05E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 27705489 T G IFT172 CCDS1755.1 r.? - - intronic 35 0 0 47 0 0 32 1 3.1 41 0 0 72 8 11.1 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA FALSE FALSE 5.457728052 6.462624889 6 6.730059116 5 5 6 6 0 1 0 0 0.542271948 0.537375111 1 0.269940884 6 6 NA 6 0 1 NA 1 0.457728052 0.462624889 NA 0.730059116 0 NA 0 0.471674705 NA 0 0 0 1 1.088488339 1.088488339 1 0 NA 0 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 0.14819814 1 1 1 3.52E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 28556135 G C BRE CCDS1764.1 r.? - - intronic 40 0 0 47 0 0 22 0 0 23 0 0 80 7 8.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5.457728052 6.462624889 6 6.730059116 5 5 6 6 0 1 0 0 0.542271948 0.537375111 1 0.269940884 6 6 NA 6 0 1 NA 1 0.457728052 0.462624889 NA 0.730059116 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 0.86294571 0.86294571 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.00000018 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 28804038 C T PLB1 CCDS33168.1 r.? - - intronic 38 0 0 39 3 7.7 30 1 3.3 49 1 2 112 17 15.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5.457728052 6.462624889 6 6.730059116 5 5 6 6 0 1 0 0 0.542271948 0.537375111 1 0.269940884 6 6 NA 6 0 1 NA 1 0.457728052 0.462624889 NA 0.730059116 0.999578393 0.999578393 1 0.502105331 NA 0 0.421880342 0.421880342 1 1.49054259 1.49054259 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.000998458 1 0.139615808 1 0.217776325 1 2.62E-20 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 29304773 C A - - - - - - 33 0 0 38 0 0 25 0 0 86 4 4.7 103 13 12.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5.457728052 6.462624889 6 6.730059116 5 5 6 6 0 1 0 0 0.542271948 0.537375111 1 0.269940884 6 6 NA 6 0 1 NA 1 0.457728052 0.462624889 NA 0.730059116 0 NA 0 0 0 1 0.991418803 0.991418803 1 1.235581357 1.235581357 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000957637 1 8.6E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 29417844 T C ALK CCDS33172.1 r.? - - intronic 27 0 0 40 2 5 19 1 5.3 67 0 0 79 5 6.3 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5.457728052 6.462624889 6 6.730059116 5 5 6 6 0 1 0 0 0.542271948 0.537375111 1 0.269940884 6 6 NA 6 0 1 NA 1 0.457728052 0.462624889 NA 0.730059116 0.649076879 0.649076879 1 0.806411592 0.806411592 1 0 0 1 0.617790679 0.617790679 1 NA NA 0 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 0.017193422 1 0.090843738 1 1 1 0.0000518 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 29856661 C T ALK CCDS33172.1 r.? - - intronic 21 0 0 40 2 5 27 0 0 68 2 2.9 83 11 13.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5.457728052 6.462624889 6 6.730059116 5 5 6 6 0 1 0 0 0.542271948 0.537375111 1 0.269940884 6 6 NA 6 0 1 NA 1 0.457728052 0.462624889 NA 0.730059116 0.649076879 0.649076879 1 0 0 1 0.611726496 0.611726496 1 1.304224766 1.304224766 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.017193422 1 1 1 0.045825786 1 5.66E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 30171940 C G - - - - - - 29 0 0 47 3 6.4 23 0 0 78 2 2.6 92 9 9.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5.457728052 6.462624889 6 6.730059116 5 5 6 6 0 1 0 0 0.542271948 0.537375111 1 0.269940884 6 6 NA 6 0 1 NA 1 0.457728052 0.462624889 NA 0.730059116 0.830818405 0.830818405 1 0 0 1 0.548444444 0.548444444 1 0.961007722 0.961007722 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.001719595 1 1 1 0.058485548 1 1.17E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 30898154 C A - - - - - - 22 0 0 36 0 0 20 1 5 12 0 0 67 6 9 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5.457728052 6.462624889 6 6.730059116 5 5 6 6 0 1 0 0 0.542271948 0.537375111 1 0.269940884 6 6 NA 6 0 1 NA 1 0.457728052 0.462624889 NA 0.730059116 0 NA 0 0.760765653 NA 0 0 0 1 0.882558112 0.882558112 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 0.09538952 1 1 1 0.0000012 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 32237929 G A MEMO1 CCDS46255.1 r.? - - upstream 31 0 0 30 0 0 32 0 0 50 0 0 74 8 10.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5.457728052 6.462624889 6 6.730059116 5 5 6 6 0 1 0 0 0.542271948 0.537375111 1 0.269940884 6 6 NA 6 0 1 NA 1 0.457728052 0.462624889 NA 0.730059116 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 1.059069735 1.059069735 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 4.39E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 32795899 C G BIRC6 CCDS33175.2 r.? - - intronic 34 0 0 43 0 0 30 1 3.3 51 0 0 64 4 6.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA FALSE FALSE 5.457728052 6.462624889 6 6.730059116 5 5 6 6 0 1 0 0 0.542271948 0.537375111 1 0.269940884 6 6 NA 6 0 1 NA 1 0.457728052 0.462624889 NA 0.730059116 0 NA 0 0.502105331 NA 0 0 0 1 0.607984477 0.607984477 1 NA NA 0 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 0.139615808 1 1 1 0.000312605 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 33326581 A T LTBP1 CCDS33177.1 r.? - - intronic 35 0 0 45 0 0 27 1 3.7 57 0 0 66 10 15.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5.457728052 6.462624889 6 6.730059116 5 5 6 6 0 1 0 0 0.542271948 0.537375111 1 0.269940884 6 6 NA 6 0 1 NA 1 0.457728052 0.462624889 NA 0.730059116 0 NA 0 0.562966583 0.562966583 1 0 0 1 1.49054259 1.49054259 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 0.126579904 1 1 1 1.6E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 33426187 T C LTBP1 CCDS33177.1 r.? - - intronic 27 0 0 50 0 0 23 0 0 62 0 0 74 11 14.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5.457728052 6.462624889 6 6.730059116 5 5 6 6 0 1 0 0 0.542271948 0.537375111 1 0.269940884 6 6 NA 6 0 1 NA 1 0.457728052 0.462624889 NA 0.730059116 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 1.461123986 1.461123986 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.53E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 33514426 C G LTBP1 CCDS33177.1 r.? - - intronic 27 0 0 45 0 0 22 0 0 67 0 0 74 12 16.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5.457728052 6.462624889 6 6.730059116 5 5 6 6 0 1 0 0 0.542271948 0.537375111 1 0.269940884 6 6 NA 6 0 1 NA 1 0.457728052 0.462624889 NA 0.730059116 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 1.588604602 1.588604602 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 4.02E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 33725827 C A RASGRP3 CCDS46256.1 r.? - - intronic 28 0 0 33 0 0 24 0 0 29 0 0 77 9 11.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA FALSE FALSE 5.457728052 6.462624889 6 6.730059116 5 5 6 6 0 1 0 0 0.542271948 0.537375111 1 0.269940884 6 6 NA 6 0 1 NA 1 0.457728052 0.462624889 NA 0.730059116 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 1.147325546 1.147325546 1 NA NA 0 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.32E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 34250039 G A - - - - - - 34 0 0 39 0 0 26 0 0 61 0 0 86 8 9.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5.457728052 6.462624889 6 6.730059116 5 5 6 6 0 1 0 0 0.542271948 0.537375111 1 0.269940884 6 6 NA 6 0 1 NA 1 0.457728052 0.462624889 NA 0.730059116 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 0.911976716 0.911976716 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.47E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 34702505 G A - - - - - - 15 0 0 12 0 0 17 3 17.6 37 1 2.7 18 5 27.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5.457728052 6.462624889 6 6.730059116 5 5 6 6 0 1 0 0 0.542271948 0.537375111 1 0.269940884 6 6 NA 6 0 1 NA 1 0.457728052 0.462624889 NA 0.730059116 0 NA 0 2.677895099 2.677895099 1 0.569538462 0.569538462 1 2.726123947 0.908707982 3 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 0.0000807 1 0.169281299 1 2.54E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 35010707 C T - - - - - - 38 0 0 35 0 0 11 0 0 62 0 0 64 10 15.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5.457728052 6.462624889 6 6.730059116 5 5 6 6 0 1 0 0 0.542271948 0.537375111 1 0.269940884 6 6 NA 6 0 1 NA 1 0.457728052 0.462624889 NA 0.730059116 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 1.529767395 1.529767395 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.16E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 35333045 T A - - - - - - 17 0 0 17 0 0 12 0 0 44 0 0 39 7 17.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5.457728052 6.462624889 6 6.730059116 5 5 6 6 0 1 0 0 0.542271948 0.537375111 1 0.269940884 6 6 NA 6 0 1 NA 1 0.457728052 0.462624889 NA 0.730059116 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 1.755310023 1.755310023 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.04E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 35463331 C G - - - - - - 34 0 0 34 4 11.8 21 0 0 90 4 4.4 78 6 7.7 0 0 NA 0 0 NA 3 1 33.3 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5.457728052 6.462624889 6 6.730059116 5 5 6 6 0 1 0 0 0.542271948 0.537375111 1 0.269940884 6 6 NA 6 0 1 NA 1 0.457728052 0.462624889 NA 0.730059116 1.531821434 1.531821434 1 0 0 1 0.928136752 0.928136752 1 0.755077496 0.755077496 1 NA NA 0 5.066699249 5.066699249 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.0000257 1 1 0.014925125 0.001134224 1 0.00000295 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 35463378 C A - - - - - - 33 0 0 37 4 10.8 25 2 8 88 4 4.5 91 10 11 0 0 NA 0 0 NA 3 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5.457728052 6.462624889 6 6.730059116 5 5 6 6 0 1 0 0 0.542271948 0.537375111 1 0.269940884 6 6 NA 6 0 1 NA 1 0.457728052 0.462624889 NA 0.730059116 1.402006058 1.402006058 1 1.217225045 1.217225045 1 0.949230769 0.949230769 1 1.078682137 1.078682137 1 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.0000362 1 0.006948068 1 0.001043312 1 4.34E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 35700170 G A - - - - - - 23 0 0 28 0 0 22 0 0 67 0 0 73 12 16.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 FALSE FALSE 5.457728052 6.462624889 6 6.730059116 5 5 6 6 0 1 0 0 0.542271948 0.537375111 1 0.269940884 6 6 NA 6 0 1 NA 1 0.457728052 0.462624889 NA 0.730059116 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 1.608217005 1.608217005 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 0 0 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 3.39E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 35758051 G C - - - - - - 20 0 0 39 1 2.6 23 0 0 85 3 3.5 102 8 7.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5.457728052 10 13 8.43246998 5 9 12 8 0 1 1 0 0.542271948 1 1 0.56753002 6 NA NA 8 0 NA NA 1 0.457728052 NA NA 0.43246998 0.337519977 NA 0 0 0 1 0.983290598 0.983290598 1 0.897671745 0.897671745 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.177567718 1 1 1 0.009101881 1 5.64E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 35949881 C G - - - - - - 33 0 0 46 0 0 40 0 0 103 0 0 100 7 7 878 0 0 668 0 0 438 0 0 1249 3 0.2 1459 158 10.8 FALSE FALSE 5.457728052 10 13 8.43246998 5 9 12 8 0 1 1 0 0.542271948 1 1 0.56753002 6 NA NA 8 0 NA NA 1 0.457728052 NA NA 0.43246998 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 0.805602848 0.805602848 1 0 NA 0 0 NA 0 0.056188034 0.056188034 1 1.242930108 0.792922682 1.56753002 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 0.948512599 0.000000833 2.78E-151 YES 0_0 0_0 0_0 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b 2 36308863 C G - - - - - - 40 0 0 53 0 0 23 0 0 86 0 0 92 11 12 825 1 0.1 933 0 0 515 0 0 1355 1 0.1 1667 132 7.9 FALSE FALSE 5.457728052 10 13 8.43246998 5 9 12 8 0 1 1 0 0.542271948 1 1 0.56753002 6 NA NA 8 0 NA NA 1 0.457728052 NA NA 0.43246998 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 1.381033453 1.381033453 1 0 NA 0 0 NA 0 0.028094017 0.028094017 1 0.909180357 0.909180357 1 NA NA 1 0.984002887 1 1 1 1 1 0.998877272 1.81E-12 7.61E-109 YES 0_0 0_0 0_0 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b 2 36319707 G A - - - - - - 29 0 0 20 1 5 10 0 0 3 1 33.3 103 7 6.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5.457728052 10 13 8.43246998 5 9 12 8 0 1 1 0 0.542271948 1 1 0.56753002 6 NA NA 8 0 NA NA 1 0.457728052 NA NA 0.43246998 0.649076879 NA 0 0 0 1 9.355307692 9.355307692 1 0.782585624 0.782585624 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.09538952 1 1 1 0.014925125 1 0.00000102 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 36462764 A T - - - - - - 44 0 0 34 1 2.9 30 1 3.3 94 0 0 98 9 9.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5.457728052 10 13 8.43246998 5 9 12 8 0 1 1 0 0.542271948 1 1 0.56753002 6 NA NA 8 0 NA NA 1 0.457728052 NA NA 0.43246998 0.37646459 NA 0 0.61883871 0.61883871 1 0 0 1 1.058792314 1.058792314 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.156694864 1 0.139615808 1 1 1 2.06E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 36662467 A C CRIM1 CCDS1783.1 r.? - - intronic 32 0 0 65 2 3.1 36 0 0 87 3 3.4 143 7 4.9 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5.457728052 10 13 8.43246998 5 9 12 8 0 1 1 0 0.542271948 1 1 0.56753002 6 NA NA 8 0 NA NA 1 0.457728052 NA NA 0.43246998 0.402427665 0.402427665 1 0 0 1 0.955196581 0.955196581 1 0.563921993 0.563921993 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.042252341 1 1 1 0.009696123 1 0.00000902 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 36829855 G A FEZ2 CCDS46258.1 r.? - - upstream 32 0 0 55 2 3.6 21 1 4.8 86 5 5.8 116 11 9.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5.457728052 10 13 8.43246998 5 9 12 8 0 1 1 0 0.542271948 1 1 0.56753002 6 NA NA 8 0 NA NA 1 0.457728052 NA NA 0.43246998 0.467335353 0.467335353 1 0.900129032 0.900129032 1 1.629452991 1.629452991 1 1.093318151 1.093318151 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.031164417 1 0.099912572 1 0.0000777 1 2.37E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 37044732 A G VIT CCDS33180.1 r.? - - downstream 27 0 0 44 0 0 19 0 0 62 0 0 130 9 6.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5.457728052 10 13 8.43246998 5 9 12 8 0 1 1 0 0.542271948 1 1 0.56753002 6 NA NA 8 0 NA NA 1 0.457728052 NA NA 0.43246998 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 0.794094236 0.794094236 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000000025 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 39412831 C T CDKL4 CCDS33184.1 r.? - - intronic 34 0 0 23 1 4.3 11 1 9.1 18 2 11.1 52 6 11.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 3 5 3 3 3 4 0 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.45252381 0.45252381 1 1.160494624 1.160494624 1 2.008435897 2.008435897 1 0.928756345 0.928756345 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.108890944 1 0.05364542 1 0.003626632 1 0.000000261 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 39557102 A G MAP4K3 CCDS1803.1 r.? - - intronic 37 0 0 34 0 0 18 1 5.6 86 0 0 56 6 10.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 4 3 5 3 3 3 4 0 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0.714150538 0.714150538 1 0 0 1 0.864147208 0.864147208 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 0.086275114 1 1 1 0.000000409 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 39857644 T C - - - - - - 36 0 0 39 0 0 23 1 4.3 61 0 0 50 8 16 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 3 5 3 3 3 4 0 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0.548365591 0.548365591 1 0 0 1 1.292182741 1.292182741 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 1 1 0.108890944 1 1 1 1.74E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 40886297 G A - - - - - - 35 0 0 29 1 3.4 20 0 0 78 4 5.1 60 15 25 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 3 5 3 3 3 4 0 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.357809524 0.357809524 1 0 0 1 0.922794872 0.922794872 1 2.019035533 1.009517766 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.135292269 1 1 1 0.000663934 1 1.31E-21 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 41282611 A C - - - - - - 26 0 0 44 3 6.8 21 0 0 75 1 1.3 60 16 26.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 3 5 3 3 3 4 0 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.715619048 0.715619048 1 0 0 1 0.235222222 0.235222222 1 2.156329949 1.078164975 2 NA NA 1 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.00142027 1 1 1 0.313356907 1 1.86E-23 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 43839849 T C - - - - - - 26 0 0 26 1 3.8 21 2 9.5 58 2 3.4 52 8 15.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 3 5 3 3 3 4 0 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.399904762 0.399904762 1 1.211505376 1.211505376 1 0.615196581 0.615196581 1 1.243725888 1.243725888 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.122190858 1 0.004928472 1 0.034352256 1 2.42E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 46106825 C T PRKCE CCDS1824.1 r.? - - intronic 31 0 0 39 0 0 22 0 0 26 0 0 71 10 14.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 3 5 3 3 3 4 0 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.138736041 1.138736041 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 3.42E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 47018185 A G - - - - - - 32 0 0 38 0 0 29 0 0 68 0 0 63 9 14.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 3 5 3 3 3 4 0 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.154888325 1.154888325 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 3.62E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 48573439 A G FOXN2 CCDS1838.1 r.347a>g c.86A>G p.K29R missense 36 0 0 31 3 9.7 15 3 20 62 0 0 67 13 19.4 563 0 0 752 49 6.5 321 20 6.2 1043 0 0 1037 144 13.9 TRUE FALSE 3 4 3 5 3 3 3 4 0 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.020809524 1.020809524 1 2.550537634 2.550537634 1 0 0 1 1.566771574 1.566771574 1 0.684047619 0.684047619 1 0.790666667 0.790666667 1 0 NA 0 1.122583756 1.122583756 1 6 NA 1 1 0.000505952 1.61E-37 0.0000544 6.89E-16 1 1 2.41E-17 5.29E-154 YES 1_1 1_1 0_0 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b 2 49083036 A T - - - - - - 36 0 0 42 0 0 27 0 0 80 0 0 66 12 18.2 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 FALSE FALSE 3 4 3 5 3 3 3 4 0 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 1.469857868 1.469857868 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 0 0 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 9.36E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 49485526 G T - - - - - - 21 0 0 21 0 0 30 0 0 56 0 0 63 11 17.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 4 3 5 3 3 3 4 0 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 1.413324873 1.413324873 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.37E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 49486259 G C - - - - - - 27 0 0 30 0 0 24 2 8.3 68 0 0 60 5 8.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 3 5 3 3 3 4 0 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.058473118 1.058473118 1 0 0 1 0.670319797 0.670319797 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 1 1 0.006413403 1 1 1 0.0000136 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 49748730 T A - - - - - - 27 0 0 43 0 0 17 0 0 54 0 0 60 14 23.3 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 3 5 3 3 3 4 0 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.881741117 0.940870558 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 8.54E-20 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 51478992 A G - - - - - - 37 0 0 26 0 0 21 0 0 33 0 0 52 9 17.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 4 3 5 3 3 3 4 0 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 1.397172589 1.397172589 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 5.92E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 51510291 A G - - - - - - 26 0 0 41 3 7.3 14 1 7.1 59 2 3.4 72 14 19.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 3 5 3 3 3 4 0 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.768238095 0.768238095 1 0.90544086 0.90544086 1 0.615196581 0.615196581 1 1.566771574 1.566771574 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.001155993 1 0.067769881 1 0.035441897 1 1.39E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 51551563 C T - - - - - - 30 0 0 49 3 6.1 25 2 8 72 2 2.8 62 11 17.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 3 5 3 3 3 4 0 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.641952381 0.641952381 1 1.020215054 1.020215054 1 0.506632479 0.506632479 1 1.429477157 1.429477157 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.001939399 1 0.006948068 1 0.050755634 1 1.96E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 51613639 C G - - - - - - 36 0 0 27 0 0 23 0 0 43 0 0 57 6 10.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 3 5 3 3 3 4 0 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.847994924 0.847994924 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000000456 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 51839530 G T - - - - - - 40 0 0 36 3 8.3 26 3 11.5 56 3 5.4 58 7 12.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 3 5 3 3 3 4 0 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.87347619 0.87347619 1 1.46655914 1.46655914 1 0.977076923 0.977076923 1 0.977213198 0.977213198 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000788827 1 0.000298167 1 0.00284314 1 1.88E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 52795287 C A - - - - - - 32 0 0 37 2 5.4 29 2 6.9 69 0 0 58 5 8.6 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 3 5 3 3 3 4 0 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.568285714 0.568285714 1 0.879935484 0.879935484 1 0 0 1 0.694548223 0.694548223 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 0.014826063 1 0.009279585 1 1 1 0.0000115 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 52913451 G C - - - - - - 34 0 0 44 0 0 23 0 0 88 0 0 66 11 16.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 3 5 3 3 3 4 0 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.348715736 1.348715736 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 4.07E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 53512890 A G - - - - - - 28 0 0 27 3 11.1 19 0 0 67 4 6 57 11 19.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 3 5 3 3 3 4 0 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.168142857 1.168142857 1 0 0 1 1.085641026 1.085641026 1 1.558695431 1.558695431 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000334187 1 1 1 0.000372648 1 7.29E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 53613481 G T - - - - - - 33 0 0 45 0 0 23 0 0 78 1 1.3 77 12 15.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 4 3 5 3 3 3 4 0 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0.235222222 0.235222222 1 1.259878173 1.259878173 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.323605141 1 6.64E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 56018634 G A - - - - - - 26 0 0 17 3 17.6 18 1 5.6 70 0 0 56 14 25 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 3 5 3 3 3 4 0 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.852190476 1.852190476 1 0.714150538 0.714150538 1 0 0 1 2.019035533 1.009517766 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 0.0000807 1 0.086275114 1 1 1 2.91E-20 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 56621737 C T - - - - - - 31 0 0 38 1 2.6 20 2 10 60 4 6.7 54 8 14.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 3 5 3 3 3 4 0 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.273619048 0.273619048 1 1.275268817 1.275268817 1 1.212299145 1.212299145 1 1.195269036 1.195269036 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.173434892 1 0.004473894 1 0.000243755 1 3.31E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 56899012 C A - - - - - - 34 0 0 39 1 2.6 20 2 10 52 2 3.8 54 6 11.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 3 5 3 3 3 4 0 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.273619048 0.273619048 1 1.275268817 1.275268817 1 0.68757265 0.68757265 1 0.896451777 0.896451777 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.177567718 1 0.004473894 1 0.028101652 1 0.000000329 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 57151588 A T - - - - - - 35 0 0 39 0 0 22 0 0 89 0 0 78 7 9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 4 3 5 3 3 3 4 0 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 0.726852792 0.726852792 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000000151 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 57301971 G A - - - - - - 28 0 0 36 0 0 32 2 6.2 61 0 0 61 10 16.4 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 3 5 3 3 3 4 0 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0.790666667 0.790666667 1 0 0 1 1.32448731 1.32448731 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 1 1 0.011224977 1 1 1 6.98E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 57341644 G A - - - - - - 28 0 0 26 0 0 23 0 0 59 0 0 66 12 18.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 3 5 3 3 3 4 0 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.469857868 1.469857868 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 9.36E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 57374145 G A - - - - - - 29 0 0 29 0 0 26 0 0 36 0 0 55 6 10.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 3 5 3 3 3 4 0 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.880299492 0.880299492 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000000367 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 57505388 C G - - - - - - 37 0 0 40 0 0 26 0 0 71 0 0 60 6 10 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 3 5 3 3 3 4 0 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.807614213 0.807614213 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000000621 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 57710077 A T - - - - - - 28 0 0 40 0 0 20 0 0 72 0 0 60 15 25 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 4 3 5 3 3 3 4 0 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 2.019035533 1.009517766 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.31E-21 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 58388910 A G VRK2 CCDS1859.1 r.? - - downstream 30 0 0 32 0 0 22 3 13.6 54 0 0 75 11 14.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 4 3 5 3 3 3 4 0 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 1.734365591 1.734365591 1 0 0 1 1.187192893 1.187192893 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 0.000179267 1 1 1 1.78E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 58847020 A C - - - - - - 31 0 0 44 0 0 24 0 0 67 0 0 59 11 18.6 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 3 5 3 3 3 4 0 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.502162437 1.502162437 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.1E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 59133099 G C - - - - - - 34 0 0 37 0 0 17 0 0 70 0 0 55 8 14.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 4 3 5 3 3 3 4 0 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 1.171040609 1.171040609 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 3.86E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 62978212 T G EHBP1 CCDS1872.1 r.? - - intronic 35 0 0 33 0 0 28 3 10.7 64 0 0 65 7 10.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 4 3 5 3 3 3 4 0 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 1.364537634 1.364537634 1 0 0 1 0.87222335 0.87222335 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 0.000372895 1 1 1 4.22E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 63074163 T C EHBP1 CCDS1872.1 r.? - - intronic 29 0 0 35 0 0 14 0 0 76 0 0 60 10 16.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 4 3 5 3 3 3 4 0 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 1.348715736 1.348715736 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 5.86E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 65674158 C T - - - - - - 31 0 0 30 1 3.3 22 3 13.6 45 3 6.7 54 8 14.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 3 5 3 3 3 4 0 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.347285714 0.347285714 1 1.734365591 1.734365591 1 1.212299145 1.212299145 1 1.195269036 1.195269036 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.139615808 1 0.000179267 1 0.001516071 1 3.31E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 66715765 G A MEIS1 CCDS46309.1 r.? - - intronic 25 0 0 42 0 0 19 0 0 16 0 0 56 8 14.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 3 5 3 3 3 4 0 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.154888325 1.154888325 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 4.48E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 66878229 T G - - - - - - 35 0 0 29 0 0 18 1 5.6 75 0 0 53 5 9.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 4 3 5 3 3 3 4 0 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0.714150538 0.714150538 1 0 0 1 0.75915736 0.75915736 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 0.086275114 1 1 1 0.00000734 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 67663563 C T - - - - - - 27 0 0 50 0 0 21 0 0 62 0 0 63 14 22.2 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 1 0 0 TRUE FALSE 3 4 3 5 3 3 3 4 0 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.792903553 0.896451777 2 NA NA 1 0 0 1 NA NA 0 0 0 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.81E-19 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 67759173 T C - - - - - - 34 0 0 34 2 5.9 27 2 7.4 60 1 1.7 60 7 11.7 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 3 5 3 3 3 4 0 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.620904762 0.620904762 1 0.943698925 0.943698925 1 0.307598291 0.307598291 1 0.944908629 0.944908629 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.012612579 1 0.00807567 1 0.259739042 1 2.39E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 68260520 C G - - - - - - 31 0 0 20 0 0 29 0 0 68 0 0 60 7 11.7 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 3 5 3 3 3 4 0 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.944908629 0.944908629 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.39E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 69508207 C T - - - - - - 29 0 0 25 0 0 21 0 0 40 0 0 71 7 9.9 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 3 5 3 3 3 4 0 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.799538071 0.799538071 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 7.85E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 71486612 C T - - - - - - 29 0 0 42 1 2.4 30 2 6.7 49 0 0 57 13 22.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 3 5 3 3 3 4 0 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.252571429 0.252571429 1 0.854430108 0.854430108 1 0 0 1 1.841360406 0.920680203 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 0.189842622 1 0.009909649 1 1 1 2.44E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 72999988 C A EXOC6B CCDS46333.1 r.? - - intronic 25 0 0 29 0 0 20 0 0 51 0 0 62 5 8.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 3 5 3 3 3 4 0 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.654167513 0.654167513 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000016 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 74565757 C A SLC4A5 CCDS1936.1 r.? - - intronic 29 0 0 38 0 0 28 0 0 51 0 0 49 5 10.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 3 5 3 3 3 4 0 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.823766497 0.823766497 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.00000496 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 76775936 G A - - - - - - 40 0 0 39 0 0 28 0 0 55 0 0 65 14 21.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 3 5 3 3 3 4 0 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.736370558 0.868185279 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.93E-19 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 77051993 A T LRRTM4 CCDS46346.1 r.? - - intronic 30 0 0 36 0 0 20 0 0 70 1 1.4 57 8 14 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 3 5 3 3 3 4 0 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.253316239 0.253316239 1 1.130659898 1.130659898 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.295930304 1 5.19E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 77094451 C A LRRTM4 CCDS46346.1 r.? - - intronic 30 0 0 32 0 0 22 1 4.5 61 3 4.9 49 5 10.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 3 5 3 3 3 4 0 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0.573870968 0.573870968 1 0.886606838 0.886606838 1 0.823766497 0.823766497 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 1 1 0.104413009 1 0.003623631 1 0.00000496 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 77295988 A C LRRTM4 CCDS46346.1 r.? - - intronic 32 0 0 35 0 0 27 0 0 77 0 0 57 12 21.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 3 5 3 3 3 4 0 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.70406599 0.852032995 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.4E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 78065482 G C - - - - - - 41 0 0 32 0 0 23 0 0 65 0 0 65 13 20 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 3 5 3 3 3 4 0 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.615228426 0.807614213 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.57E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 78207355 A T - - - - - - 26 0 0 38 0 0 24 1 4.2 69 0 0 65 6 9.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 3 5 3 3 3 4 0 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0.535612903 0.535612903 1 0 0 1 0.743005076 0.743005076 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 1 1 0.113346489 1 1 1 0.000001 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 78259172 A G - - - - - - 30 0 0 19 1 5.3 13 1 7.7 61 2 3.3 51 9 17.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 3 5 3 3 3 4 0 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.557761905 0.557761905 1 0.981956989 0.981956989 1 0.597102564 0.597102564 1 1.421401015 1.421401015 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.090843738 1 0.063085307 1 0.037660755 1 4.92E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 78351769 C G - - - - - - 33 0 0 35 1 2.9 23 1 4.3 70 0 0 51 6 11.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 3 5 3 3 3 4 0 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.305190476 0.305190476 1 0.548365591 0.548365591 1 0 0 1 0.952984772 0.952984772 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 0.16091139 1 0.108890944 1 1 1 0.000000232 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 78460562 A T - - - - - - 26 0 0 44 3 6.8 19 0 0 52 3 5.8 60 8 13.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 3 5 3 3 3 4 0 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.715619048 0.715619048 1 0 0 1 1.049452991 1.049452991 1 1.074126904 1.074126904 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.00142027 1 1 1 0.002300591 1 7.93E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 78536429 C A - - - - - - 38 0 0 38 0 0 25 1 4 63 0 0 62 5 8.1 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 2 0 0 0 0 NA FALSE FALSE 3 4 3 5 3 3 3 4 0 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0.510107527 0.510107527 1 0 0 1 0.654167513 0.654167513 1 NA NA 1 0 0 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 0.117779757 1 1 1 0.000016 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 78757543 T C - - - - - - 33 0 0 47 4 8.5 28 3 10.7 52 1 1.9 65 7 10.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 3 5 3 3 3 4 0 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.89452381 0.89452381 1 1.364537634 1.364537634 1 0.343786325 0.343786325 1 0.87222335 0.87222335 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.0000939 1 0.000372895 1 0.229451111 1 4.22E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 79187089 C T - - - - - - 24 0 0 23 3 13 20 0 0 48 5 10.4 54 11 20.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 3 5 3 3 3 4 0 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.368095238 1.368095238 1 0 0 1 1.881777778 1.881777778 1 1.647532995 1.647532995 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000205387 1 1 1 0.00000447 1 3.84E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 79299071 C A - - - - - - 43 0 0 46 0 0 24 2 8.3 71 0 0 61 7 11.5 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 3 5 3 3 3 4 0 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.058473118 1.058473118 1 0 0 1 0.928756345 0.928756345 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 1 1 0.006413403 1 1 1 2.69E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 79484052 T A CTNNA2 CCDS42703.2 r.? - - intronic 38 0 0 36 0 0 24 2 8.3 63 0 0 69 8 11.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 3 5 3 3 3 4 0 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.058473118 1.058473118 1 0 0 1 0.936832487 0.936832487 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 1 1 0.006413403 1 1 1 2.49E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 79800282 T G CTNNA2 CCDS42703.2 r.? - - intronic 32 0 0 33 0 0 26 0 0 70 0 0 38 4 10.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 4 3 5 3 3 3 4 0 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 0.847994924 0.847994924 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.0000403 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 79843393 T C CTNNA2 CCDS42703.2 r.? - - intronic 31 0 0 30 1 3.3 26 2 7.7 67 2 3 72 15 20.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 3 5 3 3 3 4 0 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.347285714 0.347285714 1 0.981956989 0.981956989 1 0.542820513 0.542820513 1 1.679837563 0.839918782 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.139615808 1 0.007502227 1 0.044622585 1 2.7E-20 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 80358970 C A CTNNA2 CCDS42703.2 r.? - - intronic 35 0 0 43 3 7 25 4 16 52 3 5.8 59 5 8.5 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 3 5 3 3 3 4 0 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.736666667 0.736666667 1 2.040430108 2.040430108 1 1.049452991 1.049452991 1 0.686472081 0.686472081 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.001328364 1 0.00000727 1 0.002300591 1 0.0000125 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 80633019 C A CTNNA2 CCDS42703.2 r.? - - intronic 30 0 0 35 0 0 16 0 0 51 0 0 69 10 14.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 3 5 3 3 3 4 0 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.171040609 1.171040609 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.54E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 80860861 A C CTNNA2 CCDS42703.2 r.? - - intronic 38 0 0 33 0 0 25 1 4 72 0 0 66 6 9.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 4 3 5 3 3 3 4 0 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0.510107527 0.510107527 1 0 0 1 0.734928934 0.734928934 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 0.117779757 1 1 1 0.0000011 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 80900464 A T - - - - - - 30 0 0 45 0 0 25 0 0 49 0 0 64 6 9.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 3 5 3 3 3 4 0 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.75915736 0.75915736 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000000914 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 80927034 G A - - - - - - 31 0 0 38 2 5.3 16 1 6.2 54 2 3.7 65 13 20 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 3 5 3 3 3 4 0 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.557761905 0.557761905 1 0.790666667 0.790666667 1 0.669478632 0.669478632 1 1.615228426 0.807614213 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.015598339 1 0.077068876 1 0.030129377 1 1.57E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 81002078 C A - - - - - - 24 0 0 40 0 0 22 0 0 75 1 1.3 43 5 11.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 3 5 3 3 3 4 0 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.235222222 0.235222222 1 0.936832487 0.936832487 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.313356907 1 0.00000257 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 81080080 C A - - - - - - 32 0 0 27 2 7.4 24 1 4.2 72 3 4.2 62 12 19.4 0 0 NA 0 0 NA 1 1 100 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 3 5 3 3 3 4 0 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.778761905 0.778761905 1 0.535612903 0.535612903 1 0.759948718 0.759948718 1 1.566771574 1.566771574 1 NA NA 1 12.75268817 12.75268817 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.00807567 1 0.113346489 0.005 0.00576558 1 4.19E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 81084876 G A - - - - - - 36 0 0 37 2 5.4 21 1 4.8 74 2 2.7 62 8 12.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 3 5 3 3 3 4 0 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.568285714 0.568285714 1 0.612129032 0.612129032 1 0.488538462 0.488538462 1 1.041822335 1.041822335 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.014826063 1 0.099912572 1 0.053288733 1 1.04E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 81153817 G A - - - - - - 26 0 0 44 0 0 19 0 0 76 0 0 59 13 22 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 3 5 3 3 3 4 0 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.776751269 0.888375635 2 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 3.99E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 81219925 T A - - - - - - 35 0 0 40 0 0 32 0 0 46 0 0 68 14 20.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 4 3 5 3 3 3 4 0 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 1.663685279 0.83184264 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 5.84E-19 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 81445943 G C - - - - - - 28 0 0 23 1 4.3 16 0 0 70 3 4.3 59 7 11.9 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 3 5 3 3 3 4 0 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.45252381 0.45252381 1 0 0 1 0.778042735 0.778042735 1 0.961060914 0.961060914 1 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.108890944 1 1 1 0.005331097 1 2.12E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 81589891 C T - - - - - - 21 0 0 31 7 22.6 26 1 3.8 27 2 7.4 64 13 20.3 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 3 5 3 3 3 4 0 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.378380952 1.189190476 2 0.484602151 0.484602151 1 1.338957265 1.338957265 1 1.639456853 0.819728426 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 1.85E-10 1 0.122190858 1 0.00807567 1 1.26E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 81767280 C T - - - - - - 35 0 0 29 0 0 27 0 0 86 0 0 73 7 9.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 3 5 3 3 3 4 0 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.775309645 0.775309645 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 9.54E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 81768021 T A - - - - - - 38 0 0 26 0 0 22 0 0 71 0 0 64 8 12.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 3 5 3 3 3 4 0 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.009517766 1.009517766 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.35E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 81881741 A G - - - - - - 40 0 0 36 3 8.3 17 2 11.8 70 0 0 53 8 15.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 3 5 3 3 3 4 0 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.87347619 0.87347619 1 1.504817204 1.504817204 1 0 0 1 1.219497462 1.219497462 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 0.000788827 1 0.003234386 1 1 1 2.83E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 81911799 G A - - - - - - 26 0 0 41 0 0 19 0 0 51 0 0 61 13 21.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 3 5 3 3 3 4 0 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.720218274 0.860109137 2 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 6.41E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 81937913 G A - - - - - - 26 0 0 17 1 5.9 17 1 5.9 42 0 0 40 5 12.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 3 5 3 3 3 4 0 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.620904762 0.620904762 1 0.752408602 0.752408602 1 0 0 1 1.009517766 1.009517766 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.081683532 1 0.081683532 1 1 1 0.00000178 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 82022953 A T - - - - - - 38 0 0 22 0 0 21 0 0 41 0 0 56 8 14.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 3 5 3 3 3 4 0 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.154888325 1.154888325 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 4.48E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 82247436 C A - - - - - - 31 0 0 39 3 7.7 23 2 8.7 59 2 3.4 58 6 10.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 3 5 3 3 3 4 0 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.810333333 0.810333333 1 1.109483871 1.109483871 1 0.615196581 0.615196581 1 0.83184264 0.83184264 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000998458 1 0.00589844 1 0.035441897 1 0.000000506 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 82252356 C T - - - - - - 32 0 0 48 0 0 20 0 0 67 0 0 58 13 22.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 3 5 3 3 3 4 0 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.809055838 0.904527919 2 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 3.12E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 82484911 C T - - - - - - 35 0 0 43 0 0 19 0 0 45 0 0 68 13 19.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 3 5 3 3 3 4 0 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.542543147 1.542543147 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.96E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 83029168 T C - - - - - - 33 0 0 49 0 0 28 0 0 61 0 0 53 8 15.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 3 5 3 3 3 4 0 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.219497462 1.219497462 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.83E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 83193914 G T - - - - - - 35 0 0 51 0 0 14 2 14.3 64 0 0 64 6 9.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 3 5 3 3 3 4 0 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.823634409 1.823634409 1 0 0 1 0.75915736 0.75915736 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 1 1 0.002185852 1 1 1 0.000000914 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 83241347 G A - - - - - - 44 0 0 36 0 0 18 0 0 72 0 0 66 12 18.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 3 5 3 3 3 4 0 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.469857868 1.469857868 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 9.36E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 83363256 C T - - - - - - 43 0 0 44 4 9.1 23 0 0 58 2 3.4 75 11 14.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 3 5 3 3 3 4 0 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.957666667 0.957666667 1 0 0 1 0.615196581 0.615196581 1 1.187192893 1.187192893 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.0000723 1 1 1 0.034352256 1 1.78E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 83369134 T C - - - - - - 43 0 0 30 0 0 21 2 9.5 75 0 0 57 5 8.8 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 3 5 3 3 3 4 0 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.211505376 1.211505376 1 0 0 1 0.710700508 0.710700508 1 NA NA 0 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 1 1 0.004928472 1 1 1 0.0000105 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 83435630 G A - - - - - - 28 0 0 32 0 0 25 0 0 50 0 0 56 6 10.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 3 5 3 3 3 4 0 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.864147208 0.864147208 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000000409 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 83806627 G C - - - - - - 47 0 0 31 0 0 22 2 9.1 76 0 0 50 12 24 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 3 5 3 3 3 4 0 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.160494624 1.160494624 1 0 0 1 1.938274112 0.969137056 2 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 1 1 0.005403392 1 1 1 2.49E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 84443612 C A - - - - - - 29 0 0 31 0 0 22 0 0 73 0 0 61 6 9.8 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 3 5 3 3 3 4 0 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.791461929 0.791461929 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000000685 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 84534540 C A - - - - - - 34 0 0 39 0 0 28 0 0 86 0 0 81 18 22.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 3 5 3 3 3 4 0 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.792903553 0.896451777 2 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.29E-24 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 85594056 A G ELMOD3 CCDS1973.1 r.? - - intronic 28 0 0 34 0 0 15 0 0 71 0 0 61 8 13.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 3 5 3 3 3 4 0 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.057974619 1.057974619 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 9.09E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 87278029 C T - - - - - - 29 0 0 40 0 0 22 0 0 71 0 0 44 5 11.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 3 5 3 3 3 4 0 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.920680203 0.920680203 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.00000288 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 87279189 C A - - - - - - 20 0 0 17 0 0 15 0 0 53 0 0 62 12 19.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 3 5 3 3 3 4 0 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.566771574 1.566771574 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 4.19E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 87950500 C T - - - - - - 10 0 0 14 0 0 11 2 18.2 18 0 0 15 5 33.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 3 5 3 3 3 4 0 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 2.320989247 2.320989247 1 0 0 1 2.68935533 0.896451777 3 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 1 1 0.001334363 1 1 1 0.000000009 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 89265772 C T - - - - - - 24 0 0 37 3 8.1 27 0 0 85 4 4.7 59 8 13.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 3 5 3 3 3 4 0 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.852428571 0.852428571 1 0 0 1 0.850418803 0.850418803 1 1.09835533 1.09835533 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000855237 1 1 1 0.000916711 1 6.9E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 89872288 G A - - - - - - 86 0 0 76 0 0 61 0 0 168 0 0 132 10 7.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 3 5 3 3 3 4 0 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.613786802 0.613786802 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.75E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 90421563 C A - - - - - - 14 0 0 16 1 6.2 15 1 6.7 50 9 18 40 6 15 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 1 100 TRUE FALSE 3 4 3 5 3 3 3 4 0 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.65247619 0.65247619 1 0.854430108 0.854430108 1 3.256923077 1.085641026 3 1.21142132 1.21142132 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8.076142132 8.076142132 1 8 NA 1 1 0.077068876 1 0.072431031 1 4.07E-12 1 5.18E-08 0.005 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 90490002 C G - - - - - - 23 0 0 31 0 0 17 0 0 49 0 0 48 8 16.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 3 5 3 3 3 4 0 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.348715736 1.348715736 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.23E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 91721395 C T - - - - - - 8 0 0 4 1 25 5 0 0 21 2 9.5 12 4 33.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 3 5 3 3 3 4 0 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.630952381 2.630952381 1 0 0 1 1.718931624 1.718931624 1 2.68935533 0.896451777 3 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.019850499 1 1 1 0.004928472 1 0.0000003 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 95485143 T A - - - - - - 29 0 0 32 0 0 13 0 0 71 0 0 60 12 20 156 0 0 210 0 0 32 0 0 350 1 0.3 276 27 9.8 TRUE FALSE 3 4 3 5 3 3 3 4 0 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.615228426 1.615228426 1 0 0 1 0 0 1 0.054282051 NA 0 0.791461929 0.791461929 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 0.82698719 2.74E-16 4.43E-26 YES 0_0 0_0 0_0 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b 2 95635399 C T - - - - - - 25 0 0 26 0 0 35 0 0 87 0 0 76 10 13.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 3 5 3 3 3 4 0 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.066050761 1.066050761 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 6.9E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 96728166 G T - - - - - - 42 0 0 65 0 0 45 0 0 44 0 0 104 18 17.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 3 5 3 3 3 4 0 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.397172589 1.397172589 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.68E-22 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 96728167 C T - - - - - - 43 0 0 68 0 0 44 0 0 43 0 0 102 18 17.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 3 5 3 3 3 4 0 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.421401015 1.421401015 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.16E-22 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 97538342 G A SEMA4C CCDS2029.1 r.? - - upstream 23 0 0 39 0 0 19 0 0 43 0 0 76 6 7.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 3 5 3 3 3 4 0 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.638015228 0.638015228 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.00000253 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 98206554 C A ANKRD36B ENST00000258459 r.? - - upstream 18 0 0 4 0 0 2 0 0 1 0 0 23 6 26.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 3 3.6475352 3 3 3 3 0 1 0 0 1 1 1 0.3524648 NA NA NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.6475352 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.754879784 1.754879784 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.47E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 99736945 G C TSGA10 CCDS2037.1 r.? - - intronic 31 0 0 31 1 3.2 19 1 5.3 59 2 3.4 57 8 14 421 0 0 241 13 5.4 105 0 0 423 19 4.5 379 51 13.5 TRUE FALSE 3 3 3 3.6475352 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 0.3524648 NA NA NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.6475352 0.336761905 0.336761905 1 0.622892473 0.622892473 1 0.615196581 0.615196581 1 0.941314827 0.941314827 1 0.568285714 0.568285714 1 0 NA 0 0.814230769 0.814230769 1 0.90769644 0.90769644 1 8 NA 1 1 0.143917729 4.53E-10 0.090843738 1 0.035441897 1.21E-12 5.19E-10 5.45E-55 YES 0_1 0_0 1_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b 2 99736962 G C TSGA10 CCDS2037.1 r.? - - intronic 30 0 0 24 1 4.2 21 1 4.8 65 2 3.1 58 8 13.8 435 1 0.2 253 12 4.7 111 0 0 439 20 4.6 394 56 14.2 TRUE TRUE 3 3 3 3.6475352 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 0.3524648 NA NA NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.6475352 0.442 0.442 1 0.564129032 0.564129032 1 0.56091453 0.56091453 1 0.927867472 0.927867472 1 0.494619048 0.494619048 1 0 0 1 0.832324786 0.832324786 1 0.954762181 0.954762181 1 8 5 1 0.88700997 0.113346489 8.86E-09 0.099912572 1 0.042252341 2.43E-13 5.99E-10 1.36E-61 YES 0_1 0_0 1_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b 2 99737756 G T TSGA10 CCDS2037.1 r.? - - intronic 24 0 0 35 5 14.3 23 3 13 74 2 2.7 51 9 17.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3.6475352 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 0.3524648 NA NA NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.6475352 1.504904762 1.504904762 1 1.527849462 1.527849462 1 0.488538462 0.488538462 1 1.18336721 1.18336721 1 NA NA 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000000895 1 0.000205387 1 0.053288733 1 4.92E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 100775876 G A - - - - - - 37 0 0 29 0 0 23 0 0 51 0 0 40 13 32.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3.6475352 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 0.3524648 NA NA NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.6475352 0 0 1 0 0 1 0 0 1 2.185195133 1.092597566 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.3E-20 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 100827887 G A - - - - - - 33 0 0 41 0 0 24 0 0 55 0 0 54 5 9.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3.6475352 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 0.3524648 NA NA NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.6475352 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.625301992 0.625301992 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.00000806 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 101591350 C T NPAS2 CCDS2048.1 r.1511c>u c.1226C>T p.S409L missense 35 0 0 30 0 0 23 2 8.7 33 3 9.1 56 15 26.8 119 2 1.7 251 12 4.8 133 1 0.8 185 11 5.9 213 39 18.3 TRUE FALSE 3 3 3 3.6475352 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 0.3524648 NA NA NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.6475352 0 0 1 1.022483871 1.022483871 1 1.646555556 1.646555556 1 1.801945525 1.093722019 1.6475352 0.505142857 0.505142857 1 0.094021505 NA 0 1.067547009 1.067547009 1 1.230432952 1.230432952 1 8 NA 1 0.119923038 1 8.11E-09 0.00589844 0.486583598 0.000609557 3.54E-09 4.09E-22 5.98E-48 YES 0_1 1_0 1_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b 1 97755544 A G DPYD CCDS30777.1 r.? - - intronic 37 1 2.7 49 3 6.1 22 3 13.6 73 8 11 54 11 20.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 7 2.591299246 2 2 4 1 1 1 3 1 1 1 1 0.408700754 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.591299246 0.641952381 0.641952381 1 1.598365591 1.598365591 1 2.43034188 0.81011396 3 1.156158041 1.156158041 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 0.169281299 1 0.001939399 1 0.000179267 1 3.93E-09 1 3.84E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 103048689 G T IL18RAP CCDS2061.1 r.? - - intronic 31 0 0 43 0 0 17 0 0 71 0 0 64 8 12.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3.6475352 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 0.3524648 NA NA NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.6475352 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.840459667 0.840459667 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.35E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 103744519 T A - - - - - - 29 0 0 43 0 0 26 0 0 54 0 0 51 8 15.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3.6475352 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 0.3524648 NA NA NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.6475352 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.055617341 1.055617341 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.05E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 104242057 T C - - - - - - 42 0 0 33 3 9.1 18 1 5.6 70 3 4.3 68 20 29.4 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3.6475352 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 0.3524648 NA NA NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.6475352 0.957666667 0.957666667 1 0.658150538 0.658150538 1 0.778042735 0.778042735 1 1.976761136 0.988380568 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000609557 1 0.086275114 1 0.005331097 1 6.23E-30 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 104484655 G T - - - - - - 29 0 0 34 0 0 17 0 0 65 1 1.5 71 8 11.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3.6475352 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 0.3524648 NA NA NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.6475352 0 0 1 0 0 1 0.271410256 0.271410256 1 0.759775539 0.759775539 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.278061424 1 3.14E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 104508253 C T - - - - - - 40 0 0 37 0 0 18 0 0 66 0 0 55 10 18.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3.6475352 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 0.3524648 NA NA NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.6475352 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.223709274 1.223709274 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.33E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 104704186 T C - - - - - - 38 0 0 27 2 7.4 17 2 11.8 73 4 5.5 67 13 19.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3.6475352 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 0.3524648 NA NA NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.6475352 0.778761905 0.778761905 1 1.386817204 1.386817204 1 0.99517094 0.99517094 1 1.304393402 1.304393402 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.00807567 1 0.003234386 1 0.000516741 1 2.41E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 105107547 C G - - - - - - 24 0 0 30 0 0 33 0 0 54 0 0 69 8 11.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3.6475352 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 0.3524648 NA NA NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.6475352 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.779946571 0.779946571 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.49E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 105843394 C A - - - - - - 41 0 0 29 2 6.9 20 3 15 61 1 1.6 70 18 25.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3.6475352 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 0.3524648 NA NA NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.6475352 0.726142857 0.726142857 1 1.762903226 1.762903226 1 0.289504274 0.289504274 1 1.727985074 1.048830443 1.6475352 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.009279585 1 0.0001337 1 0.263440347 1 6.91E-26 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 107392647 C A - - - - - - 31 0 0 33 1 3 19 2 10.5 65 3 4.6 57 16 28.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3.6475352 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 0.3524648 NA NA NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.6475352 0.315714286 0.315714286 1 1.234032258 1.234032258 1 0.832324786 0.832324786 1 1.88935333 0.944676665 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.15245715 1 0.004039874 1 0.004333293 1 7.28E-24 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 107543633 T C - - - - - - 33 0 0 36 3 8.3 15 1 6.7 72 0 0 64 10 15.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3.6475352 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 0.3524648 NA NA NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.6475352 0.87347619 0.87347619 1 0.787430108 0.787430108 1 0 0 1 1.048893664 1.048893664 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 0.000788827 1 0.072431031 1 1 1 1.16E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 107604964 G A - - - - - - 28 0 0 35 3 8.6 18 0 0 67 1 1.5 63 12 19 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3.6475352 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 0.3524648 NA NA NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.6475352 0.905047619 0.905047619 1 0 0 1 0.271410256 0.271410256 1 1.277498693 1.277498693 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000725791 1 1 1 0.285262761 1 5.15E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 107760856 C A - - - - - - 26 0 0 30 1 3.3 24 3 12.5 51 4 7.8 63 5 7.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3.6475352 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 0.3524648 NA NA NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.6475352 0.347285714 0.347285714 1 1.469086022 1.469086022 1 1.411333333 1.411333333 1 0.531170509 0.531170509 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.139615808 1 0.000233853 1 0.000129466 1 0.0000173 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 107907563 C T - - - - - - 30 0 0 34 4 11.8 23 1 4.3 67 0 0 87 12 13.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3.6475352 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 0.3524648 NA NA NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.6475352 1.241809524 1.241809524 1 0.505365591 0.505365591 1 0 0 1 0.927867472 0.927867472 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 0.0000257 1 0.108890944 1 1 1 3.06E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 109524216 C A EDAR CCDS2081.1 r.? - - intronic 29 0 0 38 2 5.3 16 1 6.2 22 0 0 64 8 12.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3.6475352 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 0.3524648 NA NA NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.6475352 0.557761905 0.557761905 1 0.728666667 0.728666667 1 0 0 1 0.840459667 0.840459667 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.015598339 1 0.077068876 1 1 1 1.35E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 112331509 A T - - - - - - 44 0 0 58 0 0 33 0 0 99 0 0 111 15 13.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3.6475352 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 0.3524648 NA NA NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.6475352 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.90769644 0.90769644 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.64E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 112364099 G A - - - - - - 31 0 0 22 0 0 17 0 0 50 0 0 58 14 24.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3.6475352 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 0.3524648 NA NA NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.6475352 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.620406237 0.983533606 1.6475352 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 5.04E-20 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 112895315 A G FBLN7 CCDS2095.1 r.? - - upstream 28 0 0 27 3 11.1 18 1 5.6 56 3 5.4 53 25 47.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3.6475352 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 0.3524648 NA NA NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.6475352 1.168142857 1.168142857 1 0.658150538 0.658150538 1 0.977076923 0.977076923 1 3.173575701 1.057858567 3 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000334187 1 0.086275114 1 0.00284314 1 2.35E-43 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 113123143 C T RGPD8 CCDS46394.1 r.? - - downstream 14 0 0 13 1 7.7 9 1 11.1 9 0 0 25 4 16 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3.6475352 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 0.3524648 NA NA NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.6475352 0.810333333 0.810333333 1 1.304548387 1.304548387 1 0 0 1 1.075788373 1.075788373 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.063085307 1 0.044110422 1 1 1 0.00000727 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 115512205 G A DPP10 CCDS46400.1 r.? - - intronic 31 0 0 45 4 8.9 20 1 5 66 2 3 64 23 35.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3.6475352 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 0.3524648 NA NA NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.6475352 0.936619048 0.936619048 1 0.587634409 0.587634409 1 0.542820513 0.542820513 1 2.413800162 0.911715985 2.6475352 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.0000791 1 0.09538952 1 0.043431387 1 1.44E-36 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 115999931 G T DPP10 CCDS46400.1 r.? - - intronic 28 0 0 26 0 0 16 1 6.2 67 2 3 49 10 20.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3.6475352 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 0.3524648 NA NA NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.6475352 0 0 1 0.728666667 0.728666667 1 0.542820513 0.542820513 1 1.371630176 1.371630176 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 1 1 0.077068876 1 0.044622585 1 6.72E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 116243737 T C DPP10 CCDS46400.1 r.? - - intronic 38 0 0 22 1 4.5 18 3 16.7 73 1 1.4 67 10 14.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3.6475352 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 0.3524648 NA NA NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.6475352 0.473571429 0.473571429 1 1.962698925 1.962698925 1 0.253316239 0.253316239 1 1.001827922 1.001827922 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.104413009 1 0.0000964 1 0.306438632 1 1.87E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 116615539 T A - - - - - - 33 0 0 35 0 0 16 0 0 43 0 0 52 11 21.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3.6475352 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 0.3524648 NA NA NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.6475352 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.425419594 1.425419594 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.44E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 117172316 C T - - - - - - 16 0 0 43 0 0 25 0 0 70 0 0 63 10 15.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3.6475352 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 0.3524648 NA NA NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.6475352 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.069064696 1.069064696 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 9.81E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 117367929 C T - - - - - - 28 0 0 39 3 7.7 14 0 0 9 0 0 56 11 19.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3.6475352 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 0.3524648 NA NA NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.6475352 0.810333333 0.810333333 1 0 0 1 0 0 1 1.317840757 1.317840757 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000998458 1 1 1 1 1 5.91E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 117874746 G A - - - - - - 29 0 0 32 0 0 17 0 0 78 1 1.3 56 7 12.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3.6475352 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 0.3524648 NA NA NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.6475352 0 0 1 0 0 1 0.235222222 0.235222222 1 0.840459667 0.840459667 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.323605141 1 1.46E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 118065801 G C - - - - - - 41 0 0 32 2 6.2 18 2 11.1 61 3 4.9 48 14 29.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3.6475352 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 0.3524648 NA NA NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.6475352 0.65247619 0.65247619 1 1.304548387 1.304548387 1 0.886606838 0.886606838 1 1.963313781 0.981656891 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.011224977 1 0.003626632 1 0.003623631 1 2.51E-21 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 118720198 G A CCDC93 CCDS2121.2 r.? - - intronic 30 0 0 39 4 10.3 21 4 19 67 2 3 61 9 14.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3.6475352 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 0.3524648 NA NA NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.6475352 1.083952381 1.083952381 1 2.233010753 2.233010753 1 0.542820513 0.542820513 1 0.995104245 0.995104245 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.0000447 1 0.00000349 1 0.044622585 1 2.68E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 119094752 C G - - - - - - 34 0 0 36 0 0 18 0 0 68 0 0 74 5 6.8 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3.6475352 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 0.3524648 NA NA NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.6475352 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.457210059 0.706077536 0.6475352 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.0000378 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 119857484 T C - - - - - - 36 0 0 36 2 5.6 27 1 3.7 78 0 0 53 15 28.3 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3.6475352 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 0.3524648 NA NA NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.6475352 0.589333333 0.589333333 1 0.434849462 0.434849462 1 0 0 1 1.902800685 0.951400343 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 0.014070883 1 0.126579904 1 1 1 1.6E-22 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 120580225 A G PTPN4 CCDS2129.1 r.? - - intronic 20 0 0 31 3 9.7 19 2 10.5 44 2 4.5 66 9 13.6 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 2 0 0 TRUE FALSE 3 3 3 3.6475352 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 0.3524648 NA NA NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.6475352 1.020809524 1.020809524 1 1.234032258 1.234032258 1 0.814230769 0.814230769 1 0.914420117 0.914420117 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 0 0 0 1 8 NA 1 1 0.000505952 1 0.004039874 1 0.020580492 1 5.59E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 120826070 G A EPB41L5 CCDS2130.1 r.? - - intronic 28 0 0 30 0 0 15 1 6.7 12 0 0 59 11 18.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3.6475352 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 0.3524648 NA NA NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.6475352 0 0 1 0.787430108 0.787430108 1 0 0 1 1.250603984 1.250603984 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 1 1 0.072431031 1 1 1 1.1E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 123698928 G A - - - - - - 36 0 0 32 1 3.1 22 1 4.5 71 2 2.8 74 21 28.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3.6475352 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 0.3524648 NA NA NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.6475352 0.326238095 0.326238095 1 0.528870968 0.528870968 1 0.506632479 0.506632479 1 1.909524362 0.954762181 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.14819814 1 0.104413009 1 0.04950591 1 5.6E-31 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 123828919 G C - - - - - - 28 0 0 42 0 0 17 0 0 67 0 0 65 11 16.9 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3.6475352 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 0.3524648 NA NA NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.6475352 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.136301469 1.136301469 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 3.41E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 124065983 G A - - - - - - 19 0 0 21 3 14.3 16 2 12.5 57 4 7 46 7 15.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3.6475352 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 0.3524648 NA NA NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.6475352 1.504904762 1.504904762 1 1.469086022 1.469086022 1 1.266581197 1.266581197 1 1.021998954 1.021998954 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000155401 1 0.002863359 1 0.000199821 1 3.53E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 124221533 T A - - - - - - 23 0 0 35 2 5.7 18 2 11.1 71 1 1.4 49 6 12.2 376 0 0 670 47 7 154 4 2.6 1119 47 4.2 977 128 13.1 TRUE TRUE 3 3 3 3.6475352 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 0.3524648 NA NA NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.6475352 0.599857143 0.599857143 1 1.304548387 1.304548387 1 0.253316239 0.253316239 1 0.820288635 0.820288635 1 0.736666667 0.736666667 1 0.305569892 0.305569892 1 0.759948718 0.759948718 1 0.880801731 0.880801731 1 8 14 1 1 0.013332991 1.66E-37 0.003626632 0.007780445 0.299450652 1.06E-27 0.000000182 9.41E-134 YES 1_1 1_1 0_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b 2 124734465 G C - - - - - - 38 0 0 37 1 2.7 21 0 0 49 1 2 59 9 15.3 2 0 0 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3.6475352 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 0.3524648 NA NA NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.6475352 0.284142857 0.284142857 1 0 0 1 0.361880342 0.361880342 1 1.028722632 1.028722632 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.169281299 1 1 1 0.217776325 1 1.96E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 124766970 G T - - - - - - 34 0 0 31 0 0 25 0 0 60 0 0 45 5 11.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3.6475352 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 0.3524648 NA NA NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.6475352 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.746328184 0.746328184 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.00000323 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 124909684 A G CNTNAP5 CCDS46401.1 r.? - - intronic 32 0 0 45 0 0 17 2 11.8 70 1 1.4 56 8 14.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3.6475352 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 0.3524648 NA NA NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.6475352 0 0 1 1.386817204 1.386817204 1 0.253316239 0.253316239 1 0.961485859 0.961485859 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 4 NA 1 1 1 1 0.003234386 1 0.295930304 1 4.48E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 125342756 G C CNTNAP5 CCDS46401.1 r.? - - intronic 26 0 0 45 0 0 20 0 0 73 0 0 57 10 17.5 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3.6475352 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 0.3524648 NA NA NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.6475352 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.176643533 1.176643533 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 3.4E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 125426367 T C CNTNAP5 CCDS46401.1 r.? - - intronic 32 0 0 34 3 8.8 21 2 9.5 61 0 0 47 8 17 2 0 0 0 0 NA 1 0 0 2 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3.6475352 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 0.3524648 NA NA NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.6475352 0.926095238 0.926095238 1 1.116505376 1.116505376 1 0 0 1 1.143025146 1.143025146 1 NA NA 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.000666058 1 0.004928472 1 1 1 1.03E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 125462047 T A CNTNAP5 CCDS46401.1 r.? - - intronic 29 0 0 33 2 6.1 17 1 5.9 57 1 1.8 52 10 19.2 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3.6475352 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 0.3524648 NA NA NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.6475352 0.641952381 0.641952381 1 0.693408602 0.693408602 1 0.325692308 0.325692308 1 1.290946048 1.290946048 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.011909843 1 0.081683532 1 0.248523156 1 1.28E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 125464019 C T CNTNAP5 CCDS46401.1 r.? - - intronic 30 0 0 26 1 3.8 21 1 4.8 45 0 0 40 7 17.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 4 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3.6475352 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 0.3524648 NA NA NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.6475352 0.399904762 0.399904762 1 0.564129032 0.564129032 1 0 0 1 1.176643533 1.176643533 1 NA NA 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.122190858 1 0.099912572 1 1 1 1.26E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 125610278 A C CNTNAP5 CCDS46401.1 r.? - - intronic 24 0 0 49 2 4.1 26 3 11.5 56 6 10.7 51 7 13.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3.6475352 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 0.3524648 NA NA NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.6475352 0.43147619 0.43147619 1 1.35155914 1.35155914 1 1.936059829 1.936059829 1 0.921143795 0.921143795 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.025168485 1 0.000298167 1 0.000000409 1 7.46E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 125674547 G C CNTNAP5 CCDS46401.1 r.? - - downstream 26 0 0 31 0 0 20 0 0 77 0 0 81 12 14.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 3 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3.6475352 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 0.3524648 NA NA NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.6475352 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.995104245 0.995104245 1 NA NA 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.26E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 126015815 A T - - - - - - 54 0 0 37 2 5.4 16 0 0 52 0 0 64 14 21.9 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3.6475352 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 0.3524648 NA NA NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.6475352 0.568285714 0.568285714 1 0 0 1 0 0 1 1.472485336 1.472485336 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.014826063 1 1 1 1 1 2.31E-19 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 126567910 A T - - - - - - 28 0 0 32 2 6.2 22 0 0 69 0 0 56 6 10.7 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3.6475352 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 0.3524648 NA NA NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.6475352 0.65247619 0.65247619 1 0 0 1 0 0 1 0.719433475 0.719433475 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.011224977 1 1 1 1 1 0.000000409 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 127210142 T A - - - - - - 30 0 0 28 0 0 24 0 0 95 0 0 53 11 20.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3.6475352 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 0.3524648 NA NA NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.6475352 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.398524885 1.398524885 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 3.07E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 127297195 C G - - - - - - 37 0 0 40 0 0 13 0 0 57 0 0 50 10 20 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3.6475352 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 0.3524648 NA NA NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.6475352 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.344735466 1.344735466 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 8.36E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 127357749 G C - - - - - - 27 0 0 32 0 0 24 0 0 85 0 0 75 20 26.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 3 NA 3 3 3 NA 0 0 0 NA 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 5.89E-29 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 127357964 G C - - - - - - 29 0 0 38 0 0 28 0 0 65 0 0 63 14 22.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 3 NA 3 3 3 NA 0 0 0 NA 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.81E-19 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 127947384 G A CYP27C1 CCDS33285.1 r.? - - intronic 40 0 0 31 4 12.9 14 1 7.1 56 0 0 71 12 16.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 6 3 3 3 6 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.357571429 1.357571429 1 0.83444086 0.83444086 1 0 0 1 1.53386802 1.53386802 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.0000177 1 0.067769881 1 1 1 2.38E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 128315307 G A MYO7B CCDS46405.1 r.? - - intronic 33 0 0 32 0 0 24 0 0 72 0 0 84 9 10.7 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 6 3 3 3 6 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.971147208 0.971147208 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 5.13E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 128765226 G A SAP130 CCDS2153.1 r.? - - intronic 28 0 0 42 0 0 23 0 0 67 0 0 74 12 16.2 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 6 3 3 3 6 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.470335025 1.470335025 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 4.02E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 129646183 G A - - - - - - 38 0 0 33 0 0 23 0 0 68 0 0 80 19 23.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 6 3 3 3 6 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 2.160121827 1.080060914 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.65E-26 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 129796303 G A - - - - - - 31 0 0 35 2 5.7 26 3 11.5 58 3 5.2 80 15 18.8 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 6 3 3 3 6 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.599857143 0.599857143 1 1.35155914 1.35155914 1 0.940888889 0.940888889 1 1.706314721 0.85315736 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.013332991 1 0.000298167 1 0.003141421 1 1.49E-19 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 129923182 G A - - - - - - 25 0 0 35 0 0 29 0 0 56 0 0 78 7 9 1 0 0 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 6 3 3 3 6 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.816852792 0.816852792 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000000151 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 130530930 C G - - - - - - 42 0 0 37 0 0 23 0 0 60 0 0 90 8 8.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 6 3 3 3 6 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.80777665 0.80777665 1 NA NA 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000000021 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 130772081 G T - - - - - - 35 0 0 38 0 0 25 0 0 67 2 3 98 32 32.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 6 3 3 3 6 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.542820513 0.542820513 1 2.967898477 0.989299492 3 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 1 1 0.044622585 1 1.11E-48 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 130785878 T C - - - - - - 22 0 0 30 0 0 19 0 0 68 0 0 79 9 11.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 6 3 3 3 6 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.034680203 1.034680203 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.93E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 130855971 C A POTEF CCDS46409.1 r.? - - intronic 12 0 0 14 1 7.1 10 0 0 29 1 3.4 44 5 11.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 6 3 3 3 6 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.747190476 0.747190476 1 0 0 1 0.615196581 0.615196581 1 1.034680203 1.034680203 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.067769881 1 1 1 0.135292269 1 0.00000288 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 131076983 G A - - - - - - 21 0 0 30 2 6.7 19 2 10.5 35 3 8.6 57 10 17.5 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3.539187701 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 0.460812299 NA NA NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.539187701 0.705095238 0.705095238 1 1.234032258 1.234032258 1 1.55608547 1.55608547 1 1.157682721 1.157682721 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.009909649 1 0.004039874 1 0.000725791 1 3.4E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 132592308 G A - - - - - - 39 0 0 12 1 8.3 9 0 0 3 0 0 57 7 12.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3.539187701 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 0.460812299 NA NA NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.539187701 0.87347619 0.87347619 1 0 0 1 0 0 1 0.813685569 0.813685569 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.058377193 1 1 1 1 1 1.66E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 132714940 G A - - - - - - 31 0 0 25 0 0 25 0 0 60 0 0 55 12 21.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3.539187701 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 0.460812299 NA NA NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.539187701 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.442141904 1.442141904 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 8.78E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 133083097 G A - - - - - - 65 0 0 52 4 7.7 36 0 0 97 4 4.1 108 24 22.2 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3.539187701 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 0.460812299 NA NA NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.539187701 0.810333333 0.810333333 1 0 0 1 0.741854701 0.741854701 1 1.468603223 0.954141735 1.539187701 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000139698 1 1 1 0.001496109 1 2.56E-32 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 133668487 A G NCKAP5 CCDS46418.1 r.? - - intronic 21 0 0 31 2 6.5 16 1 6.2 60 2 3.3 60 5 8.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3.539187701 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 0.460812299 NA NA NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.539187701 0.684047619 0.684047619 1 0.728666667 0.728666667 1 0.597102564 0.597102564 1 0.549072376 0.549072376 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.010558179 1 0.077068876 1 0.036544784 1 0.0000136 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 134901810 G A MGAT5 CCDS2171.1 r.? - - intronic 27 0 0 42 0 0 21 0 0 56 0 0 59 7 11.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3.539187701 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 0.460812299 NA NA NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.539187701 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.78722425 0.78722425 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.12E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 134949522 C G MGAT5 CCDS2171.1 r.? - - intronic 30 0 0 31 3 9.7 12 1 8.3 9 0 0 58 13 22.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3.539187701 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 0.460812299 NA NA NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.539187701 1.020809524 1.020809524 1 0.975473118 0.975473118 1 0 0 1 1.481833883 1.481833883 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000505952 1 0.058377193 1 1 1 3.12E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 135105767 C G MGAT5 CCDS2171.1 r.? - - intronic 32 0 0 26 0 0 20 0 0 57 0 0 53 11 20.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3.539187701 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 0.460812299 NA NA NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.539187701 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.375988605 1.375988605 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 3.07E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 135796128 A C YSK4 ENST00000414343 r.? - - intronic 35 0 0 36 0 0 16 0 0 47 0 0 71 13 18.3 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3.539187701 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 0.460812299 NA NA NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.539187701 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.210605359 1.210605359 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 5.42E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 136162977 T A ZRANB3 CCDS46419.1 r.? - - intronic 37 0 0 35 2 5.7 11 0 0 55 3 5.5 68 11 16.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3.539187701 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 0.460812299 NA NA NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.539187701 0.599857143 0.599857143 1 0 0 1 0.99517094 0.99517094 1 1.071683433 1.071683433 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.013332991 1 1 1 0.002700822 1 5.76E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 136357042 C G R3HDM1 CCDS2177.1 r.? - - intronic 33 0 0 30 3 10 32 3 9.4 53 1 1.9 54 16 29.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3.539187701 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 0.460812299 NA NA NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.539187701 1.052380952 1.052380952 1 1.104752688 1.104752688 1 0.343786325 0.343786325 1 1.95813763 0.979068815 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000458697 1 0.000556213 1 0.233303855 1 2.69E-24 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 136951160 G A - - - - - - 37 0 0 43 0 0 19 0 0 76 0 0 67 14 20.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3.539187701 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 0.460812299 NA NA NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.539187701 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.382603935 1.382603935 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 4.66E-19 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 137457080 T C - - - - - - 36 0 0 40 3 7.5 21 2 9.5 70 1 1.4 73 12 16.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3.539187701 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 0.460812299 NA NA NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.539187701 0.789285714 0.789285714 1 1.116505376 1.116505376 1 0.253316239 0.253316239 1 1.084914093 1.084914093 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.001075403 1 0.004928472 1 0.295930304 1 3.39E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 138725701 C T HNMT CCDS2181.1 r.? - - intronic 38 0 0 29 0 0 29 0 0 64 0 0 66 9 13.6 0 0 NA 0 0 NA 3 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3.539187701 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 0.460812299 NA NA NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.539187701 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.899684857 0.899684857 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 5.59E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 139620035 A C - - - - - - 31 0 0 25 2 8 15 0 0 69 0 0 59 6 10.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3.539187701 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 0.460812299 NA NA NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.539187701 0.841904762 0.841904762 1 0 0 1 0 0 1 0.674763643 0.674763643 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.006948068 1 1 1 1 1 0.000000561 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 139810066 T C - - - - - - 34 0 0 35 0 0 28 0 0 59 0 0 89 8 9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 TRUE FALSE 3 3 3 3.539187701 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 0.460812299 NA NA NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.539187701 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.595379685 0.595379685 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 0 0 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.92E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 140071367 T C - - - - - - 41 0 0 38 0 0 19 0 0 57 0 0 64 5 7.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3.539187701 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 0.460812299 NA NA NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.539187701 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.515995727 0.515995727 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.0000186 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 140362262 G T - - - - - - 35 0 0 26 3 11.5 22 1 4.5 74 4 5.4 53 7 13.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3.539187701 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 0.460812299 NA NA NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.539187701 1.210238095 1.210238095 1 0.528870968 0.528870968 1 0.977076923 0.977076923 1 0.873223538 0.873223538 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000298167 1 0.104413009 1 0.00054411 1 9.85E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 140362271 G C - - - - - - 36 0 0 28 0 0 22 0 0 74 0 0 53 5 9.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3.539187701 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 0.460812299 NA NA NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.539187701 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.621841004 0.621841004 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.00000734 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 140534182 A T - - - - - - 32 0 0 42 2 4.8 25 1 4 71 0 0 56 11 19.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3.539187701 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 0.460812299 NA NA NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.539187701 0.505142857 0.505142857 1 0.470107527 0.470107527 1 0 0 1 1.296604647 1.296604647 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.018854633 1 0.117779757 1 1 1 5.91E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 140584660 A T - - - - - - 29 0 0 35 0 0 20 0 0 69 0 0 66 9 13.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3.539187701 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 0.460812299 NA NA NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.539187701 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.899684857 0.899684857 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 5.59E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 140960231 G C - - - - - - 35 0 0 39 2 5.1 20 2 10 75 2 2.7 59 8 13.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3.539187701 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 0.460812299 NA NA NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.539187701 0.536714286 0.536714286 1 1.175268817 1.175268817 1 0.488538462 0.488538462 1 0.899684857 0.899684857 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.016387522 1 0.004473894 1 0.054571821 1 6.9E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 141022033 G T LRP1B CCDS2182.1 r.? - - intronic 37 0 0 34 1 2.9 21 0 0 48 0 0 56 16 28.6 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3.539187701 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 0.460812299 NA NA NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.539187701 0.305190476 0.305190476 1 0 0 1 0 0 1 1.891984332 0.945992166 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.156694864 1 1 1 1 1 5.26E-24 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 141124131 G A LRP1B CCDS2182.1 r.? - - intronic 27 0 0 42 2 4.8 19 1 5.3 79 3 3.8 60 10 16.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3.539187701 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 0.460812299 NA NA NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.539187701 0.505142857 0.505142857 1 0.622892473 0.622892473 1 0.68757265 0.68757265 1 1.104760082 1.104760082 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.018854633 1 0.090843738 1 0.007450026 1 5.86E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 141395241 C G LRP1B CCDS2182.1 r.? - - intronic 33 0 0 27 3 11.1 19 1 5.3 58 3 5.2 74 21 28.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3.539187701 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 0.460812299 NA NA NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.539187701 1.168142857 1.168142857 1 0.622892473 0.622892473 1 0.940888889 0.940888889 1 1.878753672 0.939376836 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000334187 1 0.090843738 1 0.003141421 1 5.6E-31 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 141652612 G C LRP1B CCDS2182.1 r.? - - intronic 36 0 0 27 1 3.7 22 1 4.5 55 3 5.5 45 8 17.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3.539187701 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 0.460812299 NA NA NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.539187701 0.389380952 0.389380952 1 0.528870968 0.528870968 1 0.99517094 0.99517094 1 1.17752871 1.17752871 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.126579904 1 0.104413009 1 0.002700822 1 7.14E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 142125404 T C LRP1B CCDS2182.1 r.? - - intronic 45 0 0 36 3 8.3 22 3 13.6 43 0 0 65 10 15.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3.539187701 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 0.460812299 NA NA NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.539187701 0.87347619 0.87347619 1 1.598365591 1.598365591 1 0 0 1 1.018760794 1.018760794 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 0.000788827 1 0.000179267 1 1 1 1.36E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 142233580 C A LRP1B CCDS2182.1 r.? - - intronic 40 0 0 34 3 8.8 25 1 4 34 2 5.9 71 14 19.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3.539187701 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 0.460812299 NA NA NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.539187701 0.926095238 0.926095238 1 0.470107527 0.470107527 1 1.067547009 1.067547009 1 1.303219977 1.303219977 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000666058 1 0.117779757 1 0.012612579 1 1.13E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 142461707 G T LRP1B CCDS2182.1 r.? - - intronic 39 0 0 25 3 12 16 0 0 59 2 3.4 54 6 11.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3.539187701 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 0.460812299 NA NA NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.539187701 1.262857143 1.262857143 1 0 0 1 0.615196581 0.615196581 1 0.734301611 0.734301611 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.00026475 1 1 1 0.035441897 1 0.000000329 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 142520810 G T LRP1B CCDS2182.1 r.? - - intronic 24 0 0 35 0 0 24 0 0 48 0 0 58 5 8.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3.539187701 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 0.460812299 NA NA NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.539187701 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.568918366 0.568918366 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.0000115 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 142538849 G T LRP1B CCDS2182.1 r.? - - intronic 35 0 0 36 0 0 24 0 0 72 1 1.4 61 9 14.8 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3.539187701 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 0.460812299 NA NA NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.539187701 0 0 1 0 0 1 0.253316239 0.253316239 1 0.979068815 0.979068815 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.302953399 1 2.68E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 143366884 G A - - - - - - 35 0 0 32 0 0 19 0 0 68 0 0 73 6 8.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3.539187701 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 0.460812299 NA NA NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.539187701 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.542457046 0.542457046 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000002 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 144378207 T G ARHGAP15 CCDS2184.1 r.? - - intronic 43 0 0 31 0 0 22 0 0 67 0 0 56 13 23.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3.539187701 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 0.460812299 NA NA NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.539187701 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.534756521 1.534756521 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.89E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 145126916 C T - - - - - - 37 0 0 37 2 5.4 25 0 0 71 0 0 78 18 23.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3.539187701 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 0.460812299 NA NA NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.539187701 0.568285714 0.568285714 1 0 0 1 0 0 1 1.528141191 0.992823156 1.539187701 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 0.014826063 1 1 1 1 1 6.1E-25 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 145583794 T A - - - - - - 30 0 0 35 3 8.6 20 0 0 57 0 0 59 14 23.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3.539187701 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 0.460812299 NA NA NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.539187701 0.905047619 0.905047619 1 0 0 1 0 0 1 1.56783317 1.018610771 1.539187701 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 0.000725791 1 1 1 1 1 6.58E-20 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 145806334 C T - - - - - - 26 0 0 30 3 10 20 4 20 82 5 6.1 71 11 15.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3.539187701 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 0.460812299 NA NA NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.539187701 1.052380952 1.052380952 1 2.350537634 2.350537634 1 1.103735043 1.103735043 1 1.025376124 1.025376124 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000458697 1 0.00000284 1 0.0000619 1 9.49E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 147633987 A G - - - - - - 23 0 0 34 0 0 28 0 0 61 0 0 70 17 24.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3.539187701 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 0.460812299 NA NA NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.539187701 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.607525149 1.044398385 1.539187701 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 4.68E-24 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 148954593 C G MBD5 CCDS33302.1 r.? - - intronic 36 0 0 34 0 0 21 0 0 85 0 0 66 17 25.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3.539187701 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 0.460812299 NA NA NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.539187701 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.706755097 1.108867421 1.539187701 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.52E-24 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 149410624 G A EPC2 CCDS46422.1 r.? - - intronic 39 0 0 41 2 4.9 31 3 9.7 73 5 6.8 62 12 19.4 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3.539187701 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 0.460812299 NA NA NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.539187701 0.515666667 0.515666667 1 1.140010753 1.140010753 1 1.230393162 1.230393162 1 1.283373988 1.283373988 1 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.018015855 1 0.000505952 1 0.0000354 1 4.19E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 150994737 G T - - - - - - 28 0 0 38 1 2.6 21 2 9.5 68 3 4.4 83 16 19.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3.539187701 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 0.460812299 NA NA NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.539187701 0.273619048 0.273619048 1 1.116505376 1.116505376 1 0.796136752 0.796136752 1 1.276758658 1.276758658 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.173434892 1 0.004928472 1 0.004916956 1 5.75E-21 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 152104473 A G RBM43 CCDS2191.1 r.4173u>c c.? p.? 3'UTR variant 39 0 0 26 0 0 24 0 0 79 0 0 53 18 34 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3.539187701 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 0.460812299 NA NA NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.539187701 0 0 1 0 0 1 0 0 1 2.249212143 0.885799873 2.539187701 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.09E-28 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 154095319 G T - - - - - - 31 0 0 24 1 4.2 25 1 4 70 1 1.4 73 13 17.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4.705812959 5 8 5.5780986 2 3 5 3 2 2 3 2 0.294187041 1 1 0.4219014 3 NA NA 4 2 NA NA 2 0.705812959 NA NA 0.5780986 0.513644144 NA 0 0.550107527 0.550107527 1 0.323316239 0.323316239 1 1.54045485 1.54045485 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.113346489 1 0.117779757 1 0.295930304 1 7.97E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 154095320 A T - - - - - - 31 0 0 23 1 4.3 25 1 4 69 1 1.4 73 13 17.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4.705812959 5 8 5.5780986 2 3 5 3 2 2 3 2 0.294187041 1 1 0.4219014 3 NA NA 4 2 NA NA 2 0.705812959 NA NA 0.5780986 0.525873767 NA 0 0.550107527 0.550107527 1 0.323316239 0.323316239 1 1.54045485 1.54045485 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.108890944 1 0.117779757 1 0.292392265 1 7.97E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 154372240 C T - - - - - - 38 0 0 42 0 0 12 0 0 65 0 0 86 10 11.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4.705812959 5 8 5.5780986 2 3 5 3 2 2 3 2 0.294187041 1 1 0.4219014 3 NA NA 4 2 NA NA 2 0.705812959 NA NA 0.5780986 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 1.003891925 1.003891925 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.45E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 154502989 A T - - - - - - 17 0 0 39 4 10.3 27 0 0 67 2 3 66 6 9.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.705812959 5 8 5.5780986 2 3 5 3 2 2 3 2 0.294187041 1 1 0.4219014 3 NA NA 4 2 NA NA 2 0.705812959 NA NA 0.5780986 1.259651116 1.259651116 1 0 0 1 0.692820513 0.692820513 1 0.787535907 0.787535907 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.0000447 1 1 1 0.044622585 1 0.0000011 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 154670836 C T - - - - - - 20 0 0 37 0 0 28 0 0 8 0 0 66 11 16.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4.705812959 5 8 5.5780986 2 3 5 3 2 2 3 2 0.294187041 1 1 0.4219014 3 NA NA 4 2 NA NA 2 0.705812959 NA NA 0.5780986 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 1.445258202 1.445258202 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 4.07E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 154698795 A G - - - - - - 32 0 0 29 0 0 29 2 6.9 74 2 2.7 103 12 11.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4.705812959 5 8 5.5780986 2 3 5 3 2 2 3 2 0.294187041 1 1 0.4219014 3 NA NA 4 2 NA NA 2 0.705812959 NA NA 0.5780986 0 NA 0 0.948935484 0.948935484 1 0.623538462 0.623538462 1 1.012546166 1.012546166 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 0.009279585 1 0.053288733 1 2.45E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 155071040 G A GALNT13 CCDS2199.1 r.? - - intronic 27 0 0 47 4 8.5 17 0 0 75 4 5.3 67 8 11.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.705812959 5 8 5.5780986 2 3 5 3 2 2 3 2 0.294187041 1 1 0.4219014 3 NA NA 4 2 NA NA 2 0.705812959 NA NA 0.5780986 1.039517911 1.039517911 1 0 0 1 1.223982906 1.223982906 1 1.029854647 1.029854647 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.0000939 1 1 1 0.000572493 1 1.96E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 155126516 C G GALNT13 CCDS2199.1 r.? - - intronic 26 0 0 29 1 3.4 14 1 7.1 52 1 1.9 66 8 12.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4.705812959 5 8 5.5780986 2 3 5 3 2 2 3 2 0.294187041 1 1 0.4219014 3 NA NA 4 2 NA NA 2 0.705812959 NA NA 0.5780986 0.415807164 NA 0 0.97644086 0.97644086 1 0.438786325 0.438786325 1 1.047163129 1.047163129 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.135292269 1 0.067769881 1 0.229451111 1 1.73E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 155256323 G T GALNT13 CCDS2199.1 r.? - - intronic 36 0 0 54 3 5.6 20 2 10 70 3 4.3 74 9 12.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.705812959 5 8 5.5780986 2 3 5 3 2 2 3 2 0.294187041 1 1 0.4219014 3 NA NA 4 2 NA NA 2 0.705812959 NA NA 0.5780986 0.684858859 0.684858859 1 1.375268817 1.375268817 1 0.993042735 0.993042735 1 1.055817369 1.055817369 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.00256299 1 0.004473894 1 0.005331097 1 1.61E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 155441980 G A - - - - - - 35 0 0 33 0 0 27 1 3.7 66 0 0 75 9 12 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4.705812959 5 8 5.5780986 2 3 5 3 2 2 3 2 0.294187041 1 1 0.4219014 3 NA NA 4 2 NA NA 2 0.705812959 NA NA 0.5780986 0 NA 0 0.508849462 0.508849462 1 0 0 1 1.038508888 1.038508888 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 0.126579904 1 1 1 1.82E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 155579628 C G KCNJ3 CCDS2200.1 r.? - - intronic 25 0 0 39 0 0 22 0 0 64 0 0 75 10 13.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4.705812959 5 8 5.5780986 2 3 5 3 2 2 3 2 0.294187041 1 1 0.4219014 3 NA NA 4 2 NA NA 2 0.705812959 NA NA 0.5780986 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 1.151014017 1.151014017 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 6.02E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 155602595 A T KCNJ3 CCDS2200.1 r.? - - intronic 33 0 0 45 0 0 17 0 0 69 0 0 68 17 25 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4.705812959 5 8 5.5780986 2 3 5 3 2 2 3 2 0.294187041 1 1 0.4219014 3 NA NA 4 2 NA NA 2 0.705812959 NA NA 0.5780986 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 2.163560183 1.081780092 2 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.69E-24 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 155942715 G C - - - - - - 35 0 0 45 0 0 29 0 0 69 0 0 97 19 19.6 0 0 NA 0 0 NA 4 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4.705812959 5 8 5.5780986 2 3 5 3 2 2 3 2 0.294187041 1 1 0.4219014 3 NA NA 4 2 NA NA 2 0.705812959 NA NA 0.5780986 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 1.696231184 1.074857543 1.5780986 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 9.19E-25 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 156111107 C T - - - - - - 24 0 0 35 2 5.7 21 0 0 69 2 2.9 65 7 10.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.705812959 5 8 5.5780986 2 3 5 3 2 2 3 2 0.294187041 1 1 0.4219014 3 NA NA 4 2 NA NA 2 0.705812959 NA NA 0.5780986 0.697088482 0.697088482 1 0 0 1 0.669726496 0.669726496 1 0.934657999 0.934657999 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.013332991 1 1 1 0.04704084 1 4.22E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 156307355 C G - - - - - - 37 0 0 56 0 0 20 0 0 65 0 0 90 11 12.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA FALSE FALSE 4.705812959 5 8 5.5780986 2 3 5 3 2 2 3 2 0.294187041 1 1 0.4219014 3 NA NA 4 2 NA NA 2 0.705812959 NA NA 0.5780986 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 1.055817369 1.055817369 1 NA NA 0 NA NA 0 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.41E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 157822908 T C - - - - - - 27 0 0 37 2 5.4 23 0 0 57 3 5.3 86 10 11.6 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.705812959 5 8 5.5780986 2 3 5 3 2 2 3 2 0.294187041 1 1 0.4219014 3 NA NA 4 2 NA NA 2 0.705812959 NA NA 0.5780986 0.660399614 0.660399614 1 0 0 1 1.223982906 1.223982906 1 1.003891925 1.003891925 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.014826063 1 1 1 0.002989991 1 2.45E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 158645438 A T ACVR1 CCDS2206.1 r.? - - intronic 42 0 0 39 2 5.1 24 1 4.2 76 2 2.6 73 8 11 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 2 100 TRUE FALSE 4.705812959 5 8 5.5780986 2 3 5 3 2 2 3 2 0.294187041 1 1 0.4219014 3 NA NA 4 2 NA NA 2 0.705812959 NA NA 0.5780986 0.623710747 0.623710747 1 0.577612903 0.577612903 1 0.600444444 0.600444444 1 0.951966481 0.951966481 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 8.654240732 2.418670277 3.5780986 8 NA 1 1 0.016387522 1 0.113346489 1 0.055865747 1 3.93E-09 0.000025 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 159722819 G C DAPL1 ENST00000343761 r.? - - downstream 30 0 0 37 3 8.1 22 0 0 66 1 1.5 80 8 10 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.705812959 5 8 5.5780986 2 3 5 3 2 2 3 2 0.294187041 1 1 0.4219014 3 NA NA 4 2 NA NA 2 0.705812959 NA NA 0.5780986 0.990599421 0.990599421 1 0 0 1 0.346410256 0.346410256 1 0.865424073 0.865424073 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000855237 1 1 1 0.281671117 1 8.22E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 161501696 G A - - - - - - 39 0 0 39 3 7.7 23 2 8.7 65 3 4.6 77 14 18.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.705812959 5 8 5.5780986 2 3 5 3 2 2 3 2 0.294187041 1 1 0.4219014 3 NA NA 4 2 NA NA 2 0.705812959 NA NA 0.5780986 0.941680931 0.941680931 1 1.196483871 1.196483871 1 1.062324786 1.062324786 1 1.575071813 0.998082004 1.5780986 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000998458 1 0.00589844 1 0.004333293 1 3.82E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 161895943 A G - - - - - - 33 0 0 52 3 5.8 34 1 2.9 75 3 4 84 13 15.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.705812959 5 8 5.5780986 2 3 5 3 2 2 3 2 0.294187041 1 1 0.4219014 3 NA NA 4 2 NA NA 2 0.705812959 NA NA 0.5780986 0.709318104 0.709318104 1 0.398827957 0.398827957 1 0.923760684 0.923760684 1 1.341407314 1.341407314 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.002300591 1 0.156694864 1 0.006456002 1 5.49E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 162517287 C T SLC4A10 CCDS46438.1 r.? - - intronic 34 0 0 39 3 7.7 28 1 3.6 56 1 1.8 62 6 9.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.705812959 5 8 5.5780986 2 3 5 3 2 2 3 2 0.294187041 1 1 0.4219014 3 NA NA 4 2 NA NA 2 0.705812959 NA NA 0.5780986 0.941680931 0.941680931 1 0.495096774 0.495096774 1 0.415692308 0.415692308 1 0.839461351 0.839461351 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000998458 1 0.130947004 1 0.244746891 1 0.000000756 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 162586418 T G SLC4A10 CCDS46438.1 r.? - - intronic 30 0 0 31 3 9.7 32 1 3.1 65 1 1.5 73 16 21.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.705812959 5 8 5.5780986 2 3 5 3 2 2 3 2 0.294187041 1 1 0.4219014 3 NA NA 4 2 NA NA 2 0.705812959 NA NA 0.5780986 1.186273381 1.186273381 1 0.426333333 0.426333333 1 0.346410256 0.346410256 1 1.89527872 0.94763936 2 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000505952 1 0.14819814 1 0.278061424 1 6.15E-22 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 162990279 T G - - - - - - 40 0 0 36 0 0 28 0 0 51 0 0 79 22 27.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4.705812959 5 8 5.5780986 2 3 5 3 2 2 3 2 0.294187041 1 1 0.4219014 3 NA NA 4 2 NA NA 2 0.705812959 NA NA 0.5780986 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 2.405878924 0.933198956 2.5780986 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 3.56E-32 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 163363340 C G KCNH7 CCDS2219.1 r.? - - intronic 25 0 0 36 2 5.6 26 1 3.8 71 1 1.4 94 16 17 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.705812959 5 8 5.5780986 2 3 5 3 2 2 3 2 0.294187041 1 1 0.4219014 3 NA NA 4 2 NA NA 2 0.705812959 NA NA 0.5780986 0.684858859 0.684858859 1 0.522602151 0.522602151 1 0.323316239 0.323316239 1 1.471220925 1.471220925 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.014070883 1 0.122190858 1 0.299450652 1 4.85E-20 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 163522587 C T KCNH7 CCDS2219.1 r.? - - intronic 29 0 0 51 3 5.9 29 3 10.3 75 0 0 73 8 11 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.705812959 5 8 5.5780986 2 3 5 3 2 2 3 2 0.294187041 1 1 0.4219014 3 NA NA 4 2 NA NA 2 0.705812959 NA NA 0.5780986 0.721547726 0.721547726 1 1.416526882 1.416526882 1 0 0 1 0.951966481 0.951966481 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.002175924 1 0.000414371 1 1 1 3.93E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 163751517 T C - - - - - - 25 0 0 53 4 7.5 20 0 0 76 4 5.3 88 10 11.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.705812959 5 8 5.5780986 2 3 5 3 2 2 3 2 0.294187041 1 1 0.4219014 3 NA NA 4 2 NA NA 2 0.705812959 NA NA 0.5780986 0.917221686 0.917221686 1 0 0 1 1.223982906 1.223982906 1 0.986583443 0.986583443 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000150502 1 1 1 0.00060191 1 3.09E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 163955991 G A - - - - - - 33 0 0 51 0 0 18 0 0 37 0 0 75 8 10.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4.705812959 5 8 5.5780986 2 3 5 3 2 2 3 2 0.294187041 1 1 0.4219014 3 NA NA 4 2 NA NA 2 0.705812959 NA NA 0.5780986 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 0.926003758 0.926003758 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 4.89E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 164048755 C T - - - - - - 29 0 0 42 0 0 26 0 0 62 0 0 71 5 7 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4.705812959 5 8 5.5780986 2 3 5 3 2 2 3 2 0.294187041 1 1 0.4219014 3 NA NA 4 2 NA NA 2 0.705812959 NA NA 0.5780986 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 0.605796851 0.605796851 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.0000309 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 164237167 A C - - - - - - 33 0 0 35 2 5.7 20 2 10 72 4 5.6 81 11 13.6 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.705812959 5 8 5.5780986 2 3 5 3 2 2 3 2 0.294187041 1 1 0.4219014 3 NA NA 4 2 NA NA 2 0.705812959 NA NA 0.5780986 0.697088482 0.697088482 1 1.375268817 1.375268817 1 1.293264957 1.293264957 1 1.17697674 1.17697674 1 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.013332991 1 0.004473894 1 0.000490365 1 4.29E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 164466299 G A FIGN CCDS2221.2 r.2358c>u c.2043C>T p.L681L silent 28 0 0 31 0 0 21 0 0 54 0 0 64 9 14.1 384 1 0.3 317 0 0 411 0 0 405 0 0 420 39 9.3 FALSE FALSE 4.705812959 5 8 5.5780986 2 3 5 3 2 2 3 2 0.294187041 1 1 0.4219014 3 NA NA 4 2 NA NA 2 0.705812959 NA NA 0.5780986 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 1.220247943 1.220247943 1 0 NA 0 0 NA 0 0 0 1 0.804844388 0.804844388 1 NA NA 1 0.854097408 1 1 1 1 1 1 4.2E-11 4.55E-36 YES 0_0 0_0 0_0 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b 2 164488828 C A FIGN CCDS2221.2 r.? - - intronic 31 0 0 40 3 7.5 20 3 15 68 3 4.4 75 10 13.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.705812959 5 8 5.5780986 2 3 5 3 2 2 3 2 0.294187041 1 1 0.4219014 3 NA NA 4 2 NA NA 2 0.705812959 NA NA 0.5780986 0.917221686 0.917221686 1 2.062903226 2.062903226 1 1.016136752 1.016136752 1 1.151014017 1.151014017 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.001075403 1 0.0001337 1 0.004916956 1 6.02E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 164584346 A T FIGN CCDS2221.2 r.? - - intronic 38 0 0 40 0 0 24 0 0 74 0 0 86 10 11.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4.705812959 5 8 5.5780986 2 3 5 3 2 2 3 2 0.294187041 1 1 0.4219014 3 NA NA 4 2 NA NA 2 0.705812959 NA NA 0.5780986 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 1.003891925 1.003891925 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.45E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 165538761 C T COBLL1 CCDS2223.2 r.? - - downstream 28 0 0 38 0 0 27 0 0 81 0 0 93 11 11.8 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4.705812959 5 8 5.5780986 2 3 5 3 2 2 3 2 0.294187041 1 1 0.4219014 3 NA NA 4 2 NA NA 2 0.705812959 NA NA 0.5780986 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 1.021200406 1.021200406 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.04E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 165691777 C T COBLL1 CCDS2223.2 r.? - - intronic 35 0 0 30 0 0 28 0 0 77 0 0 65 5 7.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4.705812959 5 8 5.5780986 2 3 5 3 2 2 3 2 0.294187041 1 1 0.4219014 3 NA NA 4 2 NA NA 2 0.705812959 NA NA 0.5780986 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 0.666376536 0.666376536 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.0000201 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 166113773 C G SCN2A CCDS33314.1 r.? - - intronic 36 0 0 47 3 6.4 23 0 0 70 0 0 83 17 20.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.705812959 5 8 5.5780986 2 3 5 3 2 2 3 2 0.294187041 1 1 0.4219014 3 NA NA 4 2 NA NA 2 0.705812959 NA NA 0.5780986 0.782695839 0.782695839 1 0 0 1 0 0 1 1.77411935 0.887059675 2 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.001719595 1 1 1 1 1 1.14E-22 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 166184353 C G SCN2A CCDS33314.1 r.? - - intronic 34 0 0 44 0 0 27 0 0 71 0 0 91 19 20.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4.705812959 5 8 5.5780986 2 3 5 3 2 2 3 2 0.294187041 1 1 0.4219014 3 NA NA 4 2 NA NA 2 0.705812959 NA NA 0.5780986 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 1.808736313 0.904368157 2 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.46E-25 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 167271762 G A SCN7A CCDS46442.1 r.? - - intronic 21 0 0 29 3 10.3 19 0 0 46 1 2.2 51 9 17.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.705812959 5 8 5.5780986 2 3 5 3 2 2 3 2 0.294187041 1 1 0.4219014 3 NA NA 4 2 NA NA 2 0.705812959 NA NA 0.5780986 1.259651116 1.259651116 1 0 0 1 0.508068376 0.508068376 1 1.523146369 1.523146369 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000414371 1 1 1 0.205924651 1 4.92E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 167351446 C T SCN7A ENST00000419992 r.? - - upstream 32 0 0 41 4 9.8 28 0 0 53 1 1.9 86 11 12.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.705812959 5 8 5.5780986 2 3 5 3 2 2 3 2 0.294187041 1 1 0.4219014 3 NA NA 4 2 NA NA 2 0.705812959 NA NA 0.5780986 1.198503003 1.198503003 1 0 0 1 0.438786325 0.438786325 1 1.107742814 1.107742814 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.0000546 1 1 1 0.233303855 1 8.47E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 167545674 G A - - - - - - 32 0 0 43 4 9.3 25 2 8 67 5 7.5 63 12 19 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.705812959 5 8 5.5780986 2 3 5 3 2 2 3 2 0.294187041 1 1 0.4219014 3 NA NA 4 2 NA NA 2 0.705812959 NA NA 0.5780986 1.137354891 1.137354891 1 1.100215054 1.100215054 1 1.732051282 1.732051282 1 1.644305739 1.04195374 1.5780986 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000066 1 0.006948068 1 0.0000233 1 5.15E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 167563193 C A - - - - - - 37 0 0 39 0 0 29 0 0 72 1 1.4 71 5 7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4.705812959 5 8 5.5780986 2 3 5 3 2 2 3 2 0.294187041 1 1 0.4219014 3 NA NA 4 2 NA NA 2 0.705812959 NA NA 0.5780986 0 NA 0 0 0 1 0.323316239 0.323316239 1 0.605796851 0.605796851 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.302953399 1 0.0000309 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 167793726 G A XIRP2 CCDS42769.1 r.? - - intronic 34 0 0 41 0 0 27 0 0 67 0 0 84 15 17.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4.705812959 5 8 5.5780986 2 3 5 3 2 2 3 2 0.294187041 1 1 0.4219014 3 NA NA 4 2 NA NA 2 0.705812959 NA NA 0.5780986 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 1.549109091 0.981630103 1.5780986 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 3.27E-19 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 167889797 C G XIRP2 CCDS42769.1 r.? - - intronic 29 0 0 37 0 0 33 0 0 65 0 0 82 5 6.1 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4.705812959 5 8 5.5780986 2 3 5 3 2 2 3 2 0.294187041 1 1 0.4219014 3 NA NA 4 2 NA NA 2 0.705812959 NA NA 0.5780986 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 0.527908685 0.527908685 1 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.0000619 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 168239065 G C - - - - - - 33 0 0 47 0 0 27 0 0 86 0 0 98 8 8.2 0 0 NA 1 0 0 3 0 0 2 0 0 0 0 NA FALSE FALSE 4.705812959 5 8 7.637939036 2 3 5 4 2 2 3 3 0.294187041 1 1 0.362060964 3 NA NA 4 2 NA NA 4 0.705812959 NA NA 0.637939036 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 0.878554656 0.878554656 1 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 4.12E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 168647036 C T - - - - - - 33 0 0 56 5 8.9 28 3 10.7 75 0 0 103 13 12.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 1 100 TRUE FALSE 4.705812959 5 8 7.637939036 2 3 5 4 2 2 3 3 0.294187041 1 1 0.362060964 3 NA NA 4 2 NA NA 4 0.705812959 NA NA 0.637939036 1.088436401 1.088436401 1 1.471537634 1.471537634 1 0 0 1 1.349974227 1.349974227 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 10.71408117 10.71408117 1 6 NA 1 1 0.00000965 1 0.000372895 1 1 1 8.6E-15 0.005 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 168705756 G T B3GALT1 CCDS2227.1 r.? - - intronic 28 0 0 40 2 5 24 1 4.2 57 0 0 98 15 15.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4.705812959 5 8 7.637939036 2 3 5 4 2 2 3 3 0.294187041 1 1 0.362060964 3 NA NA 4 2 NA NA 4 0.705812959 NA NA 0.637939036 0.611481124 0.611481124 1 0.577612903 NA 0 0 0 1 1.639254419 0.819627209 2 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.017193422 1 0.113346489 1 1 1 3.78E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 168823548 C T STK39 CCDS42770.1 r.? - - intronic 20 0 0 31 3 9.7 25 0 0 56 2 3.6 84 7 8.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.705812959 5 8 7.637939036 2 3 5 4 2 2 3 3 0.294187041 1 1 0.362060964 3 NA NA 4 2 NA NA 4 0.705812959 NA NA 0.637939036 1.186273381 1.186273381 1 0 0 1 0.831384615 0.831384615 1 0.889268737 0.889268737 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000505952 1 1 1 0.032213353 1 0.000000253 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 169188081 A G - - - - - - 31 0 0 41 1 2.4 24 2 8.3 57 1 1.8 88 14 15.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4.705812959 5 8 7.637939036 2 3 5 4 2 2 3 3 0.294187041 1 1 0.362060964 3 NA NA 4 2 NA NA 4 0.705812959 NA NA 0.637939036 0.29351094 NA 0 1.141473118 1.141473118 1 0.415692308 0.415692308 1 1.703538906 0.851769453 2 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.18577148 1 0.006413403 1 0.248523156 1 2.78E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 169426235 G A LASS6 CCDS2228.1 r.? - - intronic 21 0 0 51 3 5.9 27 2 7.4 67 0 0 92 11 12 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.705812959 5 8 7.637939036 2 3 5 4 2 2 3 3 0.294187041 1 1 0.362060964 3 NA NA 4 2 NA NA 4 0.705812959 NA NA 0.637939036 0.721547726 0.721547726 1 1.017698925 1.017698925 1 0 0 1 1.28568974 1.28568974 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.002175924 1 0.00807567 1 1 1 1.81E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 169592851 T A LASS6 CCDS2228.1 r.? - - intronic 34 0 0 46 0 0 28 0 0 61 0 0 91 9 9.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4.705812959 5 8 7.637939036 2 3 5 4 2 2 3 3 0.294187041 1 1 0.362060964 3 NA NA 4 2 NA NA 4 0.705812959 NA NA 0.637939036 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 1.060694036 1.060694036 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.06E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 169755388 C A G6PC2 CCDS2230.1 r.? - - upstream 27 0 0 55 0 0 38 0 0 56 0 0 103 5 4.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4.705812959 5 8 7.637939036 2 3 5 4 2 2 3 3 0.294187041 1 1 0.362060964 3 NA NA 4 2 NA NA 4 0.705812959 NA NA 0.637939036 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 0.524989977 0.524989977 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000182144 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 170862233 G A UBR3 CCDS2238.2 r.? - - intronic 27 0 0 47 2 4.3 19 2 10.5 62 2 3.2 95 12 12.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.705812959 5 8 7.637939036 2 3 5 4 2 2 3 3 0.294187041 1 1 0.362060964 3 NA NA 4 2 NA NA 4 0.705812959 NA NA 0.637939036 0.525873767 0.525873767 1 1.444032258 1.444032258 1 0.739008547 0.739008547 1 1.349974227 1.349974227 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.02328732 1 0.004039874 1 0.038789653 1 9.09E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 171150692 T C MYO3B CCDS42773.1 r.? - - intronic 32 0 0 46 0 0 17 0 0 70 0 0 92 13 14.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4.705812959 5 8 7.637939036 2 3 5 4 2 2 3 3 0.294187041 1 1 0.362060964 3 NA NA 4 2 NA NA 4 0.705812959 NA NA 0.637939036 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 1.510685445 1.510685445 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.89E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 171270134 C T MYO3B CCDS42773.1 r.? - - intronic 35 0 0 46 3 6.5 27 0 0 60 1 1.7 100 12 12 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.705812959 5 8 7.637939036 2 3 5 4 2 2 3 3 0.294187041 1 1 0.362060964 3 NA NA 4 2 NA NA 4 0.705812959 NA NA 0.637939036 0.794925461 0.794925461 1 0 0 1 0.392598291 0.392598291 1 1.28568974 1.28568974 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.001615827 1 1 1 0.259739042 1 1.71E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 174358070 C G - - - - - - 27 0 0 22 1 4.5 26 2 7.7 51 2 3.9 86 16 18.6 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4.705812959 5 8 5.571409595 2 3 5 3 2 2 3 2 0.294187041 1 1 0.428590405 3 NA NA 4 2 NA NA 2 0.705812959 NA NA 0.571409595 0.550333012 NA 0 1.058956989 1.058956989 1 0.900666667 0.900666667 1 1.608444621 1.023568029 1.571409595 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.104413009 1 0.007502227 1 0.027109304 1 1.06E-20 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 175772554 C G CHN1 CCDS46455.1 r.? - - intronic 26 0 0 31 2 6.5 17 1 5.9 68 3 4.4 86 10 11.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.705812959 5 8 5.571409595 2 3 5 3 2 2 3 2 0.294187041 1 1 0.428590405 3 NA NA 4 2 NA NA 2 0.705812959 NA NA 0.571409595 0.794925461 0.794925461 1 0.811408602 0.811408602 1 1.016136752 1.016136752 1 1.003116 1.003116 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.010558179 1 0.081683532 1 0.004916956 1 2.45E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 175780069 G C CHN1 CCDS46455.1 r.? - - intronic 23 0 0 34 1 2.9 18 2 11.1 58 1 1.7 76 10 13.2 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4.705812959 5 8 5.571409595 2 3 5 3 2 2 3 2 0.294187041 1 1 0.428590405 3 NA NA 4 2 NA NA 2 0.705812959 NA NA 0.571409595 0.354659052 NA 0 1.526548387 1.526548387 1 0.392598291 0.392598291 1 1.141476828 1.141476828 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.156694864 1 0.003626632 1 0.252280541 1 6.9E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 176080308 T C - - - - - - 20 0 0 28 3 10.7 15 1 6.7 51 0 0 71 8 11.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.705812959 5 8 5.571409595 2 3 5 3 2 2 3 2 0.294187041 1 1 0.428590405 3 NA NA 4 2 NA NA 2 0.705812959 NA NA 0.571409595 1.308569606 1.308569606 1 0.921430108 0.921430108 1 0 0 1 0.977173345 0.977173345 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.000372895 1 0.072431031 1 1 1 3.14E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 176104627 A T - - - - - - 35 0 0 46 0 0 27 0 0 85 0 0 91 15 16.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4.705812959 5 8 5.571409595 2 3 5 3 2 2 3 2 0.294187041 1 1 0.428590405 3 NA NA 4 2 NA NA 2 0.705812959 NA NA 0.571409595 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 1.426846035 1.426846035 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.17E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 176218442 G A - - - - - - 27 0 0 40 3 7.5 31 1 3.2 44 1 2.3 61 7 11.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.705812959 5 8 5.571409595 2 3 5 3 2 2 3 2 0.294187041 1 1 0.428590405 3 NA NA 4 2 NA NA 2 0.705812959 NA NA 0.571409595 0.917221686 0.917221686 1 0.440086022 0.440086022 1 0.531162393 0.531162393 1 0.994468449 0.994468449 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.001075403 1 0.143917729 1 0.197923942 1 2.69E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 176371959 C G - - - - - - 28 0 0 41 0 0 24 2 8.3 74 2 2.7 66 8 12.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4.705812959 5 8 5.571409595 2 3 5 3 2 2 3 2 0.294187041 1 1 0.428590405 3 NA NA 4 2 NA NA 2 0.705812959 NA NA 0.571409595 0 NA 0 1.141473118 1.141473118 1 0.623538462 0.623538462 1 1.046353759 1.046353759 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 0.006413403 1 0.053288733 1 1.73E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 176873899 G A - - - - - - 22 0 0 42 0 0 28 0 0 35 0 0 74 10 13.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4.705812959 5 8 5.571409595 2 3 5 3 2 2 3 2 0.294187041 1 1 0.428590405 3 NA NA 4 2 NA NA 2 0.705812959 NA NA 0.571409595 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 1.167419483 1.167419483 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 5.24E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 177082971 G C - - - - - - 33 0 0 25 2 8 22 2 9.1 58 2 3.4 94 14 14.9 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.705812959 5 8 5.571409595 2 3 5 3 2 2 3 2 0.294187041 1 1 0.428590405 3 NA NA 4 2 NA NA 2 0.705812959 NA NA 0.571409595 0.978369799 0.978369799 1 1.251494624 1.251494624 1 0.785196581 0.785196581 1 1.288485207 1.288485207 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.006948068 1 0.005403392 1 0.034352256 1 7.32E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 177645927 G T - - - - - - 34 0 0 44 3 6.8 16 1 6.2 61 0 0 79 13 16.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.705812959 5 8 5.571409595 2 3 5 3 2 2 3 2 0.294187041 1 1 0.428590405 3 NA NA 4 2 NA NA 2 0.705812959 NA NA 0.571409595 0.831614329 0.831614329 1 0.852666667 0.852666667 1 0 0 1 1.426846035 1.426846035 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.00142027 1 0.077068876 1 1 1 2.37E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 179315434 G A PRKRAP1 CCDS46460.1 r.51c>u c.? p.? 5'UTR variant 26 0 0 1 0 0 4 0 0 4 1 25 71 27 38 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4.705812959 5 8 5.571409595 2 3 5 3 2 2 3 2 0.294187041 1 1 0.428590405 3 NA NA 4 2 NA NA 2 0.705812959 NA NA 0.571409595 0 NA 0 0 0 1 5.773504274 5.773504274 1 3.286069656 0.920104393 3.571409595 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.019850499 1 1.77E-43 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 179341876 G C FKBP7 CCDS2280.1 r.345c>g c.286C>G p.L96V missense 34 0 0 37 2 5.4 25 3 12 60 3 5 80 12 15 173 0 0 246 16 6.5 54 0 0 234 16 6.8 316 37 11.7 TRUE FALSE 4.705812959 5 8 5.571409595 2 3 5 3 2 2 3 2 0.294187041 1 1 0.428590405 3 NA NA 4 2 NA NA 2 0.705812959 NA NA 0.571409595 0.660399614 0.660399614 1 1.650322581 1.650322581 1 1.154700855 1.154700855 1 1.297132759 1.297132759 1 0.794925461 0.794925461 1 0 NA 0 1.570393162 0.785196581 2 1.011763552 1.011763552 1 8 NA 1 1 0.014826063 2.7E-13 0.00026475 1 0.003458198 1.25E-13 1.07E-14 4.65E-38 YES 1_1 1_0 1_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b 2 179765019 T C CCDC141 ENST00000409284 r.? - - intronic 33 0 0 49 3 6.1 20 0 0 80 0 0 89 21 23.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 4.705812959 5 8 5.571409595 2 3 5 3 2 2 3 2 0.294187041 1 1 0.428590405 3 NA NA 4 2 NA NA 2 0.705812959 NA NA 0.571409595 0.746006971 0.746006971 1 0 0 1 0 0 1 2.040822207 1.020411104 2 NA NA 0 NA NA 0 0 0 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.001939399 1 1 1 1 1 4.49E-29 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 182813015 C G - - - - - - 28 0 0 37 0 0 22 0 0 66 0 0 76 10 13.2 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4.705812959 5 8 5.571409595 2 3 5 3 2 2 3 2 0.294187041 1 1 0.428590405 3 NA NA 4 2 NA NA 2 0.705812959 NA NA 0.571409595 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 1.141476828 1.141476828 1 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 6.9E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 183741919 G A - - - - - - 41 0 0 43 2 4.7 26 1 3.8 78 0 0 76 19 25 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.573731471 4 8 4.607332612 2 3 5 3 1 1 3 1 0.426268529 1 1 0.392667388 3 NA NA 4 1 NA NA 1 0.573731471 NA NA 0.607332612 0.521584427 0.521584427 1 0.484602151 0.484602151 1 0 0 1 1.920868686 0.960434343 2 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.019709573 1 0.122190858 1 1 1 5.56E-27 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 184386091 T A - - - - - - 42 0 0 27 0 0 24 0 0 94 0 0 78 10 12.8 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.573731471 4 7 4.607332612 2 3 5 3 1 1 2 1 0.426268529 1 1 0.392667388 3 NA NA 4 1 NA NA 1 0.573731471 NA NA 0.607332612 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 0.983484767 0.983484767 1 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 9.02E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 184589010 A G - - - - - - 36 0 0 26 1 3.8 19 1 5.3 66 3 4.5 78 12 15.4 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.573731471 4 7 4.607332612 2 3 5 3 1 1 2 1 0.426268529 1 1 0.392667388 3 NA NA 4 1 NA NA 1 0.573731471 NA NA 0.607332612 0.421706558 NA 0 0.675892473 0.675892473 1 0.994230769 0.994230769 1 1.183255111 1.183255111 1 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.122190858 1 0.090843738 1 0.004522888 1 7.82E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 185744008 G T ZNF804A CCDS2291.1 r.? - - intronic 31 0 0 50 1 2 26 1 3.8 75 2 2.7 59 12 20.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.573731471 4 7 4.607332612 2 3 5 3 1 1 2 1 0.426268529 1 1 0.392667388 3 NA NA 4 1 NA NA 1 0.573731471 NA NA 0.607332612 0.22195082 NA 0 0.484602151 0.484602151 1 0.596538462 0.596538462 1 1.559745373 1.559745373 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.221687443 1 0.122190858 1 0.054571821 1 2.2E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 186603495 C T FSIP2 ENST00000424728 r.? - - upstream 28 0 0 10 0 0 6 0 0 8 0 0 65 9 13.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 FALSE FALSE 3.573731471 4 7 4.607332612 2 3 5 3 1 1 2 1 0.426268529 1 1 0.392667388 3 NA NA 4 1 NA NA 1 0.573731471 NA NA 0.607332612 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 1.060319515 1.060319515 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 4.85E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 188218076 A C CALCRL CCDS2293.1 r.? - - intronic 41 0 0 40 1 2.5 21 1 4.8 70 0 0 63 11 17.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA FALSE FALSE 3.573731471 4 7 4.607332612 2 3 5 3 1 1 2 1 0.426268529 1 1 0.392667388 3 NA NA 4 1 NA NA 1 0.573731471 NA NA 0.607332612 0.277438525 NA 0 0.612129032 0.612129032 1 0 0 1 1.34460808 1.34460808 1 NA NA 0 NA NA 0 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.181679879 1 0.099912572 1 1 1 2.37E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 188240628 T C CALCRL CCDS2293.1 r.? - - intronic 27 0 0 49 0 0 22 0 0 64 0 0 66 6 9.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.573731471 4 7 4.607332612 2 3 5 3 1 1 2 1 0.426268529 1 1 0.392667388 3 NA NA 4 1 NA NA 1 0.573731471 NA NA 0.607332612 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 0.699196202 0.699196202 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.0000011 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 188435187 C T TFPI ENST00000421427 r.? - - upstream 32 0 0 36 2 5.6 15 0 0 62 3 4.8 61 12 19.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.573731471 4 7 4.607332612 2 3 5 3 1 1 2 1 0.426268529 1 1 0.392667388 3 NA NA 4 1 NA NA 1 0.573731471 NA NA 0.607332612 0.621462296 0.621462296 1 0 0 1 1.060512821 1.060512821 1 1.513644525 1.513644525 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.014070883 1 1 1 0.003793816 1 3.39E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 188604198 A T - - - - - - 27 0 0 36 0 0 22 0 0 63 0 0 73 11 15.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.573731471 4 7 4.607332612 2 3 5 3 1 1 2 1 0.426268529 1 1 0.392667388 3 NA NA 4 1 NA NA 1 0.573731471 NA NA 0.607332612 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 1.160204686 1.160204686 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.31E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 188942499 G T - - - - - - 35 0 0 20 0 0 24 3 12.5 62 2 3.2 86 13 15.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA FALSE FALSE 3.573731471 4 7 4.607332612 2 3 5 3 1 1 2 1 0.426268529 1 1 0.392667388 3 NA NA 4 1 NA NA 1 0.573731471 NA NA 0.607332612 0 NA 0 1.594086022 1.594086022 1 0.707008547 0.707008547 1 1.160204686 1.160204686 1 NA NA 0 NA NA 0 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 0.000233853 1 0.038789653 1 7.57E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 189217598 A G GULP1 CCDS2295.1 r.? - - intronic 33 0 0 33 0 0 20 1 5 53 0 0 65 10 15.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 FALSE FALSE 3.573731471 4 7 4.607332612 2 3 5 3 1 1 2 1 0.426268529 1 1 0.392667388 3 NA NA 4 1 NA NA 1 0.573731471 NA NA 0.607332612 0 NA 0 0.637634409 0.637634409 1 0 0 1 1.183255111 1.183255111 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 1 1 1 1 0.09538952 1 1 1 1.36E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 189563029 C G - - - - - - 29 0 0 43 0 0 21 0 0 71 0 0 71 11 15.5 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 2 0 0 0 0 NA FALSE FALSE 3.573731471 4 7 4.607332612 2 3 5 3 1 1 2 1 0.426268529 1 1 0.392667388 3 NA NA 4 1 NA NA 1 0.573731471 NA NA 0.607332612 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 1.190938585 1.190938585 1 NA NA 0 0 NA 0 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 9.49E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 190671837 T G PMS1 CCDS2302.1 r.? - - intronic 30 0 0 35 2 5.7 30 3 10 68 0 0 64 5 7.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.573731471 4 7 4.607332612 2 3 5 3 1 1 2 1 0.426268529 1 1 0.392667388 3 NA NA 4 1 NA NA 1 0.573731471 NA NA 0.607332612 0.632559837 0.632559837 1 1.275268817 1.275268817 1 0 0 1 0.59931103 0.59931103 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.013332991 1 0.000458697 1 1 1 0.0000186 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 190672303 G A PMS1 CCDS2302.1 r.? - - intronic 26 0 0 40 3 7.5 24 0 0 60 0 0 69 6 8.7 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.573731471 4 7 4.607332612 2 3 5 3 1 1 2 1 0.426268529 1 1 0.392667388 3 NA NA 4 1 NA NA 1 0.573731471 NA NA 0.607332612 0.832315575 0.832315575 1 0 0 1 0 0 1 0.668462303 0.668462303 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.001075403 1 1 1 1 1 0.00000143 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 193138768 T G - - - - - - 21 0 0 27 2 7.4 16 1 6.2 11 0 0 79 10 12.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.573731471 4 7 4.607332612 2 3 5 3 1 1 2 1 0.426268529 1 1 0.392667388 3 NA NA 4 1 NA NA 1 0.573731471 NA NA 0.607332612 0.821218034 0.821218034 1 0.790666667 0.790666667 1 0 0 1 0.975801292 0.975801292 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.00807567 1 0.077068876 1 1 1 1.03E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 194052235 T A - - - - - - 30 0 0 29 3 10.3 20 1 5 57 2 3.5 73 9 12.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.573731471 4 7 4.607332612 2 3 5 3 1 1 2 1 0.426268529 1 1 0.392667388 3 NA NA 4 1 NA NA 1 0.573731471 NA NA 0.607332612 1.143046722 1.143046722 1 0.637634409 0.637634409 1 0.773290598 0.773290598 1 0.945067394 0.945067394 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000414371 1 0.09538952 1 0.03327602 1 1.42E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 194481332 A G - - - - - - 34 0 0 32 3 9.4 29 2 6.9 67 0 0 63 11 17.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.573731471 4 7 4.607332612 2 3 5 3 1 1 2 1 0.426268529 1 1 0.392667388 3 NA NA 4 1 NA NA 1 0.573731471 NA NA 0.607332612 1.043168853 1.043168853 1 0.879935484 0.879935484 1 0 0 1 1.34460808 1.34460808 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.000556213 1 0.009279585 1 1 1 2.37E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 195000182 C T - - - - - - 28 0 0 33 3 9.1 16 1 6.2 52 0 0 66 13 19.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.573731471 4 7 4.607332612 2 3 5 3 1 1 2 1 0.426268529 1 1 0.392667388 3 NA NA 4 1 NA NA 1 0.573731471 NA NA 0.607332612 1.009876231 1.009876231 1 0.790666667 0.790666667 1 0 0 1 1.513644525 1.513644525 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.000609557 1 0.077068876 1 1 1 1.95E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 195063720 G A - - - - - - 34 0 0 38 0 0 29 2 6.9 80 1 1.2 70 8 11.4 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.573731471 4 7 4.607332612 2 3 5 3 1 1 2 1 0.426268529 1 1 0.392667388 3 NA NA 4 1 NA NA 1 0.573731471 NA NA 0.607332612 0 NA 0 0.879935484 0.879935484 1 0.265128205 0.265128205 1 0.875916121 0.875916121 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 0.009279585 1 0.33035218 1 2.8E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 195114119 G C - - - - - - 18 0 0 20 0 0 15 0 0 42 0 0 38 7 18.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.573731471 4 7 4.607332612 2 3 5 3 1 1 2 1 0.426268529 1 1 0.392667388 3 NA NA 4 1 NA NA 1 0.573731471 NA NA 0.607332612 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 1.413759353 1.413759353 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 8.61E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 195159412 C A - - - - - - 36 0 0 37 0 0 23 0 0 73 0 0 72 10 13.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.573731471 4 7 4.607332612 2 3 5 3 1 1 2 1 0.426268529 1 1 0.392667388 3 NA NA 4 1 NA NA 1 0.573731471 NA NA 0.607332612 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 1.068002989 1.068002989 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 3.95E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 195862806 A G - - - - - - 32 0 0 36 1 2.8 20 1 5 59 0 0 81 12 14.8 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 FALSE FALSE 3.573731471 4 7 4.607332612 2 3 5 3 1 1 2 1 0.426268529 1 1 0.392667388 3 NA NA 4 1 NA NA 1 0.573731471 NA NA 0.607332612 0.310731148 NA 0 0.637634409 0.637634409 1 0 0 1 1.137154262 1.137154262 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 1 1 0.165106833 1 0.09538952 1 1 1 1.26E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 196199790 A G - - - - - - 30 0 0 35 2 5.7 27 3 11.1 73 0 0 71 8 11.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.573731471 4 7 4.607332612 2 3 5 3 1 1 2 1 0.426268529 1 1 0.392667388 3 NA NA 4 1 NA NA 1 0.573731471 NA NA 0.607332612 0.632559837 0.632559837 1 1.415548387 1.415548387 1 0 0 1 0.868232646 0.868232646 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.013332991 1 0.000334187 1 1 1 3.14E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 197942481 C T ANKRD44 CCDS33355.1 r.? - - intronic 27 0 0 47 0 0 21 0 0 66 0 0 76 6 7.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.573731471 4 7 4.607332612 2 3 5 3 1 1 2 1 0.426268529 1 1 0.392667388 3 NA NA 4 1 NA NA 1 0.573731471 NA NA 0.607332612 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 0.606994505 0.606994505 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.00000253 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 198193194 C G - - - - - - 32 0 0 41 0 0 29 0 0 66 0 0 80 7 8.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.573731471 4 7 4.607332612 2 3 5 3 1 1 2 1 0.426268529 1 1 0.392667388 3 NA NA 4 1 NA NA 1 0.573731471 NA NA 0.607332612 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 0.676145777 0.676145777 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.00000018 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 198365654 C T HSPD1 CCDS33357.1 r.? - - upstream 22 0 0 41 0 0 15 0 0 57 0 0 65 6 9.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.573731471 4 7 4.607332612 2 3 5 3 1 1 2 1 0.426268529 1 1 0.392667388 3 NA NA 4 1 NA NA 1 0.573731471 NA NA 0.607332612 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 0.706879676 0.706879676 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000001 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 198634602 G A BOLL CCDS2324.1 r.? - - intronic 34 0 0 49 3 6.1 29 4 13.8 74 0 0 67 10 14.9 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.573731471 4 7 4.607332612 2 3 5 3 1 1 2 1 0.426268529 1 1 0.392667388 3 NA NA 4 1 NA NA 1 0.573731471 NA NA 0.607332612 0.676950001 0.676950001 1 1.759870968 1.759870968 1 0 0 1 1.144837737 1.144837737 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.001939399 1 0.0000134 1 1 1 1.87E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 198788482 C T PLCL1 ENST00000428675 r.? - - intronic 27 0 0 18 1 5.6 10 2 20 4 0 0 41 7 17.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.573731471 4 7 4.607332612 2 3 5 3 1 1 2 1 0.426268529 1 1 0.392667388 3 NA NA 4 1 NA NA 1 0.573731471 NA NA 0.607332612 0.621462296 NA 0 2.550537634 2.550537634 1 0 0 1 1.313874181 1.313874181 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.086275114 1 0.001095391 1 1 1 1.51E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 199551081 C A - - - - - - 24 0 0 41 0 0 26 0 0 56 0 0 80 8 10 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.573731471 4 7 4.607332612 2 3 5 3 1 1 2 1 0.426268529 1 1 0.392667388 3 NA NA 4 1 NA NA 1 0.573731471 NA NA 0.607332612 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 0.768347474 0.768347474 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 8.22E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 199787281 A T - - - - - - 38 0 0 40 0 0 32 0 0 60 0 0 75 10 13.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.573731471 4 7 5.61938738 2 3 5 3 1 1 2 2 0.426268529 1 1 0.38061262 3 NA NA 4 1 NA NA 2 0.573731471 NA NA 0.61938738 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 1.156505425 1.156505425 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 6.02E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 200426698 T C - - - - - - 36 0 0 48 4 8.3 24 1 4.2 83 0 0 81 5 6.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.573731471 4 7 5.61938738 2 3 5 3 1 1 2 2 0.426268529 1 1 0.38061262 3 NA NA 4 1 NA NA 2 0.573731471 NA NA 0.61938738 0.921095903 0.921095903 1 0.535612903 0.535612903 1 0 0 1 0.53912283 0.53912283 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.000102016 1 0.113346489 1 1 1 0.0000584 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 200554340 T A - - - - - - 38 0 0 42 1 2.4 32 1 3.1 78 3 3.8 77 11 14.3 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 FALSE FALSE 3.573731471 4 7 5.61938738 2 3 5 3 1 1 2 2 0.426268529 1 1 0.38061262 3 NA NA 4 1 NA NA 2 0.573731471 NA NA 0.61938738 0.266340984 NA 0 0.395333333 0.395333333 1 0.83957265 0.83957265 1 1.24346072 1.24346072 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 1 1 0.189842622 1 0.14819814 1 0.007193566 1 2.41E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 201041246 G A - - - - - - 30 0 0 50 0 0 30 0 0 59 0 0 80 11 13.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.573731471 4 7 5.61938738 2 3 5 3 1 1 2 2 0.426268529 1 1 0.38061262 3 NA NA 4 1 NA NA 2 0.573731471 NA NA 0.61938738 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 1.199983073 1.199983073 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 3.73E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 201179864 G A SPATS2L CCDS46483.1 r.? - - intronic 34 0 0 42 0 0 18 0 0 63 0 0 64 9 14.1 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.573731471 4 7 5.61938738 2 3 5 3 1 1 2 2 0.426268529 1 1 0.38061262 3 NA NA 4 1 NA NA 2 0.573731471 NA NA 0.61938738 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 1.226069661 1.226069661 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 4.2E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 201208742 G A SPATS2L CCDS46483.1 r.? - - intronic 26 0 0 34 3 8.8 23 1 4.3 66 5 7.6 66 9 13.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.573731471 4 7 NA 2 3 5 NA 1 1 2 NA 0.426268529 1 1 NA 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.573731471 NA NA NA 0.976583608 0.976583608 1 0.548365591 0.548365591 1 1.679145299 1.679145299 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.000666058 1 0.108890944 1 0.0000217 1 5.59E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 202825321 G C - - - - - - 24 0 0 31 0 0 24 0 0 48 0 0 82 9 11 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.573731471 4 7 4.634447356 2 3 5 3 1 1 2 1 0.426268529 1 1 0.365552644 3 NA NA 4 1 NA NA 1 0.573731471 NA NA 0.634447356 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 0.848164844 0.848164844 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 4.12E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 203435375 C T BMPR2 CCDS33361.1 r.? - - downstream 28 0 0 38 0 0 19 0 0 69 0 0 79 14 17.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.573731471 4 7 4.634447356 2 3 5 3 1 1 2 1 0.426268529 1 1 0.365552644 3 NA NA 4 1 NA NA 1 0.573731471 NA NA 0.634447356 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 1.364774339 1.364774339 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 5.6E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 204304765 C T RAPH1 CCDS2359.1 r.3448g>a c.3148G>A p.A1050T missense 31 0 0 32 0 0 17 0 0 28 0 0 65 15 23.1 43 0 0 45 1 2.2 2 0 0 65 0 0 75 9 12 FALSE FALSE 3.573731471 4 7 4.634447356 2 3 5 3 1 1 2 1 0.426268529 1 1 0.365552644 3 NA NA 4 1 NA NA 1 0.573731471 NA NA 0.634447356 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 1.781146172 1.089754384 1.634447356 0.244145902 NA 0 0 NA 0 0 0 1 0.925270739 0.925270739 1 NA NA 1 1 1 0.201934322 1 1 1 1 5E-21 1.82E-10 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 205306978 G A - - - - - - 25 0 0 33 2 6.1 30 3 10 64 1 1.6 83 13 15.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.573731471 4 7 4.634447356 2 3 5 3 1 1 2 1 0.426268529 1 1 0.365552644 3 NA NA 4 1 NA NA 1 0.573731471 NA NA 0.634447356 0.676950001 0.676950001 1 1.275268817 1.275268817 1 0.353504274 0.353504274 1 1.21056255 1.21056255 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.011909843 1 0.000458697 1 0.274433592 1 4.66E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 205646359 A T PARD3B CCDS42806.1 r.? - - intronic 36 0 0 31 3 9.7 14 1 7.1 70 0 0 78 13 16.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.573731471 4 7 4.634447356 2 3 5 3 1 1 2 1 0.426268529 1 1 0.365552644 3 NA NA 4 1 NA NA 1 0.573731471 NA NA 0.634447356 1.076461476 1.076461476 1 0.90544086 0.90544086 1 0 0 1 1.287668445 1.287668445 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.000505952 1 0.067769881 1 1 1 1.99E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 205794502 G C PARD3B CCDS42806.1 r.? - - intronic 34 0 0 26 2 7.7 16 2 12.5 61 2 3.3 70 16 22.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.573731471 4 7 4.634447356 2 3 5 3 1 1 2 1 0.426268529 1 1 0.365552644 3 NA NA 4 1 NA NA 1 0.573731471 NA NA 0.634447356 0.854510657 0.854510657 1 1.594086022 1.594086022 1 0.729102564 0.729102564 1 1.765724993 1.080319281 1.634447356 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.007502227 1 0.002863359 1 0.037660755 1 2.93E-22 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 206000808 G A PARD3B CCDS42806.1 r.? - - intronic 20 0 0 45 5 11.1 18 2 11.1 60 0 0 71 10 14.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.573731471 4 7 4.634447356 2 3 5 3 1 1 2 1 0.426268529 1 1 0.365552644 3 NA NA 4 1 NA NA 1 0.573731471 NA NA 0.634447356 1.23182705 1.23182705 1 1.415548387 1.415548387 1 0 0 1 1.087193118 1.087193118 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.00000323 1 0.003626632 1 1 1 3.42E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 206114119 C A PARD3B CCDS42806.1 r.? - - intronic 26 0 0 37 3 8.1 16 2 12.5 49 0 0 63 8 12.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.573731471 4 7 4.634447356 2 3 5 3 1 1 2 1 0.426268529 1 1 0.365552644 3 NA NA 4 1 NA NA 1 0.573731471 NA NA 0.634447356 0.898900821 0.898900821 1 1.594086022 1.594086022 1 0 0 1 0.979244865 0.979244865 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.000855237 1 0.002863359 1 1 1 1.18E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 206479439 A T PARD3B CCDS42806.1 r.? - - intronic 36 0 0 34 0 0 24 0 0 56 0 0 48 3 6.2 1 0 0 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2.701497485 3 7 4 2 3 5 4 0 0 2 0 0.298502515 1 1 1 3 NA NA NA 0 NA NA NA 0.701497485 NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 0.438720812 0.438720812 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.001827434 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 206535448 G T - - - - - - 39 0 0 33 0 0 33 0 0 86 0 0 70 11 15.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 FALSE FALSE 2.701497485 3 7 4 2 3 5 4 0 0 2 0 0.298502515 1 1 1 3 NA NA NA 0 NA NA NA 0.701497485 NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 1.110954315 1.110954315 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 8.06E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 207522692 C T DYTN CCDS46502.1 r.? - - intronic 40 0 0 33 3 9.1 19 3 15.8 70 4 5.7 76 21 27.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2.701497485 3 7 4 2 3 5 4 0 0 2 0 0.298502515 1 1 1 3 NA NA NA 0 NA NA NA 0.701497485 NA NA NA 0.930502938 0.930502938 1 1.856924731 1.856924731 1 1.259358974 1.259358974 1 1.953015228 0.976507614 2 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000609557 1 0.000114071 1 0.000440508 1 1.07E-30 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 208541935 G A - - - - - - 37 0 0 32 3 9.4 17 1 5.9 55 1 1.8 50 11 22 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2.701497485 3 7 4 2 3 5 4 0 0 2 0 0.298502515 1 1 1 3 NA NA NA 0 NA NA NA 0.701497485 NA NA NA 0.961178859 0.961178859 1 0.693408602 0.693408602 1 0.397692308 0.397692308 1 1.556751269 1.556751269 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000556213 1 0.081683532 1 0.240951649 1 1.52E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 208542976 G A - - - - - - 44 0 0 29 0 0 32 0 0 60 0 0 60 12 20 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2.701497485 3 7 4 2 3 5 4 0 0 2 0 0.298502515 1 1 1 3 NA NA NA 0 NA NA NA 0.701497485 NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 1.415228426 1.415228426 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.74E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 209176182 C T PIKFYVE CCDS2382.1 r.? - - intronic 25 0 0 39 1 2.6 26 0 0 62 0 0 77 9 11.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.608296999 3 7 4.641215872 2 3 5 3 1 0 2 1 0.391703001 1 1 0.358784128 3 NA NA 4 1 NA NA 1 0.608296999 NA NA 0.641215872 0.28943477 NA 0 0 NA 0 0 0 1 0.902930886 0.902930886 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.177567718 1 1 1 1 1 2.32E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 209662079 A T - - - - - - 33 0 0 32 0 0 26 1 3.8 68 0 0 68 8 11.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.608296999 3 7 4.641215872 2 3 5 3 1 0 2 1 0.391703001 1 1 0.358784128 3 NA NA 4 1 NA NA 1 0.608296999 NA NA 0.641215872 0 NA 0 0.446602151 NA 0 0 0 1 0.910648244 0.910648244 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 0.122190858 1 1 1 2.21E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 209865390 T A - - - - - - 29 0 0 48 0 0 25 0 0 79 0 0 64 8 12.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.608296999 3 7 4.641215872 2 3 5 3 1 0 2 1 0.391703001 1 1 0.358784128 3 NA NA 4 1 NA NA 1 0.608296999 NA NA 0.641215872 0 NA 0 0 NA 0 0 0 1 0.96466975 0.96466975 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.35E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 210203640 T C - - - - - - 36 0 0 48 0 0 19 0 0 73 0 0 64 7 10.9 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.608296999 3 7 4.641215872 2 3 5 3 1 0 2 1 0.391703001 1 1 0.358784128 3 NA NA 4 1 NA NA 1 0.608296999 NA NA 0.641215872 0 NA 0 0 NA 0 0 0 1 0.841192022 0.841192022 1 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 3.78E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 210445578 G C MAP2 CCDS2384.1 r.? - - intronic 41 0 0 46 0 0 19 0 0 75 0 0 72 13 18.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.608296999 3 7 4.641215872 2 3 5 3 1 0 2 1 0.391703001 1 1 0.358784128 3 NA NA 4 1 NA NA 1 0.608296999 NA NA 0.641215872 0 NA 0 0 NA 0 0 0 1 1.396841799 1.396841799 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 6.58E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 210642188 G A UNC80 CCDS46504.1 r.585g>a c.505G>A p.E169K missense 43 0 0 34 1 2.9 21 1 4.8 66 3 4.5 68 10 14.7 468 0 0 409 32 7.8 82 9 11 470 28 6 580 65 11.2 FALSE TRUE 3.608296999 3 7 4.641215872 2 3 5 3 1 0 2 1 0.391703001 1 1 0.358784128 3 NA NA 4 1 NA NA 1 0.608296999 NA NA 0.641215872 0.322831089 NA 0 0.564129032 NA 0 0.994230769 0.994230769 1 1.134451627 1.134451627 1 0.868304309 0.868304309 1 1.292795699 1.292795699 1 1.325641026 1.325641026 1 0.864344096 0.864344096 1 NA 12 1 1 0.156694864 1.54E-27 0.099912572 4.12E-10 0.004522888 4.19E-21 2.18E-12 2.61E-64 YES 0_1 0_1 1_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b 2 210888516 C T C2orf67 CCDS33370.1 r.? - - intronic 30 0 0 46 3 6.5 26 3 11.5 90 1 1.1 79 8 10.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.608296999 3 7 4.641215872 2 3 5 3 1 0 2 1 0.391703001 1 1 0.358784128 3 NA NA 4 1 NA NA 1 0.608296999 NA NA 0.641215872 0.723586924 0.723586924 1 1.35155914 1.35155914 1 0.243034188 0.243034188 1 0.779453158 0.779453158 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.001615827 1 0.000298167 1 0.363091174 1 7.43E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 211212208 G A - - - - - - 38 0 0 31 0 0 25 0 0 92 0 0 81 18 22.2 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.608296999 3 7 4.641215872 2 3 5 3 1 0 2 1 0.391703001 1 1 0.358784128 3 NA NA 4 1 NA NA 1 0.608296999 NA NA 0.641215872 0 NA 0 0 NA 0 0 0 1 1.713253477 1.043892827 1.641215872 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.29E-24 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 212382236 G C ERBB4 CCDS2394.1 r.? - - intronic 38 0 0 24 0 0 22 0 0 78 0 0 87 17 19.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 7 4 3 3 5 4 0 0 2 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 1.379847716 1.379847716 1 NA NA 0 NA NA 0 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.71E-22 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 212430718 A G ERBB4 CCDS2394.1 r.? - - intronic 33 0 0 34 0 0 21 0 0 73 0 0 66 10 15.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 7 4 3 3 5 4 0 0 2 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.075573604 1.075573604 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.6E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 213149615 C T ERBB4 CCDS2394.1 r.? - - intronic 27 0 0 29 0 0 17 0 0 61 0 0 61 17 27.9 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 7 4 3 3 5 4 0 0 2 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.974243655 0.987121827 2 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 3.33E-25 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 214193280 G T SPAG16 CCDS2396.1 r.? - - intronic 34 0 0 27 0 0 15 0 0 67 1 1.5 83 8 9.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 7 4 3 3 5 4 0 0 2 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.331410256 0.331410256 1 0.679309645 0.679309645 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.285262761 1 0.000000011 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 214431442 G T SPAG16 CCDS2396.1 r.? - - intronic 40 0 0 33 0 0 18 0 0 64 0 0 70 13 18.6 3 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 7 4 3 3 5 4 0 0 2 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.316162437 1.316162437 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 4.44E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 214603962 C T SPAG16 CCDS2396.1 r.? - - intronic 32 0 0 29 0 0 23 0 0 66 0 0 52 8 15.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 7 4 3 3 5 4 0 0 2 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.089725888 1.089725888 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.42E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 218683987 G A TNS1 CCDS2407.1 r.? - - intronic 31 0 0 35 0 0 24 0 0 64 0 0 62 13 21 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 3.725067125 4 3 3 2 4 0 0 0 0 1 1 -0.725067125 1 NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 1.725067125 NA 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 1.485989848 1.485989848 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 8.08E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 220187773 A G ENSG00000182698 ENST00000333527 r.? - - downstream 29 0 0 40 0 0 23 0 0 59 0 0 57 16 28.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 3.725067125 4 3 3 2 4 0 0 0 0 1 1 -0.725067125 1 NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 1.725067125 NA 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 1.988395939 0.99419797 2 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 7.28E-24 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 222451317 C A - - - - - - 37 0 0 32 0 0 19 0 0 59 0 0 59 9 15.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 3.725067125 4 3 3 2 4 0 0 0 0 1 1 -0.725067125 1 NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 1.725067125 NA 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 1.082649746 1.082649746 1 NA NA 0 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.96E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 223924216 A G KCNE4 CCDS2456.1 r.? - - downstream 21 0 0 36 3 8.3 24 2 8.3 64 3 4.7 59 10 16.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3.725067125 4 3 3 2 4 0 0 0 0 1 1 -0.725067125 1 NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 1.725067125 NA 0.87347619 0.87347619 1 0.975473118 0.975473118 1 0.884496958 0.884496958 1 1.19586802 1.19586802 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000788827 1 0.006413403 1 0.004148608 1 4.91E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 226373426 C G KIAA1486 CCDS46529.1 r.? - - intronic 34 0 0 44 0 0 18 0 0 51 0 0 53 12 22.6 1 0 0 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 3.725067125 4 3 3 2 4 0 0 0 0 1 1 -0.725067125 1 NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 1.725067125 NA 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 1.599208122 1.599208122 1 NA NA 0 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 5.39E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 228408434 T C AGFG1 CCDS46533.1 r.? - - intronic 25 0 0 30 3 10 17 1 5.9 61 4 6.6 62 11 17.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3.725067125 4 3 3 2 4 0 0 0 0 1 1 -0.725067125 1 NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 1.725067125 NA 1.052380952 1.052380952 1 0.693408602 0.693408602 1 1.242059558 1.242059558 1 1.252477157 1.252477157 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000458697 1 0.081683532 1 0.000259828 1 1.96E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 229724448 T G - - - - - - 36 0 0 16 0 0 17 0 0 56 0 0 45 10 22.2 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 3.725067125 4 3 3 2 4 0 0 0 0 1 1 -0.725067125 1 NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 1.725067125 NA 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 1.570903553 1.570903553 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.66E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 230802394 A G FBXO36 CCDS2472.1 r.? - - intronic 32 0 0 27 1 3.7 27 1 3.7 40 3 7.5 47 9 19.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3.725067125 4 3 3 2 4 0 0 0 0 1 1 -0.725067125 1 NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 1.725067125 NA 0.389380952 0.389380952 1 0.434849462 0.434849462 1 1.411431316 1.411431316 1 1.351543147 1.351543147 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.126579904 1 0.126579904 1 0.001075403 1 2.24E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 231151701 G A SP140 CCDS42831.1 r.? - - intronic 35 0 0 39 0 0 21 0 0 81 0 0 70 15 21.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 3.725067125 4 3 3 2 4 0 0 0 0 1 1 -0.725067125 1 NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 1.725067125 NA 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 1.514294416 1.514294416 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.7E-20 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 231153884 G A SP140 CCDS42831.1 r.? - - intronic 38 0 0 41 4 9.8 17 2 11.8 73 4 5.5 65 14 21.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3.725067125 4 3 3 2 4 0 0 0 0 1 1 -0.725067125 1 NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 1.725067125 NA 1.031333333 1.031333333 1 1.386817204 1.386817204 1 1.035049632 1.035049632 1 1.521370558 1.521370558 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.0000546 1 0.003234386 1 0.000516741 1 2.93E-19 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 233251555 G A ALPP CCDS2490.1 r.? - - downstream 34 0 0 3 0 0 3 0 0 9 0 0 78 18 23.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 3.725067125 4 3 3 2 4 0 0 0 0 1 1 -0.725067125 1 NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 1.725067125 NA 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 1.634588832 0.817294416 2 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 6.1E-25 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 235574719 G A - - - - - - 24 0 0 35 3 8.6 16 1 6.2 78 3 3.8 65 6 9.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3.725067125 4 3 3 2 4 0 0 0 0 1 1 -0.725067125 1 NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 1.725067125 NA 0.905047619 0.905047619 1 0.728666667 0.728666667 1 0.7151252 0.7151252 1 0.651005076 0.651005076 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000725791 1 0.077068876 1 0.007193566 1 0.000001 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 238249061 G A COL6A3 CCDS33412.1 r.? - - intronic 28 0 0 37 1 2.7 18 1 5.6 29 0 0 58 11 19 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 3.725067125 4 3 3 2 4 0 0 0 0 1 1 -0.725067125 1 NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 1.725067125 NA 0.284142857 0.284142857 1 0.658150538 0.658150538 1 0 NA 0 1.344467005 1.344467005 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.169281299 1 0.086275114 1 1 1 8.96E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 238267224 A T COL6A3 CCDS33412.1 r.6864u>a c.6411T>A p.G2137G silent 38 0 0 39 0 0 22 0 0 67 0 0 57 10 17.5 231 0 0 419 1 0.2 118 0 0 359 0 0 441 71 16.1 FALSE FALSE 3 3 3.725067125 4 3 3 2 4 0 0 0 0 1 1 -0.725067125 1 NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 1.725067125 NA 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 1.238324873 1.238324873 1 0.021047619 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 1.139258883 1.139258883 1 NA NA 1 1 1 0.877574797 1 1 1 1 3.4E-13 1.17E-81 YES 0_0 0_0 0_0 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b 2 240131584 G A HDAC4 CCDS2529.1 r.? - - intronic 35 0 0 40 2 5 25 1 4 36 3 8.3 59 16 27.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3.725067125 4 3 3 2 4 0 0 0 0 1 1 -0.725067125 1 NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 1.725067125 NA 0.526190476 0.526190476 1 0.470107527 0.470107527 1 1.56198399 1.56198399 1 1.917634518 0.958817259 2 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.017193422 1 0.117779757 1 0.000788827 1 1.37E-23 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 240350466 C T - - - - - - 48 0 0 45 0 0 19 0 0 59 0 0 59 16 27.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 3.725067125 4 3 3 2 4 0 0 0 0 1 1 -0.725067125 1 NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 1.725067125 NA 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 1.917634518 0.958817259 2 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.37E-23 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 240606018 T C - - - - - - 33 0 0 19 0 0 20 0 0 74 0 0 56 7 12.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 3.725067125 4 3 3 2 4 0 0 0 0 1 1 -0.725067125 1 NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 1.725067125 NA 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 0.884517766 0.884517766 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.46E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 241958729 C T SNED1 CCDS46562.1 r.? - - intronic 29 0 0 32 2 6.2 27 1 3.7 16 0 0 55 11 20 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 3.725067125 4 3 3 2 4 0 0 0 0 1 1 -0.725067125 1 NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 1.725067125 NA 0.65247619 0.65247619 1 0.434849462 0.434849462 1 0 NA 0 1.415228426 1.415228426 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.011224977 1 0.126579904 1 1 1 4.77E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 242041059 T A PASK CCDS2545.1 r.? - - downstream 33 0 0 35 2 5.7 18 0 0 11 0 0 59 12 20.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 3.725067125 4 3 3 2 4 0 0 0 0 1 1 -0.725067125 1 NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 1.725067125 NA 0.599857143 0.599857143 1 0 0 1 0 NA 0 1.436456853 1.436456853 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.013332991 1 1 1 1 1 2.2E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 242063735 G C PASK CCDS2545.1 r.? - - intronic 25 0 0 30 0 0 24 1 4.2 14 1 7.1 68 15 22.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 3.725067125 4 3 3 2 4 0 0 0 0 1 1 -0.725067125 1 NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 1.725067125 NA 0 0 1 0.493612903 0.493612903 1 1.33615498 NA 0 1.563827411 0.781913706 2 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 0.113346489 1 0.067769881 1 1.06E-20 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 242197580 G A HDLBP CCDS2547.1 r.? - - intronic 23 0 0 35 0 0 21 0 0 19 0 0 62 10 16.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 3.725067125 4 3 3 2 4 0 0 0 0 1 1 -0.725067125 1 NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 1.725067125 NA 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 1.139258883 1.139258883 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 8.29E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 242682589 C T D2HGDH CCDS33426.1 r.? - - intronic 27 0 0 12 2 16.7 9 0 0 4 1 25 50 7 14 59 0 0 35 5 14.3 15 2 13.3 40 2 5 75 12 16 TRUE TRUE 3 3 3.725067125 4 3 3 2 4 0 0 0 0 1 1 -0.725067125 1 NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 1.725067125 NA 1.75747619 1.75747619 1 0 0 1 4.704771055 4.704771055 1 0.990659898 0.990659898 1 1.504904762 1.504904762 1 1.563107527 1.563107527 1 0.940954211 0.940954211 1 1.132182741 1.132182741 1 8 16 1 1 0.001595918 0.000000895 1 0.002513772 0.019850499 0.017193422 6.46E-09 4.77E-15 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 242808532 G C C2orf85 CCDS42843.1 r.? - - upstream 12 0 0 5 0 0 9 0 0 8 1 12.5 49 4 8.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3.725067125 4 3 3 2 4 0 0 0 0 1 1 -0.725067125 1 NA NA 3 NA NA NA 0 NA NA NA 1.725067125 NA 0 0 1 0 0 1 2.352385527 2.352385527 1 0.580243655 0.580243655 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 1 1 1 1 0.039306956 1 0.000110643 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 20 140329 C T DEFB127 CCDS12991.1 r.? - - downstream 41 0 0 35 3 8.6 24 2 8.3 61 3 4.9 68 14 20.6 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 2 3 4 3 2 2 3 1 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.991047619 0.991047619 1 0.892473118 0.892473118 1 0.886606838 0.886606838 1 1.457685279 1.457685279 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000725791 1 0.006413403 1 0.003623631 1 5.84E-19 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 20 459308 C A CSNK2A1P CCDS13003.1 r.? - - downstream 25 0 0 25 0 0 25 0 0 39 0 0 53 11 20.8 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 2 3 4 3 2 2 3 1 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 1.471837563 1.471837563 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 3.07E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 20 2394187 T A TGM6 CCDS13025.1 r.? - - intronic 26 0 0 49 0 0 28 2 7.1 67 3 4.5 63 8 12.7 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 2 3 4 3 2 2 3 1 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0.76344086 0.76344086 1 0.814230769 0.814230769 1 0.898670051 0.898670051 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 1 1 0.008668191 1 0.004717431 1 1.18E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 20 2396634 G A TGM6 CCDS13025.1 r.? - - intronic 27 0 0 31 1 3.2 18 0 0 43 0 0 56 9 16.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 2 3 4 3 2 2 3 1 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.368761905 0.368761905 1 0 NA 0 0 0 1 1.139258883 1.139258883 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.143917729 1 1 1 1 1 1.2E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 20 5425956 A C - - - - - - 29 0 0 41 0 0 17 0 0 55 0 0 63 5 7.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 2 3 4 3 2 2 3 1 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 0.559015228 0.559015228 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.0000173 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 20 5517117 G C - - - - - - 34 0 0 30 2 6.7 32 0 0 53 0 0 63 6 9.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 2 3 4 3 2 2 3 1 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.772095238 0.772095238 1 0 NA 0 0 0 1 0.672233503 0.672233503 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.009909649 1 1 1 1 1 0.000000832 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 20 6010240 G A CRLS1 CCDS13096.1 r.? - - intronic 24 0 0 38 1 2.6 30 1 3.3 29 0 0 54 13 24.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 2 3 4 3 2 2 3 1 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.299619048 0.299619048 1 0.35483871 NA 0 0 NA 0 1.705350254 0.852675127 2 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.173434892 1 0.139615808 1 1 1 1.12E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 20 6213863 G A - - - - - - 20 0 0 18 2 11.1 12 1 8.3 30 0 0 39 8 20.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 2 3 4 3 2 2 3 1 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.279142857 1.279142857 1 0.892473118 0.892473118 1 0 0 1 1.450609137 1.450609137 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.003626632 1 0.058377193 1 1 1 2.09E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 20 6587692 T A - - - - - - 32 0 0 40 0 0 11 0 0 85 0 0 52 5 9.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 2 3 4 3 2 2 3 1 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0 NA 0 0.679309645 0.679309645 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.00000668 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 20 7856218 C T - - - - - - 30 0 0 35 0 0 19 0 0 50 0 0 93 6 6.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA FALSE FALSE 4 2 3 4 3 2 2 3 1 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 0.459949239 0.459949239 1 NA NA 1 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.00000821 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 20 7930060 G A - - - - - - 32 0 0 29 0 0 20 0 0 59 0 0 55 6 10.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 2 3 4 3 2 2 3 1 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 0.771299492 0.771299492 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000000367 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 20 8079845 C A - - - - - - 34 0 0 39 0 0 31 1 3.2 73 0 0 50 8 16 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 2 3 4 3 2 2 3 1 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0.344086022 NA 0 0 NA 0 1.132182741 1.132182741 1 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 0.143917729 1 1 1 1.74E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 20 8236533 G T PLCB1 CCDS13103.1 r.? - - intronic 48 0 0 34 0 0 18 0 0 63 0 0 69 9 13 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 2 3 4 3 2 2 3 1 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0 NA 0 0.919898477 0.919898477 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 8.45E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 20 9744712 C G PAK7 CCDS13107.1 r.? - - intronic 23 0 0 28 3 10.7 18 1 5.6 85 0 0 46 9 19.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 3 2 2 2 2 2 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.019047619 1.019047619 1 0.602150538 0.602150538 1 0 0 1 0.994923858 0.994923858 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.000372895 1 0.086275114 1 1 1 1.82E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 20 11856468 C A - - - - - - 37 0 0 26 6 23.1 24 3 12.5 67 2 3 41 6 14.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 3 2 2 2 2 2 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.2 1.1 2 1.344086022 1.344086022 1 0.542820513 0.542820513 1 0.741116751 0.741116751 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 3.3E-09 1 0.000233853 1 0.044622585 1 6.05E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 20 12847306 G A - - - - - - 37 0 0 43 0 0 14 0 0 76 0 0 64 7 10.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 3 2 2 2 2 2 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.553299492 0.553299492 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 3.78E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 20 12974824 C G - - - - - - 37 0 0 38 0 0 23 0 0 91 0 0 92 6 6.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 3 2 2 2 2 2 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.329949239 0.329949239 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.00000771 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 20 15086028 A T MACROD2 CCDS13120.2 r.? - - intronic 44 0 0 32 0 0 22 0 0 77 0 0 34 9 26.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 3 2 2 2 2 2 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.345177665 1.345177665 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 9.15E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 20 15708576 C T MACROD2 CCDS13120.2 r.? - - intronic 35 0 0 40 3 7.5 17 0 0 74 1 1.4 38 7 18.4 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 3 2 2 2 2 2 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.714285714 0.714285714 1 0 0 1 0.253316239 0.253316239 1 0.934010152 0.934010152 1 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.001075403 1 1 1 0.309906439 1 8.61E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 20 16788997 C A - - - - - - 37 0 0 36 3 8.3 16 0 0 76 2 2.6 50 10 20 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 3 2 2 2 2 2 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.79047619 0.79047619 1 0 0 1 0.470444444 0.470444444 1 1.015228426 1.015228426 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000788827 1 1 1 0.055865747 1 8.36E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 20 22593213 A C - - - - - - 33 0 0 33 2 6.1 22 1 4.5 49 0 0 57 13 22.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 3 2 2 2 2 2 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.580952381 0.580952381 1 0.483870968 0.483870968 1 0 0 1 1.157360406 1.157360406 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.011909843 1 0.104413009 1 1 1 2.44E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 20 24274239 C T - - - - - - 36 0 0 34 0 0 14 0 0 64 0 0 49 5 10.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 3 2 2 2 2 2 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.517766497 0.517766497 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.00000496 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 20 30022365 G A - - - - - - 36 0 0 61 2 3.3 36 0 0 47 0 0 114 12 10.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 7 8.113372366 7 6 7 4 7 0 0 0 0 1 1 -3.113372366 1 NA NA 5 NA NA NA 0 NA NA NA 4.113372366 NA 0.446285714 0.446285714 1 0 0 1 0 NA 0 1.057994924 1.057994924 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.037660755 1 1 1 1 1 8.42E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 20 30328381 C T TPX2 CCDS13190.1 r.? - - intronic 32 0 0 37 1 2.7 30 0 0 98 2 2 64 7 10.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 7 8.113372366 7 6 7 4 7 0 0 0 0 1 1 -3.113372366 1 NA NA 5 NA NA NA 0 NA NA NA 4.113372366 NA 0.365142857 0.365142857 1 0 0 1 0.464147789 NA 0 1.098299492 1.098299492 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.169281299 1 1 1 0.086801297 1 3.78E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 20 30344958 C A TPX2 CCDS13190.1 r.? - - intronic 28 0 0 42 3 7.1 23 1 4.3 62 0 0 67 14 20.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 7 8.113372366 7 6 7 4 7 0 0 0 0 1 1 -3.113372366 1 NA NA 5 NA NA NA 0 NA NA NA 4.113372366 NA 0.960190476 0.960190476 1 0.677365591 0.677365591 1 0 NA 0 2.105913706 1.052956853 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.001240292 1 0.108890944 1 1 1 4.66E-19 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 20 30537424 T C TTLL9 CCDS42863.1 r.? - - downstream 32 0 0 49 0 0 28 1 3.6 68 0 0 116 9 7.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 7 8.113372366 7 6 7 4 7 0 0 0 0 1 1 -3.113372366 1 NA NA 5 NA NA NA 0 NA NA NA 4.113372366 NA 0 NA 0 0.567096774 0.567096774 1 0 NA 0 0.785939086 0.785939086 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 0.130947004 1 1 1 9.2E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 20 30629870 T C - - - - - - 36 0 0 49 3 6.1 34 0 0 87 0 0 97 9 9.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 7 8.113372366 7 6 7 4 7 0 0 0 0 1 1 -3.113372366 1 NA NA 5 NA NA NA 0 NA NA NA 4.113372366 NA 0.824952381 0.824952381 1 0 0 1 0 NA 0 0.937081218 0.937081218 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.001939399 1 1 1 1 1 1.88E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 20 30666727 G T HCK CCDS33460.1 r.? - - intronic 30 0 0 50 3 6 28 2 7.1 69 4 5.8 87 8 9.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 7 8.113372366 7 6 7 4 7 0 0 0 0 1 1 -3.113372366 1 NA NA 5 NA NA NA 0 NA NA NA 4.113372366 NA 0.811428571 0.811428571 1 1.11844086 1.11844086 1 1.346028589 1.346028589 1 0.927005076 0.927005076 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.002055544 1 0.008668191 1 0.000416985 1 1.61E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 20 30711155 C G TM9SF4 CCDS13196.2 r.? - - intronic 18 0 0 19 0 0 16 0 0 43 0 0 62 5 8.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 7 8.113372366 7 6 7 4 7 0 0 0 0 1 1 -3.113372366 1 NA NA 5 NA NA NA 0 NA NA NA 4.113372366 NA 0 NA 0 0 0 1 0 NA 0 0.816167513 0.816167513 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000016 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 20 31230396 C T - - - - - - 40 0 0 48 4 8.3 23 1 4.3 32 0 0 86 7 8.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 7 8.113372366 7 6 7 4 7 0 0 0 0 1 1 -3.113372366 1 NA NA 5 NA NA NA 0 NA NA NA 4.113372366 NA 1.12247619 1.12247619 1 0.677365591 0.677365591 1 0 NA 0 0.816167513 0.816167513 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.000102016 1 0.108890944 1 1 1 0.000000297 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 20 32186376 C T CBFA2T2 CCDS13221.1 r.? - - intronic 26 0 0 37 0 0 31 0 0 78 1 1.3 75 6 8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 7 8.113372366 7 6 7 4 7 0 0 0 0 1 1 -3.113372366 1 NA NA 5 NA NA NA 0 NA NA NA 4.113372366 NA 0 NA 0 0 0 1 0.301696063 NA 0 0.806091371 0.806091371 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.323605141 1 0.00000234 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 20 32670193 C A RALY CCDS13229.1 r.? - - downstream 30 0 0 42 0 0 26 0 0 61 0 0 86 11 12.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 7 8.113372366 7 6 7 4 7 0 0 0 0 1 1 -3.113372366 1 NA NA 5 NA NA NA 0 NA NA NA 4.113372366 NA 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 1.289746193 1.289746193 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 8.47E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 20 32785732 T G - - - - - - 31 0 0 30 0 0 27 0 0 60 0 0 50 13 26 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 7 8.113372366 3 6 7 4 3 0 0 0 0 1 1 -3.113372366 1 NA NA 5 NA NA NA 0 NA NA NA 4.113372366 NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.579796954 1.579796954 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 3.65E-19 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 20 36694533 T C RPRD1B CCDS13301.1 r.1108u>c c.706T>C p.L236L silent 30 0 0 54 2 3.7 21 0 0 71 3 4.2 77 10 13 245 0 0 710 28 3.9 138 6 4.3 492 40 8.1 730 116 15.9 TRUE TRUE 5 3 2 5 4 3 2 4 1 0 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.463380952 0.463380952 1 0 0 1 0.717948718 0.717948718 1 1.049898477 1.049898477 1 0.488428571 0.488428571 1 0.505365591 0.505365591 1 1.384615385 0.692307692 2 1.284106599 1.284106599 1 8 9 1 1 0.030129377 1.81E-16 1 0.0000764 0.00554578 1.14E-34 7.9E-12 1.49E-131 YES 1_1 0_1 1_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b 20 37926143 G A - - - - - - 36 0 0 50 4 8 22 1 4.5 66 2 3 82 7 8.5 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 1 0 0 TRUE FALSE 5 3 2 5 4 3 2 4 1 0 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.001904762 1.001904762 1 0.528870968 0.528870968 1 0.512820513 0.512820513 1 0.686472081 0.686472081 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 0 0 0 1 8 NA 1 1 0.000119787 1 0.104413009 1 0.043431387 1 0.000000214 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 20 37929671 G C - - - - - - 28 0 0 38 2 5.3 24 3 12.5 64 2 3.1 65 7 10.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 3 2 5 4 3 2 4 1 0 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.663761905 0.663761905 1 1.469086022 1.469086022 1 0.52991453 0.52991453 1 0.87222335 0.87222335 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.015598339 1 0.000233853 1 0.041085601 1 4.22E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 20 37931153 G C - - - - - - 32 0 0 46 4 8.7 27 2 7.4 64 1 1.6 87 8 9.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 3 2 5 4 3 2 4 1 0 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.089571429 1.089571429 1 0.869698925 0.869698925 1 0.273504274 NA 0 0.743005076 0.743005076 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.0000862 1 0.00807567 1 0.274433592 1 1.61E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 20 37932903 G C - - - - - - 31 0 0 35 2 5.7 28 3 10.7 100 2 2 75 10 13.3 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 3 2 5 4 3 2 4 1 0 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.713857143 0.713857143 1 1.257537634 1.257537634 1 0.341880342 NA 0 1.074126904 1.074126904 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.013332991 1 0.000372895 1 0.089822309 1 6.02E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 20 37933072 G C - - - - - - 25 0 0 59 3 5.1 21 0 0 95 4 4.2 83 7 8.4 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 3 2 5 4 3 2 4 1 0 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.638714286 0.638714286 1 0 0 1 0.717948718 0.717948718 1 0.678395939 0.678395939 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.003297476 1 1 1 0.001385533 1 0.000000233 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 20 38047381 A C - - - - - - 37 0 0 47 0 0 30 0 0 74 0 0 64 7 10.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 3 2 5 4 3 2 4 1 0 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 0.880299492 0.880299492 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 3.78E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 20 38133593 G T - - - - - - 27 0 0 47 0 0 28 0 0 83 0 0 74 9 12.2 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 3 2 5 4 3 2 4 1 0 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 0.98528934 0.98528934 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.61E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 20 38339972 G C - - - - - - 42 0 0 43 3 7 21 0 0 74 0 0 82 13 15.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 3 2 5 4 3 2 4 1 0 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.876666667 0.876666667 1 0 0 1 0 NA 0 1.284106599 1.284106599 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.001328364 1 1 1 1 1 3.95E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 20 38600152 T C - - - - - - 37 0 0 40 0 0 23 0 0 71 0 0 88 13 14.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 3 2 5 4 3 2 4 1 0 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 1.195269036 1.195269036 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.03E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 20 38824536 G A - - - - - - 19 0 0 22 0 0 14 0 0 57 0 0 52 9 17.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.461268794 3.417766709 2 4 2 2 2 3 1 1 0 1 0.538731206 0.582233291 1 1 3 3 NA NA 1 1 NA NA 0.461268794 0.417766709 NA NA 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 1.224172589 1.224172589 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 5.92E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 20 41075690 C T PTPRT CCDS42874.1 r.? - - intronic 39 0 0 49 2 4.1 31 3 9.7 71 0 0 78 7 9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.461268794 3.417766709 2 4 2 2 2 3 1 1 0 1 0.538731206 0.582233291 1 1 3 3 NA NA 1 1 NA NA 0.461268794 0.417766709 NA NA 0.450388211 0.450388211 1 1.180534123 1.180534123 1 0 NA 0 0.636852792 0.636852792 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.025168485 1 0.000505952 1 1 1 0.000000151 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 20 41251640 C T PTPRT CCDS42874.1 r.? - - intronic 47 0 0 48 0 0 23 0 0 63 0 0 78 6 7.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA FALSE FALSE 3.461268794 3.417766709 2 4 2 2 2 3 1 1 0 1 0.538731206 0.582233291 1 1 3 3 NA NA 1 1 NA NA 0.461268794 0.417766709 NA NA 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 0.544862944 0.544862944 1 NA NA 1 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.00000295 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 20 42131364 G T L3MBTL ENST00000418998 r.? - - upstream 39 0 0 41 0 0 33 0 0 65 0 0 83 13 15.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.461268794 3.417766709 2 4 2 2 2 3 1 1 0 1 0.538731206 0.582233291 1 1 3 3 NA NA 1 1 NA NA 0.461268794 0.417766709 NA NA 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 1.110954315 1.110954315 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 4.66E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 20 42773610 G T JPH2 CCDS13325.1 r.? - - intronic 34 0 0 40 4 10 18 2 11.1 35 1 2.9 51 6 11.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.461268794 3.417766709 2 3 2 2 2 2 1 1 0 1 0.538731206 0.582233291 1 1 3 3 NA NA 1 1 NA NA 0.461268794 0.417766709 NA NA 1.098507832 1.098507832 1 1.350920492 1.350920492 1 0.495726496 NA 0 0.716984772 0.716984772 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.0000495 1 0.003626632 1 0.16091139 1 0.000000232 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 20 42773684 G C JPH2 CCDS13325.1 r.? - - intronic 38 0 0 28 2 7.1 28 1 3.6 37 2 5.4 48 7 14.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.461268794 3.417766709 2 3 2 2 2 2 1 1 0 1 0.538731206 0.582233291 1 1 3 3 NA NA 1 1 NA NA 0.461268794 0.417766709 NA NA 0.779940561 0.779940561 1 0.438136376 0.438136376 1 0.923076923 0.923076923 1 0.887116751 0.887116751 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.008668191 1 0.130947004 1 0.014826063 1 4.81E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 20 43532379 G C YWHAB CCDS13339.1 r.? - - intronic 32 0 0 42 0 0 29 0 0 90 0 0 85 9 10.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.461268794 3.417766709 2 5.335495416 2 2 2 4 1 1 0 1 0.538731206 0.582233291 1 0.664504584 3 3 NA 5 1 1 NA 1 0.461268794 0.417766709 NA 0.335495416 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 0.89163358 0.89163358 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 5.71E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 20 44184110 T G WFDC8 CCDS13361.1 r.? - - intronic 48 0 0 46 0 0 29 0 0 77 0 0 77 7 9.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.461268794 3.417766709 2 5.335495416 2 2 2 4 1 1 0 1 0.538731206 0.582233291 1 0.664504584 3 3 NA 5 1 1 NA 1 0.461268794 0.417766709 NA 0.335495416 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 0.765459017 0.765459017 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000000138 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 20 44426115 C A DNTTIP1 CCDS13369.1 r.? - - intronic 32 0 0 49 0 0 21 0 0 72 0 0 58 9 15.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA FALSE FALSE 3.461268794 3.417766709 2 5.335495416 2 2 2 4 1 1 0 1 0.538731206 0.582233291 1 0.664504584 3 3 NA 5 1 1 NA 1 0.461268794 0.417766709 NA 0.335495416 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 1.30380382 1.30380382 1 NA NA 1 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.67E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 20 44489813 G A ZSWIM3 CCDS13381.1 r.? - - intronic 32 0 0 42 3 7.1 21 1 4.8 67 5 7.5 72 16 22.2 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.461268794 3.417766709 2 5.335495416 2 2 2 4 1 1 0 1 0.538731206 0.582233291 1 0.664504584 3 3 NA 5 1 1 NA 1 0.461268794 0.417766709 NA 0.335495416 0.779940561 0.779940561 1 0.584181834 0.584181834 1 1.282051282 1.282051282 1 1.867383536 0.933691768 2 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.001240292 1 0.099912572 1 0.0000233 1 4.82E-22 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 20 46365945 G A SULF2 CCDS13408.1 r.? - - intronic 26 0 0 21 0 0 18 1 5.6 30 0 0 42 8 19 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.461268794 3.417766709 2 3 2 2 2 2 1 1 0 1 0.538731206 0.582233291 1 1 3 3 NA NA 1 1 NA NA 0.461268794 0.417766709 NA NA 0 0 1 0.681545473 0.681545473 1 0 NA 0 1.154467005 1.154467005 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 0.086275114 1 1 1 3.96E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 20 47022728 G A - - - - - - 38 0 0 29 2 6.9 17 1 5.9 36 1 2.8 59 13 22 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.461268794 3.417766709 2 3 2 2 2 2 1 1 0 1 0.538731206 0.582233291 1 1 3 3 NA NA 1 1 NA NA 0.461268794 0.417766709 NA NA 0.757970404 0.757970404 1 0.718056838 0.718056838 1 0.478632479 NA 0 1.336751269 1.336751269 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.009279585 1 0.081683532 1 0.165106833 1 3.99E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 20 48108607 T C - - - - - - 29 0 0 33 0 0 15 0 0 56 0 0 61 7 11.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.461268794 3.417766709 2 3 2 2 2 2 1 1 0 1 0.538731206 0.582233291 1 1 3 3 NA NA 1 1 NA NA 0.461268794 0.417766709 NA NA 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 0.698756345 0.698756345 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.69E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 20 48566815 C G RNF114 CCDS33482.1 r.? - - intronic 36 0 0 45 0 0 25 0 0 44 0 0 90 8 8.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 8 2 6.58868088 5 6 2 5 1 2 0 1 1 1 1 0.41131912 NA NA NA 6 NA NA NA 1 NA NA NA 0.58868088 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 0.860169248 0.860169248 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000000021 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 20 49226727 T A FAM65C CCDS13431.2 r.? - - intronic 13 0 0 24 2 8.3 12 0 0 4 0 0 32 5 15.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 8 7 6.58868088 5 6 7 5 1 2 0 1 1 1 1 0.41131912 NA NA NA 6 NA NA NA 1 NA NA NA 0.58868088 1.12247619 1.12247619 1 0 0 1 0 NA 0 1.50771239 1.50771239 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.006413403 1 1 1 1 1 0.000000562 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 20 49491543 C T BCAS4 CCDS33487.1 r.? - - intronic 25 0 0 44 1 2.3 22 1 4.5 8 0 0 97 7 7.2 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 8 7 6.58868088 5 6 7 5 1 2 0 1 1 1 1 0.41131912 NA NA NA 6 NA NA NA 1 NA NA NA 0.58868088 0.311047619 0.311047619 1 0.753870968 0.753870968 1 0 NA 0 0.695867257 0.695867257 1 NA NA 0 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.197923942 1 0.104413009 1 1 1 0.000000677 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 20 49641704 G A KCNG1 CCDS13436.1 r.? - - upstream 28 0 0 23 3 13 18 1 5.6 38 0 0 66 11 16.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 8 7 6.58868088 5 6 7 5 1 2 0 1 1 1 1 0.41131912 NA NA NA 6 NA NA NA 1 NA NA NA 0.58868088 1.758095238 1.758095238 1 0.938150538 0.938150538 1 0 NA 0 1.614025443 1.614025443 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.000205387 1 0.086275114 1 1 1 4.07E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 20 51276190 A T - - - - - - 23 0 0 50 0 0 32 0 0 107 0 0 129 7 5.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 8 7 8 5 6 7 7 1 2 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0 NA 0 0.598111675 0.598111675 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.00000458 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 20 51291629 C G - - - - - - 29 0 0 35 0 0 34 0 0 90 0 0 114 12 10.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 8 7 8 5 6 7 7 1 2 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0 NA 0 1.162994924 1.162994924 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 8.42E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 20 51321728 A G - - - - - - 36 0 0 44 0 0 35 0 0 111 2 1.8 103 7 6.8 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 8 7 8 5 6 7 7 1 2 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0.397692308 NA 0 0.753177665 0.753177665 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.106960682 1 0.00000102 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 20 51333056 C T - - - - - - 24 0 0 59 3 5.1 25 1 4 106 4 3.8 119 14 11.8 0 0 NA 1 1 100 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 8 7 8 5 6 7 7 1 2 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.689714286 0.689714286 1 0.670107527 0.670107527 1 0.83957265 0.83957265 1 1.306984772 1.306984772 1 13.52380952 13.52380952 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.003297476 0.005 0.117779757 1 0.002070303 1 2.21E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 20 51631011 A T TSHZ2 CCDS33490.1 r.? - - intronic 28 0 0 67 0 0 34 0 0 112 0 0 161 11 6.8 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 8 7 8 5 6 7 7 1 2 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0 NA 0 0.753177665 0.753177665 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 8.17E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 20 51678172 G A TSHZ2 CCDS33490.1 r.? - - intronic 25 0 0 39 0 0 28 0 0 79 0 0 74 10 13.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 8 7 8 5 6 7 7 1 2 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0 NA 0 1.495279188 1.495279188 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 5.24E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 20 52234492 C T - - - - - - 28 0 0 41 0 0 21 0 0 78 0 0 74 9 12.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 8 7 8 5 6 7 7 1 2 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0 NA 0 1.35128934 1.35128934 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.61E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 20 53358731 C T - - - - - - 30 0 0 38 0 0 18 0 0 64 2 3.1 59 16 27.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 1 3.72642084 4.287562082 2 1 0 3 1 0 0 1 1 1 -2.72642084 0.712437918 NA NA 1 4 NA NA 0 1 NA NA 3.72642084 0.287562082 0 0 1 0 0 1 0.583433576 0.583433576 1 1.995563842 0.997781921 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 1 1 0.041085601 1 1.37E-23 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 20 53370905 G T - - - - - - 35 0 0 43 0 0 17 0 0 68 0 0 57 6 10.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 1 3.72642084 4.287562082 2 1 0 3 1 0 0 1 1 1 -2.72642084 0.712437918 NA NA 1 4 NA NA 0 1 NA NA 3.72642084 0.287562082 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 0.773188943 0.773188943 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000000456 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 20 53689154 G A - - - - - - 21 0 0 41 3 7.3 41 2 4.9 102 3 2.9 108 6 5.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 1 3.72642084 4.287562082 2 1 0 3 1 0 0 1 1 1 -2.72642084 0.712437918 NA NA 1 4 NA NA 0 1 NA NA 3.72642084 0.287562082 0.768238095 0.768238095 1 0.47788172 0.47788172 1 0.5457927 0.5457927 1 0.412367436 1.434011858 0.287562082 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.001155993 1 0.018015855 1 0.014865828 1 0.0000193 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 20 54244929 C A - - - - - - 41 0 0 33 4 12.1 16 2 12.5 36 4 11.1 59 6 10.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 3 1 3.72642084 4.287562082 2 1 0 3 1 0 0 1 1 1 -2.72642084 0.712437918 NA NA 1 4 NA NA 0 1 NA NA 3.72642084 0.287562082 1.273380952 1.273380952 1 1.219086022 1.219086022 1 2.089068611 2.089068611 1 0.75109783 0.75109783 1 NA NA 1 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.0000228 1 0.002863359 1 0.0000324 1 0.000000561 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 20 54244937 C T - - - - - - 37 0 0 33 4 12.1 16 2 12.5 38 2 5.3 61 6 9.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 3 1 3.72642084 4.287562082 2 1 0 3 1 0 0 1 1 1 -2.72642084 0.712437918 NA NA 1 4 NA NA 0 1 NA NA 3.72642084 0.287562082 1.273380952 1.273380952 1 1.219086022 1.219086022 1 0.99748321 0.99748321 1 0.721643013 0.721643013 1 NA NA 1 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.0000228 1 0.002863359 1 0.015598339 1 0.000000685 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 20 54244954 C T - - - - - - 41 0 0 29 2 6.9 14 1 7.1 44 1 2.3 55 5 9.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA FALSE FALSE 3 1 3.72642084 4.287562082 2 1 0 3 1 0 0 1 1 1 -2.72642084 0.712437918 NA NA 1 4 NA NA 0 1 NA NA 3.72642084 0.287562082 0.726142857 0.726142857 1 0.69244086 0.69244086 1 0.432870072 NA 0 0.670097084 0.670097084 1 NA NA 1 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.009279585 1 0.067769881 1 0.197923942 1 0.00000883 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 20 54322137 T A - - - - - - 31 0 0 41 0 0 20 0 0 75 0 0 81 14 17.3 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 1 3.72642084 4.287562082 2 1 0 3 1 0 0 1 1 1 -2.72642084 0.712437918 NA NA 1 4 NA NA 0 1 NA NA 3.72642084 0.287562082 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 1.273920829 1.273920829 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 8.14E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 20 54322138 C A - - - - - - 31 0 0 41 0 0 21 1 4.8 76 1 1.3 81 14 17.3 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 1 3.72642084 4.287562082 2 1 0 3 1 0 0 1 1 1 -2.72642084 0.712437918 NA NA 1 4 NA NA 0 1 NA NA 3.72642084 0.287562082 0 0 1 0.468129032 0.468129032 1 0.244665693 NA 0 1.273920829 1.273920829 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 0.099912572 1 0.316790122 1 8.14E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 20 54333412 C G - - - - - - 38 0 0 33 0 0 19 0 0 72 0 0 74 9 12.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 1 3.72642084 4.287562082 2 1 0 3 1 0 0 1 1 1 -2.72642084 0.712437918 NA NA 1 4 NA NA 0 1 NA NA 3.72642084 0.287562082 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 0.898371914 0.898371914 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.61E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 20 54792933 A G - - - - - - 43 0 0 38 0 0 25 0 0 83 0 0 65 7 10.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 1 3.72642084 4.287562082 2 1 0 3 1 0 0 1 1 1 -2.72642084 0.712437918 NA NA 1 4 NA NA 0 1 NA NA 3.72642084 0.287562082 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 0.795280055 0.795280055 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 4.22E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 20 56730889 C T C20orf85 CCDS13465.1 r.? - - intronic 45 0 0 35 0 0 26 0 0 40 0 0 62 13 21 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 1 3.72642084 4.287562082 2 1 0 3 1 0 0 1 1 1 -2.72642084 0.712437918 NA NA 1 4 NA NA 0 1 NA NA 3.72642084 0.287562082 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 1.546377885 1.546377885 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 8.08E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 20 58284053 C T PHACTR3 CCDS13480.1 r.? - - intronic 33 0 0 39 2 5.1 33 3 9.1 76 0 0 75 11 14.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 1 3.72642084 4.287562082 2 1 0 3 1 0 0 1 1 1 -2.72642084 0.712437918 NA NA 1 4 NA NA 0 1 NA NA 3.72642084 0.287562082 0.536714286 0.536714286 1 0.887494624 0.887494624 1 0 NA 0 1.08246452 1.08246452 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.016387522 1 0.000609557 1 1 1 1.78E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 20 59090971 C T ENSG00000237240 ENST00000456299 r.? - - upstream 30 0 0 21 2 9.5 16 2 12.5 72 4 5.6 58 11 19 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 1 3.72642084 4.287562082 2 1 0 3 1 0 0 1 1 1 -2.72642084 0.712437918 NA NA 1 4 NA NA 0 1 NA NA 3.72642084 0.287562082 0.999761905 0.999761905 1 1.219086022 1.219086022 1 1.053944524 1.053944524 1 1.399103801 1.399103801 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.004928472 1 0.002863359 1 0.000490365 1 8.96E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 20 59556557 G A - - - - - - 30 0 0 42 0 0 22 0 0 59 3 5.1 68 7 10.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 1 3.72642084 4.287562082 2 1 0 3 1 0 0 1 1 1 -2.72642084 0.712437918 NA NA 1 4 NA NA 0 1 NA NA 3.72642084 0.287562082 0 0 1 0 0 1 0.959842335 0.959842335 1 0.758461534 0.758461534 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 1 1 0.003297476 1 0.000000058 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 20 59690026 G A - - - - - - 27 0 0 27 0 0 16 0 0 28 0 0 51 6 11.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 1 3.72642084 4.287562082 2 1 0 3 1 0 0 1 1 1 -2.72642084 0.712437918 NA NA 1 4 NA NA 0 1 NA NA 3.72642084 0.287562082 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 0.868917097 0.868917097 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000000232 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 20 59945809 G C CDH4 CCDS13488.1 r.? - - intronic 26 0 0 38 0 0 21 0 0 36 0 0 66 8 12.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 1 3.72642084 4.287562082 2 1 0 3 1 0 0 1 1 1 -2.72642084 0.712437918 NA NA 1 4 NA NA 0 1 NA NA 3.72642084 0.287562082 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 0.89100821 0.89100821 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.73E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 20 60437126 G A CDH4 CCDS13488.1 r.? - - intronic 25 0 0 32 3 9.4 16 0 0 7 0 0 54 6 11.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA FALSE FALSE 3 1 3.72642084 4.287562082 2 1 0 3 1 0 0 1 1 1 -2.72642084 0.712437918 NA NA 1 4 NA NA 0 1 NA NA 3.72642084 0.287562082 0.989238095 0.989238095 1 0 0 1 0 NA 0 0.817371168 0.817371168 1 NA NA 1 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.000556213 1 1 1 1 1 0.000000329 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 20 60611200 C G MIR1257 CCDS33500.1 r.? - - intronic 32 0 0 39 0 0 26 0 0 19 0 0 75 12 16 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 1 3.72642084 4.287562082 2 1 0 3 1 0 0 1 1 1 -2.72642084 0.712437918 NA NA 1 4 NA NA 0 1 NA NA 3.72642084 0.287562082 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 1.178192674 1.178192674 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 4.77E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 20 60933274 G A LAMA5 CCDS33502.1 r.? - - intronic 27 0 0 20 0 0 11 0 0 9 0 0 75 11 14.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 1 3.72642084 4.287562082 2 1 0 3 1 0 0 1 1 1 -2.72642084 0.712437918 NA NA 1 4 NA NA 0 1 NA NA 3.72642084 0.287562082 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 1.08246452 1.08246452 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.78E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 20 60951127 C A - - - - - - 28 0 0 31 0 0 16 0 0 19 0 0 80 9 11.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 1 3.72642084 4.287562082 2 1 0 3 1 0 0 1 1 1 -2.72642084 0.712437918 NA NA 1 4 NA NA 0 1 NA NA 3.72642084 0.287562082 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 0.824734872 0.824734872 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 3.29E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 20 60951414 C G - - - - - - 37 0 0 29 0 0 12 0 0 16 0 0 75 8 10.7 18 0 0 12 0 0 1 0 0 29 0 0 35 3 8.6 FALSE FALSE 3 1 3.72642084 4.287562082 2 1 0 3 1 0 0 1 1 1 -2.72642084 0.712437918 NA NA 1 4 NA NA 0 1 NA NA 3.72642084 0.287562082 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 0.787916351 0.787916351 1 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 0.633278562 0.633278562 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 4.89E-09 0.000725791 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 20 61266524 G A - - - - - - 35 0 0 24 0 0 20 0 0 11 0 0 91 10 11 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 1 3.72642084 4.287562082 2 1 0 3 1 0 0 1 1 1 -2.72642084 0.712437918 NA NA 1 4 NA NA 0 1 NA NA 3.72642084 0.287562082 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 0.810007464 0.810007464 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 4.34E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 20 61385021 G T NTSR1 CCDS13502.1 r.? - - intronic 35 0 0 37 0 0 12 0 0 15 0 0 67 7 10.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 1 3.72642084 4.287562082 2 1 0 3 1 0 0 1 1 1 -2.72642084 0.712437918 NA NA 1 4 NA NA 0 1 NA NA 3.72642084 0.287562082 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 0.765825238 0.765825238 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 5.23E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 20 61385606 G C NTSR1 CCDS13502.1 r.? - - intronic 32 0 0 32 0 0 19 0 0 18 0 0 66 7 10.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 1 3.72642084 4.287562082 2 1 0 3 1 0 0 1 1 1 -2.72642084 0.712437918 NA NA 1 4 NA NA 0 1 NA NA 3.72642084 0.287562082 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 0.780552647 0.780552647 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000000047 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 20 61385816 G C NTSR1 CCDS13502.1 r.? - - intronic 24 0 0 33 0 0 13 0 0 13 0 0 55 5 9.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 1 3.72642084 4.287562082 2 1 0 3 1 0 0 1 1 1 -2.72642084 0.712437918 NA NA 1 4 NA NA 0 1 NA NA 3.72642084 0.287562082 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 0.670097084 0.670097084 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.00000883 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 20 62001293 C T - - - - - - 25 0 0 31 1 3.2 10 1 10 11 2 18.2 73 7 9.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 1 3.72642084 4.287562082 2 1 0 3 1 0 0 1 1 1 -2.72642084 0.712437918 NA NA 1 4 NA NA 0 1 NA NA 3.72642084 0.287562082 0.336761905 0.336761905 1 0.975268817 0.975268817 1 3.425319704 3.425319704 1 0.706915605 0.706915605 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.143917729 1 0.04888987 1 0.001334363 1 9.54E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 20 62036046 C T KCNQ2 CCDS13520.1 r.? - - downstream 28 0 0 32 4 12.5 9 0 0 10 1 10 51 8 15.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 1 3.72642084 4.287562082 2 1 0 3 1 0 0 1 1 1 -2.72642084 0.712437918 NA NA 1 4 NA NA 0 1 NA NA 3.72642084 0.287562082 1.31547619 1.31547619 1 0 0 1 1.882043793 1.882043793 1 1.156101562 1.156101562 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.0000201 1 1 1 0.04888987 1 2.05E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 20 62681334 T C ZNF512B CCDS13548.1 r.? - - upstream 18 0 0 21 0 0 5 0 0 11 0 0 50 5 10 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 1 3.72642084 4.287562082 2 1 0 3 1 0 0 1 1 1 -2.72642084 0.712437918 NA NA 1 4 NA NA 0 1 NA NA 3.72642084 0.287562082 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 0.736370421 0.736370421 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.00000549 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 20 62911982 G C PCMTD2 CCDS13559.1 r.? - - downstream 26 0 0 29 1 3.4 14 0 0 26 0 0 60 12 20 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 1 3.72642084 4.287562082 2 1 0 3 1 0 0 1 1 1 -2.72642084 0.712437918 NA NA 1 4 NA NA 0 1 NA NA 3.72642084 0.287562082 0.357809524 0.357809524 1 0 0 1 0 NA 0 1.472740843 1.472740843 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.135292269 1 1 1 1 1 2.74E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 14522004 G A - - - - - - 23 0 0 67 6 9 32 3 9.4 82 1 1.2 124 20 16.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 8 7 10 4 6 4 8 3 2 3 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.397142857 1.397142857 1 1.480752688 1.480752688 1 0.301128205 0.301128205 1 1.139258883 1.139258883 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.0000012 1 0.000556213 1 0.337031917 1 3.49E-24 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 14589975 A T - - - - - - 35 0 0 88 0 0 45 0 0 143 0 0 136 6 4.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA FALSE FALSE 8 7 10 4 6 4 8 3 2 3 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 0.311350254 0.311350254 1 NA NA 0 NA NA 0 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.0000705 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 14677037 G C - - - - - - 34 0 0 74 0 0 32 0 0 119 0 0 144 6 4.2 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 8 7 10 4 6 4 8 3 2 3 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 0.29719797 0.29719797 1 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.0000966 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 14946808 G A - - - - - - 43 0 0 68 1 1.5 37 0 0 117 0 0 163 8 4.9 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 8 7 10 4 6 4 8 3 2 3 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.232857143 0.232857143 1 0 NA 0 0 0 1 0.346730964 0.346730964 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.288836448 1 1 1 1 1 0.00000204 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 14958469 C A - - - - - - 27 0 0 86 0 0 38 0 0 128 0 0 140 9 6.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA FALSE FALSE 8 7 10 4 6 4 8 3 2 3 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 0.452873096 0.452873096 1 NA NA 0 NA NA 0 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 4.75E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 15327904 C T - - - - - - 28 0 0 68 3 4.4 33 2 6.1 142 1 0.7 141 10 7.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 8 7 10 4 6 4 8 3 2 3 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.683047619 0.683047619 1 0.960913978 0.960913978 1 0.17565812 0.17565812 1 0.502406091 0.502406091 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.004916956 1 0.011909843 1 0.509230612 1 3.32E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 15350379 C T - - - - - - 23 0 0 70 0 0 35 0 0 100 0 0 175 20 11.4 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 8 7 10 4 6 4 8 3 2 3 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.806680203 0.806680203 1 0 NA 0 NA NA 0 0 0 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 4.39E-21 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 15556681 C T LIPI CCDS13564.1 r.? - - intronic 20 0 0 45 1 2.2 27 4 14.8 81 1 1.2 133 14 10.5 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 8 7 10 4 6 4 8 3 2 3 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.34152381 0.34152381 1 2.331397849 2.331397849 1 0.301128205 0.301128205 1 0.742994924 0.742994924 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.201934322 1 0.00001 1 0.333700419 1 1.07E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 15856066 C A SAMSN1 CCDS42906.1 r.? - - downstream 30 0 0 73 1 1.4 30 1 3.3 106 0 0 133 15 11.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 8 7 10 4 6 4 8 3 2 3 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.217333333 0.217333333 1 0.51983871 0.51983871 1 0 0 1 0.799604061 0.799604061 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.306438632 1 0.139615808 1 1 1 4.26E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 15965146 T C ENSG00000243440 ENST00000435732 r.? - - intronic 35 0 0 69 0 0 35 0 0 113 0 0 140 12 8.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 8 7 10 4 6 4 8 3 2 3 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.608548223 0.608548223 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 9.85E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 16288205 C A - - - - - - 35 0 0 71 2 2.8 28 1 3.6 111 3 2.7 125 8 6.4 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 8 7 10 4 6 4 8 3 2 3 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.434666667 0.434666667 1 0.567096774 NA 0 0.677538462 0.677538462 1 0.452873096 0.452873096 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.04950591 1 0.130947004 1 0.018583229 1 0.000000273 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 16695591 C A - - - - - - 34 0 0 77 0 0 41 0 0 103 0 0 151 11 7.3 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 8 7 10 4 6 4 8 3 2 3 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.516558376 0.516558376 1 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 4.13E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 17012932 C T - - - - - - 38 0 0 60 0 0 40 0 0 82 0 0 164 13 7.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 8 7 10 4 6 4 8 3 2 3 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.559015228 0.559015228 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 3.7E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 17137714 G T USP25 CCDS33515.1 r.? - - intronic 49 0 0 86 0 0 42 0 0 121 0 0 159 10 6.3 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 8 7 10 4 6 4 8 3 2 3 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.445796954 0.445796954 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.06E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 17336122 C G - - - - - - 26 0 0 81 0 0 32 0 0 120 0 0 148 7 4.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 8 7 10 4 6 4 8 3 2 3 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.33257868 0.33257868 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.0000113 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 17416941 T A - - - - - - 41 0 0 92 0 0 28 0 0 116 0 0 184 13 7.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 8 7 10 4 6 4 8 3 2 3 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.502406091 0.502406091 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.59E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 17933569 A G - - - - - - 33 0 0 71 0 0 32 0 0 125 0 0 140 7 5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 8 7 10 12 6 4 8 7 2 3 2 5 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 NA 0 0 0 1 0.753807107 0.753807107 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.00000785 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 17941249 C T - - - - - - 21 0 0 52 3 5.8 34 3 8.8 107 0 0 141 20 14.2 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 8 7 10 12 6 4 8 7 2 3 2 5 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.900380952 0.900380952 1 1.386236559 1.386236559 1 0 0 1 2.140812183 1.070406091 2 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.002300591 1 0.000666058 1 1 1 5.16E-23 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 18089087 C G - - - - - - 34 0 0 70 2 2.9 35 1 2.9 119 5 4.2 120 7 5.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 13 7 10 12 8 4 8 7 5 3 2 5 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.595190476 0.595190476 1 0.456827957 NA 0 1.053948718 1.053948718 1 0.874416244 0.874416244 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.048267597 1 0.16091139 1 0.000355764 1 0.00000284 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 18409707 C T - - - - - - 37 0 0 75 3 4 29 1 3.4 135 5 3.7 147 15 10.2 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 13 7 18 12 8 4 11 7 5 3 7 5 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.820952381 0.820952381 1 0.535591398 NA 0 1.224478632 1.224478632 1 1.537766497 1.537766497 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.006456002 1 0.135292269 1 0.00063235 1 1.94E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 18549331 A T - - - - - - 24 0 0 58 1 1.7 43 1 2.3 109 0 0 140 9 6.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 13 7 18 12 8 4 11 7 5 3 7 5 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.348904762 0.348904762 1 0.362311828 NA 0 0 0 1 0.964873096 0.964873096 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.252280541 1 0.193893409 1 1 1 4.75E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 18601523 G C - - - - - - 18 0 0 70 2 2.9 45 1 2.2 99 0 0 108 8 7.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 13 7 18 12 8 4 11 7 5 3 7 5 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.595190476 0.595190476 1 0.34655914 NA 0 0 0 1 1.115634518 1.115634518 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.048267597 1 0.201934322 1 1 1 8.82E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 18741744 C T - - - - - - 20 0 0 36 1 2.8 19 2 10.5 38 0 0 98 10 10.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 13 7 18 12 8 4 11 7 5 3 7 5 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.574666667 0.574666667 1 1.654032258 1.654032258 1 0 0 1 1.537766497 1.537766497 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.165106833 1 0.004039874 1 1 1 9.17E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 19358771 G T CHODL ENST00000400128 r.? - - intronic 38 0 0 63 0 0 20 0 0 122 0 0 109 6 5.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 13 7 18 9.666914217 8 4 11 5 5 3 7 4 1 1 1 0.333085783 NA NA NA 5 NA NA NA 5 NA NA NA 0.666914217 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 0.700868099 0.700868099 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.0000204 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 19425742 C G CHODL ENST00000400128 r.? - - intronic 32 0 0 60 2 3.3 26 0 0 95 0 0 99 10 10.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 13 7 18 9.666914217 8 4 11 5 5 3 7 4 1 1 1 0.333085783 NA NA NA 5 NA NA NA 5 NA NA NA 0.666914217 0.677285714 0.677285714 1 0 NA 0 0 0 1 1.287048691 1.287048691 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.036544784 1 1 1 1 1 1.01E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 19538752 C T CHODL ENST00000400128 r.? - - intronic 45 0 0 70 0 0 36 0 0 106 0 0 89 8 9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 13 7 18 9.666914217 8 4 11 5 5 3 7 4 1 1 1 0.333085783 NA NA NA 5 NA NA NA 5 NA NA NA 0.666914217 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 1.146875071 1.146875071 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.92E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 19597796 T A CHODL ENST00000400128 r.? - - intronic 28 0 0 60 0 0 34 0 0 92 0 0 135 16 11.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 13 7 18 9.666914217 8 4 11 5 5 3 7 4 1 1 1 0.333085783 NA NA NA 5 NA NA NA 5 NA NA NA 0.666914217 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 1.516423706 1.516423706 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.01E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 19806389 C G PRSS7 ENST00000422787 r.? - - intronic 36 0 0 65 0 0 28 0 0 83 0 0 110 10 9.1 335 0 0 1094 1 0.1 347 1 0.3 1237 10 0.8 1319 51 3.9 FALSE FALSE 13 7 18 9.666914217 8 4 11 5 5 3 7 4 1 1 1 0.333085783 NA NA NA 5 NA NA NA 5 NA NA NA 0.666914217 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 1.159618128 1.159618128 1 0.02052381 NA 0 0.047258065 NA 0 0.264752137 0.264752137 1 0.496979198 0.496979198 1 NA NA 1 1 1 0.995846155 1 0.824365828 1 0.096716931 2.91E-10 2.89E-28 YES 0_0 0_0 0_0 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b 21 19892035 C A - - - - - - 31 0 0 75 2 2.7 26 3 11.5 122 4 3.3 113 8 7.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 13 7 18 9.666914217 8 4 11 5 5 3 7 4 1 1 1 0.333085783 NA NA NA 5 NA NA NA 5 NA NA NA 0.666914217 0.554142857 0.554142857 1 1.81155914 1.81155914 1 1.092102564 1.092102564 1 0.904757001 0.904757001 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.054571821 1 0.000298167 1 0.003437373 1 0.000000125 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 19977062 G T - - - - - - 31 0 0 56 0 0 34 0 0 85 0 0 97 5 5.2 302 0 0 697 1 0.1 420 0 0 923 1 0.1 937 45 4.8 FALSE FALSE 13 7 18 9.666914217 8 4 11 5 5 3 7 4 1 1 1 0.333085783 NA NA NA 5 NA NA NA 5 NA NA NA 0.666914217 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 0.66263893 0.66263893 1 0.02052381 NA 0 0 NA 0 0.033094017 0.033094017 1 0.611666705 0.917159493 0.666914217 NA NA 1 1 1 0.969613038 1 1 1 0.990211784 0.000137452 5.5E-29 YES 0_0 0_0 0_0 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b 21 19977090 A T - - - - - - 45 0 0 53 0 0 30 0 0 98 0 0 102 6 5.9 302 1 0.3 678 0 0 425 0 0 921 1 0.1 945 42 4.4 FALSE FALSE 13 7 18 9.666914217 8 4 11 5 5 3 7 4 1 1 1 0.333085783 NA NA NA 5 NA NA NA 5 NA NA NA 0.666914217 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 0.751840325 0.751840325 1 0 NA 0 0 NA 0 0.033094017 0.033094017 1 0.560694479 0.840729535 0.666914217 NA NA 1 0.779925165 1 1 1 1 1 0.990113163 0.000014 7.21E-26 YES 0_0 0_0 0_0 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b 21 20196332 A T - - - - - - 28 0 0 65 0 0 32 2 6.2 107 0 0 92 6 6.5 390 0 0 1936 2 0.1 1001 5 0.5 1797 0 0 1923 84 4.4 TRUE FALSE 13 7 18 9.666914217 8 4 11 5 5 3 7 4 1 1 1 0.333085783 NA NA NA 5 NA NA NA 5 NA NA NA 0.666914217 0 0 1 0.976666667 0.976666667 1 0 0 1 0.828298663 0.828298663 1 0.02052381 NA 0 0.078763441 NA 0 0 0 1 0.560694479 0.840729535 0.666914217 6 NA 1 1 1 0.99934532 0.011224977 0.560825249 1 1 0.00000771 1.97E-49 YES 0_0 1_0 0_0 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b 21 20283588 T A - - - - - - 29 0 0 48 3 6.2 29 2 6.9 78 0 0 90 5 5.6 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 13 7 18 9.666914217 8 4 11 5 5 3 7 4 1 1 1 0.333085783 NA NA NA 5 NA NA NA 5 NA NA NA 0.666914217 1.27247619 1.27247619 1 1.086935484 1.086935484 1 0 0 1 0.713611156 0.713611156 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.001827434 1 0.009279585 1 1 1 0.0000965 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 20335067 C G - - - - - - 32 0 0 52 0 0 29 0 0 98 0 0 115 5 4.3 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 13 7 18 9.666914217 8 4 11 5 5 3 7 4 1 1 1 0.333085783 NA NA NA 5 NA NA NA 5 NA NA NA 0.666914217 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 0.547951423 0.547951423 1 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000303924 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 20384022 G T - - - - - - 35 0 0 52 0 0 35 1 2.9 93 0 0 107 9 8.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 13 7 18 9.666914217 8 4 11 5 5 3 7 4 1 1 1 0.333085783 NA NA NA 5 NA NA NA 5 NA NA NA 0.666914217 0 0 1 0.456827957 NA 0 0 0 1 1.070416733 1.070416733 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 0.16091139 1 1 1 4.51E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 20412043 A T - - - - - - 44 0 0 52 3 5.8 29 1 3.4 82 0 0 96 15 15.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 13 7 18 9.666914217 8 4 11 5 5 3 7 4 1 1 1 0.333085783 NA NA NA 5 NA NA NA 5 NA NA NA 0.666914217 1.190380952 1.190380952 1 0.535591398 NA 0 0 0 1 1.98791679 0.993958395 2 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.002300591 1 0.135292269 1 1 1 2.73E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 20511574 C A - - - - - - 30 0 0 61 2 3.3 28 2 7.1 91 0 0 100 10 10 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 13 7 18 9.666914217 8 4 11 5 5 3 7 4 1 1 1 0.333085783 NA NA NA 5 NA NA NA 5 NA NA NA 0.666914217 0.677285714 0.677285714 1 1.11844086 1.11844086 1 0 0 1 1.274305635 1.274305635 1 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.037660755 1 0.008668191 1 1 1 1.12E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 20514838 C T - - - - - - 22 0 0 67 3 4.5 34 2 5.9 55 0 0 105 24 22.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 13 7 18 9.666914217 8 4 11 5 5 3 7 4 1 1 1 0.333085783 NA NA NA 5 NA NA NA 5 NA NA NA 0.666914217 0.923571429 0.923571429 1 0.929408602 0.929408602 1 0 0 1 2.918159904 0.972719968 3 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.004717431 1 0.012612579 1 1 1 1.21E-32 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 20648704 C T - - - - - - 38 0 0 56 0 0 32 0 0 101 0 0 123 10 8.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 13 7 18 9.666914217 8 4 11 5 5 3 7 4 1 1 1 0.333085783 NA NA NA 5 NA NA NA 5 NA NA NA 0.666914217 0 NA 0 0 NA 0 0 0 1 1.032187564 1.032187564 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 8.77E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 20670982 G A - - - - - - 33 0 0 64 0 0 20 0 0 98 0 0 102 11 10.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA FALSE FALSE 13 7 18 9.666914217 8 4 11 5 5 3 7 4 1 1 1 0.333085783 NA NA NA 5 NA NA NA 5 NA NA NA 0.666914217 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 1.376250086 1.376250086 1 NA NA 0 NA NA 0 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 5.73E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 20725053 C T - - - - - - 28 0 0 67 0 0 39 2 5.1 45 3 6.7 120 9 7.5 0 0 NA 0 0 NA 3 1 33.3 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 13 7 18 9.666914217 8 4 11 5 5 3 7 4 1 1 1 0.333085783 NA NA NA 5 NA NA NA 5 NA NA NA 0.666914217 0 0 1 0.803387097 0.803387097 1 2.217299145 2.217299145 1 0.955729226 0.955729226 1 NA NA 0 5.245645161 5.245645161 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 1 1 0.016387522 0.014925125 0.001516071 1 1.24E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 20915001 T C - - - - - - 34 0 0 43 0 0 23 3 13 86 1 1.2 123 11 8.9 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 13 7 18 9.666914217 8 4 11 5 5 3 7 4 1 1 1 0.333085783 NA NA NA 5 NA NA NA 5 NA NA NA 0.666914217 0 0 1 2.047849462 2.047849462 1 0.397128205 0.397128205 1 1.134132015 1.134132015 1 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 1 1 0.000205387 1 0.350192164 1 4.5E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 20921637 T A - - - - - - 32 0 0 63 0 0 40 1 2.5 96 1 1 110 6 5.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 13 7 18 9.666914217 8 4 11 5 5 3 7 4 1 1 1 0.333085783 NA NA NA 5 NA NA NA 5 NA NA NA 0.666914217 0 0 1 0.393817204 NA 0 0.330940171 0.330940171 1 0.700868099 0.700868099 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 0.181679879 1 0.381961184 1 0.0000215 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 21095422 T C - - - - - - 28 0 0 60 0 0 38 0 0 117 0 0 124 13 10.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 13 7 18 9.666914217 8 4 11 5 5 3 7 4 1 1 1 0.333085783 NA NA NA 5 NA NA NA 5 NA NA NA 0.666914217 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 1.338020917 1.338020917 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 21283277 C G - - - - - - 28 0 0 47 0 0 41 3 7.3 92 0 0 108 6 5.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 13 7 18 9.666914217 8 4 11 5 5 3 7 4 1 1 1 0.333085783 NA NA NA 5 NA NA NA 5 NA NA NA 0.666914217 0 0 1 1.149946237 1.149946237 1 0 0 1 0.713611156 0.713611156 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 1 1 0.001155993 1 1 1 0.0000193 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 21292853 T C - - - - - - 30 0 0 56 0 0 27 3 11.1 93 0 0 120 24 20 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 13 7 18 9.666914217 8 4 11 5 5 3 7 4 1 1 1 0.333085783 NA NA NA 5 NA NA NA 5 NA NA NA 0.666914217 0 0 1 1.748548387 1.748548387 1 0 0 1 2.54861127 1.092377866 2.333085783 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 1 1 0.000334187 1 1 1 4.08E-31 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 21345576 T C - - - - - - 28 0 0 63 0 0 37 2 5.4 91 1 1.1 113 8 7.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 13 7 18 9.666914217 8 4 11 5 5 3 7 4 1 1 1 0.333085783 NA NA NA 5 NA NA NA 5 NA NA NA 0.666914217 0 0 1 0.850645161 0.850645161 1 0.364034188 0.364034188 1 0.904757001 0.904757001 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 1 1 0.014826063 1 0.366275718 1 0.000000125 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 21391503 T G - - - - - - 14 0 0 25 1 4 21 3 14.3 15 1 6.7 46 5 10.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 13 7 18 9.666914217 8 4 11 5 5 3 7 4 1 1 1 0.333085783 NA NA NA 5 NA NA NA 5 NA NA NA 0.666914217 0.820952381 0.820952381 1 2.252634409 2.252634409 1 2.217299145 2.217299145 1 1.388993142 1.388993142 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.117779757 1 0.000155401 1 0.072431031 1 0.00000361 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 21453114 G C - - - - - - 43 0 0 55 3 5.5 25 1 4 84 2 2.4 112 12 10.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 13 7 18 9.666914217 8 4 11 5 5 3 7 4 1 1 1 0.333085783 NA NA NA 5 NA NA NA 5 NA NA NA 0.666914217 1.128809524 1.128809524 1 0.630107527 NA 0 0.79425641 0.79425641 1 1.363507029 1.363507029 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.002700822 1 0.117779757 1 0.066590661 1 6.79E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 21587595 G A - - - - - - 33 0 0 51 0 0 29 0 0 118 0 0 107 12 11.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA FALSE FALSE 13 7 18 9.666914217 8 4 11 5 5 3 7 4 1 1 1 0.333085783 NA NA NA 5 NA NA NA 5 NA NA NA 0.666914217 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 1.427222311 1.427222311 1 NA NA 0 NA NA 0 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 3.9E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 21788952 C A - - - - - - 39 0 0 61 0 0 25 0 0 91 0 0 104 8 7.7 0 0 NA 1 0 0 1 0 0 0 0 NA 2 0 0 FALSE FALSE 13 7 25 11 8 4 18 7 5 3 7 4 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 1.083862944 1.083862944 1 0 NA 0 0 NA 0 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 6.57E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 21836477 A G - - - - - - 36 0 0 72 0 0 27 0 0 101 0 0 145 13 9 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 13 7 25 11 8 4 18 7 5 3 7 4 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 1.266852792 1.266852792 1 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 7.64E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 21886672 C T - - - - - - 33 0 0 54 4 7.4 26 1 3.8 107 1 0.9 111 9 8.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 13 7 25 11 8 4 18 7 5 3 7 4 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.518761905 1.518761905 1 0.598602151 NA 0 0.360846154 0.360846154 1 1.140167513 1.140167513 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000161898 1 0.122190858 1 0.415116136 1 6.24E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 21895515 G T - - - - - - 24 0 0 58 2 3.4 32 2 6.2 132 0 0 125 7 5.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 13 7 25 11 8 4 18 7 5 3 7 4 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.697809524 0.697809524 1 0.976666667 0.976666667 1 0 0 1 0.788263959 0.788263959 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.034352256 1 0.011224977 1 1 1 0.00000372 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 21963404 C A - - - - - - 34 0 0 78 0 0 30 2 6.7 93 1 1.1 120 7 5.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 13 7 25 11 8 4 18 7 5 3 7 4 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.055430108 1.055430108 1 0.441034188 0.441034188 1 0.816416244 0.816416244 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 1 1 0.009909649 1 0.372597118 1 0.00000284 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 22057652 G A - - - - - - 41 0 0 53 0 0 32 0 0 103 0 0 142 13 9.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 13 7 25 11 8 4 18 7 5 3 7 4 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 1.295005076 1.295005076 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 5.83E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 22111486 G T - - - - - - 31 0 0 59 2 3.4 37 3 8.1 121 2 1.7 140 8 5.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 13 7 25 11 8 4 18 7 5 3 7 4 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.697809524 0.697809524 1 1.275967742 1.275967742 1 0.681598291 0.681598291 1 0.802340102 0.802340102 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.035441897 1 0.000855237 1 0.123221943 1 0.000000649 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 22231757 G C - - - - - - 36 0 0 58 1 1.7 39 0 0 120 4 3.3 159 8 5 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 13 7 25 11 8 4 18 7 5 3 7 4 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.348904762 0.348904762 1 0 NA 0 1.323102564 1.323102564 1 0.703807107 0.703807107 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.252280541 1 1 1 0.003240106 1 0.00000169 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 22301460 G C - - - - - - 25 0 0 59 0 0 42 0 0 109 0 0 141 7 5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 13 7 25 11 8 4 18 7 5 3 7 4 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 0.703807107 0.703807107 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.00000823 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 23043367 A C - - - - - - 50 0 0 62 1 1.6 38 1 2.6 135 3 2.2 139 9 6.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 13 7 25 11 8 4 18 7 5 3 7 4 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.328380952 0.328380952 1 0.409569892 NA 0 0.882068376 0.882068376 1 0.914949239 0.914949239 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.267123145 1 0.173434892 1 0.030785351 1 4.46E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 23053374 G A - - - - - - 33 0 0 80 3 3.8 27 1 3.7 156 2 1.3 132 7 5.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 13 7 25 11 8 4 18 7 5 3 7 4 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.779904762 0.779904762 1 0.582849462 NA 0 0.521222222 0.521222222 1 0.746035533 0.746035533 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.007711832 1 0.126579904 1 0.183838935 1 0.00000534 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 23242385 C T - - - - - - 35 0 0 77 1 1.3 44 2 4.5 116 3 2.6 144 12 8.3 4 0 0 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 13 7 25 11 8 4 18 7 5 3 7 4 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.266809524 0.266809524 1 0.708870968 0.708870968 1 1.042444444 1.042444444 1 1.168319797 1.168319797 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.320206172 1 0.020580492 1 0.020850538 1 1.38E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 23281726 G C - - - - - - 31 0 0 68 1 1.5 36 2 5.6 125 2 1.6 134 10 7.5 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 13 7 25 11 8 4 18 7 5 3 7 4 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.307857143 0.307857143 1 0.882150538 0.882150538 1 0.641504274 0.641504274 1 1.05571066 1.05571066 1 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.288836448 1 0.014070883 1 0.129884256 1 2.03E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 23311804 A G - - - - - - 28 0 0 68 0 0 42 1 2.4 110 0 0 142 9 6.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 13 7 25 11 8 4 18 7 5 3 7 4 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0.378064516 NA 0 0 0 1 0.886796954 0.886796954 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 0.189842622 1 1 1 5.36E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 23418779 G A - - - - - - 36 0 0 84 4 4.8 32 1 3.1 112 4 3.6 141 11 7.8 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 13 7 25 11 8 4 18 7 5 3 7 4 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.985142857 0.985142857 1 0.488333333 NA 0 1.443384615 1.443384615 1 1.097939086 1.097939086 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000877031 1 0.14819814 1 0.002527992 1 1.98E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 23450245 G T - - - - - - 34 0 0 62 0 0 38 0 0 127 0 0 140 7 5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 13 7 25 11 8 4 18 7 5 3 7 4 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 0.703807107 0.703807107 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.00000785 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 23540828 T A - - - - - - 30 0 0 65 3 4.6 26 1 3.8 97 3 3.1 128 9 7 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 13 7 25 11 8 4 18 7 5 3 7 4 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.944095238 0.944095238 1 0.598602151 NA 0 1.24291453 1.24291453 1 0.985329949 0.985329949 1 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.004333293 1 0.122190858 1 0.013001329 1 2.18E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 23642377 A G - - - - - - 37 0 0 60 3 5 44 2 4.5 98 1 1 144 8 5.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 13 7 25 11 8 4 18 7 5 3 7 4 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.026190476 1.026190476 1 0.708870968 0.708870968 1 0.400940171 0.400940171 1 0.788263959 0.788263959 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.003458198 1 0.020580492 1 0.388126122 1 0.000000804 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 23697743 A G - - - - - - 41 0 0 83 2 2.4 41 1 2.4 104 0 0 142 6 4.2 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 13 7 25 11 8 4 18 7 5 3 7 4 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.492571429 0.492571429 1 0.378064516 NA 0 0 0 1 0.59119797 0.59119797 1 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.065215002 1 0.18577148 1 1 1 0.0000895 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 23709633 C G - - - - - - 38 0 0 72 3 4.2 32 3 9.4 97 2 2.1 140 5 3.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 13 7 25 11 8 4 18 7 5 3 7 4 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.862 0.862 1 1.480752688 1.480752688 1 0.841974359 0.841974359 1 0.506741117 0.506741117 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.00576558 1 0.000556213 1 0.085302553 1 0.000745055 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 23712379 C T - - - - - - 19 0 0 77 3 3.9 36 1 2.8 122 0 0 145 10 6.9 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 13 7 25 11 8 4 18 7 5 3 7 4 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.800428571 0.800428571 1 0.441075269 NA 0 0 0 1 0.971253807 0.971253807 1 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.006942426 1 0.165106833 1 1 1 4.36E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 23772114 G T - - - - - - 36 0 0 68 0 0 38 0 0 129 0 0 152 9 5.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA FALSE FALSE 13 7 25 11 8 4 18 7 5 3 7 4 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 0.830492386 0.830492386 1 NA NA 0 NA NA 0 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 9.63E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 23793252 G A - - - - - - 27 0 0 60 1 1.7 34 2 5.9 54 4 7.4 153 9 5.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 13 7 25 11 8 4 18 7 5 3 7 4 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.348904762 0.348904762 1 0.929408602 0.929408602 1 2.966957265 0.988985755 3 0.830492386 0.830492386 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.259739042 1 0.012612579 1 0.000161898 1 0.000000102 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 23967565 C T - - - - - - 28 0 0 78 4 5.1 29 0 0 129 0 0 150 8 5.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 13 7 25 11 8 4 18 7 5 3 7 4 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.046714286 1.046714286 1 0 NA 0 0 0 1 0.746035533 0.746035533 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000663934 1 1 1 1 1 0.00000109 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 23994802 A T - - - - - - 32 0 0 76 0 0 31 0 0 88 0 0 140 9 6.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 13 7 25 11 8 4 18 7 5 3 7 4 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 0.900873096 0.900873096 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 4.75E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 24041603 A T - - - - - - 34 0 0 56 2 3.6 32 2 6.2 130 3 2.3 127 9 7.1 0 0 NA 3 0 0 0 0 NA 4 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 13 7 25 11 8 4 18 7 5 3 7 4 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.738857143 0.738857143 1 0.976666667 0.976666667 1 0.922162393 0.922162393 1 0.999406091 0.999406091 1 0 NA 0 NA NA 0 0 0 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.032213353 1 0.011224977 1 0.027968975 1 2.04E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 24135727 G A - - - - - - 52 0 0 59 0 0 25 0 0 119 0 0 147 9 6.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 13 7 25 11 8 4 18 7 5 3 7 4 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 0.85864467 0.85864467 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 7.23E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 24294724 G T - - - - - - 36 0 0 66 3 4.5 30 1 3.3 117 2 1.7 125 14 11.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 13 7 25 11 8 4 18 7 5 3 7 4 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.923571429 0.923571429 1 0.51983871 NA 0 0.681598291 0.681598291 1 1.576527919 1.576527919 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.004522888 1 0.139615808 1 0.116646664 1 4.45E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 24294745 C G - - - - - - 37 0 0 76 3 3.9 41 1 2.4 142 3 2.1 148 12 8.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 13 7 25 11 8 4 18 7 5 3 7 4 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.800428571 0.800428571 1 0.378064516 NA 0 0.841974359 0.841974359 1 1.140167513 1.140167513 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.006696581 1 0.18577148 1 0.034968504 1 1.9E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 24312079 G T - - - - - - 22 0 0 57 0 0 30 1 3.3 120 0 0 124 10 8.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 13 7 25 11 8 4 18 7 5 3 7 4 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0.51983871 NA 0 0 0 1 1.140167513 1.140167513 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 0.139615808 1 1 1 9.49E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 24725752 T A - - - - - - 36 0 0 222 0 0 109 0 0 276 0 0 504 16 3.2 0 0 NA 0 0 NA 3 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 48 48 68 46 43 43 61 41 5 5 7 5 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.570436548 0.785218274 2 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.00000001 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 24741381 G A - - - - - - 39 0 0 185 1 0.5 94 3 3.2 157 5 3.2 445 19 4.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 48 48 68 46 43 43 61 41 5 5 7 5 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.277619048 0.277619048 1 1.816086022 1.816086022 1 2.659008547 0.886336182 3 2.110274112 1.055137056 2 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.604387561 1 0.011950808 1 0.00124225 1 2.93E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 24768036 A G - - - - - - 30 0 0 147 3 2 80 3 3.8 237 1 0.4 411 12 2.9 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 48 48 68 46 43 43 61 41 5 5 7 5 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.11047619 1.11047619 1 2.156602151 2.156602151 1 0.332376068 0.332376068 1 1.423208122 1.423208122 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.03812655 1 0.007711832 1 0.695161275 1 0.00000161 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 24866253 T A - - - - - - 23 0 0 161 3 1.9 98 1 1 210 0 0 394 9 2.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 48 48 68 46 43 43 61 41 5 5 7 5 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.054952381 1.054952381 1 0.567526882 NA 0 0 0 1 1.128751269 1.128751269 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.047709755 1 0.388126122 1 1 1 0.000201181 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 24976845 T C - - - - - - 12 0 0 54 3 5.6 24 3 12.5 63 7 11.1 94 10 10.6 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 48 48 68 46 43 43 61 41 5 5 7 5 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 3.109333333 3.109333333 1 7.094086022 1.01344086 7 9.223435897 1.024826211 9 5.202071066 1.040414213 5 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.00256299 1 0.000233853 1 3.38E-08 1 6.03E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 25074517 C T - - - - - - 30 0 0 166 0 0 87 0 0 241 0 0 378 18 4.8 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 2 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 48 48 68 46 43 43 61 41 5 5 7 5 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 2.355654822 1.177827411 2 NA NA 0 0 NA 0 0 0 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.78E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 25262204 A T - - - - - - 38 0 0 226 5 2.2 120 1 0.8 294 2 0.7 501 11 2.2 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 48 48 68 46 43 43 61 41 5 5 7 5 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.22152381 1.22152381 1 0.454021505 NA 0 0.58165812 0.58165812 1 1.079675127 1.079675127 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.005911972 1 0.452013715 1 0.432482076 1 0.0000587 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 25284378 A G - - - - - - 35 0 0 217 4 1.8 107 2 1.9 299 5 1.7 593 15 2.5 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 2 0 0 0 0 NA FALSE FALSE 48 48 68 46 43 43 61 41 5 5 7 5 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.999428571 0.999428571 1 1.078301075 NA 0 1.412598291 1.412598291 1 1.226903553 1.226903553 1 NA NA 0 0 NA 0 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.024303635 1 0.100630843 1 0.01804926 1 0.000000517 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 25318347 G A - - - - - - 29 0 0 234 0 0 142 0 0 84 0 0 527 15 2.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 48 48 68 46 43 43 61 41 5 5 7 5 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.37413198 1.37413198 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000000117 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 25325434 A T - - - - - - 31 0 0 259 3 1.2 121 1 0.8 343 2 0.6 621 17 2.7 0 0 NA 2 0 0 2 0 0 0 0 NA 1 0 0 FALSE FALSE 48 48 68 46 43 43 61 41 5 5 7 5 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.666285714 0.666285714 1 0.454021505 NA 0 0.498564103 0.498564103 1 1.325055838 1.325055838 1 0 NA 0 0 NA 0 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 1 1 0.141330666 1 0.454753646 1 0.511951586 1 3.04E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 25338188 T G - - - - - - 10 0 0 40 0 0 28 1 3.6 48 4 8.3 115 13 11.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 48 48 68 46 43 43 61 41 5 5 7 5 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 2.043096774 2.043096774 1 6.896803419 0.985257631 7 5.545604061 0.924267343 6 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 1 1 0.130947004 1 0.000102016 1 3.71E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 25448963 C T - - - - - - 37 0 0 277 1 0.4 117 2 1.7 274 0 0 574 16 2.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 48 48 68 46 43 43 61 41 5 5 7 5 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.222095238 0.222095238 1 0.964795699 NA 0 0 0 1 1.37413198 1.37413198 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.750544338 1 0.116646664 1 1 1 5.98E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 25448965 C A - - - - - - 37 0 0 273 0 0 118 2 1.7 270 0 0 578 17 2.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 48 48 68 46 43 43 61 41 5 5 7 5 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0.964795699 0.964795699 1 0 0 1 1.423208122 1.423208122 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 4 NA 1 1 1 1 0.118281986 1 1 1 1.08E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 25818640 G A - - - - - - 38 0 0 185 6 3.2 108 2 1.9 235 5 2.1 434 12 2.8 0 0 NA 0 0 NA 3 0 0 0 0 NA 2 0 0 TRUE FALSE 48 48 68 46 43 43 61 41 5 5 7 5 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.776761905 1.776761905 1 1.078301075 1.078301075 1 1.744974359 1.744974359 1 1.37413198 1.37413198 1 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 1 0 NA 0 8 NA 1 1 0.000373998 1 0.102203269 1 0.00694126 1 0.00000281 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 25852202 C T - - - - - - 22 0 0 190 0 0 89 0 0 229 0 0 447 12 2.7 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 4 0 0 1 1 100 TRUE FALSE 48 48 68 46 43 43 61 41 5 5 7 5 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.325055838 1.325055838 1 NA NA 0 NA NA 0 0 0 1 49.07614213 1.196979076 41 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.00000379 0.005 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 26179838 C G - - - - - - 30 0 0 76 0 0 29 0 0 113 0 0 123 21 17.1 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 11 7 15 11.33431807 6 4 8 7 5 3 7 4 1 1 1 0.665681931 NA NA NA 7 NA NA NA 5 NA NA NA 0.334318069 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 2.464188694 0.924412123 2.665681931 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 7.24E-26 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 26274381 T C - - - - - - 40 0 0 74 3 4.1 30 3 10 106 0 0 155 24 15.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 11 7 15 11.33431807 6 4 8 7 5 3 7 4 1 1 1 0.665681931 NA NA NA 7 NA NA NA 5 NA NA NA 0.334318069 0.75947619 0.75947619 1 1.575268817 1.575268817 1 0 0 1 2.233621331 1.116810666 2 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.006220661 1 0.000458697 1 1 1 2.89E-28 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 26741220 T A - - - - - - 36 0 0 76 0 0 41 0 0 111 0 0 128 8 6.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 11 7 15 11.33431807 6 4 8 7 5 3 7 4 1 1 1 0.665681931 NA NA NA 7 NA NA NA 5 NA NA NA 0.334318069 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 0.893448532 0.893448532 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000000328 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 27043394 A C JAM2 CCDS42911.1 r.? - - intronic 32 0 0 64 0 0 36 0 0 83 0 0 137 6 4.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 11 7 15 11.33431807 6 4 8 7 5 3 7 4 1 1 1 0.665681931 NA NA NA 7 NA NA NA 5 NA NA NA 0.334318069 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 0.634060249 0.634060249 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.0000734 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 27543053 C G APP CCDS33523.1 r.53g>c c.? p.? 5'UTR variant 47 0 0 7 0 0 5 0 0 8 0 0 105 7 6.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 11 7 15 10 6 4 8 5 5 3 7 5 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 0.876101523 0.876101523 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.00000116 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 28073149 C T - - - - - - 30 0 0 57 3 5.3 41 5 12.2 104 1 1 109 7 6.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 11 7 15 10 6 4 8 5 5 3 7 5 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.981761905 0.981761905 1 1.921827957 1.921827957 1 0.300940171 0.300940171 1 0.836873096 0.836873096 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.002989991 1 0.00000202 1 0.406254409 1 0.00000149 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 28211987 G A ADAMTS1 CCDS33524.1 r.2402c>u c.1947C>T p.Y649Y silent 31 0 0 49 2 4.1 21 1 4.8 65 0 0 99 8 8.1 206 0 0 941 32 3.4 113 6 5.3 637 0 0 906 79 8.7 FALSE TRUE 11 7 15 10 6 4 8 5 5 3 7 5 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.75947619 0.75947619 1 0.756129032 NA 0 0 0 1 1.059167513 1.059167513 1 0.629809524 0.629809524 1 0.834892473 0.834892473 1 0 0 1 1.137624365 1.137624365 1 NA 7 1 1 0.025168485 9.03E-17 0.099912572 0.000025 1 1 4.46E-08 3.81E-69 YES 1_1 0_1 0_0 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b 21 28447004 G C - - - - - - 24 0 0 56 0 0 29 0 0 101 0 0 134 10 7.5 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 2 0 0 FALSE FALSE 11 7 15 10 6 4 8 5 5 3 7 5 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 0.98071066 0.98071066 1 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.03E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 28491342 C G - - - - - - 27 0 0 67 0 0 27 0 0 69 0 0 122 11 9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 11 7 15 10 6 4 8 5 5 3 7 5 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 1.176852792 1.176852792 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 4.12E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 28595255 T A - - - - - - 33 0 0 44 1 2.3 23 1 4.3 70 2 2.9 85 4 4.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 11 7 15 10 6 4 8 5 5 3 7 5 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.426047619 0.426047619 1 0.677365591 NA 0 0.872726496 0.872726496 1 0.61457868 0.61457868 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.197923942 1 0.108890944 1 0.048267597 1 0.000916711 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 28812671 C G - - - - - - 25 0 0 55 0 0 32 0 0 71 0 0 89 6 6.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 11 7 15 10 6 4 8 5 5 3 7 5 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 0.876101523 0.876101523 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.00000637 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 29737855 T A - - - - - - 29 0 0 73 4 5.5 35 3 8.6 71 0 0 114 6 5.3 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 11 7 15 10 6 4 8 5 5 3 7 5 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.018809524 1.018809524 1 1.354731183 1.354731183 1 0 0 1 0.693035533 0.693035533 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.000516741 1 0.000725791 1 1 1 0.0000263 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 30115572 G A - - - - - - 33 0 0 65 3 4.6 28 0 0 92 0 0 130 12 9.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 11 7 15 10 6 4 8 5 5 3 7 5 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.852095238 0.852095238 1 0 NA 0 0 0 1 1.203005076 1.203005076 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.004333293 1 1 1 1 1 4.08E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 31013322 G A GRIK1 CCDS42913.1 r.? - - intronic 39 0 0 74 0 0 31 0 0 78 0 0 129 7 5.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 11 7 15 10 6 4 8 5 5 3 7 5 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 0.706111675 0.706111675 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.00000458 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 31279770 C T GRIK1 CCDS42913.1 r.? - - intronic 28 0 0 68 4 5.9 34 1 2.9 79 1 1.3 125 11 8.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 11 7 15 10 6 4 8 5 5 3 7 5 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.092904762 1.092904762 1 0.456827957 NA 0 0.391222222 0.391222222 1 1.150700508 1.150700508 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000394372 1 0.156694864 1 0.326987115 1 5.37E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 31315483 C T GRIK1 CCDS42913.1 r.? - - upstream 31 0 0 55 0 0 29 0 0 87 0 0 124 11 8.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 11 7 15 10 6 4 8 5 5 3 7 5 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 1.16377665 1.16377665 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 4.92E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 31356626 G C - - - - - - 28 0 0 49 2 4.1 33 1 3 66 0 0 102 7 6.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 11 7 15 10 6 4 8 5 5 3 7 5 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.75947619 0.75947619 1 0.472580645 NA 0 0 0 1 0.902253807 0.902253807 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.025168485 1 0.15245715 1 1 1 0.000000953 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 31582840 T C CLDN8 CCDS13587.1 r.? - - downstream 13 0 0 26 2 7.7 20 0 0 34 2 5.9 74 6 8.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 11 7 4 5.457182397 6 4 4 4 5 3 0 1 1 1 1 0.542817603 NA NA NA 5 NA NA NA 1 NA NA NA 0.457182397 1.426333333 1.426333333 1 0 0 1 1.126547009 1.126547009 1 0.691199287 0.691199287 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.007502227 1 1 1 0.012612579 1 0.00000216 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 31643292 G T - - - - - - 42 0 0 54 0 0 24 0 0 37 0 0 71 10 14.1 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 7 4 5.457182397 5 4 4 4 0 3 0 1 1 1 1 0.542817603 NA NA NA 5 NA NA NA 1 NA NA NA 0.457182397 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 1.203198759 1.203198759 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 3.42E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 31724008 T C KRTAP23-1 CCDS33533.1 r.? - - upstream 28 0 0 37 4 10.8 23 1 4.3 57 2 3.5 82 7 8.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 6 4 5.457182397 5 5 4 4 0 1 0 1 1 1 1 0.542817603 NA NA NA 5 NA NA NA 1 NA NA NA 0.457182397 1.352571429 1.352571429 1 0.634365591 0.634365591 1 0.668290598 0.668290598 1 0.725332585 0.725332585 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.0000362 1 0.108890944 1 0.03327602 1 0.000000214 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 31856156 C G KRTAP19-1 CCDS13594.1 r.? - - upstream 29 0 0 33 0 0 25 0 0 68 0 0 72 10 13.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 6 4 5.457182397 5 5 4 4 0 1 0 1 1 1 1 0.542817603 NA NA NA 5 NA NA NA 1 NA NA NA 0.457182397 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 1.18613211 1.18613211 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 3.95E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 31954557 G A - - - - - - 28 0 0 52 3 5.8 30 3 10 55 0 0 64 9 14.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 6 4 5.457182397 5 5 4 4 0 1 0 1 1 1 1 0.542817603 NA NA NA 5 NA NA NA 1 NA NA NA 0.457182397 0.726380952 0.726380952 1 1.475268817 1.475268817 1 0 NA 0 1.203198759 1.203198759 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.002300591 1 0.000458697 1 1 1 4.2E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 32020131 T G KRTAP20-3 CCDS46642.1 r.? - - downstream 23 0 0 37 0 0 30 2 6.7 82 0 0 67 4 6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 6 4 5.457182397 5 5 4 4 0 1 0 1 1 1 1 0.542817603 NA NA NA 5 NA NA NA 1 NA NA NA 0.457182397 0 0 1 0.988430108 0.988430108 1 0 NA 0 0.511999472 0.511999472 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 0.009909649 1 1 1 0.000372648 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 130342541 A G - - - - - - 37 1 2.7 51 8 15.7 20 3 15 71 0 0 83 21 25.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.280238095 1.140119048 2 2.362903226 2.362903226 1 0 0 1 1.790263959 0.89513198 2 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 0.169281299 1 2.05E-10 1 0.0001337 1 1 1 8.7E-30 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 32726154 T C TIAM1 CCDS13609.1 r.? - - intronic 12 0 0 21 6 28.6 13 1 7.7 38 4 10.5 28 8 28.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 6 4 5.457182397 5 5 4 4 0 1 0 1 1 1 1 0.542817603 NA NA NA 5 NA NA NA 1 NA NA NA 0.457182397 3.581809524 0.895452381 4 1.135956989 1.135956989 1 2.004871795 2.004871795 1 2.440530815 0.993223303 2.457182397 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 7.95E-10 1 0.063085307 1 0.0000403 1 1.11E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 33030881 C T SOD1 CCDS33536.1 r.? - - upstream 33 0 0 30 1 3.3 18 1 5.6 50 0 0 71 11 15.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 6 4 5.457182397 5 5 4 4 0 1 0 1 1 1 1 0.542817603 NA NA NA 5 NA NA NA 1 NA NA NA 0.457182397 0.413285714 0.413285714 1 0.826150538 0.826150538 1 0 NA 0 1.322665302 1.322665302 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.139615808 1 0.086275114 1 1 1 9.49E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 33525744 C T - - - - - - 39 0 0 51 0 0 35 0 0 90 0 0 74 10 13.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 FALSE FALSE 5 6 4 5.457182397 5 5 4 4 0 1 0 1 1 1 1 0.542817603 NA NA NA 5 NA NA NA 1 NA NA NA 0.457182397 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 1.151998811 1.151998811 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 0 0 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 5.24E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 34419063 C G - - - - - - 34 0 0 42 0 0 23 0 0 34 0 0 69 9 13 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 4 0 0 4 0 0 FALSE FALSE 5 6 4 5.457182397 5 5 4 4 0 1 0 1 1 1 1 0.542817603 NA NA NA 5 NA NA NA 1 NA NA NA 0.457182397 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 1.109332189 1.109332189 1 NA NA 1 NA NA 1 0 NA 0 0 0 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 8.45E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 34702808 C T IFNAR1 CCDS13624.1 r.? - - intronic 39 0 0 37 4 10.8 20 0 0 62 4 6.5 68 7 10.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 6 4 5.457182397 5 5 4 4 0 1 0 1 1 1 1 0.542817603 NA NA NA 5 NA NA NA 1 NA NA NA 0.457182397 1.352571429 1.352571429 1 0 0 1 1.241111111 1.241111111 1 0.878932426 0.878932426 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.0000362 1 1 1 0.000276647 1 0.000000058 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 35222662 C G ITSN1 CCDS33545.1 r.? - - intronic 29 0 0 46 2 4.3 27 2 7.4 37 0 0 89 10 11.2 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 6 4 5.457182397 5 5 4 4 0 1 0 1 1 1 1 0.542817603 NA NA NA 5 NA NA NA 1 NA NA NA 0.457182397 0.53852381 0.53852381 1 1.091698925 1.091698925 1 0 NA 0 0.955732347 0.955732347 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.022369545 1 0.00807567 1 1 1 3.47E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 35887263 C T KCNE1 CCDS13636.1 r.? - - upstream 35 0 0 51 3 5.9 21 3 14.3 84 4 4.8 85 7 8.2 267 0 0 1105 81 7.3 291 5 1.7 546 34 6.2 791 95 12 TRUE TRUE 5 6 4 5.457182397 5 5 4 4 0 1 0 1 1 1 1 0.542817603 NA NA NA 5 NA NA NA 1 NA NA NA 0.457182397 0.738904762 0.738904762 1 2.109634409 2.109634409 1 0.916512821 0.916512821 1 0.699732611 0.699732611 1 0.914238095 0.914238095 1 0.250795699 0.250795699 1 1.18382906 1.18382906 1 1.023998943 1.023998943 1 8 14 1 1 0.002175924 7.23E-65 0.000155401 0.016259381 0.000877031 6.64E-26 0.000000274 4.58E-96 YES 1_1 1_1 1_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b 21 36226709 A G RUNX1 CCDS42922.1 r.? - - intronic 23 0 0 46 0 0 36 2 5.6 54 0 0 72 12 16.7 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 6 4 5.457182397 5 5 4 4 0 1 0 1 1 1 1 0.542817603 NA NA NA 5 NA NA NA 1 NA NA NA 0.457182397 0 0 1 0.826150538 0.826150538 1 0 NA 0 1.425065196 1.425065196 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 0.014070883 1 1 1 2.84E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 37024210 G A - - - - - - 32 0 0 30 1 3.3 29 0 0 28 0 0 68 5 7.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 6 4 5.457182397 5 5 4 4 0 1 0 1 1 1 1 0.542817603 NA NA NA 5 NA NA NA 1 NA NA NA 0.457182397 0.413285714 0.413285714 1 0 0 1 0 NA 0 0.631466015 0.631466015 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.139615808 1 1 1 1 1 0.0000251 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 37034975 C T - - - - - - 29 0 0 42 0 0 20 0 0 57 1 1.8 78 12 15.4 332 1 0.3 107 0 0 107 0 0 213 1 0.5 240 35 14.6 FALSE FALSE 5 6 4 5.457182397 5 5 4 4 0 1 0 1 1 1 1 0.542817603 NA NA NA 5 NA NA NA 1 NA NA NA 0.457182397 0 0 1 0 0 1 0.343692308 NA 0 1.314131977 1.314131977 1 0 0 1 0 0 1 0.095470085 NA 0 1.245865381 1.245865381 1 NA NA 1 0.810651091 1 1 1 1 0.248523156 0.656191825 7.82E-15 1.55E-39 YES 0_0 0_0 0_0 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b 21 37311403 G C - - - - - - 34 0 0 44 0 0 26 3 11.5 89 0 0 88 13 14.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 6 4 5.457182397 5 5 4 4 0 1 0 1 1 1 1 0.542817603 NA NA NA 5 NA NA NA 1 NA NA NA 0.457182397 0 0 1 1.69655914 1.69655914 1 0 NA 0 1.26293203 1.26293203 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 0.000298167 1 1 1 1.03E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 37326062 G C - - - - - - 32 0 0 50 0 0 32 0 0 88 0 0 80 7 8.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 6 4 5.457182397 5 5 4 4 0 1 0 1 1 1 1 0.542817603 NA NA NA 5 NA NA NA 1 NA NA NA 0.457182397 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 0.750932559 0.750932559 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.00000018 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 38867890 C T DYRK1A CCDS13653.1 r.? - - intronic 30 0 0 35 2 5.7 28 2 7.1 45 0 0 70 8 11.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 6 4 5.457182397 5 5 4 4 0 1 0 1 1 1 1 0.542817603 NA NA NA 5 NA NA NA 1 NA NA NA 0.457182397 0.713857143 0.713857143 1 1.04744086 1.04744086 1 0 NA 0 0.972798996 0.972798996 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.013332991 1 0.008668191 1 1 1 2.8E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 39033095 C A KCNJ6 CCDS42927.1 r.? - - intronic 31 0 0 41 0 0 19 0 0 47 0 0 72 10 13.9 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 6 4 5.457182397 5 5 4 4 0 1 0 1 1 1 1 0.542817603 NA NA NA 5 NA NA NA 1 NA NA NA 0.457182397 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 1.18613211 1.18613211 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 3.95E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 39224068 C T KCNJ6 CCDS42927.1 r.? - - intronic 32 0 0 59 0 0 28 0 0 64 0 0 85 11 12.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 6 4 5.457182397 5 5 4 4 0 1 0 1 1 1 1 0.542817603 NA NA NA 5 NA NA NA 1 NA NA NA 0.457182397 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 1.100798864 1.100798864 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 7.42E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 39481092 T C DSCR4 ENST00000328264 r.? - - intronic 45 0 0 41 1 2.4 29 3 10.3 60 0 0 73 13 17.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 6 4 5.457182397 5 5 4 4 0 1 0 1 1 1 1 0.542817603 NA NA NA 5 NA NA NA 1 NA NA NA 0.457182397 0.300571429 0.300571429 1 1.519526882 1.519526882 1 0 NA 0 1.518931766 1.518931766 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.18577148 1 0.000414371 1 1 1 7.97E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 40173743 T C ETS2 CCDS13659.1 r.? - - upstream 35 0 0 37 0 0 15 0 0 46 0 0 82 8 9.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 6 4 5.457182397 5 5 4 4 0 1 0 1 1 1 1 0.542817603 NA NA NA 5 NA NA NA 1 NA NA NA 0.457182397 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 0.836265804 0.836265804 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.00000001 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 41271269 C G PCP4 CCDS33563.1 r.? - - intronic 32 0 0 63 0 0 45 0 0 77 0 0 118 7 5.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 10 8 12 10 5 5 7 5 5 3 5 5 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 0.771492386 0.771492386 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.00000254 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 41410746 A C DSCAM CCDS42929.1 r.? - - intronic 27 0 0 36 0 0 24 0 0 81 0 0 104 7 6.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 10 8 12 10 5 5 7 5 5 3 5 5 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 0.876101523 0.876101523 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.00000109 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 41440710 C T DSCAM CCDS42929.1 r.? - - intronic 33 0 0 60 1 1.7 39 3 7.7 64 1 1.6 103 10 9.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 10 8 12 10 5 5 7 5 5 3 5 5 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.297904762 0.297904762 1 1.289956989 1.289956989 1 0.433504274 0.433504274 1 1.268385787 1.268385787 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.259739042 1 0.000998458 1 0.274433592 1 1.51E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 41850933 G C DSCAM CCDS42929.1 r.? - - intronic 23 0 0 39 0 0 21 0 0 59 0 0 87 6 6.9 0 0 NA 0 0 NA 4 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 8 12 5 4 5 7 4 0 3 5 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 0.557253807 0.557253807 1 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.00000558 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 42010449 A T DSCAM CCDS42929.1 r.? - - intronic 36 0 0 67 0 0 19 0 0 107 0 0 113 8 7.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 10 8 12 9.678637329 5 5 7 5 5 3 5 4 1 1 1 0.321362671 NA NA NA 5 NA NA NA 5 NA NA NA 0.678637329 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 0.905589342 0.905589342 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000000125 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 42268246 C A - - - - - - 29 0 0 48 0 0 33 0 0 92 0 0 113 10 8.8 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 10 8 12 9.678637329 5 5 7 5 5 3 5 4 1 1 1 0.321362671 NA NA NA 5 NA NA NA 5 NA NA NA 0.678637329 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 1.122420593 1.122420593 1 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 3.8E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 42306268 G A - - - - - - 30 0 0 50 4 8 34 4 11.8 67 3 4.5 89 11 12.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 10 8 12 9.678637329 5 5 7 5 5 3 5 4 1 1 1 0.321362671 NA NA NA 5 NA NA NA 5 NA NA NA 0.678637329 1.401904762 1.401904762 1 1.976817204 1.976817204 1 1.219230769 1.219230769 1 1.581592653 1.581592653 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000119787 1 0.0000257 1 0.004717431 1 1.25E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 42339936 A T - - - - - - 27 0 0 72 0 0 27 0 0 84 0 0 111 7 6.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 10 8 12 9.678637329 5 5 7 5 5 3 5 4 1 1 1 0.321362671 NA NA NA 5 NA NA NA 5 NA NA NA 0.678637329 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 0.803551106 0.803551106 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.00000168 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 42349875 A G - - - - - - 40 0 0 63 0 0 36 0 0 105 0 0 108 9 8.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 10 8 12 9.678637329 5 5 7 5 5 3 5 4 1 1 1 0.321362671 NA NA NA 5 NA NA NA 5 NA NA NA 0.678637329 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 1.058646695 1.058646695 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 4.89E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 42616617 G A BACE2 CCDS13668.1 r.? - - intronic 30 0 0 31 1 3.2 26 2 7.7 72 2 2.8 66 8 12.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.718079999 3 4.575180096 5.524706425 4 3 0 4 0 0 0 1 1.281920001 1 -3.575180096 0.475293575 4 NA 1 5 1 NA 0 1 -0.281920001 NA 4.575180096 0.524706425 0.359740465 0.359740465 1 0.904956989 0.904956989 1 0.550737521 0.550737521 1 1.040702675 1.040702675 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.143917729 1 0.007502227 1 0.050755634 1 1.73E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 43624482 A G ABCG1 CCDS42937.1 r.? - - intronic 37 0 0 31 0 0 20 0 0 83 0 0 78 8 10.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.718079999 3 4.575180096 5.524706425 4 3 0 4 0 0 0 1 1.281920001 1 -3.575180096 0.475293575 4 NA 1 5 1 NA 0 1 -0.281920001 NA 4.575180096 0.524706425 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 0.885887401 0.885887401 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 6.71E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 44763947 C A - - - - - - 37 0 0 30 0 0 9 0 0 4 0 0 90 18 20 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.718079999 3 4.575180096 5.524706425 4 3 0 4 0 0 0 1 1.281920001 1 -3.575180096 0.475293575 4 NA 1 5 1 NA 0 1 -0.281920001 NA 4.575180096 0.524706425 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 1.720169711 1.128197326 1.524706425 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.03E-23 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 45190200 C T CSTB CCDS13701.1 r.? - - downstream 26 0 0 25 0 0 20 0 0 14 0 0 80 9 11.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.718079999 3 4.575180096 5.524706425 4 3 0 4 0 0 0 1 1.281920001 1 -3.575180096 0.475293575 4 NA 1 5 1 NA 0 1 -0.281920001 NA 4.575180096 0.524706425 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 0.963295038 0.963295038 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 3.29E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 45929459 A T C21orf29 CCDS13712.1 r.? - - intronic 16 0 0 12 0 0 6 0 0 8 0 0 54 6 11.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.718079999 3 4.575180096 5.524706425 4 3 0 4 0 0 0 1 1.281920001 1 -3.575180096 0.475293575 4 NA 1 5 1 NA 0 1 -0.281920001 NA 4.575180096 0.524706425 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 0.95469419 0.95469419 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000000329 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 46102167 T C C21orf29 CCDS13712.1 r.? - - intronic 29 0 0 35 4 11.4 21 0 0 37 0 0 81 7 8.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.718079999 3 4.575180096 5.524706425 4 3 0 4 0 0 0 1 1.281920001 1 -3.575180096 0.475293575 4 NA 1 5 1 NA 0 1 -0.281920001 NA 4.575180096 0.524706425 1.281575406 1.281575406 1 0 0 1 0 NA 0 0.739672976 0.739672976 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.0000289 1 1 1 1 1 0.000000197 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 46306565 G T ITGB2 CCDS13716.1 r.? - - intronic 22 0 0 25 2 8 9 1 11.1 3 0 0 61 7 11.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.718079999 3 4.575180096 5.524706425 4 3 0 4 0 0 0 1 1.281920001 1 -3.575180096 0.475293575 4 NA 1 5 1 NA 0 1 -0.281920001 NA 4.575180096 0.524706425 0.899351162 0.899351162 1 1.304548387 1.304548387 1 0 NA 0 0.989097584 0.989097584 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.006948068 1 0.044110422 1 1 1 2.69E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 46931251 G C SLC19A1 CCDS13725.1 r.? - - downstream 20 0 0 27 0 0 19 0 0 12 0 0 67 9 13.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.718079999 3 4.575180096 5.524706425 4 3 0 4 0 0 0 1 1.281920001 1 -3.575180096 0.475293575 4 NA 1 5 1 NA 0 1 -0.281920001 NA 4.575180096 0.524706425 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 1.152513707 1.152513707 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 6.43E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 47386668 G A - - - - - - 38 0 0 41 0 0 29 0 0 55 0 0 56 6 10.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.718079999 3 4.575180096 5.524706425 4 3 0 4 0 0 0 1 1.281920001 1 -3.575180096 0.475293575 4 NA 1 5 1 NA 0 1 -0.281920001 NA 4.575180096 0.524706425 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 0.920290796 0.920290796 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000000409 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 47397050 C G COL6A1 CCDS13727.1 r.? - - upstream 19 0 0 5 1 20 3 1 33.3 11 0 0 54 12 22.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.718079999 3 4.575180096 5.524706425 4 3 0 4 0 0 0 1 1.281920001 1 -3.575180096 0.475293575 4 NA 1 5 1 NA 0 1 -0.281920001 NA 4.575180096 0.524706425 2.248377905 2.248377905 1 3.913645161 3.913645161 1 0 NA 0 1.90938838 0.95469419 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.024751247 1 0.014925125 1 1 1 6.9E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 21 47426329 G A COL6A1 CCDS13727.1 r.? - - downstream 22 0 0 2 0 0 1 0 0 4 0 0 62 8 12.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.718079999 3 4.575180096 5.524706425 4 3 0 4 0 0 0 1 1.281920001 1 -3.575180096 0.475293575 4 NA 1 5 1 NA 0 1 -0.281920001 NA 4.575180096 0.524706425 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 1.109509464 1.109509464 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.04E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 1494183 C T TPO CCDS1643.1 r.? - - intronic 39 1 2.6 86 9 10.5 39 5 12.8 18 4 22.2 210 31 14.8 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 12 9 9 15 9 6 7 11 3 3 2 4 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.05 1.025 2 2.272344086 2.272344086 1 5.348871795 1.069774359 5 2.675269036 0.891756345 3 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 0.177567718 1 6.35E-10 1 0.00000156 1 0.00000181 1 2.25E-35 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 22 16612925 G C - - - - - - 24 0 0 27 2 7.4 16 1 6.2 53 2 3.8 58 8 13.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.669744295 3 1 4 2 2 1 2 1 1 0 2 0.330255705 1 1 1 2 NA NA NA 2 NA NA NA 0.669744295 NA NA NA 0.828322983 0.828322983 1 0.728666667 0.728666667 1 0.61157265 0.61157265 1 0.976507614 0.976507614 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.00807567 1 0.077068876 1 0.029108399 1 5.99E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 22 18773773 T C - - - - - - 28 0 0 49 2 4.1 18 1 5.6 33 0 0 91 9 9.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.669744295 3 1 4 2 2 1 2 1 1 0 2 0.330255705 1 1 1 2 NA NA NA 2 NA NA NA 0.669744295 NA NA NA 0.458935707 0.458935707 1 0.658150538 0.658150538 1 0 NA 0 0.700538071 0.700538071 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.025168485 1 0.086275114 1 1 1 1.06E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 22 20813897 T C KLHL22 CCDS13780.1 r.? - - intronic 44 0 0 39 0 0 26 0 0 51 0 0 69 9 13 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.669744295 3 1 4 2 2 1 2 1 1 0 2 0.330255705 1 1 1 2 NA NA NA 2 NA NA NA 0.669744295 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 0.919898477 0.919898477 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 8.45E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 22 21402497 G A ENSG00000187905 ENST00000342608 r.? - - intronic 34 0 0 24 1 4.2 12 0 0 29 0 0 65 12 18.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.669744295 3 1 4 2 2 1 2 1 1 0 2 0.330255705 1 1 1 2 NA NA NA 2 NA NA NA 0.669744295 NA NA NA 0.47012926 0.47012926 1 0 0 1 0 NA 0 1.309086294 1.309086294 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.113346489 1 1 1 1 1 7.7E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 22 22121923 C T MAPK1 CCDS13795.1 r.? - - intronic 36 0 0 38 0 0 17 0 0 54 0 0 63 9 14.3 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.669744295 3 1 4 2 2 1 2 1 1 0 2 0.330255705 1 1 1 2 NA NA NA 2 NA NA NA 0.669744295 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 1.011888325 1.011888325 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 3.62E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 22 22185703 G T MAPK1 CCDS13795.1 r.? - - intronic 29 0 0 30 0 0 19 0 0 70 3 4.3 83 11 13.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.669744295 3 1 4 2 2 1 2 1 1 0 2 0.330255705 1 1 1 2 NA NA NA 2 NA NA NA 0.669744295 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.692042735 0.692042735 1 0.941126904 0.941126904 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 1 1 0.005331097 1 5.66E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 22 22672861 G A - - - - - - 35 0 0 37 4 10.8 20 2 10 25 0 0 85 13 15.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.669744295 3 1 4 2 2 1 2 1 1 0 2 0.330255705 1 1 1 2 NA NA NA 2 NA NA NA 0.669744295 NA NA NA 1.208903812 1.208903812 1 1.175268817 1.175268817 1 0 NA 0 1.082649746 1.082649746 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.0000362 1 0.004473894 1 1 1 6.45E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 22 25838691 C A - - - - - - 35 0 0 37 3 8.1 27 3 11.1 27 0 0 54 7 13 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.669744295 3 1 4 2 2 1 2 1 1 0 2 0.330255705 1 1 1 2 NA NA NA 2 NA NA NA 0.669744295 NA NA NA 0.906677859 0.906677859 1 1.304548387 1.304548387 1 0 NA 0 0.919898477 0.919898477 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.000855237 1 0.000334187 1 1 1 1.13E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 22 26304285 G A MYO18B ENST00000407587 r.5155-4g>a c.5155-4G>A p.? splice region 28 0 0 33 0 0 14 0 0 22 0 0 71 12 16.9 407 1 0.2 974 0 0 329 0 0 699 2 0.3 822 108 13.1 FALSE FALSE 3.669744295 3 1 4 2 2 1 2 1 1 0 2 0.330255705 1 1 1 2 NA NA NA 2 NA NA NA 0.669744295 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 1.19586802 1.19586802 1 0 0 1 0 0 1 0.048282051 NA 0 0.926974619 0.926974619 1 NA NA 1 0.869984879 1 1 1 1 1 0.864244729 2.38E-15 2.74E-113 YES 0_0 0_0 0_0 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b 22 26576047 C T SEZ6L CCDS13833.1 r.? - - intronic 27 0 0 31 1 3.2 21 0 0 72 3 4.2 60 10 16.7 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 2 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 3.669744295 3 1 4 2 2 1 2 1 1 0 2 0.330255705 1 1 1 2 NA NA NA 2 NA NA NA 0.669744295 NA NA NA 0.358193722 0.358193722 1 0 0 1 0.675948718 0.675948718 1 1.181715736 1.181715736 1 NA NA 1 0 0 1 0 NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.143917729 1 1 1 0.00576558 1 5.86E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 22 26750831 T A SEZ6L CCDS13833.1 r.? - - intronic 26 0 0 33 3 9.1 22 0 0 28 1 3.6 66 10 15.2 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.669744295 3 1 4 2 2 1 2 1 1 0 2 0.330255705 1 1 1 2 NA NA NA 2 NA NA NA 0.669744295 NA NA NA 1.018613398 1.018613398 1 0 0 1 0.579384615 NA 0 1.075573604 1.075573604 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.000609557 1 1 1 0.130947004 1 1.6E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 22 28777864 G C TTC28 CCDS46678.1 r.? - - intronic 33 0 0 48 2 4.2 31 0 0 88 2 2.3 66 8 12.1 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.669744295 3 1 4 2 2 1 2 1 1 0 2 0.330255705 1 1 1 2 NA NA NA 2 NA NA NA 0.669744295 NA NA NA 0.47012926 0.47012926 1 0 0 1 0.370162393 NA 0 0.856213198 0.856213198 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.024220359 1 1 1 0.072188127 1 1.73E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 22 29340192 G A ZNRF3 CCDS42999.1 r.? - - intronic 36 0 0 29 1 3.4 29 3 10.3 47 0 0 68 16 23.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.669744295 3 1 4 2 2 1 2 1 1 0 2 0.330255705 1 1 1 2 NA NA NA 2 NA NA NA 0.669744295 NA NA NA 0.38058083 0.38058083 1 1.210526882 1.210526882 1 0 NA 0 1.662893401 0.831446701 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.135292269 1 0.000414371 1 1 1 1.75E-22 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 22 29445946 G A ZNRF3 CCDS42999.1 r.1642g>a c.1477G>A p.D493N missense 39 0 0 16 0 0 7 0 0 6 0 0 62 7 11.3 83 0 0 56 0 0 74 0 0 54 0 0 77 13 16.9 FALSE FALSE 3.669744295 3 1 4 2 2 1 2 1 1 0 2 0.330255705 1 1 1 2 NA NA NA 2 NA NA NA 0.669744295 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 0.799604061 0.799604061 1 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 1.19586802 1.19586802 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 3.02E-08 1.67E-16 YES 0_0 0_0 0_0 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b 22 29575835 C T - - - - - - 26 0 0 40 3 7.5 26 1 3.8 24 3 12.5 72 16 22.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.669744295 3 1 4 2 2 1 2 1 1 0 2 0.330255705 1 1 1 2 NA NA NA 2 NA NA NA 0.669744295 NA NA NA 0.839516536 0.839516536 1 0.446602151 0.446602151 1 2.011752137 2.011752137 1 1.570903553 0.785451777 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.001075403 1 0.122190858 1 0.000233853 1 4.82E-22 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 22 30441940 T C AC003681.2 ENST00000504478 r.? - - intronic 29 0 0 41 3 7.3 18 0 0 26 2 7.7 60 7 11.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.669744295 3 1 4 2 2 1 2 1 1 0 2 0.330255705 1 1 1 2 NA NA NA 2 NA NA NA 0.669744295 NA NA NA 0.817129429 0.817129429 1 0 0 1 1.239239316 1.239239316 1 0.827908629 0.827908629 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.001155993 1 1 1 0.007502227 1 2.39E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 22 33727635 C G LARGE CCDS13912.1 r.? - - intronic 31 0 0 30 1 3.3 18 1 5.6 25 0 0 65 8 12.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.669744295 3 1 4 2 2 1 2 1 1 0 2 0.330255705 1 1 1 2 NA NA NA 2 NA NA NA 0.669744295 NA NA NA 0.369387276 0.369387276 1 0.658150538 0.658150538 1 0 NA 0 0.870365482 0.870365482 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.139615808 1 0.086275114 1 1 1 1.53E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 22 33961629 C T LARGE CCDS13912.1 r.? - - intronic 24 0 0 40 0 0 18 0 0 62 0 0 69 8 11.6 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.669744295 3 1 4 2 2 1 2 1 1 0 2 0.330255705 1 1 1 2 NA NA NA 2 NA NA NA 0.669744295 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 0.820832487 0.820832487 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.49E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 22 34445632 C G - - - - - - 38 0 0 38 3 7.9 21 1 4.8 78 0 0 70 17 24.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.669744295 3 1 4 2 2 1 2 1 1 0 2 0.330255705 1 1 1 2 NA NA NA 2 NA NA NA 0.669744295 NA NA NA 0.884290752 0.884290752 1 0.564129032 0.564129032 1 0 NA 0 1.719502538 0.859751269 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.000925091 1 0.099912572 1 1 1 4.68E-24 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 22 35445188 G T - - - - - - 33 0 0 47 0 0 17 0 0 74 0 0 71 10 14.1 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.669744295 3 1 4 2 2 1 2 1 1 0 2 0.330255705 1 1 1 2 NA NA NA 2 NA NA NA 0.669744295 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 0.997736041 0.997736041 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 3.42E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 22 37300103 C T - - - - - - 30 0 0 38 2 5.3 20 3 15 60 1 1.7 78 16 20.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.669744295 3 1 4 2 2 1 2 1 1 0 2 0.330255705 1 1 1 2 NA NA NA 2 NA NA NA 0.669744295 NA NA NA 0.593258352 0.593258352 1 1.762903226 1.762903226 1 0.273598291 NA 0 1.450609137 1.450609137 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.015598339 1 0.0001337 1 0.259739042 1 1.96E-21 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 22 37380916 G C - - - - - - 25 0 0 33 1 3 11 0 0 37 2 5.4 43 13 30.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.669744295 3 1 4 2 2 1 2 1 1 0 2 0.330255705 1 1 1 2 NA NA NA 2 NA NA NA 0.669744295 NA NA NA 0.335806615 0.335806615 1 0 0 1 0.869076923 0.869076923 1 2.136994924 1.068497462 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.15245715 1 1 1 0.014826063 1 3.88E-20 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 22 37446807 A T KCTD17 CCDS13940.2 r.? - - upstream 33 0 0 35 0 0 24 1 4.2 42 0 0 66 11 16.7 0 0 NA 0 0 NA 2 2 100 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.669744295 3 1 4 2 2 1 2 1 1 0 2 0.330255705 1 1 1 2 NA NA NA 2 NA NA NA 0.669744295 NA NA NA 0 0 1 0.493612903 0.493612903 1 0 NA 0 1.181715736 1.181715736 1 NA NA 1 11.75268817 5.876344086 2 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 0.113346489 0.000025 1 1 4.07E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 22 37806496 G A ELFN2 CCDS33642.1 r.? - - intronic 33 0 0 28 0 0 9 0 0 8 0 0 70 18 25.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.669744295 3 1 4 2 2 1 2 1 1 0 2 0.330255705 1 1 1 2 NA NA NA 2 NA NA NA 0.669744295 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 1.818568528 0.909284264 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 6.91E-26 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 22 37884725 G A CARD10 CCDS13948.1 r.? - - downstream 37 0 0 34 0 0 18 0 0 11 0 0 98 15 15.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.669744295 3 1 4 2 2 1 2 1 1 0 2 0.330255705 1 1 1 2 NA NA NA 2 NA NA NA 0.669744295 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 1.082649746 1.082649746 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 3.78E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 22 38295152 G C - - - - - - 33 0 0 38 0 0 32 0 0 20 0 0 63 5 7.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.669744295 3 1 4 2 2 1 2 1 1 0 2 0.330255705 1 1 1 2 NA NA NA 2 NA NA NA 0.669744295 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 0.559015228 0.559015228 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.0000173 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 22 39436815 C A APOBEC3F CCDS33648.1 r.207c>a c.? p.? 5'UTR variant 20 0 0 14 2 14.3 19 1 5.3 8 0 0 46 8 17.4 71 1 1.4 331 21 6.3 653 0 0 264 7 2.7 252 41 16.3 FALSE TRUE 3.669744295 3 1 4 2 2 1 2 1 1 0 2 0.330255705 1 1 1 2 NA NA NA 2 NA NA NA 0.669744295 NA NA NA 1.600678196 1.600678196 1 0.622892473 0.622892473 1 0 NA 0 1.231248731 1.231248731 1 0.705193891 0.705193891 1 0 0 1 0.434538462 0.434538462 1 1.153411168 1.153411168 1 NA 14 1 0.299450652 0.002185852 9.16E-17 0.090843738 1 1 0.000418838 8.61E-11 4.44E-48 YES 1_1 0_0 0_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b 22 39438995 G C APOBEC3F CCDS33648.1 r.428g>c c.71G>C p.R24T missense 27 0 0 30 0 0 16 0 0 22 0 0 56 11 19.6 187 0 0 421 26 6.2 80 0 0 306 8 2.6 371 58 15.6 FALSE TRUE 3.669744295 3 1 4 2 2 1 2 1 1 0 2 0.330255705 1 1 1 2 NA NA NA 2 NA NA NA 0.669744295 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 1.386923858 1.386923858 1 0.694000337 1.036216869 0.669744295 0 0 1 0.418444444 0.418444444 1 1.103878173 1.103878173 1 NA 14 1 1 1 4.26E-20 1 1 1 0.000182224 5.91E-15 3.02E-66 YES 0_1 0_0 0_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b 22 39696038 G A - - - - - - 27 0 0 34 3 8.8 14 2 14.3 26 1 3.8 69 6 8.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.669744295 3 1 4 2 2 1 2 1 1 0 2 0.330255705 1 1 1 2 NA NA NA 2 NA NA NA 0.669744295 NA NA NA 0.985032736 0.985032736 1 1.680634409 1.680634409 1 0.61157265 NA 0 0.615624365 0.615624365 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.000666058 1 0.002185852 1 0.122190858 1 0.00000143 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 22 39916134 A C SMCR7L CCDS13995.1 r.? - - downstream 32 0 0 15 0 0 9 0 0 9 0 0 72 9 12.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.669744295 3 1 4 2 2 1 2 1 1 0 2 0.330255705 1 1 1 2 NA NA NA 2 NA NA NA 0.669744295 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 0.884517766 0.884517766 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.25E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 22 41616035 C G L3MBTL2 CCDS14011.1 r.? - - intronic 24 0 0 17 0 0 19 0 0 28 0 0 55 10 18.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.669744295 3 1 4 2 2 1 2 1 1 0 2 0.330255705 1 1 1 2 NA NA NA 2 NA NA NA 0.669744295 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 1.287857868 1.287857868 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.33E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 22 43807654 G A MPPED1 CCDS46723.1 r.? - - intronic 38 0 0 2 0 0 0 0 NA 3 0 0 49 6 12.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.669744295 3 1 4 2 2 1 2 1 1 0 2 0.330255705 1 1 1 2 NA NA NA 2 NA NA NA 0.669744295 NA NA NA 0 0 1 NA NA 1 0 NA 0 0.86328934 0.86328934 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000000182 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 22 44067174 C T EFCAB6 CCDS14049.1 r.? - - intronic 34 0 0 39 0 0 24 0 0 51 0 0 75 13 17.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.669744295 3 1 4 2 2 1 2 1 1 0 2 0.330255705 1 1 1 2 NA NA NA 2 NA NA NA 0.669744295 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 1.224172589 1.224172589 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.16E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 22 44177352 T A EFCAB6 CCDS14049.1 r.? - - intronic 33 0 0 43 0 0 25 0 0 54 0 0 67 13 19.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.669744295 3 1 4 2 2 1 2 1 1 0 2 0.330255705 1 1 1 2 NA NA NA 2 NA NA NA 0.669744295 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 1.372771574 1.372771574 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.41E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 22 44379392 T A SAMM50 CCDS14055.1 r.? - - intronic 27 0 0 43 0 0 14 0 0 66 3 4.5 52 9 17.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.669744295 3 1 4 2 2 1 2 1 1 0 2 0.330255705 1 1 1 2 NA NA NA 2 NA NA NA 0.669744295 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.724230769 0.724230769 1 1.224172589 1.224172589 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 1 1 0.004522888 1 5.92E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 22 45323372 G A PHF21B CCDS14061.1 r.? - - intronic 34 0 0 45 4 8.9 20 0 0 22 1 4.5 64 6 9.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.669744295 3 1 4 2 2 1 2 1 1 0 2 0.330255705 1 1 1 2 NA NA NA 2 NA NA NA 0.669744295 NA NA NA 0.99622629 0.99622629 1 0 0 1 0.724230769 NA 0 0.66515736 0.66515736 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.0000791 1 1 1 0.104413009 1 0.000000914 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 22 46495320 C A MIRLET7A3 ENST00000360737 r.? - - intronic 28 0 0 15 0 0 7 0 0 5 0 0 69 12 17.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA FALSE FALSE 3.669744295 3 1 4 2 2 1 2 1 1 0 2 0.330255705 1 1 1 2 NA NA NA 2 NA NA NA 0.669744295 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 1.231248731 1.231248731 1 NA NA 1 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.65E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 22 46715572 G A GTSE1 CCDS14074.2 r.? - - intronic 34 0 0 35 3 8.6 22 0 0 31 2 6.5 58 11 19 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.669744295 3 1 4 2 2 1 2 1 1 0 2 0.330255705 1 1 1 2 NA NA NA 2 NA NA NA 0.669744295 NA NA NA 0.962645628 0.962645628 1 0 0 1 1.046111111 1.046111111 1 1.344467005 1.344467005 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000725791 1 1 1 0.010558179 1 8.96E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 22 47980686 A T - - - - - - 39 0 0 44 0 0 28 0 0 75 0 0 61 10 16.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.669744295 3 1 4 2 2 1 2 1 1 0 2 0.330255705 1 1 1 2 NA NA NA 2 NA NA NA 0.669744295 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 1.16048731 1.16048731 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 6.98E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 22 48364473 T C - - - - - - 35 0 0 39 0 0 25 0 0 79 0 0 67 11 16.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 2 100 FALSE FALSE 3.669744295 3 1 4 2 2 1 2 1 1 0 2 0.330255705 1 1 1 2 NA NA NA 2 NA NA NA 0.669744295 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 1.16048731 1.16048731 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 7.076142132 3.538071066 2 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 4.85E-14 0.000025 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 22 48975659 C G FAM19A5 CCDS46729.1 r.? - - intronic 19 0 0 24 2 8.3 14 1 7.1 25 1 4 60 8 13.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.669744295 3 1 4 2 2 1 2 1 1 0 2 0.330255705 1 1 1 2 NA NA NA 2 NA NA NA 0.669744295 NA NA NA 0.929064967 0.929064967 1 0.83444086 0.83444086 1 0.643760684 NA 0 0.941126904 0.941126904 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.006413403 1 0.067769881 1 0.117779757 1 7.93E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 22 49448684 C T - - - - - - 28 0 0 41 0 0 19 0 0 29 0 0 59 9 15.3 75 0 0 103 0 0 28 0 0 114 0 0 137 15 10.9 FALSE FALSE 3.669744295 3 1 4 2 2 1 2 1 1 0 2 0.330255705 1 1 1 2 NA NA NA 2 NA NA NA 0.669744295 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 1.082649746 1.082649746 1 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 0.771299492 0.771299492 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.96E-11 6.68E-16 YES 0_0 0_0 0_0 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b 22 49934966 C T - - - - - - 31 0 0 4 0 0 6 0 0 3 1 33.3 54 14 25.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.669744295 3 1 4 2 2 1 2 1 1 0 2 0.330255705 1 1 1 2 NA NA NA 2 NA NA NA 0.669744295 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 5.359307692 5.359307692 1 1.832720812 0.916360406 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 1 1 1 1 0.014925125 1 1.64E-20 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 22 51056693 A G - - - - - - 32 0 0 33 0 0 18 0 0 52 0 0 67 10 14.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.669744295 3 1 4 2 2 1 2 1 1 0 2 0.330255705 1 1 1 2 NA NA NA 2 NA NA NA 0.669744295 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 1.054345178 1.054345178 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.87E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 466075 C G - - - - - - 22 0 0 51 0 0 25 0 0 67 0 0 68 10 14.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.454034334 4 8 3 3 4 5 3 0 0 3 0 0.545965666 1 1 1 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.454034334 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.893192893 0.893192893 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.18E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 1341833 A T CNTN6 CCDS2557.1 r.? - - intronic 23 0 0 44 0 0 23 0 0 25 0 0 53 10 18.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5.599105779 4 8 6.230193471 3 3 5 3 2 1 3 3 0.400894221 1 1 0.769806529 4 NA NA 4 2 NA NA 3 0.599105779 NA NA 0.230193471 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 1.758897429 0.879448715 2 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.57E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 1474357 C A - - - - - - 22 0 0 42 3 7.1 22 2 9.1 2 0 0 65 11 16.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5.599105779 4 8 6.230193471 3 3 5 3 2 1 3 3 0.400894221 1 1 0.769806529 4 NA NA 4 2 NA NA 3 0.599105779 NA NA 0.230193471 0.931726987 0.931726987 1 1.160494624 1.160494624 1 0 0 1 1.572770717 1.572770717 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.001240292 1 0.005403392 1 1 1 3.41E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 2018912 A T - - - - - - 40 0 0 40 0 0 25 0 0 63 0 0 79 11 13.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5.599105779 4 8 6.230193471 3 3 5 3 2 1 3 3 0.400894221 1 1 0.769806529 4 NA NA 4 2 NA NA 3 0.599105779 NA NA 0.230193471 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 1.293580649 1.293580649 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 3.23E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 2070151 G T - - - - - - 25 0 0 49 0 0 36 0 0 83 0 0 68 8 11.8 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5.599105779 4 8 6.230193471 3 3 5 3 2 1 3 3 0.400894221 1 1 0.769806529 4 NA NA 4 2 NA NA 3 0.599105779 NA NA 0.230193471 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 1.098147601 1.098147601 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.21E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 2590414 G C CNTN4 CCDS43041.1 r.? - - intronic 31 0 0 35 1 2.9 33 3 9.1 78 0 0 86 16 18.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5.599105779 4 8 6.230193471 3 3 5 3 2 1 3 3 0.400894221 1 1 0.769806529 4 NA NA 4 2 NA NA 3 0.599105779 NA NA 0.230193471 0.380564544 0.380564544 1 1.160494624 1.160494624 1 0 0 1 1.730978422 0.865489211 2 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.16091139 1 0.000609557 1 1 1 1.06E-20 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 2938276 G A CNTN4 CCDS43041.1 r.? - - intronic 39 0 0 42 3 7.1 23 2 8.7 86 0 0 87 10 11.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5.599105779 4 8 6.230193471 3 3 5 3 2 1 3 3 0.400894221 1 1 0.769806529 4 NA NA 4 2 NA NA 3 0.599105779 NA NA 0.230193471 0.931726987 0.931726987 1 1.109483871 1.109483871 1 0 0 1 1.070228594 1.070228594 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.001240292 1 0.00589844 1 1 1 2.75E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 3647081 C T - - - - - - 36 0 0 37 1 2.7 27 0 0 109 1 0.9 79 7 8.9 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5.599105779 4 8 6.230193471 3 3 5 3 2 1 3 3 0.400894221 1 1 0.769806529 4 NA NA 4 2 NA NA 3 0.599105779 NA NA 0.230193471 0.354318713 0.354318713 1 0 NA 0 0.207846154 0.207846154 1 0.828263869 0.828263869 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.169281299 1 1 1 0.420950353 1 0.000000165 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 3893918 T A LRRN1 CCDS33685.1 r.? - - downstream 31 0 0 41 4 9.8 43 3 7 64 4 6.2 82 4 4.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5.599105779 4 8 5 3 3 5 3 2 1 3 2 0.400894221 1 1 1 4 NA NA NA 2 NA NA NA 0.599105779 NA NA NA 1.2860457 1.2860457 1 0.892688172 0.892688172 1 1.43182906 1.43182906 1 0.395730964 0.395730964 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.0000546 1 0.001328364 1 0.000312605 1 0.000801325 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 4032198 C G - - - - - - 33 0 0 48 0 0 30 0 0 63 0 0 89 13 14.6 430 1 0.2 855 0 0 526 0 0 803 0 0 834 91 10.9 FALSE FALSE 5.599105779 4 8 5 3 3 5 3 2 1 3 2 0.400894221 1 1 1 4 NA NA NA 2 NA NA NA 0.599105779 NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 1.179116751 1.179116751 1 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 0.880299492 0.880299492 1 NA NA 1 0.884142349 1 1 1 1 1 1 1.21E-15 3.08E-88 YES 0_0 0_0 0_0 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b 3 4032351 C T - - - - - - 37 0 0 43 0 0 33 0 0 65 0 0 84 10 11.9 399 0 0 889 0 0 510 0 0 942 3 0.3 996 98 9.8 FALSE FALSE 5.599105779 4 8 5 3 3 5 3 2 1 3 2 0.400894221 1 1 1 4 NA NA NA 2 NA NA NA 0.599105779 NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 0.961060914 0.961060914 1 0 0 1 0 NA 0 0.069282051 0.069282051 1 0.791461929 0.791461929 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 0.849378943 1.93E-11 1.89E-90 YES 0_0 0_0 0_0 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b 3 4032458 C G - - - - - - 27 0 0 44 0 0 26 0 0 55 0 0 103 9 8.7 230 0 0 463 0 0 312 0 0 496 3 0.6 556 58 10.4 FALSE FALSE 5.599105779 4 8 5 3 3 5 3 2 1 3 2 0.400894221 1 1 1 4 NA NA NA 2 NA NA NA 0.599105779 NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 0.702624365 0.702624365 1 0 NA 0 0 NA 0 0.138564103 0.138564103 1 0.839918782 0.839918782 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 0.451356108 3.21E-09 9.55E-56 YES 0_0 0_0 0_0 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b 3 4402881 G C SUMF1 CCDS2564.1 r.2108c>g c.? p.? 3'UTR variant 29 0 0 42 3 7.1 24 1 4.2 73 0 0 63 6 9.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5.599105779 4 8 5 3 3 5 3 2 1 3 2 0.400894221 1 1 1 4 NA NA NA 2 NA NA NA 0.599105779 NA NA NA 0.931726987 0.931726987 1 0.535612903 NA 0 0 0 1 0.767233503 0.767233503 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.001240292 1 0.113346489 1 1 1 0.000000832 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 4435458 C T SUMF1 CCDS2564.1 r.? - - intronic 20 0 0 47 1 2.1 21 0 0 66 3 4.5 64 8 12.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5.599105779 4 8 5 3 3 5 3 2 1 3 2 0.400894221 1 1 1 4 NA NA NA 2 NA NA NA 0.599105779 NA NA NA 0.275581221 0.275581221 1 0 NA 0 1.039230769 1.039230769 1 1.009517766 1.009517766 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.209895027 1 1 1 0.004522888 1 1.35E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 5802077 C A - - - - - - 32 0 0 46 0 0 24 0 0 55 0 0 48 6 12.5 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.641082306 4 8 4 3 3 5 3 0 1 3 1 0.358917694 1 1 1 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 0.884517766 0.884517766 1 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.00000016 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 6703063 C T - - - - - - 34 0 0 29 1 3.4 21 0 0 68 0 0 46 5 10.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 3.641082306 4 8 3 3 4 5 3 0 0 3 0 0.358917694 1 1 1 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 0.379606322 0.379606322 1 0 0 1 0 0 1 0.662299492 0.662299492 1 NA NA 0 NA NA 0 0 0 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.135292269 1 1 1 1 1 0.00000361 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 7276855 G C GRM7 CCDS43042.1 r.? - - intronic 34 0 0 35 4 11.4 22 2 9.1 55 2 3.6 56 9 16.1 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.641082306 4 3 3 3 4 3 3 0 0 0 0 0.358917694 1 1 1 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 1.272797669 1.272797669 1 1.160494624 1.160494624 1 0.651384615 0.651384615 1 0.978258883 0.978258883 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.0000289 1 0.005403392 1 0.031164417 1 1.2E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 7568606 G T GRM7 CCDS43042.1 r.? - - intronic 28 0 0 46 1 2.2 14 0 0 61 0 0 65 11 16.9 4 0 0 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.641082306 4 3 3 3 4 3 3 0 0 0 0 0.358917694 1 1 1 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 0.24562762 0.24562762 1 0 0 1 0 0 1 1.02686802 1.02686802 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.205924651 1 1 1 1 1 3.41E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 8102897 C A - - - - - - 29 0 0 26 2 7.7 16 0 0 45 2 4.4 53 10 18.9 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.641082306 4 3 3 3 4 3 3 0 0 0 0 0.358917694 1 1 1 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 0.859696671 0.859696671 1 0 0 1 0.796136752 0.796136752 1 1.148390863 1.148390863 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.007502227 1 1 1 0.021467209 1 1.57E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 8667724 C T C3orf32 CCDS2568.1 r.? - - intronic 30 0 0 28 0 0 19 0 0 42 0 0 50 11 22 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.641082306 4 3 3 3 4 3 3 0 0 0 0 0.358917694 1 1 1 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.336751269 1.336751269 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.52E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 11545145 G T ATG7 CCDS2605.1 r.? - - intronic 33 0 0 33 3 9.1 22 2 9.1 22 2 9.1 49 5 10.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.641082306 4 3 3 3 4 3 3 0 0 0 0 0.358917694 1 1 1 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 1.016005157 1.016005157 1 1.160494624 1.160494624 1 1.646555556 1.646555556 1 0.619766497 0.619766497 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000609557 1 0.005403392 1 0.005403392 1 0.00000496 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 11642136 C A VGLL4 CCDS2606.1 r.? - - intronic 40 0 0 44 0 0 28 0 0 53 0 0 60 11 18.3 69 0 0 49 0 0 14 0 0 76 0 0 80 13 16.2 TRUE TRUE 3.641082306 4 3 3 3 4 3 3 0 0 0 0 0.358917694 1 1 1 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.11193401 1.11193401 1 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.984335025 0.984335025 1 1 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1.34E-14 2.82E-16 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 11736507 G A VGLL4 CCDS2606.1 r.? - - intronic 28 0 0 26 2 7.7 29 1 3.4 35 1 2.9 49 8 16.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.641082306 4 3 3 3 4 3 3 0 0 0 0 0.358917694 1 1 1 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 0.859696671 0.859696671 1 0.433591398 0.433591398 1 0.524726496 0.524726496 1 0.990411168 0.990411168 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.007502227 1 0.135292269 1 0.16091139 1 1.47E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 11880197 C G C3orf31 CCDS2607.1 r.? - - intronic 34 0 0 34 0 0 28 0 0 41 0 0 57 9 15.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.641082306 4 3 3 3 4 3 3 0 0 0 0 0.358917694 1 1 1 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.960030457 0.960030457 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.42E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 12225123 G A SYN2 ENST00000341648 r.? - - intronic 36 0 0 39 1 2.6 26 1 3.8 71 3 4.2 58 5 8.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.641082306 4 3 3 3 4 3 3 0 0 0 0 0.358917694 1 1 1 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 0.290287188 0.290287188 1 0.484602151 0.484602151 1 0.759948718 0.759948718 1 0.522548223 0.522548223 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.177567718 1 0.122190858 1 0.00554578 1 0.0000115 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 12242083 G A - - - - - - 34 0 0 39 3 7.7 21 2 9.5 57 0 0 48 14 29.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.641082306 4 3 3 3 4 3 3 0 0 0 0 0.358917694 1 1 1 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 0.859696671 0.859696671 1 1.211505376 1.211505376 1 0 0 1 1.774233503 0.887116751 2 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.000998458 1 0.004928472 1 1 1 2.51E-21 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 12470277 G A PPARG CCDS2610.2 r.? - - intronic 30 0 0 34 0 0 23 0 0 61 0 0 64 14 21.9 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.641082306 4 3 3 3 4 3 3 0 0 0 0 0.358917694 1 1 1 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.330675127 1.330675127 1 NA NA 0 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.31E-19 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 12896542 G A CAND2 ENST00000454887 r.? - - intronic 37 0 0 28 0 0 24 0 0 41 0 0 60 8 13.3 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.641082306 4 3 3 3 4 3 3 0 0 0 0 0.358917694 1 1 1 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.808126904 0.808126904 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 7.93E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 13064431 C T IQSEC1 ENST00000435445 r.? - - intronic 30 0 0 33 0 0 18 0 0 25 0 0 61 7 11.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.641082306 4 3 3 3 4 3 3 0 0 0 0 0.358917694 1 1 1 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.698756345 0.698756345 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.69E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 14660109 G A - - - - - - 25 0 0 23 0 0 25 0 0 44 0 0 44 5 11.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.641082306 4 3 3 3 4 3 3 0 0 0 0 0.358917694 1 1 1 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.692680203 0.692680203 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.00000288 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 14705893 G A C3orf19 CCDS2620.2 r.? - - intronic 37 0 0 46 4 8.7 29 3 10.3 71 0 0 53 9 17 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.641082306 4 3 3 3 4 3 3 0 0 0 0 0.358917694 1 1 1 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 0.971345589 0.971345589 1 1.313526882 1.313526882 1 0 0 1 1.032944162 1.032944162 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 0.0000862 1 0.000414371 1 1 1 7.1E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 15925180 C A - - - - - - 34 0 0 36 1 2.8 19 1 5.3 72 0 0 48 7 14.6 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.641082306 4 3 3 3 4 3 3 0 0 0 0 0.358917694 1 1 1 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 0.312616971 0.312616971 1 0.675892473 0.675892473 1 0 0 1 0.887116751 0.887116751 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.165106833 1 0.090843738 1 1 1 4.81E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 16829972 G A - - - - - - 33 0 0 33 0 0 23 0 0 50 1 2 52 12 23.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.641082306 4 3 3 3 4 3 3 0 0 0 0 0.358917694 1 1 1 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.361880342 0.361880342 1 1.403588832 1.403588832 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.221687443 1 4.19E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 19151886 C T - - - - - - 27 0 0 36 3 8.3 20 2 10 75 4 5.3 53 12 22.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.641082306 4 3 3 3 4 3 3 0 0 0 0 0.358917694 1 1 1 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 0.926686022 0.926686022 1 1.275268817 1.275268817 1 0.958982906 0.958982906 1 1.373208122 1.373208122 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000788827 1 0.004473894 1 0.000572493 1 5.39E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 19470238 G C KCNH8 CCDS2632.1 r.? - - intronic 35 0 0 35 0 0 20 0 0 65 0 0 56 10 17.9 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.641082306 4 3 3 3 4 3 3 0 0 0 0 0.358917694 1 1 1 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.087629442 1.087629442 1 NA NA 0 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.82E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 20252759 C G - - - - - - 28 0 0 39 0 0 31 0 0 38 0 0 58 8 13.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.641082306 4 3 3 3 4 3 3 0 0 0 0 0.358917694 1 1 1 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.838507614 0.838507614 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 5.99E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 20646587 A T - - - - - - 31 0 0 39 0 0 23 0 0 62 0 0 52 8 15.4 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.641082306 4 3 3 3 4 3 3 0 0 0 0 0.358917694 1 1 1 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.935725888 0.935725888 1 NA NA 0 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.42E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 20824237 C G - - - - - - 31 0 0 35 0 0 20 0 0 74 0 0 51 5 9.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.641082306 4 3 3 3 4 3 3 0 0 0 0 0.358917694 1 1 1 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.595461929 0.595461929 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.00000606 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 22913816 T C - - - - - - 28 0 0 48 0 0 30 0 0 69 0 0 71 9 12.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.641082306 4 3 3 3 4 3 3 0 0 0 0 0.358917694 1 1 1 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.771670051 0.771670051 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.1E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 22956306 A C - - - - - - 32 0 0 30 0 0 23 0 0 67 0 0 66 9 13.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.641082306 4 3 3 3 4 3 3 0 0 0 0 0.358917694 1 1 1 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.82635533 0.82635533 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 5.59E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 23287968 C T UBE2E2 CCDS2637.1 r.? - - intronic 35 0 0 44 0 0 28 0 0 29 0 0 45 10 22.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.641082306 4 3 3 3 4 3 3 0 0 0 0 0.358917694 1 1 1 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.348903553 1.348903553 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.66E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 23638959 C T - - - - - - 29 0 0 43 2 4.7 23 1 4.3 27 0 0 56 6 10.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.641082306 4 3 3 3 4 3 3 0 0 0 0 0.358917694 1 1 1 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 0.524749916 0.524749916 1 0.548365591 0.548365591 1 0 0 1 0.650147208 0.650147208 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 0.019709573 1 0.108890944 1 1 1 0.000000409 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 27032221 T A - - - - - - 29 0 0 46 0 0 19 0 0 60 0 0 46 6 13 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.641082306 4 3 3 3 4 3 3 0 0 0 0 0.358917694 1 1 1 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.789898477 0.789898477 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000000123 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 27854410 T G - - - - - - 31 0 0 37 0 0 25 0 0 71 0 0 52 9 17.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.641082306 4 3 3 3 4 3 3 0 0 0 0 0.358917694 1 1 1 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.051172589 1.051172589 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 5.92E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 28083910 C T - - - - - - 30 0 0 34 3 8.8 24 1 4.2 72 0 0 52 11 21.2 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.641082306 4 3 3 3 4 3 3 0 0 0 0 0.358917694 1 1 1 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 0.982510481 0.982510481 1 0.535612903 0.535612903 1 0 0 1 1.288142132 1.288142132 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 0.000666058 1 0.113346489 1 1 1 2.44E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 28238235 G C - - - - - - 28 0 0 39 0 0 20 0 0 69 0 0 46 4 8.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.641082306 4 3 3 3 4 3 3 0 0 0 0 0.358917694 1 1 1 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.528624365 0.528624365 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.0000862 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 28412882 G T ZCWPW2 CCDS33723.1 r.? - - intronic 28 0 0 34 2 5.9 21 1 4.8 59 2 3.4 46 10 21.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.641082306 4 3 3 3 4 3 3 0 0 0 0 0.358917694 1 1 1 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 0.658728618 0.658728618 1 0.612129032 0.612129032 1 0.615196581 0.615196581 1 1.318522843 1.318522843 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.012612579 1 0.099912572 1 0.035441897 1 3.38E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 29132707 A G - - - - - - 39 0 0 37 0 0 25 0 0 57 0 0 60 11 18.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.641082306 4 3 3 3 4 3 3 0 0 0 0 0.358917694 1 1 1 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.11193401 1.11193401 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.34E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 29178137 A T - - - - - - 41 0 0 42 0 0 23 0 0 54 0 0 68 10 14.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.641082306 4 3 3 3 4 3 3 0 0 0 0 0.358917694 1 1 1 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.893192893 0.893192893 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.18E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 29327182 A C RBMS3 CCDS33725.1 r.? - - intronic 35 0 0 33 0 0 16 0 0 65 0 0 56 6 10.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.641082306 4 3 3 3 4 3 3 0 0 0 0 0.358917694 1 1 1 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.650147208 0.650147208 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000000409 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 30098497 C T - - - - - - 36 0 0 39 0 0 24 0 0 72 0 0 50 7 14 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.641082306 4 3 3 3 4 3 3 0 0 0 0 0.358917694 1 1 1 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.850659898 0.850659898 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 6.46E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 30920654 G A GADL1 CCDS2649.2 r.? - - intronic 39 0 0 30 0 0 25 0 0 91 0 0 55 7 12.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.641082306 4 3 3 3 4 3 3 0 0 0 0 0.358917694 1 1 1 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.771670051 0.771670051 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.28E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 31773020 G C OSBPL10 CCDS2651.1 r.? - - intronic 18 0 0 40 5 12.5 15 0 0 30 3 10 47 9 19.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.641082306 4 3 3 3 4 3 3 0 0 0 0 0.358917694 1 1 1 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 1.395611479 1.395611479 1 0 0 1 1.809401709 1.809401709 1 1.160543147 1.160543147 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.00000178 1 1 1 0.000458697 1 2.24E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 33326151 C T FBXL2 CCDS2658.1 r.? - - intronic 32 0 0 25 2 8 15 1 6.7 66 0 0 51 7 13.7 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.641082306 4 3 3 3 4 3 3 0 0 0 0 0.358917694 1 1 1 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 0.893191346 0.893191346 1 0.854430108 0.854430108 1 0 0 1 0.832431472 0.832431472 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 0.006948068 1 0.072431031 1 1 1 7.46E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 33802689 G A - - - - - - 33 0 0 47 0 0 22 0 0 25 0 0 40 6 15 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.641082306 4 3 3 3 4 3 3 0 0 0 0 0.358917694 1 1 1 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.91142132 0.91142132 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 5.18E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 34595953 C G - - - - - - 28 0 0 39 0 0 23 0 0 65 0 0 68 13 19.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.641082306 4 3 3 3 4 3 3 0 0 0 0 0.358917694 1 1 1 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.160543147 1.160543147 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.96E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 35157374 C A - - - - - - 34 0 0 33 0 0 30 0 0 63 0 0 56 8 14.3 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.641082306 4 3 3 3 4 3 3 0 0 0 0 0.358917694 1 1 1 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.868888325 0.868888325 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 4.48E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 35194390 A C - - - - - - 31 0 0 36 0 0 18 0 0 60 0 0 52 6 11.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.641082306 4 3 3 3 4 3 3 0 0 0 0 0.358917694 1 1 1 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.698756345 0.698756345 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000000261 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 35580854 G C - - - - - - 30 0 0 37 0 0 21 0 0 58 0 0 48 13 27.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 1 100 TRUE FALSE 3.641082306 4 3 3 3 4 3 3 0 0 0 0 0.358917694 1 1 1 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.646634518 0.823317259 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 6.076142132 6.076142132 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2E-19 0.005 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 35797358 A C ENSG00000172995 CCDS2661.1 r.? - - intronic 38 0 0 38 0 0 19 0 0 74 0 0 62 9 14.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.641082306 4 3 3 3 4 3 3 0 0 0 0 0.358917694 1 1 1 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.881040609 0.881040609 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 3.12E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 36069423 G A - - - - - - 35 0 0 36 3 8.3 17 3 17.6 33 1 3 48 8 16.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.641082306 4 3 3 3 4 3 3 0 0 0 0 0.358917694 1 1 1 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 0.926686022 0.926686022 1 2.244473118 2.244473118 1 0.542820513 0.542820513 1 1.014715736 1.014715736 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000788827 1 0.0000807 1 0.15245715 1 1.23E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 36570170 A G STAC CCDS2662.1 r.? - - intronic 36 0 0 30 2 6.7 13 1 7.7 65 0 0 45 5 11.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.641082306 4 3 3 3 4 3 3 0 0 0 0 0.358917694 1 1 1 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 0.748047753 0.748047753 1 0.981956989 0.981956989 1 0 0 1 0.674451777 0.674451777 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 0.009909649 1 0.063085307 1 1 1 0.00000323 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 38512423 C T ACVR2B CCDS2679.1 r.? - - intronic 40 0 0 35 0 0 23 0 0 61 0 0 53 10 18.9 126 0 0 118 0 0 62 0 0 186 0 0 203 26 12.8 TRUE FALSE 3.641082306 4 3 3 3 4 3 3 0 0 0 0 0.358917694 1 1 1 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.148390863 1.148390863 1 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 0.777746193 0.777746193 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.57E-13 2.92E-28 YES 0_0 0_0 0_0 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b 3 42507801 C A - - - - - - 34 0 0 34 0 0 31 0 0 31 0 0 57 10 17.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.641082306 4 3 3 3 4 3 3 0 0 0 0 0.358917694 1 1 1 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.063324873 1.063324873 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 3.4E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 44908731 G C MIR564 CCDS2722.1 r.? - - downstream 29 0 0 37 2 5.4 24 1 4.2 42 2 4.8 56 12 21.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.641082306 4 3 3 3 4 3 3 0 0 0 0 0.358917694 1 1 1 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 0.602904159 0.602904159 1 0.535612903 0.535612903 1 0.868512821 0.868512821 1 1.300294416 1.300294416 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.014826063 1 0.113346489 1 0.018854633 1 1.11E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 44948616 C T TGM4 CCDS2723.1 r.1319c>u c.1251C>T p.I417I silent 35 0 0 30 4 13.3 19 3 15.8 43 3 7 50 7 14 211 0 0 473 63 13.3 96 20 20.8 335 14 4.2 445 62 13.9 TRUE TRUE 3.641082306 4 3 3 3 4 3 3 0 0 0 0 0.358917694 1 1 1 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 1.484930613 1.484930613 1 2.014924731 2.014924731 1 1.266581197 1.266581197 1 0.850659898 0.850659898 1 1.484930613 0.904848348 1.641082306 2.65255914 0.88418638 3 0.759948718 0.759948718 1 0.844583756 0.844583756 1 8 10 1 1 0.0000154 3.15E-67 0.000114071 1.43E-26 0.001328364 2.67E-09 6.46E-09 1.9E-67 YES 1_1 1_1 1_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b 3 44948938 G T TGM4 CCDS2723.1 r.? - - intronic 32 0 0 34 0 0 12 0 0 47 1 2.1 58 8 13.8 1 0 0 6 2 33.3 0 0 NA 1 0 0 2 0 0 TRUE FALSE 3.641082306 4 3 3 3 4 3 3 0 0 0 0 0.358917694 1 1 1 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.379974359 0.379974359 1 0.838507614 0.838507614 1 3.717908979 3.717908979 1 NA NA 1 0 NA 0 0 0 1 1 NA 1 1 1 0.000370028 1 1 0.209895027 1 5.99E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 45317924 C A - - - - - - 36 0 0 35 1 2.9 28 3 10.7 63 3 4.8 58 13 22.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.641082306 4 3 3 3 4 3 3 0 0 0 0 0.358917694 1 1 1 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 0.323781863 0.323781863 1 1.364537634 1.364537634 1 0.868512821 0.868512821 1 1.361055838 1.361055838 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.16091139 1 0.000372895 1 0.003968795 1 3.12E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 47383134 C T KLHL18 CCDS33749.1 r.? - - intronic 30 0 0 42 3 7.1 25 2 8 41 1 2.4 64 12 18.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 3.641082306 4 3 3 3 4 3 3 0 0 0 0 0.358917694 1 1 1 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 0.79270732 0.79270732 1 1.020215054 1.020215054 1 0.43425641 0.43425641 1 1.142314721 1.142314721 1 NA NA 1 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.001240292 1 0.006948068 1 0.18577148 1 6.3E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 48056153 A G MAP4 CCDS46818.1 r.? - - intronic 28 0 0 43 1 2.3 23 1 4.3 53 3 5.7 67 12 17.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.641082306 4 3 3 3 4 3 3 0 0 0 0 0.358917694 1 1 1 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 0.256792512 0.256792512 1 0.548365591 0.548365591 1 1.031358974 1.031358974 1 1.087629442 1.087629442 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.193893409 1 0.108890944 1 0.002429596 1 1.14E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 48260740 C T CAMP CCDS2762.1 r.? - - upstream 34 0 0 31 0 0 18 0 0 47 0 0 46 6 13 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.641082306 4 3 3 3 4 3 3 0 0 0 0 0.358917694 1 1 1 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.789898477 0.789898477 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000000123 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 48351985 A T SPINK8 CCDS46822.1 r.? - - intronic 17 0 0 30 0 0 16 0 0 30 0 0 16 5 31.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.641082306 4 3 3 3 4 3 3 0 0 0 0 0.358917694 1 1 1 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.895756345 1.895756345 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000000013 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 49799894 A G IP6K1 CCDS43092.1 r.? - - intronic 31 0 0 43 0 0 26 0 0 34 0 0 51 6 11.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.641082306 4 3 3 3 4 3 3 0 0 0 0 0.358917694 1 1 1 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.716984772 0.716984772 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000000232 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 50055870 G A RBM6 CCDS2809.1 r.? - - intronic 21 0 0 43 0 0 11 0 0 64 0 0 56 8 14.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.641082306 4 3 3 3 4 3 3 0 0 0 0 0.358917694 1 1 1 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.868888325 0.868888325 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 4.48E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 51525379 A C VPRBP ENST00000504652 r.? - - intronic 30 0 0 24 0 0 15 0 0 35 0 0 42 5 11.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.641082306 4 3 3 3 4 3 3 0 0 0 0 0.358917694 1 1 1 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.723060914 0.723060914 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.00000228 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 53247224 C T - - - - - - 28 0 0 29 0 0 19 0 0 48 0 0 58 8 13.8 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.641082306 4 3 3 3 4 3 3 0 0 0 0 0.358917694 1 1 1 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.838507614 0.838507614 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 5.99E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 54112713 A G - - - - - - 30 0 0 49 3 6.1 19 3 15.8 50 3 6 58 8 13.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.641082306 4 3 3 3 4 3 3 0 0 0 0 0.358917694 1 1 1 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 0.681058402 0.681058402 1 2.014924731 2.014924731 1 1.085641026 1.085641026 1 0.838507614 0.838507614 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.001939399 1 0.000114071 1 0.002055544 1 5.99E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 55241673 A G - - - - - - 33 0 0 40 0 0 27 0 0 67 0 0 49 9 18.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 TRUE FALSE 3.641082306 4 3 3 3 4 3 3 0 0 0 0 0.358917694 1 1 1 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.118010152 1.118010152 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 0 0 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 3.35E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 55487857 C T - - - - - - 34 0 0 32 0 0 28 0 0 75 0 0 31 7 22.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.641082306 4 3 3 3 4 3 3 0 0 0 0 0.358917694 1 1 1 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.373208122 1.373208122 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.85E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 55626831 C T ERC2 CCDS46851.1 r.? - - intronic 30 0 0 43 0 0 15 0 0 72 0 0 46 7 15.2 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.641082306 4 3 3 3 4 3 3 0 0 0 0 0.358917694 1 1 1 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.923573604 0.923573604 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 3.53E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 56955932 C G ARHGEF3 CCDS46854.1 r.? - - intronic 36 0 0 34 2 5.9 19 2 10.5 67 1 1.5 51 11 21.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.641082306 4 3 3 3 4 3 3 0 0 0 0 0.358917694 1 1 1 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 0.658728618 0.658728618 1 1.339032258 1.339032258 1 0.271410256 0.271410256 1 1.312446701 1.312446701 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.012612579 1 0.004039874 1 0.285262761 1 1.94E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 57462119 C G DNAH12 CCDS46857.1 r.? - - intronic 29 0 0 25 2 8 26 1 3.8 26 0 0 59 11 18.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.641082306 4 3 3 3 4 3 3 0 0 0 0 0.358917694 1 1 1 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 0.893191346 0.893191346 1 0.484602151 0.484602151 1 0 0 1 1.130162437 1.130162437 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.006948068 1 0.122190858 1 1 1 1.1E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 57653463 G C FAM116A CCDS33773.1 r.? - - intronic 42 0 0 51 0 0 26 0 0 57 0 0 78 16 20.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.641082306 4 3 3 3 4 3 3 0 0 0 0 0.358917694 1 1 1 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.245609137 1.245609137 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.96E-21 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 58483710 T C KCTD6 CCDS2891.1 r.211u>c c.? p.? 5'UTR variant 21 0 0 36 0 0 12 0 0 37 0 0 47 9 19.1 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.641082306 4 3 3 3 4 3 3 0 0 0 0 0.358917694 1 1 1 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.160543147 1.160543147 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.24E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 58697565 G C - - - - - - 32 0 0 39 0 0 23 0 0 56 0 0 55 10 18.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.641082306 4 3 3 3 4 3 3 0 0 0 0 0.358917694 1 1 1 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.105857868 1.105857868 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.33E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 59136918 T G - - - - - - 38 0 0 43 2 4.7 29 2 6.9 56 3 5.4 45 8 17.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.641082306 4 3 3 3 4 3 3 0 0 0 0 0.358917694 1 1 1 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 0.524749916 0.524749916 1 0.879935484 0.879935484 1 0.977076923 0.977076923 1 1.081553299 1.081553299 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.019709573 1 0.009279585 1 0.00284314 1 7.14E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 59853793 C T FHIT CCDS2894.1 r.? - - intronic 21 0 0 32 0 0 25 0 0 50 0 0 64 11 17.2 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.641082306 4 3 3 3 4 3 3 0 0 0 0 0.358917694 1 1 1 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.045096447 1.045096447 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.85E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 60106746 C A FHIT CCDS2894.1 r.? - - intronic 34 0 0 40 0 0 25 2 8 75 1 1.3 52 10 19.2 295 1 0.3 442 25 5.7 186 2 1.1 408 25 6.1 387 51 13.2 TRUE TRUE 3.641082306 4 3 3 3 4 3 3 0 0 0 0 0.358917694 1 1 1 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 0 0 1 1.020215054 1.020215054 1 0.235222222 0.235222222 1 1.166619289 1.166619289 1 0.636398834 0.99269443 0.641082306 0.14027957 0.14027957 1 1.103735043 1.103735043 1 0.802050761 0.802050761 1 4 14 1 0.772066153 1 1.77E-18 0.006948068 0.238446056 0.313356907 2.65E-19 1.28E-13 1.64E-54 YES 0_1 1_0 0_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b 3 60106747 T A FHIT CCDS2894.1 r.? - - intronic 34 0 0 40 0 0 25 2 8 75 1 1.3 54 12 22.2 294 0 0 439 25 5.7 185 3 1.6 408 23 5.6 385 48 12.5 TRUE TRUE 3.641082306 4 3 3 3 4 3 3 0 0 0 0 0.358917694 1 1 1 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 0 0 1 1.020215054 1.020215054 1 0.235222222 0.235222222 1 1.348903553 1.348903553 1 0.636398834 0.99269443 0.641082306 0.204043011 0.204043011 1 1.013264957 1.013264957 1 0.759517766 0.759517766 1 4 14 1 1 1 1.51E-18 0.006948068 0.06657802 0.313356907 4.29E-17 6.9E-17 3.25E-50 YES 0_1 1_0 0_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b 3 60345204 G A FHIT CCDS2894.1 r.? - - intronic 22 0 0 31 1 3.2 20 0 0 43 0 0 42 6 14.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.641082306 4 3 3 3 4 3 3 0 0 0 0 0.358917694 1 1 1 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 0.357276539 0.357276539 1 0 0 1 0 0 1 0.868888325 0.868888325 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 0.143917729 1 1 1 1 1 7.02E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 60625310 T A FHIT CCDS2894.1 r.? - - intronic 46 0 0 41 0 0 29 0 0 68 0 0 66 5 7.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.641082306 4 3 3 3 4 3 3 0 0 0 0 0.358917694 1 1 1 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.461786802 0.461786802 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.0000217 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 62747737 C T CADPS CCDS46858.1 r.? - - intronic 30 0 0 41 4 9.8 20 1 5 59 0 0 39 6 15.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.641082306 4 3 3 3 4 3 3 0 0 0 0 0.358917694 1 1 1 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 1.094159399 1.094159399 1 0.637634409 0.637634409 1 0 0 1 0.935725888 0.935725888 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 0.0000546 1 0.09538952 1 1 1 4.43E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 62870131 G C - - - - - - 28 0 0 40 3 7.5 18 1 5.6 59 0 0 62 9 14.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.641082306 4 3 3 3 4 3 3 0 0 0 0 0.358917694 1 1 1 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 0.837366887 0.837366887 1 0.714150538 0.714150538 1 0 0 1 0.881040609 0.881040609 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 0.001075403 1 0.086275114 1 1 1 3.12E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 63008389 T G - - - - - - 26 0 0 45 0 0 32 0 0 78 0 0 56 9 16.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.641082306 4 3 3 3 4 3 3 0 0 0 0 0.358917694 1 1 1 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.978258883 0.978258883 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.2E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 63665073 C T SNTN ENST00000496807 r.? - - downstream 37 0 0 39 1 2.6 19 1 5.3 53 0 0 48 8 16.7 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.641082306 4 3 3 3 4 3 3 0 0 0 0 0.358917694 1 1 1 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 0.290287188 0.290287188 1 0.675892473 0.675892473 1 0 0 1 1.014715736 1.014715736 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.177567718 1 0.090843738 1 1 1 1.23E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 63722572 C G - - - - - - 32 0 0 30 3 10 20 2 10 51 0 0 48 5 10.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.641082306 4 3 3 3 4 3 3 0 0 0 0 0.358917694 1 1 1 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 1.116489183 1.116489183 1 1.275268817 1.275268817 1 0 0 1 0.631918782 0.631918782 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 0.000458697 1 0.004473894 1 1 1 0.00000447 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 65396292 G A MAGI1 CCDS33781.1 r.? - - intronic 35 0 0 37 3 8.1 17 0 0 66 0 0 54 12 22.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.641082306 4 3 3 3 4 3 3 0 0 0 0 0.358917694 1 1 1 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 0.904356238 0.904356238 1 0 0 1 0 0 1 1.348903553 1.348903553 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 0.000855237 1 1 1 1 1 6.9E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 66811386 C A - - - - - - 22 0 0 24 0 0 15 1 6.7 61 0 0 59 10 16.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.641082306 4 3 3 3 4 3 3 0 0 0 0 0.358917694 1 1 1 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 0 0 1 0.854430108 0.854430108 1 0 0 1 1.02686802 1.02686802 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 1 1 0.072431031 1 1 1 4.91E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 67069228 G T - - - - - - 30 0 0 35 3 8.6 19 0 0 62 0 0 36 5 13.9 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.641082306 4 3 3 3 4 3 3 0 0 0 0 0.358917694 1 1 1 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 0.960180697 0.960180697 1 0 0 1 0 0 1 0.844583756 0.844583756 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 0.000725791 1 1 1 1 1 0.00000104 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 68395163 C T FAM19A1 ENST00000478136 r.? - - intronic 30 0 0 36 2 5.6 18 1 5.6 84 5 6 52 8 15.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.641082306 4 3 3 3 4 3 3 0 0 0 0 0.358917694 1 1 1 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 0.625233942 0.625233942 1 0.714150538 0.714150538 1 1.085641026 1.085641026 1 0.935725888 0.935725888 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.014070883 1 0.086275114 1 0.0000695 1 2.42E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 70079932 A T - - - - - - 34 0 0 57 0 0 25 0 0 67 0 0 70 17 24.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.641082306 4 3 3 3 4 3 3 0 0 0 0 0.358917694 1 1 1 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.476502538 1.476502538 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 4.68E-24 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 70536405 G A - - - - - - 44 0 0 43 3 7 22 2 9.1 72 1 1.4 45 5 11.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.641082306 4 3 3 3 4 3 3 0 0 0 0 0.358917694 1 1 1 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 0.781542428 0.781542428 1 1.160494624 1.160494624 1 0.253316239 0.253316239 1 0.674451777 0.674451777 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.001328364 1 0.005403392 1 0.302953399 1 0.00000323 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 72236013 G A - - - - - - 31 0 0 36 0 0 19 0 0 64 0 0 62 14 22.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.641082306 4 3 3 3 4 3 3 0 0 0 0 0.358917694 1 1 1 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.373208122 1.373208122 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.42E-19 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 74454396 C A CNTN3 CCDS33790.1 r.? - - intronic 20 0 0 36 3 8.3 24 1 4.2 65 2 3.1 62 9 14.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.641082306 4 3 3 3 4 3 3 0 0 0 0 0.358917694 1 1 1 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 0.926686022 0.926686022 1 0.535612903 0.535612903 1 0.56091453 0.56091453 1 0.881040609 0.881040609 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000788827 1 0.113346489 1 0.042252341 1 3.12E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 74891644 T C - - - - - - 37 0 0 39 3 7.7 26 2 7.7 62 0 0 48 5 10.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.641082306 4 3 3 3 4 3 3 0 0 0 0 0.358917694 1 1 1 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 0.859696671 0.859696671 1 0.981956989 0.981956989 1 0 0 1 0.631918782 0.631918782 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 0.000998458 1 0.007502227 1 1 1 0.00000447 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 76608039 G A ROBO2 ENST00000487694 r.? - - intronic 26 0 0 46 3 6.5 33 2 6.1 86 0 0 80 13 16.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.641082306 4 3 3 3 4 3 3 0 0 0 0 0.358917694 1 1 1 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 0.725717969 0.725717969 1 0.777913978 0.777913978 1 0 0 1 0.984335025 0.984335025 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 0.001615827 1 0.011909843 1 1 1 2.82E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 76617283 A C ROBO2 ENST00000487694 r.? - - intronic 32 0 0 25 0 0 18 0 0 30 0 0 38 5 13.2 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.641082306 4 3 3 3 4 3 3 0 0 0 0 0.358917694 1 1 1 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.802050761 0.802050761 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.00000137 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 76759253 C G ROBO2 ENST00000487694 r.? - - intronic 34 0 0 43 0 0 27 0 0 74 0 0 53 8 15.1 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.641082306 4 3 3 3 4 3 3 0 0 0 0 0.358917694 1 1 1 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.917497462 0.917497462 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.83E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 77064646 C T ROBO2 ENST00000487694 r.? - - intronic 34 0 0 31 0 0 25 0 0 66 0 0 49 6 12.2 211 0 0 397 0 0 142 0 0 447 1 0.2 410 50 12.2 TRUE FALSE 3.641082306 4 3 3 3 4 3 3 0 0 0 0 0.358917694 1 1 1 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.74128934 0.74128934 1 0 0 1 0 0 1 0.036188034 NA 0 0.74128934 0.74128934 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 0.893606011 0.000000182 9.62E-52 YES 0_0 0_0 0_0 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b 3 77216895 T C ROBO2 CCDS43109.1 r.? - - intronic 34 0 0 46 2 4.3 26 1 3.8 82 0 0 63 16 25.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.641082306 4 3 3 3 4 3 3 0 0 0 0 0.358917694 1 1 1 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 0.480090349 0.480090349 1 0.484602151 0.484602151 1 0 0 1 1.543340102 0.771670051 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 0.022369545 1 0.122190858 1 1 1 4.48E-23 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 77352206 C T ROBO2 CCDS43109.1 r.? - - intronic 38 0 0 53 0 0 27 0 0 67 0 0 65 10 15.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.641082306 4 3 3 3 4 3 3 0 0 0 0 0.358917694 1 1 1 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.935725888 0.935725888 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.36E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 77357244 T A ROBO2 CCDS43109.1 r.? - - intronic 30 0 0 44 1 2.3 28 1 3.6 53 0 0 55 5 9.1 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.641082306 4 3 3 3 4 3 3 0 0 0 0 0.358917694 1 1 1 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 0.256792512 0.256792512 1 0.459096774 0.459096774 1 0 0 1 0.552928934 0.552928934 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 0.197923942 1 0.130947004 1 1 1 0.00000883 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 78556873 G A - - - - - - 25 0 0 43 0 0 20 0 0 52 0 0 72 7 9.7 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.641082306 4 3 3 3 4 3 3 0 0 0 0 0.358917694 1 1 1 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.589385787 0.589385787 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 8.66E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 78823703 G A ROBO1 CCDS46872.1 r.? - - intronic 43 0 0 42 0 0 18 0 0 30 0 0 57 10 17.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.641082306 4 3 3 3 4 3 3 0 0 0 0 0.358917694 1 1 1 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.063324873 1.063324873 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 3.4E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 78964914 C G ROBO1 CCDS46872.1 r.? - - intronic 35 0 0 42 0 0 28 0 0 37 0 0 55 7 12.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.641082306 4 3 3 3 4 3 3 0 0 0 0 0.358917694 1 1 1 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.771670051 0.771670051 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.28E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 79368618 A T ROBO1 ENST00000464233 r.? - - intronic 37 0 0 46 1 2.2 16 0 0 60 0 0 52 6 11.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.641082306 4 3 3 3 4 3 3 0 0 0 0 0.358917694 1 1 1 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 0.24562762 0.24562762 1 0 0 1 0 0 1 0.698756345 0.698756345 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 0.205924651 1 1 1 1 1 0.000000261 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 80100605 C T - - - - - - 40 0 0 39 2 5.1 13 0 0 11 1 9.1 62 8 12.9 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 2 0 0 FALSE FALSE 3.641082306 4 3 NA 3 4 3 NA 0 0 0 NA 0.358917694 1 1 NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 0.569409483 0.569409483 1 0 0 1 1.646555556 1.646555556 1 NA NA 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.016387522 1 1 1 0.05364542 1 1.04E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 80388992 C A - - - - - - 29 0 0 42 3 7.1 16 2 12.5 57 3 5.3 39 10 25.6 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.641082306 4 3 NA 3 4 3 NA 0 0 0 NA 0.358917694 1 1 NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 0.79270732 0.79270732 1 1.594086022 1.594086022 1 0.958982906 0.958982906 1 NA NA 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.001240292 1 0.002863359 1 0.002989991 1 5.44E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 80843618 A T - - - - - - 38 0 0 44 0 0 20 0 0 71 0 0 66 16 24.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.641082306 4 3 NA 3 4 3 NA 0 0 0 NA 0.358917694 1 1 NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.03E-22 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 80926855 T A - - - - - - 32 0 0 35 4 11.4 23 0 0 85 7 8.2 56 10 17.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.641082306 4 3 NA 3 4 3 NA 0 0 0 NA 0.358917694 1 1 NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 1.272797669 1.272797669 1 0 0 1 1.483709402 1.483709402 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.0000289 1 1 1 0.000000274 1 2.82E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 80968953 C A - - - - - - 35 0 0 38 0 0 25 0 0 80 0 0 47 6 12.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.641082306 4 3 NA 3 4 3 NA 0 0 0 NA 0.358917694 1 1 NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000000141 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 81545309 A T GBE1 ENST00000429644 r.? - - intronic 33 0 0 30 0 0 26 0 0 80 0 0 76 13 17.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.641082306 4 3 NA 3 4 3 NA 0 0 0 NA 0.358917694 1 1 NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.39E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 82549547 T C - - - - - - 33 0 0 37 1 2.7 21 1 4.8 82 2 2.4 60 10 16.7 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.641082306 4 3 NA 3 4 3 NA 0 0 0 NA 0.358917694 1 1 NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 0.301452079 0.301452079 1 0.612129032 0.612129032 1 0.43425641 0.43425641 1 NA NA 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.169281299 1 0.099912572 1 0.063849088 1 5.86E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 82956531 A G - - - - - - 28 0 0 43 0 0 19 0 0 74 0 0 58 9 15.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.641082306 4 3 NA 3 4 3 NA 0 0 0 NA 0.358917694 1 1 NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.67E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 84016330 G C - - - - - - 32 0 0 42 0 0 23 0 0 79 0 0 78 8 10.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.641082306 4 3 NA 3 4 3 NA 0 0 0 NA 0.358917694 1 1 NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 6.71E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 85142448 G T CADM2 ENST00000383699 r.? - - intronic 30 0 0 46 0 0 26 0 0 47 0 0 71 5 7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 TRUE FALSE 3.641082306 4 3 4.824735685 3 4 3 3 0 0 0 1 0.358917694 1 1 0.175264315 4 NA NA 3 0 NA NA 2 0.641082306 NA NA 0.824735685 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.553061447 0.553061447 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 0 0 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.0000309 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 86347812 C T - - - - - - 28 0 0 51 0 0 25 0 0 69 0 0 67 9 13.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.641082306 5 5 4 3 4 3 3 0 1 2 1 0.358917694 1 1 1 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 0.948203046 0.948203046 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 6.43E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 86538005 A G - - - - - - 33 0 0 40 0 0 31 2 6.5 67 2 3 62 14 22.6 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.641082306 5 5 4 3 4 3 3 0 1 2 1 0.358917694 1 1 1 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 0 NA 0 0.893924731 0.893924731 1 0.602820513 0.602820513 1 1.599208122 0.799604061 2 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 0.010558179 1 0.044622585 1 1.42E-19 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 86581868 T A - - - - - - 32 0 0 40 0 0 21 0 0 60 0 0 63 8 12.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.641082306 5 5 4 3 4 3 3 0 1 2 1 0.358917694 1 1 1 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 0.898670051 0.898670051 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.18E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 87129739 A G - - - - - - 28 0 0 39 2 5.1 19 2 10.5 66 3 4.5 54 11 20.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.641082306 5 5 4 3 4 3 3 0 1 2 1 0.358917694 1 1 1 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 0.569409483 0.569409483 1 1.444032258 1.444032258 1 0.904230769 0.904230769 1 1.443532995 1.443532995 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.016387522 1 0.004039874 1 0.004522888 1 3.84E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 14 26558096 A T - - - - - - 39 1 2.6 28 6 21.4 9 0 0 59 3 5.1 49 11 22.4 542 0 0 677 35 5.2 766 32 4.2 647 22 3.4 467 81 17.3 TRUE TRUE 2.441693483 2.327209417 4 2 2 2 3 2 0 0 1 0 0.558306517 0.672790583 1 1 3 3 NA NA 0 0 NA NA 0.441693483 0.327209417 NA NA 2.132617643 1.066308822 2 0 0 1 0.973794872 0.973794872 1 1.137055838 1.137055838 1 0.518206156 1.173225725 0.441693483 0.465355699 1.42219531 0.327209417 0.649196581 0.649196581 1 0.878172589 0.878172589 1 8 10 0.177567718 1 5.36E-09 5.96E-24 1 2.57E-19 0.003297476 5.16E-12 1.19E-15 1.08E-95 YES 1_1 0_1 1_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b 3 87751294 T C - - - - - - 38 0 0 44 2 4.5 22 0 0 72 3 4.2 78 8 10.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.641082306 5 5 4 3 4 3 3 0 1 2 1 0.358917694 1 1 1 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 0.502420132 0.502420132 1 0 0 1 0.843948718 0.843948718 1 0.72884264 0.72884264 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.020580492 1 1 1 0.00576558 1 6.71E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 87884202 A G - - - - - - 22 0 0 21 2 9.5 19 1 5.3 64 0 0 64 8 12.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.641082306 5 5 4 3 4 3 3 0 1 2 1 0.358917694 1 1 1 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 1.060664724 1.060664724 1 0.728892473 0.728892473 1 0 0 1 0.884517766 0.884517766 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 0.004928472 1 0.090843738 1 1 1 1.35E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 87884825 G C - - - - - - 27 0 0 37 0 0 20 0 0 77 0 0 71 7 9.9 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.641082306 5 5 4 3 4 3 3 0 1 2 1 0.358917694 1 1 1 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 0.700538071 0.700538071 1 NA NA 0 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 7.85E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 88010126 C T - - - - - - 27 0 0 49 0 0 32 0 0 69 0 0 86 12 14 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.641082306 5 5 4 3 4 3 3 0 1 2 1 0.358917694 1 1 1 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 0.990659898 0.990659898 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.65E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 88016665 C T - - - - - - 29 0 0 37 0 0 24 0 0 85 0 0 81 6 7.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.641082306 5 5 4 3 4 3 3 0 1 2 1 0.358917694 1 1 1 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 0.523634518 0.523634518 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.00000368 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 88519967 C G - - - - - - 33 0 0 41 4 9.8 28 2 7.1 53 1 1.9 60 10 16.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.641082306 5 5 4 3 4 3 3 0 1 2 1 0.358917694 1 1 1 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 1.094159399 1.094159399 1 0.97644086 0.97644086 1 0.381786325 0.381786325 1 1.181715736 1.181715736 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.0000546 1 0.008668191 1 0.233303855 1 5.86E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 88852590 G A - - - - - - 41 0 0 21 2 9.5 27 2 7.4 56 3 5.4 65 7 10.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.641082306 5 5 4 3 4 3 3 0 1 2 1 0.358917694 1 1 1 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 1.060664724 1.060664724 1 1.017698925 1.017698925 1 1.085076923 1.085076923 1 0.76422335 0.76422335 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.004928472 1 0.00807567 1 0.00284314 1 4.22E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 88931539 A C - - - - - - 33 0 0 37 0 0 26 0 0 86 0 0 69 10 14.5 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.641082306 5 5 4 3 4 3 3 0 1 2 1 0.358917694 1 1 1 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 1.026040609 1.026040609 1 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.54E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 88982167 T C - - - - - - 28 0 0 41 0 0 28 1 3.6 68 1 1.5 64 7 10.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.641082306 5 5 4 3 4 3 3 0 1 2 1 0.358917694 1 1 1 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 0 NA 0 0.495096774 0.495096774 1 0.301410256 0.301410256 1 0.771299492 0.771299492 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 0.130947004 1 0.288836448 1 3.78E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 89000620 G C - - - - - - 29 0 0 35 0 0 25 0 0 48 0 0 65 10 15.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA FALSE FALSE 3.641082306 5 5 4 3 4 3 3 0 1 2 1 0.358917694 1 1 1 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.641082306 NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 1.089725888 1.089725888 1 NA NA 0 NA NA 0 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.36E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 89235718 T A EPHA3 CCDS2922.1 r.? - - intronic 33 0 0 36 0 0 27 0 0 61 0 0 77 11 14.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.868888325 0.868888325 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.41E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 89263048 T C EPHA3 CCDS2922.1 r.? - - intronic 37 0 0 36 0 0 21 0 0 87 0 0 84 10 11.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.723060914 0.723060914 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.93E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 89497920 G T EPHA3 CCDS2922.1 r.? - - intronic 42 0 0 32 3 9.4 26 3 11.5 60 2 3.3 66 11 16.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 1.049668822 1.049668822 1 1.58155914 1.58155914 1 0.663102564 0.663102564 1 1.014715736 1.014715736 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000556213 1 0.000298167 1 0.036544784 1 4.07E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 89633011 T C - - - - - - 42 0 0 31 0 0 21 0 0 55 0 0 65 7 10.8 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.65622335 0.65622335 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 4.22E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 89881118 A G - - - - - - 35 0 0 38 1 2.6 25 0 0 25 0 0 70 11 15.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0.290333929 NA 0 0 0 1 0 0 1 0.953954315 0.953954315 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.173434892 1 1 1 1 1 8.06E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 89928359 C T - - - - - - 49 0 0 39 5 12.8 28 3 10.7 66 3 4.5 68 21 30.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 1.429336268 1.429336268 1 1.471537634 1.471537634 1 0.904230769 0.904230769 1 1.877527919 0.938763959 2 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.00000156 1 0.000372895 1 0.004522888 1 7.15E-32 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 90132912 C G - - - - - - 23 0 0 51 3 5.9 31 0 0 66 3 4.5 95 13 13.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0.658834686 0.658834686 1 0 0 1 0.904230769 0.904230769 1 0.832431472 0.832431472 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.002175924 1 1 1 0.004522888 1 2.91E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 94090312 G A - - - - - - 32 0 0 33 2 6.1 15 0 0 41 3 7.3 82 9 11 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0.681168065 0.681168065 1 0 0 1 1.466863248 1.466863248 1 0.668375635 0.668375635 1 NA NA 0 NA NA 1 0 0 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.011909843 1 1 1 0.001155993 1 4.12E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 94153044 C T - - - - - - 30 0 0 40 1 2.5 26 2 7.7 68 1 1.5 63 12 19 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0.27916724 0.27916724 1 1.058956989 1.058956989 1 0.301410256 0.301410256 1 1.154467005 1.154467005 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.181679879 1 0.007502227 1 0.288836448 1 5.15E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 94173407 A G - - - - - - 32 0 0 37 2 5.4 28 2 7.1 83 3 3.6 67 8 11.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0.603001238 0.603001238 1 0.97644086 0.97644086 1 0.723384615 0.723384615 1 0.723060914 0.723060914 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.014826063 1 0.008668191 1 0.008529565 1 1.96E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 94351438 G C - - - - - - 35 0 0 49 2 4.1 22 1 4.5 78 0 0 58 10 17.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0.457834273 0.457834273 1 0.618870968 0.618870968 1 0 0 1 1.045096447 1.045096447 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.025168485 1 0.104413009 1 1 1 4.1E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 94394760 A T - - - - - - 45 0 0 45 0 0 35 0 0 46 0 0 74 11 14.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.905345178 0.905345178 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.53E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 94500014 T C - - - - - - 28 0 0 40 3 7.5 31 3 9.7 67 4 6 81 12 14.8 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0.83750172 0.83750172 1 1.334010753 1.334010753 1 1.205641026 1.205641026 1 0.899269036 0.899269036 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.001075403 1 0.000505952 1 0.000372648 1 1.26E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 94582192 T A - - - - - - 28 0 0 26 1 3.8 14 1 7.1 65 1 1.5 76 8 10.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0.424334205 0.424334205 1 0.97644086 0.97644086 1 0.301410256 0.301410256 1 0.637994924 0.637994924 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.122190858 1 0.067769881 1 0.278061424 1 5.44E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 94645951 C G - - - - - - 32 0 0 35 0 0 21 0 0 63 0 0 62 9 14.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.881040609 0.881040609 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 3.12E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 94826054 A C - - - - - - 36 0 0 37 0 0 22 0 0 68 0 0 50 7 14 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.850659898 0.850659898 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 6.46E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 94840985 G T - - - - - - 33 0 0 40 0 0 26 0 0 28 0 0 52 7 13.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 0.820279188 0.820279188 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 8.58E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 94989170 T G - - - - - - 26 0 0 38 0 0 25 1 4 75 2 2.7 62 6 9.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0 NA 0 0.550107527 0.550107527 1 0.542538462 0.542538462 1 0.589385787 0.589385787 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 0.117779757 1 0.054571821 1 0.000000756 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 95008058 T A - - - - - - 21 0 0 43 3 7 27 2 7.4 67 2 3 72 10 13.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0.781668272 0.781668272 1 1.017698925 1.017698925 1 0.602820513 0.602820513 1 0.844583756 0.844583756 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.001328364 1 0.00807567 1 0.044622585 1 3.95E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 95267957 T C - - - - - - 32 0 0 41 0 0 23 0 0 86 0 0 69 9 13 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.789898477 0.789898477 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 8.45E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 95575451 G T - - - - - - 41 0 0 44 0 0 17 0 0 82 0 0 58 9 15.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.94180203 0.94180203 1 NA NA 0 NA NA 1 0 0 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.67E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 95872468 G A - - - - - - 28 0 0 46 1 2.2 27 0 0 62 1 1.6 82 7 8.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0.245667171 0.245667171 1 0 0 1 0.321504274 0.321504274 1 0.516472081 0.516472081 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 5 NA 1 1 0.205924651 1 1 1 0.267123145 1 0.000000214 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 96062922 G C - - - - - - 28 0 0 32 2 6.2 27 0 0 84 3 3.6 59 12 20.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0.692334755 0.692334755 1 0 0 1 0.723384615 0.723384615 1 1.233456853 1.233456853 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.011224977 1 1 1 0.008812993 1 2.2E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 96236066 C A - - - - - - 36 0 0 41 3 7.3 27 2 7.4 78 2 2.6 89 16 18 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0.81516834 0.81516834 1 1.017698925 1.017698925 1 0.522444444 0.522444444 1 1.093705584 1.093705584 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.001155993 1 0.00807567 1 0.058485548 1 1.91E-20 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 96905463 A G EPHA6 CCDS46876.1 r.? - - intronic 51 0 0 43 0 0 13 0 0 75 0 0 69 11 15.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.966106599 0.966106599 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 6.82E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 97202260 T C EPHA6 CCDS46876.1 r.? - - intronic 46 0 0 45 0 0 22 0 0 81 0 0 72 6 8.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 0.504319797 0.504319797 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.00000184 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 97305781 C G EPHA6 CCDS46876.1 r.? - - intronic 25 0 0 39 0 0 16 0 0 49 0 0 79 10 12.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.771670051 0.771670051 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.03E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 97407072 C A EPHA6 CCDS46876.1 r.? - - intronic 34 0 0 30 2 6.7 21 2 9.5 67 4 6 75 8 10.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0.748168203 0.748168203 1 1.306505376 1.306505376 1 1.205641026 1.205641026 1 0.650147208 0.650147208 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.009909649 1 0.004928472 1 0.000372648 1 4.89E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 97597530 T C CRYBG3 CCDS43113.1 r.? - - intronic 32 0 0 31 0 0 27 0 0 63 0 0 67 11 16.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.99648731 0.99648731 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 4.85E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 98522286 G T DCBLD2 CCDS46878.1 r.? - - intronic 28 0 0 43 3 7 32 0 0 104 4 3.8 84 12 14.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0.781668272 0.781668272 1 0 0 1 0.76357265 0.76357265 1 0.868888325 0.868888325 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.001328364 1 1 1 0.001931437 1 1.98E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 99087309 G C - - - - - - 30 0 0 37 0 0 31 1 3.2 79 1 1.3 56 9 16.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0 0 1 0.440086022 0.440086022 1 0.261222222 0.261222222 1 0.978258883 0.978258883 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 1 1 0.143917729 1 0.326987115 1 1.2E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 99341668 G C - - - - - - 36 0 0 50 1 2 20 1 5 86 0 0 62 4 6.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0.223333792 0.223333792 1 0.687634409 0.687634409 1 0 0 1 0.394949239 0.394949239 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.221687443 1 0.09538952 1 1 1 0.000276647 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 99796527 G T FILIP1L CCDS43118.1 r.? - - intronic 33 0 0 47 0 0 28 0 0 67 0 0 65 6 9.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 0.559005076 0.559005076 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000001 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 100256009 C T TMEM45A CCDS2937.1 r.? - - intronic 38 0 0 38 2 5.3 23 3 13 60 0 0 69 11 15.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 2 100 TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0.591834548 0.591834548 1 1.787849462 1.787849462 1 0 0 1 0.966106599 0.966106599 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 6.076142132 3.038071066 2 6 NA 1 1 0.015598339 1 0.000205387 1 1 1 6.82E-14 0.000025 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 101233668 C T SENP7 CCDS2941.2 r.? - - upstream 19 0 0 34 1 2.9 21 2 9.5 43 3 7 56 6 10.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0.323833998 0.323833998 1 1.306505376 1.306505376 1 1.406581197 1.406581197 1 0.650147208 0.650147208 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.156694864 1 0.004928472 1 0.001328364 1 0.000000409 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 101523324 G A FAM55C CCDS2945.1 r.? - - intronic 32 0 0 46 0 0 22 0 0 80 0 0 60 10 16.7 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 1 0 0 2 0 0 TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.014715736 1.014715736 1 0 NA 0 NA NA 1 0 0 1 0 0 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 5.86E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 102508622 A T - - - - - - 35 0 0 40 0 0 23 0 0 64 0 0 58 8 13.8 299 0 0 506 0 0 145 0 0 708 1 0.1 684 84 12.3 TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.838507614 0.838507614 1 0 NA 0 0 0 1 0.020094017 0.020094017 1 0.747365482 0.747365482 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 0.97124316 5.99E-10 5.47E-86 YES 0_0 0_0 0_0 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b 3 102658009 G A - - - - - - 38 0 0 40 4 10 22 3 13.6 53 4 7.5 75 11 14.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 1.116668959 1.116668959 1 1.870365591 1.870365591 1 1.507051282 1.507051282 1 0.893192893 0.893192893 1 NA NA 0 NA NA 1 0 0 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.0000495 1 0.000179267 1 0.000150502 1 1.78E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 102767904 A T - - - - - - 48 0 0 41 0 0 16 0 0 70 0 0 66 6 9.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.552928934 0.552928934 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.0000011 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 102801638 T A - - - - - - 28 0 0 48 0 0 21 0 0 57 0 0 60 5 8.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.504319797 0.504319797 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.0000136 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 102837075 C G - - - - - - 44 0 0 41 0 0 26 0 0 82 0 0 74 13 17.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.069401015 1.069401015 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 9.62E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 102847166 C T - - - - - - 45 0 0 43 0 0 23 1 4.3 70 1 1.4 78 8 10.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0 0 1 0.591365591 0.591365591 1 0.281316239 0.281316239 1 0.62584264 0.62584264 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 1 1 0.108890944 1 0.295930304 1 6.71E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 102876049 T C - - - - - - 40 0 0 39 3 7.7 28 2 7.1 64 4 6.2 70 10 14.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0.859835099 0.859835099 1 0.97644086 0.97644086 1 1.24582906 1.24582906 1 0.868888325 0.868888325 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000998458 1 0.008668191 1 0.000312605 1 2.95E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 102931932 C T - - - - - - 31 0 0 38 3 7.9 19 0 0 65 0 0 63 9 14.3 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0.882168478 0.882168478 1 0 0 1 0 0 1 0.868888325 0.868888325 1 NA NA 0 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.000925091 1 1 1 1 1 3.62E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 103061792 T C - - - - - - 37 0 0 40 0 0 26 0 0 73 4 5.5 72 13 18.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 1.10517094 1.10517094 1 1.099781726 1.099781726 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000516741 1 6.58E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 103504993 T C - - - - - - 36 0 0 42 0 0 26 2 7.7 74 3 4.1 66 8 12.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0 0 1 1.058956989 1.058956989 1 0.823854701 0.823854701 1 0.735213198 0.735213198 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 1 1 0.007502227 1 0.006220661 1 1.73E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 103564589 A T - - - - - - 41 0 0 33 0 0 27 0 0 74 0 0 60 8 13.3 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 1 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.808126904 0.808126904 1 NA NA 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 7.93E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 103830950 A C - - - - - - 34 0 0 38 0 0 22 0 0 71 0 0 71 5 7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.425329949 0.425329949 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 0 0 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.0000309 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 103974418 A G - - - - - - 30 0 0 41 0 0 27 0 0 79 0 0 69 9 13 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.789898477 0.789898477 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 8.45E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 104054801 A T - - - - - - 26 0 0 36 2 5.6 23 2 8.7 47 0 0 72 12 16.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0.625334617 0.625334617 1 1.196483871 1.196483871 1 0 0 1 1.014715736 1.014715736 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.014070883 1 0.00589844 1 1 1 2.84E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 104059564 T A - - - - - - 41 0 0 38 0 0 24 0 0 72 0 0 77 8 10.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.631918782 0.631918782 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 6.05E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 104305988 T A - - - - - - 41 0 0 37 3 8.1 18 0 0 90 0 0 70 7 10 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0.904501857 0.904501857 1 0 0 1 0 0 1 0.607614213 0.607614213 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.000855237 1 1 1 1 1 7.11E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 104314227 T A - - - - - - 31 0 0 36 0 0 23 0 0 63 0 0 67 5 7.5 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.45571066 0.45571066 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.0000233 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 104468651 T A - - - - - - 32 0 0 34 0 0 28 0 0 76 0 0 64 9 14.1 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.856736041 0.856736041 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 4.2E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 105150171 T C ALCAM CCDS33810.1 r.? - - intronic 24 0 0 30 1 3.3 20 1 5 56 2 3.6 59 5 8.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0.368500757 NA 0 0.687634409 0.687634409 1 0.723384615 0.723384615 1 0.516472081 0.516472081 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.139615808 1 0.09538952 1 0.032213353 1 0.0000125 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 105488384 T A CBLB CCDS2948.1 r.? - - intronic 28 0 0 42 3 7.1 21 0 0 72 3 4.2 61 5 8.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0.792834961 0.792834961 1 0 0 1 0.843948718 0.843948718 1 0.498243655 0.498243655 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.001240292 1 1 1 0.00576558 1 0.0000147 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 105504719 C G CBLB CCDS2948.1 r.? - - intronic 27 0 0 45 2 4.4 27 1 3.7 84 0 0 63 8 12.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0.491334342 0.491334342 1 0.508849462 0.508849462 1 0 0 1 0.771670051 0.771670051 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.021467209 1 0.126579904 1 1 1 1.18E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 105749810 T A - - - - - - 36 0 0 36 0 0 29 0 0 73 0 0 56 8 14.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 0.868888325 0.868888325 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 4.48E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 105749811 C T - - - - - - 36 0 0 36 0 0 29 0 0 74 0 0 57 8 14 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 0.850659898 0.850659898 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 5.19E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 105749812 C G - - - - - - 36 0 0 37 0 0 31 0 0 73 0 0 56 8 14.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 0.868888325 0.868888325 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 4.48E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 105771382 C T - - - - - - 27 0 0 35 0 0 23 1 4.3 36 0 0 66 8 12.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0 NA 0 0.591365591 0.591365591 1 0 0 1 0.735213198 0.735213198 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 0.108890944 1 1 1 1.73E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 106067598 G A - - - - - - 34 0 0 38 2 5.3 19 1 5.3 70 2 2.9 61 12 19.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0.591834548 0.591834548 1 0.728892473 0.728892473 1 0.582726496 0.582726496 1 1.197 1.197 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.015598339 1 0.090843738 1 0.048267597 1 3.39E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 106138970 T A - - - - - - 28 0 0 43 5 11.6 30 1 3.3 62 0 0 68 10 14.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 1.295335993 1.295335993 1 0.45383871 0.45383871 1 0 0 1 0.893192893 0.893192893 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.00000257 1 0.139615808 1 1 1 2.18E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 106235163 A G - - - - - - 31 0 0 46 0 0 25 0 0 63 0 0 62 12 19.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 1.178771574 1.178771574 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 4.19E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 106346920 G A - - - - - - 27 0 0 39 0 0 19 0 0 71 0 0 69 9 13 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 0.789898477 0.789898477 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 8.45E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 106604891 G A - - - - - - 34 0 0 46 0 0 24 2 8.3 76 3 3.9 76 6 7.9 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0 NA 0 1.141473118 1.141473118 1 0.783666667 0.783666667 1 0.480015228 0.480015228 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 0.006413403 1 0.006696581 1 0.00000253 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 106871219 G A - - - - - - 25 0 0 36 1 2.8 25 0 0 53 4 7.5 73 9 12.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0.312667309 0.312667309 1 0 0 1 1.507051282 1.507051282 1 0.747365482 0.747365482 1 NA NA 0 NA NA 1 0 0 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.165106833 1 1 1 0.000150502 1 1.42E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 107076034 G T - - - - - - 34 0 0 33 1 3 26 0 0 86 2 2.3 53 7 13.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0.335000688 0.335000688 1 0 0 1 0.462162393 0.462162393 1 0.802050761 0.802050761 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.15245715 1 1 1 0.069370687 1 9.85E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 107293490 A G BBX CCDS2950.1 r.? - - intronic 42 0 0 54 0 0 18 0 0 74 0 0 69 8 11.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.704832487 0.704832487 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.49E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 107341570 G C BBX CCDS2950.1 r.? - - intronic 32 0 0 38 0 0 23 0 0 65 0 0 63 11 17.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.063324873 1.063324873 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.37E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 108608010 G A - - - - - - 29 0 0 29 3 10.3 22 0 0 74 3 4.1 69 8 11.6 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 1.150169028 1.150169028 1 0 0 1 0.823854701 0.823854701 1 0.704832487 0.704832487 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000414371 1 1 1 0.006220661 1 2.49E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 109060122 C T DPPA4 CCDS33814.1 r.? - - upstream 31 0 0 27 2 7.4 13 1 7.7 8 0 0 43 7 16.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0.82633503 0.82633503 1 1.058956989 1.058956989 1 0 0 1 0.990411168 0.990411168 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.00807567 1 0.063085307 1 1 1 2.15E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 109095903 G T AC124945.1 ENST00000508178 r.? - - intronic 38 0 0 39 1 2.6 21 3 14.3 49 2 4.1 74 18 24.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0.290333929 0.290333929 1 1.966634409 1.966634409 1 0.823854701 0.823854701 1 1.476502538 0.738251269 2 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.177567718 1 0.000155401 1 0.025168485 1 2.13E-25 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 109222913 G C - - - - - - 34 0 0 26 1 3.8 26 3 11.5 67 2 3 84 10 11.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0.424334205 NA 0 1.58155914 1.58155914 1 0.602820513 0.602820513 1 0.723060914 0.723060914 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.122190858 1 0.000298167 1 0.044622585 1 1.93E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 109360961 A T - - - - - - 30 0 0 35 2 5.7 23 0 0 75 0 0 68 12 17.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0.636501307 0.636501307 1 0 0 1 0 0 1 1.069401015 1.069401015 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.013332991 1 1 1 1 1 1.37E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 109542979 A T - - - - - - 45 0 0 23 0 0 26 0 0 78 0 0 58 9 15.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.94180203 0.94180203 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.67E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 109704558 C G - - - - - - 23 0 0 42 1 2.4 20 2 10 61 0 0 61 7 11.5 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0.26800055 0.26800055 1 1.375268817 1.375268817 1 0 0 1 0.698756345 0.698756345 1 NA NA 0 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.189842622 1 0.004473894 1 1 1 2.69E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 109964160 C T - - - - - - 26 0 0 29 0 0 28 4 14.3 48 0 0 55 13 23.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0 0 1 1.966634409 1.966634409 1 0 0 1 1.433969543 1.433969543 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 1 1 0.0000116 1 1 1 1.46E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 110144396 C A - - - - - - 29 0 0 29 0 0 23 0 0 71 0 0 77 8 10.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 0.631918782 0.631918782 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 6.05E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 110461933 T A - - - - - - 41 0 0 39 0 0 25 1 4 77 4 5.2 63 9 14.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0 NA 0 0.550107527 0.550107527 1 1.044888889 1.044888889 1 0.868888325 0.868888325 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 0.117779757 1 0.000632383 1 3.62E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 110572322 G A - - - - - - 38 0 0 48 0 0 22 0 0 80 0 0 65 16 24.6 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 1.494730964 1.494730964 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 7.85E-23 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 110906721 G T PVRL3 ENST00000493615 r.? - - intronic 34 0 0 38 0 0 20 0 0 69 0 0 70 13 18.6 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.130162437 1.130162437 1 NA NA 0 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 4.44E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 111127009 G A - - - - - - 23 0 0 45 4 8.9 21 0 0 70 4 5.7 60 11 18.3 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0.993835374 0.993835374 1 0 0 1 1.145358974 1.145358974 1 1.11193401 1.11193401 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.0000791 1 1 1 0.000440508 1 1.34E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 111550282 G C PHLDB2 CCDS46885.1 r.? - - intronic 36 0 0 30 2 6.7 29 2 6.9 77 3 3.9 55 11 20 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0.748168203 0.748168203 1 0.948935484 0.948935484 1 0.783666667 0.783666667 1 1.215228426 1.215228426 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.009909649 1 0.009279585 1 0.006942426 1 4.77E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 111911964 A T SLC9A10 CCDS33817.1 r.? - - intronic 45 0 0 39 0 0 24 0 0 52 0 0 68 8 11.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.716984772 0.716984772 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.21E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 112044685 G C - - - - - - 40 0 0 33 3 9.1 23 1 4.3 54 0 0 81 11 13.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 1.016168753 1.016168753 1 0.591365591 0.591365591 1 0 0 1 0.82635533 0.82635533 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.000609557 1 0.108890944 1 1 1 4.29E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 112677698 A T CD200R1 CCDS2970.1 r.? - - intronic 33 0 0 47 0 0 23 0 0 73 1 1.4 67 7 10.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.281316239 0.281316239 1 0.631918782 0.631918782 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.306438632 1 5.23E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 112708185 A C GTPBP8 CCDS33821.1 r.? - - upstream 33 0 0 41 0 0 19 0 0 76 0 0 55 9 16.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 0.99648731 0.99648731 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.01E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 114372852 C T ZBTB20 CCDS2981.1 r.? - - intronic 29 0 0 32 0 0 26 0 0 55 0 0 63 9 14.3 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.868888325 0.868888325 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 3.62E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 115018945 G A - - - - - - 37 0 0 35 3 8.6 20 1 5 89 2 2.2 64 10 15.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0.960335305 0.960335305 1 0.687634409 0.687634409 1 0.442068376 0.442068376 1 0.947878173 0.947878173 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000725791 1 0.09538952 1 0.073610556 1 1.16E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 115929250 C T LSAMP CCDS2982.1 r.? - - intronic 27 0 0 39 0 0 20 0 0 48 0 0 64 5 7.8 4 0 0 3 0 0 0 0 NA 0 0 NA 3 0 0 TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.473939086 0.473939086 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 0 NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.0000186 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 115951039 G C LSAMP CCDS2982.1 r.? - - intronic 29 0 0 31 0 0 21 0 0 74 0 0 57 6 10.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 FALSE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 0.637994924 0.637994924 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000000456 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 116049155 G A LSAMP CCDS2982.1 r.? - - intronic 37 0 0 38 3 7.9 25 0 0 71 2 2.8 75 8 10.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0.882168478 0.882168478 1 0 0 1 0.562632479 0.562632479 1 0.650147208 0.650147208 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000925091 1 1 1 0.04950591 1 4.89E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 116125086 C T LSAMP CCDS2982.1 r.? - - intronic 32 0 0 41 3 7.3 28 2 7.1 78 4 5.1 69 6 8.7 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 2 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0.81516834 0.81516834 1 0.97644086 0.97644086 1 1.024794872 1.024794872 1 0.528624365 0.528624365 1 NA NA 0 0 0 1 0 0 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.001155993 1 0.008668191 1 0.000663934 1 0.00000143 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 116130840 T G LSAMP CCDS2982.1 r.? - - intronic 29 0 0 22 0 0 12 0 0 70 0 0 52 7 13.5 0 0 NA 1 0 0 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 0.820279188 0.820279188 1 0 NA 0 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 8.58E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 116197329 A G LSAMP ENST00000474851 r.? - - intronic 30 0 0 44 3 6.8 25 1 4 68 4 5.9 58 10 17.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0.759334892 0.759334892 1 0.550107527 0.550107527 1 1.185547009 1.185547009 1 1.045096447 1.045096447 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.00142027 1 0.117779757 1 0.000394372 1 4.1E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 116211966 G T LSAMP ENST00000474851 r.? - - intronic 43 0 0 42 0 0 25 0 0 62 0 0 54 7 13 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.789898477 0.789898477 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.13E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 116818329 C T LSAMP ENST00000474851 r.? - - intronic 30 0 0 50 2 4 28 1 3.6 17 0 0 62 9 14.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0.446667584 0.446667584 1 0.495096774 0.495096774 1 0 0 1 0.881040609 0.881040609 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.026131524 1 0.130947004 1 1 1 3.12E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 116880872 C A - - - - - - 27 0 0 31 3 9.7 19 0 0 61 2 3.3 62 11 17.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 1.083168891 1.083168891 1 0 0 1 0.663102564 0.663102564 1 1.075477157 1.075477157 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000505952 1 1 1 0.037660755 1 1.96E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 116960236 T C - - - - - - 24 0 0 28 1 3.6 25 0 0 63 2 3.2 77 7 9.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0.402000825 0.402000825 1 0 0 1 0.643008547 0.643008547 1 0.552928934 0.552928934 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.130947004 1 1 1 0.03993132 1 0.000000138 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 116997614 G C - - - - - - 31 0 0 26 0 0 18 0 0 61 0 0 60 11 18.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 1.11193401 1.11193401 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.34E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 117303769 C T - - - - - - 40 0 0 42 0 0 30 1 3.3 80 3 3.8 72 10 13.9 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0 0 1 0.45383871 0.45383871 1 0.76357265 0.76357265 1 0.844583756 0.844583756 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 1 1 0.139615808 1 0.007711832 1 3.95E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 117445033 A G - - - - - - 31 0 0 34 3 8.8 22 0 0 84 0 0 66 7 10.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0.982668684 0.982668684 1 0 0 1 0 0 1 0.644071066 0.644071066 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.000666058 1 1 1 1 1 0.000000047 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 117591516 A T - - - - - - 27 0 0 38 0 0 17 0 0 54 0 0 60 5 8.3 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 0.504319797 0.504319797 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.0000136 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 117964576 C A - - - - - - 13 0 0 36 1 2.8 13 0 0 24 3 12.5 52 4 7.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0.312667309 0.312667309 1 0 0 1 2.511752137 2.511752137 1 0.467862944 0.467862944 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.165106833 1 1 1 0.000233853 1 0.000139698 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 117978978 G C - - - - - - 28 0 0 41 2 4.9 21 0 0 64 3 4.7 58 9 15.5 0 0 NA 1 1 100 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0.54716779 0.54716779 1 0 0 1 0.944418803 0.944418803 1 0.94180203 0.94180203 1 11.16668959 11.16668959 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.018015855 0.005 1 1 0.004148608 1 1.67E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 118018994 G A - - - - - - 35 0 0 46 3 6.5 15 2 13.3 55 0 0 72 13 18.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0.725834824 0.725834824 1 1.829107527 1.829107527 1 0 0 1 1.099781726 1.099781726 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.001615827 1 0.002513772 1 1 1 6.58E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 118052180 G A - - - - - - 33 0 0 31 2 6.5 18 0 0 42 1 2.4 88 11 12.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0.725834824 0.725834824 1 0 0 1 0.48225641 0.48225641 1 0.759517766 0.759517766 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.010558179 1 1 1 0.189842622 1 1.1E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 118383325 A G - - - - - - 33 0 0 45 0 0 15 1 6.7 81 2 2.5 65 6 9.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0 0 1 0.921430108 0.921430108 1 0.502350427 0.502350427 1 0.559005076 0.559005076 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 1 1 0.072431031 1 0.062493051 1 0.000001 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 118523662 A G - - - - - - 31 0 0 38 1 2.6 23 1 4.3 71 0 0 72 10 13.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0.290333929 NA 0 0.591365591 0.591365591 1 0 0 1 0.844583756 0.844583756 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.173434892 1 0.108890944 1 1 1 3.95E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 119074390 T C ARHGAP31 CCDS43135.1 r.? - - intronic 35 0 0 29 0 0 19 0 0 67 0 0 82 12 14.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.887116751 0.887116751 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.46E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 121067465 A C STXBP5L CCDS43137.1 r.? - - intronic 37 0 0 46 0 0 19 1 5.3 58 0 0 46 6 13 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0 0 1 0.728892473 0.728892473 1 0 0 1 0.789898477 0.789898477 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 4 NA 1 1 1 1 0.090843738 1 1 1 0.000000123 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 121259734 A C POLQ CCDS33833.1 r.? - - intronic 25 0 0 54 4 7.4 23 3 13 64 1 1.6 79 9 11.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0.82633503 0.82633503 1 1.787849462 1.787849462 1 0.321504274 0.321504274 1 0.692680203 0.692680203 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000161898 1 0.000205387 1 0.274433592 1 2.93E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 121338214 G A FBXO40 CCDS33835.1 r.? - - intronic 29 0 0 22 0 0 20 0 0 49 0 0 72 11 15.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 0.929649746 0.929649746 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.12E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 123525000 A G MYLK CCDS3023.1 r.? - - intronic 28 0 0 42 1 2.4 21 1 4.8 86 0 0 64 7 10.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0.26800055 NA 0 0.660129032 0.660129032 1 0 0 1 0.662299492 0.662299492 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.189842622 1 0.099912572 1 1 1 3.78E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 123532790 G T MYLK CCDS3023.1 r.? - - intronic 33 0 0 27 0 0 37 0 0 54 0 0 71 10 14.1 0 0 NA 0 0 NA 3 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 0.856736041 0.856736041 1 NA NA 0 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 3.42E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 123655474 A C CCDC14 CCDS3025.2 r.? - - intronic 20 0 0 33 0 0 18 0 0 79 0 0 59 7 11.9 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.723060914 0.723060914 1 NA NA 0 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.12E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 123741070 A G - - - - - - 32 0 0 21 0 0 25 2 8 54 0 0 67 5 7.5 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0 0 1 1.100215054 1.100215054 1 0 0 1 0.45571066 0.45571066 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 1 1 0.006948068 1 1 1 0.0000233 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 124634344 A G MUC13 CCDS33839.1 r.? - - intronic 29 0 0 34 2 5.9 23 1 4.3 57 2 3.5 64 7 10.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0.658834686 0.658834686 1 0.591365591 0.591365591 1 0.703290598 0.703290598 1 0.662299492 0.662299492 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.012612579 1 0.108890944 1 0.03327602 1 3.78E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 125043017 A G ZNF148 CCDS3031.1 r.? - - intronic 22 0 0 42 0 0 30 0 0 49 0 0 64 6 9.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.57115736 0.57115736 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000000914 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 125299225 G T OSBPL11 CCDS3033.1 r.? - - intronic 23 0 0 35 0 0 25 0 0 37 0 0 58 7 12.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.735213198 0.735213198 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.88E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 125313888 C T OSBPL11 CCDS3033.1 r.47g>a c.? p.? 5'UTR variant 41 0 0 24 1 4.2 13 1 7.7 37 1 2.7 63 16 25.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0.469000963 0.469000963 1 1.058956989 1.058956989 1 0.542538462 0.542538462 1 1.543340102 0.771670051 2 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.113346489 1 0.063085307 1 0.169281299 1 4.48E-23 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 126727759 G A PLXNA1 CCDS33847.1 r.? - - intronic 39 0 0 29 0 0 17 0 0 12 0 0 67 9 13.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.814203046 0.814203046 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 0 NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 6.43E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 126760494 C G PLXNA1 CCDS33847.1 r.? - - downstream 27 0 0 26 0 0 16 0 0 29 0 0 51 5 9.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.595461929 0.595461929 1 NA NA 0 NA NA 1 0 0 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.00000606 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 127006346 C G - - - - - - 31 0 0 28 0 0 19 0 0 13 0 0 57 7 12.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.747365482 0.747365482 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.66E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 127012516 C G - - - - - - 22 0 0 14 2 14.3 6 0 0 25 3 12 73 9 12.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 1.596836612 1.596836612 1 0 0 1 2.411282051 2.411282051 1 0.747365482 0.747365482 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.002185852 1 1 1 0.00026475 1 1.42E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 127708912 A G KBTBD12 CCDS33848.2 r.? - - downstream 35 0 0 37 0 0 20 0 0 10 0 0 67 13 19.4 55 0 0 154 0 0 35 0 0 118 0 0 129 13 10.1 TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.178771574 1.178771574 1 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 0.613690355 0.613690355 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.41E-17 1.68E-13 YES 0_0 0_0 0_0 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b 3 127726649 C T - - - - - - 24 0 0 35 0 0 24 0 0 40 0 0 49 14 28.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.73777665 0.868888325 2 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 3.5E-21 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 128681956 C A KIAA1257 CCDS46905.1 r.? - - downstream 39 0 0 37 2 5.4 33 3 9.1 89 4 4.5 68 10 14.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0.603001238 0.603001238 1 1.251494624 1.251494624 1 0.904230769 0.904230769 1 0.893192893 0.893192893 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.014826063 1 0.000609557 1 0.001088103 1 2.18E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 131017724 C A NEK11 CCDS3069.1 r.? - - intronic 28 0 0 23 3 13 17 1 5.9 69 0 0 61 6 9.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 1.451669647 1.451669647 1 0.811408602 0.811408602 1 0 0 1 0.595461929 0.595461929 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 0 NA 0 6 NA 1 1 0.000205387 1 0.081683532 1 1 1 0.000000685 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 131294622 A G CPNE4 CCDS3072.1 r.? - - intronic 36 0 0 38 3 7.9 24 2 8.3 70 3 4.3 64 10 15.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0.882168478 0.882168478 1 1.141473118 1.141473118 1 0.864042735 0.864042735 1 0.947878173 0.947878173 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000925091 1 0.006413403 1 0.005331097 1 1.16E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 131551259 G A CPNE4 CCDS3072.1 r.? - - intronic 32 0 0 42 0 0 34 0 0 61 0 0 63 7 11.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.674451777 0.674451777 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 3.38E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 131847457 C G CPNE4 ENST00000512055 r.? - - intronic 36 0 0 30 0 0 25 1 4 74 0 0 88 9 10.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0 0 1 0.550107527 0.550107527 1 0 0 1 0.619766497 0.619766497 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 1 1 0.117779757 1 1 1 7.82E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 132732513 C T - - - - - - 32 0 0 37 2 5.4 30 2 6.7 42 2 4.8 66 9 13.6 0 0 NA 0 0 NA 3 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0.603001238 0.603001238 1 0.921430108 0.921430108 1 0.964512821 0.964512821 1 0.82635533 0.82635533 1 NA NA 0 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.014826063 1 0.009909649 1 0.018854633 1 5.59E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 133305904 A G CDV3 CCDS46918.1 r.? - - intronic 35 0 0 42 0 0 19 0 0 62 0 0 83 9 10.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.65622335 0.65622335 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 4.6E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 134538743 T C EPHB1 CCDS46921.1 r.? - - intronic 27 0 0 33 2 6.1 22 3 13.6 60 2 3.3 67 11 16.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0.681168065 0.681168065 1 1.870365591 1.870365591 1 0.663102564 0.663102564 1 0.99648731 0.99648731 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.011909843 1 0.000179267 1 0.036544784 1 4.85E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 134810837 C T EPHB1 CCDS46921.1 r.? - - intronic 35 0 0 47 1 2.1 25 3 12 46 0 0 69 10 14.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0.234500481 NA 0 1.650322581 1.650322581 1 0 0 1 0.881040609 0.881040609 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.209895027 1 0.00026475 1 1 1 2.54E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 134997820 T A - - - - - - 27 0 0 38 2 5.3 23 1 4.3 72 1 1.4 77 5 6.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0.591834548 0.591834548 1 0.591365591 0.591365591 1 0.281316239 0.281316239 1 0.394949239 0.394949239 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.015598339 1 0.108890944 1 0.302953399 1 0.0000458 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 135677150 G A - - - - - - 41 0 0 33 0 0 31 0 0 67 0 0 73 11 15.1 1 0 0 0 0 NA 4 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 0.917497462 0.917497462 1 NA NA 0 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.31E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 136403079 A C STAG1 CCDS3090.1 r.? - - intronic 23 0 0 50 2 4 27 1 3.7 74 3 4.1 65 12 18.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0.446667584 0.446667584 1 0.508849462 0.508849462 1 0.823854701 0.823854701 1 1.124086294 1.124086294 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.026131524 1 0.126579904 1 0.006220661 1 7.7E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 136607269 G T NCK1 CCDS3092.1 r.? - - intronic 20 0 0 41 0 0 22 0 0 20 0 0 62 7 11.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 0.686604061 0.686604061 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 3.02E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 137728998 G A CLDN18 CCDS3095.1 r.157g>a c.? p.? 5'UTR variant 34 0 0 31 1 3.2 10 0 0 5 1 20 80 15 18.8 513 0 0 661 29 4.4 157 56 35.7 637 59 9.3 638 121 19 TRUE TRUE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0.357334067 0.357334067 1 0 0 1 4.018803419 4.018803419 1 1.142314721 1.142314721 1 0.491334342 0.764270609 0.64288007 4.909709677 1.636569892 3 1.86874359 0.934371795 2 1.154467005 1.154467005 1 8 16 1 1 0.143917729 3.25E-18 1 1.48E-86 0.024751247 1.26E-53 1.49E-19 4.45E-147 YES 0_1 0_1 1_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b 3 138830247 C G MRPS22 CCDS3107.1 r.? - - intronic 33 0 0 43 0 0 20 0 0 72 0 0 66 5 7.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.461786802 0.461786802 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.0000217 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 138848528 G A MRPS22 CCDS3107.1 r.? - - intronic 32 0 0 26 1 3.8 23 0 0 58 1 1.7 51 13 25.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0.424334205 NA 0 0 0 1 0.341598291 0.341598291 1 1.549416244 1.549416244 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.122190858 1 1 1 0.252280541 1 4.87E-19 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 139437338 T C - - - - - - 46 0 0 41 0 0 17 0 0 53 0 0 64 9 14.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.856736041 0.856736041 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 4.2E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 139437339 G T - - - - - - 47 0 0 40 1 2.5 16 0 0 54 0 0 65 8 12.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0.27916724 0.27916724 1 0 0 1 0 0 1 0.747365482 0.747365482 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.181679879 1 1 1 1 1 1.53E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 143385850 G C SLC9A9 CCDS33872.1 r.? - - intronic 47 0 0 31 2 6.5 20 0 0 77 5 6.5 67 9 13.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0.725834824 0.725834824 1 0 0 1 1.306111111 1.306111111 1 0.814203046 0.814203046 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.010558179 1 1 1 0.0000458 1 6.43E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 143821932 T G - - - - - - 35 0 0 29 0 0 27 0 0 75 0 0 71 11 15.5 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.94180203 0.94180203 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 9.49E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 144655536 G C - - - - - - 35 0 0 29 0 0 16 0 0 60 0 0 75 7 9.3 4 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.565081218 0.565081218 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000000115 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 144708083 C A - - - - - - 39 0 0 53 0 0 32 0 0 83 0 0 62 7 11.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.686604061 0.686604061 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 3.02E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 144751065 T C - - - - - - 33 0 0 36 2 5.6 24 3 12.5 90 3 3.3 70 11 15.7 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0.625334617 0.625334617 1 1.719086022 1.719086022 1 0.663102564 0.663102564 1 0.953954315 0.953954315 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.014070883 1 0.000233853 1 0.01062894 1 8.06E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 144758336 C G - - - - - - 31 0 0 32 0 0 27 0 0 76 0 0 66 13 19.7 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.197 1.197 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.95E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 144784286 G T - - - - - - 24 0 0 36 0 0 23 0 0 73 0 0 55 8 14.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.881040609 0.881040609 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 3.86E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 145137019 A G - - - - - - 31 0 0 32 3 9.4 24 2 8.3 66 0 0 57 9 15.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 1.049668822 1.049668822 1 1.141473118 1.141473118 1 0 0 1 0.960030457 0.960030457 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.000556213 1 0.006413403 1 1 1 1.42E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 147523598 C T - - - - - - 27 0 0 37 0 0 32 0 0 63 0 0 68 8 11.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 0.716984772 0.716984772 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.21E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 148560878 G A CPB1 CCDS33874.1 r.? - - intronic 33 0 0 37 4 10.8 26 3 11.5 74 3 4.1 49 9 18.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 1.206002476 1.206002476 1 1.58155914 1.58155914 1 0.823854701 0.823854701 1 1.118010152 1.118010152 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.0000362 1 0.000298167 1 0.006220661 1 3.35E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 150105116 G A - - - - - - 33 0 0 32 4 12.5 25 1 4 47 3 6.4 78 8 10.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 1.395836199 1.395836199 1 0.550107527 0.550107527 1 1.286017094 1.286017094 1 0.62584264 0.62584264 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.0000201 1 0.117779757 1 0.001719595 1 6.71E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 150738543 T C - - - - - - 29 0 0 43 0 0 33 0 0 68 0 0 60 10 16.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.014715736 1.014715736 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 5.86E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 150901169 A G MED12L CCDS33876.1 r.? - - intronic 24 0 0 45 1 2.2 22 1 4.5 74 3 4.1 76 10 13.2 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0.245667171 0.245667171 1 0.618870968 0.618870968 1 0.823854701 0.823854701 1 0.802050761 0.802050761 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.201934322 1 0.104413009 1 0.006220661 1 6.9E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 151766531 C A - - - - - - 29 0 0 40 0 0 36 0 0 67 1 1.5 73 5 6.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0.301410256 0.301410256 1 0.413177665 0.413177665 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.285262761 1 0.0000354 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 152781854 C T - - - - - - 33 0 0 39 1 2.6 31 3 9.7 49 0 0 62 7 11.3 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0.290333929 0.290333929 1 1.334010753 1.334010753 1 0 0 1 0.686604061 0.686604061 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.177567718 1 0.000505952 1 1 1 3.02E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 152947281 C T - - - - - - 19 0 0 32 1 3.1 21 3 14.3 69 5 7.2 54 15 27.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0.346167377 0.346167377 1 1.966634409 1.966634409 1 1.446769231 1.446769231 1 1.689167513 0.844583756 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.14819814 1 0.000155401 1 0.0000269 1 2.2E-22 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 154197850 A G - - - - - - 31 0 0 50 2 4 23 1 4.3 63 2 3.2 76 11 14.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0.446667584 0.446667584 1 0.591365591 0.591365591 1 0.643008547 0.643008547 1 0.881040609 0.881040609 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.026131524 1 0.108890944 1 0.03993132 1 2.08E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 157034948 G T VEPH1 CCDS3179.1 r.2086c>a c.1778C>A p.S593Y missense 22 0 0 38 0 0 23 0 0 64 0 0 55 7 12.7 258 2 0.8 470 0 0 359 1 0.3 572 0 0 585 62 10.6 TRUE TRUE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.771670051 0.771670051 1 0 0 1 0.041258065 0.041258065 1 0 0 1 0.644071066 0.644071066 1 1 2 1 0.369887702 1 1 1 0.834618858 1 1 1.28E-08 6.7E-60 YES 0_0 0_0 0_0 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b 3 157471870 G C - - - - - - 23 0 0 48 0 0 37 0 0 77 0 0 60 6 10 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.607614213 0.607614213 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000000621 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 157685853 T C - - - - - - 29 0 0 30 1 3.3 17 1 5.9 72 3 4.2 70 13 18.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0.368500757 0.368500757 1 0.811408602 0.811408602 1 0.843948718 0.843948718 1 1.130162437 1.130162437 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.139615808 1 0.081683532 1 0.00576558 1 4.44E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 157765610 A C - - - - - - 25 0 0 30 0 0 30 4 13.3 60 2 3.3 61 12 19.7 0 0 NA 0 0 NA 1 1 100 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0 0 1 1.829107527 1.829107527 1 0.663102564 0.663102564 1 1.197 1.197 1 NA NA 1 13.75268817 4.584229391 3 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 1 1 0.0000154 0.005 0.036544784 1 3.39E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 158926368 C G IQCJ CCDS46947.1 r.? - - intronic 38 0 0 42 1 2.4 27 0 0 67 1 1.5 66 6 9.1 408 0 0 594 36 6.1 149 44 29.5 667 26 3.9 677 87 12.9 FALSE TRUE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0.26800055 NA 0 0 0 1 0.301410256 0.301410256 1 0.552928934 0.552928934 1 0.681168065 1.05955698 0.64288007 4.057043011 1.35234767 3 0.783666667 0.783666667 1 0.783822335 0.783822335 1 NA 10 1 1 0.189842622 6.28E-27 1 4.5E-64 0.285262761 2.75E-15 0.0000011 9.31E-91 YES 0_1 0_1 0_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b 3 159434813 T G SCHIP1 CCDS3186.1 r.? - - intronic 26 0 0 30 3 10 22 3 13.6 76 1 1.3 54 6 11.1 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 1.116668959 1.116668959 1 1.870365591 1.870365591 1 0.261222222 0.261222222 1 0.674451777 0.674451777 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000458697 1 0.000179267 1 0.316790122 1 0.000000329 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 159545474 G T SCHIP1 CCDS3186.1 r.? - - intronic 23 0 0 38 2 5.3 25 1 4 7 3 42.9 65 9 13.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0.591834548 0.591834548 1 0.550107527 0.550107527 1 8.620333333 2.873444444 3 0.838507614 0.838507614 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.015598339 1 0.117779757 1 0.00000431 1 4.85E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 159913343 A C - - - - - - 36 0 0 29 0 0 18 0 0 69 0 0 60 9 15 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.91142132 0.91142132 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.29E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 161280502 G A - - - - - - 15 0 0 27 0 0 26 0 0 66 0 0 54 10 18.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.124086294 1.124086294 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.91E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 161347724 T A - - - - - - 34 0 0 49 0 0 17 0 0 55 0 0 70 8 11.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.692680203 0.692680203 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.8E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 161454746 C T - - - - - - 36 0 0 33 0 0 38 0 0 88 0 0 85 9 10.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 0.644071066 0.644071066 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 5.71E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 162043720 C T - - - - - - 33 0 0 50 2 4 21 1 4.8 60 1 1.7 50 7 14 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0.446667584 0.446667584 1 0.660129032 0.660129032 1 0.341598291 0.341598291 1 0.850659898 0.850659898 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.026131524 1 0.099912572 1 0.259739042 1 6.46E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 162080234 G A - - - - - - 27 0 0 33 0 0 28 0 0 74 0 0 57 10 17.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.063324873 1.063324873 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 3.4E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 162089984 T A - - - - - - 38 0 0 33 3 9.1 20 3 15 72 3 4.2 61 8 13.1 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 1.016168753 1.016168753 1 2.062903226 2.062903226 1 0.843948718 0.843948718 1 0.795974619 0.795974619 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000609557 1 0.0001337 1 0.00576558 1 9.09E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 162452343 G A - - - - - - 29 0 0 57 2 3.5 23 2 8.7 92 0 0 75 13 17.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0.390834136 0.390834136 1 1.196483871 1.196483871 1 0 0 1 1.051172589 1.051172589 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.03327602 1 0.00589844 1 1 1 1.16E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 162589737 C T - - - - - - 23 0 0 34 3 8.8 16 2 12.5 81 0 0 80 11 13.8 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0.982668684 0.982668684 1 1.719086022 1.719086022 1 0 0 1 0.838507614 0.838507614 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.000666058 1 0.002863359 1 1 1 3.73E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 162686019 G A - - - - - - 34 0 0 39 3 7.7 25 2 8 65 4 6.2 61 13 21.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0.859835099 0.859835099 1 1.100215054 1.100215054 1 1.24582906 1.24582906 1 1.294218274 1.294218274 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000998458 1 0.006948068 1 0.000331785 1 6.41E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 163133261 A T - - - - - - 24 0 0 38 0 0 38 3 7.9 66 3 4.5 69 10 14.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0 0 1 1.086462366 1.086462366 1 0.904230769 0.904230769 1 0.881040609 0.881040609 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 1 1 0.000925091 1 0.004522888 1 2.54E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 163281386 T A - - - - - - 29 0 0 39 0 0 26 0 0 67 0 0 52 8 15.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.935725888 0.935725888 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.42E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 163679711 G A - - - - - - 42 0 0 32 3 9.4 21 2 9.5 66 0 0 64 7 10.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 1.049668822 1.049668822 1 1.306505376 1.306505376 1 0 0 1 0.662299492 0.662299492 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.000556213 1 0.004928472 1 1 1 3.78E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 163841602 T C - - - - - - 34 0 0 34 1 2.9 28 3 10.7 82 5 6.1 65 9 13.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0.323833998 NA 0 1.471537634 1.471537634 1 1.225735043 1.225735043 1 0.838507614 0.838507614 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.156694864 1 0.000372895 1 0.0000619 1 4.85E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 163973429 A T - - - - - - 34 0 0 38 3 7.9 16 1 6.2 66 2 3 75 7 9.3 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0.882168478 0.882168478 1 0.852666667 0.852666667 1 0.602820513 0.602820513 1 0.565081218 0.565081218 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000925091 1 0.077068876 1 0.043431387 1 0.000000115 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 164001756 G T - - - - - - 30 0 0 39 2 5.1 26 1 3.8 85 1 1.2 54 9 16.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0.569501169 0.569501169 1 0.522602151 0.522602151 1 0.241128205 0.241128205 1 1.014715736 1.014715736 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.016387522 1 0.122190858 1 0.346926798 1 8.48E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 164028416 A T - - - - - - 28 0 0 29 0 0 17 0 0 66 0 0 63 12 19 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.154467005 1.154467005 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 5.15E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 164078485 G C - - - - - - 22 0 0 35 0 0 19 0 0 69 0 0 60 11 18.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.11193401 1.11193401 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.34E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 164302498 G T - - - - - - 24 0 0 38 0 0 30 0 0 66 0 0 62 9 14.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.881040609 0.881040609 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 3.12E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 164681208 G C - - - - - - 41 0 0 40 0 0 23 0 0 85 0 0 58 12 20.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.257761421 1.257761421 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.76E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 164714750 T C SI CCDS3196.1 r.? - - intronic 29 0 0 34 0 0 34 0 0 57 0 0 72 9 12.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.759517766 0.759517766 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.25E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 164940602 G A - - - - - - 35 0 0 60 0 0 26 0 0 77 0 0 60 11 18.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.11193401 1.11193401 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.34E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 165037268 G C - - - - - - 30 0 0 41 0 0 12 0 0 74 0 0 67 13 19.4 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.178771574 1.178771574 1 NA NA 0 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.41E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 165067133 C T - - - - - - 23 0 0 20 1 5 15 2 13.3 45 3 6.7 28 7 25 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0.55833448 0.55833448 1 1.829107527 1.829107527 1 1.346299145 1.346299145 1 1.519035533 1.519035533 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.09538952 1 0.002513772 1 0.001516071 1 8.44E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 165105005 G C - - - - - - 32 0 0 33 0 0 19 0 0 61 0 0 62 6 9.7 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.589385787 0.589385787 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000000756 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 165105442 C A - - - - - - 33 0 0 44 0 0 10 0 0 88 0 0 73 10 13.7 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.832431472 0.832431472 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 4.56E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 165223504 G C - - - - - - 42 0 0 30 0 0 18 0 0 75 0 0 82 7 8.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.516472081 0.516472081 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000000214 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 165308832 A G - - - - - - 23 0 0 15 3 20 9 2 22.2 46 2 4.3 46 10 21.7 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 2.233337919 2.233337919 1 3.053096774 3.053096774 1 0.864042735 0.864042735 1 1.318522843 1.318522843 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.0000544 1 0.000879235 1 0.022369545 1 3.38E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 165395716 A G - - - - - - 37 0 0 28 0 0 19 0 0 79 0 0 75 9 12 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.729137056 0.729137056 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.82E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 165747952 T C - - - - - - 31 0 0 33 0 0 21 0 0 57 0 0 63 6 9.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.577233503 0.577233503 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000000832 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 165950179 A T - - - - - - 19 0 0 18 0 0 9 1 11.1 32 0 0 28 3 10.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0 0 1 1.526548387 1.526548387 1 0 0 1 0.650147208 0.650147208 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 1 1 0.044110422 1 1 1 0.000372895 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 166203444 T C - - - - - - 25 0 0 35 1 2.9 30 2 6.7 72 3 4.2 57 11 19.3 523 0 0 310 12 3.9 63 0 0 604 21 3.5 468 76 16.2 TRUE TRUE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0.323833998 0.323833998 1 0.921430108 0.921430108 1 0.843948718 0.843948718 1 1.172695431 1.172695431 1 0.435500894 0.677421676 0.64288007 0 0 1 0.703290598 0.703290598 1 0.984335025 0.984335025 1 8 9 1 1 0.16091139 0.000000082 0.009909649 1 0.00576558 1.03E-11 7.29E-15 1.39E-87 YES 0_1 1_0 1_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b 3 166400541 A G - - - - - - 40 0 0 37 3 8.1 23 1 4.3 65 4 6.2 66 8 12.1 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0.904501857 0.904501857 1 0.591365591 0.591365591 1 1.24582906 1.24582906 1 0.735213198 0.735213198 1 NA NA 0 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000855237 1 0.108890944 1 0.000331785 1 1.73E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 166419609 G A - - - - - - 31 0 0 37 0 0 14 0 0 74 0 0 75 11 14.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.893192893 0.893192893 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.78E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 166581595 G T - - - - - - 30 0 0 41 1 2.4 21 0 0 57 2 3.5 57 7 12.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0.26800055 0.26800055 1 0 0 1 0.703290598 0.703290598 1 0.747365482 0.747365482 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.18577148 1 1 1 0.03327602 1 1.66E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 166859336 G A - - - - - - 33 0 0 48 0 0 31 0 0 57 0 0 59 10 16.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.02686802 1.02686802 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 4.91E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 167368178 G C WDR49 CCDS3201.1 r.? - - intronic 31 0 0 43 2 4.7 22 2 9.1 78 0 0 48 6 12.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0.524834411 0.524834411 1 1.251494624 1.251494624 1 0 0 1 0.759517766 0.759517766 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.019709573 1 0.005403392 1 1 1 0.00000016 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 168021088 G C - - - - - - 33 0 0 35 4 11.4 20 0 0 56 1 1.8 50 7 14 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 1.273002614 1.273002614 1 0 0 1 0.361692308 0.361692308 1 0.850659898 0.850659898 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 0 NA 0 8 NA 1 1 0.0000289 1 1 1 0.244746891 1 6.46E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 168197791 C G - - - - - - 26 0 0 41 3 7.3 18 2 11.1 77 0 0 68 5 7.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0.81516834 0.81516834 1 1.526548387 1.526548387 1 0 0 1 0.449634518 0.449634518 1 NA NA 0 NA NA 1 0 0 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.001155993 1 0.003626632 1 1 1 0.0000251 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 168449745 C T - - - - - - 23 0 0 35 0 0 28 0 0 57 0 0 71 9 12.7 3 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.771670051 0.771670051 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.1E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 168659549 G C - - - - - - 22 0 0 39 0 0 15 0 0 65 0 0 63 6 9.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.577233503 0.577233503 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000000832 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 168934143 G C MECOM ENST00000494292 r.? - - intronic 32 0 0 42 0 0 19 0 0 73 0 0 68 12 17.6 0 0 NA 0 0 NA 3 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.069401015 1.069401015 1 NA NA 0 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.37E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 168967118 G A MECOM ENST00000494292 r.? - - intronic 34 0 0 42 0 0 23 0 0 74 0 0 56 7 12.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.759517766 0.759517766 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.46E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 169209333 T C MECOM ENST00000494292 r.? - - intronic 30 0 0 28 0 0 19 0 0 72 0 0 53 5 9.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.57115736 0.57115736 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.00000734 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 169900617 G A PHC3 CCDS46952.1 r.? - - upstream 38 0 0 35 0 0 29 0 0 66 0 0 71 10 14.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.856736041 0.856736041 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 3.42E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 170527416 G A CLDN11 ENST00000486975 r.? - - intronic 37 0 0 48 0 0 23 0 0 65 0 0 77 8 10.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.631918782 0.631918782 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 6.05E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 170826884 T C TNIK CCDS46956.1 r.? - - intronic 33 0 0 39 0 0 23 0 0 74 0 0 55 5 9.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.552928934 0.552928934 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.00000883 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 171368471 G C PLD1 CCDS46957.1 r.? - - intronic 33 0 0 39 1 2.6 29 1 3.4 39 3 7.7 86 7 8.1 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0.290333929 0.290333929 1 0.467591398 0.467591398 1 1.547239316 1.547239316 1 0.492167513 0.492167513 1 NA NA 0 NA NA 1 0 0 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.177567718 1 0.135292269 1 0.000998458 1 0.000000297 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 173023292 G C - - - - - - 31 0 0 31 4 12.9 30 2 6.7 40 0 0 65 6 9.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 1.440502958 1.440502958 1 0.921430108 0.921430108 1 0 0 1 0.559005076 0.559005076 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.0000177 1 0.009909649 1 1 1 0.000001 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 173504558 G T NLGN1 CCDS3222.1 r.? - - intronic 35 0 0 40 1 2.5 20 2 10 63 1 1.6 76 13 17.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0.27916724 0.27916724 1 1.375268817 1.375268817 1 0.321504274 0.321504274 1 1.039020305 1.039020305 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.181679879 1 0.004473894 1 0.27078753 1 1.39E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 174141502 T A - - - - - - 30 0 0 37 0 0 27 1 3.7 70 0 0 80 7 8.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0 0 1 0.508849462 0.508849462 1 0 0 1 0.534700508 0.534700508 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 4 NA 1 1 1 1 0.126579904 1 1 1 0.00000018 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 174290652 T C NAALADL2 ENST00000434257 r.? - - intronic 33 0 0 43 0 0 23 0 0 72 0 0 69 13 18.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.142314721 1.142314721 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 3.64E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 174384006 C G NAALADL2 ENST00000434257 r.? - - intronic 35 0 0 32 0 0 27 1 3.7 64 3 4.7 62 6 9.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0 0 1 0.508849462 0.508849462 1 0.944418803 0.944418803 1 0.589385787 0.589385787 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 1 1 0.126579904 1 0.004148608 1 0.000000756 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 174600767 C T NAALADL2 CCDS46960.1 r.? - - intronic 36 0 0 32 0 0 12 1 8.3 52 1 1.9 67 9 13.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0 0 1 1.141473118 1.141473118 1 0.381786325 0.381786325 1 0.814203046 0.814203046 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 1 1 0.058377193 1 0.229451111 1 6.43E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 167856796 G A SPOCK3 CCDS34095.1 r.? - - intronic 38 1 2.6 42 7 16.7 24 3 12.5 64 5 7.8 43 16 37.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 7 3 2 2 4 2 1 1 3 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.75747619 1.75747619 1 1.469086022 1.469086022 1 1.723333333 1.723333333 1 2.260324873 1.130162437 2 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 0.173434892 1 1.81E-09 1 0.000233853 1 0.0000186 1 3.56E-26 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 176069737 A G - - - - - - 33 0 0 42 0 0 31 0 0 95 0 0 71 6 8.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.516472081 0.516472081 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.00000169 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 176258015 C G - - - - - - 28 0 0 45 1 2.2 24 2 8.3 71 0 0 88 14 15.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0.245667171 0.245667171 1 1.141473118 1.141473118 1 0 0 1 0.966106599 0.966106599 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.201934322 1 0.006413403 1 1 1 2.78E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 176389307 A C - - - - - - 31 0 0 42 1 2.4 23 2 8.7 41 0 0 69 7 10.1 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 2 0 0 TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0.26800055 0.26800055 1 1.196483871 1.196483871 1 0 0 1 0.613690355 0.613690355 1 NA NA 0 0 0 1 NA NA 1 0 NA 0 6 NA 1 1 0.189842622 1 0.00589844 1 1 1 6.43E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 177008832 A G - - - - - - 20 0 0 31 0 0 30 0 0 46 0 0 63 6 9.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.577233503 0.577233503 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000000832 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 179576236 T C PEX5L CCDS3236.1 r.? - - intronic 27 0 0 58 2 3.4 18 1 5.6 86 4 4.7 72 8 11.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0.379667446 0.379667446 1 0.770150538 0.770150538 1 0.944418803 0.944418803 1 0.674451777 0.674451777 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.034352256 1 0.086275114 1 0.000957637 1 3.52E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 179862572 C G - - - - - - 37 0 0 37 3 8.1 23 0 0 72 0 0 81 12 14.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0.904501857 0.904501857 1 0 0 1 0 0 1 0.899269036 0.899269036 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.000855237 1 1 1 1 1 1.26E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 180071842 A C - - - - - - 37 0 0 37 2 5.4 24 1 4.2 56 0 0 72 9 12.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0.603001238 0.603001238 1 0.577612903 0.577612903 1 0 0 1 0.759517766 0.759517766 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.014826063 1 0.113346489 1 1 1 1.25E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 180136383 G C - - - - - - 37 0 0 39 2 5.1 25 2 8 71 0 0 67 14 20.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0.569501169 0.569501169 1 1.100215054 1.100215054 1 0 0 1 1.269913706 1.269913706 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.016387522 1 0.006948068 1 1 1 4.66E-19 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 180598032 G T FXR1 ENST00000465551 r.? - - intronic 25 0 0 35 0 0 24 0 0 56 0 0 60 8 13.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.808126904 0.808126904 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 7.93E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 180632783 G T FXR1 CCDS33894.1 r.599g>u c.? p.? 5'UTR variant 38 0 0 30 0 0 27 0 0 67 0 0 61 5 8.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.498243655 0.498243655 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.0000147 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 180854690 C T - - - - - - 33 0 0 32 1 3.1 26 3 11.5 63 4 6.3 55 6 10.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0.346167377 0.346167377 1 1.58155914 1.58155914 1 1.265923077 1.265923077 1 0.662299492 0.662299492 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.14819814 1 0.000298167 1 0.000294233 1 0.000000367 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 180954045 G A AC083904.1 ENST00000384205 r.? - - downstream 22 0 0 49 2 4.1 16 0 0 70 3 4.3 84 8 9.5 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0.457834273 0.457834273 1 0 0 1 0.864042735 0.864042735 1 0.577233503 0.577233503 1 NA NA 0 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.025168485 1 1 1 0.005331097 1 1.21E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 181331441 G A - - - - - - 35 0 0 40 0 0 34 0 0 67 0 0 77 7 9.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.552928934 0.552928934 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000000138 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 181400568 T G - - - - - - 32 0 0 49 0 0 34 2 5.9 60 4 6.7 52 4 7.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0 0 1 0.811408602 0.811408602 1 1.346299145 1.346299145 1 0.467862944 0.467862944 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 1 1 0.012612579 1 0.000243755 1 0.000139698 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 181755682 C T - - - - - - 39 0 0 37 0 0 29 0 0 52 0 0 71 7 9.9 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 1 1 100 TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.601538071 0.601538071 1 NA NA 0 0 0 1 NA NA 1 6.076142132 6.076142132 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 7.85E-08 0.005 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 181864845 G T - - - - - - 51 0 0 31 0 0 18 0 0 69 0 0 55 6 10.9 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.662299492 0.662299492 1 NA NA 0 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000000367 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 181948170 C T - - - - - - 23 0 0 39 0 0 19 0 0 5 0 0 59 9 15.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.929649746 0.929649746 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.96E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 182100493 G T - - - - - - 25 0 0 40 4 10 23 0 0 82 0 0 65 11 16.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 1.116668959 1.116668959 1 0 0 1 0 0 1 1.02686802 1.02686802 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.0000495 1 1 1 1 1 3.41E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 182168322 G C - - - - - - 40 0 0 45 3 6.7 36 2 5.6 56 0 0 74 8 10.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0.748168203 0.748168203 1 0.770150538 0.770150538 1 0 0 1 0.65622335 0.65622335 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.001516071 1 0.014070883 1 1 1 4.39E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 183043047 A G MCF2L2 CCDS3243.1 r.? - - intronic 28 0 0 25 0 0 17 0 0 58 0 0 69 12 17.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.057248731 1.057248731 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.65E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 184608170 G T VPS8 CCDS46971.1 r.? - - intronic 34 0 0 44 0 0 17 0 0 64 0 0 78 10 12.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.777746193 0.777746193 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 9.02E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 185672052 C T - - - - - - 35 0 0 38 0 0 40 0 0 15 0 0 68 12 17.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.069401015 1.069401015 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.37E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 187801636 T C - - - - - - 32 0 0 38 0 0 21 0 0 70 0 0 54 5 9.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 0.565081218 0.565081218 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.00000806 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 188347174 A G LPP CCDS3291.1 r.? - - intronic 38 0 0 37 0 0 32 1 3.1 78 1 1.3 68 7 10.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0 0 1 0.426333333 0.426333333 1 0.261222222 0.261222222 1 0.62584264 0.62584264 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 4 NA 1 1 1 1 0.14819814 1 0.323605141 1 0.000000058 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 188470760 G T LPP CCDS3291.1 r.? - - intronic 28 0 0 49 0 0 23 0 0 71 0 0 60 9 15 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.91142132 0.91142132 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.29E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 188470761 A G LPP CCDS3291.1 r.? - - intronic 27 0 0 45 0 0 23 0 0 70 0 0 63 10 15.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 0.966106599 0.966106599 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 9.81E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 188514277 G A LPP CCDS3291.1 r.? - - intronic 29 0 0 46 0 0 22 0 0 72 0 0 53 10 18.9 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 1.148390863 1.148390863 1 NA NA 0 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.57E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 188836225 A C TPRG1 CCDS3292.1 r.? - - intronic 43 0 0 37 0 0 26 0 0 59 0 0 75 10 13.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.808126904 0.808126904 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 6.02E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 189018292 C G TPRG1 CCDS3292.1 r.? - - intronic 24 0 0 28 0 0 19 0 0 77 0 0 80 8 10 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.607614213 0.607614213 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 8.22E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 189969858 G A - - - - - - 36 0 0 29 1 3.4 19 1 5.3 71 3 4.2 63 11 17.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0.379667446 NA 0 0.728892473 0.728892473 1 0.843948718 0.843948718 1 1.063324873 1.063324873 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.135292269 1 0.090843738 1 0.00554578 1 2.37E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 190896143 G C - - - - - - 35 0 0 40 0 0 24 0 0 65 0 0 67 6 9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.546852792 0.546852792 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.0000012 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 191217500 G C - - - - - - 37 0 0 44 2 4.5 24 2 8.3 36 1 2.8 73 9 12.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0.502501032 0.502501032 1 1.141473118 1.141473118 1 0.562632479 0.562632479 1 0.747365482 0.747365482 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.020580492 1 0.006413403 1 0.165106833 1 1.42E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 191249049 A T - - - - - - 30 0 0 39 0 0 29 0 0 79 0 0 91 16 17.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.069401015 1.069401015 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.79E-20 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 191405145 T C - - - - - - 31 0 0 27 1 3.7 24 2 8.3 59 3 5.1 72 15 20.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0.413167515 NA 0 1.141473118 1.141473118 1 1.024794872 1.024794872 1 1.263837563 1.263837563 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.126579904 1 0.006413403 1 0.003297476 1 2.7E-20 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 191527886 A T - - - - - - 27 0 0 36 0 0 28 0 0 68 0 0 76 14 18.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.118010152 1.118010152 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 3.14E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 191562133 G C - - - - - - 27 0 0 29 0 0 20 0 0 84 0 0 70 13 18.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.130162437 1.130162437 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 4.44E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 192007677 C G FGF12 CCDS3301.1 r.? - - intronic 31 0 0 35 3 8.6 30 2 6.7 79 4 5.1 78 11 14.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0.960335305 0.960335305 1 0.921430108 0.921430108 1 1.024794872 1.024794872 1 0.856736041 0.856736041 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000725791 1 0.009909649 1 0.000696582 1 2.79E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 192216888 C G FGF12 CCDS46983.1 r.? - - intronic 23 0 0 35 0 0 22 0 0 79 0 0 59 10 16.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.02686802 1.02686802 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 4.91E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 192271291 G C FGF12 CCDS46983.1 r.? - - intronic 37 0 0 26 2 7.7 22 1 4.5 67 7 10.4 84 15 17.9 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0.859835099 0.859835099 1 0.618870968 0.618870968 1 2.089777778 1.044888889 2 1.087629442 1.087629442 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.007502227 1 0.104413009 1 5.23E-08 1 3.27E-19 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 192380868 G A FGF12 CCDS46983.1 r.? - - intronic 33 0 0 31 3 9.7 26 2 7.7 62 0 0 71 13 18.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 1.083168891 1.083168891 1 1.058956989 1.058956989 1 0 0 1 1.11193401 1.11193401 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.000505952 1 0.007502227 1 1 1 5.42E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 193285649 G A - - - - - - 25 0 0 39 0 0 28 0 0 51 0 0 63 8 12.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.771670051 0.771670051 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.18E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 194792915 C T C3orf21 CCDS43188.1 r.? - - intronic 33 0 0 45 3 6.7 21 1 4.8 18 1 5.6 57 9 15.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0.748168203 0.748168203 1 0.660129032 0.660129032 1 1.125264957 1.125264957 1 0.960030457 0.960030457 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.001516071 1 0.099912572 1 0.086275114 1 1.42E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 196198161 A G RNF168 CCDS3317.1 r.2840u>c c.? p.? 3'UTR variant 36 0 0 48 0 0 23 0 0 71 0 0 88 9 10.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.619766497 0.619766497 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 7.82E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 11318 G A - - - - - - 32 0 0 1 0 0 0 0 NA 2 0 0 35 6 17.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.24E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 2615269 C T - - - - - - 22 0 0 34 0 0 24 0 0 39 0 0 47 10 21.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 1 3 2 2 1 2 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 1.294218274 1.294218274 1 NA NA 1 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 4.27E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 3635881 C T - - - - - - 56 0 0 66 0 0 45 0 0 11 0 0 135 12 8.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 1 3 2 2 1 2 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 0.54077665 0.54077665 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 6.4E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 3676684 C A - - - - - - 13 0 0 0 0 NA 0 0 NA 9 0 0 29 7 24.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 1 3 2 2 1 2 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1 NA NA 1 0 NA 0 1.464350254 1.464350254 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.11E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 3678233 G T - - - - - - 30 0 0 25 3 12 19 0 0 11 1 9.1 54 19 35.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 1 3 2 2 1 2 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.262857143 1.262857143 1 0 0 1 1.464555556 1.464555556 1 2.13880203 1.069401015 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.00026475 1 1 1 0.05364542 1 2.97E-30 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 4728424 A G - - - - - - 39 0 0 38 1 2.6 21 0 0 59 0 0 53 9 17 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 1 0 0 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 1 3 2 2 1 2 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.273619048 0.273619048 1 0 0 1 0 NA 0 1.032944162 1.032944162 1 NA NA 1 0 0 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.173434892 1 1 1 1 1 7.1E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 5368227 G A STK32B CCDS3380.1 r.? - - intronic 30 0 0 39 4 10.3 19 1 5.3 55 1 1.8 55 13 23.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 1 3 2 2 1 2 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.083952381 1.083952381 1 0.622892473 0.622892473 1 0.289692308 NA 0 1.433969543 1.433969543 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.0000447 1 0.090843738 1 0.240951649 1 1.46E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 5636124 C A EVC2 CCDS3382.2 r.? - - intronic 26 0 0 38 0 0 12 0 0 53 0 0 44 6 13.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 1 3 2 2 1 2 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 0.82635533 0.82635533 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 9.37E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 5637132 T C EVC2 CCDS3382.2 r.? - - intronic 29 0 0 43 0 0 22 0 0 71 0 0 47 14 29.8 132 0 0 156 0 0 47 0 0 429 0 0 204 35 17.2 FALSE FALSE 3 3 1 3 2 2 1 2 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 1.810690355 0.905345178 2 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 1.045096447 1.045096447 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.79E-21 3.84E-42 YES 0_0 0_0 0_0 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b 4 6511209 A T PPP2R2C ENST00000506140 r.? - - intronic 37 0 0 38 2 5.3 18 0 0 61 5 8.2 47 7 14.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 1 3 2 2 1 2 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.557761905 0.557761905 1 0 0 1 1.319709402 1.319709402 1 0.905345178 0.905345178 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.015598339 1 1 1 0.0000147 1 4.12E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 6550537 C T PPP2R2C ENST00000506140 r.? - - intronic 29 0 0 33 2 6.1 23 1 4.3 19 2 10.5 46 6 13 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 1 3 2 2 1 2 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.641952381 0.641952381 1 0.505365591 0.505365591 1 1.689871795 1.689871795 1 0.789898477 0.789898477 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.011909843 1 0.108890944 1 0.004039874 1 0.000000123 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 6894721 T A - - - - - - 26 0 0 25 0 0 18 0 0 35 0 0 45 9 20 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 1 3 2 2 1 2 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 1.215228426 1.215228426 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.47E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 7504908 G A SORCS2 CCDS47008.1 r.? - - intronic 36 0 0 47 0 0 19 0 0 54 0 0 62 11 17.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 1 3 2 2 1 2 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 1.075477157 1.075477157 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.96E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 8770615 G C - - - - - - 34 0 0 19 2 10.5 11 0 0 22 2 9.1 58 9 15.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 1 3 2 2 1 2 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.105 1.105 1 0 0 1 1.464555556 1.464555556 1 0.94180203 0.94180203 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.004039874 1 1 1 0.005403392 1 1.67E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 8951959 C T - - - - - - 34 0 0 31 1 3.2 19 1 5.3 76 0 0 60 13 21.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 1 50 FALSE FALSE 3 3 1 3 2 2 1 2 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.336761905 0.336761905 1 0.622892473 0.622892473 1 0 NA 0 1.318522843 1.318522843 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 3.038071066 3.038071066 1 NA NA 1 1 0.143917729 1 0.090843738 1 1 1 5.07E-18 0.009975 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 9213813 C A ENSG00000231396 ENST00000417945 r.1431c>a c.1431C>A p.N477K missense 21 0 0 13 0 0 7 0 0 25 0 0 25 14 56 85 0 0 111 0 0 13 0 0 58 0 0 85 37 43.5 FALSE FALSE 3 3 1 4 2 2 1 3 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 3.962639594 1.320879865 3 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 3.078121827 1.026040609 3 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.58E-26 9.49E-62 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 9596732 G A - - - - - - 30 0 0 43 0 0 26 0 0 60 0 0 64 7 10.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 1 4 2 2 1 3 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 0.771299492 0.771299492 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 3.78E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 11572181 G A - - - - - - 30 0 0 37 0 0 29 0 0 59 0 0 48 5 10.4 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 1 3 2 2 1 2 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 0.631918782 0.631918782 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.00000447 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 13712672 C G - - - - - - 24 0 0 29 0 0 16 0 0 22 0 0 55 6 10.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 1 3 2 2 1 2 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 0.662299492 0.662299492 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000000367 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 14111847 T G - - - - - - 29 0 0 42 0 0 24 0 0 66 3 4.5 49 7 14.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 1 3 2 2 1 2 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.724230769 0.724230769 1 0.868888325 0.868888325 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 2 NA 1 1 1 1 1 1 0.004522888 1 5.58E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 14169963 C A - - - - - - 38 0 0 41 0 0 23 0 0 72 0 0 47 7 14.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 1 3 2 2 1 2 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 0.905345178 0.905345178 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 4.12E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 14399073 G T - - - - - - 24 0 0 22 2 9.1 16 1 6.2 51 0 0 59 12 20.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 1 3 2 2 1 2 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.957666667 0.957666667 1 0.728666667 0.728666667 1 0 NA 0 1.233456853 1.233456853 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.005403392 1 0.077068876 1 1 1 2.2E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 14426581 C G - - - - - - 37 0 0 36 2 5.6 20 2 10 43 2 4.7 56 11 19.6 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 1 3 2 2 1 2 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.589333333 0.589333333 1 1.175268817 1.175268817 1 0.756418803 0.756418803 1 1.190923858 1.190923858 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.014070883 1 0.004473894 1 0.019709573 1 5.91E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 16551372 A G LDB2 CCDS3420.1 r.? - - intronic 37 0 0 33 2 6.1 14 0 0 71 0 0 51 7 13.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 1 3 2 2 1 2 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.641952381 0.641952381 1 0 0 1 0 NA 0 0.832431472 0.832431472 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.011909843 1 1 1 1 1 7.46E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 18564203 G A - - - - - - 40 0 0 29 1 3.4 18 3 16.7 64 3 4.7 43 6 14 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 6 2 1 1 3 1 1 1 3 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.323809524 0.323809524 1 1.795698925 1.795698925 1 0.991418803 0.991418803 1 0.710659898 0.710659898 1 NA NA 1 NA NA 0 0 0 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.135292269 1 0.0000964 1 0.004148608 1 8.13E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 19013631 C T - - - - - - 24 0 0 24 1 4.2 15 2 13.3 65 0 0 38 6 15.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 6 2 1 1 3 1 1 1 3 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.4 0.4 1 1.430107527 1.430107527 1 0 0 1 0.802030457 0.802030457 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.113346489 1 0.002513772 1 1 1 3.76E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 19049789 T G - - - - - - 34 0 0 32 3 9.4 20 2 10 54 3 5.6 37 6 16.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 6 2 1 1 3 1 1 1 3 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.895238095 0.895238095 1 1.075268817 1.075268817 1 1.181264957 1.181264957 1 0.822335025 0.822335025 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000556213 1 0.004473894 1 0.00256299 1 3.18E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 19185298 G C - - - - - - 27 0 0 34 0 0 15 0 0 51 0 0 42 9 21.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 6 2 1 1 3 1 1 1 3 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.086294416 1.086294416 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 7.51E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 19329229 G A - - - - - - 29 0 0 30 0 0 16 0 0 63 0 0 43 11 25.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 6 2 1 1 3 1 1 1 3 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.299492386 1.299492386 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.42E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 19645954 C G - - - - - - 28 0 0 23 0 0 15 0 0 54 0 0 54 11 20.4 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 6 2 1 1 3 1 1 1 3 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.035532995 1.035532995 1 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 3.84E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 20506747 C A SLIT2 ENST00000504154 r.? - - intronic 32 0 0 36 0 0 23 0 0 64 0 0 46 7 15.2 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 6 2 1 1 3 1 1 1 3 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.771573604 0.771573604 1 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 3.53E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 21700714 C A KCNIP4 CCDS43217.1 r.? - - upstream 38 0 0 32 0 0 13 0 0 75 0 0 47 9 19.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 6 2 1 1 3 1 1 1 3 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.969543147 0.969543147 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.24E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 21795198 A T KCNIP4 CCDS43216.1 r.? - - intronic 43 0 0 31 0 0 16 0 0 66 0 0 49 8 16.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 6 2 1 1 3 1 1 1 3 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.827411168 0.827411168 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.47E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 22194068 C T - - - - - - 31 0 0 31 3 9.7 20 3 15 74 4 5.4 55 10 18.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 6 2 1 1 3 1 1 1 3 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.923809524 0.923809524 1 1.612903226 1.612903226 1 1.139076923 1.139076923 1 0.923857868 0.923857868 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000505952 1 0.0001337 1 0.00054411 1 2.33E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 24161522 A T - - - - - - 34 0 0 160 0 0 86 0 0 173 0 0 323 12 3.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 34 35 51 32 33 34 48 31 1 1 3 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 1.297817259 1.297817259 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000000128 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 24236364 A T - - - - - - 27 0 0 125 0 0 71 0 0 188 0 0 322 7 2.2 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 34 35 51 32 33 34 48 31 1 1 3 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.771675127 0.771675127 1 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.00133089 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 24334579 A G - - - - - - 34 0 0 34 0 0 23 0 0 51 0 0 60 14 23.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.182741117 1.182741117 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 8.54E-20 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 25097305 G T - - - - - - 32 0 0 33 0 0 20 0 0 22 0 0 30 7 23.3 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 1.182741117 1.182741117 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.44E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 25641097 G T - - - - - - 25 0 0 31 2 6.5 12 2 16.7 47 1 2.1 48 10 20.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.619047619 0.619047619 1 1.795698925 1.795698925 1 0.400974359 0.400974359 1 1.055837563 1.055837563 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.010558179 1 0.001595918 1 0.209895027 1 5.37E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 25898786 C A - - - - - - 43 0 0 26 2 7.7 20 1 5 48 3 6.2 38 5 13.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.733333333 0.733333333 1 0.537634409 0.537634409 1 1.18382906 1.18382906 1 0.670050761 0.670050761 1 NA NA 1 NA NA 0 0 0 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.007502227 1 0.09538952 1 0.001827434 1 0.00000137 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 26859408 G T STIM2 CCDS3440.1 r.? - - upstream 37 0 0 18 0 0 9 0 0 5 0 0 38 10 26.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.335025381 1.335025381 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 4.06E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 27295359 G T - - - - - - 35 0 0 29 0 0 9 0 0 49 0 0 36 4 11.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.563451777 0.563451777 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.0000324 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 28319011 C G - - - - - - 35 0 0 28 0 0 24 0 0 62 0 0 46 8 17.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 1 100 TRUE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.883248731 0.883248731 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 5.076142132 5.076142132 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 8.61E-11 0.005 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 29010336 A T - - - - - - 24 0 0 36 0 0 25 0 0 66 1 1.5 44 9 20.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.286410256 0.286410256 1 1.040609137 1.040609137 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.281671117 1 1.18E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 29133759 G A - - - - - - 35 0 0 32 0 0 17 0 0 61 0 0 41 5 12.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.61928934 0.61928934 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.00000202 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 29359006 G T - - - - - - 42 0 0 31 2 6.5 25 2 8 60 0 0 45 13 28.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.619047619 0.619047619 1 0.860215054 0.860215054 1 0 0 1 1.467005076 1.467005076 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.010558179 1 0.006948068 1 1 1 7.68E-20 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 30753409 A G PCDH7 CCDS43220.1 r.? - - intronic 38 1 2.6 29 0 0 16 0 0 69 0 0 43 10 23.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.182741117 1.182741117 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 0.173434892 1 1 1 1 1 1 1 1.61E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 29554307 G C - - - - - - 22 0 0 25 0 0 17 0 0 66 0 0 41 4 9.8 3 0 0 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.497461929 0.497461929 1 NA NA 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.0000546 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 29684166 A G - - - - - - 45 0 0 36 0 0 19 0 0 48 0 0 49 6 12.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.61928934 0.61928934 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000000182 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 29942919 G T - - - - - - 31 0 0 35 2 5.7 16 0 0 76 5 6.6 37 5 13.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.542857143 0.542857143 1 0 0 1 1.260205128 1.260205128 1 0.685279188 0.685279188 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.013332991 1 1 1 0.000043 1 0.00000119 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 29942920 A T - - - - - - 27 0 0 35 2 5.7 16 0 0 77 5 6.5 37 5 13.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.542857143 0.542857143 1 0 0 1 1.241111111 1.241111111 1 0.685279188 0.685279188 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.013332991 1 1 1 0.0000458 1 0.00000119 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 30145888 C T ENSG00000237496 ENST00000424014 r.? - - intronic 29 0 0 33 2 6.1 10 2 20 71 0 0 42 7 16.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.580952381 0.580952381 1 2.150537634 2.150537634 1 0 0 1 0.847715736 0.847715736 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.011909843 1 0.001095391 1 1 1 1.81E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 30263677 C T ENSG00000237496 ENST00000424014 r.? - - intronic 40 0 0 34 2 5.9 19 1 5.3 78 4 5.1 42 7 16.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.561904762 0.561904762 1 0.569892473 0.569892473 1 0.973794872 0.973794872 1 0.847715736 0.847715736 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.012612579 1 0.090843738 1 0.000663934 1 1.81E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 30480875 A T ENSG00000237496 ENST00000424014 r.? - - intronic 40 0 0 40 0 0 17 0 0 64 4 6.2 53 9 17 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.18382906 1.18382906 1 0.862944162 0.862944162 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 2 NA 1 1 1 1 1 1 0.000312605 1 7.1E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 3 175937779 A G - - - - - - 40 1 2.5 38 3 7.9 25 1 4 68 3 4.4 79 10 12.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.64288007 5 5 3 2 3 3 2 1 2 2 1 0.35711993 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.64288007 NA NA NA 0.882168478 0.882168478 1 0.550107527 0.550107527 1 0.884136752 0.884136752 1 0.771670051 0.771670051 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 0.181679879 1 0.000925091 1 0.117779757 1 0.004916956 1 1.03E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 31035233 T C PCDH7 CCDS43220.1 r.? - - intronic 26 0 0 25 0 0 18 0 0 55 0 0 52 15 28.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.461928934 1.461928934 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.15E-22 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 31224863 T C - - - - - - 41 0 0 27 2 7.4 24 3 12.5 64 2 3.1 50 11 22 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.704761905 0.704761905 1 1.344086022 1.344086022 1 0.59191453 0.59191453 1 1.116751269 1.116751269 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.00807567 1 0.000233853 1 0.041085601 1 1.52E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 31716612 A G - - - - - - 34 0 0 30 2 6.7 16 1 6.2 62 2 3.2 47 11 23.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.638095238 0.638095238 1 0.666666667 0.666666667 1 0.611008547 0.611008547 1 1.187817259 1.187817259 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.009909649 1 0.077068876 1 0.038789653 1 7.21E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 31915724 A T - - - - - - 31 0 0 41 0 0 14 0 0 27 0 0 46 9 19.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.994923858 0.994923858 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.82E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 31926387 G T - - - - - - 31 0 0 24 0 0 15 0 0 54 0 0 38 9 23.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.203045685 1.203045685 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.79E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 32734920 A T - - - - - - 28 0 0 23 0 0 16 0 0 65 0 0 49 10 20.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.035532995 1.035532995 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 6.72E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 33549377 T A - - - - - - 39 0 0 42 0 0 20 0 0 57 0 0 45 8 17.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.903553299 0.903553299 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 7.14E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 34039642 A T - - - - - - 40 0 0 29 1 3.4 20 1 5 46 3 6.5 36 9 25 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.323809524 0.323809524 1 0.537634409 0.537634409 1 1.241111111 1.241111111 1 1.269035533 1.269035533 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.135292269 1 0.09538952 1 0.001615827 1 1.63E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 34139078 C G - - - - - - 31 0 0 32 2 6.2 24 2 8.3 58 3 5.2 42 5 11.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.59047619 0.59047619 1 0.892473118 0.892473118 1 0.992888889 0.992888889 1 0.604060914 0.604060914 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.011224977 1 0.006413403 1 0.003141421 1 0.00000228 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 34249858 G C - - - - - - 36 0 0 24 0 0 13 1 7.7 63 2 3.2 52 8 15.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0.827956989 0.827956989 1 0.611008547 0.611008547 1 0.781725888 0.781725888 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 1 1 0.063085307 1 0.03993132 1 2.42E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 34418494 C T - - - - - - 34 0 0 33 0 0 13 0 0 90 0 0 53 11 20.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.055837563 1.055837563 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 3.07E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 35487924 G A - - - - - - 28 0 0 28 1 3.6 22 1 4.5 58 2 3.4 42 7 16.7 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.342857143 0.342857143 1 0.483870968 0.483870968 1 0.649196581 0.649196581 1 0.847715736 0.847715736 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.130947004 1 0.104413009 1 0.034352256 1 1.81E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 35596247 G C - - - - - - 34 0 0 32 1 3.1 16 2 12.5 64 0 0 43 6 14 0 0 NA 0 0 NA 4 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.295238095 0.295238095 1 1.344086022 1.344086022 1 0 0 1 0.710659898 0.710659898 1 NA NA 0 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.14819814 1 0.002863359 1 1 1 8.13E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 35755121 G T - - - - - - 31 0 0 35 0 0 34 0 0 67 0 0 52 8 15.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.781725888 0.781725888 1 NA NA 0 NA NA 1 0 0 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.42E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 36469731 T A - - - - - - 44 0 0 184 2 1.1 91 3 3.3 186 0 0 357 10 2.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 40 42 54 21 39 41 52 19 1 1 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.522761905 NA 0 1.67483871 1.67483871 1 0 0 1 0.67413198 0.67413198 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.234769001 1 0.010951005 1 1 1 0.0000166 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 36475923 G C - - - - - - 35 0 0 152 2 1.3 90 1 1.1 234 3 1.3 395 12 3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA FALSE FALSE 40 42 54 21 39 41 52 19 1 1 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.617809524 NA 0 0.55827957 0.55827957 1 0.898222222 0.898222222 1 0.722284264 0.722284264 1 NA NA 0 NA NA 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.176692042 1 0.363091174 1 0.113630066 1 0.00000107 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 36486176 C T - - - - - - 26 0 0 144 1 0.7 81 0 0 85 0 0 355 15 4.2 0 0 NA 2 0 0 3 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 40 42 54 21 39 41 52 19 1 1 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.332666667 NA 0 0 0 1 0 0 1 1.01119797 1.01119797 1 0 NA 0 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.514126036 1 1 1 1 1 6.31E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 36554281 C A - - - - - - 38 0 0 169 0 0 67 0 0 225 0 0 416 14 3.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 40 42 54 21 39 41 52 19 1 1 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 0.818588832 0.818588832 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 4.01E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 36580165 C T - - - - - - 40 0 0 177 0 0 106 0 0 210 0 0 396 12 3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 40 42 54 21 39 41 52 19 1 1 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 0.722284264 0.722284264 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.0000011 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 36624066 G T - - - - - - 27 0 0 77 0 0 43 0 0 98 0 0 134 10 7.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 12 13 21 21 11 12 18 19 1 1 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 1.80571066 0.90285533 2 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.03E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 36681413 G T - - - - - - 33 0 0 77 5 6.5 46 5 10.9 80 1 1.2 161 24 14.9 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 12 13 21 21 11 12 18 19 1 1 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.269047619 1.269047619 1 2.371043011 1.185521505 2 0.433128205 0.433128205 1 3.587345178 0.896836294 4 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.0000458 1 0.00000361 1 0.33035218 1 7.53E-28 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 36702428 A T - - - - - - 29 0 0 65 0 0 43 0 0 121 0 0 145 10 6.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 12 13 21 21 11 12 18 19 1 1 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 1.661253807 1.661253807 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 4.36E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 36763616 C T - - - - - - 36 0 0 69 3 4.3 37 2 5.4 109 2 1.8 142 8 5.6 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 TRUE FALSE 12 13 21 21 11 12 18 19 1 1 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.83952381 0.83952381 1 1.174645161 1.174645161 1 0.649692308 0.649692308 1 1.348263959 1.348263959 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 0 0 1 8 NA 1 1 0.005121501 1 0.014826063 1 0.103782456 1 0.000000723 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 36885253 C A - - - - - - 27 0 0 78 4 5.1 39 1 2.6 120 3 2.5 142 7 4.9 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 12 13 21 21 11 12 18 19 1 1 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.995714286 0.995714286 1 0.565569892 0.565569892 1 0.902350427 0.902350427 1 1.179730964 1.179730964 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000663934 1 0.177567718 1 0.02276863 1 0.00000862 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 37989157 G A TBC1D1 CCDS33972.1 r.? - - intronic 35 0 0 31 1 3.2 24 3 12.5 55 3 5.5 49 6 12.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2.368608171 3.514354775 2 1 1 2 1 1 1 1 1 1 0.631391829 0.485645225 1 NA 2 2 NA NA 1 2 NA NA 0.368608171 0.514354775 NA 0.304761905 0.304761905 1 1.390162043 1.390162043 1 1.023460453 1.023460453 1 0.61928934 0.61928934 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.143917729 1 0.000233853 1 0.002700822 1 0.000000182 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 38554838 C G - - - - - - 27 0 0 35 0 0 22 0 0 39 0 0 50 12 24 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 2 2.368608171 3.514354775 2 1 1 2 1 1 1 1 1 1 0.631391829 0.485645225 1 NA 2 2 NA NA 1 2 NA NA 0.368608171 0.514354775 NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.218274112 1.218274112 1 NA NA 0 NA NA 0 0 0 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.49E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 39353792 G C RFC1 CCDS3450.1 r.? - - intronic 24 0 0 37 6 16.2 20 1 5 59 2 3.4 65 14 21.5 1111 2 0.2 430 26 6 79 6 7.6 834 54 6.5 883 134 15.2 FALSE TRUE 4 2.368608171 3.514354775 3.740606529 3 1 2 2 1 1 1 1 1 0.631391829 0.485645225 0.259393471 NA 2 2 3 NA 1 2 1 NA 0.368608171 0.514354775 0.740606529 1.866857143 1.866857143 1 0.556064817 NA 0 0.632684644 0.632684644 1 1.465600962 1.465600962 1 0.691428571 0.691428571 1 0.845218522 0.845218522 1 1.209544172 1.209544172 1 1.036145796 1.036145796 1 NA 12 1 0.974889178 3.18E-08 7.2E-20 0.09538952 0.00000318 0.035441897 4.97E-41 2.93E-19 7.6E-149 YES 1_1 0_1 1_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b 4 41061535 G T APBB2 CCDS3837.1 r.? - - intronic 25 0 0 37 0 0 22 0 0 46 0 0 51 9 17.6 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2.368608171 3.514354775 2 1 1 2 1 1 1 1 1 1 0.631391829 0.485645225 1 NA 2 2 NA NA 1 2 NA NA 0.368608171 0.514354775 NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.893401015 0.893401015 1 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 4.92E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 41528541 C T LIMCH1 CCDS33977.1 r.? - - intronic 36 0 0 30 2 6.7 17 3 17.6 50 2 4 45 8 17.8 392 0 0 669 83 12.4 277 14 5.1 818 36 4.4 686 130 19 TRUE TRUE 2 2.368608171 3.514354775 2 1 1 2 1 1 1 1 1 1 0.631391829 0.485645225 1 NA 2 2 NA NA 1 2 NA NA 0.368608171 0.514354775 NA 0.638095238 0.638095238 1 1.957348156 1.957348156 1 0.744334875 0.744334875 1 0.903553299 0.903553299 1 1.180952381 1.180952381 1 0.567186113 0.567186113 1 0.818768362 0.818768362 1 0.964467005 0.964467005 1 8 14 1 1 0.009909649 2.3E-85 0.0000807 2.3E-10 0.026131524 2.87E-22 7.14E-11 7.92E-158 YES 1_1 1_1 1_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b 4 43725471 A G - - - - - - 34 0 0 36 0 0 20 0 0 67 0 0 42 5 11.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2.368608171 3.514354775 2 1 1 2 1 1 1 1 1 1 0.631391829 0.485645225 1 NA 2 2 NA NA 1 2 NA NA 0.368608171 0.514354775 NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.604060914 0.604060914 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.00000228 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 43990311 A G - - - - - - 30 0 0 32 0 0 13 0 0 51 0 0 42 10 23.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2.368608171 3.514354775 2 1 1 2 1 1 1 1 1 1 0.631391829 0.485645225 1 NA 2 2 NA NA 1 2 NA NA 0.368608171 0.514354775 NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.208121827 1.208121827 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.24E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 44113223 A T - - - - - - 36 0 0 101 0 0 61 0 0 165 1 0.6 231 11 4.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 16 16 25 16 15 15 22 15 1 1 3 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.240564103 0.240564103 1 0.915654822 0.915654822 1 NA NA 0 NA NA 0 0 0 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.562670954 1 3.51E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 44127227 G C - - - - - - 39 0 0 126 0 0 61 0 0 137 0 0 244 11 4.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 16 16 25 16 15 15 22 15 1 1 3 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.858426396 0.858426396 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 6.12E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 44147149 A T - - - - - - 42 0 0 101 2 2 58 1 1.7 153 4 2.6 248 8 3.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 16 16 25 16 15 15 22 15 1 1 3 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.47047619 0.47047619 1 0.420795699 0.420795699 1 1.042444444 1.042444444 1 0.610436548 0.610436548 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.091344345 1 0.252280541 1 0.00760798 1 0.0000428 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 44164255 C T - - - - - - 26 0 0 131 0 0 79 0 0 140 0 0 280 17 6.1 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 16 16 25 16 15 15 22 15 1 1 3 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.16364467 1.16364467 1 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.51E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 44307685 C T KCTD8 CCDS3467.1 r.? - - intronic 36 0 0 102 0 0 54 0 0 151 0 0 258 13 5 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 2 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 16 16 25 16 15 15 22 15 1 1 3 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.953807107 0.953807107 1 NA NA 0 0 NA 0 0 0 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.04E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 44582164 G A - - - - - - 23 0 0 61 3 4.9 40 1 2.5 89 3 3.4 133 7 5.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 16 16 25 16 15 15 22 15 1 1 3 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.152666667 1.152666667 1 0.618817204 0.618817204 1 1.363196581 1.363196581 1 1.011035533 1.011035533 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.003623631 1 0.181679879 1 0.01031245 1 0.00000561 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 44591003 G C - - - - - - 32 0 0 63 0 0 31 0 0 102 0 0 147 5 3.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 16 16 25 16 15 15 22 15 1 1 3 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.648588832 0.648588832 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000927198 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 44676225 G A GUF1 CCDS3468.1 r.? - - upstream 45 0 0 67 3 4.5 35 0 0 35 0 0 132 14 10.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 16 16 25 16 15 15 22 15 1 1 3 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.058571429 1.058571429 1 0 0 1 0 0 1 2.022071066 1.011035533 2 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.004717431 1 1 1 1 1 9.63E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 44776070 C A - - - - - - 43 0 0 87 4 4.6 53 3 5.7 119 4 3.4 246 9 3.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 16 16 25 16 15 15 22 15 1 1 3 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.082095238 1.082095238 1 1.410903226 1.410903226 1 1.363196581 1.363196581 1 0.705817259 0.705817259 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.00099983 1 0.002429596 1 0.003144426 1 0.00000529 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 44790070 T C - - - - - - 37 0 0 82 0 0 50 0 0 102 0 0 212 9 4.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 16 16 25 16 15 15 22 15 1 1 3 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.80119797 0.80119797 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.00000158 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 44790074 T G - - - - - - 39 0 0 79 0 0 47 0 0 101 0 0 202 9 4.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 16 16 25 16 15 15 22 15 1 1 3 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.858426396 0.858426396 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.00000106 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 44821629 T C - - - - - - 37 0 0 94 0 0 53 0 0 105 0 0 216 10 4.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 16 16 25 16 15 15 22 15 1 1 3 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.877502538 0.877502538 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000000189 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 44823885 G T - - - - - - 38 0 0 77 1 1.3 45 0 0 124 0 0 202 10 5 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 16 16 25 16 15 15 22 15 1 1 3 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.305809524 0.305809524 1 0 0 1 0 0 1 0.953807107 0.953807107 1 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.320206172 1 1 1 1 1 0.000000102 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 44853797 C G - - - - - - 37 0 0 85 0 0 43 0 0 95 0 0 211 11 5.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 16 16 25 16 15 15 22 15 1 1 3 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 0.991959391 0.991959391 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.39E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 45083133 T A - - - - - - 34 0 0 98 0 0 50 0 0 104 0 0 224 11 4.9 1 0 0 0 0 NA 3 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 16 16 25 16 15 15 22 15 1 1 3 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.934730964 0.934730964 1 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.56E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 45115387 T A - - - - - - 35 0 0 98 0 0 41 0 0 139 0 0 189 12 6.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 16 16 25 16 15 15 22 15 1 1 3 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.201796954 1.201796954 1 NA NA 0 NA NA 0 0 0 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 3.28E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 45392354 T G - - - - - - 29 0 0 31 0 0 28 0 0 70 0 0 39 12 30.8 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 16 4 2 1 15 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.563451777 1.563451777 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 8.43E-19 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 45399244 G T - - - - - - 40 0 0 33 0 0 13 0 0 42 1 2.4 48 13 27.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 16 4 2 1 15 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.45825641 0.45825641 1 1.375634518 1.375634518 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.189842622 1 2E-19 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 45972084 G A - - - - - - 42 0 0 25 3 12 15 0 0 68 1 1.5 41 12 29.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3.440933507 4 2 1 2 2 1 1 1 2 1 1 0.559066493 1 1 NA 2 NA NA NA 2 NA NA NA 0.440933507 NA NA 1.142857143 1.142857143 1 0 0 1 0.286410256 0.286410256 1 1.487309645 1.487309645 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.00026475 1 1 1 0.288836448 1 1.69E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 46005741 G A - - - - - - 40 0 0 29 2 6.9 20 1 5 47 1 2.1 48 12 25 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3.440933507 4 2 1 2 2 1 1 1 2 1 1 0.559066493 1 1 NA 2 NA NA NA 2 NA NA NA 0.440933507 NA NA 0.657142857 0.657142857 1 0.609681084 0.609681084 1 0.400974359 0.400974359 1 1.269035533 1.269035533 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.009279585 1 0.09538952 1 0.209895027 1 1.44E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 47320007 G A GABRB1 CCDS3474.1 r.? - - intronic 35 0 0 26 1 3.8 30 0 0 62 5 8.1 56 19 33.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 3.440933507 4 2 1 2 2 1 1 1 2 1 1 0.559066493 1 1 NA 2 NA NA NA 2 NA NA NA 0.440933507 NA NA 0.361904762 NA 0 0 0 1 1.546615385 1.546615385 1 1.720812183 1.720812183 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.122190858 1 1 1 0.000016 1 6.79E-30 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 47442981 G C COMMD8 ENST00000306848 r.? - - downstream 42 0 0 35 0 0 17 0 0 67 0 0 43 8 18.6 223 0 0 254 0 0 56 0 0 415 1 0.2 312 58 18.6 TRUE FALSE 2 3.440933507 4 2 1 2 2 1 1 1 2 1 1 0.559066493 1 1 NA 2 NA NA NA 2 NA NA NA 0.440933507 NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.944162437 0.944162437 1 0 NA 0 0 NA 0 0.038188034 0.038188034 1 0.944162437 0.944162437 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 0.875095378 4.85E-11 6.76E-71 YES 0_0 0_0 0_0 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b 4 49045879 T G CWH43 CCDS3486.1 r.? - - intronic 25 0 0 46 3 6.5 26 0 0 89 1 1.1 53 9 17 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 4 3.440933507 9 2 3 2 5 1 1 1 4 1 1 0.559066493 1 1 NA 2 NA NA NA 2 NA NA NA 0.440933507 NA NA 0.749047619 0.749047619 1 0 0 1 0.265034188 0.265034188 1 0.862944162 0.862944162 1 NA NA 0 NA NA 0 0 0 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.001615827 1 1 1 0.359890627 1 7.1E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 53141436 G A - - - - - - 34 0 0 42 0 0 21 0 0 76 0 0 41 15 36.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 3.440933507 13 2 3 2 11 1 1 1 2 1 1 0.559066493 1 1 NA 2 NA NA NA 2 NA NA NA 0.440933507 NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.85786802 1.85786802 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.71E-24 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 54143246 T C SCFD2 CCDS33984.1 r.? - - intronic 36 0 0 47 3 6.4 29 2 6.9 89 3 3.4 76 12 15.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 5.560851641 13 5.550323465 5 4 11 4 1 1 2 1 1 0.439148359 1 0.449676535 NA 5 NA 5 NA 1 NA 1 NA 0.560851641 NA 0.550323465 0.86552381 0.86552381 1 0.987634247 0.987634247 1 0.955196581 0.955196581 1 1.362981564 1.362981564 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.001719595 1 0.009279585 1 0.01031245 1 5.63E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 54677371 C T AC110792.1 ENST00000511394 r.? - - intronic 30 0 0 43 0 0 24 0 0 76 0 0 66 10 15.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 5.560851641 13 5.550323465 5 4 11 4 1 1 2 1 1 0.439148359 1 0.449676535 NA 5 NA 5 NA 1 NA 1 NA 0.560851641 NA 0.550323465 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 1.311222771 1.311222771 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.6E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 55103853 C G PDGFRA CCDS3495.1 r.? - - intronic 37 0 0 49 0 0 26 0 0 50 0 0 92 5 5.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 5.560851641 13 5.550323465 5 4 11 4 1 1 2 1 1 0.439148359 1 0.449676535 NA 5 NA 5 NA 1 NA 1 NA 0.560851641 NA 0.550323465 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.465829142 0.846464255 0.550323465 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000107074 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 55181198 G A - - - - - - 38 0 0 42 0 0 23 0 0 95 0 0 86 16 18.6 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 5.560851641 13 5.550323465 5 4 11 4 1 1 2 1 1 0.439148359 1 0.449676535 NA 5 NA 5 NA 1 NA 1 NA 0.560851641 NA 0.550323465 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.604522601 1.034959889 1.550323465 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.06E-20 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 55869375 C T - - - - - - 41 0 0 51 0 0 27 0 0 111 0 0 80 7 8.8 4 0 0 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 5.560851641 13 5.550323465 5 4 11 4 1 1 2 1 1 0.439148359 1 0.449676535 NA 5 NA 5 NA 1 NA 1 NA 0.560851641 NA 0.550323465 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 0.759128973 0.759128973 1 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.00000018 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 59008690 C T - - - - - - 24 0 0 39 1 2.6 27 1 3.7 83 5 6 71 11 15.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 5.560851641 13 4 5 4 11 3 1 1 2 1 1 0.439148359 1 1 NA 5 NA NA NA 1 NA NA NA 0.560851641 NA NA 0.351619048 0.351619048 1 0.529600973 NA 0 1.685641026 1.685641026 1 1.09680203 1.09680203 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.177567718 1 0.126579904 1 0.0000656 1 9.49E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 59043461 T C - - - - - - 41 0 0 48 0 0 29 0 0 89 0 0 68 7 10.3 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 5.560851641 13 4 5 4 11 3 1 1 2 1 1 0.439148359 1 1 NA 5 NA NA NA 1 NA NA NA 0.560851641 NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.72884264 0.72884264 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000000058 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 60134297 G C - - - - - - 31 0 0 36 0 0 22 0 0 100 0 0 67 11 16.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 5.560851641 13 4 5 4 11 3 1 1 2 1 1 0.439148359 1 1 NA 5 NA NA NA 1 NA NA NA 0.560851641 NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.16048731 1.16048731 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 4.85E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 60149959 G A - - - - - - 28 0 0 43 2 4.7 21 0 0 104 3 2.9 67 9 13.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 5.560851641 13 4 5 4 11 3 1 1 2 1 1 0.439148359 1 1 NA 5 NA NA NA 1 NA NA NA 0.560851641 NA NA 0.635619048 0.635619048 1 0 0 1 0.814726496 0.814726496 1 0.948203046 0.948203046 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.019709573 1 1 1 0.015651643 1 6.43E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 60282026 G C - - - - - - 38 0 0 31 0 0 32 0 0 90 0 0 51 9 17.6 318 0 0 297 0 0 135 0 0 743 0 0 392 55 14 TRUE FALSE 6 5.560851641 13 4 5 4 11 3 1 1 2 1 1 0.439148359 1 1 NA 5 NA NA NA 1 NA NA NA 0.560851641 NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.245401015 1.245401015 1 0 NA 0 0 NA 0 0 0 1 0.990659898 0.990659898 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 4.92E-12 3.33E-60 YES 0_0 0_0 0_0 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b 4 60325256 C T - - - - - - 40 0 0 50 1 2 29 2 6.9 67 1 1.5 67 7 10.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 5.560851641 13 4 5 4 11 3 1 1 2 1 1 0.439148359 1 1 NA 5 NA NA NA 1 NA NA NA 0.560851641 NA NA 0.27047619 0.27047619 1 0.987634247 0.987634247 1 0.421410256 0.421410256 1 0.735918782 0.735918782 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.221687443 1 0.009279585 1 0.285262761 1 5.23E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 60353945 T C - - - - - - 27 0 0 33 0 0 18 0 0 93 0 0 60 7 11.7 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 5.560851641 13 4 5 4 11 3 1 1 2 1 1 0.439148359 1 1 NA 5 NA NA NA 1 NA NA NA 0.560851641 NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.827908629 0.827908629 1 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.39E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 60464123 T A - - - - - - 22 0 0 40 0 0 38 1 2.6 76 0 0 64 10 15.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 5.560851641 13 4 5 4 11 3 1 1 2 1 1 0.439148359 1 1 NA 5 NA NA NA 1 NA NA NA 0.560851641 NA NA 0 0 1 0.372152035 NA 0 0 0 1 1.103878173 1.103878173 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 0.173434892 1 1 1 1.16E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 60476237 C G - - - - - - 31 0 0 42 3 7.1 20 3 15 78 2 2.6 74 9 12.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 5.560851641 13 4 5 4 11 3 1 1 2 1 1 0.439148359 1 1 NA 5 NA NA NA 1 NA NA NA 0.560851641 NA NA 0.960190476 0.960190476 1 2.147030972 2.147030972 1 0.730444444 0.730444444 1 0.86328934 0.86328934 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.001240292 1 0.0001337 1 0.058485548 1 1.61E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 60495523 A C - - - - - - 35 0 0 50 0 0 28 0 0 120 0 0 74 13 17.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 5.560851641 13 4 5 4 11 3 1 1 2 1 1 0.439148359 1 1 NA 5 NA NA NA 1 NA NA NA 0.560851641 NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.245401015 1.245401015 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 9.62E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 60852075 G A - - - - - - 41 0 0 38 0 0 22 2 9.1 87 0 0 67 12 17.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 3 13 3 4 2 9 2 2 1 4 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.069494624 1.069494624 1 0 0 1 1.087629442 1.087629442 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 1 1 0.005403392 1 1 1 1.14E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 60909015 A T - - - - - - 31 0 0 30 0 0 18 0 0 71 0 0 50 5 10 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 3 13 3 4 2 9 2 2 1 4 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.607614213 0.607614213 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.00000549 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 61001534 A G - - - - - - 24 0 0 30 3 10 21 0 0 70 3 4.3 59 11 18.6 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 3 13 3 4 2 9 2 2 1 4 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.352380952 1.352380952 1 0 0 1 1.208042735 1.208042735 1 1.130162437 1.130162437 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000458697 1 1 1 0.005331097 1 1.1E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 61070064 G T - - - - - - 32 0 0 38 0 0 17 0 0 93 0 0 45 7 15.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 3 13 3 4 2 9 2 2 1 4 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 0.947878173 0.947878173 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000000003 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 61360431 A T - - - - - - 37 0 0 31 0 0 20 0 0 69 0 0 53 8 15.1 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 3 13 3 4 2 9 2 2 1 4 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.917497462 0.917497462 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.83E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 61685769 T G - - - - - - 26 0 0 33 1 3 24 1 4.2 41 0 0 54 8 14.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 3 13 3 4 2 9 2 2 1 4 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.405714286 NA 0 0.493612903 NA 0 0 0 1 0.899269036 0.899269036 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.15245715 1 0.113346489 1 1 1 3.31E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 61715226 G A - - - - - - 43 0 0 42 0 0 16 0 0 87 0 0 56 10 17.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 3 13 3 4 2 9 2 2 1 4 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.087629442 1.087629442 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.82E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 61799908 G C - - - - - - 23 0 0 54 0 0 17 0 0 31 0 0 36 4 11.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 3 13 3 4 2 9 2 2 1 4 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 0.674451777 0.674451777 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.0000324 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 61844760 T G - - - - - - 46 0 0 32 0 0 19 0 0 65 0 0 65 13 20 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA FALSE FALSE 6 3 13 3 4 2 9 2 2 1 4 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 1.215228426 1.215228426 1 NA NA 0 NA NA 0 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.57E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 61995884 T A - - - - - - 36 0 0 24 0 0 15 0 0 82 0 0 58 11 19 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 3 13 3 4 2 9 2 2 1 4 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.154467005 1.154467005 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 8.96E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 63236631 A G - - - - - - 36 0 0 37 0 0 18 0 0 86 0 0 55 7 12.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 3 13 3 4 2 9 2 2 1 4 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.771670051 0.771670051 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.28E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 63424371 G C - - - - - - 29 0 0 26 0 0 20 0 0 85 0 0 64 8 12.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 3 13 3 4 2 9 2 2 1 4 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.759517766 0.759517766 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.35E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 63877183 C T - - - - - - 30 0 0 41 0 0 19 0 0 90 0 0 55 11 20 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 3 13 3 4 2 9 2 2 1 4 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.215228426 1.215228426 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 4.77E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 63877636 C G - - - - - - 25 0 0 41 0 0 16 0 0 74 0 0 49 8 16.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 3 13 3 4 2 9 2 2 1 4 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.990411168 0.990411168 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.47E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 64606641 A T - - - - - - 34 0 0 36 3 8.3 21 3 14.3 71 4 5.6 48 21 43.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 3 20 3 4 2 11 2 2 1 9 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.12247619 1.12247619 1 1.680634409 1.680634409 1 1.965264957 1.965264957 1 2.661350254 1.330675127 2 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000788827 1 0.000155401 1 0.000464961 1 9.35E-36 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 64722198 G T - - - - - - 24 0 0 91 3 3.3 50 0 0 139 0 0 192 8 4.2 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 5 20 10.30501824 4 4 11 10 2 1 9 0 1 1 1 0.694981758 NA NA NA 10 NA NA NA 1 NA NA NA 0.305018242 0.446285714 0.446285714 1 0 NA 0 0 0 1 0.562008736 0.562008736 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.010951005 1 1 1 1 1 0.00000683 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 65525243 T G - - - - - - 32 0 0 44 0 0 26 0 0 119 0 0 69 6 8.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 5 22 4.335653924 4 4 19 3 2 1 3 1 1 1 1 0.664346076 NA NA NA 4 NA NA NA 1 NA NA NA 0.335653924 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.644826257 0.644826257 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.00000143 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 65825578 G A - - - - - - 36 0 0 41 3 7.3 29 1 3.4 108 2 1.9 80 11 13.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 5 22 4.335653924 4 4 19 3 2 1 3 1 1 1 1 0.664346076 NA NA NA 4 NA NA NA 1 NA NA NA 0.335653924 0.987238095 0.987238095 1 0.467591398 NA 0 0.704786325 0.704786325 1 1.022827856 1.022827856 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.001155993 1 0.135292269 1 0.102203269 1 3.73E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 65854388 A G - - - - - - 38 0 0 47 0 0 25 0 0 126 0 0 84 9 10.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 1 100 FALSE FALSE 6 5 22 4.335653924 4 4 19 3 2 1 3 1 1 1 1 0.664346076 NA NA NA 4 NA NA NA 1 NA NA NA 0.335653924 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 0.793062178 0.793062178 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 7.411796056 7.411796056 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 5.13E-10 0.005 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 65874836 C G - - - - - - 33 0 0 42 0 0 28 0 0 119 3 2.5 96 14 14.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 5 22 4.335653924 4 4 19 3 2 1 3 1 1 1 1 0.664346076 NA NA NA 4 NA NA NA 1 NA NA NA 0.335653924 0 0 1 0 0 1 0.927350427 0.927350427 1 1.082122224 1.082122224 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 2 NA 1 1 1 1 1 1 0.022280417 1 9.96E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 65900381 T G - - - - - - 31 0 0 44 3 6.8 31 2 6.5 121 0 0 100 9 9 449 0 0 596 22 3.7 235 12 5.1 664 0 0 601 60 10 TRUE TRUE 6 5 22 4.335653924 4 4 19 3 2 1 3 1 1 1 1 0.664346076 NA NA NA 4 NA NA NA 1 NA NA NA 0.335653924 0.919619048 0.919619048 1 0.893924731 0.893924731 1 0 0 1 0.667061645 0.667061645 1 0.500380952 0.500380952 1 0.701387097 0.701387097 1 0 0 1 0.741179606 0.741179606 1 6 7 1 1 0.00142027 1.05E-12 0.010558179 3.89E-09 1 1 2.47E-09 1.86E-56 YES 1_1 1_1 0_0 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b 4 66272415 T C EPHA5 CCDS3513.1 r.? - - intronic 35 0 0 45 0 0 27 0 0 103 0 0 77 8 10.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 22 4.335653924 4 4 19 3 1 1 3 1 1 1 1 0.664346076 NA NA NA 4 NA NA NA 1 NA NA NA 0.335653924 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.77082679 0.77082679 1 NA NA 0 NA NA 0 0 0 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 6.05E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 66293818 A C EPHA5 CCDS3513.1 r.? - - intronic 32 0 0 33 0 0 17 0 0 90 0 0 77 9 11.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 22 4.335653924 4 4 19 3 1 1 3 1 1 1 1 0.664346076 NA NA NA 4 NA NA NA 1 NA NA NA 0.335653924 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.867180139 0.867180139 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.32E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 66301182 A G EPHA5 CCDS3513.1 r.? - - intronic 33 0 0 44 0 0 20 0 0 89 0 0 85 8 9.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 22 4.335653924 4 4 19 3 1 1 3 1 1 1 1 0.664346076 NA NA NA 4 NA NA NA 1 NA NA NA 0.335653924 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.696708829 0.696708829 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.34E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 66308914 T C EPHA5 CCDS3513.1 r.? - - intronic 36 0 0 34 3 8.8 18 3 16.7 109 3 2.8 91 8 8.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 22 4.335653924 4 4 19 3 1 1 3 1 1 1 1 0.664346076 NA NA NA 4 NA NA NA 1 NA NA NA 0.335653924 1.102095238 1.102095238 1 2.296698925 2.296698925 1 1.038632479 1.038632479 1 0.652238053 0.652238053 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000666058 1 0.0000964 1 0.017716795 1 0.000000023 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 66424956 C G EPHA5 CCDS3513.1 r.? - - intronic 26 0 0 45 0 0 29 0 0 90 0 0 80 11 13.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 22 4.335653924 4 4 19 3 1 1 3 1 1 1 1 0.664346076 NA NA NA 4 NA NA NA 1 NA NA NA 0.335653924 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.022827856 1.022827856 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 3.73E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 66700837 C G - - - - - - 30 0 0 35 1 2.9 30 0 0 83 4 4.8 76 11 14.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 22 4.335653924 4 4 19 3 1 1 3 1 1 1 1 0.664346076 NA NA NA 4 NA NA NA 1 NA NA NA 0.335653924 0.363190476 0.363190476 1 0 0 1 1.780512821 1.780512821 1 1.074710428 1.074710428 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.16091139 1 1 1 0.000838577 1 2.08E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 66782661 G C - - - - - - 31 0 0 52 0 0 24 0 0 97 1 1 74 16 21.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 22 4.335653924 4 4 19 3 1 1 3 1 1 1 1 0.664346076 NA NA NA 4 NA NA NA 1 NA NA NA 0.335653924 0 0 1 0 0 1 0.370940171 0.370940171 1 1.600947948 1.198624823 1.335653924 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.385051378 1 7.81E-22 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 66784879 C T - - - - - - 29 0 0 43 0 0 24 0 0 108 0 0 57 10 17.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 22 4.335653924 4 4 19 3 1 1 3 1 1 1 1 0.664346076 NA NA NA 4 NA NA NA 1 NA NA NA 0.335653924 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.29706431 1.29706431 1 NA NA 1 NA NA 0 0 0 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 3.4E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 67283003 T C - - - - - - 32 0 0 37 2 5.4 27 2 7.4 109 4 3.7 65 10 15.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 22 4.335653924 4 4 19 3 1 1 3 1 1 1 1 0.664346076 NA NA NA 4 NA NA NA 1 NA NA NA 0.335653924 0.676285714 0.676285714 1 1.017698925 1.017698925 1 1.372478632 1.372478632 1 1.141416593 1.141416593 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.014826063 1 0.00807567 1 0.002291292 1 1.36E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 67330970 A T - - - - - - 28 0 0 39 0 0 21 0 0 108 0 0 73 6 8.2 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 22 4.335653924 4 4 19 3 1 1 3 1 1 1 1 0.664346076 NA NA NA 4 NA NA NA 1 NA NA NA 0.335653924 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.607767277 0.607767277 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000002 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 67614944 G A - - - - - - 28 0 0 39 4 10.3 26 2 7.7 105 3 2.9 70 14 20 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5 22 4.335653924 4 4 19 3 1 1 3 1 1 1 1 0.664346076 NA NA NA 4 NA NA NA 1 NA NA NA 0.335653924 1.289952381 1.289952381 1 1.058956989 1.058956989 1 1.075726496 1.075726496 1 1.482359211 1.482359211 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.0000447 1 0.007502227 1 0.016053161 1 9.08E-19 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 70238174 C A UGT2B28 ENST00000381079 r.? - - intronic 25 0 0 34 1 2.9 24 1 4.2 90 0 0 50 7 14 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2.709711149 2.727485129 7 2 1 1 5 1 1 1 2 1 0.290288851 0.272514871 1 1 2 2 NA NA 1 1 NA NA 0.709711149 0.727485129 NA NA 0.2967721 0.2967721 1 0.482167279 0.482167279 1 0 0 1 0.710659898 0.710659898 1 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.156694864 1 0.113346489 1 1 1 6.46E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 72490179 T C - - - - - - 41 0 0 32 4 12.5 15 0 0 54 2 3.7 43 8 18.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2.709711149 2.727485129 7 2 1 1 5 1 1 1 2 1 0.290288851 0.272514871 1 1 2 2 NA NA 1 1 NA NA 0.709711149 0.727485129 NA NA 1.279190084 1.279190084 1 0 0 1 0.817478632 0.817478632 1 0.944162437 0.944162437 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.0000201 1 1 1 0.030129377 1 4.85E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 73598588 C A - - - - - - 25 0 0 47 0 0 28 0 0 77 0 0 93 9 9.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 6 7 6 5 5 5 5 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.880385787 0.880385787 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.29E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 74071625 A T ANKRD17 CCDS34004.1 r.? - - intronic 38 0 0 111 0 0 59 0 0 95 0 0 187 9 4.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 21 18 21 16 20 17 18 15 1 1 3 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.915654822 0.915654822 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000000556 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 74601233 A G IL8 CCDS34005.1 r.? - - upstream 41 0 0 103 0 0 55 0 0 89 0 0 183 11 6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 TRUE FALSE 21 18 21 16 20 17 18 15 1 1 3 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.144568528 1.144568528 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 0 NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 3.16E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 74612618 G A IL8 CCDS34005.1 r.? - - downstream 32 0 0 104 0 0 43 0 0 112 0 0 183 7 3.8 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 21 18 21 16 20 17 18 15 1 1 3 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.724893401 0.724893401 1 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.0000441 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 74671545 T C - - - - - - 18 0 0 105 0 0 42 0 0 125 0 0 185 10 5.4 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 21 18 21 16 20 17 18 15 1 1 3 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.030111675 1.030111675 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 4.46E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 74765166 A T - - - - - - 28 0 0 114 0 0 56 0 0 108 0 0 213 12 5.6 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 21 18 21 16 20 17 18 15 1 1 3 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.068263959 1.068263959 1 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.28E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 74898273 T C CXCL3 CCDS34007.1 r.? - - downstream 26 0 0 86 0 0 43 0 0 114 0 0 190 8 4.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 21 18 21 16 20 17 18 15 1 1 3 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.80119797 0.80119797 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.00000633 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 74990619 G T MTHFD2L ENST00000433372 r.? - - upstream 34 0 0 94 1 1.1 34 0 0 97 0 0 206 23 11.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 21 18 21 16 20 17 18 15 1 1 3 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.313761905 0.313761905 1 0 0 1 0 0 1 2.136527919 1.068263959 2 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 0.375734132 1 1 1 1 1 8.86E-24 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 75658118 T C - - - - - - 32 0 0 112 0 0 49 0 0 109 0 0 194 8 4.1 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 FALSE FALSE 21 18 21 16 20 17 18 15 1 1 3 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 0.782121827 0.782121827 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.00000737 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 75863961 A C PARM1 CCDS47077.1 r.? - - intronic 40 0 0 96 0 0 67 0 0 121 0 0 198 11 5.6 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 21 18 21 16 20 17 18 15 1 1 3 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.068263959 1.068263959 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 7.18E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 75930013 C G PARM1 CCDS47077.1 r.? - - intronic 26 0 0 113 0 0 45 0 0 111 0 0 213 11 5.2 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 21 18 21 16 20 17 18 15 1 1 3 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.991959391 0.991959391 1 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.53E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 75942012 G A PARM1 CCDS47077.1 r.? - - intronic 27 0 0 105 0 0 36 0 0 91 0 0 176 7 4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 21 18 21 16 20 17 18 15 1 1 3 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 0.763045685 0.763045685 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.0000344 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 76004707 C A - - - - - - 33 0 0 99 0 0 48 0 0 95 0 0 185 8 4.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 21 18 21 16 20 17 18 15 1 1 3 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 0.820274112 0.820274112 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.0000052 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 76115090 T G - - - - - - 27 0 0 103 0 0 50 0 0 88 0 0 160 10 6.2 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 21 18 21 16 20 17 18 15 1 1 3 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.182720812 1.182720812 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.12E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 76940034 A G ART3 CCDS47080.1 r.? - - intronic 36 0 0 52 4 7.7 28 3 10.7 43 0 0 88 13 14.8 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 6 6 6 5 5 5 5 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.041333333 1.041333333 1 1.578537634 1.578537634 1 0 0 1 1.343269036 1.343269036 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000139698 1 0.000372895 1 1 1 1.03E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 76995609 G T ART3 CCDS47079.1 r.? - - upstream 21 0 0 60 2 3.3 17 0 0 74 1 1.4 71 12 16.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 6 6 6 5 5 5 5 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.446285714 0.446285714 1 0 0 1 0.295316239 0.295316239 1 1.53386802 1.53386802 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.036544784 1 1 1 0.309906439 1 2.38E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 77344316 G A - - - - - - 27 0 0 24 2 8.3 10 2 20 2 0 0 69 7 10.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 6 6 6 5 5 5 5 1 1 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.12247619 1.12247619 1 2.950537634 2.950537634 1 0 0 1 0.916690355 0.916690355 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.006413403 1 0.001095391 1 1 1 6.43E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 78891933 G A - - - - - - 40 0 0 22 1 4.5 17 0 0 59 4 6.8 27 4 14.8 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.428571429 0.428571429 1 0 0 1 1.298393162 1.298393162 1 0.751269036 0.751269036 1 NA NA 0 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.104413009 1 1 1 0.00022841 1 0.00001 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 79736474 A G BMP2K CCDS47083.1 r.? - - intronic 38 0 0 45 4 8.9 25 3 12 80 4 5 56 12 21.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.847619048 0.847619048 1 1.290322581 1.290322581 1 0.954700855 0.954700855 1 1.086294416 1.086294416 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.0000791 1 0.00026475 1 0.000730349 1 1.11E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 80840523 T C ANTXR2 CCDS47085.1 r.? - - intronic 35 0 0 31 0 0 19 0 0 59 0 0 54 15 27.8 0 0 NA 0 0 NA 3 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.411167513 1.411167513 1 NA NA 0 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.2E-22 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 81124731 A G PRDM8 CCDS43243.1 r.3346a>g c.? p.? 3'UTR variant 29 0 0 18 2 11.1 13 2 15.4 10 2 20 50 14 28 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.057142857 1.057142857 1 1.655913978 1.655913978 1 3.818803419 3.818803419 1 1.421319797 1.421319797 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.003626632 1 0.001879825 1 0.001095391 1 4.84E-21 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 81251080 G A - - - - - - 31 0 0 39 0 0 21 0 0 54 0 0 51 19 37.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.893401015 1.893401015 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 7.94E-31 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 82231677 A T - - - - - - 30 0 0 32 2 6.2 24 0 0 71 1 1.4 48 11 22.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.59047619 0.59047619 1 0 0 1 0.267316239 0.267316239 1 1.162436548 1.162436548 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.011224977 1 1 1 0.299450652 1 9.31E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 84113865 C A - - - - - - 25 0 0 24 3 12.5 21 2 9.5 49 3 6.1 35 4 11.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.19047619 1.19047619 1 1.021505376 1.021505376 1 1.164735043 1.164735043 1 0.578680203 0.578680203 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000233853 1 0.004928472 1 0.001939399 1 0.0000289 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 84908486 C T - - - - - - 29 0 0 31 4 12.9 23 2 8.7 64 2 3.1 57 11 19.3 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.228571429 1.228571429 1 0.935483871 0.935483871 1 0.59191453 0.59191453 1 0.979695431 0.979695431 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.0000177 1 0.00589844 1 0.041085601 1 7.29E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 85047993 G A - - - - - - 34 0 0 35 4 11.4 12 0 0 40 3 7.5 45 9 20 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.085714286 1.085714286 1 0 0 1 1.432051282 1.432051282 1 1.015228426 1.015228426 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.0000289 1 1 1 0.001075403 1 1.47E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 85724989 T G WDFY3 CCDS3609.1 r.? - - intronic 36 0 0 35 0 0 18 2 11.1 67 2 3 40 9 22.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.193548387 1.193548387 1 0.572820513 0.572820513 1 1.14213198 1.14213198 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 1 1 0.003626632 1 0.044622585 1 4.64E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 87326101 G A MAPK10 CCDS43247.1 r.? - - intronic 43 0 0 30 3 10 15 2 13.3 76 0 0 50 9 18 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.952380952 0.952380952 1 1.430107527 1.430107527 1 0 0 1 0.913705584 0.913705584 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.000458697 1 0.002513772 1 1 1 4.07E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 88470487 A T - - - - - - 27 0 0 36 0 0 25 0 0 66 0 0 46 7 15.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.771573604 0.771573604 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 3.53E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 88663555 G A - - - - - - 36 0 0 41 3 7.3 20 1 5 42 2 4.8 44 13 29.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.695238095 0.695238095 1 0.537634409 0.537634409 1 0.916512821 0.916512821 1 1.497461929 1.497461929 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.001155993 1 0.09538952 1 0.018854633 1 5.49E-20 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 89135731 G A ABCG2 ENST00000515655 r.? - - intronic 28 0 0 22 0 0 17 0 0 62 0 0 54 11 20.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.035532995 1.035532995 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 3.84E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 89951480 T G FAM13A CCDS34029.1 r.? - - intronic 27 0 0 28 2 7.1 22 2 9.1 55 1 1.8 47 13 27.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.676190476 0.676190476 1 0.978494624 0.978494624 1 0.343692308 0.343692308 1 1.406091371 1.406091371 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.008668191 1 0.005403392 1 0.240951649 1 1.47E-19 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 90383163 G C - - - - - - 29 0 0 35 0 0 19 0 0 34 0 0 48 6 12.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.634517766 0.634517766 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.00000016 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 90677016 G A SNCA CCDS43252.1 r.? - - intronic 23 0 0 27 0 0 11 0 0 40 0 0 37 6 16.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.822335025 0.822335025 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 3.18E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 91960884 T G FAM190A CCDS47099.1 r.? - - intronic 34 0 0 29 2 6.9 23 1 4.3 58 4 6.9 39 12 30.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.657142857 0.657142857 1 0.462365591 0.462365591 1 1.317487179 1.317487179 1 1.563451777 1.563451777 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.009279585 1 0.108890944 1 0.000213772 1 8.43E-19 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 92055472 C T FAM190A CCDS47099.1 r.? - - intronic 25 0 0 27 0 0 15 0 0 44 0 0 41 12 29.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.487309645 1.487309645 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.69E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 92267408 C A FAM190A CCDS47099.1 r.? - - intronic 34 0 0 34 0 0 21 0 0 40 0 0 46 7 15.2 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.771573604 0.771573604 1 NA NA 0 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 3.53E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 92419561 G T FAM190A CCDS47099.1 r.? - - intronic 37 0 0 28 1 3.6 21 1 4.8 63 0 0 37 8 21.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.342857143 0.342857143 1 0.516129032 0.516129032 1 0 0 1 1.096446701 1.096446701 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.130947004 1 0.099912572 1 1 1 1.33E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 92528573 T A - - - - - - 32 0 0 32 0 0 18 0 0 49 0 0 39 8 20.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.040609137 1.040609137 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.09E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 92688998 T C - - - - - - 24 0 0 37 3 8.1 20 1 5 50 3 6 50 10 20 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.771428571 0.771428571 1 0.537634409 0.537634409 1 1.145641026 1.145641026 1 1.015228426 1.015228426 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000855237 1 0.09538952 1 0.002055544 1 8.36E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 92845619 T C - - - - - - 42 0 0 33 2 6.1 19 2 10.5 48 3 6.2 52 14 26.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.580952381 0.580952381 1 1.129032258 1.129032258 1 1.18382906 1.18382906 1 1.365482234 1.365482234 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.011909843 1 0.004039874 1 0.001827434 1 9.04E-21 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 93059311 G A - - - - - - 52 0 0 25 3 12 18 1 5.6 58 0 0 55 9 16.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.142857143 1.142857143 1 0.602150538 0.602150538 1 0 0 1 0.83248731 0.83248731 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.00026475 1 0.086275114 1 1 1 1.01E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 93294219 G A GRID2 CCDS3637.1 r.? - - intronic 35 0 0 36 3 8.3 22 2 9.1 75 2 2.7 41 11 26.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.79047619 0.79047619 1 0.978494624 0.978494624 1 0.515538462 0.515538462 1 1.360406091 1.360406091 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000788827 1 0.005403392 1 0.054571821 1 1.34E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 93527646 T A GRID2 CCDS3637.1 r.? - - intronic 27 0 0 33 2 6.1 16 0 0 68 3 4.4 40 8 20 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.580952381 0.580952381 1 0 0 1 0.840136752 0.840136752 1 1.015228426 1.015228426 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.011909843 1 1 1 0.004916956 1 2.61E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 93705932 C T GRID2 CCDS3637.1 r.? - - intronic 40 0 0 33 3 9.1 17 1 5.9 53 3 5.7 45 6 13.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.866666667 0.866666667 1 0.634408602 0.634408602 1 1.088358974 1.088358974 1 0.675126904 0.675126904 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000609557 1 0.081683532 1 0.002429596 1 0.000000108 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 94487778 G A GRID2 CCDS3637.1 r.? - - intronic 30 0 0 27 2 7.4 19 1 5.3 29 3 10.3 40 10 25 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.704761905 0.704761905 1 0.569892473 NA 0 1.966683761 1.966683761 1 1.269035533 1.269035533 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.00807567 1 0.090843738 1 0.000414371 1 7.22E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 96614985 C G - - - - - - 28 0 0 35 4 11.4 18 2 11.1 73 3 4.1 44 9 20.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.085714286 1.085714286 1 1.193548387 1.193548387 1 0.782854701 0.782854701 1 1.040609137 1.040609137 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.0000289 1 0.003626632 1 0.005990531 1 1.18E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 96769974 C G - - - - - - 40 0 0 39 5 12.8 22 1 4.5 70 2 2.9 46 10 21.7 4 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.219047619 1.219047619 1 0.483870968 0.483870968 1 0.553726496 0.553726496 1 1.101522843 1.101522843 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.00000156 1 0.104413009 1 0.048267597 1 3.38E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 98205236 C G - - - - - - 34 0 0 32 0 0 20 0 0 61 0 0 50 8 16 1 0 0 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.812182741 0.812182741 1 NA NA 0 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.74E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 98221269 G A - - - - - - 38 0 0 27 2 7.4 15 1 6.7 76 4 5.3 66 13 19.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.704761905 0.704761905 1 0.720430108 NA 0 1.011982906 1.011982906 1 1 1 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.00807567 1 0.072431031 1 0.00060191 1 1.95E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 102948594 T C BANK1 CCDS34038.1 r.? - - intronic 38 0 0 30 1 3.3 16 1 6.2 64 2 3.1 46 6 13 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.314285714 0.314285714 1 0.666666667 NA 0 0.59191453 0.59191453 1 0.659898477 0.659898477 1 NA NA 0 NA NA 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.139615808 1 0.077068876 1 0.041085601 1 0.000000123 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 103801282 G A CISD2 CCDS34040.1 r.? - - intronic 24 0 0 35 3 8.6 16 1 6.2 42 2 4.8 40 9 22.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.819047619 0.819047619 1 0.666666667 NA 0 0.916512821 0.916512821 1 1.14213198 1.14213198 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.000725791 1 0.077068876 1 0.018854633 1 4.64E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 104650004 C T - - - - - - 42 0 0 44 3 6.8 16 0 0 68 4 5.9 50 9 18 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.647619048 0.647619048 1 0 0 1 1.126547009 1.126547009 1 0.913705584 0.913705584 1 NA NA 0 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.00142027 1 1 1 0.000394372 1 4.07E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 105331621 A G - - - - - - 30 0 0 32 0 0 23 0 0 66 0 0 54 18 33.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.69035533 1.69035533 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 3.12E-28 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 106003371 G C - - - - - - 26 0 0 24 2 8.3 18 2 11.1 59 3 5.1 44 9 20.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.79047619 0.79047619 1 1.193548387 1.193548387 1 0.973794872 0.973794872 1 1.040609137 1.040609137 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.006413403 1 0.003626632 1 0.003297476 1 1.18E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 106004428 T C - - - - - - 30 0 0 31 0 0 25 0 0 63 0 0 45 12 26.7 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.355329949 1.355329949 1 NA NA 0 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 6.03E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 106790819 G A INTS12 ENST00000510876 r.? - - intronic 29 0 0 39 0 0 17 0 0 60 0 0 51 6 11.8 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.598984772 0.598984772 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000000232 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 106790840 G A INTS12 ENST00000510876 r.? - - intronic 33 0 0 41 0 0 21 0 0 55 0 0 53 7 13.2 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.670050761 0.670050761 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 9.85E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 107187336 G C TBCK CCDS3673.1 r.? - - intronic 37 0 0 40 0 0 21 0 0 67 0 0 53 10 18.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.959390863 0.959390863 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.57E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 107853316 A C DKK2 CCDS3675.1 r.? - - intronic 31 0 0 27 0 0 10 0 0 63 0 0 34 8 23.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.192893401 1.192893401 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 6.32E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 108752801 C T SGMS2 CCDS3677.1 r.? - - intronic 26 0 0 29 3 10.3 13 1 7.7 62 0 0 45 9 20 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.980952381 0.980952381 1 0.827956989 0.827956989 1 0 0 1 1.015228426 1.015228426 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.000414371 1 0.063085307 1 1 1 1.47E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 111818013 T C - - - - - - 32 0 0 31 3 9.7 21 2 9.5 34 2 5.9 55 8 14.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.923809524 0.923809524 1 1.021505376 1.021505376 1 1.126547009 1.126547009 1 0.736040609 0.736040609 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000505952 1 0.004928472 1 0.012612579 1 3.86E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 113871033 A G ANK2 ENST00000506722 r.? - - intronic 34 0 0 34 1 2.9 29 1 3.4 56 1 1.8 42 8 19 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.276190476 0.276190476 1 0.365591398 NA 0 0.343692308 0.343692308 1 0.964467005 0.964467005 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.156694864 1 0.135292269 1 0.244746891 1 3.96E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 114733161 C A - - - - - - 27 0 0 31 3 9.7 12 2 16.7 70 4 5.7 46 9 19.6 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.923809524 0.923809524 1 1.795698925 1.795698925 1 1.088358974 1.088358974 1 0.994923858 0.994923858 1 NA NA 0 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000505952 1 0.001595918 1 0.000440508 1 1.82E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 114933239 G A - - - - - - 22 0 0 24 2 8.3 10 0 0 63 5 7.9 48 10 20.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.79047619 0.79047619 1 0 0 1 1.50842735 1.50842735 1 1.055837563 1.055837563 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.006413403 1 1 1 0.0000173 1 5.37E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 115469737 G T - - - - - - 31 0 0 26 2 7.7 13 2 15.4 56 2 3.6 43 12 27.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.733333333 0.733333333 1 1.655913978 1.655913978 1 0.687384615 0.687384615 1 1.416243655 1.416243655 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.007502227 1 0.001879825 1 0.032213353 1 3.24E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 115806679 C G NDST4 CCDS3706.1 r.? - - intronic 43 0 0 30 0 0 22 0 0 57 0 0 41 10 24.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.23857868 1.23857868 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 9.51E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 115923084 C T NDST4 CCDS3706.1 r.? - - intronic 41 0 0 34 1 2.9 10 0 0 67 2 3 39 6 15.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.276190476 0.276190476 1 0 0 1 0.572820513 0.572820513 1 0.781725888 0.781725888 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.156694864 1 1 1 0.044622585 1 4.43E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 116405759 C A - - - - - - 30 0 0 36 3 8.3 13 1 7.7 76 3 3.9 56 9 16.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.79047619 0.79047619 1 0.827956989 0.827956989 1 0.744666667 0.744666667 1 0.817258883 0.817258883 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000788827 1 0.063085307 1 0.006696581 1 1.2E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 116723384 G T - - - - - - 40 0 0 34 0 0 21 0 0 43 0 0 45 10 22.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.126903553 1.126903553 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.66E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 117143917 A G - - - - - - 34 0 0 28 1 3.6 20 0 0 62 4 6.5 48 5 10.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.342857143 NA 0 0 0 1 1.241111111 1.241111111 1 0.527918782 0.527918782 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.130947004 1 1 1 0.000276647 1 0.00000447 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 117813363 G T - - - - - - 21 0 0 35 3 8.6 15 2 13.3 43 3 7 52 7 13.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.819047619 0.819047619 1 1.430107527 1.430107527 1 1.336581197 1.336581197 1 0.685279188 0.685279188 1 NA NA 0 NA NA 1 0 0 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000725791 1 0.002513772 1 0.001328364 1 8.58E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 118394127 C T - - - - - - 28 0 0 23 0 0 12 0 0 55 0 0 47 6 12.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.649746193 0.649746193 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000000141 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 118601698 T G - - - - - - 23 0 0 34 2 5.9 20 1 5 69 3 4.3 55 13 23.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.561904762 0.561904762 1 0.537634409 0.537634409 1 0.821042735 0.821042735 1 1.197969543 1.197969543 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.012612579 1 0.09538952 1 0.005121501 1 1.46E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 119996597 A G - - - - - - 30 0 0 36 3 8.3 18 0 0 58 0 0 48 11 22.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.79047619 0.79047619 1 0 0 1 0 0 1 1.162436548 1.162436548 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.000788827 1 1 1 1 1 9.31E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 121857810 C T - - - - - - 38 0 0 31 2 6.5 20 3 15 57 4 7 59 9 15.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 2 100 TRUE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.619047619 0.619047619 1 1.612903226 1.612903226 1 1.336581197 1.336581197 1 0.776649746 0.776649746 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 5.076142132 5.076142132 1 8 NA 1 1 0.010558179 1 0.0001337 1 0.000199821 1 1.96E-11 0.000025 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 123073368 C T KIAA1109 CCDS43267.1 r.? - - upstream 44 0 0 14 1 7.1 14 1 7.1 25 3 12 66 16 24.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.310367234 3.424717944 8 3.564528049 2 2 5 2 1 1 3 1 0.689632766 0.575282056 1 0.435471951 3 3 NA 3 1 1 NA 1 0.310367234 0.424717944 NA 0.564528049 0.76922655 0.76922655 1 0.864595834 0.864595834 1 2.771282051 2.771282051 1 1.607042184 1.027173776 1.564528049 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.067769881 1 0.067769881 1 0.00026475 1 1.03E-22 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 123528218 G A - - - - - - 39 0 0 29 1 3.4 22 0 0 69 4 5.8 73 10 13.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.310367234 3.424717944 8 3.564528049 2 2 5 2 1 1 3 1 0.689632766 0.575282056 1 0.435471951 3 3 NA 3 1 1 NA 1 0.310367234 0.424717944 NA 0.564528049 0.36836201 0.36836201 1 0 0 1 1.339452991 1.339452991 1 0.909771815 0.909771815 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.135292269 1 1 1 0.000416985 1 4.56E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 123741424 C G - - - - - - 34 0 0 40 2 5 24 1 4.2 67 1 1.5 48 9 18.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.310367234 3.424717944 8 3.564528049 2 2 5 2 1 1 3 1 0.689632766 0.575282056 1 0.435471951 3 3 NA 3 1 1 NA 1 0.310367234 0.424717944 NA 0.564528049 0.541708838 0.541708838 1 0.511451057 NA 0 0.346410256 0.346410256 1 1.248445994 1.248445994 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.017193422 1 0.113346489 1 0.285262761 1 2.75E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 123840320 T C SPATA5 CCDS3730.1 r.? - - upstream 38 0 0 34 0 0 27 0 0 56 0 0 59 8 13.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.310367234 3.424717944 8 3.564528049 2 2 5 2 1 1 3 1 0.689632766 0.575282056 1 0.435471951 3 3 NA 3 1 1 NA 1 0.310367234 0.424717944 NA 0.564528049 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 0.903131145 0.903131145 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 6.9E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 124739794 C T - - - - - - 23 0 0 35 0 0 19 0 0 72 0 0 59 8 13.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.310367234 3.424717944 8 3.564528049 2 2 5 2 1 1 3 1 0.689632766 0.575282056 1 0.435471951 3 3 NA 3 1 1 NA 1 0.310367234 0.424717944 NA 0.564528049 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.903131145 0.903131145 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 6.9E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 124759472 T G - - - - - - 31 0 0 34 3 8.8 25 1 4 76 3 3.9 68 9 13.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.310367234 3.424717944 8 3.564528049 2 2 5 2 1 1 3 1 0.689632766 0.575282056 1 0.435471951 3 3 NA 3 1 1 NA 1 0.310367234 0.424717944 NA 0.564528049 0.953407555 0.953407555 1 0.487096245 NA 0 0.900666667 0.900666667 1 0.876568464 0.876568464 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000666058 1 0.117779757 1 0.006696581 1 7.38E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 125275743 T A - - - - - - 31 0 0 40 0 0 19 0 0 52 0 0 44 10 22.7 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.310367234 3.424717944 8 3.564528049 2 2 5 2 1 1 3 1 0.689632766 0.575282056 1 0.435471951 3 3 NA 3 1 1 NA 1 0.310367234 0.424717944 NA 0.564528049 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.507432131 1.507432131 1 NA NA 0 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.08E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 125678454 T G - - - - - - 29 0 0 32 0 0 18 0 0 73 0 0 67 7 10.4 298 0 0 551 0 0 150 0 0 528 1 0.2 466 59 12.7 TRUE FALSE 3.310367234 3.424717944 8 3.564528049 2 2 5 2 1 1 3 1 0.689632766 0.575282056 1 0.435471951 3 3 NA 3 1 1 NA 1 0.310367234 0.424717944 NA 0.564528049 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.690629699 0.690629699 1 0 NA 0 0 0 1 0.046188034 0.046188034 1 0.843365113 0.843365113 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 0.929109729 5.23E-08 9.89E-62 YES 0_0 0_0 0_0 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b 4 126037266 C G - - - - - - 34 0 0 38 0 0 31 0 0 67 1 1.5 61 6 9.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.310367234 3.424717944 8 3.564528049 2 2 5 2 1 1 3 1 0.689632766 0.575282056 1 0.435471951 3 3 NA 3 1 1 NA 1 0.310367234 0.424717944 NA 0.564528049 0 0 1 0 0 1 0.346410256 0.346410256 1 0.650785678 0.650785678 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.285262761 1 0.000000685 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 126360539 G A FAT4 CCDS3732.3 r.? - - intronic 24 0 0 40 2 5 14 0 0 27 3 11.1 47 8 17 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.310367234 3.424717944 8 3.564528049 2 2 5 2 1 1 3 1 0.689632766 0.575282056 1 0.435471951 3 3 NA 3 1 1 NA 1 0.310367234 0.424717944 NA 0.564528049 0.541708838 0.541708838 1 0 0 1 2.563435897 2.563435897 1 1.128913931 1.128913931 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.017193422 1 1 1 0.000334187 1 1.03E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 126749514 C T - - - - - - 29 0 0 33 0 0 14 0 0 39 0 0 47 7 14.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.310367234 3.424717944 8 3 2 2 5 2 1 1 3 1 0.689632766 0.575282056 1 1 3 3 NA NA 1 1 NA NA 0.310367234 0.424717944 NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.905345178 0.905345178 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 4.12E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 127203980 T A - - - - - - 43 0 0 36 0 0 22 0 0 60 0 0 48 4 8.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.310367234 3.424717944 8 3 2 2 5 2 1 1 3 1 0.689632766 0.575282056 1 1 3 3 NA NA 1 1 NA NA 0.310367234 0.424717944 NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.504319797 0.504319797 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000102016 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 127776317 T A - - - - - - 32 0 0 43 0 0 18 0 0 66 0 0 56 8 14.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.310367234 3.424717944 8 3 2 2 5 2 1 1 3 1 0.689632766 0.575282056 1 1 3 3 NA NA 1 1 NA NA 0.310367234 0.424717944 NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.868888325 0.868888325 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 4.48E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 128144584 C T - - - - - - 34 0 0 43 0 0 20 0 0 57 0 0 47 9 19.1 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.310367234 2.555381352 4.506544679 3 2 1 2 2 1 1 2 1 0.689632766 0.444618648 0.493455321 1 3 2 3 NA 1 1 2 NA 0.310367234 0.555381352 0.506544679 NA 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 1.160543147 1.160543147 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.24E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 128825437 A C - - - - - - 35 0 0 34 0 0 19 0 0 73 0 0 59 15 25.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2.555381352 4.506544679 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 0.444618648 0.493455321 1 NA 2 3 NA NA 1 2 NA NA 0.555381352 0.506544679 NA 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 1.289340102 1.289340102 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 9.9E-22 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 129097178 C G LARP1B CCDS3738.1 r.? - - intronic 18 0 0 18 2 11.1 11 1 9.1 43 2 4.7 38 11 28.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2.555381352 4.506544679 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 0.444618648 0.493455321 1 NA 2 3 NA NA 1 2 NA NA 0.555381352 0.506544679 NA 1.057142857 1.057142857 1 1.029034327 1.029034327 1 0.921226403 0.921226403 1 1.467005076 1.467005076 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.003626632 1 0.05364542 1 0.019709573 1 5.19E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 130399824 C A - - - - - - 29 0 0 32 3 9.4 20 3 15 57 2 3.5 55 10 18.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2.555381352 4.506544679 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 0.444618648 0.493455321 1 NA 2 3 NA NA 1 2 NA NA 0.555381352 0.506544679 NA 0.895238095 0.895238095 1 1.696210429 1.696210429 1 0.686019662 0.686019662 1 0.923857868 0.923857868 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000556213 1 0.0001337 1 0.03327602 1 2.33E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 130576909 G A - - - - - - 38 0 0 41 4 9.8 28 3 10.7 71 3 4.2 45 11 24.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2.555381352 4.506544679 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 0.444618648 0.493455321 1 NA 2 3 NA NA 1 2 NA NA 0.555381352 0.506544679 NA 0.933333333 0.933333333 1 1.209963439 1.209963439 1 0.823223594 0.823223594 1 1.23857868 1.23857868 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.0000546 1 0.000372895 1 0.00554578 1 4.24E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 131290836 G A - - - - - - 35 0 0 32 1 3.1 22 3 13.6 65 4 6.2 47 7 14.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2.555381352 4.506544679 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 0.444618648 0.493455321 1 NA 2 3 NA NA 1 2 NA NA 0.555381352 0.506544679 NA 0.295238095 0.295238095 1 1.537897455 1.537897455 1 1.21523483 1.21523483 1 0.756345178 0.756345178 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.14819814 1 0.000179267 1 0.000331785 1 4.12E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 131345732 A G - - - - - - 21 0 0 32 1 3.1 21 3 14.3 57 3 5.3 51 11 21.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2.555381352 4.506544679 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 0.444618648 0.493455321 1 NA 2 3 NA NA 1 2 NA NA 0.555381352 0.506544679 NA 0.295238095 0.295238095 1 1.617053942 1.617053942 1 1.038829774 1.038829774 1 1.096446701 1.096446701 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.14819814 1 0.000155401 1 0.002989991 1 1.94E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 131370506 G T - - - - - - 41 0 0 35 1 2.9 23 1 4.3 47 2 4.3 43 10 23.3 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2.555381352 4.506544679 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 0.444618648 0.493455321 1 NA 2 3 NA NA 1 2 NA NA 0.555381352 0.506544679 NA 0.276190476 0.276190476 1 0.48624699 0.48624699 1 0.842824156 0.842824156 1 1.182741117 1.182741117 1 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.16091139 1 0.108890944 1 0.02328732 1 1.61E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 131593193 C T - - - - - - 50 0 0 33 3 9.1 23 2 8.7 70 3 4.3 45 10 22.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2.555381352 4.506544679 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 0.444618648 0.493455321 1 NA 2 3 NA NA 1 2 NA NA 0.555381352 0.506544679 NA 0.866666667 0.866666667 1 0.983802049 0.983802049 1 0.842824156 0.842824156 1 1.126903553 1.126903553 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000609557 1 0.00589844 1 0.005331097 1 2.66E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 132009166 T C - - - - - - 39 0 0 27 3 11.1 14 2 14.3 51 2 3.9 69 28 40.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2.555381352 4.506544679 4.485590808 1 1 2 3 1 1 2 1 1 0.444618648 0.493455321 0.514409192 NA 2 3 3 NA 1 2 2 NA 0.555381352 0.506544679 0.485590808 1.057142857 1.057142857 1 1.617053942 1.617053942 1 0.764421909 0.764421909 1 3.070063574 1.023354525 3 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000334187 1 0.002185852 1 0.027109304 1 5.13E-46 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 132464085 A G - - - - - - 19 0 0 28 2 7.1 20 3 15 39 3 7.7 51 10 19.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2.555381352 4.506544679 4.485590808 1 1 2 3 1 1 2 1 1 0.444618648 0.493455321 0.514409192 NA 2 3 3 NA 1 2 2 NA 0.555381352 0.506544679 0.485590808 0.676190476 0.676190476 1 1.696210429 1.696210429 1 1.509243257 1.509243257 1 1.482099656 1.482099656 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.008668191 1 0.0001337 1 0.000998458 1 1.04E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 132515145 C T - - - - - - 24 0 0 36 3 8.3 16 2 12.5 13 0 0 67 34 50.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2.555381352 4.506544679 4.485590808 1 1 2 3 1 1 2 1 1 0.444618648 0.493455321 0.514409192 NA 2 3 3 NA 1 2 2 NA 0.555381352 0.506544679 0.485590808 0.79047619 0.79047619 1 1.41350869 1.41350869 1 0 0 1 3.833798601 1.277932867 3 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000788827 1 0.002863359 1 1 1 7.05E-60 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 132519957 C T - - - - - - 33 0 0 30 0 0 19 0 0 66 0 0 67 34 50.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 2 2.555381352 4.506544679 4.485590808 1 1 2 3 1 1 2 1 1 0.444618648 0.493455321 0.514409192 NA 2 3 3 NA 1 2 2 NA 0.555381352 0.506544679 0.485590808 0 0 1 0 0 1 0 0 1 3.833798601 1.277932867 3 NA NA 0 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 7.05E-60 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 132822141 A T - - - - - - 26 0 0 32 0 0 14 0 0 70 0 0 79 9 11.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 2.555381352 4.506544679 4.485590808 3 1 2 3 1 1 2 1 1 0.444618648 0.493455321 0.514409192 NA 2 3 3 NA 1 2 2 NA 0.555381352 0.506544679 0.485590808 0 0 1 0 NA 0 0 NA 0 0.862037555 0.862037555 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.93E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 132830120 G A - - - - - - 26 0 0 27 2 7.4 28 2 7.1 19 0 0 80 8 10 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 TRUE FALSE 4 2.555381352 4.506544679 4.485590808 3 1 2 3 1 1 2 1 1 0.444618648 0.493455321 0.514409192 NA 2 3 3 NA 1 2 2 NA 0.555381352 0.506544679 0.485590808 0.852761905 0.852761905 1 0.802872936 0.802872936 1 0 0 1 0.756173294 0.756173294 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 0 NA 0 8 NA 1 1 0.00807567 1 0.008668191 1 1 1 8.22E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 133415378 C G - - - - - - 30 0 0 31 0 0 19 0 0 56 0 0 43 5 11.6 220 1 0.5 147 0 0 85 0 0 259 0 0 213 20 9.4 FALSE FALSE 4 2.555381352 4.506544679 4.485590808 3 1 2 3 1 1 2 1 1 0.444618648 0.493455321 0.514409192 NA 2 3 3 NA 1 2 2 NA 0.555381352 0.506544679 0.485590808 0 NA 0 0 NA 0 0 0 1 0.877161021 0.877161021 1 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0.710802896 0.710802896 1 NA NA 1 0.668046109 1 1 1 1 1 1 0.00000257 2.3E-19 YES 0_0 0_0 0_0 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b 4 133419413 T C - - - - - - 29 0 0 36 3 8.3 30 1 3.3 82 0 0 66 15 22.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 2.555381352 4.506544679 4.485590808 3 1 2 3 1 1 2 1 1 0.444618648 0.493455321 0.514409192 NA 2 3 3 NA 1 2 2 NA 0.555381352 0.506544679 0.485590808 0.95647619 0.95647619 1 0.373166294 NA 0 0 0 1 1.716513377 1.133454146 1.514409192 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000788827 1 0.139615808 1 1 1 6.45E-21 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 133424103 A G - - - - - - 43 0 0 33 2 6.1 17 2 11.8 73 1 1.4 68 10 14.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 2.555381352 4.506544679 4.485590808 3 1 2 3 1 1 2 1 1 0.444618648 0.493455321 0.514409192 NA 2 3 3 NA 1 2 2 NA 0.555381352 0.506544679 0.485590808 0.702952381 0.702952381 1 1.334352204 1.334352204 1 0.274407865 0.274407865 1 1.111574742 1.111574742 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.011909843 1 0.003234386 1 0.306438632 1 2.18E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 133518149 G C - - - - - - 39 0 0 41 0 0 20 0 0 73 0 0 70 9 12.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 2.555381352 4.506544679 4.485590808 3 1 2 3 1 1 2 1 1 0.444618648 0.493455321 0.514409192 NA 2 3 3 NA 1 2 2 NA 0.555381352 0.506544679 0.485590808 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 0.975463549 0.975463549 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 9.65E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 133532851 C A - - - - - - 36 0 0 42 0 0 17 0 0 75 0 0 83 8 9.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 2.555381352 4.506544679 4.485590808 3 1 2 3 1 1 2 1 1 0.444618648 0.493455321 0.514409192 NA 2 3 3 NA 1 2 2 NA 0.555381352 0.506544679 0.485590808 0 0 1 0 NA 0 0 NA 0 0.725926362 0.725926362 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000000011 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 133757247 T C - - - - - - 28 0 0 40 0 0 26 0 0 67 0 0 57 14 24.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 2.555381352 4.506544679 4.485590808 3 1 2 3 1 1 2 1 1 0.444618648 0.493455321 0.514409192 NA 2 3 3 NA 1 2 2 NA 0.555381352 0.506544679 0.485590808 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 1.860186303 0.930093152 2 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 3.84E-20 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 134141481 T G - - - - - - 35 0 0 48 0 0 27 0 0 72 0 0 75 10 13.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 2.555381352 4.506544679 4.485590808 3 1 2 3 1 1 2 1 1 0.444618648 0.493455321 0.514409192 NA 2 3 3 NA 1 2 2 NA 0.555381352 0.506544679 0.485590808 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 1.005710481 1.005710481 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 6.02E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 134274388 C A - - - - - - 34 0 0 36 1 2.8 20 2 10 74 1 1.4 63 7 11.1 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 2.555381352 4.506544679 4.485590808 3 1 2 3 1 1 2 1 1 0.444618648 0.493455321 0.514409192 NA 2 3 3 NA 1 2 2 NA 0.555381352 0.506544679 0.485590808 0.322666667 0.322666667 1 1.130806952 1.130806952 1 0.274407865 0.274407865 1 0.839352356 0.839352356 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.165106833 1 0.004473894 1 0.309906439 1 3.38E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 134356956 A G - - - - - - 30 0 0 28 0 0 22 1 4.5 61 0 0 62 8 12.9 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 2.555381352 4.506544679 4.485590808 3 1 2 3 1 1 2 1 1 0.444618648 0.493455321 0.514409192 NA 2 3 3 NA 1 2 2 NA 0.555381352 0.506544679 0.485590808 0 NA 0 0.508863129 NA 0 0 0 1 0.975463549 0.975463549 1 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 0.104413009 1 1 1 1.04E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 134393365 G A - - - - - - 29 0 0 47 0 0 19 0 0 70 0 0 70 7 10 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 2.555381352 4.506544679 4.485590808 3 1 2 3 1 1 2 1 1 0.444618648 0.493455321 0.514409192 NA 2 3 3 NA 1 2 2 NA 0.555381352 0.506544679 0.485590808 0 0 1 0 NA 0 0 NA 0 0.756173294 0.756173294 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 7.11E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 134530041 G C - - - - - - 30 0 0 29 1 3.4 18 2 11.1 55 2 3.6 51 8 15.7 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2.555381352 4.506544679 4.485590808 1 1 2 3 1 1 2 1 1 0.444618648 0.493455321 0.514409192 NA 2 3 3 NA 1 2 2 NA 0.555381352 0.506544679 0.485590808 0.323809524 NA 0 1.255195717 1.255195717 1 0.705620224 0.705620224 1 1.187192072 1.187192072 1 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.135292269 1 0.003626632 1 0.031164417 1 2.05E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 134594127 T C - - - - - - 22 0 0 23 0 0 20 0 0 49 0 0 45 5 11.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2.555381352 4.506544679 4.485590808 1 1 2 3 1 1 2 1 1 0.444618648 0.493455321 0.514409192 NA 2 3 3 NA 1 2 2 NA 0.555381352 0.506544679 0.485590808 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.839352356 0.839352356 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.00000323 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 134795702 C T - - - - - - 41 0 0 26 0 0 16 0 0 71 0 0 59 8 13.6 400 0 0 246 0 0 53 0 0 416 0 0 396 47 11.9 FALSE FALSE 2 2.555381352 4.506544679 4.485590808 1 1 2 3 1 1 2 1 1 0.444618648 0.493455321 0.514409192 NA 2 3 3 NA 1 2 2 NA 0.555381352 0.506544679 0.485590808 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 1.02839568 1.02839568 1 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 0.89984622 0.89984622 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 6.9E-10 3.57E-48 YES 0_0 0_0 0_0 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b 4 134938433 G A - - - - - - 30 0 0 23 0 0 23 0 0 62 0 0 46 10 21.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2.555381352 4.506544679 4.485590808 1 1 2 3 1 1 2 1 1 0.444618648 0.493455321 0.514409192 NA 2 3 3 NA 1 2 2 NA 0.555381352 0.506544679 0.485590808 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.640896048 1.640896048 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 3.38E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 135101074 T G - - - - - - 26 0 0 23 0 0 22 0 0 61 0 0 50 7 14 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2.555381352 4.506544679 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 0.444618648 0.493455321 1 NA 2 3 NA NA 1 2 NA NA 0.555381352 0.506544679 NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.710659898 0.710659898 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 6.46E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 135257589 G A - - - - - - 35 0 0 28 3 10.7 22 3 13.6 63 4 6.3 40 7 17.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2.555381352 4.506544679 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 0.444618648 0.493455321 1 NA 2 3 NA NA 1 2 NA NA 0.555381352 0.506544679 NA 1.019047619 1.019047619 1 1.537897455 1.537897455 1 1.234835392 1.234835392 1 0.888324873 0.888324873 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000372895 1 0.000179267 1 0.000294233 1 1.26E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 135498613 A G - - - - - - 42 0 0 28 0 0 18 0 0 64 1 1.6 48 10 20.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2.555381352 4.506544679 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 0.444618648 0.493455321 1 NA 2 3 NA NA 1 2 NA NA 0.555381352 0.506544679 NA 0 0 1 0 0 1 0.313608988 0.313608988 1 1.055837563 1.055837563 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.274433592 1 5.37E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 135635365 C T - - - - - - 36 0 0 28 2 7.1 26 1 3.8 73 5 6.8 51 8 15.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2.555381352 4.506544679 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 0.444618648 0.493455321 1 NA 2 3 NA NA 1 2 NA NA 0.555381352 0.506544679 NA 0.676190476 0.676190476 1 0.429706642 NA 0 1.332838201 1.332838201 1 0.796954315 0.796954315 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.008668191 1 0.122190858 1 0.0000354 1 2.05E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 135938374 G T - - - - - - 32 0 0 17 1 5.9 16 0 0 38 3 7.9 37 8 21.6 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2.555381352 4.506544679 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 0.444618648 0.493455321 1 NA 2 3 NA NA 1 2 NA NA 0.555381352 0.506544679 NA 0.561904762 0.561904762 1 0 0 1 1.54844438 1.54844438 1 1.096446701 1.096446701 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.081683532 1 1 1 0.000925091 1 1.33E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 136709570 C A - - - - - - 29 0 0 32 0 0 20 1 5 60 1 1.7 42 8 19 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2.555381352 4.506544679 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 0.444618648 0.493455321 1 NA 2 3 NA NA 1 2 NA NA 0.555381352 0.506544679 NA 0 0 1 0.565403476 0.565403476 1 0.33320955 0.33320955 1 0.964467005 0.964467005 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 4 NA 1 1 1 1 0.09538952 1 0.259739042 1 3.96E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 137155830 C T - - - - - - 34 0 0 35 3 8.6 20 2 10 65 2 3.1 48 13 27.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2.555381352 4.506544679 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 0.444618648 0.493455321 1 NA 2 3 NA NA 1 2 NA NA 0.555381352 0.506544679 NA 0.819047619 0.819047619 1 1.130806952 1.130806952 1 0.607617415 0.607617415 1 1.375634518 1.375634518 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000725791 1 0.004473894 1 0.042252341 1 2E-19 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 138026628 G A - - - - - - 42 0 0 30 0 0 21 0 0 73 0 0 45 6 13.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 TRUE FALSE 2 2.555381352 4.506544679 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 0.444618648 0.493455321 1 NA 2 3 NA NA 1 2 NA NA 0.555381352 0.506544679 NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.675126904 0.675126904 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 0 NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000000108 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 138407913 C T - - - - - - 36 0 0 35 3 8.6 16 3 18.8 55 0 0 59 7 11.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 2.555381352 4.506544679 2.855229431 2 1 2 1 1 1 2 1 1 0.444618648 0.493455321 0.144770569 NA 2 3 2 NA 1 2 1 NA 0.555381352 0.506544679 0.855229431 0.905047619 0.905047619 1 2.12591707 2.12591707 1 0 0 1 0.705833216 0.705833216 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.000725791 1 0.0000667 1 1 1 2.12E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 138632357 C G - - - - - - 25 0 0 33 3 9.1 19 2 10.5 39 1 2.6 47 11 23.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 2.555381352 4.506544679 2.855229431 2 1 2 1 1 1 2 1 1 0.444618648 0.493455321 0.144770569 NA 2 3 2 NA 1 2 1 NA 0.555381352 0.506544679 0.855229431 0.957666667 0.957666667 1 1.1873473 1.1873473 1 0.509614606 0.509614606 1 1.387940946 1.387940946 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000609557 1 0.004039874 1 0.177567718 1 7.21E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 138940955 C T - - - - - - 15 0 0 24 0 0 13 0 0 17 0 0 35 5 14.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 2.555381352 4.506544679 2.855229431 2 1 2 1 1 1 2 1 1 0.444618648 0.493455321 0.144770569 NA 2 3 2 NA 1 2 1 NA 0.555381352 0.506544679 0.855229431 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.848186133 0.848186133 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000000895 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 139577665 G A - - - - - - 32 0 0 27 2 7.4 19 1 5.3 76 4 5.3 58 12 20.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 2.555381352 4.506544679 2.855229431 2 1 2 1 1 1 2 1 1 0.444618648 0.493455321 0.144770569 NA 2 3 2 NA 1 2 1 NA 0.555381352 0.506544679 0.855229431 0.778761905 0.778761905 1 0.599327685 NA 0 1.038829774 1.038829774 1 1.227793913 1.227793913 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.00807567 1 0.090843738 1 0.00060191 1 1.76E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 140129206 C G - - - - - - 24 0 0 21 2 9.5 19 1 5.3 38 3 7.9 66 11 16.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 2.555381352 NA 2.120144934 2 1 NA 1 1 1 NA 1 1 0.444618648 NA 0.879855066 NA 2 NA 2 NA 1 NA 1 NA 0.555381352 NA 0.120144934 0.999761905 0.999761905 1 0.599327685 0.599327685 1 NA NA 1 0.86777994 0.86777994 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.004928472 1 0.090843738 1 0.000925091 1 4.07E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 140129264 C G - - - - - - 19 0 0 22 3 13.6 12 1 8.3 33 3 9.1 45 9 20 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 2.555381352 NA 2.120144934 2 1 NA 1 1 1 NA 1 1 0.444618648 NA 0.879855066 NA 2 NA 2 NA 1 NA 1 NA 0.555381352 NA 0.120144934 1.431238095 1.431238095 1 0.93856977 0.93856977 1 NA NA 1 1.039257413 1.039257413 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000179267 1 0.058377193 1 0.000609557 1 1.47E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 141154241 G C - - - - - - 16 0 0 17 0 0 13 0 0 42 0 0 32 10 31.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 2.555381352 9 2.120144934 2 1 7 1 1 1 2 1 1 0.444618648 1 0.879855066 NA 2 NA 2 NA 1 NA 1 NA 0.555381352 NA 0.120144934 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.621241565 1.621241565 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 5.7E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 143064383 G T INPP4B CCDS47112.1 r.? - - intronic 34 0 0 43 2 4.7 24 1 4.2 61 2 3.3 52 7 13.5 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 2.555381352 7 2.120144934 2 1 4 1 1 1 3 1 1 0.444618648 1 0.879855066 NA 2 NA 2 NA 1 NA 1 NA 0.555381352 NA 0.120144934 0.494619048 0.494619048 1 0.47493892 NA 0 0.729102564 0.729102564 1 0.701498754 0.701498754 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.019709573 1 0.113346489 1 0.037660755 1 8.58E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 143532981 C G INPP4B CCDS47112.1 r.? - - intronic 38 0 0 47 4 8.5 25 0 0 40 0 0 49 4 8.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 2.555381352 7 2.120144934 2 1 4 1 1 1 3 1 1 0.444618648 1 0.879855066 NA 2 NA 2 NA 1 NA 1 NA 0.555381352 NA 0.120144934 0.89452381 0.89452381 1 0 0 1 0 0 1 0.426095539 0.426095539 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.0000939 1 1 1 1 1 0.000110643 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 144097208 C G - - - - - - 34 0 0 49 0 0 37 0 0 71 0 0 69 5 7.2 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 2.555381352 7 2.838094747 2 1 4 1 1 1 3 1 1 0.444618648 1 0.161905253 NA 2 NA 2 NA 1 NA 1 NA 0.555381352 NA 0.838094747 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 0.425825055 0.508087011 0.838094747 NA NA 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.0000269 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 144657405 C A - - - - - - 40 0 0 26 0 0 18 0 0 61 0 0 59 10 16.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 2.555381352 7 2.838094747 2 1 4 1 1 1 3 1 1 0.444618648 1 0.161905253 NA 2 NA 2 NA 1 NA 1 NA 0.555381352 NA 0.838094747 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 0.999506033 0.999506033 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 4.91E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 145079673 C T - - - - - - 19 0 0 28 2 7.1 20 1 5 42 0 0 46 12 26.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 2.555381352 7 2.838094747 2 1 4 1 1 1 3 1 1 0.444618648 1 0.161905253 NA 2 NA 2 NA 1 NA 1 NA 0.555381352 NA 0.838094747 0.747190476 0.747190476 1 0.565403476 0.565403476 1 0 0 1 1.543615825 1.543615825 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.008668191 1 0.09538952 1 1 1 8.12E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 145255680 C T - - - - - - 36 0 0 37 0 0 19 4 21.1 76 0 0 53 9 17 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 2.555381352 7 2.838094747 2 1 4 1 1 1 3 1 1 0.444618648 1 0.161905253 NA 2 NA 2 NA 1 NA 1 NA 0.555381352 NA 0.838094747 0 0 1 2.386002669 2.386002669 1 0 0 1 1.005420269 1.005420269 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 1 1 0.00000228 1 1 1 7.1E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 146422243 G T SMAD1 CCDS3765.1 r.? - - intronic 35 0 0 36 1 2.8 20 0 0 69 4 5.8 67 12 17.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 2.555381352 7 2.838094747 2 1 4 1 1 1 3 1 1 0.444618648 1 0.161905253 NA 2 NA 2 NA 1 NA 1 NA 0.555381352 NA 0.838094747 0.294666667 NA 0 0 0 1 1.281452991 1.281452991 1 1.058648401 1.058648401 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.165106833 1 1 1 0.000416985 1 1.14E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 146791834 G A ZNF827 CCDS34072.1 r.? - - intronic 28 0 0 34 3 8.8 21 1 4.8 66 2 3 63 11 17.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 2.555381352 7 2.838094747 2 1 4 1 1 1 3 1 1 0.444618648 1 0.161905253 NA 2 NA 2 NA 1 NA 1 NA 0.555381352 NA 0.838094747 0.926095238 0.926095238 1 0.542787337 NA 0 0.662820513 0.662820513 1 1.034991454 1.034991454 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000666058 1 0.099912572 1 0.043431387 1 2.37E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 147032721 A G - - - - - - 34 0 0 42 1 2.4 10 1 10 68 0 0 50 6 12 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 2.555381352 7 2.838094747 2 1 4 1 1 1 3 1 1 0.444618648 1 0.161905253 NA 2 NA 2 NA 1 NA 1 NA 0.555381352 NA 0.838094747 0.252571429 0.252571429 1 1.130806952 1.130806952 1 0 0 1 0.709708425 0.709708425 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.189842622 1 0.04888987 1 1 1 0.000000206 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 147344015 C T SLC10A7 CCDS34073.1 r.? - - intronic 33 0 0 23 0 0 26 0 0 79 0 0 52 5 9.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 2.555381352 7 2.838094747 2 1 4 1 1 1 3 1 1 0.444618648 1 0.161905253 NA 2 NA 2 NA 1 NA 1 NA 0.555381352 NA 0.838094747 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.56776674 0.56776674 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.00000668 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 148609186 G T PRMT10 CCDS3771.1 r.? - - upstream 29 0 0 23 0 0 17 0 0 40 0 0 48 9 18.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 2.555381352 7 2 2 1 4 1 1 1 3 1 1 0.444618648 1 1 NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.555381352 NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.954314721 0.954314721 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.75E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 149411644 G A - - - - - - 25 0 0 37 0 0 14 0 0 63 0 0 43 8 18.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 2.555381352 7 2 2 1 4 1 1 1 3 1 1 0.444618648 1 1 NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.555381352 NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.944162437 0.944162437 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 4.85E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 149767601 C G - - - - - - 38 0 0 62 0 0 36 0 0 72 0 0 89 15 16.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6.469179811 7 11 6.5724041 5 6 8 5 1 1 3 1 0.530820189 1 1 0.4275959 6 NA NA 6 1 NA NA 1 0.469179811 NA NA 0.5724041 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.630604313 1.037013522 1.5724041 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 8.23E-19 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 150075354 C T - - - - - - 23 0 0 43 0 0 30 0 0 72 0 0 70 6 8.6 4 0 0 4 0 0 2 0 0 8 0 0 13 2 15.4 TRUE FALSE 6.469179811 7 11 6.5724041 5 6 8 5 1 1 3 1 0.530820189 1 1 0.4275959 6 NA NA 6 1 NA NA 1 0.469179811 NA NA 0.5724041 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.829774976 0.829774976 1 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 1.48587612 1.48587612 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.00000156 0.001879825 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 150940531 A G - - - - - - 24 0 0 59 4 6.8 26 3 11.5 73 2 2.7 77 9 11.7 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6.469179811 7 11 6.5724041 5 6 8 5 1 1 3 1 0.530820189 1 1 0.4275959 6 NA NA 6 1 NA NA 1 0.469179811 NA NA 0.5724041 0.951523275 0.951523275 1 1.81155914 1.81155914 1 0.704538462 0.704538462 1 1.128879909 1.128879909 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.00022841 1 0.000298167 1 0.052016623 1 2.32E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 151720915 G A LRBA CCDS3773.1 r.? - - intronic 31 0 0 39 0 0 31 0 0 51 0 0 97 7 7.2 3 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6.469179811 7 11 6.5724041 5 6 8 5 1 1 3 1 0.530820189 1 1 0.4275959 6 NA NA 6 1 NA NA 1 0.469179811 NA NA 0.5724041 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.694695329 0.694695329 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000000677 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 151961661 C G - - - - - - 36 0 0 54 10 18.5 37 12 32.4 57 5 8.8 98 35 35.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 NA 6.5724041 2 2 NA 5 1 1 NA 1 1 1 NA 0.4275959 NA NA NA 6 NA NA NA 1 NA NA NA 0.5724041 1.946904762 0.973452381 2 3.807870968 1.903935484 2 NA NA 1 3.444531005 0.964205311 3.5724041 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1.91E-13 1 4.03E-19 1 0.0000105 1 9.85E-55 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 151961742 C A - - - - - - 34 0 0 54 18 33.3 32 11 34.4 52 7 13.5 98 35 35.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 NA 6.5724041 2 2 NA 5 1 1 NA 1 1 1 NA 0.4275959 NA NA NA 6 NA NA NA 1 NA NA NA 0.5724041 3.504428571 1.752214286 2 4.042924731 2.021462366 2 NA NA 1 3.444531005 0.964205311 3.5724041 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 3.12E-28 1 5.72E-18 1 8.58E-09 1 9.85E-55 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 154860219 T A - - - - - - 33 0 0 35 0 0 21 0 0 64 0 0 65 7 10.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 7 2.785704032 2 2 4 1 1 1 3 1 1 1 1 0.214295968 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.785704032 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.633079386 0.633079386 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 4.22E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 155372055 G A DCHS2 CCDS47150.1 r.? - - intronic 34 0 0 51 0 0 22 0 0 56 0 0 66 8 12.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 7 2.785704032 2 2 4 1 1 1 3 1 1 1 1 0.214295968 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.785704032 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.709283386 0.709283386 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.73E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 159676497 C G - - - - - - 36 0 0 41 0 0 20 0 0 59 0 0 57 10 17.5 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 7 2.785704032 2 2 4 1 1 1 3 1 1 1 1 0.214295968 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.785704032 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.025823079 1.025823079 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 3.4E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 160102222 G A RAPGEF2 ENST00000505478 r.? - - intronic 34 0 0 33 1 3 19 0 0 65 0 0 62 7 11.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 7 2.785704032 2 2 4 1 1 1 3 1 1 1 1 0.214295968 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.785704032 0.315714286 0.315714286 1 0 0 1 0 0 1 0.662388617 0.662388617 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.15245715 1 1 1 1 1 3.02E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 161223179 C A - - - - - - 35 0 0 47 4 8.5 23 3 13 65 4 6.2 49 8 16.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 7 2.785704032 2 2 4 1 1 1 3 1 1 1 1 0.214295968 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.785704032 0.89452381 0.89452381 1 1.527849462 1.527849462 1 1.36982906 1.36982906 1 0.955480925 0.955480925 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.0000939 1 0.000205387 1 0.000331785 1 1.47E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 161401220 A G - - - - - - 31 0 0 51 2 3.9 21 1 4.8 70 2 2.9 64 11 17.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 7 2.785704032 2 2 4 1 1 1 3 1 1 1 1 0.214295968 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.785704032 0.410428571 0.410428571 1 0.564129032 0.564129032 1 0.640726496 0.640726496 1 1.00823754 1.00823754 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.027109304 1 0.099912572 1 0.048267597 1 2.85E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 161678786 G T - - - - - - 30 0 0 31 0 0 16 0 0 74 3 4.1 69 9 13 0 0 NA 2 2 100 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 FALSE FALSE 3 3 7 4 2 2 4 2 1 1 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0.905854701 0.905854701 1 0.919898477 0.919898477 1 10.52380952 5.261904762 2 NA NA 0 NA NA 1 0 0 1 NA NA 1 1 1 0.000025 1 1 0.006220661 1 8.45E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 161973875 G C - - - - - - 37 0 0 37 2 5.4 23 1 4.3 62 2 3.2 60 11 18.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 7 4 2 2 4 2 1 1 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.568285714 0.568285714 1 0.505365591 NA 0 0.707008547 0.707008547 1 1.29493401 1.29493401 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.014826063 1 0.108890944 1 0.038789653 1 1.34E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 162435913 A C FSTL5 CCDS3802.1 r.? - - intronic 42 0 0 41 1 2.4 20 1 5 56 4 7.1 73 9 12.3 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 7 4 2 2 4 2 1 1 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.252571429 NA 0 0.587634409 NA 0 1.568675214 1.568675214 1 0.870365482 0.870365482 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.18577148 1 0.09538952 1 0.000186538 1 1.42E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 162952133 A T FSTL5 CCDS3802.1 r.? - - intronic 48 0 0 31 1 3.2 26 2 7.7 80 1 1.2 59 10 16.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 7 4 2 2 4 2 1 1 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.336761905 NA 0 0.904956989 0.904956989 1 0.265128205 0.265128205 1 1.19586802 1.19586802 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.143917729 1 0.007502227 1 0.33035218 1 4.91E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 163256688 G T - - - - - - 32 0 0 36 1 2.8 19 1 5.3 52 4 7.7 50 8 16 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 7 3 2 2 4 2 1 1 3 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.294666667 NA 0 0.622892473 NA 0 1.701239316 1.701239316 1 0.972182741 0.972182741 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.165106833 1 0.090843738 1 0.000139698 1 1.74E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 163328097 G A - - - - - - 34 0 0 38 4 10.5 27 1 3.7 71 2 2.8 49 9 18.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 7 3 2 2 4 2 1 1 3 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.105 1.105 1 0.434849462 NA 0 0.618632479 0.618632479 1 1.118010152 1.118010152 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.0000403 1 0.126579904 1 0.04950591 1 3.35E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 163535799 A G - - - - - - 40 0 0 36 3 8.3 16 3 18.8 43 1 2.3 56 12 21.4 0 0 NA 0 0 NA 3 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 7 3 2 2 4 2 1 1 3 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.87347619 0.87347619 1 2.209505376 2.209505376 1 0.508162393 0.508162393 1 1.300294416 1.300294416 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000788827 1 0.0000667 1 0.193893409 1 1.11E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 164842291 A T Feb-97 CCDS45732.1 r.? - - intronic 41 0 0 39 0 0 23 0 0 66 0 0 55 7 12.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 7 3 2 2 4 2 1 1 3 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.771670051 0.771670051 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.28E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 165065559 C G Feb-97 CCDS45732.1 r.? - - intronic 7 0 0 12 0 0 6 0 0 30 0 0 16 4 25 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 7 3 2 2 4 2 1 1 3 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.519035533 1.519035533 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.00000108 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 165135367 C T Feb-97 CCDS45732.1 r.? - - intronic 27 0 0 48 0 0 20 0 0 65 0 0 58 10 17.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 7 3 2 2 4 2 1 1 3 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.045096447 1.045096447 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 4.1E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 167693936 C G SPOCK3 CCDS34095.1 r.? - - intronic 26 0 0 30 1 3.3 24 2 8.3 55 1 1.8 50 4 8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 7 3 2 2 4 2 1 1 3 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.347285714 NA 0 0.975473118 0.975473118 1 0.397692308 0.397692308 1 0.486091371 0.486091371 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.139615808 1 0.006413403 1 0.240951649 1 0.000119787 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 2 56845993 G A - - - - - - 42 1 2.4 33 5 15.2 25 6 24 60 7 11.7 49 5 10.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 4 3 5 3 3 3 4 0 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.599619048 1.599619048 1 3.060645161 1.020215054 3 2.117 1.0585 2 0.823766497 0.823766497 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 0.189842622 1 0.00000066 1 2.55E-09 1 2.39E-08 1 0.00000496 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 168310308 G C - - - - - - 41 0 0 34 3 8.8 18 1 5.6 60 1 1.7 53 11 20.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 7 3 2 2 4 2 1 1 3 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.926095238 0.926095238 1 0.658150538 NA 0 0.375598291 0.375598291 1 1.263837563 1.263837563 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.000666058 1 0.086275114 1 0.259739042 1 3.07E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 169916804 C T CBR4 CCDS3812.1 r.? - - intronic 33 0 0 31 0 0 26 0 0 67 1 1.5 61 11 18 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 7 3 2 2 4 2 1 1 3 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.331410256 0.331410256 1 1.093705584 1.093705584 1 NA NA 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.285262761 1 1.62E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 171405686 G C - - - - - - 27 0 0 32 0 0 21 0 0 77 0 0 66 11 16.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 7 3 2 2 4 2 1 1 3 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.014715736 1.014715736 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 4.07E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 171536089 G A - - - - - - 34 0 0 32 2 6.2 22 3 13.6 68 2 2.9 50 8 16 1 0 0 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 7 3 2 2 4 2 1 1 3 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.65247619 0.65247619 1 1.598365591 1.598365591 1 0.640726496 0.640726496 1 0.972182741 0.972182741 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.011224977 1 0.000179267 1 0.045825786 1 1.74E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 171887966 T C - - - - - - 46 0 0 28 3 10.7 24 2 8.3 58 1 1.7 55 12 21.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 7 3 2 2 4 2 1 1 3 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.126047619 1.126047619 1 0.975473118 0.975473118 1 0.375598291 0.375598291 1 1.324598985 1.324598985 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000372895 1 0.006413403 1 0.252280541 1 8.78E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 172468261 C A - - - - - - 27 0 0 32 3 9.4 20 2 10 29 3 10.3 51 14 27.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 7 3 2 2 4 2 1 1 3 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.989238095 0.989238095 1 1.175268817 1.175268817 1 2.275683761 2.275683761 1 1.670939086 0.835469543 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000556213 1 0.004473894 1 0.000414371 1 6.64E-21 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 172796975 C T GALNTL6 CCDS34104.1 r.? - - intronic 35 0 0 36 3 8.3 19 1 5.3 63 4 6.3 44 7 15.9 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 7 3 2 2 4 2 1 1 3 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.87347619 0.87347619 1 0.622892473 0.622892473 1 1.391923077 1.391923077 1 0.966106599 0.966106599 1 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000788827 1 0.090843738 1 0.000294233 1 2.55E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 174797960 G T - - - - - - 26 0 0 31 0 0 26 0 0 81 0 0 45 10 22.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 7 3 2 2 4 2 1 1 3 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.348903553 1.348903553 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.66E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 175377738 A T - - - - - - 32 0 0 41 0 0 26 0 0 65 0 0 52 12 23.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 7 3 2 2 4 2 1 1 3 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.403588832 1.403588832 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 4.19E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 175393515 G T - - - - - - 30 0 0 36 0 0 17 0 0 58 0 0 49 8 16.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 7 3 2 2 4 2 1 1 3 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.990411168 0.990411168 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.47E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 175393516 A G - - - - - - 31 0 0 36 0 0 16 0 0 58 0 0 49 8 16.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 7 3 2 2 4 2 1 1 3 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.990411168 0.990411168 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.47E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 175609177 A G GLRA3 CCDS3822.1 r.? - - intronic 46 0 0 29 6 20.7 18 3 16.7 55 3 5.5 49 21 42.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 7 3 2 2 4 2 1 1 3 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.178428571 1.089214286 2 1.962698925 1.962698925 1 1.21517094 1.21517094 1 2.606664975 1.303332487 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 6.72E-09 1 0.0000964 1 0.002700822 1 1.63E-35 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 176515526 G C - - - - - - 29 0 0 33 0 0 22 0 0 67 0 0 51 8 15.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 7 3 2 2 4 2 1 1 3 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.953954315 0.953954315 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.05E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 176711083 A T GPM6A CCDS3824.1 r.? - - intronic 26 0 0 34 0 0 30 0 0 77 0 0 52 9 17.3 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 7 3 2 2 4 2 1 1 3 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.051172589 1.051172589 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 5.92E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 176816996 C A GPM6A CCDS3824.1 r.? - - intronic 39 0 0 45 0 0 21 0 0 63 0 0 58 8 13.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 7 3 2 2 4 2 1 1 3 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.838507614 0.838507614 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 5.99E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 177780627 C T - - - - - - 25 0 0 22 0 0 20 0 0 62 0 0 67 9 13.4 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 7 4 2 2 4 2 1 1 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.948203046 0.948203046 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 6.43E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 177944365 C G - - - - - - 20 0 0 35 0 0 17 0 0 54 0 0 58 6 10.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 7 4 2 2 4 2 1 1 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 0.72884264 0.72884264 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000000506 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 178840026 C A ENSG00000231171 ENST00000507870 r.? - - intronic 30 0 0 36 1 2.8 19 2 10.5 77 3 3.9 64 5 7.8 3 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 7 4 2 2 4 2 2 2 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.322666667 0.322666667 1 1.339032258 1.339032258 1 0.861666667 0.861666667 1 0.551939086 0.551939086 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.165106833 1 0.004039874 1 0.006942426 1 0.0000186 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 179117493 G A - - - - - - 29 0 0 44 0 0 26 0 0 48 0 0 55 5 9.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 7 4 2 2 4 2 2 2 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.643928934 0.643928934 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.00000883 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 179162878 A T - - - - - - 36 0 0 39 2 5.1 22 1 4.5 7 0 0 59 8 13.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 7 4 2 2 4 2 2 2 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.587714286 0.587714286 1 0.573870968 NA 0 0 0 1 0.96235533 0.96235533 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.016387522 1 0.104413009 1 1 1 6.9E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 180188165 G C - - - - - - 23 0 0 45 3 6.7 19 0 0 62 0 0 47 8 17 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 7 4 2 2 4 2 2 2 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.772095238 0.772095238 1 0 0 1 0 0 1 1.202944162 1.202944162 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.001516071 1 1 1 1 1 1.03E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 180336825 A T - - - - - - 26 0 0 34 1 2.9 21 2 9.5 71 0 0 63 11 17.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 7 4 2 2 4 2 2 2 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.334190476 NA 0 1.211505376 1.211505376 1 0 0 1 1.238324873 1.238324873 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.156694864 1 0.004928472 1 1 1 2.37E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 180523378 T G - - - - - - 27 0 0 35 0 0 13 0 0 77 0 0 64 10 15.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 7 4 2 2 4 2 2 2 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.103878173 1.103878173 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.16E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 181135160 A G - - - - - - 30 0 0 36 0 0 21 3 14.3 62 1 1.6 60 6 10 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 7 4 2 2 4 2 2 2 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.823634409 1.823634409 1 0.353504274 0.353504274 1 0.707614213 0.707614213 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 1 1 0.000155401 1 0.267123145 1 0.000000621 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 181917836 T A - - - - - - 23 0 0 32 0 0 27 0 0 64 0 0 68 10 14.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 7 4 2 2 4 2 2 2 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.040192893 1.040192893 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.18E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 182066608 G C - - - - - - 43 0 0 35 2 5.7 19 0 0 70 3 4.3 62 8 12.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 7 4 2 2 4 2 2 2 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.656857143 0.656857143 1 0 0 1 0.950042735 0.950042735 1 0.912822335 0.912822335 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.013332991 1 1 1 0.005331097 1 1.04E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 182208041 G T - - - - - - 22 0 0 39 3 7.7 23 2 8.7 14 1 7.1 49 7 14.3 1 0 0 2 0 0 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 7 4 2 2 4 2 2 2 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.887333333 0.887333333 1 1.109483871 1.109483871 1 1.568675214 1.568675214 1 1.011888325 1.011888325 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000998458 1 0.00589844 1 0.067769881 1 5.58E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 182290148 G A - - - - - - 27 0 0 47 0 0 19 0 0 46 0 0 56 6 10.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 7 4 2 2 4 2 2 2 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.757147208 0.757147208 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000000409 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 182404409 T C - - - - - - 30 0 0 51 0 0 21 0 0 59 0 0 64 12 18.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 7 4 2 2 4 2 2 2 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.330314721 1.330314721 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 6.3E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 182747741 T C - - - - - - 37 0 0 44 0 0 36 0 0 71 0 0 70 10 14.3 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 7 4 2 2 4 2 2 2 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.011888325 1.011888325 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.95E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 182843772 C A - - - - - - 23 0 0 37 0 0 18 0 0 61 0 0 55 10 18.2 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 TRUE FALSE 4 4 7 4 2 2 4 2 2 2 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.287857868 1.287857868 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 0 NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.33E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 182888003 C A - - - - - - 30 0 0 24 0 0 17 0 0 54 0 0 49 6 12.2 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 7 4 2 2 4 2 2 2 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.86328934 0.86328934 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000000182 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 183151923 G C ODZ3 ENST00000512480 r.? - - intronic 36 0 0 23 0 0 20 0 0 44 0 0 70 15 21.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 7 4 2 2 4 2 2 2 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.514294416 1.514294416 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.7E-20 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 183233532 A T ODZ3 ENST00000511685 r.? - - intronic 41 0 0 37 1 2.7 22 1 4.5 48 1 2.1 50 11 22 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 7 4 2 2 4 2 2 2 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.311142857 NA 0 0.573870968 NA 0 0.463974359 0.463974359 1 1.556751269 1.556751269 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.169281299 1 0.104413009 1 0.213845552 1 1.52E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 183296755 C T ODZ3 CCDS47165.1 r.? - - intronic 34 0 0 38 4 10.5 23 0 0 29 0 0 56 8 14.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 7 4 2 2 4 2 2 2 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.21 1.21 1 0 0 1 0 0 1 1.011888325 1.011888325 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.0000403 1 1 1 1 1 4.48E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 185595247 C A CCDC111 CCDS3837.1 r.? - - intronic 28 0 0 25 1 4 13 0 0 38 2 5.3 65 8 12.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 7 4 2 2 4 2 2 2 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.460952381 0.460952381 1 0 0 1 1.170982906 1.170982906 1 0.870365482 0.870365482 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.117779757 1 1 1 0.015598339 1 1.53E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 186150974 A C SNX25 CCDS34116.1 r.? - - intronic 49 0 0 42 0 0 25 0 0 47 0 0 63 5 7.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 7 4 2 2 4 2 2 2 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.559015228 0.559015228 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.0000173 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 187401447 C T MTNR1A ENST00000509111 r.? - - intronic 26 0 0 33 4 12.1 25 3 12 56 1 1.8 58 8 13.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 7 4 2 2 4 2 2 2 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.394380952 1.394380952 1 1.530322581 1.530322581 1 0.397692308 0.397692308 1 0.976507614 0.976507614 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.0000228 1 0.00026475 1 0.244746891 1 5.99E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 188054389 C T - - - - - - 19 0 0 11 0 0 11 1 9.1 31 1 3.2 38 4 10.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 7 4 2 2 4 2 2 2 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.160494624 1.160494624 1 0.707008547 0.707008547 1 0.742994924 0.742994924 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 1 1 0.05364542 1 0.143917729 1 0.0000403 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 188798642 T G - - - - - - 44 0 0 39 0 0 29 0 0 82 0 0 64 5 7.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 7 4 2 2 4 2 2 2 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.551939086 0.551939086 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.0000186 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 189600273 C G - - - - - - 26 0 0 33 1 3 13 1 7.7 56 1 1.8 54 8 14.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 7 4 2 2 4 2 2 2 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.345714286 0.345714286 1 0.981956989 0.981956989 1 0.397692308 0.397692308 1 1.047269036 1.047269036 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.15245715 1 0.063085307 1 0.244746891 1 3.31E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 1269876 C T TERT CCDS3861.2 r.? - - intronic 37 0 0 40 0 0 24 0 0 21 0 0 70 7 10 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 4 7 5.807650248 3 3 4 3 2 1 3 2 1 1 1 0.192349752 NA NA NA 3 NA NA NA 3 NA NA NA 0.807650248 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 0.888379238 0.888379238 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 7.11E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 2562417 A T - - - - - - 24 0 0 40 2 5 11 1 9.1 33 0 0 75 4 5.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 4 7 5.807650248 3 3 4 3 2 1 3 2 1 1 1 0.192349752 NA NA NA 3 NA NA NA 3 NA NA NA 0.807650248 0.626190476 0.626190476 1 1.160494624 1.160494624 1 0 0 1 0.470840996 0.470840996 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.017193422 1 0.05364542 1 1 1 0.000572493 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 2765967 C T - - - - - - 33 0 0 57 1 1.8 14 0 0 71 0 0 98 9 9.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 4 7 5.807650248 3 3 4 3 2 1 3 2 1 1 1 0.192349752 NA NA NA 3 NA NA NA 3 NA NA NA 0.807650248 0.225428571 0.225428571 1 0 NA 0 0 0 1 0.817308899 0.817308899 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.248523156 1 1 1 1 1 2.06E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 2872211 G T - - - - - - 26 0 0 36 0 0 16 0 0 52 0 0 73 7 9.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 4 7 5.807650248 3 3 4 3 2 1 3 2 1 1 1 0.192349752 NA NA NA 3 NA NA NA 3 NA NA NA 0.807650248 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 0.852844069 0.852844069 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 9.54E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 2894196 C T - - - - - - 23 0 0 46 2 4.3 20 0 0 69 1 1.4 95 12 12.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 4 7 5.807650248 3 3 4 3 2 1 3 2 1 1 1 0.192349752 NA NA NA 3 NA NA NA 3 NA NA NA 0.807650248 0.53852381 0.53852381 1 0 NA 0 0.309316239 0.309316239 1 1.11935784 1.11935784 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.022369545 1 1 1 0.292392265 1 9.09E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 3684687 A T - - - - - - 34 0 0 26 0 0 21 0 0 28 1 3.6 94 9 9.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 4 7 5.807650248 3 3 4 3 2 1 3 2 1 1 1 0.192349752 NA NA NA 3 NA NA NA 3 NA NA NA 0.807650248 0 0 1 0 NA 0 0.795384615 0.795384615 1 0.852844069 0.852844069 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.130947004 1 1.42E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 3786930 G A - - - - - - 27 0 0 46 0 0 21 0 0 51 0 0 93 14 15.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 4 7 5.807650248 3 3 4 3 2 1 3 2 1 1 1 0.192349752 NA NA NA 3 NA NA NA 3 NA NA NA 0.807650248 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 1.341452649 1.341452649 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 6.26E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 4486084 C A - - - - - - 37 0 0 44 1 2.3 28 0 0 64 2 3.1 96 12 12.5 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 4 7 5.807650248 3 3 4 3 2 1 3 2 1 1 1 0.192349752 NA NA NA 3 NA NA NA 3 NA NA NA 0.807650248 0.288047619 0.288047619 1 0 NA 0 0.68491453 0.68491453 1 1.110474048 1.110474048 1 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.197923942 1 1 1 0.041085601 1 1.03E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 4486280 C G - - - - - - 35 0 0 39 0 0 24 0 0 78 4 5.1 82 8 9.8 2 0 0 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 4 7 5.807650248 3 3 4 3 2 1 3 2 1 1 1 0.192349752 NA NA NA 3 NA NA NA 3 NA NA NA 0.807650248 0 0 1 0 NA 0 1.126794872 1.126794872 1 0.870611653 0.870611653 1 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000663934 1 0.00000001 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 5812419 C A - - - - - - 41 0 0 46 3 6.5 30 1 3.3 92 0 0 79 6 7.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 4 7 5.807650248 3 3 4 3 2 1 3 2 1 1 1 0.192349752 NA NA NA 3 NA NA NA 3 NA NA NA 0.807650248 0.814047619 0.814047619 1 0.42083871 NA 0 0 0 1 0.675168221 0.675168221 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.001615827 1 0.139615808 1 1 1 0.00000318 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 5883475 C T - - - - - - 21 0 0 37 0 0 21 1 4.8 50 3 6 64 8 12.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 4 7 5.807650248 3 3 4 3 2 1 3 2 1 1 1 0.192349752 NA NA NA 3 NA NA NA 3 NA NA NA 0.807650248 0 0 1 0.612129032 NA 0 1.325641026 1.325641026 1 1.110474048 1.110474048 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 0.099912572 1 0.002055544 1 1.35E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 7041336 C G - - - - - - 38 0 0 38 0 0 22 0 0 61 3 4.9 62 8 12.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 4 7 5.807650248 3 3 4 3 2 1 3 2 1 1 1 0.192349752 NA NA NA 3 NA NA NA 3 NA NA NA 0.807650248 0 0 1 0 NA 0 1.082606838 1.082606838 1 1.146009217 1.146009217 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.003623631 1 1.04E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 7098252 G A - - - - - - 34 0 0 35 0 0 13 1 7.7 65 0 0 87 8 9.2 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 4 7 5.807650248 3 3 4 3 2 1 3 2 1 1 1 0.192349752 NA NA NA 3 NA NA NA 3 NA NA NA 0.807650248 0 0 1 0.981956989 0.981956989 1 0 0 1 0.817308899 0.817308899 1 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 1 1 0.063085307 1 1 1 1.61E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 7195821 G A - - - - - - 23 0 0 32 0 0 12 0 0 49 0 0 53 7 13.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 4 7 5.807650248 3 3 4 3 2 1 3 2 1 1 1 0.192349752 NA NA NA 3 NA NA NA 3 NA NA NA 0.807650248 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 1.172660594 1.172660594 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 9.85E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 7267131 G T - - - - - - 21 0 0 39 2 5.1 15 1 6.7 60 2 3.3 76 12 15.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 4 7 5.807650248 3 3 4 3 2 1 3 2 1 1 1 0.192349752 NA NA NA 3 NA NA NA 3 NA NA NA 0.807650248 0.638714286 0.638714286 1 0.854430108 NA 0 0.729102564 0.729102564 1 1.403639196 1.403639196 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.016387522 1 0.072431031 1 0.036544784 1 5.63E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 7345136 C T - - - - - - 23 0 0 26 0 0 20 0 0 26 1 3.8 56 8 14.3 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 4 7 5.807650248 3 3 4 3 2 1 3 2 1 1 1 0.192349752 NA NA NA 3 NA NA NA 3 NA NA NA 0.807650248 0 0 1 0 NA 0 0.83957265 0.83957265 1 1.27038231 1.27038231 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.122190858 1 4.48E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 7804115 G A ADCY2 CCDS3872.2 r.? - - intronic 14 0 0 20 2 10 16 2 12.5 51 0 0 48 6 12.5 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 4 7 5.807650248 3 3 4 3 2 1 3 2 1 1 1 0.192349752 NA NA NA 3 NA NA NA 3 NA NA NA 0.807650248 1.252380952 1.252380952 1 1.594086022 1.594086022 1 0 0 1 1.110474048 1.110474048 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.004473894 1 0.002863359 1 1 1 0.00000016 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 8143586 C G - - - - - - 30 0 0 38 0 0 24 0 0 63 0 0 79 10 12.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 4 7 5.807650248 3 3 4 3 2 1 3 2 1 1 1 0.192349752 NA NA NA 3 NA NA NA 3 NA NA NA 0.807650248 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 1.128241632 1.128241632 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.03E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 8329758 A T - - - - - - 34 0 0 42 0 0 25 0 0 57 0 0 52 11 21.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 4 7 5.807650248 3 3 4 3 2 1 3 2 1 1 1 0.192349752 NA NA NA 3 NA NA NA 3 NA NA NA 0.807650248 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 1.883363985 0.941681992 2 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.44E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 8491701 A G - - - - - - 37 0 0 39 0 0 22 0 0 59 3 5.1 70 11 15.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 4 7 5.807650248 3 3 4 3 2 1 3 2 1 1 1 0.192349752 NA NA NA 3 NA NA NA 3 NA NA NA 0.807650248 0 0 1 0 NA 0 1.126794872 1.126794872 1 1.394755404 1.394755404 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.003297476 1 8.06E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 8512868 C A - - - - - - 38 0 0 40 4 10 23 2 8.7 74 1 1.4 80 9 11.2 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 4 7 5.807650248 3 3 4 3 2 1 3 2 1 1 1 0.192349752 NA NA NA 3 NA NA NA 3 NA NA NA 0.807650248 1.252380952 1.252380952 1 1.109483871 1.109483871 1 0.309316239 0.309316239 1 0.994984747 0.994984747 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.0000495 1 0.00589844 1 0.309906439 1 3.29E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 8603673 G T - - - - - - 24 0 0 46 3 6.5 22 2 9.1 71 1 1.4 88 14 15.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 4 7 5.807650248 3 3 4 3 2 1 3 2 1 1 1 0.192349752 NA NA NA 3 NA NA NA 3 NA NA NA 0.807650248 0.814047619 0.814047619 1 1.160494624 1.160494624 1 0.309316239 0.309316239 1 1.412522988 1.412522988 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.001615827 1 0.005403392 1 0.299450652 1 2.78E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 8736036 C A - - - - - - 40 0 0 55 6 10.9 25 0 0 86 2 2.3 68 10 14.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 4 7 5.807650248 3 3 4 3 2 1 3 2 1 1 1 0.192349752 NA NA NA 3 NA NA NA 3 NA NA NA 0.807650248 1.365095238 1.365095238 1 0 NA 0 0.508162393 0.508162393 1 1.30591748 1.30591748 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000000367 1 1 1 0.069370687 1 2.18E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 9025802 G T - - - - - - 29 0 0 33 0 0 18 0 0 60 0 0 59 9 15.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 1 100 FALSE FALSE 5 4 7 5.807650248 3 3 4 3 2 1 3 2 1 1 1 0.192349752 NA NA NA 3 NA NA NA 3 NA NA NA 0.807650248 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 1.359220234 1.359220234 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 8.88379238 8.88379238 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.96E-11 0.005 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 9532818 C G SEMA5A CCDS3875.1 r.? - - intronic 28 0 0 39 2 5.1 18 1 5.6 63 0 0 82 8 9.8 151 0 0 293 5 1.7 23 4 17.4 284 1 0.4 320 38 11.9 FALSE TRUE 5 4 7 5.807650248 3 3 4 3 2 1 3 2 1 1 1 0.192349752 NA NA NA 3 NA NA NA 3 NA NA NA 0.807650248 0.638714286 0.638714286 1 0.714150538 NA 0 0 0 1 0.870611653 0.870611653 1 0.212904762 0.212904762 1 2.218967742 2.218967742 1 0.088376068 0.088376068 1 1.057171293 1.057171293 1 NA 6 1 1 0.016387522 0.016695279 0.086275114 0.00000513 1 0.759145407 0.00000001 2.8E-39 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 9643844 G A - - - - - - 30 0 0 52 0 0 23 0 0 79 0 0 59 6 10.2 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 4 7 5.807650248 3 3 4 3 2 1 3 2 1 1 1 0.192349752 NA NA NA 3 NA NA NA 3 NA NA NA 0.807650248 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 0.906146823 0.906146823 1 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000000561 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 9987556 C T - - - - - - 30 0 0 36 1 2.8 22 2 9.1 84 2 2.4 63 14 22.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 4 7 5.807650248 3 3 4 3 2 1 3 2 1 1 1 0.192349752 NA NA NA 3 NA NA NA 3 NA NA NA 0.807650248 0.350666667 0.350666667 1 1.160494624 1.160494624 1 0.53025641 0.53025641 1 1.972201908 0.986100954 2 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.165106833 1 0.005403392 1 0.066590661 1 1.81E-19 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 10649495 C T ANKRD33B CCDS47191.1 r.840c>u c.755C>T p.P252L missense 23 0 0 7 1 14.3 5 0 0 6 0 0 54 11 20.4 30 0 0 80 2 2.5 10 0 0 55 0 0 71 11 15.5 FALSE FALSE 5 4 7 5 3 3 4 3 2 1 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.790904762 1.790904762 1 0 NA 0 0 0 1 1.647532995 1.647532995 1 0.313095238 0.313095238 1 0 NA 0 0 0 1 1.25180203 1.25180203 1 NA NA 1 1 0.034479353 0.061147026 1 1 1 1 3.84E-15 9.49E-14 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 10838031 C A - - - - - - 26 0 0 49 0 0 14 0 0 67 0 0 85 9 10.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 4 7 5 3 3 4 3 2 1 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 0.856071066 0.856071066 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 5.71E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 10903558 A C - - - - - - 35 0 0 42 0 0 28 0 0 67 0 0 75 12 16 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 4 7 5 3 3 4 3 2 1 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 1.292182741 1.292182741 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 4.77E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 11779562 C G CTNND2 CCDS3881.1 r.? - - intronic 27 0 0 47 0 0 20 0 0 74 0 0 66 10 15.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 4 7 5 3 3 4 3 2 1 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 1.227573604 1.227573604 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.6E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 11802373 G C CTNND2 CCDS3881.1 r.? - - intronic 28 0 0 25 0 0 22 3 13.6 41 1 2.4 62 6 9.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 4 7 5 3 3 4 3 2 1 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.734365591 1.734365591 1 0.53025641 0.53025641 1 0.783385787 0.783385787 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 1 1 0.000179267 1 0.18577148 1 0.000000756 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 11916565 A T - - - - - - 28 0 0 33 0 0 30 0 0 56 0 0 63 9 14.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 4 7 5 3 3 4 3 2 1 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 1.154888325 1.154888325 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 3.62E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 12051093 G A - - - - - - 35 0 0 47 0 0 28 0 0 74 0 0 71 10 14.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 4 7 5 3 3 4 3 2 1 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 1.138736041 1.138736041 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 3.42E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 12406018 G C - - - - - - 33 0 0 37 3 8.1 22 1 4.5 70 4 5.7 62 9 14.5 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 4 7 5 3 3 4 3 2 1 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.014428571 1.014428571 1 0.573870968 NA 0 1.259358974 1.259358974 1 1.171040609 1.171040609 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000855237 1 0.104413009 1 0.000440508 1 3.12E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 12690137 C T - - - - - - 32 0 0 38 0 0 23 0 0 62 0 0 76 14 18.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 4 7 5 3 3 4 3 2 1 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 1.486010152 1.486010152 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 3.14E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 12774069 A T - - - - - - 29 0 0 39 0 0 31 0 0 74 1 1.4 72 7 9.7 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 4 7 5 3 3 4 3 2 1 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0.309316239 0.309316239 1 0.783385787 0.783385787 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.309906439 1 8.66E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 13045533 A G - - - - - - 37 0 0 37 1 2.7 27 1 3.7 74 0 0 60 6 10 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 4 7 5 3 3 4 3 2 1 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.338142857 0.338142857 1 0.471849462 NA 0 0 0 1 0.807614213 0.807614213 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.169281299 1 0.126579904 1 1 1 0.000000621 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 13116698 T C - - - - - - 29 0 0 48 0 0 24 0 0 58 0 0 60 7 11.7 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 4 7 5 3 3 4 3 2 1 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 0.944908629 0.944908629 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.39E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 13264492 G C - - - - - - 43 0 0 35 2 5.7 23 0 0 75 3 4 73 8 11 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 3 0 0 0 0 NA FALSE FALSE 5 4 7 5 3 3 4 3 2 1 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.713857143 0.713857143 1 0 NA 0 0.883760684 0.883760684 1 0.888375635 0.888375635 1 NA NA 0 NA NA 0 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.013332991 1 1 1 0.006456002 1 3.93E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 14176202 G A TRIO CCDS3883.1 r.? - - intronic 34 0 0 33 4 12.1 22 0 0 62 3 4.8 77 11 14.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 4 7 5 3 3 4 3 2 1 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.515380952 1.515380952 1 0 NA 0 1.060512821 1.060512821 1 1.154888325 1.154888325 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.0000228 1 1 1 0.003793816 1 2.41E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 14310527 C T TRIO CCDS3883.1 r.? - - intronic 33 0 0 51 0 0 16 0 0 46 0 0 74 9 12.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 4 7 5 3 3 4 3 2 1 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 0.98528934 0.98528934 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.61E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 15250287 C T - - - - - - 28 0 0 50 2 4 23 1 4.3 71 1 1.4 62 5 8.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 4 7 5 3 3 4 3 2 1 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.500952381 0.500952381 1 0.548365591 NA 0 0.309316239 0.309316239 1 0.654167513 0.654167513 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.026131524 1 0.108890944 1 0.299450652 1 0.000016 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 15273399 C G - - - - - - 32 0 0 47 0 0 25 0 0 65 0 0 61 10 16.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 4 7 5 3 3 4 3 2 1 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 1.32448731 1.32448731 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 6.98E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 15385513 T C - - - - - - 28 0 0 32 1 3.1 16 0 0 14 0 0 66 9 13.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 4 7 5 3 3 4 3 2 1 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.388238095 0.388238095 1 0 NA 0 0 0 1 1.09835533 1.09835533 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.14819814 1 1 1 1 1 5.59E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 15562751 C G FBXL7 ENST00000504595 r.? - - intronic 33 0 0 32 0 0 27 2 7.4 71 5 7 66 9 13.6 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA FALSE FALSE 5 4 7 5 3 3 4 3 2 1 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0.943698925 0.943698925 1 1.546581197 1.546581197 1 1.09835533 1.09835533 1 0 NA 0 NA NA 0 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 0.00807567 1 0.0000309 1 5.59E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 15646787 C T FBXL7 ENST00000504595 r.? - - intronic 38 0 0 36 2 5.6 20 0 0 76 1 1.3 74 9 12.2 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 4 7 5 3 3 4 3 2 1 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.701333333 0.701333333 1 0 NA 0 0.287222222 0.287222222 1 0.98528934 0.98528934 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.014070883 1 1 1 0.316790122 1 1.61E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 15730262 A G FBXL7 ENST00000504595 r.? - - intronic 45 0 0 46 1 2.2 25 1 4 74 0 0 75 14 18.7 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 4 7 5 3 3 4 3 2 1 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.27552381 0.27552381 1 0.510107527 NA 0 0 0 1 1.510238579 1.510238579 1 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.205924651 1 0.117779757 1 1 1 2.57E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 15954986 G A - - - - - - 31 0 0 47 4 8.5 17 1 5.9 82 4 4.9 65 7 10.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 4 7 5 3 3 4 3 2 1 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.06452381 1.06452381 1 0.752408602 NA 0 1.082606838 1.082606838 1 0.87222335 0.87222335 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.0000939 1 0.081683532 1 0.000801325 1 4.22E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 16221061 G T - - - - - - 31 0 0 37 1 2.7 24 0 0 82 0 0 92 11 12 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 4 7 5 3 3 4 3 2 1 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.338142857 0.338142857 1 0 NA 0 0 0 1 0.969137056 0.969137056 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.169281299 1 1 1 1 1 1.81E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 16821639 G A MYO10 ENST00000427430 r.? - - intronic 25 0 0 38 3 7.9 24 1 4.2 37 0 0 44 4 9.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 4 7 5 3 3 4 3 2 1 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.989380952 0.989380952 1 0.535612903 NA 0 0 0 1 0.734928934 0.734928934 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000925091 1 0.113346489 1 1 1 0.0000723 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 17884947 T G - - - - - - 35 0 0 56 0 0 24 0 0 79 0 0 83 8 9.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 4 7 5 3 3 4 3 2 1 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 0.775309645 0.775309645 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000000011 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 18479616 A G - - - - - - 29 0 0 37 2 5.4 21 0 0 65 0 0 67 8 11.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 4 7 5 3 3 4 3 2 1 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.676285714 0.676285714 1 0 NA 0 0 0 1 0.961060914 0.961060914 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.014826063 1 1 1 1 1 1.96E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 18650234 A G - - - - - - 42 0 0 40 0 0 21 0 0 72 0 0 78 16 20.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 4 7 5 3 3 4 3 2 1 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 1.655609137 0.827804569 2 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.96E-21 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 18731657 C A - - - - - - 32 0 0 41 0 0 29 0 0 21 0 0 64 8 12.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 4 7 5 3 3 4 3 2 1 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 1.009517766 1.009517766 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.35E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 18893935 A G - - - - - - 35 0 0 46 0 0 16 0 0 65 0 0 65 11 16.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 4 7 5 3 3 4 3 2 1 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 1.36486802 1.36486802 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 3.41E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 18913809 C T - - - - - - 27 0 0 41 0 0 14 0 0 74 0 0 72 9 12.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 4 7 5 3 3 4 3 2 1 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 1.009517766 1.009517766 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.25E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 18934627 C G - - - - - - 37 0 0 40 0 0 20 0 0 46 0 0 57 10 17.5 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 4 7 5 3 3 4 3 2 1 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 1.413324873 1.413324873 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 3.4E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 19049334 C A - - - - - - 30 0 0 39 3 7.7 17 2 11.8 84 0 0 49 7 14.3 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 4 7 5 3 3 4 3 2 1 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.964333333 0.964333333 1 1.504817204 1.504817204 1 0 0 1 1.154888325 1.154888325 1 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.000998458 1 0.003234386 1 1 1 5.58E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 19273942 A G - - - - - - 34 0 0 47 3 6.4 21 0 0 81 0 0 62 9 14.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 4 7 5 3 3 4 3 2 1 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.80152381 0.80152381 1 0 NA 0 0 0 1 1.171040609 1.171040609 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.001719595 1 1 1 1 1 3.12E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 19308310 G T - - - - - - 28 0 0 39 0 0 19 0 0 67 0 0 41 4 9.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 4 7 5 3 3 4 3 2 1 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 NA 0 0 0 1 0.791461929 0.791461929 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.0000546 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 20611154 A T - - - - - - 31 0 0 44 0 0 25 0 0 75 0 0 71 14 19.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 4 7 5 3 3 4 3 2 1 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 1.591 0.7955 2 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.13E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 20745995 C T - - - - - - 31 0 0 37 1 2.7 17 0 0 27 3 11.1 50 5 10 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 4 7 5 3 3 4 3 2 1 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.338142857 0.338142857 1 0 NA 0 2.452435897 2.452435897 1 0.807614213 0.807614213 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.169281299 1 1 1 0.000334187 1 0.00000549 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 20795802 T C - - - - - - 30 0 0 39 0 0 22 0 0 57 0 0 60 7 11.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 1 100 FALSE FALSE 5 4 7 5 3 3 4 3 2 1 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 0.944908629 0.944908629 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8.076142132 8.076142132 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.39E-08 0.005 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 21749521 C T CDH12 CCDS3890.1 r.? - - downstream 35 0 0 54 4 7.4 20 1 5 67 4 6 72 8 11.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 4 7 5 3 3 4 3 2 1 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.926761905 0.926761905 1 0.637634409 NA 0 1.325641026 1.325641026 1 0.896451777 0.896451777 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000161898 1 0.09538952 1 0.000372648 1 3.52E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 21983870 C G CDH12 CCDS3890.1 r.? - - intronic 32 0 0 45 0 0 16 0 0 74 0 0 70 11 15.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 4 7 5 3 3 4 3 2 1 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 1.267954315 1.267954315 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 8.06E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 22118551 G A CDH12 CCDS3890.1 r.? - - intronic 27 0 0 35 0 0 23 0 0 68 0 0 61 10 16.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 FALSE FALSE 5 4 7 5 3 3 4 3 2 1 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 1.32448731 1.32448731 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 6.98E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 22140290 T C CDH12 CCDS3890.1 r.? - - intronic 41 0 0 42 0 0 21 0 0 63 0 0 78 15 19.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 4 7 5 3 3 4 3 2 1 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 1.550619289 0.775309645 2 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 9.92E-20 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 22151444 C T CDH12 CCDS3890.1 r.? - - intronic 28 0 0 46 4 8.7 24 0 0 83 1 1.2 72 6 8.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 4 7 5 3 3 4 3 2 1 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.089571429 1.089571429 1 0 NA 0 0.265128205 0.265128205 1 0.670319797 0.670319797 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.0000862 1 1 1 0.340346757 1 0.00000184 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 22223899 G A CDH12 CCDS3890.1 r.? - - intronic 38 0 0 48 0 0 24 0 0 88 0 0 69 6 8.7 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 4 7 5 3 3 4 3 2 1 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 0.702624365 0.702624365 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.00000143 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 22352499 C T CDH12 CCDS3890.1 r.? - - intronic 32 0 0 38 3 7.9 32 0 0 68 1 1.5 66 8 12.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA FALSE FALSE 5 4 7 5 3 3 4 3 2 1 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.989380952 0.989380952 1 0 NA 0 0.331410256 0.331410256 1 0.977213198 0.977213198 1 NA NA 1 NA NA 0 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000925091 1 1 1 0.288836448 1 1.73E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 22363874 G A CDH12 CCDS3890.1 r.? - - intronic 24 0 0 36 3 8.3 20 1 5 88 0 0 66 8 12.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 4 7 5 3 3 4 3 2 1 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.03947619 1.03947619 1 0.637634409 NA 0 0 0 1 0.977213198 0.977213198 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000788827 1 0.09538952 1 1 1 1.73E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 22922454 G A - - - - - - 27 0 0 40 0 0 15 0 0 84 0 0 69 7 10.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 4 7 5 3 3 4 3 2 1 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 NA 0 0 0 1 0.815690355 0.815690355 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 6.43E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 23311629 C A - - - - - - 27 0 0 35 0 0 18 0 0 75 0 0 67 8 11.9 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 4 7 5 3 3 4 3 2 1 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 NA 0 0 0 1 0.961060914 0.961060914 1 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.96E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 23449165 C T - - - - - - 23 0 0 39 0 0 24 0 0 79 0 0 63 6 9.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 4 7 5 3 3 4 3 2 1 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 NA 0 0 0 1 0.767233503 0.767233503 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000000832 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 23759042 G A - - - - - - 31 0 0 46 0 0 20 0 0 85 0 0 79 10 12.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 4 7 5 3 3 4 3 2 1 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 NA 0 0 0 1 1.025670051 1.025670051 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.03E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 23942776 C A - - - - - - 30 0 0 51 3 5.9 20 0 0 55 2 3.6 71 6 8.5 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 4 7 5 3 3 4 3 2 1 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.738904762 0.738904762 1 0 NA 0 0.795384615 0.795384615 1 0.686472081 0.686472081 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.002175924 1 1 1 0.031164417 1 0.00000169 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 23977083 C G C5orf17 ENST00000507936 r.? - - intronic 31 0 0 36 2 5.6 23 2 8.7 71 0 0 71 6 8.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 4 7 5 3 3 4 3 2 1 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.701333333 0.701333333 1 1.109483871 1.109483871 1 0 0 1 0.686472081 0.686472081 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.014070883 1 0.00589844 1 1 1 0.00000169 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 24004867 G A - - - - - - 44 0 0 40 1 2.5 24 1 4.2 62 2 3.2 61 6 9.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 4 7 5 3 3 4 3 2 1 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.313095238 0.313095238 1 0.535612903 NA 0 0.707008547 0.707008547 1 0.791461929 0.791461929 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.181679879 1 0.113346489 1 0.038789653 1 0.000000685 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 24314432 G A - - - - - - 31 0 0 31 3 9.7 12 1 8.3 7 2 28.6 74 34 45.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 4 7 5 3 3 4 3 2 1 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.214809524 1.214809524 1 1.058473118 1.058473118 1 6.318888889 1.579722222 4 3.706949239 1.235649746 3 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000505952 1 0.058377193 1 0.000516315 1 6.58E-58 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 24400341 C T - - - - - - 46 0 0 38 3 7.9 20 0 0 82 0 0 70 7 10 0 0 NA 0 0 NA 1 1 100 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 4 7 5 3 3 4 3 2 1 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.989380952 0.989380952 1 0 NA 0 0 0 1 0.807614213 0.807614213 1 NA NA 1 12.75268817 12.75268817 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000925091 1 1 0.005 1 1 7.11E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 24608977 C T CDH10 CCDS3892.1 r.? - - intronic 38 0 0 33 1 3 20 1 5 76 1 1.3 58 11 19 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 4 7 5 3 3 4 3 2 1 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.375714286 NA 0 0.637634409 NA 0 0.287222222 0.287222222 1 1.534467005 1.534467005 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.15245715 1 0.09538952 1 0.316790122 1 8.96E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 24619597 C T CDH10 CCDS3892.1 r.? - - intronic 29 0 0 34 2 5.9 25 2 8 39 0 0 67 8 11.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 4 7 5 3 3 4 3 2 1 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.738904762 0.738904762 1 1.020215054 1.020215054 1 0 0 1 0.961060914 0.961060914 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.012612579 1 0.006948068 1 1 1 1.96E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 24905502 T G - - - - - - 44 0 0 40 3 7.5 24 2 8.3 66 1 1.5 68 8 11.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 TRUE FALSE 5 4 7 5 3 3 4 3 2 1 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.939285714 0.939285714 1 1.058473118 1.058473118 1 0.331410256 0.331410256 1 0.952984772 0.952984772 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 0 NA 0 8 NA 1 1 0.001075403 1 0.006413403 1 0.281671117 1 2.21E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 25092259 C T AC106810.1 ENST00000515097 r.? - - intronic 32 0 0 44 2 4.5 25 2 8 68 0 0 75 7 9.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 4 7 5 3 3 4 3 2 1 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.563571429 0.563571429 1 1.020215054 1.020215054 1 0 0 1 0.751081218 0.751081218 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.020580492 1 0.006948068 1 1 1 0.000000115 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 25241996 C G - - - - - - 40 0 0 42 0 0 17 0 0 68 0 0 52 4 7.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 4 7 5 3 3 4 3 2 1 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 0.621862944 0.621862944 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000139698 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 25271012 T C - - - - - - 36 0 0 32 0 0 22 0 0 62 0 0 59 12 20.3 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 4 7 5 3 3 4 3 2 1 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 1.639456853 0.819728426 2 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.2E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 25541100 G A - - - - - - 38 0 0 47 0 0 30 0 0 68 0 0 70 9 12.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA FALSE FALSE 5 4 7 5 3 3 4 3 2 1 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 1.041822335 1.041822335 1 NA NA 1 NA NA 0 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 9.65E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 25683224 G T - - - - - - 38 0 0 43 4 9.3 22 0 0 75 3 4 59 11 18.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 4 7 5 3 3 4 3 2 1 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.164714286 1.164714286 1 0 NA 0 0.883760684 0.883760684 1 1.502162437 1.502162437 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000066 1 1 1 0.006456002 1 1.1E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 25789490 T C - - - - - - 38 0 0 41 3 7.3 25 1 4 86 4 4.7 68 12 17.6 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 4 7 5 3 3 4 3 2 1 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.914238095 0.914238095 1 0.510107527 NA 0 1.038418803 1.038418803 1 1.421401015 1.421401015 1 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.001155993 1 0.117779757 1 0.000957637 1 1.37E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 26381836 A T - - - - - - 43 0 0 30 0 0 23 0 0 74 1 1.4 69 5 7.2 0 0 NA 0 0 NA 3 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 4 7 5 3 3 4 3 2 1 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0.309316239 0.309316239 1 0.581482234 0.581482234 1 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.309906439 1 0.0000269 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 26541642 C T - - - - - - 30 0 0 38 3 7.9 27 1 3.7 69 1 1.4 56 9 16.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 4 7 5 3 3 4 3 2 1 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.989380952 0.989380952 1 0.471849462 NA 0 0.309316239 0.309316239 1 1.300258883 1.300258883 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000925091 1 0.126579904 1 0.292392265 1 1.2E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 27077398 A G CDH9 ENST00000513289 r.? - - intronic 27 0 0 47 0 0 28 1 3.6 76 0 0 73 9 12.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 4 7 5 3 3 4 3 2 1 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0.459096774 NA 0 0 0 1 0.993365482 0.993365482 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 0.130947004 1 1 1 1.42E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 27530128 G A - - - - - - 42 0 0 41 1 2.4 22 0 0 92 3 3.3 63 11 17.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 4 7 5 3 3 4 3 2 1 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.300571429 0.300571429 1 0 NA 0 0.729102564 0.729102564 1 1.413324873 1.413324873 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.18577148 1 1 1 0.011278661 1 2.37E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 27679797 C G - - - - - - 40 0 0 44 1 2.3 30 3 10 109 4 3.7 80 9 11.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 4 7 5 3 3 4 3 2 1 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.288047619 0.288047619 1 1.275268817 1.275268817 1 0.817478632 0.817478632 1 0.904527919 0.904527919 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.197923942 1 0.000458697 1 0.002291292 1 3.29E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 27683475 A T - - - - - - 34 0 0 50 2 4 27 0 0 62 4 6.5 59 4 6.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 4 7 5 3 3 4 3 2 1 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.500952381 0.500952381 1 0 NA 0 1.436111111 1.436111111 1 0.549177665 0.549177665 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.026131524 1 1 1 0.000276647 1 0.00022841 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 27907004 G A - - - - - - 24 0 0 42 0 0 25 0 0 89 0 0 75 15 20 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 4 7 5 3 3 4 3 2 1 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 1.615228426 0.807614213 2 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 5.25E-20 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 28284802 C T - - - - - - 37 0 0 37 3 8.1 22 0 0 85 4 4.7 97 14 14.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 4 7 5 3 3 4 3 2 1 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.014428571 1.014428571 1 0 NA 0 1.038418803 1.038418803 1 1.162964467 1.162964467 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000855237 1 1 1 0.000916711 1 1.16E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 28640325 A T - - - - - - 43 0 0 41 3 7.3 19 1 5.3 73 0 0 69 6 8.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 4 7 5 3 3 4 3 2 1 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.914238095 0.914238095 1 0.675892473 NA 0 0 0 1 0.702624365 0.702624365 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.001155993 1 0.090843738 1 1 1 0.00000143 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 28982899 C G - - - - - - 15 0 0 32 0 0 15 0 0 61 0 0 50 5 10 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 4 7 5 3 3 4 3 2 1 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 0.807614213 0.807614213 1 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.00000549 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 29378250 G T - - - - - - 29 0 0 34 3 8.8 15 0 0 50 3 6 55 9 16.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 4 7 5 3 3 4 3 2 1 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.102095238 1.102095238 1 0 NA 0 1.325641026 1.325641026 1 1.32448731 1.32448731 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000666058 1 1 1 0.002055544 1 1.01E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 30611741 G T - - - - - - 34 0 0 43 0 0 11 0 0 70 0 0 73 12 16.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 4 7 5 3 3 4 3 2 1 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 1.32448731 1.32448731 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 3.39E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 30997632 G A - - - - - - 32 0 0 40 5 12.5 21 0 0 65 0 0 76 6 7.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 4 7 5 3 3 4 3 2 1 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.56547619 1.56547619 1 0 NA 0 0 0 1 0.638015228 0.638015228 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.00000178 1 1 1 1 1 0.00000253 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 33318134 G C - - - - - - 36 0 0 43 2 4.7 22 2 9.1 65 2 3.1 63 12 19 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 4 7 5.269168222 3 3 4 3 2 1 3 2 1 1 1 0.730831778 NA NA NA 3 NA NA NA 3 NA NA NA 0.269168222 0.588619048 0.588619048 1 1.160494624 1.160494624 1 0.68491453 0.68491453 1 1.585608967 1.585608967 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.019709573 1 0.005403392 1 0.042252341 1 5.15E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 34121749 C T - - - - - - 33 0 0 56 0 0 29 0 0 80 0 0 70 9 12.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 4 7 5.269168222 3 3 4 3 2 1 3 2 1 1 1 0.730831778 NA NA NA 3 NA NA NA 3 NA NA NA 0.269168222 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 1.076545036 1.076545036 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 9.65E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 34495441 T A - - - - - - 40 0 0 47 0 0 27 0 0 80 0 0 67 8 11.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 4 7 5.269168222 3 3 4 3 2 1 3 2 1 1 1 0.730831778 NA NA NA 3 NA NA NA 3 NA NA NA 0.269168222 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 0.993091932 0.993091932 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.96E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 34963363 T C DNAJC21 CCDS3907.2 r.? - - downstream 33 0 0 43 0 0 24 0 0 70 0 0 84 17 20.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 4 7 5.269168222 3 3 4 3 2 1 3 2 1 1 1 0.730831778 NA NA NA 3 NA NA NA 3 NA NA NA 0.269168222 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 1.685752692 0.973955247 1.730831778 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.42E-22 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 35056101 C T PRLR CCDS3909.1 r.11386g>a c.? p.? 3'UTR variant 31 0 0 46 0 0 28 0 0 78 0 0 64 15 23.4 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 4 7 5.269168222 3 3 4 3 2 1 3 2 1 1 1 0.730831778 NA NA NA 3 NA NA NA 3 NA NA NA 0.269168222 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 1.952802623 0.976401311 2 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 3.87E-21 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 35202373 C T PRLR CCDS3909.1 r.? - - intronic 32 0 0 36 0 0 12 0 0 76 0 0 92 14 15.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 4 7 5.269168222 3 3 4 3 2 1 3 2 1 1 1 0.730831778 NA NA NA 3 NA NA NA 3 NA NA NA 0.269168222 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 1.268487174 1.268487174 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 5.34E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 36123260 C T LMBRD2 CCDS34145.1 r.? - - intronic 33 0 0 41 4 9.8 22 3 13.6 62 3 4.8 76 9 11.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 4 7 5.269168222 3 3 4 3 2 1 3 2 1 1 1 0.730831778 NA NA NA 3 NA NA NA 3 NA NA NA 0.269168222 1.227333333 1.227333333 1 1.734365591 1.734365591 1 1.060512821 1.060512821 1 0.984746622 0.984746622 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.0000546 1 0.000179267 1 0.003793816 1 2.06E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 36517704 G A - - - - - - 37 0 0 44 4 9.1 26 0 0 70 0 0 70 7 10 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 4 7 5.269168222 3 3 4 3 2 1 3 2 1 1 1 0.730831778 NA NA NA 3 NA NA NA 3 NA NA NA 0.269168222 1.139666667 1.139666667 1 0 NA 0 0 0 1 0.834531035 0.834531035 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.0000723 1 1 1 1 1 7.11E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 36767104 A C - - - - - - 34 0 0 47 0 0 19 0 0 74 0 0 57 11 19.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 4 7 5.269168222 3 3 4 3 2 1 3 2 1 1 1 0.730831778 NA NA NA 3 NA NA NA 3 NA NA NA 0.269168222 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 1.610644898 1.610644898 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 7.29E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 38573232 C A LIFR CCDS3927.1 r.? - - intronic 38 0 0 49 0 0 28 0 0 64 0 0 69 6 8.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 4 7 5.269168222 3 3 4 3 2 1 3 2 1 1 1 0.730831778 NA NA NA 3 NA NA NA 3 NA NA NA 0.269168222 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 0.726042001 0.726042001 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.00000143 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 38683234 G A - - - - - - 27 0 0 42 0 0 20 0 0 98 0 0 82 12 14.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 4 7 5.269168222 3 3 4 3 2 1 3 2 1 1 1 0.730831778 NA NA NA 3 NA NA NA 3 NA NA NA 0.269168222 0 NA 0 0 NA 0 0 0 1 1.218415312 1.218415312 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.46E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 38827004 C T ENSG00000205785 ENST00000381783 r.? - - downstream 32 0 0 34 1 2.9 24 0 0 67 1 1.5 57 7 12.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 4 7 5.269168222 3 3 4 3 2 1 3 2 1 1 1 0.730831778 NA NA NA 3 NA NA NA 3 NA NA NA 0.269168222 0.363190476 0.363190476 1 0 NA 0 0.331410256 0.331410256 1 1.026473174 1.026473174 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.156694864 1 1 1 0.285262761 1 1.66E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 39115388 T C FYB CCDS47200.1 r.? - - intronic 30 0 0 35 5 14.3 24 1 4.2 48 4 8.3 55 13 23.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 4 7 5.269168222 3 3 4 3 2 1 3 2 1 1 1 0.730831778 NA NA NA 3 NA NA NA 3 NA NA NA 0.269168222 1.790904762 1.790904762 1 0.535612903 NA 0 1.833803419 1.833803419 1 1.969493244 0.984746622 2 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.000000895 1 0.113346489 1 0.000102016 1 1.46E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 39165021 G T FYB CCDS47200.1 r.? - - intronic 26 0 0 44 0 0 29 0 0 59 0 0 49 5 10.2 536 3 0.6 900 0 0 297 3 1 934 5 0.5 890 126 14.2 FALSE FALSE 5 4 7 5.269168222 3 3 4 3 2 1 3 2 1 1 1 0.730831778 NA NA NA 3 NA NA NA 3 NA NA NA 0.269168222 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 0.851221656 0.851221656 1 0 0 1 0.127526882 NA 0 0.110470085 0.110470085 1 1.18503407 1.18503407 1 NA NA 1 0.501883231 1 1 1 0.187073936 1 0.50014309 0.00000496 4.28E-136 YES 0_0 0_0 0_0 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b 5 39607553 T C - - - - - - 36 0 0 101 0 0 45 0 0 119 0 0 177 12 6.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 21 NA 22 5.269168222 18 NA 18 3 3 NA 4 2 1 NA 1 0.730831778 NA NA NA 3 NA NA NA 3 NA NA NA 0.269168222 0 0 1 NA NA 1 0 0 1 0.567481104 0.567481104 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.54E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 39665511 C G - - - - - - 33 0 0 50 4 8 26 4 15.4 13 2 15.4 170 9 5.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA FALSE FALSE 21 NA 22 5.269168222 18 NA 18 3 3 NA 4 2 1 NA 1 0.730831778 NA NA NA 3 NA NA NA 3 NA NA NA 0.269168222 2.281904762 2.281904762 1 NA NA 1 5.712478632 0.952079772 6 0.442301449 0.442301449 1 NA NA 0 NA NA 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000119787 1 0.00000856 1 0.001879825 1 0.00000025 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 39746547 T C - - - - - - 33 0 0 70 4 5.7 47 1 2.1 107 5 4.7 190 7 3.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 21 14 22 5.269168222 18 11 18 3 3 3 4 2 1 1 1 0.730831778 NA NA NA 3 NA NA NA 3 NA NA NA 0.269168222 1.625857143 1.625857143 1 0.477806452 NA 0 1.743418803 1.743418803 1 0.308776483 1.147150584 0.269168222 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000440508 1 0.209895027 1 0.000217575 1 0.0000558 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 39985207 T G - - - - - - 28 0 0 81 0 0 50 0 0 101 0 0 178 9 5.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA FALSE FALSE 21 14 22 20 18 11 18 17 3 3 4 3 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 1.176883249 1.176883249 1 NA NA 1 NA NA 0 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000000368 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 40444305 A C - - - - - - 38 0 0 91 0 0 42 0 0 85 0 0 202 16 7.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 21 14 22 20 18 11 18 17 3 3 4 3 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 NA 0 0 0 1 1.823015228 0.911507614 2 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.27E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 40451225 T G - - - - - - 32 0 0 101 0 0 50 0 0 117 0 0 198 21 10.6 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 21 14 22 20 18 11 18 17 3 3 4 3 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 2.446071066 0.815357022 3 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.27E-21 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 40490278 C T - - - - - - 35 0 0 85 0 0 59 0 0 107 0 0 224 10 4.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 21 14 22 20 18 11 18 17 3 3 4 3 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 1.038426396 1.038426396 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000000264 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 40602983 T C - - - - - - 27 0 0 82 2 2.4 29 4 13.8 110 5 4.5 193 8 4.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 21 14 22 20 18 11 18 17 3 3 4 3 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.684571429 0.684571429 1 3.139870968 1.046623656 3 1.669230769 1.669230769 1 0.946121827 0.946121827 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.063849088 1 0.0000134 1 0.000247412 1 0.00000709 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 40639275 T C - - - - - - 34 0 0 102 3 2.9 39 1 2.6 100 0 0 223 10 4.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA FALSE FALSE 21 14 22 20 18 11 18 17 3 3 4 3 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.827190476 0.827190476 1 0.591569892 NA 0 0 0 1 1.038426396 1.038426396 1 NA NA 1 NA NA 0 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.014865828 1 0.177567718 1 1 1 0.000000254 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 41077322 G C - - - - - - 26 0 0 72 0 0 49 0 0 116 0 0 180 12 6.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 21 14 22 20 18 11 18 17 3 3 4 3 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 1.546101523 1.546101523 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.87E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 41108591 G A - - - - - - 27 0 0 95 0 0 27 0 0 98 0 0 197 9 4.6 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 21 14 22 20 18 11 18 17 3 3 4 3 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 1.061502538 1.061502538 1 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000000859 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 41127526 G A - - - - - - 37 0 0 92 0 0 39 0 0 110 0 0 237 8 3.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 21 14 22 20 18 11 18 17 3 3 4 3 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 NA 0 0 0 1 0.784588832 0.784588832 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.0000311 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 41362317 G T PLCXD3 CCDS34150.1 r.? - - intronic 43 0 0 62 4 6.5 39 3 7.7 86 1 1.2 117 8 6.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 9 8 10 9 6 5 6 6 3 3 4 3 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.074047619 1.074047619 1 1.289956989 1.289956989 1 0.301128205 0.301128205 1 0.821177665 0.821177665 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000276647 1 0.000998458 1 0.350192164 1 0.000000164 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 41473591 A T PLCXD3 CCDS34150.1 r.? - - intronic 37 0 0 61 0 0 35 0 0 47 0 0 96 8 8.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 8 10 9 6 5 6 6 3 3 4 3 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 1.002319797 1.002319797 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000000035 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 41561074 G C - - - - - - 43 0 0 42 0 0 34 0 0 76 0 0 109 5 4.6 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 8 10 9 6 5 6 6 3 3 4 3 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 0.555502538 0.555502538 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000237142 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 42550398 C T GHR CCDS3940.1 r.? - - intronic 37 0 0 55 0 0 23 0 0 61 0 0 100 10 10 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 8 10 9 6 5 6 6 3 3 4 3 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 NA 0 0 0 1 1.207614213 1.207614213 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.12E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 42741230 A G - - - - - - 41 0 0 43 1 2.3 28 1 3.6 78 0 0 84 11 13.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 8 10 6 6 5 6 3 3 3 4 3 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.380047619 0.380047619 1 0.603096774 NA 0 0 0 1 1.188974619 1.188974619 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.193893409 1 0.130947004 1 1 1 6.49E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 43399884 T C CCL28 CCDS3944.1 r.? - - intronic 36 0 0 59 2 3.4 26 1 3.8 56 0 0 100 9 9 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 8 10 8.731480956 6 5 6 6 3 3 4 2 1 1 1 0.268519044 NA NA NA 6 NA NA NA 3 NA NA NA 0.731480956 0.561809524 0.561809524 1 0.636602151 NA 0 0 0 1 1.062686078 1.062686078 1 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.035441897 1 0.122190858 1 1 1 2.47E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 43569610 T C - - - - - - 24 0 0 50 0 0 27 0 0 74 0 0 101 8 7.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 8 10 8.731480956 6 5 6 6 3 3 4 2 1 1 1 0.268519044 NA NA NA 6 NA NA NA 3 NA NA NA 0.731480956 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 0.932802224 0.932802224 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 5.22E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 44251390 G A - - - - - - 22 0 0 67 4 6 43 4 9.3 103 5 4.9 104 6 5.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 9 8 10 8.731480956 6 5 6 6 3 3 4 2 1 1 1 0.268519044 NA NA NA 6 NA NA NA 3 NA NA NA 0.731480956 0.991428571 0.991428571 1 1.558 1.558 1 1.229606838 1.229606838 1 0.684842139 0.684842139 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000372648 1 0.000066 1 0.000182144 1 0.0000156 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 44307962 A G FGF10 CCDS3950.1 r.? - - intronic 36 0 0 49 0 0 30 0 0 88 0 0 92 10 10.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 10 5 1 1 6 3 1 1 4 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.880299492 0.880299492 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 4.85E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 44683956 C G - - - - - - 26 0 0 44 0 0 17 0 0 78 0 0 79 7 8.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 10 5 1 1 6 3 1 1 4 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 0.71877665 0.71877665 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000000165 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 44708041 G A - - - - - - 17 0 0 32 2 6.2 20 1 5 47 0 0 58 8 13.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 10 5 1 1 6 3 1 1 4 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.59047619 0.59047619 1 0.537634409 0.537634409 1 0 0 1 1.114507614 1.114507614 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.011224977 1 0.09538952 1 1 1 5.99E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 44862756 C T - - - - - - 35 0 0 49 4 8.2 36 1 2.8 91 2 2.2 103 7 6.8 92 0 0 199 17 8.5 34 7 20.6 194 6 3.1 245 13 5.3 TRUE TRUE 2 2 10 5 1 1 6 3 1 1 4 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.780952381 0.780952381 1 0.301075269 0.301075269 1 0.552068376 0.552068376 1 0.549177665 0.549177665 1 0.80952381 0.80952381 1 2.215053763 2.215053763 1 0.77791453 0.77791453 1 0.428035533 0.428035533 1 8 10 1 1 0.000110643 5.41E-16 0.165106833 3.73E-10 0.076482202 0.000480645 0.00000102 5.54E-10 YES 1_1 0_1 0_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b 5 44874557 G A - - - - - - 23 0 0 58 0 0 33 0 0 81 0 0 112 8 7.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 10 5 1 1 6 3 1 1 4 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 0.573406091 0.573406091 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000000117 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 45024096 G T - - - - - - 33 0 0 48 0 0 18 0 0 71 0 0 93 8 8.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 3 0 0 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 10 5 1 1 6 3 1 1 4 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 0.694548223 0.694548223 1 NA NA 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.73E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 45060982 C T - - - - - - 41 0 0 51 4 7.8 32 2 6.2 93 1 1.1 106 12 11.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 10 5 1 1 6 3 1 1 4 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.742857143 0.742857143 1 0.666666667 0.666666667 1 0.276034188 0.276034188 1 0.912604061 0.912604061 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000129466 1 0.011224977 1 0.372597118 1 3.48E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 45061001 C T - - - - - - 36 0 0 49 4 8.2 33 1 3 92 1 1.1 103 10 9.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 10 5 1 1 6 3 1 1 4 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.780952381 0.780952381 1 0.322580645 NA 0 0.276034188 0.276034188 1 0.783385787 0.783385787 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.000110643 1 0.15245715 1 0.36944434 1 1.51E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 45132601 A G - - - - - - 49 0 0 50 3 6 29 0 0 69 2 2.9 100 8 8 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 10 5 1 1 6 3 1 1 4 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.571428571 0.571428571 1 0 0 1 0.727726496 0.727726496 1 0.646091371 0.646091371 1 NA NA 0 NA NA 1 0 0 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.002055544 1 1 1 0.04704084 1 4.83E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 45180979 C T - - - - - - 27 0 0 47 0 0 25 0 0 66 0 0 92 11 12 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 10 5 1 1 6 3 1 1 4 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.969137056 0.969137056 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.81E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 45181990 G T - - - - - - 37 0 0 52 4 7.7 19 1 5.3 79 3 3.8 110 12 10.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 10 5 1 1 6 3 1 1 4 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.733333333 0.733333333 1 0.569892473 0.569892473 1 0.95357265 0.95357265 1 0.880299492 0.880299492 1 NA NA 0 NA NA 1 0 0 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000139698 1 0.090843738 1 0.007450026 1 5.46E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 45272755 A T HCN1 CCDS3952.1 r.? - - intronic 43 0 0 54 0 0 18 0 0 76 0 0 90 9 10 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 10 5 1 1 6 3 1 1 4 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.807614213 0.807614213 1 NA NA 0 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 9.58E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 45584178 G T HCN1 CCDS3952.1 r.? - - intronic 25 0 0 41 0 0 17 0 0 86 0 0 90 13 14.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 10 5 1 1 6 3 1 1 4 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 1.162964467 1.162964467 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.4E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 45674781 C G HCN1 CCDS3952.1 r.? - - intronic 39 0 0 61 0 0 32 0 0 67 0 0 77 16 20.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 10 5 1 1 6 3 1 1 4 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.679837563 0.839918782 2 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.56E-21 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 45739285 G A - - - - - - 27 0 0 50 3 6 35 1 2.9 66 2 3 98 23 23.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 10 5 1 1 6 3 1 1 4 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.571428571 0.571428571 1 0.311827957 NA 0 0.752820513 0.752820513 1 1.897893401 0.948946701 2 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.002055544 1 0.16091139 1 0.043431387 1 1.22E-31 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 45832436 A T - - - - - - 30 0 0 43 3 7 27 2 7.4 68 2 2.9 80 5 6.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 TRUE FALSE 2 2 10 5 1 1 6 3 1 1 4 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.666666667 0.666666667 1 0.795698925 0.795698925 1 0.727726496 0.727726496 1 0.500720812 0.500720812 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 0 0 1 8 NA 1 1 0.001328364 1 0.00807567 1 0.045825786 1 0.000055 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 45850611 T A - - - - - - 33 0 0 41 0 0 30 0 0 69 0 0 83 12 14.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 10 5 1 1 6 3 1 1 4 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 1.171040609 1.171040609 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.7E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 46385755 G T - - - - - - 38 0 0 40 2 5 35 2 5.7 80 2 2.5 88 10 11.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 5 1 1 2 3 1 1 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.476190476 0.476190476 1 0.612903226 0.612903226 1 0.477350427 0.477350427 1 0.920680203 0.920680203 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.017193422 1 0.013332991 1 0.061147026 1 3.09E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 49651660 T G - - - - - - 35 0 0 31 1 3.2 19 2 10.5 60 1 1.7 43 7 16.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.304761905 NA 0 1.129032258 1.129032258 1 0.324598291 0.324598291 1 0.827411168 0.827411168 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.143917729 1 0.004039874 1 0.259739042 1 2.15E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 50531873 C T - - - - - - 34 0 0 35 3 8.6 18 2 11.1 71 4 5.6 50 11 22 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.819047619 0.819047619 1 1.193548387 1.193548387 1 1.069264957 1.069264957 1 1.116751269 1.116751269 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000725791 1 0.003626632 1 0.000464961 1 1.52E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 50734899 C A - - - - - - 29 0 0 28 0 0 19 0 0 40 0 0 52 8 15.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 FALSE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 0.781725888 0.781725888 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.42E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 50957933 C A - - - - - - 35 0 0 30 1 3.3 18 0 0 60 0 0 32 5 15.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.314285714 NA 0 0 0 1 0 0 1 0.791878173 0.791878173 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.139615808 1 1 1 1 1 0.000000562 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 51064652 T C - - - - - - 27 0 0 30 2 6.7 17 2 11.8 63 6 9.5 54 9 16.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.638095238 0.638095238 1 1.268817204 1.268817204 1 1.813931624 1.813931624 1 0.847715736 0.847715736 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.009909649 1 0.003234386 1 0.000000832 1 8.48E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 51423983 G T - - - - - - 21 0 0 27 0 0 20 0 0 57 0 0 45 8 17.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.903553299 0.903553299 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 7.14E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 51735002 C A - - - - - - 36 0 0 32 0 0 16 0 0 58 0 0 54 7 13 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.659898477 0.659898477 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.13E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 52126754 T C ITGA1 CCDS3955.1 r.? - - intronic 31 0 0 28 0 0 25 0 0 66 0 0 46 9 19.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.994923858 0.994923858 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.82E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 56906124 C T - - - - - - 38 0 0 26 0 0 23 0 0 57 0 0 38 11 28.9 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.467005076 1.467005076 1 NA NA 0 NA NA 0 0 0 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 5.19E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 60468624 G T - - - - - - 36 0 0 36 4 11.1 11 1 9.1 69 1 1.4 47 12 25.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.057142857 1.057142857 1 0.978494624 0.978494624 1 0.267316239 0.267316239 1 1.294416244 1.294416244 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.0000324 1 0.05364542 1 0.292392265 1 1.09E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 62922940 T C - - - - - - 25 0 0 26 3 11.5 22 3 13.6 61 2 3.3 43 9 20.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.095238095 1.095238095 1 1.462365591 1.462365591 1 0.630102564 0.630102564 1 1.060913706 1.060913706 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000298167 1 0.000179267 1 0.037660755 1 9.45E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 62936921 G C - - - - - - 20 0 0 31 0 0 14 0 0 60 0 0 47 12 25.5 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 TRUE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.294416244 1.294416244 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 0 0 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.09E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 63307103 G A - - - - - - 38 0 0 32 3 9.4 17 3 17.6 61 1 1.6 49 8 16.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.895238095 0.895238095 1 1.892473118 1.892473118 1 0.305504274 0.305504274 1 0.827411168 0.827411168 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000556213 1 0.0000807 1 0.263440347 1 1.47E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 63684234 C T - - - - - - 22 0 0 24 3 12.5 12 1 8.3 19 2 10.5 23 4 17.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.19047619 1.19047619 1 0.892473118 0.892473118 1 2.004871795 2.004871795 1 0.883248731 0.883248731 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000233853 1 0.058377193 1 0.004039874 1 0.00000513 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 68495773 C G CENPH CCDS3998.1 r.? - - intronic 32 0 0 32 0 0 20 0 0 33 0 0 36 10 27.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.411167513 1.411167513 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.21E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 68600814 A T CCDC125 CCDS4000.1 r.? - - intronic 35 0 0 24 2 8.3 21 1 4.8 49 3 6.1 40 4 10 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.79047619 0.79047619 1 0.516129032 0.516129032 1 1.164735043 1.164735043 1 0.507614213 0.507614213 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.006413403 1 0.099912572 1 0.001939399 1 0.0000495 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 71623852 A T PTCD2 CCDS4014.2 r.? - - intronic 37 0 0 26 0 0 19 0 0 50 0 0 34 4 11.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.598984772 0.598984772 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.0000257 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 76564321 C T PDE8B CCDS4037.1 r.? - - intronic 37 0 0 19 1 5.3 10 1 10 58 2 3.4 50 13 26 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.504761905 0.504761905 1 1.075268817 1.075268817 1 0.649196581 0.649196581 1 1.319796954 1.319796954 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.090843738 1 0.04888987 1 0.034352256 1 3.65E-19 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 78564429 G C JMY CCDS4047.3 r.? - - intronic 31 0 0 43 2 4.7 29 0 0 16 0 0 79 8 10.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.447619048 0.447619048 1 0 0 1 0 0 1 0.512690355 0.512690355 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 5 NA 1 1 0.019709573 1 1 1 1 1 7.43E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 78844162 G A - - - - - - 30 0 0 42 5 11.9 24 1 4.2 74 5 6.8 46 14 30.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.133333333 1.133333333 1 0.451612903 NA 0 1.298393162 1.298393162 1 1.543147208 1.543147208 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.00000228 1 0.113346489 1 0.0000378 1 1.26E-21 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 79282309 C A MTX3 ENST00000430564 r.? - - intronic 26 0 0 27 0 0 15 0 0 64 0 0 50 11 22 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.116751269 1.116751269 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.52E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 80271814 C A RASGRF2 CCDS4052.1 r.? - - intronic 34 0 0 23 0 0 21 0 0 36 0 0 42 11 26.2 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.329949239 1.329949239 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.81E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 80271815 C T RASGRF2 CCDS4052.1 r.? - - intronic 35 0 0 23 0 0 22 0 0 38 0 0 42 11 26.2 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.329949239 1.329949239 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.81E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 80816636 C T SSBP2 CCDS4056.1 r.? - - intronic 31 0 0 30 3 10 17 1 5.9 58 2 3.4 38 7 18.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.952380952 0.952380952 1 0.634408602 0.634408602 1 0.649196581 0.649196581 1 0.934010152 0.934010152 1 NA NA 0 NA NA 1 0 0 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000458697 1 0.081683532 1 0.034352256 1 8.61E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 82682273 G C - - - - - - 26 0 0 27 0 0 9 0 0 60 0 0 57 13 22.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.157360406 1.157360406 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.44E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 84205011 T C - - - - - - 43 0 0 38 1 2.6 13 2 15.4 54 3 5.6 50 13 26 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.247619048 0.247619048 1 1.655913978 1.655913978 1 1.069264957 1.069264957 1 1.319796954 1.319796954 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.173434892 1 0.001879825 1 0.00256299 1 3.65E-19 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 84362712 A C - - - - - - 35 0 0 38 0 0 20 0 0 84 0 0 49 9 18.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.934010152 0.934010152 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 3.35E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 84371529 A C - - - - - - 45 0 0 18 1 5.6 22 1 4.5 60 2 3.3 38 9 23.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.533333333 0.533333333 1 0.483870968 0.483870968 1 0.630102564 0.630102564 1 1.203045685 1.203045685 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.086275114 1 0.104413009 1 0.036544784 1 2.79E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 84657306 T A - - - - - - 28 0 0 34 0 0 25 0 0 71 0 0 52 13 25 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.269035533 1.269035533 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 6.47E-19 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 86824502 G A - - - - - - 30 0 0 31 4 12.9 15 1 6.7 71 2 2.8 49 12 24.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.228571429 1.228571429 1 0.720430108 NA 0 0.534632479 0.534632479 1 1.243654822 1.243654822 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.0000177 1 0.072431031 1 0.04950591 1 1.9E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 87008939 T A - - - - - - 32 0 0 27 0 0 15 2 13.3 65 1 1.5 42 6 14.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.430107527 1.430107527 1 0.286410256 0.286410256 1 0.725888325 0.725888325 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 1 1 0.002513772 1 0.278061424 1 7.02E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 87956364 G A - - - - - - 25 0 0 19 1 5.3 7 1 14.3 13 0 0 43 17 39.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.504761905 NA 0 1.537634409 1.537634409 1 0 0 1 2.005076142 2.005076142 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.090843738 1 0.034479353 1 1 1 2.84E-28 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 88266041 A C - - - - - - 22 0 0 39 0 0 23 0 0 65 0 0 40 9 22.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.14213198 1.14213198 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 4.64E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 88382363 C G - - - - - - 35 0 0 43 0 0 14 1 7.1 55 0 0 45 11 24.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0.76344086 NA 0 0 0 1 1.23857868 1.23857868 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 0.067769881 1 1 1 4.24E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 88499037 C G - - - - - - 27 0 0 32 0 0 24 0 0 65 0 0 48 12 25 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.269035533 1.269035533 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.44E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 89887556 T A GPR98 CCDS47246.1 r.? - - intronic 34 0 0 36 2 5.6 26 3 11.5 70 2 2.9 68 10 14.7 0 0 NA 0 0 NA 4 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 3 1 1 2 2 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.533333333 0.533333333 1 1.23655914 1.23655914 1 0.553726496 0.553726496 1 0.893192893 0.893192893 1 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.014070883 1 0.000298167 1 0.048267597 1 2.18E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 91711633 T C - - - - - - 39 0 0 28 3 10.7 18 2 11.1 68 4 5.9 40 7 17.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.019047619 1.019047619 1 1.193548387 1.193548387 1 1.126547009 1.126547009 1 0.888324873 0.888324873 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000372895 1 0.003626632 1 0.000394372 1 1.26E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 92638267 A G - - - - - - 40 0 0 27 0 0 16 2 12.5 48 0 0 45 5 11.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.344086022 1.344086022 1 0 0 1 0.563451777 0.563451777 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 1 1 0.002863359 1 1 1 0.00000323 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 92764861 T C - - - - - - 40 0 0 39 0 0 12 0 0 63 0 0 49 9 18.4 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 0.934010152 0.934010152 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 3.35E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 92836804 G A - - - - - - 26 0 0 24 0 0 20 0 0 62 0 0 61 11 18 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.913705584 0.913705584 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.62E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 94693647 A G - - - - - - 42 0 0 37 0 0 20 0 0 64 0 0 38 7 18.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 0.934010152 0.934010152 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 8.61E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 95336135 G T - - - - - - 38 0 0 20 0 0 15 0 0 76 1 1.3 40 11 27.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0.248222222 0.248222222 1 1.395939086 1.395939086 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.316790122 1 9.88E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 97292164 G A - - - - - - 30 0 0 30 2 6.7 15 3 20 51 0 0 58 9 15.5 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.638095238 0.638095238 1 2.150537634 2.150537634 1 0 0 1 0.78680203 0.78680203 1 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.009909649 1 0.0000544 1 1 1 1.67E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 98014807 C T - - - - - - 37 0 0 36 3 8.3 19 1 5.3 62 1 1.6 46 11 23.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.79047619 0.79047619 1 0.569892473 0.569892473 1 0.305504274 0.305504274 1 1.21319797 1.21319797 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000788827 1 0.090843738 1 0.267123145 1 5.55E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 98589119 A G - - - - - - 24 0 0 20 0 0 24 0 0 67 0 0 57 17 29.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.512690355 1.512690355 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 8.82E-26 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 98708543 G C - - - - - - 44 0 0 36 0 0 20 0 0 68 0 0 48 17 35.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.796954315 1.796954315 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.8E-27 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 100571919 G T - - - - - - 37 0 0 38 0 0 24 0 0 62 0 0 57 12 21.1 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.07106599 1.07106599 1 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.4E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 101358357 C A - - - - - - 36 0 0 27 1 3.7 16 1 6.2 67 2 3 34 4 11.8 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 FALSE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.352380952 NA 0 0.666666667 NA 0 0.572820513 0.572820513 1 0.598984772 0.598984772 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 0 0 1 NA NA 1 1 0.126579904 1 0.077068876 1 0.044622585 1 0.0000257 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 102645817 C T - - - - - - 22 0 0 54 1 1.9 22 0 0 82 2 2.4 90 6 6.7 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 1 0 0 0 0 NA FALSE FALSE 7 8 13 8 6 7 10 7 1 1 3 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.275952381 NA 0 0 0 1 0.67425641 0.67425641 1 0.742101523 0.742101523 1 NA NA 0 0 NA 0 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.237137336 1 1 1 0.063849088 1 0.00000679 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 103409169 A G - - - - - - 29 0 0 42 0 0 28 0 0 79 0 0 90 15 16.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 8 13 8 6 7 10 7 1 1 3 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 1.849715736 0.924857868 2 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 9.83E-19 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 103687527 C A - - - - - - 38 0 0 45 1 2.2 25 1 4 74 0 0 91 9 9.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 8 13 8 6 7 10 7 1 1 3 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.31952381 NA 0 0.670107527 NA 0 0 0 1 1.096538071 1.096538071 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.201934322 1 0.117779757 1 1 1 1.06E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 103731611 G C - - - - - - 35 0 0 44 1 2.3 26 2 7.7 86 2 2.3 72 10 13.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA FALSE FALSE 7 8 13 8 6 7 10 7 1 1 3 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.334047619 NA 0 1.289956989 1.289956989 1 0.646162393 0.646162393 1 1.539583756 1.539583756 1 NA NA 0 NA NA 0 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.197923942 1 0.007502227 1 0.069370687 1 3.95E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 104011808 G A ENSG00000232402 ENST00000438939 r.? - - intronic 36 0 0 48 0 0 27 0 0 74 0 0 100 10 10 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 8 13 8 6 7 10 7 1 1 3 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 1.107614213 1.107614213 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.12E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 104013977 C A ENSG00000232402 ENST00000438939 r.? - - intronic 36 0 0 56 2 3.6 24 3 12.5 106 2 1.9 110 11 10 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 8 13 8 6 7 10 7 1 1 3 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.522857143 0.522857143 1 2.094086022 2.094086022 1 0.533786325 0.533786325 1 1.107614213 1.107614213 1 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.032213353 1 0.000233853 1 0.099065284 1 1.32E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 104658274 C G - - - - - - 33 0 0 49 1 2 21 1 4.8 75 2 2.7 102 13 12.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 8 13 8 6 7 10 7 1 1 3 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.29047619 NA 0 0.804129032 NA 0 0.758538462 0.758538462 1 1.406670051 1.406670051 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.217776325 1 0.099912572 1 0.054571821 1 7.55E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 104669638 G C - - - - - - 30 0 0 61 0 0 29 0 0 85 0 0 91 9 9.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 8 13 8 6 7 10 7 1 1 3 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 1.096538071 1.096538071 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.06E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 105135030 G C - - - - - - 25 0 0 38 2 5.3 33 1 3 70 3 4.3 85 14 16.5 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 8 13 8 6 7 10 7 1 1 3 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.769761905 0.769761905 1 0.502580645 0.502580645 1 1.208042735 1.208042735 1 1.827563452 0.913781726 2 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.015598339 1 0.15245715 1 0.005331097 1 1.66E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 106055156 C G - - - - - - 17 0 0 31 0 0 14 0 0 8 0 0 53 6 11.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA FALSE FALSE 7 8 13 8 6 7 10 7 1 1 3 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 1.251604061 1.251604061 1 NA NA 0 NA NA 0 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000000293 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 106232443 A C - - - - - - 28 0 0 53 3 5.7 30 2 6.7 80 0 0 110 14 12.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 8 13 8 6 7 10 7 1 1 3 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.827857143 0.827857143 1 1.122430108 1.122430108 1 0 0 1 1.406670051 1.406670051 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.002429596 1 0.009909649 1 1 1 7.16E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 106401734 A T - - - - - - 32 0 0 56 0 0 34 0 0 77 0 0 117 18 15.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 8 13 8 6 7 10 7 1 1 3 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 1.705725888 0.852862944 2 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.58E-21 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 108075775 G A - - - - - - 24 0 0 54 0 0 39 0 0 96 0 0 92 11 12 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 8 13 8 6 7 10 7 1 1 3 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 1.329137056 1.329137056 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.81E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 108166007 T C FER CCDS4098.1 r.? - - intronic 17 0 0 53 1 1.9 36 1 2.8 74 3 4.1 97 9 9.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 8 13 8 6 7 10 7 1 1 3 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.275952381 NA 0 0.469075269 NA 0 1.151854701 1.151854701 1 1.030081218 1.030081218 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.233303855 1 0.165106833 1 0.006220661 1 1.88E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 109549583 A T - - - - - - 22 0 0 28 0 0 26 0 0 57 0 0 55 12 21.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.637771859 4 6 4 2 3 4 3 1 1 2 1 0.362228141 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.637771859 NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 1.542598985 1.542598985 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 8.78E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 110240710 T C - - - - - - 26 0 0 46 0 0 22 0 0 63 0 0 63 13 20.6 0 0 NA 0 0 NA 3 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.637771859 4 6 4 2 3 4 3 1 1 2 1 0.362228141 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.637771859 NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 1.457685279 1.457685279 1 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.01E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 110581405 G C CAMK4 CCDS4103.1 r.? - - intronic 44 0 0 43 2 4.7 23 3 13 80 1 1.2 75 10 13.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.637771859 4 6 4 2 3 4 3 1 1 2 1 0.362228141 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.637771859 NA NA NA 0.524594325 0.524594325 1 1.657849462 1.657849462 1 0.253128205 0.253128205 1 0.941126904 0.941126904 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.019709573 1 0.000205387 1 0.33035218 1 6.02E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 110581433 G C CAMK4 CCDS4103.1 r.? - - intronic 44 0 0 45 1 2.2 26 1 3.8 65 1 1.5 80 9 11.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.637771859 4 6 4 2 3 4 3 1 1 2 1 0.362228141 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.637771859 NA NA NA 0.24555479 NA 0 0.484602151 NA 0 0.316410256 0.316410256 1 0.792527919 0.792527919 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.201934322 1 0.122190858 1 0.278061424 1 3.29E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 110808342 A G CAMK4 CCDS4103.1 r.? - - intronic 36 0 0 36 3 8.3 25 0 0 56 3 5.4 74 13 17.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.637771859 4 6 4 2 3 4 3 1 1 2 1 0.362228141 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.637771859 NA NA NA 0.926411255 0.926411255 1 0 0 1 1.139076923 1.139076923 1 1.245401015 1.245401015 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000788827 1 1 1 0.00284314 1 9.62E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 111025311 C A C5orf13 ENST00000514515 r.? - - intronic 43 0 0 41 0 0 21 0 0 67 0 0 70 6 8.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.637771859 4 6 4 2 3 4 3 1 1 2 1 0.362228141 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.637771859 NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 0.608548223 0.608548223 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.00000156 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 111204811 G A C5orf13 CCDS47255.1 r.? - - intronic 41 0 0 27 1 3.7 23 1 4.3 67 5 7.5 64 7 10.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.637771859 4 6 4 2 3 4 3 1 1 2 1 0.362228141 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.637771859 NA NA NA 0.412978511 NA 0 0.548365591 NA 0 1.582051282 1.582051282 1 0.771299492 0.771299492 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.126579904 1 0.108890944 1 0.0000233 1 3.78E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 111608551 C G EPB41L4A CCDS43350.1 r.? - - intronic 20 0 0 33 1 3 27 1 3.7 51 1 2 58 13 22.4 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA FALSE FALSE 3.637771859 4 6 4 2 3 4 3 1 1 2 1 0.362228141 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.637771859 NA NA NA 0.334847441 NA 0 0.471849462 NA 0 0.421880342 0.421880342 1 1.585055838 1.585055838 1 NA NA 0 NA NA 0 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.15245715 1 0.126579904 1 0.225579006 1 3.12E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 112414794 T G MCC CCDS4111.1 r.? - - intronic 31 0 0 27 1 3.7 23 1 4.3 87 0 0 57 7 12.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.637771859 4 6 4 2 3 4 3 1 1 2 1 0.362228141 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.637771859 NA NA NA 0.412978511 NA 0 0.548365591 0.548365591 1 0 0 1 0.870365482 0.870365482 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.126579904 1 0.108890944 1 1 1 1.66E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 113801131 G T KCNN2 CCDS43352.1 r.? - - intronic 35 0 0 35 3 8.6 25 0 0 50 2 4 61 10 16.4 2 0 0 0 0 NA 2 0 0 1 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 3.637771859 4 6 4 2 3 4 3 1 1 2 1 0.362228141 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.637771859 NA NA NA 0.959895999 0.959895999 1 0 0 1 0.843760684 0.843760684 1 1.16048731 1.16048731 1 NA NA 0 0 NA 0 0 0 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000725791 1 1 1 0.026131524 1 6.98E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 113934782 C A - - - - - - 30 0 0 38 4 10.5 21 3 14.3 64 2 3.1 65 12 18.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.637771859 4 6 4 2 3 4 3 1 1 2 1 0.362228141 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.637771859 NA NA NA 1.171966045 1.171966045 1 1.823634409 1.823634409 1 0.65391453 0.65391453 1 1.309086294 1.309086294 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.0000403 1 0.000155401 1 0.041085601 1 7.7E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 115769541 T C - - - - - - 33 0 0 36 0 0 22 0 0 73 0 0 65 12 18.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.637771859 4 6 4 2 3 4 3 1 1 2 1 0.362228141 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.637771859 NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 1.309086294 1.309086294 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 7.7E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 116237414 G T - - - - - - 34 0 0 31 0 0 31 0 0 62 0 0 54 11 20.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.637771859 4 6 4 2 3 4 3 1 1 2 1 0.362228141 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.637771859 NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 1.443532995 1.443532995 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 3.84E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 116343288 G A - - - - - - 27 0 0 41 0 0 19 0 0 72 0 0 66 6 9.1 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.637771859 4 6 4 2 3 4 3 1 1 2 1 0.362228141 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.637771859 NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 0.643928934 0.643928934 1 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.0000011 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 116781121 G A - - - - - - 35 0 0 39 0 0 19 0 0 75 0 0 63 7 11.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.637771859 4 6 4 2 3 4 3 1 1 2 1 0.362228141 1 1 1 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.637771859 NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 0.785451777 0.785451777 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 3.38E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 116967321 T C - - - - - - 26 0 0 57 0 0 32 0 0 69 0 0 104 14 13.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 2 100 FALSE FALSE 7 8 13 8 6 7 10 7 1 1 3 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 1.495279188 1.495279188 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 11.07614213 1.582306019 7 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 3.19E-16 0.000025 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 117080605 A G - - - - - - 29 0 0 58 2 3.4 22 2 9.1 82 4 4.9 102 6 5.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 TRUE FALSE 7 8 13 8 6 7 10 7 1 1 3 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.493809524 0.493809524 1 1.524494624 1.524494624 1 1.376606838 1.376606838 1 0.653492386 0.653492386 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 0 NA 0 8 NA 1 1 0.034352256 1 0.005403392 1 0.000801325 1 0.000014 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 117474797 C T - - - - - - 28 0 0 47 0 0 22 0 0 85 0 0 96 9 9.4 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 8 13 8 6 7 10 7 1 1 3 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 1.04115736 1.04115736 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.71E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 117601549 G C - - - - - - 37 0 0 51 1 2 26 2 7.7 84 0 0 95 8 8.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 8 13 8 6 7 10 7 1 1 3 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.29047619 NA 0 1.289956989 1.289956989 1 0 0 1 0.930395939 0.930395939 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.225579006 1 0.007502227 1 1 1 3.23E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 117646372 C A - - - - - - 39 0 0 55 0 0 27 0 0 93 0 0 105 8 7.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 8 13 8 6 7 10 7 1 1 3 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 0.841786802 0.841786802 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 7.08E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 117952886 G A - - - - - - 36 0 0 50 0 0 32 0 0 83 0 0 121 11 9.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 8 13 8 6 7 10 7 1 1 3 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 1.007928934 1.007928934 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 3.76E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 118137623 C T - - - - - - 32 0 0 62 3 4.8 29 2 6.9 80 2 2.5 84 6 7.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 8 13 8 6 7 10 7 1 1 3 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.697142857 0.697142857 1 1.155935484 1.155935484 1 0.702350427 0.702350427 1 0.786406091 0.786406091 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.003793816 1 0.009279585 1 0.061147026 1 0.00000455 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 118400280 C T - - - - - - 35 0 0 43 0 0 23 0 0 49 0 0 114 10 8.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 8 13 8 6 7 10 7 1 1 3 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 0.974700508 0.974700508 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 4.14E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 118416949 T G DMXL1 CCDS4125.1 r.? - - intronic 34 0 0 45 0 0 29 0 0 90 0 0 85 11 12.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA FALSE FALSE 7 8 13 8 6 7 10 7 1 1 3 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 1.428822335 1.428822335 1 NA NA 0 NA NA 0 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 7.42E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 120536720 C T - - - - - - 25 0 0 42 0 0 41 0 0 88 1 1.1 108 16 14.8 0 0 NA 0 0 NA 3 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 8 13 8 6 7 10 7 1 1 3 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0.309034188 0.309034188 1 1.639269036 0.819634518 2 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.356673997 1 5.03E-19 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 120736438 G T - - - - - - 46 0 0 36 0 0 19 0 0 84 0 0 109 8 7.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 8 13 8 6 7 10 7 1 1 3 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 0.808558376 0.808558376 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 9.48E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 120741588 T A - - - - - - 42 0 0 55 0 0 31 0 0 85 0 0 130 12 9.2 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 8 13 8 6 7 10 7 1 1 3 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 1.019005076 1.019005076 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 4.08E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 120771016 T C - - - - - - 19 0 0 44 4 9.1 33 3 9.1 80 0 0 100 13 13 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 8 13 8 6 7 10 7 1 1 3 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.321666667 1.321666667 1 1.524494624 1.524494624 1 0 0 1 1.439898477 1.439898477 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.0000723 1 0.000609557 1 1 1 5.79E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 120785044 G A - - - - - - 37 0 0 36 2 5.6 25 1 4 80 2 2.5 109 12 11 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 8 13 8 6 7 10 7 1 1 3 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.813333333 0.813333333 1 0.670107527 NA 0 0.702350427 0.702350427 1 1.218375635 1.218375635 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.014070883 1 0.117779757 1 0.061147026 1 4.89E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 120828669 G A - - - - - - 33 0 0 37 1 2.7 21 0 0 61 0 0 93 10 10.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 8 13 8 6 7 10 7 1 1 3 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.392142857 NA 0 0 0 1 0 0 1 1.19622335 1.19622335 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.169281299 1 1 1 1 1 5.41E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 120944696 G A - - - - - - 33 0 0 30 2 6.7 31 2 6.5 75 3 4 97 13 13.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 8 13 8 6 7 10 7 1 1 3 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.973095238 0.973095238 1 1.088924731 1.088924731 1 1.123760684 1.123760684 1 1.484203046 1.484203046 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.009909649 1 0.010558179 1 0.006456002 1 3.85E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 121226555 G A - - - - - - 25 0 0 45 0 0 22 0 0 59 0 0 83 7 8.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 8 13 8 6 7 10 7 1 1 3 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 0.930395939 0.930395939 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000000233 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 121454486 C G - - - - - - 30 0 0 65 0 0 29 0 0 94 0 0 115 8 7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 8 13 8 6 7 10 7 1 1 3 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 0.775329949 0.775329949 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000000144 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 121760842 G A SNCAIP CCDS4131.1 r.? - - intronic 31 0 0 46 0 0 32 1 3.1 79 4 5.1 104 8 7.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 8 13 8 6 7 10 7 1 1 3 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0.519333333 0.519333333 1 1.432794872 1.432794872 1 0.852862944 0.852862944 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 0.14819814 1 0.000696582 1 6.57E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 121965052 G A - - - - - - 37 0 0 42 1 2.4 22 2 9.1 51 4 7.8 87 8 9.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 8 13 8 6 7 10 7 1 1 3 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.348571429 NA 0 1.524494624 1.524494624 1 2.191333333 2.191333333 1 1.019005076 1.019005076 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.189842622 1 0.005403392 1 0.000129466 1 1.61E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 122072430 T C - - - - - - 33 0 0 51 4 7.8 24 1 4.2 81 0 0 103 8 7.8 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 8 13 8 6 7 10 7 1 1 3 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.132857143 1.132857143 1 0.703612903 0.703612903 1 0 0 1 0.863939086 0.863939086 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.000129466 1 0.113346489 1 1 1 6.09E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 122081171 A G - - - - - - 40 0 0 55 3 5.5 35 2 5.7 77 3 3.9 113 6 5.3 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 7 8 13 8 6 7 10 7 1 1 3 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.798809524 0.798809524 1 0.954903226 0.954903226 1 1.095666667 1.095666667 1 0.587035533 0.587035533 1 0 NA 0 NA NA 0 0 0 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.002700822 1 0.013332991 1 0.006942426 1 0.000025 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 122248921 G C SNX24 CCDS4132.1 r.? - - intronic 44 0 0 28 0 0 17 0 0 38 3 7.9 98 11 11.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 FALSE FALSE 7 8 13 8 6 7 10 7 1 1 3 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 2.21942735 2.21942735 1 1.240527919 1.240527919 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000925091 1 3.67E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 122555315 G A - - - - - - 34 0 0 46 4 8.7 29 0 0 93 5 5.4 91 10 11 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 8 13 8 6 7 10 7 1 1 3 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.263571429 1.263571429 1 0 0 1 1.517076923 1.517076923 1 1.218375635 1.218375635 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.0000862 1 1 1 0.000112692 1 4.34E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 122623112 T G - - - - - - 31 0 0 48 0 0 27 0 0 91 0 0 99 10 10.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 8 13 8 6 7 10 7 1 1 3 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 1.118690355 1.118690355 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.01E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 122623169 C A - - - - - - 34 0 0 57 0 0 29 0 0 101 0 0 108 12 11.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA FALSE FALSE 7 8 13 8 6 7 10 7 1 1 3 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 1.229451777 1.229451777 1 NA NA 0 NA NA 0 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 4.37E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 123695788 A G - - - - - - 34 0 0 36 0 0 24 0 0 73 0 0 64 13 20.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 3 4 3 3 3 3 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 1.436456853 1.436456853 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.26E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 123892810 G A - - - - - - 29 0 0 34 0 0 20 0 0 60 0 0 81 13 16 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 3 4 3 3 3 3 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 1.132182741 1.132182741 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 3.34E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 124337731 G T - - - - - - 30 0 0 43 3 7 18 1 5.6 69 4 5.8 58 11 19 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 4 3 3 3 3 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.806666667 0.806666667 1 0.714150538 0.714150538 1 1.049452991 1.049452991 1 1.344467005 1.344467005 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.001328364 1 0.086275114 1 0.000416985 1 8.96E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 124926243 G A - - - - - - 30 0 0 47 3 6.4 26 3 11.5 86 5 5.8 80 13 16.2 339 0 0 1039 22 2.1 416 8 1.9 822 40 4.9 907 62 6.8 TRUE TRUE 4 4 3 4 3 3 3 3 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.73752381 0.73752381 1 1.46655914 1.46655914 1 1.049452991 1.049452991 1 1.146335025 1.146335025 1 0.242 0.242 1 0.242301075 0.242301075 1 0.886606838 0.886606838 1 0.481177665 0.481177665 1 8 4 1 1 0.001719595 3.08E-08 0.000298167 0.001349647 0.0000777 3.67E-26 2.82E-16 2.98E-48 YES 1_1 1_1 1_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b 5 124926265 G C - - - - - - 30 0 0 48 5 10.4 28 4 14.3 84 5 6 83 12 14.5 309 1 0.3 893 19 2.1 341 6 1.8 706 41 5.8 796 61 7.7 TRUE TRUE 4 4 3 4 3 3 3 3 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.19847619 1.19847619 1 1.823634409 1.823634409 1 1.085641026 1.085641026 1 1.026040609 1.026040609 1 0.242 0.242 1 0.229548387 0.229548387 1 1.049452991 1.049452991 1 0.544862944 0.544862944 1 8 4 1 0.787513203 0.00000447 0.000000241 0.0000116 0.007928729 0.0000695 1.02E-29 1.7E-14 1.95E-50 YES 1_1 1_1 1_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b 5 126202258 T C Feb-99 CCDS4141.1 r.? - - downstream 23 0 0 30 0 0 24 0 0 43 0 0 88 9 10.2 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 3 4 3 3 3 3 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 0.721766497 0.721766497 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 7.82E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 126746767 G A MEGF10 CCDS4142.1 r.? - - intronic 26 0 0 37 0 0 24 0 0 74 0 0 77 11 14.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 3 4 3 3 3 3 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 1.011888325 1.011888325 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.41E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 127349324 T C - - - - - - 28 0 0 43 3 7 22 1 4.5 61 4 6.6 51 9 17.6 1 0 0 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 TRUE FALSE 4 4 3 4 3 3 3 3 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.806666667 0.806666667 1 0.573870968 0.573870968 1 1.194205128 1.194205128 1 1.245401015 1.245401015 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 0 0 1 8 NA 1 1 0.001328364 1 0.104413009 1 0.000259828 1 4.92E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 127873910 G A FBN2 CCDS34222.1 r.? - - upstream 34 0 0 4 0 0 4 0 0 4 0 0 42 9 21.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 3 4 3 3 3 3 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 1.514294416 1.514294416 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 7.51E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 128094478 A T SLC27A6 ENST00000508645 r.? - - intronic 32 0 0 36 0 0 36 0 0 63 0 0 69 8 11.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 3 4 3 3 3 3 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 0.820832487 0.820832487 1 NA NA 1 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.49E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 128315157 A T SLC27A6 CCDS4145.1 r.? - - intronic 35 0 0 24 0 0 22 2 9.1 48 1 2.1 41 6 14.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 3 4 3 3 3 3 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.160494624 1.160494624 1 0.379974359 NA 0 1.033116751 1.033116751 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 0.005403392 1 0.213845552 1 6.05E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 128631191 A C - - - - - - 21 0 0 33 2 6.1 20 0 0 66 2 3 54 7 13 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 4 3 3 3 3 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.702952381 0.702952381 1 0 0 1 0.542820513 0.542820513 1 0.919898477 0.919898477 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.011909843 1 1 1 0.043431387 1 1.13E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 128914673 T A ADAMTS19 CCDS4146.1 r.? - - intronic 27 0 0 43 0 0 19 0 0 83 0 0 61 9 14.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 3 4 3 3 3 3 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 1.047269036 1.047269036 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.68E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 129021547 C G ADAMTS19 CCDS4146.1 r.? - - intronic 24 0 0 43 0 0 23 0 0 80 0 0 56 7 12.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 3 4 3 3 3 3 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 0.884517766 0.884517766 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.46E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 129073875 G A ADAMTS19 CCDS4146.1 r.4733g>a c.? p.? 3'UTR variant 27 0 0 40 2 5 26 3 11.5 77 0 0 65 9 13.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 3 4 3 3 3 3 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.576190476 0.576190476 1 1.46655914 1.46655914 1 0 NA 0 0.976507614 0.976507614 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.017193422 1 0.000298167 1 1 1 4.85E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 130118602 G A - - - - - - 32 0 0 40 3 7.5 24 3 12.5 55 3 5.5 81 13 16 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 3 4 3 3 3 3 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.864285714 0.864285714 1 1.594086022 1.594086022 1 0.99517094 0.99517094 1 1.132182741 1.132182741 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.001075403 1 0.000233853 1 0.002700822 1 3.34E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 132250759 G A AFF4 CCDS4164.1 r.? - - intronic 23 0 0 35 2 5.7 28 3 10.7 39 0 0 67 10 14.9 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 3 4 3 3 3 3 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.656857143 0.656857143 1 1.364537634 1.364537634 1 0 NA 0 1.054345178 1.054345178 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.013332991 1 0.000372895 1 1 1 1.87E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 135626183 C T TRPC7 CCDS47267.1 r.? - - intronic 32 0 0 41 0 0 22 0 0 66 0 0 52 9 17.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.051172589 1.051172589 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 5.92E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 135842934 C T - - - - - - 33 0 0 36 0 0 26 0 0 54 0 0 58 9 15.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.94180203 0.94180203 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.67E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 138316323 T C SIL1 CCDS4209.1 r.? - - intronic 28 0 0 29 0 0 24 0 0 63 0 0 55 11 20 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.215228426 1.215228426 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 4.77E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 138546320 C A - - - - - - 34 0 0 46 0 0 25 0 0 40 0 0 51 6 11.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.716984772 0.716984772 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000000232 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 138546900 T G - - - - - - 39 0 0 31 0 0 23 0 0 73 1 1.4 63 8 12.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.253316239 0.253316239 1 0.771670051 0.771670051 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.306438632 1 1.18E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 140717477 C T PCDHGA12 CCDS47289.1 r.? - - upstream 26 0 0 41 0 0 20 0 0 63 0 0 57 9 15.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.960030457 0.960030457 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.42E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 143451988 A T - - - - - - 39 0 0 36 0 0 21 0 0 69 0 0 60 11 18.3 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 2 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.11193401 1.11193401 1 NA NA 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.34E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 144367501 T C - - - - - - 27 0 0 34 0 0 23 0 0 70 0 0 54 13 24.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.464350254 1.464350254 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.12E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 146149506 A T PPP2R2B CCDS4284.1 r.? - - intronic 31 0 0 35 0 0 26 0 0 66 0 0 46 4 8.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.528624365 0.528624365 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.0000862 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 148143376 G T - - - - - - 26 0 0 34 2 5.9 20 1 5 59 4 6.8 57 12 21.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.620904762 0.620904762 1 0.587634409 0.587634409 1 1.230393162 1.230393162 1 1.28206599 1.28206599 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.012612579 1 0.09538952 1 0.00022841 1 1.4E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 151368530 G A - - - - - - 27 0 0 35 2 5.7 15 2 13.3 32 3 9.4 55 8 14.5 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.599857143 0.599857143 1 1.563107527 1.563107527 1 1.700837607 1.700837607 1 0.881040609 0.881040609 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.013332991 1 0.002513772 1 0.000556213 1 3.86E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 151997898 A T - - - - - - 27 0 0 31 0 0 20 0 0 79 0 0 44 9 20.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.245609137 1.245609137 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.18E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 152114915 T C - - - - - - 41 0 0 32 3 9.4 22 0 0 63 0 0 53 6 11.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.989238095 0.989238095 1 0 0 1 0 0 1 0.686604061 0.686604061 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.000556213 1 1 1 1 1 0.000000293 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 152531095 A C - - - - - - 29 0 0 33 0 0 12 0 0 69 0 0 54 9 16.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.014715736 1.014715736 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 8.48E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 152676585 C T - - - - - - 44 0 0 15 2 13.3 2 0 0 11 2 18.2 49 9 18.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.399666667 1.399666667 1 0 0 1 3.293111111 3.293111111 1 1.118010152 1.118010152 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.002513772 1 1 1 0.001334363 1 3.35E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 152864562 G A - - - - - - 42 0 0 38 0 0 25 1 4 88 0 0 43 10 23.3 1 0 0 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0.470107527 0.470107527 1 0 0 1 1.415741117 1.415741117 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 1 1 0.117779757 1 1 1 1.61E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 155331010 G A - - - - - - 34 0 0 33 0 0 28 0 0 59 0 0 49 6 12.2 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.74128934 0.74128934 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000000182 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 155718284 A T - - - - - - 37 0 0 35 5 14.3 23 1 4.3 75 0 0 47 6 12.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.504904762 1.504904762 1 0.505365591 0.505365591 1 0 0 1 0.777746193 0.777746193 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.000000895 1 0.108890944 1 1 1 0.000000141 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 155781681 T A SGCD CCDS47325.1 r.? - - intronic 32 0 0 35 0 0 23 0 0 65 0 0 61 10 16.4 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.99648731 0.99648731 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 6.98E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 156479518 G A HAVCR1 CCDS43392.1 r.1060c>u c.527C>T p.T176M missense 27 0 0 50 0 0 26 0 0 43 0 0 61 8 13.1 142 0 0 143 0 0 40 0 0 151 0 0 160 17 10.6 TRUE TRUE 3 3 3 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.795974619 0.795974619 1 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.644071066 0.644071066 1 1 2 1 1 1 1 1 1 1 1 9.09E-10 1.33E-17 YES 0_0 0_0 0_0 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b 5 156651017 G A ITK CCDS4336.1 r.? - - intronic 20 0 0 37 0 0 26 0 0 38 0 0 58 6 10.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.62584264 0.62584264 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000000506 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 156677571 G A ITK CCDS4336.1 r.? - - intronic 33 0 0 57 0 0 16 0 0 50 0 0 52 6 11.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.698756345 0.698756345 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000000261 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 157946038 G T - - - - - - 32 0 0 45 0 0 16 0 0 67 0 0 57 8 14 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.850659898 0.850659898 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 5.19E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 159322567 T A - - - - - - 45 0 0 34 2 5.9 17 2 11.8 53 1 1.9 60 11 18.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.620904762 0.620904762 1 1.386817204 1.386817204 1 0.343786325 0.343786325 1 1.11193401 1.11193401 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.012612579 1 0.003234386 1 0.233303855 1 1.34E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 159592880 G A - - - - - - 28 0 0 20 3 15 15 1 6.7 38 2 5.3 50 7 14 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.578571429 1.578571429 1 0.787430108 0.787430108 1 0.958982906 0.958982906 1 0.850659898 0.850659898 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.0001337 1 0.072431031 1 0.015598339 1 6.46E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 161065047 A G - - - - - - 28 0 0 30 0 0 17 0 0 72 0 0 51 6 11.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.716984772 0.716984772 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000000232 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 161071451 G A - - - - - - 19 0 0 30 0 0 7 0 0 45 0 0 39 8 20.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.245609137 1.245609137 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.09E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 162444524 A T - - - - - - 32 0 0 34 2 5.9 17 0 0 62 3 4.8 52 6 11.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.620904762 0.620904762 1 0 0 1 0.868512821 0.868512821 1 0.698756345 0.698756345 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.012612579 1 1 1 0.003793816 1 0.000000261 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 162509405 A T - - - - - - 40 0 0 32 0 0 23 0 0 63 0 0 65 12 18.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 TRUE FALSE 3 3 3 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.124086294 1.124086294 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 0 0 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 7.7E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 163445604 T C - - - - - - 37 0 0 42 0 0 20 0 0 80 0 0 64 9 14.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.856736041 0.856736041 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 4.2E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 163490261 C G - - - - - - 28 0 0 34 3 8.8 21 2 9.5 65 3 4.6 55 10 18.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.926095238 0.926095238 1 1.116505376 1.116505376 1 0.832324786 0.832324786 1 1.105857868 1.105857868 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000666058 1 0.004928472 1 0.004333293 1 2.33E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 163915094 G C AC008446.1 ENST00000486913 r.? - - intronic 32 0 0 42 0 0 26 0 0 59 0 0 48 5 10.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.631918782 0.631918782 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.00000447 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 163976230 G A AC008446.1 ENST00000486913 r.? - - intronic 31 0 0 41 0 0 28 0 0 65 0 0 53 10 18.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.148390863 1.148390863 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.57E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 164055258 G T - - - - - - 32 0 0 22 0 0 29 0 0 68 0 0 67 8 11.9 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.723060914 0.723060914 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.96E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 164200268 G T - - - - - - 37 0 0 33 0 0 24 0 0 49 0 0 45 9 20 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.215228426 1.215228426 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.47E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 164539764 G A - - - - - - 25 0 0 41 4 9.8 18 3 16.7 56 2 3.6 46 9 19.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.031333333 1.031333333 1 1.962698925 1.962698925 1 0.651384615 0.651384615 1 1.190923858 1.190923858 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.0000546 1 0.0000964 1 0.032213353 1 1.82E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 165534302 C A - - - - - - 20 0 0 30 0 0 9 0 0 52 0 0 47 11 23.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.421817259 1.421817259 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 7.21E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 166268686 C A - - - - - - 32 0 0 42 0 0 15 0 0 76 0 0 54 7 13 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.789898477 0.789898477 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.13E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 168356216 C T SLIT3 CCDS4369.1 r.? - - intronic 31 0 0 42 0 0 23 0 0 81 0 0 48 6 12.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.759517766 0.759517766 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.00000016 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 168989526 G A - - - - - - 35 0 0 37 0 0 28 0 0 70 0 0 60 12 20 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.215228426 1.215228426 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.74E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 169002892 G T - - - - - - 45 0 0 27 0 0 23 0 0 83 0 0 60 9 15 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.91142132 0.91142132 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.29E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 169937834 C T KCNIP1 CCDS4374.1 r.? - - intronic 22 0 0 33 3 9.1 24 2 8.3 56 3 5.4 54 8 14.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.957666667 0.957666667 1 0.975473118 0.975473118 1 0.977076923 0.977076923 1 0.899269036 0.899269036 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000609557 1 0.006413403 1 0.00284314 1 3.31E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 171847597 A G SH3PXD2B CCDS34291.1 r.? - - intronic 19 0 0 28 3 10.7 16 2 12.5 55 3 5.5 56 19 33.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.126047619 1.126047619 1 1.469086022 1.469086022 1 0.99517094 0.99517094 1 2.059812183 1.029906091 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000372895 1 0.002863359 1 0.002700822 1 6.79E-30 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 172261929 G C ERGIC1 CCDS34292.1 r.? - - intronic 31 0 0 15 2 13.3 6 1 16.7 6 0 0 40 13 32.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.399666667 1.399666667 1 1.962698925 1.962698925 1 0 0 1 1.974746193 0.987373096 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.002513772 1 0.029627491 1 1 1 1.3E-20 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 173252206 G A - - - - - - 20 0 0 41 0 0 25 0 0 50 0 0 64 9 14.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.856736041 0.856736041 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 4.2E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 173423234 C T C5orf47 CCDS47343.1 r.? - - intronic 26 0 0 41 0 0 17 0 0 69 0 0 54 8 14.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.899269036 0.899269036 1 NA NA 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 3.31E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 174095240 C A - - - - - - 32 0 0 34 3 8.8 15 0 0 64 3 4.7 62 10 16.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.926095238 0.926095238 1 0 0 1 0.850418803 0.850418803 1 0.978258883 0.978258883 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000666058 1 1 1 0.004148608 1 8.29E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 175331327 A G - - - - - - 40 0 0 40 2 5 16 2 12.5 83 0 0 57 13 22.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 TRUE FALSE 3 3 3 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.526190476 0.526190476 1 1.469086022 1.469086022 1 0 0 1 1.385360406 1.385360406 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 0 0 1 6 NA 1 1 0.017193422 1 0.002863359 1 1 1 2.44E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 175467345 C T - - - - - - 68 0 0 63 3 4.8 43 2 4.7 54 2 3.7 108 9 8.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.505142857 0.505142857 1 0.552376344 0.552376344 1 0.669478632 0.669478632 1 0.504319797 0.504319797 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.003968795 1 0.019709573 1 0.030129377 1 4.89E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 176853074 G C GRK6 CCDS47348.1 r.? - - upstream 27 0 0 14 0 0 10 1 10 6 0 0 48 11 22.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.175268817 1.175268817 1 0 0 1 1.391436548 1.391436548 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 1 1 0.04888987 1 1 1 9.31E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 178353153 T C ZFP2 CCDS4440.1 r.? - - intronic 30 0 0 30 2 6.7 19 3 15.8 39 1 2.6 48 8 16.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.705095238 0.705095238 1 1.856924731 1.856924731 1 0.470444444 0.470444444 1 1.014715736 1.014715736 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.009909649 1 0.000114071 1 0.177567718 1 1.23E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 178938609 T A - - - - - - 39 0 0 36 0 0 18 0 0 37 0 0 54 4 7.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.449634518 0.449634518 1 NA NA 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000161898 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 5 180727879 G T - - - - - - 13 0 0 15 0 0 4 1 25 25 1 4 27 4 14.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 0.019850499 1 0.117779757 1 0.00001 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 1921455 C G GMDS CCDS4474.1 r.? - - intronic 28 0 0 36 2 5.6 19 1 5.3 59 2 3.4 55 10 18.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4.612469993 5 2 4 2 3 1 2 2 2 1 2 0.387530007 1 1 1 3 NA NA NA 2 NA NA NA 0.612469993 NA NA NA 0.679631653 0.679631653 1 0.728892473 0.728892473 1 0.581196581 0.581196581 1 1.287857868 1.287857868 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.014070883 1 0.090843738 1 0.035441897 1 2.33E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 2609168 A G - - - - - - 32 0 0 56 2 3.6 27 2 7.4 71 1 1.4 82 5 6.1 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4.612469993 5 2 4 2 3 1 2 2 2 1 2 0.387530007 1 1 1 3 NA NA NA 2 NA NA NA 0.612469993 NA NA NA 0.436906063 0.436906063 1 1.017698925 1.017698925 1 0.239316239 NA 0 0.43164467 0.43164467 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.032213353 1 0.00807567 1 0.299450652 1 0.0000619 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 2794512 C T - - - - - - 45 0 0 37 3 8.1 27 1 3.7 88 1 1.1 73 10 13.7 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4.612469993 5 2 4 2 3 1 2 2 2 1 2 0.387530007 1 1 1 3 NA NA NA 2 NA NA NA 0.612469993 NA NA NA 0.983038641 0.983038641 1 0.508849462 0.508849462 1 0.188034188 NA 0 0.969431472 0.969431472 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.000855237 1 0.126579904 1 0.356673997 1 4.56E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 3854105 C T FAM50B CCDS4487.1 r.? - - downstream 21 0 0 44 0 0 26 0 0 73 0 0 61 7 11.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4.612469993 5 2 4 2 3 1 2 2 2 1 2 0.387530007 1 1 1 3 NA NA NA 2 NA NA NA 0.612469993 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 0.813756345 0.813756345 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.69E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 3964145 C T - - - - - - 25 0 0 39 2 5.1 27 2 7.4 60 0 0 62 9 14.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4.612469993 5 2 4 2 3 1 2 2 2 1 2 0.387530007 1 1 1 3 NA NA NA 2 NA NA NA 0.612469993 NA NA NA 0.618950255 0.618950255 1 1.017698925 1.017698925 1 0 NA 0 1.026040609 1.026040609 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.016387522 1 0.00807567 1 1 1 3.12E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 4017725 G C PRPF4B CCDS4488.1 r.? - - upstream 27 0 0 37 0 0 24 0 0 69 0 0 60 10 16.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 1 100 FALSE FALSE 4.612469993 5 2 4 2 3 1 2 2 2 1 2 0.387530007 1 1 1 3 NA NA NA 2 NA NA NA 0.612469993 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 1.181715736 1.181715736 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 7.076142132 7.076142132 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 5.86E-13 0.005 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 4353686 T C - - - - - - 35 0 0 42 3 7.1 17 0 0 33 0 0 64 7 10.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4.612469993 5 2 4 2 3 1 2 2 2 1 2 0.387530007 1 1 1 3 NA NA NA 2 NA NA NA 0.612469993 NA NA NA 0.861675846 0.861675846 1 0 0 1 0 NA 0 0.771299492 0.771299492 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.001240292 1 1 1 1 1 3.78E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 5988095 G A AL136307.1 ENST00000510466 r.? - - downstream 35 0 0 38 0 0 18 0 0 57 0 0 65 6 9.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4.612469993 5 2 4 2 3 1 2 2 2 1 2 0.387530007 1 1 1 3 NA NA NA 2 NA NA NA 0.612469993 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 0.651005076 0.651005076 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000001 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 7839714 A G BMP6 CCDS4503.1 r.? - - intronic 44 0 0 60 0 0 31 0 0 62 0 0 78 14 17.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 6 6 5.231890747 4 4 4 3 2 2 2 2 1 1 1 0.768109253 NA NA NA 3 NA NA NA 3 NA NA NA 0.231890747 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.487137885 1.487137885 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 4.63E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 8077585 G C EEF1E1 CCDS4507.1 r.? - - downstream 35 0 0 42 0 0 27 0 0 54 0 0 60 5 8.3 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 6 6 5.231890747 4 4 4 3 2 2 2 2 1 1 1 0.768109253 NA NA NA 3 NA NA NA 3 NA NA NA 0.231890747 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.689566729 0.689566729 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.0000136 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 8432644 G T SLC35B3 CCDS4508.1 r.? - - intronic 37 0 0 46 0 0 20 0 0 63 0 0 81 12 14.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 6 6 5.231890747 4 4 4 3 2 2 2 2 1 1 1 0.768109253 NA NA NA 3 NA NA NA 3 NA NA NA 0.231890747 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.229588866 1.229588866 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.26E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 10069836 C G OFCC1 ENST00000485268 r.? - - intronic 40 0 0 41 0 0 25 0 0 76 0 0 71 9 12.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 6 6 5.231890747 4 4 4 3 2 2 2 2 1 1 1 0.768109253 NA NA NA 3 NA NA NA 3 NA NA NA 0.231890747 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.055120176 1.055120176 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.1E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 10144434 C T OFCC1 ENST00000481704 r.? - - intronic 34 0 0 42 0 0 29 0 0 61 0 0 98 13 13.3 1 0 0 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 1 0 0 TRUE FALSE 6 6 6 5.231890747 4 4 4 3 2 2 2 2 1 1 1 0.768109253 NA NA NA 3 NA NA NA 3 NA NA NA 0.231890747 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.104968373 1.104968373 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 0 0 NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 4.42E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 10380512 A G - - - - - - 31 0 0 35 0 0 23 0 0 52 0 0 70 9 12.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 6 6 5.231890747 4 4 4 3 2 2 2 2 1 1 1 0.768109253 NA NA NA 3 NA NA NA 3 NA NA NA 0.231890747 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.071736241 1.071736241 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 9.65E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 11249401 G C NEDD9 ENST00000508546 r.546c>g c.31C>G p.L11V missense 31 0 0 44 0 0 33 1 3 83 2 2.4 75 13 17.3 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 6 6 5.231890747 4 4 4 3 2 2 2 2 1 1 1 0.768109253 NA NA NA 3 NA NA NA 3 NA NA NA 0.231890747 0 0 1 0.442580645 0.442580645 1 0.50625641 0.50625641 1 1.437289688 1.437289688 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 1 1 0.15245715 1 0.065215002 1 1.16E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 11249480 G T NEDD9 ENST00000504387 r.? - - intronic 35 0 0 46 1 2.2 38 0 0 81 2 2.5 94 13 13.8 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 6 6 5.231890747 4 4 4 3 2 2 2 2 1 1 1 0.768109253 NA NA NA 3 NA NA NA 3 NA NA NA 0.231890747 0.29752381 NA 0 0 0 1 0.527350427 0.527350427 1 1.146508537 1.146508537 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.205924651 1 1 1 0.062493051 1 2.52E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 12289657 C T EDN1 CCDS4522.1 r.? - - upstream 37 0 0 40 3 7.5 32 2 6.2 73 0 0 89 7 7.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 6 6 6 4 4 4 4 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.014285714 1.014285714 1 0.914666667 0.914666667 1 0 0 1 0.717015228 0.717015228 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.001075403 1 0.011224977 1 1 1 0.000000376 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 12830758 G T PHACTR1 ENST00000379350 r.? - - intronic 35 0 0 55 1 1.8 30 1 3.3 75 4 5.3 92 15 16.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 6 6 6 4 4 4 4 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.243428571 0.243428571 1 0.48683871 0.48683871 1 1.117982906 1.117982906 1 1.479411168 1.479411168 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.240951649 1 0.139615808 1 0.000572493 1 1.39E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 15191798 A G - - - - - - 28 0 0 40 1 2.5 31 2 6.5 73 1 1.4 85 6 7.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 6 6 6 4 4 4 4 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.338095238 0.338095238 1 0.958924731 0.958924731 1 0.295316239 0.295316239 1 0.644406091 0.644406091 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.181679879 1 0.010558179 1 0.306438632 1 0.00000487 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 17468613 A G CAP2 CCDS4539.1 r.? - - intronic 33 0 0 38 0 0 29 0 0 74 0 0 80 11 13.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 6 6 5.204934728 4 4 4 3 2 2 2 2 1 1 1 0.795065272 NA NA NA 3 NA NA NA 3 NA NA NA 0.204934728 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.142788607 1.142788607 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 3.73E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 18751412 C T - - - - - - 31 0 0 56 4 7.1 25 2 8 84 0 0 68 6 8.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 6 6 5.204934728 4 4 4 3 2 2 2 2 1 1 1 0.795065272 NA NA NA 3 NA NA NA 3 NA NA NA 0.204934728 0.960190476 0.960190476 1 1.180215054 1.180215054 1 0 0 1 0.728734764 0.728734764 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 0.000186538 1 0.006948068 1 1 1 0.00000131 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 20335139 T A - - - - - - 34 0 0 41 0 0 13 0 0 52 0 0 66 11 16.7 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 6 6 5.204934728 4 4 4 3 2 2 2 2 1 1 1 0.795065272 NA NA NA 3 NA NA NA 3 NA NA NA 0.204934728 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.382939836 1.382939836 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 4.07E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 20800626 C G CDKAL1 CCDS4546.1 r.? - - intronic 34 0 0 39 0 0 17 0 0 59 0 0 59 4 6.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 6 6 5.204934728 4 4 4 3 2 2 2 2 1 1 1 0.795065272 NA NA NA 3 NA NA NA 3 NA NA NA 0.204934728 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.563113226 0.563113226 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.00022841 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 20915607 G A CDKAL1 CCDS4546.1 r.? - - intronic 37 0 0 49 0 0 30 0 0 75 0 0 82 8 9.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 6 6 6 5.204934728 4 4 4 3 2 2 2 2 1 1 1 0.795065272 NA NA NA 3 NA NA NA 3 NA NA NA 0.204934728 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.811545532 0.811545532 1 NA NA 1 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.00000001 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 21089200 G A CDKAL1 CCDS4546.1 r.? - - intronic 35 0 0 49 4 8.2 25 2 8 51 1 2 86 11 12.8 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 1 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 6 6 6 5.204934728 4 4 4 3 2 2 2 2 1 1 1 0.795065272 NA NA NA 3 NA NA NA 3 NA NA NA 0.204934728 1.108952381 1.108952381 1 1.180215054 1.180215054 1 0.421880342 0.421880342 1 1.059977838 1.059977838 1 NA NA 1 0 0 1 0 NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000110643 1 0.006948068 1 0.225579006 1 8.47E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 21744783 G C - - - - - - 29 0 0 53 2 3.8 29 1 3.4 54 0 0 71 14 19.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 TRUE FALSE 6 6 6 5.204934728 4 4 4 3 2 2 2 2 1 1 1 0.795065272 NA NA NA 3 NA NA NA 3 NA NA NA 0.204934728 0.513904762 0.513904762 1 0.501591398 0.501591398 1 0 0 1 1.631372141 0.908809371 1.795065272 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 0 NA 0 6 NA 1 1 0.029108399 1 0.135292269 1 1 1 1.13E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 22454652 A T - - - - - - 25 0 0 46 1 2.2 27 0 0 63 1 1.6 83 12 14.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 6 6 5.204934728 4 4 4 3 2 2 2 2 1 1 1 0.795065272 NA NA NA 3 NA NA NA 3 NA NA NA 0.204934728 0.29752381 NA 0 0 0 1 0.337504274 0.337504274 1 1.200756145 1.200756145 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.205924651 1 1 1 0.27078753 1 1.7E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 22652754 C G - - - - - - 30 0 0 59 0 0 34 0 0 54 0 0 64 5 7.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 6 6 5.204934728 4 4 4 3 2 2 2 2 1 1 1 0.795065272 NA NA NA 3 NA NA NA 3 NA NA NA 0.204934728 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.645923995 0.645923995 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.0000186 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 22898666 C T - - - - - - 32 0 0 46 2 4.3 34 0 0 76 1 1.3 60 10 16.7 237 0 0 360 19 5.3 111 13 11.7 446 16 3.6 549 44 8 TRUE TRUE 6 6 6 5.204934728 4 4 4 3 2 2 2 2 1 1 1 0.795065272 NA NA NA 3 NA NA NA 3 NA NA NA 0.204934728 0.58152381 0.58152381 1 0 0 1 0.274222222 0.274222222 1 1.382939836 1.382939836 1 0.716761905 0.716761905 1 1.726064516 0.863032258 2 0.759384615 0.759384615 1 0.662486149 0.662486149 1 8 10 1 1 0.022369545 7.1E-14 1 2.32E-14 0.316790122 1.81E-09 5.86E-13 1.07E-37 YES 1_1 0_1 0_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b 6 23715301 A G - - - - - - 31 0 0 51 0 0 22 0 0 70 0 0 86 14 16.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 6 6 5.204934728 4 4 4 3 2 2 2 2 1 1 1 0.795065272 NA NA NA 3 NA NA NA 3 NA NA NA 0.204934728 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.349815528 1.349815528 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.98E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 25784971 G A SLC17A4 CCDS4564.1 r.? - - downstream 32 0 0 46 5 10.9 21 0 0 99 5 5.1 78 13 16.7 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 6 6 5.204934728 4 4 4 3 2 2 2 2 1 1 1 0.795065272 NA NA NA 3 NA NA NA 3 NA NA NA 0.204934728 1.474095238 1.474095238 1 0 0 1 1.075794872 1.075794872 1 1.382939836 1.382939836 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.00000361 1 1 1 0.000151292 1 1.99E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 26216568 G T HIST1H2BG CCDS4594.1 r.304c>a c.304C>A p.L102M missense 36 0 0 46 0 0 25 0 0 31 0 0 61 12 19.7 273 0 0 310 0 0 119 0 0 312 1 0.3 369 59 16 TRUE FALSE 6 6 6 5.204934728 4 4 4 3 2 2 2 2 1 1 1 0.795065272 NA NA NA 3 NA NA NA 3 NA NA NA 0.204934728 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.631372141 1.631372141 1 0 0 1 0 0 1 0.063282051 NA 0 1.324972298 0.738119286 1.795065272 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 0.790684595 3.39E-16 5.74E-68 YES 0_0 0_0 0_0 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b 6 26413098 G A BTN3A1 CCDS47389.1 r.1832g>a c.? p.? 3'UTR variant 41 0 0 33 1 3 19 3 15.8 60 2 3.3 67 8 11.9 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 6 6 5.204934728 4 4 4 3 2 2 2 2 1 1 1 0.795065272 NA NA NA 3 NA NA NA 3 NA NA NA 0.204934728 0.405714286 0.405714286 1 2.330924731 2.330924731 1 0.696102564 0.696102564 1 0.985448146 0.985448146 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.15245715 1 0.000114071 1 0.036544784 1 1.96E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 27022216 T G - - - - - - 22 0 0 49 0 0 29 0 0 50 0 0 54 12 22.2 2 0 0 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 6 6 5.204934728 4 4 4 3 2 2 2 2 1 1 1 0.795065272 NA NA NA 3 NA NA NA 3 NA NA NA 0.204934728 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.838399063 1.02414051 1.795065272 NA NA 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 6.9E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 27592137 C T - - - - - - 43 0 0 37 0 0 32 0 0 49 0 0 91 12 13.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 6 6 5.204934728 4 4 4 3 2 2 2 2 1 1 1 0.795065272 NA NA NA 3 NA NA NA 3 NA NA NA 0.204934728 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.093102146 1.093102146 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 5.35E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 27739656 C G - - - - - - 30 0 0 37 2 5.4 21 0 0 79 0 0 74 10 13.5 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 6 6 5.204934728 4 4 4 3 2 2 2 2 1 1 1 0.795065272 NA NA NA 3 NA NA NA 3 NA NA NA 0.204934728 0.730285714 0.730285714 1 0 0 1 0 0 1 1.117945376 1.117945376 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 0.014826063 1 1 1 1 1 5.24E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 28226383 G A NKAPL CCDS34353.1 r.? - - upstream 29 0 0 51 4 7.8 27 1 3.7 57 1 1.8 78 6 7.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 6 6 5.204934728 4 4 4 3 2 2 2 2 1 1 1 0.795065272 NA NA NA 3 NA NA NA 3 NA NA NA 0.204934728 1.054857143 1.054857143 1 0.545849462 0.545849462 1 0.379692308 0.379692308 1 0.637642918 0.637642918 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000129466 1 0.126579904 1 0.248523156 1 0.00000295 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 28331010 A G ZKSCAN3 CCDS4650.1 r.? - - intronic 22 0 0 45 0 0 28 0 0 65 0 0 66 7 10.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 6 6 5.204934728 4 4 4 3 2 2 2 2 1 1 1 0.795065272 NA NA NA 3 NA NA NA 3 NA NA NA 0.204934728 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.877794147 0.877794147 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000000047 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 28624643 T C - - - - - - 25 0 0 42 0 0 34 0 0 78 0 0 51 8 15.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 6 6 5.204934728 3 4 4 3 2 2 2 2 1 1 1 0.795065272 NA NA NA 3 NA NA NA 3 NA NA NA 0.204934728 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.300129067 1.300129067 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.05E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 29489602 A C - - - - - - 43 0 0 59 0 0 18 0 0 68 0 0 100 7 7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5.607259924 6 6.368074469 3 3 4 3 2 2 2 3 1 0.392740076 1 0.631925531 NA 4 NA 4 NA 2 NA 3 NA 0.607259924 NA 0.368074469 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.661095162 0.661095162 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000000833 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 29825066 G A - - - - - - 35 0 0 58 0 0 27 0 0 61 0 0 71 8 11.3 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5.607259924 6 6.368074469 3 3 4 3 2 2 2 3 1 0.392740076 1 0.631925531 NA 4 NA 4 NA 2 NA 3 NA 0.607259924 NA 0.368074469 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.067196476 1.067196476 1 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 3.14E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 30131029 C A TRIM15 CCDS4677.1 r.37c>a c.? p.? 5'UTR variant 29 0 0 56 0 0 27 0 0 33 0 0 75 7 9.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5.607259924 6 6.368074469 3 3 4 3 2 2 2 3 1 0.392740076 1 0.631925531 NA 4 NA 4 NA 2 NA 3 NA 0.607259924 NA 0.368074469 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.878312144 0.878312144 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000000115 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 30243246 C T - - - - - - 27 0 0 60 0 0 23 0 0 66 0 0 93 8 8.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5.607259924 6 6.368074469 3 3 4 3 2 2 2 3 1 0.392740076 1 0.631925531 NA 4 NA 4 NA 2 NA 3 NA 0.607259924 NA 0.368074469 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.812202628 0.812202628 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.73E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 30625170 C T DHX16 CCDS4685.1 r.? - - intronic 28 0 0 37 0 0 27 0 0 65 0 0 56 9 16.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5.607259924 6 6.368074469 3 3 4 3 2 2 2 3 1 0.392740076 1 0.631925531 NA 4 NA 4 NA 2 NA 3 NA 0.607259924 NA 0.368074469 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.520518873 1.520518873 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.2E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 31570862 G A - - - - - - 23 0 0 52 0 0 26 0 0 42 0 0 64 10 15.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5.607259924 6 6.368074469 3 3 4 3 2 2 2 3 1 0.392740076 1 0.631925531 NA 4 NA 4 NA 2 NA 3 NA 0.607259924 NA 0.368074469 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.47329779 1.47329779 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.16E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 32093793 C A ATF6B CCDS47408.1 r.? - - intronic 26 0 0 27 3 11.1 22 2 9.1 62 0 0 49 4 8.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5.607259924 6 6.368074469 3 3 4 3 2 2 2 3 1 0.392740076 1 0.631925531 NA 4 NA 4 NA 2 NA 3 NA 0.607259924 NA 0.368074469 1.390142857 1.390142857 1 1.306755277 1.306755277 1 0 0 1 0.774425761 0.774425761 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.000334187 1 0.005403392 1 1 1 0.000110643 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 32709610 A G HLA-DQA2 CCDS4753.1 r.? - - intronic 32 0 0 56 0 0 29 0 0 77 0 0 83 9 10.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5.607259924 6 5.305306751 3 3 4 3 2 2 2 2 1 0.392740076 1 0.694693249 NA 4 NA 3 NA 2 NA 3 NA 0.607259924 NA 0.305306751 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.905196479 0.905196479 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 4.6E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 32939841 C G BRD2 CCDS4762.1 r.867c>g c.? p.? 5'UTR variant 41 0 0 30 0 0 22 0 0 13 0 0 63 5 7.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5.607259924 6 5.305306751 3 3 4 3 2 2 2 2 1 0.392740076 1 0.694693249 NA 4 NA 3 NA 2 NA 3 NA 0.607259924 NA 0.305306751 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.662134462 0.662134462 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.0000173 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 33205167 G A - - - - - - 37 0 0 55 0 0 21 1 4.8 48 0 0 84 6 7.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 5.607259924 6 5.305306751 3 3 4 3 2 2 2 2 1 0.392740076 1 0.694693249 NA 4 NA 3 NA 2 NA 3 NA 0.607259924 NA 0.305306751 0 0 1 0.689277509 NA 0 0 0 1 0.595082871 0.595082871 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 0.099912572 1 1 1 0.00000455 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 33738516 C T LEMD2 CCDS4785.1 r.? - - downstream 38 0 0 43 2 4.7 26 3 11.5 30 1 3.3 74 9 12.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5.607259924 6 5.305306751 3 3 4 3 2 2 2 2 1 0.392740076 1 0.694693249 NA 4 NA 3 NA 2 NA 3 NA 0.607259924 NA 0.305306751 0.588619048 0.588619048 1 1.651394031 1.651394031 1 0.696102564 0.696102564 1 1.022536764 1.022536764 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.019709573 1 0.000298167 1 0.139615808 1 1.61E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 33824020 G A - - - - - - 38 0 0 41 0 0 19 0 0 22 0 0 73 8 11 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5.607259924 6 5.305306751 3 3 4 3 2 2 2 2 1 0.392740076 1 0.694693249 NA 4 NA 3 NA 2 NA 3 NA 0.607259924 NA 0.305306751 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.921959377 0.921959377 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 3.93E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 34102337 C T GRM4 CCDS4787.1 r.? - - upstream 20 0 0 34 2 5.9 20 1 5 37 0 0 64 8 12.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 2 0 0 FALSE FALSE 5 5.607259924 6 5.305306751 3 3 4 3 2 2 2 2 1 0.392740076 1 0.694693249 NA 4 NA 3 NA 2 NA 3 NA 0.607259924 NA 0.305306751 0.738904762 0.738904762 1 0.717997405 NA 0 0 0 1 1.04768111 1.04768111 1 NA NA 0 NA NA 1 0 0 1 0 NA 0 NA NA 1 1 0.012612579 1 0.09538952 1 1 1 1.35E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 34336710 C A NUDT3 CCDS4791.1 r.? - - intronic 27 0 0 50 3 6 35 2 5.7 37 3 8.1 85 7 8.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 1 100 TRUE FALSE 5 5.607259924 6 5.305306751 3 3 4 3 2 2 2 2 1 0.392740076 1 0.694693249 NA 4 NA 3 NA 2 NA 3 NA 0.607259924 NA 0.305306751 0.751428571 0.751428571 1 0.818517041 0.818517041 1 1.708615385 1.708615385 1 0.687278808 0.687278808 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8.381448883 8.381448883 1 8 NA 1 1 0.002055544 1 0.013332991 1 0.000855237 1 0.000000274 0.005 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 34540830 G T - - - - - - 35 0 0 39 3 7.7 33 2 6.1 16 0 0 77 5 6.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5.607259924 6 5.305306751 3 3 4 3 2 2 2 2 1 0.392740076 1 0.694693249 NA 4 NA 3 NA 2 NA 3 NA 0.607259924 NA 0.305306751 0.964333333 0.964333333 1 0.875956834 0.875956834 1 0 0 1 0.544794177 0.544794177 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000998458 1 0.011909843 1 1 1 0.0000458 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 35017182 C T ANKS1A CCDS4798.1 r.? - - intronic 34 0 0 43 0 0 37 0 0 62 0 0 84 13 15.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5.607259924 6 5.305306751 3 3 4 3 2 2 2 2 1 0.392740076 1 0.694693249 NA 4 NA 3 NA 2 NA 3 NA 0.607259924 NA 0.305306751 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.299124577 1.299124577 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 5.49E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 35429908 G A FANCE CCDS4805.1 r.? - - intronic 27 0 0 30 1 3.3 18 2 11.1 32 1 3.1 66 6 9.1 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5.607259924 6 5.305306751 3 3 4 3 2 2 2 2 1 0.392740076 1 0.694693249 NA 4 NA 3 NA 2 NA 3 NA 0.607259924 NA 0.305306751 0.413285714 0.413285714 1 1.593954239 1.593954239 1 0.65391453 0.65391453 1 0.762711848 0.762711848 1 NA NA 0 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.139615808 1 0.003626632 1 0.14819814 1 0.0000011 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 35787807 C G LHFPL5 CCDS4812.1 r.? - - intronic 35 0 0 53 2 3.8 19 1 5.3 63 1 1.6 85 9 10.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA FALSE FALSE 5 5.607259924 6 5.305306751 3 3 4 3 2 2 2 2 1 0.392740076 1 0.694693249 NA 4 NA 3 NA 2 NA 3 NA 0.607259924 NA 0.305306751 0.475904762 0.475904762 1 0.761077249 NA 0 0.337504274 0.337504274 1 0.888433582 0.888433582 1 NA NA 0 NA NA 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.029108399 1 0.090843738 1 0.27078753 1 5.71E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 35789499 C G LHFPL5 CCDS4812.1 r.? - - intronic 19 0 0 34 4 11.8 28 2 7.1 38 2 5.3 85 9 10.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 TRUE FALSE 5 5.607259924 6 5.305306751 3 3 4 3 2 2 2 2 1 0.392740076 1 0.694693249 NA 4 NA 3 NA 2 NA 3 NA 0.607259924 NA 0.305306751 1.477809524 1.477809524 1 1.019556315 1.019556315 1 1.117982906 1.117982906 1 0.888433582 0.888433582 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 0 NA 0 8 NA 1 1 0.0000257 1 0.008668191 1 0.015598339 1 5.71E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 36259179 G C PNPLA1 CCDS47416.1 r.142g>c c.3G>C p.M1I start-lost 27 0 0 29 0 0 13 0 0 24 0 0 50 7 14 254 1 0.4 247 0 0 37 0 0 166 0 0 185 23 12.4 FALSE FALSE 6 5.607259924 6 5.305306751 4 3 4 3 2 2 2 2 1 0.392740076 1 0.694693249 NA 4 NA 3 NA 2 NA 3 NA 0.607259924 NA 0.305306751 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 1.173402844 1.173402844 1 0 NA 0 0 NA 0 0 0 1 1.039299662 1.039299662 1 NA NA 1 0.720061578 1 1 1 1 1 1 6.46E-09 7.1E-25 YES 0_0 0_0 0_0 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b 6 37027074 G A - - - - - - 26 0 0 61 4 6.6 32 2 6.2 42 0 0 75 7 9.3 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 5.607259924 6 5.305306751 4 3 4 3 2 2 2 2 1 0.392740076 1 0.694693249 NA 4 NA 3 NA 2 NA 3 NA 0.607259924 NA 0.305306751 0.892571429 0.892571429 1 0.890316782 0.890316782 1 0 0 1 0.779474746 0.779474746 1 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.000259828 1 0.011224977 1 1 1 0.000000115 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 37220726 T G TBC1D22B CCDS4832.1 r.? - - upstream 30 0 0 47 4 8.5 18 1 5.6 47 2 4.3 64 6 9.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 5.607259924 6 5.305306751 4 3 4 3 2 2 2 2 1 0.392740076 1 0.694693249 NA 4 NA 3 NA 2 NA 3 NA 0.607259924 NA 0.305306751 1.14952381 1.14952381 1 0.804157093 0.804157093 1 0.907042735 0.907042735 1 0.787856195 0.787856195 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.0000939 1 0.086275114 1 0.02328732 1 0.000000914 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 37520736 C T - - - - - - 24 0 0 43 0 0 24 2 8.3 42 0 0 63 7 11.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 5.607259924 6 5.305306751 4 3 4 3 2 2 2 2 1 0.392740076 1 0.694693249 NA 4 NA 3 NA 2 NA 3 NA 0.607259924 NA 0.305306751 0 0 1 1.191875692 1.191875692 1 0 0 1 0.930340826 0.930340826 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 1 1 0.006413403 1 1 1 3.38E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 37592037 G A - - - - - - 29 0 0 48 1 2.1 25 0 0 30 0 0 79 8 10.1 139 0 0 291 0 0 216 1 0.5 247 1 0.4 306 34 11.1 TRUE FALSE 6 5.607259924 6 5.305306751 4 3 4 3 2 2 2 2 1 0.392740076 1 0.694693249 NA 4 NA 3 NA 2 NA 3 NA 0.607259924 NA 0.305306751 0.284 0.284 1 0 0 1 0 0 1 0.846526337 0.846526337 1 0 NA 0 0.07179974 NA 0 0.084376068 NA 0 0.930340826 0.930340826 1 6 NA 1 1 0.213845552 1 1 0.661323205 1 0.7100648 7.43E-09 2.56E-34 YES 0_0 0_0 0_0 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b 6 39157785 G A KCNK5 CCDS4841.1 r.2720c>u c.? p.? 3'UTR variant 21 0 0 45 3 6.7 18 2 11.1 13 0 0 68 11 16.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 5.607259924 18 5.305306751 4 3 15 3 2 2 3 2 1 0.392740076 1 0.694693249 NA 4 NA 3 NA 2 NA 3 NA 0.607259924 NA 0.305306751 0.906095238 0.906095238 1 1.593954239 1.593954239 1 0 0 1 1.357794719 1.357794719 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.001516071 1 0.003626632 1 1 1 5.76E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 40404234 T A LRFN2 CCDS34443.1 r.? - - intronic 36 0 0 37 3 8.1 27 2 7.4 94 1 1.1 73 8 11 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 5.607259924 18 5.305306751 4 3 15 3 2 2 3 2 1 0.392740076 1 0.694693249 NA 4 NA 3 NA 2 NA 3 NA 0.607259924 NA 0.305306751 1.095428571 1.095428571 1 1.062636159 1.062636159 1 0.364034188 0.364034188 1 0.921959377 0.921959377 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000855237 1 0.00807567 1 0.375734132 1 3.93E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 42185514 C T MRPS10 CCDS4866.1 r.? - - intronic 34 0 0 37 0 0 22 0 0 23 0 0 54 6 11.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 5.607259924 9 5.305306751 4 3 6 3 2 2 3 2 1 0.392740076 1 0.694693249 NA 4 NA 3 NA 2 NA 3 NA 0.607259924 NA 0.305306751 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 0.930340826 0.930340826 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000000329 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 42527373 A C UBR2 CCDS4870.1 r.? - - upstream 35 0 0 43 0 0 34 0 0 57 0 0 67 10 14.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 5.607259924 9 5.305306751 4 3 6 3 2 2 3 2 1 0.392740076 1 0.694693249 NA 4 NA 3 NA 2 NA 3 NA 0.607259924 NA 0.305306751 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 1.248835884 1.248835884 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.87E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 42529675 G T UBR2 CCDS4870.1 r.? - - upstream 30 0 0 37 0 0 32 0 0 105 0 0 68 6 8.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 5.607259924 9 5.305306751 4 3 6 3 2 2 3 2 1 0.392740076 1 0.694693249 NA 4 NA 3 NA 2 NA 3 NA 0.607259924 NA 0.305306751 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.737567502 0.737567502 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.00000131 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 42707851 G A TBCC CCDS4872.1 r.? - - downstream 30 0 0 51 3 5.9 27 1 3.7 14 0 0 72 7 9.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 5.607259924 9 5.305306751 4 3 6 3 2 2 3 2 1 0.392740076 1 0.694693249 NA 4 NA 3 NA 2 NA 3 NA 0.607259924 NA 0.305306751 0.797904762 0.797904762 1 0.53131808 NA 0 0 0 1 0.813000542 0.813000542 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.002175924 1 0.126579904 1 1 1 8.66E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 43322448 G A ZNF318 CCDS4895.2 r.2702c>u c.2624C>T p.P875L missense 43 0 0 53 0 0 26 0 0 62 0 0 70 11 15.7 267 0 0 423 0 0 144 1 0.7 349 0 0 494 88 17.8 TRUE FALSE 6 5.607259924 9 5.305306751 4 3 6 3 2 2 3 2 1 0.392740076 1 0.694693249 NA 4 NA 3 NA 2 NA 3 NA 0.607259924 NA 0.305306751 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.315887475 1.315887475 1 0 NA 0 0.100519637 NA 0 0 0 1 1.491897901 0.880335071 1.694693249 1 NA 1 1 1 1 1 0.514126036 1 1 8.06E-14 6.78E-105 YES 0_0 0_0 0_0 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b 6 44907095 T A SUPT3H CCDS34466.1 r.? - - intronic 42 0 0 38 0 0 25 0 0 95 0 0 70 8 11.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 5.607259924 9 5.305306751 4 3 6 3 2 2 3 2 1 0.392740076 1 0.694693249 NA 4 NA 3 NA 2 NA 3 NA 0.607259924 NA 0.305306751 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.955485173 0.955485173 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.8E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 45599464 G A - - - - - - 21 0 0 45 3 6.7 21 2 9.5 75 2 2.7 82 11 13.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 5.607259924 9 5.305306751 4 3 6 3 2 2 3 2 1 0.392740076 1 0.694693249 NA 4 NA 3 NA 2 NA 3 NA 0.607259924 NA 0.305306751 0.906095238 0.906095238 1 1.364195069 1.364195069 1 0.650538462 0.650538462 1 1.12311415 1.12311415 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.001516071 1 0.004928472 1 0.054571821 1 4.94E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 45711261 C T - - - - - - 42 0 0 44 2 4.5 28 1 3.6 60 0 0 86 18 20.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 5.607259924 9 5.305306751 4 3 6 3 2 2 3 2 1 0.392740076 1 0.694693249 NA 4 NA 3 NA 2 NA 3 NA 0.607259924 NA 0.305306751 0.608571429 0.608571429 1 0.516958131 0.516958131 1 0 0 1 1.751722817 1.033651853 1.694693249 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.020580492 1 0.130947004 1 1 1 4.22E-24 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 47119437 G C - - - - - - 16 0 0 38 0 0 19 0 0 53 0 0 57 4 7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 5.607259924 9 5.305306751 4 3 6 3 2 2 3 2 1 0.392740076 1 0.694693249 NA 4 NA 3 NA 2 NA 3 NA 0.607259924 NA 0.305306751 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 0.586701422 0.586701422 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000199821 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 47300370 G A - - - - - - 29 0 0 53 0 0 34 0 0 89 0 0 88 10 11.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 5.607259924 9 5.305306751 4 3 6 3 2 2 3 2 1 0.392740076 1 0.694693249 NA 4 NA 3 NA 2 NA 3 NA 0.607259924 NA 0.305306751 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 0.955485173 0.955485173 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 3.09E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 47464739 C A CD2AP CCDS34472.1 r.? - - intronic 47 0 0 39 0 0 24 0 0 73 0 0 80 5 6.2 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 5.607259924 9 5.305306751 4 3 6 3 2 2 3 2 1 0.392740076 1 0.694693249 NA 4 NA 3 NA 2 NA 3 NA 0.607259924 NA 0.305306751 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 0.519649831 0.519649831 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000055 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 47920135 T C C6orf138 ENST00000398738 r.? - - intronic 27 0 0 33 1 3 24 0 0 92 0 0 68 7 10.3 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 5.607259924 9 5.305306751 4 3 6 3 2 2 3 2 1 0.392740076 1 0.694693249 NA 4 NA 3 NA 2 NA 3 NA 0.607259924 NA 0.305306751 0.405714286 0.405714286 1 0 0 1 0 0 1 0.863289235 0.863289235 1 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.15245715 1 1 1 1 1 0.000000058 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 48634649 C T - - - - - - 30 0 0 49 3 6.1 30 1 3.3 69 3 4.3 81 10 12.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 5.607259924 9 5.305306751 4 3 6 3 2 2 3 2 1 0.392740076 1 0.694693249 NA 4 NA 3 NA 2 NA 3 NA 0.607259924 NA 0.305306751 0.824952381 0.824952381 1 0.473878287 0.473878287 1 1.036042735 1.036042735 1 1.030918213 1.030918213 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.001939399 1 0.139615808 1 0.005121501 1 1.33E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 49008866 A T - - - - - - 40 0 0 42 0 0 28 1 3.6 79 2 2.5 77 8 10.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 6 5.607259924 9 5.305306751 4 3 6 3 2 2 3 2 1 0.392740076 1 0.694693249 NA 4 NA 3 NA 2 NA 3 NA 0.607259924 NA 0.305306751 0 0 1 0.516958131 0.516958131 1 0.602350427 0.602350427 1 0.871670684 0.871670684 1 NA NA 1 NA NA 0 0 0 1 NA NA 0 8 NA 1 1 1 1 0.130947004 1 0.059811146 1 6.05E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 49392343 T A - - - - - - 27 0 0 35 0 0 18 0 0 71 0 0 56 9 16.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 5.607259924 9 5.305306751 4 3 6 3 2 2 3 2 1 0.392740076 1 0.694693249 NA 4 NA 3 NA 2 NA 3 NA 0.607259924 NA 0.305306751 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 1.34941327 1.34941327 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.2E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 49548562 C T - - - - - - 35 0 0 46 2 4.3 23 0 0 97 0 0 88 8 9.1 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 5.607259924 9 5.305306751 4 3 6 3 2 2 3 2 1 0.392740076 1 0.694693249 NA 4 NA 3 NA 2 NA 3 NA 0.607259924 NA 0.305306751 0.58152381 0.58152381 1 0 0 1 0 0 1 0.762711848 0.762711848 1 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.022369545 1 1 1 1 1 1.76E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 49967274 G C - - - - - - 29 0 0 35 0 0 27 0 0 83 0 0 76 8 10.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 5.607259924 9 5.305306751 4 3 6 3 2 2 3 2 1 0.392740076 1 0.694693249 NA 4 NA 3 NA 2 NA 3 NA 0.607259924 NA 0.305306751 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 0.880052133 0.880052133 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 5.44E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 50082131 C A - - - - - - 42 1 2.4 47 8 17 33 2 6.1 91 16 17.6 84 22 26.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 5.607259924 9 5.305306751 4 3 6 3 2 2 3 2 1 0.392740076 1 0.694693249 NA 4 NA 3 NA 2 NA 3 NA 0.607259924 NA 0.305306751 2.299047619 1.14952381 2 0.875956834 0.875956834 1 4.240547009 1.060136752 4 2.195939607 1.097969804 2 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 0.189842622 1 1.03E-10 1 0.011909843 1 2.79E-20 1 1.66E-31 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 50826078 T C - - - - - - 37 0 0 52 2 3.8 33 0 0 87 0 0 59 15 25.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA FALSE FALSE 6 5.607259924 9 5.305306751 4 3 6 3 2 2 3 2 1 0.392740076 1 0.694693249 NA 4 NA 3 NA 2 NA 3 NA 0.607259924 NA 0.305306751 0.513904762 0.513904762 1 0 NA 0 0 0 1 2.128888016 1.064444008 2 NA NA 1 NA NA 0 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.028101652 1 1 1 1 1 9.9E-22 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 50841140 T C - - - - - - 32 0 0 57 4 7 27 1 3.7 77 0 0 87 6 6.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 5.607259924 9 5.305306751 4 3 6 3 2 2 3 2 1 0.392740076 1 0.694693249 NA 4 NA 3 NA 2 NA 3 NA 0.607259924 NA 0.305306751 0.946666667 0.946666667 1 0.53131808 0.53131808 1 0 0 1 0.578319973 0.578319973 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.000199821 1 0.126579904 1 1 1 0.00000558 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 50958119 T A - - - - - - 36 0 0 44 0 0 19 0 0 94 0 0 58 5 8.6 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 5.607259924 9 5.305306751 4 3 6 3 2 2 3 2 1 0.392740076 1 0.694693249 NA 4 NA 3 NA 2 NA 3 NA 0.607259924 NA 0.305306751 0 NA 0 0 NA 0 0 0 1 0.720804604 0.720804604 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.0000115 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 51197533 G C - - - - - - 41 0 0 48 3 6.2 25 2 8 68 2 2.9 82 12 14.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 5.607259924 9 5.305306751 4 3 6 3 2 2 3 2 1 0.392740076 1 0.694693249 NA 4 NA 3 NA 2 NA 3 NA 0.607259924 NA 0.305306751 0.83847619 0.83847619 1 1.148795848 1.148795848 1 0.698726496 0.698726496 1 1.223691537 1.223691537 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.001827434 1 0.006948068 1 0.045825786 1 1.46E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 51312789 T A - - - - - - 40 0 0 49 0 0 24 0 0 78 0 0 61 9 14.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 5.607259924 9 5.305306751 4 3 6 3 2 2 3 2 1 0.392740076 1 0.694693249 NA 4 NA 3 NA 2 NA 3 NA 0.607259924 NA 0.305306751 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.240454435 1.240454435 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.68E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 51371703 A G - - - - - - 42 0 0 47 0 0 29 0 0 93 0 0 82 11 13.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 5.607259924 9 5.305306751 4 3 6 3 2 2 3 2 1 0.392740076 1 0.694693249 NA 4 NA 3 NA 2 NA 3 NA 0.607259924 NA 0.305306751 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.12311415 1.12311415 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 4.94E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 51794586 G A PKHD1 CCDS4935.1 r.? - - intronic 37 0 0 50 0 0 27 0 0 80 0 0 82 10 12.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 5.607259924 9 5.305306751 4 3 6 3 2 2 3 2 1 0.392740076 1 0.694693249 NA 4 NA 3 NA 2 NA 3 NA 0.607259924 NA 0.305306751 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 1.022536764 1.022536764 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.51E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 52642965 G T - - - - - - 35 0 0 56 3 5.4 22 1 4.5 84 0 0 78 14 17.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 5.607259924 9 5.305306751 4 3 6 3 2 2 3 2 1 0.392740076 1 0.694693249 NA 4 NA 3 NA 2 NA 3 NA 0.607259924 NA 0.305306751 0.730285714 0.730285714 1 0.646197664 NA 0 0 0 1 1.50027935 1.50027935 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.00284314 1 0.104413009 1 1 1 4.63E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 53186117 G C ELOVL5 CCDS4951.1 r.? - - intronic 36 0 0 40 0 0 27 0 0 78 0 0 65 8 12.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 5.607259924 9 5.305306751 4 3 6 3 2 2 3 2 1 0.392740076 1 0.694693249 NA 4 NA 3 NA 2 NA 3 NA 0.607259924 NA 0.305306751 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.030918213 1.030918213 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.53E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 53671432 G C LRRC1 CCDS4953.2 r.? - - intronic 30 0 0 37 0 0 32 0 0 70 0 0 70 9 12.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 5.607259924 9 5.305306751 4 3 6 3 2 2 3 2 1 0.392740076 1 0.694693249 NA 4 NA 3 NA 2 NA 3 NA 0.607259924 NA 0.305306751 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 1.081206906 1.081206906 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 9.65E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 54196636 T C TINAG CCDS4955.1 r.? - - intronic 44 0 0 42 0 0 28 0 0 66 0 0 81 11 13.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 5.607259924 9 5.305306751 4 3 6 3 2 2 3 2 1 0.392740076 1 0.694693249 NA 4 NA 3 NA 2 NA 3 NA 0.607259924 NA 0.305306751 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.139877048 1.139877048 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 4.29E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 54600299 G A - - - - - - 36 0 0 54 0 0 34 0 0 76 0 0 76 9 11.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 5.607259924 9 5.305306751 4 3 6 3 2 2 3 2 1 0.392740076 1 0.694693249 NA 4 NA 3 NA 2 NA 3 NA 0.607259924 NA 0.305306751 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 0.989010968 0.989010968 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.06E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 54600300 C T - - - - - - 36 0 0 54 0 0 33 0 0 76 0 0 75 8 10.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 5.607259924 9 5.305306751 4 3 6 3 2 2 3 2 1 0.392740076 1 0.694693249 NA 4 NA 3 NA 2 NA 3 NA 0.607259924 NA 0.305306751 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.896815031 0.896815031 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 4.89E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 54848183 C T - - - - - - 42 0 0 29 1 3.4 17 1 5.9 47 3 6.4 68 12 17.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 5.607259924 9 5.305306751 4 3 6 3 2 2 3 2 1 0.392740076 1 0.694693249 NA 4 NA 3 NA 2 NA 3 NA 0.607259924 NA 0.305306751 0.459809524 0.459809524 1 0.847236938 NA 0 1.542017094 1.542017094 1 1.475135003 1.475135003 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.135292269 1 0.081683532 1 0.001719595 1 1.37E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 54886995 C G - - - - - - 32 0 0 52 0 0 28 0 0 59 0 0 70 8 11.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 6 5.607259924 9 5.305306751 4 3 6 3 2 2 3 2 1 0.392740076 1 0.694693249 NA 4 NA 3 NA 2 NA 3 NA 0.607259924 NA 0.305306751 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.955485173 0.955485173 1 NA NA 1 NA NA 0 0 0 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.8E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 55007696 A T - - - - - - 32 0 0 39 2 5.1 22 1 4.5 69 0 0 66 6 9.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 5.607259924 9 5.305306751 4 3 6 3 2 2 3 2 1 0.392740076 1 0.694693249 NA 4 NA 3 NA 2 NA 3 NA 0.607259924 NA 0.305306751 0.689714286 0.689714286 1 0.646197664 0.646197664 1 0 0 1 0.762711848 0.762711848 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.016387522 1 0.104413009 1 1 1 0.0000011 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 55180450 T C - - - - - - 39 0 0 41 3 7.3 23 1 4.3 87 3 3.4 77 11 14.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 5.607259924 9 5.305306751 4 3 6 3 2 2 3 2 1 0.392740076 1 0.694693249 NA 4 NA 3 NA 2 NA 3 NA 0.607259924 NA 0.305306751 0.987238095 0.987238095 1 0.617477768 0.617477768 1 0.819196581 0.819196581 1 1.19854719 1.19854719 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.001155993 1 0.108890944 1 0.009696123 1 2.41E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 55234611 T C GFRAL CCDS4957.1 r.? - - intronic 26 0 0 40 0 0 31 0 0 68 0 0 86 14 16.3 2 0 0 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 5.607259924 9 5.305306751 4 3 6 3 2 2 3 2 1 0.392740076 1 0.694693249 NA 4 NA 3 NA 2 NA 3 NA 0.607259924 NA 0.305306751 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 1.366176168 1.366176168 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.98E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 56294076 C T - - - - - - 25 0 0 42 0 0 39 0 0 81 1 1.2 72 9 12.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 5.607259924 9 5.630941641 4 3 6 3 2 2 3 2 1 0.392740076 1 0.369058359 NA 4 NA 4 NA 2 NA 2 NA 0.607259924 NA 0.630941641 0 0 1 0 0 1 0.289128205 0.289128205 1 1.088385472 1.088385472 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.333700419 1 1.25E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 57176583 G A PRIM2 ENST00000370687 r.? - - upstream 29 0 0 23 2 8.7 8 2 25 2 0 0 48 8 16.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 5.607259924 9 5.630941641 4 3 6 3 3 2 3 2 1 0.392740076 1 0.369058359 NA 4 NA 4 NA 2 NA 2 NA 0.607259924 NA 0.630941641 1.263571429 1.263571429 1 3.589987024 3.589987024 1 0 0 1 1.45408299 1.45408299 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.00589844 1 0.000686131 1 1 1 1.23E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 57398757 T A PRIM2 ENST00000425433 r.? - - intronic 70 0 0 107 7 6.5 59 2 3.4 159 4 2.5 209 18 8.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 5.607259924 9 5.630941641 4 3 6 3 3 2 3 2 1 0.392740076 1 0.369058359 NA 4 NA 4 NA 2 NA 2 NA 0.607259924 NA 0.630941641 0.944047619 0.944047619 1 0.488238235 0.488238235 1 0.602350427 0.602350427 1 0.748809204 0.748809204 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.00000132 1 0.035441897 1 0.008681274 1 6.56E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 57467877 C T PRIM2 ENST00000425433 r.? - - intronic 112 0 0 114 5 4.4 86 0 0 197 0 0 236 10 4.2 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 5.607259924 9 5.630941641 4 3 6 3 3 2 3 2 1 0.392740076 1 0.369058359 NA 4 NA 4 NA 2 NA 2 NA 0.607259924 NA 0.630941641 0.639047619 0.639047619 1 0 0 1 0 0 1 0.365697518 0.579605933 0.630941641 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.00029191 1 1 1 1 1 0.000000427 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 57715452 A G - - - - - - 21 0 0 47 4 8.5 19 0 0 83 0 0 71 7 9.9 2 0 0 0 0 NA 3 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 5.607259924 9 5.630941641 4 3 6 3 3 2 3 2 1 0.392740076 1 0.369058359 NA 4 NA 4 NA 2 NA 2 NA 0.607259924 NA 0.630941641 1.23452381 1.23452381 1 0 0 1 0 0 1 0.862001294 0.862001294 1 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.0000939 1 1 1 1 1 7.85E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 57813146 C T - - - - - - 34 0 0 39 0 0 30 0 0 66 0 0 76 6 7.9 0 0 NA 0 0 NA 4 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 5.607259924 9 5.630941641 4 3 6 3 3 2 3 2 1 0.392740076 1 0.369058359 NA 4 NA 4 NA 2 NA 2 NA 0.607259924 NA 0.630941641 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.687859618 0.687859618 1 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.00000253 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 58046646 C T - - - - - - 29 0 0 37 0 0 24 0 0 71 0 0 60 7 11.7 2 0 0 1 0 0 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA FALSE FALSE 7 5.607259924 9 5.630941641 4 3 6 3 3 2 3 2 1 0.392740076 1 0.369058359 NA 4 NA 4 NA 2 NA 2 NA 0.607259924 NA 0.630941641 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 1.018728801 1.018728801 1 0 0 1 NA NA 0 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.39E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 58423630 G A - - - - - - 34 0 0 44 0 0 16 0 0 87 0 0 85 9 10.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 5.607259924 9 5.630941641 4 3 6 3 3 2 3 2 1 0.392740076 1 0.369058359 NA 4 NA 4 NA 2 NA 2 NA 0.607259924 NA 0.630941641 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.92295088 0.92295088 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 5.71E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 58516224 T C - - - - - - 49 0 0 48 4 8.3 31 2 6.5 68 0 0 105 14 13.3 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 5.607259924 9 5.630941641 4 3 6 3 3 2 3 2 1 0.392740076 1 0.369058359 NA 4 NA 4 NA 2 NA 2 NA 0.607259924 NA 0.630941641 1.20547619 1.20547619 1 0.933396626 0.933396626 1 0 0 1 1.158042142 1.158042142 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.000102016 1 0.010558179 1 1 1 3.66E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 62022016 T A - - - - - - 36 0 0 44 0 0 20 0 0 75 0 0 89 8 9 392 0 0 540 1 0.2 333 0 0 645 0 0 772 57 7.4 FALSE FALSE 7 5.607259924 9 5.630941641 4 3 6 3 3 2 3 2 1 0.392740076 1 0.369058359 NA 4 NA 4 NA 2 NA 2 NA 0.607259924 NA 0.630941641 0 NA 0 0 NA 0 0 0 1 0.78363754 0.78363754 1 0.029047619 NA 0 0 NA 0 0 0 1 0.644324199 1.021210453 0.630941641 NA NA 1 1 1 0.933248104 1 1 1 1 1.92E-08 2.39E-46 YES 0_0 0_0 0_0 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b 6 62025004 G T - - - - - - 43 0 0 44 2 4.5 28 2 7.1 92 0 0 77 6 7.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 5.607259924 9 5.630941641 4 3 6 3 3 2 3 2 1 0.392740076 1 0.369058359 NA 4 NA 4 NA 2 NA 2 NA 0.607259924 NA 0.630941641 0.653571429 0.653571429 1 1.019556315 1.019556315 1 0 0 1 0.679152534 0.679152534 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.020580492 1 0.008668191 1 1 1 0.00000273 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 62098777 G C - - - - - - 34 0 0 25 0 0 20 0 0 48 0 0 58 7 12.1 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 1 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 7 5.607259924 9 5.630941641 4 3 6 3 3 2 3 2 1 0.392740076 1 0.369058359 NA 4 NA 4 NA 2 NA 2 NA 0.607259924 NA 0.630941641 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.053557137 1.053557137 1 NA NA 1 0 NA 0 0 0 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.88E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 62329096 C G - - - - - - 28 0 0 37 2 5.4 17 1 5.9 62 2 3.2 78 6 7.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 5.607259924 9 5.630941641 4 3 6 3 3 2 3 2 1 0.392740076 1 0.369058359 NA 4 NA 4 NA 2 NA 2 NA 0.607259924 NA 0.630941641 0.784285714 0.784285714 1 0.847236938 NA 0 0.771008547 0.771008547 1 0.670445451 0.670445451 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.014826063 1 0.081683532 1 0.038789653 1 0.00000295 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 62341782 C A - - - - - - 27 0 0 54 3 5.6 20 0 0 75 3 4 73 7 9.6 371 1 0.3 387 25 6.5 80 8 10 607 24 4 508 50 9.8 TRUE TRUE 7 5.607259924 9 5.630941641 4 3 6 3 3 2 3 2 1 0.392740076 1 0.369058359 NA 4 NA 4 NA 2 NA 2 NA 0.607259924 NA 0.630941641 0.813333333 0.813333333 1 0 0 1 0.963760684 0.963760684 1 0.835880042 0.835880042 1 0.944047619 0.944047619 1 1.43599481 1.43599481 1 0.963760684 0.963760684 1 0.85329421 0.85329421 1 8 10 1 0.844273344 0.00256299 7.51E-20 1 8.22E-09 0.006456002 2.31E-14 9.54E-08 5E-47 YES 1_1 0_1 1_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b 6 62341870 T C - - - - - - 35 0 0 52 0 0 23 0 0 91 0 0 80 10 12.5 418 0 0 397 0 0 91 2 2.2 605 0 0 562 58 10.3 FALSE FALSE 7 5.607259924 9 5.630941641 4 3 6 3 3 2 3 2 1 0.392740076 1 0.369058359 NA 4 NA 4 NA 2 NA 2 NA 0.607259924 NA 0.630941641 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 1.088385472 1.088385472 1 0 0 1 0.315918858 NA 0 0 0 1 0.896829629 0.896829629 1 NA NA 1 1 1 1 1 0.076482202 1 1 1.17E-11 1.79E-55 YES 0_0 0_0 0_0 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b 6 62371440 T A - - - - - - 33 0 0 46 0 0 15 0 0 88 0 0 81 8 9.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 5.607259924 9 5.630941641 4 3 6 3 3 2 3 2 1 0.392740076 1 0.369058359 NA 4 NA 4 NA 2 NA 2 NA 0.607259924 NA 0.630941641 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 0.862001294 0.862001294 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 9.08E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 62421632 A T KHDRBS2 CCDS4963.1 r.? - - intronic 37 0 0 34 2 5.9 27 2 7.4 74 0 0 77 10 13 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 5.607259924 9 5.630941641 4 3 6 3 3 2 3 2 1 0.392740076 1 0.369058359 NA 4 NA 4 NA 2 NA 2 NA 0.607259924 NA 0.630941641 0.856904762 0.856904762 1 1.062636159 1.062636159 1 0 0 1 1.13192089 1.13192089 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.012612579 1 0.00807567 1 1 1 7.9E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 62726974 G A KHDRBS2 CCDS4963.1 r.? - - intronic 49 0 0 46 2 4.3 28 1 3.6 85 3 3.5 96 7 7.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 FALSE FALSE 7 5.607259924 9 5.630941641 4 3 6 3 3 2 3 2 1 0.392740076 1 0.369058359 NA 4 NA 4 NA 2 NA 2 NA 0.607259924 NA 0.630941641 0.62452381 0.62452381 1 0.516958131 NA 0 0.843290598 0.843290598 1 0.635617115 0.635617115 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 1 1 0.022369545 1 0.130947004 1 0.009101881 1 0.000000631 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 62729123 A G KHDRBS2 CCDS4963.1 r.? - - intronic 30 0 0 35 0 0 15 0 0 69 0 0 87 9 10.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 5.607259924 9 5.630941641 4 3 6 3 3 2 3 2 1 0.392740076 1 0.369058359 NA 4 NA 4 NA 2 NA 2 NA 0.607259924 NA 0.630941641 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.896829629 0.896829629 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 7.05E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 62973077 A C KHDRBS2 CCDS4963.1 r.? - - intronic 36 0 0 41 0 0 30 0 0 92 0 0 97 9 9.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 5.607259924 9 5.630941641 4 3 6 3 3 2 3 2 1 0.392740076 1 0.369058359 NA 4 NA 4 NA 2 NA 2 NA 0.607259924 NA 0.630941641 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 0.809758791 0.809758791 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.88E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 63004155 T G - - - - - - 32 0 0 45 1 2.2 20 2 10 87 0 0 82 8 9.8 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 5.607259924 9 5.630941641 4 3 6 3 3 2 3 2 1 0.392740076 1 0.369058359 NA 4 NA 4 NA 2 NA 2 NA 0.607259924 NA 0.630941641 0.31952381 0.31952381 1 1.43599481 1.43599481 1 0 0 1 0.85329421 0.85329421 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.201934322 1 0.004473894 1 1 1 0.00000001 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 63117061 G A - - - - - - 34 0 0 54 0 0 21 0 0 64 0 0 77 8 10.4 11 0 0 17 0 0 9 0 0 11 0 0 8 1 12.5 FALSE FALSE 7 5.607259924 9 5.630941641 4 3 6 3 3 2 3 2 1 0.392740076 1 0.369058359 NA 4 NA 4 NA 2 NA 2 NA 0.607259924 NA 0.630941641 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 0.905536712 0.905536712 1 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 1.088385472 1.088385472 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 6.05E-09 0.039306956 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 63204616 C A - - - - - - 31 0 0 50 0 0 31 0 0 92 0 0 89 11 12.4 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 1 1 100 FALSE FALSE 7 5.607259924 9 5.630941641 4 3 6 3 3 2 3 2 1 0.392740076 1 0.369058359 NA 4 NA 4 NA 2 NA 2 NA 0.607259924 NA 0.630941641 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 1.079678388 1.079678388 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 8.707083773 8.707083773 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.25E-12 0.005 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 63226521 C T - - - - - - 28 0 0 45 0 0 26 0 0 82 0 0 64 10 15.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 5.607259924 9 5.630941641 4 3 6 3 3 2 3 2 1 0.392740076 1 0.369058359 NA 4 NA 4 NA 2 NA 2 NA 0.607259924 NA 0.630941641 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.358305069 1.358305069 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.16E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 63334857 G T - - - - - - 41 0 0 43 0 0 14 0 0 81 1 1.2 71 8 11.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 5.607259924 9 5.630941641 4 3 6 3 3 2 3 2 1 0.392740076 1 0.369058359 NA 4 NA 4 NA 2 NA 2 NA 0.607259924 NA 0.630941641 0 0 1 0 0 1 0.289128205 0.289128205 1 0.983900466 0.983900466 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.333700419 1 3.14E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 63404030 A G - - - - - - 25 0 0 51 0 0 30 0 0 77 0 0 86 6 7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 5.607259924 9 5.630941641 4 3 6 3 3 2 3 2 1 0.392740076 1 0.369058359 NA 4 NA 4 NA 2 NA 2 NA 0.607259924 NA 0.630941641 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 0.609495864 0.609495864 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.00000522 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 63414667 T C - - - - - - 36 0 0 43 0 0 15 0 0 66 0 0 75 8 10.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 5.607259924 9 5.630941641 4 3 6 3 3 2 3 2 1 0.392740076 1 0.369058359 NA 4 NA 4 NA 2 NA 2 NA 0.607259924 NA 0.630941641 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 0.931657964 0.931657964 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 4.89E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 63548255 G A - - - - - - 34 0 0 40 3 7.5 20 0 0 70 0 0 83 12 14.5 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 5.607259924 9 5.630941641 4 3 6 3 3 2 3 2 1 0.392740076 1 0.369058359 NA 4 NA 4 NA 2 NA 2 NA 0.607259924 NA 0.630941641 1.089285714 1.089285714 1 0 NA 0 0 0 1 1.262527147 1.262527147 1 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.001075403 1 1 1 1 1 1.7E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 63717423 G C - - - - - - 38 0 0 33 0 0 21 0 0 79 0 0 73 7 9.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 5.607259924 9 5.630941641 4 3 6 3 3 2 3 2 1 0.392740076 1 0.369058359 NA 4 NA 4 NA 2 NA 2 NA 0.607259924 NA 0.630941641 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.835880042 0.835880042 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 9.54E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 63789736 C G - - - - - - 30 0 0 32 0 0 27 0 0 84 0 0 63 5 7.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA FALSE FALSE 7 5.607259924 9 5.630941641 4 3 6 3 3 2 3 2 1 0.392740076 1 0.369058359 NA 4 NA 4 NA 2 NA 2 NA 0.607259924 NA 0.630941641 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 0.687859618 0.687859618 1 NA NA 0 NA NA 0 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.0000173 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 63797453 G C - - - - - - 29 0 0 32 0 0 21 0 0 61 0 0 79 14 17.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 5.607259924 9 5.630941641 4 3 6 3 3 2 3 2 1 0.392740076 1 0.369058359 NA 4 NA 4 NA 2 NA 2 NA 0.607259924 NA 0.630941641 0 NA 0 0 NA 0 0 0 1 1.541153828 1.541153828 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 5.6E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 63801663 A G - - - - - - 39 0 0 34 0 0 28 0 0 84 0 0 81 14 17.3 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 5.607259924 9 5.630941641 4 3 6 3 3 2 3 2 1 0.392740076 1 0.369058359 NA 4 NA 4 NA 2 NA 2 NA 0.607259924 NA 0.630941641 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 1.506325493 1.506325493 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 8.14E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 63902206 C A - - - - - - 36 0 0 30 0 0 27 0 0 83 0 0 78 12 15.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 5.607259924 9 5.630941641 4 3 6 3 3 2 3 2 1 0.392740076 1 0.369058359 NA 4 NA 4 NA 2 NA 2 NA 0.607259924 NA 0.630941641 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 1.340890901 1.340890901 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 7.82E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 64051133 G A - - - - - - 22 0 0 43 3 7 20 1 5 37 0 0 75 8 10.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 5.607259924 9 5.630941641 4 3 6 3 3 2 3 2 1 0.392740076 1 0.369058359 NA 4 NA 4 NA 2 NA 2 NA 0.607259924 NA 0.630941641 1.016666667 1.016666667 1 0.717997405 NA 0 0 0 1 0.931657964 0.931657964 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.001328364 1 0.09538952 1 1 1 4.89E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 64519095 C G EYS CCDS47445.1 r.? - - intronic 25 0 0 42 2 4.8 26 0 0 86 2 2.3 84 9 10.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 5.607259924 9 5.630941641 4 3 6 3 3 2 3 2 1 0.392740076 1 0.369058359 NA 4 NA 4 NA 2 NA 2 NA 0.607259924 NA 0.630941641 0.697142857 0.697142857 1 0 NA 0 0.554162393 0.554162393 1 0.931657964 0.931657964 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.018854633 1 1 1 0.069370687 1 5.13E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 64899005 C T EYS CCDS47445.1 r.? - - intronic 48 0 0 38 3 7.9 14 1 7.1 68 3 4.4 68 5 7.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 5.607259924 9 5.630941641 4 3 6 3 3 2 3 2 1 0.392740076 1 0.369058359 NA 4 NA 4 NA 2 NA 2 NA 0.607259924 NA 0.630941641 1.147380952 1.147380952 1 1.019556315 NA 0 1.060136752 1.060136752 1 0.644324199 0.644324199 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000925091 1 0.067769881 1 0.004916956 1 0.0000251 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 64922554 G C EYS CCDS47445.1 r.? - - intronic 29 0 0 37 2 5.4 24 1 4.2 82 3 3.7 78 6 7.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 FALSE FALSE 7 5.607259924 9 5.630941641 4 3 6 3 3 2 3 2 1 0.392740076 1 0.369058359 NA 4 NA 4 NA 2 NA 2 NA 0.607259924 NA 0.630941641 0.784285714 0.784285714 1 0.60311782 NA 0 0.891478632 0.891478632 1 0.670445451 0.670445451 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 1 1 0.014826063 1 0.113346489 1 0.008251578 1 0.00000295 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 65098626 G C EYS CCDS47445.1 r.6035c>g c.6035C>G p.S2012C missense 32 0 0 42 0 0 16 1 6.2 86 3 3.5 78 8 10.3 578 0 0 335 0 0 78 6 7.7 562 22 3.9 612 107 17.5 FALSE FALSE 7 5.607259924 9 5.630941641 4 3 6 3 3 2 3 2 1 0.392740076 1 0.369058359 NA 4 NA 4 NA 2 NA 2 NA 0.607259924 NA 0.630941641 0 0 1 0.890316782 NA 0 0.843290598 0.843290598 1 0.896829629 0.896829629 1 0 NA 0 1.105716003 1.105716003 1 0.939666667 0.939666667 1 1.52373966 0.934269886 1.630941641 NA NA 1 1 1 1 0.077068876 0.00000295 0.009396251 3.3E-13 6.71E-09 3.27E-126 YES 0_0 0_1 1_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b 6 65310331 T C EYS CCDS47445.1 r.? - - intronic 29 0 0 26 0 0 21 0 0 58 4 6.9 60 12 20 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 5.607259924 9 5.630941641 2 3 6 3 0 2 3 2 1 0.392740076 1 0.369058359 NA 4 NA 4 NA 2 NA 2 NA 0.607259924 NA 0.630941641 0 NA 0 0 0 1 1.662487179 1.662487179 1 1.741416755 1.067737012 1.630941641 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000213772 1 2.74E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 65440818 C T EYS CCDS47445.1 r.? - - intronic 36 0 0 29 0 0 16 0 0 61 0 0 67 7 10.4 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 5.607259924 9 5.630941641 2 3 6 3 0 2 3 2 1 0.392740076 1 0.369058359 NA 4 NA 4 NA 2 NA 2 NA 0.607259924 NA 0.630941641 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 0.905536712 0.905536712 1 NA NA 0 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 5.23E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 65569835 C A EYS CCDS47445.1 r.? - - intronic 34 0 0 29 2 6.9 20 1 5 53 2 3.8 49 5 10.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 5.607259924 9 5.630941641 2 3 6 3 0 2 3 2 1 0.392740076 1 0.369058359 NA 4 NA 4 NA 2 NA 2 NA 0.607259924 NA 0.630941641 0.657142857 0.657142857 1 0.717997405 0.717997405 1 0.91557265 0.91557265 1 0.888122545 0.888122545 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.009279585 1 0.09538952 1 0.029108399 1 0.00000496 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 65850247 A T EYS CCDS47445.1 r.? - - intronic 29 0 0 24 0 0 27 0 0 57 0 0 40 8 20 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 5.607259924 9 5.630941641 2 3 6 3 0 2 3 2 1 0.392740076 1 0.369058359 NA 4 NA 4 NA 2 NA 2 NA 0.607259924 NA 0.630941641 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 1.741416755 1.741416755 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.61E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 65930662 G A EYS CCDS47445.1 r.? - - intronic 32 0 0 37 0 0 15 0 0 67 0 0 58 13 22.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 5.607259924 9 5.630941641 2 3 6 3 0 2 3 2 1 0.392740076 1 0.369058359 NA 4 NA 4 NA 2 NA 2 NA 0.607259924 NA 0.630941641 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 1.950386765 0.975193383 2 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 3.12E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 65977527 G A EYS CCDS47445.1 r.? - - intronic 43 0 0 32 0 0 20 0 0 84 2 2.4 58 8 13.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 5.607259924 9 5.630941641 2 3 6 3 0 2 3 2 1 0.392740076 1 0.369058359 NA 4 NA 4 NA 2 NA 2 NA 0.607259924 NA 0.630941641 0 NA 0 0 0 1 0.57825641 0.57825641 1 1.201577561 1.201577561 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.066590661 1 5.99E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 66106961 C G EYS CCDS47445.1 r.? - - intronic 33 0 0 31 2 6.5 14 1 7.1 45 3 6.7 42 7 16.7 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 2 5.607259924 9 5.630941641 2 3 6 3 0 2 3 2 1 0.392740076 1 0.369058359 NA 4 NA 4 NA 2 NA 2 NA 0.607259924 NA 0.630941641 0.619047619 0.619047619 1 1.019556315 1.019556315 1 1.614299145 1.614299145 1 1.45408299 1.45408299 1 NA NA 0 NA NA 1 0 0 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.010558179 1 0.067769881 1 0.001516071 1 1.81E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 66692549 C T - - - - - - 23 0 0 36 0 0 18 0 0 72 0 0 49 10 20.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 5.607259924 9 5.630941641 2 3 6 3 0 2 3 2 1 0.392740076 1 0.369058359 NA 4 NA 4 NA 2 NA 2 NA 0.607259924 NA 0.630941641 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 1.77624509 1.089091752 1.630941641 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 6.72E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 67459691 G A - - - - - - 25 0 0 45 0 0 27 0 0 71 0 0 79 8 10.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 5.607259924 9 4.263624524 3 3 6 2 2 2 3 2 1 0.392740076 1 0.736375476 NA 4 NA 3 NA 2 NA 2 NA 0.607259924 NA 0.263624524 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 0.741316432 0.741316432 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 7.43E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 67597239 G A - - - - - - 26 0 0 48 2 4.2 22 2 9.1 86 5 5.8 61 11 18 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5.607259924 9 4.263624524 3 3 6 2 2 2 3 2 1 0.392740076 1 0.736375476 NA 4 NA 3 NA 2 NA 2 NA 0.607259924 NA 0.263624524 0.526 0.526 1 1.306755277 1.306755277 1 1.397452991 1.397452991 1 1.321157998 1.321157998 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.024220359 1 0.005403392 1 0.0000777 1 1.62E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 67614450 C T - - - - - - 31 0 0 32 0 0 20 0 0 40 0 0 73 9 12.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 5 5.607259924 9 4.263624524 3 3 6 2 2 2 3 2 1 0.392740076 1 0.736375476 NA 4 NA 3 NA 2 NA 2 NA 0.607259924 NA 0.263624524 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.902791299 0.902791299 1 NA NA 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.42E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 67614452 C T - - - - - - 32 0 0 30 0 0 22 0 0 44 0 0 74 10 13.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 5 5.607259924 9 4.263624524 3 3 6 2 2 2 3 2 1 0.392740076 1 0.736375476 NA 4 NA 3 NA 2 NA 2 NA 0.607259924 NA 0.263624524 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.990868499 0.990868499 1 NA NA 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 5.24E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 67626767 C A - - - - - - 46 0 0 45 2 4.4 18 0 0 61 2 3.3 52 7 13.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 5 5.607259924 9 4.263624524 3 3 6 2 2 2 3 2 1 0.392740076 1 0.736375476 NA 4 NA 3 NA 2 NA 2 NA 0.607259924 NA 0.263624524 0.551047619 0.551047619 1 0 0 1 0.795102564 0.795102564 1 0.990868499 0.990868499 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.021467209 1 1 1 0.037660755 1 8.58E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 68114222 G A - - - - - - 27 0 0 35 2 5.7 27 1 3.7 85 3 3.5 64 8 12.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 5 5.607259924 9 4.263624524 3 3 6 2 2 2 3 2 1 0.392740076 1 0.736375476 NA 4 NA 3 NA 2 NA 2 NA 0.607259924 NA 0.263624524 0.713857143 0.713857143 1 0.53131808 0.53131808 1 0.843290598 0.843290598 1 0.917470832 0.917470832 1 NA NA 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.013332991 1 0.126579904 1 0.009101881 1 1.35E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 68162974 T A - - - - - - 44 0 0 39 3 7.7 27 1 3.7 67 3 4.5 73 6 8.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 5 2 9 5.682888383 3 2 6 3 2 0 3 2 1 1 1 0.317111617 NA NA NA 4 NA NA NA 2 NA NA NA 0.682888383 0.964333333 0.964333333 1 0.397849462 NA 0 1.084230769 1.084230769 1 0.718240502 0.718240502 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000998458 1 0.126579904 1 0.004717431 1 0.000002 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 68213177 G C - - - - - - 28 0 0 48 3 6.2 16 1 6.2 54 1 1.9 77 7 9.1 365 0 0 471 32 6.8 197 10 5.1 841 0 0 749 77 10.3 FALSE TRUE 5 2 9 5.682888383 3 2 6 3 2 0 3 2 1 1 1 0.317111617 NA NA NA 4 NA NA NA 2 NA NA NA 0.682888383 0.77647619 0.77647619 1 0.666666667 NA 0 0.457786325 0.457786325 1 0.797071777 0.797071777 1 0.851619048 0.851619048 1 0.548387097 0.548387097 1 0 0 1 0.902180143 0.902180143 1 NA 15 1 1 0.001827434 1.23E-25 0.077068876 8.04E-08 0.237137336 1 0.000000138 6.2E-73 YES 1_1 0_1 0_0 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b 6 68278984 G A - - - - - - 30 0 0 48 2 4.2 26 5 19.2 80 0 0 69 8 11.6 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 9 5.682888383 2 2 6 3 0 0 3 2 1 1 1 0.317111617 NA NA NA 4 NA NA NA 2 NA NA NA 0.682888383 0.4 0.4 1 2.064516129 2.064516129 1 0 0 1 1.01604754 1.01604754 1 NA NA 0 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.024220359 1 0.000000188 1 1 1 2.49E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 68650042 T C - - - - - - 35 0 0 42 0 0 34 0 0 83 0 0 76 16 21.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 9 5.682888383 2 2 6 3 0 0 3 2 1 1 1 0.317111617 NA NA NA 4 NA NA NA 2 NA NA NA 0.682888383 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 1.848155439 0.924077719 2 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.25E-21 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 68732762 C A - - - - - - 23 0 0 28 0 0 14 0 0 70 0 0 65 9 13.8 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 9 5.682888383 2 2 6 3 0 0 3 2 1 1 1 0.317111617 NA NA NA 4 NA NA NA 2 NA NA NA 0.682888383 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 1.208746211 1.208746211 1 NA NA 0 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 4.85E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 68793369 G A - - - - - - 26 0 0 40 0 0 22 0 0 88 0 0 86 13 15.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 9 5.682888383 2 2 6 3 0 0 3 2 1 1 1 0.317111617 NA NA NA 4 NA NA NA 2 NA NA NA 0.682888383 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 1.322613608 1.322613608 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 7.57E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 68823139 A G - - - - - - 36 0 0 58 0 0 36 0 0 69 0 0 72 7 9.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 1 100 TRUE FALSE 2 2 9 5.682888383 2 2 6 3 0 0 3 2 1 1 1 0.317111617 NA NA NA 4 NA NA NA 2 NA NA NA 0.682888383 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.84962596 0.84962596 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8.759030515 8.759030515 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 8.66E-08 0.005 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 68892184 A G - - - - - - 37 0 0 51 2 3.9 29 3 10.3 101 3 3 80 17 21.2 0 0 NA 0 0 NA 1 1 100 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 9 5.682888383 2 2 6 3 0 0 3 2 1 1 1 0.317111617 NA NA NA 4 NA NA NA 2 NA NA NA 0.682888383 0.371428571 0.371428571 1 1.107526882 1.107526882 1 0.722820513 0.722820513 1 1.856914469 0.928457235 2 NA NA 0 10.75268817 10.75268817 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.027109304 1 0.000414371 0.005 0.014481513 1 5.75E-23 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 68892457 T A - - - - - - 43 0 0 47 3 6.4 28 2 7.1 83 4 4.8 84 11 13.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 9 5.682888383 2 2 6 3 0 0 3 2 1 1 1 0.317111617 NA NA NA 4 NA NA NA 2 NA NA NA 0.682888383 0.60952381 0.60952381 1 0.76344086 0.76344086 1 1.156512821 1.156512821 1 1.147432998 1.147432998 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.001719595 1 0.008668191 1 0.000838577 1 6.49E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 69117268 G A - - - - - - 43 0 0 57 4 7 27 1 3.7 72 2 2.8 65 11 16.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 9 5.682888383 2 2 6 3 0 0 3 2 1 1 1 0.317111617 NA NA NA 4 NA NA NA 2 NA NA NA 0.682888383 0.666666667 0.666666667 1 0.397849462 0.397849462 1 0.674632479 0.674632479 1 1.480276157 1.480276157 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000199821 1 0.126579904 1 0.050755634 1 3.41E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 69229938 G A - - - - - - 26 0 0 37 1 2.7 31 1 3.2 81 4 4.9 79 10 12.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 9 5.682888383 2 2 6 3 0 0 3 2 1 1 1 0.317111617 NA NA NA 4 NA NA NA 2 NA NA NA 0.682888383 0.257142857 NA 0 0.344086022 0.344086022 1 1.180606838 1.180606838 1 1.112396875 1.112396875 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.169281299 1 0.143917729 1 0.000765256 1 1.03E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 69517453 C T BAI3 CCDS4968.1 r.? - - intronic 36 0 0 22 0 0 19 0 0 46 0 0 50 13 26 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 9 2 2 2 6 2 0 0 3 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.319796954 1.319796954 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 3.65E-19 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 69838507 C A BAI3 CCDS4968.1 r.? - - intronic 17 0 0 48 1 2.1 12 1 8.3 56 3 5.4 41 9 22 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 9 2 2 2 6 2 0 0 3 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.2 0.2 1 0.892473118 0.892473118 1 1.301076923 1.301076923 1 1.116751269 1.116751269 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.213845552 1 0.058377193 1 0.00284314 1 5.92E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 69965751 C A BAI3 CCDS4968.1 r.? - - intronic 35 0 0 100 4 4 70 3 4.3 145 6 4.1 221 8 3.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 9 27 2 2 6 25 0 0 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.380952381 0.380952381 1 0.462365591 0.462365591 1 0.987854701 0.987854701 1 1.082741117 1.082741117 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.001673268 1 0.005331097 1 0.000100366 1 0.0000189 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 70349604 G C - - - - - - 42 0 0 139 0 0 64 0 0 163 0 0 262 7 2.7 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 9 3 2 2 6 2 0 0 3 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 0.164055838 0.164055838 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000400307 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 70714835 C T COL19A1 CCDS4970.1 r.? - - intronic 31 0 0 38 0 0 14 0 0 36 0 0 54 6 11.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 9 3 2 2 6 2 0 0 3 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.674451777 0.674451777 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000000329 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 70791636 T A COL19A1 CCDS4970.1 r.? - - intronic 37 0 0 40 0 0 25 2 8 75 0 0 67 17 25.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 9 3 2 2 6 2 0 0 3 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0.860215054 0.860215054 1 0 0 1 1.543340102 0.771670051 2 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 4 NA 1 1 1 1 0.006948068 1 1 1 2.03E-24 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 71083682 C T - - - - - - 33 0 0 38 0 0 19 1 5.3 74 0 0 64 12 18.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 9 3 2 2 6 2 0 0 3 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0.569892473 NA 0 0 0 1 1.142314721 1.142314721 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 0.090843738 1 1 1 6.3E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 71395626 T C SMAP1 CCDS43478.1 r.? - - intronic 38 0 0 33 0 0 17 0 0 58 0 0 45 7 15.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 9 3 2 2 6 2 0 0 3 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 0.947878173 0.947878173 1 NA NA 0 NA NA 0 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000000003 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 75206327 T G - - - - - - 31 0 0 30 0 0 19 0 0 71 0 0 54 11 20.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 9 3 2 2 6 2 0 0 3 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 1.239532995 1.239532995 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 3.84E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 75507036 G C - - - - - - 18 0 0 14 1 7.1 7 1 14.3 48 3 6.2 43 9 20.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 9 3 2 2 6 2 0 0 3 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.676190476 0.676190476 1 1.537634409 1.537634409 1 1.49382906 1.49382906 1 1.269913706 1.269913706 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.067769881 1 0.034479353 1 0.001827434 1 9.45E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 76148940 C T FILIP1 CCDS4984.1 r.? - - intronic 29 0 0 24 0 0 23 0 0 36 1 2.8 64 17 26.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 9 3 2 2 6 2 0 0 3 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0.674632479 0.674632479 1 1.616253807 0.808126904 2 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.165106833 1 8.43E-25 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 76292594 C T - - - - - - 35 0 0 36 0 0 22 0 0 36 0 0 55 6 10.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 9 3 2 2 6 2 0 0 3 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.662299492 0.662299492 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000000367 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 76841450 C T - - - - - - 22 0 0 31 0 0 20 0 0 65 0 0 65 10 15.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 9 3 2 2 6 2 0 0 3 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.935725888 0.935725888 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.36E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 77677523 G C - - - - - - 28 0 0 32 0 0 24 0 0 72 0 0 59 6 10.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 9 3 2 2 6 2 0 0 3 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.619766497 0.619766497 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000000561 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 77755773 C G - - - - - - 40 0 0 37 1 2.7 21 1 4.8 56 0 0 63 6 9.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 9 3 2 2 6 2 0 0 3 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.257142857 0.257142857 1 0.516129032 NA 0 0 0 1 0.577233503 0.577233503 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.169281299 1 0.099912572 1 1 1 0.000000832 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 77756713 A G - - - - - - 25 0 0 28 0 0 21 0 0 71 0 0 57 10 17.5 0 0 NA 1 0 0 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 9 3 2 2 6 2 0 0 3 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.063324873 1.063324873 1 0 NA 0 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 3.4E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 77791988 C G - - - - - - 35 0 0 20 0 0 14 0 0 54 2 3.7 47 8 17 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 9 NA 2 2 6 NA 0 0 3 NA 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0.891478632 0.891478632 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.030129377 1 1.03E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 77792067 C A - - - - - - 25 0 0 24 0 0 19 0 0 49 2 4.1 38 5 13.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 9 NA 2 2 6 NA 0 0 3 NA 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0.987854701 0.987854701 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.025168485 1 0.00000137 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 32221495 C A PDE1C ENST00000396193 r.? - - intronic 41 1 2.4 37 0 0 25 0 0 66 0 0 47 11 23.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 1 2 2 2 1 2 1 1 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 1.187817259 1.187817259 1 NA NA 1 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0.18577148 1 1 1 1 1 1 1 7.21E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 78503794 A G - - - - - - 23 0 0 34 2 5.9 18 1 5.6 45 0 0 61 15 24.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 9 2 2 2 6 2 0 0 3 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.561904762 0.561904762 1 0.602150538 0.602150538 1 0 0 1 1.248730964 1.248730964 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.012612579 1 0.086275114 1 1 1 1.73E-21 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 80185412 C T - - - - - - 38 0 0 36 0 0 26 0 0 67 0 0 46 7 15.2 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 9 2 2 2 6 2 0 0 3 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 0.771573604 0.771573604 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 3.53E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 81504201 T C - - - - - - 30 0 0 41 0 0 10 0 0 79 0 0 54 14 25.9 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 9 2 2 2 6 2 0 0 3 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.314720812 1.314720812 1 NA NA 1 NA NA 0 0 0 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.64E-20 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 82759678 A G - - - - - - 28 0 0 30 0 0 14 0 0 62 0 0 53 13 24.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 9 2 2 2 6 2 0 0 3 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.243654822 1.243654822 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 8.53E-19 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 84414655 A G SNAP91 CCDS47455.1 r.? - - intronic 33 0 0 41 0 0 21 0 0 64 0 0 59 17 28.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 9 2 2 2 6 2 0 0 3 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.461928934 1.461928934 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.74E-25 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 86054131 G A - - - - - - 27 0 0 30 1 3.3 13 1 7.7 48 0 0 55 12 21.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 9 2 2 2 6 2 0 0 3 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.314285714 0.314285714 1 0.827956989 0.827956989 1 0 0 1 1.106598985 1.106598985 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.139615808 1 0.063085307 1 1 1 8.78E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 86497032 G A - - - - - - 24 0 0 40 0 0 20 0 0 65 1 1.5 50 13 26 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 9 2 2 2 6 2 0 0 3 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.361410256 0.361410256 1 1.319796954 1.319796954 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.278061424 1 3.65E-19 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 87406530 G C - - - - - - 36 0 0 28 0 0 20 0 0 67 0 0 50 12 24 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 9 2 2 2 6 2 0 0 3 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.218274112 1.218274112 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.49E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 87769678 G A - - - - - - 24 0 0 7 2 28.6 0 0 NA 4 0 0 23 9 39.1 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 9 2 2 2 6 2 0 0 3 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.723809524 2.723809524 1 NA NA 1 0 0 1 1.984771574 0.992385787 2 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.000516315 1 1 1 1 1 1.5E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 89407339 T A RNGTT CCDS5017.1 r.? - - intronic 33 0 0 42 2 4.8 20 1 5 45 1 2.2 54 9 16.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 9 2 2 2 6 2 0 0 3 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.457142857 0.457142857 1 0.537634409 0.537634409 1 0.530068376 0.530068376 1 0.847715736 0.847715736 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.018854633 1 0.09538952 1 0.201934322 1 8.48E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 91515883 C A - - - - - - 31 0 0 93 0 0 45 0 0 110 0 0 194 11 5.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 22 18 22 17 20 16 17 15 2 2 5 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.144340102 1.144340102 1 NA NA 1 NA NA 0 0 0 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 5.81E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 91741029 C A - - - - - - 37 0 0 118 0 0 54 0 0 84 0 0 219 24 11 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 22 18 22 17 20 16 17 15 2 2 5 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 2.208375635 1.104187817 2 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.51E-24 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 91741065 C T - - - - - - 32 0 0 100 0 0 48 0 0 82 0 0 199 18 9 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 22 18 22 17 20 16 17 15 2 2 5 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.806852792 0.903426396 2 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.74E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 91773499 A T - - - - - - 30 0 0 66 1 1.5 34 0 0 102 0 0 165 7 4.2 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 22 18 22 17 20 16 17 15 2 2 5 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.442857143 0.442857143 1 0 0 1 0 0 1 0.84319797 0.84319797 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.281671117 1 1 1 1 1 0.0000228 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 92043178 A G - - - - - - 46 0 0 101 4 4 45 1 2.2 115 0 0 169 14 8.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 22 18 22 17 20 16 17 15 2 2 5 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.180952381 1.180952381 1 0.58855914 0.58855914 1 0 0 1 1.666319797 0.833159898 2 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.001735416 1 0.201934322 1 1 1 3.03E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 92143119 T A - - - - - - 30 0 0 110 0 0 50 0 0 99 0 0 193 8 4.1 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 22 18 22 17 20 16 17 15 2 2 5 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 0.823121827 0.823121827 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.00000709 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 92228242 G A - - - - - - 30 0 0 34 0 0 18 0 0 74 0 0 35 6 17.1 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 5 2 2 2 4 2 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.868020305 0.868020305 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.24E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 93086957 A G - - - - - - 27 0 0 29 2 6.9 18 3 16.7 49 4 8.2 43 8 18.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 5 2 2 2 4 2 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.657142857 0.657142857 1 1.795698925 1.795698925 1 1.647709402 1.647709402 1 0.944162437 0.944162437 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.009279585 1 0.0000964 1 0.000110643 1 4.85E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 94151508 G T - - - - - - 42 0 0 36 0 0 16 0 0 70 0 0 47 10 21.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 5 2 2 2 4 2 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.081218274 1.081218274 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 4.27E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 94333845 A G - - - - - - 20 0 0 35 2 5.7 20 1 5 67 0 0 43 9 20.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 5 2 2 2 4 2 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.542857143 0.542857143 1 0.537634409 0.537634409 1 0 0 1 1.060913706 1.060913706 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.013332991 1 0.09538952 1 1 1 9.45E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 94343818 C T - - - - - - 34 0 0 41 0 0 20 0 0 72 0 0 48 9 18.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 5 2 2 2 4 2 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.954314721 0.954314721 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.75E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 94461197 C T - - - - - - 35 0 0 36 3 8.3 21 1 4.8 61 0 0 52 18 34.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 5 2 2 2 4 2 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.79047619 0.79047619 1 0.516129032 0.516129032 1 0 0 1 1.756345178 0.878172589 2 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.000788827 1 0.099912572 1 1 1 1.39E-28 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 94770731 C A - - - - - - 38 0 0 32 0 0 16 2 12.5 59 3 5.1 51 13 25.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 5 2 2 2 4 2 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.344086022 1.344086022 1 1.024794872 1.024794872 1 1.294416244 1.294416244 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 1 1 0.002863359 1 0.003297476 1 4.87E-19 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 95505188 A G - - - - - - 35 0 0 28 0 0 17 0 0 60 0 0 46 8 17.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 5 2 2 2 4 2 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.883248731 0.883248731 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 8.61E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 96610627 A G FUT9 CCDS5033.1 r.? - - intronic 34 0 0 28 0 0 27 0 0 75 0 0 42 7 16.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 5 2 2 2 4 2 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.847715736 0.847715736 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.81E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 97574186 C A KLHL32 CCDS5038.1 r.? - - intronic 35 0 0 35 3 8.6 14 2 14.3 54 0 0 45 9 20 4 0 0 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 5 2 2 2 4 2 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.819047619 0.819047619 1 1.537634409 1.537634409 1 0 0 1 1.015228426 1.015228426 1 NA NA 1 NA NA 0 0 0 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.000725791 1 0.002185852 1 1 1 1.47E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 98298948 C T - - - - - - 42 0 0 37 0 0 28 0 0 84 0 0 46 12 26.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 5 2 2 2 4 2 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.324873096 1.324873096 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 8.12E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 98593763 G C - - - - - - 35 0 0 24 2 8.3 17 1 5.9 57 1 1.8 39 6 15.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 5 2 2 2 4 2 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.79047619 0.79047619 1 0.634408602 0.634408602 1 0.361692308 0.361692308 1 0.781725888 0.781725888 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.006413403 1 0.081683532 1 0.248523156 1 4.43E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 100203718 A G - - - - - - 38 0 0 22 2 9.1 15 0 0 81 2 2.5 46 8 17.4 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 5 2 2 2 4 2 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.866666667 0.866666667 1 0 0 1 0.502350427 0.502350427 1 0.883248731 0.883248731 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.005403392 1 1 1 0.062493051 1 8.61E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 101393226 A C - - - - - - 41 0 0 32 3 9.4 25 1 4 57 0 0 47 10 21.3 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 5 2 2 2 4 2 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.895238095 0.895238095 1 0.430107527 0.430107527 1 0 0 1 1.081218274 1.081218274 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.000556213 1 0.117779757 1 1 1 4.27E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 101677628 C T - - - - - - 24 0 0 24 2 8.3 30 4 13.3 59 0 0 52 11 21.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 5 2 2 2 4 2 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.79047619 0.79047619 1 1.430107527 1.430107527 1 0 0 1 1.076142132 1.076142132 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.006413403 1 0.0000154 1 1 1 2.44E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 101846943 T C GRIK2 CCDS5048.1 r.280u>c c.? p.? 5'UTR variant 31 0 0 31 3 9.7 19 0 0 32 0 0 45 13 28.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 5 2 2 2 4 2 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.923809524 0.923809524 1 0 0 1 0 0 1 1.467005076 1.467005076 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000505952 1 1 1 1 1 7.68E-20 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 102746352 A G - - - - - - 39 0 0 32 0 0 25 0 0 58 0 0 53 11 20.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 5 2 2 2 4 2 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.055837563 1.055837563 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 3.07E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 103028167 G C - - - - - - 25 0 0 34 0 0 21 0 0 64 0 0 46 12 26.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 5 2 2 2 4 2 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.324873096 1.324873096 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 8.12E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 103234687 G T - - - - - - 27 0 0 30 1 3.3 18 0 0 65 0 0 46 5 10.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 5 2 2 2 4 2 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.314285714 NA 0 0 0 1 0 0 1 0.553299492 0.553299492 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.139615808 1 1 1 1 1 0.00000361 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 103545119 G T - - - - - - 22 0 0 31 3 9.7 21 1 4.8 74 3 4.1 54 15 27.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 5 2 2 2 4 2 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.923809524 0.923809524 1 0.516129032 0.516129032 1 0.823854701 0.823854701 1 1.411167513 1.411167513 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000505952 1 0.099912572 1 0.006220661 1 2.2E-22 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 103889149 C G - - - - - - 24 0 0 36 0 0 13 0 0 60 0 0 60 12 20 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 TRUE FALSE 2 2 5 2 2 2 4 2 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.015228426 1.015228426 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 0 0 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.74E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 104409211 A G - - - - - - 38 0 0 27 2 7.4 24 0 0 65 3 4.6 55 12 21.8 1 0 0 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 5 2 2 2 4 2 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.704761905 0.704761905 1 0 0 1 0.924324786 0.924324786 1 1.106598985 1.106598985 1 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.00807567 1 1 1 0.004333293 1 8.78E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 104474304 C T - - - - - - 46 0 0 31 3 9.7 19 2 10.5 16 0 0 52 7 13.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 5 2 2 2 4 2 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.923809524 0.923809524 1 1.129032258 1.129032258 1 0 0 1 0.685279188 0.685279188 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000505952 1 0.004039874 1 1 1 8.58E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 104608562 T G - - - - - - 27 0 0 30 0 0 20 0 0 67 0 0 49 9 18.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 5 2 2 2 4 2 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.934010152 0.934010152 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 3.35E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 104660451 C T - - - - - - 36 0 0 32 3 9.4 21 2 9.5 60 4 6.7 39 6 15.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 5 2 2 2 4 2 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.895238095 0.895238095 1 1.021505376 1.021505376 1 1.346299145 1.346299145 1 0.781725888 0.781725888 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000556213 1 0.004928472 1 0.000243755 1 4.43E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 105796705 G C PREP CCDS5053.1 r.? - - intronic 32 0 0 47 3 6.4 17 1 5.9 53 0 0 43 10 23.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 5 5 2 2 4 3 0 0 1 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.60952381 0.60952381 1 0.634408602 0.634408602 1 0 0 1 1.881741117 0.940870558 2 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.001719595 1 0.081683532 1 1 1 1.61E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 106153083 G A - - - - - - 34 0 0 52 0 0 30 0 0 80 0 0 78 6 7.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 5 5 2 2 4 3 0 0 1 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.621862944 0.621862944 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.00000295 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 106586726 G T - - - - - - 21 0 0 93 2 2.2 54 1 1.9 159 4 2.5 241 11 4.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 3 0 0 FALSE FALSE 25 26 35 25 23 24 32 23 2 2 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.71552381 NA 0 0.660301075 0.660301075 1 1.252350427 1.252350427 1 1.291502538 1.291502538 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 0 0 1 NA NA 1 1 0.079388736 1 0.237137336 1 0.008681274 1 0.000000054 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 106626942 T C - - - - - - 31 0 0 113 5 4.4 59 4 6.8 167 4 2.4 262 16 6.1 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 2 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 25 26 35 25 23 24 32 23 2 2 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.431047619 1.431047619 1 2.363182796 2.363182796 1 1.20225641 1.20225641 1 1.71264467 0.856322335 2 NA NA 0 0 NA 0 0 0 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000280259 1 0.00022841 1 0.010259538 1 7.08E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 106932729 G T - - - - - - 28 0 0 95 2 2.1 51 0 0 145 0 0 241 11 4.6 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 25 26 35 25 23 24 32 23 2 2 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.683 0.683 1 0 0 1 0 0 1 1.291502538 1.291502538 1 NA NA 0 NA NA 0 0 0 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.082329175 1 1 1 1 1 0.000000054 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 107058371 C A RTN4IP1 CCDS5056.1 r.? - - intronic 33 0 0 99 0 0 50 0 0 129 0 0 270 9 3.3 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 25 26 35 25 23 24 32 23 2 2 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 0.92651269 0.92651269 1 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.0000111 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 107202997 C T - - - - - - 39 0 0 132 0 0 82 1 1.2 104 0 0 283 9 3.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 1 0 0 TRUE FALSE 25 26 35 25 23 24 32 23 2 2 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0.417032258 0.417032258 1 0 0 1 0.898436548 0.898436548 1 NA NA 0 NA NA 0 0 0 1 0 0 1 4 NA 1 1 1 1 0.337031917 1 1 1 0.0000161 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 108274487 G A SEC63 CCDS5061.1 r.? - - intronic 40 0 0 18 0 0 13 0 0 30 0 0 52 11 21.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 3 2 2 2 3 2 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.076142132 1.076142132 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.44E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 108717790 G A LACE1 CCDS5067.1 r.? - - intronic 32 0 0 38 3 7.9 19 2 10.5 45 2 4.4 42 11 26.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 3 2 2 2 3 2 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.752380952 0.752380952 1 1.129032258 1.129032258 1 0.796136752 0.796136752 1 1.329949239 1.329949239 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000925091 1 0.004039874 1 0.021467209 1 1.81E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 108975564 T A FOXO3 CCDS5068.1 r.? - - intronic 38 0 0 29 0 0 19 0 0 46 0 0 56 7 12.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 3 2 2 2 3 2 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.634517766 0.634517766 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.46E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 111934102 C G - - - - - - 34 0 0 116 1 0.9 64 3 4.7 152 0 0 244 16 6.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 25 24 36 24 22 22 32 22 3 2 4 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.292714286 0.292714286 1 1.539376344 1.539376344 1 0 0 1 1.787025381 0.89351269 2 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.44091561 1 0.004148608 1 1 1 2.38E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 112357929 A T - - - - - - 40 0 0 97 4 4.1 68 1 1.5 167 0 0 303 8 2.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 25 24 36 24 22 22 32 22 3 2 4 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.33347619 1.33347619 1 0.491290323 0.491290323 1 0 0 1 0.703979695 0.703979695 1 NA NA 0 NA NA 0 0 0 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.001496109 1 0.288836448 1 1 1 0.000170479 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 112672526 C T RFPL4B ENST00000441065 r.? - - downstream 24 0 0 99 3 3 55 2 3.6 142 5 3.5 207 9 4.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 25 24 36 24 22 22 32 22 3 2 4 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.975714286 0.975714286 1 1.179096774 1.179096774 1 1.788290598 1.788290598 1 1.164274112 1.164274112 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.013730027 1 0.031164417 1 0.000794094 1 0.00000129 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 112697651 T A - - - - - - 32 0 0 79 0 0 53 0 0 158 0 0 232 11 4.7 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 25 24 36 24 22 22 32 22 3 2 4 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.27257868 1.27257868 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 3.66E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 112806047 G C - - - - - - 23 0 0 73 0 0 45 2 4.4 127 0 0 168 13 7.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 25 24 36 24 22 22 32 22 3 2 4 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.44111828 1.44111828 1 0 0 1 2.084862944 1.042431472 2 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 1 1 0.021467209 1 1 1 5.03E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 112817559 T C - - - - - - 33 0 0 103 0 0 44 0 0 120 0 0 203 14 6.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 25 24 36 24 22 22 32 22 3 2 4 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.868253807 0.934126904 2 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 3.7E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 113252950 G T - - - - - - 11 0 0 59 0 0 22 0 0 89 0 0 110 8 7.3 2 0 0 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 11 12 24 13 9 10 19 11 2 2 5 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 1.173558376 1.173558376 1 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000000102 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 113362357 A C - - - - - - 25 0 0 67 2 3 32 1 3.1 99 4 4 156 8 5.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 11 12 24 13 9 10 19 11 2 2 5 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.555714286 0.555714286 1 0.643333333 0.643333333 1 1.563760684 1.563760684 1 0.819883249 0.819883249 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.044622585 1 0.14819814 1 0.001612681 1 0.00000147 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 113694795 T A - - - - - - 34 0 0 58 0 0 44 0 0 117 0 0 136 5 3.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 11 12 24 13 9 10 19 11 2 2 5 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 0.594817259 0.594817259 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000653795 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 113830753 G A - - - - - - 23 0 0 69 0 0 38 0 0 107 0 0 140 11 7.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 3 0 0 TRUE FALSE 11 12 24 2 9 10 19 2 2 2 5 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.401015228 0.401015228 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 0 NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.83E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 114489844 C A - - - - - - 24 0 0 35 2 5.7 11 0 0 64 0 0 44 9 20.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 2 5 2 3 2 4 2 1 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.656857143 0.656857143 1 0 0 1 0 0 1 1.040609137 1.040609137 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.013332991 1 1 1 1 1 1.18E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 116934510 C A RSPH4A CCDS34521.1 r.? - - upstream 33 0 0 55 4 7.3 31 3 9.7 71 1 1.4 86 6 7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 TRUE FALSE 4 2 5 6 3 2 4 4 1 0 1 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.841238095 0.841238095 1 1.043010753 1.043010753 1 0.281316239 0.281316239 1 0.635329949 0.635329949 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 0 0 1 8 NA 1 1 0.000173903 1 0.000505952 1 0.299450652 1 0.00000522 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 117191204 T C - - - - - - 30 0 0 52 0 0 27 0 0 77 0 0 91 15 16.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 2 5 6 3 2 4 4 1 0 1 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 NA 0 0 0 1 1.497563452 1.497563452 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.17E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 117233612 G T RFX6 CCDS5113.1 r.? - - intronic 36 0 0 55 2 3.6 26 3 11.5 100 3 3 94 9 9.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 2 5 6 3 2 4 4 1 0 1 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.414857143 0.414857143 1 1.23655914 1.23655914 1 0.602820513 0.602820513 1 0.871309645 0.871309645 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.031164417 1 0.000298167 1 0.014102917 1 1.42E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 118897309 G A C6orf204 CCDS43498.1 r.? - - intronic 36 0 0 27 0 0 25 0 0 60 0 0 33 5 15.2 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 2 5 2 3 2 4 2 1 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.771573604 0.771573604 1 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.00000066 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 120111628 A C - - - - - - 45 0 0 39 0 0 26 0 0 75 0 0 46 13 28.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 2 5 2 3 2 4 2 1 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.436548223 1.436548223 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.07E-19 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 120493939 G C - - - - - - 24 0 0 29 0 0 25 0 0 53 0 0 42 12 28.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 2 5 2 3 2 4 2 1 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.45177665 1.45177665 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.35E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 120823865 T C - - - - - - 32 0 0 32 0 0 27 0 0 64 0 0 44 11 25 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 2 5 2 3 2 4 2 1 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.269035533 1.269035533 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 3.22E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 121048550 C A - - - - - - 35 0 0 29 0 0 12 0 0 69 0 0 56 9 16.1 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 2 5 2 3 2 4 2 1 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.817258883 0.817258883 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.2E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 122272683 C T - - - - - - 32 0 0 27 0 0 19 0 0 62 0 0 36 5 13.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 2 5 2 3 2 4 2 1 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.705583756 0.705583756 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.00000104 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 123625721 A T TRDN ENST00000334268 r.? - - intronic 38 0 0 49 0 0 25 0 0 40 0 0 49 8 16.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 2 5 2 3 2 4 2 1 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.827411168 0.827411168 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.47E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 124975409 C T NKAIN2 CCDS34526.1 r.? - - intronic 35 0 0 31 0 0 17 0 0 60 0 0 45 6 13.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 2 5 2 3 2 4 2 1 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.675126904 0.675126904 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000000108 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 126696003 C G - - - - - - 29 0 0 46 0 0 30 0 0 78 0 0 46 14 30.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 2 5 2 3 2 4 2 1 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.543147208 1.543147208 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.26E-21 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 127398088 G T - - - - - - 24 0 0 37 2 5.4 20 2 10 87 3 3.4 89 6 6.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 2 9 6 3 2 5 4 1 0 4 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.622285714 0.622285714 1 1.075268817 1.075268817 1 0.819196581 0.819196581 1 0.608101523 0.608101523 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.014826063 1 0.004473894 1 0.009696123 1 0.00000637 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 127678833 A G - - - - - - 27 0 0 36 0 0 26 0 0 80 0 0 81 11 13.6 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 2 9 6 3 2 5 4 1 0 4 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 1.23435533 1.23435533 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 4.29E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 127700480 C T - - - - - - 28 0 0 44 0 0 36 0 0 51 0 0 66 6 9.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 2 9 6 3 2 5 4 1 0 4 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 0.825928934 0.825928934 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.0000011 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 127920678 G C - - - - - - 33 0 0 51 0 0 25 0 0 84 0 0 63 12 19 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 2 9 6 3 2 5 4 1 0 4 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 1.724467005 0.862233503 2 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 5.15E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 127951310 T C - - - - - - 37 0 0 53 0 0 26 0 0 50 0 0 81 11 13.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 2 9 6 3 2 5 4 1 0 4 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 1.23435533 1.23435533 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 4.29E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 128220560 A G THEMIS CCDS34534.1 r.? - - intronic 34 0 0 43 0 0 32 0 0 85 0 0 84 11 13.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 2 9 6 3 2 5 4 1 0 4 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 1.188974619 1.188974619 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 6.49E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 128961996 C T - - - - - - 30 0 0 32 1 3.1 27 1 3.7 68 1 1.5 75 11 14.7 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 6 0 0 FALSE FALSE 4 2 9 6 3 2 5 4 1 0 4 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.357238095 NA 0 0.397849462 NA 0 0.361410256 0.361410256 1 1.334192893 1.334192893 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 1 1 0.14819814 1 0.126579904 1 0.288836448 1 1.78E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 129175480 T C - - - - - - 43 0 0 51 2 3.9 22 2 9.1 62 0 0 82 9 11 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 2 9 6 3 2 5 4 1 0 4 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.449428571 0.449428571 1 0.978494624 0.978494624 1 0 0 1 0.998375635 0.998375635 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.027109304 1 0.005403392 1 1 1 4.12E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 130120151 C A - - - - - - 25 0 0 49 0 0 27 0 0 68 0 0 85 8 9.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 2 9 6 3 2 5 4 1 0 4 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 NA 0 0 0 1 0.85315736 0.85315736 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.34E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 131219996 T A EPB41L2 CCDS5141.1 r.? - - intronic 31 0 0 46 4 8.7 24 2 8.3 71 3 4.2 62 13 21 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 9 4 2 2 5 2 2 2 4 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.002571429 1.002571429 1 1.058473118 1.058473118 1 1.011948718 1.011948718 1 1.485989848 1.485989848 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.0000862 1 0.006413403 1 0.00554578 1 8.08E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 131508283 A T AKAP7 CCDS5142.1 r.? - - intronic 23 0 0 33 0 0 24 0 0 60 0 0 65 7 10.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 9 4 2 2 5 2 2 2 4 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.76422335 0.76422335 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 4.22E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 131785783 A G - - - - - - 36 0 0 44 0 0 22 0 0 63 0 0 79 14 17.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 9 4 2 2 5 2 2 2 4 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.252477157 1.252477157 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 5.6E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 132566726 A T - - - - - - 43 0 0 37 2 5.4 23 2 8.7 81 0 0 70 7 10 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 9 4 2 2 5 2 2 2 4 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.622285714 0.622285714 1 1.109483871 1.109483871 1 0 0 1 0.707614213 0.707614213 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.014826063 1 0.00589844 1 1 1 7.11E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 1 97755578 A C DPYD CCDS30777.1 r.? - - intronic 46 1 2.2 57 3 5.3 22 3 13.6 81 8 9.9 58 11 19 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 7 2.591299246 2 2 4 1 1 1 3 1 1 1 1 0.408700754 NA NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA NA 0.591299246 0.557761905 0.557761905 1 1.598365591 1.598365591 1 2.187307692 1.093653846 2 1.076813862 1.076813862 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 0.205924651 1 0.002989991 1 0.000179267 1 9.08E-09 1 8.96E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 133336996 T C - - - - - - 35 0 0 47 1 2.1 22 2 9.1 73 4 5.5 68 13 19.1 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 9 4 2 2 5 2 2 2 4 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.242 0.242 1 1.160494624 1.160494624 1 1.32517094 1.32517094 1 1.351543147 1.351543147 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.209895027 1 0.005403392 1 0.000516741 1 2.96E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 133405114 G A - - - - - - 40 0 0 54 3 5.6 25 1 4 72 0 0 71 14 19.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 9 4 2 2 5 2 2 2 4 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.645333333 0.645333333 1 0.510107527 0.510107527 1 0 0 1 1.394 1.394 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.00256299 1 0.117779757 1 1 1 1.13E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 133412286 C A - - - - - - 28 0 0 36 0 0 33 0 0 54 0 0 58 6 10.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 9 4 2 2 5 2 2 2 4 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.72884264 0.72884264 1 NA NA 0 NA NA 0 0 0 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000000506 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 133789101 T C EYA4 CCDS5166.1 r.? - - intronic 45 0 0 99 4 4 47 2 4.3 120 0 0 218 10 4.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 22 18 18 17 20 16 14 15 2 2 4 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.180952381 1.180952381 1 1.150365591 1.150365591 1 0 NA 0 0.923502538 0.923502538 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.001612681 1 0.02328732 1 1 1 0.000000206 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 134651043 T C - - - - - - 22 0 0 52 0 0 24 0 0 56 0 0 139 10 7.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 22 18 18 17 20 16 14 15 2 2 4 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 1.445482234 1.445482234 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.89E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 137437715 C T - - - - - - 31 0 0 25 2 8 23 2 8.7 41 0 0 52 14 26.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 3 2 2 2 3 2 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.761904762 0.761904762 1 0.935483871 0.935483871 1 0 0 1 1.365482234 1.365482234 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.006948068 1 0.00589844 1 1 1 9.04E-21 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 139670559 C A - - - - - - 40 0 0 38 0 0 22 0 0 65 0 0 49 8 16.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 3 2 2 2 3 2 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.827411168 0.827411168 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.47E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 140434114 G A - - - - - - 28 0 0 50 0 0 15 0 0 81 0 0 53 14 26.4 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 3 2 2 2 3 2 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.340101523 1.340101523 1 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.22E-20 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 140546436 G A - - - - - - 33 0 0 39 4 10.3 26 1 3.8 61 3 4.9 46 14 30.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 3 2 2 2 3 2 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.980952381 0.980952381 1 0.408602151 0.408602151 1 0.886606838 0.886606838 1 1.543147208 1.543147208 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.0000447 1 0.122190858 1 0.003623631 1 1.26E-21 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 141609546 T G - - - - - - 29 0 0 24 0 0 16 0 0 59 0 0 38 4 10.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 3 2 2 2 3 2 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.532994924 0.532994924 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.0000403 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 145368250 A G - - - - - - 34 0 0 26 1 3.8 22 0 0 55 1 1.8 36 8 22.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 3 2 2 2 3 2 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.361904762 0.361904762 1 0 0 1 0.325692308 0.325692308 1 1.126903553 1.126903553 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.122190858 1 1 1 0.240951649 1 1.04E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 146787892 G A - - - - - - 33 0 0 36 4 11.1 23 3 13 52 0 0 48 15 31.2 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 3 2 2 2 3 2 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.057142857 1.057142857 1 1.397849462 1.397849462 1 0 0 1 1.583756345 0.791878173 2 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.0000324 1 0.000205387 1 1 1 2.86E-23 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 147982402 G C - - - - - - 32 0 0 34 3 8.8 15 2 13.3 67 0 0 39 10 25.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 3 2 2 2 3 2 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.838095238 0.838095238 1 1.430107527 1.430107527 1 0 0 1 1.299492386 1.299492386 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.000666058 1 0.002513772 1 1 1 5.44E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 148126468 G A - - - - - - 35 0 0 32 2 6.2 15 1 6.7 59 2 3.4 45 11 24.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 3 2 2 2 3 2 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.59047619 0.59047619 1 0.720430108 0.720430108 1 0.615196581 0.615196581 1 1.23857868 1.23857868 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.011224977 1 0.072431031 1 0.035441897 1 4.24E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 148828605 C T SASH1 CCDS5212.1 r.? - - intronic 21 0 0 26 0 0 18 0 0 35 0 0 40 7 17.5 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 3 2 2 2 3 2 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.888324873 0.888324873 1 NA NA 0 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.26E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 153785876 A T - - - - - - 16 0 0 21 0 0 17 0 0 60 0 0 45 9 20 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 3 2 2 2 3 2 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.015228426 1.015228426 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.47E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 153958207 T C - - - - - - 31 0 0 32 0 0 18 0 0 69 0 0 35 7 20 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 3 2 2 2 3 2 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.015228426 1.015228426 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 4.65E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 153961194 T C - - - - - - 35 0 0 21 0 0 25 0 0 63 0 0 46 8 17.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 3 2 2 2 3 2 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.883248731 0.883248731 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 8.61E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 154177795 G C - - - - - - 27 0 0 28 0 0 14 0 0 41 0 0 41 13 31.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 3 2 2 2 3 2 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.609137056 0.804568528 2 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.89E-20 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 156018771 A G - - - - - - 41 0 0 30 1 3.3 18 1 5.6 73 1 1.4 39 7 17.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 3 3 3 2 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.314285714 NA 0 0.658150538 0.658150538 1 0.253316239 0.253316239 1 1.087629442 1.087629442 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.139615808 1 0.086275114 1 0.306438632 1 1.04E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 156713621 C T - - - - - - 33 0 0 29 3 10.3 22 2 9.1 62 0 0 55 13 23.6 7 0 0 6 1 16.7 5 2 40 0 0 NA 5 0 0 TRUE FALSE 2 3 3 3 2 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.980952381 0.980952381 1 1.069494624 1.069494624 1 0 0 1 1.433969543 1.433969543 1 1.59047619 1.59047619 1 4.701075269 1.56702509 3 NA NA 1 0 0 1 6 NA 1 1 0.000414371 0.029627491 0.005403392 0.000247509 1 1 1.46E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 156944298 A T - - - - - - 40 0 0 31 0 0 29 0 0 76 0 0 50 5 10 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 3 3 3 2 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 0.607614213 0.607614213 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.00000549 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 157039927 G A - - - - - - 31 0 0 35 0 0 13 0 0 34 0 0 53 9 17 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 3 3 3 2 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 1.032944162 1.032944162 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 7.1E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 157994337 G A ZDHHC14 CCDS5252.1 r.? - - intronic 33 0 0 34 0 0 19 0 0 18 0 0 58 11 19 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 3 3 3 2 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 1.154467005 1.154467005 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 8.96E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 160656283 G A SLC22A2 CCDS5276.1 r.? - - intronic 37 0 0 41 2 4.9 19 0 0 72 0 0 57 8 14 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 3 3 2 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.466666667 0.466666667 1 0 0 1 0 0 1 0.850659898 0.850659898 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.018015855 1 1 1 1 1 5.19E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 160743503 T A - - - - - - 26 0 0 36 0 0 23 0 0 61 0 0 41 8 19.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 3 3 3 2 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 1.184847716 1.184847716 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 3.22E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 161957598 C A PARK2 CCDS5281.1 r.? - - intronic 34 0 0 32 0 0 13 0 0 56 0 0 47 8 17 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 3 3 3 2 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 1.032944162 1.032944162 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.03E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 162106927 C G PARK2 CCDS5281.1 r.? - - intronic 25 0 0 28 1 3.6 17 1 5.9 61 0 0 41 5 12.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 3 3 3 2 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.342857143 NA 0 0.693408602 0.693408602 1 0 0 1 0.74128934 0.74128934 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.130947004 1 0.081683532 1 1 1 0.00000202 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 162327192 T C PARK2 CCDS5281.1 r.? - - intronic 29 0 0 30 0 0 15 0 0 52 0 0 53 12 22.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 3 3 3 2 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 1.373208122 1.373208122 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 5.39E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 162400993 A G PARK2 CCDS5281.1 r.? - - intronic 38 0 0 28 0 0 24 0 0 61 0 0 61 12 19.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 3 3 3 2 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 1.197 1.197 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 3.39E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 162760419 T A PARK2 CCDS5281.1 r.? - - intronic 28 0 0 0 0 NA 0 0 NA 3 0 0 49 4 8.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 3 3 3 2 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA NA 1 0 0 1 0.498243655 0.498243655 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000110643 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 162818697 C A PARK2 CCDS5281.1 r.? - - intronic 35 0 0 35 3 8.6 19 2 10.5 56 3 5.4 59 9 15.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 3 3 3 2 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.819047619 0.819047619 1 1.234032258 1.234032258 1 0.977076923 0.977076923 1 0.929649746 0.929649746 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000725791 1 0.004039874 1 0.00284314 1 1.96E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 163266652 C A PACRG CCDS43524.1 r.? - - intronic 27 0 0 26 0 0 15 1 6.7 56 3 5.4 39 9 23.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 3 3 3 2 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0.787430108 0.787430108 1 0.977076923 0.977076923 1 1.403588832 1.403588832 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 0.072431031 1 0.00284314 1 3.62E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 163358778 C T PACRG CCDS43524.1 r.? - - intronic 30 0 0 32 0 0 17 1 5.9 56 0 0 66 11 16.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 3 3 3 2 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0.693408602 0.693408602 1 0 0 1 1.014715736 1.014715736 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 0.081683532 1 1 1 4.07E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 163371397 G A PACRG CCDS43524.1 r.? - - intronic 25 0 0 36 0 0 23 3 13 26 0 0 48 7 14.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 3 3 3 2 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 1.527849462 1.527849462 1 0 0 1 0.887116751 0.887116751 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 0.000205387 1 1 1 4.81E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 163527395 T C PACRG CCDS43524.1 r.? - - intronic 30 0 0 30 0 0 18 1 5.6 61 0 0 53 6 11.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 3 3 3 2 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0.658150538 0.658150538 1 0 0 1 0.686604061 0.686604061 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 0.086275114 1 1 1 0.000000293 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 164431626 G A - - - - - - 29 0 0 25 0 0 11 0 0 63 0 0 66 12 18.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 3 3 3 2 3 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 1.105857868 1.105857868 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 9.36E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 164825864 A C - - - - - - 29 0 0 39 0 0 23 0 0 60 0 0 60 11 18.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 3 3 2 2 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.11193401 1.11193401 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.34E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 165330791 G A - - - - - - 35 0 0 35 0 0 13 0 0 68 0 0 45 9 20 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 3 2 2 2 3 2 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.015228426 1.015228426 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.47E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 169648632 C A THBS2 CCDS34574.1 r.739g>u c.489G>T p.L163F missense 21 0 0 28 0 0 11 0 0 5 0 0 48 6 12.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 3 2 2 2 3 2 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.634517766 0.634517766 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.00000016 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 6 170446405 G A - - - - - - 32 0 0 24 0 0 9 0 0 12 0 0 45 10 22.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 3 2 2 2 3 2 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.126903553 1.126903553 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.66E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 411014 C T - - - - - - 8 0 0 4 0 0 7 0 0 2 0 0 10 4 40 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 1 3 2 2 1 2 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 2.430456853 2.430456853 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000000128 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 513374 G A - - - - - - 34 0 0 22 3 13.6 11 2 18.2 20 2 10 55 18 32.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 1 3 2 2 1 2 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.431238095 1.431238095 1 2.138989247 2.138989247 1 1.609401709 1.609401709 1 1.986898477 0.993449239 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000179267 1 0.001334363 1 0.004473894 1 4.61E-28 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 633385 G A PRKAR1B CCDS34579.1 r.? - - intronic 25 0 0 27 4 14.8 12 0 0 2 0 0 55 13 23.6 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 1 3 2 2 1 2 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.55752381 1.55752381 1 0 0 1 0 NA 0 1.433969543 1.433969543 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.00001 1 1 1 1 1 1.46E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 2084561 C G MAD1L1 CCDS43539.1 r.? - - intronic 33 0 0 19 0 0 9 0 0 9 0 0 50 13 26 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 1 3 2 2 1 2 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 1.579796954 1.579796954 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 3.65E-19 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 2084792 C T MAD1L1 CCDS43539.1 r.? - - intronic 36 0 0 34 0 0 7 0 0 6 2 33.3 49 9 18.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 1 3 2 2 1 2 1 1 0 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 5.359307692 5.359307692 1 1.118010152 1.118010152 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 1 1 1 1 0.000370028 1 3.35E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 2423397 C T EIF3B CCDS5332.1 r.? - - downstream 29 0 0 11 0 0 6 0 0 5 0 0 49 7 14.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 1 2 2 2 1 2 1 1 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 0.725888325 0.725888325 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 5.58E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 3245297 G A - - - - - - 26 0 0 39 0 0 15 0 0 31 0 0 51 10 19.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 1 2 2 2 1 2 1 1 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 0.994923858 0.994923858 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.04E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 3847361 G A SDK1 CCDS34590.1 r.? - - intronic 34 0 0 34 1 2.9 15 1 6.7 81 0 0 58 10 17.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 1 2 2 2 1 2 1 1 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.305190476 0.305190476 1 0.787430108 0.787430108 1 0 NA 0 0.873096447 0.873096447 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.156694864 1 0.072431031 1 1 1 4.1E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 5629084 G A FSCN1 CCDS5342.1 r.? - - upstream 12 0 0 22 1 4.5 13 1 7.7 5 0 0 20 6 30 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 1 2 2 2 1 2 1 1 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.473571429 0.473571429 1 0.904956989 0.904956989 1 0 NA 0 1.52284264 1.52284264 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.104413009 1 0.063085307 1 1 1 5.7E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 5747393 C T RNF216 CCDS34595.1 r.? - - intronic 14 0 0 23 0 0 17 0 0 35 0 0 30 9 30 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 1 2 2 2 1 2 1 1 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 1.52284264 1.52284264 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.54E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 6984451 G A - - - - - - 25 0 0 39 0 0 17 0 0 19 0 0 32 5 15.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 1 2 2 2 1 2 1 1 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 0.791878173 0.791878173 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000000562 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 7244501 C T C1GALT1 CCDS5355.1 r.? - - intronic 34 0 0 33 2 6.1 28 1 3.6 52 0 0 49 9 18.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 FALSE FALSE 3 3 1 2 2 2 1 2 1 1 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.641952381 0.641952381 1 0.423096774 0.423096774 1 0 NA 0 0.934010152 0.934010152 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 0 0 1 NA NA 1 1 0.011909843 1 0.130947004 1 1 1 3.35E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 8665239 A G NXPH1 CCDS47540.1 r.? - - intronic 40 0 0 35 0 0 21 0 0 71 0 0 51 13 25.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 1 2 2 2 1 2 1 1 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 1.294416244 1.294416244 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 4.87E-19 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 9209363 A C - - - - - - 34 0 0 32 0 0 18 0 0 50 0 0 40 10 25 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 1 2 2 2 1 2 1 1 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 1.269035533 1.269035533 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 7.22E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 9505840 C G - - - - - - 41 0 0 35 0 0 13 0 0 69 0 0 57 10 17.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 1 2 2 2 1 2 1 1 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 0.888324873 0.888324873 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 3.4E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 9617272 C G - - - - - - 37 0 0 37 0 0 30 0 0 55 0 0 48 12 25 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 1 2 2 2 1 2 1 1 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 1.269035533 1.269035533 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.44E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 10247753 C G - - - - - - 38 0 0 38 2 5.3 18 0 0 67 3 4.5 40 5 12.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 1 2 2 2 1 2 1 1 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.557761905 0.557761905 1 0 0 1 0.724230769 0.724230769 1 0.634517766 0.634517766 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.015598339 1 1 1 0.004717431 1 0.00000178 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 10308376 C A - - - - - - 36 0 0 26 0 0 15 1 6.7 65 0 0 51 10 19.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 1 2 2 2 1 2 1 1 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0.787430108 0.787430108 1 0 NA 0 0.994923858 0.994923858 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 0.072431031 1 1 1 1.04E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 10341191 T C - - - - - - 25 0 0 37 4 10.8 27 3 11.1 74 2 2.7 56 12 21.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 1 2 2 2 1 2 1 1 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.136571429 1.136571429 1 1.304548387 1.304548387 1 0.434538462 0.434538462 1 1.086294416 1.086294416 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.0000362 1 0.000334187 1 0.053288733 1 1.11E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 11742007 T A THSD7A CCDS47543.1 r.? - - intronic 35 0 0 32 0 0 20 1 5 64 0 0 55 7 12.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 1 2 2 2 1 2 1 1 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0.587634409 0.587634409 1 0 NA 0 0.644670051 0.644670051 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 0.09538952 1 1 1 1.28E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 12139935 T A - - - - - - 28 0 0 36 2 5.6 19 1 5.3 68 0 0 46 12 26.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 1 2 2 2 1 2 1 1 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.589333333 0.589333333 1 0.622892473 0.622892473 1 0 NA 0 1.324873096 1.324873096 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.014070883 1 0.090843738 1 1 1 8.12E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 12965152 G A - - - - - - 29 0 0 38 0 0 26 3 11.5 45 4 8.9 42 5 11.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 1 2 2 2 1 2 1 1 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.35155914 1.35155914 1 1.432367521 1.432367521 1 0.604060914 0.604060914 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 1 1 0.000298167 1 0.0000791 1 0.00000228 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 14083490 C A - - - - - - 36 0 0 17 0 0 16 0 0 63 0 0 36 4 11.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 1 2 2 2 1 2 1 1 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 0.563451777 0.563451777 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.0000324 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 14297698 C T DGKB CCDS47547.1 r.? - - intronic 42 0 0 39 4 10.3 21 1 4.8 59 0 0 54 16 29.6 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 1 2 2 2 1 2 1 1 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.083952381 1.083952381 1 0.564129032 0.564129032 1 0 NA 0 1.502538071 0.751269036 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.0000447 1 0.099912572 1 1 1 2.69E-24 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 20100388 G C - - - - - - 42 0 0 46 2 4.3 18 2 11.1 70 2 2.9 48 13 27.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 1 2 2 2 1 2 1 1 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.45252381 0.45252381 1 1.304548387 1.304548387 1 0.466726496 0.466726496 1 1.375634518 1.375634518 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.022369545 1 0.003626632 1 0.048267597 1 2E-19 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 20648181 C G - - - - - - 31 0 0 34 0 0 28 0 0 61 0 0 52 12 23.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 1 2 2 2 1 2 1 1 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 1.172588832 1.172588832 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 4.19E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 28293520 T C - - - - - - 32 0 0 44 3 6.8 21 2 9.5 35 0 0 35 5 14.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 1 2 2 2 1 2 1 1 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.715619048 0.715619048 1 1.116505376 1.116505376 1 0 NA 0 0.725888325 0.725888325 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.00142027 1 0.004928472 1 1 1 0.000000895 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 32033605 T A PDE1C CCDS5437.1 r.? - - intronic 25 0 0 23 0 0 31 0 0 64 0 0 46 10 21.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 1 2 2 2 1 2 1 1 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 1.101522843 1.101522843 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 3.38E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 38238558 T C STARD3NL CCDS5455.1 r.? - - intronic 34 0 0 25 0 0 33 0 0 74 0 0 57 9 15.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 1 2 2 2 1 2 1 1 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 0.802030457 0.802030457 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.42E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 38365547 A G - - - - - - 33 0 0 42 5 11.9 25 2 8 37 3 8.1 36 13 36.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 1 2 2 2 1 2 1 1 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.252333333 1.252333333 1 0.940215054 0.940215054 1 1.303615385 1.303615385 1 1.83248731 0.916243655 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.00000228 1 0.006948068 1 0.000855237 1 2.53E-21 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 38693922 C T - - - - - - 44 0 0 35 0 0 16 0 0 56 0 0 46 8 17.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 1 2 2 2 1 2 1 1 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 0.883248731 0.883248731 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 8.61E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 38784025 C T VPS41 CCDS5457.1 r.? - - intronic 39 0 0 40 0 0 17 0 0 74 0 0 58 12 20.7 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 1 2 2 2 1 2 1 1 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 1.050761421 1.050761421 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.76E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 39671344 C T RALA CCDS5460.1 r.? - - intronic 32 0 0 29 3 10.3 19 3 15.8 75 4 5.3 50 12 24 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 1 2 2 2 1 2 1 1 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.083952381 1.083952381 1 1.856924731 1.856924731 1 0.852982906 0.852982906 1 1.218274112 1.218274112 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000414371 1 0.000114071 1 0.000572493 1 2.49E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 40251144 C G C7orf10 ENST00000309930 r.? - - intronic 32 0 0 33 0 0 19 0 0 50 0 0 50 13 26 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 1 1 100 FALSE FALSE 3 3 1 2 2 2 1 2 1 1 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 1.319796954 1.319796954 1 NA NA 1 NA NA 1 0 NA 0 5.076142132 5.076142132 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 3.65E-19 0.005 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 40575985 A G C7orf10 ENST00000309930 r.? - - intronic 29 0 0 25 0 0 26 0 0 73 0 0 41 6 14.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 1 2 2 2 1 2 1 1 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 0.741116751 0.741116751 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 6.05E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 42073327 T C GLI3 CCDS5465.1 r.? - - intronic 35 0 0 50 4 8 20 3 15 60 5 8.3 48 11 22.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 1 2 2 2 1 2 1 1 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.841904762 0.841904762 1 1.762903226 1.762903226 1 1.335803419 1.335803419 1 1.162436548 1.162436548 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000119787 1 0.0001337 1 0.0000136 1 9.31E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 42375837 C G - - - - - - 41 0 0 41 0 0 24 0 0 62 0 0 55 12 21.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 1 2 2 2 1 2 1 1 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 1.106598985 1.106598985 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 8.78E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 44197366 G A GCK CCDS5479.1 r.? - - intronic 36 0 0 31 2 6.5 19 3 15.8 15 0 0 34 8 23.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 1 2 2 2 1 2 1 1 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.684047619 0.684047619 1 1.856924731 1.856924731 1 0 NA 0 1.192893401 1.192893401 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.010558179 1 0.000114071 1 1 1 6.32E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 44240876 G A YKT6 CCDS5482.1 r.? - - intronic 27 0 0 2 0 0 0 0 NA 7 2 28.6 40 20 50 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 1 2 2 2 1 2 1 1 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 NA NA 1 4.602888889 4.602888889 1 2.538071066 1.269035533 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000516315 1 1.19E-35 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 46778197 C A - - - - - - 34 0 0 40 6 15 23 1 4.3 47 0 0 51 9 17.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 1 2 2 2 1 2 1 1 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.578571429 1.578571429 1 0.505365591 0.505365591 1 0 NA 0 0.893401015 0.893401015 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 5.18E-08 1 0.108890944 1 1 1 4.92E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 49021280 A T - - - - - - 28 0 0 37 2 5.4 27 2 7.4 61 2 3.3 45 9 20 2 0 0 0 0 NA 4 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 1 2 2 2 1 2 1 1 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.568285714 0.568285714 1 0.869698925 0.869698925 1 0.531102564 0.531102564 1 1.015228426 1.015228426 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.014826063 1 0.00807567 1 0.037660755 1 1.47E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 49825107 A G VWC2 CCDS5508.1 r.? - - intronic 38 0 0 51 4 7.8 17 1 5.9 57 0 0 46 10 21.7 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 1 2 2 2 1 2 1 1 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.820857143 0.820857143 1 0.693408602 0.693408602 1 0 NA 0 1.101522843 1.101522843 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000129466 1 0.081683532 1 1 1 3.38E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 50310704 G A - - - - - - 40 0 0 38 0 0 15 0 0 53 0 0 62 10 16.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 1 2 2 2 1 2 1 1 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 0.817258883 0.817258883 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 8.29E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 51654808 G A - - - - - - 43 0 0 47 0 0 24 0 0 68 0 0 66 6 9.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 1 4.14618779 2 2 1 2 2 2 0 2 1 1 1 0.85381221 NA NA NA 3 NA NA NA 2 NA NA NA 0.14618779 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 0.657232023 0.657232023 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.0000011 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 52730356 T C - - - - - - 35 0 0 44 0 0 29 0 0 72 0 0 64 15 23.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 1 4.14618779 2 2 1 2 2 2 0 2 1 1 1 0.85381221 NA NA NA 3 NA NA NA 2 NA NA NA 0.14618779 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 1.690025202 0.845012601 2 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 3.87E-21 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 53140496 C T - - - - - - 46 0 0 33 1 3 24 2 8.3 64 1 1.6 66 11 16.7 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 1 4.14618779 2 2 1 2 2 2 0 2 1 1 1 0.85381221 NA NA NA 3 NA NA NA 2 NA NA NA 0.14618779 0.345714286 0.345714286 1 1.058473118 1.058473118 1 0.257504274 NA 0 1.206129097 1.206129097 1 NA NA 0 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.15245715 1 0.006413403 1 0.274433592 1 4.07E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 53140497 C T - - - - - - 47 0 0 33 1 3 25 2 8 63 1 1.6 65 11 16.9 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 1 4.14618779 2 2 1 2 2 2 0 2 1 1 1 0.85381221 NA NA NA 3 NA NA NA 2 NA NA NA 0.14618779 0.345714286 0.345714286 1 1.020215054 1.020215054 1 0.257504274 NA 0 1.220573757 1.220573757 1 NA NA 0 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.15245715 1 0.006948068 1 0.27078753 1 3.41E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 53140498 T A - - - - - - 47 0 0 36 3 8.3 28 3 10.7 63 1 1.6 67 12 17.9 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 1 4.14618779 2 2 1 2 2 2 0 2 1 1 1 0.85381221 NA NA NA 3 NA NA NA 2 NA NA NA 0.14618779 0.95647619 0.95647619 1 1.364537634 1.364537634 1 0.257504274 NA 0 1.292797056 1.292797056 1 NA NA 0 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000788827 1 0.000372895 1 0.27078753 1 1.14E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 53165452 T C - - - - - - 36 0 0 42 3 7.1 17 1 5.9 75 4 5.3 70 15 21.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 1 4.14618779 2 2 1 2 2 2 0 2 1 1 1 0.85381221 NA NA NA 3 NA NA NA 2 NA NA NA 0.14618779 0.818190476 0.818190476 1 0.752408602 0.752408602 1 0.852982906 0.852982906 1 1.545578603 0.772789302 2 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.001240292 1 0.081683532 1 0.000572493 1 1.7E-20 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 53334741 T A - - - - - - 30 0 0 30 2 6.7 16 2 12.5 69 0 0 73 13 17.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 1 4.14618779 2 2 1 2 2 2 0 2 1 1 1 0.85381221 NA NA NA 3 NA NA NA 2 NA NA NA 0.14618779 0.772095238 0.772095238 1 1.594086022 1.594086022 1 0 NA 0 1.285574726 1.285574726 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.009909649 1 0.002863359 1 1 1 7.97E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 53486214 T A - - - - - - 23 0 0 41 0 0 19 0 0 70 0 0 74 17 23 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 1 4.14618779 2 2 1 2 2 2 0 2 1 1 1 0.85381221 NA NA NA 3 NA NA NA 2 NA NA NA 0.14618779 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 1.661135882 0.830567941 2 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.34E-23 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 53562493 C T - - - - - - 42 0 0 29 2 6.9 16 0 0 41 3 7.3 90 8 8.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 1 4.14618779 2 2 1 2 2 2 0 2 1 1 1 0.85381221 NA NA NA 3 NA NA NA 2 NA NA NA 0.14618779 0.795142857 0.795142857 1 0 0 1 1.174863248 1.174863248 1 0.642787363 0.642787363 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.009279585 1 1 1 0.001155993 1 0.000000021 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 53855178 G C - - - - - - 27 0 0 38 0 0 21 0 0 86 0 0 83 19 22.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 1 4.14618779 2 2 1 2 2 2 0 2 1 1 1 0.85381221 NA NA NA 3 NA NA NA 2 NA NA NA 0.14618779 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 1.653913552 0.826956776 2 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 3.6E-26 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 53962705 G T - - - - - - 15 0 0 19 1 5.3 9 2 22.2 44 4 9.1 45 6 13.3 225 0 0 94 5 5.3 50 0 0 182 3 1.6 170 32 18.8 TRUE FALSE 4 4 1 4.14618779 2 2 1 2 2 2 0 2 1 1 1 0.85381221 NA NA NA 3 NA NA NA 2 NA NA NA 0.14618779 0.610761905 0.610761905 1 2.831096774 2.831096774 1 1.464555556 1.464555556 1 0.96056988 0.96056988 1 0.610761905 0.610761905 1 0 0 1 0.257504274 NA 0 1.357798025 1.184620912 1.14618779 8 NA 1 1 0.090843738 0.000118532 0.000879235 1 0.0000723 0.064057456 0.000000108 4.75E-40 YES 0_1 1_0 1_0 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b 7 53965973 A G - - - - - - 37 0 0 27 3 11.1 17 0 0 73 0 0 68 10 14.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 1 4.14618779 2 2 1 2 2 2 0 2 1 1 1 0.85381221 NA NA NA 3 NA NA NA 2 NA NA NA 0.14618779 1.279142857 1.279142857 1 0 0 1 0 NA 0 1.061682499 1.061682499 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.000334187 1 1 1 1 1 2.18E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 54340500 C T - - - - - - 32 0 0 37 3 8.1 24 1 4.2 72 2 2.8 82 7 8.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 1 6 2 2 1 4 2 2 0 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.933428571 0.933428571 1 0.535612903 0.535612903 1 0.450632479 0.450632479 1 0.771472081 0.771472081 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000855237 1 0.113346489 1 0.050755634 1 0.000000214 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 54354655 C G - - - - - - 27 0 0 36 0 0 23 0 0 66 0 0 66 6 9.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 1 6 2 2 1 4 2 2 0 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 0.825928934 0.825928934 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.0000011 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 54748320 C A - - - - - - 32 0 0 41 2 4.9 24 1 4.2 77 0 0 68 5 7.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 FALSE FALSE 4 4 1 6 2 2 1 4 2 2 0 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.564666667 0.564666667 1 0.535612903 0.535612903 1 0 NA 0 0.671634518 0.671634518 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 0 0 1 NA NA 1 1 0.018015855 1 0.113346489 1 1 1 0.0000251 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 54796099 A G - - - - - - 21 0 0 42 2 4.8 32 1 3.1 67 0 0 73 7 9.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 4 4 1 6 2 2 1 4 2 2 0 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.553142857 0.553142857 1 0.395333333 0.395333333 1 0 NA 0 0.871309645 0.871309645 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.018854633 1 0.14819814 1 1 1 9.54E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 56120443 A G CCT6A CCDS5523.1 r.? - - intronic 40 0 0 35 3 8.6 20 1 5 50 1 2 70 10 14.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.991047619 0.991047619 1 0.637634409 0.637634409 1 0.381880342 0.381880342 1 1.011888325 1.011888325 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000725791 1 0.09538952 1 0.221687443 1 2.95E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 56443074 G A - - - - - - 32 0 0 29 3 10.3 14 1 7.1 8 0 0 75 11 14.7 4 0 0 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.186952381 1.186952381 1 0.90544086 0.90544086 1 0 0 1 1.040192893 1.040192893 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 0 0 1 8 NA 1 1 0.000414371 1 0.067769881 1 1 1 1.78E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 57863642 C A - - - - - - 39 0 0 47 0 0 29 0 0 82 0 0 76 11 14.5 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.026040609 1.026040609 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.08E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 62494299 A T - - - - - - 35 0 0 37 0 0 16 0 0 62 0 0 55 6 10.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.771299492 0.771299492 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000000367 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 63029536 G T - - - - - - 46 0 0 45 0 0 21 0 0 23 0 0 88 10 11.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.806680203 0.806680203 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 3.09E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 63166772 T A - - - - - - 17 0 0 29 0 0 16 0 0 17 0 0 28 4 14.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.011888325 1.011888325 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.0000116 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 63605071 G A - - - - - - 28 0 0 46 0 0 19 0 0 75 0 0 66 10 15.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.075573604 1.075573604 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.6E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 63731062 A T ZNF735 CCDS47592.1 r.? - - downstream 33 0 0 46 2 4.3 24 0 0 54 0 0 62 12 19.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.49552381 0.49552381 1 0 0 1 0 0 1 1.372771574 1.372771574 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.022369545 1 1 1 1 1 4.19E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 63771352 T A ZNF736 ENST00000438373 r.147u>a c.? p.? 5'UTR variant 34 0 0 37 2 5.4 18 1 5.6 29 1 3.4 63 11 17.5 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.622285714 0.622285714 1 0.714150538 0.714150538 1 0.649196581 0.649196581 1 1.238324873 1.238324873 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.014826063 1 0.086275114 1 0.135292269 1 2.37E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 65410018 C T VKORC1L1 CCDS5529.1 r.? - - intronic 29 0 0 33 0 0 23 0 0 59 0 0 51 7 13.7 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 2 0 0 TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.969431472 0.969431472 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 1 0 0 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 7.46E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 65848218 G A AC008267.2 ENST00000418858 r.? - - intronic 36 0 0 42 2 4.8 19 2 10.5 30 0 0 83 14 16.9 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.553142857 0.553142857 1 1.339032258 1.339032258 1 0 0 1 1.19586802 1.19586802 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.018854633 1 0.004039874 1 1 1 1.17E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 66240667 G T RABGEF1 CCDS5535.1 r.? - - intronic 30 0 0 40 3 7.5 30 1 3.3 70 1 1.4 69 10 14.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 1 100 TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.864285714 0.864285714 1 0.42083871 0.42083871 1 0.267316239 0.267316239 1 1.026040609 1.026040609 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 7.076142132 7.076142132 1 8 NA 1 1 0.001075403 1 0.139615808 1 0.295930304 1 2.54E-12 0.005 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 66850638 T C - - - - - - 29 0 0 34 2 5.9 24 1 4.2 49 0 0 57 8 14 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.679904762 0.679904762 1 0.535612903 0.535612903 1 0 0 1 0.990659898 0.990659898 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.012612579 1 0.113346489 1 1 1 5.19E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 67028796 C T - - - - - - 30 0 0 40 0 0 20 0 0 62 0 0 62 13 21 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.485989848 1.485989848 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 8.08E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 67423777 C T - - - - - - 31 0 0 32 0 0 19 0 0 18 0 0 74 13 17.6 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.245401015 1.245401015 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 9.62E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 67592631 A G - - - - - - 33 0 0 42 0 0 28 0 0 77 0 0 64 12 18.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.330314721 1.330314721 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 6.3E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 67877273 C G - - - - - - 32 0 0 52 0 0 21 0 0 78 0 0 52 8 15.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.089725888 1.089725888 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.42E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 67990465 A C - - - - - - 21 0 0 33 2 6.1 27 2 7.4 77 0 0 64 12 18.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.702952381 0.702952381 1 0.943698925 0.943698925 1 0 0 1 1.330314721 1.330314721 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.011909843 1 0.00807567 1 1 1 6.3E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 69011877 C G - - - - - - 37 0 0 46 0 0 22 0 0 62 0 0 76 12 15.8 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.118030457 1.118030457 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 5.63E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 69334162 G A AUTS2 CCDS5539.1 r.? - - intronic 32 0 0 37 0 0 23 0 0 69 0 0 45 6 13.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.941126904 0.941126904 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000000108 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 70061715 C A AUTS2 CCDS5539.1 r.? - - intronic 20 0 0 30 3 10 14 0 0 22 0 0 64 14 21.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.152380952 1.152380952 1 0 0 1 0 0 1 1.549675127 1.549675127 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000458697 1 1 1 1 1 2.31E-19 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 70837243 C T WBSCR17 CCDS5540.1 r.? - - intronic 35 0 0 36 2 5.6 26 1 3.8 37 1 2.7 52 7 13.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.645333333 0.645333333 1 0.484602151 0.484602151 1 0.515538462 0.515538462 1 0.955279188 0.955279188 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.014070883 1 0.122190858 1 0.169281299 1 8.58E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 71731414 A G CALN1 CCDS47603.1 r.? - - intronic 23 0 0 31 0 0 26 0 0 76 0 0 64 7 10.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.771299492 0.771299492 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 3.78E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 72636638 A G - - - - - - 17 0 0 26 0 0 17 0 0 11 0 0 35 4 11.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.806680203 0.806680203 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.0000289 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 72959014 C T BCL7B CCDS5550.1 r.? - - intronic 37 0 0 42 0 0 19 0 0 46 0 0 82 16 19.5 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.379847716 1.379847716 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 4.67E-21 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 73004224 G C MLXIPL CCDS5553.1 r.? - - downstream 16 0 0 17 2 11.8 8 1 12.5 24 1 4.2 51 6 11.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.359809524 1.359809524 1 1.594086022 1.594086022 1 0.801948718 0.801948718 1 0.834984772 0.834984772 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.003234386 1 0.039306956 1 0.113346489 1 0.000000232 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 73079022 C T VPS37D CCDS43596.1 r.? - - upstream 29 0 0 38 0 0 30 0 0 50 0 0 50 5 10 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.707614213 0.707614213 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.00000549 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 74354802 A G - - - - - - 7 0 0 4 1 25 2 1 50 8 0 0 13 4 30.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.880952381 2.880952381 1 6.376344086 6.376344086 1 0 0 1 2.179451777 2.179451777 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.019850499 1 0.009975 1 1 1 0.000000431 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 74368357 T C - - - - - - 33 0 0 36 1 2.8 18 0 0 52 1 1.9 65 7 10.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.322666667 0.322666667 1 0 0 1 0.362786325 0.362786325 1 0.76422335 0.76422335 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.165106833 1 1 1 0.229451111 1 4.22E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 75194707 A T HIP1 CCDS34669.1 r.? - - intronic 32 0 0 40 0 0 20 0 0 78 0 0 61 13 21.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.507218274 1.507218274 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 6.41E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 77614872 C T - - - - - - 32 0 0 29 1 3.4 20 3 15 36 2 5.6 56 9 16.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.391809524 0.391809524 1 1.912903226 1.912903226 1 1.069264957 1.069264957 1 1.139258883 1.139258883 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.135292269 1 0.0001337 1 0.014070883 1 1.2E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 77846278 C G MAGI2 CCDS5594.1 r.? - - intronic 36 0 0 41 0 0 22 0 0 77 0 0 60 12 20 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.415228426 1.415228426 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.74E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 78141751 C A MAGI2 CCDS5594.1 r.? - - intronic 31 0 0 47 0 0 23 0 0 38 0 0 48 6 12.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.884517766 0.884517766 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.00000016 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 78207104 G A MAGI2 CCDS5594.1 r.? - - intronic 31 0 0 36 3 8.3 21 2 9.5 53 3 5.7 60 14 23.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.95647619 0.95647619 1 1.211505376 1.211505376 1 1.088358974 1.088358974 1 1.648741117 0.824370558 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000788827 1 0.004928472 1 0.002429596 1 8.54E-20 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 78303276 T C MAGI2 CCDS5594.1 r.? - - intronic 34 0 0 27 0 0 15 0 0 54 0 0 73 13 17.8 2 0 0 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.259553299 1.259553299 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 7.97E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 78776771 A T MAGI2 CCDS5594.1 r.? - - intronic 26 0 0 36 0 0 20 0 0 62 0 0 72 13 18.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.280781726 1.280781726 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 6.58E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 78858679 C A MAGI2 CCDS5594.1 r.? - - intronic 42 0 0 38 3 7.9 25 3 12 78 2 2.6 63 13 20.6 3 0 0 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.910380952 0.910380952 1 1.530322581 1.530322581 1 0.496444444 0.496444444 1 1.457685279 1.457685279 1 NA NA 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000925091 1 0.00026475 1 0.058485548 1 1.01E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 79316466 G A - - - - - - 24 0 0 21 2 9.5 16 2 12.5 37 2 5.4 56 10 17.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.094761905 1.094761905 1 1.594086022 1.594086022 1 1.031076923 1.031076923 1 1.266629442 1.266629442 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.004928472 1 0.002863359 1 0.014826063 1 2.82E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 79734524 T A - - - - - - 30 0 0 36 0 0 22 0 0 61 0 0 61 6 9.8 0 0 NA 0 0 NA 3 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.693461929 0.693461929 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000000685 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 80072228 C G CD36 CCDS34673.1 r.? - - intronic 31 0 0 42 0 0 28 0 0 64 0 0 66 14 21.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.500142132 1.500142132 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 3.71E-19 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 80837988 C T - - - - - - 35 0 0 45 0 0 19 0 0 83 0 0 62 14 22.6 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.599208122 0.799604061 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 0 0 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.42E-19 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 81555747 G C - - - - - - 19 0 0 39 0 0 22 0 0 73 0 0 49 7 14.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.011888325 1.011888325 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 5.58E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 82941928 C T - - - - - - 35 0 0 39 0 0 26 1 3.8 39 4 10.3 60 6 10 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0.484602151 0.484602151 1 1.966683761 1.966683761 1 0.707614213 0.707614213 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 1 1 0.122190858 1 0.0000447 1 0.000000621 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 83945079 T G SEMA3A ENST00000424555 r.? - - intronic 32 0 0 37 0 0 21 0 0 60 0 0 58 10 17.2 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.217096447 1.217096447 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 4.1E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 84014102 C T SEMA3A ENST00000424555 r.? - - intronic 34 0 0 49 0 0 19 0 0 71 0 0 57 5 8.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.622700508 0.622700508 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.0000105 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 84110818 G A SEMA3A ENST00000424555 r.? - - intronic 34 0 0 42 0 0 28 0 0 74 0 0 79 13 16.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.167563452 1.167563452 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.37E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 84122949 T C SEMA3A ENST00000424555 r.? - - upstream 31 0 0 31 0 0 17 0 0 62 0 0 71 7 9.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.700538071 0.700538071 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 7.85E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 84247137 A T - - - - - - 39 0 0 37 0 0 23 0 0 58 0 0 77 12 15.6 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.103878173 1.103878173 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 6.64E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 84267998 G C - - - - - - 36 0 0 46 1 2.2 31 1 3.2 56 1 1.8 64 8 12.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.25352381 0.25352381 1 0.408086022 0.408086022 1 0.343692308 0.343692308 1 0.884517766 0.884517766 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.205924651 1 0.143917729 1 0.244746891 1 1.35E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 84341157 T C - - - - - - 42 0 0 45 0 0 25 0 0 78 0 0 71 8 11.3 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.799604061 0.799604061 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 3.14E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 84398519 T G - - - - - - 23 0 0 47 0 0 23 0 0 79 0 0 71 9 12.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.898670051 0.898670051 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.1E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 84490322 T C - - - - - - 24 0 0 35 1 2.9 17 0 0 46 1 2.2 51 7 13.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.334190476 0.334190476 1 0 0 1 0.420068376 0.420068376 1 0.969431472 0.969431472 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.16091139 1 1 1 0.205924651 1 7.46E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 84661244 C A SEMA3D CCDS34676.1 r.? - - intronic 34 0 0 36 0 0 22 0 0 72 0 0 82 11 13.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.948203046 0.948203046 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 4.94E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 84725666 C T SEMA3D CCDS34676.1 r.? - - intronic 36 0 0 33 0 0 23 0 0 63 0 0 69 8 11.6 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.820832487 0.820832487 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.49E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 84821210 T C - - - - - - 32 0 0 35 3 8.6 22 2 9.1 70 0 0 65 8 12.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.991047619 0.991047619 1 1.160494624 1.160494624 1 0 0 1 0.870365482 0.870365482 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.000725791 1 0.005403392 1 1 1 1.53E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 84892824 A T - - - - - - 41 0 0 29 0 0 32 0 0 64 0 0 63 9 14.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.011888325 1.011888325 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 3.62E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 85116357 A G - - - - - - 41 0 0 34 0 0 21 0 0 56 0 0 66 10 15.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.075573604 1.075573604 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.6E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 86142097 A T - - - - - - 31 0 0 47 3 6.4 24 1 4.2 79 2 2.5 75 11 14.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.73752381 0.73752381 1 0.535612903 0.535612903 1 0.477350427 0.477350427 1 1.040192893 1.040192893 1 NA NA 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.001719595 1 0.113346489 1 0.059811146 1 1.78E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 86204586 C A - - - - - - 22 0 0 27 0 0 15 0 0 68 0 0 58 14 24.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.705350254 0.852675127 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 5.04E-20 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 86217563 G T - - - - - - 33 0 0 35 0 0 25 0 0 70 0 0 70 7 10 1 0 0 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.707614213 0.707614213 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 7.11E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 86217564 A T - - - - - - 32 0 0 35 0 0 25 0 0 69 0 0 69 7 10.1 1 0 0 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.714690355 0.714690355 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 6.43E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 87243888 C T ABCB1 CCDS5608.1 r.? - - intronic 33 0 0 22 0 0 30 0 0 58 0 0 61 6 9.8 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.693461929 0.693461929 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000000685 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 87244639 G C ABCB1 CCDS5608.1 r.? - - intronic 24 0 0 45 0 0 29 0 0 59 0 0 67 11 16.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.16048731 1.16048731 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 4.85E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 87640003 C G ADAM22 CCDS43609.1 r.? - - intronic 33 0 0 43 0 0 13 0 0 72 0 0 58 10 17.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.217096447 1.217096447 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 4.1E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 88513184 T G ZNF804B CCDS5613.1 r.? - - intronic 43 0 0 35 0 0 28 0 0 61 0 0 59 9 15.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.082649746 1.082649746 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.96E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 88602428 T C ZNF804B CCDS5613.1 r.? - - intronic 30 0 0 37 4 10.8 18 0 0 64 1 1.6 67 11 16.4 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.244571429 1.244571429 1 0 0 1 0.305504274 0.305504274 1 1.16048731 1.16048731 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.0000362 1 1 1 0.274433592 1 4.85E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 88622008 C A ZNF804B CCDS5613.1 r.? - - intronic 30 0 0 44 0 0 28 0 0 71 0 0 70 11 15.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.110954315 1.110954315 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 8.06E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 88840316 C G ZNF804B CCDS5613.1 r.? - - intronic 36 0 0 32 0 0 29 0 0 62 0 0 61 8 13.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.926974619 0.926974619 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 9.09E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 89075675 C A - - - - - - 33 0 0 45 0 0 30 2 6.7 62 1 1.6 66 15 22.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0.854430108 0.854430108 1 0.305504274 0.305504274 1 1.606284264 0.803142132 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 4 NA 1 1 1 1 0.009909649 1 0.267123145 1 6.45E-21 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 89237131 T A - - - - - - 27 0 0 48 0 0 23 0 0 67 0 0 72 13 18.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.280781726 1.280781726 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 6.58E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 92119389 C G PEX1 CCDS5627.1 r.? - - intronic 41 0 0 31 3 9.7 28 1 3.6 61 1 1.6 89 12 13.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.117809524 1.117809524 1 0.459096774 0.459096774 1 0.305504274 0.305504274 1 0.955279188 0.955279188 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000505952 1 0.130947004 1 0.263440347 1 4.06E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 92858328 C T CCDC132 CCDS43617.1 r.? - - upstream 41 0 0 38 0 0 18 0 0 87 0 0 72 14 19.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.372771574 1.372771574 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.39E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 93000355 T A - - - - - - 37 0 0 49 3 6.1 20 0 0 105 2 1.9 69 8 11.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.702952381 0.702952381 1 0 0 1 0.362786325 0.362786325 1 0.820832487 0.820832487 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.001939399 1 1 1 0.097506702 1 2.49E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 93191383 C T CALCR CCDS5631.1 r.? - - intronic 25 0 0 40 1 2.5 21 1 4.8 78 3 3.8 51 8 15.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.288095238 0.288095238 1 0.612129032 0.612129032 1 0.72557265 0.72557265 1 1.110954315 1.110954315 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.181679879 1 0.099912572 1 0.007193566 1 2.05E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 93818237 A T - - - - - - 30 0 0 49 0 0 22 0 0 74 0 0 92 12 13 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.919898477 0.919898477 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 6.12E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 93837673 C T - - - - - - 33 0 0 40 4 10 20 2 10 65 2 3.1 87 13 14.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.152380952 1.152380952 1 1.275268817 1.275268817 1 0.59191453 0.59191453 1 1.054345178 1.054345178 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.0000495 1 0.004473894 1 0.042252341 1 8.85E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 94038307 G C COL1A2 CCDS34682.1 r.? - - intronic 38 0 0 48 3 6.2 22 2 9.1 64 1 1.6 62 7 11.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.71447619 0.71447619 1 1.160494624 1.160494624 1 0.305504274 0.305504274 1 0.799604061 0.799604061 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.001827434 1 0.005403392 1 0.274433592 1 3.02E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 94304735 C A - - - - - - 34 0 0 38 3 7.9 24 3 12.5 29 0 0 53 6 11.3 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.910380952 0.910380952 1 1.594086022 1.594086022 1 0 0 1 0.799604061 0.799604061 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000925091 1 0.000233853 1 1 1 0.000000293 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 94346056 T C - - - - - - 28 0 0 36 0 0 25 0 0 61 0 0 58 14 24.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.705350254 0.852675127 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 5.04E-20 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 95608646 C T DYNC1I1 CCDS5644.1 r.? - - intronic 29 0 0 37 0 0 25 0 0 63 0 0 74 10 13.5 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.955279188 0.955279188 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 5.24E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 95952270 C T SLC25A13 CCDS5645.1 r.? - - upstream 26 0 0 32 3 9.4 23 0 0 62 0 0 62 6 9.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.083238095 1.083238095 1 0 0 1 0 0 1 0.686385787 0.686385787 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.000556213 1 1 1 1 1 0.000000756 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 96844697 C T - - - - - - 34 0 0 42 0 0 19 0 0 53 0 0 66 10 15.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.075573604 1.075573604 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.6E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 97652494 T A - - - - - - 32 0 0 28 0 0 21 0 0 33 0 0 78 16 20.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.450609137 1.450609137 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.96E-21 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 99899759 C T - - - - - - 8 0 0 10 0 0 9 1 11.1 20 0 0 31 6 19.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.415548387 1.415548387 1 0 0 1 1.372771574 1.372771574 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 1 1 0.044110422 1 1 1 1.03E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 101462250 G T CUX1 CCDS5721.1 r.? - - intronic 38 0 0 31 2 6.5 19 0 0 44 1 2.3 57 8 14 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.749047619 0.749047619 1 0 0 1 0.439162393 0.439162393 1 0.990659898 0.990659898 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.010558179 1 1 1 0.197923942 1 5.19E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 101971056 G C - - - - - - 23 0 0 30 3 10 21 2 9.5 59 0 0 71 10 14.1 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.152380952 1.152380952 1 1.211505376 1.211505376 1 0 0 1 0.997736041 0.997736041 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.000458697 1 0.004928472 1 1 1 3.42E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 103110793 C G RELN CCDS47680.1 r.? - - downstream 28 0 0 31 2 6.5 24 2 8.3 50 0 0 64 8 12.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.749047619 0.749047619 1 1.058473118 1.058473118 1 0 0 1 0.884517766 0.884517766 1 NA NA 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.010558179 1 0.006413403 1 1 1 1.35E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 103422534 T G RELN CCDS47680.1 r.? - - intronic 25 0 0 36 0 0 15 0 0 63 0 0 63 10 15.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.125106599 1.125106599 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 9.81E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 103499461 A G RELN CCDS47680.1 r.? - - intronic 31 0 0 42 0 0 22 0 0 65 0 0 53 5 9.4 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.66515736 0.66515736 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.00000734 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 104204651 C T LHFPL3 ENST00000424859 r.? - - intronic 28 0 0 46 0 0 17 0 0 69 0 0 61 8 13.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.926974619 0.926974619 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 9.09E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 105182042 G A RINT1 CCDS34726.1 r.? - - intronic 17 0 0 19 0 0 18 0 0 25 0 0 56 12 21.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.514294416 1.514294416 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.11E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 106390761 T A - - - - - - 32 0 0 50 0 0 29 0 0 66 0 0 127 9 7.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 9 2 2 2 7 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.857406091 0.857406091 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.04E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 108315204 C G - - - - - - 42 0 0 56 3 5.4 27 2 7.4 61 0 0 61 6 9.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.622285714 0.622285714 1 0.943698925 0.943698925 1 0 0 1 0.693461929 0.693461929 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.00284314 1 0.00807567 1 1 1 0.000000685 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 108371780 G A - - - - - - 26 0 0 40 0 0 28 0 0 67 0 0 66 7 10.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.750071066 0.750071066 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000000047 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 108579741 G A - - - - - - 30 0 0 38 0 0 22 0 0 65 0 0 59 5 8.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.601472081 0.601472081 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.0000125 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 109807097 A T - - - - - - 26 0 0 24 3 12.5 31 2 6.5 67 0 0 64 11 17.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.44047619 1.44047619 1 0.828924731 0.828924731 1 0 0 1 1.217096447 1.217096447 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.000233853 1 0.010558179 1 1 1 2.85E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 110251413 G A - - - - - - 39 0 0 36 0 0 20 0 0 75 0 0 54 7 13 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.919898477 0.919898477 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.13E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 110462117 C T IMMP2L CCDS5753.1 r.? - - intronic 33 0 0 38 0 0 22 0 0 62 0 0 70 11 15.7 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.110954315 1.110954315 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 8.06E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 110637959 T C IMMP2L CCDS5753.1 r.? - - intronic 36 0 0 46 2 4.3 29 2 6.9 79 0 0 69 5 7.2 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.49552381 0.49552381 1 0.879935484 0.879935484 1 0 0 1 0.509482234 0.509482234 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.022369545 1 0.009279585 1 1 1 0.0000269 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 110943108 C G IMMP2L CCDS5753.1 r.? - - intronic 30 0 0 57 0 0 20 0 0 89 0 0 66 13 19.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.394 1.394 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.95E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 111197334 G A IMMP2L CCDS5753.1 r.? - - intronic 27 0 0 35 3 8.6 22 2 9.1 71 1 1.4 58 8 13.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.991047619 0.991047619 1 1.160494624 1.160494624 1 0.267316239 0.267316239 1 0.976507614 0.976507614 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000725791 1 0.005403392 1 0.299450652 1 5.99E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 112585579 C T - - - - - - 24 0 0 39 3 7.7 18 0 0 78 0 0 57 6 10.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.887333333 0.887333333 1 0 0 1 0 0 1 0.742994924 0.742994924 1 NA NA 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.000998458 1 1 1 1 1 0.000000456 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 112735775 G T - - - - - - 42 0 0 37 3 8.1 26 6 23.1 47 2 4.3 47 9 19.1 55 0 0 104 16 15.4 56 1 1.8 114 3 2.6 115 14 12.2 TRUE TRUE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.933428571 0.933428571 1 2.945870968 1.472935484 2 0.821042735 0.821042735 1 1.351543147 1.351543147 1 1.774666667 0.887333333 2 0.229548387 0.229548387 1 0.496444444 0.496444444 1 0.86328934 0.86328934 1 8 14 1 1 0.000855237 2.67E-19 3.3E-09 0.244746891 0.02328732 0.019926248 2.24E-12 1.36E-15 YES 1_1 1_0 1_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b 7 113411262 T A - - - - - - 27 0 0 45 0 0 31 0 0 73 0 0 71 8 11.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.799604061 0.799604061 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 3.14E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 113799889 G A FOXP2 ENST00000484307 r.? - - intronic 27 0 0 57 4 7 17 0 0 82 0 0 60 9 15 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.806666667 0.806666667 1 0 0 1 0 0 1 1.06142132 1.06142132 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.000199821 1 1 1 1 1 2.29E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 113868916 A T FOXP2 ENST00000484307 r.? - - intronic 44 0 0 44 0 0 24 0 0 76 0 0 84 13 15.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.09680203 1.09680203 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 5.49E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 114075002 A G FOXP2 CCDS43635.1 r.? - - intronic 21 0 0 40 0 0 24 0 0 84 0 0 73 12 16.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.16048731 1.16048731 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 3.39E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 114108886 C T FOXP2 CCDS43635.1 r.? - - intronic 16 0 0 35 0 0 22 0 0 64 0 0 54 6 11.1 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.785451777 0.785451777 1 NA NA 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000000329 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 114130286 G A FOXP2 CCDS43635.1 r.? - - intronic 40 0 0 37 0 0 28 0 0 68 0 0 67 13 19.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.372771574 1.372771574 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.41E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 114610357 A T MDFIC CCDS34737.1 r.? - - intronic 31 0 0 51 0 0 34 0 0 78 0 0 102 15 14.7 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 7 12 9 4 5 8 7 2 2 4 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 1.775192893 0.887596447 2 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 7.08E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 115185395 C T - - - - - - 23 0 0 31 2 6.5 23 2 8.7 63 2 3.2 87 7 8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 7 12 9 4 5 8 7 2 2 4 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.879047619 0.879047619 1 1.370483871 1.370483871 1 0.867008547 0.867008547 1 0.966091371 0.966091371 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.010558179 1 0.00589844 1 0.03993132 1 0.000000322 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 115396630 G C - - - - - - 29 0 0 48 2 4.2 33 2 6.1 99 3 3 126 11 8.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 7 12 9 4 5 8 7 2 2 4 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.568 0.568 1 0.960913978 0.960913978 1 0.812820513 0.812820513 1 1.050624365 1.050624365 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.024220359 1 0.011909843 1 0.013730027 1 5.85E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 115483547 A G - - - - - - 26 0 0 31 0 0 19 1 5.3 13 0 0 90 8 8.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 7 12 9 4 5 8 7 2 2 4 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0.834892473 0.834892473 1 0 0 1 1.07477665 1.07477665 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 0.090843738 1 1 1 0.000000021 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 115913764 C T - - - - - - 30 0 0 33 2 6.1 32 3 9.4 73 3 4.1 79 6 7.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 7 12 9 4 5 8 7 2 2 4 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.824952381 0.824952381 1 1.480752688 1.480752688 1 1.110854701 1.110854701 1 0.917786802 0.917786802 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.011909843 1 0.000556213 1 0.005990531 1 0.00000318 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 116183870 G A CAV1 CCDS5767.1 r.? - - intronic 29 0 0 50 3 6 23 3 13 91 1 1.1 110 7 6.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 7 12 9 4 5 8 7 2 2 4 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.811428571 0.811428571 1 2.047849462 2.047849462 1 0.298034188 0.298034188 1 0.772873096 0.772873096 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.002055544 1 0.000205387 1 0.366275718 1 0.00000159 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 116932391 G T WNT2 CCDS5771.1 r.? - - intronic 32 0 0 59 0 0 25 0 0 75 0 0 104 12 11.5 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA FALSE FALSE 6 7 12 9 4 5 8 7 2 2 4 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 1.388756345 1.388756345 1 NA NA 0 NA NA 0 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.76E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 117332692 C G - - - - - - 29 0 0 32 3 9.4 23 1 4.3 63 3 4.8 113 27 23.9 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 7 12 9 4 5 8 7 2 2 4 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.271238095 1.271238095 1 0.677365591 NA 0 1.300512821 1.300512821 1 2.88619797 0.96206599 3 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000556213 1 0.108890944 1 0.003968795 1 4.16E-37 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 117353242 C G CTTNBP2 CCDS5774.1 r.? - - intronic 28 0 0 49 3 6.1 29 1 3.4 78 0 0 113 12 10.6 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 7 12 9 4 5 8 7 2 2 4 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.824952381 0.824952381 1 0.535591398 0.535591398 1 0 0 1 1.280071066 1.280071066 1 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.001939399 1 0.135292269 1 1 1 7.57E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 117974050 T C - - - - - - 29 0 0 47 2 4.3 17 1 5.9 91 0 0 98 7 7.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 TRUE FALSE 6 7 12 6.647851422 4 5 8 4 2 2 4 2 1 1 1 0.352148578 NA NA NA 5 NA NA NA 2 NA NA NA 0.647851422 0.58152381 0.58152381 1 0.929408602 0.929408602 1 0 0 1 0.690403542 0.690403542 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 0 NA 0 6 NA 1 1 0.02328732 1 0.081683532 1 1 1 0.000000726 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 117991414 T A - - - - - - 28 0 0 54 1 1.9 26 0 0 80 2 2.5 101 16 15.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 7 12 6.647851422 4 5 8 4 2 2 4 2 1 1 1 0.352148578 NA NA NA 5 NA NA NA 2 NA NA NA 0.647851422 0.256952381 0.256952381 1 0 0 1 0.677350427 0.677350427 1 1.536390982 0.932360139 1.647851422 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.237137336 1 1 1 0.061147026 1 1.63E-19 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 118149481 G A - - - - - - 33 0 0 51 0 0 32 0 0 75 0 0 94 7 7.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 7 12 6.647851422 4 5 8 4 2 2 4 2 1 1 1 0.352148578 NA NA NA 5 NA NA NA 2 NA NA NA 0.647851422 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.719575523 0.719575523 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000000547 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 118593828 C G - - - - - - 41 0 0 41 0 0 28 0 0 83 0 0 80 8 10 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 7 12 6.647851422 4 5 8 4 2 2 4 2 1 1 1 0.352148578 NA NA NA 5 NA NA NA 2 NA NA NA 0.647851422 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.972399355 0.972399355 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 8.22E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 118951492 T A - - - - - - 23 0 0 41 0 0 30 0 0 23 0 0 76 10 13.2 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 7 12 6.647851422 4 5 8 4 2 2 4 2 1 1 1 0.352148578 NA NA NA 5 NA NA NA 2 NA NA NA 0.647851422 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.283567149 1.283567149 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 6.9E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 119506789 A G - - - - - - 39 0 0 37 0 0 27 0 0 80 0 0 86 10 11.6 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 7 12 6.647851422 4 5 8 4 2 2 4 2 1 1 1 0.352148578 NA NA NA 5 NA NA NA 2 NA NA NA 0.647851422 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.127983252 1.127983252 1 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.45E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 119595918 G A - - - - - - 32 0 0 43 2 4.7 20 0 0 83 3 3.6 96 7 7.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 7 12 6.647851422 4 5 8 4 2 2 4 2 1 1 1 0.352148578 NA NA NA 5 NA NA NA 2 NA NA NA 0.647851422 0.635619048 0.635619048 1 0 0 1 0.975384615 0.975384615 1 0.709851529 0.709851529 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.019709573 1 1 1 0.008529565 1 0.000000631 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 119740993 C T - - - - - - 24 0 0 58 4 6.9 21 0 0 75 2 2.7 86 8 9.3 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 7 12 6.647851422 4 5 8 4 2 2 4 2 1 1 1 0.352148578 NA NA NA 5 NA NA NA 2 NA NA NA 0.647851422 0.933142857 0.933142857 1 0 0 1 0.731538462 0.731538462 1 0.904331401 0.904331401 1 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000213772 1 1 1 0.054571821 1 1.47E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 121499361 C T - - - - - - 34 0 0 37 3 8.1 20 1 5 64 4 6.2 68 9 13.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.933428571 0.933428571 1 0.637634409 0.637634409 1 1.18382906 1.18382906 1 0.934050761 0.934050761 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000855237 1 0.09538952 1 0.000312605 1 7.38E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 121617766 T A PTPRZ1 CCDS34740.1 r.? - - intronic 35 0 0 39 1 2.6 20 0 0 70 3 4.3 67 8 11.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.299619048 0.299619048 1 0 0 1 0.821042735 0.821042735 1 0.842060914 0.842060914 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.177567718 1 1 1 0.005331097 1 1.96E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 122151403 A G CADPS2 CCDS47691.1 r.? - - intronic 31 0 0 45 5 11.1 12 0 0 73 0 0 63 6 9.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.279142857 1.279142857 1 0 0 1 0 0 1 0.672233503 0.672233503 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.00000323 1 1 1 1 1 0.000000832 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 122173362 C G CADPS2 CCDS47691.1 r.? - - intronic 28 0 0 31 1 3.2 29 2 6.9 74 4 5.4 62 7 11.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.368761905 0.368761905 1 0.879935484 0.879935484 1 1.031076923 1.031076923 1 0.799604061 0.799604061 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.143917729 1 0.009279585 1 0.00054411 1 3.02E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 122178563 A C CADPS2 CCDS47691.1 r.? - - intronic 48 0 0 42 0 0 38 0 0 64 0 0 73 10 13.7 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.969431472 0.969431472 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 4.56E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 122705000 A G - - - - - - 32 0 0 31 0 0 22 0 0 73 0 0 66 13 19.7 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.394 1.394 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.95E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 123203131 A T ASB15 CCDS34742.1 r.? - - upstream 32 0 0 44 4 9.1 31 2 6.5 57 0 0 58 7 12.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.048666667 1.048666667 1 0.828924731 0.828924731 1 0 0 1 0.856213198 0.856213198 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.0000723 1 0.010558179 1 1 1 1.88E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 123203167 T C ASB15 CCDS34742.1 r.? - - upstream 34 0 0 53 4 7.5 32 3 9.4 59 0 0 59 13 22 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.864285714 0.864285714 1 1.198752688 1.198752688 1 0 0 1 1.556751269 1.556751269 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.000150502 1 0.000556213 1 1 1 3.99E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 124016417 A T - - - - - - 27 0 0 37 2 5.4 25 0 0 69 2 2.9 50 9 18 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.622285714 0.622285714 1 0 0 1 0.553726496 0.553726496 1 1.273705584 1.273705584 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.014826063 1 1 1 0.04704084 1 4.07E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 124437556 G T - - - - - - 41 0 0 47 0 0 26 0 0 76 0 0 50 8 16 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.132182741 1.132182741 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.74E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 124538181 A G POT1 CCDS5793.1 r.? - - intronic 31 0 0 45 0 0 22 0 0 68 0 0 74 12 16.2 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.146335025 1.146335025 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 4.02E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 124814148 A G - - - - - - 29 0 0 53 0 0 24 0 0 57 0 0 63 9 14.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 3 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.868888325 0.868888325 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 3.62E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 124935717 G A - - - - - - 34 0 0 37 0 0 15 0 0 87 0 0 55 8 14.5 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 3 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.881040609 0.881040609 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 3.86E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 124956865 G T - - - - - - 40 0 0 37 3 8.1 20 2 10 47 2 4.3 62 10 16.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 3 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.933428571 0.933428571 1 1.275268817 1.275268817 1 0.821042735 0.821042735 1 0.978258883 0.978258883 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000855237 1 0.004473894 1 0.02328732 1 8.29E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 125079570 C A - - - - - - 35 0 0 31 2 6.5 23 3 13 44 1 2.3 42 8 19 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 3 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.749047619 0.749047619 1 1.657849462 1.657849462 1 0.439162393 0.439162393 1 1.154467005 1.154467005 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.010558179 1 0.000205387 1 0.197923942 1 3.96E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 125130569 C A - - - - - - 28 0 0 33 3 9.1 40 3 7.5 79 3 3.8 41 7 17.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 3 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.048666667 1.048666667 1 0.956451613 0.956451613 1 0.72557265 0.72557265 1 1.039020305 1.039020305 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000609557 1 0.001075403 1 0.007450026 1 1.51E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 125130601 A C - - - - - - 34 0 0 39 3 7.7 38 3 7.9 78 2 2.6 50 11 22 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 3 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.887333333 0.887333333 1 1.007462366 1.007462366 1 0.496444444 0.496444444 1 1.336751269 1.336751269 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000998458 1 0.000925091 1 0.058485548 1 1.52E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 125393811 A G - - - - - - 41 0 0 37 3 8.1 17 1 5.9 81 3 3.7 55 10 18.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 3 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.933428571 0.933428571 1 0.752408602 0.752408602 1 0.706478632 0.706478632 1 1.105857868 1.105857868 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000855237 1 0.081683532 1 0.007979008 1 2.33E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 125614268 T G ENSG00000230519 ENST00000420567 r.? - - intronic 32 0 0 28 1 3.6 21 1 4.8 85 1 1.2 56 4 7.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 3 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.414857143 0.414857143 1 0.612129032 0.612129032 1 0.229128205 0.229128205 1 0.431406091 0.431406091 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.130947004 1 0.099912572 1 0.346926798 1 0.000186538 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 125932721 C A - - - - - - 24 0 0 42 3 7.1 30 1 3.3 19 1 5.3 58 10 17.2 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.818190476 0.818190476 1 0.42083871 0.42083871 1 1.011982906 1.011982906 1 1.217096447 1.217096447 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.001240292 1 0.139615808 1 0.090843738 1 4.1E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 126117936 G A GRM8 CCDS5794.1 r.? - - intronic 32 0 0 37 0 0 25 0 0 65 0 0 59 12 20.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.436456853 1.436456853 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.2E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 126189886 A C GRM8 CCDS5794.1 r.? - - intronic 31 0 0 39 2 5.1 18 2 11.1 64 3 4.7 51 6 11.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.587714286 0.587714286 1 1.415548387 1.415548387 1 0.897418803 0.897418803 1 0.834984772 0.834984772 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.016387522 1 0.003626632 1 0.004148608 1 0.000000232 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 126293047 T C GRM8 CCDS5794.1 r.? - - intronic 32 0 0 43 0 0 22 0 0 71 0 0 55 7 12.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.898670051 0.898670051 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.28E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 126698156 C T GRM8 CCDS5794.1 r.? - - intronic 41 0 0 35 0 0 21 0 0 77 0 0 69 11 15.9 2 0 0 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.125106599 1.125106599 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 6.82E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 127702687 G A SND1 CCDS34747.1 r.? - - intronic 25 0 0 36 0 0 12 0 0 51 0 0 48 6 12.5 0 0 NA 0 0 NA 3 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.884517766 0.884517766 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.00000016 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 129884319 T C - - - - - - 22 0 0 37 1 2.7 22 3 13.6 69 0 0 73 13 17.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.311142857 0.311142857 1 1.734365591 1.734365591 1 0 0 1 1.259553299 1.259553299 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.169281299 1 0.000179267 1 1 1 7.97E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 129999481 C T CPA5 CCDS5819.1 r.1514c>u c.385C>T p.R129C missense 27 0 0 33 0 0 21 0 0 33 0 0 77 9 11.7 127 1 0.8 232 0 0 74 0 0 222 0 0 292 60 20.5 TRUE TRUE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.827908629 0.827908629 1 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.450609137 0.725304569 2 1 2 1 0.470907927 1 1 1 1 1 1 2.32E-10 4.09E-76 YES 0_0 0_0 0_0 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b 7 131524776 G T - - - - - - 22 0 0 47 2 4.3 22 2 9.1 67 1 1.5 91 14 15.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.49552381 0.49552381 1 1.160494624 1.160494624 1 0.286410256 0.286410256 1 1.089725888 1.089725888 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.02328732 1 0.005403392 1 0.285262761 1 4.55E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 132094983 C T PLXNA4 CCDS43646.1 r.? - - intronic 23 0 0 25 0 0 10 0 0 55 0 0 67 6 9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.636852792 0.636852792 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.0000012 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 132179929 G C PLXNA4 CCDS43646.1 r.? - - intronic 36 0 0 28 0 0 18 0 0 19 0 0 74 12 16.2 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.146335025 1.146335025 1 0 0 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 4.02E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 133028743 T A EXOC4 CCDS5829.1 r.? - - intronic 37 0 0 36 2 5.6 23 0 0 63 0 0 69 9 13 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.645333333 0.645333333 1 0 0 1 0 0 1 0.919898477 0.919898477 1 NA NA 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.014070883 1 1 1 1 1 8.45E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 134963599 G A ENSG00000224824 ENST00000417802 r.? - - intronic 41 0 0 38 0 0 25 0 0 72 0 0 65 7 10.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.76422335 0.76422335 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 4.22E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 135845318 C G - - - - - - 38 0 0 29 3 10.3 24 2 8.3 65 0 0 63 8 12.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.186952381 1.186952381 1 1.058473118 1.058473118 1 0 0 1 0.898670051 0.898670051 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.000414371 1 0.006413403 1 1 1 1.18E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 138798367 C T ZC3HAV1 CCDS5851.1 r.? - - upstream 30 0 0 37 2 5.4 21 0 0 51 4 7.8 57 10 17.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.622285714 0.622285714 1 0 0 1 1.489333333 1.489333333 1 1.238324873 1.238324873 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.014826063 1 1 1 0.000129466 1 3.4E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 138962155 C T UBN2 CCDS43655.1 r.? - - intronic 35 0 0 52 0 0 15 0 0 68 0 0 60 10 16.7 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.181715736 1.181715736 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 5.86E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 139440136 A G HIPK2 ENST00000406875 r.? - - intronic 40 0 0 31 0 0 22 0 0 21 0 0 71 13 18.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.29493401 1.29493401 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 5.42E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 140450787 G A BRAF CCDS5863.1 r.? - - intronic 35 0 0 37 0 0 16 0 0 59 0 0 69 10 14.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.026040609 1.026040609 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.54E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 140450789 A T BRAF CCDS5863.1 r.? - - intronic 32 0 0 35 0 0 16 0 0 58 0 0 71 10 14.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.997736041 0.997736041 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 3.42E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 140817220 G T - - - - - - 35 0 0 34 0 0 18 0 0 74 0 0 72 10 13.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.983583756 0.983583756 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 3.95E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 141106179 C A - - - - - - 31 0 0 29 0 0 20 0 0 70 0 0 62 8 12.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.912822335 0.912822335 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.04E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 142382463 C G - - - - - - 39 0 0 31 1 3.2 20 1 5 54 2 3.7 61 13 21.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.368761905 0.368761905 1 0.637634409 0.637634409 1 0.706478632 0.706478632 1 1.507218274 1.507218274 1 NA NA 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.143917729 1 0.09538952 1 0.030129377 1 6.41E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 142691481 G C - - - - - - 30 0 0 34 0 0 33 0 0 71 0 0 68 13 19.1 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.351543147 1.351543147 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.96E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 142703899 A G - - - - - - 38 0 0 34 0 0 27 0 0 83 0 0 60 6 10 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.707614213 0.707614213 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000000621 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 144181696 A T TPK1 CCDS5888.1 r.? - - intronic 38 0 0 43 0 0 23 0 0 61 0 0 59 4 6.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.481177665 0.481177665 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.00022841 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 144759101 G C - - - - - - 29 0 0 29 0 0 20 0 0 65 0 0 80 17 21.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.500142132 0.750071066 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 5.75E-23 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 144967146 C T - - - - - - 27 0 0 21 1 4.8 9 1 11.1 14 0 0 55 10 18.2 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.553142857 0.553142857 1 1.415548387 1.415548387 1 0 0 1 1.287857868 1.287857868 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.099912572 1 0.044110422 1 1 1 2.33E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 145325133 C G - - - - - - 28 0 0 33 2 6.1 25 1 4 84 0 0 55 9 16.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.702952381 0.702952381 1 0.510107527 0.510107527 1 0 0 1 1.16048731 1.16048731 1 NA NA 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.011909843 1 0.117779757 1 1 1 1.01E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 145482074 C T - - - - - - 29 0 0 45 0 0 18 0 0 44 0 0 65 9 13.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.976507614 0.976507614 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 4.85E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 145519491 C T - - - - - - 27 0 0 30 0 0 21 0 0 41 0 0 71 11 15.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.09680203 1.09680203 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 9.49E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 145826000 G T CNTNAP2 CCDS5889.1 r.? - - intronic 28 0 0 39 0 0 26 0 0 67 0 0 79 12 15.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.075573604 1.075573604 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 9.17E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 146006048 C G CNTNAP2 CCDS5889.1 r.? - - intronic 25 0 0 43 0 0 22 0 0 79 0 0 72 10 13.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.983583756 0.983583756 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 3.95E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 146160001 C G CNTNAP2 CCDS5889.1 r.? - - intronic 39 0 0 34 1 2.9 12 1 8.3 82 1 1.2 72 7 9.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.334190476 0.334190476 1 1.058473118 1.058473118 1 0.229128205 0.229128205 1 0.686385787 0.686385787 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.156694864 1 0.058377193 1 0.337031917 1 8.66E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 146177065 C T CNTNAP2 CCDS5889.1 r.? - - intronic 26 0 0 43 4 9.3 23 3 13 48 3 6.2 58 12 20.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.071714286 1.071714286 1 1.657849462 1.657849462 1 1.18382906 1.18382906 1 1.464761421 1.464761421 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000066 1 0.000205387 1 0.001827434 1 1.76E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 146467727 A T CNTNAP2 CCDS5889.1 r.? - - intronic 29 0 0 34 0 0 13 0 0 65 0 0 58 12 20.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.464761421 1.464761421 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.76E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 146491754 A C CNTNAP2 CCDS5889.1 r.? - - intronic 42 0 0 35 3 8.6 20 2 10 56 1 1.8 75 14 18.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.991047619 0.991047619 1 1.275268817 1.275268817 1 0.343692308 0.343692308 1 1.323238579 1.323238579 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000725791 1 0.004473894 1 0.244746891 1 2.57E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 146635938 G A CNTNAP2 CCDS5889.1 r.? - - intronic 29 0 0 31 3 9.7 13 3 23.1 68 3 4.4 73 18 24.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.117809524 1.117809524 1 2.945870968 2.945870968 1 0.840136752 0.840136752 1 1.747807107 0.873903553 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000505952 1 0.0000344 1 0.004916956 1 1.62E-25 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 146667198 C A CNTNAP2 CCDS5889.1 r.? - - intronic 31 0 0 34 0 0 34 0 0 56 0 0 50 8 16 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.132182741 1.132182741 1 NA NA 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.74E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 146680063 G C CNTNAP2 CCDS5889.1 r.? - - intronic 32 0 0 35 0 0 18 0 0 75 0 0 56 8 14.3 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.011888325 1.011888325 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 4.48E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 146859475 T A CNTNAP2 CCDS5889.1 r.? - - intronic 30 0 0 38 0 0 19 0 0 61 0 0 61 12 19.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.394 1.394 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 3.39E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 146880542 T A CNTNAP2 CCDS5889.1 r.? - - intronic 28 0 0 44 0 0 15 0 0 70 0 0 66 5 7.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.537786802 0.537786802 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.0000217 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 146886997 C T CNTNAP2 CCDS5889.1 r.? - - intronic 36 0 0 32 3 9.4 17 1 5.9 25 0 0 60 7 11.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.083238095 1.083238095 1 0.752408602 0.752408602 1 0 0 1 0.827908629 0.827908629 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000556213 1 0.081683532 1 1 1 2.39E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 146907355 A T CNTNAP2 CCDS5889.1 r.? - - intronic 40 0 0 35 0 0 35 0 0 91 0 0 78 11 14.1 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.997736041 0.997736041 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.79E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 147031842 C G CNTNAP2 CCDS5889.1 r.? - - intronic 41 0 0 41 2 4.9 21 1 4.8 57 1 1.8 70 8 11.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.564666667 0.564666667 1 0.612129032 0.612129032 1 0.343692308 0.343692308 1 0.806680203 0.806680203 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.018015855 1 0.099912572 1 0.248523156 1 2.8E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 147032333 T C CNTNAP2 CCDS5889.1 r.? - - intronic 47 0 0 34 1 2.9 21 2 9.5 79 0 0 67 10 14.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.334190476 0.334190476 1 1.211505376 1.211505376 1 0 0 1 1.054345178 1.054345178 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.156694864 1 0.004928472 1 1 1 1.87E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 148097928 C T CNTNAP2 CCDS5889.1 r.? - - intronic 22 0 0 31 3 9.7 17 3 17.6 45 0 0 63 9 14.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.117809524 1.117809524 1 2.244473118 2.244473118 1 0 0 1 1.011888325 1.011888325 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.000505952 1 0.0000807 1 1 1 3.62E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 148652095 T C - - - - - - 40 0 0 26 0 0 14 0 0 11 0 0 49 7 14.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.011888325 1.011888325 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 5.58E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 148762460 G C ZNF786 CCDS47738.1 r.? - - downstream 35 0 0 29 2 6.9 13 2 15.4 14 0 0 59 10 16.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.795142857 0.795142857 1 1.963913978 1.963913978 1 0 0 1 1.19586802 1.19586802 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.009279585 1 0.001879825 1 1 1 4.91E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 148992837 A C ZNF783 ENST00000418158 r.? - - downstream 30 0 0 41 3 7.3 22 0 0 22 0 0 70 12 17.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 3 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.841238095 0.841238095 1 0 0 1 0 0 1 1.210020305 1.210020305 1 NA NA 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.001155993 1 1 1 1 1 1.99E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 149389756 A G - - - - - - 32 0 0 7 0 0 3 0 0 5 0 0 67 11 16.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.16048731 1.16048731 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 4.85E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 151422788 A G PRKAG2 CCDS43683.1 r.? - - intronic 27 0 0 38 0 0 24 0 0 31 0 0 55 9 16.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.16048731 1.16048731 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.01E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 152164185 C G - - - - - - 26 0 0 40 0 0 23 0 0 49 0 0 57 13 22.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.613360406 0.806680203 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.44E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 152716588 G A - - - - - - 18 0 0 44 0 0 20 0 0 10 0 0 47 10 21.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.507218274 1.507218274 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 0 0 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 4.27E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 153987970 G A DPP6 ENST00000404039 r.? - - intronic 23 0 0 26 0 0 18 0 0 72 0 0 61 11 18 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.273705584 1.273705584 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.62E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 154982368 G A - - - - - - 37 0 0 15 1 6.7 4 0 0 22 1 4.5 55 16 29.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.772095238 0.772095238 1 0 0 1 0.859230769 0.859230769 1 2.05915736 1.02957868 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.072431031 1 1 1 0.104413009 1 3.78E-24 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 155786740 G T - - - - - - 24 0 0 32 3 9.4 19 1 5.3 10 2 20 82 28 34.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 4 4 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.083238095 1.083238095 1 0.675892473 0.675892473 1 3.818803419 3.818803419 1 2.412964467 1.206482234 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000556213 1 0.090843738 1 0.001095391 1 1.94E-43 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 156455480 A T RNF32 CCDS5944.1 r.? - - intronic 29 0 0 38 0 0 32 0 0 35 0 0 83 6 7.2 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 6 4 6 4 4 2 4 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 0.653482234 0.653482234 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.00000424 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 156639331 C A LMBR1 CCDS5945.1 r.? - - intronic 38 0 0 28 0 0 30 0 0 70 0 0 86 7 8.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 6 4 6 4 4 2 4 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 0.735167513 0.735167513 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000000297 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 157037831 T A UBE3C CCDS34789.1 r.? - - intronic 35 0 0 40 0 0 28 0 0 64 0 0 100 6 6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 6 4 6 4 4 2 4 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 0.544568528 0.544568528 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.0000125 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 157095269 G A - - - - - - 32 0 0 41 0 0 19 0 0 33 0 0 84 12 14.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 6 4 6 4 4 2 4 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 1.297888325 1.297888325 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.98E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 157405932 C T PTPRN2 CCDS5949.1 r.? - - intronic 32 0 0 2 0 0 2 0 0 10 0 0 88 8 9.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 6 4 6 4 4 2 4 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 0.825928934 0.825928934 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.76E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 158093209 G A PTPRN2 CCDS5949.1 r.? - - intronic 27 0 0 17 2 11.8 7 1 14.3 10 2 20 71 16 22.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 6 4 6 4 4 2 4 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.595809524 1.595809524 1 2.109634409 2.109634409 1 3.818803419 3.818803419 1 2.04213198 1.02106599 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.003234386 1 0.034479353 1 0.001095391 1 3.77E-22 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 7 158343325 G A PTPRN2 CCDS5949.1 r.? - - intronic 28 0 0 41 2 4.9 23 1 4.3 29 0 0 89 10 11.2 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 6 4 6 4 4 2 4 2 2 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.662666667 0.662666667 1 0.634365591 0.634365591 1 0 NA 0 1.016527919 1.016527919 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.018015855 1 0.108890944 1 1 1 3.47E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 2429532 C A - - - - - - 29 0 0 26 0 0 15 0 0 48 0 0 31 8 25.8 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 1 1 1 1 1 1 1 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.05164467 1.05164467 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.78E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 3015395 G A CSMD1 ENST00000318252 r.? - - intronic 30 0 0 23 0 0 18 0 0 53 0 0 35 7 20 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 1 1 1 1 1 1 1 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.815228426 0.815228426 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 4.65E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 3042362 G A CSMD1 ENST00000318252 r.? - - intronic 23 0 0 31 1 3.2 13 1 7.7 48 3 6.2 37 6 16.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 1 1 1 1 1 1 1 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.272761905 0.272761905 1 0.750956989 0.750956989 1 0.99782906 0.99782906 1 0.660335025 0.660335025 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.143917729 1 0.063085307 1 0.001827434 1 3.18E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 3724803 G C - - - - - - 38 0 0 32 2 6.2 17 0 0 51 0 0 52 14 26.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 1 1 1 1 1 1 1 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.52847619 0.52847619 1 0 0 1 0 0 1 1.096482234 1.096482234 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.011224977 1 1 1 1 1 9.04E-21 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 4653803 G C - - - - - - 26 0 0 23 0 0 15 0 0 51 0 0 44 9 20.5 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 1 2 2 2 1 2 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 1.040609137 1.040609137 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.18E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 6911605 T C DEFA5 CCDS5963.1 r.? - - downstream 36 0 0 27 3 11.1 27 3 11.1 63 2 3.2 43 10 23.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 1 2 2 2 1 2 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.057142857 1.057142857 1 1.193548387 1.193548387 1 0.515008547 0.515008547 1 1.182741117 1.182741117 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000334187 1 0.000334187 1 0.03993132 1 1.61E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 7023059 G A - - - - - - 9 0 0 5 1 20 7 1 14.3 9 1 11.1 8 3 37.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 1 2 2 2 1 2 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.904761905 1.904761905 1 1.537634409 1.537634409 1 1.786435897 1.786435897 1 1.903553299 1.903553299 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.024751247 1 0.034479353 1 0.044110422 1 0.00000687 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 18 22016576 G A IMPACT CCDS11886.1 r.? - - intronic 48 1 2.1 34 0 0 30 0 0 45 0 0 51 13 25.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 4 4 6 3 4 4 5 3 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.549416244 1.549416244 1 NA NA 0 NA NA 0 0 0 1 NA NA 0 1 NA 0.213845552 1 1 1 1 1 1 1 4.87E-19 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 11620828 G T GATA4 CCDS5983.1 r.? - - downstream 27 0 0 19 1 5.3 15 1 6.7 26 1 3.8 27 9 33.3 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 2 1 1 1 2 1 1 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.451761905 0.451761905 1 0.720430108 0.720430108 1 0.61157265 0.61157265 1 1.35735533 1.35735533 1 NA NA 0 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.090843738 1 0.072431031 1 0.122190858 1 8.44E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 12339003 G A ENSG00000205873 ENST00000357132 r.? - - intronic 17 0 0 23 3 13 13 1 7.7 44 4 9.1 43 6 14 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 1 1 1 1 1 1 1 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.108095238 1.108095238 1 0.750956989 0.750956989 1 1.464555556 1.464555556 1 0.570659898 0.570659898 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000205387 1 0.063085307 1 0.0000723 1 8.13E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 13327832 C G DLC1 CCDS5989.1 r.? - - intronic 37 0 0 36 3 8.3 25 2 8 49 0 0 40 8 20 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 1 1 1 1 1 1 1 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.70747619 0.70747619 1 0.780215054 0.780215054 1 0 0 1 0.815228426 0.815228426 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.000788827 1 0.006948068 1 1 1 2.61E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 13487980 C G - - - - - - 27 0 0 22 1 4.5 17 2 11.8 69 0 0 40 14 35 0 0 NA 2 2 100 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 1 1 1 1 1 1 1 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.383571429 0.383571429 1 1.150817204 1.150817204 1 0 0 1 1.426649746 1.426649746 1 8.523809524 8.523809524 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.104413009 0.000025 0.003234386 1 1 1 1.25E-22 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 18320560 T C - - - - - - 35 0 0 25 3 12 18 0 0 65 2 3.1 42 14 33.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 1 1 1 1 1 1 1 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.022857143 1.022857143 1 0 0 1 0.49891453 0.49891453 1 1.35735533 1.35735533 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.00026475 1 1 1 0.042252341 1 2.83E-22 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 22082019 G A PHYHIP CCDS43723.1 r.? - - intronic 27 0 0 29 0 0 11 0 0 16 0 0 36 7 19.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 1 1 1 1 1 1 1 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.790771574 0.790771574 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 5.74E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 27251876 A G PTK2B CCDS6057.1 r.? - - intronic 35 0 0 31 0 0 17 0 0 66 0 0 36 9 25 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 1 1 1 1 1 1 1 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.019035533 1.019035533 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.63E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 27790396 T A SCARA5 CCDS6064.1 r.? - - intronic 21 0 0 48 0 0 27 0 0 49 0 0 95 11 11.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 7 7 7 7 7 7 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.168832487 1.168832487 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.59E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 28611416 G C EXTL3 CCDS6070.1 r.? - - downstream 41 0 0 43 0 0 17 0 0 25 0 0 102 6 5.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 7 7 7 7 7 7 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.594492386 0.594492386 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000014 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 29851248 C T - - - - - - 22 0 0 44 1 2.3 21 3 14.3 58 4 6.9 99 11 11.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 7 7 7 7 7 7 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.334047619 0.334047619 1 2.252634409 2.252634409 1 1.524487179 1.524487179 1 1.118451777 1.118451777 1 NA NA 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.197923942 1 0.000155401 1 0.000213772 1 4.11E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 29948836 G A LEPROTL1 CCDS6075.1 r.? - - upstream 32 0 0 52 4 7.7 23 2 8.7 60 4 6.7 92 13 14.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 7 7 7 7 7 7 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.118333333 1.118333333 1 1.370483871 1.370483871 1 1.480299145 1.480299145 1 1.420736041 1.420736041 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000139698 1 0.00589844 1 0.000243755 1 1.89E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 31522036 T C NRG1 CCDS47836.1 r.? - - intronic 32 0 0 38 3 7.9 21 1 4.8 59 2 3.4 34 9 26.5 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 1 3 1 1 1 2 1 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.673380952 0.673380952 1 0.468129032 0.468129032 1 0.615196581 0.615196581 1 1.080177665 1.080177665 1 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000925091 1 0.099912572 1 0.035441897 1 9.15E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 32866348 G A - - - - - - 35 0 0 27 3 11.1 17 2 11.8 59 3 5.1 40 15 37.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 1 3 1 1 1 2 1 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.946142857 0.946142857 1 1.150817204 1.150817204 1 0.922794872 0.922794872 1 1.528553299 1.528553299 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000334187 1 0.003234386 1 0.003297476 1 1.09E-24 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 33180377 G C - - - - - - 27 0 0 37 0 0 22 0 0 55 0 0 35 12 34.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 1 3 1 1 1 2 1 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.398116751 1.398116751 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.83E-19 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 34292726 C T - - - - - - 39 0 0 35 4 11.4 16 1 6.2 60 1 1.7 28 7 25 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 1 3 1 1 1 2 1 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.971714286 0.971714286 1 0.604666667 0.604666667 1 0.307598291 0.307598291 1 1.019035533 1.019035533 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.0000289 1 0.077068876 1 0.259739042 1 8.44E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 34419087 G C - - - - - - 36 0 0 33 4 12.1 17 1 5.9 58 1 1.7 40 12 30 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 1 3 1 1 1 2 1 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.031380952 1.031380952 1 0.575408602 0.575408602 1 0.307598291 0.307598291 1 1.22284264 1.22284264 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.0000228 1 0.081683532 1 0.252280541 1 1.2E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 34566528 G C - - - - - - 34 0 0 31 2 6.5 10 0 0 60 0 0 27 6 22.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 1 3 1 1 1 2 1 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.554047619 0.554047619 1 0 0 1 0 0 1 0.904903553 0.904903553 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.010558179 1 1 1 1 1 4.23E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 34626571 T A - - - - - - 31 0 0 23 1 4.3 14 2 14.3 54 3 5.6 31 5 16.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1 1 3 1 1 1 2 1 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.36652381 0.36652381 1 1.394634409 1.394634409 1 1.013264957 1.013264957 1 0.656258883 0.656258883 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.108890944 1 0.002185852 1 0.00256299 1 0.000000476 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 35056701 T G - - - - - - 33 0 0 42 0 0 27 0 0 65 0 0 87 12 13.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 10 7 7 7 10 7 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.390507614 1.390507614 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 3.06E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 35309701 C T UNC5D CCDS6093.2 r.? - - intronic 42 0 0 60 4 6.7 35 4 11.4 75 0 0 103 8 7.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 10 7 7 7 10 7 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.973095238 0.973095238 1 1.795806452 1.795806452 1 0 0 1 0.785939086 0.785939086 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.000243755 1 0.0000289 1 1 1 6.09E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 35384527 T C UNC5D CCDS6093.2 r.? - - intronic 43 0 0 58 2 3.4 30 3 10 74 0 0 108 13 12 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 10 7 7 7 10 7 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.493809524 0.493809524 1 1.575268817 1.575268817 1 0 0 1 1.209137056 1.209137056 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.034352256 1 0.000458697 1 1 1 1.62E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 35707468 C T - - - - - - 47 0 0 55 5 9.1 27 1 3.7 78 0 0 101 9 8.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 10 7 7 7 10 7 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.321666667 1.321666667 1 0.582849462 0.582849462 1 0 0 1 0.89677665 0.89677665 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.00000883 1 0.126579904 1 1 1 2.7E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 35875306 C T - - - - - - 32 0 0 43 1 2.3 15 0 0 77 0 0 100 12 12 839 1 0.1 573 1 0.2 190 0 0 1072 4 0.4 1254 106 8.5 TRUE FALSE 7 7 10 7 7 7 10 7 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.334047619 0.334047619 1 0 0 1 0 0 1 1.209137056 1.209137056 1 0.029047619 NA 0 0 NA 0 0.100376068 0.100376068 1 0.856472081 0.856472081 1 6 NA 1 0.985087009 0.193893409 0.943424908 1 1 1 0.7826387 1.71E-13 9.82E-91 YES 0_0 0_0 0_0 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b 8 36033207 G C - - - - - - 33 0 0 60 0 0 21 0 0 70 0 0 112 14 12.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 TRUE FALSE 7 7 10 7 7 7 10 7 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.259517766 1.259517766 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 0 NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 9.28E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 36085924 A G - - - - - - 37 0 0 53 0 0 30 0 0 79 0 0 102 8 7.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 10 7 7 7 10 7 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.785939086 0.785939086 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 5.64E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 36086125 A G - - - - - - 42 0 0 50 0 0 28 0 0 66 0 0 84 8 9.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 10 7 7 7 10 7 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.957233503 0.957233503 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.21E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 36137902 G C - - - - - - 27 0 0 49 2 4.1 21 0 0 76 1 1.3 106 13 12.3 4 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 10 7 7 7 10 7 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.59547619 0.59547619 1 0 0 1 0.326222222 0.326222222 1 1.239365482 1.239365482 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.025168485 1 1 1 0.316790122 1 1.26E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 36587661 C T - - - - - - 30 0 0 57 4 7 40 0 0 80 2 2.5 97 8 8.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 TRUE FALSE 7 7 10 7 7 7 10 7 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.016666667 1.016666667 1 0 0 1 0.627350427 0.627350427 1 0.826243655 0.826243655 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 0 NA 0 8 NA 1 1 0.000199821 1 1 1 0.061147026 1 0.000000038 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 36740109 T A KCNU1 ENST00000399881 r.? - - intronic 28 0 0 67 4 6 21 1 4.8 61 2 3.3 100 7 7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 10 7 7 7 10 7 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.871428571 0.871428571 1 0.756129032 0.756129032 1 0.828102564 0.828102564 1 0.705329949 0.705329949 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000372648 1 0.099912572 1 0.037660755 1 0.000000833 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 36944787 G A - - - - - - 24 0 0 44 3 6.8 36 2 5.6 83 1 1.2 119 13 10.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 10 7 7 7 10 7 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.987619048 0.987619048 1 0.882150538 0.882150538 1 0.301128205 0.301128205 1 1.098299492 1.098299492 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.00142027 1 0.014070883 1 0.340346757 1 5.82E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 37040546 C T - - - - - - 38 0 0 48 0 0 34 0 0 59 0 0 96 10 10.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 10 7 7 7 10 7 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.047918782 1.047918782 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 7.45E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 37199547 G A - - - - - - 33 0 0 40 1 2.5 25 1 4 81 1 1.2 87 7 8 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 2 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 10 7 7 7 10 7 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.363095238 0.363095238 1 0.630107527 0.630107527 1 0.301128205 0.301128205 1 0.806091371 0.806091371 1 NA NA 1 0 NA 0 0 0 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.181679879 1 0.117779757 1 0.333700419 1 0.000000322 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 37935462 T C - - - - - - 30 0 0 47 5 10.6 16 0 0 42 0 0 73 14 19.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 10 7 7 7 10 7 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.53952381 1.53952381 1 0 0 1 0 0 1 1.934619289 0.967309645 2 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.00000402 1 1 1 1 1 1.71E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 37987110 G A ASH2L CCDS47840.1 r.? - - intronic 34 0 0 38 4 10.5 39 2 5.1 78 3 3.8 60 7 11.7 0 0 NA 0 0 NA 2 2 100 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 10 7 7 7 10 7 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.525 1.525 1 0.803387097 0.803387097 1 0.95357265 0.95357265 1 1.178908629 1.178908629 1 NA NA 0 15.75268817 2.250384025 7 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.0000403 1 0.016387522 0.000025 0.007193566 1 2.39E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 38048062 C A BAG4 CCDS6104.1 r.? - - intronic 24 0 0 34 0 0 31 0 0 64 0 0 92 9 9.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 10 7 7 7 10 7 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.987461929 0.987461929 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.17E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 38543541 G C - - - - - - 24 0 0 42 4 9.5 26 2 7.7 74 3 4.1 64 6 9.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 10 7 7 7 10 7 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.379761905 1.379761905 1 1.212956989 1.212956989 1 1.028854701 1.028854701 1 0.94715736 0.94715736 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.0000601 1 0.007502227 1 0.006220661 1 0.000000914 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 38584963 G A TACC1 ENST00000443286 r.? - - upstream 27 0 0 64 4 6.2 20 2 10 73 2 2.7 68 7 10.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 10 7 7 7 10 7 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.90047619 0.90047619 1 1.575268817 1.575268817 1 0.677538462 0.677538462 1 1.03784264 1.03784264 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000312605 1 0.004473894 1 0.052016623 1 0.000000058 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 39773953 C T IDO1 CCDS47847.1 r.? - - intronic 31 0 0 34 0 0 34 0 0 55 0 0 42 8 19 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3.363731821 3.489063672 10 3 3 3 10 3 0 0 0 0 0.636268179 0.510936328 1 1 4 4 NA NA 0 0 NA NA 0.363731821 0.489063672 NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.154467005 1.154467005 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 3.96E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 39797427 A T - - - - - - 33 0 0 43 0 0 22 0 0 79 0 0 41 8 19.5 369 1 0.3 584 0 0 137 0 0 970 0 0 682 121 17.7 TRUE FALSE 3.363731821 3.489063672 10 3 3 3 10 3 0 0 0 0 0.636268179 0.510936328 1 1 4 4 NA NA 0 0 NA NA 0.363731821 0.489063672 NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.184847716 1.184847716 1 0 NA 0 0 NA 0 0 0 1 1.075477157 1.075477157 1 1 NA 1 0.84270432 1 1 1 1 1 1 3.22E-11 2.64E-143 YES 0_0 0_0 0_0 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b 8 40000421 A T - - - - - - 27 0 0 36 0 0 19 0 0 98 1 1 50 7 14 2 0 0 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3.363731821 3.489063672 10 3 3 3 10 3 0 0 0 0 0.636268179 0.510936328 1 1 4 4 NA NA 0 0 NA NA 0.363731821 0.489063672 NA NA 0 NA 0 0 0 1 0.250940171 0.250940171 1 0.850659898 0.850659898 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.388126122 1 6.46E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 42901950 T A - - - - - - 34 0 0 40 2 5 23 1 4.3 59 1 1.7 53 7 13.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 10 12 10 4 6 7 7 3 4 5 3 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.876190476 0.876190476 1 0.892365591 0.892365591 1 0.426598291 0.426598291 1 0.934050761 0.934050761 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.017193422 1 0.108890944 1 0.256019138 1 9.85E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 43006113 T C HGSNAT CCDS47852.1 r.? - - intronic 26 0 0 36 0 0 19 0 0 32 0 0 65 13 20 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 10 12 10 4 6 7 7 3 4 5 3 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.415228426 1.415228426 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.57E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 43374238 G A - - - - - - 27 0 0 36 4 11.1 21 2 9.5 62 2 3.2 53 15 28.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 10 12 10 6 6 7 7 3 4 5 3 3 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.945142857 1.945142857 1 1.971505376 1.971505376 1 0.803008547 0.803008547 1 2.568548223 0.856182741 3 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.0000324 1 0.004928472 1 0.038789653 1 1.6E-22 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 43480484 C A - - - - - - 34 0 0 56 0 0 26 3 11.5 83 0 0 87 6 6.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 10 12 10 6 6 7 7 3 4 5 3 3 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 2.38655914 2.38655914 1 0 0 1 0.626253807 0.626253807 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 1 1 0.000298167 1 1 1 0.00000558 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 43555707 C T - - - - - - 30 0 0 50 1 2 26 1 3.8 104 5 4.8 81 5 6.2 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 10 12 10 6 6 7 7 3 4 5 3 3 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.35047619 0.35047619 1 0.788602151 0.788602151 1 1.204512821 1.204512821 1 0.562720812 0.562720812 1 NA NA 0 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.221687443 1 0.122190858 1 0.000190556 1 0.0000584 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 47839682 G A - - - - - - 42 0 0 47 2 4.3 32 0 0 68 3 4.4 120 7 5.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 10 12 10 8 6 7 7 6 4 5 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.75352381 0.75352381 1 0 0 1 1.104136752 1.104136752 1 0.642416244 0.642416244 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.02328732 1 1 1 0.004916956 1 0.00000284 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 47890489 A T ENSG00000215179 ENST00000399732 r.? - - upstream 38 0 0 72 0 0 35 0 0 87 0 0 107 8 7.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 10 12 10 8 6 7 7 6 4 5 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.83071066 0.83071066 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000000082 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 48231791 C T KIAA0146 CCDS43737.1 r.? - - intronic 34 0 0 60 4 6.7 50 2 4 93 2 2.2 95 7 7.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 10 12 10 8 6 7 7 6 4 5 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.174095238 1.174095238 1 0.830107527 0.830107527 1 0.552068376 0.552068376 1 0.819634518 0.819634518 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000243755 1 0.026131524 1 0.079388736 1 0.000000588 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 48691650 G T PRKDC ENST00000314191 r.11548c>a c.11491C>A p.P3831T missense 31 0 0 53 0 0 33 3 9.1 83 0 0 101 11 10.9 150 1 0.7 893 6 0.7 446 3 0.7 558 0 0 724 64 8.8 TRUE FALSE 10 12 10 8 6 7 7 6 4 5 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.888494624 1.888494624 1 0 0 1 1.207299492 1.207299492 1 0.122666667 NA 0 0.145268817 0.145268817 1 0 NA 0 0.974700508 0.974700508 1 6 NA 1 0.528521263 1 0.290873729 0.000609557 0.385472906 1 1 5.14E-12 9.85E-57 YES 0_0 1_0 0_0 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b 8 48881368 G T MCM4 CCDS6143.1 r.? - - intronic 28 0 0 45 0 0 37 0 0 81 0 0 100 8 8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 10 12 10 8 6 7 7 6 4 5 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 0.886091371 0.886091371 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 4.83E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 49369283 C G - - - - - - 37 0 0 56 0 0 35 0 0 81 0 0 106 10 9.4 2 0 0 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 10 12 10 8 6 7 7 6 4 5 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.04115736 1.04115736 1 NA NA 0 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.01E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 50079584 G C - - - - - - 41 0 0 43 0 0 34 0 0 88 0 0 96 7 7.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 10 12 10 8 6 7 7 6 4 5 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.808558376 0.808558376 1 NA NA 0 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000000631 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 50162412 A T - - - - - - 33 0 0 49 1 2 25 0 0 68 2 2.9 117 13 11.1 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 10 12 10 8 6 7 7 6 4 5 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.35047619 0.35047619 1 0 0 1 0.727726496 0.727726496 1 1.229451777 1.229451777 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.217776325 1 1 1 0.045825786 1 4.66E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 50554308 G A - - - - - - 29 0 0 50 2 4 31 1 3.2 72 4 5.6 95 8 8.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 10 12 10 8 6 7 7 6 4 5 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.700952381 0.700952381 1 0.664086022 0.664086022 1 1.405264957 1.405264957 1 0.930395939 0.930395939 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.026131524 1 0.143917729 1 0.000490365 1 3.23E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 50794107 G A - - - - - - 32 0 0 51 1 2 30 1 3.3 88 1 1.1 105 6 5.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 10 12 10 8 6 7 7 6 4 5 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.35047619 0.35047619 1 0.68483871 0.68483871 1 0.276034188 0.276034188 1 0.631340102 0.631340102 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.225579006 1 0.139615808 1 0.356673997 1 0.0000165 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 50887008 T G - - - - - - 51 0 0 53 0 0 34 2 5.9 90 3 3.3 98 9 9.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 10 12 10 8 6 7 7 6 4 5 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.224408602 1.224408602 1 0.828102564 0.828102564 1 1.019005076 1.019005076 1 NA NA 0 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 1 1 0.012612579 1 0.01062894 1 2.06E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 50897506 T A - - - - - - 26 0 0 50 1 2 32 1 3.1 78 3 3.8 113 7 6.2 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 10 12 10 8 6 7 7 6 4 5 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.35047619 0.35047619 1 0.643333333 0.643333333 1 0.95357265 0.95357265 1 0.686720812 0.686720812 1 NA NA 0 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.221687443 1 0.14819814 1 0.007193566 1 0.0000019 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 50916307 G A - - - - - - 25 0 0 52 0 0 42 0 0 86 0 0 97 14 14.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 10 12 10 8 6 7 7 6 4 5 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.594964467 0.797482234 2 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.16E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 51137676 G A - - - - - - 27 0 0 43 0 0 33 0 0 39 0 0 84 7 8.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 10 12 10 8 6 7 7 6 4 5 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 0.919319797 0.919319797 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000000253 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 51217816 C A - - - - - - 37 0 0 51 1 2 33 0 0 67 0 0 122 12 9.8 0 0 NA 0 0 NA 3 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 10 12 10 8 6 7 7 6 4 5 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.35047619 0.35047619 1 0 0 1 0 0 1 1.085461929 1.085461929 1 NA NA 0 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.225579006 1 1 1 1 1 1.91E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 51253413 A C - - - - - - 38 0 0 64 0 0 39 0 0 94 0 0 117 10 8.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 10 12 10 8 6 7 7 6 4 5 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.941472081 0.941472081 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 5.36E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 51317552 C A SNTG1 CCDS6147.1 r.? - - intronic 29 0 0 65 2 3.1 34 3 8.8 89 4 4.5 127 13 10.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 10 12 10 8 6 7 7 6 4 5 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.543238095 0.543238095 1 1.826236559 1.826236559 1 1.129230769 1.129230769 1 1.129766497 1.129766497 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.042252341 1 0.000666058 1 0.001088103 1 1.37E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 51378548 T G SNTG1 CCDS6147.1 r.? - - intronic 30 0 0 62 1 1.6 41 0 0 90 0 0 109 12 11 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 10 12 10 8 6 7 7 6 4 5 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.280380952 NA 0 0 0 1 0 0 1 1.218375635 1.218375635 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.267123145 1 1 1 1 1 4.89E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 51426552 G A SNTG1 CCDS6147.1 r.? - - intronic 24 0 0 36 0 0 25 0 0 67 0 0 83 8 9.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 10 12 10 8 6 7 7 6 4 5 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 1.063309645 1.063309645 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000000011 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 51449118 C A SNTG1 CCDS6147.1 r.? - - intronic 31 0 0 53 0 0 31 0 0 63 1 1.6 129 10 7.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 10 12 10 8 6 7 7 6 4 5 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0.401504274 0.401504274 1 0.863939086 0.863939086 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.27078753 1 1.4E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 51960921 G A - - - - - - 41 0 0 71 1 1.4 49 1 2 87 1 1.1 109 7 6.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 10 12 10 8 6 7 7 6 4 5 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.245333333 0.245333333 1 0.415053763 0.415053763 1 0.276034188 0.276034188 1 0.708873096 0.708873096 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.299450652 1 0.217776325 1 0.353441203 1 0.00000149 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 52050157 C A - - - - - - 45 0 0 66 1 1.5 50 2 4 71 0 0 126 14 11.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 10 12 10 8 6 7 7 6 4 5 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.262857143 NA 0 0.830107527 0.830107527 1 0 0 1 1.229451777 1.229451777 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.281671117 1 0.026131524 1 1 1 4.98E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 52084948 A G - - - - - - 24 0 0 56 0 0 37 0 0 90 0 0 119 14 11.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 10 12 10 8 6 7 7 6 4 5 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.306984772 1.306984772 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.21E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 52115345 A G - - - - - - 31 0 0 75 0 0 39 0 0 92 0 0 123 6 4.9 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 10 12 10 8 6 7 7 6 4 5 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 0.542730964 0.542730964 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.0000403 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 52315074 G A PXDNL CCDS47855.1 r.? - - intronic 30 0 0 67 4 6 34 2 5.9 47 3 6.4 87 12 13.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 10 12 10 8 6 7 7 6 4 5 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.051428571 1.051428571 1 1.224408602 1.224408602 1 1.606017094 1.606017094 1 1.528507614 1.528507614 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000372648 1 0.012612579 1 0.001719595 1 3.06E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 52348366 G A PXDNL CCDS47855.1 r.? - - intronic 31 0 0 56 0 0 34 0 0 78 0 0 121 8 6.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 10 12 10 8 6 7 7 6 4 5 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.731025381 0.731025381 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000000213 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 53092731 G T ST18 CCDS6149.1 r.1048c>a c.228C>A p.D76E missense 24 0 0 54 0 0 23 0 0 65 0 0 90 10 11.1 144 0 0 415 1 0.2 190 0 0 461 0 0 519 40 7.7 FALSE FALSE 10 12 10 8 6 7 7 6 4 5 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0 NA 0 1.229451777 1.229451777 1 0.035047619 NA 0 0 0 1 0 0 1 0.852862944 0.852862944 1 NA NA 1 1 1 0.875095378 1 1 1 1 3.88E-11 9.28E-34 YES 0_0 0_0 0_0 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b 8 53139793 G A ST18 CCDS6149.1 r.? - - intronic 27 0 0 63 3 4.8 36 3 8.3 95 1 1.1 110 11 10 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 10 12 10 8 6 7 7 6 4 5 3 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.841142857 0.841142857 1 1.722473118 1.722473118 1 0.276034188 NA 0 1.107614213 1.107614213 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.003968795 1 0.000788827 1 0.378855462 1 1.32E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 53183822 A T ST18 CCDS6149.1 r.? - - intronic 23 0 0 60 2 3.3 55 3 5.5 75 1 1.3 142 19 13.4 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 10 12 14 9 6 7 7 6 4 5 7 3 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.578285714 0.578285714 1 1.141397849 1.141397849 1 0.378222222 0.378222222 1 1.618203046 0.809101523 2 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.036544784 1 0.002700822 1 0.313356907 1 1.94E-21 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 53303345 A C ST18 CCDS6149.1 r.? - - intronic 40 0 0 55 2 3.6 43 1 2.3 52 0 0 113 12 10.6 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 10 12 14 9 6 7 7 6 4 5 7 3 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.630857143 0.630857143 1 0.477311828 0.477311828 1 0 0 1 1.280071066 1.280071066 1 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.031164417 1 0.193893409 1 1 1 7.57E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 53646219 G T - - - - - - 21 0 0 68 0 0 45 0 0 71 0 0 125 7 5.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 10 12 14 9 6 7 7 6 4 5 7 3 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 0.676263959 0.676263959 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.00000372 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 53647896 C T - - - - - - 36 0 0 70 3 4.3 48 1 2.1 121 5 4.1 121 13 10.7 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 10 12 14 9 6 7 7 6 4 5 7 3 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.75352381 0.75352381 1 0.435806452 0.435806452 1 1.192854701 1.192854701 1 1.292147208 1.292147208 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.005331097 1 0.213845552 1 0.00038406 1 7.25E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 53647913 C G - - - - - - 39 0 0 73 4 5.5 47 3 6.4 125 4 3.2 122 13 10.7 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 10 12 14 9 6 7 7 6 4 5 7 3 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.963809524 0.963809524 1 1.328172043 1.328172043 1 0.931008547 0.931008547 1 1.292147208 1.292147208 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000516741 1 0.001719595 1 0.003748327 1 8.08E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 53811382 G C - - - - - - 39 0 0 73 0 0 42 0 0 111 0 0 124 9 7.3 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 1 0 0 TRUE FALSE 10 12 14 9 6 7 7 6 4 5 7 3 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.881558376 0.881558376 1 NA NA 0 NA NA 0 0 0 1 0 NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.65E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 53830306 C T - - - - - - 32 0 0 65 0 0 52 0 0 33 0 0 85 6 7.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 10 12 14 9 6 7 7 6 4 5 7 3 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.857406091 0.857406091 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.00000487 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 53916977 G A - - - - - - 29 0 0 50 0 0 31 3 9.7 74 1 1.4 119 7 5.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 10 12 14 9 6 7 7 6 4 5 7 3 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 2.013010753 2.013010753 1 0.407316239 0.407316239 1 0.712492386 0.712492386 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 1 1 0.000505952 1 0.309906439 1 0.00000268 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 53927626 C T - - - - - - 24 0 0 62 4 6.5 37 3 8.1 77 3 3.9 115 12 10.4 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 10 12 14 9 6 7 7 6 4 5 7 3 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.139047619 1.139047619 1 1.680967742 1.680967742 1 1.134666667 1.134666667 1 1.255918782 1.255918782 1 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000276647 1 0.000855237 1 0.006942426 1 9.35E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 54028683 C A - - - - - - 28 0 0 49 0 0 43 0 0 73 0 0 103 11 10.7 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 10 12 14 9 6 7 7 6 4 5 7 3 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 1.292147208 1.292147208 1 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 6.39E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 54204944 C T - - - - - - 36 0 0 60 0 0 44 0 0 26 0 0 124 7 5.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 10 12 14 9 6 7 7 6 4 5 7 3 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.676263959 0.676263959 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.00000353 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 54403165 T C - - - - - - 31 0 0 55 3 5.5 41 2 4.9 99 2 2 108 11 10.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 10 12 14 9 6 7 7 6 4 5 7 3 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.963809524 0.963809524 1 1.01688172 1.01688172 1 0.581880342 0.581880342 1 1.231766497 1.231766497 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.002700822 1 0.018015855 1 0.088307921 1 1.08E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 54657835 C T ATP6V1H CCDS6153.1 r.? - - intronic 20 0 0 71 0 0 44 1 2.3 90 0 0 92 12 13 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 10 12 14 9 6 7 7 6 4 5 7 3 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0.477311828 0.477311828 1 0 0 1 1.569898477 1.569898477 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 4 NA 1 1 1 1 0.197923942 1 1 1 6.12E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 55024708 T C - - - - - - 27 0 0 68 0 0 56 0 0 84 0 0 93 6 6.5 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 10 12 14 9 6 7 7 6 4 5 7 3 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 0.784949239 0.784949239 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.00000821 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 55060902 C G MRPL15 CCDS6158.1 r.1577c>g c.? p.? 3'UTR variant 23 0 0 53 2 3.8 46 1 2.2 76 3 3.9 104 10 9.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 10 12 14 9 6 7 7 6 4 5 7 3 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.665904762 0.665904762 1 0.45655914 0.45655914 1 1.134666667 1.134666667 1 1.159309645 1.159309645 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.029108399 1 0.205924651 1 0.006696581 1 1.66E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 55064714 C T MRPL15 CCDS6158.1 r.? - - downstream 19 0 0 59 0 0 40 0 0 27 0 0 73 5 6.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 10 12 14 9 6 7 7 6 4 5 7 3 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 0.821177665 0.821177665 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.0000354 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 55532418 C G RP1 CCDS6160.1 r.? - - intronic 27 0 0 52 0 0 22 0 0 81 0 0 50 8 16 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 9 3 7 7 8 3 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.972182741 0.972182741 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.74E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 56044308 C G XKR4 CCDS34893.1 r.? - - intronic 34 0 0 43 3 7 36 2 5.6 65 2 3.1 63 10 15.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 9 3 7 7 8 3 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.016666667 1.016666667 1 0.882150538 0.882150538 1 0.74691453 0.74691453 1 0.966106599 0.966106599 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.001328364 1 0.014070883 1 0.042252341 1 9.81E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 56141992 G A XKR4 CCDS34893.1 r.? - - intronic 27 0 0 38 0 0 29 0 0 37 1 2.7 59 11 18.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 9 3 7 7 8 3 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.650538462 0.650538462 1 1.130162437 1.130162437 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 2 NA 1 1 1 1 1 1 0.169281299 1 1.1E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 56342252 G A XKR4 CCDS34893.1 r.? - - intronic 30 0 0 65 1 1.5 36 4 11.1 70 1 1.4 56 7 12.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 9 3 7 7 8 3 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.217857143 0.217857143 1 1.748548387 1.748548387 1 0.337316239 0.337316239 1 0.759517766 0.759517766 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.278061424 1 0.0000324 1 0.295930304 1 1.46E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 57004976 T G - - - - - - 23 0 0 48 0 0 24 2 8.3 78 0 0 98 8 8.2 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 12 9 7.609329209 7 7 8 4 0 5 1 3 1 1 1 0.390670791 NA NA NA 5 NA NA NA 3 NA NA NA 0.609329209 0 NA 0 1.722473118 1.722473118 1 0 0 1 0.87620865 0.87620865 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 0.006413403 1 1 1 4.12E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 57360059 C T PENK CCDS6168.1 r.? - - upstream 27 0 0 31 3 9.7 19 2 10.5 12 0 0 43 8 18.6 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 9 3 7 7 8 3 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.408809524 1.408809524 1 1.654032258 1.654032258 1 0 0 1 1.130162437 1.130162437 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000505952 1 0.004039874 1 1 1 4.85E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 57424201 G A - - - - - - 37 0 0 51 0 0 41 0 0 55 0 0 63 13 20.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 9 3 7 7 8 3 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.251685279 1.251685279 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.01E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 57847843 C G - - - - - - 32 0 0 54 0 0 31 0 0 65 0 0 58 11 19 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 9 3 7 7 8 3 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.154467005 1.154467005 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 8.96E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 57992981 C T - - - - - - 32 0 0 36 0 0 23 0 0 46 0 0 46 11 23.9 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 9 3 7 7 8 3 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.45219797 1.45219797 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 5.55E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 58113212 G T - - - - - - 39 0 0 35 3 8.6 24 0 0 68 4 5.9 52 7 13.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 9 3 7 7 8 3 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.249047619 1.249047619 1 0 0 1 1.421547009 1.421547009 1 0.820279188 0.820279188 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000725791 1 1 1 0.000394372 1 8.58E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 58567338 C A - - - - - - 33 0 0 63 1 1.6 39 1 2.6 85 0 0 68 13 19.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 9 3 7 7 8 3 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.232380952 0.232380952 1 0.409569892 0.409569892 1 0 0 1 1.160543147 1.160543147 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.27078753 1 0.177567718 1 1 1 2.96E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 58905855 G T FAM110B CCDS6170.1 r.? - - upstream 25 0 0 40 0 0 29 0 0 68 0 0 50 4 8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 9 3 7 7 8 3 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.486091371 0.486091371 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000119787 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 58915597 C A FAM110B CCDS6170.1 r.? - - intronic 40 0 0 42 3 7.1 25 0 0 82 0 0 61 11 18 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 9 3 7 7 8 3 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.031190476 1.031190476 1 0 0 1 0 0 1 1.093705584 1.093705584 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.001240292 1 1 1 1 1 1.62E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 59888230 C A TOX CCDS34897.1 r.? - - intronic 34 0 0 43 3 7 32 2 6.2 72 0 0 43 6 14 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 9 3 7 7 8 3 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.016666667 1.016666667 1 0.976666667 0.976666667 1 0 0 1 0.850659898 0.850659898 1 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.001328364 1 0.011224977 1 1 1 8.13E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 60036936 C A ENSG00000167912 ENST00000301647 r.? - - downstream 42 0 0 43 0 0 40 0 0 88 0 0 52 11 21.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 9 3 7 7 8 3 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.288142132 1.288142132 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.44E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 60402032 G T - - - - - - 35 0 0 56 0 0 34 0 0 76 0 0 58 6 10.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 9 3 7 7 8 3 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.62584264 0.62584264 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000000506 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 60643418 T G - - - - - - 31 0 0 44 0 0 26 0 0 64 0 0 54 11 20.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 9 3 7 7 8 3 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.239532995 1.239532995 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 3.84E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 60676883 C A - - - - - - 38 0 0 48 2 4.2 33 2 6.1 69 0 0 57 7 12.3 0 0 NA 0 0 NA 1 1 100 2 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 9 3 7 7 8 3 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.61 0.61 1 0.960913978 0.960913978 1 0 0 1 0.747365482 0.747365482 1 NA NA 1 15.75268817 2.250384025 7 0 0 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.024220359 1 0.011909843 0.005 1 1 1.66E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 62118846 A G - - - - - - 29 0 0 36 0 0 28 0 0 69 0 0 67 7 10.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 9 3 7 7 8 3 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.631918782 0.631918782 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 5.23E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 62880514 T C - - - - - - 26 0 0 57 0 0 17 0 0 85 4 4.7 51 13 25.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 9 3 7 7 8 3 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.132418803 1.132418803 1 1.549416244 1.549416244 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 2 NA 1 1 1 1 1 1 0.000916711 1 4.87E-19 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 62970477 G A - - - - - - 23 0 0 49 1 2 29 2 6.9 32 0 0 56 7 12.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 9 3 7 7 8 3 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.29047619 0.29047619 1 1.086935484 1.086935484 1 0 0 1 0.759517766 0.759517766 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.217776325 1 0.009279585 1 1 1 1.46E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 63112900 C T - - - - - - 32 0 0 48 0 0 25 0 0 75 0 0 59 8 13.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 9 3 7 7 8 3 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.82635533 0.82635533 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 6.9E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 63517837 G A NKAIN3 ENST00000328472 r.? - - intronic 42 0 0 54 0 0 20 0 0 69 1 1.4 64 9 14.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 9 3 7 7 8 3 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.337316239 0.337316239 1 0.856736041 0.856736041 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.292392265 1 4.2E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 63615833 C T NKAIN3 ENST00000328472 r.? - - intronic 29 0 0 39 0 0 24 0 0 73 0 0 47 10 21.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 9 3 7 7 8 3 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.294218274 1.294218274 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 4.27E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 64614723 C T - - - - - - 30 0 0 46 2 4.3 27 2 7.4 72 2 2.8 58 13 22.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 9 3 7 7 8 3 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.62452381 0.62452381 1 1.165698925 1.165698925 1 0.674632479 0.674632479 1 1.361055838 1.361055838 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.022369545 1 0.00807567 1 0.050755634 1 3.12E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 64939407 A T - - - - - - 26 0 0 41 0 0 28 0 0 84 0 0 54 6 11.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 9 3 7 7 8 3 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.674451777 0.674451777 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000000329 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 64961307 C G - - - - - - 21 0 0 67 0 0 38 0 0 72 0 0 57 9 15.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 9 3 7 7 8 3 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.960030457 0.960030457 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.42E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 65191649 T G - - - - - - 26 0 0 43 2 4.7 36 2 5.6 77 0 0 54 10 18.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 9 3 7 7 8 3 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.682619048 0.682619048 1 0.882150538 0.882150538 1 0 0 1 1.124086294 1.124086294 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.019709573 1 0.014070883 1 1 1 1.91E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 65451223 T A - - - - - - 32 0 0 60 3 5 35 0 0 70 3 4.3 60 11 18.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 9 3 7 7 8 3 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.726190476 0.726190476 1 0 0 1 1.036042735 1.036042735 1 1.11193401 1.11193401 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.003458198 1 1 1 0.005331097 1 1.34E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 66197455 G C - - - - - - 32 0 0 44 0 0 29 0 0 62 0 0 52 6 11.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 9 3 7 7 8 3 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.698756345 0.698756345 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000000261 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 67853689 A G - - - - - - 32 0 0 38 2 5.3 25 1 4 41 1 2.4 66 8 12.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 9 3 7 7 8 3 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.769761905 0.769761905 1 0.630107527 0.630107527 1 0.57825641 0.57825641 1 0.735213198 0.735213198 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.015598339 1 0.117779757 1 0.18577148 1 1.73E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 69218112 G A - - - - - - 32 0 0 46 1 2.2 23 2 8.7 78 4 5.1 47 8 17 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 9 3 7 7 8 3 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.31952381 0.31952381 1 1.370483871 1.370483871 1 1.228794872 1.228794872 1 1.032944162 1.032944162 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.205924651 1 0.00589844 1 0.000663934 1 1.03E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 69647713 T A C8orf34 CCDS6203.1 r.? - - intronic 24 0 0 40 3 7.5 31 2 6.5 75 2 2.7 53 4 7.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 9 3 7 7 8 3 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.089285714 1.089285714 1 1.023924731 1.023924731 1 0.650538462 0.650538462 1 0.45571066 0.45571066 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.001075403 1 0.010558179 1 0.054571821 1 0.000150502 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 69663029 C T C8orf34 CCDS6203.1 r.? - - intronic 31 0 0 56 3 5.4 28 1 3.6 80 3 3.8 56 6 10.7 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 9 3 7 7 8 3 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.784285714 0.784285714 1 0.567096774 0.567096774 1 0.91557265 0.91557265 1 0.650147208 0.650147208 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.00284314 1 0.130947004 1 0.007711832 1 0.000000409 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 69743897 T C - - - - - - 32 0 0 53 4 7.5 33 3 9.1 66 0 0 49 8 16.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 9 3 7 7 8 3 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.089285714 1.089285714 1 1.433494624 1.433494624 1 0 0 1 0.990411168 0.990411168 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.000150502 1 0.000609557 1 1 1 1.47E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 72017052 T C - - - - - - 38 0 0 57 0 0 30 0 0 78 0 0 61 13 21.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 9 3 7 7 8 3 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.294218274 1.294218274 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 6.41E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 72246370 G A EYA1 CCDS34906.1 r.804c>u c.164C>T p.T55M missense 28 0 0 49 4 8.2 30 3 10 80 2 2.5 63 14 22.2 658 1 0.2 1198 138 11.5 831 20 2.4 1338 42 3.1 981 142 14.5 TRUE TRUE 7 7 9 3 7 7 8 3 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.190952381 1.190952381 1 1.575268817 1.575268817 1 0.602350427 0.602350427 1 1.348903553 1.348903553 1 1.670238095 0.835119048 2 0.378064516 0.378064516 1 0.74691453 0.74691453 1 0.881040609 0.881040609 1 8 14 1 0.963052324 0.000110643 3.88E-136 0.000458697 1.63E-08 0.061147026 3.07E-20 1.81E-19 1.46E-154 YES 1_1 1_1 0_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b 8 72478189 T C - - - - - - 31 0 0 51 4 7.8 22 0 0 77 0 0 48 11 22.9 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 9 3 7 7 8 3 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.132857143 1.132857143 1 0 0 1 0 0 1 1.391436548 1.391436548 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.000129466 1 1 1 1 1 9.31E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 72498199 C T - - - - - - 33 0 0 52 0 0 42 0 0 74 0 0 62 9 14.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 9 3 7 7 8 3 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.881040609 0.881040609 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 3.12E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 72670157 T C - - - - - - 35 0 0 41 1 2.4 37 0 0 61 0 0 60 12 20 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 9 3 7 7 8 3 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.348571429 0.348571429 1 0 0 1 0 0 1 1.215228426 1.215228426 1 NA NA 1 NA NA 0 0 0 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.18577148 1 1 1 1 1 2.74E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 72890875 T G AC016057.1 ENST00000457356 r.? - - intronic 27 0 0 64 0 0 22 0 0 79 0 0 69 9 13 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 9 3 7 7 8 3 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.789898477 0.789898477 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 8.45E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 72919026 G A AC016057.1 ENST00000457356 r.? - - intronic 37 0 0 45 1 2.2 32 2 6.2 96 4 4.2 53 11 20.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 9 3 7 7 8 3 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.31952381 0.31952381 1 0.976666667 0.976666667 1 1.011948718 1.011948718 1 1.263837563 1.263837563 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.201934322 1 0.011224977 1 0.001440082 1 3.07E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 74300778 T G - - - - - - 42 0 0 60 0 0 42 0 0 53 0 0 64 6 9.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 9 3 7 7 8 3 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.57115736 0.57115736 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000000914 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 74371815 C T STAU2 ENST00000343268 r.? - - intronic 31 0 0 47 0 0 31 0 0 54 0 0 65 16 24.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 9 3 7 7 8 3 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.494730964 1.494730964 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 7.85E-23 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 74842982 C T - - - - - - 31 0 0 47 3 6.4 31 2 6.5 38 1 2.6 47 9 19.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 9 3 7 7 8 3 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.92952381 0.92952381 1 1.023924731 1.023924731 1 0.626444444 0.626444444 1 1.160543147 1.160543147 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.001719595 1 0.010558179 1 0.173434892 1 2.24E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 75541145 C T - - - - - - 38 0 0 53 3 5.7 23 0 0 83 6 7.2 65 10 15.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 9 3 7 7 8 3 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.827857143 0.827857143 1 0 0 1 1.734769231 1.734769231 1 0.935725888 0.935725888 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.002429596 1 1 1 0.00000424 1 1.36E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 76090486 G T - - - - - - 39 0 0 50 4 8 24 3 12.5 60 4 6.7 59 5 8.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 9 3 7 7 8 3 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.161904762 1.161904762 1 1.969086022 1.969086022 1 1.614299145 1.614299145 1 0.516472081 0.516472081 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000119787 1 0.000233853 1 0.000243755 1 0.0000125 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 76361890 C T HNF4G ENST00000354370 r.? - - intronic 23 0 0 40 0 0 37 2 5.4 12 0 0 31 8 25.8 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 9 3 7 7 8 3 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0.850645161 0.850645161 1 0 0 1 1.56764467 1.56764467 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 1 1 0.014826063 1 1 1 2.78E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 76567172 A T - - - - - - 36 0 0 50 3 6 28 1 3.6 85 2 2.4 57 8 14 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 9 3 7 7 8 3 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.871428571 0.871428571 1 0.567096774 0.567096774 1 0.57825641 0.57825641 1 0.850659898 0.850659898 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.002055544 1 0.130947004 1 0.067975933 1 5.19E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 76677389 G A - - - - - - 41 0 0 52 0 0 30 0 0 75 0 0 53 10 18.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 9 3 7 7 8 3 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.148390863 1.148390863 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.57E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 76689531 T A - - - - - - 41 0 0 58 4 6.9 27 3 11.1 76 3 3.9 53 10 18.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 9 3 7 7 8 3 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.002142857 1.002142857 1 1.748548387 1.748548387 1 0.939666667 0.939666667 1 1.148390863 1.148390863 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000213772 1 0.000334187 1 0.006696581 1 1.57E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 77083163 G T - - - - - - 30 0 0 53 0 0 27 0 0 39 0 0 60 6 10 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 9 3 7 7 8 3 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.607614213 0.607614213 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000000621 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 78256816 A C - - - - - - 14 0 0 35 3 8.6 27 0 0 41 1 2.4 37 11 29.7 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 9 3 7 7 8 3 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.249047619 1.249047619 1 0 0 1 0.57825641 0.57825641 1 1.804614213 0.902307107 2 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000725791 1 1 1 0.18577148 1 3.7E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 78295184 T A - - - - - - 32 0 0 31 1 3.2 18 0 0 68 3 4.4 45 9 20 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 9 3 7 7 8 3 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.464761905 0.464761905 1 0 0 1 1.060136752 1.060136752 1 1.215228426 1.215228426 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.143917729 1 1 1 0.004916956 1 1.47E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 78313950 G A - - - - - - 43 0 0 55 4 7.3 37 2 5.4 84 1 1.2 57 12 21.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 9 3 7 7 8 3 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.060238095 1.060238095 1 0.850645161 0.850645161 1 0.289128205 0.289128205 1 1.28206599 1.28206599 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000173903 1 0.014826063 1 0.343645023 1 1.4E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 79080429 T C - - - - - - 39 0 0 54 3 5.6 31 3 9.7 72 2 2.8 38 6 15.8 2 0 0 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 9 3 7 7 8 3 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.813333333 0.813333333 1 1.528010753 1.528010753 1 0.674632479 0.674632479 1 0.960030457 0.960030457 1 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.00256299 1 0.000505952 1 0.050755634 1 3.76E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 79723194 C A - - - - - - 42 0 0 55 0 0 24 0 0 69 0 0 60 14 23.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 9 3 7 7 8 3 0 0 1 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.415741117 1.415741117 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 8.54E-20 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 80429033 G T - - - - - - 35 0 0 51 0 0 22 0 0 72 0 0 59 9 15.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE NA 7 7 NA NA 7 6 NA NA 0 1 NA NA 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1 0 NA 0 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.96E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 81042294 A T TPD52 CCDS47879.1 r.? - - intronic 36 0 0 51 4 7.8 29 3 10.3 69 4 5.8 44 5 11.4 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE NA 7 7 NA NA 7 6 NA NA 0 1 NA NA 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1 1.622526882 1.622526882 1 1.281452991 1.281452991 1 NA NA 1 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.000129466 1 0.000414371 1 0.000416985 1 0.00000288 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 81107641 C T - - - - - - 20 0 0 38 0 0 24 0 0 63 0 0 44 9 20.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE NA 7 7 NA NA 7 6 NA NA 0 1 NA NA 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1 0 NA 0 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.18E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 83389681 G A - - - - - - 43 0 0 60 0 0 34 0 0 74 0 0 50 10 20 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE NA 7 7 NA NA 7 6 NA NA 0 1 NA NA 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1 0 NA 0 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 8.36E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 83888665 T C - - - - - - 34 0 0 58 0 0 31 0 0 78 0 0 57 9 15.8 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE NA 7 7 NA NA 7 6 NA NA 0 1 NA NA 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1 0 NA 0 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.42E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 83899090 G T - - - - - - 36 0 0 41 2 4.9 29 2 6.9 76 0 0 61 10 16.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE NA 7 7 NA NA 7 6 NA NA 0 1 NA NA 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1 1.086935484 1.086935484 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.018015855 1 0.009279585 1 1 1 6.98E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 84120554 G T - - - - - - 23 0 0 47 4 8.5 25 2 8 22 3 13.6 51 9 17.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE NA 7 7 NA NA 7 6 NA NA 0 1 NA NA 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1 1.260215054 1.260215054 1 3.004786325 3.004786325 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.0000939 1 0.006948068 1 0.000179267 1 4.92E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 84189224 C T - - - - - - 28 0 0 44 3 6.8 42 3 7.1 93 4 4.3 47 8 17 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE NA 7 7 NA NA 7 6 NA NA 0 1 NA NA 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1 1.11844086 1.11844086 1 0.950042735 0.950042735 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.00142027 1 0.001240292 1 0.001280785 1 1.03E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 84234826 A T - - - - - - 31 0 0 43 0 0 28 0 0 70 0 0 66 12 18.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA FALSE FALSE NA 7 7 NA NA 7 6 NA NA 0 1 NA NA 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1 0 NA 0 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 9.36E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 84405004 G T - - - - - - 36 0 0 51 0 0 31 0 0 64 0 0 50 7 14 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE NA 7 7 NA NA 7 6 NA NA 0 1 NA NA 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1 0 NA 0 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 6.46E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 84514018 G C - - - - - - 31 0 0 41 3 7.3 26 2 7.7 48 1 2.1 48 6 12.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE NA 7 7 NA NA 7 6 NA NA 0 1 NA NA 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1 1.212956989 1.212956989 1 0.463974359 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.001155993 1 0.007502227 1 0.213845552 1 0.00000016 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 84535078 G A - - - - - - 25 0 0 44 2 4.5 34 1 2.9 48 0 0 56 9 16.1 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE NA 7 7 NA NA 7 6 NA NA 0 1 NA NA 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1 0.456827957 NA 0 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.020580492 1 0.156694864 1 1 1 1.2E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 84846898 G A - - - - - - 26 0 0 55 2 3.6 40 1 2.5 88 5 5.7 54 12 22.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE NA 7 7 NA NA 7 6 NA NA 0 1 NA NA 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1 0.393817204 NA 0 1.259358974 1.259358974 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.031164417 1 0.181679879 1 0.0000867 1 6.9E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 84850740 G A - - - - - - 32 0 0 42 1 2.4 31 1 3.2 62 2 3.2 80 9 11.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE NA 7 7 NA NA 7 6 NA NA 0 1 NA NA 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1 0.504086022 NA 0 0.707008547 0.707008547 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.189842622 1 0.143917729 1 0.038789653 1 3.29E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 85316145 T C - - - - - - 29 0 0 63 1 1.6 32 1 3.1 95 2 2.1 63 10 15.9 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 10 7 5 7 7 6 3 2 3 1 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.264380952 0.264380952 1 0.581333333 0.581333333 1 0.463974359 NA 0 1.284106599 1.284106599 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.27078753 1 0.14819814 1 0.082329175 1 9.81E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 85665905 C A RALYL ENST00000399361 r.? - - intronic 29 0 0 64 0 0 34 0 0 81 0 0 55 11 20 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 10 7 5 7 7 6 3 2 3 1 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 1.615228426 1.615228426 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 4.77E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 85959180 G T - - - - - - 22 0 0 69 2 2.9 41 0 0 83 1 1.2 79 10 12.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 10 7 5 7 7 6 3 2 3 1 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.479190476 0.479190476 1 0 0 1 0.265128205 NA 0 1.025670051 1.025670051 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.04704084 1 1 1 0.340346757 1 1.03E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 86166274 G A CA13 CCDS6236.1 r.? - - intronic 35 0 0 65 3 4.6 41 2 4.9 80 0 0 84 9 10.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE NA 10 7 5 NA 7 6 3 NA 3 1 2 NA 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1 0.91888172 0.91888172 1 0 NA 0 0.864147208 0.864147208 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.004333293 1 0.018015855 1 1 1 5.13E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 86295372 C G - - - - - - 29 0 0 63 0 0 25 0 0 69 0 0 95 10 10.5 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 13 10 7 5 7 7 6 3 6 3 1 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 0.847994924 0.847994924 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 6.7E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 86991398 C A - - - - - - 21 0 0 57 0 0 42 0 0 75 0 0 110 9 8.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 13 10 7 5 7 7 6 3 6 3 1 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 0.662243655 0.662243655 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 5.76E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 87032603 G T - - - - - - 31 0 0 76 0 0 36 0 0 126 0 0 147 11 7.5 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 13 10 7 5 7 7 6 3 6 3 1 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0 NA 0 0.60571066 0.60571066 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 3.1E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 87817009 C T - - - - - - 24 0 0 49 4 8.2 30 1 3.3 69 0 0 48 9 18.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.190952381 1.190952381 1 0.51983871 NA 0 0 0 1 1.330314721 1.330314721 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000110643 1 0.139615808 1 1 1 2.75E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 88034444 A T - - - - - - 32 0 0 53 0 0 38 0 0 71 0 0 56 12 21.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.514294416 1.514294416 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.11E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 88157184 G T - - - - - - 42 0 0 69 0 0 27 0 0 79 0 0 68 10 14.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.040192893 1.040192893 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.18E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 88238175 C A CNBD1 ENST00000319712 r.? - - intronic 14 0 0 18 1 5.6 18 2 11.1 36 3 8.3 28 4 14.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.813333333 0.813333333 1 1.748548387 1.748548387 1 1.833803419 1.833803419 1 1.011888325 1.011888325 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.086275114 1 0.003626632 1 0.000788827 1 0.0000116 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 88310573 G A CNBD1 ENST00000319712 r.? - - intronic 28 0 0 65 1 1.5 26 2 7.7 59 1 1.7 60 9 15 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.217857143 0.217857143 1 1.212956989 1.212956989 1 0.375598291 0.375598291 1 1.06142132 1.06142132 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.278061424 1 0.007502227 1 0.256019138 1 2.29E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 88314122 T A CNBD1 ENST00000319712 r.? - - intronic 17 0 0 51 0 0 28 0 0 103 0 0 52 9 17.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 1.224172589 1.224172589 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 5.92E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 88470376 A C - - - - - - 33 0 0 56 0 0 29 0 0 52 0 0 60 13 21.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.535522843 1.535522843 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 5.07E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 89641835 G T - - - - - - 23 0 0 55 0 0 23 0 0 45 0 0 57 14 24.6 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.740730964 0.870365482 2 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 3.84E-20 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 89656656 C T - - - - - - 32 0 0 47 0 0 26 0 0 68 0 0 71 9 12.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.898670051 0.898670051 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.1E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 89685068 T A - - - - - - 34 0 0 42 2 4.8 29 0 0 86 3 3.5 62 9 14.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.697142857 0.697142857 1 0 0 1 0.773290598 0.773290598 1 1.026040609 1.026040609 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.018854633 1 1 1 0.009396251 1 3.12E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 90067929 A G - - - - - - 38 0 0 53 0 0 24 0 0 96 0 0 59 11 18.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.316162437 1.316162437 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.1E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 90204658 G A - - - - - - 19 0 0 18 0 0 10 0 0 58 0 0 53 7 13.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.934050761 0.934050761 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 9.85E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 90604372 G A - - - - - - 15 0 0 62 0 0 34 0 0 75 0 0 83 15 18.1 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 1.280781726 1.280781726 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.7E-19 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 90807363 C T RIPK2 CCDS6247.1 r.? - - downstream 27 0 0 45 4 8.9 38 4 10.5 29 0 0 52 8 15.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.292619048 1.292619048 1 1.654032258 1.654032258 1 0 NA 0 1.089725888 1.089725888 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.0000791 1 0.0000403 1 1 1 2.42E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 91097917 C G CALB1 CCDS6251.1 r.? - - upstream 27 0 0 48 0 0 32 0 0 83 3 3.6 62 6 9.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.795384615 0.795384615 1 0.686385787 0.686385787 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 2 NA 1 1 1 1 1 1 0.008529565 1 0.000000756 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 91166970 C T - - - - - - 19 0 0 34 0 0 33 0 0 44 0 0 55 10 18.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 1.287857868 1.287857868 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.33E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 91420238 T C - - - - - - 31 0 0 36 2 5.6 23 1 4.3 70 3 4.3 69 15 21.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA FALSE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.813333333 0.813333333 1 0.677365591 NA 0 0.950042735 0.950042735 1 1.535522843 1.535522843 1 NA NA 0 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.014070883 1 0.108890944 1 0.005331097 1 1.34E-20 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 91763422 G A - - - - - - 39 0 0 56 0 0 22 0 0 29 0 0 57 8 14 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.990659898 0.990659898 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 5.19E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 91794924 G A - - - - - - 34 0 0 44 0 0 33 0 0 80 0 0 71 11 15.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 FALSE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 1.09680203 1.09680203 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 9.49E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 91841162 A T NECAB1 CCDS47889.1 r.? - - intronic 26 0 0 49 0 0 31 0 0 60 0 0 64 11 17.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.217096447 1.217096447 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.85E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 91851650 A G NECAB1 CCDS47889.1 r.? - - intronic 36 0 0 56 1 1.8 33 2 6.1 81 4 4.9 74 10 13.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.261428571 0.261428571 1 0.960913978 0.960913978 1 1.082606838 1.082606838 1 0.955279188 0.955279188 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.244746891 1 0.011909843 1 0.000765256 1 5.24E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 92355170 G A SLC26A7 CCDS6254.1 r.? - - intronic 33 0 0 51 2 3.9 23 0 0 70 5 7.1 58 5 8.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.566428571 0.566428571 1 0 0 1 1.568675214 1.568675214 1 0.608548223 0.608548223 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.027109304 1 1 1 0.0000289 1 0.0000115 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 92401940 G T SLC26A7 CCDS6254.1 r.? - - intronic 31 0 0 45 0 0 21 0 0 74 0 0 71 8 11.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.799604061 0.799604061 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 3.14E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 92915329 C G - - - - - - 28 0 0 54 0 0 28 0 0 46 0 0 69 12 17.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 1.231248731 1.231248731 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.65E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 93042165 C T RUNX1T1 CCDS47891.1 r.? - - intronic 30 0 0 45 0 0 19 0 0 82 3 3.7 68 12 17.6 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.817478632 0.817478632 1 1.245401015 1.245401015 1 NA NA 0 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 2 NA 1 1 1 1 1 1 0.008251578 1 1.37E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 93338716 T C - - - - - - 31 0 0 54 2 3.7 31 2 6.5 71 2 2.8 65 10 15.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.537380952 0.537380952 1 1.023924731 1.023924731 1 0.618632479 0.618632479 1 1.089725888 1.089725888 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.030129377 1 0.010558179 1 0.04950591 1 1.36E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 93402374 C T - - - - - - 35 0 0 47 1 2.1 22 1 4.5 73 0 0 52 8 15.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.305 0.305 1 0.708870968 NA 0 0 0 1 1.089725888 1.089725888 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.209895027 1 0.104413009 1 1 1 2.42E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 93506253 C G - - - - - - 30 0 0 54 0 0 17 0 0 72 0 0 65 10 15.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 1.089725888 1.089725888 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.36E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 93944920 A G C8orf83 ENST00000378861 r.? - - intronic 35 0 0 38 2 5.3 31 1 3.2 67 0 0 85 15 17.6 1 0 0 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.769761905 0.769761905 1 0.504086022 NA 0 0 0 1 1.245401015 1.245401015 1 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.015598339 1 0.143917729 1 1 1 3.95E-19 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 94456136 G A AC011118.2 ENST00000501400 r.? - - intronic 35 0 0 55 0 0 34 0 0 49 0 0 68 11 16.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.146335025 1.146335025 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 5.76E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 95340108 A C - - - - - - 34 0 0 48 1 2.1 22 2 9.1 86 4 4.7 55 11 20 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.305 0.305 1 1.433494624 1.433494624 1 1.038418803 1.038418803 1 1.415228426 1.415228426 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.213845552 1 0.005403392 1 0.000957637 1 4.77E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 95611843 G A - - - - - - 33 0 0 55 3 5.5 29 1 3.4 82 1 1.2 73 10 13.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.798809524 0.798809524 1 0.535591398 NA 0 0.265128205 0.265128205 1 0.969431472 0.969431472 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.002700822 1 0.135292269 1 0.337031917 1 4.56E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 96730491 C T - - - - - - 24 0 0 38 1 2.6 33 2 6.1 55 2 3.6 57 10 17.5 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.377619048 0.377619048 1 0.960913978 0.960913978 1 0.795384615 0.795384615 1 1.238324873 1.238324873 1 NA NA 0 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.173434892 1 0.011909843 1 0.031164417 1 3.4E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 96921940 C T - - - - - - 36 0 0 44 0 0 34 0 0 76 0 0 55 8 14.5 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.026040609 1.026040609 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 3.86E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 97004827 C T AC012339.1 ENST00000505564 r.? - - intronic 13 0 0 30 0 0 17 0 0 1 0 0 40 7 17.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.238324873 1.238324873 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.26E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 97120472 A T - - - - - - 31 0 0 46 2 4.3 26 2 7.7 64 0 0 56 7 12.5 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.62452381 0.62452381 1 1.212956989 1.212956989 1 0 0 1 0.884517766 0.884517766 1 NA NA 0 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.022369545 1 0.007502227 1 1 1 1.46E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 97383294 A C - - - - - - 44 0 0 50 0 0 37 0 0 75 3 4 68 20 29.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.883760684 0.883760684 1 2.080385787 1.040192893 2 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 2 NA 1 1 1 1 1 1 0.006456002 1 6.23E-30 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 97795523 C T ENSG00000104324 CCDS6273.1 r.? - - intronic 21 0 0 40 0 0 38 0 0 76 0 0 68 13 19.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.351543147 1.351543147 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.96E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 98514958 T A - - - - - - 41 0 0 46 0 0 26 0 0 76 0 0 65 14 21.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.521370558 1.521370558 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.93E-19 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 98694094 G C MTDH CCDS6274.1 r.? - - intronic 34 0 0 57 0 0 31 0 0 56 0 0 62 9 14.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.026040609 1.026040609 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 3.12E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 99742652 T C ENSG00000104375 CCDS47900.1 r.? - - intronic 28 0 0 48 0 0 32 0 0 64 2 3.1 44 4 9.1 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.68491453 0.68491453 1 0.643928934 0.643928934 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 2 NA 1 1 1 1 1 1 0.041085601 1 0.0000723 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 100574851 G T VPS13B CCDS6280.1 r.? - - intronic 32 0 0 55 3 5.5 23 0 0 86 1 1.2 69 12 17.4 0 0 NA 3 0 0 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.798809524 0.798809524 1 0 0 1 0.265128205 0.265128205 1 1.231248731 1.231248731 1 0 NA 0 NA NA 1 0 0 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.002700822 1 1 1 0.350192164 1 1.65E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 100630798 A G VPS13B CCDS6280.1 r.? - - intronic 34 0 0 45 0 0 21 0 0 85 1 1.2 80 7 8.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.265128205 0.265128205 1 0.622700508 0.622700508 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.346926798 1 0.00000018 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 100655325 C T VPS13B CCDS6280.1 r.? - - intronic 29 0 0 62 3 4.8 23 1 4.3 86 0 0 61 8 13.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.697142857 0.697142857 1 0.677365591 NA 0 0 0 1 0.926974619 0.926974619 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.003793816 1 0.108890944 1 1 1 9.09E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 101981619 C A - - - - - - 34 0 0 36 0 0 28 0 0 54 1 1.9 60 13 21.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.419786325 0.419786325 1 1.535522843 1.535522843 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.237137336 1 5.07E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 102871211 G C NCALD CCDS6292.1 r.? - - intronic 35 0 0 66 4 6.1 29 3 10.3 72 3 4.2 69 6 8.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.885952381 0.885952381 1 1.622526882 1.622526882 1 0.927948718 0.927948718 1 0.615624365 0.615624365 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000351793 1 0.000414371 1 0.00576558 1 0.00000143 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 104933461 G T RIMS2 ENST00000507740 r.? - - intronic 29 0 0 54 0 0 17 0 0 58 3 5.2 64 6 9.4 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.148888889 1.148888889 1 0.66515736 0.66515736 1 NA NA 0 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 2 NA 1 1 1 1 1 1 0.003141421 1 0.000000914 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 104934197 G C RIMS2 ENST00000444483 r.2345g>c c.? p.? 3'UTR variant 43 0 0 57 0 0 17 0 0 73 3 4.1 68 12 17.6 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.905854701 0.905854701 1 1.245401015 1.245401015 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 2 NA 1 1 1 1 1 1 0.005990531 1 1.37E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 105817868 G T - - - - - - 47 0 0 43 0 0 37 0 0 66 0 0 59 7 11.9 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.842060914 0.842060914 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.12E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 106214006 C T - - - - - - 39 0 0 58 0 0 28 0 0 70 0 0 81 14 17.3 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.224172589 1.224172589 1 NA NA 0 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 8.14E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 107402236 G A OXR1 CCDS47909.1 r.? - - intronic 18 0 0 45 0 0 23 0 0 62 0 0 60 11 18.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.29493401 1.29493401 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.34E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 107574952 G T OXR1 CCDS47909.1 r.? - - intronic 26 0 0 45 0 0 32 0 0 56 0 0 53 5 9.4 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 2 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.66515736 0.66515736 1 NA NA 0 0 0 1 0 NA 0 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.00000734 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 108596080 C G - - - - - - 40 0 0 43 1 2.3 20 0 0 94 3 3.2 84 16 19 0 0 NA 0 0 NA 5 0 0 3 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.334047619 0.334047619 1 0 0 1 0.707008547 0.707008547 1 1.344467005 1.344467005 1 NA NA 0 0 0 1 0 NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.193893409 1 1 1 0.011950808 1 7.07E-21 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 108964232 C A RSPO2 CCDS6307.1 r.? - - intronic 32 0 0 48 0 0 23 0 0 85 0 0 51 8 15.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.110954315 1.110954315 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.05E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 109072014 G T RSPO2 CCDS6307.1 r.? - - intronic 18 0 0 28 0 0 19 0 0 55 0 0 59 5 8.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.601472081 0.601472081 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.0000125 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 109093131 A C RSPO2 CCDS6307.1 r.? - - intronic 39 0 0 46 2 4.3 24 2 8.3 70 3 4.3 62 9 14.5 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.62452381 0.62452381 1 1.307473118 1.307473118 1 0.950042735 0.950042735 1 1.026040609 1.026040609 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.022369545 1 0.006413403 1 0.005331097 1 3.12E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 109647048 A C - - - - - - 39 0 0 39 0 0 24 0 0 70 0 0 65 9 13.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 0.976507614 0.976507614 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 4.85E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 109906424 C A - - - - - - 33 0 0 49 0 0 28 0 0 92 3 3.3 69 8 11.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.729102564 0.729102564 1 0.820832487 0.820832487 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 2 NA 1 1 1 1 1 1 0.011278661 1 2.49E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 109956035 T C - - - - - - 37 0 0 48 3 6.2 22 0 0 76 2 2.6 67 10 14.9 0 0 NA 1 0 0 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.90047619 0.90047619 1 0 0 1 0.574444444 0.574444444 1 1.054345178 1.054345178 1 0 NA 0 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.001827434 1 1 1 0.055865747 1 1.87E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 110372363 C A PKHD1L1 CCDS47911.1 r.? - - upstream 35 0 0 42 0 0 29 0 0 62 0 0 51 4 7.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.551939086 0.551939086 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000129466 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 110791980 C T - - - - - - 35 0 0 57 0 0 23 0 0 76 0 0 58 8 13.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.976507614 0.976507614 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 5.99E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 110921154 C T - - - - - - 30 0 0 41 4 9.8 37 0 0 89 3 3.4 66 9 13.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.423333333 1.423333333 1 0 0 1 0.751196581 0.751196581 1 0.96235533 0.96235533 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.0000546 1 1 1 0.01031245 1 5.59E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 111284571 T A - - - - - - 45 0 0 44 0 0 30 0 0 85 3 3.5 71 11 15.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.773290598 0.773290598 1 1.09680203 1.09680203 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 2 NA 1 1 1 1 1 1 0.009101881 1 9.49E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 111341757 G T - - - - - - 43 0 0 61 1 1.6 23 0 0 82 2 2.4 84 9 10.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.232380952 0.232380952 1 0 0 1 0.53025641 0.53025641 1 0.757147208 0.757147208 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.263440347 1 1 1 0.063849088 1 5.13E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 111544459 A C - - - - - - 36 0 0 52 1 1.9 31 3 9.7 69 1 1.4 71 16 22.5 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.275952381 0.275952381 1 1.528010753 1.528010753 1 0.309316239 NA 0 1.59213198 0.79606599 2 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.229451111 1 0.000505952 1 0.292392265 1 3.77E-22 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 111850934 G A - - - - - - 46 0 0 50 0 0 21 0 0 82 0 0 62 6 9.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.686385787 0.686385787 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000000756 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 112115563 C T - - - - - - 30 0 0 41 2 4.9 17 0 0 44 3 6.8 51 9 17.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.711666667 0.711666667 1 0 0 1 1.502393162 1.502393162 1 1.245401015 1.245401015 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.018015855 1 1 1 0.00142027 1 4.92E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 112274668 C T - - - - - - 26 0 0 46 4 8.7 28 1 3.6 72 0 0 66 10 15.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.263571429 1.263571429 1 0.567096774 0.567096774 1 0 0 1 1.075573604 1.075573604 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 0.0000862 1 0.130947004 1 1 1 1.6E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 112388485 C T - - - - - - 38 0 0 34 3 8.8 29 1 3.4 62 2 3.2 51 6 11.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.278095238 1.278095238 1 0.535591398 NA 0 0.707008547 0.707008547 1 0.834984772 0.834984772 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000666058 1 0.135292269 1 0.038789653 1 0.000000232 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 112463863 G A - - - - - - 22 0 0 56 0 0 26 0 0 78 0 0 64 7 10.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.771299492 0.771299492 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 3.78E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 113306073 C T CSMD3 CCDS6315.1 r.? - - intronic 33 0 0 43 0 0 20 0 0 76 0 0 48 5 10.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.735918782 0.735918782 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.00000447 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 113367159 A G CSMD3 CCDS6315.1 r.? - - intronic 25 0 0 50 0 0 37 0 0 103 2 1.9 72 9 12.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.419786325 0.419786325 1 0.884517766 0.884517766 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 2 NA 1 1 1 1 1 1 0.094410907 1 1.25E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 113921180 T A CSMD3 CCDS6315.1 r.? - - intronic 33 0 0 60 0 0 28 0 0 73 0 0 77 9 11.7 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.827908629 0.827908629 1 NA NA 0 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.32E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 114046362 G T CSMD3 CCDS6315.1 r.? - - intronic 23 0 0 58 0 0 28 0 0 79 0 0 67 5 7.5 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.53071066 0.53071066 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.0000233 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 114055218 C A CSMD3 CCDS6315.1 r.? - - intronic 36 0 0 49 0 0 25 0 0 84 0 0 63 8 12.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.898670051 0.898670051 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.18E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 114110176 A G CSMD3 CCDS6315.1 r.? - - intronic 25 0 0 54 0 0 25 0 0 75 0 0 66 11 16.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.181715736 1.181715736 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 4.07E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 114333200 G A CSMD3 CCDS6315.1 r.? - - intronic 30 0 0 51 3 5.9 33 2 6.1 74 2 2.7 53 6 11.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.856904762 0.856904762 1 0.960913978 0.960913978 1 0.596538462 0.596538462 1 0.799604061 0.799604061 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.002175924 1 0.011909843 1 0.053288733 1 0.000000293 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 114471843 A T - - - - - - 25 0 0 49 0 0 36 0 0 66 0 0 59 8 13.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.96235533 0.96235533 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 6.9E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 114890638 C T - - - - - - 34 0 0 38 0 0 22 0 0 20 0 0 54 7 13 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 0.919898477 0.919898477 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.13E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 114903338 C G - - - - - - 31 0 0 47 2 4.3 33 3 9.1 86 1 1.2 65 9 13.8 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 2 0 0 TRUE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.62452381 0.62452381 1 1.433494624 1.433494624 1 0.265128205 0.265128205 1 0.976507614 0.976507614 1 NA NA 0 0 0 1 NA NA 0 0 NA 0 8 NA 1 1 0.02328732 1 0.000609557 1 0.350192164 1 4.85E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 114966679 G T - - - - - - 36 0 0 47 0 0 22 0 0 77 0 0 57 12 21.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.49306599 1.49306599 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.4E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 114993029 G T - - - - - - 25 0 0 45 3 6.7 28 1 3.6 66 3 4.5 68 7 10.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.973095238 0.973095238 1 0.567096774 NA 0 0.994230769 0.994230769 1 0.72884264 0.72884264 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.001516071 1 0.130947004 1 0.004522888 1 0.000000058 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 115004723 C T - - - - - - 26 0 0 47 0 0 24 0 0 64 0 0 67 7 10.4 3 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.735918782 0.735918782 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 5.23E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 115325907 T C - - - - - - 34 0 0 57 0 0 33 0 0 74 0 0 67 16 23.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.69119797 0.845598985 2 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.35E-22 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 115490671 G A - - - - - - 32 0 0 59 0 0 24 0 0 87 0 0 72 9 12.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.884517766 0.884517766 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.25E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 115606934 A G - - - - - - 26 0 0 25 0 0 7 0 0 37 3 8.1 48 9 18.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.789615385 1.789615385 1 1.330314721 1.330314721 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 1 1 1 1 0.000855237 1 2.75E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 115823504 A C - - - - - - 45 0 0 51 0 0 29 0 0 67 4 6 80 6 7.5 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.325641026 1.325641026 1 0.53071066 0.53071066 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 2 NA 1 1 1 1 1 1 0.000372648 1 0.00000342 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 115993204 C A - - - - - - 41 0 0 55 0 0 28 2 7.1 73 1 1.4 59 7 11.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.11844086 1.11844086 1 0.309316239 0.309316239 1 0.842060914 0.842060914 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 4 NA 1 1 1 1 0.008668191 1 0.306438632 1 2.12E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 116201047 A T - - - - - - 36 0 0 49 0 0 27 0 0 72 0 0 67 10 14.9 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.054345178 1.054345178 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.87E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 117794960 G T UTP23 ENST00000357148 r.? - - intronic 25 0 0 35 0 0 32 0 0 44 0 0 67 8 11.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.842060914 0.842060914 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.96E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 118741694 G T - - - - - - 27 0 0 58 0 0 32 0 0 89 0 0 74 7 9.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.672233503 0.672233503 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000000105 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 118790080 C T - - - - - - 30 0 0 22 3 13.6 8 1 12.5 7 0 0 57 7 12.3 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.975238095 1.975238095 1 1.969086022 1.969086022 1 0 0 1 0.870365482 0.870365482 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000179267 1 0.039306956 1 1 1 1.66E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 119085286 T C EXT1 CCDS6324.1 r.? - - intronic 33 0 0 45 0 0 22 0 0 84 1 1.2 71 12 16.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.265128205 0.265128205 1 1.19586802 1.19586802 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 0.343645023 1 2.38E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 119256916 A T SAMD12 CCDS47913.1 r.? - - intronic 33 0 0 55 1 1.8 29 0 0 93 3 3.2 95 16 16.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.261428571 0.261428571 1 0 0 1 0.707008547 0.707008547 1 1.188791878 1.188791878 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.240951649 1 1 1 0.011611924 1 5.8E-20 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 119318859 C T SAMD12 CCDS47913.1 r.? - - intronic 40 0 0 52 0 0 49 0 0 78 4 5.1 66 10 15.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.126794872 1.126794872 1 1.075573604 1.075573604 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 2 NA 1 1 1 1 1 1 0.000663934 1 1.6E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 119879526 A C - - - - - - 29 0 0 50 0 0 28 0 0 74 0 0 67 7 10.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.735918782 0.735918782 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 5.23E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 120189608 G A - - - - - - 35 0 0 49 0 0 26 0 0 73 0 0 64 7 10.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.771299492 0.771299492 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 3.78E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 120718002 C T - - - - - - 25 0 0 45 2 4.4 21 2 9.5 90 0 0 64 11 17.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.639047619 0.639047619 1 1.496505376 1.496505376 1 0 0 1 1.217096447 1.217096447 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 0.021467209 1 0.004928472 1 1 1 2.85E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 120895640 G A DEPDC6 CCDS6331.1 r.? - - intronic 26 0 0 41 2 4.9 29 2 6.9 9 0 0 66 13 19.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.711666667 0.711666667 1 1.086935484 1.086935484 1 0 0 1 1.394 1.394 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.018015855 1 0.009279585 1 1 1 1.95E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 122676832 T G - - - - - - 40 0 0 36 0 0 30 0 0 64 0 0 72 14 19.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA FALSE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 1.372771574 1.372771574 1 NA NA 0 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.39E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 122714098 C T - - - - - - 30 0 0 49 4 8.2 36 3 8.3 77 4 5.2 57 7 12.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.190952381 1.190952381 1 1.307473118 1.307473118 1 1.148888889 1.148888889 1 0.870365482 0.870365482 1 NA NA 0 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000110643 1 0.000788827 1 0.000632383 1 1.66E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 122810362 G C - - - - - - 30 0 0 42 0 0 22 0 0 81 0 0 67 12 17.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 1.266629442 1.266629442 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.14E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 123156327 A C - - - - - - 33 0 0 45 0 0 34 0 0 75 0 0 78 12 15.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 1.089725888 1.089725888 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 7.82E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 124653246 C T KLHL38 CCDS43766.1 r.? - - downstream 42 0 0 43 0 0 35 2 5.7 64 2 3.1 68 11 16.2 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0.897903226 0.897903226 1 0.68491453 0.68491453 1 1.146335025 1.146335025 1 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 1 1 0.013332991 1 0.041085601 1 5.76E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 125396529 C T - - - - - - 30 0 0 46 1 2.2 31 0 0 86 0 0 61 8 13.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.31952381 0.31952381 1 0 0 1 0 0 1 0.926974619 0.926974619 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 0.205924651 1 1 1 1 1 9.09E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 125487882 T G RNF139 CCDS6350.1 r.? - - intronic 26 0 0 71 0 0 36 0 0 63 0 0 69 11 15.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.125106599 1.125106599 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 6.82E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 125780413 A G ENSG00000235517 ENST00000422573 r.? - - intronic 33 0 0 41 0 0 29 0 0 84 0 0 64 7 10.9 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.771299492 0.771299492 1 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 3.78E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 127022338 G A - - - - - - 29 0 0 51 0 0 37 1 2.7 75 0 0 71 9 12.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0.425322581 NA 0 0 0 1 0.898670051 0.898670051 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 0.169281299 1 1 1 1.1E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 127214967 G A - - - - - - 31 0 0 49 4 8.2 35 2 5.7 76 1 1.3 64 11 17.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.190952381 1.190952381 1 0.897903226 0.897903226 1 0.287222222 0.287222222 1 1.217096447 1.217096447 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000110643 1 0.013332991 1 0.316790122 1 2.85E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 127672495 A C - - - - - - 30 0 0 54 3 5.6 32 0 0 70 0 0 76 14 18.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.813333333 0.813333333 1 0 0 1 0 0 1 1.302010152 1.302010152 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 0.00256299 1 1 1 1 1 3.14E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 128377161 G C AC018714.1 ENST00000502082 r.? - - intronic 28 0 0 48 1 2.1 21 2 9.5 89 1 1.1 66 11 16.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.305 0.305 1 1.496505376 1.496505376 1 0.243034188 0.243034188 1 1.181715736 1.181715736 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.213845552 1 0.004928472 1 0.359890627 1 4.07E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 129604422 A G - - - - - - 21 0 0 48 0 0 32 0 0 61 2 3.3 55 11 20 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.729102564 0.729102564 1 1.415228426 1.415228426 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 2 NA 1 1 1 1 1 1 0.037660755 1 4.77E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 129905912 T A - - - - - - 14 0 0 22 2 9.1 5 0 0 41 0 0 30 3 10 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.321666667 1.321666667 1 0 0 1 0 0 1 0.707614213 0.707614213 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 0.005403392 1 1 1 1 1 0.000458697 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 130306834 G T - - - - - - 31 0 0 50 0 0 21 0 0 82 0 0 69 7 10.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.714690355 0.714690355 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 6.43E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 4 29382279 G T - - - - - - 52 1 1.9 31 7 22.6 18 1 5.6 70 4 5.7 54 13 24.1 0 0 NA 0 0 NA 2 2 100 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 4 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.152380952 2.152380952 1 0.602150538 NA 0 1.088358974 1.088358974 1 1.223350254 1.223350254 1 NA NA 0 10.75268817 10.75268817 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0.229451111 1 1.85E-10 1 0.086275114 0.000025 0.000440508 1 1.12E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 131939808 G A ADCY8 CCDS6363.1 r.? - - intronic 25 0 0 66 4 6.1 39 0 0 78 5 6.4 71 9 12.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.885952381 0.885952381 1 0 0 1 1.414017094 1.414017094 1 0.898670051 0.898670051 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000351793 1 1 1 0.0000487 1 1.1E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 131974183 C T ADCY8 CCDS6363.1 r.? - - intronic 36 0 0 40 0 0 24 0 0 76 3 3.9 44 5 11.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0.861666667 0.861666667 1 0.806680203 0.806680203 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 2 NA 1 1 1 1 1 1 0.006696581 1 0.00000288 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 132025148 T C ADCY8 CCDS6363.1 r.? - - intronic 39 0 0 39 0 0 34 0 0 96 0 0 62 14 22.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.599208122 0.799604061 2 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.42E-19 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 132067987 C G - - - - - - 20 0 0 34 3 8.8 26 1 3.8 85 2 2.4 52 6 11.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.278095238 1.278095238 1 0.598602151 NA 0 0.53025641 0.53025641 1 0.813756345 0.813756345 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000666058 1 0.122190858 1 0.067975933 1 0.000000261 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 132139358 C T - - - - - - 37 0 0 38 0 0 32 0 0 91 5 5.5 85 8 9.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.21517094 1.21517094 1 0.66515736 0.66515736 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 2 NA 1 1 1 1 1 1 0.000101674 1 1.34E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 132195132 A G - - - - - - 31 0 0 41 0 0 36 0 0 83 0 0 73 9 12.3 0 0 NA 0 0 NA 3 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.870365482 0.870365482 1 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.42E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 132527250 C G - - - - - - 28 0 0 60 2 3.3 36 2 5.6 81 0 0 74 9 12.2 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.479285714 0.479285714 1 0.882150538 0.882150538 1 0 0 1 0.86328934 0.86328934 1 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 0.036544784 1 0.014070883 1 1 1 1.61E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 132831813 C T - - - - - - 38 0 0 51 0 0 34 0 0 73 0 0 84 7 8.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.587319797 0.587319797 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000000253 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 135789662 T C - - - - - - 35 0 0 51 0 0 32 0 0 88 0 0 66 13 19.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.394 1.394 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.95E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 136329121 C T - - - - - - 24 0 0 43 0 0 28 0 0 52 0 0 71 13 18.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.29493401 1.29493401 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 5.42E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 136563490 T A KHDRBS3 CCDS6374.1 r.? - - intronic 30 0 0 54 0 0 26 0 0 73 0 0 82 12 14.6 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 TRUE FALSE 7 7 7 4 7 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.033116751 1.033116751 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 0 NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.46E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 137917332 T C - - - - - - 40 0 0 48 1 2.1 38 2 5.3 83 4 4.8 62 9 14.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 7 7 4 6 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.284 NA 0 0.834892473 0.834892473 1 1.060512821 1.060512821 1 1.026040609 1.026040609 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.213845552 1 0.015598339 1 0.000838577 1 3.12E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 138063839 G A - - - - - - 34 0 0 52 0 0 26 0 0 75 3 4 65 12 18.5 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 7 7 4 6 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0.883760684 0.883760684 1 1.309086294 1.309086294 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.006456002 1 7.7E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 138097989 T A - - - - - - 37 0 0 39 0 0 37 0 0 81 0 0 56 7 12.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 7 7 4 6 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 0.884517766 0.884517766 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.46E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 138160869 A G - - - - - - 37 0 0 54 3 5.6 29 2 6.9 67 2 3 68 9 13.2 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 7 7 4 6 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.757333333 0.757333333 1 1.086935484 1.086935484 1 0.662820513 0.662820513 1 0.934050761 0.934050761 1 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.00256299 1 0.009279585 1 0.044622585 1 7.38E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 138271740 G C - - - - - - 33 0 0 52 0 0 24 0 0 77 0 0 56 11 19.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 7 7 4 6 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 1.386923858 1.386923858 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 5.91E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 138414715 C T - - - - - - 35 0 0 41 0 0 28 0 0 76 0 0 51 7 13.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA FALSE FALSE 6 7 7 4 6 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 0.969431472 0.969431472 1 NA NA 0 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 7.46E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 138631075 C T - - - - - - 35 0 0 57 2 3.5 24 1 4.2 52 1 1.9 59 13 22 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 7 7 4 6 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.473333333 0.473333333 1 0.661612903 0.661612903 1 0.419786325 0.419786325 1 1.556751269 1.556751269 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.03327602 1 0.113346489 1 0.229451111 1 3.99E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 138710574 G C - - - - - - 32 0 0 50 1 2 26 2 7.7 68 2 2.9 55 8 14.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA FALSE FALSE 6 7 7 4 6 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.27047619 NA 0 1.212956989 1.212956989 1 0.640726496 0.640726496 1 1.026040609 1.026040609 1 NA NA 0 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.221687443 1 0.007502227 1 0.045825786 1 3.86E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 138759972 C T - - - - - - 41 0 0 51 3 5.9 25 2 8 70 0 0 71 10 14.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 7 7 4 6 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.797904762 0.797904762 1 1.260215054 1.260215054 1 0 0 1 0.997736041 0.997736041 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 0.002175924 1 0.006948068 1 1 1 3.42E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 138814454 G A - - - - - - 27 0 0 48 0 0 23 0 0 69 4 5.8 63 11 17.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 7 7 4 6 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 1.281452991 1.281452991 1 1.238324873 1.238324873 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000416985 1 2.37E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 139067200 A T - - - - - - 24 0 0 30 2 6.7 15 1 6.7 62 2 3.2 56 8 14.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 7 7 4 6 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.906095238 0.906095238 1 1.055430108 1.055430108 1 0.707008547 0.707008547 1 1.011888325 1.011888325 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.009909649 1 0.072431031 1 0.038789653 1 4.48E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 139233680 C A FAM135B CCDS6375.2 r.? - - intronic 36 0 0 56 0 0 24 0 0 101 0 0 62 11 17.7 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 7 7 4 6 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 1.252477157 1.252477157 1 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.96E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 139509691 C T FAM135B CCDS6375.2 r.? - - upstream 40 0 0 11 0 0 3 0 0 7 0 0 55 8 14.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 7 7 4 6 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 1.026040609 1.026040609 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 3.86E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 139797798 C T COL22A1 CCDS6376.1 r.? - - intronic 20 0 0 44 1 2.3 26 0 0 34 0 0 56 10 17.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 7 7 4 6 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.311047619 NA 0 0 0 1 0 0 1 1.266629442 1.266629442 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.197923942 1 1 1 1 1 2.82E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 142477680 C A - - - - - - 28 0 0 23 0 0 22 1 4.5 11 2 18.2 54 9 16.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 7 7 4 6 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0.708870968 0.708870968 1 4.021111111 4.021111111 1 1.181715736 1.181715736 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 0.104413009 1 0.001334363 1 8.48E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 143147546 C T - - - - - - 36 0 0 56 3 5.4 34 0 0 82 0 0 60 8 13.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 7 7 4 6 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.730285714 0.730285714 1 0 0 1 0 0 1 0.941126904 0.941126904 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 6 NA 1 1 0.00284314 1 1 1 1 1 7.93E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 143227962 G A - - - - - - 34 0 0 34 0 0 21 0 0 6 0 0 69 7 10.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 7 7 4 6 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 0.714690355 0.714690355 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 6.43E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 143861768 C T LYNX1 CCDS6389.1 r.? - - upstream 33 0 0 56 2 3.6 28 2 7.1 80 4 5 59 10 16.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 7 7 4 6 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.486857143 0.486857143 1 1.11844086 1.11844086 1 1.104700855 1.104700855 1 1.19586802 1.19586802 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.032213353 1 0.008668191 1 0.000730349 1 4.91E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 144269766 T C - - - - - - 31 0 0 31 3 9.7 14 2 14.3 13 2 15.4 72 8 11.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 7 7 4 6 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.311809524 1.311809524 1 2.252634409 2.252634409 1 3.402478632 3.402478632 1 0.785451777 0.785451777 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000505952 1 0.002185852 1 0.001879825 1 3.52E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 144832681 G A ENSG00000203499 ENST00000435097 r.? - - downstream 46 0 0 38 0 0 37 0 0 61 0 0 68 11 16.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 7 7 4 6 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 1.146335025 1.146335025 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 5.76E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 145031229 G A PLEC CCDS43769.1 r.? - - intronic 32 0 0 50 0 0 24 0 0 9 0 0 69 9 13 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 7 7 4 6 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 0.919898477 0.919898477 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 8.45E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 8 146207544 A G ZNF252 ENST00000427606 r.? - - intronic 24 0 0 44 0 0 21 0 0 63 3 4.8 69 11 15.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 7 7 4 6 7 6 3 0 0 1 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 1.060512821 1.060512821 1 1.125106599 1.125106599 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.003968795 1 6.82E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 9 1553990 G A - - - - - - 31 0 0 36 0 0 23 0 0 64 0 0 58 12 20.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3.615393329 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 0.384606671 1 NA NA 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.615393329 NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.257761421 1.257761421 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.76E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 9 6132734 A C - - - - - - 29 0 0 40 0 0 25 0 0 69 0 0 58 9 15.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3.615393329 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 0.384606671 1 NA NA 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.615393329 NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.94180203 0.94180203 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.67E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 9 8755872 C T PTPRD CCDS43786.1 r.? - - intronic 30 0 0 28 0 0 13 0 0 60 0 0 61 16 26.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3.615393329 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 0.384606671 1 NA NA 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.615393329 NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.591949239 0.795974619 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.5E-23 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 9 9893023 C G PTPRD CCDS43786.1 r.? - - intronic 42 0 0 41 0 0 20 0 0 56 0 0 54 9 16.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3.615393329 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 0.384606671 1 NA NA 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.615393329 NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.014715736 1.014715736 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 8.48E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 9 10909427 G C - - - - - - 36 0 0 26 0 0 21 0 0 51 0 0 50 8 16 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3.615393329 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 0.384606671 1 NA NA 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.615393329 NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.972182741 0.972182741 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.74E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 9 12149507 T C - - - - - - 30 0 0 40 0 0 18 0 0 76 0 0 52 6 11.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3.615393329 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 0.384606671 1 NA NA 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.615393329 NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.698756345 0.698756345 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000000261 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 9 12176131 A T - - - - - - 30 0 0 33 0 0 21 0 0 66 0 0 63 9 14.3 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3.615393329 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 0.384606671 1 NA NA 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.615393329 NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.868888325 0.868888325 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 3.62E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 9 15154372 C A - - - - - - 19 0 0 25 0 0 21 0 0 61 0 0 52 6 11.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 TRUE FALSE 3 3 3.615393329 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 0.384606671 1 NA NA 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.615393329 NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.698756345 0.698756345 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 0 0 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000000261 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 9 19735148 A G SLC24A2 CCDS6493.1 r.? - - intronic 27 0 0 38 0 0 29 0 0 51 0 0 53 9 17 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3.615393329 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 0.384606671 1 NA NA 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.615393329 NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.032944162 1.032944162 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 7.1E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 9 22698215 G T - - - - - - 40 0 0 43 0 0 28 0 0 75 0 0 59 12 20.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3.615393329 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 0.384606671 1 NA NA 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.615393329 NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.233456853 1.233456853 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.2E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 9 22985494 C T - - - - - - 26 0 0 41 0 0 21 0 0 63 0 0 63 16 25.4 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3.615393329 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 0.384606671 1 NA NA 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.615393329 NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.543340102 0.771670051 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 4.48E-23 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 9 22992070 G T - - - - - - 28 0 0 30 0 0 16 0 0 69 0 0 58 11 19 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3.615393329 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 0.384606671 1 NA NA 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.615393329 NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.154467005 1.154467005 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 8.96E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 9 24441254 G A - - - - - - 26 0 0 43 0 0 20 0 0 48 0 0 53 20 37.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3.615393329 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 0.384606671 1 NA NA 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.615393329 NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 2.290705584 1.145352792 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.65E-32 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 9 25008049 G C - - - - - - 30 0 0 39 0 0 11 0 0 50 0 0 77 14 18.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3.615393329 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 0.384606671 1 NA NA 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.615393329 NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.105857868 1.105857868 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 3.82E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 9 25096380 A T - - - - - - 25 0 0 18 2 11.1 10 0 0 49 0 0 35 4 11.4 1 0 0 0 0 NA 1 0 0 1 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3.615393329 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 0.384606671 1 NA NA 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.615393329 NA 1.168142857 1.168142857 1 0 0 1 0 0 1 0.692680203 0.692680203 1 NA NA 1 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.003626632 1 1 1 1 1 0.0000289 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 9 25248753 T G - - - - - - 38 0 0 40 0 0 20 0 0 70 0 0 70 12 17.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3.615393329 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 0.384606671 1 NA NA 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.615393329 NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.039020305 1.039020305 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.99E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 9 27038568 G A IFT74 CCDS43793.1 r.? - - intronic 31 0 0 43 1 2.3 20 0 0 20 0 0 57 8 14 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3.615393329 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 0.384606671 1 NA NA 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.615393329 NA 0.242047619 0.242047619 1 0 0 1 0 0 1 0.850659898 0.850659898 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 0.193893409 1 1 1 1 1 5.19E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 9 27273301 C A - - - - - - 47 0 0 37 0 0 26 0 0 47 0 0 62 18 29 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3.615393329 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 0.384606671 1 NA NA 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.615393329 NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.762081218 0.881040609 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 5.72E-27 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 9 28104648 T A LINGO2 CCDS6524.1 r.? - - intronic 27 0 0 34 5 14.7 14 0 0 54 0 0 60 17 28.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3.615393329 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 0.384606671 1 NA NA 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.615393329 NA 1.547 1.547 1 0 0 1 0 0 1 1.719548223 0.859774112 2 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 0.000000771 1 1 1 1 1 2.41E-25 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 9 29576307 C T - - - - - - 32 0 0 27 3 11.1 20 2 10 68 3 4.4 63 30 47.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3.615393329 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 0.384606671 1 NA NA 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.615393329 NA 1.168142857 1.168142857 1 1.175268817 1.175268817 1 0.823214059 0.823214059 1 2.892243655 0.964081218 3 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000334187 1 0.004473894 1 0.004916956 1 6.83E-52 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 9 29855195 C T - - - - - - 44 0 0 31 0 0 23 0 0 69 0 0 56 6 10.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3.615393329 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 0.384606671 1 NA NA 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.615393329 NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.650147208 0.650147208 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000000409 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 9 29881551 G A - - - - - - 38 0 0 30 1 3.3 15 3 20 57 1 1.8 57 16 28.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3.615393329 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 0.384606671 1 NA NA 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.615393329 NA 0.347285714 0.347285714 1 2.350537634 2.350537634 1 0.336769388 0.336769388 1 1.707395939 0.85369797 2 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.139615808 1 0.0000544 1 0.248523156 1 7.28E-24 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 9 30473348 T C - - - - - - 26 0 0 38 0 0 19 0 0 61 0 0 75 16 21.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3.615393329 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 0.384606671 1 NA NA 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.615393329 NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.294218274 1.294218274 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 9.88E-22 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 9 31439265 A T - - - - - - 27 0 0 30 0 0 24 0 0 67 0 0 43 4 9.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3.615393329 3 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 0.384606671 1 NA NA 3 NA NA NA 1 NA NA NA 0.615393329 NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.565081218 0.565081218 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000066 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 9 32731228 A G - - - - - - 34 0 0 30 0 0 20 0 0 56 0 0 48 10 20.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3.615393329 2.240710486 3 3 3 2 0 0 0 0 1 1 0.384606671 0.759289514 NA NA 3 3 NA NA 1 0 NA NA 0.615393329 0.240710486 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.105905345 1.105905345 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 5.37E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 9 32937679 C A - - - - - - 32 0 0 30 0 0 22 0 0 69 0 0 43 4 9.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3.615393329 2.240710486 3 3 3 2 0 0 0 0 1 1 0.384606671 0.759289514 NA NA 3 3 NA NA 1 0 NA NA 0.615393329 0.240710486 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.494467293 0.494467293 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000066 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 9 37937398 C T SHB CCDS43806.1 r.? - - intronic 34 0 0 40 4 10 14 2 14.3 39 2 5.1 71 26 36.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 3.615393329 4.552495341 3 3 3 4 0 0 0 0 1 1 0.384606671 0.447504659 NA NA 3 5 NA NA 1 0 NA NA 0.615393329 0.552495341 1.052380952 1.052380952 1 1.680634409 1.680634409 1 0.954179932 0.954179932 1 2.792081315 0.930693772 3 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.0000495 1 0.002185852 1 0.016387522 1 2.11E-41 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 9 44749952 G T - - - - - - 22 0 0 26 0 0 12 1 8.3 20 0 0 50 19 38 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 3 3 3 4 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0.975473118 0.975473118 1 0 0 1 2.30893401 1.154467005 2 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 1 1 0.058377193 1 1 1 5E-31 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 9 46375749 A G - - - - - - 6 0 0 9 2 22.2 2 0 0 10 1 10 16 5 31.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 3 3 3 4 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2.336285714 2.336285714 1 0 0 1 1.909401709 1.909401709 1 1.895756345 1.895756345 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000879235 1 1 1 0.04888987 1 0.000000013 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 9 68295916 G A - - - - - - 33 0 0 39 0 0 26 0 0 87 0 0 80 6 7.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 3 3 3 4 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.45571066 0.45571066 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.00000342 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 9 69192103 C A - - - - - - 8 0 0 7 0 0 4 0 0 20 2 10 12 4 33.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 3 3 3 4 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 1.909401709 1.909401709 1 2.02335533 2.02335533 1 NA NA 1 NA NA 1 0 0 1 NA NA 0 8 NA 1 1 1 1 1 1 0.004473894 1 0.0000003 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 9 71920740 T C - - - - - - 31 0 0 32 0 0 17 0 0 68 0 0 49 9 18.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 3 3 3 4 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.118010152 1.118010152 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 3.35E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 9 75444270 G A TMC1 CCDS6643.1 r.? - - intronic 32 0 0 48 0 0 22 0 0 68 0 0 55 5 9.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 3 3 3 4 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.552928934 0.552928934 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.00000883 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 9 75499111 A G - - - - - - 29 0 0 32 0 0 17 0 0 85 0 0 59 12 20.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 3 3 3 4 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.233456853 1.233456853 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.2E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 9 75512618 A G ALDH1A1 CCDS6644.1 r.? - - downstream 41 0 0 40 0 0 20 0 0 81 0 0 60 9 15 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 3 3 3 4 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.91142132 0.91142132 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.29E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 9 75841643 C T - - - - - - 22 0 0 41 0 0 22 0 0 37 0 0 40 8 20 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 3 3 3 4 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.215228426 1.215228426 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.61E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 9 76683438 C T - - - - - - 25 0 0 33 0 0 25 0 0 82 0 0 51 12 23.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 3 3 3 4 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.427893401 1.427893401 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 3.24E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 9 77253382 G C RORB CCDS6646.1 r.? - - intronic 33 0 0 31 0 0 20 0 0 55 0 0 41 4 9.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 3 3 3 4 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.595461929 0.595461929 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.0000546 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 9 77532699 T C - - - - - - 29 0 0 37 0 0 20 0 0 42 0 0 54 7 13 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 3 3 3 4 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.789898477 0.789898477 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.13E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 9 77657563 C T - - - - - - 23 0 0 29 0 0 16 0 0 33 0 0 47 16 34 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 3 3 3 4 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 2.065888325 1.032944162 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.98E-25 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 9 77820758 C T - - - - - - 19 0 0 24 3 12.5 8 1 12.5 45 3 6.7 29 10 34.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 3 3 3 4 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.31547619 1.31547619 1 1.469086022 1.469086022 1 1.279299145 1.279299145 1 2.096269036 1.048134518 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000233853 1 0.039306956 1 0.001516071 1 1.79E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 9 78057355 T A - - - - - - 36 0 0 33 0 0 20 0 0 82 0 0 45 18 40 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 3 3 3 4 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 2.430456853 0.810152284 3 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 5.76E-30 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 9 78667997 C T PCSK5 CCDS6652.1 r.? - - intronic 34 0 0 33 0 0 18 0 0 44 0 0 57 8 14 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 3 3 3 4 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.850659898 0.850659898 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 5.19E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 9 79124831 T C GCNT1 CCDS6653.1 r.? - - downstream 17 0 0 26 1 3.8 15 0 0 23 0 0 45 10 22.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 3 3 3 4 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.399904762 0.399904762 1 0 0 1 0 0 1 1.348903553 1.348903553 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.122190858 1 1 1 1 1 2.66E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 9 79334332 A T PRUNE2 CCDS47982.1 r.? - - intronic 31 0 0 38 0 0 14 0 0 58 0 0 48 16 33.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 3 3 3 4 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 2.02335533 1.011677665 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.96E-25 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 9 82316670 G T TLE4 CCDS43837.1 r.? - - intronic 33 0 0 36 0 0 27 4 14.8 65 3 4.6 79 10 12.7 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 3 3 3 4 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.739397849 1.739397849 1 0.878324786 0.878324786 1 0.771670051 0.771670051 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 1 1 0.00001 1 0.004333293 1 1.03E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 9 82350588 C T - - - - - - 43 0 0 38 3 7.9 23 2 8.7 73 0 0 75 11 14.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 3 3 3 4 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.831380952 0.831380952 1 1.022483871 1.022483871 1 0 0 1 0.893192893 0.893192893 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.000925091 1 0.00589844 1 1 1 1.78E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 9 83146804 T C - - - - - - 27 0 0 37 4 10.8 22 1 4.5 62 0 0 54 10 18.5 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 3 3 3 4 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.136571429 1.136571429 1 0.528870968 0.528870968 1 0 0 1 1.124086294 1.124086294 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.0000362 1 0.104413009 1 1 1 1.91E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 9 83536336 C T - - - - - - 36 0 0 51 1 2 36 2 5.6 80 3 3.8 71 12 16.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 3 3 3 4 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.21047619 0.21047619 1 0.658150538 0.658150538 1 0.72557265 0.72557265 1 1.02686802 1.02686802 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.225579006 1 0.014070883 1 0.007711832 1 2.38E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 9 83616233 G A - - - - - - 34 0 0 46 0 0 28 0 0 75 0 0 63 17 27 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 3 3 3 4 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.640558376 0.820279188 2 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 6.22E-25 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 9 84230157 T C TLE1 CCDS6661.1 r.? - - intronic 25 0 0 24 2 8.3 18 1 5.6 38 2 5.3 33 10 30.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 3 3 3 4 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.87347619 0.87347619 1 0.658150538 0.658150538 1 1.011982906 1.011982906 1 1.841071066 0.920535533 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.006413403 1 0.086275114 1 0.015598339 1 8.14E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 9 84238232 C T TLE1 CCDS6661.1 r.? - - intronic 38 0 0 39 1 2.6 23 1 4.3 54 0 0 57 14 24.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 3 3 3 4 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.273619048 0.273619048 1 0.505365591 0.505365591 1 0 0 1 1.494730964 1.494730964 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.177567718 1 0.108890944 1 1 1 3.84E-20 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 9 86134011 A T FRMD3 CCDS43840.1 r.? - - intronic 24 0 0 45 0 0 12 0 0 60 0 0 57 4 7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 3 3 3 4 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.425329949 0.425329949 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000199821 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 9 86452874 G A KIF27 CCDS6665.1 r.? - - intronic 37 0 0 47 3 6.4 22 1 4.5 58 1 1.7 53 15 28.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 4 3 3 3 4 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.67352381 0.67352381 1 0.528870968 NA 0 0.324598291 0.324598291 1 1.719548223 0.859774112 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.001719595 1 0.104413009 1 0.252280541 1 1.6E-22 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 9 86991386 C T - - - - - - 29 0 0 51 0 0 25 0 0 64 0 0 48 7 14.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 3 3 3 4 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.887116751 0.887116751 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 4.81E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 9 88148061 G A - - - - - - 32 0 0 34 4 11.8 20 1 5 68 3 4.4 56 20 35.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 4 3 3 3 4 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.241809524 1.241809524 1 0.587634409 NA 0 0.840136752 0.840136752 1 2.169182741 1.084591371 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.0000257 1 0.09538952 1 0.004916956 1 6.31E-32 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 9 88228959 A T AGTPBP1 CCDS6672.1 r.? - - intronic 36 0 0 26 0 0 20 0 0 63 0 0 61 11 18 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 3 3 3 4 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.093705584 1.093705584 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.62E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 9 90885648 C A - - - - - - 42 0 0 33 0 0 22 0 0 59 0 0 54 9 16.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 3 3 3 4 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.014715736 1.014715736 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 8.48E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 9 91767499 G A SHC3 CCDS6681.1 r.? - - intronic 29 0 0 32 0 0 16 0 0 76 0 0 47 6 12.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 3 3 3 4 3 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.777746193 0.777746193 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000000141 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 9 94646951 C A ROR2 CCDS6691.1 r.? - - intronic 36 0 0 43 0 0 20 0 0 76 0 0 59 8 13.6 310 0 0 356 2 0.6 192 0 0 377 0 0 449 51 11.4 TRUE FALSE 3 3 4 4.440663516 3 3 4 4 0 0 0 0 1 1 1 0.559336484 NA NA NA 5 NA NA NA 0 NA NA NA 0.440663516 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.022285568 1.022285568 1 0.063142857 NA 0 0 0 1 0 NA 0 0.856915844 0.856915844 1 1 NA 1 1 1 0.531772786 1 1 1 1 6.9E-10 3.89E-51 YES 0_0 0_0 0_0 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b 9 94878472 C T SPTLC1 CCDS6692.1 r.? - - upstream 30 0 0 43 0 0 26 0 0 49 0 0 65 13 20 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 4.440663516 3 3 4 4 0 0 0 0 1 1 1 0.559336484 NA NA NA 5 NA NA NA 0 NA NA NA 0.440663516 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.503361129 1.503361129 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.57E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 9 95206482 A G CENPP CCDS35063.1 r.? - - intronic 38 0 0 40 0 0 21 0 0 59 0 0 62 8 12.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 4.440663516 3 3 4 4 0 0 0 0 1 1 1 0.559336484 NA NA NA 5 NA NA NA 0 NA NA NA 0.440663516 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.969667929 0.969667929 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.04E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 9 96940620 G C MIRLET7F1 ENST00000362202 r.? - - downstream 25 0 0 50 0 0 18 0 0 46 0 0 57 16 28.1 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 4.440663516 3 3 4 4 0 0 0 0 1 1 1 0.559336484 NA NA NA 5 NA NA NA 0 NA NA NA 0.440663516 0 0 1 0 0 1 0 0 1 2.112222387 1.056111193 2 NA NA 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 7.28E-24 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 9 97321696 G C FBP2 CCDS6711.1 r.? - - intronic 28 0 0 36 0 0 25 1 4 46 0 0 71 6 8.5 179 1 0.6 313 0 0 192 1 0.5 302 1 0.3 307 10 3.3 TRUE FALSE 3 3 4 4.440663516 3 3 4 4 0 0 0 0 1 1 1 0.559336484 NA NA NA 5 NA NA NA 0 NA NA NA 0.440663516 0 0 1 0.470107527 0.470107527 1 0 0 1 0.63892848 0.63892848 1 0 0 1 0.058763441 NA 0 0.057282051 0.057282051 1 0.248054586 0.562911559 0.440663516 4 NA 1 0.592308691 1 1 0.117779757 0.618028022 1 0.779925165 0.00000169 0.0000045 YES 0_0 0_0 0_0 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b 9 97321960 G A FBP2 CCDS6711.1 r.? - - intronic 24 0 0 34 0 0 19 1 5.3 62 0 0 62 6 9.7 129 0 0 212 0 0 125 0 0 222 0 0 259 12 4.6 FALSE FALSE 3 3 4 4.440663516 3 3 4 4 0 0 0 0 1 1 1 0.559336484 NA NA NA 5 NA NA NA 0 NA NA NA 0.440663516 0 0 1 0.622892473 NA 0 0 0 1 0.729130148 0.729130148 1 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 0.34577306 0.784664597 0.440663516 NA NA 1 1 1 1 0.090843738 1 1 1 0.000000756 1.15E-08 YES 0_0 0_0 0_0 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b 9 99561887 G C - - - - - - 39 0 0 31 1 3.2 19 2 10.5 61 3 4.9 51 8 15.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 3.362084995 3 3 4 3 0 0 0 0 1 1 1 0.637915005 NA NA NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.362084995 0.336761905 0.336761905 1 1.234032258 1.234032258 1 0.935606838 0.935606838 1 1.010801659 1.010801659 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.143917729 1 0.004039874 1 0.003623631 1 2.05E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 9 99561896 G C - - - - - - 35 0 0 35 1 2.9 19 2 10.5 63 3 4.8 51 9 17.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 3.362084995 3 3 4 3 0 0 0 0 1 1 1 0.637915005 NA NA NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.362084995 0.305190476 0.305190476 1 1.234032258 1.234032258 1 0.916512821 0.916512821 1 1.133127974 1.133127974 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.16091139 1 0.004039874 1 0.003968795 1 4.92E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 9 100628955 G C - - - - - - 37 0 0 42 0 0 21 0 0 54 0 0 64 5 7.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 3.362084995 3 3 4 3 0 0 0 0 1 1 1 0.637915005 NA NA NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.362084995 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.502181716 0.502181716 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.0000186 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 9 100880367 G A CORO2A CCDS6735.1 r.? - - downstream 28 0 0 27 4 14.8 26 5 19.2 50 4 8 45 8 17.8 233 0 0 390 27 6.9 102 0 0 315 19 6 353 52 14.7 TRUE FALSE 3 3 4 3.362084995 3 3 4 3 0 0 0 0 1 1 1 0.637915005 NA NA NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.362084995 1.55752381 1.55752381 1 2.256516129 2.256516129 1 1.527521368 1.527521368 1 1.146004429 1.146004429 1 0.726142857 0.726142857 1 0 NA 0 1.145641026 1.145641026 1 0.946419388 0.946419388 1 8 NA 1 1 0.00001 4.29E-22 0.000000188 1 0.000119787 6.48E-15 7.14E-11 3.67E-58 YES 1_1 1_0 1_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b 9 101986165 C T ALG2 CCDS6739.1 r.? - - upstream 33 0 0 39 0 0 29 0 0 80 0 0 58 17 29.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 3.362084995 3 3 4 3 0 0 0 0 1 1 1 0.637915005 NA NA NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.362084995 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.886400548 0.943200274 2 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.24E-25 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 9 102358070 C T - - - - - - 35 0 0 45 3 6.7 21 2 9.5 56 5 8.9 60 17 28.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 3.362084995 3 3 4 3 0 0 0 0 1 1 1 0.637915005 NA NA NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.362084995 0.705095238 0.705095238 1 1.116505376 1.116505376 1 1.699367521 1.699367521 1 1.822018277 0.911009138 2 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.001516071 1 0.004928472 1 0.00000965 1 2.41E-25 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 9 102932155 G C INVS CCDS6746.1 r.? - - intronic 33 0 0 45 0 0 29 0 0 72 0 0 56 6 10.7 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 3.362084995 3 3 4 3 0 0 0 0 1 1 1 0.637915005 NA NA NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.362084995 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.688890303 0.688890303 1 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000000409 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 9 102941359 G A INVS CCDS6746.1 r.? - - intronic 39 0 0 50 0 0 25 0 0 64 0 0 71 8 11.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 3.362084995 3 3 4 3 0 0 0 0 1 1 1 0.637915005 NA NA NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.362084995 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.727519665 0.727519665 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 3.14E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 9 103300843 A T TMEFF1 CCDS6750.1 r.? - - intronic 37 0 0 41 5 12.2 18 1 5.6 58 3 5.2 65 21 32.3 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 4 3.362084995 3 3 4 3 0 0 0 0 1 1 1 0.637915005 NA NA NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.362084995 1.283904762 1.283904762 1 0.658150538 NA 0 0.992888889 0.992888889 1 2.079547362 1.039773681 2 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.00000202 1 0.086275114 1 0.003141421 1 2.35E-32 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 9 103477578 C T - - - - - - 32 0 0 45 1 2.2 27 3 11.1 52 0 0 57 6 10.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 3.362084995 3 3 4 3 0 0 0 0 1 1 1 0.637915005 NA NA NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.362084995 0.23152381 0.23152381 1 1.304548387 1.304548387 1 0 0 1 0.676013848 0.676013848 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.201934322 1 0.000334187 1 1 1 0.000000456 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 9 104054312 T A ENSG00000148123 CCDS6751.1 r.? - - intronic 33 0 0 36 4 11.1 24 1 4.2 71 0 0 59 13 22 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 3 3 4 3.362084995 3 3 4 3 0 0 0 0 1 1 1 0.637915005 NA NA NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.362084995 1.168142857 1.168142857 1 0.493612903 NA 0 0 0 1 1.416409968 1.416409968 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.0000324 1 0.113346489 1 1 1 3.99E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 9 104117785 T C BAAT CCDS6752.1 r.? - - downstream 41 0 0 39 0 0 23 0 0 49 0 0 68 8 11.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 3.362084995 3 3 4 3 0 0 0 0 1 1 1 0.637915005 NA NA NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.362084995 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.759710801 0.759710801 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.21E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 9 104280018 G T C9orf125 CCDS6757.1 r.? - - intronic 30 0 0 31 2 6.5 16 0 0 60 2 3.3 51 8 15.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 3.362084995 3 3 4 3 0 0 0 0 1 1 1 0.637915005 NA NA NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.362084995 0.684047619 0.684047619 1 0 0 1 0.630102564 0.630102564 1 1.010801659 1.010801659 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.010558179 1 1 1 0.036544784 1 2.05E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 9 105846876 C A - - - - - - 37 0 0 28 0 0 26 0 0 51 0 0 70 9 12.9 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 3.362084995 3 3 4 3 0 0 0 0 1 1 1 0.637915005 NA NA NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.362084995 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.830531299 0.830531299 1 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 9.65E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 9 105996866 G A - - - - - - 33 0 0 33 0 0 23 0 0 63 0 0 55 8 14.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 3.362084995 3 3 4 3 0 0 0 0 1 1 1 0.637915005 NA NA NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.362084995 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.933542933 0.933542933 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 3.86E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 9 106476298 A T - - - - - - 38 0 0 27 0 0 23 0 0 73 0 0 61 19 31.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 3.362084995 3 3 4 3 0 0 0 0 1 1 1 0.637915005 NA NA NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.362084995 0 0 1 0 0 1 0 0 1 2.002288636 1.001144318 2 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 4.64E-29 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 9 107362618 T A OR13C5 CCDS35091.1 r.? - - upstream 36 0 0 23 2 8.7 14 0 0 57 1 1.8 48 17 35.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 3 3 4 3.362084995 3 3 4 3 0 0 0 0 1 1 1 0.637915005 NA NA NA 4 NA NA NA 0 NA NA NA 0.362084995 0.915571429 0.915571429 1 0 0 1 0.343692308 0.343692308 1 2.279132403 0.964881623 2.362084995 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.00589844 1 1 1 0.248523156 1 2.8E-27 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 9 110989770 C G - - - - - - 34 0 0 32 3 9.4 22 1 4.5 76 3 3.9 61 13 21.3 0 0 NA 2 0 0 1 0 0 0 0 NA 1 1 100 FALSE FALSE 2 3 4 2 2 3 4 2 0 0 0 0 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.895238095 0.895238095 1 0.528870968 NA 0 0.744666667 0.744666667 1 1.081218274 1.081218274 1 0 0 1 0 NA 0 NA NA 1 5.076142132 5.076142132 1 NA NA 1 1 0.000556213 1 0.104413009 1 0.006696581 1 6.41E-18 0.005 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 9 113021454 G A TXN CCDS35103.1 r.? - - upstream 31 0 0 32 0 0 20 0 0 70 0 0 50 13 26 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 2.28778211 2 2 2 0 2 0 0 0 0 1 1 -1.28778211 1 NA NA 1 NA NA NA 0 NA NA NA 2.28778211 NA 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 1.319796954 1.319796954 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 3.65E-19 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 9 113053427 T C - - - - - - 36 0 0 28 0 0 19 0 0 77 0 0 51 24 47.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 2.28778211 2 2 2 0 2 0 0 0 0 1 1 -1.28778211 1 NA NA 1 NA NA NA 0 NA NA NA 2.28778211 NA 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 2.390862944 1.195431472 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.2E-41 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 9 117962664 C A Nov-97 CCDS6812.1 r.? - - intronic 30 0 0 36 0 0 18 0 0 65 0 0 52 8 15.4 415 0 0 994 1 0.1 387 2 0.5 1019 2 0.2 759 149 19.6 FALSE FALSE 2 2 2.28778211 2 2 2 0 2 0 0 0 0 1 1 -1.28778211 1 NA NA 1 NA NA NA 0 NA NA NA 2.28778211 NA 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 0.781725888 0.781725888 1 0.00952381 0.00952381 1 0.053763441 0.053763441 1 0.034763598 NA 0 0.994923858 0.994923858 1 NA NA 1 1 1 0.993142872 1 0.576769665 1 0.962973429 2.42E-10 4.33E-183 YES 0_0 0_0 0_0 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b 9 118625208 A G - - - - - - 34 0 0 29 3 10.3 29 2 6.9 80 0 0 47 17 36.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 2.28778211 2 2 2 0 2 0 0 0 0 1 1 -1.28778211 1 NA NA 1 NA NA NA 0 NA NA NA 2.28778211 NA 0.980952381 0.980952381 1 0.741935484 0.741935484 1 0 NA 0 1.837563452 0.918781726 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.000414371 1 0.009279585 1 1 1 1.81E-27 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 9 120091423 C A ASTN2 CCDS48009.1 r.? - - intronic 23 0 0 29 0 0 9 0 0 50 0 0 47 10 21.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 2.28778211 2 2 2 0 2 0 0 0 0 1 1 -1.28778211 1 NA NA 1 NA NA NA 0 NA NA NA 2.28778211 NA 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 1.081218274 1.081218274 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 4.27E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 9 125164073 G A - - - - - - 29 0 0 35 4 11.4 20 3 15 14 0 0 45 16 35.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 2.28778211 2 2 2 0 2 0 0 0 0 1 1 -1.28778211 1 NA NA 1 NA NA NA 0 NA NA NA 2.28778211 NA 1.085714286 1.085714286 1 1.612903226 1.612903226 1 0 NA 0 1.807106599 0.903553299 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.0000289 1 0.0001337 1 1 1 8.61E-26 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 9 129809992 A G RALGPS1 CCDS35143.1 r.? - - intronic 26 0 0 31 3 9.7 14 1 7.1 44 7 15.9 49 5 10.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 2 2 2.28778211 2 2 2 0 2 0 0 0 0 1 1 -1.28778211 1 NA NA 1 NA NA NA 0 NA NA NA 2.28778211 NA 0.923809524 0.923809524 1 0.76344086 0.76344086 1 2.763706074 1.208028536 2.28778211 0.517766497 0.517766497 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000505952 1 0.067769881 1 2.55E-09 1 0.00000496 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 9 132607112 C T USP20 CCDS43892.1 r.? - - intronic 28 0 0 27 0 0 13 0 0 40 0 0 40 8 20 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 2.28778211 2 2 2 0 2 0 0 0 0 1 1 -1.28778211 1 NA NA 1 NA NA NA 0 NA NA NA 2.28778211 NA 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 1.015228426 1.015228426 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.61E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 9 135407265 G C C9orf171 CCDS6949.1 r.? - - intronic 22 0 0 12 0 0 14 0 0 9 0 0 47 18 38.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 2.28778211 2 2 2 0 2 0 0 0 0 1 1 -1.28778211 1 NA NA 1 NA NA NA 0 NA NA NA 2.28778211 NA 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 1.944162437 0.972081218 2 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.52E-29 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b 9 137882116 G A - - - - - - 28 0 0 34 0 0 18 0 0 21 0 0 47 9 19.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 2 2 2.28778211 2 2 2 0 2 0 0 0 0 1 1 -1.28778211 1 NA NA 1 NA NA NA 0 NA NA NA 2.28778211 NA 0 0 1 0 0 1 0 NA 0 0.969543147 0.969543147 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.24E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 3088039 C T - - - - - - 22 0 0 29 0 0 20 0 0 35 0 0 36 6 16.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.68E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 7766558 G A - - - - - - 33 0 0 28 0 0 26 2 7.7 64 4 6.2 33 14 42.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 1.505953569 3 5 3 1 2 3 2 0 1 2 1 0.494046431 1 1 1 1 NA NA NA 1 NA NA NA 0.505953569 NA NA NA 0 NA 0 0.904956989 0.904956989 1 1.24582906 1.24582906 1 2.576284264 1.288142132 2 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 0.007502227 1 0.000312605 1 4.57E-24 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 8394763 C G ENSG00000227978 ENST00000418307 r.? - - intronic 38 0 0 30 0 0 16 0 0 71 0 0 56 13 23.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 1.505953569 3 5 3 1 2 3 2 0 1 2 1 0.494046431 1 1 1 1 NA NA NA 1 NA NA NA 0.505953569 NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 1.409664975 1.409664975 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.89E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 12178577 T G FRMPD4 CCDS35201.1 r.? - - intronic 39 0 0 28 0 0 15 0 0 75 0 0 43 7 16.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1.505953569 3 5 1.252893061 1 2 3 1 0 1 2 0 0.494046431 1 1 0.747106939 1 NA NA 2 1 NA NA 0 0.505953569 NA NA 0.252893061 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.705632736 0.705632736 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.15E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 13269602 C T - - - - - - 31 0 0 29 0 0 16 0 0 57 0 0 42 12 28.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 1.505953569 3 5 1.252893061 1 2 3 1 0 1 2 0 0.494046431 1 1 0.747106939 1 NA NA 2 1 NA NA 0 0.505953569 NA NA 0.252893061 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.238104065 1.238104065 1 NA NA 0 NA NA 0 0 0 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.35E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 15556860 A G BMX CCDS14168.1 r.? - - intronic 31 0 0 35 0 0 17 0 0 60 0 0 52 8 15.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1.505953569 3 5 1.252893061 1 2 3 1 0 1 2 0 0.494046431 1 1 0.747106939 1 NA NA 2 1 NA NA 0 0.505953569 NA NA 0.252893061 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.66667142 0.66667142 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.42E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 16733467 C T SYAP1 CCDS14177.1 r.? - - upstream 24 0 0 29 0 0 15 3 20 61 0 0 34 6 17.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 1.505953569 3 5 1.252893061 1 2 3 1 0 1 2 0 0.494046431 1 1 0.747106939 1 NA NA 2 1 NA NA 0 0.505953569 NA NA 0.252893061 0 NA 0 2.350537634 2.350537634 1 0 0 1 0.761910194 0.761910194 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 0.0000544 1 1 1 1.86E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 18285855 G A SCML2 CCDS14185.1 r.? - - intronic 24 0 0 29 0 0 17 0 0 17 0 0 44 5 11.4 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1.505953569 3 5 1.252893061 1 2 3 1 0 1 2 0 0.494046431 1 1 0.747106939 1 NA NA 2 1 NA NA 0 0.505953569 NA NA 0.252893061 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.493510012 0.493510012 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.00000288 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 19501559 G C MAP3K15 CCDS35212.1 r.? - - upstream 32 0 0 36 0 0 25 2 8 67 0 0 46 8 17.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1.505953569 3 5 1.252893061 1 2 3 1 0 1 2 0 0.494046431 1 1 0.747106939 1 NA NA 2 1 NA NA 0 0.505953569 NA NA 0.252893061 0 0 1 0.940215054 0.940215054 1 0 0 1 0.753252124 0.753252124 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 4 NA 1 1 1 1 0.006948068 1 1 1 8.61E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 22109574 G A PHEX CCDS14204.1 r.? - - intronic 30 0 0 37 0 0 22 2 9.1 76 3 3.9 49 8 16.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1.505953569 3 5 1.252893061 1 2 3 1 0 1 2 0 0.494046431 1 1 0.747106939 1 NA NA 2 1 NA NA 0 0.505953569 NA NA 0.252893061 0 0 1 1.069494624 1.069494624 1 0.783666667 0.783666667 1 0.705632736 0.705632736 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 1 1 0.005403392 1 0.006696581 1 1.47E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 22470824 A G - - - - - - 23 0 0 25 0 0 18 0 0 70 0 0 44 11 25 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 1.505953569 3 5 1.252893061 1 2 3 1 0 1 2 0 0.494046431 1 1 0.747106939 1 NA NA 2 1 NA NA 0 0.505953569 NA NA 0.252893061 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 1.082258798 1.082258798 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 3.22E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 24109805 G C - - - - - - 29 0 0 18 0 0 15 0 0 58 0 0 37 9 24.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1.505953569 3 5 1.252893061 1 2 3 1 0 1 2 0 0.494046431 1 1 0.747106939 1 NA NA 2 1 NA NA 0 0.505953569 NA NA 0.252893061 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.051955552 1.051955552 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.14E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 25182302 G A - - - - - - 26 0 0 26 3 11.5 19 3 15.8 62 0 0 42 10 23.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 1.505953569 3 5 1.252893061 1 2 3 1 0 1 2 0 0.494046431 1 1 0.747106939 1 NA NA 2 1 NA NA 0 0.505953569 NA NA 0.252893061 1.038422756 1.038422756 1 1.856924731 1.856924731 1 0 0 1 1.030310376 1.030310376 1 NA NA 0 NA NA 0 0 0 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.000298167 1 0.000114071 1 1 1 1.24E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 25449407 C T - - - - - - 25 0 0 30 0 0 15 0 0 88 0 0 44 12 27.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 1.505953569 3 5 1.252893061 1 2 3 1 0 1 2 0 0.494046431 1 1 0.747106939 1 NA NA 2 1 NA NA 0 0.505953569 NA NA 0.252893061 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 1.181826608 1.181826608 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 4.44E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 25489740 C G - - - - - - 26 0 0 21 0 0 15 0 0 48 0 0 39 6 15.4 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1.505953569 3 5 1.252893061 1 2 3 1 0 1 2 0 0.494046431 1 1 0.747106939 1 NA NA 2 1 NA NA 0 0.505953569 NA NA 0.252893061 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.66667142 0.66667142 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 4.43E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 26093218 A G - - - - - - 26 0 0 27 2 7.4 22 2 9.1 64 1 1.6 42 11 26.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1.505953569 3 5 1.252893061 1 2 3 1 0 1 2 0 0.494046431 1 1 0.747106939 1 NA NA 2 1 NA NA 0 0.505953569 NA NA 0.252893061 0.668202469 0.668202469 1 1.069494624 1.069494624 1 0.321504274 0.321504274 1 1.134207221 1.134207221 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.00807567 1 0.005403392 1 0.274433592 1 1.81E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 26666302 G A - - - - - - 29 0 0 34 0 0 17 0 0 65 0 0 52 6 11.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1.505953569 3 5 1.252893061 1 2 3 1 0 1 2 0 0.494046431 1 1 0.747106939 1 NA NA 2 1 NA NA 0 0.505953569 NA NA 0.252893061 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.497839047 0.497839047 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000000261 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 26842036 C G - - - - - - 28 0 0 26 0 0 14 0 0 57 0 0 51 11 21.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 TRUE FALSE 1.505953569 3 5 1.252893061 1 2 3 1 0 1 2 0 0.494046431 1 1 0.747106939 1 NA NA 2 1 NA NA 0 0.505953569 NA NA 0.252893061 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.935071602 0.935071602 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 0 0 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.94E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 27795568 A T - - - - - - 48 0 0 25 0 0 15 0 0 78 0 0 55 18 32.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1.505953569 3 5 1.476747324 1 2 3 1 0 1 2 0 0.494046431 1 1 0.523252676 1 NA NA 1 1 NA NA 1 0.505953569 NA NA 0.476747324 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.488794852 1.488794852 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 4.61E-28 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 28171616 C A - - - - - - 24 0 0 34 3 8.8 12 1 8.3 57 2 3.5 34 5 14.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1.505953569 3 5 1.476747324 1 2 3 1 0 1 2 0 0.494046431 1 1 0.523252676 1 NA NA 1 1 NA NA 1 0.505953569 NA NA 0.476747324 0.794619152 0.794619152 1 0.975473118 0.975473118 1 0.703290598 0.703290598 1 0.66927475 0.66927475 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000666058 1 0.058377193 1 0.03327602 1 0.000000771 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 28323357 C A - - - - - - 25 0 0 23 0 0 21 1 4.8 46 1 2.2 40 7 17.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1.505953569 3 5 1.476747324 1 2 3 1 0 1 2 0 0.494046431 1 1 0.523252676 1 NA NA 1 1 NA NA 1 0.505953569 NA NA 0.476747324 0 0 1 0.564129032 0.564129032 1 0.442068376 0.442068376 1 0.796755655 0.796755655 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 1 1 0.099912572 1 0.205924651 1 1.26E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 28682848 C A IL1RAPL1 CCDS14218.1 r.? - - intronic 30 0 0 38 0 0 18 0 0 83 0 0 44 8 18.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1.505953569 3 5 1 1 2 3 1 0 1 2 0 0.494046431 1 1 1 1 NA NA NA 1 NA NA NA 0.505953569 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0.741857868 0.741857868 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 5.9E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 29384514 G A IL1RAPL1 CCDS14218.1 r.? - - intronic 35 0 0 27 0 0 16 0 0 23 0 0 52 10 19.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 1.505953569 3 5 1 1 2 3 1 0 1 2 0 0.494046431 1 1 1 1 NA NA NA 1 NA NA NA 0.505953569 NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 0.782619289 0.782619289 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.28E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 30599749 C T CXorf21 CCDS14224.1 r.? - - upstream 35 0 0 24 0 0 20 0 0 52 0 0 50 10 20 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 1.505953569 3 5 1 1 2 3 1 0 1 2 0 0.494046431 1 1 1 1 NA NA NA 1 NA NA NA 0.505953569 NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 0.815228426 0.815228426 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 8.36E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 30955639 G A TAB3 CCDS14226.1 r.? - - intronic 32 0 0 29 0 0 15 0 0 56 0 0 43 6 14 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 1.505953569 3 5 1 1 2 3 1 0 1 2 0 0.494046431 1 1 1 1 NA NA NA 1 NA NA NA 0.505953569 NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 0.570659898 0.570659898 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 8.13E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 31349129 G T DMD CCDS14233.1 r.? - - intronic 41 0 0 36 1 2.8 17 2 11.8 50 2 4 42 12 28.6 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1.505953569 3 5 1 1 2 3 1 0 1 2 0 0.494046431 1 1 1 1 NA NA NA 1 NA NA NA 0.505953569 NA NA NA 0.252833367 0.252833367 1 1.386817204 1.386817204 1 0.803760684 0.803760684 1 1.16577665 1.16577665 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.165106833 1 0.003234386 1 0.026131524 1 2.35E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 31644293 G A DMD CCDS14233.1 r.? - - intronic 33 0 0 27 0 0 21 0 0 19 0 0 48 12 25 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1.505953569 3 5 1 1 2 3 1 0 1 2 0 0.494046431 1 1 1 1 NA NA NA 1 NA NA NA 0.505953569 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.019035533 1.019035533 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.44E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 31881438 C T DMD CCDS14233.1 r.? - - intronic 29 0 0 32 0 0 15 0 0 17 0 0 39 10 25.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1.505953569 3 5 1 1 2 3 1 0 1 2 0 0.494046431 1 1 1 1 NA NA NA 1 NA NA NA 0.505953569 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.043492386 1.043492386 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 5.44E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 32136595 C T DMD CCDS14233.1 r.? - - intronic 33 0 0 26 0 0 12 0 0 60 0 0 41 12 29.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1.505953569 3 5 1 1 2 3 1 0 1 2 0 0.494046431 1 1 1 1 NA NA NA 1 NA NA NA 0.505953569 NA NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1.194309645 1.194309645 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 1 NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.69E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 32138714 G A DMD CCDS14233.1 r.? - - intronic 29 0 0 21 0 0 15 1 6.7 70 0 0 43 8 18.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 1.505953569 3 5 1 1 2 3 1 0 1 2 0 0.494046431 1 1 1 1 NA NA NA 1 NA NA NA 0.505953569 NA NA NA 0 NA 0 0.787430108 NA 0 0 0 1 0.758162437 0.758162437 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 0.072431031 1 1 1 4.85E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 32828486 C G DMD CCDS14233.1 r.? - - intronic 23 0 0 28 0 0 18 0 0 63 0 0 46 10 21.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 1.505953569 3 5 1 1 2 3 1 0 1 2 0 0.494046431 1 1 1 1 NA NA NA 1 NA NA NA 0.505953569 NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 0.884522843 0.884522843 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 3.38E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 33139392 G C DMD CCDS14233.1 r.? - - intronic 37 0 0 32 1 3.1 24 0 0 47 2 4.3 41 7 17.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1.505953569 3 5 1 1 2 3 1 0 1 2 0 0.494046431 1 1 1 1 NA NA NA 1 NA NA NA 0.505953569 NA NA NA 0.279922656 0.279922656 1 0 0 1 0.864042735 0.864042735 1 0.697020305 0.697020305 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.14819814 1 1 1 0.02328732 1 1.51E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 33174731 G T DMD CCDS14233.1 r.? - - intronic 28 0 0 27 1 3.7 20 2 10 66 2 3 51 8 15.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 1.505953569 3 5 1 1 2 3 1 0 1 2 0 0.494046431 1 1 1 1 NA NA NA 1 NA NA NA 0.505953569 NA NA NA 0.334101234 NA 0 1.175268817 1.175268817 1 0.602820513 0.602820513 1 0.639954315 0.639954315 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.126579904 1 0.004473894 1 0.043431387 1 2.05E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 33233474 T A DMD CCDS14233.1 r.? - - upstream 37 0 0 26 0 0 26 0 0 57 0 0 41 11 26.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 1.505953569 3 5 1 1 2 3 1 0 1 2 0 0.494046431 1 1 1 1 NA NA NA 1 NA NA NA 0.505953569 NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 1.092406091 1.092406091 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.34E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 33709985 A G - - - - - - 38 0 0 30 3 10 20 3 15 63 1 1.6 36 7 19.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 1.505953569 3 5 1 1 2 3 1 0 1 2 0 0.494046431 1 1 1 1 NA NA NA 1 NA NA NA 0.505953569 NA NA NA 0.902976309 0.902976309 1 1.762903226 1.762903226 1 0.321504274 0.321504274 1 0.790771574 0.790771574 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000458697 1 0.0001337 1 0.27078753 1 5.74E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 34373047 C G - - - - - - 28 0 0 27 5 18.5 23 1 4.3 65 0 0 41 7 17.1 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 1.505953569 3 5 1 1 2 3 1 0 1 2 0 0.494046431 1 1 1 1 NA NA NA 1 NA NA NA 0.505953569 NA NA NA 1.670506172 1.670506172 1 0.505365591 NA 0 0 0 1 0.697020305 0.697020305 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.00000023 1 0.108890944 1 1 1 1.51E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 35184698 G T - - - - - - 26 0 0 30 0 0 25 0 0 65 0 0 51 10 19.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 1.505953569 3 5 4 1 2 3 3 0 1 2 1 0.494046431 1 1 1 1 NA NA NA 1 NA NA NA 0.505953569 NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 1.386923858 1.386923858 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.04E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 35750739 C T - - - - - - 33 0 0 32 3 9.4 26 1 3.8 79 4 5.1 50 7 14 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 1.505953569 3 5 4 1 2 3 3 0 1 2 1 0.494046431 1 1 1 1 NA NA NA 1 NA NA NA 0.505953569 NA NA NA 0.848797731 0.848797731 1 0.446602151 NA 0 1.024794872 1.024794872 1 0.990659898 0.990659898 1 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.000556213 1 0.122190858 1 0.000696582 1 6.46E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 38662640 A T MID1IP1 CCDS14249.1 r.? - - upstream 20 0 0 30 0 0 13 0 0 36 0 0 37 5 13.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 1.505953569 3 5 4 1 2 3 3 0 1 2 1 0.494046431 1 1 1 1 NA NA NA 1 NA NA NA 0.505953569 NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 0.955279188 0.955279188 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.00000119 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 38758067 T C - - - - - - 27 0 0 37 0 0 14 0 0 70 0 0 63 18 28.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 1.505953569 3 5 4 1 2 3 3 0 1 2 1 0.494046431 1 1 1 1 NA NA NA 1 NA NA NA 0.505953569 NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 2.02377665 1.011888325 2 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 7.98E-27 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 40852234 G A - - - - - - 27 0 0 24 3 12.5 23 1 4.3 11 0 0 37 6 16.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 1.505953569 3 5 4 1 2 3 3 0 1 2 1 0.494046431 1 1 1 1 NA NA NA 1 NA NA NA 0.505953569 NA NA NA 1.128720387 1.128720387 1 0.505365591 NA 0 0 0 1 1.146335025 1.146335025 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000233853 1 0.108890944 1 1 1 3.18E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 41944659 G A - - - - - - 26 0 0 16 0 0 16 0 0 50 0 0 49 7 14.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 1 100 FALSE FALSE 1.505953569 3 5 4 1 2 3 3 0 1 2 1 0.494046431 1 1 1 1 NA NA NA 1 NA NA NA 0.505953569 NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 1.011888325 1.011888325 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 7.076142132 7.076142132 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 5.58E-09 0.005 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 44292450 G T - - - - - - 25 0 0 28 0 0 16 0 0 50 0 0 40 6 15 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 1.505953569 3 5 4 1 2 3 3 0 1 2 1 0.494046431 1 1 1 1 NA NA NA 1 NA NA NA 0.505953569 NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 1.06142132 1.06142132 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 5.18E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 45036702 C T CXorf36 CCDS48096.1 r.? - - intronic 27 0 0 36 0 0 16 2 12.5 51 0 0 40 8 20 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 1.505953569 3 5 4 1 2 3 3 0 1 2 1 0.494046431 1 1 1 1 NA NA NA 1 NA NA NA 0.505953569 NA NA NA 0 NA 0 1.469086022 1.469086022 1 0 0 1 1.415228426 1.415228426 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 0.002863359 1 1 1 2.61E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 47038758 G A RBM10 CCDS14274.1 r.1507g>a c.765G>A p.Q255Q silent 31 0 0 21 2 9.5 11 1 9.1 7 0 0 46 8 17.4 30 0 0 101 6 5.9 28 0 0 138 8 5.8 74 22 29.7 TRUE FALSE 1.505953569 3 5 4 1 2 3 3 0 1 2 1 0.494046431 1 1 1 1 NA NA NA 1 NA NA NA 0.505953569 NA NA NA 0.857827494 0.857827494 1 1.069494624 1.069494624 1 0 0 1 1.231248731 1.231248731 1 0.532756022 0.532756022 1 0 NA 0 1.165452991 1.165452991 1 2.101614213 1.050807107 2 8 NA 1 1 0.004928472 0.0000132 0.05364542 1 1 0.000000582 8.61E-11 6.78E-33 YES 1_1 0_0 0_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b X 47853059 C T ZNF182 CCDS35236.1 r.? - - intronic 45 0 0 32 0 0 26 0 0 74 0 0 55 6 10.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 1.505953569 3 5 4 1 2 3 3 0 1 2 1 0.494046431 1 1 1 1 NA NA NA 1 NA NA NA 0.505953569 NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 0.771299492 0.771299492 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000000367 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 49160791 G A GAGE10 CCDS43938.1 r.? - - intronic 24 0 0 30 4 13.3 17 1 5.9 14 0 0 48 11 22.9 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 1.505953569 3 5 4 1 2 3 3 0 1 2 1 0.494046431 1 1 1 1 NA NA NA 1 NA NA NA 0.505953569 NA NA NA 1.200958491 1.200958491 1 0.693408602 NA 0 0 0 1 1.620436548 1.620436548 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.0000154 1 0.081683532 1 1 1 9.31E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 50811070 T A - - - - - - 35 0 0 31 0 0 19 0 0 73 0 0 51 9 17.6 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 1.505953569 3 5 4 1 2 3 3 0 1 2 1 0.494046431 1 1 1 1 NA NA NA 1 NA NA NA 0.505953569 NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 1.245401015 1.245401015 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 4.92E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 51195809 G C - - - - - - 23 0 0 24 0 0 26 0 0 36 0 0 43 6 14 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 1.505953569 3 5 4 1 2 3 3 0 1 2 1 0.494046431 1 1 1 1 NA NA NA 1 NA NA NA 0.505953569 NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 0.990659898 0.990659898 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 8.13E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 53650231 C A HUWE1 CCDS35301.1 r.? - - intronic 40 0 0 31 0 0 22 0 0 82 0 0 77 18 23.4 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 1.505953569 3 5 4 1 2 3 3 0 1 2 1 0.494046431 1 1 1 1 NA NA NA 1 NA NA NA 0.505953569 NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 1.655817259 0.827908629 2 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 4.71E-25 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 53762953 C G - - - - - - 40 0 0 22 2 9.1 17 1 5.9 78 2 2.6 61 9 14.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 1.505953569 3 5 4 1 2 3 3 0 1 2 1 0.494046431 1 1 1 1 NA NA NA 1 NA NA NA 0.505953569 NA NA NA 0.821708441 0.821708441 1 0.693408602 NA 0 0.522444444 0.522444444 1 1.047269036 1.047269036 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.005403392 1 0.081683532 1 0.058485548 1 2.68E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 54200050 A T FAM120C CCDS14356.1 r.? - - intronic 31 0 0 53 1 1.9 24 3 12.5 40 0 0 57 8 14 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 1.505953569 3 5 4 1 2 3 3 0 1 2 1 0.494046431 1 1 1 1 NA NA NA 1 NA NA NA 0.505953569 NA NA NA 0.171565499 NA 0 1.469086022 1.469086022 1 0 0 1 0.990659898 0.990659898 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.233303855 1 0.000233853 1 1 1 5.19E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 54638313 A G - - - - - - 30 0 0 41 0 0 27 0 0 75 0 0 65 12 18.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA FALSE FALSE 1.505953569 3 5 4 1 2 3 3 0 1 2 1 0.494046431 1 1 1 1 NA NA NA 1 NA NA NA 0.505953569 NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 1.309086294 1.309086294 1 NA NA 0 NA NA 0 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 7.7E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 54884478 C A - - - - - - 27 0 0 25 1 4 27 2 7.4 73 2 2.7 64 9 14.1 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 1.505953569 3 5 4 1 2 3 3 0 1 2 1 0.494046431 1 1 1 1 NA NA NA 1 NA NA NA 0.505953569 NA NA NA 0.361190524 NA 0 0.869698925 0.869698925 1 0.542538462 0.542538462 1 0.997736041 0.997736041 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.117779757 1 0.00807567 1 0.052016623 1 4.2E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 56738932 T A - - - - - - 45 0 0 34 0 0 24 2 8.3 68 3 4.4 84 12 14.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 1.505953569 3 5 4 1 2 3 3 0 1 2 1 0.494046431 1 1 1 1 NA NA NA 1 NA NA NA 0.505953569 NA NA NA 0 NA 0 0.975473118 0.975473118 1 0.884136752 0.884136752 1 1.011888325 1.011888325 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 0.006413403 1 0.004916956 1 1.98E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 57318450 C G FAAH2 CCDS14375.1 r.? - - intronic 30 0 0 37 0 0 22 0 0 70 0 0 88 8 9.1 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 1.505953569 3 5 4 1 2 3 3 0 1 2 1 0.494046431 1 1 1 1 NA NA NA 1 NA NA NA 0.505953569 NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 0.643928934 0.643928934 1 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.76E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 61738320 C G - - - - - - 26 0 0 69 0 0 34 0 0 78 0 0 109 14 12.8 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 1.505953569 3 5 4 1 2 3 3 0 1 2 1 0.494046431 1 1 1 1 NA NA NA 1 NA NA NA 0.505953569 NA NA NA 0 NA 0 0 0 1 0 0 1 0.905746193 0.905746193 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 6.28E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 62000939 A G - - - - - - 25 0 0 46 0 0 14 0 0 75 0 0 92 8 8.7 1 0 0 2 0 0 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA FALSE FALSE 9 3 5 4 6 2 3 3 3 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 0.615624365 0.615624365 1 0 0 1 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000000025 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 62252496 A T - - - - - - 29 0 0 57 1 1.8 25 1 4 85 0 0 108 6 5.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 3 5 4 6 2 3 3 3 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.297428571 0.297428571 1 0.470107527 NA 0 0 0 1 0.396263959 0.396263959 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.248523156 1 0.117779757 1 1 1 0.0000193 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 62267933 G C - - - - - - 29 0 0 75 0 0 35 0 0 81 0 0 114 6 5.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 3 5 4 6 2 3 3 3 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 0.375035533 0.375035533 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.0000263 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 62305470 A G - - - - - - 36 0 0 64 0 0 26 0 0 77 0 0 92 13 14.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 3 5 4 6 2 3 3 3 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 0.997736041 0.997736041 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.89E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 62820196 G C - - - - - - 24 0 0 39 1 2.6 21 2 9.5 70 2 2.9 100 39 39 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 9 3 5 4 6 2 3 3 3 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.429619048 0.429619048 1 1.116505376 1.116505376 1 0.582726496 0.582726496 1 2.759695431 0.919898477 3 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.177567718 1 0.004928472 1 0.048267597 1 1.22E-62 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 62840868 T C - - - - - - 37 0 0 74 4 5.4 24 0 0 95 0 0 116 33 28.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 3 5 4 6 2 3 3 3 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.892285714 0.892285714 1 0 NA 0 0 0 1 2.009624365 1.004812183 2 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.00054411 1 1 1 1 1 7.7E-48 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 62874250 C A ARHGEF9 CCDS35315.1 r.? - - intronic 27 0 0 52 0 0 25 1 4 84 0 0 106 10 9.4 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 3 5 4 6 2 3 3 3 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0.470107527 NA 0 0 0 1 0.66515736 0.66515736 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 0.117779757 1 1 1 2.01E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 63122561 T A - - - - - - 26 0 0 58 0 0 27 0 0 75 0 0 114 5 4.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 3 5 4 6 2 3 3 3 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 0.311350254 0.311350254 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.00029191 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 63148192 A T - - - - - - 40 0 0 60 0 0 27 0 0 80 0 0 118 8 6.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 3 5 4 6 2 3 3 3 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 0.481177665 0.481177665 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000000175 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 63208701 A G - - - - - - 28 0 0 55 0 0 36 0 0 79 0 0 113 13 11.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 3 5 4 6 2 3 3 3 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 0.813756345 0.813756345 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.94E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 63557210 G T MTMR8 CCDS14379.1 r.1107c>a c.1039C>A p.Q347K missense 35 0 0 51 0 0 26 0 0 75 0 0 102 10 9.8 216 0 0 1271 0 0 455 0 0 756 1 0.1 1241 85 6.8 FALSE FALSE 9 3 5 4 6 2 3 3 3 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 0.693461929 0.693461929 1 0 0 1 0 NA 0 0.020094017 NA 0 0.481177665 0.481177665 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 0.977392682 1.37E-10 1.47E-65 YES 0_0 0_0 0_0 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b X 63638814 A T - - - - - - 23 0 0 60 0 0 18 0 0 51 0 0 87 26 29.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 3 5 4 6 2 3 3 3 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 2.115766497 1.057883249 2 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.14E-38 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 64081051 G T - - - - - - 30 0 0 59 0 0 32 0 0 66 0 0 115 7 6.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 3 5 4 6 2 3 3 3 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 0.43164467 0.43164467 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.00000214 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 64174085 A T ZC4H2 CCDS14380.1 r.? - - intronic 21 0 0 25 2 8 12 0 0 44 0 0 72 17 23.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 3 5 4 6 2 3 3 3 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.321904762 1.321904762 1 0 NA 0 0 0 1 1.669969543 0.834984772 2 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.006948068 1 1 1 1 1 7.97E-24 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 64233676 A T ZC4H2 ENST00000337990 r.? - - intronic 41 0 0 46 4 8.7 33 0 0 91 1 1.1 101 29 28.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 3 5 4 6 2 3 3 3 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.437571429 1.437571429 1 0 NA 0 0.221034188 NA 0 2.030852792 1.015426396 2 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.0000862 1 1 1 0.366275718 1 2.29E-42 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 64451414 A T - - - - - - 28 0 0 48 3 6.2 27 3 11.1 88 2 2.3 113 14 12.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 9 3 5 4 6 2 3 3 3 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.02447619 1.02447619 1 1.304548387 1.304548387 1 0.462162393 0.462162393 1 0.877441624 0.877441624 1 NA NA 1 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 0 8 NA 1 1 0.001827434 1 0.000334187 1 0.072188127 1 1.05E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 65132299 A T - - - - - - 26 0 0 49 0 0 31 0 0 80 1 1.2 120 28 23.3 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 3 5 4 6 2 3 3 3 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0.241128205 0.241128205 1 1.648741117 0.824370558 2 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.33035218 1 4.21E-38 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 65183657 T A - - - - - - 32 0 0 49 0 0 19 0 0 88 0 0 99 12 12.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 3 5 4 6 2 3 3 3 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 0.856213198 0.856213198 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.51E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 65995279 G C - - - - - - 37 0 0 50 0 0 23 0 0 86 0 0 104 9 8.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 3 5 4 6 2 3 3 3 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 0.615624365 0.615624365 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 3.5E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 66227349 A T - - - - - - 33 0 0 50 0 0 23 0 0 82 0 0 94 11 11.7 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 3 5 4 6 2 3 3 3 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 0.827908629 0.827908629 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.3E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 66337969 C A - - - - - - 29 0 0 48 0 0 21 0 0 85 1 1.2 82 6 7.3 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA FALSE FALSE 9 3 5 4 6 2 3 3 3 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0.241128205 NA 0 0.516558376 0.516558376 1 0 0 1 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.346926798 1 0.00000395 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 66360108 A G - - - - - - 37 0 0 53 0 0 26 0 0 69 0 0 108 14 13 0 0 NA 2 0 0 1 0 0 0 0 NA 1 0 0 FALSE FALSE 9 3 5 4 6 2 3 3 3 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 0.919898477 0.919898477 1 0 0 1 0 NA 0 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 5.5E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 66366995 G C - - - - - - 26 0 0 54 0 0 32 0 0 68 0 0 94 12 12.8 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 3 5 4 6 2 3 3 3 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 0.905746193 0.905746193 1 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 7.98E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 66372660 G C - - - - - - 26 0 0 50 0 0 20 0 0 62 0 0 122 8 6.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 3 5 4 6 2 3 3 3 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 0.467025381 0.467025381 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000000227 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 66472309 G A - - - - - - 33 0 0 51 0 0 25 0 0 77 0 0 88 8 9.1 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 3 5 4 6 2 3 3 3 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 0.643928934 0.643928934 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.76E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 66553643 T A - - - - - - 38 0 0 45 0 0 19 0 0 84 0 0 99 5 5.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 3 5 4 6 2 3 3 3 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 0.360883249 0.360883249 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000151292 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 66553644 T A - - - - - - 39 0 0 45 0 0 19 0 0 85 0 0 97 5 5.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 3 5 4 6 2 3 3 3 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 0.367959391 0.367959391 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000137452 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 66736525 A G - - - - - - 39 0 0 52 2 3.8 20 1 5 88 1 1.1 99 31 31.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 3 5 4 6 2 3 3 3 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.627904762 0.627904762 1 0.587634409 NA 0 0.221034188 0.221034188 1 2.214832487 1.107416244 2 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.028101652 1 0.09538952 1 0.356673997 1 1.53E-46 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 66945412 G C AR CCDS14387.1 r.5016g>c c.? p.? 3'UTR variant 35 0 0 48 0 0 17 0 0 96 0 0 101 6 5.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 FALSE FALSE 9 3 5 4 6 2 3 3 3 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 0.417492386 0.417492386 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.0000132 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 67018393 G T - - - - - - 40 0 0 49 1 2 27 0 0 89 0 0 118 27 22.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 3 5 4 6 2 3 3 3 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.33047619 0.33047619 1 0 NA 0 0 0 1 1.620436548 0.810218274 2 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.217776325 1 1 1 1 1 1.53E-36 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 67063027 C T - - - - - - 40 0 0 58 3 5.2 18 0 0 73 5 6.8 96 8 8.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 3 5 4 6 2 3 3 3 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.859238095 0.859238095 1 0 NA 0 1.366393162 1.366393162 1 0.587319797 0.587319797 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.003141421 1 1 1 0.0000354 1 0.000000035 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 67194112 G T - - - - - - 25 0 0 47 3 6.4 32 0 0 88 0 0 101 12 11.9 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 3 5 4 6 2 3 3 3 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.05752381 1.05752381 1 0 NA 0 0 0 1 0.842060914 0.842060914 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.001719595 1 1 1 1 1 1.93E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 67594992 A C OPHN1 CCDS14388.1 r.? - - intronic 26 0 0 68 0 0 26 0 0 101 0 0 166 36 21.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 3 5 4 6 2 3 3 3 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 1.535522843 0.767761421 2 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.89E-47 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 67611479 C G OPHN1 CCDS14388.1 r.? - - intronic 22 0 0 77 0 0 25 0 0 100 0 0 136 19 14 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 3 5 4 6 2 3 3 3 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 0.990659898 0.990659898 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 8.28E-22 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 67611914 A G OPHN1 CCDS14388.1 r.? - - intronic 35 0 0 70 0 0 32 0 0 87 0 0 137 20 14.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 3 5 4 6 2 3 3 3 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 1.033116751 1.033116751 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.83E-23 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 67922644 A T STARD8 CCDS48134.1 r.? - - intronic 22 0 0 39 1 2.6 24 0 0 60 0 0 124 4 3.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 FALSE FALSE 9 3 5 4 6 2 3 3 3 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.429619048 0.429619048 1 0 NA 0 0 0 1 0.226436548 0.226436548 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 1 1 0.177567718 1 1 1 1 1 0.003642644 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 68280099 G C - - - - - - 14 0 0 41 0 0 13 0 0 11 0 0 85 10 11.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 3 5 4 6 2 3 3 3 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 0.834984772 0.834984772 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.17E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 68380994 A G PJA1 CCDS14393.1 r.2466u>c c.? p.? 3'UTR variant 40 0 0 56 0 0 32 0 0 65 0 0 122 13 10.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 3 5 4 6 2 3 3 3 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 0.757147208 0.757147208 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 8.08E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 68442551 T C - - - - - - 25 0 0 33 0 0 19 0 0 25 0 0 99 11 11.1 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 3 5 4 6 2 3 3 3 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 0.785451777 0.785451777 1 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 4.11E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 69298147 C T - - - - - - 30 0 0 51 1 2 34 0 0 35 0 0 95 7 7.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 3 5 10 5 2 3 6 4 1 2 4 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.33047619 0.33047619 1 0 NA 0 0 0 1 0.967634518 0.967634518 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.225579006 1 1 1 1 1 0.000000588 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 69385065 G A IGBP1 CCDS14396.1 r.? - - intronic 34 0 0 52 3 5.8 23 1 4.3 70 0 0 92 23 25 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 3 5 10 5 2 3 6 4 1 2 4 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.958380952 0.958380952 1 0.505365591 NA 0 0 0 1 3.269035533 1.089678511 3 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.002300591 1 0.108890944 1 1 1 2.41E-32 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 69630859 A G KIF4A CCDS14401.1 r.? - - intronic 45 0 0 55 0 0 30 0 0 80 0 0 136 33 24.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 3 5 10 5 2 3 6 4 1 2 4 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 3.177502538 1.059167513 3 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 3E-45 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 69737706 G T - - - - - - 28 0 0 50 0 0 18 0 0 70 0 0 93 15 16.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 3 5 10 5 2 3 6 4 1 2 4 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 2.105258883 1.052629442 2 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.65E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 69936784 A T TEX11 CCDS35323.1 r.? - - intronic 31 0 0 75 0 0 34 0 0 54 0 0 134 6 4.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 3 5 10 5 2 3 6 4 1 2 4 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 0.588426396 0.588426396 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.0000649 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 69967381 G C TEX11 CCDS35323.1 r.? - - intronic 38 0 0 57 0 0 24 0 0 96 0 0 120 7 5.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 3 5 10 5 2 3 6 4 1 2 4 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 0.758416244 0.758416244 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.00000284 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 70328092 G T FOXO4 CCDS43969.1 r.? - - downstream 34 0 0 58 1 1.7 29 0 0 71 0 0 106 7 6.6 2 0 0 8 0 0 2 0 0 2 0 0 1 0 0 FALSE FALSE 9 3 5 10 5 2 3 6 4 1 2 4 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.280904762 0.280904762 1 0 NA 0 0 0 1 0.863025381 0.863025381 1 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 0 1 NA NA 1 1 0.252280541 1 1 1 1 1 0.00000124 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 70715974 T A TAF1 ENST00000437147 r.? - - intronic 39 0 0 56 0 0 29 0 0 80 0 0 106 13 12.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 3 5 12 5 2 3 6 4 1 2 6 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 1.854365482 0.927182741 2 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.26E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 70872802 G A - - - - - - 32 0 0 65 0 0 44 0 0 89 0 0 132 7 5.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 3 5 12 5 2 3 6 4 1 2 6 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 0.799035533 0.799035533 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.00000534 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 71122208 A T - - - - - - 29 0 0 60 0 0 20 0 0 92 0 0 108 6 5.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 3 5 12 5 2 3 6 4 1 2 6 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 0.844263959 0.844263959 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.0000193 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 71339556 T C - - - - - - 20 0 0 69 4 5.8 36 2 5.6 85 2 2.4 137 22 16.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 9 3 5 12 5 2 3 6 4 1 2 6 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.958380952 0.958380952 1 0.658150538 0.658150538 1 0.48225641 0.48225641 1 2.427258883 0.809086294 3 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000416985 1 0.014070883 1 0.067975933 1 2.1E-26 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 71862768 T C PHKA1 CCDS48137.1 r.? - - intronic 34 0 0 69 0 0 36 0 0 107 0 0 142 8 5.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 3 5 12 5 2 3 6 4 1 2 6 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 0.844263959 0.844263959 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000000723 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 72209000 G C - - - - - - 32 0 0 60 0 0 22 0 0 84 0 0 150 9 6 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 3 5 12 5 2 3 6 4 1 2 6 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 0.904568528 0.904568528 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000000086 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 72282436 C G - - - - - - 31 0 0 53 3 5.7 24 1 4.2 102 4 3.9 119 9 7.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 3 5 12 5 2 3 6 4 1 2 6 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.941857143 0.941857143 1 0.493612903 NA 0 0.783666667 0.783666667 1 1.145786802 1.145786802 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.002429596 1 0.113346489 1 0.001799146 1 1.15E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 72430232 G A NAP1L2 CCDS14423.1 r.? - - downstream 32 0 0 78 0 0 38 0 0 100 0 0 137 11 8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 3 5 12 5 2 3 6 4 1 2 6 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 1.206091371 1.206091371 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.45E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 73024198 G C - - - - - - 30 0 0 50 0 0 28 0 0 74 0 0 75 11 14.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 3 5 9.332427659 5 2 3 6 4 1 2 3 1 1 1 0.667572341 NA NA NA 7 NA NA NA 3 NA NA NA 0.332427659 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 1.824059759 0.91202988 2 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.78E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 73028257 G A - - - - - - 30 0 0 42 0 0 29 0 0 83 1 1.2 103 9 8.7 2 0 0 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 2 0 0 FALSE FALSE 9 3 5 9.332427659 5 2 3 6 4 1 2 3 1 1 1 0.667572341 NA NA NA 7 NA NA NA 3 NA NA NA 0.332427659 0 0 1 0 NA 0 0.241128205 NA 0 1.079545572 1.079545572 1 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.340346757 1 3.21E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 73072368 T C - - - - - - 38 0 0 47 0 0 23 0 0 78 0 0 101 30 29.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 3 5 9.332427659 5 2 3 6 4 1 2 3 1 1 1 0.667572341 NA NA NA 7 NA NA NA 3 NA NA NA 0.332427659 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 3.685345228 0.921336307 4 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.76E-44 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 73749123 G A SLC16A2 CCDS14426.1 r.2081g>a c.1468G>A p.V490I missense 33 0 0 46 0 0 20 0 0 43 0 0 121 24 19.8 159 0 0 182 0 0 24 0 0 161 0 0 230 57 24.8 FALSE FALSE 7 3 5 9.332427659 5 2 3 6 2 1 2 3 1 1 1 0.667572341 NA NA NA 7 NA NA NA 3 NA NA NA 0.332427659 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 2.456896819 1.053364639 2.332427659 0 NA 0 0 NA 0 0 0 1 3.077325308 1.025775103 3 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 5.07E-31 1.53E-77 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 73949716 T C KIAA2022 CCDS35337.1 r.? - - downstream 27 0 0 21 0 0 13 0 0 55 0 0 76 9 11.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA FALSE FALSE 7 3 5 9.332427659 5 2 3 6 2 1 2 3 1 1 1 0.667572341 NA NA NA 7 NA NA NA 3 NA NA NA 0.332427659 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 1.464211235 1.464211235 1 NA NA 0 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.06E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 73980194 C A KIAA2022 CCDS35337.1 r.? - - intronic 20 0 0 62 0 0 13 0 0 88 1 1.1 123 37 30.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 3 5 9.332427659 5 2 3 6 2 1 2 3 1 1 1 0.667572341 NA NA NA 7 NA NA NA 3 NA NA NA 0.332427659 0 0 1 0 NA 0 0.221034188 0.221034188 1 3.734979507 0.933744877 4 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.356673997 1 1.74E-54 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 74358452 A G ABCB7 CCDS14428.1 r.? - - intronic 34 0 0 51 0 0 34 0 0 63 0 0 106 33 31.1 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 3 5 9.332427659 5 2 3 6 2 1 2 3 1 1 1 0.667572341 NA NA NA 7 NA NA NA 3 NA NA NA 0.332427659 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 3.859065205 0.964766301 4 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.41E-49 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 74375855 C A ABCB7 CCDS14428.1 r.? - - intronic 36 0 0 49 0 0 19 1 5.3 41 0 0 116 10 8.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 FALSE FALSE 7 3 5 9.332427659 5 2 3 6 2 1 2 3 1 1 1 0.667572341 NA NA NA 7 NA NA NA 3 NA NA NA 0.332427659 0 0 1 0.622892473 NA 0 0 0 1 1.067137002 1.067137002 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 0 0 1 NA NA 1 1 1 1 0.090843738 1 1 1 4.92E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 74499474 G T UPRT CCDS14429.1 r.? - - intronic 35 0 0 45 0 0 25 0 0 79 0 0 107 11 10.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 3 5 9.332427659 5 2 3 6 2 1 2 3 1 1 1 0.667572341 NA NA NA 7 NA NA NA 3 NA NA NA 0.332427659 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 1.278082688 1.278082688 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 9.74E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 74671684 C A ZDHHC15 CCDS14430.1 r.? - - intronic 37 0 0 38 0 0 17 0 0 82 0 0 85 5 5.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 3 5 9.332427659 5 2 3 6 2 1 2 3 1 1 1 0.667572341 NA NA NA 7 NA NA NA 3 NA NA NA 0.332427659 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 0.732105618 0.732105618 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.0000735 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 74873655 C A - - - - - - 29 0 0 52 0 0 27 0 0 79 0 0 110 7 6.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 3 5 9.332427659 5 2 3 6 2 1 2 3 1 1 1 0.667572341 NA NA NA 7 NA NA NA 3 NA NA NA 0.332427659 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 0.794148467 0.794148467 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.00000159 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 74904250 T A - - - - - - 31 0 0 42 1 2.4 22 3 13.6 95 0 0 124 35 28.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 3 5 9.332427659 5 2 3 6 2 1 2 3 1 1 1 0.667572341 NA NA NA 7 NA NA NA 3 NA NA NA 0.332427659 0.348571429 0.348571429 1 1.598365591 1.598365591 1 0 0 1 3.499216681 1.050050305 3.332427659 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 0.189842622 1 0.000179267 1 1 1 1.67E-50 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 75319632 G A - - - - - - 32 0 0 66 3 4.5 24 0 0 89 1 1.1 116 17 14.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 3 5 9.332427659 5 2 3 6 2 1 2 3 1 1 1 0.667572341 NA NA NA 7 NA NA NA 3 NA NA NA 0.332427659 0.653571429 0.653571429 1 0 NA 0 0.221034188 NA 0 1.824059759 0.91202988 2 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.004522888 1 1 1 0.359890627 1 4.88E-20 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 75703926 T C - - - - - - 36 0 0 51 1 2 30 0 0 71 0 0 108 7 6.5 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 3 5 9.332427659 5 2 3 6 2 1 2 3 1 1 1 0.667572341 NA NA NA 7 NA NA NA 3 NA NA NA 0.332427659 0.29047619 0.29047619 1 0 NA 0 0 0 1 0.806557036 0.806557036 1 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.225579006 1 1 1 1 1 0.0000014 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 75813222 G A - - - - - - 24 0 0 47 3 6.4 21 3 14.3 69 0 0 113 17 15 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 3 5 9.332427659 5 2 3 6 2 1 2 3 1 1 1 0.667572341 NA NA NA 7 NA NA NA 3 NA NA NA 0.332427659 0.92952381 0.92952381 1 1.680634409 1.680634409 1 0 0 1 1.861285469 0.930642734 2 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 0.001719595 1 0.000155401 1 1 1 3.06E-20 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 75855777 G C - - - - - - 26 0 0 50 0 0 21 0 0 72 0 0 107 11 10.3 1 0 0 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 3 5 9.332427659 5 2 3 6 2 1 2 3 1 1 1 0.667572341 NA NA NA 7 NA NA NA 3 NA NA NA 0.332427659 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 1.278082688 1.278082688 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 9.74E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 75903135 C G - - - - - - 33 0 0 61 0 0 20 0 0 95 0 0 118 8 6.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 3 5 9.332427659 5 2 3 6 2 1 2 3 1 1 1 0.667572341 NA NA NA 7 NA NA NA 3 NA NA NA 0.332427659 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 0.843782746 0.843782746 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000000175 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 76064827 G A - - - - - - 33 0 0 58 0 0 27 0 0 76 4 5.3 100 10 10 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 3 5 9.332427659 5 2 3 6 2 1 2 3 1 1 1 0.667572341 NA NA NA 7 NA NA NA 3 NA NA NA 0.332427659 0 0 1 0 NA 0 1.064982906 1.064982906 1 1.240856979 1.240856979 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.00060191 1 1.12E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 76114149 G A - - - - - - 31 0 0 49 0 0 19 0 0 65 3 4.6 105 6 5.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 3 5 9.332427659 5 2 3 6 2 1 2 3 1 1 1 0.667572341 NA NA NA 7 NA NA NA 3 NA NA NA 0.332427659 0 0 1 0 NA 0 0.924324786 0.924324786 1 0.707288478 0.707288478 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.004333293 1 0.0000165 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 76126226 G A - - - - - - 39 0 0 51 0 0 24 0 0 89 0 0 118 30 25.4 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 3 5 9.332427659 5 2 3 6 2 1 2 3 1 1 1 0.667572341 NA NA NA 7 NA NA NA 3 NA NA NA 0.332427659 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 3.151776727 1.050592242 3 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 5.79E-42 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 76465432 T A - - - - - - 21 0 0 35 0 0 28 0 0 33 0 0 121 5 4.1 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 3 5 9.332427659 5 2 3 6 2 1 2 3 1 1 1 0.667572341 NA NA NA 7 NA NA NA 3 NA NA NA 0.332427659 0 0 1 0 NA 0 0 NA 0 0.508751361 0.508751361 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.00038406 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 76828773 T C ATRX CCDS14434.1 r.? - - intronic 34 0 0 39 0 0 23 0 0 85 0 0 106 7 6.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 3 5 9.332427659 5 2 3 6 2 1 2 3 1 1 1 0.667572341 NA NA NA 7 NA NA NA 3 NA NA NA 0.332427659 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 0.818965606 0.818965606 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.00000124 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 77177572 G A ATP7A CCDS35339.1 r.? - - intronic 20 0 0 41 1 2.4 31 2 6.5 70 1 1.4 94 7 7.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 3 5 9.332427659 5 2 3 6 2 1 2 3 1 1 1 0.667572341 NA NA NA 7 NA NA NA 3 NA NA NA 0.332427659 0.348571429 0.348571429 1 0.763924731 0.763924731 1 0.281316239 NA 0 0.918234165 0.918234165 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.18577148 1 0.010558179 1 0.295930304 1 0.000000547 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 77536849 C T CYSLTR1 CCDS14439.1 r.? - - intronic 30 0 0 66 0 0 30 0 0 71 0 0 112 8 7.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 3 5 9.332427659 5 2 3 6 2 1 2 3 1 1 1 0.667572341 NA NA NA 7 NA NA NA 3 NA NA NA 0.332427659 0 0 1 0 NA 0 0 NA 0 0.881008455 0.881008455 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000000117 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 77866560 T G - - - - - - 36 0 0 25 1 4 11 0 0 75 3 4 89 13 14.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 3 5 9.332427659 5 2 3 6 2 1 2 3 1 1 1 0.667572341 NA NA NA 7 NA NA NA 3 NA NA NA 0.332427659 0.580952381 0.580952381 1 0 NA 0 0.803760684 0.803760684 1 1.811651189 0.905825595 2 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.117779757 1 1 1 0.006456002 1 1.21E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 78186228 A G - - - - - - 36 0 0 48 2 4.2 20 3 15 70 4 5.7 119 27 22.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 3 5 9.332427659 5 2 3 6 2 1 2 3 1 1 1 0.667572341 NA NA NA 7 NA NA NA 3 NA NA NA 0.332427659 0.61 0.61 1 1.762903226 1.762903226 1 1.145358974 1.145358974 1 2.816745343 0.938915114 3 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.024220359 1 0.0001337 1 0.000440508 1 1.97E-36 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 78502464 A G - - - - - - 26 0 0 47 0 0 27 0 0 72 0 0 125 22 17.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 3 5 9.332427659 5 2 3 6 2 1 2 3 1 1 1 0.667572341 NA NA NA 7 NA NA NA 3 NA NA NA 0.332427659 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 2.183908283 0.936324123 2.332427659 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.46E-27 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 78718407 G C - - - - - - 28 0 0 47 1 2.1 27 2 7.4 67 0 0 123 22 17.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7 3 5 11 5 2 3 6 2 1 2 5 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.305 0.305 1 0.869698925 0.869698925 1 0 0 1 2.519629442 0.839876481 3 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 0.209895027 1 0.00807567 1 1 1 1.68E-27 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 78909006 G C - - - - - - 32 0 0 51 2 3.9 22 0 0 93 3 3.2 99 7 7.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 3 5 11 5 2 3 6 2 1 2 5 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.566428571 0.566428571 1 0 NA 0 0.643008547 0.643008547 1 0.999406091 0.999406091 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.027109304 1 1 1 0.011611924 1 0.000000778 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 78909608 G T - - - - - - 29 0 0 42 1 2.4 20 0 0 81 1 1.2 101 8 7.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 3 5 11 5 2 3 6 2 1 2 5 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.348571429 0.348571429 1 0 NA 0 0.241128205 NA 0 1.112015228 1.112015228 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.189842622 1 1 1 0.333700419 1 5.22E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 78909633 G C - - - - - - 29 0 0 47 2 4.3 21 0 0 92 1 1.1 127 11 8.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 3 5 11 5 2 3 6 2 1 2 5 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.62452381 0.62452381 1 0 NA 0 0.221034188 0.221034188 1 1.224624365 1.224624365 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.02328732 1 1 1 0.36944434 1 6.38E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 78973041 C T - - - - - - 26 0 0 42 0 0 21 0 0 68 0 0 107 10 9.3 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 3 5 11 5 2 3 6 2 1 2 5 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 1.309081218 1.309081218 1 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.21E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 79017178 T A - - - - - - 27 0 0 51 0 0 19 0 0 92 0 0 126 29 23 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 3 5 11 5 2 3 6 2 1 2 5 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 3.23751269 1.079170897 3 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 3.25E-39 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 79236812 C T - - - - - - 39 0 0 45 0 0 30 0 0 91 0 0 110 6 5.5 0 0 NA 0 0 NA 4 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7 3 5 11 5 2 3 6 2 1 2 5 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 0.774187817 0.774187817 1 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.0000215 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 79736921 G A - - - - - - 31 0 0 53 0 0 26 0 0 88 3 3.4 101 7 6.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 8 3 5 11 4 2 3 6 4 1 2 5 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0.683196581 0.683196581 1 0.971253807 0.971253807 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.010001517 1 0.000000891 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 79999052 A G BRWD3 CCDS14447.1 r.? - - intronic 21 0 0 38 0 0 26 2 7.7 86 4 4.7 107 30 28 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 2 0 0 TRUE FALSE 6 3 5 7.275827981 5 2 3 6 1 1 2 1 1 1 1 0.724172019 NA NA NA 6 NA NA NA 2 NA NA NA 0.275827981 0 0 1 0.904956989 0.904956989 1 0.944418803 0.944418803 1 2.898551632 0.966183877 3 NA NA 0 NA NA 0 0 0 1 0 NA 0 8 NA 1 1 1 1 0.007502227 1 0.000957637 1 2.04E-43 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 80862346 A C - - - - - - 36 0 0 47 0 0 20 0 0 87 0 0 95 19 20 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 3 11 7.275827981 5 2 8 6 1 1 3 1 1 1 1 0.724172019 NA NA NA 6 NA NA NA 2 NA NA NA 0.275827981 0 NA 0 0 NA 0 0 0 1 2.070394023 1.035197011 2 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 5.98E-25 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 80955597 T A - - - - - - 38 0 0 52 0 0 28 1 3.6 87 0 0 103 11 10.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 FALSE FALSE 6 3 11 7.275827981 5 2 8 6 1 1 3 1 1 1 1 0.724172019 NA NA NA 6 NA NA NA 2 NA NA NA 0.275827981 0 NA 0 0.423096774 NA 0 0 0 1 1.107660802 1.107660802 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 1 1 1 1 0.130947004 1 1 1 6.39E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 80967237 A G - - - - - - 36 0 0 50 0 0 29 0 0 82 0 0 104 8 7.7 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 3 11 7.275827981 5 2 8 6 1 1 3 1 1 1 1 0.724172019 NA NA NA 6 NA NA NA 2 NA NA NA 0.275827981 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 0.797101699 0.797101699 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 6.57E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 81176322 A G - - - - - - 35 0 0 52 2 3.8 21 1 4.8 72 2 2.8 100 32 32 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 3 11 7.275827981 5 2 8 6 1 1 3 1 1 1 1 0.724172019 NA NA NA 6 NA NA NA 2 NA NA NA 0.275827981 0.513904762 0.513904762 1 0.564129032 NA 0 0.730632479 0.730632479 1 3.312630436 1.104210145 3 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.028101652 1 0.099912572 1 0.050755634 1 2.39E-48 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 81287404 C A - - - - - - 21 0 0 38 0 0 31 0 0 49 0 0 78 11 14.1 2 0 0 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 3 11 7.275827981 5 2 8 6 1 1 3 1 1 1 1 0.724172019 NA NA NA 6 NA NA NA 2 NA NA NA 0.275827981 0 NA 0 0 NA 0 0 0 1 1.459627786 1.459627786 1 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.79E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 81363378 G A - - - - - - 27 0 0 48 0 0 17 0 0 66 0 0 89 23 25.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 3 11 7.275827981 5 2 8 6 1 1 3 1 1 1 1 0.724172019 NA NA NA 6 NA NA NA 2 NA NA NA 0.275827981 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 2.670808289 0.980411028 2.724172019 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.02E-32 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 81889809 T C - - - - - - 28 0 0 58 0 0 27 0 0 76 0 0 96 17 17.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 3 11 7.275827981 5 2 8 6 1 1 3 1 1 1 1 0.724172019 NA NA NA 6 NA NA NA 2 NA NA NA 0.275827981 0 NA 0 0 NA 0 0 0 1 1.83229871 1.062712241 1.724172019 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.64E-21 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 81899464 T C - - - - - - 43 0 0 61 3 4.9 22 2 9.1 67 3 4.5 94 24 25.5 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 3 11 7.275827981 5 2 8 6 1 1 3 1 1 1 1 0.724172019 NA NA NA 6 NA NA NA 2 NA NA NA 0.275827981 0.662666667 0.662666667 1 1.069494624 1.069494624 1 1.174230769 1.174230769 1 2.639752379 0.969010899 2.724172019 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.003623631 1 0.005403392 1 0.004717431 1 6.23E-34 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 81959755 T A - - - - - - 37 0 0 51 3 5.9 32 3 9.4 72 1 1.4 95 8 8.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 3 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 6 3 11 7.275827981 5 2 8 6 1 1 3 1 1 1 1 0.724172019 NA NA NA 6 NA NA NA 2 NA NA NA 0.275827981 0.797904762 0.797904762 1 1.104752688 1.104752688 1 0.365316239 0.365316239 1 0.869565489 0.869565489 1 NA NA 0 NA NA 0 0 0 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.002175924 1 0.000556213 1 0.302953399 1 3.23E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 81992885 G T - - - - - - 27 0 0 51 0 0 23 0 0 50 0 0 95 12 12.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 3 11 7.275827981 5 2 8 6 1 1 3 1 1 1 1 0.724172019 NA NA NA 6 NA NA NA 2 NA NA NA 0.275827981 0 NA 0 0 NA 0 0 0 1 1.304348234 1.304348234 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 9.09E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 82000242 T G - - - - - - 38 0 0 42 3 7.1 31 2 6.5 66 2 3 113 9 8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 3 11 7.275827981 5 2 8 6 1 1 3 1 1 1 1 0.724172019 NA NA NA 6 NA NA NA 2 NA NA NA 0.275827981 0.960190476 0.960190476 1 0.763924731 0.763924731 1 0.782820513 0.782820513 1 0.828157609 0.828157609 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.001240292 1 0.010558179 1 0.043431387 1 7.3E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 82002982 C T - - - - - - 29 0 0 38 2 5.3 23 1 4.3 58 0 0 95 19 20 0 0 NA 1 0 0 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 3 11 7.275827981 5 2 8 6 1 1 3 1 1 1 1 0.724172019 NA NA NA 6 NA NA NA 2 NA NA NA 0.275827981 0.716761905 0.716761905 1 0.505365591 NA 0 0 0 1 2.070394023 1.035197011 2 0 NA 0 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.015598339 1 0.108890944 1 1 1 5.98E-25 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 82036059 A G - - - - - - 32 0 0 54 0 0 21 0 0 56 0 0 107 9 8.4 1 0 0 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 3 11 7.275827981 5 2 8 6 1 1 3 1 1 1 1 0.724172019 NA NA NA 6 NA NA NA 2 NA NA NA 0.275827981 0 NA 0 0 NA 0 0 0 1 0.869565489 0.869565489 1 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 4.51E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 82241646 T C - - - - - - 35 0 0 56 0 0 22 0 0 88 0 0 102 7 6.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 3 11 7.275827981 5 2 8 6 1 1 3 1 1 1 1 0.724172019 NA NA NA 6 NA NA NA 2 NA NA NA 0.275827981 0 NA 0 0 NA 0 0 0 1 0.714285938 0.714285938 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000000953 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 82534818 T A - - - - - - 35 0 0 71 0 0 21 0 0 77 0 0 87 28 32.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 3 10 7.275827981 5 2 6 6 1 1 4 1 1 1 1 0.724172019 NA NA NA 6 NA NA NA 2 NA NA NA 0.275827981 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 3.333334376 0.895053816 3.724172019 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.4E-42 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 82684401 T C - - - - - - 35 0 0 50 0 0 22 0 0 79 0 0 99 8 8.1 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 3 10 7.275827981 5 2 6 6 1 1 4 1 1 1 1 0.724172019 NA NA NA 6 NA NA NA 2 NA NA NA 0.275827981 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 0.838509579 0.838509579 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 4.46E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 82941731 C T - - - - - - 36 0 0 56 2 3.6 22 0 0 98 0 0 102 32 31.4 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA FALSE FALSE 6 3 10 7.275827981 5 2 6 6 1 1 4 1 1 1 1 0.724172019 NA NA NA 6 NA NA NA 2 NA NA NA 0.275827981 0.486857143 0.486857143 1 0 NA 0 0 0 1 3.250518615 1.083506205 3 NA NA 0 NA NA 0 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.032213353 1 1 1 1 1 5.05E-48 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 83204385 G A - - - - - - 30 0 0 53 0 0 21 0 0 58 0 0 103 19 18.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 3 10 7.275827981 5 2 6 6 1 1 4 1 1 1 1 0.724172019 NA NA NA 6 NA NA NA 2 NA NA NA 0.275827981 0 NA 0 0 NA 0 0 0 1 1.904762501 0.95238125 2 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 3.14E-24 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 83428087 A T RPS6KA6 CCDS14451.1 r.? - - intronic 36 0 0 52 0 0 32 0 0 79 0 0 103 5 4.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 3 10 7.275827981 5 2 6 6 1 1 4 1 1 1 1 0.724172019 NA NA NA 6 NA NA NA 2 NA NA NA 0.275827981 0 NA 0 0 NA 0 0 0 1 0.507246536 0.507246536 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000182144 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 83520196 A G - - - - - - 28 0 0 45 0 0 20 0 0 78 0 0 124 17 13.7 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 3 10 7.275827981 5 2 6 6 1 1 4 1 1 1 1 0.724172019 NA NA NA 6 NA NA NA 2 NA NA NA 0.275827981 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 1.418219905 1.418219905 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.59E-19 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 83671888 C G HDX CCDS35342.1 r.? - - intronic 31 0 0 38 0 0 33 0 0 73 0 0 92 11 12 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 3 10 6 5 2 6 4 1 1 4 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 1.089137056 1.089137056 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.81E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 83753972 G A HDX CCDS35342.1 r.? - - intronic 33 0 0 53 0 0 28 0 0 68 0 0 96 24 25 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 3 10 6 5 2 6 4 1 1 4 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 2.269035533 1.134517766 2 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.1E-33 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 83770491 C A - - - - - - 39 0 0 51 0 0 22 1 4.5 73 0 0 91 17 18.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 3 10 6 5 2 6 4 1 1 4 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0.528870968 NA 0 0 0 1 1.697238579 0.848619289 2 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 0.104413009 1 1 1 6.18E-22 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 83797709 T C - - - - - - 26 0 0 49 0 0 29 0 0 89 0 0 107 15 14 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 3 10 6 5 2 6 4 1 1 4 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 1.270659898 1.270659898 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.49E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 83811735 T A - - - - - - 37 0 0 50 0 0 22 0 0 68 0 0 80 6 7.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 3 10 6 5 2 6 4 1 1 4 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 NA 0 0 0 1 0.68071066 0.68071066 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.00000342 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 84179124 G A - - - - - - 28 0 0 42 4 9.5 23 2 8.7 54 1 1.9 102 7 6.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 3 10 6 3 2 6 4 3 1 4 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.284761905 1.284761905 1 1.022483871 1.022483871 1 0.476786325 0.476786325 1 0.626253807 0.626253807 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.0000601 1 0.00589844 1 0.237137336 1 0.000000953 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 84242245 G A - - - - - - 44 0 0 41 0 0 19 2 10.5 77 0 0 110 25 22.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 3 10 6 3 2 6 4 3 1 4 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 1.234032258 1.234032258 1 0 0 1 2.060284264 1.030142132 2 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 0.004039874 1 1 1 7.19E-34 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 84245675 G A - - - - - - 39 0 0 61 0 0 18 0 0 77 0 0 97 10 10.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 3 10 6 3 2 6 4 3 1 4 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 NA 0 0 0 1 0.93484264 0.93484264 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 8.27E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 84645849 G T - - - - - - 45 0 0 60 0 0 27 0 0 66 0 0 109 10 9.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 3 10 6 3 2 6 4 3 1 4 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 NA 0 0 0 1 0.835005076 0.835005076 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.65E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 85261094 G A CHM CCDS14454.1 r.? - - intronic 27 0 0 44 0 0 21 0 0 86 0 0 87 8 9.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 3 10 7.225907023 5 2 6 6 1 1 4 1 1 1 1 0.774092977 NA NA NA 6 NA NA NA 2 NA NA NA 0.225907023 0 NA 0 0 NA 0 0 0 1 0.947788522 0.947788522 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.61E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 85544171 G T DACH2 CCDS48140.1 r.? - - intronic 35 0 0 41 2 4.9 19 0 0 72 3 4.2 88 9 10.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 3 10 7.225907023 5 2 6 6 1 1 4 1 1 1 1 0.774092977 NA NA NA 6 NA NA NA 2 NA NA NA 0.225907023 0.662666667 0.662666667 1 0 NA 0 1.053948718 1.053948718 1 1.050809014 1.050809014 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.018015855 1 1 1 0.00576558 1 7.82E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 85645653 T C DACH2 CCDS48140.1 r.? - - intronic 43 0 0 38 2 5.3 30 3 10 64 4 6.2 99 13 13.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 3 10 7.225907023 5 2 6 6 1 1 4 1 1 1 1 0.774092977 NA NA NA 6 NA NA NA 2 NA NA NA 0.225907023 0.716761905 0.716761905 1 1.175268817 1.175268817 1 1.55582906 1.55582906 1 1.349568439 1.349568439 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.015598339 1 0.000458697 1 0.000312605 1 5.06E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 85656457 C T DACH2 CCDS48140.1 r.? - - intronic 32 0 0 36 2 5.6 22 2 9.1 44 1 2.3 77 8 10.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 3 10 7.225907023 5 2 6 6 1 1 4 1 1 1 1 0.774092977 NA NA NA 6 NA NA NA 2 NA NA NA 0.225907023 0.757333333 0.757333333 1 1.069494624 1.069494624 1 0.577162393 0.577162393 1 1.071413112 1.071413112 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.014070883 1 0.005403392 1 0.197923942 1 6.05E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 85734109 T A DACH2 CCDS48140.1 r.? - - intronic 25 0 0 41 3 7.3 14 1 7.1 33 2 6.1 77 7 9.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 FALSE FALSE 6 3 10 7.225907023 5 2 6 6 1 1 4 1 1 1 1 0.774092977 NA NA NA 6 NA NA NA 2 NA NA NA 0.225907023 0.987238095 0.987238095 1 0.83444086 NA 0 1.530735043 1.530735043 1 0.937486473 0.937486473 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 1 1 0.001155993 1 0.067769881 1 0.011909843 1 0.000000138 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 85850010 T A DACH2 CCDS48140.1 r.? - - intronic 37 0 0 47 0 0 23 0 0 73 0 0 97 8 8.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA FALSE FALSE 6 3 10 7.225907023 5 2 6 6 1 1 4 1 1 1 1 0.774092977 NA NA NA 6 NA NA NA 2 NA NA NA 0.225907023 0 NA 0 0 NA 0 0 0 1 0.844768031 0.844768031 1 NA NA 0 NA NA 0 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000000038 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 85927796 A T DACH2 CCDS48140.1 r.? - - intronic 28 0 0 41 2 4.9 18 0 0 37 0 0 91 6 6.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 3 10 7.225907023 5 2 6 6 1 1 4 1 1 1 1 0.774092977 NA NA NA 6 NA NA NA 2 NA NA NA 0.225907023 0.662666667 0.662666667 1 0 NA 0 0 0 1 0.679935244 0.679935244 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.018015855 1 1 1 1 1 0.00000724 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 86006727 A G DACH2 CCDS48140.1 r.? - - intronic 30 0 0 52 1 1.9 25 1 4 70 2 2.9 110 14 12.7 0 0 NA 0 0 NA 4 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 3 10 7.225907023 5 2 6 6 1 1 4 1 1 1 1 0.774092977 NA NA NA 6 NA NA NA 2 NA NA NA 0.225907023 0.256952381 0.256952381 1 0.470107527 NA 0 0.727726496 0.727726496 1 1.308360243 1.308360243 1 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.229451111 1 0.117779757 1 0.048267597 1 7.16E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 86591157 A G - - - - - - 51 0 0 51 0 0 14 0 0 66 0 0 107 11 10.3 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 3 10 9 5 2 6 6 1 1 4 3 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 NA 0 0 0 1 1.24384264 1.24384264 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 9.74E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 86650372 G T - - - - - - 32 0 0 67 0 0 17 0 0 110 1 0.9 125 15 12 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 3 10 9 5 2 6 6 1 1 4 3 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 NA 0 0.225846154 0.225846154 1 1.449137056 1.449137056 1 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.423845601 1 1.65E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 86744432 C A - - - - - - 31 0 0 46 0 0 24 0 0 85 0 0 99 7 7.1 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 6 3 10 9 5 2 6 6 1 1 4 3 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 0.857406091 0.857406091 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000000778 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 86796256 G T KLHL4 CCDS14457.1 r.? - - intronic 35 0 0 58 3 5.2 24 2 8.3 76 0 0 86 22 25.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 6 3 10 9 5 2 6 6 1 1 4 3 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.703238095 0.703238095 1 0.975473118 0.975473118 1 0 0 1 3.091492386 1.030497462 3 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.003141421 1 0.006413403 1 1 1 2.98E-31 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 87343256 C T - - - - - - 32 0 0 53 3 5.7 29 2 6.9 81 2 2.5 87 24 27.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 4 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 7.433715748 3 10 9 4 2 6 6 3 1 4 3 0.566284252 1 1 1 4 NA NA NA 4 NA NA NA 0.433715748 NA NA NA 0.852578941 0.852578941 1 0.810935484 0.810935484 1 0.627350427 0.627350427 1 3.333015228 1.111005076 3 NA NA 1 NA NA 0 0 0 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.002429596 1 0.009279585 1 0.062493051 1 7.54E-35 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 87344050 G T - - - - - - 30 0 0 39 3 7.7 14 2 14.3 81 1 1.2 86 19 22.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7.433715748 3 10 9 4 2 6 6 3 1 4 3 0.566284252 1 1 1 4 NA NA NA 4 NA NA NA 0.433715748 NA NA NA 1.151729446 1.151729446 1 1.680634409 1.680634409 1 0.301128205 0.301128205 1 2.668827411 0.889609137 3 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000998458 1 0.002185852 1 0.333700419 1 7.57E-26 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 87352001 C T - - - - - - 36 0 0 46 0 0 18 0 0 84 0 0 114 7 6.1 357 0 0 942 3 0.3 126 0 0 731 0 0 942 90 9.6 FALSE FALSE 7.433715748 3 10 9 4 2 6 6 3 1 4 3 0.566284252 1 1 1 4 NA NA NA 4 NA NA NA 0.433715748 NA NA NA 0 NA 0 0 NA 0 0 0 1 0.73664467 0.73664467 1 0.044872576 NA 0 0 NA 0 0 0 1 1.159309645 1.159309645 1 NA NA 1 1 1 0.849378943 1 1 1 1 0.00000201 4.55E-82 YES 0_0 0_0 0_0 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b X 87428001 T C - - - - - - 24 0 0 59 0 0 27 0 0 100 0 0 123 9 7.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7.433715748 3 10 9 4 2 6 6 3 1 4 3 0.566284252 1 1 1 4 NA NA NA 4 NA NA NA 0.433715748 NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 0.881558376 0.881558376 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.54E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 87441472 C A - - - - - - 28 0 0 41 2 4.9 24 2 8.3 73 4 5.5 100 7 7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7.433715748 3 10 9 4 2 6 6 3 1 4 3 0.566284252 1 1 1 4 NA NA NA 4 NA NA NA 0.433715748 NA NA NA 0.732918738 0.732918738 1 0.975473118 0.975473118 1 1.38017094 1.38017094 1 0.845329949 0.845329949 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.018015855 1 0.006413403 1 0.000516741 1 0.000000833 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 87614198 C A - - - - - - 30 0 0 40 3 7.5 15 1 6.7 72 0 0 96 8 8.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7.433715748 3 10 9 4 2 6 6 3 1 4 3 0.566284252 1 1 1 4 NA NA NA 4 NA NA NA 0.433715748 NA NA NA 1.121814395 1.121814395 1 0.787430108 NA 0 0 0 1 1.002319797 1.002319797 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.001075403 1 0.072431031 1 1 1 0.000000035 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 87655565 C A - - - - - - 39 0 0 51 0 0 28 0 0 74 0 0 108 11 10.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7.433715748 3 10 9 4 2 6 6 3 1 4 3 0.566284252 1 1 1 4 NA NA NA 4 NA NA NA 0.433715748 NA NA NA 0 NA 0 0 NA 0 0 0 1 1.231766497 1.231766497 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.08E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 87816730 T A - - - - - - 27 0 0 62 6 9.7 16 1 6.2 68 0 0 106 18 17 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7.433715748 3 10 9 4 2 6 6 3 1 4 3 0.566284252 1 1 1 4 NA NA NA 4 NA NA NA 0.433715748 NA NA NA 1.450879951 1.450879951 1 0.728666667 NA 0 0 0 1 2.052944162 1.026472081 2 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000000756 1 0.077068876 1 1 1 2.43E-22 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 87867787 A T - - - - - - 32 0 0 54 1 1.9 30 0 0 78 1 1.3 111 27 24.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7.433715748 3 10 9 4 2 6 6 3 1 4 3 0.566284252 1 1 1 4 NA NA NA 4 NA NA NA 0.433715748 NA NA NA 0.28419298 0.28419298 1 0 NA 0 0.326222222 0.326222222 1 2.934502538 0.978167513 3 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.237137336 1 1 1 0.323605141 1 2.43E-37 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 87889638 G T - - - - - - 22 0 0 54 2 3.7 23 3 13 81 3 3.7 109 6 5.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7.433715748 3 10 9 4 2 6 6 3 1 4 3 0.566284252 1 1 1 4 NA NA NA 4 NA NA NA 0.433715748 NA NA NA 0.553428435 0.553428435 1 1.527849462 1.527849462 1 0.928478632 0.928478632 1 0.664187817 0.664187817 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.030129377 1 0.000205387 1 0.007979008 1 0.0000204 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 87927390 G C - - - - - - 26 0 0 50 0 0 22 0 0 73 0 0 83 5 6 302 0 0 676 0 0 236 0 0 828 0 0 1099 93 8.5 FALSE FALSE 7.433715748 3 10 9 4 2 6 6 3 1 4 3 0.566284252 1 1 1 4 NA NA NA 4 NA NA NA 0.433715748 NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 0.724568528 0.724568528 1 0 NA 0 0 NA 0 0 0 1 1.026472081 1.026472081 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.0000656 7.04E-80 YES 0_0 0_0 0_0 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b X 87995710 A T - - - - - - 31 0 0 48 0 0 17 0 0 83 0 0 76 24 31.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7.433715748 3 10 NA 4 2 6 NA 3 1 4 NA 0.566284252 1 1 NA 4 NA NA NA 4 NA NA NA 0.433715748 NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.75E-36 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 88023516 C T - - - - - - 33 0 0 51 1 2 23 3 13 91 4 4.4 100 38 38 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 7.433715748 3 10 8 4 2 6 6 3 1 4 2 0.566284252 1 1 1 4 NA NA NA 4 NA NA NA 0.433715748 NA NA NA 0.299150505 0.299150505 1 1.527849462 1.527849462 1 1.104136752 1.104136752 1 4.20893401 1.052233503 4 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.225579006 1 0.000205387 1 0.001181698 1 1.52E-60 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 88052295 A G - - - - - - 30 0 0 42 0 0 18 0 0 80 0 0 88 11 12.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 7.433715748 3 10 8 4 2 6 6 3 1 4 2 0.566284252 1 1 1 4 NA NA NA 4 NA NA NA 0.433715748 NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 1.384517766 1.384517766 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.1E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 88329576 C T - - - - - - 33 0 0 45 0 0 24 0 0 75 0 0 98 21 21.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA FALSE FALSE 7.433715748 3 10 8 4 2 6 6 3 1 4 2 0.566284252 1 1 1 4 NA NA NA 4 NA NA NA 0.433715748 NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 2.370294416 1.185147208 2 NA NA 0 NA NA 0 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 4.19E-28 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 88667780 T C - - - - - - 19 0 0 14 0 0 5 0 0 31 0 0 28 4 14.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 3 10 8 6 2 6 6 3 1 4 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 1.583888325 1.583888325 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.0000116 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 89259523 T A - - - - - - 18 0 0 37 0 0 19 0 0 50 0 0 86 7 8.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 3 10 8 6 2 6 6 3 1 4 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 0.897167513 0.897167513 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000000297 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 89376754 C G - - - - - - 29 0 0 41 1 2.4 16 0 0 50 0 0 89 16 18 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 3 10 8 6 2 6 6 3 1 4 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.396571429 0.396571429 1 0 NA 0 0 0 1 1.993705584 0.996852792 2 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.18577148 1 1 1 1 1 1.91E-20 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 89733664 A C - - - - - - 29 0 0 32 0 0 26 0 0 75 0 0 83 28 33.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 3 10 8 6 2 6 6 3 1 4 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 3.732659898 0.933164975 4 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.91E-43 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 89823596 C T - - - - - - 18 0 0 32 0 0 13 0 0 66 0 0 63 6 9.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 3 10 8 6 2 6 6 3 1 4 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 1.052233503 1.052233503 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000000832 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 90109676 C A - - - - - - 37 0 0 49 1 2 21 2 9.5 72 0 0 91 22 24.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 9 3 10 8 6 2 6 6 3 1 4 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.33047619 0.33047619 1 1.116505376 1.116505376 1 0 0 1 2.680426396 0.893475465 3 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.217776325 1 0.004928472 1 1 1 1.2E-30 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 90274762 G A - - - - - - 29 0 0 39 0 0 20 0 0 34 0 0 83 9 10.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA FALSE FALSE 9 3 10 8 6 2 6 6 3 1 4 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 1.19622335 1.19622335 1 NA NA 1 NA NA 0 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 4.6E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 90299135 T G - - - - - - 17 0 0 46 3 6.5 17 1 5.9 66 4 6.1 99 18 18.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 3 10 8 6 2 6 6 3 1 4 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.074047619 1.074047619 1 0.693408602 NA 0 1.530735043 1.530735043 1 2.015857868 1.007928934 2 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.001615827 1 0.081683532 1 0.000351793 1 6.53E-23 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 90398347 G C - - - - - - 41 0 0 61 3 4.9 28 3 10.7 99 4 4 91 22 24.2 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 9 3 10 8 6 2 6 6 3 1 4 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.809666667 0.809666667 1 1.257537634 1.257537634 1 1.003760684 1.003760684 1 2.680426396 0.893475465 3 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.003623631 1 0.000372895 1 0.001612681 1 1.2E-30 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 90426065 T A - - - - - - 29 0 0 55 0 0 25 0 0 88 0 0 113 5 4.4 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 3 10 8 6 2 6 6 3 1 4 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 0.487350254 0.487350254 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000280259 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 91192523 C G PCDH11X CCDS14461.1 r.? - - intronic 25 0 0 49 0 0 18 0 0 71 0 0 96 8 8.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 3 10 8 6 2 6 6 3 1 4 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 0.919319797 0.919319797 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000000035 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 91244551 G C PCDH11X CCDS14461.1 r.? - - intronic 11 0 0 18 0 0 8 1 12.5 10 0 0 52 9 17.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 9 3 10 8 6 2 6 6 3 1 4 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 1.469086022 1.469086022 1 0 0 1 1.916172589 0.958086294 2 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 1 1 0.039306956 1 1 1 5.92E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 91351569 T A PCDH11X CCDS14461.1 r.? - - intronic 33 0 0 48 0 0 19 0 0 70 0 0 83 8 9.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 3 10 8 6 2 6 6 3 1 4 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 NA 0 0 0 1 1.063309645 1.063309645 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000000011 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 91738285 C A PCDH11X CCDS14461.1 r.? - - intronic 20 0 0 21 0 0 14 0 0 55 0 0 66 6 9.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 3 10 8 6 2 6 6 3 1 4 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 1.007928934 1.007928934 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.0000011 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 91937420 C A - - - - - - 24 0 0 56 0 0 15 0 0 66 0 0 101 9 8.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 3 10 8 6 2 6 6 3 1 4 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 0.98577665 0.98577665 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.7E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 91943716 C T - - - - - - 30 0 0 37 3 8.1 24 1 4.2 47 0 0 83 11 13.3 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 3 10 8 6 2 6 6 3 1 4 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.338428571 1.338428571 1 0.493612903 NA 0 0 0 1 1.473126904 1.473126904 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000855237 1 0.113346489 1 1 1 5.66E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 91995809 C G - - - - - - 10 0 0 27 0 0 11 0 0 63 4 6.3 75 6 8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 3 10 8 6 2 6 6 3 1 4 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 1.580923077 1.580923077 1 0.886091371 0.886091371 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.000294233 1 0.00000234 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 92082156 A G - - - - - - 37 0 0 53 0 0 19 0 0 48 0 0 94 11 11.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 3 10 8 6 2 6 6 3 1 4 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 1.295908629 1.295908629 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.3E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 92311046 T A - - - - - - 28 0 0 56 0 0 21 0 0 68 0 0 90 9 10 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 3 10 8 6 2 6 6 3 1 4 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 1.107614213 1.107614213 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 9.58E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 92900160 C A - - - - - - 23 0 0 42 0 0 28 0 0 91 0 0 103 14 13.6 3 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 3 10 8 6 2 6 6 3 1 4 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 1.50635533 1.50635533 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.77E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 92906755 A G - - - - - - 30 0 0 64 0 0 23 0 0 62 0 0 99 12 12.1 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 3 10 8 6 2 6 6 3 1 4 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 1.340213198 1.340213198 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.51E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 93068846 T G - - - - - - 44 0 0 59 0 0 21 0 0 82 0 0 102 12 11.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 3 10 8 6 2 6 6 3 1 4 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 1.306984772 1.306984772 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.18E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 93903663 T A - - - - - - 33 0 0 48 0 0 26 0 0 77 0 0 109 17 15.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA FALSE FALSE 9 3 10 8 6 2 6 6 3 1 4 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 1.727878173 0.863939086 2 NA NA 1 NA NA 0 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.61E-20 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 93923215 G A - - - - - - 37 0 0 65 0 0 35 0 0 84 0 0 96 6 6.2 0 0 NA 0 0 NA 3 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 3 10 8 6 2 6 6 3 1 4 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 0.686720812 0.686720812 1 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.00000986 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 93939475 T A - - - - - - 21 0 0 38 1 2.6 21 0 0 78 0 0 69 20 29 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 3 10 8 6 2 6 6 3 1 4 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.429619048 0.429619048 1 0 NA 0 0 0 1 3.212081218 1.070693739 3 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.173434892 1 1 1 1 1 8.73E-30 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 94268505 G A - - - - - - 28 0 0 62 4 6.5 19 1 5.3 69 0 0 85 6 7.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 3 10 8 6 2 6 6 3 1 4 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.074047619 1.074047619 1 0.622892473 NA 0 0 0 1 0.786406091 0.786406091 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.000276647 1 0.090843738 1 1 1 0.00000487 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 94334499 G A - - - - - - 40 0 0 46 0 0 25 0 0 75 0 0 87 27 31 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 3 10 8 6 2 6 6 3 1 4 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 3.433604061 0.858401015 4 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.3E-40 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 94638768 C A - - - - - - 33 0 0 58 0 0 21 0 0 72 0 0 87 9 10.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 3 10 8 6 2 6 6 3 1 4 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 1.14084264 1.14084264 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 7.05E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 94638812 C G - - - - - - 36 0 0 43 3 7 16 2 12.5 75 0 0 95 16 16.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 9 3 10 8 6 2 6 6 3 1 4 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.156666667 1.156666667 1 1.469086022 1.469086022 1 0 0 1 1.860791878 0.930395939 2 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.001328364 1 0.002863359 1 1 1 5.8E-20 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 94840967 G A - - - - - - 40 0 0 44 0 0 27 0 0 77 1 1.3 102 7 6.9 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 3 10 8 6 2 6 6 3 1 4 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0.326222222 0.326222222 1 0.764253807 0.764253807 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.320206172 1 0.000000953 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 94866979 G C - - - - - - 44 0 0 50 2 4 21 0 0 86 0 0 85 15 17.6 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 3 10 8 6 2 6 6 3 1 4 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.660952381 0.660952381 1 0 NA 0 0 0 1 1.949401015 0.974700508 2 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.026131524 1 1 1 1 1 3.95E-19 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 95024562 C T - - - - - - 26 0 0 47 0 0 28 0 0 57 0 0 103 10 9.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 3 10 8 6 2 6 6 3 1 4 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 1.074385787 1.074385787 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.51E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 95622785 G C - - - - - - 30 0 0 60 0 0 23 0 0 78 0 0 96 26 27.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 3 10 8 6 2 6 6 3 1 4 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 3.001634518 1.000544839 3 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.18E-37 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 95713902 G A - - - - - - 33 0 0 57 0 0 25 1 4 76 0 0 77 13 16.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 3 10 8 6 2 6 6 3 1 4 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0.470107527 NA 0 0 0 1 1.87186802 0.93593401 2 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 0.117779757 1 1 1 1.67E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 96082204 C G DIAPH2 CCDS14467.1 r.? - - intronic 31 0 0 44 2 4.5 19 2 10.5 68 3 4.4 100 10 10 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 9 3 10 8 6 2 6 4 3 1 4 4 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.743571429 0.743571429 1 1.234032258 1.234032258 1 1.104136752 1.104136752 1 1.107614213 1.107614213 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.020580492 1 0.004039874 1 0.004916956 1 1.12E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 96082827 T G DIAPH2 CCDS14467.1 r.? - - intronic 34 0 0 45 3 6.7 24 1 4.2 50 3 6 92 7 7.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 3 10 8 6 2 6 4 3 1 4 4 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.107095238 1.107095238 1 0.493612903 NA 0 1.505641026 1.505641026 1 0.841786802 0.841786802 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.001516071 1 0.113346489 1 0.002055544 1 0.000000472 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 96164568 G A DIAPH2 CCDS14467.1 r.? - - intronic 31 0 0 46 2 4.3 15 0 0 76 0 0 94 17 18.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 1 0 0 FALSE FALSE 9 3 10 9 6 2 6 7 3 1 4 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.71052381 0.71052381 1 0 NA 0 0 0 1 2.185781726 1.092890863 2 NA NA 0 NA NA 0 0 0 1 0 0 1 NA NA 1 1 0.022369545 1 1 1 1 1 1.12E-21 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 96318377 T C DIAPH2 CCDS14467.1 r.? - - intronic 25 0 0 64 3 4.7 27 0 0 91 0 0 84 15 17.9 1 0 0 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 3 10 9 6 2 6 7 3 1 4 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.776619048 0.776619048 1 0 NA 0 0 0 1 2.161629442 1.080814721 2 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.004148608 1 1 1 1 1 3.27E-19 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 96398679 C G DIAPH2 CCDS14467.1 r.? - - intronic 37 0 0 55 0 0 21 0 0 84 1 1.2 88 7 8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 3 10 9 6 2 6 7 3 1 4 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 NA 0 0.301128205 0.301128205 1 0.966091371 0.966091371 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.343645023 1 0.000000348 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 96507771 C A DIAPH2 CCDS14467.1 r.? - - intronic 25 0 0 54 0 0 25 0 0 71 0 0 58 7 12.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 3 10 9 6 2 6 7 3 1 4 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 1.461213198 1.461213198 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.88E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 96656559 C T DIAPH2 CCDS14467.1 r.? - - intronic 36 0 0 44 3 6.8 24 2 8.3 84 0 0 108 12 11.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 9 3 10 9 6 2 6 7 3 1 4 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.123619048 1.123619048 1 0.975473118 0.975473118 1 0 0 1 1.340451777 1.340451777 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.00142027 1 0.006413403 1 1 1 4.37E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 96700439 G T DIAPH2 CCDS14467.1 r.? - - intronic 29 0 0 45 4 8.9 20 0 0 54 3 5.6 100 17 17 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 3 10 9 6 2 6 7 3 1 4 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.470619048 1.470619048 1 0 NA 0 1.405264957 1.405264957 1 2.052944162 1.026472081 2 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.0000791 1 1 1 0.00256299 1 3.43E-21 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 96815864 G T DIAPH2 CCDS14467.1 r.? - - intronic 33 0 0 51 4 7.8 22 0 0 60 2 3.3 108 36 33.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 3 10 9 6 2 6 7 3 1 4 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.288857143 1.288857143 1 0 NA 0 0.828102564 0.828102564 1 4.02135533 1.005338832 4 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000129466 1 1 1 0.036544784 1 5.96E-55 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 97128585 C G - - - - - - 25 0 0 61 0 0 21 0 0 76 0 0 106 14 13.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 3 10 9 6 2 6 7 3 1 4 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 1.594050761 0.797025381 2 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 4.2E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 97574708 G A - - - - - - 29 0 0 40 1 2.5 27 3 11.1 66 3 4.5 79 10 12.7 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 9 3 10 9 6 2 6 7 3 1 4 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.413095238 0.413095238 1 1.304548387 1.304548387 1 1.129230769 1.129230769 1 1.533670051 1.533670051 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.181679879 1 0.000334187 1 0.004522888 1 1.03E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 97589592 T C - - - - - - 42 0 0 42 0 0 30 0 0 87 0 0 103 20 19.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 3 10 9 6 2 6 7 3 1 4 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 2.342771574 1.171385787 2 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 6.62E-26 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 97595250 G C - - - - - - 25 0 0 52 4 7.7 20 1 5 72 3 4.2 94 10 10.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 3 10 9 6 2 6 7 3 1 4 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.272333333 1.272333333 1 0.587634409 NA 0 1.053948718 1.053948718 1 1.280071066 1.280071066 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000139698 1 0.09538952 1 0.00576558 1 6.03E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 97753680 A G - - - - - - 35 0 0 50 0 0 34 0 0 79 0 0 103 34 33 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 3 10 8 6 2 6 5 3 1 4 3 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 3.655126904 0.913781726 4 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 8.15E-52 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 97754122 T A - - - - - - 32 0 0 52 0 0 33 0 0 78 0 0 90 24 26.7 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 3 10 8 6 2 6 5 3 1 4 3 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 2.957329949 0.98577665 3 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.91E-34 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 97843107 T G - - - - - - 31 0 0 45 0 0 25 0 0 91 0 0 95 12 12.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 3 10 8 6 2 6 5 3 1 4 3 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 1.395593909 1.395593909 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 9.09E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 97889335 G A - - - - - - 45 0 0 51 0 0 21 0 0 82 0 0 99 28 28.3 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 3 10 8 6 2 6 5 3 1 4 3 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 3.134548223 1.044849408 3 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 9.51E-41 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 97907323 A T - - - - - - 25 0 0 52 1 1.9 27 0 0 62 0 0 72 8 11.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 3 10 8 6 2 6 5 3 1 4 3 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.313952381 0.313952381 1 0 NA 0 0 0 1 1.229451777 1.229451777 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.229451111 1 1 1 1 1 3.52E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 98058088 G C - - - - - - 30 0 0 44 0 0 19 0 0 82 0 0 95 7 7.4 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 3 10 8 6 2 6 5 3 1 4 3 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 0.819634518 0.819634518 1 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000000588 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 98220457 C T - - - - - - 38 0 0 54 0 0 20 0 0 91 0 0 97 9 9.3 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 3 10 8 6 2 6 5 3 1 4 3 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 1.030081218 1.030081218 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.88E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 98396072 G T - - - - - - 29 0 0 54 0 0 23 0 0 86 0 0 103 12 11.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 3 10 8 6 2 6 5 3 1 4 3 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 1.295908629 1.295908629 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.45E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 98528303 G T - - - - - - 24 0 0 48 0 0 26 0 0 64 0 0 96 22 22.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 3 10 8 6 2 6 5 3 1 4 3 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 2.536436548 0.845478849 3 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 4.46E-30 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 98650624 C A - - - - - - 34 0 0 51 3 5.9 25 2 8 81 2 2.5 100 6 6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 9 3 10 8 6 2 6 5 3 1 4 3 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.974904762 0.974904762 1 0.940215054 0.940215054 1 0.627350427 0.627350427 1 0.664568528 0.664568528 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.002175924 1 0.006948068 1 0.062493051 1 0.0000125 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 98669191 T A - - - - - - 34 0 0 37 0 0 19 0 0 89 0 0 97 5 5.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 3 10 8 6 2 6 5 3 1 4 3 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 0.575959391 0.575959391 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000137452 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 99024147 A C - - - - - - 29 0 0 64 4 6.2 27 0 0 90 0 0 113 26 23 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 3 10 8 6 2 6 5 3 1 4 3 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.02447619 1.02447619 1 0 NA 0 0 0 1 2.54751269 0.849170897 3 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000312605 1 1 1 1 1 2.57E-35 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 99056673 A C - - - - - - 40 0 0 47 0 0 25 0 0 76 0 0 88 16 18.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 3 10 8 6 2 6 5 3 1 4 3 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 2.015857868 1.007928934 2 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.57E-20 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 99235536 G T - - - - - - 29 0 0 61 2 3.3 23 3 13 84 1 1.2 87 27 31 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 9 3 10 8 6 2 6 5 3 1 4 3 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.545285714 0.545285714 1 1.527849462 1.527849462 1 0.301128205 0.301128205 1 3.433604061 0.858401015 4 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.037660755 1 0.000205387 1 0.343645023 1 1.3E-40 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 99285001 T A - - - - - - 30 0 0 66 0 0 23 0 0 75 0 0 111 10 9 3 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 3 10 8 6 2 6 5 3 1 4 3 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 0.996852792 0.996852792 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 3.18E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 99405209 A C - - - - - - 28 0 0 57 0 0 30 0 0 83 0 0 114 12 10.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 3 10 8 6 2 6 5 3 1 4 3 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 NA 0 0 0 1 1.162994924 1.162994924 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 8.42E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 99724250 G T - - - - - - 31 0 0 58 0 0 27 0 0 92 0 0 127 8 6.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 3 10 8 6 2 6 5 3 1 4 3 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 0.697796954 0.697796954 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000000309 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 100093517 G A NOX1 CCDS14474.1 r.? - - downstream 34 0 0 46 0 0 37 0 0 96 0 0 106 7 6.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 3 10 8 6 2 6 5 3 1 4 3 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 NA 0 0 0 1 0.731025381 0.731025381 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.00000124 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 100585078 A G - - - - - - 32 0 0 49 0 0 23 0 0 50 0 0 115 9 7.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 4 9 7 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 0.785939086 0.785939086 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 8.53E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 100741828 C A ARMCX4 ENST00000423738 r.? - - intronic 23 0 0 42 1 2.4 17 0 0 86 0 0 108 8 7.4 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 4 9 7 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.396571429 0.396571429 1 0 NA 0 0 0 1 0.745634518 0.745634518 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.189842622 1 1 1 1 1 8.82E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 100782066 G T - - - - - - 26 0 0 51 0 0 26 0 0 72 0 0 117 7 6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 4 9 7 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 0.604568528 0.604568528 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.0000024 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 100814924 T A - - - - - - 30 0 0 50 0 0 30 0 0 68 0 0 77 4 5.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 4 9 7 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 0.523959391 0.523959391 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000632383 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 100825080 G T - - - - - - 33 0 0 39 3 7.7 30 3 10 79 3 3.8 111 8 7.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 9 4 9 7 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.272333333 1.272333333 1 1.275268817 1.275268817 1 0.91557265 0.91557265 1 0.725482234 0.725482234 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.000998458 1 0.000458697 1 0.007450026 1 0.000000109 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 101412344 A T BEX5 CCDS35350.1 r.? - - upstream 27 0 0 45 0 0 19 0 0 94 0 0 120 11 9.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 4 9 7 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 0.927005076 0.927005076 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 3.44E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 101603396 T A - - - - - - 35 0 0 45 0 0 22 0 0 100 0 0 88 5 5.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 4 9 7 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 0.574340102 0.574340102 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.0000867 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 101792984 G A - - - - - - 32 0 0 49 0 0 22 0 0 85 1 1.2 92 7 7.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 4 9 7 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0.289128205 0.289128205 1 0.765786802 0.765786802 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.346926798 1 0.000000472 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 102191563 G A RAB40AL CCDS35353.1 r.? - - upstream 42 0 0 53 4 7.5 15 1 6.7 77 3 3.9 84 9 10.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 4 9 7 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.239285714 1.239285714 1 0.854430108 NA 0 0.939666667 0.939666667 1 1.078147208 1.078147208 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000150502 1 0.072431031 1 0.006942426 1 5.13E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 102336715 C T NXF3 CCDS14503.1 r.? - - intronic 30 0 0 51 0 0 23 0 0 18 0 0 91 18 19.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA FALSE FALSE 9 4 9 7 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 1.995076142 0.997538071 2 NA NA 1 NA NA 0 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.27E-23 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 102484531 C A ENSG00000226623 ENST00000416953 r.? - - intronic 32 0 0 44 0 0 20 0 0 87 0 0 83 5 6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 4 9 7 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 0.604568528 0.604568528 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.0000656 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 102548330 C T - - - - - - 34 0 0 65 0 0 21 0 0 89 0 0 109 7 6.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 4 9 7 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 0.644873096 0.644873096 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.00000149 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 102713299 C A - - - - - - 34 0 0 50 0 0 31 0 0 82 0 0 99 20 20.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 4 9 7 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 2.035380711 1.017690355 2 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.81E-26 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 102818850 C T - - - - - - 25 0 0 51 0 0 31 0 0 80 0 0 89 8 9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 4 9 7 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 0.906852792 0.906852792 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.92E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 102948186 T A - - - - - - 23 0 0 45 3 6.7 18 2 11.1 46 1 2.2 102 10 9.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 9 4 9 7 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.107095238 1.107095238 1 1.415548387 1.415548387 1 0.530068376 0.530068376 1 0.987461929 0.987461929 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.001516071 1 0.003626632 1 0.205924651 1 1.37E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 103205187 A T - - - - - - 26 0 0 56 0 0 23 0 0 79 0 0 105 28 26.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 4 9 7 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 2.690329949 0.89677665 3 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 6.27E-40 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 103260072 C A - - - - - - 33 0 0 50 0 0 19 0 0 78 0 0 86 8 9.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 4 9 7 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 0.937081218 0.937081218 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.47E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 103361463 T A MCART6 CCDS35363.1 r.? - - intronic 28 0 0 39 0 0 18 0 0 39 0 0 74 6 8.1 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 4 9 7 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 0.816167513 0.816167513 1 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.00000216 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 103585263 C A - - - - - - 22 0 0 50 3 6 17 1 5.9 69 3 4.3 95 5 5.3 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 4 9 7 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.991428571 0.991428571 1 0.752408602 NA 0 1.036042735 1.036042735 1 0.534035533 0.534035533 1 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.002055544 1 0.081683532 1 0.005121501 1 0.000124602 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 103747300 G A - - - - - - 21 0 0 46 0 0 19 0 0 61 0 0 89 29 32.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 4 9 7 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 3.284822335 1.094940778 3 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 3.13E-44 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 104480737 C A IL1RAPL2 CCDS14517.1 r.? - - intronic 46 0 0 46 0 0 25 0 0 73 0 0 85 6 7.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 4 9 7 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 0.715406091 0.715406091 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.00000487 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 104789036 A G IL1RAPL2 CCDS14517.1 r.? - - intronic 36 0 0 58 0 0 17 0 0 78 0 0 104 36 34.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 4 9 7 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 3.486345178 0.871586294 4 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.17E-55 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 104932220 T A IL1RAPL2 CCDS14517.1 r.? - - intronic 34 0 0 48 1 2.1 24 2 8.3 81 1 1.2 99 30 30.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 9 4 9 7 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.347 0.347 1 1.058473118 1.058473118 1 0.289128205 0.289128205 1 3.053071066 1.017690355 3 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.213845552 1 0.006413403 1 0.333700419 1 1.37E-44 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 104982100 A C IL1RAPL2 CCDS14517.1 r.? - - intronic 34 0 0 46 2 4.3 25 2 8 88 0 0 99 24 24.2 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 9 4 9 7 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.71052381 0.71052381 1 1.020215054 1.020215054 1 0 0 1 2.438426396 0.812808799 3 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.022369545 1 0.006948068 1 1 1 2.52E-33 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 105391226 T C - - - - - - 41 0 0 52 2 3.8 29 1 3.4 87 4 4.6 93 24 25.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 4 9 7 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.627904762 0.627904762 1 0.433591398 NA 0 1.108324786 1.108324786 1 2.59964467 0.866548223 3 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.028101652 1 0.135292269 1 0.00099983 1 4.66E-34 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 105491486 G C - - - - - - 36 0 0 60 0 0 23 0 0 90 0 0 108 10 9.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 4 9 7 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 0.937081218 0.937081218 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.42E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 105657002 T C - - - - - - 30 0 0 51 4 7.8 24 0 0 60 3 5 108 16 14.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 4 9 7 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.288857143 1.288857143 1 0 NA 0 1.204700855 1.204700855 1 1.491269036 1.491269036 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000129466 1 1 1 0.003458198 1 5.03E-19 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 105689256 C A - - - - - - 29 0 0 55 0 0 29 0 0 88 0 0 98 8 8.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 4 9 7 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 0.826243655 0.826243655 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 4.12E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 105774283 G A - - - - - - 31 0 0 49 0 0 22 0 0 102 0 0 108 14 13 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 4 9 7 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 1.309898477 1.309898477 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 5.5E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 106043949 T A TBC1D8B CCDS14522.1 r.? - - upstream 27 0 0 43 0 0 21 0 0 83 0 0 108 19 17.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 4 9 7 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 1.773401015 0.886700508 2 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 8.24E-24 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 106852487 T C FRMPD3 ENST00000439554 r.? - - downstream 41 0 0 45 0 0 18 0 0 57 0 0 110 7 6.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 4 9 7 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 0.644873096 0.644873096 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.00000159 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 106941682 C T - - - - - - 27 0 0 48 4 8.3 14 1 7.1 59 2 3.4 82 7 8.5 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 4 9 7 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.37147619 1.37147619 1 0.90544086 NA 0 0.819196581 0.819196581 1 0.856472081 0.856472081 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000102016 1 0.067769881 1 0.035441897 1 0.000000214 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 107070041 C T MID2 CCDS14532.2 r.? - - intronic 40 0 0 2 0 0 2 0 0 6 0 0 89 11 12.4 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 4 9 7 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 1.249441624 1.249441624 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.25E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 107202433 T C - - - - - - 29 0 0 57 2 3.5 25 2 8 60 0 0 88 20 22.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 9 4 9 7 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.578333333 0.578333333 1 1.020215054 1.020215054 1 0 0 1 2.287284264 1.143642132 2 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 6 NA 1 1 0.03327602 1 0.006948068 1 1 1 2.12E-27 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 107304723 G A VSIG1 CCDS14535.1 r.? - - intronic 28 0 0 43 0 0 19 0 0 94 0 0 124 11 8.9 712 0 0 1400 3 0.2 514 0 0 917 2 0.2 1713 127 7.4 FALSE FALSE 9 4 9 7 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 0.89677665 0.89677665 1 0.033047619 0.033047619 1 0 NA 0 0.048188034 0.048188034 1 0.745634518 0.745634518 1 NA NA 1 1 1 0.970642803 1 1 1 0.943431305 4.92E-11 2.97E-101 YES 0_0 0_0 0_0 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b X 107769763 T G COL4A5 CCDS35366.1 r.? - - intronic 18 0 0 23 1 4.3 15 1 6.7 68 6 8.8 66 9 13.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 1 50 FALSE FALSE 9 4 9 7 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.71052381 0.71052381 1 0.854430108 NA 0 2.120273504 2.120273504 1 1.37035533 1.37035533 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 5.038071066 5.038071066 1 NA NA 1 1 0.108890944 1 0.072431031 1 0.00000131 1 5.59E-11 0.009975 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 108153834 C T - - - - - - 40 0 0 47 3 6.4 22 2 9.1 87 1 1.1 92 10 10.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 9 4 9 7 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.05752381 1.05752381 1 1.160494624 1.160494624 1 0.265034188 0.265034188 1 1.098299492 1.098299492 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.001719595 1 0.005403392 1 0.353441203 1 4.85E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 108559455 C T - - - - - - 19 0 0 43 4 9.3 19 1 5.3 73 1 1.4 89 25 28.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 FALSE FALSE 9 4 9 7 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.536714286 1.536714286 1 0.675892473 NA 0 0.337316239 0.337316239 1 2.831395939 0.943798646 3 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 1 1 0.000066 1 0.090843738 1 0.306438632 1 1.84E-36 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 109245173 G C TMEM164 CCDS14550.2 r.? - - upstream 22 0 0 31 3 9.7 10 0 0 32 1 3.1 86 28 32.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 FALSE FALSE 9 4 9 7 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.602809524 1.602809524 1 0 NA 0 0.74691453 0.74691453 1 3.284822335 1.094940778 3 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 1 1 0.000505952 1 1 1 0.14819814 1 9.51E-43 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 109679846 C T RGAG1 ENST00000465301 r.? - - intronic 30 0 0 53 0 0 25 0 0 67 0 0 93 7 7.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 4 9 7 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 0.75571066 0.75571066 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000000508 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 109926684 C G CHRDL1 CCDS48149.1 r.? - - intronic 33 0 0 55 0 0 23 0 0 86 0 0 94 32 34 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 4 9 7 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 3.425888325 1.141962775 3 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.26E-49 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 110187287 T G PAK3 CCDS14554.1 r.? - - upstream 28 0 0 31 0 0 16 0 0 56 0 0 87 7 8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 4 9 7 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 0.806091371 0.806091371 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000000322 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 110331636 G A PAK3 CCDS14554.1 r.? - - intronic 34 0 0 48 0 0 16 0 0 90 0 0 97 9 9.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 4 9 7 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 0.937081218 0.937081218 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.88E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 110478368 G A - - - - - - 31 0 0 64 0 0 32 0 0 70 0 0 112 10 8.9 2 0 0 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 4 9 7 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 0.89677665 0.89677665 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 3.48E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 110808707 C T - - - - - - 35 0 0 56 3 5.4 23 0 0 111 0 0 94 11 11.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 FALSE FALSE 9 4 9 7 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.892285714 0.892285714 1 0 NA 0 0 0 1 1.178908629 1.178908629 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 1 1 0.00284314 1 1 1 1 1 2.3E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 110841495 C G - - - - - - 30 0 0 40 0 0 29 0 0 89 0 0 93 9 9.7 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 4 9 7 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 0.977385787 0.977385787 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.29E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 111044987 G A TRPC5 CCDS14561.1 r.? - - intronic 28 0 0 70 0 0 19 0 0 68 0 0 100 7 7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 2 100 FALSE FALSE 9 4 9 7 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 0.705329949 0.705329949 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 10.07614213 1.679357022 6 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000000833 0.000025 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 111218577 A G TRPC5 CCDS14561.1 r.? - - intronic 37 0 0 41 4 9.8 23 2 8.7 66 1 1.5 91 20 22 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 9 4 9 7 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.619333333 1.619333333 1 1.109483871 1.109483871 1 0.361410256 0.361410256 1 2.216751269 1.108375635 2 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.0000546 1 0.00589844 1 0.281671117 1 4.44E-27 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 111440143 T G - - - - - - 25 0 0 56 0 0 21 0 0 67 0 0 106 11 10.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 4 9 7 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 1.047918782 1.047918782 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 8.78E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 111672319 A C - - - - - - 29 0 0 53 6 11.3 22 1 4.5 84 0 0 95 9 9.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 4 9 7 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.867190476 1.867190476 1 0.573870968 NA 0 0 0 1 0.957233503 0.957233503 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.000000293 1 0.104413009 1 1 1 1.56E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 111810884 G C - - - - - - 25 0 0 58 0 0 20 0 0 85 0 0 104 8 7.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 4 9 7 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 0.775862944 0.775862944 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 6.57E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 111877511 T C LHFPL1 CCDS14562.1 r.? - - intronic 24 0 0 58 0 0 18 0 0 80 0 0 92 7 7.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 4 9 7 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 0.765786802 0.765786802 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000000472 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 111908746 C A LHFPL1 CCDS14562.1 r.? - - intronic 29 0 0 40 0 0 23 0 0 58 0 0 109 12 11 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 4 9 7 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 1.108375635 1.108375635 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 4.89E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 112444690 A T - - - - - - 25 0 0 35 1 2.9 18 0 0 82 3 3.7 99 30 30.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 4 9 7 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.479190476 0.479190476 1 0 NA 0 0.891478632 0.891478632 1 3.053071066 1.017690355 3 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.16091139 1 1 1 0.008251578 1 1.37E-44 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 112921080 C A - - - - - - 25 0 0 46 0 0 32 0 0 84 0 0 96 6 6.2 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 4 9 7 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 0.624720812 0.624720812 1 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.00000986 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 113170905 C T - - - - - - 32 0 0 42 0 0 23 0 0 54 0 0 90 21 23.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 4 9 7 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 2.347741117 1.173870558 2 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 5.83E-29 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 113685014 G T - - - - - - 34 0 0 57 0 0 33 0 0 84 0 0 101 33 32.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 4 9 7 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 3.294898477 1.098299492 3 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 3.66E-50 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 113790117 C T - - - - - - 28 0 0 37 0 0 23 0 0 87 0 0 105 26 24.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 4 9 7 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 2.498883249 0.832961083 3 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 3.05E-36 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 114314698 G C - - - - - - 42 0 0 55 0 0 21 0 0 73 0 0 105 8 7.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 4 9 7 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 0.765786802 0.765786802 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 7.08E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 114861067 G T PLS3 CCDS14568.1 r.? - - intronic 33 0 0 47 0 0 19 0 0 61 0 0 116 9 7.8 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 4 9 7 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 0.785939086 0.785939086 1 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 9.2E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 114894638 T C - - - - - - 34 0 0 52 0 0 18 0 0 74 0 0 89 8 9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 4 9 7 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 0.906852792 0.906852792 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.92E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 115009100 G T - - - - - - 24 0 0 36 0 0 33 0 0 28 0 0 95 16 16.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 4 9 7 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 1.692791878 0.846395939 2 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 5.8E-20 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 116134217 G T - - - - - - 24 0 0 52 1 1.9 22 1 4.5 97 0 0 111 17 15.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 4 9 8.504150083 7 3 7 6 2 1 2 2 1 1 1 0.495849917 NA NA NA 7 NA NA NA 2 NA NA NA 0.504150083 0.313952381 0.313952381 1 0.573870968 NA 0 0 0 1 1.771784709 0.885892354 2 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.229451111 1 0.104413009 1 1 1 2.23E-20 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 116430116 C A - - - - - - 36 0 0 59 0 0 18 0 0 91 0 0 109 7 6.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 4 9 8.504150083 7 3 7 6 2 1 2 2 1 1 1 0.495849917 NA NA NA 7 NA NA NA 2 NA NA NA 0.504150083 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 0.741138702 0.741138702 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.00000149 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 117004072 A G - - - - - - 40 0 0 51 0 0 25 0 0 95 0 0 103 13 12.6 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 4 9 8.504150083 7 3 7 6 2 1 2 2 1 1 1 0.495849917 NA NA NA 7 NA NA NA 2 NA NA NA 0.504150083 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 1.459116819 1.459116819 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 8.6E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 117016943 G A - - - - - - 35 0 0 43 0 0 20 0 0 80 0 0 92 7 7.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 4 9 8.504150083 7 3 7 6 2 1 2 2 1 1 1 0.495849917 NA NA NA 7 NA NA NA 2 NA NA NA 0.504150083 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 0.880102208 0.880102208 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000000472 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 117016944 G T - - - - - - 35 0 0 44 0 0 20 0 0 79 0 0 91 7 7.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 4 9 8.504150083 7 3 7 6 2 1 2 2 1 1 1 0.495849917 NA NA NA 7 NA NA NA 2 NA NA NA 0.504150083 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 0.891682501 0.891682501 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000000438 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 117082248 C A KLHL13 CCDS14571.1 r.? - - intronic 40 0 0 57 0 0 24 0 0 83 0 0 100 29 29 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 4 9 8.504150083 7 3 7 6 2 1 2 2 1 1 1 0.495849917 NA NA NA 7 NA NA NA 2 NA NA NA 0.504150083 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 3.358284742 0.958373546 3.504150083 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.64E-42 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 117271900 G T - - - - - - 33 0 0 53 4 7.5 28 2 7.1 79 0 0 111 6 5.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 9 4 9 8.504150083 7 3 7 6 2 1 2 2 1 1 1 0.495849917 NA NA NA 7 NA NA NA 2 NA NA NA 0.504150083 1.239285714 1.239285714 1 0.90544086 0.90544086 1 0 0 1 0.62533578 0.62533578 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.000150502 1 0.008668191 1 1 1 0.0000226 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 117401168 C G - - - - - - 34 0 0 50 0 0 23 0 0 80 0 0 108 7 6.5 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 4 9 8.504150083 7 3 7 6 2 1 2 2 1 1 1 0.495849917 NA NA NA 7 NA NA NA 2 NA NA NA 0.504150083 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 0.752718994 0.752718994 1 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.0000014 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 117433158 G C - - - - - - 44 0 0 52 0 0 22 0 0 83 0 0 99 7 7.1 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 4 9 8.504150083 7 3 7 6 2 1 2 2 1 1 1 0.495849917 NA NA NA 7 NA NA NA 2 NA NA NA 0.504150083 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 0.822200747 0.822200747 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000000778 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 117474772 C G - - - - - - 26 0 0 58 0 0 30 0 0 69 0 0 124 23 18.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 4 9 8.504150083 7 3 7 6 2 1 2 2 1 1 1 0.495849917 NA NA NA 7 NA NA NA 2 NA NA NA 0.504150083 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 2.14235406 1.07117703 2 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 4.54E-29 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 117596300 G A - - - - - - 39 0 0 52 0 0 27 0 0 50 0 0 107 9 8.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA FALSE FALSE 9 4 9 8.504150083 7 3 7 6 2 1 2 2 1 1 1 0.495849917 NA NA NA 7 NA NA NA 2 NA NA NA 0.504150083 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 0.972744546 0.972744546 1 NA NA 1 NA NA 0 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 4.51E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 117779456 A G DOCK11 CCDS35373.1 r.? - - intronic 24 0 0 48 0 0 27 0 0 25 0 0 83 10 12 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 4 9 8.504150083 7 3 7 6 2 1 2 2 1 1 1 0.495849917 NA NA NA 7 NA NA NA 2 NA NA NA 0.504150083 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 1.389635066 1.389635066 1 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.7E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 117830304 A G - - - - - - 34 0 0 50 5 10 15 2 13.3 85 0 0 87 28 32.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 9 4 9 8.504150083 7 3 7 6 2 1 2 2 1 1 1 0.495849917 NA NA NA 7 NA NA NA 2 NA NA NA 0.504150083 1.652380952 1.652380952 1 1.696107527 1.696107527 1 0 0 1 3.728854093 1.06412511 3.504150083 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.00000549 1 0.002513772 1 1 1 1.4E-42 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 118111489 A T LONRF3 CCDS14575.1 r.? - - intronic 30 0 0 49 0 0 28 0 0 71 0 0 109 8 7.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 4 9 8.504150083 7 3 7 6 2 1 2 2 1 1 1 0.495849917 NA NA NA 7 NA NA NA 2 NA NA NA 0.504150083 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 0.845361332 0.845361332 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 9.48E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 118111490 G T LONRF3 CCDS14575.1 r.? - - intronic 31 0 0 49 0 0 29 0 0 70 0 0 106 8 7.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 4 9 8.504150083 7 3 7 6 2 1 2 2 1 1 1 0.495849917 NA NA NA 7 NA NA NA 2 NA NA NA 0.504150083 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 0.868521916 0.868521916 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 7.62E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 118360044 G C - - - - - - 30 0 0 61 0 0 29 0 0 74 0 0 114 12 10.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 4 9 8.504150083 7 3 7 6 2 1 2 2 1 1 1 0.495849917 NA NA NA 7 NA NA NA 2 NA NA NA 0.504150083 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 1.215930683 1.215930683 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 8.42E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 119002249 C T RNF113A CCDS14589.1 r.? - - downstream 26 0 0 50 0 0 32 0 0 54 0 0 93 19 20.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 4 9 8.504150083 7 3 7 6 2 1 2 2 1 1 1 0.495849917 NA NA NA 7 NA NA NA 2 NA NA NA 0.504150083 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 2.362379612 0.943385793 2.504150083 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 3.86E-25 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 119744879 A T MCTS1 CCDS48160.1 r.946a>u c.413A>T p.E138V missense 43 0 0 61 0 0 19 0 0 75 0 0 121 12 9.9 278 0 0 483 1 0.2 75 0 0 627 0 0 874 59 6.8 FALSE FALSE 9 4 9 8.504150083 7 3 7 6 2 1 2 2 1 1 1 0.495849917 NA NA NA 7 NA NA NA 2 NA NA NA 0.504150083 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 1.146448929 1.146448929 1 0.033047619 0.033047619 1 0 NA 0 0 0 1 0.787459871 0.787459871 1 NA NA 1 1 1 0.911172385 1 1 1 1 1.73E-12 1.08E-45 YES 0_0 0_0 0_0 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b X 119812938 T C - - - - - - 37 0 0 68 1 1.5 20 1 5 85 4 4.7 114 28 24.6 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 4 9 8.504150083 7 3 7 6 2 1 2 2 1 1 1 0.495849917 NA NA NA 7 NA NA NA 2 NA NA NA 0.504150083 0.247857143 0.247857143 1 0.637634409 NA 0 1.132418803 1.132418803 1 2.848751885 0.949583962 3 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.288836448 1 0.09538952 1 0.000916711 1 8.46E-39 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 119899529 G C ENSG00000228279 ENST00000439600 r.? - - intronic 25 0 0 55 0 0 21 0 0 90 0 0 115 8 7 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 4 9 8.504150083 7 3 7 6 2 1 2 2 1 1 1 0.495849917 NA NA NA 7 NA NA NA 2 NA NA NA 0.504150083 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 0.810620455 0.810620455 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000000144 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 120009498 C T CT47B1 CCDS48161.1 r.282g>a c.27G>A p.P9P silent 13 0 0 3 1 33.3 1 0 0 3 0 0 46 28 60.9 23 0 0 58 22 37.9 45 0 0 33 10 30.3 62 34 54.8 FALSE FALSE 9 4 9 8.504150083 7 3 7 6 2 1 2 2 1 1 1 0.495849917 NA NA NA 7 NA NA NA 2 NA NA NA 0.504150083 5.502428571 5.502428571 1 0 NA 0 0 0 1 7.052397959 1.084292009 6.504150083 6.26252381 1.043753968 6 0 NA 0 7.300487179 1.04292674 7 6.346000134 0.975684763 6.504150083 NA NA 1 1 0.014925125 1.13E-35 1 1 1 8.14E-16 9.63E-53 1.78E-61 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 120362576 T A - - - - - - 36 0 0 48 3 6.2 33 2 6.1 50 0 0 129 15 11.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 9 4 9 8.504150083 7 3 7 6 2 1 2 2 1 1 1 0.495849917 NA NA NA 7 NA NA NA 2 NA NA NA 0.504150083 1.02447619 1.02447619 1 0.777913978 0.777913978 1 0 0 1 1.343313897 1.343313897 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.001827434 1 0.011909843 1 1 1 2.67E-16 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 120562960 A G - - - - - - 34 0 0 43 0 0 27 0 0 91 0 0 109 18 16.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 4 9 8.504150083 7 3 7 6 2 1 2 2 1 1 1 0.495849917 NA NA NA 7 NA NA NA 2 NA NA NA 0.504150083 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 1.910748215 0.955374108 2 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 4.13E-22 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 120625712 T C - - - - - - 27 0 0 60 0 0 28 0 0 89 0 0 104 7 6.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 4 9 8.504150083 7 3 7 6 2 1 2 2 1 1 1 0.495849917 NA NA NA 7 NA NA NA 2 NA NA NA 0.504150083 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 0.775879578 0.775879578 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.00000109 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 120775904 C T - - - - - - 23 0 0 52 0 0 34 0 0 91 1 1.1 104 27 26 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 4 9 8.504150083 7 3 7 6 2 1 2 2 1 1 1 0.495849917 NA NA NA 7 NA NA NA 2 NA NA NA 0.504150083 0 0 1 0 NA 0 0.265034188 0.265034188 1 3.010875976 1.003625325 3 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.366275718 1 3.35E-38 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 121011743 C G - - - - - - 32 0 0 30 3 10 23 2 8.7 19 0 0 122 10 8.2 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 9 4 9 8.504150083 7 3 7 6 2 1 2 2 1 1 1 0.495849917 NA NA NA 7 NA NA NA 2 NA NA NA 0.504150083 1.652380952 1.652380952 1 1.109483871 1.109483871 1 0 0 1 0.949583962 0.949583962 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000458697 1 0.00589844 1 1 1 8.09E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 121292282 C G - - - - - - 34 0 0 49 3 6.1 26 1 3.8 93 0 0 91 31 34.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 4 9 8.504150083 7 3 7 6 2 1 2 2 1 1 1 0.495849917 NA NA NA 7 NA NA NA 2 NA NA NA 0.504150083 1.007952381 1.007952381 1 0.484602151 NA 0 0 0 1 3.948879645 0.987219911 4 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.001939399 1 0.122190858 1 1 1 6.88E-48 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 121570074 G T - - - - - - 34 0 0 58 3 5.2 26 3 11.5 81 0 0 102 20 19.6 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 9 4 9 8.504150083 7 3 7 6 2 1 2 2 1 1 1 0.495849917 NA NA NA 7 NA NA NA 2 NA NA NA 0.504150083 0.859238095 0.859238095 1 1.46655914 1.46655914 1 0 0 1 2.269737274 0.906390272 2.504150083 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.003141421 1 0.000298167 1 1 1 5.36E-26 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 122261643 C G - - - - - - 33 0 0 38 2 5.3 26 2 7.7 83 0 0 88 25 28.4 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 9 4 9 7.502316921 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 0.497683079 NA NA NA 7 NA NA NA 1 NA NA NA 0.502316921 0.875761905 0.875761905 1 0.981956989 0.981956989 1 0 0 1 3.004282371 1.001427457 3 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.015598339 1 0.007502227 1 1 1 1.33E-36 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 122391910 G A GRIA3 ENST00000264357 r.? - - intronic 35 0 0 49 4 8.2 25 0 0 76 4 5.3 115 26 22.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA FALSE FALSE 9 4 9 7.502316921 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 0.497683079 NA NA NA 7 NA NA NA 1 NA NA NA 0.502316921 1.354952381 1.354952381 1 0 NA 0 1.276982906 1.276982906 1 2.390731746 0.955407257 2.502316921 NA NA 1 NA NA 0 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.000110643 1 1 1 0.00060191 1 4.26E-35 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 122726884 C T - - - - - - 35 0 0 49 2 4.1 28 0 0 103 0 0 113 15 13.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 4 9 7.502316921 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 0.497683079 NA NA NA 7 NA NA NA 1 NA NA NA 0.502316921 0.67747619 0.67747619 1 0 NA 0 0 0 1 1.406935054 1.406935054 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.025168485 1 1 1 1 1 3.49E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 122851744 T A THOC2 CCDS43988.1 r.? - - intronic 26 0 0 51 2 3.9 20 3 15 66 0 0 103 27 26.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 9 4 9 7.502316921 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 0.497683079 NA NA NA 7 NA NA NA 1 NA NA NA 0.502316921 0.644428571 0.644428571 1 1.912903226 1.912903226 1 0 0 1 2.771556272 0.923852091 3 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.027109304 1 0.0001337 1 1 1 2.49E-38 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 123059934 G A - - - - - - 28 0 0 40 0 0 21 0 0 55 0 0 77 5 6.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 4 9 7.502316921 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 0.497683079 NA NA NA 7 NA NA NA 1 NA NA NA 0.502316921 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 0.687599838 0.687599838 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.0000458 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 123325437 C G - - - - - - 33 0 0 44 0 0 24 0 0 95 0 0 85 7 8.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 4 9 7.502316921 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 0.497683079 NA NA NA 7 NA NA NA 1 NA NA NA 0.502316921 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 0.867433642 0.867433642 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000000274 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 123336001 G T - - - - - - 39 0 0 48 1 2.1 21 0 0 74 2 2.7 85 23 27.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 4 9 7.502316921 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 0.497683079 NA NA NA 7 NA NA NA 1 NA NA NA 0.502316921 0.347 0.347 1 0 NA 0 0.650538462 0.650538462 1 2.866762403 0.955587468 3 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.213845552 1 1 1 0.053288733 1 3.06E-33 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 123951054 C A ODZ1 CCDS14609.1 r.? - - intronic 35 0 0 47 0 0 22 0 0 75 0 0 85 7 8.2 2 0 0 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 4 9 7.502316921 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 0.497683079 NA NA NA 7 NA NA NA 1 NA NA NA 0.502316921 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 0.867433642 0.867433642 1 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000000274 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 124001799 A T ODZ1 CCDS14609.1 r.? - - intronic 46 0 0 55 0 0 24 0 0 91 0 0 93 9 9.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 4 9 7.502316921 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 0.497683079 NA NA NA 7 NA NA NA 1 NA NA NA 0.502316921 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 1.026110528 1.026110528 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.29E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 124186448 C G - - - - - - 37 0 0 47 0 0 22 0 0 99 0 0 107 12 11.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 4 9 7.502316921 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 0.497683079 NA NA NA 7 NA NA NA 1 NA NA NA 0.502316921 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 1.184787414 1.184787414 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 3.9E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 124263172 G A - - - - - - 30 0 0 43 0 0 22 0 0 87 0 0 95 10 10.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 4 9 7.502316921 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 0.497683079 NA NA NA 7 NA NA NA 1 NA NA NA 0.502316921 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 1.110738201 1.110738201 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 6.7E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 124362150 C T - - - - - - 30 0 0 48 0 0 25 0 0 51 0 0 89 6 6.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 4 9 7.502316921 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 0.497683079 NA NA NA 7 NA NA NA 1 NA NA NA 0.502316921 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 0.708756757 0.708756757 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.00000637 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 124625538 T A - - - - - - 33 0 0 43 0 0 25 0 0 63 0 0 116 10 8.6 2 0 0 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 4 9 7.502316921 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 0.497683079 NA NA NA 7 NA NA NA 1 NA NA NA 0.502316921 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 0.909747479 0.909747479 1 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 4.92E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 124625539 C A - - - - - - 34 0 0 44 0 0 24 0 0 64 0 0 116 12 10.3 2 0 0 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 4 9 7.502316921 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 0.497683079 NA NA NA 7 NA NA NA 1 NA NA NA 0.502316921 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 1.089581282 1.089581282 1 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.04E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 124705287 C T - - - - - - 40 0 0 73 0 0 23 0 0 76 0 0 107 6 5.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 4 9 7.502316921 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 0.497683079 NA NA NA 7 NA NA NA 1 NA NA NA 0.502316921 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 0.592393707 0.592393707 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.0000183 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 125291583 G A - - - - - - 45 0 0 41 2 4.9 17 0 0 98 2 2 88 24 27.3 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA FALSE FALSE 9 4 9 7.502316921 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 0.497683079 NA NA NA 7 NA NA NA 1 NA NA NA 0.502316921 0.809666667 0.809666667 1 0 NA 0 0.481880342 0.481880342 1 2.887919322 0.962639774 3 NA NA 1 NA NA 0 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.018015855 1 1 1 0.086801297 1 1.03E-34 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 125372353 A G - - - - - - 29 0 0 41 3 7.3 24 3 12.5 11 1 9.1 85 9 10.6 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 1 1 100 0 0 NA TRUE FALSE 9 4 9 7.502316921 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 0.497683079 NA NA NA 7 NA NA NA 1 NA NA NA 0.502316921 1.206238095 1.206238095 1 1.594086022 1.594086022 1 2.192555556 2.192555556 1 1.12131666 1.12131666 1 NA NA 1 NA NA 0 24.09401709 3.442002442 7 NA NA 1 8 NA 1 1 0.001155993 1 0.000233853 1 0.05364542 0.005 5.71E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 125407024 C G - - - - - - 36 0 0 45 0 0 29 0 0 18 0 0 104 7 6.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 4 9 7.502316921 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 0.497683079 NA NA NA 7 NA NA NA 1 NA NA NA 0.502316921 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 0.708756757 0.708756757 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.00000109 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 125454245 G T - - - - - - 35 0 0 47 0 0 22 0 0 56 0 0 80 6 7.5 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 4 9 7.502316921 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 0.497683079 NA NA NA 7 NA NA NA 1 NA NA NA 0.502316921 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 0.793384429 0.793384429 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.00000342 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 125682235 A G DCAF12L1 CCDS14610.1 r.? - - downstream 29 0 0 45 0 0 8 0 0 78 0 0 101 15 14.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 4 9 7.502316921 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 0.497683079 NA NA NA 7 NA NA NA 1 NA NA NA 0.502316921 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 1.576190399 1.049173032 1.502316921 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 6.06E-18 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 126063636 C T - - - - - - 40 0 0 26 0 0 22 0 0 66 0 0 67 17 25.4 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 4 9 7.502316921 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 0.497683079 NA NA NA 7 NA NA NA 1 NA NA NA 0.502316921 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 2.6869286 1.073776298 2.502316921 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.03E-24 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 126082067 G C - - - - - - 40 0 0 53 2 3.8 24 3 12.5 79 0 0 89 26 29.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 9 4 9 7.502316921 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 0.497683079 NA NA NA 7 NA NA NA 1 NA NA NA 0.502316921 0.627904762 0.627904762 1 1.594086022 1.594086022 1 0 0 1 3.088910044 1.029636681 3 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.029108399 1 0.000233853 1 1 1 2.27E-38 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 126100773 T A - - - - - - 29 0 0 48 0 0 28 0 0 88 0 0 92 11 12 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 4 9 7.502316921 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 0.497683079 NA NA NA 7 NA NA NA 1 NA NA NA 0.502316921 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 1.269415086 1.269415086 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.81E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 126504788 A G - - - - - - 36 0 0 56 4 7.1 27 2 7.4 76 4 5.3 106 9 8.5 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 9 4 9 7.502316921 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 0.497683079 NA NA NA 7 NA NA NA 1 NA NA NA 0.502316921 1.173190476 1.173190476 1 0.943698925 0.943698925 1 1.276982906 1.276982906 1 0.89916902 0.89916902 1 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.000186538 1 0.00807567 1 0.00060191 1 4.15E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 126586052 A T - - - - - - 26 0 0 50 1 2 28 1 3.6 75 2 2.7 109 7 6.4 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 4 9 7.502316921 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 0.497683079 NA NA NA 7 NA NA NA 1 NA NA NA 0.502316921 0.33047619 0.33047619 1 0.459096774 NA 0 0.650538462 0.650538462 1 0.677021379 0.677021379 1 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.221687443 1 0.130947004 1 0.054571821 1 0.00000149 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 126971093 C A - - - - - - 30 0 0 48 1 2.1 32 1 3.1 76 2 2.6 105 31 29.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 4 9 7.502316921 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 0.497683079 NA NA NA 7 NA NA NA 1 NA NA NA 0.502316921 0.347 0.347 1 0.395333333 NA 0 0.626444444 0.626444444 1 3.120645421 1.04021514 3 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.213845552 1 0.14819814 1 0.055865747 1 1.29E-45 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 126971250 A G - - - - - - 42 0 0 41 0 0 17 0 0 86 0 0 115 11 9.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 4 9 7.502316921 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 0.497683079 NA NA NA 7 NA NA NA 1 NA NA NA 0.502316921 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 1.015532069 1.015532069 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.16E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 127031716 G T - - - - - - 33 0 0 47 0 0 21 0 0 52 0 0 101 16 15.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 FALSE FALSE 9 4 9 7.502316921 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 0.497683079 NA NA NA 7 NA NA NA 1 NA NA NA 0.502316921 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 1.67139653 1.112545899 1.502316921 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 0 0 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.63E-19 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 127739363 T A - - - - - - 22 0 0 49 0 0 27 0 0 70 0 0 86 27 31.4 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 4 9 7.502316921 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 0.497683079 NA NA NA 7 NA NA NA 1 NA NA NA 0.502316921 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 3.321636143 0.948411071 3.502316921 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 8.99E-41 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 127842504 C T - - - - - - 24 0 0 48 0 0 25 0 0 63 0 0 96 7 7.3 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 4 9 7.502316921 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 0.497683079 NA NA NA 7 NA NA NA 1 NA NA NA 0.502316921 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 0.772227511 0.772227511 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000000631 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 128097792 A T - - - - - - 31 0 0 58 0 0 21 0 0 70 0 0 97 10 10.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 4 9 7.502316921 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 0.497683079 NA NA NA 7 NA NA NA 1 NA NA NA 0.502316921 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 1.089581282 1.089581282 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 8.27E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 128465060 G C - - - - - - 29 0 0 49 0 0 28 0 0 71 0 0 84 21 25 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 4 9 7.502316921 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 0.497683079 NA NA NA 7 NA NA NA 1 NA NA NA 0.502316921 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 2.644614763 1.056866435 2.502316921 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.15E-29 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 128499592 C G - - - - - - 20 0 0 22 0 0 10 0 0 49 0 0 74 14 18.9 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 1 1 100 FALSE FALSE 9 4 9 7.502316921 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 0.497683079 NA NA NA 7 NA NA NA 1 NA NA NA 0.502316921 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 1.999328761 0.999664381 2 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 1 10.57845905 10.57845905 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.1E-18 0.005 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 128503642 T C - - - - - - 28 0 0 44 2 4.5 26 2 7.7 92 4 4.3 85 22 25.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 9 4 9 7.502316921 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 0.497683079 NA NA NA 7 NA NA NA 1 NA NA NA 0.502316921 0.743571429 0.743571429 1 0.981956989 0.981956989 1 1.036042735 1.036042735 1 2.739820895 0.913273632 3 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.020580492 1 0.007502227 1 0.001230545 1 2.23E-31 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 128563194 A T - - - - - - 26 0 0 46 0 0 19 0 0 92 0 0 99 6 6.1 1 0 0 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 4 9 7.502316921 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 0.497683079 NA NA NA 7 NA NA NA 1 NA NA NA 0.502316921 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 0.645286002 0.645286002 1 0 0 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.0000118 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 128666980 C T - - - - - - 16 0 0 50 0 0 30 0 0 70 0 0 99 8 8.1 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 4 9 7.502316921 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 0.497683079 NA NA NA 7 NA NA NA 1 NA NA NA 0.502316921 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 0.856855183 0.856855183 1 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 4.46E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 128727446 G A OCRL CCDS35393.1 r.? - - downstream 38 0 0 58 0 0 27 0 0 98 0 0 91 8 8.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 4 9 7.502316921 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 0.497683079 NA NA NA 7 NA NA NA 1 NA NA NA 0.502316921 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 0.930904397 0.930904397 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000000023 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 128950347 C T ZDHHC9 CCDS35395.1 r.? - - intronic 29 0 0 43 3 7 30 0 0 88 0 0 87 7 8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 4 9 7.502316921 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 0.497683079 NA NA NA 7 NA NA NA 1 NA NA NA 0.502316921 1.156666667 1.156666667 1 0 NA 0 0 0 1 0.846276724 0.846276724 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.001328364 1 1 1 1 1 0.000000322 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 129119327 T C BCORL1 CCDS14616.1 r.? - - intronic 31 0 0 56 0 0 19 0 0 73 0 0 105 6 5.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 4 9 7.502316921 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 0.497683079 NA NA NA 7 NA NA NA 1 NA NA NA 0.502316921 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 0.602972166 0.602972166 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.0000165 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 129342832 G C ZNF280C CCDS14622.1 r.? - - intronic 31 0 0 36 0 0 13 0 0 50 0 0 77 18 23.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 4 9 7.502316921 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 0.497683079 NA NA NA 7 NA NA NA 1 NA NA NA 0.502316921 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 2.475359418 0.989226983 2.502316921 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 4.71E-25 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 129831238 C G ENOX2 CCDS14626.1 r.? - - intronic 33 0 0 55 0 0 26 0 0 81 0 0 89 10 11.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 4 9 7.502316921 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 0.497683079 NA NA NA 7 NA NA NA 1 NA NA NA 0.502316921 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 1.184787414 1.184787414 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 3.47E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 130252525 T C - - - - - - 36 0 0 48 4 8.3 23 1 4.3 61 0 0 88 12 13.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 4 9 7.502316921 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 0.497683079 NA NA NA 7 NA NA NA 1 NA NA NA 0.502316921 1.37147619 1.37147619 1 0.548365591 NA 0 0 0 1 1.438670431 1.438670431 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.000102016 1 0.108890944 1 1 1 3.53E-14 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 130875690 C T - - - - - - 34 0 0 49 1 2 18 2 11.1 62 0 0 83 14 16.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 9 4 9 7.502316921 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 0.497683079 NA NA NA 7 NA NA NA 1 NA NA NA 0.502316921 0.33047619 0.33047619 1 1.415548387 1.415548387 1 0 0 1 1.78775958 0.89387979 2 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.217776325 1 0.003626632 1 1 1 1.17E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 130956450 G A - - - - - - 27 0 0 39 0 0 18 0 0 78 0 0 83 8 9.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 4 9 7.502316921 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 0.497683079 NA NA NA 7 NA NA NA 1 NA NA NA 0.502316921 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 1.015532069 1.015532069 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000000011 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 131069423 C A - - - - - - 36 0 0 48 3 6.2 31 1 3.2 78 3 3.8 104 11 10.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 4 9 7.502316921 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 0.497683079 NA NA NA 7 NA NA NA 1 NA NA NA 0.502316921 1.02447619 1.02447619 1 0.408086022 NA 0 0.91557265 0.91557265 1 1.12131666 1.12131666 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.001827434 1 0.143917729 1 0.007193566 1 7.11E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 131330470 G A - - - - - - 29 0 0 55 0 0 22 0 0 89 0 0 94 9 9.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 4 9 7.502316921 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 0.497683079 NA NA NA 7 NA NA NA 1 NA NA NA 0.502316921 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 1.015532069 1.015532069 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.42E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 132263269 T A - - - - - - 30 0 0 54 0 0 25 0 0 52 0 0 90 6 6.7 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 4 9 7.502316921 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 0.497683079 NA NA NA 7 NA NA NA 1 NA NA NA 0.502316921 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 0.708756757 0.708756757 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.00000679 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 132327240 C T - - - - - - 35 0 0 52 0 0 22 0 0 62 0 0 78 9 11.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 4 9 7.502316921 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 0.497683079 NA NA NA 7 NA NA NA 1 NA NA NA 0.502316921 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 1.216522791 1.216522791 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.61E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 133057478 C A GPC3 CCDS14638.1 r.? - - intronic 35 0 0 44 0 0 19 0 0 76 2 2.6 86 23 26.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 4 9 7.502316921 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 0.497683079 NA NA NA 7 NA NA NA 1 NA NA NA 0.502316921 0 0 1 0 NA 0 0.626444444 0.626444444 1 2.824448567 0.941482856 3 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.055865747 1 4.16E-33 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 133057479 C A GPC3 CCDS14638.1 r.? - - intronic 37 0 0 44 0 0 20 0 0 79 2 2.5 85 23 27.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 4 9 7.502316921 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 0.497683079 NA NA NA 7 NA NA NA 1 NA NA NA 0.502316921 0 0 1 0 NA 0 0.602350427 0.602350427 1 2.866762403 0.955587468 3 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.059811146 1 3.06E-33 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 133058585 C A GPC3 CCDS14638.1 r.? - - intronic 25 0 0 54 4 7.4 33 1 3 78 3 3.8 119 28 23.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 4 9 7.502316921 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 0.497683079 NA NA NA 7 NA NA NA 1 NA NA NA 0.502316921 1.222761905 1.222761905 1 0.382580645 NA 0 0.91557265 0.91557265 1 2.485937878 0.993454449 2.502316921 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.000161898 1 0.15245715 1 0.007193566 1 3.24E-38 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 133987794 C T FAM122C CCDS14644.1 r.? - - intronic 22 0 0 50 2 4 25 3 12 57 0 0 94 8 8.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 9 4 9 7.502316921 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 0.497683079 NA NA NA 7 NA NA NA 1 NA NA NA 0.502316921 0.660952381 0.660952381 1 1.530322581 1.530322581 1 0 0 1 0.89916902 0.89916902 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.026131524 1 0.00026475 1 1 1 2.97E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 134509058 A T - - - - - - 15 0 0 45 2 4.4 23 2 8.7 62 2 3.2 85 25 29.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 9 4 9 7.502316921 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 0.497683079 NA NA NA 7 NA NA NA 1 NA NA NA 0.502316921 0.727047619 0.727047619 1 1.109483871 1.109483871 1 0.771008547 0.771008547 1 3.110066962 1.036688987 3 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.021467209 1 0.00589844 1 0.038789653 1 4.87E-37 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 134815585 C G - - - - - - 43 0 0 42 0 0 24 0 0 72 0 0 108 12 11.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 4 9 7.502316921 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 0.497683079 NA NA NA 7 NA NA NA 1 NA NA NA 0.502316921 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 1.174208955 1.174208955 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 4.37E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 135772730 A G ARHGEF6 CCDS14660.1 r.? - - intronic 45 0 0 39 2 5.1 22 2 9.1 87 0 0 82 15 18.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 9 4 9 7.502316921 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 0.497683079 NA NA NA 7 NA NA NA 1 NA NA NA 0.502316921 0.842714286 0.842714286 1 1.160494624 1.160494624 1 0 0 1 1.935858007 0.967929003 2 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.016387522 1 0.005403392 1 1 1 2.22E-19 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 135805288 T A ARHGEF6 CCDS14660.1 r.? - - intronic 24 0 0 49 1 2 25 2 8 82 4 4.9 112 11 9.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 9 4 9 7.502316921 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 0.497683079 NA NA NA 7 NA NA NA 1 NA NA NA 0.502316921 0.33047619 0.33047619 1 1.020215054 1.020215054 1 1.180606838 1.180606838 1 1.036688987 1.036688987 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.217776325 1 0.006948068 1 0.000801325 1 1.61E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 136208420 C G - - - - - - 29 0 0 50 2 4 22 2 9.1 64 2 3.1 92 14 15.2 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 9 4 9 7.502316921 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 0.497683079 NA NA NA 7 NA NA NA 1 NA NA NA 0.502316921 0.660952381 0.660952381 1 1.160494624 1.160494624 1 0.74691453 0.74691453 1 1.607925776 1.070297321 1.502316921 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.026131524 1 0.005403392 1 0.041085601 1 5.34E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 137068169 C T - - - - - - 26 0 0 42 1 2.4 23 0 0 81 0 0 101 7 6.9 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 4 9 7.502316921 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 0.497683079 NA NA NA 7 NA NA NA 1 NA NA NA 0.502316921 0.396571429 0.396571429 1 0 NA 0 0 0 1 0.729913675 0.729913675 1 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.189842622 1 1 1 1 1 0.000000891 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 137328520 G T - - - - - - 33 0 0 43 2 4.7 24 1 4.2 83 0 0 112 31 27.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 4 9 7.502316921 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 0.497683079 NA NA NA 7 NA NA NA 1 NA NA NA 0.502316921 0.776619048 0.776619048 1 0.535612903 NA 0 0 0 1 2.930233158 0.976744386 3 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.019709573 1 0.113346489 1 1 1 1.3E-44 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 137897484 A T FGF13 ENST00000370603 r.? - - intronic 31 0 0 46 4 8.7 23 2 8.7 69 1 1.4 91 10 11 0 0 NA 0 0 NA 2 2 100 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 9 4 9 7.502316921 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 0.497683079 NA NA NA 7 NA NA NA 1 NA NA NA 0.502316921 1.437571429 1.437571429 1 1.109483871 1.109483871 1 0.337316239 0.337316239 1 1.163630496 1.163630496 1 NA NA 1 12.75268817 4.250896057 3 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.0000862 1 0.00589844 0.000025 0.292392265 1 4.34E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 138150205 G A FGF13 ENST00000436198 r.? - - intronic 20 0 0 38 1 2.6 16 1 6.2 57 0 0 60 9 15 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 4 9 7.502316921 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 0.497683079 NA NA NA 7 NA NA NA 1 NA NA NA 0.502316921 0.429619048 0.429619048 1 0.790666667 NA 0 0 0 1 1.586768858 1.586768858 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.173434892 1 0.077068876 1 1 1 2.29E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 138285951 C T FGF13 ENST00000436198 r.? - - intronic 20 0 0 13 1 7.7 14 1 7.1 9 0 0 73 6 8.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 4 9 7.502316921 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 0.497683079 NA NA NA 7 NA NA NA 1 NA NA NA 0.502316921 1.272333333 1.272333333 1 0.90544086 NA 0 0 0 1 0.867433642 0.867433642 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.063085307 1 0.067769881 1 1 1 0.000002 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 138369026 C T - - - - - - 21 0 0 57 0 0 19 0 0 80 0 0 105 9 8.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 4 9 7.502316921 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 0.497683079 NA NA NA 7 NA NA NA 1 NA NA NA 0.502316921 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 0.909747479 0.909747479 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 3.81E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 138586285 A T - - - - - - 30 0 0 36 0 0 12 0 0 64 0 0 81 6 7.4 219 0 0 89 0 0 8 0 0 126 0 0 218 20 9.2 FALSE FALSE 9 4 9 7.502316921 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 0.497683079 NA NA NA 7 NA NA NA 1 NA NA NA 0.502316921 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 0.78280597 0.78280597 1 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 0.973218233 0.973218233 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.00000368 3.65E-19 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 138605545 C G - - - - - - 15 0 0 24 2 8.3 14 1 7.1 33 0 0 49 18 36.7 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 4 9 7.502316921 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 0.497683079 NA NA NA 7 NA NA NA 1 NA NA NA 0.502316921 1.37147619 1.37147619 1 0.90544086 NA 0 0 0 1 3.882294473 0.970573618 4 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.006413403 1 0.067769881 1 1 1 3.8E-29 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 138677873 A T MCF2 CCDS48175.1 r.? - - intronic 23 0 0 30 0 0 19 0 0 86 0 0 89 15 16.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 4 9 7.502316921 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 0.497683079 NA NA NA 7 NA NA NA 1 NA NA NA 0.502316921 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 1.78775958 0.89387979 2 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 8.23E-19 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 139196903 C A - - - - - - 33 0 0 48 0 0 23 0 0 50 0 0 78 7 9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 4 9 7.502316921 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 0.497683079 NA NA NA 7 NA NA NA 1 NA NA NA 0.502316921 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 0.952061315 0.952061315 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000000151 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 139457739 T A - - - - - - 38 0 0 53 0 0 22 0 0 79 0 0 79 4 5.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 4 9 7.502316921 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 0.497683079 NA NA NA 7 NA NA NA 1 NA NA NA 0.502316921 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 0.539501412 0.539501412 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000696582 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 139944630 C T - - - - - - 36 0 0 47 3 6.4 30 1 3.3 95 0 0 97 11 11.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 4 9 7.502316921 7 3 7 6 2 1 2 1 1 1 1 0.497683079 NA NA NA 7 NA NA NA 1 NA NA NA 0.502316921 1.05752381 1.05752381 1 0.42083871 NA 0 0 0 1 1.195365873 1.195365873 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.001719595 1 0.139615808 1 1 1 3.27E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 140074822 G A - - - - - - 35 0 0 45 1 2.2 28 1 3.6 77 0 0 96 19 19.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 4 9 8 7 3 7 6 2 1 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.36352381 0.36352381 1 0.459096774 NA 0 0 0 1 2.193076142 1.096538071 2 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.201934322 1 0.130947004 1 1 1 7.42E-25 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 140329446 G C - - - - - - 30 0 0 42 0 0 32 0 0 36 0 0 94 30 31.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 7 9 8 7 4 7 6 2 3 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 3.53328934 0.883322335 4 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.21E-45 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 140444799 A T - - - - - - 27 0 0 62 1 1.6 34 0 0 88 0 0 98 13 13.3 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 7 9 8 7 4 7 6 2 3 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.264380952 0.264380952 1 0 NA 0 0 0 1 1.473126904 1.473126904 1 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.267123145 1 1 1 1 1 4.42E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 140583472 C T - - - - - - 18 0 0 22 1 4.5 8 0 0 25 1 4 21 4 19 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 7 9 8 7 4 7 6 2 3 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.743571429 0.743571429 1 0 NA 0 0.963760684 0.963760684 1 2.104467005 2.104467005 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.104413009 1 1 1 0.117779757 1 0.00000349 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 140604130 G C - - - - - - 24 0 0 33 2 6.1 20 1 5 50 2 4 62 4 6.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 7 9 8 7 4 7 6 2 3 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.007952381 1.007952381 1 0.787634409 NA 0 0.963760684 0.963760684 1 0.719949239 0.719949239 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.011909843 1 0.09538952 1 0.026131524 1 0.000276647 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 140748712 G T - - - - - - 28 0 0 55 0 0 30 0 0 78 0 0 88 21 23.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 7 9 8 7 4 7 6 2 3 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 NA 0 0 0 1 2.64719797 0.882399323 3 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 3.45E-29 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 140799586 C T - - - - - - 38 0 0 56 0 0 33 0 0 61 0 0 109 8 7.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 7 9 8 7 4 7 6 2 3 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 0.808558376 0.808558376 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 9.48E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 140809598 A G - - - - - - 45 0 0 64 0 0 14 0 0 93 0 0 107 12 11.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 7 9 8 7 4 7 6 2 3 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 1.240527919 1.240527919 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 3.9E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 140866764 T C - - - - - - 37 0 0 54 0 0 34 0 0 83 0 0 102 6 5.9 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 7 9 8 7 4 7 6 2 3 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 NA 0 0 0 1 0.653492386 0.653492386 1 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000014 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 140984875 C A MAGEC3 CCDS14676.1 r.1331c>a c.1331C>A p.A444D missense 31 0 0 62 2 3.2 29 1 3.4 64 1 1.6 102 13 12.7 126 0 0 233 16 6.9 100 4 4 203 4 2 332 30 9 FALSE TRUE 9 7 9 8 7 4 7 6 2 3 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.528761905 0.528761905 1 0.535591398 NA 0 0.385504274 0.385504274 1 1.406670051 1.406670051 1 1.140142857 1.140142857 1 0.630107527 0.630107527 1 0.481880342 0.481880342 1 0.996852792 0.996852792 1 NA 12 1 1 0.038789653 1.17E-13 0.135292269 0.001673268 0.274433592 0.019607962 7.55E-15 9.06E-28 YES 1_1 0_1 0_1 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b X 141093279 C A - - - - - - 33 0 0 56 0 0 17 0 0 66 0 0 83 20 24.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 7 9 8 7 4 7 6 2 3 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 NA 0 0 0 1 2.669350254 0.889783418 3 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 5.78E-28 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 141098694 G A - - - - - - 26 0 0 48 2 4.2 17 0 0 80 0 0 129 12 9.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 9 7 9 8 7 4 7 6 2 3 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.694 0.694 1 0 NA 0 0 0 1 1.030081218 1.030081218 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.024220359 1 1 1 1 1 3.72E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 141142364 G A - - - - - - 27 0 0 42 4 9.5 29 4 13.8 88 2 2.3 96 26 27.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 9 7 9 8 7 4 7 6 2 3 2 2 1 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.569761905 1.569761905 1 2.173870968 2.173870968 1 0.554162393 0.554162393 1 3.001634518 1.000544839 3 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.0000601 1 0.0000134 1 0.072188127 1 2.18E-37 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 141537336 T A - - - - - - 29 0 0 58 1 1.7 33 0 0 95 0 0 138 12 8.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 10.47617813 7 10 8 6 4 6 6 4 3 4 2 0.523821873 1 1 1 6 NA NA NA 5 NA NA NA 0.476178127 NA NA NA 0.30599979 0.30599979 1 0 NA 0 0 0 1 0.963624365 0.963624365 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.252280541 1 1 1 1 1 8.31E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 141670439 A T - - - - - - 34 0 0 49 0 0 27 0 0 89 0 0 113 8 7.1 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 10.47617813 7 10 8 6 4 6 6 4 3 4 2 0.523821873 1 1 1 6 NA NA NA 5 NA NA NA 0.476178127 NA NA NA 0 NA 0 0 NA 0 0 0 1 0.786406091 0.786406091 1 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000000125 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 141817184 C A - - - - - - 29 0 0 74 3 4.1 34 2 5.9 98 0 0 106 6 5.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 10.47617813 7 10 15 6 4 6 8 4 3 4 7 0.523821873 1 1 1 6 NA NA NA 5 NA NA NA 0.476178127 NA NA NA 0.737999494 0.737999494 1 0.929408602 0.929408602 1 0 0 1 1.030340102 1.030340102 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.006220661 1 0.012612579 1 1 1 0.0000174 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 141950454 T A - - - - - - 33 0 0 66 0 0 49 0 0 99 0 0 149 34 22.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 10.47617813 7 10 15 6 4 6 8 4 3 4 7 0.523821873 1 1 1 6 NA NA NA 5 NA NA NA 0.476178127 NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 4.121360406 1.030340102 4 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.47E-45 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 142061122 C G - - - - - - 36 0 0 90 3 3.3 35 0 0 103 3 2.9 184 8 4.3 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 10.47617813 7 10 15 6 4 6 8 4 3 4 7 0.523821873 1 1 1 6 NA NA NA 5 NA NA NA 0.476178127 NA NA NA 0.593999592 0.593999592 1 0 NA 0 0.727726496 0.727726496 1 0.777274112 0.777274112 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.01062894 1 1 1 0.015255868 1 0.000005 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 142168993 A C - - - - - - 40 0 0 91 1 1.1 41 3 7.3 95 0 0 159 11 6.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 10.47617813 7 10 15 6 4 6 8 4 3 4 7 0.523821873 1 1 1 6 NA NA NA 5 NA NA NA 0.476178127 NA NA NA 0.197999864 0.197999864 1 1.149946237 1.149946237 1 0 0 1 1.247253807 1.247253807 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.366275718 1 0.001155993 1 1 1 7.16E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 142204187 A G - - - - - - 30 0 0 65 0 0 30 0 0 94 0 0 155 10 6.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 10.47617813 7 10 15 6 4 6 8 4 3 4 7 0.523821873 1 1 1 6 NA NA NA 5 NA NA NA 0.476178127 NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 1.174949239 1.174949239 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 8.29E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 142379590 G T - - - - - - 33 0 0 82 2 2.4 50 1 2 95 0 0 158 30 19 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 10.47617813 7 10 15 6 4 6 8 4 3 4 7 0.523821873 1 1 1 6 NA NA NA 5 NA NA NA 0.476178127 NA NA NA 0.431999704 0.431999704 1 0.315053763 NA 0 0 0 1 3.434467005 0.858616751 4 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.063849088 1 0.221687443 1 1 1 9.07E-38 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 142402347 A G - - - - - - 43 0 0 71 3 4.2 30 1 3.3 86 1 1.2 138 7 5.1 4 0 0 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 1 0 0 FALSE FALSE 10.47617813 7 10 15 6 4 6 8 4 3 4 7 0.523821873 1 1 1 6 NA NA NA 5 NA NA NA 0.476178127 NA NA NA 0.755999481 0.755999481 1 0.51983871 NA 0 0.301128205 0.301128205 1 0.921883249 0.921883249 1 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 1 0 0 1 NA NA 1 1 0.00554578 1 0.139615808 1 0.350192164 1 0.00000715 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 142521159 C T - - - - - - 35 0 0 59 0 0 35 0 0 94 0 0 169 10 5.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 10.47617813 7 10 15 6 4 6 8 4 3 4 7 0.523821873 1 1 1 6 NA NA NA 5 NA NA NA 0.476178127 NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 1.066492386 1.066492386 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.89E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 142540640 C T - - - - - - 24 0 0 82 2 2.4 27 3 11.1 110 3 2.7 143 12 8.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 10.47617813 7 10 15 6 4 6 8 4 3 4 7 0.523821873 1 1 1 6 NA NA NA 5 NA NA NA 0.476178127 NA NA NA 0.431999704 0.431999704 1 1.748548387 1.748548387 1 0.677538462 0.677538462 1 1.518395939 1.518395939 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.063849088 1 0.000334187 1 0.018147123 1 1.27E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 143297020 G C - - - - - - 32 0 0 45 3 6.7 36 2 5.6 87 4 4.6 100 6 6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 10.47617813 7 10 10 6 4 6 7 4 3 4 3 0.523821873 1 1 1 6 NA NA NA 5 NA NA NA 0.476178127 NA NA NA 1.205999173 1.205999173 1 0.882150538 0.882150538 1 1.154324786 1.154324786 1 0.784568528 0.784568528 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.001516071 1 0.014070883 1 0.00099983 1 0.0000125 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 143471997 A T - - - - - - 31 0 0 66 2 3 24 1 4.2 76 3 3.9 128 9 7 0 0 NA 1 0 0 1 1 100 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 10.47617813 7 10 10 6 4 6 7 4 3 4 3 0.523821873 1 1 1 6 NA NA NA 5 NA NA NA 0.476178127 NA NA NA 0.53999963 0.53999963 1 0.661612903 NA 0 0.978666667 0.978666667 1 0.915329949 0.915329949 1 0 NA 0 15.75268817 3.938172043 4 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 1 0.043431387 1 0.113346489 0.005 0.006696581 1 2.18E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 143574990 G C - - - - - - 46 0 0 52 0 0 31 0 0 78 0 0 112 12 10.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 10.47617813 7 10 10 6 4 6 7 4 3 4 3 0.523821873 1 1 1 6 NA NA NA 5 NA NA NA 0.476178127 NA NA NA 0 NA 0 0 NA 0 0 0 1 1.399147208 1.399147208 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 6.79E-13 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 143592518 C A - - - - - - 32 0 0 64 0 0 29 0 0 62 0 0 125 10 8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 10.47617813 7 10 10 6 4 6 7 4 3 4 3 0.523821873 1 1 1 6 NA NA NA 5 NA NA NA 0.476178127 NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 1.046091371 1.046091371 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.03E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 143700635 A T - - - - - - 33 0 0 52 1 1.9 35 4 11.4 83 2 2.4 122 30 24.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 10.47617813 7 10 10 6 4 6 7 4 3 4 3 0.523821873 1 1 1 6 NA NA NA 5 NA NA NA 0.476178127 NA NA NA 0.341999765 0.341999765 1 1.795806452 1.795806452 1 0.60225641 0.60225641 1 3.216730964 1.072243655 3 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.229451111 1 0.0000289 1 0.065215002 1 1.78E-41 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 143727852 G A - - - - - - 39 0 0 52 5 9.6 26 2 7.7 26 3 11.5 94 8 8.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA TRUE FALSE 10.47617813 7 10 10 6 4 6 7 4 3 4 3 0.523821873 1 1 1 6 NA NA NA 5 NA NA NA 0.476178127 NA NA NA 1.727998814 1.727998814 1 1.212956989 1.212956989 1 2.885811966 2.885811966 1 1.111472081 1.111472081 1 NA NA 0 NA NA 0 0 0 1 NA NA 0 8 NA 1 1 0.00000668 1 0.007502227 1 0.000298167 1 2.97E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 143783023 C T - - - - - - 34 0 0 55 0 0 32 0 0 89 0 0 112 10 8.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 10.47617813 7 10 10 6 4 6 7 4 3 4 3 0.523821873 1 1 1 6 NA NA NA 5 NA NA NA 0.476178127 NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 1.16377665 1.16377665 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 3.48E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 143903313 A G - - - - - - 39 0 0 67 0 0 31 0 0 99 0 0 142 9 6.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 10.47617813 7 10 10 6 4 6 7 4 3 4 3 0.523821873 1 1 1 6 NA NA NA 5 NA NA NA 0.476178127 NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 0.823796954 0.823796954 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 5.36E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 144030363 A T - - - - - - 32 0 0 58 0 0 33 0 0 84 0 0 143 11 7.7 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 10.47617813 7 10 10 6 4 6 7 4 3 4 3 0.523821873 1 1 1 6 NA NA NA 5 NA NA NA 0.476178127 NA NA NA 0 NA 0 0 NA 0 0 0 1 1.006862944 1.006862944 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.3E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 144183214 T A - - - - - - 30 0 0 48 0 0 25 0 0 101 0 0 117 12 10.3 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 10.47617813 7 10 10 6 4 6 7 4 3 4 3 0.523821873 1 1 1 6 NA NA NA 5 NA NA NA 0.476178127 NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 1.34684264 1.34684264 1 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.15E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 144213886 C A - - - - - - 36 0 0 67 1 1.5 28 0 0 80 1 1.2 132 10 7.6 15 0 0 33 0 0 16 0 0 41 1 2.4 52 2 3.8 FALSE FALSE 10.47617813 7 10 10 6 4 6 7 4 3 4 3 0.523821873 1 1 1 6 NA NA NA 5 NA NA NA 0.476178127 NA NA NA 0.269999815 0.269999815 1 0 NA 0 0.301128205 0.301128205 1 0.993786802 0.993786802 1 0 NA 0 0 NA 0 0.60225641 NA 0 0.496893401 0.496893401 1 NA NA 1 1 0.285262761 1 1 1 0.33035218 0.18577148 1.75E-09 0.028101652 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 144214124 C T - - - - - - 34 0 0 62 1 1.6 30 0 0 104 2 1.9 128 12 9.4 569 0 0 829 16 1.9 712 1 0.1 1051 7 0.7 1406 57 4.1 FALSE FALSE 10.47617813 7 10 10 6 4 6 7 4 3 4 3 0.523821873 1 1 1 6 NA NA NA 5 NA NA NA 0.476178127 NA NA NA 0.287999802 0.287999802 1 0 NA 0 0.476786325 0.476786325 1 1.22915736 1.22915736 1 0.341999765 0.718218133 0.476178127 0.015752688 NA 0 0.17565812 NA 0 0.536121827 0.536121827 1 NA NA 1 1 0.267123145 0.00000698 1 0.971813997 0.095955206 0.275686643 3.39E-12 1.93E-32 YES 0_1 0_0 0_0 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b X 144214134 C T - - - - - - 32 0 0 62 2 3.2 31 0 0 104 2 1.9 125 11 8.8 566 0 0 845 16 1.9 714 0 0 1049 6 0.6 1427 59 4.1 FALSE FALSE 10.47617813 7 10 10 6 4 6 7 4 3 4 3 0.523821873 1 1 1 6 NA NA NA 5 NA NA NA 0.476178127 NA NA NA 0.575999605 0.575999605 1 0 NA 0 0.476786325 0.476786325 1 1.150700508 1.150700508 1 0.341999765 0.718218133 0.476178127 0 NA 0 0.150564103 0.150564103 1 0.536121827 0.536121827 1 NA NA 1 1 0.038789653 0.00000882 1 1 0.095955206 0.427051931 5.37E-11 5.69E-34 YES 1_1 0_0 0_0 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b X 144287713 A C - - - - - - 35 0 0 51 1 2 29 1 3.4 81 0 0 87 5 5.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 10.47617813 7 10 10 6 4 6 7 4 3 4 3 0.523821873 1 1 1 6 NA NA NA 5 NA NA NA 0.476178127 NA NA NA 0.359999753 0.359999753 1 0.535591398 NA 0 0 0 1 0.745340102 0.745340102 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 0.225579006 1 0.135292269 1 1 1 0.0000821 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 144438115 G A - - - - - - 29 0 0 59 0 0 24 0 0 59 0 0 114 7 6.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 10.47617813 7 10 10 6 4 6 7 4 3 4 3 0.523821873 1 1 1 6 NA NA NA 5 NA NA NA 0.476178127 NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 0.79764467 0.79764467 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.00000201 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 144673539 G A - - - - - - 32 0 0 53 0 0 22 0 0 63 0 0 104 28 26.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 10.47617813 7 10 10 6 4 6 7 4 3 4 3 0.523821873 1 1 1 6 NA NA NA 5 NA NA NA 0.476178127 NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 3.517482234 0.879370558 4 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 4.62E-40 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 144694975 T A - - - - - - 24 0 0 52 0 0 39 0 0 60 0 0 105 7 6.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 10.47617813 7 10 10 6 4 6 7 4 3 4 3 0.523821873 1 1 1 6 NA NA NA 5 NA NA NA 0.476178127 NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 0.876101523 0.876101523 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.00000116 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 144786258 C G - - - - - - 22 0 0 41 0 0 30 0 0 69 0 0 61 8 13.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 10.47617813 7 10 10 6 4 6 7 4 3 4 3 0.523821873 1 1 1 6 NA NA NA 5 NA NA NA 0.476178127 NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 1.712974619 1.712974619 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 9.09E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 144791748 A T - - - - - - 38 0 0 50 0 0 31 0 0 63 1 1.6 108 10 9.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 10.47617813 7 10 10 6 4 6 7 4 3 4 3 0.523821873 1 1 1 6 NA NA NA 5 NA NA NA 0.476178127 NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0.401504274 0.401504274 1 1.216081218 1.216081218 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.27078753 1 2.42E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 145007891 A T - - - - - - 28 0 0 82 0 0 36 0 0 82 0 0 145 10 6.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 10.47617813 7 10 12.65887787 6 4 6 6 4 3 4 6 0.523821873 1 1 0.341122128 6 NA NA 7 5 NA NA 6 0.476178127 NA NA 0.658877872 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 1.08571638 1.08571638 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 4.36E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 145018720 C T - - - - - - 32 0 0 78 4 5.1 31 1 3.2 96 2 2.1 156 13 8.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 10.47617813 7 10 12.65887787 6 4 6 6 4 3 4 6 0.523821873 1 1 0.341122128 6 NA NA 7 5 NA NA 6 0.476178127 NA NA 0.658877872 0.91799937 0.91799937 1 0.504086022 NA 0 0.526974359 0.526974359 1 1.30600666 1.30600666 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.000663934 1 0.143917729 1 0.083811806 1 1.96E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 145074628 C T MIR890 ENST00000401256 r.? - - downstream 32 0 0 64 0 0 35 0 0 74 0 0 145 8 5.5 482 1 0.2 447 0 0 208 0 0 329 0 0 713 41 5.8 FALSE FALSE 10.47617813 7 10 12.65887787 6 4 6 6 4 3 4 6 0.523821873 1 1 0.341122128 6 NA NA 7 5 NA NA 6 0.476178127 NA NA 0.658877872 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 0.8654261 0.8654261 1 0 NA 0 0 NA 0 0 0 1 0.91263116 0.91263116 1 NA NA 1 0.910726015 1 1 1 1 1 1 0.000000847 1.49E-29 YES 0_0 0_0 0_0 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b X 145089258 C T - - - - - - 32 0 0 79 0 0 33 0 0 81 0 0 151 10 6.6 353 0 0 2189 2 0.1 785 0 0 1354 0 0 1943 103 5.3 FALSE FALSE 10.47617813 7 10 12.65887787 6 4 6 6 4 3 4 6 0.523821873 1 1 0.341122128 6 NA NA 7 5 NA NA 6 0.476178127 NA NA 0.658877872 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 1.03851132 1.03851132 1 0.017999988 NA 0 0 NA 0 0 0 1 0.83395606 0.83395606 1 NA NA 1 1 1 0.999793982 1 1 1 1 6.45E-09 3.55E-68 YES 0_0 0_0 0_0 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq PD9771b X 145127923 A T - - - - - - 33 0 0 6 0 0 4 0 0 8 0 0 137 9 6.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 10.47617813 7 10 12.65887787 6 4 6 6 4 3 4 6 0.523821873 1 1 0.341122128 6 NA NA 7 5 NA NA 6 0.476178127 NA NA 0.658877872 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 1.03851132 1.03851132 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 3.93E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 145265636 G C - - - - - - 29 0 0 76 0 0 27 0 0 84 0 0 149 15 10.1 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 10.47617813 7 10 12.65887787 6 4 6 6 4 3 4 6 0.523821873 1 1 0.341122128 6 NA NA 7 5 NA NA 6 0.476178127 NA NA 0.658877872 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 1.58923702 0.958019301 1.658877872 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.38E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 145392586 T C - - - - - - 41 0 0 74 0 0 39 0 0 88 0 0 124 17 13.7 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 10.47617813 7 10 12.65887787 6 4 6 6 4 3 4 6 0.523821873 1 1 0.341122128 6 NA NA 7 5 NA NA 6 0.476178127 NA NA 0.658877872 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 2.155697741 1.07784887 2 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.59E-19 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 145600227 A G - - - - - - 35 0 0 60 0 0 28 0 0 88 0 0 153 9 5.9 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 1 0 0 0 0 NA FALSE FALSE 10.47617813 7 10 12.65887787 6 4 6 6 4 3 4 6 0.523821873 1 1 0.341122128 6 NA NA 7 5 NA NA 6 0.476178127 NA NA 0.658877872 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 0.92836618 0.92836618 1 NA NA 0 0 NA 0 0 0 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000000102 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 145662113 T G - - - - - - 38 0 0 76 4 5.3 45 3 6.7 83 0 0 138 10 7.2 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 10.47617813 7 10 12.65887787 6 4 6 6 4 3 4 6 0.523821873 1 1 0.341122128 6 NA NA 7 5 NA NA 6 0.476178127 NA NA 0.658877872 0.953999346 0.953999346 1 1.055430108 1.055430108 1 0 0 1 1.13292144 1.13292144 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.00060191 1 0.001516071 1 1 1 2.7E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 145716201 A T - - - - - - 31 0 0 58 0 0 31 0 0 77 0 0 140 11 7.9 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 10.47617813 7 10 12.65887787 6 4 6 6 4 3 4 6 0.523821873 1 1 0.341122128 6 NA NA 7 5 NA NA 6 0.476178127 NA NA 0.658877872 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 1.24306658 1.24306658 1 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.83E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 145728144 G A - - - - - - 27 0 0 72 0 0 30 0 0 100 0 0 153 15 9.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 10.47617813 7 10 12.65887787 6 4 6 6 4 3 4 6 0.523821873 1 1 0.341122128 6 NA NA 7 5 NA NA 6 0.476178127 NA NA 0.658877872 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 1.54203196 1.54203196 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 3.54E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 145740646 G A - - - - - - 33 0 0 72 0 0 32 0 0 120 0 0 144 15 10.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 10.47617813 7 10 12.65887787 6 4 6 6 4 3 4 6 0.523821873 1 1 0.341122128 6 NA NA 7 5 NA NA 6 0.476178127 NA NA 0.658877872 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 1.63644208 0.98647532 1.658877872 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.42E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 145746466 C T - - - - - - 33 0 0 56 0 0 33 0 0 95 0 0 161 23 14.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 10.47617813 7 10 12.65887787 6 4 6 6 4 3 4 6 0.523821873 1 1 0.341122128 6 NA NA 7 5 NA NA 6 0.476178127 NA NA 0.658877872 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 2.250107861 1.12505393 2 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.61E-26 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 145831526 A T - - - - - - 30 0 0 76 3 3.9 31 1 3.2 112 6 5.4 134 32 23.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 10.47617813 7 10 12.65887787 6 4 6 6 4 3 4 6 0.523821873 1 1 0.341122128 6 NA NA 7 5 NA NA 6 0.476178127 NA NA 0.658877872 0.701999518 0.701999518 1 0.504086022 NA 0 1.355076923 1.355076923 1 3.760669781 1.027820526 3.658877872 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.006696581 1 0.143917729 1 0.0000238 1 1.12E-43 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 145856370 A G - - - - - - 41 0 0 68 2 2.9 29 1 3.4 81 1 1.2 137 7 5.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 10.47617813 7 10 12.65887787 6 4 6 6 4 3 4 6 0.523821873 1 1 0.341122128 6 NA NA 7 5 NA NA 6 0.476178127 NA NA 0.658877872 0.521999642 0.521999642 1 0.535591398 NA 0 0.301128205 0.301128205 1 0.80248602 0.80248602 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.045825786 1 0.135292269 1 0.333700419 1 0.00000681 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 145911108 A T - - - - - - 37 0 0 62 4 6.5 38 4 10.5 59 0 0 133 7 5.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 10.47617813 7 10 12.65887787 6 4 6 6 4 3 4 6 0.523821873 1 1 0.341122128 6 NA NA 7 5 NA NA 6 0.476178127 NA NA 0.658877872 1.169999197 1.169999197 1 1.654032258 1.654032258 1 0 0 1 0.83395606 0.83395606 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 0.000276647 1 0.0000403 1 1 1 0.00000561 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 146006645 T A - - - - - - 37 0 0 68 0 0 41 0 0 90 0 0 157 12 7.6 0 0 NA 0 0 NA 4 0 0 1 0 0 0 0 NA FALSE FALSE 10.47617813 7 10 12.65887787 6 4 6 6 4 3 4 6 0.523821873 1 1 0.341122128 6 NA NA 7 5 NA NA 6 0.476178127 NA NA 0.658877872 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 1.19586152 1.19586152 1 NA NA 0 0 NA 0 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 3.8E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 146015373 C G - - - - - - 29 0 0 62 0 0 26 0 0 73 0 0 129 11 8.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 10.47617813 7 10 12.65887787 6 4 6 6 4 3 4 6 0.523821873 1 1 0.341122128 6 NA NA 7 5 NA NA 6 0.476178127 NA NA 0.658877872 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 1.3374767 1.3374767 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 7.56E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 146051871 G T - - - - - - 38 0 0 56 0 0 28 0 0 114 1 0.9 147 6 4.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 10.47617813 7 10 12.65887787 6 4 6 6 4 3 4 6 0.523821873 1 1 0.341122128 6 NA NA 7 5 NA NA 6 0.476178127 NA NA 0.658877872 0 0 1 0 NA 0 0.225846154 0.225846154 1 0.64513582 0.64513582 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.435282554 1 0.0001082 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 146252869 T A - - - - - - 26 0 0 78 0 0 21 0 0 81 0 0 130 6 4.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 10.47617813 7 10 12.65887787 6 4 6 6 4 3 4 6 0.523821873 1 1 0.341122128 6 NA NA 7 5 NA NA 6 0.476178127 NA NA 0.658877872 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 0.72381092 0.72381092 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.0000549 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 146280373 A T MIR513B ENST00000385136 r.? - - downstream 39 0 0 72 0 0 34 0 0 104 0 0 137 8 5.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 10.47617813 7 10 12.65887787 6 4 6 6 4 3 4 6 0.523821873 1 1 0.341122128 6 NA NA 7 5 NA NA 6 0.476178127 NA NA 0.658877872 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 0.91263116 0.91263116 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000000551 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 146517734 A C - - - - - - 35 0 0 69 0 0 22 0 0 82 0 0 133 16 12 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 10.47617813 7 10 12.65887787 6 4 6 6 4 3 4 6 0.523821873 1 1 0.341122128 6 NA NA 7 5 NA NA 6 0.476178127 NA NA 0.658877872 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 1.888202401 0.9441012 2 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.57E-17 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 146726074 G C - - - - - - 31 0 0 84 4 4.8 43 2 4.7 95 0 0 155 11 7.1 0 0 NA 0 0 NA 2 0 0 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 10.47617813 7 10 12.65887787 6 4 6 6 4 3 4 6 0.523821873 1 1 0.341122128 6 NA NA 7 5 NA NA 6 0.476178127 NA NA 0.658877872 0.863999407 0.863999407 1 0.740376344 0.740376344 1 0 0 1 1.11718642 1.11718642 1 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 6 NA 1 1 0.000877031 1 0.019709573 1 1 1 5.46E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 146793814 T C - - - - - - 32 0 0 92 0 0 43 0 0 109 0 0 162 35 21.6 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 10.47617813 7 10 12.65887787 6 4 6 6 4 3 4 6 0.523821873 1 1 0.341122128 6 NA NA 7 5 NA NA 6 0.476178127 NA NA 0.658877872 0 NA 0 0 NA 0 0 0 1 3.398764321 0.928908928 3.658877872 NA NA 1 0 NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 6.19E-46 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 146887637 A G - - - - - - 33 0 0 65 3 4.6 22 1 4.5 99 0 0 152 13 8.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 FALSE FALSE 10.47617813 7 10 12.65887787 6 4 6 6 4 3 4 6 0.523821873 1 1 0.341122128 6 NA NA 7 5 NA NA 6 0.476178127 NA NA 0.658877872 0.827999432 0.827999432 1 0.708870968 NA 0 0 0 1 1.35321172 1.35321172 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 0 0 1 NA NA 1 1 0.004333293 1 0.104413009 1 1 1 1.4E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 147065949 C T FMR1NB CCDS14683.1 r.? - - intronic 31 0 0 58 0 0 30 0 0 94 0 0 117 12 10.3 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 10.47617813 7 10 10 6 4 6 7 4 3 4 3 0.523821873 1 1 1 6 NA NA NA 5 NA NA NA 0.476178127 NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 1.34684264 1.34684264 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.15E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 147068769 T G FMR1NB CCDS14683.1 r.? - - intronic 26 0 0 59 0 0 36 0 0 90 0 0 119 6 5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 10.47617813 7 10 10 6 4 6 7 4 3 4 3 0.523821873 1 1 1 6 NA NA NA 5 NA NA NA 0.476178127 NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 0.653807107 0.653807107 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.0000335 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 147400530 G T - - - - - - 24 0 0 49 3 6.1 23 0 0 62 0 0 78 5 6.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 10.47617813 7 10 10 6 4 6 7 4 3 4 3 0.523821873 1 1 1 6 NA NA NA 5 NA NA NA 0.476178127 NA NA NA 1.097999247 1.097999247 1 0 NA 0 0 0 1 0.836873096 0.836873096 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 NA NA 1 1 0.001939399 1 1 1 1 1 0.0000487 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 147561472 C G - - - - - - 32 0 0 58 0 0 31 0 0 75 0 0 112 7 6.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 10.47617813 7 10 10 6 4 6 7 4 3 4 3 0.523821873 1 1 1 6 NA NA NA 5 NA NA NA 0.476178127 NA NA NA 0 NA 0 0 NA 0 0 0 1 0.810720812 0.810720812 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.00000179 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 147976864 T C AFF2 CCDS14684.1 r.? - - intronic 44 0 0 55 0 0 22 0 0 101 0 0 103 11 10.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 10.47617813 7 10 10 6 4 6 7 4 3 4 3 0.523821873 1 1 1 6 NA NA NA 5 NA NA NA 0.476178127 NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 1.399147208 1.399147208 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 6.39E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 148586423 C T IDS CCDS14685.1 r.? - - intronic 22 0 0 59 0 0 28 0 0 67 0 0 100 18 18 2 0 0 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 FALSE FALSE 10.47617813 7 10 10 6 4 6 7 4 3 4 3 0.523821873 1 1 1 6 NA NA NA 5 NA NA NA 0.476178127 NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 2.353705584 1.176852792 2 0 NA 0 NA NA 0 NA NA 0 0 0 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 7.93E-23 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 149428922 T C - - - - - - 34 0 0 58 0 0 29 0 0 72 0 0 123 12 9.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 10.47617813 7 10 10 6 4 6 7 4 3 4 3 0.523821873 1 1 1 6 NA NA NA 5 NA NA NA 0.476178127 NA NA NA 0 NA 0 0 NA 0 0 0 1 1.281461929 1.281461929 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.1E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 149519112 G A - - - - - - 22 0 0 63 1 1.6 32 1 3.1 88 0 0 129 17 13.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 10.47617813 7 10 10 6 4 6 7 4 3 4 3 0.523821873 1 1 1 6 NA NA NA 5 NA NA NA 0.476178127 NA NA NA 0.287999802 0.287999802 1 0.488333333 NA 0 0 0 1 1.726050761 0.863025381 2 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.27078753 1 0.14819814 1 1 1 3.18E-19 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 149613898 G C MAMLD1 CCDS14693.2 r.? - - intronic 36 0 0 51 3 5.9 26 0 0 84 3 3.6 115 23 20 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 10.47617813 7 10 10 6 4 6 7 4 3 4 3 0.523821873 1 1 1 6 NA NA NA 5 NA NA NA 0.476178127 NA NA NA 1.061999271 1.061999271 1 0 NA 0 0.903384615 0.903384615 1 2.615228426 0.871742809 3 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.002175924 1 1 1 0.008812993 1 6.97E-30 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 149641472 G A MAMLD1 CCDS14693.2 r.? - - intronic 30 0 0 51 0 0 36 0 0 56 0 0 126 6 4.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 10.47617813 7 10 10 6 4 6 7 4 3 4 3 0.523821873 1 1 1 6 NA NA NA 5 NA NA NA 0.476178127 NA NA NA 0 NA 0 0 NA 0 0 0 1 0.627654822 0.627654822 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.0000461 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 149801081 G T MTM1 CCDS14694.1 r.? - - intronic 24 0 0 52 2 3.8 23 1 4.3 64 1 1.6 104 27 26 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 10.47617813 7 10 10 6 4 6 7 4 3 4 3 0.523821873 1 1 1 6 NA NA NA 5 NA NA NA 0.476178127 NA NA NA 0.683999531 0.683999531 1 0.677365591 NA 0 0.401504274 0.401504274 1 3.399796954 1.133265651 3 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.028101652 1 0.108890944 1 0.274433592 1 3.35E-38 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 150134635 G C - - - - - - 36 0 0 56 0 0 30 0 0 42 0 0 116 6 5.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 1 0 0 FALSE FALSE 10.47617813 7 10 10 6 4 6 7 4 3 4 3 0.523821873 1 1 1 6 NA NA NA 5 NA NA NA 0.476178127 NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 0.679959391 0.679959391 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 0 0 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000029 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 150270861 G T - - - - - - 45 0 0 50 3 6 32 1 3.1 44 1 2.3 112 11 9.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 10.47617813 7 10 10 6 4 6 7 4 3 4 3 0.523821873 1 1 1 6 NA NA NA 5 NA NA NA 0.476178127 NA NA NA 1.079999259 1.079999259 1 0.488333333 NA 0 0.577162393 0.577162393 1 1.281461929 1.281461929 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.002055544 1 0.14819814 1 0.197923942 1 1.61E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 150735136 C T PASD1 CCDS35431.1 r.? - - intronic 29 0 0 62 0 0 38 0 0 56 0 0 102 6 5.9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 10.47617813 7 10 10 6 4 6 7 4 3 4 3 0.523821873 1 1 1 6 NA NA NA 5 NA NA NA 0.476178127 NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 0.771492386 0.771492386 1 NA NA 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000014 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 150819765 C T PASD1 CCDS35431.1 r.? - - intronic 42 0 0 60 4 6.7 32 1 3.1 95 2 2.1 102 35 34.3 1 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 10.47617813 7 10 10 6 4 6 7 4 3 4 3 0.523821873 1 1 1 6 NA NA NA 5 NA NA NA 0.476178127 NA NA NA 1.205999173 1.205999173 1 0.488333333 NA 0 0.526974359 0.526974359 1 4.485116751 0.89702335 5 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.000243755 1 0.14819814 1 0.082329175 1 5.36E-54 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 150835004 C A PASD1 CCDS35431.1 r.? - - intronic 24 0 0 36 0 0 18 0 0 71 0 0 95 11 11.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 10.47617813 7 10 10 6 4 6 7 4 3 4 3 0.523821873 1 1 1 6 NA NA NA 5 NA NA NA 0.476178127 NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 1.516832487 1.516832487 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.59E-12 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 150922982 C T - - - - - - 36 0 0 60 0 0 28 0 0 84 0 0 115 14 12.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 10.47617813 7 10 10 6 4 6 7 4 3 4 3 0.523821873 1 1 1 6 NA NA NA 5 NA NA NA 0.476178127 NA NA NA 0 NA 0 0 NA 0 0 0 1 1.59528934 0.79764467 2 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.36E-15 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 151086889 C T MAGEA4 CCDS14702.1 r.? - - intronic 11 0 0 4 0 0 4 0 0 1 1 100 29 6 20.7 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 10.47617813 7 10 10 6 4 6 7 4 3 4 3 0.523821873 1 1 1 6 NA NA NA 5 NA NA NA 0.476178127 NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 25.09401709 4.182336182 6 2.706761421 0.902253807 3 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 0.005 1 6.72E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 151507042 C A GABRA3 CCDS14706.1 r.? - - intronic 41 0 0 57 1 1.8 24 2 8.3 82 2 2.4 110 27 24.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 10.47617813 7 10 10 6 4 6 7 4 3 4 3 0.523821873 1 1 1 6 NA NA NA 5 NA NA NA 0.476178127 NA NA NA 0.323999778 0.323999778 1 1.307473118 1.307473118 1 0.60225641 0.60225641 1 3.203654822 1.067884941 3 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.248523156 1 0.006413403 1 0.063849088 1 1.84E-37 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 151589454 C G GABRA3 CCDS14706.1 r.? - - intronic 24 0 0 61 1 1.6 24 3 12.5 83 4 4.8 111 10 9 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 10.47617813 7 10 10 6 4 6 7 4 3 4 3 0.523821873 1 1 1 6 NA NA NA 5 NA NA NA 0.476178127 NA NA NA 0.287999802 0.287999802 1 1.969086022 1.969086022 1 1.204512821 1.204512821 1 1.176852792 1.176852792 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 8 NA 1 1 0.263440347 1 0.000233853 1 0.000838577 1 3.18E-10 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 151679407 C A - - - - - - 33 0 0 51 2 3.9 28 1 3.6 102 1 1 108 8 7.4 3 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 10.47617813 7 10 10 6 4 6 7 4 3 4 3 0.523821873 1 1 1 6 NA NA NA 5 NA NA NA 0.476178127 NA NA NA 0.701999518 0.701999518 1 0.567096774 NA 0 0.250940171 0.250940171 1 0.967634518 0.967634518 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 0.027109304 1 0.130947004 1 0.400272124 1 8.82E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 151770588 G A - - - - - - 37 0 0 63 0 0 21 0 0 73 0 0 118 8 6.8 0 0 NA 0 0 NA 3 0 0 0 0 NA 1 0 0 FALSE FALSE 10.47617813 7 10 10 6 4 6 7 4 3 4 3 0.523821873 1 1 1 6 NA NA NA 5 NA NA NA 0.476178127 NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 0.889177665 0.889177665 1 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 0 0 0 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000000175 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 152365522 T C - - - - - - 27 0 0 47 0 0 23 0 0 62 0 0 102 9 8.8 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 10.47617813 7 10 10 6 4 6 7 4 3 4 3 0.523821873 1 1 1 6 NA NA NA 5 NA NA NA 0.476178127 NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 1.150700508 1.150700508 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.94E-09 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 152676183 G T - - - - - - 31 0 0 44 0 0 19 0 0 33 0 0 116 19 16.4 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 10.47617813 7 10 10 6 4 6 7 4 3 4 3 0.523821873 1 1 1 6 NA NA NA 5 NA NA NA 0.476178127 NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 2.14448731 1.072243655 2 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 3.49E-23 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 152923928 G A - - - - - - 26 0 0 49 2 4.1 30 2 6.7 24 0 0 95 10 10.5 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 10.47617813 7 10 10 6 4 6 7 4 3 4 3 0.523821873 1 1 1 6 NA NA NA 5 NA NA NA 0.476178127 NA NA NA 0.737999494 0.737999494 1 1.055430108 1.055430108 1 0 0 1 1.372994924 1.372994924 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 8 NA 1 1 0.025168485 1 0.009909649 1 1 1 6.7E-11 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 153095345 C A PDZD4 CCDS14732.1 r.? - - intronic 29 0 0 2 0 0 2 0 0 7 0 0 104 24 23.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 10.47617813 7 10 10 6 4 6 7 4 3 4 3 0.523821873 1 1 1 6 NA NA NA 5 NA NA NA 0.476178127 NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 3.020588832 1.006862944 3 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 9.41E-33 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 153096005 G A PDZD4 CCDS14732.1 r.? - - upstream 28 0 0 3 0 0 1 0 0 3 0 0 71 15 21.1 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 10.47617813 7 10 10 6 4 6 7 4 3 4 3 0.523821873 1 1 1 6 NA NA NA 5 NA NA NA 0.476178127 NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 2.75906599 0.919688663 3 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 2.15E-20 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 153337157 T G MECP2 CCDS14741.1 r.? - - intronic 34 0 0 76 0 0 29 0 0 91 0 0 125 9 7.2 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 10.47617813 7 10 10 6 4 6 7 4 3 4 3 0.523821873 1 1 1 6 NA NA NA 5 NA NA NA 0.476178127 NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 0.941482234 0.941482234 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 1.77E-08 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 153750314 G T - - - - - - 31 0 0 51 0 0 34 0 0 41 0 0 122 8 6.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA FALSE FALSE 10.47617813 7 10 10 6 4 6 7 4 3 4 3 0.523821873 1 1 1 6 NA NA NA 5 NA NA NA 0.476178127 NA NA NA 0 0 1 0 NA 0 0 0 1 0.863025381 0.863025381 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 NA NA 1 1 1 1 1 1 1 1 0.000000227 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 154462246 G A VBP1 CCDS14765.1 r.? - - intronic 20 0 0 52 3 5.8 35 2 5.7 55 0 0 91 6 6.6 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA TRUE FALSE 10.47617813 7 10 10 6 4 6 7 4 3 4 3 0.523821873 1 1 1 6 NA NA NA 5 NA NA NA 0.476178127 NA NA NA 1.043999284 1.043999284 1 0.897903226 0.897903226 1 0 0 1 0.863025381 0.863025381 1 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 0 NA NA 1 6 NA 1 1 0.002300591 1 0.013332991 1 1 1 0.00000724 1 NO inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth inad_validation_depth NA PD9771b X 154508559 A G CLIC2 CCDS14767.1 r.680u>c c.461T>C p.L154P missense 22 0 0 84 0 0 24 0 0 102 0 0 96 11 11.5 579 0 0 562 0 0 116 1 0.9 631 0 0 854 62 7.3 FALSE FALSE 10.47617813 7 10 10 6 4 6 7 4 3 4 3 0.523821873 1 1 1 6 NA NA NA 5 NA NA NA 0.476178127 NA NA NA 0 NA 0 0 NA 0 0 0 1 1.503756345 1.503756345 1 0 NA 0 0.141774194 NA 0 0 NA 0 0.954558376 0.954558376 1 NA NA 1 1 1 1 1 0.44091561 1 1 2.92E-12 8.08E-50 YES 0_0 0_0 0_0 1_1 somatic custom.pulldown.HiSeq